EA038600B1 - Основанные на клетках перекрестные анализы и их применение - Google Patents

Основанные на клетках перекрестные анализы и их применение Download PDF

Info

Publication number
EA038600B1
EA038600B1 EA201491833A EA201491833A EA038600B1 EA 038600 B1 EA038600 B1 EA 038600B1 EA 201491833 A EA201491833 A EA 201491833A EA 201491833 A EA201491833 A EA 201491833A EA 038600 B1 EA038600 B1 EA 038600B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
data
model
network
cells
angiogenesis
Prior art date
Application number
EA201491833A
Other languages
English (en)
Other versions
EA201491833A1 (ru
Inventor
Нивен Раджин Нараин
Рангапрасад Сарангараджан
Вивек К. Вишнудас
Минь Ду
Тони Уолш
Original Assignee
Берг Ллк
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Берг Ллк filed Critical Берг Ллк
Publication of EA201491833A1 publication Critical patent/EA201491833A1/ru
Publication of EA038600B1 publication Critical patent/EA038600B1/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/04—Anorexiants; Antiobesity agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/025—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Diabetes (AREA)

Abstract

Рассмотрено открытие платформенной технологии для анализирования биологической системы или процесса (например, такого патологического состояния, как злокачественная опухоль) с помощью построения модели.

Description

Родственные заявки
По заявке на настоящий патент испрашивается приоритет в соответствии с предварительной заявкой на патент с серийным номером 61/619326, поданной 2 апреля 2012 г.; предварительной заявкой на патент с серийным номером 61/668617, поданной 6 июля 2012 г.; предварительной заявкой на патент с серийным номером 61/620305, поданной 4 апреля 2012 г.; предварительной заявкой на патент с серийным номером 61/665631, поданной 28 июня 2012 г.; предварительной заявкой на патент с серийным номером 61/678596, поданной 1 августа 2012 г., и предварительной заявкой на патент с серийным номером 61/678590, поданной 1 августа 2012 г., полное содержание каждой включено в настоящий документ посредством ссылки.
Уровень техники
Открытие новых лекарственных средств было значительно ускорено с момента открытия ДНК в 1964 году Джеймсом Уотсоном и Фрэнсисом Криком, пионерами того, что мы сегодня называем молекулярной биологией. Инструменты и продукты молекулярной биологии позволяют обеспечивать быстрое, подробное и точное измерение генной регуляции как на уровне ДНК, так и РНК. За следующие три десятилетия после перевернувшего мировоззрение открытия стало известно о генезисе нокаутных животных моделей, ключевых связанных с ферментами реакциях и появилось новое понимание механизмов заболевания и патофизиологии от вышеупомянутых платформ. Весной 2000 года, когда Крейг Вентер и Фрэнсис Коллинз анонсировали начальное секвенирование генома человека, научный мир вступил в новую волну медицины.
Картирование генома немедленно вызвало надежды, например, возможности контролировать заболевание еще до его инициирования, использования генной терапии для полного изменения дегенеративных процессов мозга, которые вызывают заболевание Альцгеймера или Паркинсона, и конструкта, который может быть введен в опухолевый сайт и вызвать искоренение заболевания, восстанавливая нормальную архитектуру ткани и физиологию. Другие приняли спорные неожиданные повороты и предложили понятие создания желаемого потомства в соответствии с цветом глаз или волос, ростом и т.д. Десять лет спустя, однако, мы все еще ждем без определенного продвижения в видении достижения устойчивого успеха генной терапии или даже элементарного контроля генетического процесса.
Таким образом, видимая реальность такова, что генетика, по меньшей мере, зависящая от поддерживающих конструктов, не достигла конечной точки физиологии. Действительно, многие процессы, такие как посттранскрипционные модификации, мутаций, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и трансляционные модификации могут изменить провидение гена и/или кодируемый им комплементарный белок, и тем самым внести свой вклад в патологический процесс.
Сущность изобретения
Информационный век и создание Интернета вызывает информационную перегрузку, но также содействует развитию международного сотрудничества и критики. По иронии судьбы, вышеупомянутые реалии могут также быть причиной недооценивания научным сообществом нескольких простых пунктов, включающих в себя то, что связь сигнальных каскадов и взаимовлияние внутри и между клетками и/или тканями определяет гомеостаз и обмен сообщениями для осуществления корректирующих механизмов, когда что-то идет неправильно.
Доказывающий это пример относится к сердечно-сосудистому заболеванию (CVD), которое остается ведущей причиной смерти в Соединенных Штатах и большей части развитого мира и на которое приходится 1 из каждых 2,8 смертей в одних только США. Кроме того, CVD представляет собой основную патологию, которая способствует связанным с ней осложнениям, таким как хроническое заболевание почек (~ 19 млн случаев в США), синдром хронической усталости и ключевой фактор при метаболомическом синдроме. Значительные достижения в области технологий, связанных с диагностикой, малоинвазивными хирургическими методами, стентами с лекарственным покрытием и эффективным клиническим надзором, способствовали беспрецедентному периоду роста в области интервенционной кардиологии и позволили более эффективное лечение CVD. Тем не менее, этиология заболевания, связанного с сердечно-сосудистым заболеванием и связанными с ним сопутствующими заболеваниями, такими как диабет и заболевание периферических сосудов, еще полностью не выяснена.
Новые подходы для изучения механизмов и путей, вовлеченных в биологический процесс, такие как этиологии патологических состояний (например, CVD) и идентификация ключевых регулирующих путей и/или молекул-мишеней (например, лекарственных мишеней) и/или маркеров для улучшения диагностики, ведения и/или лечения заболевания, по-прежнему отсутствуют.
Описанное в настоящем документе изобретение основано, по меньшей мере частично, на новом, совместном использовании сети биологических, геномных, протеомных, метаболомических, транскриптомных и биоинформатических инструментов и методологий, которые, в сочетании, могут быть использованы для изучения любой представляющей интерес биологической системы, такой как отдельные патологические состояния, включающие в себя злокачественную опухоль, диабет, ожирение, сердечнососудистое заболевание и ангиогенез, используя системы биологического подхода. На первом этапе разрабатывают клеточные системы моделирования для исследования различных биологических систем, таких как патологический процесс, включающий связанные с заболеванием клетки, подвергнутые различ
- 1 038600 ным относящимся к заболеваниям окружающим раздражителям (например, гипергликемии, гипоксии, иммунострессу и перекисному окислению липидов, плотности клеток, агонистам и антагонистам кровеносных сосудов). Согласно некоторым вариантам осуществления клеточная система моделирования включает в себя клеточные механизмы взаимовлияния между различными взаимодействующими типами клеток (например, гладкомышечные клетки аорты (HASMC), клетки проксимальных канальцев почек (HK-2), аорты, эндотелиальные клетки (HAEC) и фибробласты кожи (HDFA)). Высокоэффективное биологическое считывание от модели клеточной системы получают с использованием комбинации техник, включающим в себя, например, новейшую масс-спектрометрию (ЖХ/МСМС), проточную цитометрию, анализы на основе клеток и функциональные анализы. Высокоэффективные биологические считывания затем подвергают биоинформатическому анализу для изучения тенденций конгруэнтных данных с помощью моделирования in vitro, in vivo и in silico. Полученные матрицы позволяют перекрестный интеллектуальный анализ данных, где линейный и нелинейный регрессионный анализ разрабатывали для достижения неопровержимых точек давления (или хабов). Эти представленные в настоящем документе хабы представляют собой кандидатов для открытия новых лекарственных средств. В частности, эти хабы представляют собой потенциальные маркеры мишеней лекарственных средств и/или заболевания.
Молекулярные сигнатуры дифференциалов позволяют понимание механизмов, которые диктуют изменения в микроокружении ткани, которые приводят к началу и прогрессированию заболевания. Взятые вместе, комбинация вышеупомянутых технологических платформ со стратегическим клеточным моделированием позволяют получать надежную информацию, которая может быть использована в дальнейшем для установления понимания заболевания при создании библиотеки биомаркеров и кандидатных лекарственных средств, которые могут клинически усиливать стандарт лечения.
Кроме того, этот подход полезен не только для диагностики заболеваний или вмешательства, но и характеризуется общей применимостью практически во всех патологических или не патологических состояниях в биологических системах, таких как биологические системы, где взаимодействуют две или более системы клеток. Например, этот подход применим для получения способности проникнуть в сущность механизмов, связанных с или вызывающих токсичность лекарственных средств. Таким образом, в настоящем изобретении предусмотрена основа для перекрестной биологической оценки, которая может, как правило, применяться в широком спектре настроек.
Существенная особенность платформы согласно настоящему изобретению заключается в том, что основанная на ИИ система основывается на наборе данных, полученных от модели клеточной системы, не прибегая к или принимая во внимание любые имеющиеся знания в настоящей области техники, такие как известные биологические связи (т.е. нет искусственных точек данных) в отношении биологического процесса. Соответственно, полученные в результате статистические модели, полученные с платформы, характеризуются объективностью. Другая важная особенность платформы согласно настоящему изобретению и ее компонентов, например, моделей клеточных систем и наборов данных, полученных из них, заключается в том, что она позволяет постоянное построение на клеточных моделях с течением времени (например, путем введения новых клеток и/или условий), например, первоначальная консенсусная сеть причинно-следственных связей первого поколения, полученная от клеточной модели для биологической системы или процесса, может развиваться вместе с развитием самой клеточной модели до сети причинно-следственных связей множественных поколений (и полученных оттуда дельта или дельта-дельта сетей). Таким образом, обе клеточные модели, наборы данных от клеточных моделей и сети причинноследственных связей, получаемые от клеточных моделей с помощью способов платформенной технологии, могут постоянно развиваться и строиться на предыдущих знаниях, полученных от платформенной технологии.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы идентификации модулятора биологической системы, способы, включающие создание модели для биологической системы, использующей клетки, связанные с биологической системой, для представления характерного аспекта биологической системы;
получение первого набора данных от модели, причем первый набор данных представляет собой глобальные протеомные изменения в клетках, связанных с биологической системы;
получение второго набора данных от модели, причем второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с биологической системой, причем указанная одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность и/или эффект глобальной активности фермента на метаболиты или субстраты фермента в клетках, связанных с биологической системой;
создание консенсусной сети причинно-следственных связей между глобальными протеомными изменениями и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, основанных исключительно на первом и втором наборе данных с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого и второго наборов данных; и идентификацию из сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в биологической системе, причем по меньшей мере один фермент, связанный с уникальной причинно
- 2 038600 следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора биологической системы.
Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных представляет собой единственный протеомный набор данных. Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных представляет собой единственную функциональную активность или клеточный ответ клеток, ассоциированных с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных дополнительно представляет собой липидомные данные, характеризующие клетки, ассоциированные с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинноследственных связей создается среди глобальных протеомных изменений, липидомных данных и одной или нескольких функциональных активностей или клеточных ответов клеток, причем указанная одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность.
Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных дополнительно представляет собой одни или несколько из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных дополнительно представляет собой два или более из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинноследственных связей создается среди глобальных протеомных изменений, одних или нескольких из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных и одной или нескольких функциональных активностей или клеточных ответов клеток, причем упомянутая одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность и/или эффект глобальной ферментативной активности на по меньшей мере один метаболит или субстрат фермента.
Согласно некоторым вариантам осуществления глобальная ферментативная активность включает глобальную киназную активность. Согласно некоторым вариантам осуществления эффект глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты фермента включает фосфопротеом клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных, представляющий собой одну или несколько функциональных активностей или клеточные ответы клетки, дополнительно содержит одно или несколько из биоэнергетик, пролиферации клеток, апоптоза, функционирования органелл, миграции клеток, формирования трубки, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинно-следственных связей создается между глобальными протеомными изменениями, одними или несколькими из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, причем упомянутая одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность и/или влияние глобальной ферментативной активности на по меньшей мере один метаболит или субстрат фермента и дополнительно включает одно или несколько из биоэнергетики, пролиферации клеток, апоптоза, функционирования органелл, миграции клеток, формирования трубки, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипуфенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения модель биологической системы включает культуру клеток in vitro, связанную с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения модель биологической системы необязательно дополнительно содержит соответствие культуры контрольных клеток in vitro.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения модель биологической системы - культура клеток in vitro подвергается возмущающему воздействию окружающей среды, и культура in vitro соответствующих контрольных клеток идентична клеткам, не подвергнутым возмущающему воздействию окружающей среды. Согласно некоторым вариантам осуществления модель биологической системы возмущающего воздействия окружающей среды включает одно или несколько из контакта с биологически активным средством, изменения условия культивирования, введения генетической модификации/мутации и введения наполнителя, который вызывает генетическую модификацию/мутацию. Согласно некоторым вариантам осуществления модель биологической системы возмущающего воздействия окружающей среды включает контактирование клеток с ингибитором ферментативной активности. Согласно некоторым вариантам осуществления в модели биологической системы ингибитор ферментативной активности представляет собой ингибитор киназы. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды включает контактирование клеток с CoQ10. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды включает дополнительное контактирование клеток с CoQ10.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения стадия создания осуществляется посредством основанной на искусственном интеллекте (ИИ) платформы информатики. Согласно
- 3 038600 некоторым вариантам осуществления основанная на ИИ платформа информатики получает все входные данные от первого и второго наборов данных, не применяя статистическую пороговую величину. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения консенсусная сеть причинноследственных связей, установленная на этапе создания, дополнительно дорабатывается до моделирующей сети причинно-следственных связей, перед идентифицирующим этапом, путем моделирования in silico на основе входных данных, чтобы обеспечить уровень достоверности предположения для одной или нескольких причинно-следственных связей внутри консенсусной сети причинно-следственных связей.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения уникальная причинноследственная связь идентифицируется как часть дифференциальной сети причинно-следственных связей, которая уникально присутствует в клетках, связанных с биологической системой, и отсутствует в соответствующих контрольных клетках. Согласно некоторым вариантам осуществления уникальная причинно-следственная связь идентифицируется как часть дифференциальной сети причинно-следственных связей, которая однозначно присутствует в клетках, связанных с биологической системой, и отсутствует в соответствующих контрольных клетках.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения идентифицированная уникальная причинно-следственная связь представляет собой связь между по меньшей мере одной парой, выбранной из группы, состоящей из экспрессии гена и содержания липида; экспрессии гена и содержания транскрипта; экспрессии гена и содержания метаболита; экспрессии первого гена и экспрессии второго гена; экспрессии гена и наличия SNP; экспрессии гена и функциональной активности; содержания липида и содержания транскрипта; содержания липида и содержания метаболита; содержания первого липида и содержания второго липида; содержания липида и наличия SNP; содержания липида и функциональной активности; содержания первого транскрипта и содержания второго транскрипта; содержания транскрипта и содержания метаболита; содержания транскрипта и наличия SNP; содержания первого транскрипта и уровня функциональной активности; содержания первого метаболита и содержания второго метаболита; содержания метаболита и наличия SNP; содержания метаболита и функциональной активности; наличия первого SNP и наличия второго SNP; и наличия SNP и функциональной активности. Согласно некоторым вариантам осуществления идентифицированная уникальная причинно-следственная связь представляет собой связь между, по меньшей мере, содержанием липида, экспрессией гена и одной или несколькими функциональными активностями, причем функциональная активность представляет собой киназную активность.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы идентификации модулятора патологического процесса, содержащий создание модели патологического процесса, используя связанные с заболеванием клетки, для представления характерного аспекта патологического процесса;
получение первого набора данных от модели, причем первый набор данных представляет собой глобальные протеомные изменения в клетках, связанных с заболеванием;
получение второго набора данных от модели, причем второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с биологической системой, причем указанная одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность и/или эффект глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты фермента в клетках, связанных с заболеванием;
создание консенсусной сети причинно-следственных связей между глобальными протеомными изменениями и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, основанных исключительно на первом и втором наборе данных с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого и второго наборов данных; и идентификацию из сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в патологическом процессе, причем по меньшей мере один фермент, связанный с уникальной причинноследственной связью, идентифицируется в качестве модулятора патологического процесса.
Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных представляет собой единственный протеомный набор данных. Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных представляет собой единственную функциональную активность или клеточный ответ клеток, ассоциированных с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных дополнительно представляет собой липидомные данные, характеризующие клетки, ассоциированные с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинноследственных связей создается среди глобальных протеомных изменений, липидомных данных и одной или нескольких функциональных активностей или клеточных ответов клеток, причем указанная одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность. Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных дополнительно представляет собой одни или несколько из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных дополнительно представляет собой два или более
- 4 038600 из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологической системой. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинно-следственных связей создается среди глобальных протеомных изменений, одних или нескольких из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных и одной или нескольких функциональных активностей или клеточных ответов клеток, причем указанная одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную ферментативную активность и/или эффект глобальной ферментативной активности на по меньшей мере один метаболит или субстрат фермента.
Согласно некоторым вариантам осуществления глобальная ферментативная активность включает глобальную киназную активность, и причем эффект глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты фермента включает фосфопротеом клеток. Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных, представляющий собой одну или несколько функциональных активностей или клеточные ответы клетки, дополнительно содержит одно или несколько из биоэнергетики, пролиферации клеток, апоптоза, функционирования органелл, миграции клеток, формирования трубки, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинно-следственных связей создается между глобальными протеомными изменениями, одними или несколькими из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, причем упомянутая одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает одно или несколько из биоэнергетики, пролиферации клеток, апоптоза, функционирования органелл, миграции клеток, формирования трубки, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения патологический процесс представляет собой злокачественную опухоль, диабет, ожирение, сердечно-сосудистое заболевание, возрастную дегенерации макулы, диабетическую ретинопатию, воспалительное заболевание. Согласно некоторым вариантам осуществления патологический процесс включает ангиогенез. Согласно некоторым вариантам осуществления патологический процесс включает гепатоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль легких, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, меланому, карциному, саркому, лимфому, лейкемию, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль щитовидной железы, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль почек, солидную опухоль, лейкоз, неходжкинскую лимфому или злокачественную опухоль с лекарственной устойчивостью.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения модель заболевания включает культуру in vitro патологических клеток, необязательно дополнительно содержащая соответствующую культуру in vitro контрольных или нормальных клеток. Согласно некоторым вариантам осуществления культура in vitro патологических клеток подвергается возмущающему воздействию окружающей среды, и культура in vitro соответствующих контрольных клеток идентична патологическим клеткам, не подвергнутым возмущающему воздействию окружающей среды. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды включает одно или несколько из контакта с биологически активным средством, изменения условия культивирования, введения генетической модификации/мутации и введения наполнителя, который вызывает генетическую модификацию/мутацию. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды включает контактирование клеток с ингибитором ферментативной активности. Согласно некоторым вариантам осуществления ингибитор ферментативной активности представляет собой ингибитор киназы. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды дополнительно включает контактирование клеток с CoQ10. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды включает контактирование клеток с CoQ10.
Согласно некоторым вариантам осуществления характерный аспект патологического процесса включает в себя состояние гипоксии, гипергликемическое состояние, обогащенные молочной кислотой условия культивирования или их комбинации. Согласно некоторым вариантам осуществления этап создания осуществляется посредством основанной на искусственном интеллекте (ИИ) платформы информатики. Согласно некоторым вариантам осуществления основанная на ИИ платформа информатики получает все входные данные от первого и второго наборов данных, не применяя статистическую пороговую величину.
Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинно-следственных связей, установленная на этапе создания, дополнительно дорабатывается до моделирующей сети причинноследственных связей, перед идентифицирующим этапом путем моделирования in silico на основе входных данных, чтобы обеспечить уровень достоверности предсказания для одной или нескольких причин
- 5 038600 но-следственных связей внутри консенсусной сети причинно-следственных связей. Согласно некоторым вариантам осуществления уникальная причинно-следственная связь идентифицируется как часть дифференциальной сети причинно-следственных связей, которые уникально присутствуют в модели патологических клеток и отсутствуют в соответствующих контрольных клетках. Согласно некоторым вариантам осуществления уникальная причинно-следственная связь идентифицируется как часть дифференциальной сети причинно-следственных связей, которая уникально присутствует в клетках, подвергнутых возмущающему воздействию окружающей среды, и отсутствует в соответствующих контрольных клетках.
В настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации модуляторов биологической системы, способы, включающие создание модели биологической системы, используя клетки, связанные с биологической системой, для представления характерного аспекта биологической системы;
получение первого набора данных от модели, причем первый набор данных представляет собой глобальные протеомные изменения в клетках и одного или нескольких липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологическими системами;
получение второго набора данных от модели, причем второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с биологической системой, причем указанная одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает глобальную киназную активность и эффект глобальной киназной активности на метаболиты или субстраты киназы в клетках, связанных с биологической системой;
создание консенсусной сети причинно-следственных связей между глобальными протеомными изменениями, одними или несколькими липидомными, метаболомическими, транскриптомными, геномными и SNP данными и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, основанных исключительно на первом и втором наборе данных с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинноследственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого и второго наборов данных; и идентификацию из сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в биологической системе, причем по меньшей мере одна киназа, связанная с уникальной причинноследственной связью, идентифицируется в качестве модулятора биологической системы.
В настоящем изобретении предусмотрены способы лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования, профилактики, диагностики или прогнозирования заболевания у субъектовмлекопитающих, способы, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей биологически активное вещество, которое влияет на модулятор, идентифицированный с помощью любого из предусмотренных в настоящем документе способов, таким образом, оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования, профилактику, диагностику или прогнозирование заболевания.
В настоящем изобретении предусмотрены способы диагностики или прогнозирования заболевания у субъекта-млекопитающего, включающие определения уровня экспрессии или активности в полученном от субъекта биологическом образце одного или нескольких модуляторов, идентифицированных с помощью любого из предусмотренных в настоящем документе способов; и сравнение уровня у субъекта с уровнем экспрессии или активности одного или нескольких модуляторов в контрольном образце, причем разница между уровнем у субъекта и уровнем экспрессии или активности одного или нескольких модуляторов в контрольном образце, представляет собой индикатор того, что субъект страдает от заболевания или предрасположен к развитию заболевания, благоприятно реагирующий на лечение заболевания, тем самым диагностируя или прогнозируя заболевание у субъекта-млекопитающего.
В настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации терапевтического соединения для лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболевания у субъекта-млекопитающего, способы, включающие контактирование биологического образца от субъекта-млекопитающего с исследуемым соединением;
определение уровня экспрессии в биологическом образце одного или нескольких модуляторов, идентифицированных с помощью любого из предусмотренных в настоящем документе способов;
сравнение уровня экспрессии одного или нескольких модуляторов в биологическом образце с контрольным образцом, не контактировавшим с исследуемым соединением; и выбор исследуемого соединения, которое модулирует уровень экспрессии одного или нескольких модуляторов в биологическом образце, таким образом, идентифицируя терапевтическое соединение для лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболевания у субъекта-млекопитающего.
- 6 038600
В настоящем изобретении предусмотрены способы лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболевания у субъекта-млекопитающего, способы, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей терапевтическое соединение, идентифицированное с использованием любого из предусмотренных в настоящем документе способов, таким образом, оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования или предупреждение заболевания.
В настоящем изобретении предусмотрены способы лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболевания у субъекта-млекопитающего, способы, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей биологически активное вещество, которое влияет на экспрессию или активность одного или нескольких из TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21, таким образом, оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования или предупреждение заболевания. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой гепатоцеллюлярную карциному.
В настоящем изобретении предусмотрены способы диагностики или прогнозирования заболеваний у субъекта-млекопитающего, способы, включающие определение уровня экспрессии или активности в полученном от субъекта биологическом образце одного или нескольких белков TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21; и сравнение уровня у субъекта с уровнем экспрессии или активности одного или нескольких белков в контрольном образце, причем разница между уровнем у субъекта и уровнем экспрессии или активности одного или нескольких белков в контрольном образце, представляет собой индикатор того, что субъект страдает от заболевания или предрасположен к развитию заболевания, или благоприятно реагирующий на лечение заболевания, тем самым диагностируя или прогнозируя заболевание у субъекта-млекопитающего. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой гепатоцеллюлярную карциному.
В настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации терапевтических соединений для лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболеваний у субъекта-млекопитающего, способы, включающие контактирование биологического образца от субъекта-млекопитающего с исследуемым соединением;
определение уровня экспрессии в биологическом образце одного или нескольких белков TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21;
сравнения уровня экспрессии одного или нескольких белков в биологическом образце с контрольным образцом, не контактировавшим с исследуемым соединением; и выбор исследуемого соединения, которое модулирует уровень экспрессии одного или нескольких белков в биологическом образце, таким образом, идентифицируя терапевтическое соединение для лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболевания у субъекта-млекопитающего. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой гепатоцеллюлярную карциному.
В настоящем изобретении предусмотрены способы лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования или профилактики заболеваний у субъекта-млекопитающего, способы, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей терапевтическое соединение, идентифицированное с помощью любого из предусмотренных в настоящем документе способов, таким образом, оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования или предупреждение заболевания.
В настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации модулятора ангиогенеза, указанные способы, включающие:
(1) создание модели ангиогенеза с использованием клеток, связанных с ангиогенезом, чтобы представить характерный аспект ангиогенеза;
(2) получение первого набора данных от модели ангиогенеза, причем первый набор данных представляет собой одни или несколько геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом;
(3) получение второго набора данных от модели ангиогенеза, причем второй набор данных пред-
- 7 038600 ставляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом;
(4) создание консенсусной сети причинно-следственных связей среди одних или нескольких геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом, и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, связанных с ангиогенезом, основанных исключительно на первом наборе данных и втором наборе данных с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных;
(5) идентификацию из сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, причем ген, липид, белок, метаболит, транскрипт или SNP, связанные с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируются в качестве модулятора ангиогенеза.
В настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации модулятора ангиогенеза, указанные способы, включающие:
(1) создание модели ангиогенеза с использованием клеток, связанных с ангиогенезом, чтобы представить характерный аспект ангиогенеза;
(2) получение первого набора данных от модели ангиогенеза, причем первый набор данных представляет собой липидомные данные;
(3) получение второго набора данных от модели ангиогенеза, причем второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом;
(4) создание консенсусной сети причинно-следственных связей среди липидомных данных и функциональной активности или клеточного ответа, основанных исключительно на первом наборе данных и втором наборе данных с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных;
(5) идентификацию из сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, причем липид, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора ангиогенеза.
Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных, представляющий одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, содержит глобальную ферментативную активность и влияние глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом.
В настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации модулятора ангиогенеза, указанные способы, включающие:
(1) создание модели ангиогенеза с использованием клеток, связанных с ангиогенезом, чтобы представить характерный аспект ангиогенеза;
(2) получение первого набора данных от модели ангиогенеза, причем первый набор данных представляет собой одни или несколько геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом;
(3) получение второго набора данных от модели ангиогенеза, причем второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов киназной активности клеток, связанных с ангиогенезом, причем одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов включает глобальную ферментативную активность и/или влияние глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом;
(4) создание консенсусной сети причинно-следственных связей среди одних или нескольких геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом, и одной или несколькими функциональными активностями или клеточными ответами клеток, связанных с ангиогенезом, основанных исключительно на первом наборе данных и втором наборе данных с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных;
(5) идентификацию из сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, причем фермент, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора ангиогенеза.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения глобальная ферментативная активность включает глобальную киназную активность и влияние глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты фермента в клетках, связанных с ангиогенезом, включает фосфо- 8 038600 протеом клетки. Согласно некоторым вариантам осуществления глобальная ферментативная активность включает глобальную протеазную активность.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения модулятор стимулирует или способствует ангиогенезу. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения модулятор ингибирует ангиогенез.
Согласно некоторым вариантам осуществления модель ангиогенеза, содержащая клетки, связанные с ангиогенезом, выбирают из группы, состоящей из культуры клеток in vitro модели ангиогенеза, крысиной модели микрососудов аорты, модели сетчатки новорожденной мыши, модели хорион-аллантоисной мембраны (CAM) модели кармана роговицы с ангиогенными факторами роста, модель имплантации подкожной губки с ангиогенными факторами роста, модель имплантации MATRIGEL® с ангиогенными факторами роста и модель имплантации опухоли; и причем модель ангиогенеза, необязательно, дополнительно включает соответствующую контрольную модель ангиогенеза, содержащую контрольные клетки. Согласно некоторым вариантам осуществления модель ангиогенеза культуры in vitro выбирают из группы, состоящей из анализа образования трубки MATRIGEL®, миграционного анализа, анализа камеры Бойдена, анализа способом зарастания царапин.
Согласно некоторым вариантам осуществления клетки, связанные с ангиогенезом в модели культуры in vitro, представляют собой эндотелиальные клетки пупочной вены человека (HUVEC). Согласно некоторым вариантам осуществления ангиогенный фактор роста в модели кармана роговицы с ангиогенныи фактором роста, модели имплантации подкожной губки с ангиогенными факторами роста, модели имплантации MATRIGEL® с ангиогенными факторами роста выбирают из группы, состоящей из FGF-2 и VEGF.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения клетки в модели ангиогенеза подвергаются возмущающему воздействию окружающей среды, и клетки в соответствующей модели ангиогенеза представляют собой идентичные клетки, не подвергнутые возмущающему воздействию окружающей среды. Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды включает одно или несколько из контакта со средством, изменения в условиях культивирования, введенной генетической модификации или мутации, наполнителя, которое вызывает генетическую модификацию или мутацию, и индукцию ишемии.
Согласно некоторым вариантам осуществления средство представляет собой проангиогенное средство или антиангиогенное средство. Согласно некоторым вариантам осуществления проангиогенное средство выбирают из группы, состоящей из FGF-2 и VEGF. Согласно некоторым вариантам осуществления антиангиогенное средство выбирают из группы, состоящей из ингибиторов VEGF, антагонистов интегрина, ангиостатина, эндостатина, тумстатина, Авастиана, сорафениба, сунитиниба, пазопаниба и эверолимуса, растворимого VEGF-рецептора, ангиопоэтина 2, тромбоспондина 1, тромбоспондина 2, вазостатина, калретикулина, протромбина (kringle домена-2), фрагмента антитромбина III, ингибитора сосудистого эндотелиального роста (VEGI), секретируемого кислого белка, обогащенного цистеином (SPARC) и пептида SPARC, соответствующего домену фоллистатину белка (FS Е) и коэнзим Q10.
Согласно любому из вариантов осуществления средство представляет собой ингибитор ферментативной активности. Согласно любому из вариантов осуществления средство представляет собой ингибитор киназы.
Согласно любому из вариантов осуществления настоящего изобретения первый набор данных содержит уровни экспрессии белка и/или мРНК множества генов в геномном наборе данных. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения первый набор данных содержит двое или более из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных, а также данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения первый набор данных содержит трое или более геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных, а также данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP).
Согласно любому из вариантов осуществления настоящего изобретения второй набор данных, представляющий одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, содержащий одно или несколько из биоэнергетики, пролиферации клеток, апоптоза, функции органелл, миграции клеток, формирование трубки, ферментативной активности, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse.
Согласно любому из вариантов осуществления настоящего изобретения первый набор данных может представлять собой единственный набор данных, такой как одни из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных, а также данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Согласно любому из вариантов осуществления первый набор данных может представлять собой два набора данных. Согласно любому из вариантов осуществления первый набор данных может представлять собой три наборов данных. Согласно любому из вариантов осуществления первый набор данных может представлять собой четыре набора данных. Согласно любо- 9 038600 му из вариантов осуществления первый набор данных может представлять собой пять наборов данных.
Согласно любому из вариантов осуществления первый набор данных может представлять собой шесть наборов данных.
Согласно любому из вариантов осуществления настоящего изобретения второй набор данных представляет собой единственный набор данных, такой как одна или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, содержащих одно или несколько из биоэнергетики, пролиферации клеток, апоптоза, функции органелл, миграции клеток, формирование трубки, ферментативной активности, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой два набора данных. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой три набора данных. Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных может представлять собой четыре набора данных. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой пять наборов данных. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой шесть наборов данных. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой семь наборов данных. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой восемь наборов данных. Согласно любому из вариантов осуществления второй набор данных может представлять собой девять наборов данных. Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных может представлять собой десять наборов данных.
Согласно любому из вариантов осуществления настоящего изобретения ферментативная активность может представлять собой киназную активность. Согласно любому из вариантов осуществления настоящего изобретения ферментативная активность может представлять собой протеазную активность.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения стадия (4) осуществляется посредством основанной на искусственном интеллекте (ИИ) платформы информатики. Согласно некоторым вариантам осуществления основанная на ИИ платформа информатики содержит REFS(TM). Согласно некоторым вариантам осуществления основанная на ИИ платформа информатики получает все входные данные от первого набора данных и второго набора данных, не применяя статистическую пороговую величину. Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинно-следственных связей, установленная на этапе (4), дополнительно дорабатывается до моделирующей сети причинноследственных связей, перед этапом (5), путем моделирования in silico на основе входных данных, чтобы обеспечить уровень достоверности предсказания для одной или нескольких причинно-следственных связей внутри консенсусной сети причинно-следственных связей.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения уникальная причинноследственная связь идентифицируется как часть дифференциальной консенсусной сети причинноследственных связей, которая уникально присутствует в клетках и отсутствует в соответствующих контрольных клетках.
Согласно настоящему изобретению идентифицированная уникальная причинно-следственная связь представляет собой связь между по меньшей мере одной парой, выбранной из группы, состоящей из экспрессии гена и содержания липида; экспрессии гена и содержания транскрипта; экспрессии гена и содержания метаболита; экспрессии первого гена и экспрессии второго гена; экспрессии гена и наличия SNP; экспрессии гена и функциональной активности; содержания липида и содержания транскрипта; содержания липида и содержания метаболита; содержания первого липида и содержания второго липида; содержания липида и наличия SNP; содержания липида и функциональной активности; содержания первого транскрипта и содержания второго транскрипта; содержания транскрипта и содержания метаболита; содержания транскрипта и наличия SNP; содержания первого транскрипта и уровня функциональной активности; содержания первого метаболита и содержания второго метаболита; содержания метаболита и наличия SNP; содержания метаболита и функциональной активности; наличия первого SNP и наличия второго SNP; и наличия SNP и функциональной активности.
Согласно некоторым вариантам осуществления функциональную активность выбирают из группы, состоящей из биоэнергетики, пролиферации клеток, апоптоза, функции органелл, миграции клеток, формирования трубки, ферментативной активности, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse. Согласно некоторым вариантам осуществления функциональная активность представляет собой киназную активность. Согласно некоторым вариантам осуществления функциональная активность представляет собой протеазную активность.
Согласно некоторым вариантам осуществления идентифицированная уникальная причинноследственная связь представляет собой связь между, по меньшей мере, содержанием липида, экспрессией гена и одной или несколькими функциональными активностями, причем функциональная активность представляет собой киназную активность.
Согласно настоящему изобретению способы могут дополнительно включать проверку идентифицированной уникальной причинно-следственной связи в ангиогенезе.
- 10 038600
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы обеспечения модели ангиогенеза для использования в способах платформы, включающие создание модели ангиогенеза с использованием клеток, связанных с ангиогенезом, чтобы представить характерный аспект ангиогенеза, причем модель ангиогенеза применима для создания наборов данных, используемых в способе платформы; тем самым обеспечивая модель ангиогенеза для использования в способе платформы.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы для получения первого набора данных и второго набора данных от модели ангиогенеза для использования в способе платформы, включающие:
(1) получение первого набора данных от модели ангиогенеза для использования в способе платформы, причем модель ангиогенеза содержит клетки, связанные с ангиогенезом и причем первый набор данных представляет собой одни или несколько геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом;
(2) получение второго набора данных от модели ангиогенеза для использования в способе платформы, причем второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом;
таким образом, получая первый набор данных и второй набор данных от модели ангиогенеза для использования в способе платформы.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы для идентификации модулятора ангиогенеза, указанный способ, включающий:
(1) создание консенсусной сети причинно-следственных связей между первым набором данных и вторым набором данных, полученных от модели ангиогенеза, причем модель содержит клетки, связанные с ангиогенезом, и причем первый набор данных представляет собой одни или несколько из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом, и второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных;
(2) идентификацию из консенсусной сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, причем по меньшей мере один ген, липид, белок, метаболит, транскрипт или SNP, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора ангиогенеза;
таким образом, идентифицируя модулятор ангиогенеза.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы для идентификации модулятора ангиогенеза, указанный способ, включающий:
(1) обеспечение консенсусной сети причинно-следственных связей, полученной от модели ангиогенеза;
(2) идентификацию из консенсусной сети причинно-следственных связей причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, причем по меньшей мере один ген, липид, белок, метаболит, транскрипт или SNP, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора ангиогенеза;
таким образом, идентифицируя модулятор ангиогенеза.
Согласно некоторым вариантам осуществления консенсусная сеть причинно-следственных связей создается между первым набором данных и вторым набором данных, полученных от модели ангиогенеза, причем модель содержит клетки, связанные с ангиогенезом, и причем первый набор данных представляет собой одни или несколько из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом; и второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, с использованием запрограммированного вычислительного устройства, причем создание консенсусной сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных.
Согласно некоторым вариантам осуществления модель ангиогенеза выбирают из группы, состоящей из культуры клеток in vitro модели ангиогенеза, крысиной модели микрососудов аорты, модели сетчатки новорожденной мыши, модели хорион-аллантоисной мембраны (CAM), модели кармана роговицы с ангиогенными факторами роста, модели имплантации подкожной губки с ангиогенными факторами роста, модели имплантации MATRIGEL® с ангиогенными факторами роста и модели имплантации опухоли; и причем модель ангиогенеза, необязательно, дополнительно включает соответствующую контрольную модель ангиогенеза, содержащую контрольные клетки.
Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных содержит липидомные данные. Согласно некоторым вариантам осуществления первый набор данных содержит только липидомные
- 11 038600 данные.
Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, содержащий глобальную ферментативную активность, а также влияние глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом.
Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных содержит киназную активность или протеазную активность. Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных содержит только киназную активность или протеазную активность.
Согласно некоторым вариантам осуществления второй набор данных представляет собой одну или несколько функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, содержит одно или несколько из биоэнергетического профилирования, пролиферации клеток, апоптоза, функции органелл, миграции клеток, формирования трубки, киназной активности, протеазной активности и партнера по генотипу-фенотипу, актуализированного с помощью функциональных моделей, выбранных из анализов АТФ, АФК, OXPHOS и Seahorse.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения ангиогенез связан с патологическим состоянием.
В настоящем изобретении предусмотрены способы для модулирования ангиогенеза у субъектамлекопитающего, способы, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей биологически активное вещество, которое влияет на модулятор, идентифицированный с помощью любого одного из представленных в настоящем документе способов, таким образом, модулируя ангиогенез.
В настоящем изобретении предусмотрен способ определения модулированного ангиогенеза у субъекта-млекопитающего, включающий:
определение содержания, активности или наличия в полученном от субъекта биологическом образце одного или нескольких модуляторов, определенных с помощью любого одного из представленных в настоящем документе способов; и сравнение содержания, активности или наличия у субъекта с содержанием, активностью или наличием одного или нескольких модуляторов в контрольном образце, причем разница между содержанием, активностью или наличием у субъекта и содержанием, активностью или наличием одного или нескольких модуляторов в контрольном образце представляет собой показатель того, что ангиогенез модулируется у субъекта-млекопитающего.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены способы идентификации терапевтического соединения для модуляции ангиогенеза у субъекта-млекопитающего, способы, включающие контактирование биологического образца от субъекта-млекопитающего с исследуемым соединением;
определение в биологическом образце уровня экспрессии одного или нескольких модуляторов, идентифицированных с помощью любого одного из представленных в настоящем документе способов;
сравнение содержания, активности или наличия одного или нескольких модуляторов в биологическом образце с контрольным образцом, не контактировавшим с исследуемым соединением; и выбор исследуемого соединения, которое модулирует содержание, активность или наличие одного или нескольких модуляторов в биологическом образце, таким образом, идентифицируя терапевтическое соединение для модуляции ангиогенеза у субъекта-млекопитающего.
В настоящем изобретении предусмотрены способы модулирования ангиогенеза у субъектамлекопитающего, способы, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей биологически активное вещество, которое влияет на модулятор, идентифицированный с помощью любого одного из представленных в настоящем документе способов, таким образом, оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования, профилактику, диагностику или прогнозирование заболевания.
Согласно некоторым вариантам осуществления возмущающее воздействие окружающей среды, также называемое в настоящем документе как компонент внешнего раздражителя, представляет собой терапевтическое средство. Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя представляет собой небольшую молекулу (например, небольшая молекула не более чем 5, 4, 3, 2, 1 кДа, 500 Да или 250 Да). Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя представляет собой биологическое вещество. Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя представляет собой химическое вещество. Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя характеризуется эндогенностью или экзогенностью по отношению к клеткам. Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя представляет собой MIM или epishifter. Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя представляет собой стрессовый фактор для такой клеточной системы, как гипоксия, гипергликемия, гиперлипидемия, гиперинсулинемия и/или обогащенные молочной кислотой условия.
Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя может включать
- 12 038600 в себя терапевтическое средство или кандидатное терапевтическое средство для лечения патологического состояния, включающее в себя химиотерапевтическое средство, основанные на белках биологические лекарственные средства, антитела, слитые белки, низкомолекулярные лекарственные средства, липиды, полисахариды, нуклеиновые кислоты и т.д.
Согласно некоторым вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя может представлять собой один или несколько стрессовых факторов, такие как те, которые обычно встречаются in vivo при различных патологических состояниях, включающих в себя гипоксию, состояния гипергликемии, кислая среда (которая может быть имитирована путем обработки молочной кислоты) и т.д.
Согласно другим вариантам осуществления компонент внешнего раздражителя может включать в себя один или несколько MIM и/или epishifter, определенных в настоящем документе ниже. Иллюстративные MIM включают в себя коэнзим Q10 (также называемый в настоящем документе CoQ10) и соединения в семействе витамина B, или нуклеозиды, мононуклеотиды или динуклеотиды, которые содержат соединение в семействе витамина B. Согласно некоторым вариантам осуществления внешний раздражитель представляет собой не CoQ10. Согласно некоторым вариантам осуществления внешний раздражитель представляет собой не витамин B или соединение в семействе витамина B.
В процессе измерений выходных клеточных данных (например, экспрессии белка, содержания липидов) может быть использовано либо абсолютное количество (например, экспрессия или общее количество), либо относительный уровень (например, относительный уровень экспрессии или количества). Согласно одному варианту осуществления используются абсолютные количества (например, экспрессия или общее количество). Согласно одному варианту осуществления используются относительные уровни или количества (например, относительные уровни экспрессии или количества). Например, чтобы определить относительный уровень экспрессии белка в клеточной системе, количество любого данного белка в клеточной системе с или без внешнего раздражителя к клеточной системе, может быть сравнено с подходящей контрольной клеточной линией или смесью клеточных линии (например, всех клеток, используемых в том же эксперименте) и заданным значением кратного увеличения или кратного снижения. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что абсолютные количества или относительные количества могут быть использованы в любом измерении выходных клеточных данных, таких как уровень транскрипции гена и/или РНК, содержание липида или любые функциональные выходные данные, например, уровень апоптоза, уровень токсичности или ECAR или OCR, описанные в настоящем документе. Заранее заданный пороговый уровень для кратного увеличения (например, по меньшей мере 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8, 1,9, 2, 2,5, 3, 3,5, 4, 4,5, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75 или 100 или более кратное увеличение) или кратного снижения (например, снижение по меньшей мере до 0,9, 0,8, 0,75, 0,7, 0,6, 0,5, 0,45, 0,4, 0,35, 0,3, 0,25, 0,2, 0,15, 0,1 или 0,05 раза, или снижение на 90, 80, 75, 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5% или менее) могут быть использованы для выбора статистически достоверных дифференциалов, и выходные данные для статистически достоверных дифференциалов могут быть затем включены в наборы данных (например, первый и второй наборы данных), используемые в способах платформенной технологии согласно настоящему изобретению. Все представленные в вышеприведенном списке значения, которые также могут быть верхним или нижним пределом диапазона, например, от 1,5 и до 5 раз, от 5 и до 10 раз, от 2 и до 5 раз или между 0,9 и 0,7, 0,9 и 0,5, или 0,7 и 0,3 раза, предназначены для того, чтобы быть частью настоящего изобретения.
В настоящем изобретении все представленные в перечне значения, например, такие как вышеуказанные, которые также могут быть верхним или нижним пределом диапазона, предназначены для того, чтобы быть частью настоящего изобретения.
Согласно одному варианту осуществления способов настоящего изобретения не каждая наблюдаемая причинно-следственная связь в сети причинно-следственных связей может характеризоваться биологическим значением. В отношении любой данной биологической системы, для которой применяется перекрестная биологическая оценка субъекта, некоторые (или могут быть все) причинно-следственные связи (и связанные с ними гены) могут быть определяющими по отношению к специфической рассматриваемой биологической проблеме, например, либо быть ответственными за способствование патологическому состоянию (потенциальная мишень для терапевтического вмешательства), либо представлять собой биомаркер патологического состояния (потенциальный диагностический или прогностический фактор). Согласно одному варианту осуществления наблюдаемая уникальная в биологической системе причинно-следственная связь представляет собой определяющий фактор по отношению к специфической рассматриваемой биологической проблеме. Согласно одному варианту осуществления не каждая наблюдаемая уникальная в биологической системе причинно-следственная связь представляет собой определяющую по отношению к специфической рассматриваемой проблеме.
Такие определяющие причинно-следственные связи могут быть выбраны конечным пользователем рассматриваемого способа или они могут быть выбраны с помощью такого программного обеспечения биоинформатики, как REFS, программы анализа сравнительных путей DAVID или программы анализа пути KEGG. Согласно некоторым вариантам осуществления используется более одного программного обеспечения биоинформатики, и предпочтительны консенсусные результаты от двух или более программных обеспечений биоинформатики.
- 13 038600
Используемые в настоящем документе дифференциалы клеточных выходных данных включают в себя различия (например, повышенные или сниженные уровни) в любом одном или нескольких параметрах клеточных выходов. Согласно некоторым вариантам осуществления дифференциалы, каждый независимо, выбирают из группы, состоящей из дифференциалов в транскрипции мРНК, экспрессии белка, активности белка, уровня метаболита/интермедиата и/или взаимодействия лиганд-мишень. Например, касательно уровня экспрессии белка, дифференциалы между двумя клеточными выходными данными, например, выходные данные, связанные с клеточной системой до и после лечения с помощью компонента внешнего раздражителя, могут быть измерены и количественно определены с использованием известных в настоящей области техники таких технологий, как основанные на масс-спектрометрии анализы, (например, iTRAQ, 2D-ЖХ-МСМС и т.д.).
Согласно одному аспекту клеточная модель биологической системы содержит клеточную взаимовлияющую систему, причем первая клеточная система, содержащая первую клеточную окружающую среду с компонентом внешнего раздражителя, создает первую модифицированную клеточную окружающую среду; таким образом, что взаимовлияющая клеточная система устанавливается путем воздействия на вторую клеточную систему, содержащую вторую клеточную окружающую среду, первой модифицированной клеточной окружающей средой.
Согласно одному варианту осуществления создается по меньшей мере один значимый клеточный взаимовлияющий дифференциал от взаимовлияющей клеточной системы; и по меньшей мере один определяющий клеточный взаимовлияющий дифференциал идентифицируется таким образом, что происходит перекрестная биологическая оценка. Согласно некоторым вариантам осуществления по меньшей мере один значимый клеточный взаимовлияющий дифференциал представляет собой множество дифференциалов.
Согласно некоторым вариантам осуществления по меньшей мере один определяющий клеточный взаимовлияющий дифференциал выбирают с помощью конечного пользователя. Альтернативно, согласно другому варианту осуществления по меньшей мере один определяющий клеточный взаимовлияющий дифференциал выбирают с помощью программного обеспечения биоинформатики (такого как, например, REFS, анализ пути KEGG или анализ сравнительных путей DAVID) на основе количественных данных протеомики.
Согласно некоторым вариантам осуществления способ дополнительно включает создание статистически значимого дифференциала клеточных выходных данных для первой клеточной системы.
Согласно некоторым вариантам осуществления дифференциалы, каждый независимо, выбирают из группы, состоящей из дифференциалов в транскрипции мРНК, экспрессии белка, активности белка, уровня метаболита/интермедиата и/или взаимодействия лиганд-мишень.
Согласно некоторым вариантам осуществления первую клеточную систему и вторую клеточную систему независимо выбирают из: гомогенной популяции первичных клеток, клеточной линии злокачественной опухоли или нормальной клеточной линии.
Согласно некоторым вариантам осуществления первая модифицированная клеточная окружающая среда содержит факторы, секретируемые первой клеточной системой в первую клеточную окружающую среду в результате контактирования первой клеточной системы с компонентом внешнего раздражителя. Факторы могут содержать секретируемые белки или другие сигнальные молекулы. Согласно некоторым вариантам осуществления первая модифицированная клеточная среда по существу свободна от первоначального компонента внешнего раздражителя.
Согласно некоторым вариантам осуществления взаимодействующая клеточная система содержит трансвел, характеризующийся наличием встроенного отсека и луночного отсека, разделенных мембраной. Например, первая клеточная система может расти во встроенном отсеке (или луночном отсеке), а вторая клеточная система может расти в луночном отсеке (или во встроенном отсеке).
Согласно некоторым вариантам осуществления взаимодействующая клеточная система содержит первую культуру для выращивания первой клеточной системы и вторую культуру для выращивания второй клеточной системы. В этом случае, первая модифицированная клеточная окружающая среда может представлять собой кондиционированную среду от первой клеточной системы.
Согласно некоторым вариантам осуществления первая клеточная среда и вторая клеточная среда могут быть одинаковыми. Согласно некоторым вариантам осуществления первая клеточная среда и вторая клеточная среда могут быть различным.
Согласно некоторым вариантам осуществления взаимодействующая клеточная система содержит совместную культуру первой клеточной системы и второй клеточной системы.
Способы согласно настоящему изобретению могут быть использованы или применимы к любому количеству перекрестных биологических оценок. Применение способов согласно настоящему изобретению в перекрестной биологической оценке позволяет идентифицировать один или несколько модуляторов биологической системы или драйверы определяющего клеточного процесса биологической системы или процесса.
Способы согласно настоящему изобретению могут быть использованы для проведения широкого спектра перекрестных биологических оценок. Согласно некоторым вариантам осуществления перекрест
- 14 038600 ная биологическая оценка представляет собой диагноз патологического состояния. Согласно некоторым вариантам осуществления, перекрестная биологическая оценка представляет собой определение эффективности препарата. Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой определение токсичности препарата. Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой постановку патологического состояния. Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка определяет мишени для антивозрастной косметики.
Используемая в настоящем документе перекрестная биологическая оценка может включать в себя идентификацию одного или нескольких модуляторов биологической системы, например, драйверов определяющего клеточного процесса (например, увеличение или снижение активности биологического пути или ключевых представителей пути, или ключевых регуляторов представителей пути), связанных с возмущающим воздействием окружающей среды или компонентом внешнего раздражителя, или уникальной причинно-следственной связью, уникальной в биологической системе или процессе. Она может дополнительно включать в себя дополнительные стадии, разработанные для исследования или проверки того, необходимы и/или достаточны идентифицированные драйверы определяющего клеточного процесса для последующих событий, связанных с возмущающим воздействием окружающей среды или компонентом внешнего раздражителя, включающие в себя эксперименты на животных моделях in vivo и/или в культуре ткани in vitro.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой диагностику или постановку патологического состояния, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйверы определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) представляют собой либо маркеры заболеваний, либо терапевтические мишени, которые могут быть подвергнуты терапевтическому вмешательству. Рассматриваемая перекрестная биологическая оценка подходит для любого патологического состояния в теории, но может быть особенно применимой в таких областях, как биология онкологии/злокачественной опухоли, сахарный диабет, ожирение, сердечно-сосудистое заболевание и неврологические заболевания (особенно нейродегенеративные заболевания, такие как без ограничения болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона, болезнь Хантингтона, боковой амиотрофический склероз (ALS) и связанная со старением нейродегенерация) и связанные с ангиогенезом состояния.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой определение эффективности лекарственного средства, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут быть отличительными признаками успешного лекарственного средства, и, в свою очередь, могут быть использованы для идентификации дополнительных средств, таких как MIM или epishifter, для лечения того же патологического состояния.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой идентификацию мишеней лекарственных средств для профилактики или лечения инфекции, причем идентифицированный драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут быть маркерами/индикаторами или ключевыми биологическими молекулами, вызывающими инфекционное состояние, и могут, в свою очередь, быть использованы для идентификации противоинфекционных средств.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой оценку молекулярного эффекта средства, например, лекарственного средства, на данный профиль заболевания, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинноследственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут вызывать увеличение или снижение активности одного или нескольких биологических путей или ключевых представителей пути(ей), или регуляторов представителей пути(ей), и, в свою очередь, могут быть использованы, например, для предсказания терапевтической эффективности средства для данного заболевания.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой оценку токсикологического профиля средства, например, лекарственного средства, на клетку, ткань, орган или организм, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут быть индикаторами токсичности, например цитотоксичности, и, в свою очередь, могут быть использованы для прогнозирования или идентификации токсикологического профиля средства. Согласно одному варианту осуществления идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинноследственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) представляет собой индикатор
- 15 038600 кардиотоксичности лекарственного средства или кандидатного лекарственного средства, и может быть, в свою очередь, использован для прогнозирования или идентификации кардиотоксикологического профиля лекарственного средства или кандидатного лекарственного средства.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой идентификацию мишеней лекарственных средств для профилактики или лечения заболевания или нарушения, вызванного биологическим оружием, таким как болезнетворные простейшие, грибы, бактерии, протесты, вирусы или токсины, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут быть маркерами/индикаторами или ключевыми биологическими молекулами, вызывающими указанное заболевание или нарушение, и могут, в свою очередь, использоваться для идентификации средств биологической защиты.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой идентификацию мишеней для антивозрастных средств, таких как антивозрастная косметика, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющего клеточного процесса (например, взаимодействующие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут быть маркерами или индикаторами процесса старения, в частности, процесса старения в коже, и в свою очередь, могут быть использованы для идентификации антивозрастных средств.
Согласно одному варианту осуществления клеточная модель старения, которая используется в способах согласно настоящему изобретению для идентификации мишеней для антивозрастной косметики, клеточная модель содержит стареющие эпителиальные клетки, которые представляют собой, например, обработанные УФ-светом (возмущающее воздействие окружающей среды или компонент внешнего раздражителя) и/или клетки новорожденных, которые также необязательно обработаны УФ-светом. Согласно одному варианту осуществления клеточная модель старения содержит клеточную взаимодействующую систему. В одной иллюстративной двухклеточной взаимодействующей системе, установленной для определения мишеней для антивозрастной косметики, стареющая эпителиальная клетка (первая клеточная система) может быть обработана ультрафиолетовым светом (компонент внешнего раздражителя), и могут быть измерены изменения, например, протеомные изменения и/или функциональные изменения в неонатальной клетке (вторая клеточная система) в результате контактирования неонатальных клеток с кондиционированной средой обработанной стареющей эпителиальной клетки, например, протеомные изменения могут быть измерены с использованием обычной количественной масс-спектрометрии, или причинно-следственная связь, уникальная при старении может быть идентифицирована из сети причинно-следственных связей, полученной из данных.
Согласно другому аспекту в настоящем изобретении предусмотрен набор для проведения перекрестной биологической оценки с использованием открытия платформенной технологии, содержащей один или несколько реагентов для обнаружения наличия и/или для количественного определения количества анализируемого вещества, которое представляет собой предмет сети причинно-следственных связей, полученной из способов согласно настоящему изобретению. Согласно одному варианту осуществления указанное анализируемое вещество представляет собой предмет уникальной причинно-следственной связи в биологической системе, например, ген, связанный с уникальной причинно-следственной связью в биологической системе. Согласно некоторым вариантам осуществления анализируемое вещество представляет собой белок, и реагенты содержат антитела к белку, метки к белку и/или одно или несколько средств для подготовки белка к высокоскоростному анализу (например, основанному на массспектрометрии секвенированию).
Согласно еще одному аспекту технология включает способ лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования, профилактики, диагностики или прогнозирования заболевания у субъектамлекопитающего. Способ включает введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей биологически активное вещество, которое влияет на экспрессию или активность одного или нескольких из TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21, тем самым оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования, профилактику, диагностику или прогнозирование заболевания. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой злокачественная опухоль, например, гепатоцеллюлярную карциному. Согласно различным вариантам осуществления способ может использовать 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 или 34 киназы. Согласно одному варианту осуществления композиция усиливает экспрессию и/или активность одной или нескольких киназ. Согласно другому варианту осуществления композиция снижает экспрессию и/или активность одной или нескольких киназ.
Согласно еще одному аспекту технология включает способ диагностики заболевания у субъектамлекопитающего. Способ включает (i) определение уровня экспрессии или активности в полученной от
- 16 038600 субъекта биологическом образце любого одного или нескольких из TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21, и (ii) сравнение уровня у субъекта с уровнем экспрессии или активности одного или нескольких белков в контрольном образце, причем разница между уровнем у субъекта и уровнем экспрессии или активности одного или нескольких белков в контрольном образце представляет собой индикатор того, что субъект страдает от заболевания или предрасположен к развитию заболевания, благоприятно реагирующий на лечение заболевания, тем самым диагностируя или прогнозируя заболевание у субъекта-млекопитающего. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой злокачественную опухоль, например, гепатоцеллюлярную карциному. Согласно различным вариантам осуществления способ может использовать 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 или 34 киназы. Согласно одному варианту осуществления композиция усиливает экспрессию и/или активность одной или нескольких киназ. Согласно другому варианту осуществления композиция снижает экспрессию и/или активность одной или нескольких киназ.
Согласно еще одному аспекту технология включает способ идентификации терапевтического соединения для лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессировала, профилактики, диагностики или прогнозирования заболевания у субъекта-млекопитающего. Способ включает (i) контактирование биологического образца от субъекта-млекопитающего с исследуемым соединением, (ii), определение уровня экспрессии в биологическом образце любого одного или нескольких из TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21, (iii) сравнения уровня экспрессии одного или нескольких белков в биологическом образце с контрольным образцом, не контактировавшим с исследуемым соединением, и (iv) отбор исследуемого соединения, которое модулирует уровень экспрессии одного или нескольких белков в биологическом образце, тем самым идентифицируя терапевтическое соединение для лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования, профилактики, диагностики или прогнозирования заболевания у субъекта-млекопитающего. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой злокачественную опухоль, например, гепатоцеллюлярную карциному. Согласно различным вариантам осуществления способ может использовать 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 или 34 киназы. Согласно одному варианту осуществления композиция усиливает экспрессию и/или активность одной или нескольких киназ. Согласно другому варианту осуществления композиция снижает экспрессию и/или активность одной или нескольких киназ.
Согласно еще одному аспекту технология включает способ лечения, облегчения симптома, ингибирования прогрессирования, профилактики, диагностики или прогнозирования заболевания у субъектамлекопитающего. Способ включает введение нуждающемуся в этом млекопитающему терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей терапевтическое соединение, идентифицированное с помощью описанного выше аспекта (т.е. с использованием любого одного или нескольких из TCOF1, TOP2A, CAMK2A, CDK1, CLTCL1, EIF4G1, ENO1, FBL, GSK3B, HDLBP, HIST1H2BA, HMGB2, HNRNPK, HNRPDL, HSPA9, MAP2K2, LDHA, MAP4, MAPK1, MARCKS, NME1, NME2, PGK1, PGK2, RAB7A, RPL17, RPL28, RPS5, RPS6, SLTM, TMED4, TNRCBA, TUBB и UBE21), тем самым оказывая лечение, облегчение симптома, ингибирование прогрессирования, профилактику, диагностику или прогнозирование заболевания. Согласно некоторым вариантам осуществления заболевание представляет собой злокачественную опухоль, например, гепатоцеллюлярную карциному. Согласно различным вариантам осуществления способ может использовать 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 или 34 киназы.
Следует иметь в виду, что все описанные в настоящем документе варианты осуществления, в том числе те, которые описаны только в примерах, представляют собой части общего описания настоящего изобретения, и могут быть объединены с любыми другими вариантами осуществления настоящего изобретения, если это явно не отвергается или неприменимо.
Краткое описание чертежей
Различные варианты осуществления настоящего изобретения будут описаны в настоящем документе ниже со ссылкой на фигуры, где:
фиг. 1: изображение подхода к идентификации терапевтических средств;
фиг. 2: изображение системной биологии злокачественной опухоли и соответствующего интегрированного мультифизиологического интерактивного регулирования выходных данных;
фиг. 3: изображение систематического запроса биологической актуальности использования MIM.
фиг. 4: изображение моделирования сети злокачественной опухоли для того, чтобы сделать возможным перекрестный биологический запрос;
фиг. 5: изображение платформенной технологии перекрестной биологии;
фиг. 6: изображение технологий, используемых в платформенной технологии;
- 17 038600 фиг. 7: схематическое представление компонентов платформы, включающей в себя сбор данных, интеграцию данных и интеллектуальный анализ данных;
фиг. 8: схематическое представление систематического запроса с использованием MIM и сбор ответных данных от каскада омика;
фиг. 9: эскиз компонентов, используемых для построения моделей in vitro, представляющих нормальные и диабетические состояния;
фиг. 10: схематическое представление платформы информатики REFS™, используемой для создания причинно-следственных сетей белка, как они относятся к патофизиологии заболевания;
фиг. 11: схематическое представление подхода к созданию дифференциальной сети при диабетическом состоянии, по сравнению с нормальным состоянием, и диабетические узлы, которые восстанавливаются в нормальное состояние обработкой MIM;
фиг. 12: показательная дифференциальная сеть при диабетическом состоянии, по сравнению с нормальным состоянием;
фиг. 13: схематическое представление узла и связанных с ним представляющих интерес ребер (узел 1 в центре). Представлена клеточная функциональность, связанная с каждым ребром;
фиг. 14: блок-схема высокого уровня иллюстративного способа в соответствии с некоторыми вариантами осуществления;
фиг. 15A-D: схематическое изображение высокого уровня компонентов и процесса основанной на ИИ системе информатики, которое может быть использовано с иллюстративными вариантами осуществления;
фиг. 16: блок-схема процесса в основанной на ИИ системе информатики, которая может быть использована с некоторыми вариантами осуществления;
фиг. 17: схематически изображает иллюстративную вычислительную среду, подходящую для практикования описанных в настоящем документе иллюстративных вариантов осуществления;
фиг. 18: изображение разработки конкретной ситуации, описанной в примере 1;
фиг. 19: влияние лечения с CoQ10 на нижележащие узлы;
фиг. 20: лечение с CoQ10 снижает экспрессию LDHA в клеточной линии злокачественной опухоли HepG2;
фиг. 21: иллюстративная консенсусная сеть белковых взаимодействий при частоте фрагмента 70% на основании данных от клеточных линий Paca2, HepG2 и THLE2;
фиг. 22: белки, реагирующие на моделирование экспрессии LDHA в двух клеточных линиях злокачественной опухоли, были выявлены с помощью платформенной технологии;
фиг. 23: анализ Ingenuity Pathway Assist® сети LDHA - PARK7 идентифицирует TP53 как вышележащий хаб;
фиг. 24: влияние лечения с CoQ10 на уровни экспрессии TP53 в клеточной линии злокачественной опухоли SKMEL28;
фиг. 25: активация TP53, связанного с измененной экспрессией белков BCL-2, осуществляющих апоптоз в клеточной линии злокачественной опухоли SKMEL28, и эффекта лечения с CoQ10 на уровни экспрессии Bcl-2, Bax и Caspase3 в SKMEL28;
фиг. 26: изображение математического подхода к созданию сетей дельта-дельта;
фиг. 27: сеть дифференциала злокачественная опухоль-здоровый (дельта-дельта), которая запускает ECAR и OCR. Каждый драйвер содержит дифференциальные эффекты на конечной точке, как показано с помощью толщины ребра. Толщина ребра в Cytoscape представляет собой прочность кратности изменения;
фиг. 28: картирование PARK7 и связанных узлов из перекрестных выходных данных платформенной технологии с использованием IPA: Серые формы включают в себя все узлы, связанные с PARK7 от выходных данных перекрестной биологии, которые были импортированы в IPA. Незаполненные формы (с названиями) представляют собой новые соединения, включенные с помощью IPA для создания полной карты;
фиг. 29: перекрестная платформенная технология согласно настоящему изобретению демонстрирует новые ассоциации узлов, связанных с PARK7. Ребра, показанные пунктирными линиями, представляют собой связи между двумя узлами в моделировании, которые содержат промежуточные узлы, но не содержат промежуточные узлы в IPA. Ребра, показанные линиями в точку, представляют собой связи между двумя узлами в моделировании, которые содержат промежуточные узлы, но содержат разные промежуточные узлы в IPA;
фиг. 30: изображение математического подхода к созданию сетей дельта-дельта. Сравнение уникальных ребер от NG в сети дельта NGOHG с уникальными ребрами HGT1 в сети дельта HGOHGT1. Ребра в пересечении NG и HGT1 представляют собой ребра HG, которые восстанавливаются к NG с T1;
фиг. 31: сеть дельта-дельта диабетических ребер, восстановленных к нормальным значениям с лечением коэнзимом Q10, наложенным на сеть дельта NGOHG;
фиг. 32: сеть дельта-дельта гиперлипидемических ребер, восстановленных к нормальным значениям
- 18 038600 с лечением коэнзимом Q10, наложенным на сеть дельта нормальной липидемии П гиперлипидемии;
фиг. 33: схема, представляющая измененную судьбу жирной кислоты при заболевании и лечении лекарственными средствами. Баланс между использованием свободной жирной кислоты (FFA) для создания АТФ и ремоделирования мембраны в ответ на нарушение биологии мембраны был вовлечен в индуцированную лекарственными средствами кардиотоксичность;
фиг. 34: схематическое представление экспериментальной разработки и параметров моделирования, используемых для изучения индуцированной лекарственным средством токсичности в диабетических кардиомиоцитах;
фиг. 35: нарушение регуляции транскрипционной сети и экспрессии человеческих митохондриальных генов энергетического обмена в диабетических кардиомиоцитах при лекарственной терапии (T): спасательная молекула (R) нормализует экспрессию генов;
фиг. 36: A. Лекарственная терапия (T) индуцировала экспрессию GPAT1 и TAZ в митохондриях из кардиомиоцитов, поддерживаемых в условиях гипергликемии. В сочетании со спасательной молекулой (T+R) уровни GPAT1 и TAZ были нормализованы. B. Синтез TAG из G3P;
фиг. 37: A. Лекарственная терапия (T) снижает митохондриальную OCR (скорость потребления кислорода) в кардиомиоцитах, поддерживаемых в условиях гипергликемии. Спасательная молекула (T+R) нормализует OCR. B. Лекарственная терапия (T) подавляет митохондриальный синтез АТФ в кардиомиоцитах, поддерживаемых в условиях гипергликемии;
фиг. 38: аннотация GO белков, отрицательно регулируемых лекарственной терапией. Белки, участвующие в митохондриальном энергетическом метаболизме, отрицательно регулировались лекарственной терапией;
фиг. 39: изображение математического подхода к созданию дельта сетей. Сравнение уникальных ребер от T против UT обеих моделей, находящихся в диабетической среде;
фиг. 40: схема, представляющая потенциальные хабы и сети белков, которые управляют патофизиологией вызванной лекарственными средствами токсичности;
на фиг. 41 показан способ для идентификации модулятора биологической системы или патологического процесса;
на фиг. 42 показано значительное снижение активности ENO1 и не белковой экспрессии в HepG2, обработанных сорафенибом;
на фиг. 43 показано значительное снижение активности PGK1 и не белковой экспрессии в HepG2, обработанных сорафенибом;
на фиг. 44 показано значительное снижение активности LDHA и не белковой экспрессии в HepG2, обработанных сорафенибом;
на фиг. 45 показана сеть причинно-следственных молекулярных взаимодействий, которые могут быть произведены путем анализа набора данных с использованием основанной на ИИ системе REFS™;
на фиг. 46 показано, как интеграция мультиомных данных, использующих алгоритмы следствия байесовской сети, может привести к более глубокому пониманию сигнальных путей при гепатоцеллюлярной карциноме. Желтые квадраты представляют данные посттранскрипционной модификации (фосфо), синие треугольники представляют основанные на активности данные (киназа) и зеленые круги представляют данные протеомики;
на фиг. 47 показано, как ауторегуляция и обратная регуляция с отрицательной обратной связью в сигнальных путях гепатоцеллюлярной карциномы может быть выведена с помощью платформы. Квадраты представляют данные посттранскрипционной модификации (фосфо) (серый/темный = киназа, желтый/светлый - нет киназной активности), круги представляют данные активности на основе (киназы) + протеомики (серый/темный = киназа, желтый/светлый - нет киназной активности);
на фиг. 48-51 показаны примеры причинно-следственной ассоциации в сигнальных путях, распознанных с помощью платформы. Киназные изоформы указаны на репрезентативных квадратах и кругах с причинно-следственными ассоциациями, указанными с помощью соединителей;
на фиг. 52A-52B показаны эндотелиальные клетки пупочной вены человека (HUVEC), выращенные в (A) конфлюэнтной или (б) субконфлюэнтной культурах, которые обрабатывали в течение 24 ч указанным диапазоном концентраций CoQ10. Конфлюэнтные клетки сильно напоминают нормальные клетки, тогда как субконфлюэнтные клетки наиболее сильно представляют ангиогенный фенотип пролиферирующих клеток. В конфлюэнтных культурах добавление повышенных концентраций CoQ10 приводит к более тесной ассоциации, удлинению и выравниванию EC. 5000 мкМ приводит к малозаметному увеличению у закругленных клеток;
на фиг. 53A-53C показаны конфлюэнтные (A) и субконфлюэнтные (B) культуры клеток HUVEC, которые обрабатывали в течение 24 ч с 100 или 1500 мкМ CoQ10 и анализировали на положительные по пропидийиодиду апоптические клетки. CoQ10 был защитным для EC, обработанных при конфлюэнции, в то время как субконфлюэнтные клетки были чувствительны к CoQ10 и отображали увеличенный апоптоз при 1500 мкМ CoQ10. (C) Репрезентативные гистограммы субконфлюэнтных контрольных EC (слева), 100 мкМ CoQ10 (посередине) и 1500 мкМ CoQ10 (справа);
на фиг. 54A-54C показаны субконфлюэнтные культуры клеток HUVEC, обработанных в течение
- 19 038600 ч с 100 или 1500 мкМ CoQ10, и анализировали обе на количество клеток (A) и пролиферацию (B) с использованием анализ включения пропидийиодида (обнаруживает G2/M фазу ДНК). Высокие концентрации CoQ10 приводят к значительному снижению количества клеток и характеризуются дозозависимым эффектом на пролиферацию EC. Репрезентативные гистограммы пролиферации клеток, гейтированные на клетки в G2/M фазе клеточного цикла [контроль EC (слева), 100 мкМ CoQ10 (посередине) и 1500 мкМ CoQ10 (справа)] показаны на (C);
на фиг. 55 показаны клетки HUVEC, выращенные до конфлюэнции, исследованные на миграцию с использованием анализа методом зарастания царапины. 100 или 1500 мкМ CoQ10 наносили в момент получения царапины, и очищенную область контролировали в течение 48 ч. 100 мкМ CoQ10 задерживал закрытие эндотелия, по сравнению с контролем. Добавление 1500 мкМ CoQ10 предотвращало закрытие даже до 48 ч (данные не показаны);
на фиг. 56 показаны эндотелиальные клетки, растущие в 3-D матригеле в форме трубок с течением времени. Наблюдались дифференциальные эффекты 100 мкМ и 1500 мкМ CoQ10 на формирование трубки. Нарушенная ассоциации клеток с клетками и распад ранней трубчатой структуры были значительными при 1500 мкМ CoQ10. Показанные изображения снимали через 72 ч;
на фиг. 57A-57B показаны эндотелиальные клетки, выращенные в субконфлюэнтных и конфлюэнтных культурах в присутствии или в отсутствие CoQ10 как в нормальных, так и гипоксических условиях. Оценивали образование оксида азота (NO) (A) и активных форм кислорода (АФК) (B) в ответ на коэнзим Q10 и гипоксию;
на фиг. 58A-58D показаны эндотелиальные клетки, выращенные в субконфлюэнтных и конфлюэнтных культурах в присутствии или в отсутствие CoQ10 для оценки митохондриального потребления кислорода при указанных условиях роста. Показана оценка общей OCR (A); митохондриальная OCR (B); производство АТФ (C); ECAR (D);
на фиг. 59A-59C показаны результаты от платформы перекрестной биологии, используемой для идентификации ключевых биологических функциональных узлов через модуляцию функции эндотелиальных клеток с помощью CoQ10. Эти узлы представлены с помощью полной мультиомной сети (A), хаба обогащенной белками сети (B) и хаба сети киназных, липидомных и функциональных конечных точек (C). Фиг. 59B и 59C представляют собой разорванные части фиг. 59A.
Подробное описание изобретения
I. Обзор
Иллюстративные варианты осуществления настоящего изобретения включают в себя способы, которые могут быть выполнены с использованием платформы перекрестной биологии (платформа), которая представляет собой инструмент для понимания широкого спектра биологических процессов, таких как патофизиология заболевания или ангиогенез, и ключевых молекулярных драйверов, лежащих в основе таких биологических процессов, включающих в себя факторы, которые делают возможным процесс заболевания. Некоторые иллюстративные варианты осуществления включают в себя системы, которые могут включать в себя по меньшей мере часть или всю платформу. Некоторые иллюстративные способы могут использовать по меньшей мере часть или всю платформу. Цели и задачи некоторых иллюстративных вариантов осуществления, связанных с платформой, в общем приводятся ниже в иллюстративных целях:
i) создать специфические молекулярные сигнатуры в качестве драйверов критических компонентов биологического процесса (например, патологического процесса, ангиогенеза), как они относятся к общему биологическому процессу;
ii) получить молекулярные сигнатуры или дифференциальные карты, относящиеся к биологическому процессу, который может помочь идентифицировать дифференциальные молекулярные сигнатуры, которые различают одно биологическое состояние (например, патологическое состояние, ангиогенное состояние) от другой биологической стадии (например, нормальное состояние), и развивать понимание того, как сигнатуры или молекулярные субстанции выносят решение относительно механизмов изменения между двумя биологическими состояниями (например, от нормального до патологического состояния или ангиогенного состояния); и iii) исследовать роль хабов молекулярной активности, как потенциальных мишеней вмешательств для внешнего контроля биологического процесса (например, использовать хаб в качестве потенциальной терапевтической мишени или мишени для модуляции ангиогенеза), или как потенциальных биомаркеров для исследуемого биологического процесса (например, использование специфических к заболеванию биомаркеров и специфических ангиогенных маркеров в прогностике и/или тераностике).
Некоторые иллюстративные способы, включающие в себя платформу, могут включать в себя одну или несколько из следующих особенностей:
1) моделирование биологических процессов (например, патологического процесса, ангиогенного процесса) и/или компонентов биологического процесса (например, физиологии и патофизиологии заболевания, физиологии ангиогенеза) в одной или нескольких моделях, предпочтительно моделях in vitro или лабораторных моделях (например, CAM модели, модели роговичного кармана, модели Матригель®), с использованием клеток, связанных с биологическим процессом. Например, клетки могут представлять
- 20 038600 собой полученные от человека клетки, которые обычно участвуют в биологической процессе, о котором идет речь. Модель может включать в себя различные клеточные сигналы/условия/возмущения, которые специфичны для биологического процесса (например, заболевания, ангиогенеза). В идеале, модель представляет собой различные (заболевание, ангиогенез) состояния и постоянно меняющиеся компоненты вместо статической оценки биологического (заболевание, ангиогенез) состояния.
2) профилирование мРНК и/или белковых сигнатур с использованием любых известных в настоящей области техники средств. Например, количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР) и инструментов протеомного анализа, таких как масс-спектрометрии (МС). Такие наборы данных мРНК и белков представляют собой биологическую реакцию на окружающую среду/возмущающее воздействие. Когда применимо и возможно, также могут быть интегрированы данные липидомики, метаболомики и транскриптомики в качестве вспомогательных или альтернативных измерений для биологического процесса, о котором идет речь. Анализ SNP представляет собой еще один компонент, который может быть время от времени использован в процессе. Для исследования может быть полезно, например, оказывает ли SNP или специфическая мутация какой-нибудь эффект на биологический процесс. Эти переменные могут быть использованы для описания биологического процесса либо как статический снимок, либо как представление динамического процесса.
3) анализ одного или нескольких клеточных ответов на сигналы и возмущающие воздействия, включающие в себя без ограничения биоэнергетическое профилирование, пролиферацию клеток, апоптоз и функцию органелл. Истинный партнер по генотипу-фенотипу актуализируется с помощью использования функциональных моделей, таких как АТФ, АФК, OXPHOS, анализы Seahorse, анализы каспазы, анализы миграции, анализы хемотаксиса, анализы образования трубок и т.д. Такие клеточные ответы представляют собой реакцию клеток в биологическом процессе (или его модели) в ответ на соответствующее состояние(я) экспрессии мРНК/белка и любые другие связанные состояния в 2) выше.
4) интеграция данных функциональных анализов, полученных таким образом в 3) с данными протеомики и другими, полученными в 2), и определение белковых ассоциаций в качестве ведущих с помощью причинной зависимости, с помощью использования основанной на искусственном интеллекте (ИИ) системы информатики или платформы. Такая основанная на ИИ система базируется на и предпочтительно базируется только на наборах данных, полученных в 2) и/или 3), не прибегая к существующим знаниям о биологическом процессе. Предпочтительно, нет точек данных, выпадающих статистически или искусственно. Вместо этого, все полученные данные подают в системы ИИ для определения белковых ассоциаций. Одна из целей или выходных данных процесса интеграции заключается в одной или нескольких дифференциальных сетях (иначе могут называться в настоящем документе сетями дельта или, в некоторых случаях, сетями дельта-дельта в зависимости от обстоятельств) между различными биологическими состояниями (например, заболевание против нормальных состояний).
5) профилирование выходных данных из основанной на ИИ платформы информатики для исследования каждого хаба активности в качестве потенциальной терапевтической мишени и/или биомаркера. Такое профилирование может быть сделано исключительно in silico на основе полученных наборов данных, не прибегая к любым актуальным практическим экспериментам.
6) проверки хаба активности путем использования молекулярных и клеточных техник. Такая проверка выходных после информатики данных с практическими основанными на клетках экспериментами может быть необязательна, но они помогают создать полный круг опроса.
Любой или все из описанных выше подходов может быть использован в любой конкретной области применения в отношении любого биологического процесса, в зависимости, по меньшей мере частично, от природы конкретного применения. То есть, один или несколько описанных выше подходов могут быть опущены или модифицированы, и может быть использован один или несколько дополнительных подходов, в зависимости от конкретного применения.
Предусмотрены различные схемы, иллюстрирующие платформу. В частности, изображение иллюстративного подхода для идентификации терапевтических средств с использованием платформы, показано на фиг. 1. Изображение системной биологии злокачественной опухоли и соответствующего интегрированного мультифизиологического интерактивного регулирования выходных данных показано на фиг. 2. Изображение систематического опроса биологической актуальности использования MIM показано на фиг. 3. Изображение моделирования сети злокачественной опухоли для того, чтобы сделать возможным перекрестный биологический запрос, показано на фиг. 4.
Изображения платформы перекрестной биологии и технологий, используемых в платформе, показаны на фиг. 5 и 6. Схематическое представление компонентов платформы, включающей в себя сбор данных, интеграцию данных и интеллектуальный анализ данных показано на фиг. 7. Схематическое представление систематического опроса с использованием MIM и сбор ответных данных от каскада омика показан на фиг. 8.
На фиг. 14 показана блок-схема высокого уровня иллюстративного способа 10, в котором указаны компоненты иллюстративной системы, которая может быть использована для выполнения иллюстративного способа. Изначально модель (например, модель in vitro) устанавливается для биологического процесса (например, патологического процесса) и/или компонентов биологического процесса (например,
- 21 038600 физиологии заболевания и патофизиологии) с использованием клеток, обычно связанных с биологическим процессом (стадия 12). Например, клетки могут представлять собой полученные от человека клетки, которые обычно участвуют в биологическом процессе (например, заболевании). Клеточная модель может включать в себя различные клеточные сигналы, условия и/или возмущения, которые специфичны для биологического процесса (например, заболевания). В идеале, клеточная модель представляет собой различные (заболевание) состояния и постоянно меняющиеся компоненты биологического процесса (например, заболевания), а не статическую оценку биологического процесса. Сравнительная клеточная модель может включать в себя контрольные клетки или нормальные (например, не патологические) клетки. Дополнительное описание клеточных моделей появляется ниже в разделах III.A и IV.
Первый набор данных получают от клеточной модели биологического процесса, который включает в себя информацию, представляющую уровни экспрессии множества генов (например, сигнатур мРНК и/или белков) (стадия 16) с использованием любого известного процесса или системы (например, количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР) и таких инструментов протеомного анализа, как массспектрометрия (МС)).
Третий набор данных получают от сравнительной клеточной модели биологического процесса (стадия 18). Третий набор данных включает в себя информацию, представляющую уровни экспрессии множества генов в клетках сравнения от сравнительной клеточной модели.
Согласно некоторым вариантам осуществления способов согласно настоящему изобретению эти первый и третий наборы данных в совокупности называются в настоящем документе как первый набор данных, который представляет уровни экспрессии множества генов в клетках (все клетки, включающие в себя клетки сравнения), связанных с биологической системой.
Первый набор данных и третий набор данных могут быть получены от одной или нескольких системы анализа сигнатуры мРНК и/или белка. Данные мРНК и белка в первом и третьем наборе данных могут представлять биологические реакции на окружающую среду и/или возмущающее воздействие. Когда применимо и возможно, также могут быть интегрированы данные липидомики, метаболомики и транскриптомики в качестве вспомогательных или альтернативных измерений биологического процесса, о котором идет речь. Анализ SNP представляет собой еще один компонент, который может быть время от времени использован в процессе. Для исследования может быть применимо, например, оказывает ли однонуклеотидный полиморфизм (SNP) или специфическая мутация какой-нибудь эффект на биологический процесс. Эти переменные могут быть использованы для описания биологического процесса либо как статический снимок, либо как представление динамического процесса. Дополнительное описание рассмотрения получения информации, представляющей уровни экспрессии множества генов в клетках, появляется ниже в разделе III.B.
Второй набор данных получают от клеточной модели биологического процесса, который включает в себя информацию, представляющую функциональную активность или ответ клеток (стадия 20). Аналогично, четвертый набор данных получают от сравнительной клеточной модели биологического процесса, который включает в себя информацию, представляющую функциональную активность или ответ клеток сравнения (стадия 22).
Согласно некоторым вариантам осуществления способов согласно настоящему изобретению эти второй и четвертый наборы данных в совокупности называются в настоящем документе как второй набор данных, который представляет функциональную активность или клеточный ответ клеток (всех клеток, включающим в себя клетки сравнения), связанных с биологической системой.
Одна или несколько систем функционального анализа могут быть использованы для получения информации о функциональной активности или ответа клеток или клеток сравнения. Информация, касающаяся функциональных клеточных ответов на сигналы и возмущения, может включать в себя без ограничения профилирование биоэнергетики, пролиферацию клеток, апоптоз и функцию органелл. Функциональные модели процессов и путей (например, аденозинтрифосфата (АТФ), активных форм кислорода (АФК), окислительного фосфорилирования (OXPHOS), анализы Seahorse, анализы каспазы, анализы миграции, анализы хемотаксиса, анализы образования трубок и т.д. Такая функциональная активность или клеточные ответы представляют собой реакцию клеток в биологическом процессе (или его модели) в ответ на соответствующее состояние(я) экспрессии мРНК/белка и любые другие связанные состояния или возмущающие воздействия. Дополнительная информация о получении информации, представляющей функциональную активность или ответ клеток, приведена ниже в разделе III.B.
Способ также включает в себя создание реализованных с помощью компьютера моделей биологических процессов в клетках и в контрольных клетках. Например, одна или несколько (например, ансамбль) байесовских сетей причинно-следственных связей между уровнем экспрессии множества генов и функциональной активностью или клеточным ответом могут быть созданы для клеточной модели (созданные сети клеточной модели) из первого набора данных и второго набора данных (стадия 24). Созданные сети клеточной модели, индивидуально или коллективно, включают в себя количественную вероятностную информацию о направлении связей. Созданные сети клеточной модели не основаны на известных биологических связах между генной экспрессией и/или функциональной активностью или клеточным ответом, отличной от информации, полученной от первого набора данных и второго набора дан- 22 038600 ных. Одна или несколько созданных сетей клеточной модели могут все вместе называться консенсусной сетью клеточной модели.
Одна или несколько (например, ансамбль) байесовских сетей причинно-следственных связей между уровнем экспрессии множества генов и функциональной активностью или клеточным ответом могут быть созданы для клеточной модели (созданные сети клеточной модели) из первого набора данных и второго набора данных (стадия 26). Созданные сети сравнительной клеточной модели, индивидуально или коллективно, включают в себя количественную вероятностную информацию о направлении связей. Созданные сети клеточной модели не основаны на известных биологических связах между генной экспрессией и/или функциональной активностью или клеточным ответом, отличной от информации, полученной от первого набора данных и второго набора данных. Одна или несколько созданных сетей сравнительной клеточной модели могут все вместе называться консенсусной сетью клеточной модели.
Созданные сети клеточной модели и созданные сети сравнительной клеточной модели могут быть созданы с использованием основанной на искусственном интеллекте (ИИ) системы информатики. Дополнительная информация о получении созданных сетей клеточной модели, получении созданных сетей сравнительной клеточной модели и основанной на ИИ системы информатики приводится ниже в разделе III.C и в описании фиг. 2A-3.
Следует отметить, что многие различные основанные на ИИ платформы или системы могут быть использованы для создания байесовских сетей причинно-следственных связей, включающих в себя количественную вероятностную информацию о направлении. Хотя некоторые описанные в настоящем документе примеры используют одну конкретную имеющуюся в продаже систему, т.е. REFS™ (обратное конструирование/прямое моделирование) от GNS (Cambridge, MA), варианты осуществления не ограничены. Основанные на ИИ системы или платформы, подходящие для реализации некоторых вариантов осуществления, используют математические алгоритмы для установления причинно-следственных связей между входными переменными (например, первый и второй набор данных), основанных только на входных данных, не принимая во внимание предварительное существующие знаний о любых потенциальных, установленных и/или проверенных биологических связях.
Например, основанная на ИИ платформа информатики REFS™ использует экспериментально полученные сырые (первоначальные) или минимально обработанные входные биологические данные (например, генетические, геномные, эпигенетические, протеомные, метаболомические и клинические данные), и быстро выполняет триллионы расчетов для определения того, как молекулы взаимодействуют друг с другом в полной системе. Основанная на ИИ платформа информатики REFS™ выполняет обратный процесс конструирования, направленный на создание компьютерно-реализованной клеточной модели in silico (например, созданные сети клеточной модели), на основе входных данных, которые количественно представляют базовую биологическую систему. Кроме того, гипотезы о базовой биологической системе могут быть разработаны и быстро смоделированы на основе реализуемой компьютером клеточной модели, с тем чтобы получить предположения, сопровождаемые связанными уровнями достоверности, в отношении гипотез.
При таком подходе биологические системы представлены количественными реализованными компьютерами клеточными моделями, в которых вмешательства моделируются для того, чтобы узнать подробные механизмы биологической системы (например, заболевания), эффективные стратегии вмешательства и/или клинические биомаркеры, которые определяют, какие пациенты будут отвечать на данную схему лечения. Обычные известные в биологии биоинформатические и статистические подходы, а также подходы, основанные на моделировании, как правило, не в состоянии обеспечить эти типы идей.
После того как получены созданные сети клеточной модели и созданные сети сравнительной клеточной модели, они сравниваются. Определяется одна или несколько причинно-следственных связей, присутствующие, по меньшей мере, в некоторых из созданных сетей клеточной модели и отсутствующие или характеризующиеся по меньшей мере одним значительно отличающимся параметром в созданной сети сравнительной клеточной модели (стадия 28). Такое сравнение может приводить к созданию дифференциала сети. Создание сравнения, идентификации и/или дифференциала (дельта) сети может быть проведено с помощью модуля создания дифференциала сети, который описан более подробно ниже в разделе III.D и в описании фиг. 26.
Согласно некоторым вариантам осуществления наборы входных данных представляют собой данные от одного типа клеток и одного типа клеток сравнения, которые создают ансамбль сетей клеточных моделей на основе одного типа клеток и другой ансамбль сетей сравнительных клеточных моделей на основе одного типа контрольных клеток сравнения. Дифференциал может быть выполнен между ансамблем сетей одного типа клеток и ансамблем сетей типа(ов) клеток сравнения.
Согласно другим вариантам осуществления наборы входных данных получают из множества типов клеток (например, двух или более типов злокачественных опухолевых клеток, двух или более типов клеток в различных ангиогенных состояниях, например, индуцированных различными проангиогенными раздражителями) и множества типов клеток сравнения (например, двух или более нормальных типов клеток без злокачественной опухоли, двух или более неангиогенных или ангиогенных типов клеток).
- 23 038600
Ансамбль сетей клеточных моделей может быть получен для каждого типа клеток и каждого типа клеток сравнения по отдельности, и/или данные от множества клеточных типов и множества клеточных типов сравнения могут быть объединены в соответствующие составные наборы данных. Составные наборы данных производят ансамбль сетей, соответствующий множеству типов клеток (составные данные), а другой ансамбль сетей, соответствующий множеству клеточных типов сравнения (составные данные сравнения). Дифференциал может быть выполнен на ансамбле сетей для составных данных в сравнении с ансамблем сетей для составных данных сравнения.
Согласно некоторым вариантам осуществления дифференциал может быть выполнен между двумя различными дифференциалами сетей. Эти выходные данные могут упоминаться как сеть дельта-дельта, и они описаны ниже со ссылкой на фиг. 26.
Количественная информация связей может быть идентифицирована для каждой связи в созданных сетях клеточных моделей (стадия 30). Аналогично, может быть идентифицирована количественная информация связей для каждой связи в созданных сетях сравнительных клеточных моделей (стадия 32). Количественная информация о связи может включать в себя направление, указывающее причинность, меру статистической ошибки относительно связи (например, статистическое измерение площади под кривой (AUC)) и/или выражение количественной величины силы связи (например, кратность). Различные связи в созданных сетях клеточных моделей могут быть профилированы с использованием количественной информации связей для того, чтобы исследовать каждый хаб активности в сетях в качестве потенциальной терапевтической мишени и/или биомаркера. Такое профилирование может быть сделано полностью in silico на основе результатов от созданных сетей клеточных моделей, не прибегая к реальным практическим экспериментам.
Согласно некоторым вариантам осуществления хаб активности в сетях может быть подтвержден с использованием молекулярных и клеточных техник. Такая проверка выходных после информатики данных с практическими основанными на клетках экспериментами может не выполняться, но она помогает создать полный круг опроса. На фиг. 15 показано схематическое изображение упрощенного представления высокого уровня функциональности иллюстративной основанной на ИИ системе информатики (например, которое может быть использовано с иллюстративными вариантами осуществления (например, основанная на ИИ система информатики REFS™) и взаимодействия между основанной на ИИ системой и другими элементами или частями платформы перекрестной биологии (платформы). На фиг. 15A различные наборы данных, полученные от модели биологического процесса (например, модели заболевания), например, дозировка лекарственного средства, дозировка лечения, экспрессия белка, экспрессия мРНК и любые из многих, связанных с функцией, измерений (например, OCR, ECAR), представлены в основанной на ИИ системе. Как показано на фиг. 15B, из наборов входных данных основанная на ИИ система создает библиотеку фрагментов сети, которые включают в себя переменные (белки, липиды и метаболиты), которые управляют молекулярными механизмами в биологическом процессе (например, заболевании), в процессе, названном набором байесовских фрагментов (фиг. 15B).
На фиг. 15C основанная на ИИ система выбирает подмножество фрагментов сети в библиотеке и конструирует первоначальную пробную сеть из фрагментов. Основанная на ИИ система также выбирает другое подмножество фрагментов сети в библиотеке, чтобы сконструировать еще одну первоначальную пробную сеть. В конце концов, создается ансамбль первоначальных пробных сетей (например, 1000 сетей) из разных подмножеств фрагментов сети в библиотеке. Этот процесс можно назвать параллельным отбором образцов ансамблей. Каждая пробная сеть в ансамбле развивается или оптимизируется путем добавления, вычитания и/или замены дополнительных фрагментов сети из библиотеки. Если получают дополнительные данные, дополнительные данные могут быть включены в фрагменты сети в библиотеке и могут быть включены в ансамбль пробных сетей через эволюцию каждой пробной сети. После завершения процесса оптимизации/эволюции, ансамбль пробных сетей может быть описан как созданная сеть клеточных моделей.
Как показано на фиг. 15D, ансамбль созданных сетей клеточных моделей может быть использован для моделирования поведения биологической системы. Моделирование может быть использовано для прогнозирования поведения биологической системы при изменениях в условиях, что может быть экспериментально проверено с использованием практических основанных на клетках или животных экспериментах. Кроме того, количественные параметры связей в созданных сетях клеточных моделей могут быть извлечены с использованием функциональности моделирования путем применения смоделированных возмущающих воздействий к каждому узлу отдельно, наблюдая за влияниями на другие узлы в созданных сетях клеточных моделей. Более подробная информация представлена ниже в разделе III.C.
Автоматизированный обратный процесс конструирования основанной на ИИ системы информатики, который изображен на фигурах 2A-2D, создает ансамбль созданных сетей клеточных моделей, что представляет собой беспристрастную и систематическую основанную на компьютере клеточную модель.
Обратное конструирование определяет вероятностные направления соединений сети между молекулярными измерениями в данных, и фенотипическими представляющими интерес выходными данными. Изменение молекулярных измерений позволяет изучать вероятностные причинно-следственные связи между этими понятиями и изменениями в конечных точках. Машинное изучение природы платформы
- 24 038600 также позволяет взаимодействие и прогнозирование на основе набора данных, которые постоянно развиваются.
Сетевые соединения между молекулярными измерениями в данных представляют собой вероятностные, отчасти потому, что связь может быть основана на корреляции между наблюдаемыми наборами данных, изученными с помощью алгоритма компьютера. Например, если уровень экспрессии белка X и белка Y положительно или отрицательно коррелирует, основываясь на статистическом анализе набора данных, причинно-следственная связь может быть предназначена для установления сетевого соединения между белками X и Y. Надежность такой предполагаемой причинно-следственной связи может быть дополнительно определена с помощью вероятности связи, которая может быть измерена с помощью рвеличины (например, p<0,1, 0,05, 0,01 и т.д.).
Сетевые соединения между молекулярными измерения в данных представляют собой направленные, отчасти потому, что сетевых соединения между молекулярными измерениями, как это определено путем процесса обратного конструирования, отражают причину и влияние связи между соединенным геном/белком, таким образом, что повышение уровня экспрессии одного белка может приводить к росту или падению уровня экспрессии другого, в зависимости от того, стимулирующее ли соединение или ингибирующее.
Сетевые соединения между молекулярными измерениями в данных представляют собой количественные, отчасти потому, что сетевые соединения между молекулярными измерениями, как это определено с помощью процесса, могут моделироваться in silico, на основе существующего набора данных и вероятностных измерений, связанных с ним. Например, в установленных сетевых соединениях между молекулярными измерениями, теоретически возможно увеличить или уменьшить (например, в 1, 2, 3, 5, 10, 20, 30, 50, 100 раз или более) уровень экспрессии данного белка (или узла в сети) и количественно моделировать его воздействие на другие соединенные белки в сети.
Сетевые соединения между молекулярными измерениями в данных представляют собой беспристрастные, по меньшей мере, отчасти потому, что никакие точки данных статистически или искусственно не удаляются, и отчасти потому, что сетевые соединения основаны на одних вводных данных, не обращаясь к уже существующим знаниям о биологическом процессе, о котором идет речь.
Сетевые соединения между молекулярными измерениями в данных представляют собой системные и (несмещенные), отчасти потому, что все потенциальные соединения среди всех входных переменных были систематически исследованы, например, попарным способом. Зависимость от вычислительной мощности для выполнения таких системных исследований экспоненциально увеличивается вместе с увеличением количества входных переменных.
В общем, ансамбля из ~1000 сетей, как правило, достаточно, чтобы предсказать, вероятностные причинно-следственные количественные отношения между всеми измеренными понятиями. Ансамбль сетей захватывает неопределенность в данных и позволяет рассчитать доверительные метрики для каждого предсказания модели. Предсказания, полученные с помощью ансамбля сетей вместе, где различия в предсказаниях от отдельных сетей в ансамбле представляет собой степень неопределенности при прогнозировании. Эта функция позволяет присваивать доверительные метрики для предсказаний клинического ответа, полученного от модели.
После того как модели обратно сконструированы, дополнительные запросы моделирования могут быть проведены на ансамбле моделей для определения ключевых молекулярных драйверов биологического процесса, о котором идет речь, например, болезненного состояния.
Эскиз компонентов, используемых для создания иллюстративных моделей in vitro, представляющих нормальное и диабетическое состояния, изображен на фиг. 9 Схематическое представление иллюстративной платформы информатики REFS™, используемой для создания причинно-следственных сетей белка, как они относятся к патофизиологии заболевания изображено на фиг. 10. Схематическое представление иллюстративного подхода к созданию дифференциального сети при диабетическом состоянии, по сравнению с нормальным состоянием, и диабетические узлы, которые восстанавливаются в нормальное состояние обработкой MIM, изображены на фиг. 11. Показательная дифференциальная сеть при диабетическом состоянии, по сравнению с нормальным состоянием изображена на фиг. 12. Схематическое представление узла и связанных с ним представляющих интерес ребер (узел 1 в центре) и клеточная функциональность, связанная с каждым ребром изображены на фиг. 13.
Изобретение в общем описано выше, в разделах ниже предусмотрено более подробное описание различных аспектов или элементов общего изобретения, в сочетании с одной или несколькими конкретными биологическими системами, которые могут быть проанализированы с использованием способов согласно настоящему документу. Следует отметить, однако, используемые для цели иллюстрации конкретные биологические системы ниже не представляют собой ограничивающие. Напротив, предполагается, что другие различные биологические системы, включающие в себя любые их альтернативные варианты, модификации и эквиваленты могут быть проанализированы аналогичным образом с использованием предмета технологии платформы.
II. Определения
Используемые в настоящем документе некоторые термины, предназначенные для специального оп- 25 038600 ределения, но еще не определенные в других разделах спецификации, определены в настоящем документе.
Использование единственного числа в настоящем документе обозначает один или более чем один (например, по меньшей мере одного) грамматический объект статьи. В качестве примера, элемент означает один элемент или более чем один элемент.
Термин включающий в себя используется в настоящем документе для обозначения и используется взаимозаменяемо с фразой включающий в себя без ограничения.
Термин или используется в настоящем документе для обозначения и используется взаимозаменяемо с термином и/или, если в контексте явно не указано иное.
Термин такие как используется в настоящем документе для обозначения и используется взаимозаменяемо с фразой такие как без ограничения.
Метаболический путь относится к последовательности опосредованной ферментом реакции, которая преобразуют одно соединение в другое и обеспечивает промежуточные соединения и энергию для клеточных функций. Метаболический путь может быть линейным или циклическим, или разветвленным.
Метаболическое состояние относится к молекулярному содержанию конкретной клеточной, многоклеточной или тканевой окружающей среды в данной точке во времени, измеренной с помощью различных химических и биологических показателей, как они относятся к состоянию здоровья или заболевания.
Ангиогенез относится к физиологическому процессу, включающему в себя рост новых кровеносных сосудов от уже существующих сосудов. Ангиогенез включает в себя, по меньшей мере, пролиферацию сосудистых эндотелиальных клеток, миграцию сосудистых эндотелиальных клеток, как правило, в ответ на хемоаттрактанты, деградацию внеклеточного матрикса, как правило, с помощью производства металлопротеазы матрикса, производство металлопротеиназы матрикса, образование трубки, образование просвета сосуда, прорастание сосуда, экспрессию адгезивной молекулы, обычно экспрессию интегринов, и дифференцировку. В зависимости от системы культуры (например, одномерная в сравнении с трехмерной) и типа клеток, различные аспекты ангиогенеза можно наблюдать в клетках, выращенных как in vitro, так и in vivo. Ангиогенные клетки или клетки, проявляющие по меньшей мере одну характеристику ангиогенной клетки, проявляют 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или больше указанных выше характеристик. Модуляторы ангиогенеза увеличивают или уменьшают по меньшей мере одну из характеристик, приведенную выше. Ангиогенез отличается от васкулогенеза, который представляет собой спонтанное образование кровеносных сосудов или врастание, это термин для образования новых кровеносных сосудов путем расщепления существующих.
Термин микрочипы относится к массиву различных полинуклеотидов, олигонуклеотидов, полипептидов (например, антител) или пептидов, синтезированных на таком субстрате, как бумага, нейлон или другой тип мембраны, фильтр, чип, стекло или любом другом подходящем твердом носителе.
Термины нарушения и заболевания используются включительно и относятся к любому отклонению от нормального строения или функции любой части, органа или системы организма (или любой их комбинации). Конкретное заболевание проявляется характерными симптомами и признаками, в том числе биологическими, химическими и физическими изменениями, и часто ассоциируется с целым рядом других факторов, включающих в себя без ограничения демографический, экологический, занятости, генетический и медицинский исторический факторы. Некоторые характерные признаки, симптомы и связанные с ними факторы могут быть количественно определены с помощью различных способов, чтобы получить важную диагностическую информацию.
Термин экспрессия включает в себя процесс, при котором полипептид получается из полинуклеотидов, таких как ДНК. Этот процесс может включать в себя транскрипцию гена в мРНК и трансляцию этой мРНК в полипептид. В зависимости от контекста, в котором он используется, термин экспрессия может относиться к производству РНК, белка или того и другого.
Термины уровень экспрессии гена или уровень генной экспрессии относятся к содержанию мРНК, а также пре-мРНК образующегося транскрипта(ов), промежуточных соединений процессинга транскрипта, зрелой мРНК и продуктов распада или содержания белка, кодируемого геном в клетке.
Термин модуляция относится к положительной регуляции (т.е. активации или стимуляции), отрицательной регуляции (т.е. ингибированию или подавлению) ответа, или обоим в комбинации или по отдельности. Модулятор представляет собой соединение или молекулу, которая модулирует и может представлять собой, например, агонист, антагонист, активатор, стимулятор, супрессор или ингибитор.
Фраза влияет на модулятор понимается как изменение экспрессии, изменение содержания или изменение активности модулятора.
Используемый в настоящем документе термин троламин относится к троламину NF, триэтаноламину, TEALAN®, TEAlan 99%, триэтаноламину, 99%, триэтаноламину, NF или триэтаноламину, 99%, NF. Эти термины могут быть использованы в настоящем описании взаимозаменяемо.
Термин геном относится ко всей генетической информации биологической сущности (клетки, ткани, органы, система, организм). Он кодируется либо в ДНК или РНК (у некоторых вирусов, например). Геном включает в себя как гены, так и некодирующие последовательности ДНК.
- 26 038600
Термин протеом относится ко всему набору белков, экспрессированных геномом, клеткой, тканью или организмом в данный момент времени. Более конкретно, он может относиться ко всей совокупности экспрессированных белков в данном типе клеток или организме в данный момент времени в определенных условиях. Протеом может включать в себя варианты белка в связи с, например, альтернативным сплайсингом генов и/или посттрансляционными модификациями (например, гликозилированием или фосфорилированием).
Термин транскриптом относится ко всему набору транскрибированных молекул РНК, включающим в себя мРНК, рРНК, тРНК, микроРНК, дайсер-субстратные РНК и другую не-кодирующую РНК, произведенные в одной или нескольких популяциях клеток в данный момент времени. Этот термин может быть применен к общему набору транскриптов в данном организме или к конкретному подмножеству транскриптов, присутствующих в определенном типе клеток. В отличие от генома, который примерно фиксирован для данной клеточной линии (за исключением мутаций), транскриптом может меняться вместе с окружающими условиями. Поскольку он включает в себя все транскрипты мРНК в клетке, транскриптом отражает гены, которые в настоящее время активно экспрессируются в любой момент времени, за исключением явлений деградации мРНК, такие как транскрипционное затухание.
Изучение транскриптомики, также упоминаемое как профилирование экспрессии, анализирует уровень экспрессии мРНК в данной популяции клеток, часто с использованием высокоэффективных техник, основанных на технологии микрочипов ДНК.
Термин метаболом относится к полному набору низкомолекулярных метаболитов (например, метаболомических промежуточных продуктов, гормонов и других сигнальных молекул и вторичных метаболитов), найденным в биологическом образце, таком как единственный организм, в данный момент времени при данном состоянии. Метаболом динамичен и может изменяться каждую секунду.
Термин липидом относится к полному набору липидов, который можно найти в биологическом образце, таком как единственный организм, в данный момент времени при данном состоянии. Липидом динамичен и может изменяться каждую секунду.
Термин интерактом относится ко всему набору молекулярных взаимодействий в изучаемой биологической системе (например, клетках). Он может отображаться в виде ориентированной графы. Молекулярные взаимодействия могут происходить между молекулами, принадлежащими к разным биохимических семействам (белки, нуклеиновые кислоты, липиды, углеводы и т.д.), а также в рамках данного семейства. Когда говорят в терминах протеомики, интерактом относится к сети взаимодействий белокбелок (PPI) или сети взаимодействия белка (PIN). Другой широко изучаемый тип интерактома представляет собой интерактом белок-ДНК (сеть, образованная транскрипционными факторами (и регуляторными белками ДНК или хроматина) и их генами-мишенями.
Термин клеточные выходные данные включает в себя коллекцию параметров, предпочтительно измеримых параметров, относящихся к клеточному статусу, включающему в себя (без ограничения): уровень транскрипции одного или нескольких генов (например, измеряемый с помощью ОТ-ПЦР, кПЦР, микрочипом и т.д.), уровень экспрессии одного или нескольких белков (например, измеряемый с помощью масс-спектрометрии или вестерн-блоттинга), абсолютную активность (например, измеряемую как коэффициент конверсии субстрата) или относительную активность (например, измеряемую как % значения по сравнению с максимальной активностью) одного или нескольких ферментов или белков, уровень одного или нескольких метаболитов или интермедиатов, уровень окислительного фосфорилирования (например, измеряемый по коэффициенту потребления кислорода или OCR), уровень гликолиза (например, измеряемый по коэффициенту внеклеточного закисления ECAR), протяженность связывания лиганд-мишень или взаимодействия, активность внеклеточных секретируемых молекул и т.д. Клеточные выходные данные могут включать в себя данные для заранее определенного количества генов-мишеней или белков и т.д., или могут включать в себя глобальную оценку всех обнаруживаемых генов или белков. Например, масс-спектрометрия может быть использована для идентификации и/или количественной оценки всех обнаруживаемых белков, экспрессированных в данном образце или популяции клеток, без предварительного знания того, может ли любой конкретный белок быть экспрессирован в образце или клеточной популяции.
Используемый в настоящем документе термин система клеток включает в себя популяцию гомогенных или гетерогенных клеток. Клетки в системе могут расти in vivo, в естественной или физиологической среде, или могут расти in vitro, например, контролируемом окружении культуры тканей. Клетки в системе могут быть относительно гомогенными (например, не менее 70, 80, 90, 95, 99, 99,5, 99,9% гомогенности) или могут содержать два или более типов клеток, таких как типы клеток, которые обычно растут в непосредственной близости in vivo, или типы клеток, которые могут взаимодействовать друг с другом in vivo через, например, паракрин или другое дальнее межклеточное взаимодействие. Клетки в системе клеток могут быть получены из установленных клеточных линий, включающих в себя клеточные линии злокачественных опухолей, бессмертные клеточные линии или нормальные клеточные линии, или могут быть первичными клетками или клетками, только выделенными из живых тканей или органов.
Клетки в клеточной системе, как правило, находятся в контакте с клеточной окружающей средой, которая может обеспечивать питательными веществами, газами (кислородом или CO2 и т.д.), химиче
- 27 038600 скими веществами или белковыми/небелковыми стимуляторами, которые могут определять условия, влияющие на клеточное поведение. Клеточная окружающая среда может представлять собой химические среды с определенными химическими компонентами и/или менее четко определенными тканевыми экстрактами или компонентами сыворотки, и может включать в себя определенное значение pH, содержание CO2, давление и температуру, при которых клетки растут. Кроме того, клеточная окружающая среда может быть естественной или физиологической окружающей средой, найденной in vivo для конкретной системы клеток.
Согласно некоторым вариантам осуществления клеточная окружающая среда содержит условия, которые моделируют аспект биологической системы или процесса, например, моделируют состояние, процесс или окружающую среду заболевания. Такие условия культивирования включают в себя, например, гипергликемию, гипоксию или обогащенные молочной кислотой условия. Многочисленные другие подобные условия описаны в настоящем документе.
Согласно некоторым вариантам осуществления клеточная окружающая среда для конкретной системы клеток также включает в себя определенные особенности клеточной поверхности системы клеток, такие как типы рецепторов или лигандов на клеточной поверхности и их соответствующие активности, структуру углеводных или липидных молекул, полярность или текучесть мембраны, состояние кластеризации определенных мембранных белков и т.д. Эти особенности клеточной поверхности могут повлиять на функцию соседних клеток, таких как клетки, принадлежащие к другой системе клеток. Согласно некоторым другим вариантам осуществления, однако, клеточная окружающая среда системы клеток не включает в себя особенности клеточной поверхности системы клеток.
Клеточная окружающая среда может быть изменена для того, чтобы стать модифицированной клеточной окружающей средой. Изменения могут включать в себя изменения (например, увеличение или уменьшение) любого одного или нескольких компонентов, найденных в клеточной окружающей среде, включающей в себя добавление одного или нескольких компонентов внешнего раздражителя к клеточной окружающей среде. Возмущающее воздействие окружающей среды или компонент внешнего раздражителя может быть эндогенным по отношению к клеточной окружающей среде (например, клеточная окружающая среда содержит несколько уровней стимулятора, и больше того же добавляют для увеличения его содержания) или может быть экзогенным по отношению к клеточной окружающей среде (например, стимулятор в основном отсутствует в клеточной окружающей среде перед изменением). Клеточная окружающая среда может быть дополнительно изменена путем вторичных изменений, представляющих собой результат добавления компонента внешнего раздражителя, так как компонент внешнего раздражителя может изменить клеточные выходные данные системы клеток, включающие в себя молекулы, секретируемые в клеточной окружающей среде системы клеток.
Используемый в настоящем документе термин компонент внешнего раздражителя, также называемый в настоящем документе возмущающим воздействием окружающей среды, включает в себя любой внешний физический и/или химический раздражитель, который может повлиять на клеточную функцию. Он может включать в себя любые большие или маленькие органические или неорганические молекулы, природные или синтетические химические вещества, температурные сдвиги, изменение pH, радиацию, свет (UVA, UVB и т.д.), микроволны, звуковые волны, электрический ток, модулированные или немодулированные магнитные поля и т.д.
Термин многомерная внутриклеточная молекула (MIM) представляет собой выделенную версию или синтетический вариант эндогенной молекулы, которая естественным образом вырабатывается в организме и/или присутствует по меньшей мере в одной клетке человека. MIM может входить в клетку, и вход в клетку включает в себя полный или частичный вход в клетку до тех пор, пока биологически активная часть молекулы полностью проникнет в клетку. MIM способны индуцировать механизм передачи сигнала и/или экспрессии гена внутри клетки. MIM характеризуются многомерностью, поскольку молекулы содержат, как терапевтическое средство, так и носитель, например, доставка лекарственных средств, эффект. MIM также характеризуются многомерностью, потому что молекулы действуют одним путем при патологическом состоянии и по-другому при нормальном состоянии. Например, в случае CoQ-10, введение CoQ-10 в клетку меланомы в присутствии VEGF приводит к снижению уровня Bcl2, который, в свою очередь, приводит к снижению онкогенного потенциала клеток меланомы. В отличие от этого, в нормальном фибробласте совместное введение CoQ-10 и VEFG не влияет на содержание Bcl2.
Согласно одному варианту осуществления MIM представляет собой также epi-shifter. Согласно другому варианту осуществления MIM представляет собой epi-shifter. Согласно другому варианту осуществления MIM характеризуется одной или несколькими из указанных выше функций. Согласно другому варианту осуществления MIM характеризуется двумя или более из указанных выше функций. Согласно дополнительному варианту осуществления MIM характеризуется тремя или более из указанных выше функций. Согласно еще одному варианту MIM характеризуется всеми из вышеуказанных функций. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что MIM согласно настоящему изобретению также охватывает смесь двух или более эндогенных молекул, причем смесь характеризуется одной или несколькими из указанных выше функций. Эндогенные молекулы в смеси присутствуют в таком соотношении, чтобы смесь действовала как MIM.
- 28 038600
MIM могут представлять собой молекулы на основе липидов или не липидов. Примеры MIM включают в себя без ограничения CoQ10, ацетил Co-A, пальмитил Co-A, L-карнитин, такие аминокислоты, как, например, тирозин, фенилаланин и цистеин. Согласно одному варианту осуществления MIM представляет собой небольшую молекулу. Согласно одному варианту осуществления настоящего изобретения MIM представляет собой не CoQ10. MIM могут быть обычно определены специалистом в настоящей области техники с использованием любого из анализов, описанных подробно в настоящем документе. MIM описаны более подробно в патенте США 12/777902 (US 2011-0110914), полное содержание которого специально включено в настоящий документ посредством ссылки.
Используемый в настоящем документе вещество, вызывающее выраженные метаболомические сдвиги (epi-shifter) представляет собой молекулу, которая модулирует метаболомический сдвиг от здорового (или нормального) состояния в патологическое состояние и наоборот, тем самым сохраняя или восстанавливая клеточное, тканевое, органное и/или системное здоровье у человека. Epi-shifter способны осуществлять нормализацию в тканевой микросреде. Например, epi-shifter включает в себя любую молекулу, которая способна, когда добавляется или расщепляется в клетке, влиять на микроокружение (например, метаболомическое состояние) клетки. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что epi-shifter согласно настоящему изобретению также охватывает смесь двух или более молекул, причем смесь характеризуется одной или несколькими из указанных выше функций. Молекулы в смеси присутствуют в таком соотношении, чтобы смесь функционировала как epi-shifter. Примеры epi-shifter включают в себя без ограничения CoQ-10; витамин D3; такие компоненты ECM, как фибронектин; такие иммуномодуляторы, как TNF или любые из интерлейкинов, например, IL-5, IL-12, IL-23; ангиогенные факторы и факторы апоптоза.
Согласно одному варианту осуществления epi-shifter представляет собой также MIM. Согласно одному варианту осуществления epi-shifter представляет собой не CoQ10. Epi-shifter могут быть обычно определены специалистом в настоящей области техники с использованием любого из анализов, описанных подробно в настоящем документе. Epi-shifter описаны более подробно в патенте США 12/777902 (US 2011-0110914), полное содержание которого специально включено в настоящий документ посредством ссылки.
Другие термины явно не определенные в настоящем изобретении характеризуются тем же значением, которое понятно любому специалисту в настоящей области техники.
III. Иллюстративные стадии и компоненты платформенной технологии
Только для цели иллюстрации, следующие стадии предмета платформенной технологии могут быть описаны ниже как иллюстративная утилита для интеграции данных, полученных от пользовательского построения модели злокачественной опухоли, а также для идентификации новых белков/путей управления патогенезом злокачественной опухоли. Реляционные карты, полученные в результате этого анализа, включают мишени лечения злокачественных опухолей, а также диагностические/прогностические маркеры, связанные со злокачественной опухолью. Тем не менее, предмет платформенной технологии характеризуется общей применимостью к любой биологической системе или процессу и не ограничивается какой-либо конкретной злокачественной опухолью или другими конкретными моделями заболеваний.
Кроме того, хотя описание ниже представлено в некоторых частях, как дискретные стадии, оно предназначено для цели иллюстрации и простоты, и, таким образом, в действительности, это не означает такой жесткий порядок и/или разграничение стадий. Кроме того, стадии настоящего изобретения могут быть выполнены отдельно, и предусмотренное в настоящем документе изобретение предназначено для охвата каждой из стадий в отдельности, а также комбинации из одной или нескольких (например, любой одной, двух, трех, четырех, пяти, шести или всех семи стадий) стадий предмета платформенной технологии, которые могут быть проведены независимо от остальных стадий.
Настоящее изобретение также предназначено для включения в себя всех аспектов платформенной технологии в виде отдельных компонентов, а также вариантов осуществления настоящего изобретения. Например, созданные наборы данных предназначены для того, чтобы представлять собой варианты осуществления настоящего изобретения. В качестве дополнительных примеров, созданные сети причинноследственных связей, созданные консенсусные сети причинно-следственных связей и/или созданные смоделированные сети причинно-следственных связей также предназначены для того, чтобы представлять собой варианты осуществления настоящего изобретения. Причинно-следственные связи, идентифицированные как уникальные в биологической системе, предназначены для того, чтобы представлять собой варианты осуществления настоящего изобретения. Кроме того, построенные по заказу модели для конкретной биологической системы также предназначены для того, чтобы представлять собой варианты осуществления настоящего изобретения. Например, построенные по заказу модели патологического состояния или процесса, такие как, например, модели ангиогенеза, клеточные модели злокачественных опухолей, ожирения/диабета/сердечно-сосудистых заболеваний или пользовательские построенные модели токсичности (например, кардиотоксичности) лекарственного средства, также предназначены для того, чтобы представлять собой варианты осуществления настоящего изобретения.
A. Построение модели по заказу.
Первая стадия в платформенной технологии представляет собой создание модели биологической
- 29 038600 системы или процесса.
1. Модели ангиогенеза.
Известны как in vitro, так и in vivo модели ангиогенеза. Например, модель in vitro с использованием человеческих эндотелиальных клеток сосудов пуповины (HUVEC) предусмотрена более подробно в примерах. Вкратце, когда HUVEC выращивают в суб-конфлюэнтных культурах, они проявляют характеристики ангиогенных клеток. Когда HUVEC выращивают в конфлюэнтных культурах, они не проявляют характеристики ангиогенных клеток. Большинство стадий в ангиогенном каскаде могут быть проанализированы in vitro, в том числе пролиферация, миграция и дифференциация эндотелиальных клеток. Исследования пролиферации основаны на подсчете клеток, включении тимидина или иммуногистохимическом окрашивании на клеточную пролиферацию (путем измерения PCNA) или гибель клеток (по терминальному дезоксиуридиновому мечению концов или анализу Tunel). Хемотаксис может быть измерен в камере бойдена, которая состоит из верхней и нижней лунок, разделенных мембранным фильтром. Хемотаксические растворы помещают в нижнюю лунку, клетки добавляют в верхнюю лунку, и после периода инкубации клетки, которые мигрировали в сторону хемотаксического стимула, подсчитывают на нижней поверхности мембраны. Миграцию клеток также можно изучать с помощью анализа способом зарастания царапины, представленного в приведенных ниже примерах. Дифференциация может быть вызвана in vitro путем культивирования эндотелиальных клеток в разных компонентах ECM, включающим в себя двух- и трехмерные сгустки фибрина, гели коллагена и матригель. Также было показано, что микрососуды растут из колец аорты крысы, встроенных в трехмерный фибриновый гель. Экспрессия матриксной металлопротеиназы может быть проанализирована с помощью анализа зимогена.
Сосудистая сеть сетчатки не сформирована полностью у мышей в момент рождения. Сосудистый рост и ангиогенез были подробно изучены на этой модели. Становление сетчатки может быть использовано для анализа ангиогенеза, как нормального биологического процесса.
Анализ с куриной хорион-аллантоисной мембраной (CAM) хорошо известен в настоящей области техники. Ранний куриный эмбрион не характеризуется зрелой иммунной системой и, следовательно, используется для изучения индуцированного опухолью ангиогенеза. Трансплантаты ткани помещают на CAM через отверстие в скорлупе. Это вызывало типичную радиальную перестройку сосудов в сторону и явное увеличение сосудов вокруг трансплантата в течение четырех дней после имплантации. Входящие в трансплантат кровеносные сосуды подсчитываются под стереомикроскопом. Для оценки антиангиогенной или ангиогенной активности исследуемых соединений, соединения получают либо медленным высвобождением полимерных гранул, абсорбированных желатиновыми губками, либо сушат на воздухе на пластиковых дисках, а затем имплантируют на CAM. Были описано несколько вариантов анализа CAM, включающих в себя культивирование безоболочечных эмбрионов в чашках Петри, а также различные количественные способы (т.е. измерение скорости биосинтеза базальной мембраны с использованием радио-меченного пролина, подсчета количества судов под микроскопом или анализа изображений).
Роговица представляет бессосудистый участок in vivo. Таким образом, любые сосуды, проникающие от лимба в строму роговицы, могут быть идентифицированы как вновь образованные. Чтобы индуцировать ангиогенный ответ, полимерные гранулы с замедленным высвобождением [т.е. поли-2гидроксиэтилметакрилат (гидрон) или сополимер этилена и винилацетата (ELVAX)], содержащие ангиогенное вещество (например, FGF-2 VEGF), имплантируют в карманы, созданные в строме роговицы кролика. Кроме того, большое разнообразие тканей, клеток, клеточных экстрактов и кондиционированных сред было исследовано на их влияние на ангиогенез в роговице. Сосудистая реакция может быть определена количественно с помощью компьютерного анализа изображения после перфузии роговицы с тушью. Роговица может быть собрана и проанализирована с использованием предусмотренных в настоящем документе способов платформы.
MATRIGEL® представляет собой матрикс новообразования мышиной базальной мембраны, известный как мышиная саркома Engelbreth-Holm-Swarm. Он представляет собой сложную смесь белков базальной мембраны, включающих в себя ламинин, коллаген типа IV, гепарансульфат, фибрин и факторы роста, включающие в себя EGF, TGF-B, PDGF и IGF-1. Изначально он был разработан для изучения дифференцировки эндотелиальных клеток in vitro. Тем не менее, содержащие MATRIGEL® FGF-2 могут быть введены подкожно мышам. MATRIGEL® представляет собой жидкость при температуре 4°C, но образует твердый гель при 37°C, который захватывает фактор роста, чтобы обеспечить его медленное высвобождение. Как правило, через 10 дней, пробки MATRIGEL® удаляют и ангиогенез количественно определяют гистологически или морфометрически в срезах пробки. Пробки MATRIGEL® могут быть собраны и проанализированы с использованием способов платформы, предусмотренных в настоящем документе.
2. Модели заболевания in vitro.
Пример биологической системы или процесса представляет собой злокачественную опухоль. Как и любой другой сложной биологический процесс или система, злокачественная опухоль представляет собой сложное патологическое состояние, характеризующееся множественными уникальными аспектами. Например, благодаря своей высокой скорости роста многие клетки злокачественной опухоли адаптиро
- 30 038600 ваны к росту в условиях гипоксии, характеризуются повышающей регуляцией гликолиза и метаболомическими путями сниженного окислительного фосфорилирования. В результате, клетки злокачественной опухоли могут по-разному реагировать на возмущающее воздействие окружающей среды, такое как лечение с помощью потенциального лекарственного средства, по сравнению с реакцией нормальных клеток в ответ на такое же лечение. Таким образом, было бы интересно расшифровать уникальные реакции злокачественной опухоли на лекарственную терапию в сравнении с реакциями нормальных клеток. Для этого может быть создана пользовательская модель злокачественной опухоли, чтобы моделировать окружение клетки злокачественной опухоли, например, в опухоли in vivo путем создания условий культивирования клеток близких к условиям клетки злокачественной опухоли в опухоли in vivo, или для имитации различных аспектов роста злокачественной опухоли путем выделения различных условий роста клеток злокачественной опухоли.
Такая окружающая среда злокачественной опухоли или стрессовое условие роста представляет собой гипоксию, состояние, как правило, обнаруживаемое в солидной опухоли. Гипоксия может быть индуцирована в клетках с использованием известных в настоящей области техники способов. Например, гипоксия может быть вызвана путем помещения клеточных систем в камеру модульного инкубатора (MIC-101, Billups-Rothenberg Inc. Del Mar, CA), которая может быть заполнена промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота. Эффекты могут быть измерены после заранее определенного периода, например, через 24 ч после лечения гипоксии с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ).
Точно так же, воздействие молочной кислоты клеток имитирует клеточную окружающую среду, в которой активность гликолиза так же высока, как она существует в окружающей опухоль среде in vivo. Индуцированный молочной кислотой стресс можно исследовать в конечной концентрации молочной кислоты, равной приблизительно 12,5 мМ, в заранее определенное время, например, через 24 ч с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ).
Гипергликемия обычно представляет собой обязательное условие, найденное при диабете; однако, гипергликемия также в некоторой степени имитирует один аспект роста злокачественной опухоли, потому что многие клетки злокачественной опухоли зависят от глюкозы как от их основного источника энергии. Воздействие на исследуемые клетки типичным условием гипергликемии может включать добавление 10% по отношению к культуре глюкозы в подходящие среды, так что конечная концентрация глюкозы в средах составляет около 22 мМ.
Индивидуальные условия, отражающие различные аспекты роста опухоли, могут быть исследованы отдельно в построенной по заказу модели злокачественной опухоли и/или могут быть объединены вместе. Согласно одному варианту осуществления комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающие или моделирующие различные аспекты роста/условий опухоли исследуются в построенной по заказу модели злокачественной опухоли. Согласно одному варианту осуществления отдельные условия и, кроме того, комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающие или моделирующие различные аспекты роста/условий опухоли исследуются в построенной по заказу модели злокачественной опухоли. Все значения, представленные в вышеизложенном списке, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 или от 10 до 50 разных условий.
В настоящем документе ниже перечислены несколько иллюстративных комбинаций условий, которые могут быть использованы для воздействия на клетки. Другие комбинации могут быть легко составлены в зависимости от конкретной перекрестной биологической оценки, которая проводится.
1. Только среды.
2. 50 мкМ CTL коэнзим Q10 (CoQ10).
3. 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
4. 12,5 мМ молочная кислота.
5. 12,5 мМ молочная кислота + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
6. 12,5 мМ молочная кислота + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
7. Гипоксия.
8. Гипоксия + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
9. Гипоксия + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
10. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота.
11. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
12. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
13. Среды + 22 мМ глюкоза.
14. 50 мкМ CTL коэнзим Q10 + 22 мМ глюкоза.
15. 100 мкМ CTL коэнзим Q10 + 22 мМ глюкоза.
16. 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза.
17. 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
- 31 038600
18. 12,5 мМ молочная кислота + 22 мм глюкоза +100 мкМ CTL коэнзим Q10.
19. Гипоксия + 22 мМ глюкоза.
20. Гипоксия + 22 мМ глюкоза + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
21. Гипоксия + 22 мМ глюкоза + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
22. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза.
23. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
24. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза +100 мкМ CTL коэнзим Q10.
В качестве контроля одну или несколько нормальных клеточных линий (например, THLE2 и HDFA) культивируют в аналогичных условиях для того, чтобы идентифицировать уникальные белки или пути злокачественной опухоли (см. ниже). Контролем может выступать описанная выше сравнительная клеточная модель.
Множественные клетки злокачественной опухоли одного и того же или разного происхождения (например, линии злокачественных опухолей PaCa2, HepG2, PC3 и MCF7), в отличие от одного типа клеток злокачественной опухоли, могут быть включены в модель злокачественной опухоли. В определенных ситуациях эксперименты по взаимовлиянию или ECS между различными клетками злокачественных опухолей (например, HepG2 и PaCa2) могут проводиться для нескольких взаимосвязанных целей.
Согласно некоторым вариантам осуществления, которые включают в себя взаимовлияние, эксперименты, проведенные на клеточных моделях, разрабатывают для определения модуляции клеточного состояния или функции одной системы клеток или популяции (например, клетка гепатокарциномы HepG2) с помощью другой системы клеток или популяции (например, злокачественная опухоль поджелудочной железы PaCa2) при определенных условиях воздействия (например, гипергликемия, гипоксия (ишемия)). В соответствии с типичной постановкой первая клеточная система/популяция контактирует с компонентами внешних раздражителей, такими как кандидатная молекула (например, низкомолекулярное лекарственное средство, белок) или кандидатное состояние (например, гипоксия, окружающая среда с высоким содержанием глюкозы). В ответ на это первая клеточная система/популяция изменяет свой транскриптом, протеом, метаболом и/или интерактом, что приводит к изменениям, которые можно легко обнаружить как внутри, так и вне клетки. Например, изменения в транскриптоме могут быть измерены по уровню транскрипции множества мРНК-мишеней; изменения в протеоме могут быть измерены по уровню экспрессии множества белков-мишеней и изменения в метаболоме могут быть измерены по уровню множества метаболитов-мишеней с помощью анализов, разработанных специально для данных метаболитов. С другой стороны, вышеупомянутые изменения в метаболоме и/или протеоме, по меньшей мере, в отношении определенных секретируемых метаболитов или белков, могут также быть измерены по влиянию на вторую клеточную систему/популяция, включающую в себя модуляцию транскриптома, протеома, метаболома и интерактома второй клеточной системы/популяции. Таким образом, эксперименты могут быть использованы для идентификации эффектов представляющей интерес молекулы(-), секретируемой первой клеточной системой/популяцией, на вторую клеточную систему/популяцию при различных условиях воздействия. Эксперименты также могут быть использованы, чтобы идентифицировать любые белки, которые модулируются в результате передачи сигналов от первой клеточной системы (в ответ на воздействие компонентом внешнего раздражителя) к другой системе клеток с помощью, например, дифференциального скрининга протеомики. Те же экспериментальные условия также могут быть приспособлены для обратной постановки таким образом, что взаимные эффекты между двумя клеточными системами также могут быть оценены. В общем, для этого типа эксперимента выбор пар клеточных линий в значительной степени основан на таких факторах, как происхождение, патологическое состояния и клеточная функция.
Хотя двухклеточные системы, как правило, участвуют в этом типе экспериментальной постановки, аналогичные эксперименты также могут быть разработаны для более чем двухклеточных систем, например иммобилизация каждой отдельной системы клеток на отдельной твердой подложке.
После того как пользовательская модель построена, к системе могут быть применены одно или несколько возмущающих воздействий, такие как генетическая изменчивость от пациента к пациенту или наличие/отсутствие лечения некоторыми лекарственными средствами или пролекарствами. См. фиг. 15D. Эффекты таких возмущающих воздействий на систему, в том числе эффект на связанные с заболеванием клетки злокачественной опухоли и связанные с заболеванием нормальные контрольные клетки может быть измерен с помощью различных известных в настоящей области техники или запатентованных средств, описанных в разделе III.B ниже.
В иллюстративном эксперименте линии злокачественных опухолей PaCa2, HepG2, PC3 и MCF7 и нормальные клеточные линии THLE2 и HDFA выдерживали при каждом из условий гипергликемии, гипоксии и обогащенности молочной кислотой, а также во всех комбинациях двух или трех условий, и в дополнение с или без возмущающего воздействия окружающей среды, в частности, воздействия коэнзимом Q10.
Построенная по заказу клеточная модель может быть установлена и использоваться на стадиях платформенной технологии изобретения конечной идентификации причинно-следственной связи, уникальной в биологической системе, путем проведения описанных в настоящем документе стадий. Специа
- 32 038600 листу в настоящей области техники будет понятно, однако, что построенная по заказу клеточная модель, которая используется для получения начальной, первого поколения консенсусной сети причинноследственных связей для биологического процесса, может постоянно развиваться или расширяться с течением времени, например, за счет введения дополнительных клеточных линий злокачественных опухолей или нормальных и/или дополнительных условий злокачественных опухолей. Могут быть собраны дополнительные данные от усовершенствованной клеточной модели, т.е. данные вновь добавленной части(ей) клеточной модели. Новые данные, собранные от расширенной или развитой модели клеток, т.е. от вновь добавленной части(ей) клеточной модели, могут быть затем введены в наборы данных, ранее используемые для создания консенсусной сети причинно-следственных связей первого поколения для того, чтобы получить более консенсусную сеть причинно-следственных связей второго поколения. Новые причинно-следственные связи, уникальные для биологической системы, могут быть затем идентифицированы из консенсусной сети причинно-следственных связей второго поколения. Таким образом, эволюция клеточной модели включает эволюцию консенсусных сетей причинно-следственных связей, тем самым обеспечивая новое и/или более надежное понимание модуляторов биологической системы.
Дополнительные примеры, построенные по заказу клеточных моделей, подробно описаны в настоящем документе.
B. Сбор данных.
Как правило, два типа данных могут быть собраны от любых построенных по заказу модельных систем. Один тип данных (например, первый набор данных, третий набор данных), как правило, относится к содержанию определенных макромолекул, таких как ДНК, РНК, белок, липид и т.д. Иллюстративный набор данных в этой категории представляет собой протеомные данные (например, качественные и количественные данные, касающиеся экспрессии всех или по существу всех измеримых белков от образца). Другой тип данных, как правило, представляет собой функциональные данные (например, второй набор данных, четвертый набор данных), которые отражают фенотипические изменения, представляющие собой результат изменений в первом типе данных.
Что касается первого типа данных, в некоторых примерных вариантах осуществления количественная полимеразная цепная реакция (кПЦР) и протеомика выполняются на изменениях профиля в экспрессии клеточной мРНК и белка с помощью количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР) и протеомики. Общая РНК может быть выделена с использованием коммерческого набора для выделения РНК. После синтеза кДНК определенные коммерчески доступные массивы кПЦР (например, из SA Biosciences) для области заболевания или таких клеточных процессов, как ангиогенез, апоптоз и диабет, могут быть использованы для характеристики предопределенного набора генов, следуя инструкциям производителя. Например, система амплификации Biorad CFX-384 может быть использована для всех экспериментов профилирования транскрипции. После сбора данных (Ct) окончательная кратность изменения по отношению к контролю может быть определена с использованием способа δCt, как указано в протоколе производителя. Протеомный анализ образцов может быть выполнен, как описано в последующих разделах.
Рассматриваемый способ может использовать масштабный высокоэффективный количественный протеомный анализ сотен образцов сходной характеристики и предоставлять данные, необходимые для идентификации клеточных выходных дифференциалов.
Существует множество известных в настоящей области техники технологий, пригодных для этой цели. Иллюстративная техника, анализ iTRAQ в сочетании с масс-спектрометрией, кратко описана ниже.
Подход количественной протеомики базируется на стабильном изотопном мечении с реагентом 8plex iTRAQ и 2D-ЖХ MALDI МС/МС для идентификации пептидов и количественного определения. Количественное определение с этой техникой характеризуется относительностью: пептидам и белкам присваиваются относительные содержания, по сравнению с эталонным образцом. Общие эталонные образцы при многочисленных экспериментах iTRAQ облегчают сравнение образцов во множественных экспериментах iTRAQ.
Например, для реализации этой схемы анализа, шесть основных образцов и два пула контрольных образцов могут быть объединены в одну смесь 8-plex iTRAQ в соответствии с рекомендациями изготовителя. Эта смесь из восьми образцов может быть затем фракционирована путем двумерной жидкостной хроматографии; сильным катионным обменом (SCX) в первом измерении, и обращенно-фазовой ВЭЖХ во втором измерении, затем может быть подвергнута масс-спектрометрическому анализу.
В настоящем документе предусмотрен краткий обзор иллюстративных лабораторных процедур, которые могут быть использованы.
Экстракция белка: клетки могут быть лизированы буфером для лизиса с 8 М мочевиной с ингибиторами протеазы (ингибитор протеазы Thermo Scientific Halt без ЭДТА) и инкубированы на льду в течение 30 мин с перемешиванием в течение 5 с каждые 10 мин. Лизис может быть завершен ультразвуком с 5-секундным импульсом. Клеточные лизаты могут быть центрифугированы при 14000xg в течение 15 мин (4°C) для удаления продуктов распада клеток. Для определения концентрации белка может быть выполнен анализ брэдфорда. 100 мкг белка из каждого образца могут быть редуцированы (10 мМ дити- 33 038600 отреитола (ДТТ), 55°C, 1 ч), алкилированы (25 мМ йодацетамида, при комнатной температуре, 30 мин), а затем расщеплены трипсином (1:25 вес./вес., 200 мМ триэтиламмониевый бикарбонат (TEAB), 37°C, 16
ч).
Подготовка образца секретома: 1) согласно одному варианту осуществления клетки могут быть культивированы в бессывороточной среде: кондиционированные среды могут быть сконцентрированы путем сублимационной сушки, редуцированы (10 мМ дитиотреитола (ДТТ), 55°C, 1 ч), алкилированы (25 мМ йодацетамида, при комнатной температуре, 30 мин), а затем обессолены с помощью актоновой преципитации. Равное количество белков из концентрированных кондиционированных сред могут быть расщеплены трипсином (1:25 вес./вес., 200 мМ триэтиламмониевый бикарбонат (TEAB), 37°C, 16 ч).
Согласно одному варианту осуществления клетки могут быть культивированы в среде, содержащей сыворотку: объем среды может быть уменьшен с помощью колонок 3k MWCO Vivaspin (GE Healthcare Life Sciences), а затем может быть восстановлен с 1xPBS (Invitrogen). Сывороточный альбумин может быть истощен из всех образцов с использованием колонки AlbuVoid (Biotech Support Group, LLC), следуя инструкциям производителя с модификациями замены буфера обмена для оптимизации состояния применения среды.
Мечение 8 Plex iTRAQ: аликвоты от каждого триптического гидролизата в каждом экспериментальном наборе могут быть объединены вместе для создания объединенного контрольного образца. Равные аликвоты от каждого образца и объединенный контрольный образец могут быть помечены с помощью реагентов iTRAQ 8 Plex в соответствии с протоколами изготовителя (АВ Sciex). Реакции могут быть комбинированы, высушены под вакуумом, ресуспендированы добавлением 0,1% муравьиной кислоты и проанализированы с помощью ЖХ-МС/МС.
2D-наноЖХ-МС/МС: все меченых смеси пептидов могут быть разделены с помощью онлайн-2DнаноЖХ и проанализированы с помощью тандемной масс-спектрометрии с электрораспылением. Эксперименты можно проводить на ультра системе Eksigent 2D NanoLC, подключенной к масс-спектрометру LTQ Orbitrap Velos, оборудованному источником ионов наноэлектрораспыления (Thermo Electron, Bremen, Germany).
Смеси пептидов могут быть введены в колонку 5 см SCX (300 мкм ID, 5 мкм, колонку PolySULFOETHYL Aspartamide от PolyLC, Columbia, MD) с потоком 4 мкл/мин и элюированы в 10 ионные обменные сегменты элюирования в колонку-ловушку C18 (2,5 см, 100 мкм ID, 5 мкм, 300 A ProteoPep II от New Objective, Woburn, MA) и промыты в течение 5 мин с H2O/0,1% FA. Разделение может быть дополнительно проведено при 300 нл/мин с использованием градиента 2-45% B (H2O /0,1% FA (растворитель A) и ACN /0,1% FA (растворитель B)) в течение 120 мин на 15 см слитых колонках с силикагелем (75 мкм ID, 5 мкм, 300 A ProteoPep II от New Objective, Woburn, MA).
Полное сканирование спектра МС (м/з 300-2000) может быть достигнуто в Orbitrap с разрешением 30000. Наиболее интенсивные ионы (до 10) могут быть последовательно выделены для фрагментации с использованием высокоэнергетической C-ловушки диссоциации (HCD) и динамически исключены в течение 30 с. HCD может быть проведена с шириной изоляции 1,2 Da. Полученные ионы фрагментов могут быть отсканированы в Orbitrap с разрешением 7500. LTQ Orbitrap Velos может управляться Xcalibur 2,1 с основанием 1.0.1.
Идентификация и количественное определение пептидов/белков: пептиды и белки могут быть идентифицированы с помощью автоматизированного поиска в базе данных с использованием программного обеспечения Proteome Discoverer (Thermo Electron) с поисковиком Mascot по базе данных SwissProt. Параметры поиска могут включать в себя 10 миллионных долей для толерантности MS, 0,02 Da для толерантности MS2 и полное расщепление трипсином, позволяющее до 2 пропущенных расколов. Карбамидометилирование (C) может быть установлено как фиксированная модификация. Окисление (M), TMT6 и дезамидирование (NQ) могут быть установлены как динамические изменения. Идентификации пептидов и белков могут быть отфильтрованы с Mascot Significant Threshold (p <0,05). Фильтры могут позволять 99% доверительный уровень идентификации белка (1% FDA).
Программное обеспечение Proteome Discoverer может применять поправочные коэффициенты на репортерные ионы и может отклонять все количественные значения, если не все количественные каналы присутствуют. Относительное количественное определение белка может быть достигнуто за счет нормализации при средней интенсивности.
Что касается второго типа данных в некоторых иллюстративных вариантах осуществления, биоэнергетическое профилирование моделей злокачественной опухоли и нормальных моделей может использовать анализатор Seahorse™ XF24, чтобы обеспечить понимание компонентов гликолиза и окислительного фосфорилирования.
В частности, клетки могут быть высеяны на культуральные планшеты Seahorse при оптимальных плотностях. Эти клетки могут быть высеяны в 100 мкл среды или обработаны и оставлены в инкубаторе при 37°C с 5% CO2. Через 2 ч, когда клетки адгезируют к 24-луночному планшету, могут быть добавлены дополнительные 150 мкл либо среды, либо обрабатывающего раствора, и планшеты могут быть оставлены в культуральном инкубаторе на ночь. Эта двухэтапная процедура посева позволяет равномерное распределение клеток в культуральном планшете. Картриджи Seahorse, которые содержат датчик кислорода
- 34 038600 и pH, могут быть увлажнены в течение ночи в калибровочной жидкости в инкубаторе без CO2 при 37°C. Три митохондриальных препарата, как правило, загружают на три порта в картридже. Олигомицин, ингибитор комплекса III, FCCP, разобщитель и ротенон, ингибитор комплекса I могут быть загружены в порты картриджа A, B и C соответственно. Все исходные препараты могут быть приготовлены в 10кратной концентрации в незабуференных DMEM средах. Картриджи могут быть сначала проинкубированы с митохондриальными соединениями в инкубаторе без CO2 в течение примерно 15 мин до анализа. Культуральные планшеты Seahorse могут быть отмыты в основанных на DMEM незабуференных средах, которые содержат глюкозу в концентрации, найденной в нормальной ростовой среде. Клетки могут быть наслоены с 630 мкл незабуференных сред и могут быть эквилибрированы в инкубаторе без CO2 до размещения в прибор Seahorse с предварительно откалиброванным картриджем. Прибор может работать в течение трех-четырех петель со смесью, ждать и измерять цикл для получения базовой линии, перед инициированием введения препаратов через порт. Может быть две петли перед введением следующего препарата.
OCR (норма потребления кислорода) и ECAR (норма внеклеточного закисления) могут быть записаны с помощью электродов в камере 7 мкл и могут быть созданы с картриджем, толкающим против планшета культуры Seahorse.
C. Интеграция данных и получение модели in silico.
После того как были получены соответствующие наборы данных, интеграция наборов данных и получение реализованных компьютером статистических моделей может быть выполнена с использованием основанной на ИИ системы или платформы информатики (например, платформы REFS™). Например, иллюстративная основанная на ИИ система может производить основанные на моделировании сети белковых ассоциаций в качестве ключевых драйверов метаболомических конечных точек (Ecar/OCR). См. фиг. 15. Некоторые предшествующие детали о системе REFS™ могут быть найдены в Xing et al., Causal Modeling Using Network Ensemble Simulations of Genetic and Gene Expression Data Predicts Genes Involved in Rheumatoid Arthritis, PLoS Computational Biology, vol. 7, issue. 3, 1-19 (March 2011) (e100105) и в патенте США 7512497 to Periwal, полное содержание каждой из которых полностью включено в настоящий документ посредством ссылки. По существу, как описано ранее, система REFS™ представляет собой основанную на ИИ систему, которая использует математические алгоритмы для установления причинноследственных связей между входными переменными (например, уровнями экспрессии белка, уровнями экспрессии мРНК и соответствующими функциональными данными, такими как значения OCR/ECAR, измеренные на культуральных планшетах Seahorse). Этот процесс основан только на одних входных данных, не принимая во внимание предварительно существующие знания о любых потенциальных, установленных и/или проверенных биологических связях.
В частности, существенное преимущество платформы согласно настоящему изобретению представляет собой то, что система на основе ИИ основана на наборах данных, полученных от клеточной модели, не прибегая к или не принимая во внимание любые имеющиеся знания в настоящей области техники в отношении биологического процесса. Кроме того, предпочтительно, никакие точки данных статистически или искусственно не удаляются и, вместо этого, все полученные данные попадают в ИИ-систему для определения белковых ассоциаций. Соответственно, в результате статистические модели, полученные с платформы, представляют собой беспристрастные, так как они не принимают в рассмотрение любые известные биологические связи.
В частности, данные протеомики и ECAR/OCR могут быть введены в основанную на ИИ информационную систему, которая строит статистические модели, основанные на ассоциациях данных, как описано выше. Основанные на моделировании сети белковых ассоциаций затем получают для каждого заболевания в сравнении с нормальным сценарием, в том числе способы лечения и условия с использованием следующих методов.
Подробное описание иллюстративного процесса для построения полученных (например, оптимизированных или развитых) сетей появится ниже со ссылкой на фиг. 16. Как описано выше, данные из протеомики и функциональные данные клеток вводятся в систему на основе ИИ (стадия 210). Входные данные, которые могут быть необработанными данными или минимально обработанными данными, предварительно обрабатывают, что может включать в себя нормирование (например, с использованием квантильной функции или внутренних стандартов) (стадия 212). Предварительная обработка может также включать в себя внесение недостающих значений данных (например, с использованием алгоритма ближайшего к K соседа (K-HH)) (стадия 212).
Предварительно обработанные данные используются для конструирования библиотеки фрагментов сетей (стадия 214). Сетевые фрагменты определяют количественные, продолжительные связи между всеми возможными небольшими наборами (например, наборами по 2-3 представителя или наборами по 2-4 представителя) измеряемых величин (входных данных). Связи между переменными во фрагменте могут быть линейными, логистическими, мультиномиальными, доминантными или рецессивными гомозиготными и т.д. Связи в каждом фрагменте присваивается байесовый вероятностный показатель, который отражает, насколько вероятно кандидатная связь дается входными данными, а также забраковывает
- 35 038600 связь за ее математическую сложность. Путем оценивания всех возможных попарных и трех направленных связей (и согласно некоторым вариантам осуществления также четырех направленных связей), выведенных из входных данных, могут быть идентифицированы наиболее вероятные фрагменты в библиотеке (вероятные фрагменты). Количественные параметры связей также вычисляют, основываясь на входных данных, и сохраняют для каждого фрагмента. Различные типы моделей могут быть использованы в перечислении фрагментов, включающие в себя без ограничения линейную регрессию, логистическую регрессию, (дисперсионный анализ) моделей ANOVA, (корреляционный анализ) моделей ANCOVA, нелинейные/полиномиальные регрессионные модели и даже непараметрическую регрессию. Предыдущие предположения о параметрах моделей можно считать поправочными коэффициентами распределения Gull или байесовского информационного критерия (BIC), связанными с числом параметров, используемых в модели. В процессе логического вывода сети каждая сеть в ансамбле начальных пробных сетей конструируется из подмножества фрагментов в библиотеке фрагментов. Каждая начальная пробная сеть в ансамбле начальных пробных сетей конструируется с другим подмножеством фрагментов из библиотеки фрагментов (стадия 216).
Обзор математических представлений, лежащих в основе сетей Байеса и сетевых фрагментов, который основаны на Xing et al., Causal Modeling Using Network Ensemble Simulations of Genetic and Gene Expression Data Predicts Genes Involved in Rheumatoid Arthritis, PLoS Computational Biology, vol. 7, issue. 3, 1-19 (March 2011) (e100105), представлен ниже.
Многомерная система со случайными величинами может характеризоваться многомерной функцией распределения вероятностей - ' 1 > ' , что включает в себя большое количество параметров Θ. Многомерная функция распределения вероятности может быть разложена и представлена в виде произведения локальных условных распределений вероятности:
(Мо в которой каждая переменная не зависит от не происходящих от нее переменных, учитывая ее . .'... Г ..
Ki исходные переменные, которые представляют собой JiS s &
После разложения на множители каждое локальное распределение вероятностей имеет свои параметры Oi.
Многомерная функция распределения вероятности может быть разложена на множители поразному с каждой конкретной факторизацией и соответствующими параметрами, представляющими собой отдельную вероятностную модель. Каждая фиксированная факторизация (модель) может быть представлена в виде направленного ациклического графа (DAG), характеризующегося вершиной для каждой . (Мо переменной и ориентированными ребрами между вершинами, представляющими зависимости между переменными в локальных условных распределениях
Подграфы DAG, каждый из которых включает в себя вершину и связанные направленные ребра, представляет собой сетевые фрагменты.
Модель развивают или оптимизируют путем определения наиболее вероятного разложение и наиболее вероятных параметров приведенных входных данных. Это может быть описано как обучение байесовской сети или, другими словами, с учетом обучающего набора входных данных, обнаружение сети, которая наилучшим образом соответствует входным данным. Это достигается с помощью оценочной функции, которая оценивает каждую сеть по отношению к входным данным.
Байесовский каркас используется для определения вероятности факторизации данных входных данных. Закон байеса гласит, что апостериорная вероятность, P(D|M), модели M приведенных данных D пропорциональна произведению апостериорной вероятности данных, приведенных в ограничениях модели, P(D|M), умноженному на априорную вероятность модели, P(M), допуская, что вероятность данных, P(D), постоянна в моделях. Это выражается в следующей формуле:
рЩЫ.ТМММ v 1 7 p(d)
Апостериорная вероятность данных, допускающих, что модель представляет собой интеграл правдоподобия данных по сравнению с априорным распределением параметров:
p(d|m)=j ρ(ώ|μ(Θ))ρ(θ|μ^θ
Допуская, что все модели одинаково вероятны (т.е. что P (M) представляет собой константу), апостериорная вероятность модели M приведенных данных D может быть разложена в произведение интегралов по параметрам для каждого локального сетевого фрагмента Mi следующим образом:
ф|фп]· tV.M-D,;®,).
Следует отметить, что в приведенном выше уравнении ведущий свободный член был опущен. Согласно некоторым вариантам осуществления байесовский информационный критерий (BIC), который принимает отрицательный логарифм апостериорной вероятности модели P(D|M), может быть использо- 36 038600 ван для оценки каждой модели следующим образом:
где общее число Stot для модели M представляет собой сумму локальных чисел S, для каждого локального фрагмента сети. BIC дополнительно дает выражение для определения числа каждого отдельного сетевого фрагмента:
где k(Mi) представляет собой число подгоняемого параметра в модели Mi и N представляет собой число образцов (точек данных). SMLE (Mi) представляет собой отрицательный логарифм функции правдоподобия для сетевого фрагмента, который может быть вычислен из функциональных связей, используемых для каждого сетевого фрагмента. Для числа BIC, чем ниже число, тем больше шансов, что модель соответствует входным данным.
Ансамбль пробных сетей в целом оптимизируют, что может быть описано как оптимизирование или развитие сетей (стадия 218). Например, пробные сети могут быть развиты и оптимизированы в соответствии с алгоритмом сэмплирования Метрополис способа Монте-Карло. Смоделированный отжиг может быть использован для оптимизации или развития каждой пробной сети в ансамбле через локальные преобразования. В качестве примера моделируются процессы отжига, каждая пробная сеть изменяется путем добавления фрагмента сети из библиотеки, удаления фрагмента сети из пробной сети, путем замены фрагмента сети или иных изменений топологии сети, а затем рассчитывается новая оценка для сети. В целом, если оценка улучшается, изменение сохраняется, и если оценка ухудшается - изменение отвергается. Параметр температура обеспечивает некоторые локальные изменения, которые ухудшают поддерживаемую оценку, которая помогает процессу оптимизации в предотвращении некоторых локальных минимумов. Параметр температура уменьшается с течением времени, чтобы обеспечить схождение процесса оптимизации/эволюции.
Весь или часть процесса вывода сети может быть проведен параллельно для пробных различных сетей. Каждая сеть может быть оптимизирована параллельно на отдельном процессоре и/или на отдельном вычислительном устройстве. Согласно некоторым вариантам осуществления процесс оптимизации может быть проведен на суперкомпьютере, включающем от сотен до тысяч процессоров, которые работают параллельно. Информация может быть поделена среди процессов оптимизации, проводимых на параллельных процессорах.
Процесс оптимизации может включать в себя сетевой фильтр, который пропускает любые сети из ансамбля, которые не удовлетворяют пороговому стандарту для общего оценки. Пропущенная сеть может быть заменена новой исходной сетью. Кроме того любые сети, которые не без оценки могут быть исключены из ансамбля. После того как ансамбль сетей был оптимизирован или развит, результат можно назвать ансамблем полученных сетей клеточных моделей, которые могут быть совместно именованы полученной консенсусной сетью.
D. Моделирование для извлечения количественной информации о связях и для прогнозирования.
Моделирование может быть использовано для извлечения информации о количественных параметрах относительно каждой связи в полученных сетях клеточных моделей (стадия 220). Например, моделирование для извлечения количественной информации может включать в себя 10-кратное возмущающее воздействие (увеличение или уменьшение) на каждый узел в сети и вычисление апостериорных распределений для других узлов (например, белков) в моделях. Конечные точки сравнивают с помощью t-теста с предположением о 100 образцах в группе и отсечением значимости 0,01. Статистика t-теста представляет собой медиану 100 t-тестов. Благодаря использованию этой техники моделирования AUC (площадь под кривой), представляющая силу предсказания и кратность изменения, представляющая изменение величину in silico узла, управляющего конечной точкой, получают для каждой связи в ансамбле сетей.
Количественный модуль связей локальной компьютерной системы может быть использован, чтобы направлять основанную на ИИ систему на выполнение возмущающего воздействия и извлечения информации AUC и кратной информации. Извлеченная количественная информация может включать в себя кратное изменение и AUC для каждого ребра, соединяющего исходный узел и дочерний узел. Согласно некоторым вариантам осуществления построенная на заказ программа R может быть использована для извлечения количественной информации.
Согласно некоторым вариантам осуществления ансамбль полученных сетей клеточных моделей может быть использован через моделирование для прогнозирования реакций на изменение условий, которые могут быть позже проверены через практические основанные на клетках или животных эксперименты.
Выходные данные из системы на основе ИИ могут представлять собой количественные параметры связей и/или других предсказания моделирования (222).
E. Получение дифференциальных (дельта) сетей.
Модуль создания дифференциальной сети может быть использован для получения дифференциальных (дельта) сетей между полученными сетями клеточных моделей и полученными сетями сравнитель
- 37 038600 ных клеточных моделей. Как описано выше, согласно некоторым вариантам осуществления дифференциальная сеть сравнивает все количественные параметры этих связей в полученных сетях клеточных моделей и полученных сравнительных сетях клеточных моделей. Количественные показатели для каждой связи в дифференциальной сети основываются на сравнении. Согласно некоторым вариантам осуществления дифференциал может быть выполнен между различными дифференциальными сетями, которые могут быть названы сетью дельта-дельта. Пример сети дельта-дельта описан ниже со ссылкой на фиг. 26 в разделе Примеры. Модуль создания дифференциальной сети может представлять собой программу или скрипт, написанный на Perl.
F. Визуализация сетей.
Значения связей для ансамбля сетей и для дифференциальных сетей могут быть визуализированы с использованием программы сетевой визуализации (например, платформы с открытым кодом Cytoscape для комплексного анализа сети и визуализации от консорциума Cytoscape). В визуальных изображениях сетей толщина каждого ребра (например, каждой линии, соединяющей белки) представляет собой силу кратности изменения. Ребра также представляют собой направленное указание причинности, и каждое ребро характеризуется соответствующим уровнем доверия предсказания.
G. Иллюстративная компьютерная система.
На фиг. 17 схематически изображена иллюстративная компьютерная система/окружающая среда, которая может быть использована согласно некоторым вариантам осуществления для связи с основанной на ИИ информационной системой для получения дифференциальных сетей, для визуализации сетей, для сохранения и хранения данных и/или для взаимодействия с пользователем. Как объясняется выше, расчеты для основанной на ИИ информационной системы могут быть выполнены на отдельном суперкомпьютере с сотней или тысячей параллельных процессоров, который взаимодействуют прямо или косвенно с иллюстративной компьютерной системой. Окружение включает в себя вычислительное устройство 100 с соответствующими периферийными устройствами. Вычислительное устройство 100 программируется для реализации исполняемого кода 150 для выполнения различных способов или части способов, описанных в настоящем документе. Вычислительное устройство 100 включает в себя запоминающее устройство 116, например, жесткий диск, CD-ROM или другой не-временный машиночитаемый носитель. Устройство хранения 116 может хранить операционную систему 118 и другое связанное программное обеспечение. Вычислительное устройство 100 может дополнительно включать в себя память 106. Память 106 может содержать компьютерную системную память или оперативное запоминающее устройство, такое как DRAM, SRAM, EDO RAM и т.п. Память 106 может содержать другие типы памяти или их комбинации. Вычислительное устройство 100 может хранить в запоминающем устройстве 116 и/или памяти 106 инструкции для реализации и процессинга каждой части исполняемого кода 150.
Исполняемый код 150 может включать в себя код для связи с основанной на ИИ информационной системой 190 для получения дифференциальных сетей (например, модуль создания дифференциальных сетей) для извлечения количественной информации связей из основанной на ИИ информационной системы (например, о количественном модуле связей) и для визуализации сетей (например, Cytoscape).
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения вычислительное устройство 100 может взаимодействовать непосредственно или опосредованно с основанной на ИИ информационной системой 190 (например, системой для выполнения REFS). Например, вычислительное устройство 100 может взаимодействовать с основанной на ИИ информационной системой 190 путем передачи файлов данных (например, массивов данных) в основанную на ИИ информационную систему 190 через сеть. Кроме того, вычислительное устройство 100 может содержать исполняемый код 150, что обеспечивает интерфейс и инструкции к основанной на ИИ информационной системе 190.
Согласно некоторым вариантам осуществления настоящего изобретения вычислительное устройство 100 может взаимодействовать непосредственно или опосредованно с одной или несколькими экспериментальными системами 180, которые обеспечивают данные для множества входных данных. Экспериментальные системы 180 для получения данных могут включать в себя системы для основанной на масс-спектрометрии протеомики, микрочипов генной экспрессии, кПЦР генной экспрессии, основанной на масс-спектрометрии метаболомики и основанной на масс-спектрометрии липидомики, микрочипов SNP, панели функциональных анализов и других in vitro платформ и технологий биологии.
Вычислительное устройство 100 также включает в себя процессор 102 и может включать в себя один или несколько дополнительных процессоров 102' для выполнения программного обеспечения, сохраненного в памяти 106, и других программ для управления комплектующими системы, периферийными устройствами и/или периферийными комплектующими. Процессор 102 и процессор(ы) 102' каждый может представлять собой одноядерный процессор или многоядерный (104 и 104') процессор. Виртуализация может быть использована в вычислительном устройстве 100 так, что инфраструктура и ресурсы в вычислительном устройстве могут быть разделены динамически. Виртуализированные процессоры могут также быть использованы с исполняемым кодом 150 и другим программным обеспечением в запоминающем устройстве 116. Виртуальная машина 114 может быть предусмотрена для управления процессом, запущенным на нескольких процессорах, так что процесс, как кажется, использует только один вычислительный ресурс, а не несколько. Несколько виртуальных машин также могут быть использованы с
- 38 038600 одним процессором.
Пользователь может взаимодействовать с вычислительным устройством 100 через такое устройство визуального отображения 122, как компьютерный монитор, который может отображать пользовательский интерфейс 124 или любой другой интерфейс. Пользовательский интерфейс 124 устройства отображения 122 может быть использован для отображения необработанных данных, визуального представления сетей и т.д. Устройство визуального отображения 122 может также отображать другие аспекты или элементы иллюстративных вариантов осуществления (например, символ запоминающего устройства 116). Вычислительное устройство 100 может включать в себя другие устройства ввода/вывода, такие как клавиатуру или многоточечный сенсорный интерфейс (например, сенсорный экран) 108 и указывающее устройство 110 (например, мышь, трекбол и/или трекпад) для приема информации от пользователя. Клавиатура 108 и указывающее устройство 110 могут быть подключены к устройству визуального отображения 122 и/или к вычислительному устройству 100 с помощью проводной и/или беспроводной связи.
Вычислительное устройство 100 может включать в себя сетевой интерфейс 112 для взаимодействия с сетевым устройством 126 через локальную сеть (LAN), глобальную сеть (WAN) или через Интернет с помощью различных соединений, включающих в себя без ограничения стандартные телефонные линии, ссылки LAN или WAN (например, 802.11, T1, T3, 56Kb, X.25), широкополосные соединения (например, ISDN, высокоскоростную технологию, основанную на коммутации пакетов, ATM), беспроводные соединения, сети контроллеров (CAN) или некоторую комбинацию или все из вышеперечисленных. Сетевой интерфейс 112 может содержать встроенный сетевой адаптер, сетевую карту, сетевую карту PCMCIA, адаптер сети с шинной организацией, адаптер беспроводной сети, адаптер сети USB, модем или любое другое устройство, подходящее для включения вычислительного устройства 100, чтобы взаимодействовать с любым описанным в настоящем документе типом сети, способным к связи и выполнению операций.
Кроме того, вычислительное устройство 100 может представлять собой любую компьютерную систему, например, рабочую станцию, настольный компьютер, сервер, ноутбук, КПК или другую форму вычислительного или телекоммуникационного устройства, которая способна к передаче информации и которая характеризуется достаточной мощностью процессора и объемом памяти для выполнения описанных в настоящем документе операций.
Вычислительное устройство 100 может управляться любой операционной системой 118, такой как любая из версий операционных систем Microsoft Windows, различные выпуски операционных систем Unix и Linux, любая версия MacOS для компьютеров Macintosh, любая встроенная операционная система, любая операционная система реального времени, любая открытая операционная система, любая собственная операционная система, любые операционные системы для мобильных вычислительных устройств или любая другая операционная система, способная работать на вычислительном устройстве и выполнять описанные в настоящем документе операции. Операционная система может быть установлена в основном режиме или эмулируемом режиме.
IV. Модели биологической системы и их использование
A. Создание модели биологической системы.
Практически все биологические системы или процессы включают в себя сложные взаимодействия между различными типами клеток и/или системами органов. Возмущающее воздействие критических функций в одном типе клеток или органе может привести к вторичным эффектам у других взаимодействующих типов клеток и органов и такие последующие изменения могут, в свою очередь, передавать по обратной связи начальные изменения и вызывать дальнейшие осложнения. Поэтому, выгодно рассекать данную биологическую систему или процесс на ее компоненты, такие как взаимодействие между парами клеточных типов или органов и системно исследовать взаимодействия между этими компонентами, чтобы получить более полное, общее представление о биологической системе или процессе.
Таким образом, настоящее изобретение включает клеточные модели для биологических систем. Для этого, заявители построили клеточные модели для нескольких иллюстративных биологических систем, которые были использованы в предмете открытия платформенной технологии. Заявители провели эксперименты с клеточными моделями с использованием предмета открытия платформенной технологии для создания консенсусных сетей причинно-следственных связей, включающих в себя причинноследственные связи, уникальные в биологической системе, и тем самым идентифицируя модуляторы или критические молекулярные драйверы, важные для конкретных биологических систем и процессов.
Одним значительным преимуществом платформенной технологии и ее компонентов, например, построенных по заказу клеточных моделей и наборов данных, полученных от клеточных моделей, заключается в том, что первоначальная, консенсусная сеть причинно-следственная связей первого поколения, созданная для биологической системы или процесса, может постоянно развиваться или расширяться со временем, например, путем введения дополнительных клеточных линий/типов и/или дополнительных условий. Могут быть собраны дополнительные данные от усовершенствованной клеточной модели, т.е. данные вновь добавленной части(ей) клеточной модели. Новые данные, собранные от расширенной или усовершенствованной модели клеток, т.е. от вновь добавленной части(ей) клеточной модели, могут быть затем введены в наборы данных, ранее используемые для создания консенсусной сети причинно
- 39 038600 следственных связей первого поколения для того, чтобы получить более устойчивую консенсусную сеть причинно-следственных связей второго поколения. Новые причинно-следственные связи, уникальные для биологической системы, могут быть затем идентифицированы из консенсусной сети причинно-следственных связей второго поколения. Таким образом, эволюция клеточной модели включает эволюцию консенсусных сетей причинно-следственных связей, тем самым обеспечивая новое и/или более надежное понимание модуляторов биологической системы. Таким образом, обе клеточные модели, наборы данных от клеточных моделей и сети причинно-следственных связей, полученные из клеточных моделей с использованием способов платформенной технологии, могут постоянно развиваться и строиться на предыдущем знании, полученном от платформенной технологии.
Таким образом, настоящее изобретение включает консенсусные сети причинно-следственных связей, полученные от клеточных моделей, используемых в платформенной технологии. Эти консенсусные сети причинно-следственных связей могут представлять собой консенсусные сети причинноследственных связей первого поколения или могут представлять собой консенсусные сети причинноследственных связей множественного поколения, например, консенсусные сети причинно-следственных связей 2-го, 3-го, 4-го, 5-го, 6-го, 7-го, 8-го, 9-го, 10-го, 11-го, 12-го, 13-го, 14-го, 15-го, 16-го, 17-го, 18го, 19-го, 20-го или большего поколения. Кроме того, настоящее изобретение включает смоделированные консенсусные сети причинно-следственных связей, полученные из клеточных моделей, используемых в платформенной технологии. Эти смоделированные консенсусные сети причинно-следственных связей могут представлять собой смоделированные консенсусные сети причинно-следственных связей первого поколения или могут представлять собой смоделированные консенсусные сети причинно-следственных связей множественного поколения, например, смоделированные консенсусные сети причинноследственных связей 2-го, 3-го, 4-го, 5-го, 6-го, 7-го, 8-го, 9-го, 10-го, 11-го, 12-го, 13-го, 14-го, 15-го, 16го, 17-го, 18-го, 19-го, 20-го или большего поколения. Кроме того, настоящее изобретение включает дельта сети и дельта-дельта сети, полученные от любой из консенсусных сетей причинно-следственных связей настоящего изобретения.
Построенная по заказу клеточная модель биологической системы или процесса содержит одну или несколько клеток, связанных с биологической системой. Модель биологической системы/процесса может быть создана для моделирования окружающей среды биологической системы, например, окружающей среды клетки злокачественной опухоли in vivo путем создания условий (например, условий культивирования клеток), которые имитируют характерный аспект биологической системы или процесса.
Множественные клетки одного и того же или различного происхождения, в отличие от клеток одного типа, могут быть включены в клеточную модель. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 50 или более различных клеточных линий или типов клеток включены в клеточную модель. Согласно одному варианту осуществления клетки представляют собой все одного типа, например, все клетки злокачественной опухоли молочной железы или растительные клетки, но различаются установленными клеточными линиями, например, различные установленные клеточные линии клеток злокачественной опухоли молочной железы или клеток растений. Все показатели, представленные в предыдущем перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5, или от 5 до 15 различных клеточных линий или типов клеток.
Примеры типов клеток, которые могут быть включены в клеточные модели согласно настоящему изобретению, включают в себя без ограничения клетки человека, клетки животных, клетки млекопитающих, клетки растений, дрожжей, бактерий или грибов. Согласно одному варианту осуществления клетки клеточной модели могут включать в себя патологические клетки, такие как клетки злокачественной опухоли, или бактериально или инфицированные вирусом клетки. Согласно одному варианту осуществления клетки клеточной модели могут включать в себя связанные с заболеваниями клетки, такие как клетки, вовлеченные в патологические состояния сахарного диабета, ожирения и сердечно-сосудистого заболевания, например, гладкомышечные клетки аорты или гепатоциты. Специалист в настоящей области техники узнает клетки, которые участвуют или связаны с определенным биологическим состоянием/процессом, например, патологическим состоянием/процессом, и любые такие клетки могут быть включены в клеточную модель согласно настоящему изобретению.
Клеточные модели согласно настоящему изобретению могут включать в себя одну или несколько контрольных клеток. Согласно одному варианту осуществления контрольная клетка может представлять собой необработанную клетку либо клетку без возмущающего воздействия. Согласно другому варианту осуществления контрольная клетка может представлять собой нормальную, например, не патологическую клетку. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или более различных контрольных клеток включены в клеточную модель. Все показатели, представленные в предыдущем перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5, или от 5 до 15 различных контрольных клеточных линий или контрольных типов клеток. Согласно одному варианту осуществления кон- 40 038600 трольные клетки представляют собой все одного типа, но различных установленных клеточных линий этого типа клеток. Согласно одному варианту осуществления в качестве контроля одну или несколько нормальных, например, не патологических, клеточных линии культивируют в аналогичных условиях и/или подвергают тому же возмущающему воздействию, что и первичные клетки клеточной модели с целью идентификации белков или путей, уникальных для биологического состояния или процесса.
Пользовательская клеточная модель согласно настоящему изобретению может также содержать условия, которые имитируют характерный аспект биологического состояния или процесса. Например, условия для культивирования клеток могут быть выбраны такие, чтобы близко соответствовать условиям клетки злокачественной опухоли в среде опухоли in vivo или гладкомышечных клеток аорты пациента, страдающего от сердечно-сосудистого заболевания. В некоторых случаях, условия представляют собой стрессовые условия. Различные условия/стрессовые факторы могут быть использованы в клеточных моделях согласно настоящему изобретению. Согласно одному варианту осуществления эти стрессовые факторы/условия могут составлять возмущающее воздействие, например, внешний раздражитель, для клеточных систем. Одно иллюстративное стрессовое условие представляет собой гипоксию, условие, которое обычно можно найти, например, в солидных опухолях. Гипоксия может быть индуцирована с использованием известных в настоящей области техники способов. Например, гипоксия может быть индуцирована путем помещения клеточных систем в камеру модульного инкубатора (MIC-101, BillupsRothenberg Inc. Del Mar, CA), которая может быть заполнена промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота. Эффекты могут быть измерены после заранее определенного периода, например, через 24 ч после лечения гипоксии с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ). Точно так же, воздействие молочной кислоты клеток имитирует клеточную окружающую среду, в которой активность гликолиза высока. Индуцированный молочной кислотой стресс можно исследовать в конечной концентрации молочной кислоты, равной приблизительно 12,5 мМ, в заранее определенное время, например, через 24 ч с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ). Гипергликемия представляет собой условие, обнаруженное при диабете, а также при злокачественной опухоли. Типичное условие гипергликемии, которое можно использовать для воздействия на исследуемые клетки, включает в себя 10% по отношению к культуре глюкозу, добавленную в подходящие среды, так что конечная концентрация глюкозы в средах составляет около 22 мМ. Гиперлипидемия представляет собой условие, найденное, например, при ожирении и сердечно-сосудистом заболевании. Гиперлипидемические условия могут быть обеспечены при культивировании клеток в средах, содержащих 0,15 мМ пальмитат натрия. Гиперинсулинемия представляет собой условие, найденное, например, при диабетах. Гиперинсулинемические условия могут быть индуцированы путем культивирования клеток в средах, содержащих 1000 нМ инсулина.
Отдельные условия могут быть исследованы отдельно в построенных по заказу моделях согласно настоящему изобретению и/или могут быть объединены вместе. Согласно одному варианту осуществления комбинация по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающих или моделирующих различные характерные аспекты биологической системы исследуются в построенной по заказу клеточной модели. Согласно одному варианту осуществления отдельные условия и, кроме того, комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающих или моделирующих различные характерные аспекты биологической системы исследуются в построенной по заказу клеточной модели. Все значения, представленные в вышеизложенном перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены для того, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 или от 10 до 50 разных условий.
После того как пользовательская клеточная модель построена, одно или несколько возмущающих воздействий могут быть применены к системе, такие как генетическая изменчивость от пациента к пациенту или наличие/отсутствие лечения некоторыми лекарственными средствами или пролекарствами. См. фиг. 15 D. Эффекты таких возмущающих воздействий в модели клеточной системы могут быть измерены с использованием различных известных в настоящей области техники или запатентованных средств, как описано в разделе III.B ниже.
Построенная по заказу клеточная модель может подвергаться возмущающему воздействию, например, возмущающему воздействию окружающей среды или компоненту внешнего раздражителя. Возмущающее воздействие окружающей среды или компонент внешнего раздражителя могут быть эндогенными по отношению к окружающей клетку среде (например, окружающая клетку среда содержит несколько уровней стимулятора, и больше такого же добавляется для увеличения его содержания) или могут быть экзогенными по отношению к окружающей клетку среде (например, стимулятор/возмущающее воздействие в значительной степени отсутствует в окружающей клетку среде до изменения). Окружающая клетку среда может быть дополнительно изменена с помощью вторичных изменений, представляющих собой результат добавления возмущающего воздействия окружающей среды или компонента внешнего раздражителя, так как компонент внешнего раздражителя может изменить клеточные выходные данные клеточной системы, в том числе молекулы, секретируемые в клеточную окру- 41 038600 жающую среду клеточной системой. Возмущающее воздействие окружающей среды или компонент внешнего раздражителя может включать в себя любой внешний физический и/или химический раздражитель, который может повлиять на клеточную функцию. Он может включать в себя любые большие или маленькие органические или неорганические молекулы, природные или синтетические химические вещества, температурные сдвиги, изменение pH, радиацию, свет (UVA, UVB и т.д.), микроволны, звуковые волны, электрический ток, модулированные или немодулированные магнитные поля и т.д. Возмущающее воздействие окружающей среды или компонент внешнего раздражителя может также включать в себя введенную генетическую модификацию или мутацию, или носитель (например, вектор), который вызывает генетическую модификацию/мутацию.
(i) Взаимовлияющие клеточные системы.
В некоторых ситуациях, когда требуется исследовать взаимодействие между двумя или более клеточными системами, может быть сформирована взаимовлияющая клеточная система, например, приводящая модифицированную клеточную окружающую среду первой клеточной системы в контакт со второй клеточной системой для влияния на клеточные выходные данные второй клеточной системы.
Используемая в настоящем документе взаимовлияющая клеточная система содержит две или более клеточных систем, в которых клеточная окружающая среда по меньшей мере одной клеточной системы вступает в контакт со второй клеточной системой, так что по меньшей мере одни клеточные выходные данные во второй клеточной системе изменяются или подвергаются влиянию. Согласно некоторым вариантам осуществления клеточные системы в пределах взаимовлияющей клеточной системы могут находиться в непосредственном контакте друг с другом. Согласно другим вариантам осуществления ни одна из клеточных систем не находятся в непосредственном контакте друг с другом.
Например, согласно некоторым вариантам осуществления взаимовлияющая клеточная система может быть в виде трансвелл, в которой первая клеточная система растет во вставке, а вторая клеточная система растет в соответствующем компартменте лунки. Эти две клеточные системы могут контактировать с теми же или разными средами, и могут обмениваться всеми или некоторыми из компонентов сред. Компонент внешнего раздражителя, добавленный в одну клеточную систему, может быть значительно абсорбирован одной клеточной системой и/или деградирован прежде, чем он может диффундировать в другую клеточную систему. Кроме того, компонент внешнего раздражителя в конечном итоге может приблизиться или достичь равновесия в двух клеточных системах.
Согласно некоторым вариантам осуществления взаимовлияющая клеточная система может принимать форму отдельно культивируемых клеточных систем, где у каждой клеточной системы может быть своя собственная среда и/или условия культивирования (температура, содержание CO2, pH и т.д.) или аналогичные или идентичные условия культивирования. Эти две клеточные системы могут контактировать, например, путем получения кондиционированной среды от одной клеточной системы и приведения ее в контакт с другой клеточной системой. Также могут быть осуществлены при желании прямые контакты клетка-клетка между двумя клеточными системами. Например, клетки из двух клеточных систем могут совместно культивироваться в любой момент, если необходимо, и совместно культивируемые клеточные системы в дальнейшем могут быть разделены, например, путем FACS-сортировки, когда клетки по меньшей мере в одной клеточной системе содержат маркер или метку для сортировки (например, стабильно экспрессируемый флуоресцентный маркер-белок GFP).
Аналогичным образом, согласно некоторым вариантам осуществления взаимовлияющая клеточная система может просто представлять собой сокультуру. Селективная обработка клеток в одной клеточной системе может быть подвергнута воздействию первоначальной обработки клеток в этой клеточной системе перед культивированием обработанных клеток в сокультуре клеток в другой клеточной системе. Установка сокультуры взаимовлияющей клеточной системы может быть полезна, когда желательно изучить, например, эффекты на вторую клеточную систему, вызванные изменениями клеточной поверхности в первой клеточной системе после стимуляции первой клеточной системы с помощью компонента внешнего раздражителя.
Взаимовлияющая клеточная система согласно настоящему изобретению представляет собой особенно подходящую для исследования эффекта заранее определенного компонента внешнего раздражителя на клеточные выходные данные одной или обеих клеточных систем. Первичный эффект такого раздражителя на первую клеточную систему (с которой раздражитель непосредственно контактирует) может быть определен путем сравнения клеточных выходных данных (например, уровня экспрессии белка) до и после контакта первой клеточной системы с внешним раздражителем, который, как используется в настоящем описании, может быть отнесен к (значимым) клеточным выходным дифференциалам. Вторичный эффект такого раздражителя на вторую клеточную систему, которая опосредуется через модифицированную клеточную окружающую среду первой клеточной системы (например, ее секретом), также может быть аналогичным образом измерен. Там сравнение, например, протеом второй клеточной системы может быть сделано между протеомом второй клеточной системы с воздействием внешнего раздражителя на первую клеточную систему, и протеомом второй клеточной системы без воздействия внешнего раздражителя на первую клеточную систему. Любые значительные изменения, наблюдаемые (в протеоме или любых других представляющих интерес клеточных выходных данных), могут упоми
- 42 038600 наться как значимый клеточный выходной дифференциал.
В процессе измерений клеточных выходных данных (например, экспрессии белка) могут быть использованы либо абсолютное количество экспрессии, либо относительный уровень экспрессии. Например, чтобы определить относительный уровень экспрессии белка второй клеточной системы, количество любого данного белка во второй клеточной системе с или без внешнего раздражителя к первой клеточной системе может быть сравнено с подходящей контрольной клеточной линией и смесью клеточных линий и данным значением кратного увеличения или кратного снижения. Заранее определенный пороговый уровень для такого кратного увеличения (например, по меньшей мере 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8, 1,9, 2, 2,5, 3, 3,5, 4, 4,5, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75 или 100 или более кратное увеличение) или кратного снижения (например, по меньшей мере снижение до 0,95, 0,9, 0,8, 0,75, 0,7, 0,6, 0,5, 0,45, 0,4, 0,35, 0,3, 0,25, 0,2, 0,15, 0,1 или 0,05 раза или на 90, 80, 75, 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5% или менее) может быть использован для выбора значимых клеточных взаимовлияющих дифференциалов. Все значения, представленные в вышеизложенном перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, например, от 1,5 до 5 раз, от 2 до 10 раз, от 1 до 2 раз или от 0,9 до 0,7 раз, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения.
В настоящем изобретении все значения, представленные в перечне, например, таком, как выше, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазона, который предназначен, чтобы быть частью настоящего изобретения.
Для иллюстрации, в одной иллюстративной двухклеточной системе, установленной для того, чтобы имитировать аспекты модели сердечно-сосудистого заболевания, на линию гладкомышечных клеток сердца (первая клеточная система) можно воздействовать условием гипоксии (компонентом внешнего раздражителя), и изменения протеома в клеточной линии почки (вторая клеточная система) в результате контактирования почечных клеток с кондиционированной средой гладкомышечных клеток сердца могут быть измерены с использованием обычной количественной масс-спектрометрии. Значимые клеточные взаимовлияющие дифференциалы в этих клетках почек могут быть определены основываясь на сравнении с надлежащим контролем (например, сходным образом культивированными клетками почки, контактировавшими с кондиционированной средой от сходным образом культивированных гладкомышечных клеток сердца, не подвергнутых воздействию условиями гипоксии).
Не каждые наблюдаемые значимые клеточные взаимовлияющие дифференциалы могут характеризоваться биологическим значением. В отношении любой данной биологической системы, для которой применяется рассматриваемая перекрестная биологическая оценка, некоторые (или, могут быть все) из значимых клеточных взаимовлияющих дифференциалов могут быть определяющими по отношению к изучаемой специфической биологической проблеме, например, либо отвечать за причинение патологического состояния (потенциальная мишень для терапевтического вмешательства), либо представлять собой биомаркеры патологического состояния (потенциальный диагностический или прогностический фактор).
Такие определяющие взаимовлияющие дифференциалы могут быть выбраны конечным пользователем рассматриваемого способа или они могут быть выбраны с помощью программного обеспечения биоинформатики, такого как совместимая с DAVID программа анализа сравнительного пути или программа анализа пути KEGG. Согласно некоторым вариантам осуществления используется более одного программного обеспечения биоинформатики и предпочтительны консенсусные результаты от двух или более программных обеспечений биоинформатики.
Используемые в настоящем документе дифференциалы клеточных выходных данных включают в себя различия (например, повышенные или сниженные уровни) любого одного или нескольких параметров клеточных выходных данных. Например, с точки зрения уровня экспрессии белка, дифференциалы между двумя клеточными выходными данными, такими как выходные данные, связанные с клеточной системой до и после воздействия компонентом внешнего раздражителя, могут быть измерены и количественно определены с использованием известных в настоящей области техники технологий, таких как основанные на масс-спектрометрии анализы (например, iTRAQ, 2D-ЖХ-МСМС и т.д.).
(ii) Специфичные к злокачественной опухоли модели.
Пример биологической системы или процесса представляет собой злокачественную опухоль. Как и любой другой сложной биологический процесс или система, злокачественная опухоль представляет собой сложное патологическое состояние, характеризуемое множественными уникальными аспектами. Например, благодаря своей высокой скорости роста, многие клетки злокачественной опухоли адаптированы к росту в условиях гипоксии, характеризуются повышающей регуляцией гликолиза и метаболомическими путями сниженного окислительного фосфорилирования. В результате, клетки злокачественной опухоли могут по-разному реагировать на возмущающее воздействие окружающей среды, такое как лечение с помощью потенциального лекарственного средства, по сравнению с реакцией нормальных клеток в ответ на такое же лечение. Таким образом, было бы интересно расшифровать уникальные реакции злокачественной опухоли на лекарственную терапию в сравнении с реакциями нормальных клеток. Для этого, может быть создана пользовательская модель злокачественной опухоли, чтобы моделировать окружающую среду клетки злокачественной опухоли, например, в опухоли in vivo путем выбора соответствующих клеточных линий злокачественной опухоли и создания условий культивирования клеток, ко- 43 038600 торые имитируют характерный аспект состояние или процесс заболевания. Например, условия культивирования клеток могут быть выбраны такие, которые близко соответствуют условиям клетки злокачественной опухоли в опухоли in vivo, или для имитации различных аспектов роста злокачественной опухоли путем выделения различных условий роста клеток злокачественной опухоли.
Множественные клетки злокачественной опухоли одного и того же или разного происхождения (например, линии злокачественной опухоли PaCa2, HepG2, PC3 и MCF7), в отличие от одного типа клеток злокачественной опухоли, могут быть включены в модель злокачественной опухоли. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или более различных клеточных линий злокачественной опухоли или клеточных типов злокачественной опухоли включают в модель злокачественной опухоли. Все значения, представленные в вышеизложенном перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены для того, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5 или от 5 до 15 различных клеточных линий или клеточных типов злокачественной опухоли.
Согласно одному варианту осуществления клетки злокачественной опухоли представляют собой все одного и того же типа, например, все клетки злокачественной опухоли молочной железы, но представляют собой различные установленные клеточные линии, например, различные установленные клеточные линии злокачественной опухоли молочной железы.
Примеры клеточных типов злокачественной опухоли, которые могут быть включены в модель злокачественной опухоли, включают в себя без ограничения, злокачественную опухоль легких, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, меланому, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль щитовидной железы, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль почки, солидную опухоль, лейкоз, неходжкинскую лимфому. Согласно одному варианту осуществления клетка злокачественной опухоли с лекарственной устойчивостью может быть включена в модель злокачественной опухоли. Конкретные примеры клеточных линий, которые могут быть включены в модель злокачественной опухоли, включают в себя без ограничения клетки PaCa2, HepG2, PC3 и MCF7. Многочисленные клеточные линии злокачественной опухоли известны в настоящей области техники, и любая такая клеточная линия злокачественной опухоли может быть включена в модели злокачественной опухоли согласно настоящему изобретению.
Клеточные модели согласно настоящему изобретению могут включать в себя одну или несколько контрольных клеток. Согласно одному варианту осуществления контрольная клетка может представлять собой необработанную клетку либо клетку без возмущающего воздействия. Согласно другому варианту осуществления контрольная клетка может представлять собой нормальную, не злокачественную опухолевую клетку. Любая из многочисленных нормальных, незлокачественных опухолевых клеточных линий может быть включена в клеточную модель. Согласно одному варианту осуществления нормальные клетки представляют собой одну или несколько из клеток THLE2 и HDFA. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или более различных нормальных клеточных типов включены в клеточную модель. Все показатели, представленные в предыдущем перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5, или от 5 до 15 различных нормальных клеточных линий или клеточных типов. Согласно одному варианту осуществления нормальные клетки представляют собой все одного типа, например, все здоровые клетки эпителия или молочной железы, но различаются установленными клеточными линиями, например, различные установленные клеточные линии эпителиальных клеток или клеток молочной железы. Согласно одному варианту осуществления в качестве контроля одну или несколько нормальных клеточных линий не злокачественной опухоли (например, THLE2 и HDFA) культивируют в аналогичных условиях и/или подвергают тому же возмущающему воздействию, что и клетки злокачественной опухоли в клеточной модели с целью идентификации белков или путей, уникальных для злокачественной опухоли.
Пользовательская модель злокачественной опухоли может также содержать условия культивирования клеток, которые имитируют характерный аспект состояния или процесса злокачественной опухоли. Например, условия для культивирования клеток могут быть выбраны так, чтобы близко соответствовать условиям клетки злокачественной опухоли в окружающей среде опухоли in vivo или, чтобы имитировать различные аспекты роста злокачественной опухоли путем выделения различных условий роста клеток злокачественной опухоли. В некоторых случаях условия культивирования клеток представляют собой стрессовые условия.
Такая окружающая среда злокачественной опухоли или стрессовое условие представляет собой гипоксию, состояние, как правило, обнаруживаемое в солидной опухоли. Гипоксия может быть индуцирована в клетках с использованием известных в настоящей области техники способов. Например, гипоксия может быть индуцирована путем помещения клеточных систем в камеру модульного инкубатора (MIC-101, Billups-Rothenberg Inc. Del Mar, CA), которая может быть заполнена промышленной газовой
- 44 038600 смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота. Эффекты могут быть измерены после заранее определенного периода, например, через 24 ч после лечения гипоксии с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ).
Точно так же, воздействие молочной кислоты клеток имитирует клеточную окружающую среду, в которой активность гликолиза так же высока, как она существует в окружающей опухоль среде in vivo. Индуцированный молочной кислотой стресс можно исследовать в конечной концентрации молочной кислоты, равной приблизительно 12,5 мМ, в заранее определенное время, например, через 24 ч с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ).
Гипергликемия представляет собой нормальное условие, найденное при диабете; однако, гипергликемия также в некоторой степени имитирует один аспект роста злокачественной опухоли, потому что многие клетки злокачественной опухоли зависят от глюкозы как от их основного источника энергии. Воздействие на исследуемые клетки типичным условием гипергликемии может включать добавление 10% по отношению к культуре глюкозы в подходящие среды, так что конечная концентрация глюкозы в средах составляет около 22 мМ.
Отдельные условия, отражающие различные аспекты роста злокачественной опухоли, могут быть исследованы отдельно в построенной по заказу модели злокачественной опухоли и/или могут быть объединены вместе. Согласно одному варианту осуществления комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающих или имитирующих различные аспекты роста/условия злокачественной опухоли, исследуются в построенной по заказу модели злокачественной опухоли. Согласно одному варианту осуществления отдельные условия и, кроме того, комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающих или имитирующих различные аспекты роста/условия злокачественной опухоли, исследуются в построенной по заказу модели злокачественной опухоли. Все показатели, представленные в предыдущем перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 или от 10 до 50 разных условий.
После того как пользовательская клеточная модель построена, к системе могут быть применены одно или несколько возмущающих воздействий, такие как генетическая изменчивость от пациента к пациенту или наличие/отсутствие лечения некоторыми лекарственными средствами или пролекарствами. См. фиг. 15D. Эффекты таких возмущающих воздействий на систему, включающие в себя эффект на связанные с заболеванием клетки злокачественной опухоли и связанные с заболеванием нормальные контрольные клетки, могут быть измерены с использованием различных известных в настоящей области техники или запатентованных средств, как описано в разделе III.B ниже.
В иллюстративном эксперименте линии злокачественных опухолей PaCa2, HepG2, PC3 и MCF7 и нормальные клеточные линии THLE2 и HDFA выдерживали при каждом из условий гипергликемии, гипоксии и обогащенности молочной кислотой, а также во всех комбинациях двух или трех условий и в дополнение с или без возмущающего воздействия окружающей среды, в частности, воздействия коэнзимом Q10. Перечисленные в настоящем документе ниже представляют собой такие условия иллюстративных сочетаний, с или без возмущающего воздействия, воздействия коэнзимом Q10, которые могут быть использованы для обработки клеток злокачественной опухоли и/или контрольных (например, нормальных) клеток клеточной модели злокачественной опухоли. Другие комбинации могут быть легко составлены в зависимости от проводимой конкретной перекрестной биологической оценки.
1. Только среды.
2. 50 мкМ CTL коэнзим Q10 (CoQ10).
3. 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
4. 12,5 мМ молочная кислота.
5. 12,5 мМ молочная кислота + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
6. 12,5 мМ молочная кислота + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
7. Гипоксия.
8. Гипоксия + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
9. Гипоксия + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
10. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота.
11. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
12. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
13. Среды + 22 мМ глюкоза.
14. 50 мкМ CTL коэнзим Q10 + 22 мМ глюкоза.
15. 100 мкМ CTL коэнзим Q10 + 22 мМ глюкоза.
16. 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза.
17. 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
18. 12,5 мМ молочная кислота + 22 мм глюкоза +100 мкМ CTL коэнзим Q10.
19. Гипоксия + 22 мМ глюкоза.
20. Гипоксия + 22 мМ глюкоза + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
- 45 038600
21. Гипоксия + 22 мМ глюкоза + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
22. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза.
23. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
24. Гипоксия + 12,5 мМ молочная кислота + 22 мМ глюкоза +100 мкМ CTL коэнзим Q10.
В определенных ситуациях взаимовлияющие или ECS эксперименты между различными клетками злокачественных опухолей (например, HepG2 и PaCa2) могут проводиться для нескольких взаимосвязанных целей. Согласно некоторым вариантам осуществления, которые включают взаимовлияние, эксперименты, проведенные на клеточных моделях, разрабатывают для определения модуляции клеточного состояния или функции одноклеточной системы или популяции (например, клетка гепатокарциномы HepG2) с помощью другой системы клеток или популяции (например, злокачественная опухоль поджелудочной железы PaCa2) при определенных условиях воздействия (например, гипергликемия, гипоксия (ишемия)). В соответствии с типичной постановкой первая клеточная система/популяция контактирует с компонентами внешних раздражителей, такими как кандидатная молекула (например, низкомолекулярное лекарственное средство, белок) или кандидатное состояние (например, гипоксия, окружающая среда с высоким содержанием глюкозы). В ответ на это первая клеточная система/популяция изменяет свой транскриптом, протеом, метаболом и/или интерактом, что приводит к изменениям, которые можно легко обнаружить как внутри, так и вне клетки. Например, изменения в транскриптоме могут быть измерены по уровню транскрипции множества мРНК-мишеней; изменения в протеоме могут быть измерены по уровню экспрессии множества белков-мишеней и изменения в метаболоме могут быть измерены по уровню множества метаболитов-мишеней с помощью анализов, разработанных специально для данных метаболитов. С другой стороны, выше упомянутые изменения в метаболоме и/или протеоме, по меньшей мере, в отношении определенных секретируемых метаболитов или белков, могут также быть измерены по влиянию на вторую клеточную систему/популяция, включающую в себя модуляцию транскриптома, протеома, метаболома и интерактома второй клеточной системы/популяции. Таким образом, эксперименты могут быть использованы для идентификации эффектов представляющей интерес молекулы(-), секретируемой первой клеточной системой/популяцией, на вторую клеточную систему/популяцию при различных условиях воздействия. Эксперименты также могут быть использованы, чтобы идентифицировать любые белки, которые модулируются в результате передачи сигналов от первой клеточной системы (в ответ на воздействие компонентом внешнего раздражителя) к другой системе клеток с помощью, например, дифференциального скрининга протеомики. Те же экспериментальные условия также могут быть приспособлены для обратной постановки таким образом, что взаимные эффекты между двумя системами клеток также могут быть оценены. В общем, для этого типа эксперимента выбор пар клеточных линий в значительной степени основан на таких факторах, как происхождение, патологическое состояние и клеточная функция.
Хотя двухклеточные системы, как правило, участвуют в этом типе экспериментальной постановки, аналогичные эксперименты также могут быть разработаны для более чем двухклеточных систем, например иммобилизация каждой отдельной системы клеток на отдельной твердой подложке.
Построенная по заказу клеточная модель может быть установлена и использоваться на стадиях платформенной технологии согласно настоящему изобретению для конечной идентификации причинноследственной связи, уникальной в биологической системе, путем проведения описанных в настоящем документе стадий. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, однако, что построенная по заказу модель злокачественной опухоли, которая используется для получения начальной, первого поколения консенсусной сети причинно-следственных связей может постоянно развиваться или расширяться с течением времени, например, за счет введения дополнительных клеточных линий злокачественных опухолей или нормальных и/или дополнительных условий злокачественных опухолей. Могут быть собраны дополнительные данные от усовершенствованной модели злокачественной опухоли, т.е. данные из вновь добавленной части(ей) модели злокачественной опухоли. Новые данные, собранные от расширенной или усовершенствованной модели клеток, т.е. от вновь добавленной части(ей) модели злокачественной опухоли, могут быть затем введены в наборы данных, ранее используемые для создания консенсусной сети причинно-следственных связей первого поколения для того, чтобы получить более совершенную консенсусную сеть причинно-следственных связей второго поколения. Новые причинноследственные связи, уникальные для состояния злокачественной опухоли, могут быть затем идентифицированы из консенсусной сети причинно-следственных связей второго поколения. Таким образом, эволюция модели злокачественной опухоли включает эволюцию консенсусных сетей причинноследственных связей, тем самым обеспечивая новое и/или более надежное понимание определяющих драйверов (или модуляторов) состояния злокачественной опухоли.
(iii) Клеточные модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания.
Другие примеры биологической системы или процесса представляют собой сахарный диабет, ожирение и сердечно-сосудистое заболевание. Как со злокачественной опухолью, родственные патологические состояния сахарный диабет, ожирение и сердечно-сосудистое заболевание представляют собой сложные патологические состояния, характеризующиеся несколькими уникальными аспектами. Представляет интерес идентификация белков/путей, управляющих патогенезом сахарного диабе
- 46 038600 та/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Было бы также интересно расшифровать уникальный ответ клеток, связанных с сахарным диабетом/ожирением/сердечно-сосудистым заболеванием к воздействию лекарственными средствами, по сравнению с ответами нормальных клеток. С этой целью может быть установлена модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, чтобы имитировать окружающую среду, которая сталкивается с устойчивыми к заболеванию клетками, путем выбора соответствующих клеточных линий и создания условий для культивирования клеток, которые имитируют характерный аспект патологического состояния или процесса. Например, условия для культивирования клеток могут быть выбраны такие, которые близко соответствуют гипергликемии, гиперлипидемии, гиперинсулинемии, гипоксии или обогащенным молочной кислотой условиям.
Любые клетки, относящиеся к сахарному диабету/ожирению/сердечно-сосудистому заболеванию, могут быть включены в модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Примеры клеток, относящиеся к сахарному диабету/ожирению/сердечно-сосудистому заболеванию, включают в себя, например, адипоциты, мышечные трубки, гепатоциты, гладкомышечные клетки аорты (HASMC) и клетки проксимальных канальцев (например, HK2). Множественные типы клеток одного и того же или различного происхождения, в отличие от одного типа клеток, могут быть включены в модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или более различных типов клеток, включены в модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Все значения, представленные в вышеизложенном перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены для того, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5 или от 5 до 15 различных клеточных типов. Согласно одному варианту осуществления клетки представляют собой все одного типа, например, все адипоциты, но различаются установленными клеточными линиями, например, различными установленными клеточными линиями адипоцитов. Многочисленные другие клеточные типы, которые вовлечены в состояние сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, известны в настоящей области техники, и любые такие клетки могут быть включены в модель сахарного диабета/ожирения/сердечнососудистого заболевания согласно настоящему изобретению.
Клеточные модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания согласно настоящему изобретению могут включать в себя одну или несколько контрольных клеток. Согласно одному варианту осуществления контрольная клетка может представлять собой необработанную клетку либо клетку без возмущающего воздействия. Согласно другому варианту осуществления контрольная клетка может представлять собой не относящуюся к заболеванию клетку, такую как клетка эпителия. Любые из многочисленных не относящихся к заболеванию клеток, могут быть включены в клеточную модель. Согласно одному варианту осуществления по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или более различных не патологических клеточных типов включены в клеточную модель. Все показатели, представленные в предыдущем перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5, или от 5 до 15 различных не патологических клеточных линий или клеточных типов. Согласно одному варианту осуществления не относящиеся к заболеванию клетки представляют собой все одного типа, например, все клетки здорового эпителия или молочной железы, но различаются установленными клеточными линиями, например, различными установленными клеточными линиями эпителиальных клеток или клеток молочной железы. Согласно одному варианту осуществления в качестве контроля, одну или несколько не относящихся к заболеванию клеточных линий культивируют в аналогичных условиях и/или подвергают такому же возмущающему воздействию, что и относящиеся к заболеванию клетки клеточной модели с целью идентификации белков или путей, уникальных для сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания.
Пользовательская модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания может также содержать условия культивирования клеток, которые имитируют характерный аспект (представляют патофизиологию) состояния или процесса сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Например, условия для культивирования клеток могут быть выбраны так, чтобы близко соответствовать условиям клетки, относящейся к сахарному диабету/ожирению/сердечно-сосудистому заболеванию в ее окружающей среде in vivo или, чтобы имитировать различные аспекты сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. В некоторых случаях условия культивирования клеток представляют собой стрессовые условия.
Иллюстративные условия, которые представляют патофизиологию сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, например, любое одно или несколько из гипоксии, обогащенных молочной кислотой условий, гипергликемии, гиперинсулинемии и гиперлипидемии. Гипоксия может быть индуцирована в клетках с использованием известных в настоящей области техники способов. Например, гипоксия может быть индуцирована путем помещения клеточных систем в камеру модульного инкубатора (MIC-101, Billups-Rothenberg Inc. Del Mar, CA), которая может быть заполнена промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота. Эффекты могут быть измерены
- 47 038600 после заранее определенного периода, например, через 24 ч после лечения гипоксии с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ).
Точно так же, воздействие молочной кислоты клеток имитирует клеточную окружающую среду, в которой активность гликолиза высока. Индуцированный молочной кислотой стресс можно исследовать в конечной концентрации молочной кислоты, равной приблизительно 12,5 мМ в заранее определенное время, например, через 24 ч с и без дополнительных компонентов внешнего раздражителя (например, CoQ10 при 0, 50 или 100 мкМ). Гипергликемия представляет собой условие, обнаруженное при сахарном диабете. Воздействие на рассматриваемые клетки типичным условием гипергликемии может включать в себя добавление 10% по отношению к культуре глюкозы в подходящие среды, так что конечная концентрация глюкозы в средах составляет приблизительно 22 мМ. Гиперлипидемия представляет собой условие, обнаруженное при ожирении и сердечно-сосудистом заболевании. Гиперлипидемические условия могут быть обеспечены путем культивирования клеток в средах, содержащих 0,15 мМ пальмитат натрия. Гиперинсулинемия представляет собой условие, обнаруженное при сахарном диабете. Гиперинсулинемические условия могут быть индуцированы путем культивирования клеток в средах, содержащих 1000 нМ инсулина.
Дополнительные условия, которые представляют патофизиологию сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания включают в себя, например, любой один или несколько из воспаления, стресса эндоплазматического ретикулума, митохондриального стресса и пероксисомального стресса. Способы создания подобного воспалению состояния в клетках известны в настоящей области техники. Например, воспалительное состояние может быть смоделировано посредством культивирования клеток в присутствии TNF альфа и или IL-6. Способы создания условий, моделирующих стресс эндоплазматического ретикулума также известны в настоящей области техники. Например, условия, моделирующие стресс эндоплазматического ретикулума, могут быть созданы путем культивирования клеток в присутствии тапсигаргина и/или туникамицина. Способы создания условий, моделирующих митохондриальный стресс также известны в настоящей области техники. Например, условия, моделирующие митохондриальный стресс, могут быть созданы путем культивирования клеток в присутствии рапамицина и/или галактозы. Способы создания условий, моделирующих пероксисомальный стресс, также известны в настоящей области техники. Например, условия, моделирующие пероксисомальный стресс, могут быть созданы путем культивирования клеток в присутствии абсцизовой кислоты.
Отдельные условия, отражающие различные аспекты сахарного диабета/ожирения/сердечнососудистого заболевания, могут быть исследованы отдельно в построенной по заказу модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания и/или могут быть объединены вместе. Согласно одному варианту осуществления комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающих или имитирующих различные аспекты сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, исследуются в построенной по заказу модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Согласно одному варианту осуществления отдельные условия и, кроме того, комбинации по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 или более условий, отражающих или имитирующих различные аспекты сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, исследуются в построенной по заказу модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Все показатели, представленные в предыдущем перечне, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью настоящего изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 или от 10 до 50 разных условий.
После того как пользовательская клеточная модель построена, одно или несколько возмущающих воздействий могут быть применены к системе, такие как генетическая изменчивость от пациента к пациенту или наличие/отсутствие лечения некоторыми лекарственными средствами или пролекарствами. См. фиг. 15D. Эффекты таких возмущающих воздействий в системе, включающей в себя эффект на сахарный диабет/ожирение/сердечно-сосудистое заболевание, могут быть измерены с использованием различных известных в настоящей области техники или запатентованных средств, как описано в разделе III.B ниже.
В иллюстративном эксперименте каждый из адипоцитов, мышечных трубок, гепатоцитов, гладкомышечных клеток аорты (HASMC) и клеток проксимальных канальцев (например, HK2) выдерживают при каждом из условий гипергликемии, гипоксии, гиперлипидемии, гиперинсулинемии и обогащенности молочной кислотой, а также во всех комбинациях двух, трех, четырех или всех пяти условий, и в дополнение с или без внешнего возмущающего воздействия, в частности, воздействия коэнзимом Q10. В дополнение к иллюстративным комбинациям условий, описанным выше в контексте модели злокачественной опухоли, перечисленным в настоящем документе ниже, представлены некоторые дополнительные иллюстративные комбинации условий, с или без возмущающего воздействия, например, обработка коэнзимом Q10, который может быть использован для обработки относящихся к сахарному диабету/ожирению/сердечно-сосудистому заболеванию клеток (и/или контрольных клеток) клеточной модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания. Они предназначены только в качестве
- 48 038600 примеров, и специалисту в настоящей области техники будет понятно, что любое отдельное и/или комбинация вышеуказанных условий, которые представляют патофизиологию сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, могут быть использованы в клеточной модели для получения наборов выходных данных. Другие комбинации могут быть легко составлены в зависимости от конкретной проводимой перекрестной биологической оценки.
1. Только среды.
2. 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
3. 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
4. 0,15 мМ пальмитат натрия.
5. 0,15 мМ пальмитат натрия + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
6. 0,15 мМ пальмитат натрия + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
7. 1000 нМ инсулин.
8. 1000 нМ инсулин + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
9. 1000 нМ инсулин + 100 мкМ CTL коэнзим Q10.
10. 1000 нМ инсулин + 0,15 мМ пальмитат натрия.
11. 1000 нМ инсулин + 0,15 мМ пальмитат натрия + 50 мкМ CTL коэнзим Q10.
12. 1000 нМ инсулин + 0,15 мМ пальмитат натрия +100 мкМ CTL коэнзим Q10.
В определенных ситуациях взаимовлияющие или ECS эксперименты между различными относящимися к заболеванию клетками (например, клетки HASMC и HK2 или клетки печени и адипоциты) могут проводиться для нескольких взаимосвязанных целей. Согласно некоторым вариантам осуществления, которые включают взаимовлияние, эксперименты, проведенные на клеточных моделях, разрабатывают для определения модуляции клеточного состояния или функции одноклеточной системы или популяции (например, клеток печени) с помощью другой системы клеток или популяции (например, адипоцитов) при определенных условиях воздействия (например, гипергликемия, гипоксия, гиперлипидемия, гиперинсулинемия). В соответствии с типичной постановкой первая клеточная система/популяция контактирует с компонентами внешних раздражителей, такими как кандидатная молекула (например, низкомолекулярное лекарственное средство, белок) или кандидатное состояние (например, гипоксия, окружающая среда с высоким содержанием глюкозы). В ответ на это первая клеточная система/популяция изменяет свой транскриптом, протеом, метаболом и/или интерактом, что приводит к изменениям, которые можно легко обнаружить как внутри, так и вне клетки. Например, изменения в транскриптоме могут быть измерены по уровню транскрипции множества мРНК-мишеней; изменения в протеоме могут быть измерены по уровню экспрессии множества белков-мишеней и изменения в метаболоме могут быть измерены по уровню множества метаболитов-мишеней с помощью анализов, разработанных специально для данных метаболитов. С другой стороны, выше упомянутые изменения в метаболоме и/или протеоме, по меньшей мере, в отношении определенных секретируемых метаболитов или белков, могут также быть измерены по влиянию на вторую клеточную систему/популяцию, включающую в себя модуляцию транскриптома, протеома, метаболома и интерактома второй клеточной системы/популяции. Таким образом, эксперименты могут быть использованы для идентификации эффектов представляющей интерес молекулы(-), секретируемой первой клеточной системой/популяцией, на вторую клеточную систему/популяцию при различных условиях воздействия. Эксперименты также могут быть использованы, чтобы идентифицировать любые белки, которые модулируются в результате передачи сигналов от первой клеточной системы (в ответ на воздействие компонентом внешнего раздражителя) к другой клеточной системе с помощью, например, дифференциального скрининга протеомики. Те же экспериментальные условия также могут быть приспособлены для обратной постановки таким образом, что взаимные эффекты между двумя клеточными системами также могут быть оценены. В общем, для этого типа эксперимента выбор пар клеточных линий в значительной степени основан на таких факторах, как происхождение, патологическое состояния и клеточная функция.
Хотя двухклеточные системы, как правило, участвуют в этом типе экспериментальной постановки, аналогичные эксперименты также могут быть разработаны для более чем двух клеточных систем, например, иммобилизация каждой отдельной системы клеток на отдельной твердой подложке.
Построенная по заказу модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания может быть установлена и использоваться на стадиях платформенной технологии согласно настоящему изобретению для конечной идентификации причинно-следственной связи, уникальной при состоянии сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания путем проведения описанных в настоящем документе стадий. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, однако, что, как и в случае с моделью злокачественной опухоли, построенная по заказу модель сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания, которая используется для получения начальной, первого поколения консенсусной сети причинно-следственных связей может постоянно развиваться или расширяться с течением времени, например, за счет введения дополнительных относящихся к заболеванию клеточных линий и/или дополнительных относящихся к заболеванию условий. Могут быть собраны дополнительные данные от усовершенствованной модели сахарного диабета/ожирения/сердечнососудистого заболевания, т.е. данные из вновь добавленной части(ей) модели. Новые данные, собранные
- 49 038600 от расширенной или усовершенствованной модели, т.е. от вновь добавленной части(ей) модели, могут быть затем введены в наборы данных, ранее используемые для создания консенсусной сети причинноследственных связей первого поколения для того, чтобы получить более совершенную консенсусную сеть причинно-следственных связей второго поколения. Новые причинно-следственные связи, уникальные для состояния сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания (или уникальные для реакции состояния сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания на возмущающее воздействие), могут быть затем идентифицированы из консенсусной сети причинно-следственных связей второго поколения. Таким образом, эволюция модели сахарного диабета/ожирения/сердечнососудистого заболевания включает эволюцию консенсусных сетей причинно-следственных связей, тем самым обеспечивая новое и/или более надежное понимание определяющих драйверов (или модуляторов) состояния сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания.
B. Использование клеточных моделей для перекрестных биологических оценок.
Предусмотренные в настоящем изобретении способы и клеточные модели могут быть использованы для или применительно к любому количеству перекрестных биологических оценок. Использование способов согласно настоящему изобретению для перекрестной биологической оценки облегчает идентификацию модуляторов или драйверов определяющих клеточные процессы биологической системы.
Используемая в настоящем документе перекрестная биологическая оценка может включать в себя идентификацию одного или нескольких модуляторов биологической системы, например, драйверов определяющих клеточных процессов (например, повышение или снижение активности биологической реакции или ключевых представителей пути, или ключевых регуляторов представителей пути), связанных с возмущающим воздействием окружающей среды или компонентом внешнего раздражителя, или с уникальной причинно-следственной связью, уникальной в биологической системе или процессе. Она может дополнительно включать в себя добавочные стадии, разработанные для исследования или проверки того, необходимы и/или достаточны ли идентифицированные определяющие драйверы клеточного процесса для последующих событий, связанных с возмущающим воздействием окружающей среды или компонентом внешнего раздражителя, в том числе в животных моделях in vivo и/или экспериментах на культуре ткани in vitro.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой диагностику или постановку патологического состояния, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйверы определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) представляют собой либо маркеры заболеваний, либо терапевтические мишени, которые могут быть предметом терапевтического вмешательства. Рассматриваемая перекрестная биологическая оценка подходит для любого патологического состояния в теории, но может быть особенно полезна в таких областях, как биология онкологии/злокачественных опухолей, диабет, ожирение, сердечнососудистое заболевание и неврологические состояния (особенно нейродегенеративные заболевания, такие как, без ограничения, болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона, болезнь Хантингтона, боковой амиотрофический склероз (ALS) и связанная со старением нейродегенерация).
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой определение эффективности лекарственного средства, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут представлять собой отличительные черты успешного лекарственного средства, и, в свою очередь, могут быть использованы, чтобы идентифицировать дополнительные средства, такие как MIM или epishifter, для лечения того же патологического состояния.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой идентификацию мишеней лекарственных средств для профилактики или лечения инфекции (например, бактериальной или вирусной инфекции), причем идентифицированные драйверы определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе) могут представлять собой маркеры/индикаторы или ключевые биологические молекулы, вызывающие инфекционное состояние, и могут, в свою очередь, использоваться для идентификации противоинфекционных средств.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой оценку молекулярного эффекта средства, например, лекарственного средства, на данный профиль заболевания, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинноследственные связи, уникальные в биологической системе или процессе), могут представлять собой увеличение или снижение активности одного или нескольких биологических путей или ключевых представителей пути(ей), или регуляторов представителей пути(ей), и, в свою очередь, могут быть использованы, например, для предсказания терапевтической эффективности средства при данном заболевании.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой оценку токсикологического профиля средства, например, лекарственного средства, на клетку,
- 50 038600 ткань, орган или организм, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе), могут представлять собой показатели токсичности, например цитотоксичности, и, в свою очередь, могут быть использованы для прогнозирования или идентификации токсикологического профиля средства. Согласно одному из вариантов осуществления идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинноследственные связи, уникальные в биологической системе или процессе), представляют собой показатель кардиотоксичности лекарственного средства или кандидатного лекарственного средства, и могут быть, в свою очередь, использованы для прогнозирования или идентификации кардиотоксического профиля лекарственного средства или кандидатного лекарственного средства.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой идентификацию мишеней лекарственных средств для профилактики или лечения заболевания или нарушения, вызванного биологическим оружием, таким как болезнетворные простейшие, грибы, бактерии, вирусы, протесты или токсины, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например, драйвер определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе), могут представлять собой маркеры/индикаторы или ключевые биологические молекулы, вызывающие указанное заболевание или нарушение, и могут быть, в свою очередь, использованы для идентификации средств биологической защиты.
Согласно некоторым вариантам осуществления перекрестная биологическая оценка представляет собой идентификацию мишеней для антивозрастных средств, таких как антивозрастная косметика, причем идентифицированные модуляторы биологической системы, например драйвер определяющих клеточных процессов (например, взаимовлияющие дифференциалы или причинно-следственные связи, уникальные в биологической системе или процессе), могут представлять собой маркеры или индикаторы процесса старения, в частности процесс старения в коже, и в свою очередь могут быть использованы для идентификации антивозрастных средств.
Согласно одному варианту осуществления клеточная модель старения, которая используется в способах согласно настоящему изобретению для идентификации мишеней для антивозрастной косметики, клеточная модель содержит стареющие эпителиальные клетки, которые представляют собой, например, обработанный УФ-светом (окружающее возмущающее воздействие или компонент внешнего раздражителя) и/или клетки новорожденных, которые также необязательно обработаны УФ-светом. Согласно одному варианту осуществления клеточная модель старения содержит клеточную взаимовлияющую систему. В одной иллюстративной двухклеточной взаимовлияющей системе, установленной для идентификации мишеней для антивозрастной косметики, стареющая эпителиальная клетка (первая клеточная система) может быть обработана ультрафиолетовым светом (компонент внешнего раздражителя) и изменения, например, протеомные изменения и/или функциональные изменения в неонатальной клетке (вторая клеточная система) в результате контактирования неонатальных клеток с кондиционированной средой, обработанной стареющей эпителиальной клетки, например, протеомные изменения могут быть измерены с использованием обычной количественной масс-спектрометрии, или причинно-следственная связь, уникальная при старении, может быть идентифицирована из сети причинно-следственных связей, полученной из данных.
V. Протеомный анализ образцов
Согласно некоторым вариантам осуществления рассматриваемый способ использует масштабный высокоэффективный количественный протеомный анализ сотен образцов аналогичного характера, и включает данные, необходимые для идентификации клеточных выходных дифференциалов.
Существуют многочисленные известные в настоящей области техники технологии, пригодные для этой цели. Иллюстративная техника, анализ iTRAQ в сочетании с масс-спектрометрией, кратко описана ниже.
Для обеспечения эталонных образцов для относительного количественного определения техникой iTRAQ создают множество пулов QC. Два отдельных пула QC, состоящих из аликвот каждой пробы, были получены от образцов клетки #1 и клетки #2 - эти образцы обозначены как QCS1 и QCS2, и QCP1 и QCP2 для супернатантов и осадков соответственно. Для того чтобы обеспечить сравнения концентрации белка в двух клеточных линиях, аликвоты клеточных осадков описанных выше пулов QC объединяют в равных объемах для получения эталонных образцов (QCP).
Подход количественной протеомики базируется на стабильном изотопном мечении с реагентом 8Plex iTRAQ и 2D-ЖХ МС/МС MALDI для идентификации и количественного определения пептидов. Количественное определение с этой техникой характеризуется относительностью: пептидам и белкам присваиваются относительные содержания, по сравнению с эталонным образцом. Общие эталонные образцы при многочисленных экспериментах iTRAQ облегчают сравнение образцов во множественных экспериментах iTRAQ.
Для реализации этой схемы анализа шесть основных образцов и два пула контрольных образцов
- 51 038600 могут быть объединены в одну смесь 8-plex iTRAQ с контрольным пулом образцов, помеченным реагентами 113 и 117, в соответствии с инструкциями изготовителя. Эта смесь из восьми образцов может быть затем фракционирована путем двумерной жидкостной хроматографии; сильным катионным обменом (SCX) в первом измерении, и обращенно-фазовой ВЭЖХ во втором измерении. Элюент ВЭЖХ непосредственно фракционировали на планшеты MALDI, и планшеты анализировали на масс-спектрометре MDS SCIEX/AB 4800 MALDI TOF/TOF.
В отсутствие дополнительной информации предполагается, что наиболее важные изменения в экспрессии белка представляют собой те, которые находятся в одних и тех же типах клеток при различных условиях обработки. По этой причине, первичные образцы из клетки #1 и клетки #2 анализируют в отдельных смесях iTRAQ. Для облегчения сравнения экспрессии белка в образцах клетки #1 и клетки #2, универсальные образцы QCP анализируют в доступных слотах iTRAQ, не занятых первичными или специфичными к клеточной линии QC образцами (QC1 и QC2).
Краткий обзор применяемых лабораторных процедур предусмотрен в настоящем документе.
A. Экстракция белка из образцов клеточных супернатантов.
Для образцов клеточных супернатантов (CSN) белки из культуральной среды присутствуют в большом избытке по сравнению с белками, секретируемыми культивируемыми клетками. В попытке уменьшить этот фон, осуществляли предварительное истощение находящегося в избытке белка. В качестве специфичных колонок для аффинной хроматографии не доступных для сывороточных белков крупного рогатого скота или лошади, использовали колонку к человеческим IgY14. В то время как антитела направлялись против белков человека, ожидалась широкая специфичность, обеспечиваемая поликлональной природой антител, для выполнения истощения белков как крупного рогатого скота, так и лошадей, присутствующих в клеточных культуральных средах, которые использовались.
Аликвоту объемом 200 мкл материала CSN QC загружают на истощающую колонку с 10 мл IgY14 до начала исследования, чтобы определить общую концентрацию белка (анализ с бицинхониновой кислотой (BCA)) в проточном материале. Вводимый объем затем выбирается для достижения истощенной фракции, содержащей около 40 мкг общего белка.
B. Экстракция белка из клеточных осадков.
Аликвоту клетки #1 и клетки #2 лизируют в стандартном лизирующем буфере, используемом для анализа образцов ткани при BGM, и общее содержание белка определяется с помощью анализа BCA. Установив содержание белка этих репрезентативных лизатов клеток, все образцы клеточных осадков (в том числе образцы QC, описанных в разделе 1.1) процессировали до клеточных лизатов. Количества лизатов приблизительно с 40 мкг общего белка переносили в рабочий процесс процессирования.
C. Подготовка образцов для масс-спектрометрии.
Подготовка образца следует стандартным операционным процедурам и состоит из следующих действий:
восстановление и алкилирование белков;
очистка белков на колонке для обращено-фазовой хроматографии (только клеточные осадки); расщепление трипсином;
мечение iTRAQ;
сильная катионообменная хроматография - сбор из шести фракций (система Agilent 1200);
фракционирование ВЭЖХ и точечное нанесения на планшеты MALDI (система Dionex Ultimate3000/Probot).
D. MALDI MC и МС/МС.
ВЭЖХ-МС обычно использует стратегии онлайн ESI MC/MC. BG Medicine использует офф-лайн платформы ЖХ-MALDI МС/МС, что приводит к лучшему согласованию наблюдаемых наборов белка по всем первичным образцам без необходимости введения одного и того же образца множество раз. После первого прохода сбора данных во всех смесях iTRAQ, поскольку пептидные фракции сохраняются на планшетах-мишенях MALDI, образцы могут быть проанализированы во второй раз с использованием нацеленного образца обнаружения МС/МС, полученного из знаний, полученных в ходе первого обнаружения. Таким образом, осуществляется максимальная частота наблюдения для всех идентифицированных белков (в идеале, каждый белок должен быть измерен в каждом смеси iTRAQ).
E. Обработка данных.
Процесс обработки данных в рабочем процессе BGM протеомики может быть разделен на такие процедуры, как предварительная идентификация и количественное определение пептидов, которые заполнены для каждой смеси iTRAQ отдельно (раздел 1.5.1) и такие процессы (раздел 1.5.2), как окончательное распределение пептидов к белкам и окончательная количественная оценка белков, которые не заполнены до завершения сбора данных в рамках проекта.
Основные этапы обработки данных в рамках рабочего процесса BGM протеомики представляют собой идентификацию пептидов с помощью поисковика по базе данных Mascot (Matrix Science);
автоматизированную проверку на месте идентификационных номеров Mascot количественное определение пептидов и предварительное количественное определение белков;
- 52 038600 квалифицированное курирование конечного набора данных заключительное распределение пептидов из каждой смеси в общий набор белков с использованием специальной утилиты PVT;
устранение выбросов и окончательное количественное определение белков.
(i) Обработка данных отдельных смесей iTRAQ.
Поскольку каждая смесь iTRAQ обрабатывается через рабочий процесс, спектры МС/МС анализируются с использованием запатентованных программных средств BGM для идентификаций пептидов и белков, а также первоначальную оценку количественной информации. На основании результатов этого предварительного анализа качество рабочего процесса для каждого первичного образца в смеси судят по набору метрик производительности BGM. Если данный образец (или смесь) не проходит установленные минимальные метрики производительности и дополнительный материал доступен, этот образец повторяется в полном объеме и данные из этого второго осуществления рабочего процесса включают в конечный набор данных.
(ii) Идентификация пептидов.
Спектры МС/МС искали по базе данных белковых последовательностей Uniprot, содержащей человеческие, бычьи и лошадиные последовательности, дополненные общими последовательностямипримесями, такими как свиной трипсин. Детали параметров поиска Mascot, включающие в себя полный список модификаций, приведены в таблице.
__________________Параметры поиска Mascot__________________
Экспериментальная масса предшеств енника 100 ррш
Экспериментальная масса фрагмента 0,4 Da
Переменные модификации N-конец iTRAQ 8 Лизин iTRAQ 8 Карбамидометилцистеин Пироглутаминовая кислота (N-конец) Пирокарбамидометилцистеин (N-конец) Дезамидирование (только N) Окисление (М)
Специфичность фермента Полностью трипсиновый
Количество разрешенных пропущенных трипсиновых сайтов 2
Рассматриваемый класс пептида 1
После завершения поиска Mascot процедура автоматической проверки используется для продвижения (т.е. проверки) конкретных пептидных совпадений Mascot. Дифференциация между действительными и недействительными совпадениями основана на достигнутой оценке Mascot по отношению к ожидаемой оценке Mascot и разнице между оценками Mascot пептида 1 ранга и пептида 2 ранга. Необходимые для проверки критерии несколько смягчают, если пептид представляет собой один из нескольких согласованных с единственным белком в смеси iTRAQ или если пептид присутствует в каталоге ранее проверенных пептидов.
(iii) Количественное определение пептидов и белков.
Набор проверенных пептидов для каждой смеси используют для вычисления предварительных количественных метрик белков для каждой смеси. Отношения пептидов рассчитывают путем деления площади пика от метки iTRAQ (т.е. m/z 114, 115, 116, 118, 119 или 121) для каждого проверенного пептида путем лучшего представления площади пика эталонного пула (QC1 или QC2). Это площадь пика представляет собой среднее из пиков 113 и 117, предусмотренных обоими образцами, выдержавшими критерии приемлемости QC. Предварительные соотношения белков определяют путем расчета среднего соотношения всех полезных проверенных пептидов, совпадающих с этим белком. Полезные пептиды представляют собой полностью помеченные iTRAQ (все N-концы помечены либо лизином, либо пироглутаминовой кислотой) и полностью помеченные цистеином (т.е. все остатки цистеина алкилируют карбамидометилом или N-концевым пирокарбамидометилцистеином).
(iv) Обработка после сбора.
После того как все проходы сбора данных МС/МС завершены для каждой смеси в проекте, данные сопоставляются с использованием трех стадий, обсуждаемых ниже, которые направлены на предоставление результатов от каждого первичного образца, чтобы просто и достоверно сравнить с другим.
(v) Глобальное распределение пептидных последовательностей к белкам.
Итоговое распределение пептидных последовательностей к белковым учетным номерам осуществляется через запатентованный инструмент проверки белка (PVT). Процедура PVT определяет наилучший, минимальный не излишний набор белков для описания полной коллекции пептидов, идентифици- 53 038600 рованных в проекте. Она представляет собой автоматизированную процедуру, которая была оптимизирована для обработки данных из гомогенной таксономии.
Белковые распределения для экспериментов с супернатантами вручную проверяли, чтобы справиться с трудностями смешанных таксономии в базе данных. Поскольку автоматизированная парадигма не распространяется на клеточные культуры, выращенные в бычьей и лошадиной сыворотке, дополненной средами, подробная проверка вручную необходима для минимизирования неопределенности источника любого данного белка.
(vi) Нормирование пептидных соотношений.
Пептидные соотношения для каждого образца нормируют на основе способа Vandesompele et al. Genome Biology, 2002, 3(7), research 0034.1-11. Эта процедура применяется только к измерениям клеточных осадков. Для надосадочных образцов количественные данные не нормируют с учетом наибольшего вклада пептидных идентификаций, поступающих от сред.
(vii) Конечный расчет соотношений белков.
Стандартная статистическая процедура элиминации выброса используется для удаления выбросов из окружения каждого срединного соотношения белков, выше уровня 1,96 σ в наборе преобразованных логарифмически данных. После этого процесса элиминации окончательный набор белковых соотношений (пере)рассчитывается.
VI. Маркеры согласно настоящему изобретению и их применение
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере частично, на идентификации новых биомаркеров, которые связаны с такой биологической системой, как патологический процесс, или реакцией биологической системы на возмущающее воздействие, такое как терапевтическое средство.
В частности, настоящее изобретение относится к маркерам (далее маркеры или маркеры согласно настоящему изобретению), которые описаны в примерах. Изобретение включает нуклеиновые кислоты и белки, которые кодируются с помощью или соответствуют маркерам (в дальнейшем маркерные нуклеиновые кислоты и маркерные белки, соответственно). Эти маркеры особенно полезны в диагностике патологических состояний; прогнозировании патологических состояний; разработки мишеней лекарственных средств для различных патологических состояний; в скрининге на наличие токсичности, предпочтительно вызванной лекарственными средствами токсичности, например, кардиотоксичности; идентификации средств, которые вызывают или обусловливают риск возникновения токсичности; идентификации средства, которое может уменьшить или предотвратить индуцированную лекарственными средствами токсичность, уменьшении или предотвращении лекарственной кардиотоксичности и идентификации маркеров прогнозирования вызванной лекарственными средствами кардиотоксичности.
Маркер представляет собой ген, чей измененный уровень экспрессии в ткани или клетке, по сравнению с уровнем экспрессии в нормальной или здоровой ткани или клетке, связан с патологическим состоянием, таким как злокачественная опухоль, сахарный диабет, ожирение, сердечно-сосудистое заболевание или таким состоянием токсичности, как индуцированная лекарственным средством токсичность, например, кардиотоксичность. Маркерная нуклеиновая кислота представляет собой нуклеиновую кислоту (например, мРНК, кДНК), кодируемую или соответствующую маркеру настоящего изобретения. Такие маркерные нуклеиновые кислоты включают в себя ДНК (например, кДНК), содержащую полную или частичную последовательность любого из генов, которые представляют собой маркеры согласно настоящему изобретению или комплементарны такой последовательности. Такие последовательности известны специалистам в настоящей области техники и могут быть найдены, например, на веб-сайте Pubmed государственного национального института здравоохранения. Маркерные нуклеиновые кислоты также включают в себя РНК, содержащую полную или частичную последовательность любого из маркеров-генов согласно настоящему изобретению или комплементарны такой последовательности, в которой все остатки тимидина заменены остатками уридина. Маркерный белок представляет собой белок, кодируемый или соответствующий маркеру настоящего изобретения. Маркерный белок содержит полную или частичную последовательность любого из маркерных белков согласно настоящему изобретению. Такие последовательности известны специалистам в настоящей области техники и могут быть найдены, например, на веб-сайте Pubmed государственного национального института здравоохранения. Термины белок и полипептид взаимозаменяемы.
Связанная с патологическим состоянием или токсичным состоянием биологическая жидкость организма представляет собой жидкость в организме пациента, которая контактирует или проходит через клетки саркомы или в которую клетки или белки выделяются из клеток саркомы. Иллюстративные связанные с патологическим состоянием или токсическим состоянием жидкости организма включают в себя жидкости крови (например, цельную кровь, сыворотку крови, кровь с удаленными из нее тромбоцитами) и описаны более подробно ниже. Связанные с патологическим состоянием или токсическим состоянием жидкости организма не ограничены цельной кровью, кровью с удаленными из нее тромбоцитами, лимфой, жидкостью предстательной железы, мочой и спермой.
Нормальный уровень экспрессии маркера представляет собой уровень экспрессии маркера в клетках субъекта-человека или пациента, не страдающего патологическим состоянием или состоянием токсичности.
- 54 038600
Гиперэкспрессия или повышенный уровень экспрессии маркера относится к уровню экспрессии в исследуемом образце, который больше, чем стандартная ошибка анализа, используемая для оценки экспрессии, и, предпочтительно, по меньшей мере в два раза, а более предпочтительно в три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять или десять раз превышает уровень экспрессии маркера в контрольном образце (например, образце от здорового человека, не содержащего маркер, связанный с патологическим состоянием или состоянием токсичности, например, злокачественная опухоль, сахарный диабет, ожирение, сердечно-сосудистое заболевание и кардиотоксичность) и предпочтительно, средний уровень экспрессии маркера в нескольких контрольных образцах.
Пониженный уровень экспрессии маркера относится к уровню экспрессии в исследуемом образце, который по меньшей мере в два раза, и более предпочтительно в три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять или десять раз ниже, чем уровень экспрессии маркера в контрольном образце (например, образце от здорового человека, не содержащего маркер, связанный с патологическим состоянием или состоянием токсичности, например, злокачественная опухоль, сахарный диабет, ожирение, сердечнососудистое заболевание и кардиотоксичность) и предпочтительно, средний уровень экспрессии маркера в нескольких контрольных образцах.
Транскрибируемый полинуклеотид или транскрипт нуклеотида представляет собой полинуклеотид (например, мРНК, гяРНК, кДНК или аналог такой РНК или кДНК), который комплементарен или гомологичен всей или части зрелой мРНК, произведенной транскрипцией маркера согласно настоящему изобретению и обычной пост-транскрипционной обработке (например, сплайсинг), если таковая имеется, РНК-транскрипта, а также обратной транскрипции РНК-транскрипта.
Комплементарный относится к широкой концепции комплементарности последовательностей между областями двух нитей нуклеиновой кислоты или между двумя областями одной и той же нити нуклеиновой кислоты. Известно, что остаток аденина первой области нуклеиновой кислоты способен образовывать специфические водородные связи (спаривание оснований) с остатком второй области нуклеиновой кислоты, которая антипараллельна к первой области, если остаток представляет собой тимин или урацил. Кроме того, известно, что остаток цитозина первой цепи нуклеиновой кислоты способен к спариванию оснований с остатком второй цепи нуклеиновой кислоты, которая антипараллельна по отношению к первой цепи, если остаток представляет собой гуанин. Первая область нуклеиновой кислоты комплементарна второй области той же или другой нуклеиновой кислоты, если, когда две области расположены антипараллельно, по меньшей мере один нуклеотидный остаток первой области способен к спариванию оснований с остатком второй области. Предпочтительно, чтобы первая область содержала первую часть и вторая область содержала вторую часть, в результате чего, когда первая и вторая части расположены антипараллельно, по меньшей мере приблизительно 50%, а предпочтительно по меньшей мере приблизительно 75%, по меньшей мере приблизительно 90% или по меньшей мере приблизительно 95% нуклеотидных остатков первой части способны к спариванию оснований с нуклеотидными остатками во второй части. Более предпочтительно, чтобы все нуклеотидные остатки из первой части были способны к спариванию оснований с нуклеотидными остатками во второй части.
Используемый в настоящем документе термин гомологичный относится к сходству нуклеотидных последовательностей между двумя областями одной и той же нити нуклеиновой кислоты или между областями двух различных нитей нуклеиновых кислот. Когда положение нуклеотидного остатка в обеих областях занимает тот же нуклеотидный остаток, тогда области гомологичны в этом положении. Первая область гомологична второй области, если по меньшей мере одно положение нуклеотидного остатка в каждой области занимает тот же остаток. Гомологии между двумя областями выражается в терминах пропорций положений нуклеотидных остатков двух областей, которые занимаются тем же нуклеотидным остатком. В качестве примера, область, содержащая нуклеотидную последовательность 5'-ATTGCC3', и область, содержащая нуклеотидную последовательность 5'-TATGGC-3' характеризуются 50% гомологии. Предпочтительно, первая область содержит первую часть и вторая область содержит вторую часть, при этом по меньшей мере приблизительно 50% и предпочтительно по меньшей мере приблизительно 75%, по меньшей мере приблизительно 90% или по меньшей мере приблизительно 95% положений нуклеотидных остатков каждой из частей занимает тот же нуклеотидный остаток. Более предпочтительно, все положения нуклеотидных остатков каждой из частей занимает тот же нуклеотидный остаток.
Белки согласно настоящему изобретению охватывают маркерные белки и их фрагменты; вариантные маркерные белки и их фрагменты; пептиды и полипептиды, содержащие сегмент по меньшей мере 15 аминокислот маркера или вариантного маркерного белка; и слитые белки, содержащие маркер или вариантный маркерный белок, или сегмент по меньшей мере 15 аминокислот маркера или вариантного маркерного белка.
Согласно настоящему изобретению предусмотрены антитела, производные антител и фрагменты антител, которые специфически связываются с маркерными белками и фрагментами маркерных белков согласно настоящему изобретению. Если не указано иное, термины антитело и антитела охватывают в широком смысле встречающиеся в природе формы антител (например, IgG, IgA, IgM, IgE) и такие рекомбинантные антитела, как одноцепочечные антитела, химерные и гуманизированные антитела и мультиспецифические антитела, а также фрагменты и производные всех из вышеперечисленных, при этом
- 55 038600 фрагменты и производные содержат по меньшей мере один антигенный сайт связывания. Производные антител могут содержать белок или химический фрагмент, конъюгированный с антителом.
Согласно некоторым вариантам осуществления маркеры согласно настоящему изобретению включают в себя один или несколько генов (или белков), выбранных из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, ATP5A1, CANX, GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ. Согласно некоторым вариантам осуществления маркеры представляют собой сочетание по меньшей мере двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати, пятнадцати, шестнадцати, семнадцати, восемнадцати, девятнадцати, двадцати, двадцати пяти, тридцати или более из вышеуказанных генов (или белков). Все значения, представленные в вышеизложенном списке, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 вышеуказанных генов (или белков).
Согласно одному варианту осуществления маркеры настоящего изобретения представляют собой гены или белки, связанные с или участвующие в злокачественной опухоли. Такие гены или белки, участвующие в злокачественной опухоли, включают в себя, например, HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, ATP5A1 и/или CANX. Согласно некоторым вариантам осуществления маркеры представляют собой сочетание по меньшей мере двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати, пятнадцати, шестнадцати, семнадцати, восемнадцати, девятнадцати, двадцати или более из вышеуказанных генов (или белков). Все значения, представленные в вышеизложенном списке, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 вышеуказанных генов (или белков).
Согласно одному варианту осуществления маркеры настоящего изобретения представляют собой гены или белки, связанные с или участвующие в вызванной лекарственными средствами токсичности. Такие гены или белки, участвующие в вызванной лекарственными средствами токсичности включают в себя, например, GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и/или TAZ. Согласно некоторым вариантам осуществления маркеры согласно настоящему изобретению представляют собой сочетание по меньшей мере двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти из вышеуказанных генов (или белков). Все значения, представленные в вышеизложенном списке, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 1 до 20, от 1 до 30, от 2 до 5, от 2 до 10, от 5 до 10, от 1 до 20, от 5 до 20, от 10 до 20, от 10 до 25, от 10 до 30 вышеуказанных генов (или белков).
A. Связанные с кардиотоксичностью маркеры.
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере частично, на идентификации новых биомаркеров, которые связаны с индуцированной лекарственными средствами кардиотоксичностью. Кроме того, настоящее изобретение основано, по меньшей мере частично, на открытии, что коэнзим Q10 способен уменьшать или предотвращать индуцированную лекарственными средствами кардиотоксичность.
Таким образом, в настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации средства, которое вызывает или подвергает риску вызывания токсичности. Согласно одному варианту осуществления средство представляет собой лекарственное средство или кандидатное лекарственное средство. Согласно одному варианту осуществления токсичность представляет собой индуцированную лекарственными средствами токсичность, например, кардиотоксичность. Согласно одному варианту осуществления средство представляет собой лекарственное средство или кандидатное лекарственное средство для лечения сахарного диабета, ожирения или сердечно-сосудистого нарушения. В этих способах оценивают количество одного или нескольких биомаркеров/белков в паре образцов (первый образец не подлежат медикаментозному лечению, а второй образец подвергают обработке лекарственным средством). Модуляция уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров во втором образце по сравнению с первым образцом представляет собой показатель того, что лекарственное средство вызывает или подвергает риску получения вызванной лекарственным средством токсичности, например, кардиотоксичности. Согласно одному варианту осуществления один или несколько биомаркеров выбирают из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ. Способы согласно настоящему изобретению могут быть осуществлены на практике в сочетании с любым другим способом, используемым специалистом в настоящей области техники, чтобы идентифицировать лекарственное средство с риском вызванной лекарственным средством кардиотоксичности.
Соответственно, согласно одному аспекту в настоящем изобретении предусмотрен способ идентификации лекарственного средства, которое вызывает или подвергает риску вызывания индуцированной лекарственным средством токсичности (например, кардиотоксичности), включающий сравнение (i) уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров, присутствующих в первом образце клеток, по- 56 038600 лученных до воздействия лекарственным средством; с (ii) уровнем экспрессии одного или нескольких биомаркеров, присутствующих во втором образце клеток, полученных после воздействия лекарственным средством; причем один или несколько биомаркеров выбирают из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ; причем модуляция в уровне экспрессии одного или нескольких биомаркеров во втором образце в сравнении с первым образцом представляет собой показатель того, что лекарственное средство вызывает или подвергает риску получения вызванной лекарственным средством токсичности (например, кардиотоксичности).
Согласно одному варианту осуществления индуцированная лекарственным средством токсичность представляет собой индуцированную лекарственным средством кардиотоксичность. Согласно одному варианту осуществления клетки представляют собой клетки сердечно-сосудистой системы, например, кардиомиоциты. Согласно одному варианту осуществления клетки представляют собой диабетические кардиомиоциты. Согласно одному варианту осуществления лекарственное средство представляет собой лекарственное средство или кандидатное лекарственное средство для лечения сахарного диабета, ожирения или сердечно-сосудистого заболевания.
Согласно одному варианту осуществления модуляции (например, увеличение или снижение) уровня экспрессии одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти или всех десяти биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ во втором образце, по сравнению с первой образцом, представляет собой показатель того, что лекарственное средство вызывает или подвергает риску получения индуцированной лекарственным средством токсичности.
Способы идентификации средства, которое может уменьшить или предотвратить вызванную лекарственным средством токсичность, также предусмотрен согласно настоящему изобретению. Согласно одному варианту осуществления индуцированная лекарственным средством токсичность представляет собой индуцированную лекарственным средством кардиотоксичность. Согласно одному варианту осуществления лекарственное средство представляет собой лекарственное средство или кандидатное лекарственное средство для лечения сахарного диабета, ожирения или сердечно-сосудистого нарушения. В этих способах оценивают количество одного или нескольких биомаркеров в трех образцах (первый образец не подвергают воздействию лекарственного средства, второй образец подвергают воздействию лекарственного средства и третий образец подвергают как воздействию лекарственного средства, так и средства). Практически такой же уровень экспрессии одного или нескольких биомаркеров в третьем образце, по сравнению с первым образцом, представляет собой показатель того, что средство может уменьшать или предотвращать индуцированную лекарственными средствами токсичность, например, индуцированную лекарственными средствами кардиотоксичность. Согласно одному варианту осуществления один или несколько биомаркеров выбирают из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ.
Используя описанные в настоящем документе способы, разнообразные молекулы, в частности включающие в себя молекулы достаточно небольшие, чтобы быть в состоянии пересечь клеточную мембрану, могут быть подвергнуты скринингу с целью идентификации молекул, которые модулируют, например, повышают или снижают экспрессию и/или активность маркера согласно настоящему изобретению. Идентифицированные таким образом соединения могут быть предоставлены субъекту, чтобы снизить, облегчить или предотвратить вызванную лекарственным средством токсичность у субъекта.
Соответственно, согласно другому аспекту в настоящем изобретении предусмотрен способ идентификации средства, которое может снижать или предотвращать индуцированную лекарственным средством токсичность, предусматривающий: (i) определение уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров, присутствующих в первом образце клеток, полученном до воздействия индуцирующим токсичность лекарственным средством; (ii) определение уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров, присутствующих во втором образце клеток, полученном после воздействия индуцирующим токсичность лекарственным средством; (iii) определение уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров, присутствующих в третьем образце клеток, полученном после воздействия индуцирующим токсичность лекарственным средством и средством; и (iv) сравнение уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров, присутствующих в третьем образце с первым образцом; причем один или несколько биомаркеров выбирают из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ; и причем приблизительно один и тот же уровень экспрессии одного или нескольких биомаркеров в третьем образце, по сравнению с первым образцом, представляет собой показатель того, что средство может снижать или предотвращать индуцированную лекарственным средством токсичность.
Согласно одному варианту осуществления индуцированная лекарственным средством токсичность представляет собой индуцированную лекарственным средством кардиотоксичность. Согласно одному варианту осуществления клетки представляют собой клетки сердечно-сосудистой системы, например, кардиомиоциты. Согласно одному варианту осуществления клетки представляют собой диабетические кардиомиоциты. Согласно одному варианту осуществления лекарственное средство представляет собой лекарственное средство или кандидатное лекарственное средство для лечения сахарного диабета, ожире
- 57 038600 ния или сердечно-сосудистого заболевания.
Согласно одному варианту осуществления приблизительно тот же уровень экспрессии одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти или всех десяти биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ в третьем образце, по сравнению с первым образцом, представляет собой показатель того, что средство может снижать или предотвращать индуцированную лекарственным средством токсичность.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы ослабления, уменьшения или предотвращения индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности у нуждающегося в этом субъекта, включающее введение субъекту (например, млекопитающему, человеку или отличному от человека животному) средства, идентифицированного с помощью предусмотренных в настоящем документе способов скрининга, таким образом уменьшая или предотвращая индуцированную лекарственным средством кардиотоксичность у субъекта. Согласно одному варианту осуществления средство вводят субъекту, которому уже вводили индуцирующее кардиотоксичность лекарственное средство. Согласно одному варианту осуществления средство вводят субъекту в то же самое время, что и воздействуют на субъект индуцирующим кардиотоксичность лекарственным средством. Согласно одному варианту осуществления средство вводят субъекту до начала воздействия на субъект индуцирующим кардиотоксичность лекарственным средством.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы ослабления, снижения или предотвращения индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности у нуждающегося в этом субъекта, включающий введение коэнзима Q10 субъекту (например, млекопитающему, человеку или отличному от человека животному), тем самым уменьшая или предотвращая индуцированную лекарственным средством кардиотоксичность у субъекта. Согласно одному варианту осуществления коэнзим Q10 вводят субъекту, которому уже вводили индуцирующее кардиотоксичность лекарственное средство. Согласно одному варианту осуществления коэнзим Q10 вводят субъекту в то же самое время, что и воздействуют на субъект индуцирующим кардиотоксичность лекарственным средством. Согласно одному варианту осуществления коэнзим Q10 вводят субъекту до начала воздействия на субъект индуцирующим кардиотоксичность лекарственным средством. Согласно одному варианту осуществления индуцированная лекарственным средством кардиотоксичность связана с модуляцией экспрессии одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти или всех десяти биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ. Все значения, представленные в вышеизложенном списке, также могут представлять собой верхний или нижний предел диапазонов, которые предназначены, чтобы быть частью этого изобретения, например, от 1 до 5, от 1 до 10, от 2 до 5, от 2 до 10 или от 5 до 10 вышеуказанных генов (или белков).
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены биомаркеры (например, гены и/или белки), которые применимы в качестве предсказывающих маркеров кардиотоксичности, например, индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности. Эти биомаркеры включают в себя GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ. Специалист в настоящей области техники, однако, способен идентифицировать дополнительные биомаркеры, прогнозирующие индуцированную лекарственным средством кардиотоксичность, используя описанные в настоящем документе способы, например, путем осуществления описанных в примере 3 способов, но с использованием другого лекарственного средства известного, как вызывающее кардиотоксичность. Примеры биомаркеров индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности согласно настоящему изобретению дополнительно описаны ниже.
GRP78 и GRP75 также упоминаются как глюкозо-регулируемые белки. Эти белки связаны с эндо/саркоплазматическим ретикулумом (ER стресс) кардиомиоцитов. SERCA, или кальциевая АТФаза саркоэндоплазматического ретикулума, регулирует гомеостаз Ca в клетках сердца. Любое разрушение этих АТФаз может приводить к сердечной дисфункции и сердечной недостаточности. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, GRP75 и GRP78 и ребра вокруг них представляют собой новые прогностические факторы индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
TIMP1, также упоминаемый как ингибитор 1 металлопротеазы TIMP, участвует в ремоделировании внеклеточного матрикса в сочетании с MMP. Экспрессия TIMP1 коррелирует с фиброзом сердца, и гипоксия сосудистых эндотелиальных клеток также индуцирует экспрессию TIMP1. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, TIMP1 представляют собой новый прогностический фактор индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
PTX3, также упоминаемый как пентраксин-3, принадлежит к семейству C-реактивных белков (CRP) и представляет собой хороший маркер воспалительного состояния сердца. Тем не менее, PTX3 плазмы также может быть представителем системного воспалительного ответа в связи с сепсисом или другими медицинскими состояниями. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, PTX3 может быть новым маркером сердечной функции или кардиотоксичности. Кроме того, связанные с PTX3 в сети ребра могут образовать новую панель биомаркеров.
HSP76, также упоминаемый как HSPA6, известен только тем, что экспрессируется в эндотелиальных клетках и B-лимфоцитах. Не известна роль этого белка в сердечной функции. Основываясь на пре- 58 038600 дусмотренных в настоящем документе данных, HSP76 может быть новым прогностическим фактором индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
PDIA4, PDIA1, также упоминаемые как белки семейства A протеиндисульфидизомеразы, связаны со стрессовой реакцией ER, подобно GRP. Не известна роль этих белков в сердечной функции. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, эти белки могут быть новыми прогностическими факторами индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
CA2D1, также упоминаемый как кальциевый канал, потенциал зависимый, субъединица альфа2/дельта. Субъединица альфа-2/дельта потенциал зависимого кальциевого канала регулирует плотность потока кальция и кинетику активации/инактивации кальциевого канала. CA2D1 играет важную роль в электромеханическом сопряжении в сердце. Не известна роль этого белка в сердечной функции. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, CA2D1 представляет собой новый прогностический фактор индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
GPAT1 представляет собой одну из четырех известных изоформ глицерин-3фосфатацилтрансферазы, и расположен на наружной мембране митохондрий, что обеспечивает реципрокное регулирование с карнитин пальмитоил трансферазой-1. GPAT1 активируется транскрипционно инсулином и SREBP-1C и сильно подавляется AMP-активированной протеинкиназой, в соответствии с ролью в синтезе триацилглицерина. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, GPAT1 представляет собой новый прогностический фактор индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
TAZ, также упоминаемый как тафаззин, экспрессируется на высоком уровне в сердечной и скелетных мышцах. TAZ участвует в метаболизме кардиолипина и функционирует как фосфолипидлизофосфолипид трансацилаза. Тафаззин отвечает за ремоделирование фосфолипида кардиолипина (CL), сигнатурного липида внутренней мембраны митохондрий. Основываясь на предусмотренных в настоящем документе данных, TAZ представляет собой новый прогностический фактор индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
B. Связанные со злокачественной опухолью маркеры.
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере частично, на идентификации новых биомаркеров, которые связаны со злокачественной опухолью. Такие маркеры, связанные со злокачественной опухолью, включают в себя, например, HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и/или CANX. Согласно некоторым вариантам осуществления маркеры согласно настоящему изобретению представляют собой сочетание по меньшей мере двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати, пятнадцати, шестнадцати, семнадцати, восемнадцати, девятнадцати, двадцати или более из вышеуказанных маркеров.
Таким образом, в настоящем изобретении предусмотрены способы идентификации средства, которое вызывает или характеризуется риском индуцирования злокачественной опухоли. Согласно одному варианту осуществления средство представляет собой лекарственное средство или кандидатное лекарственное средство. В этих способах оценивают количество одного или нескольких биомаркеров/белков в паре образцов (первый образец не подвергают медикаментозному лечению, а второй образец подвергают обработке лекарственным средством). Модуляция уровня экспрессии одного или нескольких биомаркеров во втором образце по сравнению с первым образцом представляет собой показатель того, что лекарственное средство вызывает или подвергает риску получения злокачественной опухоли. Согласно одному варианту осуществления один или несколько биомаркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX. Способы согласно настоящему изобретению могут быть осуществлены на практике в сочетании с любым другим способом, используемым специалистом в настоящей области техники, чтобы идентифицировать лекарственное средство, подвергающее риску развития злокачественной опухоли.
Согласно одному аспекту в настоящем изобретении предусмотрены способы оценки эффективности терапии для лечения злокачественной опухоли у субъекта, включающий: сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в первом образце, полученном от субъекта перед введением по меньшей мере части схемы лечения субъекту, причем один или несколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX; и уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих во втором образце, полученном от субъекта после введения по меньшей мере части схемы лечения, причем модуляции уровня экспрессии одного или нескольких маркеров во втором образце по сравнению с первым образцом представляет собой показатель того, что лечение эффективно для лечения злокачественной опухоли у субъекта.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, слюны, рвоты, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа
- 59 038600 жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей. Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы оценки того, поражен ли субъект злокачественной опухолью, включающий: определение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, причем один или несколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX; и сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, с уровнем экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в контрольном образце, причем модуляция уровня экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце, полученном от субъекта, по отношению к уровню экспрессии одного или нескольких маркеров в контрольном образце, представляет собой показатель того, что субъект поражен злокачественной опухолью, тем самым оценивая, поражен ли субъект злокачественной опухолью.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, рвоты, слюны, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей. Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цеп- 60 038600 ной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы прогнозирования того, предрасположен ли субъект к развитию злокачественной опухоли, включающий: определение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, причем один или несколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX; и сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, с уровнем экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в контрольном образце, причем модуляция уровня экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце, полученном от субъекта, по отношению к уровню экспрессии одного или нескольких маркеров в контрольном образце, представляет собой показатель того, что субъект предрасположен к развитию злокачественной опухоли, тем самым оценивая, предрасположен ли субъект к развитию злокачественной опухоли.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, рвоты, слюны, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей. Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы прогнозирования рецидива злокачественная опухоли у субъекта, включающий определение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, причем один или не- 61 038600 сколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX; и сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, с уровнем экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в контрольном образце, причем модуляция уровня экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце, полученном от субъекта, по отношению к уровню экспрессии одного или нескольких маркеров в контрольном образце, представляет собой показатель рецидива злокачественная опухоли, тем самым прогнозируя рецидив злокачественной опухоли у субъекта.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, рвоты, слюны, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей. Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы прогнозирования выживание субъекта со злокачественной опухолью, включающий определение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, причем один или несколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX; и сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, с уровнем экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в контрольном образце, причем модуляция уровня экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце, полученном от субъекта, по отношению к уровню экспрессии одного или нескольких маркеров в контрольном образце, представляет собой показатель выживание субъекта, тем самым прогнозируя выживание субъекта со злокачественной опухолью.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, рвоты, слюны, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей.
Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный
- 62 038600 от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы контроля прогрессирования злокачественной опухоли у субъекта, включающий: сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в первом образце, полученном от субъекта перед введением по меньшей мере части схемы лечения субъекту, и уровнем экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих во втором образце, полученном от субъекта после введения по меньшей мере части схемы лечения, причем один или несколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX, тем самым контролируя прогрессирование злокачественной опухоли у субъекта.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, рвоты, слюны, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей. Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с ис- 63 038600 пользованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрены способы идентификации соединения для лечения злокачественной опухоли у субъекта, включающий получение биологического образца от субъекта; контактирование биологического образца с исследуемым соединением; определение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров, присутствующих в биологическом образце, полученном от субъекта, причем один или несколько маркеров выбирают из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX с положительной кратностью изменения и/или с отрицательной кратностью изменения; сравнение уровня экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце с соответствующим контролем; и выбор исследуемого соединения, которое снижает уровень экспрессии одного или нескольких маркеров с отрицательной кратностью изменения, присутствующей в биологическом образце, и/или увеличивает уровень экспрессии одного или нескольких маркеров с положительной кратностью изменения, присутствующей в биологическом образце, тем самым идентифицируя соединение для лечения злокачественной опухоли у субъекта.
Согласно одному варианту осуществления образец содержит жидкость, полученную от субъекта. Согласно одному варианту осуществления жидкость выбирают из группы, состоящей из жидкостей крови, рвоты, слюны, лимфы, кистозной жидкости, мочи, собранных с помощью бронхиального лаважа жидкостей, собранных с помощью перитонеального полоскания жидкостей и гинекологических жидкостей. Согласно одному варианту осуществления образец представляет собой образец крови или ее компонент.
Согласно другому варианту осуществления образец содержит ткань или ее компонент, полученный от субъекта. Согласно одному варианту осуществления ткань выбирают из группы, состоящей из кости, соединительной ткани, хряща, легких, печени, почек, мышечной ткани, сердца, поджелудочной железы и кожи.
Согласно одному варианту осуществления субъект представляет собой человека.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в биологическом образце определяют путем анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления анализируемый транскрибированный полинуклеотид содержит амплификацию транскрибированного полинуклеотида.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце субъекта определяют путем анализа белка или его части в образце. Согласно одному варианту осуществления белок анализируют с использованием реагента, который специфически связывается с белком.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии одного или нескольких маркеров в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР) реакции амплификации, анализа с помощью ПЦР обратной транскриптазы, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма (SSCP), обнаружения расщепления ошибочно спаренных оснований, гетеродуплексного анализа, саузерн-блот анализа, нозерн-блот анализа, вестерн-блот анализа, гибридизации in situ, матричного анализа, секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты, анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и их комбинации или суб-комбинации.
Согласно одному варианту осуществления уровень экспрессии маркера в образце определяют с использованием техники, выбранной из группы, состоящей из иммуногистохимии, иммуноцитохимии, проточной цитометрии, ELISA и масс-спектрометрии.
Согласно одному варианту осуществления определяют уровень экспрессии множества маркеров.
Согласно одному варианту осуществления субъекта подвергают лечению терапией, выбранной из группы, состоящей из влияющего соединения окружающей среды, хирургии, лучевой, гормональной терапии, терапии с антителами, терапии с факторами роста, цитокинами, химиотерапии, аллогенной терапии стволовыми клетками. Согласно одному варианту осуществления влияющее соединение окружающей среды представляет собой молекулу коэнзима Q10.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для оценки эффективности терапии для лечения злокачественной опухоли, набор, содержащий реагенты для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX, и инструкции по применению набора для оценки эффективности терапии для лечения злокачественной опухоли.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для оценки того, поражен ли субъект
- 64 038600 злокачественной опухолью, набор, содержащий реагенты для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7,
HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9,
HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX, и инструкции по применению набора для оценки того, поражен ли субъект злокачественной опухолью.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для оценки того, предрасположен ли субъект к развитию злокачественной опухоли, набор, содержащий реагенты для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, ATP5A1 и CANX, и инструкции по применению набора для оценки того, предрасположен ли субъект к развитию злокачественной опухоли.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для прогнозирования рецидива злокачественной опухоли у субъекта, набор, содержащий реагенты для оценки уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX, и инструкции по применению набора для прогнозирования рецидива злокачественной опухоли.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для прогнозирования рецидива злокачественной опухоли, набор, содержащий реагенты для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1 и CANX, и инструкции по применению набора для прогнозирования рецидива злокачественной опухоли.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для прогнозирования выживания субъекта со злокачественной опухолью, набор, содержащий реагенты для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, ATP5A1 и CANX, и инструкции по применению набора для прогнозирования выживания субъекта со злокачественной опухолью.
В настоящем изобретении дополнительно предусмотрен набор для контроля прогрессирования злокачественной опухоли у субъекта, набор, содержащий реагенты для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера, выбранного из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, ATP5A1 и CANX, и инструкции по применению набора для прогнозирования прогрессирования злокачественной опухоли у субъекта.
Наборы согласно настоящему изобретению могут дополнительно содержать средства для получения биологического образца от субъекта, контрольного образца и/или влияющего соединения окружающей среды.
Средства для определения уровня экспрессии по меньшей мере одного маркера могут содержать средства для анализа транскрибированного полинуклеотида или его части в образце и/или средства для анализа белка или его части в образце.
Согласно одному варианту осуществления наборы содержат реагенты для определения уровня экспрессии множества маркеров.
Различные аспекты настоящего изобретения будут описаны более подробно в следующих подразделах.
C. Выделенные молекулы нуклеиновых кислот.
Один аспект настоящего изобретения относится к выделенным молекулам нуклеиновых кислот, включающим в себя нуклеиновые кислоты, которые кодируют маркерный белок или его часть. Выделенные нуклеиновые кислоты согласно настоящему изобретению также включают в себя молекулы нуклеиновых кислот, достаточные для использования в качестве зондов гибридизации для идентификации молекул маркерных нуклеиновых кислот, и фрагменты маркерных молекул нуклеиновых кислот, например, пригодные для использования в качестве ПЦР-праймеров для амплификации или мутации молекул маркерных нуклеиновых кислот. Используемый в настоящем документе термин молекула нуклеиновой кислоты предназначен для включения молекул ДНК (например, кДНК или геномной ДНК) и молекул РНК (например, мРНК) и аналогов ДНК или РНК, полученных с использованием нуклеотидных аналогов. Молекула нуклеиновой кислоты может быть одноцепочечной или двухцепочечной, но предпочтительно представляет собой двухцепочечную ДНК.
Выделенная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой ту, которая отделена от других молекул нуклеиновых кислот, которые присутствуют в природном источнике молекулы нуклеиновой кислоты. Согласно одному варианту осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой свободную от последовательностей (предпочтительно кодирующих белки последовательностей), которые в норме фланкируют нуклеиновую кислоту (т.е. последовательности, расположенные
- 65 038600 на 5' и 3' концах нуклеиновой кислоты) в геномной ДНК организма, из которого нуклеиновая кислота получена. Например, согласно различным вариантам осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты может содержать менее чем приблизительно 5, 4, 3, 2, 1, 0,5 или 0,1 т.п.н. нуклеотидных последовательностей, которые в норме фланкируют молекулу нуклеиновой кислоты в геномной ДНК клетки, из которой нуклеиновая кислота получена. Согласно другому варианту осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты, такая как молекула кДНК, может быть по существу свободна от другого клеточного материала или культуральной среды при получении рекомбинантными способами или по существу свободна от химических предшественников или других химических веществ при химическом синтезе. Молекула нуклеиновой кислоты, которая по существу не содержит клеточный материал, включает в себя препараты, содержащие меньше чем приблизительно 30, 20, 10 или 5% гетерологичной нуклеиновой кислоты (также называемой в настоящем документе как загрязняющая нуклеиновая кислота).
Молекула нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению может быть выделена с использованием стандартных способов молекулярной биологии и информации о последовательности в записях баз данных, описанных в настоящем документе. Используя все или части таких последовательностей нуклеиновых кислот, молекулы нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению могут быть выделены с использованием стандартных техник гибридизации и клонирования (например, как описано в Sambrook et al., ed, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989).
Молекула нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению может быть амплифицирована с использованием кДНК, мРНК или геномной ДНК в качестве шаблона и соответствующих олигонуклеотидных праймеров в соответствии со стандартными техниками ПЦР-амплификации. Нуклеиновая кислота, таким образом амплифицированная, может быть клонирована в подходящий вектор и охарактеризована путем анализа последовательности ДНК. Кроме того, нуклеотиды, соответствующие всей или части молекулы нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению могут быть получены с помощью стандартных синтетических техник, например, с использованием автоматического ДНКсинтезатора.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению содержит молекулу нуклеиновой кислоты, которая содержит нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности маркерной нуклеиновой кислоты или нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей маркерный белок. Молекула нуклеиновой кислоты, которая комплементарна данной нуклеотидной последовательности, представляет собой ту, которая достаточно комплементарна данной нуклеотидной последовательности, которую может гибридизовать до данной нуклеотидной последовательности, таким образом, образуя стабильный дуплекс.
Кроме того, молекула нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению может содержать только часть последовательности нуклеиновой кислоты, причем полноразмерная последовательность нуклеиновой кислоты содержит маркерную нуклеиновую кислоту или ту, которая кодирует маркерный белок. Такие нуклеиновые кислоты могут быть использованы, например, в качестве зонда или праймера. Зонд/праймер обычно используется в качестве одного или нескольких, по существу, очищенных олигонуклеотидов. Олигонуклеотид, как правило, содержит область нуклеотидной последовательности, которая гибридизует в строгих условиях по меньшей мере приблизительно 7, предпочтительно приблизительно 15, более предпочтительно приблизительно 25, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 250, 300, 350 или 400 или более последовательных нуклеотидов нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению.
Зонды, на основе последовательности молекулы нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению, могут быть использованы для обнаружения транскриптов или геномных последовательностей, соответствующих одному или нескольким маркерам согласно настоящему изобретению. Зонд содержит меченую группу, присоединенную к нему, например, радиоактивный изотоп, флуоресцентное соединение, фермент или кофактор фермента. Такие зонды могут быть использованы как часть диагностического набора для идентификации клеток или тканей, которые неправильно экспрессируют белок, например, путем измерения содержания молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей белок в образце клеток от субъекта, например, обнаружения содержания мРНК или определения того, был ли мутирован кодирующий белок ген или удален.
Кроме того, изобретение охватывает молекулы нуклеиновых кислот, которые отличаются из-за вырожденности генетического кода от нуклеотидной последовательности нуклеиновых кислот, кодирующих маркерный белок, и, таким образом, кодируют тот же белок.
Специалистам в настоящей области техники будет понятно, что полиморфизмы последовательностей ДНК, которые приводят к изменениям в аминокислотной последовательности, могут существовать в популяции (например, человеческой популяции). Такие генетические полиморфизмы могут существовать среди особей в пределах популяции за счет естественной аллельной вариации. Аллель представляет собой один из группы генов, которые происходят альтернативно в данном генетическом локусе. Кроме того, следует иметь в виду, что также могут существовать и ДНК-полиморфизмы, которые влияют на уровни экспрессии РНК, которые могут повлиять на общий уровень экспрессии этого гена (например,
- 66 038600 путем воздействия на регулирование или деградацию).
Используемая в настоящем документе фраза аллельный вариант относится к нуклеотидной последовательности, которая происходит в данном локусе или полипептиде, кодируемом нуклеотидной последовательностью.
Используемые в настоящем документе термины ген и рекомбинантный ген относятся к молекулам нуклеиновой кислоты, содержащим открытую рамку считывания, кодирующую полипептид, соответствующий маркеру настоящего изобретения. Такие природные аллельные вариации, как правило, могут приводить к 1-5% дисперсии в нуклеотидной последовательности данного гена. Альтернативные аллели могут быть идентифицированы путем секвенирования представляющего интерес гена в ряде различных индивидуумов. Это может быть легко осуществимо с использованием зондов гибридизации для идентификации того же генетического локуса у различных индивидуумов. Любые и все такие нуклеотидные вариации и полученные в результате аминокислотные полиморфизмы или вариации, которые представляют собой результат естественной изменчивости аллелей и которые не изменяют функциональную активность, предназначены, чтобы быть в пределах объема настоящего изобретения.
Согласно другому варианту осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению составляет по меньшей мере 7, 15, 20, 25, 30, 40, 60, 80, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 550, 650, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1400, 1600, 1800, 2000, 2200, 2400, 2600, 2800, 3000, 3500, 4000, 4500 или более нуклеотидов в длину и гибридизуется в строгих условиях до маркерной нуклеиновой кислоты или до нуклеиновой кислоты, кодирующей маркерный белок. Используемый в настоящем документе термин гибридизуется в строгих условиях предназначен для описания условий гибридизации и отмывания, при которых нуклеотидные последовательности, по меньшей мере на 60% (65, 70, предпочтительно 75%) идентичные друг другу, обычно остаются гибридизированными друг с другом. Такие строгие условия известны специалистам в настоящей области техники и могут быть найдены в разделах 6.3.1-6.3.6 в Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989). Предпочтительный неограничивающий пример строгих условий гибридизации представляет собой гибридизацию в 6X хлориде натрия/цитрата натрия (SSC) при температуре около 45°C с последующими одной или несколькими отмываниями в 0,2xSSC, 0,1% ДСН при 50-65°C.
В дополнение к встречающимся в природе аллельным вариантам молекулы нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению, которые могут существовать в популяции, специалисту в настоящей области техники будет понятно, что изменения последовательности могут быть введены с помощью мутации, таким образом приводя к изменениям в аминокислотной последовательности кодируемого белка без изменения биологической активности белка, кодируемого тем же. Например, можно сделать нуклеотидные замены, приводящие к заменам аминокислот в незначимых аминокислотных остатках. Незначимый аминокислотный остаток представляет собой остаток, который может быть изменен по сравнению с последовательностью дикого типа без изменения биологической активности, в то время как значимый аминокислотный остаток необходим для биологической активности. Например, аминокислотные остатки, которые не консервативные или полуконсервативные среди гомологов различных видов, могут быть незначимыми для активности и, таким образом, по всей вероятности мишенями для изменения. Альтернативно, аминокислотные остатки, которые консервативны среди гомологов различных видов (например, мыши и человека) могут быть значимыми для активности и, следовательно, не будет вероятными мишенями для изменения.
Соответственно, другой аспект настоящего изобретения относится к молекулам нуклеиновых кислот, кодирующим вариантный маркерный белок, который содержит изменения в аминокислотных остатках, которые не представляют собой незначимые для активности. Такие вариантные маркерные белки отличаются по аминокислотной последовательности от маркерных белков природного происхождения, но сохраняют биологическую активность. Согласно одному варианту осуществления такой вариантный маркерный белок содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере приблизительно на 40, 50, 60, 70, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% идентична аминокислотной последовательности маркерного белка.
Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая вариантный маркерный белок, может быть создана путем введения одной или нескольких нуклеотидных замен, добавлений или делеций в нуклеотидную последовательность маркерных нуклеиновых кислот таким образом, что одна или несколько замен, добавлений или делеций аминокислотных остатков вводятся в кодируемый белок. Мутации могут быть введены с помощью стандартных техник, таких как сайт-направленный мутагенез и опосредованный ПЦР мутагенез. Предпочтительно, консервативные аминокислотные замены осуществляют в одном или нескольких предсказанных незначимых аминокислотных остатках. Консервативная замена аминокислоты представляет собой ту, в которой аминокислотный остаток замещается на аминокислотный остаток, характеризующийся сходной боковой цепью. Семейства аминокислотных остатков, характеризующиеся сходными боковыми цепями, определены в настоящей области техники. Эти семейства включают в себя аминокислоты с основными боковыми цепями (например, лизин, аргинин, гистидин), кислыми боковыми цепями (например, аспарагиновая кислота, глутаминовая кислота), незаряженными полярными боковыми цепями (например, глицин, аспарагин, глутамин, серин, треонин, тирозин, цисте- 67 038600 ин), неполярными боковыми цепями (например, аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин, триптофан), бета-разветвленными боковыми цепями (например, треонин, валин, изолейцин) и ароматическими боковыми цепями (например, тирозин, фенилаланин, триптофан, гистидин). Кроме того, мутации могут быть введены случайным образом вдоль всей или части кодирующей последовательности, например, путем насыщающего мутагенеза, и полученные мутанты могут быть подвергнуты скринингу на биологическую активность для идентификации мутантов, которые сохраняют активность. После мутагенеза, кодируемый белок можно экспрессировать рекомбинантно, и может быть определена активность белка.
Настоящее изобретение охватывает антисмысловые молекулы нуклеиновых кислот, т.е. молекулы, которые комплементарны смысловой нуклеиновой кислоте согласно настоящему изобретению, например, комплементарны кодирующей цепи двухцепочечной молекулы маркерной кДНК или комплементарны последовательности маркерной мРНК. Соответственно, антисмысловая нуклеиновая кислота согласно настоящему изобретению может образовывать водородную связь (т.е. соединять комплементарные нити с) со смысловой нуклеиновой кислотой согласно настоящему изобретению. Антисмысловая нуклеиновая кислота может быть комплементарной к целой кодирующей цепи или только ее части, например, всей или части кодирующей белок области (или открытой рамки считывания). Антисмысловая молекула нуклеиновой кислоты может также быть антисмысловой ко всей или части некодирующей области кодирующей цепи нуклеотидной последовательности, кодирующей маркерный белок. Некодирующие области (5' и 3' нетранслируемые области) представляют собой 5' и 3' последовательности, которые фланкируют кодирующую область и не кодируют аминокислоты.
Антисмысловой олигонуклеотид может составлять, например, приблизительно 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45 или 50 или более нуклеотидов в длину. Антисмысловая нуклеиновая кислота согласно настоящему изобретению может быть получена с использованием химического синтеза и ферментативной реакции лигирования с использованием процедур, известных в настоящей области техники. Например, антисмысловая нуклеиновая кислота (например, антисмысловой олигонуклеотид) может быть химически синтезирована с использованием встречающихся в природе нуклеотидов или по-разному модифицированных нуклеотидов, разработанных для увеличения биологической стабильности молекул или для повышения физической стабильности дуплекса, образованного между антисмысловыми и смысловыми нуклеиновыми кислотами, например, могут быть использованы фосфоротиоатные производные и замещенные с акридином нуклеотиды. Примеры модифицированных нуклеотидов, которые можно использовать для получения антисмысловой нуклеиновой кислоты, включают в себя 5-фторурацил, 5бромурацил, 5-хлорурацил, 5-йодурацил, гипоксантин, ксантин, 4-ацетилцитозин, 5-(карбоксигидроксиметил)урацил, 5-карбоксиметиламинометил-2-тиоуридин, 5-карбоксиметиламинометилурацил, дигидроурацил, бета-О-галактозилквеозин, инозин, N6-изопентенилаgенин, 1-метилгуанин, 1-метилинозин, 2,2диметилгуанин, 2-метиладенин, 2-метилгуанин, 3-метилцитозин, 5-метилцитозин, N6-аденин, 7метилгуанин, 5-метиламинометилурацил, 5-метоксиаминометил-2-тиоурацил, бета-О-маннозилквеозин, 5'-метоксикарбоксиметилурацил, 5-метоксиурацил, 2-метилтио-N6-изопентениладенин, урацил-5оксиуксусную кислоту (v), вибутоксозин, псевдоурацил, квеозин, 2-тиоцитозин, 5-метил-2-тиоурацил, 2тиоурацил, 4-тиоурацил, 5-метилурацил, метиловый эфир урацил-5-оксиуксусной кислоты, урацил-5оксиуксусную кислоту (v), 5-метил-2-тиоурацил, 3-(3-амино-3-N-2-карбоксиnропил)урацил, (acp3)w и 2,6-диаминопурин. Альтернативно, антисмысловая нуклеиновая кислота может быть получена биологически с использованием вектора экспрессии, в котором нуклеиновая кислота была субклонирована в антисмысловой ориентации (т.е. РНК, транскрибированная из встроенной нуклеиновой кислоты, будет характеризоваться антисмысловой ориентацией к представляющей интерес нуклеиновой кислоте-мишени, описанной дополнительно в следующем пункте).
Используемый в настоящем документе ингибитор нуклеиновой кислоты представляет собой любой ингибитор на основе нуклеиновой кислоты, который вызывает снижение экспрессии мишени путем гибридизации по меньшей мере с частью РНК-транскрипта от гена-мишени для того, чтобы уменьшить экспрессию мишени. Ингибиторы нуклеиновых кислот включают в себя, например, одноцепочечные молекулы нуклеиновых кислот, например, антисмысловые нуклеиновые кислоты, и двухцепочечные нуклеиновые кислоты, такие как миРНК, короткая шпилечная РНК, dsiPHK (см., например, опубликованный патент США 20070104688). Используемые в настоящем документе двухцепочечные молекулы нуклеиновых кислот разрабатывают, чтобы они составляли по меньшей мере 12, предпочтительно по меньшей мере 15 нуклеотидов. Двухцепочечные молекулы нуклеиновой кислоты могут представлять собой одноцепочечную нуклеиновую кислоту, предназначенную для гибридизации с собой, например, короткую шпилечную РНК. Понятно, что ингибитор нуклеиновой кислоты мишени может быть введен в виде выделенной нуклеиновой кислоты. Кроме того, ингибитор нуклеиновой кислоты может быть введен в виде конструкта экспрессии с получением ингибитора в клетке. Согласно некоторым вариантам осуществления ингибитор нуклеиновой кислоты включает в себя одну или несколько химических модификаций, чтобы улучшить активность и/или стабильность ингибитора нуклеиновой кислоты. Такие модификации хорошо известны в настоящей области техники. Конкретные модификации, которые будут использоваться, будут зависеть, например, от типа ингибитора нуклеиновой кислоты.
- 68 038600
Терапевтическое средство в виде антисмысловой нуклеиновой кислоты относится к одноцепочечным терапевтическим нуклеиновым кислотам, как правило, приблизительно от 16 до 30 нуклеотидов в длину, и оно комплементарно последовательности нуклеиновой кислоты-мишени в клетке-мишени, либо в культуре или в организме.
Предусмотрены патенты, направленные на антисмысловые нуклеиновые кислоты, химические модификации и применение терапевтических средств, например, патент США № 5898031 связан с химически модифицированным РНК-содержащим терапевтическим соединением, и патент США № 6107094 связан со способами использования этих соединений в качестве терапевтического средства. Патент США № 7432250 связан со способами лечения пациентов путем введения одноцепочечных химически модифицированных РНК-подобных соединений; и патент США № 7432249 связан с фармацевтическими композициями, содержащими одноцепочечные химически модифицированные РНК-подобные соединения. Патент США № 7629321 связан со способами расщепления мРНК-мишени с использованием одноцепочечного олигонуклеотида, содержащего множество РНК нуклеозидов и по меньшей мере одну химическую модификацию. Каждый из перечисленных в пункте патентов включен в настоящий документ посредством ссылки.
Согласно многим вариантам осуществления дуплексная область составляет 15-30 пар нуклеотидов в длину. Согласно некоторым вариантам осуществления дуплексная область составляет 17-23 пары нуклеотидов в длину, 17-25 пар нуклеотидов в длину, 23-27 пар нуклеотидов в длину, 19-21 пару нуклеотидов в длину и 21-23 пары нуклеотидов в длину.
Согласно некоторым вариантам осуществления каждая нить содержит 15-30 нуклеотидов.
Средства РНК интерференции, которые можно использовать в способах согласно настоящему изобретению, включают средства с химическими модификациями, описанными, например, в предварительной заявке США 61/561710, поданной 18 ноября 2011 г., международной заявке PCT/US2011/051597, поданной 15 сентября 2010 г., и публикации PCT WO 2009/073809, полное содержание каждой из которых включено в настоящий документ посредством ссылки.
Средство РНК-интерференции, средство интерференции двухцепочечной РНК, молекула двухцепочечной РНК (дцРНК), также упоминаемая как средство дцРНК, дцРНК, миРНК, средство иРНК используемые в настоящем документе взаимозаменяемо, относится к комплексу молекул рибонуклеиновых кислот, характеризующихся дуплексной структурой, содержащей две анти-параллельные и по существу комплементарные, как определено ниже, цепи нуклеиновой кислоты. Используемое в настоящем документе средство РНК интерференции может также включать в себя dsiPHK (см., например, опубликованный патент США 20070104688, включенный в настоящий документ посредством ссылки). В общем, большинство из нуклеотидов каждой цепи представляет собой рибонуклеотиды, но, как описано выше, каждая или обе цепи могут также включать один или несколько не-рибонуклеотидов, например, дезоксирибонуклеотид и/или модифицированный нуклеотид. Кроме того, используемое в настоящем документе средство РНК-интерференции может включать рибонуклеотиды с химическими модификациями; средство РНК-интерференции может включать существенные модификации во множестве нуклеотидов. Такие модификации могут включать в себя все типы модификаций, описанные в настоящем документе или известные в настоящей области техники. Любые такие модификации, использованные в молекуле типа миРНК, охватываются средством РНК интерференции для целей настоящего описания и формулы изобретения.
Две нити, образующие дуплексную структуру, могут представлять собой различные части одной крупной молекулы РНК или они могут быть отдельными молекулами РНК. Там, где две цепи представляют собой часть одной крупной молекулы, и, следовательно, соединены в непрерывную цепь нуклеотидов между 3'-концом одной нити и 5'-концом соответствующей другой нити, образующей дуплексную структуру, соединяющая цепь РНК упоминается как петля шпильки. Там, где две нити соединены ковалентно посредством отличной от непрерывной цепи нуклеотидов между 3'-концом одной нити и 5'концом соответствующего другой нити, образуя дуплексную структуру, соединительная конструкция упоминается как линкер. РНК нити могут содержать одинаковое или различное число нуклеотидов. Максимальное количество пар оснований представляет собой число нуклеотидов в самой короткой цепи дцРНК минус любые выступы, которые присутствуют в дуплексе. В дополнение к дуплексной структуре средство РНК-интерференции может содержать одну или несколько нуклеотидных выступов. Термин миРНК также используется в настоящем документе для обозначения средства описанной выше РНКинтерференции.
Согласно другому аспекту средство представляет собой одноцепочечную антисмысловую молекулу РНК. Антисмысловая молекула РНК комплементарна последовательности в мРНК-мишени. Антисмысловая РНК может ингибировать трансляцию стехиометрическим способом путем спаривания оснований с мРНК и физически препятствуя трансляционной машине, см. Dias, N. et al. (2002), Mol Cancer Ther 1:347-355. Антисмысловая молекула РНК может содержать около 15-30 нуклеотидов, которые комплементарны мРНК-мишени. Например, молекула антисмысловой РНК может содержать последовательность по меньшей мере из 15, 16, 17, 18, 19, 20 или более смежных нуклеотидов из одного из антисмысловых последовательностей таблицы.
- 69 038600
Термин антисмысловая цепь относится к цепи средства интерференции двухцепочечной РНК, которая включает в себя область, которая по существу комплементарна последовательности-мишени. Используемый в настоящем документе термин область, комплементарная части мРНК, кодирующей представляющий интерес белок, относится к области на антисмысловой цепи, которая по существу комплементарна части последовательности мРНК-мишени, кодирующей белок. В случае, если область комплементарности не полностью комплементарна последовательности-мишени, ошибочно спаренные основания наиболее толерантны в концевых областях и, если присутствуют, как правило, находятся в концевой области или областях, например, в пределах 6, 5, 4, 3 или 2 нуклеотидов 5' и/или 3' конца.
Используемый в настоящем документе термин смысловая цепь относится к нити дцРНК, которая включает в себя область, которая по существу комплементарна области антисмысловой нити.
Согласно различным вариантам осуществления молекулы нуклеиновых кислот согласно настоящему изобретению могут быть модифицированы в основном фрагменте, фрагменте сахара или фосфатного остова, чтобы улучшить, например, стабильность, гибридизацию или растворимость молекулы. Например, сахарофосфатный остов нуклеиновых кислот может быть модифицирован, чтобы производить пептидные нуклеиновые кислоты (см. Hyrup et al., 1996, Bioorganic & Medicinal Chemistry 4(1): 5-23). Используемые в настоящем документе термины пептидные нуклеиновые кислоты или ПНК относятся к имитаторам нуклеиновых кислот, например, имитаторам ДНК, в которых сахарофосфатный остов замещен на псевдопептидный остов и сохраняются только четыре природных нуклеотидных основания. Нейтральный остов ПНК, как было показано, обеспечивает специфическую гибридизацию с ДНК и РНК в условиях низкой ионной силы. Синтез олигомеров ПНК может быть выполнен с использованием стандартных протоколов синтеза пептидов в твердой фазе, как описано в Hyrup et al. (1996), выше; PerryO'Keefe et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:14670-675.
ПНК могут быть использованы в терапевтических и диагностических применениях. Например, ПНК могут быть использованы в качестве антисмысловых или антигенных средств для специфичной к последовательности модуляции генной экспрессии, например, путем индуцирования остановки транскрипции или трансляции или ингибирования репликации. ПНК также могут быть использованы, например, при анализе отдельных мутаций пар оснований в гене путем, например, направленного ПНК фиксирования ПЦР; в качестве искусственных ферментов рестрикции при использовании в комбинации с другими ферментами, например, S1 нуклеазы (Hyrup (1996), выше), или в качестве зондов или праймеров для последовательности ДНК и гибридизации (Hyrup, 1996, выше; Perry-O'Keefe et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:14670-675).
Согласно другому варианту осуществления ПНК могут быть модифицированы, например, для повышения их стабильности или клеточного поглощения, путем присоединения липофильных или других вспомогательных групп к ПНК с образованием химерных ПНК-ДНК или путем использования липосом или других способов доставки лекарственных средств, известных в настоящей области техники. Например, могут быть получены химеры ПНК-ДНК, которые могут объединить выгодные свойства ПНК и ДНК. Такие химеры позволяют распознавания ДНК ферментами, например, РНКазой H и ДНКполимеразами, чтобы взаимодействовать с частью ДНК, в то время как часть ПНК будет обеспечивать высокую аффинность и специфичность связывания. Химеры ПНК-ДНК могут быть связаны с помощью линкеров соответствующих длин, выбранных с точки зрения базовой укладки, количества связей между нуклеотидными основаниями и ориентации (Hyrup, 1996, выше). Синтез химер ПНК-ДНК может быть выполнен, как описано в Hyrup (1996), выше, и Finn et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24(17):3357-63. Например, цепь ДНК может быть синтезирована на твердой подложке с использованием стандартной фосфорамидитной химии присоединения и модифицированных аналогов нуклеозидов. Такие соединения, как 5'-(4-метокситритил)амино-5'-дезокситимидинфосфорамидит, могут быть использованы в качестве связующего звена между ПНК и 5'-концом ДНК (Mag et al., 1989, Nucleic Acids Res. 17:5973-88). Мономеры ПНК затем соединяют ступенчатым образом, чтобы получить химерную молекулу с 5' сегментом ПНК и 3' сегментом ДНК (Finn et al., 1996, Nucleic Acids Res. 24(17):3357-63). Кроме того, химерные молекулы могут быть синтезированы с сегментом 5' ДНК и сегментом 3' ПНК (Peterser et al., 1975, Bioorganic Med. Chem. Lett. 5:1119-11124).
Согласно другим вариантам осуществления олигонуклеотид может включать в себя другие прилагаемые группы, такие как пептиды (например, для нацеленного воздействия на рецепторы клеткихозяина in vivo) или средства, облегчающие транспорт через клеточную мембрану (см., например, Letsinger et al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6553-6556; Lemaitre et al., 1987, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:648-652; публикация PCT № WO 88/09810) или гематоэнцефалический барьер (см., например, публикации PCT WO 89/10134). Кроме того, олигонуклеотиды могут быть модифицированы с запускающими гибридизацию расщепляющими средствами (см., например, Krol et al., 1988, Bio/Techniques 6:958-976) или интеркалирующими средствами (см., например, Zon, 1988, Pharm. Res. 5:539-549). С этой целью олигонуклеотид может быть конъюгирован с другой молекулой, например, пептидом, запускающим гибридизацию сшивающим средством, транспортным средством, запускающим гибридизацию расщепляющим средством и т.д.
Настоящее изобретение также включает в себя молекулярные маяки нуклеиновые кислоты, содер
- 70 038600 жащие по меньшей мере одну область, которая комплементарна нуклеиновой кислоте согласно настоящему изобретению, таким образом, что молекулярный маяк полезен для количественного определения присутствия нуклеиновой кислоты согласно настоящему изобретению в образце. Молекулярный маяк нуклеиновой кислоты представляет собой нуклеиновую кислоту, содержащую пару комплементарных областей и содержащую флуорофор и связанный с ним флуоресцентный гаситель. Флуорофор и гаситель связаны с различными участками нуклеиновой кислоты в такой ориентации, что, когда комплементарные области отжигают друг с другом, флуоресценция флуорофора гасится гасителем. Когда комплементарные области нуклеиновой кислоты не отжигают друг с другом, флуоресценция флуорофора гасится в меньшей степени. Молекулярные маяки нуклеиновые кислоты, описаны, например, в патенте США 5876930.
D. Выделенные белки и антитела.
Один аспект настоящего изобретения относится к выделенным маркерным белкам и их биологически активным частям, а также полипептидным фрагментам, пригодным для использования в качестве иммуногенов для получения антител, направленных против маркерного белка или его фрагмента. Согласно одному варианту осуществления нативный маркерный белок может быть выделен из клеточных или тканевых источников с помощью соответствующей схемы очистки с использованием стандартных способов очистки белков. Согласно другому варианту осуществления белок или пептид, содержащий весь или сегмент маркерного белка, производится с помощью способов рекомбинантной ДНК. Альтернативно рекомбинантной экспрессии, такой белок или пептид может быть синтезирован химически с использованием стандартных методик пептидного синтеза.
Выделенный или очищенный белок или его биологически активная часть представляет собой по существу свободный от клеточного материала или других загрязняющих белков клеточного или тканевого источника, из которого получают белок, или, по существу, свободный от химических предшественников или других химических веществ при химическом синтезе. Выражение по существу свободные от клеточного материала включает в себя препараты белка, в которых белок отделен от клеточных компонентов клеток, из которых он выделен или рекомбинантно получен. Таким образом, белок, который по существу свободен от клеточного материала, включает в себя препараты белка, содержащие менее чем приблизительно 30, 20, 10 или 5% (по сухому весу) гетерологичного белка (также называемый в настоящем документе как загрязняющий белок). Когда белок или его биологически активная часть получены рекомбинантным путем, также предпочтительно чтобы он по существу был свободен от культуральной среды, т.е. культуральная среда должна составлять менее чем приблизительно 20, 10 или 5% от объема белкового препарата. Когда белок получают путем химического синтеза, он предпочтительно по существу свободен от химических предшественников или других химических веществ, т.е. он отделен от химических предшественников или других химических веществ, которые участвуют в синтезе белка. Соответственно такие препараты белка содержат менее чем приблизительно 30, 20, 10, 5% (сухого веса) химических предшественников или других соединений, чем представляющий интерес полипептид.
Биологически активные части маркерного белка включают в себя полипептиды, содержащие аминокислотные последовательности, в достаточной степени идентичные или полученные из аминокислотной последовательности маркерного белка, которые включают в себя меньше аминокислот, чем в полноразмерном белке, и проявляют по меньшей мере одну активность соответствующего полноразмерного белка. Как правило, биологически активные части содержат домен или мотив по меньшей мере одной активности, соответствующий полноразмерному белку. Биологически активная часть маркерного белка согласно настоящему изобретению может быть полипептидом, который составляет, например, 10, 25, 50, 100 или более аминокислот в длину. Кроме того, другие биологически активные части, в которых другие области маркерного белка удалены, могут быть получены с помощью рекомбинантных способов и оценены на одну или несколько функциональных активностей нативной формы маркерного белка.
Предпочтительные маркерные белки кодируются нуклеотидными последовательностями, содержащими последовательности, кодирующие любой из генов, описанных в примерах. Другие полезные белки по существу идентичны (например, по меньшей мере около 40%, предпочтительно 50, 60, 70, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99%) одной из этих последовательностей и сохраняют функциональную активность соответствующего природного маркерного белка, но отличаются по аминокислотной последовательности вследствие естественной изменчивости аллелей или мутагенеза.
Для определения процента идентичности двух аминокислотных последовательностей или двух нуклеиновых кислот, последовательности выравнивают с целью оптимального сравнения (например, пробелы могут быть введены в последовательности первой аминокислоты или последовательности нуклеиновой кислоты для оптимального выравнивания со второй последовательностью аминокислоты или нуклеиновой кислоты). Аминокислотные остатки или нуклеотиды в соответствующих положениях аминокислот или положениях нуклеотидов затем сравниваются. Когда положение в первой последовательности занимают те же аминокислотные остатки или нуклеотиды, что и в соответствующем положении во второй последовательности, то молекулы представляют собой идентичные в данном положении. Предпочтительно, процент идентичности между двумя последовательностями рассчитывается с использованием глобального выравнивания. Кроме того, процент идентичности между двумя последовательностями
- 71 038600 рассчитывается с использованием локального выравнивания. Процент идентичности между двумя последовательностями представляет собой функцию числа идентичных положений, общих для последовательностей (т.е. % идентичности = числу идентичных положений/общее число положений (например, перекрывающихся положений)/100). Согласно одному варианту осуществления эти две последовательности характеризуются одинаковой длиной. Согласно другому варианту осуществления две последовательности не характеризуются одинаковой длиной.
Определение процента идентичности между двумя последовательностями может быть достигнуто с использованием математического алгоритма. Предпочтительный неограничивающий пример математического алгоритма, используемого для сравнения двух последовательностей, представляет собой алгоритм Karlin and Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-2268, модифицированного как в Karlin and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877. Такой алгоритм включен в программы BLASTN и BLASTX Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410. Поиски нуклеотидов BLAST могут быть выполнены с помощью программы BLASTN, оценка = 100, длина слова = 12, чтобы получить нуклеотидные последовательности, гомологичные молекулам нуклеиновых кислот согласно настоящему изобретению. Поиски белка BLAST могут быть выполнены с помощью программы BLASTP, оценка = 50, длина слова = 3 для получения аминокислотных последовательностей, гомологичных молекулам белка согласно настоящему изобретению. Для получения содержащего пробелы выравнивания для сравнения, более новая версия алгоритма BLAST, названная Gapped BLAST, может быть использована, как описано в Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, который способен выполнять содержащие пробелы локальные выравнивания для программ BLASTN, BLASTX и BLASTP. Кроме того, PSIBLAST может быть использован для выполнения повторного поиска, который обнаруживает отдаленные связи между молекулами. При использовании программ BLAST, Gapped BLAST и PSI-BLAST, могут быть использованы параметры по умолчанию соответствующих программ (например, BLASTX и BLASTN). См. http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Другой предпочтительный, неограничивающий пример математического алгоритма, используемого для сравнения последовательностей, представляет собой алгоритм Myers and Miller, (1988) CABIOS 4:11-17. Такой алгоритм включен в программу ALIGN (версия 2.0), которая представляет собой часть последовательности GCG пакета программного обеспечения для выравнивания. При использовании программы ALIGN для сравнения аминокислотных последовательностей могут быть использованы таблица веса остатков PAM120, длина штрафного балла пропуска 12 и штрафной балл пропуска 4. Еще один полезный алгоритм для идентификации областей локального сходства последовательностей и выравнивания представляет собой алгоритм FASTA, описанный в Pearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444-2448. При использовании алгоритма FASTA для сравнения нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, таблица веса остатков PAM120 может, например, быть использована со значением k, кратного 2.
Процент идентичности между двумя последовательностями может быть определен с использованием техник, аналогичных описанным выше, с или без учета пробелов. При расчете процента идентичности считаются только точные совпадения.
В настоящем изобретение также предусмотрены химерные или слитые белки, содержащие маркерный белок или его сегмент. Используемый в настоящем документе химерный белок или слитый белок содержит весь или часть (предпочтительно биологически активную часть) маркерного белка, функционально связанного с гетерологичным полипептидом (например, полипептидом, отличным от маркерного белка). В слитом белке термин функционально связанный предназначен для обозначения того, что маркерный белок или его сегмент и гетерологичный полипептид слиты в рамке считывания друг с другом. Гетерологичный полипептид может быть слит с амино-концом или карбоксильным концом маркерного белка или сегмента.
Один полезных слитый белок представляет собой слитый белок GST, в котором маркерный белок или сегмент слит с карбоксильным концом последовательностей GST. Такие слитые белки могут облегчать очистку рекомбинантного полипептида согласно настоящему изобретению.
Согласно другому варианту осуществления слитый белок содержит гетерологичную сигнальную последовательность на своем амино-конце. Например, нативная сигнальная последовательностью маркерного белка может быть удалена и заменена сигнальной последовательностью из другого белка. Например, секреторная последовательность gp67 оболочечного белка бакуловируса может быть использована в качестве гетерологичной сигнальной последовательности (Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY, 1992). Другие примеры эукариотических гетерологичных сигнальных последовательностей включают в себя секреторные последовательности мелиттина и плацентарную щелочную фосфатазу человека (Stratagene; La Jolla, California). В еще одном примере, полезные прокариотические гетерологичные сигнальные последовательности включают в себя секреторный сигнал PhoA (Sambrook et al., выше), и секреторный сигнал белок А (Pharmacia Biotech; Piscataway, New Jersey).
Согласно еще одному варианту осуществления слитый белок представляет собой слитый белокиммуноглобулин, в котором все или часть маркерного белка сливают с последовательностями, полученными от представителя семейства белков-иммуноглобулинов. Слитые белки-иммуноглобулины согласно настоящему изобретению могут быть включены в фармацевтические композиции и введены субъекту,
- 72 038600 чтобы ингибировать взаимодействие между лигандом (растворимым или мембраносвязанным) и белком на поверхности клетки (рецептором), чтобы тем самым подавить передачу сигнала in vivo. Слитый белок-иммуноглобулин может быть использован для воздействия на биологическую доступность родственного лиганда маркерного белка. Ингибирование взаимодействия лиганда/рецептора может быть полезно в терапевтических целях, как для лечения пролиферативных, так и дифференцирующих нарушений, и для модуляции (например, стимуляции или ингибирования) выживаемости клеток. Кроме того, слитые белки-иммуноглобулины согласно настоящему изобретению могут быть использованы в качестве иммуногенов для получения антител, направленных против маркерного белка у субъекта, чтобы очистить лиганды и в скрининговых анализах для идентификации молекул, которые ингибируют взаимодействие маркерного белка с лигандами.
Химерные и слитые белки согласно настоящему изобретению могут быть получены с помощью стандартных техник рекомбинантной ДНК. Согласно другому варианту осуществления слитый ген можно синтезировать обычными способами, включающими в себя автоматизированный синтезатор ДНК. Кроме того, ПЦР-амплификация фрагментов генов может быть проведена с использованием якорных праймеров, которые порождают комплементарные выступы между двумя последовательными генными фрагментами, которые впоследствии могут быть ренатурированы и повторно амплифицированы для получения последовательности химерного гена (см., например, Ausubel et al., выше). Кроме того, коммерчески доступны многие векторы экспрессии, которые уже кодируют слитый фрагмент (например, полипептид GST). Нуклеиновая кислота, кодирующая полипептид согласно настоящему изобретению, может быть клонирована в такой вектор экспрессии таким образом, что слитый фрагмент присоединен в рамке считывания к полипептиду согласно настоящему изобретению.
Сигнальная последовательность может быть использована, чтобы облегчить секрецию и выделение маркерных белков. Сигнальные последовательности, как правило, характеризуются основой из гидрофобных аминокислот, которые, как правило, отщепляются от зрелого белка в процессе секреции в один или нескольких событий расщепления. Такие сигнальные пептиды содержат сайты процессинга, которые обеспечивают отщепление сигнальной последовательности от зрелых белков, когда они проходят через секреторный путь. Таким образом, настоящее изобретение относится к маркерным белкам, слитым белкам или их сегментам, обладающим сигнальной последовательностью, а также к таким белкам, из которых сигнальная последовательность протеолитически отщепляется (например, продукты расщепления). Согласно одному варианту осуществления последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая сигнальную последовательность, может быть функционально связана в векторе экспрессии с представляющим интерес белком, таким как маркерный белок или его сегмент. Сигнальная последовательность направляет секрецию белка, например, от эукариотического хозяина, в котором вектор экспрессии трансформируют, и сигнальная последовательность впоследствии или одновременно расщепляется. Белок может быть легко очищен из внеклеточной среды с помощью известных в настоящей области техники способов. Кроме того, сигнальная последовательность может быть связана с представляющим интерес белком с использованием последовательности, которая облегчает очистку, например, с доменом GST.
Настоящее изобретение также относится к вариантам маркерных белков. Такие варианты характеризуются измененной аминокислотной последовательностью и могут функционировать либо как агонисты (миметики), либо как антагонисты. Варианты могут быть получены путем мутагенеза, например, мутацией или усечением дискретной точки. Агонист может сохранять по существу такую же или подмножество биологических активностей природных форм белка. Антагонист белка может ингибировать одну или несколько активностей природной формы белка путем, например, конкурентного связывания находящихся на нижних стадиях или на верхних стадиях представителей клеточного сигнального каскада, который включает в себя представляющий интерес белок. Таким образом, специфические биологические эффекты могут быть выявлены с помощью обработки с вариантом ограниченной функции. Лечение субъекта вариантом, характеризующимся подмножеством биологических активностей встречающейся в природе формы белка, может иметь меньше побочных эффектов у субъекта, по сравнению с лечением не встречающейся в природе формой белка.
Варианты маркерного белка, которые функционируют либо как агонисты (миметики), либо как антагонисты могут быть идентифицированы путем скрининга комбинаторных библиотек мутантов, например процессированных мутантов белка согласно настоящему изобретению для активности агониста или антагониста. Согласно одному варианту осуществления смешанная библиотека вариантов создается путем комбинаторного мутагенеза на уровне нуклеиновых кислот и кодируется смешанной библиотекой генов. Смешанная библиотека вариантов может быть получена с помощью, например, ферментативного лигирования смеси синтетических олигонуклеотидов в генные последовательности таким образом, что вырожденный набор потенциальных последовательностей белков можно представить в виде отдельных полипептидов, или, альтернативно, в виде набора более крупных слитых белков (например, для фагового дисплея). Существуют различные способы, которые могут быть использованы для получения библиотек потенциальных вариантов маркерных белков из вырожденной олигонуклеотидной последовательности. Способы синтеза вырожденных олигонуклеотидов известны в настоящей области техники (см., например, Narang, 1983, Tetrahedron 39:3; Itakura et al., 1984, Annu. Rev. Biochem. 53:323; Itakura et al., 1984,
- 73 038600
Science 198:1056; Ike et al., 1983 Nucleic Acid Res. 11:477).
Кроме того, библиотеки сегментов маркерного белка могут быть использованы для создания смешанной популяции полипептидов для скрининга и последующего отбора вариантных маркерных белков или их сегментов. Например, библиотека фрагментов кодирующих последовательностей может быть получена путем обработки двухцепочечного фрагмента ПЦР представляющей интерес кодирующей последовательности нуклеазой в условиях, в которых разрезание одной нити происходит только один раз на молекулу, денатурации двухцепочечной ДНК, ренатурации ДНК с образованием двухцепочечной ДНК, которая может включать в себя смысловые/антисмысловые пары из различных разорванных по одной нити продуктов, удаление одноцепочечных частей из реформированных дуплексов путем обработки нуклеазой S1, и лигирование полученной библиотеки фрагментов в вектор экспрессии. С помощью этого способа может быть получена библиотека экспрессии, которая кодирует амино-конец и внутренние фрагменты различных размеров представляющего интерес белка.
В настоящей области техники известно несколько способов для скрининга генных продуктов комбинаторных библиотек с помощью точечных мутаций или усечений, а также для скрининга библиотек кДНК на генные продукты, характеризующиеся выбранным свойством. Наиболее широко используемые техники, которые поддаются высокоскоростному анализу для скрининга больших библиотек генов, обычно включают в себя клонирование генной библиотеки в реплицируемые векторы экспрессии, трансформацию подходящих клеток с полученной библиотекой векторов и экспрессию комбинаторных генов в условиях, в которых обнаружение желаемой активности облегчает выделение вектора, кодирующего ген, продукт которого был обнаружен. Рекурсивный множественный мутагенез (REM), который повышает частоту функциональных мутантов в библиотеках, может быть использован в комбинации со скрининговыми анализами для идентификации вариантов белка согласно настоящему изобретению (Arkin and Yourvan, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 59:7811-7815; Delgrave et al., 1993, Protein Engineering 6(3):327- 331).
Еще один аспект настоящего изобретения относится к антителам, направленным против белка согласно настоящему изобретению. Согласно предпочтительным вариантам осуществления антитела специфически связываются с маркерным белком или его фрагментом. Используемые взаимозаменяемо в настоящем документе термины антитело и антитела относятся к молекулам иммуноглобулинов, а также их фрагментам и производным, которые содержат иммунологически активную часть молекулы иммуноглобулина (т.е. такая часть содержит антигенсвязывающий сайт, который специфически связывается с таким антигеном, как маркерный белок, например, с эпитопом маркерного белка). Антитело, которое специфически связывается с белком согласно настоящему изобретению, представляет собой антитело, которое связывается с белком, но по существу не связывается с другими молекулами в образце, например биологическом образце, который в норме содержит белок. Примеры иммунологически активной части молекулы иммуноглобулина включают в себя без ограничения одноцепочечные антитела (scAb), фрагменты F(ab) и F(ab')2.
Выделенный белок согласно настоящему изобретению или его фрагмент может быть использован в качестве иммуногена для получения антител. Может быть использован полноразмерный белок, или, альтернативно, настоящее изобретение включает антигенные пептидные фрагменты для использования в качестве иммуногенов. Антигенный пептид белка согласно настоящему изобретению содержит по меньшей мере 8 (предпочтительно 10, 15, 20 или 30 или более) аминокислотных остатков аминокислотной последовательности одного из белков согласно настоящему изобретению и охватывает по меньшей мере один такой эпитоп белка, что антитело, индуцированное против пептида, образует специфический иммунный комплекс с белком. Предпочтительные эпитопы, охватываемые антигенным пептидом, представляют собой области, расположенные на поверхности белка, например, гидрофильные области. Анализ последовательности гидрофобности, анализ последовательности гидрофильности или похожие анализы могут быть использованы для идентификации гидрофильных областей. Согласно предпочтительным вариантам осуществления выделенный маркерный белок или его фрагмент используется в качестве иммуногена.
Иммуноген, как правило, используют для получения антител путем иммунизации подходящего (т.е. иммунокомпетентного) субъекта, такого как кролик, коза, мышь или другое млекопитающее или позвоночное. Соответствующий иммуногенный препарат может содержать, например, рекомбинантно экспрессированный или химически синтезированный белок или пептид. Препарат может дополнительно включать в себя адъювант, такой как полный или неполный адъювант Фрейнда, или аналогичное иммуностимулирующее средство. Предпочтительные композиции иммуногена представляют собой те, которые не содержат другие человеческие белки, такие как, например, композиции иммуногена, полученные с использованием отличной от человеческой клетки-хозяина для рекомбинантной экспрессии белка согласно настоящему изобретению. Таким образом, полученные в результате композиции антител характеризуются сниженным связыванием или его отсутствием белков человека, отличных от белка согласно настоящему изобретению.
В настоящем изобретении предусмотрены поликлональные и моноклональные антитела. Используемый в настоящем документе термин моноклональное антитело или композиция моноклонального
- 74 038600 антитела относится к популяции молекул антител, которые содержат только один вид антигенсвязывающего сайта, способного к иммунной реакции с конкретным эпитопом. Предпочтительные композиции поликлональных и моноклональных антител представляют собой те, которые были отобраны для антител, направленных против белка согласно настоящему изобретению. Особенно предпочтительны препараты поликлональных и моноклональных антител, которые содержат только антитела, направленные против маркерного белка или его фрагмента.
Поликлональные антитела могут быть получены путем иммунизации подходящего субъекта белком согласно настоящему изобретению в качестве иммуногена. Титр антител у иммунизированного субъекта можно контролировать с течением времени с помощью стандартных техник, таких как твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA) с использованием иммобилизованного полипептида. В соответствующее время после иммунизации, например, когда специфические титры антител наиболее высоки, продуцирующие антитела клетки могут быть получены от субъекта и использованы для получения моноклональных антител (mAb) с помощью стандартных техник, таких как техника гибридомы, впервые описанная Kohler and Milstein (1975) Nature 256:495-497, техника гибридомы B-клеток человека (см. Kozbor et al., 1983, Immunol. Today 4:72), техника EBV-гибридомы (см. Cole et al., p. 77-96 In Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., 1985) или техники триомы. Технология получения гибридом хорошо известна (см., в основном, Current Protocols in Immunology, Coligan et al. ed., John Wiley & Sons, New York, 1994). Клетки гибридомы, продуцирующие моноклональное антитело согласно настоящему изобретению обнаруживают путем скрининга гибридомных культуральных супернатантов на наличие антител, которые связываются с представляющим интерес полипептидом, например, с использованием стандартного анализа ELISA.
Альтернативно получению секретирующих моноклональные антитела гибридом, моноклональное антитело, направленное против белка согласно настоящему изобретению, может быть идентифицировано и выделено путем скрининга рекомбинантной комбинаторной библиотеки иммуноглобулинов (например, библиотеки фагового дисплея антител) с представляющим интерес полипептидом. Наборы для получения и скрининга библиотек фагового дисплея коммерчески доступны (например, the Pharmacia Recombinant Phage Antibody System, № в каталоге 27-9400-01; и the Stratagene SurfZAP Phage Display Kit, № в каталоге 240612). Кроме того, примеры способов и реагентов, особенно подходящих для использования в создании и скрининге библиотеки дисплея антител могут быть найдены, например, в патенте США № 5223409; публикации согласно PCT WO 92/18619; публикации согласно PCT WO 91/17271; публикации согласно PCT WO 92/20791; публикации согласно PCT WO 92/15679; публикации согласно PCT WO 93/01288; публикации согласно PCT WO 92/01047; публикации согласно PCT WO 92/09690; публикации согласно PCT WO 90/02809; Fuchs et al. (1991) Bio/Technology 9:1370-1372; Hay et al. (1992) Hum. Antibod. Hybridomas 3:81-85; Huse et al. (1989) Science 246:1275- 1281; Griffiths et al. (1993) EMBO J. 12:725-734.
В настоящем изобретение также предусмотрены рекомбинантные антитела, которые специфически связываются с белком согласно настоящему изобретению. Согласно предпочтительным вариантам осуществления рекомбинантные антитела специфически связываются с маркерным белком или его фрагментом. Рекомбинантные антитела включают в себя без ограничения химерные и гуманизированные моноклональные антитела, содержащие как человеческую, так и отличную от человеческой части, одноцепочечные антитела и мультиспецифические антитела. Химерное антитело представляет собой молекулу, в которой различные части происходят от различных видов животных, таких как те, которые содержат вариабельную область, полученную из мышиного моноклонального антитела, и константную область человеческого иммуноглобулина. (См., например, Cabilly et al., патент США № 4816567; и Boss et al., патент США № 4816397, которые полностью включены в настоящий документ посредством ссылки.) Одноцепочечные антитела содержат антигенсвязывающий сайт и состоят из одного полипептида. Они могут быть получены способами, известными в настоящей области техники, например, с помощью способов, описанных в Ladner et al. US Pat. No. 4,946,778 (which is incorporated herein by reference in its entirety); Bird et al. (1988), Science 242:423-426; Whitlow et al. (1991), Methods in Enzymology 2:1-9; Whitlow et al. (1991), Methods in Enzymology 2:97-105; и Huston et al. (1991), Methods in Enzymology Molecular Design and Modeling: Concepts and Applications 203:46-88. Мультиспецифические антитела представляют собой молекулы антител, содержащие по меньшей мере два антигенсвязывающих сайта, которые специфически связываются с различными антигенами. Такие молекулы могут быть получены способами, известными в настоящей области техники, например, с помощью способов, описанных в Segal, патент США № 4676980 (описание которого полностью включено в настоящий документ посредством ссылки); Holliger et al. (1993), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448; Whitlow et al. (1994), Protein Eng. 7:1017-1026 и в патенте США №6121424.
Гуманизированные антитела представляют собой молекулы антител от отличных от человеческих видов, содержащие одну или несколько определяющих комплементарность областей (CDR) от отличных от человеческих видов и каркасную область от молекулы иммуноглобулина человека. (См., например, Queen, патент США № 5585089, который полностью включен в настоящий документ посредством ссыл
- 75 038600 ки.) Гуманизированные моноклональные антитела могут быть получены с помощью способов рекомбинантной ДНК, известных в настоящей области техники, например, с использованием способов, описанных в публикации согласно PCT WO 87/02671; европейское патентной заявке 184187; европейской патентной заявке 171496; европейской патентной заявке 173494; в публикации согласно PCT WO 86/01533; в патенте США № 4816567; европейской патентной заявке 125023; Better et al. (1988) Science 240:10411043; Liu et al. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:3439-3443; Liu et al. (1987) J. Immunol. 139:3521- 3526; Sun et al. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:214-218; Nishimura et al. (1987) Cancer Res. 47:999-1005; Wood et al. (1985) Nature 314:446-449; and Shaw et al. (1988) J. Natl. Cancer Inst. 80:1553-1559); Morrison (1985) Science 229:1202-1207; Oi et al. (1986) Bio/Techniques 4:214; в патенте США 5225539; Jones et al. (1986) Nature 321:552-525; Verhoeyan et al. (1988) Science 239:1534 и Beidler et al. (1988) J. Immunol. 141:4053-4060.
Более конкретно, гуманизированные антитела могут быть получены, например, с использованием трансгенных мышей, которые не способны к экспрессии эндогенных генов тяжелых и легких цепей иммуноглобулина, но которые могут экспрессировать гены тяжелых и легких цепей человека. Трансгенных мышей иммунизируют обычным образом выбранным антигеном, например, всем или частью полипептида, соответствующего маркеру согласно настоящему изобретению. Моноклональные антитела, направленные против антигена, могут быть получены с использованием обычной технологии гибридомы. Трансгены иммуноглобулина человека, собранные от трансгенных мышей, реаранжируют во время дифференцировки B-клеток, а затем подвергаются переключению класса и соматической мутации. Таким образом, с использованием такой техники можно производить терапевтически применимые антитела IgG, IgA и IgE. Для дополнительной информацию о данной технологии получения антител человека см. Lonberg and Huszar (1995) Int. Rev. Immunol. 13:65-93). Для детального обсуждения этой технологии получения человеческих антител и человеческих моноклональных антител и протоколов получения таких антител, см., например, патент США 5625126; патент США 5633425; патент США 5569825; патент США 5661016 и патент США 5545806. Кроме того, такие компании, как Abgenix, Inc (Freemont, CA), могут быть задействованы, чтобы обеспечить человеческие антитела, направленные против выбранного антигена с использованием технологии, аналогичной описанной выше.
Полностью человеческие антитела, которые распознают выбранный эпитоп, могут быть получены с использованием техники, относящейся к направляемой селекции. В этом подходе выбранное отличное от человеческого моноклональное антитело, например мышиное антитело, используется для направления селекции полностью человеческого антитела, распознающего тот же эпитоп (Jespers et al., 1994, Bio/technology 12:899-903).
Антитела согласно настоящему изобретению могут быть выделены после производства (например, из крови или сыворотке субъекта) или синтеза и дополнительно очищены с помощью хорошо известных способов. Например, антитела IgG могут быть очищены с использованием хроматографии белка A. Антитела, специфичные к белку согласно настоящему изобретению, могут быть выбраны или (например, частично очищены) или очищены путем, например, аффинной хроматографии. Например, рекомбинантно экспрессированный и очищенный (или частично очищенный) белок согласно настоящему изобретению получают, как описано в настоящем документе, и ковалентно или нековалентно присоединяют к твердой подложке, такой как, например, хроматографическая колонка. Колонка затем может быть использована для аффинной очистки антител, специфических в отношении белков согласно настоящему изобретению, из образца, содержащего антитела, направленные против большого числа различных эпитопов, тем самым создавая композицию по существу очищенных антител, т.е. ту, которая по существу свободна от загрязняющих антител. Композиция по существу очищенных антител означает, в этом контексте, что образец антител содержит самое большее только 30% (сухой массы) загрязняющих антител, направленных против эпитопов, отличных от желаемого белка согласно настоящему изобретению, и предпочтительно самое большее 20%, еще более предпочтительно самое большее 10% и наиболее предпочтительно самое большее 5% (сухой массы) образца составляют загрязняющие антитела. Композиция очищенных антител означает, что по меньшей мере 99% антител в составе направлены против желаемого белка согласно настоящему изобретению.
Согласно предпочтительному варианту осуществления по существу очищенные антитела согласно настоящему изобретению могут специфически связываться с сигнальным пептидом, секретируемой последовательностью, внеклеточным доменом, трансмембранным или цитоплазматическим доменом или цитоплазматической мембраной белка согласно настоящему изобретению. Согласно особенно предпочтительному варианту осуществления по существу очищенные антитела согласно настоящему изобретению специфически связываются с секретируемой последовательностью или внеклеточным доменом аминокислотных последовательностей белка согласно настоящему изобретению. Согласно более предпочтительному варианту осуществления по существу очищенные антитела согласно настоящему изобретению специфически связываются с секретируемой последовательностью или внеклеточным доменом аминокислотных последовательностей маркерного белка.
Антитело, направленное против белка согласно настоящему изобретению, может быть использовано для выделения белка с помощью стандартных способов, таких как аффинная хроматография или им
- 76 038600 мунопреципитация. Кроме того, такие антитела могут быть использованы для выявления маркерного белка или его фрагмента (например, в клеточном лизате или клеточном супернатанте), чтобы оценить уровень и характер экспрессии маркера. Антитела могут быть также использованы диагностически для контроля содержания белка в тканях или биологических жидкостях организма (например, связанных с состоянием заболевания или токсичности жидкостях организма) в качестве части процедуры клинических испытаний, например, чтобы определить эффективность данного режима лечения. Обнаружение может быть облегчено использованием производного антитела, которое содержит антитело согласно настоящему изобретению в сочетании с детектируемым веществом. Примеры детектируемых веществ включают в себя различные ферменты, простетические группы, флуоресцентные материалы, люминесцентные материалы, биолюминесцентные материалы и радиоактивные материалы. Примеры подходящих ферментов включают в себя пероксидазу хрена, щелочную фосфатазу, β-галактозидазу, или ацетилхолинэстеразу; примеры подходящих простетических групп включают в себя стрептавидин/биотин и авидин/биотин; примеры подходящих флуоресцентных материалов включают в себя умбеллиферон, флуоресцеин, флуоресцеинизотиоцианат, родамин, дихлоротриазиниламинфлуоресцеин, дансилхлорид или фикоэритрин; пример люминесцентного материала включает в себя люминол; примеры биолюминесцентных материалов включают в себя люциферазу, люциферин и экворин, и примеры подходящих радиоактивных материалов включают в себя 1251, 1311, 35S или 3H.
Антитела согласно настоящему изобретению могут быть также использованы в качестве терапевтических средств при лечении злокачественных опухолей. Согласно предпочтительному варианту осуществления полностью человеческие антитела согласно настоящему изобретению используются для терапевтического лечения людей больных злокачественной опухолью, в частности тех, которые характеризуются наличием злокачественной опухоли. Согласно другому предпочтительному варианту осуществления антитела, которые специфически связываются с маркерным белком или его фрагментом, используются для терапевтического лечения. Кроме того, такое терапевтическое антитело может быть производным антитела или иммунотоксина, содержащее антитело, конъюгированное с терапевтической молекулой, такой как цитотоксин, терапевтическое средство или ион радиоактивного металла. Цитотоксин или цитотоксическое средство включает в себя любое средство, которое вредно для клеток. Примеры включают в себя таксол, цитохалазин B, грамицидин D, этидиумбромид, эметин, митомицин, этопозид, тенопозид, винкристин, винбластин, колхицин, доксорубицин, даунорубицин, дигидроксиантрациндион, митоксантрон, митрамицин, актиномицин D, 1-дегидротестостерон, глюкокортикоиды, прокаин, тетракаина, лидокаин, пропранолол и пуромицин и их аналоги или гомологи. Терапевтические средства включают в себя без ограничения антиметаболиты (например, метотрексат, 6-меркаптопурин, 6-тиогуанин, цитарабин, 5-фторурацилдекарбазин), алкилирующие средства (например, мехлорэтамин, тиоэпахлорамбуцил, мелфалан, кармустин (BSNU) и ломустин (CCNU), циклотосфамид, бусульфан, дибромоманнитол, стрептозотоцин, митомицин С и цис-дихлородиамминплатину (II), (DDP) цисплатин), антрациклины (например, даунорубицин (ранее дауномицин) и доксорубицин), антибиотики (например, дактиномицин (ранее актиномицин), блеомицин, митрамицин и антрамицин (AMC)) и антимитотические средства (например, винкристин и винбластин).
Конъюгированные антитела согласно настоящему изобретению могут быть использованы для модификации данного биологического ответа, для фрагмента лекарственного средства, что не должно быть истолковано как ограничение классических химических терапевтических средств. Например, фрагмент лекарственного средства может представлять собой белок или полипептид, обладающий желаемой биологической активностью. Такие белки могут включать в себя, например, токсин, такой как ингибирующий рибосомы белок (см. Better et al., патент США № 6146631, раскрытие которого полностью включено в настоящий документ), абрин, рицин, экзотоксин сине-гнойной палочки или дифтерийный токсин; такой белок, как фактор некроза опухоли, альфа-интерферон, β-интерферон, фактор роста нервов, тромбоцитарный фактор роста, тканевый активатор плазминогена или такие модификаторы биологического ответа, как, например, лимфокины, интерлейкин-1 (IL-1), интерлейкин-2 (IL-2), интерлейкин-6 (IL-6), гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор (GM-CSF), гранулоцитарный колониестимулирующий фактор (G CSF) или другие факторы роста.
Способы конъюгации такого терапевтического фрагмента с антителами хорошо известны, см., например, Arnon et al., Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy, in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985); Hellstrom et al., Antibodies For Drug Delivery, in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987); Thorpe, Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review, in Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985); Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy, in Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), pp. 303-16 (Academic Press 1985) и Thorpe et al., The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates, Immunol. Rev., 62:119-58 (1982).
Соответственно, согласно одному аспекту в настоящем изобретении предусмотрены по существу
- 77 038600 очищенные антитела, фрагменты антител и производные, все из которых специфически связываются с белком согласно настоящему изобретению, предпочтительно, маркерным белком. Согласно различным вариантам осуществления по существу очищенные антитела согласно настоящему изобретению или их фрагменты или производные могут быть человеческими, отличными от человеческих, химерными и/или гуманизированными антителами. Согласно другому аспекту в настоящем изобретении предусмотрены отличные от человеческих антитела, фрагменты антител и производные, все из которых специфически связываются с белком согласно настоящему изобретению, предпочтительно, маркерным белком. Такие отличные от человеческих антитела могут представлять собой антитела козы, мыши, овцы, лошади, курицы, кролика или крысы. Альтернативно, отличные от человеческих антитела согласно настоящему изобретению могут представлять собой химерные и/или гуманизированные антитела. Кроме того, отличные от человеческих антитела согласно настоящему изобретению могут представлять собой поликлональные антитела или моноклональные антитела. Согласно еще одному аспекту в настоящем изобретении предусмотрены моноклональные антитела, фрагменты антител и производные, все из которых специфически связываются с белком согласно настоящему изобретению, предпочтительно, маркерным белком. Моноклональные антитела могут представлять собой человеческие, гуманизированные, химерные и/или отличные от человеческих антитела.
В настоящем изобретении также предусмотрен набор, содержащий антитело согласно настоящему изобретению, конъюгированное с детектируемым веществом, и инструкции по применению. Еще один аспект настоящего изобретения представляет собой фармацевтическую композицию, содержащую антитело согласно настоящему изобретению. Согласно одному варианту осуществления фармацевтическая композиция содержит антитело согласно настоящему изобретению и фармацевтически приемлемый носитель.
E. Предиктивная медицина.
Настоящее изобретение относится к области предиктивной медицины, в котором диагностические анализы, прогностические анализы, фармакогеномика, а также мониторинговые клинические испытания используются для прогностических (предиктивных) целей, чтобы тем самым воздействовать на индивидуума профилактически. Соответственно, один аспект настоящего изобретения относится к диагностическим анализам для определения уровня экспрессии одного или нескольких маркерных белков или нуклеиновых кислот, для того, чтобы определить, находится ли индивидуум в зоне риска развития некоторых заболеваний или индуцированной лекарственным средством токсичности. Такие анализы могут быть использованы для прогностических или предиктивных целей, тем самым обеспечивая профилактическое лечение индивидуума до начала заболевания.
Еще один аспект настоящего изобретения относится к мониторингу влияния средств (например, лекарственных средств или других соединений, вводимых либо для ингибирования, либо для лечения или профилактики заболевания или индуцированной лекарственным средством токсичности {т.е. для того, чтобы понять индуцированные лекарственным средством токсические эффекты, которые такое лечение может вызывать}) на экспрессию или активность маркера согласно настоящему изобретению в клинических испытаниях. Эти и другие средства описаны более подробно в следующих разделах.
F. Диагностические анализы.
Иллюстративный способ для обнаружения наличия или отсутствия маркерного белка или нуклеиновой кислоты в биологическом образце включает в себя получение биологического образца (например, связанной с токсичностью жидкости организма или образца ткани) от исследуемого субъекта и контактирование биологического образца с соединением или средством, способным обнаруживать полипептид или нуклеиновую кислоту (например, мРНК, геномная ДНК или кДНК). Способы обнаружения согласно настоящему изобретению, таким образом, могут быть использованы для обнаружения мРНК, белка, кДНК или геномной ДНК, например, в биологическом образце in vitro, a также in vivo. Например, способы in vitro для обнаружения мРНК включают в себя нозерн гибридизации и гибридизации in situ. Техники in vitro для обнаружения маркерного белка включают в себя твердофазные иммуноферментные анализы (ELISA), вестерн блоттинг, иммунопреципитацию и иммунофлюоресценцию. Техники in vitro для обнаружения геномной ДНК включают в себя саузерн гибридизацию. Техники in vivo для обнаружения мРНК включают в себя полимеразную цепную реакцию (ПЦР), нозерн гибридизации и гибридизации in situ. Кроме того, техники in vivo для обнаружения маркерного белка включают в себя введение субъекту меченого антитела, направленного против белка или его фрагмента. Например, антитело может быть помечено радиоактивным маркером, присутствие и расположение которого у субъекта может быть обнаружено с помощью стандартных способов визуализации.
Общий принцип таких диагностических и прогностических анализов включает в себя подготовку образца или реакционной смеси, который может содержать маркер и зонд, при соответствующих условиях и в течение времени, достаточного, чтобы позволить маркеру и зонду взаимодействовать и связываться, образуя комплекс, который может быть удален и/или обнаружен в реакционной смеси. Эти анализы могут быть проведены различными путями.
Например, один из способов проведения такого анализа предполагает закрепление маркера или зонда на твердофазном носителе, также известном как субстрат, и обнаружение комплексов-мишеней
- 78 038600 маркеров/зондов, закрепленных на твердой фазе в конце реакции. Согласно одному варианту осуществления такого способа образец от субъекта, которого должны исследовать на наличие и/или концентрацию маркера, могут быть закреплены на носителе или твердофазной подложке. Согласно другому варианту осуществления возможна обратная ситуация, в которой зонд может быть прикреплен к твердой фазе, и образец от субъекта может реагировать как незакрепленный компонент анализа.
Существует много установленных способов для анализа крепления компонентов к твердой фазе. Они включают в себя без ограничения маркеры или молекулы зондов, которые иммобилизуют через конъюгацию биотина и стрептавидина. Такие компоненты биотинилированного анализа могут быть получены из биотин-NHS (N-гидроксисукцинимида) с помощью способов, известных в настоящей области техники (например, набора для биотинилирования, Pierce Chemicals, Rockford, IL), и иммобилизованы в лунки покрытых стрептавидином 96-луночные планшеты (Pierce Chemical). Согласно некоторым вариантам осуществления поверхности с компонентами иммобилизованного анализа, могут быть получены заранее и храниться.
Другие подходящие носители или твердофазные подложки для таких анализов включают в себя любой материал, способный связываться с молекулой класса, к которому принадлежит маркер или зонд. Хорошо известные подложки или носители представляют собой без ограничения стекло, полистирол, нейлон, полипропилен, нейлон, полиэтилен, декстран, амилазы, природные и модифицированные целлюлозы, полиакриламиды, габбро и магнетит.
Для проведения анализов с упомянутыми выше подходами неиммобилизованный компонент добавляют к твердой фазе, на которой прикреплен второй компонент. После завершения реакции не образовавшие комплексы компоненты могут быть удалены (например, отмывкой) в таких условиях, что любые образованные комплексы останутся иммобилизованными на твердой фазе. Обнаружение прикрепленных к твердой фазе комплексов маркеров/зондов может быть осуществлено несколькими способами, описанными в настоящем документе.
Согласно предпочтительному варианту осуществления зонд, когда он представляет собой компонент не прикрепленного анализа, может быть помечен с целью обнаружения и считывания анализа, прямо или косвенно, с описанными в настоящем документе детектируемыми метками и хорошо известными специалистам в настоящей области техники.
Кроме того, возможно непосредственно определить образование комплекса маркеров/зондов без дальнейшей обработки или мечения любого компонента (маркера или зонда), например, с использованием техники переноса энергии флуоресценции (см., например, Lakowicz et al., US Patent No. 5631169; Stavrianopoulos, et al., патент США № 4868103). Флуорофорную метку на первой, донорской молекуле выбирают так, чтобы при возбуждении падающим светом соответствующей длины волны его излучаемая флуоресцентная энергия поглощалась флуоресцентной меткой на второй акцепторной молекуле, которая, в свою очередь, имеет возможность флуоресцировать за счет поглощенной энергии. С другой стороны, донорская молекула белка может просто использовать естественную энергию флуоресценции остатков триптофана. Метки выбирают таким образом, чтобы излучать различные длины волн света, так, чтобы метка акцепторной молекулы могла быть дифференцирована от таковой донора. Поскольку эффективность передачи энергии между метками связана с разделяющим молекулы расстоянием, могут быть оценены пространственные отношения между молекулами. В ситуации, в которой происходит связывание между молекулами, флуоресцентное излучение метки акцепторной молекулы в анализе должно быть максимальным. Событие связывания FET может быть легко измерено с помощью стандартного флуорометрического обнаружения способами, хорошо известными в настоящей области техники (например, с использованием флуориметра).
Согласно другому варианту осуществления определение способности зонда разпознавать маркер может быть достигнуто без мечения анализируемого компонента (зонда или маркера) за счет использования такой технологии, как биомолекулярный анализ взаимодействия (BIA) в режиме реального времени (см., например, Sjolander, S. and Urbaniczky, C., 1991, Anal. Chem. 63:2338-2345 and Szabo et al., 1995, Curr. Opin. Struct. Biol. 5:699-705). Используемый в настоящем документе BIA или поверхностный плазмонный резонанс представляет собой технологию для изучения биоспецифических взаимодействий в режиме реального времени без мечения любого из взаимодействующих компонентов (например, BIAcore). Изменения в массе на поверхности связывания (указывающие на событие связывания) приводят к изменениям индекса преломления света вблизи поверхности (оптическое явление поверхностного плазмонного резонанса (SPR)), приводя к детектируемому сигналу, который может быть использован в качестве указания реакции в реальном времени между биологическими молекулами.
Кроме того, согласно другому варианту осуществления аналогичные диагностические и прогностические анализы могут быть проведены с маркером и зондом в качестве растворенных веществ в жидкой фазе. В таком анализе образовавших комплекс маркер и зонд отделяют от не образовавших комплекс компонентов с помощью любого из нескольких стандартных способов, включающих в себя без ограничения: дифференциальное центрифугирование, хроматографию, электрофорез и иммунопреципитацию. В дифференциальным центрифугировании комплексы маркера/зонда могут быть отделены от не образовавших комплекс компонентов анализа путем серии стадий центрифугирования благодаря различным
- 79 038600 равновесиям седиментации комплексов на основе их различных размеров и плотностей (см., например, Rivas, G., and Minton, A.P., 1993, Trends Biochem Sci. 18(8):284-7). Стандартные хроматографические техники также могут быть использованы для разделения образовавших комплексы молекул от не образовавших. Например, гель-фильтрационная хроматография отделяет молекулы в зависимости от размера и за счет использования соответствующей гель-фильтрационной смолы в формате колонки, например, относительно большой комплекс может быть отделен от относительно меньших необразовавших комплекс компонентов. Точно так же относительно разные зарядные свойства комплекса маркера/зонда по сравнению с необразовавшими комплекс компонентами могут быть использованы для дифференциации комплекса от не образовавших комплекс компонентов, например путем использования смол ионообменной хроматографии. Такие смолы и хроматографические способы хорошо известны специалистам в настоящей области техники (см., например, Heegaard, N.H., 1998, J. Mol. Recognit. Winter 11(1-6):141-8; Hage, D.S., and Tweed, S.A. J Chromatogr B Biomed Sci Appl 1997 Oct 10; 699(l-2):499-525). Гель-электрофорез также может быть использован для разделения образующих комплексы компонентов анализа от несвязанных компонентов (см., например, Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1987-1999). В этой технике комплексы белка или нуклеиновой кислоты разделяют в зависимости от размера или заряда, например. Для того чтобы поддерживать связывающее взаимодействие в электрофоретическом процессе, как правило, предпочтительны матриксные материалы неденатурирующего геля и условия в отсутствие восстанавливающего средства. Подходящие условия для конкретного анализа и его компоненты хорошо известны специалисту в настоящей области техники.
Согласно конкретному варианту осуществления уровень маркерной мРНК может быть определен как в формате in situ, так и in vitro в биологическом образце с использованием способов, известных в настоящей области техники. Термин биологический образец предназначен для включения тканей, клеток, биологических жидкостей и их изолятов, выделенных из субъекта, а также тканей, клеток и жидкостей, присутствующих в субъекте. Многие способы обнаружения экспрессии используют выделенную РНК. Для способов in vitro любая техника выделения РНК, которая не отбирает против выделения мРНК, может быть использована для очистки РНК от клеток (см., например, Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York 1987-1999). Кроме того, большое количество образцов ткани могут быть легко процессированы с использованием способов, хорошо известных специалистам в настоящей области техники, таких как, например, одностадийный процесс выделения РНК Chomczynski (1989, патент США № 4843155).
Выделенная мРНК может быть использована в анализах гибридизации или амплификации, которые включают в себя без ограничения саузерн или нозерн анализы, полимеразную цепную реакцию и матрицы зондов. Один предпочтительный способ диагностики для обнаружения содержания мРНК включает в себя контактирование выделенной мРНК с молекулой нуклеиновой кислоты (зондом), которая может гибридизоваться с мРНК, кодируемой обнаруживаемым геном. Зонд нуклеиновой кислоты может представлять собой, например, полноразмерную кДНК или его часть, например, олигонуклеотид, составляющий по меньшей мере 7, 15, 30, 50, 100, 250 или 500 нуклеотидов в длину, и достаточно специфически гибридизуется в строгих условиях с мРНК или геномной ДНК, кодирующей маркер согласно настоящему изобретению. Другие подходящие зонды для использования в диагностических анализах согласно настоящему изобретению описаны в настоящем документе. Гибридизация мРНК с зондом указывает на то, что изучаемый маркер экспрессируется.
В одном формате мРНК иммобилизуют на твердой поверхности и приводят в контакт с зондом, например, путем разделения выделенной мРНК в агарозном геле и переноса мРНК из геля на такую мембрану, как нитроцеллюлоза. В альтернативном формате, зонд(ы) иммобилизуют на твердой поверхности и мРНК приводят в контакт с зондом(ами), например, в виде массива геного чипа Affymetrix. Специалист в настоящей области техники может легко адаптировать известные способы обнаружения мРНК для использования в определении содержания мРНК, кодируемой маркерами согласно настоящему изобретению.
Альтернативный способ определения содержания маркерной мРНК в образце включает в себя процесс амплификации нуклеиновых кислот, например, путем ОТ-ПЦР (экспериментальный вариант осуществления, изложен в Mullis, 1987, патент США 4683202), лигазной цепной реакции (Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:189-193), самоподдерживающейся репликации последовательности (Guatelli et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874-1878), транскрипционной системы амплификации (Kwoh et al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177), Q-бета репликазы (Lizardi et al., 1988, Bio/Technology 6:1197), репликации по типу катящегося кольца (Lizardi et al., патент США № 5854033) или любого другого способа амплификации нуклеиновой кислоты с последующим обнаружением амплифицированных молекул с использованием техник, хорошо известных специалистам в настоящей области техники. Эти схемы обнаружения особенно полезны для обнаружения молекул нуклеиновых кислот, если такие молекулы присутствуют в очень малых количествах. Используемые в настоящем документе праймеры амплификации определяются как пара молекул нуклеиновых кислот, которые могут ренатурировать до 5' или 3' области гена (плюс и минус нити, соответственно, или наоборот), и содержат короткую область между ними. В общем, праймеры амплификации составляют примерно от 10 до 30 нуклеотидов в длину
- 80 038600 и фланкируют область от приблизительно 50 до 200 нуклеотидов в длину. При соответствующих условиях и с соответствующими реагентами такие праймеры позволяют амплификацию молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, фланкированную праймерами.
Для способов in situ мРНК не должна быть выделена до обнаружения. В таких способах клеточный или тканевой образец получают/обрабатывают с использованием известных гистологических способов. Затем образец иммобилизуют на носителе, обычно, предметном стекле, и затем приводят в контакт с зондом, который может гибридизоваться с мРНК, которая кодирует маркер.
В качестве альтернативы получения определений на основе абсолютного уровня экспрессии маркера, определения могут быть основаны на нормированном уровне экспрессии маркера. Уровни экспрессии нормированы с помощью коррекции абсолютного уровня экспрессии маркера, сравнивая его экспрессию с экспрессией гена, который не представляет собой маркер, например ген домашнего хозяйства, который экспрессируется конститутивно. Подходящие гены для нормирования включают в себя гены домашнего хозяйства, такие как ген актина, или эпителиальные клеточно-специфические гены. Такое нормирование позволяет сравнивать уровень экспрессии в одном образце, например, в образце пациента, с другим образцом, например, не патологическим или нетоксическим образцом, или между образцами из разных источников.
С другой стороны, уровень экспрессии может быть предусмотрен в виде относительного уровня экспрессии. Для определения относительного уровня экспрессии маркера, уровень экспрессии маркера определяют для 10 или более образцов нормальных против патологических или токсических изолятов клеток, предпочтительно 50 или больше образцов, до определения уровня экспрессии для исследуемого образца. Средний уровень экспрессии каждого из генов, проанализированных в большем количестве анализов, определяют и используют в качестве базового уровня экспрессии для маркера. Уровень экспрессии маркера, определяемый для исследуемого образца (абсолютный уровень экспрессии) затем делится на полученное среднее значение экспрессии для этого маркера. Это обеспечивает относительный уровень экспрессии.
Предпочтительно, образцы, используемые при определении базового уровня, будут от не патологических или не токсических клеток. Выбор источника клеток зависит от использования относительного уровня экспрессии. Использование экспрессии, обнаруженной в нормальных тканях как средняя оценка экспрессии, помогает в проверке того, характеризуется ли анализируемый маркер специфичностью к заболеванию или токсичности (по сравнению с нормальными клетками). Кроме того, как будет накоплено больше данных, среднее значение экспрессии может быть пересмотрено, обеспечивая улучшенные относительные величины экспрессии на основе накопленных данных. Данные экспрессии из патологических клеток или токсических клеток обеспечивают средства для классификации тяжести заболевания или интоксикации.
Согласно другому варианту осуществления настоящего изобретения обнаруживают маркерный белок. Предпочтительное средство для обнаружения маркерного белка согласно настоящему изобретению представляет собой антитело, способное связываться с таким белком или его фрагментом, предпочтительно антитело с детектируемой меткой. Антитела могут быть поликлональными или, более предпочтительно, моноклональными. Может быть использовано интактное антитело или его фрагмент или его производное (например, Fab или F(ab')2). Термин меченое по отношению к зонду или антителу предназначен для охвата прямого мечения зонда или антитела путем связывания (т.е. физического соединения) детектируемого вещества с зондом или антителом, а также непрямого мечения зонда или антитела по реактивности с другим реагентом, который прямо помечен. Примеры косвенного мечения включают в себя обнаружение первичного антитела с использованием флуоресцентно меченого вторичного антитела и меченого на конце ДНК-зонда с биотином таким образом, что он может быть обнаружен с флуоресцентно меченным стрептавидином.
Белки из клеток могут быть выделены с использованием техник, которые хорошо известны специалистам в настоящей области техники. Используемые способы выделения белков могут, например, быть такими, как те, которые описаны в Harlow и Lane (Harlow and Lane, 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York).
Могут быть использованы различные форматы, чтобы определить, содержит ли образец белок, который связывается с данным антителом. Примеры таких форматов включают в себя без ограничения иммуноферментный анализ (ИФА), радиоиммуноанализ (РИА), вестерн-блот анализ и твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA). Специалист в настоящей области техники может легко адаптировать известные способы обнаружения белка/антитела для использования при определении того, экспрессируют ли клетки маркер согласно настоящему изобретению.
В одном формате антитела или фрагменты антител или их производные могут быть использованы в таких способах, как вестерн-блоттинг или иммунофлюоресценция для выявления экспрессированных белков. В таких применениях, как правило, предпочтительнее для иммобилизации либо антитело, либо белки на твердой подложке. Подходящие твердофазные подложки или носители включают в себя любую подложку, способную связываться с антигеном или антителом. Хорошо известные подложки или носители включают в себя стекло, полистирол, полипропилен, полиэтилен, декстран, нейлон, амилазы, при- 81 038600 родные и модифицированные целлюлозы, полиакриламиды, габбро и магнетит.
Специалисту в настоящей области техники известны многие другие подходящие носители для связывания антитела или антигена, и он сможет адаптировать такую подложку для использования с настоящим изобретением. Например, белок, выделенный из патологических или токсических клеток, может быть разделен на электрофорезе в полиакриламидном геле и иммобилизован на твердофазной подложке, такой как нитроцеллюлоза. Носитель может быть затем отмыт подходящими буферами с последующей обработкой обнаруживаемо помеченного антитела. Твердофазная подложка может быть отмыта буфером во второй раз для удаления несвязанного антитела. Количество связанной метки на твердом носителе можно затем обнаружить с помощью обычных средств.
Настоящее изобретение также охватывает наборы для обнаружения наличия маркерного белка или нуклеиновой кислоты в биологическом образце. Такие наборы могут быть использованы для определения того, страдает ли субъект от или находится в повышенном риске развития определенных заболеваний или индуцированной лекарственным средством токсичности. Например, набор может содержать меченое соединение или средство, способное обнаруживать маркерный белок или нуклеиновую кислоту в биологическом образце, и средства для определения количества белка или мРНК в образце (например, антитело, которое связывается с белком или его фрагментом, или олигонуклеотидный зонд, который связывается с ДНК или мРНК, кодирующей белок). Наборы могут также включать в себя инструкции для интерпретации результатов, полученных с использованием набора.
Для наборов на основе антител, набор может содержать, например: (1) первое антитело (например, прикрепленное к твердой подложке), которое связывается с маркерным белком; и, необязательно, (2) второе, другое антитело, которое связывается либо с белком, либо с первым антителом, и конъюгировано с детектируемой меткой.
Для наборов на основе олигонуклеотидов набор может содержать, например, (1) олигонуклеотид, например, помеченный обнаруживаемой меткой олигонуклеотид, который гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей маркерный белок или (2) пару праймеров, применимых для амплификации маркерной молекулы нуклеиновой кислоты. Набор может также содержать, например, буферное средство, консервант или стабилизирующее белок средство. Набор может дополнительно содержать компоненты, необходимые для обнаружения обнаруживаемой метки (например, фермент или субстрат). Набор может также содержать контрольный образец или серию контрольных образцов, которые могут быть проанализированы и сравнены с исследуемым образцом. Каждый компонент набора может быть заключен в отдельном контейнере, и все различные контейнеры могут быть в пределах одного пакета вместе с инструкциями для интерпретации результатов анализов, выполненных с использованием набора.
G. Фармакогеномика.
Маркеры согласно настоящему изобретению могут быть также применимы в качестве маркеров фармакогеномики. Используемый в настоящем документе фармакогеномный маркер представляет собой объективный биохимический маркер, чей уровень экспрессии коррелирует со специфической клинической реакцией на лекарственное средство или восприимчивость у пациента (см., например, McLeod et al. (1999) Eur. J. Cancer 35(12): 1650-1652). Наличие или количество экспрессии фармакогеномного маркера связано с прогнозируемой реакцией пациента и, в частности, патологическими или токсическими клетками пациента на терапию со специфическим лекарственным средством или классом лекарственных средств. По оценке наличия или количества экспрессии одного или нескольких фармакогеномных маркеров у пациента может быть выбрана лекарственная терапия, которая наиболее подходит для пациента, или которая по прогнозам характеризуется более высокой степенью успеха. Например, на основании наличия или количества РНК или белка, кодируемого специфическими опухолевыми маркерами у пациента, может быть выбрано лекарство или курс лечения, который оптимизирован для лечения конкретной опухоли, предположительно присутствующей в организме пациента. Использование фармакогеномных маркеров поэтому позволяет выбрать или разработать наиболее подходящее лечение для каждого больного злокачественной опухолью, без опробования разных лекарственных средств или режимов.
Другой аспект фармакогеномики связан с генетическими условиями, которые изменяют путь, которым организм действует на лекарственные средства. Эти фармакогенетические условия могут произойти либо в качестве редких дефектов, либо как полиморфизмы. Например, дефицит глюкозо-6фосфатдегидрогеназа (G6PD) представляет собой наследственную энзимопатию, в которой основное клиническое осложнение представляет собой гемолиз после приема оксидантных лекарственных средств (противомалярийные препараты, сульфаниламиды, анальгетики, нитрофураны) и потребления бобовых.
В качестве иллюстративного варианта осуществления активность метаболизирующих лекарственные средства ферментов представляет собой основной фактор, определяющий как интенсивность, так и продолжительность действия лекарственного средства. Открытие генетических полиморфизмов метаболизирующих лекарственные средства ферментов (например, N-ацетилтрансферазы 2 (NAT 2) и цитохрома P450 CYP2D6 и CYP2C19) предоставило объяснение того, почему некоторые пациенты не получают ожидаемые эффекты лекарственных средств или показывают усиленную реакцию на лекарственные средства и серьезную токсичность после приема стандартной и безопасной дозы лекарственного средст
- 82 038600 ва. Эти полиморфизмы экспрессируются в двух фенотипах в популяции, быстрый метаболизатор (EM) и медленный метаболизатор (PM). Распространенность PM отличается среди различных популяций. Например, ген, кодирующий CYP2D6, высоко полиморфен, и были идентифицированы несколько мутаций в PM, которые приводят к отсутствию функциональной CYP2D6. Медленные метаболизаторы CYP2D6 и CYP2C19 довольно часто испытывают повышенную реакцию на лекарственные средства и побочные эффекты, когда они получают стандартные дозы. Если метаболит представляет собой активный терапевтический фрагмент, PM не покажет терапевтической реакции, что продемонстрировано на обезболивающем действии кодеина, опосредованным образованным CYP2D6 метаболитом морфина. Другую крайность представляют собой так называемые ультра-быстрые метаболизаторы, которые не отвечают на стандартные дозы. В последнее время, молекулярная основа ультра-быстрого метаболизма была определена, как происходящая за счет амплификации гена CYP2D6.
Таким образом, уровень экспрессии маркера согласно настоящему изобретению у индивидуума может быть определен, чтобы таким образом выбрать соответствующее средство(а) для терапевтического или профилактического лечения индивидуума. Кроме того, фармакогенетические исследования могут быть использованы для применения генотипирования полиморфных аллелей, кодирующих метаболизирующие лекарственные средства ферменты, для идентификации фенотипа отклика на лекарственное средство индивидуума. Это знание, в применении к дозированию или выбору препарата, может помочь избежать побочные реакции или терапевтическую недостаточность и тем самым повысить терапевтическую или профилактическую эффективность при лечении субъекта с модулятором экспрессии маркера согласно настоящему изобретению.
H. Мониторинг клинических испытаний.
Мониторинг влияния средств (например, лекарственных соединений) на уровень экспрессии маркера согласно настоящему изобретению может быть применен не только в основном скрининге лекарственных средств, но и в клинических испытаниях. Например, эффективность средства, влияющего на экспрессию маркера, можно контролировать в ходе клинических испытаний субъектов, получающих лечение от некоторых заболеваний, таких как злокачественная опухоль, сахарный диабет, ожирение, сердечно-сосудистое заболевание и кардиотоксичность или индуцированная лекарственными средствами токсичность. Согласно предпочтительному варианту осуществления в настоящем изобретении предусмотрен способ для контроля эффективности лечения субъекта средством (например, агонистом, антагонистом, пептидомиметиком, белком, пептидом, нуклеиновой кислотой, малой молекулой или другим кандидатным лекарственным средством), содержащим стадии (i) получения образца от субъекта перед введением средства; (ii) определения уровня экспрессии одного или нескольких выбранных маркеров согласно настоящему изобретению в образце перед введением; (iii) получения одного или нескольких образцов после введения от субъекта; (iv) определения уровня экспрессии маркера(ов) в образцах после введения; (v) сравнения уровня экспрессии маркера(ов) в образце до введения с уровнем экспрессии маркера(ов) в образце или образцах после введения и (vi) изменения введения средства субъекту соответственно. Например, увеличенная экспрессия гена(ов) маркера во время курса лечения может указывать на неэффективную дозу и желательность увеличения дозы. И наоборот, снижение экспрессии гена(ов) маркера может указывать на эффективное лечение и отсутствие необходимости изменять дозировку.
I. Матрицы.
Настоящее изобретение также включает в себя матрицу, содержащую маркер согласно настоящему изобретению. Матрица может быть использована для анализа экспрессии одного или нескольких генов в матрице. Согласно одному варианту осуществления матрица может быть использована для анализа экспрессии генов в ткани, чтобы установить тканевую специфичность генов в матрице. Таким образом, вплоть до примерно 7600 генов могут быть одновременно проанализированы на экспрессию. Это позволяет разрабатывать профиль, показывающий батарею генов, специфически экспрессируемых в одной или нескольких тканях.
В дополнение к такому качественному определению, настоящее изобретение позволяет количественное определение экспрессии гена. Таким образом, может быть определена не только тканевая специфичность, но также и уровень экспрессии батареи генов в ткани. Таким образом, гены могут быть сгруппированы на основе их тканевой экспрессии per se и уровня экспрессии в этой ткани. Это применимо, например, в определении отношения экспрессии генов между или среди тканей. Таким образом, одна ткань может быть подвергнута возмущающему воздействию и может быть определен эффект на экспрессию генов во второй ткани. В этом контексте, может быть определен эффект одного типа клеток на другой тип клеток в ответ на биологический стимул. Такое определение применимо, например, чтобы узнать эффект взаимодействия клетка-клетка на уровне экспрессии генов. Если средство вводят терапевтически для воздействия на один тип клеток, но оно оказывает нежелательный эффект на другой тип клеток, настоящее изобретение включает анализ, чтобы определить молекулярную основу нежелательного эффекта и, таким образом, включает возможность совместного введения противодействующего средства или иным образом воздействовать на нежелательный эффект. Кроме того, даже в пределах одного типа клеток, нежелательные биологические эффекты могут быть определены на молекулярном уровне. Таким образом, влияние средства на экспрессию отличного от гена-мишени может быть установлено и оказано
- 83 038600 противодействие.
Согласно другому варианту осуществления матрица может быть использована для контроля зависимости от времени экспрессии одного или нескольких генов в матрице. Это может происходить в различных биологических контекстах, как описано в настоящем документе, например, развития индуцированной лекарственным средством токсичности, прогрессирования индуцированной лекарственным средством токсичности и таких процессов, как клеточная трансформация, связанной с индуцированной лекарственным средством токсичностью.
Матрица также применима для установления эффект экспрессии гена на экспрессию других генов в той же клетке или в различных клетках. Это включает, например, выбор альтернативных молекулярных мишеней для терапевтического вмешательства, если конечная или нижележащая мишень не может регулироваться.
Матрица также применима для установления дифференциальных паттернов экспрессии одного или нескольких генов в нормальных и ненормальных клетках. Это включает батарею генов, которые могут служить в качестве молекулярной мишени для диагностики или терапевтического вмешательства.
VII. Способы получения образцов
Образцы, используемые в способах согласно настоящему изобретению, включают в себя любую ткань, клетку, биопсию или образец биологической жидкости, который экспрессирует маркер согласно настоящему изобретению. Согласно одному варианту осуществления образец может представлять собой ткань, клетку, цельную кровь, сыворотку, плазму, буккальный соскоб, слюну, спинномозговую жидкость, мочу, кал или бронхоальвеолярный лаваж. Согласно предпочтительным вариантам осуществления образец ткани представляет собой образец патологического состояния или состояние токсичности. Согласно более предпочтительным вариантам осуществления образец ткани представляет собой образец злокачественной опухоли, образец сахарного диабета, образец ожирения, образец сердечно-сосудистого заболевания или образец индуцированной лекарственным средством токсичности.
Биологические образцы могут быть получены от субъекту различными способами, известными в настоящей области техники, включающими в себя, например, использование биопсии или соскабливания или моечной области или с использованием иглы для аспирации жидкостей организма. Способы сбора различных биологических образцов хорошо известны в настоящей области техники.
Образцы тканей, пригодные для обнаружения и количественного определения маркера согласно настоящему изобретению могут быть свежими, замороженными или фиксированными в соответствии со способами, известными специалистам в настоящей области техники. Подходящие образцы тканей представляют собой предпочтительно срезы и помещаются на предметное стекло для дальнейшего анализа. С другой стороны, твердые образцы, т.е. образцы тканей, могут быть растворены и/или гомогенизированы и затем проанализированы в виде растворимых экстрактов.
Согласно одному варианту осуществления свежеприготовленные образцы биопсии замораживают с использованием, например, жидкого азота или дифтордихлорметана. Замороженный образец устанавливают для секционирования, используя, например, OCT и серийно делают срезы в криостате. Последовательные срезы собирают на предметное стекло микроскопа. Для иммуногистохимического окрашивания слайды могут быть покрыты, например, с помощью хромовых квасцов, желатина или поли-Ь-лизина, чтобы гарантировать, что участки прилипают к слайдам. Согласно другому варианту осуществления образцы фиксируют и заливают до секционирования. Например, образец ткани может быть зафиксирован, например, в формалине, последовательно обезвожен и залит, например, в парафин.
После того как получают образец, может быть использован любой известный в настоящей области техники способ как подходящий для обнаружения и количественного определения маркера согласно настоящему изобретению (либо в нуклеиновой кислоте, либо на уровне белка). Такие способы хорошо известны в настоящей области техники и включают в себя без ограничения вестерн-блоттинг, нозернблоттинг, саузерн-блоттинг, ELISA, иммуногистохимический анализ, например, амплифицированный анализ ELISA, иммунопреципитацию, иммунофлюоресценцию, проточную цитометрию, иммуноцитохимию, масс-спектрометрические анализы, например, MALDI-TOF и SELDI-TOF, техники гибридизации нуклеиновых кислот, способы обратной транскрипции нуклеиновых кислот и способы амплификации нуклеиновых кислот. Согласно конкретным вариантам осуществления экспрессия маркера согласно настоящему изобретению обнаруживается на уровне белка с использованием, например, антител, которые специфически связываются с этими белками.
Образцы, возможно, должны быть модифицированы для того, чтобы получить маркер согласно настоящему изобретению доступный для связывания антител. В конкретном аспекте иммуноцитохимического или иммуногистохимического способов, слайды могут быть переданы в буфер предварительной обработки и, возможно, нагреты, чтобы повысить доступность антигена. Нагревание образца в буфере предварительной обработки быстро разрушает липидный бислой клеток и делает антигены (может быть в случае свежих образцов, но не типично, что происходит в фиксированных образцах) более доступными для связывания антитела. Термины буфер предварительной обработки и буфер подготовки используются в настоящем документе взаимозаменяемо для обозначения буфера, который используется для подготовки цитологических или гистологических образцов для иммунного окрашивания, в частности, за
- 84 038600 счет увеличения доступности маркера согласно настоящему изобретению для связывания антитела. Буфер предварительной обработки может содержать солевой раствор со специфическим pH, полимер, детергент или неионное или анионное поверхностно-активное вещество, такое как, например, этилоксилированное анионное или неионное поверхностно-активное вещество, алканоат или алкоксилат или даже смеси этих поверхностно-активных веществ или даже использование солей желчных кислот. Буфер предварительной обработки может, например, представлять собой раствор от 0,1% до 1% дезоксихолевой кислоты, натриевой соли или раствор лаурет-13-карбоксилата натрия (например, Sandopan LS) или этоксилированный анионный комплекс. Согласно некоторым вариантам осуществления буфер предварительной обработки также может быть использован в качестве буфера для хранения слайдов.
Любой способ получения маркерных белков согласно настоящему изобретению, более доступный для связывания антител, может быть использован в практике настоящего изобретения, включающий способы извлечения антигена, известные в настоящей области техники. См., например, Bibbo, et al. (2002) Acta. Cytol. 46:25-29; Saqi, et al. (2003) Diagn. Cytopathol. 27:365-370; Bibbo, et al. (2003) Anal. Quant. Cytol. Histol. 25:8-11, полное содержание каждого из которых включено в настоящий документ посредством ссылки.
После предварительной обработки для увеличения доступности маркерного белка образцы могут быть блокированы с использованием соответствующего блокирующего средства, например, блокирующего реагента-пероксидазы, такой как перекись водорода. Согласно некоторым вариантам осуществления образцы могут быть блокированы с использованием блокирующего белок реагента для предотвращения неспецифического связывания антитела. Блокирующий белок реагент может содержать, например, очищенный казеин. Антитело, в частности, моноклональное или поликлональное антитело, которое специфически связывается с маркером согласно настоящему изобретению, затем инкубируют с образцом. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что более точный прогноз или диагноз может быть получен в некоторых случаях путем обнаружения множественных эпитопов на маркерном белке согласно настоящему изобретению в образце пациента. Таким образом, согласно конкретным вариантам осуществления используют по меньшей мере два антитела, направленные на различные эпитопы маркера согласно настоящему изобретению. При использовании более чем одного антитела, эти антитела могут быть добавлены к одному образцу последовательно в виде отдельных реагентов антител, либо одновременно в виде коктейля антител. Кроме того, каждое индивидуальное антитело может быть добавлено в отдельный образец от того же пациента и полученные в результате данные объединены.
Техники для определения связывания антител хорошо известны в настоящей области техники. Связывание антител с маркером согласно настоящему изобретению может быть обнаружено посредством использования химических реагентов, которые создают обнаруживаемый сигнал, соответствующий уровню связывания антитела и, соответственно, уровню экспрессии маркерного белка. В одном из иммуногистохимических или иммуноцитохимических способов согласно настоящему изобретению связывание антитела обнаруживают путем использования вторичного антитела, которое конъюгировано с меченым полимером. Примеры меченых полимеров включают в себя без ограничения полимер-ферментные конъюгаты. Ферменты в этих комплексах, как правило, используются в качестве катализатора отложение хромогена в антиген-связывающем сайте антитела, таким образом приводя к окрашиванию клеток, что соответствует уровню экспрессии представляющего интерес биомаркера. Ферменты, представляющие особый интерес, включают в себя без ограничения пероксидазу хрена (HRP) и щелочную фосфатазу (AP).
В одном конкретном иммуногистохимическом или иммуноцитохимическом способе согласно настоящему изобретению антитело, связывающееся с маркером согласно настоящему изобретению, обнаруживают посредством использования с HRP-меченого полимера, который конъюгирован с вторичным антителом. Связывание антител также может быть определено посредством использования видоспецифического зонда реагента, который связывается с моноклональными или поликлональными антителами, и полимера, конъюгированного с HRP, который связывается с реагентом видоспецифического зонда. Слайды окрашивают на связывание антитела с использованием любого хромогена, например, хромогена 3,3-диаминобензидина (DAB), а затем контрастно окрашивают гематоксилином и, необязательно, подсинивающим средством, таким как гидроксид аммония или TBS/Tbuh-20. Другие подходящие хромогены включают в себя, например, 3-амино-9-этилкарбазол (AEC). Согласно некоторым аспектам настоящего изобретения слайды рассматривают микроскопически с помощью лаборанта цитологической лаборатории и/или патологоанатома для оценки окрашивания клеток, например, флуоресцентного окрашивания (т.е. экспрессии маркера). Кроме того, образцы могут быть просмотрены с помощью автоматизированной микроскопии или персоналом с помощью компьютерного программного обеспечения, облегчающего идентификацию положительного окрашивания клеток.
Обнаружение связывания антитела может быть облегчено путем связывания антител к маркерам с детектируемым веществом. Примеры детектируемых веществ включают в себя различные ферменты, простетические группы, флуоресцентные материалы, люминесцентные материалы, биолюминесцентные материалы и радиоактивные материалы. Примеры подходящих ферментов включают в себя пероксидазу хрена, щелочную фосфатазу, β-галактозидазу или ацетилхолинэстеразу; примеры подходящих комплексов простетических групп включают в себя стрептавидин/биотин и авидин/биотин; примеры подходящих
- 85 038600 флуоресцентных материалов включают в себя умбеллиферон, флуоресцеин, флуоресцеинизотиоцианат, родамин, дихлоротриазиниламинфлуоресцеин, дансилхлорид или фикоэритрин; пример люминесцентного материала включает в себя люминол; примеры биолюминесцентных материалов включают в себя люциферазу, люциферин и экворин, и примеры подходящих радиоактивных материалов включают в себя 125I, 1311, 35S или 3H.
Согласно одному варианту осуществления настоящего изобретения замороженные образцы получают, как описано выше, и затем окрашивают антителами к маркеру согласно настоящему изобретению, разбавленными до соответствующей концентрации с использованием, например, трис-буферного солевого раствора (TBS). Первичные антитела могут быть обнаружены путем инкубации слайдов в биотинилированном анти-иммуноглобулине. Этот сигнал может быть, необязательно, амплифицирован и визуализирован с использованием осаждения диаминобензидином антигена. Кроме того, слайды могут быть, необязательно, контрастно окрашены, например, гематоксилином, чтобы визуализировать клетки.
Согласно другому варианту осуществления фиксированные и встроенные образцы окрашивали антителами против маркера согласно настоящему изобретению и контрастно окрашивали, как описано выше для замороженных срезов. Кроме того, пробы могут быть дополнительно обработаны средствами для усиления сигнала для визуализации окрашивания антител. Например, может быть использовано катализируемое пероксидазой осаждение биотинил-тирамида, который в свою очередь взаимодействует с конъюгированным с пероксидазой стрептавидином (система катализируемого усиление сигнала (CSA), DAKO, Carpinteria, CA).
Анализы на основе ткани (т.е. иммуногистохимия) представляют собой предпочтительные способы обнаружения и количественного определения маркера согласно настоящему изобретению. Согласно одному варианту осуществления наличие или отсутствие маркера согласно настоящему изобретению может быть определено с помощью иммуногистохимии. Согласно одному варианту осуществления иммуногистохимический анализ использует низкие концентрации антитела к маркеру таким образом, что клетки, лишенные маркера, не окрашиваются. Согласно другому варианту осуществления наличие или отсутствие маркера согласно настоящему изобретению определяется с использованием иммуногистохимического способа, использующего высокие концентрации антитела к маркеру, такие, что клетки, лишенные маркерного белка, окрашиваются в значительной степени. Клетки, которые не окрашиваются, содержат либо мутировавший маркер и не приводят к антигенно узнаваемому маркерному белку, или представляют собой клетки, в которых пути, которые регулируют содержание маркера, характеризуются нарушением регуляции, приводя к стационарному состоянию экспрессии незначительного маркерного белка.
Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что концентрация конкретного антитела, используемая для практического применения способов согласно настоящему изобретению, будет изменяться в зависимости от таких факторов, как время связывания, уровень специфичности антитела к маркеру согласно настоящему изобретению и способа пробоподготовки. Кроме того, когда используют множественные антитела, требуемая концентрация может зависеть от порядка, в котором антитела применяются к образцу, например, одновременно в виде коктейля или последовательно в виде отдельных реагентов антител. Кроме того, химическое обнаружение, используемое для визуализации связывания антител с маркером согласно настоящему изобретению, также должно быть оптимизировано для получения желаемого сигнала к коэффициенту шумов.
Согласно одному варианту осуществления настоящего изобретения протеомные способы, например, масс-спектрометрию, используют для обнаружения и количественного определения маркерных белков согласно настоящему изобретению. Например, времяпролетная масс-спектрометрия с лазерной ионизацией и десорбцией из жидкой матрицы (MALDI-TOF МС) или времяпролетная масс-спектрометрия с усиленной поверхностной лазерной десорбцией/ионизацией (SELDI-TOF МС), которые включают в себя применение биологического образца, такого как сыворотка, к связывающему белок чипу (Wright, G.L., Jr., et al. (2002) Expert Rev Mol Diagn 2:549; Li, J., et al. (2002) Clin Chem 48:1296; Laronga, C., et al. (2003) Dis Markers 19:229; Petricoin, E.F., et al. (2002) 359:572; Adam, B.L., et al. (2002) Cancer Res 62:3609; Tolson, J., et al. (2004) Lab Invest 84:845; Xiao, Z., et al. (2001) Cancer Res 61:6029) могут быть использованы для обнаружения и количественного определения белков PY-Shc и/или P66-Shc. Maccспектрометрические способы описаны, например, в патентах США № 5622824, 5605798 и 5547835, полное содержание каждого из которых включено в настоящий документ посредством ссылки.
Согласно другим вариантам осуществления экспрессию маркера согласно настоящему изобретению обнаруживается на уровне нуклеиновой кислоты. Техники на основе нуклеиновых кислот для оценки экспрессии хорошо известны в настоящей области техники и включают в себя, например, определение уровня маркерной мРНК в образце от субъекта. Многие способы обнаружения экспрессии используют изолированную РНК. Любая техника выделения РНК, которая не выбирает против выделения мРНК, может быть использована для очистки РНК из клеток, которые экспрессируют маркер согласно настоящему изобретению (см., например, Ausubel et al., ed., (1987-1999) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, New York. Кроме того, большое количество образцов ткани может быть легко обработано с использованием техник, хорошо известных специалистам в настоящей области техники, таких
- 86 038600 как, например, одностадийный процесс выделения РНК Chomczynski (1989, патент США № 4843155).
Термин зонд относится к любой молекуле, которая способна селективно связываться с маркером согласно настоящему изобретению, например, нуклеотидным транскриптом и/или белком. Зонды могут быть синтезированы специалистом в настоящей области техники или получены из соответствующих биопрепаратов. Зонды могут быть специально разработаны для мечения. Примеры молекул, которые могут быть использованы в качестве зондов, включают в себя без ограничения РНК, ДНК, белки, антитела и органические молекулы.
Выделенная мРНК может быть использована в гибридизационных анализах или анализах амплификации, которые включают в себя без ограничения саузерн или нозерн анализ, полимеразную цепную реакцию и матрицы зондов. Один способ обнаружения содержания мРНК включает в себя контактирование выделенной мРНК с молекулой нуклеиновой кислоты (зондом), которая может гибридизоваться с маркерной мРНК. Зонд нуклеиновой кислоты может представлять собой, например, полноразмерную кДНК или ее часть, например, олигонуклеотид, составляющий по меньшей мере 7, 15, 30, 50, 100, 250 или 500 нуклеотидов в длину, и достаточно специфически гибридизуется в строгих условиях с маркерной геномной ДНК.
Согласно одному варианту осуществления мРНК иммобилизуют на твердой поверхности и приводят в контакт с зондом, например, путем разделения выделенной мРНК в агарозном геле и переноса мРНК из геля на такую мембрану, как нитроцеллюлоза. Согласно альтернативному варианту осуществления зонд(ы) иммобилизуют на твердой поверхности и мРНК приводят в контакт с зондом(ами), например, в виде матрицы генного чипа Affymetrix. Специалист в настоящей области техники может легко адаптировать известные способы обнаружения мРНК для использования в определении уровня маркерной мРНК.
Альтернативный способ определения уровня маркерной мРНК в образце включает в себя процесс амплификации нуклеиновых кислот, например, путем OT-ПЦР (экспериментальный вариант осуществления, изложен в Mullis, 1987, патент США 4683202), лигазной цепной реакции (Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:189-193), самоподдерживающейся репликации последовательности (Guatelli et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874-1878), транскрипционной системы амплификации (Kwoh et al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177), Q-бета репликазы (Lizardi et al., 1988, Bio/Technology 6:1197), репликации по типу катящегося кольца (Lizardi et al., патент США № 5854033) или любого другого способа амплификации нуклеиновой кислоты с последующим обнаружением амплифицированных молекул с использованием техник, хорошо известных специалистам в настоящей области техники. Эти схемы обнаружения особенно применимы для обнаружения молекул нуклеиновых кислот, если такие молекулы присутствуют в очень малых количествах. Согласно конкретным аспектам настоящего изобретения экспрессия маркера оценивается с помощью количественной флуорогенной OT-ПЦР (т.е. TaqMan™ System). Такие способы обычно используют пары олигонуклеотидных праймеров, которые специфичны для маркера согласно настоящему изобретению. Способы разработки олигонуклеотидных праймеров, специфичных к известной последовательности, хорошо известны в настоящей области техники.
Уровни экспрессии маркера согласно настоящему изобретению можно контролировать с использованием мембранного блота (такого, как используется в гибридизационном анализе, таком как нозерн, саузерн, дот и т.п.) или микролунок, пробирок, гелей, гранул или волокон (или любой твердой подложки, содержащей связанные нуклеиновые кислоты). См. патенты США № 5770722, 5874219, 5744305, 5677195 и 5445934, которые включены в настоящий документе посредством ссылки. Обнаружение экспрессии маркера может также включать использование зондов нуклеиновых кислот в растворе.
Согласно одному варианту осуществления настоящего изобретения микрочипы используются для обнаружения экспрессии маркера согласно настоящему изобретению. Микрочипы особенно хорошо подходят для этой цели благодаря воспроизводимости между различными экспериментами. ДНК-чипы обеспечивают один способ для одновременного измерения уровней экспрессии большого числа генов. Каждая матрица состоит из воспроизводимого паттерна захватывающих зондов, прикрепленных к твердой подложке. Меченую РНК или ДНК гибридизуют с комплементарными зондами на матрице, а затем обнаруживают с помощью лазерного сканирования. Интенсивность гибридизации для каждого зонда на матрице определяют и преобразуют в количественное значение, представляющее относительные уровни экспрессии гена. См. патенты США № 6040138, 5800992 и 6020135, 6033860 и 6344316, которые включены в настоящий документ посредством ссылки. Высокоплотные массивы олигонуклеотидов особенно применимы для определения профиля экспрессии генов для большого количества РНК в образце.
Количества маркера и/или математическое соотношение количеств маркера согласно настоящему изобретению могут быть использованы для вычисления риска рецидива патологического состояния, например, злокачественной опухоли, сахарного диабета, ожирения, сердечно-сосудистого заболевания или состояния токсичности, например, индуцированной лекарственным средством токсичности или кардиотоксичности, у субъекта, которого подвергают лечению от патологического состояния или состояния токсичности, выживание субъекта, которого подвергают лечению от патологического состояния или состояния токсичности, агрессивно ли патологическое состояние или состояние токсичности, эффективна ли схема лечения для лечения патологического состояния или состояния токсичности и тому подобное, с
- 87 038600 использованием способов согласно настоящему изобретению, которые могут включать в себя способы регрессионного анализа, известные в настоящей области техники. Например, подходящие модели регрессии включают в себя без ограничения CART (например, Hill, T, and Lewicki, P. (2006) STATISTICS Methods and Applications StatSoft, Tulsa, OK), Cox (например, www.evidence-based-medicine.co.uk), экспоненциальный, нормальный и логарифмически нормальный (например, www.obgyn.cam.ас.uk/mrg/statsbook/stsurvαn.html), логистический (например, www.en.wikipedia.org/wiki/Logistic_regression), параметрический, непараметрический, семипараметрический (например, www.socserv.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion), линейный (например, www.en.wikipedia.org/wiki/Linear_regression) или аддитивный (например, www.en.wikipedia.org/wiki/Generalized_additive_model).
Согласно одному варианту осуществления регрессионный анализ включает в себя количество маркера. Согласно другому варианту осуществления регрессионный анализ включает в себя маркерную математическую связь. Согласно еще одному варианту осуществления регрессионный анализ количества маркера и/или маркерная математическая связь может включать в себя дополнительные клинические и/или молекулярные коварианты. Такие клинические коварианты включают в себя без ограничения состояние лимфоузлов, стадии опухоли, степень злокачественности, размер опухоли, режим лечения, например, химиотерапию и/или лучевую терапию, клинический исход (например, рецидив, специфическую выживаемость, недостаточность терапии) и/или клинический результат в виде функции времени после постановки диагноза, времени после начала терапии и/или времени после завершения лечения.
VIII. Наборы
В настоящем изобретении также предусмотрены композиции и наборы для прогнозирования патологического состояния, например, злокачественной опухоли, сахарного диабета, ожирения, сердечнососудистого заболевания или состояния токсичности, например, индуцированной лекарственным средством токсичности или кардиотоксичности, рецидива патологического состояния или состояния токсичности или выживания субъекта, которого подвергают лечению из-за патологического состояния или состояния токсичности. Эти наборы включают в себя одно или несколько из следующего: обнаруживаемое антитело, которое специфически связывается с маркером согласно настоящему изобретению, реагенты для получения и/или подготовки образцов тканей субъекта для окрашивания и инструкции по применению.
Наборы согласно настоящему изобретению могут необязательно содержать дополнительные компоненты, применимые для выполнения способов согласно настоящему изобретению. В качестве примера, эти наборы могут содержать жидкости (например, буфер SSC), пригодные для отжига комплементарных нуклеиновых кислот или для связывания антитела с белком, с которым он специфически связывается, один или несколько компартментов образцов, инструкционный материал, который описывает производительность способа согласно настоящему изобретению и тканеспецифические контроли/стандарты.
IX. Скрининговые анализы
Мишени настоящего изобретения включают в себя без ограничения гены и/или белки, перечисленные в настоящем документе. На основании результатов экспериментов, описанных заявителями в настоящем документе, ключевых белки, модулированные при патологическом состояния или состоянии токсичности, связаны с или могут быть разделены на различные пути или группы молекул, включающие в себя цитоскелетные компоненты, факторов транскрипции, апоптическую реакцию, пентозофосфатный путь, путь биосинтеза, окислительный стресс (прооксидант), мембранные изменения и метаболизм окислительного фосфорилирования. Соответственно, согласно одному варианту осуществления настоящего изобретения маркер может включать в себя один или несколько генов (или белков), выбранных из группы, состоящей из HSPA8, FLNB, PARK7, HSPA1A/HSPA1B, ST13, TUBB3, MIF, KARS, NARS, LGALS1, DDX17, EIF5A, HSPA5, DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТР5А1, CANX, GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ. Согласно одному варианту осуществления маркер может включать в себя один или несколько генов (или белков), выбранных из группы, состоящей из GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1, GPAT1 и TAZ. Согласно некоторым вариантам осуществления маркеры представляют собой сочетание по меньшей мере двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати, пятнадцати, шестнадцати, семнадцати, восемнадцати, девятнадцати, двадцати, двадцати пяти, тридцати или более вышеуказанных генов (или белков).
Скрининговые анализы, применимые для идентификации модуляторов идентифицированных маркеров, описаны ниже.
В настоящем изобретении также предусмотрены способы (также упоминаемые в настоящем документе как скрининговые анализы) для идентификации модуляторов, т.е. кандидатных или исследуемых соединений или средств (например, белков, пептидов, пептидомиметиков, пептоидов, небольших молекул или других препаратов), которые применимы для лечения или предупреждения патологического состояния или состояния токсичности путем модулирования экспрессии и/или активности маркера согласно настоящему изобретению. Такие анализы обычно включают реакцию между маркером согласно настоящему изобретению и один или несколько компонентов анализа. Другие компоненты могут представ- 88 038600 лять собой либо само исследуемое соединение, либо сочетание исследуемых соединений и естественного партнера по связыванию маркера согласно настоящему изобретению. Соединения, идентифицированные с помощью таких анализов, как те, что описаны в настоящем документе, могут быть применимы, например, для модуляции, например, ингибирования, уменьшения интенсивности симптомов, лечения или предотвращения агрессивности патологического состояния или состояния токсичности.
Исследуемые соединения, используемые в скрининговых анализах согласно настоящему изобретению, могут быть получены из любого доступного источника, включающего в себя системные библиотеки натуральных и/или синтетических соединений. Исследуемые соединения могут быть также получены с помощью любого из многочисленных подходов в способах комбинаторных библиотек, известных в настоящей области техники, включающих в себя: биологические библиотеки; пептоидные библиотеки (библиотеки молекул, характеризующихся функциональными возможностями пептидов, но с новым, непептидным скелетом, который устойчив к ферментативному расщеплению, но которые тем не менее остающиеся биологически активными; см., например, Zuckermann et al., 1994, J. Med. Chem. 37:2678-85); библиотеки пространственно адресуемых параллельных твердых фаз или растворимых фаз; синтетические способы библиотек, требующие деконволюцию; способ библиотеки одна-гранула-односоединение и синтетические способы библиотеки, использующие выбор с аффинной хроматографией. Подходы биологической библиотеки и пептоидной библиотеки ограничены пептидными библиотеками, в то время как другие четыре подхода применимы к пептидной, непептидной олигомерной или низкомолекулярной библиотекам соединений (Lam, 1997, Anticancer Drug Des. 12:145).
Примеры способов синтеза молекулярных библиотек можно найти в настоящей области техники, например в: DeWitt et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6909; Erb et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:11422; Zuckermann et al. (1994). J. Med. Chem. 37:2678; Cho et al. (1993) Science 261:1303; Carrell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059; Carell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2061; and in Gallop et al. (1994) J. Med. Chem. 37:1233.
Библиотеки соединений могут быть представлены в растворе (например, Houghten, 1992, Biotechniques 13:412-421) или на гранулах (Lam, 1991, Nature 354:82-84), чипсах (Fodor, 1993, Nature 364:555556), бактериях и/или спорах, (Ladner, USP 5223409), плазмидах (Cull et al., 1992, Proc Natl Acad Sci USA 89:1865-1869) или на фагах (Scott and Smith, 1990, Science 249:386-390; Devlin, 1990, Science 249:404-406; Cwirla et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. 87:6378-6382; Felici, 1991, J. Mol. Biol. 222:301-310; Ladner, выше).
Способы скрининга согласно настоящему изобретению включают контактирование клетки патологического состояния или клетки состояния токсичности с исследуемым соединением и определение способности исследуемого соединения модулировать экспрессию и/или активность маркера согласно настоящему изобретению в клетке. Экспрессия и/или активность маркера согласно настоящему изобретению может быть определена, как описано в настоящем документе.
Согласно другому варианту осуществления в настоящем изобретении предусмотрены анализы скринингового кандидата или исследуемого соединения, которые представляют собой субстраты маркера согласно настоящему изобретению или их биологически активные части. Согласно еще одному варианту осуществления в настоящем изобретении предусмотрены анализы скринингового кандидата или исследуемого соединения, которое связывается с маркером согласно настоящему изобретению или его биологически активной частью. Определение способности исследуемого соединения напрямую связываться с маркером может быть достигнуто, например, путем связывания соединения с радиоизотопной или ферментной меткой таким образом, что связывание соединения с маркером может быть определено путем обнаружения меченого маркерного соединения в комплексе. Например, соединения (например, маркерные субстраты) могут быть помечены 131I, 125I, 35S, 14C или 3H, прямо или косвенно, и радиоактивный изотоп обнаружен путем непосредственного подсчета радиоизлучения или с помощью сцинтилляционного счетчика. С другой стороны, компоненты анализа могут быть ферментативно помечены, например, пероксидазой хрена, щелочной фосфатазой или люциферазой, а ферментативная метка обнаружена с помощью определения преобразования соответствующего субстратного продукта.
Настоящее изобретение дополнительно относится к новым средствам, идентифицированным описанными выше скрининговыми анализами. Таким образом, в пределах объема настоящего изобретения находится дальнейшее использование средства, идентифицированного, как описано в настоящем документе в соответствующей животной модели. Например, средства, способные модулировать экспрессию и/или активность маркера согласно настоящему изобретению, идентифицированные, как описано в настоящем документе, могут быть использованы в качестве животной модели для определения эффективности, токсичности и побочных эффектов лечения с таким средством. Кроме того, средство, идентифицированное, как описано в настоящем документе, может быть использовано в животной модели, чтобы определить механизм действия такого средства. Кроме того, настоящее изобретение относится к использованию новых средств, идентифицированных описанными выше скрининговыми анализами для лечения, как описано выше.
- 89 038600
Примеры
Пример 1. Использование платформенной технологии для построения консенсусных и имитационных сетей для злокачественной опухоли.
В настоящем примере подробно описанную выше платформенную технологию используют для интеграции данных, полученных от построенной по заказу in vitro модели злокачественной опухоли, и, тем самым, идентификации новых белков/путей, управляющих патогенезом злокачественной опухоли. Реляционные карты, полученные в результате анализа, предоставили мишени для лечения злокачественной опухоли, а также диагностические/прогностические маркеры, связанные со злокачественной опухолью.
Схема исследования изображена на фиг. 18. Кратко, две клеточные линии злокачественных опухолей (PaCa2, HepG2) и одну нормальную клеточную линию (THLE2) подвергали воздействию одному из семи условий, имитирующих окружающую среду, воздействию которой подвергаются клетки злокачественной опухоли in vivo. В частности, клетки подвергали воздействию гипергликемического условия, условия гипоксии, условия воздействия молочной кислоты, условия комбинации гипергликемия + гипоксия, условия комбинации гипергликемия + воздействие молочной кислоты, условия комбинации гипоксия + воздействие молочной кислоты или условия комбинации гипергликемия + гипоксия + воздействие молочная кислота. Различные условия создавали следующим образом:
Гипергликемическое условие создавали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы.
Условие гипоксии индуцировали помещением клеток в камеру модульного инкубатора (MIC-101, Billups-Rothenberg Inc. Del Mar, CA), которую заполняли промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота.
Условие воздействия молочной кислоты создавали культивированием клеток в средах, содержащих 12,5 мМ молочной кислоты.
Условие комбинации гипергликемия + гипоксия создавали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы и клетки помещали в камеру модульного инкубатора, заполненную промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота.
Условие комбинации гипергликемия + воздействие молочной кислоты создавали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы и 12,5 мМ молочной кислоты.
Условие комбинации гипоксия + воздействие молочной кислоты создавали культивированием клеток в средах, содержащих 12,5 мМ молочной кислоты и клетки помещали в камеру модульного инкубатора, заполненную промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота.
Условие комбинации гипергликемия + гипоксия + воздействие молочной кислоты создавали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы и 12,5 мМ молочной кислоты и клетки помещали в камеру модульного инкубатора, заполненную промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота.
Клеточную модель, содержащую вышеупомянутые клетки, в которой клетки подвергали каждому из описанных выше условий, дополнительно тщательно исследовали, подвергая клетки возмущающему воздействию окружающей среды путем обработки с помощью коэнзима Q10. В частности, клетки обрабатывали коэнзимом Q10 в концентрации 0, 50 или 100 мкМ.
Образцы клеток, а также образцы сред для каждой клеточной линии при каждом условии и каждой обработке коэнзимом Q10 собирали в различные моменты времени после обработки, включая в себя через 24 и 48 ч после обработки.
Кроме того, проводили эксперименты по взаимовлиянию между двумя различными клетками злокачественной опухоли, клетками PaCa2 и HepG2, в которых сокультивировали клетки PaCa2 и HepG2. Этот подход сокультивирования называется эксперимент с применением внеклеточного секретома (ECS). Первую клеточную систему (PaCa2) вначале высеивали во вставки лунок ростовой камеры типа Трансвелл. Шестилуночные планшеты использовали для обеспечения лучшего статистического анализа. Во время посева первой клеточной системы во вставки вставки помещали в отдельный 6-луночный планшет. Вторую клеточную систему (HepG2) высеивали в первичную рамку. Рамку со вставками, содержащую первую клеточную систему, и первичную рамку, содержащую вторую клеточную систему, инкубировали при 37°C в течение ночи. Каждую из клеточных систем выращивали в специфических для конкретных клеток средах (причем альтернативно каждую из клеточных систем могли выращивать в среде, адаптированной для поддержания роста обоих типов клеток). На следующий день заданную обработку проводили путем замены сред. В частности, вставки, содержащие первую клеточную систему, помещали в первичную рамку, содержащую вторую клеточную систему. Рамку затем инкубировали в течение заданного периода времени, например 24 или 48 ч. Лунки в двух параллелях устанавливали в одинаковых условиях, и клетки объединяли для получения достаточного материала для 2D анализа. Среды (1 мл аликвоту), клетки из вставок и клетки из лунок первичной рамки собирали как отдельные образцы. Эксперименты проводили в трех параллелях для обеспечения лучшей статистической мощности анализа.
Эксперименты по взаимовлиянию также проводили с помощью экспериментов замены сред. В частности, культивированные среды или секретом из первой клеточной системы (PaCa2) собирали через 24 или 48 ч после возмущающего воздействия или кондиционирования, как описано выше, и затем
- 90 038600 добавляли ко второй клеточной системе (HepG2) в течение 24-48 ч. Затем собирали конечные культивированные среды или секретом из второй клеточной системы. Все конечные секретомы подвергали протеомному анализу.
Исследование профиля изменений общей клеточной экспрессии белков с помощью количественной протеомики проводили для образцов клеток и сред, собранных для каждой клеточной линии при каждом условии и с каждым возмущающим воздействием окружающей среды, т.е. обработкой коэнзимом Q10, с применением техник, описанных выше в подробном описании. Аналогично проводили исследование профиля изменений общей клеточной экспрессии белков с помощью количественной протеомики для образцов клеток и сред, собранных для каждой сокультивированной клеточной линии при каждом условии с каждой обработкой.
Кроме того, биоэнергетическое профилирование клеток злокачественной опухоли, нормальных клеток и клеток в экспериментах по взаимовлиянию, подвергнутых каждому условию и с возмущающим воздействием коэнзима Q10 или без него, создавали путем использования анализатора Seahorse, главным образом, как рекомендовано производителем. OCR (скорость потребления кислорода) и ECAR (коэффициент внеклеточного закисления) регистрировали с помощью электродов в 7 мкл камере, разработанной с картриджем, давящим на культуральный планшет Seahorse.
Все протеомные данные, собранные для каждой клеточной линии (включая в себя клетки в экспериментах по взаимовлиянию) при каждом условии и с каждым возмущающим воздействием, и все данные биоэнергетического профилирования, собранные для каждой клеточной линии при каждом условии и с каждым возмущающим воздействием, вводили в систему REFS™ и обрабатывали с помощью нее. Сырые данные для Раса2, HepG2, THLE2 и экспериментов по взаимовлиянию затем комбинировали с применением стандартизированной номенклатуры. Гены с больше чем 15% потерей протеомных данных отфильтровывали. Разрабатывали стратегию ввода данных. Например, в пределах повторностей использовали модель ошибок, чтобы присвоить данным из экспериментальных условий с повторностями. Алгоритм K-NN, основанный на 10 соседних значениях, использовали, чтобы присвоить данным без повторностей. Различные модели REFS™ строили для трех биологических систем вместе, только для системы Раса2 или только для системы HepG2, объединенные с фенотипическими данными.
Площадь под кривой и кратность изменений для каждого ребра, соединяющего родительский узел с дочерним узлом в имитационных сетях, извлекали с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования R, где язык программирования R представляет собой программную среду с открытым исходным кодом для статистических вычислений и графического вывода.
Выходные данные из программы R вводили в Cytoscape, программу с открытым исходным кодом, для создания визуального представления консенсусной сети.
Из всех построенных моделей на фиг. 21 показана иллюстративная консенсусная сеть белкового взаимодействия REFS при частоте фрагмента 70%.
Каждый узел в показанной на фиг. 21 консенсусной сети имитировали путем увеличения или снижения экспрессии LDHA в 4 раза для создания имитационной сети с применением REFS™, как описано подробно выше в подробном описании.
Исследовали эффект имитированного изменения экспрессии LDHA на PARK7 и белки в узлах, ассоциированных с PARK7 с высоким содержанием в иллюстративной консенсусной сети, показанной на фиг. 21. Белки, ответственные за имитацию LDHA в двух клеточных линиях злокачественных опухолей, т.е. Раса2 и HepG2, идентифицировали с применением REFS™ (см. фиг. 22). Значения представляли конкретную кратность изменений уровня экспрессии белка.
Для подтверждения соединений белков, идентифицированных с применением описанного выше способа, маркеры, идентифицированные как находящиеся в непосредственной близости к LDHA в имитационной сети, вводили в IPA, программное обеспечение, которое использует нейронные сети для определения молекулярной связи между экспериментальными выходными данными в сети, основанными на ранее опубликованной литературе. Выходные данные программы IPA показаны на фиг. 23, причем маркеры в серых формах идентифицировали как находящиеся в непосредственной близости к LDHA в имитационной сети, созданной с помощью платформы, и маркеры в незаполненных формах представляли собой соединения, идентифицированные с помощью IPA на основании известной информации в ранее опубликованной литературе.
Обнаружили, что маркеры, идентифицированные в выходных данных из платформенной технологии перекрестной биологии (показанной на фиг. 21), т.е. DHX9, HNRNPC, CKAP4, HSPA9, PARP1, HADHA, PHB2, АТФ5А1 и CANX, являлись соединенными с такими хорошо известными маркерами злокачественной опухоли, как TP53 и PARK7, в пределах созданной IPA сети (показанной на фиг. 23). Факт того, что факторы, идентифицированные с применением платформы перекрестной биологии, характеризуются общей связностью с известными факторами, опубликованными в научной литературе, подтверждает точность сети, созданной с применением платформы перекрестной биологии. Кроме того, сетевая ассоциация в пределах подсети LDHA, созданной путем применения выходных данных платформы перекрестной биологии, продемонстрировала присутствие направленного влияния каждого фак- 91 038600 тора, в отличие от IPA сети, в которой связь между молекулярными объектами не обеспечивает функциональную направленность между взаимодействующими узлами. Таким образом, путем использования непредвзятого подхода для генерации данных, интеграции и обратного проектирования для создания вычислительной модели с последующим анализом имитационных и дифференциальных сетей, раскрытая платформа перекрестной биологии обеспечивает понимание ранее неизвестных механизмов в патофизиологии злокачественной опухоли, которые согласуются с общепринятыми научными представлениями о патофизиологии заболевания.
На фиг. 19 показан эффект обработки CoQ10 на нижележащие узлы (регистрационные номера белков в PubMed приведены на фиг. 19) на основании данных об экспрессии белка из исследования профиля. Белок с регистрационным номером P00338 представляет собой LDHA. Подтверждение протеомных данных с помощью практических экспериментов проводили для экспрессии LDHA в клетках HepG2 (см. фиг. 20). Как показано на фиг. 20, уровни экспрессии LDHA снижались, когда HepG2 обрабатывали 50 мкМ CoQ10 или 100 мкМ CoQ10 в течение 24 или 48 ч.
Для хорошо известных маркеров злокачественных опухолей TP53, Bcl-2, Bax и Каспаза3 проводили подтверждение эффектов обработки CoQ10 на уровень экспрессии указанных маркеров с помощью практических экспериментов в SKMEL 28 клетках (см. фиг. 24 и 25).
Пример 2. Использование платформенной технологии для построения сети дельта-дельта для злокачественной опухоли.
В настоящем примере подробно описанную выше платформенную технологию использовали для интеграции данных, полученных из построенной по заказу in vitro модели злокачественной опухоли, и, тем самым, идентификации новых белков/путей, управляющих патогенезом злокачественной опухоли. Реляционные карты, полученные в результате анализа, предоставили мишени для лечения злокачественной опухоли, а также диагностические/прогностические маркеры, связанные со злокачественной опухолью.
Кратко, четыре линии злокачественных опухолей (PaCa2, HepG2, PC3 и MCF7) и две нормальные клеточные линии (THLE2 и HDFa) подвергали воздействию различных условий, имитирующих окружающую среду, воздействию которой подвергаются клетки злокачественной опухоли in vivo. В частности, клетки подвергали воздействию отдельно каждого из гипергликемических условий, гипоксических условий и обработке молочной кислотой. Например, гипергликемическое условие создавали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы. Гипоксическое условие индуцировали помещением клеток в камеру модульного инкубатора (MIC-101, Billups-Rothenberg Inc. Del Mar, CA), которую заполняли промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота. Для обработки молочной кислотой каждую клеточную линию обрабатывали 0 или 12,5 мМ молочной кислоты. Кроме того, чтобы подвергнуть клетки воздействию каждого из трех вышеупомянутых условий отдельно, клетки также подвергали действию комбинаций двух или всех трех условий (т.е. воздействию гипергликемического и гипоксического условий; воздействию гипергликемического условия и обработки молочной кислотой; воздействию гипоксического условия и обработки молочной кислотой; и воздействию гипергликемического и гипоксического условий и обработки молочной кислотой).
Клеточную модель, содержащую вышеупомянутые клетки, в которой каждый тип клеток подвергали воздействию каждого описанного выше условия, дополнительно тщательно исследовали, подвергая клетки возмущающему воздействию окружающей среды путем обработки коэнзимом Q10. В частности, клетки обрабатывали коэнзимом Q10 в концентрации 0, 50 или 100 мкМ.
Образцы клеток, а также образцы сред, содержащие секретом из клеток, для каждой клеточной линии, подвергнутой воздействию каждого условия (или комбинации условий), с обработкой коэнзимом Q10 и без нее, собирали в различные моменты времени после обработки, включая в себя через 24 и 48 ч после обработки.
Кроме того, проводили эксперименты по взаимовлиянию между двумя различными клетками злокачественной опухоли, клетками PaCa2 и HepG2, в которых сокультивировали клетки PaCa2 и HepG2. Этот подход сокультивирования называется эксперимент с использованием внеклеточного секретома (ECS). Первую клеточную систему (PaCa2) высеивали во вставки лунок ростовой камеры типа Трансвелл. Шестилуночные планшеты, как правило, использовали для обеспечения лучшего статистического анализа. Во время посева первой клеточной системы во вставки вставки помещали в отдельный 6луночный планшет. Вторую клеточную систему (HepG2) высеивали в первичную рамку. 6-луночный планшет, содержащий вставки, которые содержали первую клеточную систему, и первичную рамку, содержащую вторую клеточную систему, инкубировали при 37°C в течение ночи. Каждую из клеточных систем выращивали в соответствующих ее клеткам специфических средах (причем альтернативно, каждую из клеточных систем могли выращивать в среде, адаптированной для поддержания роста обоих типов клеток). На следующий день заданную обработку проводили путем замены сред. В частности, вставки, содержащие первую клеточную систему и соответствующие среды первой клеточной системы, помещали в первичную рамку, содержащую вторую клеточную систему и соответствующие среды второй клеточной системы. Во всех случаях сокультуры, тем не менее, сокультивированные клетки подвергали воздействию одинакового условия злокачественной опухоли (например, гипергликемии, гипоксии, воздействию молочной кислоты или их комбинациям, хотя и отдельно, в течение первого дня перед со
- 92 038600 культивированием. Иными словами, первую клеточную систему во вставках и вторую клеточную систему в рамках подвергали воздействию одинакового условия перед переносом в устройство для сокультивирования. Рамку затем инкубировали в течение заданного периода времени, например 24 или 48 ч. Лунки в двух параллелях устанавливали с одинаковыми условиями, и клетки объединяли для получения достаточного материала для последующего протеомного анализа. Среды, содержащие секретом (1 мл аликвоту), клетки из вставок и клетки из лунок первичной рамки собирали в виде отдельных образцов. Эксперименты проводили в трех параллелях для обеспечения лучшей статистической мощности.
Эксперименты по взаимовлиянию также проводили с помощью экспериментов с заменой сред. В частности, культивированные среды или секретом из первой клеточной системы (PaCa2) собирали через 24 ч или 48 ч после возмущающего воздействия и/или кондиционирования и затем добавляли ко второй клеточной системе в течение 24-48 ч. Затем собирали конечные культивированные среды или секретом из второй клеточной системы. Все конечные секретомы подвергали протеомному анализу.
После воздействия на клеточную систему описанного выше условия злокачественной опухоли, возмущающего воздействия (т.е. обработки коэнзимом Q10) и/или условий, произведенных в секретоме спаренной клетки из эксперимента с сокультурой, затем анализировали ответ клеток путем анализа различных показателей от клеточной системы. Показатели включали в себя протеомные данные, в частности, экспрессию внутриклеточных белков, а также белков, секретируемых в среды клеточных культур, и функциональные данные, в частности, биоэнергетические показатели клеток.
Исследование профиля изменений в общей клеточной экспрессии белков с помощью количественной протеомики проводили для образцов клеток и сред, собранных для каждой клеточной линии (нормальных клеточных линий и клеточных линий злокачественных опухолей), подвергнутой воздействию каждого условия (или комбинации условий, с возмущающим воздействием окружающей среды или без него, т.е. с обработкой коэнзимом Q10 или без нее, с применением описанных выше в подробном описании техник.
Кроме того, биоэнергетическое профилирование каждой клеточной линии (нормальных клеточных линий и клеточных линий злокачественных опухолей), подвергнутой воздействию каждого условия (или комбинации условий), с возмущающим воздействием окружающей среды или без него, т.е. с обработкой коэнзимом Q10 или без нее, создавали путем использования анализатора Seahorse, главным образом, как рекомендовано производителем. Скорость потребления кислорода (OCR) и коэффициент внеклеточного закисления (ECAR) регистрировали с помощью электродов в 7 мкл камере, построенной с картриджем, давящим на культуральный планшет Seahorse.
Протеомные данные, собранные для каждой клеточной линии при каждом условии(ях) и с/без каждого возмущающего воздействия, и данные биоэнергетического профилирования, собранные для каждой клеточной линии при каждом условии(ях) и с/без каждого возмущающего воздействия, затем обрабатывали с помощью системы REFS™. Составную сеть для злокачественной опухоли с возмущающим воздействием создавали из комбинированных данных, полученных от всех клеточных линий злокачественных опухолей, каждая из которых подверглась воздействию каждого конкретного условия (и комбинации условий), и дополнительно подверглась возмущающему воздействию (CoQ10). Составную сеть для злокачественной опухоли без возмущающего воздействия создавали из комбинированных данных, полученных от всех клеточных линий злокачественных опухолей, каждая из которых подверглась воздействию каждого конкретного условия (и комбинации условий), без возмущающего воздействия (без CoQ10). Аналогично, составную нормальную сеть с возмущающим воздействием создавали из комбинированных данных, полученных от всех нормальных клеточных линий, каждая из которых подверглась воздействию каждого конкретного условия (и комбинации условий), и дополнительно подверглась возмущающему воздействию (CoQ10). Составную нормальную сеть без возмущающего воздействия создавали из комбинированных данных, полученных от всех нормальных клеточных линий, каждая из которых подверглась воздействию каждого конкретного условия (и комбинации условий), без возмущающего воздействия (без CoQ10).
Далее, имитационные составные сети (также в настоящем документе имеющие название имитационные сети) создавали для каждой из четырех составных сетей, описанных выше с применением REFS™. Для осуществления этого каждый узел в данной консенсусной составной сети имитировали (путем увеличения или уменьшения в 10 раз) для создания имитационных сетей с применением REFS™, как подробно описано выше в подробном описании.
Площадь под кривой и кратность изменений для каждого ребра, соединяющего родительский узел с дочерним узлом в имитационных сетях, извлекали с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования R, где язык программирования R представляет собой программную среду с открытым исходным кодом для статистических вычислений и графического вывода данных.
В итоге, создавали дельта сети, где дельта сети представляют дифференциал между двумя имитационными составными сетями. Дельта сети создавали из имитационных составных сетей. Для создания дифференциальной сети злокачественной опухоли в сравнении с нормой в ответ на воздействие коэнзима Q10 (сеть дельта-дельта), проводили последовательные стадии сравнения, как проиллюстрировано на
- 93 038600 фиг. 26, с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования PERL.
Во-первых, необработанные сети для злокачественной опухоли (T0) и обработанные сети для злокачественной опухоли (T1) сравнивали с применением программы R, и отделяли уникальные обработанные сети для злокачественной опухоли T1 (см. темно-серую серповидную форму на фиг. 26). Это представляет собой дельта сеть для злокачественной опухоли T1 П (область пересечения) злокачественной опухоли T0. Белковое взаимодействие/ассоциации в пределах этой дельта сети могут рассматриваться как репрезентативный уникальный ответ злокачественной опухоли на обработку коэнзимом Q10.
Аналогично, нормальные необработанные (T0) и нормальные обработанные (T1) сети сравнивали с применением программы R, и отделяли уникальные нормальные обработанные T1 сети (см. светлосерую серповидную форму на фиг. 26). Это представляет собой нормальную T1 П нормальную T0 дельта сеть. Белковые взаимодействия / ассоциации в пределах этой дельта сети могут рассматриваться в качестве репрезентативного уникального ответа нормальной клетки на обработку коэнзимом Q10.
В итоге, уникальные сети злокачественной опухоли T1 (см. темно-серую серповидную форму на фиг. 26) и уникальные нормальные T1 сети (см. светло-серую серповидную форму на фиг. 26) сравнивали с применением программы R, и создавали сети, которые являются уникальными только для злокачественной опухоли, и не присутствуют в нормальных клетках, в ответ на коэнзим Q10 (см. фиг. 26). Этот набор белковых взаимодействий/ассоциаций представляет уникальные пути в клетках злокачественной опухоли, которые отсутствуют в нормальных клетках при обработке коэнзимом Q10. Этот набор белковых взаимодействий/ассоциаций называется сеть дельта-дельта, поскольку представляет собой дифференциальную карту, полученную в результате сравнения дифференциальной карты от клеток злокачественной опухоли и дифференциальной карты от нормальных контрольных клеток.
Выходные данные из программ PERL и R вводили в Cytoscape, программу с открытым исходным кодом, для создания визуального представления сети дельта-дельта.
Сети дельта-дельта, идентифицированные с применением описанного в настоящем документе способа, являются в высокой степени применимыми для идентификации мишеней для лечения злокачественных опухолей. Например, согласно сети дельта-дельта, представленной на фиг. 27, белок A ингибирует OCR3 (параметр для окислительного фосфорилирования) и усиливает ECAR3 (параметр для гликолиза). Поскольку это взаимодействие является уникальным в клетках злокачественной опухоли (так как сеть дельта-дельта вычла какие-либо взаимодействия, которые обычно присутствуют в нормальных клетках при обработке коэнзимом Q10), ингибирование экспрессии белка A, как предполагают, снижает основанный на гликолизе энергетический метаболизм, что является признаком метаболомического пути злокачественной опухоли, и сдвигает клетки в направлении основанного на окислительном фосфорилировании энергетического метаболизма, который представляет собой фенотип, ближе всего связанный с нормальными клетками. Таким образом, предполагают, что комбинированная терапия с применением коэнзима Q10 и ингибитора белка A является эффективной в лечении злокачественной опухоли, по меньшей мере частично, путем сдвига профиля энергетического метаболизма клетки злокачественной опухоли в сторону профиля, присущего нормальной клетке.
Преимущество платформенной технологии перекрестной биологии согласно настоящему изобретению дополнительно иллюстрируют путем применения примера по существу, в котором подсеть, полученную из сетей причинно-следственных связей, сравнивали с молекулярной сетью с применением IPA, программы системы программного обеспечения, которая использует нейронные сети для определения молекулярной связи между экспериментальными выходными данными и сетями на основании ранее опубликованной литературы. Подсеть причинно-следственных связей, содержащая PARK7, обработанную с применением платформы перекрестной биологии (показанной на фиг. 29), применяли в качестве примера по существу. Все молекулярные сигнатуры сети PARK7 из платформы перекрестной биологии включали в IPA для создания сети на основании известных/существующих литературных данных. Затем сравнивали сетевые выходные данные между выходными данными перекрестной биологии и полученными с применением IPA.
Обнаружили, что шесть маркеров, идентифицированных с помощью выходных данных из платформенной технологии перекрестной биологии (показанной на фиг. 29), т.е. A, B, C, X, Y и Z на фиг. 2729, являлись соединенными с TP53 в пределах созданной IPA сети (фиг. 28). В литературе сообщалось, что среди шести маркеров, A, B и C связаны со злокачественной опухолью, а также HSPA1A/HSPA1B. X, Y и Z идентифицировали как хабы или ключевые пусковые факторы состояния злокачественной опухоли, и, следовательно, их идентифицировали как новые маркеры злокачественной опухоли. Кроме того, MIF1 и KARS также идентифицировали как хабы или ключевые пусковые факторы состояния злокачественной опухоли и, следовательно, идентифицировали как новые маркеры злокачественной опухоли. Факт того, что идентифицированные путем применения платформы перекрестной биологии факторы характеризуются общей связностью с известными опубликованными в научной литературе факторами, подтверждает точность сети, созданной путем применения платформы перекрестной биологии. Кроме того, сетевая ассоциация в пределах подсети PARK7, созданной путем применения выходных данных из платформы перекрестной биологии (показанных на фиг. 29), демонстрировала присутствие направленного влияния каждого фактора, в отличие от сети IPA (показанной на фиг. 28), в которой связь между мо- 94 038600 лекулярными объектами не обеспечивает функциональную направленность между взаимодействующими узлами. Более того, выходные данные из платформы перекрестной биологии (показанные как пунктирные линии на фиг. 29) продемонстрировали ассоциацию этих компонентов, ведущую к потенциальным механизмам посредством PARK7. Обнаружили, что белок C, белок A и другие узлы PARK7 являются ключевыми пусковыми факторами метаболизма злокачественной опухоли (фиг. 27).
Как подтверждается настоящим примером, с использованием непредвзятого подхода к генерации данных, интеграции и обратному проектированию для создания вычислительной модели с последующим анализом имитационных и дифференциальных сетей, раскрытая платформа перекрестной биологии обеспечивает понимание ранее неизвестных механизмов в патофизиологии злокачественных опухолей, которые согласуются с общепринятыми научными представлениями о патофизиологии заболевания.
Пример 3. Использование платформенной технологии для построения сети дельта-дельта для сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания.
В настоящем примере подробно описанную выше в подробном описании платформенную технологию использовали для интеграции данных, полученных из разработанной по заказу модели сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания (CVD), и для идентификации новые белков/путей, управляющих патогенезом сахарного диабета/ожирения/CVD. Реляционные карты, полученные в результате настоящего анализа, предоставили мишени для лечения сахарного диабета/ожирения/CVD, а также диагностические/прогностические маркеры, связанные с сахарным диабетом/ожирением/CVD.
Пять первичных клеточных линий человека, а именно адипоциты, мышечные трубки, гепатоциты, гладкомышечные клетки аорты (HASMC) и клетки проксимальных канальцев (HK2) подвергали воздействию одного из пяти условий, имитирующих окружающую среду, воздействию которой подвергаются относящиеся к этим заболеваниям клетки in vivo. В частности, каждую из пяти клеточных линий подвергали отдельно воздействию каждого из следующих условий: гипергликемические условия, гиперлипидемические условия, гиперинсулинемические условия, гипоксические условия и воздействие молочной кислоты. Гипергликемическое условие индуцировали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы. Гиперлипидемическое условие индуцировали культивированием клеток в средах, содержащих 0,15 мМ пальмитата натрия. Гиперинсулинемическое условие индуцировали культивированием клеток в средах, содержащих 1000 нМ инсулина. Гипоксическое условие индуцировали помещением клеток в камеру модульного инкубатора (MIC-101, Billups-Rothenberg Inc. Del Mar, CA), которую заполняли промышленной газовой смесью, содержащей 5% CO2, 2% O2 и 93% азота. Каждую клеточную линию также обрабатывали 0 или 12,5 мМ молочной кислоты.
Кроме того, проводили эксперименты по взаимовлиянию между двумя различными парами клеток, клетками HASMC (клеточная система 1) и HK2 (клеточная система 2) или клетками печени (клеточная система 1) и адипоцитами (клеточная система 2), в которых сокультивировали спаренные клетки. Этот подход сокультивирования называется экспериментом с использованием внеклеточного секретома (ECS). Первую клеточную систему (например, HASMC) вначале высеивали во вставки лунок ростовой камеры типа Трансвелл. Шестилуночные планшеты использовали для обеспечения лучшего статистического анализа. Во время посева первой клеточной системы во вставки вставки помещали в отдельный 6луночный планшет. Вторую клеточную систему (например, HK2) высеивали первичную рамку. Рамку со вставками, содержащую первую клеточную систему, и первичную рамку, содержащую вторую клеточную систему, инкубировали при 37°C в течение ночи. Каждую из клеточных систем выращивали в специфических для конкретных клеток средах (причем альтернативно, каждую из клеточных систем могли выращивать в средах, адаптированных для поддержания роста обоих типов клеток). На следующий день заданную обработку проводили путем замены сред. В частности, содержащие первую клеточную систему вставки помещали в первичную рамку, содержащую вторую клеточную систему. Рамку затем инкубировали в течение заданного периода времени, например 24 или 48 ч. Лунки в двух параллелях устанавливали с одинаковыми условиями и клетки объединяли для получения достаточного материала для 2D анализа. Среды (1 мл аликвоту), клетки из вставок и клетки из лунок первичной рамки собирали как отдельные образцы. Эксперименты проводили в трех параллелях для обеспечения лучшей статистической мощности анализа.
Эксперименты по взаимовлиянию также проводили с помощью экспериментов с заменой сред. В частности, культивированные среды или секретом из первой клеточной системы, HASMC, собирали через 24 или 48 ч после возмущающего воздействия или кондиционирования и затем добавляли ко второй клеточной системе, адипоцитам, в течение 24-48 ч. Затем собирали конечные культивированные среды или секретом из второй клеточной системы. Все конечные секретомы подвергали протеомному анализу.
Клеточную модель, содержащую вышеупомянутые клетки, в которой клетки подвергали воздействию каждого описанного выше условия, дополнительно тщательно исследовали, подвергая клетки возмущающему воздействию окружающей среды путем обработки коэнзимом Q10. В частности, клетки обрабатывали коэнзимом Q10 в концентрации 0, 50 или 100 мкМ.
Образцы клеток для каждой клеточной линии, условия и обработки коэнзимом Q10 собирали в различные моменты времени после обработки, включая в себя через 24 и 48 ч после обработки. Для опреде- 95 038600 ленных клеток и при определенных условиях, образцы сред также собирали и анализировали.
Исследование профиля изменений в общей клеточной экспрессии белка с помощью количественной протеомики проводили для образцов клеток и сред, собранных для каждой клеточной линии при каждом условии и с каждым возмущающим воздействием окружающей среды, т.е. обработкой коэнзимом Q10, с применением описанных выше в подробном описании техник.
Протеомные данные, собранные для каждой клеточной линии, перечисленной выше при каждом условии и с каждым возмущающим воздействием, и данные биоэнергетического профилирования, собранные для каждой клеточной линии при каждом условии и с каждым возмущающим воздействием, затем обрабатывали с помощью системы REFS™. Составную сеть с возмущающим воздействием создавали из комбинированных данных, полученных от всех клеточных линий для одного конкретного условия (например, гипергликемии), подвергнутых возмущающему воздействию (CoQ10). Составную сеть без возмущающего воздействия создавали из комбинированных данных, полученных от всех клеточных линий для одинакового одного конкретного условия (например, гипергликемии), без возмущающего воздействия (без CoQ10). Аналогично, составную сеть с возмущающим воздействием создавали из комбинированных данных, полученных от всех клеточных линий для второго, контрольного условия (например, нормальной гликемии), подвергнутых возмущающему воздействию (CoQ10). Составную сеть без возмущающего воздействия создавали из комбинированных данных, полученных от всех клеточных линий для одинакового второго, контрольного условия (например, нормальной гликемии), без возмущающего воздействия (без CoQ10).
Каждый узел в описанных выше консенсусных составных сетях имитировали (путем увеличения или уменьшения в 10 раз) для создания имитационных сетей с применением REFS™, как описано подробно выше в подробном описании.
Площадь под кривой и кратность изменений для каждого ребра, соединяющего родительский узел с дочерним узлом в имитационных сетях, извлекали с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования R, где язык программирования R представляет собой программную среду с открытым исходным кодом для статистических вычислений и графического вывода данных.
Дельта сети создавали из имитированных составных сетей. Для создания дифференциальной сети для условия сахарного диабета/ожирения/сердечно-сосудистого заболевания в сравнении с нормальным состоянием в ответ на коэнзим Q10 (сеть дельта-дельта), проводили стадии сравнения, как проиллюстрировано на фиг. 30, с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования PERL.
В частности, как показано на фиг. 30, обработка T1 относится к обработке коэнзимом Q10 и NG и HG относятся к нормогликемии и гипергликемии в качестве условий. Уникальные ребра из NG в дельта сети NGAHG сравнивали с уникальными ребрами HGT1 в дельта сети HGAHGT1. Ребра в области пересечения NG и HGT1 представляют собой ребра HG, которые восстанавливаются до NG с T1. Ребра HG, восстановленные до NG с T1, накладывали на дельта сеть NGAHG (показанную более темными кружками на фиг. 31)
В частности, имитированную составную карту условия нормальной гликемии (NG) и имитированную составную карту условия гипергликемии (HG) сравнивали с применением разработанной по заказу программы Perl для создания уникальных ребер условия нормальной гликемии. Имитированную составную карту условия гипергликемии без обработки коэнзимом Q10 (HG) и имитированную карту условия гипергликемии с обработкой коэнзимом Q10 (HGT1) сравнивали с применением разработанной по заказу программы Perl для создания уникальных ребер условия гипергликемии с обработкой коэнзимом Q10(HGT1). Ребра в области пересечения уникальных ребер из условия нормальной гликемии (NG) и уникальные ребра из условия гипергликемии с обработкой коэнзимом Q10 (HGT1) идентифицировали с применением программы Perl. Эти ребра представляют факторы/сети, которые восстанавливаются до условия нормальной гликемии из условия гипергликемии с помощью обработки коэнзимом Q10. Сеть дельта-дельта гипергликемических ребер, восстановленных до нормальных с помощью обработки коэнзимом Q10, накладывали на дельта сеть нормальная гликемия А гипергликемия. Образец наложенных сетей показан на фиг. 31. На фиг. 31 представлена иллюстративная дифференциальная сеть сахарный диабет/ожирение/сердечно-сосудистое заболевание условие в сравнении с нормальным условием в ответ на коэнзим Q10 (сеть дельта-дельта). Более темные кружки на фиг. 31 представляют собой идентифицированные ребра, которые восстанавливались до условия нормальной гликемии из условия гипергликемии с помощью обработки коэнзимом Q10. Более светлые кружки на фиг. 31 представляют собой идентифицированные уникальные ребра нормальной гликемии.
Выходные данные из программ PERL и R вводили в Cytoscape, программу с открытым исходным кодом, для создания визуального представления сети дельта-дельта.
Аналогично экспериментам, описанным выше для гипергликемии в сравнении с нормальным гликемическим условием, имитированную составную сеть условия гиперлипидемии (комбинируя данные от всех связанных с сахарным диабетом/ожирением/сердечно-сосудистым заболеванием клеток, описанных выше) без обработки коэнзимом Q10 и имитированную составную сеть условия гиперлипидемии (ком- 96 038600 бинируя данные от всех связанных с сахарным диабетом/ожирением/сердечно-сосудистым заболеванием клеток, описанных выше) с обработкой коэнзимом Q10 сравнивали с применением программы Perl для создания уникальных ребер условия гиперлипидемии с обработкой коэнзимом Q10. Ребра в области пересечения уникальных ребер из условия нормальной липидемии и уникальных ребер из гиперлипидемического условия с обработкой коэнзимом Q10 идентифицировали с применением программы Perl. Эти ребра представляют факторы/сети, которые восстанавливаются до условия нормальной липидемии из условия гиперлипидемии с помощью обработки коэнзимом Q10. Сеть дельта-дельта гиперлипидемических ребер, восстановленных до нормальных с помощью обработки коэнзимом Q10, накладывали на дельта сеть нормальной липидемии П гиперлипидемии. Образец наложенных сетей показан на фиг. 32. Более темные кружки на фиг. 32 представляют собой идентифицированные ребра, которые восстанавливались до условия нормальной липидемии из условия гиперлипидемии с помощью обработки коэнзимом Q10. Более светлые кружки на фиг. 32 представляют собой идентифицированные уникальные ребра нормальной липидемии. FASN идентифицировали как один важный фактор пути передачи сигнала, который модулирует эффект коэнзима Q10 в восстановлении гиперлипидемия до условия нормальной липидемии.
Жирнокислотная синтаза - ферменты синтеза жирных кислот, такие как FASN, были вовлечены практически во все аспекты изменений метаболизма человека, такие как ожирение, устойчивость к инсулину или дислипидемия. Ингибиторы FASN предложили в качестве ведущих молекул для лечения ожирение, хотя молекулярные механизмы неизвестны (Mobbs et al. 2002). Было показано, что ингибиторы церуленин и синтетическое соединение С75- FASN характеризуются эффектом в снижении потребления пищи и приводят к потере массы тела (Loftus et al. 2000).
Факт того, что FASN идентифицировали с помощью платформенной технологии, описанной в настоящем документе, в качестве одного важного фактора в сигнальном пути, который модулирует эффект коэнзима Q10 в восстановления диабетического состояния до нормального, как показано на фиг. 32, подтвердил точность этой сети дельта-дельта. Следовательно, другие новые факторы, идентифицированные в этой сети дельта-дельта, будут представлять собой потенциальные терапевтические факторы или мишени лекарственных средств для дальнейшего исследования.
Пример 4. Использование платформенной технологии для построения моделей индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности.
В настоящем примере описанную подробно выше в подробном описании платформенную технологию использовали для интеграции данных, полученных из разработанной по заказу модели кардиотоксичности и для идентификации новых белков/путей, управляющих патогенезом/токсичностью лекарственных средств. Реляционные карты, полученные в результате настоящего анализа, предоставили биомаркеры токсичности.
В здоровом сердце сократительная функция зависит от баланса окисления жирных кислот и углеводов. Считается, что хронический дисбаланс в поглощении, утилизации, биогенезе и секреции в органеллах в нежировой ткани (сердце и печени) находится в центре митохондриального повреждения и дисфункции и является ключевым участником в индуцированной лекарственными средствами кардиотоксичности. В настоящем документе авторы настоящего изобретения описывают системный подход, комбинирующий белковые и липидные сигнатуры с функциональными анализами клинических результатов, в частности, рассматривая биоэнергетические параметры и функцию митохондриальной мембраны. Модели in vitro, содержащие диабетические и нормальные кардиомиоциты, дополненные избытком жирных кислот и гипергликемией, обрабатывали панелью лекарственных средств для создания сигнатур и потенциальных механизмов токсичности. Авторы настоящего изобретению продемонстрировали изменяющиеся эффекты лекарственных средств в дестабилизации митохондрий путем разрушения компонента энергетического метаболизма на различных уровнях, включая в себя (i) дисрегуляцию транскрипционных сетей, которые контролируют экспрессию генов митохондриального энергетического метаболизма; (ii) индукцию GPAT1 и таффазина в диабетических кардиомиоцитах, тем самым инициируя синтез фосфолипидов de novo и ремоделируя митохондриальную мембрану; и (iii) измененное поведение жирной кислоты в диабетических кардиомиоцитах, влияя на поглощение, окисление жирной кислоты и синтез АТФ. Кроме того, авторы настоящего изобретения комбинировали мощность данных практических лабораторных биологических экспериментов и ИИ, получая платформу для создания сети причинноследственных связей на основании байесовских моделей. Сети белков и липидов, которые являются сетями причинно-следственных связей для потери нормальной функции клеток, использовали для установления механизмов индуцированной лекарственными средствами токсичности из клеточных защитных механизмов. Этот новый подход будет служить в качестве мощного нового инструмента для понимания механизмов токсичности, при этом обеспечивая разработку более безопасных терапевтических средств, которые корректируют измененный фенотип.
Кардиомиоциты человека подвергали воздействию условия, имитирующего диабетическую окружающую среду, воздействию которой подвергаются связанные с заболеванием клетки in vivo. В частности, клетки подвергали воздействию гипергликемического условия и условия гиперлипидемии. Г ипергликемическое условие индуцировали культивированием клеток в средах, содержащих 22 мМ глюкозы. Условие гиперлипидемии индуцировали культивированием клеток в средах, содержащих 1 мМ L
- 97 038600 карнитин, 0,7 мМ олеиновой кислоты и 0,7 мМ линолевой кислоты.
Клеточную модель, содержащую вышеупомянутые клетки, причем клетки подвергали воздействию каждого описанного выше условия, дополнительно тщательно исследовали, подвергая клетки возмущающему воздействию окружающей среды путем обработки противодиабетическим лекарственным средством (T), которое, как известно, вызывает кардиотоксичность, молекулой восстановления (R) или как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления (T+R). В частности, клетки обрабатывали противодиабетическим лекарственным средством; или обрабатывали молекулой восстановления коэнзимом Q10 в концентрации 0, 50 или 100 мкМ; или обрабатывали как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10.
Образцы клеток из каждого условия с каждым возмущающей обработкой собирали в различные моменты времени после обработки, включая в себя через 6 ч после обработки. Для определенных условий также собирали и анализировали образцы сред.
Исследование профиля изменений общей клеточной экспрессии белков с помощью количественной протеомики проводили для образцов клеток и сред, собранных для каждого условия и с каждым возмущающим воздействием окружающей среды, т.е. обработкой противодиабетическим лекарственным средством, обработкой коэнзимом Q10 или и тем и другим, с применением техник, описанных выше в подробном описании. Эксперименты в отношении транскрипционного профилирования проводили с применением системы амплификации Biorad cfx-384. После сбора данных (Ct) конечную кратность изменений по сравнению с контролем определяли с применением способа δCt, изложенного в протоколе производителя. Липидомные эксперименты проводили с применением масс-спектрометрии. Такие функциональные анализы, как скорость потребления кислорода OCR, измеряли с использованием анализатора Seahorse, главным образом, как рекомендовано производителем. OCR регистрировали с помощью электродов в 7 мкл камере, построенной с картриджем, давящим на культуральный планшет Seahorse.
Как показано на фиг. 35, транскрипционную сеть и экспрессию генов митохондриального энергетического метаболизма человека в диабетических кардиомиоцитах (кардиомиоцитах, подвергнутых воздействию гипергликемического условия и условия гиперлипидемии) сравнивали между обработками с возмущающим воздействием и без возмущающего воздействия. В частности, данные относительно транскрипционной сети и экспрессии генов митохондриального энергетического метаболизма человека сравнивали между образцами диабетических кардиомиоцитов, обработанных противодиабетическим лекарственным средством (T) и необработанных диабетических кардиомиоцитов (UT). Данные относительно транскрипционной сети и экспрессии генов митохондриального энергетического метаболизма человека сравнивали между образцами диабетических кардиомиоцитов, обработанных как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10 (T+R), и образцами необработанных диабетических кардиомиоцитов (UT). Сравнивая с данными от необработанных диабетических кардиомиоцитов, экспрессия определенных генов и транскрипция изменялись, когда диабетические кардиомиоциты обрабатывали противодиабетическим лекарственным средством. Продемонстрировали, что молекула восстановления коэнзим Q10 изменяет на противоположный токсический эффект противодиабетического лекарственного средства и нормализует генную экспрессию и транскрипцию.
Как показано на фиг. 36A, кардиомиоциты культивировали или в условии нормогликемии (NG), или в условии гипергликемии (HG) и обрабатывали или противодиабетическим лекарственным средством отдельно (T), или как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10 (T+R). Уровни экспрессии белка GPAT1 и TAZ для каждого условия и каждой обработки исследовали с помощью вестерн-блоттинга. Как GPAT1, так и TAZ положительно регулировались в находящихся в условиях гипергликемии и обработанных противодиабетическим лекарственным средством кардиомиоцитах. Когда находящиеся в условиях гипергликемии кардиомиоциты обрабатывали как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10, уровень подвергнутой положительной регуляции экспрессии белка GPAT1 и TAZ нормализовался.
Как показано на фиг. 37A, эксперименты относительно митохондриальной скорости потребления кислорода (%) проводили для находящихся в условиях гипергликемии образцов кардиомиоцитов. Находящиеся в условиях гипергликемии кардиомиоциты были или необработанными (UT), или обработанными противодиабетическим лекарственным средством T1, которое, как известно, вызывает кардиотоксичность, или обработанными противодиабетическим лекарственным средством Т2, которое, как известно, вызывает кардиотоксичность, или обработанными как противодиабетическим лекарственным средством T1, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10 (T1+R) или обработанными как противодиабетическим лекарственным средством Т2, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10 (T2+R). Сравнивая с необработанными контрольными образцами, митохондриальная OCR снижалась, когда находящиеся в условиях гипергликемии кардиомиоциты обрабатывали противодиабетическим лекарственным средством T1 или Т2. Тем не менее, митохондриальная OCR нормализовалась, когда находящиеся в условиях гипергликемии кардиомиоциты обрабатывали как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10 (T1 + R или Т2 + R).
Как показано на фиг. 37B, эксперименты относительно синтеза АТФ в митохондриях проводили для находящихся в условиях гипергликемии образцов кардиомиоцитов. Находящиеся в условиях гиперг- 98 038600 ликемии кардиомиоциты либо оставляли необработанными (UT), либо обрабатывали противодиабетическим лекарственным средством (T), либо обрабатывали как противодиабетическим лекарственным средством, так и молекулой восстановления коэнзимом Q10 (T+R). Сравнивая с необработанными контрольными образцами, синтез митохондриальной АТФ подавлялся, когда находящиеся в условиях гипергликемии кардиомиоциты обрабатывали противодиабетическим лекарственным средством (T).
Как показано на фиг. 38, на основании собранных протеомных данных, белки, отрицательно регулируемые обработкой лекарственным средством, снабжали комментариями с помощью терминов GO. Белки, вовлеченные в митохондриальный энергетический метаболизм, подвергались отрицательной регуляции, когда находящиеся в условиях гипергликемии кардиомиоциты обрабатывали противодиабетическим лекарственным средством, которое, как известно, вызывает кардиотоксичность.
Данные протеомного, липидомного анализа, транскрипционного профилирования, функциональных анализов и вестерн-блоттинга, собранные для каждого условия и с каждым возмущающим воздействием, затем обрабатывали с помощью системы REFS™. Составные сети с возмущающим воздействием создавали из комбинированных данных, полученных от одного конкретного условия (например, гипергликемии или гиперлипидемии), подвергая каждому возмущающему воздействию (например, противодиабетическому лекарственному средству, CoQ10 или обоим воздействиям). Составные сети без возмущающего воздействия создавали из комбинированных данных, полученных от того же одного конкретного условия (например, гипергликемии или гиперлипидемии) без возмущающего воздействия (необработанные образцы). Аналогично, составные сети с возмущающим воздействием создавали из комбинированных данных, полученных для второго, контрольного условия (например, нормальной гликемии), подвергая каждому возмущающему воздействию (например, противодиабетическому лекарственному средству, CoQ10 или обоим воздействиям). Составные сети без возмущающего воздействия создавали из комбинированных данных, полученных от того же второго, контрольного условия (например, нормальной гликемии), без возмущающего воздействия (необработанные образцы).
Каждый узел в описанных выше консенсусных составных сетях имитировали (путем увеличения или уменьшения в 10 раз) для создания имитационных сетей с применением REFS™, как описано подробно выше в подробном описании.
Площадь под кривой и кратность изменений для каждого ребра, соединяющего родительский узел с дочерним узлом в имитационных сетях, извлекали с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования R, где язык программирования R представляет собой программную среду с открытым исходным кодом для статистических вычислений и графического вывода данных.
Дельта сети создавали из имитированных составных сетей. Для создания дифференциальной сети условия индуцированной лекарственным средством токсичности в сравнении с нормальным условием в ответ на противодиабетическое лекарственное средство (дельта сеть), проводили стадии сравнения, как проиллюстрировано на фиг. 39, с помощью разработанной по заказу программы с применением языка программирования PERL.
В частности, как показано на фиг. 39, UT относится к сетям экспрессии белка необработанных контрольных кардиомиоцитов в условии гипергликемии. Обработка T относится к сетям экспрессии белка обработанных противодиабетическим лекарственным средством кардиомиоцитов в условиях гипергликемии. Уникальные ребра от T в UTAT дельта сети представлены на фиг. 40.
В частности, имитированную составную карту необработанных кардиомиоцитов в условии гипергликемии и имитированную составную карту обработанных противодиабетическим лекарственным средством кардиомиоцитов в условии гипергликемии сравнивали с применением разработанной по заказу программы Perl для создания уникальных ребер обработанных противодиабетическим лекарственным средством кардиомиоцитов в условии гипергликемии. Выходные данные из программ PERL и R вводили в Cytoscape, программу с открытым исходным кодом, для создания визуального представления дельта сети. Как показано на фиг. 40, сеть представляет дельта сети, которые управляются кардиотоксическими моделями обработанными противодиабетическим лекарственным средством в сравнении с необработанными кардиомиоцитам в условии гипергликемии.
Из дифференциальной сети условия индуцированной лекарственным средством токсичности в сравнении с нормальным условием, показанной на фиг. 40, идентифицировали белки, которые управляют патофизиологией индуцированной лекарственным средством кардиотоксичности, такие как GRP78, GRP75, TIMP1, PTX3, HSP76, PDIA4, PDIA1, CA2D1. Указанные белки могут функционировать в качестве биомаркеров для идентификации других индуцирующих кардиотоксичность лекарственных средств. Указанные белки также могут функционировать в качестве биомаркеров для идентификации средств, которые могут облегчать кардиотоксичность. Описанные в настоящем примере эксперименты демонстрируют, что подвергнутая возмущающему воздействию биология мембраны и измененное поведение жирных кислот в диабетических кардиомиоцитах, подвергнутых обработке лекарственным средством, представляют собой ключевой элемент индуцированной лекарственным средством токсичности. Интеграция данных и биология сетей предоставили возможность лучшего понимания кардиотоксичности и идентификации новых биомаркеров, прогностических для кардиотоксичности.
- 99 038600
Пример 5. Использование платформенной технологии для осуществления мультипротеомики.
Модели для выяснения ферментативной активности.
Как правило, описанную в примере 1-4 выше платформенную технологию можно адаптировать для осуществления дополнительных способов для идентификации модулятора биологической системы или процесса заболевания. Способы используют модель для биологической системы с применением клеток, ассоциированных с биологической системой, для представления характерного аспекта биологической системы. Модель применяли для получения по меньшей мере трех уровней данных, а именно (i) первого набора данных, представляющего глобальную ферментативную активность в клетках, ассоциированных с биологической системой, (ii) второго набора данных, представляющего эффект глобальную ферментативную активность на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, ассоциированных с биологической системой, и (iii) третьего набора данных, представляющего глобальные протеомные изменения в клетках, ассоциированных с биологической системой. Данные применяли для создания консенсусной сети причинно-следственных связей между глобальной ферментативной активностью, эффектом глобальной ферментативной активности и глобальными протеомными изменениями. Консенсусную сеть причинно-следственных связей основывали исключительно на первом, втором и третьем наборах данных с применением программируемого вычислительного устройства (т.е. не на основании какой-либо другой известной биологической взаимосвязи). Консенсусную сеть причинно-следственных связей затем используют для идентификации причинно-следственной связи, уникальной для биологической системы, где по меньшей мере один ген или белок, ассоциированный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируют как модулятор биологической системы или процесса заболевания.
В настоящем примере платформенную технологию адаптировали для осуществления техник мультипротеомики для измерения ферментативной активности и прямых эффектов этой активности на протеом, тем самым, обеспечивая систему, которую можно использовать для понимания причинноследственных связей между ферментами и их метаболитами/субстратами в контексте глобальных изменений в клеточном протеоме. Такие техники могут предоставить ценные сведения, поскольку, как продемонстрировано в настоящем примере, ферментативная активность может быть независима от экспрессии фермента (например, активность отрицательно регулируется, а экспрессия положительно регулируется). Реляционные карты, полученные в результате такого анализа, могут предоставить мишени для лечения заболевания, а также диагностические/прогностические маркеры, связанные с заболеванием. Такие мишени и маркеры могут включать терапевтические композиции и способы. Техники создания моделей, получения наборов данных, создания консенсусных сетей причинно-следственных связей и идентификации причинно-следственной связи, уникальной для биологической системы, обсуждают в кратком и подробном раскрытии настоящего изобретения и примерах выше. Дополнительные техники создания моделей и получения наборов данных, представляющих глобальную ферментативную активность и эффект глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов, представлены ниже.
На фиг. 41A проиллюстрирован способ идентификации модулятора биологической системы или процесса заболевания, который использует мультипротеомные техники для установления ферментативной (например, киназной) активности. Во-первых, модель создавали в соответствии с платформенной технологией, причем клеточные линии подвергают воздействию условий, имитирующих заболевание, и тщательно исследуют, подвергая возмущающему воздействию окружающей среды (например, воздействию сорафениба в конкретном примере гепатоклеточной карциномы, представленном ниже). Контроль включают для сравнения. В-вторых, ферментативную активность и ее нижележащие эффекты отслеживают в контексте глобальных протеомных изменений путем анализа (i) глобальной ферментативной активности, (ii) конкретного эффекта ферментативной активности на протеом (например, метаболиты/субстраты ферментативной активности), и (iii) глобального эффекта на клеточный протеом. Втретьих, наборы данных анализируют в соответствии с платформенной технологией для идентификации представляющих интерес модуляторов. Например, модель злокачественной опухоли могут тщательно исследовать с помощью известного противоракового лекарственного средства - ингибитора киназы; эффекты этого возмущающего воздействия на систему на глобальную киназную активность могут анализировать, наряду с полученными эффектами на фосфопротеом и полный протеом; и набор данных могут анализировать с помощью основанной на ИИ системы REFS™.
В настоящем примере гепатоклеточную карциному (HCC) выбирали для предоставления иллюстративного осуществления платформенной технологии. HCC представляет собой одну из ведущих причин связанной со злокачественными опухолями смертности во всем мире, занимающую третье место среди наиболее летальных злокачественных опухолей после карцином легких и желудка. Различная этиология, высокая заболеваемость/смертность, отсутствие диагностических маркеров для ранней диагностики и крайне изменчивое клиническое течение HCC препятствовали продвижениям в диагностике и лечении. После многих лет изучения HCC понимание молекулярных механизмов, действующих в HCC, остается неполным. Геномные, транскриптомные и сравнительные протеомные профили дали несколько ценных сведений для исследования HCC. Тем не менее, многие исследования фокусировались на одном аспекте клеточных изменений, связанных с HCC, затрудняя полное понимание биологических систем в их действительной сложности и динамике.
- 100 038600
Настоящий иллюстративный пример комбинирует мощность (i) клеточной биологии, (ii) интегрированных платформ протеомики и платформы информатики, что создает белковые сети причинноследственных связей для выявления роли посттрансляционной модификации, например, фосфорилирования, и ферментов, которые участвуют в таких механизмах, например, киназ, в патофизиологии HCC. В частности, указанный подход включает основанную на активности протеомику, использующую зонды обогащения по доменам связывания АТФ и картирование фосфопротеома общих белков в клеточных моделях HCC.
Мультикиназный ингибитор сорафениб, химиотерапевтическое средство первой линии для пациентов с HCC на поздних стадиях, использовали для определения роли общей киназной активности и изменений фосфорилирования белка, связанных с этим лечением. Клеточную линию HepG2 (АТСС регистрационный № HB-8065) выбирали для моделирования клеток HCC и клеточную линию THLE2 (АТСС регистрационный № CRL-10149) выбирали для моделирования нормальных клеток печени.
На фиг. 41B проиллюстрирован способ профилирования общего обогащения ферментом (например, киназой). Во-первых, получают клеточный лизат, включающий в себя целевой фермент (например, киназу). Вторая стадия представляет собой связывание с зондом (например, зондом АТФ в случае киназы). Затем фермент обрабатывают и связанные с зондом фрагменты захватывают. Эти фрагменты можно анализировать (например, с помощью ЖХ-МС/МС) и, таким образом, идентифицировать соответствующий белок (например, посредством поиска в базе данный данных ЖХ-МС/МС).
Наборы для обогащения киназой THERMO SCIENTIFIC© PIERCE® и зонды ACTIVX© (инструкции доступны от THERMO SCIENTIFIC© и PIERCE® Biotechnology www.thermoscientific.com/pierce) использовали для анализа глобальной ферментативной активности. Кратко, указанные и аналогичные наборы обеспечивают селективное мечение и обогащение АТФаз, включая в себя киназы, шапероны и метаболомические ферменты. Зонды АТФ и АДФ, как правило, представляют собой нуклеотидные производные, которые ковалентно модифицируют активный сайт ферментов с консервативными остатками лизина в сайте связывания нуклеотида. Например, структура детиобиотин-АТФ и детиобиотин-АДФ состоит из модифицированного биотина, прикрепленного к нуклеотиду лабильной ацил-фосфатной связью. В зависимости от положения лизина в пределах активного сайта фермента, либо детиобиотин-АТФ, либо детиобиотин-АДФ может быть предпочтительным для мечения конкретных АТФаз.
Как детиобиотин-АТФ, так и детиобиотин-АДФ может селективно обогащать, идентифицировать и определять профиль целевых классов ферментов в образцах или оценивать специфичность и аффинность ингибиторов ферментов. Многие АТФазы и другие связывающие нуклеотиды белки связывают нуклеотиды или ингибиторы, даже если они являются ферментативно неактивными; эти реагенты связывают как неактивные, так и активные ферменты в сложном образце. Предварительную инкубацию образцов с низкомолекулярными ингибиторами, которые конкурируют за зонды с активным сайтом, могут использовать для определения аффинности связывания ингибитора и специфичности к мишени.
Оценку мечения активного сайта можно осуществить или с помощью вестерн-блоттинга, или массспектрометрии (МС). Для последовательности операций в вестерн-блоттинге меченные детиобиотином белки обогащают для анализа SDS-PAGE и последующего обнаружения с помощью конкретных антител. Для последовательности операций в МС меченные детиобиотином белки восстанавливают, алкилируют и ферментативно обрабатывают до пептидов. Только меченные детиобиотином пептиды с активным сайтом обогащают для анализа с помощью ЖХ-МС/МС. Обе последовательности операций могут использовать для определения связывания ингибитора с мишенью, но только последовательность операций в МС может идентифицировать глобальные мишени ингибитора и то, что мишенями не является.
Наборы для TiO2 фосфопептидного обогащения и очищения THERMO SCIENTIFIC© PIERCE® (инструкции доступны от THERMO SCIENTIFIC© и PIERCE® Biotechnology www.thermoscientific.com/pierce) использовали для фосфопротеомного анализа. Кратко, указанные и аналогичные наборы могут обеспечить эффективное выделение фосфорилированных пептидов из комплекса и обработку фракционированного белка для анализа с помощью масс-спектрометрии (MS). Сферический пористый диоксид титана (TiO2), комбинированный с оптимизированными буферами, обеспечивает усиленное обогащение и идентификацию фосфопептидов с минимальным неспецифическим связыванием. Формат спин-колонки является быстрым и простым в использовании и может обогатить до 100 мкг фосфопептидов из 300-1000 мкг образца обработанного белка. Оптимизированный протокол в наборах, компоненты буферов и графитные спин-колонки дают в результате высокий выход чистых образцов фосфопептидов, готовых к анализу МС.
Фосфорилирование представляет собой модификацию белка, необходимую для таких биологических функций, как передача сигнала в клетке, рост, дифференциация и деление и программируемая клеточная смерть. Тем не менее, фосфопептиды характеризуются высокой гидрофильностью и низким содержанием, что приводит к неэффективной хроматографии, ионизации и фрагментации. Обогащение фосфопептидами, следовательно, необходимо для успешного анализа МС. Набор для обогащения и очищения фосфопептидов может совмещаться с лизисом, восстановлением, алкилированием, обработкой ферментами и графитными спин-колонками для обеспечения полного последовательности операций для
- 101 038600 обогащения и идентификации фосфопептидов.
Данные сравнительной протеомики, фосфопротеома и ферментативной активности интегрировали в основанную на ИИ REFS™ платформу информатики. Затем создавали сети причинно-следственных связей белкового взаимодействия, в частности из функциональной точки, а именно киназной/ферментативной активности и потенциальных мишеней, которые киназы могут фосфорилировать. Кроме того, с применением клеточных функциональных выходных данных определяют ферменты/ киназы, которые модулируют фосфорилирование мишеней и управляют механизмами патофизиологического клеточного поведения. Иллюстративное осуществление, раскрытое в настоящем документе, облегчает определение глобальных характеристик клеточных ответов, проникает в механизмы хемочувствительности и потенциальных мишеней/биомаркеров для клинического ведения HCC.
Материалы и способы.
Клетки культивировали согласно следующему протоколу. День 1: HepG2/Hep3B - высеять 3,2х106 клеток в колбы для культуры T-75; 7,4х106 клетки в колбы для культуры T-175; или 9,5х106 клеток в колбы для культуры T-225. THLE-2 - высеять 1,3х106 клеток в колбы для культуры T-75. День 2: через 16-24 ч, с конфлюэнтностью 50-70% - добавить обработку. Контроль: DMSO в конечной концентрации, составляющей 0,01%. EGF: 500 нг/мл в 10 мМ уксусной кислоты. Сорафениб: 1 мкМ в 0,1% объеме в DMSO. День 3: через 24 ч после обработки, собрать клетки путем трипсинизации. Отмыть осадки 2 раза с помощью PBS перед замораживанием.
Анализ глобальной ферментативной активности проводили согласно следующему протоколу.
Лизис клеток.
Свежеприготовленный лизирующий буфер - 5 М мочевины, 50 мМ трис-HCl pH 8,4, 0,1% SDS, 1% коктейль ингибиторов протеазы, 1% коктейль ингибиторов фосфатазы.
1) Осадить клетки в 1,5-2 мл микроцентрифужных пробирках Эппендорфа центрифугированием при 2000 g в течение 5 мин и удалить супернатант.
2) Отмыть клетки ресуспендированием осадка в PBS. Повторить отмывку еще раз.
3) Добавить соответствующее количество лизирующего буфера к каждому образцу и перемешать вихревым способом.
4) Инкубировать на льду в течение 10 мин с периодическим перемешиванием.
5) Обработать ультразвуком каждый образец по завершения лизиса.
6) Центрифугировать при верхнем пределе скорости в течение 15 мин.
7) Перенести лизат (супернатант) в новую пробирку.
Лизирующий буфер-замена.
Использовали предварительно приготовленный реакционный буфер Pierce.
Реакционный буфер - 20 мМ HEPES pH 7,4, 150 мМ NaCl, 0,1% TritonX-100.
1) Открутить нижнюю крышку деминерализирующей спин-колонки Zeba и ослабить колпачок.
2) Поместить в 15 мл коническую пробирку.
3) Центрифугировать колонку при комнатной температуре при 1000 g в течение 2 мин для удаления раствора для хранения.
4) Добавить 3 мл реакционного буфера к колонке. Центрифугировать при 1000 g в течение 2 мин для удаления буфера. Повторить еще 2 раза, удаляя буфер.
а. Дополнительно центрифугировать при 1000 g в течение 2-3 мин, если есть избыток буфера при последней отмывке.
5) Перенести колонку в новую коническую пробирку.
6) Медленно нанести весь лизат в центр слоя смолы.
7) Центрифугировать при 1000 g в течение 2 мин для сбора образца. Удалить колонку.
8) Добавить 1:100 коктейль ингибиторов протеазы/фосфатазы к образцу и поместить на лед.
а. Образцы можно заморозить в морозильной камере при -80°C.
Точка остановки.
Мечение образца с помощью зонда.
Использовали предварительно приготовленный 1 М MgCl2 от Pierce.
Приготовили свежий 1 М MnCl2.
1) Определить концентрацию белка с применением анализа Бредфорда.
2) Разбавить лизат водой до 2 мг/мл (2 мкг/мкл) по возможности.
3) Перенести 2 мк в новую микроцентрифужную пробирку.
4) Добавить 20 мкл 1 М MgCl2 к каждому образцу, перемешать, инкубировать в течение 1 мин при комнатной температуре.
Примечание: конечная концентрация составляет 0,02 М MgCl2.
5) Добавить 10 мкл 1 М MgCl2 к каждому образцу, перемешать, инкубировать в течение 1 мин при комнатной температуре.
Примечание: конечная концентрация составляет 10 мМ MgCl2.
6) Привести реагент АТФ/АДФ к комнатной температуре с помощью осушителя. Хранить остаток
- 102 038600 при -80°C.
7) Для 20 мкМ реакции - добавить 10 мкл воды высшей степени очистки к реагенту для получения 1 мМ маточного раствора.
8) Добавить 20 мкл маточного раствора АТФ/АДФ к каждому образцу и инкубировать в течение 1 ч при комнатной температуре.
Восстановление и алкилирование меченного белка.
Приготовить свежий раствор 10 М мочевины/50 мМ трис-HCl pH 8,4.
1) Добавить 1 мл 10 М мочевины/50 мМ трис-HCl к каждой реакции.
2) Добавить 100 мкл 200 мМ TCEP к каждому образцу. Инкубировать при 55°C в течение 1 ч.
3) Добавить 100 мкл 375 мМ йодацетамида к каждому образцу. Инкубировать при комнатной температуре в течение 30 мин в темноте.
Замена буфера.
Приготовить свежий буфер для ферментативной обработки - 2 М мочевина, 200 мМ трис-HCl pH 8,4.
1) Открутить нижнюю крышку деминерализирующей спин-колонки Zeba и ослабить колпачок.
2) Поместить в 15 мл коническую пробирку.
3) Центрифугировать колонку при комнатной температуре при 1000 g в течение 2 мин для удаления раствора для хранения.
4) Добавить 3 мл буфера для ферментативной обработки к колонке. Центрифугировать при 1000 g в течение 2 мин для удаления буфера. Повторить еще 2 раза, удаляя буфер.
а. Дополнительно центрифугировать при 1000 g в течение 2-3 мин, если есть избыток буфера при последней отмывке.
5) Перенести колонку в новую коническую пробирку.
6) Медленно нанести весь образец в центр слоя смолы.
7) Центрифугировать при 1000 g в течение 2 мин для сбора образца. Удалить колонку.
Ферментативная обработка меченого белка.
1) Добавить трипсин в соотношении 1:50 (трипсин:белок).
2) Инкубировать при 37°C со встряхиванием в течение ночи.
Захват и элюирование меченого пептида.
Приготовить свежий буфер для элюирования (50% ACN; 0,1% муравьиная кислота).
1) Добавить 50 мкл суспензии к каждому обработанному трипсином образцу. Инкубировать в течение 1,5 ч при комнатной температуре с постоянным перемешиванием.
2) Перенести образец на спин-колонку Pierce. Центрифугировать при 1000 g в течение 1 мин. Собрать элюат и сохранить.
3) При 1000 g в течение 1 мин на отмывку.
a. Отмыть смолу 3 раза с помощью 500 мкл 4 М мочевины/50 мМ трис-HCl pH 8,4.
b. Отмыть смолу 4 раза с помощью 500 мкл PBS.
c. Отмыть смолу 4 раза с помощью 500 мкл воды.
4) Элюировать пептиды с помощью 75 мкл буфера для элюирования и инкубировать в течение 3 мин. Повторить еще 2 раза, комбинируя фракции элюата.
5) Лиофилизировать образцы в вакуумном концентраторе.
Не использующее метки, 1-D разделение для анализа ЖХ-МС/МС.
1) Как только образцы высушивали с помощью лиофилизации, ресуспендировать каждый образец в 25 мкл 0,1% муравьиной кислоты.
2) Перенести 10 мкл во флаконы для ЖХ-МС/МС.
Мечение iTRAQ.
1) Оставшиеся 15 мкл образцы полностью высушивали.
2) Ресуспендировать образцы в 30 мкл 200 мМ TEAB.
3) 15 мкл образца метили с помощью 30 мкл реагента iTRAQ и инкубировали в течение 2 ч при комнатной температуре.
а. 6 мкл на образец объединяли для QCP.
4) После мечения 8 мкл 5% гидроксамина добавляли для гашения в течение 15 мин при 4°C.
5) Все MP объединяли вместе, высушивали, деминерализировали и ресуспендировали в 20 мкл 0,1% муравьиной кислоты.
С прибор Eksigent/LTQ Orbitrap возникли проблемы, поэтому MP высушивали и ресуспендировали в 18 мкл 20 мМ формиата аммония.
Остатки на каждый образец.
мкл элюата в 200 мМ TEAB в -80°C.
MP в 20 мМ формиата аммония на приборе.
Анализ фосфопротеина проводили согласно следующему протоколу.
Протокол получения образца.
1. Лизис клеток.
a. Лизирующий буфер - 5 М мочевины, 50 мМ трис-HCl, 0,1% SDS, 1% коктейль ингибиторов про-
- 103 038600 теазы, 1% коктейль ингибиторов фосфатазы.
b. Суспендировать осадок в соответствующем количестве лизирующего буфера.
c. Перемешать вихревым способом и инкубировать в течение 10 мин на льду. Повторить.
d. Обработать ультразвуком и инкубировать в течение 10 мин на льду.
e. Центрифугировать при верхнем значении скорости в течение 15 мин.
f. Повторно обработать ультразвуком, если лизат все еще вязкий/липкий.
g. Перенести лизат в новую пробирку.
2. Провести анализ Бредфорда для определения концентрации белка.
3. Перенести 700 мкг белка (400 мкг для THLE-2) в новую микроцентрифужную пробирку с 45 мкл 200 мМ TEAB.
4. Восстановить с помощью 200 мМ TCEP при соотношении 5 мкл TCEP: 100 мкл объема в течение 1 ч при 55°C.
5. Алкилировать с помощью 375 мМ йодацетамида при соотношении 5 мкл йодацетамида:100 мкл объема при комнатной температуре в течение 30 мин в темноте.
6. Осаждение ацетоном в 7-кратном объеме в течение ночи в -20°C.
7. Ресуспендировать белок в 200 мМ TEAB в концентрации 50 мкг/мкл. Обработать с помощью трипсин в соотношении 1:40 (трипсин:белок) при 37°C в течение ночи.
Во время приготовления колонки ресуспендировать образец пептида в 150 мкл буфера B.
Приготовление колонки.
1. Поместить переходник для центрифугирования колонки в пробирку-сборник и вставить TiO2 спин-наконечник в переходник.
2. Добавить 20 мкл буфера A. Центрифугировать при 3000 g в течение 2 мин. Удалить FT.
3. Добавить 20 мкл буфера B. Центрифугировать при 3000 g в течение 2 мин. Удалить FT.
Связывание фосфопептидов.
1. Перенести спин-наконечник в чистую микроцентрифужную пробирку.
2. Нанести суспендированный образец на спин-наконечник. Центрифугировать при 1000 g в течение 10 мин.
3. Повторно нанести на спин-наконечник и центрифугировать 1000 g в течение 10 мин. Сохранить FT.
4. Перенести спин-наконечник в новую микроцентрифужную пробирку.
5. Отмыть колонку путем добавления 20 мкл буфера B. Центрифугировать при 3000 g в течение 2 мин.
6. Отмыть колонку путем добавления 20 мкл буфера A. Центрифугировать при 3000 g в течение 2 мин. Повторить еще раз.
Элюирование.
1. Поместить спин-наконечник в новую пробирку-сборник. Добавить 50 мкл буфера для элюирования 1. Центрифугировать при 1000 g в течение 5 мин.
2. С использованием этой же пробирки-сборника добавить 50 мкл буфера для элюирования 2 к спин-наконечнику. Центрифугировать при 1000 g в течение 5 мин.
3. Подкислить элюированную фракцию путем добавления 100 мкл 2,5% муравьиной кислоты.
Графитная очистка фосфопептидов.
** Заменить TFA муравьиной кислотой, поскольку это окончательная очистка перед анализом ЖХ/МС/МС.
Приготовление колонки.
1. Удалить верхний и нижний колпачок из графитной спин-колонки. Поместить колонку в 1,5 мл микроцентрифужную пробирку. Центрифугировать при 2000 g в течение 1 мин для удаления буфера для хранения.
2. Добавить 100 мкл 1 М NH4OH. Центрифугировать при 2000 g в течение 1 мин. Удалить FT. Повторить еще раз.
3. Активировать графит путем добавления 100 мкл ацетонитрила. Центрифугировать при 2000 g в течение 1 мин. Удалить FT.
4. Добавить 100 мкл 1% муравьиной кислоты. Центрифугировать при 2000 g в течение 1 мин. Удалить FT. Повторить еще раз.
Связывание и элюирование образца: элюирование = 0,1% FA + 50% ACN.
1. Поместить колонку в новую пробирку-сборник. Нанести образец поверх слоя смолы. Дать произойти связыванию в течение 10 мин с периодическим перемешиванием вихревым способом.
2. Центрифугировать при 1000 g в течение 3 мин. Удалить FT.
3. Поместить колонку в новую пробирку-сборник. Отмыть колонку путем добавления 200 мкл 1% FA. Центрифугировать при 2000 g в течение 1 мин. Удалить FT. Повторить еще раз.
4. Поместить колонку в новую пробирку-сборник. Добавить 100 мкл 0,1% FA/50% ACN для элюирования образца. Центрифугировать при 2000 g в течение 1 мин. Повторить еще 3 раза для общего элюирования 400 мкл.
5. Высушить образцы в вакуумном испарителе (SpeedVac).
- 104 038600
HepG2 и Hep3B.
Начать с 700 мкг белка.
После обогащения TiO2 и графитной очистки фосфопептиды элюировали в 400 мкл 0,1% муравьиной кислоты/50% ACN.
400 мкл аликвоты с соотношением (400/700)* забирали из элюента и полностью высушивали. Ее ресуспендировали в 20 мкл 200 мМ TEAB для мечения iTRAQ.
После мечение, образцы деминерализировали, высушивали и ресуспендировали в 20 мкл 0,1% муравьиной кислоты.
Оставшуюся аликвоту полностью высушивали и ресуспендировали в 20 мкл 0,1% муравьиной кислоты.
мкл переносили во флаконы для не использующего метки анализа ЖХ-МС/МС.
THLE-2.
Собирали только 400 мкг белка.
Весь белок обогащали с помощью TiO2 колонок и очищали с помощью графитных колонок.
Элюаты высушивали, ресуспендировали в 20 мкл 200 мМ TEAB для мечения iTRAQ.
После мечения образцы деминерализировали, высушивали и ресуспендировали в 20 мкл 0,1% муравьиной кислоты.
Оставшиеся образцы.
Образцы iTRAQ - на приборе в 20 мМ формиата аммония.
Не содержащий меток HepG2/Hep3B - 10 мкл в 0,1% муравьиной кислоты в -80°C; 10 мкл в 0,1% муравьиной кислоты на приборе.
Результаты.
На фиг. 42 проиллюстрировано значительное снижение в активности ENO1, но не в экспрессии ENO1 в HepG2, обработанных сорафенибом. На фиг. 43 проиллюстрировано значительное снижение в активности PGK1, но не в PGK1 экспрессии белка в HepG2, обработанных сорафенибом. На фиг. 44 проиллюстрировано значительное снижение в активности LDHA в HepG2, обработанных сорафенибом. В каждом случае экспрессию ENO1 измеряли в единицах относительно образца QC и изменение активности ENO1 измеряли в единицах относительно контрольного, необработанного образца.
Данные на фиг. 42-44 показывают, что для ENO1, LDHA и PGK1 в модели заболевания HCC, обработка клеток сорафенибом давала в результате положительную регуляцию экспрессии белка при одновременной отрицательной регуляции ферментативной активности белка. Таким образом, фосфопротеом предоставляет дополнительный слой информации, которую можно использовать для установления сложной взаимосвязи между эффектом внеклеточного сигнала (например, молекулы лекарственного средства) на киназную активность и общий клеточный белок, тем самым облегчая идентификацию мишеней для лечения заболевания, а также диагностических/прогностических маркеров, связанных с заболеванием.
На фиг. 45 проиллюстрирована (см. рамку слева) сеть причинно-следственных связей молекулярных взаимодействий, которую можно получить путем анализа полученного набора данных с применением основанной на ИИ системы REFS™. Сеть можно использовать, например, для идентификации представляющих интерес сетей, которые различным образом регулируются в нормальных клетках и клетках злокачественной опухоли (см. рамки посередине и справа соответственно). Такую информацию можно использовать для обеспечения мишеней для лечения HCC, а также диагностических/прогностических маркеров, связанных с HCC.
На фиг. 46-51 проиллюстрировано, как двухмерное химический опрос онкогенных систем и мультиомная интеграция сигнатур может выявить новые сигнальные пути, вовлеченные в патофизиологию злокачественной опухоли, тем самым, идентифицируя терапевтические мишени, релевантные биомаркеры и/или терапевтические средства. В частности, на фиг. 46-51 проиллюстрировано осуществление общей методологии, показанной на фиг. 41 и в соответствии с различными способами, описанными в настоящем документе. Как показано на фиг. 41, подход работает на базе двухмерного химического опроса, при котором in vitro модели злокачественной опухоли и контроля тщательно исследовали с помощью ингибитора киназы (сорафениба) в первом измерении. Г лобальные изменения киназной активности фиксировали с помощью второго измерения химического опроса, используя основанные на активности зонды обогащения киназой. Киназы идентифицировали с помощью ЖХ-МС. Кроме того, изменения в фосфопротеоме в ответ на воздействие с ингибитором киназы фиксировали с применением способа обогащения фосфопротеином с последующей ЖХ-МС для идентификации белков. В итоге, получали количественные изменения в общей экспрессии белка. Полученные мультиомные данные интегрировали с применением основанной на ИИ информатики, приводя к созданию управляемых данными сетей причинноследственных связей, представляющих дифференциальную киназную активность, управляющую фосфорилированием белков, которые действуют в модели злокачественной опухоли, но не в нормальной модели. Интеграция этого дополнительного анализа показана в логически выведенных путях фиг. 46 и 47. Технология привела к открытию новых киназ и взаимосвязей, которые относятся к механизмам патофизиологии злокачественной опухоли (например, фиг. 48-50).
На фиг. 46 проиллюстрировано, как интеграция мультиомных данных, с использованием алгорит- 105 038600 мов следствия байесовских сетей, может привести к более глубокому пониманию сигнальных путей в гепатоклеточной карциноме. Желтые квадраты представляют данные посттранскрипционной модификации (фосфо), синие треугольники представляют основанные на активности данные (киназа) и зеленые кружки представляют протеомные данные. На фиг. 47 проиллюстрировано, как ауторегуляция и обратная регуляция с отрицательной обратной связью в сигнальных путях гепатоклеточной карциномы может быть логически выведена с помощью платформы. Квадраты представляют данные PMT (фосфо) (серый/темный = киназа, желтый/светлый - отсутствие киназной активности), квадраты представляют основанные на активности данные (киназа) + протеомные данные (серый/темный = киназа, желтый/светлый отсутствие киназной активности). Указанные анализы проводили с применением трехслойной мультипротеомной методологии, описанной выше и обобщенно приведенной на фиг. 41. Результаты этих анализов показаны на фиг. 48-51 и обсуждаются подробно ниже.
На фиг. 48-50 проиллюстрированы примеры причинно-следственной ассоциации в сигнальных путях, логически выведенной с помощью платформы. Названия киназ указаны на репрезентативных квадратах и кружках, с причинно-следственными ассоциациями, указанными соединителями. На фиг. 48 идентифицируют изоформы киназы CLTCL1, MAPK1, NME1, HIST1H2BA, RPS5, TMED4 и MAP4 и показывают логически выведенную взаимосвязь между ними. На фиг. 49 идентифицируют изоформы киназы HNRPDL, HNRNPK, RAB7A, RPL28, HSPA9, MAP2K2, RPS6, FBL, TCOF1, PGK1, SLTM, TUBB, PGK2, CDK1, MARCKS, HDLBP и GSK3B и показывают логически выведенную взаимосвязь между ними. На фиг. 50 идентифицируют изоформы киназы RPS5, TNRCBA, CLTCL1, NME1, MAPK1, RPL17, CAMK2A, NME2, UBE21, CLTCL1, HMGB2 и NME2 и показывают логически выведенную взаимосвязь между ними. Указанные изоформы киназы представляют потенциальные терапевтические мишени, маркеры и терапевтические средства.
На фиг. 51 проиллюстрирована причинно-следственная ассоциация, выведенная с помощью платформы. В частности, на фиг. 51 идентифицируют изоформы киназы EIF4G1, MAPK1 и TOP2A и показывают логически выведенную взаимосвязь между ними. Эта взаимосвязь обеспечивает подтверждение для модели и способа, поскольку она соответствует опубликованной взаимосвязи между киназами EIF, MAPK и TOP.
В заключение следует отметить, что основанный на мультиомике анализ активности фермента (например, киназы) представляет применимый способ определения нижележащих причинно-следственных связей между метаболитами и субстратами как функции поведения клеток. Аналогично, основанный на активности протеомный мониторинг изменений глобальной ферментативной активности в ответ на терапевтическое лечение может предоставить критически важное понимание динамики передачи сигнала в клетке по сравнению с мониторингом только общей клеточной экспрессии белков (например, ферментов). Более того, было показано, что платформа может делать правильные заключения относительно сигнальных путей и обратной регуляции с отрицательной обратной связью в онкогенных окружающих средах в отличие от нормальных окружающих сред и, следовательно, идентифицировать новые причинноследственные ассоциации в онкогенных сигнальных путях. Соответственно, технология обеспечивает идентификацию новых киназ и расшифровку механизмов действия ингибиторов киназ.
Пример 6. Модель ангиогенеза in vitro и модуляция с помощью CoQ10.
Введение: прогрессирование размера опухоли больше чем 2-5 мм нуждается в индукции ангиогенеза для снабжения опухоли кислородом и питательными веществами. Ангиогенез происходит вследствие внутриопухолевого высвобождения клетками эндотелиальных митогенных факторов в ответ на гипоксию или генетическую мутацию, и в настоящее время в клинической разработке находятся многочисленные эндогенные белки в качестве терапевтических мишеней антиангиогенеза, например VEGF и PlGF. В настоящем документе авторы исследовали коэнзим Q10 (CoQ10) in vitro, который в настоящее время находится в стадии исследования прогрессирования злокачественных опухолей на людях.
Способы: определяющие поведение эндотелиальных клеток (HUVEC) пупочной вены человека решения, которые модулируют ангиогенный фенотип, изучали в присутствии 100 или 1500 мкМ CoQ10 или вспомогательного вещества и сравнивали с необработанными контрольными клетками. Проводили анализ поведения эндотелиальных клеток в отношении апоптоза, пролиферации, миграции и образования трубок в 3-D MATRIGEL®.
Результаты: морфологический и проточно-цитометрический анализ положительных в отношении аннексина V/пропидиййодида клеток выявил увеличение апоптоза HUVEC в присутствии 1500 мкМ CoQ10 по сравнению со вспомогательным веществом или контрольными клетками. Наряду с увеличенной клеточной смертью вследствие действия CoQ10, количество клеток HUVEC существенно снизилось в присутствии 1500 мкМ CoQ10. Для оценки потенциальных эффектов CoQ10 на эндотелиальную миграцию HUVEC исследовали через 5 ч после клеточного клиренса, в эндотелиальном анализе методом зарастания царапины. Как CoQ10, так и вспомогательное вещество существенно ослаблял миграцию HUVEC в обеих концентрациях: 100 и 1500 мкМ, демонстрируя антимиграционную активность как вспомогательного вещества, так и CoQ10. Для определения того, обусловлена ли противоопухолевая активность CoQ10 эффектами на прорастание эндотелиальных кровеносных сосудов, авторы настоящего
- 106 038600 изобретения исследовали образование эндотелиальных трубок в культурах 3-D MATRIGEL® с течением времени. Добавление вспомогательного вещества как в гель, так и наносимые сверху среды нарушало образование трубок по сравнению с контролем. Более того, добавление 1500 мкМ CoQ10 дополнительно нарушало образование трубок HUVEC по сравнению как со вспомогательным веществом, так и с контрольными необработанными клетками. Эти эффекты отмечали не позже 24 ч после посева и вплоть до 96 ч в культуре. Обобщая, указанные исследования показывают, что эффект CoQ10, вероятно, по меньшей мере частично, обусловлен ингибированием рекрутинга опухолью местного кровоснабжения для формирования новых сосудов.
Эффект CoQ10 на эндотелиальную морфологию: эндотелиальные клетки пупочной вены человека (клетки HUVEC) обрабатывали в течение 24 ч с диапазоном концентраций CoQ10. Лекарственное средство наносили на конфлюэнтные клетки, которые сильно напоминают нормальные клетки, а также на субконфлюэнтные клетки, которые наиболее близко представляют ангиогенный фенотип пролиферирующих клеток. В конфлюэнтных культурах добавление увеличивающихся концентраций CoQ10 привело к более сильной ассоциации, удлинению и выравниванию EC. 5000 мкМ привела к малозаметному увеличению закругленных клеток (фиг. 52A). Ответ субконфлюэнтных эндотелиальных клеток на CoQ10 отличался от ответа конфлюэнтных клеток (фиг. 52B). Эндотелий визуально не выглядел здоровым при концентрации 1000 мкМ CoQ10 и выше. Увеличенную клеточную смерть наблюдали с увеличением концентраций CoQ10.
CoQ10 характеризуется дивергентными эффектами на выживаемость эндотелиальных клеток: конфлюэнтные и субконфлюэнтные культуры клеток HUVEC обрабатывали в течение 24 ч с помощью 100 или 1500 мкМ CoQ10 и анализировали в отношении положительных к пропидиййодиду апоптических клеток. Результаты показаны на фигурах 53A и 53B соответственно. CoQ10 оказывал защитное действие на EC, обработанные при конфлюэнтности, тогда как субконфлюэнтные клетки были чувствительными к CoQ10 и проявляли увеличенный апоптоз при концентрации 1500 мкМ CoQ10. Репрезентативные гистограммы субконфлюэнтных контрольных EC (слева), 100 мкМ CoQ10 (посередине) и 1500 мкМ CoQ10 (справа), демонстрирующие повышенные уровни апоптоза с увеличением концентраций CoQ10, показаны на фиг. 53C.
CoQ10 снижает количество и пролиферацию эндотелиальных клеток: субконфлюэнтные культуры клеток HUVEC обрабатывали в течение 72 ч с помощью 100 или 1500 мкМ CoQ10 и анализировали как в отношении количества клеток (фиг. 54A), так и пролиферации (фиг. 54B) с применением анализа включения пропидиййодида (обнаруживает G2/M фазу ДНК). Высокие концентрации CoQ10 приводили к значительному снижению количества клеток и характеризовались дозозависимым эффектом на пролиферацию EC. Репрезентативные гистограммы клеточной пролиферации, гейтированные на клетки в фазе G2/M клеточного цикла, демонстрирующие сниженную клеточную пролиферацию с увеличением концентраций CoQ10 [фигура 54С, контрольные EC (слева), 100 мкМ CoQ10 (посередине) и 1500 мкМ CoQ10 (справа)].
CoQ10 снижает миграцию эндотелиальных клеток: клетки HUVEC выращивали до конфлюэнтности, исследуемой в отношении миграции с применением анализа методом зарастания царапины. 100 или 1500 мкМ CoQ10 наносили в момент нанесения царапины и закрытие очищенной области подвергали мониторингу в течение 48 ч. 100 мкМ CoQ10 замедлял закрытие эндотелия по сравнению с контролем. Репрезентативные изображения в 0, 12, 24 и 36 ч представлены на фиг. 55. Добавление 1500 мкМ CoQ10 предотвращало закрытие, даже вплоть до 48 ч (данные не показаны).
CoQ10 нарушает образование эндотелиальных трубок: эндотелиальные клетки, растущие в 3-D матригеле, со временем образуют трубки. Наблюдали дифференциальные эффекты 100 мкМ и 1500 мкМ CoQ10 на образование трубок. Нарушенная межклеточная ассоциация и разрушение ранней трубчатой структуры был значительным при концентрации 1500 мкМ CoQ10. Интересно, что образование трубок действительно начиналось в присутствии 1500 мкМ CoQ10, тем не менее, процесс роста и формирования трубок нарушался в течение 48 ч. Изображения, показанные на фиг. 56, сделали через 72 ч.
Результаты и заключение.
Авторы настоящего изобретения исследовали потенциальные модулирующие ангиогенез эффекты CoQ10. CoQ10 представляет собой противораковое средство, находящееся в настоящее время на стадии исследования на людях в изучении солидных опухолей, который модулирует клеточный энергетический метаболизм.
CoQ10 в низких дозах оказывал защитный эффект на конфлюэнтные эндотелиальные клетки, тогда как добавление CoQ10 к субконфлюэнтным клеткам приводило к увеличенному апоптозу, сниженному количеству клеток и являлось сильным ингибитором эндотелиальной пролиферации. Авторы настоящего изобретения демонстрируют дивергентные эффекты на конфлюэнтные и субконфлюэнтные клетки, что будет защищать нормальную сосудистую систему.
Функциональная оценка способности эндотелиальных клеток мигрировать в 2-D анализах методом зарастания царапины выявила сильное ингибирование эндотелиальной миграции. Цейтраферная фотосъемка выявила динамический эндотелиальный фронт, которые не может закрыть очищенную зону в течение 2 дней культивирования/обработки.
- 107 038600
Суспензия эндотелиальных клеток в 3-D матригеле приводит к образованию трубок с течением времени. С применением хорошо охарактеризованного анализа, который выявляет многие из факторов, играющих роль в ангиогенезе опухоли, авторы настоящего изобретения изучили эффект CoQ10 на образование эндотелиальных трубок. Добавление 100 мкМ CoQ10 характеризовалось умеренным эффектом образование трубок, тем не менее, добавление 1500 мкМ CoQ10 привело к сильному нарушению образования эндотелиальных трубок.
Обобщенно, указанные результаты демонстрируют эффект CoQ10 на прорастание, миграцию и пролиферацию эндотелия и селективно индуцирует клеточную смерть в ангиогенных эндотелиальных клетках.
Пример 7. Коэнзим Q10 дифференциально модулировал функциональные ответы в конфлюэнтных и субконфлюэнтных клетках HUVEC.
Продемонстрировав дифференциальный эффект CoQ10 на клеточную пролиферацию и миграцию клеток HUVEC, растущих при конфлюэнтных и субконфлюэнтных условиях, исследовали эффекты CoQ10 на биохимические пути клеток HUVEC.
Оценивали ответ клеток HUVEC на нормоксию и гипоксию в присутствии или при отсутствии CoQ10. В частности, клетки HUVEC выращивали в субконфлюэнтных и конфлюэнтных культурах в условиях нормоксии или гипоксии, как описано в настоящем документе. Клетки также подвергали действию 0, 100 или 1500 мкМ CoQ10. Содержание оксида азота (NO) и активных форм кислорода (ROS) определяли с применением способов, представленных в настоящем документе. Как показано на фиг. 57, клетки HUVEC демонстрировали дифференциальное дозозависимое производство оксида азота (NO) и активных форм кислорода (ROS) в ответ на CoQ10 и гипоксию.
Биоэнергетические показатели клеток HUVEC оценивали в присутствии различных концентраций CoQ10. В частности, клетки HUVEC выращивали в субконфлюэнтных или конфлюэнтных условиях при отсутствии или в присутствии CoQ10 (10, 100, 1500 мкМ). Скорости потребления кислород (OCR), как общую, так и митохондриальную, производство АТФ и коэффициент внеклеточного закисления (ECAR) оценивали с применением анализов Seahorse. Клетки HUVEC, растущие в субконфлюэнтных культурах, ограничивают митохондриальное потребление кислорода по сравнению с конфлюэнтными культурами, как показано на фиг. 58A-D ((A) общая OCR; (B) митохондриальная OCR; (C) АТФ; (D) ECAR. Добавление CoQ10 к субконфлюэнтным культурам возвращает митохондриальную OCR до конфлюэнтного уровня OCR (фиг. 58B).
Пример 8. Применение функциональной протеомики и липидомики для выяснения антиангиогенных механизмов CoQ10.
Ангиогенез представляет собой ключевой фактор, обеспечивающий признак прогрессирования опухоли, который поставляет кислород и питательные вещества, которые необходимы для роста опухолевых клеток. Авторы настоящего изобретения исследовали антиангиогенные свойства CoQ10, противоопухолевого лекарственного средства, которое в настоящее время находится на стадии исследования прогрессирования злокачественных опухолей на людях. CoQ10 нарушает эндотелиальную миграцию в анализах методом зарастания царапины и образование трубок в анализах образования трубок в 3-D MATRIGEL®. Добавление CoQ10 также нарушает эндотелиальную пролиферацию, что обнаружили с помощью клеток в G2/M фазе и белка ядерного антигена клеточной пролиферации (pCNA). CoQ10 индуцирует активацию каспазы 3 и увеличивает апоптоз ангиогенных/пролиферирующих эндотелиальных клеток, тогда как клеточная смерть непролиферирующих конфлюэнтных эндотелиальных клеточных культур снижается по сравнению с контролями.
Для определения внутриклеточного протеомного профиля ангиогенных пролиферирующих эндотелиальных клеток и непролиферирующих эндотелиальных клеток, использовали протеомный, липидомный и функциональный протеомный подход. Протеомный анализ и липидомный анализ методом дробовика проводили на LTQ-OrbiTrap-Velos и Vantage-QqQ соответственно. В функциональном протеомном подходе использовали основанные на активности зонды в комбинации со сравнительной протеомикой. Киназы и другие АТФазы, в частности, метили с помощью зондов обогащения АТФ-связывающим доменом, которые взаимодействуют с активными сайтами ферментов в их нативной конформации. Обогащение проводили посредством иммунопреципитации с помощью стрептавидиновой смолы.
С применением интегрированных липидомных и протеомных платформ и основанной на ИИ платформы байесовской информатики, которая генерирует липид-белковые функциональные протеомные сети причинно-следственных связей, идентифицировали новые белки, липиды и ферменты, которые модулируют ангиогенез. Обработанные CoQ10 клетки и сравнение нормальных и ангиогенных эндотелиальных клеток использовали для зондирования глобальной киназной активности. Данные сравнительной протеомики и ферментативной активности интегрировали в основанную на ИИ платформу байесовской информатики для исследования сетей причинно-следственных функциональных белок-белковых взаимодействий для выяснения сложности и динамики ангиогенеза. Причинно-следственная интерактивная сеть показана на фиг. 59A-C. В частности, на фиг. 59A представлена полная мультиомная сеть причинноследственных взаимодействий липидов, белков и киназ. На фиг. 59B показан хаб обогащенной белком сети и на фиг. 59C показан хаб сети киназы, липидомики и функциональных конечных результатов. В
- 108 038600 сетях белки показаны кружками, киназы показаны квадратами, липиды показаны ромбами и функциональная активность или клеточный ответ показаны восьмиугольниками. Представлены некоторые названия белков и киназ. Выходные данные из платформы подтвердили известные белковые взаимодействия.
В заключение следует упомянуть, что с применением платформенной технологии исследовали антиангиогенные механизмы CoQ10 и уникальные характеристики пролиферирующих эндотелиальных клеток путем применения интегрированных функциональных протеомных анализов для определения глобальных изменений в ферментативной активности. Основанная на опросной омике платформа правильно выявляет клеточный интеллект. Подход конструирования основанных на ИИ сетей для анализа данных для установления причинно-следственных связей дает в результате практически реализуемый биологический интеллект. Более того, раскрытая платформа обеспечивает улучшенное понимание патофизиологии эндотелиальных клеток в ответ на сенсибилизирующее воздействие окружающей среды, изменение в метаболомическом статусе и производство адаптивных молекул для ослабления физиологических возмущающих воздействий.
Пример 9. Использование платформенной технологии для построения моделей ангиогенеза.
В настоящем примере подробно описанную выше в подробном описании платформенную технологию используют для интеграции данных, полученных из разработанной по заказу модели ангиогенеза, и для идентификации новых белков/путей, управляющих ангиогенезом. Реляционные карты, полученные в результате настоящего анализа, обеспечивают биомаркеры ангиогенеза.
Ангиогенез представляет собой результат сложной серии сигнальных путей, которые являются не до конца понятными. Ангиогенез играет роль в ряде патологических состояний, включая в себя без ограничения злокачественную опухоль. Системный подход, комбинирующий белковые и липидные сигнатуры с анализами функциональных конечных результатов, в частности, изучением клеточных биоэнергетических показателей и функции митохондриальной мембраны, предусмотрен в настоящем документе. Как продемонстрировано выше, субконфлюэнтные клетки HUVEC можно использовать для имитации ангиогенного состояния, тогда как конфлюэнтные клетки HUVEC можно использовать для имитации неангиогенного, т.е. нормального, состояния.
В модели in vitro клетки HUVEC выращивают при условиях контактного ингибирования (например, конфлюэнтные культуры) или при условиях, в которых отсутствует контактное ингибирование (например, субконфлюэнтные культуры, например, меньше чем приблизительно на 60% конфлюэнтные, меньше чем приблизительно на 70% конфлюэнтные, меньше чем приблизительно на 80% конфлюэнтные, меньше чем приблизительно на 90% конфлюэнтные; трехмерные культуры; или культуры, в которых лоскут клеток удаляют с помощью процарапывания культуры), в присутствии или при отсутствии такого средства воздействия окружающей среды, как ингибитор ангиогенеза, например, CoQ10, для создания сигнатур и выяснения потенциальных механизмов ангиогенеза. Протеомные и липидомные сигнатуры анализируют с применением платформенных способов, предусмотренных в настоящем документе. Биомаркеры ангиогенеза дополнительно подтверждают с применением практических лабораторных способов. Указанный подход служит мощным инструментом для понимания механизмов ангиогенеза, обеспечивая идентификацию новых ангиогенных биомаркеров и разработку и испытание средств, которые модулируют ангиогенез.
Эндотелиальные клетки пупочной вены человека подвергают действию условий, имитирующих воздействие ангиогенной окружающей среды, которой подвергаются относящиеся к заболеванию клетки in vivo. В частности, клетки выращивают в условиях, при которых рост ингибируется вследствие контактного ингибирования (т.е. нормальные клетки) или в условиях, при которых, по меньшей мере в части культуры, рост не ингибируется вследствие контактного ингибирования (т.е. ангиогенные клетки). С целью упрощения такие клетки, выращиваемые в условиях, при которых, по меньшей мере в части культуры, рост не ингибируется вследствие контактного ингибирования, в настоящем документе будут называться неконфлюэнтными культурами.
Клеточную модель, содержащую вышеупомянутые клетки, в которой клетки выращивают в конфлюэнтных или неконфлюэнтных культурах, дополнительно тщательно исследуют, подвергая клетки возмущающему воздействию окружающей среды путем обработки средством, которое модулирует ангиогенез, например, средством, которое ингибирует ангиогенез. Например, клетки обрабатывают коэнзимом Q10 в различных концентрациях, например, одной или нескольких из 0, 50, 100, 250, 500, 750, 1000, 1250 или 1500 мкМ. Как предусмотрено в настоящем документе, возмущающее воздействие может включать в себя механическое разрыв клеток, например, с помощью процарапывания культуры или субкультивирования клеток с низкой плотностью.
Образцы клеток из каждого условия с обработкой каждым возмущающим воздействием собирали в различные моменты времени после обработки, например, через 6, 12, 18, 24, 36, 48, 60, 72, 84, 96, 108 или 120 ч или в некоторые моменты времени между ними после обработки. Для определенных условий также собирают и анализируют образцы сред. Образцы можно анализировать в отношении одного или нескольких из следующих параметров: уровень экспрессии или активности белка, экспрессия генов и содержание липидов.
Исследование профиля изменений общей клеточной экспрессии белков с помощью количественной
- 109 038600 протеомики проводят для образцов клеток и сред, собранных для каждого условия и с каждым возмущающим воздействием окружающей среды, т.е. обработкой коэнзимом Q10, с применением описанных выше в подробном описании техник. Эксперименты по транскрипционному профилированию проводят, например, с применением системы амплификации Biorad® CFX-384. После сбора данных (Ct) конечную кратность изменений по сравнению с контролем определяют с применением, например, способа δCt, как изложено в протоколе производителя. Липидомные эксперименты проводят с применением массспектрометрии. Такие функциональные анализы, как скорость потребления кислорода (OCR), измеряют, например, с использованием анализатора Seahorse, главным образом, как рекомендовано производителем. OCR можно регистрировать с помощью электродов в 7 мкл камере, построенной с картриджем, давящим на культуральный планшет Seahorse.
В заключение следует отметить, что морфологический, ферментативный и проточноцитометрический анализ выявил сильные изменения в апоптозе, миграции, производстве оксида азота и ROS и биоэнергетическом потенциале в ответ на обработку CoQ10. Липидомный анализ выявил новые изменения в липидных путях, подавленных путем изменения митохондриальной функции и плотности клеток. Протеомная интеграция с использованием платформенных способов выявила неохарактеризованную ассоциацию внутриклеточной адаптации и передачи сигнала, направляемого митохондриальной модуляцией. Обобщая, эти исследования выявляют, что CoQ10 изменяет эндотелиальную миграцию, пролиферацию, апоптоз, продукцию оксида азота, ROS и белок/липидную архитектуру. В настоящем документе представлены новые механизмы, в которых противоопухолевая активность CoQ10 обусловлена метаболомическим взаимовлиянием ангиогенных и апоптических факторов для ингибирования опухолевого рекрутинга локального кровоснабжения для образования новых сосудов. Кроме того, протеомная и липидомная адаптация была ассоциирована с интерактивными сетями, которые поддерживают физиологические потребности в эндотелиальных клетках в ответ на стимулы окружающей среды. Указанные данные обеспечивают принципиальное понимание селективной адаптации опухолевого ангиогенеза за счет разрегулированных элементов, контролирующих митохондриальный метаболизм.
Пример 10. Использование платформенной технологии для осуществления мультипротеомики.
Модели для установления ферментативной активности.
Как правило, описанную в примере 5 выше ферментативную платформенную технологию можно адаптировать для осуществления дополнительных способов для идентификации модулятора биологической системы или процесса заболевания, такого как ангиогенез. Способы используют модель ангиогенеза, содержащую клетки, связанные с ангиогенезом, для представления характерного аспекта ангиогенеза. Модель применяли для получения по меньшей мере трех уровней данных, а именно (i) первого набора данных, представляющего глобальную ферментативную активность в клетках, связанных с ангиогенезом, (ii) второго набора данных, представляющего эффект глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом, и (iii) третьего набора данных, представляющего глобальные протеомные изменения в клетках, связанных с ангиогенезом. Дополнительные наборы данных представляли собой липидомные, транскриптомные, метаболомические и SNP данные. Данные применяли для создания консенсусной сети причинно-следственных связей между глобальной ферментативной активностью, эффектом глобальной ферментативной активности и глобальными протеомными изменениями. Консенсусную сеть причинно-следственных связей основывают исключительно на первом, втором и третьем наборах данных с применением программируемого вычислительного устройства (т.е. не на основании какой-либо другой известной биологической взаимосвязи). Консенсусную сеть причинно-следственных связей затем используют для идентификации причинноследственной связи, уникальной для ангиогенеза, где по меньшей мере один ген или белок, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируют как модулятор ангиогенеза.
В настоящем примере платформенную технологию адаптировали для осуществления мультипротеомных техник для измерения ферментативной активности, связанной с ангиогенезом, и прямых эффектов этой активности на протеом; и тем самым, для обеспечения системы, которую можно использовать для понимания причинно-следственных связей между ферментами (например, киназами и/или протеазами) и их метаболитами/субстратами в контексте глобальных изменений в клеточном протеоме в ходе ангиогенеза. Такие техники могут предоставить ценные сведения, поскольку ферментативная активность может быть противоположна экспрессии фермента (например, активность отрицательно регулируется, а экспрессия положительно регулируется). Реляционные карты, полученные в результате такого анализа, могут предоставить мишени для лечения заболевания путем модуляции ангиогенеза, а также диагностические/прогностические маркеры, связанные с ангиогенезом. Такие мишени и маркеры могут включать терапевтические композиции и способы. Техники создания моделей, получения наборов данных, создания консенсусных сетей причинно-следственных связей и идентификации причинно-следственных связей, уникальных для ангиогенеза, обсуждаются в кратком и подробном раскрытии настоящего изобретения и примерах выше. Дополнительные техники создания моделей и получения наборов данных, представляющих глобальную ферментативную активность и эффект глобальной ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов, представлены ниже.
- 110 038600
Во-первых, модель создают в соответствии с платформенной технологией, в которой, например, клеточные линии подвергают воздействию условий, имитирующих заболевание, и тщательно исследуют, подвергая возмущающему воздействию окружающей среды (например, воздействию модулятора ангиогенеза, например, CoQ10, авастина, ингибитора VEGF, ангиостатина, бевацизумаба, изменением конфлюэнтности клеток HUVEC). Контроль включали для сравнения. Во-вторых, ферментативную активность и ее нижележащие эффекты отслеживали в контексте глобальных протеомных изменений путем анализа (i) глобальной ферментативной активности, (ii) конкретного эффекта ферментативной активности на протеом (например, метаболиты/субстраты ферментативной активности), и (iii) глобального эффекта на клеточный протеом. В-третьих, наборы данных анализируют в соответствии с платформенной технологией для идентификации представляющих интерес модуляторов. Например, ангиогенную модель можно тщательно исследовать с помощью известного модулятора ангиогенеза; можно анализировать эффекты этого возмущающего воздействия на систему на глобальную киназную активность, наряду с полученными эффектами на фосфопротеом и целый протеом; и набор данный можно анализировать с помощью основанной на ИИ системы REFS™.
Например, клетки HUVEC, выращиваемые при различных условиях, могут использовать для имитации ангиогенных и нормальных (например, неангиогенных) состояний. Так как ангиогенез не происходит у взрослых людей, за исключением конкретных обстоятельств, например, при беременности, заживлении ран и т.д., присутствие ангиогенных маркеров, идентифицированных с применением указанного подхода, может применяться в качестве маркеров-индикаторов болезненного состояния, например, злокачественной опухоли, ревматоидного артрита, возрастной макулярной дегенерации или диабетической ретинопатии.
Указанный иллюстративный пример комбинирует мощность (i) клеточной биологии, (ii) интегрированных платформ протеомики и платформы информатики, что генерирует сети белковых причинноследственных связей для выяснения роли посттрансляционной модификации, например, фосфорилирования, и ферментов, которые участвуют в таких механизмах, например, киназ, в ангиогенезе. В частности, указанный подход включает основанную на активности протеомику с использованием зондов обогащения по АТФ-связывающим доменам и фосфопротеомное картирование общих белков в моделях ангиогенеза.
Данные сравнительной протеомики, фосфопротеома и ферментативной активности интегрируют в основанную на ИИ платформу информатики REFS™. Затем создают сети причинно-следственных связей белкового взаимодействия, в частности, из функциональной конечной точки, а именно киназной/ферментативной активности и потенциальных мишеней, которые киназы могут фосфорилировать. Кроме того, с применением клеточных функциональных выходных данных определяют ферменты/ киназы, которые модулируют фосфорилирование мишеней и управляют механизмом патофизиологического клеточного поведения. Иллюстративное осуществление, предусмотренное в настоящем документе, облегчает получение глобальных характеристик клеточных ответов, дает понимание механизмов ангиогенеза и предоставляет потенциальные мишени/биомаркеры для клинического ведения ангиогенеза.
В качестве иллюстративного примера, клетки, представляющие нормальные клетки и ангиогенные клетки, выбирают для сравнения. Как продемонстрировано в настоящем документе, клетки HUVEC, которые выращивали в субконфлюэнтных культурах, демонстрируют характеристики ангиогенеза, тогда как конфлюэнтные клетки HUVEC этого не показывают. Обработка субконфлюэнтных культур клеток HUVEC с помощью CoQ10 сдвигает клетки HUVEC в неангиогенное состояние, как продемонстрировано в настоящем документе. Как и в случае предусмотренных выше протеомных способов, способы анализа ферментативной активности могут включать в себя парный анализ клеток HUVEC, выращенных в любых условиях, и необязательно дополнительный анализ результатов из парного сравнения с результатами из третьего набора данных.
В качестве иллюстративного варианта осуществления собирают эквивалентные количества клеток HUVEC, культивированных в конфлюэнтных и неконфлюэнтных культурах, и клетки обогащают в отношении присутствия представляющих интерес пептидов, например, фосфопептидов. Сравнительный анализ проводят, как в примере 5, для обнаружения изменений в ферментативной активности, связанной с ангиогенезом.
Включение посредством ссылки.
Содержание всех приведенных ссылок (включающих в себя литературные ссылки, патенты, патентные заявки, GenBank Numbers в версии, доступной на дату подачи настоящей заявки, и веб-сайты), которые могут быть приведены в настоящем изобретении, явным образом полностью включены в настоящий документ посредством ссылки, так же как и приведенные ссылки. В практическом использовании настоящего изобретения будут использованы, если не указано иное, обычные техники состава белка, которые хорошо известны в настоящей области техники.
Эквиваленты.
Настоящее изобретение может быть осуществлено в других конкретных формах без отхода от сущности или существенных характеристик настоящего изобретения. Предшествующие варианты осуществ- 111 038600 ления, следовательно, следует рассматривать во всех отношениях как иллюстративные, а не ограничивающие настоящее изобретение, описанное в настоящем документе. Объем изобретения, таким образом, определяется прилагаемой формулой изобретения, а не вышеприведенным описанием, и все изменения, которые подпадают под значение и диапазон эквивалентности формулы изобретения, следовательно, предназначены для включения в настоящий документ.
Аминокислотные и кДНК последовательности для родственных белков
1. TCOF1: синдром Тричера Коллинза-Франческетти 1
ЛОКУС NM_000356
АК: MAEARKRRELLPLIYHHLLRAGYVRAAREVKEQSGQKCFLAQPV
TLLDIYTHWQQTSELGRKRKAEEDAALQAKKTRVSDPISTSESSEEEEEAEAETAKAT PRLASTNSSVLGADLPSSMKEKAKAETEKAGKTGNSMPHPATGKTVANLLSGKSPRKS AEPSANTTLVSETEEEGSVPAFGAAAKPGMVSAGQADSSSEDTSSSSDETDVEVKASE KILQVRAASAPAKGTPGKGATPAPPGKAGAVASQTKAGKPEEDSESSSEESSDSEEET PAAKALLQAKASGKTSQVGAASAPAKESPRKGAAPAPPGKTGPAVAKAQAGKREEDSQ SSSEESDSEEEAPAQAKPSGKAPQVRAASAPAKESPRKGAAPAPPRKTGPAAAQVQVG KQEEDSRSSSEESDSDREALAAMNAAQVKPLGKSPQVKPASTMGMGPLGKGAGPVPPG KVGPATPSAQVGKWEEDSESSSEESSDSSDGEVPTAVAPAQEKSLGNILQAKPTSSPA KGPPQKAGPVAVQVKAEKPMDNSESSEESSDSADSEEAPAAMTAAQAKPALKIPQTKA CPKKTNTTASAKVAPVRVGTQAPRKAGTATSPAGSSPAVAGGTQRPAEDSSSSEESDS EEEKTGLAVTVGQAKSVGKGLQVKAASVPVKGSLGQGTAPVLPGKTGPTVTQVKAEKQ EDSESSEEESDS EEAAAS PAQVKT SVKKTQAKANPAAARAP SAKGTISAPGKVVTAAA QAKQRSPSKVKPPVRNPQNSTVLARGPASVPSVGKAVATAAQAQTGPEEDSGSSEEES DSEEEAETLAQVKPSGKTHQIRAALAPAKESPRKGAAPTPPGKTGPSAAQAGKQDDSG SSSEESDSD GEAPAAVT SAQVIКР Р LIFVD PN RS PAG РААТ PAQAQAAS Т Р RKARAS Е STARSSSSESEDEDVIPATQCLTPGIRTNWTMPTAHPRIAPKASMAGASSSKESSRI SDGKKQEGPATQVSKKNPASLPLTQAALKVLAQKASEAQPPVARTQPSSGVDSAVGTL PATSPQSTSVQAKGTNKLRKPKLPEVQQATKAPESSDDSEDSSDSSSGSEEDGEGPQG AKSAHTLGPTPSRTETLVEETAAESSEDDWAPSQSLLSGYMTPGLTPANSQASKATP KLDSSPSVSSTLAAKDDPDGKQEAKPQQAAGMLSPKTGGKEAASGTTPQKSRKPKKGA GNPQASTLALQSNITQCLLGQPWPLNEAQVQASWKVLTELLEQERKKWDTTKESSR KGWESRKRKLSGDQPAARTPRSKKKKKLGAGEGGEASVSPEKTSTTSKGKAKRDKASG DVKEKKGKGSLGSQGAKDEPEEELQKGMGTVEGGDQSNPKSKKEKKKSDKRKKDKEKK EKKKKAKKASTKDSESPSQKKKKKKKKTAEQTV кДНК: 1 gaaagaggag ccggaagtgt ggcgcgcgag gtctaagggc gcgagggaag tggcgggcgg ggactaaggc ggggcgtgca ggtagccggc cggccggggg tcgcgggtat ggccgaggcc
121 aggaagcggc gggagctact tcccctgatc taccaccatc tgctgcgggc tggctatgtg
181 cgtgcggcgc gggaagtgaa ggagcagagc ggccagaagt gtttcctggc tcagcccgta
241 acccttctgg acatctatac acactggcaa caaacctcag agcttggtcg gaagcggaag
301 gcagaggaag atgcggcact gcaagctaag aaaacccgtg tgtcagaccc catcagcacc
361 tcggagagct cggaagagga ggaagaagca gaagccgaaa ccgccaaagc caccccaaga
421 ctagcatcta ccaactcctc agtcctgggg gcggacttgc catcaagcat gaaagaaaaa
481 gccaaggcag agacagagaa agctggcaag actgggaatt ccatgccaca ccctgccact
541 gggaagacgg tggccaacct tctttctggg aagtctccca ggaagtcagc agagccctca
601 gcaaatacta cgttggtctc agaaactgag gaggagggca gcgtcccggc ctttggagct
661 gctgccaagc ctgggatggt gtcagcgggc caggccgaca gctccagcga ggacacctcc
721 agctccagtg atgagacaga cgtggaggta aaggcctctg aaaaaattct ccaggtcaga
781 gctgcctcag cccctgccaa ggggacccct gggaaagggg ctaccccagc accccctggg
841 aaggcagggg ctgtagcctc ccagaccaag gcagggaagc cagaggagga ctcagagagc
901 agcagcgagg agtcatctga cagtgaggag gagacgccag ctgccaaggc cctgcttcag
961 gcgaaggcct caggaaaaac ctctcaggtc ggagctgcct cagcccctgc caaggagtcc
1021 cccaggaaag gagctgcccc agcgccccct gggaagacag ggcctgcagt tgccaaggcc
1081 caggcgggga agcgggagga ggactcgcag agcagcagcg aggaatcgga cagtgaggag
1141 gaggcgcctg ctcaggcgaa gccttcaggg aaggcccccc aggtcagagc cgcctcggcc
1201 cctgccaagg agtcccccag gaaaggggct gccccagcac ctcctaggaa aacagggcct
1261 gcagccgccc aggtccaggt ggggaagcag gaggaggact caagaagcag cagcgaggag
1321 tcagacagtg acagagaggc actggcagcc atgaatgcag ctcaggtgaa gcccttgggg
1381 aaaagccccc aggtgaaacc tgcctctacc atgggcatgg ggcccttggg gaaaggcgcc
1441 ggcccagtgc cacccgggaa ggtggggcct gcaaccccct cagcccaggt ggggaagtgg
1501 gaggaggact cagagagcag tagtgaggag tcatcagaca gcagtgatgg agaggtgccc
1561 acagctgtgg ccccggctca ggaaaagtcc ttggggaaca tcctccaggc caaacccacc
1621 tccagtcctg ccaaggggcc ccctcagaag gcagggcctg tagccgtcca ggtcaaggct
1681 gaaaagccca tggacaactc ggagagcagc gaggagteat cggacagtgc ggacagtgag
- 112 038600
1741 gaggcaccag cagccatgac tgcagctcag gcaaaaccag ctctgaaaat tcctcagacc
1801 aaggcctgcc caaagaaaac caataccact gcatctgcca aggtcgcccc tgtgcgagtg
1861 ggcacccaag ccccccggaa agcaggaact gcgacttctc cagcaggctc atccccagct
1921 gtggctgggg gcacccagag accagcagag gattcttcaa gcagtgagga atcagatagt
1981 gaggaagaga agacaggtct tgcagtaacc gtgggacagg caaagtctgt ggggaaaggc
2041 ctccaggtga aagcagcctc agtgcctgtc aaggggtcct tggggcaagg gactgctcca
2101 gtactccctg ggaagacggg gcctacagtc acccaggtga aagctgaaaa gcaggaagac
2161 tctgagagca gtgaggagga atcagacagt gaggaagcag ctgcatctcc agcacaggtg
2221 aaaacctcag taaagaaaac ccaggccaaa gccaacccag ctgccgccag agcaccttca
2281 gcaaaaggga caatttcagc ccctggaaaa gttgtcactg cagctgctca agccaagcag
2341 aggtctccat ccaaggtgaa gccaccagtg agaaaccccc agaacagtac cgtcttggcg
2401 aggggcccag catctgtgcc atctgtgggg aaggccgtgg ctacagcagc tcaggcccag
2461 acagggccag aggaggactc agggagcagt gaggaggagt cagacagtga ggaggaggcg
2521 gagacgctgg ctcaggtgaa gccttcaggg aagacccacc agatcagagc tgccttggct
2581 cctgccaagg agtcccccag gaaaggggct gccccaacac ctcctgggaa gacagggcct
2641 tcggctgccc aggcagggaa gcaggatgac tcagggagca gcagcgagga atcagacagt
2701 gatggggagg caccggcagc tgtgacctct gcccaggtga ttaaaccccc tctgattttt
2761 gtcgacccta atcgtagtcc agctggccca gctgctacac ccgcacaagc ccaggctgca
2821 agcaccccga ggaaggcccg agcctcggag agcacagcca ggagctcctc ctccgagagc
2881 gaggatgagg acgtgatccc cgctacacag tgcttgactc ctggcatcag aaccaatgtg
2941 gtgaccatgc ccactgccca cccaagaata gcccccaaag ccagcatggc tggggccagc
3001 agcagcaagg agtccagtcg gatatcagat ggcaagaaac aggagggacc agccactcag
3061 gtgtcaaaga agaacccagc ttccctccca ctgacccagg ctgccctgaa ggtcctcgcc
3121 cagaaagcca gtgaggctca gcctcctgtt gccaggaccc agccttcaag tggggttgac
3181 agtgctgtgg gaacactccc tgcaacaagt ccccagagca cctccgtcca ggccaaaggg
3241 accaacaagc tcagaaaacc taagcttcct gaggtccagc aggccaccaa agcccctgag
3301 agctcagatg acagtgagga cagcagcgac agttcttcag ggagtgagga agatggtgaa
3361 gggccccagg gggccaagtc agcccacacg ctgggtccca ccccctccag gacagagacc
3421 ctggtggagg agaccgcagc agagtccagc gaggatgatg tggtggcgcc atcccagtct
3481 ctcctctcag gttatatgac ccctggacta accccagcca attcccaggc ctcaaaagcc
3541 actcccaagc tagactccag cccctcagtt tcctctactc tggccgccaa agatgaccca
3601 gatggcaagc aggaggcaaa gccccaacag gcagcaggca tgttgtcccc taaaacaggt
3661 ggaaaagagg ctgcttcagg caccacacct cagaagtccc ggaagcccaa gaaaggggct
3721 gggaaccccc aagcctcaac cctggcgctg caaagcaaca tcacccagtg cctcctgggc
3781 caaccctggc ccctgaatga ggcccaggtg caggcctcag tggtgaaggt cctgactgag
3841 ctgctggaac aggaaagaaa gaaggtggtg gacaccacca aggagagcag caggaagggc
3901 tgggagagcc gcaagcggaa gctatcggga gaccagccag ctgccaggac ccccaggagc
3961 aagaagaaga agaagctggg ggccggggaa ggtggggagg cctctgtttc cccagaaaag
4021 acctccacga cttccaaggg gaaagcaaag agagacaaag caagtggtga tgtcaaggag
4081 aagaaaggga aggggtctct tggctcccaa ggggccaagg acgagccaga agaggagctt
4141 cagaagggga tggggacggt tgaaggtgga gatcaaagca acccaaagag caagaaggag
4201 aagaagaaat ccgacaagag aaaaaaagac aaagaaaaaa aagaaaagaa gaagaaagca
4261 aaaaaggcct caaccaaaga ttctgagtca ccgtcccaga agaaaaagaa gaaaaagaag
4321 aagacagcag agcagactgt atgacgagca ccagcaccag gcacagggat ttcctagccg
4381 agcagtggcc atccccatgc ctctgacctc caccgacctc tgcccaccat gggttggaac
4441 taaactgtta ccttccctcg ctccacagaa gaagacagcc agcttcaggg gtccctgtgc
4501 tggccaagcc agtgagcctg cggggaggct ggtccaagga gaaagtggac cagctcccat
4561 gacctcaccc cactccccca acacaggacg cttcatatag atgtgtacag tatatgtatt
4621 tttttaagtg acctcctctc cttccacaga ccccacatgc ccaaaggcct cgggacttcc
4681 caccaccttg ctccacagat ccagctaggc ctgacctgtg cctcatcccg tgccgctcgg
4741 tctctggctg atcccgaggc tttgtcttcc tctcgtcagt tcttttggtt gtgttttttg
4801 tttttttttt aataactcaa aaaaaaaata aaagacttgg aggaagggtg caagctccca
4861 gtgcaaaaaa aaaaaaaaaa aa //
2. TOP2A: топоизомераза Homo sapiens
ЛОКУС NM_001067
AK TpaHcn44H4=MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHIL LRPDTYIGSVELVTQQMWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKM SCIRVTIDPENNLISIWNNGKGIPWEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTG GRNGYGAKLCNIFSTKFTVETASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCIT
- 113 038600
FQPDLSKFKMQSLDKDIVALMVRRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLK DKLDETGNSLKVIHEQVNHRWEVCLTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIV TKLVDWKKKNKGGVAVKAHQVKNHMWIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTC QLS EKFIKAAIGCGIVESILNWVKFKAQVQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGR NSTECTLILTEGDSAKTLAVSGLGWGRDKYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEIN NIIKIVGLQYKKNYEDEDSLKTLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLR HRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAFYSLPEFEEWKSSTPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEA KEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAISLAFSKKQIDDRKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPE DYLYGQTTTYLTYNDFINKELILFSNSDNERSIPSMVDGLKPGQRKVLFTCFKRNDKR EVKVAQLAGSVAEMSSYHHGEMSLMMTIINLAQNFVGSNNLNLLQPIGQFGTRLHGGK DSASPRYIFTMLSSLARLLFPPKDDHTLKFLYDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGI GTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRLMDGEEPLPMLPSYKNFKGTIEELAPNQYVISGEVA ILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQVLEPMLNGTEKTPPLITDYREYHTDTTVKFWKM TEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNSMVLFDHVGCLKKYDTVLDILRDFFELRLKYY GLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKIDGKIIIENKPKKELIKVLIQRGYDSDPVK AWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVTDSGPTFNYLLDMPLWYLTKEKKDELCR LRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELEAVEAKEKQDEQVGLPGKGGKAKGKK TQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKKNKKKIKNENTEGSPQEDGVELEGLKQRL EKKQKREPGTKTKKQTTLAFKPIKKGKKRNPWSDSESDRSSDESNFDVPPRETEPRRA ATKTKFTMDLDSDEDFSDFDEKTDDEDFVPSDASPPKTKTSPKLSNKELKPQKSWSD LEADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEITNPVPKKNVTVKKTAAKSQSSTSTTGAKKRA APKGTKRDPALNSGVSQKPDPAKTKNRRKRKPSTSDDSDSNFEKIVSKAVTSKKSKGE SDDFHMDFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDEDDLF кДНК: 1 gattggctgg tctgcttcgg gcgggctaaa ggaaggttca agtggagctc tcctaaccga cgcgcgtctg tggagaagcg gcttggtcgg gggtggtctc gtggggtcct gcctgtttag
121 tcgctttcag ggttcttgag ccccttcacg accgtcacca tggaagtgtc accattgcag
181 cctgtaaatg aaaatatgca agtcaacaaa ataaagaaaa atgaagatgc taagaaaaga
241 ctgtctgttg aaagaatcta tcaaaagaaa acacaattgg aacatatttt gctccgccca
301 gacacctaca ttggttctgt ggaattagtg acccagcaaa tgtgggttta cgatgaagat
361 gttggcatta actataggga agtcactttt gttcctggtt tgtacaaaat ctttgatgag
421 attctagtta atgctgcgga caacaaacaa agggacccaa aaatgtcttg tattagagtc
481 acaattgatc cggaaaacaa tttaattagt atatggaata atggaaaagg tattcctgtt
541 gttgaacaca aagttgaaaa gatgtatgtc ccagctctca tatttggaca gctcctaact
601 tctagtaact atgatgatga tgaaaagaaa gtgacaggtg gtcgaaatgg ctatggagcc
661 aaattgtgta acatattcag taccaaattt actgtggaaa cagccagtag agaatacaag
721 aaaatgttca aacagacatg gatggataat atgggaagag ctggtgagat ggaactcaag
781 cccttcaatg gagaagatta tacatgtatc acctttcagc ctgatttgtc taagtttaaa
841 atgcaaagcc tggacaaaga tattgttgca ctaatggtca gaagagcata tgatattgct
901 ggatccacca aagatgtcaa agtctttctt aatggaaata aactgccagt aaaaggattt
961 cgtagttatg tggacatgta tttgaaggac aagttggatg aaactggtaa ctccttgaaa
1021 gtaatacatg aacaagtaaa ccacaggtgg gaagtgtgtt taactatgag tgaaaaaggc
1081 tttcagcaaa ttagctttgt caacagcatt gctacatcca agggtggcag acatgttgat
1141 tatgtagctg atcagattgt gactaaactt gttgatgttg tgaagaagaa gaacaagggt
1201 ggtgttgcag taaaagcaca tcaggtgaaa aatcacatgt ggatttttgt aaatgcctta
1261 attgaaaacc caacctttga ctctcagaca aaagaaaaca tgactttaca acccaagagc
1321 tttggatcaa catgccaatt gagtgaaaaa tttatcaaag ctgccattgg ctgtggtatt
1381 gtagaaagca tactaaactg ggtgaagttt aaggcccaag tccagttaaa caagaagtgt
1441 tcagctgtaa aacataatag aatcaaggga attcccaaac tcgatgatgc caatgatgca
1501 gggggccgaa actccactga gtgtacgctt atcctgactg agggagattc agccaaaact
1561 ttggctgttt caggccttgg tgtggttggg agagacaaat atggggtttt ccctcttaga
1621 ggaaaaatac tcaatgttcg agaagcttct cataagcaga tcatggaaaa tgctgagatt
1681 aacaatatca tcaagattgt gggtcttcag tacaagaaaa actatgaaga tgaagattca
1741 ttgaagacgc ttcgttatgg gaagataatg attatgacag atcaggacca agatggttcc
1801 cacatcaaag gcttgctgat taattttatc catcacaact ggccctctct tctgcgacat
1861 cgttttctgg aggaatttat cactcccatt gtaaaggtat ctaaaaacaa gcaagaaatg
1921 gcattttaca gccttcctga atttgaagag tggaagagtt ctactccaaa tcataaaaaa
1981 tggaaagtca aatattacaa aggtttgggc accagcacat caaaggaagc taaagaatac
2041 tttgcagata tgaaaagaca tcgtatccag ttcaaatatt ctggtcctga agatgatgct
2101 gctatcagcc tggcctttag caaaaaacag atagatgatc gaaaggaatg gttaactaat
2161 ttcatggagg atagaagaca acgaaagtta cttgggcttc ctgaggatta cttgtatgga
- 114 038600
2221 caaactacca catatctgac atataatgac ttcatcaaca aggaacttat cttgttctca 2281 aattctgata acgagagatc tatcccttct atggtggatg gtttgaaacc aggtcagaga 2341 aaggttttgt ttacttgctt caaacggaat gacaagcgag aagtaaaggt tgcccaatta 2401 gctggatcag tggctgaaat gtcttcttat catcatggtg agatgtcact aatgatgacc 2461 attatcaatt tggctcagaa ttttgtgggt agcaataatc taaacctctt gcagcccatt 2521 ggtcagtttg gtaccaggct acatggtggc aaggattctg ctagtccacg atacatcttt 2581 acaatgctca gctctttggc tcgattgtta tttccaccaa aagatgatca cacgttgaag 2641 tttttatatg atgacaacca gcgtgttgag cctgaatggt acattcctat tattcccatg 2701 gtgctgataa atggtgctga aggaatcggt actgggtggt cctgcaaaat ccccaacttt 2761 gatgtgcgtg aaattgtaaa taacatcagg cgtttgatgg atggagaaga acctttgcca 2821 atgcttccaa gttacaagaa cttcaagggt actattgaag aactggctcc aaatcaatat 2881 gtgattagtg gtgaagtagc tattcttaat tctacaacca ttgaaatctc agagcttccc 2941 gtcagaacat ggacccagac atacaaagaa caagttctag aacccatgtt gaatggcacc 3001 gagaagacac ctcctctcat aacagactat agggaatacc atacagatac cactgtgaaa 3061 tttgttgtga agatgactga agaaaaactg gcagaggcag agagagttgg actacacaaa 3121 gtcttcaaac tccaaactag tctcacatgc aactctatgg tgctttttga ccacgtaggc 3181 tgtttaaaga aatatgacac ggtgttggat attctaagag acttttttga actcagactt 3241 aaatattatg gattaagaaa agaatggctc ctaggaatgc ttggtgctga atctgctaaa 3301 ctgaataatc aggctcgctt tatcttagag aaaatagatg gcaaaataat cattgaaaat 3361 aagcctaaga aagaattaat taaagttctg attcagaggg gatatgattc ggatcctgtg 3421 aaggcctgga aagaagccca gcaaaaggtt ccagatgaag aagaaaatga agagagtgac 3481 aacgaaaagg aaactgaaaa gagtgactcc gtaacagatt ctggaccaac cttcaactat 3541 cttcttgata tgcccctttg gtatttaacc aaggaaaaga aagatgaact ctgcaggcta 3601 agaaatgaaa aagaacaaga gctggacaca ttaaaaagaa agagtccatc agatttgtgg 3661 aaagaagact tggctacatt tattgaagaa ttggaggctg ttgaagccaa ggaaaaacaa 3721 gatgaacaag tcggacttcc tgggaaaggg gggaaggcca aggggaaaaa aacacaaatg 3781 gctgaagttt tgccttctcc gcgtggtcaa agagtcattc cacgaataac catagaaatg 3841 aaagcagagg cagaaaagaa aaataaaaag aaaattaaga atgaaaatac tgaaggaagc 3901 cctcaagaag atggtgtgga actagaaggc ctaaaacaaa gattagaaaa gaaacagaaa 3961 agagaaccag gtacaaagac aaagaaacaa actacattgg catttaagcc aatcaaaaaa 4021 ggaaagaaga gaaatccctg gtctgattca gaatcagata ggagcagtga cgaaagtaat 4081 tttgatgtcc ctccacgaga aacagagcca cggagagcag caacaaaaac aaaattcaca 4141 atggatttgg attcagatga agatttctca gattttgatg aaaaaactga tgatgaagat 4201 tttgtcccat cagatgctag tccacctaag accaaaactt ccccaaaact tagtaacaaa 4261 gaactgaaac cacagaaaag tgtcgtgtca gaccttgaag ctgatgatgt taagggcagt 4321 gtaccactgt cttcaagccc tcctgctaca catttcccag atgaaactga aattacaaac 4381 ccagttccta aaaagaatgt gacagtgaag aagacagcag caaaaagtca gtcttccacc 4441 tccactaccg gtgccaaaaa aagggctgcc ccaaaaggaa ctaaaaggga tccagctttg 4501 aattctggtg tctctcaaaa gcctgatcct gccaaaacca agaatcgccg caaaaggaag 4561 ccatccactt ctgatgattc tgactctaat tttgagaaaa ttgtttcgaa agcagtcaca 4621 agcaagaaat ccaaggggga gagtgatgac ttccatatgg actttgactc agctgtggct 4681 cctcgggcaa aatctgtacg ggcaaagaaa cctataaagt acctggaaga gtcagatgaa 4741 gatgatctgt tttaaaatgt gaggcgatta ttttaagtaa ttatcttacc aagcccaaga 4801 ctggttttaa agttacctga agctcttaac ttcctcccct ctgaatttag tttggggaag 4861 gtgtttttag tacaagacat caaagtgaag taaagcccaa gtgttcttta gctttttata 4921 atactgtcta aatagtgacc atctcatggg cattgttttc ttctctgctt tgtctgtgtt 4981 ttgagtctgc tttcttttgt ctttaaaacc tgatttttaa gttcttctga actgtagaaa 5041 tagctatctg atcacttcag cgtaaagcag tgtgtttatt aaccatccac taagctaaaa 5101 ctagagcagt ttgatttaaa agtgtcactc ttcctccttt tctactttca gtagatatga 5161 gatagagcat aattatctgt tttatcttag ttttatacat aatttaccat cagatagaac 5221 tttatggttc tagtacagat actctactac actcagcctc ttatgtgcca agtttttctt 5281 taagcaatga gaaattgctc atgttcttca tcttctcaaa tcatcagagg ccgaagaaaa 5341 acactttggc tgtgtctata acttgacaca gtcaatagaa tgaagaaaat tagagtagtt 5401 atgtgattat ttcagctctt gacctgtccc ctctggctgc ctctgagtct gaatctccca 5461 aagagagaaa ccaatttcta agaggactgg attgcagaag actcggggac aacatttgat 5521 ccaagatctt aaatgttata ttgataacca tgctcagcaa tgagctatta gattcatttt 5581 gggaaatctc cataatttca atttgtaaac tttgttaaga cctgtctaca ttgttatatg 5641 tgtgtgactt gagtaatgtt atcaacgttt ttgtaaatat ttactatgtt tttctattag 5701 ctaaattcca acaattttgt actttaataa aatgttctaa acattgcaac cca //
- 115 038600
3. CAMK2A: CAMK2A кальций/кальмодулин-зависимая протеинкиназа II альфа [ Homo sapiens ]
ЛОКУС: NM_015981.3 (изоформа 1)
АК /TpaHcn44H4=MATITCTRFTEEYQLFEELGKGAFSWRRCVKVLAGQEYAAKII NTKKLSARDHQKLEREARICRLLKHPNIVRLHDSISEEGHHYLIFDLVTGGELFEDIV AREYYSEADASHCIQQILEAVLHCHQMGWHRDLKPENLLLASKLKGAAVKLADFGLA IEVEGEQQAWFGFAGTPGYLSPEVLRKDPYGKPVDLWACGVILYILLVGYPPFWDEDQ HRLYQQIKAGAYDFPSPEWDTVTPEAKDLINKMLTINPSKRITAAEALKHPWISHRST VASCMHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSGGKSGGNKKSDGVKKRKSSS SVQLMESSESTNTTIEDEDTKVRKQEIIKVTEQLIEAISNGDFESYTKMCDPGMTAFE PEALGNLVEGLDFHRFYFENLWSRNSKPVHTTILNPHIHLMGDESACIAYIRITQYLD AGGIPRTAQSEETRVWHRRDGKWQIVHFHRSGAPSVLPH кДНК: 1 ggttgccatg gggacctgga tgctgacgaa ggctcgcgag gctgtgagca gccacagtgc cctgctcaga agccccgggc tcgtcagtca aaccggttct ctgtttgcac tcggcagcac
121 gggcaggcaa gtggtcccta ggttcgggag cagagcagca gcgcctcagt cctggtcccc
181 cagtcccaag cctcacctgc ctgcccagcg ccaggatggc caccatcacc tgcacccgct
241 tcacggaaga gtaccagctc ttcgaggaat tgggcaaggg agccttctcg gtggtgcgaa
301 ggtgtgtgaa ggtgctggct ggccaggagt atgctgccaa gatcatcaac acaaagaagc
361 tgtcagccag agaccatcag aagctggagc gtgaagcccg catctgccgc ctgctgaagc
421 accccaacat cgtccgacta catgacagca tctcagagga gggacaccac tacctgatct
481 tcgacctggt cactggtggg gaactgtttg aagatatcgt ggcccgggag tattacagtg
541 aggcggatgc cagtcactgt atccagcaga tcctggaggc tgtgctgcac tgccaccaga
601 tgggggtggt gcaccgggac ctgaagcctg agaatctgtt gctggcctcc aagctcaagg
661 gtgccgcagt gaagctggca gactttggcc tggccataga ggtggagggg gagcagcagg
721 catggtttgg gtttgcaggg actcctggat atctctcccc agaagtgctg cggaaggacc
781 cgtacgggaa gcctgtggac ctgtgggctt gtggggtcat cctgtacatc ctgctggttg
841 ggtacccccc gttctgggat gaggaccagc accgcctgta ccagcagatc aaagccggcg
901 cctatgattt cccatcgccg gaatgggaca ctgtcacccc ggaagccaag gatctgatca
961 ataagatgct gaccattaac ccatccaaac gcatcacagc tgccgaagcc cttaagcacc
1021 cctggatctc gcaccgctcc accgtggcat cctgcatgca cagacaggag accgtggact
1081 gcctgaagaa gttcaatgcc aggaggaaac tgaagggagc cattctcacc acgatgctgg
1141 ccaccaggaa cttctccgga gggaagagtg ggggaaacaa gaagagcgat ggtgtgaaga
1201 aaagaaagtc cagttccagc gttcagttaa tggaatcctc agagagcacc aacaccacca
1261 tcgaggatga agacaccaaa gtgcggaaac aggaaattat aaaagtgaca gagcagctga
1321 ttgaagccat aagcaatgga gattttgagt cctacacgaa gatgtgcgac cctggcatga
1381 cagccttcga acctgaggcc ctggggaacc tggttgaggg cctggacttc catcgattct
1441 attttgaaaa cctgtggtcc cggaacagca agcccgtgca caccaccatc ctgaatcccc
1501 acatccacct gatgggcgac gagtcagcct gcatcgccta catccgcatc acgcagtacc
1561 tggacgctgg cggcatccca cgcaccgccc agtcggagga gacccgtgtc tggcaccgcc
1621 gggatggcaa atggcagatc gtccacttcc acagatctgg ggcgccctcc gtcctgcccc
1681 actgagggac caggctgggg tcgctgcgtt gctgtgccgc agagatccac tctgtccgtg
1741 gagtggagct gctggttctc ccaggtggat tttgctggaa ttctcccatg tcatcacccc
1801 accaccgtca cttctgtacc tgcatcaaga aaacctgctt gttcacaaaa gtcatcgcaa
1861 cttcagagcg aacggccaca tctccccacc tctcaccccc accctctccc ctgccaggct
1921 ggggcttcct caggcatggg tgtccacagc actggccccc tctccccagc ctcagctgct
1981 gtccgcctga tctgtcttgg gctgtaggct agaatgcccg ggctggtgcc caccaggggc
2041 tggggagaag gaggggtggc atgatgagga aggcagcatc cgtccgtccc tctcccagac
2101 ctctcctctt ccagtgtccc cggggaaggg cagatgacac tcccttcccc ctaagccaac
2161 cgcactgaag gagtggggag aagagcatac gccaggagcc tcctgcctca aagtgctccc
2221 ctaagtcttc ttcctcctgt gctgacctca gggtggtctg acccttccct cggtgtgggg
2281 gatgtggccc tctcaggtgc ccctacttgc tttctgcttc cttctggtga agtccacctc
2341 caacattaac ctgcccaccc cacccccgtc atccctggag aattccagct ttgtcgtatc
2401 tcagagaggg aatctaattg tttttggggg gcaaaagaaa gcaacgttta ggtatcactt
2461 ctacttggac cgcatgcctt tttatagcca aatttctgtg tatttcgtaa atggatttcg
2521 cgttaatgga tatttatgta ataactagac ttctcagatt attgtgagaa gggtcaggtt
2581 ggaaggggtg taggaagagg ggtgaggggt agtttttttc tgttctagtt tttttttttt
2641 tttttgtcat ctctgaggtg gaccttgtca cctgtggtta ttggggccaa ggtggactca
2701 gctccgggga gaagggcctc tctgccattt cggtcccaag gtgagctgac acaggcgttc
2761 cttttgggac tgtggaagca tcagatgcca gcactgactc aggaacagca agtcagggca
2821 gagaggagga gggaggctgt caggatggaa atacctggac ttttctttgc ttccctcgca
- 116 038600
2881 aactggggtc ttctctaccg aacttcccag gatttcatct caccatatct gtgtgccgcc
2941 cccagcaccc cccacccacc tctggggggc ccgtgagcgt gtgtcttcat tgcctctctc
3001 cccttggcgt ctgatgacca cagcaaagca ctgggaattt ctactcttca tgcctcatcc
3061 tgcagcctcg ggttcgcatt ctctctttct tttcctcttt ccctctttcc ctgggattga
3121 ctctgagtgg aataccttgg cacatccact aggatctact gtctgcactg ttttctttgc
3181 atgactttat acgcagtaag tatgttgaaa acaaacaaaa agaagaaaac actcaacaaa
3241 accaatctac atgttttgga ctaaaaaaaa aaatagaggt tgtattctca gtgtccgact
3301 cggaattatg ttgctgcctc tctgtgcttt tggcctctgt gtggccgtgt tttgccagca
3361 tgagatactg tcccctctgg aggattttag gggaggaaga gccacgtccc cagggattgg
3421 aggaggctcc ggtaccctcg accctcctgg gtgttggttg gagcagaact ggtgaggatg
3481 tttgatccga gattttctga gctctcccca atcaccagct gtctgctggg ttcttttctc
3541 aagtcctgct gcccaggccc aggtgagaca ggcaacgcca ggtctgcagg ccaggagaga
3601 tgctgcccag gcctcctggt ttccaagctg gtccatcact ggcctctgtc cttggcagag
3661 accttgctgc ccaggcccag gggcaggctc ttggcctgcc ccaggcccag agggcttccc
3721 agtaaggccc agtgatccca ttatcccagg ggcaaaacca cctgtcccct tttgagctgc
3781 cagttcccta cagccatccc cagtcaaggg tgagggtgtg gccttcacca ggggctgctg
3841 taattaccga gcaaggtctg agctcttctt cagcctcagt tccctcattg gttaaaaggg
3901 ttctttgttc ccatccagcc gatgaaggag caaacgtctg gctatgtgaa gcctaattta
3961 cctgcaggaa ctggcaggga tagtcactgg ctggactcct gtttacttct agacctggtc
4021 aggctccatc ccctccccca cctgcccctg attcccctcg tcggtgcctg tcaactgctt
4081 ttcagcagtg gactgcaggg gaaagagcag tgatttgggg tgagtaggct tcaattccca
4141 gctctgacca gacttgctgt gtgaccttgg gcaagttcct ttccctcttt ggagcttggt
4201 ttccctgcca gaggaaactg agctggagga gcctgaggtc ctgcctttca ttggctgaca
4261 cacctcctgt ccactgtgtc actctccaag tgccagagaa gtggaggcag atcgctaccc
4321 caggctgaga tggcccccac tgtgaaggcc acgcctgtgg gtgggcagcc acctggtgcc
4381 accacagggc accagggatg atcctgatgt ggcaggcagg ggagactcac agaaaaatct
4441 gcccagagcc taccctcacc agacaaactc tgtgctcctc caaaacatcc tttagatgca
4501 aaataataat aataataata ataaataaat aaataaaaat ccaaacccaa gtcaaaacct
4561 tggctccagc atgaaaacac gtttacagga aagtgttctc ctgggtttgt gcccaccatg
4621 gtgcgaatcc tgacccaagg cctcctgtct cccttcaaag ggagaccctt ttgggggatg
4681 agtttgccag actccccgtg ctggtttctt tgttactatt tgtttggggt tttgttttag
4741 ttcttttttt ttttcttttc ttttttaaaa atatgtggct gtgaacttga atgaacactg
4801 ctcaaacttt ctgctattgg ggggggcggg tgggatggga agaaggggcg tttgttttat
4861 tcttggtgtt ttcagtgcaa taaatagcta caaacttctg tgcaaaaaaa aaaaaaaa //
ЛОКУС NM_171825 (изоформа 2)
AK /TpaHOH44M4=MATITCTRFTEEYQLFEELGKGAFSWRRCVKVLAGQEYAAKI I NTKKLSARDHQKLEREARICRLLKHPNIVRLHDSISEEGHHYLIFDLVTGGELFEDIV AREYYSEADASHCIQQILEAVLHCHQMGWHRDLKPENLLLASKLKGAAVKLADFGLA IEVEGEQQAWFGFAGTPGYLSPEVLRKDPYGKPVDLWACGVILYILLVGYPPFWDEDQ HRLYQQIKAGAYDFPSPEWDTVTPEAKDLINKMLTINPSKRITAAEALKHPWISHRST VASCMHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSGGKSGGNKKSDGVKESSEST NTTIEDEDTKVRKQEIIKVTEQLIEAISNGDFESYTKMCDPGMTAFEPEALGNLVEGL DFHRFYFENLWSRNSKPVHTTILNPHIHLMGDESACIAYIRITQYLDAGGIPRTAQSE ETRVWHRRDGKWQIVHFHRSGAPSVLPH кДНК: 1 ggttgccatg gggacctgga tgctgacgaa ggctcgcgag gctgtgagca gccacagtgc cctgctcaga agccccgggc tcgtcagtca aaccggttct ctgtttgcac tcggcagcac
121 gggcaggcaa gtggtcccta ggttcgggag cagagcagca gcgcctcagt cctggtcccc
181 cagtcccaag cctcacctgc ctgcccagcg ccaggatggc caccatcacc tgcacccgct
241 tcacggaaga gtaccagctc ttcgaggaat tgggcaaggg agccttctcg gtggtgcgaa
301 ggtgtgtgaa ggtgctggct ggccaggagt atgctgccaa gatcatcaac acaaagaagc
361 tgtcagccag agaccatcag aagctggagc gtgaagcccg catctgccgc ctgctgaagc
421 accccaacat cgtccgacta catgacagca tctcagagga gggacaccac tacctgatct
481 tcgacctggt cactggtggg gaactgtttg aagatatcgt ggcccgggag tattacagtg
541 aggcggatgc cagtcactgt atccagcaga tcctggaggc tgtgctgcac tgccaccaga
601 tgggggtggt gcaccgggac ctgaagcctg agaatctgtt gctggcctcc aagctcaagg
661 gtgccgcagt gaagctggca gactttggcc tggccataga ggtggagggg gagcagcagg
721 catggtttgg gtttgcaggg actcctggat atctctcccc agaagtgctg cggaaggacc
781 cgtacgggaa gcctgtggac ctgtgggctt gtggggtcat cctgtacatc ctgctggttg
841 ggtacccccc gttctgggat gaggaccagc accgcctgta ccagcagatc aaagccggcg
- 117 038600
901
961
1021
1081
1141
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501 cctatgattt ataagatgct cctggatctc gcctgaagaa ccaccaggaa aatcctcaga aaattataaa acacgaagat ttgagggcct ccgtgcacac tcgcctacat cggaggagac gatctggggc gtgccgcaga gctggaattc cctgcttgtt cacccccacc ggccccctct atgcccgggc cagcatccgt atgacactcc aggagcctcc tggtctgacc ctgcttcctt cctggagaat aaagaaagca ttctgtgtat tcagattatt ttttttctgt gtggttattg tcccaaggtg ctgactcagg cctggacttt ttcatctcac tgagcgtgtg ggaatttcta cctctttccc atctactgtc aacaaaaaga tagaggttgt cctctgtgtg aggaagagcc ttggttggag accagctgtc aacgccaggt catcactggc gcctgcccca aaaaccacct gggtgtggcc cctcagttcc acgtctggct gactcctgtt cccctcgtcg tttggggtga agttcctttc tgaggtcctg cagagaagtg cctgtgggtg aggcagggga gctcctccaa taaaaatcca cccatcgccg gaccattaac gcaccgctcc gttcaatgcc cttctccgga gagcaccaac agtgacagag gtgcgaccct ggacttccat caccatcctg ccgcatcacg ccgtgtctgg gccctccgtc gatccactct tcccatgtca cacaaaagtc ctctcccctg ccccagcctc tggtgcccac ccgtccctct cttcccccta tgcctcaaag cttccctcgg ctggtgaagt tccagctttg acgtttaggt ttcgtaaatg gtgagaaggg tctagttttt gggccaaggt agctgacaca aacagcaagt tctttgcttc catatctgtg tcttcattgc ctcttcatgc tctttccctg tgcactgttt agaaaacact attctcagtg gccgtgtttt acgtccccag cagaactggt tgctgggttc ctgcaggcca ctctgtcctt ggcccagagg gtcccctttt ttcaccaggg ctcattggtt atgtgaagcc tacttctaga gtgcctgtca gtaggcttca cctctttgga cctttcattg gaggcagatc ggcagccacc gactcacaga aacatccttt aacccaagtc gaatgggaca ccatccaaac accgtggcat aggaggaaac gggaagagtg accaccatcg cagctgattg ggcatgacag cgattctatt aatccccaca cagtacctgg caccgccggg ctgccccact gtccgtggag tcaccccacc atcgcaactt ccaggctggg agctgctgtc caggggctgg cccagacctc agccaaccgc tgctccccta tgtgggggat ccacctccaa tcgtatctca atcacttcta gatttcgcgt tcaggttgga tttttttttt ggactcagct ggcgttcctt cagggcagag cctcgcaaac tgccgccccc ctctctcccc ctcatcctgc ggattgactc tctttgcatg caacaaaacc tccgactcgg gccagcatga ggattggagg gaggatgttt ttttctcaag ggagagatgc ggcagagacc gcttcccagt gagctgccag gctgctgtaa aaaagggttc taatttacct cctggtcagg actgcttttc attcccagct gcttggtttc gctgacacac gctaccccag tggtgccacc aaaatctgcc agatgcaaaa aaaaccttgg ctgtcacccc gcatcacagc cctgcatgca tgaagggagc ggggaaacaa aggatgaaga aagccataag ccttcgaacc ttgaaaacct tccacctgat acgctggcgg atggcaaatg gagggaccag tggagctgct accgtcactt cagagcgaac gcttcctcag cgcctgatct ggagaaggag tcctcttcca actgaaggag agtcttcttc gtggccctct cattaacctg gagagggaat cttggaccgc taatggatat aggggtgtag ttgtcatctc ccggggagaa ttgggactgt aggaggaggg tggggtcttc agcacccccc ttggcgtctg agcctcgggt tgagtggaat actttatacg aatctacatg aattatgttg gatactgtcc aggctccggt gatccgagat tcctgctgcc tgcccaggcc ttgctgccca aaggcccagt ttccctacag ttaccgagca tttgttccca gcaggaactg ctccatcccc agcagtggac ctgaccagac cctgccagag ctcctgtcca gctgagatgg acagggcacc cagagcctac taataataat ctccagcatg ggaagccaag tgccgaagcc cagacaggag cattctcacc gaagagcgat caccaaagtg caatggagat tgaggccctg gtggtcccgg gggcgacgag catcccacgc gcagatcgtc gctggggtcg ggttctccca ctgtacctgc ggccacatct gcatgggtgt gtcttgggct gggtggcatg gtgtccccgg tggggagaag ctcctgtgct caggtgcccc cccaccccac ctaattgttt atgccttttt ttatgtaata gaagaggggt tgaggtggac gggcctctct ggaagcatca aggctgtcag tctaccgaac acccacctct atgaccacag tcgcattctc accttggcac cagtaagtat ttttggacta ctgcctctct cctctggagg accctcgacc tttctgagct caggcccagg tcctggtttc ggcccagggg gatcccatta ccatccccag aggtctgagc tccagccgat gcagggatag tcccccacct tgcaggggaa ttgctgtgtg gaaactgagc ctgtgtcact cccccactgt agggatgatc cctcaccaga aataataata aaaacacgtt gatctgatca cttaagcacc accgtggact acgatgctgg ggtgtgaagg cggaaacagg tttgagtcct gggaacctgg aacagcaagc tcagcctgca accgcccagt cacttccaca ctgcgttgct ggtggatttt atcaagaaaa ccccacctct ccacagcact gtaggctaga atgaggaagg ggaagggcag agcatacgcc gacctcaggg tacttgcttt ccccgtcatc ttggggggca atagccaaat actagacttc gaggggtagt cttgtcacct gccatttcgg gatgccagca gatggaaata ttcccaggat ggggggcccg caaagcactg tctttctttt atccactagg gttgaaaaca aaaaaaaaaa gtgcttttgg attttagggg ctcctgggtg ctccccaatc tgagacaggc caagctggtc caggctcttg tcccaggggc tcaagggtga tcttcttcag gaaggagcaa tcactggctg gcccctgatt agagcagtga accttgggca tggaggagcc ctccaagtgc gaaggccacg ctgatgtggc caaactctgt aataaataaa tacaggaaag
- 118 038600
4561 tgttctcctg ggtttgtgcc caccatggtg cgaatcctga cccaaggcct cctgtctccc 4621 ttcaaaggga gacccttttg ggggatgagt ttgccagact ccccgtgctg gtttctttgt 4681 tactatttgt ttggggtttt gttttagttc tttttttttt tcttttcttt tttaaaaata
4741 tgtggctgtg aacttgaatg aacactgctc aaactttctg ctattggggg gggcgggtgg
4801 gatgggaaga aggggcgttt gttttattct tggtgttttc agtgcaataa atagctacaa
4861 acttctgtgc aaaaaaaaaa aaaaa //
4. CDK1: CDK1 циклинзависимая киназа 1 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001170406 (изоформа 4)
AK/τpaнcляция=MEDYTKIEKIGEGTYGWYKGRHKTTGQWAMKKIRLESEEEGV PSTAIREISLLKELRHPNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDS SLVKVKA кДНК:1 agccgccctt tcctctttct ttcgcgctct agccacccgg gaaggcctgc ccagcgtagc tgggctctga ttggctgctt tgaaagtcta cgggctaccc gattggtgaa tccggggccc
121 tttagcgcgg atctaccata cccattgact aactatggaa gattatacca aaatagagaa
181 aattggagaa ggtacctatg gagttgtgta taagggtaga cacaaaacta caggtcaagt
241 ggtagccatg aaaaaaatca gactagaaag tgaagaggaa ggggttccta gtactgcaat
301 tcgggaaatt tctctattaa aggaacttcg tcatccaaat atagtcagtc ttcaggatgt
361 gcttatgcag gattccaggt tatatctcat ctttgagttt ctttccatgg atctgaagaa
421 atacttggat tctatccctc ctggtcagta catggattct tcacttgtta aggtaaaagc
481 ttaactaatt ttattaatat ttatgcactg tggatataaa gggactatat atagaagtcc
541 ctgcattttg tgggaatatg cttggaaaaa gtgttagaat aagaaaaagt atttcatttt
601 tctccctcat ggttagttta tacaggttag agatacccat gttattacca gatagtgttt
661 ctagtaagta aaaattagtg cctgagataa catagaactg gtaggtattg ttggaagcta
721 gggtagtctg gtctttcttt ggctgtcaga tacatgtaaa acaaagtaat gaaagcctag
781 ggcagagtgg tggttgtagg tgttttattc cagttttgaa catgttttgg tcaatttatt
841 gtagacattt attatatttc aggtaaatta taaaattgta tagttttaag tactgaagta
901 tataaaagtg tcttattctt gcaccagttc taccaaacca ctctgcagag gtagcgctgt
961 tagttttatt tgtaatctta cacttgtatg tatgttcact ttgtatgtat ataaagattt
1021 ttttttttac acaaggtgga cttatttgca tatgtatata tacatatttt cccttttttg
1081 tgtaaaacat tatcaagacg tagatctacc tatgtctatt tacatttttg atataattaa
1141 accacttcca tattgatgaa catttaaatt attttccaac ttggttattg ttgctcttat
1201 taacagtact gcactgaatg tccttataga tatttatctt cgtatgcaac tttataggat
1261 aaatttttag aatgggaatg atggattgaa gatgtttatt tacattttga tagatattgc
1321 cggttgcccc ctaaaaaact tgtagcaatt tactcttaaa tactcatggt gtgtaatact
1381 tattgtttta gtacatcatt gccaaaactt ggttttatca atctgttaac tatgtgaaaa
1441 aggcatatta agattgtttt aattttatat ttcatgacaa tttaacactt catatttagc
1501 tattataaac cgcctatatt ttcgttagga tacgttcttt aacaatcttg catgactttt
1561 ggactttctg cttttatgtc ttgcttaagt cttcctcact caaagatcga atgtattaga
1621 ataatacatg tcagtatttt tctggtagtt ttagtaagtc ctgtcttcca cacatacttt
1681 ttttgtctta aattctgtat taagatttat tttgacttaa aaactgggat acagattctg
1741 ctttatcttt ttcc //
ЛОКУС NM_001786 (изоформа 1)
AK /TpaHCH44H4=MEDYTKIEKIGEGTYGWYKGRHKTTGQWAMKKIRLESEEEGV PSTAIREISLLKELRHPNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDS SLVKSYLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVY THEWTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFR ALGTPNNEVWPEVESLQDYKNTFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRI SGKMALNHPYFNDLDNQIKKM кДНК: 1 agcgcggtga gtttgaaact gctcgcactt ggcttcaaag ctggctcttg gaaattgagc ggagagcgac gcggttgttg tagctgccgc tgcggccgcc gcggaataat aagccgggat
121 ctaccatacc cattgactaa ctatggaaga ttataccaaa atagagaaaa ttggagaagg
181 tacctatgga gttgtgtata agggtagaca caaaactaca ggtcaagtgg tagccatgaa
241 aaaaatcaga ctagaaagtg aagaggaagg ggttcctagt actgcaattc gggaaatttc
301 tctattaaag gaacttcgtc atccaaatat agtcagtctt caggatgtgc ttatgcagga
361 ttccaggtta tatctcatct ttgagtttct ttccatggat ctgaagaaat acttggattc
421 tatccctcct ggtcagtaca tggattcttc acttgttaag agttatttat accaaatcct
- 119 038600
481 acaggggatt gtgttttgtc actctagaag agttcttcac agagacttaa aacctcaaaa
541 tctcttgatt gatgacaaag gaacaattaa actggctgat tttggccttg ccagagcttt
601 tggaatacct atcagagtat atacacatga ggtagtaaca ctctggtaca gatctccaga
661 agtattgctg gggtcagctc gttactcaac tccagttgac atttggagta taggcaccat
721 atttgctgaa ctagcaacta agaaaccact tttccatggg gattcagaaa ttgatcaact
781 cttcaggatt ttcagagctt tgggcactcc caataatgaa gtgtggccag aagtggaatc
841 tttacaggac tataagaata catttcccaa atggaaacca ggaagcctag catcccatgt
901 caaaaacttg gatgaaaatg gcttggattt gctctcgaaa atgttaatct atgatccagc
961 caaacgaatt tctggcaaaa tggcactgaa tcatccatat tttaatgatt tggacaatca
1021 gattaagaag atgtagcttt ctgacaaaaa gtttccatat gttatatcaa cagatagttg
1081 tgtttttatt gttaactctt gtctattttt gtcttatata tatttctttg ttatcaaact
1141 tcagctgtac ttcgtcttct aatttcaaaa atataactta aaaatgtaaa tattctatat
1201 gaatttaaat ataattctgt aaatgtgtgt aggtctcact gtaacaacta tttgttacta
1261 taataaaact ataatattga tgtcaggaat caggaaaaaa tttgagttgg cttaaatcat
1321 ctcagtcctt atggcagttt tattttcctg tagttggaac tactaaaatt taggaaaatg
1381 ctaagttcaa gtttcgtaat gctttgaagt atttttatgc tctgaatgtt taaatgttct
1441 catcagtttc ttgccatgtt gttaactata caacctggct aaagatgaat atttttctac
1501 tggtatttta atttttgacc taaatgttta agcattcgga atgagaaaac tatacagatt
1561 tgagaaatga tgctaaattt ataggagttt tcagtaactt aaaaagctaa catgagagca
1621 tgccaaaatt tgctaagtct tacaaagatc aagggctgtc cgcaacaggg aagaacagtt
1681 ttgaaaattt atgaactatc ttatttttag gtaggttttg aaagcttttt gtctaagtga
1741 attcttatgc cttggtcaga gtaataactg aaggagttgc ttatcttggc tttcgagtct
1801 gagtttaaaa ctacacattt tgacatagtg tttattagca gccatctaaa aaggctctaa
1861 tgtatattta actaaaatta ctagctttgg gaattaaact gtttaacaaa taaaaaaaaa
1921 aaa //
ЛОКУС NM_033379 (изоформа 2)
AK /TpaHcn44H4=MEDYTKIEKIGEGTYGWYKGRHKTTGQWAMKKIRLESEEEGV PSTAIREISLLKELRHPNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDS SLVKWTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIF RALGTPNNEVWPEVESLQDYKNTFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKR ISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM кДНК: 1 agcgcggtga gtttgaaact gctcgcactt ggcttcaaag ctggctcttg gaaattgagc ggagagcgac gcggttgttg tagctgccgc tgcggccgcc gcggaataat aagccgggat
121 ctaccatacc cattgactaa ctatggaaga ttataccaaa atagagaaaa ttggagaagg
181 tacctatgga gttgtgtata agggtagaca caaaactaca ggtcaagtgg tagccatgaa
241 aaaaatcaga ctagaaagtg aagaggaagg ggttcctagt actgcaattc gggaaatttc
301 tctattaaag gaacttcgtc atccaaatat agtcagtctt caggatgtgc ttatgcagga
361 ttccaggtta tatctcatct ttgagtttct ttccatggat ctgaagaaat acttggattc
421 tatccctcct ggtcagtaca tggattcttc acttgttaag gtagtaacac tctggtacag
481 atctccagaa gtattgctgg ggtcagctcg ttactcaact ccagttgaca tttggagtat
541 aggcaccata tttgctgaac tagcaactaa gaaaccactt ttccatgggg attcagaaat
601 tgatcaactc ttcaggattt tcagagcttt gggcactccc aataatgaag tgtggccaga
661 agtggaatct ttacaggact ataagaatac atttcccaaa tggaaaccag gaagcctagc
721 atcccatgtc aaaaacttgg atgaaaatgg cttggatttg ctctcgaaaa tgttaatcta
781 tgatccagcc aaacgaattt ctggcaaaat ggcactgaat catccatatt ttaatgattt
841 ggacaatcag attaagaaga tgtagctttc tgacaaaaag tttccatatg ttatatcaac
901 agatagttgt gtttttattg ttaactcttg tctatttttg tcttatatat atttctttgt
961 tatcaaactt cagctgtact tcgtcttcta atttcaaaaa tataacttaa aaatgtaaat
1021 attctatatg aatttaaata taattctgta aatgtgtgta ggtctcactg taacaactat
1081 ttgttactat aataaaacta taatattgat gtcaggaatc aggaaaaaat ttgagttggc
1141 ttaaatcatc tcagtcctta tggcagtttt attttcctgt agttggaact actaaaattt
1201 aggaaaatgc taagttcaag tttcgtaatg ctttgaagta tttttatgct ctgaatgttt
1261 aaatgttctc atcagtttct tgccatgttg ttaactatac aacctggcta aagatgaata
1321 tttttctact ggtattttaa tttttgacct aaatgtttaa gcattcggaa tgagaaaact
1381 atacagattt gagaaatgat gctaaattta taggagtttt cagtaactta aaaagctaac
1441 atgagagcat gccaaaattt gctaagtctt acaaagatca agggctgtcc gcaacaggga
1501 agaacagttt tgaaaattta tgaactatct tatttttagg taggttttga aagctttttg
1561 tctaagtgaa ttcttatgcc ttggtcagag taataactga aggagttgct tatcttggct
- 120 038600
1621 ttcgagtctg agtttaaaac tacacatttt gacatagtgt ttattagcag ccatctaaaa 1681 aggctctaat gtatatttaa ctaaaattac tagctttggg aattaaactg tttaacaaat 1741 aaaaaaaaaa aa //
5. CLTCL1: CLTCL1 клатрин, подобный тяжелой цепи 1 [Homo sapiens] ЛОКУС NM_001835 (изоформа 2)
АК /TpaHcn44H4=MAQILPVRFQEHFQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKV GEQAQVTIIDMSDPMAPIRRPISAESAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAH TMAEEVIFWKWVSVNTVALVTETAVYHWSMEGDSQPMKMFDRHTSLVGCQVIHYRTDE YQKWLLLVGISAQQNRWGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAAAFAEFKMEGNAKPATLFCF AVRNPTGGKLHIIEVGQPAAGNQPFVKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQIGAKHGVIYLI TKYGYLHLYDLESGVCICMNRISADTIFVTAPHKPTSGIIGVNKKGQVLSVCVEEDNI VNYATNVLQNPDLGLRLAVRSNLAGAEKLFVRKFNTLFAQGSYAEAAKVAASAPKGIL RTRETVQKFQSIPAQSGQASPLLQYFGILLDQGQLNKLESLELCHLVLQQGRKQLLEK WLKEDKLECSEELGDLVKTTDPMLALSVYLRANVPSKVIQCFAETGQFQKIVLYAKKV GYTPDWIFLLRGVMKISPEQGLQFSRMLVQDEEPLANISQIVDIFMENSLIQQCTSFL LDALKNNRPAEGLLQTWLLEMNLVHAPQVADAILGNKMFTHYDRAHIAQLCEKAGLLQ QALEHYTDLYDIKRAWHTHLLNPEWLVNFFGSLSVEDSVECLHAMLSANIRQNLQLC VQVASKYHEQLGTQALVELFESFKSYKGLFYFLGSIVNFSQDPDVHLKYIQAACKTGQ IKEVERICRESSCYNPERVKNFLKEAKLTDQLPLIIVCDRFGFVHDLVLYLYRNNLQR YIEIYVQKVNPSRTPAVIGGLLDVDCSEEVIKHLIMAVRGQFSTDELVAEVEKRNRLK LLLPWLESQIQEGCEEPATHNALAKIYIDSNNSPECFLRENAYYDSSWGRYCEKRDP HLACVAYERGQCDLELIKVCNENSLFKSEARYLVCRKDPELWAHVLEETNPSRRQLID QWQTALSETRDPEEISVTVKAFMTADLPNELIELLEKIVLDNSVFSEHRNLQNLLIL TAIKADRTRVMEYISRLDNYDALDIASIAVSSALYEEAFTVFHKFDMNASAIQVLIEH IGNLDRAYEFAERCNEPAVWSQLAQAQLQKDLVKEAINSYIRGDDPSSYLEWQSASR SNNWEDLVKFLQMARKKGRESYIETELIFALAKTSRVSELEDFINGPNNAHIQQVGDR CYEEGMYEAAKLLYSNVSNFARLASTLVHLGEYQAAVDNSRKASSTRTWKEVCFACMD GQEFRFAQLCGLHIVIHADELEELMCYYQDRGYFEELILLLEAALGLERAHMGMFTEL AILYSKFKPQKMLEHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWAELVFLYDKYEEYDNAVLTM MSHPTEAWKEGQFKDIITKVANVELCYRALQFYLDYKPLLINDLLLVLSPRLDHTWTV SFFSKAGQLPLVKPYLRSVQSHNNKSVNEALNHLLTEEEDYQDAMQHAAESRDAELAQ KLLQWFLEEGKRECFAACLFTCYDLLRPDMVLELAWRHNLVDLAMPYFIQVMREYLSK VDKLDALESLRKQEEHVTEPAPLVFDFDGHE кДНК: 1 accggtcagc ccgcgcgagg ggtcggcgtt cattcctgcc gctgccgccg ccgccgccga ggtcccgcac cagccatggc gcagatcctc cctgttcgct ttcaggagca cttccagctc
121 caaaaccttg gaattaatcc agctaacatt ggattcagca cactgaccat ggaatctgac
181 aagttcatat gtatccgaga gaaagttggt gagcaggcac aggtcacgat cattgacatg
241 agtgacccaa tggctccgat ccgacggcct atctctgcag agagtgccat catgaatcca
301 gcctctaagg tgatagctct gaaagctggg aagacacttc agatctttaa tattgagatg
361 aagagtaaaa tgaaggctca tactatggca gaagaagtga ttttctggaa atgggtttct
421 gtgaacactg ttgccttggt gaccgagacc gcggtctacc actggagcat ggaaggtgac
481 tcccagccca tgaagatgtt tgatagacat accagtctgg tgggctgcca ggtgattcac
541 taccggactg atgagtacca gaagtggctg ctgctcgtag gcatctcggc tcagcaaaac
601 cgtgtggttg gagcaatgca gctctactct gtggatagga aggtttcaca acccatagaa
661 ggccatgctg cggcttttgc agagttcaag atggagggga atgccaagcc tgccaccctt
721 ttctgctttg ctgtacgtaa tcccacagga ggcaagttgc acatcattga agttggacag
781 cctgcagcgg gaaaccaacc ttttgtaaag aaagcagtag atgtgttttt tcctccagag
841 gcacagaatg attttccagt ggctatgcag attggagcta aacatggtgt tatttacttg
901 atcacaaagt atggctatct tcatctgtac gacctagagt ctggcgtgtg catctgcatg
961 aaccgtatta gtgctgacac aatatttgtc actgctccac acaaaccaac ctctggaatt
1021 attggtgtca acaaaaaggg acaggtactg tcagtttgtg ttgaggaaga taacattgtg
1081 aattatgcaa ccaacgtgct tcagaatcca gaccttggtc tgcgtttggc cgttcgtagt
1141 aacctggctg gggcagagaa gttgtttgtg agaaaattca ataccctctt tgcacagggc
1201 agctatgctg aagccgccaa agttgcagcg tctgcaccaa agggaatcct gcgtaccaga
1261 gagacggtcc agaaattcca gagtataccc gctcagtctg gccaggcttc tccattgctg
1321 cagtacttcg gaatcctgct cgaccagggt cagctcaata aacttgaatc cttagaactt
1381 tgccatctgg ttcttcagca ggggcgtaag caactcctag agaagtggct gaaagaagat
1441 aagctggagt gctcagagga gctcggagac ttggtcaaaa ccactgaccc catgctcgct
- 121 038600
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101 ctgagtgtgt ggccaattcc tttctgctga ctagtgcagg aacagtttaa gctgagggac gcagatgcca ctctgtgaga atcaagaggg ggctccttat agacagaacc caggccctgg ggctcaatcg tgtaagacag ccagagcgtg atcgtgtgtg ctgcagaggt attggagggc gtgagaggac aagctgctgc cacaatgcac gagaatgcct ctggcctgtg gagaattctc tgggctcacg cagacagcat atgacagccg tctgtcttca gaccgcacac gcgagcatcg gatatgaatg tatgagtttg ctccagaaag tcttacctgg tttctgcaga gccttggcta gcccacatcc ctgctctata gagtatcagg gtgtgctttg atcgtcattc tttgaggagc atgttcactg ctggagcttt cacctgtggg ctcaccatga accaaggttg ccactgctca gtcagtttct cagagccaca gactatcagg ttgctgcagt tgctatgacc gacttggcca ctggatgcct gtgtttgatt cccagcccct atgtacaact acttctccaa ctggacaata ctggggaggc accttcgggc agaaaattgt ggggtgtaat acgaggagcc ttcagcagtg tcctgcagac tccttggaaa aggcaggcct ctgtggtcca cggtggagga ttcagctgtg tggagctctt tgaacttcag ggcagatcaa tgaagaactt atcgttttgg acattgagat tgcttgatgt agttctctac ttccctggct tggctaaaat actatgacag ttgcctatga tgttcaaaag tccttgagga tgtcagaaac acctgcctaa gcgagcacag gggtcatgga ctgtcagcag cctcagcaat cggagagatg atttggtgaa aagttgttca tggccaggaa aaaccagccg agcaggttgg gcaatgtttc cagcagtgga cctgcatgga atgcagatga tgatcttgct agctggccat tctggtcccg ctgagctggt tgagccaccc ccaacgtcga tcaatgacct tttcaaaggc acaacaagag atgccatgca ggttcctgga tgcttcgccc tgccctactt tggagagtct ttgatgggca gccagcttcc tccgcgtgta ggagcatgtc tttatttttg cagggtagag aaatgtgcca gctctatgcc gaagatcagt gctggccaac tacttccttc atggctgttg taaaatgttt cctgcagcaa cactcacctc ttctgtggag tgtgcaggtg tgaatccttc ccaagaccca ggaggtggag cctgaaggag ctttgtccat ctacgtgcag ggattgttct tgatgagttg ggagtcccag ctacatcgac cagcgtggtg gcgggggcag cgaggcccgc gaccaaccca acgggatcct tgaactgatt gaatctacag gtacatcagc cgcactgtat ccaggtcctg caatgagcct ggaagccatc gtcagccagc aaagggccgt tgtttctgag agaccgctgt taactttgcc caacagccgc tggacaagag gctggaggag gttggaagcg cctctactcc tgtcaacatc gttcctctat cactgaggcc gctctgttac gctgctggtg aggtcagctg tgtgaatgag gcatgctgca ggaaggcaag agacatggtg catccaggtg gcgcaagcaa tgaatgagac cctatggata gtgggcgttg actccagcag ctgaaaccca gctgacggcg agcaaagtga aaaaaggttg ccggaacagg attagccaga ttattggatg gagatgaacc actcattacg gcactggagc ctcaatcccg tgtctgcatg gcctctaagt aagagttaca gatgtgcatc aggatatgcc gccaagctca gaccttgtcc aaggtcaacc gaggaagtga gtggctgaag attcaggaag agcaacaaca ggccgctact tgtgaccttg tacctggtat tccaggagac gaagagattt gaactgctgg aatctgttga cgcctggaca gaggaggcct atcgagcaca gctgtgtgga aactcctata aggagcaaca gagtcctata ctagaagatt tacgaggagg cgcctggctt aaggccagca ttccgcttcg ctgatgtgct gccctgggcc aaattcaagc ccaaaggtgc gacaagtacg tggaaggagg agagccctgc ctttcacccc cccctggtga gcactcaacc gagtcgcggg agggagtgct cttgagctgg atgagggagt gaggagcatg ccagctgatt tgcctctgct tcaccaccca cacaggggac atgacggcaa caagaccagc tccagtgttt ggtacacccc gcctgcagtt ttgtggacat ccttgaagaa ttgttcatgc accgggccca actacaccga agtggcttgt ccatgctgtc accacgagca aaggcctctt tgaaatacat gagagagcag cagaccagct tatatttata ctagccggac ttaaacactt tagaaaaaag gctgtgagga gccccgagtg gtgagaagcg agctcatcaa gcagaaagga agctaattga cggtcactgt agaagatagt tcctgactgc actatgacgc tcaccgtttt ttggaaacct gtcagctggc tcagagggga actgggagga tagagactga ttattaatgg gaatgtacga ccaccttggt gcacccggac cacagctgtg attaccagga tggagcgggc cacagaagat tgagggctgc aggagtatga gtcagttcaa agttctattt ggctggacca agccttacct acctgctgac atgctgagct tcgcagcttg cctggaggca acctgagcaa tgacagagcc gcactaagcc cccaacttcg ccctacctgc gcaatgggag cctctgagcc tttagccgac tgcagaaaca agactggatc ttctcgaatg tttcatggaa taatcgccca accccaggtt cattgcccag cctctatgac caatttcttt tgctaacatc gctgggcacg ctacttcctg tcaggctgcc ctgctacaac tcccctcatc ccgcaacaac cccagctgtg aatcatggca aaataggctc gcctgccact cttcctgaga agacccccat ggtgtgcaat tccggagctc ccaggtggta caaagccttt tctggataac catcaaggca actggacatc ccacaagttt ggaccgggca ccaagcccag cgacccttcc tctagttaaa acttattttt acccaacaat ggctgccaag tcacctcggt gtggaaggag tggtcttcac tcgtggctac ccacatgggc gctggagcat agagcaggca caatgctgtg ggacatcatt ggattacaaa cacctggaca gcggtcagtc agaggaggag ggcccagaag tctcttcacc caacctcgtg ggtggacaaa tgcccctctc ctgccgtggg ccagcctcca agagttacta gcagggacac atcccagagc aacagagact
- 122 038600
5161 ggactgtggg ccctcctgct ggagccaggc cttcctcctg ggcgcctccg actggctgga
5221 gctgccccct ccaggccagt ttgaagacta catgaacacg tcttgtttgg aggtaccgga
5281 cctcataaaa ggactctcag cctcttggca atcataaata ttaaagtcgg tttatccagg
5341 caaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa a //
ЛОКУС NM_007098 (изоформа 1)
AK /TpaHcn44H4=MAQILPVRFQEHFQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKV GEQAQVTIIDMSDPMAPIRRPISAESAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAH TMAEEVIFWKWVSVNTVALVTETAVYHWSMEGDSQPMKMFDRHTSLVGCQVIHYRTDE YQKWLLLVGISAQQNRWGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAAAFAEFKMEGNAKPATLFCF AVRNPTGGKLHIIEVGQPAAGNQPFVKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQIGAKHGVIYLI TKYGYLHLYDLESGVCICMNRISADTIFVTAPHKPTSGIIGVNKKGQVLSVCVEEDNI VNYATNVLQNPDLGLRLAVRSNLAGAEKLFVRKFNTLFAQGSYAEAAKVAASAPKGIL RTRETVQKFQSIPAQSGQASPLLQYFGILLDQGQLNKLESLELCHLVLQQGRKQLLEK WLKEDKLECSEELGDLVKTTDPMLALSVYLRANVPSKVIQCFAETGQFQKIVLYAKKV GYTPDWIFLLRGVMKISPEQGLQFSRMLVQDEEPLANISQIVDIFMENSLIQQCTSFL LDALKNNRPAEGLLQTWLLEMNLVHAPQVADAILGNKMFTHYDRAHIAQLCEKAGLLQ QALEHYTDLYDIKRAWHTHLLNPEWLVNFFGSLSVEDSVECLHAMLSANIRQNLQLC VQVASKYHEQLGTQALVELFESFKSYKGLFYFLGSIVNFSQDPDVHLKYIQAACKTGQ IKEVERICRESSCYNPERVKNFLKEAKLTDQLPLIIVCDRFGFVHDLVLYLYRNNLQR YIEIYVQKVNPSRTPAVIGGLLDVDCSEEVIKHLIMAVRGQFSTDELVAEVEKRNRLK LLLPWLESQIQEGCEEPATHNALAKIYIDSNNSPECFLRENAYYDSSWGRYCEKRDP HLACVAYERGQCDLELIKVCNENSLFKSEARYLVCRKDPELWAHVLEETNPSRRQLID QWQTALSETRDPEEISVTVKAFMTADLPNELIELLEKIVLDNSVFSEHRNLQNLLIL TAIKADRTRVMEYISRLDNYDALDIASIAVSSALYEEAFTVFHKFDMNASAIQVLIEH IGNLDRAYEFAERCNEPAVWSQLAQAQLQKDLVKEAINSYIRGDDPSSYLEWQSASR SNNWEDLVKFLQMARKKGRESYIETELIFALAKTSRVSELEDFINGPNNAHIQQVGDR CYEEGMYEAAKLLYSNVSNFARLASTLVHLGEYQAAVDNSRKASSTRTWKEVCFACMD GQEFRFAQLCGLHIVIHADELEELMCYYQDRGYFEELILLLEAALGLERAHMGMFTEL AILYSKFKPQKMLEHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWAELVFLYDKYEEYDNAVLTM MSHPTEAWKEGQFKDIITKVANVELCYRALQFYLDYKPLLINDLLLVLSPRLDHTWTV SFFSKAGQLPLVKPYLRSVQSHNNKSVNEALNHLLTEEEDYQGLRASIDAYDNFDNIS LAQQLEKHQLMEFRCIAAYLYKGNNWWAQSVELCKKDHLYKDAMQHAAESRDAELAQK LLQWFLEEGKRECFAACLFTCYDLLRPDMVLELAWRHNLVDLAMPYFIQVMREYLSKV DKLDALESLRKQEEHVTEPAPLVFDFDGHE кДНК: 1 accggtcagc ccgcgcgagg ggtcggcgtt cattcctgcc gctgccgccg ccgccgccga ggtcccgcac cagccatggc gcagatcctc cctgttcgct ttcaggagca cttccagctc
121 caaaaccttg gaattaatcc agctaacatt ggattcagca cactgaccat ggaatctgac
181 aagttcatat gtatccgaga gaaagttggt gagcaggcac aggtcacgat cattgacatg
241 agtgacccaa tggctccgat ccgacggcct atctctgcag agagtgccat catgaatcca
301 gcctctaagg tgatagctct gaaagctggg aagacacttc agatctttaa tattgagatg
361 aagagtaaaa tgaaggctca tactatggca gaagaagtga ttttctggaa atgggtttct
421 gtgaacactg ttgccttggt gaccgagacc gcggtctacc actggagcat ggaaggtgac
481 tcccagccca tgaagatgtt tgatagacat accagtctgg tgggctgcca ggtgattcac
541 taccggactg atgagtacca gaagtggctg ctgctcgtag gcatctcggc tcagcaaaac
601 cgtgtggttg gagcaatgca gctctactct gtggatagga aggtttcaca acccatagaa
661 ggccatgctg cggcttttgc agagttcaag atggagggga atgccaagcc tgccaccctt
721 ttctgctttg ctgtacgtaa tcccacagga ggcaagttgc acatcattga agttggacag
781 cctgcagcgg gaaaccaacc ttttgtaaag aaagcagtag atgtgttttt tcctccagag
841 gcacagaatg attttccagt ggctatgcag attggagcta aacatggtgt tatttacttg
901 atcacaaagt atggctatct tcatctgtac gacctagagt ctggcgtgtg catctgcatg
961 aaccgtatta gtgctgacac aatatttgtc actgctccac acaaaccaac ctctggaatt
1021 attggtgtca acaaaaaggg acaggtactg tcagtttgtg ttgaggaaga taacattgtg
1081 aattatgcaa ccaacgtgct tcagaatcca gaccttggtc tgcgtttggc cgttcgtagt
1141 aacctggctg gggcagagaa gttgtttgtg agaaaattca ataccctctt tgcacagggc
1201 agctatgctg aagccgccaa agttgcagcg tctgcaccaa agggaatcct gcgtaccaga
1261 gagacggtcc agaaattcca gagtataccc gctcagtctg gccaggcttc tccattgctg
1321 cagtacttcg gaatcctgct cgaccagggt cagctcaata aacttgaatc cttagaactt
1381 tgccatctgg ttcttcagca ggggcgtaag caactcctag agaagtggct gaaagaagat
- 123 038600
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041 aagctggagt ctgagtgtgt ggccaattcc tttctgctga ctagtgcagg aacagtttaa gctgagggac gcagatgcca ctctgtgaga atcaagaggg ggctccttat agacagaacc caggccctgg ggctcaatcg tgtaagacag ccagagcgtg atcgtgtgtg ctgcagaggt attggagggc gtgagaggac aagctgctgc cacaatgcac gagaatgcct ctggcctgtg gagaattctc tgggctcacg cagacagcat atgacagccg tctgtcttca gaccgcacac gcgagcatcg gatatgaatg tatgagtttg ctccagaaag tcttacctgg tttctgcaga gccttggcta gcccacatcc ctgctctata gagtatcagg gtgtgctttg atcgtcattc tttgaggagc atgttcactg ctggagcttt cacctgtggg ctcaccatga accaaggttg ccactgctca gtcagtttct cagagccaca gactatcagg gctcagcagc aagggcaata gatgccatgc tggttcctgg ctgcttcgcc atgccctact ttggagagtc tttgatgggc tgccagcttc gctcagagga accttcgggc agaaaattgt ggggtgtaat acgaggagcc ttcagcagtg tcctgcagac tccttggaaa aggcaggcct ctgtggtcca cggtggagga ttcagctgtg tggagctctt tgaacttcag ggcagatcaa tgaagaactt atcgttttgg acattgagat tgcttgatgt agttctctac ttccctggct tggctaaaat actatgacag ttgcctatga tgttcaaaag tccttgagga tgtcagaaac acctgcctaa gcgagcacag gggtcatgga ctgtcagcag cctcagcaat cggagagatg atttggtgaa aagttgttca tggccaggaa aaaccagccg agcaggttgg gcaatgtttc cagcagtgga cctgcatgga atgcagatga tgatcttgct agctggccat tctggtcccg ctgagctggt tgagccaccc ccaacgtcga tcaatgacct tttcaaaggc acaacaagag gcttaagggc tggagaagca actggtgggc agcatgctgc aggaaggcaa cagacatggt tcatccaggt tgcgcaagca atgaatgaga ccctatggat gctcggagac aaatgtgcca gctctatgcc gaagatcagt gctggccaac tacttccttc atggctgttg taaaatgttt cctgcagcaa cactcacctc ttctgtggag tgtgcaggtg tgaatccttc ccaagaccca ggaggtggag cctgaaggag ctttgtccat ctacgtgcag ggattgttct tgatgagttg ggagtcccag ctacatcgac cagcgtggtg gcgggggcag cgaggcccgc gaccaaccca acgggatcct tgaactgatt gaatctacag gtacatcagc cgcactgtat ccaggtcctg caatgagcct ggaagccatc gtcagccagc aaagggccgt tgtttctgag agaccgctgt taactttgcc caacagccgc tggacaagag gctggaggag gttggaagcg cctctactcc tgtcaacatc gttcctctat cactgaggcc gctctgttac gctgctggtg aggtcagctg tgtgaatgag atctatcgat tcagctgatg ccagagcgtg agagtcgcgg gagggagtgc gcttgagctg gatgagggag agaggagcat cccagctgat atgcctctgc ttggtcaaaa agcaaagtga aaaaaggttg ccggaacagg attagccaga ttattggatg gagatgaacc actcattacg gcactggagc ctcaatcccg tgtctgcatg gcctctaagt aagagttaca gatgtgcatc aggatatgcc gccaagctca gaccttgtcc aaggtcaacc gaggaagtga gtggctgaag attcaggaag agcaacaaca ggccgctact tgtgaccttg tacctggtat tccaggagac gaagagattt gaactgctgg aatctgttga cgcctggaca gaggaggcct atcgagcaca gctgtgtgga aactcctata aggagcaaca gagtcctata ctagaagatt tacgaggagg cgcctggctt aaggccagca ttccgcttcg ctgatgtgct gccctgggcc aaattcaagc ccaaaggtgc gacaagtacg tggaaggagg agagccctgc ctttcacccc cccctggtga gcactcaacc gcctatgaca gagttcaggt gagctctgca gatgctgagc ttcgcagctt gcctggaggc tacctgagca gtgacagagc tgcactaagc tcccaacttc ccactgaccc tccagtgttt ggtacacccc gcctgcagtt ttgtggacat ccttgaagaa ttgttcatgc accgggccca actacaccga agtggcttgt ccatgctgtc accacgagca aaggcctctt tgaaatacat gagagagcag cagaccagct tatatttata ctagccggac ttaaacactt tagaaaaaag gctgtgagga gccccgagtg gtgagaagcg agctcatcaa gcagaaagga agctaattga cggtcactgt agaagatagt tcctgactgc actatgacgc tcaccgtttt ttggaaacct gtcagctggc tcagagggga actgggagga tagagactga ttattaatgg gaatgtacga ccaccttggt gcacccggac cacagctgtg attaccagga tggagcgggc cacagaagat tgagggctgc aggagtatga gtcagttcaa agttctattt ggctggacca agccttacct acctgctgac actttgacaa gcattgcggc agaaggatca tggcccagaa gtctcttcac acaacctcgt aggtggacaa ctgcccctct cctgccgtgg gccagcctcc catgctcgct tgcagaaaca agactggatc ttctcgaatg tttcatggaa taatcgccca accccaggtt cattgcccag cctctatgac caatttcttt tgctaacatc gctgggcacg ctacttcctg tcaggctgcc ctgctacaac tcccctcatc ccgcaacaac cccagctgtg aatcatggca aaataggctc gcctgccact cttcctgaga agacccccat ggtgtgcaat tccggagctc ccaggtggta caaagccttt tctggataac catcaaggca actggacatc ccacaagttt ggaccgggca ccaagcccag cgacccttcc tctagttaaa acttattttt acccaacaat ggctgccaag tcacctcggt gtggaaggag tggtcttcac tcgtggctac ccacatgggc gctggagcat agagcaggca caatgctgtg ggacatcatt ggattacaaa cacctggaca gcggtcagtc agaggaggag catcagcctg ctatctgtac tctctacaag gttgctgcag ctgctatgac ggacttggcc actggatgcc cgtgtttgat gcccagcccc aatgtacaac
- 124 038600
5101 ttccgcgtgt agtgggcgtt gtcaccaccc accctacctg cagagttact aacttctcca
5161 aggagcatgt cactccagca gcacagggga cgcaatggga ggcagggaca cctggacaat
5221 atttattttt gctgaaaccc aatgacggca acctctgagc catcccagag cctggggagg
5281 ccagggtaga ggctgacggc gcaagaccag ctttagccga caacagagac tggactgtgg
5341 gccctcctgc tggagccagg ccttcctcct gggcgcctcc gactggctgg agctgccccc
5401 tccaggccag tttgaagact acatgaacac gtcttgtttg gaggtaccgg acctcataaa
5461 aggactctca gcctcttggc aatcataaat attaaagtcg gtttatccag gcaaaaaaaa
5521 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa //
6. EIF4G1: EIF4G1 фактор инициации трансляции эукариот 4 гамма, 1 [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_001194946 (изоформа 6)
АК /TpaHcm44H4=MNKAPQSTGPPPAPSPGLPQPAFPPGQTAPWFSTPQATQMNTP SQPRQGGFRSLQHFYPSRAQPPSSAASRVQSAAPARPGPAAHVYPAGSQVMMIPSQIS YPASQGAYYIPGQGRSTYWPTQQYPVQPGAPGFYPGASPTEFGTYAGAYYPAQGVQQ FPTGVAPAPVLMNQPPQIAPKRERKTIRIRDPNQGGKDITEEIMSGARTASTPTPPQT GGGLEPQANGETPQVAVIVRPDDRSQGAIIADRPGLPGPEHSPSESQPSSPSPTPSPS PVLEPGSEPNLAVLSIPGDTMTTIQMSVEESTPISRETGEPYRLSPEPTPLAEPILEV EVTLSKPVPESEFSSSPLQAPTPLASHTVEIHEPNGMVPSEDLEPEVESSPELAPPPA CPSESPVPIAPTAQPEELLNGAPSPPAVDLSPVSEPEEQAKEVTASMAPPTIPSATPA TAPSATSPAQEEEMEEEEEEEEGEAGEAGEAESEKGGEELLPPESTPIPANLSQNLEA AAATQVAVSVPKRRRKIKELNKKEAVGDLLDAFKEANPAVPEVENQPPAGSNPGPESE GSGVPPRPEEADETWDSKEDKIHNAENIQPGEQKYEYKSDQWKPLNLEEKKRYDREFL LGFQFIFASMQKPEGLPHISDWLDKANKTPLRPLDPTRLQGINCGPDFTPSFANLGR TTLSTRGPPRGGPGGELPRGPAGLGPRRSQQGPRKEPRKIIATVLMTEDIKLNKAEKA WKPSSKRTAADKDRGEEDADGSKTQDLFRRVRSILNKLTPQMFQQLMKQVTQLAIDTE ERLKGVIDLIFEKAISEPNFSVAYANMCRCLMALKVPTTEKPTVTVNFRKLLLNRCQK EFEKDKDDDEVFEKKQKEMDEAATAEERGRLKEELEEARDIARRRSLGNIKFIGELFK LKMLTEAIMHDCWKLLKNHDEESLECLCRLLTTIGKDLDFEKAKPRMDQYFNQMEKI IKEKKTSSRIRFMLQDVLDLRGSNWVPRRGDQGPKTIDQIHKEAEMEEHREHIKVQQL MAKGSDKRRGGPPGPPISRGLPLVDDGGWNTVPISKGSRPIDTSRLTKITKPGSIDSN NQLFAPGGRLSWGKGSSGGSGAKPSDAASEAARPATSTLNRFSALQQAVPTESTDNRR WQRSSLSRERGEKAGDRGDRLERSERGGDRGDRLDRARTPATKRSFSKEVEERSRER PSQPEGLRKAASLTEDRDRGRDAVKREAALPPVSPLKAALSEEELEKKSKAIIEEYLH LNDMKEAVQCVQELASPSLLFIFVRHGVESTLERSAIAREHMGQLLHQLLCAGHLSTA QYYQGLYEILELAEDMEIDIPHVWLYLAELVTPILQEGGVPMGELFREITKPLRPLGK AASLLLEILGLLCKSMGPKKVGTLWREAGLSWKEFLPEGQDIGAFVAEQKVEYTLGEE SEAPGQRALPSEELNRQLEKLLKEGSSNQRVFDWIEANLSEQQIVSNTLVRALMTAVC YSAIIFETPLRVDVAVLKARAKLLQKYLCDEQKELQALYALQALWTLEQPPNLLRMF FDALYDEDWKEDAFYSWESSKDPAEQQGKGVALKSVTAFFKWLREAEEESDHN кДНК: 1 cggcggcgca gatcgcccgg cgcggctccg ccccctgcgc cggtcacgtg ggggcgccgg ctgcgcctgc ggagaagcgg tggccgccga gcgggatctg tgcggggagc cggaaatggt
121 tgtggactac gtctgtgcgg ctgcgtgggg ctcggccgcg cggactgaag gagactgaag
181 gccctcggat gcccagaacc tgtaggccgc accgtggact tgttcttaat cgagggggtg
241 ctggggggac cctgatgtgg caccaaatga aatgaacaaa gctccacagt ccacaggccc
301 cccacccgcc ccatcccccg gactcccaca gccagcgttt cccccggggc agacagcgcc
361 ggtggtgttc agtacgccac aagcgacaca aatgaacacg ccttctcagc cccgccaggg
421 aggattcagg tctctgcagc acttctaccc tagccgggcc cagcccccga gcagtgcagc
481 ctcccgagtg cagagtgcag cccctgcccg ccctggccca gctgcccatg tctaccctgc
541 tggatcccaa gtaatgatga tcccttccca gatctcctac ccagcctccc agggggccta
601 ctacatccct ggacaggggc gttccacata cgttgtcccg acacagcagt accctgtgca
661 gccaggagcc ccaggcttct atccaggtgc aagccctaca gaatttggga cctacgctgg
721 cgcctactat ccagcccaag gggtgcagca gtttcccact ggcgtggccc ccgccccagt
781 tttgatgaac cagccacccc agattgctcc caagagggag cgtaagacga tccgaattcg
841 agatccaaac caaggaggaa aggatatcac agaggagatc atgtctgggg cccgcactgc
901 ctccacaccc acccctcccc agacgggagg cggtctggag cctcaagcta atggggagac
961 gccccaggtt gctgtcattg tccggccaga tgaccggtca cagggagcaa tcattgctga
1021 ccggccaggg ctgcctggcc cagagcatag cccttcagaa tcccagcctt cgtcgccttc
1081 tccgacccca tcaccatccc cagtcttgga accggggtct gagcctaatc tcgcagtcct
- 125 038600
1141
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741 ctctattcct ctcccgtgaa catactggaa tcctctccag catggtccca cccagcttgc gctcaacgga gcaggccaag tacggctcct ggaagaagga gctcccccca agccactcaa gaaggaggct ggtggaaaat gcccccacgt tgctgagaac tctaaaccta ctttgccagt ggccaataaa cccagacttc cccaaggggt ctctcagcag agatataaaa tgataaggat ggtgcgctcc gacgcagctg gaaggccatt ggcgctgaaa gttgaatcga gaagcaaaaa gctggaagag agagttgttc gcttaagaac caaagacctg aaaaatcatt ggatctgcga ccagatccat catggccaag acttcccctt cattgacacc gctctttgca caagccctca ctcagccctt gagtagcttg gagtgaacgg gcggagcttc gctgcgcaag agaagctgcc gaagaaatcc ccagtgcgtg cgagtctacg gctgctctgt ggaattggct ggtaacaccc aaagcctctg gtgcaaaagc gaaggaattt gtataccctg gaacaggcag gatagaggcc gacggctgtc ggggacacta actggggagc gtagaagtga gctcccaccc tctgaagatc ccctccgaat gccccctcgc gaggtgacag tcagctactt gaagcaggag gagagtaccc gtggcagtat gttggagacc cagcctcctg cctgaggaag atccagcccg gaggagaaaa atgcagaagc acaccactgc actccatcct gggccaggtg ggaccccgaa ctgaacaaag cgaggggaag atcctgaata gccatcgaca tcagagccca gtgcccacta tgtcagaagg gagatggatg gctcgggaca aaactgaaga catgatgaag gactttgaaa aaagaaaaga gggagcaatt aaggaggctg ggcagtgaca gtggatgatg tcacgactca cctggagggc gacgcagcat caacaagcgg agccgagaac ggaggggacc agcaaggaag gcagctagcc ctacccccag aaggctatca caggagctgg ctggagcgca gctgggcatc gaggacatgg attctgcagg agaccgttgg atgggtccta ctacctgaag ggagaggagt ctggagaagc aacctgagtg tgctattctg tgacaactat catatcgcct cacttagcaa ctttggcatc tggaaccaga cccctgtgcc caccagctgt catcaatggc ccccagctca aagcaggaga ctattccagc ctgtgccaaa ttctggatgc caggcagcaa cagatgagac gggaacagaa aacgttacga cagagggatt ggccactgga ttgccaacct gggagctgcc aagaaccacg cagagaaagc aagatgctga aactgacacc ccgaggaacg acttctctgt cggaaaagcc agtttgagaa aagctgctac tagcccggcg tgttaacaga agtcccttga aagccaagcc agacgtcatc gggtgccacg agatggaaga agcgtcgggg gtggctggaa ccaagatcac gactgagctg cagaagctgc tacccacaga gaggcgagaa gtggggaccg tggaggagcg tcacggagga tgagccccct ttgaggaata cctcaccctc gtgccattgc tgtctactgc aaattgacat aaggtggggt gcaaagctgc aaaaggtggg gccaggacat cggaagcccc tgctgaagga agcagcagat caattatttt acaaatgtct ctctccagaa accggttcca tcacacagtg ggtggagtca cattgctcca ggacttaagc gccccccacc ggaggaggaa agctgagagt caacttgtct gaggagacgg cttcaaggag tccaggccca ctgggactca gtatgaatat ccgtgagttc gccacatatc tcccactaga tggccggaca ccgtgggccg caagatcatt ctggaaaccc tggcagcaaa ccagatgttc cctcaaaggg ggcctatgcc aacagtgact agacaaagat ggcagaggaa gcgctcttta ggcaataatg gtgcctttgt ccgaatggat ccgcatccgc ccgaggggat acatcgagag cggtcctcca cacagttccc caagcctggc gggcaagggc tcgcccagct aagcacagat agctggagac gcttgatcgt gagtagagaa tcgggaccgt gaaggcggct tctccatctc cttgctcttc tcgtgagcat tcagtactac cccccacgtg gcccatgggg ttccctgttg gacgctgtgg tggtgcattc tggccagagg gggcagcagt agtatccaac tgagactccc gtagaagaat cccactcctc gaatctgagt gaaattcatg agcccagagc actgcccaac ccagtcagtg atcccctctg atggaagaag gagaaaggag cagaatttgg aaaattaagg gcgaacccgg gagtctgagg aaggaagaca aagtcagatc ctgcttggtt agtgacgtgg ctacaaggca acccttagca gctggcctgg gccacagtgt agcagcaagc acccaggacc cagcagctga gtcattgacc aacatgtgcc gtgaacttcc gatgatgagg cgaggacgcc gggaatatca catgactgtg cgtctgctca cagtatttca tttatgctgc cagggtccca cacatcaaag ggccctccca atcagcaaag tccatcgatt agcagcggag actagtactt aatagacgtg cgaggagacc gcgcggacac cggccctccc gggcgggatg ctctctgagg aatgacatga atctttgtac atggggcagc caagggttgt tggctctacc gagctgttca ctggagatcc cgagaagccg gtcgctgaac gcactcccct aaccagcggg acgttagttc ctccgagtgg caacccccat tcgccgaacc tttcttccag agcctaatgg ttgctcctcc ctgaggaact agccagagga ctactccagc aagaagaaga gagaggaact aggcagcagc agctaaataa cagtaccaga gcagtggtgt aaattcacaa agtggaagcc ttcagttcat tgctggacaa taaattgtgg cccgtgggcc gaccccggcg taatgaccga ggacggcggc tattccgcag tgaagcaagt tcatttttga gctgcctcat gaaagctgtt tttttgagaa tgaaggaaga agtttattgg tggtcaaact ccaccattgg accagatgga aggacgtgct agaccattga tgcagcagct tcagccgtgg gtagccgccc ctaacaacca gctcaggagc tgaatcgctt tggtgcagag gcctagagcg ctgctaccaa agcctgaggg ccgtgaagcg aggagttaga aagaggcagt ggcatggtgt tgctgcacca atgaaatctt tagcggaact gggagattac tgggcctcct ggcttagctg agaaggtgga ccgaggagct tgttcgactg gagccctcat acgttgcagt
- 126 038600
4801 gctgaaagcg cgagcgaagc tgctgcagaa atacctgtgt gacgagcaga aggagctaca
4861 ggcgctctac gccctccagg cccttgtagt gaccttagaa cagcctccca acctgctgcg
4921 gatgttcttt gacgcactgt atgacgagga cgtggtgaag gaggatgcct tctacagttg
4981 ggagagtagc aaggaccccg ctgagcagca gggcaagggt gtggccctta aatctgtcac
5041 agccttcttc aagtggctcc gtgaagcaga ggaggagtct gaccacaact gagggctggt
5101 ggggccgggg acctggagcc ccatggacac acagatggcc cggctagccg cctggactgc
5161 aggggggcgg cagcagcggc ggtggcagtg ggtgcctgta gtgtgatgtg tctgaactaa
5221 taaagtggct gaagaggcag gatggcttgg ggctgcctgg gcccccctcc aggatgccgc
5281 caggtgtccc tctcctcccc ctggggcaca gagatatatt atatataaag tcttgaaatt
5341 tggtgtgtct tggggtgggg aggggcacca acgcctgccc ctggggtcct tttttttatt
5401 ttctgaaaat cactctcggg actgccgtcc tcgctgctgg gggcatatgc cccagcccct
5461 gtaccacccc tgctgttgcc tgggcagggg gaaggggggg cacggtgcct gtaattatta
5521 aacatgaatt caattaagct caaaaaaaaa aaaaaaaaa //
ЛОКУС NM_004953 (изоформа 4)
AK /TpaHCH44H4=MSGARTASTPTPPQTGGGLEPQANGETPQVAVIVRPDDRSQGAI IADRPGLPGPEHSPSESQPSSPSPTPSPSPVLEPGSEPNLAVLSIPGDTMTTIQMSVE ESTPISRETGEPYRLSPEPTPLAEPILEVEVTLSKPVPESEFSSSPLQAPTPLASHTV EIHEPNGMVPSEDLEPEVESSPELAPPPACPSESPVPIAPTAQPEELLNGAPSPPAVD LSPVSEPEEQAKEVTASMAPPTIPSATPATAPSATSPAQEEEMEEEEEEEEGEAGEAG EAESEKGGEELLPPESTPIPANLSQNLEAAAATQVAVSVPKRRRKIKELNKKEAVGDL LDAFKEANPAVPEVENQPPAGSNPGPESEGSGVPPRPEEADETWDSKEDKIHNAENIQ PGEQKYEYKSDQWKPLNLEEKKRYDREFLLGFQFIFASMQKPEGLPHISDWLDKANK TPLRPLDPTRLQGINCGPDFTPSFANLGRTTLSTRGPPRGGPGGELPRGPQAGLGPRR SQQGPRKEPRKIIATVLMTEDIKLNKAEKAWKPSSKRTAADKDRGEEDADGSKTQDLF RRVRSILNKLTPQMFQQLMKQVTQLAIDTEERLKGVIDLIFEKAISEPNFSVAYANMC RCLMALKVPTTEKPTVTVNFRKLLLNRCQKEFEKDKDDDEVFEKKQKEMDEAATAEER GRLKEELEEARDIARRRSLGNIKFIGELFKLKMLTEAIMHDCWKLLKNHDEESLECL CRLLTTIGKDLDFEKAKPRMDQYFNQMEKIIKEKKTSSRIRFMLQDVLDLRGSNWVPR RGDQGPKTIDQIHKEAEMEEHREHIKVQQLMAKGSDKRRGGPPGPPISRGLPLVDDGG WNTVPISKGSRPIDTSRLTKITKPGSIDSNNQLFAPGGRLSWGKGSSGGSGAKPSDAA SEAARPATSTLNRFSALQQAVPTESTDNRRWQRSSLSRERGEKAGDRGDRLERSERG GDRGDRLDRARTPATKRSFSKEVEERSRERPSQPEGLRKAASLTEDRDRGRDAVKREA ALPPVSPLKAALSEEELEKKSKAIIEEYLHLNDMKEAVQCVQELASPSLLFIFVRHGV ESTLERSAIAREHMGQLLHQLLCAGHLSTAQYYQGLYEILELAEDMEIDIPHVWLYLA ELVTPILQEGGVPMGELFREITKPLRPLGKAASLLLEILGLLCKSMGPKKVGTLWREA GLSWKEFLPEGQDIGAFVAEQKVEYTLGEESEAPGQRALPSEELNRQLEKLLKEGSSN QRVFDWIEANLSEQQIVSNTLVRALMTAVCYSAIIFETPLRVDVAVLKARAKLLQKYL CDEQKELQALYALQALWTLEQPPNLLRMFFDALYDEDWKEDAFYSWESSKDPAEQQ GKGVALKSVTAFFKWLREAEEESDHN кДНК: 1 tctagatggg ggtcctgggc cccagggtgt gcagccactg acttggggac tgctggtggg gtagggatga gggagggagg ggcattgtga tgtacagggc tgctctgtga gatcaagggt
121 ctcttaaggg tgggagctgg ggcagggact acgagagcag ccagatgggc tgaaagtgga
181 actcaagggg tttctggcac ctacctacct gcttcccgct ggggggtggg gagttggccc
241 agagtcttaa gattggggca gggtggagag gtgggctctt cctgcttccc actcatctta
301 tagctttctt tccccagatc cgaattcgag atccaaacca aggaggaaag gatatcacag
361 aggagatcat gtctggggcc cgcactgcct ccacacccac ccctccccag acgggaggcg
421 gtctggagcc tcaagctaat ggggagacgc cccaggttgc tgtcattgtc cggccagatg
481 accggtcaca gggagcaatc attgctgacc ggccagggct gcctggccca gagcatagcc
541 cttcagaatc ccagccttcg tcgccttctc cgaccccatc accatcccca gtcttggaac
601 cggggtctga gcctaatctc gcagtcctct ctattcctgg ggacactatg acaactatac
661 aaatgtctgt agaagaatca acccccatct cccgtgaaac tggggagcca tatcgcctct
721 ctccagaacc cactcctctc gccgaaccca tactggaagt agaagtgaca cttagcaaac
781 cggttccaga atctgagttt tcttccagtc ctctccaggc tcccacccct ttggcatctc
841 acacagtgga aattcatgag cctaatggca tggtcccatc tgaagatctg gaaccagagg
901 tggagtcaag cccagagctt gctcctcccc cagcttgccc ctccgaatcc cctgtgccca
961 ttgctccaac tgcccaacct gaggaactgc tcaacggagc cccctcgcca ccagctgtgg
1021 acttaagccc agtcagtgag ccagaggagc aggccaagga ggtgacagca tcaatggcgc
1081 cccccaccat cccctctgct actccagcta cggctccttc agctacttcc ccagctcagg
1141 aggaggaaat ggaagaagaa gaagaagagg aagaaggaga agcaggagaa gcaggagaag
- 127 038600
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801 ctgagagtga acttgtctca ggagacggaa tcaaggaggc caggcccaga gggactcaaa atgaatataa gtgagttcct cacatatcag ccactagact gccggacaac gtgggccgca gcaagatcat cctggaaacc atggcagcaa cccagatgtt gcctcaaagg tggcctatgc caacagtgac aagacaaaga cggcagagga ggcgctcttt aggcaataat agtgcctttg cccgaatgga cccgcatccg gccgagggga aacatcgaga gcggtcctcc acacagttcc ccaagcctgg ggggcaaggg ctcgcccagc aaagcacaga aagctggaga ggcttgatcg ggagtagaga atcgggaccg tgaaggcggc atctccatct ccttgctctt ctcgtgagca ctcagtacta tcccccacgt tgcccatggg cttccctgtt ggacgctgtg ttggtgcatt ctggccagag agggcagcag tagtatccaa ttgagactcc aatacctgtg tgaccttaga acgtggtgaa agggcaaggg aggaggagtc cacagatggc gggtgcctgt gggctgcctg agagatatat gaaaggagga gaatttggag aattaaggag gaacccggca gtctgagggc ggaagacaaa gtcagatcag gcttggtttt tgacgtggtg acaaggcata ccttagcacc ggctggcctg tgccacagtg cagcagcaag aacccaggac ccagcagctg ggtcattgac caacatgtgc tgtgaacttc tgatgatgag acgaggacgc agggaatatc gcatgactgt tcgtctgctc tcagtatttc ctttatgctg tcagggtccc gcacatcaaa aggccctccc catcagcaaa ctccatcgat cagcagcgga tactagtact taatagacgt ccgaggagac tgcgcggaca acggccctcc tgggcgggat tctctctgag caatgacatg catctttgta tatggggcag ccaagggttg gtggctctac ggagctgttc gctggagatc gcgagaagcc cgtcgctgaa ggcactcccc taaccagcgg cacgttagtt cctccgagtg tgacgagcag acagcctccc ggaggatgcc tgtggccctt tgaccacaac ccggctagcc agtgtgatgt ggcccccctc tatatataaa gaggaactgc gcagcagcag ctaaataaga gtaccagagg agtggtgtgc attcacaatg tggaagcctc cagttcatct ctggacaagg aattgtggcc cgtgggcccc ggaccccggc ttaatgaccg cggacggcgg ctattccgca atgaagcaag ctcatttttg cgctgcctca cgaaagctgt gtttttgaga ctgaaggaag aagtttattg gtggtcaaac accaccattg aaccagatgg caggacgtgc aagaccattg gtgcagcagc atcagccgtg ggtagccgcc tctaacaacc ggctcaggag ttgaatcgct gtggtgcaga cgcctagagc cctgctacca cagcctgagg gccgtgaagc gaggagttag aaagaggcag cggcatggtg ctgctgcacc tatgaaatct ctagcggaac agggagatta ctgggcctcc gggcttagct cagaaggtgg tccgaggagc gtgttcgact cgagccctca gacgttgcag aaggagctac aacctgctgc ttctacagtt aaatctgtca tgagggctgg gcctggactg gtctgaacta caggatgccg gtcttgaaat tccccccaga ccactcaagt aggaggctgt tggaaaatca ccccacgtcc ctgagaacat taaacctaga ttgccagtat ccaataaaac cagacttcac caaggggtgg gctctcagca aagatataaa ctgataagga gggtgcgctc tgacgcagct agaaggccat tggcgctgaa tgttgaatcg agaagcaaaa agctggaaga gagagttgtt tgcttaagaa gcaaagacct aaaaaatcat tggatctgcg accagatcca tcatggccaa gacttcccct ccattgacac agctctttgc ccaagccctc tctcagccct ggagtagctt ggagtgaacg agcggagctt ggctgcgcaa gagaagctgc agaagaaatc tccagtgcgt tcgagtctac agctgctctg tggaattggc tggtaacacc caaagcctct tgtgcaaaag ggaaggaatt agtataccct tgaacaggca ggatagaggc tgacggctgt tgctgaaagc aggcgctcta ggatgttctt gggagagtag cagccttctt tggggccggg caggggggcg ataaagtggc ccaggtgtcc ttggtgtgtc gagtacccct ggcagtatct tggagacctt gcctcctgca tgaggaagca ccagcccggg ggagaaaaaa gcagaagcca accactgcgg tccatccttt gccaggtggg gggaccccga actgaacaaa tcgaggggaa catcctgaat ggccatcgac ttcagagccc agtgcccact atgtcagaag agagatggat ggctcgggac caaactgaag ccatgatgaa ggactttgaa taaagaaaag agggagcaat taaggaggct gggcagtgac tgtggatgat ctcacgactc acctggaggg agacgcagca tcaacaagcg gagccgagaa gggaggggac cagcaaggaa ggcagctagc cctaccccca caaggctatc gcaggagctg gctggagcgc tgctgggcat tgaggacatg cattctgcag gagaccgttg catgggtcct tctacctgaa gggagaggag gctggagaag caacctgagt ctgctattct gcgagcgaag cgccctccag tgacgcactg caaggacccc caagtggctc gacctggagc gcagcagcgg tgaagaggca ctctcctccc ttggggtggg attccagcca gtgccaaaga ctggatgcct ggcagcaatc gatgagacct gaacagaagt cgttacgacc gagggattgc ccactggatc gccaaccttg gagctgcccc aaagaaccac gcagagaaag gaagatgctg aaactgacac accgaggaac aacttctctg acggaaaagc gagtttgaga gaagctgcta atagcccggc atgttaacag gagtcccttg aaagccaagc aagacgtcat tgggtgccac gagatggaag aagcgtcggg ggtggctgga accaagatca cgactgagct tcagaagctg gtacccacag cgaggcgaga cgtggggacc gtggaggagc ctcacggagg gtgagccccc attgaggaat gcctcaccct agtgccattg ctgtctactg gaaattgaca gaaggtgggg ggcaaagctg aaaaaggtgg ggccaggaca tcggaagccc ctgctgaagg gagcagcaga gcaattattt ctgctgcaga gcccttgtag tatgacgagg gctgagcagc cgtgaagcag cccatggaca cggtggcagt ggatggcttg cctggggcac gaggggcacc
- 128 038600
4861 aacgcctgcc cctggggtcc ttttttttat tttctgaaaa tcactctcgg gactgccgtc
4921 ctcgctgctg ggggcatatg ccccagcccc tgtaccaccc ctgctgttgc ctgggcaggg
4981 ggaagggggg gcacggtgcc tgtaattatt aaacatgaat tcaattaagc tcaaaaaaaa
5041 aaaaaaaaaa //
ЛОКУС NM_182917 (изоформа 1)
AK /TpaHcn44H4=MNKAPQSTGPPPAPSPGLPQPAFPPGQTAPWFSTPQATQMNTP SQPRQHFYPSRAQPPSSAASRVQSAAPARPGPAAHVYPAGSQVMMIPSQISYPASQGA YYIPGQGRSTYWPTQQYPVQPGAPGFYPGAS PTEFGTYAGAYYPAQGVQQFPTGVAP APVLMNQPPQIAPKRERKTIRIRDPNQGGKDITEEIMSGARTASTPTPPQTGGGLEPQ ANGETPQVAVIVRPDDRSQGAIIADRPGLPGPEHSPSESQPSSPSPTPSPSPVLEPGS EPNLAVLSIPGDTMTTIQMSVEESTPISRETGEPYRLSPEPTPLAEPILEVEVTLSKP VPESEFSSSPLQAPTPLASHTVEIHEPNGMVPSEDLEPEVESSPELAPPPACPSESPV PIAPTAQPEELLNGAPSPPAVDLSPVSEPEEQAKEVTASMAPPTIPSATPATAPSATS PAQEEEMEEEEEEEEGEAGEAGEAESEKGGEELLPPESTPIPANLSQNLEAAAATQVA VSVPKRRRKIKELNKKEAVGDLLDAFKEANPAVPEVENQPPAGSNPGPESEGSGVPPR PEEADETWDSKEDKIHNAENIQPGEQKYEYKSDQWKPLNLEEKKRYDREFLLGFQFIF ASMQKPEGLPHISDWLDKANKTPLRPLDPTRLQGINCGPDFTPSFANLGRTTLSTRG PPRGGPGGELPRGPQAGLGPRRSQQGPRKEPRKIIATVLMTEDIKLNKAEKAWKPSSK RTAADKDRGEEDADGSKTQDLFRRVRSILNKLTPQMFQQLMKQVTQLAIDTEERLKGV IDLIFEKAISEPNFSVAYANMCRCLMALKVPTTEKPTVTVNFRKLLLNRCQKEFEKDK DDDEVFEKKQKEMDEAATAEERGRLKEELEEARDIARRRSLGNIKFIGELFKLKMLTE AIMHDCWKLLKNHDEESLECLCRLLTTIGKDLDFEKAKPRMDQYFNQMEKIIKEKKT SSRIRFMLQDVLDLRGSNWVPRRGDQGPKTIDQIHKEAEMEEHREHIKVQQLMAKGSD KRRGGPPGPPISRGLPLVDDGGWNTVPISKGSRPIDTSRLTKITKPGSIDSNNQLFAP GGRLSWGKGSSGGSGAKPSDAASEAARPATSTLNRFSALQQAVPTESTDNRRWQRSS LSRERGEKAGDRGDRLERSERGGDRGDRLDRARTPATKRSFSKEVEERSRERPSQPEG LRKAASLTEDRDRGRDAVKREAALPPVSPLKAALSEEELEKKSKAIIEEYLHLNDMKE AVQCVQELASPSLLFIFVRHGVESTLERSAIAREHMGQLLHQLLCAGHLSTAQYYQGL YEILELAEDMEIDIPHVWLYLAELVTPILQEGGVPMGELFREITKPLRPLGKAASLLL EILGLLCKSMGPKKVGTLWREAGLSWKEFLPEGQDIGAFVAEQKVEYTLGEESEAPGQ RALPSEELNRQLEKLLKEGSSNQRVFDWIEANLSEQQIVSNTLVRALMTAVCYSAIIF ETPLRVDVAVLKARAKLLQKYLCDEQKELQALYALQALWTLEQPPNLLRMFFDALYD EDWKEDAFYSWESSKDPAEQQGKGVALKSVTAFFKWLREAEEESDHN кДНК: 1 tcacttgcct gaaaccggct cctcgacggc cgccgcccgc ctggcctttt agggcctgac tcccgccctt cctggcctac actcctgggc ggcggcaggc ctagcttctg gcccagtgcg
121 ggttccccgg cggcaggcgt atcctgtgtg cccctgggcc aggcccgaac ccggtgtccc
181 cgggtggggg gtggggacgc cacggccgaa gcagctagct ccgttcgtga tccgggagcc
241 tggtgccagc gagacctgga atttccggtc tggttggtct ggggccccgc ggagccaggt
301 tgataccctc acctcccaac cccaggccct cggatgccca gaacctgtag gccgcaccgt
361 ggacttgttc ttaatcgagg gggtgctggg gggaccctga tgtggcacca aatgaaatga
421 acaaagctcc acagtccaca ggccccccac ccgccccatc ccccggactc ccacagccag
481 cgtttccccc ggggcagaca gcgccggtgg tgttcagtac gccacaagcg acacaaatga
541 acacgccttc tcagccccgc cagcacttct accctagccg ggcccagccc ccgagcagtg
601 cagcctcccg agtgcagagt gcagcccctg cccgccctgg cccagctgcc catgtctacc
661 ctgctggatc ccaagtaatg atgatccctt cccagatctc ctacccagcc tcccaggggg
721 cctactacat ccctggacag gggcgttcca catacgttgt cccgacacag cagtaccctg
781 tgcagccagg agccccaggc ttctatccag gtgcaagccc tacagaattt gggacctacg
841 ctggcgccta ctatccagcc caaggggtgc agcagtttcc cactggcgtg gcccccgccc
901 cagttttgat gaaccagcca ccccagattg ctcccaagag ggagcgtaag acgatccgaa
961 ttcgagatcc aaaccaagga ggaaaggata tcacagagga gatcatgtct ggggcccgca
1021 ctgcctccac acccacccct ccccagacgg gaggcggtct ggagcctcaa gctaatgggg
1081 agacgcccca ggttgctgtc attgtccggc cagatgaccg gtcacaggga gcaatcattg
1141 ctgaccggcc agggctgcct ggcccagagc atagcccttc agaatcccag ccttcgtcgc
1201 cttctccgac cccatcacca tccccagtct tggaaccggg gtctgagcct aatctcgcag
1261 tcctctctat tcctggggac actatgacaa ctatacaaat gtctgtagaa gaatcaaccc
1321 ccatctcccg tgaaactggg gagccatatc gcctctctcc agaacccact cctctcgccg
1381 aacccatact ggaagtagaa gtgacactta gcaaaccggt tccagaatct gagttttctt
1441 ccagtcctct ccaggctccc acccctttgg catctcacac agtggaaatt catgagccta
1501 atggcatggt cccatctgaa gatctggaac cagaggtgga gtcaagccca gagcttgctc
- 129 038600
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101
5161 ctcccccagc aactgctcaa aggagcaggc cagctacggc aagaggaaga aactgctccc cagcagccac ataagaagga cagaggtgga gtgtgccccc acaatgctga agcctctaaa tcatctttgc acaaggccaa gtggcccaga ggcccccaag cccggcgctc tgaccgaaga cggcggctga tccgcagggt agcaagtgac tttttgagaa gcctcatggc agctgttgtt ttgagaagaa aggaagagct ttattggaga tcaaactgct ccattggcaa agatggaaaa acgtgctgga ccattgacca agcagctcat gccgtggact gccgccccat acaaccagct caggagccaa atcgcttctc tgcagaggag tagagcggag ctaccaagcg ctgaggggct tgaagcgaga agttagagaa aggcagtcca atggtgtcga tgcaccagct aaatcttgga cggaactggt agattacaaa gcctcctgtg ttagctggaa aggtggagta aggagctgaa tcgactggat ccctcatgac ttgcagtgct agctacaggc tgctgcggat acagttggga ctgtcacagc ttgcccctcc cggagccccc caaggaggtg tccttcagct aggagaagca cccagagagt tcaagtggca ggctgttgga aaatcagcct acgtcctgag gaacatccag cctagaggag cagtatgcag taaaacacca cttcactcca gggtgggcca tcagcaggga tataaaactg taaggatcga gcgctccatc gcagctggcc ggccatttca gctgaaagtg gaatcgatgt gcaaaaagag ggaagaggct gttgttcaaa taagaaccat agacctggac aatcattaaa tctgcgaggg gatccataag ggccaagggc tccccttgtg tgacacctca ctttgcacct gccctcagac agcccttcaa tagcttgagc tgaacgggga gagcttcagc gcgcaaggca agctgcccta gaaatccaag gtgcgtgcag gtctacgctg gctctgtgct attggctgag aacacccatt gcctctgaga caaaagcatg ggaatttcta taccctggga caggcagctg agaggccaac ggctgtctgc gaaagcgcga gctctacgcc gttctttgac gagtagcaag cttcttcaag gaatcccctg tcgccaccag acagcatcaa acttccccag ggagaagcag acccctattc gtatctgtgc gaccttctgg cctgcaggca gaagcagatg cccggggaac aaaaaacgtt aagccagagg ctgcggccac tcctttgcca ggtggggagc ccccgaaaag aacaaagcag ggggaagaag ctgaataaac atcgacaccg gagcccaact cccactacgg cagaaggagt atggatgaag cgggacatag ctgaagatgt gatgaagagt tttgaaaaag gaaaagaaga agcaattggg gaggctgaga agtgacaagc gatgatggtg cgactcacca ggagggcgac gcagcatcag caagcggtac cgagaacgag ggggaccgtg aaggaagtgg gctagcctca cccccagtga gctatcattg gagctggcct gagcgcagtg gggcatctgt gacatggaaa ctgcaggaag ccgttgggca ggtcctaaaa cctgaaggcc gaggagtcgg gagaagctgc ctgagtgagc tattctgcaa gcgaagctgc ctccaggccc gcactgtatg gaccccgctg tggctccgtg tgcccattgc ctgtggactt tggcgccccc ctcaggagga gagaagctga cagccaactt caaagaggag atgccttcaa gcaatccagg agacctggga agaagtatga acgaccgtga gattgccaca tggatcccac accttggccg tgccccgtgg aaccacgcaa agaaagcctg atgctgatgg tgacacccca aggaacgcct tctctgtggc aaaagccaac ttgagaaaga ctgctacggc cccggcggcg taacagaggc cccttgagtg ccaagccccg cgtcatcccg tgccacgccg tggaagaaca gtcggggcgg gctggaacac agatcaccaa tgagctgggg aagctgctcg ccacagaaag gcgagaaagc gggaccggct aggagcggag cggaggatcg gccccctgaa aggaatatct caccctcctt ccattgctcg ctactgctca ttgacatccc gtggggtgcc aagctgcttc aggtggggac aggacattgg aagcccctgg tgaaggaggg agcagatagt ttatttttga tgcagaaata ttgtagtgac acgaggacgt agcagcaggg aagcagagga tccaactgcc aagcccagtc caccatcccc ggaaatggaa gagtgagaaa gtctcagaat acggaaaatt ggaggcgaac cccagagtct ctcaaaggaa atataagtca gttcctgctt tatcagtgac tagactacaa gacaaccctt gccgcaggct gatcattgcc gaaacccagc cagcaaaacc gatgttccag caaaggggtc ctatgccaac agtgactgtg caaagatgat agaggaacga ctctttaggg aataatgcat cctttgtcgt aatggatcag catccgcttt aggggatcag tcgagagcac tcctccaggc agttcccatc gcctggctcc caagggcagc cccagctact cacagataat tggagaccga tgatcgtgcg tagagaacgg ggaccgtggg ggcggctctc ccatctcaat gctcttcatc tgagcatatg gtactaccaa ccacgtgtgg catgggggag cctgttgctg gctgtggcga tgcattcgtc ccagagggca cagcagtaac atccaacacg gactcccctc cctgtgtgac cttagaacag ggtgaaggag caagggtgtg ggagtctgac caacctgagg agtgagccag tctgctactc gaagaagaag ggaggagagg ttggaggcag aaggagctaa ccggcagtac gagggcagtg gacaaaattc gatcagtgga ggttttcagt gtggtgctgg ggcataaatt agcacccgtg ggcctgggac acagtgttaa agcaagcgga caggacctat cagctgatga attgacctca atgtgccgct aacttccgaa gatgaggttt ggacgcctga aatatcaagt gactgtgtgg ctgctcacca tatttcaacc atgctgcagg ggtcccaaga atcaaagtgc cctcccatca agcaaaggta atcgattcta agcggaggct agtactttga agacgtgtgg ggagaccgcc cggacacctg ccctcccagc cgggatgccg tctgaggagg gacatgaaag tttgtacggc gggcagctgc gggttgtatg ctctacctag ctgttcaggg gagatcctgg gaagccgggc gctgaacaga ctcccctccg cagcgggtgt ttagttcgag cgagtggacg gagcagaagg cctcccaacc gatgccttct gcccttaaat cacaactgag
- 130 038600
5221 ggctggtggg gccggggacc tggagcccca tggacacaca gatggcccgg ctagccgcct
5281 ggactgcagg ggggcggcag cagcggcggt ggcagtgggt gcctgtagtg tgatgtgtct
5341 gaactaataa agtggctgaa gaggcaggat ggcttggggc tgcctgggcc cccctccagg
5401 atgccgccag gtgtccctct cctccccctg gggcacagag atatattata tataaagtct
5461 tgaaatttgg tgtgtcttgg ggtggggagg ggcaccaacg cctgcccctg gggtcctttt
5521 ttttattttc tgaaaatcac tctcgggact gccgtcctcg ctgctggggg catatgcccc
5581 agcccctgta ccacccctgc tgttgcctgg gcagggggaa gggggggcac ggtgcctgta
5641 attattaaac atgaattcaa ttaagctcaa aaaaaaaaaa aaaaaa //
ЛОКУС NM_198241 (изоформа 5)
AK /TpaHcn44H4=MNKAPQSTGPPPAPSPGLPQPAFPPGQTAPWFSTPQATQMNTP SQPRQHFYPSRAQPPSSAASRVQSAAPARPGPAAHVYPAGSQVMMIPSQISYPASQGA YYIPGQGRSTYWPTQQYPVQPGAPGFYPGASPTEFGTYAGAYYPAQGVQQFPTGVAP APVLMNQPPQIAPKRERKTIRIRDPNQGGKDITEEIMSGARTASTPTPPQTGGGLEPQ ANGETPQVAVIVRPDDRSQGAIIADRPGLPGPEHSPSESQPSSPSPTPSPSPVLEPGS EPNLAVLSIPGDTMTTIQMSVEESTPISRETGEPYRLSPEPTPLAEPILEVEVTLSKP VPESEFSSSPLQAPTPLASHTVEIHEPNGMVPSEDLEPEVESSPELAPPPACPSESPV PIAPTAQPEELLNGAPSPPAVDLSPVSEPEEQAKEVTASMAPPTIPSATPATAPSATS PAQEEEMEEEEEEEEGEAGEAGEAESEKGGEELLPPESTPIPANLSQNLEAAAATQVA VSVPKRRRKIKELNKKEAVGDLLDAFKEANPAVPEVENQPPAGSNPGPESEGSGVPPR PEEADETWDSKEDKIHNAENIQPGEQKYEYKSDQWKPLNLEEKKRYDREFLLGFQFIF ASMQKPEGLPHISDWLDKANKTPLRPLDPTRLQGINCGPDFTPSFANLGRTTLSTRG PPRGGPGGELPRGPAGLGPRRSQQGPRKEPRKIIATVLMTEDIKLNKAEKAWKPSSKR TAADKDRGEEDADGSKTQDLFRRVRSILNKLTPQMFQQLMKQVTQLAIDTEERLKGVI DLIFEKAISEPNFSVAYANMCRCLMALKVPTTEKPTVTVNFRKLLLNRCQKEFEKDKD DDEVFEKKQKEMDEAATAEERGRLKEELEEARDIARRRSLGNIKFIGELFKLKMLTEA IMHDCWKLLKNHDEESLECLCRLLTTIGKDLDFEKAKPRMDQYFNQMEKIIKEKKTS SRIRFMLQDVLDLRGSNWVPRRGDQGPKTIDQIHKEAEMEEHREHIKVQQLMAKGSDK RRGGPPGPPISRGLPLVDDGGWNTVPISKGSRPIDTSRLTKITKPGSIDSNNQLFAPG GRLSWGKGSSGGSGAKPSDAASEAARPATSTLNRFSALQQAVPTESTDNRRWQRSSL SRERGEKAGDRGDRLERSERGGDRGDRLDRARTPATKRSFSKEVEERSRERPSQPEGL RKAASLTEDRDRGRDAVKREAALPPVSPLKAALSEEELEKKSKAIIEEYLHLNDMKEA VQCVQELASPSLLFIFVRHGVESTLERSAIAREHMGQLLHQLLCAGHLSTAQYYQGLY EILELAEDMEIDIPHVWLYLAELVTPILQEGGVPMGELFREITKPLRPLGKAASLLLE ILGLLCKSMGPKKVGTLWREAGLSWKEFLPEGQDIGAFVAEQKVEYTLGEESEAPGQR ALPSEELNRQLEKLLKEGSSNQRVFDWIEANLSEQQIVSNTLVRALMTAVCYSAIIFE TPLRVDVAVLKARAKLLQKYLCDEQKELQALYALQALWTLEQPPNLLRMFFDALYDE DWKEDAFYSWESSKDPAEQQGKGVALKSVTAFFKWLREAEEESDHN кДНК: 1 cggcggcgca gatcgcccgg cgcggctccg ccccctgcgc cggtcacgtg ggggcgccgg 61 ctgcgcctgc ggagaagcgg tggccgccga gcgggatctg tgcggggagc cggaaatggt
121 tgtggactac gtctgtgcgg ctgcgtgggg ctcggccgcg cggactgaag gagactgaag
181 gccctcggat gcccagaacc tgtaggccgc accgtggact tgttcttaat cgagggggtg
241 ctggggggac cctgatgtgg caccaaatga aatgaacaaa gctccacagt ccacaggccc
301 cccacccgcc ccatcccccg gactcccaca gccagcgttt cccccggggc agacagcgcc
361 ggtggtgttc agtacgccac aagcgacaca aatgaacacg ccttctcagc cccgccagca
421 cttctaccct agccgggccc agcccccgag cagtgcagcc tcccgagtgc agagtgcagc
481 ccctgcccgc cctggcccag ctgcccatgt ctaccctgct ggatcccaag taatgatgat
541 cccttcccag atctcctacc cagcctccca gggggcctac tacatccctg gacaggggcg
601 ttccacatac gttgtcccga cacagcagta ccctgtgcag ccaggagccc caggcttcta
661 tccaggtgca agccctacag aatttgggac ctacgctggc gcctactatc cagcccaagg
721 ggtgcagcag tttcccactg gcgtggcccc cgccccagtt ttgatgaacc agccacccca
781 gattgctccc aagagggagc gtaagacgat ccgaattcga gatccaaacc aaggaggaaa
841 ggatatcaca gaggagatca tgtctggggc ccgcactgcc tccacaccca cccctcccca
901 gacgggaggc ggtctggagc ctcaagctaa tggggagacg ccccaggttg ctgtcattgt
961 ccggccagat gaccggtcac agggagcaat cattgctgac cggccagggc tgcctggccc
1021 agagcatagc ccttcagaat cccagccttc gtcgccttct ccgaccccat caccatcccc
1081 agtcttggaa ccggggtctg agcctaatct cgcagtcctc tctattcctg gggacactat
1141 gacaactata caaatgtctg tagaagaatc aacccccatc tcccgtgaaa ctggggagcc
1201 atatcgcctc tctccagaac ccactcctct cgccgaaccc atactggaag tagaagtgac
- 131 038600
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861 acttagcaaa tttggcatct ggaaccagag ccctgtgccc accagctgtg atcaatggcg cccagctcag agcaggagaa tattccagcc tgtgccaaag tctggatgcc aggcagcaat agatgagacc ggaacagaag acgttacgac agagggattg gccactggat tgccaacctt ggagctgccc agaaccacgc agagaaagcc agatgctgat actgacaccc cgaggaacgc cttctctgtg ggaaaagcca gtttgagaaa agctgctacg agcccggcgg gttaacagag gtcccttgag agccaagccc gacgtcatcc ggtgccacgc gatggaagaa gcgtcggggc tggctggaac caagatcacc actgagctgg agaagctgct acccacagaa aggcgagaaa tggggaccgg ggaggagcgg cacggaggat gagccccctg tgaggaatat ctcaccctcc tgccattgct gtctactgct aattgacatc aggtggggtg caaagctgct aaaggtgggg ccaggacatt ggaagcccct gctgaaggag gcagcagata aattattttt gctgcagaaa ccttgtagtg ccggttccag cacacagtgg gtggagtcaa attgctccaa gacttaagcc ccccccacca gaggaggaaa gctgagagtg aacttgtctc aggagacgga ttcaaggagg ccaggcccag tgggactcaa tatgaatata cgtgagttcc ccacatatca cccactagac ggccggacaa cgtgggccgg aagatcattg tggaaaccca ggcagcaaaa cagatgttcc ctcaaagggg gcctatgcca acagtgactg gacaaagatg gcagaggaac cgctctttag gcaataatgc tgcctttgtc cgaatggatc cgcatccgct cgaggggatc catcgagagc ggtcctccag acagttccca aagcctggct ggcaagggca cgcccagcta agcacagata gctggagacc cttgatcgtg agtagagaac cgggaccgtg aaggcggctc ctccatctca ttgctcttca cgtgagcata cagtactacc ccccacgtgt cccatggggg tccctgttgc acgctgtggc ggtgcattcg ggccagaggg ggcagcagta gtatccaaca gagactcccc tacctgtgtg accttagaac aatctgagtt aaattcatga gcccagagct ctgcccaacc cagtcagtga tcccctctgc tggaagaaga agaaaggagg agaatttgga aaattaagga cgaacccggc agtctgaggg aggaagacaa agtcagatca tgcttggttt gtgacgtggt tacaaggcat cccttagcac ctggcctggg ccacagtgtt gcagcaagcg cccaggacct agcagctgat tcattgacct acatgtgccg tgaacttccg atgatgaggt gaggacgcct ggaatatcaa atgactgtgt gtctgctcac agtatttcaa ttatgctgca agggtcccaa acatcaaagt gccctcccat tcagcaaagg ccatcgattc gcagcggagg ctagtacttt atagacgtgt gaggagaccg cgcggacacc ggccctccca ggcgggatgc tctctgagga atgacatgaa tctttgtacg tggggcagct aagggttgta ggctctacct agctgttcag tggagatcct gagaagccgg tcgctgaaca cactcccctc accagcgggt cgttagttcg tccgagtgga acgagcagaa agcctcccaa ttcttccagt gcctaatggc tgctcctccc tgaggaactg gccagaggag tactccagct agaagaagag agaggaactg ggcagcagca gctaaataag agtaccagag cagtggtgtg aattcacaat gtggaagcct tcagttcatc gctggacaag aaattgtggc ccgtgggccc accccggcgc aatgaccgaa gacggcggct attccgcagg gaagcaagtg catttttgag ctgcctcatg aaagctgttg ttttgagaag gaaggaagag gtttattgga ggtcaaactg caccattggc ccagatggaa ggacgtgctg gaccattgac gcagcagctc cagccgtgga tagccgcccc taacaaccag ctcaggagcc gaatcgcttc ggtgcagagg cctagagcgg tgctaccaag gcctgagggg cgtgaagcga ggagttagag agaggcagtc gcatggtgtc gctgcaccag tgaaatcttg agcggaactg ggagattaca gggcctcctg gcttagctgg gaaggtggag cgaggagctg gttcgactgg agccctcatg cgttgcagtg ggagctacag cctgctgcgg cctctccagg atggtcccat ccagcttgcc ctcaacggag caggccaagg acggctcctt gaagaaggag ctccccccag gccactcaag aaggaggctg gtggaaaatc cccccacgtc gctgagaaca ctaaacctag tttgccagta gccaataaaa ccagacttca ccaaggggtg tctcagcagg gatataaaac gataaggatc gtgcgctcca acgcagctgg aaggccattt gcgctgaaag ttgaatcgat aagcaaaaag ctggaagagg gagttgttca cttaagaacc aaagacctgg aaaatcatta gatctgcgag cagatccata atggccaagg cttccccttg attgacacct ctctttgcac aagccctcag tcagcccttc agtagcttga agtgaacggg cggagcttca ctgcgcaagg gaagctgccc aagaaatcca cagtgcgtgc gagtctacgc ctgctctgtg gaattggctg gtaacaccca aagcctctga tgcaaaagca aaggaatttc tataccctgg aacaggcagc atagaggcca acggctgtct ctgaaagcgc gcgctctacg atgttctttg ctcccacccc ctgaagatct cctccgaatc ccccctcgcc aggtgacagc cagctacttc aagcaggaga agagtacccc tggcagtatc ttggagacct agcctcctgc ctgaggaagc tccagcccgg aggagaaaaa tgcagaagcc caccactgcg ctccatcctt ggccaggtgg gaccccgaaa tgaacaaagc gaggggaaga tcctgaataa ccatcgacac cagagcccaa tgcccactac gtcagaagga agatggatga ctcgggacat aactgaagat atgatgaaga actttgaaaa aagaaaagaa ggagcaattg aggaggctga gcagtgacaa tggatgatgg cacgactcac ctggagggcg acgcagcatc aacaagcggt gccgagaacg gaggggaccg gcaaggaagt cagctagcct tacccccagt aggctatcat aggagctggc tggagcgcag ctgggcatct aggacatgga ttctgcagga gaccgttggg tgggtcctaa tacctgaagg gagaggagtc tggagaagct acctgagtga gctattctgc gagcgaagct ccctccaggc acgcactgta
- 132 038600
4921 tgacgaggac gtggtgaagg aggatgcctt ctacagttgg gagagtagca aggaccccgc
4981 tgagcagcag ggcaagggtg tggcccttaa atctgtcaca gccttcttca agtggctccg
5041 tgaagcagag gaggagtctg accacaactg agggctggtg gggccgggga cctggagccc
5101 catggacaca cagatggccc ggctagccgc ctggactgca ggggggcggc agcagcggcg
5161 gtggcagtgg gtgcctgtag tgtgatgtgt ctgaactaat aaagtggctg aagaggcagg
5221 atggcttggg gctgcctggg cccccctcca ggatgccgcc aggtgtccct ctcctccccc
5281 tggggcacag agatatatta tatataaagt cttgaaattt ggtgtgtctt ggggtgggga
5341 ggggcaccaa cgcctgcccc tggggtcctt ttttttattt tctgaaaatc actctcggga
5401 ctgccgtcct cgctgctggg ggcatatgcc ccagcccctg taccacccct gctgttgcct
5461 gggcaggggg aagggggggc acggtgcctg taattattaa acatgaattc aattaagctc
5521 aaaaaaaaaa aaaaaaaa //
ЛОКУС NM_198242 (изоформа 3)
AK /TpaHCH44H4=MNQPPQIAPKRERKTIRIRDPNQGGKDITEEIMSGARTASTPTP PQTGGGLEPQANGETPQVAVIVRPDDRSQGAIIADRPGLPGPEHSPSESQPSSPSPTP SPSPVLEPGSEPNLAVLSIPGDTMTTIQMSVEESTPISRETGEPYRLSPEPTPLAEPI LEVEVTLSKPVPESEFSSSPLQAPTPLASHTVEIHEPNGMVPSEDLEPEVESSPELAP PPACPSESPVPIAPTAQPEELLNGAPSPPAVDLSPVSEPEEQAKEVTASMAPPTIPSA TPATAPSATSPAQEEEMEEEEEEEEGEAGEAGEAESEKGGEELLPPESTPIPANLSQN LEAAAATQVAVSVPKRRRKIKELNKKEAVGDLLDAFKEANPAVPEVENQPPAGSNPGP ESEGSGVPPRPEEADETWDSKEDKIHNAENIQPGEQKYEYKSDQWKPLNLEEKKRYDR EFLLGFQFIFASMQKPEGLPHISDWLDKANKTPLRPLDPTRLQGINCGPDFTPSFAN LGRTTLSTRGPPRGGPGGELPRGPAGLGPRRSQQGPRKEPRKIIATVLMTEDIKLNKA EKAWKPSSKRTAADKDRGEEDADGSKTQDLFRRVRSILNKLTPQMFQQLMKQVTQLAI DTEERLKGVIDLIFEKAISEPNFSVAYANMCRCLMALKVPTTEKPTVTVNFRKLLLNR CQKEFEKDKDDDEVFEKKQKEMDEAATAEERGRLKEELEEARDIARRRSLGNIKFIGE LFKLKMLTEAIMHDCWKLLKNHDEESLECLCRLLTTIGKDLDFEKAKPRMDQYFNQM EKIIKEKKTSSRIRFMLQDVLDLRGSNWVPRRGDQGPKTIDQIHKEAEMEEHREHIKV QQLMAKGSDKRRGGPPGPPISRGLPLVDDGGWNTVPISKGSRPIDTSRLTKITKPGSI DSNNQLFAPGGRLSWGKGSSGGSGAKPSDAASEAARPATSTLNRFSALQQAVPTESTD NRRWQRSSLSRERGEKAGDRGDRLERSERGGDRGDRLDRARTPATKRSFSKEVEERS RERPSQPEGLRKAASLTEDRDRGRDAVKREAALPPVSPLKAALSEEELEKKSKAIIEE YLHLNDMKEAVQCVQELASPSLLFIFVRHGVESTLERSAIAREHMGQLLHQLLCAGHL STAQYYQGLYEILELAEDMEIDIPHVWLYLAELVTPILQEGGVPMGELFREITKPLRP LGKAASLLLEILGLLCKSMGPKKVGTLWREAGLSWKEFLPEGQDIGAFVAEQKVEYTL GEESEAPGQRALPSEELNRQLEKLLKEGSSNQRVFDWIEANLSEQQIVSNTLVRALMT AVCYSAIIFETPLRVDVAVLKARAKLLQKYLCDEQKELQALYALQALWTLEQPPNLL RMFFDALYDEDWKEDAFYSWESSKDPAEQQGKGVALKSVTAFFKWLREAEEESDHN кДНК: 1 cggcggcgca gatcgcccgg cgcggctccg ccccctgcgc cggtcacgtg ggggcgccgg ctgcgcctgc ggagaagcgg tggccgccga gcgggatctg tgcggggagc cggaaatggt
121 tgtggactac gtctgtgcgg ctgcgtgggg ctcggccgcg cggactgaag gagactgaag
181 gggcgttcca catacgttgt cccgacacag cagtaccctg tgcagccagg agccccaggc
241 ttctatccag gtgcaagccc tacagaattt gggacctacg ctggcgccta ctatccagcc
301 caaggggtgc agcagtttcc cactggcgtg gcccccgccc cagttttgat gaaccagcca
361 ccccagattg ctcccaagag ggagcgtaag acgatccgaa ttcgagatcc aaaccaagga
421 ggaaaggata tcacagagga gatcatgtct ggggcccgca ctgcctccac acccacccct
481 ccccagacgg gaggcggtct ggagcctcaa gctaatgggg agacgcccca ggttgctgtc
541 attgtccggc cagatgaccg gtcacaggga gcaatcattg ctgaccggcc agggctgcct
601 ggcccagagc atagcccttc agaatcccag ccttcgtcgc cttctccgac cccatcacca
661 tccccagtct tggaaccggg gtctgagcct aatctcgcag tcctctctat tcctggggac
721 actatgacaa ctatacaaat gtctgtagaa gaatcaaccc ccatctcccg tgaaactggg
781 gagccatatc gcctctctcc agaacccact cctctcgccg aacccatact ggaagtagaa
841 gtgacactta gcaaaccggt tccagaatct gagttttctt ccagtcctct ccaggctccc
901 acccctttgg catctcacac agtggaaatt catgagccta atggcatggt cccatctgaa
961 gatctggaac cagaggtgga gtcaagccca gagcttgctc ctcccccagc ttgcccctcc
1021 gaatcccctg tgcccattgc tccaactgcc caacctgagg aactgctcaa cggagccccc
1081 tcgccaccag ctgtggactt aagcccagtc agtgagccag aggagcaggc caaggaggtg
1141 acagcatcaa tggcgccccc caccatcccc tctgctactc cagctacggc tccttcagct
1201 acttccccag ctcaggagga ggaaatggaa gaagaagaag aagaggaaga aggagaagca
- 133 038600
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861 ggagaagcag acccctattc gtatctgtgc gaccttctgg cctgcaggca gaagcagatg cccggggaac aaaaaacgtt aagccagagg ctgcggccac tcctttgcca ggtggggagc cgaaaagaac aaagcagaga gaagaagatg aataaactga gacaccgagg cccaacttct actacggaaa aaggagtttg gatgaagctg gacatagccc aagatgttaa gaagagtccc gaaaaagcca aagaagacgt aattgggtgc gctgagatgg gacaagcgtc gatggtggct ctcaccaaga gggcgactga gcatcagaag gcggtaccca gaacgaggcg gaccgtgggg gaagtggagg agcctcacgg ccagtgagcc atcattgagg ctggcctcac cgcagtgcca catctgtcta atggaaattg caggaaggtg ttgggcaaag cctaaaaagg gaaggccagg gagtcggaag aagctgctga agtgagcagc tctgcaatta aagctgctgc caggcccttg ctgtatgacg cccgctgagc ctccgtgaag agccccatgg cggcggtggc gcaggatggc ccccctgggg gagaagctga cagccaactt caaagaggag atgccttcaa gcaatccagg agacctggga agaagtatga acgaccgtga gattgccaca tggatcccac accttggccg tgccccgtgg cacgcaagat aagcctggaa ctgatggcag caccccagat aacgcctcaa ctgtggccta agccaacagt agaaagacaa ctacggcaga ggcggcgctc cagaggcaat ttgagtgcct agccccgaat catcccgcat cacgccgagg aagaacatcg ggggcggtcc ggaacacagt tcaccaagcc gctggggcaa ctgctcgccc cagaaagcac agaaagctgg accggcttga agcggagtag aggatcggga ccctgaaggc aatatctcca cctccttgct ttgctcgtga ctgctcagta acatccccca gggtgcccat ctgcttccct tggggacgct acattggtgc cccctggcca aggagggcag agatagtatc tttttgagac agaaatacct tagtgacctt aggacgtggt agcagggcaa cagaggagga acacacagat agtgggtgcc ttggggctgc cacagagata gagtgagaaa gtctcagaat acggaaaatt ggaggcgaac cccagagtct ctcaaaggaa atataagtca gttcctgctt tatcagtgac tagactacaa gacaaccctt gccggctggc cattgccaca acccagcagc caaaacccag gttccagcag aggggtcatt tgccaacatg gactgtgaac agatgatgat ggaacgagga tttagggaat aatgcatgac ttgtcgtctg ggatcagtat ccgctttatg ggatcagggt agagcacatc tccaggccct tcccatcagc tggctccatc gggcagcagc agctactagt agataataga agaccgagga tcgtgcgcgg agaacggccc ccgtgggcgg ggctctctct tctcaatgac cttcatcttt gcatatgggg ctaccaaggg cgtgtggctc gggggagctg gttgctggag gtggcgagaa attcgtcgct gagggcactc cagtaaccag caacacgtta tcccctccga gtgtgacgag agaacagcct gaaggaggat gggtgtggcc gtctgaccac ggcccggcta tgtagtgtga ctgggccccc tattatatat ggaggagagg ttggaggcag aaggagctaa ccggcagtac gagggcagtg gacaaaattc gatcagtgga ggttttcagt gtggtgctgg ggcataaatt agcacccgtg ctgggacccc gtgttaatga aagcggacgg gacctattcc ctgatgaagc gacctcattt tgccgctgcc ttccgaaagc gaggtttttg cgcctgaagg atcaagttta tgtgtggtca ctcaccacca ttcaaccaga ctgcaggacg cccaagacca aaagtgcagc cccatcagcc aaaggtagcc gattctaaca ggaggctcag actttgaatc cgtgtggtgc gaccgcctag acacctgcta tcccagcctg gatgccgtga gaggaggagt atgaaagagg gtacggcatg cagctgctgc ttgtatgaaa tacctagcgg ttcagggaga atcctgggcc gccgggctta gaacagaagg ccctccgagg cgggtgttcg gttcgagccc gtggacgttg cagaaggagc cccaacctgc gccttctaca cttaaatctg aactgagggc gccgcctgga tgtgtctgaa ctccaggatg aaagtcttga aactgctccc cagcagccac ataagaagga cagaggtgga gtgtgccccc acaatgctga agcctctaaa tcatctttgc acaaggccaa gtggcccaga ggcccccaag ggcgctctca ccgaagatat cggctgataa gcagggtgcg aagtgacgca ttgagaaggc tcatggcgct tgttgttgaa agaagaagca aagagctgga ttggagagtt aactgcttaa ttggcaaaga tggaaaaaat tgctggatct ttgaccagat agctcatggc gtggacttcc gccccattga accagctctt gagccaagcc gcttctcagc agaggagtag agcggagtga ccaagcggag aggggctgcg agcgagaagc tagagaagaa cagtccagtg gtgtcgagtc accagctgct tcttggaatt aactggtaac ttacaaagcc tcctgtgcaa gctggaagga tggagtatac agctgaacag actggataga tcatgacggc cagtgctgaa tacaggcgct tgcggatgtt gttgggagag tcacagcctt tggtggggcc ctgcaggggg ctaataaagt ccgccaggtg aatttggtgt cccagagagt tcaagtggca ggctgttgga aaatcagcct acgtcctgag gaacatccag cctagaggag cagtatgcag taaaacacca cttcactcca gggtgggcca gcagggaccc aaaactgaac ggatcgaggg ctccatcctg gctggccatc catttcagag gaaagtgccc tcgatgtcag aaaagagatg agaggctcgg gttcaaactg gaaccatgat cctggacttt cattaaagaa gcgagggagc ccataaggag caagggcagt ccttgtggat cacctcacga tgcacctgga ctcagacgca ccttcaacaa cttgagccga acggggaggg cttcagcaag caaggcagct tgccctaccc atccaaggct cgtgcaggag tacgctggag ctgtgctggg ggctgaggac acccattctg tctgagaccg aagcatgggt atttctacct cctgggagag gcagctggag ggccaacctg tgtctgctat agcgcgagcg ctacgccctc ctttgacgca tagcaaggac cttcaagtgg ggggacctgg gcggcagcag ggctgaagag tccctctcct gtcttggggt
- 134 038600
4921 ggggaggggc accaacgcct gcccctgggg tccttttttt tattttctga aaatcactct
4981 cgggactgcc gtcctcgctg ctgggggcat atgccccagc ccctgtacca cccctgctgt
5041 tgcctgggca gggggaaggg ggggcacggt gcctgtaatt attaaacatg aattcaatta
5101 agctcaaaaa aaaaaaaaaa aaa //
ЛОКУС NM_198244 (изоформа 2)
AK /TpaHCU44H4=MMIPSQISYPASQGAYYIPGQGRSTYWPTQQYPVQPGAPGFYP GASPTEFGTYAGAYYPAQGVQQFPTGVAPAPVLMNQPPQIAPKRERKTIRIRDPNQGG KDITEEIMSGARTASTPTPPQTGGGLEPQANGETPQVAVIVRPDDRSQGAIIADRPGL PGPEHSPSESQPSSPSPTPSPSPVLEPGSEPNLAVLSIPGDTMTTIQMSVEESTPISR ETGEPYRLSPEPTPLAEPILEVEVTLSKPVPESEFSSSPLQAPTPLASHTVEIHEPNG MVPSEDLEPEVESSPELAPPPACPSESPVPIAPTAQPEELLNGAPSPPAVDLSPVSEP EEQAKEVTASMAPPTIPSATPATAPSATSPAQEEEMEEEEEEEEGEAGEAGEAESEKG GEELLPPESTPIPANLSQNLEAAAATQVAVSVPKRRRKIKELNKKEAVGDLLDAFKEA NPAVPEVENQPPAGSNPGPESEGSGVPPRPEEADETWDSKEDKIHNAENIQPGEQKYE YKSDQWKPLNLEEKKRYDREFLLGFQFIFASMQKPEGLPHISDWLDKANKTPLRPLD PTRLQGINCGPDFTPSFANLGRTTLSTRGPPRGGPGGELPRGPAGLGPRRSQQGPRKE PRKIIATVLMTEDIKLNKAEKAWKPSSKRTAADKDRGEEDADGSKTQDLFRRVRSILN KLTPQMFQQLMKQVTQLAIDTEERLKGVIDLIFEKAISEPNFSVAYANMCRCLMALKV PTTEKPTVTVNFRKLLLNRCQKEFEKDKDDDEVFEKKQKEMDEAATAEERGRLKEELE EARDIARRRSLGNIKFIGELFKLKMLTEAIMHDCWKLLKNHDEESLECLCRLLTTIG KDLDFEKAKPRMDQYFNQMEKIIKEKKTSSRIRFMLQDVLDLRGSNWVPRRGDQGPKT IDQIHKEAEMEEHREHIKVQQLMAKGSDKRRGGPPGPPISRGLPLVDDGGWNTVPISK GSRPIDTSRLTKITKPGSIDSNNQLFAPGGRLSWGKGSSGGSGAKPSDAASEAARPAT STLNRFSALQQAVPTESTDNRRWQRSSLSRERGEKAGDRGDRLERSERGGDRGDRLD RARTPATKRSFSKEVEERSRERPSQPEGLRKAASLTEDRDRGRDAVKREAALPPVSPL KAALSEEELEKKSKAIIEEYLHLNDMKEAVQCVQELASPSLLFIFVRHGVESTLERSA IAREHMGQLLHQLLCAGHLSTAQYYQGLYEILELAEDMEIDIPHVWLYLAELVTPILQ EGGVPMGELFREITKPLRPLGKAASLLLEILGLLCKSMGPKKVGTLWREAGLSWKEFL PEGQDIGAFVAEQKVEYTLGEESEAPGQRALPSEELNRQLEKLLKEGSSNQRVFDWIE ANLSEQQIVSNTLVRALMTAVCYSAIIFETPLRVDVAVLKARAKLLQKYLCDEQKELQ ALYALQALWTLEQPPNLLRMFFDALYDEDWKEDAFYSWESSKDPAEQQGKGVALKS VTAFFKWLREAEEESDHN кДНК: 1 cggcggcgca gatcgcccgg cgcggctccg ccccctgcgc cggtcacgtg ggggcgccgg 61 ctgcgcctgc ggagaagcgg tggccgccga gcgggatctg tgcggggagc cggaaatggt
121 tgtggactac gtctgtgcgg ctgcgtgggg ctcggccgcg cggactgaag gagactgaag
181 cacttctacc ctagccgggc ccagcccccg agcagtgcag cctcccgagt gcagagtgca
241 gcccctgccc gccctggccc agctgcccat gtctaccctg ctggatccca agtaatgatg
301 atcccttccc agatctccta cccagcctcc cagggggcct actacatccc tggacagggg
361 cgttccacat acgttgtccc gacacagcag taccctgtgc agccaggagc cccaggcttc
421 tatccaggtg caagccctac agaatttggg acctacgctg gcgcctacta tccagcccaa
481 ggggtgcagc agtttcccac tggcgtggcc cccgccccag ttttgatgaa ccagccaccc
541 cagattgctc ccaagaggga gcgtaagacg atccgaattc gagatccaaa ccaaggagga
601 aaggatatca cagaggagat catgtctggg gcccgcactg cctccacacc cacccctccc
661 cagacgggag gcggtctgga gcctcaagct aatggggaga cgccccaggt tgctgtcatt
721 gtccggccag atgaccggtc acagggagca atcattgctg accggccagg gctgcctggc
781 ccagagcata gcccttcaga atcccagcct tcgtcgcctt ctccgacccc atcaccatcc
841 ccagtcttgg aaccggggtc tgagcctaat ctcgcagtcc tctctattcc tggggacact
901 atgacaacta tacaaatgtc tgtagaagaa tcaaccccca tctcccgtga aactggggag
961 ccatatcgcc tctctccaga acccactcct ctcgccgaac ccatactgga agtagaagtg
1021 acacttagca aaccggttcc agaatctgag ttttcttcca gtcctctcca ggctcccacc
1081 cctttggcat ctcacacagt ggaaattcat gagcctaatg gcatggtccc atctgaagat
1141 ctggaaccag aggtggagtc aagcccagag cttgctcctc ccccagcttg cccctccgaa
1201 tcccctgtgc ccattgctcc aactgcccaa cctgaggaac tgctcaacgg agccccctcg
1261 ccaccagctg tggacttaag cccagtcagt gagccagagg agcaggccaa ggaggtgaca
1321 gcatcaatgg cgccccccac catcccctct gctactccag ctacggctcc ttcagctact
1381 tccccagctc aggaggagga aatggaagaa gaagaagaag aggaagaagg agaagcagga
1441 gaagcaggag aagctgagag tgagaaagga ggagaggaac tgctcccccc agagagtacc
1501 cctattccag ccaacttgtc tcagaatttg gaggcagcag cagccactca agtggcagta
- 135 038600
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101
5161 tctgtgccaa cttctggatg gcaggcagca gcagatgaga ggggaacaga aaacgttacg ccagagggat cggccactgg tttgccaacc ggggagctgc aaagaaccac gcagagaaag gaagatgctg aaactgacac accgaggaac aacttctctg acggaaaagc gagtttgaga gaagctgcta atagcccggc atgttaacag gagtcccttg aaagccaagc aagacgtcat tgggtgccac gagatggaag aagcgtcggg ggtggctgga accaagatca cgactgagct tcagaagctg gtacccacag cgaggcgaga cgtggggacc gtggaggagc ctcacggagg gtgagccccc attgaggaat gcctcaccct agtgccattg ctgtctactg gaaattgaca gaaggtgggg ggcaaagctg aaaaaggtgg ggccaggaca tcggaagccc ctgctgaagg gagcagcaga gcaattattt ctgctgcaga gcccttgtag tatgacgagg gctgagcagc cgtgaagcag cccatggaca cggtggcagt ggatggcttg cctggggcac gaggggcacc gactgccgtc agaggagacg ccttcaagga atccaggccc cctgggactc agtatgaata accgtgagtt tgccacatat atcccactag ttggccggac cccgtgggcc gcaagatcat cctggaaacc atggcagcaa cccagatgtt gcctcaaagg tggcctatgc caacagtgac aagacaaaga cggcagagga ggcgctcttt aggcaataat agtgcctttg cccgaatgga cccgcatccg gccgagggga aacatcgaga gcggtcctcc acacagttcc ccaagcctgg ggggcaaggg ctcgcccagc aaagcacaga aagctggaga ggcttgatcg ggagtagaga atcgggaccg tgaaggcggc atctccatct ccttgctctt ctcgtgagca ctcagtacta tcccccacgt tgcccatggg cttccctgtt ggacgctgtg ttggtgcatt ctggccagag agggcagcag tagtatccaa ttgagactcc aatacctgtg tgaccttaga acgtggtgaa agggcaaggg aggaggagtc cacagatggc gggtgcctgt gggctgcctg agagatatat aacgcctgcc ctcgctgctg gaaaattaag ggcgaacccg agagtctgag aaaggaagac taagtcagat cctgcttggt cagtgacgtg actacaaggc aacccttagc ggctggcctg tgccacagtg cagcagcaag aacccaggac ccagcagctg ggtcattgac caacatgtgc tgtgaacttc tgatgatgag acgaggacgc agggaatatc gcatgactgt tcgtctgctc tcagtatttc ctttatgctg tcagggtccc gcacatcaaa aggccctccc catcagcaaa ctccatcgat cagcagcgga tactagtact taatagacgt ccgaggagac tgcgcggaca acggccctcc tgggcgggat tctctctgag caatgacatg catctttgta tatggggcag ccaagggttg gtggctctac ggagctgttc gctggagatc gcgagaagcc cgtcgctgaa ggcactcccc taaccagcgg cacgttagtt cctccgagtg tgacgagcag acagcctccc ggaggatgcc tgtggccctt tgaccacaac ccggctagcc agtgtgatgt ggcccccctc tatatataaa cctggggtcc ggggcatatg gagctaaata gcagtaccag ggcagtggtg aaaattcaca cagtggaagc tttcagttca gtgctggaca ataaattgtg acccgtgggc ggaccccggc ttaatgaccg cggacggcgg ctattccgca atgaagcaag ctcatttttg cgctgcctca cgaaagctgt gtttttgaga ctgaaggaag aagtttattg gtggtcaaac accaccattg aaccagatgg caggacgtgc aagaccattg gtgcagcagc atcagccgtg ggtagccgcc tctaacaacc ggctcaggag ttgaatcgct gtggtgcaga cgcctagagc cctgctacca cagcctgagg gccgtgaagc gaggagttag aaagaggcag cggcatggtg ctgctgcacc tatgaaatct ctagcggaac agggagatta ctgggcctcc gggcttagct cagaaggtgg tccgaggagc gtgttcgact cgagccctca gacgttgcag aaggagctac aacctgctgc ttctacagtt aaatctgtca tgagggctgg gcctggactg gtctgaacta caggatgccg gtcttgaaat ttttttttat ccccagcccc agaaggaggc aggtggaaaa tgcccccacg atgctgagaa ctctaaacct tctttgccag aggccaataa gcccagactt ccccaagggg gctctcagca aagatataaa ctgataagga gggtgcgctc tgacgcagct agaaggccat tggcgctgaa tgttgaatcg agaagcaaaa agctggaaga gagagttgtt tgcttaagaa gcaaagacct aaaaaatcat tggatctgcg accagatcca tcatggccaa gacttcccct ccattgacac agctctttgc ccaagccctc tctcagccct ggagtagctt ggagtgaacg agcggagctt ggctgcgcaa gagaagctgc agaagaaatc tccagtgcgt tcgagtctac agctgctctg tggaattggc tggtaacacc caaagcctct tgtgcaaaag ggaaggaatt agtataccct tgaacaggca ggatagaggc tgacggctgt tgctgaaagc aggcgctcta ggatgttctt gggagagtag cagccttctt tggggccggg caggggggcg ataaagtggc ccaggtgtcc ttggtgtgtc tttctgaaaa tgtaccaccc tgttggagac tcagcctcct tcctgaggaa catccagccc agaggagaaa tatgcagaag aacaccactg cactccatcc tgggccaggt gggaccccga actgaacaaa tcgaggggaa catcctgaat ggccatcgac ttcagagccc agtgcccact atgtcagaag agagatggat ggctcgggac caaactgaag ccatgatgaa ggactttgaa taaagaaaag agggagcaat taaggaggct gggcagtgac tgtggatgat ctcacgactc acctggaggg agacgcagca tcaacaagcg gagccgagaa gggaggggac cagcaaggaa ggcagctagc cctaccccca caaggctatc gcaggagctg gctggagcgc tgctgggcat tgaggacatg cattctgcag gagaccgttg catgggtcct tctacctgaa gggagaggag gctggagaag caacctgagt ctgctattct gcgagcgaag cgccctccag tgacgcactg caaggacccc caagtggctc gacctggagc gcagcagcgg tgaagaggca ctctcctccc ttggggtggg tcactctcgg ctgctgttgc
- 136 038600
5221 ctgggcaggg ggaagggggg gcacggtgcc tgtaattatt aaacatgaat tcaattaagc 5281 tcaaaaaaaa aaaaaaaaaa //
7. ENO1: ENO1 энолаза 1, (альфа) [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001428
AK /TpaHC\n44H4=MSILKIHAREIFDSRGNPTVEVDLFTSKGLFRAAVPSGASTGIY EALELRDNDKTRYMGKGVSKAVEHINKTIAPALVSKKLNVTEQEKIDKLMIEMDGTEN KSKFGANAILGVSLAVCKAGAVEKGVPLYRHIADLAGNSEVILPVPAFNVINGGSHAG NKLAMQEFMILPVGAANFREAMRIGAEVYHNLKNVIKEKYGKDATNVGDEGGFAPNIL ENKEGLELLKTAIGKAGYTDKWIGMDVAASEFFRSGKYDLDFKSPDDPSRYISPDQL ADLYKSFIKDYPWSIEDPFDQDDWGAWQKFTASAGIQWGDDLTVTNPKRIAKAVNE KSCNCLLLKVNQIGSVTESLQACKLAQANGWGVMVSHRSGETEDTFIADLWGLCTGQ IKTGAPCRSERLAKYNQLLRIEEELGSKAKFAGRNFRNPLAK кДНК: 1 gtggggcccc agagcgacgc tgagtgcgtg cgggactcgg agtacgtgac ggagccccga gctctcatgc ccgccacgcc gccccgggcc atcccccgga gccccggctc cgcacacccc
121 agttcggctc accggtccta tctggggcca gagtttcgcc cgcaccacta cagggccgct
181 ggggagtcgg ggccccccag atctgcccgc ctcaagtccg cgggacgtca cccccctttc
241 cacgctactg cagccgtcgc agtcccaccc ctttccggga ggtgagggaa tgagtgacgg
301 ctctcccgac gaatggcgag gcggagctga gggggcgtgc cccggaggcg ggaagtgggt
361 ggggctcgcc ttagctaggc aggaagtcgg cgcgggcggc gcggacagta tctgtgggta
421 cccggagcac ggagatctcg ccggctttac gttcacctcg gtgtctgcag caccctccgc
481 ttcctctcct aggcgacgag acccagtggc tagaagttca ccatgtctat tctcaagatc
541 catgccaggg agatctttga ctctcgcggg aatcccactg ttgaggttga tctcttcacc
601 tcaaaaggtc tcttcagagc tgctgtgccc agtggtgctt caactggtat ctatgaggcc
661 ctagagctcc gggacaatga taagactcgc tatatgggga agggtgtctc aaaggctgtt
721 gagcacatca ataaaactat tgcgcctgcc ctggttagca agaaactgaa cgtcacagaa
781 caagagaaga ttgacaaact gatgatcgag atggatggaa cagaaaataa atctaagttt
841 ggtgcgaacg ccattctggg ggtgtccctt gccgtctgca aagctggtgc cgttgagaag
901 ggggtccccc tgtaccgcca catcgctgac ttggctggca actctgaagt catcctgcca
961 gtcccggcgt tcaatgtcat caatggcggt tctcatgctg gcaacaagct ggccatgcag
1021 gagttcatga tcctcccagt cggtgcagca aacttcaggg aagccatgcg cattggagca
1081 gaggtttacc acaacctgaa gaatgtcatc aaggagaaat atgggaaaga tgccaccaat
1141 gtgggggatg aaggcgggtt tgctcccaac atcctggaga ataaagaagg cctggagctg
1201 ctgaagactg ctattgggaa agctggctac actgataagg tggtcatcgg catggacgta
1261 gcggcctccg agttcttcag gtctgggaag tatgacctgg acttcaagtc tcccgatgac
1321 cccagcaggt acatctcgcc tgaccagctg gctgacctgt acaagtcctt catcaaggac
1381 tacccagtgg tgtctatcga agatcccttt gaccaggatg actggggagc ttggcagaag
1441 ttcacagcca gtgcaggaat ccaggtagtg ggggatgatc tcacagtgac caacccaaag
1501 aggatcgcca aggccgtgaa cgagaagtcc tgcaactgcc tcctgctcaa agtcaaccag
1561 attggctccg tgaccgagtc tcttcaggcg tgcaagctgg cccaggccaa tggttggggc
1621 gtcatggtgt ctcatcgttc gggggagact gaagatacct tcatcgctga cctggttgtg
1681 gggctgtgca ctgggcagat caagactggt gccccttgcc gatctgagcg cttggccaag
1741 tacaaccagc tcctcagaat tgaagaggag ctgggcagca aggctaagtt tgccggcagg
1801 aacttcagaa accccttggc caagtaagct gtgggcaggc aagcccttcg gtcacctgtt
1861 ggctacacag acccctcccc tcgtgtcagc tcaggcagct cgaggccccc gaccaacact
1921 tgcaggggtc cctgctagtt agcgccccac cgccgtggag ttcgtaccgc ttccttagaa
1981 cttctacaga agccaagctc cctggagccc tgttggcagc tctagctttg cagtcgtgta
2041 attggcccaa gtcattgttt ttctcgcctc actttccacc aagtgtctag agtcatgtga
2101 gcctcgtgtc atctccgggg tggccacagg ctagatcccc ggtggttttg tgctcaaaat
2161 aaaaagcctc agtgacccat gagaataaaa aaaaaaaaaa aaaa //
8. FBL: FBL фибрилларин [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001436
AK /TpaHcm44H4=MKPGFSPRGGGFGGRGGFGDRGGRGGRGGFGGGRGRGGGFRGRG RGGGGGGGGGGGGGRGGGGFHSGGNRGRGRGGKRGNQSGKNVMVEPHRHEGVFICRGK EDALVTKNLVPGESVYGEKRVSISEGDDKIEYRAWNPFRSKLAAAILGGVDQIHIKPG AKVLYLGAASGTTVSHVSDIVGPDGLVYAVEFSHRSGRDLINLAKKRTNIIPVIEDAR HPHKYRMLIAMVDVIFADVAQPDQTRIVALNAHT FLRNGGHFVISIKANCIDSTASAE AVFASEVKKMQQENMKPQEQLTLEPYERDHAVWGVYRPPPKVKN
- 137 038600 кДНК: 1 gcgtcacgca gcgcacgtcg ccgcgcgcct gcgctctttt ccacgtgcga aagccccgga ctcgtggagt tgtgaacgcc gcggactccg gagccgcaca aaccagggct cgccatgaag
121 ccaggattca gtccccgtgg gggtggcttt ggcggccgag ggggctttgg tgaccgtggt
181 ggtcgtggag gccgaggggg ctttggcggg ggccgaggtc gaggcggagg ctttagaggt
241 cgtggacgag gaggaggtgg aggcggcggc ggcggtggag gaggaggaag aggtggtgga
301 ggcttccatt ctggtggcaa ccggggtcgt ggtcggggag gaaaaagagg aaaccagtcg
361 gggaagaatg tgatggtgga gccgcatcgg catgagggtg tcttcatttg tcgaggaaag
421 gaagatgcac tggtcaccaa gaacctggtc cctggggaat cagtttatgg agagaagaga
481 gtctcgattt cggaaggaga tgacaaaatt gagtaccgag cctggaaccc cttccgctcc
541 aagctagcag cagcaatcct gggtggtgtg gaccagatcc acatcaaacc gggggctaag
601 gttctctacc tcggggctgc ctcgggcacc acggtctccc atgtctctga catcgttggt
661 ccggatggtc tagtctatgc agtcgagttc tcccaccgct ctggccgtga cctcattaac
721 ttggccaaga agaggaccaa catcattcct gtgatcgagg atgctcgaca cccacacaaa
781 taccgcatgc tcatcgcaat ggtggatgtg atctttgctg atgtggccca gccagaccag
841 acccggattg tggccctgaa tgcccacacc ttcctgcgta atggaggaca ctttgtgatt
901 tccattaagg ccaactgcat tgactccaca gcctcagccg aggccgtgtt tgcctccgaa
961 gtgaaaaaga tgcaacagga gaacatgaag ccgcaggagc agttgaccct tgagccatat
1021 gaaagagacc atgccgtggt cgtgggagtg tacaggccac cccccaaggt gaagaactga
1081 agttcagcgc tgtcaggatt gcgagagatg tgtgttgata ctgttgcacg tgtgtttttc
1141 tattaaaaga ctcatccgtc tcccaaaaaa a //
9. GSK3B: GSK3B гликоген-синтаза-киназа-3 бета [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_001146156 (изоформа 2)
AK /TpaHcm44H4=MSGRPRTTSFAESCKPVQQPSAFGSMKVSRDKDGSKVTTWATP GQGPDRPQEVSYTDTKVIGNGSFGWYQAKLCDSGELVAIKKVLQDKRFKNRELQIMR KLDHCNIVRLRYFFYSSGEKKDEVYLNLVLDYVPETVYRVARHYSRAKQTLPVIYVKL YMYQLFRSLAYIHSFGICHRDIKPQNLLLDPDTAVLKLCDFGSAKQLVRGEPNVSYIC SRYYRAPELIFGATDYTSSIDVWSAGCVLAELLLGQPIFPGDSGVDQLVEIIKVLGTP TREQIREMNPNYTEFKFPQIKAHPWTKVFRPRTPPEAIALCSRLLEYTPTARLTPLEA CAHSFFDELRDPNVKLPNGRDTPALFNFTTQELSSNPPLATILIPPHARIQAAASTPT NATAASDANTGDRGQTNNAASASASNST кДНК: 1 cgggcttgtg ccgccgccgc cgccgccgcc gcccgggcca agtgacaaag gaaggaagga agcgaggagg agccggcccc gcagccgctg acagggctct gggctggggc aaagcgcgga
121 cacttcctga gcgggcaccg agcagagccg aggggcggga gggcggccga gctgttgccg
181 cggacggggg agggggcccc gagggacgga agcggttgcc gggttcccat gtccccggcg
241 aatggggaac agtcgaggag ccgctgcctg gggtctgaag ggagctgcct ccgccaccgc
301 catggccgct ggatccagcc gccgcctgca gctgctcctg gcgcaatgag gagaggagcc
361 gccgccaccg ccaccgcccg cctctgactg actcgcgact ccgccgccct ctagttcgcc
421 gggcccctgc cgtcagcccg ccggatcccg cggcttgccg gagctgcagc gtttcccgtc
481 gcatctccga gccaccccct ccctccctct ccctccctcc tacccatccc cctttctctt
541 caagcgtgag actcgtgatc cttccgccgc ttcccttctt cattgactcg gaaaaaaaat
601 ccccgaggaa aatataatat tcgaagtact cattttcaat caagtatttg cccccgtttc
661 acgtgataca tattttttta ggatttgccc tctcttttct ctcctcccag gaaagggagg
721 ggaaagaatt gtattttttc ccaagtccta aatcatctat atgttaaata tccgtgccga
781 tctgtcttga aggagaaata tatcgcttgt tttgtttttt atagtataca aaaggagtga
841 aaagccaaga ggacgaagtc tttttctttt tcttctgtgg gagaacttaa tgctgcattt
901 atcgttaacc taacacccca acataaagac aaaaggaaga aaaggaggaa ggaaggaaaa
961 ggtgattcgc gaagagagtg atcatgtcag ggcggcccag aaccacctcc tttgcggaga
1021 gctgcaagcc ggtgcagcag ccttcagctt ttggcagcat gaaagttagc agagacaagg
1081 acggcagcaa ggtgacaaca gtggtggcaa ctcctgggca gggtccagac aggccacaag
1141 aagtcagcta tacagacact aaagtgattg gaaatggatc atttggtgtg gtatatcaag
1201 ccaaactttg tgattcagga gaactggtcg ccatcaagaa agtattgcag gacaagagat
1261 ttaagaatcg agagctccag atcatgagaa agctagatca ctgtaacata gtccgattgc
1321 gttatttctt ctactccagt ggtgagaaga aagatgaggt ctatcttaat ctggtgctgg
1381 actatgttcc ggaaacagta tacagagttg ccagacacta tagtcgagcc aaacagacgc
1441 tccctgtgat ttatgtcaag ttgtatatgt atcagctgtt ccgaagttta gcctatatcc
1501 attcctttgg aatctgccat cgggatatta aaccgcagaa cctcttgttg gatcctgata
1561 ctgctgtatt aaaactctgt gactttggaa gtgcaaagca gctggtccga ggagaaccca
- 138 038600
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101
5161
5221 atgtttcgta attatacctc gacaaccaat tgggaactcc tccctcaaat caattgcact aagcttgtgc ggcgagacac tggctaccat atgccacagc ctgcatcagc accagttact gaaaaaaatc accttgtaaa ccagggggtg ctcccacgac ctgcctcatg aactttgttt gttgggagct atatcttcgg gaaatgtgta ttcttagtag ttgtacagga ggtggctctt tgacctggga ctgatgagcc gtccagattt ttaaataatg aattgagctt gaatctgtat tcagatggta actttatagg atactgcctt tttcccccac gttaagaatc tgaaggacta aaggttggca tatgggccat agatcacttg aggttagctg caccctcctc gtggagtctg tgtgtgactc actgtgagcc tttcacaaac aatcaaacaa agtctgaaat ttttcagaca gcattcagat actccccaga ggggtaaaag cgtgtgtgtg tgggatcaca taataataat tttttaaatt atgagcaaaa cgagcttttt taacaataac gtgttttttt ccctgtccac tccacagtta tatctgttct tagtatagat atttccaggg aacaagggag taaggcacat gtgtagccgt acattcattt acctgcactc ccttattcct agcgtcagat ttccaactcc tgagtgtcac ctgttcattt atatctataa ggaggggttg aatctttttt ccccttccac tcttttaaag tagcaggtat gtatttatag tcattcgtaa atttgttaag ggctgccaga tgtttgcctg ggagatggaa cagaggaagg ttttctaaag tgaactgtaa gcagaaatag ttaatttgtt gaaatattaa aaagctgatg tttttttgtc acccagttaa agtctctctt tgtttgccgt tctatgtggg tacttgacct agtgatggcc gtaactgtag attgccacct ttggcagccc tccaagagag atcttggttt ctctggatat attgaatttt caaagtattt gaatttataa ccaactgccc gtccataaaa aagagagaaa tgtgtgtgtg gaactctttt aaaaagctcc taagttttat agttactgtt aaagccatat tctagcaatg ttttaatttg cccctttccc agtttcagtg cggtactata gtatggtctg gatagtggtg caaatcagag ccttggacta ctgctggagt tttgatgaat ttcaacttca cctcatgctc gctaatactg acctgaacag tcagcaacac tagtgttcaa atacaaacca tggggagggg tattaaaagt aaaagaagaa tctagtgtga aactcaacgg acttgccttt cccagggagg gttttgtttt ggggaagcag accaaagttc ggggtgttga ggacaggtca ttacttccct cagtcatcta ccacattcta ttttaacctc aaactacaca atataaatgt tacagtatca gagtttttgt tttgaagaaa gaggaaatag ccttatatac atgaatcttt gcctttccct ggctgcagag taggtcactt tcctgcaggc ttgtcctgcc tcactcgctg atcagagttt atgttttata ggcagcataa agaatctgaa agcaagcgtt atcagtgctt agtcacgctt tgtgctgaga atacaagtga tcaccaaatt tgttttgtat cagggcagtg agttttaact tatagtgtat ttctttttta tttgaaataa ataccatact gggcaccaga ctggctgtgt tggatcagtt aaatgaaccc aggtcttccg atacaccaac tacgggaccc ccactcaaga ggattcaagc gagaccgtgg tcccgagcag tggtcacgtt tttttttatt atttcattgt gaaagcggag ctgctgttgt aacctttttc gactttggta ggacttaaat ggcatgttgg tcaataaagt gctctcagtt caagcaagac tttgcaaatc gcaggctgag gggatacatc tggaaagata ctggtttatt cacatagttc atgcttttta tcagaatgat gtgtatatat aaattgactg gtctgttttc aagcaatatt attttcatga tctaaaatga aaggcacaat cctacccgct ctgagcccat tatgggtctc cctagcaccc tgctgaagtg tttagctgag atgagaaagg aagtgcttct ctccttaaag aaggcaggtc tggatgcaga attttaggaa ttctctcatt tgtgtgattt gatccaggtc caagcttgta gtaaatatgt attctgttta ctgtacagta ctatatagtt aattttaatt taactcactc caggagtggg gttgatcttt gttggctgag ggtagaaata aaactacaca accccgaact tgcccgacta aaatgtcaaa actgtcaagt agctgcttca acagaccaat ccagctgcac tggaaagaat attattgttg attctcactt cactagaaca atactttaaa tgtgctgatg tagtgcacag gtcacttgta tggcaggtgt ttggaactct agtgctagtg tcaggcacac ttagcacagt ctagctgctg tcaccactgt cacttgagag tttcatattt taattttaaa catttattta acagtcactt gttatatata gttgaagcat tttgtgtatc ccttggaaag ctagtttgtt actttagtca cagttgtact ccttccccac ggttgtgtgt gtcctccaga tgtcctgctc aaccagtacc gtcttgggcc aaacatgctc gaaagctaag gtagtggcgt tgtgatagag cactgctctg acaggttgcc tcattgtgtg ttctttctca tctgaatatc cattatattt ggacccagga ataatcagac ggtaccggcc tggagtgcct ggtttccttt ataacagtat aagaggaaat ggagccactg ctgttactag atcaaggtcc gaatttaaat ccaccggagg acaccactgg ctaccaaatg aatccacctc acccccacaa aatgctgctt aggaaaaacc attaaaaaga ttcttattta tgagggagat tacaatctct aacaggactc ggtttttttg cttgaaattg aaattaatcc ggcagacaaa acagggaaga atgtagaggc atgctctaca ttcaaactag aggtcaaagg gaataagttt gacattgtag tttaattgaa tccaaatcta ttgatgcatg atacctgctg catatattca gagaagaatg agtgaacgat caaggagaat ttatactttt ccttggtgct ttacatttaa atgccttcca aacttgccct gggttcggaa cttaactgtg cagaaagaca acaaaagggg agtcaaacca atttgaaaga tgatagacca aaatggacct gacgtggtat ccccacaact tgcatgtgtg aggatcatgg tttttgtata tctttctgtg actgttatta aaaatgtaga tgtattattg tcgcttccat atccatgtct ctttgcccct catattcgta
- 139 038600
5281 atttcatttc gttgaagccc tgcctttgtt ttggttctga atgtctttcc tcctcggtag
5341 cagtgagacc ggtttcattt catacttagt ccattcaggg acttagtgta gcaccaggga
5401 gccctagagc tggaggatat cgaatagatt aaattttgct cgtctcttcc acaagcccta
5461 accatgggtc ttaaaaacag cagattctgg gagccttcca tgctctctct ctctcctctt
5521 ttatctactt ccctcccaaa tgagagagtg acagagaatt gtttttttat aaatcgaagt
5581 ttcttaatag tatcaggttt tgatacgtca gtggtctaaa atgctatagt gcaattacta
5641 gcagttactg cacggagtgc caccgtgcca atagaggact gttgttttaa caagggaact
5701 cttagcccat ttcctccctc ccgccatctc tacccttgct caatgaaata tcattttaat
5761 ttcttttaaa aaaaatcagt ttaattctta ctgtgtgccc aacacgaagg ccttttttga
5821 aagaaaaata gaatgttttg cctcaaagta gtccatataa aatgtcttga atagaagaaa
5881 aaactaccaa accaaaggtt actatttttg aaacatcgtg tgttcattcc agcaaggcag
5941 aagactgcac cttctttcca gtgacatgct gtgtcatttt ttttaagtcc tcttaatttt
6001 tagacacatt tttggtttat gttttaacaa tgtatgccta accagtcatc ttgtctgcac
6061 caatgcaaag gtttctgaga ggagtattct ctatccctgt ggatatgaag acactggcat
6121 ttcatctatt tttccctttc ctttttaaag gatttaactt tggaatcttc caaaggaagt
6181 ttggccaatg ccagatcccc aggaatttgg ggggttttct ttcttttcaa ctgaaattgt
6241 atctgattcc tactgttcat gttagtgatc atctaatcac agagccaaac acttttctcc
6301 cctgtgtgga aaagtaggta tgctttacaa taaaatctgt cttttctggt agaaacctga
6361 gccactgaaa ataaaagaga caactagaag cacagtagag tcccagactg agatctacct
6421 ttgagaggct ttgaaagtaa tccctggggt ttggattatt ttcacaaggg ttatgccgtt
6481 ttattcaagt ttgttgctcc gttttgcacc tctgcaataa aagcaaaatg acaaccagta
6541 cataaggggt tagcttgaca aagtagactt ccttgtgtta atttttaagt ttttttttcc
6601 ttaactatat ctgtctacag gcagatacag atagttgtat gaaaatctgc ttgcctgtaa
6661 aatttgcatt tataaatgtg ttgccgatgg atcacttggg cctgtacaca taccaattag
6721 cgtgaccact tccatcttaa aaacaaacct aaaaaacaaa atttattata tatatatata
6781 tatatatata aaggactgtg ggttgtatac aaactattgc aaacacttgt gcaaatctgt
6841 cttgatataa aggaaaagca aaatctgtat aacattatta ctacttgaat gcctctgtga
6901 ctgatttttt tttcatttta aatataaact tttttgtgaa aagtatgctc aatgtttttt
6961 ttccctttcc ccattccctt gtaaatacat tttgttctat gtgacttggt ttggaaatag
7021 ttaactggta ctgtaatttg cattaaataa aaagtaggtt agcctggaaa tgaaattaaa
7081 aaaaaaaaaa aaaaa //
ЛОКУС NM_002093 (изоформа 1)
AK/TpaHCH44H4=MSGRPRTTSFAESCKPVQQPSAFGSMKVSRDKDGSKVTTWATP GQGPDRPQEVSYTDTKVIGNGSFGWYQAKLCDSGELVAIKKVLQDKRFKNRELQIMR KLDHCNIVRLRYFFYSSGEKKDEVYLNLVLDYVPETVYRVARHYSRAKQTLPVIYVKL YMYQLFRSLAYIHSFGICHRDIKPQNLLLDPDTAVLKLCDFGSAKQLVRGEPNVSYIC SRYYRAPELIFGATDYTSSIDVWSAGCVLAELLLGQPIFPGDSGVDQLVEIIKVLGTP TREQIREMNPNYTEFKFPQIKAHPWTKDSSGTGHFTSGVRVFRPRTPPEAIALCSRLL EYTPTARLTPLEACAHSFFDELRDPNVKLPNGRDTPALFNFTTQELSSNPPLATILIP PHARIQAAASTPTNATAASDANTGDRGQTNNAASASASNST кДНК: 1 cgggcttgtg ccgccgccgc cgccgccgcc gcccgggcca agtgacaaag gaaggaagga agcgaggagg agccggcccc gcagccgctg acagggctct gggctggggc aaagcgcgga
121 cacttcctga gcgggcaccg agcagagccg aggggcggga gggcggccga gctgttgccg
181 cggacggggg agggggcccc gagggacgga agcggttgcc gggttcccat gtccccggcg
241 aatggggaac agtcgaggag ccgctgcctg gggtctgaag ggagctgcct ccgccaccgc
301 catggccgct ggatccagcc gccgcctgca gctgctcctg gcgcaatgag gagaggagcc
361 gccgccaccg ccaccgcccg cctctgactg actcgcgact ccgccgccct ctagttcgcc
421 gggcccctgc cgtcagcccg ccggatcccg cggcttgccg gagctgcagc gtttcccgtc
481 gcatctccga gccaccccct ccctccctct ccctccctcc tacccatccc cctttctctt
541 caagcgtgag actcgtgatc cttccgccgc ttcccttctt cattgactcg gaaaaaaaat
601 ccccgaggaa aatataatat tcgaagtact cattttcaat caagtatttg cccccgtttc
661 acgtgataca tattttttta ggatttgccc tctcttttct ctcctcccag gaaagggagg
721 ggaaagaatt gtattttttc ccaagtccta aatcatctat atgttaaata tccgtgccga
781 tctgtcttga aggagaaata tatcgcttgt tttgtttttt atagtataca aaaggagtga
841 aaagccaaga ggacgaagtc tttttctttt tcttctgtgg gagaacttaa tgctgcattt
901 atcgttaacc taacacccca acataaagac aaaaggaaga aaaggaggaa ggaaggaaaa
961 ggtgattcgc gaagagagtg atcatgtcag ggcggcccag aaccacctcc tttgcggaga
1021 gctgcaagcc ggtgcagcag ccttcagctt ttggcagcat gaaagttagc agagacaagg
1081 acggcagcaa ggtgacaaca gtggtggcaa ctcctgggca gggtccagac aggccacaag
- 140 038600
1141
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741 aagtcagcta ccaaactttg ttaagaatcg gttatttctt actatgttcc tccctgtgat attcctttgg ctgctgtatt atgtttcgta attatacctc gacaaccaat tgggaactcc tccctcaaat caggagtgcg tgctggagta ttgatgaatt tcaacttcac ctcatgctcg ctaatactgg cctgaacagt cagcaacact agtgttcaat tacaaaccaa ggggaggggg attaaaagtc aaagaagaaa ctagtgtgag actcaacggg cttgcctttg ccagggaggt ttttgttttg gggaagcagc ccaaagttct gggtgttgag gacaggtcag tacttccctt agtcatctac cacattctac tttaacctca aactacacat tataaatgtg acagtatcaa agtttttgtg ttgaagaaaa aggaaataga cttatatact tgaatcttta cctttccctc gctgcagagc aggtcacttt cctgcaggcc tgtcctgcct cactcgctgt tcagagttta tgttttataa gcagcataac gaatctgaaa gcaagcgttt tcagtgctta gtcacgcttt gtgctgagat tacagacact tgattcagga agagctccag ctactccagt ggaaacagta ttatgtcaag aatctgccat aaaactctgt tatctgttct tagtatagat atttccaggg aacaagggag taaggcacat ggtcttccga tacaccaact acgggaccca cactcaagaa gattcaagca agaccgtgga cccgagcagc ggtcacgttt ttttttatta tttcattgta aaagcggagc tgctgttgta acctttttct actttggtat gacttaaatg gcatgttggt caataaagtt ctctcagtta aagcaagact ttgcaaatct caggctgagc ggatacatct ggaaagatac tggtttattt acatagttct tgctttttac cagaatgata tgtatatatg aattgactgg tctgttttct agcaatattc ttttcatgac ctaaaatgaa aggcacaatc ctacccgctc tgagcccatg atgggtctcg ctagcaccct gctgaagtga ttagctgagg tgagaaagga agtgcttctg tccttaaagg aggcaggtct ggatgcagac ttttaggaaa tctctcattt gtgtgatttt aaagtgattg gaactggtcg atcatgagaa ggtgagaaga tacagagttg ttgtatatgt cgggatatta gactttggaa cggtactata gtatggtctg gatagtggtg caaatcagag ccttggacta ccccgaactc gcccgactaa aatgtcaaac ctgtcaagta gctgcttcaa cagaccaata cagctgcaca ggaaagaata ttattgttgt ttctcacttt actagaacat tactttaaaa gtgctgatgg agtgcacagc tcacttgtaa ggcaggtgtg tggaactcta gtgctagtga caggcacaca tagcacagtt tagctgctga caccactgtg acttgagagg ttcatatttt aattttaaat atttatttat cagtcactta ttatatatac ttgaagcatg ttgtgtatca cttggaaagc tagtttgttt ctttagtcac agttgtactt cttccccaca gttgtgtgta tcctccagag gtcctgctcc accagtaccc tcttgggcca aacatgctca aaagctaaga tagtggcgtt gtgatagaga actgctctgg caggttgccc cattgtgtgt tctttctcaa gaaatggatc ccatcaagaa agctagatca aagatgaggt ccagacacta atcagctgtt aaccgcagaa gtgcaaagca gggcaccaga ctggctgtgt tggatcagtt aaatgaaccc aggattcgtc caccggaggc caccactgga taccaaatgg atccacctct cccccacaaa atgctgcttc ggaaaaacca ttaaaaagag tcttatttaa gagggagatc acaatctctc acaggactcc gtttttttga ttgaaattgg aattaatcca gcagacaaag cagggaagat tgtagaggct tgctctacag tcaaactagt ggtcaaaggc aataagtttg acattgtagt ttaattgaaa ccaaatctag tgatgcatgt tacctgctga atatattcaa agaagaatgt gtgaacgatg aaggagaatt tatactttta cttggtgctt tacatttaaa tgccttccaa acttgccctc ggttcggaag ttaactgtgt agaaagacaa caaaaggggt gtcaaaccaa tttgaaagaa gatagaccat aatggacctg acgtggtata cccacaactg gcatgtgtgc ggatcatggt atttggtgtg agtattgcag ctgtaacata ctatcttaat tagtcgagcc ccgaagttta cctcttgttg gctggtccga gttgatcttt gttggctgag ggtagaaata aaactacaca aggaacagga aattgcactg agcttgtgca gcgagacaca ggctaccatc tgccacagca tgcatcagct ccagttactt aaaaaaatcc ccttgtaaaa cagggggtgg tcccacgaca tgcctcatgc actttgtttt ttgggagctt tatcttcggg aaatgtgtat tcttagtaga tgtacaggag gtggctcttt gacctgggag tgatgagccc tccagatttt taaataatgt attgagcttg aatctgtatt cagatggtag ctttatagga tactgccttt ttcccccaca ttaagaatca gaaggactat aggttggcat atgggccatt gatcacttga ggttagctgg accctcctca tggagtctgt gtgtgactct ctgtgagcca ttcacaaacc atcaaacaaa gtctgaaatc tttcagacag cattcagatc ctccccagag gggtaaaaga gtgtgtgtgt gggatcacag gtatatcaag gacaagagat gtccgattgc ctggtgctgg aaacagacgc gcctatatcc gatcctgata ggagaaccca ggagccactg ctgttactag atcaaggtcc gaatttaaat catttcacct tgtagccgtc cattcatttt cctgcactct cttattcctc gcgtcagatg tccaactcca gagtgtcact tgttcatttt tatctataaa gaggggttgt atcttttttt cccttccaca cttttaaagt agcaggtata tatttataga cattcgtaac tttgttaagg gctgccagag gtttgcctga gagatggaag agaggaaggg tttctaaagt gaactgtaac cagaaatagc taatttgttt aaatattaaa aagctgatga ttttttgtct cccagttaag gtctctcttt gtttgccgtg ctatgtgggc acttgaccta gtgatggccg taactgtagg ttgccacctt tggcagccct ccaagagagt tcttggtttt tctggatata ttgaatttta aaagtatttg aatttataaa caactgccca tccataaaaa agagagaaaa gtgtgtgtgt aactctttta
- 141 038600
4801 tacaagtgag atccaggtct ctgaatatct ttttgtatat aataataata aaaagctcct
4861 caccaaattc aagcttgtac attatatttt ctttctgtgt ttttaaattt aagttttatt
4921 gttttgtatg taaatatgtg gacccaggaa ctgttattaa tgagcaaaaa gttactgttc
4981 agggcagtga ttctgtttaa taatcagaca aaatgtagac gagcttttta aagccatata
5041 gttttaactc tgtacagtag gtaccggcct gtattattgt aacaataact ctagcaatgt
5101 atagtgtatc tatatagttt ggagtgcctt cgcttccatg tgtttttttt tttaatttgt
5161 tcttttttaa attttaattg gtttccttta tccatgtctc cctgtccacc ccctttccct
5221 ttgaaataat aactcactca taacagtatc tttgcccctt ccacagttaa gtttcagtga
5281 taccatactc aggagtggga agaggaaatc atattcgtaa tttcatttcg ttgaagccct
5341 gcctttgttt tggttctgaa tgtctttcct cctcggtagc agtgagaccg gtttcatttc
5401 atacttagtc cattcaggga cttagtgtag caccagggag ccctagagct ggaggatatc
5461 gaatagatta aattttgctc gtctcttcca caagccctaa ccatgggtct taaaaacagc
5521 agattctggg agccttccat gctctctctc tctcctcttt tatctacttc cctcccaaat
5581 gagagagtga cagagaattg tttttttata aatcgaagtt tcttaatagt atcaggtttt
5641 gatacgtcag tggtctaaaa tgctatagtg caattactag cagttactgc acggagtgcc
5701 accgtgccaa tagaggactg ttgttttaac aagggaactc ttagcccatt tcctccctcc
5761 cgccatctct acccttgctc aatgaaatat cattttaatt tcttttaaaa aaaatcagtt
5821 taattcttac tgtgtgccca acacgaaggc cttttttgaa agaaaaatag aatgttttgc
5881 ctcaaagtag tccatataaa atgtcttgaa tagaagaaaa aactaccaaa ccaaaggtta
5941 ctatttttga aacatcgtgt gttcattcca gcaaggcaga agactgcacc ttctttccag
6001 tgacatgctg tgtcattttt tttaagtcct cttaattttt agacacattt ttggtttatg
6061 ttttaacaat gtatgcctaa ccagtcatct tgtctgcacc aatgcaaagg tttctgagag
6121 gagtattctc tatccctgtg gatatgaaga cactggcatt tcatctattt ttccctttcc
6181 tttttaaagg atttaacttt ggaatcttcc aaaggaagtt tggccaatgc cagatcccca
6241 ggaatttggg gggttttctt tcttttcaac tgaaattgta tctgattcct actgttcatg
6301 ttagtgatca tctaatcaca gagccaaaca cttttctccc ctgtgtggaa aagtaggtat
6361 gctttacaat aaaatctgtc ttttctggta gaaacctgag ccactgaaaa taaaagagac
6421 aactagaagc acagtagagt cccagactga gatctacctt tgagaggctt tgaaagtaat
6481 ccctggggtt tggattattt tcacaagggt tatgccgttt tattcaagtt tgttgctccg
6541 ttttgcacct ctgcaataaa agcaaaatga caaccagtac ataaggggtt agcttgacaa
6601 agtagacttc cttgtgttaa tttttaagtt tttttttcct taactatatc tgtctacagg
6661 cagatacaga tagttgtatg aaaatctgct tgcctgtaaa atttgcattt ataaatgtgt
6721 tgccgatgga tcacttgggc ctgtacacat accaattagc gtgaccactt ccatcttaaa
6781 aacaaaccta aaaaacaaaa tttattatat atatatatat atatatataa aggactgtgg
6841 gttgtataca aactattgca aacacttgtg caaatctgtc ttgatataaa ggaaaagcaa
6901 aatctgtata acattattac tacttgaatg cctctgtgac tgattttttt ttcattttaa
6961 atataaactt ttttgtgaaa agtatgctca atgttttttt tccctttccc cattcccttg
7021 taaatacatt ttgttctatg tgacttggtt tggaaatagt taactggtac tgtaatttgc
7081 attaaataaa aagtaggtta gcctggaaat gaaattaaaa aaaaaaaaaa aaaa //
10. HDLBP: HDLBP связывающий липопротеин высокой плотности белок [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001243900 (изоформа b)
АК /TpaHcn44H4=MHLAERDRWLFVATVMMHFVSIKSGFPGLCVGVRSTMSSVAVLT QESFAEHRSGLVPQQIKVATLNSEEESDPPTYKDAFPPLPEKAACLESAQEPAGAWGN KIRPIKASVITQVFHVPLEERKYKDMNQFGEGEQAKICLEIMQRTGAHLELSLAKDQG LSIMVSGKLDAVMKARKDIVARLQTQASATVAIPKEHHRFVIGKNGEKLQDLELKTAT KIQIPRPDDPSNQIKITGTKEGIEKARHEVLLISAEQDKRAVERLEVEKAFHPFIAGP YNRLVGEIMQETGTRINIPPPSVNRTEIVFTGEKEQLAQAVARIKKIYEEKANSFTVS SVAAPSWLHRFIIGKKGQNLAKITQQMPKVHIEFTEGEDKITLEGPTEDVNVAQEQIE GMVKDLINRMDYVEINIDHKFHRHLIGKSGANINRIKDQYKVSVRIPPDSEKSNLIRI EGDPQGVQQAKRELLELASRMENERTKDLIIEQRFHRTIIGQKGERIREIRDKFPEVI INFPDPAQKSDIVQLRGPKNEVEKCTKYMQKMVADLVENSYSISVPIFKQFHKNIIGK GGANIKKIREESNTKIDLPAENSNSETIIITGKRANCEAARSRILSIQKDLANIAEVE VSIPAKLHNSLIGTKGRLIRSIMEECGGVHIHFPVEGSGSDTWIRGPSSDVEKAKKQ LLHLAEEKQTKSFTVDIRAKPEYHKFLIGKGGGKIRKVRDSTGARVIFPAAEDKDQDL ITT IGKEDAVREAQKELEALIQNLDNWEDSMLVDPKHHRHFVIRRGQVLREIAEEYG GVMVSFPRSGTQSDKVTLKGAKDCVEAAKKRIQEIIEDLEAQVTLECAIPQKFHRSVM GPKGSRIQQITRDFSVQIKFPDREENAVHSTEPWQENGDEAGEGREAKDCDPGSPRR CDI111S GRKEKCEAAKEALEALVPVTIEVEVPFDLHRYVIGQKGSGIRKMMDEFEVN
- 142 038600
IHVPAPELQSDIIAITGLAANLDRAKAGLLERVKELQAEQEDRALRSFKLSVTVDPKY HPKIIGRKGAVITQIRLEHDVNIQFPDKDDGNQPQDQITITGYEKNTEAARDAILRIV GELEQMVSEDVPLDHRVHARIIGARGKAIRKIMDEFKVDIRFPQSGAPDPNCVTVTGL PENVEEAIDHILNLEEEYLADWDSEALQVYMKPPAHEEAKAPSRGFWRDAPWTASS SEKAPDMSSSEEFPSFGAQVAPKTLPWGPKR кДНК: 1 ggagcgtccc ggcttctccc gcgcgggggg cgagtaagcc agcggcagga ccagcgggcg ggggcccacg acaaaagctg gcaggctgac agaggcggcc tcaggacgga ccttctggct
121 actgaccgtt ttgctgctac cacttataac cacctggtta agtcgagatt tggaggtggt
181 ttagtttggg gcctggatgc accttgcaga gagagaccgc tggctttttg tagcaactgt
241 catgatgcat tttgtaagca ttaagagtgg ttttcccgga ttgtgtgtag gtgtgagatc
301 aaccatgagt tccgttgcag ttttgaccca agagagtttt gctgaacacc gaagtgggct
361 ggttccgcaa caaatcaaag ttgccactct aaattcagaa gaggagagcg accctccaac
421 ctacaaggat gccttccctc cacttcctga gaaagctgct tgcctggaaa gtgcccagga
481 acccgctgga gcctggggga acaagatccg acccatcaag gcttctgtca tcactcaggt
541 gttccatgta cccctggagg agagaaaata caaggatatg aaccagtttg gagaaggtga
601 acaagcaaaa atctgccttg agatcatgca gagaactggt gctcacttgg agctgtcttt
661 ggccaaagac caaggcctct ccatcatggt gtcaggaaag ctggatgctg tcatgaaagc
721 tcggaaggac attgttgcta gactgcagac tcaggcctca gcaactgttg ccattcccaa
781 agaacaccat cgctttgtta ttggcaaaaa tggagagaaa ctgcaagact tggagctaaa
841 aactgcaacc aaaatccaga tcccacgccc agatgacccc agcaatcaga tcaagatcac
901 tggcaccaaa gagggcatcg agaaagctcg ccatgaagtc ttactcatct ctgccgagca
961 ggacaaacgt gctgtggaga ggctagaagt agaaaaggca ttccacccct tcatcgctgg
1021 gccgtataat agactggttg gcgagatcat gcaggagaca ggcacgcgca tcaacatccc
1081 cccacccagc gtgaaccgga cagagattgt cttcactgga gagaaggaac agttggctca
1141 ggctgtggct cgcatcaaga agatttatga ggagaaggcc aatagcttca ccgtctcctc
1201 tgtcgccgcc ccttcctggc ttcaccgttt catcattggc aagaaagggc agaacctggc
1261 caaaatcact cagcagatgc caaaggttca catcgagttc acagagggcg aagacaagat
1321 caccctggag ggccctacag aggatgtcaa tgtggcccag gaacagatag aaggcatggt
1381 caaagatttg attaaccgga tggactatgt ggagatcaac atcgaccaca agttccacag
1441 gcacctcatt gggaagagcg gtgccaacat aaacagaatc aaagaccagt acaaggtgtc
1501 cgtgcgcatc cctcctgaca gtgagaagag caatttgatc cgcatcgagg gggacccaca
1561 gggcgtgcag caggccaagc gagagctgct ggagcttgca tctcgcatgg aaaatgagcg
1621 taccaaggat ctaatcattg agcaaagatt tcatcgcaca atcattgggc agaagggtga
1681 acggatccgt gaaattcgtg acaaattccc agaggtcatc attaactttc cagacccagc
1741 acaaaaaagt gacattgtcc agctcagagg acctaagaat gaggtggaaa aatgcacaaa
1801 atacatgcag aagatggtgg cagatctggt ggaaaatagc tattcaattt ctgttccgat
1861 cttcaaacag tttcacaaga atatcattgg gaaaggaggc gcaaacatta aaaagattcg
1921 tgaagaaagc aacaccaaaa tcgaccttcc agcagagaat agcaattcag agaccattat
1981 catcacaggc aagcgagcca actgcgaagc tgcccggagc aggattctgt ctattcagaa
2041 agacctggcc aacatagccg aggtagaggt ctccatccct gccaagctgc acaactccct
2101 cattggcacc aagggccgtc tgatccgctc catcatggag gagtgcggcg gggtccacat
2161 tcactttccc gtggaaggtt caggaagcga caccgttgtt atcaggggcc cttcctcgga
2221 tgtggagaag gccaagaagc agctcctgca tctggcggag gagaagcaaa ccaagagttt
2281 cactgttgac atccgcgcca agccagaata ccacaaattc ctcatcggca aggggggcgg
2341 caaaattcgc aaggtgcgcg acagcactgg agcacgtgtc atcttccctg cggctgagga
2401 caaggaccag gacctgatca ccatcattgg aaaggaggac gccgtccgag aggcacagaa
2461 ggagctggag gccttgatcc aaaacctgga taatgtggtg gaagactcca tgctggtgga
2521 ccccaagcac caccgccact tcgtcatccg cagaggccag gtcttgcggg agattgctga
2581 agagtatggc ggggtgatgg tcagcttccc acgctctggc acacagagcg acaaagtcac
2641 cctcaagggc gccaaggact gtgtggaggc agccaagaaa cgcattcagg agatcattga
2701 ggacctggaa gctcaggtga cattagaatg tgctataccc cagaaattcc atcgatctgt
2761 catgggcccc aaaggttcca gaatccagca gattactcgg gatttcagtg ttcaaattaa
2821 attcccagac agagaggaga acgcagttca cagtacagag ccagttgtcc aggagaatgg
2881 ggacgaagct ggggagggga gagaggctaa agattgtgac cccggctctc caaggaggtg
2941 tgacatcatc atcatctctg gccggaaaga aaagtgtgag gctgccaagg aagctctgga
3001 ggcattggtt cctgtcacca ttgaagtaga ggtgcccttt gaccttcacc gttacgttat
3061 tgggcagaaa ggaagtggga tccgcaagat gatggatgag tttgaggtga acatacatgt
3121 cccggcacct gagctgcagt ctgacatcat cgccatcacg ggcctcgctg caaatttgga
3181 ccgggccaag gctggactgc tggagcgtgt gaaggagcta caggccgagc aggaggaccg
3241 ggctttaagg agttttaagc tgagtgtcac tgtagacccc aaataccatc ccaagattat
- 143 038600
3301 cgggagaaag ggggcagtaa ttacccaaat ccggttggag catgacgtga acatccagtt
3361 tcctgataag gacgatggga accagcccca ggaccaaatt accatcacag ggtacgaaaa
3421 gaacacagaa gctgccaggg atgctatact gagaattgtg ggtgaacttg agcagatggt
3481 ttctgaggac gtcccgctgg accaccgcgt tcacgcccgc atcattggtg cccgcggcaa
3541 agccattcgc aaaatcatgg acgaattcaa ggtggacatt cgcttcccac agagcggagc
3601 cccagacccc aactgcgtca ctgtgacggg gctcccagag aatgtggagg aagccatcga
3661 ccacatcctc aatctggagg aggaatacct agctgacgtg gtggacagtg aggcgctgca
3721 ggtatacatg aaacccccag cacacgaaga ggccaaggca ccttccagag gctttgtggt
3781 gcgggacgca ccctggaccg ccagcagcag tgagaaggct cctgacatga gcagctctga
3841 ggaatttccc agctttgggg ctcaggtggc tcccaagacc ctcccttggg gccccaaacg
3901 ataatgatca aaaagaacag aaccctctcc agcctgctga cccaaaccca accacacaat
3961 ggtttgtctc aatctgaccc agcggctgga ccctccgtaa attgttgacg ctcttccccc
4021 ttcccgaggt cccgcaggga gcctagcgcc tggctgtgtg tgcggccgct cctccaggcc
4081 tggccgtgcc cgctcaggac ctgctccact gtttaacact aaaccaaggt catgagcatt
4141 cgtgctaaga taacagactc cagctcctgg tccacccggc atgtcagtca gcactctggc
4201 cttcatcacg agagctccgc agccgtggct aggattccac ttcctgtgtc atgacctcag
4261 gaaataaacg tccttgactt tataaaagcc aaacgtttgc cctcttcctt tcccacctcc
4321 ctcctgccag tttcccttgg tccagacagt cctgtttgtg gagtgcaatc agcctcctcc
4381 agctgccaga gcgcctcagc acaggtgtca gggtgcaagg aagacctggc aatggacagc
4441 aggaggcagg ttcctggagc tggggggtga cctgagaggc agagggtgac gggttctcag
4501 gcagtcctga ttttacctgc cgtggggtct gaaagcacca agggtccctg cccctacctc
4561 cactgccaga ccctcagcct gaggtctggt gagtggagcc tggaggcaag gtggtaggca
4621 ccatctgggt cccctgtggc cgtcacagtg tctgctgtga ttgagatgcg cacaggttgg
4681 gggaggtagg gccttacgct tgtcctcagt gggggcagtt tgccttagat gacagctggg
4741 ctcttcttca caccacctgc agcccctccc tgcccctgcc ctagctgctg tgtgttcagt
4801 tgccttcttt ctacctcagc cggcgtggag tggtctctgt gcagttagtg ccaccccaca
4861 cacccgtctc ttgattgaga tgtttctggt ggttatgggt ttcccgtgga gctgggggtg
4921 ggcgccgtgt acctaagctg gaggctggcg ctctccctca gcacaggtgg gtcagtggcc
4981 agcaggccca tctggagtgg gagtgggcac ttccaccccg cccacaggcc atccggctgt
5041 gcaggccagc ccctaggagc aggtcccggg tgactggcag ttttcacggt ctagggccga
5101 gacgatggca tggggcctag agcatgaggt agagcagaat gcagaccacg ccgctggatg
5161 ccgagagacc ctgctctccg agggaggcat ctgtgtcatg ctgtgagggc tgaggacggg
5221 gccctagtct ctggttttct ggtcttaaca tccttatctg tgtccgccac ggaggtgact
5281 gagctgctag cgagttgtcc tgtcccaggt acttgagttt tggaaaagct gactcacgcc
5341 catccatctc acagcccttc cctggggaca gtcgcttccg ccttgacacc tcactctcag
5401 ttgaataact caagcttggt catcttcaga ctcgaattct tgagtagacc cagacggctt
5461 agcccaagtc tagttgcagc tgcctcggca agtccccatt tgctcaggca gccctgaatg
5521 ggcctgttta caggaatggt aaattgggat tggaaggaat atagcttcca gcttcatagg
5581 ctagggtgac cacggcttag gaaacaggga aagaaagcaa ggcccttttc ctgcctttcc
5641 cgggatctgt ctactccacc tccacggggg aggccagtgg ggaagggctg tcacctcttc
5701 cccatctgca tgagttctgg aactctgtcc tgttggctgc ttgcttccag ctccccccaa
5761 tctccatcgc agcgggttcc tcctgtcttt tctacagtgt cataaaacat cctgccccta
5821 ccctctccca aaggtcaatt ttaattctca ccaagttttg cacatctctg tatgtcgctt
5881 gatgtcttag acgcgagccc tttcctaaac tgttcagcgc tctcttttcc tttgggtggt
5941 tgttgcaagg gtgatgacat gactgtcccc aggcctgtct ccctgaagcg tctgtgctgt
6001 caggacagcc ctgggcagag atgaggcagg ggtgaggcgt gcgtgtgctt ttcctccttg
6061 ttggatgtct tccatatcat ctgtttccat agctacaatc catcccttgg ccttaacttt
6121 ggaatttgga gattatatgc aaacatgtgt aaaggctcat gaatatggat gacactggaa
6181 ttttataaat tctaaaataa aacccgaaac cagatgtagc atgctgggac tcattttgaa
6241 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa a //
ЛОКУС NM_005336 (изоформа a)
AK /TpaHCH44H4=MSSVAVLTQESFAEHRSGLVPQQIKVATLNSEEESDPPTYKDAF PPLPEKAACLESAQEPAGAWGNKIRPIKASVITQVFHVPLEERKYKDMNQFGEGEQAK ICLEIMQRTGAHLELSLAKDQGLSIMVSGKLDAVMKARKDIVARLQTQASATVAIPKE HHRFVIGKNGEKLQDLELKTATKIQIPRPDDPSNQIKITGTKEGIEKARHEVLLISAE QDKRAVERLEVEKAFHPFIAGPYNRLVGEIMQETGTRINIPPPSVNRTEIVFTGEKEQ LAQAVARIKKIYEEKKKKTTTIAVEVKKSQHKYVIGPKGNSLQEILERTGVSVEIPPS DSISETVILRGEPEKLGQALTEVYAKANSFTVSSVAAPSWLHRFIIGKKGQNLAKITQ QMPKVHIEFTEGEDKITLEGPTEDVNVAQEQIEGMVKDLINRMDYVEINIDHKFHRHL
- 144 038600
IGKSGANINRIKDQYKVSVRIPPDSEKSNLIRIEGDPQGVQQAKRELLELASRMENER TKDLIIEQRFHRTIIGQKGERIREIRDKFPEVIINFPDPAQKSDIVQLRGPKNEVEKC TKYMQKMVADLVENSYSISVPIFKQFHKNIIGKGGANIKKIREESNTKIDLPAENSNS ETIIITGKRANCEAARSRILSIQKDLANIAEVEVSIPAKLHNSLIGTKGRLIRSIMEE CGGVHIHFPVEGSGSDTWIRGPSSDVEKAKKQLLHLAEEKQTKSFTVDIRAKPEYHK FLIGKGGGKIRKVRDSTGARVIFPAAEDKDQDLITIIGKEDAVREAQKELEALIQNLD NWEDSMLVDPKHHRHFVIRRGQVLREIAEEYGGVMVSFPRSGTQSDKVTLKGAKDCV EAAKKRIQEIIEDLEAQVTLECAIPQKFHRSVMGPKGSRIQQITRDFSVQIKFPDREE NAVHSTEPWQENGDEAGEGREAKDCDPGSPRRCDIIIISGRKEKCEAAKEALEALVP VTIEVEVPFDLHRYVIGQKGSGIRKMMDEFEVNIHVPAPELQSDIIAITGLAANLDRA KAGLLERVKELQAEQEDRALRSFKLSVTVDPKYHPKIIGRKGAVITQIRLEHDVNIQF PDKDDGNQPQDQITITGYEKNTEAARDAILRIVGELEQMVSEDVPLDHRVHARIIGAR GKAIRKIMDEFKVDIRFPQSGAPDPNCVTVTGLPENVEEAIDHILNLEEEYLADWDS EALQVYMKP PAHEEAKAP S RGFWRDAPWTAS S S EKAPDMS S S EE FP S FGAQVAP KT L PWGPKR кДНК: 1 atagaggctg ggggtggggg gggaggtcaa gcgtagcctc ttctccttta ccaagatggc ggcttgtccc tgtttcgcca cagttcctac cttatgagct cggttttctt atgcttataa
121 gagtggaaca gcaaaagctg gcaggctgac agaggcggcc tcaggacgga ccttctggct
181 actgaccgtt ttgctgtggt tttcccggat tgtgtgtagg tgtgagatca accatgagtt
241 ccgttgcagt tttgacccaa gagagttttg ctgaacaccg aagtgggctg gttccgcaac
301 aaatcaaagt tgccactcta aattcagaag aggagagcga ccctccaacc tacaaggatg
361 ccttccctcc acttcctgag aaagctgctt gcctggaaag tgcccaggaa cccgctggag
421 cctgggggaa caagatccga cccatcaagg cttctgtcat cactcaggtg ttccatgtac
481 ccctggagga gagaaaatac aaggatatga accagtttgg agaaggtgaa caagcaaaaa
541 tctgccttga gatcatgcag agaactggtg ctcacttgga gctgtctttg gccaaagacc
601 aaggcctctc catcatggtg tcaggaaagc tggatgctgt catgaaagct cggaaggaca
661 ttgttgctag actgcagact caggcctcag caactgttgc cattcccaaa gaacaccatc
721 gctttgttat tggcaaaaat ggagagaaac tgcaagactt ggagctaaaa actgcaacca
781 aaatccagat cccacgccca gatgacccca gcaatcagat caagatcact ggcaccaaag
841 agggcatcga gaaagctcgc catgaagtct tactcatctc tgccgagcag gacaaacgtg
901 ctgtggagag gctagaagta gaaaaggcat tccacccctt catcgctggg ccgtataata
961 gactggttgg cgagatcatg caggagacag gcacgcgcat caacatcccc ccacccagcg
1021 tgaaccggac agagattgtc ttcactggag agaaggaaca gttggctcag gctgtggctc
1081 gcatcaagaa gatttatgag gagaagaaaa agaagactac aaccattgca gtggaagtga
1141 agaaatccca acacaagtat gtcattgggc ccaagggcaa ttcattgcag gagatccttg
1201 agagaactgg agtttccgtt gagatcccac cctcagacag catctctgag actgtaatac
1261 ttcgaggcga acctgaaaag ttaggtcagg cgttgactga agtctatgcc aaggccaata
1321 gcttcaccgt ctcctctgtc gccgcccctt cctggcttca ccgtttcatc attggcaaga
1381 aagggcagaa cctggccaaa atcactcagc agatgccaaa ggttcacatc gagttcacag
1441 agggcgaaga caagatcacc ctggagggcc ctacagagga tgtcaatgtg gcccaggaac
1501 agatagaagg catggtcaaa gatttgatta accggatgga ctatgtggag atcaacatcg
1561 accacaagtt ccacaggcac ctcattggga agagcggtgc caacataaac agaatcaaag
1621 accagtacaa ggtgtccgtg cgcatccctc ctgacagtga gaagagcaat ttgatccgca
1681 tcgaggggga cccacagggc gtgcagcagg ccaagcgaga gctgctggag cttgcatctc
1741 gcatggaaaa tgagcgtacc aaggatctaa tcattgagca aagatttcat cgcacaatca
1801 ttgggcagaa gggtgaacgg atccgtgaaa ttcgtgacaa attcccagag gtcatcatta
1861 actttccaga cccagcacaa aaaagtgaca ttgtccagct cagaggacct aagaatgagg
1921 tggaaaaatg cacaaaatac atgcagaaga tggtggcaga tctggtggaa aatagctatt
1981 caatttctgt tccgatcttc aaacagtttc acaagaatat cattgggaaa ggaggcgcaa
2041 acattaaaaa gattcgtgaa gaaagcaaca ccaaaatcga ccttccagca gagaatagca
2101 attcagagac cattatcatc acaggcaagc gagccaactg cgaagctgcc cggagcagga
2161 ttctgtctat tcagaaagac ctggccaaca tagccgaggt agaggtctcc atccctgcca
2221 agctgcacaa ctccctcatt ggcaccaagg gccgtctgat ccgctccatc atggaggagt
2281 gcggcggggt ccacattcac tttcccgtgg aaggttcagg aagcgacacc gttgttatca
2341 ggggcccttc ctcggatgtg gagaaggcca agaagcagct cctgcatctg gcggaggaga
2401 agcaaaccaa gagtttcact gttgacatcc gcgccaagcc agaataccac aaattcctca
2461 tcggcaaggg gggcggcaaa attcgcaagg tgcgcgacag cactggagca cgtgtcatct
2521 tccctgcggc tgaggacaag gaccaggacc tgatcaccat cattggaaag gaggacgccg
2581 tccgagaggc acagaaggag ctggaggcct tgatccaaaa cctggataat gtggtggaag
2641 actccatgct ggtggacccc aagcaccacc gccacttcgt catccgcaga ggccaggtct
- 145 038600
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101
5161
5221
5281
5341
5401
5461
5521
5581
5641
5701
5761
5821
5881
5941
6001
6061
6121
6181
6241
6301 tgcgggagat agagcgacaa ttcaggagat aattccatcg tcagtgttca ttgtccagga gctctccaag ccaaggaagc ttcaccgtta aggtgaacat tcgctgcaaa ccgagcagga accatcccaa acgtgaacat tcacagggta aacttgagca ttggtgcccg tcccacagag tggaggaagc acagtgaggc ccagaggctt acatgagcag cttggggccc aacccaacca ttgacgctct gccgctcctc caaggtcatg cagtcagcac tgtgtcatga ttcctttccc gcaatcagcc cctggcaatg ggtgacgggt tccctgcccc ggcaaggtgg gatgcgcaca ttagatgaca ctgctgtgtg ttagtgccac cgtggagctg aggtgggtca caggccatcc cacggtctag accacgccgc gagggctgag cgccacggag aaagctgact gacacctcac tagacccaga caggcagccc cttccagctt cttttcctgc gggctgtcac ttccagctcc aaacatcctg tctctgtatg ttttcctttg gaagcgtctg gtgcttttcc ccttggcctt atggatgaca tgctgaagag agtcaccctc cattgaggac atctgtcatg aattaaattc gaatggggac gaggtgtgac tctggaggca cgttattggg acatgtcccg tttggaccgg ggaccgggct gattatcggg ccagtttcct cgaaaagaac gatggtttct cggcaaagcc cggagcccca catcgaccac gctgcaggta tgtggtgcgg ctctgaggaa caaacgataa cacaatggtt tcccccttcc caggcctggc agcattcgtg tctggccttc cctcaggaaa acctccctcc tcctccagct gacagcagga tctcaggcag tacctccact taggcaccat ggttggggga gctgggctct ttcagttgcc cccacacacc ggggtgggcg gtggccagca ggctgtgcag ggccgagacg tggatgccga gacggggccc gtgactgagc cacgcccatc tctcagttga cggcttagcc tgaatgggcc cataggctag ctttcccggg ctcttcccca ccccaatctc cccctaccct tcgcttgatg ggtggttgtt tgctgtcagg tccttgttgg aactttggaa ctggaatttt tatggcgggg aagggcgcca ctggaagctc ggccccaaag ccagacagag gaagctgggg atcatcatca ttggttcctg cagaaaggaa gcacctgagc gccaaggctg ttaaggagtt agaaaggggg gataaggacg acagaagctg gaggacgtcc attcgcaaaa gaccccaact atcctcaatc tacatgaaac gacgcaccct tttcccagct tgatcaaaaa tgtctcaatc cgaggtcccg cgtgcccgct ctaagataac atcacgagag taaacgtcct tgccagtttc gccagagcgc ggcaggttcc tcctgatttt gccagaccct ctgggtcccc ggtagggcct tcttcacacc ttctttctac cgtctcttga ccgtgtacct ggcccatctg gccagcccct atggcatggg gagaccctgc tagtctctgg tgctagcgag catctcacag ataactcaag caagtctagt tgtttacagg ggtgaccacg atctgtctac tctgcatgag catcgcagcg ctcccaaagg tcttagacgc gcaagggtga acagccctgg atgtcttcca tttggagatt ataaattcta tgatggtcag aggactgtgt aggtgacatt gttccagaat aggagaacgc aggggagaga tctctggccg tcaccattga gtgggatccg tgcagtctga gactgctgga ttaagctgag cagtaattac atgggaacca ccagggatgc cgctggacca tcatggacga gcgtcactgt tggaggagga ccccagcaca ggaccgccag ttggggctca gaacagaacc tgacccagcg cagggagcct caggacctgc agactccagc ctccgcagcc tgactttata ccttggtcca ctcagcacag tggagctggg acctgccgtg cagcctgagg tgtggccgtc tacgcttgtc acctgcagcc ctcagccggc ttgagatgtt aagctggagg gagtgggagt aggagcaggt gcctagagca tctccgaggg ttttctggtc ttgtcctgtc cccttccctg cttggtcatc tgcagctgcc aatggtaaat gcttaggaaa tccacctcca ttctggaact ggttcctcct tcaattttaa gagccctttc tgacatgact gcagagatga tatcatctgt atatgcaaac aaataaaacc cttcccacgc ggaggcagcc agaatgtgct ccagcagatt agttcacagt ggctaaagat gaaagaaaag agtagaggtg caagatgatg catcatcgcc gcgtgtgaag tgtcactgta ccaaatccgg gccccaggac tatactgaga ccgcgttcac attcaaggtg gacggggctc atacctagct cgaagaggcc cagcagtgag ggtggctccc ctctccagcc gctggaccct agcgcctggc tccactgttt tcctggtcca gtggctagga aaagccaaac gacagtcctg gtgtcagggt gggtgacctg gggtctgaaa tctggtgagt acagtgtctg ctcagtgggg cctccctgcc gtggagtggt tctggtggtt ctggcgctct gggcacttcc cccgggtgac tgaggtagag aggcatctgt ttaacatcct ccaggtactt gggacagtcg ttcagactcg tcggcaagtc tgggattgga cagggaaaga cgggggaggc ctgtcctgtt gtcttttcta ttctcaccaa ctaaactgtt gtccccaggc ggcaggggtg ttccatagct atgtgtaaag cgaaaccaga tctggcacac aagaaacgca ataccccaga actcgggatt acagagccag tgtgaccccg tgtgaggctg ccctttgacc gatgagtttg atcacgggcc gagctacagg gaccccaaat ttggagcatg caaattacca attgtgggtg gcccgcatca gacattcgct ccagagaatg gacgtggtgg aaggcacctt aaggctcctg aagaccctcc tgctgaccca ccgtaaattg tgtgtgtgcg aacactaaac cccggcatgt ttccacttcc gtttgccctc tttgtggagt gcaaggaaga agaggcagag gcaccaaggg ggagcctgga ctgtgattga gcagtttgcc cctgccctag ctctgtgcag atgggtttcc ccctcagcac accccgccca tggcagtttt cagaatgcag gtcatgctgt tatctgtgtc gagttttgga cttccgcctt aattcttgag cccatttgct aggaatatag aagcaaggcc cagtggggaa ggctgcttgc cagtgtcata gttttgcaca cagcgctctc ctgtctccct aggcgtgcgt acaatccatc gctcatgaat tgtagcatgc
- 146 038600
6361 tgggactcat tttgaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 6421 aaaaaaa //
ЛОКУС ΝΜ_2θ3346 (изоформа а, вариант транскрипта
2) “
AK /TpaHCH44H4=MSSVAVLTQESFAEHRSGLVPQQIKVATLNSEEESDPPTYKDAF PPLPEKAACLESAQEPAGAWGNKIRPIKASVITQVFHVPLEERKYKDMNQFGEGEQAK ICLEIMQRTGAHLELSLAKDQGLSIMVSGKLDAVMKARKDIVARLQTQASATVAIPKE HHRFVIGKNGEKLQDLELKTATKIQIPRPDDPSNQIKITGTKEGIEKARHEVLLISAE QDKRAVERLEVEKAFHPFIAGPYNRLVGEIMQETGTRINIPPPSVNRTEIVFTGEKEQ LAQAVARIKKIYEEKKKKTTTIAVEVKKSQHKYVIGPKGNSLQEILERTGVSVEIPPS DSISETVILRGEPEKLGQALTEVYAKANSFTVSSVAAPSWLHRFIIGKKGQNLAKITQ QMPKVHIEFTEGEDKITLEGPTEDVNVAQEQIEGMVKDLINRMDYVEINIDHKFHRHL IGKSGANINRIKDQYKVSVRIPPDSEKSNLIRIEGDPQGVQQAKRELLELASRMENER TKDLIIEQRFHRTIIGQKGERIREIRDKFPEVIINFPDPAQKSDIVQLRGPKNEVEKC TKYMQKMVADLVENSYSISVPIFKQFHKNIIGKGGANIKKIREESNTKIDLPAENSNS ETIIITGKRANCEAARSRILSIQKDLANIAEVEVSIPAKLHNSLIGTKGRLIRSIMEE CGGVHIHFPVEGSGSDTWIRGPSSDVEKAKKQLLHLAEEKQTKSFTVDIRAKPEYHK FLIGKGGGKIRKVRDSTGARVIFPAAEDKDQDLITIIGKEDAVREAQKELEALIQNLD NWEDSMLVDPKHHRHFVIRRGQVLREIAEEYGGVMVSFPRSGTQSDKVTLKGAKDCV EAAKKRIQEIIEDLEAQVTLECAIPQKFHRSVMGPKGSRIQQITRDFSVQIKFPDREE NAVHSTEPWQENGDEAGEGREAKDCDPGSPRRCDIIIISGRKEKCEAAKEALEALVP VTIEVEVPFDLHRYVIGQKGSGIRKMMDEFEVNIHVPAPELQSDIIAITGLAANLDRA KAGLLERVKELQAEQEDRALRSFKLSVTVDPKYHPKIIGRKGAVITQIRLEHDVNIQF PDKDDGNQPQDQITITGYEKNTEAARDAILRIVGELEQMVSEDVPLDHRVHARIIGAR GKAIRKIMDEFKVDIRFPQSGAPDPNCVTVTGLPENVEEAIDHILNLEEEYLADWDS EALQVYMKP PAHEEAKAP S RGFWRDAPWTAS S S EKAPDMS S S EE FP S FGAQVAP KT L PWGPKR кДНК: 1 ggagcgtccc ggcttctccc gcgcgggggg cgagtaagcc agcggcagga ccagcgggcg ggggcccacg acaaaagctg gcaggctgac agaggcggcc tcaggacgga ccttctggct
121 actgaccgtt ttgctgtggt tttcccggat tgtgtgtagg tgtgagatca accatgagtt
181 ccgttgcagt tttgacccaa gagagttttg ctgaacaccg aagtgggctg gttccgcaac
241 aaatcaaagt tgccactcta aattcagaag aggagagcga ccctccaacc tacaaggatg
301 ccttccctcc acttcctgag aaagctgctt gcctggaaag tgcccaggaa cccgctggag
361 cctgggggaa caagatccga cccatcaagg cttctgtcat cactcaggtg ttccatgtac
421 ccctggagga gagaaaatac aaggatatga accagtttgg agaaggtgaa caagcaaaaa
481 tctgccttga gatcatgcag agaactggtg ctcacttgga gctgtctttg gccaaagacc
541 aaggcctctc catcatggtg tcaggaaagc tggatgctgt catgaaagct cggaaggaca
601 ttgttgctag actgcagact caggcctcag caactgttgc cattcccaaa gaacaccatc
661 gctttgttat tggcaaaaat ggagagaaac tgcaagactt ggagctaaaa actgcaacca
721 aaatccagat cccacgccca gatgacccca gcaatcagat caagatcact ggcaccaaag
781 agggcatcga gaaagctcgc catgaagtct tactcatctc tgccgagcag gacaaacgtg
841 ctgtggagag gctagaagta gaaaaggcat tccacccctt catcgctggg ccgtataata
901 gactggttgg cgagatcatg caggagacag gcacgcgcat caacatcccc ccacccagcg
961 tgaaccggac agagattgtc ttcactggag agaaggaaca gttggctcag gctgtggctc
1021 gcatcaagaa gatttatgag gagaagaaaa agaagactac aaccattgca gtggaagtga
1081 agaaatccca acacaagtat gtcattgggc ccaagggcaa ttcattgcag gagatccttg
1141 agagaactgg agtttccgtt gagatcccac cctcagacag catctctgag actgtaatac
1201 ttcgaggcga acctgaaaag ttaggtcagg cgttgactga agtctatgcc aaggccaata
1261 gcttcaccgt ctcctctgtc gccgcccctt cctggcttca ccgtttcatc attggcaaga
1321 aagggcagaa cctggccaaa atcactcagc agatgccaaa ggttcacatc gagttcacag
1381 agggcgaaga caagatcacc ctggagggcc ctacagagga tgtcaatgtg gcccaggaac
1441 agatagaagg catggtcaaa gatttgatta accggatgga ctatgtggag atcaacatcg
1501 accacaagtt ccacaggcac ctcattggga agagcggtgc caacataaac agaatcaaag
1561 accagtacaa ggtgtccgtg cgcatccctc ctgacagtga gaagagcaat ttgatccgca
1621 tcgaggggga cccacagggc gtgcagcagg ccaagcgaga gctgctggag cttgcatctc
1681 gcatggaaaa tgagcgtacc aaggatctaa tcattgagca aagatttcat cgcacaatca
1741 ttgggcagaa gggtgaacgg atccgtgaaa ttcgtgacaa attcccagag gtcatcatta
1801 actttccaga cccagcacaa aaaagtgaca ttgtccagct cagaggacct aagaatgagg
- 147 038600
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101
5161
5221
5281
5341
5401
5461 tggaaaaatg caatttctgt acattaaaaa attcagagac ttctgtctat agctgcacaa gcggcggggt ggggcccttc agcaaaccaa tcggcaaggg tccctgcggc tccgagaggc actccatgct tgcgggagat agagcgacaa ttcaggagat aattccatcg tcagtgttca ttgtccagga gctctccaag ccaaggaagc ttcaccgtta aggtgaacat tcgctgcaaa ccgagcagga accatcccaa acgtgaacat tcacagggta aacttgagca ttggtgcccg tcccacagag tggaggaagc acagtgaggc ccagaggctt acatgagcag cttggggccc aacccaacca ttgacgctct gccgctcctc caaggtcatg cagtcagcac tgtgtcatga ttcctttccc gcaatcagcc cctggcaatg ggtgacgggt tccctgcccc ggcaaggtgg gatgcgcaca ttagatgaca ctgctgtgtg ttagtgccac cgtggagctg aggtgggtca caggccatcc cacggtctag accacgccgc gagggctgag cgccacggag aaagctgact gacacctcac cacaaaatac tccgatcttc gattcgtgaa cattatcatc tcagaaagac ctccctcatt ccacattcac ctcggatgtg gagtttcact gggcggcaaa tgaggacaag acagaaggag ggtggacccc tgctgaagag agtcaccctc cattgaggac atctgtcatg aattaaattc gaatggggac gaggtgtgac tctggaggca cgttattggg acatgtcccg tttggaccgg ggaccgggct gattatcggg ccagtttcct cgaaaagaac gatggtttct cggcaaagcc cggagcccca catcgaccac gctgcaggta tgtggtgcgg ctctgaggaa caaacgataa cacaatggtt tcccccttcc caggcctggc agcattcgtg tctggccttc cctcaggaaa acctccctcc tcctccagct gacagcagga tctcaggcag tacctccact taggcaccat ggttggggga gctgggctct ttcagttgcc cccacacacc ggggtgggcg gtggccagca ggctgtgcag ggccgagacg tggatgccga gacggggccc gtgactgagc cacgcccatc tctcagttga atgcagaaga aaacagtttc gaaagcaaca acaggcaagc ctggccaaca ggcaccaagg tttcccgtgg gagaaggcca gttgacatcc attcgcaagg gaccaggacc ctggaggcct aagcaccacc tatggcgggg aagggcgcca ctggaagctc ggccccaaag ccagacagag gaagctgggg atcatcatca ttggttcctg cagaaaggaa gcacctgagc gccaaggctg ttaaggagtt agaaaggggg gataaggacg acagaagctg gaggacgtcc attcgcaaaa gaccccaact atcctcaatc tacatgaaac gacgcaccct tttcccagct tgatcaaaaa tgtctcaatc cgaggtcccg cgtgcccgct ctaagataac atcacgagag taaacgtcct tgccagtttc gccagagcgc ggcaggttcc tcctgatttt gccagaccct ctgggtcccc ggtagggcct tcttcacacc ttctttctac cgtctcttga ccgtgtacct ggcccatctg gccagcccct atggcatggg gagaccctgc tagtctctgg tgctagcgag catctcacag ataactcaag tggtggcaga acaagaatat ccaaaatcga gagccaactg tagccgaggt gccgtctgat aaggttcagg agaagcagct gcgccaagcc tgcgcgacag tgatcaccat tgatccaaaa gccacttcgt tgatggtcag aggactgtgt aggtgacatt gttccagaat aggagaacgc aggggagaga tctctggccg tcaccattga gtgggatccg tgcagtctga gactgctgga ttaagctgag cagtaattac atgggaacca ccagggatgc cgctggacca tcatggacga gcgtcactgt tggaggagga ccccagcaca ggaccgccag ttggggctca gaacagaacc tgacccagcg cagggagcct caggacctgc agactccagc ctccgcagcc tgactttata ccttggtcca ctcagcacag tggagctggg acctgccgtg cagcctgagg tgtggccgtc tacgcttgtc acctgcagcc ctcagccggc ttgagatgtt aagctggagg gagtgggagt aggagcaggt gcctagagca tctccgaggg ttttctggtc ttgtcctgtc cccttccctg cttggtcatc tctggtggaa cattgggaaa ccttccagca cgaagctgcc agaggtctcc ccgctccatc aagcgacacc cctgcatctg agaataccac cactggagca cattggaaag cctggataat catccgcaga cttcccacgc ggaggcagcc agaatgtgct ccagcagatt agttcacagt ggctaaagat gaaagaaaag agtagaggtg caagatgatg catcatcgcc gcgtgtgaag tgtcactgta ccaaatccgg gccccaggac tatactgaga ccgcgttcac attcaaggtg gacggggctc atacctagct cgaagaggcc cagcagtgag ggtggctccc ctctccagcc gctggaccct agcgcctggc tccactgttt tcctggtcca gtggctagga aaagccaaac gacagtcctg gtgtcagggt gggtgacctg gggtctgaaa tctggtgagt acagtgtctg ctcagtgggg cctccctgcc gtggagtggt tctggtggtt ctggcgctct gggcacttcc cccgggtgac tgaggtagag aggcatctgt ttaacatcct ccaggtactt gggacagtcg ttcagactcg aatagctatt ggaggcgcaa gagaatagca cggagcagga atccctgcca atggaggagt gttgttatca gcggaggaga aaattcctca cgtgtcatct gaggacgccg gtggtggaag ggccaggtct tctggcacac aagaaacgca ataccccaga actcgggatt acagagccag tgtgaccccg tgtgaggctg ccctttgacc gatgagtttg atcacgggcc gagctacagg gaccccaaat ttggagcatg caaattacca attgtgggtg gcccgcatca gacattcgct ccagagaatg gacgtggtgg aaggcacctt aaggctcctg aagaccctcc tgctgaccca ccgtaaattg tgtgtgtgcg aacactaaac cccggcatgt ttccacttcc gtttgccctc tttgtggagt gcaaggaaga agaggcagag gcaccaaggg ggagcctgga ctgtgattga gcagtttgcc cctgccctag ctctgtgcag atgggtttcc ccctcagcac accccgccca tggcagtttt cagaatgcag gtcatgctgt tatctgtgtc gagttttgga cttccgcctt aattcttgag
- 148 038600
5521 tagacccaga cggcttagcc caagtctagt tgcagctgcc tcggcaagtc cccatttgct
5581 caggcagccc tgaatgggcc tgtttacagg aatggtaaat tgggattgga aggaatatag
5641 cttccagctt cataggctag ggtgaccacg gcttaggaaa cagggaaaga aagcaaggcc
5701 cttttcctgc ctttcccggg atctgtctac tccacctcca cgggggaggc cagtggggaa
5761 gggctgtcac ctcttcccca tctgcatgag ttctggaact ctgtcctgtt ggctgcttgc
5821 ttccagctcc ccccaatctc catcgcagcg ggttcctcct gtcttttcta cagtgtcata
5881 aaacatcctg cccctaccct ctcccaaagg tcaattttaa ttctcaccaa gttttgcaca
5941 tctctgtatg tcgcttgatg tcttagacgc gagccctttc ctaaactgtt cagcgctctc
6001 ttttcctttg ggtggttgtt gcaagggtga tgacatgact gtccccaggc ctgtctccct
6061 gaagcgtctg tgctgtcagg acagccctgg gcagagatga ggcaggggtg aggcgtgcgt
6121 gtgcttttcc tccttgttgg atgtcttcca tatcatctgt ttccatagct acaatccatc
6181 ccttggcctt aactttggaa tttggagatt atatgcaaac atgtgtaaag gctcatgaat
6241 atggatgaca ctggaatttt ataaattcta aaataaaacc cgaaaccaga tgtagcatgc
6301 tgggactcat tttgaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
6361 aaaaaaa //
11. HIST1H2BA: HIST1H2BA кластер гистона 1, H2ba [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_170610
AK /TpaHCH44H4=MPEVSSKGATISKKGFKKAWKTQKKEGKKRKRTRKESYSIYIY KVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVTDIFERIASEASRLAHYSKRSTISSREIQTAVRL LLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK кДНК: 1 atgccggagg tgtcatctaa aggtgctacc atttccaaga agggctttaa gaaagctgtc gttaagaccc agaaaaagga aggcaaaaag cgcaagagga cccgtaagga gagttattct
121 atttacatct acaaagtgct aaagcaggtc catccggaca ctggcatctc ttcgaaagct
181 atgagcatta tgaattcctt cgtcactgat atctttgagc gtatagcgag cgaggcatca
241 cgtttggctc actacagcaa gcgctccacc atttcttcca gagagattca gacagcagtg
301 cgcttgctac tgccgggaga gctggctaaa catgctgtgt ctgagggcac caaggctgtc
361 actaagtaca ccagctccaa gtaagcctgc taagtaaacg tcatttctaa cccaaaggct
421 cttttcagag ccactta //
12. HMGB2: HMGB2 группа с высокой подвижностью box 2 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001130688 (изоформа 2)
AA /TpaHcn44H4=MGKGDPNKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDSSVNFAEFSKK CSERWKTMSAKEKSKFEDMAKSDKARYDREMKNYVPPKGDKKGKKKDPNAPKRPPSAF FLFCSEHRPKIKSEHPGLSIGDTAKKLGEMWSEQSAKDKQPYEQKAAKLKEKYEKDIA AYRAKGKSEAGKKGPGRPTGSKKKNEPEDEEEEEEEEDEDEEEEDEDEE кДНК: 1 aaaccagttc acgccggagc cccgtgaggg aagcgtctcc gttgggtccg gccgctctgc gggactctga ggaaaagctc gcaccaggca agaataccct ccaataccct cgggtggacg
121 cggatctgtc aacatgggta aaggagaccc caacaagccg cggggcaaaa tgtcctcgta
181 cgccttcttc gtgcagacct gccgggaaga gcacaagaag aaacacccgg actcttccgt
241 caatttcgcg gaattctcca agaagtgttc ggagagatgg aagaccatgt ctgcaaagga
301 gaagtcgaag tttgaagata tggcaaaaag tgacaaagct cgctatgaca gggagatgaa
361 aaattacgtt cctcccaaag gtgataagaa ggggaagaaa aaggacccca atgctcctaa
421 aaggccacca tctgccttct tcctgttttg ctctgaacat cgcccaaaga tcaaaagtga
481 acaccctggc ctatccattg gggatactgc aaagaaattg ggtgaaatgt ggtctgagca
541 gtcagccaaa gataaacaac catatgaaca gaaagcagct aagctaaagg agaaatatga
601 aaaggatatt gctgcatatc gtgccaaggg caaaagtgaa gcaggaaaga agggccctgg
661 caggccaaca ggctcaaaga agaagaacga accagaagat gaggaggagg aggaggaaga
721 agaagatgaa gatgaggagg aagaggatga agatgaagaa taaatggcta tcctttaatg
781 atgcgtgtgg aatgtgtgtg tgtgctcagg caattatttt gctaagaatg tgaattcaag
841 tgcagctcaa tactagcttc agtataaaaa ctgtacagat ttttgtatag ctgataagat
901 tctctgtaga gaaaatactt ttaaaaaatg caggttgtag ctttttgatg ggctactcat
961 acagttagat tttacagctt ctgatgttga atgttcctaa atatttaatg gtttttttaa
1021 tttcttgtgt atggtagcac agcaaacttg taggaattag tatcaatagt aaattttggg
1081 ttttttagga tgttgcattt cgttttttta aaaaaaattt tgtaataaaa ttatgtatat
1141 tatttctatt gtctttgtct taatatgcta agttaatttt cactttaaaa aagccatttg
- 149 038600
1201 aagaccagag ctatgttgat ttttttcggt atttctgcct agtagttctt agacacagtt 1261 gacctagtaa aatgtttgag aattaaaacc aaacatgctc atatttgcaa aatgttcttt
1321 aaaagttaca tgttgaactc agtgaacttt ataagaattt atgcagtttt acagaacgtt
1381 aagttttgta cttgacgttt ctgtttatta gctaaattgt tcctcaggtg tgtgtatata
1441 tatatacata tatatatata tatatat //
ЛОКУС NM_001130689 (изоформа 3)
AK /TpaHcn44H4=MGKGDPNKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDSSVNFAEFSKK CSERWKTMSAKEKSKFEDMAKSDKARYDREMKNYVPPKGDKKGKKKDPNAPKRPPSAF FLFCSEHRPKIKSEHPGLSIGDTAKKLGEMWSEQSAKDKQPYEQKAAKLKEKYEKDIA AYRAKGKSEAGKKGPGRPTGSKKKNEPEDEEEEEEEEDEDEEEEDEDEE кДНК: 1 ggatttgggc gggaagcgga gccccgccag cgcccgccct ggcagctgcg ggctccgcgc cgaccctccg gcttcccctc tcccccctcg gccccgtcag gtggacgcgg atctgtcaac
121 atgggtaaag gagaccccaa caagccgcgg ggcaaaatgt cctcgtacgc cttcttcgtg
181 cagacctgcc gggaagagca caagaagaaa cacccggact cttccgtcaa tttcgcggaa
241 ttctccaaga agtgttcgga gagatggaag accatgtctg caaaggagaa gtcgaagttt
301 gaagatatgg caaaaagtga caaagctcgc tatgacaggg agatgaaaaa ttacgttcct
361 cccaaaggtg ataagaaggg gaagaaaaag gaccccaatg ctcctaaaag gccaccatct
421 gccttcttcc tgttttgctc tgaacatcgc ccaaagatca aaagtgaaca ccctggccta
481 tccattgggg atactgcaaa gaaattgggt gaaatgtggt ctgagcagtc agccaaagat
541 aaacaaccat atgaacagaa agcagctaag ctaaaggaga aatatgaaaa ggatattgct
601 gcatatcgtg ccaagggcaa aagtgaagca ggaaagaagg gccctggcag gccaacaggc
661 tcaaagaaga agaacgaacc agaagatgag gaggaggagg aggaagaaga agatgaagat
721 gaggaggaag aggatgaaga tgaagaataa atggctatcc tttaatgatg cgtgtggaat
781 gtgtgtgtgt gctcaggcaa ttattttgct aagaatgtga attcaagtgc agctcaatac
841 tagcttcagt ataaaaactg tacagatttt tgtatagctg ataagattct ctgtagagaa
901 aatactttta aaaaatgcag gttgtagctt tttgatgggc tactcataca gttagatttt
961 acagcttctg atgttgaatg ttcctaaata tttaatggtt tttttaattt cttgtgtatg
1021 gtagcacagc aaacttgtag gaattagtat caatagtaaa ttttgggttt tttaggatgt
1081 tgcatttcgt ttttttaaaa aaaattttgt aataaaatta tgtatattat ttctattgtc
1141 tttgtcttaa tatgctaagt taattttcac tttaaaaaag ccatttgaag accagagcta
1201 tgttgatttt tttcggtatt tctgcctagt agttcttaga cacagttgac ctagtaaaat
1261 gtttgagaat taaaaccaaa catgctcata tttgcaaaat gttctttaaa agttacatgt
1321 tgaactcagt gaactttata agaatttatg cagttttaca gaacgttaag ttttgtactt
1381 gacgtttctg tttattagct aaattgttcc tcaggtgtgt gtatatatat atacatatat
1441 atatatatat atat //
ЛОКУС NM_002129 (изоформа 1)
AK /TpaHcn44H4=MGKGDPNKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDSSVNFAEFSKK CSERWKTMSAKEKSKFEDMAKSDKARYDREMKNYVPPKGDKKGKKKDPNAPKRPPSAF FLFCSEHRPKIKSEHPGLSIGDTAKKLGEMWSEQSAKDKQPYEQKAAKLKEKYEKDIA AYRAKGKSEAGKKGPGRPTGSKKKNEPEDEEEEEEEEDEDEEEEDEDEE кДНК: 1 ggggatgtgg cccgtggcct agctcgtcaa gttgccgtgg cgcggagaac tctgcaaaac aagaggctga ggattgcgtt agagataaac cagttcacgc cggagccccg tgagggaagc
121 gtctccgttg ggtccggccg ctctgcggga ctctgaggaa aagctcgcac caggtggacg
181 cggatctgtc aacatgggta aaggagaccc caacaagccg cggggcaaaa tgtcctcgta
241 cgccttcttc gtgcagacct gccgggaaga gcacaagaag aaacacccgg actcttccgt
301 caatttcgcg gaattctcca agaagtgttc ggagagatgg aagaccatgt ctgcaaagga
361 gaagtcgaag tttgaagata tggcaaaaag tgacaaagct cgctatgaca gggagatgaa
421 aaattacgtt cctcccaaag gtgataagaa ggggaagaaa aaggacccca atgctcctaa
481 aaggccacca tctgccttct tcctgttttg ctctgaacat cgcccaaaga tcaaaagtga
541 acaccctggc ctatccattg gggatactgc aaagaaattg ggtgaaatgt ggtctgagca
601 gtcagccaaa gataaacaac catatgaaca gaaagcagct aagctaaagg agaaatatga
661 aaaggatatt gctgcatatc gtgccaaggg caaaagtgaa gcaggaaaga agggccctgg
721 caggccaaca ggctcaaaga agaagaacga accagaagat gaggaggagg aggaggaaga
781 agaagatgaa gatgaggagg aagaggatga agatgaagaa taaatggcta tcctttaatg
841 atgcgtgtgg aatgtgtgtg tgtgctcagg caattatttt gctaagaatg tgaattcaag
- 150 038600
901 tgcagctcaa tactagcttc agtataaaaa ctgtacagat ttttgtatag ctgataagat
961 tctctgtaga gaaaatactt ttaaaaaatg caggttgtag ctttttgatg ggctactcat
1021 acagttagat tttacagctt ctgatgttga atgttcctaa atatttaatg gtttttttaa
1081 tttcttgtgt atggtagcac agcaaacttg taggaattag tatcaatagt aaattttggg
1141 ttttttagga tgttgcattt cgttttttta aaaaaaattt tgtaataaaa ttatgtatat
1201 tatttctatt gtctttgtct taatatgcta agttaatttt cactttaaaa aagccatttg
1261 aagaccagag ctatgttgat ttttttcggt atttctgcct agtagttctt agacacagtt
1321 gacctagtaa aatgtttgag aattaaaacc aaacatgctc atatttgcaa aatgttcttt
1381 aaaagttaca tgttgaactc agtgaacttt ataagaattt atgcagtttt acagaacgtt
1441 aagttttgta cttgacgttt ctgtttatta gctaaattgt tcctcaggtg tgtgtatata
1501 tatatacata tatatatata tatatat //
13. HNRNPK: HNRNPK гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_002140 (изоформа а вариант 1)
AK/TpaHcn4UH4=METEQPEETFPNTETNGEFGKRPAEDMEEEQAFKRSRNTDEMVE LRILLQSKNAGAVIGKGGKNIKALRTDYNASVSVPDSSGPERILSISADIETIGEILK KIIPTLEEGLQLPSPTATSQLPLESDAVECLNYQHYKGSDFDCELRLLIHQSLAGGII GVKGAKIKELRENTQTTIKLFQECCPHSTDRWLIGGKPDRWECIKIILDLISESPI KGRAQPYDPNFYDETYDYGGFTMMFDDRRGRPVGFPMRGRGGFDRMPPGRGGRPMPPS RRDYDDMSPRRGPPPPPPGRGGRGGSRARNLPLPPPPPPRGGDLMAYDRRGRPGDRYD GMVGFSADETWDSAIDTWSPSEWQMAYEPQGGSGYDYSYAGGRGSYGDLGGPIITTQV TIPKDLAGSIIGKGGQRIKQIRHESGASIKIDEPLEGSEDRIITITGTQDQIQNAQYL LQNSVKQYADVEGF кДНК: 1 ccctagccgc ccctcccccc agctagtgag tgcgcgaacg agaaaggagg agggcgctcc aggcgacagc actgcagacg ccattatcct ctgtttctct gctgcaccga cctcgacgtc
121 ttgcctgtgt cccacttgtt cgcggcctat aggctactgc agcactgggg tgtcagttgt
181 tggtccgacc cagaacgctt cagttctgct ctgcaaggat atataataac tgattggtgt
241 gcccgtttaa taaaagaata tggaaactga acagccagaa gaaaccttcc ctaacactga
301 aaccaatggt gaatttggta aacgccctgc agaagatatg gaagaggaac aagcatttaa
361 aagatctaga aacactgatg agatggttga attacgcatt ctgcttcaga gcaagaatgc
421 tggggcagtg attggaaaag gaggcaagaa tattaaggct ctccgtacag actacaatgc
481 cagtgtttca gtcccagaca gcagtggccc cgagcgcata ttgagtatca gtgctgatat
541 tgaaacaatt ggagaaattc tgaagaaaat catccctacc ttggaagagg gcctgcagtt
601 gccatcaccc actgcaacca gccagctccc gctcgaatct gatgctgtgg aatgcttaaa
661 ttaccaacac tataaaggaa gtgactttga ctgcgagttg aggctgttga ttcatcagag
721 tctagcagga ggaattattg gggtcaaagg tgctaaaatc aaagaacttc gagagaacac
781 tcaaaccacc atcaagcttt tccaggaatg ctgtcctcat tccactgaca gagttgttct
841 tattggagga aaacccgata gggttgtaga gtgcataaag atcatccttg atcttatatc
901 tgagtctccc atcaaaggac gtgcacagcc ttatgatccc aatttttacg atgaaaccta
961 tgattatggt ggttttacaa tgatgtttga tgaccgtcgc ggacgcccag tgggatttcc
1021 catgcgggga agaggtggtt ttgacagaat gcctcctggt cggggtgggc gtcccatgcc
1081 tccatctaga agagattatg atgatatgag ccctcgtcga ggaccacctc cccctcctcc
1141 cggacgaggc ggccggggtg gtagcagagc tcggaatctt cctcttcctc caccaccacc
1201 acctagaggg ggagacctca tggcctatga cagaagaggg agacctggag accgttacga
1261 cggcatggtt ggtttcagtg ctgatgaaac ttgggactct gcaatagata catggagccc
1321 atcagaatgg cagatggctt atgaaccaca gggtggctcc ggatatgatt attcctatgc
1381 agggggtcgt ggctcatatg gtgatcttgg tggacctatt attactacac aagtaactat
1441 tcccaaagat ttggctggat ctattattgg caaaggtggt cagcggatta aacaaatccg
1501 tcatgagtcg ggagcttcga tcaaaattga tgagccttta gaaggatccg aagatcggat
1561 cattaccatt acaggaacac aggaccagat acagaatgca cagtatttgc tgcagaacag
1621 tgtgaagcag tatgcagatg ttgaaggatt ctaatgcaag atattttttc ttttttatag
1681 tgtgaagcag tattctggaa agtttttcta agactagtga agaactgaag gagtcctgca
1741 tctttttttt tttatctgct tctgtttaaa aagccaacat tcctctgctt cataggtgtt
1801 ctgcatttga ggtgtagtga aatctttgct gttcaccaga tgtaatgttt tagttcctta
1861 caaacagggt tggggggggg aagggcgtgc aaaaactaac attgaaattt tgaaacagca
1921 gcagagtgag tggattttat ttttcgttat tgttggtggt ttaaaaaatt ccccccatgt
1981 aattattgtg aacaccttgc tttgtggtca ctgtaacatt tggggggtgg gacagggagg
2041 aaaagtaaca atagtccaca tgtccctggc atctgttcag agcagtgtgc agaatgtaat
- 151 038600
2101 gctcttttgt aagaaacgtt ttatgatttt taaaataaat ttagtgaacc tatttttggt
2161 ggtcattttt tttttaagac agtcatttta aaatggtggc tgaatttccc aacccacccc
2221 caaactaaac actaagttta attttcagct cctctgttgg acatataagt gcatctcttg
2281 ttggacatag gcaaaataac ttggcaaact tagttctggt gatttcttga tggtttggaa
2341 gtctattgct gggaagaaat tccatcatac atattcatgc ttataataag ctggggattt
2401 tttgtttgtt tttgcaaatg cttgccccta cttttcaaca attttctatg ttagttgtga
2461 agaactaagg tggggagcag tactacaagt tgagtaatgg tatgagtata taccagaatt
2521 ctgattggca gcaagtttta ttaatcagaa taacacttgg ttatggaagt gactaatgct
2581 gaaaaaattg attattttta ttagataatt tctcacctat agacttaaac tgtcaatttg
2641 ctctagtgtc ttattagtta aactttgtaa aatatatata tacttgtttt tccattgtat
2701 gcaaattgaa agaaaaagat gtaccatttc tctgttgtat gttggattat gtaggaaatg
2761 tttgtgtaca attcaaaaaa aaaaaagatg aaaaaagttc ctgtggatgt tttgtgtagt
2821 atcttggcat ttgtattgat agttaaaatt cacttccaaa taaataaaac acccatgatg
2881 ctagatttga tgtgtgcccg atttgaacaa gggttgattg acacctgtaa aatttgttga
2941 aacgttcctc ttaaaaggaa atatagtaat cttatgtaaa aaaaaaaaaa aaaaa //
ЛОКУС NM_031262 (изоформа 3 вариант 3)
AK/TpaHCH44H4=METEQPEETFPNTETNGEFGKRPAEDMEEEQAFKRSRNTDEMVE LRILLQSKNAGAVIGKGGKNIKALRTDYNASVSVPDSSGPERILSISADIETIGEILK KIIPTLEEGLQLPSPTATSQLPLESDAVECLNYQHYKGSDFDCELRLLIHQSLAGGII GVKGAKIKELRENTQTTIKLFQECCPHSTDRWLIGGKPDRWECIKIILDLISESPI KGRAQPYDPNFYDETYDYGGFTMMFDDRRGRPVGFPMRGRGGFDRMPPGRGGRPMPPS RRDYDDMSPRRGPPPPPPGRGGRGGSRARNLPLPPPPPPRGGDLMAYDRRGRPGDRYD GMVGFSADETWDSAIDTWSPSEWQMAYEPQGGSGYDYSYAGGRGSYGDLGGPIITTQV TIPKDLAGSIIGKGGQRIKQIRHESGASIKIDEPLEGSEDRIITITGTQDQIQNAQYL LQNSVKQYSGKFF кДНК: 1 ccctagccgc ccctcccccc agctagtgag tgcgcgaacg agaaaggagg agggcgctcc aggcgacagc actgcagacg ccattatcct ctgtttctct gctgcaccga cctcgacgtc
121 ttgcctgtgt cccacttgtt cgcggcctat aggctactgc agcactgggg tgtcagttgt
181 tggtccgacc cagaacgctt cagttctgct ctgcaaggat atataataac tgattggtgt
241 gcccgtttaa taaaagaata tggaaactga acagccagaa gaaaccttcc ctaacactga
301 aaccaatggt gaatttggta aacgccctgc agaagatatg gaagaggaac aagcatttaa
361 aagatctaga aacactgatg agatggttga attacgcatt ctgcttcaga gcaagaatgc
421 tggggcagtg attggaaaag gaggcaagaa tattaaggct ctccgtacag actacaatgc
481 cagtgtttca gtcccagaca gcagtggccc cgagcgcata ttgagtatca gtgctgatat
541 tgaaacaatt ggagaaattc tgaagaaaat catccctacc ttggaagagg gcctgcagtt
601 gccatcaccc actgcaacca gccagctccc gctcgaatct gatgctgtgg aatgcttaaa
661 ttaccaacac tataaaggaa gtgactttga ctgcgagttg aggctgttga ttcatcagag
721 tctagcagga ggaattattg gggtcaaagg tgctaaaatc aaagaacttc gagagaacac
781 tcaaaccacc atcaagcttt tccaggaatg ctgtcctcat tccactgaca gagttgttct
841 tattggagga aaacccgata gggttgtaga gtgcataaag atcatccttg atcttatatc
901 tgagtctccc atcaaaggac gtgcacagcc ttatgatccc aatttttacg atgaaaccta
961 tgattatggt ggttttacaa tgatgtttga tgaccgtcgc ggacgcccag tgggatttcc
1021 catgcgggga agaggtggtt ttgacagaat gcctcctggt cggggtgggc gtcccatgcc
1081 tccatctaga agagattatg atgatatgag ccctcgtcga ggaccacctc cccctcctcc
1141 cggacgaggc ggccggggtg gtagcagagc tcggaatctt cctcttcctc caccaccacc
1201 acctagaggg ggagacctca tggcctatga cagaagaggg agacctggag accgttacga
1261 cggcatggtt ggtttcagtg ctgatgaaac ttgggactct gcaatagata catggagccc
1321 atcagaatgg cagatggctt atgaaccaca gggtggctcc ggatatgatt attcctatgc
1381 agggggtcgt ggctcatatg gtgatcttgg tggacctatt attactacac aagtaactat
1441 tcccaaagat ttggctggat ctattattgg caaaggtggt cagcggatta aacaaatccg
1501 tcatgagtcg ggagcttcga tcaaaattga tgagccttta gaaggatccg aagatcggat
1561 cattaccatt acaggaacac aggaccagat acagaatgca cagtatttgc tgcagaacag
1621 tgtgaagcag tattctggaa agtttttcta agactagtga agaactgaag gagtcctgca
1681 tctttttttt tttatctgct tctgtttaaa aagccaacat tcctctgctt cataggtgtt
1741 ctgcatttga ggtgtagtga aatctttgct gttcaccaga tgtaatgttt tagttcctta
1801 caaacagggt tggggggggg aagggcgtgc aaaaactaac attgaaattt tgaaacagca
1861 gcagagtgag tggattttat ttttcgttat tgttggtggt ttaaaaaatt ccccccatgt
1921 aattattgtg aacaccttgc tttgtggtca ctgtaacatt tggggggtgg gacagggagg
1981 aaaagtaaca atagtccaca tgtccctggc atctgttcag agcagtgtgc agaatgtaat
- 152 038600
2041 gctcttttgt aagaaacgtt ttatgatttt taaaataaat ttagtgaacc tatttttggt
2101 ggtcattttt tttttaagac agtcatttta aaatggtggc tgaatttccc aacccacccc
2161 caaactaaac actaagttta attttcagct cctctgttgg acatataagt gcatctcttg
2221 ttggacatag gcaaaataac ttggcaaact tagttctggt gatttcttga tggtttggaa
2281 gtctattgct gggaagaaat tccatcatac atattcatgc ttataataag ctggggattt
2341 tttgtttgtt tttgcaaatg cttgccccta cttttcaaca attttctatg ttagttgtga
2401 agaactaagg tggggagcag tactacaagt tgagtaatgg tatgagtata taccagaatt
2461 ctgattggca gcaagtttta ttaatcagaa taacacttgg ttatggaagt gactaatgct
2521 gaaaaaattg attattttta ttagataatt tctcacctat agacttaaac tgtcaatttg
2581 ctctagtgtc ttattagtta aactttgtaa aatatatata tacttgtttt tccattgtat
2641 gcaaattgaa agaaaaagat gtaccatttc tctgttgtat gttggattat gtaggaaatg
2701 tttgtgtaca attcaaaaaa aaaaaagatg aaaaaagttc ctgtggatgt tttgtgtagt
2761 atcttggcat ttgtattgat agttaaaatt cacttccaaa taaataaaac acccatgatg
2821 ctagatttga tgtgtgcccg atttgaacaa gggttgattg acacctgtaa aatttgttga
2881 aacgttcctc ttaaaaggaa atatagtaat cttatgtaaa aaaaaaaaaa aaaaa //
ЛОКУС NM_031263 (изоформа а вариант 2)
AK /TpaHCU44H4=METEQPEETFPNTETNGEFGKRPAEDMEEEQAFKRSRNTDEMVE LRILLQSKNAGAVIGKGGKNIKALRTDYNASVSVPDSSGPERILSISADIETIGEILK KIIPTLEEGLQLPSPTATSQLPLESDAVECLNYQHYKGSDFDCELRLLIHQSLAGGII GVKGAKIKELRENTQTTIKLFQECCPHSTDRWLIGGKPDRWECIKIILDLISESPI KGRAQPYDPNFYDETYDYGGFTMMFDDRRGRPVGFPMRGRGGFDRMPPGRGGRPMPPS RRDYDDMSPRRGPPPPPPGRGGRGGSRARNLPLPPPPPPRGGDLMAYDRRGRPGDRYD GMVGFSADETWDSAIDTWSPSEWQMAYEPQGGSGYDYSYAGGRGSYGDLGGPIITTQV TIPKDLAGSIIGKGGQRIKQIRHESGASIKIDEPLEGSEDRIITITGTQDQIQNAQYL LQNSVKQYADVEGF кДНК: 1 tagggcgcga cggcggggag gacgcgagaa ggcgggggag gggagcctgc gctcgttttc tgtctagctc cgaccggctg aggcggcgcg gcagcggagg gacggcagtc tcgcgcggct
121 actgcagcac tggggtgtca gttgttggtc cgacccagaa cgcttcagtt ctgctctgca
181 aggatatata ataactgatt ggtgtgcccg tttaataaaa gaatatggaa actgaacagc
241 cagaagaaac cttccctaac actgaaacca atggtgaatt tggtaaacgc cctgcagaag
301 atatggaaga ggaacaagca tttaaaagat ctagaaacac tgatgagatg gttgaattac
361 gcattctgct tcagagcaag aatgctgggg cagtgattgg aaaaggaggc aagaatatta
421 aggctctccg tacagactac aatgccagtg tttcagtccc agacagcagt ggccccgagc
481 gcatattgag tatcagtgct gatattgaaa caattggaga aattctgaag aaaatcatcc
541 ctaccttgga agagggcctg cagttgccat cacccactgc aaccagccag ctcccgctcg
601 aatctgatgc tgtggaatgc ttaaattacc aacactataa aggaagtgac tttgactgcg
661 agttgaggct gttgattcat cagagtctag caggaggaat tattggggtc aaaggtgcta
721 aaatcaaaga acttcgagag aacactcaaa ccaccatcaa gcttttccag gaatgctgtc
781 ctcattccac tgacagagtt gttcttattg gaggaaaacc cgatagggtt gtagagtgca
841 taaagatcat ccttgatctt atatctgagt ctcccatcaa aggacgtgca cagccttatg
901 atcccaattt ttacgatgaa acctatgatt atggtggttt tacaatgatg tttgatgacc
961 gtcgcggacg cccagtggga tttcccatgc ggggaagagg tggttttgac agaatgcctc
1021 ctggtcgggg tgggcgtccc atgcctccat ctagaagaga ttatgatgat atgagccctc
1081 gtcgaggacc acctccccct cctcccggac gaggcggccg gggtggtagc agagctcgga
1141 atcttcctct tcctccacca ccaccaccta gagggggaga cctcatggcc tatgacagaa
1201 gagggagacc tggagaccgt tacgacggca tggttggttt cagtgctgat gaaacttggg
1261 actctgcaat agatacatgg agcccatcag aatggcagat ggcttatgaa ccacagggtg
1321 gctccggata tgattattcc tatgcagggg gtcgtggctc atatggtgat cttggtggac
1381 ctattattac tacacaagta actattccca aagatttggc tggatctatt attggcaaag
1441 gtggtcagcg gattaaacaa atccgtcatg agtcgggagc ttcgatcaaa attgatgagc
1501 ctttagaagg atccgaagat cggatcatta ccattacagg aacacaggac cagatacaga
1561 atgcacagta tttgctgcag aacagtgtga agcagtatgc agatgttgaa ggattctaat
1621 gcaagatatt ttttcttttt tatagtgtga agcagtattc tggaaagttt ttctaagact
1681 agtgaagaac tgaaggagtc ctgcatcttt ttttttttat ctgcttctgt ttaaaaagcc
1741 aacattcctc tgcttcatag gtgttctgca tttgaggtgt agtgaaatct ttgctgttca
1801 ccagatgtaa tgttttagtt ccttacaaac agggttgggg gggggaaggg cgtgcaaaaa
1861 ctaacattga aattttgaaa cagcagcaga gtgagtggat tttatttttc gttattgttg
1921 gtggtttaaa aaattccccc catgtaatta ttgtgaacac cttgctttgt ggtcactgta
- 153 038600
1981 acatttgggg ggtgggacag ggaggaaaag taacaatagt ccacatgtcc ctggcatctg
2041 ttcagagcag tgtgcagaat gtaatgctct tttgtaagaa acgttttatg atttttaaaa
2101 taaatttagt gaacctattt ttggtggtca tttttttttt aagacagtca ttttaaaatg
2161 gtggctgaat ttcccaaccc acccccaaac taaacactaa gtttaatttt cagctcctct
2221 gttggacata taagtgcatc tcttgttgga cataggcaaa ataacttggc aaacttagtt
2281 ctggtgattt cttgatggtt tggaagtcta ttgctgggaa gaaattccat catacatatt
2341 catgcttata ataagctggg gattttttgt ttgtttttgc aaatgcttgc ccctactttt
2401 caacaatttt ctatgttagt tgtgaagaac taaggtgggg agcagtacta caagttgagt
2461 aatggtatga gtatatacca gaattctgat tggcagcaag ttttattaat cagaataaca
2521 cttggttatg gaagtgacta atgctgaaaa aattgattat ttttattaga taatttctca
2581 cctatagact taaactgtca atttgctcta gtgtcttatt agttaaactt tgtaaaatat
2641 atatatactt gtttttccat tgtatgcaaa ttgaaagaaa aagatgtacc atttctctgt
2701 tgtatgttgg attatgtagg aaatgtttgt gtacaattca aaaaaaaaaa agatgaaaaa
2761 agttcctgtg gatgttttgt gtagtatctt ggcatttgta ttgatagtta aaattcactt
2821 ccaaataaat aaaacaccca tgatgctaga tttgatgtgt gcccgatttg aacaagggtt
2881 gattgacacc tgtaaaattt gttgaaacgt tcctcttaaa aggaaatata gtaatcttat
2941 gtaaaaaaaa aaaaaaaaaa //
14. HNRPDL: HNRPDL гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин Dподобный [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001207000 (изоформа В)
AK/TpaHcn44HH=MEVPPRLSHVPPPLFPSAPATLASRSLSHWRPRPPRQLAPLLPS LAP S SARQGARRAQRHVTAQQP S RLAGGAAIKGGRRRRP DL FRRH FKS S SIQRSAAAA AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDGKMFIGGLSWDTS KKDLTEYLSRFGEWDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVDKVLELKEHKLDGKLI DPKRAKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTNERRGF CFITYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGAAAGGRGG TRGRGRGQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY кДНК: 1 gaggccgcgc ggggcccggg cttcggccga tcagcccggg aggccccgcc gcgccccctt ggcccgcgcg cccgtggtca cagtggaaga ggcgcccgcg ctgcgctgcc cggaggagcc
121 gtcgcgcgcc cgcttcctgt tcggctggtt cctgccagct cgaggacaaa acacgcgtgc
181 gcgcggcggg cgagcgcgct cgccgcctca gtcgccagcg ccgggcgcag tccgcctttt
241 tccggagcag actggccgcg gtgctagtcg gtagcagcgg ccgccgcagc ggctccgcac
301 tggcgaaccg agggcagaaa aaggcggggt tgacggcttt ttggtaggag tgggctggac
361 cggacgccag agacaaaggc tcccaaggca agagggactg tggccctgcg tcggctctgc
421 tcgggactgc tgaccccagg aatttacgcc ccttcgtttt tctcttctga ttcttctctt
481 ctcccaagcc cgcgtcccct cacgcgtggc ctctctcctt gccgggaggg ccgcgatgga
541 ggtcccgccc aggctttccc atgtgccgcc gccattgttc ccctccgctc ccgctacttt
601 agcctcccgc agcctctccc attggcggcc gcggccgccg cggcagctag ccccgctcct
661 cccttcgctc gctcccagct ccgcccggca gggggcgcgc cgggcccagc gccacgtcac
721 cgcccagcag ccctcccgat tggcgggcgg ggcggctata aagggagggc gcaggcggcg
781 cccggatctc ttccgccgcc attttaaatc cagctccata caacgctccg ccgccgctgc
841 tgccgcgacc cggactgcgc gccagcaccc ccctgccgac agctccgtca ctatggagga
901 tatgaacgag tacagcaata tagaggaatt cgcagaggga tccaagatca acgcgagcaa
961 gaatcagcag gatgacggta aaatgtttat tggaggcttg agctgggata caagcaaaaa
1021 agatctgaca gagtacttgt ctcgatttgg ggaagttgta gactgcacaa ttaaaacaga
1081 tccagtcact gggagatcaa gaggatttgg atttgtgctt ttcaaagatg ctgctagtgt
1141 tgataaggtt ttggaactga aagaacacaa actggatggc aaattgatag atcccaaaag
1201 ggccaaagct ttaaaaggga aagaacctcc caaaaaggtt tttgtgggtg gattgagccc
1261 ggatacttct gaagaacaaa ttaaagaata ttttggagcc tttggagaga ttgaaaatat
1321 tgaacttccc atggatacaa aaacaaatga aagaagagga ttttgtttta tcacatatac
1381 tgatgaagag ccagtaaaaa aattgttaga aagcagatac catcaaattg gttctgggaa
1441 gtgtgaaatc aaagttgcac aacccaaaga ggtatatagg cagcaacagc aacaacaaaa
1501 aggtggaaga ggtgctgcag ctggtggacg aggtggtacg aggggtcgtg gccgaggcca
1561 acagagcact tatggcaagg catctcgagg gggtggcaat caccaaaaca attaccagcc
1621 atactaaagg agaacattgg agaaaacagg aggagatgtt aaagtaaccc atcttgcagg
1681 acgacattga agattggtct tctgttgatc taagatgatt attttgtaaa agactttcta
1741 gtgtacaaga caccattgtg tccaactgta tatagctgcc aattagtttt ctttgttttt
1801 actttgtcct ttgctatctg tgttatgact caatgtggat ttgtttatac acattttatt
- 154 038600
1861 tgtatcattt catgttaaac ctcaaataaa tgcttcctta tgtgattgct tttctgcgtc
1921 aggtactaca tagctctgta aaaaatgtaa tttaaaataa gcaataatta aggcacagtt
1981 gattttgtag agtattggtc catacagaga aactgtggtc ctttataaat agccagccag
2041 cgtcaccctc ttctccaatt tgtaggtgta ttttatgctc ttaaggcttc atcttctccc
2101 tgtaactgag atttctacca cacctttgaa caatgttctt tcccttctgg ttatctgaag
2161 actgtcctga aaggaagaca taagtgttgt gattagtaga agctttctag tagaccatat
2221 ttcttctgga ttgtaataaa attgttagta gctcctttta ctttgttcct gtctctggaa
2281 agccattttt gaattgctga ttactttggc tttaatcagt ggtcacctag aaaaagcttt
2341 gtaatcataa cacaatgagt aattcttgat aaaagttcag atacaaaagg agcactgtaa
2401 aactggtagg agctatggtt taagagcatt ggaagtagtt acaactcaag gattttggta
2461 gaaaggtatg agtttggtcg aaaaattaaa atagtggcaa aataagattt agttgtgttt
2521 tctcagagcc gccacaagat tgaacaaaat gttttctgtt tgggcatcct gaggaagttg
2581 tattagctgt taatgctctg tgagtttaga aaaagtcttg atagtaaatc tagtttttga
2641 cacagtgcat gaactaagta gttaaatatt tacatattca gaaaggaata gtggaaaagg
2701 tatcttggtt atgacaaagt cattacaaat gtgactaagt cattacaaat gtgactgagt
2761 cattacagtg gaccctctgg gtgcattgaa aagaatccgt tttatatcca ggtttcagag
2821 gacctggaat aataaaaagc tttggatttt gcattcagtg tagttggatt ttgggacctt
2881 ggcctcagtg ttatttactg ggattggcat acgtgttcac aggcagagta gttgatctca
2941 cacaacgggt gatctcacaa aactggtaag tttcttatgc tcatgagccc tccctttttt
3001 tttttaattt ggtgcctgca actttcttaa caatgattct acttcctggg ctatcacatt
3061 ataatgctct tggcctcttt tttgctgctg ttttgctatt cttaaactta ggccaagtac
3121 caatgttggc tgttagaagg gattctgttc attcaacatg caactttagg gaatggaagt
3181 aagttcattt ttaagttgtg ttgtcagtag gtgcggtgtc tagggtagtg aatcctgtaa
3241 gttcaaattt atgattaggt gacgagttga cattgagatt gtccttttcc ctgatcaaaa
3301 aatgaataaa gcctttttaa acaaaatcca aacttttaat caagtcttga tatgtatgac
3361 tgagaaaaaa tacactacat ctagagatga ttgagatgtt ttgcaaagaa ttgaaggggg
3421 agtgagaatt ggtttttctt gcaggggctt tgaactctag atttgggctt tgaactctag
3481 atttaattca gatttcaggg tctatcagtt caccaactga tgcaaatttg aacagatact
3541 ctaaggctaa gtgtcctagg ttggatgaac tgaagctact atcaagatct cgttcccaag
3601 gattaattta gaacaaagta attggacaag tttattgggg aggggataga aatgaattct
3661 aaagtaccta taacaaatac tctgtgtatg ttttttacat cgtatttgcc ttttacattg
3721 tttagaccaa attctgtgtg atgttatcct cgggaagagg atagaaatta attctaaagt
3781 acctataaca aatgctcggt ttgtatatgt ttttatacat cgtatttgcc ttttgcattg
3841 ttcagaccaa attctgtgtg atgttatcct aacaaaacac cttagtaatt tctttggtta
3901 acatgttaat ctgtaatctc acttttataa gatgaggact attaaaatga gatgtctgtt
3961 gggatgctaa aaaaaaaaaa aaaaaa //
ЛОКУС NM_031372 (изоформа a)
AK /TpaHcn44H4=MEVPPRLSHVPPPLFPSAPATLASRSLSHWRPRPPRQLAPLLPS LAP S SARQGARRAQRHVTAQQP S RLAGGAAIKGGRRRRP DL FRRH FKS S SIQRSAAAA AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDGKMFIGGLSWDTS KKDLTEYLSRFGEWDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVDKVLELKEHKLDGKLI DPKRAKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTNERRGF CFITYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGAAAGGRGG TRGRGRGQGQNWNQGFNNYYDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYNYGNYGYGQG YADYSGQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY кДНК: 1 gaggccgcgc ggggcccggg cttcggccga tcagcccggg aggccccgcc gcgccccctt ggcccgcgcg cccgtggtca cagtggaaga ggcgcccgcg ctgcgctgcc cggaggagcc
121 gtcgcgcgcc cgcttcctgt tcggctggtt cctgccagct cgaggacaaa acacgcgtgc
181 gcgcggcggg cgagcgcgct cgccgcctca gtcgccagcg ccgggcgcag tccgcctttt
241 tccggagcag actggccgcg gtgctagtcg gtagcagcgg ccgccgcagc ggctccgcac
301 tggcgaaccg agggcagaaa aaggcggggt tgacggcttt ttggtaggag tgggctggac
361 cggacgccag agacaaaggc tcccaaggca agagggactg tggccctgcg tcggctctgc
421 tcgggactgc tgaccccagg aatttacgcc ccttcgtttt tctcttctga ttcttctctt
481 ctcccaagcc cgcgtcccct cacgcgtggc ctctctcctt gccgggaggg ccgcgatgga
541 ggtcccgccc aggctttccc atgtgccgcc gccattgttc ccctccgctc ccgctacttt
601 agcctcccgc agcctctccc attggcggcc gcggccgccg cggcagctag ccccgctcct
661 cccttcgctc gctcccagct ccgcccggca gggggcgcgc cgggcccagc gccacgtcac
721 cgcccagcag ccctcccgat tggcgggcgg ggcggctata aagggagggc gcaggcggcg
- 155 038600
781 cccggatctc ttccgccgcc attttaaatc cagctccata caacgctccg ccgccgctgc 841 tgccgcgacc cggactgcgc gccagcaccc ccctgccgac agctccgtca ctatggagga 901 tatgaacgag tacagcaata tagaggaatt cgcagaggga tccaagatca acgcgagcaa 961 gaatcagcag gatgacggta aaatgtttat tggaggcttg agctgggata caagcaaaaa
1021 agatctgaca gagtacttgt ctcgatttgg ggaagttgta gactgcacaa ttaaaacaga 1081 tccagtcact gggagatcaa gaggatttgg atttgtgctt ttcaaagatg ctgctagtgt 1141 tgataaggtt ttggaactga aagaacacaa actggatggc aaattgatag atcccaaaag 1201 ggccaaagct ttaaaaggga aagaacctcc caaaaaggtt tttgtgggtg gattgagccc 1261 ggatacttct gaagaacaaa ttaaagaata ttttggagcc tttggagaga ttgaaaatat 1321 tgaacttccc atggatacaa aaacaaatga aagaagagga ttttgtttta tcacatatac 1381 tgatgaagag ccagtaaaaa aattgttaga aagcagatac catcaaattg gttctgggaa 1441 gtgtgaaatc aaagttgcac aacccaaaga ggtatatagg cagcaacagc aacaacaaaa 1501 aggtggaaga ggtgctgcag ctggtggacg aggtggtacg aggggtcgtg gccgaggtca 1561 gggccaaaac tggaaccaag gatttaataa ctattatgat caaggatatg gaaattacaa 1621 tagtgcctat ggtggtgatc aaaactatag tggctatggc ggatatgatt atactgggta 1681 taactatggg aactatggat atggacaggg atatgcagac tacagtggcc aacagagcac 1741 ttatggcaag gcatctcgag ggggtggcaa tcaccaaaac aattaccagc catactaaag 1801 gagaacattg gagaaaacag gaggagatgt taaagtaacc catcttgcag gacgacattg 1861 aagattggtc ttctgttgat ctaagatgat tattttgtaa aagactttct agtgtacaag 1921 acaccattgt gtccaactgt atatagctgc caattagttt tctttgtttt tactttgtcc 1981 tttgctatct gtgttatgac tcaatgtgga tttgtttata cacattttat ttgtatcatt 2041 tcatgttaaa cctcaaataa atgcttcctt atgtgattgc ttttctgcgt caggtactac 2101 atagctctgt aaaaaatgta atttaaaata agcaataatt aaggcacagt tgattttgta 2161 gagtattggt ccatacagag aaactgtggt cctttataaa tagccagcca gcgtcaccct 2221 cttctccaat ttgtaggtgt attttatgct cttaaggctt catcttctcc ctgtaactga 2281 gatttctacc acacctttga acaatgttct ttcccttctg gttatctgaa gactgtcctg 2341 aaaggaagac ataagtgttg tgattagtag aagctttcta gtagaccata tttcttctgg 2401 attgtaataa aattgttagt agctcctttt actttgttcc tgtctctgga aagccatttt 2461 tgaattgctg attactttgg ctttaatcag tggtcaccta gaaaaagctt tgtaatcata 2521 acacaatgag taattcttga taaaagttca gatacaaaag gagcactgta aaactggtag 2581 gagctatggt ttaagagcat tggaagtagt tacaactcaa ggattttggt agaaaggtat 2641 gagtttggtc gaaaaattaa aatagtggca aaataagatt tagttgtgtt ttctcagagc 2701 cgccacaaga ttgaacaaaa tgttttctgt ttgggcatcc tgaggaagtt gtattagctg 2761 ttaatgctct gtgagtttag aaaaagtctt gatagtaaat ctagtttttg acacagtgca 2821 tgaactaagt agttaaatat ttacatattc agaaaggaat agtggaaaag gtatcttggt 2881 tatgacaaag tcattacaaa tgtgactaag tcattacaaa tgtgactgag tcattacagt 2941 ggaccctctg ggtgcattga aaagaatccg ttttatatcc aggtttcaga ggacctggaa 3001 taataaaaag ctttggattt tgcattcagt gtagttggat tttgggacct tggcctcagt 3061 gttatttact gggattggca tacgtgttca caggcagagt agttgatctc acacaacggg 3121 tgatctcaca aaactggtaa gtttcttatg ctcatgagcc ctcccttttt ttttttaatt 3181 tggtgcctgc aactttctta acaatgattc tacttcctgg gctatcacat tataatgctc 3241 ttggcctctt ttttgctgct gttttgctat tcttaaactt aggccaagta ccaatgttgg 3301 ctgttagaag ggattctgtt cattcaacat gcaactttag ggaatggaag taagttcatt 3361 tttaagttgt gttgtcagta ggtgcggtgt ctagggtagt gaatcctgta agttcaaatt 3421 tatgattagg tgacgagttg acattgagat tgtccttttc cctgatcaaa aaatgaataa 3481 agccttttta aacaaaatcc aaacttttaa tcaagtcttg atatgtatga ctgagaaaaa 3541 atacactaca tctagagatg attgagatgt tttgcaaaga attgaagggg gagtgagaat 3601 tggtttttct tgcaggggct ttgaactcta gatttgggct ttgaactcta gatttaattc 3661 agatttcagg gtctatcagt tcaccaactg atgcaaattt gaacagatac tctaaggcta 3721 agtgtcctag gttggatgaa ctgaagctac tatcaagatc tcgttcccaa ggattaattt 3781 agaacaaagt aattggacaa gtttattggg gaggggatag aaatgaattc taaagtacct 3841 ataacaaata ctctgtgtat gttttttaca tcgtatttgc cttttacatt gtttagacca 3901 aattctgtgt gatgttatcc tcgggaagag gatagaaatt aattctaaag tacctataac 3961 aaatgctcgg tttgtatatg tttttataca tcgtatttgc cttttgcatt gttcagacca 4021 aattctgtgt gatgttatcc taacaaaaca ccttagtaat ttctttggtt aacatgttaa 4081 tctgtaatct cacttttata agatgaggac tattaaaatg agatgtctgt tgggatgcta 4141 aaaaaaaaaa aaaaaaa //
15. HSPA9: HSPA9 70kDa белок теплового шока 9 (морталин) [ Homo sapiens ]
- 156 038600
ЛОКУС NM_004134
AK/TpaHcn44H4=MISASRAAAARLVGAAASRGPTAARHQDSWNGLSHEAFRLVSRR DYASEAIKGAWGIDLGTTNSCVAVMEGKQAKVLENAEGARTTPSWAFTADGERLVG MPAKRQAVTNPNNTFYATKRLIGRRYDDPEVQKDIKNVPFKIVRASNGDAWVEAHGKL YSPSQIGAFVLMKMKETAENYLGHTAKNAVITVPAYFNDSQRQATKDAGQISGLNVLR VINEPTAAALAYGLDKSEDKVIAVYDLGGGTFDISILEIQKGVFEVKSTNGDTFLGGE DFDQALLRHIVKEFKRETGVDLTKDNMALQRVREAAEKAKCELSSSVQTDINLPYLTM DSSGPKHLNMKLTRAQFEGIVTDLIRRTIAPCQKAMQDAEVSKSDIGEVILVGGMTRM PKVQQTVQDLFGRAPSKAVNPDEAVAIGAAIQGGVLAGDVTDVLLLDVTPLSLGIETL GGVFTKLINRNTTIPTKKSQVFSTAADGQTQVEIKVCQGEREMAGDNKLLGQFTLIGI PPAPRGVPQIEVTFDIDANGIVHVSAKDKGTGREQQIVIQSSGGLSKDDIENMVKNAE KYAEEDRRKKERVEAVNMAEGIIHDTETKMEEFKDQLPADECNKLKEEISKMRELLAR KDSETGENIRQAASSLQQASLKLFEMAYKKMASEREGSGSSGTGEQKEDQKEEKQ кДНК: 1 ttcctcccct ggactctttc tgagctcaga gccgccgcag ccgggacagg agggcaggct ttctccaacc atcatgctgc ggagcatatt acctgtacgc cctggctccg ggagcggcag
121 tcgagtatcc tctggtcagg cggcgcgggc ggcgcctcag cggaagagcg ggcctctggg
181 ccgcagtgac caacccccgc ccctcacccc acgtggttgg aggtttccag aagcgctgcc
241 gccaccgcat cgcgcagctc tttgccgtcg gagcgcttgt ttgctgcctc gtactcctcc
301 atttatccgc catgataagt gccagccgag ctgcagcagc ccgtctcgtg ggcgccgcag
361 cctcccgggg ccctacggcc gcccgccacc aggatagctg gaatggcctt agtcatgagg
421 cttttagact tgtttcaagg cgggattatg catcagaagc aatcaaggga gcagttgttg
481 gtattgattt gggtactacc aactcctgcg tggcagttat ggaaggtaaa caagcaaagg
541 tgctggagaa tgccgaaggt gccagaacca ccccttcagt tgtggccttt acagcagatg
601 gtgagcgact tgttggaatg ccggccaagc gacaggctgt caccaaccca aacaatacat
661 tttatgctac caagcgtctc attggccggc gatatgatga tcctgaagta cagaaagaca
721 ttaaaaatgt tccctttaaa attgtccgtg cctccaatgg tgatgcctgg gttgaggctc
781 atgggaaatt gtattctccg agtcagattg gagcatttgt gttgatgaag atgaaagaga
841 ctgcagaaaa ttacttgggg cacacagcaa aaaatgctgt gatcacagtc ccagcttatt
901 tcaatgactc gcagagacag gccactaaag atgctggcca gatatctgga ctgaatgtgc
961 ttcgggtgat taatgagccc acagctgctg ctcttgccta tggtctagac aaatcagaag
1021 acaaagtcat tgctgtatat gatttaggtg gtggaacttt tgatatttct atcctggaaa
1081 ttcagaaagg agtatttgag gtgaaatcca caaatgggga taccttctta ggtggggaag
1141 actttgacca ggccttgcta cggcacattg tgaaggagtt caagagagag acaggggttg
1201 atttgactaa agacaacatg gcacttcaga gggtacggga agctgctgaa aaggctaaat
1261 gtgaactctc ctcatctgtg cagactgaca tcaatttgcc ctatcttaca atggattctt
1321 ctggacccaa gcatttgaat atgaagttga cccgtgctca atttgaaggg attgtcactg
1381 atctaatcag aaggactatc gctccatgcc aaaaagctat gcaagatgca gaagtcagca
1441 agagtgacat aggagaagtg attcttgtgg gtggcatgac taggatgccc aaggttcagc
1501 agactgtaca ggatcttttt ggcagagccc caagtaaagc tgtcaatcct gatgaggctg
1561 tggccattgg agctgccatt cagggaggtg tgttggccgg cgatgtcacg gatgtgctgc
1621 tccttgatgt cactcccctg tctctgggta ttgaaactct aggaggtgtc tttaccaaac
1681 ttattaatag gaataccact attccaacca agaagagcca ggtattctct actgccgctg
1741 atggtcaaac gcaagtggaa attaaagtgt gtcagggtga aagagagatg gctggagaca
1801 acaaactcct tggacagttt actttgattg gaattccacc agcccctcgt ggagttcctc
1861 agattgaagt tacatttgac attgatgcca atgggatagt acatgtttct gctaaagata
1921 aaggcacagg acgtgagcag cagattgtaa tccagtcttc tggtggatta agcaaagatg
1981 atattgaaaa tatggttaaa aatgcagaga aatatgctga agaagaccgg cgaaagaagg
2041 aacgagttga agcagttaat atggctgaag gaatcattca cgacacagaa accaagatgg
2101 aagaattcaa ggaccaatta cctgctgatg agtgcaacaa gctgaaagaa gagatttcca
2161 aaatgaggga gctcctggct agaaaagaca gcgaaacagg agaaaatatt agacaggcag
2221 catcctctct tcagcaggca tcactgaagc tgttcgaaat ggcatacaaa aagatggcat
2281 ctgagcgaga aggctctgga agttctggca ctggggaaca aaaggaagat caaaaggagg
2341 aaaaacagta ataatagcag aaattttgaa gccagaagga caacatatga agcttaggag
2401 tgaagagact tcctgagcag aaatgggcga acttcagtct ttttactgtg tttttgcagt
2461 attctatata taatttcctt aatttgtaaa tttagtgacc attagctagt gatcatttaa
2521 tggacagtga ttctaacagt ataaagttca caatattcta tgtccctagc ctgtcatttt
2581 tcagctgcat gtaaaaggag gtaggatgaa ttgatcatta taaagattta actattttat
2641 gctgaagtga ccatattttc aaggggtgaa accatctcgc acacagcaat gaaggtagtc
2701 atccatagac ttgaaatgag accacatatg gggatgagat ccttctagtt agcctagtac
2761 tgctgtactg gcctgtatgt acatggggtc cttcaactga ggccttgcaa gtcaagctgg
- 157 038600
2821 ctgtgccatg tttgtagatg gggcagagga atctagaaca atgggaaact tagctattta
2881 tattaggtac agctattaaa acaaggtagg aatgaggcta gacctttaac ttccctaagg
2941 catacttttc tagctacctt ctgccctgtg tctggcacct acatccttga tgattgttct
3001 cttacccatt ctggaatttt ttttttttta aataaataca gaaagcatct tgatctcttg
3061 tttgtgaggg gtgatgccct gagatttagc ttcaagaata tgccatggct catgcttccc
3121 atatttccca aagagggaaa tacaggattt gctaacactg gttaaaaatg caaattcaag
3181 atttggaagg gctgttataa tgaaataatg agcagtatca gcatgtgcaa atcttgtttg
3241 aaggatttta ttttctcccc ttagaccttt ggtacattta gaatcttgaa agtttctaga
3301 tctctaacat gaaagtttct agatctctaa catgaaagtt tttagatctc taacatgaaa
3361 accaaggtgg ctattttcag gttgctttca gctccaagta gaaataacca gaattggctt
3421 acattaaaga aactgcatct agaaataagt cctaagatac tatttctatg gctcaaaaat
3481 aaaaggaacc cagatttctt tcccta //
16. MAP2K2: MAP2K2 митоген-активируемая протеинкиназа 2 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_030662
AK/TpaHcm44H4=MLARRKPVLPALTINPTIAEGPSPTSEGASEANLVDLQKKLEEL ELDEQQKKRLEAFLTQKAKVGELKDDDFERISELGAGNGGWTKVQHRPSGLIMARKL IHLEIKPAIRNQIIRELQVLHECNS PYIVGFYGAFYS DGEISICMEHMDGGSLDQVLK EAKRIPEEILGKVSIAVLRGLAYLREKHQIMHRDVKPSNILVNSRGEIKLCDFGVSGQ LIDSMANSFVGTRSYMAPERLQGTHYSVQSDIWSMGLSLVELAVGRYPIPPPDAKELE AIFGRPWDGEEGEPHSISPRPRPPGRPVSGHGMDSRPAMAIFELLDYIVNEPPPKLP NGVFTPDFQEFVNKCLIKNPAERADLKMLTNHTFIKRSEVEEVDFAGWLCKTLRLNQP GTPTRTAV кДНК: 1 cccctgcctc tcggactcgg gctgcggcgt cagccttctt cgggcctcgg cagcggtagc ggctcgctcg cctcagcccc agcgcccctc ggctaccctc ggcccaggcc cgcagcgccg
121 cccgccctcg gccgccccga cgccggcctg ggccgcggcc gcagccccgg gctcgcgtag
181 gcgccgaccg ctcccggccc gccccctatg ggccccggct agaggcgccg ccgccgccgg
241 cccgcggagc cccgatgctg gcccggagga agccggtgct gccggcgctc accatcaacc
301 ctaccatcgc cgagggccca tcccctacca gcgagggcgc ctccgaggca aacctggtgg
361 acctgcagaa gaagctggag gagctggaac ttgacgagca gcagaagaag cggctggaag
421 cctttctcac ccagaaagcc aaggtcggcg aactcaaaga cgatgacttc gaaaggatct
481 cagagctggg cgcgggcaac ggcggggtgg tcaccaaagt ccagcacaga ccctcgggcc
541 tcatcatggc caggaagctg atccaccttg agatcaagcc ggccatccgg aaccagatca
601 tccgcgagct gcaggtcctg cacgaatgca actcgccgta catcgtgggc ttctacgggg
661 ccttctacag tgacggggag atcagcattt gcatggaaca catggacggc ggctccctgg
721 accaggtgct gaaagaggcc aagaggattc ccgaggagat cctggggaaa gtcagcatcg
781 cggttctccg gggcttggcg tacctccgag agaagcacca gatcatgcac cgagatgtga
841 agccctccaa catcctcgtg aactctagag gggagatcaa gctgtgtgac ttcggggtga
901 gcggccagct catcgactcc atggccaact ccttcgtggg cacgcgctcc tacatggctc
961 cggagcggtt gcagggcaca cattactcgg tgcagtcgga catctggagc atgggcctgt
1021 ccctggtgga gctggccgtc ggaaggtacc ccatcccccc gcccgacgcc aaagagctgg
1081 aggccatctt tggccggccc gtggtcgacg gggaagaagg agagcctcac agcatctcgc
1141 ctcggccgag gccccccggg cgccccgtca gcggtcacgg gatggatagc cggcctgcca
1201 tggccatctt tgaactcctg gactatattg tgaacgagcc acctcctaag ctgcccaacg
1261 gtgtgttcac ccccgacttc caggagtttg tcaataaatg cctcatcaag aacccagcgg
1321 agcgggcgga cctgaagatg ctcacaaacc acaccttcat caagcggtcc gaggtggaag
1381 aagtggattt tgccggctgg ttgtgtaaaa ccctgcggct gaaccagccc ggcacaccca
1441 cgcgcaccgc cgtgtgacag tggccgggct ccctgcgtcc cgctggtgac ctgcccaccg
1501 tccctgtcca tgccccgccc ttccagctga ggacaggctg gcgcctccac ccaccctcct
1561 gcctcacccc tgcggagagc accgtggcgg ggcgacagcg catgcaggaa cgggggtctc
1621 ctctcctgcc cgtcctggcc ggggtgcctc tggggacggg cgacgctgct gtgtgtggtc
1681 tcagaggctc tgcttcctta ggttacaaaa caaaacaggg agagaaaaag caaaaaaaaa
1741 aaaaaaaaaa aaaaaaaaa //
17. LDHA: LDHA лактатдегидрогеназа A [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001135239 (изоформа 2)
AK/TpaHcn4UH4=MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITWGVGAVGMACAISILMKDL
- 158 038600
ADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKVDILTYVAWKISGFPKNRVIG SGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDL GTDKDKEQWKEVHKQWESAYEVIKLKGYTSWAIGLSVADLAESIMKNLRRVHPVSTM IKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNGISDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF кДНК: 1 gtctgccggt cggttgtctg gctgcgcgcg ccacccgggc ctctccagtg ccccgcctgg ctcggcatcc acccccagcc cgactcacac gtgggttccc gcacgtccgc cggccccccc
121 cgctgacgtc agcatagctg ttccacttaa ggcccctccc gcgcccagct cagagtgctg
181 cagccgctgc cgccgattcc ggatctcatt gccacgcgcc cccgacgacc gcccgacgtg
241 cattcccgat tccttttggt tccaagtcca atatggcaac tctaaaggat cagctgattt
301 ataatcttct aaaggaagaa cagacccccc agaataagat tacagttgtt ggggttggtg
361 ctgttggcat ggcctgtgcc atcagtatct taatgaagga cttggcagat gaacttgctc
421 ttgttgatgt catcgaagac aaattgaagg gagagatgat ggatctccaa catggcagcc
481 ttttccttag aacaccaaag attgtctctg gcaaagtgga tatcttgacc tacgtggctt
541 ggaagataag tggttttccc aaaaaccgtg ttattggaag cggttgcaat ctggattcag
601 cccgattccg ttacctaatg ggggaaaggc tgggagttca cccattaagc tgtcatgggt
661 gggtccttgg ggaacatgga gattccagtg tgcctgtatg gagtggaatg aatgttgctg
721 gtgtctctct gaagactctg cacccagatt tagggactga taaagataag gaacagtgga
781 aagaggttca caagcaggtg gttgagagtg cttatgaggt gatcaaactc aaaggctaca
841 catcctgggc tattggactc tctgtagcag atttggcaga gagtataatg aagaatctta
901 ggcgggtgca cccagtttcc accatgatta agggtcttta cggaataaag gatgatgtct
961 tccttagtgt tccttgcatt ttgggacaga atggaatctc agaccttgtg aaggtgactc
1021 tgacttctga ggaagaggcc cgtttgaaga agagtgcaga tacactttgg gggatccaaa
1081 aggagctgca attttaaagt cttctgatgt catatcattt cactgtctag gctacaacag
1141 gattctaggt ggaggttgtg catgttgtcc tttttatctg atctgtgatt aaagcagtaa
1201 tattttaaga tggactggga aaaacatcaa ctcctgaagt tagaaataag aatggtttgt
1261 aaaatccaca gctatatcct gatgctggat ggtattaatc ttgtgtagtc ttcaactggt
1321 tagtgtgaaa tagttctgcc acctctgacg caccactgcc aatgctgtac gtactgcatt
1381 tgccccttga gccaggtgga tgtttaccgt gtgttatata acttcctggc tccttcactg
1441 aacatgccta gtccaacatt ttttcccagt gagtcacatc ctgggatcca gtgtataaat
1501 ccaatatcat gtcttgtgca taattcttcc aaaggatctt attttgtgaa ctatatcagt
1561 agtgtacatt accatataat gtaaaaagat ctacatacaa acaatgcaac caactatcca
1621 agtgttatac caactaaaac ccccaataaa ccttgaacag tgactacttt ggttaattca
1681 ttatattaag atataaagtc ataaagctgc tagttattat attaatttgg aaatattagg
1741 ctattcttgg gcaaccctgc aacgattttt tctaacaggg atattattga ctaatagcag
1801 aggatgtaat agtcaactga gttgtattgg taccacttcc attgtaagtc ccaaagtatt
1861 atatatttga taataatgct aatcataatt ggaaagtaac attctatatg taaatgtaaa
1921 atttatttgc caactgaata taggcaatga tagtgtgtca ctatagggaa cacagatttt
1981 tgagatcttg tcctctggaa gctggtaaca attaaaaaca atcttaaggc agggaaaaaa
2041 aaaaaaaaaa aa //
ЛОКУС NM_001165414 (изоформа 3)
AK/TpaHcn44H4=MGEPSGGYTYTQTSIFLFHAKIPFGSKSNMATLKDQLIYNLLKE EQTPQNKITWGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLR TPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFIIPNWKYSPNC KLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWV LGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQWESAYEVIKLKGY TSWAIGLSVADLAESIMKNLRRVHPVSTMIKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNGISDLVK VTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF кДНК: 1 ttgggcgggg cgtaaaagcc gggcgttcgg aggacccagc aattagtctg atttccgccc acctttccga gcgggaagga gagccacaaa gcgcgcatgc gcgcggatca ccgcaggctc
121 ctgtgccttg ggcttgagct ttgtggcagt taatggcttt tctgcacgta tctctggtgt
181 ttacttgaga agcctggctg tgtccttgct gtaggagccg gagtagctca gagtgatctt
241 gtctgaggaa aggccagccc cacttggggt taataaaccg cgatgggtga accctcagga
301 ggctatactt acacccaaac gtcgatattc cttttccacg ctaagattcc ttttggttcc
361 aagtccaata tggcaactct aaaggatcag ctgatttata atcttctaaa ggaagaacag
421 accccccaga ataagattac agttgttggg gttggtgctg ttggcatggc ctgtgccatc
481 agtatcttaa tgaaggactt ggcagatgaa cttgctcttg ttgatgtcat cgaagacaaa
541 ttgaagggag agatgatgga tctccaacat ggcagccttt tccttagaac accaaagatt
- 159 038600
601 gtctctggca aagactataa tgtaactgca aactccaagc tggtcattat cacggctggg
661 gcacgtcagc aagagggaga aagccgtctt aatttggtcc agcgtaacgt gaacatcttt
721 aaattcatca ttcctaatgt tgtaaaatac agcccgaact gcaagttgct tattgtttca
781 aatccagtgg atatcttgac ctacgtggct tggaagataa gtggttttcc caaaaaccgt
841 gttattggaa gcggttgcaa tctggattca gcccgattcc gttacctaat gggggaaagg
901 ctgggagttc acccattaag ctgtcatggg tgggtccttg gggaacatgg agattccagt
961 gtgcctgtat ggagtggaat gaatgttgct ggtgtctctc tgaagactct gcacccagat
1021 ttagggactg ataaagataa ggaacagtgg aaagaggttc acaagcaggt ggttgagagt
1081 gcttatgagg tgatcaaact caaaggctac acatcctggg ctattggact ctctgtagca
1141 gatttggcag agagtataat gaagaatctt aggcgggtgc acccagtttc caccatgatt
1201 aagggtcttt acggaataaa ggatgatgtc ttccttagtg ttccttgcat tttgggacag
1261 aatggaatct cagaccttgt gaaggtgact ctgacttctg aggaagaggc ccgtttgaag
1321 aagagtgcag atacactttg ggggatccaa aaggagctgc aattttaaag tcttctgatg
1381 tcatatcatt tcactgtcta ggctacaaca ggattctagg tggaggttgt gcatgttgtc
1441 ctttttatct gatctgtgat taaagcagta atattttaag atggactggg aaaaacatca
1501 actcctgaag ttagaaataa gaatggtttg taaaatccac agctatatcc tgatgctgga
1561 tggtattaat cttgtgtagt cttcaactgg ttagtgtgaa atagttctgc cacctctgac
1621 gcaccactgc caatgctgta cgtactgcat ttgccccttg agccaggtgg atgtttaccg
1681 tgtgttatat aacttcctgg ctccttcact gaacatgcct agtccaacat tttttcccag
1741 tgagtcacat cctgggatcc agtgtataaa tccaatatca tgtcttgtgc ataattcttc
1801 caaaggatct tattttgtga actatatcag tagtgtacat taccatataa tgtaaaaaga
1861 tctacataca aacaatgcaa ccaactatcc aagtgttata ccaactaaaa cccccaataa
1921 accttgaaca gtgactactt tggttaattc attatattaa gatataaagt cataaagctg
1981 ctagttatta tattaatttg gaaatattag gctattcttg ggcaaccctg caacgatttt
2041 ttctaacagg gatattattg actaatagca gaggatgtaa tagtcaactg agttgtattg
2101 gtaccacttc cattgtaagt cccaaagtat tatatatttg ataataatgc taatcataat
2161 tggaaagtaa cattctatat gtaaatgtaa aatttatttg ccaactgaat ataggcaatg
2221 atagtgtgtc actataggga acacagattt ttgagatctt gtcctctgga agctggtaac
2281 aattaaaaac aatcttaagg cagggaaaaa aaaaaaaaaa aaa //
ЛОКУС NM_001165415 (изоформа 4)
AK/TpaHCH44H4=MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITWGVGAVGMACAISILMKDL ADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQE GES RLNLVQRNVNIFKFIIPNWKYS PNCKLLIVSNPVDILTYVAWKIS GFPKNRVIG SGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDL GTDKDKEQWKECRYTLGDPKGAAILKSSDVISFHCLGYNRILGGGCACCPFYLICD кДНК: 1 gtctgccggt cggttgtctg gctgcgcgcg ccacccgggc ctctccagtg ccccgcctgg ctcggcatcc acccccagcc cgactcacac gtgggttccc gcacgtccgc cggccccccc
121 cgctgacgtc agcatagctg ttccacttaa ggcccctccc gcgcccagct cagagtgctg
181 cagccgctgc cgccgattcc ggatctcatt gccacgcgcc cccgacgacc gcccgacgtg
241 cattcccgat tccttttggt tccaagtcca atatggcaac tctaaaggat cagctgattt
301 ataatcttct aaaggaagaa cagacccccc agaataagat tacagttgtt ggggttggtg
361 ctgttggcat ggcctgtgcc atcagtatct taatgaagga cttggcagat gaacttgctc
421 ttgttgatgt catcgaagac aaattgaagg gagagatgat ggatctccaa catggcagcc
481 ttttccttag aacaccaaag attgtctctg gcaaagacta taatgtaact gcaaactcca
541 agctggtcat tatcacggct ggggcacgtc agcaagaggg agaaagccgt cttaatttgg
601 tccagcgtaa cgtgaacatc tttaaattca tcattcctaa tgttgtaaaa tacagcccga
661 actgcaagtt gcttattgtt tcaaatccag tggatatctt gacctacgtg gcttggaaga
721 taagtggttt tcccaaaaac cgtgttattg gaagcggttg caatctggat tcagcccgat
781 tccgttacct aatgggggaa aggctgggag ttcacccatt aagctgtcat gggtgggtcc
841 ttggggaaca tggagattcc agtgtgcctg tatggagtgg aatgaatgtt gctggtgtct
901 ctctgaagac tctgcaccca gatttaggga ctgataaaga taaggaacag tggaaagagt
961 gcagatacac tttgggggat ccaaaaggag ctgcaatttt aaagtcttct gatgtcatat
1021 catttcactg tctaggctac aacaggattc taggtggagg ttgtgcatgt tgtccttttt
1081 atctgatctg tgattaaagc agtaatattt taagatggac tgggaaaaac atcaactcct
1141 gaagttagaa ataagaatgg tttgtaaaat ccacagctat atcctgatgc tggatggtat
1201 taatcttgtg tagtcttcaa ctggttagtg tgaaatagtt ctgccacctc tgacgcacca
1261 ctgccaatgc tgtacgtact gcatttgccc cttgagccag gtggatgttt accgtgtgtt
1321 atataacttc ctggctcctt cactgaacat gcctagtcca acattttttc ccagtgagtc
- 160 038600
1381 acatcctggg atccagtgta taaatccaat atcatgtctt gtgcataatt cttccaaagg
1441 atcttatttt gtgaactata tcagtagtgt acattaccat ataatgtaaa aagatctaca
1501 tacaaacaat gcaaccaact atccaagtgt tataccaact aaaaccccca ataaaccttg
1561 aacagtgact actttggtta attcattata ttaagatata aagtcataaa gctgctagtt
1621 attatattaa tttggaaata ttaggctatt cttgggcaac cctgcaacga ttttttctaa
1681 cagggatatt attgactaat agcagaggat gtaatagtca actgagttgt attggtacca
1741 cttccattgt aagtcccaaa gtattatata tttgataata atgctaatca taattggaaa
1801 gtaacattct atatgtaaat gtaaaattta tttgccaact gaatataggc aatgatagtg
1861 tgtcactata gggaacacag atttttgaga tcttgtcctc tggaagctgg taacaattaa
1921 aaacaatctt aaggcaggga aaaaaaaaaa aaaaaaa //
ЛОКУС NM_001165416 (изоформа 5)
AK/TpaHCH44H4=MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITWGVGAVGMACAISILMKDL ADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQE GESRLNLVQRNVNIFKFIIPNWKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIG SGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDL GTDKDKEQWKEVHKQWERVFTE кДНК: 1 gtctgccggt cggttgtctg gctgcgcgcg ccacccgggc ctctccagtg ccccgcctgg ctcggcatcc acccccagcc cgactcacac gtgggttccc gcacgtccgc cggccccccc
121 cgctgacgtc agcatagctg ttccacttaa ggcccctccc gcgcccagct cagagtgctg
181 cagccgctgc cgccgattcc ggatctcatt gccacgcgcc cccgacgacc gcccgacgtg
241 cattcccgat tccttttggt tccaagtcca atatggcaac tctaaaggat cagctgattt
301 ataatcttct aaaggaagaa cagacccccc agaataagat tacagttgtt ggggttggtg
361 ctgttggcat ggcctgtgcc atcagtatct taatgaagga cttggcagat gaacttgctc
421 ttgttgatgt catcgaagac aaattgaagg gagagatgat ggatctccaa catggcagcc
481 ttttccttag aacaccaaag attgtctctg gcaaagacta taatgtaact gcaaactcca
541 agctggtcat tatcacggct ggggcacgtc agcaagaggg agaaagccgt cttaatttgg
601 tccagcgtaa cgtgaacatc tttaaattca tcattcctaa tgttgtaaaa tacagcccga
661 actgcaagtt gcttattgtt tcaaatccag tggatatctt gacctacgtg gcttggaaga
721 taagtggttt tcccaaaaac cgtgttattg gaagcggttg caatctggat tcagcccgat
781 tccgttacct aatgggggaa aggctgggag ttcacccatt aagctgtcat gggtgggtcc
841 ttggggaaca tggagattcc agtgtgcctg tatggagtgg aatgaatgtt gctggtgtct
901 ctctgaagac tctgcaccca gatttaggga ctgataaaga taaggaacag tggaaagagg
961 ttcacaagca ggtggttgag agggtcttta cggaataaag gatgatgtct tccttagtgt
1021 tccttgcatt ttgggacaga atggaatctc agaccttgtg aaggtgactc tgacttctga
1081 ggaagaggcc cgtttgaaga agagtgcaga tacactttgg gggatccaaa aggagctgca
1141 attttaaagt cttctgatgt catatcattt cactgtctag gctacaacag gattctaggt
1201 ggaggttgtg catgttgtcc tttttatctg atctgtgatt aaagcagtaa tattttaaga
1261 tggactggga aaaacatcaa ctcctgaagt tagaaataag aatggtttgt aaaatccaca
1321 gctatatcct gatgctggat ggtattaatc ttgtgtagtc ttcaactggt tagtgtgaaa
1381 tagttctgcc acctctgacg caccactgcc aatgctgtac gtactgcatt tgccccttga
1441 gccaggtgga tgtttaccgt gtgttatata acttcctggc tccttcactg aacatgccta
1501 gtccaacatt ttttcccagt gagtcacatc ctgggatcca gtgtataaat ccaatatcat
1561 gtcttgtgca taattcttcc aaaggatctt attttgtgaa ctatatcagt agtgtacatt
1621 accatataat gtaaaaagat ctacatacaa acaatgcaac caactatcca agtgttatac
1681 caactaaaac ccccaataaa ccttgaacag tgactacttt ggttaattca ttatattaag
1741 atataaagtc ataaagctgc tagttattat attaatttgg aaatattagg ctattcttgg
1801 gcaaccctgc aacgattttt tctaacaggg atattattga ctaatagcag aggatgtaat
1861 agtcaactga gttgtattgg taccacttcc attgtaagtc ccaaagtatt atatatttga
1921 taataatgct aatcataatt ggaaagtaac attctatatg taaatgtaaa atttatttgc
1981 caactgaata taggcaatga tagtgtgtca ctatagggaa cacagatttt tgagatcttg
2041 tcctctggaa gctggtaaca attaaaaaca atcttaaggc agggaaaaaa aaaaaaaaaa
2101 aa //
ЛОКУС NM_005566 (изоформа 1)
AK/TpaHcn44H4=MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITWGVGAVGMACAISILMKDL ADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQE GESRLNLVQRNVNIFKFIIPNWKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIG
- 161 038600
SGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDL GTDKDKEQWKEVHKQWESAYEVIKLKGYTSWAIGLSVADLAESIMKNLRRVHPVSTM IKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNGISDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF кДНК: 1 gtctgccggt cggttgtctg gctgcgcgcg ccacccgggc ctctccagtg ccccgcctgg ctcggcatcc acccccagcc cgactcacac gtgggttccc gcacgtccgc cggccccccc
121 cgctgacgtc agcatagctg ttccacttaa ggcccctccc gcgcccagct cagagtgctg
181 cagccgctgc cgccgattcc ggatctcatt gccacgcgcc cccgacgacc gcccgacgtg
241 cattcccgat tccttttggt tccaagtcca atatggcaac tctaaaggat cagctgattt
301 ataatcttct aaaggaagaa cagacccccc agaataagaz tacagttgtt ggggttggtg
361 ctgttggcat ggcctgtgcc atcagtatct taatgaagga cttggcagat gaacttgctc
421 ttgttgatgt catcgaagac aaattgaagg gagagatgac ggatctccaa catggcagcc
481 ttttccttag aacaccaaag attgtctctg gcaaagacta taatgtaact gcaaactcca
541 agctggtcat tatcacggct ggggcacgtc agcaagaggg agaaagccgt cttaatttgg
601 tccagcgtaa cgtgaacatc tttaaattca tcattcctaa tgttgtaaaa tacagcccga
661 actgcaagtt gcttattgtt tcaaatccag tggatatctc gacctacgtg gcttggaaga
721 taagtggttt tcccaaaaac cgtgttattg gaagcggttg caatctggat tcagcccgat
781 tccgttacct aatgggggaa aggctgggag ttcacccatz aagctgtcat gggtgggtcc
841 ttggggaaca tggagattcc agtgtgcctg tatggagtgg aatgaatgtt gctggtgtct
901 ctctgaagac tctgcaccca gatttaggga ctgataaaga taaggaacag tggaaagagg
961 ttcacaagca ggtggttgag agtgcttatg aggtgatcaa actcaaaggc tacacatcct
1021 gggctattgg actctctgta gcagatttgg cagagagtac aatgaagaat cttaggcggg
1081 tgcacccagt ttccaccatg attaagggtc tttacggaac aaaggatgat gtcttcctta
1141 gtgttccttg cattttggga cagaatggaa tctcagaccz tgtgaaggtg actctgactt
1201 ctgaggaaga ggcccgtttg aagaagagtg cagatacac: ttgggggatc caaaaggagc
1261 tgcaatttta aagtcttctg atgtcatatc atttcactgc ctaggctaca acaggattct
1321 aggtggaggt tgtgcatgtt gtccttttta tctgatctgc gattaaagca gtaatatttt
1381 aagatggact gggaaaaaca tcaactcctg aagttagaaa taagaatggt ttgtaaaatc
1441 cacagctata tcctgatgct ggatggtatt aatcttgtgc agtcttcaac tggttagtgt
1501 gaaatagttc tgccacctct gacgcaccac tgccaatgcc gtacgtactg catttgcccc
1561 ttgagccagg tggatgttta ccgtgtgtta tataacttcc tggctccttc actgaacatg
1621 cctagtccaa cattttttcc cagtgagtca catcctggga tccagtgtat aaatccaata
1681 tcatgtcttg tgcataattc ttccaaagga tcttattttg tgaactatat cagtagtgta
1741 cattaccata taatgtaaaa agatctacat acaaacaatg caaccaacta tccaagtgtt
1801 ataccaacta aaacccccaa taaaccttga acagtgacta ctttggttaa ttcattatat
1861 taagatataa agtcataaag ctgctagtta ttatattaac ttggaaatat taggctattc
1921 ttgggcaacc ctgcaacgat tttttctaac agggatatta ttgactaata gcagaggatg
1981 taatagtcaa ctgagttgta ttggtaccac ttccattgta agtcccaaag tattatatat
2041 ttgataataa tgctaatcat aattggaaag taacattcta tatgtaaatg taaaatttat
2101 ttgccaactg aatataggca atgatagtgt gtcactatag ggaacacaga tttttgagat
2161 cttgtcctct ggaagctggt aacaattaaa aacaatctta aggcagggaa aaaaaaaaaa
2221 aaaaaa //
18. MAP4 : MAP4 ассоциированный с микротрубочками белок 4 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001134364 (изоформа 4)
AK/TpaHcm44H4=MADLSLADALTEPSPDIEGEIKRDFIATLEAEAFDDWGETVGK TDYIPLLDVDEKTGNSESKKKPCSETSQIEDTPSSKPTLLANGGHGVEGSDTTGSPTE FLEEKMAYQEYPNSQNWPEDTNFCFQPEQWDPIQTDPFKMYHDDDLADLVFPSSATA DTSIFAGQNDPLKDSYGMSPCNTAWPQGWSVEALNSPHSESFVSPEAVAEPPQPTAV PLELAKEIEMAS EERP PAQALEIMMGLKTTDMAP S KETEMALAKDMALATKTEVALAK DMESPTKLDVTLAKDMQPSMESDMALVKDMELPTEKEVALVKDVRWPTETDVSSAKNV VLPTETEVAPAKDVTLLKETERASPIKMDLAPSKDMGPPKENKKETERASPIKMDLAP SKDMGPPKENKIVPAKDLVLLSEIEVAQANDIISSTEISSAEKVALSSETEVALARDM TLPPETNVILTKDKALPLEAEVAPVKDMAQLPETEIAPAKDVAPSTVKEVGLLKDMSP LS ETEMALGKDVT P P P ET EWLIKNVCL P P EMEVALT EDQVPALKTEAP LAKDGVLT L ANNVTPAKDVPPLSETEATPVPIKDMEIAQTQKGISEDSHLESLQDVGQSAAPTFMIS PETVTGTGKKCSLPAEEDSVLEKLGERKPCNSQPSELSSETSGIARPEEGRPWSGTG NDITTPPNKELPPSPEKKTKPLATTQPAKTSTSKAKTQPTSLPKQPAPTTIGGLNKKP MSLASGLVPAAPPKRPAVASARPSILPSKDVKPKPIADAKAPEKRASPSKPASAPASR
- 162 038600
SGSKSTQTVAKTTTAAAVASTGPSSRSPSTLLPKKPTAIKTEGKPAEVKKMTAKSVPA DLSRPKSTSTSSMKKTTTLSGTAPAAGWPSRVKATPMPSRPSTTPFIDKKPTSAKPS STTPRLSRLATNTSAPDLKNVRSKVGSTENIKHQPGGGRAKVEKKTEAAATTRKPESN AVTKTAGPIASAQKQPAGKVQIVSKKVSYSHIQSKCGSKDNIKHVPGGGNVQIQNKKV DISKVSSKCGSKANIKHKPGGGDVKIESQKLNFKEKAQAKVGSLDNVGHLPAGGAVKI ETYRLTFRANARARTDHGADIVSRPPHFPGGPNSGSRVLGPLSRAVH кДНК: 1 aggccccacc cgctggtggc ccggtccgcg tgtgcgccga ctctcgcact ctcctcgctc cgggcgccca gactctgaga gagagcgacg gccatcatag aacagcgaag gcagtcgatc
121 ggcctgcggt ccgcttcggc attcgcaggc cgcaggcggg aggctagagc ccccaggcgc
181 acctcgcccc aaccgcccgc ggctcgggca gctctgcaga gacgtcgtgg cggcagggcc
241 agcacccatt ggtccgccac agccctccgc cctccccctc gccacgctta ttggccggag
301 cggcggcgct cgccgggtag gcggtggcgg cgtccctccc ttgcgccggc cctcaagagg
361 cgacgaggaa gcggccgcct ccctgcgccc cgcccctccg gctagctcgc tggctcccgg
421 ctcctcccga cgtctcctac ctcctcacgg ctcttcccgg cgctctcctg gctcccttct
481 gccccagctc cgtctcggcg gcggcgggca gttgcagtgg tgcagaatgg ctgacctcag
541 tcttgcagat gcattaacag aaccatctcc agacattgag ggagagataa agcgggactt
601 cattgccaca ctagaggcag aggcctttga tgatgttgtg ggagaaactg ttggaaaaac
661 agactatatt cctctcctgg atgttgatga gaaaaccggg aactcagagt caaagaagaa
721 accgtgctca gaaactagcc agattgaaga tactccatct tctaaaccaa cactcctagc
781 caatggtggt catggagtag aagggagcga tactacaggg tctccaactg aattccttga
841 agagaaaatg gcctaccagg aatacccaaa tagccagaac tggccagaag ataccaactt
901 ttgtttccaa cctgagcaag tggtcgatcc tatccagact gatcccttta agatgtacca
961 tgatgatgac ctggcagatt tggtctttcc ctccagtgcg acagctgata cttcaatatt
1021 tgcaggacaa aatgatccct tgaaagacag ttacggtatg tctccctgca acacagctgt
1081 tgtacctcag gggtggtctg tggaagcctt aaactctcca cactcagagt cctttgtttc
1141 cccagaggct gttgcagaac ctcctcagcc aacggcagtt cccttagagc tagccaagga
1201 gatagaaatg gcatcagaag agaggccacc agcacaagca ttggaaataa tgatgggact
1261 gaagactact gacatggcac catctaaaga aacagagatg gccctcgcca aggacatggc
1321 actagctaca aaaaccgagg tggcattggc taaagatatg gaatcaccca ccaaattaga
1381 tgtgacactg gccaaggaca tgcagccatc catggaatca gatatggccc tagtcaagga
1441 catggaacta cccacagaaa aagaagtggc cctggttaag gatgtcagat ggcccacaga
1501 aacagatgta tcttcagcca agaatgtggt actgcccaca gaaacagagg tagccccagc
1561 caaggatgtg acactgttga aagaaacaga gagggcatct cctataaaaa tggacttagc
1621 cccttccaag gacatgggac cacccaaaga aaacaagaaa gaaacagaga gggcatctcc
1681 tataaaaatg gacttggctc cttccaagga catgggacca cccaaagaaa acaagatagt
1741 cccagccaag gatttggtat tactctcaga aatagaggtg gcacaggcta atgacattat
1801 atcatccaca gaaatatcct ctgctgagaa ggtggctttg tcctcagaaa cagaggtagc
1861 cctggccagg gacatgacac tgcccccgga aaccaacgtg atcttgacca aggataaagc
1921 actaccttta gaagcagagg tggccccagt caaggacatg gctcaactcc cagaaacaga
1981 aatagccccg gccaaggatg tggctccgtc cacagtaaaa gaagtgggct tgttgaagga
2041 catgtctcca ctatcagaaa cagaaatggc tctgggcaag gatgtgactc cacctccaga
2101 aacagaagta gttctcatca agaacgtatg tctgcctcca gaaatggagg tggccctgac
2161 tgaggatcag gtcccagccc tcaaaacaga agcacccctg gctaaggatg gggttctgac
2221 cctggccaac aatgtgactc cagccaaaga tgttccacca ctctcagaaa cagaggcaac
2281 accagttcca attaaagaca tggaaattgc acaaacacaa aaaggaataa gtgaggattc
2341 ccatttagaa tctctgcagg atgtggggca gtcagctgca cctactttca tgatttcacc
2401 agaaaccgtc acaggaacgg ggaaaaagtg cagcttgccg gccgaggagg attctgtgtt
2461 agaaaaacta ggggaaagga aaccatgcaa cagtcaacct tctgagcttt cttcagagac
2521 ctcaggaata gccaggccag aagaaggaag gcctgtggtg agtgggacag gaaatgacat
2581 caccacccca ccgaacaagg agctcccacc aagcccagag aagaaaacaa agcctttggc
2641 caccactcaa cctgcaaaga cttcaacatc gaaagccaaa acacagccca cttctctccc
2701 taagcagcca gctcccacca ccattggtgg gttgaataaa aaacccatga gccttgcttc
2761 aggcttagtg ccagctgccc cacccaaacg ccctgccgtc gcctctgcca ggccttccat
2821 cttaccttca aaagacgtga agccaaagcc cattgcagat gcaaaggctc ctgagaagcg
2881 ggcctcacca tccaagccag cttctgcccc agcctccaga tctgggtcca agagcactca
2941 gactgttgca aaaaccacaa cagctgctgc tgttgcctca actggcccaa gcagtaggag
3001 cccctccacg ctcctgccca agaagcccac tgccattaag actgagggaa aacctgcaga
3061 agtcaagaag atgactgcaa agtctgtacc agctgacttg agtcgcccaa agagcacctc
3121 caccagttcc atgaagaaaa ccaccactct cagtgggaca gcccccgctg caggggtggt
3181 tcccagccga gtcaaggcca cacccatgcc ctcccggccc tccacaactc ctttcataga
- 163 038600
3241 caagaagccc acctcggcca aacccagctc caccaccccc cggctcagcc gcctggccac
3301 caatacttct gctcctgatc tgaagaatgt ccgctccaag gttggctcca cggaaaacat
3361 caagcatcag cctggaggag gccgggccaa agtagagaaa aaaacagagg cagctgctac
3421 aacccgaaag cctgaatcta atgcagtcac taaaacagcc ggcccaattg caagtgcaca
3481 gaaacaacct gcggggaaag tccagatagt ctccaaaaaa gtgagctaca gccatattca
3541 gtccaagtgt ggttccaagg acaatattaa gcatgtccct ggaggtggta atgttcagat
3601 tcagaacaag aaagtggaca tctctaaggt ctcctccaag tgtgggtcta aggctaacat
3661 caagcacaag cctggtggag gagatgtcaa gattgaaagt cagaagttga acttcaagga
3721 gaaggcccag gccaaggtgg gatccctcga taatgtgggc cacctacctg caggaggtgc
3781 tgtgaagatt gagacctaca ggctgacgtt ccgggcaaat gccagggccc gcaccgacca
3841 cggggccgac attgtctccc gccccccaca cttccctggc ggccccaact cgggctcccg
3901 ggtccttggc cccctttccc gggctgtcca ctagaccagt gagcgcttgg gcgccgtgct
3961 gggcagcccg ctaggctcgc cttccctcct gctttgcgtg cccggggcag cagcagccct
4021 gccccacacc tcctctcact ccccagcctg ggcccatctc cctgctttgg tcttgcccca
4081 tcactgcgcc actgctccgt ggaggaggtt gggagggggt tggggtggtt gaggctaagt
4141 tgggatctag gagaggagaa ccagattcta tcctcatctt tttttggttc tttggtccaa
4201 acccaaaaga aactgacatg ccctcccttc tccctggatc tacctggagg gaagagtgga
4261 ggtggattcc gagtggtgac aggacgctga ccgtggagct taagccactg cctctccctc
4321 tggtcccaca aatgggcgcc cccccctccc catgcaggtg gtgtcgggcc cttcttgctg
4381 ccctgcccca agttgggggt cagtgctgcc tgtccccatg cttaacatac ccgcctagct
4441 gctgtcacat ttttcttgtt ttgtcctttt atttttttct aataacctaa aaactggcaa
4501 aatagttctg caggttgaag ccatgtctac atgaaagtcc tcagtaagtg ttagagggaa
4561 cagggcggag atatccttat gccacccccg ctggaggatg tgggcagctt agggccctgg
4621 aggcggtgcg gcagggaaga ggggtgcaga ggctgtggct ggtgagccgg tcaggcacac
4681 aaggggccct tggagcgtgg actggttggt tttgccattt tgttgtgtgt atgctgcttt
4741 tcttttctaa ccaagaggct ggttttggca tctctgtccc attccctggg atctggtggt
4801 cagccctagg ataaaaagcc agggctggag aacaagaaag ggccaggaga tggaattcct
4861 tcaggccggc acccacaccc taggacatgt aagccctcat gtccaaggga gcctcatgca
4921 gatagtagga aatcaggtct ggaaatttaa aaataaaagg catgagacta aggctatctg
4981 cttcccttat gccctgactg gagaggggag ggaggagagg caaggcccac agagggcatc
5041 ccagctaggc cttgggatgg ctgcagtgag gagaaatccc gggaactgta ttgacacaaa
5101 gattcttatt gcacttgtat tttttgtatt aaagtttgca tggtttctaa taaaggattc
5161 aaacataagt ttgtagtgaa atggcctggg agattccaag ggcttctctg gagggggatt
5221 ggctgcagtg tagatttgcc tctgaggagg ctgccccaga cttggcctcc tcatgccccc
5281 tcctgacctc tgcccttctc tggtcctggc atccctggag aaggtagggg tcttgaccta
5341 agtttagatt tgatctccat gtgcagggag gctgtcctgg gcctgacagg tcctccccct
5401 ttctgaggta gcagtgcctt gtggaggttt gacaccatgt ccctagctcc ccaagcacac
5461 accaggaaac tgcaggggct cacggaggaa gtgctgcctg ggccaggggg accagctttc
5521 ctccgtagag accatgtgca gaacacttct gctgtgccaa gaacatgagg gagccagtgt
5581 tttgtcagca ggaagaaagg gcctgctggg atgaaagtgg gaaggaaaca gggttgcgta
5641 gtcaggagac acctcagggg caacagcaca ggcccagagt acctgctgcc tccactgcgt
5701 ctgtcctggg gtcatgagga tgctgaggtt gacgacaggt tccaggtcct ttcactcctt
5761 tggccaaagg ttgggggtag gtggcccaag tggcgtgctc tctaggtaga caacaggagt
5821 ggtcagagtt ccctcaaagg atcctccact ccagagcacc tgagaaggcc gggaccagag
5881 gccctgtgtg atgtgtactc cgcagctgtt tggggtggga catttctgta cttctcgatt
5941 tgcttatggc tcagccatta cctgtgtcag tccatgattc tgttgtaaca gttttaagag
6001 taaataaata aagctgcctg atgtcccatc acgcagaaaa aaaaaa //
ЛОКУС NM_002375 (изоформа 1)
AK/TpaHCH44H4=MADLSLADALTEPSPDIEGEIKRDFIATLEAEAFDDWGETVGK TDYIPLLDVDEKTGNSESKKKPCSETSQIEDTPSSKPTLLANGGHGVEGSDTTGSPTE FLEEKMAYQEYPNSQNWPEDTNFCFQPEQWDPIQTDPFKMYHDDDLADLVFPSSATA DTSIFAGQNDPLKDSYGMSPCNTAWPQGWSVEALNSPHSESFVSPEAVAEPPQPTAV PLELAKEIEMAS EERP PAQALEIMMGLKTTDMAP S KETEMALAKDMALATKTEVALAK DMESPTKLDVTLAKDMQPSMESDMALVKDMELPTEKEVALVKDVRWPTETDVSSAKNV VLPTETEVAPAKDVTLLKETERASPIKMDLAPSKDMGPPKENKKETERASPIKMDLAP SKDMGPPKENKIVPAKDLVLLSEIEVAQANDIISSTEISSAEKVALSSETEVALARDM TLPPETNVILTKDKALPLEAEVAPVKDMAQLPETEIAPAKDVAPSTVKEVGLLKDMSP LS ETEMALGKDVT P P P ET EWLIKNVCL P P EMEVALT EDQVPALKTEAP LAKDGVLT L ANNVTPAKDVPPLSETEATPVPIKDMEIAQTQKGISEDSHLESLQDVGQSAAPTFMIS
- 164 038600
PETVTGTGKKCSLPAEEDSVLEKLGERKPCNSQPSELSSETSGIARPEEGRPWSGTG NDITTPPNKELPPSPEKKTKPLATTQPAKTSTSKAKTQPTSLPKQPAPTTIGGLNKKP MSLASGLVPAAPPKRPAVASARPSILPSKDVKPKPIADAKAPEKRASPSKPASAPASR SGSKSTQTVAKTTTAAAVASTGPSSRSPSTLLPKKPTAIKTEGKPAEVKKMTAKSVPA DLSRPKSTSTSSMKKTTTLSGTAPAAGWPSRVKATPMPSRPSTTPFIDKKPTSAKPS STTPRLSRLATNTSAPDLKNVRSKVGSTENIKHQPGGGRAKVEKKTEAAATTRKPESN AVTKTAGPIASAQKQPAGKVQIVSKKVSYSHIQSKCGSKDNIKHVPGGGNVQIQNKKV DISKVSSKCGSKANIKHKPGGGDVKIESQKLNFKEKAQAKVGSLDNVGHLPAGGAVKT EGGGSEAPLCPGPPAGEEPAISEAAPEAGAPTSASGLNGHPTLSGGGDQREAQTLDSQ IQETSI кДНК: 1 aggccccacc cgctggtggc ccggtccgcg tgtgcgccga ctctcgcact ctcctcgctc cgggcgccca gactctgaga gagagcgacg gccatcatag aacagcgaag gcagtcgatc
121 ggcctgcggt ccgcttcggc attcgcaggc cgcaggcggg aggctagagc ccccaggcgc
181 acctcgcccc aaccgcccgc ggctcgggca gctctgcaga gacgtcgtgg cggcagggcc
241 agcacccatt ggtccgccac agccctccgc cctccccctc gccacgctta ttggccggag
301 cggcggcgct cgccgggtag gcggtggcgg cgtccctccc ttgcgccggc cctcaagagg
361 cgacgaggaa gcggccgcct ccctgcgccc cgcccctccg gctagctcgc tggctcccgg
421 ctcctcccga cgtctcctac ctcctcacgg ctcttcccgg cgctctcctg gctcccttct
481 gccccagctc cgtctcggcg gcggcgggca gttgcagtgg tgcagaatgg ctgacctcag
541 tcttgcagat gcattaacag aaccatctcc agacattgag ggagagataa agcgggactt
601 cattgccaca ctagaggcag aggcctttga tgatgttgtg ggagaaactg ttggaaaaac
661 agactatatt cctctcctgg atgttgatga gaaaaccggg aactcagagt caaagaagaa
721 accgtgctca gaaactagcc agattgaaga tactccatct tctaaaccaa cactcctagc
781 caatggtggt catggagtag aagggagcga tactacaggg tctccaactg aattccttga
841 agagaaaatg gcctaccagg aatacccaaa tagccagaac tggccagaag ataccaactt
901 ttgtttccaa cctgagcaag tggtcgatcc tatccagact gatcccttta agatgtacca
961 tgatgatgac ctggcagatt tggtctttcc ctccagtgcg acagctgata cttcaatatt
1021 tgcaggacaa aatgatccct tgaaagacag ttacggtatg tctccctgca acacagctgt
1081 tgtacctcag gggtggtctg tggaagcctt aaactctcca cactcagagt cctttgtttc
1141 cccagaggct gttgcagaac ctcctcagcc aacggcagtt cccttagagc tagccaagga
1201 gatagaaatg gcatcagaag agaggccacc agcacaagca ttggaaataa tgatgggact
1261 gaagactact gacatggcac catctaaaga aacagagatg gccctcgcca aggacatggc
1321 actagctaca aaaaccgagg tggcattggc taaagatatg gaatcaccca ccaaattaga
1381 tgtgacactg gccaaggaca tgcagccatc catggaatca gatatggccc tagtcaagga
1441 catggaacta cccacagaaa aagaagtggc cctggttaag gatgtcagat ggcccacaga
1501 aacagatgta tcttcagcca agaatgtggt actgcccaca gaaacagagg tagccccagc
1561 caaggatgtg acactgttga aagaaacaga gagggcatct cctataaaaa tggacttagc
1621 cccttccaag gacatgggac cacccaaaga aaacaagaaa gaaacagaga gggcatctcc
1681 tataaaaatg gacttggctc cttccaagga catgggacca cccaaagaaa acaagatagt
1741 cccagccaag gatttggtat tactctcaga aatagaggtg gcacaggcta atgacattat
1801 atcatccaca gaaatatcct ctgctgagaa ggtggctttg tcctcagaaa cagaggtagc
1861 cctggccagg gacatgacac tgcccccgga aaccaacgtg atcttgacca aggataaagc
1921 actaccttta gaagcagagg tggccccagt caaggacatg gctcaactcc cagaaacaga
1981 aatagccccg gccaaggatg tggctccgtc cacagtaaaa gaagtgggct tgttgaagga
2041 catgtctcca ctatcagaaa cagaaatggc tctgggcaag gatgtgactc cacctccaga
2101 aacagaagta gttctcatca agaacgtatg tctgcctcca gaaatggagg tggccctgac
2161 tgaggatcag gtcccagccc tcaaaacaga agcacccctg gctaaggatg gggttctgac
2221 cctggccaac aatgtgactc cagccaaaga tgttccacca ctctcagaaa cagaggcaac
2281 accagttcca attaaagaca tggaaattgc acaaacacaa aaaggaataa gtgaggattc
2341 ccatttagaa tctctgcagg atgtggggca gtcagctgca cctactttca tgatttcacc
2401 agaaaccgtc acaggaacgg ggaaaaagtg cagcttgccg gccgaggagg attctgtgtt
2461 agaaaaacta ggggaaagga aaccatgcaa cagtcaacct tctgagcttt cttcagagac
2521 ctcaggaata gccaggccag aagaaggaag gcctgtggtg agtgggacag gaaatgacat
2581 caccacccca ccgaacaagg agctcccacc aagcccagag aagaaaacaa agcctttggc
2641 caccactcaa cctgcaaaga cttcaacatc gaaagccaaa acacagccca cttctctccc
2701 taagcagcca gctcccacca ccattggtgg gttgaataaa aaacccatga gccttgcttc
2761 aggcttagtg ccagctgccc cacccaaacg ccctgccgtc gcctctgcca ggccttccat
2821 cttaccttca aaagacgtga agccaaagcc cattgcagat gcaaaggctc ctgagaagcg
2881 ggcctcacca tccaagccag cttctgcccc agcctccaga tctgggtcca agagcactca
2941 gactgttgca aaaaccacaa cagctgctgc tgttgcctca actggcccaa gcagtaggag
- 165 038600
3001 cccctccacg ctcctgccca agaagcccac tgccattaag actgagggaa aacctgcaga
3061 agtcaagaag atgactgcaa agtctgtacc agctgacttg agtcgcccaa agagcacctc
3121 caccagttcc atgaagaaaa ccaccactct cagtgggaca gcccccgctg caggggtggt
3181 tcccagccga gtcaaggcca cacccatgcc ctcccggccc tccacaactc ctttcataga
3241 caagaagccc acctcggcca aacccagctc caccaccccc cggctcagcc gcctggccac
3301 caatacttct gctcctgatc tgaagaatgt ccgctccaag gttggctcca cggaaaacat
3361 caagcatcag cctggaggag gccgggccaa agtagagaaa aaaacagagg cagctgctac
3421 aacccgaaag cctgaatcta atgcagtcac taaaacagcc ggcccaattg caagtgcaca
3481 gaaacaacct gcggggaaag tccagatagt ctccaaaaaa gtgagctaca gccatattca
3541 gtccaagtgt ggttccaagg acaatattaa gcatgtccct ggaggtggta atgttcagat
3601 tcagaacaag aaagtggaca tctctaaggt ctcctccaag tgtgggtcta aggctaacat
3661 caagcacaag cctggtggag gagatgtcaa gattgaaagt cagaagttga acttcaagga
3721 gaaggcccag gccaaggtgg gatccctcga taatgtgggc cacctacctg caggaggtgc
3781 tgtgaagact gagggcggtg gcagcgaggc tcctctgtgt ccgggtcccc ctgctgggga
3841 ggagccggcc atctctgagg cagcgcctga agctggcgcc cccacttcag ccagtggcct
3901 caatggccac cccaccctgt cagggggtgg tgaccaaagg gaggcccaga ccttggacag
3961 ccagatccag gagacaagca tctaatgatg acattctggt ctcgtcttcc gtctcccccg
4021 tgttcccctc ttgtctcccc tgttcccctc tcccttccct cctcccatgt cactgcagat
4081 tgagacctac aggctgacgt tccgggcaaa tgccagggcc cgcaccgacc acggggccga
4141 cattgtctcc cgccccccac acttccctgg cggccccaac tcgggctccc gggtccttgg
4201 ccccctttcc cgggctgtcc actagaccag tgagcgcttg ggcgccgtgc tgggcagccc
4261 gctaggctcg ccttccctcc tgctttgcgt gcccggggca gcagcagccc tgccccacac
4321 ctcctctcac tccccagcct gggcccatct ccctgctttg gtcttgcccc atcactgcgc
4381 cactgctccg tggaggaggt tgggaggggg ttggggtggt tgaggctaag ttgggatcta
4441 ggagaggaga accagattct atcctcatct ttttttggtt ctttggtcca aacccaaaag
4501 aaactgacat gccctccctt ctccctggat ctacctggag ggaagagtgg aggtggattc
4561 cgagtggtga caggacgctg accgtggagc ttaagccact gcctctccct ctggtcccac
4621 aaatgggcgc ccccccctcc ccatgcaggt ggtgtcgggc ccttcttgct gccctgcccc
4681 aagttggggg tcagtgctgc ctgtccccat gcttaacata cccgcctagc tgctgtcaca
4741 tttttcttgt tttgtccttt tatttttttc taataaccta aaaactggca aaatagttct
4801 gcaggttgaa gccatgtcta catgaaagtc ctcagtaagt gttagaggga acagggcgga
4861 gatatcctta tgccaccccc gctggaggat gtgggcagct tagggccctg gaggcggtgc
4921 ggcagggaag aggggtgcag aggctgtggc tggtgagccg gtcaggcaca caaggggccc
4981 ttggagcgtg gactggttgg ttttgccatt ttgttgtgtg tatgctgctt ttcttttcta
5041 accaagaggc tggttttggc atctctgtcc cattccctgg gatctggtgg tcagccctag
5101 gataaaaagc cagggctgga gaacaagaaa gggccaggag atggaattcc ttcaggccgg
5161 cacccacacc ctaggacatg taagccctca tgtccaaggg agcctcatgc agatagtagg
5221 aaatcaggtc tggaaattta aaaataaaag gcatgagact aaggctatct gcttccctta
5281 tgccctgact ggagagggga gggaggagag gcaaggccca cagagggcat cccagctagg
5341 ccttgggatg gctgcagtga ggagaaatcc cgggaactgt attgacacaa agattcttat
5401 tgcacttgta ttttttgtat taaagtttgc atggtttcta ataaaggatt caaacataag
5461 tttgtagtga aatggcctgg gagattccaa gggcttctct ggagggggat tggctgcagt
5521 gtagatttgc ctctgaggag gctgccccag acttggcctc ctcatgcccc ctcctgacct
5581 ctgcccttct ctggtcctgg catccctgga gaaggtaggg gtcttgacct aagtttagat
5641 ttgatctcca tgtgcaggga ggctgtcctg ggcctgacag gtcctccccc tttctgaggt
5701 agcagtgcct tgtggaggtt tgacaccatg tccctagctc cccaagcaca caccaggaaa
5761 ctgcaggggc tcacggagga agtgctgcct gggccagggg gaccagcttt cctccgtaga
5821 gaccatgtgc agaacacttc tgctgtgcca agaacatgag ggagccagtg ttttgtcagc
5881 aggaagaaag ggcctgctgg gatgaaagtg ggaaggaaac agggttgcgt agtcaggaga
5941 cacctcaggg gcaacagcac aggcccagag tacctgctgc ctccactgcg tctgtcctgg
6001 ggtcatgagg atgctgaggt tgacgacagg ttccaggtcc tttcactcct ttggccaaag
6061 gttgggggta ggtggcccaa gtggcgtgct ctctaggtag acaacaggag tggtcagagt
6121 tccctcaaag gatcctccac tccagagcac ctgagaaggc cgggaccaga ggccctgtgt
6181 gatgtgtact ccgcagctgt ttggggtggg acatttctgt acttctcgat ttgcttatgg
6241 ctcagccatt acctgtgtca gtccatgatt ctgttgtaac agttttaaga gtaaataaat
6301 aaagctgcct gatgtcccat cacgcagaaa aaaaaaa //
ЛОКУС NM_030885 (изоформа 3)
AK/TpaHCH44H4=MADLSLADALTEPSPDIEGEIKRDFIATLEAEAFDDWGETVGK TDYIPLLDVDEKTGNSESKKKPCSETSQIEDTPSSKPTLLANGGHGVEGSDTTEA
- 166 038600 кДНК: 1 aggccccacc cgctggtggc ccggtccgcg tgtgcgccga ctctcgcact ctcctcgctc cgggcgccca gactctgaga gagagcgacg gccatcatag aacagcgaag gcagtcgatc
121 ggcctgcggt ccgcttcggc attcgcaggc cgcaggcggg aggctagagc ccccaggcgc
181 acctcgcccc aaccgcccgc ggctcgggca gctctgcaga gacgtcgtgg cggcagggcc
241 agcacccatt ggtccgccac agccctccgc cctccccctc gccacgctta ttggccggag
301 cggcggcgct cgccgggtag gcggtggcgg cgtccctccc ttgcgccggc cctcaagagg
361 cgacgaggaa gcggccgcct ccctgcgccc cgcccctccg gctagctcgc tggctcccgg
421 ctcctcccga cgtctcctac ctcctcacgg ctcttcccgg cgctctcctg gctcccttct
481 gccccagctc cgtctcggcg gcggcgggca gttgcagtgg tgcagaatgg ctgacctcag
541 tcttgcagat gcattaacag aaccatctcc agacattgag ggagagataa agcgggactt
601 cattgccaca ctagaggcag aggcctttga tgatgttgtg ggagaaactg ttggaaaaac
661 agactatatt cctctcctgg atgttgatga gaaaaccggg aactcagagt caaagaagaa
721 accgtgctca gaaactagcc agattgaaga tactccatct tctaaaccaa cactcctagc
781 caatggtggt catggagtag aagggagcga tactacagaa gcctagcgtg tctctcaaca
841 ctggggctgc tgcaacacca gaccagtgat ctttcctaag catcgttata cttctaaaac
901 cttcagcatt ttgcagagct ttgcttttca ttcctggaca tgatgtagaa gaaactgagg
961 gtagttcttc ggggcctatt tctgctgatg cctgagcaaa caacctgctt cctcttgtgc
1021 tctgcagggt ttgatggagc ctcatttccc tttgtgaaca caaagtgcaa aatgaattct
1081 ttttaatttt agtaattttt acaaaggtta tctaatgtct tttatttctt gttttcttta
1141 tgattttatc atttgattca ttctcacatt tttttccttt aaatattttt agttgacctt
1201 tttcctttgg ttttcaaatg ttcaacatga atcagaatag tgtaacacca aatgagaaca
1261 tgtgttttca taaaggggtt gaggccacca gtactgcagc gaatttcctt ttcttctccc
1321 tcctccttcc ttctctgagc ttgcttttag ggaaggttaa tcttacaggc tacctatgtt
1381 tctctccacc ttactaaaat ctaaataatg atagatattt taagttttta aattgagtag
1441 ttctgagtaa tcctagaata tttttccaaa ttaaataatc ctttattatt tgcaagttgg
1501 gccaaatttt tttttttttg gagacggact cttaacaatc taagattgtt tcaacaggac
1561 tttcttattc ccattcctaa ttttttcaaa ctaattgctt aaatctagaa ccagttgaga
1621 ttagtactgt acaatggtat gctttgattg tatttataga aatataacat aaaacatgga
1681 ccatgttttg aaatcttaga ggaattctgg tttaaaatct gaaatacttt aaagttttct
1741 atccttttac tgattatgca gcttcttata acccccaagg tacagattat ttcagcttaa
1801 aagaaataat tggcaccatg ttctgagaaa gattttgaga tatacattgt tttttgtttt
1861 tgagacaggg tctcactctt gcctaggctg gagtgcggtg gcgcgatctt ggcttactgc
1921 accctctgcc tcccaggttc aagtggttct cctgcctcag cctcccaagt agctgggatt
1981 ataggtgtgc gccaccacac cagctaattt ttgtattttt agtagagacg gggttttact
2041 ttgttggcca ggctggtctc gaactcctga tctcaagtga tccacccgcc ttggccaccc
2101 aaagtgctgg gattacaggt gtgagacact gtgcctggcc agatatacat tgttttagat
2161 cccctgatac agaactactt ttgagatggt aagattagaa tatcatgaaa gtttaaactg
2221 aatccttgca gcgacttccg gaatttagga agcattccct cttctacagg ggtctggtca
2281 caagggctgg attctctgac aaaaatttct tctatggatt ctggacagaa gacacttgag
2341 ggtgatatgt tttaaaggaa agaggttatg cttatcttct tagcagttga taaaatatta
2401 aaactctctt gccatagaga atacaccatc aaagaaaaca caaccctttc cctttggtgt
2461 acagttattt attaagttga ttttggggtt tctttcgcca gggatctttt caaaactggt
2521 agtagttatt tttaaaaatc atgtttgaca tctttctatt gctcgtaacc agtccctgta
2581 gctgtctaag ttatgggtgg agaagcctgg gtatgacttt ccgttgtgta cactcacact
2641 tcatgattga catttattta ttcttttatt tccatttggt tatgcttatt tttgtttgaa
2701 atttgttttt ttcaaatatg tttccttttt gaacttacag aattgttgaa attttctact
2761 aacagccagc taaaatttgg tatatgttag ctctatctgt ttcacttgga cgtttcattt
2821 tgaaagaaag aaattttatg tttcacatat agttttatac aaagtagcca gtcccataat
2881 gaaatgctgt attgccatag tggtcacacc caagtggtcc agtatctcaa tggtgaggca
2941 gccagactgg tcagggctgc tttgttgaaa tgtgatgatt ttcatatgcc ttctttctct
3001 ttctctctct cttttttttt ccttttttgg cccaatgttg aagatgtaga actttgtttt
3061 taaataatgt ttttataatt tcattcgtat acctaagttt gtattttttg tgactttgga
3121 cttcaacagt ttgtatattg ggacttctaa tgtgattact gtactaaata aattccacta
3181 ataaacatct tacattaaca ccttaaaaaa aaaaaaaaaa aaaa //
19. MAPK1: MAPK1 митоген-активируемая протеинкиназа 1 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_002745 (изоформа 1)
AK/TpaHcm44H4=MAAAAAAGAGPEMVRGQVFDVGPRYTNLSYIGEGAYGMVCSAYD
- 167 038600
NVNKVRVAIKKISPFEHQTYCQRTLREIKILLRFRHENIIGINDIIRAPTIEQMKDVY IVQDLMETDLYKLLKTQHLSNDHICYFLYQILRGLKYIHSANVLHRDLKPSNLLLNTT CDLKICDFGLARVADPDHDHTGFLTEYVATRWYRAPEIMLNSKGYTKSIDIWSVGCIL AEMLSNRPIFPGKHYLDQLNHILGILGSPSQEDLNCIINLKARNYLLSLPHKNKVPWN RLFPNADSKALDLLDKMLTFNPHKRIEVEQALAHPYLEQYYDPSDEPIAEAPFKFDME LDDLPKEKLKELIFEETARFQPGYRS кДНК: 1 gcccctccct ccgcccgccc gccggcccgc ccgtcagtct ggcaggcagg caggcaatcg gtccgagtgg ctgtcggctc ttcagctctc ccgctcggcg tcttccttcc tcctcccggt
121 cagcgtcggc ggctgcaccg gcggcggcgc agtccctgcg ggaggggcga caagagctga
181 gcggcggccg ccgagcgtcg agctcagcgc ggcggaggcg gcggcggccc ggcagccaac
241 atggcggcgg cggcggcggc gggcgcgggc ccggagatgg tccgcgggca ggtgttcgac
301 gtggggccgc gctacaccaa cctctcgtac atcggcgagg gcgcctacgg catggtgtgc
361 tctgcttatg ataatgtcaa caaagttcga gtagctatca agaaaatcag cccctttgag
421 caccagacct actgccagag aaccctgagg gagataaaaa tcttactgcg cttcagacat
481 gagaacatca ttggaatcaa tgacattatt cgagcaccaa ccatcgagca aatgaaagat
541 gtatatatag tacaggacct catggaaaca gatctttaca agctcttgaa gacacaacac
601 ctcagcaatg accatatctg ctattttctc taccagatcc tcagagggtt aaaatatatc
661 cattcagcta acgttctgca ccgtgacctc aagccttcca acctgctgct caacaccacc
721 tgtgatctca agatctgtga ctttggcctg gcccgtgttg cagatccaga ccatgatcac
781 acagggttcc tgacagaata tgtggccaca cgttggtaca gggctccaga aattatgttg
841 aattccaagg gctacaccaa gtccattgat atttggtctg taggctgcat tctggcagaa
901 atgctttcta acaggcccat ctttccaggg aagcattatc ttgaccagct gaaccacatt
961 ttgggtattc ttggatcccc atcacaagaa gacctgaatt gtataataaa tttaaaagct
1021 aggaactatt tgctttctct tccacacaaa aataaggtgc catggaacag gctgttccca
1081 aatgctgact ccaaagctct ggacttattg gacaaaatgt tgacattcaa cccacacaag
1141 aggattgaag tagaacaggc tctggcccac ccatatctgg agcagtatta cgacccgagt
1201 gacgagccca tcgccgaagc accattcaag ttcgacatgg aattggatga cttgcctaag
1261 gaaaagctca aagaactaat ttttgaagag actgctagat tccagccagg atacagatct
1321 taaatttgtc aggacaaggg ctcagaggac tggacgtgct cagacatcgg tgttcttctt
1381 cccagttctt gacccctggt cctgtctcca gcccgtcttg gcttatccac tttgactcct
1441 ttgagccgtt tggaggggcg gtttctggta gttgtggctt ttatgctttc aaagaatttc
1501 ttcagtccag agaattcctc ctggcagccc tgtgtgtgtc acccattggt gacctgcggc
1561 agtatgtact tcagtgcacc tactgcttac tgttgcttta gtcactaatt gctttctggt
1621 ttgaaagatg cagtggttcc tccctctcct gaatcctttt ctacatgatg ccctgctgac
1681 catgcagccg caccagagag agattcttcc ccaattggct ctagtcactg gcatctcact
1741 ttatgatagg gaaggctact acctagggca ctttaagtca gtgacagccc cttatttgca
1801 cttcaccttt tgaccataac tgtttcccca gagcaggagc ttgtggaaat accttggctg
1861 atgttgcagc ctgcagcaag tgcttccgtc tccggaatcc ttggggagca cttgtccacg
1921 tcttttctca tatcatggta gtcactaaca tatataaggt atgtgctatt ggcccagctt
1981 ttagaaaatg cagtcatttt tctaaataaa aaggaagtac tgcacccagc agtgtcactc
2041 tgtagttact gtggtcactt gtaccatata gaggtgtaac acttgtcaag aagcgttatg
2101 tgcagtactt aatgtttgta agacttacaa aaaaagattt aaagtggcag cttcactcga
2161 catttggtga gagaagtaca aaggttgcag tgctgagctg tgggcggttt ctggggatgt
2221 cccagggtgg aactccacat gctggtgcat atacgccctt gagctacttc aaatgtgggt
2281 gtttcagtaa ccacgttcca tgcctgagga tttagcagag aggaacactg cgtctttaaa
2341 tgagaaagta tacaattctt tttccttcta cagcatgtca gcatctcaag ttcatttttc
2401 aacctacagt ataacaattt gtaataaagc ctccaggagc tcatgacgtg aagcactgtt
2461 ctgtcctcaa gtactcaaat atttctgata ctgctgagtc agactgtcag aaaaagctag
2521 cactaactcg tgtttggagc tctatccata ttttactgat ctctttaagt atttgttcct
2581 gccactgtgt actgtggagt tgactcggtg ttctgtccca gtgcggtgcc tcctcttgac
2641 ttccccactg ctctctgtgg tgagaaattt gccttgttca ataattactg taccctcgca
2701 tgactgttac agctttctgt gcagagatga ctgtccaagt gccacatgcc tacgattgaa
2761 atgaaaactc tattgttacc tctgagttgt gttccacgga aaatgctatc cagcagatca
2821 tttaggaaaa ataattctat ttttagcttt tcatttctca gctgtccttt tttcttgttt
2881 gatttttgac agcaatggag aatgggttat ataaagactg cctgctaata tgaacagaaa
2941 tgcatttgta attcatgaaa ataaatgtac atcttctatc ttcacattca tgttaagatt
3001 cagtgttgct ttcctctgga tcagcgtgtc tgaatggaca gtcaggttca ggttgtgctg
3061 aacacagaaa tgctcacagg cctcactttg ccgcccaggc actggcccag cacttggatt
3121 tacataagat gagttagaaa ggtacttctg tagggtcctt tttacctctg ctcggcagag
3181 aatcgatgct gtcatgttcc tttattcaca atcttaggtc tcaaatattc tgtcaaaccc
- 168 038600
3241 taacaaagaa gccccgacat ctcaggttgg attccctggt tctctctaaa gagggcctgc
3301 ccttgtgccc cagaggtgct gctgggcaca gccaagagtt gggaagggcc gccccacagt
3361 acgcagtcct caccacccag cccagggtgc tcacgctcac cactcctgtg gctgaggaag
3421 gatagctggc tcatcctcgg aaaacagacc cacatctcta ttcttgccct gaaatacgcg
3481 cttttcactt gcgtgctcag agctgccgtc tgaaggtcca cacagcattg acgggacaca
3541 gaaatgtgac tgttaccgga taacactgat tagtcagttt tcatttataa aaaagcattg
3601 acagttttat tactcttgtt tctttttaaa tggaaagtta ctattataag gttaatttgg
3661 agtcctcttc taaatagaaa accatatcct tggctactaa catctggaga ctgtgagctc
3721 cttcccattc cccttcctgg tactgtggag tcagattggc atgaaaccac taacttcatt
3781 ctagaatcat tgtagccata agttgtgtgc tttttattaa tcatgccaaa cataatgtaa
3841 ctgggcagag aatggtccta accaaggtac ctatgaaaag cgctagctat catgtgtagt
3901 agatgcatca ttttggctct tcttacattt gtaaaaatgt acagattagg tcatcttaat
3961 tcatattagt gacacggaac agcacctcca ctatttgtat gttcaaataa gctttcagac
4021 taatagcttt tttggtgtct aaaatgtaag caaaaaattc ctgctgaaac attccagtcc
4081 tttcatttag tataaaagaa atactgaaca agccagtggg atggaattga aagaactaat
4141 catgaggact ctgtcctgac acaggtcctc aaagctagca gagatacgca gacattgtgg
4201 catctgggta gaagaatact gtattgtgtg tgcagtgcac agtgtgtggt gtgtgcacac
4261 tcattccttc tgctcttggg cacaggcagt gggtgtagag gtaaccagta gctttgagaa
4321 gctacatgta gctcaccagt ggttttctct aaggaatcac aaaagtaaac tacccaacca
4381 catgccacgt aatatttcag ccattcagag gaaactgttt tctctttatt tgcttatatg
4441 ttaatatggt ttttaaattg gtaactttta tatagtatgg taacagtatg ttaatacaca
4501 catacatacg cacacatgct ttgggtcctt ccataatact tttatatttg taaatcaatg
4561 ttttggagca atcccaagtt taagggaaat atttttgtaa atgtaatggt tttgaaaatc
4621 tgagcaatcc ttttgcttat acatttttaa agcatttgtg ctttaaaatt gttatgctgg
4681 tgtttgaaac atgatactcc tgtggtgcag atgagaagct ataacagtga atatgtggtt
4741 tctcttacgt catccacctt gacatgatgg gtcagaaaca aatggaaatc cagagcaagt
4801 cctccagggt tgcaccaggt ttacctaaag cttgttgcct tttcttgtgc tgtttatgcg
4861 tgtagagcac tcaagaaagt tctgaaactg ctttgtatct gctttgtact gttggtgcct
4921 tcttggtatt gtaccccaaa attctgcata gattatttag tataatggta agttaaaaaa
4981 tgttaaagga agattttatt aagaatctga atgtttattc attatattgt tacaatttaa
5041 cattaacatt tatttgtggt atttgtgatt tggttaatct gtataaaaat tgtaagtaga
5101 aaggtttata tttcatctta attcttttga tgttgtaaac gtacttttta aaagatggat
5161 tatttgaatg tttatggcac ctgacttgta aaaaaaaaaa actacaaaaa aatccttaga
5221 atcattaaat tgtgtccctg tattaccaaa ataacacagc accgtgcatg tatagtttaa
5281 ttgcagtttc atctgtgaaa acgtgaaatt gtctagtcct tcgttatgtt ccccagatgt
5341 cttccagatt tgctctgcat gtggtaactt gtgttagggc tgtgagctgt tcctcgagtt
5401 gaatggggat gtcagtgctc ctagggttct ccaggtggtt cttcagacct tcacctgtgg
5461 gggggggggt aggcggtgcc cacgcccatc tcctcatcct cctgaacttc tgcaacccca
5521 ctgctgggca gacatcctgg gcaacccctt ttttcagagc aagaagtcat aaagatagga
5581 tttcttggac atttggttct tatcaatatt gggcattatg taatgactta tttacaaaac
5641 aaagatactg gaaaatgttt tggatgtggt gttatggaaa gagcacaggc cttggaccca
5701 tccagctggg ttcagaacta ccccctgctt ataactgcgg ctggctgtgg gccagtcatt
5761 ctgcgtctct gctttcttcc tctgcttcag actgtcagct gtaaagtgga agcaatatta
5821 cttgccttgt atatggtaaa gattataaaa atacatttca actgttcagc atagtacttc
5881 aaagcaagta ctcagtaaat agcaagtctt tttaaa //
ЛОКУС NM_138957 (изоформа 2)
AK/TpaHcn44H4=MAAAAAAGAGPEMVRGQVFDVGPRYTNLSYIGEGAYGMVCSAYD NVNKVRVAIKKISPFEHQTYCQRTLREIKILLRFRHENIIGINDIIRAPTIEQMKDVY IVQDLMETDLYKLLKTQHLSNDHICYFLYQILRGLKYIHSANVLHRDLKPSNLLLNTT CDLKICDFGLARVADPDHDHTGFLTEYVATRWYRAPEIMLNSKGYTKSIDIWSVGCIL AEMLSNRPIFPGKHYLDQLNHILGILGSPSQEDLNCIINLKARNYLLSLPHKNKVPWN RLFPNADSKALDLLDKMLTFNPHKRIEVEQALAHPYLEQYYDPSDEPIAEAPFKFDME LDDLPKEKLKELIFEETARFQPGYRS кДНК: 1 gcccctccct ccgcccgccc gccggcccgc ccgtcagtct ggcaggcagg caggcaatcg gtccgagtgg ctgtcggctc ttcagctctc ccgctcggcg tcttccttcc tcctcccggt
121 cagcgtcggc ggctgcaccg gcggcggcgc agtccctgcg ggaggggcga caagagctga
181 gcggcggccg ccgagcgtcg agctcagcgc ggcggaggcg gcggcggccc ggcagccaac
241 atggcggcgg cggcggcggc gggcgcgggc ccggagatgg tccgcgggca ggtgttcgac
- 169 038600
301 gtggggccgc gctacaccaa cctctcgtac atcggcgagg gcgcctacgg catggtgtgc
361 tctgcttatg ataatgtcaa caaagttcga gtagctatca agaaaatcag cccctttgag
421 caccagacct actgccagag aaccctgagg gagataaaaa tcttactgcg cttcagacat
481 gagaacatca ttggaatcaa tgacattatt cgagcaccaa ccatcgagca aatgaaagat
541 gtatatatag tacaggacct catggaaaca gatctttaca agctcttgaa gacacaacac
601 ctcagcaatg accatatctg ctattttctc taccagatcc tcagagggtt aaaatatatc
661 cattcagcta acgttctgca ccgtgacctc aagccttcca acctgctgct caacaccacc
721 tgtgatctca agatctgtga ctttggcctg gcccgtgttg cagatccaga ccatgatcac
781 acagggttcc tgacagaata tgtggccaca cgttggtaca gggctccaga aattatgttg
841 aattccaagg gctacaccaa gtccattgat atttggtctg taggctgcat tctggcagaa
901 atgctttcta acaggcccat ctttccaggg aagcattatc ttgaccagct gaaccacatt
961 ttgggtattc ttggatcccc atcacaagaa gacctgaatt gtataataaa tttaaaagct
1021 aggaactatt tgctttctct tccacacaaa aataaggtgc catggaacag gctgttccca
1081 aatgctgact ccaaagctct ggacttattg gacaaaatgt tgacattcaa cccacacaag
1141 aggattgaag tagaacaggc tctggcccac ccatatctgg agcagtatta cgacccgagt
1201 gacgagccca tcgccgaagc accattcaag ttcgacatgg aattggatga cttgcctaag
1261 gaaaagctca aagaactaat ttttgaagag actgctagat tccagccagg atacagatct
1321 taaatttgtc aggtacctgg agtttaatac agtgagctct agcaagggag gcgctgcctt
1381 ttgtttctag aatattatgt tcctcaaggt ccattatttt gtattctttt ccaagctcct
1441 tattggaagg tattttttta aatttagaat taaaaattat ttagaaagtt acatataaa //
20. MARCKS: MARCKS миристоилированный богатый аланином субстрат протеинкиназы С [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_002356
AK/TpaHcm44H4=MGAQFSKTAAKGEAAAERPGEAAVASSPSKANGQENGHVKVNGD ASPAAAESGAKEELQANGSAPAADKEEPAAAGSGAASPSAAEKGEPAAAAAPEAGASP VEKEAPAEGEAAEPGSPTAAEGEAASAASSTSSPKAEDGATPSPSNETPKKKKKRFSF KKSFKLSGFSFKKNKKEAGEGGEAEAPAAEGGKDEAAGGAAAAAAEAGAASGEQAAAP GEEAAAGEEGAAGGDPQEAKPQEAAVAPEKPPASDETKAAEEPSKVEEKKAEEAGASA AACEAPSAAGPGAPPEQEAAPAEEPAAAAASSACAAPSQEAQPECSPEAPPAEAAE кДНК: 1 cttgggcgtt ggaccccgca tcttattagc aaccagggag atttctccat tttcctcttg tctacagtgc ggctacaaat ctgggatttt tttattactt cttttttttt cgaactacac
121 ttgggctcct ttttttgtgc tcgacttttc cacccttttt ccctccctcc tgtgctgctg
181 ctttttgatc tcttcgacta aaattttttt atccggagtg tatttaatcg gttctgttct
241 gtcctctcca ccacccccac ccccctccct ccggtgtgtg tgccgctgcc gctgttgccg
301 ccgccgctgc tgctgctcgc cccgtcgtta caccaacccg aggctctttg tttcccctct
361 tggatctgtt gagtttcttt gttgaagaag ccagcatggg tgcccagttc tccaagaccg
421 cagcgaaggg agaagccgcc gcggagaggc ctggggaggc ggctgtggcc tcgtcgcctt
481 ccaaagcgaa cggacaggag aatggccacg tgaaggtaaa cggcgacgct tcgcccgcgg
541 ccgccgagtc gggcgccaag gaggagctgc aggccaacgg cagcgccccg gccgccgaca
601 aggaggagcc cgcggccgcc gggagcgggg cggcgtcgcc ctccgcggcc gagaaaggtg
661 agccggccgc cgccgctgcc cccgaggccg gggccagccc ggtagagaag gaggcccccg
721 cggaaggcga ggctgccgag cccggctcgc ccacggccgc ggagggagag gccgcgtcgg
781 ccgcctcctc gacttcttcg cccaaggccg aggacggggc cacgccctcg cccagcaacg
841 agaccccgaa aaaaaaaaag aagcgctttt ccttcaagaa gtctttcaag ctgagcggct
901 tctccttcaa gaagaacaag aaggaggctg gagaaggcgg tgaggctgag gcgcccgctg
961 ccgaaggcgg caaggacgag gccgccgggg gcgcagctgc ggccgccgcc gaggcgggcg
1021 cggcctccgg ggagcaggca gcggcgccgg gcgaggaggc ggcagcgggc gaggaggggg
1081 cggcgggtgg cgacccgcag gaggccaagc cccaggaggc cgctgtcgcg ccagagaagc
1141 cgcccgccag cgacgagacc aaggccgccg aggagcccag caaggtggag gagaaaaagg
1201 ccgaggaggc cggggccagc gccgccgcct gcgaggcccc ctccgccgcc gggcccggcg
1261 cgcccccgga gcaggaggca gcccccgcgg aggagcccgc ggccgccgca gcctcgtcag
1321 cctgcgcagc cccctcacag gaggcccagc ccgagtgcag tccagaagcc cccccagcgg
1381 aggcggcaga gtaaaagagc aagcttttgt gagataatcg aagaactttt ctcccccgtt
1441 tgtttgttgg agtggtgcca ggtactggtt ttggagaact tgtctacaac cagggattga
1501 ttttaaagat gtcttttttt attttacttt tttttaagca ccaaattttg ttgttttttt
1561 tttttctccc ctccccacag atcccatctc aaatcattct gttaaccacc attccaacag
1621 gtcgaggaga gcttaaacac cttcttcctc tgccttgttt ctcttttatt ttttattttt
1681 tcgcatcagt attaatgttt ttgcatactt tgcatcttta ttcaaaagtg taaactttct
- 170 038600
1741 ttgtcaatct atggacatgc ccatatatga aggagatggg tgggtcaaaa agggatatca
1801 aatgaagtga taggggtcac aatggggaaa ttgaagtggt gcataacatt gccaaaatag
1861 tgtgccacta gaaatggtgt aaaggctgtc tttttttttt ttttttaaag aaaagttatt
1921 accatgtatt ttgtgaggca ggtttacaac actacaagtc ttgagttaag aaggaaagag
1981 gaaaaaagaa aaaacaccaa tacccagatt taaaaaaaaa aaaacgatca tagtcttagg
2041 agttcattta aaccatagga acttttcact tatctcatgt tagctgtacc agtcagtgat
2101 taagtagaac tacaagttgt ataggcttta ttgtttattg ctggtttatg accttaataa
2161 agtgtaatta tgtattacca gcagggtgtt tttaactgtg actattgtat aaaaacaaat
2221 cttgatatcc agaagcacat gaagtttgca actttccacc ctgcccattt ttgtaaaact
2281 gcagtcatct tggacctttt aaaacacaaa ttttaaactc aaccaagctg tgataagtgg
2341 aatggttact gtttatactg tggtatgttt ttgattacag cagataatgc tttcttttcc
2401 agtcgtcttt gagaataaag gaaaaaaaaa tcttcagatg caatggtttt gtgtagcatc
2461 ttgtctatca tgttttgtaa atactggaga agctttgacc aatttgactt agagatggaa
2521 tgtaactttg cttacaaaaa ttgctattaa actcctgctt aaggtgttct aattttctgt
2581 gagcacacta aaagcgaaaa ataaatgtga ataaaatgta caaatttgtt gtgttttttt
2641 atgttctaat aatactgaga cttctaggtc ttaggttaat ttttaggaag atcttgcatg
2701 ccatcaggag taaattttat tgtggttctt aatctgaagt tttcaagctc tgaaattcat
2761 aatccgcagt gtcagattac gtagaggaag atcttacaac attccatgtc aaatctgtta
2821 ccatttattg gcatttagtt ttcatttaag aattgaacat aattattttt attgtagcta
2881 tatagcatgt cagattaaat catttacaac aaaaggggtg tgaacctaag actatttaaa
2941 tgtcttatga gaaaatttca taaagccatt ctcttgtcat tcaggtccag aaacaaattt
3001 taaactgagt gagagtctat agaatccata ctgcagatgg gtcatgaaat gtgaccaaat
3061 gtgtttcaaa aattgatggt gtattacctg ctattgtaat tgcttagtgc ttggctaatt
3121 tccaaattat tgcataatat gttctacctt aagaaaacag gtttatgtaa caaagtaatg
3181 gtgttgaatg gatgatgtca gttcatgggc ctttagcata gttttaagca tcattttttt
3241 tttttttttt gaaagtgtgt tagcatcttg ttactcaaag gataagacag acaataatac
3301 ttcactgaat attaataatc tttactagtt tacctcctct gctctttgcc acccgataac
3361 tggatatctt ttccttcaaa ggaccctaaa ctgattgaaa tttaagatat gtatcaaaaa
3421 cattatttca tttaatgcac atctgttttg ctgtttttga gcagtgtgca gtttagggtt
3481 catgataaat cattgaacca catgtgtaac aactgaatgc caaatcttaa actcattaga
3541 aaaataacaa attaggtttt gacacgcatt cttaattgga ataatggatc aaaaatagtg
3601 gttcatgacc ttaccaaaca cccttgctac taataaaatc aaataacact tagaagggta
3661 tgtattttta gttagggttt cttgatcttg gaggatgttt gaaagttaaa aattgaattt
3721 ggtaaccaaa ggactgattt atgggtcttt cctatcttaa ccaacgtttt cttagttacc
3781 tagatggcca agtacagtgc ctggtatgta gtaagactca gtaaaaaagt ggatttttaa
3841 aaataactcc caaagtgaat agtcaaaaat cctgttagca aactgttata tattgctaag
3901 tttgttcttt taacagctgg aatttattaa gatgcattat tttgatttta ttcactgcct
3961 aaaacacttt gggtggtatt gatggagttg gtggattttc ctccaagtga ttaaatgaaa
4021 tttgacgtat cttttcatcc aaagttttgt acatcatgtt ttctaacgga aaaaaatgtt
4081 aatatggctt ttttgtatta ctaaaaatag ctttgagatt aaggaaaaat aaataactct
4141 tgtacagttc agtattgtct attaaatctg tattggcagt atgtataatg gcatttgctg
4201 tggttacaaa atacttcctc tgggttataa taatcatttg atccaattcc tattgcttgt
4261 aaaataaagt tttaccagtt gatataatca aaaaaaaaaa aaaa //
21. NME1: NME1 NME/NM23 нуклеозид дифосфаткиназа 1 [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_000269 (изоформа b)
AK/TpaHcm44H4=MANCERTFIAIKPDGVQRGLVGEIIKRFEQKGFRLVGLKFMQAS EDLLKEHYVDLKDRPFFAGLVKYMHSGPWAMVWEGLNWKTGRVMLGETNPADSKPG TIRGDFCIQVGRNIIHGSDSVESAEKEIGLWFHPEELVDYTSCAQNWIYE кДНК: 1 gcagaagcgt tccgtgcgtg caagtgctgc gaaccacgtg ggtcccgggc gcgtttcggg tgctggcggc tgcagccgga gttcaaacct aagcagctgg aaggaaccat ggccaactgt
121 gagcgtacct tcattgcgat caaaccagat ggggtccagc ggggtcttgt gggagagatt
181 atcaagcgtt ttgagcagaa aggattccgc cttgttggtc tgaaattcat gcaagcttcc
241 gaagatcttc tcaaggaaca ctacgttgac ctgaaggacc gtccattctt tgccggcctg
301 gtgaaataca tgcactcagg gccggtagtt gccatggtct gggaggggct gaatgtggtg
361 aagacgggcc gagtcatgct cggggagacc aaccctgcag actccaagcc tgggaccatc
421 cgtggagact tctgcataca agttggcagg aacattatac atggcagtga ttctgtggag
481 agtgcagaga aggagatcgg cttgtggttt caccctgagg aactggtaga ttacacgagc
541 tgtgctcaga actggatcta tgaatgacag gagggcagac cacattgctt ttcacatcca
- 171 038600
601 tttcccctcc ttcccatggg cagaggacca ggctgtagga aatctagtta tttacaggaa
661 cttcatcata atttggaggg aagctcttgg agctgtgagt tctccctgta cagtgttacc
721 atccccgacc atctgattaa aatgcttcct cccagcatag gattcattga gttggttact
781 tcatattgtt gcattgcttt tttttccttc t //
ЛОКУС NM_198175 (изоформа 1)
AK/TpaHCU44H4=MVLLSTLGIVFQGEGPPISSCDTGTMANCERTFIAIKPDGVQRG LVGEIIKRFEQKGFRLVGLKFMQASEDLLKEHYVDLKDRPFFAGLVKYMHSGPWAMV WEGLNWKTGRVMLGETNPADSKPGTIRGDFCIQVGRNIIHGSDSVESAEKEIGLWFH PEELVDYTSCAQNWIYE кДНК: 1 gcagaagcgt tccgtgcgtg caagtgctgc gaaccacgtg ggtcccgggc gcgtttcggg tgctggcggc tgcagccgga gttcaaacct aagcagctgg aagggccctg tggctaggta
121 ccatagagtc tctacacagg actaagtcag cctggtgtgc aggggaggca gacacacaaa
181 cagaaaattg gactacagtg ctaagatgct gtaagaagag gttaactaaa ggacaggaag
241 atggggccaa gagatggtgc tactgtctac tttagggatc gtctttcaag gcgaggggcc
301 tcctatctca agctgtgata caggaaccat ggccaactgt gagcgtacct tcattgcgat
361 caaaccagat ggggtccagc ggggtcttgt gggagagatt atcaagcgtt ttgagcagaa
421 aggattccgc cttgttggtc tgaaattcat gcaagcttcc gaagatcttc tcaaggaaca
481 ctacgttgac ctgaaggacc gtccattctt tgccggcctg gtgaaataca tgcactcagg
541 gccggtagtt gccatggtct gggaggggct gaatgtggtg aagacgggcc gagtcatgct
601 cggggagacc aaccctgcag actccaagcc tgggaccatc cgtggagact tctgcataca
661 agttggcagg aacattatac atggcagtga ttctgtggag agtgcagaga aggagatcgg
721 cttgtggttt caccctgagg aactggtaga ttacacgagc tgtgctcaga actggatcta
781 tgaatgacag gagggcagac cacattgctt ttcacatcca tttcccctcc ttcccatggg
841 cagaggacca ggctgtagga aatctagtta tttacaggaa cttcatcata atttggaggg
901 aagctcttgg agctgtgagt tctccctgta cagtgttacc atccccgacc atctgattaa
961 aatgcttcct cccagcatag gattcattga gttggttact tcatattgtt gcattgcttt
1021 tttttccttc t //
22. NME2: NME2 NME/NM23 нуклеозид дифосфаткиназа 2 [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_001018137 (изоформа а вариант 2)
AK/TpaHcm4UH4=MANLERTFIAIKPDGVQRGLVGEIIKRFEQKGFRLVAMKFLRAS EEHLKQHYIDLKDRPFFPGLVKYMNSGPWAMVWEGLNWKTGRVMLGETNPADSKPG TIRGDFCIQVGRNIIHGSDSVKSAEKEISLWFKPEELVDYKSCAHDWVYE кДНК: 1 atctcagggc agtaccactg ctgtgcggct gtcagtcagt gctgcaggcg ccgagaggag gggcttgtga ccgccccagg gaagctgggc atcaccaaag ggagcttgtt tgccagggac
121 actgcaagta ggaagtgtct acaggtcgat gacaggccta atctctatga cagggtctag
181 actttcctca gggtccaggg gcgcacctca gggtgaactg gaaaactcga ccgcacttta
241 gtgccaggac catggccaac ctggagcgca ccttcatcgc catcaagccg gacggcgtgc
301 agcgcggcct ggtgggcgag atcatcaagc gcttcgagca gaagggattc cgcctcgtgg
361 ccatgaagtt cctccgggcc tctgaagaac acctgaagca gcactacatt gacctgaaag
421 accgaccatt cttccctggg ctggtgaagt acatgaactc agggccggtt gtggccatgg
481 tctgggaggg gctgaacgtg gtgaagacag gccgagtgat gcttggggag accaatccag
541 cagattcaaa gccaggcacc attcgtgggg acttctgcat tcaggttggc aggaacatca
601 ttcatggcag tgattcagta aaaagtgctg aaaaagaaat cagcctatgg tttaagcctg
661 aagaactggt tgactacaag tcttgtgctc atgactgggt ctatgaataa gaggtggaca
721 caacagcagt ctccttcagc acggcgtggt gtgtccctgg acacagctct tcattccatt
781 gacttagagg caacaggatt gatcattctt ttatagagca tatttgccaa taaagctttt
841 ggaagccgga aaaaaaaaaa aaaaaaa //
ЛОКУС NM_001018138 (изоформа а вариант 3)
AK/TpaHcm4UH4=MANLERTFIAIKPDGVQRGLVGEIIKRFEQKGFRLVAMKFLRAS EEHLKQHYIDLKDRPFFPGLVKYMNSGPWAMVWEGLNWKTGRVMLGETNPADSKPG TIRGDFCIQVGRNIIHGSDSVKSAEKEISLWFKPEELVDYKSCAHDWVYE кДНК: 1 gcggccgcgc gtggtggggg aggagggacc ggcggcgccc acgtggcctc cgcgggcccc gccagagcct gcgcccgggc cctgaccgca cctctcgccc cgcaggacca tggccaacct
- 172 038600
121 ggagcgcacc ttcatcgcca tcaagccgga cggcgtgcag cgcggcctgg tgggcgagat
181 catcaagcgc ttcgagcaga agggattccg cctcgtggcc atgaagttcc tccgggcctc
241 tgaagaacac ctgaagcagc actacattga cctgaaagac cgaccattct tccctgggct
301 ggtgaagtac atgaactcag ggccggttgt ggccatggtc tgggaggggc tgaacgtggt
361 gaagacaggc cgagtgatgc ttggggagac caatccagca gattcaaagc caggcaccat
421 tcgtggggac ttctgcattc aggttggcag gaacatcatt catggcagtg attcagtaaa
481 aagtgctgaa aaagaaatca gcctatggtt taagcctgaa gaactggttg actacaagtc
541 ttgtgctcat gactgggtct atgaataaga ggtggacaca acagcagtct ccttcagcac
601 ggcgtggtgt gtccctggac acagctcttc attccattga cttagaggca acaggattga
661 tcattctttt atagagcata tttgccaata aagcttttgg aagccggaaa aaaaaaaaaa
721 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa //
ЛОКУС NM_001018139 (изоформа а вариант 4)
AK/TpaHcn44H4=MANLERTFIAIKPDGVQRGLVGEIIKRFEQKGFRLVAMKFLRAS EEHLKQHYIDLKDRPFFPGLVKYMNSGPWAMVWEGLNWKTGRVMLGETNPADSKPG TIRGDFCIQVGRNIIHGSDSVKSAEKEISLWFKPEELVDYKSCAHDWVYE кДНК: 1 aggcggtggg ggcgcatccc ctggcgactc ctcccgttcc ctcttccgct tgcgctgccg caggaccatg gccaacctgg agcgcacctt catcgccatc aagccggacg gcgtgcagcg 121 cggcctggtg ggcgagatca tcaagcgctt cgagcagaag ggattccgcc tcgtggccat
181 gaagttcctc cgggcctctg aagaacacct gaagcagcac tacattgacc tgaaagaccg
241 accattcttc cctgggctgg tgaagtacat gaactcaggg ccggttgtgg ccatggtctg
301 ggaggggctg aacgtggtga agacaggccg agtgatgctt ggggagacca atccagcaga
361 ttcaaagcca ggcaccattc gtggggactt ctgcattcag gttggcagga acatcattca
421 tggcagtgat tcagtaaaaa gtgctgaaaa agaaatcagc ctatggttta agcctgaaga
481 actggttgac tacaagtctt gtgctcatga ctgggtctat gaataagagg tggacacaac
541 agcagtctcc ttcagcacgg cgtggtgtgt ccctggacac agctcttcat tccattgact
601 tagaggcaac aggattgatc attcttttat agagcatatt tgccaataaa gcttttggaa
661 gccggaaaaa aaaaaaaaaa aa //
ЛОКУС NM_001198682 (изоформа b вариант 5)
AK/TpaHCH44H4=MANLERTFIAIKPDGVQRGLVGEIIKRFEQKGFRLVAMKFLRAS EEHLKQHYIDLKDRPFFPGLVKYMNSGPWAMEHHSWQ кДНК: 1 tgcctggcga gggcgcgccc cggctgggcg tggacactgt tctccggccg cgtcgggccg ggcgggtggg gcgttcctgc gggttgggcg gctgggccct ccggggtgtg gccaccccgc
121 gctccgccct gcgcccctcc tccgccgccg gctcccgggt gtggtggtcg caccagctct
181 ctgctctccc agcgcagcgc cgccgcccgg cccctccagc ttcccggacc atggccaacc
241 tggagcgcac cttcatcgcc atcaagccgg acggcgtgca gcgcggcctg gtgggcgaga
301 tcatcaagcg cttcgagcag aagggattcc gcctcgtggc catgaagttc ctccgggcct
361 ctgaagaaca cctgaagcag cactacattg acctgaaaga ccgaccattc ttccctgggc
421 tggtgaagta catgaactca gggccggttg tggccatgga acatcattca tggcagtgat
481 tcagtaaaaa gtgctgaaaa agaaatcagc ctatggttta agcctgaaga actggttgac
541 tacaagtctt gtgctcatga ctgggtctat gaataagagg tggacacaac agcagtctcc
601 ttcagcacgg cgtggtgtgt ccctggacac agctcttcat tccattgact tagaggcaac
661 aggattgatc attcttttat agagcatatt tgccaataaa gcttttggaa gccggaaaaa
721 aaaaaaaaaa aaa //
ЛОКУС NM_002512 (изоформа а вариант 1)
AK/TpaHCH44H4=MANLERTFIAIKPDGVQRGLVGEIIKRFEQKGFRLVAMKFLRAS EEHLKQHYIDLKDRPFFPGLVKYMNSGPWAMWEGLNWKTGRVMLGETNPADSKPG TIRGDFCIQVGRNIIHGSDSVKSAEKEISLWFKPEELVDYKSCAHDWVYE кДНК: 1 tgcctggcga gggcgcgccc cggctgggcg tggacactgt tctccggccg cgtcgggccg ggcgggtggg gcgttcctgc gggttgggcg gctgggccct ccggggtgtg gccaccccgc
121 gctccgccct gcgcccctcc tccgccgccg gctcccgggt gtggtggtcg caccagctct
181 ctgctctccc agcgcagcgc cgccgcccgg cccctccagc ttcccggacc atggccaacc
241 tggagcgcac cttcatcgcc atcaagccgg acggcgtgca gcgcggcctg gtgggcgaga
301 tcatcaagcg cttcgagcag aagggattcc gcctcgtggc catgaagttc ctccgggcct
- 173 038600
361 ctgaagaaca cctgaagcag cactacattg acctgaaaga ccgaccattc ttccctgggc
421 tggtgaagta catgaactca gggccggttg tggccatggt ctgggagggg ctgaacgtgg
481 tgaagacagg ccgagtgatg cttggggaga ccaatccagc agattcaaag ccaggcacca
541 ttcgtgggga cttctgcatt caggttggca ggaacatcat tcatggcagt gattcagtaa
601 aaagtgctga aaaagaaatc agcctatggt ttaagcctga agaactggtt gactacaagt
661 cttgtgctca tgactgggtc tatgaataag aggtggacac aacagcagtc tccttcagca
721 cggcgtggtg tgtccctgga cacagctctt cattccattg acttagaggc aacaggattg
781 atcattcttt tatagagcat atttgccaat aaagcttttg gaagccggaa aaaaaaaaaa
841 aaaaaa //
23. PGK1: PGK1 фосфоглицерат-киназа 1 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_000291
AK/TpaHcm44H4=MSLSNKLTLDKLDVKGKRWMRVDFNVPMKNNQITNNQRIKAAV PSIKFCLDNGAKSWLMSHLGRPDGVPMPDKYSLEPVAVELKSLLGKDVLFLKDCVGP EVEKACANPAAGSVILLENLRFHVEEEGKGKDASGNKVKAEPAKIEAFRASLSKLGDV YVNDAFGTAHRAHS SMVGVNLPQKAGGFLMKKELNYFAKALES PERP FLAILGGAKVA DKIQLINNMLDKVNEMIIGGGMAFTFLKVLNNMEIGTSLFDEEGAKIVKDLMSKAEKN GVKITLPVDFVTADKFDENAKTGQATVASGIPAGWMGLDCGPESSKKYAEAVTRAKQI VWNGPVGVFEWEAFARGTKALMDEWKATSRGCITIIGGGDTATCCAKWNTEDKVSHV STGGGASLELLEGKVLPGVDALSNI кДНК: 1 gagagcagcg gccgggaagg ggcggtgcgg gaggcggggt gtggggcggt agtgtgggcc ctgttcctgc ccgcgcggtg ttccgcattc tgcaagcctc cggagcgcac gtcggcagtc
121 ggctccctcg ttgaccgaat caccgacctc tctccccagc tgtatttcca aaatgtcgct
181 ttctaacaag ctgacgctgg acaagctgga cgttaaaggg aagcgggtcg ttatgagagt
241 cgacttcaat gttcctatga agaacaacca gataacaaac aaccagagga ttaaggctgc
301 tgtcccaagc atcaaattct gcttggacaa tggagccaag tcggtagtcc ttatgagcca
361 cctaggccgg cctgatggtg tgcccatgcc tgacaagtac tccttagagc cagttgctgt
421 agaactcaaa tctctgctgg gcaaggatgt tctgttcttg aaggactgtg taggcccaga
481 agtggagaaa gcctgtgcca acccagctgc tgggtctgtc atcctgctgg agaacctccg
541 ctttcatgtg gaggaagaag ggaagggaaa agatgcttct gggaacaagg ttaaagccga
601 gccagccaaa atagaagctt tccgagcttc actttccaag ctaggggatg tctatgtcaa
661 tgatgctttt ggcactgctc acagagccca cagctccatg gtaggagtca atctgccaca
721 gaaggctggt gggtttttga tgaagaagga gctgaactac tttgcaaagg ccttggagag
781 cccagagcga cccttcctgg ccatcctggg cggagctaaa gttgcagaca agatccagct
841 catcaataat atgctggaca aagtcaatga gatgattatt ggtggtggaa tggcttttac
901 cttccttaag gtgctcaaca acatggagat tggcacttct ctgtttgatg aagagggagc
961 caagattgtc aaagacctaa tgtccaaagc tgagaagaat ggtgtgaaga ttaccttgcc
1021 tgttgacttt gtcactgctg acaagtttga tgagaatgcc aagactggcc aagccactgt
1081 ggcttctggc atacctgctg gctggatggg cttggactgt ggtcctgaaa gcagcaagaa
1141 gtatgctgag gctgtcactc gggctaagca gattgtgtgg aatggtcctg tgggggtatt
1201 tgaatgggaa gcttttgccc ggggaaccaa agctctcatg gatgaggtgg tgaaagccac
1261 ttctaggggc tgcatcacca tcataggtgg tggagacact gccacttgct gtgccaaatg
1321 gaacacggag gataaagtca gccatgtgag cactgggggt ggtgccagtt tggagctcct
1381 ggaaggtaaa gtccttcctg gggtggatgc tctcagcaat atttagtact ttcctgcctt
1441 ttagttcctg tgcacagccc ctaagtcaac ttagcatttt ctgcatctcc acttggcatt
1501 agctaaaacc ttccatgtca agattcagct agtggccaag agatgcagtg ccaggaaccc
1561 ttaaacagtt gcacagcatc tcagctcatc ttcactgcac cctggatttg catacattct
1621 tcaagatccc atttgaattt tttagtgact aaaccattgt gcattctaga gtgcatatat
1681 ttatattttg cctgttaaaa agaaagtgag cagtgttagc ttagttctct tttgatgtag
1741 gttattatga ttagctttgt cactgtttca ctactcagca tggaaacaag atgaaattcc
1801 atttgtaggt agtgagacaa aattgatgat ccattaagta aacaataaaa gtgtccattg
1861 aaaccgtgat tttttttttt ttcctgtcat actttgttag gaagggtgag aatagaatct
1921 tgaggaacgg atcagatgtc tatattgctg aatgcaagaa gtggggcagc agcagtggag
1981 agatgggaca attagataaa tgtccattct ttatcaaggg cctactttat ggcagacatt
2041 gtgctagtgc ttttattcta acttttattt ttatcagtta cacatgatca taatttaaaa
2101 agtcaaggct tataacaaaa aagccccagc ccattcctcc cattcaagat tcccactccc
2161 cagaggtgac cactttcaac tcttgagttt ttcaggtata tacctccatg tttctaagta
2221 atatgcttat attgttcact tctttttttt ttatttttta aagaaatcta tttcatacca
2281 tggaggaagg ctctgttcca catatatttc cacttcttca ttctctcggt atagttttgt
- 174 038600
2341 cacaattata gattagatca aaagtctaca taactaatac agctgagcta tgtagtatgc 2401 tatgattaaa tttacttatg taaaaaaaaa aaaaaaaaa //
24. PGK2: PGK2 фосфоглицерат-киназа 2 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_138733
AK/TpaHcm44H4=MSLSKKLTLDKLDVRGKRVIMRVDFNVPMKKNQITNNQRIKASI PSIKYCLDNGAKAWLMSHLGRPDGVPMPDKYSLAPVAVELKSLLGKDVLFLKDCVGA EVEKACANPAPGSVILLENLRFHVEEEGKGQDPSGKKIKAEPDKIEAFRASLSKLGDV YVNDAFGTAHRAHSSMVGVNLPHKASGFLMKKELDYFAKALENPVRPFLAILGGAKVA DKIQLIKNMLDKVNEMIIGGGMAYTFLKVLNNMEIGASLFDEEGAKIVKDIMAKAQKN GVRITFPVDFVTGDKFDENAQVGKATVASGISPGWMGLDCGPESNKNHAQWAQARLI VWNGPLGVFEWDAFAKGTKALMDEIVKATSKGCITVIGGGDTATCCAKWNTEDKVSHV STGGGASLELLEGKILPGVEALSNM кДНК: 1 aacagtggcc gttgtgctgg agacagtgag gagaagaaag gggcgggaca agggcaaagg cgttagaagt caccaccgac ccagcccctc aacagcaago tggttcttca gcattaagat
121 ccaggtgtca gcctatgtct ttatattgtc aagatgtctc tttctaagaa gttgacttta
181 gacaaactgg atgttagagg gaagcgagtc atcatgagag tagacttcaa tgttcccatg
241 aagaagaacc agattacaaa caaccagagg atcaaggctr ccatcccaag catcaagtac
301 tgcctggaca atggagccaa ggcagtagtt cttatgagtc atctaggtcg gcctgatggt
361 gttcccatgc ctgacaaata ttccttagca cctgttgctg ttgagctcaa atccttgctg
421 ggcaaggatg ttctgttcct gaaggactgt gtaggcgcag aagtggagaa agcctgtgcc
481 aacccagctc ctggttcagt catcctgctg gagaacctgc gctttcatgt ggaggaagaa
541 gggaagggcc aagatccctc tggaaagaag attaaagctg agccagataa aatagaagcc
601 ttccgagcat cactttccaa gctaggggac gtctatgtca atgatgcttt tggcactgca
661 caccgcgctc atagttccat ggtgggagtg aatctgcccc ataaagcatc cggattcttg
721 atgaagaagg aactagatta ctttgctaaa gccttggaaa acccagtgag accctttctg
781 gctatacttg gtggagccaa agtggcagac aagatccaac ttatcaaaaa tatgctggac
841 aaagtcaatg agatgattat tggtggtgga atggcttata ccttccttaa ggtactcaac
901 aacatggaga ttggtgcttc cctgtttgat gaagagggag ccaagatcgt taaagatatc
961 atggccaaag cacaaaagaa tggtgtaagg attacttttc ctgttgattt tgttactggg
1021 gacaagtttg acgagaacgc tcaggttgga aaagccactg tagcatctgg catatctcct
1081 ggctggatgg gtttggactg tggtcctgag agcaacaaga atcatgctca agttgtggct
1141 caagcaaggc taattgtttg gaatgggccg ttaggagtar ttgaatggga tgcctttgct
1201 aagggaacca aagccctcat ggatgaaatt gtgaaagcca cttccaaggg ctgcatcact
1261 gttatagggg gtggagacac tgctacttgc tgtgccaaar ggaacactga agataaagtc
1321 agccatgtca gcactggagg cggtgccagt ctagagcttc tggaaggtaa aatccttcct
1381 ggagtagagg ccctcagcaa catgtagtta atatagtgtr acttccttct gttttctgtc
1441 catggccctt aagtcagctt aatgctttta catctcgatg tgacttttgt taaaatctac
1501 tcctagatca agacctatgt aatggacaag cagcaggcca tcaggaactc ttaatatcag
1561 cacagcaatt cattttagtt tggtcacgca tttgcctgtr caagttctca tttgaacttc
1621 accattgtgc tatctaggga ggacatattc ttaagttgcc tattaaagaa agtgagctga
1681 agaaactgaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa a //
25. RAB7A: RAB7A RAB7A, представитель семейства онкогенов RAS [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_004637
AK/TpaHcn44H4=MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGAD FLTKEVMVDDRLVTMQIWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSW RDEFLIQASPRDPENFPFWLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAI NVEQAFQTIARNALKQETEVELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC кДНК: 1 acttccgctc ggggcggcgg cggtggcgga agtgggagcg ggcctggagt cttggccata aagcctgagg cggcggcagc ggcggagttg gcggcttgga gagctcggga gagttccctg
121 gaaccagaac ttggaccttc tcgcttctgt cctccgttta gtctcctcct cggcgggagc
181 cctcgcgacg cgcccggccc ggagccccca gcgcagcggc cgcgtttgaa ggatgacctc
241 taggaagaaa gtgttgctga aggttatcat cctgggagar tctggagtcg ggaagacatc
301 actcatgaac cagtatgtga ataagaaatt cagcaatcag tacaaagcca caataggagc
361 tgactttctg accaaggagg tgatggtgga tgacaggcta gtcacaatgc agatatggga
- 175 038600
421 cacagcagga caggaacggt tccagtctct cggtgtggcc ttctacagag gtgcagactg
481 ctgcgttctg gtatttgatg tgactgcccc caacacattc aaaaccctag atagctggag
541 agatgagttt ctcatccagg ccagtccccg agatcctgaa aacttcccat ttgttgtgtt
601 gggaaacaag attgacctcg aaaacagaca agtggccaca aagcgggcac aggcctggtg
661 ctacagcaaa aacaacattc cctactttga gaccagtgcc aaggaggcca tcaacgtgga
721 gcaggcgttc cagacgattg cacggaatgc acttaagcag gaaacggagg tggagctgta
781 caacgaattt cctgaaccta tcaaactgga caagaatgac cgggccaagg cctcggcaga
841 aagctgcagt tgctgagggg gcagtgagag ttgagcacag agtccttcac aaaccaagaa
901 cacacgtagg ccttcaacac aattcccctc tcctcttcca aacaaaacat acattgatct
961 ctcacatcca gctgccaaaa gaaaacccca tcaaacacag ttacacccca catatctctc
1021 acacacacac acacacgcac acacacacac acagatctga cgtaatcaaa ctccagccct
1081 tgcccgtgat ggctccttgg ggtctgcctg cccacccaca tgagcccgcg agtatggcag
1141 caggacaagc cagcggtgga agtcattctg atatggagtt ggcattggaa gcttattctt
1201 tttgttcact ggagagagag agaactgttt acagttaatc tgtgtctaat tatctgattt
1261 tttttattgg tcttgtggtc tttttacccc ccctttcccc tccctccttg aaggctaccc
1321 cttgggaagg ctggtgcccc atgccccatt acaggctcac acccagtctg atcaggctga
1381 gttttgtatg tatctatctg ttaatgcttg ttacttttaa ctaatcagat ctttttacag
1441 tatccattta ttatgtaatg cttcttagaa aagaatctta tagtacatgt taatatatgc
1501 aaccaattaa aatgtataaa ttagtgtaag aaattcttgg attatgtgtt taagtcctgt
1561 aatgcaggcc tgtaaggtgg agggttgaac cctgtttgga ttgcagagtg ttactcagaa
1621 ttgggaaatc cagctagcgg cagtattctg tacagtagac acaagaatta tgtacgcctt
1681 ttatcaaaga cttaagagcc aaaaagcttt tcatctctcc agggggaaaa ctgtctagtt
1741 cccttctgtg tctaaatttt ccaaaacgtt gatttgcata atacagtggt atgtgcaatg
1801 gataaattgc cgttatttca aaaattaaaa ttctcatttt ctttcttttt tttcccccct
1861 gctccacact tcaaaactcc cgttagatca gcattctact acaagagtga aaggaaaacc
1921 ctaacagatc tgtcctagtg attttacctt tgttctagaa ggcgctcctt tcagggttgt
1981 ggtattctta ggttagcgga gctttttcct cttttcccca cccatctccc caatattgcc
2041 cattattaat taacctcttt ctttggttgg aaccctggca gttctgctcc cttcctagga
2101 tctgcccctg cattgtagct tgcttaacgg agcacttctc ctttttccaa aggtctacat
2161 tctagggtgt gggctgagtt cttctgtaaa gagatgaacg caatgccaat aaaattgaac
2221 aagaacaatg ataaaaaaaa //
26. RPL17: RPL17 рибосомальный белок L17 [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_000985 (изоформа А вариант 1)
AK/TpaHCH44H4=MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 cctgcctcct cagatctcgt ttcttcggct acgaatctcg cgagaagtca agttctcatg agttctccca aaatccaccg ctcttcctct ttccctaagc agcctgaggg ttgactggat
121 tggtgaggcc cgtgtggcta cttctgtgga agcagtgctg tagttactgg aagataaaag
181 ggaaagcaag cccttggtgg gggaaagtat ggctgcgatg atggcatttc ttaggacacc
241 tttggattaa taatgaaaac aactactctc tgagcagctg ttcgaatcat ctgatattta
301 tactgaatga gttactgtaa gtacgtattg acagaattac actgtacttt cctctaggtg
361 atctgtgaaa atggttcgct attcacttga cccggagaac cccacgaaat catgcaaatc
421 aagaggttcc aatcttcgtg ttcactttaa gaacactcgt gaaactgctc aggccatcaa
481 gggtatgcat atacgaaaag ccacgaagta tctgaaagat gtcactttac agaaacagtg
541 tgtaccattc cgacgttaca atggtggagt tggcaggtgt gcgcaggcca agcaatgggg
601 ctggacacaa ggtcggtggc ccaaaaagag tgctgaattt ttgctgcaca tgcttaaaaa
661 cgcagagagt aatgctgaac ttaagggttt agatgtagat tctctggtca ttgagcatat
721 ccaagtgaac aaagcaccta agatgcgccg ccggacctac agagctcatg gtcggattaa
781 cccatacatg agctctccct gccacattga gatgatcctt acggaaaagg aacagattgt
841 tcctaaacca gaagaggagg ttgcccagaa gaaaaagata tcccagaaga aactgaagaa
901 acaaaaactt atggcacggg agtaaattca gcattaaaat aaatgtaatt aaaaggaaaa
961 gaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa //
ЛОКУС NM_001035006 (изоформа а вариант 2)
AK/TpaHCH44H4=MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA
- 176 038600
TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 cctgcctcct cagatctcgt ttcttcggct acgaatctcg cgagaagtca agttctcatg agttctccca aaatccaccg ctcttcctct ttccctaagc agcctgaggt gatctgtgaa
121 aatggttcgc tattcacttg acccggagaa ccccacgaaa tcatgcaaat caagaggttc
181 caatcttcgt gttcacttta agaacactcg tgaaactgct caggccatca agggtatgca
241 tatacgaaaa gccacgaagt atctgaaaga tgtcacttta cagaaacagt gtgtaccatt
301 ccgacgttac aatggtggag ttggcaggtg tgcgcaggcc aagcaatggg gctggacaca
361 aggtcggtgg cccaaaaaga gtgctgaatt tttgctgcac atgcttaaaa acgcagagag
421 taatgctgaa cttaagggtt tagatgtaga ttctctggtc attgagcata tccaagtgaa
481 caaagcacct aagatgcgcc gccggaccta cagagctcat ggtcggatta acccatacat
541 gagctctccc tgccacattg agatgatcct tacggaaaag gaacagattg ttcctaaacc
601 agaagaggag gttgcccaga agaaaaagat atcccagaag aaactgaaga aacaaaaact
661 tatggcacgg gagtaaattc agcattaaaa taaatgtaat taaaaggaaa agaaaaaaaa
721 aaaaaaaaaa aaaaaa //
ЛОКУС NM_001199340 (изоформа а вариант 3)
AK/TpaHCH44H4=MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 cctgcctcct cagatctcgt ttcttcggct acgaatctcg cgagaagtca agttctcatg agttctccca aaatccaccg ctcttcctct ttccctaagc agcctgaggg ttgactggat
121 tggtgaggcc cgtgtggcta cttctgtgga agcagtgctg tagttactgg aagataaaag
181 ggaaagcaag cccttggtgg gggaaagtga tctgtgaaaa tggttcgcta ttcacttgac
241 ccggagaacc ccacgaaatc atgcaaatca agaggttcca atcttcgtgt tcactttaag
301 aacactcgtg aaactgctca ggccatcaag ggtatgcata tacgaaaagc cacgaagtat
361 ctgaaagatg tcactttaca gaaacagtgt gtaccattcc gacgttacaa tggtggagtt
421 ggcaggtgtg cgcaggccaa gcaatggggc tggacacaag gtcggtggcc caaaaagagt
481 gctgaatttt tgctgcacat gcttaaaaac gcagagagta atgctgaact taagggttta
541 gatgtagatt ctctggtcat tgagcatatc caagtgaaca aagcacctaa gatgcgccgc
601 cggacctaca gagctcatgg tcggattaac ccatacatga gctctccctg ccacattgag
661 atgatcctta cggaaaagga acagattgtt cctaaaccag aagaggaggt tgcccagaag
721 aaaaagatat cccagaagaa actgaagaaa caaaaactta tggcacggga gtaaattcag
781 cattaaaata aatgtaatta aaaggaaaag aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaa // ЛОКУС NM_001199341 (изоформа а вариант 4)
AK/TpaHCH44H4=MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 gcctgaggtg agtgtttctc ctgcgttgct ccgagggccc aatcctcctg ccatcgccgc catcctggct tcgggggcgc cggcctccag gcccccggga ggagaactcc tagggctact
121 aaatcctcgc tggaggcggt ggcttcttat gcgggaggac gtggcggagg gcctgacttt
181 gggagccggg gtcagtcggc ctctgaggtg atctgtgaaa atggttcgct attcacttga
241 cccggagaac cccacgaaat catgcaaatc aagaggttcc aatcttcgtg ttcactttaa
301 gaacactcgt gaaactgctc aggccatcaa gggtatgcat atacgaaaag ccacgaagta
361 tctgaaagat gtcactttac agaaacagtg tgtaccattc cgacgttaca atggtggagt
421 tggcaggtgt gcgcaggcca agcaatgggg ctggacacaa ggtcggtggc ccaaaaagag
481 tgctgaattt ttgctgcaca tgcttaaaaa cgcagagagt aatgctgaac ttaagggttt
541 agatgtagat tctctggtca ttgagcatat ccaagtgaac aaagcaccta agatgcgccg
601 ccggacctac agagctcatg gtcggattaa cccatacatg agctctccct gccacattga
661 gatgatcctt acggaaaagg aacagattgt tcctaaacca gaagaggagg ttgcccagaa
721 gaaaaagata tcccagaaga aactgaagaa acaaaaactt atggcacggg agtaaattca
781 gcattaaaat aaatgtaatt aaaaggaaaa gaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa
- 177 038600 //
ЛОКУС NM_001199342 (изоформа А вариант 5)
AK/TpaHCHHpnH^MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 gcctgaggtg agtgtttctc ctgcgttgct ccgagggccc aatcctcctg ccatcgccgc catcctggct tcgggggcgc cggcctccag gcccccggga ggagaactcc tagggctact
121 aaatcctcgc tggaggcggt ggcttcttat gcgggaggac gtggcggagg gcctgacttt
181 gggagccggg gtcagtcggc ctctgagggt tgactggatt ggtgaggccc gtgtggctac
241 ttctgtggaa gcagtgctgt agttactgga agataaaagg gaaagcaagc ccttggtggg
301 ggaaagtgat ctgtgaaaat ggttcgctat tcacttgacc cggagaaccc cacgaaatca
361 tgcaaatcaa gaggttccaa tcttcgtgtt cactttaaga acactcgtga aactgctcag
421 gccatcaagg gtatgcatat acgaaaagcc acgaagtatc tgaaagatgt cactttacag
481 aaacagtgtg taccattccg acgttacaat ggtggagttg gcaggtgtgc gcaggccaag
541 caatggggct ggacacaagg tcggtggccc aaaaagagtg ctgaattttt gctgcacatg
601 cttaaaaacg cagagagtaa tgctgaactt aagggtttag atgtagattc tctggtcatt
661 gagcatatcc aagtgaacaa agcacctaag atgcgccgcc ggacctacag agctcatggt
721 cggattaacc catacatgag ctctccctgc cacattgaga tgatccttac ggaaaaggaa
781 cagattgttc ctaaaccaga agaggaggtt gcccagaaga aaaagatatc ccagaagaaa
841 ctgaagaaac aaaaacttat ggcacgggag taaattcagc attaaaataa atgtaattaa
901 aaggaaaaga aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa //
ЛОКУС NM_001199343 (изоформа а вариант 6)
AK/TpaHCH44H4=MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 gcctgaggtg agtgtttctc ctgcgttgct ccgagggccc aatcctcctg ccatcgccgc catcctggct tcgggggcgc cggcctccag gcccccggga ggagaactcc tagggctact
121 aaatcctcgc tggaggcggt ggcttcttat gcgggaggac gtggcggagg gcctgacttt
181 gggagccggg ggttgactgg attggtgagg cccgtgtggc tacttctgtg gaagcagtgc
241 tgtagttact ggaagataaa agggaaagca agcccttggt gggggaaagt gatctgtgaa
301 aatggttcgc tattcacttg acccggagaa ccccacgaaa tcatgcaaat caagaggttc
361 caatcttcgt gttcacttta agaacactcg tgaaactgct caggccatca agggtatgca
421 tatacgaaaa gccacgaagt atctgaaaga tgtcacttta cagaaacagt gtgtaccatt
481 ccgacgttac aatggtggag ttggcaggtg tgcgcaggcc aagcaatggg gctggacaca
541 aggtcggtgg cccaaaaaga gtgctgaatt tttgctgcac atgcttaaaa acgcagagag
601 taatgctgaa cttaagggtt tagatgtaga ttctctggtc attgagcata tccaagtgaa
661 caaagcacct aagatgcgcc gccggaccta cagagctcat ggtcggatta acccatacat
721 gagctctccc tgccacattg agatgatcct tacggaaaag gaacagattg ttcctaaacc
781 agaagaggag gttgcccaga agaaaaagat atcccagaag aaactgaaga aacaaaaact
841 tatggcacgg gagtaaattc agcattaaaa taaatgtaat taaaaggaaa agaaaaaaaa
901 aaaaaaaaaa aaaaaa // ЛОКУС NM_001199344 (изоформа а вариант 7)
AK/TpaHCH44H4=MVRYSLDPENPTKSCKSRGSNLRVHFKNTRETAQAIKGMHIRKA TKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGRWPKKSAEFLLHMLKNAESNA ELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHIEMILTEKEQIVPKP EEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 gcctgaggtg agtgtttctc ctgcgttgct ccgagggccc aatcctcctg ccatcgccgc catcctggct tcgggggcgc cggcctccag gcccccggga ggagaactcc tagggctact
121 aaatcctcgc tggaggcggt ggcttcttat gcgggaggac gtggcggagg gcctgacttt
181 gggagccggg gtgatctgtg aaaatggttc gctattcact tgacccggag aaccccacga
241 aatcatgcaa atcaagaggt tccaatcttc gtgttcactt taagaacact cgtgaaactg
- 178 038600
301 ctcaggccat caagggtatg catatacgaa aagccacgaa gtatctgaaa gatgtcactt
361 tacagaaaca gtgtgtacca ttccgacgtt acaatggtgg agttggcagg tgtgcgcagg
421 ccaagcaatg gggctggaca caaggtcggt ggcccaaaaa gagtgctgaa tttttgctgc
481 acatgcttaa aaacgcagag agtaatgctg aacttaaggg tttagatgta gattctctgg
541 tcattgagca tatccaagtg aacaaagcac ctaagatgcg ccgccggacc tacagagctc
601 atggtcggat taacccatac atgagctctc cctgccacat tgagatgatc cttacggaaa
661 aggaacagat tgttcctaaa ccagaagagg aggttgccca gaagaaaaag atatcccaga
721 agaaactgaa gaaacaaaaa cttatggcac gggagtaaat tcagcattaa aataaatgta
781 attaaaagga aaagaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaa //
ЛОКУС NM_001199345 (изоформа b вариант 8)
AK/TpaHCH44H4=MHIRKATKYLKDVTLQKQCVPFRRYNGGVGRCAQAKQWGWTQGR WPKKSAEFLLHMLKNAESNAELKGLDVDSLVIEHIQVNKAPKMRRRTYRAHGRINPYM SSPCHIEMILTEKEQIVPKPEEEVAQKKKISQKKLKKQKLMARE кДНК: 1 cctgcctcct cagatctcgt ttcttcggct acgaatctcg cgagaagtca agttctcatg agttctccca aaatccaccg ctcttcctct ttccctaagc agcctgaggt gatctgtgaa
121 aatggttcgc tattcacttg acccggagaa ccccacgaaa taacactcgt gaaactgctc
181 aggccatcaa gggtatgcat atacgaaaag ccacgaagta tctgaaagat gtcactttac
241 agaaacagtg tgtaccattc cgacgttaca atggtggagt tggcaggtgt gcgcaggcca
301 agcaatgggg ctggacacaa ggtcggtggc ccaaaaagag tgctgaattt ttgctgcaca
361 tgcttaaaaa cgcagagagt aatgctgaac ttaagggttt agatgtagat tctctggtca
421 ttgagcatat ccaagtgaac aaagcaccta agatgcgccg ccggacctac agagctcatg
481 gtcggattaa cccatacatg agctctccct gccacattga gatgatcctt acggaaaagg
541 aacagattgt tcctaaacca gaagaggagg ttgcccagaa gaaaaagata tcccagaaga
601 aactgaagaa acaaaaactt atggcacggg agtaaattca gcattaaaat aaatgtaatt
661 aaaaggaaaa gaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa //
27. RPL28: RPL28 рибосомальный белок L28 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_000991 (изоформа 2)
AK/TpaHCH44H4=MSAHLQWMWRNCSSFLIKRNKQTYSTEPNNLKARNSFRYNGLI HRKTVGVEPAADGKGWWIKRRS GQRKPATS YVRTTINKNARATLS SIRHMIRKNKY RPDLRMAAIRRASAILRSQKPVMVKRKRTRPTKSS кДНК: 1 ctctttccgt ctcaggtcgc cgctgcgaag ggagccgccg ccatgtctgc gcatctgcaa tggatggtcg tgcggaactg ctccagtttc ctgatcaaga ggaataagca gacctacagc
121 actgagccca ataacttgaa ggcccgcaat tccttccgct acaacggact gattcaccgc
181 aagactgtgg gcgtggagcc ggcagccgac ggcaaaggtg tcgtggtggt cattaagcgg
241 agatccggcc agcggaagcc tgccacctcc tatgtgcgga ccaccatcaa caagaatgct
301 cgcgccacgc tcagcagcat cagacacatg atccgcaaga acaagtaccg ccccgacctg
361 cgcatggcag ccatccgcag ggccagcgcc atcctgcgca gccagaagcc tgtgatggtg
421 aagaggaagc ggacccgccc caccaagagc tcctgagccc cctgccccca gagcaataaa
481 gtcagctggc tttctcacct gcctcgactg ggcctccctt tttgaaacgc tctggggagc
541 tctggccctg tgtgttgtca ttcaggccat gtcatcaaaa ctctgcatgt caccttgtcc
601 atctggaggt gatgtcaatg gctggccatg caggaggggt ggggtagctg ccttgtccct
661 ggtgagggca agggtcactg tcttcacaga aaaagtttgc tgacttgtga ttgagaccta
721 ctgtcccatt gtgaggtggc ctgaagaatc ccagctgggg cagtggcttc cattcagaag
781 aagaaaggcc ttttctagcc cagaagggtg caggctgagg gctgggccct gggccctggt
841 gctgtagcac ggtttgggga cttggggtgt tcccaagacc tgggggacga cagacatcac
901 gggaggaaga tgagatgact tttgcatcca gggagtgggt gcagccacat ttggagggga
961 tgggctttac ttgatgcaac ctcatctctg agatgggcaa cttggtgggt ggtggcttat
1021 aactgtaagg gagatggcag ccccagggta cagccagcag gcattgagca gccttagcat
1081 tgtcccccta ctcccgtcct ccaggtgtcc ccatccctcc cctgtctctt tgagctggct
1141 cttgtcactt aggtctcatc tcagtggccg ctcctgggcc accctgtcac ccaagctttc
1201 ctgattgccc agccctcttg tttcctttgg cctgtttgct ccctagtgtt tattacagct
1261 tgtgaggcca ggagtttgag accatcctag gcaacataat gagacaccgt ctctaaaata
1321 aaattagctg ggtgtggtgg tgcaccgcct gtggtcccag ctcctcagag gttgagtaga
1381 ggctgaggtg agcggagcac ttgagccaag agtatgaggc tgcagtgagc ccatgagccc
1441 caccactaca ctccagcctg gaagacacca tgacacacag tgaggcctgg atggggaaag
- 179 038600
1501 agtcctgctg ttgatcctca catgtttcct gggcacctaa ctctgtcagc cactgccagg
1561 gaccaaggat ccagcatcca tggcacccct ggttcctgcc atcctggggt acccgattca
1621 aagaaggact ctgctccctg tctgagacca cccccggctc tgactgagag taaggggact
1681 gtcagggcct cgacttgcca ttggttgggg tcgtacgggg ctgggagccc tgcgttttga
1741 ggcagaccac tgcccttccg acctcagtcc tgtctgctcc agtcttgccc agctcgaagg
1801 agagcagatc tgaccacttg ccagcccctg tctgctgtga attaccattt cctttgtcct
1861 tcccttagtt gggtctatta gctcagattg agaggtgttg ccttaaaact gagttgggtg
1921 acttggtacc tgctcaggac cccccgcact gtcccaatcc cactcaggcc cacctccagc
1981 tggcctcact ccgctggtga cttcgtacct gctcaggagc ccccactgtc ccagtcccac
2041 tcaggcccat ctctggctgg cctcactgcg ctgggactcc gccttcataa ggagagctca
2101 ctgctcacgt tagtagatgg ccccttctcg tgaggcctct cccctggcac ctgcttcagt
2161 tgtcctccac agcactgatt tgcagcccac aagctggcag gtttatctgt ctcatgtttg
2221 tcttgtgctg gtgggcaagg ggtttgtcta gcacaccagc atataatgag atgcttgatg
2281 aatggtgcat attgaatgta taaagcccac cggtcctgag agtttgctca ctggagactt
2341 tctggagatg gagtctcgct ctgttgccca ggctggcgag tgcaatggcg cgatcttggc
2401 tcactgcagc ctccacctcc tgggttcaag cgattctcct gcctcagcct cccgagtagc
2461 tgggattaca ggtgggtgtc accacaccca gctcagtatt gtatttttag cagagatggg
2521 gtttcaccat tttgcccagg ctggtttgga actcctgact tcaaattacc cacctgcctc
2581 agcctcccaa agtgctggca ttacaggcgc tcgaggcttt ctgatgtggc tgctgctgct
2641 cagaaggcct tgtccttaac cacctccttg cctgccctgg aggcttgtgc ctctaggccc
2701 caccccctgt ggagtcctgc tggctttctc catccctatc tgaatcctcc ctgctgtgtg
2761 gcctcccctg gtctcatccg taacacagcc cagcttagtg ggcctctgtt cctgcgggtg
2821 gccagcctgt ctgtgtggct gggctgggga ggccacgtct ggtatctgaa tgctatcggt
2881 gggttggggt ggaggaacca ggagagggct ggagggaggg agatggtctc agccccacag
2941 agtttggagt cctcagtgtg ctgagcaaac gtggagacac catttccctc ctctagacct
3001 catcttggag agagagatgt tggatggggc catctattcc agctttattc acacaaatca
3061 tgtctgttgg cctggaaatt ggaaaaccag ttaaaccaaa aacatgatat taagaaaaca
3121 ggcaggctca ccatagtaaa aatgctgaaa gccaaagaca aaattgggag aacaaaagaa
3181 aagcgtcttg tcacatacag aaggtccctg ataaagttag tagctgccct catcagaaac
3241 caggcccagg cagtggggac acatccagag tgctgaaaga acctccccca ggtcatccta
3301 tccccaagag tgatgcccgg cagcattccc agctcagggc taatggttca cggaagccag
3361 gaatcaaact gcctgggttc cagtcccagc tctgccagtt atgcccagct gtggggactt
3421 gggcagctcg tttagtagca ccgtgcctca gtttcccata tgtaaaaggc cattttgagt
3481 gcctttcaca gccctgcata aggcaggtgt ctcagtgttc actgctgtct ctccagctct
3541 tagtccagta gctgcatggt gagtgagcgt agggcgcacc ctggaaggct gccaagccca
3601 aagttgtgca gagcgctggg gactccagac tccccacagc agcagagact cgggactgag
3661 gcatcctctg ttcacaggac atgctggcat ctactgggtc agggctctgc tgctcggtgg
3721 ctgtgcaacc ttgggcaagt tcctcaacct ctctgtgtct tcgtaccctc atctgtaaca
3781 tgcgtgtcga tagaccctac tactcagggt tgatgagaag attaaatgtg caaaacctgc
3841 ttgactgtgc ccacaaatcc tgattgtagg aataaattaa tgacttttta taaatatttt
3901 gatcagatgg actcatgatc acagatgtct tcacatgcct atgactaatt tgtacacaaa
3961 ctaatgctcg tgtttcccaa gcacctggaa gacatgccag atccatgtgc agtaatgcct
4021 ggtggctcca ggtctgcccc gccgtcctgt ggggctgtga gctttcccag cctcctgccc
4081 gtgtttgtga atatcattct gtcctcagct gcatttccag cccaggctgt ttggcgctgc
4141 ccaggaatgg tatcaattcc cctgtttctc ttgtagccag ttactagaat aaaatcatct
4201 actttaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa //
ЛОКУС NM_001136134 (изоформа 1)
AK/TpaHCH44H4=MSAHLQWMWRNCSSFLIKRNKQTYSTEPNNLKARNSFRYNGLI HRKTVGVEPAADGKGWWIKRRS GQRKPATS YVRTTINKNARATLS SIRHMIRKNKY RPDLRMVSWGLGIRLGETGQCCGEGPPTTGCNMGWRGMDSCFQPTPHTQHWPRGRLVE CMG кДНК: 1 ctctttccgt ctcaggtcgc cgctgcgaag ggagccgccg ccatgtctgc gcatctgcaa tggatggtcg tgcggaactg ctccagtttc ctgatcaaga ggaataagca gacctacagc
121 actgagccca ataacttgaa ggcccgcaat tccttccgct acaacggact gattcaccgc
181 aagactgtgg gcgtggagcc ggcagccgac ggcaaaggtg tcgtggtggt cattaagcgg
241 agatccggcc agcggaagcc tgccacctcc tatgtgcgga ccaccatcaa caagaatgct
301 cgcgccacgc tcagcagcat cagacacatg atccgcaaga acaagtaccg ccccgacctg
361 cgcatggtga gctggggttt ggggatcagg cttggggaga ctggccagtg ctgtggggaa
- 180 038600
421
481
541
601
661
721
781
841
901
961
1021
1081
1141
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021 gggcctccca actccccaca ctctgctccc agcctgtgat cccagagcaa acgctctggg atgtcacctt gctgccttgt gtgattgaga cttccattca ccctgggccc acgacagaca acatttggag gggtggtggc agcagcctta tctttgagct tcacccaagc tgtttattac ccgtctctaa agaggttgag gagcccatga ctggatgggg cagccactgc gggtacccga agagtaaggg gccctgcgtt gcccagctcg atttcctttg aactgagttg ggcccacctc tgtcccagtc ataaggagag gcacctgctt ctgtctcatg tgagatgctt ctcactggag ggcgcgatct gcctcccgag ttagcagaga tacccacctg tggctgctgc gtgcctctag ctccctgctg tgttcctgcg tgaatgctat tctcagcccc cctcctctag attcacacaa atattaagaa ggagaacaaa ccctcatcag cccaggtcat ttcacggaag agctgtgggg aggccatttt gtctctccag ggctgccaag gactcgggac ctgctgctcg cctcatctgt tgtgcaaaac ctactggttg cccagcattg ccgcccccag ggtgaagagg taaagtcagc gagctctggc gtccatctgg ccctggtgag cctactgtcc gaagaagaaa tggtgctgta tcacgggagg gggatgggct ttataactgt gcattgtccc ggctcttgtc tttcctgatt agcttgtgag aataaaatta tagaggctga gccccaccac aaagagtcct cagggaccaa ttcaaagaag gactgtcagg ttgaggcaga aaggagagca tccttccctt ggtgacttgg cagctggcct ccactcaggc ctcactgctc cagttgtcct tttgtcttgt gatgaatggt actttctgga tggctcactg tagctgggat tggggtttca cctcagcctc tgctcagaag gccccacccc tgtggcctcc ggtggccagc cggtgggttg acagagtttg acctcatctt atcatgtctg aacaggcagg agaaaagcgt aaaccaggcc cctatcccca ccaggaatca acttgggcag gagtgccttt ctcttagtcc cccaaagttg tgaggcatcc gtggctgtgc aacatgcgtg ctgcttgact caatatgggc gcctaggggg gcagccatcc aagcggaccc tggctttctc cctgtgtgtt aggtgatgtc ggcaagggtc cattgtgagg ggccttttct gcacggtttg aagatgagat ttacttgatg aagggagatg cctactcccg acttaggtct gcccagccct gccaggagtt gctgggtgtg ggtgagcgga tacactccag gctgttgatc ggatccagca gactctgctc gcctcgactt ccactgccct gatctgacca agttgggtct tacctgctca cactccgctg ccatctctgg acgttagtag ccacagcact gctggtgggc gcatattgaa gatggagtct cagcctccac tacaggtggg ccattttgcc ccaaagtgct gccttgtcct ctgtggagtc cctggtctca ctgtctgtgt gggtggagga gagtcctcag ggagagagag ttggcctgga ctcaccatag cttgtcacat caggcagtgg agagtgatgc aactgcctgg ctcgtttagt cacagccctg agtagctgca tgcagagcgc tctgttcaca aaccttgggc tcgatagacc gtgcccacaa tggagaggga cggcttgtgg gcagggccag gccccaccaa acctgcctcg gtcattcagg aatggctggc actgtcttca tggcctgaag agcccagaag gggacttggg gacttttgca caacctcatc gcagccccag tcctccaggt catctcagtg cttgtttcct tgagaccatc gtggtgcacc gcacttgagc cctggaagac ctcacatgtt tccatggcac cctgtctgag gccattggtt tccgacctca cttgccagcc attagctcag ggaccccccg gtgacttcgt ctggcctcac atggcccctt gatttgcagc aaggggtttg tgtataaagc cgctctgttg ctcctgggtt tgtcaccaca caggctggtt ggcattacag taaccacctc ctgctggctt tccgtaacac ggctgggctg accaggagag tgtgctgagc atgttggatg aattggaaaa taaaaatgct acagaaggtc ggacacatcc ccggcagcat gttccagtcc agcaccgtgc cataaggcag tggtgagtga tggggactcc ggacatgctg aagttcctca ctactactca atcctgattg tggattcttg agtgtatggg cgccatcctg gagctcctga actgggcctc ccatgtcatc catgcaggag cagaaaaagt aatcccagct ggtgcaggct gtgttcccaa tccagggagt tctgagatgg ggtacagcca gtccccatcc gccgctcctg ttggcctgtt ctaggcaaca gcctgtggtc caagagtatg accatgacac tcctgggcac ccctggttcc accacccccg ggggtcgtac gtcctgtctg cctgtctgct attgagaggt cactgtccca acctgctcag tgcgctggga ctcgtgaggc ccacaagctg tctagcacac ccaccggtcc cccaggctgg caagcgattc cccagctcag tggaactcct gcgctcgagg cttgcctgcc tctccatccc agcccagctt gggaggccac ggctggaggg aaacgtggag gggccatcta ccagttaaac gaaagccaaa cctgataaag agagtgctga tcccagctca cagctctgcc ctcagtttcc gtgtctcagt gcgtagggcg agactcccca gcatctactg acctctctgt gggttgatga taggaataaa ctttcagcct ctgagccttg cgcagccaga gccccctgcc cctttttgaa aaaactctgc gggtggggta ttgctgactt ggggcagtgg gagggctggg gacctggggg gggtgcagcc gcaacttggt gcaggcattg ctcccctgtc ggccaccctg tgctccctag taatgagaca ccagctcctc aggctgcagt acagtgaggc ctaactctgt tgccatcctg gctctgactg ggggctggga ctccagtctt gtgaattacc gttgccttaa atcccactca gagcccccac ctccgccttc ctctcccctg gcaggtttat cagcatataa tgagagtttg cgagtgcaat tcctgcctca tattgtattt gacttcaaat ctttctgatg ctggaggctt tatctgaatc agtgggcctc gtctggtatc agggagatgg acaccatttc ttccagcttt caaaaacatg gacaaaattg ttagtagctg aagaacctcc gggctaatgg agttatgccc catatgtaaa gttcactgct caccctggaa cagcagcaga ggtcagggct gtcttcgtac gaagattaaa ttaatgactt
- 181 038600
4081 tttataaata ttttgatcag atggactcat gatcacagat gtcttcacat gcctatgact
4141 aatttgtaca caaactaatg ctcgtgtttc ccaagcacct ggaagacatg ccagatccat
4201 gtgcagtaat gcctggtggc tccaggtctg ccccgccgtc ctgtggggct gtgagctttc
4261 ccagcctcct gcccgtgttt gtgaatatca ttctgtcctc agctgcattt ccagcccagg
4321 ctgtttggcg ctgcccagga atggtatcaa ttcccctgtt tctcttgtag ccagttacta
4381 gaataaaatc atctacttta aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa //
ЛОКУС NM_001136135 (изоформа 3)
AK/TpaHCH44H4=MSAHLQWMWRNCSSFLIKRNKQTYSTEPNNLKARNSFRYNGLI HRKTVGVEPAADGKGWWIKRRS GQRKPATSYVRTTINKNARATLS SIRHMIRKNKY RPDLRMDMLASTGSGLCCSVAVQPWASSSTSLCLRTLICNMRVDRPYYSGLMRRLNVQ NLLDCAHKS кДНК: 1 ctctttccgt ctcaggtcgc cgctgcgaag ggagccgccg ccatgtctgc gcatctgcaa tggatggtcg tgcggaactg ctccagtttc ctgatcaaga ggaataagca gacctacagc
121 actgagccca ataacttgaa ggcccgcaat tccttccgct acaacggact gattcaccgc
181 aagactgtgg gcgtggagcc ggcagccgac ggcaaaggtg tcgtggtggt cattaagcgg
241 agatccggcc agcggaagcc tgccacctcc tatgtgcgga ccaccatcaa caagaatgct
301 cgcgccacgc tcagcagcat cagacacatg atccgcaaga acaagtaccg ccccgacctg
361 cgcatggaca tgctggcatc tactgggtca gggctctgct gctcggtggc tgtgcaacct
421 tgggcaagtt cctcaacctc tctgtgtctt cgtaccctca tctgtaacat gcgtgtcgat
481 agaccctact actcagggtt gatgagaaga ttaaatgtgc aaaacctgct tgactgtgcc
541 cacaaatcct gattgtagga ataaattaat gactttttat aaatattttg atcagatgga
601 ctcatgatca cagatgtctt cacatgccta tgactaattt gtacacaaac taatgctcgt
661 gtttcccaag cacctggaag acatgccaga tccatgtgca gtaatgcctg gtggctccag
721 gtctgccccg ccgtcctgtg gggctgtgag ctttcccagc ctcctgcccg tgtttgtgaa
781 tatcattctg tcctcagctg catttccagc ccaggctgtt tggcgctgcc caggaatggt
841 atcaattccc ctgtttctct tgtagccagt tactagaata aaatcatcta ctttaaaaaa
901 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaa //
ЛОКУС NM_001136136 (изоформа 4)
AK/TpaHCH44H4=MSAHLQWMWRNCSSFLIKRNKQTYSTEPNNLKARNSFRYNGLI HRKTVGVEPAADGKGWWI KRRSGEFCLVWARERPLSRVWEL кДНК: 1 ctctttccgt ctcaggtcgc cgctgcgaag ggagccgccg ccatgtctgc gcatctgcaa tggatggtcg tgcggaactg ctccagtttc ctgatcaaga ggaataagca gacctacagc
121 actgagccca ataacttgaa ggcccgcaat tccttccgct acaacggact gattcaccgc
181 aagactgtgg gcgtggagcc ggcagccgac ggcaaaggtg tcgtggtggt cattaagcgg
241 agatccggtg agttttgtct ggtttgggcc agagagcggc ccctttcccg ggtctgggag
301 ctgtgatttt ttactgtcag gcaggaagag cggtaactgc catcgcggcg ggcatccctg
361 gcgccagggt gttggtctgg gtaccggctt ccctctcggc cgacttgtca gctctgtgag
421 ccgcgcgcgt ctgagcccgt gtcctcacct gtaaagtgga gaaatgaaaa aggacctgaa
481 cttcctcggt ggttgttgag agttaaggca cggggttgat gttttcagat gaaattctca
541 aagcaagtca gggtggggat ggatggtttc atcccacagg tgggaagatt gagg //
ЛОКУС NM_001136137 (изоформа 5)
AK/TpaHCH44H4=MSAHLQWMWRNCSSFLIKRNKQTYSTEPNNLKARNSFRYNGLI HRKTVGVEPAADGKGWWI KRRS E кДНК: 1 ctctttccgt ctcaggtcgc cgctgcgaag ggagccgccg ccatgtctgc gcatctgcaa tggatggtcg tgcggaactg ctccagtttc ctgatcaaga ggaataagca gacctacagc
121 actgagccca ataacttgaa ggcccgcaat tccttccgct acaacggact gattcaccgc
181 aagactgtgg gcgtggagcc ggcagccgac ggcaaaggtg tcgtggtggt cattaagcgg
241 agatccgagt gagtttttct caggtccttg attggaactg cctcagagcc aagggtcctt
301 ttactcagtg gcagcaacaa acgcagtctg ttggctagtg atcctcctgt ctcagggaca
361 cgtagtccag ggagcagcca attgcttggc acttggggac cccgttctgg ggagtcctga
421 aagctttcac ctcttggatt gccgaataca tgggtggccc ttcctagact aagggactgg
481 cctgagtgag gctgggcctc tcagccaagc tgatgttgaa ccactgctgt ggggatgggc
- 182 038600
541 ctggggttcc tgggaagctg ttcataccca ttgccaggag cgtgggctct ggctggacct
601 ggatcagatc ctaactgaag cggcagcttt ctggcatgag aaaggagtgt tttcatggtg
661 gacagaattg ggctatgagt gt //
28. RPS5: RPS5 рибосомальный белок S5 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001009
AK/TpaHcm44H4=MTEWETAAPAVAETPDIKLFGKWSTDDVQINDISLQDYIAVKEK YAKYLPHSAGRYAAKRFRKAQCPIVERLTNSMMMHGRNNGKKLMTVRIVKHAFEIIHL LTGENPLQVLVNAIINSGPREDSTRIGRAGTVRRQAVDVSPLRRVNQAIWLLCTGARE AAFRNIKTIAECLADELINAAKGSSNSYAIKKKDELERVAKSNR кДНК: 1 ctcttcctgt ctgtaccagg gcggcgcgtg gtctacgccg agtgacagag acgctcaggc tgtgttctca ggatgaccga gtgggagaca gcagcaccag cggtggcaga gaccccagac
121 atcaagctct ttgggaagtg gagcaccgat gatgtgcaga tcaatgacat ttccctgcag
181 gattacattg cagtgaagga gaagtatgcc aagtacctgc ctcacagtgc agggcggtat
241 gccgccaaac gcttccgcaa agctcagtgt cccattgtgg agcgcctcac taactccatg
301 atgatgcacg gccgcaacaa cggcaagaag ctcatgactg tgcgcatcgt caagcatgcc
361 ttcgagatca tacacctgct cacaggcgag aaccctctgc aggtcctggt gaacgccatc
421 atcaacagtg gtccccggga ggactccaca cgcattgggc gcgccgggac tgtgagacga
481 caggctgtgg atgtgtcccc cctgcgccgt gtgaaccagg ccatctggct gctgtgcaca
541 ggcgctcgtg aggctgcctt ccggaacatt aagaccattg ctgagtgcct ggcagatgag
601 ctcatcaatg ctgccaaggg ctcctcgaac tcctatgcca ttaagaagaa ggacgagctg
661 gagcgtgtgg ccaagtccaa ccgctgattt tcccagctgc tgcccaataa acctgtctgc
721 cctttggggc agtcccagcc aaaaaaaaaa aaaaa //
29. RPS6: RPS6 рибосомальный белок S6 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001010
AK/TpaHcm44H4=MKLNISFPATGCQKLIEVDDERKLRTFYEKRMATEVAADALGEE WKGYWRISGGNDKQGFPMKQGVLTHGRVRLLLSKGHSCYRPRRTGERKRKSVRGCIV DANLSVLNLVIVKKGEKDIPGLTDTTVPRRLGPKRASRIRKLFNLSKEDDVRQYWRK PLNKEGKKPRTKAPKIQRLVTPRVLQHKRRRIALKKQRTKKNKEEAAEYAKLLAKRMK EAKEKRQEQIAKRRRLSSLRASTSKSESSQK кДНК: 1 cctcttttcc gtggcgcctc ggaggcgttc agctgcttca agatgaagct gaacatctcc ttcccagcca ctggctgcca gaaactcatt gaagtggacg atgaacgcaa acttcgtact
121 ttctatgaga agcgtatggc cacagaagtt gctgctgacg ctctgggtga agaatggaag
181 ggttatgtgg tccgaatcag tggtgggaac gacaaacaag gtttccccat gaagcagggt
241 gtcttgaccc atggccgtgt ccgcctgcta ctgagtaagg ggcattcctg ttacagacca
301 aggagaactg gagaaagaaa gagaaaatca gttcgtggtt gcattgtgga tgcaaatctg
361 agcgttctca acttggttat tgtaaaaaaa ggagagaagg atattcctgg actgactgat
421 actacagtgc ctcgccgcct gggccccaaa agagctagca gaatccgcaa acttttcaat
481 ctctctaaag aagatgatgt ccgccagtat gttgtaagaa agcccttaaa taaagaaggt
541 aagaaaccta ggaccaaagc acccaagatt cagcgtcttg ttactccacg tgtcctgcag
601 cacaaacggc ggcgtattgc tctgaagaag cagcgtacca agaaaaataa agaagaggct
661 gcagaatatg ctaaactttt ggccaagaga atgaaggagg ctaaggagaa gcgccaggaa
721 caaattgcga agagacgcag actttcctct ctgcgagctt ctacttctaa gtctgaatcc
781 agtcagaaat aagatttttt gagtaacaaa taaataagat cagactctg //
30. SLTM: SLTM SAFB-подобный, модулятор транскрипции [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001013843 (изоформа b)
AK/TpaHcnH4HH=MAAATGAVAASAASGQAEGKKITDLRVIDLKSELKRRNLDITGV KTVLISRLKQAIEEEGGDPDNIELTVSTDTPNKKPTKGKGKKHEADELSGDASVEDDA FIKDCELENQEAHEQDGNDELKDSEEFGENEEENVHSKELLSAEENKRAHELIEAEGI EDIEKEDIESQEIEAQEGEDDTFLTAQDGEEEENEKEGSLAEADHTAHEEMEAHTTVK EAEDDNISVTIQAEDAITLDFDGDDLLETGKNVKITDSEASKPKDGQDAIAQSPEKES KDYEMNANHKDGKKEDCVKGDPVEKEARESSKKAESGDKEKDTLKKGPSSTGASGQAK SSSKESKDSKTSSKDDKGSTSSTSGSSGSSTKNIWVSGLSSNTKAADLKNLFGKYGKV
- 183 038600
LSAKWTNARSPGAKCYGIVTMSSSTEVSRCIAHLHRTELHGQLISVEKVKGDPSKKE MKKENDEKSSSRSSGDKKNTSDRSSKTQASVKKEEKRSSEKSEKKESKDTKKIEGKDE KNDNGASGQTSESIKKSEEKKRISSKSPGHMVILDQTKGDHCRPSRRGRYEKIHGRSK EKERASLDKKRDKDYRRKEILPFEKMKEQRLREHLVRFERLRRAMELRRRREIAERER RERERIRIIREREERERLQRERERLEIERQKLERERMERERLERERIRIEQERRKEAE RIAREREELRRQQQQLRYEQEKRNSLKRPRDVDHRRDDPYWSENKKLSLDTDARFGHG SDYSRQQNRFNDFDHRERGRFPESSAVQSSSFERRDRFVGQSEGKKARPTARREDPSF ERYPKNFSDSRRNEPPPPRNELRESDRREVRGERDERRTVIIHDRPDITHPRHPREAG PNPSRPTSWKSEGSMSTDKRETRVERPERSGREVSGHSVRGAPPGNRSSASGYGSREG DRGVITDRGGGSQHYPEERHWERHGRDTSGPRKEWHGPPSQGPSYHDTRRMGDGRAG AGMITQHSSNASPINRIVQISGNSMPRGSGSGFKPFKGGPPRRF кДНК: 1 gcggccgccg aggcctgggt ggaagttggc gctgctgccg ccgccctgca gcccactcgc tgcctcggca gcgcgctgct cttctaagat ggctgccgct accggtgcgg tggcagcctc
121 ggccgcctcg ggtcaggcgg aaggtaaaaa gatcaccgat ctgcgggtca tcgatctgaa
181 gtccgagctg aagcggcgga acttagacat caccggagtc aagaccgtgc tcatctcccg
241 actcaagcag gctattgaag aggaaggagg cgatccagat aatattgaat taactgtttc
301 aactgatact ccaaacaaga aaccaactaa aggcaaaggt aaaaaacatg aagcagatga
361 gttgagtgga gatgcttctg tggaagatga tgcttttatc aaggactgtg aattggagaa
421 tcaagaggca catgagcaag atggaaatga tgaactaaag gactctgaag aatttggtga
481 aaatgaagaa gaaaatgtgc attccaagga gttactctct gcagaagaaa acaagagagc
541 tcatgaatta atagaggcag aaggaataga agatatagaa aaagaggaca tcgaaagtca
601 ggaaattgaa gctcaagaag gtgaagatga tacctttcta acagcccaag atggtgagga
661 agaagaaaat gagaaagaag ggagcctagc tgaggctgat cacacagctc atgaagagat
721 ggaagctcat acgactgtga aagaagctga ggatgacaac atctcggtca caatccaggc
781 tgaagatgcc atcactctgg attttgatgg tgatgacctc ctagaaacag gtaaaaatgt
841 gaaaattaca gattctgaag caagtaagcc aaaagatggg caggacgcca ttgcacagag
901 cccggagaag gaaagcaagg attatgagat gaatgcgaac cataaagatg gtaagaagga
961 agactgcgtg aagggtgacc ctgtcgagaa ggaagccaga gaaagttcta agaaagcaga
1021 atctggagac aaagaaaagg atactttgaa gaaagggccc tcgtctactg gggcctctgg
1081 tcaagcaaag agctcttcaa aggaatctaa agacagcaag acatcatcta aagatgacaa
1141 aggaagtaca agtagtacta gtggtagcag tggaagctca actaaaaata tctgggttag
1201 tggactttca tctaatacca aagctgctga tttgaagaac ctctttggca aatatggaaa
1261 ggttctgagt gcaaaagtag ttacaaatgc tcgaagtcct ggggcaaaat gctatggcat
1321 tgtaactatg tcttcaagca cagaggtgtc caggtgtatt gcacatcttc atcgcactga
1381 gctgcatgga cagctgattt ctgttgaaaa agtaaaaggt gatccctcta agaaagaaat
1441 gaagaaagaa aatgatgaaa agagtagttc aagaagttct ggagataaaa aaaatacgag
1501 tgatagaagt agcaagacac aagcctctgt caaaaaagaa gagaaaagat cgtctgagaa
1561 atctgaaaaa aaagaaagca aggatactaa gaaaatagaa ggtaaagatg agaagaatga
1621 taatggagca agtggccaaa catcagaatc gattaaaaaa agtgaagaaa agaagcgaat
1681 aagttccaag agtccaggac atatggtaat actagaccaa actaaaggag atcattgtag
1741 accatcaaga agaggaagat atgagaaaat tcatggaaga agtaaggaaa aggagagagc
1801 tagtctagat aaaaaaagag ataaagacta cagaaggaaa gagatcttgc cttttgaaaa
1861 gatgaaggaa caaaggttga gagaacattt agttcgtttt gaaaggctgc gacgagcaat
1921 ggaacttcga agacgaagag agattgcaga gagagagcgt cgagagcgag aacgcattag
1981 aataattcgt gaacgggaag aacgggaacg cttacagaga gagagagagc gcctagaaat
2041 tgaaaggcaa aaactagaga gagagagaat ggaacgcgaa cgcttggaaa gggaacgcat
2101 tcgtattgaa caggaacgtc gtaaggaagc tgaacggatt gctcgagaaa gagaggaact
2161 cagaaggcaa caacagcagc ttcgttatga acaagaaaaa aggaattcct tgaaacgccc
2221 acgtgatgta gatcataggc gagatgatcc ttactggagc gagaataaaa agttgtctct
2281 agatacagat gcacgatttg gccatggatc cgactactct cgccaacaga acagatttaa
2341 tgactttgat caccgagaga ggggcaggtt tcctgagagt tcagcagtac agtcttcatc
2401 ttttgaaagg cgggatcgct ttgttggtca aagtgagggg aaaaaagcac gacctactgc
2461 acgaagggaa gatccaagct tcgaaagata tcccaaaaat ttcagtgact ccagaagaaa
2521 tgagcctcca ccaccaagaa atgaacttag agaatcagac aggcgagaag tacgagggga
2581 gcgagacgaa aggagaacgg tgattattca tgacaggcct gatatcactc atcctagaca
2641 tcctcgagag gcagggccca atccttccag acccaccagc tggaaaagtg aaggaagcat
2701 gtccactgac aaacgggaaa caagagttga aaggccagaa cgatctggga gagaagtatc
2761 agggcacagt gtgagaggcg ctccccctgg gaatcgtagc agcgcttcgg ggtacgggag
2821 cagagaggga gacagaggag tcatcacaga ccgaggaggt ggatcacagc actatcctga
2881 ggagcgacat gtggttgaac gccatggacg ggacacaagc ggaccaagga aagagtggca
- 184 038600
2941 tggtccaccc tctcaagggc ctagctatca tgatacgagg cgaatgggtg acggccgggc
3001 aggagcaggc atgataaccc aacattcaag taacgcatcc ccaattaata gaattgtaca
3061 aatcagtggc aattccatgc caagaggaag tggctccgga tttaagccat ttaagggtgg
3121 acctccgcga cgattctgaa aatgagctct ctgccaaggt tttaagataa tttattgaaa
3181 tctcctgtaa actttacttg actacttatg aagaggacct ctgacttgct tgagagttct
3241 gtcagacttt tctttttaaa aatttaacat gattgctttt ctcaattttg gagaagatgt
3301 ttaaatagtt ctgttgtaac ttttaatagt tttgtgtatc attcaacttt ttttcttgca
3361 gcaccgaggc acatttgaaa agatggaatt gaagtcgttt tgtttaacgc tgtgtgaata
3421 taaagagtag tttgcagctg tgtggtagtg gtttaatttg cagccttagc tctgtggtgt
3481 ctggctctag agttacttct ttttaccaag cattttcagc ctccattttg aaggctgtct
3541 acacttaaga agtcttagct gtctaatttt tagagaataa gattgttcat tgcatttctg
3601 agtattatgt aacctatttt tgcagaaggt actgttacat taagtgcatc tgtgtatcct
3661 ggtttaaaaa aatgtaatct tttttgaaat aaaccttcat attctgtata gttgctaaag
3721 tgttgagaac ctttttaatt gtaaaatgag aaccgatttt cagtttagtg tagcagcaca
3781 cttgttcagg tttgcatggt atgaaaccaa atagattcat gaaaccttgg ccatgaggtt
3841 tgtttcacaa ggttcttaga ccgagttgtg caggtaagtg cacttttagg taatctgcac
3901 tgtttgtttg atggataaat tccatctctg ggaattgtgt gggtattaat gtttccatgt
3961 tcccaactat gttgagaagt ggaaaaaaac ccaggttcta gatgggtgaa tcagttgggt
4021 tttgtaaata cttgtatgtg gggaagacat tgttgtcttt ttgtgaaaat aaaaatccac
4081 acctggaagt gtaaaaaaaa aaaaaaaaaa //
ЛОКУС NM_024755 (изоформа a)
AK/TpaHcn44H4=MAAATGAVAASAASGQAEGKKITDLRVIDLKSELKRRNLDITGV KTVLISRLKQAIEEEGGDPDNIELTVSTDTPNKKPTKGKGKKHEADELSGDASVEDDA FIKDCELENQEAHEQDGNDELKDSEEFGENEEENVHSKELLSAEENKRAHELIEAEGI EDIEKEDIESQEIEAQEGEDDTFLTAQDGEEEENEKDIAGSGDGTQEVSKPLPSEGSL AEADHTAHEEMEAHTTVKEAEDDNISVTIQAEDAITLDFDGDDLLETGKNVKITDSEA SKPKDGQDAIAQSPEKESKDYEMNANHKDGKKEDCVKGDPVEKEARESSKKAESGDKE KDTLKKGPSSTGASGQAKSSSKESKDSKTSSKDDKGSTSSTSGSSGSSTKNIWVSGLS SNTKAADLKNLFGKYGKVLSAKWTNARSPGAKCYGIVTMSSSTEVSRCIAHLHRTEL HGQLISVEKVKGDPSKKEMKKENDEKSSSRSSGDKKNTSDRSSKTQASVKKEEKRSSE KSEKKESKDTKKIEGKDEKNDNGASGQTSESIKKSEEKKRISSKSPGHMVILDQTKGD HCRPSRRGRYEKIHGRSKEKERASLDKKRDKDYRRKEILPFEKMKEQRLREHLVRFER LRRAMELRRRREIAERERRERERIRIIREREERERLQRERERLEIERQKLERERMERE RLERERIRIEQERRKEAERIAREREELRRQQQQLRYEQEKRNSLKRPRDVDHRRDDPY WSENKKLSLDTDARFGHGSDYSRQQNRFNDFDHRERGRFPESSAVQSSSFERRDRFVG QSEGKKARPTARREDPSFERYPKNFSDSRRNEPPPPRNELRESDRREVRGERDERRTV IIHDRPDITHPRHPREAGPNPSRPTSWKSEGSMSTDKRETRVERPERSGREVSGHSVR GAPPGNRSSASGYGSREGDRGVITDRGGGSQHYPEERHWERHGRDTSGPRKEWHGPP SQGPSYHDTRRMGDGRAGAGMITQHSSNASPINRIVQISGNSMPRGSGSGFKPFKGGP PRRF кДНК: 1 gcggccgccg aggcctgggt ggaagttggc gctgctgccg ccgccctgca gcccactcgc 61 tgcctcggca gcgcgctgct cttctaagat ggctgccgct accggtgcgg tggcagcctc
121 ggccgcctcg ggtcaggcgg aaggtaaaaa gatcaccgat ctgcgggtca tcgatctgaa
181 gtccgagctg aagcggcgga acttagacat caccggagtc aagaccgtgc tcatctcccg
241 actcaagcag gctattgaag aggaaggagg cgatccagat aatattgaat taactgtttc
301 aactgatact ccaaacaaga aaccaactaa aggcaaaggt aaaaaacatg aagcagatga
361 gttgagtgga gatgcttctg tggaagatga tgcttttatc aaggactgtg aattggagaa
421 tcaagaggca catgagcaag atggaaatga tgaactaaag gactctgaag aatttggtga
481 aaatgaagaa gaaaatgtgc attccaagga gttactctct gcagaagaaa acaagagagc
541 tcatgaatta atagaggcag aaggaataga agatatagaa aaagaggaca tcgaaagtca
601 ggaaattgaa gctcaagaag gtgaagatga tacctttcta acagcccaag atggtgagga
661 agaagaaaat gagaaagata tagcaggttc tggtgatggt acacaagaag tatctaaacc
721 tcttccttca gaagggagcc tagctgaggc tgatcacaca gctcatgaag agatggaagc
781 tcatacgact gtgaaagaag ctgaggatga caacatctcg gtcacaatcc aggctgaaga
841 tgccatcact ctggattttg atggtgatga cctcctagaa acaggtaaaa atgtgaaaat
901 tacagattct gaagcaagta agccaaaaga tgggcaggac gccattgcac agagcccgga
961 gaaggaaagc aaggattatg agatgaatgc gaaccataaa gatggtaaga aggaagactg
1021 cgtgaagggt gaccctgtcg agaaggaagc cagagaaagt tctaagaaag cagaatctgg
- 185 038600
1081 agacaaagaa aaggatactt tgaagaaagg gccctcgtct actggggcct ctggtcaagc
1141 aaagagctct tcaaaggaat ctaaagacag caagacatca tctaaagatg acaaaggaag
1201 tacaagtagt actagtggta gcagtggaag ctcaactaaa aatatctggg ttagtggact
1261 ttcatctaat accaaagctg ctgatttgaa gaacctcttt ggcaaatatg gaaaggttct
1321 gagtgcaaaa gtagttacaa atgctcgaag tcctggggca aaatgctatg gcattgtaac
1381 tatgtcttca agcacagagg tgtccaggtg tattgcacat cttcatcgca ctgagctgca
1441 tggacagctg atttctgttg aaaaagtaaa aggtgatccc tctaagaaag aaatgaagaa
1501 agaaaatgat gaaaagagta gttcaagaag ttctggagat aaaaaaaata cgagtgatag
1561 aagtagcaag acacaagcct ctgtcaaaaa agaagagaaa agatcgtctg agaaatctga
1621 aaaaaaagaa agcaaggata ctaagaaaat agaaggtaaa gatgagaaga atgataatgg
1681 agcaagtggc caaacatcag aatcgattaa aaaaagtgaa gaaaagaagc gaataagttc
1741 caagagtcca ggacatatgg taatactaga ccaaactaaa ggagatcatt gtagaccatc
1801 aagaagagga agatatgaga aaattcatgg aagaagtaag gaaaaggaga gagctagtct
1861 agataaaaaa agagataaag actacagaag gaaagagatc ttgccttttg aaaagatgaa
1921 ggaacaaagg ttgagagaac atttagttcg ttttgaaagg ctgcgacgag caatggaact
1981 tcgaagacga agagagattg cagagagaga gcgtcgagag cgagaacgca ttagaataat
2041 tcgtgaacgg gaagaacggg aacgcttaca gagagagaga gagcgcctag aaattgaaag
2101 gcaaaaacta gagagagaga gaatggaacg cgaacgcttg gaaagggaac gcattcgtat
2161 tgaacaggaa cgtcgtaagg aagctgaacg gattgctcga gaaagagagg aactcagaag
2221 gcaacaacag cagcttcgtt atgaacaaga aaaaaggaat tccttgaaac gcccacgtga
2281 tgtagatcat aggcgagatg atccttactg gagcgagaat aaaaagttgt ctctagatac
2341 agatgcacga tttggccatg gatccgacta ctctcgccaa cagaacagat ttaatgactt
2401 tgatcaccga gagaggggca ggtttcctga gagttcagca gtacagtctt catcttttga
2461 aaggcgggat cgctttgttg gtcaaagtga ggggaaaaaa gcacgaccta ctgcacgaag
2521 ggaagatcca agcttcgaaa gatatcccaa aaatttcagt gactccagaa gaaatgagcc
2581 tccaccacca agaaatgaac ttagagaatc agacaggcga gaagtacgag gggagcgaga
2641 cgaaaggaga acggtgatta ttcatgacag gcctgatatc actcatccta gacatcctcg
2701 agaggcaggg cccaatcctt ccagacccac cagctggaaa agtgaaggaa gcatgtccac
2761 tgacaaacgg gaaacaagag ttgaaaggcc agaacgatct gggagagaag tatcagggca
2821 cagtgtgaga ggcgctcccc ctgggaatcg tagcagcgct tcggggtacg ggagcagaga
2881 gggagacaga ggagtcatca cagaccgagg aggtggatca cagcactatc ctgaggagcg
2941 acatgtggtt gaacgccatg gacgggacac aagcggacca aggaaagagt ggcatggtcc
3001 accctctcaa gggcctagct atcatgatac gaggcgaatg ggtgacggcc gggcaggagc
3061 aggcatgata acccaacatt caagtaacgc atccccaatt aatagaattg tacaaatcag
3121 tggcaattcc atgccaagag gaagtggctc cggatttaag ccatttaagg gtggacctcc
3181 gcgacgattc tgaaaatgag ctctctgcca aggttttaag ataatttatt gaaatctcct
3241 gtaaacttta cttgactact tatgaagagg acctctgact tgcttgagag ttctgtcaga
3301 cttttctttt taaaaattta acatgattgc ttttctcaat tttggagaag atgtttaaat
3361 agttctgttg taacttttaa tagttttgtg tatcattcaa ctttttttct tgcagcaccg
3421 aggcacattt gaaaagatgg aattgaagtc gttttgttta acgctgtgtg aatataaaga
3481 gtagtttgca gctgtgtggt agtggtttaa tttgcagcct tagctctgtg gtgtctggct
3541 ctagagttac ttctttttac caagcatttt cagcctccat tttgaaggct gtctacactt
3601 aagaagtctt agctgtctaa tttttagaga ataagattgt tcattgcatt tctgagtatt
3661 atgtaaccta tttttgcaga aggtactgtt acattaagtg catctgtgta tcctggttta
3721 aaaaaatgta atcttttttg aaataaacct tcatattctg tatagttgct aaagtgttga
3781 gaaccttttt aattgtaaaa tgagaaccga ttttcagttt agtgtagcag cacacttgtt
3841 caggtttgca tggtatgaaa ccaaatagat tcatgaaacc ttggccatga ggtttgtttc
3901 acaaggttct tagaccgagt tgtgcaggta agtgcacttt taggtaatct gcactgtttg
3961 tttgatggat aaattccatc tctgggaatt gtgtgggtat taatgtttcc atgttcccaa
4021 ctatgttgag aagtggaaaa aaacccaggt tctagatggg tgaatcagtt gggttttgta
4081 aatacttgta tgtggggaag acattgttgt ctttttgtga aaataaaaat ccacacctgg
4141 aagtgtaaaa aaaaaaaaaa aaaa //
31. TMED4: TMED4 трансмембранный emp24 белок-транспортный домен, содержащий 4 [ Homo sapiens ] ЛОКУС NM_182547
AK/TpaHcm4UH4=MAGVGAGPLRAMGRQALLLLALCATGAQGLYFHIGETEKRCFIE EIPDETMVIGNYRTQMWDKQKEVFLPSTPGLGMHVEVKDPDGKWLSRQYGSEGRFTF TSHTPGDHQICLHSNSTRMALFAGGKLRVHLDIQVGEHANNYPEIAAKDKLTELQLRA RQLLDQVEQIQKEQDYQRYREERFRLTSESTNQRVLWWSIAQTVILILTGIWQMRHLK
- 186 038600
SFFEAKKLV кДНК: 1 ggcgcttagg ggctgaggcg cgatggcagg tgtcggggct gggcctctgc gggcgatggg gcggcaggcc ctgctgcttc tcgcgctgtg cgccacaggc gcccaggggc tctacttcca
121 catcggcgag accgagaagc gctgtttcat cgaggaaatc cccgacgaga ccatggtcat
181 cggcaactat cgtacccaga tgtgggataa gcagaaggag gtcttcctgc cctcgacccc
241 tggcctgggc atgcacgtgg aagtgaagga ccccgacggc aaggtggtgc tgtcccggca
301 gtacggctcg gagggccgct tcacgttcac ctcccacacg cccggtgacc atcaaatctg
361 tctgcactcc aattctacca ggatggctct cttcgctggt ggcaaactgc gtgtgcatct
421 cgacatccag gttggggagc atgccaacaa ctaccctgag attgctgcaa aagataagct
481 gacggagcta cagctccgcg cccgccagtt gcttgatcag gtggaacaga ttcagaagga
541 gcaggattac caaaggtatc gtgaagagcg cttccgactg acgagcgaga gcaccaacca
601 gagggtccta tggtggtcca ttgctcagac tgtcatcctc atcctcactg gcatctggca
661 gatgcgtcac ctcaagagct tctttgaggc caagaagctg gtgtagtgcc ctctttgtat
721 gacccttcct ttttacctca tttatttggt actttcccca cacagtcctt tatccgcctg
781 gatttttagg gaaaaaaatg aaaaagaata agtcacattg gttccatggc cacaaaccat
841 tcagatcagc cacttgctga ccctggttct taaggacaca tgacattagt ccaatctttc
901 aaaatcttgt cttagggctt gtgaggaatc agaactaacc caggactcag tcctgcttct
961 tttgcctcga gtgattttcc tctgtttttc actaaataag caaatgaaaa ctctctccat
1021 taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaa //
32. TNRCBA: ADRBK1 адренергическая, бета, рецепторная киназа 1 [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_001619
AK/TpaHcnH4HH=MADLEAVLADVSYLMAMEKSKATPAARASKKILLPEPSIRSVMQ KYLEDRGEVTFEKIFSQKLGYLLFRDFCLNHLEEARPLVEFYEEIKKYEKLETEEERV ARSREIFDSYIMKELLACSHPFSKSATEHVQGHLGKKQVPPDLFQPYIEEICQNLRGD VFQKFIESDKFTRFCQWKNVELNIHLTMNDFSVHRIIGRGGFGEVYGCRKADTGKMYA MKCLDKKRIKMKQGETLALNERIMLSLVSTGDCPFIVCMSYAFHTPDKLSFILDLMNG GDLHYHLSQHGVFSEADMRFYAAEIILGLEHMHNRFWYRDLKPANILLDEHGHVRIS DLGLACDFSKKKPHASVGTHGYMAPEVLQKGVAYDSSADWFSLGCMLFKLLRGHSPFR QHKTKDKHEIDRMTLTMAVELPDSFSPELRSLLEGLLQRDVNRRLGCLGRGAQEVKES PFFRSLDWQMVFLQKYPPPLIPPRGEVNAADAFDIGSFDEEDTKGIKLLDSDQELYRN FPLTISERWQQEVAETVFDTINAETDRLEARKKAKNKQLGHEEDYALGKDCIMHGYMS KMGNPFLTQWQRRYFYLFPNRLEWRGEGEAPQSLLTMEEIQSVEETQIKERKCLLLKI RGGKQFILQCDSDPELVQWKKELRDAYREAQQLVQRVPKMKNKPRSPWELSKVPLVQ RGSANGL кДНК: 1 cgggcgcgcg ggcggcggcg gcggcggcgc cccgactgca gtcccggcgg gagcggagcg cgagccgggg ccgggcccga gccggcgcca tggggcggcg ccgcctgtga gcggcggcga
121 gcggagccgc gggcgccgag cagggccagg cgggaggcgt cggcgcccga ggccgagcga
181 gccgcggccg ggccgggccg agcgccgagc gagcaggagc ggcggcggcg gcggcggcgg
241 cgggaggagg cagcgccgcc gccaagatgg cggacctgga ggcggtgctg gccgacgtga
301 gctacctgat ggccatggag aagagcaagg ccacgccggc cgcgcgcgcc agcaagaaga
361 tcctgctgcc cgagcccagc atccgcagtg tcatgcagaa gtacctggag gaccggggcg
421 aggtgacctt tgagaagatc ttttcccaga agctggggta cctgctcttc cgagacttct
481 gcctgaacca cctggaggag gccaggccct tggtggaatt ctatgaggag atcaagaagt
541 acgagaagct ggagacggag gaggagcgtg tggcccgcag ccgggagatc ttcgactcat
601 acatcatgaa ggagctgctg gcctgctcgc atcccttctc gaagagtgcc actgagcatg
661 tccaaggcca cctggggaag aagcaggtgc ctccggatct cttccagcca tacatcgaag
721 agatttgtca aaacctccga ggggacgtgt tccagaaatt cattgagagc gataagttca
781 cacggttttg ccagtggaag aatgtggagc tcaacatcca cctgaccatg aatgacttca
841 gcgtgcatcg catcattggg cgcgggggct ttggcgaggt ctatgggtgc cggaaggctg
901 acacaggcaa gatgtacgcc atgaagtgcc tggacaaaaa gcgcatcaag atgaagcagg
961 gggagaccct ggccctgaac gagcgcatca tgctctcgct cgtcagcact ggggactgcc
1021 cattcattgt ctgcatgtca tacgcgttcc acacgccaga caagctcagc ttcatcctgg
1081 acctcatgaa cggtggggac ctgcactacc acctctccca gcacggggtc ttctcagagg
1141 ctgacatgcg cttctatgcg gccgagatca tcctgggcct ggagcacatg cacaaccgct
1201 tcgtggtcta ccgggacctg aagccagcca acatccttct ggacgagcat ggccacgtgc
1261 ggatctcgga cctgggcctg gcctgtgact tctccaagaa gaagccccat gccagcgtgg
- 187 038600
1321 gcacccacgg gtacatggct ccggaggtcc tgcagaaggg cgtggcctac gacagcagtg
1381 ccgactggtt ctctctgggg tgcatgctct tcaagttgct gcgggggcac agccccttcc
1441 ggcagcacaa gaccaaagac aagcatgaga tcgaccgcat gacgctgacg atggccgtgg
1501 agctgcccga ctccttctcc cctgaactac gctccctgct ggaggggttg ctgcagaggg
1561 atgtcaaccg gagattgggc tgcctgggcc gaggggctca ggaggtgaaa gagagcccct
1621 ttttccgctc cctggactgg cagatggtct tcttgcagaa gtaccctccc ccgctgatcc
1681 ccccacgagg ggaggtgaac gcggccgacg ccttcgacat tggctccttc gatgaggagg
1741 acacaaaagg aatcaagtta ctggacagtg atcaggagct ctaccgcaac ttccccctca
1801 ccatctcgga gcggtggcag caggaggtgg cagagactgt cttcgacacc atcaacgctg
1861 agacagaccg gctggaggct cgcaagaaag ccaagaacaa gcagctgggc catgaggaag
1921 actacgccct gggcaaggac tgcatcatgc atggctacat gtccaagatg ggcaacccct
1981 tcctgaccca gtggcagcgg cggtacttct acctgttccc caaccgcctc gagtggcggg
2041 gcgagggcga ggccccgcag agcctgctga ccatggagga gatccagtcg gtggaggaga
2101 cgcagatcaa ggagcgcaag tgcctgctcc tcaagatccg cggtgggaaa cagttcattt
2161 tgcagtgcga tagcgaccct gagctggtgc agtggaagaa ggagctgcgc gacgcctacc
2221 gcgaggccca gcagctggtg cagcgggtgc ccaagatgaa gaacaagccg cgctcgcccg
2281 tggtggagct gagcaaggtg ccgctggtcc agcgcggcag tgccaacggc ctctgacccg
2341 cccacccgcc ttttataaac ctctaattta ttttgtcgaa tttttattat ttgttttccc
2401 gccaagcgga aaaggtttta ttttgtaatt attgtgattt cccgtggccc cagcctggcc
2461 cagctccccc gggaggggcc cgcttgcctc ggctcctgct gcaccaaccc agccgctgcc
2521 cggcgccctc tgtcctgact tcaggggctg cccgctccca gtgtcttcct gtgggggaag
2581 agcacagccc tcccgcccct tccccgaggg atgatgccac accaagctgt gccaccctgg
2641 gctctgtggg ctgcactctg tgcccatggg cactgctggg tggcccatcc cccctcacca
2701 ggggcaggca cagcacaggg atccgacttg aattttccca ctgcaccccc tcctgctgca
2761 gaggggcagg ccctgcactg tcctgctcca cagtgttggc gagaggaggg gcccgttgtc
2821 tccctggccc tcaaggcctc ccacagtgac tcgggctcct gtgcccttat tcaggaaaag
2881 cctctgtgtc actggctgcc tccactccca cttccctgac actgcggggc ttggctgaga
2941 gagtggcatt ggcagcaggt gctgctaccc tccctgctgt cccctcttgc cccaaccccc
3001 agcacccggg ctcagggacc acagcaaggc acctgcaggt tgggccatac tggcctcgcc
3061 tggcctgagg tctcgctgat gctgggctgg gtgcgacccc atctgcccag gacggggccg
3121 gccaggtggg cgggcagcac agcaaggagg ctggctgggg cctatcagtg tgccccccat
3181 cctggcccat cagtgtaccc ccgcccaggc tggccagccc cacagcccac gtcctgtcag
3241 tgccgccgcc tcgcccaccg catgccccct cgtgccagtc gcgctgcctg tgtggtgtcg
3301 cgccttctcc cccccggggc tgggttggcg caccctcccc tcccgtctac tcattccccg
3361 gggcgtttct ttgccgattt ttgaatgtga ttttaaagag tgaaaaatga gactatgcgt
3421 ttttataaaa aatggtgcct gattaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaa //
33. TUBB: TUBB тубулин, бета класс I [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_178014
AK/TpaHcm44H4=MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQL DRISVYYNEATGGKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWA KGHYTEGAELVDSVLDWRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYP DRIMNTFSWPSPKVSDTWEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLT TPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSR GSQQYRALTVPELTQQVFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQ NKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMAVTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRK AFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEEDFGEEAEEEA кДНК: 1 gcacctcgct gctccagcct ctggggcgca ttccaacctt ccagcctgcg acctgcggag aaaaaaaatt acttattttc ttgccccata cataccttga ggcgagcaaa aaaattaaat
121 tttaaccatg agggaaatcg tgcacatcca ggctggtcag tgtggcaacc agatcggtgc
181 caagttctgg gaggtgatca gtgatgaaca tggcatcgac cccaccggca cctaccacgg
241 ggacagcgac ctgcagctgg accgcatctc tgtgtactac aatgaagcca caggtggcaa
301 atatgttcct cgtgccatcc tggtggatct agaacctggg accatggact ctgttcgctc
361 aggtcctttt ggccagatct ttagaccaga caactttgta tttggtcagt ctggggcagg
421 taacaactgg gccaaaggcc actacacaga gggcgccgag ctggttgatt ctgtcctgga
481 tgtggtacgg aaggaggcag agagctgtga ctgcctgcag ggcttccagc tgacccactc
541 actgggcggg ggcacaggct ctggaatggg cactctcctt atcagcaaga tccgagaaga
601 ataccctgat cgcatcatga ataccttcag tgtggtgcct tcacccaaag tgtctgacac
661 cgtggtcgag ccctacaatg ccaccctctc cgtccatcag ttggtagaga atactgatga
- 188 038600
721 gacctattgc attgacaacg aggccctcta tgatatctgc ttccgcactc tgaagctgac
781 cacaccaacc tacggggatc tgaaccacct tgtctcagcc accatgagtg gtgtcaccac
841 ctgcctccgt ttccctggcc agctcaatgc tgacctccgc aagttggcag tcaacatggt
901 ccccttccca cgtctccatt tctttatgcc tggctttgcc cctctcacca gccgtggaag
961 ccagcagtat cgagctctca cagtgccgga actcacccag caggtcttcg atgccaagaa
1021 catgatggct gcctgtgacc cccgccacgg ccgatacctc accgtggctg ctgtcttccg
1081 tggtcggatg tccatgaagg aggtcgatga gcagatgctt aacgtgcaga acaagaacag
1141 cagctacttt gtggaatgga tccccaacaa tgtcaagaca gccgtctgtg acatcccacc
1201 tcgtggcctc aagatggcag tcaccttcat tggcaatagc acagccatcc aggagctctt
1261 caagcgcatc tcggagcagt tcactgccat gttccgccgg aaggccttcc tccactggta
1321 cacaggcgag ggcatggacg agatggagtt caccgaggct gagagcaaca tgaacgacct
1381 cgtctctgag tatcagcagt accaggatgc caccgcagaa gaggaggagg atttcggtga
1441 ggaggccgaa gaggaggcct aaggcagagc ccccatcacc tcaggcttct cagttccctt
1501 agccgtctta ctcaactgcc cctttcctct ccctcagaat ttgtgtttgc tgcctctatc
1561 ttgttttttg ttttttcttc tggggggggt ctagaacagt gcctggcaca tagtaggcgc
1621 tcaataaata cttgtttgtt gaatgtctcc tctctctttc cactctggga aacctaggtt
1681 tctgccattc tgggtgaccc tgtatttctt tctggtgccc attccatttg tccagttaat
1741 acttcctctt aaaaatctcc aagaagctgg gtctccagat cccatttaga accaaccagg
1801 tgctgaaaac acatgtagat aatggccatc atcctaagcc caaagtagaa aatggtagaa
1861 ggtagtgggt agaagtcact atataaggaa ggggatggga ttttccattc taaaagtttt
1921 ggagagggaa atccaggcta ttaaagtcac taaatttcta agtatgtcca tttcccatct
1981 cagcttcaag ggaggtgtca gcagtattat ctccactttc aatctccctc caagctctac
2041 tctggaggag tctgtcccac tctgtcaagt ggaatccttc cctttccaac tctacctccc
2101 tcactcagct cctttcccct gatcagagaa agggatcaag ggggttggga ggggggaaag
2161 agaccagcct tggtccctaa gcctccagaa acgtcttctt aatccccacc ttttcttact
2221 cccaaaaaag aatgaacacc cctgactctg gagtggtgta tactgccaca tcagtgtttg
2281 agtcagtccc cagaggagag gggaaccctc ctccatcttt tttgcaacat ctcatttctt
2341 ccttttgctg ttgcttcccc cctcacacac ttggttttgt tctatcctac atttgagatt
2401 tctattttat gttgaacttg ctgctttttt tcatattgaa aagatgacat cgccccaaga
2461 gccaaaaata aatgggaatt gaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa //
34. UBE21: UBE2I конъюгированный с убиквитином фермент E2I [ Homo sapiens ]
ЛОКУС NM_003345 (вариант 1)
AK/TpaHCH44H4=MSGIALSRLAQERKAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMNWECA IPGKKGTPWEGGLFKLRMLFKDDYPSSPPKCKFEPPLFHPNVYPSGTVCLSILEEDKD WRPAITIKQILLGIQELLNEPNIQDPAQAEAYTIYCQNRVEYEKRVRAQAKKFAPS кДНК: 1 gcccgcgcca gggtcctcgg agctgctctg gctgcgcgcg gagcgggctc cggagggaag tcccgagaca aagggaagcg ccgccgccgc cgccccgctc ggtcctccac ctgtccgcta
121 cgctcgccgg ggctgcggcc gcccgaggga ctttgaacat gtcggggatc gccctcagca
181 gactcgccca ggagaggaaa gcatggagga aagaccaccc atttggtttc gtggctgtcc
241 caacaaaaaa tcccgatggc acgatgaacc tcatgaactg ggagtgcgcc attccaggaa
301 agaaagggac tccgtgggaa ggaggcttgt ttaaactacg gatgcttttc aaagatgatt
361 atccatcttc gccaccaaaa tgtaaattcg aaccaccatt atttcacccg aatgtgtacc
421 cttcggggac agtgtgcctg tccatcttag aggaggacaa ggactggagg ccagccatca
481 caatcaaaca gatcctatta ggaatacagg aacttctaaa tgaaccaaat atccaagacc
541 cagctcaagc agaggcctac acgatttact gccaaaacag agtggagtac gagaaaaggg
601 tccgagcaca agccaagaag tttgcgccct cataagcagc gaccttgtgg catcgtcaaa
661 aggaagggat tggtttggca agaacttgtt tacaacattt ttgcaaatct aaagttgctc
721 catacaatga ctagtcacct gggggggttg ggcgggcgcc atcttccatt gccgccgcgg
781 gtgtgcggtc tcgattcgct gaattgcccg tttccataca gggtctcttc cttcggtctt
841 ttgtattttt gattgttatg taaaactcgc ttttatttta atattgatgt cagtatttca
901 actgctgtaa aattataaac ttttatactt gggtaagtcc cccaggggcg agttcctcgc
961 tctgggatgc aggcatgctt ctcaccgtgc agagctgcac ttggcctcag ctggctgtat
1021 ggaaatgcac cctccctcct gccgctcctc tctagaacct tctagaacct gggctgtgct
1081 gcttttgagc ctcagacccc aggtcagcat ctcggttctg cgccacttcc tttgtgttta
1141 tatggcgttt tgtctgtgtt gctgtttaga gtaaataaac tgtttatata aaggttttgg
1201 ttgcattatt atcattgaaa gtgagaggag gcggcctccc agtgcccggc cctccccacc
1261 cacctgcagc cccaccgcgg gccaggacca ggctctccat ctgcttcgga tgcacgcagg
- 189 038600
1321 ctgtgaggct ctgtcttgcc ctggatcttt gtaaacaggg ctgtgtacaa agtgctgctg
1381 aggtttctgt gctccccgca tctgcgggct gtagagcgct gggcagctaa gatctgcata
1441 ggtcgggatt ggcatcgaga ccctggcaac tgcaccggtg ccagctgtct tgggggccac
1501 aaggccaggt ccagaccagg gctgggggct gcctgaggac tcctatccgg gcagcctgct
1561 ggcgggggtt cccctcttca gtggccaggt cacagggatg gagctgcgct gtgcataggg
1621 tgccacctca ggtgtctgtc ccttgtgtcc tcaggaggca gccttgctac cacccgtggc
1681 aaacgccagg tgctttttct gggagagccc acagccgtgg ccctccaggg cttccccgac
1741 ccttagcgcc aggtagaggg ccctgggcag cctgtgtctg gaattcttcg tcctgaggcc
1801 acctgagtgt ggtctgtcct ggggaggctg tgcgcctcag cagccgtcct gacgctgagc
1861 cctctgcaaa ggttgggccg gccaggcctc ttggggctgc ctgagccact gcaggaagtg
1921 gcctggctgg gaagttgggt gccggtcacc tcccagcagg aaggcacagt ggacagagat
1981 gggaagccct gggggacaca gcccggtgct cccagccctc caacctctgg ctcccaaccc
2041 agtctcccca tcctagcgag cttggccctc ctcagtttcg tttcaagcct tggggctgga
2101 gctggccctg ctgccctggc accccccggt ggctggagct gggtccccgt ggcccaagtg
2161 cagggtccca agagggcagg gcggggctcc ccaaaggagc aaagaatgca gggagggcgg
2221 tccagggccc tgggaagggg agctcggcac cctccaggtc cgtgtgggac tccagccgct
2281 gttggctggg aatcgaagtt agaggtgact tccaaaggcc ccccgagccg gcagtgcccc
2341 ccaccacccc tccagcgact ctgcggtgcc agtgccttgt tggcttttcc ggctacgcac
2401 cctgcagtca ctgagctctc ggtctgacgt ctgatgtttg tggtttgttt ataacacggg
2461 gccttacctg gggaattcag ctggtttgaa tatttgtagc ccgctcccag aatgtcttat
2521 tttgtaatga ctgaactaca tttagtaata gttacacatg tatatggtta atacatatgg
2581 aaattcaata tattttgtag ttaacgtatt ctgaagtaac ggatgtttct cgccaatcgt
2641 agtgacttca gctaacgaaa tgttcttttg tagtaccacg gtcctcggcc taacgaagga
2701 cgtgaacctt gtaagaggag agctctgaaa cgcggtcacc tttgtttagt ggaagggaaa
2761 gtgtgttccc ggcatgaggt gcctcggaat tagtaaagaa ttgtgggcaa tggattaacc
2821 actgtatcta agaatccacc attaaagcat ttgcacagac aaaaaaaaaa a //
ЛОКУС NM_194259 (вариант 2)
AK/TpaHCH44H4=MSGIALSRLAQERKAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMNWECA IPGKKGTPWEGGLFKLRMLFKDDYPSSPPKCKFEPPLFHPNVYPSGTVCLSILEEDKD WRPAITIKQILLGIQELLNEPNIQDPAQAEAYTIYCQNRVEYEKRVRAQAKKFAPS кДНК: 1 gcccgcgcca gggtcctcgg agctgctctg gctgcgcgcg gagcgggctc cggagggaag tcccgagaca aagggaagcg ccgccgccgc cgccccgctc ggtcctccac ctgtccgcta
121 cgctcgccgg ggctgcggcc gcccgaggct gccctgagga tctgtgtttg gtgaaaagga
181 gccaaattca cctgcagggc aggcggctct agcagcttca gaagcctggt gccctggcga
241 cactggacct gccttggctt ctttgatccc aaccccaccc ccgatttctg ctctgctgac
301 tggggaagtc atcgtgccac ccagaacctg agtgcgggcc tctcagagct ccttcgtccg
361 tgggtctgcc ggggactggg ccttgtctcc ctaacgagtg ccagggactt tgaacatgtc
421 ggggatcgcc ctcagcagac tcgcccagga gaggaaagca tggaggaaag accacccatt
481 tggtttcgtg gctgtcccaa caaaaaatcc cgatggcacg atgaacctca tgaactggga
541 gtgcgccatt ccaggaaaga aagggactcc gtgggaagga ggcttgttta aactacggat
601 gcttttcaaa gatgattatc catcttcgcc accaaaatgt aaattcgaac caccattatt
661 tcacccgaat gtgtaccctt cggggacagt gtgcctgtcc atcttagagg aggacaagga
721 ctggaggcca gccatcacaa tcaaacagat cctattagga atacaggaac ttctaaatga
781 accaaatatc caagacccag ctcaagcaga ggcctacacg atttactgcc aaaacagagt
841 ggagtacgag aaaagggtcc gagcacaagc caagaagttt gcgccctcat aagcagcgac
901 cttgtggcat cgtcaaaagg aagggattgg tttggcaaga acttgtttac aacatttttg
961 caaatctaaa gttgctccat acaatgacta gtcacctggg ggggttgggc gggcgccatc
1021 ttccattgcc gccgcgggtg tgcggtctcg attcgctgaa ttgcccgttt ccatacaggg
1081 tctcttcctt cggtcttttg tatttttgat tgttatgtaa aactcgcttt tattttaata
1141 ttgatgtcag tatttcaact gctgtaaaat tataaacttt tatacttggg taagtccccc
1201 aggggcgagt tcctcgctct gggatgcagg catgcttctc accgtgcaga gctgcacttg
1261 gcctcagctg gctgtatgga aatgcaccct ccctcctgcc gctcctctct agaaccttct
1321 agaacctggg ctgtgctgct tttgagcctc agaccccagg tcagcatctc ggttctgcgc
1381 cacttccttt gtgtttatat ggcgttttgt ctgtgttgct gtttagagta aataaactgt
1441 ttatataaag gttttggttg cattattatc attgaaagtg agaggaggcg gcctcccagt
1501 gcccggccct ccccacccac ctgcagcccc accgcgggcc aggaccaggc tctccatctg
1561 cttcggatgc acgcaggctg tgaggctctg tcttgccctg gatctttgta aacagggctg
1621 tgtacaaagt gctgctgagg tttctgtgct ccccgcatct gcgggctgta gagcgctggg
- 190 038600
1681 cagctaagat ctgcataggt cgggattggc atcgagaccc tggcaactgc accggtgcca
1741 gctgtcttgg gggccacaag gccaggtcca gaccagggct gggggctgcc tgaggactcc
1801 tatccgggca gcctgctggc gggggttccc ctcttcagtg gccaggtcac agggatggag
1861 ctgcgctgtg catagggtgc cacctcaggt gtctgtccct tgtgtcctca ggaggcagcc
1921 ttgctaccac ccgtggcaaa cgccaggtgc tttttctggg agagcccaca gccgtggccc
1981 tccagggctt ccccgaccct tagcgccagg tagagggccc tgggcagcct gtgtctggaa
2041 ttcttcgtcc tgaggccacc tgagtgtggt ctgtcctggg gaggctgtgc gcctcagcag
2101 ccgtcctgac gctgagccct ctgcaaaggt tgggccggcc aggcctcttg gggctgcctg
2161 agccactgca ggaagtggcc tggctgggaa gttgggtgcc ggtcacctcc cagcaggaag
2221 gcacagtgga cagagatggg aagccctggg ggacacagcc cggtgctccc agccctccaa
2281 cctctggctc ccaacccagt ctccccatcc tagcgagctt ggccctcctc agtttcgttt
2341 caagccttgg ggctggagct ggccctgctg ccctggcacc ccccggtggc tggagctggg
2401 tccccgtggc ccaagtgcag ggtcccaaga gggcagggcg gggctcccca aaggagcaaa
2461 gaatgcaggg agggcggtcc agggccctgg gaaggggagc tcggcaccct ccaggtccgt
2521 gtgggactcc agccgctgtt ggctgggaat cgaagttaga ggtgacttcc aaaggccccc
2581 cgagccggca gtgcccccca ccacccctcc agcgactctg cggtgccagt gccttgttgg
2641 cttttccggc tacgcaccct gcagtcactg agctctcggt ctgacgtctg atgtttgtgg
2701 tttgtttata acacggggcc ttacctgggg aattcagctg gtttgaatat ttgtagcccg
2761 ctcccagaat gtcttatttt gtaatgactg aactacattt agtaatagtt acacatgtat
2821 atggttaata catatggaaa ttcaatatat tttgtagtta acgtattctg aagtaacgga
2881 tgtttctcgc caatcgtagt gacttcagct aacgaaatgt tcttttgtag taccacggtc
2941 ctcggcctaa cgaaggacgt gaaccttgta agaggagagc tctgaaacgc ggtcaccttt
3001 gtttagtgga agggaaagtg tgttcccggc atgaggtgcc tcggaattag taaagaattg
3061 tgggcaatgg attaaccact gtatctaaga atccaccatt aaagcatttg cacagacaaa
3121 aaaaaaaa //
ЛОКУС NM_194260 (вариант 3)
AK/TpaHCH44H4=MSGIALSRLAQERKAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMNWECA IPGKKGTPWEGGLFKLRMLFKDDYPSSPPKCKFEPPLFHPNVYPSGTVCLSILEEDKD WRPAITIKQILLGIQELLNEPNIQDPAQAEAYTIYCQNRVEYEKRVRAQAKKFAPS кДНК: 1 aactcgcggg agcgtcaccg tcctgcgacg cttcagagga tccttaggcc tcagtggtct ttgacccccg gccccaggac ctgaccccaa ggaaacctcc gggacctgtg gctggagagg
121 tgaccgccag gcatccgggg agcctttgga gatctcggct tcctttttcc cccgctgctt
181 gccggcgtgt cctcgggtgg acgcgggcag cccgaagggg agtttacaga cgctccctca
241 catcggggac gcggctcctt taagggcgga ctttgaacat gtcggggatc gccctcagca
301 gactcgccca ggagaggaaa gcatggagga aagaccaccc atttggtttc gtggctgtcc
361 caacaaaaaa tcccgatggc acgatgaacc tcatgaactg ggagtgcgcc attccaggaa
421 agaaagggac tccgtgggaa ggaggcttgt ttaaactacg gatgcttttc aaagatgatt
481 atccatcttc gccaccaaaa tgtaaattcg aaccaccatt atttcacccg aatgtgtacc
541 cttcggggac agtgtgcctg tccatcttag aggaggacaa ggactggagg ccagccatca
601 caatcaaaca gatcctatta ggaatacagg aacttctaaa tgaaccaaat atccaagacc
661 cagctcaagc agaggcctac acgatttact gccaaaacag agtggagtac gagaaaaggg
721 tccgagcaca agccaagaag tttgcgccct cataagcagc gaccttgtgg catcgtcaaa
781 aggaagggat tggtttggca agaacttgtt tacaacattt ttgcaaatct aaagttgctc
841 catacaatga ctagtcacct gggggggttg ggcgggcgcc atcttccatt gccgccgcgg
901 gtgtgcggtc tcgattcgct gaattgcccg tttccataca gggtctcttc cttcggtctt
961 ttgtattttt gattgttatg taaaactcgc ttttatttta atattgatgt cagtatttca
1021 actgctgtaa aattataaac ttttatactt gggtaagtcc cccaggggcg agttcctcgc
1081 tctgggatgc aggcatgctt ctcaccgtgc agagctgcac ttggcctcag ctggctgtat
1141 ggaaatgcac cctccctcct gccgctcctc tctagaacct tctagaacct gggctgtgct
1201 gcttttgagc ctcagacccc aggtcagcat ctcggttctg cgccacttcc tttgtgttta
1261 tatggcgttt tgtctgtgtt gctgtttaga gtaaataaac tgtttatata aaggttttgg
1321 ttgcattatt atcattgaaa gtgagaggag gcggcctccc agtgcccggc cctccccacc
1381 cacctgcagc cccaccgcgg gccaggacca ggctctccat ctgcttcgga tgcacgcagg
1441 ctgtgaggct ctgtcttgcc ctggatcttt gtaaacaggg ctgtgtacaa agtgctgctg
1501 aggtttctgt gctccccgca tctgcgggct gtagagcgct gggcagctaa gatctgcata
1561 ggtcgggatt ggcatcgaga ccctggcaac tgcaccggtg ccagctgtct tgggggccac
1621 aaggccaggt ccagaccagg gctgggggct gcctgaggac tcctatccgg gcagcctgct
1681 ggcgggggtt cccctcttca gtggccaggt cacagggatg gagctgcgct gtgcataggg
- 191 038600
1741 tgccacctca ggtgtctgtc ccttgtgtcc tcaggaggca gccttgctac cacccgtggc
1801 aaacgccagg tgctttttct gggagagccc acagccgtgg ccctccaggg cttccccgac
1861 ccttagcgcc aggtagaggg ccctgggcag cctgtgtctg gaattcttcg tcctgaggcc
1921 acctgagtgt ggtctgtcct ggggaggctg tgcgcctcag cagccgtcct gacgctgagc
1981 cctctgcaaa ggttgggccg gccaggcctc ttggggctgc ctgagccact gcaggaagtg
2041 gcctggctgg gaagttgggt gccggtcacc tcccagcagg aaggcacagt ggacagagat
2101 gggaagccct gggggacaca gcccggtgct cccagccctc caacctctgg ctcccaaccc
2161 agtctcccca tcctagcgag cttggccctc ctcagtttcg tttcaagcct tggggctgga
2221 gctggccctg ctgccctggc accccccggt ggctggagct gggtccccgt ggcccaagtg
2281 cagggtccca agagggcagg gcggggctcc ccaaaggagc aaagaatgca gggagggcgg
2341 tccagggccc tgggaagggg agctcggcac cctccaggtc cgtgtgggac tccagccgct
2401 gttggctggg aatcgaagtt agaggtgact tccaaaggcc ccccgagccg gcagtgcccc
2461 ccaccacccc tccagcgact ctgcggtgcc agtgccttgt tggcttttcc ggctacgcac
2521 cctgcagtca ctgagctctc ggtctgacgt ctgatgtttg tggtttgttt ataacacggg
2581 gccttacctg gggaattcag ctggtttgaa tatttgtagc ccgctcccag aatgtcttat
2641 tttgtaatga ctgaactaca tttagtaata gttacacatg tatatggtta atacatatgg
2701 aaattcaata tattttgtag ttaacgtatt ctgaagtaac ggatgtttct cgccaatcgt
2761 agtgacttca gctaacgaaa tgttcttttg tagtaccacg gtcctcggcc taacgaagga
2821 cgtgaacctt gtaagaggag agctctgaaa cgcggtcacc tttgtttagt ggaagggaaa
2881 gtgtgttccc ggcatgaggt gcctcggaat tagtaaagaa ttgtgggcaa tggattaacc
2941 actgtatcta agaatccacc attaaagcat ttgcacagac aaaaaaaaaa a //
ЛОКУС NM_194261 (вариант 4)
AK/TpaHCH44H4=MSGIALSRLAQERKAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMNWECA IPGKKGTPWEGGLFKLRMLFKDDYPSSPPKCKFEPPLFHPNVYPSGTVCLSILEEDKD WRPAITIKQILLGIQELLNEPNIQDPAQAEAYTIYCQNRVEYEKRVRAQAKKFAPS кДНК: 1 aactcgcggg agcgtcaccg tcctgcgacg cttcagagga tccttaggcc tcagtggtct 61 ttgacccccg gccccaggac ctgaccccaa ggaaacctcc gggacctgtg gctggagagg
121 gactttgaac atgtcgggga tcgccctcag cagactcgcc caggagagga aagcatggag
181 gaaagaccac ccatttggtt tcgtggctgt cccaacaaaa aatcccgatg gcacgatgaa
241 cctcatgaac tgggagtgcg ccattccagg aaagaaaggg actccgtggg aaggaggctt
301 gtttaaacta cggatgcttt tcaaagatga ttatccatct tcgccaccaa aatgtaaatt
361 cgaaccacca ttatttcacc cgaatgtgta cccttcgggg acagtgtgcc tgtccatctt
421 agaggaggac aaggactgga ggccagccat cacaatcaaa cagatcctat taggaataca
481 ggaacttcta aatgaaccaa atatccaaga cccagctcaa gcagaggcct acacgattta
541 ctgccaaaac agagtggagt acgagaaaag ggtccgagca caagccaaga agtttgcgcc
601 ctcataagca gcgaccttgt ggcatcgtca aaaggaaggg attggtttgg caagaacttg
661 tttacaacat ttttgcaaat ctaaagttgc tccatacaat gactagtcac ctgggggggt
721 tgggcgggcg ccatcttcca ttgccgccgc gggtgtgcgg tctcgattcg ctgaattgcc
781 cgtttccata cagggtctct tccttcggtc ttttgtattt ttgattgtta tgtaaaactc
841 gcttttattt taatattgat gtcagtattt caactgctgt aaaattataa acttttatac
901 ttgggtaagt cccccagggg cgagttcctc gctctgggat gcaggcatgc ttctcaccgt
961 gcagagctgc acttggcctc agctggctgt atggaaatgc accctccctc ctgccgctcc
1021 tctctagaac cttctagaac ctgggctgtg ctgcttttga gcctcagacc ccaggtcagc
1081 atctcggttc tgcgccactt cctttgtgtt tatatggcgt tttgtctgtg ttgctgttta
1141 gagtaaataa actgtttata taaaggtttt ggttgcatta ttatcattga aagtgagagg
1201 aggcggcctc ccagtgcccg gccctcccca cccacctgca gccccaccgc gggccaggac
1261 caggctctcc atctgcttcg gatgcacgca ggctgtgagg ctctgtcttg ccctggatct
1321 ttgtaaacag ggctgtgtac aaagtgctgc tgaggtttct gtgctccccg catctgcggg
1381 ctgtagagcg ctgggcagct aagatctgca taggtcggga ttggcatcga gaccctggca
1441 actgcaccgg tgccagctgt cttgggggcc acaaggccag gtccagacca gggctggggg
1501 ctgcctgagg actcctatcc gggcagcctg ctggcggggg ttcccctctt cagtggccag
1561 gtcacaggga tggagctgcg ctgtgcatag ggtgccacct caggtgtctg tcccttgtgt
1621 cctcaggagg cagccttgct accacccgtg gcaaacgcca ggtgcttttt ctgggagagc
1681 ccacagccgt ggccctccag ggcttccccg acccttagcg ccaggtagag ggccctgggc
1741 agcctgtgtc tggaattctt cgtcctgagg ccacctgagt gtggtctgtc ctggggaggc
1801 tgtgcgcctc agcagccgtc ctgacgctga gccctctgca aaggttgggc cggccaggcc
1861 tcttggggct gcctgagcca ctgcaggaag tggcctggct gggaagttgg gtgccggtca
1921 cctcccagca ggaaggcaca gtggacagag atgggaagcc ctgggggaca cagcccggtg
1981 ctcccagccc tccaacctct ggctcccaac ccagtctccc catcctagcg agcttggccc
2041 tcctcagttt cgtttcaagc cttggggctg gagctggccc tgctgccctg gcaccccccg
2101 gtggctggag ctgggtcccc gtggcccaag tgcagggtcc caagagggca gggcggggct
2161 ccccaaagga gcaaagaatg cagggagggc ggtccagggc cctgggaagg ggagctcggc
2221 accctccagg tccgtgtggg actccagccg ctgttggctg ggaatcgaag ttagaggtga
2281 cttccaaagg ccccccgagc cggcagtgcc ccccaccacc cctccagcga ctctgcggtg
2341 ccagtgcctt gttggctttt ccggctacgc accctgcagt cactgagctc tcggtctgac
2401 gtctgatgtt tgtggtttgt ttataacacg gggccttacc tggggaattc agctggtttg
2461 aatatttgta gcccgctccc agaatgtctt attttgtaat gactgaacta catttagtaa
2521 tagttacaca tgtatatggt taatacatat ggaaattcaa tatattttgt agttaacgta
2581 ttctgaagta acggatgttt ctcgccaatc gtagtgactt cagctaacga aatgttcttt
2641 tgtagtacca cggtcctcgg cctaacgaag gacgtgaacc ttgtaagagg agagctctga
2701 aacgcggtca cctttgttta gtggaaggga aagtgtgttc ccggcatgag gtgcctcgga
2761 attagtaaag aattgtgggc aatggattaa ccactgtatc taagaatcca ccattaaagc
2821 atttgcacag acaaaaaaaa aaa

Claims (66)

    ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
  1. (1) получение первого набора данных от модели ангиогенеза, причем модель ангиогенеза включает клетки, связанные с ангиогенезом, и причем первый набор данных представляет собой одни или более из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом;
    - 196 038600 (2) получение второго набора данных от модели ангиогенеза, причем второй набор данных представляет собой одну или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, причем одна или более функциональных активностей или клеточных ответов включает ферментативную активность и/или эффект ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом;
    (1) получение первого набора данных от модели ангиогенеза, причем модель ангиогенеза включает клетки, связанные с ангиогенезом, и причем первый набор данных представляет собой липидомные данные;
    (1) получение первого набора данных от модели ангиогенеза, причем модель ангиогенеза включает клетки, связанные с ангиогенезом, и причем первый набор данных представляет собой одни или более геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с
    - 195 038600 ангиогенезом;
    (1) получения первого набора данных от модели для патологического процесса, причем модель для патологического процесса содержит связанные с заболеванием клетки, и причем первый набор данных представляет собой протеомные изменения в связанных с заболеванием клетках;
    (1) получения первого набора данных от модели для биологической системы, причем модель для биологической системы содержит клетки, связанные с биологической системой, причем первый набор данных представляет собой протеомные изменения в клетках, связанных с биологической системой;
    1. Способ для идентификации модулятора биологической системы, включающий:
  2. (2) получение второго набора данных от модели ангиогенеза, причем второй набор данных представляет собой одну или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом;
    (2) получение второго набора данных от модели ангиогенеза, причем второй набор данных представляет собой одну или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом;
    (2) получение второго набора данных от модели, причем второй набор данных представляет собой одну или более функциональных активностей или клеточных ответов связанных с заболеванием клеток, причем указанная одна или более функциональных активностей или клеточных ответов связанных с заболеванием клеток включает ферментативную активность и/или эффект активности ферментов на метаболиты или субстраты ферментов в связанных с заболеванием клетках;
    2. Способ для идентификации модулятора патологического процесса, включающий:
    (2) получение второго набора данных от модели для биологической системы, причем второй набор данных представляет собой одну или более функциональных активностей или клеточных ответов этих клеток, связанных с биологической системой, причем указанная одна или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает ферментативную активность и/или эффект активности ферментов на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с биологической системой;
  3. (3) создание первой модели сети причинно-следственных связей среди одних или более из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом, и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами клеток, связанных с ангиогенезом, основанных исключительно на первом наборе данных и втором наборе данных с использованием запрограммированной вычислительной системы, причем создание первой модели сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных, и причем создание первой модели сети причинноследственных связей включает соз дание библиотеки фрагментов сети и определение вероятностного показателя, связанного с каждым фрагментом сети, на основании первого набора данных и второго набора данных;
    создание ансамбля пробных сетей, причем каждая пробная сеть конструируется из другого подмножества библиотеки фрагментов сети; и опт имизация ансамбля пробных сетей путем развития каждой пробной сети через локальные преобразования;
    (3) создание первой модели сети причинно-следственных связей среди липидомных данных и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами, основанными исключительно на первом наборе данных и втором наборе данных с использованием запрограммированной вычислительной системы, причем создание первой модели сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных, и причем создание первой модели сети причинно-следственных связей включает соз дание библиотеки фрагментов сети и определение вероятностного показателя, связанного с каждым фрагментом сети, на основании первого набора данных и второго набора данных;
    создание ансамбля пробных сетей, причем каждая пробная сеть конструируется из другого подмножества библиотеки фрагментов сети; и опт имизация ансамбля пробных сетей путем развития каждой пробной сети через локальные преобразования;
    (3) создание первой модели сети причинно-следственных связей, основанной на одной или более байесовских сетях причинно-следственных связей между одним или более из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных и данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP), характеризующих клетки, связанные с ангиогенезом, и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами клеток, связанных с ангиогенезом, основанных исключительно на первом наборе данных и втором наборе данных с использованием запрограммированной вычислительной системы, причем создание первой модели сети причинноследственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого набора данных и второго наборов данных, и причем создание первой модели сети причинно-следственных связей включает соз дание библиотеки фрагментов сети и определение вероятностного показателя, связанного с каждым фрагментом сети, на основании первого набора данных и второго набора данных;
    создание ансамбля пробных сетей, причем каждая пробная сеть конструируется из другого подмножества библиотеки фрагментов сети; и опт имизация ансамбля пробных сетей путем развития каждой пробной сети через локальные преобразования;
    3. Способ по п.1 или 2, при котором первый набор данных дополнительно содержит липидомные данные, характеризующие клетки, связанные с биологической системой, или патологический процесс.
    - 193 038600
    (3) создание первой модели сети причинно-следственных связей, основанной на одной или более байесовских сетях причинно-следственных связей между протеомными изменениями и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами связанных с заболеванием клеток, основанными исключительно на первом и втором наборе данных с использованием запрограммированной вычислительной системы, причем создание первой модели сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого и второго наборов данных, и причем создание первой модели сети причинно-следственных связей включает соз дание библиотеки фрагментов сети и определение вероятностного показателя, связанного с каждым фрагментом сети, на основании первого набора данных и второго набора данных;
    создание ансамбля пробных сетей, причем каждая пробная сеть конструируется из другого подмножества библиотеки фрагментов сети; и опт имизация ансамбля пробных сетей путем развития каждой пробной сети через локальные преобразования;
    (3) создание первой модели сети причинно-следственных связей, основанной на одной или более байесовских сетях причинно-следственных связей между протеомными изменениями и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами, основанными исключительно на первом и втором наборе данных с использованием запрограммированной вычислительной системы, причем создание первой модели сети причинно-следственных связей не основано на любых известных биологических связях, отличных от первого и второго наборов данных, и причем создание первой модели сети причинно-следственных связей включает соз дание библиотеки фрагментов сети и определение вероятностного показателя, связанного с каждым фрагментом сети, на основании первого набора данных и второго набора данных;
    создание ансамбля пробных сетей, причем каждая пробная сеть конструируется из другого подмножества библиотеки фрагментов сети; и опт имизация ансамбля пробных сетей путем развития каждой пробной сети через локальные преобразования;
  4. (4) создание дифференциальной сети причинно-следственных связей из первой модели сети причинно-следственных связей и второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках; и (5) идентификацию причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, из созданной дифференциальной сети причинно-следственных связей, причем фермент, связанный с уникальной причинноследственной связью, идентифицируется в качестве модулятора ангиогенеза.
    (4) создание дифференциальной сети причинно-следственных связей из первой модели сети причинно-следственных связей и второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках; и (5) идентификацию причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, из созданной дифференциальной сети причинно-следственных связей, причем липид, связанный с уникальной причинноследственной связью, идентифицируется в качестве модулятора ангиогенеза.
    (4) создание дифференциальной сети причинно-следственных связей из первой модели сети причинно-следственных связей и второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках; и (5) идентификацию причинно-следственной связи, уникальной в ангиогенезе, из созданной дифференциальной сети причинно-следственных связей, причем ген, липид, белок, метаболит, транскрипт или SNP, связанные с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируются в качестве модулятора ангиогенеза.
    4. Способ по п.3, при котором первая модель сети причинно-следственных связей создается между протеомными изменениями, липидомными данными, а также одной или более функциональными активностями или клеточными ответами клеток, причем указанная одна или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с биологической системой, или связанных с заболеванием клеток, и причем указанная одна или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает ферментативную активность и/или эффект ферментативной активности на по меньшей мере один метаболит или субстрат фермента.
    (4) создание дифференциальной сети причинно-следственных связей из первой модели сети причинно-следственных связей и второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках; и (5) идентификацию причинно-следственной связи, уникальной в патологическом процессе, из дифференциальной сети причинно-следственных связей, причем по меньшей мере один фермент, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора патологического процесса.
    (4) создание дифференциальной сети причинно-следственных связей из первой модели сети причинно-следственных связей и второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках; и (5) идентификацию причинно-следственной связи, уникальной в биологической системе, из созданной дифференциальной сети причинно-следственных связей, причем по меньшей мере один фермент, связанный с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора биологической системы.
  5. 5. Способ по п.1 или 2, при котором первый набор данных дополнительно содержит один или более из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологической системой, или связанные с заболеванием клетки.
  6. 6. Способ по п.1 или 2, при котором первый набор данных дополнительно содержит два или более из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, характеризующих клетки, связанные с биологической системой, или связанные с заболеванием клетки.
  7. 7. Способ по любому из п.5 или 6, при котором первая модель сети причинно-следственных связей создается среди протеомных изменений, одних или более из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами клеток, связанных с биологической системой, или связанных с заболеванием клеток, и причем указанная одна или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с биологической системой, или связанных с заболеванием клеток, включает ферментативную активность и/или эффект ферментативной активности на по меньшей мере один метаболит или субстрат фермента.
  8. 8. Способ по любому из пп.1-7, при котором глобальная ферментативная активность включает киназную активность.
  9. 9. Способ по любому из пп.1-8, при котором эффект от ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов включает фосфопротеом клеток.
  10. 10. Способ по любому из пп.1-9, при котором по меньшей мере одна киназа, связанная с уникальной причинно-следственной связью, идентифицируется в качестве модулятора биологической системы или патологического процесса.
  11. 11. Способ по любому из пп.1-10, при котором второй набор данных дополнительно включает данные, указывающие на одно или более из пролиферации клеток, апоптоза, миграции клеток, формирования трубки, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания, уровня аденозинтрифосфата (АТФ), уровня активных форм кислорода (АФК), уровня окислительного фосфорилирования (OXPHOS), уровня скорости потребления кислорода (OCR) и уровня коэффициента внеклеточного закисления (ECAR).
  12. 12. Способ по любому из пп.1-11, при котором первая модель сети причинно-следственных связей создается среди протеомных изменений, одних или более из липидомных, метаболомических, транскриптомных, геномных и SNP данных, и одной или более функциональными активностями или клеточными ответами клеток, и причем упомянутая одна или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток включает ферментативную активность и/или эффект ферментативной активности на по меньшей мере один метаболит или субстрат фермента и дополнительно включает данные, указывающие на одно или более из пролиферации клеток, апоптоза, миграции клеток, формирования трубки, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания, уровня аденозинтрифосфата (АТФ), уровня активных форм кислорода (АФК), уровня окислительного фосфорилирования (OXPHOS), уровня скорости потребления кислорода (OCR) и уровня коэффициента внеклеточного закисления (ECAR).
  13. 13. Способ по любому из пп.1 и 3-12, при котором модель биологической системы содержит связанную с биологической системой культуру клеток in vitro.
  14. 14. Способ по п.13, при котором данные о контрольных клетках получают из соответствующей культуры контрольных клеток in vitro.
  15. 15. Способ по п.14, при котором модель биологической системы, содержащая культуру клеток in vitro, связанных с биологической системой, подвергается возмущающему воздействию окружающей среды, и культура in vitro соответствующих контрольных клеток не подвергается возмущающему воздействию окружающей среды.
  16. 16. Способ по любому из пп.2-12, при котором модель для патологического процесса содержит культуру связанных с заболеванием клеток in vitro.
  17. 17. Способ по п.16, при котором данные о контрольных клетках получают из соответствующей культуры контрольных клеток in vitro.
  18. 18. Способ по п.17, при котором модель для патологического процесса, содержащая культуру связанных с заболеванием клеток in vitro, подвергается возмущающему воздействию окружающей среды, и соответствующая культура in vitro контрольных клеток не подвергается возмущающему воздействию окружающей среды.
  19. 19. Способ по п.15 или 18, при котором возмущающее воздействию окружающей среды включает одно или более из контакта с биологически активным средством, изменения условий культивирования,
    - 194 038600 введения генетической модификации/мутации и введения наполнителя, который вызывает генетическую модификацию/мутацию.
  20. 20. Способ по п.19, при котором возмущающее воздействие окружающей среды включает контактирование клеток с ингибитором ферментативной активности.
  21. 21. Способ по п.20, при котором ингибитор ферментативной активности представляет собой ингибитор киназы.
  22. 22. Способ по п.18, при котором возмущающее воздействие окружающей среды включает контактирование клеток с CoQ10.
  23. 23. Способ по п.20, при которых возмущающее воздействие окружающей среды дополнительно включает контактирование клетки с CoQ10.
  24. 24. Способ по п.1 или 2, при котором запрограммированная вычислительная система получает все входные данные от первого и второго наборов данных, не применяя статистическую пороговую величину.
  25. 25. Способ по п.1 или 2, при котором первая модель сети причинно-следственных связей дополнительно дорабатывается путем моделирования in silico на основе входных данных, чтобы обеспечить уровень достоверности предположения для одной или более причинно-следственных связей внутри первой модели сети причинно-следственных связей, и причем входные данные содержат некоторые или все данные в первом наборе данных и во втором наборе данных.
  26. 26. Способ по п.1 или 2, при котором уникальная причинно-следственная связь идентифицируется как часть дифференциальной сети причинно-следственных связей, которая уникально присутствует в первой модели сети причинно-следственных связей, основанной на клетках, связанных с биологической системой, или связанных с заболеванием клетках, и отсутствует во второй модели сети причинноследственных связей, основанной на данных о контрольных клетках.
  27. 27. Способ по п.15 или 18, при котором уникальная причинно-следственная связь идентифицируется как часть дифференциальной сети причинно-следственных связей, которая уникально присутствует в первой модели сети причинно-следственных связей, основанной на клетках, подвергнутых возмущающему воздействию окружающей среды, и отсутствует во второй модели сети причинно-следственных связей, основанной на данных о контрольных клетках.
  28. 28. Способ по п.1 или 2, дополнительно включающий перед стадией (4) создание второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках.
  29. 29. Способ по п.11, при котором уникальная причинно-следственная связь представляет собой связь между по меньшей мере одной парой, выбранной из группы, состоящей из экспрессии гена и содержания липида; экспрессии гена и содержания транскрипта; экспрессии гена и содержания метаболита; экспрессии первого гена и экспрессии второго гена; экспрессии гена и наличия SNP; экспрессии гена и функциональной активности; содержания липида и содержания транскрипта; содержания липида и содержания метаболита; содержания первого липида и содержания второго липида; содержания липида и наличия SNP; содержания липида и функциональной активности; содержания первого транскрипта и содержания второго транскрипта; содержания транскрипта и содержания метаболита; содержания транскрипта и наличия SNP; содержания первого транскрипта и уровня функциональной активности; содержания первого метаболита и содержания второго метаболита; содержания метаболита и наличия SNP; содержания метаболита и функциональной активности; наличия первого SNP и наличия второго SNP; и наличия SNP и функциональной активности.
  30. 30. Способ по п.11, при котором идентифицированная уникальная причинно-следственная связь представляет собой связь между, по меньшей мере, содержанием липида, экспрессией гена и одной или более функциональными активностями, причем функциональная активность представляет собой киназную активность.
  31. 31. Способ по п.2, при котором патологический процесс представляет собой злокачественную опухоль, сахарный диабет, ожирение, сердечно-сосудистое заболевание, связанную с возрастом макулярную дегенерацию, диабетическую ретинопатию или воспалительное заболевание.
  32. 32. Способ по п.2, при котором патологический процесс включает ангиогенез.
  33. 33. Способ по п.2, при котором патологический процесс включает гепатоцеллюлярную карциному, злокачественную опухоль легких, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, меланому, карциному, саркому, лимфому, лейкемию, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль щитовидной железы, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль почек, солидную опухоль, лейкоз, неходжкинскую лимфому или злокачественную опухоль с лекарственной устойчивостью.
  34. 34. Способ идентификации модулятора ангиогенеза, включающий:
  35. 35. Способ идентификации модулятора ангиогенеза, включающий:
  36. 36. Способ по п.34 или 35, при котором второй набор данных, представляющий собой одну или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, содержит ферментативную активность и/или эффект ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом.
  37. 37. Способ идентификации модулятора ангиогенеза, включающий:
  38. 38. Способ по п.36 или 37, при котором ферментативная активность включает киназную активность и эффект ферментативной активности на метаболиты или субстраты ферментов в клетках, связанных с ангиогенезом, содержит фосфопротеом клетки.
  39. 39. Способ по п.36 или 37, при котором ферментативная активность включает протеазную активность.
  40. 40. Способ по любому из пп.34-39, при котором модулятор стимулирует или способствует ангиогенезу.
  41. 41. Способ по любому из пп.34-39, при котором модулятор ингибирует ангиогенез.
  42. 42. Способ по любому из пп.34-41, при котором модель ангиогенеза, содержащая клетки, связанные с ангиогенезом, выбирают из группы, состоящей из культуры клеток in vitro модели ангиогенеза, крысиной модели микрососудов аорты, модели сетчатки новорожденной мыши, модели хорион-аллантоисной мембраны (CAM), модели кармана роговицы с ангиогенными факторами роста, модели имплантации подкожной губки с ангиогенными факторами роста, модели имплантации MATRIGEL® с ангиогенными факторами роста и модели имплантации опухоли.
  43. 43. Способ по п.42, при котором модель ангиогенеза культуры in vitro выбирают из группы, состоящей из анализа образования трубки MATRIGEL®, миграционного анализа, анализа камеры Бойдена, анализа способом зарастания царапин.
  44. 44. Способ по п.42 или 43, при котором клетки, связанные с ангиогенезом в модели культуры in vitro, представляют собой эндотелиальные клетки пупочной вены человека (HUVEC).
  45. 45. Способ по п.42, при котором ангиогенный фактор роста в модели кармана роговицы с ангиогенный фактором роста, модели имплантации подкожной губки с ангиогенными факторами роста, модели имплантации MATRIGEL® с ангиогенными факторами роста выбирают из группы, состоящей из FGF-2 и VEGF.
  46. 46. Способ по любому из пп.34-45, при котором клетки в модели ангиогенеза подвергаются возмущающему воздействию окружающей среды, и причем контрольные клетки, из которых получают данные о контрольных клетках, представляют собой идентичные клетки, не подвергнутые возмущающему воздействию окружающей среды.
  47. 47. Способ по п.46, при котором возмущающее воздействие окружающей среды включает одно или более из контакта со средством, изменения в условиях культивирования, введенной генетической модификации или мутации, наполнителя, который вызывает генетическую модификацию или мутацию, и индукции ишемии.
  48. 48. Способ по п.47, при котором средство представляет собой проангиогенное средство или антиангиогенное средство.
  49. 49. Способ по п.48, при котором проангиогенное средство выбирают из группы, состоящей из FGF2 и VEGF.
    - 197 038600
  50. 50. Способ по п.48, при котором антиангиогенное средство выбирают из группы, состоящей из ингибиторов VEGF, антагонистов интегрина, ангиостатина, эндостатина, тумстатина, авастиана, сорафениба, сунитиниба, пазопаниба и эверолимуса, растворимого VEGF-рецептора, ангиопоэтина 2, тромбоспондина 1, тромбоспондина 2, вазостатина, калретикулина, протромбина (kringle домена-2), фрагмента антитромбина III, ингибитора сосудистого эндотелиального роста (VEGI), секретируемого кислого белка, обогащенного цистеином (SPARC) и пептида SPARC, соответствующего домену фоллистатину белка (FS Е) и коэнзим Q10.
  51. 51. Способ по п.47, при котором средство представляет собой ингибитор ферментативной активности.
  52. 52. Способ по п.47, при котором средство представляет собой ингибитор киназной активности.
  53. 53. Способ по п.34 или 37, при котором первый набор данных содержит уровни экспрессии белка и/или мРНК множества генов в геномном наборе данных.
  54. 54. Способ по п.34 или 37, при котором первый набор данных включает в себя два или более из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, обмена данными, транскриптомных данных, а также данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP).
  55. 55. Способ по п.34 или 37, при котором первый набор данных содержит три или более из геномных данных, липидомных данных, протеомных данных, метаболомических данных, транскриптомных данных, а также данных однонуклеотидного полиморфизма (SNP).
  56. 56. Способ по любому из пп.34-37, при котором второй набор данных, представляющий одну или более функциональных активностей или клеточных ответов клеток, связанных с ангиогенезом, дополнительно содержит данные, указывающие на одно или более из пролиферации клеток, апоптоза, миграции клеток, формирования трубки, ферментативной активности, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания, уровня аденозинтрифосфата (АТФ), уровня активных форм кислорода (АФК), уровня окислительного фосфорилирования (OXPHOS), уровня скорости потребления кислорода (OCR) и уровня коэффициента внеклеточного закисления (ECAR).
  57. 57. Способ по п.56, при котором ферментативная активность представляет собой киназную активность.
  58. 58. Способ по п.56, при котором ферментативная активность представляет собой протеазную активность.
  59. 59. Способ по любому из пп.34-37, при котором запрограммированная вычислительная система получает все входные данные от первого набора данных и второго набора данных, не применяя статистическую пороговую величину.
  60. 60. Способ по любому из пп.34-37, при котором первая модель сети причинно-следственных связей дополнительно дорабатывается путем моделирования in silico на основе входных данных, чтобы обеспечить уровень достоверности предположения для одной или более причинно-следственных связей внутри первой модели сети причинно-следственных связей, и причем входные данные содержат некоторые или все данные в первом наборе данных и во втором наборе данных.
  61. 61. Способ по любому из пп.34-37, при котором уникальная причинно-следственная связь идентифицируется как часть дифференциальной консенсусной сети причинно-следственных связей, которая уникально присутствует в первой модели сети причинно-следственных связей, основанной на клетках, связанных с ангиогенезом, и отсутствует во второй модели сети причинно-следственных связей, основанной на данных о контрольных клетках.
  62. 62. Способ по любому из пп.34-61, при котором уникальная причинно-следственная связь представляет собой связь между по меньшей мере одной парой, выбранной из группы, состоящей из экспрессии гена и содержания липида; экспрессии гена и содержания транскрипта; экспрессии гена и содержания метаболита; экспрессии первого гена и экспрессии второго гена; экспрессии гена и наличия SNP; экспрессии гена и функциональной активности; содержания липида и содержания транскрипта; содержания липида и содержания метаболита; содержания первого липида и содержания второго липида; содержания липида и наличия SNP; содержания липида и функциональной активности; содержания первого транскрипта и содержания второго транскрипта; содержания транскрипта и содержания метаболита; содержания транскрипта и наличия SNP; содержания первого транскрипта и уровня функциональной активности; содержания первого метаболита и содержания второго метаболита; содержания метаболита и наличия SNP; содержания метаболита и функциональной активности; наличия первого SNP и наличия второго SNP и наличия SNP и функциональной активности.
  63. 63. Способ по п.62, при котором функциональную активность выбирают из группы, состоящей из пролиферации клеток, апоптоза, функции органелл, миграции клеток, формирования трубки, ферментативной активности, хемотаксиса, деградации внеклеточного матрикса, прорастания, уровня аденозинтрифосфата (АТФ), уровня активных форм кислорода (АФК), уровня окислительного фосфорилирования (OXPHOS), уровня скорости потребления кислорода (OCR) и уровня коэффициента внеклеточного закисления (ECAR).
  64. 64. Способ по п.62 или 63, при котором функциональная активность представляет собой киназную активность или протеазную активность.
    - 198 038600
  65. 65. Способ по любому из пп.34-64, при котором идентифицированная уникальная причинноследственная связь представляет собой связь между, по меньшей мере, содержанием липидов, экспрессией гена и одной или более функциональными активностями, причем функциональная активность представляет собой киназную активность.
  66. 66. Способ по любому из пп.34-65, дополнительно включающий перед стадией (4) создание второй модели сети причинно-следственных связей на основании данных о контрольных клетках.
EA201491833A 2012-04-02 2012-09-07 Основанные на клетках перекрестные анализы и их применение EA038600B1 (ru)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261619326P 2012-04-02 2012-04-02
US201261620305P 2012-04-04 2012-04-04
US201261665631P 2012-06-28 2012-06-28
US201261668617P 2012-07-06 2012-07-06
US201261678596P 2012-08-01 2012-08-01
US201261678590P 2012-08-01 2012-08-01
PCT/US2012/054321 WO2013151577A1 (en) 2012-04-02 2012-09-07 Interrogatory cell-based assays and uses thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
EA201491833A1 EA201491833A1 (ru) 2015-01-30
EA038600B1 true EA038600B1 (ru) 2021-09-21

Family

ID=49235335

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201491833A EA038600B1 (ru) 2012-04-02 2012-09-07 Основанные на клетках перекрестные анализы и их применение

Country Status (14)

Country Link
US (2) US10061887B2 (ru)
EP (1) EP2834366B1 (ru)
JP (3) JP6189926B2 (ru)
KR (2) KR20200105524A (ru)
CN (3) CN108048521B (ru)
AU (2) AU2012376214B2 (ru)
BR (1) BR112014024537A2 (ru)
CA (1) CA2869296A1 (ru)
EA (1) EA038600B1 (ru)
HK (1) HK1209161A1 (ru)
IL (1) IL234920B (ru)
MX (1) MX357392B (ru)
SG (2) SG10201608234UA (ru)
WO (1) WO2013151577A1 (ru)

Families Citing this family (38)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012119129A1 (en) 2011-03-02 2012-09-07 Berg Biosystems, Llc Interrogatory cell-based assays and uses thereof
EP2668945A1 (de) 2012-06-01 2013-12-04 Bayer Technology Services GmbH Genotyp- bzw. Phänotyp-basierte Arzeimittelformulierungen
US9449284B2 (en) * 2012-10-04 2016-09-20 Nec Corporation Methods and systems for dependency network analysis using a multitask learning graphical lasso objective function
CN103558354B (zh) * 2013-11-15 2015-07-15 南京大学 一种基于生物组学整合技术的水体毒性分析方法
CA2951712A1 (en) * 2014-06-20 2015-12-23 Ross BEIGHLEY Automated cell culture system and corresponding methods
CN114203296A (zh) 2014-09-11 2022-03-18 博格有限责任公司 基于患者数据的用于健康护理诊断和治疗的贝叶斯因果关系网络模型
CN105624275B (zh) * 2014-11-06 2020-03-27 上海市东方医院 Eif4g1在鳞癌诊断和治疗中的应用
JP6270221B2 (ja) 2015-02-13 2018-01-31 国立研究開発法人産業技術総合研究所 バイオマーカー探索方法、バイオマーカー探索装置、及びプログラム
KR101786859B1 (ko) * 2015-04-30 2017-10-17 서울대학교산학협력단 혈장 내 아밀로이드베타의 농도를 통해 알츠하이머병을 임상학적 및 병리학적으로 모니터링하는 방법
US10395759B2 (en) 2015-05-18 2019-08-27 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and systems for copy number variant detection
CN107922936B (zh) * 2015-05-28 2021-10-22 施特丁.奈德兰卡克研究所-安东尼.范.列文虎克医院 识别影响表型的遗传元件的分析
CN106250717B (zh) * 2015-06-04 2019-03-12 徐勇 急性髓性白血病的miRNA与转录因子的系统及其构建方法和应用
US20160363567A1 (en) * 2015-06-15 2016-12-15 Lunatech, Llc Vapor Device For Stressing And Analyzing Compounds
US11061034B2 (en) 2015-10-14 2021-07-13 Public University Corporation Yokohama City University Blood biomarker for use in evaluation of effect of drug therapy on kidney cancer
NZ745249A (en) 2016-02-12 2021-07-30 Regeneron Pharma Methods and systems for detection of abnormal karyotypes
WO2017214572A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 The Regents Of The University Of California Image-based cell sorting systems and methods
US11001891B2 (en) 2016-11-14 2021-05-11 Berg Llc Methods for treating Parkinson's disease
CN106834105A (zh) * 2017-02-21 2017-06-13 齐齐哈尔医学院 一种用于表观遗传分析的设备和方法
US11636917B2 (en) * 2017-06-28 2023-04-25 The Regents Of The University Of California Simulating the metabolic pathway dynamics of an organism
CN107475346B (zh) * 2017-08-11 2021-08-06 北京汉典制药有限公司 一种体外筛选糖尿病肾病药物的方法
JP6902977B2 (ja) * 2017-09-22 2021-07-14 新日本無線株式会社 起動回路の故障検出方法
US20200240996A1 (en) * 2017-10-18 2020-07-30 Venn Biosciences Corporation Identification and use of biological parameters for diagnosis and treatment monitoring
JP2021073432A (ja) * 2018-03-02 2021-05-13 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 治療標的である活性化キナーゼのスクリーニング方法
JP7176381B2 (ja) * 2018-12-03 2022-11-22 富士通株式会社 環状分子の構造探索方法、及び構造探索装置、並びにプログラム
CN109536473A (zh) * 2018-12-19 2019-03-29 华中科技大学鄂州工业技术研究院 整合多组学数据推测细胞转分化中关键蛋白质激酶的方法
EP3935581A4 (en) 2019-03-04 2022-11-30 Iocurrents, Inc. DATA COMPRESSION AND COMMUNICATION USING MACHINE LEARNING
WO2020264379A1 (en) * 2019-06-26 2020-12-30 Berg Llc Markers for the diagnosis of prostate cancer
AU2021236148A1 (en) * 2020-03-10 2022-10-13 AI:ON Innovations, Inc. System and methods for mammalian transfer learning
US11227690B1 (en) * 2020-09-14 2022-01-18 Opendna Ltd. Machine learning prediction of therapy response
CN113035298B (zh) * 2021-04-02 2023-06-20 南京信息工程大学 递归生成大阶数行限制覆盖阵列的药物临床试验设计方法
CN113138249B (zh) * 2021-04-12 2021-11-23 北京蛋白质组研究中心 基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法
WO2022240875A1 (en) * 2021-05-13 2022-11-17 Scipher Medicine Corporation Assessing responsiveness to therapy
CN113943720A (zh) * 2021-11-03 2022-01-18 江苏省农业科学院 一种绿盲蝽GRK基因、其dsRNA及其合成方法和应用
WO2023230268A1 (en) * 2022-05-27 2023-11-30 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Systems and methods for metabolite imputation
CN117417914A (zh) * 2022-07-18 2024-01-19 华东师范大学 预防和保护脑缺血疾病的标志物及阿司匹林衍生物在预防和保护脑缺血疾病中的应用
WO2024081570A1 (en) * 2022-10-10 2024-04-18 Eli Lilly And Company Methods and systems for using causal networks to develop models for evaluating biological processes
WO2024081740A1 (en) * 2022-10-13 2024-04-18 Somalogic Operating Co., Inc. Systems and methods for validation of proteomic models
CN118607082A (zh) * 2024-08-09 2024-09-06 成都理工大学 一种基于深度学习的压裂过程中套管变形的预测方法

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110027291A1 (en) * 2008-08-15 2011-02-03 Merrimack Pharmaceuticals, Inc. Methods, systems and products for predicting response of tumor cells to a therapeutic agent and treating a patient according to the predicted response
US20110131027A1 (en) * 2004-05-18 2011-06-02 Solomon Research Llc Bioinformatics system
US8000949B2 (en) * 2001-06-18 2011-08-16 Genego, Inc. Methods for identification of novel protein drug targets and biomarkers utilizing functional networks
US20120070849A1 (en) * 2004-07-21 2012-03-22 Perez Omar D Methods and compositions for risk stratification

Family Cites Families (71)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8308235D0 (en) 1983-03-25 1983-05-05 Celltech Ltd Polypeptides
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
JPS6147500A (ja) 1984-08-15 1986-03-07 Res Dev Corp Of Japan キメラモノクロ−ナル抗体及びその製造法
EP0173494A3 (en) 1984-08-27 1987-11-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Chimeric receptors by dna splicing and expression
GB8422238D0 (en) 1984-09-03 1984-10-10 Neuberger M S Chimeric proteins
JPS61134325A (ja) 1984-12-04 1986-06-21 Teijin Ltd ハイブリツド抗体遺伝子の発現方法
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
AU606320B2 (en) 1985-11-01 1991-02-07 International Genetic Engineering, Inc. Modular assembly of antibody genes, antibodies prepared thereby and use
US4868103A (en) 1986-02-19 1989-09-19 Enzo Biochem, Inc. Analyte detection by means of energy transfer
US5225539A (en) 1986-03-27 1993-07-06 Medical Research Council Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies
US4902505A (en) 1986-07-30 1990-02-20 Alkermes Chimeric peptides for neuropeptide delivery through the blood-brain barrier
US6121424A (en) 1991-11-25 2000-09-19 Enzon, Inc. Multivalent antigen-binding proteins
US4946778A (en) 1987-09-21 1990-08-07 Genex Corporation Single polypeptide chain binding molecules
US4904582A (en) 1987-06-11 1990-02-27 Synthetic Genetics Novel amphiphilic nucleic acid conjugates
US4843155A (en) 1987-11-19 1989-06-27 Piotr Chomczynski Product and process for isolating RNA
US5223409A (en) 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
AU4308689A (en) 1988-09-02 1990-04-02 Protein Engineering Corporation Generation and selection of recombinant varied binding proteins
US5530101A (en) 1988-12-28 1996-06-25 Protein Design Labs, Inc. Humanized immunoglobulins
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5427908A (en) 1990-05-01 1995-06-27 Affymax Technologies N.V. Recombinant library screening methods
GB9015198D0 (en) 1990-07-10 1990-08-29 Brien Caroline J O Binding substance
AU665190B2 (en) 1990-07-10 1995-12-21 Cambridge Antibody Technology Limited Methods for producing members of specific binding pairs
ATE158021T1 (de) 1990-08-29 1997-09-15 Genpharm Int Produktion und nützung nicht-menschliche transgentiere zur produktion heterologe antikörper
US5545806A (en) 1990-08-29 1996-08-13 Genpharm International, Inc. Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5633425A (en) 1990-08-29 1997-05-27 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5625126A (en) 1990-08-29 1997-04-29 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5661016A (en) 1990-08-29 1997-08-26 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes
DK0564531T3 (da) 1990-12-03 1998-09-28 Genentech Inc Berigelsesfremgangsmåde for variantproteiner med ændrede bindingsegenskaber
ATE363532T1 (de) 1991-03-01 2007-06-15 Dyax Corp Verfahren zur herstellung bindender miniproteine
ES2315612T3 (es) 1991-04-10 2009-04-01 The Scripps Research Institute Genotecas de receptores heterodimericos usando fagemidos.
DE4122599C2 (de) 1991-07-08 1993-11-11 Deutsches Krebsforsch Phagemid zum Screenen von Antikörpern
US5621083A (en) 1991-11-04 1997-04-15 Xoma Corporation Immunotoxins comprising ribosome-inactivating proteins
ATE241426T1 (de) 1991-11-22 2003-06-15 Affymetrix Inc A Delaware Corp Verfahren zur herstellung von polymerarrays
EP0552108B1 (en) 1992-01-17 1999-11-10 Lakowicz, Joseph R. Energy transfer phase-modulation fluoro-immunoassay
US5547835A (en) 1993-01-07 1996-08-20 Sequenom, Inc. DNA sequencing by mass spectrometry
US5605798A (en) 1993-01-07 1997-02-25 Sequenom, Inc. DNA diagnostic based on mass spectrometry
AU687801B2 (en) 1993-03-19 1998-03-05 Sequenom, Inc. DNA sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US5545531A (en) 1995-06-07 1996-08-13 Affymax Technologies N.V. Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
EP0880598A4 (en) 1996-01-23 2005-02-23 Affymetrix Inc RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM
US5898031A (en) 1996-06-06 1999-04-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligoribonucleotides for cleaving RNA
ATE291097T1 (de) 1997-10-31 2005-04-15 Affymetrix Inc A Delaware Corp Expressionsprofile in adulten und fötalen organen
US6020135A (en) 1998-03-27 2000-02-01 Affymetrix, Inc. P53-regulated genes
US6763307B2 (en) 2000-03-06 2004-07-13 Bioseek, Inc. Patient classification
US20030124548A1 (en) 2001-03-13 2003-07-03 Christos Hatzis Method for association of genomic and proteomic pathways associated with physiological or pathophysiological processes
AU2002304965A1 (en) 2002-05-24 2003-12-12 Zensun (Shanghai) Sci-Tech.Ltd Neuregulin based methods and compositions for treating viral myocarditis and dilated cardiomyopathy
EP1540505B1 (en) 2002-08-29 2008-06-18 Gene Network Sciences, Inc. Systems and methods for inferring biological networks
US20070104688A1 (en) 2003-02-13 2007-05-10 City Of Hope Small interfering RNA mediated transcriptional gene silencing in mammalian cells
JP4288345B2 (ja) 2003-06-19 2009-07-01 独立行政法人産業技術総合研究所 新規てんかんモデル動物
EP1512970A1 (en) 2003-09-05 2005-03-09 Nederlandse Organisatie voor toegepast-natuurwetenschappelijk Onderzoek TNO Method for determining the impact of a multicomponent mixture on the biological profile of a disease
JPWO2005035780A1 (ja) 2003-10-14 2006-12-21 株式会社セルフリーサイエンス 指標物質の新規スクリーニング方法
US8185367B2 (en) 2004-04-30 2012-05-22 Merck Sharp & Dohme Corp. Systems and methods for reconstructing gene networks in segregating populations
US20100316629A1 (en) 2004-09-01 2010-12-16 Shaughnessy Jr John D Use of gene expression profiling to predict survival in cancer patient
CA2587765A1 (en) * 2004-11-17 2006-05-26 Immunivest Corporation Magnetic enrichment of circulating cells, fragments and debris for enabling hts proteomics and genomics in disease detection
EP1842147A2 (en) 2005-01-24 2007-10-10 The Board of Trustees of The Leland Stanford Junior University Method for modeling cell signaling systems by means of bayesian networks
WO2006129401A1 (ja) * 2005-05-31 2006-12-07 Jcl Bioassay Corporation プロテオーム網羅的解析における特異的蛋白質のスクリーニング方法
US7906116B2 (en) * 2005-09-01 2011-03-15 Parkash Gill Methods for using and identifying modulators of Delta-like 4
WO2007039255A1 (en) 2005-09-30 2007-04-12 Universiteit Maastricht Tumor angiogenesis associated genes and a method for their identification
WO2008060620A2 (en) * 2006-11-15 2008-05-22 Gene Network Sciences, Inc. Systems and methods for modeling and analyzing networks
JP2009050171A (ja) * 2007-08-23 2009-03-12 Toyobo Co Ltd 表面プラズモン共鳴による基板上におけるリン酸化の検出方法
CA3043911A1 (en) 2007-12-04 2009-07-02 Arbutus Biopharma Corporation Targeting lipids
US8541170B2 (en) * 2008-11-17 2013-09-24 Veracyte, Inc. Methods and compositions of molecular profiling for disease diagnostics
EA034552B1 (ru) * 2009-05-11 2020-02-19 БЕРГ ЭлЭлСи Способ лечения или предотвращения прогрессирования онкологических заболеваний
US20130023574A1 (en) * 2010-03-31 2013-01-24 National University Corporation Kumamoto University Method for generating data set for integrated proteomics, integrated proteomics method using data set for integrated proteomics that is generated by the generation method, and method for identifying causative substance using same
WO2012119129A1 (en) 2011-03-02 2012-09-07 Berg Biosystems, Llc Interrogatory cell-based assays and uses thereof

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8000949B2 (en) * 2001-06-18 2011-08-16 Genego, Inc. Methods for identification of novel protein drug targets and biomarkers utilizing functional networks
US20110131027A1 (en) * 2004-05-18 2011-06-02 Solomon Research Llc Bioinformatics system
US20120070849A1 (en) * 2004-07-21 2012-03-22 Perez Omar D Methods and compositions for risk stratification
US20110027291A1 (en) * 2008-08-15 2011-02-03 Merrimack Pharmaceuticals, Inc. Methods, systems and products for predicting response of tumor cells to a therapeutic agent and treating a patient according to the predicted response

Also Published As

Publication number Publication date
CN110456035A (zh) 2019-11-15
JP6767320B2 (ja) 2020-10-14
JP2015519876A (ja) 2015-07-16
IL234920A0 (en) 2014-12-31
EP2834366A4 (en) 2016-04-27
SG10201608234UA (en) 2016-11-29
IL234920B (en) 2019-12-31
CN108048521A (zh) 2018-05-18
MX357392B (es) 2018-07-06
CN108048521B (zh) 2022-05-27
AU2012376214B2 (en) 2019-02-14
KR20140142357A (ko) 2014-12-11
AU2019200670A1 (en) 2019-02-21
NZ718138A (en) 2017-11-24
HK1209161A1 (en) 2016-03-24
US20130259847A1 (en) 2013-10-03
EA201491833A1 (ru) 2015-01-30
KR102149070B1 (ko) 2020-10-15
SG11201406201YA (en) 2014-10-30
AU2019200670B2 (en) 2021-09-23
BR112014024537A2 (pt) 2017-08-08
NZ700647A (en) 2016-08-26
US10061887B2 (en) 2018-08-28
JP2021003121A (ja) 2021-01-14
WO2013151577A9 (en) 2014-11-20
US20190279736A1 (en) 2019-09-12
CN104520435A (zh) 2015-04-15
CA2869296A1 (en) 2013-10-10
WO2013151577A1 (en) 2013-10-10
WO2013151577A8 (en) 2014-12-31
JP6189926B2 (ja) 2017-08-30
MX2014011797A (es) 2014-12-10
EP2834366A1 (en) 2015-02-11
AU2012376214A1 (en) 2014-10-30
EP2834366B1 (en) 2024-05-29
JP2018033448A (ja) 2018-03-08
KR20200105524A (ko) 2020-09-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
AU2019200670B2 (en) Interrogatory cell-based assays and uses thereof
US20190304566A1 (en) Interrogatory cell-based assays for identifying drug-induced toxicity markers
EP2680925B1 (en) Interrogatory cell-based assays and uses thereof
CN110382521A (zh) 从氧化应激区分肿瘤抑制性foxo活性的方法
US20030175736A1 (en) Expression profile of prostate cancer
CN111183233A (zh) 使用靶基因表达的数学建模评估Notch细胞信号传导途径活性
KR20140140069A (ko) 전반적 발달장애의 진단 및 치료용 조성물 및 그 진단 및 치료 방법
CN111479933A (zh) 使用靶基因表达的数学建模评估jak-stat1/2细胞信号传导途径活性
KR20160117606A (ko) 항-혈관형성 약물에 대한 반응 및 암의 예후를 예측하기 위한 분자적 진단 시험
US20040219579A1 (en) Methods of diagnosis of cancer, compositions and methods of screening for modulators of cancer
CN101111768A (zh) 肺癌预后
CN106460054A (zh) 癌症中的融合基因
Jiao et al. Discovering metabolic disease gene interactions by correlated effects on cellular morphology
Ji et al. Genetic association between 1425G/A SNP in PRKCH and hypertrophic cardiomyopathy in a Chinese population
Zheng et al. Case Report: Novel LIM domain-binding protein 3 (LDB3) mutations associated with hypertrophic cardiomyopathy family
NZ700647B2 (en) Interrogatory cell-based assays and uses thereof
NZ718138B2 (en) Interrogatory cell-based assays and uses thereof
NZ614891B2 (en) Interrogatory cell-based assays and uses thereof