ES2297834T3 - Ensayo homogeneo con sonda genica con un receptor dirigido contra el marcador. - Google Patents

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Abstract

LA INVENCION TRATA DE UN ENSAYO HOMOGENEO DE HIBRIDACION, QUE SE BASA EN QUE LA SEÑAL DE LA SONDA GENICA NO HIBRIDADA VARIA MEDIANTE UN RECEPTOR DIRIGIDO CONTRA EL MARCADOR.

Description

Ensayo homogéneo con sonda génica con un receptor dirigido contra el marcador.
La invención se refiere a un ensayo homogéneo con sonda génica, basado en que la señal de la sonda génica no hibridada se modifica a través de un receptor dirigido contra el marcador.
Los ensayos con sonda génica han sido descritos ya en la bibliografía, bajo diversas formas de realización. Formas de realización utilizadas con frecuencia incluyen el "ensayo de protección de la hibridación" ("Hybridization protection assay", Clin. Chem. 35/8, 1989, 1588-1594), la técnica de las "sondas en estrecho contacto" ("Kissing Probes", Nachr. Chem. Tech. Lab. 37/7, 1989, 698), y el "principio de transferencia de energía" ("Energy transfer"). En la Fig. 1 se representa un principio muy general de un ensayo con sonda génica según el estado de la técnica: en la primera etapa, se hibridan entre sí la secuencia diana y la sonda génica marcada, de donde se obtiene, en presencia de una homología suficiente de ambas secuencias, construcciones de cadena doble. Adicionalmente, sin embargo, y por norma general, quedan secciones de una sola cadena de la sonda génica que no han hibridado. En la segunda etapa, se lleva a cabo una hidrólisis selectiva, que se distingue porque, sobre la base de las condiciones elegidas, el marcador de la sonda génica de una sola cadena resulta atacado de forma esencial, en tanto que el marcador de la construcción de doble cadena se encuentra protegido ampliamente contra el ataque hidrófilo. De esta forma, en la tercera etapa, se mide esencialmente la señal generada por el marcador unido a la construcción de cadena
doble.
El inconveniente del procedimiento anterior radica en que, a pesar del tratamiento con el reactivo de selección (etapa 2), permanece un resto de la sonda génica de una cadena, que adultera la medición.
Por consiguiente, la presente invención tiene como misión poner a disposición un procedimiento para la determinación de una secuencia de ácidos nucleicos (un "ensayo con sonda génica"), en el cual la sonda génica marcada que no ha hibridado contribuye a la formación de una señal no deseada en un grado menor que en los procedimientos según el estado de la técnica. La mejora a la que se aspira debe hacer posible, en especial, una realización homogénea mejorada del ensayo. La realización homogénea del ensayo se distingue, básicamente, por la ausencia de una etapa de separación física entre la hibridación del ácido nucleico y la detección de la señal. De acuerdo con el estado de la técnica, en procedimientos de este tipo se debe contar con una influencia distorsionadora especialmente intensa causada por la sonda génica marcada y no hibridada.
El documento EP 0144913 describe un procedimiento en el que se utilizan un "anti-fluorescer antibody" (= anticuerpo anti-fluorescente) y un "anti-hybrid antibody" (= anticuerpo anti-híbrido) para reducir la influencia distorsionadora de las sondas génicas no hibridadas.
El documento EP 0492570 describe una modificación química del marcador para reducir la influencia distorsionadora de las sondas génicas no hibridadas.
De manera sorprendente, la misión se resolvió por medio del uso en el procedimiento según la invención de un receptor capaz de fijarse al marcador y, como consecuencia de dicha unión, de modificar de forma detectable la señal atribuible al marcador, por ejemplo debilitándola ("quenching" = extinción). Por lo tanto, por medio del procedimiento descrito a continuación resulta posible reducir de forma importante la influencia distorsionadora generada por la sonda génica marcada y no hibridada y, de este modo, mejorar de manera decisiva la sensibilidad y especificidad del sistema de ensayo.
Por consiguiente, la presente invención se refiere a un procedimiento para determinar una secuencia de ácidos nucleicos (= secuencia diana), en el cual una sonda que contiene eventualmente la secuencia diana se pone en contacto con una sonda génica adecuada para la determinación de dicha secuencia diana, de tal forma que la secuencia diana y la sonda génica hibridan entre sí, que se caracteriza porque, además
(a)
se agrega un receptor que se une al marcador de una fracción que se encuentra, eventualmente, en exceso, de la sonda génica que no se hibrida con la secuencia diana, de manera que se modifica cualitativa y/o cuantitativamente la señal atribuible al marcador, y
(b)
la señal atribuible al marcador se detecta cualitativa o cuantitativamente a través de un procedimiento adecuado para ello.
La presente invención se refiere, adicionalmente, a un procedimiento en el que, en una etapa adicional, el marcador de una sonda génica eventualmente en exceso y que no se hibrida, resulta parcialmente inactivado por la incubación con un reactivo de selección.
Una forma de realización preferida de la presente invención se distingue porque se lleva a cabo, en primer lugar, la incubación con el reactivo de selección y, a continuación, la adición del receptor.
Se prefiere, además, un procedimiento en el que el receptor es un anticuerpo monoclonal o policlonal, un fragmento de anticuerpo, un anticuerpo modificado químicamente, o un fragmento de anticuerpo modificado químicamente, con la condición de que la capacidad de unión antigénica permanezca conservada en grado suficiente después de la modificación química.
Otros procedimientos preferidos según la invención se distinguen porque el marcador es un grupo que tiene capacidad de fluorescencia, fosforescencia, quimioluminiscencia, bioluminiscencia o electroluminiscencia.
En una forma de realización especialmente preferida de la presente invención, el marcador es un éster de acridinio, una sulfonamida de acridinio-acilo, un luminol, un isoluminol, o un derivado de los mismos, un dioxetano, una luciferina, un éster de ácido oxálico, o una amida de ácido oxálico.
Igualmente preferido es un procedimiento en el que el marcador es una enzima.
Marcador
Resultan adecuados como marcadores todos los grupos que muestran capacidad de fluorescencia, fosforescencia, quimioluminiscencia, bioluminiscencia o electroluminiscencia que, debido a su estructura química, pueden interactuar con una cadena doble de ácidos nucleicos, por ejemplo, por intercalación en la cadena doble, de tal forma que se dificulta la unión de un receptor dirigido contra este grupo, en comparación con la fijación al correspondiente grupo unido a una cadena sencilla. Especialmente adecuados son los grupos de ésteres de acridinio y sulfonamidas de acridinio-acilo que se intercalan en un ácido nucleico de cadena doble. Resultan apropiados, adicionalmente, luminol, isoluminol, o un derivado de los mismos, dioxetano, luciferina, un éster de ácido oxálico, o una amida de ácido oxálico.
Los compuestos luminiscentes encuentran ya en la actualidad múltiples aplicaciones. Se les utiliza como indicadores en inmunoensayos enzimáticos, inmunoensayos luminiscentes (véase W.P. Collins "Alternative Immunoassays", Editorial John Wiley & Sons Ltd., Chichester, 1985), y bioensayos (ensayos que no se basan en interacciones antígeno-anticuerpo, sino en afinidades de fijación entre moléculas, que no son imputables al sistema inmune), así como también en ensayos de hibridación de ácidos nucleicos (véase J.A. Matthews et al., "Analytical Biochemistry", 151, 205-209, 1985). Adicionalmente, se emplean compuestos quimioluminiscentes en el "análisis de inyección de caudal" ("flow injection analysis"), en detectores "post-columna" de cromatografía líquida, en la investigación de fluidos, así como para la fabricación de fuentes lumínicas artificiales. El uso de derivados de acridinio es adecuado, además, en procedimientos experimentales de análisis de alimentos y medio ambiente.
El uso de marcadores de acridinio en ensayos de hibridación de ácidos nucleicos se menciona en el documento EP-A-0 273 115, y aparece descrito en los documentos EP-A-0 212 951, EP-A-0 281 390, EP-A-0 310 312, EP-A-0 313 219 y WO 89/02896. En el documento EP-A-0 407 816 se describen derivados de nucleótidos con base uracilo que, por su parte, están marcados a través de un espaciador con un compuesto quimioluminiscente. En el documento EP-A-602 524 se describen sondas génicas marcadas con luminiscencia, dotadas de propiedades ventajosas con respecto al estado de la técnica, así como, entre otros, un ensayo homogéneo con sondas génicas acorde con el principio del "ensayo de protección de la hibridación", basado en las propiedades ventajosas de las sondas génicas que se dan a conocer.
Anticuerpo anti-marcador
Los anticuerpos dirigidos contra el marcador se pueden fabricar, básicamente de manera convencional, por ejemplo mediante la inmunización de un animal experimental con el marcador y la subsiguiente selección de anticuerpos adecuados que influyen sobre las señales. Resultan apropiados tanto anticuerpos policlonales como monoclonales, siendo preferidos los anticuerpos monoclonales (MAK, en sus siglas en alemán). Algunos anticuerpos dirigidos contra marcadores de acridinio luminogénicos poseen la propiedad de reducir, por la fijación al marcador, la intensidad de su señal (efecto de extinción). De esta forma, por ejemplo, en un planteamiento experimental único, se encontró entre 10 MAK de ratón dirigidos contra un marcador de sulfonamida de acridinio-acilo luminogénica, que no había sido seleccionados previamente en relación con sus posibles propiedades extintoras de señales, un MAK que mostró las propiedades extintoras de señal deseadas.
Un ejemplo de anticuerpo apropiado es el anticuerpo monoclonal de ratón secretado por la línea celular BW 90-614-8-04, que ha sido depositada en la Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GmbH, Mascheroder Weg 1B, D-38124 Braunschweig, bajo el número de entrada DSM ACC-2184. Este MAK está dirigido contra la sulfonamida de acridinio-acilo que se muestra en la Fig. 2.
Fabricación de sondas génicas
La fabricación de sondas génicas adecuadas se puede llevar a cabo con métodos conocidos en principio por el experto. En un número elevado de publicaciones, se discuten expresamente las sondas génicas, por ejemplo en: S.L. Beaucage y R.P. Iyer: "The Functionalization of Oligonucleotides Via Phosphoramidite Derivatives", Tetrahedron 49, 1925-1963 (1993), y J. Goodchild: "Conjugates of Oligonucleotides and Modified Oligonucleotides: A Review of Their Synthesis and Properties", Bioconjugate Chemistry 1, 165-187 (1990).
La estructura de una sonda génica apropiada se representa, por ejemplo, en la Fig. 3. Evidentemente, la secuencia de bases que se muestra puede estar sustituida por otra secuencia adecuada. Igualmente, es posible enlazar otros marcadores conocidos por los expertos, de acuerdo con procedimientos conocidos por cada experto, con los ácidos nucleicos utilizados como sonda génica.
El ensayo con sonda génica
En general, el procedimiento según la invención se puede llevar a cabo sobre la base de todos los procedimientos conocidos por el estado de la técnica. La tecnología de sondas génicas según la invención se puede aplicar, de manera especialmente conveniente, en ensayos homogéneos. Debido a la intensa extinción de señal causada por un MAK anti-marcador, es posible desarrollar, bajo una estabilidad comparativamente apropiada, ensayos homogéneos con sonda génica esencialmente más sensibles que los conocidos en el estado de la técnica. Los ensayos homogéneos con sonda génica según la invención se distinguen, adicionalmente, por una sencilla manipulación y una fácil capacidad de automatización.
Una variante preferida del procedimiento según la invención se representa en la Fig. 4: en una primera etapa, se hibridan entre sí la secuencia diana y la sonda génica marcada, de donde resultan, en caso de una homología suficiente de ambas secuencias, construcciones de cadena doble. Adicionalmente, por lo general, quedan también secciones no hibridadas de la sonda génica, de una sola cadena. En la segunda etapa, se utiliza un receptor, por ejemplo un anticuerpo, que es capaz de unirse al marcador de la sonda génica de una cadena y, como consecuencia de esta fijación, modifica de manera detectable la señal atribuible al marcador, por ejemplo debilitándola (extinción). En la tercera etapa, se mide entonces casi exclusivamente la señal generada por el marcador unido a la construcción de cadena doble, puesto que el receptor no se une con el marcador de la sonda génica hibridada o lo hace de forma menos apropiada que con el marcador de la sonda génica no hibridada. Este procedimiento presenta la ventaja, frente a otros procedimientos conocidos, de que el número de sondas génicas de una sola cadena que contribuyen (de forma no deseada) a la señal de medición es aún más bajo.
El procedimiento anterior se puede mejorar llevando a cabo, después de la primera etapa de hibridación, una hidrólisis de la sonda génica de una sola cadena mediante tratamiento con un reactivo de selección, y utilizando sólo a partir de este momento un receptor dirigido contra el marcador, tal como se ha descrito anteriormente. Gracias a la doble eliminación previa del marcador de la sonda génica de una cadena, la subsiguiente medición prácticamente no se ve adulterada por el marcador que no se ha fijado (véase la Fig. 5).
Una variante de realización preferida adicional se basa en el "ensayo de protección de la hibridación" (véase antes) que, de acuerdo con la invención, se distingue porque, en una etapa posterior, el marcador de las secciones de una sola cadena de la sonda génica que no han hibridado se modifica de manera detectable, por ejemplo mediante extinción, a través de la adición de un receptor capaz de unirse al marcador de la sonda génica de una sola cadena, de forma que estas sondas génicas no fijadas carecen de capacidad para adulterar la señal de medición.
En el procedimiento según la invención se utiliza, preferentemente, como receptor un anticuerpo monoclonal o policlonal capaz de extinguir la señal, dirigido contra el marcador, tal como se ha descrito anteriormente.
Los siguientes ejemplos deben explicar la invención de forma más detallada, pero sin limitarla en modo alguno.
Ejemplo 1
Fabricación de un anticuerpo monoclonal contra un marcador luminogénico de sulfonamida de acridinio-acilo
Para la fabricación de anticuerpos monoclonales, se inyectaron en ratones BALB-c por vía subcutánea o intraperitoneal 10 \mug de conjugado de sulfonamida de acridinio-acilo-BSA, emulsionado en adyuvante de Freund completo. El conjugado de sulfonamida de acridinio-acilo-BSA se puede preparar por reacción de fluorosulfonato o trifluoroacetato de la amida del ácido N-(4-metoxifenil)-N-[4-(2-succinimidiloxicarbonil-etil)-benzosulfonil]-10-metil-acridinio-9-carboxílico (Fig. 2) con BSA, de acuerdo con un procedimiento conocido por el experto. Se llevaron a cabo 4 ó 5 inmunizaciones adicionales, sin adyuvante, cada cuatro semanas. Los últimos cuatro días previos a la fusión, los ratones recibieron inyecciones intravenosas de recuerdo (10 \mug al día).
Para la preparación de los hibridomas, los animales inmunizados fueron sacrificados por luxación cervical. El bazo se extrajo y desintegró de forma aséptica para obtener una suspensión aislada de células esplénicas en Medio de Eagle modificado por Dulbecco (DMEM), exento de suero. Las células se reunieron por centrifugación (5 min; 1800 rpm) y se lavaron una vez en DMEM. El número total de células se determinó por recuento con un hemocitómetro, aplicando la técnica de exclusión de azul tripán. Las células de mieloma del ratón (SP2/0) se lavaron dos veces en DMEM exento de suero, se reunieron por centrifugación (10 min, 1000 rpm), y su número se determinó de la forma descrita anteriormente.
Se mezclaron alrededor de 10^{8} células esplénicas con 2 x 10^{7} células de mieloma SP2/0 de ratón. Después de centrifugar durante 10 min a 1000 rpm, se retiró el sobrenadante y se agregó 1 ml de polietilenglicol (PEG 4000, Compañía Merck, al 50%) en el recipiente con el granulado. A continuación, el granulado se resuspendió bajo ligeros golpecitos, y se incubó durante 1 min a 37ºC.
\newpage
Con la administración de suaves golpes, se agregaron gota a gota 10 ml de DMEM exento de suero, y la mezcla se incubó durante 2 a 4 min. Las células fusionadas se centrifugaron, seguidamente, durante 10 min a 1000 rpm. El granulado celular obtenido se suspendió en DMEM con suero bovino fetal (SBF) al 20% y HAT (hipoxantina 0,1 \muM; aminopterina 0,4 \muM; timidina 16 \muM), y se sembró sobre placas de cultivo (Nunc) de 24 pocillos, con una concentración de aproximadamente 5 x 10^{4} - 10^{6} células por pocillo. Después de 2 a 3 semanas, se extrajeron colonias aisladas de células de los distintos pocillos, que se cultivaron a continuación en pocillos de una nueva placa de cultivo.
La presencia de anticuerpos específicos para antígeno en los sobrenadantes de los cultivos se analizó por medio de la técnica EIA. Cada pocillo de una placa de microtitulación recubierta con sulfonamida de acridinio-acilo-BSA (3 \mug/ml) se rellenó con 100 \mul del sobrenadante, y se incubó a temperatura ambiente durante 1 hora. Después de lavar, se agregaron 100 \mul de un conjugado de peroxidasa (POD) anti-ratón de conejo, durante una hora adicional a temperatura ambiente. Después de 30 min de incubación con el sustrato, se determinó el revelado de color a 492 nm sobre un procesador Behring-ELISA (BEP). Se seleccionaron los hibridomas que generaron anticuerpos con una especificidad antigénica adecuada, y se clonaron utilizando un manipulador de células aisladas. Para preparar grandes cantidades de anticuerpos monoclonales, los clones se multiplicaron en cultivos en masa. La subsiguiente purificación de los anticuerpos monoclonales aislados se llevó a cabo por medio de cromatografía de proteína A.
Ejemplo 2
Fabricación de una sonda génica (Fig. 3)
La síntesis del oligonucleótido se describe en el documento EP-A 0 602 524, pág. 49, Ejemplo 14b). El acoplamiento con la sulfonamida de acridinio-acilo tuvo lugar según procedimientos conocidos que aparecen descritos, por ejemplo, en la solicitud de patente europea anteriormente mencionada.
Ejemplo 3
Ensayo homogéneo con sonda génica para la detección sobre E. coli sin MAK anti-marcador
En tubos de poliestireno se pipetean 50 \mul de estándar (procedente del ensayo Flash Track® de la Compañía Gen Probe, Lote 11276/11278 para estándar positivo/negativo). Se agregan 50 \mul de la sonda génica según la Fig. 3 (2,5 x 10^{6} RLU, tampón Tris 1 M, pH 7), y se hibrida durante 15 min a 60ºC. A continuación, se agregan 300 \mul de un reactivo de selección (tetraborato 0,2 M, pH 8), se agita dos veces durante 3 segundos, y se incuba nuevamente durante 15 min a 60ºC. Seguidamente, los tubos se dejan enfriar durante 5 min.
La medición se lleva a cabo por la adición de 300 \mul de reactivo de análisis 1 (HNO_{3} 0,1 M, H_{2}O_{2} al 0,5%) y de reactivo de análisis 2 (NaOH 0,25 M), respectivamente, en un luminómetro (AutoCliniLumat® de la Compañía Berthold). El tiempo de medición es de 1 seg/sonda.
Se determina una clara diferenciación de señal entre el estándar positivo y el negativo (véase la tabla).
Ejemplo 4
Ensayo homogéneo con sonda génica para la detección sobre E. coli con MAK anti-marcador
En tubos de poliestireno se pipetean 50 \mul de estándar (procedente del ensayo Flash Track® de la Compañía Gen Probe, Lote 11276/11278 para estándar positivo/negativo). Se agregan 50 \mul de la sonda génica según la Fig. 3 (2,5 x 10^{6} RLU, tampón Tris 1 M, pH 7), y se hibrida durante 15 min a 60ºC. A continuación, se agregan 300 \mul de un reactivo de selección (tetraborato 0,2 M, pH 8), se agita dos veces durante 3 segundos, y se incuba nuevamente durante 15 min a 60ºC. Seguidamente, los tubos se dejan enfriar durante 5 min.
A continuación, se incuban durante 1 min a temperatura ambiente 50 \mul de solución de MAK anti-marcador (10 \mug/ml de tampón Tris a pH 7,4, Triton X-100 al 0,1%, 1 M).
La medición se lleva a cabo por la adición de 300 \mul de reactivo de análisis 1 (HNO_{3} 0,1 M, H_{2}O_{2} al 0,5%) y de reactivo de análisis 2 (NaOH 0,25 M), respectivamente, en un luminómetro (AutoCliniLumat® de la Compañía Berthold). El tiempo de medición es de 1 seg/sonda.
En comparación con el "ensayo de protección de la hibridación" original (Ejemplo 3), la diferenciación de señal entre el estándar positivo y el negativo resulta claramente mejorada por la adición del MAK anti-marcador (véase la tabla). Se alcanza una diferenciación de señal que, por lo general, sólo es posible en una forma de realización heterogénea, con partículas magnéticas como fase sólida (véase el documento EP-A 0 602 524, pág. 50 a 51, Ejemplo 17).
\newpage
Ejemplo 5
Ensayo homogéneo con sonda génica para la detección sobre E. coli con MAK inespecífico (experimento de control)
En tubos de poliestireno se pipetean 50 \mul de estándar (procedente del ensayo Flash Track® de la Compañía Gen Probe, Lote 11276/11278 para estándar positivo/negativo). Se agregan 50 \mul de la sonda génica según la Fig. 3 (2,5 x 10^{6} RLU, tampón Tris 1 M, pH 7), y se hibrida durante 15 min a 60ºC. A continuación, se agregan 300 \mul de un reactivo de selección (tetraborato 0,2 M, pH 8), se agita dos veces durante 3 segundos y se incuba nuevamente durante 15 min a 60ºC. Seguidamente, los tubos se dejan enfriar durante 5 min.
A continuación, se incuban durante 1 min a temperatura ambiente 50 \mul de solución de MAK anti-TSH (1 \mug de MAK-TSH de la Compañía Medix, Nº de catálogo: SPHY052/ml de de tampón Tris a pH 7,4, Triton X-100 al 0,1%, 1 M).
La medición se lleva a cabo por la adición de 300 \mul de reactivo de análisis 1 (HNO_{3} 0,1 M, H_{2}O_{2} al 0,5%) y de reactivo de análisis 2 (NaOH 0,25 M), respectivamente, en un luminómetro (AutoCliniLumat® de la Compañía Berthold).
El tiempo de medición es de 1 seg/sonda.
La diferenciación de señal entre el estándar positivo y el negativo corresponde, tal como era de esperar, al Ejemplo 3 (véase la tabla).
TABLA
1

Claims (7)

1. Procedimiento para determinar una secuencia diana, en el que una muestra que contiene, eventualmente, la secuencia diana se pone en contacto con una sonda génica adecuadamente marcada para la determinación de esta secuencia diana, de tal forma que la secuencia diana y la sonda génica marcada hibridan entre sí, caracterizado porque para reducir la influencia distorsionadora generada por la sonda génica marcada no hibridada
(a)
se agrega un receptor que se une al marcador de una sección que se encuentra presente, eventualmente, en exceso, de la sonda génica que no ha hibridado con la secuencia diana, a través de lo cual la señal atribuible al marcador se modifica de forma cualitativa y/o cuantitativa, y
(b)
la señal atribuible al marcador se detecta cualitativa o cuantitativamente, por medio de un procedimiento apropiado para ello.
2. Procedimiento según la reivindicación 1, caracterizado porque, en una etapa adicional, el marcador de una sonda génica que se encuentra, eventualmente, en exceso, y que no ha hibridado, resulta parcialmente inactivada por la incubación con un reactivo de selección, que produce una hidrólisis selectiva de la sonda génica de una sola cadena.
3. Procedimiento según la reivindicación 2, caracterizado porque, en primer lugar, se lleva a cabo la incubación con el reactivo de selección y, a continuación, la adición del receptor.
4. Procedimiento según una o múltiples de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el receptor es un anticuerpo monoclonal o policlonal, un fragmento de anticuerpo, un anticuerpo modificado químicamente, o un fragmento de anticuerpo modificado químicamente, con la condición de que la capacidad de fijación del anticuerpo esté conservada en grado suficiente después de la modificación química.
5. Procedimiento según una o múltiples de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el marcador es un grupo con capacidad de fluorescencia, fosforescencia, quimioluminiscencia, bioluminiscencia, o electroluminiscencia.
6. Procedimiento según la reivindicación 5, caracterizado porque el marcador es un éster de acridinio, una sulfonamida de acridinio-acilo, un luminol, un isoluminol, o un derivado de los mismos, un dioxetano, un éster de ácido oxálico, o una amida de ácido oxálico.
7. Procedimiento según una o múltiples de las reivindicaciones 1 a 4, caracterizado porque el marcador es una enzima.
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