BR112021012090A2 - Biomarcadores e usos no tratamento de infecções virais, inflamações ou câncer - Google Patents

Abstract

biomarcadores e usos no tratamento de infecções virais, inflamações ou câncer. a presente divulgação se refere a certos biomarcadores e usos dos mesmos no monitoramento, avaliação e/ou tratamento de infecções virais ou doenças, distúrbios ou condições inflamatórias ou câncer.

Description

BIOMARCADORES E USOS NO TRATAMENTO DE INFECÇÕES VIRAIS, INFLAMAÇÕES OU CÂNCER FUNDAMENTOS DA INVENÇÃO

[0001] Um derivado de quinolina, 8-cloro-N-(4- (trifluorometoxi)fenil)quinolin-2-amina (também conhecido como "ABX464"), liga-se ao complexo de ligação ao cap (CBC), um complexo na extremidade 5′ do transcrito do pré-mRNA que promove a interação inicial com a transcrição e a maquinaria de processamento. O CBC recruta vários fatores para transcritos modificados por m7G para mediar eventos de processamento e é requerido para o splicing da pré-mRNA celular e viral eficiente. A interação do CBC com o U1 snRNP no sítio de splice 5' do primeiro íntron no transcrito e a interação direta do CBC com as proteínas nas partículas U4/U5/U6 potencializa a formação de mRNAs que sofreram splice. Embora o CBC não seja essencial para a viabilidade em fungos ou humanos, sua exclusão resulta em uma redução no recrutamento de vários fatores de splicing para a transcrição nascente, resultando na inibição da montagem do spliceossoma co-transcricional. O complexo CBC também demonstrou afetar a biogênese do microRNA (miRNA). Os miRNAs são transcritos por RNA pol II como primários (pri)-miRNAs, que carregam o cap m7G. Durante os eventos de processamento nuclear e citoplasmático, o pri- miRNA perde o cap m7G, e o miRNA maduro de 21-23 nucleotídeos é incorporado ao RISC (complexo de silenciamento induzido por RNA) para orientar o silenciamento do RNA. Uma vez que uma grande fração de genes de miRNA está localizada em íntrons, o complexo CBC pode estar envolvido na interação entre o processamento de pré-miRNAs e pré- mRNAs intrônicos inibem a replicação viral ao afetar a biogênese do RNA viral, mas seu efeito sobre a biogênese do RNA viral não foi analisado em detalhes. O ABX464 atuará apenas na replicação viral quando o DNA proviral for integrado ao DNA celular. Isso é importante porque o genoma viral, uma vez integrado nas células infectadas, requer tanto a ativação quanto a inibição do splicing do mRNA precursor. A infecção e produção bem-sucedidas de novas partículas infecciosas de HIV requerem a expressão balanceada de sete proteínas virais (Rev, Tat, Nef, Vif, Vpr, Vpu e Env) que são produzidas por splicing da transcrição de 9 quilobases (kb) primária do HIV-1; entre esses, os fatores Tat e Rev são essenciais para a expressão do gene viral nos níveis transcricional e pós-transcricional em células infectadas. O transcrito primário do HIV-1 serve não apenas como RNA genômico para a progênie do vírus, mas também como o mRNA que codifica as proteínas virais Gag e Gag-Pol. Enquanto a maioria dos RNAs celulares não fragmentados são retidos no núcleo, onde são degradados, a exportação nuclear dos RNAs virais que não sofreram splice é facilitada pela proteína Rev através da ligação ao elemento responsivo Rev (RRE) e interação com maquinaria de exportação dependente de CRM1. Portanto, o splicing alternativo ineficiente é requerido para manter um equilíbrio entre a expressão do gene do HIV e a produção viral. Acredita-se que esse equilíbrio seja mediado pela repetição terminal longa do HIV (LTR) e pela presença de sítios de splice 5'e 3' virais subótimos (5 'e 3' ss), que são regulados positivamente por sequências regulatórias e seu reconhecimento por cognatos de fatores celulares de ação trans. Ao se ligar ao complexo CBC, o ABX464 mostrou interferir com a exportação mediada por Rev de RNA que não sofreu splice. No entanto, os mecanismos subjacentes por trás da modulação de splicing viral e celular e/ou biogênese de miRNA pela ligação de ABX464 ao CBC são atualmente desconhecidos.

[0002] O ABX464 mostrou fortes efeitos anti-inflamatórios no modelo DSS para doença inflamatória intestinal (IBD) e efeitos na prevenção da replicação do vírus HIV. O ABX464 também demonstrou segurança e eficácia em um ensaio clínico de prova de conceito de fase 2a em pacientes com colite ulcerosa. No entanto, o efeito do ABX464 na biogênese do RNA viral e celular não foi quantificado.

RESUMO DA INVENÇÃO

[0003] Foi agora verificado que o ABX464 altera o splicing do RNA viral, mas não o splicing celular, e induz o splicing de um RNA não codificador longo no locus miR-124, o que leva à suprarregulação do miR- 124 anti-inflamatório. Por "locus miR-124", entende-se qualquer um dos locus miR-124, que inclui locus miR-124-1, locus miR-124-2, locus miR- 124-3. Portanto, os métodos e usos envolvendo miR-124 ou um de seus locus, como um biomarcador, que são divulgados neste documento, podem ser também, ou adicionalmente, aplicados a qualquer um do locus particularmente conhecido pelos versados na técnica.

[0004] Por conseguinte, em um aspecto, a presente invenção provê um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de RNA viral que sofreu splice, como um biomarcador de uma infecção viral, ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida infecção viral. Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de uma variante de RNA viral que sofreu splice como um biomarcador de uma infecção viral ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida infecção viral, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de uma variante de RNA viral que sofreu splice em uma amostra biológica. Em algumas modalidades, um tratamento de uma infecção viral compreende a administração de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, conforme descrito neste documento.

[0005] Em outro aspecto, a presente invenção provê um uso in vitro ou ex vivo de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124, como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer. Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 em uma amostra biológica. Em algumas modalidades, um tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende a administração de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, conforme descrito neste documento.

[0006] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador de uma infecção por HIV ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV.

[0007] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador para avaliar o efeito biológico de um composto no tratamento de uma infecção por HIV.

[0008] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador para a triagem de um composto ou uma vacina na prevenção e/ou tratamento de uma infecção por HIV.

[0009] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR- 124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou câncer.

[0010] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124- 1 como um biomarcador para avaliar o efeito biológico de um composto ou dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0011] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124- 1 como um biomarcador para selecionar um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0012] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de miR-124, como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia do tratamento terapêutico.

[0013] Em um aspecto, a invenção se refere a um uso in vitro ou ex vivo de miR-124 como um biomarcador para selecionar um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0014] Em um aspecto dos usos in vitro ou ex vivo conforme definido acima, o tratamento terapêutico compreende a administração de um composto de fórmula I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id ou IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IVd, IV; tal como ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

[0015] Em um aspecto dos usos in vitro ou ex vivo conforme definido acima, o composto é da fórmula I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id ou IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IV; tal como ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

[0016] Em um aspecto dos usos in vitro ou ex vivo conforme definido acima, o nível medido de expressão da referida variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 ou a referida variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 ou o referido miR-124 em uma amostra biológica isolada é comparado a um valor de referência de controle.

BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS

[0017] A Figura 1 retrata a análise do splicing do HIV após o tratamento com ABX464. A. Organização do genoma do HIV-1 e diferentes produtos de splicing de mRNA. Os 5' ss (D1–D4) e 3' ss (A1–A7) são indicados. Os ORFs dos exons codificadores de cada produto de mRNA são indicados com um código por cor diferente indicando as proteínas codificadas correspondentes do genoma do HIV. Os exons não codificantes estão em caixas em cinza. B. Inibição da replicação do HIV-1 medida pela produção de p24 em PBMCs de seis doadores. C. Quantificação de eventos de splicing de HIV usando RNA CaptureSeq em PBMCs de seis diferentes doadores que foram infectados e não tratados (DMSO) ou tratados com ABX464 por 6 dias (464). As contagens de contigs que sofreram ou não sofreram splice são mostradas. Os diferentes produtos de splicing são coloridos como em A. D. Sequência do novo RNA viral gerado por splicing.

[0018] A Figura 2 retrata que ABX464 não tem efeito global no splicing celular. A. O efeito de ABX464 em células T CD4 + infectadas e não infectadas foi testado por uma abordagem de RNAseq de alto rendimento. Dezesseis bibliotecas foram construídas usando 4 condições: não infectada (DMSO_NI), não infectada tratada com ABX464 (ABX464_NI), infectada (DMSO_I) e infectada tratada com ABX464 (464_I), correspondendo a 4 doadores. Aproximadamente 38 milhões de leituras (mais de 50% do total de leituras brutas) foram alinhadas aos exons da sequência do genoma humano em cada uma das amostras. B. A análise de escala multidimensional (MDS) foi usada para interpretar as principais tendências nos dados. C. Eventos de splicing alternativo (AS) de genes celulares foram classificados em cinco grupos principais (painel esquerdo): sítio de splicing alternativo 5' (A5SS, laranja), sítio de splicing alternativo 3' (A3SS, azul), Exon ignorado (SE, cinza), Exons mutuamente exclusivos (MXE, cinza) e Exon retido (RI, amarelo). Contagens de eventos AS comparando amostras infectadas versus não infectadas (DMSO_I versus DMSO_NI), não infectadas versus não infectadas tratadas por ABX464 (DMSO_NI versus 464_NI), infectadas versus infectadas tratadas por ABX464 (DMSO_I versus 464_I) e após 50% de depleção de CBC em IPS

(depleção por IPS de CBC em 50%) (painel direito). D. Ao comparar as leituras de cobertura de exon de um gene altamente expresso comum (B2M) entre as condições ABX464 e DMSO nos 4 doadores, confirmamos que ABX464 não aumentou os eventos de splicing em B2M. E. Gráfico de vulcão de DMSO_I versus DMSO_NI (painel superior), DMSO_NI versus 464_NI (painel do meio), DMSO_I versus 464_I (painel inferior). A variação da expressão gênica gerada pelo tratamento com ABX464 foi muito baixa em amostras infectadas (6 genes infrarregulados) e não infectadas (6 genes infrarregulados).

[0019] A Figura 3 retrata que ABX464 suprarregula um único microRNA, o anti-inflamatório miR-124. A. Análise de microarranjo de pequenos RNAs de PBMCs de 6 doadores. Os PBMC foram infectados com a cepa YU-2 (I) ou não infectados (NI) e tratados com ABX464 ou não tratado (DMSO). Os gráficos de vulcão mostram que a infecção leva a grandes variações em pequenos RNAs não codificadores (painel esquerdo), enquanto o ABX464 induziu uma suprarregulação reproduzível de um único microRNA, miR-124, em células infectadas e não infectadas (painéis direito e do meio, respectivamente). B. A quantificação da expressão de miR-124 usando a tecnologia TaqMan Arranjo de Baixa Densidade (Low Density Array) em células T CD4+ sob as mesmas condições que em A. C. Expressão de miR-124 medida por qPCR em PBMCs, células T CD4+ e CD8 purificadas e macrófagos tratados com ABX464 em comparação para células não tratadas (DMSO, modulação). D. Expressão de miR-124 em PBMCs tratados com os anti-retrovirais ABX464, ABX530, maraviroc, efavirenz, darunavir e AZT em comparação com células não tratadas (DMSO, modulação). E. Quantificação de miR-124 em biópsias retais de participantes saudáveis (n=10) e pacientes com HIV se submetendo a terapia antirretroviral (TARV) nos dias 1 e 28 de tratamento com ABX464 (n=9). Os gráficos individuais mostram os resultados de cada paciente em comparação com os resultados de participantes saudáveis.

[0020] A Figura 4 retrata que a suprarregulação do miR-124 por ABX464 se origina do splicing de um RNA não codificador longo no locus miR-124-1. A. Existem três genes que codificam miR-124, miR-124-1, miR- 124-2 e miR-124-3, localizados nos cromossomos 8 e 20 do genoma humano. B. Empregamos uma estratégia de captura e sequenciamento de RNA visando determinar qual gene foi induzido por ABX464. Tanto em células infectadas quanto não infectadas, o tratamento com ABX464 leva à suprarregulação de miR-124 do locus miR.124.1, enquanto um locus de controle, miR-429, não é afetado. C. O locus miR-124-1 contém um longo RNA não codificador (LncRNA 0599-205) cujo splicing é estimulado por ABX464. D. As contagens de leituras nas junções de splicing (J1, J2, J3 e J4), exon-exon (J5 e J6) e a região de 75 bp do miR-124 (miR-124) quantificados por RNA CaptureSeq em PBMCs tratados com ABX464.

[0021] A Figura 5 retrata que o splicing de LncRNA 0599-205 é requerido para a produção de miR-124. A. A representação esquemática do precursor LncRNA 0599-205 e primers usados para amplificar diferentes RNAs derivados. B. A quantificação de LncRNA 0599-205 que sofreu e não sofreu splice na presença ou ausência de ABX464. C. A quantificação da expressão de miR-124 após transfecção de um tipo selvagem e mutante de splicing de plasmídeos lncRNA0599-205 em células HeLa na presença ou ausência de ABX464. D. A quantificação do tipo selvagem total e mutante de splicing lncRNA0599-205 na presença ou ausência de ABX464.

[0022] A Figura 6 representa: A. Etapas de processamento e B. a tubulação de processamento de RNA-seq.

[0023] A Figura 7 retrata a representação de contigs montados de duas amostras não tratadas (D5_DMSO e D8_DMSO) e três amostras tratadas com ABX464 (D4_464, D5_464 e D8_464).

[0024] A Figura 8 retrata a análise FACS usando marcadores de superfície CD45, CCR7, CCR3 e CCR6 de PBMCs (2 doadores) e CD4 (4 doadores) tanto não tratados (vermelho) quanto tratados com ABX464 (azul).

[0025] A Figura 9 retrata a análise do efeito do tratamento com ABX464 na expressão de miRNA. A. O perfil de expressão de miRNA de PBMCs de 6 doadores usando TaqMan Arranjo de Baixa Densidade (TLDA). Os gráficos de vulcão mostram a expressão diferencial de miRNA em PBMCs tratados versus não tratados com ABX464 (painel esquerdo) e infectados versus não infectados (painel direito). B. A comparação da expressão de miR-124 em macrófagos de 6 doadores usando TaqMan PCR. C. A quantificação de miR-124 em biópsias de voluntários saudáveis (Tecido normal), pacientes infectados com HIV se submetendo a TARV após 28 dias de tratamento com ABX464 (HIV + Dia 1) e 28 dias depois (HIV + Dia 28). D. A quantificação de miR-124 em biópsias de pacientes com HIV se submetendo a TARV no dia 1 (D1) e dia 28 (D28) do tratamento e 28 dias após a interrupção do tratamento (D56).

DESCRIÇÃO DETALHADA DE CERTAS MODALIDADES

1. Modalidades Exemplares de Biomarcadores e Usos dos Mesmos:

[0026] Foi agora concluído que o efeito do ABX464 no tratamento da infecção por HIV e IBD são mediados através do mesmo mecanismo, ou seja, splicing de pré-mRNA potencializado. Concluiu-se que ABX464 não apenas potencializa o splicing de pré-mRNA do RNA viral do HIV para bloquear a replicação do HIV, mas também desencadeia o splicing de um longo RNA não codificador que aloja um dos loci para o miR- 124 anti-inflamatório e, assim, para aumentar a expressão do miR-124 microRNA anti-inflamatório. Adicionalmente, concluiu-se que o ABX464 não tem efeitos sobre o splicing de pré-mRNA de genes celulares. Embora o ABX464 não tenha efeito sobre o splicing de pré-mRNA de genes celulares, a depleção do complexo CBC pelo RNAi leva ao acúmulo de transcrições de retenção de íntron. Esses resultados implicam que o ABX464 não inibiu a função de CBC no splicing, mas sim o fortaleceu sob condições patológicas como inflamação e infecção por HIV. Infecções Virais

[0027] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de uma variante de RNA viral que sofreu splice como um biomarcador de uma infecção viral ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida infecção viral, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de uma variante de RNA viral que sofreu splice em uma amostra biológica.

[0028] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de avaliação do efeito biológico de um composto no tratamento de uma infecção viral, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de uma variante de RNA viral que sofreu splice como um biomarcador da infecção viral.

[0029] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de triagem de um composto ou uma vacina na prevenção e/ou tratamento de uma infecção viral, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de uma variante de RNA viral que sofreu splice como um biomarcador da infecção viral.

[0030] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de uma infecção viral, que compreende medir e/ou monitorar uma presença e/ou um nível de expressão de uma variante de RNA viral que sofreu um splice como um biomarcador da infecção viral.

[0031] Em algumas modalidades, uma infecção viral é uma infecção viral que requer splicing de RNA. Em algumas modalidades, uma infecção viral que requer splicing de RNA é uma infecção retroviral. Em algumas modalidades, uma infecção retroviral é uma infecção de oncovirus, lentivirus e/ou espumavirus.

[0032] Conforme usado neste documento, "oncovirus" estão associados a cânceres e infecções malignas. Em alguns casos, um oncovirus é selecionado a partir de vírus leucemogênicos (tal como o vírus da leucemia aviária (ALV), o vírus da leucemia murina (MULV), também chamado de vírus Moloney, o vírus da leucemia felina (FELV), vírus da leucemia humana, tal como HTLV1 e HTLV2, o vírus da leucemia símia ou STLV, o vírus da leucemia bovina ou BLV, os oncovirus primatas do tipo D, os oncovirus do tipo B que são indutores de tumores mamários e oncovirus que causam um câncer rápido (tal como o vírus do sarcoma de Rous ou RSV).

[0033] Conforme usado neste documento, os "espumavirus" manifestam uma especificidade relativamente baixa para um dado tipo de célula ou uma dada espécie e às vezes estão associados a fenômenos imunossupressores. Em algumas modalidades, um espumavirus é o vírus espumoso símio (ou SFV).

[0034] Conforme usado neste documento, "lentivirus" são responsáveis por condições patológicas de progressão lenta que muito frequentemente envolvem fenômenos imunossupressores, incluindo AIDS.

[0035] Em algumas modalidades, uma infecção retroviral é uma condição relacionada ao HIV e AIDS. Em algumas modalidades, uma condição relacionada ao HIV e AIDS é um distúrbio ou condição inflamatória comórbida ou relacionada à AIDS.

[0036] Em algumas modalidades, uma presença ou um nível de expressão de uma variante de RNA viral que sofreu splice é medida usando RNA e/ou amplificação de DNA, sequenciamento, isótopos, fluorescência, enzimas cromogênicas, espectroscopia, espectrometria, imunoensaio ou análise imunoenzimática.

[0037] Conforme descrito neste documento, concluiu-se que o ABX464 gera uma nova variante de splice de HIV em células infectadas com HIV (Figura 1D):

GGAAAATCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAA GGAAAACCAGAGGAGCTCTCTCGACGCAGGACTCGGCTTGCTGAAG CGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGAAGAAGCGGAG

ACAGCGACGAAGACCTCCTCAGGACAGTCAGACTCATCAAAGTTCTC TATCAAAGCA (SEQ. ID. No.1).

[0038] Por conseguinte, em algumas modalidades, uma variante de RNA viral que sofreu splice é uma variante de splice de HIV como um biomarcador de uma infecção por HIV. Em algumas modalidades, uma variante de splice de HIV é de SEQ. ID. No. 1.

[0039] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador de uma infecção por HIV ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV, que compreende a medição de uma presença ou um nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em uma amostra biológica.

[0040] Em algumas modalidades, a presença da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em um produto biológico isolado é indicativo de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV.

[0041] Em algumas modalidades, um nível de expressão medido da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em uma amostra biológica isolada é comparado a um nível de expressão medido da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em uma amostra biológica previamente isolada, e em que um aumento no nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 é indicativo de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV.

[0042] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de avaliação do efeito biológico de um composto no tratamento de uma infecção por HIV, que compreende medir a presença ou um nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 como um biomarcador de uma infecção por HIV.

[0043] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de triagem de um composto ou uma vacina na prevenção e/ou tratamento de uma infecção por HIV, que compreende medir uma presença ou um nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 como um biomarcador de uma infecção por HIV.

[0044] Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma variante de splice de HIV que compreende SEQ. ID. No. 1. Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma composição compreendendo uma variante de splice de HIV, que compreende SEQ. ID. No. 1. Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma amostra biológica compreendendo uma variante de splice de HIV, que compreende SEQ. ID. No. 1.

[0045] Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma variante de splice de HIV que é a variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1. Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma composição compreendendo a variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1. Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma amostra biológica compreendendo a variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1.

[0046] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de uma infecção por HIV, que compreende medir e/ou monitorar a presença e/ou o nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em um paciente. Em algumas modalidades, uma presença e/ou nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 é medido na amostra biológica de um paciente. Em algumas modalidades, uma amostra biológica de um paciente é uma amostra de sangue. Em algumas modalidades, a amostra biológica de um paciente é uma amostra de tecido. Em algumas modalidades, um método da presente invenção para tratamento de uma infecção por HIV, compreende adicionalmente medir e/ou monitorar a presença e/ou o nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em um paciente antes de administrar um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para tratamento de uma infecção por HIV, compreende adicionalmente medir e/ou monitorar a presença e/ou o nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ.

ID.

No. 1 em um paciente durante o curso de um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma infecção por HIV compreende adicionalmente selecionar um paciente para um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, pela medição e/ou monitorando de uma presença e/ou nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ.

ID.

No. 1 no paciente.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma infecção por HIV compreende adicionalmente selecionar um paciente para um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, pela medição e/ou monitorando de uma presença e/ou nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ.

ID.

No. 1 no paciente.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma infecção por HIV compreende adicionalmente ajustar (tal como aumentar ou diminuir) o regime de dosagem (tal como quantidade de dose e/ou cronograma de dose) de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo como descrito neste documento para ser administrado a um paciente, por medição e/ou monitorando uma presença e/ou nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ.

ID.

No. 1 no paciente.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma infecção por HIV compreende adicionalmente pausar e/ou interromper a dosagem de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, após uma presença medida e/ou nível de expressão da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 atinge um nível indicativo de que o tratamento pode ser pausado e/ou interrompido (por exemplo, quando o nível de expressão da variante de splice de HIV se estabiliza).

[0047] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma infecção por HIV compreende a comparação de um nível de expressão medido da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em um paciente para um nível de expressão previamente medido da variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 no paciente.

[0048] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para tratamento de uma infecção por HIV, compreende medir e/ou monitorar a presença e/ou o nível de expressão de uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em um paciente para orientar a dose ou monitorar a resposta a um tratamento.

[0049] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma infecção por HIV compreende medir e/ou monitorar uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 em um paciente para orientar a terapia.

[0050] Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende adicionalmente medir o splicing de pré-mRNA de genes celulares em um paciente ou amostra biológica, em que o splicing de pré-mRNA de genes celulares não é alterado em comparação com uma amostra de controle. Uma amostra de controle pode ser retirada de várias fontes. Em algumas modalidades, uma amostra de controle é retirada de um paciente antes do tratamento ou antes da presença de uma doença (tal como uma amostra de sangue arquivado ou amostra de tecido). Em algumas modalidades, uma amostra de controle é retirada de um conjunto de membros normais não doentes de uma população. Em algumas modalidades, uma amostra de controle é retirada de um paciente antes do tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, um ensaio de células pode ser realizado em uma amostra biológica. Doenças, distúrbios e condições inflamatórios e câncer

[0051] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de locus miR-124 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou o referido câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de miR-124 em uma amostra biológica.

[0052] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de avaliação do efeito biológico de um composto ou dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de miR-124 como um biomarcador da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer.

[0053] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de triagem de um composto ou dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir uma presença ou um nível de expressão de miR-124 como um biomarcador da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer.

[0054] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir e/ou monitorar uma presença e/ou um nível de expressão de miR-124 como um biomarcador da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer.

[0055] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 em uma amostra biológica.

[0056] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de avaliação do efeito biológico de um composto ou dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus de miR-124 como um biomarcador da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer.

[0057] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de triagem de um composto ou um dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 como um biomarcador da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer.

[0058] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir e/ou monitorar uma presença e/ou um nível de expressão de RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 como um biomarcador da referida doença, distúrbio ou condição inflamatória ou do referido câncer.

[0059] Em algumas modalidades, um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 está no locus miR-124-1. Em algumas modalidades, um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 está no locus miR-124-2. Em algumas modalidades, um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 está no locus miR- 124-3.

[0060] Em algumas modalidades, uma presença ou um nível de expressão de RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR- 124 é medido usando RNA e/ou amplificação de DNA, sequenciamento, isótopos, fluorescência, enzimas cromogênicas, espectroscopia, espectrometria, imunoensaio ou análise imunoenzimática.

[0061] Conforme descrito neste documento, verificou-se que ABX464 induz um RNA não codificador longo (lncRNA 0599-205) no locus miR-124-1 (Figura 4 A e C). O RNA longo não codificador referido neste documento, e ao longo do relatório descritivo, como "lncRNA0599-205" ou "LINC00599-205", é derivado da região do locus miR-124-1 que varia da posição 9903000 até a posição 9904500 do cromossomo 8, incluindo o referido locus miR-124-1 (Figura 4 A e C); particularmente da posição 9903107 para a posição 9904210. Como uma referência, a região da sequência incluindo transcrito lncRNA 0599-205 é adicionalmente referenciada neste documento como SEQ ID N°15. A sequência dos três exons correspondentes à transcrição de lncRNA0599-205, de 5' para 3', é adicionalmente referenciada neste documento, respectivamente, como SEQ ID N°16, como SEQ ID N°17 e como SEQ ID N°18. A sequência do transcrito lncRNA 0599-205 é adicionalmente registrada no banco de dados ENSEMBL como: ENST00000521863.1.

[0062] Por conseguinte, em algumas modalidades, um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 é lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0063] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de uso de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença,

distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124- 1 em uma amostra biológica.

[0064] Em algumas modalidades, a presença de lncRNA 0599- 205 no locus miR-124-1 em um material biológico isolado é indicativa de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0065] Em algumas modalidades, um nível de expressão medido de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em uma amostra biológica isolada é comparado a um nível de expressão medido de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em uma amostra biológica previamente isolada, e em que um aumento no nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR- 124-1 é indicativo de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0066] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de avaliação do efeito biológico de um composto no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir a presença ou um nível de expressão de lncRNA 0599- 205 no locus miR-124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0067] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de triagem de um composto no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, que compreende medir uma presença ou um nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[0068] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende adicionalmente medir e/ou monitorar a presença e/ou nível de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente.

Em algumas modalidades, a presença e/ou nível de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 é medido na amostra biológica de um paciente.

Em algumas modalidades, uma amostra biológica de um paciente é uma amostra de sangue.

Em algumas modalidades, a amostra biológica de um paciente é uma amostra de tecido.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende adicionalmente medir e/ou monitorar a presença e/ou nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente antes de administrar um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende adicionalmente medir e/ou monitorar a presença e/ou nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente durante o curso de um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende adicionalmente selecionar um paciente para um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, por medição e/ou monitoramento da presença e/ou nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 no paciente.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende adicionalmente a exclusão de um paciente de um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, por medição e/ou monitoramento da presença e/ou nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 no paciente.

Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende adicionalmente ajustar (tal como aumentar ou diminuir) o regime de dosagem (tal como a quantidade de dose e/ou cronograma de dose) de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, para ser administrado a um paciente, por medição e/ou monitoramento da presença e/ou o nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 no paciente.

[0069] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende comparar um nível de expressão medido de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente para um valor de referência de controle. Um valor de referência de controle a ser usado para comparar um nível de expressão medido de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente é obtido a partir de uma amostra de controle. Uma amostra de controle pode ser retirada de várias fontes. Em algumas modalidades, uma amostra de controle é retirada de um paciente antes do tratamento ou antes da presença de uma doença (tal como uma amostra de sangue arquivado ou amostra de tecido). Em algumas modalidades, uma amostra de controle é retirada de um conjunto de membros normais não doentes de uma população. Em algumas modalidades, uma amostra de controle é retirada de um paciente antes do tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, um ensaio de células pode ser realizado em uma amostra biológica.

[0070] Em algumas modalidades, uma presença e/ou nível de expressão modulado de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente em comparação com um valor de referência de controle indica uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer. Em algumas modalidades, uma presença e/ou nível de expressão modulado de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente em comparação com um valor de referência de controle indica uma eficácia de um tratamento com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo conforme descrito neste documento, que é administrado ao paciente. Os termos "modulação" ou "presença e/ou nível de expressão modulado" significam a presença ou nível de expressão de um biomarcador, por exemplo, lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, é induzido ou aumentado ou, alternativamente, é suprimida ou diminuída.

[0071] Em algumas modalidades, uma presença reduzida ou suprimida medida, ou um nível de expressão diminuído, de lncRNA 0599- 205 no locus miR-124-1 em relação a um valor de referência de controle, indica uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer. Em algumas modalidades, uma presença induzida ou aumentada medida, ou um nível de expressão aumentado de lncRNA 0599-205 no locus miR-124- 1, em relação a um valor de referência de controle, indica a eficácia de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, um nível de expressão medido de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente tratado com um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável ou composição do mesmo, conforme descrito neste documento, é duas vezes, quatro vezes, seis vezes, oito vezes ou dez vezes aumentado em relação a um valor de referência de controle.

[0072] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende medir e/ou monitorar a presença e/ou nível de expressão lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente para orientar a dose ou monitorar a resposta a um tratamento.

[0073] Em algumas modalidades, um método da presente invenção para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreende medir e/ou monitorar o lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em um paciente para orientar a terapia.

[0074] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um algoritmo que combina o nível de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 e o nível de uma citocina ou outro biomarcador para monitorar a gravidade de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer e/ou para monitorar a eficácia de um tratamento, incluindo, mas não se limitando a um tratamento conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, um método de tratamento conforme descrito neste documento compreende o uso de um algoritmo que combina o nível de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 e o nível de uma citocina ou outro biomarcador para monitorar a gravidade de uma doença, distúrbio, ou condição inflamatória ou um câncer e/ou para monitorar a eficácia do tratamento.

2. Definições:

[0075] Os compostos da invenção podem existir na forma de bases livres ou de sais de adição com ácidos farmaceuticamente aceitáveis. Sais de adição de ácido fisiologicamente aceitáveis adequados de compostos da presente invenção incluem sulfato, bromidrato, citrato, trifluoroacetato, ascorbato, cloridrato, tartarato, triflato, maleato, mesilato, formato, acetato, fumarato e sulfonato, particularmente alquilsufonato ou arilsulfonato, e mais particularmente mesilato, triflato, edisilato, besilato e tosilato.

[0076] Os compostos da presente invenção e ou seus sais podem formar solvatos ou hidratos e a invenção inclui todos esses tais solvatos e hidratos. Os termos "hidratos" e "solvatos" significam simplesmente que os compostos de acordo com a invenção podem estar na forma de um hidrato ou solvato, ou seja, combinados ou associados a uma ou mais moléculas de água ou solvente. Esta é apenas uma característica química de tais compostos, que pode ser aplicada a todos os compostos orgânicos deste tipo.

[0077] Os compostos da presente invenção podem compreender um ou mais átomos de carbono assimétricos. Eles podem, deste modo, existir na forma de enantiômeros ou de diastereoisômeros. Estes enantiômeros, diastereoisômeros e suas misturas, incluindo as misturas racêmicas, estão englobados dentro do escopo da presente invenção.

[0078] No contexto da presente invenção, o termo: - "halogênio" é entendido a significar cloro, flúor, bromo ou iodo e, particularmente, denota cloro, flúor ou bromo, - "alquila (C1-C5)", conforme usada neste documento, refere-se, respectivamente, a C1-C5 normal, hidrocarboneto saturado secundário ou terciário. Exemplos são, mas não estão limitados a, metila, etila, 1 propila, 2 propila, butila, pentila, - “cicloalquila (C3-C6)” conforme usado neste documento, respectivamente, refere-se a hidrocarboneto saturado cíclico. Exemplos são, mas não estão limitados a ciclopropila, ciclobutila, ciclopentila, ciclohexila, - "alcoxi (C1-C4)", conforme usado neste documento, refere-se, respectivamente, à fração O-alquila (C1-C4), em que alquila é conforme definido acima. Exemplos são, mas não estão limitados a, metoxi, etoxi, 1- propoxi, 2-propoxi, butoxi, - "grupo fluoroalquila" e "grupo fluoroalcoxi" referem-se, respectivamente, ao grupo alquila e ao grupo alcoxi conforme definido acima, os referidos grupos sendo substituídos por pelo menos um átomo de flúor. Exemplos são grupos perfluoroalquila, tais como trifluorometila ou perfluoropropila, - "heterociclo saturado de 5 ou 6 membros", conforme usado neste documento, refere-se, respectivamente, a um ciclo saturado compreendendo pelo menos um heteroátomo. Os exemplos são, mas não estão limitados a, morfolina, piperazina, tiomorfolina, piperidina, pirrolidina.

[0079] Conforme usado neste documento, o termo "sal farmaceuticamente aceitável" refere-se aqueles sais que são, dentro do escopo do bom julgamento médico, adequados para uso em contato com os tecidos de humanos e de animais inferiores sem toxicidade, irritação, resposta alérgica indevidas e similares e são proporcionais a uma razão de benefício/risco razoável. Sais farmaceuticamente aceitáveis são bem conhecidos na técnica. Por exemplo, S. M. Berge et al., descrevem sais farmaceuticamente aceitáveis em detalhes em J. Pharmaceutical Sciences, 1977, 66, 1-19, incorporado neste documento por referência. Os sais farmaceuticamente aceitáveis dos compostos desta invenção incluem aqueles derivados de ácidos e bases inorgânicas e orgânicas adequadas.

[0080] Os sais farmaceuticamente aceitáveis dos compostos desta invenção incluem aqueles derivados de ácidos e bases inorgânicas e orgânicas adequadas. Exemplos de sais farmaceuticamente aceitáveis e de adição de ácido não tóxicos, são sais de um grupo amino formado com ácidos inorgânicos, tais como ácido clorídrico, ácido bromídrico, ácido fosfórico, ácido sulfúrico e ácido perclórico ou com ácidos orgânicos, tais como ácido acético, ácido oxálico, ácido maleico, ácido tartárico, ácido cítrico, ácido succínico ou ácido malônico ou pelo uso de outros métodos usados na técnica, tais como permuta iônica. Outros sais farmaceuticamente aceitáveis incluem adipato, alginato, ascorbato, aspartato, benzenossulfonato, benzoato, bisulfato, borato, butirato, canforato, canforsulfonato, citrato, ciclopentano-propionato, digluconato, dodecilsulfato, etanossulfonato, formato, fumarato, glucoheptonato, glicerofosfato, gluconato, hemisulfato, heptanoato, hexanoato, iodidrato, 2- hidroxi-etanossulfonato, lactobionato, lactato, laurato, laurilsulfato, malato, maleato, malonato, metanossulfonato, 2-naftalenossulfonato, nicotinato, nitrato, oleato, oxalato, palmitato, pamoato, pectinato, persulfato, 3-

fenilpropionato, fosfato, pivalato, propionato, estearato, succinato, sulfato, tartarato, tiocianato, p-toluenossulfonato, undecanoato, sais de valerato e semelhantes.

[0081] Os sais derivados de bases apropriadas incluem sais de metal alcalino, metal alcalino-terroso, amônio e N+(alquila C1-4)4. Os sais representativos de metal alcalino ou alcalino-terroso incluem o sódio, lítio, potássio, cálcio, magnésio e semelhantes. Sais farmaceuticamente aceitáveis adicionais incluem, quando apropriado, cátions de amônio, amônio quaternário e amina não tóxicos formados usando contra-íons, tais como halogeneto, hidróxido, carboxilato, sulfato, fosfato, nitrato, sulfonato de alquila inferior e sulfonato de arila.

[0082] A menos que estabelecido de outra forma, as estruturas representadas neste documento também pretendem incluir todas as formas isoméricas (por exemplo, enantiomérica, diastereomérica e geométrica (ou conformacional)) da estrutura; por exemplo, as configurações R e S para cada centro assimétrico, isômeros de ligação dupla Z e E e isômeros conformacionais Z e E. Portanto, isômeros estereoquímicos simples, bem como misturas enantioméricas, diastereoméricas e geométricas (ou conformacionais) dos presentes compostos estão dentro do escopo da invenção. Ao menos que estabelecido de outra forma, todas as formas tautoméricas dos compostos da invenção estão dentro do escopo da invenção. Adicionalmente, ao menos que estabelecido de outra forma, as estruturas retratadas neste documento também pretendem incluir compostos que diferem apenas na presença de um ou mais átomos isotopicamente enriquecidos. Por exemplo, compostos com as presentes estruturas incluindo a substituição de hidrogênio por deutério ou trítio ou a 13 14 substituição de um carbono por um carbono enriquecido com C- ou C- estão dentro do escopo desta invenção. Tais compostos são úteis, por exemplo, como ferramentas analíticas, como sondas em ensaios biológicos ou como agentes terapêuticos de acordo com a presente invenção.

3. Modalidades Exemplares de Métodos de Tratamento:

[0083] Em um aspecto, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade dos mesmos, um composto de Fórmula (I): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que: Z é C ou N; V é C ou N; significa um anel aromático em que V é C ou N e quando V é N, V é orto, meta ou para em relação a Z; cada R é independentemente hidrogênio, halogênio, -CN, hidroxila, fluoroalquila (C1-C3), fluoroalcoxi (C1-C3), cicloalquila (C3-C6), -NO2, -NR1R2, alcoxi (C1-C4), fenoxi, -NR1-SO2-NR1R2, -NR1-SO2-R1, -NR1-C(=O)-R1, -NR1- C(=O)-NR1R2, -SO2-NR1R2, -SO3H, -O-SO2-OR3, -OP(=O)-(OR3)(OR4), -O- CH2-COOR3, alquila (C1-C3), a referido alquila sendo opcionalmente mono- ou di-substituído por um grupo hidroxila, um grupo de fórmula (IIa): ou um grupo de fórmula (IIIa): ; Q é N ou O, contanto que R” não exista quando Q é O; cada um de R1 e R2 é independentemente hidrogênio ou alquila (C1- C3); cada um de R3 e R4 é independentemente hidrogênio, Li+, Na+, K+, N+ (Ra)4 ou benzila; n é 1, 2 ou 3;

n' é 1, 2 ou 3; cada R' é independentemente hidrogênio, alquila (C1-C3), hidroxila, halogênio, -NO2, -NR1R2, morfolinila, morfolino, N-metilpiperazinila, fluoroalquila (C1-C3), alcoxi (C1-C4), -O-P(=O)-(OR3)(OR4), -CN, um grupo de fórmula (IIa): ou um grupo de fórmula (IIIa): ; A é uma ligação covalente, oxigênio ou NH; B é uma ligação covalente ou NH; m é 1, 2, 3, 4 ou 5; p é 1, 2 ou 3; cada um de Ra e Rb é independentemente hidrogênio, alquila (C1-C5) ou cicloalquila (C3-C6), ou Ra e Rb formam em conjunto com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' seja um grupo (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo (IIa) ou (IIIa); e R” é hidrogênio, alquila (C1-C4) ou um grupo de fórmula (IIa), conforme definido acima.

[0084] Conforme definido geralmente acima, Z é C ou N.

[0085] Em algumas modalidades, Z é C. Em algumas modalidades, Z é N.

[0086] Em algumas modalidades, Z é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[0087] Conforme definido geralmente acima, V é C ou N.

[0088] Em algumas modalidades, V é C. Em algumas modalidades, V é N.

[0089] Em algumas modalidades, V é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[0090] Conforme definido acima, significa um anel aromático em que V é C ou N, e quando V é N, V é orto, meta ou para em relação a Z.

[0091] Em algumas modalidades, significa um anel aromático em que V é C.

[0092] Em algumas modalidades, significa um anel aromático em que V é N, e V é orto, meta ou para em relação a Z. Em algumas modalidades, V é N, e V é orto em relação a Z. Em algumas modalidades, V é N, e V é meta em relação a Z. Em algumas modalidades, V é N e V é para em relação a Z.

[0093] Em algumas modalidades, é fenila. Em algumas modalidades, é piridina. Em algumas modalidades, é piridazina. Em algumas modalidades, é pirimidina. Em algumas modalidades, é pirazina.

[0094] Em algumas modalidades, é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[0095] Conforme descrito geralmente acima, cada R é independentemente hidrogênio, halogênio, -CN, hidroxila, fluoroalquila (C1- C3), fluoroalcoxi (C1-C3), cicloalquila (C3-C6), -NO2, -NR1R2, alcoxi (C1-C4), fenoxi, -NR1-SO2-NR1R2, -NR1-SO2-R1, -NR1-C(=O)-R1, -NR1-C(=O)-NR1R2, -SO2-NR1R2, -SO3H, -O-SO2-OR3, -O-P(=O)-(OR3)(OR4), -O-CH2-COOR3 ou alquila (C1-C3), a referida alquila sendo opcionalmente mono ou di- substituída por um grupo hidroxila.

[0096] Em algumas modalidades R é hidrogênio. Em algumas modalidades, R é halogênio. Em algumas modalidades, R é –CN. Em algumas modalidades, R é hidroxila. Em algumas modalidades, R é fluoroalquila (C1-C3), a referida alquila sendo opcionalmente mono ou di- substituída por hidroxila. Em algumas modalidades, R é fluoroalcoxi (C1-C3). Em algumas modalidades, R é cicloalquila (C3-C6). Em algumas modalidades, R é -NO2. Em algumas modalidades, R é -NR1R2. Em algumas modalidades, R é alcoxi (C1-C4). Em algumas modalidades, R é fenoxi. Em algumas modalidades, R é -NR1-SO2-NR1R2. Em algumas modalidades, R é -NR1-SO2-R1. Em algumas modalidades, R é -NR1-C(=O)- R1. Em algumas modalidades, R é -NR1-C(=O)-NR1R2. Em algumas modalidades, R é -SO2-NR1R2. Em algumas modalidades, R é -SO3H. Em algumas modalidades, R é -O-SO2-OR3. Em algumas modalidades, R é -O- P(=O)-(OR3)(OR4). Em algumas modalidades, R é -O-CH2-COOR3. Em algumas modalidades, R é alquila (C1-C3), a referida alquila sendo opcionalmente mono ou di-substituída por hidroxila.

[0097] Em algumas modalidades, cada R é independentemente halogênio, fluoroalquila (C1-C3), fluoroalcoxi (C1-C3), –NR1R2, alcoxi (C1-C4) ou alquila (C1-C3).

[0098] Em algumas modalidades, cada R é independentemente hidrogênio, metila, metoxi, trifluorometila, trifluorometoxi, amino, halogênio ou –O-P(=O)-(OR3)(OR4). Em algumas modalidades, R é metila. Em algumas modalidades, R é metoxi. Em algumas modalidades, R é trifluorometila. Em algumas modalidades, R é trifluorometoxi. Em algumas modalidades, R é amino. Em algumas modalidades, R é -O-P(=O)- (OR3)(OR4).

[0099] Em algumas modalidades, cada R é independentemente metila, metoxi, trifluorometila, halogênio, trifluorometoxi ou amino.

[00100] Em algumas modalidades, R é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00101] Conforme descrito geralmente acima, Q é N ou O, contanto que R″ não exista quando Q for O.

[00102] Em algumas modalidades, Q é N. Em algumas modalidades, Q é O e R″ não existe.

[00103] Em algumas modalidades, Q é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00104] Conforme descrito geralmente acima, cada um de R1 e R2 é independentemente hidrogênio ou alquila (C1-C3).

[00105] Em algumas modalidades R1 é hidrogênio. Em algumas modalidades, R1 é alquila (C1-C3). Em algumas modalidades, R2 é hidrogênio. Em algumas modalidades, R2 é alquila (C1-C3).

[00106] Em algumas modalidades, cada um de R1 e R2 é selecionado independentemente dentre aqueles retratados nas Tabelas 1- 3, abaixo.

[00107] Conforme descrito geralmente acima, cada um de R3 e R4 é independentemente hidrogênio, Li+, Na+, K+, N+ (Ra)4 ou benzila.

[00108] Em algumas modalidades, R3 é hidrogênio. Em algumas modalidades, R3 é Li+. Em algumas modalidades, R3 é Na+. Em algumas modalidades, R3 é K+. Em algumas modalidades, R3 é N+(Ra)4. Em algumas modalidades, R3 é benzila. Em algumas modalidades, R4 é hidrogênio. Em algumas modalidades, R4 é Li+. Em algumas modalidades, R4 é Na+. Em algumas modalidades, R4 é K+. Em algumas modalidades, R4 é N+(Ra)4. Em algumas modalidades, R4 é benzila.

[00109] Em algumas modalidades, cada um de R3 e R4 é selecionado independentemente dentre aqueles retratados nas Tabelas 1- 3, abaixo.

[00110] Conforme descrito geralmente acima, n é 1, 2 ou 3.

[00111] Em algumas modalidades, n é 1 ou 2. Em algumas modalidades, n é 1. Em algumas modalidades, n é 2. Em algumas modalidades, n é 3.

[00112] Em algumas modalidades, n é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00113] Conforme descrito geralmente acima, n' é 1, 2 ou 3.

[00114] Em algumas modalidades, n' é 1 ou 2. Em algumas modalidades, n' é 1. Em algumas modalidades, n' é 2. Em algumas modalidades, n' é 3.

[00115] Em algumas modalidades, n' é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00116] Conforme descrito geralmente acima, cada R' é independentemente hidrogênio, alquila (C1-C3), hidroxila, halogênio, -NO2, - NR1R2, morfolinila, morfolino, N-metilpiperazinila, fluoroalquila (C1-C3), alcoxi (C1-C4), -O-P(=O)-(OR3)(OR4), -CN, um grupo de fórmula (IIa): ou um grupo de fórmula (IIIa): .

[00117] Em algumas modalidades R' é hidrogênio. Em algumas modalidades, R' é alquila (C1-C3). Em algumas modalidades, R' é hidroxila. Em algumas modalidades, R' é halogênio. Em algumas modalidades, R' é - NO2. Em algumas modalidades, R' é -NR1R2. Em algumas modalidades, R' é morfolinila. Em algumas modalidades, R' é morfolino. Em algumas modalidades, R' é N-metilpiperazinila. Em algumas modalidades, R' é fluoroalquila (C1-C3). Em algumas modalidades, R' é alcoxi (C1-C4). Em algumas modalidades, R' é -O-P(=O)-(OR3)(OR4). Em algumas modalidades, R' é –CN. Em algumas modalidades, R' é um grupo de fórmula (IIa): . Em algumas modalidades, R' é um grupo de fórmula (IIIa): .

[00118] Em algumas modalidades, R' é amino. Em algumas modalidades, R' é metila. Em algumas modalidades, R' é um grupo de fórmula , em que A é O ou NH, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3, contanto que quando R' for tal grupo, n' seja 1 ou 2 e quando n' é 2, o outro grupo R' é diferente do referido grupo.

[00119] Em algumas modalidades, R' é um grupo de fórmula , em que A é O ou NH, m é 2 e X1 é O, CH2 ou N-CH3, contanto que quando R' for tal grupo, n' seja 1 ou 2, e quando n' é 2, o outro grupo R' é diferente do referido grupo.

[00120] Em algumas modalidades, R' é um grupo de fórmula , em que A é O ou NH, m é 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3, contanto que quando R' for tal grupo, n' seja 1 ou 2 e quando n' é 2, o outro grupo R' é diferente do referido grupo.

[00121] Em algumas modalidades, cada R' é independentemente hidrogênio, halogênio, amino, metila, –O-P(=O)-(OR3)(OR4) ou um grupo de fórmula, em que A é O ou NH, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3, contanto que quando R' é tal grupo, n' é 1 ou 2 e quando n' é 2, o outro grupo R' é diferente do referido grupo.

[00122] Em algumas modalidades, cada R' é independentemente hidrogênio, halogênio, metila ou um grupo de fórmula , em que A é O ou NH, m é 2 e X1 é O, CH2 ou N-CH3, contanto que quando

R' for tal grupo, n' seja 1 ou 2, e quando n' é 2, o outro grupo R' é diferente do referido grupo.

[00123] Em algumas modalidades, cada R' é independentemente halogênio, alquila (C1-C3), hidroxila, NR1R2, morfolinila, morfolino, N- metilpiperazinila, fluoroalquila (C1-C3), alcoxi (C1-C4) ou um grupo de fórmulas IIa ou IIIa, conforme descrito neste documento.

[00124] Em algumas modalidades, R' é halogênio ou metila.

[00125] Em algumas modalidades, cada R é independentemente selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00126] Conforme descrito geralmente acima, A é uma ligação covalente, oxigênio ou NH.

[00127] Em algumas modalidades, A é uma ligação covalente. Em algumas modalidades, A é oxigênio. Em algumas modalidades, A é NH.

[00128] Em algumas modalidades, A é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00129] Conforme descrito geralmente acima, B é uma ligação covalente ou NH.

[00130] Em algumas modalidades, B é uma ligação covalente. Em algumas modalidades, B é NH.

[00131] Em algumas modalidades, B é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00132] Conforme descrito geralmente acima, m é 1, 2, 3, 4 ou 5.

[00133] Em algumas modalidades, m é 1. Em algumas modalidades, m é 2. Em algumas modalidades, m é 3. Em algumas modalidades, m é 4. Em algumas modalidades, m é 5.

[00134] Em algumas modalidades, m é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00135] Conforme descrito geralmente acima, p é 1, 2 ou 3.

[00136] Em algumas modalidades, p é 1. Em algumas modalidades, p é 2. Em algumas modalidades, p é 3. Em algumas modalidades, p é 4. Em algumas modalidades, p é 5.

[00137] Em algumas modalidades, p é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo.

[00138] Conforme descrito geralmente acima, cada um de Ra e Rb é, independentemente, hidrogênio, alquila (C1-C5) ou cicloalquila (C3-C6) ou Ra e Rb formam juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado com 5 ou 6 membros, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' for um grupo (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo (IIa) ou (IIIa).

[00139] Em algumas modalidades, Ra é hidrogênio. Em algumas modalidades, Ra é alquila (C1-C5). Em algumas modalidades, Ra é cicloalquila (C3-C6). Em algumas modalidades, Rb é hidrogênio. Em algumas modalidades, Rb é alquila (C1-C5). Em algumas modalidades, Rb é cicloalquila (C3-C6).

[00140] Em algumas modalidades, Ra e Rb formam em conjunto com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' seja um grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa). Em algumas modalidades, um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros formado por Ra e Rb juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual eles estão anexados, conforme descrito acima, tem opcionalmente um heteroátomo adicional selecionado dentre N, O e S.

[00141] Em algumas modalidades, Ra e Rb formam juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros com um heteroátomo adicional selecionado dentre N, O e S, o referido heterociclo sendo substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' é um grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa).

[00142] Em algumas modalidades, Ra e Rb formam juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 membros, contanto que quando R' seja um grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa).

[00143] Em algumas modalidades, Ra e Rb formam juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 6 membros, contanto que quando R' seja um grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa).

[00144] Em algumas modalidades, Ra e Rb formam juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros opcionalmente com um heteroátomo adicional selecionado dentre N, O e S, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' é um grupo (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 apenas se o outro grupo R' for diferente do referido grupo (IIa) ou (IIIa).

[00145] Em algumas modalidades, cada um de Ra e Rb é selecionado independentemente dentre aqueles retratados nas Tabelas 1- 3, abaixo.

[00146] Conforme descrito geralmente acima, R” é hidrogênio, alquila (C1-C4) ou um grupo de fórmula (IIa), conforme definido acima.

[00147] Em algumas modalidades, R” é hidrogênio ou alquila (C1- C4). Em algumas modalidades R" é hidrogênio. Em algumas modalidades, R” é alquila (C1-C4). Em algumas modalidades, R” é um grupo de fórmula (IIa), conforme descrito neste documento.

[00148] Em algumas modalidades, R” é um grupo de fórmula , em que m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3.

[00149] Em algumas modalidades, R" é selecionado dentre aqueles retratados nas Tabelas 1-3, abaixo

[00150] Em algumas modalidades, n é 1; n' é 1 ou 2; R" é H; R é selecionado dentre metila, metoxi, trifluorometila, halogênio, trifluorometoxi e amino; e cada R' é independentemente halogênio, metila ou um grupo , em que A é O ou NH, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N CH3, contanto que quando n' for 2, o outro grupo R' seja diferente do referido grupo.

[00151] Em algumas modalidades, n é 1; n' é 1; R" é H; R é selecionado dentre metila, metoxi, trifluorometila, halogênio e trifluorometoxi; e R' é halogéneo ou metila.

[00152] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (I): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', R", n e n' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00153] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ib):

ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', R", n e n' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00154] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ic): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', R", n e n' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00155] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ib'): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', R" e n é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00156] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ib) ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que: cada R é independentemente halogênio, fluoroalquila (C1-C3), fluoroalcoxi (C1-C3), –NR1R2, alcoxi (C1-C4) ou alquila (C1-C3), a referida alquila sendo opcionalmente mono ou di-substituída por um grupo hidroxila; n é 1 ou 2; n' é 1 ou 2; cada um de R1 e R2 é independentemente hidrogênio ou alquila (C1- C3); cada um de R' é independentemente halogênio, alquila (C1-C3), hidroxila, NR1R2, morfolinila, morfolino, N-metilpiperazinila, fluoroalquila (C1- C3), alcoxi (C1-C4) ou um grupo de fórmulas (IIa) ou (IIIa), conforme descrito neste documento; A é uma ligação covalente, oxigênio ou NH; B é uma ligação covalente ou NH; m é 1, 2, 3, 4 ou 5; p é 1, 2 ou 3; cada um de Ra e Rb é independentemente hidrogênio, alquila (C1-C5) ou cicloalquila (C3-C6), ou Ra e Rb formam juntamente com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros opcionalmente com um heteroátomo adicional selecionado dentre N, O e S, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' é um grupo (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 apenas se o outro grupo R' for diferente do referido grupo (IIa) ou (IIIa); e R" é hidrogênio ou alquila (C1-C4).

[00157] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ib) ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada R' é independentemente hidrogênio, halogênio, alquila (C1-C3) ou um grupo alcoxi (C1-C4), a referida alquila sendo opcionalmente mono ou di- substituída por um grupo hidroxila; R" é hidrogênio ou alquila (C1-C4); n é 1 ou 2; n' é 1 ou 2; quando n é 1, R é fluoroalcoxi (C1-C3), NR1R2 ou fenoxi, em que cada um de R1 e R2 é independentemente alquila (C1-C3); e quando n é 2, um dos dois grupos R é fluoroalcoxi (C1-C3) e o outro grupo R é alquila (C1-C3).

[00158] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral, ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ib) ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada R é independentemente fluoroalcoxi (C1-C3); cada R' é independentemente hidrogênio, halogênio, alquila (C1-C3) ou alcoxi (C1-C4); R" é hidrogênio ou alquila (C1-C4); n é 1; e n' é 1 ou 2.

[00159] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral, ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Ib') ou um farmaceuticamente aceitável sal do mesmo, em que cada R é independentemente hidrogênio, halogênio, alquila (C1-C3), -NR1R2, fluoroalcoxi (C1-C3), -NO2, fenoxi ou alcoxi (C1-C4), a referida alquila sendo opcionalmente mono ou di-substituída por um grupo hidroxila; cada um de R1 e R2 é independentemente hidrogênio ou alquila (C1-C3); R' é hidrogênio, halogênio, alquila (C1-C3) ou alcoxi (C1-C4), com a condição de que R' seja diferente de um grupo metila na posição 4 do grupo quinolina; R" é hidrogênio ou alquila (C1-C4); n é 1, 2 ou 3; e n' é 1 ou 2.

[00160] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Id): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada um de R e R' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação, e R'" é hidrogênio ou um grupo , em que A é O ou NH, m é 2 ou 3, e X1 é O, CH2 ou N-CH3.

[00161] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral, ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (Id) ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que R é metila, metoxi, trifluorometila, halogênio, trifluorometoxi ou amino; R' é halogênio ou metila, e R'" é hidrogênio ou um grupo , em que A é O ou NH, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3.

[00162] Em algumas modalidades R'" é hidrogênio. Em algumas modalidades, R'" é um grupo , em que A é O ou NH, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3. Em algumas modalidades, R'" é um grupo , em que A é O, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-

CH3. Em algumas modalidades, R'" é um grupo , em que A é NH, m é 2 ou 3 e X1 é O, CH2 ou N-CH3.

[00163] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula: (“ABX464”) ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

[00164] Em algumas modalidades, o composto ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, está sob uma forma amorfa. Em algumas modalidades, o composto ABX464, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, está sob uma forma cristalizada. Em algumas modalidades, uma forma cristalizada do composto ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, tem um ponto de fusão a 120,5°C (± 2°C). Em algumas modalidades, uma forma cristalizada do composto ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, mostra picos em um difractograma de pó de raios-X (XRPD) nos ângulos 7,3, 14,6, 18,4 e 24,9. Em algumas modalidades, uma forma cristalizada do composto ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, mostra um ou mais picos de XRPD em ângulos selecionados de 18,0, 24,2, 28,3 e 29,5. Em algumas modalidades, uma forma cristalizada do composto ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, mostra um ou mais picos de XRPD em ângulos selecionados dentre 18,6, 22,3, 23,0 e 23,5.

[00165] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto selecionado da Tabela 1: Tabela 1 (compostos de fórmula Ia, conforme definido acima) 1 N N

H

N Cl 2

N N N

H 3 N N N

H 4 N N N

H Cl

N 5 N N N

H 6 N N N

H 7 N N

H

N Cl 8

N N N

H 9 N N N

H 10

N N N

H 11 N N N

H

N 12 N N N

H

N 13 N N N

H Cl 14 N N N

H

Cl 15 N N N

H

O +

N 16 O

N N N

H 17 N

N N

H NO2

N 18 N

H

N NO2 Cl

N 19 N

H N

N 20 N N N

H 21 N N N

H

N 22

N N N H F

F 23 F

N N N

H 24 N N

H

N Cl 25 N N

H

N Cl

F F

F 26 N N N

H Cl

O 27 N N N

H

O +

N 28 O

N N N H

N 29 N N N

H Cl

F 30 N N N

H

F 31 F

N N H N F

F 32 N N

H

N Cl 33

N N N

H 34 N N N

H

N 35 N

H +

N H

N Cl 36 N

H +

N H

N Cl Cl 37 N N N

H Cl 38 N N

H

N Cl 39 N N N

H Cl

N 40 N N

H

N Cl Cl 41 N N N

H Cl 42 N N N

H Br 43 N N N

H Cl

44 N N N

H Cl 45 N N N

H

F 46 N N N

H Br 47 N N

H N

O O + O

N 48

N N N

H 49 N N

H

N NH2 NH2 50 N N N

H F F

F 51

N N N

H Cl

OH 52 N N

H

N Cl

F 53 F

N N H

N F Cl F Cl 54 N N N

H 55 N N N

H

F 56 N N N

H F F

F 57

N N N H

58 N N N H +

N

O O Cl 59 N N N

H Cl 60 N N N

H F

F Cl 61 F

N N N

H NH2 62 N

N N

H Cl

O F F N

F O 63

N N N

H Cl

O N

O NH2 64 N N

H

N Cl

F F N

F O 65

N N N

H Cl

F F N

F O 66 N N

H

N Cl

N

O 67 NH2

N N N H Cl

O O F F S

F HN N 68 N N

H

N Cl

O O F F S

F HN N 69

N N N H

F F F NH2 70

N N N

H Cl

O O F F S

F HN N 71

N N N H Cl

O O S

HN N NH2 72

N N N H Cl

O O S

HN N NH2 73

N N N

H NH2

N 74 N N

H NH2 Cl

O O S

HN N NH2 75

N N N H Cl

O O F F S

F HN 76

N N N H

F F F NH2 77

N N N

H Cl

F F F NH2 78

N N N H

NH2

N 79 N N

H NH2

F F F

O N 80

N N N

H Cl

F F

F HN N 81

N N N

H Cl

F F

F 82

N N N Cl

O N

F F 83 F HN

N N N

H Cl

F F F Cl 84

N N N

H Cl

F F F

N N N 85 Cl

N O F F F O N O

N N N 86 Cl

N O O F F N

F O 87 N N N Cl

N O F F F O

N 88 N

N N N

H Cl

F F F O

N 89

N N N

H Cl

F F F

O N 90

N N N Cl

F F F

F 91

N N N

H Cl

F F

F Br 92

N N N

H Cl

N N

F F 93 HN

F N N N

H Cl

F F F O OH

P 94 OH

O N N N

H Cl ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

[00166] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto selecionado da Tabela 2:

[00167] Tabela 2 (compostos de fórmula (Ib), conforme definido acima)

F F F

O 95

N N H

N 96 N N

H Cl

O 97 N N

H

O 98 N N

H Cl

F

F O 99 F

N N H

O 100 N N

H F

F O 101 F

N N H

N 102

N N H F

F O 103 F

N N H

F 104 F O N N

F H

N N 105 F O

H F F

O +

N 106 O

N N H

F 107

N N H

F 108 F O N N

F H Cl

F 109

N N

H Cl

F

F O 110 F

N H N

H + Cl

F

F O 111 F

N N

H Cl

F

F O 112 F

N N H

F 113 F O N N

F H

N N 114 F O

H F F F F F

O 115

N N

H Cl

F

F O 116 F

N H N

H + Cl

F F F Cl

O 117

N N H F

F O 118 F

N N +

H H Cl

F

F O 119 F

N N

H Br

F

F O 120 F

N N H F F

F O 121 F

N N H

O 122 N N

H Cl

O 123 N N

H F

F O 124 F

N N H

O Cl

F

F O 125 F

N N

H Cl

O 126 N N

H N Cl 127

N N

H Cl

O 128

N N

H Cl

F

F O 129 F

N N

H NH2 Cl

N O

F 130 F O

F N N

H Cl

N O

F 131 F O

F N N

H Cl

N Cl O

F 132 F O

F N N

H Cl

O

N Cl O 133 O

N N

H Cl NH2

F

F O 134 F Cl N N

H Cl

O O

F F S Cl HN N

F O 135

N N H Cl

O O

F F S Cl HN N

F O 136

N N H O O

F F S Cl HN N

F O 137

N N H Cl

O

HO 138 N N

H Cl

O

O 139 N

O N N

H Cl

O 140 O

O O N N

H Cl

O 141 N

O N N

H Cl

O O S HN F

F O 142

F Cl N N

H

NH2

F

F O 143 F Cl N N

H Cl NH2

F

F O 144

F Cl N N

H

F F NH2

F

O 145

N N

H Cl

F

F O 146 F

N N Cl

F F F O N

O 147

N N

H Cl

F F HN N F

O 148

N N

H Cl

O N F F

O 149 F

O N N

H Cl

F F Cl

F

O 150

N N

H NH2 Cl

F F F O O

N 151 O

N N

H Cl

O F F N O

F 152 O

N N

H NH2 Cl

F F F

O 153 N N Cl

N F F F O

N N 154 Cl

N O F F F O

N N 155 Cl

N F F F O

N N Cl 156

N O

F F Cl

F

O 157

N N

H Cl

F F Cl

F O

N N 158 Cl

N O F F HN N F O O

N N 159 Cl

N O F F F O

N N 160 O +

N

O Cl

N O F F F O

N N 161 NH2 Cl

N O O F F N O F

O 162 N N Cl

N O O F F HO OH P F

O O 163

N N

H Cl

F F F O OH O

P 164 OH

O N N

H Cl

F F F

O 95

N N H

N 96 N N

H Cl

O 97 N N

H

O 98 N N

H Cl

F

F O 99 F

N N H

O 100 N N

H F

F O 101 F

N N H

N 102

N N H F

F O 103 F

N N H

F 104 F O N N

F H

N N 105 F O

H F F

O +

N 106 O

N N H

F 107

N N H

F 108 F O N N

F H Cl

F 109

N N

H Cl

F

F O 110 F

N H N

H + Cl

F

F O 111 F

N N

H Cl

F

F O 112 F

N N H

F 113 F O N N

F H

N N 114 F O

H F F F F F

O 115

N N

H Cl

F

F O 116 F

N H N

H + Cl

F F F Cl

O 117

N N H F

F O 118 F

N N +

H H Cl

F

F O 119 F

N N

H Br

F

F O 120 F

N N H F F

F O 121 F

N N H

O 122 N N

H Cl

O 123 N N

H F

F O 124 F

N N H

O Cl

F

F O 125 F

N N

H Cl

O 126 N N

H N Cl 127

N N

H Cl

O 128 N N

H Cl

F

F O 129 F

N N

H NH2 Cl

N O

F 130 F

F O N N

H Cl

N O

F 131 F O

F N N

H Cl

N Cl O

F 132 F O

F N N

H Cl

O

N Cl O 133 O

N N

H Cl

NH2

F

F O 134 F Cl N N

H Cl

O O

F F S Cl HN N

F O 135

N N H Cl

O O

F F S Cl HN N

F O 136

N N H O O

F F S Cl HN N

F O 137

N N H Cl

O

HO 138 N N

H Cl

O

O 139 N

O N H

N Cl

O 140 O

O O N H

N Cl

O 141 N

O N N

H Cl

O O S HN

F 142 F O

F Cl N N

H NH2

F

F O 143 F Cl N N

H Cl NH2

F

F O 144 F Cl N N

H

F F NH2

F

O 145

N N

H Cl

F

F O 146 F

N N Cl

F F F O N

O 147

N N

H Cl

F F HN N F

O 148

N N

H Cl

O N

F F 149 F

O O N N

H Cl

F F Cl

F

O 150 N N

H NH2 Cl

F F F O

O 151 N

O N N

H Cl

O F F N

O 152 F

O N N

H NH2 Cl

F F F

O 153 N N Cl

N F F F

O 154 N N Cl

N O F F F

O 155 N N Cl

N F F F O

N N 156 Cl

N O

F F Cl

F

O 157

N N

H Cl

F F Cl

F O

N N 158 Cl

N O F F HN N F O O

N N 159 Cl

N O F F F O

N N 160 O

N +

O Cl

N O F F F O

N N 161 NH2 Cl

N O O F F N O F

O 162 N N Cl

N O O F F HO OH P F

O O 163

N N

H Cl

F F F O OH O

P 164 OH

O N N

H Cl ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

[00168] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto selecionado da Tabela 3:

[00169] Tabela 3 (compostos de fórmula (I) diferente dos compostos (Ia) e (Ib)) N Cl 165

N N N H

N 166 N N N

H Br

N 167 N N N

H

N 168 N N N

H Cl

N 169

N N N H

N 170

N N N H

N 171

N N N H

N 172 N N N

H F

N 173 N N

H N O

N 174 N N

H Cl

N 175

N N H

N 176

N N N H

N 177 N N N

H Cl

N 178

N N N H F F

F 179

N O N Cl

F F F O

N 180 O

N O N Cl

F F F

O 181

O N Cl

O F F N

O 182 F

O

O N Cl

F F F O O

N 183 O

O N Cl ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

[00170] Em algumas modalidades, um composto descrito neste documento está em uma forma de sal selecionado dentre sulfato, bromidrato, citrato, trifluoroacetato, ascorbato, cloridrato, tartarato, triflato, maleato, mesilato, formato, acetato, fumarato e sulfonato. Em algumas modalidades, um composto descrito neste documento está na forma de sal como alquilsufonato ou arilsulfonato. Em algumas modalidades, um composto descrito neste documento está na forma de sal como mesilato, triflato, edisilato, besilato e tosilato.

[00171] Em um aspecto, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade dos mesmos, um metabólito de um composto descrito neste documento. Em algumas modalidades, um metabólito de um composto descrito neste documento é um metabólito N-glucuronídeo.

[00172] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (IV): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis V, Z, R, R', n e n' é conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00173] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (IVa):

ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', n e n' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00174] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (IVb): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', n e n' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00175] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (IVc):

ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', n e n' é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00176] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (IVb'): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R' e n é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00177] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula (IVd): ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis R, R', R'" é independentemente conforme definido acima e descrito nas modalidades neste documento, tanto individualmente quanto em combinação.

[00178] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto de fórmula: ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

[00179] Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, conforme descrito neste documento, ou um metabólito do mesmo, em um paciente. Em algumas modalidades, um nível de um composto ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, conforme descrito neste documento, ou um metabólito do mesmo, é medido na amostra biológica de um paciente. Em algumas modalidades, a amostra biológica de um paciente é uma amostra de sangue, plasma e/ou soro. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível de um composto de fórmula (I), (Ia), (Ib), (Ib'), (Ic) e (Id), ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível de um composto de fórmulas (IV), (IVa), (IVb), (IVb'), (IVc) e (IVd) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (I) e (IV) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (I) e (IV) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (I) e (IVa) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (Ib) e (IVb) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (Ib') e (IVb') ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (Ic) e (IVc) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente. Em algumas modalidades, um método da presente invenção compreende medir um nível total de compostos de fórmulas (Id) e (IVd) ou sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos, em um paciente.

4. Usos, Formulação e Administração Composições farmaceuticamente aceitáveis

[00180] De acordo com outra modalidade, a invenção provê uma composição compreendendo um composto desta invenção ou um derivado farmaceuticamente aceitável do mesmo e um carreador, adjuvante ou veículo farmaceuticamente aceitável. Em certas modalidades, uma composição desta invenção é formulada para administração a um paciente em necessidade de tal composição. Em algumas modalidades, uma composição desta invenção é formulada para administração oral a um paciente.

[00181] O termo "paciente", conforme usado neste documento, significa um animal, preferencialmente um mamífero, e mais preferencialmente um ser humano.

[00182] O termo "carreador, adjuvante ou veículo farmaceuticamente aceitável" refere-se a um carreador, adjuvante ou veículo não tóxico que não destrói a atividade farmacológica do composto com o qual é formulado. Os carreadores, adjuvantes ou veículos farmaceuticamente aceitáveis que podem ser usados nas composições desta invenção incluem, mas não estão limitados a, permutadores de íons, alumina, estearato de alumínio, lecitina, proteínas do soro, tal como albumina de soro humano, substâncias tampão, tais como fosfatos, glicina, ácido sórbico, sorbato de potássio, misturas parciais de glicerídeos de ácidos graxos vegetais saturados, água, sais ou eletrólitos, tais como sulfato de protamina, hidrogenofosfato dissódico, hidrogenofosfato de potássio, cloreto de sódio, sais de zinco, sílica coloidal, trisilicato de magnésio, polivinila pirrolidona, substâncias à base de celulose, polietilenoglicol, carboximetilcelulose de sódio, poliacrilatos, ceras, polímeros em bloco de polietileno-polioxipropileno, polietilenoglicol e gordura de lã.

[00183] Um "derivado farmaceuticamente aceitável" significa qualquer sal, éster, sal de um éster ou outro derivado não tóxico de um composto desta invenção que, mediante a administração a um receptor, é capaz de prover, direta ou indiretamente, um composto deste invenção ou um metabólito ativo ou resíduo do mesmo.

[00184] Uma "amostra biológica" adequada para a presente invenção pode ser um fluido biológico, tal como um sangue, um plasma ou um soro, uma saliva, um fluido intersticial ou uma amostra de urina; uma amostra de células, tal como uma cultura de células, uma linha de células ou uma amostra de PBMC, uma biópsia de tecido, tal como um tecido oral, um tecido gastrointestinal, uma pele, uma amostra de mucosa oral ou uma pluralidade de amostras de um ensaio clínico. Uma amostra biológica pode ser uma amostra bruta ou pode ser purificada em vários graus antes do armazenamento, processamento ou medição. Em algumas modalidades, uma amostra biológica é selecionada a partir do grupo que consiste em uma amostra de tecido biológico, uma amostra de sangue completo, uma amostra de zaragatoa, uma amostra de plasma, uma amostra de soro, uma amostra de saliva, uma amostra de fluido vaginal, uma amostra de esperma, um amostra de fluido faríngeo, uma amostra de fluido brônquico, uma amostra de fluido fecal, uma amostra de fluido cerebrospinal, uma amostra de fluido lacrimal e uma amostra de sobrenadante de cultura de tecido.

[00185] As composições da presente invenção podem ser administradas por via oral, parental, por pulverização de inalação, topicamente, por via retal, nasal, bucal, vaginal ou via um reservatório implantado. O termo "parenteral", conforme usado neste documento, inclui técnicas de infusão ou injeção subcutânea, intravenosa, intramuscular, intra-articular, intra-sinovial, intra-esternal, intratecal, intra-hepática, intralesional e intracraniana. Preferencialmente, as composições são administradas por via oral, intraperitoneal ou intravenosa. As formas injetáveis estéreis das composições desta invenção podem ser suspensões aquosas ou oleaginosas. Estas suspensões podem ser formuladas de acordo com técnicas conhecidas na técnica usando agentes dispersantes ou umectantes e agentes de suspensão adequados. A preparação injetável estéril pode também ser uma solução estéril injetável ou suspensão em um diluente ou solvente parentericamente aceitável não tóxico, por exemplo, como uma solução em 1,3-butanodiol. Entre os veículos aceitáveis e os solventes que podem ser empregados estão água, solução de Ringer e solução de isotônica de cloreto de sódio. Além disso, óleos fixos e estéreis são convencionalmente empregados como um meio solvente ou de suspensão.

[00186] Para este fim qualquer óleo fixo brando pode ser empregado incluindo mono ou diglicerídeos sintéticos. Os ácidos graxos, tal como o ácido oleico e seus derivados glicerídeos, são úteis na preparação de injetáveis, assim como os óleos naturais farmaceuticamente aceitáveis, tal como o azeite de oliva ou o óleo de rícino, especialmente em suas versões polioxietiladas. Estas soluções ou suspensões de óleo também podem conter um diluente ou dispersante de álcool de cadeia longa, tal como carboximetilcelulose ou agentes dispersantes semelhantes que são comumente usados na formulação de formas de dosagem farmaceuticamente aceitáveis, incluindo emulsões e suspensões. Outros surfactantes comumente usados, tais como Tweens, Spans e outros agentes emulsificantes ou potencializadores de biodisponibilidade que são comumente usados na fabricação de sólidos, líquidos ou outras formas de dosagem farmaceuticamente aceitáveis também podem ser usados para os fins de formulação.

[00187] As composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção podem ser administradas por via oral em qualquer forma de dosagem oralmente aceitável incluindo, mas não se limitando a, cápsulas, comprimidos, suspensões ou soluções aquosas. No caso de comprimidos para uso oral, os carreadores comumente usados incluem lactose e amido de milho. Os agentes lubrificantes, tal como o estearato de magnésio, também são tipicamente adicionados. Para administração oral na forma de cápsula, diluentes úteis incluem lactose e amido de milho seco. Quando suspensões aquosas são requeridas para uso oral, o ingrediente ativo é combinado com agentes emulsificantes e de suspensão. Se desejado, certos agentes adoçantes, aromatizantes ou corantes também podem ser adicionados.

[00188] Alternativamente, as composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção podem ser administradas na forma de supositórios para administração retal. Estes podem ser preparados misturando o agente com um excipiente não irritante adequado que é sólido à temperatura ambiente, mas líquido à temperatura retal e, portanto, derreterá no reto para liberar a droga. Esses materiais incluem manteiga de cacau, cera de abelha e polietilenoglicóis.

[00189] As composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção também podem ser administradas topicamente, especialmente quando o alvo do tratamento inclui áreas ou órgãos facilmente acessíveis por aplicação tópica, incluindo doenças dos olhos, da pele ou do trato intestinal inferior. As formulações tópicas adequadas são prontamente preparadas para cada uma dessas áreas ou órgãos.

[00190] A aplicação tópica para o trato intestinal inferior pode ser realizada em uma formulação de supositório retal (vide acima) ou em uma formulação de enema adequada. Emplastros transdérmicos tópicos também podem ser usados.

[00191] Para aplicações tópicas, as composições farmaceuticamente aceitáveis providas podem ser formuladas em uma pomada adequada contendo o componente ativo suspenso ou dissolvido em um ou mais carreadores. Os carreadores para administração tópica de compostos desta invenção incluem, mas não estão limitados a, óleo mineral, vaselina líquida, vaselina branca, propilenoglicol, polioxietileno, composto de polioxipropileno, cera emulsificante e água. Alternativamente, as composições farmaceuticamente aceitáveis providas podem ser formuladas em uma loção ou creme adequado contendo os componentes ativos suspensos ou dissolvidos em um ou mais carreadores farmaceuticamente aceitáveis. Os carreadores adequados incluem, mas não estão limitados a, óleo mineral, monoestearato de sorbitano, polissorbato 60, cera de ésteres cetílicos, álcool cetearílico, 2- octildodecanol, álcool benzílico e água.

[00192] Para uso oftálmico, as composições farmaceuticamente aceitáveis providas podem ser formuladas como suspensões micronizadas em solução salina estéril isotônica, com pH ajustado ou, preferencialmente, como soluções em solução salina estéril com pH isotônico, com ou sem um conservante, tal como cloreto de benzilalcônio. Alternativamente, para usos oftálmicos, as composições farmaceuticamente aceitáveis podem ser formuladas em uma pomada, tal como vaselina.

[00193] As composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção também podem ser administradas por aerossol ou inalação nasal. Tais composições são preparadas de acordo com técnicas bem conhecidas na técnica de formulação farmacêutica e podem ser preparadas como soluções em solução salina, empregando álcool benzílico ou outros conservantes adequados, promotores de absorção para potencializar a biodisponibilidade, fluorocarbonos e/ou outros agentes solubilizantes ou dispersantes convencionais.

[00194] Mais preferencialmente, as composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção são formuladas para administração oral. Tais formulações podem ser administradas com ou sem alimentos. Em algumas modalidades, as composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção são administradas sem alimentos. Em outras modalidades, as composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção são administradas com alimentos.

[00195] A quantidade de compostos da presente invenção que podem ser combinados com os materiais carreadores para produzir uma composição em uma forma de dosagem única irá variar dependendo do hospedeiro tratado, do modo particular de administração. Preferencialmente, as composições providas devem ser formuladas de modo que uma dosagem entre 0,01 - 100 mg/kg de peso corporal/dia do inibidor possa ser administrada a um paciente que recebe essas composições.

[00196] Também deve ser entendido que uma dosagem específica e regime de tratamento para qualquer paciente particular dependerá de uma variedade de fatores, incluindo a atividade do composto específico empregado, a idade, peso corporal, saúde geral, sexo, dieta, tempo de administração, taxa de excreção, combinação de drogas e o julgamento do médico que está efetuando o tratamento e a gravidade da doença a ser tratada em particular. A quantidade de um composto da presente invenção na composição também dependerá do composto na composição em particular. Usos de compostos e composições farmaceuticamente aceitáveis

[00197] Os compostos e composições descritos neste documento são geralmente úteis para o tratamento de uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

[00198] Conforme usado neste documento, os termos "tratamento", "tratar" e "tratando" referem-se a reverter, aliviar, retardar o início ou inibir o progresso de uma doença ou distúrbio ou um ou mais sintomas dos mesmos, conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, o tratamento pode ser administrado após que um ou mais sintomas tenham desenvolvido. Em outras modalidades, o tratamento pode ser administrado na ausência de sintomas. Por exemplo, o tratamento pode ser administrado a um indivíduo suscetível antes do início dos sintomas (por exemplo, à luz de uma história de sintomas e/ou à luz de fatores genéticos ou outros fatores de suscetibilidade). O tratamento também pode ser continuado após que os sintomas tenham sido resolvidos, por exemplo, para prevenir ou retardar sua recorrência.

[00199] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo um composto ou composição conforme descrito neste documento.

[00200] Os compostos e composições, de acordo com o método da presente invenção, podem ser administrados usando qualquer quantidade e qualquer via de administração eficaz para tratar ou amenizar a gravidade de uma doença ou distúrbio, ou um ou mais sintomas dos mesmos, conforme descrito neste documento. A quantidade exata requerida irá variar de indivíduo para indivíduo, dependendo da espécie, idade e condição geral do indivíduo, a gravidade da doença ou condição, o agente, seu modo de administração em particular e semelhantes. Os compostos descritos neste documento são preferencialmente formulados na forma de dosagem unitária para facilidade de administração e uniformidade de dosagem. A expressão "forma de unidade de dosagem", conforme usada neste documento, refere-se a uma unidade fisicamente discreta de agente apropriada para o paciente a ser tratado. Será compreendido, no entanto, que o uso diário total dos compostos e composições da presente invenção será decidido pelo médico atendente dentro do escopo do bom julgamento médico. O nível específico da dose eficaz para qualquer paciente ou organismo em particular dependerá de uma variedade de fatores incluindo o distúrbio sendo tratado e a gravidade do distúrbio; da atividade do composto específico empregado; da composição específica empregada; da idade, peso corporal, saúde geral, sexo e dieta do paciente; do tempo de administração, via de administração e taxa de excreção do composto específico empregado; da duração do tratamento; das drogas usadas em combinação ou simultâneos ao composto específico empregado, e fatores similares bem conhecidos na técnica médica. O termo "paciente", conforme usado neste documento, significa um animal, preferencialmente um mamífero, e mais preferencialmente um ser humano.

[00201] As composições farmaceuticamente aceitáveis desta invenção podem ser administradas a humanos e outros animais por via oral, retal, parenteral, intracisterna, intravaginal, intraperitoneal, tópica (como em pós, pomadas ou gotas), bucalmente, como uma pulverização oral ou nasal ou semelhantes, dependendo da gravidade da infecção a ser tratada. Em certas modalidades, os compostos da invenção podem ser administrados por via oral ou parenteral em níveis de dosagem de cerca de 0,01 mg/kg a cerca de 50 mg/kg e, preferencialmente, de cerca de 1 mg/kg a cerca de 25 mg/kg, do peso corporal do indivíduo por dia, uma ou mais vezes ao dia, para obter o efeito terapêutico desejado.

[00202] As formas de dosagem líquidas para a administração oral incluem, mas não estão limitadas a, emulsões, microemulsões, soluções, suspensões, xaropes e elixires farmaceuticamente aceitáveis. Além dos compostos ativos, as formas de dosagem líquidas podem conter diluentes inertes comumente usados na técnica, tais como, por exemplo, água ou outros solventes, agentes solubilizantes e emulsificantes, tais como álcool etílico, álcool isopropílico, carbonato de etila, acetato de etila, álcool benzílico, benzoato de benzil, propilenoglicol, 1,3-butileno glicol, dimetila formamida, óleos (particularmente, óleos de semente de algodão, amendoim, milho, germe, oliva, rícino e de gergelim), glicerol, álcool tetrahidrofurfurila, polietilenoglicois e ésteres de sorbitano de ácido graxo e misturas dos mesmos. Além de diluentes inertes, as composições orais também podem incluir adjuvantes tais como agentes umectantes, emulsionantes e agentes de suspensão, adoçantes, aromatizantes e agentes perfumantes.

[00203] As preparações injetáveis, por exemplo, suspensões aquosas ou oleaginosas de injetáveis estéreis, podem ser formuladas de acordo com o conhecido na técnica estão usando agentes de dispersão ou umectantes adequados e agentes de suspensão. A preparação injetável estéril também pode ser uma solução, suspensão ou emulsão injectável estéril em um diluente ou solvente não tóxico parentericamente aceitável, por exemplo, como uma solução em 1,3-butanodiol. Entre os veículos e os solventes aceitáveis que podem ser empregados são água, solução de Ringer, U.S.P. e solução isotônica de cloreto de sódio. Além disso, óleos fixos e estéreis são convencionalmente empregados como um meio solvente ou de suspensão. Para este fim qualquer óleo fixo brando pode ser empregado incluindo mono ou diglicerídeos sintéticos. Além disso, ácidos graxos, tais como ácido oléico, são usados na preparação de injetáveis.

[00204] Formulações injetáveis podem ser esterilizadas, por exemplo, por filtração através de um filtro retentor de bactérias ou por incorporação de agentes esterilizantes na forma de composições sólidas estéreis que podem ser dissolvidas ou dispersas em água estéril ou em outro meio injetável antes do uso.

[00205] A fim de prolongar o efeito de um composto da presente invenção, é frequentemente desejável retardar a absorção do composto por injeção subcutânea ou intramuscular. Isso pode ser realizado pelo uso de uma suspensão líquida de material cristalino ou amorfo com pouca solubilidade em água. A taxa de absorção do composto então depende de sua taxa de dissolução que, por sua vez, pode depender do tamanho do cristal e da forma cristalina. Alternativamente, a absorção retardada de uma forma de composto administrado parentericamente é alcançada pela dissolução ou suspensão do composto em um veículo com óleo. As formas de deposição injetáveis são feitas pela formação de matrizes micro- encapsuladas do composto em polímeros biodegradáveis, tais como poliglicolídeo-polilactídeo. Dependendo da razão do composto em relação ao polímero e da natureza do polímero empregado em particular, a taxa de liberação do composto pode ser controlada. Exemplos de outros polímeros biodegradáveis incluem poli(ortoésteres) e poli(anidridos). As formulações injetáveis de deposição também são preparadas pelo aprisionamento do composto em lipossomas ou microemulsões que são compatíveis com os tecidos corporais.

[00206] As composições para a administração retal ou vaginal são preferencialmente supositórios que podem ser preparados pela mistura dos compostos, conforme descrito neste documento, com excipientes ou carreadores não irritantes, tais como manteiga de cacau, polietilenoglicol ou uma cera de supositório que é sólida à temperatura ambiente, mas líquida na temperatura corporal e, portanto, derretida no reto ou na cavidade vaginal e libera o composto ativo.

[00207] As formas de dosagem sólidas para a administração oral incluem cápsulas, comprimidos, pílulas, pós e grânulos. Em tais formas de dosagem sólidas, o composto activo é misturado com pelo menos um excipiente ou carreador inerte farmaceuticamente aceitável, tal como citrato de sódio ou fosfato dicálcico e/ou: a) enchimentos ou extensores tais como amidos, lactose, sacarose, glicose, manitol, e ácido silícico, b) ligantes tais como, por exemplo, carboximetilcelulose, alginatos, gelatina, polivinilpirrolidinona, sacarose e acácia, c) umectantes tais como glicerol, d) agentes desintegrantes tais como ágar-ágar, carbonato de cálcio, batata ou amido de tapioca, ácido algínico, certos silicatos e carbonato de sódio, e) agentes retardadores da solução tais como parafina, f) aceleradores de absorção, tais como compostos de amônio quaternário, g) agentes umectantes tais como, por exemplo, álcool cetílico e monoestearato de glicerol, h) absorventes tais como argila de caulino e bentonita, e i) lubrificantes tais como talco, estearato de cálcio, estearato de magnésio, polietilenoglicóis sólidos, lauril sulfato de sódio e suas misturas dos mesmos. No caso de cápsulas, comprimidos e pílulas, a forma de dosagem também pode incluir agentes de tamponamento.

[00208] As composições sólidas de um tipo semelhante também podem ser empregadas como preenchimentos em cápsulas de gelatina preenchidas duras e macias usando tais excipientes, como lactose ou açúcar do leite, bem como polietilenoglicois de alto peso molecular e similares. As formas de dosagem sólidas de comprimidos, drágeas, cápsulas, pílulas e grânulos podem ser preparadas com revestimentos e invólucros tais como revestimentos entéricos e outros revestimentos bem conhecidos na técnica da formulação farmacêutica. Podem opcionalmente conter agentes opacificantes e podem também ser de uma composição que libera o(s) ingrediente(s) ativo(s) apenas, ou preferencialmente, em uma certa parte do trato intestinal, opcionalmente, de uma maneira retardada. Exemplos de incorporação de composições que podem ser usadas incluem ceras e substâncias poliméricas. As composições sólidas de um tipo semelhante também podem ser empregadas como preenchimentos em cápsulas de gelatina preenchidas duras e macias usando tais excipientes, como lactose ou açúcar do leite, bem como polietilenoglicois de alto peso molecular e similares.

[00209] Os compostos ativos também podem estar em forma micro-encapsulada com um ou mais excipientes, conforme observado acima. As formas de dosagem sólidas de comprimidos, drágeas, cápsulas, pílulas e grânulos podem ser preparadas com revestimentos e invólucros, tais como revestimentos entéricos, revestimentos que controlam a liberação e outros revestimentos bem conhecidos na técnica da formulação farmacêutica. Em tais formas de dosagem sólidas, o composto ativo pode ser admisturado com pelo menos um diluente inerte tal como sacarose, lactose ou amido. Tais formas de dosagem também podem compreender, como é prática normal, substâncias adicionais diferentes dos diluentes inertes, por exemplo, lubrificantes para formação de comprimidos e outros auxiliares na formação de comprimidos, tal como estearato de magnésio e celulose microcristalina. No caso de cápsulas, comprimidos e pílulas, as formas de dosagem também podem compreender agentes de tamponamento. Podem opcionalmente conter agentes opacificantes e podem também ser de uma composição que libera o(s) ingrediente(s) ativo(s) apenas, ou preferencialmente, em uma certa parte do trato intestinal, opcionalmente, de uma maneira retardada. Exemplos de incorporação de composições que podem ser usadas incluem ceras e substâncias poliméricas.

[00210] As formas de dosagem para administração tópica ou transdérmica de um composto desta invenção incluem pomadas, pastas, cremes, loções, géis, pós, soluções, pulverizações, inalantes ou emplastros. O componente ativo é admisturado em condições estéreis com um carreador farmaceuticamente aceitável e quaisquer conservantes ou tampões necessários, conforme for requerido. Formulações oftálmicas, gotas auriculares e colírios também estão contempladas como estando dentro do escopo desta invenção. Adicionalmente, a presente invenção contempla o uso de emplastros transdérmicos, que têm a vantagem adicional de prover a entrega controlada de um composto ao corpo. Tais formas de dosagem podem ser feitas pela dissolução ou dispersão do composto no meio apropriado. Os potencializadores de absorção também podem ser usados para aumentar o fluxo do composto através da pele. A taxa pode ser controlada por prover uma membrana que controla a taxa ou pela dispersão do composto em uma matriz ou gel de polímero. Doenças, Distúrbios ou Condições Inflamatórias

[00211] Os compostos descritos neste documento são úteis no tratamento de doenças inflamatórias ou obstrutivas das vias respiratórias, resultando, por exemplo, na redução de danos nos tecidos, inflamação das vias respiratórias, hiper-reatividade brônquica, remodelação ou progressão da doença. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória são doenças inflamatórias ou obstrutivas das vias respiratórias, incluindo, mas não se limitando a, asma de qualquer tipo ou gênese, incluindo tanto asma intrínseca (não alérgica) quanto asma extrínseca (alérgica), asma leve, asma moderada, asma grave, asma brônquica, asma induzida por exercício, asma ocupacional e asma induzida após infecção bacteriana. O tratamento da asma também deve ser entendido como abrangendo o tratamento de indivíduos, por exemplo, com menos de 4 ou 5 anos de idade, exibindo sintomas de chiado no peito e diagnosticados ou passíveis de serem diagnosticados como "bebês chiador", uma categoria estabelecida de pacientes de grande preocupação médica e agora frequentemente identificada como asmáticos incipientes ou em fase inicial.

[00212] Os compostos descritos neste documento são úteis no tratamento de doenças heteroimunes. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória são doenças heteroimunes, incluindo, mas não se limitando a, doença de enxerto contra hospedeiro, transplante, transfusão, anafilaxia, alergias (por exemplo, alergias a pólen de planta, látex, drogas, alimentos, venenos de insetos, pelos de animais, descamação de pelos de animais, ácaros do pó ou cálice de barata), hipersensibilidade tipo I, conjuntivite alérgica, rinite alérgica e dermatite atópica.

[00213] A eficácia profilática no tratamento da asma será evidenciada pela redução da frequência ou gravidade da crise sintomática, por exemplo, crise aguda de asma ou broncoconstritora, melhora da função pulmonar ou melhora da hiper-reatividade das vias aéreas. Pode ser adicionalmente evidenciado pelo requerimento reduzido de outra terapia sintomática, tal como terapia para ou destinada a restringir ou abortar a crise sintomática quando ela ocorre, por exemplo, anti-inflamatória ou broncodilatadora. O benefício profilático na asma pode, particularmente, ser aparente em indivíduos propensos a "depressão matinal". A "depressão matinal" é uma síndrome asmática reconhecida, comum a uma porcentagem substancial de asmáticos e caracterizada por ataque de asma, por exemplo, entre as horas de cerca de 4 a 6 horas da manhã, ou seja, em um horário normal substancialmente distante de qualquer terapia de asma sintomática previamente administrada.

[00214] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é selecionada de lesão pulmonar aguda (ALI), síndrome do desconforto respiratório agudo/adulto (ARDS), crônica pulmonar obstrutiva, doença pulmonar ou das vias respiratórias (COPD, COAD ou COLD), incluindo bronquite ou dispneia associada, enfisema, bem como exacerbação da hiper-reatividade das vias respiratórias em consequência de outra terapêutica com droga, particularmente outra terapia com droga inalada. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é bronquite, em que a bronquite é de qualquer tipo ou gênese, incluindo, mas não se limitando a, aguda, araquídica, catarral, crupe, bronquite crônica ou ftinoide. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é a pneumoconiose (uma doença inflamatória, comumente ocupacional, dos pulmões, frequentemente acompanhada por obstrução das vias respiratórias, seja crônica ou aguda, e ocasionada por inalação repetida de poeiras) de qualquer tipo ou gênese, incluindo, por exemplo, aluminose, antracose, asbestose, calicose, ptilose, siderose, silicose, tabacose e bissinose.

[00215] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é um distúrbio relacionado a eosinófilos, por exemplo, eosinofilia. Em algumas modalidades, um distúrbio relacionado aos eosinófilos é um distúrbio relacionado aos eosinófilos das vias respiratórias (por exemplo, envolvendo a infiltração eosinofílica mórbida dos tecidos pulmonares), incluindo hipereosinofilia, pois afeta as vias respiratórias e/ou pulmões, bem como, por exemplo, distúrbios relacionados aos eosinófilos das vias respiratórias consequentes ou concomitantes à síndrome de Loffler, pneumonia eosinofílica, infestação parasitária (particularmente metazoária) (incluindo eosinofilia tropical), aspergilose broncopulmonar, poliarterite nodosa (incluindo síndrome de Churg-Strauss), granuloma eosinofílico e distúrbios relacionados à eosinofilia afetando as vias respiratórias ocasionada por reação à droga.

[00216] Os compostos descritos neste documento também são úteis no tratamento de condições inflamatórias ou alérgicas da pele. Em algumas modalidades, uma condição inflamatória ou alérgica da pele é selecionada de psoríase, dermatite de contato, dermatite atópica, alopecia areata, eritema multiforma, dermatite herpetiforme, esclerodermia, vitiligo, angiite de hipersensibilidade, urticária, penfigóide bolhoso, lúpus eritematoso sistêmico, pênfigo vulgar, pênfigo foliáceo, pênfigo paraneoplásico, epidermólise bolhosa aquisita, acne vulgar e outras condições inflamatórias ou alérgicas da pele.

[00217] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é uma doença ou condição com um componente inflamatório, por exemplo, doenças e condições do olho, tais como alergia ocular, conjuntivite, ceratoconjuntivite seca, uveíte e conjuntivite primaveril, doenças e condições que afetam o nariz, incluindo rinite alérgica e doença inflamatória em que reações autoimunes estão implicadas ou com um componente ou etiologia autoimune, incluindo distúrbios hematológicos autoimunes (por exemplo, anemia hemolítica, anemia aplástica, anemia eritrocitária pura e trombocitopenia idiopática), lúpus eritematoso sistêmico, artrite reumatóide, policondrite, esclerodermia, granulamatose de Wegener, dermatomiosite, hepatite crônica ativa, miastenia grave, síndrome de Steven-Johnson, espru idiopático, doença inflamatória intestinal autoimune (por exemplo, colite ulcerativa e doença de Crohn), síndrome do intestino irritável, doença celíaca, periodontite, doença da membrana hialina, doença renal, doença glomerular, doença hepática alcoólica, esclerose múltipla, oftalmopatia endócrina, doença de Grave, sarcoidose, alveolite, pneumonite de hipersensibilidade crônica, esclerose múltipla, cirrose biliar primária, uveíte (anterior e posterior), síndrome de Sjogren, ceratoconjuntivite seca, uveíte e ceratoconjutivite vernal, fibrose pulmonar intersticial, artrite psoriática, artrite idiopática juvenil sistêmica, síndrome periódica associada à criopirina, síndrome de Muckle-Wells, nefrite, vasculite, diverticulite, cistite intersticial, glomerulonefrite (com e sem síndrome nefrótica, por exemplo, incluindo síndrome nefrótica idiopática), doença granulomatosa crônica, endometriose, doença renal de leptospiriose, glaucoma, doença retinal, envelhecimento, cefaléia, dor, síndrome de dor regional complexa, hipertrofia cardíaca, perda de massa muscular, distúrbios catabólicos, obesidade, retardo de crescimento fetal, insuficiência intestinal, hiperclolesterolemia, doença cardíaca, insuficiência cardíaca crônica, mesotelioma, displasia ecodérmica anidrótica, doença de Behcet, incontinência pigmentar, doença de Paget, pancreatite aguda ou crônica, síndrome de febre periódica hereditária, asma (alérgica e não alérgica, leve, moderada, grave, bronquítica e induzida por exercícios), lesão pulmonar aguda, síndrome da dificuldade respiratória aguda, eosinofilia,

hipersensibilidades, anafilaxia, sinusite nasal, alergia ocular, doenças induzidas por sílica, DPOC (redução de danos, inflamação das vias respiratórias, hiperreatividade brônquica, remodelação ou progressão da doença), doença pulmonar, fibrose cística, lesão pulmonar induzida por ácido, hipertensão pulmonar, polineuropatia, catarata, inflamação muscular em conjunto com esclerose sistêmica, miosite de corpos de inclusão, miastenia grave, tireoidite, doença de Addison, líquen plano, diabetes tipo 1 ou diabetes tipo 2, apendicite, dermatite atópica, asma, alergia, blefarite, bronquiolite, bronquite, bursite, cervicite, colangite, colecistite, rejeição de enxerto crônico, colite, conjuntivite, doença de Crohn, cistite, dacrioadenite, dermatite, dermatomiosite, encefalite, endocardite, endometrite, enterite, enterocolite, epicondilite, epididimite, fasciite, fibrosite, gastrite, gastroenterite, púrpura de Henoch-Schonlein, hepatite, hidradenite supurativa, nefropatia de imunoglobulina A, doença pulmonar intersticial, laringite, mastite, meningite, mielite, miocardite, miosite, nefrite, ooforite, orquite, osteíte, otite, pancreatite, parotidite, pericardite, peritonite, faringite, pleurite, flebite, pneumonite, pneumonia, polimiosite, proctite, prostatite, pielonefrite, rinite, salpingite, sinusite, estomatite, sinovite, tendinite, amigdalite, colite ulcerosa, uveíte, vaginite, vasculite ou vulvite.

[00218] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é a rejeição aguda ou crônica do enxerto no rim, fígado, coração, transplante pulmonar ou doença enxerto contra o hospedeiro no enxerto de medula óssea.

[00219] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é uma doença, distúrbio ou condição inflamatória da pele. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória da pele é selecionada dentre dermatite de contato, dermatite atópica, alopecia areata, eritema multiforma, dermatite herpetiforme, esclerodermia, vitiligo, angiite de hipersensibilidade, urticária, penfigóide bolhoso, pênfigo vulgar, pênfigo foliáceo, pênfigo paraneoplásico,

epidermólise bolhosa aquisita e outras condições inflamatórias ou alérgicas da pele.

[00220] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é selecionada dentre gota aguda e crônica, artrite gotosa crônica, psoríase, artrite psoriática, artrite reumatóide, artrite reumatóide juvenil, artrite idiopática juvenil sistêmica (SJIA), síndrome periódica associada a criopirina (CAPS), Síndrome de Muckle-Wells e osteoartrite.

[00221] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é uma doença mediada por TH17. Em algumas modalidades, uma doença mediada por TH17 é selecionada dentre lúpus eritematoso sistêmico, esclerose múltipla e doença inflamatória intestinal (incluindo doença de Crohn ou colite ulcerativa).

[00222] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é selecionada dentre a síndrome de Sjogren, distúrbios alérgicos, osteoartrite, condições dos olhos, tais como alergia ocular, conjuntivite, ceratoconjuntivite seca e conjuntivite vernal e doenças que afetam o nariz, tal como rinite alérgica.

[00223] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória está associada ao transplante. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória está associada ao transplante de órgão, rejeição de transplante de órgão e/ou doença enxerto contra o hospedeiro.

[00224] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é um distúrbio autoimune. Em algumas modalidades, um distúrbio autoimune é diabetes tipo 1, lúpus eritematoso sistêmico, esclerose múltipla, psoríase, doença de Behcet, síndrome POEMS, doença de Crohn, colite ulcerativa, espondilite anquilosante, espondiloartrite axial, cirrose biliar primária, hepatite autoimune ou doença inflamatória intestinal.

[00225] Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória é um distúrbio inflamatório. Em algumas modalidades, um distúrbio inflamatório é artrite reumatoide, asma, doença pulmonar obstrutiva crônica, psoríase, hepatomegalia, doença de Crohn, colite ulcerativa, espondilite anquilosante, espondiloartrite axial, cirrose biliar primária, polimialgia reumática, arterite de células gigantes ou doença inflamatória do intestino.

[00226] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no pâncreas. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no pâncreas é selecionada a partir de diabetes tipo 1, diabetes tipo 2, pancreatite aguda e crônica.

[00227] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no rim. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no rim é selecionada dentre glomeruloesclerose, glomerulonefrite, nefrite, lesão renal aguda, doença de Berger, síndrome de Goodpasture, granulomatose de Wegener e rejeição aguda ou crônica de transplante renal.

[00228] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no fígado. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no fígado é selecionada dentre esteatohepatite não alcoólica (NASH), doença hepática gordurosa não alcoólica (NAFLD), doença hepática colestática, colangite esclerosante e rejeição aguda ou crônica de transplante de fígado.

[00229] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no pulmão. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no pulmão é selecionada dentre a doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC), asma, fibrose pulmonar, hipertensão pulmonar, sarcoidose e rejeição aguda ou crônica de transplante de pulmão.

[00230] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória na pele. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória na pele é selecionada dentre dermatite de contato, dermatite atópica, psoríase, alopecia areata, eritema multiforma, dermatite herpetiforme, esclerodermia, vitiligo, angiite de hipersensibilidade, urticária, penfigóide bolhosa, pênfigo vulgar, pênfigo foliáceo, pênfigo paraneoplásico, epidermólise bolhosa aquisita, acnéia, cicatriz queloide e outras condições inflamatórias ou alérgicas da pele.

[00231] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no vaso sanguíneo/sangue. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no vaso sanguíneo/sangue é selecionada dentre a doença de Behcet, vasculite, sepse, angiogênese tumoral, aterosclerose, doença vascular proliferativa e restenose.

[00232] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no olho. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no olho é selecionada dentre conjuntivite, esclerite, episclerite, panuveíte, coroidite, coriorretinite, neurorretinite, uveíte, doença inflamatória orbitária e neurite óptica.

[00233] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no sistema nervoso central ou periférico. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no sistema nervoso central ou periférico é selecionada a partir de encefalite não viral e viral e meningite, depressão, dor neuropática, incluindo dor crônica, lesão cerebral traumática, incluindo acidente vascular cerebral, doença de Alzheimer, doença de Parkinson, mielite, doença de Charcot-Marie-Tooth tipo 1 (incluindo CMT1A e CMT1B), esclerose múltipla, esclerose lateral amiotrófica (ELA), doença de Creutzfeldt-Jakob, polineuropatia desmielinizante e neuropatia periférica.

[00234] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição autoimune. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição autoimune é selecionada dentre Lúpus, incluindo na pele e nos rins, síndrome de Guillain-Barré, Miastenia grave, tireoidite de Hashimoto, púrpura idiopática, anemia aplástica, doença de Graves e Miocardite.

[00235] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no intestino. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no intestino é selecionada dentre insuficiência intestinal, colite ulcerativa e doença de Crohn.

[00236] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no sistema reprodutivo. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória no sistema reprodutivo é selecionada dentre endometriose, fibroma uterino, displasia ou crescimento da próstata e displasia do colo do útero.

[00237] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória nos ossos e/ou articulações. Em algumas modalidades, uma doença, distúrbio ou condição inflamatória nos ossos e/ou articulações é selecionada dentre artrite idiopática juvenil, artrite psoriática, periodontite e artrite de mão, pé, tornozelo, joelho, quadril, ombro, cotovelo ou coluna vertebral e/ou desmineralização.

[00238] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de um distúrbio ou condição inflamatória relacionada à AIDS ou comórbida à AIDS. Terapias de Combinação de Doenças, Distúrbios ou Condições Inflamatórias

[00239] Dependendo da condição ou doença em particular a ser tratada, agentes terapêuticos adicionais, que são normalmente administrados para tratar essa condição, podem ser administrados em combinação com compostos e composições conforme descritos neste documento. Tal como usado neste documento, os agentes terapêuticos adicionais que são normalmente administrados para tratar uma doença ou condição em particular, são conhecidos como "apropriados para a doença ou condição a ser tratada."

[00240] Em certas modalidades, a presente invenção provê um método para o tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo um composto ou composição, conforme descrito neste documento, em combinação com outro agente terapêutico.

[00241] Esses agentes adicionais podem ser administrados separadamente de uma terapia de combinação provida, como parte de um regime de dosagem múltipla. Alternativamente, esses agentes podem ser parte de uma forma de dosagem única, misturados juntamente com um composto desta invenção em uma única composição. Se administrados como parte de um regime de dosagem múltipla, os dois agentes ativos podem ser submetidos simultânea, sequencialmente ou dentro de um período de tempo um do outro, normalmente dentro de cinco horas a partir um do outro.

[00242] Como usado neste documento, o termo "combinação", "combinado" e termos relacionados referem-se à administração simultânea ou sequencial de agentes terapêuticos em conformidade com esta invenção. Por exemplo, uma combinação da presente invenção pode ser administrada com outro agente terapêutico simultânea ou sequencialmente em formas de dosagem unitárias separadas ou juntos em uma forma de dosagem unitária única.

[00243] A quantidade de um ou mais outros agentes terapêuticos presentes nas composições desta invenção não pode ser mais do que a quantidade que seria normalmente administrada em uma composição compreendendo aquele agente terapêutico como o único agente ativo. Preferencialmente, a quantidade de agente terapêutico adicional nas composições presentemente divulgadas irá variar de cerca de 50% a 100% da quantidade normalmente presente em uma composição compreendendo aquele agente como o único agente terapeuticamente ativo.

[00244] A combinação pode resultar em um aditivo ou em um efeito sinérgico, onde doses mais baixas de um ou ambos os compostos podem ser usados para obter uma eficácia semelhante ou onde as mesmas doses podem resultar em uma eficácia significativamente melhorada.

[00245] Em algumas modalidades, a presente invenção provê uma composição que compreende um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais. O agente terapêutico pode ser administrado juntamente com um composto, conforme descrito neste documento, ou pode ser administrado antes ou após a administração de um composto, conforme descrito neste documento. Os agentes terapêuticos adequados são descritos em mais detalhes abaixo. Em certas modalidades, um composto, conforme descrito neste documento, pode ser administrado por até 5 minutos, 10 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 1 hora, 2 horas, 3 horas, 4 horas, 5 horas, 6 horas, 7 horas, 8 horas, 9 horas, 10 horas, 11 horas, 12 horas, 13 horas, 14 horas, 15 horas, 16 horas, 17 horas ou 18 horas antes do agente terapêutico. Em certas modalidades, um composto, conforme descrito neste document, pode ser administrado por até 5 minutos, 10 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 1 hora,

2 horas, 3 horas, 4 horas, 5 horas, 6 horas, 7 horas, 8 horas, 9 horas, 10 horas, 11 horas, 12 horas, 13 horas, 14 horas, 15 horas, 16 horas, 17 horas ou 18 horas após o agente terapêutico.

[00246] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória por meio da administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais. Tais agentes terapêuticos adicionais podem ser pequenas moléculas ou agentes biológicos recombinantes e incluem, por exemplo, acetaminofeno, drogas anti-inflamatórias não esteroidais (NSAIDS), tais como aspirina, ibuprofeno, naproxeno, etodolaco (Lodine®) e celecoxibe, colchicina (Colcrys®), corticosteroides, tais como prednisona, prednisolona, metilprednisolona, hidrocortisona e semelhantes, probenecida, alopurinol, febuxostate (Uloric®), sulfassalazina (Azulfidine®), antimaláricos tais como hidroxicloroquina (Plaquenil®) e ckroquina (Aralen®), metotrexato (Rheumatrex®), sais de ouro tais como tioglucose de ouro (Solganal®), tiomalato de ouro (Myochrysine®) e auranofina (Ridaura®), D-penicilamina (Depen® ou Cuprimine®), azatioprina (Imuran®), ciclofosfamida (Cytoxan®), clorambucila (Leukeran®), ciclosporina (Sandimmune®, Neoral®), tacrolimus, sirolimus, micofenolato, leflunomida (Arava®) e agentes “anti-TNF” tais como etanercept (Enbrel®), infliximabe (Remicade®), golimumabe (Simponi®), certolizumabe pegol (Cimzia®) e adalimumabe (Humira®), agentes “anti-IL-1” tais como anaquinra (Kineret®) e rilonacept (Arcalyst®), anticorpos anti-células T tais como Timoglobulina, Imunoglobulinas IV (IVIg), canacinumabe (Ilaris ®), inibidores anti-Jak tais como tofacitinibe, anticorpos tail como rituximabe (Rituxan®), agentes “anti-células T” tal como abatacepte (Orencia®), agentes “anti-IL-6” tais como tocilizumabe (Actemra®), diclofenaco, cortisona, ácido hialurônico (Synvisc® ou Hyalgan®), anticorpos monoclonais tal como tanezumabe, anticoagulantes tal como heparina

(Calcinparine® ou Liquaemin®) e varfarina (Coumadin®), antidiarreicos, tais como difenoxilato (Lomotamil®) e loperamil (Imodium®), agentes de ligação de ácido biliar, tais como colestiramina, alosetrona (Lotronex®), lubiprostona (Amitiza®), laxantes tais como Leite de Magnésia, polietilenoglicol (MiraLax®), Dulcolax®, Correctol® e Senokot®, anticolinérgicos ou antiespasmódicos, tais como diciclomina (Bentyl®), Singulair®, agonistas beta-2, tais como albuterol (Ventolin® HFA, Proventil® HFA), levalbuterol (Xopenex®), metaproterenol (Alupent®), acetato de pirbuterol (Maxair®), sulfato de terbutalina (Brethaire®), xinafoato de salmeterol (Serevent®) e formoterol (Foradil®), agentes anticolinérgicos tais como brometo de ipratrópio (Atrovent®) e tiotrópio (Spiriva®), corticosteroides inalados, tais como dipropionato de beclometasona (Beclovent®, Qvar® e Vanceril®), acetonida de triancinolona (Azmacort®), mometasona (Asthmanex®), budesonida (Pulmocort®) e flunisolida (Aerobid®), Afviar®, Symbicort®, Dulera®, cromolina de sódio (Intal®), metilxantinas, tais como teofilina (Theo-Dur®, Theolair®, Slo-bid®, Uniphyl®, Theo-24®) e aminofilina, anticorpos IgE tal como omalizumab (Xolair®), inibidores da transcriptase reversa de nucleosídeos, tais como zidovudina (Retrovir®), abacavir (Ziagen®), abacavir/lamivudina (Epzicom®), abacavir/lamivudina/zidovudina (Trizivir®), didanosina (Videx®), emtricitabina (Emtricitabina ®), lamivudina (Epivir®), lamivudina/zidovudina (Combivir®), estavudina (Zerit®) e zalcitabina (Hi vid®), inibidores da transcriptase reversa não nucleosídeos, tais como delavirdina (Rescriptor®), efavirenz (Sustiva®), nevairapina (Viramune®) e etravirina (Intelence®), inibidores da transcriptase reversa de nucleotídeos, tal como tenofovir (Viread®), inibidores da protease tais como amprenavir (Agenerase®), atazanavir (Reyataz®), darunavir (Prezista®), fosamprenavir (Lexiva®), indinavir (Crixivan®), lopinavir e ritonavir (Kaletra®), nelfinavir (Viracept®), ritonavir (Norvir®), saquinavir (Fortovase® ou Invirase®) e tipranavir (Aptivus®), inibidores de entrada tais como enfuvirtida (Fuzeon®)

e maraviroc (Selzentry®), inibidores da integrase tais como raltegravir (Isentress®), doxorrubicina (Hydrodaunorubicina®), vincristina (Oncovin®), bortezomibe (Velcade®) e dexametasona (Decadron ®) em combinação com lenalidomida (Revlimid®), agentes anti-IL36 tal como BI655130, inibidores de diidroorotato desidrogenase tal como IMU-838, agentes anti- OX40 tal como KHK-4083, agentes de microbioma tais como RBX2660, SER-287, Narrow sp inibidores de espectro quinase tal como TOP-1288, agentes anti-CD40 tais como BI-655064 e FFP-104, agonistas de guanilato ciclase tal como dolcanatida, inibidores de esfingosina quinase tal como opaganibe, agentes anti-IL-12/IL-23 tal como AK-101, inibidores do complexo de proteína ligase Ubiquitina tal como BBT-401, moduladores de receptores de esfingosina tal como BMS-986166, inibidores de P38MAPK/PDE4 tal como CBS-3595, antagonistas de CCR9 tal como CCX-507, antagonistas de FimH tal como EB-8018, HIF Inibidores de -PH tal como FG-6874, estabilizador HIF-1α tal como GB-004, inibidores da proteína MAP3K8 tal como GS-4875, anticorpos LAG-3 tal como GSK- 2831781, inibidores da quinase RIP2 tal como GSK-2983559, receptor Farnesoid X agonista tal como MET-409, antagonistas de CCK2 tal como PNB-001, antagonistas do receptor de IL-23 tal como PTG-200, antagonistas do receptor purinérgico P2X7 tal como SGM-1019, inibidores de PDE4 tal como Apremilast, inibidores de ICAM-1 tal como alicaforsén sódico, Agentes anti-IL23 tal como guselcumabe, brazikumabe e mirkizumab, agentes ant-IL-15 tal como AMG-71 4, inibidores de TYK-2 tal como BMS-986165, ativadores de células NK tal como CNDO-201, inibidores de RIP-1 quinase tal como GSK-2982772, agentes anti-NKGD2 tal como JNJ-4500, anticorpos CXCL-10 tal como JT-02, agonistas do receptor de IL-22 tal como RG-7880, antagonistas de GATA-3 tal como SB- 012 e inibidores do receptor do fator 1 de estimulação de colônias tal como edicotinibe ou qualquer combinação(ões) dos mesmos.

[00247] Em outra modalidade, a presente invenção provê um método de tratamento de gota compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados de drogas anti-inflamatórias não esteroidais (NSAIDS), tais como aspirina, ibuprofeno, naproxeno, etodolaco (Lodine®) e celecoxibe, colchicina (Colcrys®), corticosteróides tal como prednisona, prednisolona, metilprednisolona, hidrocortisona e semelhantes, probenecida, alopurinol e febuxostate (Uloric®).

[00248] Em outra modalidade, a presente invenção provê um método de tratamento de artrite reumatóide, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados a partir de drogas anti-inflamatórias não esteroidais (NSAIDS) tal como aspirina, ibuprofeno, naproxeno, etodolaco (Lodine®) e celecoxibe, corticosteroides tal como prednisona, prednisolona, metilprednisolona, hidrocortisona e semelhantes, sulfassalazina (Azulfidine®), antimaláricos tal como hidroxicloroquina (Plaquenil®) e cloroquina (Arotenil®), Rheumatrex®, sais de ouro tal como tioglucose de ouro (Solganal®), tiomalato de ouro (Myochrysine®) e auranofina (Ridaura®), D-penicilamina (Depen® ou Cuprimine®), azatioprina (Imuran®), ciclofosfamida (Cytoxan®), clorambucila (Leukeran®), ciclosporina (Sandimmune®), leflunomida (Arava®) e agentes “anti-TNF” tais como etanercept (Enbrel®), infliximabe (Remicade®), golimumabe (Simponi®), certolizumabe pegol (Cimzia®) uma e adalimumabe (Humira®), agentes “anti-IL-1” tal como anaquinra (Kineret®) e rilonacept (Arcalyst®), anticorpos tal como rituximabe (Rituxan®), agentes “anti-células T” tal como abatacepte (Orencia®) e agentes “anti-IL-6” tal como tocilizumabe (Actemra®).

[00249] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de osteoartrite compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito deste modo, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados de paracetamol, drogas anti-inflamatórias não esteroides (NSAIDS), tais como aspirina, ibuprofeno, naproxeno, etodolaco (Lodine®) e celecoxibe, diclofenaco, cortisona, ácido hialurônico (Synvisc® ou Hyalgan®) e anticorpos monoclonais tal como tanezumabe.

[00250] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de lúpus compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados de paracetamol, drogas anti-inflamatórias não esteroidais (NSAIDS) tais como aspirina, ibuprofeno, naproxeno, etodolaco (Lodine®) e celecoxibe, corticosteroides tais como prednisona, prednisolona, metilprednisolona, hidrocortisona e semelhantes, antimaláricos tais como hidroxicloroquina (Plaquenil®) e cloroquina (Aralenil®), metofosfato (Rheumatrex®), azatioprina (Imuran®) e anticoagulantes tais como heparina (Calcinparine® ou Liquaemin®) e varfarina (Coumadin®).

[00251] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento da doença de Crohn, colite ulcerosa ou doença inflamatória do intestino, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados de mesalamina (Asacol®) sulfassalazina (Azulfidine®), antidiarreicos tais como difenoxilato (Lomotil®) e loperamida (Imodium®), agentes de ligação de ácidos biliares tais como colestiramina, alosetrona (Lotronex®), lubiprostona (Amitiza®), laxantes como Leite de Magnésia, polietilenoglicol (MiraLax®), Dulcolax®, Correctol® e Senokot® e anticolinérgicos ou antiespasmódicos tais como diciclomina (Bentyl®), terapias anti-TNF, esteróides e antibióticos tais como Flagyl ou ciprofloxacina.

[00252] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de asma compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados de Singulair®, beta-2 agonistas, tais como albuterol (Ventolin® HFA, Proventil® HFA), levalbuterol (Xopenex®), metaproterenol (Alupent®), acetato de pirbuterol (Maxair®), sulfato de terbutalina (Brethaire®), xinafoato de salmeterol (Serevent®) e formoterol (Foradil®), agentes anticolinérgicos tais como o ipratrópio (Atrovent®) e tiotrópio (Spiriva®), corticosteróides inalados tais como prednisona, prednisolona, dipropionato de beclometasona (Beclovent®, Qvar® e Vanceril®), acetonido de triancinolona (Azmacort®), mometasona (Asthmanex®), budesonida (Pulmocort®), flunisolida (Aerobid®), Afviar®, Symbicort® e Dulera®, cromolina de sódio (Intal®), metilxantinas tais como teofilina (Theo-Dur®, Theolair®, Slo-bid®, Uniphyl®, Theo-24®) e aminofilina e anticorpos IgE tal como o malizumabe (Xolair®).

[00253] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de DPOC que compreende a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados de agonistas beta-2 tais como albuterol (Ventolin® HFA, Proventil® HFA), levalbuterol (Xopenex®), metaproterenol (Alupent®), acetato de pirbuterol (Maxair®), sulfato de terbutalina (Brethaire®), xinafoato de salmeterol (Serevent®) e formoterol (Foradil®), agentes anticolinérgicos tais como o brometo de ipratrópio® (Atratropium®) e tiotrópio (Spiriva®), metilxantinas tais como teofilina (Theo-Dur®, Theolair®, Slo-bid®, Uniphyl®, Theo-24®) e aminofilina, corticosteroides inalados tais como prednisona, prednisolona, dipropionato de beclometasona

(Beclovent®), Qvar® e Vanceril®, acetonido de triancinolona (Azmacort®), mometasona (Asthmanex®), budesonida (Pulmocort®), flunisolida (Aerobid®), Afviar®, Symbicort® e Dulera®.

[00254] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de HIV compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados a partir de inibidores da transcriptase reversa de nucleosídeos tais como zidovudina (Retrovir®), abacavir (Ziagen ®), abacavir/lamivudina (Epzicom®), abacavir/lamivudina/zidovudina (Trizivir®), didanosina (Videx®), emtricitabina (Emtriva®), lamivudina (Epivir®), lamivudina/zidovudina (Combivir®), estavudina (Combivir®) e zalcitabina (Hivid®), inibidores da transcriptase reversa não nucleosídeos tais como delavirdina (Rescriptor®), efavirenz (Sustiva®), nevairapina (Viramune®) e etravirina (Intelence®), inibidores da transcriptase reversa de nucleotídeos tal como tenofovir (Viread®), inibidores da protease tais como amprenavir (Agenerase®), atazanavir (Reyataz®), darunavir (Prezista®), fosamprenavir (Lexiva®), indinavir (Crixivan®), lopinavir e ritonavir (Kaletra®), nelfinavir (Viracept®), ritonavir (Norvir®), saquinavir (Fortovase® ou Invirase®) e tipranavir (Aptivus®), inibidores de entrada tais como enfuvirtida (Fuzeon®) e maraviroc (Selzentry®), inibidores da integrase tal como raltegravir (Isentress®) e combinações dos mesmos.

[00255] Em algumas modalidades, a presente invenção fornece provê um método de tratamento de rejeição de transplante de órgão ou enxerto com relação a doença do hospedeiro, compreendendo a administração a um paciente em necessidade do mesmo, um composto, conforme descrito neste documento, e um ou mais agentes terapêuticos adicionais selecionados a partir de um esteróide, ciclosporina, FK506, rapamicina, um inibidor de sinalização de hedgehog, um inibidor de BTK,

um inibidor de JAK/pan-JAK, um inibidor de TYK2, um inibidor de PI3K e um inibidor de SYK.

[00256] Os compostos da invenção também são úteis como compostos co-terapêuticos para uso em combinação com outras substâncias de drogas, tais como substâncias de drogas anti-inflamatórias, broncodilatadoras ou anti-histamínicas, particularmente no tratamento de doenças obstrutivas ou inflamatórias das vias respiratórias, tais como aquelas mencionadas anteriormente, por exemplo, como potenciadores da atividade terapêutica de tais drogas ou como um meio de reduzir a dosagem requerida ou potenciais efeitos colaterais de tais drogas. Um composto da invenção pode ser misturado com a outra substância de droga em uma composição farmacêutica fixa ou pode ser administrado separadamente, antes, simultaneamente com ou após a outra substância de droga. Por conseguinte, a invenção inclui uma combinação de um composto da invenção conforme descrito anteriormente com uma substância de droga anti-inflamatória, broncodilatadora, anti-histamínica ou antitússica, o referido composto da invenção e a referida substância de droga estando na mesma ou em diferentes composições farmacêuticas.

[00257] As drogas anti-inflamatórias adequadas incluem esteróides, particularmente glucocorticosteróides tais como budesonida, dipropionato de beclametasona, propionato de fluticasona, ciclesonida ou furoato de mometasona; agonistas do receptor de glucocorticóides não esteróides; antagonistas de LTB4, tais como LY293111, CGS025019C, CP- 195543, SC-53228, BIIL 284, ONO 4057, SB 209247; antagonistas de LTD4, tais como montelucaste e zafirlucaste; inibidores de PDE4, tais como cilomilaste (Ariflo® GlaxoSmithKline), Roflumilaste (Byk Gulden), V-11294A (Napp), BAY19-8004 (Bayer), SCH-351591 (Schering-Plow), Arofilina (Almirall Prodesfarma), PD189659/PD168787(ParkeDavis), AWD-12-281 (Asta Medica), CDC-801 (Celgene), SeICID™ CC-10004 (Celgene), VM554/UM565 (Vernalis), T-440 (Tanabe), KW-4490 (Kyowa Hakko

Kogyo); agonistas A2a; antagonistas de A2b; e agonistas do adrenoreceptor beta-2, tais como albuterol (salbutamol), metaproterenol, terbutalina, salmeterol fenoterol, procaterol e, especialmente, formoterol e sais farmaceuticamente aceitáveis dos mesmos. As drogas broncodilatadoras adequadas incluem compostos anticolinérgicos ou antimuscarínicos, particularmente brometo de ipratrópio, brometo de oxitrópio, sais de tiotrópio e CHF 4226 (Chiesi) e glicopirrolato.

[00258] As substâncias de drogas anti-histamínicas adequadas incluem cloridrato de cetirizina, acetaminofeno, fumarato de clemastina, prometazina, loratidina, desloratidina, difenidramina e cloridrato de fexofenadina, ativastina, astemizol, azelastina, ebastina, epinastina, mizolastina e tefenastina.

[00259] Outras combinações úteis de compostos da invenção com drogas anti-inflamatórias são aquelas com antagonistas de receptores de quimiocinas, por exemplo, CCR-1, CCR-2, CCR-3, CCR-4, CCR-5, CCR-6, CCR-7, CCR-8, CCR-9 e CCR10, CXCR1, CXCR2, CXCR3, CXCR4, CXCR5, particularmente antagonistas CCR-5, tais como antagonistas Schering-Plough SC-351125, SCH-55700 e SCH-D, e antagonistas Takeda, tais como N-[[4-[[[6,7-dihidro-2-(4-metilfenila)-5H- benzo-ciclohepteno-8-il]carbonila]amino]fenila]-metila]tetrahidro-N,N- dimetila-2H-cloreto de piran-4-amínio (TAK-770).

[00260] A estrutura dos compostos ativos identificados por números de código, nomes genéricos ou comerciais, pode ser retirada a partir da edição atual do compêndio padrão "The Merck Index" ou a partir de bancos de dados, por exemplo, Patentes Internacionais (por exemplo, Publicações Mundiais IMS - IMS World Publications).

[00261] Um composto da invenção atual pode ser administrado sozinho ou em combinação com um ou mais outros compostos terapêuticos, possível terapia de combinação tomando a forma de combinações fixas ou a administração de um composto da invenção e um ou mais outros compostos terapêuticos sendo escalonados ou dados independentemente um do outro, ou a administração combinada de combinações fixas e um ou mais outros compostos terapêuticos.

[00262] Esses agentes adicionais podem ser administrados separadamente de uma composição contendo o composto da invenção, como parte de um regime de dosagem múltipla. Alternativamente, esses agentes podem ser parte de uma forma de dosagem única, misturados juntamente com um composto desta invenção em uma única composição. Se administrados como parte de um regime de dosagem múltipla, os dois agentes ativos podem ser submetidos simultânea, sequencialmente ou dentro de um período de tempo um do outro, normalmente dentro de cinco horas a partir um do outro.

[00263] Como usado neste documento, o termo "combinação", "combinado" e termos relacionados referem-se à administração simultânea ou sequencial de agentes terapêuticos em conformidade com esta invenção. Por exemplo, um composto da presente invenção pode ser administrado com outro agente terapêutico simultâneo ou sequencialmente em formas de dosagem unitárias separadas ou juntos em uma forma de dosagem unitária única. Por conseguinte, a presente invenção provê uma forma de dosagem unitária única compreendendo um composto da invenção atual, um agente terapêutico adicional e um carreador, adjuvante ou veículo farmaceuticamente aceitável.

[00264] A quantidade tanto de um composto, conforme descrito neste documento, quanto de agente terapêutico adicional (naquelas composições que compreendem um agente terapêutico adicional como descrito acima) que podem ser combinados com os materiais carreadores para produzir uma forma de dosagem única irá variar dependendo do hospedeiro tratado e do modo de administração em particular. Preferencialmente, as composições desta invenção devem ser formuladas de modo que uma dosagem entre 0,01-100 mg/kg de peso corporal/dia de um composto da invenção possa ser administrada.

[00265] Nas composições que compreendem um agente terapêutico adicional, esse agente terapêutico adicional e o composto desta invenção podem agir sinergicamente. Portanto, a quantidade do agente terapêutico adicional em tais composições será menor do que a requerida em uma monoterapia utilizando apenas aquele agente terapêutico. Em tais composições, uma dosagem entre 0,01-1.000 μg/kg de peso corporal/dia do agente terapêutico adicional pode ser administrada.

[00266] A quantidade de um ou mais outros agentes terapêuticos presentes nas composições desta invenção não pode ser mais do que a quantidade que seria normalmente administrada em uma composição compreendendo aquele agente terapêutico como o único agente ativo. Preferencialmente, a quantidade de agente terapêutico adicional nas composições presentemente divulgadas irá variar de cerca de 50% a 100% da quantidade normalmente presente em uma composição compreendendo aquele agente como o único agente terapeuticamente ativo.

[00267] Os compostos desta invenção, ou as composições farmacêuticas dos mesmos, também podem ser incorporados a composições para revestir um dispositivo médico implantável, tal como próteses, válvulas artificiais, enxertos vasculares, endopróteses e cateteres. As endopróteses vasculares, por exemplo, têm sido usadas para superar a reestenose (re-estreitamento da parede do vaso após lesão). No entanto, os pacientes usando endopróteses ou outros dispositivos implantáveis correm o risco de formação de coágulos ou ativação de plaquetas. Esses efeitos indesejados podem ser prevenidos ou mitigados por pré- revestimento do dispositivo com uma composição farmaceuticamente aceitável compreendendo um inibidor de quinase. Dispositivos implantáveis revestidos com um composto desta invenção são outra modalidade da presente invenção.

Cânceres

[00268] O câncer inclui, em uma modalidade, sem limitação, leucemias (por exemplo, leucemia aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielocítica aguda, leucemia mieloblástica aguda, leucemia promielocítica aguda, leucemia mielomonocítica aguda, leucemia monocítica aguda, eritroleucemia aguda, leucemia crônica, leucemia mielocítica crônica, leucemia linfocítica crônica), policitemia vera, linfoma (por exemplo, doença de Hodgkin ou doença não-Hodgkin), macroglobulinemia de Waldenstrom, mieloma múltiplo, doença de cadeia pesada e tumores sólidos, tais como sarcomas e carcinomas (por exemplo, fibrossarcoma, mixossarcoma, lipossarcoma, condrossarcoma, sarcoma osteogênico, cordoma, angiossarcoma, endoteliossarcoma, linfangiosarcoma, linfangioendoteliosarcoma, sinovioma, mesotelioma, tumor de Ewing, leiomiossarcoma, rabdomiossarcoma, carcinoma do cólon, câncer pancreático, câncer de mama, câncer de ovário, câncer de próstata, carcinoma de células escamosas, carcinoma basocelular, adenocarcinoma, carcinoma de células sudoríparas, carcinoma de células sebáceas, carcinoma papilário, adenocarcinomas papilários, cistadenocarcinoma, carcinoma medular, carcinoma broncogênico, carcinoma de células renais, hepatoma, carcinoma de duto biliar, coriocarcinoma, seminoma, carcinoma embrionário, tumor de Wilm, câncer cervical, câncer uterino, câncer de testículo, carcinoma de pulmão, carcinoma de pulmão de células pequenas, carcinoma de pulmão de células pequenas, carcinoma da bexiga, carcinoma epitelial, glioma, astrocitoma, glioblastoma multiforme (GBM, também conhecido como o glioblastoma), meduloblastoma, craniofaringioma, ependimoma, pinealoma, hemangioblastoma, neuroma acústico, oligodendroglioma, schwannoma, neurofibrossarcoma, meningioma, melanoma, neuroblastoma e retinoblastoma).

[00269] Em algumas modalidades, o câncer é glioma, astrocitoma, glioblastoma multiforme (GBM, também conhecido como glioblastoma), meduloblastoma, craniofaringioma, ependimoma, pinealoma, hemangioblastoma, neuroma acústico, oligodendroglioma, shwannoma, neurofibrossarcoma, meningioma, melanoma, neuroblastoma ou retinoblastoma.

[00270] Em algumas modalidades, o câncer é neuroma acústico, astrocitoma (por exemplo, Grau I - Astrocitoma Pilocítico, Grau II - Astrocitoma de baixo grau, Grau III - Astrocitoma anaplásico ou Grau IV - Glioblastoma (GBM)), cordoma, linfoma do SNC, craniofaringioma, glioma do tronco cerebral, ependimoma, glioma misto, glioma do nervo óptico, subependimoma, meduloblastoma, meningioma, tumor cerebral metastático, oligodendroglioma, tumores hipofisários, tumor neuroectodérmico primitivo (PNET) ou schwannoma. Em algumas modalidades, o câncer é um tipo mais comumente encontrado em crianças do que adultos, tais como glioma do tronco cerebral, craniofaringioma, ependimoma, astrocitoma pilocítico juvenil (JPA), meduloblastoma, glioma do nervo óptico, tumor pineal, tumores neuroectodérmicos primitivos (PNET) ou tumor rabdóide. Em algumas modalidades, o paciente é um ser humano adulto. Em algumas modalidades, o paciente é uma criança ou paciente pediátrico.

[00271] O câncer inclui, em outra modalidade, sem limitação, mesotelioma, hepatobiliar (ducto hepático e biliar), câncer de osso, câncer pancreático, câncer de pele, câncer de cabeça ou pescoço, melanoma cutâneo ou intraocular, câncer de ovário, câncer de cólon, câncer retal, câncer da região anal, câncer de estômago, gastrointestinal (gástrico, colorretal e duodenal), câncer uterino, carcinoma das trompas de falópio, carcinoma do endométrio, carcinoma do colo do útero, carcinoma da vagina, carcinoma da vulva, doença de Hodgkin, câncer do esôfago, câncer do intestino delgado, câncer do sistema endócrino, câncer da glândula tireóide, câncer da glândula paratireóide, câncer da glândula adrenal, sarcoma de tecido mole, câncer da uretra, câncer do pênis, câncer de próstata, câncer testicular, leucemia crônica ou aguda, leucemia mieloide crônica, linfomas linfocíticos, câncer de bexiga, câncer de rim ou ureter, carcinoma de células renais, carcinoma de rins pelve, linfoma não- Hodgkins, tumores do eixo espinhal, glioma do tronco cerebral, adenoma pituitário, câncer adrenocortical, câncer de vesícula biliar, mieloma múltiplo, colangiocarcinoma, fibrossarcoma, neuroblastoma, retinoblastoma ou uma combinação de um ou mais dos cânceres anteriores.

[00272] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado dentre carcinoma hepatocelular, câncer de ovário, câncer epitelial de ovário ou câncer de trompa de Falópio; cistadenocarcinoma seroso papilar ou carcinoma seroso papilar uterino (UPSC); câncer de próstata; câncer de testículo; câncer de vesícula biliar; hepatocolangiocarcinoma; sarcoma sinovial de tecido mole e osso; rabdomiossarcoma; osteossarcoma; condrossarcoma; sarcoma de Ewing; câncer anaplásico de tireoide; adenoma adrenocortical; câncer pancreático; carcinoma ductal pancreático ou adenocarcinoma pancreático; câncer gastrointestinal/de estômago (GIST); linfoma; carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço (SCCHN); câncer de glândula salivar; glioma ou câncer cerebral; tumores malignos da bainha de nervo periférico (MPNST) associados a neurofibromatose-1; macroglobulinemia de Waldenstrom; ou meduloblastoma.

[00273] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado dentre carcinoma hepatocelular (HCC), hepatoblastoma, câncer de cólon, câncer retal, câncer de ovário, câncer epitelial de ovário, câncer de trompa de Falópio, cistadenocarcinoma seroso papilar, carcinoma seroso papilar uterino (UPSC), hepatocolangiocarcinoma, sarcoma sinovial de tecido mole e osso, rabdomiossarcoma, osteossarcoma, câncer anaplásico de tireoide, adenoma adrenocortical, câncer pancreático, carcinoma ductal pancreático, adenocarcinoma pancreático, glioma, neurofibromatose-1 associada a tumores malignos da bainha de nervo periférico (MPNST) associados a neurofibromatose-1, macroglobulina de Waldenstrom, ou meduloblastoma.

[00274] Em algumas modalidades, um câncer é um tumor sólido, tal como um sarcoma, carcinoma ou linfoma. Os tumores sólidos geralmente compreendem uma massa anormal de tecido que tipicamente não inclui cistos ou áreas líquidas. Em algumas modalidades, o câncer é selecionado dentre carcinoma de células renais ou câncer renal; carcinoma hepatocelular (HCC) ou hepatoblastoma, ou câncer de fígado; melanoma; câncer de mama; carcinoma colorretal ou câncer colorretal; câncer de cólon; câncer retal; câncer anal; câncer de pulmão, tal como câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC) ou câncer de pulmão de células pequenas (SCLC); câncer de ovário, câncer epitelial de ovário, carcinoma de ovário ou câncer de trompa de Falópio; cistadenocarcinoma seroso papilar ou carcinoma seroso papilar uterino (UPSC); câncer de próstata; câncer de testículo; câncer de vesícula biliar; hepatocolangiocarcinoma; sarcoma sinovial de tecido mole e osso; rabdomiossarcoma; osteossarcoma; condrossarcoma; sarcoma de Ewing; câncer anaplásico de tireoide; carcinoma adrenocortical; câncer pancreático; carcinoma ductal pancreático ou adenocarcinoma pancreático; câncer gastrointestinal/de estômago (GIST); linfoma; carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço (SCCHN); câncer de glândula salivar; glioma ou câncer cerebral; tumores malignos da bainha de nervo periférico (MPNST) associados a neurofibromatose-1; macroglobulinemia de Waldenstrom; ou meduloblastoma.

[00275] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado dentre carcinoma de células renais, carcinoma hepatocelular (HCC), hepatoblastoma, carcinoma colorretal, câncer colorretal, câncer de cólon, câncer retal, câncer anal, câncer de ovário, câncer epitelial de ovário, câncer de trompa de Falópio, cistadenocarcinoma seroso papilar, carcinoma seroso papilar uterino (UPSC), hepatocolangiocarcinoma,

sarcoma sinovial de tecido mole e osso, rabdomiossarcoma, osteossarcoma, condrossarcoma, câncer anaplásico de tireoide, adenocarcinoma adrenocortical, câncer pancreático, carcinoma ductal pancreático, adenocarcinoma pancreático, glioma, câncer de cérebro, neurofibromatose-1 associada a tumores malignos da bainha de nervo periférico (MPNST) associados a neurofibromatose-1, macroglobulina de Waldenstrom, ou meduloblastoma.

[00276] Em algumas modalidades, o câncer é selecionado dentre carcinoma hepatocelular (HCC), hepatoblastoma, câncer de cólon, câncer retal, câncer de ovário, câncer epitelial de ovário, carcinoma de ovário, câncer de trompa de Falópio, cistadenocarcinoma seroso papilar, carcinoma seroso papilar uterino (UPSC), hepatocolangiocarcinoma, sarcoma sinovial de tecido mole e osso, rabdomiossarcoma, osteossarcoma, câncer anaplásico de tireoide, carcinoma adrenocortical, câncer pancreático, carcinoma ductal pancreático, adenocarcinoma pancreático, glioma, neurofibromatose-1 associada a tumores malignos da bainha de nervo periférico (MPNST) associados a neurofibromatose-1, macroglobulina de Waldenstrom, ou meduloblastoma.

[00277] Em algumas modalidades, o câncer é carcinoma hepatocelular (HCC). Em algumas modalidades, o câncer é hepatoblastoma. Em algumas modalidades, o câncer é câncer de cólon. Em algumas modalidades, o câncer é câncer retal. Em algumas modalidades, o câncer é câncer de ovário ou carcinoma de ovário. Em algumas modalidades, o câncer é câncer epitelial de ovário. Em algumas modalidades, o câncer é câncer de trompa de Falópio. Em algumas modalidades, o câncer é cistadenocarcinoma seroso papilar. Em algumas modalidades, o câncer é carcinoma seroso papilar uterino (UPSC). Em algumas modalidades, o câncer é hepatocolangiocarcinoma. Em algumas modalidades, o câncer é sarcoma sinovial de tecido mole e osso. Em algumas modalidades, o câncer é rabdomiossarcoma. Em algumas modalidades, o câncer é osteossarcoma. Em algumas modalidades, o câncer é câncer anaplásico de tireoide. Em algumas modalidades, o câncer é carcinoma adrenocortical. Em algumas modalidades, o câncer é câncer pancreático ou carcinoma ductal pancreático. Em algumas modalidades, o câncer é adenocarcinoma pancreático. Em algumas modalidades, o câncer é glioma. Em algumas modalidades, o câncer são tumores malignos da bainha do nervo periférico (MPNST). Em algumas modalidades, o câncer é MPNST associado a neurofibromatose-1. Em algumas modalidades, o câncer é macroglobulinemia de Waldenstrom. Em algumas modalidades, o câncer é meduloblastoma.

[00278] Em algumas modalidades, um câncer é um câncer associado a vírus, incluindo tumores sólidos associados ao vírus da imunodeficiência humana (HIV), tumores sólidos incuráveis positivos para papilomavírus humano (HPV)-16 e leucemia de células T adultas, que é causada pelo vírus da leucemia de células T adultas tipo I (HTLV-I) e é uma forma altamente agressiva de leucemia de células T CD4+ caracterizada pela integração clonal de HTLV-I em células leucêmicas (Ver https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02631746); bem como tumores associados a vírus em câncer gástrico, carcinoma nasofaríngeo, câncer cervical, câncer vaginal, câncer da vulva, carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço e carcinoma de células de Merkel. (Ver https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02488759; vide também https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT0240886; https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02426892).

[00279] Em algumas modalidades, um câncer é câncer de melanoma. Em algumas modalidades, um câncer é câncer de mama. Em algumas modalidades, um câncer é câncer de pulmão. Em algumas modalidades, um câncer é câncer de pulmão de células pequenas (SCLC). Em algumas modalidades, um câncer é câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC).

[00280] Em algumas modalidades, um câncer é tratado interrompendo o crescimento adicional do tumor. Em algumas modalidades, um câncer é tratado reduzindo o tamanho (por exemplo, volume ou massa) do tumor em pelo menos 5%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% ou 99% em relação ao tamanho de o tumor antes do tratamento. Em algumas modalidades, um câncer é tratado reduzindo a quantidade do tumor no paciente em pelo menos 5%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% ou 99% em relação à quantidade do tumor antes de tratamento. Terapias de Combinação de Cânceres

[00281] Em algumas modalidades, a presente invenção provê um método de tratamento de uma doença ou condição divulgada, compreendendo administrar a um paciente em necessidade do mesmo de uma quantidade eficaz de um composto divulgado neste documento ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo e coadministrar simultaneamente ou sequencialmente uma quantidade eficaz de um ou mais agentes terapêuticos adicionais, tais como aqueles descritos neste documento. Em algumas modalidades, o método inclui coadministrar um agente terapêutico adicional. Em algumas modalidades, o método inclui coadministrar dois agentes terapêuticos adicionais. Em algumas modalidades, a combinação do composto divulgado e do agente ou agentes terapêuticos adicionais atua sinergicamente.

[00282] Um composto da invenção atual também pode ser usado em combinação com processos terapêuticos conhecidos, por exemplo, a administração de hormônios ou radiação. Em certas modalidades, um composto provido é usado como um radiossensibilizador, especialmente para o tratamento de tumores que exibem baixa sensibilidade à radioterapia.

[00283] Um composto da invenção atual pode ser administrado sozinho ou em combinação com um ou mais outros compostos terapêuticos, possível terapia de combinação tomando a forma de combinações fixas ou a administração de um composto da invenção e um ou mais outros compostos terapêuticos sendo escalonados ou dados independentemente um do outro, ou a administração combinada de combinações fixas e um ou mais outros compostos terapêuticos. Um composto da invenção atual pode, além ou adicionalmente, ser administrado especialmente para terapia tumoral em combinação com quimioterapia, radioterapia, imunoterapia, fototerapia, intervenção cirúrgica ou uma combinação delas. Terapia de longo prazo é igualmente possível, assim como terapia adjuvante no contexto de outras estratégias de tratamento, conforme descrito acima. Outros tratamentos possíveis são terapia para manter o estado do paciente após regressão do tumor, ou mesmo terapia quimiopreventiva, por exemplo, em pacientes de risco.

[00284] Um ou mais outros agentes terapêuticos podem ser administrados separadamente de um composto ou composição da invenção, como parte de um regime de dosagem múltipla. Alternativamente, um ou mais outros agentes terapêuticos podem ser parte de uma forma de dosagem única, misturados junto com um composto desta invenção em uma única composição. Se administrado como um regime de dosagem múltipla, um ou mais outros agentes terapêuticos e um composto ou composição da invenção podem ser administrados simultaneamente, sequencialmente ou dentro de um período de tempo um do outro, por exemplo, dentro de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 18, 20, 21, 22, 23 ou 24 horas um do outro. Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos e um composto ou composição da invenção são administrados como um regime de dosagem múltipla dentro de mais de 24 horas de diferença.

[00285] Como usado neste documento, o termo "combinação", "combinado" e termos relacionados referem-se à administração simultânea ou sequencial de agentes terapêuticos em conformidade com esta invenção. Por exemplo, um composto da presente invenção pode ser administrado com um ou mais outros agentes terapêuticos simultaneamente ou sequencialmente em formas de dosagem unitárias separadas ou juntos em uma forma de dosagem unitária única. Por conseguinte, a presente invenção provê uma forma de dosagem unitária única compreendendo um composto da invenção atual, um ou mais outros agentes terapêuticos e um carreador, adjuvante ou veículo farmaceuticamente aceitável.

[00286] A quantidade de um composto da invenção e de um ou mais outros agentes terapêuticos (naquelas composições que compreendem um agente terapêutico adicional como descrito acima) que podem ser combinados com os materiais carreadores para produzir uma forma de dosagem única variará dependendo do hospedeiro tratado e do modo particular de administração. Preferencialmente, uma composição da invenção deve ser formulada de modo que uma dosagem entre 0,01-100 mg/kg de peso corporal/dia de um composto da invenção possa ser administrada.

[00287] Naquelas composições que compreendem um ou mais outros agentes terapêuticos, os um ou mais outros agentes terapêuticos e um composto da invenção podem agir sinergicamente. Portanto, a quantidade dos um ou mais outros agentes terapêuticos em tais composições podem ser menor do que a requerida em uma monoterapia utilizando apenas aquele agente terapêutico. Em tais composições, uma dosagem entre 0,01-1.000 μg/kg peso corporal/dia de um ou mais outros agentes terapêuticos podem ser administrados.

[00288] A quantidade de um ou mais outros agentes terapêuticos presentes nas composições desta invenção pode ser não mais do que a quantidade que seria normalmente administrada em uma composição compreendendo aquele agente terapêutico como o único agente ativo. Preferencialmente, a quantidade de um ou mais outros agentes terapêuticos nas composições presentemente divulgadas variará de cerca de 50% a 100% da quantidade normalmente presente em uma composição compreendendo aquele agente como o único agente terapeuticamente ativo. Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são administrados em uma dosagem de cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, ou cerca de 95% da quantidade normalmente administrada para aquele agente. Conforme usado neste documento, a frase "normalmente administrado" significa a quantidade que um agente terapêutico aprovado pela FDA é aprovado para dosagem de acordo com a etiqueta de inserção da FDA.

[00289] Os compostos desta invenção, ou as composições farmacêuticas dos mesmos, também podem ser incorporados a composições para revestir um dispositivo médico implantável, tal como próteses, válvulas artificiais, enxertos vasculares, endopróteses e cateteres. As endopróteses vasculares, por exemplo, têm sido usadas para superar a reestenose (re-estreitamento da parede do vaso após lesão). No entanto, os pacientes usando endopróteses ou outros dispositivos implantáveis correm o risco de formação de coágulos ou ativação de plaquetas. Esses efeitos indesejados podem ser prevenidos ou mitigados por pré- revestimento do dispositivo com uma composição farmaceuticamente aceitável compreendendo um inibidor de quinase. Dispositivos implantáveis revestidos com um composto desta invenção são outra modalidade da presente invenção. Outros Agentes Terapêuticos Exemplares

[00290] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de Poli ADP ribose polimerase (PARP). Em algumas modalidades, um inibidor de PARP é selecionado dentre olaparib (Lynparza®, AstraZeneca); rucaparib (Rubraca®, Clovis Oncology); niraparib (Zejula®, Tesaro); talazoparib (MDV3800/BMN 673/LT00673,

Medivation/Pfizer/Biomarin); veliparib (ABT-888, AbbVie); e BGB-290 (BeiGene, Inc.).

[00291] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos é um inibidor de histona desacetilase (HDAC). Em algumas modalidades, um inibidor de HDAC é selecionado dentre vorinostat (Zolinza®, Merck); romidepsina (Istodax®, Celgene); panobinostat (Farydak®, Novartis); belinostat (Beleodaq®, Spectrum Pharmaceuticals); entinostat (SNDX-275, Syndax Pharmaceuticals) (NCT00866333); e chidamida (Epidaza®, HBI-8000, Chipscreen Biosciences, China).

[00292] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de CDK, tal como um inibidor de CDK4/CDK6. Em algumas modalidades, um inibidor de CDK 4/6 é selecionado dentre palbociclib (Ibrance®, Pfizer); ribociclib (Kisqali®, Novartis); abemaciclib (Ly2835219, Eli Lilly); e trilaciclib (G1T28, G1 Therapeutics).

[00293] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de fosfatidilinositol 3 quinase (PI3K). Em algumas modalidades, um inibidor de PI3K é selecionado dentre idelalisib (Zydelig®, Gilead), alpelisib (BYL719, Novartis), taselisib (GDC-0032, Genentech / Roche); pictilisib (GDC-0941, Genentech / Roche); copanlisib (BAY806946, Bayer); duvelisib (anteriormente IPI-145, Infinity Pharmaceuticals); PQR309 (Piqur Therapeutics, Suíça); e TGR1202 (anteriormente RP5230, TG Therapeutics).

[00294] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um terapêutico à base de platina, também referido como platinas. As platinas causam ligações cruzadas de DNA, de modo que inibem o reparo e/ou síntese de DNA, principalmente em células de reprodução rápida, tal como células cancerosas. Em algumas modalidades, um terapêutico à base de platina é selecionado dentre cisplatina (Platinol®, Bristol-Myers Squibb); carboplatina (Paraplatin®, Bristol-Myers Squibb; também, Teva; Pfizer); oxaliplatina (Eloxitin® Sanofi-Aventis); nedaplatina

(Aqupla®, Shionogi), picoplatina (Poniard Pharmaceuticals); e satraplatina (JM-216, Agennix).

[00295] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um composto de taxano, que causa a ruptura de microtúbulos, que são essenciais para divisão celular. Em algumas modalidades, um composto de taxano é selecionado dentre paclitaxel (Taxol®, Bristol-Myers Squibb), docetaxel (Taxotere®, Sanofi-Aventis; Docefrez®, Sun Pharmaceutical), paclitaxel ligado a albumina (Abraxane®; Abraxis/Celgene), cabazitaxel (Jevtana®, Sanofi-Aventis) e SID530 (SK Chemicals, Co.) (NCT00931008).

[00296] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de nucleosídeos ou um agente terapêutico que interfere na síntese normal de DNA, síntese de proteínas, replicação celular ou irá, de outra forma, inibir células de proliferação rápida.

[00297] Em algumas modalidades, um inibidor de nucleosídeo é selecionado dentre trabectedina (agente alquilante de guanidina, Yondelis®, Janssen Oncology), mecloretamina (agente alquilante, Valchlor®, Aktelion Pharmaceuticals); vincristina (Oncovin®, Eli Lilly; Vincasar®, Teva Pharmaceuticals; Marqibo®, Talon Therapeutics); temozolomida (pró-droga para agente alquilante 5-(3-metiltriazen-1-il)- imidazol-4-carboxamida (MTIC) Temodar®, Merck); injeção de citarabina (ara-C, análogo antimetabólico de citidina, Pfizer); lomustina (agente alquilante, CeeNU®, Bristol-Myers Squibb; Gleostine®, NextSource Biotechnology); azacitidina (análogo de nucleosídeo pirimidina de citidina, Vidaza®, Celgene); mepesuccinato de omacetaxina (éster de cefalotaxina) (inibidor de síntese de proteínas, Synribo®; Teva Pharmaceuticals); asparaginase Erwinia chrysanthemi (enzima para depleção de asparagina, Elspar®, Lundbeck; Erwinaze®, EUSA Pharma); mesilato de eribulina (inibidor de microtúbulos, antimitótico à base de tubulina, Halaven®, Eisai); cabazitaxel (inibidor de microtúbulos, antimitótico à base de tubulina,

Jevtana®, Sanofi-Aventis); capacetrina (inibidor de timidilato sintase, Xeloda®, Genentech); bendamustina (derivado bifuncional de mecloretamina, que se acredita formar ligações cruzadas entre cadeias de DNA, Treanda®, Cephalon/Teva); ixabepilona (análogo semi-sintético da epotilona B, inibidor de microtúbulos, antimitótico à base de tubulina, Ixempra®, Bristol-Myers Squibb); nelarabina (pró-droga do análogo de desoxiguanosina, inibidor metabólico de nucleosídeo, Arranon®, Novartis); clorafabina (pró-droga do inibidor de ribonucleotídeo redutase, inibidor competitivo da desoxicitidina, Clolar®, Sanofi-Aventis); e trifluridina e tipiracil (análogo de nucleosídeo à base de timidina e inibidor de timidina fosforilase, Lonsurf®, Taiho Oncology).

[00298] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de quinase ou antagonista de VEGF-R. Os inibidores de VEGF e inibidores de quinase aprovados úteis na presente invenção incluem: bevacizumab (Avastin®, Genentech/Roche) um anticorpo monoclonal anti-VEGF; ramucirumab (Cyramza®, Eli Lilly), um anticorpo anti-VEGFR-2 e ziv-aflibercept, também conhecido como VEGF Trap (Zaltrap®; Regeneron/Sanofi). Inibidores de VEGFR, tais como regorafenib (Stivarga®, Bayer); vandetanib (Caprelsa®, AstraZeneca); axitinib (Inlyta®, Pfizer); e lenvatinib (Lenvima®, Eisai); inibidores de Raf, tais como sorafenib (Nexavar®, Bayer AG e Onyx); dabrafenib (Tafinlar®, Novartis); e vemurafenib (Zelboraf®, Genentech/Roche); inibidores de MEK, tal como cobimetanib (Cotellic®, Exelexis/Genentech/Roche); trametinib (Mekinist®, Novartis); inibidores de tirosina quinase Bcr-Abl, tal como imatinib (Gleevec®, Novartis); nilotinib (Tasigna®, Novartis); dasatinib (Sprycel®, BristolMyersSquibb); bosutinib (Bosulif®, Pfizer); e ponatinib (Inclusig®, Ariad Pharmaceuticals); inibidores de HeR2 e EGFR, tal como gefitinib (Iressa®, AstraZeneca); erlotinib (Tarceeva®, Genentech/Roche/Astellas); lapatinib (Tykerb®, Novartis); afatinib (Gilotrif®, Boehringer Ingelheim); osimertinib (se direcionam a EGFR ativado,

Tagrisso®, AstraZeneca); e brigatinib (Alunbrig®, Ariad Pharmaceuticals); inibidores de c-Met e VEGFR2, tal como cabozanitib (Cometriq®, Exelexis); e inibidores de multiquinase, tais como sunitinib (Sutent®, Pfizer); pazopanib (Votrient®, Novartis); inibidores de ALK, tais como crizotinib (Xalkori®, Pfizer); ceritinib (Zykadia®, Novartis); e alectinib (Alecenza®, Genentech/Roche); inibidores da tirosina quinase de Bruton, tais como ibrutinib (Imbruvica®, Pharmacyclics/Janssen); e inibidores de receptor Flt3, tal como midostaurina (Rydapt®, Novartis).

[00299] Outros inibidores de quinase e antagonistas de VEGF-R que estão em desenvolvimento e podem ser usados na presente invenção incluem tivozanib (Aveo Pharmaecuticals); vatalanib (Bayer/Novartis); lucitanib (Clovis Oncology); dovitinib (TKI258, Novartis); Chiauanib (Chipscreen Biosciences); CEP-11981 (Cephalon); linifanib (Abbott Laboratories); neratinib (HKI-272, Puma Biotechnology); radotinib (Supect®, IY5511, Il-Yang Pharmaceuticals, Coreia do Sul); ruxolitinib (Jakafi®, Incyte Corporation); PTC299 (PTC Therapeutics); CP-547.632 (Pfizer); foretinib (Exelexis, GlaxoSmithKline); quizartinibe (Daiichi Sankyo) e motesanib (Amgen/Takeda).

[00300] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de mTOR, que inibe proliferação celular, angiogênese e captação de glicose. Em algumas modalidades, um inibidor de mTOR é everolimus (Afinitor®, Novartis); temsirolimus (Torisel®, Pfizer); e sirolimus (Rapamune®, Pfizer).

[00301] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos é um inibidor de proteassoma. Inibidores de proteassoma aprovados úteis na presente invenção incluem bortezomib (Velcade®, Takeda); carfilzomib (Kyprolis®, Amgen); e ixazomib (Ninlaro®, Takeda).

[00302] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um antagonista de fator de crescimento, tal como um antagonista do fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF), ou fator de crescimento epidérmico (EGF) ou seu receptor (EGFR). Antagonistas de PDGF aprovados que podem ser usados na presente invenção incluem olaratumab (Lartruvo®; Eli Lilly). Antagonistas de EGFR aprovados que podem ser usados na presente invenção incluem cetuximab (Erbitux®, Eli Lilly); necitumumab (Portrazza®, Eli Lilly), panitumumab (Vectibix®, Amgen); e osimertinib (se direcionam a EGFR ativado, Tagrisso®, AstraZeneca).

[00303] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos é um inibidor de aromatase. Em algumas modalidades, um inibidor de aromatase é selecionado dentre exemestano (Aromasin®, Pfizer); anastazol (Arimidex®, AstraZeneca) e letrozol (Femara®, Novartis).

[00304] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um antagonista da via hedgehog. Os inibidores da via de hedgehog aprovados que podem ser usados na presente invenção incluem sonidegib (Odomzo®, Sun Pharmaceuticals); e vismodegib (Erivedge®, Genentech), ambos para o tratamento de carcinoma basocelular.

[00305] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos é um inibidor de ácido fólico. Inibidores de ácido fólico aprovados úteis na presente invenção incluem pemetrexedo (Alimta®, Eli Lilly).

[00306] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de receptor de quimiocina CC 4 (CCR4). Os inibidores de CCR4 sendo estudados que podem ser úteis na presente invenção incluem mogamulizumab (Poteligeo®, Kyowa Hakko Kirin, Japão).

[00307] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de isocitrato desidrogenase (IDH). Os inibidores de IDH sendo estudados que podem ser usados na presente invenção incluem AG120 (Celgene; NCT02677922); AG221 (Celgene, NCT02677922; NCT02577406); BAY1436032 (Bayer, NCT02746081); IDH305 (Novartis, NCT02987010).

[00308] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos é um inibidor de arginase. Os inibidores da arginase sendo estudados que podem ser usados na presente invenção incluem AEB1102 (arginase recombinante peguilada, Aeglea Biotherapeutics), que está sendo estudada em ensaios clínicos de Fase 1 para leucemia mieloide aguda e síndrome mielodisplásica (NCT02732184) e tumores sólidos (NCT02561234); e CB-1158 (Calithera Biosciences).

[00309] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos é um inibidor de glutaminase. Os inibidores da glutaminase sendo estudados que podem ser usados na presente invenção incluem CB- 839 (Calithera Biosciences).

[00310] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um anticorpo que se liga a antígenos tumorais, ou seja, proteínas expressas na superfície celular de células tumorais. Os anticorpos aprovados que se ligam a antígenos tumorais que podem ser usados na presente invenção incluem rituximab (Rituxan®, Genentech/BiogenIdec); ofatumumab (anti-CD20, Arzerra®, GlaxoSmithKline); obinutuzumab (anti-CD20, Gazyva®, Genentech), ibritumomab (anti-CD20 e Yttrium-90, Zevalin®, Spectrum Pharmaceuticals); daratumumab (anti-CD38, Darzalex®, Janssen Biotech), dinutuximab (anti-glicolípido GD2, Unituxin®, United Therapeutics); trastuzumab (anti-HER2, Herceptin®, Genentech); ado-trastuzumab emtansina (anti-HER2, fundido a emtansina, Kadcyla®, Genentech); e pertuzumab (anti-HER2, Perjeta®, Genentech); e brentuximab vedotina (conjugado anti-CD30-droga, Adcetris®, Seattle Genetics).

[00311] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de tpoisomerase. Os inibidores de topoisomerase aprovados úteis na presente invenção incluem irinotecano (Onivyde®, Merrimack Pharmaceuticals); topotecano (Hycamtin®, GlaxoSmithKline). Os inibidores de topoisomerase sendo estudados que podem ser usados na presente invenção incluem pixantrona (Pixuvri®, CTI Biopharma).

[00312] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de proteínas anti-apoptóticas, tal como BCL-2. Os anti-apópticos aprovados que podem ser usados na presente invenção incluem venetoclax (Venclexta®, AbbVie/Genentech); e blinatumomab (Blincyto®, Amgen). Outros agentes terapêuticos direcionados a proteínas apoptóticas que foram submetidos a testes clínicos e podem ser usados na presente invenção incluem navitoclax (ABT-263, Abbott), um inibidor de BCL-2 (NCT02079740).

[00313] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de receptor de androgênio. Os inibidores de receptor de androgênio aprovados úteis na presente invenção incluem enzalutamida (Xtandi®, Astellas/Medivation); inibidores aprovados de síntese de androgênio incluem abiraterona (Zytiga®, Centocor/Ortho); antagonista aprovado de receptor do hormônio liberador de gonadotrofina (GnRH) (degaralix, Firmagon®, Ferring Pharmaceuticals).

[00314] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um modulador seletivo do receptor de estrogênio (SERM), que interfere na síntese ou atividade de estrogênios. SERMs aprovados úteis na presente invenção incluem raloxifeno (Evista®, Eli Lilly).

[00315] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de reabsorção óssea. Um terapêutico aprovado que inibe a reabsorção óssea é Denosumab (Xgeva®, Amgen), um anticorpo que se liga ao RANKL, evita a ligação ao seu receptor RANK, encontrado na superfície dos osteoclastos, seus precursores e células gigantes semelhantes a osteoclastos, que medeiam patologia de osso em tumores sólidos com metástases ósseas. Outros terapêuticos aprovados que inibem a reabsorção óssea incluem bifosfonatos, tal como ácido zoledrônico (Zometa®, Novartis).

[00316] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor de interação entre as duas proteínas supressoras de p53 primárias, MDMX e MDM2. Os inibidores de proteínas de supressão de p53 sendo estudados que podem ser usados na presente invenção incluem ALRN-6924 (Aileron), um peptídeo grampeado que se liga equipotentemente e rompe a interação de MDMX e MDM2 com p53. ALRN-6924 está atualmente sendo avaliado em ensaios clínicos para o tratamento de AML, síndrome mielodisplásica avançada (SMD) e linfoma de células T periférico (PTCL) (NCT02909972; NCT02264613).

[00317] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um inibidor do fator de transformação do crescimento beta (TGF-beta ou TGFβ). Os inibidores de proteínas TGF-beta sendo estudados que podem ser usados na presente invenção incluem NIS793 (Novartis), um anticorpo anti-TGF-beta sendo testado na clínica para o tratamento de vários cânceres, incluindo câncer de mama, de pulmão, hepatocelular, colorretal, pancreático, de próstata e renal (NCT 02947165). Em algumas modalidades, o inibidor de proteínas TGF-beta é fresolimumab (GC1008; Sanofi-Genzyme), que está sendo estudado para melanoma (NCT00923169); carcinoma de células renais (NCT00356460); e câncer de pulmão de células não pequenas (NCT02581787). Adicionalmente, em algumas modalidades, o agente terapêutico adicional é uma armadilha TGF-beta, tal como descrito em Connolly et al. (2012) Int'l J. Biological Sciences 8: 964-978. Um composto terapêutico atualmente em ensaios clínicos para o tratamento de tumores sólidos é o M7824 (Merck KgaA - anteriormente MSB0011459X), que é um composto armadilha anti-PD- L1/TGFβ biespecífico (NCT02699515); e (NCT02517398). O M7824 é composto de um anticorpo IgG1 totalmente humano contra PD-L1 fundido ao domínio extracelular do receptor II de TGF-beta humano, que funciona como uma "armadilha" de TGFβ.

[00318] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são selecionados dentre glembatumumab vedotin-monometil auristatina E (MMAE) (Celldex), um anticorpo anti-glicoproteína NMB (gpNMB) (CR011) ligado ao MMAE citotóxico. O gpNMB é uma proteína superexpressada por múltiplos tipos de tumor associados à capacidade de células cancerosas de realizar metástase.

[00319] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um composto antiproliferativo. Esses compostos antiproliferativos incluem, mas não estão limitados a inibidores de aromatase; antiestrogênios; inibidores de topoisomerase I; inibidores de topoisomerase II; compostos ativos de microtúbulos; compostos alquilantes; inibidores de histona desacetilase; compostos que induzem processos de diferenciação celular; inibidores de ciclooxigenase; inibidores de MMP; inibidores de mTOR; antimetabólitos antineoplásicos; compostos de platina; compostos que se direcionam a/que diminuem uma atividade de uma quinase de proteína ou lipídio e compostos anti-angiogênicos adicionais; compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade de uma fosfatase de proteína ou lipídio; agonistas de gonadorelina; anti- androgênios; inibidores de metionina aminopeptidase; inibidores de metaloproteinase de matriz; bisfosfonatos; modificadores de resposta biológica; anticorpos antiproliferativos; inibidores de heparanase; inibidores de isoformas oncogênicas Ras; inibidores de telomerase; inibidores de proteassoma; compostos usados no tratamento de doenças malignas hematológicas; compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade de Flt-3; inibidores de Hsp90, tais como 17-AAG (17- alilaminogeldanamicina, NSC330507), 17-DMAG (17-dimetilaminoetilamino- 17-desmetoxi-geldanamicina, NSC707545), IPI-504, CNF1010, CNF2024, CNF1010 da Conforma Therapeutics; temozolomida (Temodal®); inibidores de proteína de fuso cinesina, tais como SB715992 ou SB743921 da GlaxoSmithKline, ou pentamidina/clorpromazina da CombinatoRx;

inibidores de MEK, tais como ARRY142886 da Array BioPharma, AZd6244 da AstraZeneca, PD181461 da Pfizer e leucovorina.

[00320] O termo "inibidor de aromatase", tal como usado neste documento, refere-se a um composto que inibe produção de estrogênio, por exemplo, a conversão dos substratos androstenediona e testosterona em estrona e estradiol, respectivamente. O termo inclui, mas não está limitado a, esteroides, especialmente atamestano, exemestano e formestano e, particularmente, não esteroides, especialmente aminoglutetimida, rogletimida, piridoglutetimida, trilostano, testolactona, cetoconazol, vorozol, fadrozol, anastrozol e letrozol. O exemestano é comercializado sob o nome comercial Aromasin™. Formestane é comercializado sob o nome comercial Lentaron™. Fadrozole é comercializado com o nome comercial Afema™. Anastrozol é comercializado sob o nome comercial Arimidex™. Letrozole é comercializado sob os nomes comerciais Femara™ ou Femar™. A aminoglutetimida é comercializada sob o nome comercial Orimeten™. Uma combinação da invenção compreendendo um agente quimioterapêutico que é um inibidor de aromatase é particularmente útil para o tratamento de tumores positivos para receptores hormonais, tais como tumores da mama.

[00321] O termo "antiestrogênio", conforme usado neste documento, refere-se a um composto que antagoniza o efeito de estrogênios ao nível do receptor de estrogênio. O termo inclui, mas não está limitado a, cloridrato de tamoxifeno, fulvestrant, raloxifeno e raloxifeno. Tamoxifeno é comercializado sob o nome comercial Nolvadex™. Cloridrato de raloxifeno é comercializado sob o nome comercial Evista™. Fulvestrant pode ser administrado sob o nome comercial Faslodex™. Uma combinação da invenção compreendendo um agente quimioterapêutico que é um antiestrogênio é particularmente útil para o tratamento de tumores positivos para receptores de estrogênio, tais como tumores de mama.

[00322] O termo "anti-androgênio", conforme usado neste documento, refere-se a qualquer substância que é capaz de inibir os efeitos biológicos dos hormônios androgênicos e inclui, mas não está limitado a, bicalutamida (Casodex™). O termo "agonista de gonadorelina" conforme usado neste documento inclui, mas não está limitado a, abarelix, goserelina e acetato de goserelina. Goserelina pode ser administrada sob o nome comercial Zoladex™.

[00323] O termo "inibidor de topoisomerase I", tal como usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, topotecano, gimatecano, irinotecano, camptoteciano e seus análogos, 9-nitrocamptotecina e o conjugado macromolecular de camptotecina PNU-166148. Irinotecano pode ser administrado, por exemplo, na forma como é comercializado, por exemplo, sob a marca comercial Camptosar™. Topotecano é comercializado sob o nome comercial Hycamptin™.

[00324] O termo "inibidor de topoisomerase II", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, antraciclinas, tais como doxorrubicina (incluindo formulação lipossomal, tal como Caelyx™), daunorrubicina, epirrubicina, idarrubicina e nemorrubicina, as antraquinonas mitoxantrona e as losoxantrona e as podofilotoxinas etoposídeo e teniposídeo. Etoposido é comercializado sob o nome comercial Etopophos™. Teniposida é comercializada sob o nome comercial VM 26- Bristol. Doxorubicina é comercializada sob o nome comercial Acriblastin™ ou Adriamycin™. Epirrubicina é comercializada sob o nome comercial Farmorubicin™. Idarrubicina é comercializada sob o nome comercial Zavedos™. Mitoxantrona é comercializada sob o nome comercial Novantron.

[00325] O termo "agente ativo de microtúbulos" refere-se a compostos de estabilização de microtúbulos, de desestabilização de microtúbulos e inibidores de polimerização de microtublos incluindo, mas não se limitando a, taxanos, tais como paclitaxel e docetaxel; alcaloides de vinca, tais como vinblastina ou sulfato de vinblastina, vincristina ou sulfato de vincristina e vinorelbina; discodermolidos; cochicina e epotilonas e seus derivados. Paclitaxel é comercializado sob o nome comercial Taxol™. Docetaxel é comercializado sob o nome comercial Taxotere™. Sulfato de vinblastina é comercializado sob o nome comercial Vinblastin R.P.™. Sulfato de vincristina é comercializado sob o nome comercial Farmistin™.

[00326] O termo "agente alquilante" conforme usado neste documento inclui, mas não está limitado a, ciclofosfamida, ifosfamida, melfalano ou nitrosoureia (BCNU ou Gliadel). Ciclofosfamida é comercializada sob o nome comercial Cyclostin™. Ifosfamida é comercializada sob o nome comercial Holoxan™.

[00327] O termo "inibidores de histona desacetilase" ou "inibidores de HDAC" refere-se a compostos que inibem a histona desacetilase e que possuem atividade antiproliferativa. Isso inclui, mas não está limitado a, ácido hidroxâmico de suberoilanilida (SAHA).

[00328] O termo "antimetabólito antineoplásico" inclui, mas não está limitado a, 5-fluorouracil ou 5-FU, capecitabina, gemcitabina, compostos desmetilantes de DNA, tais como 5-azacitidina e decitabina, metotrexato e edatrexato, e antagonistas de ácido fólico, tal como pemetrexed. Capecitabina é comercializada sob o nome comercial Xeloda™. Gencitabina é comercializada sob o nome comercial Gemzar™.

[00329] O termo "composto de platina" conforme usado neste documento inclui, mas não está limitado a, carboplatina, cis-platina, cisplatina e oxaliplatina. Carboplatina pode ser administrada, por exemplo, na forma como é comercializada, por exemplo, sob a marca comercial Carboplat™. Oxaliplatina pode ser administrada, por exemplo, na forma como é comercializada, por exemplo, sob a marca comercial Eloxatin™.

[00330] O termo "compostos direcionados a/que reduzem a atividade de uma quinase de proteína ou lipídio; ou a atividade de fosfatase de proteína ou lipídio; ou compostos anti-angiogênicos adicionais" conforme usado neste documento inclui, mas não está limitado a, inibidores de tirosina quinase de proteína e/ou serina e/ou treonina quinase ou inibidores de quinase de lipídio, tais como a) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade dos receptores de fator de crescimento derivados de plaquetas (PDGFR), tais como compostos direcionados, que reduzem ou inibem a atividade de PDGFR, especialmente compostos que inibem o receptor de PDGF, tais como um derivado de N-fenil-2-pirimidina-amina, tal como imatinib, SU101, SU6668 e GFB-111; b) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade dos receptores de fator de crescimento de fibroblasto (FGFR); c) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade do receptor I de fator de crescimento semelhante à insulina (IGF-IR), tais como compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de IGF-IR, especialmente compostos que inibem a atividade de quinase de receptor IGF-I, ou anticorpos direcionados ao domínio extracelular de receptor IGF-I ou seus fatores de crescimento; d) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade da família tirosina quinase do receptor Trk, ou inibidores de efrina B4; e) compostos direcionados, que reduzem ou inibem a atividade da família tirosina quinase de receptor Axl; f) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade da quinase de tirosina de receptor Ret; g) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade da tirosina quinase de receptor Kit/SCFR, tal como imatinib; h) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade das tirosinas quinases de receptor C-kit, que são parte da família PDGFR, tais como compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade da família das tirosinas quinases de receptor c-Kit, especialmente compostos que inibem o receptor c-Kit, tal como imatinib; i) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de membros da família c-Abl, seus produtos de fusão de genes (por exemplo, quinase BCR-Abl) e mutantes, tais como compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de membros da família c-Abl e seus produtos de fusão de genes, tal como um derivado de N-fenil-2-pirimidina-amina, tais como imatinib ou nilotinib (AMN107); PD180970; AG957; NSC 680410;

PD173955 da ParkeDavis; ou dasatinib (BMS-354825); j) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de membros da família de quinase de proteína C (PKC) e Raf de serina/treonina quinases, membros da família MEK, SRC, JAK/pan-JAK, FAK, PDK1, PKB/Akt, Ras/MAPK, PI3K, SYK, TYK2, BTK e TEC e/ou membros da família de quinase dependente de ciclina (CDK) incluindo derivados de estaurosporina, tal como midostaurina; exemplos de compostos adicionais incluem UCN-01, safingol, BAY 43-9006, Bryostatin 1, Perifosina; llmofosina; RO 318220 e RO 320432; GO 6976; lsis 3521; LY333531/LY379196; compostos de isoquinolina; FTIs; PD184352 ou QAN697 (um inibidor de P13K) ou AT7519 (inibidor de CDK); k) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de inibidores de proteína-tirosina quinase, tai como compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de inibidores de proteína-tirosina quinase incluem mesilato de imatinib (Gleevec™) ou tirfostina tal como Tirfostina A23/RG- 50810; AG 99; Tirfostina AG 213; Tyrfostina AG 1748; Tirfostina AG 490; Tirfostina B44; enantiômero de Tirfostina B44 (+); Tirfostina AG 555; AG 494; Tirfostina AG 556, AG957 e adafostina (éster de adamantila de 4- {[(2,5-dihidroxifenil)metil]amino}ácido benzoico); l) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade da família de fator de crescimento epidérmico de tirosina quinases receptora (EGFR1 ErbB2, ErbB3, ErbB4 como homo- ou heterodímeros) e seus mutantes, tais como compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade da família de receptores de fator de crescimento epidérmico são especialmente compostos, proteínas ou anticorpos que inibem membros da família de tirosina quinase receptora EGF, tal como receptor EGF, ErbB2, ErbB3 e ErbB4 ou se ligam a EGF ou ligantes relacionados a EGF, CP 358774, ZD 1839, ZM 105180; trastuzumab (Herceptin™), cetuximab (Erbitux™), Iressa, Tarceva, OSI- 774, Cl-1033, EKB-569, GW-2016, E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 ou E7.6.3 e derivados de 7H-pirrolo-[2,3-d]pirimidina; m) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade do receptor c-Met, tais como compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de c- Met, especialmente compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de quinase de receptores c-Met ou anticorpos direcionados ao domínio extracelular de c-Met ou se ligam a HGF, n) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de quinase de um ou mais membros da família JAK (JAK1/JAK2/JAK3/TYK2 e/ou pan-JAK), incluindo, mas não limitado a, PRT-062070, SB-1578, baricitinib, pacritinib, momelotinib, VX-509, AZD-1480, TG-101348, tofacitinib e ruxolitinib; o) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem a atividade de quinase de quinase PI3 (PI3K) incluindo, mas não limitado a ATU-027, SF-1126, DS-7423, PBI-05204, GSK-2126458, ZSTK-474, buparlisib, pictrelisib, PF- 4691502, BYL-719, dactolisib, XL-147, XL-765, e idelalisib; e q) compostos direcionados a, que reduzem ou inibem os efeitos de sinalização de proteína hedgehog (Hh) ou vias de receptor smoothened (SMO), incluindo, mas não limitados a, ciclopamina, vismodegib, itraconazole, erismodegib, e IPI-926 (saridegib).

[00331] O termo "inibidor de PI3K", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, compostos com atividade inibidora contra uma ou mais enzimas da família fosfatidilinositol-3-quinase, incluindo, mas não limitado a, PI3Kα, PI3Kγ, PI3Kδ, PI3Kβ, PI3K-C2α, PI3K-C2β, PI3K-C2γ, Vps34, p110-α, p110-β, p110-γ, p110-δ, p85-α, p85-β, p55-γ, p150, p101, e p87. Exemplos de inibidores de PI3K úteis nesta invenção incluem, mas não estão limitados a ATU-027, SF-1126, DS-7423, PBI-05204, GSK-2126458, ZSTK-474, buparlisib, pictrelisib, PF-4691502, BYL-719, dactolisib, XL-147, XL-765 e idelalisib.

[00332] O termo "inibidor de Bcl-2", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a compostos com atividade inibidora contra a proteína do linfoma 2 de células B (Bcl-2), incluindo, mas não se limitando a, ABT-199, ABT-731, ABT- 737, apogossipol, inibidores de pan-Bcl-2 da Ascenta, curcumina (e seus análogos), inibidores de Bcl- 2/Bcl-xL duplos (Infinity Pharmaceuticals/Novartis Pharmaceuticals), Genasense (G3139), HA14-1 (e seus análogos; ver WO2008118802), navitoclax (e seus análogos, ver US7390799), NH-1 (Shenayng Pharmaceutical University), obatoclax (e seus análogos, ver WO2004106328), S-001 (Gloria Pharmaceuticals), compostos de série TW (Univ. De Michigan), e venetoclax. Em algumas modalidades, o inibidor de Bcl-2 é um terapêutico de molécula pequena. Em algumas modalidades, o inibidor de Bcl-2 é um peptideomimético.

[00333] O termo "inibidor de BTK", tal como usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, compostos com atividade inibidora contra a tirosina quinase de Bruton (BTK), incluindo, mas não se limitando a, AVL-292 e ibrutinib.

[00334] O termo "inibidor de SYK", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, compostos com atividade inibidora contra tirosina quinase do baço (SYK), incluindo, mas não se limitando a, PRT-062070, R-343, R-333, Excellair, PRT-062607 e fostamatinib.

[00335] Exemplos adicionais de compostos inibidores de BTK e condições tratáveis por tais compostos em combinação com compostos desta invenção podem ser encontrados em WO2008039218 e WO2011090760, a totalidade dos quais é incorporada a este documento por referência.

[00336] Exemplos adicionais de compostos inibidores de SYK e condições tratáveis por tais compostos em combinação com compostos desta invenção podem ser encontrados em WO2003063794, WO2005007623 e WO2006078846, a totalidade dos quais é incorporada a este documento por referência.

[00337] Exemplos adicionais de compostos inibidores de PI3K e condições tratáveis por tais compostos em combinação com compostos desta invenção podem ser encontrados em WO2004019973, WO2004089925, WO2007016176, US8138347, WO2002088112, WO2007084786, WO2007129161, WO2006122806, WO2005113554 e WO2007044729 a totalidade dos quais é incorporada a este documento por referência.

[00338] Exemplos adicionais de compostos inibidores de JAK e condições tratáveis por tais compostos em combinação com compostos desta invenção podem ser encontrados em WO2009114512, WO2008109943, WO2007053452, WO2000142246, e WO2007070514, a totalidade dos quais é incorporada a este documento por referência.

[00339] Compostos anti-angiogênicos adicionais incluem compostos com outro mecanismo para sua atividade, por exemplo, não relacionado à inibição da quinase de proteína ou lipídio, por exemplo, talidomida (Thalomid™) e TNP-470.

[00340] Exemplos de inibidores de proteassoma úteis para uso em combinação com compostos da invenção incluem, mas não estão limitados a bortezomibe, dissulfiram, epigalocatequina-3-galato (EGCG), salinosporamida A, carfilzomib, ONX-0912, CEP-18770 e MLN9708.

[00341] Compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade de uma fosfatase de proteína ou lipídio são, por exemplo, inibidores de fosfatase 1, fosfatase 2A ou CDC25, tal como ácido ocadaico ou um derivado do mesmo.

[00342] Os compostos que induzem processos de diferenciação celular incluem, mas não estão limitados a, ácido retinoico, α- γ- ou δ- tocoferol ou α- γ- ou δ-tocotrienol.

[00343] O termo inibidor de ciclo-oxigenase, conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, inibidores de Cox-2, ácido 2-arilaminofenilacético 5-alquil substituído e derivados, tais como celecoxib (Celebrex™), rofecoxib (Vioxx™), etoricoxib, valdecoxib ou um ácido 5-

alquil-2-arilaminofenilacético, tal como ácido 5-metil-2-(2'-cloro-6'- fluoranilino)fenilacético, lumiracoxib.

[00344] O termo "bisfosfonatos", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, ácido etridônico, clodrônico, tiludrônico, pamidrônico, alendrônico, ibandrônico, risedrônico e zoledrônico. O ácido etridônico é comercializado sob o nome comercial Didronel™. Ácido clodrônico é comercializado sob o nome comercial Bonefos™. Ácido tiludrônico é comercializado sob o nome comercial Skelid™. Ácido pamidrônico é comercializado sob o nome comercial Aredia™. Ácido alendrônico é comercializado sob o nome comercial Fosamax™. Ácido ibandrônico é comercializado sob o nome comercial Bondranat™. Ácido risedrônico é comercializado sob o nome comercial Actonel™. Ácido zoledrônico é comercializado sob o nome comercial Zometa™. O termo "inibidores de mTOR" refere-se a compostos que inibem o alvo mamífero da rapamicina (mTOR) e que possuem atividade antiproliferativa, tais como sirolimus (Rapamune®), everolimus (Certican™), CCI-779 e ABT578.

[00345] O termo "inibidor da heparanase", conforme usado neste documento, refere-se a compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a degradação do sulfato de heparina. O termo inclui, mas não está limitado a, PI-88. O termo "modificador de resposta biológica", conforme usado neste documento, refere-se a uma linfocina ou interferões.

[00346] O termo "inibidor de isoformas oncogênicas de Ras", tais como H-Ras, K-Ras ou N-Ras, conforme usado neste documento, refere-se a compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade oncogênica de Ras; por exemplo, um "inibidor de farnesil transferase", tal como L-744832, DK8G557 ou R115777 (Zarnestra™). O termo "inibidor de telomerase", conforme usado neste documento, refere-se a compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade de telomerase. Compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade da telomerase são especialmente compostos que inibem o receptor da telomerase, tal como a telomestatina.

[00347] O termo "inibidor da metionina aminopeptidase", conforme usado neste documento, refere-se a compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade da metionina aminopeptidase. Compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade da metionina aminopeptidase incluem, mas não estão limitados a, bengamida ou um derivado da mesma.

[00348] O termo "inibidor de proteossoma", conforme usado neste documento, refere-se a compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade do proteossoma. Compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade do proteossoma incluem, mas não estão limitados a, Bortezomib (Velcade™) e MLN 341.

[00349] O termo "inibidor de metaloproteinase de matriz" ou (inibidor de "MMP") conforme usado neste documento inclui, mas não está limitado a, inibidores peptidomiméticos e não peptidomiméticos de colágeno, derivados de tetraciclina, por exemplo, bastimastat inibidor peptidomimético de hidroxamato e seu análogo biodisponível oralmente marimastat (BB-2516), prinomastat (AG3340), metastat (NSC 683551) BMS-279251, BAY 12-9566, TAA211, MMI270B ou AAJ996.

[00350] O termo "compostos usados no tratamento de doenças malignas hematológicas", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, inibidores de tirosina quinase semelhantes a FMS, que são compostos direcionados a, que diminuem ou inibem a atividade de receptores de tirosina quinase semelhantes a FMS (Flt- 3R); interferão, 1-β- D-arabinofuransilcitosina (ara-c) e bissulfano; e inibidores de ALK, que são compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a cinase de linfoma anaplásico.

[00351] Os compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade de receptores de tirosina quinase semelhantes a FMS (Flt-3R)

são especialmente compostos, proteínas ou anticorpos que inibem membros da família de receptor quinase Flt-3R, tal como PKC412, midostaurina, um derivado de estaurosporina, SU11248 e MLN518.

[00352] O termo "inibidores de HSP90", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, compostos direcionados a, diminuindo ou inibindo a atividade de ATPase intrínseca de HSP90; degradando, direcionando-se a, diminuindo ou inibindo as proteínas clientes HSP90 por meio da via da ubiquitina-proteossoma. Compostos direcionando-se a, diminuindo ou inibindo a atividade de ATPase intrínseca de HSP90 são especialmente compostos, proteínas ou anticorpos que inibem a atividade de ATPase de HSP90, tais como 17-alilamino, 17- desmetoxigeldanamicina (17AAG), um derivado de geldanamicina; outros compostos relacionados à geldanamicina; inibidores de radicicol e de HDAC.

[00353] O termo "anticorpos antiproliferativos", conforme usado neste documento, inclui, mas não está limitado a, trastuzumab (Herceptin™), Trastuzumab-DM1, erbitux, bevacizumab (Avastin™), rituximab (Rituxan®), PRO64553 (anti-CD40) e anticorpo 2C4. Por anticorpos entende-se anticorpos monoclonais intactos, anticorpos policlonais, anticorpos multiespecíficos formados a partir de pelo menos 2 anticorpos intactos e fragmentos de anticorpos desde que exibam a atividade biológica desejada.

[00354] Para o tratamento de leucemia mieloide aguda (AML), os compostos da invenção atual podem ser usados em combinação com terapias de leucemia padrão, especialmente em combinação com terapias usadas para o tratamento de AML. Particularmente, os compostos da invenção atual podem ser administrados em combinação com, por exemplo, inibidores de farnesil transferase e/ou outras drogas úteis para o tratamento de AML, tais como Daunorrubicina, Adriamicina, Ara-C, VP-16, Teniposídeo, Mitoxantrona, Idarrubicina, Carboplatina e PKC412.

[00355] Outros compostos anti-leucêmicos incluem, por exemplo, Ara-C, um análogo da pirimidina, que é o derivado 2'-alfa-hidroxirribose (arabinosídeo) da desoxicitidina. Também está incluído o análogo purina da hipoxantina, 6-mercaptopurina (6-MP) e fosfato de fludarabina. Compostos que se direcionam a, diminuem ou inibem a atividade dos inibidores de histona desacetilase (HDAC), tal como butirato de sódio e ácido hidroxâmico suberoilanilida (SAHA), inibem a atividade das enzimas conhecidas como histona desacetilases. Os inibidores de HDAC específicos incluem MS275, SAHA, FK228 (anteriormente FR901228), Tricostatina A e compostos divulgados em US 6.552.065 incluindo, mas não limitado a, N- hidroxi-3-[4-[[[2-(2-metil-1H-indol-3-il)-etil]-amino]metil]fenil]-2E-2- propenamida, ou um sal farmaceuticamente aceitável da mesma e N- hidroxi-3-[4-[(2-hidroxietil){2-(1H-indol-3-il)etil]-amino]metil]fenil]-2E-2- propenamida, ou um sal farmaceuticamente aceitável da mesma, especialmente o sal lactato. Os antagonistas do receptor da somatostatina, conforme usado neste documento, referem-se a compostos que se direcionam a, tratam ou inibem o receptor da somatostatina, tal como octreotida e SOM230. As abordagens de danos às células tumorais referem-se a abordagens tais como radiação ionizante. O termo "radiação ionizante" referido acima e daqui em diante significa radiação ionizante que ocorre como raios eletromagnéticos (tais como raios X e raios gama) ou partículas (tais como partículas alfa e beta). A radiação ionizante é provida em, mas não se limita a, terapia de radiação e é conhecida na técnica. Ver Hellman, Principles of Radiation Therapy, Cancer, em Principles and Practice of Oncology (Princípios da Terapia de Radiação, Câncer, em Princípios e Prática de Oncologia), Devita et al., Eds., 4ª Edição, Vol. 1, pp. 248-275 (1993).

[00356] Também estão incluídos os ligantes de EDG e os inibidores de ribonucleotídeo redutase. O termo "ligantes de EDG", conforme usado neste documento, refere-se a uma classe de imunossupressores que modula a recirculação de linfócitos, tal como FTY720. O termo "inibidores de ribonucleotídeo redutase" refere-se a pirimidina ou análogos de purina nucleosídeo incluindo, mas não limitado a, fludarabina e/ou citosina arabinosídeo (ara-C), 6-tioguanina, 5-fluoruracil, cladribina, 6-mercaptopurina (especialmente em combinação com ara-C contra ALL) e/ou pentostatina. Os inibidores de ribonucleotídeo redutase são especialmente derivados de hidroxiureia ou 2-hidroxi-1H-isoindol-1,3- diona.

[00357] Também são incluídos, particularmente, aqueles compostos, proteínas ou anticorpos monoclonais de VEGF, tais como 1-(4- cloroanilino)-4-(4-piridilmetil)ftalazina ou um sal farmaceuticamente aceitável da mesma, succinato de 1-(4-cloroanilino)-4-(4- piridilmetil)ftalazina; Angiostatin™; Endostatin™; amidas de ácido antranílico; ZD4190; Zd6474; SU5416; SU6668; bevacizumab; ou anticorpos anti-VEGF ou anticorpos anti-receptor de VEGF, tais como rhuMAb e RHUFab, aptâmero de VEGF, tal como Macugon; inibidores de FLT-4, inibidores de FLT-3, anticorpo VEGFR-2 IgGI, Angiozima (RPI 4610) e Bevacizumab (Avastin™).

[00358] Terapia fotodinâmica, conforme usado neste documento, refere-se à terapia que usa certos produtos químicos conhecidos como compostos fotossensibilizantes para tratar ou prevenir cânceres. Exemplos de terapia fotodinâmica incluem tratamento com compostos, tais como Visudyne™ e porfímero de sódio.

[00359] Os esteroides angiostáticos, conforme usado neste documento, referem-se a compostos que bloqueiam ou inibem angiogênese, tais como, por exemplo, anecortave, triancinolona, hidrocortisona, 11-α-epihidrocotisol, cortexolona, 17α-hidroxiprogesterona, corticosterona, desoxicorticosterona, testosterona, estrona e dexametasona.

[00360] Implantes contendo corticosteroides referem-se a compostos, tais como fluocinolona e dexametasona.

[00361] Outros compostos quimioterapêuticos incluem, mas não estão limitados a, alcaloides vegetais, compostos hormonais e antagonistas; modificadores da resposta biológica, preferencialmente linfocinas ou interferões; oligonucleotídeos antisense ou derivados de oligonucleotídeos; shRNA ou siRNA; ou compostos diversos ou compostos com outro mecanismo de ação ou desconhecido.

[00362] A estrutura dos compostos ativos identificados por números de código, nomes genéricos ou comerciais,l pode ser retirada a partir da edição atual do compêndio padrão "The Merck Index" ou a partir de bancos de dados, por exemplo, Patents International (por exemplo, IMS World Publications). Agentes Imuno-Oncológicos Exemplares

[00363] Em algumas modalidades, um ou mais outros agentes terapêuticos são um agente imuno-oncológico. Conforme usado neste documento, o termo "um agente imuno-oncológico" refere-se a um agente que é eficaz para potencializar, estimular e/ou regular para cima as respostas imunes em um sujeito. Em algumas modalidades, a administração de um agente imuno-oncológico com um composto da invenção tem um efeito sinérgico no tratamento de um câncer.

[00364] Um agente imuno-oncológico pode ser, por exemplo, uma droga de molécula pequena, um anticorpo ou uma molécula biológica ou pequena. Exemplos de agentes imuno-oncológicos biológicos incluem, mas não estão limitados a, vacinas contra o câncer, anticorpos e citocinas. Em algumas modalidades, o anticorpo é um anticorpo monoclonal. Em algumas modalidades, um anticorpo monoclonal é humanizado ou humano.

[00365] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é (i) um agonista de um receptor estimulador (incluindo um coestimulador) ou (ii) um antagonista de um sinal inibidor (incluindo um co-inibidor) em células T, ambos os quais resultam na amplificação de respostas de células T específicas do antígeno.

[00366] Certas moléculas estimuladoras e inibidoras são membros da superfamília das imunoglobulinas (IgSF). Uma família importante de ligantes ligados à membrana que se ligam a receptores coestimuladores ou co-inibidores é a família B7, que inclui B7-1, B7-2, B7- H1 (PD-L1), B7-DC (PD-L2), B7-H2 (ICOS-L), B7-H3, B7-H4, B7-H5 (VISTA) e B7-H6. Outra família de ligantes ligados à membrana que se ligam a receptores coestimuladores ou co-inibidores é a família TNF de moléculas que se ligam a membros da família de receptores TNF cognatos, que inclui CD40 e CD40L, OX-40, OX-40L, CD70, CD27L, CD30, CD30L, 4- 1BBL, CD137 (4-1BB), TRAIL/Apo2-L, TRAILR1/DR4, TRAILR2/DR5, TRAILR3, TRAILR4, OPG, RANK, RANKL, TWEAKR/Fn14, TWEAK, BAFFR, EDAR, XEDAR, TACI, APRIL, BCMA, LTβR, LIGHT, DcR3, HVEM, VEGI/TL1A, TRAMP/DR3, EDAR, EDA1, XEDAR, EDA2, TNFR1, Linfotoxina α/TNFβ, TNFR2, TNFα, LTβR, Linfotoxina α1β2, FAS, FASL, RELT, DR6, TROY, NGFR.

[00367] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é uma citocina que inibe a ativação de células T (por exemplo, IL-6, IL-10, TGF-β, VEGF e outras citocinas imunossupressoras) ou uma citocina que estimula a ativação de células T para estimular uma resposta imune.

[00368] Em algumas modalidades, uma combinação de um composto da invenção e um agente imuno-oncológico pode estimular respostas de células T. Em algumas modalidades, um agente imuno- oncológico é: (i) um antagonista de uma proteína que inibe a ativação de células T (por exemplo, inibidores de checkpoint imunológico), tais como CTLA-4, PD-1, PD-L1, PD-L2, LAG-3, TIM-3, Galectina 9, CEACAM-1, BTLA, CD69, Galectina-1, TIGIT, CD113, GPR56, VISTA, 2B4, CD48, GARP, PD1H, LAIR1, TIM-1, e TIM-4; ou (ii) um agonista de uma proteína que estimula a ativação de células T, tais como B7-1, B7-2, CD28, 4-1BB

(CD137), 4-1BBL, ICOS, ICOS-L, OX40, OX40L, GITR, GITRL, CD70, CD27, CD40, DR3 e CD28H.

[00369] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de receptores inibidores em células NK ou um agonista de receptores ativadores em células NK. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de KIR, tal como lirilumab.

[00370] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agente que inibe ou esgota macrófagos ou monócitos, incluindo, mas não limitado a, antagonistas de CSF-1R, tais como anticorpos antagonistas de CSF-1R, incluindo RG7155 (WO11/70024, WO11/107553, WO11/131407, WO13/87699, WO13/119716, WO13/132044) ou FPA-008 (WO11/140249; WO13169264; WO14/036357).

[00371] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é selecionado dentre agentes agonistas que ligam receptores coestimuladores positivos, agentes de bloqueio que atenuam a sinalização por meio de receptores inibidores, antagonistas e um ou mais agentes que aumentam sistemicamente a frequência de células T antitumorais, agentes que superam vias imunossupressoras distintas dentro do microambiente tumoral (por exemplo, bloqueiam o envolvimento do receptor inibidor (por exemplo, interações PD-L1/PD-1), esgotam ou inibem Tregs (por exemplo, usando um anticorpo monoclonal anti-CD25 (por exemplo, daclizumab) ou por depleção de esferas anti-CD25 ex vivo), inibem enzimas metabólicas, tais como IDO, ou revertem/previnem a energia ou exaustão de células T) e agentes que desencadeiam a ativação e/ou inflamação imune inata em sítios tumorais.

[00372] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de CTLA-4. Em algumas modalidades, um antagonista de CTLA-4 é um anticorpo de CTLA-4 antagonista. Em algumas modalidades, um anticorpo CTLA-4 antagonista é YERVOY (ipilimumab) ou tremelimumab.

[00373] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de PD-1. Em algumas modalidades, um antagonista de PD-1 é administrado por infusão. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um anticorpo ou uma porção de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a um receptor de Morte Programada-1 (PD-1) e inibe a atividade de PD-1. Em algumas modalidades, um antagonista de PD-1 é um anticorpo de PD-1 antagonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de PD-1 antagonista é OPDIVO (nivolumab), KEYTRUDA (pembrolizumab) ou MEDI-0680 (AMP-514; WO2012/145493). Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico pode ser pidilizumab (CT-011). Em algumas modalidades, um agente imuno- oncológico é uma proteína recombinante composta do domínio extracelular de PD-L2 (B7-DC) fundido à porção Fc de IgG1, chamada AMP-224.

[00374] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de PD-L1. Em algumas modalidades, um antagonista de PD-L1 é um anticorpo de PD-L1 antagonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de PD-L1 é MPDL3280A (RG7446; WO2010/077634), durvalumab (MEDI4736), BMS-936559 (WO2007/005874) e MSB0010718C (WO2013/79174).

[00375] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de LAG-3. Em algumas modalidades, um antagonista de LAG-3 é um anticorpo de LAG-3 antagonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de LAG3 é BMS-986016 (WO10/19570, WO14/08218) ou IMP- 731 ou IMP-321 (WO08/132601, WO009/44273).

[00376] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agonista de CD137 (4-1BB). Em algumas modalidades, um agonista de CD137 (4-1BB) é um anticorpo de CD137 agonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de CD137 é urelumab ou PF-05082566 (WO12/32433).

[00377] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agonista de GITR. Em algumas modalidades, um agonista de GITR é um anticorpo de GITR agonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de GITR é BMS-986153, BMS-986156, TRX-518 (WO006/105021, WO009/009116), ou MK-4166 (WO11/028683).

[00378] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de indolamina-(2,3)-dioxigenase (IDO). Em algumas modalidades, um antagonista de IDO é selecionado dentre epacadostat (INCB024360, Incyte); indoximod (NLG-8189, NewLink Genetics Corporation); capmanitib (INC280, Novartis); GDC-0919 (Genentech/Roche); PF-06840003 (Pfizer); BMS:F001287 (Bristol-Myers Squibb); Phy906/KD108 (Phytoceutica); um enzima que decompõe quinurenina (Kynase, Kyn Therapeutics); e NLG-919 (WO09/73620, WO009/1156652, WO11/56652, WO12/142237).

[00379] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agonista de OX40. Em algumas modalidades, um agonista de OX40 é um anticorpo de OX40 agonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de OX40 é MEDI-6383 ou MEDI-6469.

[00380] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de OX40L. Em algumas modalidades, um antagonista de OX40L é um anticorpo de OX40 antagonista. Em algumas modalidades, um antagonista de OX40L é RG-7888 (WO06/029879).

[00381] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agonista de CD40. Em algumas modalidades, um agonista de CD40 é um anticorpo de CD40 agonista. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um antagonista de CD40. Em algumas modalidades, um antagonista de CD40 é um anticorpo de CD40 antagonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de CD40 é lucatumumab ou dacetuzumab.

[00382] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agonista de CD27. Em algumas modalidades, um agonista de CD27 é um anticorpo de CD27 agonista. Em algumas modalidades, um anticorpo de CD27 é varlilumab.

[00383] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é MGA271 (para B7H3) (WO11/109400).

[00384] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é abagovomab, adecatumumab, afutuzumab, alemtuzumab, anatumomab mafenatox, apolizumab, atezolimab, avelumab, blinatumomab, BMS- 936559, catumaxomab, durvalumab, epacadostat, epratuzumab, indoximod, inotuzumab ozogamicin, intelumumab, ipilimumab, isatuximab, lambrolizumab, MED14736, MPDL3280A, nivolumab, obinutuzumab, ocaratuzumab, ofatumumab, olatatumab, pembrolizumab, pidilizumab, rituximab, ticilimumab, samalizumab, ou tremelimumab.

[00385] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agente imunoestimulador. Por exemplo, os anticorpos bloqueando o eixo inibidor de PD-1 e PD-L1 podem liberar células T reativas a tumor ativadas e foram mostrados em ensaios clínicos induzirem respostas antitumorais duráveis em um número crescente de histologias tumorais, incluindo alguns tipos de tumor que convencionalmente não foram considerados sensíveis à imunoterapia. Ver, por exemplo, Okazaki, T. et al. (2013) Nat. Immunol. 14, 1212–1218; Zou et al. (2016) Sci. Transl. Med. 8. O anticorpo anti-PD-1 nivolumab (Opdivo®, Bristol-Myers Squibb, também conhecido como ONO-4538, MDX1106 e BMS-936558), demonstrou potencial para melhorar a sobrevida geral em pacientes com RCC que experienciaram progressão da doença durante ou após terapia antiangiogênica anterior.

[00386] Em algumas modalidades, o terapêutico imunomodulador induz especificamente a apoptose de células tumorais. Terapêuticos imunomoduladores aprovados que podem ser usadas na presente invenção incluem pomalidomida (Pomalyst®, Celgene); lenalidomida (Revlimid®, Celgene); mebutato de ingenol (Picato®, LEO Pharma).

[00387] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é uma vacina contra o câncer.

Em algumas modalidades, a vacina contra o câncer é selecionada dentre sipuleucel-T (Provenge®, Dendreon/Valeant Pharmaceuticals), que foi aprovada para o tratamento de câncer de próstata assintomático ou minimamente sintomático metastático resistente à castração (refratário a hormônios); e talimogene laherparepvec (Imlygic®, BioVex/Amgen, anteriormente conhecido como T-VEC), uma terapia viral oncolítica geneticamente modificada aprovada para o tratamento de lesões cutâneas, subcutâneas e nodais irressecáveis em melanoma.

Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é selecionado dentre uma terapia viral oncolítica, tal como pexastimogene devacirepvec (PexaVec/JX- 594, SillaJen/ anteriormente Jennerex Biotherapeutics), um vírus vaccinia deficiente em timidina quinase- (TK-), manipulado para expressar GM-CSF, para carcinoma hepatocelular (NCT02562755) e melanoma (NCT00429312); pelareorep (Reolysin®, Oncolytics Biotech), uma variante do vírus órfão entérico respiratório (reovírus) que não se replica em células que não são ativadas por RAS em numerosos cânceres, incluindo câncer colorretal (NCT01622543); câncer de próstata (NCT01619813); câncer de células escamosas da cabeça e pescoço (NCT01166542); adenocarcinoma pancreático (NCT00998322); e câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC) (NCT 00861627); enadenotucirev (NG-348, PsiOxus, anteriormente conhecido como ColoAd1), um adenovírus manipulado para expressar um CD80 de comprimento total e um fragmento de anticorpo específico para a proteína CD3 do receptor de células T em câncer de ovário (NCT02028117); tumores metastáticos ou epiteliais avançados, tais como em câncer colorretal, câncer de bexiga, carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço e câncer de glândula salivar (NCT02636036); ONCOS-102 (Targovax/anteriormente Oncos), um adenovírus manipulado para expressar GM-CSF em melanoma (NCT03003676); e doença peritoneal, câncer colorretal ou câncer de ovário

(NCT02963831); GL-ONC1 (GLV-1h68/GLV-1h153, Genelux GmbH), vírus vaccinia manipulados para expressar beta-galactosidase (beta-gal)/beta- glucoronidase ou beta-gal/simportador de iodeto de sódio humano (hNIS), respectivamente, foram estudados em carcinomatose peritoneal (NCT01443260); câncer de trompa de Falópio, câncer de ovário (NCT 02759588); ou CG0070 (Cold Genesys), um adenovírus manipulado para expressar GM-CSF em câncer de bexiga (NCT02365818).

[00388] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é selecionado dentre JX-929 (SillaJen/anteriormente Jennerex Biotherapeutics), um vírus vaccinia deficiente em fator de crescimento de vaccinia e TK manipulado para expressar citosina desaminase, que é capaz de converter o pró-droga 5-fluorcitosina na droga citotóxica 5-fluoruracilo; TG01 e TG02 (Targovax/anteriormente Oncos), agentes de imunoterapia à base de peptídeos direcionados a mutações de RAS difíceis de tratar; e TILT-123 (TILT Biotherapeutics), um adenovírus manipulado designado: Ad5/3-E2F-delta24-hTNFα-IRES-hIL20; e VSV-GP (ViraTherapeutics) um vírus de estomatite vesicular (VSV) manipulado para expressar a glicoproteína (GP) do vírus da coriomeningite linfocítica (LCMV), que pode ser adicionalmente manipulado para expressar antígenos projetados para elevar uma resposta de células T CD8+ específicas ao antígeno.

[00389] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é uma célula T manipulada para expressar um receptor de antígeno quimérico, ou CAR. As células T manipuladas para expressar tal receptor de antígeno quimérico são referidas como células CAR-T.

[00390] Foram construídas CARs que consistem em domínios de ligação, que podem ser derivados de ligantes naturais, fragmentos variáveis de cadeia única (scFv) derivados de anticorpos monoclonais específicos para antígenos de superfície celular, fundidos a endodomínios que são a extremidade funcional do receptor de células T (TCR), tal como o domínio de sinalização CD3-zeta dos TCRs, que é capaz de gerar um sinal de ativação em linfócitos T. Mediante ligação do antígeno, tais CARs se ligam às vias de sinalização endógena na célula efetora e geram sinais de ativação semelhantes àqueles iniciados pelo complexo TCR.

[00391] Por exemplo, em algumas modalidades, a célula CAR-T é uma daquelas descritas na Patente U.S. 8.906.682 (junho; incorporada a este documento por referência em sua totalidade), que divulga células CAR-T manipuladas para compreender um domínio extracelular com um domínio de ligação ao antígeno (tal como um domínio que se liga a CD19), fundido a um domínio de sinalização intracelular da cadeia zeta do complexo receptor de antígeno de células T (tal como CD3 zeta). Quando expresso na célula T, o CAR é capaz de redirecionar o reconhecimento do antígeno com base na especificidade de ligação ao antígeno. No caso de CD19, o antígeno é expresso em células B malignas. Mais de 200 ensaios clínicos estão atualmente em andamento empregando CAR-T em uma ampla gama de indicações. [https://clinicaltrials.gov/ct2/results?term=chimeric+antigen+receptors&pg=1] .

[00392] Em algumas modalidades, um agente imunoestimulador é um ativador do receptor órfão relacionado ao receptor de ácido retinoico γ (RORγt). RORγt é um fator de transcrição com papéis chaves na diferenciação e manutenção de subconjuntos efetores Tipo 17 de células T CD4+ (Th17) e CD8+ (Tc17), bem como na diferenciação de subpopulações de células imunes inatas que expressam IL-17, tal como células NK. Em algumas modalidades, um ativador de RORγt é LYC-55716 (Lycera), que atualmente está sendo avaliado em ensaios clínicos para o tratamento de tumores sólidos (NCT02929862).

[00393] Em algumas modalidades, um agente imunoestimulador é um agonista ou ativador de um receptor do tipo Toll (TLR). Ativadores adequados de TLRs incluem um agonista ou ativador de TLR9, tal como SD-101 (Dynavax). SD-101 é um CpG imunoestimulador que está sendo estudado para linfomas de células B, foliculares e outros (NCT02254772). Agonistas ou ativadores de TLR8 que podem ser usados na presente invenção incluem motolimod (VTX-2337, VentiRx Pharmaceuticals) que está sendo estudado para câncer de células escamosas da cabeça e pescoço (NCT02124850) e câncer de ovário (NCT02431559).

[00394] Outros agentes imuno-oncológicos que podem ser usados na presente invenção incluem urelumab (BMS-663513, Bristol- Myers Squibb), um anticorpo monoclonal anti-CD137; varlilumab (CDX- 1127, Celldex Therapeutics), um anticorpo monoclonal anti-CD27; BMS- 986178 (Bristol-Myers Squibb), um anticorpo monoclonal anti-OX40; lirilumab (IPH2102/BMS-986015, Innate Pharma, Bristol-Myers Squibb), um anticorpo monoclonal anti-KIR; monalizumab (IPH2201, Innate Pharma, AstraZeneca) um anticorpo monoclonal anti-NKG2A; andecaliximab (GS- 5745, Gilead Sciences), um anticorpo anti-MMP9; MK-4166 (Merck & Co.), um anticorpo monoclonal anti-GITR.

[00395] Em algumas modalidades, um agente imunoestimulador é selecionado dentre elotuzumab, mifamurtida, um agonista ou ativador de um receptor do tipo Toll e um ativador de RORγt.

[00396] Em algumas modalidades, um terapêutico imunoestimulador é interleucina 15 humana recombinante (rhIL-15). rhIL-15 foi testada na clínica como uma terapia para melanoma e carcinoma de células renais (NCT01021059 e NCT01369888) e leucemias (NCT02689453). Em algumas modalidades, um agente imunoestimulador é interleucina 12 humana recombinante (rhIL-12). Em algumas modalidades, um imunoterapêutico à base de IL-15 é IL-15 heterodimérica (hetIL-15, Novartis/Admune), um complexo de fusão composto por uma forma sintética de IL-15 endógena complexada com a cadeia alfa do receptor de proteína IL-15 de ligação a IL-15 solúvel (IL15: sIL-15RA), que foi testado em ensaios clínicos de Fase 1 para melanoma, carcinoma de células renais, câncer de pulmão de células não pequenas e carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (NCT02452268). Em algumas modalidades, uma interleucina humana recombinante 12 (rhIL-12) é NM-IL- 12 (Neumedicines, Inc.), NCT02544724 ou NCT02542124.

[00397] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é selecionado dentre aqueles descritos em Jerry L. Adams ET. AL., “Big opportunities for small molecules in immuno-oncology” (Grandes oportunidades para pequenas moléculas em imuno-oncologia), Cancer Therapy 2015, Vol. 14, páginas 603-622, cujo conteúdo é incorporado a este documento por referência em sua totalidade. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é selecionado dentre os exemplos descritos na Tabela 1 de Jerry L. Adams ET. AL. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é uma pequena molécula que se direciona a um alvo de imuno-oncologia selecionado dentre aqueles listados na Tabela 2 de Jerry L. Adams ET. AL. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agente de molécula pequena selecionado dentre aqueles listados na Tabela 2 de Jerry L. Adams ET. AL.

[00398] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é selecionado dentre os agentes imuno-oncológicos de molécula pequena descritos em Peter L. Toogood, "Small molecule immuno-oncologyapeutic agents" (Agentes imuno-oncologiapêuticos de molécula pequena), Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 2018, Vol. 28, páginas 319-329, cujo conteúdo é incorporado a este documento por referência em sua totalidade. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um agente direcionado às vias conforme descrito em Peter L. Toogood.

[00399] Em algumas modalidades, um agente de imuno- oncologia é selecionado dentre aqueles descritos em Sandra L. Ross et al., “Bispecific T cell engager (BiTE®) antibody constructs can mediate bystander tumor cell killing” (Construtos de anticorpo engajador de células T bi-específico (BiTE®) podem mediar morte de células tumorais espectadoras), PLoS ONE 12 (8): e0183390, cujo conteúdo é incorporado a este documento por referência em sua totalidade.

Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um construto de anticorpo engajador de células T biespecífico (BiTE®). Em algumas modalidades, um construto de anticorpo engajador de células T biespecífico (BiTE®) é um construto de anticorpo biespecífico CD19/CD3. Em algumas modalidades, um construto de anticorpo engajador de células T biespecífico (BiTE®) é um construto de anticorpo biespecífico EGFR/CD3. Em algumas modalidades, um construto de anticorpo engajador de células T biespecífico (BiTE®) ativa células T.

Em algumas modalidades, um construto de anticorpo engajador de células T biespecífico (BiTE®) ativa células T, que liberam citocinas induzindo a suprarregulação de molécula de adesão intercelular 1 (ICAM-1) e FAS em células espectadoras.

Em algumas modalidades, um construto de anticorpo engajador de células T biespecífico (BiTE®) ativa células T que resultam em lise de células espectadoras induzida.

Em algumas modalidades, as células espectadoras estão em tumores sólidos.

Em algumas modalidades, as células espectadores sendo lisadas estão em proximidade às células T ativadas por BiTE®. Em algumas modalidades, as células espectadoras compreendem células cancerosas negativas para o antígeno associado ao tumor (TAA). Em algumas modalidades, as células espectadoras compreendem células cancerosas negativas para EGFR.

Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um anticorpo que bloqueia o eixo PD-L1/PD1 e/ou CTLA4. Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é uma célula T infiltrante de tumor expandida ex-vivo.

Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um construto de anticorpo biespecífico ou receptores de antígenos quiméricos (CARs) que conectam diretamente as células T com antígenos de superfície associados a tumor (TAAs). Inibidores de Checkpoint Imunológico Exemplares

[00400] Em algumas modalidades, um agente imuno-oncológico é um inibidor de checkpoint imunológico, conforme descrito neste documento.

[00401] O termo "inibidor de checkpoint", conforme usado neste documento, refere-se a agentes úteis na prevenção de que células cancerosas evitarem o sistema imunológico do paciente. Um dos principais mecanismos de subversão da imunidade antitumoral é conhecido como “exaustão de células T”, que resulta da exposição crônica a antígenos que levou à regulação para cima dos receptores inibidores. Esses receptores inibidores servem como checkpoints imunológicos a fim de prevenir reações imunológicas descontroladas.

[00402] PD-1 e receptores co-inibidores, tal como antígeno de linfócito T citotóxico 4 (CTLA-4, B e Atenuador de Linfócito T (BTLA; CD272), Imunoglobulina de células T e domínio de Mucina-3 (Tim-3), Gene de Ativação de Linfócitos 3 (Lag-3; CD223) e outros são frequentemente referidos como reguladores de checkpoint. Eles atuam como "porteiros" moleculares que permitem que a informação extracelular dite se a progressão do ciclo celular e outros processos de sinalização intracelular devem ocorrer.

[00403] Em algumas modalidades, um inibidor de checkpoint imunológico é um anticorpo para PD-1. PD-1 se liga ao receptor de morte celular programada 1 (PD-1) para evitar que o receptor se ligue ao ligante inibidor PDL-1, anulando, deste modo, a capacidade dos tumores de suprimir a resposta imune antitumoral do hospedeiro.

[00404] Em um aspecto, o inibidor de checkpoint é um terapêutico biológico ou uma molécula pequena. Em outro aspecto, o inibidor de checkpoint é um anticorpo monoclonal, um anticorpo humanizado, um anticorpo totalmente humano, uma proteína de fusão ou uma combinação dos mesmos. Em um aspecto adicional, o inibidor de checkpoint inibe uma proteína de checkpoint selecionada dentre CTLA-4,

PDLl, PDL2, PDl, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160, CGEN-15049, CHK 1, CHK2, A2aR, ligantes da família B-7 ou uma combinação dos mesmos. Em um aspecto adicional, o inibidor de checkpoint interage com um ligante de uma proteína de checkpoint selecionada dentre CTLA-4, PDLl, PDL2, PDl, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160, CGEN-15049, CHK 1, CHK2, A2aR, ligantes da família B-7 ou uma combinação dos mesmos. Em um aspecto, o inibidor de checkpoint é um agente imunoestimulador, um fator de crescimento de células T, uma interleucina, um anticorpo, uma vacina ou uma combinação dos mesmos. Em um aspecto adicional, a interleucina é IL-7 ou IL-15. Em um aspecto específico, a interleucina é IL-7 glicosilada. Em um aspecto adicional, a vacina é uma vacina de células dendríticas (DC).

[00405] Inibidores de checkpoint incluem qualquer agente que bloqueia ou inibe, de maneira estatisticamente significativa, as vias inibidoras do sistema imunológico. Tais inibidores podem incluir inibidores de moléculas pequenas ou podem incluir anticorpos, ou fragmentos de ligação ao antígeno dos mesmos, que se ligam a e bloqueiam ou inibem os receptores de checkpoint imunológicos ou anticorpos que se ligam a e bloqueiam ou inibem ligantes do receptor de checkpoint imunológico. Moléculas de checkpoint ilustrativas que podem ser direcionadas a bloqueio ou inibição incluem, mas não estão limitadas a, CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, GAL9, LAG3, TIM3, VISTA, KIR, 2B4 (pertence à família CD2 de moléculas e é expresso em todas as células NK, γδ e células T CD8+ (αβ) de memória), CD160 (também referido como BY55), CGEN-15049, CHK 1 e CHK2 quinases, A2aR e vários ligantes da família B-7. Os ligantes da família B7 incluem, mas não estão limitados a, B7-1, B7-2, B7-DC, B7-H1, B7-H2, B7-H3, B7-H4, B7-H5, B7-H6 e B7-H7. Inibidores de checkpoint incluem anticorpos, ou fragmentos de ligação ao antígeno dos mesmos, outras proteínas de ligação, terapêuticos biológicos ou moléculas pequenas, que se ligam a e bloqueiam ou inibem a atividade de um ou mais dentre CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD 160 e CGEN-15049. Inibidores de checkpoint imunológicos ilustrativos incluem Tremelimumab (anticorpo bloqueador de CTLA-4), anti-OX40, Anticorpo monoclonal PD-Ll (Anti-B7- Hl; MEDI4736), MK-3475 (bloqueador de PD-1), Nivolumab (anticorpo anti- PDl), CT-011 (anticorpo anti-PDL), anticorpo monoclonal BY55, AMP224 (anticorpo anti-PDLl), BMS- 936559 (anticorpo anti-PDLl), MPLDL3280A (anticorpo anti-PDLl), MSB0010718C (anticorpo anti-PDLl), e ipilimumab (inibidor de checkpoint anti-CTLA-4). Os ligantes de proteína de checkpoint incluem, mas não estão limitados a, PD-Ll, PD-L2, B7-H3, B7-H4, CD28, CD86 e TIM-3.

[00406] Em certas modalidades, o inibidor de checkpoint imunológico é selecionado a partir de um antagonista de PD-1, um antagonista de PD-L1 e um antagonista de CTLA-4. Em algumas modalidades, o inibidor de checkpoint é selecionado dentre o grupo consistindo em nivolumab (Opdivo®), ipilimumab (Yervoy®) e pembrolizumab (Keytruda®). Em algumas modalidades, o inibidor de checkpoint é selecionado dentre nivolumab (anticorpo anti-PD-1, Opdivo®, Bristol-Myers Squibb); pembrolizumab (anticorpo anti-PD-1, Keytruda®, Merck); ipilimumab (anticorpo anti-CTLA-4, Yervoy®, Bristol-Myers Squibb); durvalumab (anticorpo anti-PD-L1, Imfinzi®, AstraZeneca); e atezolizumab (anticorpo anti-PD-L1, Tecentriq®, Genentech).

[00407] Em algumas modalidades, o inibidor de checkpoint é selecionado dentre o grupo consistindo em lambrolizumab (MK-3475), nivolumab (BMS-936558), pidilizumab (CT-011), AMP-224, MDX-1105, MEDI4736, MPDL3280A, BMS-936559, ipilimumab, lirlumab, IPH2101, pembrolizumab (Keytruda®) e tremelimumab.

[00408] Em algumas modalidades, um inibidor de checkpoint imunológico é REGN2810 (Regeneron), um anticorpo anti-PD-1 testado em pacientes com carcinoma basocelular (NCT03132636); NSCLC (NCT03088540); carcinoma de células escamosas cutâneo (NCT02760498); linfoma (NCT02651662); e melanoma (NCT03002376); pidilizumab (CureTech), também conhecido como CT-011, um anticorpo que se liga a PD-1, em ensaios clínicos para linfoma de células B grandes difuso e mieloma múltiplo; avelumab (Bavencio®, Pfizer/Merck KGaA), também conhecido como MSB0010718C), um anticorpo anti-PD-L1 IgG1 totalmente humano, em ensaios clínicos para câncer de pulmão de células não pequenas, carcinoma de células de Merkel, mesotelioma, tumores sólidos, câncer renal, câncer de ovário, câncer de bexiga, câncer de cabeça e pescoço e câncer gástrico; ou PDR001 (Novartis), um anticorpo inibidor que se liga a PD-1, em ensaios clínicos para câncer de pulmão de células não pequenas, melanoma, câncer de mama triplo negativo e tumores sólidos avançados ou metastáticos. Tremelimumab (CP-675.206; Astrazeneca) é um anticorpo monoclonal totalmente humano contra CTLA-4 que foi estudado em ensaios clínicos para uma série de indicações, incluindo: mesotelioma, câncer colorretal, câncer renal, câncer de mama, câncer de pulmão e câncer de pulmão de células não pequenas, adenocarcinoma ductal pancreático, câncer pancreático, câncer de células germinativas, câncer de células escamosas da cabeça e pescoço, carcinoma hepatocelular, câncer de próstata, câncer endometrial, câncer metastático no fígado, câncer de fígado, linfoma de células B grandes, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de tireoide anaplásico metastático, câncer urotelial, câncer de trompa de Falópio, mieloma múltiplo, câncer de bexiga, sarcoma de tecidos moles e melanoma. AGEN- 1884 (Agenus) é um anticorpo anti-CTLA4 que está sendo estudado em ensaios clínicos de Fase 1 para tumores sólidos avançados (NCT02694822).

[00409] Em algumas modalidades, um inibidor de checkpoint é um inibidor de mucina de imunoglobulina de células T contendo proteína-3

(TIM-3). Os inibidores de TIM-3 que podem ser usados na presente invenção incluem TSR-022, LY3321367 e MBG453. TSR-022 (Tesaro) é um anticorpo anti-TIM-3 que está sendo estudado em tumores sólidos (NCT02817633). LY3321367 (Eli Lilly) é um anticorpo anti-TIM-3 que está sendo estudado em tumores sólidos (NCT03099109). MBG453 (Novartis) é um anticorpo anti-TIM-3 que está sendo estudado em doenças malignas avançadas (NCT02608268).

[00410] Em algumas modalidades, um inibidor de checkpoint é um inibidor de imunorreceptor de células T com domínios Ig e ITIM, ou TIGIT, um receptor imunológico em certas células T e células NK. Os inibidores TIGIT que podem ser usados na presente invenção incluem BMS-986207 (Bristol-Myers Squibb), um anticorpo monoclonal anti-TIGIT (NCT02913313); OMP-313M32 (Oncomed); e anticorpo monoclonal anti- TIGIT (NCT03119428).

[00411] Em algumas modalidades, um inibidor de checkpoint é um inibidor do Gene de Ativação de Linfócitos-3 (LAG-3). Os inibidores de LAG-3 que podem ser usados na presente invenção incluem BMS-986016 e REGN3767 e IMP321. O BMS-986016 (Bristol-Myers Squibb), um anticorpo anti-LAG-3, está sendo estudado em glioblastoma e gliossarcoma (NCT02658981). REGN3767 (Regeneron) também é um anticorpo anti- LAG-3 e está sendo estudado em doenças malignas (NCT03005782). IMP321 (Immutep S.A.) é uma proteína de fusão LAG-3-Ig, sendo estudada em melanoma (NCT02676869); adenocarcinoma (NCT02614833); e câncer de mama metastático (NCT00349934).

[00412] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem agonistas de OX40. Os agonistas de OX40 que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem PF-04518600/PF-8600 (Pfizer), um anticorpo anti-OX40 agonístico, em câncer renal metastático (NCT03092856) e cânceres avançados e neoplasias (NCT02554812; NCT05082566); GSK3174998 (Merck), um anticorpo anti-OX40 agonístico,

em ensaios de câncer de Fase 1 (NCT02528357); MEDI0562 (Medimmune/AstraZeneca), um anticorpo agonístico anti-OX40, em tumores sólidos avançados (NCT02318394 e NCT02705482); MEDI6469, um anticorpo anti-OX40 agonístico (Medimmune/AstraZeneca), em pacientes com câncer colorretal (NCT02559024), câncer de mama (NCT01862900), câncer de cabeça e pescoço (NCT02274155) e câncer de próstata metastático (NCT01303705); e BMS-986178 (Bristol-Myers Squibb) um anticorpo anti-OX40 agonístico, em cânceres avançados (NCT02737475).

[00413] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem agonistas de CD137 (também chamado de 4- 1BB). Os agonistas de CD137 que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem utomilumab (PF-05082566, Pfizer) um anticorpo anti- CD137 agonístico em linfoma de células B grandes difuso (NCT02951156) e em cânceres e neoplasias avançados (NCT02554812 e NCT05082566); urelumab (BMS-663513, Bristol-Myers Squibb), um anticorpo anti-CD137 agonístico, em melanoma e câncer de pele (NCT02652455) e glioblastoma e gliossarcoma (NCT02658981).

[00414] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem agonistas de CD27. Os agonistas de CD27 que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem varlilumabe (CDX- 1127, Celldex Therapeutics) um anticorpo anti-CD27 agonístico, em células da cabeça e pescoço de células escamososas, carcinoma de ovário, câncer colorretal, câncer de células renais e glioblastoma (NCT02335918); linfomas (NCT01460134); e glioma e astrocitoma (NCT02924038).

[00415] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem agonistas do receptor do fator de necrose tumoral induzido por glicocorticoides (GITR). Os agonistas de GITR que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem TRX518 (Leap Therapeutics), um anticorpo anti-GITR agonístico, em melanoma maligno e outros tumores sólidos malignos (NCT01239134 e NCT02628574); GWN323 (Novartis), um anticorpo anti-GITR agonístico, em tumores sólidos e linfoma (NCT 02740270); INCAGN01876 (Incyte/Agenus), um anticorpo anti-GITR agonístico, em cânceres avançados (NCT02697591 e NCT03126110); MK-4166 (Merck), um anticorpo anti-GITR agonístico, em tumores sólidos (NCT02132754) e MEDI1873 (Medimmune/AstraZeneca), uma molécula de ligante a GITR hexamérica agonística com um domínio de Fc de IgG1 humana, em tumores sólidos avançados (NCT02583165).

[00416] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem agonistas de co-estimulador de células T induzível (ICOS, também conhecido como CD278). Os agonistas de ICOS que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem MEDI-570 (Medimmune), um anticorpo anti-ICOS agonístico, em linfomas (NCT02520791); GSK3359609 (Merck), um anticorpo anti-ICOS agonístico, em Fase 1 (NCT02723955); JTX-2011 (Jounce Therapeutics), um anticorpo anti-ICOS agonístico, em Fase 1 (NCT02904226).

[00417] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem inibidores de receptor semelhante a IgG assassina (KIR). Os inibidores de KIR que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem lirilumab (IPH2102/BMS-986015, Innate Pharma/Bristol-Myers Squibb), um anticorpo anti-KIR, em leucemias (NCT01687387, NCT02399917, NCT02481297, NCT02599649), mieloma múltiplo (NCT02252263) e linfoma (NCT01592370); IPH2101 (1-7F9, Innate Pharma) em mieloma (NCT01222286 e NCT01217203); e IPH4102 (Innate Pharma), um anticorpo anti-KIR que se liga a três domínios da cauda citoplasmática longa (KIR3DL2), em linfoma (NCT02593045).

[00418] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem inibidores de CD47 de interação entre CD47 e proteína reguladora de sinal alfa (SIRPa). Os inibidores de CD47/SIRPa que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem ALX-148 (Alexo

Therapeutics), uma variante antagonista de (SIRPa) que se liga a CD47 e impede a sinalização mediada por CD47/SIRPa, em fase 1 (NCT03013218); TTI-621 (SIRPa-Fc, Trillium Therapeutics), uma proteína de fusão recombinante solúvel criada pela ligação do domínio de ligação de CD47 de terminal N de SIRPa com o domínio Fc de IgG1 humana, que atua ligando CD47 humano e impedindo-o de entregar seu sinal de “não comer” para macrófagos, está em ensaios clínicos em Fase 1 (NCT02890368 e NCT02663518); CC-90002 (Celgene), um anticorpo anti-CD47, em leucemias (NCT02641002); e Hu5F9-G4 (Forty Seven, Inc.), em neoplasias colorretais e tumores sólidos (NCT02953782), leucemia mieloide aguda (NCT02678338) e linfoma (NCT02953509).

[00419] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem inibidores de CD73. Os inibidores de CD73 que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem MEDI9447 (Medimmune), um anticorpo anti-CD73, em tumores sólidos (NCT02503774); e BMS-986179 (Bristol-Myers Squibb), um anticorpo anti- CD73, em tumores sólidos (NCT02754141).

[00420] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem agonistas do estimulador da proteína dos genes de interferon (STING, também conhecida como proteína transmembrana 173 ou TMEM173). Os agonistas de STING que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem MK-1454 (Merck), um dinucleotídeo cíclico sintético agonístico, em linfoma (NCT03010176); e ADU-S100 (MIW815, Aduro Biotech/Novartis), um dinucleotídeo cíclico sintético agonístico, em Fase 1 (NCT02675439 e NCT03172936).

[00421] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem inibidores de CSF1R. Os inibidores de CSF1R que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem pexidartinib (PLX3397, Plexxikon), um inibidor de molécula pequena CSF1R, em câncer colorretal, câncer pancreático, cânceres metastáticos e avançados

(NCT02777710) e melanoma, câncer de pulmão de células não pequenas, câncer de cabeça e pescoço de células escamosas, tumor estromal gastrointestinal (GIST) e câncer de ovário (NCT02452424); e IMC-CS4 (LY3022855, Lilly), um anticorpo anti-CSF-1R, em câncer pancreático (NCT03153410), melanoma (NCT03101254) e tumores sólidos (NCT02718911); e BLZ945 (ácido 4-[2((1R, 2R)-2-hidroxiciclohexilamino)- benzotiazol-6-iloxil]-piridina-2-carboxílico metilamida, Novartis), um inibidor disponível oralmente de CSF1R, em tumores sólidos avançados (NCT02829723).

[00422] Os inibidores de checkpoint que podem ser usados na presente invenção incluem inibidores de receptor de NKG2A. Os inibidores de receptor NKG2A que estão sendo estudados em ensaios clínicos incluem monalizumab (IPH2201, Innate Pharma), um anticorpo anti- NKG2A, em neoplasias da cabeça e pescoço (NCT02643550) e leucemia linfocítica crônica (NCT02557516).

[00423] Em algumas modalidades, o inibidor de checkpoint imunológico é selecionado dentre nivolumab, pembrolizumab, ipilimumab, avelumab, durvalumab, atezolizumab ou pidilizumab.

[00424] Além dos métodos de prevenção e/ou tratamento como descritos acima, a presente invenção também provê o uso correspondente para prevenir e/ou tratar uma doença, distúrbio ou condição conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, a presente invenção provê um uso de um composto ou de um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, conforme descrito neste documento, para prevenir e/ou tratar uma infecção viral ou uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, um uso para prevenir e/ou tratar uma infecção por HIV, conforme provido pela invenção, é destinado a um paciente cuja presença e/ou nível de expressão de uma variante de splice de HIV como um biomarcador é medida e/ou monitorada pelos métodos conforme descrito neste documento. Em algumas modalidades, um uso para prevenir e/ou tratar uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, conforme provido pela invenção, é destinado a um paciente cuja presença e/ou nível de expressão de um RNA não codificador longo que sofreu splice em locus miR-124 como um biomarcador é medido e/ou monitorado pelos métodos conforme descrito neste documento.

[00425] Neste documento é adicionalmente provido um composto de fórmulas I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc ou IVd conforme definido acima, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo para tratar ou prevenir uma doença, distúrbio ou condição inflamatória, ou um câncer em um paciente em necessidade do mesmo. Em algumas modalidades, um composto de fórmulas I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc ou IVd conforme definido acima, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, para uso como um agente anti-inflamatório destina-se a pacientes cuja presença e/ou nível de expressão de um RNA não codificador longo que sofreu splice no locus miR-124 é monitorado em uma amostra de sangue e/ou tecido do referido paciente, antes e/ou durante o curso do referido uso.

[00426] Neste documento é adicionalmente provido um composto de fórmulas I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc ou IVd conforme definido acima, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, para uso no tratamento de uma infecção por HIV em um paciente em necessidade do mesmo. Em algumas modalidades, um composto de fórmulas I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc ou IVd conforme definido acima, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, para uso como um agente de tratamento de HIV destina-se a pacientes cuja presença e/ou nível de expressão de uma variante de splice de HIV é monitorado em uma amostra de sangue e/ou tecido do referido paciente, durante o curso do referido uso. Modalidades Exemplificativas Adicionais:

1. Um método de uso de uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador de uma infecção por HIV ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV, compreendendo a medição de uma presença ou um nível de expressão da variante de splicing de HIV de SEQ. ID. No. 1 em uma amostra biológica.

2. Um método de avaliação do efeito biológico de um composto no tratamento de uma infecção por HIV, compreendendo a medição de uma presença ou de um nível de expressão da variante de splicing de HIV de SEQ. ID. No. 1 como um biomarcador de uma infecção por HIV.

3. Um método de triagem de um composto ou uma vacina na prevenção e/ou tratamento de uma infecção por HIV, compreendendo medir uma presença ou um nível de expressão da variante de splicing de HIV de SEQ. ID. No. 1 como um biomarcador de uma infecção por HIV.

4. Um método de tratamento de uma infecção por HIV, compreendendo a administração de um tratamento terapêutico a um paciente e a medição e/ou monitoramento de uma presença e/ou nível de expressão da variante de splicing de HIV de SEQ. ID. No. 1 no paciente.

5. Um método de uso de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo medir uma presença ou um nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 em uma amostra biológica.

6. Um método de avaliação do efeito biológico de um composto ou dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo medir uma presença ou um nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória, ou um câncer.

7. Um método de triagem de um composto ou um dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo medir uma presença ou um nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

8. Um método de tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração de um tratamento terapêutico a um paciente e a medição e/ou monitoramento de uma presença e/ou nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 no paciente.

9. Um método de tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo a administração de um tratamento terapêutico a um paciente e a medição e/ou monitoramento de uma presença e/ou nível de expressão de miR-124 no paciente.

10. Um método de seleção de um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer, compreendendo medir e/ou monitorar uma presença e/ou nível de expressão de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 no paciente.

11. Um método de seleção de um paciente para um tratamento terapêutico compreendendo medir e/ou monitorar uma presença e/ou nível de expressão de miR-124 no paciente.

12. O método de qualquer uma das modalidades 4 e 8-11, em que o tratamento terapêutico é um composto de Fórmula I: ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que: Z é C ou N; V é C ou N;

significa um anel aromático em que V é C ou N e quando V é N, V é orto, meta ou para em relação a Z; cada R é independentemente hidrogênio, halogênio, -CN, hidroxila, (C1-C3)fluoralquil, (C1-C3)fluoralcóxi, (C3-C6)cicloalquil, -NO2, -NR1R2, (C1- C4)alcóxi, fenóxi, -NR1-SO2-NR1R2, -NR1-SO2-R1, -NR1-C(=O)-R1, -NR1- C(═O)-NR1R2, -SO2-NR1R2, -SO3H, -O-SO2-OR3, -O-P(═O)-(OR3)(OR4), -O- CH2-COOR3, (C1-C3)alquil, referido alquil sendo optionalmente mono- or di- substituído por um grupo hidroxila ou um grupo de fórmula (IIa):

, ou um grupo de fórmula (IIIa): ; Q é N ou O, contanto que R” não exista quando Q é O; cada um de R1 e R2 é independentemente hidrogênio ou (C1-C3)alquil; cada um de R3 e R4 é independentemente hidrogênio, Li+, Na+, K+, N+(Ra)4 ou benzil; n é 1, 2 ou 3; n' é 1, 2 ou 3; cada R’ é independentemente hidrogênio, (C1-C3)alquil, hidroxila, halogênio, -NO2, -NR1R2, morfolinil, morfolino, N-metilpiperazinil, (C1- C3)fluoralquil, (C1-C4)alcóxi, -O-P(═O)-(OR3)(OR4), -CN, um grupo de fórmula (IIa): , ou um grupo de fórmula (IIIa):

; A é uma ligação covalente, oxigênio ou NH; B é uma ligação covalente ou NH; m é 1, 2, 3, 4 ou 5; p é 1, 2 ou 3;

cada um de Ra e Rb é independentemente hidrogênio, (C1-C5)alquil, ou (C3-C6)cicloalquil, ou Ra e Rb formam em conjunto com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' seja um grupo (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo (IIa) ou (IIIa); e R” é hidrogênio, (C1-C4)alquil ou um grupo de fórmula (IIa), conforme definido neste documento.

13. O método da modalidade 12, em que o composto é selecionado a partir das fórmulas Ia-Id: Ia Ib Ic Ib' Id ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

14. O método das modalidades 12 ou 13, em que o composto é ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

15. O método de qualquer uma das modalidades 4 ou 8-11, em que o tratamento terapêutico é um composto de fórmula IV: ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis V, Z, R, R', n e n' é conforme descrito na modalidade 8.

16. O método da modalidade 15, em que o composto é selecionado dentre as fórmulas IVa-IVd: IVb IVa IVc IVb' IVd ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

EXEMPLOS Amostras humanas

[00427] Todos os experimentos em biópsias humanas foram realizados de acordo com as diretrizes e regulamentos relevantes. Os experimentos foram aprovados pela AEMPS (Agência Espanhola) Nº AEMPS: 16-0728 sob o contrato N° EudraCT: 2016-002797-1 título ESTUDIO ABIERTO DE LA SEGURIDAD, FARMACOCINÉTICA Y FARMACODINÁMICA DE ABX464 EN ADULTOS SERONEGATIVOS Y SEROPOSITIVOS-1 PARA EL VIH-1 (Estudo aberto sobre a segurança, farmacocinética e farmacodinâmica de ABX464 em adultos soronegativos e soropositivos-1 para o HIV-1). Consentimento livre e esclarecido foi obtido de todos os sujeitos. Cultura de células, infecção e transfecção

[00428] Capas leucocitárias de indivíduos HIV-negativos foram obtidos do centro de doação de sangue local no Centre de transfusion sanguine Montpellier. Células mononucleares de sangue periférico humano (PBMCs) foram isoladas por centrifugação em gradiente Ficoll (Histopaque,

Sigma). As células T CD4+ e CD8+ foram purificadas a partir de PBMCs após centrifugação em gradiente de Ficoll por seleção positiva de esferas CD4+ Humanas e seleção positiva de esferas CD8+, respectivamente (Miltenyi). PBMCs, células T CD4+ e CD8+ foram cultivadas a 37 °C e 5% de CO2 até uma densidade de 1,5 × 106 células/ml em meio RPMI GlutaMAX (Life Technologies) suplementada com 10% de soro fetal de bezerro (FCS) (Thermo Fisher), 40 U/mL de IL2 (PeproTech) e 5 µg/mL de PHA (Roche) durante 2 dias. Três dias depois, as células foram ressuspensas a 1,5 x 106 células/ml em RPMI suplementado com 10% de FCS e 40 U/ml de IL2 e separadas em duas partes (células infectadas e não infectadas). As células foram infectadas com 80 ng de células p24/106 da cepa YU-2 por 4 a 6 horas e então enxaguadas com PBS antes da renovação do meio.

[00429] Tanto as células infectadas quanto não infectadas foram então centrifugadas e ressuspensas a uma densidade de 1,5 × 106 células/ml em meio suplementado com droga diluída solubilizada em DMSO (Sigma) para uma concentração final de 0,05% de DMSO ou compostos antirretrovirais de acordo com as instruções do fabricante. As células foram tratadas por 6 dias com uma renovação média no dia 3. A titulação de HIV p24 foi realizada por ELISA a partir de sobrenadantes de cultura de células com o kit Innotest (Ingen) de acordo com as instruções do fabricante.

[00430] Para gerar macrófagos derivados de monócitos, os monócitos foram isolados usando microesferas positivas CD14+ (Miltenyi) e cultivados em meio X-VIVO 10 (Lonza) suplementado com 10 mM de HEPES, 1 mM de piruvato de sódio, 1% de aminoácidos não essenciais, 10% de FBS, 10 ng/ml de GM-CSF e 100 ng/ml de M-CSF por 7 dias com renovação do meio no dia 3. Após 7 dias de diferenciação, as células foram lavadas, plaqueadas em placas de 6 poços e incubadas por 24 horas em meio sem adição de citocinas. As células foram tratadas por 6 dias com uma alteração de meio parcial no dia 3.

[00431] As células HeLa da ATCC foram cultivadas a 37 °C e 5% de CO2 em meio DMEM GlutaMAX (Life Technologies) suplementado com 10% de FCS (Thermo Fisher). A região correspondente a lncRNA0599-205 foi sintetizada por IDT (Integratde DNA Technologies) e clonada em pcDNA3.1 para gerar o plasmídeo pc-lncRNA-0599-205. pc-lncRNA-0599- 205 (2 µg por 400.000 células) foi transitoriamente transfectado em células HeLa usando reagente jetPEI (Polyplus) de acordo com as instruções do fabricante. Análise de miRNA (RT-q)-PCR

[00432] miRNAs foram extraídos de PBMCs, células T CD4+ ou CD8+ usando o kit NucleoSpin miRNeasy (Macherey-Nagel) de acordo com as instruções do fabricante. A transcrição reversa (RT) do miRNA foi realizada usando o kit miScript II RT (Qiagen). O cDNA resultante foi usado como um modelo para qPCR em tempo real realizado com o kit miScript SYBR Green PCR (Qiagen), juntamente com os primers apropriados (Qiagen). Um primer miR-124 específico (Hs_miR-124a), um primer específico de controle (Ce_miR-39) e dois primers específicos de genes de manutenção (miR-26 e miR-191) (Hs_miR-26a e Hs_miR-191) foram usados para realizar o qPCR relativo. A análise de PCR foi realizada em um LightCycler 480 Instrument II (Roche Molecular Systems, Inc). Todas as reações foram executadas em triplicado. Os níveis relativos de miR-124 foram calculados usando o método 2-ΔΔCt.

[00433] O RNA total foi extraído de macrófagos usando o kit Macherey-Nagel NucleoSpin miRNeasy. A transcrição reversa (RT) de miRNA foi realizada em 2 µl de RNA total de acordo com o protocolo de ensaios de miRNA TaqMan Advanced da Applied Biosystems para TaqMan qPCR. Um primer miR-124 específico (Hs_miR-124a), um primer específico de controle de pico (Ce_miR-39) e primers específicos de genes de manutenção (miR-191) (Hs_miR-191) foram usados para realizar qPCR relativo. As execuções de PCR foram analisadas com o software Applied

Biosystems ViiA 7. Quantificação de miR-124 em biópsias humanas

[00434] A quantificação de miR-124 foi realizada em amostras de biópsias retais de pacientes que foram coletadas em Recipientes de Tecido PAXgene (PreAnalytiX). As extrações de RNA foram realizadas usando o kit PAXgene Tissue miRNA (PreAnalytiX) seguindo o protocolo do fabricante. Brevemente, as amostras foram imersas em 250 µl de Tampão TM1 em um tubo de microcentrífuga Safe-Lock de 2 ml contendo uma esfera de aço inoxidável de 5 mm. As amostras foram rompidas e homogeneizadas usando o aparelho Qiagen TissueLyser durante 2 x 2 minutos a 20 Hz. O restante do procedimento foi realizado seguindo o protocolo do fabricante. No final do procedimento, cada RNA foi eluído em 32 µl de Tampão TM4. A concentração e a pureza do RNA foram medidas usando um espectrofotômetro NanoDrop ND-1000 (Thermo Scientific). A integridade do RNA foi avaliada usando um Agilent 2200 TapeStation com RNA ScreenTape. Modelos de cDNA foram preparados usando o TaqMan Advanced miRNA cDNA Synthesis Kit (Applied Biosystems) a partir da matriz de RNA total de 10 ng e seguindo o protocolo do fabricante. qPCR foi implementado usando dois TaqMan Advanced miRNA Assays (Applied Biosystems), um direcionado ao miR-124-1 miRNA (ensaio ID: 477879_mir) e o outro direcionado a um miRNA endógeno, miR16 (ensaio ID: 477860_mir), que foi usado como uma referência para normalização dos dados de expressão, de acordo com as instruções do fabricante. QPCR foi realizada no LightCycler 480 Instrument II (Roche Molecular Systems, Inc). Todos os ensaios foram etiquetados usando química FAM-MGB. Análise de dados estatísticos

[00435] Todas as análises estatísticas e gráficos foram feitos com o software R v3.5. Para normalização e processamento, usamos edgeR v3.22.1, EDASeq v2.14 e DESeq2 v1.20. Decidimos usar contagens por milhão (CPM) em vez de transcrições por milhão (TPM) principalmente porque TPM descartam muitas informações sobre os tamanhos de contagem originais e, deste modo, teria produzido demasiado ruído para o teste diferencial.

A primeira etapa foi filtrar os dados.

Consideramos um gene a ser expresso em um nível razoável em uma amostra se ele tivesse pelo menos cinco contagens para cada milhão de leituras mapeadas naquela amostra.

Para a seleção do marcador, usamos um limiar α de erro tipo 1(*) definido a 5%, permitindo uma abordagem altamente flexível para as análises diferenciais, apesar da falta de repetições.

Pela mesma razão, o corte modulação de log2 foi definido a 1,5 para tanto valores positivos quanto negativos e o valor de corte p foi tipicamente ≤ 0,05. Esses pontos de corte apropriados nos permitiram identificar genes expressos diferencialmente.

Os valores de taxa de descoberta falsa (FDR) foram computados para fins de ilustração, mas não foram levados em consideração na decisão devido à falta de réplicas.

A primeira escolha da metodologia foi Benjamini e Hochberg.

Esse procedimento provê controle menos rigoroso de erros tipo 1 em comparação com procedimentos de taxa de erro familiar (FWER) (tal como a correção de Bonferroni). Adicionamos um gráfico MDS para os dados com o pacote R e edgeR.

O gráfico MDS produz um gráfico em que as distâncias entre as amostras correspondem ao coeficiente de variação biológica (BCV) líder entre essas amostras.

Nesse gráfico, não observamos segregação entre as condições DMSO-NI, 464-NI, DMSOI e 464-I.

Também produzimos vários gráficos vulcões com R e o pacote EDASeq.

Esses gráficos foram uma boa representação do teste de expressão diferencial (DE) nos experimentos de RNA-Seq.

Esses gráficos mostraram modulação de log2 (FC) e o –log10 de valores p para todos os genes investigados no teste DE.

Os pontos verdes destacados são marcadores que satisfizeram nossos critérios de seleção (significativos tanto no valor p quanto no log2FC). Os pontos amarelos destacados são genes que satisfizeram o critério log2FC, mas falharam no critério do valor p. Retivemos esses pontos para investigar adicionalmente, embora eles não tivessem valor decisório. Análise de sequenciamento e bioinformática CaptureSeq de RNA de RNA de HIV e microRNAs celulares

[00436] O RNA total foi extraído de amostras de PBMC infectadas e não infectadas usando o reagente TRIzol (Invitrogen) seguindo o protocolo do fabricante. As concentrações e pureza do RNA foram determinadas usando o kit RNA 6000 Bioanalyzer (Agilent). Para a síntese de cDNA, 1 µg de RNA total foi tratado com DNase I (Invitrogen) e, então, utilizado como um modelo para transcrição reversa usando o kit Verso cDNA com uma mistura de hexâmeros aleatórios e oligo-dT ancorado (Thermo Scientific), de acordo com as instruções do fabricante. Após a preparação da biblioteca KAPA Hyper Prep (ROCHE) a partir de 1 µg de RNA total, procedemos com a captura SeqCap EZ (ROCHE) seguindo as recomendações do fabricante. A seleção de híbridos foi realizada com uma biblioteca SeqCap EZ Choice personalizada (Roche NimbleGen) contendo as seguintes regiões; cromossomo 8 (9.760.617 a 9.761.780 e 65.285.285 a 65.296.944), cromossomo 20 (61.797.549 a 61.812.855), cromossomo 1 (1.102.000 a 1.106.000), cromossomo 13 (92.000.074 a 92.006.833), cromossomo 15 (22.512.831 a 2.513.641) e o genoma da cepa HIV Ada8. Essa biblioteca foi projetada por meio do portal NimbleDesign (v1.2.R1) usando a construção de genoma hg19 NCBI Build 37.1/GRCH37. O sequenciamento foi realizado em um NextSeq 500 (Illumina) com 18 amostras em um Cartucho HighOutput (2x400 milhões de leituras de 75 bases cada). Sequenciamento de células T CD4+

[00437] Um relatório detalhado descrevendo a análise completa foi submetido a Gene Expression Omnibus (GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116073). A extração de RNA total foi realizada de acordo com o kit Qiagen miRNeasy . As concentrações de RNA foram determinadas usando quantificação fluorométrica Qubit e pureza pelo kit RNA 6000 Bioanalyzer (Agilent). Bibliotecas de RNA-Seq foram construídas com o kit de preparação de amostra de TruSeq stranded mRNA (protocolo de baixo rendimento) da Illumina, de acordo com as instruções do fabricante. Alíquotas de 1,2 µg de RNA total foram usadas para a construção das bibliotecas. As bibliotecas de cDNA finais foram validadas com um Analisador de Fragmentos (Advanced Analytical, Ankeny, IA) e quantificadas com um kit KAPA qPCR (Kapa Biosystems, Wilmington, MA). Nas 8 pistas de sequenciamento de uma célula de fluxo V4, as 32 bibliotecas foram reunidas em proporções iguais em conjuntos de 4 bibliotecas por pista, desnaturadas com NaOH e diluídas para 16 pM antes do agrupamento. A formação de agrupamentos e a hibridização de primer e leitura de extremidade única, sequenciamento de 50 ciclos foram realizados no cBot e HiSeq 2500 (Illumina, San Diego, CA), respectivamente. A análise de imagens e a chamada de base foram realizadas usando o Software HiSeq Control com o componente Real-Time Analysis. A desmultiplexação foi realizada usando o software de análise de sequenciamento da Illumina. A qualidade dos dados foi avaliada usando FastQC do Babraham Institute e o software Illumina SAV (Sequence Analysis Viewer). Os contaminantes potenciais foram investigados com o software FastQ Screen do Babraham Institute.

[00438] Para investigar a atividade de splicing, usamos o SUPPA v2.0.0, uma ferramenta desenvolvida em Python 3.4 e especialmente projetada para essa abordagem. Para estudar o splicing em múltiplas condições, realizamos três operações modulares que foram executadas separadamente. A primeira etapa foi gerar eventos a partir do arquivo de anotação comumente denominado arquivo GTF (formato de transferência geral). A segunda etapa foi quantificar os níveis de inclusão de eventos (PSIs) de nossas amostras. Finalmente, o splicing diferencial em múltiplas condições foi calculado para todas as réplicas.

[00439] Para gerar os diferentes eventos de splicing alternativos a partir de um arquivo de anotação de entrada (formato GTF), o método lê a informação de transcrição e gene apenas a partir das linhas de "exon" no GTF. Então, ele gera os eventos e produz um arquivo 'ioe', que contém a relação entre cada evento e as transcrições que compartilham esse evento específico. Especificamente, ele provê as transcrições que contribuem para o numerador (uma forma do evento) e o denominador (ambas as formas do evento) do cálculo de PSI. Para a geração dos valores PSI, o SUPPA lê o arquivo ioe gerado na primeira etapa e um arquivo de expressão de transcrição com as abundâncias de transcrição.

[00440] SUPPA calcula a magnitude das alterações de splicing (ΔPSI) e sua significância nas condições biológicas, usando quatro repetições por condição. As condições são analisadas em uma ordem sequencial especificada como entrada. A significância estatística é calculada comparando o ΔPSI observado entre as condições com a distribuição do ΔPSI entre as réplicas em função da expressão do gene (medida como a expressão dos transcritos definindo os eventos). Usando a saída da análise de splicing diferencial, classificamos os eventos em quatro grupos principais: sítio de splice Alternativo 5' (A5), sítio de splice Alternativo 3' (A3), primeiro e último exons Alternativos (Altexons) e íntron Retido (RI). Usando essa classificação, classificamos os eventos de splicing diferencial encontrados nas diferentes comparações de amostras usando um corte muito rigoroso de diferença de pontuação de psi (ΔPSI) fixado em > 0,4 e um valor p < 0,05. Usamos scripts Perl simples para estabelecer tabelas de contagem bruta a partir das saídas SUPPA. Análise de arranjo de MicroRNA

[00441] RNAs totais foram extraídos de amostras de PBMC infectadas e não infectadas usando o kit miRNeasy (Qiagen) seguindo o protocolo do fabricante. As concentrações de RNA foram determinadas usando o espectrofotômetro Nanodrop (ThermoFisher). Os controles de qualidade foram realizados usando métricas de console de expressão. Um relatório detalhado descrevendo a análise completa foi submetido ao GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116148). Todos os arranjos miRNA foram normalizados usando o método de normalização “RMA + DABG” no Affymetrix Expression Console com arquivos de anotação dedicados baixados do servidor da web Affymetrix. As sondas foram consideradas expressas se o valor p DABG fosse inferior a 0,05 e não expressas, do contrário. Um miRNA foi considerado expresso em uma condição se a sonda foi expressa em ¾ ou mais das réplicas. Finalmente, um miRNA foi considerado diferencialmente expresso entre as condições A e B se 1) foi expresso em A ou B; 2) sua modulação foi ≥ 1,5; e 3) seu valor p do teste t pareado foi ≤ 0,05.

[00442] Os gráficos vulcão foram produzidos usando R. Eles mostram o valor M (log2(modulação)) e o -log10(valor p) de todos os miRNAs para as comparações 464_I vs. DMSO_I, 464_NI vs. DMSO_NI e DMSO_I vs. DMSO_NI. Os miRNAs significativamente suprarregulados (FC ≥ 1,5 e valor p ≤ 0,05) foram destacados em vermelho e os miRNAs infrarregulados, em verde. Arranjo de Baixa Densidade TaqMan (TLDA)

[00443] O perfil de MicroRNA de amostras foi realizado usando painéis de TaqMan Array Human MicroRNA A e B (Life Technologies). Cada cartão TLDA detecta 384 características, incluindo 377 miRNAs humanos, três controles de RNA pequeno endógenos (um deles sendo em quadruplicado) e um controle negativo. No total, 754 miRNAs humanos foram quantificados. A transcrição reversa e a pré-amplificação foram realizadas seguindo as instruções do fabricante (Megaplex™ RT Primers e Megaplex™ PreAmp Primers, Life Technologies). Nove microlitros de produto pré-amplificado diluído adicionado a 900 μL da mistura total foram usados por cartão TLDA. A PCR quantitativa em tempo real foi realizada com o sistema de PCR em tempo real ViiA 7 e os dados foram coletados com o Software ViiA™ do fabricante. O software Gene Expression Suite (Applied Biosystems) foi adicionalmente usado para processar os dados do arranjo. Os limiares automáticos foram verificados individualmente e corrigidos quando necessário.

[00444] Na etapa de pré-processamento de dados, o software de controle HiSeq e análise em tempo real gera análise de imagem, chamada de base e qualidade de chamada de base automaticamente em tempo real. Leituras brutas "sujas" foram definidas como leituras que continham sequência do adaptador ou alto conteúdo de bases desconhecidas e leituras de baixa qualidade. Essas leituras foram removidas antes da análise a jusante para diminuir o ruído de dados. As etapas de filtragem foram as seguintes:

[00445] A qualidade das bibliotecas de RNA-seq foi avaliada primeiro usando o software FastQC v0.11.5. Usamos o localizador de Contaminação FastQ Screen para testar o alinhamento de um grande conjunto de dados com diferentes genomas representando fontes potenciais de contaminação. O software gera um gráfico mostrando as proporções de leituras alinhadas com os diferentes genomas testados. FastQ Screen usa o alinhador Bowtie2. O alinhamento é realizado em um subconjunto das sequências de cada amostra.

[00446] Então, as leituras foram submetidas ao controle de qualidade (QC) padrão e critérios de filtro de acordo com os seguintes parâmetros: (1) corte e limpeza de leituras que se alinharam a primers e/ou adaptadores, (2) leituras com mais de 50% de bases de baixa qualidade (valor de qualidade ≤15) em uma leitura e (3) leituras com mais de 10% de bases desconhecidas (bases N). Usamos um programa chamado Trimmomatic para remover primers e leituras de má qualidade. Após a filtragem, removemos as leituras curtas (<36 bp); as leituras restantes são chamadas de "leituras limpas" e foram armazenadas no formato FASTQ.

[00447] Uma vez que estávamos confiantes na qualidade de nossos dados de sequenciamento, começamos a alinhar as leituras limpas nos arquivos FASTQ para uma sequência de referência. Os alinhamentos foram realizados usando a ferramenta TopHat2 v2.0.8b contra o genoma de referência GRCH38 humano.

[00448] TopHat2 é um alinhador que reconhece splice que usa o alinhador Bowtie2 para alinhar os dados antes de contar as leituras que são mapeadas para cada gene. O comportamento do Bowtie2 foi ajustado para suportar o alinhamento local, definindo-o como sensível. As saídas do TopHat2 foram armazenadas em arquivos BAM (acecepted_hits.bam, tipicamente) que continham todos os alinhamentos. As saídas do TopHat2 também relataram estatísticas de alinhamento. Como o formato de arquivo SAM era então requerido para contar as leituras, os arquivos BAM foram classificados por nome e convertidos para o formato SAM usando o software SAMtools-1.3.1. Para computar contagens brutas em nível de gene das leituras mapeadas em cada biblioteca, usamos a ferramenta htseq-count v0.6.1p1 do pacote Python HTSeq, usando o modo de contagem de união padrão. O pacote HTSeq produziu uma tabela de contagens brutas para cada biblioteca, que era necessária para determinar o nível de expressão de cada gene. A triagem de DEG (gene expresso diferencialmente) visa a encontrar genes expressos diferencialmente entre as amostras e realizar análises funcionais adicionais sobre eles. Os níveis de expressão de genes e DEGs foram computados pelo software R e uma linha de pacotes R. Optamos por concentrar nossos esforços e limitar nossa análise estatística a apenas bibliotecas específicas para delinear e obter uma compreensão mais profunda do efeito do ABX464. Em nosso trabalho, decidimos comparar bibliotecas DMSO versus DMSOi, bibliotecas ABX464 versus DMSO e bibliotecas 464i versus DMSOi. Além disso, para obter um resultado significativo, em nosso projeto estatístico, consideramos os 4 doadores como réplicas biológicas.

Citometria de fluxo

[00449] PBMCs ou células T CD4+ de diferentes doadores em suspensão foram marcados com anticorpos monoclonais (mAb) anti- humanos apropriados (todos da BioLegend). Lavagem e diluições de reagentes foram realizadas com tampão FACS (PBS contendo 2% de soro fetal de bezerro e 0,05% de azida de sódio [NaN3]). Todas as aquisições foram realizadas em um citômetro de fluxo Cyan ADP (Beckman Coulter). Os dados foram analisados com o software FlowJo (Ashland, OR). Detritos celulares e células mortas foram excluídos por suas características de dispersão de luz. Medição de lncRNA que sofreu e que não sofreu splice 599-205

[00450] As reações de retrotranscrição (RT) foram realizadas com 1 µg de RNA total usando o Maxima First Strand cDNA Synthesis Kit (ThermoFisher Scientific). A eliminação do DNA genômico foi realizada antes da amplificação, mas, mesmo assim, um controle negativo de RT foi realizado sem enzima para confirmar a ausência de contaminação do DNA. qPCR foi realizada com o LightCycler® 480 SYBR Green I Master Mix (Roche) e os seguintes primers: lncRNA 599-205 Fwd (CCCTCCACCACTTGGGAC) total e lncRNA 599-205 Rev (GACCTGGGGATTCAGCCTTC) total, lncRNA 599-205 Fwd (GAACAAAGAGCCTTTGGAAGAC) que não sofreu splice e lncRNA 599- 205 Rev (GGAAGGGACCACAGCATC) que não sofreu splice, lncRNA 599- 205 Fwd (CACTCAGCGATGGAGGAAA) que sofreu splice e lncRNA 599- 205 Rev (CCAATCACACAGACAATGAGATAAC) que sofreu splice, β- actina Fwd (GTGAAGGTGACAGCAGTCGGTT) de controle interno e β- actina Rev (GAAGTGGGGTGGCTTTTAGGA). As condições de execução da amplificação foram as seguintes: 95 °C (10 segundos), 58 °C (30 segundos) e 72 °C (30 segundos) por 40 ciclos. Resultados

1. ABX464 gera variantes de RNA de HIV que sofreu splice

[00451] Para traçar o perfil de eventos de transcrição viral modulados por ABX464 e, assim, avaliar a profundidade total do transcriptoma do HIV, empregamos uma estratégia de sequenciamento e captura de RNA direcionada descrita recentemente (RNA CaptureSeq). Essa estratégia envolve a construção de arranjos de blocos por todo o genoma do HIV, contra os quais cDNAs são hibridizados, eluídos e sequenciados. O RNA CaptureSeq é semelhante aos métodos de captura em solução anteriores e abordagens de sequenciamento de exoma, mas quando combinado com a tecnologia de sequenciamento profundo, provê cobertura de saturação e permite a montagem robusta de transcritos de HIV raros e não anotados.

[00452] PBMCs de 6 doadores HIV-negativos foram infectados com a cepa YU-2, seguido por tratamento com ABX464. Nosso protocolo resultou em infecção leve que não levou à morte celular em 8 dias pós- infecção (dpi) e a replicação viral foi inibida em mais de 70% com 5 µM de ABX464 (Figura 1B). Após a captura de cDNA de células infectadas que não foram tratadas ou foram tratadas com ABX464, as bibliotecas foram preparadas e sequenciadas usando uma instalação de sequenciamento Illumina. Para destacar novos eventos de splicing em potencial induzidos por ABX464, usamos um pipeline de bioinformática personalizado com a etapa principal envolvendo a montagem de transcritos putativos de leituras de sequenciamento de RNA direcionadas para construir contigs (Illumina extremidade pareada 2×75 bp) (Figura 6 A e B). Os transcritos putativos (contigs) foram então mapeados para o genoma do HIV. Os conjuntos de dados para traçar perfis de HIV usados em nossa análise renderam alta cobertura de sequência (2 a 30 milhões de leituras para o genoma de 9 kb), permitindo a quantificação profunda de variantes de splice de HIV. Fomos capazes de quantificar de forma confiável cada splicing alternativo de HIV em uma ampla gama de abundâncias de transcritos e mostrar que, embora o tratamento com ABX464 tenha resultado em splicing potencializado, o

ABX464 não favoreceu a geração de qualquer variante de splice em relação às outras (Figura 1C, Tabela III).

[00453] Para testar se o splicing potencializado por ABX464 gera novas variantes de RNA viral, os eventos de splicing foram filtrados e analisados. Após mapear os contigs para o genoma da cepa YU-2, esta foi usada como uma âncora para agrupamento adicional e montagem de novos transcritos de HIV. As estruturas gênicas parciais geradas pelo alinhamento que sofreu splice foram mescladas sempre que compartilharam sítios de splicing consecutivos abrangendo uma sequência viral intrônica. As superestruturas assim formadas correspondem a todas as estruturas de gene de HIV possíveis para as quais cada exon completo é suportado por pelo menos um dos alinhamentos. No nível da transcrição do HIV, isso levou à formação de supermontagens, onde cada supermontagem é uma fusão de contigs iniciais que correspondem a uma superestrutura prevista. Notavelmente, a ligação de contigs à sequência genômica do HIV- 1 e o requerimento de que todos os sítios de splicing em contigs mesclados coincidam, impediu a formação de supermontagens espúrias. A Figura 1C e a Tabela III apresentam a distribuição do número de contigs que foram mesclados para formar uma supermontagem para cada doador. Embora em todas as amostras tratadas por ABX464, a maioria dos contigs montados (90%) correspondeu a RNAs que sofreram splice (Figura 1C, Tabela IV e Figura 7) ou pequenos RNAs contendo sequências gag-pol que podem ser liberadas de íntrons, em amostras não tratadas, RNAs que sofreram splice representaram uma fração menor (menos de 24%) e a maioria dos contigs correspondeu a RNA viral que não sofreu splice de comprimento total (mais de 74%) (Figura 1C, Tabela IV e Figura 7). Esse resultado demonstrou que ABX464 gerou preferencialmente variantes de RNA de HIV que sofreu splice em PBMCs infectados, o que comprometeria a síntese subsequente de pré-mRNA de HIV-1 de comprimento total e montagem de partículas infecciosas, levando, assim, à inibição de replicação viral.

[00454] De maneira interessante, uma das variantes que sofreram splice geradas pelo tratamento com ABX464 (Figura 1 A e D) estava presente em células infectadas tanto pelas cepas YU-2 quanto Ada- M e nenhum polimorfismo em sua sequência foi detectado no HIV-1 de subtipos B e C que foram fortemente inibidos por ABX464. Além disso, essa nova variante de splice foi detectada usando sequenciamento de leitura longa, o que aponta para a precisão adicional que esse método traz ao delinear isoformas que sofrem splice raras e complexas e estimar suas abundâncias relativas. Essa nova variante de RNA pode gerar peptídeos imunogênicos ou ser tóxica para células que abrigam DNA proviral. Isso é consistente com as cargas virais diminuídas e os níveis de DNA viral reduzidos (ABIVAX, dados em arquivo) observados em pacientes com HIV tratados com ABX464. Deste modo, o ABX464 não apenas potencializou o splicing do RNA de HIV, mas também gerou uma nova variante de splice de HIV.

[00455] A Tabela III mostra montagens de leitura e contagens de contig de PBMCs infectados com a cepa YU2, ou não tratados (D1_DMSO, D4_DMSO, D5_DMSO, D6_DMSO, D7_DMSO e D8_DMSO) ou tratados com ABX464 (D1_464, D4_464, D5_464, D6_464, D7_464 e D8_464).

[00456] A Tabela IV mostra contagens de contig de mRNA completo ou transcritos de RNA que sofreu splice de Gag, Pol, vif, vpr, tat, rev, vpu e env de PBMCs infectados com a cepa YU2, ou não tratados (D1_DMSO, D4_DMSO, D5_DMSO, D6_DMSO, D7_DMSO e D8_DMSO) ou tratados com ABX464 (D1_464, D4_464, D5_464, D6_464, D7_464 e D8_464). Tabela III. Nomes de Leituras de Leituras de Leituras de Contigs Contigs LIB extremidade extremidade extremidade montados mapeados emparelhada emparelhada emparelhada totais totais totais antes da totais após a após a limpeza dos limpeza limpeza dos contaminantes adaptadores D1_DMSO 7 948 802 7 884 109 7 006 433 683 63 D4_DMSO 30 625 849 30 363 868 27 810 800 1873 373 D5_DMSO 27 140 691 26 874 233 23 571 947 693 273 D6_DMSO 2 997 402 2 927 628 2 674 892 558 38 D7_DMSO 15 024 678 14 803 409 13 887 294 1489 190 D8_DMSO 17 570 815 17 386 693 16 491 699 1687 180 D1_464 4 940 644 4 879 559 4 557 902 362 90 D4_464 30 800 345 30 505 238 28 468 138 1413 225 D5_464 1 973 736 1 939 172 1 826 516 293 17 D6_464 4 450 825 4 385 103 4 174 706 227 49 D7_464 7 374 222 7 279 017 6 912 908 982 46 D8_464 8 507 861 8 381 026 7 835 264 759 48 Tabela IV. Bibliotecas de Complete_mRNA Gag Pol Vif vpr tat rev vpu env YU2 D1_DMSO 123 6 9 2 6 2 2 5 3 D4_DMSO 174 6 12 5 5 7 9 11 8 D5_DMSO 194 6 7 6 4 8 11 5 10 D6_DMSO 80 3 10 3 2 8 2 4 2 D7_DMSO 146 6 6 2 7 2 8 3 6 D8_DMSO 166 8 4 9 2 4 3 10 4 D1_464 11 18 67 32 14 16 23 7 59 D4_464 13 42 61 34 14 18 21 5 42 D5_464 6 25 17 15 9 19 17 13 37 D6_464 32 13 14 16 12 15 9 11 13 D7_464 15 19 12 12 11 18 12 11 35 D8_464 6 26 35 25 12 24 29 17 42

2. ABX464 não afeta o splicing celular

[00457] Para garantir que o ABX464 agiu especificamente no splicing de HIV e não afetou significativa ou globalmente os eventos de splicing dos genes humanos, usamos uma abordagem de RNAseq de alto rendimento. Muitos estudos de expressão pelo genoma da infecção por HIV são baseados em análises de células mononucleares do sangue periférico total (PBMCs), que consistem em mais de uma dúzia de subconjuntos de células, incluindo células T, células B, células NK e monócitos.

Para evitar a diluição dos sinais de expressão de genes específicos de subconjuntos de células em particular por aqueles de outras células e, deste modo, uma redução da especificidade dessa abordagem, usamos células T CD4+ purificadas dos PBMCs de 4 doadores.

As células T CD4+ não foram infectadas ou foram infectadas com a cepa YU-2 e não foram tratadas ou foram tratadas por 6 dias com ABX464, seguido por RNAseq de alto rendimento.

Cada conjunto de dados brutos das amostras continha entre 44 e 105 milhões de leituras de extremidade única (50 bp), com uma média de aproximadamente 60 milhões de leituras brutas por amostra (Figura 2A). Mais de 97% das bases tiveram um escore de qualidade ≥ Q20. Aproximadamente 98% das leituras brutas totais foram mapeadas para a sequência de genoma humano (GRCH38), dando uma média de 60 milhões de leituras humanas por amostra para análises adicionais.

As leituras que foram mapeadas corretamente (aproximadamente 98% do total de leituras de entrada) para os locais de gene e transcrição (arquivo de anotação GTF) (Figura 2A) foram subsequentemente analisadas usando linhas de pacotes internos para normalização e avaliação da abundância da transcrição.

A análise de escalonamento multidimensional (MDS) é uma abordagem de análise global não supervisionada e é útil para reduzir a dimensionalidade dos dados de expressão de genes (Figura 2B). A MDS minimiza as dimensões, preservando as distâncias entre os pontos de dados e permite projetar dados de genes multidimensionais em apenas duas ou três novas dimensões que explicam a maior parte de sua variância.

Como um resultado, é possível interpretar visualmente as principais tendências nos dados, por exemplo, em termos de semelhanças entre vários pontos de dados.

O MDS de nossos dados de expressão gênica mostrou, sem quaisquer discrepâncias, que os diferentes doadores se separaram bem e se distribuíram nos DMSO (não tratado) e nos tratamentos de ABX464 que estavam infectados ou não.

A variância exibida era dependente de doador

(agrupada por doador), mas independente de tratamento (nenhuma estrutura de dados relacionada aos diferentes tratamentos), o que sugere que a molécula ABX464 não induziu uma diferença importante na expressão de gene das células T CD4+ (Figura 2B).

[00458] Para uma estimativa bruta dos eventos de splicing alternativo modulados por ABX464 em células T CD4+ infectadas e não infectadas, comparamos as contagens de leitura de junção que se originaram a partir dos limites exon-exon em diferentes amostras (Figura 2C). Embora o alinhamento das leituras a junções de exon tenha sido puramente coincidente, não observamos diferenças grosseiras no número total de leituras correspondendo aos limites exon-exon entre células T CD4+ tratadas e não tratadas, infectadas ou não, por qualquer uma das amostras (Figura 2C). Para uma avaliação mais estatisticamente qualificada de splicing alternativo nessas células T CD4+, seguimos um método para análise de splicing diferencial em múltiplas condições denominado SUPPA (pipeline super-rápido para análise de splicing alternativo). Os eventos de splicing alternativo foram classificados em cinco grupos principais: sítio de splice Alternativo 5' (A5SS), sítio de splice Alternativo 3' (A3SS), primeiro e último exons Alternativos (exons Alt) e exon Retido (RI) (Figura 2C). Uma pontuação de "índice de splicing percentual (psi)" (pontuação ψ) foi calculada para cada uma das variantes de transcrição para cada amostra. Usando um corte rigoroso, a diferença da pontuação ψ da amostra não tratada foi fixada em 0,4 e o valor p foi fixado em 0,05 para eventos de splicing diferencial induzidos mediante tratamento com ABX464 serem considerados significativos. O número de eventos significativos para cada um dos 5 eventos AS possíveis é apresentado na Figura 2C e na Tabela I. Nenhum evento tipo switch foi detectado onde a diferença na pontuação psi foi exatamente 1 ou -1. Em seguida, calculamos as pontuações ψ de transcritos em células T CD4+ não infectadas versus infectadas (Figura 2C). Nenhum evento tipo switch foi detectado em amostras T CD4+ infectadas ou não infectadas quando comparadas às amostras tratadas com ABX464 (Figura 2C). Os números exatos de eventos de splicing comuns e diferenciais entre células T CD4+ infectadas e não infectadas tratadas com ABX464 foram muito baixos (menos de 10 eventos, Tabela I), enquanto a depleção de NCBP1 (proteína de Ligação ao Cap Nuclear subunidade 1), um componente do CBC, em células-tronco por apenas 50% deu origem a grandes variações, com 81 exon Alt, 12 A 5'SS, 10 A 3'SS e 206 eventos IR (Figura 2C). O alto nível de IR indicou que o complexo CBC é um componente principal que impede o acúmulo de RNA que não sofreu splice, pois a maioria dos transcritos que não sofreram splice serão degradados por decaimento mediado sem sentido (NMD). Comparação das leituras de cobertura de exon de um gene altamente expresso comum, B2M, entre as condições ABX464 e DMSO nos 4 doadores revelaram que ABX464 não aumentou os eventos de splicing em B2M (Figura 2D). Em suma, o tratamento com ABX464 não induziu splicing alternativo de transcritos e, portanto, ABX464 não tinha potencial para alterar drasticamente a expressão de genes em células T CD4+ ativadas. Consistente com esse resultado, a análise FACS de células T CD4+ ativadas purificadas ou PBMCs de 7 doadores após 6 dias de tratamento com ABX464 não revelou quaisquer alterações na subpopulação CCR6/CXCR3 ou CD45/CCR7 (Th17/Th1 e células de memória efetoras, respectivamente) (Figura 8).

[00459] A Tabela I abaixo lista os eventos de splicing em células T CD4: infectadas vs não infectadas (DMSO_I vs DMSO), não infectadas tratadas com ABX464 vs não infectadas e não tratadas (464 vs DMSO) e infectadas tratadas com ABX464 vs infectadas e não tratadas (464_I vs DMSO_I). Tabela I. ABX464_NI_VS_DMSO_NI Símbolo do Tipo de ID do conjunto descrição gene evento

RNA 1119 não codificador de proteína LINC01119 ENSG00000239332 A3 intergênico longo STMND1 ENSG00000230873 domínio stathmin contendo 1 Exons Alt ZNF177 ENSG00000188629 proteína de dedo de zinco 177 A3 FGF22 ENSG00000070388 fator de crescimento de fibroblastos 22 A3 AL139035.1 ENSG00000280710 Baseado em clones Exons Alt A5; exons MRPL52 ENSG00000172590 proteína ribossomal mitocondrial L52 Alt Grupo 20 do complexo HLA (não HCG20 ENSG00000228022 Exons Alt codificação de proteína) RHBDD2 ENSG00000005486 domínio romboide contendo 2 Exons Alt

ABX464_I_VS_DMSO_I Tipo de Símbolo do gene ID do conjunto descrição evento AL157955.2 ENSG00000258826 Baseado em clones A3 proteina de transmembrana TMEM147 ENSG00000105677 RI. 147 subunidade de oxidase c Exons COX6C ENSG00000164919 citocroma 6C Alt 5-aminoimidazol-4- carboxamida ribonucleotídeo ATIC ENSG00000138363 A5 formiltransferase/IMP ciclo- hidrolase Exons STMND1 ENSG00000230873 domínio stathmin contendo 1 Alt Proteína de ligação a GTP Exons GEM ENSG00000164949 superexpressa em músculo Alt esquelético Transcrição 15 da região CDRT15 ENSG00000223510 A5 duplicada CMT1A WDR72 ENSG00000166415 Domínio repetido WD 72 A5 proteína de membrana integral SMIM11A ENSG00000205670 AL pequena 11A fator 2 induzível por hipóxia da Exons EGLN2 ENSG00000269858 família egl-9 Alt receptor 2 de hormônio GNRHR2 ENSG00000211451 liberador de gonadotrofina RI (pseudogene)

ZNF584 ENSG00000171574 proteína de dedo de zinco 584 A3 RNA 1869 não codificador de LINC01869 ENSG00000180279 A3 proteína intergênico longo DMSO_I_VS_DMSO_NI Tipo de Símbolo do gene ID do conjunto descrição evento fator de fidelidade de CHTF8 ENSG00000168802 Exons Alt transmissão de cromossomos 8 domínio de tetramerização do KCTD2 ENSG00000180901 A5 canal de potássio contendo 2 proto-oncogene ETS 1; fator de ETS1 ENSG00000134954 A5 transcrição RASAL2-AS1 ENSG00000224687 RNA 1 anti sentido RASAL2 A5 família carreadora de soluto 16 SLC16A9 ENSG00000165449 Exons Alt membro 9 ribonuclease P/MRP RPP40 ENSG00000124787 Exons Alt subunidade p40

3. ABX464 não altera a expressão de gene celular

[00460] Para determinar se ABX464 induziu uma alteração quantitativa no transcriptoma de células infectadas, medimos os níveis de transcrição (ver Figura 6 para pipeline) a partir dos dados de RNAseq. Mais de 60.000 transcrições diferentes foram detectadas entre todas as amostras. Após a normalização das contagens por milhão (CPM), as transcrições de cada amostra foram filtradas com um valor de corte de cobertura de CPM > 5; ou seja, um gene era considerado expresso em uma amostra se tivesse pelo menos cinco contagens para cada milhão de leituras mapeadas naquela amostra. Uma vez que esse experimento usou quatro doadores, quatro réplicas estavam disponíveis para cada condição (células infectadas/não infectadas com/sem tratamento com ABX464) e um gene foi considerado expresso se fosse expresso em pelo menos cinco contagens para cada milhão de leituras mapeadas em todas as réplicas. Seguindo esses critérios de seleção, chegamos a uma lista de transcrições comuns a todas as amostras, incluindo 11.700 transcrições diferentes com uma média de cerca de 3.000 contagens brutas por transcrição. Usando os valores CPM dos genes qualificados, um gráfico de expressão global foi produzido para cada doador. Nas condições de infecção leve usadas em nosso estudo, não detectamos alterações fortes na expressão de genes, com apenas 15 genes sendo infrarregulados em resposta à infecção em amostras não tratadas (Figura 2E painel superior, Tabela II). O tratamento com ABX464 resultou na suprarregulação de 9 genes nas amostras infectadas e 6 genes infrarregulados e 7 genes suprarregulados nas amostras não infectadas (Figura 2E painéis intermediário e inferior, respectivamente; Tabela II), demonstrando um efeito leve do tratamento com ABX464 na expressão de genes (Figura 2E). Os seis genes que foram suprarregulados em seguida ao tratamento com ABX464 foram compartilhados entre amostras infectadas e não infectadas, sugerindo que essa suprarregulação foi mediada pelo tratamento com ABX464 e foi independente da infecção. Três dos seis genes, TOR1AIP2, SCML1 e PPP1R2, tiveram modulações acima de 3 com valores p de 10-5. De maneira interessante, TOR1AIP2, uma proteína que se acredita regular a dobradura de proteínas, bem como o tráfego intracelular, foi recentemente mostrada restringir as etapas finais da replicação do HIV e pode, portanto, ser um efetor das alterações induzidas por ABX464.

[00461] A Tabela II abaixo lista os genes modulados em células T CD4: infectadas vs não infectadas (DMSO_I vs DMSO), não infectadas tratadas com ABX464 vs não infectadas e não tratadas (464 vs DMSO) e infectadas tratadas com ABX464 vs infectadas e não tratadas (464_I vs DMSO_I). Genes suprarregulados em negrito e genes infrarregulados em itálico. Tabela II. DMSO_I_VS_DMSO_NI Símbolo do log2(F ID do conjunto chr descrição FC Valor P Gene C) RNA nucleolar - ENSG00000199 0,0001 SNORD104 17 pequeno, caixa 1,5932 0,3314265 753 13748 C/D 104 39134 ENSG00000152 proteína - 0,0050 MZT2B 2 0,342549493 082 organizadora do 1,5456 14214 fuso mitótico 2B 15646 complexo de histocompatibilida - ENSG00000243 0,0189 HLA-L 6 de principal, 2,1555 0,224446745 753 96735 classe I, L 54923 (pseudogene) - ENSG00000131 flavina contendo 0,0222 FMO5 1 2,3272 0,199266303 781 monooxigenase 5 79359 3033 - RP11- ENSG00000279 0,0406 12 pseudogene 1,7525 0,296777256 69M1.6 865 23948 4756 fator de - ENSG00000110 0,0399 UBE4A 11 ubiquitinação 2,2264 0,2136851 344 77521 E4A 41782 RNA nucleolar - ENSG00000263 0,0416 SNORD3A 17 pequeno, caixa 2,6489 0,159438656 934 51979 C/D 3ª 26643 agrupamento de - ENSG00000168 histonas 1 0,0432 HIST1H1E 6 2,7698 0,146623409 298 membro da 46739 12645 família H1 policistina 2, - ENSG00000118 canal catiônico 0,0145 PKD2 4 3,0203 0,123246573 762 potencial receptor 43367 80563 transitório dipeptidase - ENSG00000168 acídica ligada a 0,0125 NAALADL1 11 3,3331 0,099225299 060 alfa N-Acetilado 81 48179 como 1 RNA, U4 - ENSG00000200 0,0140 RNU4-1 12 pequeno nuclear 3,9723 0,063707563 795 02979 1 91545 RNA, U4 - ENSG00000202 0,0103 RNU4-2 12 pequeno nuclear 3,8308 0,070272495 538 56151 2 96068 domínio de - ENSG00000106 espermatozoides 0,0226 MOSPD3 7 3.8456 0,069558286 330 móveis contendo 70456 33809 3 - FP236383.1 ENSG00000277 0,0408 8 miRNAs 3,4940 0,088751583 0 105 82842 83339 Família de Ponto - ENSG00000162 de Interrupção de 0,0016 NBPF20 1 4,0175 0,061743395 825 Neuroblastoma, 24932 71383 Membro 20

ABX464_NI_vs DMSO_NI Símbolo do ID do chr descrição Log2( FC Valor Gene conjunto FC) P RNA nucleolar - ENSG000002 0,0264 SNORD3A 17 pequeno, caixa 2,9239 0,13176 63934 81173 C/D 3A 85868 helicase, - ENSG000001 0,0185 HELLS 10 específica de 2,2464 0,21075 19969 58217 linfoide 21514 proteína - ENSG000001 0,0026 MZT2B 2 organizadora do 1,6582 0,31681 52082 57817 fuso mitótico 2B 91634 agrupamento de - ENSG000001 histonas 1 5,18E- HIST1H1D 6 1,5595 0,33925 24575 membro da 05 86171 família H1 d proteína - ENSG000001 ribossômica S19 0,0001 RPS19BP1 22 1.5662 0,33769 87051 de ligação à 15799 30636 proteína 1 NADH: - ENSG000000 ubiquinona 0,0001 NDUFB7 19 1.5204 0,34857 99795 oxidoredutase 68054 75764 subunidade B7 CECR1 ENSG000000 22 Adenosina 1,8426 3,58672 2,65E-

93072 Desaminase 2 65068 18 ENSG000001 Dedos PHD 1,5605 2,45E- DPF2 11 2,94962 33884 duplos 2 31204 11 ENSG000001 1,7440 1,47E- HOPX 4 HOP Homeobox 3.34964 71476 05457 07 leucil-tRNA ENSG000000 1,5803 0,0267 LARS2 3 sintetase 2, 2,99033 11376 07045 67164 mitocondrial proteína de ENSG000001 3,4859 2,59E- TOR1AIP2 1 interação com 11,20379 69905 15121 16 torsina 1A 2 Proteína de ENSG000000 3,2292 9,67E- SCML1 X grupo policomb 9,37811 47634 97195 11 Scm como 1 proteína fosfatase 1 ENSG000001 3,1362 2,52E- PPP1R2 3 subunidade de 8,79224 84203 31549 05 inibidor regulador 2 ABX464_I_vs_DMSO_I Símbolo do ID do conjunto Chr Descrição log2(FC) FC Valor P Gene CECR1 Adenosina 4,33E-17 ENSG00000093072 22 1,770654479 3,41208711 Desaminase 2 DPF2 Dedos PHD duplos 4,52E-12 ENSG00000133884 11 1,61885639 3,071314797 2 NOP9 Proteína nucleolar 4,35E-06 ENSG00000196943 14 1,594464835 3,019824765 NOP9 LGALS3 ENSG00000131981 14 galectina 3 1,589357824 3,009153755 0,723536038 leucil-tRNA LARS2 ENSG00000011376 3 sintetase 2, 1,580389838 2,990506469 0,025849185 mitocondrial Proteína de grupo SCML1 ENSG00000047634 X policomb Scm 2,85086263 7,214316067 3,52E-09 como 1 Família de Ponto NBPF20 de Interrupção de 0,013076519 ENSG00000162825 1 3,029199621 8,163566761 Neuroblastoma, Membro 20 proteína de TOR1AIP2 ENSG00000169905 1 interação com 3,84681594 14,38821722 6,11E-19 torsina 1A 2 proteína fosfatase 1 PPP1R2 ENSG00000184203 3 subunidade de 4,073227898 16,83308732 1,35E-07 inibidor regulador 2

4. ABX464 suprarregula miR-124

[00462] Uma vez que o complexo CBC, que é direcionado por ABX464, está envolvido na biogênese de RNAs não codificantes pequenos e nossa análise global até agora não incluiu estes, decidimos avaliar se miRNAs ou RNAs nucleolares pequenos (snoRNAs) foram regulados diferencialmente por ABX464. Realizamos uma análise de microarranjo para esses RNAs dos PBMCs de 6 doadores. As células que foram infectadas com a cepa YU-2, seguido de tratamento com ABX464, foram comparadas com controles não infectados e não tratados. Um total de 104 miRNAs humanos e 40 snoRNAs foram expressos significativamente diferencialmente em PBMCs infectados, quando comparados a PBMCs não infectados (dados não providos), com uma taxa de descoberta falsa menor que 0,05 e modulação maior que 1,5. As análises de agrupamento revelaram a separação completa das amostras infectadas e não infectadas com base nos perfis de expressão dos miRNAs diferencialmente expressos (Figura 3A). Enquanto a infecção levou a essa variação substancial na expressão de RNAs não codificadores pequenos (Figura 3A, painel esquerdo), o tratamento com ABX464 induziu a suprarregulação reproduzível de um único microRNA, miR-124, em células infectadas e não infectadas (Figura 3A, painéis intermediário e direito, respectivamente). Para confirmar esse resultado, usamos outro método de traçamento de perfil de microRNA, o Arranjo de Baixa Densidade TaqMan (TLDA), que é baseado em PCR em tempo real de transcrição reversa, com capacidade de triagem para 760 miRNAs (Figura 9A). Novamente, apenas o miR-124 foi observado como sendo suprarregulado por ABX464. Ademais, PCR quantitativo de RNA total isolado de PBMCs infectados e não infectados de 5 doadores demonstrou que a infecção levou a uma ligeira redução na expressão de miR-124 (Figura 3B, também visível na análise total na Figura 3A), mas tratamento com ABX464 resultou em suprarregulação significativa de miR-124 tanto em células infectadas quanto em não infectadas (Figura 3B). Em seguida, determinamos se a resposta de miR-124 observada ao tratamento com ABX464 em PBMCs poderia ser atribuída a tipos de células específicos.

Usando células purificadas CD4+, CD8 e macrófagos, concluímos que o tratamento com ABX464 resultou em suprarregulação de miR-124 em células linfoides (Figura 3C), mas não em macrófagos derivados de monócitos, onde a expressão de miR-124 era indetectável (Figura 3C, Figura 9B). Finalmente, provamos que essa suprarregulação de miR-124 é específica para a classe ABX de moléculas pequenas, uma vez que outros antirretrovirais tais como maraviroc, efavirenz, darunavir e AZT não regularam para cima a expressão de miR-124 em PBMCs, enquanto

ABX530, uma molécula que tem as mesmas propriedades que ABX464, induziu a suprarregulação de miR-124 em uma extensão semelhante a ABX464. (Figura 3D).

[00463] Nos últimos anos, o miR-124 emergiu como um modulador crítico de imunidade e inflamação. O miR-124 é conhecido tanto como um regulador chave da quiescência da micróglia no sistema nervoso central quanto como um modulador da ativação de monócitos e macrófagos. O miR-124 também desempenha um papel crítico tanto na resposta imune inata quanto adaptativa. Particularmente, o miR-124 mostrou ser um mediador crítico da ação anti-inflamatória colinérgica ao reduzir a produção de IL-6, TNF-α e MCP-1. De maneira interessante, IL-6, TNF-α e MCP-1 foram suprarregulados no modelo de colite de camundongo experimental induzido por DSS comumente usado, enquanto ABX464 reduziu a expressão dessas citocinas pró-inflamatórias. A ativação imune persistente e a inflamação sistêmica também desempenham papéis centrais na patogênese da doença de HIV. Muitos indivíduos infectados com HIV tratados com terapia antirretroviral (ART) exibem inflamação residual associada a morbidade e mortalidade não relacionadas à AIDS. Com base na infrarregulação observada da expressão de miR-124 mediante infecção por HIV de PBMCs ou células T CD4+ e subsequente suprarregulação com tratamento com ABX464, decidimos examinar se a modulação semelhante da expressão de miR-124 foi vista em pacientes com HIV submetidos a terapia antirretroviral (ART). Uma vez que o estado inflamatório crônico em pacientes que recebem a combinação de ART está principalmente relacionado à extensão do tecido linfoide associado ao intestino danificado, a expressão de miR-124 foi monitorada em biópsias retais de pacientes infectados por HIV submetidos a ART e tratados com ABX464 (N=9). A expressão de miR-124 foi infrarregulada em pacientes com HIV tratados com ART, em comparação com sua expressão em biópsias de cólon de doadores saudáveis (N=10). O tratamento com

ABX464 por 28 dias restaurou a expressão de miR-124 ao nível de doadores saudáveis (Figura 3E). Quando o tratamento com ABX464 foi interrompido por 28 dias, a expressão de miR-124 diminuiu para atingir o nível visto antes do tratamento (Figura 9 C e D), indicando que as alterações observadas na expressão foram especificamente devidas ao ABX464. Deste modo, o ABX464 modula a expressão de miR-124 tanto in vitro quanto em pacientes com HIV.

5. Splicing induzido por ABX464 de um RNA não codificador longo no locus miR-124-1 resulta na suprarregulação de miR-124

[00464] O miR-124 é codificado a partir de três genes independentes, miR-124-1, miR-124-2 e miR-124-3, localizados nos cromossomos humanos 8 e 20 (Figura 4A). Para determinar qual desses genes é induzido por ABX464, empregamos o RNA CaptureSeq direcionado para avaliar a profundidade total do transcriptoma. A profundidade de sequenciamento aumentada de RNA CaptureSeq juntamente com a montagem de transcrição ab initio foi empregada para determinar qual locus é afetado pelo tratamento com ABX464 (Figura 4 A e B). Nós reconstruímos todas as transcrições montadas dentro dos dados de RNA-Seq pre-captura com uma uniformidade semelhante de cobertura de transcrição (100% das cadeias de transcrição reconstruídas; Figura 4 A e B). O número total de leituras para amostras não tratadas bem como para amostras tratadas com ABX464 variou entre 2 e 30 milhões em PBMCs infectados e não infectados (Tabela V). O número de leituras dos três loci que codificam miR-124 nas amostras tratadas foi de 4 a 12 vezes maior do que nas amostras não tratadas (Figura 4B, Tabela V), confirmando que ABX464 levou a um grande aumento em miR-124 . Em contraste, ABX464 não teve efeito na expressão de miR-429 (Figura 4B), localizado fora da região miR-124, novamente mostrando a especificidade de ABX464 em direcionar-se a miR-124.

[00465] A maioria das leituras alinhadas das regiões de 10 kb de cada locus se originou de miR-124-1 e miR-124-3, enquanto o número de leituras alinhadas de miR-124-2 foi bastante baixo, mesmo após o tratamento com ABX464 (Figura 4B). O efeito de ABX464 na expressão de miR-124 foi mais pronunciado a partir do locus miR-124-1 (Figura 4B). Todas as leituras mapeadas do locus miR-124-1 nas amostras tratadas alinhadas ao miR-124 e uma região de 2 kb ao seu redor. A inspeção cuidadosa dessa região indicou que a sequência miR-124 está embutida em um RNA não codificador longo (lncRNA 0599-205) no locus miR-124-1 (Figura 4 A e C).

[00466] A profundidade de sequenciamento do RNA CaptureSeq nos permitiu montar transcrições ab initio exibindo um arranjo complexo de padrões de splicing. Essa abordagem revelou que o splicing de lncRNA 0599-205 é ativado por ABX464 e esse splicing não estava presente em amostras não tratadas (Figura 4 C e D). A maioria dos contigs nas amostras não tratadas alinhada com lncRNA 0599-205 que não sofreu splice. O mapeamento das leituras nas junções de splice (J1, J2, J3 e J4) e junções exon-exon (J5 e J6) desse lncRNA permitiu a quantificação de RNA que sofreu splice ou que não sofreu splice nas amostras tratadas (Figura 4D). Após 8 dias de tratamento com ABX464, que presumimos que seria tempo suficiente para os transcritos atingirem níveis de estado estacionário, o nível de RNA que não sofreu splice foi nove vezes maior do que o de RNA que sofreu splice. Uma vez que o RNA que sofreu splice é mais estável do que o RNA que não sofreu splice, devemos considerar que o lncRNA que sofreu splice 0599-205 é uma fonte de suprarregulação de miR-124 e, portanto, torna-se menos estável. Consistente com essa previsão, concluímos que a produção de miR-124 (leituras mapeadas para apenas a região de miR-124 de 85 bp) compensou a falta de lncRNA 0599-205 que sofreu splice (Figura 4D).

[00467] A Tabela V mostra as contagens de leitura para os três genes que codificam miR-124; mir124.1, mir124.2 e mir124.3 em PBMCs não tratados (D1_DMSO, D4_DMSO, D5_DMSO, D6_DMSO, D7_DMSO e D8_DMSO) ou tratados com ABX464 (D1_464, D4_464, D5_464, D6_464, D7_464 e D8_464). Tabela V. Nomes de LIB Leituras totais mir124.1 mir124.2 mir124.3 D1_DMSO 4 879 559 116164 2580 21900 D4_DMSO 30 505 238 51798 1204 5306 D5_DMSO 1 939 172 16352 1440 11709 D6_DMSO 4 385 103 13294 5358 8498 D7_DMSO 7 279 017 45480 17676 55708 D8_DMSO 8 381 026 30950 8830 18253 D1_464 7 884 109 4014 704 6439 D4_464 30 363 868 7114 4 701 D5_464 26 874 233 4748 4222 21941 D6_464 2 927 628 324 362 2542 D7_464 14 803 409 2486 2326 14460 D8_464 17 386 693 1088 5452 7772

6. Splicing de lncRNA 0599-205 é requerido para a produção de miR- 124

[00468] Para avaliar diretamente a contribuição de lncRNA 0599- 205 para a produção de miR-124, clonamos a sequência genômica do cromossomo 8 de 9 903 167 a 9 904 210 de lncRNA 0599-205 em um vetor de plasmídeo (Figura 5A). Tanto os transcritos que sofreram splice quanto que não sofreram splice de lncRNA 0599-205 puderam ser facilmente detectados nas células HeLa transfectadas (Figura 5B). No entanto, não conseguimos detectar uma suprarregulação de miR-124 em células HeLa transfectadas em resposta ao tratamento com ABX464, uma vez que o splicing é maximizado em células HeLa e o complexo CBC teria um efeito no sítio da transcrição (Figura 5B). No entanto, a transfecção transitória do plasmídeo em células HeLa resultou em um aumento dramático (1 250 vezes) nos níveis de miR-124 (Figura 5C, painel esquerdo). Em contraste, quando os sítios de splice do lncRNA 0599-205 são mutados, apenas traços de miR-124 são detectados (Figura 5C, painel esquerdo). Consistente com o fato de que lncRNA 0599-205 que não sofreu splice são menos estáveis, a quantidade de lncRNA 0599-205 mutado é menor do que o tipo selvagem (Figura 5C, painel direito). No geral, os resultados demonstram que o splicing do lncRNA 0599-205 é um pré-requisito para a produção de mir-124. Discussão

[00469] Nossa investigação provê novas percepções sobre o mecanismo de ação do ABX464 na regulação para cima do anti-inflamatório miR-124 em pacientes tratados com UC e na inibição da replicação viral em pacientes com HIV. O ABX464 se liga a CBC (ABIVAX, dados em arquivo), um complexo que estimula reações de processamento de RNAs capeados, incluindo seu splicing, formação da extremidade 3', degradação e transporte. Dado que se acredita que o CBC se liga a todas as classes de RNAs capeados por m7G, incluindo precursores e formas maduras de mRNAs, RNAs não codificantes longos estáveis (lncRNAs), RNAs de histona não adenilados e precursores de RNAs nucleares pequenos spliceossomais (snRNAs), é importante para entender como a ligação de ABX464 ao complexo CBC atinge sua especificidade. Tanto a variação de splicing de RNAs de HIV quanto lncRNA 0599-205 são robustamente induzidas por ABX464. Não sabemos a razão para isso. Pode ser que os sítios de splice fracos que caracterizam ambas as transcrições estejam na origem da indução desses eventos de splicing pelo complexo ABX464- CBC. Antes de serem exportados para o citoplasma, a maioria dos genes codificadores de proteínas humanas são submetidos a splice, senão eles são degradados no núcleo e no citoplasma uma rodada pioneira de tradução é importante para o controle de qualidade do mRNA. O lncRNA 0599-205, como qualquer RNA na célula, será degradado ou permanecerá em seu sítio de transcrição, o que é o caso de muitos RNAs de codificação longos. A sequência miR-124 está no terceiro exon do lncRNA 0599-205, essa também é uma situação peculiar porque a maioria dos microRNAs são geralmente classificados como "intergênicos" ou "intrônicos" com base em sua localização genômica. Os miRNAs intergênicos são conhecidos por serem transcritos como unidades de transcrição independentes, enquanto os miRNAs intrônicos são considerados processados a partir dos íntrons de suas unidades de transcrição hospedeiras e, logo, compartilham mecanismos reguladores comuns e padrões de expressão com seus genes hospedeiros. Uma vez que o tratamento com ABX464 não induziu qualquer variação do microRNA além do miR-124 e muito pouca variação da expressão dos genes que podem hospedar o microRNA, acreditamos que a interação com ABX464-CBC induz um efeito específico do RNA viral e da biogênese do miR-124. Esse último ponto também é demonstrado pelo fato de que miR-124 é transcrito por 3 loci, mas apenas o locus miR-124.1 é afetado pelo tratamento com ABX464 e também o splicing de lncRNA 0599- 205 é requerido para a produção de miR-124 (Figura 5).

[00470] As funções do cap nuclear são mediadas pelas proteínas CBP80 e CBP20, que se associam cotranscricionalmente com o RNA nascente. A CBP20 interage diretamente com o cap m7G por meio de seu motivo de reconhecimento de RNA (RRM) clássico, enquanto CBP80 garante a ligação de alta afinidade do CBC completo e provê uma plataforma para interações com outros fatores. Nós demonstramos que o ABX464, ao se ligar ao CBC, evita a produção do RNA viral que não sofreu splice requerido para a replicação viral e induz a produção de miR-124 a partir de lncRNA-0599-205. No entanto, o ABX464 teve um impacto insignificante no splicing celular. Portanto, ABX464 atua como um potencializador de splicing viral, mas não celular. A ligação de ABX464 pode alterar a conformação do CBC para permitir interação eficiente de CBP80 com um fator de splicing e, assim, tornar o reconhecimento dos sítios de splicing viral mais eficiente. Sabe-se que o RNA de HIV tem sítios de splicing subótimos para permitir a inibição do splicing do transcrito primário de 9 kb em estágios posteriores da infecção. Em contraste, a maioria dos genes celulares requer splicing para expressão e os transcritos contendo íntrons que não sofreram splice são retidos no núcleo onde são degradados. O esgotamento de NCBP1 em 50% leva à suprarregulação de transcritos de IR que não sofreram splice, confirmando a implicação de CBC no NMD. O ABX464 está certificando-se de que o RNA viral do HIV seja submetido a splice (uma vez que é transcrito do DNA pró-viral integrado que se assemelha a qualquer gene na célula), o RNA viral exportado e que não sofreu splice é degradado (presumivelmente por NMD). O ABX464 não está alterando nenhuma das funções do CBC, portanto, não se espera que o ABX464, ao se ligar ao complexo CBC, altere a biogênese geral do RNA na célula. No entanto, muito pouco se sabe sobre o complexo CBC sob infecção por HIV ou ativação de células imunológicas. A conclusão de que o ABX464 se liga ao CBC e induz alterações específicas nas células imunológicas; a superexpressão de miR- 124 pela modulação do RNA de codificação longo de splicing 0599-205 e potencialização do splicing do RNA de HIV será de grande ajuda para entender o envolvimento do CBC sob infecção e inflamação por HIV.

[00471] Uma previsão da força do sítio de splice usando entropia máxima (MaxEnt) revelou que o sítio de splice 5' entre o exon 2 e o íntron 2 do lncRNA 0599-205 é muito fraco em comparação com o outro sítio de splice (Tabela VI). Uma vez que o lncRNA 0599-205 que não sofreu splice não pode sair do núcleo devido ao maquinário de controle de qualidade e controle mediado por CBC, o lncRNA 0599-205 que sofreu splice constitui uma forma de armazenamento de miRNA, possivelmente em adição a outras propriedades funcionais do transcrito que sofreu splice intacto. Esse armazenamento pode ser mantido por meio de baixa atividade transcricional e degradativa de lncRNA 0599-205 que não sofreu splice e produzindo apenas níveis baixos de liberação de miR-124 maduro sob condições normais. De fato, quando o lncRNA 0599-205 não sofreu splice, seu destino é semelhante ao de outros transcritos de curta duração, suscetíveis a um complexo CBC denominado CBC-NEXT, que promove a degradação de RNA por meio do exossomo de RNA nuclear. Consistentemente, o splicing de lncRNA 0599-205 é um pré-requisito para a produção de miR-124. O splicing de lncRNA 0599-205 é importante para estabilizar o transcrito maduro para reconhecimento pela máquina de processamento de microRNA e, assim, produzir miR-124. O tratamento com ABX464 poderia, deste modo, permitir a liberação rápida de uma grande quantidade de miR-124 por meio de splicing de lncRNA 0599-205 sem requerer ativação transcricional do locus lncRNA 0599-205. Em pacientes com HIV, esse pode ser o mecanismo pelo qual miR-124 é suprarregulado em seguida ao tratamento com ABX464 (Figura 3E).

[00472] As células HeLa, que contêm um grande excesso de fatores de splicing, eficientemente produzem produtos de splice de RNA viral de HIV e uma grande quantidade de miR-124 a partir de construtos de HIV e lncRNA 0599-205 transfectados, respectivamente. Deste modo, o ABX464 não impede a função normal do CBC no splicing, mas o torna mais eficiente. Como os genes virais, mas não os celulares, requerem o estado que não sofreu splice para replicação viral e o splicing de lncRNA 0599-205 pode afetar a expressão de miR-124, o ABX464 inibe a replicação viral e induz a expressão de miR-124 anti-inflamatório. Um grande número de estudos em diferentes células e sistemas concluíram que miR-124 é um modulador crítico de respostas inflamatórias e imunológicas. A conclusão de que o ABX464 regula para cima a expressão de miR-124 em pacientes infectados pode ser uma grande vantagem no tratamento da inflamação residual associada à morbidade e mortalidade não relacionadas à AIDS em pacientes com HIV. Em muitos casos, o miR-124 funciona como um regulador negativo para sinais inflamatórios, fornecendo feedback negativo para ajudar a manter a homeostase. Ademais, os pacientes com colite ulcerativa tratados com ABX464 também demonstram elevação de miR-124 e mostram evidências de um sinal de eficácia robusto e consistente de ABX464. Deste modo, ABX464 é uma pequena molécula com potencial terapêutico não apenas contra o HIV, mas também contra doenças inflamatórias.

[00473] A Tabela VI mostra a previsão de força de sítio de splice usando entropia máxima (MaxEnt). Pontuações MAXENT de sítios de splice 5' e sítios de splice 3' nos limites exon1-íntron1-exon2 (Exon1-Exon2 ss) e exon2-íntron2-exon3 (Exon2-Exon3 ss). Tabela VI. Pontuação Pontuação Sequência 5' ss Sequência 3' ss

MAXENT MAXENT Consenso CAG/guaagu 10,86 ugucccuuuuuuuuccacag/CUG 12,6 Exon1-Exon2 ss GAG/guaaag 9,65 uccuccuuuccuuuccucag/GAG 11,46 Exon2-Exon3 ss GCG/gcggga -4,66 uccuccuuuccuuccucag/GAG 11,46

SEQUÊNCIAS SEQ ID N°1

GGAAAATCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCG AAAGGAAAACCAGAGGAGCTCTCTCGACGCAGGACTCGGCTTGCTGA AGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGAAGAAGCGGAG ACAGCGACGAAGACCTCCTCAGGACAGTCAGACTCATCAAAGTTCTCT

ATCAAAGCA SEQ ID N°2 ggaaaatctctagcagtggcgcccgaacagggacttgaaagcgaaaggaaaaccagagga gctctctcgacgcaggactc ggcttgctgaagcgcgcacggcaagaggcgaggggcggcgactg SEQ ID N°3 gaagaagcggagacagcgacgaagacctcctcaggacagtcagactcatcaaagttctctat caaagca

Claims (27)

REIVINDICAÇÕES

1. Variante de splice de HIV, caracterizada pelo fato de que é de SEQ. ID. No. 1 para uso como um biomarcador de uma infecção por HIV, ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV.

2. Variante de splice de HIV, caracterizada pelo fato de que é de SEQ. ID. No. 1 para uso como um biomarcador para avaliar o efeito biológico de um composto no tratamento de uma infecção por HIV.

3. Variante de splice de HIV, caracterizada pelo fato de que é de SEQ. ID. No. 1 para uso como um biomarcador para a triagem de um composto ou uma vacina na prevenção e/ou tratamento de uma infecção por HIV.

4. Tratamento terapêutico para uso no tratamento de uma infecção por HIV, caracterizado pelo fato de que uma variante de splice de HIV de SEQ. ID. No. 1 é usada como um biomarcador de uma infecção por HIV, ou de uma eficácia do tratamento terapêutico.

5. Variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizada pelo fato de que é para uso como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou câncer.

6. Variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizada pelo fato de que é para uso como um biomarcador para avaliar o efeito biológico de um composto ou um dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

7. Variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizada pelo fato de que é para uso como um biomarcador para a triagem de um composto ou um dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória, ou um câncer.

8. Tratamento terapêutico para uso no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória, ou um câncer, caracterizado pelo fato de que a variante de splicing lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 é usada como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia do tratamento terapêutico.

9. Tratamento terapêutico para uso no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou câncer, caracterizado pelo fato de que miR-124 é usado como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia do tratamento terapêutico.

10. Variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizada pelo fato de que é para uso como um biomarcador para selecionar um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

11. miR-124 para uso como um biomarcador, caracterizado pelo fato de que é para selecionar um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

12. Uso, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1, 4 e de 8 a 11, caracterizado pelo fato de que o tratamento terapêutico é um composto de Fórmula I:

I ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que: Z é C ou N; V é C ou N; significa um anel aromático em que V é C ou N, e quando V é N, V é orto, meta ou para em relação a Z;

cada R é, independentemente, hidrogênio, halogênio, -CN, hidroxila, fluoroalquila (C1-C3), fluoroalcoxi (C1-C3), cicloalquila (C3-C6), -NO2, -NR1R2, alcoxi (C1-C4), fenoxi, -NR1-SO2-NR1R2, -NR1-SO2-R1, -NR1-C(=O)-R1, -NR1- C(=O)-NR1R2, -SO2-NR1R2, -SO3H, -O-SO2-OR3, -OP(=O)-(OR3)(OR4), -O- CH2-COOR3, alquila (C1-C3), a referida alquila sendo opcionalmente mono- ou di-substituída por um grupo hidroxila, um grupo de fórmula

(IIa): ou um grupo de fórmula (IIIa): ; Q é N ou O, contanto que R” não exista quando Q é O; cada um de R1 e R2 é, independentemente, hidrogênio ou alquila (C1- C3); cada um de R3 e R4 é, independentemente, hidrogênio, Li+, Na+, K+, N+(Ra)4 ou benzila; n é 1, 2 ou 3; n' é 1, 2 ou 3; cada R' é, independentemente, hidrogênio, alquila (C1-C3), hidroxila, halogênio, -NO2, -NR1R2, morfolinila, morfolino, N-metilpiperazinila, fluoroalquila (C1-C3), alcoxi (C1-C4), -OP(=O)-(OR3)(OR4), -CN, um grupo de fórmula (IIa): ou um grupo de fórmula (IIIa):

; A é uma ligação covalente, oxigênio ou NH; B é uma ligação covalente ou NH; m é 1, 2, 3, 4 ou 5; p é 1, 2 ou 3; cada um de Ra e Rb é, independentemente, hidrogênio, alquila (C1- C5) ou cicloalquila (C3-C6), ou

Ra e Rb formam em conjunto com o átomo de nitrogênio ao qual estão anexados um heterociclo saturado de 5 ou 6 membros, o referido heterociclo sendo opcionalmente substituído por um ou mais Ra, contanto que quando R' é um grupo (IIa) ou (IIIa), n' pode ser 2 ou 3 apenas se outros grupos R' forem diferentes do referido grupo (IIa) ou (IIIa); e R” é hidrogênio, alquila (C1-C4) ou um grupo de fórmula (IIa), conforme definido neste documento.

13. Uso, de acordo com a reivindicação 12, caracterizado pelo fato de que o composto é selecionado a partir das fórmulas Ia-Id: Ia Ib Ic Ib' Id ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

14. Uso, de acordo com as reivindicações 12 ou 13, caracterizado pelo fato de que o composto é ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

15. Uso, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1, 4 ou de 8 a 11, caracterizado pelo fato de que o tratamento terapêutico é um composto de fórmula IV:

IV ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em que cada uma das variáveis V, Z, R, R', n e n' é conforme descrito na reivindicação 8.

16. Uso, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que o composto é selecionado a partir das fórmulas Iva-IVd: IVc IVb IVa IVb' IVd ou um sal farmaceuticamente aceitável dos mesmos.

17. Uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splice de HIV, caracterizado pelo fato de que é de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador de uma infecção por HIV ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma infecção por HIV.

18. Uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splice de HIV, caracterizado pelo fato de que é de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador para avaliar o efeito biológico de um composto no tratamento de uma infecção por HIV.

19. Uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splice de HIV, caracterizado pelo fato de que é de SEQ. ID. No. 1, como um biomarcador para a triagem de um composto ou uma vacina na prevenção e/ou tratamento de uma infecção por HIV.

20. Uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizado pelo fato de que é como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia de um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou câncer.

21. Uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizado pelo fato de que é como um biomarcador para avaliar o efeito biológico de um composto ou dispositivo médico no tratamento de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

22. Uso in vitro ou ex vivo de uma variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1, caracterizado pelo fato de que é como um biomarcador para selecionar um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

23. Uso in vitro ou ex vivo de miR-124, caracterizado pelo fato de que é como um biomarcador de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer ou de uma eficácia do tratamento terapêutico.

24. Uso in vitro ou ex vivo de miR-124, caracterizado pelo fato de que é como um biomarcador para selecionar um paciente para um tratamento terapêutico de uma doença, distúrbio ou condição inflamatória ou um câncer.

25. Uso in vitro ou ex vivo, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17, 20, 22, 23 ou 24, caracterizado pelo fato de que o tratamento terapêutico compreende a administração de um composto de fórmula I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id ou IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IVd, IV; tal como ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

26. Uso in vitro ou ex vivo, de acordo com qualquer uma das reivindicações 18, 19 ou 21, caracterizado pelo fato de que o composto é de fórmula I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id ou IV, IVa, IVb, IVb’, IVc, IV; tal como ABX464 ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.

27. Uso, de acordo com qualquer uma das reivindicações de 17 a 26, caracterizado pelo fato de que um nível medido de expressão da referida variante de splice de HIV de SEQ.

ID.

No. 1 ou a referida variante de splicing de lncRNA 0599-205 no locus miR-124-1 ou o referido miR-124 em uma amostra biológica isolada é comparado a um valor de referência de controle.