ES2292996T3 - Bacteriofagos utiles para la terapia y profilaxis de infecciones bacterianas. - Google Patents
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- C12N2795/00—Bacteriophages
- C12N2795/00011—Details
- C12N2795/00032—Use of virus as therapeutic agent, other than vaccine, e.g. as cytolytic agent
Abstract
Una composición farmacéutica que consta de un panel de bacteriófagos que comprende un primer bacteriófago mutante vir capaz de infectar y lisar una primera cepa de bacteria, y un segundo bacteriófago mutante vir capaz de infectar y lisar una segunda cepa de bacteria de la misma especie de bacteria y en donde el primer y segundo mutantes vir presentan una mutación en la región operadora que previene la unión de una proteína represora a un operador, en combinación con un excipiente farmacéuticamente aceptable.
Description
Bacteriófagos útiles para la terapia y
profilaxis de infecciones bacterianas.
La aplicación se relaciona con paneles de
bacteriófagos que comprenden los mutantes vir, las
composiciones que contienen tales mutantes, los métodos de
identificación y la producción de dichos paneles de bacteriófagos y
el uso de estos paneles como agentes antibacterianos, en el
tratamiento de infecciones bacterianas y para profilaxis.
Los agentes antibacterianos, en la forma de
antibióticos basados químicamente (i.e. agentes
no-virales), tales como la penicilina o
tetraciclina, son bien conocidos. El problema con dichos
antibióticos es que la resistencia a estos es cada vez más común.
Las mutaciones que confieren resistencia al antibiótico, o genes que
codifican enzimas resistentes a los antibióticos, tales como las
penicilinasas, son cada vez más comunes en bacterias patógenas en
todo el mundo. La bacteria Staphylococcus aureus (MRSA)
resistente a la Meticilina, por ejemplo, se ha incrementado
comúnmente en forma de infección, frecuentemente adquirida durante
cirugía por otras causas en los hospitales. Las infecciones por
MRSA son extremadamente difíciles de tratar usando los antibióticos
convencionales.
Una alternativa de acercamiento en el
tratamiento de infecciones bacterianas es infectar la bacteria con
un virus, conocido como un bacteriófago. Dicha "terapia de
bacteriófago" primero se desarrolló a principios del siglo
veinte, pero ha sido poco usada en Occidente debido a la llegada de
los antibióticos en los años de 1940. Muchos trabajos extensos han
sido llevados a cabo en Europa Oriental.
Los bacteriófagos (también conocidos como
"fagos") son específicos para clases especificas de células
bacterianas. No pueden infectar las células de organismos más
complejos, debido a grandes diferencias en los mecanismos
intracelulares claves, así como de los componentes de la superficie
celular. La mayoría de los bacteriófagos presentan estructuras,
tales como colas, las cuales permiten que los bacteriófagos se unan
a moléculas específicas sobre la superficie de la bacteria diana.
El ADN viral dentro de los bacteriófagos luego se inyecta a través
de la cola en la célula huésped, que luego se dirige a la producción
de nuevos bacteriófagos.
Se ha encontrado, que diversas clases de
bacteriófagos, infectan bacterias diferentes. Convencionalmente,
pueden ser aislados del ambiente en el que crece una bacteria
particular, por ejemplo de aguas residuales o de heces. La
presencia de un bacteriófago se puede determinar mediante el
crecimiento de la bacteria en un apropiado medio de cultivo,
haciendo rotar el medio de cultivo para separar completamente la
parte líquida del caldo de la bacteria, y pasando el líquido
separado a través de un filtro de poros suficientemente pequeños
para prevenir el paso de la bacteria a través del filtro. El
extracto filtrado se suele mezclar con medio de cultivo, bacteria
adicionada, y luego diseminar, por ejemplo sobre una placa de agar.
La presencia de manchas claras, llamadas plaquetas, sobre el césped
resultante de la bacteria indica la presencia de uno o más
bacteriófagos, los cuales provocan la lisis de la bacteria.
Los bacteriófagos que pueden solamente matar la
bacteria se conocen como bacteriófagos "líticos". Los
bacteriófagos líticos existen en el exterior de la célula
bacteriana en la forma de material de ácido nucleico,
frecuentemente el ADN, se rodea por una cubierta proteica. La
cubierta proteica generalmente presenta una o más moléculas ligadas
a esta, las cuales permiten que los bacteriófagos se unan a
moléculas específicas sobre la superficie de la bacteria. En el
enlace a la bacteria el ADN consigue ingresar en la bacteria
huésped donde se transcribe y traduce en varias proteínas
necesarias para la replicación y formación de un nuevo bacteriófago.
El ADN también se replica y empaqueta en un nuevo bacteriófago el
cual se libera mediante la lisis de la célula bacteriana.
Además de los bacteriófagos líticos, están los
bacteriófagos atemperados, o bacteriófagos lisogénicos. Estos
bacteriófagos atemperados, presentan dos ciclos de vida, uno en el
cual lisan las células infectadas, y el otro en donde entran a un
estado de profago. Los bacteriófagos líticos siempre tienen que
infectar desde afuera, reprogramar la célula huésped y liberar una
explosión del bacteriófago mediante rompimiento o lisado. Estos
bacteriófagos "lisogénicos" pueden integrar su ADN en el ADN de
la bacteria huésped conduciendo a una asociación virtualmente
permanente como un profago dentro de una bacteria especifica y su
progenie. Algunos profagos no integrados físicamente en el
cromosoma, pero presentes como un replicón autónomo. El profago
conduce la síntesis de un represor que bloquea la expresión de sus
propios genes y también de aquellos bacteriófagos lisogénicos
estrechamente relacionados. Ocasionalmente, el profago puede escapar
a la regulación de su represor. El ADN del profago puede luego ser
recortado del genoma por recombinación de sitios- específicos,
replicación, y la progenie liberada a partir de las células
huésped, en muchos casos por lisis.
El bacteriófago lítico ha sido usado en el
tratamiento de infecciones bacterianas. Los bacteriófagos líticos
aislados han sido aplicados a heridas o inyectados vía intravenosa
para que estos maten la bacteria. La ventaja de los bacteriófagos
es que estos se auto-replican, con tan solo unos
cientos y de esta manera los bacteriófagos son capaces de matar
hasta cien millones de bacterias. Los bacteriófagos simplemente se
replican a si mismos matando bacterias hasta que se hayan eliminado
del individuo o del ambiente. WO 01/51066, por ejemplo, revela un
método para tratar un paciente con uno o más bacteriófagos líticos.
De igual manera, US 4,957,686 revela un método de tratamiento de
caries dental con un bacteriófago.
Un posible problema con el uso de los
bacteriófagos ha sido que el cuerpo de los mismos pacientes presenta
frecuentemente una respuesta inmune contra los bacteriófagos y los
eliminan de la sangre. US 5,660,812, US 5,688,501 y US 5,766,892
todos muestran los métodos de selección de bacteriófagos para
mejorar el tiempo de vida media del bacteriófago dentro de la
sangre de un paciente que se trata. En US 5,811,093 se discute la
amplificación de un único gen codificante de las proteínas (cápside
E) de la cápside (cubierta) de tal manera que los bacteriófagos
sobreviven en un sistema circulatorio animal por más tiempo. En el
caso de patentes más recientes, la modificación se identificó como
un punto de mutación dentro de un gen.
Convencionalmente, los bacteriófagos lisogénicos
se han considerado malos candidatos para la terapia con
bacteriófagos. Esto se debe a que ellos pueden potencialmente
conducir a la transferencia de genes comprometidos en la
patogenicidad bacteriana. Algunos bacteriófagos llevan genes de
toxinas, y por lo tanto lisogenes que pueden exhibir un incremento
de la virulencia. Sin embargo, no todos los bacteriófagos
atemperados portan genes de virulencia. Además, los genes
bacterianos pueden ser transferidos de un huésped a otro durante la
infección con bacteriófago y estos genes pueden incluir genes de
virulencia. El primer proceso se llama conversión a bacteriófago y
el segundo se llama transducción. En consecuencia, el uso de
bacteriófagos lisogénicos ha sido tradicionalmente considerado
problemático dado que los bacteriófagos lisogénicos pueden propagar
genes responsables de la patogenicidad a otra bacteria. Sin
embargo, los bacteriófagos líticos también pueden bien causar
transducción.
Mientras que los bacteriófagos líticos se
conocen por haber sido empleados en el tratamiento de infecciones
bacterianas, la identificación de los bacteriófagos líticos es a
menudo muy dispendiosa en tiempo dado que los bacteriófagos líticos
para algunas bacterias patógenas son relativamente poco frecuentes y
difíciles de aislar.
Los inventores se han dado cuenta que los
bacteriófagos lisogénicos parecen estar presentes más comúnmente en
algunas bacterias. Se han dado cuenta que seleccionando un número de
diferentes bacteriófagos lisogénicos por su capacidad de infectar
diferentes cepas de bacteria, y, por ejemplo, por su ausencia de
genes codificantes de algunas toxinas u otras sustancias
comprometidas en la patogenicidad bacteriana, estos pueden formar un
panel de bacteriófagos. Los miembros del panel, pueden ser
seleccionados, por ejemplo para tratar diferentes cepas de la
misma
bacteria.
bacteria.
Los inventores también han reconocido que el
problema con la mayoría de bacterias lisogénicas es que, sobre una
célula infectada, el ADN del bacteriófago frecuentemente se
integraría en el genoma de la bacteria, y no mataría a la bacteria.
Este problema se resuelve mediante la identificación de uno o más
mutantes "vir" para usar en el panel. Tales mutantes
bacteriófagos generalmente comprenden una mutación en una región
operadora del ADN del bacteriófago atemperado, la cual previene un
enlace de la proteína represora al operador. La proteína represora
normalmente se une, al operador y entonces así el profago no se
transcribe, ni traduce y no entra al ciclo lítico. Sin embargo, en
los mutantes vir la mutación significa que el ADN del
bacteriófago infectado se transcribe y traduce resultando en la
lisis de la bacteria.
La invención proporciona una composición
farmacéutica y una composición antibacteriana como se define en la
reivindicación 1 o en la reivindicación 2.
Los bacteriófagos lisogénicos generalmente
comprenden un ADN que codifica uno o más genes para integrasa,
resolvasa, trasposasa, excisionasa, attP, origen de la
replicación y para otros genes asociados con el mantenimiento del
profago dentro del genoma de la célula huésped.
Un mutante vir, de un bacteriófago
atemperado, es aquel que puede líticamente infectar un huésped
lisogénico llevando consigo un profago tipo salvaje. Los mutantes
vir contienen una o más regiones operadoras mutadas en el
ADN del bacteriófago, que controlan la transcripción del ADN del
profago, que ha sido mutado, así que estos reducen
especificidades de enlace para una proteína represora en comparación
con el profago tipo salvaje. Teóricamente un mutante vir
puede resultar debido a una mutación dominante negativa en el gen
de la proteína represora. La proteína represora regula la región
operadora y puede por si misma ser del bacteriófago o puede ser de
un bacteriófago diferente, pero relacionado.
Las dos cepas de la bacteria se pueden
distinguir por tener diferentes profagos dentro de ellas. Como ya se
indico, la presencia de un profago dentro de una bacteria conferirá
protección contra la infección por el mismo bacteriófago y puede
conferir protección contra diferentes bacteriófagos, pero
relacionados. En consecuencia, teniendo un panel de diferentes
bacteriófagos se permite que uno o más bacteriófagos diferentes sean
seleccionados así como que un panel de dos o más bacteriófagos
puedan ser efectivos contra un rango de bacterias, o que un único
bacteriófago pueda ser seleccionado del panel con el fin de tratar
una bacteria especifica.
Preferiblemente, cada cepa de la bacteria es un
patógeno animal o vegetal, especialmente un patógeno humano.
Preferiblemente, la bacteria es Staphylococcus (especialmente
S. aureus), Helicobacter (especialmente H.
pylori), Klebsiella, Listeria,
Mycobacterium, Escherichia (preferiblemente E.
coli, especialmente E. coli 0157), meningo-
coccus, Campylobacter, Streptococcus,
Enterococcus, Shigella, Pseudomonas,
Burkholderia, Clostridium, Legionella,
Acinetobacter o Salmonella. Preferiblemente, el panel
contiene de al menos 5, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al
menos 25, al menos 30, al menos 35 o al menos 40 diferentes
bacteriófagos. Preferiblemente, al menos 50%, al menos 60%, al menos
70%, al menos 80%, al menos 90%, más preferiblemente de al menos
95%, más preferiblemente del 100% del panel de los bacteriófagos
son los mutantes vir. El panel también puede comprender uno o
más bacteriófagos líticos.
\newpage
El panel puede comprender al menos un cambio en
el rango de huéspedes del bacteriófago mutante. Un cambio en el
rango de huéspedes del mutante es un bacteriófago el cual, en el
aislamiento de una bacteria huésped original, no es capaz de
infectar una segunda cepa de bacteria, pero que, en mutación con un
agente mutante, llega a ser capaz de infectar la segunda cepa de la
bacteria.
Preferiblemente, al menos una de las cepas de la
bacteria es resistente a uno o más antibióticos. Por antibióticos,
indicamos uno o más antibióticos químicos. Es decir, no es un virus
funcional que sea capaz de infectar una célula. Los antibióticos
incluyen penicilinas, tetraciclinas y aminoglicosidos.
Alternativamente la cepa de la bacteria no necesita ser resistente
al antibiótico.
Se proporcionan las composiciones farmacéuticas
que contienen un panel de bacteriófagos, en combinación con un
excipiente farmacéuticamente aceptable. Tales portadores permiten
que el panel de bacteriófagos sea aplicado a una parte del animal o
a un paciente para ser tratado, o para ser colocado dentro del
paciente o del animal a ser
tratado.
tratado.
Las rutas de administración incluyen, pero no se
limitan a vía oral, nasal, auricular, vía intravenosa,
intramuscular, intraperitoneal, intratecal, vaginal, rectal,
tópica, vía punción lumbar, o la aplicación directa al cerebro o a
sus membranas asociadas. La administración se puede llevar a cabo
mediante dispositivos tales como aerosoles, para usar como aerosol
nasal o inhaladores. Además, la composición farmacéutica puede ser
fabricada en tabletas o
supositorios.
supositorios.
Preferiblemente, la composición farmacéutica se
adapta para aplicación tópica, mediante, por ejemplo, mezclando el
panel o el bacteriófago con una crema apropiada que permita al
bacteriófago ser aplicado tópicamente a una herida o a las vías
nasales. Tales cremas incluyen parafina y cremas basadas en lanolina
de los tipos conocidos en el oficio. Preferiblemente el
bacteriófago puede ser incorporado en vendajes o vendas para
heridas.
Los bacteriófagos pueden ser incorporados en
artículos de consumo tales como jabones, cremas de manos o cremas
faciales, cremas de afeitar y espumas, seda dental, polvo dental,
pasta dental, etc. Esto permite el tratamiento de enfermedades de
la piel, tales como acné, mediante por ejemplo lavado, o el
tratamiento de caries dental, por ejemplo mediante el cepillado de
dientes con una pasta dental impregnada con los bacteriófagos.
El uso de las composiciones farmacéuticas de la
invención como un medicamento o en la profilaxis también se
incluye dentro del alcance de esta invención.
La composición se puede utilizar como un
profiláctico para matar bacterias que se llevan asintomáticamente
antes de que estas puedan causar una enfermedad. Por ejemplo, la
bacteria puede ser Staphylococcus aureus resistente a
meticilina (MRSA) la cual puede causar infecciones sistémicas y
abscesos. Estas bacterias pueden residir en la cavidad nasal sin
provocar cualquier síntoma aparente de enfermedad. Sin embargo, la
bacteria puede ser propagada de persona a persona y puede causar la
enfermedad en personas que tengan una reducida capacidad inmune. En
consecuencia, la muerte de las bacterias toma parte en la prevención
de la enfermedad. El panel de los bacteriófagos puede simplemente
ser aplicado vía tópica como crema mediante un hisopo en la
nariz.
La composición también se puede utilizar en
combinación con un excipiente apropiado como un agente
antibacteriano o un agente antiséptico. Dicha composición
antibacteriana puede simplemente ser aplicada en la superficie, tal
como en el suelo, para ser desinfectado. Alternativamente, los
utensilios, tales como los utensilios quirúrgicos, para ser
desinfectados, pueden simplemente ser colocados en una solución
antibacteriana apropiada que contenga un panel de bacteriófagos. A
los materiales que componen dichos utensilios también se les pueden
incorporar tales
bacteriófagos.
bacteriófagos.
Además el panel de bacteriófagos puede ser
incorporado en materiales, tales como plásticos, mediante técnicas
tales como encolado, adhesión, o co-polimerización.
Los materiales pueden luego ser usados para formar equipos tales
como catéteres o cánulas, y similares. Igualmente, el panel de
bacteriófagos puede ser incorporado en dichos equipos una vez
producidos.
Como alternativa, una muestra de la bacteria a
ser tratada o desinfectada puede ser obtenida, la bacteria
identificada y un apropiado bacteriófago para matar aquella bacteria
seleccionado a partir del panel de bacteriófagos.
El bacteriófago también puede ser utilizado para
tratar la leche y productos lácteos. En una función asociada un
panel bacteriófago podría también ser usado para prevenir o tratar
la mastitis, ya sea incorporando el panel en la unidad de ordeño, o
mediante el uso de un hisopo para aplicación tópica en el pezón.
Otro aspecto de la invención proporciona un
método de identificación de un apropiado bacteriófago para matar
una bacteria, incluyendo las etapas de:
(i) obtención de una muestra de la bacteria a
partir de un paciente, animal, o lugar infectado con una
bacteria;
(ii) identificación de uno o más fagos
susceptibles a las características de la bacteria;
(iii) comparación de las características de la
etapa (ii) con el conocido cambio en el rango de huéspedes de cada
bacteriófago de una biblioteca de bacteriófagos, la biblioteca de
bacteriófagos que comprende un primer bacteriófago mutante
vir capaz de infectar y lisar una primera cepa de la
bacteria, y un segundo mutante vir capaz de infectar y lisar
una segunda cepa de bacteria; e
(iv) identificación de uno o más bacteriófagos
del apropiado panel para matar bacterias.
La biblioteca de los bacteriófagos puede ser una
colección de bacteriófagos que contienen miembros adicionales al
panel del primer aspecto de la invención.
Una de las características de la bacteria puede
ser la presencia o ausencia de un profago. La presencia del profago
se puede determinar mediante la reacción en cadena de la polimerasa
(PCR) usando una pareja de cebadores para amplificar parte del ADN
del profago de la bacteria.
Otro aspecto de la invención proporciona un
método de identificación de la presencia de un profago en una
bacteria proporcionando una pareja de cebadores capaces de
hibridizar bajo altas condiciones de severidad a una secuencia de
nucleótidos de profago, y llevándose a cabo la PCR para identificar
la presencia del profago.
La parte amplificada por la PCR para el ADN del
profago, puede posteriormente ser secuenciada usando técnicas de
secuenciación convencionales.
Preferiblemente, los cebadores son específicos
para una secuencia profago- específica tal como la integrasa.
La alta severidad incluye, por ejemplo
MgCl_{2} 2 mM y temperatura de hibridación de 48ºC.
Otro aspecto de la invención proporciona un
medio de almacenamiento de datos legibles con una máquina, que
comprende un material de almacenamiento de datos codificados con los
datos legibles con una máquina, en donde los datos definen una o
más características de cada bacteriófago en un panel o biblioteca de
bacteriófagos como se ha definido en la invención. El
almacenamiento de datos puede ser mediante una unidad de disco, un
CD-ROM, una memoria de ordenador, o algún otro medio
legible con una máquina. Los datos preferiblemente permiten la
selección de uno o más bacteriófagos convenientes para permitir el
tratamiento de una infección bacteriana o la desinfección de
contaminación bacteriana.
La invención también proporciona, dentro de su
alcance, un método de producción de un panel de bacteriófagos, de
acuerdo con el primer aspecto de la invención, que comprende el
aislamiento de una primera bacteria donante, identificando uno o
más bacteriófagos atemperados, mutando los bacteriófagos
atemperados y aislando uno o más mutantes vir de los
bacteriófagos.
Preferiblemente, el método de producción del
panel comprende las etapas de:
(i) aislamiento de la primera, bacteria,
donante;
(ii) co-cultivo de la primera
bacteria con una segunda, cultivando, una cepa de bacteria capaz de
ser infectada con el bacteriófago;
(iii) identificación de los bacteriófagos
atemperados obtenidos de la primera bacteria donante;
(iv) mutación de los bacteriófagos atemperados
identificados en la etapa (iii) con un mutágeno; y
(v) cultivo de la primera bacteria donante con
el bacteriófago mutado de la etapa (iv) en la segunda, para
identificar mutantes vir capaces de lisar la primera,
bacteria donante.
Como alternativa, en lugar de la etapa (ii), la
inducción y el aislamiento de los bacteriófagos se pueden producir
por vía química o agentes físicos.
El cambio en el rango de huéspedes de los
mutantes se pueden producir por el panel de bacteriófago
mediante:
(i) aislamiento de una primera, bacteria
donante de interés;
(ii) co-cultivo de la primera
bacteria con una segunda, cultivando una cepa de bacteria capaz de
ser infectada con bacteriófago;
(iii) identificando uno o más bacteriófagos
atemperados obtenidos de la primera, bacteria donante;
(iv) mutando los bacteriófagos atemperados
identificados en la etapa (iii) con un mutágeno; y
(v) cultivando los bacteriófagos atemperados
obtenidos en la etapa (iv), una tercera cepa de bacteria previamente
sin infectar con el bacteriófago, para identificar uno o más
cambios en el rango de huéspedes de los bacteriófagos.
El mutágeno usado es preferiblemente
hidroxilamina. Otros mutágenos, tales como la luz ultravioleta y
otros mutágenos conocidos del ADN, también pueden ser
utilizados.
Como alternativa, en lugar de la etapa (ii), la
inducción y el aislamiento de los bacteriófagos se puede llevar a
cabo mediante vía química o con agentes físicos.
Otro problema frecuentemente encontrado es
cuando una planta o un animal, tal como un paciente humano, se
encuentra padeciendo de una infección resistente a un antibiótico.
Los inventores se han dado cuenta que es posible aislar esta
bacteria patógena, identificar cualquier bacteriófago lisogénico
dentro de esta bacteria, y mutar el bacteriófago lisogénico a
partir del patógeno bacteriano para producir un mutante vir
del bacteriófago lisogénico. Este mutante vir luego puede
ser mezclado con uno o más apropiados excipientes farmacéuticamente
aceptables, y estos pueden ser utilizados para tratar la infección
bacteriana. Por consiguiente, un profago propio del patógeno
bacteriano dentro de sus propias células, se puede utilizar para
matarlo.
Los mutante vir identificados mediante
tal método pueden a su vez ser adicionados al panel según lo
definido en el primer aspecto de la invención.
La invención será descrita ahora por medio de un
único ejemplo.
Un cultivo durante la noche anterior que
contenía dos Staphylococcus aureus aislados (SAI) se incubó a
37ºC durante una noche (o/n), luego se filtra en condiciones de
esterilidad (0.22 \mum) después se centrifugó en una centrifuga
Hettich Zentrifugen EBA12 empleando un rotor 1116 a 5000 rpm. Uno de
estos SAI se llama la cepa de cultivo y el segundo, la cepa
donante. 100 \mul del filtrado se adicionaron a 100 \mul del
cultivo o/n de la cepa de cultivo, luego se incubaron a temperatura
ambiente (RT) durante 40 min. se adicionaron 3 ml de la porción
superior del agar al co-cultivo. La mezcla luego se
vertió sobre una placa que contenía Caldo Luria (LB) (Sambrook,
et al. 1989, Molecular Cloning, a Laboratory Approach. 2nd
Ed. Cold Spring Harbour Press). + Mg^{2+}10 mM + Ca^{2+}8 mM y
se incubó a 37ºC o/n. Las plaquetas se escogieron e incubaron o/n a
4ºC en PBS + Mg^{2+} 10 mM, luego se inocularon por estrías sobre
placas LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}. Un césped de la cepa de cultivo
(100 \mul de la cepa cultivada o/n + porción superior del agar) se
vertió sobre las placas inoculadas por estría. Las plaquetas se
escogieron de las placas inoculadas por estría y se almacenaron en
cloroformo a 4ºC hasta que se necesiten.
A 0.2 ml de filtrado de stock del bacteriófago
libre de bacteria, se le adicionaron 0.4 ml de solución reguladora
de EDTA (KPO_{4} 0.5 M (pH 6.0) + 5 mM EDTA) + 0.2 ml de agua
estéril (sH_{2}O) + 0.1 ml de MgSO_{4} 0.2 M estéril + 0.8 ml
de solución de hidroxilamina. La solución de hidroxilamina
(NH_{2}OH 1 M (pH 6.0)) se preparó fresca por la adición de 0.56
ml de NaOH 4 M a 0.35 g de NH_{2}OH, llevando a un volumen final
de 5 ml con sH_{2}O (agua estéril). Esta se incubó a 37ºC durante
31 horas. Se preparó una mezcla control, en la cual el stock de
bacteriófago fue sustituido por 0.2 ml de agua estéril sH_{2}O.
Después de las 31 horas de incubación la mezcla se adicionó a 8 ml
de LB + MgSO_{4} 10 mM + Ca (NO_{3})_{2} 8 mM en
tubería para diálisis. La tubería se colocó en erlenmeyers cónicos
de 500 ml, a los cuales se les adicionaron 300 ml de LB +
Mg^{2+} + Ca^{2+}. Se mantuvo a 4ºC durante 7 horas. El LB +
Mg^{2+} + Ca^{2+} se reemplazó una segunda y tercera vez. La
tercera vez, después de una segunda incubación por 7 horas a 4ºC. El
stock de bacteriófago se colocó en una botella estéril universal y
se almacenó a 4ºC después de una tercera incubación por 7 horas a
4ºC en LB + Mg^{2+} Ca^{2+}.
El 99.9% de mortalidad (31 horas) se determinó a
través del tiempo. Las muestras se tomaron en puntos de tiempo
apropiados. Las muestras se diluyeron en LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}
y diluciones seriales. Las diluciones se incubaron con la cepa de
cultivo en volúmenes iguales de 100 \mul a RT durante 40 min. A
esta mezcla se le adicionó la porción superior de agar y se vertió
sobre placas LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}. Las plaquetas se contaron
una vez las placas se incubaron a 37ºC o/n. Un caída 10^{3} veces
en unidades formadoras de plaquetas (pfu) se determinó como
aquella correspondiente al 99.9% de mortalidad.
Los mutantes de virulencia (vir) se
aislaron después de las etapas de expresión y enriquecimiento. 1 ml
del bacteriófago tratado con hidroxilamina y 1 ml de la cepa de
cultivo o/n se adicionaron a 15 ml de LB + Mg^{2+} + Ca^{2+} e
incubaron a 37ºC. Una hora después 1ml de una fuente de cepa o/n se
adicionó. Después de la incubación durante la noche, el cultivo se
centrifugó en una centrifuga Hettich Zentrifugen EBA12 usando un
rotor 1116 a 5000 rpm durante 3 min. y se filtró bajo condiciones de
esterilidad (0.22 \mum). El filtro contiene poros de 0.22 \mum
los cuales son también pequeños para que la bacteria pase a través
de ellos pero no son barrera para el bacteriófago, de aquí que el
filtrado este desprovisto de bacteria pero contiene el
bacteriófago. 100 \mul del filtrado se adicionaron a 100 \mul de
una fuente de cepa o/n e incubaron a RT durante 40 min. A esta
mezcla se le adicionó la porción superior de agar y se vertió sobre
las placas LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}. Después de la incubación
o/n, una pipeta de vidrio fue empleada para escoger una única
plaqueta. El conector luego se adicionó a un Eppendorf que contenía
100 \mul de PBS + Mg^{2+} + Ca^{2+}, se agitó e incubó o/n a
4ºC. Usando un asa estéril el stock se inoculo por estría sobre dos
placas LB + Mg^{2+} Ca^{2+}. Sobre un, césped de la cepa fuente
(3 ml de porción superior de agar + 100 \mul de cepa fuente se
vertió y se adicionó sobre el segundo césped de cepa de cultivo (3
ml de porción superior de agar + 100 \mul de cepa fuente). Estos
se incubaron a 37ºC o/n. El bacteriófago se determinó un supuesto
mutante vir sí es capaz de infectar tanto la fuente como la
cepa de cultivo. Para asegurar la pureza, se empleó una pipeta de
vidrio para escoger una única plaqueta de la placa fuente SAI. El
conector luego se adicionó a un Eppendorf que contenía 100 \mul
de PBS + Mg^{2+} + Ca^{2+}, se agitó e incubó o/n a 4ºC. Como
antes se inoculó por estría, se incubó, re-escogió,
agitó y almacenó a 4ºC.
Para asegurar que el bacteriófago aislado como
un mutante vir no fuera un profago activado de la cadena de
cultivo se implementaron los controles. Una alícuota de 15 ml de LB
+ Mg^{2+} + Ca^{2+} se sembró con la fuente y la cepa de
cultivo. Después de la incubación o/n a 37ºC el cultivo se
centrifugó en una centrifuga Hettich Zentrifugen EBA12 usando un
rotor 1116 a 5000 rpm durante 3 min. y se filtró bajo condiciones de
esterilidad (0.22 \mum). 100 \mul del filtrado se adicionaron a
100 \mul de la cepa fuente o/n y se incubó a RT durante 40 min.
A esta mezcla se le adicionó la porción superior de agar y se vertió
sobre las placas LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}. Sí las plaquetas se
observan después de la incubación o/n a 37ºC la mutagénesis
vir no fue intentada.
Los mutantes hrc se aislaron después de las
etapas de expresión y enriquecimiento descritas anteriormente.
Algunas cadenas no fueron sensibles al bacteriófago mutante
vir: huésped vir-resistente (VRH). 1 ml del
bacteriófago tratado con hidroxilamina y 1 ml del cultivo de la cepa
o/n se adicionaron a 15 ml de LB + Mg^{2+} + Ca^{2+} y se
incubó a 37ºC. Una hora más tarde, 1 ml del cultivo o/n de una cepa
de VRH se adicionó. Después de una noche de incubación el cultivo
se centrifugó en una centrifuga Hettich Zentrifugen EBA12 usando un
rotor 1116 a 5000 rpm durante 3 min. y se filtró bajo condiciones de
esterilidad (0.22 \mum). 100 \mul del filtrado se adicionaron a
100 \mul de la cepa VRH o/n y se incubó a RT durante 40 min. A
esta mezcla se le adicionó la porción superior de agar y se vertió
sobre placas LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}. Una pipeta de vidrio se
utilizó para escoger una única plaqueta. El conector se adicionó a
un tubo Eppendorf que contenía 100 \mul de PBS + Mg^{2+} +
Ca^{2+}, se agitó e incubó o/n a 4ºC. Usando un asa estéril el
stock fue inoculado por estría sobre tres placas LB + Mg^{2+} +
Ca^{2+}. Sobre una, un césped de la cepa fuente (3 ml de porción
superior de agar + 100 \mul de la cepa fuente) se vertió y a la
segunda un césped de la cepa de cultivo (3 ml de porción superior
de agar + 100 \mul de la cepa fuente) se adicionó. A la tercera
un césped de la cepa VRH se adicionó a la cepa (3 ml porción
superior de agar + 100 \mul de cepa VRH). Estas se incubaron a
37ºC o/n. El bacteriófago se determinó un supuesto mutante hrc sí
fue capaz de infectar la cepa VRH. No se esperaba que este
infectara la fuente o la cepa de cultivo. Para asegurar la pureza
una pipeta de vidrio fue empleada para escoger una única plaqueta de
la placa de la fuente de cepa. El plug luego se adicionó a un
Eppendorf que contenía 100 \mul de PBS + Mg^{2+} + Ca^{2+}, se
agitó e incubó o/n a 4ºC. Como antes se inoculó por estría, se
incubó, re-escogió, agitó y almacenó a 4ºC.
El PBS se describe por Sambrook, et
al.
Para asegurar que el bacteriófago aislado como
un mutante hrc no fuera un profago activado de la cepa cultivo o
fuente, se implementaron los controles. Dos inóculos se adicionaron
a 15 ml de LB + Mg^{2+} + Ca^{2+} como sigue:
Cepa "A" | Cepa "B" | |
Fuente | VRH | |
Cultivo | VRH |
Después de la incubación o/n a 37ºC el cultivo
se centrifugó en una centrifuga Hettich Zentrifugen EBA12 usando un
rotor 1116 a 5000 rpm durante 3 min. y se filtró bajo condiciones de
esterilidad (0.22 \mum). 100 \mul del filtrado se adicionaron a
100 \mul de VRH o/n y se incubó a RT durante 40 min. A esta mezcla
se le adicionaron la porción superior de agar y se vertieron sobre
las placas de LB + Mg^{2+} + Ca^{2+}. Si las plaquetas se
observaron después de la incubación o/n a 37ºC la hrc mutagénesis no
fue intentada.
4 ml del cultivo SAI reposado durante la noche
se adicionaron a cuatro alícuotas de 400 ml de LB + Mg^{2+}
Ca^{2+} en erlenmeyers de 2 litros acanalados y se agitaron (300
rpm) a 37ºC. Después de una hora, 40 \mul de bacteriófago (2 x
10^{7} pfu) se adicionaron a los cultivos agitados. Después de 4
horas el cultivo se lisó completamente. Los cultivos se reunieron y
se adicionó NaCl sólido a una concentración final de 1M. El cultivo
lisado se centrifugó a 11000 g durante 10 min. a 4ºC después de 1
hora sobre hielo.
\global\parskip0.950000\baselineskip
El PEG 6000 al 10% (w/v) disuelto en la mezcla
que luego se deja en reposo durante toda la noche en un baño de
hielo a 4ºC. El pellet formado después de la centrifugación a 11000
g durante 10 min. a 4ºC usando un rotor según se define en
Sambrook et al. (1989) se resuspendió en 4 ml de PBS. Un
volumen igual de cloroformo se adicionó. La mezcla luego se agitó
durante 30 seg. El cloroformo se retiró después de la centrifugación
a 3000 g. El cloruro de Cesio (CsCl) se adicionó a una
concentración final de 0.5 g/ml. La suspensión se colocó en la
parte superior de un gradiente de CsCl hecho en tubos de propileno
que contienen las siguientes densidades de CsCl: 1.4, 1.5 y 1.6
g/ml en PBS. Los tubos se centrifugaron a 22,000 rpm (Beckman SW28)
durante 4 horas. Una aguja de calibre 21 luego se insertó
cuidadosamente a través de los lados del tubo de polipropileno para
extraer la banda de bacteriófago. Diálisis repetidas tres veces en
PBS + Mg^{2+} + Ca^{2+} durante 7 horas removidas del CsCl. El
bacteriófago stock purificado se almacenó a 4ºC hasta que se
necesitó.
El Staphylococcus aureus aislado mostró
que casi siempre contenía al menos un bacteriófago atemperado
integrado en su ADN. Los bacteriófagos atemperados capaces de
insertarse en el ADN del huésped deben poseer un medio para
hacerlo, y esto es más frecuentemente facilitado por la enzima,
integrasa, la cual cataliza la integración del ADN del bacteriófago
en el ADN de la bacteria huésped.
Un número de cebadores PCR han sido diseñados
para amplificar e identificar los genes de la integrasa
específicamente encontrados dentro de los bacteriófagos capaces de
infectar un Staphylococcus aureus. Dicha tecnología debería
también ser dirigida a los genes importantes de modo similar en
otros sistemas bacteria/bacteriófago, tales como los genes de la
resolvasa (importante en la integración del bacteriófago de
Listeria). La presencia de los genes de la integrasa dentro
del ADN bacteriano podría sugerir la presencia del profago o de las
entidades fago-relacionadas tales como las islas de
patogenicidad.
En el momento del diseño de los cebadores PCR
habrían aproximadamente 27 genes secuenciados de integrasa del
bacteriófago de Staphylococcus aureus. Estos genes de
integrasa fueron alineados y su relevancia filogenética se
determinó, mediante la creación de un árbol filogenético. Este
método mostró que parecerían ser ocho "Familias" distintas de
genes de integrasa del bacteriófago encontradas en el bacteriófago o
en las entidades relacionadas al bacteriófago dentro del
Staphylococcus aureus. Las reacciones de la PCR utilizan los
cebadores anteriormente mencionados, y por lo tanto nos permiten
determinar que familias de bacteriófagos o de elementos relacionados
al bacteriófago están presentes dentro del ADN del
Staphylococcus aureus.
Los cebadores usados para amplificar e
identificar los genes de la integrasa de las familias específicas se
mencionan a continuación:
FAMILIA 1 Adelante: CGT CAA CTC GGA GAT ATG
AA
FAMILIA 1 Atrás: GTA TCC GAA TCC TTC CTC GT
FAMILIA 2 Adelante: ATT CGT TGC ACT CAT GAC
AG
FAMILIA 2 Atrás: CTC GCA ACT TCT GCT ACT CA
FAMILIA 3 Adelante: CTG TTG GCT ATG CAC GAT
CT
FAMILIA 3 Atrás: CTG GGA ATA GGA GTT ACC GA
FAMILIA 4 Adelante: GCA CCG TCC ACA TCT ACA
TT
FAMILIA 4 Atrás: CTG CAC GCA TGC CTG TAT AT
FAMILIA 5: Adelante: GCG TGA AGC TAA TTC TGC
TG
FAMILIA 5 Atrás: ACT GAC ACG ACA ACC CGT AC
FAMILIA 6 Adelante: GCG AAG CTA TGG CTC TTG
TT
FAMILIA 6 Atrás: CAC GTT GAT GTC GTT CAG TT
FAMILIA 7 Adelante: GCG AAT TGG TGA AGC TAC
TG
FAMILIA 7 Atrás: AGC ATG AGA ATG CCG TAA CC
FAMILIA 8 Adelante: GGC ACT ATC AAA GAG ACA
AC
FAMILIA 8 Atrás: CTA CAT GCT CTT GCA TTG TC
\global\parskip1.000000\baselineskip
La temperatura de hibridación usada para esta
reacción es de 48ºC. La reacción PCR es en general una reacción con
30 ciclos.
Una mezcla maestra de PCR para ocho reacciones
se hace a continuación:
1.5 \mul de Taq Polimerasa - disponible de
Gibco Life Tech
4 \mul de dNTPs (25 \muM) - disponible de
Invitrogen
40 \mul de 10x Solución reguladora (200 mM de
Tris. HCl, 500 mM KCI, pH 8.4) - disponible de Gibco Life Tech 16
\mul de MgCl_{2} (50 mM)
280 \mul de Agua (estéril, desionizada)
3.2 \mul de la mezcla maestra del cebador
(Cebador adelante y atrás en relación 1:1) (el stock es
aproximadamente 10 \muM)
Luego se adicionan 45 \mul de la mezcla
maestra anterior a 5 \mul de la muestra a ser evaluada (5 \mul
de 1 colonia suspendida en 100 \mul de agua).
La PCR permite la presencia de profagos y de
entidades fago-relacionadas para ser detectadas e
identificadas en la bacteria.
\vskip1.000000\baselineskip
El siguiente experimento se diseñó para evaluar
la eficacia de un bacteriófago mutado vir aplicado
tópicamente para controlar el transporte-nasal de
MRSA.
\vskip1.000000\baselineskip
El vir \psi134/B1, en una concentración
de 2x10^{8} pfu / ml, se aplicó a los senos nasales anteriores de
un voluntario nasalmente sano y portando la cepa fuente, SAI 134. Un
segundo voluntario que fue MRSA positivo, pero que no porto el SAI
134 fue usado como control. El voluntario control recibió todo
aquello que el voluntario sin control recibió, excepto el
bacteriófago. Los voluntarios fueron ambos masculinos, de 25 años de
edad, del mismo peso y estatura. Ambos fueron estudiantes de último
año de PhD que trabajaban en el mismo campo y vivían en la misma
casa en el momento del experimento. Ambos voluntarios recibieron el
mismo hisopo y los protocolos de inoculación.
La solución de fago con base en PBS se aplicó en
la parte anterior de cada fosa nasal vía bastoncillos de algodón.
Estos últimos fueron humedecidos en solución de fago con base en PBS
y ligeramente escurridos. La solución se aplicó en tres
aplicaciones cada una de 20 minutos en duración (a tiempos de: 0 -
20, 60 - 80 y 120 - 140 minutos). Un bastoncillo de algodón
separado se introdujo a cada fosa nasal en cada aplicación y la
solución se aplicó mediante movimientos circulares, para asegurar
una cobertura máxima de la mucosa nasal.
Las muestras se tomaron por triplicado y se
colocaron en placas Baird Parker, (las cuales son selectivas para
S. aureus) en puntos de tiempo designados (0, 20, 60, 80,
120, 140 min., 8, 18, 24 horas, 2, 3, 4, 5 días). Después de la
incubación o/n las placas se observaron y el número de colonias
presentes se graduó sobre una escala
arbitraria:
arbitraria:
0: Sin colonias
1: <10 colonias
2: 10-100 colonias
3: > 100 colonias
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
- Sin Fago
- Fago
Se puede observar que el número promedio de
bacterias se redujo rápidamente en el voluntario que recibió el
bacteriófago. El número de bacterias permaneció inferior por un
gran periodo en este voluntario. En el quinto día la población de
S. aureus se ha reestablecido en ambos voluntarios.
Este experimento preliminar sugiere que la
adición del bacteriófago de la manera descrita reduce el número de
S. aureus en la cavidad nasal del voluntario. El nivel de
reducción esta por encima al observado cuando solo el adyuvante se
utiliza. El tratamiento continuado debería ser necesario para
asegurar la eliminación de la bacteriana.
Cuando se adicionó \psi134/B1 vir a un
modelo de herida quirúrgica murina infectada con SAI 134, la
recuperación de la bacteria se redujo significantemente y los
animales se protegieron de las manifestaciones clínicas de la
infección. Los experimentos en animales utilizaron 2 x 10^{8}
pfu/ml de bacteriófagos.
El panel de bacteriófagos sería activo contra
aproximadamente 100 bacterias aisladas de la colección de la
Warwick University SAI, que incluye las 17 cepas conocidas de EMRSA
(S. aureus epidémicas resistentes a la meticilina) y otras
S. aureus aisladas a través de Europa y fuentes públicamente
disponibles de bacterias, tales como la NCIMB o la ATCC.
Eventualmente, se espera que las cepas de la bacteria sean
colectadas a partir de pacientes en hospitales alrededor del país y
así obtener una gran colección de cepas de bacterias.
Una vez el bacteriófago atemperado, moderado se
obtiene, un mutante (vir) virulento se aísla. Los mutantes
de tipo salvaje y vir se evaluaron contra las diferentes
cepas de bacteria. Cuando al menos, por ejemplo, el 70%, 80%, 90%,
95%, preferiblemente 100% de las cepas bacterianas se pueden
controlar por los mutantes vir, los bacteriófagos dentro del
panel se pueden purificar y combinar para producir un producto
terapéutico o un producto profiláctico.
El producto se puede combinar con cremas
acuosas estándares de grado farmacéutico, que permiten la aplicación
tópica del producto. Como alternativa, otros excipientes
farmacéuticamente aceptables se pueden mezclar con el panel de
bacteriófagos.
El panel o los bacteriófagos pueden ser
actualizados periódicamente para tratar con nuevas cepas de
bacterias resistentes que puedan surgir.
Si una cepa de la bacteria se percibe que el
panel de los bacteriófagos es ineficaz, entonces la bacteria se
puede aislar y obtener su profago. Los bacteriófagos atemperados
pueden ser aislados y los mutantes vir producidos contra la
nueva cepa de bacteria, y así incorporar en el panel de
bacteriófagos los mutantes vir.
En la extraña situación que ninguno de los
bacteriófagos del panel de bacteriófagos sea capaz de infectar una
bacteria asociada con una infección, entonces la bacteria puede ser
aislada y un bacteriófago mutado individual producir un mutante
vir para tratar esta infección.
\vskip1.000000\baselineskip
\bullet WO 0151066 A [0008]
\bullet US 4957686 A [0008]
\bullet US 5660812 A [0009]
\bullet US 5688501 A [0009]
\bullet US 5766892 A [0009]
\bullet US 5811093 A [0009]
\bullet GB 0207021 A [0081]
\bullet US 10215056 B [0081]
<110> Universidad de Warwick
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Agentes
Anti-Bacterianos
\vskip0.400000\baselineskip
<130> P706370US
\vskip0.400000\baselineskip
<150> GB 0207021.7
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
2002-03-25
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 10/215,056
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
2002-07-08
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<170> Patente En versión 3.2
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 1 Adelante
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgtcaactcg gagatatgaa
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 1 Atrás
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgtatccgaat ccttcctcgt
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 2 Adelante
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipattcgttgca ctcatgacag
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 2 Atrás
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctcgcaactt ctgctactca
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 3 Adelante
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctgttggcta tgcacgatct
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 3 Atrás
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctgggaatag gagttaccga
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 4 Adelante
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgcaccgtcca catctacatt
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 4 Atrás
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctgcacgcat gcctgtatat
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 5 Adelante
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgcgtgaagct aattctgctg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador PCR: FAMILIA 5 Atrás
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipactgacacga caacccgtac
\hfill20
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<210> 11
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Cebador PCR: FAMILIA 6 Adelante
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<400> 11
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\hfill20
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<210> 12
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Cebador PCR: FAMILIA 6 Atrás
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<400> 12
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<210> 13
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Cebador PCR: FAMILIA 7 Adelante
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<400> 13
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<210> 14
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Cebador PCR: FAMILIA 7 Atrás
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<400> 14
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<210> 15
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Cebador PCR: FAMILIA 8 Adelante
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<400> 15
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<210> 16
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Cebador PCR: FAMILIA 8 Atrás
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<400> 16
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\hfill20
Claims (20)
1. Una composición farmacéutica que consta de un
panel de bacteriófagos que comprende un primer bacteriófago mutante
vir capaz de infectar y lisar una primera cepa de bacteria, y
un segundo bacteriófago mutante vir capaz de infectar y
lisar una segunda cepa de bacteria de la misma especie de bacteria y
en donde el primer y segundo mutantes vir presentan una
mutación en la región operadora que previene la unión de una
proteína represora a un operador, en combinación con un excipiente
farmacéuticamente aceptable.
2. Una composición
anti-bacteriana que consta de un panel de
bacteriófagos que comprende un primer bacteriófago mutante
vir capaz de infectar y lisar una primera cepa de bacteria, y
un segundo bacteriófago mutante vir capaz de infectar y
lisar una segunda cepa de bacteria de la misma especie de bacteria y
en donde el primer y segundo mutantes vir presentan una
mutación en la región operadora que previene la unión de una
proteína represora a un operador, en combinación con un
excipiente.
3. Una composición de acuerdo con la
reivindicación 1 o la reivindicación 2, en donde cada citada cepa de
bacteria es un patógeno de humano o animal o vegetal.
4. Una composición de acuerdo con la
reivindicación 1 o la reivindicación 2 que comprende diferentes
bacteriófagos efectivos contra diferentes bacterias.
5. Una composición de acuerdo con la
reivindicación 1 o la reivindicación 2 que comprende al menos un
cambio en el rango de huéspedes del bacteriófago mutante, que en el
aislamiento de una bacteria huésped original no es capaz de
infectar una segunda cepa de la bacteria, pero que en la una
mutación con un agente mutagénico pasa a ser capaz de infectar la
segunda cepa de la bacteria.
6. Una composición de acuerdo con la
reivindicación 1 o la reivindicación 2, en donde al menos una de las
citadas cepas de bacterias es resistente a uno o más
antibióticos.
7. Una composición farmacéutica de acuerdo con
la reivindicación 1, adaptada para aplicación tópica.
8. Una composición farmacéutica de acuerdo con
la reivindicación 1 para usar como un medicamento.
9. Una composición farmacéutica de acuerdo con
la reivindicación 1 para la profilaxis de una infección
bacteriana.
10. El uso de una composición antibacteriana de
acuerdo con la reivindicación 2 como un desinfectante, con la
condición que la composición antibacteriana no se utilice para el
tratamiento en el cuerpo humano o animal mediante cirugía o
terapia.
11. El uso de una composición antibacteriana de
acuerdo con la reivindicación 2 como un antiséptico, con la
condición que la composición anti-bacteriana no se
utilice para el tratamiento en el cuerpo humano o animal mediante
cirugía o terapia.
12. El uso de una composición antibacteriana de
acuerdo con la reivindicación 2 como un constituyente de un
dispositivo, mecanismo quirúrgico o médico.
13. Un método de identificación de un apropiado
bacteriófago para matar una bacteria, que comprende las etapas
de:
(i) identificación de uno o más fagos de
características sensibles de una bacteria en una muestra obtenida
de un paciente,
(ii) comparación de las características de la
etapa (ii) con las conocidas para el rango de huésped de cada
bacteriófago de una biblioteca de bacteriófagos, dicha biblioteca de
bacteriófagos consta de un primer bacteriófago mutante vir
capaz de infectar y lisar una primera cepa de bacteria y un segundo
mutante vir capaz de infectar y lisar una segunda cepa de
bacteria de la misma especie de bacteria; e
(iii) identificación de uno o más bacteriófagos
del apropiado panel para matar dicha bacteria.
14. Un método de acuerdo con la reivindicación
13, en donde la presencia o ausencia de uno o más profagos en dicha
bacteria se determina mediante PCR usando un par de cebadores para
amplificar el ADN del profago de dicha bacteria.
15. Un medio de datos de almacenamiento legible
por una máquina, que comprende un material de almacenamiento de
datos codificado con datos legibles por una máquina, en donde los
datos definen una o más características de cada bacteriófago en un
panel de bacteriófagos en una composición farmacéutica o
antibacteriana como se define en las reivindicaciones 1 o 2.
16. Un medio de datos de almacenamiento legible
por una máquina, que comprende un material de almacenamiento de
datos codificado con datos legibles por una máquina, en donde los
datos definen una o más características de cada bacteriófago en
una biblioteca como se define en la reivindicación 13.
17. Un método de producción de una composición
farmacéutica o una composición antibacteriana de acuerdo con la
reivindicación 1 o 2, que comprende:
(i) cultivo de una primera bacteria
donante;
(ii) identificación de uno o más bacteriófagos
atemperados, de la citada bacteria donante;
(iii) mutación de los bacteriófagos
atemperados;
(iv) aislamiento de uno o más mutantes
vir primeros de dichos bacteriófagos, el citado primer
mutante vir comprende una mutación en una región operadora
la cual previene la unión de un represor al operador; y
(v) repetición de las etapas (i) a (iv) usando
una segunda bacteria donante la cual es una segunda cepa de
bacteria de la misma especie como la primera bacteria donante, para
identificar un segundo mutante vir que comprende una
mutación en una región operadora la cual previene la unión de un
represor al operador.
18. Un método de producción de una composición
de acuerdo con la reivindicación 17, en donde:
(i) la primera bacteria donante es
co-cultivada con una segunda, cultivando la cepa de
la bacteria infectada con el bacteriófago; y
(ii) uno o más bacteriófagos atemperados citados
se identifican.
19. Un método de producción de una composición
de acuerdo con la reivindicación 17 en donde:
(i) la bacteria donante se induce para producir
bacteriófagos atemperados, con un agente físico o químico; y
(ii) uno o más bacteriófagos atemperados citados
se identifican.
20. Un método de producción de una composición
farmacéutica o una composición antibacteriana de acuerdo con la
reivindicación 5 que comprende:
(i) aislamiento de una primera bacteria donante
de interés:
(ii) ya sea (a) co-cultivo de la
primera bacteria con una segunda, cultivando la cepa de la bacteria
infectada con el bacteriófago o (b) inducción de dicha bacteria
donante para producir el bacteriófago atemperado, con un agente
físico o químico;
(iii) identificación de uno o más bacteriófagos
atemperados obtenidos a partir de la mencionada, primera bacteria
donante;
(iv) mutación de los dichos bacteriófagos
atemperados identificados en la etapa (iii) con un mutágeno; y
(v) cultivo de los bacteriófagos atemperados
obtenidos en la etapa (iv), con una tercera cepa de la bacteria,
sin infectar previamente con el bacteriófago, para identificar uno o
más bacteriófagos para cambiar el rango de huéspedes.
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