ES2295370T3 - Nueva aminopeptidasa derivada de bacillus licheniformis, gen que codifica la aminopeptidasa, vector de expresion que contiene el gen, transformante y metodo para su preparacion. - Google Patents

Nueva aminopeptidasa derivada de bacillus licheniformis, gen que codifica la aminopeptidasa, vector de expresion que contiene el gen, transformante y metodo para su preparacion. Download PDF

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Abstract

Una aminopeptidasa que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ. ID NO: 1.

Description

Nueva aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis, gen que codifica la aminopeptidasa, vector de expresión que contiene el gen, transformante y método para su preparación.
Campo técnico
La presente invención se refiere a una nueva aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis, un gen que codifica la aminopeptidasa, un vector de expresión que contiene el gen, un transformante de células transfectado con el vector de expresión y un proceso para preparación de una proteína de tipo natural utilizando el mismo. Más particularmente, la presente invención se refiere a un gen que codifica aminopeptidasa que se ha clonado y fabricado utilizando la técnica de DNA recombinante, un vector que expresión que contiene el gen, un transformante de células transfectado con el vector de expresión y una aminopeptidasa recombinante que es necesaria para producir la hormona de crecimiento humana recombinante en una proteína de tipo natural y puede expresarse con alto rendimiento de manera más estable y ventajosa, en comparación con los métodos convencionales de purificación.
Técnica anterior
Por regla general, las proteínas recombinantes se fabrican como tipos no naturales cuando se expresan en gran escala por manipulación de genes en microbios. En detalle, la mayoría de las proteínas recombinantes que se producen tienen un iniciador, metionina (MET), en el término amino, que se ha tratado inadecuadamente. Las proteínas recombinantes que contienen metionina en el término amino podrían inducir reacciones inmunógenas o volverse inestables de tal modo que no desempeñen un papel intrínseco de la proteína, en el caso de ser administradas a humanos u otros animales. Por esta razón, es muy importante desarrollar un nuevo método para preparar una proteína recombinante de este tipo como su proteína de tipo natural (véase Nature, 1987, 326, 315; J. Bacteriol., 1987, 169, 751-757; Bio/Technology, 1990, 8, 1036-1040; Appl. Microbiol. Biotechnol., 1991, 36, 211-215).
La hormona del crecimiento humana es una hormona polipeptídica que tiene 22.125 Da de peso molecular, contiene una secuencia de Phe-Pro-Thr en el término amino y está compuesta de 191 aminoácidos secretados por la glándula hipófisis humana y en su mayor parte se ha aplicado para tratar el enanismo de hipófisis (véase Raben, M.S., J. Clin. Endocr., 1958, 18, 901). Hasta ahora, la hormona del crecimiento humana ha sido extraída y purificada a partir de glándulas hipófisis de los cadáveres, pero es difícil su consecución para todos los pacientes debido al suministro limitado. Recientemente, se han realizado varios estudios relacionados con la expresión y separación de la hormona de crecimiento humana a partir de Escherichia coli, levadura y análogos por manipulación génica. Realmente, la hormona del crecimiento humana producida por la tecnología de DNA ha sido utilizada para aplicaciones clínicas (en el caso de Escherichia coli, véase la Publicación de Patente Coreana No. 89-1244 y No. 87-701; las Patentes Coreanas Expuestas al Público No. 87-2258 y No. 84-8695; en el caso de la levadura, véase la publicación de Patente Coreana No. 92-99; y las Publicaciones de Patente Coreana Expuestas al Público No. 90-9973 y No. 90-
9976).
No obstante, si se produce una hormona de crecimiento humana por utilización de la tecnología del DNA recombinante arriba descrita, un residuo metionina, un codón de iniciación para la síntesis de proteínas se fija adicionalmente en el término amino excepto 191 residuos de aminoácidos consistentes en una hormona de crecimiento humana de tipo natural y se produce por tanto una hormona de crecimiento humana metionilada que se inicia por la secuencia de Met-Phe-Pro-Thr del término amino y está compuesta de 192 residuos de aminoácidos. La hormona del crecimiento humana metionilada tiene las mismas actividades biológicas que la del tipo natural de hormona del crecimiento humana (Moore, J. A., Endocrinology, 1988, 122, 2920-2926) y no se ha publicado hasta ahora que provoque efectos secundarios por la presencia de la metionina en el término amino. Sin embargo, podrían generarse anticuerpos en raras ocasiones debido a la metionina y se ha informado que se producen en una mayor proporción que los de la hormona del tipo natural (Lancet, 1986, 29 de marzo, 697).
Por tanto, existen varios enfoques para producir una hormona de tipo natural que no contiene la metionina. Concretamente, la hormona de crecimiento humana se produce por un método en el cual el término amino se fusiona con el término carboxi de otra proteína; y se digiere luego por utilización de una proteasa específica (véase la Solicitud Internacional PCT WO 89/12678; Solicitud de Patente Europea EP 20209; Patente Europea EP 321940); y por otro método que comprende (1) expresar la hormona del crecimiento dentro de células; (2) digerir la metionina mientras es secretada por células hospedadoras; y (3) obtener una hormona del crecimiento humana de tipo natural a partir de un medio de cultivo (véase la Patentes Europea EP 008882; la Patente de EE.UU. USP 4.755.465; Patente Japonesa JP 01273591; Solicitud de Patente Europea EP 306673; Solicitud de Patente Coreana No. 92-10932). Sin embargo, existen ciertas desventajas en estos métodos arriba ilustrados. Exactamente, se requiere la construcción complicada de nuevos vectores de expresión y pasos de transformación de células hospedadoras y, coincidentemente, optimizar las condiciones de expresión con pruebas adicionales.
Por otra parte, en el caso de que la proteína exógena producida por utilización de tecnologías de DNA recombinante incluya un aminoácido extra en el término amino, la aminopeptidasa puede aprovecharse para eliminar el aminoácido extra y, como resultado, la proteína exógena que tiene la misma estructura con la proteína de tipo natural puede producirse fácilmente. Concretamente, puede utilizarse una aminopeptidasa específica que corta selectivamente sólo el residuo metionina presente en el término amino de la hormona del crecimiento humana metionilada purificada por métodos convencionales con objeto de producir una hormona de crecimiento humana de tipo natural (véase la Solicitud de Patente Internacional PCT WO 86/04609 y WO 86/204527 A1).
En la actualidad, se ha demostrado que varias clases de aminopeptidasas preparan una hormona de crecimiento humana de tipo natural. En detalle, se consignaron la aminopeptidasa purificada a partir de Aeromonas proteolytica (véase la Solicitud de Patente Internacional PCT WO 86/01229; Patente Europea EP 0489711, A3, BTG Company; Prescott y Wilks, Method in Enzymology, 1976, 44, 530-543), la aminopeptidasa purificada a partir de riñón de porcino (véase la Solicitud de Patente Internacional PCT WO 86/204527 A1; Bio/Technology, 1987, 5, 824-827, Takeda Company), la dipeptidil-aminopeptidasa purificada a partir de Dictyostelium discoidium (véase la Patente Europea EP 557076; la Patente de EE.UU. USP 5126249, A1, Eli Lilly Company), y la aminopeptidasa de Streptomyces thermonitripicam.
Con objeto de conseguir el objeto anterior, la aminopeptidasa no debe actuar sobre la secuencia de amino-ácidos de una proteína de tipo natural aunque la misma elimina los residuos de aminoácidos innecesarios presentes en el término amino de la proteína recombinante. Es decir, cuando la proteína original tiene una secuencia de aminoácidos que comienza por X-Y-Z en el término amino y la proteína recombinante tiene la secuencia de aminoácidos de Met-X-Y-Z- que contiene una metionina adicional en el término amino, la aminopeptidasa debería cortar únicamente el residuo metionina y no actuar después sobre otros aminoácidos (X-Y-Z-) a fin de producir la proteína recombinante que tenga la misma secuencia de aminoácidos que la de la proteína de tipo natural. Por esta razón, la aminopeptidasa que satisface dicho objeto debería ser compatible en su especificidad de sustrato dependiendo de la proteína diana para aplicaciones industriales. Aunque la enzima tiene la característica indicada, es ventajoso que tenga mayores actividades intrínsecas por sí misma.
En la actualidad, se han extraído y han sido descritas más de varias decenas de aminopeptidasas de microbios y análogos. En común, la mayoría de las enzimas precisan iones metálicos tales como calcio, cinc o análogos a fin de ser activadas. Estas aminopeptidasas tienen diversas propiedades que dependen de su peso molecular, sus iones metálicos esenciales, las condiciones óptimas de la reacción, la especificidad de sustrato, etcétera con arreglo a los microbios, aunque las mismas tienen actividades comunes teniendo en cuenta la digestión en residuos de aminoácidos en el término amino de la proteína (véase FEMS Microbiol. Rev., 1996, 18, 319-344). Una aminopeptidasa de este tipo se clasifica como una exopeptidasa y tiene la propiedad de aislar un aminoácido del término amino de la proteína sustrato de modo ordenado.
Exactamente, estas aminopeptidasas han sido comunicadas y separadas, especialmente a partir de Bacillus sp., por ejemplo Bacillus subtilis (véase Arch. Biochem. Biophys., 1979, 197, 63-77; Arch. Biochem. Biophys., 202, 540-545, 1980; J. Biochem., 1994, 107, 603-607; Patente Japonesa JP 03285684, Diacel-Chem company), Bacillus stearothermophilus (véase Meth. Enzymol., 1970, 19, 544-552; Biochem. Biophys. Acta, 1976, 438, 212-220; Patente Europea EP 101653, Unitika company), Bacillus thuringensis (Biokhimiya, 1984, 49, 1899-1907), Bacillus licheniformis (Arch. Biochem. Biophys., 1978, 186, 383-391; Mikrobiol. Zh., 1989, 51, 49-52), etcétera.
En las referencias arriba mencionadas, las aminopeptidasas se purifican y analizan en cuanto sus propiedades enzimáticas por utilización de leucina-p-nitroanilida, y varios dipéptidos o análogos como sustrato. Sin embargo, los oligopéptidos que comienzan por la secuencia Met-X-Pro en los términos amino o las proteínas que comienzan por Met-X-Pro en los términos amino no se utilizan como sustrato a fin de medir las actividades enzimáticas. Por esta razón, no se ha comprobado todavía que estas aminopeptidasas pudieran aplicarse a la eliminación de metionina en proteínas recombinantes que contengan la secuencia Met-X-Pro en sus términos amino.
Adicionalmente, las aminopeptidasas derivadas de Bacillus licheniformis se han ilustrado como sigue. Rodríguez et al. han purificado la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis ATCC 12759 y han examinado su propiedad enzimática. Asimismo, los autores de la presente invención han descrito el método para preparar una hormona de crecimiento humana de tipo natural utilizando la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis, la caracterización de la aminopeptidasa purificada en sus propiedades enzimáticas y su secuencia de aminoácidos en el término amino (Patente Coreana Expuesta al Público No. 1998-072239). En esta invención, para producir una proteína de tipo natural en gran escala por tecnologías de DNA recombinante, los autores de la presente invención han consignado que la aminopeptidasa podría eliminar únicamente el residuo metionina en sustratos sintéticos, oligopéptidos, proteínas y análogos y reconocer la secuencia específica de aminoácidos Met-X-Pro (en lo sucesivo, X denota cualquier aminoácido con indiferencia de su clase) y ser adecuada por tanto para la producción de la hormona de crecimiento humana de tipo natural (Patente Coreana Expuesta al Público No. 1998-071239). Estos métodos convencionales han esclarecido que la aminopeptidasa puede producirse a partir de Bacillus licheniformis y aprovecharse para producir una proteína recombinante de tipo natural. Además, han proporcionado únicamente información acerca de la secuencia de aminoácidos parcial del término amino y no ha sido determinado todavía el gen total de la aminopeptidasa.
Por esta razón, los autores de la presente invención han intentado obtener una nueva aminopeptidasa para producir una proteína recombinante de tipo natural. Concretamente, los inventores han clonado un gen de aminopeptidasa derivado de Bacillus licheniformis, han determinado su secuencia de nucleótidos y su secuencia de aminoácidos, y expresado el gen de aminopeptidasa clonado en cepas bacterianas recombinantes. Posteriormente, se identificó que la proteína recombinante tiene actividades de aminopeptidasa, es útil para utilización fácil en otras reacciones enzimáticas y en la preparación de proteínas de tipo natural. Como consecuencia, se ha completado con éxito la presente invención.
Descripción de la invención
El objeto de la presente invención es proporcionar una aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis, un gen que codifica la aminopeptidasa, un vector de expresión que contiene el gen, un transformante celular transfectado con el vector de expresión y un proceso para preparar una proteína de tipo natural que utiliza el mismo, que puede emplearse para fabricar una proteína recombinante y aplicarse útilmente a otras reacciones enzimáticas.
A fin de conseguir el objetivo arriba descrito, la presente invención proporciona una aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis.
Con exactitud, la aminopeptidasa contiene una de las secuencias de aminoácidos seleccionadas del grupo que comprende la secuencia de aminoácidos con la longitud total de SEQ. ID. NO: 1 o la aminopeptidasa de acuerdo con la reivindicación 2, que contiene una de las secuencias de aminoácidos seleccionadas del grupo que comprende las secuencias de aminoácidos defeccionadas parcialmente en el término amino de la secuencia amino [sic] con la longitud total de SEQ. ID. NO: 1, entre la alanina de la posición 30 y la alanina de la posición 31, entre la lisina de la posición 39 y la asparagina de la posición 40, entre la asparagina de la posición 40 y la valina de la posición 41, entre la valina de la posición 41 y la glutamina de la posición 42, o entre la glutamina de la posición 42 y la lisina de la posición 43.
Por otra parte, la aminopeptidasa contiene una secuencia de aminoácidos delecionada parcialmente en el término carboxi, entre la serina de la posición 443 y la tirosina de la posición 444 de SEQ. ID NO: 1.
Adicionalmente, la presente invención proporciona un gen que codifica la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis.
Con exactitud, el gen que codifica la aminopeptidasa contiene una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que comprende la secuencia de nucleótidos que tiene la longitud total de SEQ. ID NO: 2, o una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo de secuencias que comprende las secuencias de nucleótidos defeccionadas en la una o más de las secuencias de nucleótidos que tiene la longitud total de SEQ. ID NO: 2.
Adicionalmente, la presente invención proporciona un vector de expresión pLAP132 que contiene el gen que codifica la aminopeptidasa con la secuencia de nucleótidos que tiene la longitud total de SEQ. ID. NO: 2.
Además, la presente invención proporciona un transformante de Escherichia coli XLOLR/LAP132 que se ha transfectado con el vector de expresión pLAP132 (número de acceso: KCTC 1000 BP).
Adicionalmente, la presente invención proporciona un proceso para preparar una proteína de tipo natural que comprende los pasos siguientes: (1) paso de purificación de las proteínas recombinantes que contienen la secuencia Met-X-Pro en el término amino; (2) paso de adición de dicha aminopeptidasa a dicha mezcla de purificación; y (3) paso de digestión de la secuencia Met-X-Pro en el mismo término amino de la proteína recombinante por utilización de la aminopeptidasa.
En este momento, X de la secuencia Met-X-Pro puede ser cualquier clase de aminoácido.
Breve descripción de los dibujos
El anterior y otros objetos, características y otras ventajas de la presente invención se comprenderán más claramente a partir de la descripción detallada que sigue, tomada en conjunción con los dibujos adjuntos, en los cuales:
Fig. 1 representa la determinación de las secuencias de aminoácidos en fragmentos peptídicos de la aminopeptidasa obtenida después de tratamiento con tripsina.
Fig. 2 representa el análisis de la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis y expresada a partir de un transformante de Escherichia coli por realización de electroforesis en gel SDS-poliacrilamida.
Fig. 3 representa el análisis de la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis y expresada a partir de un transformante de Bacillus subtilis por realización de electroforesis en gel SDS-poliacrilamida.
Fig. 4 representa el examen de las actividades enzimáticas en la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis y expresada a partir de un transformante de Bacillus subtilis esquemáticamente.
Modo óptimo de realización de la invención
En lo que sigue, se ilustrará la presente invención más claramente como sigue.
La aminopeptidasa de la presente invención se identifica por tener actividades enzimáticas en un estado polipeptídico antes de la deleción del péptido señal (la secuencia compuesta desde el primer aminoácido hasta el aminoácido trigésimo en SEQ. ID. NO: 1) y después de deleción del péptido señal. Aunque algunos aminoácidos están cortados en el término amino y en el término carboxi además de la deleción del péptido señal, las actividades enzimáticas se mantienen. Por esta razón, la aminopeptidasa que contiene la secuencia de aminoácidos de SEQ. ID. NO: 1 así como las aminopeptidasas defeccionadas parcialmente en el término amino o en el término carboxi de la secuencia de aminoácidos de SEQ. ID. NO: 1 pueden estar dentro del alcance de la presente invención.
Preferiblemente, la aminopeptidasa de la presente invención contiene la secuencia de aminoácidos delecionada parcialmente en el término amino, entre la alanina 30ª y la alanina 31ª, entre la lisina 39ª y la asparagina 40ª, entre la asparagina 40ª y la valina 41ª, en la valina 41ª y la glutamina 42ª o entre la glutamina 42ª y la lisina 43ª de SEQ. ID. NO: 1. Más preferiblemente, la aminopeptidasa contiene la secuencia de aminoácidos delecionada parcialmente en el término amino, entre la alanina 30ª y la alanina 31ª, entre la glutamina 42ª y la lisina 43ª.
Preferiblemente, la aminopeptidasa de la presente invención contiene la secuencia de aminoácidos delecionada parcialmente en el término carboxi, entre la serina 443ª y la tirosina 444ª de SEQ. ID. NO: 1.
Más preferiblemente, la aminopeptidasa contiene la secuencia de aminoácidos delecionada parcialmente en el término amino entre la glutamina 42ª y la lisina 43ª de SEQ. ID. NO: 1 y en el término carboxi, entre la serina 443ª y la tirosina 444ª de SEQ. ID. NO: 1.
Entretanto, los genes de la presente invención que codifican la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis pueden incluir el gen que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ. ID. NO: 1, el gen que codifica la totalidad de la forma delecionada de la aminopeptidasa arriba mencionada y el gen de SEQ. ID. NO: 2.
Con objeto de investigar las funciones y actividades enzimáticas de la aminopeptidasa, se ha realizado el procedimiento siguiente utilizando la proteína que contiene la secuencia de aminoácidos de SEQ. ID NO: 1, sus genes y su polipéptido en una forma delecionada respectivamente.
Con objeto de ilustrar los polipéptidos que tienen actividades enzimáticas de la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis, se clona un gen que codifica la aminopeptidasa a partir del DNA cromosómico de Bacillus licheniformis. Concretamente, para clonación de genes, se purifican los polipéptidos que tienen las actividades enzimáticas de la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis, se digieren con tripsina a fin de recoger cierto número de fragmentos peptídicos y se determinan luego las secuencias de aminoácidos. La información de las secuencias de aminoácidos se aprovecha para sintetizar oligonucleótidos para uso como iniciadores y se amplifican luego los fragmentos de DNA correspondientes a una parte del gen de aminopeptidasa. Después de ello, por utilización de estos fragmentos de DNA para sondas, puede encontrarse el gen de aminopeptidasa a partir de la genoteca cromosómica derivada de Bacillus licheniformis.
Los genes de aminopeptidasa observados arriba se examinan para determinar las secuencias de nucleótidos con el analizador de secuencias de DNA que se muestra en SEQ. ID. NO: 2, y se identifica la secuencia de DNA deducida de la información genética de SEQ. ID. NO: 1 que tiene exactamente la misma secuencia de aminoácidos de la aminopeptidasa purificada a partir de células hospedadoras naturales. Como resultado, el polipéptido de aminopeptidasa obtenido de acuerdo con la presente invención se escruta utilizando bases de datos para informaciones genéticas y se identifica este gen [sic] una nueva secuencia de DNA que no ha sido publicada nunca y tiene una actividad enzimática de la aminopeptidasa cuando se expresa en microbios recombinantes.
A continuación, la aminopeptidasa madura se detecta también por estar digerida parcialmente. Con objeto de investigar la composición de la aminopeptidasa en el término carboxi, la aminopeptidasa purificada a partir del transformante bacteriano recombinante y la aminopeptidasa purificada a partir de células hospedadoras naturales, Bacillus licheniformis, se examinan para determinar pesos moleculares por espectrometría de masas. Consiguientemente, en los dos casos citados se comprueba que se han cortado 6 residuos de aminoácidos del término carboxi.
Se confirma que La aminopeptidasa de acuerdo con la presente invención ha madurado que la aminopeptidasa se expresaba en la célula [sic] y posteriormente, se delecionó el péptido señal en el término amino durante la secreción extracelular. Además, la aminopeptidasa madurada está también parcialmente digerida.
Por tanto, el polipéptido de aminopeptidasa de acuerdo con la presente invención mantiene actividades enzimáticas con presencia del péptido señal e incluso estando cortado parcialmente en el término amino o en el término carboxi con ausencia del péptido señal.
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Ejemplos
Las realizaciones prácticas y actualmente preferidas de la presente invención son ilustrativas como se muestra en los ejemplos siguientes.
Sin embargo, se apreciará que los expertos en la técnica, una vez considerada la presente descripción, pueden realizar modificaciones y mejoras dentro del espíritu y alcance de la presente invención.
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Ejemplo 1
Clonación del gen de aminopeptidasa derivado de Bacillus licheniformis (1-1) Determinación parcial de la secuencia de aminoácidos en aminopeptidasa purificada a partir de Bacillus licheniformis
Los autores de la presente invención han realizado el procedimiento que sigue con objeto de purificar la proteína aminopeptidasa de Bacillus licheniformis.
Se prepararon medios esterilizados que contenían 10 g de triptona, 5 g de extracto de levadura, 10 g de NaCl por litro se prepararon en matraces y la cepa de Bacillus licheniformis KCTC 3058 se inoculó a fin de cultivarla para cultivo de siembra a 40ºC, 120 rpm durante aproximadamente 16 horas. El caldo del cultivo de siembra arriba obtenido se inoculó nuevamente en nuevos medios y se cultivó a 40ºC, con agitación a 200-400 rpm, con más de 30 de oxígeno disuelto [sic]. A continuación, se midieron las concentraciones de glucosa con intervalos de 1 hora y se completó el cultivo cuando la actividad de aminopeptidasa alcanzaba más de 35 U/ml. Con objeto de cultivar las células, se preparó un caldo de cultivo que contenía 2 kg de peptona, 6 kg de extracto de levadura, 4 kg de fosfato de potasio, 1 kg de NaCl, SAG, 15 g de MgSO_{4}\cdot7H_{2}O, 1,53 g de FeSO_{4}\cdot7H_{2}O, 1,53 g de ZnSO_{4}\cdot7H_{2}O, 1,53 g de MnSO_{4}, y 10 kg de glucosa por cada 200 l de agua destilada en un fermentador de 400 l en un estado esterilizado. Una vez completado el cultivo, se utilizó una centrífuga continua para eliminar los residuos celulares y se recuperaron los sobrenadantes. El sobrenadante arriba obtenido se concentró con un concentrador y se añadió luego ZnSO_{4} hasta alcanzar aproximadamente 0,3 mM. Por medio de 3 pasos de cromatografía en columna, se purificó la aminopeptidasa a partir de la solución concentrada. Como cromatografía, se utilizaron sucesivamente SP-Sepharose FF, Sephacryl S-200, y DEAE-Sepharose FF. Se identificó que la aminopeptidasa purificada por utilización del procedimiento anterior tenía más de 95% de pureza cuando se analizó con la cromatografía de alta presión en fase
inversa.
La aminopeptidasa resultante se precipitó por utilización de ácido tricloroacético al 10% (TCA), se lavó con acetona y se secó. El precipitado de proteína desecado se disolvió con urea 8M y bicarbonato de amonio 0,4M y se trató con ditiotreitol (DTT) y yodoacetamida sucesivamente de tal modo que los enlaces disulfuro en la aminopeptidasa se escindieron. La muestra tratada se disolvió de nuevo en agua destilada, se añadieron aproximadamente 0,05 mg de tripsina por cada 2 mg de aminopeptidasa y se trató a 37ºC durante aproximadamente 8 horas. La muestra tratada con tripsina se inyectó en la cromatografía a alta presión de fase inversa (RP-HPLC) y se recogió para dar fracciones de los picos peptídicos principales. En la cromatografía en fase inversa, se adoptó una columna Vydac C18 de fase inversa y se aplicó un gradiente de concentración lineal utilizando el disolvente A (agua altamente purificada que contenía 0,05% de ácido trifluoroacético (TFA)) y disolvente B (agua altamente purificada que contenía 0,05% de TFA y 80% de acetonitrilo). En este momento, se realizó el análisis en 0,5 ml/min de velocidad de flujo y se obtuvo el cromatograma por absorbancia UV a 214 nm. Por este procedimiento, se obtuvieron más de 10 picos. La muestra de péptido resultante se analizó por espectrometría de masas respectivamente y se seleccionaron péptidos compuestos de más de 15 aminoácidos. Se determinó la secuencia de aminoácidos de la muestra seleccionada con el analizador de secuencias de aminoácidos. Fig. 1 representaba la secuencia de aminoácidos del péptido seleccionado por utilización de un carácter que designa un aminoácido. Cada péptido se numeró arbitrariamente por orden de acuerdo con el tiempo de elusión en la cromatografía de fase inversa y se utilizó la parte de la flecha representada en Fig. 1 para dar información respecto a la síntesis de los iniciadores de oligonucleótidos. La muestra designada como T4 entre estas muestras de péptidos se dedujeron que contenía 2 péptidos diferentes coincidentemente, dado que aparecían dos aminoácidos coincidentemente en cada ciclo por realización del análisis de la secuencia de aminoácidos. Además, entre estas muestras de péptidos, la misma secuencia de aminoácidos está contenida entre T6 y T9, T11 y T13 y T16 y T17. Exactamente, T4 se describe en SEQ. ID. NO: 4 y 5, T6 en SEQ. ID. NO: 6, T7 en SEQ. ID. NO: 7, T9 en SEQ. ID. NO: 8, T11 en SEQ. ID. NO: 9, T13 en SEQ. ID. NO: 10, T16 en SEQ. ID. NO: 11, T17 en SEQ. ID. NO: 12 respectivamente, como se describe en el Listado de Secuencias independientemente.
(1-2) Clonación del gen de aminopeptidasa y determinación de la secuencia de nucleótidos
Utilizando la información de péptidos que se ilustra en el Ejemplo 1 (1-1), se sintetizaron iniciadores oligonucleotídicos para la PCR de genes de aminopeptidasa. Exactamente, se utilizaron el iniciador de aguas arriba 5' (LAP-5) descrito en SEQ. ID. NO: 13 y el iniciador de aguas abajo 3' (LAP-3) descrito en SEQ. ID. NO: 14, los cuales se fabricaron utilizando las secuencias de aminoácidos descritas en SEQ. ID. NO: 15 y SEQ. ID. NO: 16 entre las secuencias de aminoácidos determinadas en el Ejemplo 1 (1-1). La PCR se realizó 32 veces repetidamente con el ciclador térmico de DNA; la desnaturalización a 94ºC durante 30 segundos, reasociación a 40ºC durante 45 segundos, y extensión a 72ºC durante 1 minuto, y se utilizó DNA cromosómico de Bacillus licheniformis como molde. Como resultado, se obtuvo un fragmento de DNA con un tamaño de aproximadamente 390 pb.
Entretanto, el DNA genómico de Bacillus licheniformis se preparó aprovechando el método de Murray y Thompson y se digirió parcialmente con la enzima de restricción Sau3A y se separó por medio de gel de agarosa al 0,8%, después de lo cual se aislaron los fragmentos de DNA correspondientes a 2 \sim 3 kb. El fragmento de DNA se ligó en un vector de expresión \lambda ZAP (Stratagene, LaJolla, EE.UU.) digerido con BamHI y se añadió a un extracto de empaquetamiento. A continuación, la mezcla de empaquetamiento se transfirió a E. coli XL-1 Blue MRF'. Este filtro de genoteca preparado arriba se escrutó por utilización de un fragmento PCR marcado con ^{32}P y se detectó respecto a clones que contuvieran el gen de aminopeptidasa. Como resultado, se comprobó que el gen seleccionado incluía una inserción de DNA que tenía un tamaño de aproximadamente 2,6 kb y se designó clon "LAP 132".
Se analizó la secuencia de nucleótidos de LAP 132, y el resultado se describe en SEQ. ID. NO: 2. En detalle, la misma estaba compuesta de un codón de iniciación ATG que comenzaba en el nucleótido 192 y un codón de terminación TAA en 1539 y que contenía un ORF (marco de lectura abierto) de 1347 pb como se muestra en SEQ. ID. NO: 2 y en SEQ. ID. NO: 3. Se identificó que el nucleótido codificaba 449 aminoácidos. La secuencia de aminoácidos codificada por la información de la secuencia de nucleótidos arriba ilustrada, era completamente idéntica al resultado determinado por el análisis de la secuencia de aminoácidos de los fragmentos peptídicos derivados de aminopeptidasa arriba purificada. El dominio del término amino de la aminopeptidasa de acuerdo con la presente invención contenía residuos de aminoácido hidrófobos contiguos a residuos de aminoácidos catiónicos, lo que era similar a la secuencia señal necesaria para la secreción. Así pues, se dedujo que la aminopeptidasa se digería entre la alanina 30ª y la alanina 31ª cuando se secretaba. Sin embargo, en la Patente Coreana Expuesta al Público No. 1998-071239, se describía que el término amino de la aminopeptidasa comienza principalmente a partir de las secuencias de aminoácidos descritas en SEQ. ID. NO: 17 y formas de tipo heterogéneo de aminopeptidasas cuyos sitios escindidos son algo diferentes con la presente invención. Se dedujo que esta diferencia era provocada por digestión con la otra proteasa extracelular después que la aminopeptidasa era secretada de las cepas originales. La aminopeptidasa de acuerdo con la presente invención se comparó en secuencia de aminoácidos con otra aminopeptidasa registrada en Genebank utilizando la búsqueda BLAST. Como resultado, se demostró que había 62% de homología con la aminopeptidasa derivada de Bacillus subtilis, y 58% de homología con la aminopeptidasa derivada de Bacillus halodurans. La aminopeptidasa de acuerdo con la presente invención se identificó como una nueva aminopeptidasa no publicada previamente.
Los autores de la presente invención han transformado el gen de aminopeptidasa "LAP 132", derivado de Bacillus licheniformis, en la cepa XLOLR de E. coli y lo han designado "E. coli XLOLR/LAP 132". Los autores han realizado el depósito en la International Deposit Organization, la Colección Coreana para Cultivos Tipo (KCTC) del Instituto de Investigación Coreano de Biociencia y Biotecnología (KRIBB), República de Corea, el 26 de abril de 2001, y lo han identificado como número de acceso KCTC 1000 BP.
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Ejemplo 2
Expresión del gen de aminopeptidasa en un transformante de Escherichia coli
El gen de aminopeptidasa clonado de acuerdo con la presente invención se subclonó en el vector de expresión pBK-CMV (Stratagene, EE.UU.) y se designó como vector de expresión "pLAP32" a fin de ser utilizado como fuente del gen de aminopeptidasa. A continuación, el fragmento PCR que tenía aproximadamente un tamaño de 1,2 kb, que contenía una región codificante de aminopeptidasa se subclonó en el vector pET11a (Stratagene, EE.UU.) y se designó como vector de expresión pETLAP45. El vector de expresión se transformó en E. coli BL21 (DE3) y se utilizó para expresar una proteína de fusión unida al péptido His-tag. La expresión de aminopeptidasa en el sistema de expresión arriba descrito se comprobó por realización de SDS-PAGE. Como se ilustra en Fig. 2, el peso molecular de la aminopeptidasa se examinó, encontrándose que alcanzaba aproximadamente 15 kDa en SDS-PAGE y era idéntico al deducido a partir de su gen. En Fig. 2, la pista M representaba un marcador estándar de pesos moleculares; la pista 1, E. coli transformado en el vector de expresión pET11a (que no inducía la expresión); la pista 2, E. coli transformado en el vector de expresión pET11a (que inducía la activación del promotor T7); la pista 3, E. coli transformado en el vector de expresión pETLAP45 (sin incluir la expresión); y la pista 4, E. coli transformado en el vector de expresión pETLAP45 (con inclusión de la activación del promotor T7). La flecha representada en Fig. 2 designaba la aminopeptidasa.
Los autores de la presente invención han intentado detectar actividades enzimáticas de aminopeptidasa secretada por el transformante de E. coli después de la expresión del gen. Sobre todo, cuando el transformante de E. coli se trató por ultrasonidos y se analizó, las actividades enzimáticas de la aminopeptidasa del transformante de E. coli se encontraron en las fracciones solubles. Como resultado, se identificó que la aminopeptidasa de acuerdo con la presente invención tiene el mismo tamaño que la deducida del gen y exhibe las actividades enzimáticas.
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Ejemplo 3
Expresión del gen de aminopeptidasa en un transformante de Bacillus subtilis, análisis de la secuencia de la aminopeptidasa purificada en el término amino y determinación de su peso molecular (3-1) Expresión del gen de aminopeptidasa en un transformante de Bacillus licheniformis
En la presente invención, el fragmento de DNA digerido con HindIII-SacI, que contenía una región codificante de aminopeptidasa así como un promotor, región no traducida 3', que tenía aproximadamente un tamaño de 2,6 kb y se subclonó en el vector pRB373 de Bacillus y el vector de expresión resultante se designó pRB373-LAP. El vector de expresión se transformó en Bacillus subtilis, y se cultivó, y se analizó después el caldo del cultivo utilizando SDS-PAGE. Se observó que la aminopeptidasa era secretada de la solución de cultivo y tenía aproximadamente 45 kDa de peso molecular, el cual era compatible con el de Bacillus licheniformis (véase Fig. 3). En Fig. 3, la pista M representaba un marcador estándar de peso molecular; la pista 1, Bacillus subtilis transformado en el vector de expresión pRB373. La pista 2, Bacillus subtilis transformado en el vector de expresión pRB373-LAP; y la pista 3, aminopeptidasa purificada de Bacillus licheniformis. La flecha representada en Fig. 3 designaba la aminopeptidasa.
(3-2) Análisis de la secuencia del polipéptido de aminopeptidasa en el término amino expresado por el transformante de Bacillus subtilis
Con objeto de purificar la aminopeptidasa, un transformante de Bacillus subtilis recombinante que contenía el gen de acuerdo con la presente invención, y el caldo de cultivo se separó por realización de cromatografía con SP-Sepharose. La secuencia de aminoácidos del término amino de la aminopeptidasa purificada se determinó por el analizador de aminoácidos. Como resultado, se comprobó que la secuencia de aminopeptidasa en el término amino era heterogénea como se encuentra en la aminopeptidasa derivada de células hospedadoras naturales e iniciada con SEQ. ID. NO: 17, en su mayor parte entre aquéllos que tenían SEQ. ID. NO: 18. Existía también la aminopeptidasa iniciada con Asn, Val y Glu.
(3-3) Determinación del peso molecular en el polipéptido de aminopeptidasa expresado a partir de un transformante de Bacillus subtilis recombinante
El transformante de Bacillus subtilis recombinante que contenía el gen de aminopeptidasa se cultivó y se aprovechó el caldo de cultivo para purificar la aminopeptidasa por utilización de cromatografía SP-Sepharose. El peso molecular de la aminopeptidasa se examinó por espectrometría de masas y, como resultado, aparecieron sustancias que correspondían a 42.965 Da de peso molecular, 43.241 Da y 43.478 Da. Este resultado se comparó con el obtenido por el análisis de la secuencia de aminoácidos en el Ejemplo 3 (3-2) y se dedujo que se habían eliminado 6 aminoácidos adicionales en el término carboxi. Es decir, en el polipéptido descrito en SEQ. ID. NO: 1, el término amino empezaba desde SEQ. ID. NO: 17 y el término carboxi terminaba en SEQ. ID. NO: 19 y tenía un peso molecular teórico correspondiente a aproximadamente 43.241 Da. A continuación, otro polipéptido al que se habían añadido dos aminoácidos respecto al anterior tenía un peso molecular correspondiente a 43.468 Da y el otro polipéptido delecionado en dos aminoácidos tenía un peso molecular correspondiente a 42.965 Da, lo que era idéntico a los resultados obtenidos exactamente por la espectrometría de masas.
Entretanto, la aminopeptidasa purificada a partir de una célula hospedadora natural, Bacillus licheniformis, se examinó utilizando espectrometría de masas por el mismo procedimiento del Ejemplo 1 (1-1) y se obtuvo el mismo resultado obtenido con el transformante recombinante.
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Ejemplo 4
Medida de actividad de aminopeptidasa y sus formas defeccionadas expresadas en un transformante de E. coli recombinante y un transformante de Bacillus subtilis
Los autores de la presente invención midieron la actividad de aminopeptidasa utilizando una solución de lisado de células tratada por ultrasonidos en el caso del transformante de E. coli recombinante y utilizando la solución de cultivo obtenida en el Ejemplo 3 (3-1) en el caso del transformante de Bacillus subtilis recombinante.
Concretamente, se utilizó el método Pfleiderer a fin de estimar las actividades enzimáticas de la aminopeptidasa producida en el Ejemplo 2 y el Ejemplo 3 (Pfleiderer, Meth. Enzymol., 1970, 19, 514-521). Se añadieron 50 \mul de solución de cultivo a la mezcla de Tris 1M (pH 8,5) (950 \mul), y leucina-p-nitroanilida 0,1M (20 \mul) en DMSO, se dejó reaccionar durante 3 minutos a 60ºC, se añadieron 100 \mul de ácido acético al 70%, se terminó la reacción y se detectó la absorbancia a 405 nm.
Por consiguiente, como se muestra en Fig. 4, había una diferencia precisa entre la cepa de Bacillus subtilis transformada con el gen de aminopeptidasa y la cepa de Bacillus subtilis que contenía el vector de expresión. Adicionalmente, la aminopeptidasa purificada a partir de Bacillus subtilis recombinante estaba compuesta coincidentemente por formas defeccionadas en el término amino o en el término carboxi como se demuestra en el Ejemplo 3 (3-2) y (3-3) y se comprobó también que las muestras tenían actividades enzimáticas. En Fig. 4, pRB373-LAP representaba Bacillus subtilis transformado con el vector de expresión que contenía el gen de aminopeptidasa; \Delta representaba LG, Bacillus subtilis cultivado en caldo de cultivo LB; y \blacklozenge representaba pRB373, Bacillus subtilis transformado con el vector de expresión que no contiene un gen de aminopeptidasa.
Aplicabilidad industrial
Como se demuestra claramente y se ha confirmado arriba, de acuerdo con la presente invención el gen que codifica la aminopeptidasa derivada de Bacillus licheniformis se clona y se expresa utilizando transformante bacteriano recombinante y se identifica que es un nuevo gen no consignado previamente. La aminopeptidasa purificada e ilustrada de acuerdo con la presente invención puede aprovecharse útilmente para fabricar proteínas recombinantes de tipo natural y aplicarse da otras reacciones enzimáticas.
<110> LG CHEM INVESTMENT, LTD
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<120> NUEVA AMINOPEPTIDASA DERIVADA DE BACILLUS LICHENIFORMIS, GEN QUE CODIFICA LA AMINOPEPTIDASA, VECTOR DE EXPRESIÓN QUE CONTIENE EL GEN. TRANSFORMANTE Y MÉTODO PARA SU PREPARACIÓN
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<130> 1p-05-08
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<160> 19
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<170> KopatentIn 1.71
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<210> 1
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<211> 449
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<220>
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<221> SEÑAL
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<222> (1) ..(30)
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<220>
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<221> DOMINIO
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<222> (133)..(211)
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<223> Dominio PA (Asociado a proteasa)
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<220>
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<221> DOMINIO
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<222> (261)..(308)
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<223> Familia de peptidasas M20/M25/M40
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<400> 1
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1
2
3
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<210> 2
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<211> 2052
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<212> DNA
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<213> Bacillus licheniformis
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<220>
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<221> RBS
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<222> (179)..(184)
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<223> RBS candidato 1
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<220>
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<221> RBS
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<222> (195)..(200)
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<223> RBS candidato 2
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<220>
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<221> CDS
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<222> (192)..(1538)
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<223> CDS candidato 1
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<220>
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<221> mat_péptido
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<222> (282)..(1538)
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<220>
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<221> péptido_señal
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<222> (192)..(281)
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<400> 2
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4
5
6
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<210> 3
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<211> 449
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
\newpage
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<400> 3
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7
8
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<210> 4
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<211> 11
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 4
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\sa{Ile Met Lys Thr Val Pro Ala Asp Lys Glu Ile}
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<210> 5
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<211> 11
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 5
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\sa{His Tyr Val Ser Thr Leu Ser Glu Gln Glu Val}
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<210> 6
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<211> 15
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 6
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\sa{Ala Tyr Gln Thr Ile Tyr His Leu Ser Glu Thr Val Gly Pro Arg}
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<210> 7
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<211> 22
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 7
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\sa{Thr Ala Gly Gln Ile Ala Gly Thr Ala Val Tyr Asn Leu Thr Lys Lys}
\sac{Glu Asn Arg Thr Pro Ser}
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<210> 8
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<211> 27
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 8
9
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<210> 9
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<211> 19
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 9
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\sa{Lys Ala Lys Gly Val Lys Asn Pro Asp Ile Val Tyr Val Thr Ser His}
\sac{Tyr Asp Ser}
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<210> 10
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<211> 20
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 10
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\sa{Gly Val Lys Asn Pro Asp Ile Val Tyr Val Thr Ser His Tyr Asp Ser}
\sac{Val Pro Tyr Ala}
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<210> 11
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<211> 20
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 11
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\sa{Phe Ile Thr Phe Gly Ala Glu Glu Ile Gly Leu Leu Gly Ser Arg His}
\sac{Tyr Val Ser Thr}
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<210> 12
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<211> 20
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 12
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\sa{Ala Ala Ser Leu Ser Leu Gly Lys Asp Val Leu Phe Leu His Gln Gly}
\sac{Gly Ser Ser Asp}
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<210> 13
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<211> 18
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Iniciador LAP-5 de aguas arriba
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<400> 13
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\hskip-.1em\dddseqskip
aayccngaya thgtntay
\hfill
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<210> 14
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<211> 18
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Iniciador LAP-3 de aguas abajo
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<400> 14
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\hskip-.1em\dddseqskip
raanagnacr tcyttncc
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<210> 15
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<211> 6
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 15
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\sa{Asn Pro Asp Ile Val Tyr}
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Bacillus licheniformis
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Gly Lys Asp Val Leu Phe Leu}
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 5
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Bacillus licheniformis
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 17
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Lys Phe Ser Lys Lys}
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 8
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Bacillus licheniformis
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<400> 18
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\sa{Asn Val Glu Lys Phe Ser Lys Lys}
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<210> 19
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<211> 5
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<212> PRT
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<213> Bacillus licheniformis
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<400> 19
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\sa{Asn Arg Thr Pro Ser}
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Claims (9)

1. Una aminopeptidasa que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ. ID NO: 1.
2. La aminopeptidasa de acuerdo con la reivindicación 1, que contiene una de las secuencias de aminoácidos seleccionada del grupo que comprende las secuencias de aminoácidos defeccionadas parcialmente en el término amino de la secuencia de aminoácidos que tiene la longitud total de SEQ. ID NO: 1, entre la alanina 30ª y la alanina 31ª, entre la lisina 39ª y la asparagina 40ª, entre la asparagina 40ª y la valina 41ª, entre la valina 41ª y la glutamina 42ª o entre la glutamina 42ª y la lisina 43ª.
3. La aminopeptidasa de acuerdo con la reivindicación 1 ó 2, que contiene una secuencia de aminoácidos delecionada parcialmente en el término carboxi entre la serina 443ª y la tirosina 444ª de SEQ. ID NO: 1.
4. Un gen que codifica dicha aminopeptidasa de acuerdo con la reivindicación 1, 2 ó 3.
5. El gen de acuerdo con la reivindicación 4, que contiene la secuencia de nucleótidos de SEQ. ID NO: 2.
6. Un vector de expresión pLAP132 que contiene dicho gen que codifica la aminopeptidasa que comprende la secuencia de nucleótidos con la longitud total de SEQ. ID NO: 2.
7. Un transformante XLORL/LAP132 de Escherichia coli que está transformado con el vector de expresión pLAP132 (número de acceso: KCTC 1000 BP).
8. Un proceso para preparar una proteína de tipo natural que comprende los pasos siguientes: (1) paso de purificación de la proteína recombinante que contiene la secuencia metionina-X-prolina en el término amino; (2) paso de adición de dicha aminopeptidasa de la reivindicación 1, 2 ó 3 en dicha mezcla de purificación; y (3) paso de digestión de dicha secuencia metionina-X-prolina en el término amino de la proteína recombinante por utilización de dicha aminopeptidasa.
9. El proceso para preparación de una proteína de tipo natural de acuerdo con la reivindicación 8, en el cual X de dicha secuencia metionina-X-prolina puede ser cualquier clase de aminoácido.
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