CN114277110A - 检测fgf19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒及检测方法、用途 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒及检测方法、用途。RPP30基因作为内参基因在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途;试剂盒包括:检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针;以及检测FGF19基因序列的第二引物对和/或第二探针,该试剂盒用于检测FGF19基因拷贝数和/或扩增。本发明采用RPP30基因作为内参基因,用于检测FGF19基因拷贝数和/或扩增,可避免出现假阳性现象,具有检测方便、准确性高等优点。
Description
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,具体涉及一种检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒及检测方法、用途。
背景技术
成纤维细胞生长因子19(Fibroblast growth factor 19,FGF19)基因位于11号染色体,长约6.1kb,由三个外显子和两个内含子组成。FGF19在一些肝癌细胞系中存在基因扩增即多拷贝现象,在这些细胞系中对FGF19基因进行基因敲除能够抑制癌细胞生长,而FGF19基因的拷贝情况还能够预测肝癌细胞系对于选择性FGFR抑制剂的敏感度。因此,对于FGF19基因拷贝数的检测及分析对于新型抗肿瘤药物及其伴随诊断产品的研发乃至肿瘤个性化治疗的发展有着重要的意义。
因此,亟需一种能够准确检测FGF19基因拷贝数的方法。
发明内容
本发明旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。为此,本发明提供了一种检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒及检测方法、用途,本发明可利用RPP30基因作为内参检测FGF19基因拷贝数和/或是否扩增,其可避免出现假阳性现象,具有检测方便、准确性高等优点。
本发明是基于发明人的下列发现而完成的:
目前对于FGF19基因扩增的检测常采用的方法是荧光原位杂交(FISH)技术和荧光PCR技术。荧光原位杂交技术是利用荧光标记的特异核酸探针与细胞内相应的靶DNA分子杂交,通过荧光显微镜观察荧光信号来判断基因的拷贝数变化和染色体异常情况;但是,利用荧光原位杂交技术检测FGF19基因扩增,对技术和人员要求较高,结果容易受分析人员主观判断,且存在费时费力、成本高、无法给出扩增倍数的定量结果等缺点。荧光PCR技术中通常利用TERT作为内参基因进行检测,虽然操作简单、成本较低,但与NGS结果相比,采用TERT基因作为内参基因的检测结果存在假阳性问题。并且发现,在TCGA数据库(cBioPortal数据库)中报道FGF19基因扩增的检出概率为7.8%,而利用TERT作为内参基因时,FGF19基因扩增的检出概率为18.8%,其远大于上述FGF19基因扩增7.8%的概率。
基于此,发明人通过对多个内参基因进行筛选,并利用NGS测序方法进行验证,发现利用RPP30基因作为内参基因检测FGF19基因扩增,FGF19拷贝数扩增的检出概率(9.4%)与TCGA数据库(cBioPortal数据库)中所报道的7.8%接近,且检测结果与NGS测序判定结果一致,不存在假阳性问题。因此,采用RPP30基因作为内参基因对样本的检测准确性远高于利用TERT等基因作为内参基因时的判定结果。
因而,在本发明的一个方面,本发明提出了一种RPP30基因作为内参基因在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途。
发明人通过对多个内参基因进行筛选,并利用NGS测序方法进行验证,发现利用RPP30基因作为内参基因检测FGF19基因扩增不存在假阳性现象,且与NGS测序判定结果一致,因此,检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,采用RPP30基因作为内参基因的检测准确性高。
在本发明的另一方面,本发明提出了一种试剂在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途。根据本发明的实施例,所述试剂包括用于检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针。
发明人通过试验发现,检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,采用上述试剂能够实现对RPP30基因序列的检测,并将RPP30基因作为内参基因,得到的FGF19基因扩增的检测结果不存在假阳性现象,该试剂具有FGF19基因扩增的检测结果准确性高等优点。
在本发明的另一方面,本发明提出了一种试剂在制备检测FGF19基因拷贝数和/或扩增产品中的用途。根据本发明的实施例,所述试剂包括用于检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针。
发明人通过试验发现,检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,通过第一引物对和/或第一探针实现对RPP30基因序列的检测,并将RPP30基因作为内参基因,FGF19基因扩增的检测结果可避免出现假阳性现象,该试剂具有检测结果准确性高等优点。
在本发明的另一方面,本发明提出了一种检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒。根据本发明的实施例,试剂盒包括:检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针;以及检测FGF19基因序列的第二引物对和/或第二探针。
上述试剂盒中含有对RPP30基因序列进行检测的第一引物对和/或第一探针,发明人通过试验发现,采用上述试剂盒检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,将RPP30基因作为内参基因,FGF19基因扩增的检测结果可避免出现假阳性的现象,并且,该试剂盒具有检测结果准确性高、操作简单等优点。
在本发明的另一方面,本发明提出了一种检测待测样本中FGF19基因拷贝数的方法。根据本发明的实施例,所述方法包括:以RPP30基因作为内参基因,同时扩增待测样本和对照样本的所述RPP30基因和FGF19基因,得到所述待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值;基于所述待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值,确定所述待测样本中FGF19基因拷贝数。
根据本发明的实施例,检测待测样本中FGF19基因拷贝数时,通过以RPP30基因作为内参基因,得到的待测样本中FGF19基因拷贝数,后续可准确判断出FGF19基因扩增情况,避免FGF19基因扩增情况出现假阳性的结果。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解,其中:
图1为本发明实施例4中不同引物对RPP30基因的扩增结果图。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例,所述实施例的示例在附图中示出。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,旨在用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
需要说明的是,术语“第一”、“第二”仅用于描述目的,而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。进一步地,在本发明的描述中,除非另有说明,“多个”的含义是两个或两个以上。
需要说明的是,本发明检测FGF19基因拷贝数和/或扩增为为非疾病诊断目的检测,例如,可应用于科学研究。
RPP30基因作为内参基因在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途
在本发明的一个方面,本发明提出了一种RPP30基因作为内参基因在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途。
发明人通过对多个内参基因进行筛选,并利用NGS测序方法进行验证,发现利用RPP30基因作为内参基因检测FGF19基因扩增,FGF19拷贝数扩增的检出概率(9.4%)与TCGA数据库(cBioPortal数据库)中所报道的7.8%接近,且不存在假阳性现象,且与NGS测序判定结果一致。因此,检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,采用RPP30基因作为内参基因对样本的检测准确性远高于利用TERT等基因作为内参基因时的判定结果,具有检测准确性高等优点。
需要说明的是,本发明中对于FGF19基因拷贝数和/或扩增的检测为非诊断目的的检测。
试剂的用途
在本发明的另一方面,本发明提出了一种试剂在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途。根据本发明的实施例,所述试剂包括用于检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针。
发明人通过试验发现,检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,采用上述试剂能够实现对RPP30基因序列的检测,并将RPP30基因作为内参基因,得到的FGF19基因扩增的检测结果不存在假阳性现象,该试剂具有FGF19基因扩增的检测结果准确性高等优点。
需要说明的是,本发明中对于FGF19基因拷贝数和/或扩增的检测为非诊断目的的检测。
根据本发明的实施例,所述第一引物对具有SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.1(5’→3’):gcggacttgtggagacagc;
SEQ ID NO.2(5’→3’):gaggttggccaggcgc。
发明人针对RPP30基因序列设计了多组引物对,最终发现,采用上述第一引物对,具有对RPP30基因序列的扩增效果好、检测准确性高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一探针具有SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.3(5’→3’):tcaccgtgagttgcc。
发明人针对RPP30基因序列设计了多种探针,最终发现,采用上述探针,可特异性识别和结合RPP30基因,具有特异性强、灵敏度高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团。
根据本发明的实施例,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种。
根据本发明的实施例,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
示例性地,第一探针(5’-tcaccgtgagttgcc-3’)的5’端具有VIC修饰、3’端具有MGB修饰。
在本发明的另一方面,本发明提出了一种试剂在制备检测FGF19基因拷贝数和/或扩增产品中的用途。根据本发明的实施例,所述试剂包括用于检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针。
发明人通过试验发现,检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,通过第一引物对和/或第一探针实现对RPP30基因序列的检测,并将RPP30基因作为内参基因,FGF19基因扩增的检测结果可避免出现假阳性现象,该试剂具有检测结果准确性高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一引物对具有SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.1(5’→3’):gcggacttgtggagacagc;
SEQ ID NO.2(5’→3’):gaggttggccaggcgc。
发明人针对RPP30基因序列设计了多组引物对,最终发现,采用上述第一引物对,具有对RPP30基因序列的扩增效果好、检测准确性高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一探针具有SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.3(5’→3’):tcaccgtgagttgcc。
发明人针对RPP30基因序列设计了多种探针,最终发现,采用上述探针,可特异性识别和结合RPP30基因,具有特异性强、灵敏度高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团。
根据本发明的实施例,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种。
根据本发明的实施例,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
示例性地,第一探针(5’-tcaccgtgagttgcc-3’)的5’端具有VIC修饰、3’端具有MGB修饰。
根据本发明的实施例,所述产品选自试剂盒和/或试纸条。由此,通过上述试剂可用于制备试剂盒、试纸条等产品,采用该产品对FGF19基因拷贝数和/或扩增进行检测,具有检测结果准确性高、操作简单等优点。
试剂盒
在本发明的另一方面,本发明提出了一种检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒。根据本发明的实施例,试剂盒包括:检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针;以及检测FGF19基因序列的第二引物对和/或第二探针。
上述试剂盒中含有对RPP30基因序列进行检测的第一引物对和/或第一探针,发明人通过试验发现,采用上述试剂盒检测FGF19基因拷贝数和/或扩增时,将RPP30基因作为内参基因,FGF19基因扩增的检测结果可避免出现假阳性的现象,并且,该试剂盒具有检测结果准确性高、操作简单等优点。
根据本发明的实施例,所述第一引物对具有SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.1(5’→3’):gcggacttgtggagacagc;
SEQ ID NO.2(5’→3’):gaggttggccaggcgc。
发明人针对RPP30基因序列设计了多组引物对,最终发现,采用上述第一引物对,具有对RPP30基因序列的扩增效果好、检测结果准确性高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一探针具有SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.3(5’→3’):tcaccgtgagttgcc。
发明人针对RPP30基因序列设计了多种探针,最终发现,采用上述探针,可特异性识别和结合RPP30基因,具有特异性强、灵敏度高等优点。
根据本发明的实施例,所述第一探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团。
根据本发明的实施例,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种。
根据本发明的实施例,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
示例性地,第一探针(5’-tcaccgtgagttgcc-3’)的5’端具有VIC修饰、3’端具有MGB修饰。
根据本发明的实施例,所述第二引物对具有SEQ ID NO.4和5所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.4和5所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.4(5’→3’):ccgtgaggagtcccagc;
SEQ ID NO.5(5’→3’):ccacagcccctggcag。
采用上述第二引物对,对FGF19基因序列的扩增效果好、且检测结果准确性高。
根据本发明的实施例,所述第二探针具有SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列。
其中,SEQ ID NO.6(5’→3’):agtaactgagaccatgcc。
采用上述探针,可特异性识别和结合FGF19基因,具有特异性强、灵敏度高等优点。
根据本发明的实施例,所述第二探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团。
根据本发明的实施例,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种。
根据本发明的实施例,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
示例性地,第二探针(5’-agtaactgagaccatgcc-3’)的5’端具有FAM修饰、3’端具有MGB修饰。
检测待测样本中FGF19基因拷贝数的方法
在本发明的另一方面,本发明提出了一种检测待测样本中FGF19基因拷贝数的方法。根据本发明的实施例,所述方法包括:以RPP30基因作为内参基因,同时扩增待测样本和对照样本的所述RPP30基因和FGF19基因,得到所述待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值;基于所述待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值,确定所述待测样本中FGF19基因拷贝数。
根据本发明的实施例,检测待测样本中FGF19基因拷贝数时,通过以RPP30基因作为内参基因,得到的待测样本中FGF19基因拷贝数,后续可准确判断出FGF19基因扩增情况,避免FGF19基因扩增情况出现假阳性的结果。
根据本发明的实施例,所述扩增是采用上述试剂盒进行的。采用上述试剂盒可对待测样本中FGF19基因拷贝数进行检测,并且,具有检测结果准确性高、操作方便等优点。
根据本发明的实施例,所述扩增采用荧光PCR扩增。由此,可检测待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值。
根据本发明的实施例,所述荧光PCR扩增的扩增条件包括:95℃预变性30s,95℃变性15s、60℃退火34s、40个循环,于60℃退火步骤末采集荧光信号。发明人经过大量实验对上述扩增条件进行优化,采用上述扩增条件,得到的检测结果更准确。
根据本发明的实施例,所述荧光PCR的反应体系如下所示:10ul反应预混液、0.4ul第二引物对的上游引物、1.2ul第二引物对的下游引物、0.8ul第二探针、0.4ul第一引物对的上游引物、1.6ul第一引物对的上游引物、1ul第一探针、10ng模板gDNA、灭菌双蒸水加至总体系为20ul。发明人经过大量实验对上述反应体系进行优化,采用上述反应体系配比,得到的检测结果更准确。
本领域技术人员能够理解的是,前面针对试剂盒所描述的特征和优点,同样适用于该检测方法,在此不再赘述。
下面将结合实施例对本发明的方案进行解释。本领域技术人员将会理解,下面的实施例仅用于说明本发明,而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条件的,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1:荧光PCR检测待测样本中FGF19拷贝数的方法建立
一、健康人白细胞的基因组DNA提取
采用硅胶膜吸附法试剂盒(Qiagen)抽提6例正常人PBMC(Hh_PBMC_1、Hh_PBMC_2、Hh_PBMC_3、Hh_PBMC_4、Hh_PBMC_5、Hh_PBMC_6)的基因组DNA,使用分光光度计(ThermoFisher)检测DNA的浓度和纯度,确保DNA浓度大于10ng/ul且A260/A280在1.8-2.0之间、A260/A230大于1.7,将待测样本的浓度标准化至10ng/ul。
二、引物探针的设计合成
根据FGF19基因的保守区域,采用引物探针设计软件Primer Express 3.0.1设计FGF19基因检测探针位置在跨越3号外显子和4号内含子处,探针带有MGB修饰,荧光基团为FAM,淬灭集团为BHQ1,上下游引物大小分别为17bp和16bp,PCR产物长度73bp。各内参基因采用同样的方式进行设计。各引物、探针序列见下表1。
表1:基因扩增检测中目的基因与内参基因引物、探针序列表
上述表1中的各基因的引物探针组合均为多条引物探针、多对组合中筛选出的最优序列及最优组合。*:RPPH1引物采购于赛默飞。
三、荧光PCR扩增体系
经过一系列的优化、调整及扩增效率评价,所确定的双重TaqMan荧光定量PCR反应优化体系如表2所示,优化PCR扩增条件为95℃预变性30sec,95℃变性15sec、60℃退火34sec、40个循环,于60℃退火步骤末采集荧光信号。所使用的仪器为ABI 7500荧光定量PCR仪。
表2:TaqMan荧光定量PCR反应体系
成份 | 加入量 |
2x PCR反应预混液 | 10ul |
FGF19-Amp上游引物(10uM) | 0.4ul |
FGF19-Amp下游引物(10uM) | 1.2ul |
FGF19-Amp探针(10uM) | 0.8ul |
内参基因上游引物(10uM) | 0.4ul |
内参基因下游引物(10uM) | 1.6ul |
内参基因探针(10uM) | 1ul |
模板gDNA | 10ng |
灭菌双蒸水 | To 20ul |
总体积 | 20ul |
四、荧光PCR
1、样本检测
按2-ΔΔCt值基因拷贝数相对定量数据分析模式要求,在每一轮PCR检测的样本中,以正常人PBMC的gDNA样本作为对照样本,RPP30为内参基因,应用上述已优化的反应体系及反应条件进行检测,记录检测Ct值。
其中,根据定量检测所获得的Ct值,按下述公式进行计算:
待检样本和对照样本的目的基因:ΔCt=Ct_目的基因-Ct_内参基因
待检样本目的基因:ΔΔCt=ΔCt_待检样本-ΔCt_对照样本
待检样本目的基因拷贝数相对定量值:2-ΔΔCt。
待检样本目的基因拷贝数相对定量值乘以待测样本的染色体倍数,得到待测样本中的FGF19基因拷贝数。
2、结果如表3所示:
表3健康人白细胞的基因组DNA扩增倍数
样本 | 扩增倍数 | 拷贝数 |
Hh_PBMC_1 | 0.98 | 1.96 |
Hh_PBMC_2 | 0.89 | 1.78 |
Hh_PBMC_3 | 1.08 | 2.16 |
Hh_PBMC_4 | 0.95 | 1.9 |
Hh_PBMC_5 | 0.96 | 1.92 |
Hh_PBMC_6 | 0.92 | 1.84 |
利用上述拷贝数,进一步判断待测样品中FGF19基因是否扩增,具体如下:用上述方法检测待测样品中FGF19基因拷贝数,若待测样品中FGF19基因的拷贝数大于2.5,则待测样品中FGF19基因有扩增或候选有扩增,若待测样品中FGF19基因的拷贝数小于等于2.5,则待测样品中FGF19基因无扩增或候选无扩增。
实施例2:比较不同内参基因进行FGF19基因拷贝数检测
分别以TERT、RPP30、RPPH1、EFTUD2基因作为内参,对不同的人源肝癌细胞系DNA进行FGF19基因拷贝数的荧光PCR检测,人源肝癌细胞系包括SK-Hep-1、PLCPRF5、JHH7、SNU387、SNU878、HuH7,使用的引物和探针和实验方法具体见实施例1所示。
选择拷贝数2.5为截断值进行判定:若待测样品中FGF19基因的拷贝数大于2.5,则待测样品中FGF19基因有扩增或候选有扩增,若待测样品中FGF19基因的拷贝数小于等于2.5,则待测样品中FGF19基因无扩增或候选无扩增。
具体样本信息和结果如表4所示。
表4 FGF19基因拷贝数检测中不同基因作为内参的结果
根据表4的结果可以看出,内参基因TERT和RPP30作为内参时荧光PCR的扩增判定结果与NGS完全一致,选用RPP30基因作为内参检出拷贝数与NGS结果更一致。
实施例3:临床样本FGF19基因拷贝数检测中内参基因TERT与RPP30的对比结果
分别以TERT和RPP30基因作为内参,对32例临床样本进行FGF19基因拷贝数的荧光PCR检测,并与NGS结果进行对比,使用的引物和探针和实验方法具体见实施例1所示。
选择拷贝数2.5为截断值进行判定:若待测样品中FGF19基因的拷贝数大于2.5,则待测样品中FGF19基因有扩增或候选有扩增,若待测样品中FGF19基因的拷贝数小于等于2.5,则待测样品中FGF19基因无扩增或候选无扩增。
具体样本信息和结果如表5所示。
表5:临床样本的FGF19扩增结果
根据表5的结果可以看出,内参基因TERT作为内参时荧光PCR的扩增判定结果与NGS相比会有假阳性,而RPP30基因作为内参检出结果与NGS结果完全一致。
实施例4:探究不同引物对RPP30基因检测的影响
根据RPP30基因的保守区域,采用引物探针设计软件Primer Express 3.0.1设计RPP30基因引物,上下游引物各设计4条,各引物序列见下表6。
表6:基因RPP30引物序列表
名称 | 序列(5’→3’) | |
RPP30-amp-E1-F1 | gcgcggacttgtggagac | SEQ ID NO.13 |
RPP30-amp-E1-F2 | tgcgcggacttgtggag | SEQ ID NO.14 |
RPP30-amp-E1-F3 | aaggctctgcgcggact | SEQ ID NO.15 |
RPP30-amp-E1-F4 | gcggacttgtggagacagc | SEQ ID NO.1 |
RPP30-amp-I2-R1 | tctgggtggcatgaggttg | SEQ ID NO.16 |
RPP30-amp-I2-R2 | gaggttggccaggcgc | SEQ ID NO.2 |
RPP30-amp-I2-R3 | tgaggttggccaggcg | SEQ ID NO.17 |
RPP30-amp-I2-R4 | tgggtggcatgaggttgg | SEQ ID NO.18 |
将不同的上下游引物组合测试,筛选扩增效果更好的引物组合,测试结果如图1所示。结果表明,不同引物对于RPP30基因检测结果相差较大,其中,RPP30-amp-E1-F4和RPP30-amp-I2-R2对RPP30的扩增效果较好,因此,将RPP30-amp-E1-F4和RPP30-amp-I2-R2作为RPP30的引物对。此外,本申请中涉及到的引物和探针均经过实验筛选,选择扩增效果好的引物探针。
在本说明书的描述中,参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不必须针对的是相同的实施例或示例。而且,描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外,在不相互矛盾的情况下,本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例,可以理解的是,上述实施例是示例性的,不能理解为对本发明的限制,本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。
SEQUENCE LISTING
<110> 杭州瑞普基因科技有限公司
<120> 检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒及检测方法、用途
<130> XI6210579
<160> 18
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 1
<400> 1
gcggacttgt ggagacagc 19
<210> 2
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 2
<400> 2
gaggttggcc aggcgc 16
<210> 3
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 3
<400> 3
tcaccgtgag ttgcc 15
<210> 4
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 4
<400> 4
ccgtgaggag tcccagc 17
<210> 5
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 5
<400> 5
ccacagcccc tggcag 16
<210> 6
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 6
<400> 6
agtaactgag accatgcc 18
<210> 7
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 7
<400> 7
gaagctcccg gggacg 16
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 8
<400> 8
gtccaggatg gtcttgaagt ctg 23
<210> 9
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 9
<400> 9
actgccctgg aggc 14
<210> 10
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 10
<400> 10
cctggcagag gacatagaga atg 23
<210> 11
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 11
<400> 11
cctttcgacc ctggcgt 17
<210> 12
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 12
<400> 12
cctgttctca cctgttc 17
<210> 13
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 13
<400> 13
gcgcggactt gtggagac 18
<210> 14
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 14
<400> 14
tgcgcggact tgtggag 17
<210> 15
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 15
<400> 15
aaggctctgc gcggact 17
<210> 16
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16
<400> 16
tctgggtggc atgaggttg 19
<210> 17
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 17
<400> 17
tgaggttggc caggcg 16
<210> 18
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 18
<400> 18
tgggtggcat gaggttgg 18
Claims (10)
1.RPP30基因作为内参基因在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途。
2.试剂在检测FGF19基因拷贝数和/或扩增中的用途,其特征在于,所述试剂包括用于检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针。
3.根据权利要求1所述的用途,其特征在于,所述第一引物对具有SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第一探针具有SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第一探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团;
任选地,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种;
任选地,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
4.试剂在制备检测FGF19基因拷贝数和/或扩增产品中的用途,其特征在于,所述试剂包括用于检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针。
5.根据权利要求4所述的用途,其特征在于,所述第一引物对具有SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第一探针具有SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第一探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团;
任选地,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种;
任选地,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种;
任选地,所述产品选自试剂盒和/或试纸条。
6.一种检测FGF19基因拷贝数和/或扩增的试剂盒,其特征在于,包括:
检测RPP30基因序列的第一引物对和/或第一探针;以及
检测FGF19基因序列的第二引物对和/或第二探针。
7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述第一引物对具有SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.1和2所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第一探针具有SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第一探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团;
任选地,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种;
任选地,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
8.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述第二引物对具有SEQ ID NO.4和5所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.4和5所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第二探针具有SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列或具有与SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列90%以上同源性的核苷酸序列;
任选地,所述第二探针的5’端和3’端标记有分别标记有荧光基团和淬灭基团;
任选地,所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5、CY3、HEX、5-TAMRA、TET和JOE中的至少一种;
任选地,所述淬灭基团包含MGB、BHQ1、BHQ2、BHQ3中的至少一种。
9.一种检测待测样本中FGF19基因拷贝数的方法,其特征在于,包括:
以RPP30基因作为内参基因,同时扩增待测样本和对照样本的所述RPP30基因和FGF19基因,得到所述待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值;
基于所述待测样本和对照样本中FGF19基因的扩增CT值和RPP30基因的扩增CT值,确定所述待测样本中FGF19基因拷贝数。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,所述扩增是采用权利要求6~8任一项所述试剂盒进行的;
任选地,所述扩增采用荧光PCR扩增;
任选地,所述荧光PCR扩增的扩增条件包括:95℃预变性30s,95℃变性15s、60℃退火34s、40个循环,于60℃退火步骤末采集荧光信号。
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CN114277110B (zh) | 2024-02-23 |
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