ES2239046T3 - Metodo para mejorar la estabilidad y ampliar el intervalo de ph de xilanasas de la familia g/11. - Google Patents

Metodo para mejorar la estabilidad y ampliar el intervalo de ph de xilanasas de la familia g/11.

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ES2239046T3 ES00969578T ES00969578T ES2239046T3 ES 2239046 T3 ES2239046 T3 ES 2239046T3 ES 00969578 T ES00969578 T ES 00969578T ES 00969578 T ES00969578 T ES 00969578T ES 2239046 T3 ES2239046 T3 ES 2239046T3
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Abstract

Una enzima xilanasa modificada de la familia G/11, en la que dicha xilanasa modificada tiene una termoestabilidad y una estabilidad frente al pH aumentadas con respecto a una xilanasa salvaje correspondiente, habiéndose modificado la enzima salvaje mediante la unión de la secuencia N-terminal de la enzima por al menos un puente disulfuro a la cadena â adyacente.

Description

Método para mejorar la estabilidad y ampliar el intervalo de pH de xilanasas de la familia G/11.
Campo de la invención
Esta invención se refiere a la ingeniería de proteínas, y concierne especialmente a las xilanasas de la familia G/11, y a los genes que codifican dichas enzimas. Específicamente, la invención concierne al gen XYNII de Trichoderma reesei, que codifica la endo-1,4-\beta-xilanasa (EC 3.2.1.8). La invención describe cómo la mutagénesis dirigida puede usarse para mejorar las propiedades de una enzima para ajustarse a las condiciones industriales donde se usa. La ingeniería de proteínas puede usarse para mejorar la termoactividad y termoestabilidad de las xilanasas, así como para ampliar su intervalo de pH.
Fundamentos de la invención
Las xilanasas son glicosil-hidrolasas que hidrolizan cadenas de xilopiranósido unidas mediante uniones \beta-1,4. Las xilanasas se han encontrado en al menos un centenar de organismos diferentes. Junto con otras glicosil-hidrolasas, forman una superfamilia que incluye más de 40 familias de enzimas diferentes (Henrissat y Bairoch, 1993). Las xilanasas de la familia 11 (previamente G) se definen por las similitudes en sus secuencias génicas, estructuras proteicas y mecanismos catalíticos. Las características comunes para los miembros de esta familia son una alta homología genética, un tamaño de aproximadamente 20 kDa, y un mecanismo catalítico de doble desplazamiento (Tenkanen et al., 1992; Wakarchuk et al., 1994).
Las xilanasas de la familia 11 consisten principalmente en cadenas \beta que forman dos grandes láminas \beta, y en una hélice \alpha. Éstas forman una estructura que se asemeja a una mano derecha parcialmente cerrada, en la que las láminas \beta se denominan láminas A y B (Törrönen y Rouvinen, 1997). Las xilanasas de la familia 11 tienen un especial interés en aplicaciones industriales, porque su estructura es estable, y no son susceptibles a la actividad de las proteasas. Además, las xilanasas pueden producirse económicamente a escala industrial. Se sabe que Trichoderma reesei produce tres xilanasas diferentes, de las cuales las xilanasas I y II (XynI y XynII) son las mejor caracterizadas (Tenkanen et al., 1992).
XynI tiene un tamaño de 19 kDa, y comparada con XynII tiene un bajo punto isoeléctrico y pH óptimo (pI 5,5, pH 3-4). XynII tiene un tamaño de 20 kDa y tiene un pI de 9,0 y un pH óptimo de 5,0-5,5 (Törrönen y Rouvinen, 1995).
Las aplicaciones industriales más importantes de las xilanasas son el blanqueo de pasta, la modificación de fibras textiles, y la modificación de biomasa para mejorar su digestión en alimentación animal (Prade, 1996). Un denominador común a todas estas aplicaciones es las condiciones extremas a las que se enfrenta la enzima. Las altas temperaturas, y un pH que difiere sustancialmente del pH óptimo de muchas xilanasas disminuyen la utilidad eficaz de las xilanasas actualmente disponibles en aplicaciones industriales.
En aplicaciones para piensos, la enzima se enfrenta a condiciones de alta temperatura en un tiempo corto (p.ej. 2-5 min a 90ºC) durante la preparación del pienso. Sin embargo, la actividad catalítica real de la enzima se necesita a temperaturas inferiores (p.ej. \sim37ºC). Por consiguiente, la enzima no debería inactivarse irreversiblemente a altas temperaturas, mientras que tiene que ser activa a temperaturas relativamente bajas.
En el blanqueo de pasta el material que viene del lavado alcalino tiene una alta temperatura (> 80ºC) y pH (> 10). Ninguna de las xilanasas comercialmente disponibles sobrevive a estas condiciones. La pasta debe enfriarse y el pH alcalino neutralizarse para tratar la pasta con las xilanasas actualmente disponibles. Esto significa un aumento de los costes. La ingeniería de proteínas se ha usado - algunas veces exitosamente - para estabilizar las xilanasas para que resistan el efecto desnaturalizante de la alta temperatura y pH.
Se han encontrado y clonado varias xilanasas termoestables, alcalinófilas y acidófilas de organismos termófilos (Bodie et al., 1995; Fukunaga et al., 1998). Sin embargo, la producción de cantidades económicas de estas enzimas ha resultado ser difícil en la mayoría de los casos. Por tanto, la xilanasa II de T. reesei, que no es tan termoestable, se encuentra en uso industrial porque puede producirse a un bajo coste en grandes cantidades. Como una alternativa al aislamiento de nuevas xilanasas, o al desarrollo de procedimientos de producción, puede contemplarse la modificación por ingeniería de las xilanasas usadas actualmente para que sean más estables en condiciones extremas.
La estabilidad de la xilanasa de Bacillus circulans se ha aumentado mediante puentes disulfuro, uniendo el extremo N-terminal de la proteína al extremo C-terminal y la parte N-terminal de la hélice \alpha a la cadena \beta vecina (Wakarchuk et al., 1994). También Campbell et al., (1995) han modificado la xilanasa de Bacillus circulans mediante puentes disulfuro inter- e intramoleculares, para aumentar la termoestabilidad. Por otro lado, la estabilidad de la xilanasa II de T. reesei se ha mejorado cambiando la región N-terminal por la parte respectiva de una xilanasa termófila (Sung et al., 1998). Además de la termoestabilidad mejorada, el intervalo de actividad de la enzima se amplió en el pH alcalino. También se han usado mutaciones en un solo punto para aumentar la estabilidad de la xilanasa de Bacillus pumilus (Arase et al., 1993). La influencia de la mutagénesis en la estabilidad se ha estudiado en muchas otras enzimas. Comparando las estructuras de las enzimas termófilas y mesófilas se ha obtenido mucha información (Vogt et al., 1997). La información estructural de las xilanasas termófilas ha proporcionado también información acerca de los factores que influencian la termoestabilidad de las xilanasas (Gruber et al., 1998; Harris et al., 1997).
Compendio de la invención
La presente invención se refiere a xilanasas que pertenecen a las glicosil-hidrolasas de la familia 11 (previamente G). La invención proporciona xilanasas modificadas para cambiar su termoestabilidad, termoactividad, y/o ampliar su intervalo de pH.
Varias modificaciones en la estructura de la xilanasa de Trichoderma reesei, bien solas o en combinaciones, dan como resultado los cambios descritos en esta invención:
(1) la estabilidad de la enzima se aumenta mediante la unión de la región N-terminal por puentes disulfuro (por ejemplo, los puentes formados por los pares de mutaciones T2C y T28C; P5C y N19C; T7C y S16C; N10C y N29C) al cuerpo de la proteína;
(2) el extremo C-terminal se estabiliza por extensión con un ácido aspártico adicional (+191D) que forma un puente salino con la arginina 58 (la lisina 58 de la enzima salvaje se ha cambiado por una arginina (K58R));
Específicamente, la presente invención proporciona una xilanasa de Trichoderma reesei modificada en la que los aminoácidos T2 y T28 se han cambiado por cisteínas, K58 se ha cambiado por una arginina, y se ha añadido un ácido aspártico (+191D) al extremo C-terminal de la enzima, formando así un puente disulfuro entre los aminoácidos T2C y T28C, y un puente salino entre los aminoácidos K58R y +191D.
Breve descripción de los dibujos
Figura 1. Un juego de oligonucleótidos usados en la mutagénesis de la xilanasa (codones cambiados subrayados). Las secuencias se proporcionan también en el Listado de Secuencias que acompaña como las secuencias 1 a 12.
Figura 2. Una gráfica que presenta el efecto de las mutaciones T2C, T28C, K58R, y +191D en el óptimo térmico de XynII de T. reesei (WT = enzima salvaje; Y5 = XynII de T. reesei mutada).
Figura 3. Una gráfica que presenta el efecto de las mutaciones T2C, T28C, K58R, y +191D en la actividad dependiente del pH de XynII de T. reesei (WT e Y5 como en la Figura 2).
Figura 4. Una gráfica que presenta el efecto de las mutaciones T2C, T28C, K58R, y +191D en la inactivación de XynII de T. reesei a diferentes temperaturas (WT e Y5 como en la Figura 2).
Descripción detallada de la invención
Las xilanasas de la familia G/11 procedentes de bacterias, levaduras y hongos tienen una estructura molecular común. Ejemplos de tales xilanasas son:
XynA de Aspergillus niger
XynC de Aspergillus kawachii
XynA de Aspergillus tubigensis
XynA de Bacillus circulans
XynA de Bacillus pumilus
XynA de Bacillus subtilis
XynA de Neocallimastix patriciarum
XynB de Streptomyces lividans
XynC de Streptomyces lividans
XynII de Streptomyces thermoviolaceus
XynA de Thermonospora fusca
Xyn de Trichoderma harzianum
XynI de Trichoderma reesei, XynII de Trichoderma reesei
Xyn de Trichoderma viride
La invención trata de xilanasas de la familia G/11 con las siguientes características comunes:
(i) Enzimas en las que la secuencia N-terminal es una parte de la lámina \beta de doble capa (en las xilanasas de la familia 11 las láminas A y B (Gruber et al., 1998)) y en las que la primera cadena \beta (en XynII de T. reesei los aminoácidos 5-10) o el extremo N-terminal pueden estar unidos por puentes disulfuro bien a las cadenas \beta adyacentes (en XynII de T. reesei los aminoácidos 13-19) o a otras regiones vecinas.
(ii) Enzimas en las que la cadena peptídica C-terminal forma una cadena \beta (en XynII de T. reesei los aminoácidos 183-190), que es una parte de una lámina \beta mayor, y en las que la región C-terminal puede estar unida por puentes disulfuro a las cadenas \beta adyacentes o por puentes salinos al cuerpo de la enzima.
La xilanasa II de T. reesei tiene las propiedades mencionadas anteriormente y en dicha enzima la termoestabilidad, la estabilidad frente al pH y la termoactividad pueden modificarse basándose en estas propiedades. Se han realizado los siguientes cambios en el gen de la xilanasa (XYNII) de T. reesei:
1. Por mutagénesis dirigida se forman puentes disulfuro en la región N-terminal:
* Las treoninas 2 y 28 se cambian por cisteínas, dando como resultado un puente disulfuro que se forma entre ellas (T2C y T28C).
* La prolina 5 y la asparagina 19 se cambian por cisteínas, dando como resultado un puente disulfuro que se forma entre ellas (P5C y N19C).
* La treonina 7 y la serina 16 se cambian por cisteínas, dando como resultado un puente disulfuro que se forma entre ellas (T7C y S16C).
* La asparagina 10 y la asparagina 29 se cambian por cisteínas, dando como resultado un puente disulfuro que se forma entre ellas (N10C y N29C).
2. Por mutagénesis dirigida, el extremo C-terminal se une más estrechamente al cuerpo de la enzima añadiendo como cambio recombinante un aminoácido (p.ej. ácido aspártico o ácido glutámico) al extremo C-terminal de la xilanasa, que seguidamente forma un puente salino desde el extremo C-terminal hacia el cuerpo de la enzima. Si resulta apropiado, puede realizarse la sustitución de un aminoácido adecuado en el cuerpo de la proteína, para posibilitar la formación de un puente salino.
* Se añade un ácido aspártico (+191D) a la serina C-terminal (S190). Esto da como resultado un puente salino con la arginina en posición 58, donde la lisina salvaje se ha sustituido por una arginina (K58R).
Métodos de la invención
La producción de los genes XYNII mutados y recombinantes se llevó a cabo mediante los siguientes procedimientos generales:
1. Vector de expresión y producción de la enzima
La xilanasa II de T. reesei se produjo en las cepas de E. coli XL1-Blue o Rv308 usando el vector pKKtac (VTT, Espoo, Finlandia) o el vector pALK143 (ROAL, Rajamäki, Finlandia). El gen XYNII de T. reesei se clonó directamente por PCR del cDNA de T. reesei en el vector pKKtac (inducción de la expresión por IPTG). Alternativamente, se usó el plásmido pALK143 que contiene el gen XYNII de T. reesei. Ambos vectores secretan la xilanasa al medio; el vector pKKtac mediante la secuencia señal de la pectato-liasa (peIB) y el vector pALK143 mediante la secuencia señal de la amilasa.
2. Mutagénesis dirigida y producción del gen XYNII recombinante
La producción del gen XYNII de T. reesei mutado usado en los Ejemplos de esta solicitud, se efectuó como sigue: las mutaciones se produjeron por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) usando cebadores oligonucleotídicos que contenían las secuencias de los codones cambiados. En la Figura 1 se dan ejemplos de los oligonucleótidos usados, así como en el Listado de Secuencias que acompaña como las secuencias 1 a 12. La PCR usando los cebadores (que contenían la mutación deseada) se llevó a cabo por el método Quick Change (Stratagene, Westburg, Leusden, Holanda) y por métodos conocidos en general. Se usó PfuTurbo como DNA polimerasa (Stratagene, La Jolla, Ca, USA). Las cepas de E. coli clonadas se cultivaron en placas que contenían xilano (xilano de madera de abedul: Sigma, Steinheim, Alemania) acoplado a azul brillante de Rhemazol. La actividad xilanasa pudo verse como halos alrededor de las colonias (Biely et al., 1985).
3. Determinación de la actividad de las xilanasas
La actividad xilanasa de las muestras enzimáticas se determinó midiendo la cantidad de azúcares reductores liberados de la fibra de xilano hidrolizada. Los azúcares reductores se midieron por el método del DNS (ácido 3,5-dinitrosalicílico) en tampón citrato-fosfato 50 mM (Bailey et al., 1992). La determinación de la actividad estándar se llevó a cabo a pH 5 y 50ºC.
4. Determinación de la estabilidad de las enzimas
La estabilidad de las xilanasas se ensayó midiendo la semivida de las enzimas modificadas a diferentes temperaturas. La enzima se incubó durante tiempos variables a 55 ó 65ºC y se midió la actividad residual como se describe anteriormente. La estabilidad a altas temperaturas se midió también incubando las enzimas durante 10 min a temperaturas variables y midiendo subsiguientemente la actividad residual por el método del DNS. La actividad xilanasa dependiente del pH se midió determinando la actividad de la enzima a valores de pH variables. El óptimo de temperatura de la enzima se determinó midiendo la actividad a temperaturas variables (10 min, pH 5). Las propiedades de las enzimas mutadas se compararon con la enzima XynII de T. reesei salvaje.
Ejemplos de mutaciones Ejemplo 1
Las tres mutaciones (T2C, T28C y K58R) y el cambio recombinante (+191D) se realizaron en XynII de T. reesei usando los métodos descritos anteriormente. La enzima mutante se designó como Y5. Dicha enzima mutante se expresó en E. coli, que se cultivó a +37ºC en matraces en agitación usando caldo Luria como medio de crecimiento. Después del cultivo, las células se eliminaron por centrifugación y la xilanasa secretada al medio se caracterizó en condiciones variables, como se describe anteriormente. La Figura 2 muestra el efecto de la temperatura en la actividad de la enzima cuando la enzima mutante Y5 (T2C, T28C, K58R, +191D) y la salvaje (XynII de T. reesei) se incubaron durante 10 min con xilano de madera de abedul a temperaturas variables, y la cantidad relativa de los azúcares reductores según se liberaban se midió con el método del DNS. Dichas mutaciones mejoraron el óptimo de temperatura de la xilanasa en aproximadamente 15ºC.
Ejemplo 2
La xilanasa mutante con tres mutaciones (T2C, T28C, K58R, +191D) descrita en el Ejemplo 1 se incubó durante 10 min en xilano de madera de abedul al 1% a 50ºC en tampón citrato-fosfato, a valores de pH variables. La Figura 3 muestra la cantidad relativa de azúcares reductores según se liberaban para las xilanasas mutante y salvaje. Las mutaciones ampliaron ligeramente la actividad dependiente del pH de la enzima en dirección alcalina. La enzima mutante fue más activa que la enzima salvaje a pH 7-8; la actividad de la enzima mutante fue aproximadamente un 20% mayor a pH 8 (50ºC).
Ejemplo 3
El mutante con tres mutaciones mencionado anteriormente (T2C, T28C, K58R, +191D) y la enzima salvaje se incubaron durante 10 min a temperaturas variables. Después de la incubación, las muestras se enfriaron y se determinó la actividad residual en condiciones estándar. La enzima salvaje estaba completamente inactivada ya a 55-60ºC. La enzima mutante retuvo aproximadamente un 50% de su actividad incluso a 65ºC (Figura 4). La Tabla 1 más abajo muestra las semividas (T1/2) de la xilanasa mutante (Y5) y salvaje a 55ºC y 65ºC.
TABLA 1
pH 5 pH 8
55ºC
Y5 estable estable
XynII salvaje \sim5 min \sim2 min
65ºC
Y5 20-25 min \sim10 min
XynII salvaje 40 seg
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<120> Método para mejorar la estabilidad y ampliar el intervalo de pH de xilanasas de la familia G/11
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<130> 34142
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<141>
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<160> 12
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<170> PatentIn Ver. 2.1
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<210> 1
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<211> 27
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación T2C
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación K58R
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<400> 3
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ggcaccaaga acagggtcat caacttctcg ggc
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33
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<210> 4
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<211> 33
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación +191D
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<400> 4
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tccatcaccg tcagcgatta aagggggctc ttc
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33
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<210> 5
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<211> 32
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación P5C
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<400> 5
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cccagacgat tcagtgcggc acgggctaca ac
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32
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<210> 6
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<211> 32
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación N19C
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<400> 6
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cttctactcg tactggtgcg atggccacgg cg
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32
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<210> 7
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<211> 32
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación T7C
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<400> 7
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cgattcagcc cggctgcggc tacaacaacg gc
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32
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<210> 8
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<211> 35
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación S16C
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<400> 8
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caacggctac ttctactgct actggaacga tggcc
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35
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<210> 9
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<211> 34
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación N10C
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<400> 9
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ccggcacggg ctactgcaac ggctacttct actc
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34
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<210> 10
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<211> 31
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<212> DNA
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación N29C
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<400> 10
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31
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<210> 11
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<211> 27
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación L105C
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<400> 11
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ggcgccacca agtgcggcga ggtcacc
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27
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<211> 28
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: El oligonucleótido usado en la mutación Q162C
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<400> 12
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gcgtgggctc agtgcggcct gacgctcg
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28
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Claims (12)

1. Una enzima xilanasa modificada de la familia G/11, en la que dicha xilanasa modificada tiene una termoestabilidad y una estabilidad frente al pH aumentadas con respecto a una xilanasa salvaje correspondiente, habiéndose modificado la enzima salvaje mediante la unión de la secuencia N-terminal de la enzima por al menos un puente disulfuro a la cadena \beta adyacente.
2. La enzima xilanasa modificada de la reivindicación 1, habiéndose modificado la enzima salvaje adicionalmente por la adición al extremo C-terminal de la enzima de un aminoácido para formar un puente salino desde dicho aminoácido al cuerpo de la proteína.
3. La xilanasa modificada según la reivindicación 1 ó 2, en la que la unión de la secuencia N-terminal de la enzima a la cadena \beta adyacente se ha efectuado formando un puente disulfuro entre los aminoácidos T2C y T28C, basándose la numeración en la numeración de los aminoácidos de la xilanasa II de Trichoderma reesei (XynII).
4. La xilanasa modificada según la reivindicación 3, en la que al extremo C-terminal de la enzima se ha añadido un ácido aspártico o un ácido glutámico de tal forma que se forma un puente salino entre dicho aminoácido añadido y un aminoácido adecuado en el cuerpo de la proteína.
5. La xilanasa modificada según la reivindicación 4, en la que los aminoácidos T2 y T28 se han cambiado por cisteínas, K58 se ha cambiado por arginina, y al extremo C-terminal de la enzima se ha añadido un aminoácido aspártico (+191D), formando así un puente disulfuro entre los aminoácidos T2C y T28C y un puente salino entre los aminoácidos K58R y +191D, basándose la numeración en la numeración de los aminoácidos de la xilanasa II de T. reesei (XynII).
6. La xilanasa modificada según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en la que la xilanasa es una xilanasa de Trichoderma reesei.
7. La xilanasa modificada según la reivindicación 6, en la que la xilanasa es la xilanasa II de Trichoderma reesei (XynII).
8. Un método para mejorar la termoestabilidad y la estabilidad frente al pH de las xilanasas de la familia G/11, que comprende llevar a cabo el paso de:
- unir la secuencia N-terminal de la enzima por al menos un puente disulfuro a la cadena \beta adyacente.
9. El método de la reivindicación 8, que comprende adicionalmente llevar a cabo el paso de añadir al extremo C-terminal de la enzima un aminoácido para formar un puente salino desde dicho aminoácido al cuerpo de la proteína.
10. El método según la reivindicación 9, en el que el aminoácido añadido es ácido aspártico o ácido glutámico.
11. El método según la reivindicación 10, en el que en la xilanasa de T. reesei (XynII), el ácido aspártico o ácido glutámico adicional forma un puente salino con el aminoácido 58 que se ha cambiado por arginina.
12. El método según cualquiera de las reivindicaciones 8 a 11, que comprende cambiar los aminoácidos T2 y T28 por cisteínas, y K58 por arginina, y añadir al extremo C-terminal de la enzima un ácido aspártico (+191D), formando así un puente disulfuro entre los aminoácidos T2C y T28C y un puente salino entre los aminoácidos K58R y +191D, basándose la numeración en la numeración de los aminoácidos de la xilanasa II de T. reesei (XynII).
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