CN1668635A - 新钙蛋白酶抑制蛋白(cast)等位基因 - Google Patents

新钙蛋白酶抑制蛋白(cast)等位基因 Download PDF

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Abstract

本发明公开了以CAST基因多态性为表征的新的等位基因。这种等位基因可以用于对动物进行遗传分型。在一个优选的实施方案中，该等位基因可以用作动物肉质和/或生长的标记。本发明还公开了鉴定这些标记的方法，和筛选动物以确定它们能够产生期望的肉质和/或生长、以及优选选择用于将来育种目的的动物的方法。

Description

新钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)等位基因
发明领域
本发明一般性涉及动物之中的遗传差异的检测。更特别地，本发明涉及与动物的生长促进、肉质及其它产供销性状相关的标示遗传表型的遗传标记。本发明还公开了在确定动物基因型并加以选择中使用这些标记的方法和组合物以及新序列。
发明背景
在各个动物以及品种之中存在遗传差异，可以使用繁殖技术以获得具有所希望特性的动物。例如，已知中国品种在较早年龄就达到青春期及所产仔个头较大，而美国品种生长速度较快及偏瘦。然而，所希望的性状的遗传可能性通常较低，基于表型变化选择个体的标准繁殖方法未充分考虑到遗传变异性或者所存在的复杂的基因相互作用。
一些研究小组应用限制片段长度多态性(RFLP)分析研究猪DNA。在此引入参考的Jung等，Theor.Appl.Genet.，77：271-274(1989)，揭示了应用RFLP方法示出两个品种猪之间的遗传变异性。多态性通过这些品种中猪白细胞抗原(SLA)I类基因得以证明。在此并入参考的Hoganson等，Abstract for Annual Meeting of Midwestem Section ofthe American Society of Animal Science，March 26-28，1990，针对中国猪报道了猪主要组织相容性复合体(MHC)基因的多态性，也通过RFLP分析表明。在此并入参考的Jung等，Theor.Appl.Genet.77：271-274(1989)，报道了在某些公猪中对SLAI类基因的RFLP分析。作者声明结果提示了猪SLA/MHC I类基因与产量及生产性能之间存在关联。他们进一步声明使用SLAI类限制片段作为遗传标记在未来改良猪生长性能方面具有潜在作用。
一个特异性良好的遗传等位基因的能力涉及鉴别主要作用基因DNA分子标记的一种新的及长期的作用过程。该标记可以与具有主要作用的一个单个基因连接，或者与具有其它作用的许多基因连接。DNA标记有许多优势：易于分离测定及明显，DNA标记是共显性的，即可以明显鉴别杂合与纯合动物。一旦建立标记系统，则可以非常容易地进行选择，因为可以在从各个幼体动物或者甚至胚胎中收集组织或血液样品之后的任何时间分析DNA标记。
受体基因中遗传差异的应用已经成为一种有价值的选择标记系统。例如，Rothschild等的美国专利No.5550024和5374526公开了与所产仔个头较大相关的猪雌激素受体基因的多态性，所述专利内容在此并入参考。美国专利No.5935784公开了与产仔个头较大及全部生殖效力相关的猪促乳素受体基因中的多态性标记。
生猪肉质受许多遗传和非遗传因素影响。后者包括农场、运输、屠宰和加工条件。肉质学方面的科学家对这些因素已经进行了充分研究，使肉质得以相当改善。部分研究还已经致力于动物的遗传背景，一些研究已经论证了遗传因素的重要性。这使得该产业意识到动物的选择性繁殖及应用基因技术在增强猪肉质方面起重要作用。
DNA水平的信息可以帮助选定一个特异性主要基因，但其也可以有助于选择我们已经选择的数量性状。除了表型数据之外的分子信息可以提高选择的精确性，因此提高选择应答。许多研究人员从理论观点考虑在这种标记辅助选择(Marker Assisted Selection)(MAS)程序中额外应答的大小。一般而言，MAS更有益于低遗传度而且表型测定昂贵的性状。尽管在这种方式中不典型考虑如肉质和/或生长等性状，但对应用这些性状的标记仍然明显有益。例如，Meuwissen和Goddard考虑了MAS对不同类型性状的影响。最大影响是针对如肉质的性状，其中所述性状在屠宰之后测定，结合标记信息可以达到接近64％的额外应答。针对生长性状，可以在活体动物测定，为8％，这个数字相对较小。然而，一旦相互关联得以论证，这个标记信息可以在测试动物或者表型选择之前使用(见下文)，在这种情况中预期应答接近38％。
事实上，遗传改良有关经济学的性状的最佳方法是在所选择的种群中直接找到相关的DNA标记。表型测定可以对繁殖机构的核心种群的一些动物持续进行。由于充分评估大多数这些性状仅可以在屠宰之后进行，因此必须精选动物以收集数据而且不能在繁殖力强的动物上获取。
收集这种表型数据以可以检测相关DNA标记，证实使用实验种群鉴别的标记，或者测试候选基因。然后显著性的标记或基因可以直接包含在选择程序中。分子信息的一个优势是可以在培育的动物非常年幼时获得，这意味着可以在完成生长性能测试之前基于DNA标记预选动物。这对整体测试和选择系统是一个巨大优势。
从前文中可以看出需要鉴别标记的方法，通过在遗传水平鉴别和选择具有改良特性的动物以用于改良动物中经济学上有益的特性。
本发明的一方面提供了基于或在钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因内的遗传标记，其是如肉质和/或生长等有益的经济学特性的指征。
本发明的另一方面提供了确定这些遗传标记存在的一种分析。
本发明的再一方面提供了一种评价动物的方法，其提高了针对所希望的性状加以选择和繁殖的方法的精确性。
本发明的又一方面提供了一种PCR扩增试验，其大大加快了确定所述标记存在的过程。
本发明的其它方面和优势有一部分在说明书中阐述，有一部分从说明书中可以显而易见，或者可以通过本发明的实践而学习到。本发明的目的和优势利用所附权利要求中特别指出的手段及其组合而实现。
发明概述
本发明涉及又一种形式的用于对动物进行遗传分型的钙蛋白酶抑制蛋白或CAST基因的发现，其在繁殖中可以用于以下谱系，或者在一个优选的实施方案中所述新基因形式可用作与用于加以选择或排斥某品种动物的表型差异相关的遗传标记。在一个更优选的实施方案中，所述表型差异是肉质和生长性状。就这个基因在物种和动物之中是保守的而言，期望在此揭示的不同等位基因也与该基因在其它经济动物或产肉动物如牛、羊、鸡等动物中的变异性相关。
为实现本发明的目的及根据在此具体表达及充分描述的本发明目的，本发明提供了一种对动物遗传分型的方法，优先筛选动物以确定更可能具有良好肉质和/或生长性状的那些动物，或者选择排斥具有提示生长和/或肉质性状较差的等位基因的那些猪。本文所用短语“良好生长或肉质性状”是指在给定种群平均值之上的许多可测定的肉质或生长性状之一的一种明显改良(提高或降低)，因此这个信息可用于繁殖中以获得肉质和/或生长性状最佳的一个一致种群，这可以包括根据所希望的特性在一些性状中提高或在其它性状中降低。可以考虑的针对肉质的这些因素包括在但非限于以下因素：
腰部肉Minolta色度(L*)：范围在43-47单位(从较暗至较淡)可接受，但L*为43较好；即通常在此范围内具有较高经济价值(这可根据市场而定，例如在日本优选较暗猪肉)。
腰部肉日本色泽度(color score)(JCS)：范围在2.5-5.0单位(色泽从较淡至较暗)可接受，优选JCS为3-4。
腰部五花肉程度(肌内肥肉水平)：通常较高程度的五花肉更好，因为其与肉的口感改良相关。
腰部肉pH：(在屠宰后24小时测定的最终肉质酸度；这个品质是肉质唯一最重要的性状)——范围在5.50-5.80可接受，但优选5.80，因为它对肉质的色泽和渗出液(低)均有正面影响。
大腿部肉Minolta色度(L*)：范围在43-52单位可接受，但较低(43)更好。
大腿部肉pH：较高即5.80更好。
滴水损失或渗出液：范围在1％-％可接受，但较低更好。
这些肉质测定是本领域技术人员通常可接受的一些测定实例。针对肉质性状，可以参考以下文献：Sosnicki，A.A.，E.R.Wilson，E.B.Sheiss，A.deVries，1998，“Is there a cost effective way to producehigh quality pork？”，Reciprocal Meat Conference Proceedings，Vol.51。
生长可以通过多种标准方法测定，如平均日增重，屠宰时重量等。
因此，本发明提供了一种筛选猪以鉴别更可能产生良好肉质和/或生长的那些动物，和/或不太可能产生良好肉质和/生长的那些动物，以优化最佳肉质和/或生长的繁殖与选择的技术。
分析这些性状的方法一般包括以下步骤：(1)从猪体内获得一种生物学样品；(2)分析(1)中获得的基因组DNA或蛋白质，以确定存在哪个CAST等位基因。在此还包括单元型数据，使得CAST基因中的一系列多态性组合在选择或鉴别方案中以使这些标记的益处最大化。
由于一些多态性包括CAST蛋白质中氨基酸组分的改变，因此分析方法甚至可以包括确定CAST蛋白质的氨基酸成分。这些分型或纯化及分析的典型方法包括通过用抗体荧光标记的方法分离蛋白质，分离及纯化蛋白质(即通过反相HPLC系统)，及使用自动蛋白质测序仪以鉴别存在的氨基酸序列。这种分析的方案是本领域已知的标准方案，并记载于Ausubel等(eds.)，Short Protocols in Molecular BiologyFourth ed.，John Wiley and Sons 1999。
在一个优选的实施方案中，分析一种遗传样品。简而言之，从一个动物获得一种遗传样品，分析该样品并根据基因排列以确定CAST基因中与肉质和/或生长、或者这两种性状均改良相关的多态性的存在与否。
本领域技术人员熟知当对比核酸分子的序列差异时可利用多种技术。这些技术包括例如限制片段长度多态性分析、异源双链分析、单链构象多态性分析、变性梯度电泳及温度梯度电泳。
在一个优选的实施方案中，所述多态性是限制片段长度多态性，所述分析包括从分离的遗传材料中鉴别CAST基因；将该基因暴露于一种限制酶以产生该基因的多种长度的限制片段；如通过电泳或HPLC分离法，分离所述限制片段形成一种限制图谱；将所得的限制片段图谱与已知有或无所希望标记的CAST基因进行对比。如果一个动物经测试标记阳性，则认为该动物可包含在繁殖程序中。如果动物经测试所述标记基因型非阳性，则将该动物从实验组中剔除另作它用。也可以结合使用单元型数据以针对肉质和/或生长的不同方面筛选多个等位基因。
在最优选的一个实施方案中，所述基因通过使用引物和DNA聚合酶分离，以扩增含有多态性的基因的一个特殊区域。然后将扩增的区域用限制酶消化，再次分离片段。通过将片段简单染色，或者通过标记扩增中所使用的引物或三磷酸核苷，观测RFLP图谱。
在另一个实施方案中，本发明包括一种鉴别特定种群中肉质和/或生长的遗传标记的方法。繁殖相同品种或杂交品种或相似遗传谱系的雄性和雌性动物，确定每头猪产生的肉质和/或生长情况。鉴别每头猪的CAST基因中的多态性并与肉质和/或生长情况相关联。优选使用RFLP分析确定多态性。
在另一个实施方案中，本发明包括一种鉴别除了猪之外任何特定经济动物中肉质和/或生长的遗传标记的方法。基于该基因在不同动物中的高度保守性质及这些高度保守的区域内多态性的部位，期望使用不超出在此所述的常规试验，即可将这个标记用于不同的动物物种，以便在所述技术的基础上对肉质和/或生长性状加以选择。繁殖相同品种或杂交品种或相似遗传谱系的雄性和雌性动物，确定每只动物产生的肉质和/或生长情况及相关性。针对已知序列的其它动物，可以使用BLAST序列对比以确定特定的等位基因与在此所揭示的基因是否相似。相似的多态性存在于其它动物及其它密切相关的基因中。术语“相似多态性”应是这样的一种多态性，其与在此通过BLAST对比确定的所揭示的任何相同的多态性。
以下术语用于描述两或多个核酸或多核苷酸之间的序列关系：(a)参比序列，(b)对比窗口，(c)序列相同性，(d)序列相同性百分比，(e)基本相同性。
(a)正如在此所应用的，“参比序列”是用作序列对比基础的序列。在这种情况中，参比序列是CAST序列。参比序列可以是一特定序列的亚类或整体，例如全长cDNA或基因序列的一个节段，或者完整cDNA或基因序列。
(b)正如在此所应用的，对比窗口包括提及的一种多核苷酸序列的一个连续或特定的节段，其中将所述多核苷酸序列与参比序列相对比，对比窗口中的多核苷酸序列部分与参比序列(其不包含添加或缺失)相比可包含添加或缺失(即空位)以优化两个序列的对比。通常地，所述对比窗口长度为至少20个连续核苷酸，任选可以是30，40，50，100或更长。本领域技术人员已知为避免由于所述多核苷酸序列中包含空位而导致与参比序列高度相似，代表性地导入空位并从匹配数中减去。
本领域熟知序列对比方法。最佳序列对比可通过以下方法进行：局部同源算法，Smith和Waterman，Adv.Appl.Math.2：482(1981)；同源对比算法，Needleman和Wunsch，J.Mol.Biol.48：443(1970)；相似性研究方法，Pearson和Lipman，Proc.Natl.Acad.Sci.85：2444(1988)；这些算法的计算机执行程序，包括但非限于PC/Gene程序中CLUSTAL，Intelligenetics，MountainView，Califomia；WisconsinGenetics软件包中GAP，BESTFIT，BLAST，FASTA和TFASTA，Genetics Computer Group(GCG)，575 Science Dr.，Madison，Wisconsin，USA；CLUSTAL程序由Higgins和Sharp充分描述，Gene73：237-244(1988)；Higgins和Sharp，CABIOS 5：151-153(1989)；Corpet等，Nucleic Acids Research16：10881-90(1988)；Huang等，ComputerApplications in the Biosciences8：155-65(1992)，及Pearson等，Methodsin Molecular Biology24：307-331(1994)。可用于数据库相似性研究的程序的BLAST家族包括：BLASTN，针对核苷酸数据库序列的核苷酸查询序列；BLASTX，针对蛋白质数据库序列的核苷酸查询序列；BLASTP，针对蛋白质数据库序列的蛋白质查询序列；TBLASTN，针对核苷酸数据库序列的白质查询序列；及TBLASTX，针对核苷酸数据库序列的核苷酸查询序列。见Current Protocols in MolecularBiology，第19章，Ausubel等编辑，Greene Publishing andWiley-Interscience，New York(1995)。
除非特别说明，在此提供的序列相同性/相似性数值是指使用BLAST 2.0程序组使用默认参数获得的。Altschul等，Nucleic AcidsResearch25：3389-3402(1997)。进行BLAST分析的软件可公开获得，例如通过国立生物工程信息中心获得(http：//www.hcbi.nlm.gov/)。
这种算法包括首先通过鉴别查询序列中长度W的短字而鉴别高分值序列对(HSP)，当与数据库序列中相同长度字对比时匹配或符合一些正值阈值T。T是指邻近字阈值(Altschul等，如前)。这些初始邻近字采样数(hits)作为开始研究的根据，以发现含有其的更长HSP。然后该字采样数沿着每个序列双向扩展直到累积的对比分值可提高。针对核苷酸序列使用参数M(一对匹配残基的得分值，总是＞0)和N(错配残基的罚分值，总是＜0)计算累积分值。针对氨基酸序列，使用一分值矩阵计算累积分值。当在以下情况时，每个方向中字采样数扩展停止：累积对比分值从其达到的最大值降低至数量X；由于一或多个负值残基对比的积累所致累积分值为0或之下；或者每个序列达到末端。BLAST算法参数W，T和X决定对比的灵敏性和速度。BLASTN程序(针对核苷酸序列)使用的默认参数为字长(W)为11，期望值(expectation)(E)为10，分界值(cutoff)为100，M＝5，N＝-4，两个链均对比。针对氨基酸序列，BLASTP程序使用的默认参数为字长(W)为3，期望值(E)为10，及BLOSUM62分值矩阵(见Henikoff & Henikoff(1989)，Proc.Natl.Acad.Sci.USA89：10915)。
除了计算序列相同性百分比之外，BLAST算法还在两个序列之间进行相似性的统计学分析(见如Karlin & Altschul，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：5873-5787(1993))。BLAST算法提供的一种测定相似性的方法是最小总和概率(P(N))，其提供了一个概率指征，通过该指征在两个核苷酸或氨基酸序列之间可偶然出现匹配。
BLAST研究设想蛋白质可以随机序列建模。然而，许多真实的蛋白质包含非随机序列区域，可以是均聚合序列段、短期重复或者富集一或多个氨基酸的区域。这种低复杂性区域可以在不相关的蛋白质之间排列，甚至蛋白质的其它区域是完全不同的。可以应用许多低复杂性过滤程序以降低这种低复杂性排列。例如，可以单独或联合应用SEG(Wooten和Federhen，Comput.Chem.17：149-163(1993))及XNU(Claverie和States，Comput.Chem.17：191-201(1993))低复杂性过滤器。
(c)正如在此所应用的，两个核酸或多肽序列的“序列相同性”或“相同性”是指当在一个特定对比窗口最大程度一致排列时两个序列中相同的残基。当序列相同性百分比作为参考用于蛋白质中时，不相同的残基位置通常由于保守氨基酸代换而不同，其中氨基酸残基由具有相似化学性质(例如极性或疏水性)的其它氨基酸残基代换及因此不改变分子的功能性质。在保守代换序列不同的地方，向上调节相同性百分比以校准代换的保守本质。由于这种保守代换而不同的序列称为具有“序列相似性”或“相似性”。本领域技术人员熟知产生这种调整的方法。典型地包括确定保守代换作为一部分而不是全部错配的分值，从而提高序列相同性百分比。因此，例如在相同氨基酸给定分值为1，非保守代换给定分值为0之处，保守代换给定分值在0-1之间。保守代换分值根据例如Meyers和Miller，Computer Applic.Biol.Sci.4：11-17(1988)的算法计算，以及例如程序PC/GENE执行(Intelligenetics，Mountain View，Califomia，USA)。
(d)正如在此所应用的，“序列相同性百分比”是指通过对比窗口对比两个最佳排列的序列确定的数值，其中对比窗口中多核苷酸序列部分与参比序列(不包含添加或缺失)相比可包含添加或缺失(即空位)以优化两个序列的对比。所述百分比通过确定两个序列中出现相同核酸碱基或氨基酸残基的位置数计算，以产生匹配位置数，将匹配位置数除以对比窗口中位置总数，结果乘以100，得出序列相同性百分比。
(e)(I)术语多核苷酸序列“基本相同”是指一个多核苷酸包含这样一个序列，其使用所述对比程序之一使用标准参数与参比序列相比具有至少70％序列相同性，优选至少80％，更优选至少90％，及最优选95％序列相同性。技术人员意识到这些数值可以通过考虑到密码子简并性、氨基酸相似性、读框位置等而适当调整以确定由两个核苷酸序列编码的蛋白质的相应相同性。针对这些目的，氨基酸序列基本相同通常是指序列相同性为至少60％，或者优选至少70％、80％、90％，最优选至少95％。
这些程序和算法可以确定靶基因中与在此所揭示的那些多态性相似的特殊多态性。期望这种多态性存在于其它动物中，而且在其它动物中使用在此所述技术使用这种多态性并且不超出参数的常规优化。
确定预先已经示出与一特殊性状相关的另一种DNA标记的特异等位基因与已知与一特殊基因(例如在此所揭示的CAST基因)相关的DNA标记的等位基因之间的联系也是可能的。因此在这种情况中，使用CAST基因选择可能产生所希望的肉质和/或生长性状的动物，或者通过选择另一种染色体标记的特异等位基因而间接选择CAST相关标记的某等位基因，而排除可能产生不希望的肉质和/或生长性状的猪是可能的，至少在短期是可能的。在此所有术语“遗传标记”应不仅包括通过分析与多态性相关的蛋白质变化的任何方法，其连接的标记，微卫星的应用，或者甚至分析通过标记表明的引起蛋白质变化的原因的任何方法揭示的多态性，还包括使用所述多态性影响动物肉质和/或生长。
正如在此所应用，通常一特殊多态性的命名是通过一种特殊的限制酶的名称产生的。这不意味着可以鉴别位点的唯一方式是通过使用该限制酶。本领域技术人员可利用许多数据库和资源鉴别可用于鉴别一特殊多态性的其它限制酶，例如 http：//darwin.bio.geneseo.edu，其可以根据提供的分析序列及鉴别的多态性提供限制酶。事实上，如本发明的学说所揭示的，有许多种用其他的方法鉴别特殊多态性或等位基因的方式，其甚至不包括限制酶，但是以相同的遗传或其它蛋白质组形式。
在本发明另一个实施方案中，鉴别了新的猪核苷酸序列，揭示其编码猪CAST。揭示了猪CAST基因的cDNA以及一些内含子DNA序列。这些序列可用于设计引物以分析本发明的SNP’s或者产生重组CAST。本发明包括这些序列以及其保守修饰的变体以及在高度严格条件下与所揭示的序列杂交的那些序列。在此所用术语CAST是指包括这些保守修饰的变体以及那些杂交的序列。
术语“保守修饰的变体”针对氨基酸和核酸序列而言。关于特殊的核酸序列，保守修饰的变体是指编码相同或保守修饰的氨基酸序列变体的那些核酸。由于遗传密码的简并性，有大量功能相同的核酸编码任何给出的蛋白质。例如，密码子GCA、GCC、GCG和GCU均编码氨基酸丙氨酸。因此，在丙氨酸由密码子指定的每个位置，密码子可以改变为所述任何相应的密码子而不改变所编码的多肽。这种核酸变化是“沉默变化”，代表保守修饰的变化的一个种类。编码一个多肽的每个核酸序列，通过参考遗传密码，描述了核酸的每个可能的沉默变化。技术人员意识到可以修饰核酸中的每个密码子(除了AUG和UGG之外，AUG通常只是甲硫氨酸的密码子，UGG通常只是色氨酸的密码子)，以产生功能相同的分子。因此，编码本发明多肽的核酸的每个沉默变化在每个所述多肽序列中是固有的，包含在本发明范围内。
针对氨基酸序列，技术人员意识到核酸、肽、多肽或蛋白质序列中的各个代换、缺失或添加在编码的序列中改变、添加或缺失一个单一氨基酸或少量氨基酸是“保守修饰的变体”，其中所述改变导致一个氨基酸由一个化学相似的氨基酸代换。因此，选自1-15任何数目的氨基酸可以如此改变。因此，例如可以产生1，2，3，4，5，7或10种变化。保守修饰的变体典型提供了与其从中衍生的未修饰的多肽序列相似的生物学活性。例如，底物特异性、酶活性或者配体/受体结合通常是天然蛋白质针对其天然底物的至少30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。本领域熟知提供功能相似的氨基酸的保守代换表。
以下6组均含有由另一个氨基酸保守代换的氨基酸：
1)丙氨酸(A)，丝氨酸(S)，苏氨酸(T)；
2)天冬氨酸(D)，谷氨酸(E)；
3)天冬酰胺(N)，谷氨酰胺(Q)；
4)精氨酸(R)，赖氨酸(K)；
5)异亮氨酸(I)，亮氨酸(L)，甲硫氨酸(M)，缬氨酸(V)；
及
6)苯丙氨酸(F)，酪氨酸(Y)，色氨酸(W)。
也见于Creighton(1984)Proteins W.H.Freeman and Company。
针对一特异核酸，“编码”是指包含翻译为特异蛋白质的信息。编码蛋白质的核酸在核酸的翻译区内可以包含非翻译的序列(例如内含子)，或者没有这种间插的非翻译序列(例如在cDNA内)。编码蛋白质的信息通过使用密码子具体说明。典型地，氨基酸序列由使用“通用”遗传密码的核酸编码。然而，当所述核酸在其中表达时，可以使用通用密码的变体，如存在于一些植物、动物和真菌线粒体、细菌山羊枝原体(Mycoplasma capricolum)或者纤毛虫的大核(Macronucleus)中。
术语“严格条件”或者“严格杂交条件”包括这样的条件，即在此条件下探针与其靶序列比与其它序列明显更高程度地杂交(例如高出背景水平至少2倍)。严格条件是序列依赖性的而且在不同环境中不同。通过控制杂交和/或洗涤条件的严格性，可以鉴别靶序列，其与所述探针100％互补(同源探查)。或者，可以调节严格条件以允许序列中有一些错配以便检测较低程度的相似性(异源探查)。通常地，探针长度少于大约1000个核苷酸，任选长度少于500个核苷酸。
典型地，严格条件是其中盐浓度低于大约1.5M Na+，典型为大约0.01-1.0M Na+浓度(或其它盐)，pH为7.0-8.3，针对短探针(例如10-50个核苷酸)温度为至少大约30℃，针对长探针(例如高于50个核苷酸)温度为至少大约60℃。严格条件也可以加入去稳定剂如甲酰胺而实现。低严格条件例如包括在30-35％甲酰胺、1M NaCl、1％SDS(十二烷基硫酸钠)的缓冲溶液中在37℃杂交，在1×到2×SSC(20×SSC＝3.0M NaCl/0.3M柠檬酸三钠)中在50-55℃洗涤。中等严格杂交条件包括在40-45％甲酰胺、1M NaCl、1％SDS的缓冲溶液中在37℃杂交，在0.5×到1×SSC中在55-50℃洗涤。高度严格条件包括在50％甲酰胺、1M NaCl、1％SDS的缓冲溶液在37℃杂交，在0.1×SSC中在60-65℃洗涤。
特异性典型地是杂交后洗涤的功能，关键因素是离子强度和最后洗涤溶液的温度。针对DNA-DNA杂交，Tm可以是Meinkoth和Wahl的等式近似得出，Anal.Biochem.138：267-284(1984)：
Tm＝81.5℃+16.6(log M)+0.41(％GC)-0.61(％form)-500/L；其中M是一价阳离子的摩尔浓度，％GC是DNA中鸟苷与胞嘧啶核苷酸的百分比，％form是杂交溶液中甲酰胺的百分比，L是碱基对中杂交体长度。Tm是50％的互补靶序列与完全匹配的探针杂交的温度(在限定离子浓度和pH下)。Tm降低大约1℃则出现1％错配，因此可以调节Tm、杂交和/或洗涤条件以与所希望的相同性序列杂交。例如，如果寻求≥90％相同性的序列，则Tm可降低10℃。通常地，选择的严格条件是在限定离子浓度和pH下比特异序列及其补体的热溶解点(Tm)低大约5℃。然而，重度严格条件可利用在低于热溶解点(Tm)1、2、3或4℃杂交和/或洗涤；中等严格条件可利用在低于热溶解点(Tm)6、7、8、9或10℃杂交和/或洗涤；低严格条件可利用在低于热溶解点(Tm)11、12、13、14、15或20℃杂交和/或洗涤。使用该等式、杂交和洗涤成分及所希望的Tm，本领域技术人员理解杂交和/或洗涤溶液严格性的变化是固有的。如果希望程度的错配导致Tm低于45℃(水溶液)或32℃(甲酰胺溶液)，优选提高SSC浓度以便可以使用较高温度。关于核酸杂交的深入指导见Tijssen，LaboratoryTechniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Acids Probes，第一部分，第二章，Ausubel等编辑，Greene Publishing and Wiley-Interscience，New York(1995)。
所附图表在此并入作为参考并组成了本说明书的一部分，例证了本发明的一个实施方案，与描述内容一起阐述本发明的原理。
附图简述
图1a是包含本发明多态性的猪骨骼肌钙蛋白酶抑制蛋白cDNA序列。图1b是氨基酸序列。
图2a是Hpy188I多态性的不同基因型的预期条带模式草图。图2b是Hpy188I多态性周围的序列(SEQ ID NO：21)。
图3a是PvuII多态性的不同基因型的预期条带模式草图。图3b是PvuII多态性周围的序列(SEQ ID NO：22)。
图4a是AciI多态性的不同基因型的预期条带模式草图。图4b是AciI多态性周围的序列(SEQ ID NO：23)。
图5a是ApaLI多态性的不同基因型的预期条带模式草图。图5b是ApaLI多态性周围的序列(SEQ ID NO：24和25)。
图6是示出在24小时钙蛋白酶抑制蛋白活性及Hpy188I基因型11和12的图表。
图7是使用Clustal L程序针对外显子6多态性在牛(Bos taurus)(SEQ ID NO：19)与Sus scrofa(SEQ ID NO：20)之间的序列对比。所述多态性在相同密码子内。牛核苷酸变化在第二个核苷酸三联体密码子内，Sus scrofa核苷酸变化在最后的核苷酸三联体密码子内。这两种变化均导致同义氨基酸代换。
发明详述
结合参考文献与以下实施例一起详细描述本发明的实施方案，以阐述本发明的原理。
在哺乳动物骨骼肌和心肌中，钙激活的蛋白酶参与调节肌原纤维和细胞骨架蛋白的受限蛋白酶解过程及保持肌纤维的胞内结构。许多肌消耗性疾病如肌营养不良伴随钙蛋白酶(钙依赖性半胱氨酸蛋白酶)活性改变。钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)是一种钙特异性内源蛋白抑制剂，其与蛋白酶共表达。推测CAST在活组织中参与肌蛋白降解，并示出在屠宰后肉的嫩化中起关键作用。分离自不同组织的钙蛋白酶抑制蛋白由于基因转录的可变剪接以及翻译后加工而大小不同。现未知钙蛋白酶抑制蛋白多样性的生理学意义，但假定与胞内区室化或者与钙蛋白酶同种型的不同抑制剂特异性相关。在CAST蛋白中有4个结构域，每个结构域均具有抑制功能。
根据本发明，本发明人鉴别了CAST基因一些不同等位基因，其与动物的生长和肉质相关。本发明人还鉴别了新的猪骨骼肌cDNA序列。
图1a示出钙蛋白酶抑制蛋白cDNA序列SEQ ID NO：1及本发明的可变多态性(SEQ ID NO：3、5、7和9)，图1b示出猪骨骼肌CAST的氨基酸序列SEQ ID NO：2及可变形式(SEQ ID NO：4、6、8和10)。这些新标记示出与肉紧实度，肉汁液，肉嫩度，平均Instron力，平均滴水损失，屠宰前体重，腰部肉重量，腰部肉pH，股部肉pH，hpromeat(Henessey探查腰部后度)相关联。根据本发明，这些多态性与这些性状的关系使其能够鉴别特异品种或遗传谱系或动物的遗传标记，在动物生命中具有良好的肉质和/或早期生长。
根据本发明鉴别的一个单一核苷酸多态性表现为在CAST基因的外显子13结构域1中精氨酸密码子(AAA，等位基因2)转变为赖氨酸(AGA，等位基因1)(SEQ ID NO：5和6)(cDNA序列的第812位，图1)。这个多态性示出对主观多汁、紧实度、instron力，滴水损失、烹饪损失、破碎性、纤维性、粘性、硬度、合格、loinminl、腰部肉pH、测试日期、hamminl、腰部去骨重量、LDG及TDG有作用。与生长性状包括活体日增重、测试日增重及在测试结束时体重也有一些关系。根据本发明的一个实施方案，利用PCR-RFLP测试使用限制酶Hpy188I鉴别遗传样品中这些特殊等位基因的存在。
根据本发明鉴别的另一个单一核苷酸多态性表现为在CAST基因的外显子28(结构域4)中精氨酸密码子(AGA)转变为丝氨酸(AGC，等位基因1)(SEQ ID NO：9和10)(cDNA序列的第1980位，图1)。这个位置的变化与主观多汁、紧实度、instron力，滴水损失、破碎性、纤维性、粘性、硬度、合格、loinminl、腰部肉pH、hpromeat、aloca backfat、测试日期、水分百分比、US_MD及股部骨重相关联。与生长性状如活体日增重、测试日增重、Henssey探查腰部深度及在测试结束时体重也有一些关系。根据本发明的一个实施方案，利用PCR-RFLP测试使用限制酶PvuII鉴别遗传样品中这些特殊等位基因之一的存在。
根据本发明鉴别的另一个单一核苷酸多态性表现为在CAST基因的外显子22(结构域3)中苏氨酸密码子(ACT，等位基因1)转变为丙氨酸(GCT)(SEQ ID NO：7和8)(cDNA序列的第1576位，图1)。根据本发明的再一个实施方案，利用PCR-RFLP测试使用限制酶AciI鉴别遗传样品中这些特殊等位基因之一的存在。
根据本发明鉴别的再一个单一核苷酸多态性表现为在CAST基因的外显子6(结构域L)中天冬酰胺密码子(AAT，等位基因1)转变为丝氨酸(AGT)(SEQ ID NO：3和4)(cDNA序列的第263位，图1)。使用限制酶ApaLI测试这种多态性，发现这种多态性与Hpy188I标记完全连锁不平衡。同样根据本发明，发现相同密码子中的多态性存在于牛中。图6示出Bos taurus(牛)与Sus scrofa(猪)外显子6序列的Clustal L对比。由于这个基因的高度保守性质，期望在此揭示的多态性，特别是全部存在于基因编码区的，将存在于其它动物、品种、谱系或种群中。
另外，进行单元型分析以鉴别在CAST基因中鉴别的标记的良好组合，提供充分信息以能检测它们的可能作用。
本发明因此涉及在动物中具有经济学价值性状的遗传标记。所述标记表示与肉质和/或生长性状明显相关的等位基因，因此本发明提供了一种筛选动物以确定当繁殖时更可能产生希望肉质和/或生长(一或多种这些水平)的那些动物的方法，通过鉴别CAST基因中如此相关的多态性的存在与否而进行。
因此，本发明涉及遗传标记及在特殊动物、品种、品系、种群或类群的动物中鉴别那些标记的方法，从而所述动物更可能达到希望的肉质和/或生长。
可以使用鉴别这些标记存在与否的任何方法，包括例如单链构象多态性(SSCP)分析、碱基切除序列扫描(BESS)、RFLP分析、异源双链分析、变性梯度凝胶电泳、温度梯度凝胶电泳、等位基因PCR、连接酶链反应直接测序、微测序、核酸杂交、微阵列分型检测CAST基因、或者CAST基因的其它连接的序列。本发明还包括分析在存在这种多态性的情况下出现的蛋白质构象或序列变化。所述多态性可以或不是突变的原因，但是这个变化存在的指征，可以针对表型不同分析遗传或蛋白质碱基。
以下是可用于分析本发明多态性的技术的一般回顾。
在本发明中，遗传材料的样品得自动物。样品可以得自血液、组织、精液等。一般周围血细胞用作原料，遗传材料是DNA。获得足够数量的细胞以提供足够数量的DNA以进行分析。这个数量为本领域技术人员所已知或易于确定。本领域技术人员通过已知的技术从血细胞中分离DNA。
分离及扩增核酸
基因组DNA样品分离自任何常规原料包括唾液、口腔细胞、发根、血液、脐带血、羊水、小肠液、腹水、绒毛膜及具有完整间期核或中期细胞的任何其它合适的细胞或组织样品。细胞可得自新鲜的或保藏的器官或者组织样品或组织活检的固体组织。样品可以含有与生物学材料非天然混合的化合物，如防腐剂、抗凝血剂、缓冲液、固定剂、营养素、抗生素等。
从这些各种各样的原料中分离基因组DNA的方法见例如Kirby，DNA Fingerprinting，An Introduction，W.H.Freeman&Co.New York(1992)所述。基因组DNA也可以分离自培养的原代或次代细胞培养物，或者衍生自前述任何组织样品的转化的细胞系。
也可以使用动物RNA样品。RNA可以分离自表达CAST基因的组织，如Sambrook等(如前)所述。RNA可以是总细胞RNA、mRNA、聚A+RNA、或者其任意组合。为达到最佳结果，RNA是纯化的，但也可以是未纯化的胞质RNA。RNA可以反向转录形成DNA，然后DNA可以用作扩增模板，由此PCR间接扩增一群特异的RNA转录物。见例如Sambrook，如前；Kawasaki等，PCR Technology，第8章(1992)如前；及Berg等，Hum.Genet.85：655-658(1990)所述。
PCR扩增
最常用的扩增方式是聚合酶链反应(PCR)，如美国专利No.4683195、4683202、4965188所述，在此均并入参考。如果PCR用于扩增血液细胞中的靶区域，则肝素化的全血应吸入在密封的真空管中保持与其它样品分离并用清洁的手套握持。为达到最佳结果，血液应在收集后立即加工；如果这样不可能，应将其保持在4℃的密封容器中直至使用。其它生理体液中的细胞也加以分析。当使用任何这些液体时，体液中的细胞应通过离心与体液成分分离。
组织应使用一无菌一次性解剖刀和一无菌针头(或者两把解剖刀)在5mm陪替氏平皿中轻轻切碎。从组织切片中除去石蜡的程序在本领域技术人员熟知的许多专业手册中均有描述。
为通过PCR扩增样品中的靶核酸序列，该序列必须易受扩增系统成分的影响。分离靶DNA的一个方法是粗提法，其用于相对大的样品。简而言之，来自血液样品的单核细胞、来自羊水的羊水细胞、培养的绒毛膜细胞等通过标准程序在无菌Ficoll-Hypaque梯度上压条分离。收集间期细胞并在无菌磷酸盐缓冲盐水中洗涤3次，之后提取DNA。如果测试来自周围血淋巴细胞的DNA，提议进行渗压震扰(用蒸馏水处理沉淀10秒钟)，随后如果在初次洗涤后可观测到剩余的红细胞，进行另外两次洗涤。这将预防血红蛋白携带的血红素基对PCR反应的抑制作用。如果在收集样品后不立即进行PCR，可将106个细胞等分在无菌Eppendorf管中沉淀，在-20℃冻干沉淀直至使用。
将细胞(106个具核细胞/100μl)再悬浮于补加100μg/ml蛋白激酶K的一种缓冲液中，所述缓冲液包含50mM Tris-HCl(pH8.3)、50mM KCl、1.5mM MgCl2、0.5％Tween 20、0.5％NP40。在56℃温育2小时后，将细胞加热至95℃进行10分钟以灭活蛋白激酶K，立即移至湿冰上(突然冷却)。如果存在明显凝集，则应在相同缓冲液中进行另一次消化循环。10μl这种提取物用于扩增。
当从组织例如绒毛膜细胞或铺满培养的细胞中提取DNA时，上述具有蛋白激酶K的缓冲液的数量可以根据组织样品的大小加以变化。将提取物在50-60℃温育4-10小时，然后在95℃温育10分钟以灭活蛋白激酶。在较长的温育期间，应在大约4小时后加入初始浓度的新鲜蛋白激酶K。
当样品含有少量细胞时，可以通过Higuchi所述方法完成提取：“Simple and Rapid Preparation of Sample for PCR”，in PCRTechnology，Ehrlich，H.A.编辑，Stockton出版社，纽约，在此并入参考。PCR可用于在衍生自骨髓和外周血培养物的各个集落的极少量细胞(1000-5000个)中扩增靶区域。将样品中的细胞悬浮于20μl的PCR裂解缓冲液中(10mM Tris-HCl(pH8.3)，50mM KCl，2.5mMMgCl2，0.1mg/ml明胶，0.45％NP40，0.45％Tween 20)并冷冻直至使用。当进行PCR时，向于PCR裂解缓冲液中的细胞中加入0.6μl蛋白激酶K(2mg/ml)。然后将样品加热至大约60℃并温育1小时。通过将样品加热至95℃进行10分钟灭活蛋白激酶K结束消化，然后在冰上冷却。
相对简易的提取进行PCR的DNA的方法是盐析法，其是对Miller等，Nucleic Acids Res16：1215(1988)所述方法加以改动的方法，在此并入参考。单核细胞在Ficoll-Hypaque梯度上分离，将细胞再悬浮于3ml裂解缓冲液中(10mM Tris-HCl，400nM NaCl，2mM Na2EDTA，pH8.2)。向细胞中加入50μl的20mg/ml蛋白激酶K溶液和150μl的20％SDS溶液，然后在37℃温育过夜。在温育期间摇动试管以促进对样品的消化。如果蛋白激酶K消化在温育过夜后未完成(仍可见到片段)，在该溶液中混合另外50μl的20mg/ml蛋白激酶K溶液，在轻轻摇动或转动的平台上在37℃再次温育过夜。在适当消化后，将1ml的6M NaCl溶液加入样品中并强力混合。所得溶液在3000rpm离心15分钟。沉淀物含有沉淀的细胞蛋白，而上清含有DNA。将上清移至一含有4ml异丙醇的15ml试管中。将试管中内容物轻轻混合直至水相和醇相混合并形成白色DNA沉淀。取出DNA沉淀，并将其滴入70％乙醇溶液，轻轻混合。从乙醇中取出DNA沉淀，在空气中干燥。将该沉淀置于蒸馏水中并溶解。
提取进行PCR的高分子量DNA的试剂盒包括基因组分离试剂盒A.S.A.P.(Boehringer Mannheim，Indianpolis，Ind.)，基因组DNA分离系统(GIBCO BRL，Gaithersburg，Md.)，Elu-Quit DNA纯化试剂盒(Schleicher&Schuell，Keene，N.H.)，DNA提取试剂盒(Stratagene，LaJolla，Calif.)，TurboGen分离试剂盒(Invitrogen，San Diego，Calif)等。根据制造者的指导使用这些试剂盒一般适于在进行本发明方法之前纯化DNA。
提取的DNA的浓度和纯度可以通过分光光度法分析稀释的等分量在260nm和280nm的吸光度而确定。在DNA提取后，可进行PCR扩增。PCR的每次循环的第一步包括分离通过引物延伸形成的核酸双链体。一旦所述链得以分离，则PCR下一步包括将分离的链与在靶序列两侧的引物杂交。然后将引物延伸形成靶链的互补拷贝。为成功进行PCR扩增，设计引物以便每个引物沿着双链体序列杂交的位置是这样的，即从一个引物中合成延伸产物，当从模板(互补体)中分离时，作为延伸其它引物的模板。根据需要重复多次变性、杂交和延伸循环以获得希望数量的扩增核酸。
在PCR扩增的一个特别有效的实施方案中，链分离通过将反应加热至足够高的温度持续足够长的时间以引起双链体变性但不引起聚合酶不可逆变性而实现(见美国专利No.4965188所述，在此并入参考)。典型的热变性包括温度范围从大约80℃-105℃，时间范围从几秒至几分钟。然而，链分离可以通过任何合适的变性方法实现，包括物理、化学或酶方法。链分离可以通过例如解旋酶或者能呈现解旋酶活性的酶诱导。例如，酶RecA在存在ATP情况下具有解旋酶活性。本领域已知适合通过解旋酶分离链的反应条件(见KuhnHoffman-Berling，1978，CSH-Quantitative Biology，43：63-67；Radding，1982，Ann.Rev.Genetics 16：405-436，在此均并入参考)。
PCR中引物的模板依赖性延伸通过在反应培养基中存在适当数量四种三磷酸脱氧核糖核苷酸(典型为dATP、dGTP、dCTP和dTTP)的情况下通过聚合剂催化，所述反应培养基由合适的盐、金属阳离子及pH缓冲系统组成。合适的聚合剂是已知催化模板依赖性DNA合成的酶。在一些情况中，所述靶区域可编码至少一部分细胞表达的蛋白质。在这种情况中，mRNA可用于扩增靶区域。另外可供选择的是，PCR可用于从RNA中产生一cDNA文库以进一步扩增，引物延伸的初始模板是RNA。适合从RNA模板中合成一互补的拷贝-DNA(cDNA)序列的聚合剂是逆转录酶(RT)，如禽类成髓细胞瘤病毒RT、莫洛尼鼠类白血病毒RT，或者Thermus嗜热(Tth)DNA聚合酶，这是具有逆转录酶活性的一种热稳定DNA聚合酶，由Perkin ElmerCetus公司销售。典型地，基因组RNA模板在在开始逆转录步骤之后的第一次变性步骤期间热降解，仅剩下DNA模板。与DNA模板一起使用的合适聚合酶包括例如大肠杆菌DNA聚合酶I或者其克列诺片段、T4 DNA聚合酶、Tth聚合酶和Taq聚合酶，其是分离自水生栖热菌(Thermus aquaticus)的一种热稳定DNA聚合酶，可购自Perkin ElmerCetus公司，该酶广泛用于核酸的扩增及测序。本领域已知使用Taq聚合酶的反应条件，见于Gelfand，1989，PCR Technology(如前)所述。
等位基因特异性PCR
等位基因特异性PCR对在存在或不存在变化或多态性的情况下不同的靶区域之间加以区分。选择仅与靶序列某些等位基因结合的PCR扩增引物。这种方法见Gibbs，Nucleic Acids Res.17：12427-2448(1989)所述。
等位基因特异性寡核苷酸筛选方法
进一步诊断筛选方法应用等位基因特异性寡核苷酸(ASO)筛选方法，如Saiki等，Nature 324：163-166(1986)所述。针对任何特殊的等位基因产生具有一或多个碱基对错配的寡核苷酸。ASO筛选方法检测变体靶基因组或PCR扩增的DNA与未突变的寡核苷酸之间的错配，示出所述寡核苷酸相对于突变的寡核苷酸结合降低。可以设计寡核苷酸探针，其在低严格条件下与等位基因的两种多态形式结合，但在高严格条件下与其相应的等位基因结合。另外可供选择的是，可以设计严格条件，其中获得必需的二元应答，即相应于靶基因变体形式的ASO与那个等位基因杂交而不与野生型等位基因杂交。
连接酶介导的等位基因检测方法
受试对象DNA的靶区域可以通过连接酶介导的等位基因检测与未受影响的和受影响的家族成员中的靶区域对比。见Landegren等，Science 241：107-1080(1998)所述。连接酶也可以用于检测连接扩增反应中的点突变，见Wu等，Genomics 4：560-569(1989)所述。连接扩增反应(LAR)利用特异性DNA序列的扩增，使用连续的模板依赖性连接循环进行，如Wu，如前及Barany，Proc.Natl.Acad.Sci.88：189-193(1990)所述。
变性梯度凝胶电泳
使用聚合酶链反应产生的扩增产物可以通过使用变性梯度凝胶电泳分析。基于不同的序列依赖性解链性质及DNA在溶液中的电泳迁移可以鉴别不同的等位基因。DNA分子在温度提高或变性的条件下解链为节段，称为解链结构域。每个解链结构域在一独特的碱基特异性解链温度(TM)协同解链。解链结构域长度为至少20个碱基对，最多可接近几百个碱基对。
等位基因之间基于序列特异性解链结构域不同而具有的差别可使用聚丙烯酰胺电泳确定，如Erlich编辑，PCR Technology，Principlesand Applications for DNA Amplification，第7章，W.H.Freeman and Co.，纽约(1992)所述，其内容在此并入参考。
通常地，通过变性梯度凝胶电泳分析的靶区域使用在靶区域两侧的PCR引物扩增。扩增的PCR产物用于具有线性变性梯度的聚丙烯酰胺凝胶，如Myers等，Meth.Enzymol.155：501-527(1986)；Myers等，Genomic Analysis，A Practical Approach，K.Davies编辑，IRL出版有限公司，牛津，pp95-139(1988)所述，其内容在此并入参考。电泳系统保持在略低于靶序列解链结构域的Tm的温度。
在变性梯度凝胶的另一种方法中，靶序列最初可附着于GC核苷酸的一段序列，称为GC夹板，如Erlich，如前，第7章所述。优选地，GC夹板中至少80％的核苷酸是鸟嘌呤或胞嘧啶。优选地，GC夹板长度为至少30个碱基。这种方法特别适于具有高Tm的靶序列。
靶序列一般通过上述聚合酶链反应扩增。寡核苷酸PCR引物之一在其5’末端携带GC夹板区域，至少30个碱基的GC富集序列，在扩增期间掺入靶区域的5’末端。将所得扩增的靶区域加在如上述变性梯度条件下在电泳凝胶上。通过单一碱基变化而不同的DNA片段通过该凝胶迁移至不同的位置，可通过溴化乙啶染色观测。
温度梯度凝胶电泳
温度梯度凝胶电泳(TGGE)基于如变性梯度凝胶电泳同样的原理，除了变性梯度由温度不同而不是化学变性剂不同而产生。标准TGGE利用具有沿着电泳途径运行的温度梯度的一种电泳设备。当样品通过具有一致浓度的化学变性剂的凝胶迁移，因此它们遇到升高的温度。TGGE的另一种方法是暂时温度梯度凝胶电泳(TTGE或tTGGE)，其利用稳定提高温度的完整电泳凝胶以达到相同结果。当样品通过凝胶迁移时，整个凝胶的温度提高，导致样品在经过凝胶迁移时遇到升高的温度。样品的制备，包括掺入GC夹板进行PCR扩增，及产物的观测与变性梯度凝胶电泳相同。
单链构象多态性分析
在CAST基因座的靶序列或等位基因可以实用单链构象多态性分析区分，所述分析通过单链PCR产物电泳迁移的变化鉴别碱基的差异，如Orita等，Proc.Nat.Acad.Sci.85：2766-2770(1989)所述。扩增的PCR产物可以如上所述产生，加热或另外变性，形成单链的扩增产物。单链核酸可以再折叠或者形成二级结构，所述二级结构部分依赖于碱基序列。因此，单链扩增产物的电泳迁移率可以检测等位基因或靶序列之间的碱基序列差异。
错配的化学或酶促切割
靶序列之间的差异也可以通过错配碱基对的示差化学切割检测，如Grompe等，Am.J.Hum.Genet.48：212-222(1991)所述。在另一种方法中，靶序列之间的差异可以通过酶促切割错配的碱基对检测，如Nelson等，Nature Genetics 4：11-18(1993)所述。简而言之，来自一种动物或一个表型不同家族成员的遗传材料可以用于产生错配游离杂种(heterohybrid)DNA双链体。在此所用术语“杂种”是指一种DNA双链，其包含来自一种动物的一个DNA链，及来自另一种动物的另一个DNA链，通常感兴趣的性状的动物的表型不同。阳性选择没有错配的杂种可以确定与CAST多态性相关的少量插入、缺失或其它多态性。
非凝胶系统
其它可能的技术包括非凝胶系统如TaqManTM(Perkin Elmer)。在这个系统中，设计寡核苷酸PCR引物位于所怀疑的突变的两侧，并经PCR扩增该区域。然后设计第三种寡核苷酸探针以与含有在该基因的不同等位基因之间变化的碱基的区域杂交。这个探针用荧光染料在5’和3’末端标记。选择这些染料以便在彼此邻近处它们之一的荧光被另一个猝灭从而检测不到。通过Taq DNA聚合酶从探针相关模板上5’位置的PCR引物延伸，导致通过Taq DNA聚合酶的5’核酶活性裂解附于退火探针5’末端染料。这除去了猝灭作用，使得可以从在探针3’末端的染料中检测荧光。不同DNA序列之间的区别通过这样的事实产生，即如果探针与模板分子的杂交不完全，即有一些错配形成，则不发生染料裂解。因此只有寡核苷酸探针的核苷酸序列完全互补于其结合的模板分子，猝灭可被除去。反应混合物可含有两个不同的探针序列，每个探针序列均设计为针对不同的等位基因，因此可以在一个反应中检测两个等位基因。
再其它的技术可包括Invader分析，其包括依赖于荧光催化释放的等温扩增。见Third Wave Technology， www.twt.com。
基于非PCR的DNA诊断
可以不用扩增步骤鉴别与CAST连接的DNA序列，而是基于多态性包括动物及家族成员中限制片段长度多态性而进行鉴别。杂交探针一般是寡核苷酸，其通过互补碱基配对与全部或部分靶核酸结合。探针典型地用依赖于杂交条件的严格性的探针序列与缺乏完全互补的靶序列结合。探针优选直接或间接标记，由此通过分析探针的存在与否就可以检测靶序列的存在与否。直接标记方法包括放射性同位素标记如32P或35S。间接标记方法包括荧光标记，可以结合抗生物素蛋白或链霉抗生物素的生物素复合物，或者肽或蛋白质标记。目测方法包括光致发光物，Texas红，罗丹明及其衍生物，红无色基(red leucodye)及3，3’，5，5’-四甲基联苯胺(TMB)，荧光素及其衍生物，丹磺酰，伞形酮等，或者用马辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶等。
杂交探针包括能与猪染色体杂交的任何核苷酸序列，其中CAST残基及因此限定一种遗传标记与CAST连接，包括限制片段长度多态性，高度可变区域，重复元件或者可变数目的串联重复。杂交探针可以是任何基因或者合适的类似物。另外的合适杂交探针包括外显子片段或者cDNA的一部分或者已知作图到染色体相关区域的基因。
根据本发明优选使用的串联重复杂交探针是在特异基因座在高度严格杂交条件下识别少量片段的那些探针，或者是当所述严格条件降低时在该基因座识别大量片段的那些探针。
可以使用一或多种另外的限制酶和/或探针和/或引物。另外的酶、构建的探针和引物可以由本领域技术人员通过常规实验确定，并包含在本发明范围内。
尽管在此所述的方法是关于单一限制酶及单一系列引物的应用，但所述方法非限于此。如果需要，可以使用一或多种另外的限制酶和/或探针和/或引物。事实上，在一些情况中优选使用提供特异性单元型的标记组合。另外的酶、构建的探针和引物可以通过常规实验，及与在此提供的技术组合而确定。
根据本发明，已经鉴别CAST基因中的多态性与肉质和/或生长相关。所述标记的存在与否在一个实施方案中可以使用限制性内切核酸酶通过PCR RFLP分析，由于多态性周围区域中的高度同源可以使用相似的人、猪或其它CAST序列设计扩增引物，或者可以使用在GeneBank中例证的已知CAST基因序列数据设计扩增引物，或者甚至从得自近周围基因的连锁数据的序列设计，基于在此所述技术和参考文献进行。多态性周围的序列促进可变PCR实验的进展，其中取自多态性近邻序列的大约4-30个连续碱基的引物连同聚合酶链反应一起应用，以在用希望的限制酶处理之前更大程度扩增该区域。所述引物不需要精确互补，基本等价的序列就可接受。本领域技术人员已知设计PCR扩增引物的方法，详见于Ausubel编辑，“Short Protocols inMolecular Biology，Fourth Edition”，John Wiley and Sons 1999所述。以下是设计引物的简述。
引物设计策略
聚合酶链反应(PCR)方法应用的增加刺激了许多有助于设计或选择寡核苷酸用作PCR引物的程序开发。通过因特网(Internet)可自由获得的这种程序的四个实例是：PRIMER，Mark Daly and SteveLincon of the Whitehead Institute(UNIX，VMS，DOS及Macintosh)；寡核苷酸选择程序(OSP)，Phil Green and LaDeana Hiller of WashingtonUniversity in St.Louis(UNIX，VMS，DOS及Macintosh)；PGEN，Yoshi(仅是DOS)；由Wisconsin大学的Bill Engels扩充(仅是Macintosh)。通常这些程序通过研究已知重复序列元件的比特然后通过分析推定引物的长度和GC含量来优化Tm而有助于设计PCR引物。商业软件也可以获得，引物选择程序被快速的添加到大多数普通序列分析程序包中。
测序及PCR引物
设计寡核苷酸以用作测序或PCR引物需要选择特异性识别靶位的一个合适序列，然后测试该序列消除所述寡核苷酸具有稳定二级结构的可能性。序列中的反向重复可以使用重复鉴别或者如上述RNA折叠程序进行鉴别(见prediction of Nucleic Acid Structure)。如果观测到一个可能的主干结构，则引物的序列可以转变任一方向的几个核苷酸以使预期的二级结构最小化。寡核苷酸的序列还应与合适的载体和插入DNA的两个链的序列相对比。明显地，测序引物应与靶DNA仅具有一个的单一匹配。也可取的是排除与不希望的靶DNA序列仅具有一个单一错配。针对用于扩增基因组DNA的PCR引物，所述引物序列应与GenBank数据库中的序列相对比，以确定是否出现任何显著性的匹配。如果所述寡核苷酸序列存在于任何已知DNA序列中，或者更重要地，存在于任何已知重复元件中，所述引物序列应加以改变。
本发明的方法和材料也可以更一般地使用以评估动物DNA，遗传分型各个动物，及检测动物中的遗传差异。特别地，基因组DNA样品可以参考一或多个对照组加以评价，以确定CAST基因中是否存在多态性。优选地，针对CAST基因进行RFLP分析，将结果与对照组相比较。所述对照组是对不同动物的CAST基因进行RFLP分析的结果，其中已知动物CAST基因的多态性。相似地，动物的CAST基因型可以通过获得其基因组DNA样品，对DNA中CAST基因进行RFLP分析，并将结果与对照组相比较而确定。再一次，所述对照是对不同动物的CAST基因进行RFLP分析的结果。所述结果通过说明其CAST基因中的多态性而对动物遗传分型。最后，动物中的遗传差异可以通过从至少两只动物中获得基因组DNA样品，鉴别CAST基因中多态性存在与否，并将结果与跟踪谱系、追踪动物等的结果进行对比而检测。
这些分析用于鉴别与上述肉质和/或生长相关的遗传标记，鉴别CAST基因中的与其它特性如幼仔大小相关的其它多态性，及常规性科学分析猪的基因型和表型。
本发明所述实例和方法揭示了一基因，经鉴别其具有一种多态性，所述多态性与一种有益性状正或负相关，所述性状对携带这种多态性的动物的肉质和/或生长起作用。鉴别基因内存在多态性通常通过在某些等位基因形式中产生一个限制位点的单一碱基改变而进行。然而，某一等位基因，如上所论证及揭示，可以具有与之相关的许多碱基改变，可以分析哪个相同多态性的指征(等位基因)。另外，其它遗传标记或基因可以与在此所揭示的多态性连接，以便分析可以包含鉴别其它基因或基因片断，但是最终依赖于动物针对相同多态性的遗传特性。基于在此所揭示的等位基因差异分类及鉴别动物的任何分析均包含在本发明范围内。
一旦鉴别了一种多态性并确定其与一特殊性状的关系，本领域技术人员将懂得有许多方法针对这个多态性对动物确定基因型。这种备选试验的设计仅表示本领域技术人员已知的参数优化，包含在本发明范围内。
实施例1：
CAST Hpy188I PCR-RFLP试验
Hpy188I多态性
外显子：13(结构域1)
非同义改变：Arg-Lys
等位基因1-Lys(K)-AAA
等位基因2-Arg(R)-AGA
引物
CI4F2：5’AAA TCT ACT GGA GAG GTT TTG AA3’(SEQ ID NO：11)
CIR2：5’GAC TTC TCC CGA ATC AGT TCC 3’(SEQ ID NO：12)
PCR条件
混合物1
10×PCR缓冲液         1.0μl
MgCl2(15mM)          1.0μl
dNTP(2mM)             1.0μl
CI4F2引物(10pm/μl)   0.25μl
CI4R2引物(10pM/μl)   0.25μl
Taq聚合酶(5U/μl)     0.07μl
ddH2O                5.43μl
基因组DNA             1μl
将混合物1与DNA组合在一个反应试管中。用矿物油覆盖。运行以下PCR程序：94℃4分钟；35次循环：94℃45秒钟，54℃45秒钟，72℃30秒钟；随后在72℃12分钟最后延伸。
在2％琼脂糖凝胶上检测3μl PCR反应物以证实扩增。产物大小为182bp。
Hpy188I消化：
                        1×
                        体积(μl)
NEB缓冲液4 10×*       1.0
Hpy188I(10单位/L)       0.4
ddWater                 5.6
混合物终体积            7.0
*NEB
-将7μl Hpy188I等分混合并加入3μl PCR产物
-在37℃温育。
凝胶电泳
-加入2μl橘黄G加样缓冲液，加样于4.0％Nusieve/Me(3∶1)琼脂糖上。
-在150V运行。产物应在大约30分钟溶解。
期望的条带图谱及多态性周围的序列示于图2。
CAST PvuII PCR-RFLP试验
PvuII多态性
外显子：27(结构域4)
非同义改变：Arg-Ser
等位基因1-Arg(R)-AGA
等位基因2-Ser(S)-AGC
引物
CS26F：5’AGG GCA AAT CAA CGA AGC CAC 3’(SEQ ID NO：13)
C27R2：5’CCT TTG TTG TGT TCT CTG AGG 3’(SEQ ID NO：14)
PCR条件
混合物1
10×PCR缓冲液         1.0μl
MgCl2(15mM)          1.0μl
dNTP(2mM)             1.0μl
CS26F引物(10pm/μl)   0.25μl
C27R2引物(10pM/μl)   0.25μl
Taq聚合酶(5U/μl)     0.07μl
ddH2O                5.43μl
基因组DNA             1μl
将混合物1与DNA组合在一个反应试管中。用矿物油覆盖。运行以下PCR程序：94℃4分钟；35次循环：94℃45秒钟，54℃45秒钟，72℃30秒钟；随后在72℃12分钟最后延伸。
在2％琼脂糖凝胶上检测3μl PCR反应物以证实扩增。产物大小为539bp。
PvuII消化：
                          1×
                          体积(μl)
NEB缓冲液2 10×*         1.0
PvuII(10单位/L)           0.4
ddWater                   5.6
混合物终体积              7.0
*NEB
-将7μl PvuII等分混合并加入3μl PCR产物
-在37℃温育。
凝胶电泳
-加入2μl橘黄G加样缓冲液，加样于4.0％Nusieve/Me(3∶1)琼脂糖上。
-在150V运行。产物应在大约30分钟溶解。
图3示出期望的条带图谱及PvuII多态性周围的序列。
CAST AciI PCR-RFLP试验
AciI多态性
外显子：22(结构域3)
非同义改变：Thr-Ala
等位基因1-Thr(T)-ACT
等位基因2-Ala(A)-GCT
引物
CS22F：5’AGA CTT CGT CCT TGA TGC TTT G 3’(SEQ ID NO：15)
CS22R：5’TAA TGG CTA TGA TGG GTT GAG G 3’(SEQ ID NO：16)
PCR条件
混合物1
10×PCR缓冲液        1.0μl
MgCl2(15mM)         1.0μl
dNTPs(2mM)           1.0μl
CS22F引物(10pm/μl)  0.25μl
CS22R引物(10pM/μl)  0.25μl
Taq聚合酶(5U/μl)    0.07μl
ddH2O               5.43μl
基因组DNA            1μl
将混合物1与DNA组合在一个反应试管中。用矿物油覆盖。运行以下PCR程序：94℃4分钟；35次循环：94℃45秒钟，54℃45秒钟，72℃30秒钟；随后在72℃12分钟最后延伸。
在2％琼脂糖凝胶上检测3μl PCR反应物以证实扩增。产物大小为196bp。
AciI消化：
                         1×
                         体积(μl)
NEB缓冲液3 10×*   1.0
AciI(10单位/L)      0.4
ddH2O              5.6
混合物终体积        7.0
*NEB
-将7μl AciI等分混合并加入3μl PCR产物
-在37℃温育。
凝胶电泳
-加入2μl橘黄G加样缓冲液，加样于4.0％Nusieve/Me(3∶1)琼脂糖上。
-在150V运行。产物应在大约30分钟溶解。
图4示出期望的条带图谱及CAST-Acil多态性周围的序列。
CAST ApaLI PCR-RFLP试验
ApaLI多态性
外显子：6(结构域L)
非同义改变：Ser-Asn
等位基因1-Asn(N)-AAT
等位基因2-Ser(S)-AGT
引物
C282F：5’GTA AAG CCA AAG GAA CAC CCA G 3’(SEQ ID NO：17)
C28MR：5’TTT TTA TTT CTC TGA TGT TGG CTG TGC A 3’(SEQ IDNO：18)
PCR条件
混合物1
10×PCR缓冲液           1.0μl
MgCl2(15mM)            1.0μl
dNTPs(2mM)              1.0μl
C282F引物(10pm/μl)     0.25μl
C28MR引物(10pM/μl)     0.25μl
Taq聚合酶(5U/μl)       0.07μl
ddH2O                  5.43μl
基因组DNA               1μl
将混合物1与DNA组合在一个反应试管中。用矿物油覆盖。运行以下PCR程序：94℃4分钟；35次循环：94℃45秒钟，54℃45秒钟，72℃30秒钟；随后在72℃12分钟最后延伸。
在2％琼脂糖凝胶上检测2μl PCR反应物以证实扩增。产物大小为535bp。
ApaLI消化：
与原始cDNA序列相对比修饰(工程化)反向引物(C28MR)，加入一个ApaLI限制位点以能区分等位基因。
                       1×
                       体积(μl)
NEB缓冲液4 10×        1.0
ApaLI(10单位/μl)      0.4
BSA 100X               0.1
ddWater                5.5
混合物终体积           7.0
-将7μl ApaLI等分混合并加入3μl PCR产物
-在37℃温育。
凝胶电泳
-加入2μl橘黄G加样缓冲液，加样于4.0％Nusieve/Me(3∶1)琼脂糖上。
-在150V运行。产物应在大约30分钟溶解。
图5示出期望的条带图谱及CAST ApaLI多态性周围的序列。
实施例2
A.CAST连锁作图
针对连锁作图，将B×Y来源家族(Malek等，2001)如Ernst等(1998)所报道的使用CAST-MspI标记确定基因型，使用CRI-MAP程序(Green等，1990)进行两点及多点连锁分析。
连锁分析结果示出CAST基因明显与SSC2上的5个标记连接(括号内给出了两点重组频率及LOD分值)：SW766(0.02，112.92)、SW1408(0.12，67.34)、SW2157(0.15，25.99)、SW1844(0.27，13.16)及SW2445(0.31，11.36)。这些结果及多点连锁分析示出CAST基因最可能位于SW766与SW1408之间，在大约73.1Kosambi cM。
B.多态性发现
我们使用RT-PCR及分析来自B×Y F3代家族以及Duroc和Meishan品种猪的样品，对完整CAST基因进行测序，以发现导致与猪Plant/abbatoir(24小时)腰部Minolta色度、水分保持能力及紧实度中表型变化相关的多态性的原因(Malek等，2001)。用于测序完整CAST编码区序列的引物基于公布的CAST心同种型的cDNA序列而设计(GenBanK登记号no.M20160)。我们发现4个非同义代换(见图1)。
非同义多态性：
1.CAST-Hpy188I：
AGA-AAA：Arg-Lys；位置，外显子13(结构域1)
猪：Arg/Lys；兔，羊，牛，人和小鼠，cercopithecus：Arg
2.CAST-AciI
ACT-GCT：Thr-Ala；位置，外显子22(结构域3)
猪：Ala/Thr；兔，人：Ala；羊和牛：Thr；小鼠：Ile
3.CAST-PvuII
AGA-AGC：Arg-Ser；位置，外显子27(结构域4)
猪：Arg/Ser；兔，牛，人，小鼠：Ser
4.CAST-ApaLI
AGT-AAT：Ser-Asn；位置，外显子6(结构域L)
工程化的CAST-ApaLI SNP是重要的，因为其与CAST-Hpy188I完全连锁不平衡，甚至在它们之间基于人基因组序列有大约11kb距离。这个事实通过对不同商业品系的200多头动物确定基因型而证明。CAST-ApaLI SNP可以代换CAST-Hpy188I，其对肉质嫩度具有同样作用。
人钙蛋白酶抑制蛋白的重复多结构域结构由Takano&Maki，1999揭示，在此并入参考。
CAST PvuII和AciI位于亚结构域的一个非常保守的区域内。CAST Hpy188I在结构域1亚结构域C第二部分中外显子13内(TVRSAAP)。所有4个结构域均单独具有抑制功能(Maki等，1987；Emori等，1988)。亚结构域B是抑制中心(Ma等，1993)。亚结构域A和C对CAST的抑制活性的潜力是重要的(Maki等，1988；Kawasaki等，1989；Uemori等，1990)。Ma等(1994)报道了抑制中心(亚结构域B)或者甚至亚结构域A或C(参与加强抑制活性)中的单一突变即影响CAST活性。
实施例3：CAST非同义多态性与猪的肉质及生长性状的相关性分析
我们针对每种非同义多态性设计了一种PCR-RFLP试验，对以下来源的样品加以揭示并确定基因型：
a)B×Y家族的F2代
b)在屠宰后第0，6和24小时测定的Longisimus dorsi肌肉的具有钙蛋白酶抑制蛋白活性数据的14个Duroc DNA样品，
c)Duroc×Yorkshire的F1代与肉质数据交叉的64个样品，
d)如下3个PIC商业种群：Large White及基于Duroc人造的基本品系及Composite品系。
a)B×Y家族的F2代用于进行CAST-Hpy188I和PvuII代换与具有QTL性状之间的关联性研究，其中对CAST作图(表2和15)。CAST-AciI在这个种群中不是多态性的。发现这种多态性在Meishan品种中提供非常丰富的资料，结果示于表2。该表是针对CASTHpy188I的结果，11(KK)基因型与肉紧实度降低、多汁、质嫩及易于咀嚼和平均Instron力降低相关。针对CAST PvuII关联性研究获得相似结果(表15)。
进行单元型分析以能剖析哪种多态性对受测性状具有真实作用。存在3个单元型：单元型1，Hpy188I-1和PvuII-1；单元型2，Hpy188I-2和PvuII-1；单元型3，Hpy188I-2和PvuII-2(表16)。单元型1和3针对肉质汁液、Instron力和咀嚼分值的作用之间有明显差别。单元型3与较高的平均Instron力相关，肉质嫩度较差，咀嚼分值较高。针对紧实度，单元型1和2及单元型2和3之间的作用明显不同，这两个部位均参与这个性状的表型变化。
使用NetPhos2软件，对PKA(cAMP依赖性蛋白激酶)识别的可能的钙蛋白酶抑制蛋白磷酸化底物进行预期分析。PKA使钙蛋白酶抑制蛋白磷酸化并使其聚集在核附近(Alvema等，2001)。该作者认为这种胞内可逆机制调节细胞CAST水平。基于此，在其失活的初期步骤期间钙蛋白酶可能避免被钙蛋白酶抑制蛋白抑制。该预期分析表明PvuII和eApaLI影响两个磷酸化共有序列，并最终可能改变钙蛋白酶抑制蛋白的定位及抑制钙蛋白酶的能力。
CAST ApaLI与Hpy188I连锁平衡不平衡，甚至基于人CAST基因组DNA序列有大约11kb的距离。针对这些SNP之一的测试可以用于实际确定基因型。
表2：在Berkshire×Yorkshire家族F2代中CAST Hpy188I基因型与一些肉质性状之间的关联结果
性状                最小二乘方平均值*
             11(KK)       12(KR)      22(RR)     P
紧实度       3.21g，e     3.44h     3.43f     0.0012
             136          233         134
汁液         6.23c       6.05a     5.76d，b   0.0449
             136          228         129
嫩度         8.01c，a     7.74d     7.75b     0.1060
             136          228         129
咀嚼分值     2.32a       2.51b     2.54b     0.1084
             136          228         129
平均Instron力4.39c       4.45c     4.63d     0.0457
             127          213         128
*有统计学意义差别：a-b，p＜0.1；c-d，p＜0.05；e-f，p＜0.005；g-h，p＜0.0005。
b)在第0，6和24小时对全部14个具有CAST活性的Duroc DNA样品针对CAST-Hpy188I和PvuII确定基因型。在Hpy188I情况中，我们在两个基因型类别中具有相似数目的动物，经鉴别在24小时11基因型中的平均值略有不同(表3，图6)。针对相同多态性，11和12基因型在第0和6小时就CAST活性而言无差别。在该系列样品中CAST-AciI多态性无资料提供。见图6。
表3：CAST Hpy188I和PvuII基因型中钙蛋白酶抑制蛋白活性的平均值
SNP/基因型 在第0小时钙蛋白酶抑制蛋白活性单位/g 在第6小时钙蛋白酶抑制蛋白活性单位/g 在第24小时钙蛋白酶抑制蛋白活性单位/g
 11  12  11  12  11  12
 Hpy188In  2.178  2.166  1.698  1.645  1.048  0.966
 PvuIIn  2.2012  1.992  1.6712  1.721  0.9712  1.272
c)64个Duroc×Yorkshire的F1代样品与肉质数据交叉，针对CAST-Hpy188I和PvuII多态性确定基因型。在该系列样品中未提供CAST-AciI多态性资料。
检测CAST-Hpy188I多态性与紧实度(p＝0.0936)，在第1天平均滴水损失(p＝0.0701)及在第3天(p＝0.0315)和第5天(p＝0.0045)的WBS力(表4)。在这个多态性基因型与前述性状之间检测到显著性的关联性。最高的关联性为在第5天的WBS力(p＝0.0045)。除了第7天之外，该性状的最高可变性在第5天，而且有可能与CAST活性相关的CAST-Hpy188I对肉质嫩度具有最终作用。
表4：在Duroc×Yorkshire的F1代中CAST Hpy188I标记与肉质、机体成分及生长性状的关联性分析
     No.动物     最小二乘方平均值(s.e.) 基因型
性状  平均值(s.e.)     σp 11 12  22 11 12 22 P
活的  250.09     9.72  27  31  6    253.32(3.78)   253.04(3.46) 246.85(10.16) 0.8722
加热的  193.49     7.67  27  31  6    194.70(2.88)   195.18(2.64) 194.48(7.74) 0.9844
敷料(％)  0.774     0.015  27  31  6    0.769(0.0053)a   0.771(0.0049) 0.787(0.0143)b 0.5305
腰部肉温度45min  35.831     1.38  27  31  6    35.27(0.40)a   35.78(0.37)b 36.79(1.08) 0.2797
腰部肉pH45min  6.244     0.22  27  31  6    6.26(0.09)   6.33(0.08) 6.16(0.23) 0.6611
后腿肉pH45min  6.26     0.31  27  31  6    6.32(0.11)   6.39(0.10) 6.07(0.30) 0.6156
腰部肉pH2hr  5.88     0.32  27  31  6    5.86(0.12)a   6.00(0.11)b 5.71(0.32) 0.4172
后腿肉pH2hr  5.87     0.31  27  31  6    5.89(0.12)   6.00(0.11) 5.77(0.32) 0.5909
腰部肉温度4hr  15.400     2.11  27  31  6    14.75(0.59)   15.06(0.54) 16.45(1.58) 0.6308
 腰部肉ph4hr  5.76     0.27  27  31  6  5.79(0.11) 5.88(0.10) 5.53(0.28)   0.4686
 后腿肉温度4hr  21.52     2.12  26  25  6  21.86(0.50)c 21.66(0.43)a 19.17(1.27)d，b   0.2406
 后腿肉pH4hr  5.65     0.21  27  31  6  5.70(0.07) 5.70(0.06) 5.50(0.18)   0.6587
 腰部肉温度6hr  10.682     2.70  25  22  5  10.24(0.51)a 10.42(0.47) 12.13(1.37)b   0.5245
 腰部肉pH6hr  5.69     0.20  27  31  6  5.67(0.08) 5.75(0.07) 5.58(0.21)   0.5121
 后腿肉温度6hr  17.02     2.71  27  31  6  17.75(0.42) 17.31(0.36) 17.50(1.27)   0.6618
 后腿肉pH6hr  5.56     0.13  27  31  6  5.54(0.04) 5.55(0.04) 5.55(0.11)   0.9874
 腰部肉ph24hr  5.56     0.08  27  31  6  5.60(0.03)a 5.56(0.03)b 5.56(0.08)   0.3814
 腰部肉温度24hr  2.095     0.52  27  31  6  2.04(0.11) 2.15(0.10)a 1.77(0.30)b   0.4081
 温度BF24hr  2.948     0.49  27  31  6  3.00(0.13) 3.09(0.12)a 2.64(0.35)b   0.4691
 pH BF 24hr  5.62     0.13  27  31  6  5.63(0.04) 5.60(0.04) 5.67(0.12)   0.5856
 温度SM 24hr  2.811     0.53  27  31  6  2.84(0.14) 2.93(0.13) 2.47(0.38)   0.5354
 pH SM 24hr  5.60     0.13  27  31  6  5.60(0.05) 5.58(0.04) 5.59(0.12)   0.8663
 末端肋骨脂肪  0.914     0.15  27  31  6  0.937(0.041) 0.964(0.038)a 0.819(0.111)b   0.4933
 NPPC颜色  2.55     0.60  27  31  6  2.42(0.21)a 2.67(0.20)b 2.74(0.58)   0.4841
 五花肉  1.633     0.58  27  31  6  1.65(0.17)a 1.83(0.16)b 1.39(0.46)   0.4549
 JCS  2.383     0.58  27  31  6  2.199(0.20) 2.390(0.18) 2.453(0.53)   0.5960
 LD L  49.69     3.31  27  31  6  50.49(1.22) 49.70(1.12) 47.87(3.28)   0.6906
 Ld a  4.12     1.14  27  31  6  4.64(0.37)a 4.21(0.34)b 3.80(1.00)   0.4363
 LD b  10.62     1.08  27  31  6  11.13(0.35)a 10.84(0.32)a 9.38(0.94)b   0.2694
 LD L*  56.59     3.19  27  31  6  57.36(1.18) 56.59(1.08) 54.87(3.16)   0.6860
 Ld a*  3.17     1.23  27  31  6  3.69(0.39)a  3.27(0.36)b 2.93(1.06)   0.5109
 SM L  44.92     2.64  27  31  6  44.45(0.94) 45.13(0.86) 44.93(2.53)   0.7626
 SM a  6.73     1.27  27  31  6  7.28(0.39)a 6.92(0.36)a 5.16(1.06)b   0.2132
 SM b  10.44     0.99  27  31  6  10.60(0.33)a 10.65(0.30)a 9.37(0.87)b   0.4897
 SM L*  51.83     2.67  27  31  6  51.34(0.95) 52.03(0.87) 51.88(2.56)   0.7595
 SM a*  6.46     1.47  27  31  6  7.11(0.45)a 6.64(0.41)b，a 4.73(1.22)b   0.2104
 SM b*  15.90     1.43  27  31  6  16.23(0.43)a 16.21(0.40)a 14.13(1.17)b   0.3352
 BF L  45.87     3.70  27  31  6  45.98(1.36)a 44.39(1.25)b 45.64(3.66)   0.4920
 BF a  7.83     1.29  27  31  6  8.47(0.39) 8.12(0.35) 7.36(1.04)   0.5067
 BF b  10.93     1.24  27  31  6  11.13(0.43) 10.71(0.39) 10.18(1.15)   0.5258
 BF L*  52.79     3.69  27  31  6  52.85(1.40)a 51.27(1.23)b 52.57(3.62)   0.4842
 BF a*  7.61     1.46  27  31  6  8.35(0.42) 8.06(0.38) 7.17(1.13)   0.5956
 BF b*  16.57     1.65  27  31  6  16.88(0.54) 16.42(0.49) 15.29(1.44)   0.5092
 滴水损失1-5天  0.0194     0.0067  27  31  6  0.020(0.0015)a 0.019(0.0013)b 0.016(0.0039)   0.4072
 腰肉％渗出液  0.0337     0.0148  27  31  6  0.031(0.0043) 0.029(0.0039)a 0.046(0.0116)b   0.5071
 BF％渗出液  0.0313     0.0155  26  30  6  0.031(0.0047)a 0.026(0.0044)b 0.035(0.0128)   0.4910
 Day 1 WBS  3.143  27  31  6  2.940(0.22)a 3.172(0.20)b 3.29(0.59)   0.5329
 Day 3 WBS  3.585  27  31  6  3.079(0.22)a，e 3.426(0.20)b，c 4.847(0.59)f， d   0.0315
 Day 7 WBS  3.586  27  31  6  3.301(0.22)a 3.407(0.20)a 4.279(0.60)b   0.3953
最小二乘方均值的显著性水平：
a-b p＜.3
c-d p＜.1
e-f p＜.05
g-h p＜.01
i-j p＜.005
k-l p＜.001
m-n p＜.0005
o-p p＜.0001
检测CAST-PvuII多态性与上腰部肉渗出液％(p＝0.0121)及在第5天WBS力(p＝0.025)之间的关联性(表5)。因为只有2个动物具有22基因型，因此我们注重于11和12基因型之间的差别。针对在第5天的WBS力(全部p＝0.0045)，我们检测到在11和12基因型之间的显著性差别(p＜0.01)。
表5：在Duroc×Yorkshire杂种中CAST PvuII标记与肉质、机体成分和生长性状的关联性分析
    No.动物     最小二乘方平均值(s.e.) 基因型
性状 平均值    σp  11 12  22     11     12     22     P
活的 250.09     9.72  40 22  2  254.46(3.78)a  253.96(3.36)a  233.68(14.68)b 0.4522
加热的 193.49     7.67  40 22  2  197.11(2.83)a  197.06(2.52)c  176.93(10.99)b，d 0.2515
敷料(％) 0.774     0.015  40 22  2  0.7748(0.0054)  0.7758(0.0048)  0.7588(0.0211) 0.7445
腰部肉温度45min 35.831     1.38  40 22  2  35.484(0.416)a  36.021(0.370)b  36.286(1.615) 0.5729
腰部肉pH45min 6.244     0.22  40 22  2  6.246(0.088)  6.291(0.078)  6.330(0.342) 0.9139
后腿肉温度pH45ain 36.29     1.34  40 22  2  35.78(0.41)a  36.57(0.37)b  36.52(1.61) 0.2990
腰部肉pH45min 6.26     0.31  40 22  2  6.31(0.12)  6.29(0.10)  6.35(0.45) 0.9864
腰部肉温度2hr 26.669     1.85  40 22  2  25.847(0.648)c  27.176(0.577)d  25.960(2.517) 0.2169
腰部肉pH4hr 5.88     0.32  40 22  2  5.86(0.12)  5.91(0.11)  6.02(0.47) 0.9352
后腿肉温度2hr 28.08     3.03  40 22  2  28.75(0.93)  27.77(0.83)  27.86(3.60) 0.6886
后腿肉pH2hr 5.87     0.31  40 22  2  5.92(0.12)  5.85(0.11)  6.18(0.47) 0.7090
腰部肉温度4hr 15.400     2.11  40 22  2  15.537(0.599)  15.299(0.533)  13.518(2.328) 0.7535
腰部肉pH4hr 5.76     0.27  40 22  2  5.77(0.11)  5.77(0.097)  5.93(0.425) 0.9375
后腿肉温度4hr 21.52     2.12  37 18  2  21.63(0.52)  21.16(0.46)  20.04(1.92) 0.7013
后腿肉pH4hr 5.65     0.21  40 22  2  5.67(0.07)  5.60(0.06)  5.88(0.27) 0.3920
腰部肉温度6hr 10.682     2.70  40 22  2  10.977(0.525)  10.559(0.467)  9.880(2.039) 0.7830
腰部肉pH6hr 5.69     0.20  40 22  2  567(0.08)  5.70(0.07)  5.74(0.31) 0.9453
后腿肉pH6hr 5.56     0.13  40 22  2  5.55(0.04)  5.53(0.04)  5.57(0.16) 0.8614
腰部肉pH24hr 5.56     0.08  40 22  2  5.61(0.03)a  5.57(0.03)b，a  5.42(0.11)b 0.2774
腰部肉温度24hr 2.095     0.52  40 22  2  1.944(0.113)  2.061(0.100)  2.387(0.438) 0.5798
温度BF24hr 2.948     0.49  40 22  2  2.90(0.13)  3.05(0.12)  3.05(0.51) 0.6404
pH BF24hr 5.62     0.13  40 22  2  5.66(0.04)a  5.62(0.04)a  5.40(0.17)b 0.4029
温度SM24hr 2.811     0.53  40 22  2  2.64(0.14)a  2.88(0.13)b  3.26(0.55) 0.3434
pH SM24hr 5.60     0.13  40 22  2  5.62(0.05)  5.58(0.04)  5.48(0.18) 0.6812
末端肋骨脂肪 0.914     0.15  40 22  2  0.904(0.042)  0.937(0.038)  0.995(0.165) 0.7831
NPPC颜色 2.55     0.60  40 22  2  2.55(0.22)  2.69(0.20)  2.48(0.86) 0.8471
紧实度 1.875     0.42  40 22  2  1.873(0.146)  1.938(0.130)  1.857(0.567) 0.9240
湿度 1.945     0.50  40 22  2  1.833(0.182)  2.022(0.162)  2.325(0.708) 0.6643
五花肉 1.633     0.58  40 22  2  1.56(0.18)  1.72(0.16)  2.11(0.69) 0.6936
JCS 2.383     0.58  40 22  2  2.337(0.200)  2.489(0.178)  1.753(0.777) 0.5415
LD L 49.69     3.31  40 22  2  49.65(1.24)  48.83(1.10)  52.61(4.81) 0.6459
Ld a 4.12     1.14  40 22  2  4.33(0.38)  4.20(0.34)  4.35(1.49) 0.9526
LD b 10.62     1.08  40 22  2  10.65(0.36)  10.38(0.32)  11.88(1.40) 0.4931
LD L* 56.59     3.19  40 22  2  56.53(1.19)  55.75(1.06)  59.55(4.63) 0.6336
Ld a* 3.17     1.23  40 22  2  3.41(0.41)  3.29(0.36)  3.25(1.57) 0.9720
LD b* 15.53     1.37  40 22  2  15.56(0.42)  15.26(0.37)a  17.22(1.62)b 0.4343
SM L 44.92     2.64  40 22  2  44.19(0.95)  44.90(0.85)  47.63(3.70) 0.6821
SM a  6.73  1.27  40  22  2  6.57(0.41) 6.81(0.37) 6.95(1.61) 0.8942
SM b  10.44  0.99  40  22  2  10.10(0.33) 10.40(0.29) 11.64(1.29) 0.5488
SM L*  51.83  2.67  40  22  2  51.07(0.96) 51.80(0.86) 54.68(3.74) 0.6642
SM a*  6.46  1.47  40  22  2  6.36(0.48) 6.55(0.42) 6.36(1.85) 0.9396
SM b*  15.90  1.43  40  22  2  15.42(0.45)a 15.82(0.40) 17.63(1.73)b 0.5111
BF L  45.87  3.70  40  22  2  44.56(1.39) 44.38(1.24)a 50.60(5.40)b 0.5625
BF a  7.83  1.29  40  22  2  8.19(0.40) 8.18(0.36) 7.35(1.55) 0.8861
BF b  10.93  1.24  40  22  2  10.65(0.44) 10.62(0.39) 11.66(1.71) 0.8516
BF L*  52.79  3.69  40  22  2  51.45(1.37) 51.26(1.22)a 57.50(5.34)b 0.5536
BF a*  7.61  1.46  40  22  2  8.16(0.43) 8.13(0.38) 6.73(1.68) 0.7469
BF b*  16.57  1.65  40  22  2  16.27(0.55) 16.24(0.49) 17.22(2.14) 0.9111
平均滴水损失1天  0.0212  0.0114  40  22  2  0.0219(0.0045) 0.0217(0.0040) 0.0197(0.0174) 0.9939
滴水损失1-5天  0.0194  0.0067  40  22  2  0.0191(0.0015) 0.0189(0.0014) 0.0173(0.0059) 0.9665
平均滴水损失  0.0402  0.0149  40  22  2  0.0405(0.0052) 0.0402(0.0046) 0.0365(0.0201) 0.9849
SM％渗出液  0.0344  0.0126  40  22  2  0.0340(0.0041) 0.0328(0.0037) 0.0490(0.0160) 0.6198
BF％渗出液  0.0313  0.0155  38  22  2  0.0327(0.0049) 0.0311(0.0043) 0.0105(0.0189) 0.5984
Ave％渗出液  0.0331  0.0104  40  22  2  0.0304(0.0030)a 0.0309(0.0027)a 0.0478(0.0117)b 0.4199
Day 3 WBS  3.585  40  22  2  3.465(0.236)a 3.860(0.210)b 2.917(0.917) 0.2339
Day 5 WBS  3.524  40  22  2  3.083(0.208)g 3.802(0.185)h 3.883(0.807) 0.0250
Day 7 WBS  3.586  40  22  2  3.711(0.227)a 3.385(0.202)b 3.375(0.881) 0.5032
最小二乘方均值的显著性水平：
a-b p＜.3
c-d p＜.1
e-f p＜.05
g-h p＜.01
i-j p＜.005
k-l p＜.001
m-n p＜.0005
o-p p＜.0001
d)我们使用一些PIC商业种群进行关联性研究以证实使用B×Y家族的F2代获得的一些显著性结果。使用的样品具有肉质、机体成分和生长性状数据。对这些样品无Instron力数据，但具有紧实度(主观分值)及滴水百分比的数据。再次仅使用CAST-Hpy188I和PvuII标记。针对关联性研究CAST AciI无足够的多态性(见表6)。
表6：在一些PIC商业品系中猪CAST-Hpy188I、PvuII和AciI多态性的基因型和等位基因频率
CastHpy188I  Landrace   LargeWhite  Berkshire  Duroc     DurocSynthetic  Hampshire  Pietrain   Composite
11     5     4     21    12     6     11     16     6
12     14     9     2    12     16     8     8     15
22     5     10     2     5     3
N     24     23     23    24     24     24     24     24
P     0.5     0.37     0.95    0.75     0.58     0.63     0.83     0.56
Cast-PvuII
11     21     7     19    21     9     11     24     19
12     10     2    3     14     7     5
22     5     1     5
N     21     22     21    24     24     23     24     24
P     1     0.55     0.95    0.94     0.67     0.63     1     0.9
Cast-AciI
11     21     24     22    22     24     22     22     24
12     3     1     1     2
22
N     24     24     23    22     24     23     24     24
P     0.94     1     0.98    1     1     0.98     0.96     1
p等位基因1的频率
在基于Large White的品系中见到一些显著性的关联性(表7和8)。针对这两种标记，紧实度具有如在B×Y种群中相同的趋向。11(KK)CAST Hpy188I基因型与较高的滴水百分比相关。CAST-PvuII基因型的作用也同样。关于其它性状我们见到22基因型(针对这两种标记)与较低的生长速度相关而且比11更倾斜。这两种标记在测试每日增重(TDG)和US肌肉深度(US_MD)之间存在显著性的差别。
表7：在基于PIC Large White种群中基因型CAST Hpy188I与一些肉质和生长性状之间的关联性结果
性状               最小二乘方均值*
            11(KK)       12(KR)       22(RR)        P
紧实度      2.74(29)a   2.88(60)     2.98(26)b   0.36
            29           60           26
Hprofat     14.28(81)a  13.89(176)b 13.87(82)    0.48
            81           176          82
LDG，g/d    648.7(90)a  649.5(193)a 643.0(101)b 0.32
            90           193          101
TDG，g/d    846.1(86)c  846.7(189)e 830.0(101)df0.09
            86           189          101
US_MD       57.90(85)e  58.50(185)e 60.33(98)f  0.03
            85           185          98
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05
表8：在基于PIC Large White种群中基因型CAST PvuII与一些肉质和生长性状之间的关联性结果
性状                       最小二乘方均值*
             11(RR)        12(RS)        22(SS)         P
紧实度       2.80(44)      2.87(53)      2.97(10)       0.69
             44            53            10
Hprofat      13.96(111)    14.06(164)    13.38(41)      0.28
             111           164           41
LDG，g/d     649.2(123)a  648.5(185)c 637.9(50)d    0.13
             123           185           50
TDG，g/d     846.1(118)c  846.7(182)c 830.0(50)f，d  0.06
             118           182           50
US_MD        57.69(116)c.a 59.56(176)f 59.44(50)b    0.05
             116           176           50
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05
在一个包含这两个标记有或无相互作用的联合分析中，提示一些关联性。仅针对腰部肉无骨重量(p＝0.03)，腰部肉pH(0.04)和股部肉pH(0.02)检测到相互作用，但所述类别中4种动物数目非常少，难以得出任何结论。在该模型中包含这两种基因型，全部概率就Hpy188I针对US_MD而言，就PvuII分别针对loinminb，LMprct，USMD而言均＜0.10。
在Duroc合成品系中，我们见到显著性的关联性(表9和10)。就这两种标记而言，最重要的关联是滴水百分比：PvuII为p＝0.004，Hpy188I为p＝0.03。纯合类别的LS平均值之间的差异是PvuII为1.56％，Hpy188I为0.74％。
在针对CAST-Hpy188I的Composite品系中，检测到一种重要的针对紧实度的关联(表11)。与Large White种群(两个标记)、B×Y(CAST-Hpy188I)和Duroc×Yorkshire的F1代(CAST-Hpy188I)一样，11基因型与较低紧实度相关。
就CAST-PvuII而言，针对h_binwt(股部骨重)发现一感兴趣的关联性，11基因型与较高数值相关(表12)。针对hpromeat(Henessey探查腰部深度)检测也有关联性，11基因型具有最高值。这种关联性在相同品系中通过单元型分析证实(在单元型2和3之间对比p为0.06，它们之间的差异是由于PvuII位点所致)。
在这些品系中，我们检测了CAST Hpy188I与紧实度(0.07)(11基因型-如在B×Y F2种群中同样紧实度较低)，hamminl(p＝0.05)，hprorib(p＝0.14)，endwt(p＝0.02)，LDG(p＝0.06)，TDG(0.04)及US_MD(p＝0.05)的一些关联。
针对后四个性状观测到相同的关联性，与针对Large White种群获得的结果趋向相同(表13)。
就CAST-PvuII而言，针对loinminb(0.001)，hammina(p＝0.01)，endwt(p＝0.03)，LDG(p＝0.13)和TDG(0.12)观测到一些关联性。针对后三种性状观测到同样关联，而且与针对Large White种群获得的结果趋向相同，针对CAST Hpy188I的交叉品系分析也如此(表14)。
              表9在PIC Duroc人造基本谱系中肉质和生产等性状与CAST Hpy-188I的分析
  No.动物     最小二乘方均值(s.e.) 基因型     α     δ
性状   平均值(s.e.)   σp   11  12  22  11  12  22  p trait(s.e.) p   trait(s.e.) p
五花肉   2.50(0.05)   0.71   75  104  23  2.47(0.09)a  2.62(0.07)be  2.26(0.14)bf  0.04 -0.10(0.08) a   0.17(0.07) c
腰部肉   5.73(0.01)   0.14   106  176  55  5.74(0.01)e  5.73(0.01)c  5.69(0.02)fd  0.11 -0.02(0.01) c   0.01(0.01)
  47.98(0.30)   4.34   75  105  25  48.60(0.59)ac  47.62(0.53)b  46.84(0.89)d  0.15 -0.88(0.50) b   -0.07(0.39)
表10在PIC Duroc人造基本谱系中肉质和生产等性状与CAST PvuII的分析
  No.动物     最小二乘方均值(s.e.) 基因型     α     δ
性状   平均值(s.e.)   σp   11   12  22     11     12     22   p   trait(s.e.) p     trait(s.e.) p
L_binwt   20.64(0.15)   2.12   113   64  8   20.80(0.14)e   20.20(0.18)fa   21.08(0.51)b   0.02   0.14(0.27)     -0.49(0.21) c
Dripprct   2.25(0.10)   1.37   103   51  7   2.10(0.12)ai   2.44(0.17)be   3.66(0.45)jf   0.004   0.78(0.24) e     -0.29(0.19) a
表11  在PIC Composite谱系中肉质和生产等性状与CAST Hpy-188I的分析
No.动物     最小二乘方均值(s.e.) 基因型     α     δ
性状  平均值(s.e.) σp 11  12  22  11  12  22  p   trait(s.e.) p   trait(s.e.) p
紧实度  2.71(0.11) 0.94  26  28  14  2.57(0.13)ci  2.87(0.11)d  3.29(0.17)jc  0.005   0.36(0.11) e    -0.04(0.11)
Endwt  113.3(0.47) 7.88  82  145  40  111.8(1.02)e  111.6(0.80)e  108.6(1.38)f  0.10   -1.63(0.80) c    0.89(0.69) a
表12在PIC Composite谱系中肉质和生产等性状与CAST PvuII的分析
No.动物     最小二乘方均值(s.e.) 基因型     α     δ
性状  平均值  (s.e.) σp  11  12   22     11     12     22  p   trait(s.e.) p   trait(s.e.)   p
h_binwt  25.43(0.18) 1.98  76  23   1  25.56(0.22)ea  24.80(0.34)f  23.61(1.39)b  0.05   -0.97(0.69) a   0.15(0.49)
Hpromeat  63.19(0.64) 9.74  149  49   4  60.97(0.89)e  58.16(1.35)f  58.89(4.10)  0.13   -1.04(2.05)   -1.18(1.54)
表13在所有谱系之间肉质和生产等性状与CAST Hpy-188I的分析
  No.动物           最小二乘方均值(s.e.) 基因型 谱系*基因型     α     δ
性状  均值(s.e.) σp  11  12  22  11     12     22   p     p 性状(s.e.)     p    性状(s.e.)     p
    1   2     1     2
五花肉  2.18(0.03) 0.78  179  310  104  2.23(0.05)  2.28(0.04)a  2.20(0.07)b  0.40     0.009 -0.02(0.04)   c    0.05(0.03)     a     c
紧实度  2.86(0.06) 1.06  118  163  58  2.95(0.06)ce  3.10(0.05)d  3.17(0.09)f  0.07     0.02 0.11(0.05)     c   e    0.03(0.05)
Hamminl  46.89(0.20) 4.52  156  253  86  47.62(0.39)e  47.24(0.33)e  46.19(0.49)f  0.05     0.69 -0.71(0.29)     c    0.22(0.24)
Hprorib  14.59(0.21) 4.07  130  182  61  15.22(0.42)ca  14.30(0.37)d  14.30(0.56)b  0.14     0.80 -0.46(0.33)     a    -0.31(0.29)     a
Endwt  111.6(0.24) 7.62  285  518  201  111.4(0.46)g  110.9(0.37)e  109.6(0.54)hf  0.02     0.38 -0.91(0.33)     d    0.30(0.29)     a
LDG，g/d  664.5(1.55) 49.7  285  518  201  665.6(2.91)e  663.3(2.26)c  656.8(3.16)fd  0.06     0.89 -4.37(1.93)     c    1.42(1.72)
TDG，g/d  862.1(2.53) 75.4  225  450  185  870.7(5.11)e  867.8(3.94)e  854.3(5.56)f  0.04     0.75 -8.17(3.44)     c    3.54(3.07)     a
US_MD  61.52(0.27) 8.09  226  449  183  59.48(0.56)e  59.71(0.46)e  60.95(0.60)f  0.05     0.39 0.74(0.33)     c   a    -0.33(0.28)     a
表14在所有谱系之间肉质和生产等性状与CAST PuvII的分析
    No.动物        最小二乘方均值(s.e.)   基因型 基因型       α      δ
性状 均值(s.e.) σp  11  12     22     11     12     22     p     p 性状(s.e.)   p  性状(s.e.)     p
1  2 1   2
Loinminb 3.17(0.04) 1.23  480  337     71  3.35(0.05)ea  3.52(0.06)fi  3.16(0.11)bj     0.001     0.38 -0.09(0.06) a  a  0.18(0.05) g
Hamminl 46.89(0.20) 4.52  254  167     31  47.25(0.33)a 47.23(0.39)a  46.05(0.80)b     0.32     0.76 -0.60(0.41) a  0.39(0.34) a
Hammina 8.59(0.08) 1.8  254  166     31  8.60(0.12)ea  8.97(0.14)f  8.27(0.29)be     0.01     0.40 -0.16(0.15) a  0.36(0.12) e
Endwt 111.6(0.24) 7.62  506  351     77  111.2(0.39)ce  110.3(0.46)da  109.0(0.86)fb     0.03     0.65 -1.08(0.45) c  0.11(0.38)
LDG，g/d 664.5(1.55) 49.7  506  351     77  663.1(2.43)c  662.9(2.70)c  653.4(4.81)d     0.13     0.47 -4.82(2.53) b  3.08(2.13) a
TDG，g/d 862.1(2.53) 75.4  422  313     73  869.2(4.20)e  865.5(4.70)c  850.8(8.50)fd     0.12     0.77 -9.18(4.49) c  3.66(3.81)
每个种群的单元型分析表明一些感兴趣的关联性。这个分析使我们可以评估不同多态性的影响。为此我们注重于仅在一个多态性位点不同的单元型的作用之间的差异以便检测每个位点的作用。例如在有三个单元型的Duroc Synthetic和Composite品系中，单元型2(2-1)和3(2-2)之间的唯一不同之处在PvuII位点。在此方式中可以评估PvuII多态性的潜在作用。概括而言基于单元型分析揭示了以下作用(考虑对比P值低于0.10)：
CAST Hpy188I对以下性状具有作用(或者与QTL连锁不平衡)：loinminl(Large White)，腰部肉pH(Large White)，测试日期(LargeWhite)，hamminl(Large White，所有品系)，腰部无骨重量(Duroc)，紧实度(Composite)，LDG(Composite，所有品系)，TDG(所有品系)。
CAST PvuII对以下性状具有作用(或者与QTL连锁不平衡)：loinminl(Large White，Duroc及所有品系)，腰部肉pH(Large White)，hpromeat(Large White，所有品系)，aloca背部脂肪(Large White)，测试日期(Large White)，滴水百分比(Duroc)，USMD(Composite)及股部骨重(Composite)。
CAST Hpy188I和PvuII对滴水损失百分比均有作用(或者与QTL连锁不平衡)。我们还进行了包含Duroc和Composite品系的分析，因为在这两个品系中仅有3个单元型，以尝试一种更好的作用评估。在单元型1和3的作用之间针对滴水损失百分比获得了一种显著性的差别(在Duroc中较大)(表17)。正如基于其它分析所期望的单元型3与较高的滴水损失相关。还揭示了单元型2与3之间显著性的差别，再次与Duroc种群相似，提示PvuII的单独作用。当等位基因2在这两个位点均存在时(单元型3)，滴水损失百分比中的变化显著性。当将单元型结果与单一关联性研究对比时，在表型变化方面获得相同趋向。例如在紧实度的情况中，等位基因CAST-Hpy188I-1与等位基因2相比紧实度较低。通过单元型分析揭示同样结果。同样情况适于另一种性状-滴水百分比，在Duroc种群中针对CAST-PvuII多态性证明具有强力关联性。(正如所表明的，我们在此仅考虑基于单元型之间的差异及仅考虑p＜0.10的差异)。
表15 CAST PvuII基因型与Berkshire×YorKshire家族F2代的一些肉质性状之间的关联结果
性状           11(RR)        12(RS)       22(SS)        P
瘦型           35.37a       36.10b     35.92         0.232
紧实度         3.33          3.42         3.41          0.301
24h腰部肉pH    5.73a，c      5.76b      5.78d        0.087Juiceness    6.19c
               6.03          5.76d       0.093
柔嫩度         7.98a        7.76b      7.76          0.151
咀嚼力         2.37          2.51         2.53          0.238
Instron力      4.39a         4.49         4.62b        0.105
WHC            0.203         0.199        0.178         0.277
显著性差异：a-b p＜.1；c-d p＜.05；e-f p＜.005，g-h p＜.0005.n＝168(11)，209-216(12)和98-104(22).
表16对一些在B×Y中的肉质性状的CAST单元型代换效应
                      单元型*放应                  对比 p 值
性状           1          2        3       1vs2      1vs3     2vs3
多汁           0.22       0.06     0       0.43      0.01     0.75
柔嫩度         0.14       0.10     0       0.82      0.07     0.55
咀嚼力         -0.12      -0.02    0       0.43      0.03     0.87
Instron力(kg)  -0.14      -0.21    0       0.54      0.008    0.07
紧实度         -0.06      0.10     0       0.01      0.10     0.04
                                          频率
*单元型1：Hpy188I-1 and PvuII-1           0.50
 单元型2：Hpy188I-2 and PvuII-1           0.07
 单元型3：Hpy188I-2 and PvuII-2           0.43
n＝448-482
表17对在两个PIC群体中的滴水损失％的CAST单元型的代换效应
谱系   n     单元型*  频率     单元型效应            对比P值
             1     2     3    1       2     3    1vs2   1vs3    2vs3
DS    154    0.61  0.19  0.20 -0.55  -0.46  0    0.66   0.004   0.04
C     93     0.62  0.28  0.10 -0.47  -0.24  0    0.28   0.17    0.51
DS+C  297    0.61  0.22  0.17 -0.58  -0.40  0    0.23   0.0004  0.03
*  单元型1：Hpy188I-1和PvuII-1.
   单元型2：Hpy188I-2和PvuII-1.
   单元型3：Hpy188I-2和PvuII-2.
实施例4：
为进一步论证在钙蛋白酶抑制蛋白基因中揭示的标记对肉质和生长性状的作用，我们在另外的猪种群中加以测试。
1.肉质数据系列A
针对三种商业种群或品系收集表型数据(肉质、机体成分和生长性状)。进行统计学分析以确定CAST基因型与表型性状中变化的关联性。
使用混合模型程序(SAS程序MIXED，SAS Institute Inc.，Cary，NC)测试CAST多态性与考虑的性状之间的关联性，所用模型通常包含公畜作为随机效应，屠宰数据和标记基因型作为固定效应。加入品系作为交叉品系分析的固定效应。不包括性别和农场，因为所有性状均仅对雌性进行测定，而且每个屠宰数据均代表只是一个农场。在这部分分析中不使用雄性动物，在B×Y中的结果提示基因型作用无性别
(见实施例3)。
在关联性分析中使用的动物数目基于测定的性状而变化，列于表中。
针对两个标记(CAST Hpy188I和CAST PvuII)在基于Large White品系中揭示肉质和生长性状的结果示于表1和2。
这些样品没有Instron力数据，但记录了紧实度(主观分值)和滴水百分比数据。针对这两个标记，紧实度示出与在B×Y种群中观测到的同样趋向(实施例3)-基因型11与较低的紧实度相关(较低值认为是优选的)。这个差异未达到统计学显著性(针对CAST Hpy188I，p＝0.36)，然而这是主观分值，有效性较低。然而，趋向是期望的而且当记录到较大数目时期望是显著性差异。22基因型(针对这两个标记)与生长速度缓慢相关，而不是11和12基因型，有向这个基因型的动物倾斜的趋向。
基于Duroc种群的结果示于表3和4。发现这两个标记对Henessey探查腰部深度(基因型11与较高的最小二乘方(LS)平均值相关)的显著性关联性；CAST-PuvII与五花肉程度(p＝0.010)之间的关联性，其中基因型11具有较低值。
第三个种群是通过杂交一些不同的品种而产生的合成或复合的种群。结果示于表5和6。就CAST-Hpy188I而言，检测到与紧实度的高度显著性的关联(p＝0.0051，表5)。11基因型与较低紧实度相关，如在B×Y F2实验(见实施例3)或在这个实施例的其它种群中同样。就CAST-PvuII而言，在此揭示针对Henessey探查腰部深度的高度显著性关联性(基因型11具有较高LS值；p＝0.006)(表6)。针对这两个标记，滴水损失也趋于基因型11较低。针对CAST Hpy188I该差异有统计学意义(p＝0.03)。
为改良对标记作用的评估，组合来自所有种群的数据，使用相同模型分析(相信这是合适的，因为没有种群基因型明显相互作用的迹象)(表7和8)。
针对这两个标记最显著性的关联是紧实度(如从各个结果中预期的)。在基因型的LS平均值之间也存在显著性差异(p＜0.05)。针对CAST PvuII，纯合基因型之间有0.26单位的差异，针对CAST Hpy188I有0.13单位的差异，再次就这两个标记而言11基因型与较低紧实度相关(表7和8)。
表1在Large White基本种群中的一些肉质和生长性状与CAST Hpy188I基因型之间的关联结果
                                                       性状        最小二乘方均值*
             11 (KK)      12(KR)        22(RR)         P
紧实度       2.74(.14)a  2.88(.11)    2.98(.15)b    0.36    29    60     26
Hprofat      14.28(.35)a 13.89(.29)b 13.87(.37)     0.48    81    176    82
LDG，g/d     648.7(4.42)a649.5(3.36)a643.0(4.29)b  0.32    90    193    101
TDG，g/d     846.1(7.84)c846.7(5.94)e830.0(7.60)df 0.09    86    189    101
US_MD        57.90(.77)e 58.50(.57)e 60.33(.74)f   0.03    85    185    98
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05
表2在Large White基本种群中的一些肉质和生长性状与CAST PvuII基因型之间的关联结果
性状             最小二乘方均值*
             11(RR)          12(RS)         22(SS)          P
紧实度       2.80(.12)       2.87(.12)      2.97(.21)       0.69    44  53  10
Hprofat      13.96(.31)a    14.06(.28)a   13.38(.45)b   0.28    111 164 41
LDG，g/d     649.2(3.93)c   648.5(3.42)c  637.9(5.53)d  0.13    123 185 50
TDG，g/d     849.1(6.94)e   842.6(6.03)c  823.2(9.82)f，d0.06    118 182 50
US_MD        57.69(.69)e，a  59.56(.58)f   59.44(.98)b   0.05    116 176 50
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05
表3在Duroc基本种群中的一些肉质和生长性状与CAST Hpy188I基因型之间的关联结果
                                                        性状           最小二乘方均值*
              11(KK)           12(KR)          22(RR)          P
Dripprct      1.81(.13)a      2.01(.15)b    1.87(.30)b     0.43    137   100   17
Hpromeat      53.15(.82)c，k   51.22(.92)d，e 46.38(1.92)l，f 0.002   129   95    17
aloca背脂     12.47(.28)e     12.77(.31)c   13.92(.64)f，d  0.09    136   99    17
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；k-l p＜.001
表4在Duroc基本种群中的一些肉质和生长性状与CAST Pvu基因型之间的关联结果
性状                        最小二乘方均值*
            11(RR)          12(RS)          22(SS)           p        最小二乘方均值*
紧实度      3.21(.05)a     3.27(.09)       3.60(.33)b     0.45     152    54     3
Dripprct    1.84(.12)a     2.03(.17)b     1.83(.48)       0.50     175    76     6
Hpromeat    52.94(.75)i，a  49.43(1.10)j   48.04(3.08)b   0.0045   166    72     6
五花肉      2.76(.08)e，c   2.56(0.11)f    3.29(0.28)d，e  0.01     175    76     6
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d  p＜.1；e-f p＜.05；i-j p＜.005
表5在Composite基本种群中的一些肉质和生长性状与CAST Hpy188I基因型之间的关联结果
                                                   性状              最小二乘方均值*
             11(KK)          12(KR)           22(RR)         p
紧实度       2.89(.13)e，i   3.19(.10)f，c   3.50(.14)j，d  0.0051    33    44   21
Dripprct     2.06(.26)a     2.41(.22)b     2.46(.28)b    0.33      47    64   27
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；i-j p＜.005
表6在Composite基本种群中的一些肉质和生长性状与CAST PvuII基因型之间的关联结果
性状          最小二乘方均值*
          11(RR)          12(RS)             22(SS)            p     最小二乘方均值*
紧实度    3.17(.11)       3.21(.13)          3.40(.34)         0.81   67   28  3
Dripprct  2.11(.20)g     2.84(.26)h        2.41(.72)         0.03  103  34  3
Hpromeat  62.57(.87)e，g  59.80(1.19)f，c    53.65(3.35)h，d  0.006  175  64  6
LMprct    47.26(.23)a，i  46.81(.29)b，e     45.05(.74)j，f   0.014  62   27  3
五花肉    2.14(.08)g     2.25(.11)e        3.21(.39)h，f    0.02   125  46  3
US_MD     63.21(.7)c，a   61.63(.91)d       59.78(2.52)b    0.13   215  72  6
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；g-h p＜.01；i-j p＜.005.
表7交叉所有的谱系/种群的一些肉质和生长性状与CAST HDy188I基因型之间的关联结果
                                             性状           最小二乘方均值*
          11(KK)         12(KR)        22(RR)       p
紧实度    2.96(.06)e，c 3.06(.05)f   3.09(.07)    0.06    319  359  102
Dripprct  2.06(.11)      2.11(.10)     2.14(.14)    0.82    367  421  123
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05
表8交叉所有的谱系/种群的一些肉质和生长性状与CAST PvuII基因型之间的关联结果
性状                  最小二乘方均值*
          11(RR)        12(RS)         22(SS)        p       最小二乘方均值*
紧实度    3.03(.05)c   3.04(.05)e   3.29(.11)f   0.06    495  249  30
Dripprct  2.07(.1)a    2.21(.11)b   2.04(.22)     0.32    575  295  37
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05
单元型分析
为评估这两个标记的作用，我们构建了单元型并重复该分析。鉴别了三个共有的单元型：1(1_1)，2(2_1)和3(2_2)。评估这三个代换的组合作用作为单元型代换作用。从一个模型中评估单元型之间的差异，所述模型包含公畜(随机)、屠宰日期和针对每个单元型的一个值为-1，0和1的变量，相应于具有所述单元型的0，1或2个拷贝的动物。单元型代换作用以单元型3的作用偏差数表示，设定任意值为0。
对每个种群及杂交品系的单元型分析表明一些感兴趣的关联性(表9)。单元型1和2之间的差异反映了Hpy188I位点的作用，单元型2和3之间的差异是由于PvuII位点所致。概括而言，基于单元型分析揭示以下作用(考虑对比P值低于0.10)：
-CASTHpy188I对以下性状具有作用(或者与QTL连锁不平衡)：测试天数(Latge white)，Henessey探查背膘厚度，aloca背部脂肪(Duroc)，紧实度(Composite，p＝0.0008)，生存期每日增重(LDG)(Duroc，所有品系)，Henessey探查肋骨厚度(Composite，所有品系)，测试时每日增重(TDG)(Duroc，所有品系)，及在测试结束时重量(Duroc，所有品系)。
-CAST PvuII对以下性状具有作用(或者与QTL连锁不平衡)：Henessey探查腰部深度(Large White，Composite)，aloca背部脂肪(Large White)，测试日期(Large White)，生存期每日增重(Duroc)，测试时每日增重(Duroc)及在测试结束时重量(Duroc)，Henessey探查背膘厚度(Duroc)，Henessey探查肋骨厚度(Duroc)，在测试结束时肌肉深度及屠体的瘦肉百分比(Composite)。
-这两个标记对以下性状均有作用：五花肉程度(Composite)，滴水损失百分比(Composite，p＝0.04，单元型1与较低代换作用相关；Duroc，单元型1与较高代换作用相关)，紧实度(所有品系，p＝0.06，单元型1与较低代换作用相关)，生存期每日增重(LargeWhite)，测试时每日增重(Large White)及测试结束时重量(LargeWhite，p＝0.009，单元型1与较高代换作用相关；所有品系，p＝0.07，单元型1与较高代换作用相关)，屠体瘦肉百分比(Composite)及在测试结束时肌肉深度(Large White)。
表9单元型分析。肉质数据系列A
谱系 性状     均值(s.e.) s.d.     估计值     对比值
  hap1  hap2 Hap3  hap 1vs2 hap 1vs3  Hap 2vs3
Large WhiteDurocComposite所有谱系   hpromeataloc_fendwtdaysldgtdgus_mdhprofathpromeataloc_fendwtldgtdgfirmnessdripprcthpromeatmarblinghproribLMprctus_mdfirmnesshproribendwtldgtdg 50.30(0.70)13.33(0.17)109.2(0.36)171.0(0.79)644.7(2.24)844.1(3.83)59.02(0.39)14.03(0.21)51.19(0.46)12.78(0.18)106.0(0.67)646.4(3.78)823.6(6.80)2.92(0.10)2.14(0.11)63.33(0.64)2.21(0.07)14.30(0.44)47.24(0.14)65.96(0.50)3.05(0.04)14.90(0.14)110.2(0.23)662.7(1.46)852.3(2.44)  12.33.146.5310.241.269.67.043.37.22.9210.6601021.011.329.910.874.251.338.411.034.048.8955.483.1  -0.390.311.52-0.346.8913.35-1.420.223.30-0.24-0.63-4.75-9.00-0.20-0.523.10-0.25-0.930.641.14-0.070.240.672.844.20   -1.650.690.81-2.865.257.03-0.921.201.770.804.58-28.08-33.100.19-0.393.92-0.12-2.520.931.90-0.01-0.29-0.21-3.11-6.03   0000000000000000000000000   0.130.320.370.100.730.420.540.090.250.020.0110.0080.080.00080.500.390.190.080.270.260.130.090.040.020.02   0.520.280.0090.780.050.020.020.600.00080.450.580.460.390.110.040.0080.040.340.030.190.060.380.070.210.27   0.050.090.310.080.280.380.270.090.270.120.0140.0080.050.180.150.0020.340.030.0060.040.920.420.660.300.23
对比单元型结果与单一标记关联性结果可以看出正如针对显著性性状所期望的，在表型变化中具有相同趋向。例如，在紧实度情况中，与等位基因2相比等位基因CAST Hpy188I与较低紧实度相关。通过单元型分析表明同样结果。还发现单元型1在B×Y种群中是优选的单元型。
性状描述-数据系列A
紧实度：腰部紧实度的主观分值，优选较低
滴水损失百分比(Drpprct)：在48小时期间最长肌中损失的水分量，优选较低
Henessey探查腰部深度(hpromeat)：优选较高
在测试结束时肌肉深度(us_md)：优选较高
测试时每日增重(TDG)：g/天，优选较高
生存期每日增重(LDG)：g/天，优选较高
测试结束时重量(endwt)
屠体瘦肉百分比(LMprct)
测试天数(days)
Henessey探查背膘厚度(hprofat)
Aloca背部脂肪(aloc_f)：p2部位背膘厚度
Henessey探查肋骨厚度(hprorib)
2.肉质数据系列B
这项研究取样的个体代表从三或多个纯品系杂交而获得的普通商品猪(屠宰猪)。在一个商业屠宰场中收获动物。收集若干主观和非主观肉质性状的表型数据。从将每个个体的屠体切成切割肉块之日起将腰部肉精确熟成(aged)14天。在熟成14天后，测定清洗损失、蒸煮损失、滴水损失、含水量％、肌内脂肪％(IMF)及剪切力。
为进行个体标记分析，使用一个线性模型，产物(sireline和damline的组合)作为固定效应。将基因型作为固定效应以评估最小二乘方平均值。单一标记关联性分析表明嫩度及嫩度相关性状的显著性关联：
-CAST Hpy188I对如下性状有作用：蒸煮损失％(p＝0.0004，基因型11具有较低的最小二乘方平均值，在纯合子LS平均值之间有4.26％差异)、含水量％(p＝0.08，基因型11具有较低的LS平均值)、主观多汁及嫩度分值(p＝0.06-0.07，基因型11具有较高值)。还有证据表明对剪切力也有作用(p＝0.16)，在纯合子之间的差异＝0.23(表10)。
-CAST PvuII对如下性状有作用：腰部肉pH(p＝0.06)，多汁分值(p＝0.04，基因型11具有较高LS平均值)(表11)。
表10肉质和生产性状与CAST Hpy188I的分析-肉质数据系列B
性状     平均值(s.e.)  σp     No.动物     最小二乘方平均值(s.e.)   基因型
    11  12   22  11 12  22     p
滴水％ 1.72(0.04) 0.6     39  105   48  1.62(0.11) 1.66(0.07)  1.72(0.10)     0.73
剪切力 1.91(0.04) 0.54     39  106   47  1.73(0.10)ac 1.90(0.06)b  1.98(0.09)d     0.16
蒸煮损失％ 24.09(0.35) 4.96 39 106 48 22.29(0.90)am 23.83(0.57)bi 26.55(0.82)nj 0.0004
含水量％ 74.87 (0.05) 0.74     39  106   48  74.57(0.13)ec 74.88(0.08)f  74.88(0.12)d     0.08
主观柔嫩分值 7.39(0.09) 1.34 39 106 46 7.68(0.24)ea 7.09(0.15)f 7.21(0.22)b 0.07
主观多汁分值 8.09(0.08) 1.17 39 106 46 8.32(0.21)ce 7.91(0.13)d 7.72(0.19)f 0.06
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；g-h p＜.01；i-j p＜.005；m-np＜.0005
表11肉质和生产性状与CAST PvuII的分析-肉质数据系列B
性状     平均值(s.e.)  σp     No.动物     最小二乘方平均值(s.e.)   基因型
    11     12     22  11 12 22     p
腰部肉 5.73(0.01) 0.18     78     64     16  5.72(0.03)e 5.70(0.03)e 5.60(0.05)f     0.06
滴水％ 1.72(0.04) 0.6     95     86     23  1.64(0.08) 1.88(0.08) 1.77(0.14)     0.66
剪切力 1.91(0.04) 0.54     96     86     22  1.87(0.07) 1.90(0.07) 1.89(0.12)     0.93
蒸煮损失％ 24.09(0.35) 4.96 96 86 23 23.67(0.63)e 24.04(0.63)c 26.00(1.11)fd 0.14
脂肪％ 2.00(0.05) 0.68     78     71     18  1.87(0.10) 1.95(0.09)  1.91(0.17)     0.77
主观柔嫩分值 7.39(0.09) 1.34 96 85 22 7.44(0.17)c 7.08(0.17)d 7.15(0.30) 0.18
主观多汁分值 8.09(0.08) 1.17 96 85 22 8.22(0.15)e 7.84(0.15)f 7.66(0.27)f 0.04
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；g-h p＜.01；i-j p＜.005.
单元型分析
鉴别了三个共有单元型：1，2和3。三个代换的组合作用评估为单元型代换作用。使用一个线性模型，产物(sireline和damline的组合)作为固定效应。从一个模型中评估单元型之间的差异，所述模型之中使用针对每个单元型的一个变量值为-1，0和1，相应于具有所述单元型的0，1或2个拷贝。单元型代换作用以单元型3的作用偏差表示，其任意值设定为0(表12)。
-CAST Hpy188I对如下性状有作用：剪切力(p＝0.04，单元型1具有较低代换作用)、蒸煮损失％(p＝0.0004，单元型1具有较低代换作用)。
-这两个标记均对如下性状有作用：蒸煮损失(p＝0.002，单元型1具有较低代换作用)、主观嫩度(p＝0.09，单元型1与较高代换作用相关)及多汁分值(p＝0.008，单元型1具有较高代换作用)。
表12单元型分析-肉质数据数据B
    性状 平均值(s.e.) s.d.                  估计值     对比值
hap1 hap2 hap3 hap1vs2 hap1vs3 Hap2vs3
    腰部肉pH剪切力蒸煮损失％含水量％主观柔嫩分值主观多汁分值 5.73(0.02)1.92(0.04)24.23(0.36)74.87(0.05)7.33(0.10)8.02(0.08) 0.10.55.00.71.31.1 0.055-0.074-1.916-0.1510.2760.381  0.0260.0970.727-0.0010.1990.253     000000     0.340.040.00040.180.690.45     0.030.280.0020.100.090.008     0.370.220.300.990.290.12
性状描述-数据系列B
蒸煮损失％：在80℃熟化14天的最长肌中测定
多汁：在口腔中咀嚼后感觉的含水量(主观)
嫩度：咬断腰部肉样品所需要的力量(主观)
剪切力：烤制的排骨嫩度测定值，优选较低
3.肉质数据系列C
这个系列由来自10个不同商业品系的后备母猪组成。测定大量肉质性状，包括大量感官和质地性状，从多汁、纤维性等开始，以可接受度结束。
为进行个体标记关联性分析，使用一个混合模型，品系和屠宰日期作为固定效应，公畜作为随机效应。将基因型作为固定效应以评估最小二乘方平均值(表13和14)。单一标记关联性分析表明以下显著性关联：
-CAST Hpy188I对如下感官和质地性状有作用：破碎性(p＝0.05，基因型11与较高LS平均值相关)及纤维性(p＝0.03，基因型11具有较低值)，蒸煮损失不显著(p＝0.18)，但基因型11具有较低值而且纯合子之间的差异接近显著值(p＜0.10)。
-CAST PvuII对如下性状有作用：肌内脂肪(臀中肌Gluteusmedius)(p＝0.04，基因型11显著倾斜)和紧实度(p＝0.05)。
表13肉质与生产性状和CAST Hpy188I的分析-肉质数据系列C
性状     平均值(s.e.) σp     No.动物     最小二乘方平均值(s.e.) 基因型p
 11  12 22     11     12     22
s_crumbli蒸煮损失纤维性胶粘性 4.38(0.03)33.70(0.12)3.35(0.03)6.25(0.07)   0.82.290.811.17  1629616270  235136235108 18310318383  4.54(0.07)ce33.37(0.21)ac3.24(0.06)e6.01(0.15)e  4.40(0.05)da33.71(0.16)b3.43(0.05)f6.45(0.12)fa  4.31(0.06)fb33.94(0.20)d3.42(0.06)f6.23(0.15)b   0.050.180.030.05
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；g-h p＜.01；i-j p＜.005.
表14肉质与生产性状和CAST PvuII的分析-肉质数据系列C
性状     平均值(s.e.) σp     No.动物     最小二乘方平均值(s.e.) 基因型p
 11  12   22     (s.e.)
IMFGm紧实度 1.29(0.03)2.93(0.05) 0.480.83  151111  110118   5846 1.24(0.04)ea2.91(0.08)c  1.39(0.04)f2.87(0.07)e  1.33(0.06)b3.17(0.11)df   0.040.05
*显著性差异：a-b p＜.3；c-d p＜.1；e-f p＜.05；g-h p＜.01；i-j p＜.005.
单元型分析
鉴别了三个共有单元型：1，2和3。这三个代换的组合作用评估为单元型代换作用。使用一个混合模型，以品系和屠宰日期作为固定效应，公畜作为随机效应。从一个模型中评估单元型之间的差异，所用模型之中针对每个单元型使用一个变量，其值为-1，0和1，分别相应于具有0，1或2个拷贝的所述单元型的动物。单元型代换作用以相对于单元型3的作用的偏差表示，该单元型3的作用任意设定为0(表15)。基于单元型作用之间的差异，我们能够揭示每一个标记对若干肉质性状的作用，并且基于单元型作用之间的差异而将其分别标注：
-CAST Hpy188I对如下感官和质地性状有作用：硬度(p＝0.004)、破碎性(p＜0.0001，单元型1与较高代换作用相关)、多汁(p＝0.07，单元型1具有较高代换作用)、纤维性(p＝0.003)、接受性(p＝0.005)、胶粘性(p＝0.02)、蒸煮(p＝0.11，单元型1具有较低代换作用)。
-CAST PvuII对如下性状有作用：硬度(p＝0.0005)、破碎性(p＝0.0005)、纤维性(p＝0.02)、接受性(p＝0.003)和胶粘性(p＝0.02)。
表15单元型分析-肉质数据系列C
性状 平均值(s.e.)  s.d.         估计值                对比值
hap1 hap3 hap4 hap1vs2 hap1vs3 Hap2vs3
S_硬度S_破碎性蒸煮损失S_多汁S_纤维性S_可接受性t_胶粘性 4.18(0.04)4.39(0.03)33.73(0.12)3.11(0.03)3.35(0.03)4.39(0.04)6.22(0.07)   0.80.2.20.70.0.81.1   0.0750.007-0.2000.016-0.019-0.0370.021  0.284-0.2560.140-0.0950.164-0.2390.401     0000000     0.004＜.00010.110.070.0030.0050.02     0.230.910.280.750.720.540.87     0.00050.00050.570.160.020.0030.02
性状描述-数据系列C
蒸煮损失：在80℃在最长肌中测定，优选较低
肌内脂肪：(IMFGm)：在NIT臀中肌中测定
硬度：咬断腰部肉样品所需的力，优选较低
纤维性：根据易于分离一种物质而测定的结构性质，优选较低
多汁：在口腔内咀嚼感觉的含水量，优选较高
接受度或接受性：特征在于肯定态度的体验，优选较高
破碎性：特征在于在咀嚼期间一种物质易于分离为小颗粒的结构性质，优选较高
胶粘性：限定为产物的硬度×粘着性，优选较低
这些结果进一步支持了这样的发现(实施例3)，表明CASTHpy188I和PvuII多态性用作嫩度和/或相关肉质性状的选择程序的标记。单元型1是针对多汁、嫩度和紧实度优选的，CAST Hpy188I比PvuII似乎具有略大的作用。
另外，在一些种群及杂交品系分析中对生长/腰部肉深度有作用(数据系列A)。单元型1与较快速生长相关。这些作用与钙蛋白酶抑制蛋白/钙蛋白酶系统对蛋质转换的用相关，或者反映直接影响这些性状的另一个基因座连锁不平衡。可以利用所述CAST标记(通过连锁不平衡)选择这些性状。
在Composite品系及杂交品系分析中(数据系列A)，针对紧实度发现一显著作用。单元型1与紧实度的较低代换作用相关，还发现该单元型在B×Y F2资源群中是优选的单元型(实施例3)。
在Composite品系中(数据系列A)，针对滴水损失发现一显著作用，在其它品系/数据系列中也发现这个特定性状的关联迹象。
肉质数据系列B表明对蒸煮损失的非常显著作用，在instron力和主观嫩度测定中的显著差异。使用单元型分析能检测纯合子种类之间蒸煮损失的5.29％的高度显著差异。
在系列C中这两个标记对肉质的某些嫩度及嫩度相关测定均有显著作用。就这些性状之一而言，例如接受性，在最差和最佳单元型的代换作用之间有高度显著差异。
一般而言，单元型1与更嫩、多汁肉、蒸煮损失及紧实度较低及更可接受的肉质相关，因此能用于选择改良的肉质。
参考文献：
在此所有引用的文献均以其全文并入参考，文献包括但不局限于：
Alvema，M.，De Tulio，R.，Passalacqua，M.，Salamino，F.，Pontremoli，S.，Melloni，E.，2001，Changes in intracellular calpastatinlocalization are mediated by reversible phosphorylation，Biochem.J.(2001)354，25-30.
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Ma，H.，Yang，H.Q，Takano，E.，Hatanaka，M.，1994，Amino-terminalconserved region in proteinase inhibitor domain of calpastatin potentiatesits calpain inhibitory activity by interacting with calmodulin-like domainof proteinase，J.Biol.Chem.268：24430-24436.
Malek M.，J.C.M.Dekkers，H.K.Lee，T.J.Bass，K.Prusa，E.Huff-Lonergan，M.F.Rothschild(2001)，A molecular genome scananalysis to identify chromosomal region influencing economic traits in thepig.II.Meat and muscle composition.Mammalian Genome 12，637-645.
                               序列表
<110>衣阿华州立大学研究基金公司
<120>新钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)等位基因
<130>ISURF 2877
<150>60/347,209
<151>2002-01-09
<160>25
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>2159
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<220>
<221>CDS
<222>(67)..(2139)
<223>
<400>1
tctctcggcc gggaagccag aagcagagta tcgccttcct ctgcttcaac gagcaagtct     60
tccagt atg aat ccc aca gaa acc aag gct gta aaa aca gaa cct gaa       108
       Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu
       1               5                   10
aag aag tca caa tca act aag cca tct gtg gtt cat gag aaa aaa acc      156
Lya Lys Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr
15                  20                  25                  30
caa gaa gta aag cca aag gaa cac cca gag cca aaa agc cta ccc acg      204
Gln Glu Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr
                35                  40                  45
cac tca gca gat gca ggg agc aag cgt gct cat aaa gaa aaa gca gtt      252
His Ser Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val
            50                  55                  60
tcc aga tct aat gag cag cca aca tca gag aaa tca aca aaa cca aag      300
Ser Arg Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys
        65                  70                  75
gct aaa cca cag gac ccg acc ccc agt gat gga aag ctt tct gtt act      348
Ala Lys Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr
    80                  85                  90
ggt gta tct gca gca tct ggc aaa cca gct gag acg aaa aaa gat gat      396
Gly Val Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp
95                  100                 105                 110
aaa tca tta aca tcg tct gta cca gct gaa tcc aaa tca agt aaa cca      444
Lys Ser Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro
                115                 120                 125
tca gga aag tca gat atg gat gct gct ttg gat gac tta ata gac act      492
Ser Gly Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr
            130                 135                 140
tta gga gga cct gaa gaa act gag gaa gat aat aca aca tat act gga       540
Leu Gly Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly
        145                 150                 155
cct gaa gtt ttg gat cca atg agt tct acc tat ata gag gaa ttg ggt       588
Pro Glu Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly
    160                 165                 170
aaa aga gaa gtc aca ctt cct cca aaa tat agg gaa ttg ttg gat aaa       636
Lys Arg Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys
175                 180                 185                 190
aaa gaa ggg att cca gtg cct cct cca gac act tcg aaa ccc ctg ggg       684
Lys Glu Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly
                195                 200                  205
ccc gat gat gcc atc gat gcc ttg tca tta gac ttg acc tgc agt tct       732
Pro Asp Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser
            210                 215                 220
cct aca gct gat ggg aag aaa acc gag aaa gag aaa tct act ggg gag       780
Pro Thr Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu
        225                 230                 235
gtt ttg aaa gct cag tct gtt ggg gta atc aga agc gct gct gct cca       828
Val Leu Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro
    240                 245                 250
ccc cac gag aaa aaa aga agg gtg gaa gag gac acg atg agt gat caa       876
Pro His Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln
255                 260                 265                 270
gca ctg gag gct ttg tca gct tcc ctg ggc agc cgg aag tca gaa ccc       924
Ala Leu Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro
                275                 280                 285
gag ctt gac ctc agc tcc att aag gaa att gat gag gca aaa gcc aaa       972
Glu Leu Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys
            290                 295                 300
gaa gag aaa cta aag aag tgt ggt gaa gat gac gaa acg gtc ccg cca      1020
Glu Glu Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro
        305                 310                 315
gag tat aga ttg aaa cca gcc atg gat aaa gat gga aaa cca ctc ttg      1068
Glu Tyr Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu
    320                 325                 330
cca gag gct gaa gaa aaa ccc aag ccc ctg agt gaa tca gaa ctc att      1116
Pro Glu Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile
335                 340                 345                 350
gac gaa ctt tcg gaa gat ttt gac cag tct aag cgt aaa gaa aaa caa      1164
Asp Glu Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln
                355                 360                 365
tct aag cca act gaa aaa aca aaa gag tct cag gcc act gcc cct act      1212
Ser Lys Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr
            370                 375                 380
cct gtg gga gag gcc gtg tct cgg acc tcc ttg tgc tgt gtg cag tcg      1260
Pro Val Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser
        385                 390                 395
gca ccc cca aag cca gct acg ggc atg gtg cca gat gat gct gta gaa      1308
Ala Pro Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu
    400                 405                 410
gcc ttg gct gga agc ctg ggg aaa aag gaa gca gat cca gaa gat gga      1356
Ala Leu Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly
415                 420                 425                 430
aag cct gtg gag gat aaa gtc aag gag aaa gcc aaa gaa gag gat cgt      1404
Lys Pro Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg
                435                440                  445
gaa aaa ctt ggt gaa aag gaa gaa acg att cct cct gat tat aga tta      1452
Glu Lys Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu
            450                 455                 460
gaa gag gtc aag gac aaa gat gga aaa act ctc ccg cac aaa gac ccc      1500
Glu Glu Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro
        465                 470                 475
aag gaa cca gtc ctg ccc ttg agt gaa gac ttc gtc ctt gat gct ttg      1548
Lys Glu Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu
    480                 485                 490
tcc cag gac ttt gcc ggt ccc cca gcc gct tca tct ctt ttt gaa gat      1596
Ser Gln Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp
495                 500                 505                 510
gct aaa ctt tca gct gcc gtc tct gaa gtg gtt tcc caa acc tca gct      1644
Ala Lys Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala
                515                 520                 525
cca acc acc cac tct gca ggt cca ccc cct gac act gtg agt gat gac      1692
Pro Thr Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp
            530                 535                 540
aaa aaa ctt gac gat gcc ctg gat cag ctt tct gac agt ctg ggg caa      1740
Lys Lys Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln
        545                 550                555
aga cag cct gac cca gat gag aac aag ccc ata gag gat aaa gtc aag      1788
Arg Gln Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys
    560                 565                 570
gaa aaa gct gaa gct gaa cat aga gac aag ctg gga gaa aga gat gac      1836
Glu Lys Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp
575                 580                 585                 590
act atc ccg cct gaa tat aga cat ctc ttg gat aag gat gag gag ggc      1884
Thr Ile Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly
                595                 600                 605
aaa tca acg aag cca ccc aca aag aaa cct gag gca cca aag aaa cct      1932
Lys Ser Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro
            610                 615                 620
gaa gct gcc caa gat ccc att gat gcc ctc tca ggg gat ttt gac aga      1980
Glu Ala Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg
        625                 630                 635
tgt cca tca act aca gaa acc tca gag aac aca aca aag gac aaa gac      2028
Cys Pro Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp
    640                 645                 650
aag aag acg gct tcc aag tcc aaa gca ccc aag aat ggg ggt aaa gca     2076
Lys Lys Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala
655                 660                 665                 670
aag gat tcc aca aag gca aag gag gaa act tcc aaa caa aaa tct gat     2124
Lys Asp Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp
                675                 680                 685
gga aag agt aca agt taaaagttca cactattttc                            2159
Gly Lys Ser Thr Ser
             690
<210>2
<211>691
<212>PRT
<213>Sus scrofa
<400>2
Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu Lys Lys
1               5                   10                  15
Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr Gln Glu
            20                  25                  30
Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr His Ser
        35                  40                  45
Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val Ser Arg
    50                  55                  60
Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys Ala Lys
65                  70                  75                  80
Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr Gly Val
                85                  90                  95
Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp Lys Ser
            100                 105                 110
Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro Ser Gly
        115                 120                 125
Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr Leu Gly
    130                 135                 140
Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly Pro Glu
145                 150                 155                 160
Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly Lys Arg
                165                 170                 175
Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys Lys Glu
            180                 185                 190
Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly Pro Asp
        195                 200                 205
Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser Pro Thr
    210                 215                 220
Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu Val Leu
225                 230                 235                 240
Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro Pro His
                245                 250                 255
Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln Ala Leu
            260                 265                 270
Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro Glu Leu
        275                 280                 285
Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys Glu Glu
    290                 295                 300
Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro Glu Tyr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu Pro Glu
                325                 330                 335
Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile Asp Glu
            340                 345                 350
Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln Ser Lys
        355                 360                 365
Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser GlnAla Thr Ala Pro Thr Pro Val
    370                 375                380
Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser Ala Pro
385                 390                 395                 400
Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu Ala Leu
                405                 410                 415
Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly Lys Pro
            420                 425                 430
Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg Glu Lys
        435                 440                 445
Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu Glu Glu
    450                 455                 460
Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro Lys Glu
465                 470                 475                 480
Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu Ser Gln
                485                 490                 495
Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp Ala Lys
            500                 505                 510
Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala Pro Thr
        515                 520                 525
Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp Lys Lys
    530                 535                 540
Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln Arg Gln
545                 550                 555                 560
Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys
                565                 570                 575
Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp Thr Ile
            580                 585                 590
Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly Lys Ser
        595                 600                 605
Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro Glu Ala
    610                 615                 620
Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg Cys Pro
625                 630                 635                 640
Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp Lys Lys
                645                 650                 655
Thr Ala Ser Lys Ser Lus Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala Lys Asp
            660                 665                 670
Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp Gly Lys
        675                 680                 685
Ser Thr Ser
    690
<210>3
<211>2159
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<220>
<221>CDS
<222>(67)..(2139)
<223>
<400>3
tctctcggcc gggaagccag aagcagagta tcgccttcct ctgcttcaac gagcaagtct      60
tccagt atg aat ccc aca gaa acc aag gct gta aaa aca gaa cct gaa        108
       Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu
       1               5                   10
aag aag tca caa tca act aag cca tct gtg gtt cat gag aaa aaa acc       156
Lys Lys Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr
15                  20                  25                  30
caa gaa gta aag cca aag gaa cac cca gag cca aaa agc cta ccc acg       204
Gln Glu Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr
                35                  40                  45
cac tca gca gat gca ggg agc aag cgt gct cat aaa gaa aaa gca gtt       252
His Ser Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val
            50                  55                  60
tcc aga tct aat gag cag cca aca tca gag aaa tca aca aaa cca aag       300
Ser Arg Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys
        65                  70                  75
gct aaa cca cag gac ccg acc ccc agt gat gga aag ctt tct gtt act       348
Ala Lys Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr
    80                  85                  90
ggt gta tct gca gca tct ggc aaa cca gct gag acg aaa aaa gat gat       396
Gly Val Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp
95                  100                 105                 110
aaa tca tta aca tcg tct gta cca gct gaa tcc aaa tca agt aaa cca       444
Lys Ser Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro
                115                 120                 125
tca gga aag tca gat atg gat gct gct ttg gat gac tta ata gac act       492
Ser Gly Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr
            130                 135                 140
tta gga gga cct gaa gaa act gag gaa gat aat aca aca tat act gga       540
Leu Gly Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly
        145                 150                 155
cct gaa gtt ttg gat cca atg agt tct acc tat ata gag gaa ttg ggc      588
Pro Glu Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly
    160                 165                 170
aaa aga gaa gtc aca ctt cct cca aaa tat agg gaa ttg ttg gat aaa      636
Lys Arg Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys
175                 180                 185                 190
aaa gaa ggg att cca gtg cct cct cca gac act tcg aaa ccc ctg ggg      684
Lys Glu Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly
                195                 200                 205
ccc gat gat gcc atc gat gcc ttg tca tta gac ttg acc tgc agt tct      732
Pro Asp Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser
            210                 215                 220
cct aca gct gat ggg aag aaa acc gag aaa gag aaa tct act ggg gag      780
Pro Thr Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu
        225                 230                 235
gtt ttg aaa gct cag tct gtt ggg gta atc aga agc gct gct gct cca      828
Val Leu Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro
    240                 245                 250
ccc cac gag aaa aaa aga agg gtg gaa gag gac acg atg agt gat caa      876
Pro His Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln
255                 260                 265                 270
gca ctg gag gct ttg tca gct tcc ctg ggc agc cgg aag tca gaa ccc      924
Ala Leu Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro
                275                 280                285
gag ctt gac ctc agc tcc att aag gaa att gat gag gca aaa gcc aaa      972
Glu Leu Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys
            290                 295                 300
gaa gag aaa cta aag aag tgt ggt gaa gat gac gaa acg gtc ccg cca     1020
Glu Glu Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro
        305                  310                 315
gag tat aga ttg aaa cca gcc atg gat aaa gat gga aaa cca ctc ttg     1068
Glu Tyr Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu
    320                 325                 330
cca gag gct gaa gaa aaa ccc aag ccc ctg agt gaa tca gaa ctc att     1116
Pro Glu Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile
335                 340                 345                 350
gac gaa ctt tcg gaa gat ttt gac cag tct aag cgt aaa gaa aaa caa     1164
Asp Glu Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln
                355                 360                 365
tct aag cca act gaa aaa aca aaa gag tct cag gcc act gcc cct act     1212
Ser Lys Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr
            370                 375                 380
cct gtg gga gag gcc gtg tct cgg acc tcc ttg tgc tgt gtg cag tcg     1260
Pro Val Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser
        385                 390                 395
gca ccc cca aag cca gct acg ggc atg gtg cca gat gat gct gta gaa     1308
Ala Pro Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu
    400                 405                 410
gcc ttg gct gga agc ctg ggg aaa aag gaa gca gat cca gaa gat gga      1356
Ala Leu Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly
415                 420                 425                 430
aag cct gtg gag gat aaa gtc aag gag aaa gcc aaa gaa gag gat cgt      1404
Lys Pro Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg
                435                 440                 445
gaa aaa ctt ggt gaa aag gaa gaa acg att cct cct gat tat aga tta      1452
Glu Lys Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu
            450                 455                 460
gaa gag gtc aag gac aaa gat gga aaa act ctc ccg cac aaa gac ccc      1500
Glu Glu Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro
        465                 470                 475
aag gaa cca gtc ctg ccc ttg agt gaa gac ttc gtc ctt gat gct ttg      1548
Lys Glu Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu
    480                 485                 490
tcc cag gac ttt gcc ggt ccc cca gcc gct tca tct ctt ttt gaa gat      1596
Ser Gln Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp
495                 500                 505                 510
gct aaa ctt tca gct gcc gtc tct gaa gtg gtt tcc caa acc tca gct      1644
Ala Lys Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala
                515                 520                 525
cca acc acc cac tct gca ggt cca ccc cct gac act gtg agt gat gac      1692
Pro Thr Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp
            530                 535                 540
aaa aaa ctt gac gat gcc ctg gat cag ctt tct gac agt ctg ggg caa      1740
Lys Lys Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln
        545                 550                 555
aga cag cct gac cca gat gag aac aag ccc ata gag gat aaa gtc aag      1788
Arg Gln Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys
    560                 565                 570
gaa aaa gct gaa gct gaa cat aga gac aag ctg gga gaa aga gat gac      1836
Glu Lys Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp
575                 580                 585                 590
act atc ccg cct gaa tat aga cat ctc ttg gat aag gat gag gag ggc      1884
Thr Ile Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly
                595                 600                 605
aaa tca acg aag cca ccc aca aag aaa cct gag gca cca aag aaa cct      1932
Lys Ser Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro
            610                 615                 620
gaa gct gcc caa gat ccc att gat gcc ctc tca ggg gat ttt gac aga      1980
Glu Ala Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg
        625                 630                 635
tgt cca tca act aca gaa acc tca gag aac aca aca aag gac aaa gac      2028
Cys Pro Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp
    640                 645                 650
aag aag acg gct tcc aag tcc aaa gca ccc aag aat ggg ggt aaa gca      2076
Lys Lys Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala
655                 660                 665
aag gat tcc aca aag gca aag gag gaa act tcc aaa caa aaa tct gat       2124
Lys Asp Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp
                675                 680                 685
gga aag agt aca agt taaaagttca cactattttc                             2159
Gly Lys Ser Thr Ser
            690
<210>4
<211>691
<212>PRT
<213>Sus scrofa
<400>4
Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu Lys Lys
1               5                   10                  15
Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr Gln Glu
            20                  25                  30
Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr His Ser
        35                  40                  45
Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val Ser Arg
    50                  55                  60
Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys Ala Lys
65                  70                  75                  80
Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr Gly Val
                85                  90                  95
Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp Lys Ser
            100                 105                 110
Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro Ser Gly
        115                 120                 125
Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr Leu Gly
   130                  135                 140
Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly Pro Glu
145                 150                 155                 160
Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly Lys Arg
                165                 170                 175
Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys Lys Glu
            180                 185                 190
Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly Pro Asp
        195                 200                 205
Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser Pro Thr
    210                 215                 220
Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu Val Leu
225                 230                 235                 240
Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro Pro His
                245                 250                 255
Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln Ala Leu
            260                 265                 270
Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro Glu Leu
        275                 280                 285
Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys Glu Glu
    290                 295                 300
Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro Glu Tyr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Lys Pro Ala Me Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu Pro Glu
                325                330                 335
Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile Asp Glu
            340                 345                 350
Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lya Glu Lys Gln Ser Lys
        355                 360                 365
Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr Pro Val
    370                 375                 380
Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser Ala Pro
385                 390                 395                 400
Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu Ala Leu
                405                 410                 415
Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly Lys Pro
            420                 425                 430
Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg Glu Lys
        435                 440                 445
Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu Glu Glu
    450                 455                 460
Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro Lys Glu
465                 470                 475                 480
Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu Ser Gln
                485                 490                 495
Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp Ala Lys
            500                 505                 510
Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala Pro Thr
        515                 520                 525
Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp Lys Lys
    530                 535                 540
Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln Arg Gln
545                 550                 555                 560
Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro lle Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys
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Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp Thr Ile
            580                 585                 590
Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly Lys Ser
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Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro Glu Ala
    610                 615                 620
Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg Cys Pro
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Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp Lys Lys
                645                 650                 655
Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala Lys Asp
            660                 665                 670
Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp Gly Lys
        675                  680                685
Ser Thr Ser
    690
<210>5
<211>2159
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<220>
<221>CDS
<222>67)..(2139)
<223>
<400>5
tctctcggcc gggaagccag aagcagagta tcgccttcct ctgcttcaac gagcaagtct      60
tccagt atg aat ccc aca gaa acc aag gct gta aaa aca gaa cct gaa        108
       Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu
       1               5                   10
aag aag tca caa tca act aag cca tct gtg gtt cat gag aaa aaa acc       156
Lys Lys Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr
15                  20                  25                  30
caa gaa gta aag cca aag gaa cac cca gag cca aaa agc cta ccc acg       204
Gln Glu Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr
                35                  40                  45
cac tca gca gat gca ggg agc aag cgt gct cat aaa gaa aaa gca gtt       252
His Ser Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val
            50                  55                  60
tcc aga tct aat gag cag cca aca tca gag aaa tca aca aaa cca aag       300
Ser Arg Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys
        65                  70                  75
gct aaa cca cag gac ccg acc ccc agt gat gga aag ctt tct gtt act       348
Ala Lys Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr
    80                  85                  90
ggt gta tct gca gca tct ggc aaa cca gct gag acg aaa aaa gat gat       396
Gly Val Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp
95                  100                 105                 110
aaa tca tta aca tcg tct gta cca gct gaa tcc aaa tca agt aaa cca       444
Lys Ser Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro
                115                 120                 125
tca gga aag tca gat atg gat gct gct ttg gat gac tta ata gac act       492
Ser Gly Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr
            130                 135                 140
tta gga gga cct gaa gaa act gag gaa gat aat aca aca tat act gga       540
Leu Gly Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly
        145                 150                 155
cct gaa gtt ttg gat cca atg agt tct acc tat ata gag gaa ttg ggt       588
Pro Glu Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly
    160                 165                 170
aaa aga gaa gtc aca ctt cct cca aaa tat agg gaa ttg ttg gat aaa       636
Lys Arg Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys
175                 180                 185                 190
aaa gaa ggg att cca gtg cct cct cca gac act tcg aaa ccc ctg ggg       684
Lys Glu Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly
                195                 200                 205
ccc gat gat gcc atc gat gcc ttg tca tta gac ttg acc tgc agt tct       732
Pro Asp Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser
            210                  215                 220
cct aca gct gat ggg aag aaa acc gag aaa gag aaa tct act ggg gag       780
Pro Thr Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu
        225                 230                 235
gtt ttg aaa gct cag tct gtt ggg gta atc aaa agc gct gct gct cca       828
Val Leu Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Lys Ser Ala Ala Ala Pro
    240                 245                 250
ccc cac gag aaa aaa aga agg gtg gaa gag gac acg atg agt gat caa       876
Pro His Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp TLr Met Ser Asp Gln
255                 260                 265                 270
gca ctg gag gct ttg tca gct tcc ctg ggc agc cgg aag tca gaa ccc       924
Ala Leu Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro
                275                 280                 285
gag ctt gac ctc agc tcc att aag gaa att gat gag gca aaa gcc aaa       972
Glu Leu Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys
            290                 295                 300
gaa gag aaa cta aag aag tgt ggt gaa gat gac gaa acg gtc ccg cca      1020
Glu Glu Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro
        305                 310                 315
gag tat aga ttg aaa cca gcc atg gat aaa gat gga aaa cca ctc ttg      1068
Glu Tyr Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu
    320                 325                 330
cca gag gct gaa gaa aaa ccc aag ccc ctg agt gaa tca gaa ctc att      1116
Pro Glu Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile
335                 340                 345                 350
gac gaa ctt tcg gaa gat ttt gac cag tct aag cgt aaa gaa aaa caa      1164
Asp Glu Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln
                355                 360                 365
tct aag cca act gaa aaa aca aaa gag tct cag gcc act gcc cct act      1212
Ser Lys Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr
            370                 375                 380
cct gtg gga gag gcc gtg tct cgg acc tcc ttg tgc tgt gtg cag tcg      1260
Pro Val Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser
        385                 390                 395
gca ccc cca aag cca gct acg ggc atg gtg cca gat gat gct gta gaa      1308
Ala Pro Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu
    400                 405                 410
gcc ttg gct gga agc ctg ggg aaa aag gaa gca gat cca gaa gat gga      1356
Ala Leu Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly
415                 420                 425                 430
aag cct gtg gag gat aaa gtc aag gag aaa gcc aaa gaa gag gat cgt     404
Lys Pro Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg
                435                 440                 445
gaa aaa ctt ggt gaa aag gaa gaa acg att cct cct gat tat aga tta    1452
Glu Lys Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu
            450                 455                 460
gaa gag gtc aag gac aaa gat gga aaa act ctc ccg cac aaa gac ccc    1500
Glu Glu Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro
        465                 470                 475
aag gaa cca gtc ctg ccc ttg agt gaa gac ttc gtc ctt gat gct ttg    1548
Lys Glu Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu
    480                 485                 490
tcc cag gac ttt gcc ggt ccc cca gcc gct tca tct ctt ttt gaa gat    1596
Ser Gln Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp
495                 500                 505                 510
gct aaa ctt tca gct gcc gtc tct gaa gtg gtt tcc caa acc tca gct    1644
Ala Lys Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala
                515                 520                 525
cca acc acc cac tct gca ggt cca ccc cct gac act gtg agt gat gac    1692
Pro Thr Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp
            530                 535                 540
aaa aaa ctt gac gat gcc ctg gat cag ctt tct gac agt ctg ggg caa    1740
Lys Lys Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln
        545                 550                 555
aga cag cct gac cca gat gag aac aag ccc ata gag gat aaa gtc aag    1788
Arg Gln Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys
    560                 565                 570
gaa aaa gct gaa gct gaa cat aga gac aag ctg gga gaa aga gat gac    1836
Glu Lys Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp
575                 580                 585                 590
act atc ccg cct gaa tat aga cat ctc ttg gat aag gat gag gag ggc    1884
Thr Ile Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly
                595                 600                 605
aaa tca acg aag cca ccc aca aag aaa ctt gag gca cca aag aaa cct    1932
Lys Ser Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro
            610                 615                 620
gaa gct gcc caa gat ccc att gat gcc ctc tca ggg gat ttt gac aga    1980
Glu Ala Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg
        625                 630                 635
tgt cca tca act aca gaa acc tca gag aac aca aca aag gac aaa gac    2028
Cys Pro Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp
    640                 645                 650
aag aag acg gct tcc aag tcc aaa gca ccc aag aat ggg ggt aaa gca    2076
Lys Lys Thr Ala Ser Lys Set Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala
655                 660                 665                 670
aag gat tcc aca aag gca aag gag gaa act tcc aaa caa aaa tct gat    2124
Lys Asp Set Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Set Lys Gln Lys Set Asp
                675                 680                 685
gga aag agt aca agt taaaagttca cactattttc
Gly Lys Ser Thr Ser
            690
<210>6
<211>691
<212>PRT
<213>Sus scrofa
<400>6
Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu Lys Lys
1               5                   10                  15
Ser Gln ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr Gln Glu
            20                  25                  30
Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr His Ser
        35                  40                  45
Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val Ser Arg
    50                  55                  60
ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys Ala Lys
65                  70                  75                  80
Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr Gly Val
                85                  90                  95
Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp Lys Ser
            100                 105                 110
Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro Ser Gly
        115                 120                 125
Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr Leu Gly
    130                 135                 140
Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly Pro Glu
145                 150                 155                 160
Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly Lys Arg
                165                 170                 175
Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys Lys Glu
            180                 185                 190
Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly Pro Asp
        195                 200                 205
Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser Pro Thr
    210                 215                 220
Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu Val Leu
225                 230                 235                 240
Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Lys Ser Ala Ala Ala Pro Pro His
                245                 250                 255
Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln Ala Leu
            260                 265                 270
Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro Glu Leu
        275                 280                 285
Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys Glu Glu
    290                 295                 300
Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro Glu Tyr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu Pro Glu
                325                 330                 335
Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile Asp Glu
            340                 345                 350
Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln Ser Lys
        355                 360                 365
Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr Pro Val
    370                 375                 380
Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser Ala Pro
385                 390                 395                 400
Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu Ala Leu
                405                 410                  415
Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly Lys Pro
            420                 425                 430
Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg Glu Lys
       435                  440                 445
Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu Glu Glu
    450                 455                 460
Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro Lys Glu
465                 470                 475                 480
Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu Ser Gln
                485                 490                 495
Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp Ala Lys
            500                 505                 510
Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala Pro Thr
        515                 520                 525
Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp Lys Lys
    530                 535                 540
Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln Arg Gln
545                 550                 555                 560
Pro Asp Pro Asp Glu Ash Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys
                565                 570                     575
Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp Thr Ile
            580                 585                     590
Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly Lys Ser
        595                 600                     605
Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro Glu Ala
    610                 615                     620
Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg Cys Pro
625                 630                     635             640
Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp Lys Lys
                645                     650                 655
Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala Lys Asp
            660                     665                 670
Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp Gly Lys
        675                     680                 685
Ser Thr Ser
    690
<210>7
<211>2159
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<220>
<221>CDS
<222>(67)..(2139)
<223>
<400>7
tctctcggcc gggaagccag aagcagagta tcgccttcct ctgcttcaac gagcaagtct      60
tccagt atg aat ccc aca gaa acc aag gct gta aaa aca gaa cct gaa        108
       Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu
       1               5                   10
aag aag tca caa tca act aag cca tct gtg gtt cat gag aaa aaa acc       156
Lys Lys Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr
15                  20                  25                  30
caa gaa gta aag cca aag gaa cac cca gag cca aaa agc cta ccc acg       204
Gln Glu Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr
                35                  40                  45
cac tca gca gat gca ggg agc aag cgt gct cat aaa gaa aaa gca gtt       252
His Ser Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val
            50                  55                  60
tcc aga tct aat gag cag cca aca tca gag aaa tca aca aaa cca aag       300
Ser Arg Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys
        65                  70                  75
gct aaa cca cag gac ccg acc ccc agt gat gga aag ctt tct gtt act       348
Ala Lys Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr
    80                  85                  90
ggt gta tct gca gca tct ggc aaa cca gct gag acg aaa aaa gat gat       396
Gly Val Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp
95                  100                 105                 110
aaa tca tta aca tcg tct gta cca gct gaa tcc aaa tca agt aaa cca       444
Lys Ser Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro
                115                 120                 125
tca gga aag tca gat atg gat gct gct ttg gat gac tta ata gac act       492
Ser Gly Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr
            130                 135                 140
tta gga gga cct gaa gaa act gag gaa gat aat aca aca tat act gga       540
Leu Gly Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly
        145                 150                 155
cct gaa gtt ttg gat cca atg agt tct acc tat ata gag gaa ttg ggt       588
Pro Glu Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly
    160                 165                 170
aaa aga gaa gtc aca ctt cct cca aaa tat agg gaa ttg ttg gat aaa       636
Lys Arg Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys
175                 180                 185                 190
aaa gaa ggg att cea gtg cct cct cca gac act tcg aaa ccc ctg ggg       684
Lys Glu Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly
                195                 200                 205
ccc gat gat gcc atc gat gcc ttg tca tta gac ttg acc tgc agt tct      732
Pro Asp Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser
            210                 215                 220
cct aca gct gat ggg aag aaa acc gag aaa gag aaa tct act ggg gag      780
Pro Thr Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu
        225                 230                 235
gtt ttg aaa gct cag tct gtt ggg gta atc aga agc gct gct gct cca      828
Val Leu Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro
    240                 245                 250
ccc cac gag aaa aaa aga agg gtg gaa gag gac acg atg agt gat caa      876
Pro His Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln
255                 260                 265                 270
gca ctg gag gct ttg tca gct tcc ctg ggc agc cgg aag tca gaa ccc      924
Ala Leu Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro
                275                 280                 285
gag ctt gac ctc agc tcc att aag gaa att gat gag gca aaa gcc aaa      972
Glu Leu Asp Leu Ser Set Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys
            290                 295                 300
gaa gag aaa cta aag aag tgt ggt gaa gat gac gaa acg gtc ccg cca     1020
Glu Glu Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro
        305                 310                 315
gag tat aga ttg aaa cca gcc atg gat aaa gat gga aaa cca ctc ttg     1068
Glu Tyr Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu
    320                 325                 330
cca gag gct gaa gaa aaa ccc aag ccc ctg agt gaa tca gaa ctc att     1116
Pro Glu Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile
335                 340                 345                 350
gac gaa ctt tcg gaa gat ttt gac cag tct aag cgt aaa gaa aaa caa     1164
Asp Glu Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln
                355                 360                 365
tct aag cca act gaa aaa aca aaa gag tct cag gcc act gcc cct act     1212
Ser Lys Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr
            370                 375                 380
cct gtg gga gag gcc gtg tct cgg acc tcc ttg tgc tgt gtg cag tcg     1260
Pro Val Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser
        385                 390                 395
gca ccc cca aag cca gct acg ggc atg gtg cca gat gat gct gta gaa     1308
Ala Pro Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu
    400                 405                 410
gcc ttg gct gga agc ctg ggg aaa aag gaa gca gat cca gaa gat gga     1356
Ala Leu Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly
415                 420                 425                 430
aag cct gtg gag gat aaa gtc aag gag aaa gcc aaa gaa gag gat cgt     1404
Lys Pro Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg
                435                 440                 445
gaa aaa ctt ggt gaa aag gaa gaa acg att cct cct gat tat aga tta     1452
Glu Lys Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu
            450                 455                 460
gaa gag gtc aag gac aaa gat gga aaa act ctc ccg cac aaa gac ccc     1500
Glu Glu Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro
        465                 470                 475
aag gaa cca gtc ctg ccc ttg agt gaa gac ttc gtc ctt gat gct ttg     1548
Lys Glu Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu
    480                 485                 490
tcc cag gac ttt gcc ggt ccc cca gcc act tca tct ctt ttt gaa gat     1596
Ser Gln Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Thr Ser Ser Leu Phe Glu Asp
495                 500                 505                 510
gct aaa ctt tca gct gcc gtc tct gaa gtg gtt tcc caa acc tca gct     1644
Ala Lys Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala
                515                 520                 525
cca acc acc cac tct gca ggt cca ccc cct gac act gtg agt gat gac     1692
Pro Thr Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp
            530                 535                 540
aaa aaa ctt gac gat gcc ctg gat cag ctt tct gac agt ctg ggg caa     1740
Lys Lys Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln
        545                 550                 555
aga cag cct gac cca gat gag aac aag ccc ata gag gat aaa gtc aag     1788
Arg Gln Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys
    560                 565                 570
gaa aaa gct gaa gct gaa cat aga gac aag ctg gga gaa aga gat gac     1836
Glu Lys Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp
575                 580                 585                 590
act atc ccg cct gaa tat aga cat ctc ttg gat aag gat gag gag ggc     1884
Thr Ile Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly
                595                 600                 605
aaa tca acg aag cca ccc aca aag aaa cct gag gca cca aag aaa cct     1932
Lys Ser Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro
            610                 615                 620
gaa gct gcc caa gat ccc att gat gcc ctc tca ggg gat ttt gac aga     1980
Glu Ala Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg
        625                 630                 635
tgt cca tca act aca gaa acc tca gag aac aca aca aag gac aaa gac     2028
Cys Pro Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp
    640                 645                 650
aag aag acg gct tcc aag tcc aaa gca ccc aag aat ggg ggt aaa gca     2076
Lys Lys Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala
655                 660                 665                 670
aag gat tcc aca aag gca aag gag gaa act tcc aaa caa aaa tct gat     2124
Lys Asp Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp
                675                 680                 685
gga aag agt aca agt taaaagttca cactattttc                            2159
Gly Lys Ser Thr Ser
            690
<210>8
<211>691
<212>PRT
<213>Sus scrofa
<400>8
Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu Lys Lys
1               5                   10                  15
Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr Gln Glu
            20                   25                  30
Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr His Ser
        35                  40                  45
Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val Ser Arg
    50                  55                  60
Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys Ala Lys
65                  70                  75                  80
Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr Gly Val
                85                  90                  95
Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp Lys Ser
            100                 105                 110
Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro Ser Gly
        115                  120                125
Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr Leu Gly
    130                 135                 140
Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly Pro Glu
145                 150                  155                 160
Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly Lys Arg
                165                 170                 175
Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys Lys Glu
            180                 185                 190
Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly Pro Asp
        195                 200                 205
Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser Pro Thr
    210                 215                 220
Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu Val Leu
225                 230                 235                 240
Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro Pro His
                245                 250                 255
Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln Ala Leu
            260                 265                 270
Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro Glu Leu
        275                 280                 285
Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys Glu Glu
    290                 295                 300
Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro Glu Tyr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu Pro Glu
                325                 330                 335
Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile Asp Glu
            340                 345                 350
Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln Ser Lys
        355                 360                 365
Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr Pro Val
    370                 375                 380
Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser Ala Pro
385                 390                 395                 400
Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu Ala Leu
                405                 410                 415
Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly Lys Pro
            420                 425                 430
Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg Glu Lys
        435                 440                 445
Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu Glu Glu
    450                 455                 460
Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro Lys Glu465                  470                 475                 480
Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu Ser Gln
                485                 490                 495
Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Thr Ser Ser Leu Phe Glu Asp Ala Lys
            500                 505                 510
Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala pro Thr
        515                 520                 525
Thr His Ser Ala Gly Pro Pro pro Asp Thr Val Ser Asp Asp Lys Lys
    530                 535                 540
Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln Arg Gln
545                 550                 555                 560
Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys
                565                 570                 575
Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp Thr Ile
            580                 585                 590
Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly Lys Ser
        595                 600                 605
Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro Glu Ala
    610                 615                 620
Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Arg Cys Pro
625                 630                 635                 640
Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp Lys Lys
                645                 650                 655
Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala Lys Asp
            660                 665                 670
Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp Gly Lys
        675                 680                 685
Ser Thr Ser
    690
<210>9
<211>2159
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<220>
<221>CDS
<222>(67)..(2139)
<223>
<400>9
tctctcggcc gggaagccag aagcagagta tcgccttcct ctgcttcaac gagcaagtct      60
tccagt atg aat ccc aca gaa acc aag gct gta aaa aca gaa cct gaa        108
       Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu
       1               5                   10
aag aag tca caa tca act aag cca tct gtg gtt cat gag aaa aaa acc       156
Lys Lys Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr
15                  20                  25                  30
caa gaa gta aag cca aag gaa cac cca gag cca aaa agc cta ccc acg       204
Gln Glu Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr
                35                  40                  45
cac tca gca gat gca ggg agc aag cgt gct cat aaa gaa aaa gca gtt       252
His Ser Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val
            50                  55                  60
tcc aga tct aat gag cag cca aca tca gag aaa tca aca aaa cca aag       300
Ser Arg Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys
        65                  70                  75
gct aaa cca cag gac ccg acc ccc agt gat gga aag ctt tct gtt act       348
Ala Lys Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr
    80                  85                  90
ggt gta tct gca gca tct ggc aaa cca gct gag acg aaa aaa gat gat       396
Gly Val Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp
95                  100                 105                 110
aaa tca tta aca tcg tct gta cca gct gaa tcc aaa tca agt aaa cca       444
Lys Ser Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro
                115                 120                 125
tca gga aag tca gat atg gat gct gct ttg gat gac tta ata gac act       492
Ser Gly Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr
            130                 135                 140
tta gga gga cct gaa gaa act gag gaa gat aat aca aca tat act gga       540
Leu Gly Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly
        145                 150                 155
cct gaa gtt ttg gat cca atg agt tct acc tat ata gag gaa ttg ggt       588
Pro Glu Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly
    160                 165                 170
aaa aga gaa gtc aca ctt cct cca aaa tat agg gaa ttg ttg gat aaa       636
Lys Arg Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys
175                 180                  185                190
aaa gaa ggg att cca gtg cct cct cca gac act tcg aaa ccc ctg ggg       684
Lys Glu Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly
                195                 200                 205
ccc gat gat gcc atc gat gcc ttg tca tta gac ttg acc tgc agt tct       732
Pro Asp Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser
            210                 215                 220
cct aca gct gat ggg aag aaa acc gag aaa gag aaa tct act ggg gag       780
Pro Thr Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu
        225                 230                 235
gtt ttg aaa gct cag tct gtt ggg gta atc aga agc gct gct gct cca       828
Val Leu Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro
    240                 245                 250
ccc cac gag aaa aaa aga agg gtg gaa gag gac acg atg agt gat caa       876
Pro His Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln
255                 260                 265                 270
gca ctg gag gct ttg tca gct tcc ctg ggc agc cgg aag tca gaa ccc       924
Ala Leu Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro
                275                 280                 285
gag ctt gac ctc agc tcc att aag gaa att gat gag gca aaa gcc aaa       972
Glu Leu Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys
            290                 295                 300
gaa gag aaa cta aag aag tgt ggt gaa gat gac gaa acg gtc ccg cca      1020
Glu Glu Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro
        305                 310                 315
gag tat aga ttg aaa cca gcc atg gat aaa gat gga aaa cca ctc ttg      1068
Glu Tyr Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu
    320                 325                 330
cca gag gct gaa gaa aaa ccc aag ccc ctg agt gaa tca gaa ctc att      1116
Pro Glu Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile
335                 340                 345                 350
gac gaa ctt tcg gaa gat ttt gac cag tct aag cgt aaa gaa aaa caa      1164
Asp Glu Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln
                355                 360                 365
tct aag cca act gaa aaa aca aaa gag tct cag gcc act gcc cct act      1212
Ser Lys Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr
            370                 375                 380
cct gtg gga gag gcc gtg tct cgg acc tcc ttg tgc tgt gtg cag tcg      1260
Pro Val Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser
        385                 390                 395
gca ccc cca aag cca gct acg ggc atg gtg cca gat gat gct gta gaa      1308
Ala Pro Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu
    400                 405                 410
gcc ttg gct gga agc ctg ggg aaa aag gaa gca gat cca gaa gat gga      1356
Ala Leu Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly
415                 420                 425                 430
aag cct gtg gag gat aaa gtc aag gag aaa gcc aaa gaa gag gat cgt      1404
Lys Pro Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg
                435                 440                 445
gaa aaa ctt ggt gaa aag gaa gaa acg att cct cct gat tat aga tta      1452
Glu Lys Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu
            450                 455                 460
gaa gag gtc aag gac aaa gat gga aaa act ctc ccg cac aaa gac ccc      1500
Glu Glu Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro
        465                 470                 475
aag gaa cca gtc ctg ccc ttg agt gaa gac ttc gtc ctt gat gct ttg      1548
Lys Glu Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu
    480                 485                 490
tcc cag gac ttt gcc ggt ccc cca gcc gct tca tct ctt ttt gaa gat      1596
Ser Gln Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp
495                 500                 505                 510
gct aaa ctt tca gct gcc gtc tct gaa gtg gtt tcc caa acc tca gct      1644
Ala Lys Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala
                515                 520                 525
cca acc acc cac tct gca ggt cca ccc cct gac act gtg agt gat gac      1692
Pro Thr Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp
            530                 535                 540
aaa aaa ctt gac gat gcc ctg gat cag ctt tct gac agt ctg ggg caa      1740
Lys Lys Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln
        545                 550                 555
aga cag cct gac cca gat gag aac aag ccc ata gag gat aaa gtc aag      1788
Arg Gln Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys
    560                 565                 570
gaa aaa gct gaa gct gaa cat aga gac aag ctg gga gaa aga gat gac      1836
Glu Lys Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp
575                 580                 585                 590
act atc ccg cct gaa tat aga cat ctc ttg gat aag gat gag gag ggc      1884
Thr Ile Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly
                595                 600                 605
aaa tca acg aag cca ccc aca aag aaa cct gag gca cca aag aaa cct      1932
Lys Ser Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro
            610                 615                 620
gaa gct gcc caa gat ccc att gat gcc ctc tca ggg gat ttt gac agc      1980
Glu Ala Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Ser
        625                 630                 635
tgt cca tca act aca gaa acc tca gag aac aca aca aag gac aaa gac      2028
Cys Pro Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp
    640                 645                 650
aag aag acg gct tcc aag tcc aaa gca ccc aag aat ggg ggt aaa gca      2076
Lys Lys Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala
655                 660                 665                 670
aag gat tcc aca aag gca aag gag gaa act tcc aaa caa aaa tct gat      2124
Lys Asp Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp
                675                 680                 685
gga aag agt aca agt taaaagttca cactattttc                            2159
Gly Lys Ser Thr Ser
            690
<210>10
<211>691
<212>PRT
<213>Sus scrofa
<400>10
Met Asn Pro Thr Glu Thr Lys Ala Val Lys Thr Glu Pro Glu Lys Lys
1               5                   10                  15
Ser Gln Ser Thr Lys Pro Ser Val Val His Glu Lys Lys Thr Gln Glu
            20                  25                  30
Val Lys Pro Lys Glu His Pro Glu Pro Lys Ser Leu Pro Thr His Ser
        35                  40                  45
Ala Asp Ala Gly Ser Lys Arg Ala His Lys Glu Lys Ala Val Ser Arg
    50                  55                  60
Ser Asn Glu Gln Pro Thr Ser Glu Lys Ser Thr Lys Pro Lys Ala Lys
65                  70                  75                  80
Pro Gln Asp Pro Thr Pro Ser Asp Gly Lys Leu Ser Val Thr Gly Val
                85                  90                  95
Ser Ala Ala Ser Gly Lys Pro Ala Glu Thr Lys Lys Asp Asp Lys Ser
            100                 105                 110
Leu Thr Ser Ser Val Pro Ala Glu Ser Lys Ser Ser Lys Pro Ser Gly
        115                 120                 125
Lys Ser Asp Met Asp Ala Ala Leu Asp Asp Leu Ile Asp Thr Leu Gly
    130                 135                 140
Gly Pro Glu Glu Thr Glu Glu Asp Asn Thr Thr Tyr Thr Gly Pro Glu
145                 150                 155                 160
Val Leu Asp Pro Met Ser Ser Thr Tyr Ile Glu Glu Leu Gly Lys Arg
                165                 170                 175
Glu Val Thr Leu Pro Pro Lys Tyr Arg Glu Leu Leu Asp Lys Lys Glu
            180                 185                 190
Gly Ile Pro Val Pro Pro Pro Asp Thr Ser Lys Pro Leu Gly Pro Asp
        195                 200                 205
Asp Ala Ile Asp Ala Leu Ser Leu Asp Leu Thr Cys Ser Ser Pro Thr
    210                 215                 220
Ala Asp Gly Lys Lys Thr Glu Lys Glu Lys Ser Thr Gly Glu Val Leu
225                 230                 235                 240
Lys Ala Gln Ser Val Gly Val Ile Arg Ser Ala Ala Ala Pro Pro His
                245                 250                 255
Glu Lys Lys Arg Arg Val Glu Glu Asp Thr Met Ser Asp Gln Ala Leu
            260                 265                 270
Glu Ala Leu Ser Ala Ser Leu Gly Ser Arg Lys Ser Glu Pro Glu Leu
        275                 280                 285
Asp Leu Ser Ser Ile Lys Glu Ile Asp Glu Ala Lys Ala Lys Glu Glu
    290                 295                 300
Lys Leu Lys Lys Cys Gly Glu Asp Asp Glu Thr Val Pro Pro Glu Tyr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Lys Pro Ala Met Asp Lys Asp Gly Lys Pro Leu Leu Pro Glu
                325                 330                 335
Ala Glu Glu Lys Pro Lys Pro Leu Ser Glu Ser Glu Leu Ile Asp Glu
            340                 345                 350
Leu Ser Glu Asp Phe Asp Gln Ser Lys Arg Lys Glu Lys Gln Ser Lys
        355                 360                 365
Pro Thr Glu Lys Thr Lys Glu Ser Gln Ala Thr Ala Pro Thr Pro Val
    370                 375                 380
Gly Glu Ala Val Ser Arg Thr Ser Leu Cys Cys Val Gln Ser Ala Pro
385                 390                 395                 400
Pro Lys Pro Ala Thr Gly Met Val Pro Asp Asp Ala Val Glu Ala Leu
                405                 410                 415
Ala Gly Ser Leu Gly Lys Lys Glu Ala Asp Pro Glu Asp Gly Lys Pro
            420                 425                 430
Val Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys Ala Lys Glu Glu Asp Arg Glu Lys
        435                 440                 445
Leu Gly Glu Lys Glu Glu Thr Ile Pro Pro Asp Tyr Arg Leu Glu Glu
    450                 455                 460
Val Lys Asp Lys Asp Gly Lys Thr Leu Pro His Lys Asp Pro Lys Glu
465                 470                 475                 480
Pro Val Leu Pro Leu Ser Glu Asp Phe Val Leu Asp Ala Leu Ser Gln
                485                 490                 495
Asp Phe Ala Gly Pro Pro Ala Ala Ser Ser Leu Phe Glu Asp Ala Lys
            500                 505                 510
Leu Ser Ala Ala Val Ser Glu Val Val Ser Gln Thr Ser Ala Pro Thr
        515                 520                 525
Thr His Ser Ala Gly Pro Pro Pro Asp Thr Val Ser Asp Asp Lys Lys
    530                 535                 540
Leu Asp Asp Ala Leu Asp Gln Leu Ser Asp Ser Leu Gly Gln Arg Gln
545                 550                 555                 560
Pro Asp Pro Asp Glu Asn Lys Pro Ile Glu Asp Lys Val Lys Glu Lys
                565                 570                 575
Ala Glu Ala Glu His Arg Asp Lys Leu Gly Glu Arg Asp Asp Thr Ile
            580                 585                 590
Pro Pro Glu Tyr Arg His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Glu Gly Lys Ser
        595                 600                 605
Thr Lys Pro Pro Thr Lys Lys Pro Glu Ala Pro Lys Lys Pro Glu Ala
    610                 615                 620
Ala Gln Asp Pro Ile Asp Ala Leu Ser Gly Asp Phe Asp Ser Cys Pro
625                 630                 635                 640
Ser Thr Thr Glu Thr Ser Glu Asn Thr Thr Lys Asp Lys Asp Lys Lys
                645                 650                 655
Thr Ala Ser Lys Ser Lys Ala Pro Lys Asn Gly Gly Lys Ala Lys Asp
            660                 665                 670
Ser Thr Lys Ala Lys Glu Glu Thr Ser Lys Gln Lys Ser Asp Gly Lys
        675                 680                 685
Ser Thr Ser
    690
<210>11
<211>23
<212>DNA
<213>synthetic
<400>11
aaatctactg gagaggtttt gaa                                   23
<210>12
<211>21
<212>DNA
<213>synthetic
<400>12
gacttctccc gaatcagttc c                                                21
<210>13
<211>21
<212>DNA
<213>synthetic
<400>13
agggcaaatc aacgaagcca c                                                21
<210>14
<211>21
<212>DNA
<213>synthetic
<400>14
cctttgttgt gttctctgag g                                                21
<210>15
<211>22
<212>DNA
<213>synthetic
<400>15
agacttcgtc cttgatgctt tg                                               22
<210>16
<211>22
<212>DNA
<213>synthetic
<400>16
taatggctat gatgggttga gg                                               22
<210>17
<211>22
<212>DNA
<213>synthetic
<400>17
gtaaagccaa aggaacaccc ag                                               22
<210>18
<211>28
<212>DNA
<213>synthetic
<400>18
tttttatttc tctgatgttg gctgtgca                                         28
<210>19
<211>114
<212>DNA
<213>Bos taurus
<400>19
ccaaaaagcc tacccaagca ctcatcagat acaggaagca agcatgctcc taaggaaaaa      60
gccgtttcca aatcaagyga gcagccacca tcagagaaat caacaaaacc aaag           114
<210>20
<211>164
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<400>20
agccatctgt ggttcatgag aaaaaaaccc aagaagtaaa gccaaaggaa cacccagagc     60
caaaaagcct acccacgcac tcagcagatg cagggagcaa gcgtgctcat aaagaaaaag    120
cagtttccag atctartgag cagccaacat cagagaaatc aaca                     164
<210>21
<211>399
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<400>21
aaatctactg gagaggtttt gaaagctcag tctgttgggg taatcaaaag cgctgctgct     60
ccaccccacg agaaaaaaag aagggtggaa gaggtataaa tcattacttc tttgcaacga    120
agcatggtcc gcctgacagc agatgctttc ctgaggctta tggaactgat tcgggagaag    180
tccgattgtg catcacactt gatgagtgtc tttgcgctcc tggtcctgtg tggagtagtg    240
aaaccagtca gggttcactc ggtcatctcc aggcaggcct tctctttctg caaatgcttg    300
tgggtgattt cagcacactt gccttgattg tggagtaaga ctatctcaag attctactgc    360
tcagaagggc aggaccccag agcagctgca ctcttgctt                           399
<210>22
<211>539
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<400>22
agggcaaatc aacgaagcca cccacaaaga aacctgaggc accaaaggta aatacttttt     60
ttacactctt gctgcaactc ttaaatttta gaaatagaaa atttattgaa ttcttacctt    120
gtgctttatg atcccaaagg gtttgtataa gaatgtatta tttctgtttt cccgagagcc    180
attcaagata ggcagttcca ttttccagat tagaaaattg aagctgagyg aatactaagc    240
aatttgtata aaagagtaga agaaaataga gctgtcaaga ttttcctgtt ttaatatctc    300
ttttgtaata cactactttg ttaggaaagg aatgacagca aggctttatt ttaaacaaac    360
ctattttcag ggatatggga aaatatccca cagagcattc tctcctttgc ctcttcattg    420
atggccattt ctattaatat ctcagaaacc tgaagctgcc caagatccca ttgatgccct     480
ctcaggggat tttgacagat gtccatcaac tacagaaacc tcagagaaca caacaaagg      539
<210>23
<211>195
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<400>23
agacttcgtc cttgatgctt tgtcccagga ctttgccggt cccccagccg cttcatctct     60
tgtaagtctt tggagattcc tggtttaatt tccttagttt tagagtagca cgaaatagat    120
ggaaacttgg gacttagaat ctgatgtggg agctgaggaa acaaaattaa tggccctcaa    180
cccatcatag ccatt                                                                  195
<210>24
<211>164
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<400>24
agccatctgt ggttcatgag aaaaaaaccc aagaagtaaa gccaaaggaa cacccagagc     60
caaaaagcct acccacgcac tcagcagatg cagggagcaa gcgtgctcat aaagaaaaag    120
cagtttccag atctartgag cagccaacat cagagaaatc aaca                     164
<210>25
<211>164
<212>DNA
<213>Sus scrofa
<400>25
agccatctgt ggttcatgag aaaaaaaccc aagaagtaaa gccaaaggaa cacccagagc     60
caaaaagcct acccacgcac tcagcagatg cagggagcaa gcgtgctcat aaagaaaaag    120
cagtttccag atctartgca cagccaacat cagagaaata aaaa                     164

Claims (41)

1.一种编码CAST骨骼肌蛋白的核苷酸序列，通过BLAST确定其在SEQ ID NO：2第66位氨基酸具有天冬酰胺或其等价物，所述核苷酸序列包含一或多个以下序列：
(a)SEQ ID NO：3，
(b)在高度严格杂交条件下与SEQ ID NO：3杂交的一个序列，或者
(c)与SEQ ID NO：3至少大约80％同源的一个序列。
2.一种编码CAST骨骼肌蛋白的核苷酸序列，通过BLAST确定其在SEQ ID NO：2第249位氨基酸具有赖氨酸或其等价物，所述核苷酸序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：5，
(b)在高度严格杂交条件下与SEQ ID NO：5杂交的一个序列，
或者
(c)与SEQ ID NO：5至少大约80％同源的一个序列。
3.一种编码CAST骨骼肌蛋白的核苷酸序列，通过BLAST确定其在SEQ ID NO：2第504位氨基酸具有苏氨酸或其等价物，所述核苷酸序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：7，
(b)在高度严格杂交条件下与SEQ ID NO：7杂交的一个序列，
或者
(c)与SEQ ID NO：7至少大约80％同源的一个序列。
4.一种编码CAST骨骼肌蛋白的核苷酸序列，通过BLAST确定其在SEQ ID NO：2第638位氨基酸具有丝氨酸或其等价物，所述核苷酸序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：9，
(b)在高度严格杂交条件下与SEQ ID NO：9杂交的一个序列，
或者
(c)与SEQ ID NO：9至少大约80％同源的一个序列。
5.在表达时编码CAST蛋白的一个核苷酸序列，所述CAST蛋白特征在于以下一或多个氨基酸：通过BLAST对比SEQ ID NO：4、6、8或10确定的在第249氨基酸位的赖氨酸、在第504氨基酸位的苏氨酸、在第638氨基酸位的丝氨酸、在第66氨基酸位的天冬酰胺或者它们的等价物。
6.权利要求5的一种CAST蛋白质。
7.一种CAST骨骼肌蛋白，所述蛋白包含一个氨基酸序列，所述序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：4，
(b)SEQ ID NO：4的保守修饰的变体，或者
(c)与SEQ ID NO：4至少大约80％同源的一个序列。
8.一种CAST骨骼肌蛋白，所述蛋白包含一个氨基酸序列，所述序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：6，
(b)SEQ ID NO：6的保守修饰的变体，或者
(c)与SEQ ID NO：6至少大约80％同源的一个序列。
9.一种CAST骨骼肌蛋白，所述蛋白包含一个氨基酸序列，所述序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：8，
(b)SEQ ID NO：8的保守修饰的变体，或者
(c)与SEQ ID NO：8至少大约80％同源的一个序列。
10.一种CAST骨骼肌蛋白，所述蛋白包含一个氨基酸序列，所述序列包含以下序列之一：
(a)SEQ ID NO：10，
(b)SEQ ID NO：10的保守修饰的变体，或者
(c)与SEQ ID NO：10至少大约80％同源的一个序列。
11.一种对动物进行遗传分型的方法，包括：
从所述动物中获得遗传物质样品；
分析所述样品中一种等位基因存在与否，所述等位基因特征在于CAST基因的多态性；及
确定所述等位基因与所述动物的相关性。
12.权利要求11的方法，其中通过BLAST对比SEQ ID NO：2确定，所述多态性导致CAST基因产物第249位氨基酸由精氨酸改变为赖氨酸或其等价物。
13.权利要求11的方法，其中所述多态性是在第812核苷酸位的腺嘌呤转换为鸟嘌呤或其等价物。
14.权利要求11的方法，其中所述基因型是Hpy188I多态性。
15.权利要求11的方法，其中通过BLAST对比SEQ ID NO：2确定，所述多态性导致CAST基因产物第504位氨基酸由丙氨酸改变为苏氨酸或其等价物。
16.权利要求11的方法，其中所述多态性是在第1980核苷酸位的腺嘌呤转换为胞嘧啶或其等价物。
17.权利要求11的方法，其中所述基因型是PvuII多态性。
18.权利要求11的方法，其中通过BLAST对比SEQ ID NO：2确定，所述多态性导致CAST基因产物第638位氨基酸由精氨酸改变为丝氨酸或其等价物。
19.权利要求11的方法，其中所述多态性是第1576核苷酸位的腺嘌呤转换为鸟嘌呤或其等价物。
20.权利要求11的方法，其中所述基因型是AciI多态性。
21.权利要求11的方法，其中通过BLAST对比SEQ ID NO：2与确定，所述多态性导致CAST基因产物第66位氨基酸由丝氨酸改变为天冬酰胺或其等价物。
22.权利要求11的方法，其中所述多态性是第263核苷酸位的腺嘌呤转换为鸟嘌呤或其等价物。
23.权利要求11的方法，其中所述基因型是ApaLI多态性。
24.权利要求11的方法，其中所述分析步骤从以下方法中选择：限制片段长度多态性(RFLP)分析、微测序、MALD-TOF、SINE、异源双链分析、一碱基延伸方法、单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)及温度梯度凝胶电泳(TGGE)。
25.权利要求11的方法，其中所述动物是猪。
26.权利要求11的方法，其中所述动物是牛。
27.权利要求11的方法，其进一步包括扩增CAST基因或其含有所述多态性的一部分的数量的步骤。
28.权利要求27的方法，其中所述扩增包括以下步骤：
选择能扩增含有多态性Hpy188I位点的CAST基因的一个区域的正向和反向序列的引物。
29.权利要求28的方法，其中所述正向和反向引物选自并基于引物SEQ ID NO：11和引物SEQ ID NO：12。
30.权利要求27的方法，其中所述扩增包括以下步骤：
选择能扩增含有多态性PvuII位点的CAST基因的一个区域的正向和反向序列的引物。
31.权利要求30的方法，其中所述正向和反向引物选自并基于引物SEQ ID NO：13和引物SEQ ID NO：14。
32.权利要求27的方法，其中所述扩增包括以下步骤：
选择能扩增含有多态性AciI位点的CAST基因的一个区域的正向和反向序列的引物。
33.权利要求30的方法，其中所述正向和反向引物选自并基于引物SEQ ID NO：15和引物SEQ ID NO：16。
34.权利要求32的方法，其中所述扩增包括以下步骤：
选择能扩增含有多态性ApaLI位点的CAST基因的一个区域的正向和反向序列的引物。
35.权利要求34的方法，其中所述正向和反向引物选自并基于引物SEQ ID NO：17和引物SEQ ID NO：18。
36.一种筛选动物以确定更可能呈现肉质和/或生长性状改良的那些动物的方法，所述方法包括：从所述动物获得一种生物学样品、分析所述动物中与肉质和/或生长性状改良相关的一种基因型的存在与否，所述基因型特征在于：
a)CAST基因中的一种多态性，通过BLAST对比SEQ ID NO：2确定，所述多态性导致及特征在于选自以下位置的氨基酸：在第249位的赖氨酸、在第504位的苏氨酸、在第638位的丝氨酸、或在第66位的天冬酰胺或其等价物。
37.权利要求36的方法，通过BLAST对比SEQ ID NO：1确定，其中所述多态性导致并特征在于选自以下位置的核苷酸：在第812位的鸟嘌呤、在第1980位的胞嘧啶、在第1576位的鸟嘌呤、在第263位的鸟嘌呤或其等价物。
38.一种筛选动物以确定具有肉质和/或生长性状良好组合的那些动物的方法，所述方法包括以下步骤：确定动物中CAST等位基因的存在与否，所述等位基因包含那些在CAST基因中包括以下一或多种多态性的等位基因：多态性Hpy188I、PvuII、AciI或ApaLI位点；确定已知影响肉质和/或生长的其它标记的等位基因；及选择具有等位基因良好组合的动物，排斥携带不利组合的那些动物。
39.权利要求36的方法，其中确定CAST等位基因包括确定存在与CAST直接或间接连接的至少一个DNA标记相关的至少一个等位基因。
40.权利要求38的方法，其中所述DNA标记是一种微卫星。
41.一种筛选动物以确定更可能产生所希望的肉质和/或生长的那些动物的方法，所述方法包括：
从所述动物中获得一种遗传物质样品；及
分析所述动物中与肉质和/或生长改良相关的一种基因型的存在与否，所述基因型特征在于：
a)CAST基因中的一种多态性，所述多态性位于以下区域之一：外显子13结构域1、外显子27结构域4、外显子22结构域3或者外显子6结构域L。
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