DE68919387T2 - DNS- und RNS-Proben, Methoden und Testsätze zum Nachweis von Salmonella. - Google Patents
DNS- und RNS-Proben, Methoden und Testsätze zum Nachweis von Salmonella.Info
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Description
- Diese Erfindung betrifft eine DNA-Sonde, die Salmonella in einer Probe nachweist, zum Beispiel von Menschen, Tieren, Lebensmitteln oder anderen Produkten. Die Erfindung betrifft auch Verfahren und Kits zum Nachweis von Salmonella.
- Krankheiten, die durch Infektion mit Salmonella (infektiöse Samonella-Erkrankungen) hervorgerufen werden, werden in eine Erkrankung vom typhusartigen Typ und in eine Erkrankung vom Typ der akuten Gastroenteritis unterteilt. Bei jedem Krankheitstyp ist der Nachweis von Salmonella in einer Probe, wie Blut, Exkremente und Urin, ein wichtiger Test, um die Erkrankungen zu identifizieren. Der Nachweis von Salmonella ist auch ein wichtiger Test, um die Sicherheit von Lebensmitteln oder ähnlichen Produkten zu gewährleisten.
- Das hauptsächlich angewandete Verfahren zum Nachweis von Salmonella ist folgendes:
- Eine Probe wird zuerst in ein Kulturmedium von Hajna- Tetrathionatbrühe oder ein ähnliches Medium überimpft, und die Züchtung wird 18 bis 24 Stunden durchgeführt, so daß die Bakterien vor der Isolationzüchtung auf einem DHL-Agarmedium für 24 Stunden vermehrt werden. Dann werden die entstandenen schwarzen Kolonien auf einem TSI-Agar und einem LIM-Medium 18 bis 24 Stunden gezüchtet; danach wird der primäre Identifikationstest und anschließend eine serologische oder ähnliche Untersuchung durchgeführt, um das Vorliegen von Salmonella nachzuweisen.
- Ein herkömmliches Nachweisverfahren für Salmonella, das hauptsächlich aus einer solchen Züchtung besteht, weist folgende Probleme auf:
- Erstens kann eine Untersuchung nicht nach Behandlung mit Antibiotika oder ähnlichen Stoffen durchgeführt werden. Zweitens wird ein langer Zeitraum von mehr als einigen Tagen benötigt, bevor ein Untersuchungsergebnis erhalten wird.
- Es ist deshalb wünschenswert, die benötigte Zeit für eine Untersuchung durch die Verkürzung der Züchtungsdauer zu verringern. Die Verkürzung der Untersuchungszeit ist wichtig, um bei einem Patienten mit einer infektiösen Salmonella- Erkrankung eine geeignete Behandlung durchzuführen und um die Ausbreitung von Salmonella zu verhindern.
- Die vorliegende Erfindung basiert auf der in Gene 18 (1982), 157-163, durch P. Clarke et al veröffentlichten Untersuchung, daß eine Basensequenz der Formel (I) des Anspruchs 1 spezifisch ist für die Bakterien der Gattung Salmonella, wobei die Basensequenz in der ausgedehnten Basensequenz eines ara-C-Gens von Salmonella typhimurium enthalten ist. Die Erfindung stellt ein Verfahren zum Nachweis von Salmonella in einer Probe bereit, durch den Nachweis einer DNA, die die Basensequenz der Formel (I) oder einer komplementären Formel (II) dazu aufweist.
- EP-A-01 14 668 beschreibt DNA-Sonden, die mit der DNA von 80% oder mehr der Salmonella-Arten und nicht mit andere Enterobakterien hybridisieren können; und die Verwendung solcher Sonden zum Nachweis des Vorhandenseins von Salmonella in einer Bakterien-enthaltenden Lebensmittelprobe. Von diesen Proben wird keine Information über die Sequenz angegeben.
- WO 88/03 957 offenbart Hybridisierungstest-Sonden mit einer Länge von mindestens etwa 10 Nucleotiden, wobei im wesentlichen mindestens etwa 10 zusammenhängende Nucleotide zu mindestens einem variablen Bereich einer ausgewählten Nucleinsäure komplementär sind, die nur bei Salmonella vorkommt; die offenbarten spezifischen Sonden sind:
- CTC ATC GAG CTC ACA GCA CAT GCG CTT TTG TGT A und CTC CTT TGA GTT CCC GAC CTA ATC GCT GGC.
- Eine erfindungsgemäße neue Sonde zum Nachweis von Salmonella umfaßt
- eine markierte Substanz und
- ein DNA- oder RNA-Fragment, das mit einer Basensequenz hybridisiert, die die folgende Formel (I) oder (II), die komplementär zu Formel (I) ist, aufweist
- 5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3' (I)
- 3'-CGAGTCTGCATACCGCCAT-5' (II)
- Die vorliegende Erfindung stellt auch ein Verfahren zum Nachweis von Salmonella in einer Probe bereit, umfassend:
- Inkontaktbringen der Sonde mit einer Probe unter Bedingungen, bei denen die Sonde mit einer Salmonella-DNA hybridisieren kann, und Nachweis des Vorliegens eines DNA-DNA- oder DNA-RNA-Hybridisierungskomplexes.
- Die Erfindung wird nun ausführlicher beschrieben.
- Die Nachweis-Sonde umfaßt eine Einheit, die die Basensequenz der Formel (I) oder (II) erkennt und die mit ihr hybridisiert, und eine mit der Einheit kombinierte markierte Substanz.
- So umfaßt die DNA-Sonde eine markierte Substanz und ein DNA-Fragment, das einen Teil oder die gesamte Basensequenz der folgenden Formel (I) oder (II) umfaßt:
- 5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3' (I)
- 3'-CGAGTCTGOATACCGCCAT-5' (II).
- Andererseits umfaßt die RNA-Sonde eine markierte Substanz und ein RNA-Fragment, das einen Teil oder die gesamte Basensequenz der folgenden Formel (I') oder (II') umfaßt:
- 5' -GCUCAGACGUAUGGCGGUA-3' (I')
- 3'-CGAGUGUGCAUACCGCCAU-5' (II')
- Obwohl als Einheit für die Hybridisierung DNA oder RNA verwendet werden kann, die die komplementäre Basensequenz zu der von Formel (I) oder (II) aufweist, wird DNA aufgrund der Stabilität als Reagenz bevorzugt verwendet. Obwohl die Länge der DNA-Sonde nicht notwendigerweise auf die Länge der Basensequenz begrenzt ist, die komplementär zu den neunzehn Basen der Formeln (I) und (II) ist, werden unnötig lange Sonden-DNAs nicht bevorzugt, weil sie dazu neigen eine erhöhte Bindungsaffinität an andere Bakterien-DNAs als von Salmonella aufzuweisen.
- Die DNA-Sonde kann durch Spaltung von Salmonella-DNAs mit einem oder mehreren Restriktionsenzymen oder ähnlichen Verfahren und durch ein chemisches Syntheseverfahren, wie einem Diester-, Triester-, Phosphit-, Phosphoramidid- oder einem ähnlichen Verfahren, hergestellt werden. Die RNA-Sonde wird ebenfalls durch die vorstehenden üblichen Verfahren hergestellt.
- Die markierte Substanz, die mit der DNA- oder RNA-Sonde kombiniert werden soll, kann ein radioaktives Isotop, ein fluoreszierendes Mittel, ein Enzym, ein lumineszierendes Mittel und ein ähnlicher Stoff sein. Diese Stoffe können direkt oder indirekt durch einen Linker, wie Avidin, oder einen Antikörper mit der DNA- oder RNA-Sonde kombiniert werden.
- Die erfindungsgemäße Sonde kann in einem Kolonie- Hybridisierungsverfahren oder anderen Nachweisverfahren, bei denen eine Hybridisierung durchgeführt wird, verwendet werden. Für den Nachweis von Salmonella wird die durch das Aufbrechen der Versuchsbakterien in einer Probe gewonnene DNA auf einer Nitrocellulose- oder Nylonmembran immobilisiert; dann wird der DNA ein Überschuß der erfindungsgemäßen Sonde zugegeben, so daß ein Hybrid gebildet wird, wenn Salmonella in der Ausgangsprobe vorliegt.
- Die Bakterien können mit einer alkalischen Lösung, einem grenzflächenaktiven Mittel, einem lytischen Enzym oder einem ähnlichen Mittel aufgebrochen werden. Die DNA aus den Bakterien kann durch Backen bei etwa 80ºC oder mit ultravioletter Strahlung auf der Membran immobilisiert werden. Eine hybridisierte Sonde wird immobilisiert und eine nicht hybridisierte Sonde wird durch Waschen entfernt.
- Nach dem Waschen wird die markierte Substanz der hybridisierten Sonde nachgewiesen. Das Nachweisverfahren unterscheidet sich gemäß der Markierungsart. Die radioaktiv markierte Sonde kann durch einen Szintillationszähler oder andere Strahlungsmeßgeräte oder ein Autoradiographieverfahren, unter Belichtung eines Films, nachgewiesen werden. Eine Menge der hybridisierten DNA kann mit einem Fluoreszenzmeßgerät gemessen werden, wenn die Sonde einen fluoreszierenden Stoff enthält, oder durch Messung der Enzymaktivität, wenn die Sonde mit einem Enzym markiert ist.
- Eine 5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3'-Sequenz wurde aus der Basensequenz eines ara-C-Gens in Salmonella typhimurium (P. Clarke et al, Gene 18 (1982), 157-163) ausgewählt. Dann wurde durch chemische Synthese ein Oligonucleotid (Sonde I), das die gleiche Sequenz wie dieses Gen aufweist, und ein Oligonucleotid (Sonde II), das eine komplementäre Sequenz zu diesem Gen aufweist, hergestellt. Somit weisen Sonde I und Sonde II die Basensequenzen der folgenden Formeln auf:
- Sonde I 5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3'
- Sonde II 3'-CGAGTCTGCATACCGCCAT-5'
- Die chemische Synthese wurde mit einem Triesterverfahren mit einem DNA-Synthesegerät (Modell NS-1 von Shimadzu Corporation) durchgeführt. Die synthetisierten DNA-Fragmente wurden mit einer C&sub1;&sub8;-Reversphasen-Säule gereinigt. Jedes der so erhaltenen DNA-Fragmente wurde mit γ-³²P-ATP mit einer Polynucleotid-Kinase markiert.
- Die Koloniehybridisierung wurde unter Verwendung von 4 Bakterienstämmen der Gattung Salmonella und 1- Bakterienstämmen anderer Gattungen durchgeführt, um die Spezifität der DNA-Sonden wie folgt zu untersuchen.
- Jede in einem Autoklaven sterilisierte Nitrocellulosemembran wurde auf ein Agarplatten-Kulturmedium gelegt und die Teststämme wurden auf der Membran wachsen gelassen. Gemäß dem Verfahren von Mosley et al (J. Infect. Dis. (1980), 892-898) wurden die Bakterien mit einer 0,5 M Natriumhydroxidlösung lysiert, neutralisiert und getrocknet. Danach wurde die Bakterien-DNA auf der Nitrocellulosemembran bei 80ºC immobilisiert. Jede Membran ließ man eine Stunde bei 35ºC in einer Hybridisierungslösung (6 · 550, 5 · Denhardt-Lösung, 1 mM EDTA, 100 ug/ml Lachssperma-DNA), einschließlich 106 cpm der DNA-Sonde pro 1 cm² der Membran, reagieren und wusch sie dann jeweils dreimal 5 Minuten mit 1 · 550 (bei 50ºC oder 55ºC) . Die Membran wurde getrocknet und dann die Hybridisierungsbildung durch Autoradiographie untersucht. Die Ergebnisse sind in Tabelle 1 dargestellt.
- Wie in Tabelle 1 dargestellt, wurde festgestellt, daß Sonde I und Sonde II, die eine komplementäre Basensequenz zu Sonde I aufweist, bei einer Waschtemperatur von 55ºC nur mit den Bakterien der Gattung Salmonella hybridisierte und nicht mit anderen Bakterien reagierte. Tabelle 1 Wirkung der Waschlösungstemperatur auf die Hybridisierung einer DNA-Sonde und der Bakterien-DNA Name des Teststamms Anzahl der Stämme Sonde
- Die erfindungsgemäßen DNA- und RNA-Sonden weisen die Eigenschaft auf, daß sie spezifisch mit der DNA von Salmonella reagieren, wodurch die Sonden Salmonella in einer Probe, die verschiedene Bakterienarten enthält, einfach nachweisen können. Deshalb können die Sonden ohne die Notwendigkeit, die zeitraubende Isolationszüchtung herkömmlicher Nachweisverfahren anzuwenden, Salmonella identifizieren und dies verkürzt deshalb einen Untersuchungszeitraum. Die Sonden weisen den Vorteil auf, daß die verursachenden Bakterien einer Erkrankung sogar nach dem Tod der Bakterien durch Antibiotika identifiziert werden können.
- Weiter weisen die erfindungsgemäßen DNA-Sonden im allgemeinen 19 Nucleotide der identifizierten Sequenz auf und daher weisen die DNA-Sonden die folgenden Vorteile im Vergleich mit einer gegenwärtigen Sonde auf, die aus Tausenden von Nucleotiden besteht. Erstens, die Sonden, die eine stabile Qualität aufweisen, können, da sie einfach durch chemische Synthese hergestellt werden können, produziert werden; und ihre Herstellungskosten können gesenkt werden, da sie für die Massenproduktion geeignet sind. Zweitens, die Reaktionszeit kann herabgesetzt werden, da die Sonden in einer höheren Konzentration eingesetzt werden können. Drittens, da die gesamte Sequenz jeder Sonde identifiziert ist, weist die Sonde den Vorteil auf, daß eine funktionelle Veränderung, wie Änderung der optimalen Waschtemperatur ohne Veränderung der Spezifität gegenüber den Bakterien, einfach durch Addition oder Deletion eines oder mehrerer Nucleotide oder Modifikation der Basensequenz durchgeführt werden kann. Ist die Sonde kürzer als 19 Nucleotide, dann ist die optimale Waschtemperatur niedriger; während die optimale Waschtemperatur höher ist, wenn ein oder mehrere zusätzliche Nucleotide, die zu dem Genom von Salmonella passen, hinzugefügt werden.
- Die erfindungsgemäßen Sonden können in Test-Kits herkömmlicher, auf dem Fachgebiet bekannter Form aufgenommen werden.
Claims (6)
1. DNA-Sonde zum Nachweis von Salmonella, umfassend:
einen Markierungsstoff und
ein DNA-Fragment, das mit einer Basensequenz
hybridisiert, wobei die Basensequenz die folgende Formel (I)
oder die komplementäre Formel (II) aufweist
5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3' (I)
3'-CGAGTCTGCATACCGCCAT-5' (II).
2. RNA-Sonde zum Nachweis von Salmonella, umfassend:
einen Markierungsstoff und
ein RNA-Fragment, das mit einer Basensequenz
hybridisiert, wobei die Basensequenz die folgende Formel (I)
oder die komplementäre Formel (II) aufweist
5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3' (I)
3'-CGAGTCTGCATACCGCCAT-5' (II).
3. DNA-Sonde zum Nachweis von Salmonella, umfassend:
einen Markierungsstoff und
ein DNA-Fragment, das eine Basensequenz mit der
folgenden Formel (I) oder (II) umfaßt
5'-GCTCAGACGTATGGCGGTA-3' (I)
3'-CGAGTCTGCATACCGCCAT-5' (II)
oder das im wesentlichen aus einem Teil dieser Sequenzen
besteht.
4. RNA-Sonde zum Nachweis von Salmonella, umfassend:
einen Markierungsstoff und
ein RNA-Fragment, das eine Basensequenz mit der
folgenden Formel (I') oder (II') umfaßt
5'-GCUCAGACGUAUGGCGGUA-3' (I)
3'-CGAGUCUGCAUACCGCCAU-5' (II')
oder das im wesentlichen aus einem Teil dieser Sequenzen
besteht.
5. Verfahren zum Nachweis von Salmonella in einer Probe,
umfassend:
Inkontaktbringen der Sonde nach einem der Ansprüche 1
bis 4 mit einer Probe unter Bedingungen, bei denen die
Sonde mit salmonella-DNA hybridisieren kann, und
Nachweis des Vorliegens eines DNA-DNA- oder
DNA-RNA-Hybridisierungskomplexes.
6. Kit zum Nachweis von Salmonella, umfassend eine Sonde
nach einem der Ansprüche 1 bis 4.
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| FR2664614B1 (fr) * | 1990-07-11 | 1992-10-16 | Pasteur Institut | Sequences nucleiques issues du genome de salmonella typhi, et leurs utilisations notamment pour le diagnostic in vitro de la presence de bacteries du genre salmonella dans les produits alimentaires. |
| WO1993004202A1 (en) * | 1991-08-22 | 1993-03-04 | Washington University | Polynucleotide probes for salmonella |
| EP0569578A1 (de) * | 1991-11-15 | 1993-11-18 | Amoco Corporation | Verfahren zur Verstärkung des Hybridisierungssignals in Wachstumsmedien |
| US5340728A (en) * | 1992-12-09 | 1994-08-23 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method for amplification of targeted segments of nucleic acid using nested polymerase chain reaction |
| CA2161405A1 (en) * | 1993-04-26 | 1994-11-10 | James L. Doran | Methods and compositions for detection of salmonella |
| DE4337295A1 (de) * | 1993-11-02 | 1995-05-04 | Merck Patent Gmbh | Oligonukleotide für den Nachweis von Enterobacteriaceae |
| EP1036846A3 (de) | 1994-02-28 | 2000-10-18 | Shimadzu Corporation | Oligonukleotide und Verfahren zum Nachweis von Bakterien |
| US5853990A (en) * | 1996-07-26 | 1998-12-29 | Edward E. Winger | Real time homogeneous nucleotide assay |
| CA2451498A1 (en) * | 2001-06-22 | 2003-01-03 | Marshfield Clinic | Methods and oligonucleotides for the detection of salmonella sp., e. coli o157:h7, and listeria monocytogenes |
| US20060240442A1 (en) * | 2005-04-20 | 2006-10-26 | Vevea Dirk N | Methods and oligonucleotides for the detection of Salmonella SP., E coli 0157:H7, and Listeria monocytogenes |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4358535A (en) * | 1980-12-08 | 1982-11-09 | Board Of Regents Of The University Of Washington | Specific DNA probes in diagnostic microbiology |
| US4689295A (en) * | 1983-01-20 | 1987-08-25 | Integrated Genetics, Inc. | Test for Salmonella |
| EP0272009B2 (de) * | 1986-11-24 | 2007-10-03 | Gen-Probe Incorporated | Nukleinsäuresonden zum Nachweis und/oder zur Quantifizierung von nicht-viralen Organismen |
-
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