DE19632521A1 - Verfahren zur Gewinnung von Peptiden aus Köperflüssigkeiten und Geweben sowie Zellüberständen und zur Identifikation von krankheitsrelevanten Peptidmarkern - Google Patents
Verfahren zur Gewinnung von Peptiden aus Köperflüssigkeiten und Geweben sowie Zellüberständen und zur Identifikation von krankheitsrelevanten PeptidmarkernInfo
- Publication number
- DE19632521A1 DE19632521A1 DE1996132521 DE19632521A DE19632521A1 DE 19632521 A1 DE19632521 A1 DE 19632521A1 DE 1996132521 DE1996132521 DE 1996132521 DE 19632521 A DE19632521 A DE 19632521A DE 19632521 A1 DE19632521 A1 DE 19632521A1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- body fluids
- tissues
- peptides
- application
- peptide
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Ceased
Links
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 42
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 title claims abstract description 10
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 title claims abstract description 10
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 title claims abstract 3
- 238000010828 elution Methods 0.000 claims abstract description 11
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims abstract description 8
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 claims abstract description 8
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 claims abstract description 3
- 238000005191 phase separation Methods 0.000 claims abstract description 3
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 claims abstract 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 22
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 13
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 10
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 10
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 8
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 6
- 238000004895 liquid chromatography mass spectrometry Methods 0.000 claims description 4
- 238000013507 mapping Methods 0.000 claims description 4
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 4
- 230000008878 coupling Effects 0.000 claims description 3
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 claims description 3
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 claims description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 2
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 claims 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims 1
- 208000001132 Osteoporosis Diseases 0.000 claims 1
- 210000000748 cardiovascular system Anatomy 0.000 claims 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 claims 1
- 210000002346 musculoskeletal system Anatomy 0.000 claims 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 claims 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 claims 1
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 12
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 9
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 9
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 7
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 6
- 239000000463 material Substances 0.000 description 6
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 6
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 5
- 238000013375 chromatographic separation Methods 0.000 description 4
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 4
- 238000002615 hemofiltration Methods 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- 238000010835 comparative analysis Methods 0.000 description 3
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 3
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 3
- 229920002284 Cellulose triacetate Polymers 0.000 description 2
- 229910000831 Steel Inorganic materials 0.000 description 2
- NNLVGZFZQQXQNW-ADJNRHBOSA-N [(2r,3r,4s,5r,6s)-4,5-diacetyloxy-3-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3,4,5-triacetyloxy-6-(acetyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2r,3r,4s,5r,6s)-4,5,6-triacetyloxy-2-(acetyloxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-2-yl]methyl acetate Chemical compound O([C@@H]1O[C@@H]([C@H]([C@H](OC(C)=O)[C@H]1OC(C)=O)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](OC(C)=O)[C@@H](COC(C)=O)O1)OC(C)=O)COC(=O)C)[C@@H]1[C@@H](COC(C)=O)O[C@@H](OC(C)=O)[C@H](OC(C)=O)[C@H]1OC(C)=O NNLVGZFZQQXQNW-ADJNRHBOSA-N 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 2
- 239000010959 steel Substances 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 241001622557 Hesperia Species 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 230000001174 ascending effect Effects 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 208000020832 chronic kidney disease Diseases 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 1
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 239000008151 electrolyte solution Substances 0.000 description 1
- 210000000416 exudates and transudate Anatomy 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 238000004191 hydrophobic interaction chromatography Methods 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000000816 matrix-assisted laser desorption--ionisation Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 235000019799 monosodium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 230000020477 pH reduction Effects 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- AJPJDKMHJJGVTQ-UHFFFAOYSA-M sodium dihydrogen phosphate Chemical compound [Na+].OP(O)([O-])=O AJPJDKMHJJGVTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 210000001179 synovial fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren, durch das Peptide mit einem Molekulargewicht
kleiner als 40 kDa von Patienten mit einer beliebigen Erkrankung so separiert und
quantitativ analysiert werden, daß nach Vergleich mit dem Peptidmuster von
Probanden ohne diese Erkrankung krankheitsrelevante Markerpeptide identifiziert
werden. Dabei wird nach einer Ultrafiltration des Ausgangsmaterials (Blutplasma,
Blutfiltrat, Urin, Liquor cerebrospinalis, Aszites, Lymphe, gastrointestinalen Sekreten,
Kulturüberstand von Zellen (Primärzellkultur, etablierte Zellinien), Gelenksflüssigkeit,
Gewebsextrakt) eine Peptidextraktion mit nachfolgender chromatographischer
Auftrennung und massenspektrometrischer Analyse durchgeführt.
Das Verfahren ist gekennzeichnet durch
- 1. Die Verwendung von Ultrafiltrat aus Körperflüssigkeiten und Gewebsextrakten
- 2. Die Gewinnung der Filtrat-Peptide und ihre Auftrennung in Fraktionen
- 3. Die Kartierung der Peptid-Fraktionen anhand von Retentionsverhalten und molekularer Masse
- 4. Die vergleichende Analyse mit den Daten einer Referenzmessung bei gesunden Probanden
- 5. Bestimmung von krankheitsspezifischen Peptidmarkern.
Zu 1. Peptide werden nach einer dem Fachmann bekannten Ultrafiltration des
entsprechenden Ausgangsmaterials im Filtrat gewonnen. Dabei werden Filter mit
einer molekularen Ausschlußgröße verwendet, die zwischen 10 und 40 kDa liegt. Im
Rahmen der Filtration werden zwischen 0.2 und 50 L Filtrat gewonnen, die sofort
nach Abschluß der Filtration durch Ansäuern mit verdünnter Salzsäure auf einen
pH-Wert von 2 bis 4 eingestellt werden.
Zu 2. Die nach Ultrafiltration im Filtrat vorliegenden Peptide werden durch
Adsorption an chromatographische Säulenmaterialien, insbesondere
Kationenaustauscher (z. B. Fraktogel SP 650 M, Merck, Darmstadt; Source S,
Pharmacia, Freiburg), Anionenaustauscher (Merck Fraktogel TMAE 650 M,
Pharrnacia Source Q) und Reverse Phase (Pharmacia Source 15 RPC, Reverse Phase
C18, Vydac, Hesperia, USA) mit nachfolgender Elution im linearen Gradienten oder
durch stufenweise Elution gewonnen. Die in dieser ersten Auftrennung gewonnenen
Peptid-Fraktionen werden in einer zweiten chromatographischen Trennung
vorzugsweise über Reverse Phase (Pharmacia Source RPC, Vydac C18) in Fraktionen
aufgetrennt.
Zu 3. Die Kartierung der Peptid-Fraktionen erfolgt durch massenspektrometrische
Analyse mit MALDI-MS (Matrix-assisted laser desorption ionisation mass
spectrometry) und ESI-MS (Electrospray ionization-MS), hierbei vorzugsweise mit
der on-line Kopplung einer microbore Reverse Phase Trennung und der
Massenspektrometrie (LC-MS-Kopplung). Aus den erhaltenen Daten wird eine
mehrdimensionale Tabelle nach Retentionsverhalten, Molekulargewicht und
Signalintensität gebildet.
Zu 4. Die über die Schritte 1-3 gewonnenen Daten von Patienten mit einer bekannten
Grunderkrankung werden mit den gleichartig gewonnenen Daten einer gesunden
Referenzpopulation verglichen. Hierbei werden sowohl qualitative Änderungen (z. B.
das Auftreten neuer Peptide oder das Fehlen von Peptiden) als auch quantitative
Änderungen (das vermehrte bzw. verminderte Auftreten von einzelnen Peptiden)
festgestellt. Die über die vergleichende Analyse definierten "Targets" werden im
weiteren durch dem Fachmann bekannte Methoden peptidchemisch aufgereinigt und
ihre Primärstruktur aufgeklärt.
Zu 5. Die erhaltene Sequenzinformation wird mit Protein- und
Nucleinsäuredatenbanken sowie nachfolgend mit Literaturdaten verglichen. Die
Relevanz der dargestellten Peptide bezüglich der untersuchten Erkrankung wird
überprüft z. B. durch funktionelle Studien und durch Reihenscreening an geeigneten
Patientengruppen.
HF wird im Rahmen einer arterio-venösen oder auch veno-venösen Hämofiltration
nach dem Fachmann bekannten Techniken an ausgewählten Patienten oder
Probanden durchgeführt. Die Gewinnung von HF erfolgt in der Weise, wie sie im
Prinzip bei chronisch nierenkranken Patienten routinemäßig durchgeführt wird. Über
einen arterielle Ableitung und venöse Zuleitung (arterio-venöse HF) oder eine venöse
Ableitung mit venöser Zuleitung (veno-venöse HF) wird das Blut des Patienten unter
apparativer Unterstützung durch ein Hämofiltrationsgerät (z. B. Hemoprozessor,
Sartorius, Göttingen; AK 10 HFM, Gambro, Hechingen) über ein Hämofilter geleitet
(z. B. Hemoflow F 60 oder Hemoflow HF 80 S, Fresenius, Bad Homburg; Hemoflow
FH 77 H und Hemoflow HF 88 H, Gambro), das eine molekulare Ausschlußgröße von
bis zu 40 kDa besitzt. Das dem Patienten entzogene Filtratvolumen wird durch eine
Elektrolytlösung substituiert (z. B. SH 01, SH 05, SH 22, SH 29, Schiwa, Glandorf).
Im Rahmen des hier vorliegenden Verfahrens wird eine diagnostische Hämofiltration
mit dem Ziel durchgeführt, zwischen 1 und 30 L HF bei einem Patienten innerhalb
einer Hämofiltration zu gewinnen. Das Hämofiltrat wird zur Vermeidung der
Proteolyse sofort mit verdünnter Säure (z. B. 1 M HCl) auf einen pH-Wert zwischen 2
und 4 eingestellt und auf 4°C gekühlt.
10 L Hämofiltrat werden mit entionisiertem Wasser auf eine Leitfähigkeit von 6 mS/cm
verdünnt und der pH mit Salzsäure auf 2.7 eingestellt. Das HF wird dann auf eine
Chromatographiesäule aufgetragen. Nach Bindung der HF-Peptide werden die
gebundenen Peptide mit einer pH-Stufenelution eluiert. Dabei werden 7 Puffer mit
aufsteigendem pH verwendet.
Chromatographiebedingungen:
Fluß beim Auftrag: 100 ml/min
Fluß beim Eluieren: 30 ml/min
Detektion: 214, 280 nm
Säule: Vantage (Amicon, Witten) 6 cm Durchmesser × 7 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Fraktogel TSK SP 650 M (Merck, Darmstadt)
Anlage: BioCAD 250, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Fluß beim Auftrag: 100 ml/min
Fluß beim Eluieren: 30 ml/min
Detektion: 214, 280 nm
Säule: Vantage (Amicon, Witten) 6 cm Durchmesser × 7 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Fraktogel TSK SP 650 M (Merck, Darmstadt)
Anlage: BioCAD 250, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Die Eluate 1-7 werden separat gesammelt.
Die Eluate 1-7 werden separat über eine Reverse-Phase-Säule chromatographiert.
Chromatographiebedingungen:
Fuß beim Auftrag: 10 ml/min
Fluß beim Eluieren: 4 ml/min
Detektion: 214 nm
Säule: HPLC-Stahlsäule, 1 cm Durchmesser, 12.5 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Source RPC 15 µm (Pharmacia, Freiburg)
Anlage: BioCAD, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 0.1% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 200 ml.
Fuß beim Auftrag: 10 ml/min
Fluß beim Eluieren: 4 ml/min
Detektion: 214 nm
Säule: HPLC-Stahlsäule, 1 cm Durchmesser, 12.5 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Source RPC 15 µm (Pharmacia, Freiburg)
Anlage: BioCAD, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 0.1% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 200 ml.
Das Eluat wird in 4 ml-Fraktionen gesammelt
Aliquots der in 2.2 gewonnenen Fraktionen werden auf eine Microbore-Reverse
Phase Säule aufgetragen und im Gradient eluiert. Die Detektion erfolgt mit
UV-Detektor und on-line mit einem Elektrospray-Massenspektrometer
Chromatographiebedingungen:
Fluß beim Auftrag: 20 µl/min
Fluß beim Eluieren: 20 µl/min
Detektion: 220 nm
Säule: C18 AQS, 3 µm, 120 A, 1 mm Durchmesser, 10 cm Länge (YMC, Schermbeck)
Anlage: ABI 120 Dual solvent Delivery System
Puffer A: 0.06% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 90 min.
Fluß beim Auftrag: 20 µl/min
Fluß beim Eluieren: 20 µl/min
Detektion: 220 nm
Säule: C18 AQS, 3 µm, 120 A, 1 mm Durchmesser, 10 cm Länge (YMC, Schermbeck)
Anlage: ABI 120 Dual solvent Delivery System
Puffer A: 0.06% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 90 min.
on-line Massenspektrometrie:
API III mit Elektrospray-Interface (Perkin-Elmer, Weiterstadt) Positive Ion Modus
Meßbereich: m/z von 300 bis 2390
Scan-Zeit: 7 sec
Scan-Fenster: 0.25 m/z.
API III mit Elektrospray-Interface (Perkin-Elmer, Weiterstadt) Positive Ion Modus
Meßbereich: m/z von 300 bis 2390
Scan-Zeit: 7 sec
Scan-Fenster: 0.25 m/z.
Datenerfassung erfolgt mit MacSpec oder MultiView Software (Perkin-Elmer).
Aliquots der in 2.2 gewonnenen Fraktionen werden mit unterschiedlichen
Matrixsubstanzen im MALDI-MS gemessen.
Aus den Rohdaten wird eine mehrdimensionale Tabelle erstellt unter
Berücksichtigung der Scan-Nummer, Signalintensität und nach Kalkulation der
Massen aus den multipel geladenen Ionen eines Scans.
Aus dem gewonnenen Rohmaterial (z. B. Großpräparationen von Hämofiltrat) werden
die identifizierten Targets in Mengen aufgereinigt, die eine Sequenzanalyse erlauben.
Dazu werden die unterschiedlichen, dem Fachmann bekannten chromatographischen
Trenntechniken (Reverse Phase, Ionenaustausch, Ausschlußgrößenchromatographie,
Hydrophobe Interaktions-Chromatographie etc.), die im Allgemeinen zur
Auftrennung von Peptidgemischen eingesetzt werden, verwendet. Nach jeder
chromatographischen Trennung einer Fraktion werden über ESI-MS, MALDI-MS
oder auch LC-MS die Targets erneut in den Fraktionen identifiziert. Dieses Procedere
wird unter Variation der chromatographischen Parameter so oft wiederholt, bis ein
reines Produkt der gesuchten Spezifikation d. h. Retentionszeit und molekularer
Masse, vorliegt. Darauf folgt die Bestimmung einer Teil- oder Komplett-Aminosäure-Sequenz.
Im Anschluß wird ein Datenbankvergleich durchgeführt an den bekannten
Datenbanken (Swiss-Prot und EMBL-Peptid- und Nucleinsäure-Datenbank) mit dem
Ziel der Identifikation der Teil- oder Komplettsequenz. Ist kein Datenbankeintrag
vorhanden, erfolgt die Aufklärung der Primärstruktur.
Aszites bildet sich als extravasales Exsudat bei unterschiedlichen Erkrankungen
(maligne Tumoren, Leberstörungen etc.). Im Rahmen des hier vorliegenden
Verfahrens werden zwischen 1 und 10 L Aszites durch Punktion gewonnen und
danach zur Vermeidung der Proteolyse sofort mit verdünnter Säure (z. B. 1 M HCl) auf
einen pH-Wert zwischen 2.0 und 4.0 eingestellt und auf 4°C gekühlt. Nach einer
Ultrafiltration über eine Cellulose-Triacetat Membran mit einer Ausschlußgröße von
30 kDa (Sartocon-Mini Apparatur Sartorius) wird das Filtrat als Quelle von Peptiden
im weiteren verwendet.
5 L Aszites-Filtrat werden auf pH 2.0 eingestellt und über einen präparative Reverse
Phase Säule getrennt.
Chromatographiebedinungen:
Fluß beim Auftrag: 40 ml/min
Fluß beim Eluieren: 40 ml/min
Detektion: 214 nm, 280 nm
Säule: Waters Kartuschensystem, 4,7 cm Durchmesser, 30 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Vydac RP-C 18, 15-20 µm
Anlage: BioCAD, Perseptive Biosystems Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 0.1% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 3000 ml.
Fluß beim Auftrag: 40 ml/min
Fluß beim Eluieren: 40 ml/min
Detektion: 214 nm, 280 nm
Säule: Waters Kartuschensystem, 4,7 cm Durchmesser, 30 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Vydac RP-C 18, 15-20 µm
Anlage: BioCAD, Perseptive Biosystems Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 0.1% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 3000 ml.
Das Eluat wird in 50 ml-Fraktionen gesammelt.
Der weitere Verlauf der Charakterisierung entspricht Beispiel 1.
Urin wird direkt als Katheterurin oder als Spontanurin von Patienten in Mengen von
0,5 bis 50 L gewonnen und zur Vermeidung der Proteolyse sofort mit verdünnter
Säure (z. B. 1 M HCl) auf einen pH-Wert zwischen 2.0 und 4.0 eingestellt und auf 4°C
gekühlt. Nach einer Ultrafiltration über eine Cellulose-Triacetat Membran mit einer
Ausschlußgröße von 30 kDa (Sartocon-Mini Apparatur, Sartorius) wird das Filtrat als
Quelle von Peptiden im weiteren verwendet.
10 L Urin-Filtrat werden mit Wasser auf eine Leitfähigkeit von 6 mS/cm verdünnt und
der pH mit HCl auf 2.7 eingestellt. Das Urin-Filtrat wird dann auf eine
Chromatographiesäule aufgetragen. Nach Bindung der Peptide werden die
gebundenen Peptide mit einem Kochsalzgradienten eluiert.
Chromatographiebedingungen:
Fluß beim Auftrag: 100 ml/min
Fluß beim Eluieren: 30 ml/min
Detektion: 214 nm
Säule: Vantage (Amicon, Witten) 6 cm Durchmesser × 7 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Merck Fraktogel TSK SP 650 M
Anlage: BioCAD 250, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 50 mM NaH₂PO₄ pH 3.0
Puffer B: 1,5 M NaCl in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 2000 ml.
Fluß beim Auftrag: 100 ml/min
Fluß beim Eluieren: 30 ml/min
Detektion: 214 nm
Säule: Vantage (Amicon, Witten) 6 cm Durchmesser × 7 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Merck Fraktogel TSK SP 650 M
Anlage: BioCAD 250, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 50 mM NaH₂PO₄ pH 3.0
Puffer B: 1,5 M NaCl in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 2000 ml.
Das Eluat wird in 10 Pools á 200 ml gesammelt.
Die Fraktionen werden separat über eine Reverse-Phase-Säule chromatographiert.
Chromatographiebedingungen:
Fluß beim Auftrag: 10 ml/min
Fluß beim Eluieren: 4 ml/min
Detektion: 214 nm
Säule: HPLC-Stahlsäule, 1 cm Durchmesser, 12.5 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Pharmacia Source RPC 15 µm
Anlage: BioCAD, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 0.1% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 200 ml.
Fluß beim Auftrag: 10 ml/min
Fluß beim Eluieren: 4 ml/min
Detektion: 214 nm
Säule: HPLC-Stahlsäule, 1 cm Durchmesser, 12.5 cm Füllhöhe
Säulenmaterial: Pharmacia Source RPC 15 µm
Anlage: BioCAD, Perseptive Biosystems, Wiesbaden-Nordenstadt
Puffer A: 0.1% Trifluoressigsäure in Wasser
Puffer B: 80% Acetonitril in A
Gradient: 0% B auf 100% B in 200 ml.
Das Eluat wird in 4 ml-Fraktionen gesammelt.
Der weitere Verlauf der Charakterisierung entspricht Beispiel 1.
Claims (7)
1. Verfahren zur Herstellung von Peptidfraktionen aus Körperflüssigkeiten, Geweben
und Zellüberständen beruhend auf Ultrafiltration, Ionenaustauscherextraktion,
pH-Elution, Reverse-Phase Trennung und Gefriertrocknung.
2. Anwendung des Verfahrens nach 1 zur Kartierung von Peptiden aus
Körperflüssigkeiten und Geweben.
3. Anwendung des Verfahrens nach 1 zur Herstellung von Proben für die
Chromatographie-Massenspektrometrie-Kopplung zur vergleichenden Betrachtung
des Peptidspekrums aus Körperflüssigkeiten und Geweben.
4. Anwendung des Verfahrens nach 1 und 3 zur Identifikation von Peptidmarkern.
5. Anwendung des Verfahrens nach 1 zur Aufreinigung von durch die Kartierung
definierten Peptiden.
6. Anwendung des Verfahrens nach 1 und 3 zum Einsatz in der Diagnostik von
Erkrankungen, die definierte Änderungen im Peptidspektrum von Körperflüssigkeiten
und Geweben verursachen, insbesondere Tumorerkrankungen, Systemerkrankungen,
Erkrankungen des Bewegungsapparates wie Osteoporose, des Herz-Kreislaufsystems,
des Immunsystems etc.
7. Anwendung des Verfahrens nach 1 zur Entwicklung von Nachweisverfahren für
Peptide wie ELISA, RIA, LC-MS-Messung.
Priority Applications (17)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE1996132521 DE19632521A1 (de) | 1996-08-13 | 1996-08-13 | Verfahren zur Gewinnung von Peptiden aus Köperflüssigkeiten und Geweben sowie Zellüberständen und zur Identifikation von krankheitsrelevanten Peptidmarkern |
PT97918977T PT922226E (pt) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Processo para a avaliacao do estado de um organismo por meio de medicao de peptideos |
EP97918977A EP0922226B2 (de) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Verfahren zur erfassung des status eines organismus durch messung von peptiden |
PCT/EP1997/004396 WO1998007036A1 (de) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Verfahren zur erfassung des status eines organismus durch messung von peptiden |
CN97198763A CN1233326A (zh) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | 通过测量肽检测有机体的状况的方法 |
PL97331612A PL186810B1 (pl) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Sposób określania stanu organizmu drogą pomiaru peptydów |
AT97918977T ATE234469T1 (de) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Verfahren zur erfassung des status eines organismus durch messung von peptiden |
AU42988/97A AU720626B2 (en) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | A method for detecting the condition of an organism through the measurement of peptides |
DK97918977T DK0922226T3 (da) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Fremgangsmåde til registrering af en organismes status ved måling af peptider |
CZ1999491A CZ294729B6 (cs) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Způsob in vitro zjišťování stavu organismu stanovením peptidů |
ES97918977T ES2191175T3 (es) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Procedimiento para la captacion del estado de un organismo por medicion de peptidos. |
US09/242,254 US6875616B1 (en) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Process for determining the status of an organism by peptide measurement |
CA002263443A CA2263443C (en) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Process for determining the status of an organism by peptide measurement |
JP50940798A JP2001508864A (ja) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | ペプチドの測定により生物の状態を検出する方法 |
DE59709517T DE59709517D1 (de) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Verfahren zur erfassung des status eines organismus durch messung von peptiden |
EA199900196A EA001033B1 (ru) | 1996-08-13 | 1997-08-13 | Способ определения состояния организма посредством измерения пептидов |
IS4971A IS4971A (is) | 1996-08-13 | 1999-02-10 | Aðferð til að greina ástand lífveru með mælingu ápeptíðum |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE1996132521 DE19632521A1 (de) | 1996-08-13 | 1996-08-13 | Verfahren zur Gewinnung von Peptiden aus Köperflüssigkeiten und Geweben sowie Zellüberständen und zur Identifikation von krankheitsrelevanten Peptidmarkern |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE19632521A1 true DE19632521A1 (de) | 1998-02-19 |
Family
ID=7802456
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE1996132521 Ceased DE19632521A1 (de) | 1996-08-13 | 1996-08-13 | Verfahren zur Gewinnung von Peptiden aus Köperflüssigkeiten und Geweben sowie Zellüberständen und zur Identifikation von krankheitsrelevanten Peptidmarkern |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE19632521A1 (de) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1999061910A1 (en) * | 1998-05-26 | 1999-12-02 | Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Screening of compounds using ultrafiltration and mass spectometry |
WO2001036977A3 (en) * | 1999-11-16 | 2001-11-22 | Matritech Inc | Identification of disease markers involving mass-based-separation |
WO2002066043A2 (de) * | 2001-02-16 | 2002-08-29 | Karl Hecht | Verwendung eines polyfunktionellen wirkstoffgemisches als tabakrauchschadstoffantagonist |
WO2003091735A1 (en) * | 2002-04-23 | 2003-11-06 | Millipore Corporation | Sample preparation of biological fluids for proteomic applications |
-
1996
- 1996-08-13 DE DE1996132521 patent/DE19632521A1/de not_active Ceased
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1999061910A1 (en) * | 1998-05-26 | 1999-12-02 | Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Screening of compounds using ultrafiltration and mass spectometry |
WO2001036977A3 (en) * | 1999-11-16 | 2001-11-22 | Matritech Inc | Identification of disease markers involving mass-based-separation |
US6936424B1 (en) | 1999-11-16 | 2005-08-30 | Matritech, Inc. | Materials and methods for detection and treatment of breast cancer |
WO2002066043A2 (de) * | 2001-02-16 | 2002-08-29 | Karl Hecht | Verwendung eines polyfunktionellen wirkstoffgemisches als tabakrauchschadstoffantagonist |
WO2002066043A3 (de) * | 2001-02-16 | 2002-12-05 | Karl Hecht | Verwendung eines polyfunktionellen wirkstoffgemisches als tabakrauchschadstoffantagonist |
WO2003091735A1 (en) * | 2002-04-23 | 2003-11-06 | Millipore Corporation | Sample preparation of biological fluids for proteomic applications |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP0922226B2 (de) | Verfahren zur erfassung des status eines organismus durch messung von peptiden | |
DE2029499C3 (de) | Verfahren zum Nachweis der Anwesenheit von carcinoembryonalen Antigenen im Blut | |
EP0258297B1 (de) | Verfahren zur abtrennung und gewinnung von chlorogensäure | |
EP0167575B1 (de) | Cardiodilatin, ein neues peptidhormon und verfahren zu seiner herstellung | |
EP0021152A1 (de) | Verfahren zur immunologischen Bestimmung von Basalmembranmaterial, hierfür geeignete Basalmembranfragmente und Verfahren zu deren Herstellung, bzw. Gewinnung | |
CH648330A5 (de) | Tumor-spezifische glykoproteine und verfahren zu deren herstellung. | |
DE2720704A1 (de) | Neues glycoprotein und verfahren zu dessen herstellung | |
DE2801257A1 (de) | Brustkrebs-bezogene antigene, verfahren zu ihrer extraktiven gewinnung und ihre verwendung | |
DE60320534T2 (de) | Verfahren zur qualitätskontrolle einer kräutermedizin | |
DE10158180A1 (de) | Verfahren zum Nachweis von Morbus Alzheimer und zur Unterscheidung von Morbus Alzheimer gegenüber anderen demenziellen Erkrankungen, zugehörige Peptide und deren Verwendung | |
EP2333550A2 (de) | Polypeptidmarker zur Diagnose von Blasenkrebs | |
DE2532151C3 (de) | Antisenim zur quantitativen Bestimmung der Abbauprodukte des Fibrins und Fibrinogen« und Verfahren zu seiner Herstellung | |
WO1997049993A1 (de) | Verfahren zum direkten diagnostischen nachweis von pathogenen, genetisch bedingten punktmutationen | |
DE19632521A1 (de) | Verfahren zur Gewinnung von Peptiden aus Köperflüssigkeiten und Geweben sowie Zellüberständen und zur Identifikation von krankheitsrelevanten Peptidmarkern | |
DE3013724A1 (de) | Neues protein pp (pfeil abwaerts)9(pfeil abwaerts), verfahren zu seiner anreicherung und gewinnung sowieseine verwendung | |
DE10393475B4 (de) | Verfahren und Vorrichtung zur Identifizierung von Verbindungen in einer Probe | |
EP1242825B1 (de) | Gewinnung von lipoproteinen aus körperflüssigkeiten | |
DE2732587C2 (de) | ||
EP0025508B1 (de) | Verfahren zur Herstellung der dritten Komponente des Komplements aus menschlichem Blutplasma | |
EP0156266A2 (de) | Gewebeprotein PP21, Verfahren zu seiner Gewinnung sowie seine Verwendung | |
DE3872235T2 (de) | Allgemeiner krebsverbundener faktor, durch scm erkannt, seine praeparation und sein verwendungsverfahren. | |
EP0198259B1 (de) | Verfahren zur immunologischen Bestimmung von Heparansulfat-Proteoglykan, Verfahren zur Herstellung bzw. Reinigung von dafür geeignetem Heparansulfat-Proteoglykan aus basalmembranhaltigen Geweben | |
DE69216912T2 (de) | Verfahren zur Bestimmung von Thyroglobulin und Kit zu dessen Gebrauch | |
Dorsey et al. | Determination of choline in soybean meal by liquid chromatography with the ion-exchange membrane detector | |
WO2004025302A2 (de) | Verfahren zur identifizierung von nierenzellkarzinom spezifischen proteinen und deren verwendung |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
8127 | New person/name/address of the applicant |
Owner name: BIOVISION GMBH & CO. KG, 30625 HANNOVER, DE |
|
8127 | New person/name/address of the applicant |
Owner name: BIOVISION AG, 30625 HANNOVER, DE |
|
8110 | Request for examination paragraph 44 | ||
8131 | Rejection |