CN113646431A - 生物标志物及在治疗病毒感染、炎症、或癌症中的用途 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及某些生物标志物，及其在监测、评估和/或治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症中的用途。

Description

生物标志物及在治疗病毒感染、炎症、或癌症中的用途
背景技术
喹啉衍生物，8-氯-N-(4-(三氟甲氧基)苯基)喹啉-2-胺(也称为“ABX464”)，结合至帽结合复合物(CBC)，即在前体-mRNA转录物的5′-末端处的促进与转录和加工机制的初始相互作用的复合物。CBC将几个因子募集到m7G-修饰的转录物以介导加工事件，并且是有效的细胞和病毒前体-mRNA剪接所必需的。CBC与转录物中第一个内含子的5’剪接位点处的U1 snRNP的相互作用以及CBC与U4/U5/U6颗粒中蛋白质的直接相互作用增强了剪接的mRNA的形成。尽管CBC对于酵母或人的存活力不是必需的，但它的缺失导致对新生转录物的几种剪接因子的募集减少，从而抑制共转录剪接体组装。CBC复合物也已被证明影响微小RNA(miRNA)的生物发生。miRNA由RNA pol II转录为初级(pri)-miRNA，其带有m7G帽。在核和细胞质加工事件中，pri-miRNA失去m7G帽，并且成熟的21-23个核苷酸长的miRNA被掺入RISC(RNA-诱导的沉默复合物)中以指导RNA沉默。由于大部分miRNA基因位于内含子中，CBC复合物可参与内含子前体-miRNA和前体-mRNA加工之间的相互作用，通过影响病毒RNA的生物发生来抑制病毒复制，但它对细胞和病毒RNA生物发生的作用尚未得到详细分析。一旦前病毒DNA整合到细胞DNA，ABX464才作用于病毒复制。这很重要，因为病毒基因组一旦整合到受感染的细胞中，就需要激活和抑制前体mRNA剪接两者。成功感染和产生新的感染性HIV颗粒需要由剪接HIV-1初级9千碱基(kb)转录物产生的七种病毒蛋白(Rev、Tat、Nef、Vif、Vpr、Vpu和Env)的平衡表达；其中Tat和Rev因子对于受感染的细胞中转录和转录后水平的病毒基因表达至关重要。HIV-1初级转录物不仅用作后代病毒的基因组RNA，而且用作编码病毒Gag和Gag-Pol蛋白的mRNA。虽然大多数细胞未剪接的RNA保留在细胞核中(在那里它们被降解)，但Rev蛋白通过与Rev响应元件(RRE)结合并与依赖于CRM1的输出机制相互作用，促进了未剪接的病毒RNA的核输出。因此，需要低效的替选剪接来维持HIV基因表达和病毒生产之间的平衡。这种平衡被认为是由HIV长末端重复序列(LTR)和存在次优病毒5’和3’剪接位点(5’和3’ss)介导的，所述位点被调节序列和通过同源反式作用细胞因子的识别被正向调节。通过结合CBC复合物，ABX464已被证明干扰Rev-介导的未剪接RNA的输出。然而，ABX464与CBC的结合对病毒和细胞剪接和/或miRNA生物发生的调节背后的潜在机制目前尚不清楚。
ABX464在炎性肠病(IBD)的DSS-模型中显示出强的抗炎效应，并在预防HIV病毒复制方面显示效应。ABX464还在溃疡性结肠炎患者的2a期概念验证临床试验中证明了其安全性和功效。然而，ABX464对病毒和细胞RNA生物发生的效应尚未被定量。
发明内容
现在已经发现ABX464改变了病毒RNA剪接而不是细胞剪接，并在miR-124基因座处诱导长非编码RNA的剪接，这导致了抗炎性miR124的上调。“miR-124基因座”意指miR-124基因座的任一者，其包括miR-124-1基因座、miR-124-2基因座、miR-124-3基因座。因此，本文公开的涉及miR-124或其基因座中的一者作为生物标志物的方法和用途也可以或进一步应用于本领域技术人员已知的特定基因座中的任一者。
因此，在一方面，本发明提供了剪接的病毒RNA变体的作为病毒感染或所述病毒感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。在一些实施方式中，本发明提供了使用剪接的病毒RNA变体作为病毒感染或所述病毒感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中剪接的病毒RNA变体的存在或表达水平。在一些实施方式中，病毒感染的治疗包括施用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐。
在另一方面，本发明提供了在miR-124基因座处剪接的长非编码RNA作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。在一些实施方式中，本发明提供了使用在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在或表达水平。在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗包括施用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐。
在一方面，本发明涉及SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为HIV感染或者HIV感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为用于评估化合物治疗HIV感染的生物效应的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为用于筛选预防和/或治疗HIV感染的化合物或疫苗的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于评估化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于选择治疗性治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的患者的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及miR-124作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。
在一方面，本发明涉及miR-124作为用于选择治疗性治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的患者的生物标志物的体外或离体用途。
在如上所定义的体外或离体用途的一方面，治疗性治疗包括施用式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id或IV、IVa、IVb、IVb’、IVc、IVd、IV的化合物(例如ABX464)或其药学上可接受的盐。
在如上所定义的体外或离体用途的一方面，化合物具有式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id或IV、IVa、IVb、IVb’、IVc、IV(例如ABX464)或其药学上可接受的盐。
在如上所定义的体外或离体用途的一方面，将所述SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体、或所述在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205、或所述miR-124表达到分离的生物样品中的经测量的水平与对照参考值比较。
附图说明
图1描绘了ABX464处理后HIV剪接的分析。A.HIV-1基因组和不同的mRNA剪接产物的组织。指示了5’ss(D1–D4)和3’ss(A1–A7)。每个mRNA产物的编码外显子的ORF用不同的颜色代码表示，表明HIV基因组的相应编码蛋白质。非编码外显子以灰色框出。B.通过来自六个供体的PBMC中p24产生测量的HIV-1复制的抑制。C.使用RNA CaptureSeq在来自感染的和未处理的(DMSO)或用ABX464处理6天(464)的六个不同供体的PBMC中定量HIV剪接事件。显示了剪接和未剪接的重叠群的计数。不同的剪接产物的颜色如A。D.剪接产生的新病毒RNA的序列。
图2描绘了ABX464对细胞剪接没有全局影响。A.通过高通量RNAseq方法测试了ABX464对感染和未感染的CD4+T细胞的效应。使用4个条件构建了16个文库：未感染(DMSO_NI)、未感染的用ABX464处理(ABX464_NI)、感染(DMSO_I)和感染的用ABX464处理(464_I)，对应于4个供体。每个样品中约有3800万个读段(占总原始读段的50％以上)与人基因组序列的外显子对齐。B.多维标度分析(MDS)用于解释数据的主要趋势。C.细胞基因的可变剪接(AS)事件分为五个主要组(左图)：可变5’剪接位点(A5SS，橙色)，可变3’剪接位点(A3SS，蓝色)，跳过的外显子(SE，灰色)，互斥外显子(MXE，灰色)和保留的外显子(RI，黄色)。AS事件计数，比较感染的vs未感染的样品(DMSO_I vs DMSO_NI)，未感染的vs未感染的用ABX464处理(DMSO_NI vs 464_NI)，感染的vs感染的用ABX464处理(DMSO_I vs 464_I)以及在IPS中CBC耗竭50％后(CBC的IPS耗竭50％)(右图)。D.通过比较4个供体中ABX464和DMSO条件之间常见高表达基因(B2M)的外显子覆盖读段，确定了ABX464不增加B2M中的剪接事件。E.DMSO_I vs DMSO_NI(上图)、DMSO_NI vs 464_NI(中图)、DMSO_I vs 464_I(下图)的火山图。ABX464处理产生的基因表达变异在感染(6个下调基因)和未感染(6个下调基因)样品中非常低。
图3描绘了ABX464上调了单个微小RNA，即抗炎性miR-124。A.来自6个供体的PBMC的小RNA的微阵列分析。PBMC被YU-2株感染(I)或未感染(NI)，并用ABX464处理或未处理(DMSO)。火山图显示感染导致小的非编码RNA中的巨大变化(左图)，而ABX464在感染和未感染细胞中诱导单个微小RNA miR-124的可重复上调(分别为右图和中图)。B.在与A相同条件下，使用TaqMan低密度阵列技术在CD4+T细胞中定量miR-124表达。C.与未处理的细胞相比(DMSO，倍数改变)，通过qPCR在用ABX464处理的PBMC、经纯化的CD4+和CD8 T细胞以及巨噬细胞中测量的miR-124表达。D.与未处理的细胞相比(DMSO，倍数改变)，在用抗逆转录病毒ABX464、ABX530、马拉韦罗、依非韦伦、地瑞那韦和AZT处理的PBMC中的miR-124表达。E.健康参与者(n＝10个)和在用ABX464处理的第1天和第28天经历ART的HIV患者(n＝9个)的直肠活检物中miR-124的定量。单独的图显示了每名患者的结果与健康参与者的结果比较。
图4描绘了ABX464对miR-124的上调源于miR-124-1基因座处的长非编码RNA的剪接。A.存在编码miR-124的三个基因，即miR-124-1、miR-124-2和miR-124-3，位于人基因组的8号和20号染色体上。B.采用了靶向RNA捕获和测序策略来确定ABX464诱导哪个基因。在感染和未感染细胞两者中，ABX464处理导致来自miR.124.1基因座的miR-124上调，而对照基因座miR-429不受影响。C.基因座miR-124-1含有其剪接被ABX464刺激的长非编码RNA(LncRNA 0599-205)。D.在用ABX464处理的PBMC中通过RNA CaptureSeq定量的剪接点(J1、J2、J3和J4)、外显子-外显子(J5和J6)和miR-12475bp区域(miR-124)处的读段计数。
图5描绘了产生miR-124需要LncRNA 0599-205的剪接。A.LncRNA0599-205前体和用于扩增不同来源的RNA的引物的示意图。B.ABX464存在或不存在时剪接和未剪接的LncRNA 0599-205的定量。C.在存在或不存在ABX464的情况下，在HeLa细胞中转染野生型和剪接突变体的lncRNA0599-205质粒后miR-124的表达的定量。D.在存在或不存在ABX464的情况下，总野生型和剪接突变体的lncRNA0599-205的定量。
图6描绘了：A.处理步骤，和B.RNA-seq处理流程。
图7描绘了来自两个未处理的样品(D5_DMSO和D8_DMSO)和三个ABX464处理的样品(D4_464、D5_464和D8_464)的组装重叠群的表示。
图8描绘了使用未处理(红色)和用ABX464处理(蓝色)的PBMC(2个供体)和CD4(4个供体)的CD45、CCR7、CCR3和CCR6表面标志物的FACS分析。
图9描绘了ABX464处理对miRNA表达的效应的分析。A.使用TaqMan低密度阵列(TLDA)的来自6个供体的PBMC的miRNA表达谱分析。火山图显示了用ABX464处理的vs.未处理的(左图)以及感染的vs.未感染的(右图)PBMC中的差异miRNA表达。B.使用TaqMan PCR比较6个供体的巨噬细胞中miR-124的表达。C.健康志愿者(正常组织)、在ABX464处理28天后(HIV+第1天)和28天后(HIV+第28天)经历ART的HIV感染患者的活检物中miR-124的定量。D.在处理的第1天(D1)和第28天(D28)以及停止处理后28天(D56)经历ART的HIV患者的活检物中miR-124的定量。
具体实施方式
1.生物标志物及其用途的示例性实施方式：
现在发现ABX464在治疗HIV感染和IBD中的效应是通过相同的机制(即，增强的前体-mRNA剪接)介导的。发现ABX464不仅增强了HIV病毒RNA的前体-mRNA剪接以阻断HIV复制，而且还触发了具有抗炎性miR-124的基因座中的一者的长非编码RNA的剪接，从而增加了抗炎性微小RNA miR-124的表达。此外，发现ABX464对细胞基因的前体mRNA剪接没有影响。虽然ABX464对细胞基因的前体-mRNA剪接没有影响，但通过RNAi耗竭CBC复合物导致内含子保留转录物的积累。这些结果表明，ABX464没有抑制CBC在剪接中的功能，而是在如炎症和HIV感染的病理条件下使其增强。
病毒感染
在一些实施方式中，本发明提供了使用剪接的病毒RNA变体作为病毒感染或所述病毒感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中剪接的病毒RNA变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了评估化合物治疗病毒感染的生物效应的方法，其包括测量作为病毒感染的生物标志物的剪接的病毒RNA变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了筛选化合物或疫苗预防和/或治疗病毒感染的方法，其包括测量作为病毒感染的生物标志物的剪接的病毒RNA变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗病毒感染的方法，其包括测量和/或监测作为病毒感染的生物标志物的剪接的病毒RNA变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，病毒感染是需要RNA剪接的病毒感染。在一些实施方式中，需要RNA剪接的病毒感染是逆转录病毒感染。在一些实施方式中，逆转录病毒感染是致癌病毒、慢病毒和/或泡沫病毒的感染。
如本文所用，“致癌病毒”与癌症和恶性感染相关。在一些实施方式中，致癌病毒选自致白血病病毒(例如禽白血病病毒(ALV)，鼠白血病病毒(MULV)又称莫洛尼病毒，猫白血病病毒(FELV)，人白血病病毒例如HTLV1和HTLV2，猿猴白血病病毒或STLV，牛白血病病毒或BLV，灵长类动物D型致癌病毒、B型致癌病毒(其是乳腺肿瘤的诱因))，以及导致快速癌症的致癌病毒(例如劳斯肉瘤病毒或RSV)。
如本文所用，“泡沫病毒”对给定的细胞类型或给定的物种表现出相当低的特异性，并且它们有时与免疫抑制现象有关。在一些实施方式中，泡沫病毒是猿猴泡沫病毒(或SFV)。
如本文所用，“慢病毒”是缓慢进展的病理状况的原因，这些状况经常涉及免疫抑制现象，包括AIDS。
在一些实施方式中，逆转录病毒感染是HIV和AIDS相关的疾患。在一些实施方式中，HIV和AIDS相关的疾患是AIDS相关的或AIDS共病性炎性病症或疾患。
在一些实施方式中，剪接的病毒RNA变体的存在或表达水平使用RNA和/或DNA扩增、测序、同位素、荧光、显色酶、光谱法、光谱测定法、免疫测定或免疫酶促测定测量。
如本文所用，发现ABX464在HIV感染的细胞中生成新的HIV剪接变体(图1D)：
GGAAAATCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAAGGAAAACCAGAGGAGCTCTCTCGACGCAGGACTCGGCTTGCTGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGAAGAAGCGGAGACAGCGACGAAGACCTCCTCAGGACAGTCAGACTCATCAAAGTTCTCTATCAAAGCA(SEQ.ID.No.1)。
因此，在一些实施方式中，剪接的病毒RNA变体是作为HIV感染的生物标志物的HIV剪接变体。在一些实施方式中，HIV剪接变体具有SEQ.ID.No.1。
在一些实施方式中，本发明提供了使用SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为HIV感染或者HIV感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体在分离的生物样品中的存在指示HIV感染的治疗性治疗的功效。
在一些实施方式中，将SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体在分离的生物样品中的经测量的表达水平与SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体在先前分离的生物样品中的经测量的表达水平比较，其中SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的表达水平提高指示HIV感染的治疗性治疗的功效。
在一些实施方式中，本发明提供了评估化合物治疗HIV感染的生物效应的方法，其包括测量作为HIV感染的生物标志物的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了筛选预防和/或治疗HIV感染的化合物或疫苗的方法，其包括测量作为HIV感染的生物标志物的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了HIV剪接变体，其包含SEQ.ID.No.1。在一些实施方式中，本发明提供了包含HIV剪接变体的组合物，所述HIV剪接变体包含SEQ.ID.No.1。在一些实施方式中，本发明提供了包含HIV剪接变体的生物样品，所述HIV剪接变体包含SEQ.ID.No.1。
在一些实施方式中，本发明提供了HIV剪接变体，其是SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体。在一些实施方式中，本发明提供了组合物，所述组合物包含SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体。在一些实施方式中，本发明提供了生物样品，所述生物样品包含SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗HIV感染的方法，其包括测量和/或监测患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平。在一些实施方式中，在患者的生物样品中测量SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平。在一些实施方式中，患者的生物样品是血液样品。在一些实施方式中，患者的生物样品是组织样品。在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法还包括在施用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物之前测量和/或监测患者中SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平。在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法还包括在用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗过程期间测量和/或监测患者中SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平。在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法还包括通过测量和/或监测患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平来选择用如本文所述的化合物或药学上可接受的盐或组合物治疗的患者。在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法还包括通过测量和/或监测患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平来排除用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗的患者。在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法还包括通过测量和/或监测患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平来调整(例如增加或减少)待施用给患者的如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物的给药方案(例如给药量和/或给药剂量时间表)。在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法还包括在SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的经测量的存在和/或表达水平达到指示可以暂停和/或终止治疗的水平(例如，当HIV剪接变体的表达水平达到稳定期)之后，暂停和/或终止如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物的给药。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法包括比较患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的经测量的表达水平与患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的先前测量的表达水平。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法包括测量和/或监测患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平以指导给药或监测对治疗的响应。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗HIV感染的方法包括测量和/或监测患者中的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体以指导疗法。
在一些实施方式中，本发明的方法还包括测量患者或生物样品中细胞基因的前体-mRNA剪接，其中与对照样品相比，细胞基因的前体-mRNA剪接没有改变。对照样品可以取自各种来源。在一些实施方式中，对照样品取自治疗之前或存在疾病之前的患者(例如归档的血液样品或组织样品)。在一些实施方式中，对照样品取自一组正常的、未患病的群体。在一些实施方式中，对照样品取自用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗之前的患者。在一些实施方式中，可以对生物样品进行细胞测定。
炎性疾病、病症和疾患和癌症
在一些实施方式中，本发明提供了使用miR-124基因座作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中miR-124的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了评估化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的方法，其包括测量作为所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的生物标志物的miR-124的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了筛选化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，其包括测量作为所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的生物标志物的miR-124的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，其包括测量和/或监测作为所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的生物标志物的miR-124的存在和/或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了使用在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了评估化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的方法，其包括测量作为所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的生物标志物的在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了筛选治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的化合物或医疗装置的方法，其包括测量作为所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的生物标志物的在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，其包括测量和/或监测作为所述炎性疾病、病症或疾患或所述癌症的生物标志物的在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在和/或表达水平。
在一些实施方式中，miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA是在miR-124-1基因座处。在一些实施方式中，miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA是在miR-124-2基因座处。在一些实施方式中，miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA是在miR-124-3基因座处。
在一些实施方式中，miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在或表达水平使用RNA和/或DNA扩增、测序、同种型、荧光、显色酶、光谱法、光谱测定法、免疫测定或免疫酶促测定测量。
如本文所述，发现ABX464诱导在miR-124-1基因座处的长非编码RNA(lncRNA0599-205)(图4A和C)。本文和整个说明书中称为《lncRNA0599-205》或《LINC00599-205》的长非编码RNA源自miR-124-1基因座的范围从8号染色体的9903000位到9904500位的区域，包括所述miR-124-1基因座(图4A和C)；特别是从9903107位到9904210位。作为参考，包括转录物lncRNA 0599-205的序列的区域在本文中进一步称为SEQ ID N°15。对应于lncRNA0599-205转录物的三个外显子的序列从5’到3’在本文中进一步分别称为SEQ ID N°16、SEQ ID N°17和SEQ ID N°18。lncRNA 0599-205转录物的序列在ENSEMBL数据库中进一步注册为ENST00000521863.1。
因此，在一些实施方式中，在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA是在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205，作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物标志物。
在一些实施方式中，本发明提供了使用在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，其包括测量生物样品中在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在或表达水平。
在一些实施方式中，在分离的生物样品中miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在指示炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效。
在一些实施方式中，将分离的生物样品中miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经测量的表达水平与先前分离的生物样品中miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经测量的表达水平比较，其中miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的表达水平提高指示炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效。
在一些实施方式中，本发明提供了评估化合物治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的方法，其包括测量作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物标志物的miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明提供了筛选化合物治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，其包括测量作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物标志物的miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在或表达水平。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法还包括测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或水平。在一些实施方式中，在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或水平在患者的生物样品中测量。在一些实施方式中，患者的生物样品是血液样品。在一些实施方式中，患者的生物样品是组织样品。在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法还包括在施用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物之前测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平。在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法还包括在用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗的过程期间测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平。在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法还包括通过测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平来选择用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗的患者。在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法还包括通过测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平来排除用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗的患者。在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法还包括通过测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA0599-205的存在和/或表达水平来调整(例如增加或减少)待施用给患者的如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物的给药方案(例如给药量和/或给药时间表)。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法包括比较患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经测量的表达水平与对照参考值。待用于比较患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经测量的表达水平的对照参考值获自对照样品。对照样品可以取自各种来源。在一些实施方式中，对照样品取自治疗之前或存在疾病之前的患者(例如归档的血液样品或组织样品)。在一些实施方式中，对照样品取自一组正常的、未患病的群体。在一些实施方式中，对照样品取自用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗之前的患者。在一些实施方式中，可以对生物样品进行细胞测定。
在一些实施方式中，与对照参考值比较的患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经调节的存在和/或表达水平指示炎性疾病、病症或疾患、或癌症。在一些实施方式中，与对照参考值比较的患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经调节的存在和/或表达水平指示用施用给患者的如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗的功效。术语“调节”或“经调节的存在和/或表达水平”意指在miR-124-1基因座处的生物标志物(例如lncRNA 0599-205)的存在或表达水平被诱导或提高，或替选地被抑制或降低。
在一些实施方式中，在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205相对于对照参考值的经测量的降低或抑制的存在或者降低的表达水平指示炎性疾病、病症或疾患、或癌症。在一些实施方式中，在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205相对于对照参考值的经测量的诱导或提高的存在或者提高的表达水平指示如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物的功效。在一些实施方式中，用如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或组合物治疗的患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的经测量的表达水平相对于对照参考值提高两倍、四倍、六倍、八倍或十倍。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法包括测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平以指导给药或监测对治疗的响应。
在一些实施方式中，本发明的用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法包括测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205以指导疗法。
在一些实施方式中，本发明提供了结合在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的水平和细胞因子或另一生物标志物的水平以监测炎性疾病、病症或疾患、或癌症的严重程度和/或监测治疗(包括但不限于如本文所述的治疗)的功效的算法。在一些实施方式中，如本文所述的治疗方法包括使用结合在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的水平和细胞因子或另一生物标志物的水平以监测炎性疾病、病症或疾患、或癌症的严重程度和/或监测治疗的功效的算法。
2.定义：
本发明的化合物可以以游离碱或含药学上可接受的酸的加成盐的形式存在。本发明化合物的适合的生理学上可接受的酸加成盐包括硫酸盐、氢溴酸盐、柠檬酸盐、三氟乙酸盐、抗坏血酸盐、盐酸盐、酒石酸盐、三氟甲磺酸盐、马来酸盐、甲磺酸盐、甲酸盐、乙酸盐、富马酸盐和磺酸盐，特别是烷基磺酸盐或芳基磺酸盐，并且更特别是甲磺酸盐、三氟甲磺酸盐、乙二磺酸盐、苯磺酸盐和甲苯磺酸盐。
本发明的化合物和或其盐可以形成溶剂化物或水合物并且本发明包括所有此类溶剂化物和水合物。术语“水合物”和“溶剂化物”仅表示根据本发明的化合物可以是水合物或溶剂化物的形式，即与一种或多种水或溶剂分子结合或缔合。这只是此类化合物的化学特性，其可以适用于所有这种类型的有机化合物。
本发明的化合物可以包含一个或多个不对称碳原子。因此它们可以以对映异构体或非对映异构体的形式存在。这些对映异构体、非对映异构体及其混合物(包括外消旋混合物)都涵盖在本发明的范围内。
在本发明的上下文中，术语：
-“卤素”应理解为意指氯、氟、溴或碘，并且特别表示氯、氟或溴，
-如本文所用的“(C1-C5)烷基”分别是指C1-C5正饱和烃、仲饱和烃或叔饱和烃。实例是但不限于甲基、乙基、1-丙基、2-丙基、丁基、戊基，
-如本文所用的“(C3-C6)环烷基”分别是指环状饱和烃。实例是但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基，
-如本文所用的“(C1-C4)烷氧基”分别是指O-(C1-C4)烷基部分，其中烷基如上定义。实例是但不限于甲氧基、乙氧基、1-丙氧基、2-丙氧基、丁氧基，
-“氟烷基基团”和“氟烷氧基基团”分别是指如上所定义的烷基基团和烷氧基基团，所述基团被至少一个氟原子取代。实例是全氟烷基，例如三氟甲基或全氟丙基，
-如本文所用的“饱和5-或6-元杂环”分别是指包含至少一个杂原子的饱和环。实例是但不限于吗啉、哌嗪、硫代吗啉、哌啶、吡咯烷。
如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指这样的盐：其在可靠的医学判断范围内，适合用于和人和较低等动物的组织接触，无异常毒性、刺激和变态响应等，并且与合理的利益/风险比相称。药学上可接受的盐是本领域熟知的。例如，S.M.Berge等人在通过引用并入本文中的J.Pharmaceutical Sciences，1977，66，1–19中详细描述了药学上可接受的盐。本发明的化合物的药学上可接受的盐包括源自适合的无机和有机的酸和碱的那些盐。
本发明的化合物的药学上可接受的盐包括源自适合的无机和有机的酸和碱的那些盐。药学上可接受的无毒酸加成盐的实例是氨基基团与无机酸(例如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸)或与有机酸(例如乙酸、草酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸)形成的盐或通过使用本领域中使用的其他方法(例如离子交换)形成的盐。其他药学上可接受的盐包括己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙烷磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡糖酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、氢碘酸盐、2–羟基–乙烷磺酸盐、乳糖酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、十二烷基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2–萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3–苯基丙酸盐、磷酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一酸盐、戊酸盐等。
从适当的碱衍生的盐包括碱金属盐、碱土金属盐、铵盐和N+(C1–4烷基)4盐。代表性的碱金属盐或碱土金属盐包括钠、锂、钾、钙、镁等。其他药学上可接受的盐在适当时包括使用抗衡离子(例如卤离子、氢氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、低级烷基磺酸根和芳基磺酸根)形成的无毒铵、季铵和胺阳离子。
除非另有说明，否则本文描述的结构还意在包括该结构的所有异构(例如，对映异构体、非对映异构体和几何(或构象))形式；例如，每个不对称中心的R和S构型、Z和E双键异构体以及Z和E构象异构体。因此，本发明的化合物的单一立体化学异构体以及对映异构体、非对映异构体和几何(或构象)混合物都在本发明的范围内。除非另有说明，否则本发明的化合物的所有互变异构形式均在本发明的范围内。此外，除非另有说明，否则本文所描绘的结构还意指包括仅在一个或多个同位素富集的原子的存在上不同的化合物。例如，具有包括用氘或氚置换氢、或用富含13C-或14C的碳置换碳的本结构的化合物在本发明的范围内。此类化合物可用作例如分析工具、生物测定中的探针或根据本发明的治疗剂。
3.治疗方法的示例性实施方式：
在一方面，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(I)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000181
其中：
Z是C或N；
V是C或N；
Figure BDA0003222813680000182
意指芳香环，其中V是C或N并且当V是N时，V是相对于Z的邻位、间位或对位；
每个R独立为氢、卤素、-CN、羟基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C3)氟烷氧基、(C3-C6)环烷基、-NO2、-NR1R2、(C1-C4)烷氧基、苯氧基、-NR1-SO2-NR1R2、-NR1-SO2-R1、-NR1-C(＝O)-R1、-NR1-C(═O)-NR1R2、-SO2-NR1R2、-SO3H、-O-SO2-OR3、-O-P(═O)-(OR3)(OR4)、-O-CH2-COOR3、(C1-C3)烷基，所述烷基任选地被羟基基团或式(IIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000183
或式(IIIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000184
单取代或二取代；
Q是N或O，条件是当Q是O时，R”不存在；
R1和R2中的每一者独立为氢或(C1-C3)烷基；
R3和R4中的每一者独立为氢、Li+、Na+、K+、N+(Ra)4或苄基；
n是1、2或3；
n’是1、2或3；
每个R’独立为氢、(C1-C3)烷基、羟基、卤素、-NO2、-NR1R2、吗啉基、吗啉代、N-甲基哌嗪基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C4)烷氧基、-O-P(═O)-(OR3)(OR4)、-CN、式(IIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000185
或式(IIIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000186
A是共价键、氧或NH；
B是共价键或NH；
m是1、2、3、4或5；
p是1、2或3；
Ra和Rb中的每一者独立为氢、(C1-C5)烷基或(C3-C6)环烷基，或
Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是基团(IIa)或(IIIa)时，仅当其他R’基团不同于所述基团(IIa)或(IIIa)时，n’可以是2或3；和
R”是氢、(C1-C4)烷基或如上定义的式(IIa)的基团。
如上一般定义，Z是C或N。
在一些实施方式中，Z是C。在一些实施方式中，Z是N。
在一些实施方式中，Z选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，V是C或N。
在一些实施方式中，V是C。在一些实施方式中，V是N。
在一些实施方式中，V选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，
Figure BDA0003222813680000191
意指芳香环，其中V是C或N并且当V是N时，V是相对于Z的邻位、间位或对位。
在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000192
意指芳香环，其中V是C。
在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000193
意指芳香环，其中V是N，并且V是相对于Z的邻位、间位或对位。在一些实施方式中，V是N，并且V是相对于Z的邻位。在一些实施方式中，V是N，并且V是相对于Z的间位。在一些实施方式中，V是N，并且V是相对于Z的对位。
在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000201
是苯基。在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000202
是吡啶。在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000203
是哒嗪。在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000204
是嘧啶。在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000205
是吡嗪。
在一些实施方式中，
Figure BDA0003222813680000206
选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，每个R独立为氢、卤素、-CN、羟基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C3)氟烷氧基、(C3-C6)环烷基、-NO2、-NR1R2、(C1-C4)烷氧基、苯氧基、-NR1-SO2-NR1R2、-NR1-SO2-R1、-NR1-C(＝O)-R1、-NR1-C(═O)-NR1R2、-SO2-NR1R2、-SO3H、-O-SO2-OR3、-O-P(═O)-(OR3)(OR4)、-O-CH2-COOR3或(C1-C3)烷基，所述烷基任选地被羟基基团单取代或二取代。
在一些实施方式中，R是氢。在一些实施方式中，R是卤素。在一些实施方式中，R是–CN。在一些实施方式中，R是羟基。在一些实施方式中，R是(C1-C3)氟烷基，所述烷基任选地被羟基单取代或二取代。在一些实施方式中，R是(C1-C3)氟烷氧基。在一些实施方式中，R是(C3-C6)环烷基。在一些实施方式中，R是-NO2。在一些实施方式中，R是-NR1R2。在一些实施方式中，R是(C1-C4)烷氧基。在一些实施方式中，R是苯氧基。在一些实施方式中，R是-NR1-SO2-NR1R2。在一些实施方式中，R是-NR1-SO2-R1。在一些实施方式中，R是-NR1-C(＝O)-R1。在一些实施方式中，R是-NR1-C(═O)-NR1R2。在一些实施方式中，R是-SO2-NR1R2。在一些实施方式中，R是-SO3H。在一些实施方式中，R是-O-SO2-OR3。在一些实施方式中，R是-O-P(═O)-(OR3)(OR4)。在一些实施方式中，R是-O-CH2-COOR3。在一些实施方式中，R是(C1-C3)烷基，所述烷基任选地被羟基单取代或二取代。
在一些实施方式中，每个R独立为卤素、(C1-C3)氟烷基、(C1-C3)氟烷氧基、–NR1R2、(C1-C4)烷氧基或(C1-C3)烷基。
在一些实施方式中，每个R独立为氢、甲基、甲氧基、三氟甲基、三氟甲氧基、氨基、卤素或–O-P(＝O)-(OR3)(OR4)。在一些实施方式中，R是甲基。在一些实施方式中，R是甲氧基。在一些实施方式中，R是三氟甲基。在一些实施方式中，R是三氟甲氧基。在一些实施方式中，R是氨基。在一些实施方式中，R是–O-P(＝O)-(OR3)(OR4)。
在一些实施方式中，每个R独立为甲基、甲氧基、三氟甲基、卤素、三氟甲氧基或氨基。
在一些实施方式中，R选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，Q是N或O，条件是当Q是O时R″不存在。
在一些实施方式中，Q是N。在一些实施方式中，Q是O，并且R″不存在。
在一些实施方式中，Q选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，R1和R2中的每一者独立为氢或(C1-C3)烷基。
在一些实施方式中，R1是氢。在一些实施方式中，R1是(C1-C3)烷基。在一些实施方式中，R2是氢。在一些实施方式中，R2是(C1-C3)烷基。
在一些实施方式中，R1和R2中的每一者独立选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，R3和R4中的每一者独立为氢、Li+、Na+、K+、N+(Ra)4或苄基。
在一些实施方式中，R3是氢。在一些实施方式中，R3是Li+。在一些实施方式中，R3是Na+。在一些实施方式中，R3是K+。在一些实施方式中，R3是N+(Ra)4。在一些实施方式中，R3是苄基。在一些实施方式中，R4是氢。在一些实施方式中，R4是Li+。在一些实施方式中，R4是Na+。在一些实施方式中，R4是K+。在一些实施方式中，R4是N+(Ra)4。在一些实施方式中，R4是苄基。
在一些实施方式中，R3和R4中的每一者独立选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，n是1、2或3。
在一些实施方式中，n是1或2。在一些实施方式中，n是1。在一些实施方式中，n是2。在一些实施方式中，n是3。
在一些实施方式中，n选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，n’是1、2或3。
在一些实施方式中，n’是1或2。在一些实施方式中，n’是1。在一些实施方式中，n’是2。在一些实施方式中，n’是3。
在一些实施方式中，n’选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，每个R’独立为氢、(C1-C3)烷基、羟基、卤素、-NO2、-NR1R2、吗啉基、吗啉代、N-甲基哌嗪基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C4)烷氧基、-O-P(═O)-(OR3)(OR4)、-CN、式(IIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000221
或式(IIIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000222
在一些实施方式中，R’是氢。在一些实施方式中，R’是(C1-C3)烷基。在一些实施方式中，R’是羟基。在一些实施方式中，R’是卤素。在一些实施方式中，R’是-NO2。在一些实施方式中，R’是-NR1R2。在一些实施方式中，R’是吗啉基。在一些实施方式中，R’是吗啉代。在一些实施方式中，R’是N-甲基哌嗪基。在一些实施方式中，R’是(C1-C3)氟烷基。在一些实施方式中，R’是(C1-C4)烷氧基。在一些实施方式中，R’是-O-P(═O)-(OR3)(OR4)。在一些实施方式中，R’是–CN。在一些实施方式中，R’是式(IIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000223
在一些实施方式中，R’是式(IIIa)的基团：
Figure BDA0003222813680000224
在一些实施方式中，R’是氨基。在一些实施方式中，R’是甲基。在一些实施方式中，R’是式
Figure BDA0003222813680000225
的基团，其中A是O或NH，m是2或3并且X1是O、CH2或N-CH3，条件是当R’是此类基团时，n’是1或2，并且当n’是2时，另一R’基团不同于所述基团。
在一些实施方式中，R’是式
Figure BDA0003222813680000231
的基团，其中A是O或NH，m是2并且X1是O、CH2或N-CH3，条件是当R’是此类基团时，n’是1或2，并且当n’是2时，另一R’基团不同于所述基团。
在一些实施方式中，R’是式
Figure BDA0003222813680000232
的基团，其中A是O或NH，m是3并且X1是O、CH2或N-CH3，条件是当R’是此类基团时，n’是1或2，并且当n’是2时，另一R’基团不同于所述基团。
在一些实施方式中，每个R’独立为氢、卤素、氨基、甲基、–O-P(═O)-(OR3)(OR4)或式
Figure BDA0003222813680000233
的基团，其中A是O或NH，m是2或3并且X1是O、CH2或N-CH3，条件是当R’是此类基团时，n’是1或2，并且当n’是2时，另一R’基团不同于所述基团。
在一些实施方式中，每个R’独立为氢、卤素、甲基或式
Figure BDA0003222813680000234
的基团，其中A是O或NH，m是2并且X1是O、CH2或N-CH3，条件是当R’是此类基团时，n’是1或2，并且当n’是2时，另一R’基团不同于所述基团。
在一些实施方式中，每个R’独立为卤素、(C1-C3)烷基、羟基、-NR1R2、吗啉基、吗啉代、N-甲基哌嗪基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C4)烷氧基或如本文所述的式IIa或IIIa的基团。
在一些实施方式中，R’是卤素或甲基。
在一些实施方式中，每个R’独立选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，A是共价键、氧或NH。
在一些实施方式中，A是共价键。在一些实施方式中，A是氧。在一些实施方式中，A是NH。
在一些实施方式中，A选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，B是共价键或NH。
在一些实施方式中，B是共价键。在一些实施方式中，B是NH。
在一些实施方式中，B选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，m是1、2、3、4或5。
在一些实施方式中，m是1。在一些实施方式中，m是2。在一些实施方式中，m是3。在一些实施方式中，m是4。在一些实施方式中，m是5。
在一些实施方式中，m选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，p是1、2或3。
在一些实施方式中，p是1。在一些实施方式中，p是2。在一些实施方式中，p是3。在一些实施方式中，p是4。在一些实施方式中，p是5。
在一些实施方式中，p选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，Ra和Rb中的每一者独立为氢、(C1-C5)烷基或(C3-C6)环烷基，或Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是基团(IIa)或(IIIa)时，只有其他的R’基团不同与所述基团(IIa)或(IIIa)时，n’可以是2或3。
在一些实施方式中，Ra是氢。在一些实施方式中，Ra是(C1-C5)烷基。在一些实施方式中，Ra是(C3-C6)环烷基。在一些实施方式中，Rb是氢。在一些实施方式中，Rb是(C1-C5)烷基。在一些实施方式中，Rb是(C3-C6)环烷基。
在一些实施方式中，Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是式(IIa)或(IIIa)的基团时，仅当其他R’基团不同于所述式(IIa)或(IIIa)的基团时，n’可以是2或3。在一些实施方式中，如上所述的由Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成的饱和的5-或6-元杂环任选地具有选自N、O和S的另外的杂原子。
在一些实施方式中，Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成具有选自N、O和S的另外的杂原子的饱和的5-或6-元杂环，所述杂环被一个或多个Ra取代，条件是当R’是式(IIa)或(IIIa)的基团时，仅当其他R’基团不同于所述式(IIa)或(IIIa)的基团时，n’可以是2或3。
在一些实施方式中，Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的5-元杂环，条件是当R’是式(IIa)或(IIIa)的基团时，仅当其他R’基团不同于所述式(IIa)或(IIIa)的基团时，n’可以是2或3。
在一些实施方式中，Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的6-元杂环，条件是当R’是式(IIa)或(IIIa)的基团时，仅当其他R’基团不同于所述式(IIa)或(IIIa)的基团时，n’可以是2或3。
在一些实施方式中，Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成任选地具有选自N、O和S的另外的杂原子的饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是基团(IIa)或(IIIa)时，仅当另一R’基团不同于所述基团(IIa)或(IIIa)时，n’可以是2。
在一些实施方式中，Ra和Rb中的每一者独立选自以下表1-3中描绘的那些。
如上一般定义，R”是氢、(C1-C4)烷基或如上定义的式(IIa)的基团。
在一些实施方式中，R”是氢或(C1-C4)烷基。在一些实施方式中，R”是氢。在一些实施方式中，R”是(C1-C4)烷基。在一些实施方式中，R”是如本文所述的式(IIa)的基团。
在一些实施方式中，R”是式
Figure BDA0003222813680000251
的基团，其中m是2或3，并且X1是O、CH2或N-CH3。
在一些实施方式中，R”选自以下表1-3中描绘的那些。
在一些实施方式中，n是1；n’是1或2；R”是H；R选自甲基、甲氧基、三氟甲基、卤素、三氟甲氧基和氨基；并且每个R’独立为卤素、甲基或基团
Figure BDA0003222813680000252
其中A是O或NH，m是2或3并且X1是O、CH2或N-CH3，条件是当n’是2时，另一R’基团不同与所述基团。
在一些实施方式中，n是1；n’是1；R”是H；R选自甲基、甲氧基、三氟甲基、卤素和三氟甲氧基；并且R’是卤素或甲基。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ia)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000261
其中变量R、R’、R”、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ib)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000262
其中变量R、R’、R”、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ic)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000263
其中变量R、R’、R”、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ib’)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000271
其中变量R、R’、R”和n中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ib)的化合物或其药学上可接受的盐，其中：
每个R独立为卤素、(C1-C3)氟烷基、(C1-C3)氟烷氧基、–NR1R2、(C1-C4)烷氧基或(C1-C3)烷基，所述烷基任选地被羟基基团单取代或二取代；
n是1或2；
n’是1或2；
R1和R2中的每一者独立为氢或(C1-C3)烷基；
每个R’独立为卤素、(C1-C3)烷基、羟基、-NR1R2、吗啉基、吗啉代、N-甲基哌
嗪基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C4)烷氧基或如本文所述的式(IIa)或(IIIa)的基团；
A是共价键、氧或NH；
B是共价键或NH；
m是1、2、3、4或5；
p是1、2或3；
Ra和Rb中的每一者独立为氢、(C1-C5)烷基或(C3-C6)环烷基，或Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成任选地具有选自N、O和S的另外的杂原子的饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是基团(IIa)或(IIIa)时，仅当另一R’基团不同于所述基团(IIa)或(IIIa)时，n’可以是2；和
R”是H或(C1-C4)烷基。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ib)的化合物或其药学上可接受的盐，其中每个R’独立为氢、卤素、(C1-C3)烷基或(C1-C4)烷氧基基团，所述烷基任选地被羟基基团单取代或二取代；R”是氢或(C1-C4)烷基；n是1或2；n’是1或2；当n是1时，R是(C1-C3)氟烷氧基、NR1R2或苯氧基，其中R1和R2中的每一者独立为(C1-C3)烷基；和当n是2时，两个R基团中的一者是(C1-C3)氟烷氧基并且另一R基团是(C1-C3)烷基。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ib)的化合物或其药学上可接受的盐，其中每个R独立为(C1-C3)氟烷氧基；每个R’独立为氢、卤素、(C1-C3)烷基或(C1-C4)烷氧基；R”是氢或(C1-C4)烷基；n是1；并且n’是1或2。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Ib’)的化合物或其药学上可接受的盐，其中每个R独立为氢、卤素、(C1-C3)烷基、-NR1R2、(C1-C3)氟烷氧基、-NO2、苯氧基或(C1-C4)烷氧基，所述烷基任选地被羟基基团单取代或二取代；R1和R2中的每一者独立为氢或(C1-C3)烷基；R’是氢、卤素、(C1-C3)烷基或(C1-C4)烷氧基，条件是R’不同于喹啉基团的4位处的甲基基团；R”是氢或(C1-C4)烷基；n是1、2或3；并且n’是1或2。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Id)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000281
其中R和R’中的每一者独立地如上定义并且单独和组合地描述于本文的实施方式中，并且R’”是氢或基团
Figure BDA0003222813680000282
其中A是O或NH，m是2或3，并且X1是O、CH2或N-CH3。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(Id)的化合物或其药学上可接受的盐，其中R是甲基、甲氧基、三氟甲基、卤素、三氟甲氧基或氨基；R’是卤素或甲基，并且R’”是氢或基团
Figure BDA0003222813680000291
其中A是O或NH，m是2或3，并且X1是O、CH2或N-CH3。
在一些实施方式中，R’”是氢。在一些实施方式中，R’”是基团
Figure BDA0003222813680000292
其中A是O或NH，m是2或3，并且X1是O、CH2或N-CH3。在一些实施方式中，R’”是基团
Figure BDA0003222813680000293
其中A是O，m是2或3，并且X1是O、CH2或N-CH3。在一些实施方式中，R’”是基团
Figure BDA0003222813680000294
其中A是NH，m是2或3，并且X1是O、CH2或N-CH3。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用下式的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000295
8-氯-N-(4-(三氟甲氧基)苯基)喹啉-2-胺(“ABX464”)。
在一些实施方式中，化合物ABX464或其药学上可接受的盐呈无定形形式。在一些实施方式中，化合物ABX464或其药学上可接受的盐呈晶体形式。在一些实施方式中，晶体形式的化合物ABX464或其药学上可接受的盐具有120.5℃(±2℃)的熔点。在一些实施方式中，晶体形式的化合物ABX464或其药学上可接受的盐在x射线粉末衍射图(XRPD)中在角度7.3、14.6、18.4和24.9处显示峰。在一些实施方式中，晶体形式的化合物ABX464或其药学上可接受的盐在选自18.0、24.2、28.3和29.5的角度处显示一个或多个XRPD峰。在一些实施方式中，晶体形式的化合物ABX464或其药学上可接受的盐在选自18.6、22.3、23.0和23.5的角度处显示一个或多个XRPD峰。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用选自表1的化合物或其药学上可接受的盐。
表1(如上所定义的式Ia的化合物)
Figure BDA0003222813680000301
Figure BDA0003222813680000311
Figure BDA0003222813680000321
Figure BDA0003222813680000331
Figure BDA0003222813680000341
Figure BDA0003222813680000351
Figure BDA0003222813680000361
Figure BDA0003222813680000371
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用选自表2的化合物或其药学上可接受的盐。
表2(如上所定义的式(Ib)的化合物)
Figure BDA0003222813680000381
Figure BDA0003222813680000391
Figure BDA0003222813680000401
Figure BDA0003222813680000411
Figure BDA0003222813680000421
Figure BDA0003222813680000431
Figure BDA0003222813680000441
Figure BDA0003222813680000451
Figure BDA0003222813680000461
Figure BDA0003222813680000471
Figure BDA0003222813680000481
Figure BDA0003222813680000491
Figure BDA0003222813680000501
Figure BDA0003222813680000511
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用选自表3的化合物或其药学上可接受的盐。
表3(式(I)的化合物而非化合物(Ia)和(Ib))
Figure BDA0003222813680000512
Figure BDA0003222813680000521
Figure BDA0003222813680000531
在一些实施方式中，本文所述的化合物呈选自硫酸盐、氢溴酸盐、柠檬酸盐、三氟乙酸盐、抗坏血酸盐、盐酸盐、酒石酸盐、三氟甲磺酸盐、马来酸盐、甲磺酸盐、甲酸盐、乙酸盐、富马酸盐和磺酸盐的盐形式。在一些实施方式中，本文所述的化合物呈如烷基磺酸盐或芳基磺酸盐的盐形式。在一些实施方式中，本文所述的化合物呈如甲磺酸盐、三氟甲磺酸盐、乙二磺酸盐、苯磺酸盐和甲苯磺酸盐的盐形式。
在一方面，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用本文所述的化合物的代谢物。在一些实施方式中，本文所述的化合物的代谢物是N-葡糖苷酸代谢物。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(IV)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000532
其中变量V、Z、R、R’、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独或组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(IVa)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000541
其中变量R、R’、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(IVb)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000542
其中变量R、R’、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(IVc)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000543
其中变量R、R’、n和n’中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(IVb’)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000551
其中变量R、R’和n中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用式(IVd)的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000552
其中变量R、R’、R’”中的每一者独立地如上定义并单独和组合地描述于本文的实施方式中。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用下式的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680000553
在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或其代谢物的水平。在一些实施方式中，在患者的生物样品中测量如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐或其代谢物的水平。在一些实施方式中，患者的生物样品是血液、血浆和/或血清样品。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(I)、(Ia)、(Ib)、(Ib’)、(Ic)和(Id)的化合物或其药学上可接受的盐的水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(IV)、(IVa)、(IVb)、(IVb’)、(IVc)和(IVd)的化合物或其药学上可接受的盐的水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(I)和(IV)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(I)和(IV)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(Ia)和(IVa)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(Ib)和(IVb)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(Ib’)和(IVb’)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(Ic)和(IVc)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。在一些实施方式中，本发明的方法包括测量患者中的式(Id)和(IVd)的化合物或其药学上可接受的盐的总水平。
4.用途、制剂和施用
药学上可接受的组合物
根据另一实施方式，本发明提供包含本发明的化合物或其药学上可接受的衍生物和药学上可接受的载体、佐剂或媒介物的组合物。在某些实施方式中，本发明的组合物被配制用于施用给需要此类组合物的患者。在一些实施方式中，本发明的组合物被配制用于患者口服施用。
如本文使用的术语“患者”意指动物，优选哺乳动物，并且最优选是人。
术语“药学上可接受的载体、佐剂或媒介物”是指不破坏与其一起配制的化合物的药理活性的无毒载体、佐剂或媒介物。可用于本发明的组合物中的药学上可接受的载体、佐剂或媒介物包括但不限于离子交换剂、氧化铝、硬脂酸铝、卵磷脂、血清蛋白(例如人血清白蛋白)、缓冲物质(例如磷酸盐)、甘氨酸、山梨酸、山梨酸钾、饱和植物脂肪酸的偏甘油酯混合物、水、盐或电解质(例如硫酸鱼精蛋白)、磷酸氢二钠、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、胶体二氧化硅、三硅酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、基于纤维素的物质、聚乙二醇、羧甲基纤维素钠、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧丙烯-嵌段聚合物、聚乙二醇和羊毛脂。
“药学上可接受的衍生物”意指本发明的化合物的任何无毒盐、酯、酯的盐或其他衍生物，其在施用给接受者后能够直接或间接地提供本发明的化合物或其活性代谢物或残留物。
适用于本发明的“生物样品”可以是生物流体，例如血液、血浆或血清、唾液、间质液或尿液样品；细胞样品，例如细胞培养物、细胞系或PBMC样品，组织活检物，例如口腔组织、胃肠组织、皮肤、口腔粘膜样品，或来自临床试验的多个样品。生物样品可以是粗样品，或可以在储存、加工或测量之前被不同程度的纯化。在一些实施方式中，生物样品选自由以下组成的组：生物组织样品、全血样品、拭子样品、血浆样品、血清样品、唾液样品、阴道液样品、精子样品、咽液样品、支气管液样品、粪便液样品、脑脊液样品、泪液样品和组织培养上清液样品。
本发明的组合物可以经口、肠胃外、通过吸入喷雾、局部、经直肠、经鼻、经颊、经阴道或经由植入的储器施用。如本文中所用的术语“肠胃外”包括皮下、静脉内、肌肉内、关节内、滑膜内、胸骨内、鞘内、肝内、病灶内及颅内注射或输注技术。优选地，组合物经口、腹膜内或静脉内施用。本发明的组合物的无菌注射形式可为水性或油性混悬液。可根据本领域已知的技术使用合适的分散剂或湿润剂及混悬剂配制这些混悬液。无菌注射用制剂也可以为无毒、肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射用溶液或混悬剂，例如作为1,3-丁二醇中的溶液。可采用的可接受媒介物和溶剂尤其为水、林格氏溶液(Ringer’ssolution)和等渗氯化钠溶液。此外，通常采用无菌不挥发性油作为溶剂或混悬介质。
出于该目的，可采用任何温和不挥发性油，包括合成的单甘油酯或二甘油酯。天然的药学上可接受的油例如橄榄油或蓖麻油(尤其呈聚氧乙基化形式)一样，脂肪酸(例如油酸及其甘油酯衍生物)可用于制备注射剂中。这些油溶液或混悬液还可含有长链醇稀释剂或分散剂，例如常用于配制包括乳液和混悬液的药学上可接受的剂型的羧甲基纤维素或类似分散剂。其他常用的表面活性剂例如Tweens、Spans及其他常用于制造药学上可接受的固体、液体或其他剂型的乳化剂或生物利用率增强剂也可用于配制的目的。
本发明的药学上可接受的组合物可以任何经口可接受的剂型经口施用，该剂型包括但不限于胶囊剂、片剂、水性混悬剂或溶液。在口服使用的片剂的情况下，常用的载体包括乳糖和玉米淀粉。通常还加入润滑剂，例如硬脂酸镁。对于以胶囊形式经口施用，可用的稀释剂包括乳糖和干玉米淀粉。当需要水性混悬液用于经口使用时，将活性成分与乳化剂和混悬剂组合。如果想要，还可添加某些甜味剂、调味剂或着色剂。
替选地，本发明的药学上可接受的组合物可以以用于经直肠施用的栓剂的形式施用。这些可以通过将试剂与适合的无刺激性赋形剂混合来制备，该赋形剂在室温下为固体，但在直肠温度下为液体，因此会在直肠中融化以释放药物。此类材料包括可可脂、蜂蜡和聚乙二醇。
本发明的药学上可接受的组合物还可局部施用，尤其当治疗靶标包括局部施加容易达到的区域或器官(包括眼睛、皮肤或下消化道的疾病)时更是如此。对于这些区域或器官的每一者而言，容易制备适合的局部制剂。
下消化道的局部施加可以以直肠栓剂制剂(参见上文)或以适合的灌肠制剂实现。还可使用局部-经皮贴剂。
对于局部施加，可将提供的药学上可接受的组合物配制成含有混悬或溶解于一种或多种载体中的活性组分的适合软膏剂。用于本发明的化合物的局部施用的载体包括但不限于矿物油、液体凡士林、白凡士林、丙二醇、聚氧乙烯、聚氧丙烯化合物、乳化蜡和水。替选地，可以将提供的药学上可接受的组合物配制成含有混悬或溶解于一种或多种药学上可接受的载体中的活性组分的适合洗剂或霜剂。适合的载体包括但不限于矿物油、单硬脂酸脱水山梨糖醇酯、聚山梨酯60、鲸蜡酯蜡、鲸蜡硬脂醇、2-辛基十二烷醇、苄醇和水。
对于眼科使用，可在使用或不使用保护剂(例如苯扎氯铵)的情况下，将提供的药学上可接受的组合物在等渗的、pH经调节的无菌生理盐水中配制成微粉化混悬液，或者优选地，在等渗的、pH经调节的无菌生理盐水中配制成溶液。替选地，对于眼科使用，可将药学上可接受的组合物配制成软膏剂(例如凡士林)。
本发明的药学上可接受的组合物也可通过鼻气溶胶或吸入施用。此类组合物根据药物配制领域中熟知的技术制备，并且可采用苄醇或其他适合的保护剂、增强生物利用率的吸收促进剂、碳氟化合物和/或其他常规的增溶剂或分散剂将此类组合物制备成在生理盐水中的溶液。
最优选地，将本发明的药学上可接受的组合物配制为经口施用。此类制剂可以与食物一起或不与食物一起施用。在一些实施方式中，本发明的药学上可接受的组合物不与食物一起施用。在其他实施方式中，本发明的药学上可接受的组合物与食物一起施用。
可与载体物质组合以产生单剂型组合物的本发明的化合物的量将根据治疗的主体、施用的具体模式而变化。优选地，所提供的组合物应该被配制为使得可以将剂量为0.01-100mg/千克体重/天的抑制剂施用给接受这些组合物的患者。
还应理解，任何具体患者的特定剂量和治疗方案将取决于多种因素，包括所用特定化合物的活性、年龄、体重、一般健康状况、性别、饮食、施用时间、排泄率、药物组合和治疗医生的判断及被治疗的具体疾病的严重程度。本发明的化合物在组合物中的量也将取决于组合物中的具体化合物。
化合物和药学上可接受的组合物的用途
本文所述的化合物和组合物通常用于治疗病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症。
如本文所用，术语“治疗(treatment)”、“治疗(treat)”和“治疗(treating)”是指逆转、减轻、延迟如本文所述的疾病或病症或其一种或多种症状的发作或抑制其进展。在一些实施方式中，可在发展出一种或多种症状后施用治疗。在其他实施方式中，可以在没有症状的情况下施用治疗。例如，可以在症状发作之前对易感个体施用治疗(如，根据症状史和/或根据遗传或其他易感因素)。在症状消退后也可以继续治疗，例如以预防或延迟其复发。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物或组合物。
根据本发明的方法，化合物和组合物可以使用用于治疗或减轻如本文所述的疾病或病症或其一种或多种症状的严重程度的有效的任何量和任何施用途径施用。所需的确切量因对象而异，取决于对象的物种、年龄和一般状况、疾病或疾患的严重程度、特定药剂、其施用模式等。为了便于施用和均匀给药，如本文所述的化合物优选以剂量单位形式配制。如本文所用，表述“剂量单位形式”是指适用于待治疗的患者的物理上离散的药剂单位。然而，应当理解，本发明的化合物和组合物的总日用量将由主治医师在合理的医学判断范围内决定。任何特定患者或有机体的特定有效剂量水平将取决于多种因素，包括所治疗的病症和病症的严重程度；所采用的特定化合物的活性；所采用的特定组合物；患者的年龄、体重、一般健康状况、性别和饮食；所用特定化合物的施用时间、施用途径和排泄率；治疗的持续时间；与所采用的特定化合物组合使用或同时使用的药物，以及医学领域众所周知的类似因素。如本文使用的术语“患者”意指动物，优选哺乳动物，并且最优选是人。
本发明的药学上可接受的组合物可以经口、经直肠、肠胃外、脑池内、阴道内、腹膜内、局部(如通过粉剂、软膏剂或滴剂)、经颊、作为口腔或鼻腔喷雾剂等施用给人和其他动物，这取决于正在治疗的感染的严重程度。在某些实施方式中，本发明的化合物可以以每天每公斤对象体重约0.01mg至约50mg和优选约1mg至约25mg的剂量水平一天一次或多次经口或肠胃外施用，以获得所期望的治疗功效。
用于经口施用的液体剂型包括但不限于药学上可接受的乳液、微乳液、溶液、混悬液、糖浆及酏剂。除活性化合物之外，液体剂型还可含有本领域中常用的惰性稀释剂，例如水或其他溶剂、增溶剂及乳化剂，例如乙醇、异丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苄醇、苯甲酸苄酯、丙二醇、1,3-丁二醇、二甲基甲酰胺、油(尤其是棉籽油、花生油、玉米油、胚芽油、橄榄油、蓖麻油和芝麻油)、甘油、四氢糠醇、聚乙二醇及脱水山梨糖醇的脂肪酸酯、及其混合物。除了惰性稀释剂外，经口组合物还可以包含佐剂，例如润湿剂、乳化剂和混悬剂、甜味剂、调味剂及芳香剂。
注射制剂(例如无菌可注射水性或油质混悬剂)可根据已知技术使用适合的分散剂或润湿剂和混悬剂配制。无菌注射制剂也可以为无毒肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射溶液、混悬液或乳液，例如作为1,3-丁二醇中的溶液。可采用的可接受的媒介物和溶剂尤其为水、林格氏溶液、U.S.P.和等渗氯化钠溶液。此外，通常采用无菌不挥发性油作为溶剂或混悬介质。出于该目的，可以采用任何温和不挥发性油，包括合成的单甘油酯或二甘油酯。此外，脂肪酸(例如油酸)用于制备注射剂。
可以将注射制剂灭菌，例如通过经由细菌截留过滤器过滤，或通过掺入呈无菌固体组合物形式的灭菌剂，可以在使用前将所述无菌固体组合物溶解于或分散于无菌水或其他无菌注射介质中。
为了延长本发明的化合物的效应，常常想要减慢来自皮下或肌肉内注射的化合物的吸收。这可通过使用水溶性不好的结晶或无定形材料的液体混悬液来实现。化合物的吸收率则取决于它的溶解率，该溶解率继而可取决于晶体大小和结晶形式。替选地，通过将化合物溶解或混悬于油媒介物中实现肠胃外施用的化合物形式的延迟吸收。通过在可生物降解聚合物(例如聚丙交酯-聚乙交酯)中形成化合物的微胶囊基质来制造注射储库形式。根据化合物与聚合物的比率及所采用的具体聚合物的性质，可以控制化合物的释放速率。其他可生物降解的聚合物的实例包括聚(原酸酯)和聚(酸酐)。还通过将化合物包埋在与身体组织相容的脂质体或微乳液中来制备储库式注射制剂。
用于经直肠或经阴道施用的组合物优选为栓剂，其可以通过将如本文所述的化合物与适合的无刺激性赋形剂或载体(例如可可脂、聚乙二醇或栓剂蜡)混合来制备，所述适合的无刺激性赋形剂或载体在环境温度下为固体但在体温下为液体，因此在直肠或阴道腔中融化并且释放活性化合物。
用于经口施用的固体剂型包括胶囊剂、片剂、丸剂、粉末剂和颗粒剂。在此类固体剂型中，活性化合物与至少一种惰性的药学上可接受的赋形剂或载体(例如柠檬酸钠或磷酸二钙)和/或以下物质混合：a)填充剂或增量剂，例如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露糖醇和硅酸，b)粘合剂，例如羧甲基纤维素、藻酸盐、明胶、聚乙烯基吡咯烷酮、蔗糖和阿拉伯胶，c)保湿剂，例如甘油，d)崩解剂，例如琼脂—琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、藻酸、某些硅酸盐和碳酸钠，e)溶液阻溶剂，例如石蜡，f)吸收促进剂，例如季铵化合物，g)润湿剂，例如鲸蜡醇和单硬脂酸甘油酯，h)吸附剂，例如高岭土和膨润土，以及i)润滑剂，例如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇、月桂基硫酸钠及其混合物。在胶囊剂、片剂和丸剂的情况下，剂型也可包含缓冲剂。
通过使用这种赋形剂(例如乳糖或奶糖)以及高分子量聚乙二醇等，也可采用相似类型的固体组合物作为软和硬填充的明胶胶囊的填料。片剂、糖衣丸、胶囊剂、丸剂和颗粒剂的固体剂型可以制备有包衣和外壳，例如肠溶衣和药物配制领域众所周知的其他包衣。它们可以任选地含有遮光剂并且也可以是这样的组合物：即它们仅或优选地在肠道的特定部分中任选地以延迟方式释放一种或多种活性成分。可以使用的包埋组合物的实例包括聚合物物质和蜡。通过使用这种赋形剂(例如乳糖或奶糖)以及高分子量聚乙二醇等，也可采用相似类型的固体组合物作为软和硬填充的明胶胶囊的填料。
活性化合物还可以呈具有如上所述的一种或多种赋形剂的微胶囊化形式。片剂、糖衣丸、胶囊剂、丸剂和颗粒剂的固体剂型可以制备有包衣和外壳，例如肠溶衣、控释包衣和药物配制领域众所周知的其他包衣。在这种固体剂型中，活性化合物可以与至少一种惰性稀释剂(例如蔗糖、乳糖或淀粉)混合。此类剂型还可以按照常规做法包含惰性稀释剂之外的其他物质，例如压片润滑剂和其他压片助剂，例如硬脂酸镁和微晶纤维素。在胶囊剂、片剂和丸剂的情况下，剂型也可包含缓冲剂。它们可以任选地含有遮光剂并且也可以是这样的组合物：即它们仅或优选地在肠道的特定部分中任选地以延迟方式释放一种或多种活性成分。可以使用的包埋组合物的实例包括聚合物物质和蜡。
用于局部或经皮施用的本发明的化合物的剂型包括软膏剂、糊剂、霜剂、洗剂、凝胶剂、粉剂、溶液、喷雾剂、吸入剂或贴剂。根据需要，将活性组分在无菌条件下与药学上可接受的载体及任何所需的保护剂或缓冲剂混合。眼用制剂、滴耳剂和滴眼剂也考虑在本发明的范围内。另外，本发明设想了经皮贴剂的使用，该经皮贴剂具有向身体受控地递送化合物的额外优点。此类剂型也可以通过在适合的介质中溶解或分配化合物来制备。也可以使用吸收增强剂来增加化合物穿过皮肤的通量。可以通过提供速率控制膜或通过将化合物分散在聚合物基质或凝胶中来控制速率。
炎性疾病、病症或疾患
如本文所述的化合物可用于治疗炎性或阻塞性气道疾病，导致例如减少组织损伤、气道炎症、支气管高反应性、重塑或疾病进展。在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是炎性或阻塞性气道疾病，包括但不限于任何类型或起源的哮喘，包括内源性(非过敏性)哮喘和外源性(过敏性)哮喘、轻度哮喘、中度哮喘、重度哮喘、支气管哮喘、运动诱发的哮喘、职业性哮喘和细菌感染后诱发的哮喘。哮喘的治疗也应理解为包括对例如小于4或5岁、表现出喘息症状并被诊断或可诊断为“喘息婴儿”(已确定的主要医疗问题的患者类别，并且现在通常被确定为初期或早期哮喘患者)的对象的治疗。
如本文所述的化合物可用于治疗异种免疫疾病。在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是异种免疫疾病，包括但不限于移植物抗宿主病、移植、输血、过敏反应、过敏(例如对植物花粉、乳胶、药物、食物、昆虫毒物、动物毛发、动物皮屑、尘螨或蟑螂萼部)、I型超敏反应、过敏性结膜炎、过敏性鼻炎和特应性皮炎。
哮喘治疗中的预防性功效将通过例如急性哮喘或支气管收缩发作的症状发作的频率或严重程度降低、肺功能改善或气道高反应性改善来证明。它可以进一步通过对其他对症疗法(例如当症状发生时用于或旨在限制或中止症状发作的疗法，例如抗炎性或支气管扩张性)的需求减少来证明。哮喘的预防性益处在易发“晨降”的对象中特别明显。“晨降”是公认的哮喘综合征，在相当大比例的哮喘患者中很常见并且特征是哮喘发作例如在大约凌晨4点至6点的数小时之间，即在通常与任何先前施用的有症状的哮喘疗法相距甚远的时间。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患选自急性肺损伤(ALI)、成人/急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、慢性阻塞性肺、气道或肺疾病(COPD、COAD或COLD)(包括与其相关的慢性支气管炎或呼吸困难)、肺气肿以及在其他药物疗法(特别是其他吸入药物疗法)之后气道高反应性恶化。在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是支气管炎，其中支气管炎是任何类型或起源的，包括但不限于急性支气管炎、花生吸入性支气管炎、卡他性支气管炎、格鲁布性支气管炎、慢性或结核性支气管炎。在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是任何类型或起源的尘肺病(炎性的、常见的职业性肺部疾病，经常伴有气道阻塞，无论是慢性的还是急性的，以及由反复吸入粉尘引起的)，包括例如矾土肺、煤肺病、石棉肺、石末肺、驼鸟毛尘肺、铁尘肺、硅肺病、烟尘病和棉尘肺。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是嗜酸性粒细胞相关的病症，例如嗜酸性粒细胞增多症。在一些实施方式中，嗜酸性粒细胞相关的病症是与气道嗜酸性粒细胞相关的病症(例如，涉及病态嗜酸性粒细胞浸润肺组织)，包括嗜酸性粒细胞增多症(因为它影响气道和/或肺)，以及例如在以下疾病之后或同时的气道嗜酸性粒细胞相关的病症：吕弗勒氏综合征(Loffler’s syndrome)、嗜酸性粒细胞性肺炎、寄生性(特别是后生动物)感染(包括热带嗜酸性粒细胞增多症)、支气管肺曲霉病、结节性多动脉炎(包括Churg-Strauss综合征)、嗜酸性粒细胞肉芽肿和由药物反应引起的影响气道的嗜酸性粒细胞相关病症。
如本文所述的化合物也可用于治疗皮肤的炎性或过敏性疾患。在一些实施方式中，皮肤的炎性或过敏性疾患选自银屑病、接触性皮炎、特应性皮炎、斑秃、多形性红斑、疱疹样皮炎、硬皮病、白癜风、超敏性血管炎、荨麻疹、大疱性类天疱疮、红斑狼疮、全身性红斑狼疮、寻常型天疱疮、落叶型天疱疮、副肿瘤性天疱疮、获得性大疱性表皮松解症、寻常痤疮和其他皮肤炎性或过敏性疾患。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是是具有炎症组分的疾病或疾患，例如眼睛的疾病和疾患(例如眼过敏、结膜炎、干燥性角结膜炎、葡萄膜炎和春季角结膜炎)，影响鼻子的疾病和疾患(包括过敏性鼻炎)，和涉及自身免疫反应或具有自身免疫组分或病因的炎性疾病，包括自身免疫性血液病症(例如溶血性贫血、再生障碍性贫血、纯红细胞性贫血和特发性血小板减少症)、全身性红斑狼疮、类风湿性关节炎、多软骨炎、硬皮病、韦格纳肉芽肿病(Wegener granulamatosis)、皮肌炎、慢性活动性肝炎、重症肌无力、斯蒂文-约翰逊综合征(Steven-Johnson syndrome)、特发性脂肪泻、自身免疫性炎性肠病(例如溃疡性结肠炎和克罗恩氏病(Crohn’s disease))、肠易激综合征、乳糜泻、牙周炎、透明膜病、肾病、肾小球疾病、酒精性肝病、多发性硬化症、内分泌眼病变、格雷夫氏病(Grave’sdisease)、结节病、牙槽炎、慢性超敏性肺炎、多发性硬化症、原发性胆汁性肝硬化、葡萄膜炎(前部和后部)、舍格伦氏综合征(Sjogren’ssyndrome)、干燥性角结膜炎、葡萄膜炎、和春季角结膜炎、肺间质纤维化、银屑病性关节炎、全身性幼年特发性关节炎、隐热蛋白(cryopyrin)相关周期性综合征、玛克尔-威尔斯综合征(Muckle-Wells syndrome)、肾炎、血管炎、憩室炎、间质性膀胱炎、肾小球肾炎(伴或不伴肾病综合征，例如包括特发性肾病综合征或微小病变肾病)、慢性肉芽肿病、子宫内膜异位症、钩端螺旋体病肾病、青光眼、视网膜疾病、衰老、头痛、疼痛、复杂的区域性疼痛综合征、心脏肥大、肌肉萎缩、分解代谢障碍、肥胖、胎儿生长迟缓、肠衰竭、高胆固醇血症、心脏病、慢性心力衰竭、间皮瘤、无汗性外胚层发育不良、白塞氏病(Behcet’sdisease)、色素失调症、佩吉特氏病(Paget’s disease)、急性或慢性胰腺炎、遗传性周期性发热综合征、哮喘(过敏性和非过敏性、轻度、中度、重度、支气管炎的和运动诱发的)、急性肺损伤、急性呼吸窘迫综合征、嗜酸性粒细胞增多症、超敏反应、过敏反应、鼻窦炎、眼过敏、二氧化硅诱发的疾病、COPD(减少损伤、气道炎症、支气管高反应性、重塑或疾病进展)、肺部疾病、囊性纤维化、酸诱发的肺损伤、肺动脉高压、多发性神经病、白内障、肌肉炎症连同全身性硬化症、包涵体肌炎、重症肌无力、甲状腺炎、阿狄森氏病(Addison’s disease)、扁平苔藓、1型糖尿病或2型糖尿病、阑尾炎、特应性皮炎、哮喘、过敏、睑缘炎、细支气管炎、支气管炎、粘液囊炎、宫颈炎、胆管炎、胆囊炎、慢性移植物排斥、结肠炎、结膜炎、克罗恩氏病、膀胱炎、泪腺炎、皮炎、皮肌炎、脑炎、心内膜炎、子宫内膜炎、肠炎、小肠结肠炎、上髁炎、附睾炎、筋膜炎、纤维组织炎、胃炎、肠胃炎、亨-舍二氏紫癜(Henoch-Schonlein purpura)、肝炎、化脓性汗腺炎、免疫球蛋白A肾病、间质性肺病、喉炎、乳腺炎、脑膜炎、脊髓炎、心肌炎、肌炎、肾炎、卵巢炎、睾丸炎、骨炎、耳炎、胰腺炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎、咽炎、胸膜炎、静脉炎、肺炎肿、肺炎、多发性肌炎、直肠炎、前列腺炎、肾盂肾炎、鼻炎、咽鼓管炎、鼻窦炎、口腔炎、滑膜炎、肌腱炎、扁桃体炎、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、鞘炎、血管炎或外阴炎。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是肾、肝、心、肺移植的急性或慢性移植物排斥，或骨髓移植物中的移植物抗宿主病。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是皮肤的炎性疾病、病症或疾患。在一些实施方式中，皮肤的炎性疾病、病症或疾患选自接触性皮炎、特应性皮炎、斑秃、多形性红斑、疱疹样皮炎、硬皮病、白癜风、超敏性血管炎、荨麻疹、大疱性类天疱疮、寻常型天疱疮、落叶型天疱疮、副肿瘤性天疱疮、获得性大疱性表皮松解症和皮肤的其他炎性或过敏性疾患。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患选自急性和慢性痛风、慢性痛风性关节炎、银屑病、银屑病性关节炎、类风湿性关节炎、幼年性类风湿性关节炎、全身性幼年性特发性关节炎(SJIA)、隐热蛋白相关周期性综合征(CAPS)、玛克尔-威尔斯综合征和骨关节炎。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是TH17介导的疾病。在一些实施方式中，TH17介导的疾病选自全身性红斑狼疮、多发性硬化和炎性肠病(包括克罗恩氏病或溃疡性结肠炎)。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患选自舍格伦氏综合征、过敏性病症、骨关节炎、眼部疾患(例如眼过敏、结膜炎、干燥性角结膜炎和春季结膜炎)、及影响鼻子的疾病(例如过敏性鼻炎)。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患与移植相关。在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患与器官移植、器官移植排斥和/或移植物抗宿主病有关。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是自身免疫性病症。在一些实施方式中，自身免疫性病症是1型糖尿病、全身性红斑狼疮、多发性硬化、银屑病、白塞氏病、POEMS综合征、克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、强直性脊柱炎、中轴型脊柱关节炎、原发性胆汁性肝硬化、自身免疫性肝炎或炎性肠病。
在一些实施方式中，炎性疾病、病症或疾患是炎性病症。在一些实施方式中，炎性病症是类风湿性关节炎、哮喘、慢性阻塞性肺病、银屑病、肝肿大、克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、强直性脊柱炎、中轴型脊柱关节炎、原发性胆汁性肝硬化、风湿性多肌痛、巨细胞动脉炎或炎性肠病。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗胰腺中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，胰腺中的炎性疾病、病症或疾患选自1型糖尿病、2型糖尿病、急性和慢性胰腺炎。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗肾中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，肾中的炎性疾病、病症或疾患选自肾小球硬化症、肾小球性肾炎、肾炎、急性肾损伤、伯杰式疾病(Berger’s disease)、古德帕斯彻氏综合征(Goodpasture’ssyndrome)、韦格纳氏肉芽肿病(Wegener’s granulomatosis)和肾移植急性或慢性排斥。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗肝中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，肝中的炎性疾病、病症或疾患选自非酒精性脂肪肝炎(NASH)、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、胆汁淤积性肝病、硬化性胆管炎和肝移植急性或慢性排斥。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗肺中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，肺中的炎性疾病、病症或疾患选自慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、肺纤维化、肺高压、结节病和肺移植急性或慢性排斥。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗皮肤中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，皮肤中的炎性疾病、病症或疾患选自接触性皮炎、特应性皮炎、银屑病、斑秃、多形性红斑、疱疹样皮炎、硬皮病、白癜风、超敏性血管炎、荨麻疹、大疱性类天疱疮、寻常型天疱疮、落叶型天疱疮、副肿瘤天疱疮、获得性大疱性表皮松解症、痤疮、瘢痕疙瘩和皮肤的其他炎性或过敏性疾患。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗血管/血液中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，血管/血液中的炎性疾病、病症或疾患选自白塞氏病、血管炎、脓毒症、肿瘤血管生成、动脉粥样硬化、增生性血管疾病和再狭窄。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗眼睛中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，眼睛中的炎性疾病、病症或疾患选自结膜炎、巩膜炎、表层巩膜炎、全葡萄膜炎、脉络膜炎、脉络膜视网膜炎、视神经视网膜炎、葡萄膜炎、眼眶炎性疾病和视神经炎。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗中枢或外周神经系统中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，中枢或外周神经系统中的炎性疾病、病症或疾患选自非病毒性和病毒性脑炎和脑膜炎、抑郁、神经性疼痛(包括慢性疼痛)、创伤性脑损伤(包括中风)、阿尔茨海默氏病(Alzheimer disease)、帕金森病(Parkinson disease)、脊髓炎、1型夏科-玛丽-杜斯病(Charcot-Marie-Tooth disease type 1)(包括CMT1A和CMT1B)、多发性硬化、肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)、克罗伊茨费尔特-雅各布病(Creutzfeldt–Jakob disease)、脱髓鞘多神经病和外周神经病。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗自身免疫性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，自身免疫性疾病、病症或疾患选自狼疮(包括在皮肤和肾中)、格林-巴利综合征(Guillain-Barre syndrome)、重症肌无力、桥本氏甲状腺炎(Hashimoto’sthyroiditis)、特发性紫癜、再生障碍性贫血、格雷夫氏病和心肌炎。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗肠道中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，肠道中的炎性疾病、病症或疾患选自肠衰竭、溃疡性结肠炎和克罗恩氏病(Crohn’s disease)。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗生殖系统中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，生殖系统中的炎性疾病、病症或疾患选自子宫内膜异位、子宫纤维瘤、前列腺发育不良或生长不良和宫颈发育不良。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗骨和/或关节中的炎性疾病、病症或疾患的方法。在一些实施方式中，骨和/或关节中的炎性疾病、病症或疾患选自幼年特发性关节炎、银屑病性关节炎、牙周炎及手、足、踝、膝、髋、肩、肘或脊椎关节炎和/或失矿质。
在一些实施方式中，本发明提供了用于治疗AIDS-相关或AIDS-共病的炎性病症或疾患的方法。
炎性疾病、病症或疾患的组合疗法
根据待治疗的特定病症或疾病，通常施用以治疗该病症的附加治疗剂可以与本文所述的化合物和组合物组合施用。如本文所用，通常施用以治疗特定疾病或疾患的附加治疗剂被称为“适合于所治疗的疾病或疾患”。
在某些实施方式中，本发明提供了用于治疗炎性疾病、病症或疾患的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物或组合物与另一治疗剂的组合。
那些附加药剂可以与提供的组合疗法分开施用，作为多给药方案的一部分。替选地，那些药剂可以是单一剂型的一部分，与本发明的化合物混合在单一组合物中。如果作为多给药方案的一部分施用，则两种活性剂可以同时、依序或彼此在一段时间内(通常彼此在五小时内)提供。
如本文所用，术语“组合”、“组合的”和相关术语是指根据本发明的治疗剂的同时或依序施用。例如，本发明的组合可以与另一治疗剂同时或依序以单独的单位剂型或一起以单一单位剂型施用。
本发明的组合物中存在的附加治疗剂的量将不超过在包含此治疗剂作为唯一活性剂的组合物中通常施用的量。优选地，本发明的组合物中附加治疗剂的量的范围将是包含该治疗剂作为唯一治疗活性剂的组合物中通常存在的量的约50％至100％。
该组合可产生相加或协同效应，其中可使用较低剂量的一种或两种化合物来获得相似功效，或其中使用较低剂量的一种或两种化合物可导致显著改善的功效。
在一些实施方式中，本发明提供了包含如本文所述的化合物和一种或多种附加治疗剂的组合物。治疗剂可以与如本文所述的化合物一起施用，或者可以在施用如本文所述的化合物之前或之后施用。适合的治疗剂在下文中进一步详细描述。在某些实施方式中，如本文所述的化合物可以在治疗剂之前至多5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时或18小时施用。在某些实施方式中，如本文所述的化合物可以在治疗剂之后至多5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时或18小时施用。
在一些实施方式中，本发明提供了通过向有需要的患者施用如本文所述的化合物和一种或多种附加治疗剂来治疗炎性疾病、病症或疾患的方法。此类附加治疗剂可以是小分子或重组生物剂，并且包括例如对乙酰氨基酚，非甾体抗炎药(NSAIDS)(例如阿司匹林、布洛芬、萘普生、依托度酸
Figure BDA0003222813680000701
和塞来昔布)，秋水仙碱
Figure BDA0003222813680000702
皮质类固醇(例如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松等)，丙磺舒，别嘌呤醇，非布索坦
Figure BDA0003222813680000703
柳氮磺吡啶
Figure BDA0003222813680000704
抗疟疾剂(例如羟氯喹
Figure BDA0003222813680000705
和氯喹
Figure BDA0003222813680000706
)、甲氨蝶呤
Figure BDA0003222813680000707
金盐(例如硫代葡萄糖金
Figure BDA0003222813680000708
硫代苹果酸金
Figure BDA0003222813680000709
和金诺芬
Figure BDA00032228136800007010
)，D-青霉胺(
Figure BDA00032228136800007011
或
Figure BDA00032228136800007012
)，硫唑嘌呤
Figure BDA00032228136800007013
环磷酰胺
Figure BDA00032228136800007014
苯丁酸氮芥
Figure BDA00032228136800007015
环孢菌素
Figure BDA00032228136800007016
他克莫司，西罗莫司，霉酚酸酯，来氟米特
Figure BDA00032228136800007017
和“抗-TNF”剂(例如依那西普
Figure BDA00032228136800007018
英夫利昔单抗
Figure BDA00032228136800007019
戈利木单抗
Figure BDA00032228136800007020
赛妥珠单抗
Figure BDA00032228136800007021
和阿达木单抗
Figure BDA00032228136800007022
)，“抗-IL-1”剂(例如阿那白滞素
Figure BDA00032228136800007023
和利洛那西普
Figure BDA00032228136800007024
)，抗-T细胞抗体(例如胸腺球蛋白、IV免疫球蛋白(IVIg)、卡那单抗
Figure BDA0003222813680000711
)，抗-Jak抑制剂(例如托法替尼，抗体例如利妥昔单抗
Figure BDA0003222813680000712
)，“抗-T-细胞”剂(例如阿巴西普
Figure BDA0003222813680000713
)，“抗-IL-6”剂(例如托珠单抗
Figure BDA0003222813680000714
双氯芬酸，可的松，透明质酸(
Figure BDA0003222813680000715
或
Figure BDA0003222813680000716
))，单克隆抗体(例如他尼珠单抗)，抗凝血剂(例如肝素(
Figure BDA0003222813680000717
或
Figure BDA0003222813680000718
)和华法林
Figure BDA0003222813680000719
)，止泻药(例如地芬诺酯
Figure BDA00032228136800007110
和洛派丁胺
Figure BDA00032228136800007111
)，胆汁酸结合剂(例如消胆胺、阿洛司琼
Figure BDA00032228136800007112
鲁比前列酮
Figure BDA00032228136800007113
)，轻泻剂(例如镁乳、聚乙二醇
Figure BDA00032228136800007114
和
Figure BDA00032228136800007115
)，抗胆碱能药或解痉药(例如双环胺
Figure BDA00032228136800007116
)，β-2激动剂(例如沙丁胺醇(
Figure BDA00032228136800007117
HFA，
Figure BDA00032228136800007118
HFA)、左旋沙丁胺醇
Figure BDA00032228136800007119
间羟喘息定
Figure BDA00032228136800007120
乙酸吡布特托
Figure BDA00032228136800007121
硫酸特布他林
Figure BDA00032228136800007122
昔萘酸沙美特罗
Figure BDA00032228136800007123
和福莫特罗
Figure BDA00032228136800007124
)，抗胆碱能剂(例如异丙托溴铵
Figure BDA00032228136800007125
和噻托溴铵
Figure BDA00032228136800007126
)，吸入性皮质类固醇(例如二丙酸倍氯米松(
Figure BDA00032228136800007127
和
Figure BDA00032228136800007128
)、曲安奈德
Figure BDA00032228136800007129
莫米松
Figure BDA00032228136800007130
布地奈德
Figure BDA00032228136800007131
和氟尼缩松
Figure BDA00032228136800007132
色甘酸钠
Figure BDA00032228136800007133
)，甲基黄嘌呤(例如茶碱
Figure BDA00032228136800007134
Figure BDA00032228136800007135
和氨茶碱)，IgE抗体(例如奥马珠单抗
Figure BDA00032228136800007136
)，核苷逆转录酶抑制剂(例如齐多夫定
Figure BDA00032228136800007137
阿巴卡韦
Figure BDA00032228136800007138
阿巴卡韦/拉米夫定
Figure BDA00032228136800007139
阿巴卡韦/拉米夫定/齐多夫定
Figure BDA00032228136800007140
地达诺新
Figure BDA00032228136800007141
恩曲他滨
Figure BDA00032228136800007142
拉米夫定
Figure BDA00032228136800007143
拉米夫定/齐多夫定
Figure BDA00032228136800007144
司他夫定
Figure BDA00032228136800007145
和扎西他滨
Figure BDA00032228136800007146
)，非核苷逆转录酶抑制剂(例如地拉韦定
Figure BDA00032228136800007147
依法韦仑
Figure BDA00032228136800007148
奈韦拉平
Figure BDA00032228136800007149
和依曲韦林
Figure BDA00032228136800007150
)，核苷逆转录酶抑制剂(例如替诺福韦
Figure BDA00032228136800007151
)，蛋白酶抑制剂(例如安普那韦
Figure BDA00032228136800007152
阿扎那韦
Figure BDA00032228136800007153
地瑞那韦
Figure BDA00032228136800007154
膦沙那韦
Figure BDA00032228136800007155
茚地那韦
Figure BDA00032228136800007156
洛匹那韦和利托那韦
Figure BDA00032228136800007157
奈非那韦
Figure BDA00032228136800007158
利托那韦
Figure BDA00032228136800007159
沙奎那韦(
Figure BDA00032228136800007160
或
Figure BDA00032228136800007161
)和替拉那韦
Figure BDA00032228136800007162
)，进入抑制剂(例如恩夫韦地
Figure BDA00032228136800007163
和马拉维罗
Figure BDA00032228136800007164
)，整合酶抑制剂(例如雷特格韦
Figure BDA00032228136800007165
多柔比星(Hydro
Figure BDA00032228136800007166
)、长春新碱
Figure BDA0003222813680000721
硼替佐米
Figure BDA0003222813680000722
和地塞米松
Figure BDA0003222813680000723
组合有来那度胺
Figure BDA0003222813680000724
)，抗-IL36剂(例如BI655130)，二氢乳清酸脱氢酶抑制剂(例如IMU-838)，抗-OX40剂(例如KHK-4083)，微生物组剂(例如RBX2660、SER-287)，窄谱激酶抑制剂(例如TOP-1288)，抗-CD40剂(例如BI-655064和FFP-104)，鸟苷酸环化酶激动剂(例如多卡那肽)，鞘氨醇激酶抑制剂(例如欧帕甘尼布)，抗-IL-12/IL-23剂(例如AK-101)，泛素蛋白质连接酶复合物抑制剂(例如BBT-401)，鞘氨醇受体调节剂(例如BMS-986166)，P38MAPK/PDE4抑制剂(例如CBS-3595)，CCR9拮抗剂(例如CCX-507)，FimH拮抗剂(例如EB-8018)，HIF-PH抑制剂(例如FG-6874)，HIF-1α稳定剂(例如GB-004)，MAP3K8蛋白抑制剂(例如GS-4875)，LAG-3抗体(例如GSK-2831781)，RIP2激酶抑制剂(例如GSK-2983559)，法尼醇X受体激动剂(例如MET-409)，CCK2拮抗剂(例如PNB-001)，IL-23受体拮抗剂(例如PTG-200)，嘌呤能P2X7受体拮抗剂(例如SGM-1019)，PDE4抑制剂(例如阿普斯特)，ICAM-1抑制剂(例如阿里克弗森纳)，抗-IL23剂(例如古塞库单抗、brazikumab和mirkizumab)，抗-IL-15剂(例如AMG-714)，TYK-2抑制剂(例如BMS-986165)，NK细胞活化剂(例如CNDO-201)，RIP-1激酶抑制剂(例如GSK-2982772)，抗-NKGD2剂(例如JNJ-4500)，CXCL-10抗体(例如JT-02)，IL-22受体激动剂(例如RG-7880)，GATA-3拮抗剂(例如SB-012)和集落刺激因子-1受体抑制剂(例如依地替尼)或其任何组合。
在另一实施方式中，本发明提供了治疗痛风的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：非甾体抗炎药(NSAIDS)(例如阿司匹林、布洛芬、萘普生、依托度酸
Figure BDA0003222813680000725
和塞来昔布)，秋水仙碱
Figure BDA0003222813680000726
皮质类固醇(例如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松等)，丙磺舒，别嘌呤醇和非布司他
Figure BDA0003222813680000727
在另一实施方式中，本发明提供了治疗类风湿性关节炎的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：非甾体抗炎药(NSAIDS)(例如阿司匹林、布洛芬、萘普生、依托度酸
Figure BDA0003222813680000728
和塞来昔布)，皮质类固醇(例如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松等)，柳氮磺吡啶
Figure BDA0003222813680000731
抗疟疾剂(例如羟氯喹
Figure BDA0003222813680000732
和氯喹
Figure BDA0003222813680000733
)，甲氨蝶呤
Figure BDA0003222813680000734
金盐(例如硫代葡萄糖金
Figure BDA0003222813680000735
硫代苹果酸金
Figure BDA0003222813680000736
和金诺芬
Figure BDA0003222813680000737
)，D-青霉胺(
Figure BDA0003222813680000738
或
Figure BDA0003222813680000739
)，硫唑嘌呤
Figure BDA00032228136800007310
环磷酰胺
Figure BDA00032228136800007311
苯丁酸氮芥
Figure BDA00032228136800007312
环孢菌素
Figure BDA00032228136800007313
来氟米特
Figure BDA00032228136800007314
和“抗-TNF”剂(例如依那西普
Figure BDA00032228136800007315
英夫利昔单抗
Figure BDA00032228136800007316
戈利木单抗
Figure BDA00032228136800007317
塞妥珠单抗
Figure BDA00032228136800007318
和阿达木单抗
Figure BDA00032228136800007319
)，“抗-IL-1”剂(例如阿那白滞素
Figure BDA00032228136800007320
和利洛那西普
Figure BDA00032228136800007321
)，抗体(例如利妥昔单抗
Figure BDA00032228136800007322
)，“抗-T-细胞”剂(例如阿巴西普
Figure BDA00032228136800007323
)和“抗-IL-6”剂(例如托珠单抗
Figure BDA00032228136800007324
)。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗骨关节炎的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：对乙酰氨基酚，非甾体抗炎药(NSAIDS)(例如阿司匹林、布洛芬、萘普生、依托度酸
Figure BDA00032228136800007325
和塞来昔布)，双氯芬酸，可的松，透明质酸(
Figure BDA00032228136800007326
或
Figure BDA00032228136800007327
)和单克隆抗体(例如他尼珠单抗)。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗狼疮的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：对乙酰氨基酚，非甾体抗炎药(NSAIDS)(例如阿司匹林、布洛芬、萘普生、依托度酸
Figure BDA00032228136800007328
和塞来昔布)，皮质类固醇(例如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松等)，抗疟疾剂(例如羟氯喹
Figure BDA00032228136800007329
和氯喹
Figure BDA00032228136800007330
)，环磷酰胺
Figure BDA00032228136800007331
甲氨蝶呤
Figure BDA00032228136800007332
硫唑嘌呤
Figure BDA00032228136800007333
和抗凝血剂(例如肝素(
Figure BDA00032228136800007334
或
Figure BDA00032228136800007335
)和华法林
Figure BDA00032228136800007336
)。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗克罗恩氏病、溃疡性结肠炎或炎性肠病的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：氨水杨酸
Figure BDA00032228136800007337
柳氮磺吡啶
Figure BDA00032228136800007338
止泻药(例如地芬诺酯
Figure BDA00032228136800007339
和洛派丁胺
Figure BDA00032228136800007340
)，胆汁酸结合剂(例如消胆胺、阿洛司琼
Figure BDA00032228136800007341
)、鲁比前列酮
Figure BDA00032228136800007342
轻泻剂(例如镁乳、聚乙二醇(
Figure BDA0003222813680000741
和
Figure BDA0003222813680000742
)，及抗胆碱能药或解痉药(例如双环胺
Figure BDA0003222813680000743
)、抗-TNF疗法、类固醇和抗生素(例如弗来格或环丙沙星)。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗哮喘的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：
Figure BDA0003222813680000744
β-2激动剂(例如沙丁胺醇(
Figure BDA0003222813680000745
HFA，
Figure BDA0003222813680000746
HFA)、左旋沙丁胺醇
Figure BDA0003222813680000747
间羟喘息定
Figure BDA0003222813680000748
乙酸吡布特托
Figure BDA0003222813680000749
硫酸特布他林
Figure BDA00032228136800007410
昔萘酸沙美特罗
Figure BDA00032228136800007411
和福莫特罗
Figure BDA00032228136800007412
)，抗胆碱能剂(例如异丙托溴铵
Figure BDA00032228136800007413
和噻托溴铵
Figure BDA00032228136800007414
)，吸入性皮质类固醇(例如泼尼松、泼尼松龙、二丙酸倍氯米松(
Figure BDA00032228136800007415
和
Figure BDA00032228136800007416
)、曲安奈德
Figure BDA00032228136800007417
布地奈德
Figure BDA00032228136800007418
氟尼缩松
Figure BDA00032228136800007419
Figure BDA00032228136800007420
和
Figure BDA00032228136800007421
)，色甘酸钠
Figure BDA00032228136800007422
甲基黄嘌呤(例如茶碱
Figure BDA00032228136800007423
和氨茶碱)，和IgE抗体(例如奥马珠单抗
Figure BDA00032228136800007424
)。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗COPD的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：β-2激动剂(例如沙丁胺醇(
Figure BDA00032228136800007425
HFA，
Figure BDA00032228136800007426
HFA)、左旋沙丁胺醇
Figure BDA00032228136800007427
间羟喘息定
Figure BDA00032228136800007428
乙酸吡布特托
Figure BDA00032228136800007429
硫酸特布他林
Figure BDA00032228136800007430
昔萘酸沙美特罗
Figure BDA00032228136800007431
和福莫特罗
Figure BDA00032228136800007432
)，抗胆碱能剂(例如异丙托溴铵
Figure BDA00032228136800007448
和噻托溴铵
Figure BDA00032228136800007433
)，甲基黄嘌呤(例如茶碱
Figure BDA00032228136800007434
Figure BDA00032228136800007435
和氨茶)，吸入性皮质类固醇(例如泼尼松、泼尼松龙、二丙酸倍氯米松(
Figure BDA00032228136800007436
和
Figure BDA00032228136800007437
)、曲安奈德
Figure BDA00032228136800007438
莫米松
Figure BDA00032228136800007439
布地奈德
Figure BDA00032228136800007440
氟尼缩松
Figure BDA00032228136800007441
和
Figure BDA00032228136800007442
)。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗HIV的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：核苷逆转录酶抑制剂(例如齐多夫定
Figure BDA00032228136800007443
阿巴卡韦
Figure BDA00032228136800007444
阿巴卡韦/拉米夫定
Figure BDA00032228136800007445
阿巴卡韦/拉米夫定/齐多夫定
Figure BDA00032228136800007446
地达诺新
Figure BDA00032228136800007447
恩曲他滨
Figure BDA0003222813680000751
拉米夫定
Figure BDA0003222813680000752
拉米夫定/齐多夫定
Figure BDA0003222813680000753
司他夫定
Figure BDA0003222813680000754
和扎西他滨
Figure BDA0003222813680000755
)，非核苷逆转录酶抑制剂(例如地拉韦定
Figure BDA0003222813680000756
依法韦仑
Figure BDA0003222813680000757
奈韦拉平
Figure BDA0003222813680000758
和依曲韦林
Figure BDA0003222813680000759
)，核苷逆转录酶抑制剂(例如替诺福韦
Figure BDA00032228136800007510
)，蛋白酶抑制剂(例如安普那韦
Figure BDA00032228136800007511
阿扎那韦
Figure BDA00032228136800007512
地瑞那韦
Figure BDA00032228136800007513
膦沙那韦
Figure BDA00032228136800007514
茚地那韦
Figure BDA00032228136800007515
洛匹那韦和利托那韦
Figure BDA00032228136800007516
奈非那韦
Figure BDA00032228136800007517
利托那韦
Figure BDA00032228136800007518
沙奎那韦(
Figure BDA00032228136800007519
或
Figure BDA00032228136800007520
)和替拉那韦
Figure BDA00032228136800007521
)，进入抑制剂(例如恩夫韦地
Figure BDA00032228136800007522
和马拉维罗
Figure BDA00032228136800007523
)，整合酶抑制剂(例如雷特格韦
Figure BDA00032228136800007524
)，及其组合。
在一些实施方式中，本发明提供了治疗器官移植排斥或移植物抗宿主病的方法，包括向有需要的患者施用如本文所述的化合物和选自以下的一种或多种附加治疗剂：类固醇、环孢菌素、FK506、雷帕霉素、刺猬信号传导抑制剂、BTK抑制剂、JAK/泛-JAK抑制剂、TYK2抑制剂、PI3K抑制剂和SYK抑制剂。
本发明的化合物还可用作与其他药物物质(例如抗炎、支气管扩张或抗组胺药物)联合使用的共治疗化合物，特别是治疗阻塞性或炎性气道疾病，例如上文提到的那些，例如作为此类药物的治疗活性的增强剂或作为减少此类药物所需剂量或潜在副作用的手段。本发明的化合物可以在固定的药物组合物中与其他药物物质混合，或者它可以在其他药物物质之前、同时或之后分开施用。因此，本发明包括如上文所述的本发明的化合物与抗炎性、支气管扩张、抗组胺或镇咳药物物质的组合，本发明的所述化合物和所述药物物质在相同或不同的药物组合物中。
适合的抗炎药包括类固醇，特别是糖皮质类固醇，例如布地奈德、二丙酸倍氯米松、丙酸氟替卡松、环索奈德或糠酸莫米他松；非类固醇糖皮质激素受体激动剂；LTB4拮抗剂，例如LY293111、CGS025019C、CP-195543、SC-53228、BIIL 284、ONO 4057、SB 209247；LTD4拮抗剂，例如孟鲁司特和扎鲁司特；PDE4抑制剂，例如西洛司特(
Figure BDA00032228136800007525
GlaxSmithKline)、罗氟司特(Byk Gulden)、V-11294A(Napp)、BAY19-8004(Bayer)、SCH-351591(Schering-Plough)、阿罗茶碱(Almirall Prodesfarma)、PD189659/PD168787(ParkeDavis)、AWD-12-281(Asta Medica)、CDC-801(Celgene)、SeICIDTM CC-10004(Celgene)、VM554/UM565(Vernalis)、T-440(Tanabe)、KW-4490(Kyowa Hakko Kogyo)；A2a激动剂；A2b拮抗剂；和β-2肾上腺素受体激动剂，例如沙丁胺醇(柳丁氨醇)、间羟喘息定、特布他林、沙美特罗、非诺特罗、丙卡特罗，并且尤其是福莫特罗及其药学上可接受的盐。适合的支气管扩张药包括抗胆碱能或抗毒蕈碱化合物，特别是异丙托溴铵、氧托溴铵、噻托溴铵盐和CHF 4226(Chiesi)，以及格隆溴铵。
适合的抗组胺药物物质包括西替利嗪盐酸盐、对乙酰氨基酚、富马酸氯马斯汀、普鲁米近、氯雷他定、地氯雷他定、苯海拉明和非索非那定盐酸盐、阿伐斯汀、阿司咪唑、氮卓斯汀、依巴斯汀、依匹斯汀、咪唑斯汀和替非那定。
本发明的化合物与抗炎药物的其他有用组合是那些与趋化因子受体(例如CCR-1、CCR-2、CCR-3、CCR-4、CCR-5、CCR-6、CCR-7、CCR-8、CCR-9和CCR10、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5)的拮抗剂的组合，尤其是CCR-5拮抗剂(例如Schering-Plough拮抗剂SC-351125、SCH-55700和SCH-D)，以及Takeda拮抗剂(例如N-[[4-[[[6,7-二氢-2-(4-甲基苯基)-5H-苯并-环庚烯-8-基]羰基]氨基]苯基]-甲基]四氢-N,N-二甲基-2H-吡喃-4-铵氯化物(TAK-770))。
由代码号、通用名或商品名标识的活性化合物的结构可取自实际版本的标准纲要“默克索引(The Merck Index)”或数据库，例如国际专利(Patents International)(例如IMS World Publications)。
本发明的化合物可以单独施用或与一种或多种其他治疗性化合物组合施用，可能的组合疗法采取固定组合的形式，或本发明的化合物与一种或多种其他治疗性化合物的施用交错或彼此独立给予，或固定组合与一种或多种其他治疗化合物的组合施用。
作为多给药方案的一部分，这些附加药剂可以与含有本发明的化合物的组合物分开施用。替选地，那些药剂可以是单一剂型的一部分，与本发明的化合物混合在单一组合物中。如果作为多给药方案的一部分施用，则两种活性剂可以同时、依序或彼此在一段时间内(通常彼此在五小时内)提供。
如本文所用，术语“组合”、“组合的”和相关术语是指根据本发明的治疗剂的同时或依序施用。例如，本发明的化合物可以与另一种治疗剂同时或依序以单独的单位剂型或一起以单一单位剂型施用。因此，本发明提供包含本发明的化合物、附加治疗剂和药学上可接受的载体、佐剂或媒介物的单一单位剂型。
可与载体材料组合以产生单一剂型的如本文所述的化合物和附加治疗剂两者(在包含如上所述的附加治疗剂的那些组合物中)的量将根据所治疗的宿主和施用的具体模式而变化。优选地，应将本发明的组合物配制为使得可以施用剂量为0.01-100毫克/千克体重/天的本发明的化合物。
在包含附加治疗剂的那些组合物中，附加治疗剂和本发明的化合物可以协同作用。因此，此类组合物中的附加治疗剂的量将少于仅使用该治疗剂的单一疗法所需的量。在这样的组合物中，可以施用剂量为0.01-1,000微克/千克体重/天的附加治疗剂。
本发明的组合物中存在的附加治疗剂的量将不超过在包含该治疗剂作为唯一活性剂的组合物中通常施用的量。优选地，本发明的组合物中的附加治疗剂的量的范围将是包含该治疗剂作为唯一治疗活性剂的组合物中通常存在的量的约50％至100％。
本发明的化合物或其药物组合物也可掺入用于涂覆植入医疗装置(例如修复体、人工瓣膜、血管移植物、支架和导管)的组合物中。例如，血管支架已被用于克服再狭窄(损伤后血管壁重新变窄)。然而，使用支架或其他植入装置的患者存在凝块形成或血小板激活的风险。可以通过用包含激酶抑制剂的药学上可接受的组合物预涂覆装置来防止或减轻这些不需要的效应。经本发明的化合物涂覆的植入装置为本发明的另一实施方式。
癌症
在一个实施方式中，癌症包括但不限于白血病(例如，急性白血病、急性淋巴细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、急性成髓细胞性白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性粒单核细胞性白血病、急性单核细胞白血病、急性红白血病、慢性白血病、慢性粒细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病)、真性红细胞增多症、淋巴瘤(例如，霍奇金氏病(Hodgkin’sdisease)或非霍奇金氏病(non-Hodgkin’s disease))、瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症(Waldenstrom’smacroglobulinemia)、多发性骨髓瘤、重链疾病和实体瘤例如肉瘤和癌(例如，纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索癌、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤文氏肿瘤(Ewing’stumor)、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、结肠癌、胰腺癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎癌、维尔姆氏瘤(Wilm’s tumor)、宫颈癌、子宫癌、睾丸癌、肺癌、小细胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤(GBM，也称为胶质母细胞瘤)、成神经管细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、许旺氏细胞瘤、神经纤维肉瘤、脑膜瘤、黑素瘤、成神经细胞瘤和视网膜母细胞瘤)。
在一些实施方式中，癌症是神经胶质瘤、星形细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤(GBM，也称为胶质母细胞瘤)、成神经管细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、许旺氏细胞瘤、神经纤维肉瘤、脑膜瘤、黑色素瘤、神经母细胞瘤或视网膜母细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症是听神经瘤、星形细胞瘤(如I级–毛细胞性星形细胞瘤，II级–低级星形细胞瘤，III级–间变性星形细胞瘤或IV级–胶质母细胞瘤(GBM))、脊索癌、CNS淋巴瘤、颅咽管瘤、脑干神经胶质瘤、室管膜瘤、混合型神经胶质瘤、视神经神经胶质瘤、室管膜下瘤、成神经管细胞瘤、脑膜瘤、转移性脑肿瘤、少突神经胶质瘤、垂体肿瘤、原始神经外胚层(PNET)肿瘤或许旺氏细胞瘤。在一些实施方式中，癌症是在儿童中比成人更常见的类型，例如脑干神经胶质瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、幼年性毛细胞性星形细胞瘤(JPA)、成神经管细胞瘤、视神经神经胶质瘤、松果体瘤、原始神经外胚层肿瘤(PNET)或横纹肌样瘤。在一些实施方式中，患者是成人。在一些实施方式中，患者是儿童或儿科患者。
在另一实施方式中，癌症包括但不限于间皮瘤、肝胆(肝脏和胆管)、骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头颈癌、皮肤或眼内黑素瘤、卵巢癌、结肠癌、直肠癌、肛门区癌、胃癌、胃肠(胃、结肠和十二指肠)、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金氏病、食管癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、前列腺癌、睾丸癌、慢性或急性白血病、慢性髓样白血病、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾癌或输尿管癌、肾细胞癌、肾盂癌、非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkins’slymphoma)、脊髓轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、垂体腺瘤、肾上腺皮质癌、胆囊癌、多发性骨髓瘤、胆管癌、纤维肉瘤、成神经细胞瘤、视网膜母细胞瘤，或前述癌症种的一者或多者的组合。
在一些实施方式中，癌症选自肝细胞癌、卵巢癌、卵巢上皮癌或输卵管癌；乳头状浆液性囊腺癌或子宫乳头状浆液性癌(UPSC)；前列腺癌；睾丸癌；胆囊癌；肝胆管癌；软组织和骨滑膜肉瘤；横纹肌肉瘤；骨肉瘤；软骨肉瘤；尤文肉瘤(Ewing sarcoma)；未分化甲状腺癌；肾上腺皮质腺瘤；胰腺癌；胰腺导管癌或胰腺腺癌；胃肠/胃(GIST)癌；淋巴瘤；头颈鳞状细胞癌(SCCHN)；唾液腺癌；神经胶质瘤或脑癌；神经纤维瘤病-1相关的恶性外周神经鞘肿瘤(MPNST)；瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症；或成神经管细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症选自肝细胞癌(HCC)、肝母细胞癌、结肠癌、直肠癌、卵巢癌、卵巢上皮癌、输卵管癌、乳头状浆液性囊腺癌、子宫乳头状浆液性癌(UPSC)、肝胆管癌、软组织和骨滑膜肉瘤、横纹肌肉瘤、骨肉瘤、未分化甲状腺癌、肾上腺皮质腺瘤、胰腺癌、胰腺导管癌、胰腺腺癌、神经胶质瘤、神经纤维瘤病-1相关的恶性外周神经鞘肿瘤(MPNST)、瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症或成神经管细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症是实体瘤，例如肉瘤、癌或淋巴瘤。实体瘤通常包括异常的组织块，通常不包括囊肿或液体区域。在一些实施方式中，癌症选自肾细胞癌或肾癌；肝细胞癌(HCC)或肝母细胞癌，或肝癌；黑素瘤；乳腺癌；结直肠癌(colorectal carcinoma)或结直肠癌症(colorectal cancer)；结肠癌；直肠癌；肛门癌；肺癌，例如非小细胞肺癌(NSCLC)或小细胞肺癌(SCLC)；卵巢癌症、卵巢上皮癌、卵巢癌或输卵管癌；乳头状浆液性囊腺癌或子宫乳头状浆液性癌(UPSC)；前列腺癌；睾丸癌；胆囊癌；肝胆管癌；软组织和骨滑膜肉瘤；横纹肌肉瘤；骨肉瘤；软骨肉瘤；尤文肉瘤；未分化甲状腺癌；肾上腺皮质腺癌；胰腺癌；胰腺导管癌或胰腺腺癌；胃肠/胃(GIST)癌；淋巴瘤；头颈鳞状细胞癌(SCCHN)；唾液腺癌；神经胶质瘤或脑癌；神经纤维瘤病-1相关的恶性外周神经鞘肿瘤(MPNST)；瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症；或成神经管细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症选自肾细胞癌、肝细胞癌(HCC)、肝母细胞癌、结直肠癌、结直肠癌症、结肠癌、直肠癌、肛门癌、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢癌、输卵管癌、乳头状浆液性囊腺癌、子宫乳头状浆液性癌(UPSC)、肝胆管癌、软组织和骨滑膜肉瘤、横纹肌肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、未分化甲状腺癌、肾上腺皮质癌、胰腺癌、胰腺导管癌、胰腺腺癌、神经胶质瘤、脑癌、神经纤维瘤病-1相关的恶性外周神经鞘肿瘤(MPNST)、瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症或成神经管细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症选自肝细胞癌(HCC)、肝母细胞癌、结肠癌、直肠癌、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢癌、输卵管癌、乳头状浆液性囊腺癌、子宫乳头状浆液性癌(UPSC)、肝胆管癌、软组织和骨滑膜肉瘤、横纹肌肉瘤、骨肉瘤、未分化甲状腺癌、肾上腺皮质癌、胰腺癌、胰腺导管癌、胰腺腺癌、神经胶质瘤、神经纤维瘤病-1相关的恶性外周神经鞘肿瘤(MPNST)、瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症或成神经管细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症是肝细胞癌(HCC)。在一些实施方式中，癌症是肝母细胞癌。在一些实施方式中，癌症是结肠癌。在一些实施方式中，癌症是直肠癌。在一些实施方式中，癌症是卵巢癌症或卵巢癌。在一些实施方式中，癌症是卵巢上皮癌。在一些实施方式中，癌症是输卵管癌。在一些实施方式中，癌症是乳头状浆液性囊腺癌。在一些实施方式中，癌症是子宫乳头状浆液性癌(UPSC)。在一些实施方式中，癌症是肝胆管癌。在一些实施方式中，癌症是软组织和骨滑膜肉瘤。在一些实施方式中，癌症是横纹肌肉瘤。在一些实施方式中，癌症是骨肉瘤。在一些实施方式中，癌症是未分化甲状腺癌。在一些实施方式中，癌症是肾上腺皮质癌。在一些实施方式中，癌症是胰腺癌或胰腺导管癌。在一些实施方式中，癌症是胰腺腺癌。在一些实施方式中，癌症是神经胶质瘤。在一些实施方式中，癌症是恶性外周神经鞘肿瘤(MPNST)。在一些实施方式中，癌症是神经纤维瘤病-1相关的MPNST。在一些实施方式中，癌症是瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症。在一些实施方式中，癌症是成神经管细胞瘤。
在一些实施方式中，癌症是病毒相关的癌症，包括人免疫缺陷病毒(HIV)相关的实体瘤、人乳头状瘤病毒(HPV)-16阳性无法治愈的实体瘤和成人T-细胞白血病，其是由人T细胞白血病病毒I型(HTLV-I)引起的并且是特征是HTLV-I在白血病细胞中的克隆整合的高度侵袭性形式的CD4+T细胞白血病(参见https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02631746)；以及以下癌症中的病毒相关的肿瘤：胃癌、鼻咽癌、宫颈癌、阴道癌、外阴癌、头颈鳞状细胞癌和默克尔细胞癌(Merkel cell carcinoma)。(参见https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02488759；还参见https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT0240886；https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02426892)
在一些实施方式中，癌症是黑素瘤癌。在一些实施方式中，癌症是乳腺癌。在一些实施方式中，癌症是肺癌。在一些实施方式中，癌症是小细胞肺癌(SCLC)。在一些实施方式中，癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。
在一些实施方式中，癌症通过阻止肿瘤的进一步生长来治疗。在一些实施方式中，癌症通过将肿瘤的大小(如，体积或质量)相对于治疗之前的肿瘤尺寸减少至少5％、10％、25％、50％、75％、90％或99％来治疗。在一些实施方式中，癌症通过将患者体内肿瘤的量相对于治疗之前的肿瘤量减少至少5％、10％、25％、50％、75％、90％或99％来治疗。
癌症的组合疗法
在一些实施方式中，本发明提供了治疗所公开的疾病或疾患的方法，包括向有需要的患者施用有效量的本文公开的化合物或其药学上可接受的盐，并同时或依序共施用有效量的一种或多种附加治疗剂，例如本文所述的那些。在一些实施方式中，该方法包括共施用一种附加治疗剂。在一些实施方式中，该方法包括共施用两种附加治疗剂。在一些实施方式中，所公开的化合物和附加的一种或多种治疗剂的组合协同作用。
本发明的化合物还可以与已知的治疗方法(例如激素或辐射的施用)组合使用。在某些实施方式中，提供的化合物用作辐射增敏剂，特别是用于治疗对辐射疗法表现出较差的敏感性的肿瘤。
本发明的化合物可以单独施用或与一种或多种其他治疗性化合物组合施用，可能的组合疗法采取固定组合的形式，或本发明的化合物与一种或多种其他治疗性化合物的施用交错或彼此独立给予，或固定组合与一种或多种其他治疗化合物的组合施用。本发明的化合物可以此外地或另外地施用特别用于与化学疗法、放射疗法、免疫疗法、光疗法、手术干预或这些的组合所组合的肿瘤疗法。如上所述，在其他治疗策略的背景下，长期疗法与辅助疗法同样是可能的。其他可能的治疗方法是在肿瘤消退后维持患者状态的疗法，或甚至是化学预防疗法，例如在处于风险中的患者中。
一种或多种其他治疗剂可以与本发明的化合物或组合物分开施用，作为多给药方案的一部分。替选地，一种或多种其他治疗剂可以是单一剂型的一部分，与本发明的化合物一起混合在单一组合物中。如果以多给药方案施用，则一种或多种其他治疗剂和本发明的化合物或组合物可以同时、依序或在彼此相隔的时间段内施用，例如彼此在1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、18、20、21、22、23或24小时内。在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂和本发明的化合物或组合物作为多给药方案在间隔超过24小时内施用。
如本文所用，术语“组合”、“组合的”和相关术语是指根据本发明的治疗剂的同时或依序施用。例如，本发明的化合物可以与一种或多种其他治疗剂同时或依序以单独的单位剂型或一起以单一单位剂型施用。因此，本发明提供包含本发明的化合物、一种或多种其他的治疗剂和药学上可接受的载体、佐剂或媒介物的单一单位剂型。
可与载体材料组合以产生单一剂型的本发明的化合物和一种或多种其他治疗剂两者(在包含如上所述的附加治疗剂的那些组合物中)的量将根据所治疗的宿主和施用的具体模式而变化。优选地，应将本发明的组合物配制为使得可以施用剂量为0.01–100毫克/千克体重/天的本发明的化合物。
在包含一种或多种其他的治疗剂的那些组合物中，一种或多种其他的治疗剂和本发明的化合物可以协同作用。因此，此类组合物中一种或多种其他的治疗剂的量可少于仅使用该治疗剂的单一疗法所需的量。在此类组合物中，可以施用剂量为0.01–1,000微克/千克体重/天的一种或多种其他的治疗剂。
本发明的组合物中存在的一种或多种其他治疗剂的量可不超过在包含该治疗剂作为唯一活性剂的组合物中通常施用的量。优选地，本发明的组合物中一种或多种其他的治疗剂的量的范围将是包含该治疗剂作为唯一治疗活性剂的组合物中通常存在的量的约50％至100％。在一些实施方式中，一种或多种其他的治疗剂以该治疗剂通常施用量的约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％或约95％的剂量施用。如本文所用，短语“通常施用”意指根据FDA说明书和标签，FDA批准的治疗剂被批准用于给药的量。
本发明的化合物或其药物组合物也可掺入用于涂覆植入医疗装置(例如修复体、人工瓣膜、血管移植物、支架和导管)的组合物中。例如，血管支架已被用于克服再狭窄(损伤后血管壁重新变窄)。然而，使用支架或其他植入装置的患者存在凝块形成或血小板激活的风险。可以通过用包含激酶抑制剂的药学上可接受的组合物预涂覆装置来防止或减轻这些不需要的效应。经本发明的化合物涂覆的植入装置为本发明的另一实施方式。
示例性的其他治疗剂
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是聚ADP核糖聚合酶(PARP)抑制剂。在一些实施方式中，PARP抑制剂选自奥拉帕尼(
Figure BDA0003222813680000831
AstraZeneca)；卢卡帕尼(
Figure BDA0003222813680000841
Clovis Oncology)；尼拉帕尼(
Figure BDA0003222813680000842
Tesaro)；他拉唑帕尼(MDV3800/BMN673/LT00673，Medivation/Pfizer/Biomarin)；维利帕尼(ABT-888，AbbVie)；和BGB-290(BeiGene,Inc.)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂。在一些实施方式中，HDAC抑制剂选自伏立诺他(
Figure BDA0003222813680000843
Merck)；罗米地辛(
Figure BDA0003222813680000844
Celgene)；帕比司他(
Figure BDA0003222813680000845
Novartis)；贝利司他(
Figure BDA0003222813680000846
SpectrumPharmaceuticals)；恩替诺特(SNDX-275，Syndax Pharmaceuticals)(NCT00866333)；和西达本胺(
Figure BDA0003222813680000847
HBI-8000，中国Chipscreen Biosciences)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是CDK抑制剂，例如CDK4/CDK6抑制剂。在一些实施方式中，CDK 4/6抑制剂选自帕博西尼(
Figure BDA0003222813680000848
Pfizer)；瑞博西尼(
Figure BDA0003222813680000849
Novartis)；阿贝西尼(Ly2835219，Eli Lilly)；和曲拉西尼(G1T28，G1Therapeutics)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)抑制剂。在一些实施方式中，PI3K抑制剂选自艾代拉里斯(
Figure BDA00032228136800008410
Gilead)、阿培利西(BYL719，Novartis)、他塞利西(GDC-0032，Genentech/Roche)；皮克立西(GDC-0941，Genentech/Roche)；库潘尼西(BAY806946，Bayer)；杜韦利西布(之前为IPI-145，InfinityPharmaceuticals)；PQR309(瑞士Piqur Therapeutics)；和TGR1202(之前为RP5230，TGTherapeutics)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是是基于铂的治疗剂，也称为铂类。铂类引起DNA的交联，从而它们抑制DNA修复和/或DNA合成，主要是在快速繁殖的细胞、例如癌细胞中。在一些实施方式中，基于铂的治疗剂选自顺铂(
Figure BDA00032228136800008411
Bristol-MyersSquibb)；卡铂(
Figure BDA00032228136800008412
Bristol-Myers Squibb；也为Teva；Pfizer)；奥沙利铂(
Figure BDA00032228136800008413
Sanofi-Aventis)；奈达铂(
Figure BDA00032228136800008414
Shionogi)，吡铂(PoniardPharmaceuticals)；和赛特铂(JM-216，Agennix)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是紫杉烷化合物，它引起对细胞分裂至关重要的微管的破坏。在一些实施方式中，紫杉烷化合物选自紫杉醇(
Figure BDA00032228136800008526
Bristol-Myers Squibb)、多西他赛(
Figure BDA0003222813680000852
Sanofi-Aventis；
Figure BDA0003222813680000853
SunPharmaceutical)、白蛋白结合的紫杉醇(
Figure BDA0003222813680000854
Abraxis/Celgene)、卡巴他赛(
Figure BDA0003222813680000855
Sanofi-Aventis)和SID530(SK Chemicals,Co.)(NCT00931008)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是核苷抑制剂或干扰正常DNA合成、蛋白质合成、细胞复制或以其他方式抑制快速增殖细胞的治疗剂。
在一些实施方式中，核苷抑制剂选自曲贝替定(胍烷化剂，
Figure BDA0003222813680000856
JanssenOncology)、二氯甲基二乙胺(烷化剂，
Figure BDA0003222813680000857
Aktelion Pharmaceuticals)；长春新碱(
Figure BDA0003222813680000858
Eli Lilly；
Figure BDA0003222813680000859
Teva Pharmaceuticals；
Figure BDA00032228136800008510
TalonTherapeutics)；替莫唑胺(以下物质的前药：烷化剂5-(3-甲基三氮杂烯基-1-基)-咪唑-4-甲酰胺(MTIC)
Figure BDA00032228136800008511
Merck)；阿糖胞苷注射液(ara-C，抗代谢胞苷类似物，Pfizer)；洛莫司汀(烷化剂，
Figure BDA00032228136800008512
Bristol-Myers Squibb；
Figure BDA00032228136800008513
NextSourceBiotechnology)；阿扎胞苷(胞苷的嘧啶核苷类似物，
Figure BDA00032228136800008514
Celgene)；高三尖杉酯碱(三尖杉碱酯)(蛋白合成抑制剂，
Figure BDA00032228136800008515
Teva Pharmaceuticals)；天冬酰胺酶菊欧文氏杆菌(Erwinia chrysanthemi)(用于耗竭天冬酰胺的酶，
Figure BDA00032228136800008516
Lundbeck；
Figure BDA00032228136800008517
EUSA Pharma)；甲磺酸艾日布林(微管抑制剂，微管蛋白基抗有丝分裂剂，
Figure BDA00032228136800008518
Eisai)；卡巴他赛(微管抑制剂，微管蛋白基抗有丝分裂剂，
Figure BDA00032228136800008519
Sanofi-Aventis)；卡培斯特林(胸苷酸合酶抑制剂，
Figure BDA00032228136800008520
Genentech)；苯达莫司汀(双功能二氯甲基二乙胺衍生物，据信形成链间DNA交联，
Figure BDA00032228136800008521
Cephalon/Teva)；伊沙匹隆(埃博霉素B的半合成类似物，微管抑制剂，微管蛋白基抗有丝分裂剂，
Figure BDA00032228136800008522
Bristol-Myers Squibb)；奈拉滨(以下物质的前药：脱氧鸟苷类似物，核苷代谢抑制剂，
Figure BDA00032228136800008523
Novartis)；氯法拉滨(以下物质的前药：核糖核苷酸还原酶抑制剂，脱氧胞苷的竞争性抑制剂，
Figure BDA00032228136800008524
Sanofi-Aventis)；及曲氟尿苷和地匹福林(基于胸苷的核苷类似物和胸苷磷酸酶抑制剂，
Figure BDA00032228136800008525
Taiho Oncology)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是激酶抑制剂或VEGF-R拮抗剂。可用于本发明中的经批准的VEGF抑制剂和激酶抑制剂包括：贝伐单抗(
Figure BDA0003222813680000861
Genentech/Roche)抗-VEGF单克隆抗体；雷莫芦单抗(
Figure BDA0003222813680000862
Eli Lilly)、抗-VEGFR-2抗体和ziv-aflibercep，也称为VEGF Trap(
Figure BDA0003222813680000863
Regeneron/Sanofi)。VEGFR抑制剂，例如瑞戈非尼(
Figure BDA0003222813680000864
Bayer)；凡德他尼(
Figure BDA0003222813680000865
AstraZeneca)；阿昔替尼(
Figure BDA0003222813680000866
Pfizer)；和乐伐替尼(
Figure BDA0003222813680000867
Eisai)；Raf抑制剂，例如索拉非尼(
Figure BDA0003222813680000868
BayerAG和Onyx)；达拉菲尼(
Figure BDA0003222813680000869
Novartis)；和维莫非尼(
Figure BDA00032228136800008610
Genentech/Roche)；MEK抑制剂，例如卡比替尼(
Figure BDA00032228136800008611
Exelexis/Genentech/Roche)；曲美替尼(
Figure BDA00032228136800008612
Novartis)；Bcr-Abl酪氨酸激酶抑制剂，例如伊马替尼(
Figure BDA00032228136800008613
Novartis)；尼罗替尼(
Figure BDA00032228136800008614
Novartis)；达沙替尼(
Figure BDA00032228136800008615
BristolMyersSquibb)；博舒替尼(
Figure BDA00032228136800008616
Pfizer)；和帕纳替尼(
Figure BDA00032228136800008617
AriadPharmaceuticals)；Her2和EGFR抑制剂，例如吉非替尼(
Figure BDA00032228136800008618
AstraZeneca)；埃罗替尼(
Figure BDA00032228136800008619
Genentech/Roche/Astellas)；拉帕替尼(
Figure BDA00032228136800008620
Novartis)；阿法替尼(
Figure BDA00032228136800008621
Boehringer Ingelheim)；奥希替尼(靶向激活的EGFR，
Figure BDA00032228136800008622
AstraZeneca)；和布加替尼(
Figure BDA00032228136800008623
Ariad Pharmaceuticals)；c-Met和VEGFR2抑制剂，例如卡博替尼(
Figure BDA00032228136800008624
Exelexis)；和多激酶抑制剂，例如舒尼替尼(
Figure BDA00032228136800008625
Pfizer)；帕唑帕尼(
Figure BDA00032228136800008626
Novartis)；ALK抑制剂，例如克唑替尼(
Figure BDA00032228136800008627
Pfizer)；色瑞替尼(
Figure BDA00032228136800008628
Novartis)；和艾乐替尼(
Figure BDA00032228136800008629
Genentech/Roche)；布鲁顿氏酪氨酸激酶抑制剂，例如依鲁替尼(
Figure BDA00032228136800008630
Pharmacyclics/Janssen)，和Flt3受体抑制剂，例如米哚妥林(
Figure BDA00032228136800008631
Novartis)。
正在开发中并且可用于本发明中的其他激酶抑制剂和VEGF-R拮抗剂包括替沃扎尼(Aveo Pharmaecuticals)；瓦他拉尼(Bayer/Novartis)；德立替尼(Clovis Oncology)；多韦替尼(TKI258，Novartis)；西奥罗尼(Chipscreen Biosciences)；CEP-11981(Cephalon)；利尼伐尼(Abbott Laboratories)；来那替尼(HKI-272，PumaBiotechnology)；拉多替尼(
Figure BDA00032228136800008632
IY5511，Il-Yang Pharmaceuticals，S.Korea)；鲁索替尼(
Figure BDA00032228136800008633
Incyte Corporation)；PTC299(PTC Therapeutics)；CP-547，632(Pfizer)；福瑞替尼(Exelexis，GlaxoSmithKline)；奎扎替尼(Daiichi Sankyo)和莫特塞尼(Amgen/Takeda)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是抑制细胞增殖、血管生成和葡萄糖摄取的mTOR抑制剂。在一些实施方式中，mTOR抑制剂是依维莫司(
Figure BDA0003222813680000871
Novartis)；替西罗莫司(
Figure BDA0003222813680000872
Pfizer)；和西罗莫司(
Figure BDA0003222813680000873
Pfizer)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是蛋白酶体抑制剂。可用于本发明中的经批准的蛋白酶体抑制剂包括硼替佐米(
Figure BDA0003222813680000874
Takeda)；卡非佐米(
Figure BDA0003222813680000875
Amgen)；和伊沙佐米(
Figure BDA0003222813680000876
Takeda)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是生长因子拮抗剂，例如血小板源性生长因子(PDGF)或表皮生长因子(EGF)或其受体(EGFR)的拮抗剂。可用于本发明中的经批准的PDGF拮抗剂包括奥拉单抗(
Figure BDA0003222813680000877
Eli Lilly)。可用于本发明中的经批准的EGFR拮抗剂包括西妥昔单抗(
Figure BDA0003222813680000878
Eli Lilly)；耐昔妥珠单抗(
Figure BDA0003222813680000879
Eli Lilly)，帕尼单抗(
Figure BDA00032228136800008710
Amgen)；和奥希替尼(靶向激活的EGFR，
Figure BDA00032228136800008711
AstraZeneca)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是芳香酶抑制剂。在一些实施方式中，芳香酶抑制剂选自依西美坦(
Figure BDA00032228136800008712
Pfizer)；阿那曲唑(
Figure BDA00032228136800008713
AstraZeneca)和来曲唑(
Figure BDA00032228136800008714
Novartis)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是刺猬途径的拮抗剂。可用于本发明中的经批准的刺猬途径抑制剂包括索尼德吉(
Figure BDA00032228136800008715
Sun Pharmaceuticals)；和vismodegib(
Figure BDA00032228136800008716
Genentech)，两者均用于治疗基底细胞癌。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是叶酸抑制剂。可用于本发明中的经批准的叶酸抑制剂包括培美曲塞(
Figure BDA00032228136800008717
Eli Lilly)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是CC趋化因子受体4(CCR4)抑制剂。可用于本发明中的正在研究的CCR4抑制剂包括莫格利珠单抗(
Figure BDA00032228136800008718
日本KyowaHakko Kirin)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是异柠檬酸脱氢酶(IDH)抑制剂。可用于本发明中的正在研究的IDH抑制剂包括AG120(Celgene；NCT02677922)；AG221(Celgene，NCT02677922；NCT02577406)；BAY1436032(Bayer，NCT02746081)；IDH305(Novartis，NCT02987010)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是精氨酸酶抑制剂。正在研究的可用于本发明中的精氨酸酶抑制剂包括AEB1102(聚乙二醇化重组精氨酸酶，AegleaBiotherapeutics)，其正在急性髓样白血病和骨髓增生异常综合征(NCT02732184)和实体瘤(NCT02561234)的1期临床试验中进行研究；和CB-1158(Calithera Biosciences)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是谷氨酰胺酶抑制剂。可用于本发明中的正在研究的谷氨酰胺酶抑制剂包括CB-839(Calithera Biosciences)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是与肿瘤抗原结合的抗体，即表达于肿瘤细胞表面上的蛋白质。可用于本发明中的与肿瘤抗原结合的经批准的抗体包括利妥昔单抗(
Figure BDA0003222813680000881
Genentech/BiogenIdec)；奥法木单抗(抗-CD20，
Figure BDA0003222813680000882
GlaxoSmithKline)；奥比妥珠单抗(抗-CD20，
Figure BDA0003222813680000883
Genentech)，替伊莫单抗(抗-CD20和Yttrium-90，
Figure BDA0003222813680000884
Spectrum Pharmaceuticals)；达雷木单抗(抗-CD38，
Figure BDA0003222813680000885
Janssen Biotech)，迪妥昔单抗(抗-糖脂GD2，
Figure BDA0003222813680000886
UnitedTherapeutics)；曲妥珠单抗(抗-HER2，
Figure BDA0003222813680000887
Genentech)；曲妥珠单抗-美坦新偶联物(抗-HER2，融合至美坦新，
Figure BDA0003222813680000888
Genentech)；和帕妥珠单抗(抗-HER2，
Figure BDA0003222813680000889
Genentech)；和维布妥昔单抗维多汀(抗-CD30-药物缀合物，
Figure BDA00032228136800008810
SeattleGenetics)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是拓扑异构酶抑制剂。可用于本发明中的经批准的拓扑异构酶抑制剂包括伊立替康(
Figure BDA00032228136800008811
MerrimackPharmaceuticals)；拓扑替康(
Figure BDA00032228136800008812
GlaxoSmithKline)。可用于本发明中的正在研究的拓扑异构酶抑制剂包括匹克生琼(
Figure BDA00032228136800008813
CTI Biopharma)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是抗-细胞凋亡蛋白(例如BCL-2)的抑制剂。可用于本发明中的经批准的抗-细胞凋亡剂包括维奈托克(
Figure BDA00032228136800008814
AbbVie/Genentech)；和博纳吐单抗(
Figure BDA00032228136800008815
Amgen)。已经过临床试验并可用于本发明中的靶向细胞凋亡蛋白的其他治疗剂包括那维托克(ABT-263，Abbott)，一种BCL-2抑制剂(NCT02079740)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是雄激素受体抑制剂。可用于本发明中的经批准的雄激素受体抑制剂包括恩杂鲁胺(
Figure BDA0003222813680000891
Astellas/Medivation)；经批准的雄激素合成抑制剂包括阿比特龙(
Figure BDA0003222813680000892
Centocor/Ortho)；经批准的促性腺激素释放激素(GnRH)受体拮抗剂(地加瑞克，
Figure BDA0003222813680000893
Ferring Pharmaceuticals)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是干扰雌激素的合成或活性的选择性雌激素受体调节剂(SERM)。可用于本发明中的经批准的SERM包括雷洛昔芬(
Figure BDA0003222813680000894
EliLilly)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是骨吸收的抑制剂。抑制骨吸收的经批准的治疗剂是地诺单抗(
Figure BDA0003222813680000895
Amgen)，一种结合至RANKL、预防结合至其受体RANK、在破骨细胞、其前体和破骨细胞样巨大细胞的表面上发现的抗体，其介导了具有骨转移的实体瘤中的骨病理。抑制骨吸收的其他批准的治疗剂包括双膦酸盐，例如唑来膦酸(
Figure BDA0003222813680000896
Novartis)。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是两种初级p53抑制蛋白MDMX和MDM2之间的相互作用的抑制剂。可用于本发明中的正在研究的p53抑制蛋白的抑制剂包括ALRN-6924(Aileron)，一种等效结合至并破坏MDMX和MDM2与p53的相互作用的一种钉合肽。ALRN-6924目前在用于治疗AML、晚期骨髓增生异常综合征(MDS)和外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)(NCT02909972；NCT02264613)的临床试验中进行评价。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是转化生长因子-β(TGF-β或TGFβ)的抑制剂。可用于本发明中的正在研究的TGF-β蛋白的抑制剂包括NIS793(Novartis)，一种在临床中测试的用于治疗各种癌症(包括乳腺癌、肺癌、肝细胞癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌和肾癌)的抗-TGF-β抗体(NCT 02947165)。在一些实施方式中，TGF-β蛋白的抑制剂是非苏木单抗(GC1008；Sanofi-Genzyme)，其针对黑素瘤(NCT00923169)；肾细胞癌(NCT00356460)；和非小细胞肺癌(NCT02581787)进行研究。另外，在一些实施方式中，附加治疗剂是TGF-β陷阱，例如Connolly等人(2012)Int’l J.Biological Sciences 8:964-978中所述。目前用于治疗实体瘤的临床试验中的一种治疗性化合物是M7824(Merck KgaA-之前为MSB0011459X)，其是双特异性的抗-PD-L1/TGFβ陷阱化合物(NCT02699515)；和(NCT02517398)。M7824由针对融合至人TGF-β受体II的胞外结构域(其用作TGFβ“陷阱”)的PD-L1的完全人IgG1抗体组成。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂选自格莱木单抗维多汀-单甲基澳瑞他汀E(MMAE)(Celldex)，一种连接至细胞毒性MMAE的抗-糖蛋白NMB(gpNMB)抗体(CR011)。gpNMB是与癌细胞转移能力相关的由多种肿瘤类型过度表达的蛋白质。
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是抗增殖化合物。此类抗增殖化合物包括但不限于芳香酶抑制剂；抗雌激素；拓扑异构酶I抑制剂；拓扑异构酶II抑制剂；微管活性化合物；烷基化化合物；组蛋白脱乙酰酶抑制剂；诱导细胞分化过程的化合物；环氧合酶抑制剂；MMP抑制剂；mTOR抑制剂；抗肿瘤性抗代谢物；铂化合物；靶向/降低蛋白质或脂质激酶活性的化合物和另外的抗血管生成化合物；靶向、降低或抑制蛋白质或脂质磷酸酶活性的化合物；戈那瑞林激动剂；抗雄激素；甲硫氨酸氨肽酶抑制剂；基质金属蛋白酶抑制剂；双膦酸盐；生物响应调节剂；抗增殖性抗体；乙酰肝素酶抑制剂；Ras原癌同种型的抑制剂；端粒酶抑制剂；蛋白酶体抑制剂；用于治疗血液恶性肿瘤的化合物；靶向、降低或抑制Flt-3活性的化合物；Hsp90抑制剂，例如17-AAG(17-烯丙氨基格尔德霉素，NSC330507)、17-DMAG(17-二甲基氨基乙基氨基-17-去甲氧基-格尔德霉素，NSC707545)、IPI-504、CNF1010、CNF2024、CNF1010(来自Conforma Therapeutics)；替莫唑胺
Figure BDA0003222813680000901
纺锤体驱动蛋白抑制剂，例如来自GlaxoSmithKline的SB715992或SB743921，或来自CombinatoRx的戊烷脒/氯丙嗪；MEK抑制剂，例如来自Array BioPharma的ARRY142886、来自AstraZeneca的AZd6244、来自Pfizer的PD181461，以及甲酰四氢叶酸。
如本文所用的术语“芳香酶抑制剂”是指抑制雌激素产生(例如底物雄烯二酮和睾酮分别转化为雌酮和雌二醇)的化合物。术语包括但不限于类固醇，尤其是阿他美坦、依西美坦和福美司坦，并且特别是非类固醇，尤其是氨鲁米特、罗谷亚胺、吡鲁米特、曲洛司坦、睾内酯、酮康唑、伏氯唑、法曲唑、阿那曲唑和来曲唑。依西美坦以商品名AromasinTM销售。福美司坦以商品名LentaronTM销售。法曲唑以商品名AfemaTM销售。阿那曲唑以商品名ArimidexTM销售。来曲唑以商品名FemaraTM或FemarTM销售。氨鲁米特以商品名OrimetenTM销售。包含化学治疗剂(其是芳香酶抑制剂)的本发明的组合特别可用于治疗激素受体阳性肿瘤，例如乳腺肿瘤。
如本文所用的术语“抗雌激素”是指在雌激素受体水平上拮抗雌激素的效应的化合物。术语包括但不限于它莫西芬、氟维司群、雷洛昔芬和雷洛昔芬盐酸盐。它莫西芬以商品名NolvadexTM销售。雷洛昔芬盐酸盐以商品名EvistaTM销售。氟维司群可以以商品名FaslodexTM施用。包含化疗剂(其是抗雌激素)的本发明的组合特别可用于治疗雌激素受体阳性肿瘤，例如乳腺肿瘤。
如本文所用的术语”抗雄激素”涉及能够抑制雄性激素的生物学效应并且包括但不限于比卡鲁胺(CasodexTM)的任何物质。如本文所用的术语“戈那瑞林激动剂”包括但不限于阿巴瑞克、戈舍瑞林和乙酸戈舍瑞林，戈舍瑞林可以以商品名ZoladexTM施用。
如本文所用的术语“拓扑异构酶I抑制剂”包括但不限于拓扑替康、吉马替康、伊立替康、喜树碱及其类似物，9-硝基喜树碱和大分子喜树碱缀合物PNU-166148。伊立替康可以例如以其销售的形式(例如以商品名CamptosarTM)施用。拓扑替康以商品名HycamptinTM销售。
如本文所用的术语“拓扑异构酶II抑制剂”包括但不限于蒽环类药物，例如多柔比星(包括脂质体制剂，例如CaelyxTM)、道诺霉素、表柔比星、伊达比星和奈莫柔比星、蒽醌类米托蒽酮和洛沙蒽酮，及鬼臼毒素依托泊苷和替尼泊苷。依托泊苷以商品名EtopophosTM销售。替尼泊苷以商品名VM 26-Bristol销售。多柔比星以商品名AcriblastinTM或AdriamycinTM销售。表柔比星以商品名FarmorubicinTM销售。伊达比星以商品名ZavedosTM销售。米托蒽酮以商品名Novantron销售。
术语“微管活性剂”涉及微管稳定化化合物、微管去稳定化化合物及微管蛋白聚合抑制剂，包括但不限于紫杉烷，例如紫杉醇和多西他赛；长春花生物碱，例如长春碱或硫酸长春碱，长春新碱或硫酸长春新碱，和长春瑞滨；圆皮海绵内酯；秋水仙碱和埃坡霉素及其衍生物。紫杉醇以商品名TaxolTM销售。多西他赛以商品名TaxotereTM销售。硫酸长春碱以商品名Vinblastin R.PTM销售。硫酸长春新碱以商品名FarmistinTM销售。
如本文所用的术语“烷化剂”包括但不限于环磷酰胺、异环磷酰胺、美法仑或亚硝基脲(BCNU或Gliadel)。环磷酰胺以商品名CyclostinTM销售。异环磷酰胺以商品名HoloxanTM销售。
术语“组蛋白脱乙酰酶抑制剂”或“HDAC抑制剂”涉及抑制组蛋白脱乙酰酶并具有抗增殖活性的化合物。这包括但不限于辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA)。
术语“抗肿瘤性抗代谢物”包括但不限于5-氟尿嘧啶或5-FU、卡培他滨、吉西他滨、DNA去甲基化化合物(例如5-氮杂胞苷和地西他滨)、甲氨蝶呤和依达曲沙，及叶酸拮抗剂(例如培美曲塞)。卡培他滨以商品名XelodaTM销售。吉西他滨以商品名GemzarTM销售。
如本文所用的术语“铂化合物”包括但不限于卡铂、顺-铂、顺铂和奥沙利铂。卡铂可以例如以其销售的形式(例如以商品名CarboplatTM)施用。奥沙利铂可以例如以其销售的形式(例如以商品名EloxatinTM)施用。
如本文所用的术语“靶向/降低蛋白质或脂质激酶活性；或蛋白质或脂质磷酸酶活性的化合物；或另外的抗血管生成化合物”包括但不限于蛋白质酪氨酸激酶和/或丝氨酸和/或苏氨酸激酶抑制剂或脂质激酶抑制剂，例如a)靶向、降低或抑制血小板来源的生长因子受体(PDGFR)的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制PDGFR的活性的化合物，尤其是抑制PDGF受体的化合物，例如N-苯基-2-嘧啶-胺衍生物，例如伊马替尼、SU101、SU6668和GFB-111；b)靶向、降低或抑制成纤维细胞生长因子受体(FGFR)的活性的化合物；c)靶向、降低或抑制胰岛素样生长因子受体I(IGF-IR)的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制IGF-IR的活性的化合物，尤其是抑制IGF-I受体的激酶活性的化合物，或靶向IGF-I受体或其生长因子的胞外结构域的抗体；d)靶向、降低或抑制Trk受体酪氨酸激酶家族的活性的化合物，或肝配蛋白B4抑制剂；e)靶向、降低或抑制AxI受体酪氨酸激酶家族的活性的化合物；f)靶向、降低或抑制Ret受体酪氨酸激酶的活性的化合物；g)靶向、降低或抑制Kit/SCFR受体酪氨酸激酶的活性的化合物，例如伊马替尼；h)靶向、降低或抑制C-kit受体酪氨酸激酶(其是PDGFR家族的一部分)的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制c-Kit受体酪氨酸激酶家族的活性的化合物，尤其是抑制c-Kit受体的化合物，例如伊马替尼；i)靶向、降低或抑制c-Abl家族成员、其基因融合产物(例如BCR-Abl激酶)和突变体的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制c-Abl家族成员及其基因产物的活性的化合物，例如N-苯基-2-嘧啶-胺衍生物，例如伊马替尼或尼罗替尼(AMN107)；PD180970；AG957；NSC 680410；来自ParkeDavis的PD173955；或达沙替尼(BMS-354825)；j)靶向、降低或抑制丝氨酸/苏氨酸激酶的蛋白质激酶C(PKC)和Raf家族成员，MEK、SRC、JAK/泛-JAK、FAK、PDK1、PKB/Akt、Ras/MAPK、PI3K、SYK、TYK2、BTK和TEC家族成员，和/或细胞周期蛋白依赖性激酶家族(CDK)成员的活性的化合物，包括星孢菌素衍生物，例如米哚妥林；另外化合物的实例包括UCN-01、沙芬戈、BAY 43-9006、苔藓抑素1、哌立福新；伊莫福新；RO 318220和RO 320432；GO 6976；lsis 3521；LY333531/LY379196；异喹啉化合物；FTI；PD184352或QAN697(P13K抑制剂)或AT7519(CDK抑制剂)；k)靶向、降低或抑制蛋白质酪氨酸激酶抑制剂的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制蛋白质酪氨酸激酶抑制剂的活性的化合物，包括甲磺酸伊马替尼(GleevecTM)或酪氨酸磷酸化抑制剂，例如Tyrphostin A23/RG-50810；AG 99；Tyrphostin AG 213；Tyrphostin AG 1748；TyrphostinAG 490；Tyrphostin B44；Tyrphostin B44(+)对映异构体；Tyrphostin AG 555；AG 494；Tyrphostin AG 556、Ag957和阿达福斯汀(4-{[(2,5-二羟基苯基)甲基]氨基}-苯甲酸金刚烷酯；NSC680410，阿达福斯汀)；l)靶向、降低或抑制受体酪氨酸激酶(EGFR1 ErbB2、ErbB3、ErbB4作为同源二聚体或异源二聚体)及其突变体的表皮生长因子家族的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制表皮生长因子受体家族的活性的化合物尤其是抑制EGF受体酪氨酸激酶家族成员(例如EGF受体、ErbB2、ErbB3和ErbB)或结合至EGF或EGF相关配体的化合物、蛋白质或抗体，CP 358774、ZD 1839、ZM 105180；曲妥珠单抗(HerceptinTM)、西妥昔单抗(ErbituxTM)、Iressa、Tarceva、OSI-774、Cl-1033、EKB-569、GW-2016、E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3或E7.6.3，和7H-吡咯并-[2,3-d]嘧啶衍生物；m)靶向、降低或抑制c-Met受体的活性的化合物，例如靶向、降低或抑制c-Met的活性的化合物，尤其是抑制c-Met受体的激酶活性的化合物，或靶向c-Met的胞外结构域或结合至HGF的抗体，n)靶向、降低或抑制一个或多个JAK家族成员(JAK1/JAK2/JAK3/TYK2和/或泛-JAK)的激酶活性的化合物，包括但不限于PRT-062070、SB-1578、巴瑞替尼、帕瑞替尼、莫美罗替尼、VX-509、AZD-1480、TG-101348、托法替尼和芦可替尼；o)靶向、降低或抑制PI3激酶(PI3K)的激酶活性的化合物，包括但不限于ATU-027、SF-1126、DS-7423、PBI-05204、GSK-2126458、ZSTK-474、布帕尼西、皮克特尼西、PF-4691502、BYL-719、塞达托利塞、XL-147、XL-765和艾德拉尼；和；和q)靶向、降低或抑制刺猬蛋白(Hh)或平滑受体(SMO)途径的信号传导效应的化合物，包括但不限于环巴胺、维莫德吉、依他康唑、索尼德吉和IPI-926(萨瑞德吉)。
如本文所用的术语“PI3K抑制剂”包括但不限于针对磷脂酰肌醇-3-激酶家族中的一种或多种酶具有抑制活性的化合物，所述酶包括但不限于PI3Kα、PI3Kγ、PI3Kδ、PI3Kβ、PI3K-C2α、PI3K-C2β、PI3K-C2γ、Vps34、p110-α、p110-β、p110-γ、p110-δ、p85-α、p85-β、p55-γ、p150、p101和p87。可用于本发明中的PI3K抑制剂的实例包括但不限于ATU-027、SF-1126、DS-7423、PBI-05204、GSK-2126458、ZSTK-474、布帕利昔布、皮特里昔布、PF-4691502、BYL-719、达托里昔布、XL-147、XL-765和依地拉利昔布。
如本文所用的术语“Bcl-2抑制剂”包括但不限于针对B-细胞淋巴瘤2蛋白(Bcl-2)具有抑制活性的化合物，包括但不限于ABT-199、ABT-731、ABT-737、阿朴棉子酚、Ascenta的泛-Bcl-2抑制剂、姜黄素(及其类似物)、双重Bcl-2/Bcl-xL抑制剂(InfinityPharmaceuticals/Novartis Pharmaceuticals)、Genasense(G3139)、HA14-1(及其类似物；参见WO2008118802)、那维托克(及其类似物，参见US7390799)、NH-1(ShenayngPharmaceutical University)、奥巴克拉(及其类似物，参见WO2004106328)、S-001(GloriaPharmaceuticals)、TW系列化合物(密歇根大学)和维奈托克。在一些实施方式中，Bcl-2抑制剂是小分子治疗剂。在一些实施方式中，Bcl-2抑制剂是拟肽。
如本文所用的术语“BTK抑制剂”包括但不限针对布鲁顿氏酪氨酸激酶(Bruton’sTyrosine Kinase，BTK)具有抑制活性的化合物，包括但不限于AVL-292和依鲁替尼。
如本文所用的术语“SYK抑制剂”包括但不限于针对脾酪氨酸激酶(SYK)具有抑制活性的化合物，包括但不限于PRT-062070、R-343、R-333、Excellair、PRT-062607和福坦替尼。
BTK抑制性化合物和由此类化合物组合本发明的化合物可治疗的疾患的另外实例可以见于WO2008039218和WO2011090760，其全部内容通过引用并入本文。
SYK抑制性化合物和由此类化合物组合本发明的化合物可治疗的疾患的另外实例可以见于WO2003063794、WO2005007623和WO2006078846中，其全部内容通过引用并入本文。
PI3K抑制性化合物和由此类化合物组合本发明的化合物可治疗的疾患的另外实例可以见于WO2004019973、WO2004089925、WO2007016176、US8138347、WO2002088112、WO2007084786、WO2007129161、WO2006122806、WO2005113554和WO2007044729中，其全部内容通过引用并入本文。
JAK抑制性化合物和由此类化合物组合本发明的化合物可治疗的疾患的另外实例可以见于WO2009114512、WO2008109943、WO2007053452、WO2000142246和WO2007070514中，其全部内容通过引用并入本文。
另外的抗血管生成化合物包括具有另一种活性机制(例如与蛋白质或脂质激酶抑制无关)的化合物，例如沙利度胺(ThalomidTM)和TNP-470。
可与本发明的化合物组合使用的蛋白酶体抑制剂的实例包括但不限于硼替佐米、双硫仑、表没食子儿茶素-3-没食子酸(EGCG)、盐孢酰胺A、卡非佐米、ONX-0912、CEP-18770和MLN9708。
靶向、降低或抑制蛋白质或脂质磷酸酶活性的化合物是例如磷酸酶1、磷酸酶2A或CDC25的抑制剂，例如冈田酸或其衍生物。
诱导细胞分化过程的化合物包括但不限于视黄酸、α-γ-或δ-生育酚或α-γ-或δ-生育三烯酚。
如本文所用的术语环氧合酶抑制剂包括但不限于Cox-2抑制剂、5-烷基取代的2-芳基氨基苯基乙酸和衍生物，例如塞来昔布(CelebrexTM)、罗非昔布(VioxxTM)、依他昔布、伐地昔布或5-烷基-2-芳基氨基苯基乙酸，例如5-甲基-2-(2’-氯-6’-氟苯胺基)苯基乙酸，罗美昔布。
如本文所用的术语“双膦酸盐”包括但不限于依替膦酸(etridonic)、氯膦酸、替鲁膦酸、帕米膦酸、阿仑膦酸、伊班膦酸、利塞膦酸和唑来膦酸。依替膦酸以商品名DidronelTM销售。氯膦酸以商品名BonefosTM销售。替鲁膦酸以商品名SkelidTM销售。帕米膦酸以商品名ArediaTM销售。阿仑膦酸以商品名FosamaxTM销售。伊班膦酸以商品名BondranatTM销售。利塞膦酸以商品名ActonelTM销售。唑来膦酸以商品名ZometaTM销售。术语“mTOR抑制剂”涉及抑制哺乳动物雷帕霉素靶标(mTOR)并且具有抗增殖性活性的化合物，例如西罗莫司
Figure BDA0003222813680000961
依维莫司(CerticanTM)、CCI-779和ABT578。
如本文所用的术语“乙酰肝素酶抑制剂”是指靶向、降低或抑制硫酸肝素降解的化合物。术语包括但不限于PI-88。如本文所用的术语“生物响应调节剂”是指淋巴因子或干扰素。
如本文所用的术语“Ras致癌同种型的抑制剂”(例如H-Ras、K-Ras或N-Ras)是指靶向、降低或抑制Ras的致癌活性的化合物；例如，“法尼基转移酶抑制剂”例如L-744832、DK8G557或R115777(ZarnestraTM)。如本文所用的术语“端粒酶抑制剂”是指靶向、降低或抑制端粒酶活性的化合物。靶向、降低或抑制端粒酶活性的化合物尤其是抑制端粒酶受体的化合物，例如端粒酶抑制素。
如本文所用的术语“甲硫氨酸氨肽酶抑制剂”是指靶向、降低或抑制甲硫氨酸氨肽酶活性的化合物。靶向、降低或抑制甲硫氨酸氨肽酶活性的化合物包括但不限于比格麦德(bengamide)或其衍生物。
如本文所用的术语“蛋白酶体抑制剂”是指靶向、降低或抑制蛋白酶体活性的化合物。靶向、降低或抑制蛋白酶体活性的化合物包括但不限于硼替佐米(VelcadeTM)和MLN341。
如本文所用的术语“基质金属蛋白酶抑制剂”或(“MMP”抑制剂)包括但不限于胶原蛋白拟肽和非拟肽抑制剂，四环素衍生物，例如异羟肟酸盐拟肽抑制剂巴马司他及其经口可生物利用的类似物马立马司他(BB-2516)、普马司他(AG3340)、美他司他(NSC 683551)BMS-279251、BAY 12-9566、TAA211、MMI270B或AAJ996。
如本文所用的术语“用于治疗血液恶性肿瘤的化合物”包括但不限于FMS样酪氨酸激酶抑制剂，其是靶向、降低或抑制FMS样酪氨酸激酶受体(Flt-3R)活性的化合物；干扰素、1-β-D-阿拉伯呋喃糖基阿糖胞甘(ara-c)和白消安；和ALK抑制剂，其是靶向、降低或抑制间变性淋巴瘤激酶的化合物。
靶向、降低或抑制FMS样酪氨酸激酶受体(Flt-3R)活性的化合物尤其是抑制Flt-3R受体激酶家族成员的化合物、蛋白质或抗体，例如PKC412、米哚妥林(一种星孢菌素衍生物)、SU11248和MLN518。
如本文所用的术语“HSP90抑制剂”包括但不限于靶向、降低或抑制HSP90的固有ATP酶活性；经由泛素蛋白酶体途径降解、靶向、降低或抑制HSP90客户蛋白的化合物。靶向、降低或抑制HSP90的固有ATP酶活性的化合物尤其是抑制HSP90的ATP酶活性的化合物、蛋白质或抗体，例如17-烯丙基氨基，17-去甲氧基格尔德霉素(17AAG)(一种格尔德霉素衍生物)；其他格尔德霉素相关的化合物；根赤壳菌素和HDAC抑制剂。
如本文所用的术语“抗增殖性抗体”包括但不限于曲妥珠单抗(HerceptinTM)、曲妥珠单抗-DM1、爱必妥、贝伐单抗(AvastinTM)、利妥昔单抗
Figure BDA0003222813680000981
PRO64553(抗-CD40)和2C4抗体。抗体意指完整的单克隆抗体、多克隆抗体、由至少两种完整抗体形成的多特异性抗体，和抗体片段，只要它们表现出期望的生物活性。
对于急性髓性白血病(AML)的治疗，本发明的化合物可以与标准白血病疗法组合使用，尤其是与用于治疗AML的疗法组合。特别地，本发明的化合物可以与例如法尼基转移酶抑制剂和/或其他可用于治疗AML的药物(例如道诺霉素、亚德里亚霉素、Ara-C、VP-16、替尼泊苷、米托蒽醌、伊达比星、卡铂和PKC412)组合施用。
其他抗白血病化合物包括例如Ara-C，一种嘧啶类似物，它是脱氧胞苷的2’-α-羟基核糖(阿拉伯糖苷)衍生物。还包括次黄嘌呤的嘌呤类似物、6-巯基嘌呤(6-MP)和氟达拉滨磷酸盐。靶向、降低或抑制组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂、例如丁酸钠和辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA)的化合物抑制称为组蛋白脱乙酰酶的酶的活性。特定的HDAC抑制剂包括MS275、SAHA、FK228(之前为FR901228)、曲古抑菌素A和US 6,552,065中公开的化合物，包括但不限于N-羟基-3-[4-[[[2-(2-甲基-1H-吲哚-3-基)-乙基]-氨基]甲基]苯基]-2E-2-丙烯酰胺或其药学上可接受的盐和N-羟基-3-[4-[(2-羟乙基){2-(1H-吲哚-3-基)乙基]-氨基]甲基]苯基]-2E-2-丙烯酰胺或其药学上可接受的盐，尤其是乳酸盐。如本文所用的促生长素抑制素受体拮抗剂是指靶向、治疗或抑制促生长素抑制素受体的化合物，例如奥曲肽和SOM230。肿瘤细胞损伤方法是指例如电离辐射的方法。上文和下文提及的术语“电离辐射”意指以电磁射线(例如X射线和伽马射线)或粒子(例如阿尔法和贝塔粒子)的形式出现的电离辐射。电离辐射以辐射疗法提供但不限于辐射疗法，并且是本领域已知的。参见Hellman，Principles of Radiation Therapy，Cancer，Principles and Practice of Oncology，Devita等人编辑，第4版，第1卷，第248-275页(1993)。
还包括了EDG结合剂和核糖核苷酸还原酶抑制剂。如本文所用的术语“EDG结合剂”是指一类调节淋巴细胞再循环的免疫抑制剂，例如FTY720。术语“核糖核苷酸还原酶抑制剂”是指嘧啶或嘌呤核苷类似物，包括但不限于氟达拉滨和/或胞嘧啶阿拉伯糖苷(ara-C)、6-硫鸟嘌呤、5-氟尿嘧啶、克拉屈滨、6-巯嘌呤(尤其是与针对ALL的ara-C组合)和/或喷司他丁。核糖核苷酸还原酶抑制剂尤其是羟基脲或2-羟基-1H-异吲哚-1,3-二酮衍生物。
还特别包括VEGF的那些化合物、蛋白质或单克隆抗体，例如1-(4-氯苯胺基)-4-(4-吡啶基甲基)酞嗪或其药学上可接受的盐、1-(4-氯苯胺基)-4-(4-吡啶基甲基)酞嗪琥珀酸酯；AngiostatinTM；EndostatinTM；邻氨基苯甲酸酰胺；ZD4190；Zd6474；SU5416；SU6668；贝伐单抗；或抗-VEGF抗体或抗-VEGF受体抗体(例如rhuMAb和RHUFab)，VEGF适体(例如Macugon)；FLT-4抑制剂、FLT-3抑制剂、VEGFR-2IgGI抗体、Angiozyme(RPI 4610)和贝伐单抗(AvastinTM)。
如本文所用的光动力疗法是指使用某些称为光敏化合物的化学物质来治疗或预防癌症的疗法。光动力疗法的实例包括用化合物(例如VisudyneTM和卟吩姆钠)治疗。
如本文所用的血管抑制类固醇是指阻断或抑制血管生成的化合物，例如如阿可他韦、曲安西龙、氢化可的松、11-α-表氢可的松、皮甾酮、17α-羟基孕酮、皮质酮、脱氧皮质酮、睾酮、雌酮和地塞米松。
含有皮质类固醇的植入物是指例如氟轻松和地塞米松的化合物。
其他化疗化合物包括但不限于植物生物碱、激素化合物和拮抗剂；生物响应调节剂，优选淋巴因子或干扰素；反义寡核苷酸或寡核苷酸衍生物；shRNA或siRNA；或各种各样的化合物或具有其他或未知作用机制的化合物。
由代码号、通用名或商品名标识的活性化合物的结构可取自实际版本的标准纲要“默克索引”或数据库，例如国际专利(例如IMS World Publications)。
示例性免疫-肿瘤剂
在一些实施方式中，一种或多种其他治疗剂是免疫-肿瘤剂。如本文所用，术语“免疫-肿瘤剂”是指有效增强、刺激和/或上调对象中的免疫响应的药剂。在一些实施方式中，施用免疫-肿瘤剂与本发明的化合物在治疗癌症方面具有协同效应。
免疫-肿瘤剂可以是例如小分子药物、抗体或生物或小分子。生物免疫-肿瘤剂的实例包括但不限于癌症疫苗、抗体和细胞因子。在一些实施方式中，抗体是单克隆抗体。在一些实施方式中，单克隆抗体是人源化的或人的。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是(i)刺激性(包括共刺激)受体的激动剂或(ii)T细胞上的抑制性(包括共抑制性)信号的拮抗剂，这两者导致放大抗原特异性T细胞响应。
某些刺激性和抑制性分子是免疫球蛋白超家族(IgSF)的成员。与共刺激性或共刺激性受体结合的一种重要的膜结合配体家族是B7家族，其包括B7-1、B7-2、B7-H1(PD-L1)、B7-DC(PD-L2)、B7-H2(ICOS-L)、B7-H3、B7-H4、B7-H5(VISTA)和B7-H6。与共刺激性或共刺激性受体结合的另一膜结合配体家族是与同源TNF受体家族成员结合的TNF分子家族，其包括CD40和CD40L、OX-40、OX-40L、CD70、CD27L、CD30、CD30L、4-1BBL、CD137(4-1BB)、TRAIL/Apo2-L、TRAILR1/DR4、TRAILR2/DR5、TRAILR3、TRAILR4、OPG、RANK、RANKL、TWEAKR/Fn14、TWEAK、BAFFR、EDAR、XEDAR、TACI、APRIL、BCMA、LTβR、LIGHT、DcR3、HVEM、VEGI/TL1A、TRAMP/DR3、EDAR、EDA1、XEDAR、EDA2、TNFR1、淋巴毒素α/TNFβ、TNFR2、TNFα、LTβR、淋巴毒素α1β2、FAS、FASL、RELT、DR6、TROY、NGFR。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是抑制T细胞激活的细胞因子(例如，IL-6、IL-10、TGF-β、VEGF和其他免疫抑制细胞因子)或刺激T细胞激活(用于刺激免疫响应)的细胞因子。
在一些实施方式中，本发明的化合物和免疫-肿瘤剂的组合可以刺激T细胞响应。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是：(i)抑制T细胞激活的蛋白质的拮抗剂(例如，免疫检查点抑制剂)，所述蛋白质例如CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG-3、TIM-3、半乳凝素9、CEACAM-1、BTLA、CD69、半乳凝素-1、TIGIT、CD113、GPR56、VISTA、2B4、CD48、GARP、PD1H、LAIR1、TIM-1和TIM-4；或(ii)刺激T细胞激活的蛋白质(例如B7-1、B7-2、CD28、4-1BB(CD137)、4-1BBL、ICOS、ICOS-L、OX40、OX40L、GITR、GITRL、CD70、CD27、CD40、DR3和CD28H)的激动剂。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是NK细胞上抑制性受体的拮抗剂或NK细胞上的激活受体的激动剂。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是KIR的拮抗剂，例如利丽单抗。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是抑制或耗竭巨噬细胞或单核细胞的药剂，包括但不限于CSF-1R拮抗剂，例如CSF-1R拮抗剂抗体，包括RG7155(WO11/70024、WO11/107553、WO11/131407、WO13/87699、WO13/119716、WO13/132044)或FPA-008(WO11/140249；WO13169264；WO14/036357)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂选自连接正共刺激性受体的激动剂，减弱通过抑制性受体的信号传导的阻断剂，拮抗剂，以及一种或多种全身性增加抗肿瘤T细胞频率的药剂，克服肿瘤微环境内不同免疫阻遏性途径(例如，阻断抑制性受体结合(例如，PD-L1/PD-1相互作用)、耗竭或抑制Treg(例如，使用抗-CD25单克隆抗体(例如，达克珠单抗)或通过离体抗-CD25珠耗竭)、抑制代谢酶(例如IDO)，或逆转/预防T细胞能量或耗尽)的药剂，以及在肿瘤位点处触发先天免疫激活和/或炎症的药剂。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是CTLA-4拮抗剂。在一些实施方式中，CTLA-4拮抗剂是拮抗性CTLA-4抗体。在一些实施方式中，拮抗性CTLA-4抗体是YERVOY(伊匹单抗)或替西木单抗。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是PD-1拮抗剂。在一些实施方式中，PD-1拮抗剂通过输注施用。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是特异性结合至程序性死亡-1(PD-1)受体并且抑制PD-1活性的抗体或其抗原结合部分。在一些实施方式中，PD-1拮抗剂是拮抗性PD-1抗体。在一些实施方式中，拮抗性PD-1抗体是OPDIVO(纳武单抗)、KEYTRUDA(派姆单抗)或MEDI-0680(AMP-514；WO2012/145493)。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂可以是匹地利珠单抗(CT-011)。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是由融合至IgG1的Fc部分的PD-L2的胞外结构域(B7-DC)组成的重组蛋白，称为AMP-224。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是PD-L1拮抗剂。在一些实施方式中，PD-L1拮抗剂是拮抗性PD-L1抗体。在一些实施方式中，PD-L1抗体是MPDL3280A(RG7446；WO2010/077634)、度伐利尤单抗(MEDI4736)、BMS-936559(WO2007/005874)和MSB0010718C(WO2013/79174)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是LAG-3拮抗剂。在一些实施方式中，LAG-3拮抗剂是拮抗性LAG-3抗体。在一些实施方式中，LAG3抗体是BMS-986016(WO10/19570，WO14/08218)或IMP-731或IMP-321(WO08/132601，WO009/44273)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是CD137(4-1BB)激动剂。在一些实施方式中，CD137(4-1BB)激动剂是激动性CD137抗体。在一些实施方式中，CD137抗体是乌瑞芦单抗或PF-05082566(WO12/32433)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是GITR激动剂。在一些实施方式中，GITR激动剂是激动性GITR抗体。在一些实施方式中，GITR抗体是BMS-986153、BMS-986156、TRX-518(WO006/105021，WO009/009116)或MK-4166(WO11/028683)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是吲哚胺(2,3)-双加氧酶(IDO)拮抗剂。在一些实施方式中，IDO拮抗剂选自艾卡哚司他(INCB024360，Incyte)；引唏莫德(NLG-8189，NewLink Genetics Corporation)；卡帕替尼(INC280，Novartis)；GDC-0919(Genentech/Roche)；PF-06840003(Pfizer)；BMS:F001287(Bristol-Myers Squibb)；Phy906/KD108(Phytoceutica)；分解犬尿氨酸的酶(Kynase，Kyn Therapeutics)；和NLG-919(WO09/73620，WO009/1156652，WO11/56652，WO12/142237)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是OX40激动剂。在一些实施方式中，OX40激动剂是激动性OX40抗体。在一些实施方式中，OX40抗体是MEDI-6383或MEDI-6469。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是OX40L拮抗剂。在一些实施方式中，OX40L拮抗剂是拮抗性OX40抗体。在一些实施方式中，OX40L拮抗剂是RG-7888(WO06/029879)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是CD40激动剂。在一些实施方式中，CD40激动剂是激动性CD40抗体。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是CD40拮抗剂。在一些实施方式中，CD40拮抗剂是拮抗性CD40抗体。在一些实施方式中，CD40抗体是鲁卡木单抗或达西珠单抗。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是CD27激动剂。在一些实施方式中，CD27激动剂是拮抗性CD27抗体。在一些实施方式中，CD27抗体是瓦里路单抗。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是MGA271(针对B7H3)(WO11/109400)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是阿巴伏单抗、阿德木单抗、阿夫土珠、阿仑单抗、马安那莫单抗、阿泊珠单抗、阿替利珠单抗、阿维鲁单抗、博纳吐单抗、BMS-936559、卡妥索单抗、度伐利尤单抗、艾卡哚司他、依帕珠单抗、吲哚莫德、英妥珠单抗奥唑米星、伊特鲁单抗、伊匹单抗、伊沙妥昔单抗、兰布鲁珠单抗、MED14736、MPDL3280A、纳武单抗、奥比妥珠单抗、奥卡妥珠单抗、奥法木单抗、olatatumab、派姆单抗、匹利珠单抗、利妥昔单抗、替西木单抗、沙马组单抗或替西木单抗。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是免疫刺激剂。例如，阻断PD-L1和PD-L1抑制轴的抗体可以释放激活的肿瘤反应性T细胞，并且在临床试验中已被证明可以在越来越多数量的肿瘤组织学中诱导持久的抗肿瘤响应，包括传统上不被认为是免疫疗法敏感的一些肿瘤类型。参见，例如Okazaki,T.等人(2013)Nat.Immunol.14，1212–1218；Zou等人(2016)Sci.Transl.Med.8。抗-PD-1抗体纳武单抗(
Figure BDA0003222813680001031
Bristol-Myers Squibb，也称为ONO-4538、MDX1106和BMS-936558)已经显示出改善在先前抗血管生成疗法期间或之后经历疾病进展的RCC患者的总存活期的潜力。
在一些实施方式中，免疫调节治疗剂特异性诱导肿瘤细胞的细胞凋亡。可用于本发明中的经批准的免疫调节治疗剂包括泊马度胺(
Figure BDA0003222813680001041
Celgene)；来那度胺(
Figure BDA0003222813680001042
Celgene)；巨大戟醇甲基丁烯酸酯(
Figure BDA0003222813680001043
LEO Pharma)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是癌症疫苗。在一些实施方式中，癌症疫苗选自西普鲁塞-T(
Figure BDA0003222813680001044
Dendreon/Valeant Pharmaceuticals)，已被批准用于治疗无症状或轻微症状的转移性去势抵抗(激素难治性)前列腺癌；和拉他莫基(talimogenelaherparepvec)(
Figure BDA0003222813680001045
BioVex/Amgen，以前称为T-VEC)，一种经遗传修饰的溶瘤病毒疗法，批准用于治疗黑素瘤中不可切除的皮肤、皮下和淋巴结病变。在一些实施方式中，免疫肿瘤剂选自溶瘤病毒疗法，例如德伐匹莫基(pexastimogene devacirepvec)(PexaVec/JX-594，SillaJen/以前的Jennerex Biotherapeutics)，一种经工程化以表达GM-CSF的胸苷激酶-(TK-)缺陷型痘苗病毒，用于肝细胞癌(NCT02562755)和黑素癌(NCT00429312)；派拉瑞普(
Figure BDA0003222813680001046
Oncolytics Biotech)，一种呼吸道肠道孤儿病毒(呼肠孤病毒)的变体，其在多种癌症中在非RAS激活的细胞中不复制，所述癌症包括结肠直肠癌(NCT01622543)；前列腺癌(NCT01619813)；头颈鳞状细胞癌(NCT01166542)；胰腺癌(NCT00998322)；和非小细胞肺癌(NSCLC)(NCT 00861627)；恩那希瑞(NG-348，PsiOxus，以前称为ColoAd1)，一种经工程化为在卵巢癌表达全长CD80和T细胞受体CD3蛋白特异性的抗体片段的腺病毒(NCT02028117)；转移性或晚期表皮肿瘤，例如在结肠直肠癌、膀胱癌、头颈鳞状细胞癌和唾液腺癌(NCT02636036)中；ONCOS-102(Targovax/以前的Oncos)，一种经工程化以在黑素瘤表达GM-CSF的腺病毒(NCT03003676)；和腹膜疾病、结肠直肠癌或卵巢癌(NCT02963831)中；GL-ONC1(GLV-1h68/GLV-1h153，Genelux GmbH)，分别工程化为表达β-半乳糖苷酶(β-gal)/β-葡萄糖醛酸酶或β-gal/人碘化钠同向转运体(hNIS)的痘苗病毒，在腹膜癌病(NCT01443260)；输卵管癌，卵巢癌(NCT02759588)中研究；或CG0070(ColdGenesys)，一种经工程化以在膀胱癌中表达GM-CSF的腺病毒(NCT02365818)。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂选自JX-929(SillaJen/以前的JennerexBiotherapeutics)，一种TK-和痘苗生长因子缺陷型痘苗病毒，其经工程化以表达胞嘧啶脱氨酶，其能够将前药5-氟胞嘧啶转化为细胞毒性药物5-氟尿嘧啶；TG01和TG02(Targovax/以前的Oncos)，基于肽的免疫治疗剂，其靶向难以治疗的RAS突变；和TILT-123(TILTBiotherapeutics)，一种工程化的腺病毒，指定为：Ad5/3-E2F-δ24-hTNFα-IRES-hIL20；和VSV-GP(ViraTherapeutics)，一种经工程化以表达淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)的糖蛋白(GP)的水疱性口炎病毒(VSV)，其可以进一步工程化以表达旨在提高抗原特异性CD8+ T细胞响应的抗原。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是经工程化以表达嵌合抗原受体或CAR的T-细胞。经工程化以表达此类嵌合抗原受体的T细胞被称为CAR-T细胞。
CAR已经被构建为由可源自天然配体的结合结构域、源自细胞表面抗原特异性单克隆抗体的单链可变片段(scFv)组成，融合至作为T细胞受体(TCR)功能末端的内结构域(例如能够在T淋巴细胞中产生激活信号的来自TCR的CD3-ζ信号传导结构域)。抗原结合后，此类CAR连接至效应细胞中的内源信号传导通路，并产生类似于由TCR复合物启动的那些激活信号的激活信号。
例如，在一些实施方式中，CAR-T细胞是美国专利8,906,682(6月；在此通过引用整体并入)中描述的那些中的一者，其公开了经工程化以包含融合至T细胞抗原受体复合物ζ链(例如CD3ζ)的胞内信号传导结构域的具有抗原结合结构域(例如结合至CD19的结构域)的胞外结构域的CAR-T细胞。当在T细胞中表达时，CAR能够根据抗原结合特异性重定向抗原识别。在CD19的情况下，抗原在恶性B细胞上表达。目前正在进行200多项临床试验，将CAR-T应用在广泛的适应症中。[https://clinicaltrials.gov/ct2/results？term＝chimeric+antigen+receptors&pg＝1]。
在一些实施方式中，免疫刺激剂是视黄酸受体相关孤儿受体γ(RORγt)的激活剂。RORγt是一种转录因子，在CD4+(Th17)和CD8+(Tc17)T细胞的17型效应子亚群的分化和维持以及表达IL-17的先天免疫细胞亚群(例如NK细胞)的分化中起关键作用。在一些实施方式中，RORγt的激活剂是LYC-55716(Lycera)，目前正在临床试验中评价其治疗实体瘤(NCT02929862)。
在一些实施方式中，免疫刺激剂是toll样受体(TLR)的激动剂或激活剂。适合的TLR激活剂包括TLR9的激动剂或激活剂，例如SD-101(Dynavax)。SD-101是免疫刺激性CpG，正在研究用于B细胞、滤泡和其他淋巴瘤(NCT02254772)。可用于本发明的TLR8的激动剂或激活剂包括莫托莫德(VTX-2337，VentiRx Pharmaceuticals)，其正在研究用于头颈部鳞状细胞癌(NCT02124850)和卵巢癌(NCT02431559)。
可用于本发明的其他免疫-肿瘤剂包括乌瑞芦单抗(BMS-663513，Bristol-MyersSquibb)，一种抗-CD137单克隆抗体；瓦里路单抗(CDX-1127，Celldex Therapeutics)，一种抗-CD27单克隆抗体；BMS-986178(Bristol-Myers Squibb)，一种抗-OX40单克隆抗体；利丽单抗(IPH2102/BMS-986015，Innate Pharma，Bristol-Myers Squibb)，一种抗-KIR单克隆抗体；莫纳利珠单抗(IPH2201，Innate Pharma，AstraZeneca)，一种抗-NKG2A单克隆抗体；安德西单抗(GS-5745，Gilead Sciences)，一种抗-MMP9抗体；MK-4166(Merck&Co.)，一种抗-GITR单克隆抗体。
在一些实施方式中，免疫刺激剂选自埃罗妥珠单抗、米伐木肽、toll样受体的激动剂或激活剂，及RORγt的激活剂。
在一些实施方式中，免疫刺激治疗剂是重组人白介素15(rhIL-15)。rhIL-15已在临床上作为黑素瘤和肾细胞癌(NCT01021059和NCT01369888)和白血病(NCT02689453)的疗法进行了测试。在一些实施方式中，免疫刺激剂是重组人白介素12(rhIL-12)。在一些实施方式中，基于IL-15的免疫治疗剂是异二聚体IL-15(hetIL-15，Novartis/Admune)，一种融合复合物，由与可溶性IL-15结合蛋白IL-15受体α链复合的合成形式的内源性IL-15(IL15:sIL-15RA)组成，已在黑素瘤、肾细胞癌、非小细胞肺癌和头颈鳞状细胞癌的1期临床试验中测试(NCT02452268)。在一些实施方式中，重组人白介素12(rhIL-12)是NM-IL-12(Neumedicines,Inc.)、NCT02544724或NCT02542124。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂选自Jerry L.Adams等人，“Big opportunitiesfor small molecules in immuno-oncology，”Cancer Therapy 2015，第14卷，第603-622页中所述的那些，其内容通过引用整体并入本文。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂选自Jerry L.Adams等人的表1所述的实例。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是选自JerryL.Adams等人的表2中所列的那些的靶向免疫-肿瘤剂靶标的小分子。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是选自Jerry L.Adams等人的表2中所列的那些的小分子剂。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂选自其内容通过引用整体并入本文中的PeterL.Toogood，“Small molecule immuno-oncology therapeutic agents，”Bioorganic&Medicinal Chemistry Letters 2018，第28卷，第319-329页中所述的小分子免疫-肿瘤剂。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是靶向如Peter L.Toogood所述的途径的药剂。
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂选自其内容通过引用整体并入本文中的SandraL.Ross等人，“Bispecific T cell engager
Figure BDA0003222813680001071
antibody constructs can mediatebystander tumor cell killing”，PLoS ONE 12(8):e0183390中所述的那些。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是双特异性T细胞衔接
Figure BDA0003222813680001072
抗体构建体。在一些实施方式中，双特异性T细胞衔接
Figure BDA0003222813680001073
抗体构建体是CD19/CD3双特异性抗体构建体。在一些实施方式中，双特异性T细胞衔接
Figure BDA0003222813680001074
抗体构建体是EGFR/CD3双特异性抗体构建体。在一些实施方式中，双特异性T细胞衔接
Figure BDA0003222813680001075
抗体构建体激活T细胞。在一些实施方式中，双特异性T细胞衔接
Figure BDA0003222813680001076
抗体构建体激活T细胞，其释放细胞因子，从而诱导旁观者细胞上的细胞间粘附分子1(ICAM-1)和FAS的上调。在一些实施方式中，双特异性T细胞衔接
Figure BDA0003222813680001077
抗体构建体激活T细胞，这导致诱导旁观者细胞裂解。在一些实施方式中，旁观者细胞在实体瘤中。在一些实施方式中，正被裂解的旁观者细胞靠近
Figure BDA0003222813680001078
在一些实施方式中，旁观者细胞包括肿瘤相关的抗原(TAA)阴性肿瘤细胞。在一些实施方式中，旁观者细胞包括EGFR-阴性癌细胞。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是阻断PD-L1/PD1轴和/或CTLA4的抗体。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是离体扩增的肿瘤浸润性T细胞。在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是双特异性抗体构建体或嵌合抗原受体(CAR)，其直接将T细胞与肿瘤相关表面抗原(TAA)连接起来。
示例性免疫检查点抑制剂
在一些实施方式中，免疫-肿瘤剂是如本文所述的免疫检查点抑制剂。
如本文所用的术语“检查点抑制剂”涉及可用于防止癌细胞避开患者的免疫系统的药剂。抗肿瘤免疫颠覆的主要机制中的一者被称为“T细胞耗竭”，其是由于长期暴露于抗原导致抑制性受体上调所致。这些抑制性受体用作为免疫检查点，以防止不受控制的免疫反应。
PD-1和共抑制性受体例如细胞毒性T-淋巴细胞抗原4(CTLA-4、B和T淋巴细胞衰减子(BTLA；CD272)、T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域-3(Tim-3)、淋巴细胞激活基因-3(Lag-3；CD223)及其他通常被称为检查点调节剂。它们充当分子“看门人”，允许细胞外信息决定细胞周期进程和其他细胞内信号传导过程是否应该继续进行。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是PD-1的抗体。PD-1结合至程序性细胞死亡1受体(PD-1)，以阻止受体与抑制性配体PDL-1结合，从而压倒肿瘤抑制宿主抗肿瘤免疫响应的能力。
在一方面，检查点抑制剂是生物治疗剂或小分子。在另一方面，检查点抑制剂是单克隆抗体、人源化抗体、完整人抗体、融合蛋白或其组合。在另一方面，检查点抑制剂抑制选自以下的检查点蛋白：CTLA-4、PDLl、PDL2、PDl、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN-15049、CHK 1、CHK2、A2aR、B-7家族配体或其组合。在另一方面，检查点抑制剂与选自以下的检查点蛋白的配体相互作用：CTLA-4、PDLl、PDL2、PDl、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN-15049、CHK 1、CHK2、A2aR、B-7家族配体或其组合。在一方面，检查点抑制剂是免疫刺激剂、T细胞生长因子、白介素、抗体、疫苗或其组合。在另一方面，白介素是IL-7或IL-15。在特定的方面，白介素是糖基化的IL-7。在附加方面，疫苗是树突细胞(DC)疫苗。
检查点抑制剂包括以统计学显著的方式阻断或抑制免疫系统的抑制性途径的任何药剂。此类抑制剂可包括小分子抑制剂或可包括结合至并阻断或抑制免疫检查点受体的抗体或其抗原结合片段，或结合至并阻断或抑制免疫检查点受体配体的抗体。可以靶向阻断或抑制的示例性检查点分子包括但不限于CTLA-4、PDL1、PDL2、PD1、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、GAL9、LAG3、TIM3、VISTA、KIR、2B4(属于CD2分子家族并在所有NK、γδ和记忆CD8+(αβ)T细胞上表达)、CD160(也称为BY55)、CGEN-15049、CHK 1和CHK2激酶、A2aR和各种B-7家族配体。B7家族配体包括但不限于B7-1、B7-2、B7-DC、B7-H1、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H5、B7-H6和B7-H7。检查点抑制剂包括结合并阻断或抑制CTLA-4、PDL1、PDL2、PD1、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD 160和CGEN-15049中的一者或多者的活性的抗体或其抗原结合片段、其他结合蛋白、生物治疗剂或小分子。示例性免疫检查点抑制剂包括替西木单抗(CTLA-4阻断抗体)、抗-OX40、PD-Ll单克隆抗体(抗-B7-Hl；MEDI4736)、MK-3475(PD-1阻断剂)、纳武单抗(抗-PDl抗体)、CT-011(抗-PDl抗体)、BY55单克隆抗体、AMP224(抗-PDLl抗体)、BMS-936559(抗-PDLl抗体)、MPLDL3280A(抗-PDLl抗体)、MSB0010718C(抗-PDLl抗体)和伊匹单抗(抗-CTLA-4检查点抑制剂)。检查点蛋白配体包括但不限于PD-Ll、PD-L2、B7-H3、B7-H4、CD28、CD86和TIM-3。
在某些实施方式中，免疫检查点抑制剂选自PD-1拮抗剂、PD-L1拮抗剂和CTLA-4拮抗剂。在一些实施方式中，检查点抑制剂选自由以下组成的组：纳武单抗
Figure BDA0003222813680001091
伊匹单抗
Figure BDA0003222813680001092
和派姆单抗
Figure BDA0003222813680001093
在一些实施方式中，检查点抑制剂选自纳武单抗(抗-PD-1抗体，
Figure BDA0003222813680001094
Bristol-Myers Squibb)；派姆单抗(抗-PD-1抗体，
Figure BDA0003222813680001095
Merck)；伊匹单抗(抗-CTLA-4抗体，
Figure BDA0003222813680001096
Bristol-Myers Squibb)；度伐利尤单抗(抗-PD-L1抗体，
Figure BDA0003222813680001097
AstraZeneca)；和阿特珠单抗(抗-PD-L1抗体，
Figure BDA0003222813680001098
Genentech)。
在一些实施方式中，检查点抑制剂选自由以下组成的组：兰布鲁珠单抗(MK-3475)、纳武单抗(BMS-936558)、匹地利珠单抗(CT-011)、AMP-224、MDX-1105、MEDI4736、MPDL3280A、BMS-936559、伊匹单抗、利利单抗、IPH2101、派姆单抗
Figure BDA0003222813680001101
和替西木单抗。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是REGN2810(Regeneron)，一种在患有以下的基底细胞癌患者中测试的抗-PD-1抗体：(NCT03132636)；NSCLC(NCT03088540)；皮肤鳞状细胞癌(NCT02760498)；淋巴瘤(NCT02651662)；和黑素瘤(NCT03002376)；匹地利珠单抗(CureTech)，也称为CT-011，一种结合至PD-1的抗体，在临床试验中用于弥漫性大B-细胞淋巴瘤和多发性骨髓瘤；阿维鲁单抗(
Figure BDA0003222813680001102
Pfizer/Merck KGaA)，也称为MSB0010718C)，一种完全人IgG1抗-PD-L1抗体，在临床试验中用于非小细胞肺癌、默克尔细胞癌、间皮瘤、实体瘤、肾癌、卵巢癌、膀胱癌、头颈癌和胃癌；或PDR001(Novartis)，一种结合至PD-1的抑制性抗体，在临床试验中用于非小细胞肺癌、黑素瘤、三阴性乳腺癌和晚期或转移性实体瘤。替西木单抗(CP-675,206；Astrazeneca)是一种针对CTLA-4的全人单克隆抗体，已在临床试验中针对多种适应症进行了研究，包括：间皮瘤、结肠直肠癌、肾癌、乳腺癌、肺癌和非小细胞肺癌、胰腺导管腺癌、胰腺癌、生殖细胞癌、头颈鳞状细胞癌、肝细胞癌、前列腺癌、子宫内膜癌、肝转移癌、肝癌、大B细胞淋巴瘤、卵巢癌、宫颈癌、转移性未分化甲状腺癌、尿路上皮癌、输卵管癌、多发性骨髓瘤、膀胱癌、软组织肉瘤和黑素瘤。AGEN-1884(Agenus)是正在针对晚期实体瘤的1期临床试验进行研究的抗-CTLA4抗体(NCT02694822)。
在一些实施方式中，检查点抑制剂是含T细胞免疫球蛋白粘蛋白的蛋白质-3(TIM-3)的抑制剂。可用于本发明中的TIM-3抑制剂包括TSR-022、LY3321367和MBG453。TSR-022(Tesaro)是在实体瘤中研究的抗-TIM-3抗体(NCT02817633)。LY3321367(Eli Lilly)是在实体瘤中研究的抗-TIM-3抗体(NCT03099109)。MBG453(Novartis)是在晚期恶性肿瘤中研究的抗-TIM-3抗体(NCT02608268)。
在一些实施方式中，检查点抑制剂是具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体或TIGIT(一种在某些T细胞和NK细胞上的免疫受体)的抑制剂。可用于本发明中的TIGIT抑制剂包括BMS-986207(Bristol-Myers Squibb)，一种抗-TIGIT单克隆抗体(NCT02913313)；OMP-313M32(Oncomed)；和抗-TIGIT单克隆抗体(NCT03119428)。
在一些实施方式中，检查点抑制剂是淋巴细胞激活基因-3(LAG-3)的抑制剂。可用于本发明中的LAG-3抑制剂包括BMS-986016和REGN3767和IMP321。BMS-986016(Bristol-Myers Squibb)，一种抗-LAG-3抗体，在胶质母细胞瘤和神经胶质肉瘤(NCT02658981)中进行了研究。REGN3767(Regeneron)也是一种抗-LAG-3抗体，并正在恶性肿瘤中进行研究(NCT03005782)。IMP321(Immutep S.A.)是正在黑素瘤(NCT02676869)；腺癌(NCT02614833)；和转移性乳腺癌(NCT00349934)中研究的LAG-3-Ig融合蛋白。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括OX40激动剂。正在临床试验中研究的OX40激动剂包括PF-04518600/PF-8600(Pfizer)，一种激动性抗-OX40抗体，在转移性肾癌(NCT03092856)和晚期癌症和赘生物(NCT02554812；NCT05082566)中；GSK3174998(Merck)，一种激动性抗-OX40抗体，在1期癌症试验(NCT02528357)中；MEDI0562(Medimmune/AstraZeneca)，一种激动性抗-OX40抗体，在晚期实体瘤(NCT02318394和NCT02705482)中；MEDI6469，一种激动性抗-OX40抗体(Medimmune/AstraZeneca)，在结肠直肠癌(NCT02559024)、乳腺癌(NCT01862900)、头颈癌(NCT02274155)和转移性前列腺癌(NCT01303705)患者中；和BMS-986178(Bristol-Myers Squibb)，一种在晚期癌症中的激动性抗-OX40抗体(NCT02737475)。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括CD137(也称为4-1BB)激动剂。正在临床试验中研究的CD137激动剂包括乌托米单抗(PF-05082566，Pfizer)，一种激动性抗-CD137抗体，在弥漫性大B-细胞淋巴瘤(NCT02951156)和晚期癌症和赘生物(NCT02554812和NCT05082566)中；乌瑞芦单抗(BMS-663513，Bristol-Myers Squibb)，一种激动性抗-CD137抗体，在黑素瘤和皮肤癌(NCT02652455)及胶质母细胞瘤和神经胶质肉瘤(NCT02658981)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括CD27激动剂。正在临床试验中研究的CD27激动剂包括瓦里路单抗(CDX-1127，Celldex Therapeutics)，一种激动性抗-CD27抗体，在鳞状细胞头颈癌、卵巢癌、结肠直肠癌、肾细胞癌和胶质母细胞瘤(NCT02335918)；淋巴瘤(NCT01460134)；和神经胶质瘤和星形细胞瘤(NCT02924038)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括糖皮质激素-诱发的肿瘤坏死因子受体(GITR)激动剂。正在临床试验中研究的GITR激动剂包括TRX518(Leap Therapeutics)，一种激动性抗-GITR抗体，在恶性黑素瘤和其他恶性实体瘤(NCT01239134和NCT02628574)中；GWN323(Novartis)，一种激动性抗-GITR抗体，在实体瘤和淋巴瘤(NCT 02740270)中；INCAGN01876(Incyte/Agenus)，一种激动性抗-GITR抗体，在晚期癌症(NCT02697591和NCT03126110)中；MK-4166(Merck)，一种激动性抗-GITR抗体，在实体瘤(NCT02132754)中，和MEDI1873(Medimmune/AstraZeneca)，一种具有人IgG1 Fc结构域的激动性六聚体GITR-配体分子，在晚期实体瘤(NCT02583165)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括诱导型T-细胞共刺激子(ICOS，也称为CD278)激动剂。正在临床试验中研究的ICOS激动剂包括MEDI-570(Medimmune)，一种激动性抗-ICOS抗体，在淋巴瘤(NCT02520791)中；GSK3359609(Merck)，一种激动性抗-ICOS抗体，在1期(NCT02723955)中；JTX-2011(Jounce Therapeutics)，一种激动性抗-ICOS抗体，在1期(NCT02904226)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括杀伤IgG-样受体(KIR)抑制剂。正在临床试验中研究的KIR抑制剂包括利丽单抗(IPH2102/BMS-986015，Innate Pharma/Bristol-Myers Squibb)，一种抗-KIR抗体，在白血病(NCT01687387，NCT02399917，NCT02481297，NCT02599649)、多发性骨髓瘤(NCT02252263)和淋巴瘤(NCT01592370)中；IPH2101(1-7F9，Innate Pharma)，在骨髓瘤(NCT01222286和NCT01217203)中；和IPH4102(Innate Pharma)，一种结合至长胞质尾的三个结构域的抗-KIR抗体(KIR3DL2)，在淋巴瘤(NCT02593045)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括CD47和信号调节蛋白α(SIRPa)之间的相互作用的CD47抑制剂。正在临床试验中研究的CD47/SIRPa抑制剂包括ALX-148(AlexoTherapeutics)，一种结合至CD47并预防CD47/SIRPa-介导的信号传导的(SIRPa)的拮抗性变体，在1期中(NCT03013218)；TTI-621(SIRPa-Fc，Trillium Therapeutics)，一种通过将SIRPa的N-端CD47-结合结构域与人IgG1的Fc结构域连接而产生的可溶性重组融合蛋白，通过结合人CD47并防止其递送其“不吃(do not eat)”信号至巨噬细胞起作用，在1期临床试验(NCT02890368和NCT02663518)中；CC-90002(Celgene)，一种抗-CD47抗体，在白血病(NCT02641002)中；和Hu5F9-G4(Forty Seven,Inc.)，在结直肠赘生物和实体瘤(NCT02953782)、急性髓样白血病(NCT02678338)和淋巴瘤(NCT02953509)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括CD73抑制剂。正在临床试验中研究的CD73抑制剂包括MEDI9447(Medimmune)，一种抗-CD73抗体，在实体瘤(NCT02503774)中；和BMS-986179(Bristol-Myers Squibb)，一种抗-CD73抗体，在实体瘤(NCT02754141)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括干扰素基因蛋白刺激剂(STING，也已知为跨膜蛋白173或TMEM173)的激动剂。正在临床试验中研究的STING的激动剂包括MK-1454(Merck)，一种激动性合成环状二核苷酸，在淋巴瘤(NCT03010176)中；和ADU-S100(MIW815，Aduro Biotech/Novartis)，一种激动性合成环状二核苷酸，在1期(NCT02675439和NCT03172936)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括CSF1R抑制剂。正在临床试验中研究的CSF1R抑制剂包括培西达替尼(PLX3397，Plexxikon)，一种CSF1R小分子抑制剂，在结肠直肠癌、胰腺癌、转移性和晚期癌症(NCT02777710)及黑素瘤、非小细胞肺癌、鳞状细胞头颈癌、胃肠间质瘤(GIST)和卵巢癌(NCT02452424)中；和IMC-CS4(LY3022855，Lilly)，一种抗-CSF-1R抗体，在胰腺癌(NCT03153410)、黑素瘤(NCT03101254)和实体瘤(NCT02718911)中；和BLZ945(4-[2((1R,2R)-2-羟基环己基氨基)-苯并噻唑-6-基氧基]-吡啶-2-羧酸甲基酰胺，Novartis)，一种经口可获得的CSF1R抑制剂，在晚期实体瘤(NCT02829723)中。
可用于本发明中的检查点抑制剂包括NKG2A受体抑制剂。正在临床试验中研究的NKG2A受体抑制剂包括莫纳利珠单抗(IPH2201，Innate Pharma)，一种抗-NKG2A抗体，在头颈赘生物(NCT02643550)和慢性淋巴细胞性白血病(NCT02557516)中。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂选自纳武单抗、派姆单抗、伊匹单抗、阿维鲁单抗、度伐利尤单抗、阿特珠单抗或匹利珠单抗。
除了如上所述的预防和/或治疗方法之外，本发明还提供了用于预防和/或治疗如本文所述的疾病、病症或疾患的相应用途。在一些实施方式中，本发明提供了如本文所述的化合物或其药学上可接受的盐用于预防和/或治疗如本文所述的病毒感染或炎性疾病、病症或疾患、或癌症的用途。在一些实施方式中，如由本发明提供的用于预防和/或治疗HIV感染的用途旨在用于由如本文所述的方法测量和/或监测作为生物标志物的HIV剪接变体的存在和/或表达水平的患者。在一些实施方式中，如本发明提供的用于预防和/或治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的用途旨在用于由如本文所述的方法测量和/或监测作为生物标志物的在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在和/或表达水平的患者。
本文中进一步提供了如上所定义的式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id、IV、IVa、IVb、IVb’、IVc或IVd的化合物或其药学上可接受的盐，用于治疗或预防有需要的患者的炎性疾病、病症或疾患、或癌症。在一些实施方式中，用作抗炎剂的如上所定义的式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id、IV、IVa、IVb、IVb’、IVc或IVd的化合物或其药学上可接受的盐旨在用于在所述使用过程之前和/或期间在患者的血液和/或组织样品中监测在miR-124基因座处的剪接的长非编码RNA的存在和/或表达水平的所述患者。
本文中进一步提供了如上所定义的式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id、IV、IVa、IVb、IVb’、IVc或IVd的化合物或其药学上可接受的盐用于治疗有需要的患者中的HIV感染的用途。在一些实施方式中，用作HIV治疗剂的如上所定义的式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id、IV、IVa、IVb、IVb’、IVc或IVd的化合物或其药学上可接受的盐旨在用于在所述使用过程期间在患者的血液和/或组织样品中监测HIV剪接变体的存在和/或表达水平的所述患者。
另外的示例性实施方式：
1.一种使用SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为HIV感染或者HIV感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，包括测量生物样品中SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在或表达水平。
2.一种评估化合物治疗HIV感染的生物效应的方法，包括测量作为HIV感染的生物标志物的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在或表达水平。
3.一种筛选预防和/或治疗HIV感染的化合物或疫苗的方法，包括测量作为HIV感染的生物标志物的SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在或表达水平。
4.一种治疗HIV感染的方法，包括向患者施用治疗性治疗，并测量和/或监测患者中SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体的存在和/或表达水平。
5.一种使用在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症或者炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的方法，包括测量生物样品中在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在或表达水平。
6.一种评估化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的方法，包括测量作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物标志物的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在或表达水平。
7.一种筛选治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的化合物或医疗装置的方法，包括测量作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物标志物的在miR-124-1基因座处的lncRNA0599-205的存在或表达水平。
8.一种治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向患者施用治疗性治疗，和测量和/或监测患者中的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平。
9.一种治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的方法，包括向患者施用治疗性治疗，和测量和/或监测患者中的miR-124的存在和/或表达水平。
10.一种选择炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的患者的方法，包括测量和/或监测患者的在miR-124-1基因座处的lncRNA 0599-205的存在和/或表达水平。
11.一种选择治疗性治疗的患者的方法，包括测量和/或监测患者中的miR-124的存在和/或表达水平。
12.实施方式4和8-11中任一者所述的方法，其中治疗性治疗是式I的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680001161
其中：
Z是C或N；
V是C或N；
Figure BDA0003222813680001162
意指芳香环，其中V是C或N并且当V是N时，V在相对于Z的邻位、间位或对位；
每个R独立为氢、卤素、-CN、羟基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C3)氟烷氧基、(C3-C6)环烷基、-NO2、-NR1R2、(C1-C4)烷氧基、苯氧基、-NR1-SO2-NR1R2、-NR1-SO2-R1、-NR1-C(＝O)-R1、-NR1-C(═O)-NR1R2、-SO2-NR1R2、-SO3H、-O-SO2-OR3、-O-P(═O)-(OR3)(OR4)、-O-CH2-COOR3、(C1-C3)烷基，所述烷基任选地被羟基基团或式(IIa)的基团：
Figure BDA0003222813680001163
或式(IIIa)的基团：
Figure BDA0003222813680001164
单取代或二取代；
Q是N或O，条件是当Q是O时，R”不存在；
R1和R2中的每一者独立为氢或(C1-C3)烷基；
R3和R4中的每一者独立为氢、Li+、Na+、K+、N+(Ra)4或苄基；
n是1、2或3；
n’是1、2或3；
每个R’独立为氢、(C1-C3)烷基、羟基、卤素、-NO2、-NR1R2、吗啉基、吗啉代、N-甲基哌嗪基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C4)烷氧基、-O-P(═O)-(OR3)(OR4)、
-CN、式(IIa)的基团：
Figure BDA0003222813680001171
或式(IIIa)的基团：
Figure BDA0003222813680001172
A是共价键、氧或NH；
B是共价键或NH；
m是1、2、3、4或5；
p是1、2或3；
Ra和Rb中的每一者独立为氢、(C1-C5)烷基或(C3-C6)环烷基，或
Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是基团(IIa)或(IIIa)时，仅当其他R’基团不同于所述基团(IIa)或(IIIa)时，n’可以是2或3；和
R”是氢、(C1-C4)烷基或如本文定义的式(IIa)的基团。
13.实施方式12所述的方法，其中化合物选自式Ia-Id或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680001173
14.实施方式12或13所述的方法，其中化合物是ABX464或其药学上可接受的盐。
15.实施方式4和8-11中任一项所述的方法，其中治疗性治疗是式IV的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680001181
其中变量V、Z、R、R’、n和n’中的每一者如在实施方式8中所述。
16.实施方式15所述的方法，其中化合物选自式IVa-IVd或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003222813680001182
实施例
人样品
所有人活检实验均按照相关指南和规定进行。实验得到了AEMPS(SpanishAgency)的批准
N°AEMPS：16-0728根据合同N°EudraCT：2016-002797-1名称ABX464在VIH-1血清阴性和血清阳性成人中的安全性、药代动力学和药代动力学的公开研究(ESTUDIO ABIERTODELA SEGURIDAD,
Figure BDA0003222813680001183
Y
Figure BDA0003222813680001184
DE ABX464 ENADULTOS SERONEGATIVOS YSEROPOSITIVOS PARA EL VIH-1)。从所有对象获得知情同意书。
细胞培养、感染和转染
从蒙彼利埃输血中心(Centre de transfusion sanguine Montpellier)的当地献血中心获得HIV阴性个体的血沉棕黄层。通过Ficoll(Histopaque，Sigma)梯度离心分离人外周血单核细胞(PBMC)。CD4+和CD8+T细胞分别通过人CD4+珠粒阳性选择和CD8+珠粒阳性选择(Miltenyi)进行Ficoll梯度离心后从PBMC中纯化出来。PBMC、CD4+和CD8+T细胞在37℃和5％CO2下在补充有10％胎牛血清(FCS)(Thermo Fisher)、40U/ml IL2(PeproTech)和5μg/mL PHA(Roche)的RPMI GlutaMAX培养基(Life Technologies)中生长2天至密度为1.5×106个细胞/ml。三天后，将细胞以1.5×106个细胞/ml重悬在补充有10％FCS和40U/ml IL2的RPMI中，并分成两部分(感染细胞和未感染细胞)。将细胞用80ng YU-2株的p24/106细胞感染4至6小时，然后在培养基更新前用PBS冲洗。
然后将感染细胞和未感染细胞离心并根据制造商的说明书重悬于补充有在DMSO(Sigma)中溶解至最终0.05％DMSO浓度的经稀释的药物或抗逆转录病毒化合物的培养基中至1.5×106个细胞/ml的密度。将细胞处理6天，在第3天更新培养基。根据制造商的说明书，使用Innotetest试剂盒(Ingen)通过ELISA从细胞培养上清液中进行HIV p24滴定。
为了产生单核细胞来源的巨噬细胞，使用CD14+阳性微珠(Miltenyi)分离单核细胞，并在补充有10mM HEPES、1mM丙酮酸钠、1％非必需氨基酸、10％FBS、10ng/ml GM-CSF和100ng/ml M-CSF的X-VIVO 10培养基(Lonza)中培养7天，在第3天更新培养基。在分化7天后，洗涤细胞，涂铺于6孔板中，并在不添加细胞因子的培养基中孵育24小时。将细胞处理6天，在第3天改变部分培养基。
将来自ATCC的HeLa细胞在37℃和5％CO2下在补充有10％FCS(Thermo Fisher)的DMEM GlutaMAX培养基(Life Technologies)中培养。与lncRNA0599-205对应的区域由IDT(Integratde DNA Technologies)合成并克隆到pcDNA3.1中以产生pc-lncRNA-0599-205质粒。pc-lncRNA-0599-205(2μg/400,000个细胞)根据制造商的说明书使用jetPEI试剂(Polyplus)在HeLa细胞中瞬时转染。
miRNA(RT-q)-PCR分析
根据制造商的说明书，使用NucleoSpin miRNeasy试剂盒(Macherey-Nagel)从PBMC、CD4+或CD8+T细胞中提取miRNA。使用miScript II RT试剂盒(Qiagen)进行miRNA逆转录(RT)。得到的cDNA用作使用miScript SYBR Green PC试剂盒(Qiagen)连同适当的引物(Qiagen)进行的实时qPCR的模板。使用特异性miR-124引物(Hs_miR-124a)、对照特异性引物(Ce_miR-39)和两个管家基因(miR-26和miR-191)特异性引物(Hs_miR-26a和Hs_miR-191)进行相对qPCR。PCR分析在LightCycler 480Instrument II(Roche MolecularSystems,Inc)上进行。所有反应一式三份进行。miR-124的相对水平使用2-ΔΔCt方法计算。
使用Macherey-Nagel NucleoSpin miRNeasy试剂盒从巨噬细胞中提取总RNA。根据用于TaqMan qPCR的Applied Biosystems TaqMan Advanced miRNA测定方案，对2μl的总RNA进行miRNA逆转录(RT)。使用特异性miR-124引物(Hs_miR-124a)、峰值对照特异性引物(Ce_miR-39)和管家基因(miR-191)特异性引物(Hs_miR-191)进行相关qPCR。PCR运行使用Applied Biosystems ViiA 7软件分析。
人活检中的miR-124定量
已在PAXgene Tissue Containers(PreAnalytiX)中收集的来自患者的直肠活检样品上对miR-124进行了定量。使用PAXgene Tissue miRNA试剂盒(PreAnalytiX)按照制造商的方案进行RNA提取。简而言之，将样品浸入含有一个5mm不锈钢珠粒的2ml安全锁微量离心管内的250μl Buffer Tm1中。将样品使用Qiagen TissueLyser仪器在2x 2分钟内以20Hz破碎和匀浆。其余程序按照制造商的方案进行。在程序结束时，将每个RNA洗脱到32μl的TM4缓冲液中。使用NanoDrop ND-1000分光光度计(Thermo Scientific)测量RNA浓度和纯度。使用有RNA ScreenTape的Agilent 2200TapeStation评估RNA完整性。使用TaqManAdvanced miRNA cDNA合成试剂盒(Applied Biosystems)从10ng的总RNA基质开始并按照制造商的方案制备cDNA模板。qPCR使用两种TaqMan Advanced miRNA Assays(AppliedBiosystems)进行，一者靶向miR-124-1miRNA(测定ID:477879_mir)并且另一者靶向内源性miRNA，miR16(assay ID:477860_mir)，根据制造商的说明书，其用作表达数据归一化的参考。QPCR在LightCycler 480仪器II(Roche Molecular Systems,Inc)上进行。所有测定均使用FAM-MGB化学来标记。
统计数据分析
所有统计分析和绘图均使用R软件v3.5完成。对于归一化和处理，使用了edgeRv3.22.1、EDASeq v2.14和DESeq2 v1.20。决定使用每百万计数(CPM)而不是每百万转录物(TPM)，主要是因为TPM丢弃了大量有关原始计数大小的信息并因此会为差异测试产生太多噪音。第一步是过滤数据。如果基因在样品中的每百万个映射读段有至少5个计数，认为该基因在该样品中以合理水平表达。对于标志物选择，使用设置为5％的1型(*)误差α阈值，使得尽管缺乏重复，但仍可以采用高度灵活的方法以差异分析。出于同样的原因，正值和负值的log2倍数改变截止值都设置为1.5，并且截止p值通常≤0.05。那些适当的截止值使得识别差异表达的基因。错误发现率(FDR)值是出于说明目的而计算的，但由于缺乏重复，在决定中未考虑在内。第一个方法选择是Benjamini和Hochberg。与误差率判断族(FWER)程序(例如Bonferroni校正)相比，该程序对1型误差的控制不太严格。使用R和edgeR软件包为数据添加了MDS图。MDS图生成一个图，其中样品之间的距离对应于那些样品之间的主要生物变异系数(BCV)。在该图中，没有观察到DMSO-NI、464-NI、DMSOI和464-I条件之间的分离。还使用R和EDASeq软件包制作了几个火山图。这些图很好地代表了RNA-Seq实验中的差异表达(DE)测试。这些图显示了DE测试中研究的所有基因的log2倍数改变(FC)和p值的–log10。突出显示的绿点是满足选择标准(在p值和log2FC中均显著)的标志物。突出显示的黄点是满足log2FC标准但不符合p值标准的基因。保留这些点以进一步调查，即使它们没有决策性价值。
测序和生物信息学分析
HIV RNA和细胞微小RNA的RNA CaptureSeq
按照制造商的方案，使用TRIzol试剂(Invitrogen)从感染和未感染的PBMC样品中提取总RNA。使用RNA 6000Bioanalyzer试剂盒(Agilent)测定RNA浓度和纯度。对于cDNA合成，1μg的总RNA用DNA酶I(Invitrogen)处理，然后根据制造商的说明书使用含随机六聚体和锚定oligo-dT(Thermo Scientific)的共混物的Verso cDNA试剂盒将其用作逆转录模板。从1μg的总RNA制备KAPA Hyper Prep(ROCHE)文库后，按照制造商的建议继续SeqCap EZ捕获(ROCHE)。使用含有以下区域的自定义SeqCap EZ Choice Library(Roche NimbleGen)执行杂交选择；8号染色体(9,760,617至9,761,780和65,285,285至65,296,944)，20号染色体(61,797,549至61,812,855)，1号染色体(1,102,000至1,106,000)，13号染色体(92,000,074至92,006,833)，15号染色体(22,512,831至2,513,641)和HIV Ada8株的基因组。该文库是通过NimbleDesign门户(v1.2.R1)使用基因组构建hg19 NCBI Build 37.1/GRCh37设计的。测序在NextSeq 500(Illumina)上进行，在HighOutput Cartridge上有18个样品(每个75个碱基的2x4亿读段)。
CD4+ T细胞测序
描述完整分析的完整详细报告已提交给Gene Expression Omnibus(GEO，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi？acc＝GSE116073)。总RNA提取根据Qiagen miRNeas试剂盒进行。RNA浓度使用Qubit荧光定量测定并且纯度通过RNA6000Bioanalyzer试剂盒(Agilent)测定。根据制造商的说明书，使用来自Illumina的TruSeq链mRNA样品制备(低通量方案)试剂盒构建RNA-Seq文库。1.2μg的总RNA的等分试样用于构建文库。最终的cDNA文库使用片段分析仪(Fragment Analyzer)(AdvancedAnalytical，爱荷华州安克尼)验证，并使用KAPA qPCR试剂盒(Kapa Biosystems，马萨诸塞州威明顿)定量。在流动池V4的8个测序泳道上，32个文库按每条泳道4个文库的组以相等的比例汇集，用NaOH变性并在集簇前稀释至16pM。分别在cBot和HiSeq 2500(Illumina，加州圣地亚哥)上进行集簇形成和引物杂交和单端读段、50个循环的测序。使用带有实时分析组件的HiSeq控制软件进行图像分析和碱基识别。使用Illumina的测序分析软件进行多路分解。使用来自伯拉罕研究所(Babraham Institute)的FastQC和Illumina软件SAV(测序分析查看器，Sequence Analysis Viewer)评估数据的质量。使用来自伯拉罕研究所的FastQScreen软件对潜在污染物进行研究。
为了研究剪接活动，使用了SUPPA v2.0.0，一种在Python 3.4中开发并且专门为这种方法而设计的工具。为了研究跨多个条件的剪接，执行了三个单独运行的模块化操作。第一步是从通常命名为GTF文件(通用传输格式)的注释文件中生成事件。第二步是从样品中定量事件包含水平(PSI)。最后，针对所有重复计算跨多个条件的差异剪接。
为了从输入注释文件(GTF格式)生成不同的可变剪接事件，该方法仅从GTF中的“外显子”行读取转录物和基因信息。然后它生成事件并输出‘ioe’文件，其含有每个事件与共享该特定事件的转录物之间的关系。具体地，它提供了对PSI计算的分子(事件的一种形式)和分母(事件的两种形式)有贡献的转录物。对于PSI值的生成，SUPPA读取第一步中生成的ioe文件和带有转录物丰度的转录物表达文件。
SUPPA计算剪接变化的幅度(ΔPSI)及其在生物条件下的显著性，每个条件使用四次重复。条件按指定为输入的依序顺序来分析。根据基因表达(测量为定义事件的转录物的表达)，通过比较条件之间观察到的ΔPSI与重复之间的ΔPSI分布来计算统计显著性。使用来自差异剪接分析的输出，将事件分为四大类：可变5’剪接位点(A5)，可变3’剪接位点(A3)，可变第一和最后外显子(Altexon)和保留的内含子(RI)。使用这种分类，使用固定在>0.4的非常严格的psi评分差截止值(ΔPSI)和p值<0.05，将在不同的样品比较中遇到的差异剪接事件分类。使用简单的Perl脚本从SUPPA输出建立原始计数表。
微小RNA阵列分析
使用miRNeasy试剂盒(Qiagen)按照制造商的方案从感染和未感染的PBMC样品中提取总RNA。使用Nanodrop分光光度计(ThermoFisher)测定RNA浓度。使用表达控制台指标进行质量控制。描述完整分析的完整详细报告已提交给GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi？acc＝GSE116148)。使用含从Affymetrix网络服务器下载的专用注释文件的Affymetrix表达控制台中的“RMA+DABG”归一化方法将所有miRNA阵列归一化。如果DABG p值小于0.05，则认为探针已表达，否则不表达。如果探针在3/4或更多的重复中表达，则认为在一种条件下表达了miRNA。最后，如果1)miRNA在A或B中表达；2)其倍数改变≥1.5；3)其配对t检验p值≤0.05，则miRNA被认为在条件A和B之间是差异表达的。
火山图是使用R生成的。它们显示了所有miRNA的M值(log2(倍数改变))和-log10(p值)，用于比较464_I vs.DMSO_I、464_NI vs.DMSO_NI和DMSO_I vs.DMSO_NI。显著(FC≥1.5和p值≤0.05)上调的miRNA以红色突出显示，并且下调的miRNA以绿色突出显示。
TaqMan低密度阵列(TLDA)
使用TaqMan Array Human MicroRNA组A和B(Life Technologies)对样品进行MicroRNA谱分析。每张TLDA卡检测了384个特征，包括377个人miRNA、三个内源性小RNA对照(其中一个一式四份)和一阴性对照。总计定量了754个人miRNA。按照制造商的说明书(MegaplexTM RT Primers和MegaplexTM PreAmp Primers，Life Technologies)进行逆转录和预扩增。每张TLDA卡使用添加到900μL的总混合物中的9微升稀释的预扩增产物。使用ViiA 7实时PCR系统进行实时定量PCR，并使用制造商的ViiATM软件收集数据。进一步使用Gene Expression Suite软件(Applied Biosystems)来处理阵列数据。自动阈值被单独检查并在必要时更正。
在数据预处理步骤中，HiSeq控制和实时分析软件实时自动生成图像分析、碱基识别和碱基识别质量。“脏”原始读段被定义为含有接头(adaptor)序列或高含量未知碱基的读段和低质量读段。在下游分析之前去除这些读段以减少数据噪声。过滤步骤如下：
RNA-seq文库的质量首先使用FastQC v0.11.5软件评价。使用FastQ ScreenContaminant寻找器来测试大量数据与代表潜在污染源的不同基因组的对齐。该软件生成显示与测试的不同基因组对齐的读段比例的图表。FastQ Screen使用Bowtie2对齐器。对每个样品的序列子集进行对齐。
然后，根据以下参数对读段进行标准质量控制(QC)和过滤标准：(1)修剪和清除与引物和/或接头对齐的读段，(2)一个读段中含有超过50％低质量碱基(质量值≤15)的读段，以及(3)含有超过10％未知碱基(N个碱基)的读段。使用名为Trimmomatic的程序来去除引物和质量差的读段。在过滤后，去除了短读段(<36bp)；剩余的读段称为”干净读段”，并以FASTQ格式存储。
一旦确信测序数据的质量，就开始将FASTQ文件中的干净读段与参考序列对齐。使用TopHat2 v2.0.8b工具针对人GRCh38参考基因组进行对齐。
TopHat2是一种剪接感知对齐器，它使用Bowtie2对齐器在计数映射到每个基因的读段之前对齐数据。Bowtie2行为已调整为通过将其设置为敏感来支持本地对齐。TopHat2输出被存储在包含所有对齐的BAM文件(accepted_hits.bam，通常)中。TopHat2输出还报告了对齐统计数据。由于然后需要使用SAM文件格式来对读段计数，因此BAM文件按名称分类并使用SAMtools-1.3.1软件转换为SAM格式。为了从每个文库中的映射读段计算基因水平原始计数，使用Python软件包HTSeq的工具htseq-count v0.6.1p1，其使用默认的联合计数模式。HTSeq软件包为每个文库生成原始计数表，需要其确定每个基因的表达水平。DEG(差异表达基因)筛选旨在发现样品之间差异表达的基因，并对其进行进一步的功能分析。基因表达水平和DEG由R软件和一套R软件包计算。我们选择集中精力并将统计分析限制在特定的文库，以概述和更深入地了解ABX464的影响。在工作中，决定比较DMSO对比DMSOi文库、ABX464对比DMSO文库以及464i对比DMSOi文库。此外，为了获得有意义的结果，在统计设计中，将4个供体视为生物学重复。
流式细胞术
在悬浮液中的来自不同供体的PBMC或CD4+T细胞用适当的抗人单克隆抗体(mAb)(均来自BioLegend)标记。使用FACS缓冲液(含有2％胎牛血清和0.05％叠氮化钠[NaN3]的PBS)进行洗涤和试剂稀释。所有采集均在Cyan ADP(Beckman Coulter)流式细胞仪上进行。数据使用FlowJo软件(俄勒冈州阿什兰)分析。细胞碎片和死细胞通过它们的光散射特性被排除在外。
未剪接和剪接的lncRNA 599-205的测量
使用Maxima First Strand cDNA合成试剂盒(ThermoFisher Scientific)用1μg的总RNA进行逆转录(RT)反应。在扩增之前进行基因组DNA消除，但仍然进行了不含酶的RT阴性对照，以确认不存在DNA污染。使用
Figure BDA0003222813680001261
480SYBR Green I Master Mix(Roche)和以下引物进行qPCR：总lncRNA 599-205Fwd(CCCTCCACCACTTGGGAC)和总lncRNA599-205Rev(GACCTGGGGATTCAGCCTTC)，未剪接的lncRNA 599-205Fwd(GAACAAAGAGCCTTTGGAAGAC)和未剪接的lncRNA 599-205Rev(GGAAGGGACCACAGCATC)，剪接的lncRNA 599-205Fwd(CACTCAGCGATGGAGGAAA)和剪接的lncRNA 599-205Rev(CCAATCACACAGACAATGAGATAAC)，内部对照β-肌动蛋白Fwd(GTGAAGGTGACAGCAGTCGGTT)和β-肌动蛋白Rev(GAAGTGGGGTGGCTTTTAGGA)。扩增运行条件如下：95℃(10秒)，58℃(30秒)和72℃(30秒)，持续40个循环。
结果
1.ABX464生成剪接的HIV RNA变体
为了对由ABX464调节的病毒转录事件进行谱分析并从而评估HIV转录组的完整深度，采用了最近描述的靶向RNA捕获和测序策略(RNA CaptureSeq)。该策略涉及跨HIV基因组构建平铺阵列，针对该阵列将cDNA杂交、洗脱和测序。RNACaptureSeq类似于以前的溶液内捕获方法和外显子组测序方法，但与深度测序技术结合时，提供饱和覆盖并允许罕见和未注释的HIV转录物的稳健组装。
来自6个HIV阴性供体的PBMC被YU-2株感染，然后用ABX464处理。我们的方案导致轻度感染，在感染后第8天(dpi)不导致细胞死亡，并且病毒复制被5μM的ABX464抑制70％以上(图1B)。在未处理或用ABX464处理的受感染细胞中捕获cDNA后，使用Illumina测序装置制备和测序文库。为了突出ABX464诱导的潜在新剪接事件，使用定制的生物信息学管道，主要步骤包括组装来自靶向RNA测序读段的假定转录物以构建重叠群(Illumina配对末端2×75bp)(图6A和B)。然后将假定转录物(重叠群)映射到HIV基因组。分析中使用的HIV谱分析数据集产生了高的序列覆盖率(对于9kb的基因组，200万至3000万个读段)，允许对HIV剪接变体的深度定量。能够在大范围的转录物丰度内可靠地定量每个HIV可变剪接，并表明虽然ABX464处理导致剪接增强，但相比其他，ABX464不利于产生任何剪接变体(图1C，表III)。
为了测试ABX464增强的剪接是否产生新的病毒RNA变体，过滤和分析剪接事件。在将重叠群映射到YU-2株的基因组后，后者被用作新HIV转录物的附加集簇和组装的锚点。经剪接的对齐产生的部分基因结构每当共享跨越内含子病毒序列的连续剪接位点时合并。如此形成的上层结构对应于所有可能的HIV基因结构，其中每个完整的外显子都由至少一个对齐支持。在HIV转录物水平上，这导致了超组装的形成，其中每个超组装都是与预测的超结构匹配的初始重叠群的合并。值得注意的是，重叠群与HIV-1基因组序列的连接以及合并的重叠群中所有剪接位点一致的要求，排除了虚假超组装的形成。图1C和表III呈现了合并为每个供体形成一个超组装的重叠群数量的分布。尽管在ABX464处理的所有样品中，大多数组装的重叠群(90％)对应于剪接的RNA(图1C、表IV和图7)或含有可以从内含子释放的gag-pol序列的小RNA，但在未处理的样品中，剪接的RNA占小部分(小于24％)并且大多数重叠群对应于全长未剪接的病毒RNA(大于74％)(图1C、表IV和图7)。该结果表明ABX464优先在受感染的PBMC中产生剪接的HIV RNA变体，这会损害随后全长HIV-1前体-mRNA的合成和感染性颗粒的组装，从而导致病毒复制的抑制。
有趣的是，ABX464处理产生的剪接变体中的一者(图1A和D)存在于被YU-2和Ada-M株两者感染的细胞中，并且在被ABX464强烈抑制的HIV-1B和C亚型中未检测到其序列中的多态性。此外，这种新的剪接变体是使用长读段测序检测到的，这证明了这种方法在描绘复杂和罕见的剪接同种型并估计它们的相对丰度方面具有额外准确性。这种新的RNA变体可以产生免疫原性肽或对含有前病毒DNA的细胞有毒。这与在用ABX464治疗的HIV患者中观察到的病毒载量减少和病毒DNA水平降低(ABIVAX，文件中的数据)一致。因此，ABX464不仅增强了HIV RNA的剪接，而且还产生了新的HIV剪接变体。
表III显示了来自未处理的(D1_DMSO、D4_DMSO、D5_DMSO、D6_DMSO、D7_DMSO和D8_DMSO)或用ABX464处理的(D1_464、D4_464、D5_464、D6_464、D7_464和D8_464)感染YU2株的PBMC的读段组装和重叠群计数。
表IV显示了来自未处理的(D1_DMSO、D4_DMSO、D5_DMSO、D6_DMSO、D7_DMSO和D8_DMSO)或用ABX464处理的(D1_464、D4_464、D5_464、D6_464、D7_464和D8_464)感染YU2株的PBMC的Gag、Pol、vif、vpr、tat、rev、vpu和env的完整mRNA或剪接RNA转录物的重叠群计数。
表III.
Figure BDA0003222813680001281
表IV.
YU2文库 完整_mRNA Gag Pol Vif vpr tat rev vpu env
D1_DMSO 123 6 9 2 6 2 2 5 3
D4_DMSO 174 6 12 5 5 7 9 11 8
D5_DMSO 194 6 7 6 4 8 11 5 10
D6_DMSO 80 3 10 3 2 8 2 4 2
D7_DMSO 146 6 6 2 7 2 8 3 6
D8_DMSO 166 8 4 9 2 4 3 10 4
D1_464 11 18 67 32 14 16 23 7 59
D4_464 13 42 61 34 14 18 21 5 42
D5_464 6 25 17 15 9 19 17 13 37
D6_464 32 13 14 16 12 15 9 11 13
D7_464 15 19 12 12 11 18 12 11 35
D8_464 6 26 35 25 12 24 29 17 42
2.ABX464不影响细胞剪接
为确保ABX464特异性地作用于HIV剪接并且不显著或全局影响人基因的剪接事件，使用高通量RNAseq方法。HIV感染的许多全基因组表达研究都是基于对总外周血单核细胞(PBMC)的分析，PBMC由十多个细胞亚群组成，包括T细胞、B细胞、NK细胞和单核细胞。为了避免特定细胞亚群的特异性基因表达信号被来自其他细胞的信号稀释并从而降低这种方法的特异性，使用来自4个供体的PBMC的经纯化的CD4+T细胞。CD4+T细胞未感染或感染YU-2株，并且未处理或用ABX464处理6天，然后是高通量RNAseq。样品的每个原始数据集含有4千4百万至1.05亿个单末端读段(50bp)，每个样品平均大约有6000万个原始读段(图2A)。超过97％的碱基的质量评分≥Q20。大约98％的总原始读段被映射到人基因组序列(GRCh38)，每个样品平均提供6000万个人读段用于进一步分析。随后使用内部软件包套件分析正确映射(约占总输入读段的98％)到基因和转录物位置(GTF注释文件)的读段(图2A)，用于转录物丰度归一化和评价。多维尺度分析(MDS)是无监督的全局分析方法，并且可用于降低基因表达数据的维数(图2B)。MDS最小化维度，保留数据点之间的距离，并允许将多维基因数据投影到解释其大部分差异的仅两个或三个新维度上。因此，例如根据各个数据点之间的相似性，可以直观地解释数据中的主要趋势。在没有任何异常值的情况下，基因表达数据的MDS显示不同的供体很好地分离并分布到感染或未感染的DMSO(未处理)和ABX464处理中。显示的差异是供体依赖性的(由供体集簇)但不依赖于处理(没有与不同处理相关的数据结构)，这表明ABX464分子没有诱导CD4+T细胞基因表达的主要差异(图2B)。
为了粗略估计感染和未感染的CD4+T细胞中由ABX464调节的可变剪接事件，比较源自跨不同样品的外显子-外显子边界的连接点读段计数(图2C)。虽然读段与外显子连接点的对齐纯属巧合，但没有观察到与跨任何样品的处理和未处理的CD4+T细胞(无论是感染还是未感染)之间的外显子-外显子边界相对应的总读段数的总差(图2C)。为了对这些CD4+T细胞中的可变剪接进行更具统计资格的评估，按照跨多个条件的差异剪接分析方法，称为SUPPA(用于可变剪接分析的超快速管道)。可变剪接事件分为五个主要组：可变5’剪接位点(A5SS)，可变3’剪接位点(A3SS)，可变第一和最后外显子(Alt外显子)和保留的内含子(RI)(图2C)。计算每个样品的每个转录物变体的“百分比剪接指数(psi)”评分(ψ评分)。使用严格的截断值，来自未处理样品的ψ评分差固定在0.4，并且p值固定在0.05，因为用ABX464处理后诱导的差异剪接事件被认为是显著的。图2C和表I中显示了5个可能的AS事件中每一者的有意义事件的数量。未检测到开关样事件，其中psi评分差恰好为1或-1。接下来计算了未感染的对比感染的CD4+T细胞中转录物的ψ评分(图2C)。与ABX464处理的样品相比时，在感染的或未感染的T CD4+样品中未检测到开关样事件(图2C)。用ABX464处理的感染的和未感染的CD4+T细胞之间的常见和差异剪接事件的确切数量非常低(少于10个事件，表I)，同时在干细胞中只耗竭NCBP1(核帽结合蛋白亚基1)(CBC的一个组分)50％产生了很大的变化，81个Alt外显子、12个A 5’SS、10个A 3’SS和206个IR事件(图2C)。高水平的IR表明CBC复合物是防止未剪接的RNA积累的主要组分，因为大多数未剪接的转录物将被无义介导的衰变(NMD)降解。4个供体中ABX464和DMSO条件之间常见的高表达基因B2M的外显子覆盖读段的比较显示，ABX464没有增加B2M中的剪接事件(图2D)。总之，ABX464处理没有诱导转录物的可变剪接，因此ABX464没有显著改变活化的CD4+T细胞中基因表达的潜力。与该结果一致，在ABX464处理6天后，对来自7个供体的经纯化的活化CD4+T细胞或PBMC的FACS分析未显示CCR6/CXCR3或CD45/CCR7(分别为Th17/Th1和效应记忆细胞)亚群的任何变化(图8)。
下表I列出CD4 T细胞中的剪接事件：感染的vs未感染的(DMSO_I vs DMSO)、用ABX464处理的未感染的vs未感染的和未处理的(464vs DMSO)以及用ABX464处理的感染的vs感染的和未处理的(464_I vs DMSO_I)。
表I.
Figure BDA0003222813680001311
Figure BDA0003222813680001312
Figure BDA0003222813680001313
Figure BDA0003222813680001321
3.ABX464不改变细胞基因表达
为了确定ABX464是否诱导感染的细胞的转录组的数量变化，从RNAseq数据中测量了转录水平(参见图6的管道)。在所有样品中检测到超过60000种不同的转录物。在每百万归一化计数(CPM)后，每个样品的转录物都被过滤掉，CPM的覆盖截断值>5；也就是说，如果基因对于样品中的每百万个映射读段有至少五个计数，则认为该基因在此样品中表达。由于该实验使用了四个供体，因此每种条件都可用四个重复(感染/未感染的细胞有/没有ABX464处理)，并且如果在所有重复中基因表达为每百万个映射读段有至少五个计数，则认为该基因已表达。按照这些选择标准，最终得到了所有样品共有的转录物列表，包括11700个不同的转录物，每个转录物的原始计数平均约为3000个。使用合格基因的CPM值，为每个供体生成全局表达图。在研究中使用的轻度感染条件下，没有检测到基因表达的强烈变化，只有15个基因被下调以响应未处理的样品中的感染(图2E上图，表II)。ABX464处理导致感染的样品中9个基因上调，以及未感染的样品中6个下调和7个上调的基因(分别为图2E中图和下图；表II)，表明ABX464处理对基因表达的轻微影响(图2E)。ABX464处理后上调的六个基因在感染和未感染的样品之间共享，表明这种上调是由ABX464处理介导的并且与感染无关。六个基因中的三个(TOR1AIP2、SCML1和PPP1R2)具有3以上的倍数改变，且p值为10-5。有趣的是，TOR1AIP2是被认为调节蛋白质折叠以及细胞内运输的蛋白质，最近被证明限制HIV复制的后期步骤并且因此可能是ABX464诱导的变化的效应物。
下表II列出了在T CD4细胞中调节的基因：感染的vs未感染的(DMSO_I vs DMSO)、用ABX464处理的未感染的vs未感染的和未处理的(464vs DMSO)以及用ABX464处理的感染的vs感染的和未处理的(464_I vs DMSO_I)。上调基因呈粗体，并且下调基因呈斜体。
表II.
Figure BDA0003222813680001331
Figure BDA0003222813680001341
Figure BDA0003222813680001351
4.ABX464上调miR-124
由于ABX464靶向的CBC复合物参与非编码小RNA的生物发生，并且迄今为止的全局分析不包括这些，所以决定评价miRNA或小核仁RNA(snoRNA)是否受到ABX464的差异调节。对来自6个供体的PBMC的这些RNA进行微阵列分析。将用YU-2株感染、然后用ABX464处理的细胞与未感染和未处理的对照比较。与未感染的PBMC相比，共有104个人miRNA和40个snoRNA在感染的PBMC中显著差异表达(数据未提供)，错误发现率低于0.05并且倍数改变高于1.5。聚类分析显示，基于差异表达的miRNA的表达谱，感染和未感染的样品完全分离(图3A)。虽然感染导致小非编码RNA的表达的这种显著变化(图3A，左图)，但ABX464处理在感染和未感染的细胞中诱导了单个微小RNA(miR-124)的可重复上调(分别是图3A中图和右图)。为了证实该结果，使用了微小RNA谱分析的另一方法，即TaqMan低密度阵列(TLDA)，它基于逆转录实时PCR，具有760种miRNA的筛选能力(图9A)。再次，仅观察到miR-124被ABX464上调。此外，从5个供体的感染和未感染的PBMC中分离的总RNA的定量PCR表明，感染导致miR-124表达略微降低(图3B，在图3A的总分析中也可见)，但用ABX464处理导致感染和未感染的细胞中miR-124的显著上调(图3B)。接下来，确定在PBMC中观察到的miR-124对ABX464处理的响应是否可以归因于特定的细胞类型。使用经纯化的CD4+、CD8和巨噬细胞，发现ABX464处理导致淋巴细胞中miR-124的上调(图3C)，但在单核细胞衍生的巨噬细胞中没有，其中miR-124的表达是不可检测的(图3C，图9B)。最后，证明了miR-124的这种上调对ABX类小分子具有特异性，因为其他抗逆转录病毒剂(例如马拉韦罗、依法韦仑、地瑞那韦和AZT)没有上调PBMC中miR-124的表达，而ABX530是具有与ABX464相同的特性的分子，将miR-124的上调诱导至与ABX464相似的程度(图3D)。
近年来，miR-124已成为免疫和炎症的关键调节剂。已知miR-124既是中枢神经系统中小胶质细胞静止的关键调节剂，也是单核细胞和巨噬细胞激活的调节剂。miR-124在先天性和适应性免疫响应中也起着关键作用。特别是，通过减少IL-6、TNF-α和MCP-1的产生，miR-124被证明是胆碱能抗炎性作用的关键介质。有趣的是，IL-6、TNF-α和MCP-1在常用的DSS诱导的实验小鼠结肠炎模型中是上调的，而ABX464降低了这些促炎细胞因子的表达。持续的免疫激活和全身炎症也在HIV疾病的发病机制中发挥核心作用。许多用抗逆转录病毒疗法(ART)治疗的HIV感染个体表现出与非AIDS有关的发病率和死亡率相关的残留炎症。基于观察到PBMC或CD4+T细胞的HIV感染后miR-124表达下调，以及随后用ABX464处理上调，决定检查是否在经历抗逆转录病毒疗法(ART)的HIV患者中观察到类似的miR-124表达调节。由于接受联合ART的患者中的慢性炎症状态主要与受损的肠道相关的淋巴组织的程度有关，因此在经历ART并用ABX464治疗的HIV感染患者(N＝9个)的直肠活检物中监测了miR-124表达。与来自健康供体的结肠活检物中的miR-124表达相比，用ART治疗的HIV患者(N＝10个)中的miR-124表达下调。用ABX464治疗28天将miR-124的表达恢复到健康供体的水平(图3E)。当ABX464治疗停止28天时，miR-124的表达下降达到治疗前见到的水平(图9C和D)，表明观察到的表达变化是特别由ABX464引起的。因此，ABX464在体外和HIV患者中调节miR-124的表达。
5.在miR-124-1基因座处的长非编码RNA的ABX464诱导的剪接导致miR-124上调
miR-124由位于人8号和20号染色体上的三个独立基因miR-124-1、miR-124-2和miR-124-3编码(图4A)。为了确定这些基因中的哪些是由ABX464诱导的，采用了靶向RNACaptureSeq来评估转录组的完整深度。RNA CaptureSeq增加的测序深度与从头开始转录物组装一起用于确定哪个基因座受ABX464治疗的影响(图4A和B)。重建了在捕获前RNA-Seq数据中组装的所有转录物，具有相似的转录物覆盖率一致性(100％的转录物链重建；图4A和B)。在感染和未感染的PBMC中，未处理的以及ABX464处理的样品的总读段数在200万至3000万之间变化(表V)。处理的样品中编码miR-124的三个基因座的读段数比未处理的样品的高4至12倍(图4B，表V)，证实ABX464导致miR-124的大量增加。相比之下，ABX464对位于miR-124区域外的miR-429的表达没有影响(图4B)，再次显示了ABX464在靶向miR-124方面的特异性。
来自每个基因座10-kb区域的大部分对齐读段源自miR-124-1和miR-124-3，而来自miR-124-2的对齐读段数即使在ABX464处理后也相当低(图4B)。ABX464对miR-124表达的影响在miR-124-1基因座中最为显著(图4B)。处理的样品中来自miR-124-1基因座的所有映射读段与miR-124及其周围的2kb区域对齐。对该区域的仔细检查表明，miR-124序列嵌入在miR-124-1基因座处的长非编码RNA(lncRNA 0599-205)中(图4A和C)。
RNA CaptureSeq的测序深度使得能够从头开始组装表现出复杂剪接模式阵列的转录物。这种方法揭示了lncRNA 0599-205的剪接被ABX464激活，并且这种剪接在未处理的样品中不存在(图4C和D)。未处理的样品中的大多数重叠群与未剪接的lncRNA 0599-205对齐。映射该lncRNA的剪接连接点(J1、J2、J3和J4)和外显子-外显子连接点(J5和J6)处的读段，允许对处理的样品中剪接和未剪接的RNA定量(图4D)。在用ABX464处理8天后，认为有足够的时间让转录物达到稳态水平，未剪接的RNA的水平比剪接的RNA的水平高9倍。由于剪接的RNA比未剪接的RNA更稳定，必须考虑剪接的lncRNA 0599-205是miR-124上调的来源并因此变得不太稳定。与该预测一致，发现miR-124的产生(仅映射到85bp miR-124区域的读段)弥补了剪接的lncRNA 0599-205的缺乏(图4D)。
表V显示了未处理的(D1_DMSO、D4_DMSO、D5_DMSO、D6_DMSO、D7_DMSO和D8_DMSO)或用ABX464处理的(D1_464、D4_464、D5_464、D6_464、D7_464和D8_464)PBMC中编码miR-124；mir124.1、mir124.2和mir124.3的三个基因的读段计数。
表V.
LIB名称 总读段 mir124.1 mir124.2 mir124.3
D1_DMSO 4 879 559 116164 2580 21900
D4_DMSO 30 505 238 51798 1204 5306
D5_DMSO 1 939 172 16352 1440 11709
D6_DMSO 4 385 103 13294 5358 8498
D7_DMSO 7 279 017 45480 17676 55708
D8_DMSO 8 381 026 30950 8830 18253
D1_464 7 884 109 4014 704 6439
D4_464 30 363 868 7114 4 701
D5_464 26 874 233 4748 4222 21941
D6_464 2 927 628 324 362 2542
D7_464 14 803 409 2486 2326 14460
D8_464 17 386 693 1088 5452 7772
6.lncRNA 0599-205的剪接是产生miR-124所需的
为了直接评估lncRNA 0599-205对miR-124产生的贡献，将8号染色体的基因组序列从lncRNA 0599-205的9903167到9904210克隆到质粒载体中(图5A)。可以在转染的HeLa细胞中轻松检测到lncRNA 0599-205的剪接和未剪接的转录物(图5B)。然而，未能检测到转染的HeLa细胞中miR-124响应于ABX464处理的上调，因为在HeLa细胞中剪接被最大化并且CBC复合物在转录位点处有影响(图5B)。然而，将质粒瞬时转染到HeLa细胞中导致miR-124水平显著(1250倍)提高(图5C，左图)。相反，当lncRNA 0599-205的剪接位点被突变时，仅检测到微量的miR-124(图5C，左图)。与未剪接的lncRNA 0599-205稳定性较差的事实一致，突变的lncRNA 0599-205的量低于野生型(图5C，右图)。总之，结果表明lncRNA 0599-205的剪接是产生mir-124的先决条件。
讨论
我们的研究为ABX464在治疗的UC患者中上调抗炎症miR-124和抑制HIV患者中病毒复制的作用机制提供了新见解。ABX464结合CBC(ABIVAX，文件中的数据)，CBC是刺激加帽RNA加工反应(包括它们的剪接、3’端形成、降解和运输)的复合物。鉴于CBC被认为结合所有类型的m7G加帽RNA，包括mRNA的前体和成熟形式、稳定的长非编码RNA(lncRNA)、非腺苷酸化组蛋白RNA和剪接体小核RNA(snRNA)的前体，因此了解ABX464与CBC复合物的结合如何实现其特异性是很重要的。HIV RNA和lncRNA 0599-205两者的剪接变异均由ABX464稳健地诱导。我们不知道这是什么原因。可能是表征两种转录物的弱剪接位点位于ABX464-CBC复合物诱导这些剪接事件的起点处。在被输出到细胞质之前，大多数人蛋白质编码基因被剪接，如果不是，它们在细胞核中被降解，而在细胞质中，先导轮的翻译对于mRNA质量控制很重要。lncRNA 0599-205像细胞中的任何RNA一样会被降解或停留在其转录位点，这是许多长编码RNA的情况。miR-124序列位于lncRNA 0599-205的第3个外显子处，这也是特殊情况，因为大多数微小RNA通常根据其基因组位置被归类为“基因间的”或“内含子间的”。已知基因间miRNA被转录为独立的转录单元，而内含子间miRNA被认为是从其宿主转录单元的内含子加工而来的，并因此与其宿主基因共享共同的调控机制和表达模式。由于ABX464治疗不诱导除miR-124以外的任何微小RNA变异并且可能具有微小RNA的基因表达变化非常小，因此认为ABX464-CBC相互作用诱导了病毒RNA和miR-124生物发生的特异性作用。这后一点也可以通过以下事实得到证明：miR-124由3个基因座转录，但只有miR-124.1基因座受ABX464治疗的影响，并且还有lncRNA 0599-205的剪接是产生miR-124所需的(图5)。
核帽功能由CBP80和CBP20蛋白介导，它们与新生RNA共转录缔合。CBP20通过其经典的RNA识别基序(RRM)直接与m7G帽相互作用，而CBP80确保完整CBC的高亲和力结合并提供与其他因子相互作用的平台。已经证明ABX464通过结合CBC而阻止病毒复制所需的未剪接的病毒RNA产生，并诱导从lncRNA-0599-205产生miR-124。然而，ABX464对细胞剪接的影响微不足道。因此，ABX464充当病毒剪接而非细胞剪接的增强剂。ABX464的结合可能改变CBC的构象，以使CBP80与剪接因子有效相互作用，并从而使得更有效地识别病毒剪接位点。众所周知，HIV RNA具有次优剪接位点，以允许在感染后期抑制9kb初级转录物的剪接。相比之下，大多数细胞基因需要剪接才能表达，并且未剪接的含内含子的转录物保留在细胞核中，在那里它们被降解。NCBP1耗竭50％导致未剪接的IR转录物上调，证实了CBC在NMD中的参与。ABX464确保病毒HIV RNA被剪接(因为它是从类似于细胞中任何基因的整合前病毒DNA转录的)，输出的和未剪接的病毒RNA被降解(大概是通过NMD)。ABX464没有改变任何CBC功能，因此预计ABX464没有通过结合CBC复合物而改变细胞中的一般RNA生物发生。然而，对HIV感染或免疫细胞激活下的CBC复合物知之甚少。发现ABX464结合至CBC并诱导免疫细胞的特异性变化；通过调节剪接0599-205长编码RNA的miR-124过表达和增强HIV RNA的剪接，将很有助于理解CBC在HIV感染和炎症下的参与。
使用最大熵(MaxEnt)对剪接位点强度的预测表明，与其他剪接位点相比，lncRNA0599-205的外显子2和内含子2之间的5’剪接位点非常弱(表VI)。由于质量控制机制和CBC介导的控制，未剪接的lncRNA 0599-205无法离开细胞核，因此可能除了完整剪接转录物的其他功能特性之外，剪接的lncRNA 0599-205构成miRNA储存形式。这种储存可以通过未剪接的lncRNA 0599-205的低转录和降解活性并且在正常条件下仅产生低水平的成熟miR-124释放来维持。事实上，当lncRNA 0599-205未剪接时，其命运与其他短命的转录物相似，易受到称为CBC-NEXT的CBC复合体的影响，后者经由核RNA外泌体促进RNA降解。一致地，lncRNA 0599-205的剪接是产生miR-124的先决条件。lncRNA 0599-205的剪接对于稳定成熟转录物以供微小RNA加工机制识别并由此产生miR-124很重要。因此，ABX464治疗可以通过lncRNA 0599-205剪接快速释放大量miR-124，而不需要lncRNA 0599-205基因座的转录激活。在HIV患者中，这可能是ABX464治疗后miR-124上调的机制(图3E)。
含有大量过量的剪接因子的HeLa细胞分别从转染的HIV和lncRNA 0599-205构建体有效地产生HIV病毒RNA剪接产物和大量miR-124。因此，ABX464不妨碍CBC在剪接中的正常功能，而是使其更有效。由于病毒基因而非细胞基因需要病毒复制的未剪接状态，并且lncRNA 0599-205的剪接可以影响miR-124表达，因此ABX464抑制了病毒复制并诱导抗炎性miR-124表达。在不同细胞和系统中的大量研究发现，miR-124是炎性和免疫响应的关键调节剂。ABX464上调感染患者中的miR-124表达的发现可能是治疗与HIV患者的非AIDS有关的发病率和死亡率相关的残留炎症的主要优势。在许多情况下，miR-124充当炎性信号的负调节物，从而提供负反馈以帮助维持体内平衡。此外，用ABX464治疗的溃疡性结肠炎患者也表现出miR-124的提高并显示出ABX464的稳健且一致的功效信号的证据。因此，ABX464是不仅具有针对HIV的治疗潜力、还具有针对炎性疾病的治疗潜力的小分子。
表VI显示了使用最大熵(MaxEnt)对剪接位点强度的预测。外显子1-内含子1-外显子2(外显子1-外显子2ss)和外显子2-内含子2-外显子3(外显子2-外显子3ss)边界处的5’剪接位点和3’剪接位点的MAXENT评分。
表VI.
Figure BDA0003222813680001411
序列
SEQ ID N°1
Figure BDA0003222813680001421
SEQ ID N°2
Figure BDA0003222813680001422
SEQ ID N°3
Figure BDA0003222813680001423
序列表
<110> ABIVAX公司
国家科学研究中心
居里研究所
蒙彼利埃大学
<120> 生物标志物及在治疗病毒感染、炎症、或癌症中的用途
<130> PR86007
<150> EP18306784
<151> 2018-12-20
<160> 18
<170> BiSSAP 1.3.6
<210> 1
<211> 193
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 新的假定mRNA序列
<400> 1
ggaaaatctc tagcagtggc gcccgaacag ggacttgaaa gcgaaaggaa aaccagagga 60
gctctctcga cgcaggactc ggcttgctga agcgcgcacg gcaagaggcg aggggcggcg 120
actggaagaa gcggagacag cgacgaagac ctcctcagga cagtcagact catcaaagtt 180
ctctatcaaa gca 193
<210> 2
<211> 124
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子1: 615-739
<400> 2
ggaaaatctc tagcagtggc gcccgaacag ggacttgaaa gcgaaaggaa aaccagagga 60
gctctctcga cgcaggactc ggcttgctga agcgcgcacg gcaagaggcg aggggcggcg 120
actg 124
<210> 3
<211> 69
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子2: 5976-6045
<400> 3
gaagaagcgg agacagcgac gaagacctcc tcaggacagt cagactcatc aaagttctct 60
atcaaagca 69
<210> 4
<211> 23
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 共有3'ss序列
<400> 4
ugucccuuuu uuuuccacag cug 23
<210> 5
<211> 23
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子1-外显子2 3'ss 序列
<400> 5
uccuccuuuc cuuuccucag gag 23
<210> 6
<211> 22
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子2-外显子3 3'ss 序列
<400> 6
uccuccuuuc cuuccucagg ag 22
<210> 7
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物总lncRNA 599-205 Fwd
<400> 7
ccctccacca cttgggac 18
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物总lncRNA 599-205 Rev
<400> 8
gacctgggga ttcagccttc 20
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物未剪接的lncRNA 599-205 Fwd
<400> 9
gaacaaagag cctttggaag ac 22
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物未剪接的lncRNA 599-205 Rev
<400> 10
ggaagggacc acagcatc 18
<210> 11
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物剪接的lncRNA 599-205 Fwd
<400> 11
cactcagcga tggaggaaa 19
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物剪接的lncRNA 599-205 Rev
<400> 12
ccaatcacac agacaatgag ataac 25
<210> 13
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物内部对照β-肌动蛋白Fwd
<400> 13
gtgaaggtga cagcagtcgg tt 22
<210> 14
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物β-肌动蛋白Rev
<400> 14
gaagtggggt ggcttttagg a 21
<210> 15
<211> 1164
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> lncRNA 0599-205
<400> 15
tcttcttcct ctctctctct ctctctctgt ctctctctct ctcgtctctc ttcctttccc 60
ccctccacca cttgggacct gagcgagagg actgcagcag gcgagttccg gaaggctgaa 120
tccccaggtc ccagccccgg accgcggcaa ctcgcccctg cggcacgccc ggcccggctg 180
cgcccccact cagcgatgga ggtaaagagg cggcggccgc gcgccctgcc ccggctgccg 240
ctgccgagtc cccgctgctc tccttgtcct tcgctctctt cttcctcctc ctagtcccct 300
tcagtttcct gggcgaagca gagggcgaca tgggtgggtg ggttgctgcg ctggggcgag 360
gtggggtcga tgttgttttt tcattgtctg gagctgcagg ggaggcgagg cgcggggaaa 420
ggggcgaggg gagccggggt aattaacacg ggggaggcac ccctccgtct cccacttcca 480
cccacacccc catccctcca ccccctccgc tttgcaggaa aaagcctgga tgcgaaagga 540
tgggggagaa caaagagcct ttggaagacg tcgctgttat ctcattgtct gtgtgattgg 600
gggagctgcg gcggggagga tgctgtggtc ccttcctccg gcgttcccca cccccatccc 660
tctccccgct gtcagtgcgc acgcacacgc gccgcttttt atttcttttt cctggttttc 720
ttattccatc ttctacccac ccctcttcct ttctttcacc tttccttcct tccttcctcc 780
tttccttcct caggagaaag gcctctctct ccgtgttcac agcggacctt gatttaaatg 840
tccatacaat taaggcacgc ggtgaatgcc aagaatgggg ctggctgagc accgtgggtc 900
ggcgagggcc cgccaaggaa ggagcgaccg accgagccag gcgccctccg cagacctccg 960
cgcagcggcc gcgggcgcga ggggaggggt ctggagctcc ctccggctgc ctgtcccgca 1020
ccggagcccg tggggtgggg aggtgtgcag cctgtgacag acaggggctt agagatgcaa 1080
acagactcag ggagagaaac agaagctgat tctgtgacag aagcagatct gtgcagcaca 1140
gatgcggtgt gcgtggggag gggg 1164
<210> 16
<211> 141
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子1 lncRNA
<400> 16
ccctccacca cttgggacct gagcgagagg actgcagcag gcgagttccg gaaggctgaa 60
tccccaggtc ccagccccgg accgcggcaa ctcgcccctg cggcacgccc ggcccggctg 120
cgcccccact cagcgatgga g 141
<210> 17
<211> 93
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子2 lncRNA
<400> 17
gaaaaagcct ggatgcgaaa ggatggggga gaacaaagag cctttggaag acgtcgctgt 60
tatctcattg tctgtgtgat tgggggagct gcg 93
<210> 18
<211> 311
<212> RNA
<213> 智人
<220>
<223> 外显子3 lncRNA
<400> 18
gagaaaggcc tctctctccg tgttcacagc ggaccttgat ttaaatgtcc atacaattaa 60
ggcacgcggt gaatgccaag aatggggctg gctgagcacc gtgggtcggc gagggcccgc 120
caaggaagga gcgaccgacc gagccaggcg ccctccgcag acctccgcgc agcggccgcg 180
ggcgcgaggg gaggggtctg gagctccctc cggctgcctg tcccgcaccg gagcccgtgg 240
ggtggggagg tgtgcagcct gtgacagaca ggggcttaga gatgcaaaca gactcaggga 300
gagaaacaga a 311

Claims (27)

1.SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为HIV感染、或者HIV感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的用途。
2.SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为用于评估治疗HIV感染的化合物的生物效应的生物标志物的用途。
3.SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为用于筛选预防和/或治疗HIV感染的化合物或疫苗的生物标志物的用途。
4.治疗性治疗用于治疗HIV感染的用途，其中，SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体用作HIV感染、或者所述治疗性治疗的功效的生物标志物。
5.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症、或者炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的用途。
6.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于评估化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的生物标志物的用途。
7.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于筛选治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的化合物或医疗装置的生物标志物的用途。
8.治疗性治疗用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的用途，其中，在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205用作炎性疾病、病症或疾患、或癌症、或者所述治疗性治疗的功效的生物标志物。
9.治疗性治疗用于治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的用途，其中，miR-124用作炎性疾病、病症或疾患或癌症、或者所述治疗性治疗的功效的生物标志物。
10.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于选择治疗性治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的患者的生物标志物的用途。
11.miR-124作为用于选择治疗性治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的患者的生物标志物的用途。
12.根据权利要求1、4和8-11中任一项所述的用途，其中，所述治疗性治疗是式I的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure FDA0003222813670000021
其中：
Z是C或N；
V是C或N；
Figure FDA0003222813670000022
意指芳香环，其中，V是C或N，并且当V是N时，V在相对于Z的邻位、间位或对位；
每个R独立为氢、卤素、-CN、羟基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C3)氟烷氧基、(C3-C6)环烷基、-NO2、-NR1R2、(C1-C4)烷氧基、苯氧基、-NR1-SO2-NR1R2、-NR1-SO2-R1、-NR1-C(＝O)-R1、-NR1-C(＝O)-NR1R2、-SO2-NR1R2、-SO3H、-O-SO2-OR3、-O-P(＝O)-(OR3)(OR4)、-O-CH2-COOR3、(C1-C3)烷基，所述烷基任选地被羟基基团、式(IIa)的基团：
Figure FDA0003222813670000023
或式(IIIa)的基团：
Figure FDA0003222813670000024
单取代或二取代；
Q是N或O，条件是当Q是O时，R”不存在；
R1和R2中的每一者独立为氢或(C1-C3)烷基；
R3和R4中的每一者独立为氢、Li+、Na+、K+、N+(Ra)4或苄基；
n是1、2或3；
n’是1、2或3；
每个R’独立为氢、(C1-C3)烷基、羟基、卤素、-NO2、-NR1R2、吗啉基、吗啉代、N-甲基哌嗪基、(C1-C3)氟烷基、(C1-C4)烷氧基、-O-P(＝O)-(OR3)(OR4)、-CN、式(IIa)的基团：
Figure FDA0003222813670000031
或式(IIIa)的基团：
Figure FDA0003222813670000032
A是共价键、氧或NH；
B是共价键或NH；
m是1、2、3、4或5；
p是1、2或3；
Ra和Rb中的每一者独立为氢、(C1-C5)烷基或(C3-C6)环烷基，或
Ra和Rb与它们所连接的氮原子一起形成饱和的5-或6-元杂环，所述杂环任选地被一个或多个Ra取代，条件是当R’是基团(IIa)或(IIIa)时，仅当其他R’基团不同于所述基团(IIa)或(IIIa)时，n’是2或3；和
R”是氢、(C1-C4)烷基或如本文定义的式(IIa)的基团。
13.根据权利要求12所述的用途，其中，所述化合物选自式Ia-Id或其药学上可接受的盐：
Figure FDA0003222813670000033
14.根据权利要求12或13所述的用途，其中，所述化合物是ABX464或其药学上可接受的盐。
15.根据权利要求1、4或8-11中任一项所述的用途，其中，所述治疗性治疗是式IV的化合物或其药学上可接受的盐：
Figure FDA0003222813670000041
其中，变量V、Z、R、R’、n和n’中的每一者如权利要求8所述。
16.根据权利要求15所述的用途，其中，所述化合物选自式Iva-IVd或其药学上可接受的盐：
Figure FDA0003222813670000042
17.SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为HIV感染、或者HIV感染的治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。
18.SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为用于评估化合物治疗HIV感染的生物效应的生物标志物的体外或离体用途。
19.SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体作为用于筛选预防和/或治疗HIV感染的化合物或疫苗的生物标志物的体外或离体用途。
20.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症、或者炎性疾病、病症或疾患、或癌症的治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。
21.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于评估化合物或医疗装置治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的生物效应的生物标志物的体外或离体用途。
22.在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205作为用于选择治疗性治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的患者的生物标志物的体外或离体用途。
23.miR-124作为炎性疾病、病症或疾患、或癌症、或者治疗性治疗的功效的生物标志物的体外或离体用途。
24.miR-124作为用于选择治疗性治疗炎性疾病、病症或疾患、或癌症的患者的生物标志物的体外或离体用途。
25.根据权利要求17、20、22、23或24中任一项所述的体外或离体用途，其中，所述治疗性治疗包括施用式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id或IV、IVa、IVb、IVb’、IVc、IVd、IV的化合物或其药学上可接受的盐；所述化合物例如ABX464。
26.根据权利要求18、19或21中任一项所述的体外或离体用途，其中，所述化合物具有式I、Ia、Ib、Ib’、Ic、Id或IV、IVa、IVb、IVb’、IVc、IV或其药学上可接受的盐；所述化合物例如ABX464。
27.根据权利要求17至26中任一项所述的用途，其中，将所述SEQ.ID.No.1的HIV剪接变体、或所述在miR-124-1基因座处的剪接变体lncRNA 0599-205、或所述miR-124的表达到分离的生物样品中的经测量的水平与对照参考值比较。
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