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Hintergrund der Erfindung
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Gebiet der Erfindung
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Die
Erfindung ist auf neuartige, gereinigte und isolierte IL-1 eta Polypeptide
und Fragmente davon, auf Polynukleotide, welche solche Polypeptide
kodieren, auf Verfahren für
die Herstellung rekombinanter Formen solcher Polypeptide, auf gegen
diese Polypeptide erzeugte Antikörper,
auf von diesen Polypeptiden abgeleitete fragmentierte Peptide, und
auf Verwendungen davon gerichtet.
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Beschreibung des Standes
der Technik
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Interleukin-1
(IL-1) ist ein Mitglied einer großen Gruppe von Cytokinen, deren
primäre
Aufgabe Immun- und entzündliche
Antworten zu vermitteln ist. Es gibt sieben bekannte IL-1 Familienmitglieder,
welche IL-1 Alpha (IL-1α),
IL-1 Beta (IL-1β),
IL-1 Rezeptorantagonist (IL-1ra),
IL-1 Delta (IL-1δ),
IL-1 Epsilon (IL-1ε),
IL-1 Zeta (IL-ζ)
und IL-18 (bisher als IGIF und manchmal als IL-1 Gamma bekannt).
IL-1, welches von Makrophagen abgesondert wird, ist eigentlich eine
Mischung aus größtenteils
IL-1β und
etwas IL-1α (Abbas
et al., 1994). IL-1α und
IL-1β, welche
zuerst als 33 kD Vorläufer,
denen eine Signalsequenz fehlt, produziert werden, werden durch proteolytische
Spaltung weiter bearbeitet, um die abgesonderten, aktiven Formen,
mit jeweils etwa 17 kD zu erzeugen. Zusätzlich ist auch der 33 kD Vorläufer von
IL-1α aktiv.
Beide IL-1 Formen sind die Produkte von zwei unterschiedlichen Genen,
die auf Chromosom 2 lokalisiert sind. Obwohl die zwei Formen weniger
als 30 Prozent homolog zueinander sind, binden sie beide an denselben
Rezeptor und weisen eine ähnliche
Aktivitäten
auf.
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IL-1ra,
eine biologisch inaktive Form von IL-1, ist strukturell zu IL-1
homolog und bindet an dieselben Rezeptoren. Zusätzlich wird IL-1ra mit einer
Signalsequenz erzeugt, die die effektive Sekretion in die extrazelluläre Region
ermöglicht,
wo es kompetitiv mit IL-1 konkurriert (Abbas et al., 1994).
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Die
IL-1 Ligandenfamilie bindet an eine Familie von zwei IL-1 Rezeptoren,
die Mitglieder der Ig Superfamilie sind. IL-1 Rezeptoren umfassen
den 80 kDa Typ I Rzeptor (IL- 1RI)
und einen 68 kDa Typ II Rezeptor (IL-1RII). IL-1 Liganden können auch
an ein lösliches
proteolytisches IL-1RII Fragment (sIL-1RII) binden (Colotta et al.,
1993).
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Die
Hauptquelle von IL-1 ist der aktivierte Makrophage oder der mononukleäre Phagozyt.
Zu anderen IL-1 produzierenden Zellen zählen Epithel- und Endothelzellen
(Abbas et al., 1994). Die IL-1 Sekretion aus Makrophagen tritt auf,
nach dem die Makrophagen mit Gramnegativen Bakteria zusammenstoßen und
diese aufnehmen. Solche Bakteria enthalten Lipopolysaccharid (LPS)-Moleküle, auch
als Endotoxin bekannt, in der bakteriellen Zellwand. LPS Moleküle sind
die aktiven Komponenten, die Makrophagen stimulieren, um Tumornekrosefaktor
(TNF) und IL-1 zu erzeugen. In diesem Fall wird IL-1 als Antwort
auf die LPS und TNF-Produktion erzeugt. Bei niederen Konzentrationen
stimuliert LPS Makrophagen und aktiviert B-Zellen und andere Wirtsantworten,
die benötigt
werden, um die bakterielle Infektion zu eliminieren; bei hohen Konzentrationen kann
LPS jedoch schwere Gewebeschädigung,
Schock und sogar den Tod hervorrufen.
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Zu
den biologischen Funktionen von IL-1 zählen das Aktivieren von vaskulären Endothelzellen
und Lymphozyten, die lokale Gewebezerstörung, und Fieber (Janeway et
al., 1996). Bei niederen Konzentrationen stimuliert IL-1 Makrophagen
und vaskuläre
Endothelzellen, um IL-6 zu erzeugen, reguliert Moleküle auf der Oberfläche von
vaskulären
Endothelzellen hinauf, um die Leukozytenadhäsion zu erhöhen, und aktiviert indirekt
entzündliche
Leukozyten, indem mononukleäre
Phagozyten und andere Zellen stimuliert werden, um bestimmte Chemokine
zu erzeugen, die entzündliche
Leukozyten aktivieren. Zusätzlich
ist IL-1 an anderen entzündlichen
Reaktionen beteiligt, wie etwa der Induktion von Prostaglandinen,
Stickoxidsynthase, und Metalloproteinasen. Diese IL-1 Funktionen
sind während
mikrobiellen Infektionen auf niedrigem Niveau ausschlaggebend. Wenn
jedoch die mikrobielle Infektion eskaliert, wirkt IL-1 durch Induzieren
von Fieber, Stimulieren mononukleärer Phagozyten, um IL-1 und
IL-6 herzustellen, Erhöhen
der Produktion von Serumproteinen aus Hepatozyten, und Aktivieren
des Koagulationssystems systemisch. Zusätzlich ruft IL-1 nicht die
hämorrhagische Nekrose
von Tumoren hervor, unterdrückt
die Knochenmark-Stammzellenteilung, und IL-1 ist bei hohen Konzentrationen
für Menschen
tödlich.
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EP 0 879 889 A2 diskutiert
mehrfache Verwendungen eines beispielhaften Mitglieds der IL-1 Familie. In
dieser Veröffentlichung
ist offenbart, dass IL-1 Delta-Polypeptide für die Behandlung von verschiedenen Krankheiten,
einschließlich
chronischer und akuter Entzündung,
Arthritis, Blutvergiftung, Autoimmunerkrankung, Transplantatabstoßung, Transplantat
versus Wirt-Krankheit, Infektion, Schlaganfall, Ischämie, akutes
respiratorisches Krankheitssyndrom, Restenose, Gehirnverletzung,
AIDS, Knochenkrankheit, Krebs, Atherosklerose und Alzheimer-Krankheit, verwendet
werden können.
Andere Krankheiten für
welche IL-1 Familienmitglieder für
die Behandlung verwendet werden können sind entzündliche
Darmkrankheit, multiples Myelom, Multiple Sklerose, Asthma, Allergie,
Osteoporose, Pankreatitis, akute myelogene Leukämie, chronische myelogene Leukämie, Herzkrankheit,
einschließlich
Myokardinfarkt und kongestive Herzinsuffizienz, Lyme-Krankheit,
Parodontalerkrankung, Sepsis, Hitzeschlag, Glomerulonephritis, Osteoarthritis,
Granulomabildung, vorzeitige Wehen und Uveitis.
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Angesichts
der wichtigen Funktion von IL-1 gibt es einen Bedarf im Stand der
Technik an zusätzlichen Mitgliedern
der IL-1 Ligandenfamilie und der IL-1 Rezeptorfamilie. In Anbetracht
des anhaltenden Interesses an der Proteinforschung und des Immunsystems
sind weiters die Entdeckung, Identifizierung und Aufgaben von neuen
Proteinen (wie das humane IL-1
eta der Erfindung) und ihrer Inhibitoren an der vordersten Stelle der
modernen Molekularbiologie und Biochemie. Trotz des wachsenden Wissens
gibt es nach wie vor einen Bedarf im Fachgebiet, die Identität und Funktion
von Proteinen, die an zellulären
und Immunreaktionen beteiligt sind, zu entdecken.
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Zusammenfassung der Erfindung
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Die
Erfindung hilft beim Erfüllen
dieser verschiedenen Bedürfnissen
im Stand der Technik durch Bereitstellen der isolierten Polynukleotide
und der Polypeptide, die durch diese Polynukleotide kodiert sind,
für den
neuartigen IL-1 Familienliganden mit der Bezeichnung „IL-1 eta". Folglich ist die
Erfindung in einem Aspekt auf eine DNA gerichtet, die ausgewählt ist
aus der Gruppe bestehend aus: (a) DNA, die das Polynukleotid der SEQ
ID NR: 1 aufweist; (b) DNA, die ein Polynukleotid aufweist, das
das Polypeptid gemäß SEQ ID
NR: 2 kodiert; (c) DNA, die ein Polynukleotid aufweist, das eine
Aminosäuresequenz
kodiert, die wenigstens 80% identisch ist mit der Aminosäuresequenz
gemäß SEQ ID
NR: 2; und (d) DNA, die als Folge des genetischen Codes zu einer
DNA degeneriert ist, die in (a)–(c)
definiert ist, wobei die DNA ein Polypeptid kodiert, das an ein
IL-1 Rezeptorfamilienmitglied bindet.
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Sowohl
einzelsträngige
als auch doppelsträngige
DNA Polynukleotid-Moleküle
sind durch die Erfindung umfasst. Andere Polynukleotid-Moleküle umfassen
jene, die an eine denaturierte, doppelsträngige DNA, die die gesamte
oder einen Teil der SEQ ID NR: 1 und/oder eine DNA, die die in SEQ
ID NR: 2 dargelegte Aminosäure-Sequenzen
kodiert, hybridisiert, jene, die durch in vitro Mutagnese von Polynukleotid-Molekülen, die
die Sequenz der SEQ ID NR: 1 aufweisen, abgeleitet sind, jene, die
von den Polynukleotiden, die die Sequenz der SEQ ID NR: 1 aufweisen,
degeneriert sind, und jene, die alle Varianten der DNA der Erfindung
sind.
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Die
Erfindung umfasst einen Expressionsvektor, welcher die DNA der Erfindung
aufweist und eine Wirtszelle, die mit einem solchen Vektor transformiert
ist.
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Die
oben erwähnten
Polynukleotide können
verwendet werden, um Polynukleotide zu identifizieren, die Proteine
mit einer mit IL-1 Familienliganden und Rezeptoren assoziierten
Aktivität
kodieren. Somit können IL-1
eta Polynukleotid verwendet werden, um den IL-1 eta Rezeptor durch
Kodieren des IL-1 eta Proteins zu identifizieren.
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Zusätzlich können diese
Polynukleotide verwendet werden, um die menschlichen Chromosome,
mit welchen die Polynukleotide assoziiert sind, zu identifizieren.
Folglich können
die IL-1 eta Polynukleotide verwendet werden, um das menschliche
Chromosom 2 zu identifizieren. Dementsprechend können diese Polynukleotide auch
verwendet werden, um Gene auf dem menschlichen Chromosom 2 zu kartieren;
um Gene zu identifizieren, die mit bestimmten Krankheiten, Syndromen,
oder anderen mit dem menschlichen Chromosom 2 assoziierten menschlichen
Zuständen
assoziiert sind, und um die Zellsignalübertragung und das Immunsystem
zu studieren.
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Sense
oder Antisense Oligonukleotide der Polynukleotide der SEQ ID NR:
1, können
verwendet werden, um die Expression der DNA der Erfindung zu inhibieren.
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Die
Erfindung umfasst auch isolierte Polypeptide und Fragmente von IL-1
eta, wie sie durch diese Polynukleotid-Moleküle kodiert sind, einschließlich löslicher
Polypeptid-Abschnitte der SEQ ID NR: 2. Somit bietet die Erfindung
in einem weiteren Aspekt ein Polypeptid, das ausgewählt ist
aus der Gruppe bestehend aus: (a) einem Polypeptid, das das Polypeptid
der SEQ ID NR: 2 enthält;
und (b) einem Polypeptid, das ein Polypeptid aufweist, das wenigstens
80% identisch ist mit dem Polypeptid der SEQ ID NR: 2; wobei das
Polypeptid ein IL-1 Rezeptorfamilienmitglied bindet. Die Erfindung
bietet auch ein Polypeptid, das ein durch die DNA der Erfindung
kodiertes Polypeptid aufweist. Die Erfindung umfasst weiters ein
Verfahren zum Herstellen eines Polypeptids, welches das Kultivieren
einer Wirtszelle der Erfindung unter Bedingungen aufweist, die die
Expression des Polypeptids bewirken. Das Verfahren weist weiters
das Gewinnen des Polypeptids aus dem Kulturmedium auf. Insbesondere
wird die Expression dieser Polypeptide in Bakterien, Hefe-, Pflanzen-,
Insekten- oder tierischen Zellen durch die Erfindung umfasst.
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Im
Allgemeinen können
die Polypeptide der Erfindung verwendet werden, um die zellulären Vorgänge wie
Immunregulation, Zellproliferation, Zelltod, Zellmigration, Zell-Zell-Wechselwirkung, und
entzündliche
Reaktionen zu untersuchen. Zusätzlich
können
diese Polypeptide verwendet werden, um Proteine zu identifizieren,
die mit IL-1 eta Liganden assoziiert sind.
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Zusätzlich können diese
Polypeptide in Untersuchungen benutzt werden, um auf wirksame Aktivitätsinhibitoren,
die mit Polypeptid-Counter-Strukturmolekülen assoziiert sind, zu screenen
und als therapeutische Wirkstoffe für die Behandlung von Krankheiten,
die durch Polypeptid-Counter-Strukturmolekülen vermittelt sind. Weiters
können
diese Polypeptide in der Entwicklung von Inhibitoren (z.B. biotechnologisch-hergestellte Rezeptoren,
die als Inhibitoren wirken) davon verwendet werden.
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Die
IL-1 eta Polynukleotidsequenzen, die vorhergesagten Aminosäure-Sequenzen
des Polypeptids oder Fragmente davon, oder eine Kombination der
vorhergesagten Aminosäuresequenzen
des Polypeptids und Fragmente davon können beim Abfragen einer elektronischen
Datenbank verwendet werden, um bei der Identifikation von Proben-Polynukleotide und/oder
Proteinen zu helfen.
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Die
Erfindung stellt auch einen Antikörper bereit, der mit einem
Polypeptid der Erfindung immunoreaktiv ist. Somit sind isolierte
polyklonale oder monoklonale Antikörper, die an diese Polypeptide
binden, ebenfalls durch die Erfindung umfasst, zusätzlich zu
der Verwendung dieser Antikörper,
um beim Reinigen der Polypeptide der Erfindung zu helfen.
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Detaillierte Beschreibung
der Erfindung
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Die
Polynukleotidmoleküle,
die von der Erfindung umfasst sind, weisen die folgenden Nukleotidsequenzen
auf Name:
IL-1 eta
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Die
Aminosäure-Sequenz
der durch die Nukleotid-Sequenz der Erfindung kodierten Polypeptide
enthalten: Name:
IL-1 eta (Polypeptid)
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Die
Entdeckung der IL-1 eta Polynukleotide der Erfindung ermöglicht die
Konstruktion von Expressionsvektoren, welche die Polynukleotidsequenzen
aufweisen, die die entsprechenden Polypeptide kodieren, und Wirtszellen,
die mit den Expressionsvektoren transfiziert oder transformiert
sind. Die Erfindung ermöglicht auch
die Isolierung und Reinigung von biologisch aktiven IL-1 eta Polypeptiden
und Fragmenten davon. In noch einer anderen Ausführungsform können die
Polynukleotide oder Oligonukleotide davon als Sonden verwendet werden,
um Polynukleotide, die Proteine mit assoziierten Aktivitäten kodieren,
zu identifizieren. Somit kann IL-1 eta verwendet werden, um Aktivitäten zu identifizieren,
die mit IL-1 Familienliganden assoziiert sind. Zusätzlich können die
Polynukleotide oder Oligonukleotide davon von IL-1 eta verwendet
werden, um die menschlichen Chromosome 2 zu identifizieren. In ähnlicher
Weise können
diese Polynukleotide oder Oligonukleotide davon verwendet werden,
um Gene auf den menschlichen Chromosomen 2 zu kartieren, und um Gene
zu identifizieren, die mit bestimmten Krankheiten, Syndromen oder
anderen menschlichen Zuständen assoziiert
sind, die mit menschlichen Chromosomen 2 in Verbindung stehen. Folglich
können
die Polynukleotide oder Oligonukleotide davon von IL-1 eta verwendet
werden, um Glaukom, ektodermale Dysplasie, Insulin-abhängigen Diabetes
mellitus, Faltenhaut-Syndrom, T-Zell Leukämie/Lymphoma und tibiale Muskeldystrophie
zu identifizieren. Schließlich
können
einzelsträngige
Sense oder Antisense-Oligonukleotide von diesen Polynukleotiden
verwendet werden, um die Expression von Polynukleotiden zu inhibieren,
die durch IL-1 eta kodiert sind.
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Das
IL-1 eta und die löslichen
Fragmente davon können
verwendet werden, um vaskuläre
Endothelzellen und Lymphozyten zu aktivieren und/oder deren Aktivierung
zu inhibieren, um die lokale Gewebezerstörung und Fieber zu induzieren
und/oder deren Induktion zu inhibieren (Janeway et al., 1996), um
Makrophagen und vaskuläre
Endothelzellen zu inhibieren und/oder stimulieren, um IL-6 zu erzeugen,
um Prostaglandine, Stickoxidsynthase, und Metalloproteinasen zu
induzieren und/oder deren Induktion zu inhibieren, und um die Moleküle auf der
Oberfläche
von vaskulären
Endothelzellen hinauf zu regulieren und/oder die Aufwärtsregulierung
zu inhibieren. Zusätzlich
können
diese Polypeptide und fragmentierten Polypeptide auch verwendet werden,
um entzündliche
Mediatoren, wie Transkriptionsfaktoren NF-κB und AP-1, MAP Kinasen JNK
und p38, COX-2, iNOS, und alle der durch diese Moleküle stimulierten
Aktivitäten
zu induzieren und/oder die Induktion zu inhibieren.
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Zusätzlich können diese
Polypeptide und fragmentierten Peptide auch als Molekulargewichts-Marker und
als Kontrollen für
die Peptid-Fragmentierung verwendet werden und die Erfindung umfasst
die Ausrüstungssätze, die
diese Reagenzien aufweisen. Schließlich können diese Polypeptide und
Fragmente davon verwendet werden, um Antikörper zu erzeugen, und solche
Antikörper
können
verwendet werden, um IL-1 eta Polypeptide zu reinigen.
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POLYNUKLEOTID-MOLEKÜLE
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In
einer besonderen Ausführungsform
betrifft die Erfindung bestimmte isolierte Nukleotidsequenzen, die
frei von verunreinigendem endogenem Material sind. Eine „Nukleotidsequenz" betrifft ein Polynukleotidmolekül in Form
eines getrennten Fragments oder als Komponente eines größeren Polynukleotidkonstrukts.
Das Polynukleotidmolekül
wurde von DNA oder RNA abgeleitet, die zumindest einmal in einer
im Wesentlichen reinen Form und in einer Menge oder Konzentration
isoliert wurde, die eine Identifikation, Manipulation und Gewinnung
der Nukleotidsequenzen deren Komponenten mittels biochemischer Standardverfahren
ermöglicht (wie
jene, die in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual
2. Auflage, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY,
1989 dargelegt sind). Solche Sequenzen werden vorzugsweise in Form
eines offenen Leserahmens, der durch interne nicht-translatorische
Sequenzen, oder Introns, nicht unterbrochen ist, die in typischen
eukaroyotischen Genen vorhanden sind, bereitgestellt und/oder konstruiert.
Sequenzen von nicht-translatierter DNA können 5' oder 3' von einem offenen Leserahmen vorliegen,
wo die gleichen nicht mit der Manipulation oder Expression der kodierenden
Region interferieren. In einem anderen Aspekt bietet die Erfindung
DNA, die die Nukleotidreste 112 bis 585 der SEQ ID NR: 1 aufweist.
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Polynukleotide
der Erfindung schließen
DNA in sowohl einzelsträngiger
als auch doppelsträngiger Form,
sowie das RNA-Komplement davon ein. DNA schließt, zum Beispiel, cDNA, genomische
DNA, chemisch synthetisierte DNA, durch PCR amplifizierte DNA, und
Kombinationen davon ein. Genomische DNA kann durch herkömmliche
Techniken isoliert werden, z.B., unter Verwendung der cDNA der SEQ
ID NR: 1 oder eines geeigneten Fragments davon als eine Sonde.
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Die
DNA Moleküle
der Erfindung beinhalten Gene voller Länge sowie Polynukleotide und
Fragmente davon. Die Gene voller Länge können das N-terminale Signalpeptid
einschließen.
Andere Ausführungsformen beinhalten
DNA, die eine lösliche
Form kodiert, z.B. die die extrazelluläre Domäne des Proteins, mit oder ohne Signalpeptid
kodiert.
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Die
Polynukleotide der Erfindung sind vorzugsweise von menschlichen
Quellen abgeleitet, jedoch schließt die Erfindung jene ebenso
mit ein, die von nicht-menschlichen Spezies abgleitet sind.
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Umfasst
durch die vorliegende Erfindung sind cDNA Klone mit der Nukleotidsequenz
der SEQ ID NR: 1, die wie in Beispiel 1 beschrieben isoliert wird.
Das durch die Nukleotide 112–585
der SEQ ID NR: 1 kodierte Polypeptid ist in SEQ ID NR: 2 gezeigt.
Diese Sequenz identifiziert das IL-1 eta der SEQ ID NR: 2 als ein
Mitglied der IL-1 Familie.
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Aufgrund
der bekannten Degeneriertheit des genetischen Kodes, worin mehr
als ein Kodon dieselbe Aminosäure
kodieren kann, kann eine DNA von der in den SEQ ID NR: 1 gezeigten
abweichen und dennoch ein Polypeptid mit der Aminosäuresequenz
der SEQ ID NR: 2 kodieren. Eine solche abweichende DNA kann von
versehentlichen Mutationen (die z.B. während der PCR-Amplifizierung
auftreten) resultieren, oder kann das Produkt einer absichtlichen
Mutagenese einer nativen Sequenz sein.
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Die
Erfindung bietet isolierte DNA ausgewählt aus: (a) DNA, die die Nukleotidsequenz
der SEQ ID NR: 1 aufweisen, (b) DNA, die die Nukleotide 112–585 der
SEQ ID NR: 1 aufweisen; (c) DNA, die die Polypeptide der SEQ ID
NR: 2 kodieren; (d) DNA, die in der Lage ist, an eine DNA von (a)–(c) unter
Bedingungen mäßiger Stringenz
hybridisieren und welche Polypeptide der Erfindung kodiert; (e)
DNA, die das Komplement ist, und zum Hybridisieren an eine DNA von
(a)–(d)
unter Bedinungen hoher Stringenz in der Lage ist und welche Polypeptide
der Erfindung kodiert, und (f) DNA, die als Folge des genetischen
Codes zu einer DNA degeneriert ist, die in (a), (b), (c), (d) oder
(e) definiert ist, und welche Polypeptide der Erfindung kodieren.
DNA, die Fragmente der Polypeptide der SEQ ID NR: 2 kodiert, die
biologisch aktiv sind, z.B. die an IL-1 Rezeptor binden, sind ebenfalls
durch die vorliegende Erfindung umfasst. Natürlich sind Polypeptide, die
durch solche DNA Sequenzen kodiert sind, durch die Erfindung umfasst.
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Wie
hierin verwendet, können
Bedingungen mäßiger Stringenz
leicht durch einen Durchschnittsfachmann basierend zum Beispiel
auf der Länge
der DNA bestimmt werden. Die grundlegenden Bedingungen sind in Sambrook
et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Ausgabe, Band
1, S. 1.101–104,
Cold Spring Harbor Laboratory Press, (1989) dargelegt, und beinhalten
die Verwendung einer Vorwaschlösung
für die
Nitrozellulose-Filter 5X SSC, 0,5% SDS, 1,0 mM EDTA (pH 8,0), Hybridisierungsbedingungen
von etwa 50% Formamid, 6XSSC bei etwa 42°C (oder einer anderen ähnlichen
Hybridisierungslösung,
wie etwa Stark's
Lösung
in etwa 50% Formamid bei etwa 42°C),
und Waschbedingungen von etwa 60°C,
0,5X SSC, 0,1% SDS. Bedingungen hoher Stringenz können ebenfalls
leicht durch den Durchschnittsfachmann basierend auf, zum Beispiel,
der Länge
der DNA, bestimmt werden. Im Allgemeinen sind solche Bedingungen
als Hybridisierungsbedingungen, wie oben, definiert, und mit Waschen
bei ungefähr
68°C, 0,2X
SSC, 0,1% SDS. Der Fachmann wird erkennen, dass die Temperatur und
Waschlösung-Salzkonzentration
nach Bedarf, wie z.B. gemäß Faktoren,
wie der Länge
der Sonde, eingestellt werden können
Ebenfalls durch die Erfindung umfasst, ist eine DNA, die Polypeptidfragmente
kodiert und DNA, die Polypeptide kodieren, die inaktivierte N-Glycosylierungsstellen, inaktivierte
Protease-Bearbeitungsstellen, oder konservative Aminosäure-Substitutionen
aufweisen, wie unten beschrieben ist.
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In
einer anderen Ausführungsform
umfassen die Polynukleotid-Moleküle
der Erfindung auch Polynukleotide, die zumindest 80% identisch sind
zu einer nativen DNA sind. Ebenfalls umfasst sind Ausführungsformen,
in welchen ein Polynukleotid ein Molekül enthält, das zumindest 90% identisch,
zumindest 95% identisch, zumindest 98% identisch, zumindest 99%
identisch oder zumindest 99,9% identisch zu einer nativen Sequenz ist.
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Die
prozentuelle Identität
kann durch visuelle Begutachtung und mathematische Berechungen bestimmt
werden. Alternativ kann die prozentuelle Identität von zwei Polynukleotidsequenzen
durch Vergleichen der Sequenzinformationen unter Verwendung des
GAP Computerprogramms, Version 6,0, das von Devereux et al., (Nucl.
Acids Res. 12:387, 1984) beschrieben und von der University of Wisconsin
Genetics Computer Group (UWGCG) erhältlich ist, bestimmt werden.
Die bevorzugten Voreinstellungen für das GAP-Programm beinhalten:
(1) eine unäre
Vergleichsmatrix (enthält
einen Wert von 1 für
Identitäten
und 0 für
Nicht-Identitäten) für Nukleotide,
und die gewichtete Vergleichsmatirx von Gribskov und Burgess, Nucl.
Acids Res. 14:6745, 1986, wie von Schwartz und Dayhoff, Hrsg. Atlas
of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research
Foundation, S. 353–358,
1979 beschrieben ist; (2) einen Strafpunkt von 3,0 für jede Lücke und
einen zusätzlichen
Strafpunkt von 0,10 für
jedes Symbol in jeder Lücke;
und (3) kein Strafpunkt für
Endlücken.
Andere Programme, die von Fachleuten auf dem Gebiet des Sequenzvergleichs
verwendet werden, können ebenso
eingesetzt werden.
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Die
Erfindung bietet isolierte Polynukleotide, die in der Herstellung
von Polypeptiden nützlich
sind. Solche Polypeptide können
durch irgendeine einer Vielzahl von herkömmlichen Techniken hergestellt
werden. Ein DNA, die ein Polypeptid der Erfindung kodiert, oder
ein gewünschtes
Fragment davon, kann in einen Expressionsvektor für die Herstellung
des Polypeptids oder Fragments subkloniert werden. Die DNA Sequenz
wird vorteilhafterweise mit einer DNA fusioniert, die eine geeignete
Leitsequenz oder ein geeignetes Signalpeptid kodiert. Alternativ
kann das gewünschte
Fragment mittels bekannter Techniken chemisch synthetisiert werden. DNA
Fragmente können
auch durch Restriktionendonuklease-Verdau einer klonierten DNA Sequenz
voller Länge
und Isolieren durch Elektrophorese in einem Agarosegel hergestellt
werden. Wenn notwendig können Oligonukleotide,
die den 5' oder
3' Terminus bis
zu einem gewünschten
Punkt rekonstruieren, an ein DNA Fragment, das durch Restriktionsenzymverdau
erzeugt wurde, ligiert werden. Solche Oligonukleotde können zusätzlich eine
Restriktionsendonuklease-Spaltungsstelle stromaufwärts von
der gewünschten
kodierenden Sequenz enthalten und positionieren ein Startkodon (ATG)
an dem N-Terminus der kodierenden Sequenz.
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Das
bekannte Polymerase-Kettenreaktion (PCR)-Verfahren kann auch eingesetzt
werden, um eine DNA, die ein gewünschtes
Proteinfragment kodiert, zu isolieren und zu amplifizieren. Oligonukleotide,
die die gewünschten
Termini des DNA Fragments definieren, werden als 5' und 3' Primer eingesetzt.
Die Oligonukleotide können
zusätzlich
Erkennungsstellen für
Restriktionsendonukleasen enthalten, um die Einfügung des amplifizierten DNA
Fragments in einen Expressionsvektor zu erleichtern. PCR-Techniken
sind in Saiki et al., Science, 239:487, (1988): Recombinant DNA
Methodology, Wu et al., Hrsg., Academic Press, Inc., San Diego, (1989),
S. 189–196;
und PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Innis et
al., Hrsg., Academic Press, Inc., 1990, beschrieben.
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Polypeptide und Fragmente
davon
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Die
Erfindung umfasst Polypeptide und Fragmente davon in verschiedenen
Formen, einschließlich
jener, die natürlich
vorkommen oder durch verschiedene Techniken hergestellt sind, wie
etwa Verfahren, die die rekombinante DNA Technologie einbinden.
Zu solchen Formen zählen,
ohne jedoch darauf beschränkt
zu sein, Derivate, Varianten, oder Oligomere sowie Fusionsproteine
oder Fragmente davon.
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Zu
den Polypeptiden der Erfindung zählen
Proteine voller Länge,
die durch die oben dargelegten Polynukleotidsequenzen kodiert werden.
Besonders bevorzugte Polypeptide von IL-1 eta weisen die Aminosäure-Sequenz
der SEQ ID NR: 2 auf.
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Die
Polypeptide der Erfindung können
sezerniert werden und sind somit löslich. Lösliche Polypeptide sind zum
Sezernieren aus den Zellen, in welchen sie exprimiert werden, in
der Lage. Im Allgemeinen können lösliche Polypeptide
durch Trennen der intakten Zellen, die das gewünschte Polypeptid exprimieren,
von dem Kulturmedium, z.B. durch Zentrifugation, und Untersuchen
des Mediums (Überstand)
auf die Gegenwart des gewünschten
Polypeptids identifiziert (und von nicht löslichen Membran-gebundenen
Gegenstücken
unterschieden) werden. Die Gegenwart des Polypeptids in dem Medium
deutet darauf hin, dass das Polypeptid aus den Zellen sezerniert
wurde und somit eine lösliche
Form des Proteins ist.
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In
einer Ausführungsform
weisen die löslichen
Polypeptide und Fragmente davon die gesamte oder Teile der extrazellulären Domäne auf,
es fehlt ihnen jedoch die Transmembranregion, die die Zurückhaltung des
Polypeptids an der Zellmembran verursachen würde. Ein lösliches Polypeptid kann die
cytoplasmatische Domäne,
oder einen Teil davon, enthalten, solange das Polypeptid aus den
Zellen, in welchen es produziert wird, sezerniert wird.
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Im
Allgemeinen ist die Verwendung löslicher
Formen für
bestimmte Anwendungen vorteilhaft. Die Reinigung der Polypeptide
aus rekombinanten Wirtszellen wird erleichtert, da die löslichen
Polypeptide aus den Zellen sezerniert werden. Weiters sind lösliche Polypeptide
im Allgemeinen für
die intravenöse
Verabreichung geeigneter.
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Die
Erfindung bietet auch Polypeptide und Fragmente der extrazellulären Domäne, die
eine gewünschte
biologische Aktivität
beibehalten. Besondere Ausführungsformen
sind auf Polypeptid-Fragmente der SEQ ID NR: 2 gerichtet, die die
Fähigkeit
an native Verwandte, Substrate oder Gegenstrukturen („Bindungspartner") zu binden, beibehalten.
Solch ein Fragment kann ein lösliches
Polypeptid, wie oben beschrieben, sein. In einer anderen Ausführungsform
enthalten die Polypeptide und Fragment vorteilhafterweise Regionen, die
in den IL-1 Liganden und der IL-1 Rezeptorfamilie, wie oben beschrieben,
konserviert sind.
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Ebenfalls
bereitgestellt hierin sind, Polypeptidfragmente, die zumindest 20,
oder zumindest 30, zusammenhängende
Aminosäuren
der Sequenzen der SEQ ID NR: 2 aufweisen. Peptidfragmente können auch
als Immunogene, beim Herstellen von Antikörpern eingesetzt werden.
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Natürlich vorkommende
Varianten sowie abgeleitete Varianten der Polypeptide und Fragmente
sind hierin bereitgestellt.
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Varianten
können
Aminosäuresequenzen
aufweisen, die zumindest 80% identisch sind. Ebenfalls berücksichtigt
sind Ausführungsformen,
in welchen ein Polypeptid oder Fragment eine Aminosäure-Sequenz
aufweist, die zumindest 90% identisch, zumindest 95% identisch,
zumindest 98% identisch, zumindest 99% identisch oder zumindest
99,9% identisch ist zu dem bevorzugten Polypeptid oder Fragment
davon. Die prozentuelle Identität
kann durch visuelle Inspektion und mathematische Berechnung bestimmt
werden. Alternativ kann die prozentuelle Identität von zwei Proteinsequenzen
durch Vergleichen der Sequenzinformation unter Verwendung des GAP
Computerprogramm, basierend auf dem Algorithmus von Needleman und
Wunsch (J. Mol. Bio 48:443, 1970) und von der University of Wisconsin
Genetics Computer Group (UWGCG) erhältlich ist, bestimmt werden.
Die bevorzugten Voreinstellungen für das GAP-Programm beinhalten:
(1) eine Scoring-Matrix, blosum62, wie von Henikoff und Henikoff
Proc. Natl. Acad. Sci USA, 89:10915, 1992) beschrieben; (2) ein
Lückengewicht
von 12; (3) ein Gewicht für
die Lückenlänge von
4; und (4) keinen Strafpunkt für
Endlücken.
Andere Programme, die von einem Fachmann auf dem Gebiet des Sequenzvergleiches
verwendet werden, können
auch eingesetzt werden.
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Die
Varianten der Erfindung beinhalten, zum Beispiel, jene, die von
alternativen mRNA-Spleißvorgängen oder
einer proteolytischen Spaltung resultieren. Alternatives Spleißen von
mRNA kann, zum Beispiel, ein verkürztes, jedoch biologisch aktives
Protein ergeben, wie z.B. eine natürlich vorkommende, lösliche Form
des Proteins. Variationen, die der Proteolyse zugeschrieben werden
können,
beinhalten, zum Beispiel, Unterschiede in den N- oder C-Termini
bei der Expression in unterschiedlichen Arten von Wirtszellen, aufgrund
der proteolytischen Entfernung von einer oder mehreren terminalen
Aminosäuren
von dem Protein (im Allgemeinen zwischen 1–5 terminalen Aminosäuren). Proteine,
in welchen Aminosäure-Sequenzunterschiede
dem genetischen Polymorphismus (allelische Variation unter Individuen,
die das Protein erzeugen) zuzuschreiben sind, sind ebenfalls hierin
vorgesehen.
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Zusätzliche
Varianten innerhalb des Umfangs der Erfindung beinhalten Polypeptide,
die modifiziert werden können,
um Derivate davon durch Bilden kovalenter oder aggregativer Konjugate
mit anderen chemischen Anteilen, wie Glycosyl-Gruppen, Lipiden,
Phosphaten, Acetyl-Gruppen und dergleichen, zu erzeugen. Kovalente
Derivate können
durch Verbinden der chemischen Anteile mit funktionellen Gruppen
von Aminosäuren-Seitenketten
oder an dem N-Terminus
oder C-Terminus eines Polypeptids hergestellt werden. Konjugate, die
diagnostische (detektierbare) oder therapeutische Wirkstoffe, die
daran angeheftet sind, aufweisen, werden hierin in Erwägung gezogen,
wie unten detaillierter diskutiert ist.
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Andere
Derivate beinhalten kovalente oder aggregative Konjugate der Polypeptide
mit anderen Proteinen oder Polypeptiden, wie durch Synthese in rekombinanter
Kultur als N-terminale
oder C-terminale Fusionen. Beispiele von Fusionsproteinen sind unten
im Zusammenhang mit Oligomeren diskutiert. Fusionsproteine können weiters
hinzugefügte
Peptide aufweisen, um die Reinigung und Identifikation zu erleichtern.
Zu solchen Peptiden zählen,
zum Beispiel, poly-His oder die im U.S. Patent No. 5.011.912 und
in Hopp et al. Bio/Technology, 6:1204, 1988 beschriebenen antigenen
Identifikationspeptide. Ein solches Peptid ist das Flag®-Peptid, Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys
(SEQ ID NR: 11), welches hoch antigen ist und ein Epitop bereitstellt,
welches durch einen spezifischen monoklonalen Antikörper reversibel
gebunden wird, was eine schnelle Untersuchung ermöglicht und
die Reinigung von exprimiertem rekombinantem Protein erleichtert.
Ein als 4E11 bezeichnetes murines Hybridom erzeugt einen monoklonalen
Antikörper,
der das Flag®-Peptid
in der Gegenwart von bestimmten zweiwertigen Metallkationen, wie
im U.S. Patent 5.011.912 beschrieben, bindet. Die 4E11 Hybridom-Zelllinie
wurde bei der American Type Culture Collection unter der Zugangsnummer
HB 9259 hinterlegt. Monoklonale Antikörper, die das Flag®-Peptid
binden, sind von Eastman Kodak Co., Scientific Imaging Systems Divison,
New Haven Connecticut erhältlich.
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Unter
den hierin bereitgestellten Polypeptid-Varianten sind Varianten
von nativen Polypeptiden, die die native biologische Aktivität oder das
substantielle Äquivalent
davon beibehalten. Ein Beispiel ist eine Variante, die im Wesentlichen
mit der gleichen Bindungsaffinität
bindet, wie es die native Form tut. Die Bindungsaffinität kann durch
herkömmliche
Verfahren, z. B. wie in U.S. Patent No 5.512.457 beschrieben und
wie unten dargelegt ist, gemessen werden.
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Zu
Varianten zählen
Polypeptide, die im Wesentlichen homolog zu der nativen Form sind,
aber welche eine Aminosäure-Sequenz
aufweisen, die sich von der der nativen Form, aufgrund von einer
oder mehreren Deletionen, Insertionen oder Substitutionen, unterscheidet.
Besondere Ausführungsformen
beinhalten, ohne jedoch darauf beschränkt zu sein, Polypeptide, die
eine bis zehn Deletionen, Insertionen oder Substitutionen von Aminosäure-Resten
aufweisen, wenn sie mit einer nativen Sequenz verglichen werden.
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Eine
gegebene Aminosäure
kann, zum Beispiel, durch einen Rest mit ähnlichen physiochemischen Charakteristika
ersetzt werden. Beispiele von solchen konservativen Substitutionen
umfassen Substitutionen von einem aliphatischen Rest durch einen
anderen, wie Ile, Val, Leu, oder Ala für einander, Substitutionen
von einem polaren Rest durch einen anderen, wie zwischen Lys und
Arg, Glu und Asp, oder Gln und Asn; oder Substitutionen von einem
aromatischen Rest durch einen anderen, wie Phe, Trp, oder Tyr für einander.
Andere konservative Substitutionen, die beispielsweise Substitutionen
von ganzen Regionen mit ähnlichen
Hydrophobizität-Charakteristica
einschließen,
sind bekannt.
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Ähnlicherweise
beinhalten die DNAs der Erfindung Varianten, die sich von einer
nativen DNA-Sequenz aufgrund einer oder mehreren Deletionen, Insertionen
oder Substitutionen unterscheiden, jedoch ein biologisch aktives
Polypeptid kodieren.
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Die
Erfindung beinhaltet weiters Polypeptide der Erfindung mit oder
ohne assoziierten Glycosylierung nativen Musters. In Hefe oder Säugetier-Expressionsystemen
(z.B., COS-1 oder COS-7 Zellen) exprimierte Polypeptide können zu
einem nativen Polypeptid in Molekulargewicht und Glycosylierungsmuster,
abhängig von
der Wahl des Expressionssystems, ähnlich oder wesentlich verschieden
sein. Die Expression von Polypeptiden der Erfindung in bakteriellen
Expressionsystemen, wie E. coli, liefert nicht-glycosylierte Moleküle. Eine
gegebene Zubereitung kann weiters mehrere unterschiedlich glycosylierte
Spezies des Proteins enthalten. Glycosyl-Gruppen können durch
herkömmliche
Verfahren entfernt werden, insbesondere jenen, die Glycopeptidase
benutzten. Im Allgemeinen können
glycosylierte Polypeptide der Erfindung mit einem molaren Überschuss
an Glycopeptidase (Boehringer Mannheim) inkubiert werden.
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Dementsprechend
sind ähnliche
DNA Konstrukte, die verschiedene Additionen oder Substitutionen von
Aminosäuren-Resten
oder Sequenzen, oder Deletionen von terminalen oder internen Resten
oder Sequenzen kodieren, durch die Erfindung umfasst. Zum Beispiel
können
N-Glycosylierungsstellen
in der extrazellulären
Domäne
des Polypeptids modifiziert werden, um die Glycosylierung zu verhindern,
was die Expression eines reduzierten Kohlenhydrat-Analogons in Säugetier-
und Hefe-Expressionsystemen ermöglicht.
Die N- Glycosylierungsstellen
in eukaryotischen Polypeptiden sind durch ein Aminosäure Triplett
Asn-X-Y gekennzeichnet,
wobei X eine beliebige Aminosäure,
außer
Pro ist und Y Ser oder Thr ist. Geeignete Substitutionen, Additionen
oder Deletionen zu der Nukleotidsequenz, die diese Tripletts kodiert,
werden zu der Verhinderung der Anlagerung on Kohlenhydratresten
an die Asn-Seitenkette führen.
Die Änderung
eines einzelnen Nukleotids, welches so ausgewählt ist, dass Asn zum Beispiel
durch eine unterschiedliche Aminosäure ersetzt wird, ist ausreichend,
um eine N-Glycoslyierungsstelle zu inaktivieren. Alternativ kann
das Ser oder Thr durch eine andere Aminosäure, wie Ala, ersetzt sein.
Bekannte Verfahren für
das Inaktivieren der N-Glycosylierungsstellen
in Proteinen beinhalten jene, die im U.S Patent 5.071.972 und
EP 276.846 beschrieben sind.
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In
einem anderen Beispiel von Varianten können Nukleotide, die Cys-Reste
kodieren, die für
die biologische Aktivität
nicht essentiell sind, verändert
werden, um zu bewirken, dass Cys-Reste
deletiert oder durch andere Aminosäuren ersetzt werden, um die
Ausbildung von inkorrekten intramolekularen Disulfidbrücken bei der
Faltung oder Renaturierung zu verhindern.
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Andere
Varianten werden durch Modifizierung von benachbarten zweiwertigen
Aminosäure-Resten hergestellt,
um die Expression in Hefesystemen, in welchen KEX2 Protease-Aktivität vorhanden
ist, zu erhöhen.
EP 212.914 offenbart die
Verwendung einer ortsspezifischen Mutagenese, um die KEX2-Protease-Bearbeitungsstellen
in einem Protein zu inaktivieren. KEX2-Protease-Bearbeitungsstellen
werden durch Deletieren, Addieren oder Substituieren von Resten,
um Arg-Arg, Arg-Lys, und Lys-Arg-Paare zu verändern, um das Auftreten von
diesen benachbarten basischen Resten zu eliminieren, inaktiviert.
Lys-Lys-Paarungen
sind wesentlich weniger empfänglich
gegenüber
einer KEX2-Spaltung, und die Umwandlung von Arg-Lys oder Lys-Arg zu
Lys-Lys stellt einen konservativen und bevorzugten Ansatz für das Inaktivieren
von KEX2-Stellen dar.
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Durch
die Erfindung umfasst sind Oligomere oder Fusionsproteine, die IL-1
eta Polypeptide enthalten. Solche Oligomere können in Form von kovalent-gebundenen
oder nicht-kovalent-gebundenen
Multimeren sein, einschließlich
Dimeren, Trimeren oder höhere
Oligomeren. Wie oben erwähnt
ist, sind bevorzugte Polypeptide löslich und folglich können diese
Oligomere lösliche
Polypeptide aufweisen. In einem Aspekt der Erfindung bewahren die
Oligomere die Bindungsfähigkeit
der Polypeptid-Komponenten und bieten dafür zwei-, dreiwertige, etc.
Bindungsstellen.
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Eine
Ausführungsform
der Erfindung ist auf Oligomere gerichtet, die mehrere Polypeptide
aufweisen, die über
kovalente oder nicht-kovalente Interaktionen zwischen Peptidanteilen
verbunden sind, die an die Polypeptide fusioniert sind. Solche Peptide
können Peptidlinker
(Spacer) oder Peptide, die Oligomerisierung-fördernde Eigenschaften aufweisen,
sein. Leucin-Zipper und bestimmte von Antikörper abgeleitete Polypeptide sind
unter den Peptiden, die die Oligomerisierung von daran angelagerten
Polypeptiden fördern,
wie detaillierter unten beschrieben ist.
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Als
eine Alternative wird ein Oligomer unter Verwendung von Polypeptiden,
die von Immunglobulinen abgleitet sind, hergestellt. Die Herstellung
von Fusionsproteinen, die bestimmte heterologe Polypeptide, die mit
verschiedenen Abschnitten von Antikörperabgeleiteten Polypeptiden
(einschließlich
der Fc-Domäne)
fusioniert sind, aufweisen, wurde z.B. in Ashkenazi et al., (PNAS
USA 88:10535, 1991); Byrn et al. (Nature 344:677, 1990); und Hollenbaugh
und Aruffo, („Construction
of Immunoglobulin Fusion Proteins," in Current Protocols in Immunology,
Suppl. 4, Seiten 10.19.1–10.19.11,
1992) beschrieben.
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Eine
Ausführungsform
der vorliegenden Erfindung ist auf ein Dimer gerichtet, das zwei
Fusionsproteine aufweist, die durch Fusionieren eines Polypeptids
der Erfindung an ein von einem Antikörper abgeleitetes Fc-Polypeptid
hergestellt wurde. Eine Genfusion, die das Polypeptid/Fc Fusionsprotein
kodiert, wird in einen geeigneten Expresssionsvektor eingeführt. Polypeptid/Fc
Fusionsproteine werden in Wirtszellen, die mit dem rekombinanten
Expressionsvektor transformiert sind, exprimiert, und es wird ihnen
ermöglicht,
sich ähnlich
wie Antikörpermoleküle zusammenzulagern,
woraufhin sich Zwischenketten-Disulfidbindungen zwischen den Fc-Anteilen
ausbilden, um zweiwertige Moleküle
zu ergeben.
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Der
Begriff „Fc
Polypeptid", so
wie hierin verwendet, umfasst native und Muteinformen von Polypeptiden,
die aus der Fc-Region eines Antikörpers aufgebaut sind, der eine
beliebige oder alle der CH-Domänen der
Fc-Region ausweist. Verkürzte
Formen solcher Polypeptide, die die Hinge-Region enthalten, die
die Dimerisierung fördert,
sind ebenfalls eingeschlossen. Bevorzugte Polypeptide weisen ein
Fc-Polypeptid auf, welches von einem humanen IgG1-Antikörper abgeleitet
ist.
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Ein
geeignetes Fc-Polypeptid, beschrieben in der PCT Anmeldung WO 93/10151,
hierin durch Bezugnahme aufgenommen, ist ein einkettiges Polypeptid,
welches sich von der N-terminalen
Hinge-Region bis zu dem nativen C-Terminus der Fc Region eines menschlichen
IgG1 Antikörpers
erstreckt. Ein anderes nützliches Fc-Polypeptid
ist das im U.S. Patent 5.457.035 und in Baum et al., (EMBO J. 13:3992–4001, 1994)
beschriebene Fc-Mutein. Die Aminosäure-Sequenz dieses Muteins
ist identisch zu der der nativen Fc-Sequenz, die in WO 93/10151
dargestellt ist, mit der Ausnahme, dass die Aminosäure 19 von
Leu auf Ala, Aminosäure
20 von Leu zu Glu, und Aminosäure
22 von Gly zu Ala geändert
wurde. Das Mutein zeigt eine verringerte Affinität für Fc-Rezeptoren.
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Die
oben-beschriebenen Fusionsproteine, die Fc-Anteile (und daraus gebildete
Oligomere) aufweisen, bieten den Vorteil einer leichten Reinigung
durch Affinitätschromatographie
an Protein A oder Protein G-Säulen.
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In
anderen Ausführungsformen
können
die Polypeptide der Erfindung durch den variablen Abschnitt einer
schweren oder leichten Kette eines Antikörpers ersetzt werden. Wenn
Fusionsproteine sowohl mit den schweren als auch leichten Ketten
eines Antikörpers
hergestellt werden, ist es möglich,
ein Oligomer mit bis zu vier Polypeptid-extrazellulären-Regionen
zu bilden.
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Alternativ
ist das Oligomer ein Fusionsprotein, welches mehrere Polypeptide,
mit oder ohne Peptidlinker (Spacer-Peptide) aufweist. Unter den
geeigneten Peptidlinkern sind jene, die in den U.S. Patenten 4.751.180
und 4.935.233 beschrieben sind. Eine DNA Sequenz, die einen gewünschten
Peptidlinker kodiert, kann zwischen, und in den gleichen Leserahmen
wie, die DNA Sequenzen der Erfindung unter Verwendung einer beliebigen
geeigneten konventionellen Technik eingeführt werden. Zum Beispiel kann
ein chemisch synthetisiertes Oligonukleotid, welches den Linker
kodiert, zwischen die Sequenzen ligiert werden. In besonderen Ausführungsformen
weist ein Fusionsprotein von zwei bis vier lösliche Polypeptide der Erfindung,
die durch Peptidlinker getrennt sind, auf.
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Ein
anderes Verfahren zum Herstellen von Oligomeren der Erfindung schließt die Verwendung
eines Leucin-Zippers ein. Leucin-Zipper-Domänen sind Peptide, die die Oligomerisierung
der Proteine, in welchen sie gefunden werden, fördern. Leucin-Zipper wurden
ursprünglich
in mehreren DNA-Bindungsproteinen (Landschulz et al., Science 240:1759,
1988) identifiziert, und sind seit damals in einer Vielzahl von
unterschiedlichen Proteinen gefunden worden. Unter den bekannten
Leucin-Zippers sind natürlich
vorkommende Peptide und Derivate davon, die dimerisieren oder trimerisieren.
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Die
Zipper-Domäne
(hierin auch als oligomerisierende oder Oligomer-bildende Domäne bezeichnet) weist
eine sich wiederholende Sequenz von sieben Aminosäuren (heptad
repeat) auf, die häufig
mit vier bis fünf
Leucin-Resten, die mit anderen Aminosäuren durchsetzt sind, aufweisen.
Beispiele von Zipper-Domänen sind
jene, die in dem Hefe-Transkriptionsfaktor GCN4 gefunden werden
und einem in Rattenleber gefundenen hitzestabilen DNA-Bindungsprotein (C/EBP;
Landschulz et al., Science, 243:1681, 1989). Zwei Kerntransformierende
Proteine, fos und jun, weisen ebenfalls Zipper-Domänen auf,
ebenso wie das Genprodukt des murinen Protoonkogens, c-myc (Landschulz
et al., Science 240:1759, 1988). Die Produkte der nuklearen Onkogene
fos und jun weisen Zipper-Domänen
auf, die vorzugsweise Heterodimere bilden (O'Shea et al., Science, 245:646, 1989;
Turner und Tijan, Science, 243:1689, 1989). Die Zipper-Domäne ist für die biologische
Aktivität (DNA
Bindung) in diesen Proteinen notwendig.
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Die
fusogenen Proteine mehrere unterschiedlicher Viren, einschließlich Paramyxovirus,
Coronavirus, Masernvirus und viele Retroviren, besitzen auch Zipper-Domänen (Buckland
und wird, Nature, 338:547, 1989; Britton, Nature, 353:394, 1991;
Delwart und Mosialos, AIDS Research and Human Retroviruses, 6:703,
1990). Die Zipper-Domänen
in diesen fusogenen viralen Proteinen sind in der Nähe der Transmembranregion
der Proteine; es ist vorgeschlagen worden, dass die Zipper-Domänen zu der
oligomeren Struktur der fusogenen Proteine beitragen könnten. Die
Oligomerisierung von fusogenen viralen Proteinen ist in der Fusionsporenbildung
eingebunden (Spruce et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:3523,
1991). Es ist kürzlich
von Zipper-Domänen
berichtet worden, dass sie eine Rolle in der Oligomerisierung von
Hitzeschock-Transkriptionsfaktoren (Rabindran
el al., Science, 25:230, 1993) spielen.
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Zipper-Domänen falten
als kurze, parallele coiled coils (O'Shea et al., Science, 254:539, 1991).
Die allgemeine Architektur von parallelen coiled coils sind gut
charakterisiert worden, mit einer „Knauf in Loch" (knobs-into-holes)-Packung,
wie von Crick in 1953 (Acta Crystallogr. 6:689) vorgeschlagen wurde.
Das durch eine Zipper-Domäne
gebildete Dimer wird durch das „heptad repeat" stabilisiert, mit
der Bezeichung (abcdefg)n gemäß der Notation
von McLachlan und Stewart (J. Mol. Biol., 98:293, 1975), bei welcher
die Reste a und d im Allgemeinen hydrophobe Reste sind, wobei d
Leucin ist, das sich auf der gleichen Fläche der Helix anreiht. Für gewöhnlich treten
entgegengesetzt-gelandene Reste an den Positionen g und e auf. Somit
sind in einer parallelen coiled Coil, die aus zwei helikalen Zipper-Domänen gebildet
ist, die durch die hydrophoben Seitenkette der ersten Helix gebildeten „Knäufe" in die durch die
Seitenketten der zweiten Helix gebildeten „Löcher" gepackt.
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Die
Reste an Position d (häufig
Leucin) tragen eine hohe hydrophobe Stabilisierungsenergie bei,
und sind für
die Oligomer-Bildung wichtig (Krystek et al., Int. J. Peptide Res.,
38:229, 1991). Lovejoy et al. (Science, 259:1288, 1993) haben vor
kurzem über
die Synthese eines dreisträngigen α-helikalen
Bündels
berichtet, in welchem die Helices nach oben-oben-unten verlaufen. Ihre Studien bestätigten,
dass die hydrophobe Stabilisierungserergie, die Hauptantriebskraft
für die
Bildung von coiled coils aus helikalen Monomeren bereitstellt. Diese
Studien weisen auch darauf hin, dass elektrostatische Interaktionen
zu der Stoichiometrie und Geometrie von coiled coils beitragen.
Eine weitere Erörterung
der Struktur von Leucin-Zippers kann in Harbury et al. (Science,
262:1401, 26. November 1993) gefunden werden.
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Beispiele
von Leucin-Zipper-Domänen,
die für
das Herstellen löslicher
oligomerer Proteine geeignet sind, sind in der PCT-Anmeldung WO
94/10308 beschrieben, und der vom Lungen-oberflächenaktiven Protein D (SPD)
abgeleitete Leucin-Zipper ist in Hoppe et al. (FEBS Letters, 344:191,
1994) beschrieben. Die Verwendung eines modifizierten Leucin-Zippers,
der eine stabile Trimerisierung eines daran fusionierten heterologen Proteins
ermöglicht,
wird in Fanslow et al., (Semin. Immunol., 6:267–278, 1994) beschrieben. Rekombinante Fusionsproteine,
die ein an ein Leucin-Zipper-Peptid fusioniertes lösliches
Polypeptid aufweisen, werden in geeigneten Wirtszellen exprimiert,
und das sich bildende lösliche
Oligomer wird aus dem Kulturüberstand
gewonnen.
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Bestimmte
Leucin-Zipper-Anteile bilden vorzugsweise Trimere. Ein Beispiel
ist ein Leucin-Zipper, der vom Lungen-oberflächenaktiven Protein D (SPD)
abgeleitet ist, wie in Hoppe et al. (FEBS Letters, 344:191, 1994)
und im U.S. Patent 5.716.805 beschrieben ist. Dieses Lungen-SPD-abgeleitete
Leucin-Zipper-Peptid weist die Aminosäuresequenz Pro Asp Val Ala
Ser Leu Arg Gln Gln Val Glu Ala Leu Gln Gly Gln Val Gln His Leu
Gln Ala Ala Phe Ser Gln Tyr auf.
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Ein
anderes Beispiel eines Leucin-Zippers, der die Trimerisierung fördert, ist
ein Peptid, welches die Aminosäuresequenz
Arg Met Lys Gln Ile Glu Asp Lys Ile Glu Glu Ile Leu Ser Lys Ile
Tyr His Ile Glu Asn Glu Ile Ala Arg Ile Lys Lys Leu Ile Gly Glu
Arg aufweist, wie im U.S. Patent 5.716.805 beschrieben ist. Bei
einer alternativen Ausführungsform
wird ein N-terminaler Asp-Rest hinzugefügt; in einer anderen, fehlt
dem Peptid der N-terminale Arg-Rest.
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Fragmente
der vorangehenden Zipper-Peptide, die die Eigenschaften des Förderns der
Oligomerisierung beibehalten, können
auch eingesetzt werden. Zu Beispielen von solchen Fragmenten zählen, ohne
darauf beschränkt
zu sein, Peptide, denen ein oder zwei der N-terminalen oder C-terminalen Reste,
die in den vorangehenden Aminosäure-Sequenzen
vorhanden sind, fehlen. Leucin-Zippers können von natürlich vorkommenden
Leucin-Zipper-Domänen abgeleitet
sein, z.B. mittels konservativen Substitutionen) in der natürlichen
Aminosäuresequenz,
wobei die Fähigkeit
des Peptids, die Oligomerisierung zu fördern, beibehalten wird.
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Andere
Peptide, die von natürlich
vorkommenden trimeren Proteinen abgeleitet sind, können beim Herstellen
trimerer Oligomere eingesetzt werden. Alternativ können synthetische
Peptide, die die Oligomerisierung fördern, eingesetzt werden. In
bestimmten Ausführungsformen
werden die Leucin-Reste in einem Leucin-Zipper-Anteil durch Isoleucin-Reste
ersetzt. Solche Isoleucin aufweisenden Peptide können als Isoleucin-Zippers
bezeichnet werden, sind aber durch den Begriff „Leucin-Zippers", wie hierin eingesetzt,
umfasst.
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Herstellung
von Polypeptiden und Fragmenten davon
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Expression,
Isolierung und Reinigung der Polypeptide und Fragmente der Erfindung
kann durch jede geeignete Technik erreicht werden, einschließlich der
folgenden, ohne jedoch darauf beschränkt zu sein:
Die vorliegende
Erfindung stellt auch rekombinante DNA enthaltende Klonierungs-
und Expressionsvektoren bereit, sowie eine Wirtszelle, die die rekombinanten
Vektoren enthält.
DNA enthaltende Expressionsvektoren können verwendet werden, um die
durch die DNA kodierten Polypeptide oder Fragmente der Erfindung
herzustellen. Ein Verfahren zum Herstellen von Polypeptiden weist
das Kultivieren von mit einem rekombinanten Expressionsvektor, der
das Polypeptid kodiert, transformierten Wirtszellen unter Bedingungen,
die die Expression des Polypeptids fördern, und dann das Gewinnen
des exprimierten Polypeptids aus der Kultur auf. Der Fachmann wird
erkennen, dass das Verfahren zum Reinigen der exprimierten Polypeptide
in Abhängigkeit
von Faktoren wie der Art der eingesetzten Wirtszellen, und ob das
Polypeptid Membran-gebunden oder eine lösliche Form ist, die aus der
Wirtszelle sezerniert wird, variieren wird.
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Jedes
geeignete Expressionssystem kann eingesetzt werden. Die Vektoren
enthalten eine wirkungsmäßig an geeignete
transkriptionale oder translatorische regulatorische Nukleotidsequenzen
gebundene DNA, die ein Polypeptid oder Fragment der Erfindung kodiert,
wie jene die von einem Säugetier-,
mikrobiellen, viralen oder Insektengen abgeleitet sind. Zu Beispielen
von regulatorischen Sequenzen zählen
Transkriptionspromotoren, Operatoren, oder Enhancer, eine mRNA ribosomale
Bindungsstelle, und geeignete Sequenzen, die die Transkription und
Translation-Initiierung und Termination steuern. Nukleotidsequenzen
sind wirkungsmäßig verbunden,
wenn sich die regulatorische Sequenz funktionell auf die DNA Sequenz
bezieht. Somit ist eine Promotor-Nukleotidsequenz wirkungsmäßig mit
einer DNA Sequenz verbunden, wenn die Promotor-Nukleotidsequenz
die Transkription der DNA Sequenz steuert. Ein Replikationsursprung,
der die Fähigkeit
verleiht, in den gewünschten
Wirtszellen zu replizieren, und ein Selektionsgen, durch welches
Transformanten identifiziert werden, sind im Allgemeinen in dem
Expressionsvektor eingebaut.
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Zusätzlich kann
eine ein geeignetes Signalpeptid (nativ oder heterolog) kodierende
Sequenz in die Expressionsvektor eingebaut werden. Eine DNA Sequenz
für ein
Signalpeptid (Leitsequenz) kann im Rahmen an die Polynukleotidsequenz
der Erfindung fusioniert sein, sodass die DNA anfänglich transkribiert
wird, und die mRNA, in das Fusionsprotein, welches das Signalpeptid
aufweist, translatiert wird. Ein Signalpeptid, welches in der beabsichtigten Wirtszelle
funktionell ist, fördert
die extrazelluläre
Sekretion des Polypeptids. Das Signalpeptid wird von dem Polypeptid
bei der Sekretion des Polypeptids aus der Zelle abgespalten.
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Der
Fachmann wird auch erkennen, dass die Position(en), an welcher(n)
das Signalpeptid gespalten wird, von der(n) durch Computerprogramme
vorausgesagten abweichen kann, und gemäß Faktoren wie der Art der
zum Exprimieren eines rekombinanten Polypeptids eingesetzten Wirtszelle
variieren kann. Eine Proteinzubereitung kann eine Mischung von Proteinmolekülen mit
unterschiedlichen N-terminalen Aminosäuren enthalten, was daher resultiert,
dass das Signalpeptid an mehr als einer Stelle gespalten wird.
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Geeignete
Wirtszellen für
die Expression von Polypeptiden umfassen Prokaryoten, Hefe, oder
höhere eukaryotische
Zellen. Säugetier-
oder Insektenzellen sind im Allgemeinen für die Verwendung als Wirtszellen bevorzugt.
Geeignete Klonierungs- und Expressionsvektoren für die Verwendung mit Bakterien,
Pilz, Hefe und Säugetierzell-Wirten
sind zum Beispiel in Pouwels et al., Cloning Vectors: A Laboratory
Manual, Elsevier, New York, 1985 beschrieben. Zellfreie Translationssysteme
könnten
auch eingesetzt werden, um Polypeptide unter Verwendung von RNAs,
die von hierin offenbarten DNA Konstrukten abgeleitet sind, herzustellen.
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Zu
Prokaryoten zählen
gram-negative oder gram-positive Organismen. Zu geeigneten prokaryotischen
Wirtszellen für
die Transformation zählen,
zum Beispiel, E. coli, Bacillus subtilis, Salmonella typhimurium,
und verschiedene andere Spezies innerhalb der Gattung Pseudomonas,
Streptomyces und Staphylococcus. In einer prokaryotischen Wirtszelle,
wie etwa E. coli, kann ein Polypeptid einen N-terminalen Methionin-Rest
enthalten, um die Expression des rekombinanten Polypeptids in der
prokaryotischen Wirtszelle zu fördern.
Das N-terminale Met kann von dem exprimierten rekombinanten Polypeptid
abgespalten werden.
-
Expressionsvektoren
für die
Verwendung in prokaryotischen Wirtszellen weisen im Allgemeinen
ein oder mehrere phänotypisch-selektierbare
Markergene auf. Ein phänotypisch-selektierbares Markergen
ist, zum Beispiel, ein Gen, das ein Protein kodiert, welches antibiotische
Resistenz verleiht oder das eine autotrophe Anforderung bereitstellt.
Zu Beispielen von nützlichen
Expressionsvektoren für
prokaryotische Wirtszellen zählen
jene, die von kommerziell erhältlichen
Plasmiden abgeleitet sind, wie etwa der Klonierungsvektor pBR322
(ATCC 37017). pBR 322 enthält
Gene für
Ampicillin und Tetracyclin-Resistenz und stellt somit einfache Mittel
für das
Identifizieren von transformierten Zellen bereit. Ein geeigneter
Promotor und eine DNA Sequenz werden in den pBR322 Vektor eingeführt. Zu
anderen kommerziell erhältlichen
Vektoren zählen
zum Beispiel pKK223-3 (Pharmacia Fine Chemicals, Uppsala, Sweden)
und pGEM1 (Promega Biotec, Madison, WI, USA).
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Zu
Promotorsequenzen, die häufig
für rekombinante
prokaryotische Wirtszell-Expressionsvektoren verwendet
werden, zählen β-Lactamase
(Penicillinase), Lactose Promotorsystem (Chang et al., Nature, 275:615,
1978; und Goeddel et al., Nature, 281:544, 1979), Tryptophan (trp)
Promotorsystem (Goeddel et al., Nucl. Acid Res., 8:4057, 1980; und
EP-A-36776) und
tac-Promotor (Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual,
Cold Spring Harbor Laboratory, Seite 412, 1982). Ein besonders nützliches
prokaryotisches Wirtszellen-Expressionssystem
wendet einen Phage λPL Promotor und eine cI857ts thermolabile
Repressorsequenz an. Zu Plasmidvektoren, die von der American Type
Culture Collection erhältlich
sind, die Derivate des λPL Promotors einschließen, zählen Plasmid pHUB2 (innewohnend
in E. coli Stamm JMB9, ATCC 37092) und pPLc28 (innewohnend in E.
coli RR1, ATCC 53082)
-
Alternativ
können
die Polypeptide in Hefe-Wirtszellen, vorzugsweise der Gattung Saccharomyces (z.B.
S. cerevisiae) exprimiert werden. Andere Hefegattungen, wie Pichia
oder Kluyveromyces können
auch eingesetzt werden. Hefevektoren werden häufig eine Replikationsursprungssequenz
des 2μ Hefeplasmids, eine
autonom replizierende Sequenz (ARS: autonomously relicating sequence),
eine Promotorsequenz, Sequenzen für Polyadenylierung, Sequenzen
für die
Transkriptionstermination und ein selektierbares Markergen enthalten.
Zu geeigneten Promotor-Sequenzen für Hefevektoren zählen unter
anderem die Promotoren für Metallothionein,
3-Phosphoglyceratkinase (Hitzeman et al., J. Biol. Chem. 255:2073,
1980) oder andere glycolytische Enzyme (Hess et al., J. Adv. Enzyme
Reg. 7:149, 1968; Holland et al., Biochem. 17:4900, 1978) wie Enolase,
Glyceraldahyd-3-phosphat-Dehydrogenase, Hexokinase, Pyruvatdecarboxylase,
Phosphofruktokinase, Glucose-6-phosphat-Isomerase, 3-Phosphoglycerat-Mutase,
Pyruvatkinase, Triosephosphat-Isomerase, Phospho-Glucose-Isomerase, und Glucokinase.
Andere geeignete Vektoren und Promotoren für die Verwendung in der Hefe-Expression
sind weiters in Hitzeman, EPA-73.657 beschrieben. Eine andere Alternative ist
der Glucose-reprimierbare ADH2-Promotor, der von Russell et al.
(J. Biol. Chem. 258:2674, 1982) und Beier et al. (Nature 300:724,
1982) beschrieben wurde. In sowohl Hefe als auch E. coli replizierbare
Shuttle-Vektoren können
durch Einfügen
von DNA Sequenzen aus pBR322 für
die Selektion und Replikation in E. coli (Ampr-Gen
und Replikationsursprung) in den obenbeschriebenen Hefe-Vektor konstruiert
werden.
-
Die
Hefe α-Faktor
Leitsequenz kann für
die direkte Sekretion des Polypeptids verwendet werden. Die α-Faktor Leitsequenz
wird oft zwischen die Promotorsequenz und die Strukturgensequenz
eingefügt.
Siehe z.B. (Kurjan et al., Cell 30:933, 1982; und Bitter et al.,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:5330, 1984. Andere Leitsequenzen,
die für
das Erleichtern der Sekretion von rekombinanten Polypeptiden aus
Hefewirten geeignet sind, sind den Fachleuten bekannt. Eine Leitsequenz
kann in der Nähe
ihres 3' Endes modifiziert
werden, um eine oder mehrere Restriktionsstellen zu enthalten. Dies
wird die Fusion der Leitsequenz an das Strukturgen erleichtern.
-
Hefe-Transformationsprotokolle
sind den Fachleuten bekannt. Ein solches Protokoll wird von Hinnen et
al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75:1929, 1978 beschrieben. Das Hinnen
et al. Protokoll selektiert für
Trp+ Transformanten in einem selektiven
Medium, wobei das selektive Medium aus 0,67% Hefe-Stickstoffliase, 0,5%
Casamino Säuren,
2% Glucose, 10 μg/ml
Adenin und 20μg/ml
Uracil besteht.
-
Hefewirtszellen,
die mit Vektoren, die eine ADH2-Promotor-Sequenz enthalten, transformiert
sind, können
für die
Expressionsinduktion in einem „reichen" Medium gezüchtet werden.
Ein Beispiel für
ein reiches Medium ist eines, welches aus 1% Hefeextrakt, 2% Pepton,
und 1 % Glucose, ergänzt
mit 80μg/m1
Adenin und 80 μg/ml
Uracil besteht. Die Aufhebung der Unterdrückung des ADH2-Promotors tritt
ein, wenn die Glucose im Medium erschöpft ist.
-
Säugetier
oder Insekten-Wirtszellsysteme können
auch eingesetzt werden, um rekombinante Polypeptide zu exprimieren.
Bacculovirus-Systeme für
die Herstellung von heterologen Proteinen in Insektenzellen werden
von Luckow und Summers. Bio/Technology 6:47 (1988) beschrieben.
Etablierte Zelllinien mit Säugetierursprung
können
ebenfalls eingesetzt werden. Zu Beispielen von geeigneten Säugetier-Wirtszelllinien
zählen
die COS-7 Linie von Affennieren-Zellen (ATCC CRL 1651) (Gluzman
et al., Cell 23:175, 1981), L-Zellen, C127 Zellen, 3T3 Zellen (ATCC
CCL 163), chinesische Hamsterovarium-Zellen (CHO), HeLa Zellen,
und BHK (ATCC CRL 10) Zelllinien, und die CV1/EBNA Zelllinie, die
aus der Nierenzelllinie CV1 von Afrikanischen Grünen Meerkatzen (ATCC CCL 70)
abgeleitet ist, wie von Mc Mahan et al. (EMBO J. 10:2821, 1991)
beschrieben ist.
-
Etablierte
Verfahren, um DNA in Säugetierzellen
einzuführen,
wurden beschrieben (Kaufman, R. J., Large Scale Mammalian Cell Culture,
1990, Seiten 15–69).
Zusätzliche
Protokolle unter Verwendung von kommerziell erhältlichen Reagenzien, wie etwa
Lipofectamin-Lipidreagens
(Gibco/BRL) oder Lipofectamin-Plus Lipdreagens, können verwendet
werden, um Zellen zu transfizieren (Felgner et al., Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 84:7413–7417,
1987). Zusätzlich
kann die Elektroporation verwendet werden, um Säugetierzellen unter Verwendung
konventioneller Prozeduren zu transfizieren, wie jene in Sambrook
et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Ausgabe, Band
1–3, Cold
Spring Harbor Laboratory Press, 1989). Die Selektion von stabilen
Transformanten kann unter Verwendung von im Stand der Technik bekannten
Verfahren durchgeführt werden,
wie zum Beispiel, Resistenz gegenüber zytotoxischen Arzneimitteln.
Kaufman et al., Meth. in Enzymology 185:487–511, 1990, beschreiben mehrere
Selektionsschemata, wie Dihydrofolat-Reduktase (DHFR)-Resistenz.
Ein geeigneter Wirtsstamm für
die DHFR Selektion kann der CHO Stamm DX-B11 sein, welcher DHFR-defizient
ist (Urlaub und Chasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4216–4220, 1980).
Ein Plasmid, das die DHFR cDNA exprimiert, kann in den Stamm DX-B11
eingeführt
werden, und nur Zellen, die das Plasmid enthalten, können in
den entsprechenden selektiven Medien wachsen. Andere Beispiele von
selektierbaren Markern, die in einen Expressionsvektor eingebaut
werden können,
beinhalten cDNAs, die Antibiotika-Resistenz verleihen, wie G418
und Hygromycin B. Zellen, die den Vektor enthalten, können auf
der Basis der Resistenz gegenüber
diesen Verbindungen selektiert werden.
-
Transkriptionale
und translatorische Steuersequenzen für Säugetier-Wirtszell-Expressionsvektoren können von
viralen Genomen herausgeschnitten werden. Häufig verwendete Promotor-Sequenzen
und Enhancer-Sequenzen sind von Polyoma-Virus, Adenovirus-2, Simian-Virus
40 (SV40), und humanem Cytomegalievirus abgeleitet. DNA Sequenzen,
die vom SV40 viralen Genom abgeleitet sind, wie zum Beispiel, SV40
Ursprung, früher
und später
Promotor, Enhancer, Spleiß,
und Polyadenylierungsstellen können
verwendet werden, um andere genetische Elemente für die Expression
einer Strukturgensequenz in einer Säugetierwirtszelle bereitzustellen.
Virale frühe
und späte
Promotoren sind besonders nützlich,
da beide leicht aus einem viralen Genom als ein Fragment erhalten
werden können,
das ebenfalls den viralen Replikationsursprung enthält (Fiers
et al., Nature 273:113, 1978; und Kaufman, Meth in Enzymology, 1990).
Kürzere
oder längere
SV40 Fragmente können
auch verwendet werden, vorausgesetzt, die ungefähr 250 bp lange Sequenz, die
sich von der HindIII-Stelle in Richtung BgII-Stelle erstreckt, die
im SV40 viralen Replikationsursprung lokalisiert ist, ist eingeschlossen.
-
Zusätzliche
Steuersequenzen, die gezeigt haben, die Expression von heterologen
Genen von Säugetier-Expressionsvektoren
zu verbessern, beinhalten solche Elemente wie das Expression-Anreicherungs-Sequenz-Element
(EASE), welches von CHO-Zellen abgeleitet ist (Morris et al., Animal
Cell Technology, 1997, S. 529–534,
1997; und PCT Anmeldung WO 97/25420 ) und den dreiteiligen Leiter
(TPL) und VA Gen RNAs vom Adenovirus 2 (Gingeras et al., J. Biol.
Chem. 257:13475–13491,
1982). Die internen Ribosomeneintrittsstellen (IRES)-Sequenzen viralen
Ursprungs erlauben die effektive Translation von dicistronischen
mRNAs (Oh und Sarnow, Current Opinion in Genetics and Development
3:295–300,
1993; Ramesh et al., Polynucleotides Research 24:2697–2700, 1996).
Es wurde gezeigt, dass die Expression einer heterologen cDNA als
Teil einer dicistronischen mRNA, gefolgt von einem Gen für einen
selektierbaren Marker (z.B., DHFR) die Transfizierbarkeit des Wirtes
und die Expression der heterologen cDNA verbessert (Kaufman, Meth.
in Enzymology, 1990). Beispielhafte Expressionsvektoren, die dicistronische
mRNAs verwenden, sind pTR-DC/GFP, beschrieben von Mosser et al.
Biotechniques 22:150–161,
1997, und p2A5I, beschrieben von Morris et al., Animal Cell Technology
1997, S. 529–534.
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Ein
nützlicher
Hochexpressionsvektor, pCAVNOT, ist von Mosley et al., Cell 59:335–348, 1989
beschrieben worden. Andere Expressionsvektoren für Verwendung in Säugetier-Wirtszellen können wie
von Okayama und Berg., (Mol. Cell. Biol. 3:280, 1983) offenbart,
konstruiert werden. Ein nützliches
System für
die stabile Expression auf hohem Niveau von Säugetier cDNAs in C127 murinen
Brustepithelzellen können
im Wesentlichen wie von Cosman et al. (Mol. Immunol. 23:935, 1986)
beschrieben, konstruiert werden. Ein nützlicher Hochexpressionsvektor,
PMLSV N1/N4, von Cosman et al. Nature 312:768, 1984, beschrieben,
wurde als ATCC 39890 hinterlegt. Zusätzliche nützliche Säugetier-Expressionsvektoren
sind im EP-A-0367566 und im WO 91/18982 beschrieben. Bei einer noch
anderen Alternative können
die Vektoren von Retroviren abgeleitet sein.
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Ein
weiterer nützlicher
Expressionsvektor, pFLAG®, kann verwendet werden.
FLAG® Technologie
richtet sich auf die Fusion eines hydrophilen pFLAG®-Markerpeptids
mit niederem Molekulargewicht (1 kD) an den N-Terminus eines rekombinanten
Proteins, welches durch den pFLAG®-Expressionsvektor
exprimiert wird.
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Hinsichtlich
der Signalpeptide, die verwendet werden können, kann das native Signalpeptid
durch ein heterologes Signalpeptid oder eine Leitsequenz, falls
gewünscht,
ersetzt werden. Die Wahl des Signalpeptids oder der Leitsequenz
hängt von
Faktoren wie z.B. der Art der Wirtszellen, in welchen das rekombinante
Polypeptid produziert wird, ab. Zu Beispielen von heterologen Singalpeptiden;
die in Säugetier-Wirtszellen
funktionell sind, zählen
die Signalsequenz für
Interleukin-7 (IL-7), beschrieben im U.S. Patent 4.965.195; die
Signalsequenz für
Interleukin-2-Rezeptor, beschrieben von Cosman et al., Nature 312:768
(1984); das Interleukin-4 Rezeptor-Signalpeptid, beschrieben im
EP 367.566 ; das Typ I Interleukin-1-Rezeptor-Signalpeptid,
beschrieben im U.S. Patent 4.968.607; und das Typ II Interleukin-I
Rezeptor-Signalpeptid, beschrieben in
EP
460.846 .
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Die
Erfindung umfasst auch Verfahren zum Isolieren und Reinigen der
Polypeptide und Fragmente davon.
-
Die „isolierten" Polypeptide oder
Fragmente davon, die durch diese Erfindung umfasst sind, sind Polypeptide
oder Fragmente, die nicht in einer Umgebung sind, die identisch
zu einer Umgebung ist, in welcher es oder sie in der Natur gefunden
werden können.
Die „gereinigten" Polypeptide oder
Fragmente davon, die durch diese Erfindung umfasst sind, sind im Wesentlichen
frei von der Assoziation mit anderen Proteinen oder Polypeptiden,
zum Beispiel, als ein Reinigungsprodukt von rekombinanten Expressionssystemen,
wie jene die oben beschrieben sind oder als ein gereinigtes Produkt
aus einer nicht-rekombinanten Quelle wie etwa natürlich vorkommende
Zellen und/oder Gewebe.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
kann die Reinigung von rekombinanten Polypeptiden oder Fragmenten
unter Verwendung von Fusionen von Polypeptiden oder Fragmenten der
Erfindung an andere Polypeptide, um bei der Reinigung der Polypeptide
oder Fragmente der Erfindung zu helfen, erreicht werden. Solche
Fusionspartner können
das poly-His oder andere antigene Identifikationspeptide, die oben
beschrieben sind, sowie die früher
beschriebenen Fc-Anteile enthalten.
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Im
Bezug auf eine beliebige Art von Wirtszelle, wie dem Fachmann bekannt
ist, variieren die Verfahren zum Reinigen eines rekombinanten Polypeptides
oder Fragments in Abhängigkeit
von solchen Faktoren wie der Art der eingesetzten Wirtszelle und
ob das rekombinante Polypeptid oder Fragment in das Kulturmedium sekretiert
wird oder nicht.
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Im
Allgemeinen kann das rekombinante Polypeptid oder Fragment aus der
Wirtszellen, falls es nicht sezerniert wird, oder aus dem Medium
oder Überstand,
falls es löslich
ist und sezerniert wird, isoliert werden, gefolgt von einem oder
mehreren Konzentrierungs-, Aussalzungs-, Ionenaustausch, hydrophobe
Wechselwirkungs-, Affinitätsreinigungs-
oder Größenausschußchromatographie-Schritten.
Um diese Wege, um diese Schritte zu erreichen, zu spezifizieren,
kann das Kulturmedium unter Verwendung eines kommerziell erhältlichen
Proteinkonzentrationsfilters, zum Beispiel, einer Amicon oder Millipore
Pellicon Ultrafiltrationseinheit, zuerst konzentriert werden. Im
Anschluss an den Konzentrierungsschritt kann das Konzentrat auf
eine Reinigungsmatrix, wie ein Gelfiltrationsmedium, aufgetragen
werden. Alternativ kann ein Anionenaustauscherharz eingesetzt werden,
zum Beispiel, eine Matrix oder ein Substrat mit anhängenden
Diethyaminoethyl (DEAE)-Gruppen. Die Matrizen können Acrylamid, Agarose, Dextran,
Cellulose, oder andere Arten sein, die häufig in der Proteinreinigung
eingesetzt werden. Alternativ kann ein Kationenaustauscherschritt
verwendet werden. Zu geeigneten Kationenaustauschern zählen verschiedene
unlösliche
Matrizen, die Sulfopropyl- oder Carboxymethyl-Gruppen aufweisen.
Zusätzlich
kann ein Chromatofokussierungsschritt angewendet werden. Alternativ
kann ein hydrophober Wechselwirkungschromatographie-Schritt eingesetzt
werden. Geeignete Matrizen können
an Harz gebundene Phenyl- oder Octyl-Anteile sein. Zusätzlich kann
Affinitätschromatographie mit
einer Matrix, die das rekombinante Protein selektiv bindet, verwendet
werden. Zu Beispielen von solchen eingesetzten Harzen zählen Lektin-Säulen, Farbstoff-Säulen, und
Metall-chelatbildende Säulen.
Schließlich können ein
oder mehrere Umkehrphasen-Hochdruckflüssigkeitschromatographie-Schritte
(RP-HPLC), die hydrophobe RP-HPLC Medien (z.B. Silicagel oder Polymerharz
mit anhängenden
Methyl, Octyl, Octyldecyl oder anderen aliphatischen Gruppen) verwenden,
eingesetzt werden, um die Polypeptide weiter zu reinigen. Einige oder
alle der zuvorgenannten Reinigungsschritte, in verschiedenen Kombinationen,
sind bekannt und können verwendet
werden, um ein isoliertes und gereinigtes rekombinantes Protein
bereitzustellen.
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Es
ist auch möglich,
eine Affinitätssäule zu benutzen,
die ein Polypeptid-bindendes Protein der Erfindung aufweist, wie
ein gegen die Polypeptide der Erfindung erzeugte monoklonaler Antikörper, um
die exprimierten Polypeptide affinitätszureinigen. Diese Polypeptide
können
von einer Affinitätssäule mittels
herkömmlicher
Techniken entfernt werden, d.h. in einem Hochsalz-Elutionspuffer
und dann für
die Verwendung in einen Niedersalzpuffer dialysiert werden oder
durch Ändern
des pH-Wertes oder anderer Komponenten, in Abhängigkeit der eingesetzten Affinitätsmatrix,
oder durch kompetitives Entfernen unter Verwendung des natürlich-vorkommenden
Substrats des Affinitätsanteils,
wie ein von der Erfindung abgeleitetes Polypeptid.
-
In
diesem Aspekt der Erfindung können
Polypeptid-bindende Proteine, wie die Anti-Polypeptid Antikörper der Erfindung oder andere
Proteine, die mit dem Polypeptid der Erfindung interagieren, an
einen Festphasenträger
gebunden werden, wie eine Säulenchromatographiematrix
oder ein ähnliches
Substrat, das für das
Identifizieren, Trennen oder Reinigen von Zellen geeignet ist, die
die Polypeptide der Erfindung auf ihre Oberfläche exprimieren. Das Anheften
von Polypeptid-bindenden Proteinen der Erfindung an eine Festphasen-Kontatkfläche kann
durch ein beliebiges Mittel erreicht werden. Zum Beispiel können magnetische
Mikrokügelchen
mit diesen Polypeptid-bindenden Proteinen überzogen werden und im Inkubationsgefäß durch
ein magnetisches Feld gehalten werden. Suspensionen von Zollmischungen
werden mit der Festphase in Kontakt gebracht, die solche Polypeptid-bindenden Proteine
darauf aufweist. Zellen mit Polypeptiden der Erfindung auf ihrer
Oberfläche
binden an das fixierte Polypeptid-bindende Protein und ungebundene
Zellen werden dann weggewaschen. Dieses Affinitätsbindungsverfahren ist für das Reinigen,
Screenen oder Abtrennen solcher Polypeptid-exprimierenden Zellen
aus Lösung
nützlich.
Verfahren zum Freisetzten von positiv ausgewählten Zellen von der Festphase
sind im Stand der Technik bekannt und umfassen zum Beispiel die
Verwendung von Enzymen. Solche Enzyme sind vorzugsweise für die Zellen
nicht-toxisch und nicht-schädlich
und sind vorzugsweise darauf gerichtet, die Zell-Oberflächen-Bindungspartner
zu spalten.
-
Alternativ
können
Mischungen von Zellen, die verdächtigt
werden, Polypeptid-exprimierende
Zellen der Erfindung zu enthalten, zuerst mit einem biotinyliertem
Polypeptid-bindenden
Protein der Erfindung inkubiert werden. Die Inkubationsperioden
sind üblicherweise
zumindest eine Stunde lang, um eine ausreichende Bindung an die
Polypeptide der Erfindung sicherzustellen. Die resultierende Mischung
wird dann durch eine mit Avidin-beschichteten Kügelchen gepackte Säule geleitet,
wobei die hohe Affinität
von Biotin für
Avidin die Bindung der Polypeptid-bindenden Zellen an die Kügelchen
bereitstellt. Die Verwendung von Avidin-beschichteten Kügelchen ist im Stand der Technik
bekannt. Siehe Berenson et al., J. Cell. Biochem., 10D:239 (1986). Auswaschen
von ungebundenem Material und die Freisetzung von den gebunden Zellen
wird mittels herkömmlicher
Verfahren durchgeführt.
-
Der
gewünschte
Reinheitsgrad hängt
von der beabsichtigten Verwendung des Proteins ab. Ein relativ hoher
Reinheitsgrad ist wünschenswert,
wenn das Polypeptid in vivo verabreicht werden soll. In einem solchen Fall
werden die Polypeptide so gereinigt, dass keine Proteinbanden, die
anderen Proteinen entsprechen, bei der Analyse durch SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese
(SDS-PAGE) nachweisbar sind. Es ist für einen Fachmann des entsprechenden
Fachgebietes erkennbar, dass mehrere dem Polypeptid entsprechenden
Banden durch SDS-PAGE visualisiert werden können, aufgrund unterschiedlicher
Glycosylsierung, unterschiedlicher posttranslatorischer Bearbeitung,
und dergleichen. Am meisten bevorzugt wird das Polypeptid der Erfindung
im Wesentlichen zur Homogenität
gereinigt, wie durch eine einzelne Proteinbande bei der Analyse
mittels SDS-PAGE angezeigt wird. Die Proteinbande kann durch Silberfärbung, Coomassie-Blue-Färbung oder
(wenn das Protein radioaktiv markiert ist) durch Autoradiographie
visualisiert werden.
-
Die
gereinigten Polypeptide der Erfindung (einschließlich von Proteinen, Polypeptiden,
Fragmenten, Varianten, Oligomeren und anderen Formen) können auf
ihre Fähigkeit,
den Bindungspartner zu binden, in jeglicher geeigneten Untersuchung,
wie etwa einer herkömmlichen
Bindungsuntersuchung, getestet werden. Um dies zu illustrieren,
können
die Polypeptide mit einem nachweisbaren Reagenz (z.B. einem Radionuklid,
Chromophor, Enzym, welches eine kolorimetrische oder fluorometrische
Reaktion katalysiert, oder dergeichen) markiert sein. Das markierte
Polypeptid wird mit Zellen, die den Bindungpartner exprimieren,
in Kontakt gebracht. Die Zellen werden dann gewaschen, um ungebundes,
markiertes Polypeptid zu entfernen, und das Vorhandensein von Zell-gebundener
Markierung wird durch eine geeignete Technik, die in Abhängigkeit
von der Natur der Markierung ausgewählt ist, bestimmt.
-
Ein
Beispiel einer Bindungsuntersuchungsprozedur ist wie folgt. Ein
rekombinanter Expressionsvektor, der die Bindungspartner cDNA enthält, wird
unter Verwendung von im Stand der Technik bekannter Verfahren hergestellt.
CV1-EBNA-1 Zellen in 10 cm2 Platten werden
mit dem rekombinanten Expressionsvektor transfiziert. CV-1/EBNA-1
Zellen (ATCC CRL 10478) exprimieren konstitutiv das EBV-Kernantigen-1,
angetrieben von dem CMV-unmittelbar-frühen Enhancer/Promotor.
CV1-EBNA-1 wurde von der afrikanischen Grünen Meerkatzen-Nierenzelllinie
CV-1 (ATCC CCL 70), wie von McMahan et al. (EMBO J. 10:2821, 1991)
beschrieben, abgeleitet.
-
Die
transfizierten Zellen wurden für
24 Stunden kultiviert, und die Zellen in jeder Platte werden dann in
eine 24-Kammer-Platte aufgeteilt. Nach dem Kultivieren für zusätzliche
48 Stunden werden die transfizierten Zellen (etwa 4 × 104 Zellen/Kammer) mit BM-NFDM gewaschen, welches
Bindungsmedium ist (RPMI 1640, welches 25 mg/ml Rinderserumalbumin,
2 mg/ml Natriumazid, 20 mM Hepes pH 7,2 enthält), zu welchem 50 mg/ml fettfreie
Trockenmilch hinzugegeben wurde. Die Zellen werden dann für 1 Stunde
bei 37°C
mit verschiedenen Konzentrationen von, zum Beispiel, einem löslichen
Polypeptid/Fc Fusionprotein, das wie oben dargelegt hergestellt
wurde, inkubiert. Die Zellen wurden dann gewaschen und mit einer
konstanten sättigenden Konzentration
von einem 125I Maus-anti-Mensch IgG in Bindungsmedium
unter sanftem Agitieren bei 37°C
für 1 Stunde
inkubiert. Nach einem extensiven Waschen wurden die Zellen mittels
Trypsinisierung freigesetzt.
-
Der
oben eingesetzte Maus-anti-Human IgG ist gegen die Fc Region von
humanem IgG gerichtet und kann von Jackson Immunoresearch Laboratories
Inc, West Grove, PA, erhalten werden. Der Antikörper wird unter Verwendung
des Standard Choramin-T-Verfahrens radioiodiniert. Der Antikörper wird
an den Fc-Teil eines beliebiegen Polypeptid/Fc-Proteins, welches
an Zellen gebunden hat, binden. In allen Untersuchungen wird die
nicht-spezifische Bindung von 125I-Antikörper in
der Abwesenheit von Fc Fusionprotein/Fc, sowie in der Gegenwart
des Fc Fusionsproteins und einem 200-fachen molaren Überschuss
an unmarkiertem Maus-anti-Human IgG Antikörper untersucht.
-
Zell-gebundener 125I-Antikörper wurde auf einem Packard
Autogamma-Zähler
quantifiziert. Affinitätsberechnungen
(Scatchard, Ann. N.Y. Acad. Sci., 51:660, 1949) werden auf einem
RS/1 (BBN Software, Boston, MA), das auf einem Microvax Computer
läuft,
erzeugt.
-
Eine
andere Art einer geeigneten Bindungsuntersuchung ist eine kompetitive
Bindungsuntersuchung. Um dies zu illustrieren, kann die biologische
Aktivität
einer Variante durch Untersuchen der Fähigkeit der Variante, mit dem
nativen Protein um die Bindung an den Bindungspartner zu konkurrieren,
bestimmt werden.
-
Kompetitive
Bindungsuntersuchungen können
durch herkömmliche
Methoden durchgeführt
werden. Reagenzien, die in kompetitiven Bindungsuntersuchungen eingesetzt werden
können,
umfassen radiomarkierte Polypeptide der Erfindung und intakte Zellen,
die den Bindungspartner (endogen oder rekombinant) exprimieren.
Zum Beispiel kann ein radiomarkiertes, lösliches IL-1 eta Fragment verwendet
werden, um mit einer löslichen
IL-1 eta-Variante
um die Bindung an Zolloberflächen
IL-1 eta Rezeptoren zu konkurrieren. Anstelle von intakten Zellen
könnte
man diese durch ein lösliches
Bindungspartner/Fc-Fusionsprotein, welches durch die Wechselwirkung
von Protein A oder Protein G (auf der Festphase) mit dem Fc Anteil
an eine Festphase gebunden ist, austauschen. Zu Chromatographie-Säulen, die
Protein A oder Protein G enthalten, zählen jene, die von Pharmacia
Biotech, Inc., Piscataway, NJ. erhältlich sind.
-
Eine
andere Art einer kompetitiven Bindungsuntersuchung nutzt radiomarkierte
lösliche
Bindungspartner, wie ein lösliches
IL-1 eta Rezeptor/Fe-Fusionprotein und intakte Zellen, die den Bindungspartner
exprimieren. Qualitative Ergebnisse können durch kompetitive autoradiographische
Plattenbindungsuntersuchungen erhalten werden, während Scatchard-Plots (Scatchard,
Ann. N.Y. Acad. Sci., 51:660, 1949) benutzt werden können, um
quantitative Ergebnisse zu erzeugen.
-
Das
IL-1 eta Polypeptid der vorliegenden Erfindung kann auch als eine
Screening-Untersuchung
für Verbindungen
und kleine Moleküle,
die die Aktivierung von (Antagonisten) der IL-1 eta Polypeptide
der vorliegenden Erfindung inhibieren, verwendet werden. Somit können Polypeptide
der Erfindung verwendet werden, um Antagonisten von, zum Beispiel,
Zellen, zellfreien Zubereitungen, chemischen Bibliotheken, und natürlichen
Produktmischungen zu identifizieren. Die Antagonisten können natürliche oder
modifizierte Substrate, Liganden, Enzyme, Rezeptoren, etc. der IL-1
eta Polypeptide sein, oder können
strukturelle oder funktionelle Mimetika des IL-1 eta Polypeptids
sein. Die Antagonisten können
weiters kleine Moleküle,
Peptide, Antikörper und
Antisense-Oligonukleotide sein.
-
Eine
Ausführungsform
eines Verfahrens zum Identifizieren von Verbindungen, die IL-1 eta
Polypeptid antagonisieren, ist das in Kontakt bringen einer Kandidaten-Verbindung
mit Zellen, die auf IL-1 eta Polypeptid reagieren und Beobachten
der Bindung, oder Stimulation oder Inhibierung einer funktionellen
Reaktion. Die Aktivität
der Zellen, die mit der Kandiatenverbindung kontaktiert wurden,
könnten
dann mit den identischen Zellen, die nicht für die IL-1 eta Polypeptid-Aktivität kontaktiert
wurden, verglichen werden und IL-1 eta Polypeptid-Agonisten und
Antagonisten könnten
identifiziert werden. Eine noch weitere Ausführungsform der vorliegenden
Erfindung bietet ein Verfahren zum Identifizieren von Verbindungen,
die die Synthese oder Sekretion von IL-1 eta inhibieren, indem die
Kandidatenverbindung mit Zellen in Kontakt gebracht werden, die
IL-1 eta Polypeptid exprimieren und Messen der IL-1 eta Produktion.
Die Messung der IL-1 eta Produktion können durch eine Vielzahl von
weithin bekannten Verfahren durchgeführt werden, wie Messen der
Menge an vorhandenem Protein (z.B. ELISA) oder der Aktivität des Proteins.
-
Verwendung von IL-1 eta
Polynukleotiden oder Oligonukleotiden
-
Unter
den Verwendungen von Polynukleotiden der Erfindung ist die Verwendung
von Polynukleotid-Fragmenten oder Oligonukleotiden als Sonden oder
Primer. Solche Fragmente weisen im Allgemeinen zumindest etwa 17
zusammenhängende
Nukleotide einer DNA Sequenz auf. In anderen Ausführungsformen weist
ein DNA Fragment zumindest 30, oder zumindest 60 zusammenhängende Nukleotide
einer DNA-Sequenz auf.
-
Da
Homologe der SEQ ID NR: 1, von anderen Säugetierspezies, hierin betrachtet
werden, können Sonden,
die auf der humanen DNA Sequenz der SEQ ID NR: 1 basieren, verwendet
werden, um cDNA Bibliotheken, die von anderen Säugetierspezies abgeleitet sind,
unter Verwendung herkömmlicher
Kreuz-Spezies-Hybridisierungstechniken zu durchsuchen.
-
Unter
Verwendung der Kenntnis des genetischen Kodes zusammen mit den oben
dargelegten Aminosäuresequenzen
können
Sätze von
degenerierten Oligonukleotiden hergestellt werden. Solche Oligonukleotide
sind als Primer, z.B. in Polymerase Kettenreaktionen (PCR) nützlich,
wobei DNA Fragmente isoliert und amplifiziert werden.
-
Alle
oder ein Teil der Polynukleotide von IL-1 eta der SEQ ID NR: 1,
einschließlich
Oligonukleotide, können
von Fachleuten verwendet werden, um mittels im Stand der Technik
bekannter Verfahren das humane Chromosom 2, sowie den spezifischen
Locus darauf, der die DNA der IL-1 Ligandenfamilienmitglieder enthält, zu identifizieren.
Zu nützlichen
Techniken zählen,
ohne darauf beschränkt
zu sein, die Verwendung der Sequenz oder Teile, einschließlich von
Oligonukleotiden, als eine Sonde in verschiedenen bekannten Techniken wie
der Radiation-Hybrid-Kartierung
(hohe Auflösung),
in-situ Hybridisierung an Chromosomenverteilungen (mäßige Auflösung), und
Southern Blot-Hybridisierung an Hybrid-Zelllinien, die individuelle
humane Chromosomen enthalten (niedere Auflösung).
-
Zum
Beispiel können
Chromosomen durch Radiation-Hybridisierung kartiert werden, die
die Verwendung von PCR und der Whitehead Institute/MIT Center für Genome
Research Genebrdige 4 Gruppe von 93 Radiation-Hybriden einschließt (http://www-genome.wi.mit.edu/ftp/distribution/human_STS-releases/july97/rhmap/genebridge4.html).
Die PCR Primer liegen innerhalb des Gens von Interesse und amplifizieren
ein Produkt der humanen genomischen DNA, amplifizieren jedoch keine
genomische Hamster DNA. Die Ergebnisse der PCRs werden in einen
Daten-Vektor umgewandelt, welcher der Whitehead/MIT Radiation Kartierungsseite
(Mapping site) im Internet (http://www-seq.wi.mit.edu) vorgelegt
wurde. Die Daten werden bewertet und die chromosomale Zuordnung
und Platzierung in Bezug auf bekannte Sequenz-Tag-Stellen (STS)-Marker
auf der Radiation-Hybridkarte wird bereitgestellt. Die folgende
Internetseite (web site) bietet zusätzliche Information über die
Radiation-Hybrid-Kartierung:
http://www-genome.wi.mit.edu/flp/distribution/human_STS-releases/july97/07-97.INTRO.html).
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Die
DNA SEQ ID NR: 1 wurde durch Radiation-Hybridisierung an die 2q11-12
Region des menschlichen Chromosoms 2 kartiert. Das menschliche Chromosom
2 ist mit spezifischen Krankheiten assoziiert, zu welchen, ohne
darauf beschränkt
zu sein, Glaucom, ektodermale Dysplasie, Insulin-abhängiger Diabetes
mellitus, Faltenhaut (Wrinkly-Skin-Syndrom), T-Zellen Leukämie/Lymphom,
und tibiale Muskeldystrophie zählen. Somit
können
die Polynukleotide der SEQ ID NR: 1 oder ein Fragment davon durch
einen Fachmann unter Verwendung von bekannten Techniken verwendet
werden, um Anormalitäten,
die mit Genkartierung des Chromosoms 2 assoziiert sind, zu analysieren.
Dadurch wird ermöglicht,
Bedingungen, bei welchen dieser Marker umgeordnet oder deletiert
ist, zu unterscheiden. Zusätzlich
können
Nukleotide der SEQ ID NR: 1 oder ein Fragment davon als ein positioneller
Marker verwendet werden, um andere Gene an unbekannten Stellen zu
kartieren.
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Die
DNA kann bei der Entwicklung von Behandlungen für jede Krankheit, die (direkt
oder indirekt) durch defekte, oder unzureichende Mengen der Gene,
die den Polynukleotiden der Erfindung entsprechen, vermittelt sind,
verwendet werden. Die Offenbarung hierin von nativen Nukleotid-Sequenzen
erlaubt die Ermittlung von defekten Genen, und den Austausch davon
mit normalen Genen. Defekte Gene können in in vitro diagnostischen
Untersuchungen und durch Vergleich einer hierin offenbarten nativen
Nukleotidsequenz mit der eines Gens, welches von einer Person stammt,
von der vermutet wird, dass sie einen Defekt in diesem Gen trägt, ermittelt
werden.
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Andere
nützliche
Fragmente der Polynukleotide schließen Gegensinn oder Sinn-Oligonukleotide ein, welche
eine einzelsträngige
Polynukleotid-Sequenz (entweder RNA oder DNA) aufweisen, die in
der Lage sind, an Ziel mRNA (Sinn) oder DNA (Gegensinn)-Sequenzen
zu binden. Gegensinn- oder Sinn-Oligonukleotide gemäß der vorliegenden
Erfindung weisen ein Fragment der DNA (SEQ ID NR:1) auf. Solch ein
Fragment weist im Allgemeinen zumindest etwa 14 Nukleotide, vorzugsweise
etwa 14 bis etwa 30 Nukleotide auf. Die Fähigkeit ein Gegensinn- oder
ein Sinn-Oligonukleotid basierend auf einer cDNA-Sequenz, die ein
gegebenes Protein kodiert, abzuleiten, ist zum Beispiel in Stein
und Cohen, (Cancer Res., 48:2659, 1998) und van der Krol et al.
(BioTechniques, 6:958, 1988) beschrieben.
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Bindung
von Gegensinn- oder Sinn-Oligonukleotiden an Ziel-Polynukleotidsequenzen
führt zu
der Bildung von Duplexen, die die Proteinexpression durch eines
von mehreren Mitteln blockiert oder inhibiert, einschließlich des
verstärkten
Abbaus der mRNA durch RNAseH, der Inhibierung des Spleißens, der
vorzeitigen Termination der Transkription oder Translation, oder
durch andere Mittel. Die Gegensinn-Oligonukleotide können somit
verwendet werden, um die Expression von Proteinen zu blockieren.
Gegensinn- oder Sinn-Oligonukleotide weisen weiters Oligonukleotide
mit modifizierten Zucker-Phosphodiester-Rückgraten (oder andere Zuckerbindungen,
wie jene, die in WO 91/06629 beschrieben sind) auf, und wobei solche
Zuckerbindungen gegenüber
endogenen Nukleasen resistent sind. Solche Oligonukleotide mit resistenten
Zuckerbindungen sind in vivo stabil (d.h. in der Lage einem enzymatischen
Abbau zu widerstehen), aber bewahren die Sequenzspezifität, um in
der Lage zu sein, an die Ziel- Nukleotidsequenzen
zu binden.
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Andere
Beispiele von Sinn oder Gegensinn-Oligonukleotiden schließen jene
Oligonukleotide ein, die kovalent an organische Anteile gebunden
sind, wie jene, die in WO 90/10448 beschrieben sind, und andere Anteile,
die die Affinität
der Oligonukleotide für
eine Ziel-Polynukleotid-Sequenz, wie ein poly-(L-Lysin) erhöhen. Weiters
noch können
Einlagerungsmittel, wie Ellipticin, und Alkylanzien oder Metallkomplexe
an die Sinn oder Gegensinn-Oligonukleotide angelagert werden, um
die Bindungsspezifitäten
der Gegensinn oder Sinn-Oligonukleotide für die Ziel-Nukleotidsequenz
zu modifizieren. Gegensinn oder Sinn-Oligonukleotide können in
eine Zelle, die die Ziel-Polynukleotid-Sequenz enthält, mittels irgendeines Gentransfer-Verfahrens eingeführt werden,
einschließlich,
zum Beispiel, Lipofektion, CaPO4-vermittelte
DNA-Transfektion, Elektroporation, oder durch Verwenden von Gentransfer-Vektoren,
wie Epstein-Barr-Virus.
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Gegensinn
oder Sinn-Oligonukleotide können
in eine Zelle, die die Ziel-Polynukleotid-Sequenz enthält, durch Bilden eines Konjugats
mit einem Ligandenbindungsmolekül
eingeführt
werden, wie in WO 91/04753 beschrieben ist. Zu geeigneten Ligandenbindungsmoleküle zählen, ohne
darauf beschränkt
zu sein, Zelloberflächenrezeptoren,
Wachstumsfaktoren, andere Cytokine, oder andere Liganden, die an
Zelloberflächenrezeptoren
binden. Vorzugsweise beeinträchtigt
die Konjugation des Ligandenbindungsmoleküls die Fähigkeit des Ligandenbindungsmoleküls nicht
wesentlich, um an das entsprechende Molekül oder Rezeptor zu binden,
oder blockiert den Eintritt des Sinn- oder Gegensinn-Oligonukleotids
oder ihrer konjugierten Version in die Zelle.
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Alternativ
kann ein Sinn- oder ein Gegensinn-Oligonukleotid in eine Zelle,
die die Ziel-Polynukleotid-Sequenz
enthält,
durch Bildung eines Oligonukleotid-Lipid-Komplexes eingeführt werden,
wie in WO 90/10448 beschrieben ist. Der Sinn- oder Gegensinn-Oligonukleotid-Lipid-Komplex wird vorzugsweise
innerhalb der Zelle durch eine endogene Lipase aufgelöst.
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VERWENDUNG VON IL-1 ETA
POLYPEPTIDEN UND FRAGMENTIERTEN POLYPEPTIDEN
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Jedes
der Polypeptide der Erfindung findet als ein Proteinreinigungsreagenz
Verwendung. Die Polypeptide können
an ein festes Trägermaterial
angelagert werden, und verwendet werden, um die Bindungspartnerproteine
durch Affinitätschromatographie
zu reinigen. In besonderen Ausführungsformen
wird ein Polypeptid (in einer beliebigen hierin beschriebenen Form,
die in der Lage ist, die Bindungspartner zu binden) an einen Feststoffträger durch
konventionelle Verfahren angelagert. Als ein Beispiel sind Chromatographie-Säulen, die funktionelle
Gruppe enthalten, die mit funktionellen Gruppen von Aminosäure-Seitenketten
der Proteine reagieren werden, erhältlich (Pharmacia Biotech,
Inc., Piscataway, NJ). Bei einer Alternative wird ein Polypeptid/Fc-Protein
(wie oben diskutiert) an Protein A oder Protein G-enthaltende Chromatographie-Säulen durch die
Wechselwirkung mit dem Fc-Anteil angelagert.
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Das
Polypeptid findet auch beim Reinigen oder Identifzieren von Zellen,
die den Bindungspartner auf der Zelloberfläche exprimieren, Verwendung.
Polypeptide werden an eine Festphase, wie eine Säulenchromatographiematrix oder
ein ähnlich
geeignetes Substrat gebunden. Zum Beispiel können magnetische Mikrokügelchen
mit den Polypeptiden beschichtet werden und durch ein Magnetfeld
in einem Inkubationsgefäß gehalten
werden. Suspensionen von Zellmischungen, die die Bindungspartner-exprimierenden
Zellen enthalten, werden mit der Festphase mit den Polypeptiden
darauf in Kontakt gebracht. Zellen, die den Bindungspartner auf
der Zelloberfläche
exprimieren, binden an die fixierten Polypeptide, und ungebundene
Zellen werden dann weggewaschen.
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Alternativ
können
die Polypeptide an einen detektierbaren Anteil konjugiert sein und
dann mit den Zellen, die auf die Bindungspartner-Expression getestet
werden sollen, inkubiert werden. Nach der Inkubation wird ungebundenes,
markiertes Material entfernt und die Gegenwart oder die Abwesenheit
des detektierbaren Anteils auf den Zellen wird bestimmt.
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In
einer weiteren Alternative werden Mischungen von Zellen, von denen
vermutet wird, dass sie Bindungspartner-exprimierende Zellen enthalten,
mit biotinylierten Polypeptiden inkubiert. Die Inkubationsperioden
sind üblicherweise
zumindest 1 Stunde lang, um eine ausreichende Bindung sicherzustellen.
Die resultierende Mischung wird dann durch eine mit Avidin-beschichteten
Kügelchen
gepackten Säule
geleitet, wobei die hohe Affinität
von Biotin für
Avidin die Bindung der gewünschten
Zellen an die Kügelchen
bereitstellt. Verfahren zum Verwenden von Avidin-beschichteten Kügelchen
sind bekannt (siehe Berenson et al., J. Cell. Biochem. 10D:239,
1986). Das Waschen, um ungebundenes Material zu entfernen, und die
Freisetzung der gebundenen Zellen werden mittels herkömmlichen
Verfahren durchgeführt.
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Polypeptide
finden auch Verwendung beim Messen der biologischen Aktivität des Bindungspartnerproteins
bezüglich
ihrer Bindungsaffinität.
Die Polypeptide können
folglich von jenen eingesetzt werden, die „Qualitätssicherungs"-Studien durchführen, z.B.
um die Haltbarkeit und Stabilität
von Protein unter verschiedenen Bedingungen zu überwachen. Zum Beispiel können die
Polypeptide in Bindungsaffinitätsstudien
eingesetzt werden, um die biologische Aktivität eines Bindungpartnerproteins,
welches bei unterschiedlichen Temperaturen gelagert oder in unterschiedlichen
Zellarten erzeugt wurde, zu messen. Die Proteine können auch verwendet
werden, um zu bestimmen, ob die biologische Aktivität nach der
Modifizierung eines Bindungspartnerproteins beibehalten wird (z.B.
durch chemische Modifizierung, Verkürzung, Mutation, etc.). Die
Bindungsaffinität
des modifizierten Bindungspartnerproteins wird mit der eines unmodifizierten
Bindungspartnerproteins verglichen, um nachteilige Auswirkungen
der Modifikationen auf die biologische Aktivität des Bindungspartners zu ermitteln.
Die biologische Aktivität
eines Bindungspartners kann somit bestimmt werden, bevor es zum
Beispiel in einer Forschungsstudie verwendet wird.
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Die
Polypeptide finden auch Verwendung als Träger für Abgabemittel, die daran angeheftet
sind, an Zellen, die den Bindungspartner tragen. Die Polypeptide
können
somit verwendet werden, um diagnostische oder therapeutische Wirkstoffe
an solche Zellen (oder an andere Zellarten, bei denen festgestellt
wurde, dass sie den Bindungspartner auf der Zelloberfläche exprimieren)
in in vitro oder in vivo Verfahren abzugeben.
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Zu
detektierbaren (diagnostischen) und therapeutischen Wirkstoffen,
die an ein Polypeptid angeheftet werden können, zählen, ohne darauf beschränkt zu sein,
Toxine, andere cytototoxische Wirkstoffe, Arzneimittel, Radionuklide,
Chromophore, Enzyme, die eine kolorimetrische oder fluorometrische
Reaktion katalysieren, und dergleichen, wobei der bestimmte Wirkstoff
gemäß der beabsichtigten
Anwendung ausgewählt
ist. Unter den Toxinen sind Ricin, Abrin, Diphterietoxin, Pseudomonas
aeruginosa Exotoxin A, Ribosomeninaktivierende Proteine, Mycotoxine,
wie Trichothecenen, und Derivate und Fragmente (z.B. Einzelketten)
davon. Zu für
die diagnostische Verwendung geeigneten Radionukliden zählen, ohne
darauf beschränkt
zu sein, 123I, 131I, 99mTc, 111In und 76Br. Zu Beispielen von Radionukliden, die
für die
therapeutische Verwendung geeignet sind, zählen 131I, 211At, 77Br, 186Re, 188Re, 212Pb, 212Bi, 109Pd, 64Cu, und 67Cu.
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Solche
Wirkstoffe können
an das Polypeptid durch jedes beliebige geeignete, herkömmliche
Verfahren angeheftet werden. Das Polypeptid weist funktionelle Gruppen
an den Aminosäure-Seitenketten
auf, die mit funktionellen Gruppen auf dem gewünschten Wirkstoff reagiert
werden können,
um zum Beispiel kovalente Bindungen zu bilden. Alternativ kann das
Protein oder der Wirkstoff derivatisiert werden, um eine gewünschte reaktive
funktionelle Gruppe zu erzeugen oder anzuheften. Die Derivatisierung
kann die Anheftung eines der bifunktionellen Kopplungsreagenzien,
die für
das Anheften verschiedener Moleküle
an Proteine erhältlich
sind, einschließen
(Pierce Chemical Company, Rockford, Illinois). Eine Reihe von Techniken
für das
Radiomarkieren von Proteinen ist bekannt. Radionuklid-Metalle können an
die Polypeptide mittels zum Beispiel eines geeigneten bifunktionellen
Chelatbildners angeheftet werden.
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Konjugate,
die Polypeptide und einen geeigneten diagnostischen oder therapeutischen
Wirkstoff (vorzugsweise kovalent gebunden) aufweisen, werden auf
diese Weise hergestellt. Die Konjugate werden in einer Menge verabreicht
oder anderweitig eingesetzt, die für die bestimmte Anwendung angemessen
ist.
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Polypeptide
der Erfindung können
beim Entwickeln von Behandlungen für jede Krankheit, die (direkt oder
indirekt) durch defekte, oder unzureichende Mengen der Polypeptide
vermittelt sind, verwendet werden. Weiters können die Polypeptide der Erfindung
beim Entwickeln von Behandlungen für jede Krankheit, die (direkt
oder indirekt) von einem Überschuss
des Polypeptids herrührt,
verwendet werden. Diese Polypeptide der vorliegenden Erfindung können einem
Säugetier
verabreicht werden, welches an einer solchen Krankheit leidet.
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Die
Polypeptide können
auch beim Inhibieren einer biologischen Aktivität des Bindungspartners in in vitro
oder in vivo Prozeduren eingesetzt werden. Zum Beispiel kann ein
gereinigtes IL-1 eta Polypeptid verwendet werden, um die Bindung
von endogenem IL-1 eta an seinen Zelloberflächen-Rezeptor zu inhibieren.
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Polypeptide
der Erfindung können
einem Säugetier
verabreicht werden, um eine Bindungspartner-vermittelte Krankheit
zu behandeln. Zu solchen Bindungspartner-vermittelten Krankheiten
zählen
Zustände,
die (direkt oder indirekt) durch den Bindungspartner hervorgerufen
oder verschlimmert werden.
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Zusammensetzungen
der vorliegenden Erfindung kann ein Polypeptid in jeder hierin beschriebenen Form
enthalten, wie native Proteine, Varianten, Derivate, Oligomere,
und biologisch aktive Fragmente. In besonderen Ausführungsformen
weisen die Zusammensetzungen ein lösliches Polypeptid oder eine
Oligomer auf, welches lösliche
Polypeptide der Erfindung enthält.
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Zusammensetzungen,
die eine wirksame Menge eines Polypeptids der vorliegenden Erfindung
enthalten, in Kombination mit anderen Komponenten, wie ein physiologisch-akzeptables Verdünnungsmittel,
Träger oder
Exzipient, sind hierin bereitgestellt. Die Polypeptide können gemäß bekannten
Verfahren, die verwendet werden, um pharmazeutisch nützliche
Zusammensetzungen herzustellen, formuliert werden. Sie können in Beimischungen
kombiniert werden, entweder als das einzige aktive Material oder
mit anderen bekannten aktiven Materialien, die für eine gegebene Indikation
geeignet sind, mit pharmazeutisch akzeptablen Verdünnungsmitteln
(z.B. Salzlösung,
Tris-HCl, Acetat, und Phosphat-gepufferte Lösungen), Konservierungsmitteln (z.B.,
Thimerosal, Benzylalkohol, Parabene), Emulgatoren, Solubilisatoren,
Adjuvansien und/oder Träger.
Zu geeigneten Formulierungen für
pharmazeutische Zusammensetzungen zählen jene, die in Remington's Pharmaceutical
Science, 16. Ausgabe, 1980, Mack Publishing Company, Easton, PA
beschrieben sind.
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Zusätzlich können solche
Zusammensetzungen mit Polyethylenglycol (PEG), Metallionen komplexiert sein,
oder in polymere Verbindungen, wie Polyessigsäure, Polyglykolsäure, Hydrogele,
Dextran etc. eingebaut sein, oder in Liposome, Mikroemulsionen,
Mizellen, unilamellare oder mulitlamellare Vesikeln, Erythrozytenschatten
oder Sphäroblasten
enthalten sein. Solche Zusammensetzungen werden den physikalischen
Zustand, Löslichkeit,
Stabilität,
in vivo Freisetzungsrate, und in vivo Klärungsrate beeinflussen, und
werden somit gemäß der beabsichtigten
Anwendung ausgewählt.
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Die
Zusammensetzungen der Erfindung können in jeder geeigneten Art
und Weise verabreicht werden, z.B., topisch, parenteral, oder durch
Inhalation. Der Begriff „parenteral" umfasst Injektion,
z.B. durch subkutane, intravenöse
oder intramuskuläre
Wege, ebenso eingeschlossen ist die lokale Verabreichung, z.B. an der
Stelle der Krankheit oder Verletzung. Die verzögerte Freisetzung aus Implantaten
ist ebenfalls vorgesehen. Ein Fachmann auf dem entsprechenden Gebiet
wird erkennen, dass geeignete Dosierungen in Abhängigkeit von solchen Faktoren
wie der Natur der zu behandelnden Krankheit, dem Körpergewicht
des Patienten, Alter, und dem allgemeinen Gesundheitszustand, und
dem Verabreichungsweg variieren werden. Vorläufige Dosierungen können entsprechend
von Tierversuchen bestimmt werden, und die Skalierung von Dosierungen
für die
menschliche Verabreichung wird gemäß der im Stand der Technik
akzeptierten Gewohnheiten durchgeführt.
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Zusammensetzungen,
die die Nukleinsäuren
in physiologisch akzeptablen Formulierungen aufweisen, sind ebenfalls
vorgesehen. DNA kann zum Beispiel für die Injektion formuliert
sein.
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Eine
andere Verwendung der Polypeptide der vorliegenden Erfindung ist
als ein Forschungswerkzeug für
das Untersuchen der biologischen Wirkungen, die von der Wechselwirkung
von IL-1 eta, mit ihren Bindungspartner, oder von der Inhibierung
dieser Wechselwirkungen auf unterschiedlichen Zellarten herrühren. Polypeptide
können
auch in in vitro Untersuchungen für das Detektieren von IL-1
eta, des entsprechenden Bindungspartners oder der Wechselwirkung
davon eingesetzt werden.
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Eine
andere Ausführungsform
der Erfindung betrifft die Verwendungen der Polypeptide der Erfindung, um
die Zellsignalübertragung
zu untersuchen. IL-1 Familienliganden spielen eine zentrale Rolle
im Schutz gegen Infektion und Immun-entzündlichen Reaktionen, die eine
zelluläre
Signalübertragung,
das Aktivieren vaskulärer
Endothelzellen und Lymphozyten, die Induktion von entzündlichen
Zytokinen, Akut-Phase-Proteine, Hämatopoiese, Fieber, Knochenresorption,
Prostaglandine, Metalloproteinasen, und Adhäsionsmoleküle beinhalten. Mit dem kontinuierlichen
Anstieg der Zahl an bekannten IL-1 Familienmitgliedern, basiert
ein geeignetes Klassifikationsschema auf dem Vergleich der Polypeptidstruktur
sowie der Funktion (Aktivierungs- und regulatorische Eigenschaften).
Somit wäre
es wahrscheinlich, dass IL-1 eta, wie andere IL-1 Familienliganden (IL-1α, IL-1β und IL-18)
sowohl in einige der oben erwähnten
Funktionen eingebunden wären
als auch entzündliche
Reaktionen fördern
können
und vielleicht deshalb in die Ursache und Erhaltung einer entzündlichen und/oder
Autoimmunerkrankung, wie rheumatoide Arthritis, entzündliche
Darmerkrankung, und Psoriasis eingebunden sind. Als solches können Änderungen
in der Expression und/oder Aktivierung der Polypeptide der Erfindung
schwere Auswirkungen auf eine Unmenge von zellulären Vorgängen haben, einschließlich, ohne darauf
beschränkt
zu sein, Aktivierung oder Inhibierung von zellspezifischen Reaktionen
und Proliferation. Die Expression von kloniertem IL-1 eta oder von
funktionell inaktiven Mutanten davon, kann verwendet werden, um
die Rolle eines bestimmten Proteins zu identifizieren, die es beim
Vermitteln spezifischer Signalisierungsvorgängen spielt.
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Die
IL-1 vermittelte zelluläre
Signalübertragung
schließt
häufig
eine molekulare Aktivierungskaskade ein, während welcher ein Rezeptor
ein Ligand-Rezeptor-vermitteltes Signal durch spezifisches Aktivieren
von intrazellulären
Kinasen, die Zielsubstrate phosphorylieren, verbreitet. Diese Substrate
können
selbst Kinasen sein, welche im Anschluss an die Phosphorylierung
aktiviert werden. Alternativ können
sie Adaptor-Moleküle sein,
die die stromabwärtige
Signalübertragung
durch Protein-Protein-Wechselwirkung im Anschluss an die Phosphorylierung
fördern.
Unabhängig
von der Natur des(r) Substratmoleküle, können exprimierte funktionell-aktive
Formen IL-1 eta und ihre Bindungspartner verwendet werden, um festzustellen,
welche Substrate durch die Polypeptide der Erfindung erkannt und
aktiviert wurden. Als solches können
diese neuartigen Polypeptide als Reagenzien verwendet werden, um
neuartige Moleküle
zu identifizieren, die in Signalübertragungswege
eingebunden sind.
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Antikörper
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Antikörper, die
mit den Polypeptiden der Erfindung immunoreaktiv sind, werden hierin
bereitgestellt. Solche Antikörper
binden spezifisch an die Polypeptide über die Antigenbindungsstellen
des Antikörpers
(im Gegensatz zu nicht-spezifischer Bindung). Somit können die
Polypeptide, Fragmente, Varianten, Fusionsproteine, etc, wie oben
dargelegt, als „Immunogene" zum Herstellen von
damit immunoreaktiven Antikörpern
eingesetzt werden. Spezifischer enthalten die Polypeptide, Fragmente,
Varianten, Fusionsproteine, etc. antigene Determinanten oder Epitope,
die die Bildung von Antikörpern
auslösen.
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Diese
antigenen Determinanten oder Epitope können entweder linear oder konformativ
(diskontinuierlich) sein. Lineare Epitope bestehen aus einem einzigen
Abschnitt von Aminosäuren
des Polypeptids, während konformative
oder diskontinuierliche Epitope aus Aminosäuren-Abschnitten von unterschiedlichen
Regionen der Polypeptidkette bestehen, die bei der Proteinfaltung
in unmittelbare Nähe
gebracht werden (C.A. Janeway, Jr. und P. Travers, Immuno Biology,
3:9 (Garland Publishing Inc., 2. Ausgabe, 1996). Da gefaltete Proteine komplexe
Oberflächen
aufweisen, ist die Anzahl der verfügbaren Epitope recht zahlreich;
jedoch aufgrund der Konformation des Proteins und der sterischen
Hinderung ist die Zahl der Antikörper,
die tatsächlich
an die Epitope binden, kleiner als die Zahl der verfügbaren Epitope
(C.A. Janeway, Jr. und P. Travers, Immuno Biology, 2:14 (Garland
Publishing Inc., 2. Ausgabe, 1996). Epitope können durch jedes der im Stand
der Technik bekannte Verfahren identifiziert werden.
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Folglich
betrifft ein Aspekt der vorliegenden Erfindung antigene Epitope
der Polypeptide der Erfindung. Solche Epitope sind für das Züchten von
Antikörpern,
insbesondere monoklonale Antikörper
nützlich,
wie detaillierter unten beschrieben ist. Zusätzlich können die Epitope der Polypeptide
der Erfindung als Forschungreagenzien, in Untersuchungen, und zum
Reinigen von spezifisch bindenden Antikörpern aus Substanzen, wie polyklonalen
Sera oder Überständen von
kultivierten Hybridomen verwendet werden. Solche Epitope oder Varianten
davon können
mittels im Stand der Technik bekannter Verfahren, wie Festphasen-Synthese,
chemische oder enzymatische Spaltung von Polypeptiden, oder mittels
rekombinanter DNA Technologie hergestellt werden.
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Wie
bei den Antikörpern,
die durch die Epitope der Polypeptide der Erfindung ausgelöst werden,
können
auch wenn die Epitope isoliert wurden oder Teil des Polypeptids
bleiben, sowohl polyklonale als auch monoklonale Antikörper mittels
herkömmlichen
Techniken hergestellt werden. Siehe zum Beispiel, Monoclonal Antibodies,
Hybridoms: A New Dimension in Biological Analyses, Kennet et al.,
(Hrsg.), Plenum Press, New York, 1980; und Antibodies: A Laboratory
Manual, Harlow und Land (Hrsg.), Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, NY, (1988).
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Hybridom-Zelllinien,
die für
die Polypeptide der Erfindung spezifische monoklonale Antikörper erzeugen,
sind hierin ebenfalls vorgesehen. Solche Hybridome können durch
herkömmliche
Techniken erzeugt und identifiziert werden. Ein Verfahren zum Erzeugen
einer solchen Hybridom-Zelllinie weist das Immunisieren eines Tieres
mit einem Polypeptid, das Ernten der Milzzellen von dem immunisierten
Tier; das Fusionieren der Milzzellen mit einer Myelom-Zelllinie,
wodurch Hybridom-Zellen erzeugt werden, und das Identifizieren einer Hybridom-Zelllinie,
die einen monoklonalen Antikörper
produziert, der das Polypeptid bindet, auf. Der monoklonale Antikörper kann
durch konventionelle Techniken gewonnen werden.
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Die
monoklonalen Antikörper
der vorliegenden Erfindung schließen chimäre Antikörper, z.B humanisierte Versionen
eines murinen monoklonalen Antikörpers
ein. Solche humanisierte Antikörper
können
durch bekannte Techniken hergestellt werden, und bieten den Vorteil
einer reduzierten Immunogenität,
wenn die Antikörper
Menschen verabreicht werden. In einer Ausführungsform weist ein humanisierter
monoklonaler Antikörper
die variable Region eines murinen Antikörpers (oder nur die Antigenbindungsstelle
davon) und eine von einem menschlichen Antikörper stammende konstante Region
auf. Alternativ kann ein humanisiertes Antikörper-Fragment die Antigen-Bindungsstelle
eines murinen monoklonalen Antikörpers
und ein Fragment der variablen Region (die Antigenbindungsstelle
fehlt), das von einem menschlichen Antikörper stammt, aufweisen. Verfahren
für die
Herstellung von chimären
und weiteren konstruierten monoklonalen Antikörper schließen jene ein, die in Riechmann
et al. (Nature 332:323, 1988), Liu et al. (PNAS, 84:3439, 1987)
Larrick et al. (Bio/Technology, 7:934, 1989), und Winter und Harris,
(TIPS, 14:139, Mai 1993) beschrieben sind. Verfahren zum transgenen
Herstellen von Antikörpern
können
in GB 2.272.440, in US Patent Nos. 5.569.825 und 5.545.806 und verwandten
Patenten, die von diesen die Priorität beanspruchen, gefunden werden.
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Antigen-bindende
Fragmente der Antikörper,
die durch herkömmliche
Techniken hergestellt werden können,
sind durch die vorliegende Erfindung ebenfalls umfasst. Zu Beispielen
solcher Fragmente zählen, ohne
darauf beschränkt
zu sein, Fab und F(ab')2- Fragmente.
Mittels Gentechnik hergestellte Antikörper-Fragmente und Derivate
werden ebenfalls bereitgestellt.
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In
einer Ausführungsform
sind die Antikörper
für die
Polypeptide der vorliegenden Erfindung spezifisch und reagieren
nicht mit anderen Proteinen kreuz. Screening-Verfahren durch welche
solche Antikörper
identifiziert werden können,
sind bekannt und können,
zum Beispiel, Immunaffinitätschromatographie,
einschließen.
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Die
Antikörper
der Erfindung können
in Untersuchungen verwendet werden, um das Vorhandensein der Polypeptide
oder Fragmente der Erfindung, entweder in vitro oder in vivo zu
ermitteln. Die Antikörper
können
auch zum Reinigen der Polypeptide oder Fragmente der Erfindung durch
Immunäffinitätschromatographie eingesetzt
werden.
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Jene
Antikörper,
die zusätzlich
die Bindung der Polypeptide der Erfindung an die Bindungspartner
blockieren können,
können
verwendet werden, um eine biologische Aktivität zu inhibieren, die von einer
solchen Bindung herrührt.
Solche Blockierungsantikörper
können
unter Verwendung jeder geeigneten Untersuchungsprozedur, wie zum
Beispiel durch Testen der Antikörper
auf die Fähigkeit,
die Bindung von IL-1 eta an bestimmte Zellen, die die IL-1 eta Rezeptoren
exprimieren, zu inhibieren, identifiziert werden. Alternativ können Blockierungsantikörper in
Untersuchungen auf die Fähigkeit,
eine biologische Wirkung zu inhibieren, die von der Bindung der
Polypeptide der Erfindung an ihre Bindungspartner an Zielzellen
herrührt,
identifiziert werden. Antikörper
können,
zum Beispiel, auf die Fähigkeit,
die IL-1 eta-vermittelte, oder Bindungspartner-vermittelte Zelllyse
zu inhibieren, untersucht werden.
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Ein
solcher Antikörper
kann in einem in vitro Verfahren eingesetzt werden, oder in vivo
verabreicht werden, um eine biologische Aktivität zu inhibieren, die durch
die Einheit, die den Antikörper
erzeugte, vermittelt wird. Krankheiten, die durch die Wechselwirkung
der Polypeptide der Erfindung mit dem Bindungspartner hervorgerufen
oder verschlimmert werden (direkt oder indirekt), können folglich
behandelt werden. Ein therapeutisches Verfahren schließt die in
vivo Verabreichung eines Blockierungsantikörpers an ein Säugetier
in einer Menge ein, die wirksam ist, eine Bindungspartner-vermittelte
biologische Aktivität
zu inhibieren. Monoklonale Antikörper
werden im Allgemeinen für
die Verwendung in solchen therapeutischen Verfahren bevorzugt. In
einer Ausführungsform
wird ein Antigen-bindendes Antikörper-Fragment
eingesetzt.
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Antikörper können auf
agonistische (d.h. Ligand-imitierende) Eigenschaften gescreent werden.
Solche Antikörper
induzieren bei der Bindung an Zelloberflächen-Rezeptor biologische Wirkungen
(z.B. Übertragung von
biologischen Signalen), ähnlich
zu den induzierten biologischen Wirkungen, wenn IL-1 an die Zelloberflächen IL-1
Rezeptoren bindet.
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Agonistische
Antikörper
können
verwendet werden, um vaskuläre
Endothelzellen und Lymphozyten zu aktivieren, um lokale Gewebszerstörung und
Fiber zu induzieren (Janeway et al., 1996), um Makrophagen und vaskuläre Endothelzellen
zu stimulieren, um IL-6 zu erzeugen, und um Moleküle auf der
Oberfläche
von vaskulären
Endothelzellen hinauf zu regulieren.
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Zusammensetzungen,
die einen gegen Polypeptide der Erfindung gerichteten Antikörper und
ein physiologisch akzeptables Verdünnungsmittel, Exzipient oder
Träger
enthalten, sind hierin vorgesehen. Geeignete Komponenten solcher
Zusammensetzungen sind oben für
Zusammensetzungen, die Polypeptide der Erfindung enthalten, beschrieben
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Ebenfalls
hierin vorgesehen sind Konjugate, die einen nachweisbaren (d.h.
diagnostischen) oder therapeutischen Wirkstoff, der an den Antikörper angelagert
ist, aufweisen. Beispiele von solchen Wirkstoffen sind oben dargestellt.
Die Konjugate finden in in vitro oder in vivo-Verfahren Verwendung.
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Die
folgenden Beispiele sind zur Illustration und nicht als Einschränkung vorgesehen.
Der Fachmann wird erkennen, dass Variationen der in den Beispielen
ausgeführten
Erfindung gemacht werden können,
insbesondere angesichts der Lehre der verschiedenen hierin zitierten
Referenzen.
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Beispiel 1: Isolierung
der IL-1 eta Polynukleotide
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Humane
genomische DNA, die einen stromaufwärtigen Abschnitt einer cDNA,
die in
EP0879889A2 offenbart
ist, enthält,
wurde kloniert und in die 3' Richtung
verlängert.
Die genomische DNA wurde sequenziert und auf potentielle Homologie
zu dem C-terminalen Abschnitt von IL-1 Familienmitgliedern untersucht.
Eine Region mit dem Potential, mit Homologie an den C-terminalen
Abschnitt von IL-1 Familienmitgliedern zu kodieren, wurde lokalisiert
und ist als Polynukleotide 375 bis 585 der SEQ ID NR: 1 offenbart.
PCR Primer wurden synthetisiert, die das Stoppkodon in dem 3' oder Umkehrprimer
und das Anfangs-ATG der IL-1 eta cDNA (SEQ ID NR: 1 von
EP 0879889 A2 )
in dem 5' oder Sinn-Primer
enthalten. Unter Verwendung dieser Primer wurde IL-1 eta cDNA von
Frist-Strand-cDNA amplifiziert, die von humaner Mandel mRNA hergestellt
wurde. PCR wurde unter Verwendung von Standardprotokollen durchgeführt.
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Beispiel 2: Verwendung
von gereinigten IL-1 eta Polypeptiden
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Linbro/Titerteck
96 Flachboden-Kammer-E.I.A. Mikrotitrationsplatten (ICN Biomedicals
Inc, Aurora, OH) werden mit seriellen Verdünnungen von IL-1 eta enthaltenden
Proben (in 50 mM NaHCO3, mit NaOH auf pH
9 gebracht) bei 100:1/Kammer beschichtet. Nach der Inkubation bei
4°C für 16 Stunden
wurden die Kammern sechsmal mit 200:1 0,05% Tween-20 enthaltendem
PBS (PBS-Tween) gewaschen. Die Kammern werden dann mit Flag®-Bindungspartner mit
1 mg/ml in PBS-Tween mit 5% fötalem
Kälberserum
(FCS) für
90 Minuten (100:1 pro Kammer) inkubiert, gefolgt von Waschen wie
oben angegeben. Als nächstes
wird jede Kammer mit Anti-Flag® (monoklonaler Antikörper M2
mit 1 mg/ml in 5% FCS enthaltendem PBS-Tween für 90 Minuten (100:1 pro Kammer)
inkubiert, gefolgt von Waschen wie oben angegeben. Im Anschluss
daran werden die Kammern mit einem polyklonalen Ziegen-anti-mIgG1-spezifischen
Meerrettichperoxidase-konjugiertem Antikörper (eine 1:5000 Verdünnung der
kommerziellen Stammlösung,
in 5% FCS enthaltendem PBS-Tween) für 90 Minuten (100:1 pro Kammer)
inkubiert. Der HRP-konjugierte Antikörper wird von Southern Biotechnology
Associates, Inc., Birmingham, Alabama erhalten. Die Kammern wurden
dann, wie oben, sechsmal gewaschen.
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Für die Entwicklung
des ELISAs, wird eine Substratmischung [100:1 pro Kammer einer 1:1
Vormischung des TMB Peroxidase-Substrats und Peroxidase Lösung B (Kirkegaard
Perry Laboratories, Gaithersburg, Maryland)] zu den Kammern hinzugefügt. Nach
einer ausreichenden Farbreaktion wird die enzymatische Reaktion
durch Zugage von 2N H2SO4 (50:1
pro Kammer) beendet. Die Farbintensität (zeigt die Ligand-Rezeptor-Bindung
an) wird durch Messen der Extinktion bei 450nm auf einem V Max Plattenlesegerätes (Molecular
Devices, Sunnyvale, CA) bestimmt.
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Beispiel 3: Aminosäure-Sequenz
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Die
Aminosärue-Sequenz
von IL-1 eta wurde durch Translation der vollständigen Nukleotidsequenz von
SEQ ID NR: 1 bestimmt.
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Beispiel 4: DNA und Aminosäure-Sequenzen
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Die
Nukleotidsequenz der isolierten IL-1 eta und die Aminosäure-Sequenz,
die dadurch kodiert ist, sind in den SEQ ID NR: 1 und 2 dargestellt.
Die Sequenz des IL-1 eta DNA Fragment, das durch PCR isoliert wurde,
entspricht den Nukleotiden 1 bis 585 der SEQ ID NR: 1, die die Aminosäuren 1 bis
157 der SEQ ID NR: 2 kodieren.
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Die
Aminosäure-Sequenz
der SEQ ID NR: 2 trägt
signifikante Homologie zu anderen bekannten IL-1 Ligand-Familienmitgliedern.
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Beispiel 5: Monoklonale
Antikörper,
die Polypeptide der Erfindung binden
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Dieses
Beispiel erläutert
ein Verfahren zum Herstellen monoklonaler Antikörper, die IL-1 eta binden. Zu
geeigneten Immunogenen, die zum Erzeugen solcher Antikörper eingesetzt
werden können,
zählen,
ohne darauf beschränkt
zu sein, gereinigtes IL-1 eta Polypeptid oder ein immunogenes Fragment
davon, wie die extrazelluläre
Domäne,
oder Fusionsproteine, die IL-1 eta (z.B. ein lösliches IL-1 eta/Fc Fusionsprotein)
enthalten.
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Gereinigtes
IL-1 eta kann verwendet werden, um damit immunoreaktive monoklonale
Antikörper
mittels konventioneller Techniken, wie jene, die im U.S. Patent
4.411.993 beschrieben sind, herzustellen. In Kürze, Mäuse werden mit IL-1 eta Immunogen
immunisiert, welches in kompletten Freund's Adjuvans emulgiert ist, und in Mengen
im Bereich von 10–100 μg subkutan
oder intraperitoneal injiziert wird. Zehn bis zwölf Tage später werden die immunisierten
Tiere mit zusätzlichem
IL-1 eta, welches in unvollständigem
Freund's Adjuvans emulgiert
ist, aufgefrischt. Die Mäuse
werden dann periodisch nach einen wöchentlichen oder zwei-wöchentlichen
Immunisierungsplan aufgefrischt. Serumproben werden periodisch durch
retroorbitale Blutabnahme oder Schwanzspitzenentfernung (tail-tip
excision) genommen, um auf IL-1 eta Antikörper durch Dot-Blot-Untersuchungen,
ELISA (Enzymgebundene-Immunadsorptionsuntersuchung)
oder Inhibierung der IL-1 eta Rezeptorbindung zu testen.
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Im
Anschluss an die Detektion eines geeigneten Antikörpertiters
werden positive Tiere mit einer letzten intravenösen Injektion von IL-1 eta
in Salzlösung
versorgt. Drei bis vier Tage später
werden die Tiere getötet, die
Milzzellen geerntet und die Milzzellen mit einer murinen Myelom-Zelllinie,
z.B., NS1 oder vorzugsweise P3x63Ag8.653 (ATCC CRL 1580) fusioniert.
Fusionen erzeugen Hybridom-Zellen, welche in mehrere Mikrotiterplatten
in einem HAT (Hypoxanthin, Aminopterin und Thymidin)-selektiven
Medium ausplattiert werden, um die Vermehrung der nicht-fusionierten
Zellen, der Myelom-Hybride und der Milzzellen-Hybride zu inhibieren.
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Die
Hybridom-Zellen werden mittels ELISA auf Reaktivität gegen
gereinigtes IL-1 eta durch Anpassung der in Engvall et al., (Immunochem.
8:871, 1971) und im U.S. Patent 4.703.004, offenbarten Techniken gescreent.
Eine bevorzugte Screeinig-Technik ist die in Beckmann et al., (J.
Immunol. 144:4212, 1990) beschriebene Antikörper-Einfang-Technik. Positive
Hybridom-Zellen können
intraperitoneall in syngene BALB/c Mäuse injiziert werden, um Asziten
zu erzeugen, die hohe Konzentrationen an Anti-IL-1 eta monoklonalen
Antikörper
enthalten. Alternativ können
Hybridom-Zellen in vitro in Flaschen oder Rollerflaschen durch verschiedene
Techniken gezüchtet
werden. In Maus-Asziten erzeugte monoklonale Antikörper können durch
Ammoniumsulfat-Ausfällung,
gefolgt von Gelauschluss-Chromatographie gereinigt werden. Alternativ
kann Affinitätschromatographie,
die auf der Bindung von Antikörper
an Protein A oder Protein G basiert, ebenfalls verwendet werden,
wie auch die Affinitätschromotagraphie
basierend auf der Bindung an IL-1 eta verwendet werden kann.
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Beispiel 6: Northern Blot
Analyse
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Die
Gewebeverteilung von IL-1 eta wird durch Northern Blot-Analyse untersucht,
wie folgt. Ein Aliquot einer radiomarkierten Ribosonde wird zu zwei
unterschiedlichen humanen multiplen Gewebe Northern Blots (Clontech,
Palo Alto, CA; Biochain, Palo Alto, CA) hinzugefügt. Die Blots werden in 10X
Denhardts, 50 mM Tris pH 7,5, 900 mM NaCl, 0,1% Na Pyrophosphat,
1 % SDS, 200 μg/ml
Lachssperma DNA hybridisiert. Die Hybridisierung wird über Nacht
bei 63°C
in 50% Formamid durchgeführt,
wie zuvor beschrieben (March et al., Nature 315:641–647, 1985).
Die Blots werden dann mit 2X SSC, 0,1% SDS bei 68°C für 30 Minuten
gewaschen. Die Zellen und Gewebe mit den höchsten Konzentrationen an IL-1
eta mRNA werden durch Vergleich zu einer Kontrollsondierung mit
einer β-Actin-spezifischen
Sonde bestimmt.
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Beispiel 7: Bindungsuntersuchung
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IL-1
eta voller Länge
kann exprimiert und auf die Fähigkeit,
IL-1 eta Rezeptoren zu binden, getestet werden. Die Bindungsuntersuchung
kann wie Folgt ausgeführt
werden.
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Ein
Fusionsprotein, welches ein an den N-Terminus eines löslichen
IL-1 eta Polypeptids (LZ-IL-1 eta) fusioniertes Leucin-Zipper-Peptid
aufweist, wird in der Untersuchung eingesetzt. Ein Expressionskonstrukt wird
im Wesentlichen wie in Wiley et al. (Immunity, 3:673–682, 1995)
für die
Herstellung des FLAG®(IL-1 eta) Expressionskonstrukts
beschrieben, hergestellt, mit der Ausnahme, dass DNA, die das FLAG®-Peptid
kodiert, durch eine Sequenz, die einen modifizierten Leucin-Zipper
kodiert, der die Trimerisierung ermöglicht, ersetzt wurde. Das
Konstrukt, im Expressionsvektor pDC409, kodiert eine Leitsequenz,
welche vom humanen Cytomegalievirus stammt, gefolgt von dem an den
N-Terminus eines löslichen
IL-1 eta Polypeptids fusionierten Leucin-Zipper-Anteil. Das LZ-IL-1
eta wird in CHO-Zellen exprimiert, und aus dem Kulturüberstand
gereinigt.
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Der
als pDC409 bezeichnete Expressionsvektor ist ein Säugetier-Expressionsvektor,
der von dem pDC406 Vektor, beschrieben in McMahan et al. (EMBO J.,
10:2821–2832,
1991) abgeleitet ist. Zu den Merkmalen die dem pDC409 (im Vergleich
zu pDC406) hinzugefügt
wurden, zählen
zusätzliche
Restriktionsstellen in der multiplen Klonierungsstelle (mcs); drei Stoppkodons
(eines in jedem Leserahmen), die stromabwärts der mcs platziert sind;
und ein T7 Polymerase-Promotor, stromabwärts der mcs, der die Sequenzierung
der in die mcs eingefügten
DNA erleichtert.
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Für die Expression
des humanen IL-1 eta Proteins voller Lälnge wird die gesamte kodierende
Region (d.h., die in SEQ ID NR: 1 dargestellte DNA Sequenz) durch
Polymerase Kettenreaktion (PCR) amplifiziert. Die in der PCR eingesetzte
Matrize ist der aus der Mandel First-Strand cDNA isolierte cDNA
Klon, wie in Beispiel 1 beschrieben ist. Die isolierte und amplifizierte
DNA wird in den Expressionsvektor pDC409 eingefügt, um ein als pDC409-IL-1 eta bezeichnetes
Konstrukt zu ergeben.
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IL-1
eta Polypeptid wird verwendet, um auf die Fähigkeit zu testen, an die Wirtszellen,
die IL-1 eta-Rezeptoren rekombinant oder endogen exprimieren, zu
binden. IL-1 eta Rezeptor exprimierende Zellen werden in mit 10%
fötalem
bovinem Serum, Penicillin, Streptomycin, und Glutamin ergänztem DMEM
kultiviert. Zellen werden mit LZ-IL-1 eta (5 mg/ml) für etwa 1
Stunde inkubiert. Im Anschluss an die Inkubation werden die Zellen gewaschen,
um ungebundenes LZ-IL-1 eta zu entfernen und vor der Analyse durch
Fluoreszenz-aktivierte Zellscanning (FACS) mit biotinyliertem anti-LZ
monoklonalem Antikörper
(5 mg/ml) und Phycoerythrin-konjugiertem Streptavidin (1:400) inkubiert.
Die zytometrische Analyse wird auf einem FACscan (Beckton Dickinson, San
Jose, CA) durchgeführt.
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Die
IL-1 eta Rezeptoren exprimierenden Zellen zeigten eine signifikant
höhrer
Bindung des IL-1 eta, im Vergleich zu den Kontrollzellen, die keine
IL-1 eta Rezeptoren exprimieren.
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Beispiel 8: Expressionsanalyse
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First-Strand
cDNAs, die in den Clontech (Palo Alto, CA) human multiplen Gewebe
cDNA Panellen I (Kat. Nr. K1420-1) und II (Kat-Nr. K1421-1) und
der humane Immungruppe (Kat-Nr. K1426-1) vorhanden sind, wurden
durch PCR Amplifikation unter Verwendung von Sinn- und Gegensinn
Primern verwendet. Die Primer wurde so konstruiert, dass die die
Introns umspannen, so dass Produkte, die von genomischer DNA und
cDNA stammen, unterschieden werden können. In einigen Fällen wurden
verschachtelte Primer in einer zweiten PCR Reaktion verwendet. Die
Gegenwart eines Amplifikationsproduktes für jede Gen/Gewebe-Kombination
wurde durch die Analyse in Agarosegelen, die mit Ethidiumbromid
gefärbt
sind, bestimmt.
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Alternativ
wurden individuelle Zelltypen aus humanem peripheren Blut isoliert
und Stimulationen wurden durchgeführt (Kubin et al., Blood 83(7):1847–55 (1994);
Kubin et al., J. Exp. Med 180(1):211–22 (1994)). NK Zellen wurden
mit IL-12 (R&D
Biosystems; 1 ng/ml) für
entweder 2 Stunden oder 4 Stunden inkubiert. T Zellen wurden nicht
stimuliert oder mit Anti- CD3
(OKT-3 Antikörper,
auf Kunststoff mit 5 ng/ml immobilisiert) oder mit der Kombination
von Anti-CD3 und Anti-CD28 (der Anti-CD28 Antikörper war CD248, verwendet in löslicher
Form als eine 1:500 Verdünnung
von Aszitenfluid) für
30 Minuten oder 4 Stunden stimuliert. Monozyten wurden nicht stimuliert,
oder mit LPS (Sigma, 1 ug/ml) für
2 oder 3 Stunden stimuliert. B Zellen wurden nicht stimuliert, oder
mit der Kombination von 0,05% SAC und 500 ng/ml CD40L Trimer (Immunex)
und 5 ng/ml IL-4 (Immunex) für
3,5 oder 4 Stunden stimuliert. Dendritische Zellen wurden mit LPS,
wie für
Monozyten, für
2 oder 4 Stunden stimuliert. Nach der Isolation von RNA und Synthese
von First-Strand cDNA, wurden PCR Amplifikationen und Gel-Analyse
durchgeführt.
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Tabelle
I fasst die IL-1 eta Expressionsdaten zusammen, die durch PCR Analyse
von einer Gruppe von First-Strand cDNAs von Clontech stammen. In
der Tabelle zeigt ein „-„ an, dass
die mRNA gesucht, jedoch nicht gefunden wurde. Positive Expressionsergebnisse
sind durch ein „A" angezeigt. Tabelle
1
Sequenzliste