CZ237793A3 - Hcv genom sequences for diagnosis and therapy - Google Patents
Hcv genom sequences for diagnosis and therapy Download PDFInfo
- Publication number
- CZ237793A3 CZ237793A3 CZ932377A CZ237793A CZ237793A3 CZ 237793 A3 CZ237793 A3 CZ 237793A3 CZ 932377 A CZ932377 A CZ 932377A CZ 237793 A CZ237793 A CZ 237793A CZ 237793 A3 CZ237793 A3 CZ 237793A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- sequence
- region
- nucleic acid
- hcv
- genotype
- Prior art date
Links
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title description 2
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 title description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 298
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 292
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 292
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 88
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 59
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 58
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 claims abstract description 17
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 206
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 202
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 58
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 39
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 claims description 23
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 16
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 13
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 9
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 claims description 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 8
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 7
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 claims description 7
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 claims description 7
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 6
- 238000013519 translation Methods 0.000 claims description 6
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 claims description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims description 5
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 4
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims description 2
- 241000531123 GB virus C Species 0.000 claims 5
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 claims 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 121
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 32
- 239000000047 product Substances 0.000 description 25
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 23
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 22
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 21
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 20
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 20
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 18
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 18
- -1 filters Substances 0.000 description 16
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 12
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 10
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 10
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 10
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 9
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 9
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 9
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 9
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 8
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 8
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 8
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 7
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 7
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 7
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 7
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 7
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 7
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 7
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 6
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 6
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 5
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 5
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 5
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 5
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 5
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 5
- 229940032362 superoxide dismutase Drugs 0.000 description 5
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 4
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 4
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 4
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 3
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 235000010980 cellulose Nutrition 0.000 description 3
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 3
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 3
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 3
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 3
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 description 2
- TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 3-(trimethylsilyl)propane-1-sulfonic acid Chemical compound C[Si](C)(C)CCCS(O)(=O)=O TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010019791 Hepatitis post transfusion Diseases 0.000 description 2
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 description 2
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100039019 Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 2
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 239000002981 blocking agent Substances 0.000 description 2
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 2
- 229940125691 blood product Drugs 0.000 description 2
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 2
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 208000029570 hepatitis D virus infection Diseases 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 2
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 2
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 2
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 2
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate Chemical compound C1CC(CN2C(C=CC2=O)=O)CCC1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KZMAWJRXKGLWGS-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-n-[4-(4-methoxyphenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-n-(3-methoxypropyl)acetamide Chemical compound S1C(N(C(=O)CCl)CCCOC)=NC(C=2C=CC(OC)=CC=2)=C1 KZMAWJRXKGLWGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 6-Maleimidocaproic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCN1C(=O)C=CC1=O WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150026173 ARG2 gene Proteins 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 101150111062 C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100121600 Caenorhabditis elegans gcy-33 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010039939 Cell Wall Skeleton Proteins 0.000 description 1
- 241000744472 Cinna Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 description 1
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N Guanidine Chemical class NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 208000005331 Hepatitis D Diseases 0.000 description 1
- 206010019799 Hepatitis viral Diseases 0.000 description 1
- 241000700588 Human alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 1
- 101100005166 Hypocrea virens cpa1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- WINXNKPZLFISPD-UHFFFAOYSA-M Saccharin sodium Chemical compound [Na+].C1=CC=C2C(=O)[N-]S(=O)(=O)C2=C1 WINXNKPZLFISPD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 101100404032 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) arg6 gene Proteins 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 101100379634 Xenopus laevis arg2-b gene Proteins 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 125000003368 amide group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N bromoacetic acid Chemical compound OC(=O)CBr KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 210000004520 cell wall skeleton Anatomy 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 239000012050 conventional carrier Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N cyclohexanecarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1CCCCC1 NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002274 desiccant Substances 0.000 description 1
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N diethyl pyrocarbonate Chemical compound CCOC(=O)OC(=O)OCC FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 231100000234 hepatic damage Toxicity 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 239000000677 immunologic agent Substances 0.000 description 1
- 229940124541 immunological agent Drugs 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N iodoacetic acid Chemical compound OC(=O)CI JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008818 liver damage Effects 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 239000000891 luminescent agent Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical class [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 235000011160 magnesium carbonates Nutrition 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- HVFSJXUIRWUHRG-UHFFFAOYSA-N oic acid Natural products C1CC2C3CC=C4CC(OC5C(C(O)C(O)C(CO)O5)O)CC(O)C4(C)C3CCC2(C)C1C(C)C(O)CC(C)=C(C)C(=O)OC1OC(COC(C)=O)C(O)C(O)C1OC(C(C1O)O)OC(COC(C)=O)C1OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O HVFSJXUIRWUHRG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000006179 pH buffering agent Substances 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 229920001515 polyalkylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 229940021993 prophylactic vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- XETCRXVKJHBPMK-MJSODCSWSA-N trehalose 6,6'-dimycolate Chemical compound C([C@@H]1[C@H]([C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](COC(=O)C(CCCCCCCCCCC3C(C3)CCCCCCCCCCCCCCCCCC)C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)O2)O)O1)O)OC(=O)C(C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)CCCCCCCCCCC1CC1CCCCCCCCCCCCCCCCCC XETCRXVKJHBPMK-MJSODCSWSA-N 0.000 description 1
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 1
- 239000002435 venom Substances 0.000 description 1
- 231100000611 venom Toxicity 0.000 description 1
- 210000001048 venom Anatomy 0.000 description 1
- 201000001862 viral hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- A61K38/08—Peptides having 5 to 11 amino acids
- A61K38/09—Luteinising hormone-releasing hormone [LHRH], i.e. Gonadotropin-releasing hormone [GnRH]; Related peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/162—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
Oblast techniky
Vynález se týká kompozic a metod detekce a léčení infekce virové hepatitidy C (HCV), dříve označované jako non A hon B krví přenosná virová hepatitida (NANBVývPřes.- , něji se vynález týká využití vlastností kompozic a -me-t-oď * pro detekci HCV a pro vývoj vakcin pro profylaktickou ' .
léčbu infekcí HCV a vývoj protilátkových produktů pro c _______ navození pasivní imunity vůči HCV.
Dosavadní stav techniky 1 „ i ;
Prototypový izolát HCV byl charakterizován v 2JS e patentové přihlášce č. 122714 (viz také EPO publikace £. 318216). Používaný výraz HCV” zde zahrnuje nové izolátyz-_g_—— stejného virového druhu?. Výraz HCV-1 se vztahuje k US patentové přihlášce č. 122714·
HCV je přenosná choroba odlišná od jiných forem viry způsobených jaterních chorob, včetně těch, které způsobují známé viry hepatitidy, tj. hepatitida A virus (HAV), hepatitida B virus (HBV) a delta hepatitida virus (HDV), jakož i hepatitidy způsobené cytomegalovirem (CMV) nebo virem Epstein-Barrové (EBV). HCV byl poprvé identifikován u jednotlivců, kteří obdrželi krevní transfuzi.
Požadavky pro senzitivitu, specifické metody pro screening a identifikaci nosičů HCV a HCV kontaminované krve nebo krevních produktů jsou podstatné. Posttransfuzní hepatitida (PTH) se vyskytuje u přibližně 10 % transformovaných pacientů a HCV se přičítá více než 90 % těchto případů. Nemoc často prograduje do chronického jaterního poškození (25-55 %).
Péče o pacienta jakož i prevence přenosu HCV krví nebo krevními produkty nebo těsným osobním kontaktem,vyžaduje spolehlivý screening, diagnostické a prognostické
-2prostředky pro detekci nukleových kyselin, antigenů a protilátek, týkajících se HCV.
Informace v této přihlášce napovídají, že HCV má několik genotypů. To znamená, že genetická informace HCV viru nemusí být zcela identická pro všechny HCV, ale obsahuje skupiny s různou genetickou informací.
Genetická informace je uchovávána v závit ovitých molekulách DNA a RNA. DNA se sestává z kovalentně navázaných řetězců deoxyribonukleotidů a RNA se sestává z kovalentně navázaných řetězců ribonukleotidů. Každý nukleotid je charakterizován jednou ze čtyř bází: adenin (A), guanin (G), thymin (T) a cytosin (C). Báze jsou komplementární v tom smyslu, že podle orientace funkčních skupin se určité páry bází přitahují a vážou jedna na druhou vodíkovými můstky a interakcemi 7Γ-vrstev. Adenin v jednom řetězci DNA se páruje a thyminem v protilehlém komplementárním řetězci. Guanin v jednom řetězci DNA se páruje s cytosinem v protilehlém komplementárním řetězci, V RNA je thyminová báze nahrazena uracilem (U), který se páruje s adeninem v protilehlém komplementárním řetězci. Genetický kod živoucích organismů je nesen v sekvenci párů bází. Živé organismy interpretují, transkribují a translatují informaci nukleových kyselin k vytvoření proteinů a peptidů.
HCV' genom je obsažen v jednom pozitivním řetězci RNA. HCV genom má pokračování, translaci obsahující čtecí rámeček (ORF), který kóduje polyprotein o asi 3000 aminokyselinách. V OFR se strukturální protein(.y) zdají být kódovány v přibližně první čtvrtině N-koncové oblasti, s pře vahou polyproteinů odpovědných za nestrukturální proteiny.
-3HCV polyprotein obsahuje, od aminokonce- po karboxykonec, nukleokapsidový protein (C), obalový Drotein (E) a nestrukturální proteiny (NS) 1, 2 (b), 3, 4 (b) a 5.
HCV odlišných genotypů/mohou kodovat proteiny, které v
dávají změněnou odpověd imunitního systému hostitele. Může být obtížné detegovat HCV odlišných genotypů imunodiagnostickými technikami, které nejsou specifické pro tento genotyp.
Definice vybraných termínů použitých v přihlášce', jsou dále uvedeny pro usnadnění pochopení vynálezu. Termín “korespondující znamená homologní nebo komplementární k části sekvence nukleové kyseliny. Tak mezi nukleovými kyselinami a peptidy označuje - korespondující- aminokyseliny peptidu tak, aby byly odvozeny ze sekvencí nukleových kyselin nebo jejich komplementu.
Termín “nepřirozeněse vyskytující nukleové kyselina označuje část genomové nukleové kyseliny, cDNA, semisyntetickou nukleovou kyselinu nebo nukleovou kyselinu syntetického původu, která díky výhodě svého původu nebo zpracování: 1) není spojena s ..celou nukleovou kyselinou, se kterou je spojena přirozeně, 2) je navázána na nukleovou kyselinu nebo jiné chemické agens odlišné od toho, které je přirozené, nebo 3) se přirozeně nevyskytuje.
Podobný termín přirozeně se nevyskytující peptid označuje část v širokém rozsahu se vyskytujících peptidů nebo proteinů, nebo semisyntetických nebossyntetických peptidů, které díky svému původu nebo zpracování: 1) nejsou spojeny s celým peptidem, se kterým jsou spojeny přirozeně, 2) jsou navázány na peptidy, funkční skupiny nebo chemická agens jiná, než na která je navázán přirozeně nebo 3) se přirozeně nevyskytují.
-4Výraz přiměř označuje nukleovou kyselinu, která je schopna iniciace syntézy větší nukleové kyseliny, je-li umístěna do vhodných podmínek. Primer bude plně nebo částečně komplementární k oblasti nukleové kyseliny, která má být kopírována. Tak ze podmínek vedoucích k hybridizaci bude přiměř anelovat komplementární oblast větší nukleové kyseliny. Při přidání vhodných reaktantů je primer prodloužen polymeračním činidlem pro vytvoření kopie větší nukleové kyseliny.·
Výraz vazebné páry označuje jakýkoliv pár molekul, který vykazuje vzájemnou afinitu nebo vazebnou kapacitu.
Pro účely předložené přihlášky označuje výraz ligand jednu molekulu vazebného páru a termín antiligand nebo receptor” nebo cíl bude označovat opačnou molekulu vazebného páru. Například u nukleových kyselin může vazebný pár zahrnovat dvě komplementární nukleové kyseliny. Jedna nukleová kyselina může být označena jako ligand a druhý řetězec je označen jako antiligandový receptor nebo cíl. ^značení ligand nebo antiligand je věcí dohodnuté konvence. Jiný vazebný pár obsahuje například antigen a protilátku, léčiva a místa pro léčiva a enzym a enzymový substrát, které jsou zde uvedeny jako příklady.
Výraz značení označuje molekulovou skupinu schopnou detekce,která zahrnuje, ale není tím omezena, radioaktivní isotopy, enzymy, luminiscenční činidla, srážecí činidla a barviva.
Výraz nosič zahrnuje konvenční nosiče jako jsou filtry, membrány jakož i znovuzískatelné nosiče, které mohou být částečně rozpuštěny v mediu a odstraněny nebo odděleny z media imobilizací, filtrací, rozdělením a pod.
-5Výraz nosné prostředky označuje nosiče schopné spojení s nukleovými kyselinami, peptidy nebo protilátkami prostřednictvím vazebných partnerů nebo kovalentními nebo nekovalentními vazbami.
Bylo identifikováno mnoho HCV' kmenů a izolátů. Při srovnání se sekvencí originálního izolátu získaného z USA (HCV-1, viz Q.L.Choo a spol. (1989) Science 244:359-362, Q.L. Choo a spol. (1990) Brit.Med.Bull, 46:423-441, Q.L.
Choo a spol., Proč.Nati.Acad.Sci. 88:2451-2455 (1991 ) a EP-patentová publikace č. 318216 citovaný výše) bylo zjištěno, že japonský izolát (HCV' <J1) se významně lišil ve dvou nukleotidových a polypeptidových sekvencích’ uvnitř oblasti NS3 a NS4. Tento závěr byl dále rozšířen na NS5 a obalové (E1/S a E2/NS1) oblasti (viz K.Takeuchi a spol., J.GeniVirol.(1990) 71:3027-3033, Y.Kubo, Nucl.Acids. Res.(l989) 17:10367-10372 a K. Takeuchi a spol., Gene (1990) 91:287-291). První skupina izolátů, originálně identifikovaná v USA, je nazvána genotyp I podle uvedeného vysvětlení a pozdější skupinjt izolátů, prvně identifikovaná v Japonsku, je nazvána genotyp II.
Podstata vynálezu
Předložený vynález poskytuje kompozice, které obsahují nukleové kyseliny a peptidy, odpovídající HCV virovému genomu, který definují různé genotypy. Předkládaný vynález také poskytuje metody použití kompozic, odpovídajících sekvencím HCV virového genomu, které definují různé genotypy zde popsané.
A.Kompozice nukleových kyselin
Nukleové kyselina podle předloženého vynálezu, odpovídající HCV virovému genomu, který definuje různé genotypy, má využití jako sonda ve zkouškách hybridizace nukleo-6vých kyselin, jako přiměř pro reakce využívající syntézy nukleových kyselin, jako vazebný partner pro separaci HCV virové nukleové kyseliny z jiných složek, které mohou být přítomny a jako pozitivní nukleové kyselina pro zabránění transkripce nebo translace virové nukleové kyseliny ►
Jedním využitím vlastností kompozice podle předkládaného vynálezu zahrnuje přirozeně se nevyskytující nukv leovou kyselinu-, mající sekvenci alespoň osmi nukleotidů, odpovídajících non-HSV1 nukleotidové genomu hepatítida C viru. Výhodněji, nukleotidové sekvence je vybrána ze v
sekvence přítomné v alespoň jednom regionu z NS5 regionu, obalovém 1 regionu, 5*UT regionu a jádrovém regionu.
Výhodněji, s ohledem na sekvence?, které odpovídají'
NS5 regionu, je sekvence selektována ze sekvence uvnitř sekvence označené 2-22. Sekvence označená 1 odpovídá HCV-1. Sekvence 1-22 jsou definované v seznamu sekvencí přihlášky.
Výhodněji s ohledem na sekvence, odpovídající obalovému 1 regionu, je sekvence selektována ze sekvencí označených 24-32. Sekvence č.23 odpovídá HCV1- Sekvence číslované 23-32 jsou uvedeny v seznamu sekvecí přihlášky.
Výhodněji s ohledem· na sekvence, které odpovídají 5*UT oblastem je sekvence vybrána ze sekvencí, označených 34-51. Sekvence č. 33 odpovídá HCV-1. Sekvence č. 33-51 jsou uvedeny v seznamu sekvencí přihlášky.
Výhodně, vzhledem k sekvencím, které odpovídají jádrové oblasti, je sekvence vybrána ze sekvencí číslovaných 53-66· Sekvence č.52 odpovídá HCV-1. Sekvence 52-66 jsou uvedeny v seznamu sekvencí, který je součástí popisu.
Kompozice podle předkládaného vynálezu tvoří h.ybridizační produkty s nukleovou kyselinou, odpovídající odlišným genotypům HCV.
HCV má nejméně pět genotypů, které budou v této přihlášce označeny GI-GV. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třebaže genotyp GUI je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-47 a 65-66, Čtvrtý genotyp GIV,je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48-49. Pátý genotyp ,GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18,19,50 a 51.
Jedno provedení vlastností kompozic podle předkládaného vynálezu, zahrnuje nukleovou kyselinu, mající sekvenci, odpovídající jedné nebo více sekvencím, které dokládá genotyp HCV.
B. Metody formování hybridizačních produktů
Provedení· předkládaného vynálezu také poskytuje metody pro formování hybridizačních produktů s nukleovými kyselinami, majíc-ími sekvenci, odpovídající HCV nukleové kyselině. Jedna metoda zahrnuje kroky umístění přirozeně se nevyskytující nukleové kyseliny, mající non HCV-1 sekvenci, odpovídající HCV nukleové kyselině v podmínkách, ve kterých může docházet k hybridizaci. Přirozeně se nevyskytující nukleové kyselina je schopna formování hybridizačních produktů s HCV nukleovou kyselinou za hybridizačních podmínek. Metoda dále zahrnuje kroky vytvoření hybridizačních podmínek k formování hybridizačních produktů za přítomnosti' nukleové kyseliny, odpovídajících oblasti HCV genomu.
-8Tvorba hybridizačního produktu má využití pro detekci přítomnosti jednoho nebo více genotypů HCV. Výhodněji, při rozené se nevyskytující nukleová kyselina formuje hybridizační produkty s nukleovou kyselinou HCV v jedné nebo více oblastech, zahrnujících NS5 oblast, obalový 1 region, 5 *UT region a jaderný region.· K detekci hybridizačních produktů je výhodné spojit ne-přirozeně se vyskytující nukleovou kyselinu ze značením. Tvorba hybridizačního produktu je detegována oddělením hybridizačního produktu od značení přirozeně se nevyskytující nukleové kyseliny, která nevytvořila hybridizační produkt.
Tvorba hybridizačního produktu’ má využití ve způsobu separace jednoho nebo více genotypů HCV nukleové kyseliny od jiných potenciálně přítomných složek. Pro takovou aplikaci je vhodné spojit přirozeně se nevyskytující nukleovou kyselinu s nosičem pro separaci konečného hybridizačního produktu vd jiných složek.
“Sandwich assays nukleové kyseliny využívá jedné nukleové kyseliny spojené se značením a druhé nukleové kyseliny spojené s nosičem.Provedení sandwich assay podle vynálezu zahrnuje dvě nukleové kyseliny, obě mající sekvenci, která koresponduje s HCV nukleovou kyselinou; nicméně alespoň jedna přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, korespondující s non-HCV-1 HCV nukleovou kyselinou. Alespoň jedna nukleová kyselina je schopná spojeni se značením a jiná je schpna asociace s nosičem.
S nosičem spojená, přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina je použita pro separaci hybridizačních produktů, které zahrnují HCV nukleovou kyselinu a přirozeně se nevyskytující nukleovou kyselinu, mající non-HCV-1 sekvenci.
Jedno provedení předloženého vynálezu je způsob deťegování jednoho nebo více genotypů HCV. Metoda zahrnuje kroky umístění přirozeně se nevyskytující nukleové kyseliny do podmínek, ve kterých může docházet k hybridizací
-9Přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina je schopná tvorby hybridizačních produktů s nukleovou kyselinou z jednoho nebo více genotypů HCV. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1—6, 23-25, 33-38 a 52-5?. Druhý genotyp, GII, je doložen sekvencemi označenými 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp, GUI, je doložen, sekvencemi označenými 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp, GIV, je doložen příklady sekvencí, označených 20-22 a 29-31 . Pátý genotyp, GV, je doložen příklady sekvencí, označených 18,19,50 a 51.
Hybridizační produkt HCV nukleové kyseliny s přirozeně se nevyskytující nukleovou kyselinou, mající non-HCV-1 sekvenci, korespondující sekvencím v HCV genomu,je využitelný pro priming reakci pro syntézu nukleové kyseliny.
Hybridizační produkt HCV nukleové kyseliny s přirozeně se nevyskytující nukleovou kyselinou, mající sekvenci, korespondující k jednotlivým genotypůqi HCV, je využitelný pro priming reakci pro syntézu nukleové kyseliny takového genotypu. V jednom provedení je syntetizovaná nukleová kyselina indikativní pro přítomnost jednoho nebo více genotypů HCV.
Syntéza nukleové kyseliny může také usnadňovat klonování nukleové kyseliny do expresních vektorů, které syntetizují virové proteiny.
Provedení předkládaných metod mají použití jako antisense agens pro zabránění transkripci nebo translaci virové nukleové kyseliny. Tvorba hybridizačních produktů přirozeně se nevyskytující nukleové kyseliny, mající sekvence, které korespondují s jednotlivými genotypy HCV genomického sekvenování s HCV nukleo*vou kyselinou může bio-10kovať translaci nebo transkripci takového genotypu. Terapeutické agens může být konstruováno tak, aby zahrnovalo všech pět genotypů.
G. Peptidová a protilátková kompozice
Další provedení vynálezu zahrnuje kompozici, obsahující přirozeně se nevyskytující peptid o třech nebo více aminokyselinách, odpovídajících nukleové kyselině, mající non-HCV-1 sekvenci. Výhodněji, non-HCV-1 sekvence, odpovídající sekvenci v jednom nebo více regionech z NS5 regionu, obalovému 1 regionu, 5*UT regionu a jadernému regionu.
Výhodně, s ohledem· na peptidy, korespondující s nukleovou kyselinou, mající non-HCV-1 sekvenci NS5 regionu, je sekvence uvnitř oblasti označena 2-22. Sekvence označená 1 odpovídá HCV-1. Sekvence číslované 1-22 jsou uvedeny v seznamu sekvenci.
Výhodně, s ohledem na peptidy, odpovídající nukleové kyselině, mající non-HCV-1 sekvenci obalového 1 regionu, je sekvence mezi. sekvencemi označenými 24-32. Sekvence označená 23 odpovídá HCV-1. Sekvence označené' 23-32 jsou uvedeny v seznamu sekvencí.
Výhodně, s ohledem na peptidy, odpovídající nukleové kyselině, mající non-HCV-1 sekvenci řízenou jaderným regionem, je sekvence mezi sekvencemi, označenými 53-66. Sekvence, označená 52 odpovídá HCV-1 . Sekvence označené 52-66 jsou uvedeny v seznamu sekvencí.
Další provedení předloženého vynálezu zahrnuje peptidové kompozice, odpovídající sekvencím nukleové kyseliny genotypu HCV. První genotyp, Gl, představují příklady sekvencí číslovaných 1-6, 23-25, 33-3θ θ 52-57. Druhý
-1 1genotyp, GII, je představen příklady sekvencí číslovaných 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp, GUI, je představen příklady sekvencí číslovaných 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp, GIV, je představen příklady sekvencí číslovaných 20-22, 29-31, 48 a 49· Pátý genotyp, GV, je představen příklady sekvencí číslovaných 18, 19, 50 a 51.
Přirozeně se nevyskytující peptidy podle předloženého vynálezu, jsou užitečné jako komponenty vakciny. Informace o sekvenci v předkládaném vynálezu dovolují tvorbu vakcin, které zahrnují všechny nebo některé z různých genotypů HCV. Namíření vakciny proti jednotlivým genotypům dovoluje profylaktickou léčbu směrovanou k maximalizaci ochrany vůči těmto předpokládaným agens. Namíření vakciny k více než jednomu genotypu dovoluje větší rozsah účinaosti vakciny.
«I» peptidové kompozice jsou také užitečné pro tvorbu specifických protilátek pro HCV proteiny. V jednom provedení kompozice podle předloženého vynálezu, tato obsahuje protilátku proti peptidům, odpovídajícím non-HCV-1 sekvenci.HCV genomu. Výhodněji non-HCV-1 sekvence je vybrána ze sekvence v regionu, obsahujícím NS5 region, obalový 1 region a jaderný region. Nejsou zde žádné peptidy spojené s netranslatovanou 5 *UT oblastí.
Výhodně, s ohledem na protilátky proti peptidům NS5 regionu, peptid odpovídá sekvenci ze sekvencí číslovaných 2-22. Výhodně, s ohledem na protilátky proti peptiům, odpovídajícím obalové 1 oblasti, odpovídá peptid sekvenci ze sekvencí číslovaných 24-32. Výhodně, vzhledem k protilátkám proti peptidům, odpovídajícím jádrovému regionu, odpovídá peptid sekvenci ze sekvencí číslovaných 53-66.
-12Protilátky proti peptidům, které reflektují jednotlivý genotyp, jsou využitelné pro detekci takových genotypů HCV a jako terapeutická agens.
Jedním aspektem předloženého vynálezu je protilátka proti peptidu, odpovídajícímu nukleové kyselině, mající sekvence jednotlivého genotypu. Prvý genotyp, GI, je představen příklady sekvencí číslovaných 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je představen příklady sekvencí číslovaných 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp, GUI, je představen sekvencemi číslovanými 13-17, 32, 46-47 a 65-663 Čtvrtý genotyp, GIV, je představen příklady sekvencí číslovaných 20-22, 29-31, 48 a 49. Pátý genotyp, GV, je představen příklady sekvencí číslovaných 18,19,50 a 51.
Odborníkům v oboru bude zřejmé, že kompozice podle předloženého vynálezu mohou být zabaleny s instrukcemi pro použití ve formě kitů pro provedení hybridizace nukleových kyselini nebo imunochemické reakce.
Předložený vynález je dále popsán, následujícími obrázky, které ilustrují sekvence demonstrující genotypy HCV. Sekvence jsou číslovány 1-145,kde číslování a sekvence jsou stejné s číslováním a sekvencemi v Seznamu sekvencí. Sekvence 146 a 147 umožňují diskusi o zkoušce, že číslování a sekvence jsou v souladu s číslováním a sekvencemi uvedenými v Seznamu sekvencí.
Popis obrázků na připojených výkresech
Obr.1 představuje schematicky genetické uspořádání HCV,
Obr.2 představuje sekvence nukleových kyselin číslované
-131-22, které jsou získány z NS5 regionu HCV virového genomu, obr.3 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 23-32, které jsou odvozeny od obalového 1 regionu HCV virového genomu, obr..4 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 33-51, které jsou odvozeny od 5*UT regionu HCV virového genomu a obr.5 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 52-66, odvozené od' jádrového regionu HCV virového genomu.
Seznam sekvencí zahrnuje sekvence číslované 1-147.
Předložený vynález, bude detailněji popsán jako nukleová kyselina, mající sekvence, odpovídající HCV genomu a jí se týkajících peptidů a vazebných partnerů, pro diagnostické a terapeutické aplikace.
Provedení předkládaného vynálezu využívá, pokuď není uvedeno jinak, konvenčních technik chemie, molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinantní DNA a imunologie, které jsou známé v oboru, fakové techniky jsou plně vysvětleny v literatuře. Viz: např. ^niatis, Fitsch and Sambrookr, Molecular Cloning; A Laboratory Manual (1982);
DNA Cloning Vol.I a II (D.N.Clover vyd.1985), Oligohucleotide Synthesis (M.J.Gait vyd., 1984), Nucleic Acid Hybridization (B.D.Hames a S.J.Higgins vyd., 1984), serie, Methods in Enzymology (Academie* Press, Inc.), zejména Vol.154 a Vol. 155 (Wu a Grossman, vyď.).
cDNA knihovny jsou odvozeny ze sekvencí nukleové kyseliny přítomné v plasmě HCV-infikovaných šimpanzů. Vytvoření těchto knihoven!, konstrukce jedné z nich, c knihovna (ATCC č. 40394), je popsáno v PCT pub.č. W090/14436. Sekven-14ce knihovny relevantní k předkládanému vynálezu jsou zde uvedeny pod sekvencemi číslo 1,23,33 a 52.
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s rysy předkládaného vynálezu jsou využitelné například, ale neznamená to omezení, jako sondy, primery, anti-sense” geny- a pro vývoj expresních systémů pro syntézu peptidů, odpovídajících takovým sekvencím.
Popsané sekvence nukleové kyseliny definují genotypy HCV s ohledem· na čtyři oblasti virového genomu. Obr. 1 znázorňuje schematicky uspořádání HCV. Čtyři jednotlivé regiony jsou NS5 region, obalový 1 region, 5'UT region a jaděrný region.
Sekvencemi danými v předložené přihlášce jsou sekvence označené 1-22, potvrzujícími alespoň pět genotypů v NS5 regionu. Sekvence, označené 1-22 jsou zobrazeny na obr.2 jakož i v seznamu sekvencí. Každá ze sekvencí, označených 1-22 je odvozena z nukleové kyseliny, mající 340 nukleotidů z NS5 regionu.
Pět genotypů je definováno seskupeními sekvencí definovaných sekvencemi číslovanými 1-22. Podle dohody budou v této přihlášce různé genotypy označovány římskými číslicemi a písmenem ”G.
První genotyp (GI) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 1-6. Druhý genotyp <GII) je exemplifokován· v sekvencích, číslovaných 7-12. Třetí genotyp (GUI) je exemplif ikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 13-17· Čtvrtý genotyp (GIV) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 20-22. Pátý genotyp (GV) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 18 a 19.
-15Sekvence uvedené v předkládané přihlášce jako sekvence Číslované 23-32 napovídají o alespoň čtyřech genotypech v obalovém Γ regionu HCV. Sekvence označené 23-32 jsou znázorněny na obr.3 jakož i v seznamu sekvencí. Každá ze sekvencí číslovaných 23-32 je odvozena od nukleové kyseliny, mající 100 nukleotidů z obalového 1 regionu.
První skupina obalového 1 genotypu (GI) je exemplifikována sekvencemi ze sekvencí číslovaných 23-25. Druhý obalový 1 genotypový ÍGII) region je- exemplifokován sekvencemi ze sekvencí označených 26-28. Třetí obalový 1 genotyp (GUI) je doložen příkladem sekvencí ze sekvencí označených 32. Čtvrtý obalový 1 genotyp (GIV) je doložen příklady sekvencí ze sekvencí označených 29-31.
Sekvence uvedené v předkládanémzvynálezu jako sekvence označené 33-51 vypovídají o alespoň třech genotypech v 5*UT oblasti HCV. Sekvence označené 33-51 jsou zobrazeny na obr.4 jakož i v seznamu sekvencí. Každá sekvence označená 33-51 je odvozena z nukleové kyseliny, mající 252 nukleotidů z 5*UT oblasti, i když sekvence 50 a 51 jsou o něco kratší- přibližně 180 nukleotidů.
První 5*UT genotyp (GI) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 33-38. Druhý genotyp (GII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 39-45. Třetí 5*CT genotyp (GUI) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 46-47. Čtvrtý 5*UT genotyp je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 48 a 49. Pátý 5*UT genotyp (GV) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 50-51.
Sekvence označené 48-62 vypovídají o alespoň třech jaderných genotypech v oblasti HCV. Sekvence označené 52-66 jsou znázorněny na obr. 5 jakož jsou i uvedeny v seznamu sekvencí .
-16První genotyp jaderné oblasti (GI) je exemplifikován sekvencemi ze sekvencí, označených 52-57. Druhý genotyp jaderné oblasti (GII) je exemplifikován sekvencemi ze sekvencí označených 58-64. Třetí genotyp jaderné oblasti (GUI) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 65-66. Sekvence 52-65 jsou složeny z 549 nukleotidů. Sekvence 66 je složena z 510 nukleotidů.
Různé genotypy popsané s ohledem na každou oblast, jsou shodné. Tak HCV, mající vlastnosti prvního genotypu s ohledem na oblast NS5, bude důsledně vyhovovat vlastnostem prvního genotypu v obalovém 1 regionu, 5*UT regionu a jaderném regionu.
Nukleová kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu se sekvencemi danými v sekvencích, 1-66, jeou vhodné jako primery, záchytné ligandy a anti-sense agens. Jako proby, primery, záchytné ligandy nebo anti-sense agens, bude nukleová kyselina normálně zahrnovat přibližně os·, nebo více nukleotidů pro specifiku i pro schopnost formace stabilních hybridizačních produktů.
Sondy (proby)
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencí, definující jednotlivý genotyp oblasti HCV genomu, může být využita jako sonda pro detekci takového genotypu, nebo užita v kombinaci s jinými sondami z nukleových kyselin k detekci v podstatě všech genotypů HCV.
Pomocí informací o sekvencích uvedených v tomto popise?, jsou identifikovány sekvence osmi nebo více nukleotidů, které poskytují požadovanou vlastnost a výlučnost vzhledem k různým genotypům v HCV a nepatřičným sekvencím nukleových kyselin, vznikajících pravděDOdobně během hybridizačních podmínek.
-17Odborníkům bude zřejmé, že sekvence nukleové kyseliny mohou být - při jejich využití jako sond - opatřeny značením pro usnadnění detekce hybridizačních produktů.
Záchytné ligandy
Pro použití jako záchytný ligand mohou nukleové kyseliny vybrané způsobem popsaným výše u sond, snadno asociovat s nosičem. Způsob, kterým je nukleová kyselina asociována s nosiči je dobře znám. Nukleová kyselina, mající sekvenci, odpovídající sekvenci ze sekvencí označených 1-66', je využitelná k separaci virové nukleové kyseliny jednoho genotypu z nukleové kyseliny HCV různých genotypů. Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi ze sekvencí, označených 1-66, použitá v kombinacích, má schopnost vychytat v podstatě všechnu nukleovou kyselinu všech HCV genotypů.
Primery
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi zde popsanými, je využitelná jako přiměř pro amplifikaci HCV sekvencí. S ohledem na techniky polymerázové řetězové reakce (PCR), sekvence nukleové kyseliny o osmi nebo více nukleotidech, odpovídající jedné nebo více sekvencím ze sekvencí, označených
1-66 mají využití ve spojení se vhodnými enzymy a činidly, pro vytvoření kopií virové nukleové kyseliny. Pro vytvoření kopií virové nukleové kyseliny takových genotypů může být použito mnoho příměrů, majících různé sekvence, odpovídající více než jednomu genotypu.
-18Kopie mohou být použity v diagnostických zkouškách detekce HCV“ viru. Kopie mohou být také zabudovány do vektorů pro klonování a expresi pro získání polypeptidů, odpovídajících nukleové kyselině syntetizované pomocí PCR, jak bude dále podrobněji, popsáno.
Anti-sense
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi, které jsou zde popsány, má využitelnost jako anti-sense-geny pro prevenci exprese HCV.
Nukleová kyselina, odpovídající genotypu HCV je vložena do vhodného nosiče jako je liposom pro zavedení do buňky infikované HCV. Nukleová kyselina, mající osm nebo více nukleotidů je schopna vazby k virové nukleové kyselině nebo virové messenger-RNA. Výhodně je anti-sense nukleová kyselina tvořena 30 nebo více nukleotidy pro poskytnutí nezbytné stability hybridizačního produktu: virové nukleové kyseliny nebo virové messenger-kyseliny*. Způsoby vložení anti-sense nukleové kyseliny jsou v oboru známé - např. US patent 4241046 vydaný 23.prosince 1980, Papahadjopoulos a spol.
Syntéza peptidů
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu s výše popsanými sekvemcemi je vhodná pro generování peptidů. Sekvence exemplifikované sekvencemi číslovanými
1-32 a 52-66 mohou být klonovány do vhodných vektorů nebo použity pro izolaci nukleové kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina se spojí se vhodnými DNA linkery a klonuje se do vhodného vektoru. Vektor může být použit pro transformaci vhodného hostitelského organismu jako je E.coli a pep
-19tid, kočovaný sekvencemi může být izolován.
Techniky molekulového klonování jsou popsány v textu Molecular Cloning: A Laborator.y ^anual, uíaniatis a spol Coldspring Harbor Laboratory (1982).
Izolovaný peptid má použití jako antigenní substance pro přípravu vakcin a protilátek řízených k jednotlivému genotypu HCV.
Vakcíny a protilátky
Peptidové materiály podle předloženého vynálezu mají použití při vývoji protilátek a vakcin.
Dostupnost cDNA sekvencí nebo nukleotidových sekvencí z nich získaných (zahrnujících segmenty a modifikaci sekvence), umožňuje konstrukci expresních vektorů, kodu1jících antigenně' aktivní oblasti peptidu· kódovaného v jednom ze dvou řetězců. Antigenně aktivní regiony mohou být odvozeny z NS5 regionu, obalového 1 regionu a jaderného regionu.
Fragmenty kódující požadované peptidy jsou získány z cDNA klonů za použití běžných restrikčních štěpení nebo syntetickými metodami a jsou ligovány do vektorů, které mohou, napříklaď, obsahovat části fuzních sekvencí jako je beta-galaktosidása nebo superoxid-dismutása (SOD), výhodně SOD. Způsoby a vektory, které jsou vhodné pro přípravu polypeptidů, které obsahují fusní sekvence SOD jsou popsány v evropské patentové publikací číslo 0196056, publikované 1.října 1986.
-20Jakákoliv požadovaná část HCV cDNA, obsahující otevřený čtecí rámeček, v jednom nebo druhém negativním DNA řetězci, může být získán*jako rekombinantní peptid, jako je zralý nebo fuzní protein; alternativně, peptid kódovaný v cDNA může být získán chemickými syntézami.
DNA kódující požadovaný peptid', at ve fúzované nebo zralé formě a at obsahující nebo neobsahující signální sekvenci pro umožnění sekrece, může být ligován do vektorů pro expresi, vhodných pro jakéhokoliv? obvyklého· hostitele. ^ak- eukaryotické tak prokar.yotické hostitelské systémy se v současnosti používají při tvorbě rekombinantních peptidů. Peptid se potom izoluje' z lyžovaných buněk- nebo z kultivačního media a čistí se podle toho, jak to vyžaduje jeho zamýšlené použití. Čištění může být prováděno technikami známými v oboru;, například diferenciální extrakcí, solnou frakcionací, chromatografií na iontovýměnných pryskyřicích:, afinitní chromatograf ií, a podobně. Viz např. Methods in Enzymology for a variety of methods? for purifying proteins. Takové peptidy mohou být použity jako diagnostika, nebo ty, které poskytují zvýšení neutralizace protilátek,, mohou být formulovány do vakcin. Protilátky zvýšené proti těmto peptidům mohou být také použity jako diagnostika, nebo pro pasivní imunoterapii nebo pro izolaci nebo pro izolaci a identifikaci HCV.
Antigenní region peptidu je obecně relativně malý typicky 8 až 10 aminokyselin nebo méně. Tak malé fragmenty jako 5 aminokyselin mohou charakterizovat antigenní region. Tyto segmenty mohou odpovídat NS5 regionu, obalo-21vému 1 regionu a jádrovému regionu HOV genomu. 5 *UT region není ještě známo translatovat. V souladu s tím, použitím cDNA takových regionů, DNA kódující krátké segmenty HGV peptidů, odpovídajících takovým regionům·, mohou být rekombinantně exprimovány buá jako fuzní proteiny, nebo jako izolované peptidy. Dále krátké aminokyselinové sekvence mohou být obvykle získány chemickou syntézou. V případech, kde syntetizovaný peptid je správně konfigurován, takže poskytuje správný epitop, ale je příliš malý, aby byl imunogenní, může být peptiď připojen ke vhodnému nosiči.
Pro získání takového· spojení je známo mnoho technik v oboru, zahrnujících tvorbu disulfidového spojení za použití N-sukcinimidyl-3-(2-pyridylthio)propionátu (SPDP) a sukcinimiďyl-4-(N-maleimido-methyl)cyklohexan-1-karboxylátu (SMCC), získaného oď Pierce Company, Rockford, Illinois (jestliže peptidu chybí sulfhydrylová skupina, může tato být poskytnuta přídavkem cysteinového zbytku), ^ato činidla vytvořejl disulfidové spojení mezi sebou a peptidov/mi c.ys teinovými zbytky na jednom proteinu a amido vé spojení přes epsilon-amino na lysinu, nnebo jiné volné aminoskupině jinde. Je známo mnoho činidel, tvořících disulf id/amiď1. Viz například Immun Rev. (1982)62:185.
Jiná bifunkční kopulační činidla tvoří thioether spíše než disulfidové spojení. Mnoho z těchto thioether tvořících činidel je komerčně dostupných a zahrnuje reaktivní estery kyseliny 6-maleimidokapronové, 2-bromoctové, 2-jodoctové, 4-N-maleimido-methyl)cyklohexan-1-karboxylové a podobně. Karboxylové skupiny mohou být aktivovány kombinací se sukcinimidem nebo sodnou solí kyseliny 1-hyaroxyl-2-nitro-4-sulfonové. Další metody kopulace antigenů využívají systém rotavirus/”vazebný peptid” popsaný v?
EPO pub.č. 259149, který je zde uváděn jako odkaz.. Přeď1cházející seznam· není míněn jako omezující a zcela zřejmě mohou být použity modifikace uvedených sloučenih.
-22Milže být použit jakýkoliv: nosič, který sám neindukuje produkci protilátek, které jsou škodlivé hostiteli. Vhodnými nosiči jsou typicky velké, pomalu metabolizující makromolekuly jako jsou proteiny; polysacharidy jako je latexem funkcionalizovaná Sepharose, agaroza, celulóza, celulozové perličky a podobně; polymerní aminokyseliny jako je polyglutamová kyselina, pólylysin a podobně; aminokyselinové kopolymery a inaktivní virové částice. Zvláště vhodnými proteinovými substráty jsou sérové albuminy, klíčovou dírkou procházející hemocyanin, imunoglobulinové molekuly, thyroglobulin, ovalbumin, tetanový toxoiď a jiné proteiny dobře známé v oboru odborníkům.
Peptidy, obsahující HCV aminokyselinové sekvence, v
kódující alespoň jeden, virový epitop získaný z NS5, obalové 1 a jaderné oblasti, jsou vhodné jako imunologická činidla. 5*UT region', pokud je známo, nebyl translatován:. Například, peptidy, obsahující takové zkrácené sekvence, mohou být použity jako Činidla v: imunozkouškóch. ^yto peptidy jsou: také kandidáty pod jednotek antigenů v: přípravcích pro přípravu antiséra nebo vakcin. I když zkrácené sekvence mohou být produkovány mnoha různými známými zpracováními nativního virového proteinu, je obecně preferováno připravení syntetických nebo rekombinantních peptidů, obsahujících HCV sekvence. Peptidy, obsahující tyto zkrácené sekvence mohou být připraveny z celých HCV sekvencí (jeden nebo více epitopú, buď sousedících nebo nesousedících), nebo HCV sekvencí a heterologních sekvencí ve fuzním proteinu. Vhodné heterologní sekvence zahrnují sekvence, které poskytují sekreci u rekombinantního hostitele, zvyšují imunologickou reaktivitu HCV epitopuO), nebo usnadňují kopulaci polypeptidů na podklad pro imunozkoušku nebo vakcinový nosič. Viz např. EPO pub.č. 116201, US patent č. 4722840, EPO pub.č. 259149, US patent Č. 4629783.
-23Velikosť peptidů, obsahujících zeslabené HCV sekvence se může měnit v širokém rozsahu s tím, že minimální velikost sekvence je velikost dostačující pro poskytnutí HCV epitopu, přičemž maximální velikost není podstatná. Obvykle není maximální velikost podstatně větší než velikost požadovaná pro poskytnutí žádoucího HCV epitopu a funkce (í) heterologní sekvence, jsou-li nějaké'. Typicky budou mít zkrácené HCV aminokyselinové sekvence délku v rozmezí od asi 5 do asi 100 aminokyselin. Typičtěji bude HCV aminokyselinová sekvence mít maximální délku asi 5Q aminokyselin, výhodně maximálně asi 30 aminokyselin. Je obvykle žádoucí zvolit HCV sekvence o alespoň asi 10,12 nebo 15 aminokyselinách, až do maxima asi 20 neb.o 25 aminokyselin.
HCV aminokyselinové sekvence, obsahující epitopy, mohou být identifikovány mnoha způsoby. Například celá proteinová sekvence, odpovídající každému z NS5, obalovému 1 a jadernému regionu, může být screenována přípravou serie krátkých peptidů, které spolu překlenují celou proteinovou sekvenci takových regionů. Jestliže se vychází například z peptidů o přibližně 100 aminokyselinách, mělo by být rutinou testovat každý peptid na přítomnost epitopu(ů), vykazujících požadovanou reaktivitu a potom postupně testovat menší a přesahující fragmenty z identifikovaných peptidů o 100 aminokyselinách pro zmapování epitopu, který je středem zájmu. Screening takových peptidů v imunozkoušce je odborníkovi zřejmý. Rovněž je známé provádění počítačové analýzy proteinové sekvence pro identifikaci potenciálních epitopů a potom příprava peptidů, obsahujících identifikované regiony pro screening.
Imunogenicita epitopů HCV může být také zvýšena jejich přípravou v savčích nebo kvasinkových systémech fúzovaných nebo uspořádaných s proteiny tvořícími částice jako jsou například ty, které jsou spojeny s povrchovým antigenem
-24hepatitidy B. Vizi. např. US 4722840. Konstrukty, kde HCV epitop je připojen přímo k sekvencím, kódujícím protein, tvořící částice, produkují hybridy, které jsou imunogenní vzhledem k HCV epitopu. Dále všechny připravené vektory zahrnují epitopy specifické k HBV, mající různé stupně imunogenicity, jako je například pre-S peptidi. Částice konstruované z proteinu, tvořícího částice, které zahrnují HCV sekvence, jsou imunogenní vzhledem k HCV a HBV.
Povrchový antigen hepatitidy (HBSAg) byl vytvořen a uspořádán do částic v S.cerevisiae (P.Valenzuela a spol., (1982)) jakož i například, savčích buněk (P.Valenzuella a spol, 1984)). Tvorba takových částic byla shledána jako zvyšující imunogenicitu monomerové podjednotky. Konstrukty mohou také obsahovat imunodominantní epitop HBSAg, obsahující 55 aminokyselin z prepovrchové oblasti (pre-S). Neurath a spol. (1984). Konstrukty pre-S-HBSAg částice exprimující v kvasince jsou popsány v EPO 174444, publikované 19.března 1986; hybridy, obsahující heterologní virové sekvence pro kvasinkovou expresi jsou popsány v EPO 175261, publikované 26.března 1966. Tyto konstrukty mohou být také exprimovány v savčích buňkách jako jsou v
buňky vaječníků čínského křečka (CHO) za použití vektoru SV40-dihydrofolát reduktása (Michelle a spol.(1984)).
Dále, části sekvence kódující částice tvořící protein mohou být nahrazeny kodony, kódujícími HCV epitop. V tomto nahrazení regiony, které nejsou vyžadovány pro zprostřed kování agregace jednotek pro tvorbu imunogenních částic v kvasinkách savců mohou být vypuštěny. Takto se eliminují další HBV antigenní místa z soupeření s HCV epitopem.
Vakciny
Vakciny mohou být připraveny z jednoho nebo více imu-25nogenních peptidů získaných z HCV. Pozorovaná homologie mezi HCV a Flaviviry poskytuje informaci o peptidech, které jsou pravděpodobně nejúčinnější jako vakciny, jakož i regiony genomu, ve kterém jsou kódovány.
wiultivalentní vakciny proti HCV mohou obsahovat jeden, nebo více epitopů z jednoho nebo více proteinů získaných z NS5, obalového 1 a jádrového regionu. Výhodně jsou vakciny zamýšleny tak, že obsahují jeden nebo více HCV proteinů nebo podjednotek antigenů získaných z NS5, obalového 1 a jádrového regionu. 5*DT region, pokud je známo, nebyl translatován.
Příprava vakcin, které obsahují imunogenní peptid jako aktivní složku, je známá odborníkům v oboru. Typicky se takové vakciny připraví jako injektovatelné přípravky, v
bud jako kapalné roztoky neno suspenze; pevné formy vhodné pro rozpuštěni nebo suspendaci v kapalině pro přípravu injekce, mohou být rovněž připraveny. Přípravky mohou být také emulgovány nebo protein může být enkapsulován v liposomech. Aktivní imunogenní ingredience se často smísí s přísadami, které jsou farmaceuticky přijatelné a kompatibilní s aktivní složkou. Vhodnými přísadami jsou například voda, salinický roztok, dextroza, glycerol, ethanol a podobně a jejich kombinace. Dále, je-li to žádoucí, může vakcina obsahovat malá množství pomocných látek jako jsou smáčecí nebo emulgační činidla, ph pufrující činidla a/nebo přísady, které zvyšují účinnost vakciny. Příklady přísad, které mohou být účinné zahrnují, ale nejsou na ně omezeny: hydroxid hlinitý, w-acet.yl-muramyl-L-theron.yl-D isoglutamin (thr-MDP), w-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-Disoglutamin (CGP 11637, označený jako nor-MDP), N-acetylmuramyl-h-alanyl-D-isoglutaminyl-h-alanin-2-(1- 2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfosforyloxy)-ethylamin (CGP. 19835A, označený jako iviTP-PE) a R13I, který obsahuje tři složky extrahované z bakterií, monofosforyl lipid A, trehalose dimykolát a skelet buněčné stěny (MPL+TDM+CWS) ve
-262% squalen/Tween 80 emulzi, účinnost přísady múze být stanovena měřením množství protilátek řízených proti imunogennímu peptidu, obsahujícímu nCV antigenní sekvenci, vzniklých z podání takového peptidu ve vakcinách, které také obsahují různé přísady.
Vakciny se obvykle podávají parenterálně, injekcemi, například bud subkutánně nebo intramuskulárně. Další přípravky, které jsou vhodné pro jiný způsob podání zahrnují čípky a v některých případech, orální přípravky. Pro čípky mohou být použity tradiční pojivá a nosiče, například polyalkylenglykoly nebo triglyceridý; takové čípky mohou být vytvořeny ze směsí, obsahujících aktivní složku v rozmezí 0/5 % až 10 %, výhodně 1 % až 2 %. Orální přípravky zahrnují takové normálně používané přísady jako jsou například' farmaceuticky čistý mannitol, laktoza, 'škrob, stearát hořečnatý, sodná sůl sacharinu, celulóza, uhličitam hořečnatý a podobně.
Dále uvedené příklady jsou uvedeny pro ilustraci a v žádném případě nejsou míněny jako omezující rozsah předloženého vynálezu.
Příklady provedení vynálezu
I. Detekce HCV RNA ze séra
RNA byla extrahována ze séra za použití guanidiniové soli, fenolu a chloroformu podle instrukcí výrobce, připojených ke kitu; (RNAzol^ B kit, Cinna/Biotecx). Extrahovaná RNA byla srážena isopropanolem a promyta ethanolem. Pro izolaci RNA bylo zpracováno celkem 25 /ul séra a purifikovaná RNA byla resuspendována v 5 /ul diethylpyrokarbonátu zpracovaného vodou pro následující syntézu cDNA.
-2 7II. cDNA syntéza a amplifikace polymerásovou řetězcovou reakcí (PCR)
Tabulka 1 uvádí sekvence a polohy (s odkazem k HCV1 ) všech PCR příměrů a sond, použitých: v těchto příkladech. Písmena, označující nukleotidy, jsou v souladu s 37 C.F.R. par. 1 .821-1 .825· Písmena A,CrG,T a U jsou použita řádně pro adenin, cytosin, guanin, thymin a uráčil. Písmeno M znamená A nebo C, R znamená A nebo G, w znamená A nebo T/U, znamená C nebo G, Y znamená C nebo T/U, K znamená G nebo T/U, V znamená A nebo C nebo G, ne T/U, H znamená A nebo C nebo T/U, ne G, D znamená A nebo G nebo T/U, ne C, znamená C nebo G nebo T/U, ne A, W znamená (A nebo C nebo G nebo T/u) nebo (neznámé nebo jiné). Tabulka 1 je uvedena dále.
Tabulka 1
Sekv.č. sekvence (5'- 3') poloha nukleotidu
| 67 | CAAACGTAACACCAACCGRCGCCCACAGG | 374-402 |
| 68 | ACAGAYCCGCAKAGRTCCCCCACG | 1192-1169 |
| 69 | GCAACCTCGAGGTAGACGTCAGCCTATCCC | 509-538 |
| 70 | GCAACCTCGTGGAAGGCGACAACCTATCCC | 509-538 |
| 71 | GTCACCAATGATTGCCCTAACTCGAGTATT | 948-977 |
| 72 | GTCACGAACGACTGCTCCAACTCAAG | 948-973 |
| 73 | TGGACATGATCGCTGGWGCYCACTGGGG | 1375-1402 |
| 74 | TGGAYATGGTGGYGGGGGCYCACTGGGG | 1375-1402 |
| 75 | ATGATGAACTGGTCVCCYAC | 1308-1327 |
| 76 | ACCTTVGCCCAGTTSCCCRCCATGGA | 1453-1428 |
| 77 | AACCCACTCTATGYCCGGYCAT | 205-226 |
| 78 | GAATCGCTGGGGTGACCG | 171-188 |
| 79 | CCATGAATCACTCCCCTGTGAGGAACTA | 30-57 |
| 80 | TTGCGGGGGCACGCCCAA | 244-227 |
-28Pro cDNA syntézu a PCR amplifikaci byl použit protokol p
vyvinutý u Perkin-Elmer/Cetus (GeneAmp RNA PCR kit). Jak náhodný hexamer tak primery se specifickými komplementárními sekvencemi k HCV byly použity pro podnícení reakce reverzní transkripce (RT). Všechny procesy, s výjimkou přidání a smísení reakčních složek, byly prováděny v termálním cyklovači (MJ Research, lne.). heakce syntézy prvního řetězce cDNA byla inaktivována 5 minut při 99 °G a pak ochlazena na 50 °C na 5 minut před přídavkem složek pro následující amplifikaci. Po počátečních 5 cyklech při 97 °C po 1 minutu, následuje 50 °o po 2 min_,a 72 °u po 3 min, 30 cyklech při 94 °C po 1 min, 55 po 2 min a 72 °C po 3 min a pak konečných 7 minut prodlužování při 72 °C.
Pro genotypovou analýzu' byly použity sekvence 67 a 68 jako primery v PCR reakci. xyto primery amplifikují segment, odpovídající jadernému a obalovému regionu. Po amplifikaci se reakční produkty oddělí na agarosovém gelu a pak se přenesou na nylonovou membránu, lmobilizované reakční produkty se ponechají hybridizovat se 3^P-značenou nukleovou kyselinou, odpovídající buď genotypu I (jádro nebo obal 1) nebo genotypu II (jádro nebo obal 1). Nukleová kyselina, odpovídající genotypu 1 obsahuje sekvence číslované 69 (jádro), 71 (obal) a 73 (obal). Nukleová kyselina, odpovídající genotypu II obsahují sekvence číslované 70 (jádro), 72 (obal) a 74 (obal).
Sondy genotypu I pouze hybridizují k produktu amplifikovanému z izolátů, které měly sekvence genotypu I. Podobně sondy genotypu II pouze hybridizují k produktu amplifikovanému z izolátů, které měly sekvence genotypu II.
-29V dalším pokuse byly PCR produkty generovány za použití sekvencí 79 a 80. Produkty byly analyzovány jak je popsáno výše s tím rozdílem, že sekvence č. 73 byla použita pro detegování genotypu I, sekvence č.74 byla použita pro detegování genotypu H, sekvence č. 77 (5*UT) byla použita pro detegování genotypu III a sekvence č. 78 (5*UT) byla použita pro detegování genotypu IV. Každá sekvence hybridizuje v genotypu specifickým způsobem.
III. -Detekce HCV GI-GIV za použití sendvičové hybridizační zkoušky pro HCV RNA
V tomto příkladu je popsáno provedení sendvičové hybridizační zkoušky amplifikované roztokové fáze nukleové kyseliny. Provedení zkoušky využívá několika sond nukleo vé kyseliny pro uskutečnění zachacení a detekce. Záchytná sonda nukleové kyseliny je schopna spojení komplementární sondy navázané na pevný nosič a HCV nukleové kyseliny pro uskutečnění zachycení. -Detekční sonda nukleové kyselina má první segment (A), který se váže k HCV nukleové kyselině a druhý segment (.3), který hybridizuje ke druhé amplifikované nukleové kyselině. Amplifikované mukleová kyselina má první segment (Bx), který hybridizuje k segmentu (B) sondy nukleové kyseliny a také obsahuje patnáct opakování segmentu (C). Segment G amplifikované nukleové kyseliny je schopen hybridizovat ke třem značeným nukleovým kyselinám.
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím obalového 1 genu skupiny 1 HCV izolátů jsou uvedeny v sekvencích číslovaných 81-99. Tabulka 2 uvádé plochu HCV genomu, které odpovídají sekvence nukleové kyseliny a výhodné užití sekvencí.
-30Tabulka 2
| Typ sondy | sekvence č. | komplement nukleotidů č. |
| značená | 81 | 879-911 |
| značená | 82 | 912-944 |
| záchytná | 83 | 945-9/7 |
| značená | 84 | 978-1010 |
| značená | 85 | 1011-1043 |
| značená | 86 | 1044-1076 |
| značená | 87 | 1077-H09 |
| záchytná | 88 | 1110-1142 |
| značená | 89 | 1143-1175 |
| značená | 90 | 1176-1208 |
| značená | 91 | 1209-1241 |
| značená | 92 | 1242-12/4 |
| záchytná | 93 | 1275-1307 |
| značená | 94 | 1308-1340 |
| značená | 95 | 1341-1373 |
| značená | 96 | 1374-1406 |
| značená | 97 | 1407-1439 |
| záchytná | 98 | 1440-1472 |
| značená | 99 | 1473-1505 |
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím obalového 1 genu skupiny II HCV izolátů jsou uvedeny v sekvencích 100-118. Tabulka 3 uvádí oblasti HCV genomu, kterým odpovídá nukleové kyselina a výhodné použití sekvencí.
| Tabulka 3 | ||
| Typ sondy | sekvence č. | komplement nukleotidů č |
| značená | 100 | 879-911 |
| značená | 101 | 912-944 |
| záchytná | 1 02 | 945-977 |
| značená | 103 | 978-1010 |
| značená | 104 | 1011-1043 |
| značená | 105 | 1044-1076 |
| značená' | 106 | 1077-1109 |
| záchytná | 107 | 1110-1142 |
| značená | 108 | 1143-1175 |
| značená | 109 | 1176-1208 |
| značená | 110 | 1209-1241 |
| značená | 11 1 | 1242-1274 |
| záchytná | 112 | 1275-1307 |
| značená | 113 | 1308-1340 |
| značená | 114 | 1341-1373 |
| značená | 115 | 1374-1406 |
| značená | 116 | 1407-1439 |
| záchytná | 117 | 1440-1472 |
| značená | 1 18 | 1473-1505 |
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím v C genu a 5 *UT regionu jsou uvedeny v sekvencích 119-145· Tabulka 4 identifikuje sekvence s pre ferovaným užitím.
-32Tabulka 4
Typ sondy záchytná značená značená značená záchytná značená značená značená záchytná značená značená značená záchytná značená značená značená značená záchytná značená značená značená záchytná značená značené značená záchytná značená sekvence č
119
120 121 122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
Detekční a záchytné sondy HOV-specifických segmentů a jejich názvy použité v této zkoušce byly následující.
Záchytné sekvence jsou sekvence číslované 119-122 a 141-144.
Detekční sekvence jsou sekvence číslované 119-140
-33Každé detekční sekvence obsahuje, navíc- k sekvencím v podstatě komplementárních k HCV sekvencím, 5' prodloužení (9), kde toto prodloužení (9) je komplementární k segmentu druhé amplifikované nukleové kyseliny. Prodlužovací (9) sekvence je identifikována v seznamu sekvencí jako sekvence č. 146 a je reprodukována dále.
AGGCATAGGACCCGTGTCTT
Každá záchytná sekvence obsahuje, navíc, k sekvencím v podstatě komplementárním k HCV sekvencím, sekvence komplementární k DNA navázané k pevné fázi. Sekvence komplementární k DNA navázané k pevnému nosiči byla provedena po směru od záchytné sekvence. Sekvence komplementární k DNA navázané k nosiči je označena jako sekvence S. 147 a je reprodukována dále.
CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG
Mikrotitrační plotnybyly připraveny následovně. Bílé Microlite 1 Removawell pásky polystyrénové mikrotitrační plotny, 96 jamek/plotnu) byly získány od Dynatecli. lne.
Každá jamka byla naplněna 200 /ul IN HC1 a inkubována při teplotě místnosti 15-20 minut. Plotny pak byly promyty 4krát 1X PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny, viamky pak byly naplněny 200 /Ul 1N NaUH a inkubovány při teplotě místnosti 15 až 20 minut. Plotny byly opět promyty 4krát 1X PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Póly(phe-lys) byl získán od Sigma Chemicals,lne. Tento polypeptid má 1:1 molární poměr phe^lys a průměrnou molekulovou hmotnost 47900 gm/mol. Má průměrnou délku 309 aminokyselin a obsahuje 155 aminů/mol. 1 mg/ml roztoku polypeptidu byl smísen se 2M NaCl/ΐχ PSS na konečnou koncentraci U,1 mg/ml (pH 6,0). Do každé jamky byl vložen obojem 200 /ul tohoto roztoku. Plotna byla zabalena do plas
-34tiku pro zabránění vysušení a inkubována při 30 °C přes noc. Plotna pak byla promyta 4krát 1X PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Následující postup byl použit pro kopulaci nukleové kyseliny, komplementární sekvence č. 147, k plotnám, označované zde jako imobilizovaná nukleová kyselina. Syntéza imobilizované nukleové kyseliny, mající sekvenci komplementární k sekvenci č. 133 byla popsána v EPA 883096976.
mg- disukcinimid.yl-suberátu bylo rozpuštěno ve 300 ^ul dimethylformamidu (DMF). 26 θΙ>260 O^notek imobilizované nukleové kyseliny bylo přidáno ke 100 /Ul kopulačního pufru (50 mM fosforečnan sodný, pH 7,8). Kopulační směs pak byla přidána k DSS-DMF roztoku a míchána magnetickým míchadlem 30 minut. NAP-25 kolona byla ekvilibrována s 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5. Roztok kopulační směsi DSS-DMF byl přidán ke 2 ml 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5 při 4 °C. Směs byla míchána a nanesena na ekvilibrovanou NAP-25 kolonu. DSS-aktivovaná imobilizované nukleo vá kyselina DNA byla eluovéna z kolony 3,5 ml 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5. 5,6 0D26Q jednotek eluované DSS-aktivované imobilizované nukleové kyseliny DNA bylo přidáno ke 1500 ml 50 mM fosforečnanu sodného, pH 7,8.
Objem 50 ^ul tohoto roztoku byl přidán do každé jamky a plotny byly inkubovány přes noc:. Plotna pak byla promyta 4krát 1X PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Konečný uvolnění ploten bylo provedeno následovně.
Objem 200 ^ul 0,2N NaOH, obsahujícího 0,5 % (hmotn./obj.)
SDS byl přidán do každé jamky. Plotna pak byla zabalena do plastiku a inkubována při 65 °C 60 minut. Plotna pak byla promyta 4krát 1X PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny, ^volněné plotny byla skladovány se sikativovými kuličkami při 2-8 °C.
-35Vzorky séra, které jsou zkoumány, byly analyzovány za použití PCR a následující sekvenční analýzou pro stanovení genotypu.
Vzorek přípravku obsahuje 50 /ul vzorku séra a 150 yul P-K pufru (2 mg/ml proteinása K ve 53 mM Tris-HCl, pH 8,0/0,6 M NaCl/0,u61 M citrát sodný/8 mM EDTA, pH θ,Ο/1,3%SDS/16 /Ug/ml sonifikované DNA lososího sperma/7% formamid?/50 fmoi záchytných sonď/160 fmol detekčních sonď) na každou jamku. Plotny byly třepány pro promíchání obsahu jamky, přikryty a inkubována 16 hodin při 62 °C.
Po další lOminutové periodě při teplotě místnosti byly obsahy každé z jamek odsáty pro odstranění všech kapalin a jamky byly promyty 2X promývacím pufrem (0,1% SDS/0,015 M NaCl/0,0015 M citrát sodný). Amplifikovaná nukleová kyselina pak byla přidána ke každé jambe (50 ^ul 0,7 fmol//Ul roztoku v 0,048M NaCl/0,048 citrát sodný/
0,1% SDS/0,,5% blokující činidlo/ (Boehringer Mannheim, katalogové číslo 1096 176)). Po pokrytí ploten a protřepání pro promísení obsahů v jamkách, byly plotny inkubovány 30 minut při 52 °C.
♦
Po další lOminutové periodě při teplotě místnosti, byly jamky promyty jak je popsáno výše.
Alkalickou fosfatázou značená nukleová kyselina, popsaná v EP 883096976 pak byla přidána do každé jamky (50 /ul/jamku 2,66 fmol/^ul). Po inkubaci při 52 °C po 15 minut, a 10 min při teplotě místnosti, byly jamky promyty dvakrát jako výše a pak 3X 0,015 M NaCl/0,0015 citrát sodný.
Byl použit enzym aktivovaný dioxetanem (Schaap a spol., Tet.Lett.(1987) 28:1159-1162 a EPA pub.č. 0254051), získaný od Lumigen, Inc.. Do každé jamky bylo vloženo 50 /ul Lumiphosu 530 (Lumigen). Jamky byly slabě poklepány· tak,
-36aby činidlo spadlo na dno a opatrně otáčeny pro rozdělení činidla po celém dně. Jamky byly pokryty a inkubovóny při 37 °C 20-40 min.
Plotny pak byly čteny na Dynatech ML 1000 luminometru Výstup byl udán jako celý intergrál světla produkovaného během reakce.
Zkouška pozitivně deteguje každý ze sérových vzorků bez ohledu na genotyp.
IV. Exprese polypeptidu kočovaného v sekvencích definovaných různými genotypy
HCV polypeptid.y kódované sekvencí ze sekvencí 1-66 jsou exprimovány jako fuzní polypeptid se superoxiď dismutásou (SOD). cDNA nesoucí takové sekvence je subklonována do expresního vektoru pSODcfl (Steimer a spol., 1986)).
Nejprve se DNA izolované z pSODcfl zpracuje s BamHI a EcoRI a následující linker se liguje do lineární DNA vytvořené restrikčními enzymy:
GAT CCT GGA ATT CTO ATA AGA
CCT TAA GAC TAT TTT AA 3
Po klonování se izoluje plasmid, obsahující inzert.
Plasmiď, obsahující inzert je štěpem pomocí EcoRI.
HCV cDNA se liguje do takto EcoRI linearizované plasmiďové DNA. DNA směs se použije pro transformování E.coli kmene D1210 (Sadler a spol. (1980)). Polypeptidy se izolují na gelech.
-37V. Antigenicita polypeptidů
Antigenicita polypeptidů vytvořených v sekci IV se hodnotí následujícím způsobem. Polyethylenové roubíky uspořádané na bloku v 8 12 řadách (Coselco Mimetopes, Victoria, Austrálie) se připraví umístěním roubíků v lázni (20 % obj./obj. piperidinu v dimethylformamidu· (DMF)) na 30 minut při teplotě místnosti. Roubíky se odstraní, promyjí se v DMF po 5 minut, potom se čtyřikrát promývájí v; methanolu (2 min/promývání). Roubíky se ponechanjí vyschnout na vzduchu* po alespoň 10 minut, potom se nakonec promyjí v DMF (5 min). 1-Hydroxybenzotriazol (HOBt, 367 mg) se rozpustí v DMF (80 /ul) pro použití v kopulaci Fmoc-chráněných polypeptidů připravených v sekci IV.
Chráněné aminokyseliny se umístí do jamek mikrotitrační plotny s HOBt a naď plotnu se umístí roubíkový blok, a roubíky se ponpří do jamek. Uspořádání se pak uzavře do plastikového pytle*a ponechá reagovat při 25 °C 18 hodím pro kopulaci prvních aminokyselin k roubíkům. Blok se pak odstraní' a roubíky se promyjí DMF (2 min), MeOH (4 x, 2 min) a opět DMF (2 min) pro čištění a deprotekci navázaných aminokyselin. Postup se opakuje pro každou další kopulovanou aminokyselinu, až jsou připraveny všechny oktamery.
Volné N-konce se pak ac.ylují pro kompenzaci volných aminů, protože většina epitopů se nenachází na N-konci a tento by neměl mít připojen pozitivní náboj. Acetylace se provede naplněním jamek mikrotitrační plotny DMF/acetanhydrid(triethylamin (5:2:1 obj./obj./obj.) a roubíky se ponechají reagovat v jamkách po 90 minut při 20 °C. Roubíky se pak promyjí DMF (2 min) a MeOH (4x, 2 min) a suší vzduchem alespoň 10 minut.
Chránící skupiny vedlejšího řetězce se odstraní zpracováním roubíků s kyselinou trifluoroctovou/fenolem/dithio-38ethanem: (95:2,5:1,5 obj./obj./obj. ) v polypropylenových pytlích po 4 hodiny při teplotě místnosti. Roubíky se pak promyjí v dichlormethanu (2x, 2 min), 5% diisopropylethylaminu/dichlormethanu Í2x, 5 min), dichlormethanu (5 min) a suší se na vzduchu po alespoň: 10 minut. Roubíky se pak promývají ve vodě (2 min), ΜθΟΗ (18 hodin), suší se ve vakuu- a uchovávají v zatavených plastikových pytlích nad silikagelem.
IV.B.15.b Zkouška peptidů
Oktamer nesoucí roubíky se zpracují sonifikací 30 minut v rozrušovacím pufru (1 % dodecylsulfát sodný, 0,1 %
2-merkaptoethanol, 0,1M Nal^PO^) při 60 °C. Roubíky se pak ponoří několikrát do vody (60 °C), potom do vroucího MeOH (2 min) a nechají schnout na vzduchu.
Roubíky se pak předem obalují po 1 hodinu při 25 °C v mikrotitraěních jamkách, obsahujících 200 yul blokovacího činidla (1 % ovalbumin, 1 % BSA, 0,1 % Tween a 0,05 % NaN^ v PBS) za míchání. Roubíky se pak ponoří do mikrotitračních jamek, obsahujících 175 /ul antiséra získaného od lidských pacientů, diagnostikovaných jako mající HCV a ponechá se inkubovat při 4 °C přes noc. Formace komplexu mezi polyklonálními protilátkami séra a polypeptidem předznamenává, že peptidy poskytují zvýšení k imunní odezvě in vivo. Takové peptidy jsou kandidáty pro vývoj vakcin.
Předložený vynález byl popsán a ilustrován. Odborníkům bude zřejmé, že je možno provést mnoho variací a modifikací bez porušení rozsahu připojených nároků a bez vybočení z poznatků a rozsahu předloženého vynálezu.
-39-ieznam sekvencí
1) Obecné informace:
i) přihlašovatel: Tai-An Cha ii) název vynálezu: HCV genomic-ké sekvence pro diag nostiku a terapii iii) počet sekvencí: 147 iv) adresa pro korespondenci:
A) adresát: Wolf, Greenfield and Sack, P.U.
B) ulice: 600 Atlantic Avenue
C) město: Boston
D) stát: Massachusetts
E) země: USA
F) ZIP: 02210
v) počítačová čtecí forma:
A) typ media: disketa, 5,25 inch
B) počítač: IBM kompatibilní
C) operační systém: MS-DOS Version 3.3
D) software: WordPerfect 5.1 vi.) údaje o přihlášce:
&.) číslo přihlášky: nedostupné
B) datum podání: nedostupné
C) klasifikace: nedostupná
-40vii) data prioritní přihlášky:
A) číslo přihlášky: 07/697,326
B) datum podání: 8. května 1991 viii) zástupce/agent:
A) jméno: Janiuk Anthony J.
B) číslo registrace·: 29,θθ9
C) číslo spisu: C0772/7000 ix) telefonní spojení:
A) telefon: (617) 720-3500
B) telefax: (617) 720-2441
C) telex: EZEKIEL
2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 1:
i) charakteristiky sekvence:
A) délka: 340 nukleotidů
B) typ: nukleová kyselina c) počet řetězců: jedeni
D) topologie: lineární
-41(ii) Typ molekuly: DNA (vi) Ori£inélní zdroj:. (ATCC # 40394) (C) individuální izolát'· ns5hcvl (xí) Popis sekvence ·· SEQ ®θ·
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA ATCTACCAAT GTTGTGACCT CGACCCCCAA GCCCGCGTGG CCATCAAGTC CCTCACCGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTATCGCAGG TGCCGCGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA CCCTCACTTG CTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC GACTTAGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGG GTCCAGGAGG ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC <2> Informace o SEQ ID N0: 2: (i) Charakteristiky sekvence“:
(A) aélka ·’ 340 -nukleotidů’ (B) TYP : nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie:lineární (ii) Typ molekuly : ^)NA
120
160
200
240
280
320
340
-42« .(vi)originální zdroj:
(C) individuální izolát; ns5i21 (xi) Popis sekvence: · SEQ ID NO: 2
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA ATTTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCCGCATGG CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTATG TCGGGGGCCCTCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG TGCCGCGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA’ CCCTCACTTG CTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTTGT GTGTGGCGAC GACTTAGTCG TTATCTGTGA AAGTGCGGGG GTCCAGGAGG ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC (2) informace o — SEQ ID NO: 3:
(i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 -nukleotidů (B) TYPU: nukleová kyselina (C) Počet řetězců: jeden (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: ' DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5ptl
120
160
200
240
280
320
340 i
-43(2) (xi) pOpis sekvence: -**· SEQ ID NO: 3
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA 40
ATCTACCAAT GTTGTGATCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG 80
CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTACG TTGGGGGCCC 120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG 160
TGCCGGGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAATA 200
CCCTCACTTG CTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC 240
CGCAGGGCTC CGGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGTGAC 280
GACTTGGTCG TTATCTGTGA GAGTGCGGGG GTCCAGGAGG 320
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC 340
Informace o SEQ ID NO: 4 (i) Charakteristiky šekvenče:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly:-- DNA originální zdroj:
individuální izolót: ns5gm2 (xi) pOpis sekvence: SE^ ^θ·' *
CTCTACAGTC ACTGAGAACG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA 40 ATTTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG 80
-44CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC CCTTACCAAT TCAAGGGGGG AAAACTGCGG CTATCGCAGG TGCCGCGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA CCCTCACTTG CTACATTAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC GACTTAGTCG TTATCTGTGA GAGTGCGGGA GTCCAGGAGG ACGCGGCGAA CTTGAGAGCC (2) Informace o . SEQ ID NO: 5 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
. (c) individuální izolét: ns5usl7 (xi) p°PÍs sekvence: . SEQ ID NO: 5
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ATATCCGTAC GGAGGAGGCA ATCTACCAGT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG CCATCAAGTC CCTCACCGAG AGGCTTTATG TCGGGGGCCC • TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AAAACTGCGG CTATCGCAGG TGCCGCGCAA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA
X20
160
200
240
280
320
340
120
160
200
-45.CCCTCACTTG TTACATCAAG GCCCAAGCAG CCTGTCGAGC CGCAGGGCTC CGGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC GACTTAGTCG TTATCTGTGA AAGTCAGGGA GTCCAGGAGG ATGCAGCGAA CCTGAGAGCC (2) Informace o SEQ ID NO’· 6 charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) tap: nukleová kyselina CC) počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly:
(vi) originální zdroj:
(O) individuální izolát: ns5sp2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 6
CTCTACAGTC ACTGAGAGCG ATATCCGTAC GGAGGAGGCA ATCTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCGAA GCCCGTGTGG CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG TGCCGCGCAA GCGGCGTACT GACGACTAGC TGTGGTAATA CCCTCACTTG TTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC
240
280
320
340
120
160
200
240
280
-46(2)
GACCTAGTCG TTATCTGCGA AAGTGCGGGG GTCCAGGAGG ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC · ·
Informace o SEQ ID NO: 7 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka ; 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) ty.p molekuly: 35NA originální zdroj:
individuální izolát:. ns5jl (xi) popis sekvence · SEQ ID NO: 7
CTCCACAGTC ACTGAGAATG ACACČCGTGT TGAGGAGTCA ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGACAGG CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTCTATG TCGGGGGTCC TATGACTAAC TCCAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGG TGCCGCGCGA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA CCCTCACATG CTACCTGAAG GCCACAGCGG CCTGTCGAGC TGCCAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GAACGGAGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGG AACCAAGAGG ACGCGGCAAG CCTACGAGCC
320
340
120
160
200
240
280
320
340
-47(2)
Informace o SEQ ID NO: 8 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) VP: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: dna (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolét:: ns5kl (xi) Popis sekvence: . SEQ ID NO: 8
CTCAACGGTC ACTGAGAATG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA ATTTACCAAA GTTGTGACTT GGCCCCCGAG GCCAGACAAG CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTACA TCGGGGGCCC CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGA TGCCGCGCCA GCGGTGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCACTGCGG CCTGTAGAGC TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGCGGAGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGA ACCCAGGAGG ATGCGGCGAG CCTACGAGTC
Informace o . SEQ ID NO: 9
120
160
200
240
280
320
340 » (2)
-48(i) charakteristiky sekvence i (A) délka:-- 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ'molekuly: DNA (ví) originální zdroj:
h> (C) individuální izoláťf* »s5kl.l (xi) popis sekvence: ' SEQ ID NO: 9
CTCAACGGTC ACCGAGAATG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA ATTTATCAAT GTTGTGCCTT GGCCCCCGAG GCTAGACAGG CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTATA TCGGGGGCCC CCTGACCAAT TCAAAGGGGC AGAACTGCGG TTATCGCCGG TGCCGCGCCA GCGGCGTACT GACGACCAGC TGCGGTAATA CCCTTACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCAG CCTGTCGAGC CGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGTGGGGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGA ACCCAGGAGG ACGCGGCGAA CCTACGAGTC (2) informace“ o SEQ ID NO: 10
120
160
200
240
280
320
340 (i) charakter is tiky.-sekvecqg:
(A) délka: · 340 nukleotidů (B) typ: nukleová'kyselina
-49~ 1 (C) počeV řetězců: jeden (D) topologie:' lineární (ii) tyP molekuly: . dna (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gh6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 10
CTCAACGGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT CGAGGAGTCG 40 ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGGCAGG 80 CCATAAGGTC GCTCACCGAG CGACTTTATA TCGGGGGCCC 120 CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG TTATCGCCGG 160 TGCCGCGCGA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA 200 CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCAG CCTGTCGAGC 240 TGCAAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GAACGGGGAC 280 GACCTTGTCG TTATCTGCGA GAGCGCGGGA ACCCAAGAGG 320 ACGCGGCGAG CCTACGAGTC 340 (2) informace o SEQ ID NO: 11 (i) charakteristiky sekvence (A) délka r 340 nukleotidů' (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden' (D) topologie: lineární i
-50(ii) typ molekuly.- DNA (vi) originální zfroj:
(C) individuální izolát.:. ns5spl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NOj 11
CTCCACAGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGACAGG CTATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTGTACA TCGGGGGTCC CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGG TGCCGCGCAA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAACA CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCGG CCTGTCGAGC TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGCGGTGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA GAGCGCGGGA ACCCAAGAGG ACGCGGCGAG CCTACGAGTC (2) informace .o. . SEQ- ' NO: 12 charakteristiky sekvence:
W dálka: 340 nukleotidů typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: - dna (vi) originální zdroj:
120
160
200
240
280
320
340
-51(C) individuální izolét: ns5sp3 (xi) popis sekvence: . SEQ ID NO: 12
CTCAACAGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA ATCTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGACAGG CTATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTACA TCGGGGGTCC CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGG TGCCGCGCAA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA CCCTCACATG TTACCTGAAG GCCAGTGCGG CCTGTCGAGC TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CAATGCTCGT GTGCGGTGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA GAGCGCGGGG ACCCAAGAGG ACGCGGCGAG CCTACGAGTC (2) informace—o SEQ ID NO: 13
120
160
200
240
280
320
340 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: -- 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5k2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 13 í
-52(2)
CTCAACCGTC ACTGAGAGAG ACATCAGAAC TGAGGAGTCC ATATACCGAG CCTGCTCCCT GCCTGAGGAG GCTCACATTG CCATACACTC GCTGACTGAG AGGCTCTACG TGGGAGGGCC CATGTTCAAC AGCAAGGGCC AGACCTGCGG GTACAGGCGT TGCCGCGCCA GCGGGGTGCT CACCACTAGC ATGGGGAACA CCATCACATG CTATGTAAAA GCCCTAGCGG CTTGCAAGGC TGCAGGGATA GTTGCACCCT CAATGCTGGT ATGCGGCGAC GACTTAGTTG TCATCTCAGA AAGCCAGGGG ACTGAGGAGG ACGAGCGGAA CCTGAGAGCT .
informace o,o SEQ ID. NO: 14 charakteristiky sekvence:
délka: : 340 'nukleotidů typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) ^yp molekuly:
(vi) originální zdroj:
(C> individuální izolát: ns5arg8 (xi) popis sekvence: · · SEQ ID NO: 14
CTCTACAGTC ACGTAAAAGG ACATCACATC CTAGGAGTCC ATCTACCAGT CCTGTTCACT GCCCGAGGAG GCTCGAACTG CTATACACTC ACTGACTGAG AGACTATACG TAGGGGGGCC
120
160
200
240
280
320
340
120
CATGACAAAC AGCAAGGGCC AATCCTGCGG GTACAGGCGT 160 TGCCGCGCGA GCGCAGTGCT CACCACCAGC ATGGGCAACA 200 CACTCACGTG CTACGTAAAA GCCAGGGCGG CGTGTAACGC 240 CGCGGGGATT GTfSCTCCCA CCATGCTGGT GTGCGGTGAC 280 GACCTGGTCG TCATCTCAGA GAGTCAAGGG GCTGAGGAGG 320 ACGAGCAGAA CCTGAGAGTC 340 (2) informace o ·> SEQ ID NO: 15 (i) charakteristiky sekvence-:
(A) délka:'· : 340 nukleotidů (B) typ:- nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden.
(D) topologie:. lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdr.oj:
(C) individuální izolá't: nsSilO (xi) sekvence; : SEQ ID NO: 15
CTCTACAGTC ACAGAGAGGG ACATCAGAAC CGAGGAGTCC 40
ATCTATCTGT CCTGCTCACT GCCTGAGGAG GCCCGAACTG 80
CTATACACTC ACTGACTGAG AGACTGTACG TAGGGGGGCC 120
CATGACAAAC AGCAAGGGGC AATCCTGCGG GTACAGGCGT 160
TGCCGCGCGA GCGGAGTGCT CACCACCAGC ATGGGCAACA 200
CGCTCACGTG CTACGTGAAA GCCAGAGCGG CGTGTAACGC 240
-54CGCGGGCATT GTTGCTCCCA CCATGTTGGT GTGCGGCGAC GACCTGGTTG TCATCTCAGA GAGTCAGGGG GTCGAGGAAG ATGAGCGGAA CCTGAGAGTC (2) informace o ____SEQ ID NO: 16 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) Počet řetězců: jeden -~ (D) topologie: lineární (ii) typ-molekuly: DNA (vi) originální zdrojj (C) individuální izolót: ns5argg (xi) popis-sekvence: _ SEQ N0; lg
CTCTACAGTC ACGGAGAGGG ACATCAGAAC CGAGGAGTCC ATCTATCTGT CCTGTTCACT GCCTGAGGAG GCTCGAACTG CCATACACTC ACTGACTGAG AGGCTGTACG TAGGGGGGCC CATGACAAAC AGCAAAGGGC AATCCTGCGG GTACAGGCGT TGCCGCGCGA GCGGAGTGCT CACCACCAGC ATGGGTAACA CACTCACGTG CTACGTGAAA GCTAAAGCGG CATGTAACGC CGCGGGCATT GTTGCCCCCA CCATGTTGGT GTGCGGCGAC GACCTAGTCG TCATCTCAGA GAGTCAAGGG GTCGAGGAGG ATGAGCGAAA CCTGAGAGCT
280
320
340
120
160
200
240
280
320
340
-55(2) informace o SEQ XD NO: 17 (i) charakteristiky sekvence:
(A) (B) (C) (D) délka:
340 nukleotidů typ:nukleová kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ •molekuly: DNA (vi) originální ízdřoj.:
(C) individuální izolótx.· ns5k2b (xi) popis sekvence: <* .. . SEQ ID NO: 17 CTCAACCGTC ACGGAGAGGG ACATAAGAAC AGAAGAATCC 40
ATATATCAGG GTTGTTCCCT GCCTCAGGAG GCTAGAACTG 80
CTATCCACTC GCTCACTGAG AGACTCTACG TAGGAGGGCC 120
CATGACAAAC AGCAAGGGAC AATCCTGCGG TTACAGGCGT 160
TGCCGCGCCA GCGGGGTCTT CACCACCAGC ATGGGGAATA 200
-n CCATGACATG CTACATCAAA GCCCTTGCAG CGTGCAAAGC 240
TGCAGGGATC GTGGACCCTA TCATGCTGGT GTGTGGAGAC 280
GACCTGGTCG TCATCTCGGA GAGCGAAGGT AACGAGGAGG 320
ACGAGCGAAA CCTGAGAGCT 340 (2) informace o SEQ ID NO: 18 (i) charakteristiky sekvencej.
-56(A) (B) (C) (D) délka:\ 340 nukleotidů typ: nukleové kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát; ns5sa283 (xi) popiš sekvence: SEQ ID NO: 18
CTCGACCGTT ACCGAACATG ACATAATGAC TGAAGAGTCT 40
ATTTACCAAT CATTGTACTT GCAGCCTGAG GCGCGTGTGG 80
CAATACGGTC ACTCACCCAA CGCCTGTACT GTGGAGGCCC 120
CATGTATAAC AGCAAGGGGC AACAATGTGG TTATCGTAGA 160
TGCCGCGCCA GCGGCGTCTT CACCACTAGT ATGGGCAACA 200
CCATGACGTG CTACATTAAG GCTTTAGCCT CCTGTAGAGC 240
CGCAAAGCTC CAGGACTGCA CGCTCCTGGT GTGTGGTGAT 320
GATAAAGCGA CCTGAGAGCC 340 (2) informace .o .. SEQ ID NO: 19 charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů ..
(B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-57(ii) typ molekuly ; : DNA (vi) originální zdcDj:
(C) individuální izolátj.· ns5sal56 (xi) popis sekvence: . SEQ ID NO: 19
CTCGACCGTT ACCGAACATG ACATAATGAC TGAAGAGTCC ATTTACCAAT CATTGTACTT GCAGCCTGAG GCACGCGCGG CAATACGGTC ACTCACCCAA CGCCTGTACT GTGGAGGCCC CATGTATAAC AGCAAGGGGC AACAATGTGG TTACCGTAGA TGCCGCGCCA GCGGCGTCTT CACCACCAGT ATGGGCAACA CCATGACGTG CTACATCAAG GCTTCAGCCG CCTGTAGAGC TGCAAAGCTC CAGGACTGCA CGCTCCTGGT GTGTGGTGTG ACCTTGGTGG CCATTTGCGA GAGCCAAGGG ACGCACGAGG ATGAAGCGTG CCTGAGAGTC (2) informace o - SEQ ID NO: 20
120
160
200
240
280
320
340 (i) charakteristiky sekvence:
(žj délka : 340nukleotidů (B) typ-: nukleová kyselina počet řetězců: jeden O) topologie: lineární (ii) typ molekuly: . DNA originelní zdroj:
i
-58(2) (C) individuální izolét: ns5ill (xi) popis sekvence: . , SEQ ID NOr 20
CTCTACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG ATATACCAGT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT TGCCGTGCTA GTGGAGTCCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTTCGAAGGC CGCAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT GATCTGGTCG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG ATAGAGCAGC CCTGAGAGCC informace o SEQ ID NO: 21
120
160
200
240
280
320
340 (i) charakteristiky-sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden' (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C)individuální izolét:’- ns5i4 (xi) popis sekvence:
’· SEQ ID NO: 21
-59CTCGACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40
ATATACCAAT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG 80
TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC 120
TATGTTCAAT AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT 160
TGCCGTGCTA GTGGAGTTCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA 200
CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTGCGAAGGC 240
CGCAGGGCTC CGGACCCCGG ACTTTCTCGT CTGCGGAGAT 280
GATCTGGTTG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG 320
ATAGAACAGC CCTGCGAGCC 340 (2) informace o SEQ ID NO: 22 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka; 340 nukleotidů- (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gh8 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 22
CTCAACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40
ATATACCAAT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG 80
TGATCTCCTC CCTCACGGAA CGGCTTTACT GCGGGGGCCC 120
-60TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT’ TGCCGTGCCA GTGGAGTTCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA CAATCACTTG TTACATCAAA GCTAGAGCGG CTGCCGAAGC CGČAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT GATCTGGTTG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCAATGAGG ATAGAGCAGC CCTGGGAGCC
s.
(2) SEQ ID NO: 23 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka:' 100 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jedea (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 23
GACGGCGTTG GTAATGGCTC AGCTGCTCCG GATCCCACAA GCCATCTTGG ACATGATCGC TGGTGCTCAC TGGGGAGTCC TGGCGGGCAT AGCGTATTTC
160
200
240
280
320
340
100 (2> informace o SEQ ID NO: 24
-61(i) charakteristiky-sekvence:
(A) délka:. 100 nukleotidů typ:nukleová kyselina (O počet řetězců: jeden Φ) topologie: lineární typ molekuly:
(vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: US5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 24
GACGGCGTTG GTGGTAGCTC AGGTACTCCG GATCCCACAA 40
GCCATCATGG ACATGATCGC TGGAGCCCAC TGGGGAGTCC 80
TGGCGGGCAT AGCGTATTTC 100 (2) informace o ? SEQ ID NO: 25 (í) charakteristiky sekvence:
(A) délka: iqq nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
i
-62(C) individuální izolót: AUS5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 25
AACGGCGCTG GTAGTAGCTC AGCTGCTCAG GGTCCCGCAA 40
GCCATCGTGG ACATGATCGC TGGTGCCCAC TGGGGAGTCC 80
TAGCGGGCAT AGCGTATTTT 100 (2) informace o seq ID NO: 26 (i) charakteristiky sekvence:
qq délka: nuKleotidů (B) ^yP: nukleová kyselina {O počet řetězců: jeden , (D) topologie: lineární (ii) typ moxeculy: DNA (vi) ori£ÍM®lní zdroj:
(O ixdividuální izolót:
(xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 26
GACAGCCCTA GTGGTATCGC AGTTACTCCG GATCCCACAA 40
GCCGTCATGG ATATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAGTCC 80
TGGCGGGCCT TGCCTACTAT 100 (2) informace o SEQ ip NO: 27
-63(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: - 100 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekulyϊ DNA (vi) originální zdroj:
(O individuální izolát: AKG2 (xi) P°Pis sekvence: SEQ ID NO: 27
AGCAGCCCTA GTGGTGTCGC AGTTACTCCG GATCCCÁCAA 40
AGCATCGTGG ACATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAGTCC 80
TGGCGGGCCT TGCTTACTAT 100 (2) informace, o. ID 28 (i) charakteristiky sekvence:’ ^y délka : 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
-64¢0 individuální izolát: 115 (xi) popis sekvence: ’· SEQ ID NO: 28
GGCAGCCCTA GTGGTGTCGC AGTTACTCCG GATCCCGCAA 40
GCTGTCGTGG ACATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAATCC 80
TAGCGGGTCT TGCCTACTAT 10° (2) informace o g’ SEQ ID NO: 29 (i) .charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: GH8 (xi) Popis sekvence:. · SEQ ID NO: 29 TGTGGGTATG GTGGTGGCGC ACGTCCTGCG TTTGCCCCAG 40
ACCTTGTTCG ACATAATAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT 80
TGGCGGGCTT GGCCTATTAC 100 (2) lnformace o SEQ ID N0; 30 i
-65(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka; 100 nukleotidů (Β) ^Ρ: nukleová kyselina (C) P^et řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly:' (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: 14 (xi) popis sekvence·’ SEQ ID NO: 30
TGTGGGTATG GTGGTAGCAC ACGTCCTGCG TCTGCCCCAG ACCTTGTTCG ACATAATAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT TGGCAGGCCT AGCCTATTAC (2) informace o SEQ ID NO: 31 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka; íOOnukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
-66(C) individuální izolát: 111 (xi) P°PÍS sekvence: SEQ ID NO: 31
TGTGGGTATG GTGGTGGCGC AAGTCCTGCG TTTGCCCCAG 40
ACCTTGTTCG ACGTGCTAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT 80
TGGCGGGCCT GGCCTATTAC 100 (2) informace o SEQ.... ID NO: 32 charakteristiky sekvence: .
délka: . jqq nukleotidů (B) nukleová kyselina počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA originální zdroj:
individuální izolát-:’, j10 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 32
TACCACTATG CTCCTGGCAT ACTTGGTGCG CATCCCGGAG 40
GTCATCCTGG ACATTATCAC GGGAGGACAC TGGGGCGTGA 80
TGTTTGGCCT GGCTTATTTC 100 (2) informace o . seq id NO: 33 í
-67(i) , charakteristiky sekvence:
(A) délka: · 252 nukleotidů (B) VP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden ’ (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: bcvl (xi) Popis sekvence : SEQ ID NO: 33
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC informace o : seq jp jjq; 34
120
160
200
240
252 (jj charakteristiky sekvence:
délka: 252nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární (2)
-68(ii) typ molekuly: o. dna (ví) originální zdroj:
¢0 individuální izolét: US5 (xi) P°Pis sekvence SEQ ID N0; 34
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace o SEQ ID NO: 35 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 pukleotidů (B) typ: nukleoVá kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ausl
120
160
200
240
252 r
-69(xi) P0Pis sekvence: SEq ID N0; 35
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCACGCCCC CGCAAGATCA CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace 0 ·;· SEQ ID NO: 36 (i) charakteristiky sekvence:, (A) délka:1 252iVikleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj,:
(O individuální izolát: Sp2 (xi) P0Pis sekvence: seq ID N0; 36
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG
120
160
200
240
252
120
160 r
-ΊΟCTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace o . SEQ ID NO: 37 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) molekuly: DNa (vi) originální zdroj:
(O individuální izolát:
(xi) popis sekvence: - , gEQ jp jjo: 37
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace o SEQ ID NO: 38
200
240
252
120
160
200
240
252 i
-71(jj charakteristiky sekvence:.
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina počet řetězců: jeden φ·) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA originální zdro-j:
(O individuální izolét: ^21 (ri) popis sekvence: f SEQ N0; 38
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace o SEQ ID NO: 39 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
120
160
200
240
252 r
-72(ii) typ molekuly:' DNA (vi) originální zdroj.:
(C) individuální izolát: us4 (xi) popis sekvence: ' SEQ ID NO: 39
GTTAGTATGA -GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC
120
160
200
240
252 (2) informace o SEQ id NO: 40 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: . 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden ζΡ) topologie: lineární (ii) typ molekuly: . DNA originální zdroj:
(O individuální izolá-t:
-73(2) (xi) popis sekvence: gEQ ID NQ; 40
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA TC informace o ' SEQ ID NO: 41 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nu^le°tidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: dna (vi) originální zdroj:
individuální izolát: nac5 (xi) P°PÍS sekvence: SEQ jp N0;
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG
120
160
200
240
252
120
160
-74CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252 (2) informace o ' gEQ ID NO: 42 (i) charakteristiky sekvence:
(jq délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden (B) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (Vi) originální zdroj:
¢^) individuální izolát:. arg2 (xi) P°Pis sekvence: gEQ ID N0; 42
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252 (2) i nformace o gEQ ID NO: 43
-75^charakteristiky sekvence:
(jq délka ·; 252 nukleotidů typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden,
φ) topologie: lineární (ii) tyP molekuly: DNA (vi) originální zdroj;
(O individuální izolát:
spi (xi) popis sekvence: SEQ ID N0; 43
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252 (2) informace o . ; SEQ ID NO: 44 charakteristiky sekvencef qq délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden (pj topologii: lineární
-77(ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ghl (xi) popis sekvence: , SEQ ID NO: 44
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace o SEq jjj Nq. 45 charakteristiky sekvence:
(jq délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden (P) topologie: lineární (ii) typ molekuly: BNA originální zdroj:
(O individuální izolát:
120
160
200
240
252
-78(xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 45
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT. 240
AGACCGTGCA CC 252 (2) : informace o SEQ ID NO: 46 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) Počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) VP molekuly: DNA originální zdroj:
(O individuální izolát:
-79(2) (Xi) : SEQ ID NO: 46
GCTAGTATCA GTGTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCG GGAAGACTGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
ACTCTATGCC CGGCCATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA TC 252 . SEQ ID NO: 47 (i) (A) · 252 (B) (C) (D) (ii) DNA (vi) (C) argg (xi) : SEQ ID NO: 47
GTTAGTATGA GTCTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCTG GGAAGACTGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
ACTCTATGCC CAGCCATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
-80CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AdACCGTGCA TC (2) informace o SEQ ID NO: 48 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů' (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly:
(vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát:. s21 (xi) popis sekvence: ' : SEQ ID NO: 48
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CTCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATCGCTG GGGTGACCGG GTCCTTTCTT GGAGCAACCC GCTCAATACC CAGAAATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGATCA CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA AC (2) informace O l·': SEQ ID NO: 49
200
240
252
120
160
200
240
252
-8t)(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: . 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
| (C) | individuální izolátj | gj61329 | ||
| (xi) popis sekvence: | SEQ | ID NO: 49 | ||
| GTTAGTACGA | GTGTCGTGCA | GCCTCCAGGA | CCCCCCCTCC | 40 |
| CGGGAGAGCC | ATAGTGGTCT | GCGGAACCGG | TGAGTACACC | 80 |
| GGAATCGCTG | GGGTGACCGG | GTCCTTTCTT | GGAGTAACCC | 120 |
| GCTCAATACC | CAGAAATTTG | GGCGTGCCCC | CGCGAGATCA | 160 |
| CTAGCCGAGT | AGTGTTGGGT | CGCGAAAGGC | CTTGTGGTAC | 200 |
| TGCCTGATAG | GGTGCTTGCG | AGTGCCCCGG | GAGGTCTCGT | 240 |
| AGACCGTGCA | AC | 252 |
(2) informace o ’ SEQ ID NO: 50 < (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 180 nukleotidů r
-82(2) (Β) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly:
(vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sa3 (xi) Popis sekvence ' : SEQ ID NO: 50
GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCG GGATGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC GCTCAATGCC CGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT informace o SEQ id NO: 51
120
160
180 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 180 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: dna (vi) originální zdroj:
r
-83(C) individuální izolót: sa4 (xi) popis sekvence: . SEQ ID NO: 51
GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC
GGAATTGCCG GGATGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC GCTCAATGCC CGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT (2) informace o SEQ ID NO: 52 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka ' 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální, zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl
120
160
180 i
-84(xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 52
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAAAAAA AACAAACGTA 40 ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG 80 CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120 GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGA AAGACTTCCG 160 AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA 200 GGCTCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240 TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG 280 CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG 320 GGGCČCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360 AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA 400 TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC 440 TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480 GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT 520 TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT 549 (2) informace o SEQ ID NO: 53 • (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
-85(2) ζ£) individuální izolát: us5 (xi) popis sekvence: ; SEQ ID NO: 53
ÁTGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG 80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA 200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG 280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG 320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA 400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC 440
TGCCAGGGCT CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT 549 informace o SEQ ID NO: 54 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly:
-86(vi) originální zdroj:
, individuální izolát:ausl (xi) popis sekvence: SEQ ID N0; 54
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40 • ACACCAACCG TCGCCCACAG. GACGTTAAGT TCCCGGGTGG 80 CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120 GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160 AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCTAA 200 GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240 TACCCCTGGC CCCTCTATGG TAATGAGGGT TGCGGATGGG 280 CGGGATGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG 320 GGGCCCTACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360 AAGGTCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTT GGCGCCCCTC TTGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTTCCT GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTTCTCTCT 549 (2) informace o r SEQ ID NO: 55 charakteristiky-sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) 'iyP’· nukleová kyselina (C) počet řetězců:jéden ·
-87(D) topologie: lineární
| (ii) | typ molekuly:.· DNA | |
| (Vi) | originální zdroj: individuální izolát: | sp2 |
| (C) | ||
| (xi) | popis sekvence: SEQ | ID NO: 55 |
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CACGACGAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CCATCCCCAA GGCTCGTCGA CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC ’ CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC TGCCAGAGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCC GGTTGCTCTT TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT (2) informace o SEQ ID NO: 56 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: h 549 nukleotidů (B) týp: nukleová kyselina
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
520
549
-es- 100 (C) počet.řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: : DNA (vi) originální zdroj:
individuální izolát:
(xi) popis, sekvence: SEQIDNO: 56
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAGA ACCAAACGTA ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA GGCACGTCGG CCCGAGGGTA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGCGGCTCTC GGCCTAACTG GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT (2) informace o SEQ ID NO: 57
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
520
549 (£) charakteristiky sekvence:.
| (A) (B) | délka: 549 nukleotidlT' typ: nukleová kyselina | |
| * | (C) | počet řetězců: jeden |
| (D) r | topologie: lineární | |
| • | (ϋ) Vp | molekuly: DNA |
(vi) originální zdroj:
(C) individuální izoláť: i21 (xi) popis sekvence:_____ SEQ jp NO: 57
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA .ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGGT AGACGCCAGC CTATCCCCAA GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT TTTCTATTTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT (2) informace o SEQ ip NO: 58
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
520
549 i
| charakteristiky sekvence:. | ||
| (A) | délka: nukleotidů | |
| (B) | typ: nukleová kyselina | |
| (C) | počet řetězců: jeden | |
| (D) | topólogie: lineární | |
| (ii) | typ | molekuly-*' |
(vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us4 (xi) popis sekvence: · u.·.·.· SEQ ID NO: 58 ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTTAAGT TCCCGGGCGG TGGCCAGGTC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC TGCCAGGGCC TTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC GGCGTGAACT ACGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT TTTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
520
549 i
-91(2) informs.ee o SEQ ID NO: 59 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) ‘topologie: lineární (ii) typ molekuly: - DNA (vi) originální zdroj.:
(C) individuální--izoTát: jh.1 (xi) popis sekvence - ---i: SEQ ID NO: 59 ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG 280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG 320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCGCTTGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCACATG GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT 520 í
104
| TCTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC | |
| informace o SEQ. ID NO: 60 | |
| (i) | charakteristiky sekvence: (A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární |
| (ii) | typ molekuly; |
(vi) originální zdroj:
(C) individuální izoláť: nac5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 60
ATGAGCACAA ATCCTAAACC CCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGTCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG 280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG 320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA 400 i
-93TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCACATG GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCT GGTTGCTCTT •
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC ř
(2) informace o___ SEQ ID NO: 61 (i) charakteristiky sekvence·:
(A) délka: · 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden CD) topologie: lineární (ii) typ molekuly:-; DNA (vi) originální zdroj',:
(C) individuální izolát: arg2 (xi) popis sekvence:’ SEQ ID NO: 61
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG
- TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA GGCTCGCCAG CCCGAGGGTA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG •CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG
440
480
520
549
120
160
200
240
280
320 í
-94GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCTT TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC (2) informace o SEQ ID NO: 62 (i) · · charakteristiky sekvence?:
(A) délka : 549 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jedeň“ (D) topologie: lineární (ii) typ· molekuly : ®NA (vi) originální zdroj :
(C) individuální izolét:
(xi) ^opis sekvence ' ?: SEQ ID NO: 62
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG TATCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT CTGGGGTGGG
360
400
440
480
520
549
120
160
200
240
280 í
-95CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCTC GGCCTAGCTG GGGCCCTACC GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAACTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC {2) informace o SEQ ID NO: 63 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: : 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetěze: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (Vi) originální zdroj:
(O individuální izoláť:
(xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 63
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG ÁGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA
320
360
400
440
480
520
549
120
160
200
-96GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGTTCTC GGCCTAGTTG GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT AAGATCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT TTTCTATCTT CCTTCTGGCT TTGCTGTCC <2> informace o · SEQ ID NO: 64 (i) charakteristiky sekvence:
délka: 4 ^49 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly:· DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ilS (xi) popis, sekvence: : SEQ ID NO: 64
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG
240
280
320
360
400
440
480
520
549
120 t
-97GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240 •TACCCCTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG 280 , CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG 320 GGGCCCCAAA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCT TAGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTACCC GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC 549 (2) informace o SEQ ID NO: 65
d) charakteristiky1 sekvence:
W délka : 549 nukleotidů tyo: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární typ molekuly : DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ilO • (χ1) popis sekvence: ' SEQ ID NO: 65
ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA 40
| ACACTAACCG | CCGCCCACAG | GACGTCAAGT | TCCCGGGCGG | 80 |
| TGGCCAGATC | GTTGGCGGAG | TATACTTGCT | GCCGCGCAGG | 120 |
| GGCCCGAGAT | TGGGTGTGCG | CGCGACGAGG | AAAACTTCCG | 160 |
| AACGATCCCA | GCCACGCGGA | AGGCGTCAGC | CCATCCCTAA | 200 |
| AGATCGTCGC | ACCGCTGGCA | AGTCCTGGGG | AAGGCCAGGA | 240 |
| TATCCTTGGC | CCCTGTATGG | GAATGAGGGT | CTCGGCTGGG | 280 |
| ..... CAGGGTGGCT | CCTGTCCCCC | CGTGGCTCTC | GCCCTTCATG | 320 |
| GGGCCCCACT | GACCCCCGGC | ATAGATCGCG | CAACTTGGGT | 360 |
| AAGGTCATCG | ATACCCTAAC | GTGCGGTTTT | GCCGACCTCA | 400 |
| TGGGGTACAT | TCCCGTCATC | GGCGCCCCCG | TTGGAGGCGT | 440 |
| TGCCAGAGCT | CTCGCCCACG | GAGTGAGGGT | TCTGGAGGAT | 480 |
| GGGGTAAATT | ATGCAACAGG | GAATTTGCCC | GGTTGCTCTT | 520 |
| TCTCTATCTT | TCTCTTAGCC | CTCTTGTCT | 549 | |
| (2) informace o | .SEQ ID | NO: 66 |
(i) charakteristiky sekvence:
.(A) délka · 510 -nukleotidů typ: nukleové kyselina (C) počat řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: . DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg6 t
-99(xi) popis sekbence: SEQ ID NO: 66
ATGAGCACAA ATCCTCAACC TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA ACACTAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGCGGAG TATACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAAACTTCCG AACGGTCCCA GCCACGTGGG AGGCGCCAGC CCATCCCCAA AGATCGGCGC ACCACTGGCA..AGTCCTGGGG GAAGCCAGGA TACCCTTGGC CCCTGTATGG GAATGAGGGT CTCGGCTGGG CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGCGGTTCTC GCCCTTCATG GGGCCCCACT GACCCCCGGC ATAGATCACG CAACTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTAAC GTGTGGTTTT GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCCGTCGGT GGTGCCCCCG TTGGTGGTGT CGCCAGAGCC CTTGCCCATG GGGTGAGGGT TCTGGAAGAC GGGATAAATT ATGCAACAGG GAATCTGCCC (2) informace o . SEQ ID NO: 67 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: - 29 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (O počet řetězců: jeden· topologie1: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: . SEQ ID NO: 67
CAAACGTAAC ACCAACCGRC GCCCACAGG
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
510
-100(2) informace o SEQ- ID N0: 68 (i) charakteristiky sekvence:
(A) (B) (C) délka: /24 nukleotidů typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden (B) topologie· lineární (ii) typ molekuly: BNA
ACAGAYCCGC AKAGRTCCCC CACG (2) informace σ SEQ 7 ID NO: 69 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie: lineární (ii) typ molekuly: · BNA : SEQ ID NO: 69
Áx^) popis sekvence : SE^
CGAACCTČGA GGTAGACGTC AGCCTATCCC r
-101<2) informace o · SEQ ID NO: 70 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délkazb: 30 nukleotidů , (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
| (ii) | typ molekuly: DNA |
| (Xi) | popis sekvence : SEQ ID |
| GCAACCTCGT GGAAGGCGAC AACCTATCCC | |
| informace? Q: ^θ· H | |
| (i) | charakteristiky sekvence: |
| (A) délka: 30 nukleotidů (B) typΐ nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární | |
| (ii) | typ molekuly t DNA |
(xi) popis sekvence : SEQ ID NO: 71
GTCACCAATG ATTGCCCTAA CTCGAGTATT 30 (2) informace- o SEQ ID NO: 72 r
-102(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: . 26 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jedem topologie: lineární (ii) typ molekuly: .· DNA
RC·: '(xi) popis sekvence SEQ ID NO: 72
GTCACGAACG ACTGCTCCAA CTCAAG' -·· · ' ·?·· 26 (2) informace3 o SEQ ID NO: 73 (i) charakteristiky sekvence:
délka 28 nukleotidů (B) typ: nukieová kyselina (C) počet řetězců: jeden Φ) topologie: lineární (ii) typ molekuly: : DNA (xi) popis sekvence: “ SEQ ID NO: 73
TGGACATGAT CGCTGGWGCY CACTGGGG 28 (2) informace o » SEQ ID NO: 74
-103-
| (i) | charakteristiky sekvence; | |
| (A) | délka: 28 nukleotidů | |
| (B) | typ: nukleová kyselina | |
| (C) | počet řetězců: jeden. | |
| (D) | topologie: lineární | |
| (ii) | typ molekuly: DNA |
·: popis sekvence ÍSEQIDNO: 74 ; TGGAYATGGT GGYGGGGGCY CACTGGGG · 28 (2) informace o SEQ ID NO: 75 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů· (B) typ· nukleová kyselina (C) počet řetězců: jedem CB) topologie: lineární (ii) typ molekuly J BNA (xi) popis sekvence:. . · SEQ ID NO: 75 ATGATGAACT GGTCVCCYAC 20 (2) informace o SEQ ID NO: 76 (i) charakteristiky sekvence:
I — 104 — (A) délka: 26 . nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden' (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: - DNA 1 ..... ' (xi) popis sekvence: NO: 76
ACCTTVGCCC AGTTSCCCRC CATGGA 26 (2) informace o SEQ ID NO:. 77-- < '; ' (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka'l: 22 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie1 lineární (ii) typ molekuly:: BNA .
<xi> popis sekvence: SE^ N0: 77
AACCCACTCT ATGYCCGGYC AT 22 (2) informace o SEQ ID NO: 78 (i) charakteristiky sekvence1 (A) délka: ‘ 18 nukleotidů (B) typ1 nukleová kyselina
-105(C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly· .· DNA « (xi) popis sekvence GAATCGCTGG GGTGACCG (2)' informace o SEQ ID (i) charakteristiky
SEQ ID NO: 78 sekvence: : (A) délka: · 28 nukleotidů (®) typ; nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly : DNA (xi) popis sekvence CCATGAATCA CTCCCCTGTG : SEQ ID NO: AGGAACTA (2) informace o SEQ ID NO: 80 (i) charakteristiky sekvence:
délka: 18 nukleotidů (®) typ: nukleová kyselina f C) ' ' počet řetězců: jeden
-106NO: 80 (D) topologie-: lineární (ii) t.yp molekuly: BNA
I (Xi) popis sekvence : δΕθ
TTGCGGGGGC ACGCCCAA (2) informace o. SEQ ID NO: 81 (i) charakteristiky sekvence’·
C; - . (A) délka: 33 nukleotidů (B) tvp: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie: lineární (ii) typ molekuly: - ^NA (χί) popis sekvence : SE^ IB NO: 81
YGAAGCGGGC ACAGTCARRC AAGARAGCAG GGC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 82 (i) charakteristiky sekvence;:
(A) délka: . 33 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden
-1 07 (D) topologie: lineární (ii) tyP molekuly: DNA »
(xi) popis sekvence : SEQ ID NO: 82
RTARAGCCCY GWGGAGTTGC GCACTTGGTR GGC 33 (2) informace? o · SEQ ID NO: 83
| . i.. | (i) charakteristiky sekvence: | ||
| 5 1 í-r.·“ | ·//; .(a) | délka: . 33 nukleotidů | |
| -£·:'··!· (B) | typ: nukleová kyselina’ | ||
| (C) | počet řetězců: jeden | ||
| (D) | topologie: lineární |
(ii) typ molekuly:: DNA (xi) nopis sekvence: ’ SEQ ID NO: 83
RATACTCGAG TTAGGGCAAT CATTGGTGAC RTG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 84 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: > 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden topologie: lineární
-108-
(ii) t.yp molekuly: DNA (xi) popis sekvence?: SEQ ID NO: 84
AGYRTGCAGG ATGGYATCRK BCGYCTCGTA CAC 33 (2) informace o. SEQ ID NO: 85 charakteristiky sekvence:
délka: -· 33 nukleotidů typ: nukleová kyselina^·.· > ·--··:· řo ' počet řetězců: jeden .......
topologie·: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence? SEQ ID NO: 85
GTTRCCCTCR CGAACGCAAG GGACRCACCC CGG 33 (2) informace o SEQ ID N0: 86 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: . 33 nukleotidů (B) t.yp: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) tvp molekuly1 DNA
-109(xi) popis sekvence: - SEQ IP NO: 86
CGTRGGGGTY AYCGCCACCC AACACCTCGA GRC 33 <*> informace o SEQ ID N°: 87 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka !: 33 nukleotidů _.· ťyp: nukleové kyselina r ,:.· ·' . počet řetězců: jeden topologie: lineární,; 7.;·.;,.
(ii) typ molekuly:' PNA (xi) popis sekvence: : SEQ ID NO: 87
CGTYGYGGGG AGTTTGCCRT CCCTGGTGGC YAC 33 (2) informace cp · SEQ IP NO: 88 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka I: 23 nukleotidů typ: nukleové kyselina počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly : DNA (xi) popis sekvence ·: SEQ ID NO: 88
-110CCCGACAAGC AGATCGATGT GACGTCGAAG CTG 33 (2) informace o . SEQ id NO: 89 «
(i) charakteristiky sekvence: (Á) délka · 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden;
• (D) topologie : lineární- · (ii) typ molekuly1: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 89
CCCCACGTAG ARGGCCGARC AGAGRGTGGC GCY 33 (2) informace? o SE^ 90 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: : 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie1 lineární (ii) typ molekuly : · DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 90
YTGRCCGACA AGAAAGACAG ACCCGCAYAR GTC 33 i
-111(2) informace o SEQ ID NO: 91
| T | ti) 1 | charakteristiky sekvence-’ délka : 33 nukleotidů typ: nukleová kyselina počet řetězců· jeden |
| · ·.· -Λ... · | , . ,(D) topologie·: lineární '' | |
| ' (ii) | typ molekuly : DNA ý 5' | |
| .··· ... | (xi) | popis sekvence - SEQ ID NO: 91 |
CGTCCAGTGG YGCCTGGGAG AGAAGGTGAA CAG 33 (2) infOrmaoe o ·. SEQ ID NO: 92 (i) charakteristiky sekvence:
/ (A) délka 33 nukleotidů (B) typ' JJ. aukleayá kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: · SEQ ID NO: 92
GCCGGGATAG ATRGARCAAT TGCARYCTTG CGT 33 i
-112(2) informace o SEQ ID NO: 93 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden • ’ topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (χί) popis: sekvenóej · SEQ ID N0: 93
CATATCCCAT GCCATGCGGT GACCCGTTAY ATG 33 (2) informace o · SEQ ID NO: 94 (i) Charakteristiky sekvence-:
(A) délka : ; 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: · DNA (*i) popis sekvence: * SE^ ID 94
YACCAAYGCC GTCGTAGGGG ACCARTTCAT CAT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 95
-113(i) charakteristiky sekvence· (A) délka: 33 nukleotidů (B) typ· nukleová kyselina (O poč et řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly : DNA (xi) popis sekvence: · SEQ
GATGGCTTGT GGGATCCGGA GYASCTGAGC (2) informace o SEQ ^0: 96 .
ID NO:.95 » : i (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: ‘ 33 nukleotidů (B) typ; nukleová kyselina počet řetězců: jedem í topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID N0: 96
GACTCCCCAG TGRGCWCCAG CGATCATRTC CAW (2) informace o · SE^ ID N0: 97 (·*) charakteristiky sekvence
-114(A) délka - 33 . nukleotidů typ: nukleová kyselina . (C) počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (χ1) popis sekvence: : SEQ ID NÓ: 97
C CCCCACCATG GAGAAATACG CTATGCCCGC YAG 33 . · · '.......- ^2) informace © SDÓ NO:
(i) charakteristiky sekvence· (A) délka: ; 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly : DNA popis sekvence ·’ SEQ ID NO: 98
TAGYAGCAGY ACTACYARGA CCTTCGCCCA GTT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 99 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka : 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina
-115(C) počet řetězců: jeden (V) topologie: lineární '<Η> typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 99
GSTGACGTGR GTKTCYGCGT CRACGCCGGC RAA 33 v- ' (2)' informace o SEQ. ID NO: 100 .-v.' (ij: charakteristiky sekvence: - ·'· - ·· (A) délka: ; 33 nukleotidů.
(B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie* lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: 1 SEQ ID NO: 100
GGAAGYTGGG ATGGTYARRC ARGASAGCAR AGC 33 <2> informace o · SE° » N0: 101 (i) charakteristiky sekvence: s (A) délka: ; 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden i
— 116— (D) topologie: lineární <2) typ molekuly:
DNA (xi) popis sekvence : SEQ ID NO: 101
GTAYAYYCCG GACRCGTTGC GCACTTCRTA AGC informace' o SEQ ID NO:' 102 ··' » Τ-·γ
ID charakteristiky sekvence:
?,· ·: (A) jélka: - nukleotidů typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární (B) (C) (D) (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: · SEQ ID NO: 102
AATRCTTGMG TTGGAGCART CGTTYGTGAC ATG 33 (2) informace o SEQ- ID N0: 103 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka . 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců; jeden (D) topologie: lineární i
-117(ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: r SEQ ID NO: 103 .RGYRTGCATG ATCAYGTCCG YYGCCTCATA CAC 33 (2) informace Q SEQ ID NO: 104 '(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina ...... počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence:
: SEQ ID NO: 104
RTTGTYYTCC CGRACGCARG
GCACGCACCC RGG (2) informace o- SEQ ID NO: 105 Z (i) charakteristiky sekvence:
délka : 33 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (V) topologie: lineární (ii) typ molekuly : DNA
-118(xi) popis sekvence: ·: SEQ ID NO: 105
CGTGGGRGTS AGCGCYACCC AGCARCGGGA GSW (2) informace σ SEQ: ID NO: 106 (i) c-barakteristiky sekvence· (A) délka : 33 nukleotidů ...... . (5) typ: nukleová kyselina,.. ..
(O počet řetězců: jeden .. .
• (E). topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence SEQ ID NO: 106
YGTRGTGGGG AYGCTGKHRT TCCTGGCCGC VAR (2) informace σ SEQ ID NO: 107 (i) charakteristiky sekvence/ délka : 33 nukleotidů' typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeďén ÍD) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (Xi) popis sekvence:
SEQ ID NO: 107
-119CCCRACGAGC AARTCGACRT GRCGTCGTAW TGT 33 (2) informace a SEQ ID NO: 108 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů • (3) typ· nukleová kyselina · i.v'··'.
(C) počet řetězců: jeden TčH / :7,/-.(3) topologie: lineární .<·' .'.'ϊλ;,:-, . .·' γ·, ·. »· *»··.’;. ·
5., ... · /.i, „ ' ·** · <«.».· (ii) typ molekuly: ^NA (χ*) popis sekvence : SE^ ID N0: 108 YCCCACGTAC ATAGCSGAMS AGARRGYAGC CGY 33 (2) informace o c SEQ ID NO: 109 (i) /
charakteristiky sekvence; (A) délka:· ’ 33 nukleotidů’ (3) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců^ jedem (3) topologie: lineární (ii) typ molekuly,; DNA (xi) popis sekvence SEQ ID NO: 109
CTGGGAGAYR AGRAAAACAG ATCCGCARAG RTC 33 i
-120(2) informace; σ . SEQ ID NO: 110 t
(i) charakteristiky sekvence:
| (A) (B) . | délka: 33 nukleotidů typ: nukleová' kyselina - | ||
| · ·* | (C) | počet řetězců: jeden í | |
| ·. | (D) | topologie': lineární |
(ii) typ molekuly/· DNA ;
(xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 110
YGTCTCRTGC CGGCCAGSBG AGAAGGTGAA YAG 33 (2) informace <s> SEQ ID NO: 111 (i) charakteristiky sekvence': délka: 33 nukleotidů (E) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: · SEQ ID NO: 111
GCCGGGATAG AKKGAGCART TGCAKTCCTG YAC 33
-121(2) informace o SEQ ID NO: 112 (i) charakteristiky sekvence·:
• (A) délka: . 33 nukleotidů • (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie- lineární (ii) typ molekuly; DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 112
CATATCCCAA GCCATRCGRT GGCCTGAYAC CTG 33 (2) informace © SEQ ID NO: 113 (i) charakteristiky sekvence'-
| (A) (B) | délka:; 33 nukleotidů typ: nukleová kyselina | |
| / | (C) | počet řetězců: jeden |
| (D) | topologie: lineární |
(ii) typ molekuly: DNA popis sekvence: SEQ ID NO: 113
CACTARGGCT GYYGTRGGYG ACCAGTTCAT CAT 33 informace o SE^ N0: 114
-122(i) charakteristiky sekverce1 délka: : 33 nukleotidů (E) typ: nukleové kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární ’·· typ molekuly: DNA ' (ki) popis sekvence: ' S£Q 114
GACRGCTTGT GGGATCCGGA GTAACTGCGA YAC .... 33 <2) informace o ' SEQ ID N0: 115 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ; nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: ^NA (xi) popis sekvence · SE^ ' 115
GACTCCCCAG TGRGCCCCCG CCACCATRTC CAT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 116 (i) charakteristiky sekvence:
-123(A) délka: ; 33 nukleotidů (B) typ5 nukleová kyselina (C) počet řetězců: jedem (D) topologie;: lineární (ii) tvp molekuly: BNA popis sekvence: SíQ IB NO: 116
SCCCACCATG GAWWAGTAGG CAAGGCCCGC' YAG ‘ 33 (2) informace o SEQ 117 (i) charakteristiky sekvence5 (A) délka : 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie5 lineární (ii) typ molekuly: BNÁ popis sekvence5 · SEQ ID NO: 117 GAGTAGCATC ACAATCAADA CCTTAGCCCA GTT 33 (2) informace o ' SEQ ID NO: 118 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukěotidů.
(B) typ5 nukleová kyselina
-124(2) (?) počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly· DNA (xi) popis sekvence: ’ SEQ ID NO: 118 YGWCRYGÝRG GTRTKCCCGT CAACGCCGGO AAA ' .
informace o SEQ ^0: Λ1?.....
(i) charakteristiky sekvence.;
(A) délka: ·· 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie: lineární (ii) typ molekuly: BNA (χ*) popis sekvence: ’ SEQ ID N0: 119
TCCTCACAGG GGAGTGATTC ATGGTGGAGT GTC informace o SEQ ID NO: 120 (i) charakteristiky sekvence1 (A) délka1 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jedem (2)
-125' (D) toDologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xí) popis sekvence: SEQ ID NO: 120
ATGGCTAGAC GCTTTCTGCG TGAAGACAGT AGT 33 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 121 (i) charakteristiky sekvence:
délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden ' (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: : SEQ ID NO: 121
GCQTGGAGGC TGCACGRCAC TCATACTAAC GCC 33 (2) informace o · SEQ ID NO: 122 charakteristiky sekvence:
délka: 33 nukleotidů ' ' typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární ř
-126(2) (ii) typ molekuly:
DNA
SEQ ID NO: 122 ' ' popis sekvence:
CGCAGACCAC TATGGCTCTY CCGGGAGGGG GGG informace o SEQ . ID NO: 123 (i) charakteristiky sekvence'· (A) délka: 33 nukleotidů typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden topologie1 lineární (ii) typ molekuly:
DNA (xi) . , SEQ ID NO: 123 '— popis sekvence ® u
TCRTCCYGGC AATTCCGGTG TACTCACCGG TTC informace a SE« ID N0: 124 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: ; 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly:
DNA ř
-127(xi) popis sekvence: · S^Q 124
GCATIGAGCG GGTTDATCCA AGAAAGGACC CGG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 125 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů '' (3) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jedem W) topologie1 lineární’”'.......
(ii) typ molekuly: ^NA (xi)popis sekvence: : SEQ ID NO: 125
AGCAGTCTYG CGGGGGCACG CCCAARTCTC CAG 33 (2) informace a · SEQ ID NO: 126 (i)charakteristiky sekvence:
(A) délka: ' 33 nukleotidů (®) typ1 nukleová kyselina (O počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (i·*) t.yp molekuly:*' (xi) popis sekvence
SEQ ID NO: 126
-128ACAAGGCCTT TCGCGACCCA ACACTACTCG GCT 33 (2) informace o> SEQ ID NO: 127
d) charakteristiky sekvence:
délka: i 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina '·*··· »«>··.···.
’' (C) počet řetězců: jeden· ’ '.
. (D) topologie · lineární ;·:..· (ii) typ molekuly: DNA popis sekvence 1 3Εθ ID NO: 127
GGGGCACTCG CAAGCACCCT ATCAGGCAGT ACC 33 (2) informace o - SEQ ID NO: 128 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: ' 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden· (D) topologie: lineární
-1 29(2) (2) (ii) typ molekuly:’ DNA (xi) popis sekvence: , ; SEQ ID NO: 128 YGTGCTCATG RTGCACGGTC TACGAGACCT CCC 33 informace O’ SEQ ID NO: 129 (i) charakteristiky sekvence;:
délka: : 3-3 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: . DNA popis sekvence: SEQ ID NO: 129
GgTACGTTTG KTTYTTYTTT GRGGTTTRGG AWT 33 informace n : SEQ ID NO: 130 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: : 33 nukleotidů (B) typ: nukleová' kyselina (C) počet řetězců· jeden W) topologie: lineární
-130 (ii) typ molekuly: DNA.
(xi) popis sekvence: . SEQ ID NO: 130
CGGGAACTTR ACGTCCTGTG GGCGRCGGTT GGT 33 (2) informace o · SEQ ID NO: 131
| ' (i) | charakteristiky sekvence: | • |
| :.íů.c;· , | (A) délka: 33 nukleotidů IOíN:,·;... ·. | |
| C’ Λ;·: ’ | (D) ' typ; nukleová kyselin^·· ’·>··'··-:. | V |
| (C) počet řetězců: jeden (V) topologie: lineární | ||
| (il) | typ molekuly: DNA | |
| (xi) | popis sekvence: SEQ ID NO: 131 |
CARGTAAACT CCACCRACGA TCTGRCCRCC RCC 33 (2) informace o SEQ ID N0: 132 (i) charakteristiky sekvence·:
(A) délka 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA i
-181(xi) popis sekvence: ; SEQ ID NO: 132
RCGCACACCC AAYCTRGGGC CCCTGCGCGG CAA « · (2) informace o SEQ ID NO: 133 (i) >*‘í .. .-V ·.'· (ii) charakteristiky sekvence:
.délka : 23 nukleotidů; · · {8) typ* nukleová kyselina , : počet řetězců: jeden , topologie: lineární χ , , , - DNA typ molekuly:
(xi) popis sekvence : SEQ ID N0: 133
AGGTTGCGAC CGCTCGGAAG TCTTYCTRGT CGC (2) informace a SEQ ID NO: 134 ^(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka ' 33 nukleotidů typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců1 jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly· DNA (xi) popis sekvence: . SEQ ID NO: 134 i
-132RCGHRCCTTG GGGATAGGCT GACGTCWACC TCG 33 (2) informace σ SEQ ID NO: 135 charakteristiky sekvence '· délka: 33 nukleotidů (B) v t.yp: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: BNA popis sekvence: SEQ ID NO: 135
RCGHRCCTTG GGGATAGGTT GTCGCCWTCC ACG 33 (2) informace o> SEQ ID NO: 136 (i) charakteristiky sekvence; (A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (B) topologie: lineární t ' · t ' (ϋ) typ molekuly:’ BNA .
(xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 136
YCCRGGCTGR GCCCAGRYCC TRCCCTCGGR YYG 33
-133(2) informace O ID NO: 137 (i) charakteristiky sekvenca1
| •i — - v | (A) (B) (C) (D) | délka: ; 33 :nukleotidů typ· nukleová kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární | |
| (ii) | .typ | molekuly: m. i-1 'j. : - | |
| (Xi) | popis sekvence: ^0· 13^ |
BSHRCCCTCR TTRCCRTAGA GGGGCCADGG RTA 33 (2) informace o . SEQ ID NO: 138 (i) charakteristiky sekvence1 délka: 33 nukleotidů f typ: nukleová kyselina počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence· SEQ ID NO: 138
GCCRCGGGGW GACAGGAGCC ATCCYGCCCA CCC 33 (2) informace a SEQ ID NO: 139 i
-134(i) charakteristiky sekvence1
| (A) délka: 33 nukleotidů (B) typ· nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden | |||
| (D) | topologie-·: | lineární | |
| (ii) | typ | molekuly: | DNA . · / · ; |
| (xi) | popis sekvence | : SEQ ID NO: 139 |
(2) (2)
CCGGGGGTCY GTGGGGCCCC AYCTAGGCCG RGA informace o ' SEQ ID NO: 140 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů typ: nukleová kvselina počet řetězců: jeden topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SE^ N0: 140
ATCGATGACC TTACCCAART TRCGCGACCT RCG informace O SEQ ID NO: 141 (i) charakteristiky sekvence:
-135(A) délka : 33 nukleotidů (B) t.yp; nukleová'kyselina (C) počet řetězců: jeden
| (D) topologie: lineární | |||
| (ii) | typ molekuly: . | DNA | |
| ... popis sekvence: | SEQ· | ID NO:'141 | |
| CCCCATGAGR tcggcgaagc | CGCAYGTRAG | GGT | |
| ....... . . | ί ',·/- :Τ·\7· |
(2) informace 0' EEQ NO: 142 charakteristiky sekvence:
délka · 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (P) topologie: lineární (ii) t.yp molekuly· PNA (χΐ) popis sekvence: SEQ ID NO: 142
GCCYCCWARR GGGGCGCCGA CGAGCGGWAT RTA 33 (2) informace σ SEQ ID NO: 143 (i) charakteristiky sekvence: (A) délka · 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina
-136(C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: ΒΝΆ (xi) popis sekvence: '' SE® 143
AACCCGGACR CCRTGYGCCA RGGCCCTGGC AGC 33 informace o~ SEQ ID N0: (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka ·’ 33 nukleotidů (B) typ: nukleové kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: ' SEQ ID NO: 144
RTTCCCTGTT GCATAGTTCA CGCCGTCYTC CAG 33 (2) informace o SEQ ID N°: 1« (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 .nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-137(ii) typ molekuly: BNA (xi) Dopis sekvence: SEQ ID NO: 145
CARRAGGAAG AKAGAGAAAG AGCAACCRGG MAR 33 (2) informace o SEQ ID NO: 146 (i) charakteristiky sekvence:
.(A) délka: ,20 nukleotidů t .-.5· (B) typ· nukleová' kyselina (O počet řetězců: jeden— topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence1 SEQ ID NO: 146
AGGCATAGGA CCCGTGTCTT 20
Z (2) informace o SEQ ID NO: 147 (i) charakteristiky sekvence1 (A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly· BNA (χί) popis sekvence: SEQ ID NO: 147
CTTCTTTGGA GAAAGTGGTG 20
-138-
Claims (7)
- PATENTOVÉ NA'ROKY (3 . Kompozice, obsahující přirozeně se nevyskytující nukleovou kyselinu, nající non-HcV-1 nukleotidovou sekvenci osmi nebo více nukleotidů, odpovídající nukleotidové sekvenci v genomu viru hepatitidy C. *
- 2. Kompozice podle nároku 1,kde uvedená nukleotidová sekvence odpovídá' non-HCV-1 nukleotidové sekvenci v genomu viru hepatitidy C a je vybrána z regionů, zahrnujících NS5 region, obalový 1 region, 5region a jaderný region.
- 3. Kompozice podle nároku 1, kde uvedená nukleotidová' sekvence se shoduje s non-HCV-1 nukleotidovou sekvencí v genomu viru hepatitidy C, odpovídá sekvenci v NS5 regionu.
- 4. Kompozice podle nároku 3, kde uvedená nukleotidová sekvence, odpovídající non-HCV-1 sekvenci v genomu viru hepatitidy G je vybrána ze sekvencí číslovaných 2-22.
- 5. Kompozice podle nároku 1, kde uvedená nukleotidová sekvence, odpovídající non-HCV-1 nukleotidové sekvenci v genomu viru hepatitidy G odpovídá sekvenci v obalovém 1 regionu.
- 6. Kompozice podle nároku 5, kde uvedená nukleotidová sekvence, odpovídající non-HCV-1 sekvenci v genomu viru hepatitidy G odpovídá sekvenci ze sekvencí číslovaných 24-32.-1397. Kompozice podle nároku 1, kde alespoň jedna sekvence odpovídající non-HCV-1 nukleotidové sekvenci v genomu viru hepatitidy C odpovídá sekvenci w 5 *UT regionu.8. Kompozice podle nároku 7, kde uvedená nukleotidová sekvence, odpovídající non-HCV-1 sekvenci v genomu viru hepatitidy G odpovídá sekvenci ze sekvencí číslovaných 34-51.9. Kompozice, podle nároku 1, kde uvedená nukleotidová sekvence, odpovídající non-HCV-1 nukleotidové' sekvenci v genomu viru* hepatitidy C odpovídá sekvenci v jaderném regionu.10. Kompozice podle nároku 9, kde uvedená nukleotidová sekvence, odpovídající non-HCV-1 sekvenci v genomu viru hepatitidy C odpovídá' sekvencím* číslovanými 53-66.11. Kompozice podle nároku 1, kde* uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má nukleotidovou sekvenci odpovídající jednomu nebo více genotypům viru hepatitidy G.12. Kompozice podle nároku 11, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci prvního genotypu, kde první genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 1-6. v NS5 regionu, 23-25 v obalovém 1 regionu·, 33-38 v 5 *UT regionu a 52-57 v jaderném regionu.13· Kompozice podle nároku 11, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci odpovídající sekvenci druhého genotypu*, kde druhý genotyp je definován v podstatě sekvencemi, číslovanými 7-12 v NS5 regionu, 26-28 v obalovém 1 regionu, 39-45 v 5*UT regionu a 58-64 v jaderném regionu.-14014. Kompozice podle nároku 11, kde' uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci třetího genotypu, kde třetí genotyp je~ definován v podstatě sekvencemi číslovanými 13-17 v NS5 regionu, 32 v obalovém 1 regionu, 46-47 v 5*UT regionu a 65-66 v jaderném regionu.15'. Kompozice podle nároku 11, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci čtvrtého genotypu, kde čtvrtý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 20-22 v NS5 regionu, 29-31 v obalovém 1 regionu a 48-49 v 5*UT regionu.16. Kompozice podle nároku 11, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci pátého genotypu, kde pátý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 18-19 v NS5 regionu a 50-51 v 5*UT regionu.
- 7. Kompozice podle nároku 1, kde uvedený přirozeně se nevyskytující kyselina je schopna nastartování reakce syntézy nukleové kyseliny za vzniku nukleové kyseliny, mající nukleotidovou sekvenci, odpovídající viru hepatitidy u.18. Kompozice podle nároku 1, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má značkovací prostředky pro detekci hybridizačního produktu.19. Kompozice podle nároku 1, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má nosičové prostředky pro separaci hybridizačního produktu z roztoku.-14120. Kompozice poďle nároku 1, kde uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina brání transkripci nebo translaci virové nukleové kyseliny.. Způsob tvorby hybridizačního produktu s nukleovou kyselinou viru hepatitidy C, vyznačující se t í m, že zahrnuje následující stupněa. umístění přirozeně se nevyskytující nukleové kyselina, mající nukleotidovou sekvenci osmi nebo více nukleotidů, odpovídající non-HCV-1 sekvenci v genomu viru hepatitidy C za podmínek, ve kterých hybridizační podmínky učiní uvedenou přirozeně se nevyskytující nukleovou kyselinu schopnou tvorby hybridizačního produktu s uvedenou nukleovou kyselinou viru hepatitidy C za hybridizačních podmínek ab. působením hybridizačních podmínek vznik hybridizačního produktu za přítomnosti nukleové kyseliny viru hepatitidyC.22. Způsob podle nároku 21,vyznačující se t í m, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídájící non-HCV-1 sekvenci v genomu viru hepatitidy C, odpovídá sekvenci v aleav pon jednom z regionů, zahrnujících v podstatě NS5 region, obalový 1 region, 5-*UT region a jaderný region.23. Způsob podle nároku 21, kde uvedená nukleotidová sekvence? odpovídá non-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvenci v NS5 regionu.24. Způsob podle nároku 23,vy značující se tím, že uvedená nukleotidová sekvence? odpovídá nón-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvenci ze sekvencí číslovaných2-22.-14225· Způsob podle nároku 21, vyznačující se t í m, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvenci v obalovém 1 regionu.26-. Způsob podle nároku 25, vyznačující se t í m, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 sekvenci zvolené ze sekvení číslovaných 24-32.27'. Způsob podle nároku 21, vyznačující se tím, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvenci v 5*UT regionu.28. Způsob podle nároku 27, vyznačující se t í m, že ubedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 sekvenci vybrané ze sekvencí číslovaných 34-51.29. Způsob podle nároku 21,vyznačující se t í m, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvenci v jaderném regionu.30. Způsob podle nároku 29, vyznačující se t í m, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 sekvenci, vybrané ze sekvencí číslovaných 53-66.. Způsob podle nároku 21, vyznačující se t í m, že uvedená nukleotidová sekvence odpovídá non-HCV-1 nukleotidová sekvenci, odpovídající jednomu nebo více genotypů, viru hepatitidy C.32. Způsob podle nároku 21, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci prvního genotypu, kde první genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 1-6 v NS5 regionu', 23-25 v obalovém 1 regionu, 33-38 v 5*UT regionu a 52-5? v jaderném regionu.-14333· Způsob podle nároku 21,vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci cruhého genotypu, kde druhý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 7-12 v NS5 regionu, 26-28 v obalovém 1 reguionu, 39-45 v 5*UT regionu a 58-64 v jaderném regionu.34. Způsob podle nároku: 21 , v y z n a č u; j í c í se tím, že přirozeně se nevyskytující nukleová kyse, lina má sekvenci, odpovídající sekvenci třetího genotypu, kde třetí genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 13-17 v NS5 regionu, 32 v obalovém 1 regionu, 46-47 v 5*UT regionu a 65-66 v jádrovém regionu.35. Způsob podle nároku 21, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci čtvrtého genotypu, kde čtvrtý genotyp je definován w podstatě sekvencemi číslovanými 20-22 v NS5 regionu, 29-31 v obalovém 1 regionu a 48-49 v 5*UT regionu.36. Způsob podle nároku 21,vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci pátého genotypu, kde pátý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 18-19 v NS5 regionu a 50-51 v 5*UT regionu.•37. Způsob podle nároku 21,v yznačující » s e t í m, že uvedený hybridizační produkt je schopen? nastar tování reakce syntézy nukleové kyseliny.38. Způsob podle nároku 21,vyznačující s e t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má značkové prostředky pro detekci hybridizačního produktu.-14439. Způsob podle nároku 21,vyznačující se t í m, že přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má nosné prostředky pro separaci hybridizačního produktu z roztoku.40. Způsob podle nároku 21, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina brání transkripci nebo translaci virové nukleové kyseliny.. Kompozice, obsahující přirozeně se nevyskytující polypeptid, odpovídající non-HCV-1 nukleotidové sekvenc-i devíti nebo více nukleotidů, kde sekvence devíti nebo více nukleotidů odpovídá sekvenci ze sekvencí genomu viru hepatitidy C.42. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 sekvence je vybrána z jednoho z regionů, zahrnujících NS5 region, obalový 1 region a jaderný region.43. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence odpovídá sekvenci v NS5 regionu.44. Kompozice podle nároku 43, kde uvedená non-HCV-1 sekvence je vybrána ze sekvencí číslovaných 2-22.451 Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 sekvence odpovídá sekvenci v obalovém 1 regionu.46. Kompozice podle nároku 45, kde uvedená non-HCV-1 sekvence je vybrána ze sekvence vybrané ze sekvencí číslovaných 24-32.47. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 sekvence odpovídá sekvenci v jádrovém regionu.Kompozice podle nároku 47, kde uvedená non-HCV-1-145sekvence je vybrána ze sekvencí číslovaných 52-66.49. Kompozice podle nároku 41 , kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence má nukleotidovou sekvenci odpovídající jednomu nebo více genotypům viru hepatitidy Q.50. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence má sekvenci, odpovídající sekvenci prvního genotypu, kde první genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 1-6 v NS5 regionu, 23-25 v obalovém 1 regionu a 52-57 v jaderném regionu.. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence má sekvenci, odpovídající sekvenci druhého genotypu, kde druhý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 7-12 v NS5 regionu, 26-28 v obalovém 1 regionu a 58-64 v jaderném regionu.52. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence má sekvenci, odpovídající sekvenci třetího genotypu, kde třetí genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 13-17 v NS5 regionu, 32 v obalovém 1 regionu a 65-66 v jaderném regionu.53. Kompozice podle nároku 41, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence má sekvenci, odpovídající sekvenci čtvrtého genotypu, kde čtvrtý genotyp je definován v podstatě sekvencemi, číslovanými 20-22 v NS5 regionu, 29-31 v obalovém regionu, a 48-49 v 5*UT regionu.54. Kompozice podle nároku 41 , kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence má sekvenci, odpovídající sekvenci pátého genotypu, kde pátý genotyp je definován v podstatě sekvencemi, číslovanými 18-19 v NS5 regionu a 50-51 v 5*UT regionu.-1 4655. Kompozice podle nároku 41, kde uvedený polypeptid' je schopen vyvolání imunitní reakce v hostiteli'.56. Protilátka schopná selektivní vazby ke kompozici podle nároku 41.57. Způsob detekce jednoho nebo více genotypů viru hepatitidy C, vyznačující se tím, že zahrnuje následující stupněa) umístění přirozeně se nevyskytující nukleové kyseliny, mající nukleotidovou sekvenci osmi nebo více nukleotidů, odpovídající jednomu nebo více genotypů, viru hepatitidy C za podmínek, kdy mohou být hybridizační podmínky využity,b) využití hybridizačních podmínek za vzniku hybridizačního produktu za přítomnosti nukleové kyseliny viru hepatitidy θ ac) sledování tvorby hybridizačního produktu přirozeně se nevyskytující nukleové kyseliny, kdy hybridizační produkt indikuje přítomnost genotypu viru hepatitidy C.58. Způsob podle nároku 57, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci prvního genotypu, kde první genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 1-6 v NS5 regionu, 23-25 v obalovém 1 regionu, 33-38 v 5*UT regionu a 52-57 v jaderném regionu.59· Způsob podle nároku 57, vyznač ující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina mé sekvenci, odpovídající sekvenci druhého genotypu, kde druhý gerrotyn je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 7-12 v NS5 regionu, 26-28 v obalovém 1 regionu, 39-45 v 5'UT regionu a 58-64 v jaderném regionu.-14760. Způsob podle nároku 57, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci třetího genotypu, kde třetí genotyp je definován v podstatě sekvencemi Číslovanými 13-17 v NS5 regionu, 32 v obalovém 1 regionu, 46-47 v 5*UT regionu a 65-66 v jaderném regionu.. Způsob podle nároku 57, vyznačující se tím,, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci čtvrtého genotypu, kde čtvrtý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 20-22 v NS5 regionu, 29-31 v obalovém 1 regionu a 48-49 v 5*UT regionu.62. Způsob podle nároku 57, vyznačují cí se t í m, Že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci pátého genotypu, kde pátý genotyp je definován v podstatě sekvencemi číslovanými 18-19 v NS5 regionu.63. Způsob podle nároku 57, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci, odpovídající sekvencí číslované 67—145 . 64. Způsob podle nároku 57, vyznačuj- ící se t í m, že uvedené přirozeně se nevyskytující nukleová' ’ kyselina má sekvenci, odpovídající sekvenci číslované69,71,73 a 81-99 pro identifikaci skupiny I genotypů v jádře a regionu HCV genomu.-14865. Způsob podle: nároku 57, vyznačující se t í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina mé sekvenci, odpovídající sekvenci číslované 70, 72,70 a 100-118 pro identifikaci skupiny II genotypů v jádře a obalových regionech HCV genomu.66. Způsob podle nároku 57, vyznačující se tí: í m, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci odpovídající sekvencí číslované 77 pro identifikaci skupiny III genotypů v 5 *UT regionu HCV genomu.67. Způsob podle nároku 57, vyznačující se tím, že uvedená přirozeně se nevyskytující nukleová kyselina má sekvenci číslovanou 79 pro identifikaci skupiny IV genotypů v 5*UT regionu HCV genomu.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US69732691A | 1991-05-08 | 1991-05-08 | |
| PCT/US1992/004036 WO1992019743A2 (en) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Hcv genomic sequences for diagnostics and therapeutics |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ237793A3 true CZ237793A3 (en) | 1994-04-13 |
| CZ288720B6 CZ288720B6 (cs) | 2001-08-15 |
Family
ID=24800701
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ19932377A CZ288720B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Country Status (20)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (2) | EP0585398B1 (cs) |
| JP (7) | JPH06508026A (cs) |
| KR (1) | KR100193801B1 (cs) |
| AT (1) | ATE252154T1 (cs) |
| BG (3) | BG64627B1 (cs) |
| CA (1) | CA2108466C (cs) |
| CZ (2) | CZ288720B6 (cs) |
| DE (1) | DE69233234T2 (cs) |
| DK (1) | DK0585398T3 (cs) |
| ES (1) | ES2207633T3 (cs) |
| FI (1) | FI115725B (cs) |
| HU (1) | HU227548B1 (cs) |
| IE (1) | IE921482A1 (cs) |
| NO (1) | NO309532B1 (cs) |
| PL (2) | PL170151B1 (cs) |
| PT (1) | PT100472B (cs) |
| RO (1) | RO117267B1 (cs) |
| RU (1) | RU2155228C2 (cs) |
| SK (1) | SK284205B6 (cs) |
| WO (1) | WO1992019743A2 (cs) |
Families Citing this family (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0532167A3 (en) * | 1991-08-09 | 1993-03-31 | Immuno Japan Inc. | Non-a, non-b hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| US5428145A (en) * | 1991-08-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan, Inc. | Non-A, non-B, hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| EP0532258A2 (en) * | 1991-09-09 | 1993-03-17 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotides and determination system of HCV genotypes |
| DE610436T1 (de) | 1991-11-21 | 1995-08-03 | Common Services Agency | Detektion des Hepatis-C Virus. |
| US6709828B1 (en) | 1992-03-06 | 2004-03-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them |
| US6667387B1 (en) | 1996-09-30 | 2003-12-23 | N.V. Innogenetics S.A. | HCV core peptides |
| CA2136764A1 (en) * | 1992-05-29 | 1993-12-09 | Ronald L. Marshall | Ligase chain reaction starting with rna sequences |
| ATE202383T1 (de) * | 1992-09-10 | 2001-07-15 | Isis Pharmaceuticals Inc | Zusammensetzungen und verfahren für die behandlung von mit hepatitis c viren assoziierten krankheiten |
| US6423489B1 (en) * | 1992-09-10 | 2002-07-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treatment of Hepatitis C virus-associated diseases |
| JPH06153961A (ja) * | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Imuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス部分遺伝子、ならびにｃ型肝炎ウイルス遺 伝子の高感度検出法 |
| US7258977B1 (en) | 1992-11-27 | 2007-08-21 | Innogenetics N.V. | Process for typing of HCV isolates |
| JP4251407B2 (ja) | 1992-11-27 | 2009-04-08 | イノゲネテイクス・エヌ・ブイ | Ｈｃｖ単離物のタイピング法 |
| SG50563A1 (en) | 1993-04-27 | 1998-07-20 | Innogenetics Nv | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| JPH0775585A (ja) * | 1993-06-14 | 1995-03-20 | Immuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス関連オリゴヌクレオチドならびにｃ型肝炎 ウイルス遺伝子型判定方法 |
| US5882852A (en) * | 1993-06-29 | 1999-03-16 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Hepatitic C virus (HCV) core gene nucleotide sequences and related methods of detecting major and minor genotypes of HCV isolates |
| US5514539A (en) * | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| US7070790B1 (en) | 1993-06-29 | 2006-07-04 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 and core genes of isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| AU8003894A (en) * | 1993-10-29 | 1995-05-22 | Srl Inc. | Antigen peptide compound and immunoassay method |
| EP0759979A4 (en) * | 1994-05-10 | 1999-10-20 | Gen Hospital Corp | ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES INHIBITION OF HEPATITIS C VIRUS |
| US7129337B1 (en) | 1994-10-21 | 2006-10-31 | Innogenetics N.V. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
| US5851759A (en) * | 1996-04-19 | 1998-12-22 | Chiron Corporation | Heteroduplex tracking assay (HTA) for genotyping HCV |
| IT1284847B1 (it) * | 1996-06-07 | 1998-05-22 | Sorin Biomedica Diagnostics Sp | Procedimento per la rivelazione di acidi nucleici specifici di hcv |
| CA2312779A1 (en) | 1997-11-04 | 1999-05-20 | Roche Diagnostics Gmbh | Specific and sensitive nucleic acid detection method |
| WO2002014362A2 (en) | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Tripep Ab | A hepatitis c virus non-structural ns3/4a fusion gene |
| US6680059B2 (en) | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| US7022830B2 (en) | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
| RU2286172C2 (ru) | 2000-08-17 | 2006-10-27 | Трипеп Аб | Вакцины, содержащие рибавирин, и способы их использования |
| US6586584B2 (en) | 2001-01-29 | 2003-07-01 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of Hepatitis C virus |
| US7196183B2 (en) | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
| US8124747B2 (en) | 2003-08-29 | 2012-02-28 | Innogenetics | HCV clade and prototype sequences thereof |
| JP5138230B2 (ja) | 2004-01-07 | 2013-02-06 | サード・ウェーブ・テクノロジーズ・インク | Ｃ型肝炎ウイルスの遺伝子型の決定方法 |
| KR100733186B1 (ko) * | 2005-05-31 | 2007-06-27 | 재단법인 목암생명공학연구소 | Ｈｃｖ 유전자에 특이적인 작은 간섭 ｒｎａ 및 그를유효성분으로 포함하는 ｃ형 간염 치료제 |
| EP2185195A2 (en) | 2007-08-16 | 2010-05-19 | Tripep Ab | Immunogen platform |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN1049686C (zh) * | 1987-11-18 | 2000-02-23 | 希龙股份有限公司 | 非ａ和非ｂ肝炎病毒的诊断及疫苗 |
| JP2656995B2 (ja) * | 1989-03-17 | 1997-09-24 | カイロン コーポレイション | Ｎａｎｂｖの診断用薬 |
| BR9006422A (pt) * | 1989-12-18 | 1991-09-24 | Wellcome Found | Processo para preparar um polipeptidio viral pt-nanbh e processo para detectar o mesmo |
| WO1991014779A1 (en) * | 1990-03-28 | 1991-10-03 | Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated | Diagnostic for hepatitis virus |
| EP1018558A3 (en) * | 1990-04-06 | 2002-06-05 | Genelabs Technologies, Inc. | Hepatitis C Virus Epitopes |
| EP0464287A1 (en) * | 1990-06-25 | 1992-01-08 | The Research Foundation for Microbial Diseases of Osaka University | Non-A, non-B hepatitis virus genomic cDNA and antigen polypeptide |
| FI913068A (fi) * | 1990-06-25 | 1991-12-26 | Univ Osaka Res Found | Non-a-, non-b-hepatitisviruspartiklar. |
| EP0510952A1 (en) * | 1991-04-26 | 1992-10-28 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotide primers and their application for high-fidelity detection of non-a, non-b hepatitis virus |
-
1992
- 1992-05-08 CZ CZ19932377A patent/CZ288720B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 WO PCT/US1992/004036 patent/WO1992019743A2/en not_active Application Discontinuation
- 1992-05-08 PT PT100472A patent/PT100472B/pt not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 HU HU9303166A patent/HU227548B1/hu unknown
- 1992-05-08 PL PL92312096A patent/PL170151B1/pl unknown
- 1992-05-08 EP EP92913881A patent/EP0585398B1/en not_active Revoked
- 1992-05-08 RU RU93058449/13A patent/RU2155228C2/ru active
- 1992-05-08 SK SK1232-93A patent/SK284205B6/sk not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 CA CA002108466A patent/CA2108466C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 RO RO93-01493A patent/RO117267B1/ro unknown
- 1992-05-08 PL PL92301282A patent/PL169880B1/pl unknown
- 1992-05-08 JP JP4512055A patent/JPH06508026A/ja not_active Withdrawn
- 1992-05-08 CZ CZ19961210A patent/CZ288722B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 EP EP03013389A patent/EP1394256A3/en not_active Withdrawn
- 1992-05-08 DE DE69233234T patent/DE69233234T2/de not_active Revoked
- 1992-05-08 AT AT92913881T patent/ATE252154T1/de not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 KR KR1019930703367A patent/KR100193801B1/ko not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 ES ES92913881T patent/ES2207633T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 DK DK92913881T patent/DK0585398T3/da active
- 1992-07-01 IE IE148292A patent/IE921482A1/en not_active IP Right Cessation
-
1993
- 1993-11-05 BG BG101876A patent/BG64627B1/bg unknown
- 1993-11-05 BG BG98200A patent/BG62142B1/bg unknown
- 1993-11-05 NO NO934019A patent/NO309532B1/no not_active IP Right Cessation
- 1993-11-08 FI FI934937A patent/FI115725B/fi not_active IP Right Cessation
-
1997
- 1997-09-04 BG BG101876A patent/BG101876A/xx unknown
-
2002
- 2002-05-10 JP JP2002134999A patent/JP2003009892A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134998A patent/JP2003024090A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002135000A patent/JP2003009893A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134997A patent/JP2003009891A/ja not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-06-04 JP JP2004167859A patent/JP2004290204A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-03-05 JP JP2008055639A patent/JP2008178416A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CZ237793A3 (en) | Hcv genom sequences for diagnosis and therapy | |
| US6214583B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| RU2148587C1 (ru) | Полипептид и способ его получения, реагент для иммуноанализа, способ определения присутствия антител и способ индукции иммунного ответа | |
| EP0804584B2 (en) | Sequences of hepatitis c virus genotype 7 and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents | |
| JP2662358B2 (ja) | Ｎａｎｂｖの診断用薬 | |
| JP4296174B2 (ja) | Ｇ型肝炎ウイルスおよびその分子クローニング | |
| US7371386B2 (en) | Conserved motif of hepatitis C virus E2/NS1 region | |
| IE83867B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| Chen et al. | Genetic control of the murine humoral response to distinct epitopes of hepatitis C virus core protein | |
| AU668355C (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| DK176280B1 (da) | NANBV-diagnostika og -vacciner | |
| MAERTENS et al. | Patent 2201703 Summary |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PD00 | Pending as of 2000-06-30 in czech republic | ||
| MK4A | Patent expired |
Effective date: 20120508 |