CN113382740A - 包含细菌菌株的组合物 - Google Patents

Abstract

本发明提供了一种包含巨球菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

Description

包含细菌菌株的组合物

技术领域

本发明涉及包含从哺乳动物消化道分离的细菌菌株的组合物以及此类组合物在治疗疾病中的用途的领域。

背景技术

人类肠道被认为在子宫中是无菌的，但是在出生之后它立即暴露于各种各样的母体和环境微生物。然后，发生动态时间段的微生物定殖和繁衍，这被诸如以下的因素影响：分娩方式、环境、饮食和宿主基因型，全部这些都影响肠道微生物群的组成，在早期生命期间尤其如此。随后，微生物群稳定化并且变得成熟[1]。人类肠道微生物群含有多于500-1000种不同的种系型，它们基本上属于两种主要的细菌分类：拟杆菌门和厚壁菌门[2]。由人类肠道的细菌定殖产生的成功的共生关系已产生各种各样的代谢、结构、保护性和其他有益的功能。所定殖的肠道的增强的代谢活动确保以其他方式难以消化的膳食组分随着副产物的释放而被降解，从而为宿主提供重要的营养物质来源。相似地，肠道微生物群的免疫学重要性被充分地认知并且在无菌动物中例示，所述无菌动物具有在引入共生细菌之后在功能上重构的受损免疫系统[3-5]。

微生物群组成的动态变化已在肠胃病症诸如炎性肠病(IBD)中有所记载。例如，梭菌(Clostridium)集群XIVa细菌的水平在IBD患者中降低，而大肠杆菌(E.coli)的数量增加，从而表明肠道内共生生物和病原生物平衡的变化[6-9]。

在认识到某些细菌菌株对于动物肠道可能具有的潜在积极作用之后，已提出各种菌株用于治疗各种疾病(参见，例如[10-13])。另外，已经提出某些菌株，主要包括乳杆菌(Lactobacillus)和双歧杆菌(Bifidobacterium)菌株，用于治疗与肠不直接相关的各种炎性和自身免疫性疾病(关于综述参见[14]和[15])。然而，不同疾病与不同细菌菌株之间的关系以及特定细菌菌株对于肠道和在全身水平下以及对于任何特定类型的疾病的准确作用并未被良好地表征。

最近，本领域对可能在人类精神病症中发挥病理生理作用的肠道微生物群的改变的兴趣日益增加。临床前和临床证据强烈表明精神健康问题与微生物群之间存在联系[16]。大量的临床前文献表明，大脑与肠道微生物群之间存在双向信号传导，涉及多个神经分泌和内分泌信号传导系统。益生菌还被建议作为影响肠道外生理方面的神经化学物质的递送媒介物。然而，这些研究未能鉴定出细菌影响神经生理过程的机制，并且特别是对于任何细菌都没有显示出任何有用的作用。这表明，目前，微生物群与人类精神病症之间联系的实际作用并未被良好地表征。因此，需要更直接的分析研究来鉴定改变微生物群对精神病症的治疗作用。

在本领域中需要治疗精神病症的新方法。还需要表征肠道细菌的潜在作用，以便可以开发出使用肠道细菌的新疗法。

发明内容

发明人已开发用于治疗和预防以血清素缺乏为特征的病症的新疗法。具体地，发明人已经开发出用于治疗和预防以血清素缺乏为特征的精神病症的新疗法。血清素是单胺递质，尤其有助于产生幸福感和快乐感。因此，血清素的缺乏可尤其加剧受试者的情绪、食欲和/或睡眠的失调。

如实施例中所示，发明人已鉴定出包含巨球菌(Megasphaera)属的细菌菌株的组合物上调了神经元中色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。色氨酸羟化酶是参与血清素生产的酶。因此，本发明的组合物可通过增加经由色氨酸羟化酶途径的血清素的产生，来用于增加受试者神经元中可用的血清素的量，从而治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

发明人还已证实，包含巨球菌属的细菌菌株的组合物上调了血清素转运体(SERT)基因SLC6A4的表达。SERT是一种类型的单胺转运蛋白，其可将血清素从突触间隙转运到突触前神经元。SERT是血清素能神经元的标志物。因此，本发明的组合物可以有效地促进体内初始神经元向血清素能神经元的分化。这在治疗以血清素缺乏为特征的病症方面可能特别有益，因为血清素能神经元产生血清素。因此，增加受试者中产生血清素的神经元数量可以增加血清素的产生，并因此缓解表征所述病症的血清素缺乏。

发明人还已证实，包含巨球菌属的细菌菌株的组合物增加了体内血清素的分泌。因此，发明人已发现，本发明的组合物可用于有利地增加体内血清素的生物利用度。具体地，发明人已发现，本发明的组合物增加了体内血清素的生物利用度。因此，本发明的组合物可用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症，特别是精神病症。

在第一个实施方案中，本发明提供了一种包含巨球菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症的方法。在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的精神病症的方法。

在特定的实施方案中，本发明提供了一种包含巨球菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防选自由以下组成的组的病症的方法：抑郁症、焦虑症、创伤后应激障碍和强迫症。

在优选的实施方案中，本发明提供了一种包含巨球菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防抑郁症的方法。

在本发明的优选的实施方案中，组合物中的细菌菌株是马氏巨球菌。还可以使用密切相关的菌株，诸如具有16S rRNA基因序列的细菌菌株，所述16S rRNA基因序列与马氏巨球菌(Megasphaera massiliensis)的细菌菌株的16S rRNA基因序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性。优选地，所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:1或2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA基因序列。优选地，序列同一性是针对SEQ ID NO:2。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:2表示的16S rRNA基因序列。最优选地，细菌菌株是以保藏号NCIMB 42787保藏的菌株。

在特别优选的实施方案中，本发明提供了一种包含马氏巨球菌菌种的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防抑郁症的方法。

优选地，用于本发明的巨球菌属的细菌菌株产生代谢物丁酸、戊酸和己酸中的一种或多种。优选地，用于本发明的巨球菌属的细菌菌株消耗乙酸盐和丙酸盐中的一种或两种。在优选的实施方案中，本发明的细菌菌株产生丁酸盐、戊酸和己酸并消耗乙酸盐和丙酸盐。在特别优选的实施方案中，本发明提供了一种包含巨球菌属(最优选的是马氏巨球菌菌种)的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防抑郁症的方法，所述菌株产生丁酸盐、戊酸和己酸并消耗乙酸盐和丙酸盐。

在某些实施方案中，本发明的组合物用于口服施用。口服施用本发明的菌株可以对精神病症有效。另外，口服施用对于患者和从业人员来说是方便的并且允许递送到肠道和/或部分或完全定殖于肠。

在某些实施方案中，本发明的组合物包含一种或多种药学上可接受的赋形剂或载剂。

在某些实施方案中，本发明的组合物包含已冻干的细菌菌株。冻干是用于制备允许递送细菌的稳定组合物的有效且方便的技术。

在某些实施方案中，本发明提供一种包含如上所述的组合物的食物产品。

另外，本发明提供一种治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症的方法，其包括施用包含巨球菌属的细菌菌株的组合物。

在开发上述发明中，发明人已经鉴定并表征了对于治疗特别有用的细菌菌株。本发明的马氏巨球菌菌株被证明能有效地治疗本文所述的疾病，诸如以血清素缺乏为特征的精神病症。因此，另一方面，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞。本发明还提供了包含此类细胞或此类细胞的生物学纯培养物的组合物。本发明还提供了一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗，特别是用于本文所述疾病的治疗。

本发明的实施方案

1.一种包含巨球菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

2.根据实施方案1所述所使用的组合物，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的精神病症。

3.根据实施方案1或2所述所使用的组合物，其中所述病症选自由以下组成的组：抑郁症、焦虑、创伤后应激障碍(PTSD)和强迫症。

4.根据实施方案3所述所使用的组合物，其中所述病症是抑郁症。

5.根据实施方案3所述所使用的组合物，其中所述病症是PTSD。

6.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物经由色氨酸羟化酶途径增加所述受试者中血清素的产生。

7.根据实施方案6所述所使用的组合物，其中所述组合物增加了所述受试者大脑中血清素的产生。

8.根据实施方案6或7中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加色氨酸羟化酶1的表达。

9.根据实施方案6或7中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加色氨酸羟化酶2的表达。

10.根据实施方案6或7中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。

11.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加所述受试者神经元中血清素转运体的表达。

12.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加所述受试者中，任选地所述受试者大脑中血清素的分泌。

13.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株产生以下代谢物中的一种或多种：丁酸盐、戊酸和己酸。

14.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株消耗乙酸盐和丙酸盐中的一种或两种。

15.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株产生丁酸盐、戊酸和己酸并消耗乙酸盐和丙酸盐。

16.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与巨球菌属的细菌菌株的16S rRNA序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。

17.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列，或者其中所述细菌菌株具有由SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者表示的16s rRNA基因序列。

18.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株是马氏巨球菌。

19.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与马氏巨球菌的细菌菌株的16s rRNA基因序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列。

20.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:1或2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列。

21.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列，或者其中所述细菌菌株具有由SEQ ID NO:2表示的16s rRNA基因序列。

22.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述组合物用于口服施用。

23.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述组合物包含一种或多种药学上可接受的赋形剂或载剂。

24.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株被冻干。

25.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述组合物不包含来自任何其他属的细菌，或仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一个属的细菌。

26.根据实施方案11使用的组合物，其中所述组合物不包含来自任何其他菌种的细菌，或仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一个菌种的细菌。

27.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株是可存活的并且能够部分地或完全地定殖于肠。

28.根据前述实施方案中任一项所述所使用的组合物，其中所述组合物包含巨球菌属的单一菌株或马氏巨球菌菌种的单一菌株。

29.根据实施方案1-19或22中任一项所述所使用的组合物，其包含巨球菌细菌菌株作为微生物聚生体的一部分。

30.一种包含如前述实施方案中任一项所述的组合物的食物产品，其用于如前述实施方案中任一项所述的用途。

31.一种包含如前述实施方案中任一项所述的组合物的疫苗组合物，其用于如前述实施方案中任一项所述的用途。

32.一种治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症的方法，其包括向有需要的受试者施用包含巨球菌属的细菌菌株的组合物。

33.一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞。

34.一种包含如实施方案28所述的细胞的组合物。

35.如实施方案29所述的组合物，其包含药学上可接受的载剂或赋形剂。

36.一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的生物学上纯的培养物。

37.一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗。

38.如实施方案32所述的细胞，其中所述细胞用于根据实施方案1-24中任一项所述的用途。

39.根据前述实施方案中任一项所述的所使用的组合物，其中待治疗的受试者已施用或待施用选择性血清素再摄取抑制剂。

40.一种选择性血清素再摄取抑制剂，其用于与根据实施方案1-24中任一项所述的组合物组合，以治疗或预防以实施方案1-24中任一项为特征的病症。

41.一种选择性血清素再摄取抑制剂，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症，其中待治疗的受试者已接受或待接受以实施方案1-24、25或30中任一项为特征的组合物。

42.如实施方案34-36中任一项所述的选择性血清素再摄取抑制剂，其中所述选择性血清素再摄取抑制剂选自由以下组成的列表：西酞普兰(citalopram)、达泊西汀(dapoxetine)、艾司西酞普兰(escitalopra m)、氟西汀(fluoxetine)、氟伏沙明(fluvoxamine)、帕罗西汀(paroxetin e)、舍曲林(sertraline)和伏硫西汀(vortioxetine)。

43.一种用于治疗的细菌菌株，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16SrRNA序列。

44.一种具有由SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者表示的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。

附图说明

本发明通过参考以下图进行说明，其中：

图1示出了施用NCIMB 42787后大脑中的神经递质代谢物的水平。

图2示出了SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞中的色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2(TPH1和TPH2)的表达的倍数变化。将细胞与10％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育24h。

图3示出了SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞中的色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2(TPH1和TPH2)的表达的倍数变化。将细胞与5％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育72h。

图4示出了SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞中的SLC6A4的表达的倍数变化。将细胞与10％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育24h。

图5示出了SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞中的SLC6A4的表达的倍数变化。将细胞与5％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育72h。

图6示出了分化的Caco2细胞中的色氨酸羟化酶1(TPH1)表达的倍数变化。将细胞与10％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育24h。

图7示出了分化的Caco2细胞中的SLC6A4的表达的倍数变化。将细胞与10％NCIMB42787细菌无细胞上清液一起孵育24h。

图8示出了代谢物的产生水平–上清液中的有机酸

图9示出了代谢物的产生水平–菌株Ref 1、Ref 2和Ref 3。

图10：NCIMB 42787、NCIMB 43385、NCIMB 43388和NCIMB 43389的有机酸产生和消耗。

图11：NCIMB 42787影响BALB/c小鼠结肠Tph1 mRNA的表达。

图12：巨球菌参考菌株NCIMB 43385调节BALB/c小鼠中的盐皮质激素受体表达。

图13：巨球菌参考菌株NCIMB 43385调节海马和杏仁核中GABA A2的表达。

图14：巨球菌参考菌株NCIMB 43387调节催产素受体的表达。

具体实施方式

细菌菌株

本发明的组合物包含巨球菌属的细菌菌株。实施例表明，此属的细菌可特别用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ IDNO:1或2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA基因序列。优选地，序列同一性是针对SEQ ID NO:2。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ IDNO:2表示的16S rRNA基因序列。优选的细菌菌株是马氏巨球菌菌种。

用于本发明中的巨球菌菌种的实例包括埃氏巨球菌(Megasphaera elsdenii)、酿酒巨球菌(Megasphaera cerevisiae)、马氏巨球菌、印度巨球菌(Megasphaera indica)、少食巨球菌(Megasphaera paucivorans)、瑞典巨球菌(Megasphaera sueciensis)和小核桃形巨球菌(Megasphaera micronuciformis)。用于本发明的巨球菌菌种的另一个实例是Megasphaera hexanoica。巨球菌是反刍和非反刍哺乳动物(包括人)的专性厌氧的乳酸发酵的胃肠道微生物。

马氏巨球菌的典型菌株为NP3(＝CSUR P245＝DSM 26228)[17]。马氏巨球菌菌株NP3的16S rRNA基因序列的GenBank保藏号是JX424772.1(在本文中公开为SEQ ID NO:1)。

在实施例中测试的马氏巨球菌细菌在本文中称为菌株NCIMB 42787。在SEQ IDNO:2中提供了所测试的NCIMB 42787菌株的16S rRNA基因序列。

菌株NCIMB 42787在2017年7月13日由4D Pharma Research有限公司(LifeSciences Innovation Building,Cornhill Road,Aberdeen,AB25 2ZS,Scotland)保藏于国际保藏机构NCIMB有限公司(Ferguson Building,Aberdeen,AB21 9YA,Scotland)并指定保藏号为NCIMB 42787。

还预期与实施例中测试的菌株紧密相关的细菌菌株有效治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与马氏巨球菌细菌菌株的16S rRNA基因序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16SrRNA基因序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:1或2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA基因序列。优选地，序列同一性是针对SEQ ID NO:2。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:2表示的16S rRNA基因序列。

还预期作为菌株NCIMB 42787或NP3的生物型的细菌菌株有效治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。生物型是具有相同或非常相似的生理和生物化学特征的紧密相关的菌株。

可以通过对菌株NCIMB 42787或NP3的其他核苷酸序列进行测序来鉴定作为菌株NCIMB 42787或NP3的生物型并且适合用于本发明的菌株。例如，基本上可以对全基因组进行测序，并且用于本发明的生物型菌株可以具有跨其全基因组的至少80％(例如，跨至少85％、90％、95％或99％，或跨其全基因组)的至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性。用于鉴定生物型菌株的其他合适的序列可以包括hsp60或重复序列，诸如BOX、ERIC、(GTG)₅或REP或[18]。生物型菌株可以具有与菌株NCIMB 42787或NP3的对应序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性的序列。

可替代地，可以通过使用菌株NCIMB 42787或NP3和限制性片段分析和/或PCR分析，例如通过使用荧光扩增片段长度多态性(FAFLP)和重复DNA元件(rep)-PCR指纹分析或蛋白质分析或部分16S或23S rDNA测序，来鉴定作为菌株NCIMB 42787或NP3的生物型并适用于本发明的菌株。在优选的实施方案中，此类技术可以用于鉴定其他马氏巨球菌菌株。

在某些实施方案中，作为菌株NCIMB 42787或NP3的生物型并适用于本发明的菌株是当通过扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)，例如当使用Sau3AI限制性酶分析时(关于示例性方法和指南，参见例如[19])，提供与菌株NCIMB 42787或NP3相同模式的菌株。可替代地，将生物型菌株鉴定为具有与菌株NCIMB 42787或NP3相同的碳水化合物发酵模式的菌株。

具有与菌株NCIMB 42787或NP3相似的生长模式、代谢类型和/或表面抗原的细菌菌株可以用于本发明。与菌株NCIMB 42787或NP3相比，可用的菌株将具有相当的精神生物特性。具体地，生物型菌株将引起对实施例中所示的模型相当的作用，这可通过使用在实施例中所述的培养和施用方案来鉴定。在一些实施方案中，可通过常规分析细菌菌株的代谢物产生和消耗来鉴定可用于本发明的细菌菌株。发明人已经发现，实施例中使用的细菌菌株产生丁酸盐、戊酸和己酸并消耗乙酸盐和丙酸盐(参见图6)。还发现马氏巨球菌菌株Ref1、Ref 2和Ref 3消耗并产生这些代谢物(参见图7)。因此，在一些实施方案中，本发明的细菌菌株产生代谢物丁酸盐、戊酸和己酸中的一种或多种。在一些实施方案中，本发明的细菌菌株消耗乙酸盐和丙酸盐中的一种或两种。在优选的实施方案中，本发明的细菌菌株产生丁酸盐、戊酸和己酸并消耗乙酸盐和丙酸盐。

可用于本发明的组合物和方法中的其他巨球菌菌株，诸如菌株NCIMB 42787或NP3的生物型，可以使用任何适当的方法或策略来鉴定，包括实施例中所述的测定。例如，可以通过与SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞一起培养，然后评定色氨酸羟化酶1和/或色氨酸羟化酶2和/或血清素转运体的表达水平来鉴定用于本发明的菌株。相对于对照，还可以通过喂养小鼠并离体筛选脑组织中血清素分泌的增加来鉴定用于本发明的菌株。

本发明特别优选的菌株是马氏巨球菌NCIMB 42787菌株。这是在实施例中测试的示例性菌株，并显示出对增加血清素转运体和色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达以及增加血清素的分泌是有效的。因此，本发明提供了马氏巨球菌菌株NCIMB 42787或其衍生物的细胞诸如分离的细胞。本发明还提供了一种组合物，其包含马氏巨球菌菌株NCIMB 42787或其衍生物的细胞。本发明还提供了一种马氏巨球菌菌株NCIMB 42787的生物学纯培养物。本发明还提供了一种马氏巨球菌菌株NCIMB 42787或其衍生物的细胞，其用于治疗，特别是用于本文所述疾病的治疗。

本发明的特别优选的菌株是以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株。这是在实施例中测试的示例性NCIMB 42787菌株。因此，本发明提供了一种以保藏号NCIMB42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞诸如分离的细胞。本发明还提供了一种组合物，其包含以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞。本发明还提供了一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株的生物学纯培养物。本发明还提供了一种以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗，特别是用于本文所述疾病的治疗。

本发明菌株的衍生物可以是子代菌株(后代)或从原体培养的菌株(亚克隆)。本发明的菌株的衍生物可以在不损失生物活性的情况下例如在基因水平下进行修饰。具体地，本发明的衍生物菌株是治疗上有活性的。衍生物菌株将具有与NCIMB 42787菌株相当的治疗活性。具体地，衍生物菌株将引起与神经元中的色氨酸羟化酶1和/或色氨酸羟化酶2和/或血清素转运体的表达水平相当的作用，以及与实施例中显示的血清素分泌的作用相当的作用，这可以通过使用实施例中描述的培养和施用方案来鉴定。NCIMB 42787菌株的衍生物通常是NCIMB 42787菌株的生物型。

对马氏巨球菌NCIMB 42787菌株的细胞的提及涵盖具有与菌株NCIMB 42787相同的安全性和治疗功效特征的任何细胞，并且此类细胞涵盖在本发明中。

在优选的实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是可存活的并且能够部分地或完全地定殖于肠。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含以保藏号NCIMB 42787保藏的马氏巨球菌菌株的细胞。

实施例进一步表明了可用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症的其他细菌菌株。这些细菌菌株在2019年5月6日以马氏巨球菌(保藏号为NCIMB 43388和NCIMB 43389)以及巨球菌菌种(Megasphaera spp.)(保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386和NCIMB 43387)由4D Pharma Research有限公司(Life Sciences Innovation Building,Cornhill Road,Aberdeen,AB25 2ZS,Scotland)保藏于国际保藏机构NCIMB有限公司(Ferguson Building,Aberdeen,AB21 9YA,Scotland)。因此，在替代性实施方案中，本发明的组合物包含这些细菌菌株或其生物型或衍生物中的一种或多种。为避免疑惑，上述提及的Ref 1是以保藏号NCIMB 43385保藏的菌株，上述提及的Ref2是以保藏号NCIMB 43388保藏的菌株，并且上述提及的Ref3是以保藏号NCIMB 43389保藏的菌株。

还预期与实施例中测试的菌株紧密相关的细菌菌株有效治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株是以保藏号NCIMB 43388保藏的马氏巨球菌菌株。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43388保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43388保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43388保藏的菌株的细胞，其用于本文所述疾病中的任一种。

在优选的实施方案中，本发明提供了一种包含以保藏号NCIMB 43388保藏于NCIMB的菌株或其衍生物或生物型的组合物，优选地用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含以保藏号NCIMB 43388保藏的马氏巨球菌菌株的细胞。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是巨球菌属的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43388保藏的菌株。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是马氏巨球菌菌种的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43388保藏的菌株。

因此，在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株是以保藏号NCIMB 43389保藏的马氏巨球菌菌株。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43389保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB43389保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43389保藏的菌株的细胞，其用于本文所述疾病中的任一种。

在优选的实施方案中，本发明提供了一种包含以保藏号NCIMB 43389保藏于NCIMB的菌株或其衍生物或生物型的组合物，优选地用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含以保藏号NCIMB 43389保藏的马氏巨球菌菌株的细胞。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是巨球菌属的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43389保藏的菌株。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是马氏巨球菌菌种的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43389保藏的菌株。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:12具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:12表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有与SEQ ID NO:12具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有由SEQ ID NO:12表示的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:13具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:13表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有与SEQ ID NO:13具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有由SEQ ID NO:13表示的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与巨球菌属的细菌菌株的16SrRNA序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株是巨球菌属。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株是以保藏号NCIMB 43385保藏的巨球菌菌株。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43385保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43385保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43385保藏的菌株的细胞，其用于本文所述疾病中的任一种。

在优选的实施方案中，本发明提供了一种包含以保藏号NCIMB 43385保藏于NCIMB的菌株或其衍生物或生物型的组合物，优选地用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含以保藏号NCIMB 43385保藏的马氏巨球菌菌株的细胞。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是巨球菌属的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43385保藏的菌株。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是马氏巨球菌菌种的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43385保藏的菌株。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株是以保藏号NCIMB 43386保藏的巨球菌菌株。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43386保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43386保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43386保藏的菌株的细胞，其用于本文所述疾病中的任一种。

在优选的实施方案中，本发明提供了一种包含以保藏号NCIMB 43386保藏于NCIMB的菌株或其衍生物或生物型的组合物，优选地用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含以保藏号NCIMB 43386保藏的马氏巨球菌菌株的细胞。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是巨球菌属的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43386保藏的菌株。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是马氏巨球菌菌种的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43386保藏的菌株。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株是以保藏号NCIMB 43387保藏的巨球菌菌株。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43387保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43387保藏的菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 43387保藏的菌株的细胞，其用于本文所述疾病中的任一种。

在优选的实施方案中，本发明提供了一种包含以保藏号NCIMB 43387保藏于NCIMB的菌株或其衍生物或生物型的组合物，优选地用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含以保藏号NCIMB 43387保藏的马氏巨球菌菌株的细胞。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是巨球菌属的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43387保藏的菌株。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是马氏巨球菌菌种的细菌菌株，其中所述细菌菌株不是以保藏号NCIMB 43387保藏的菌株。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:11具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:14具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ IDNO:15具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:11、14或15具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有与SEQ ID NO:11、14或15具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:11表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:14表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:15表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:11、14或15表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有由SEQ ID NO:11、14或15表示的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。

还预期作为以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物型的细菌菌株有效治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。生物型是具有相同或非常相似的生理和生物化学特征的紧密相关的菌株。

在某些实施方案中，本发明提供以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的细菌菌株或其生物型，其用于治疗。

可以通过对以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的其他核苷酸序列进行测序来鉴定作为以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物型并且适用于本发明的菌株。例如，基本上可以对全基因组进行测序，并且用于本发明的生物型菌株可以具有跨其全基因组的至少80％(例如，跨至少85％、90％、95％或99％，或跨其全基因组)的至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性。用于鉴定生物型菌株的其他合适序列可以包括hsp60或重复序列，诸如BOX、ERIC、(GTG)₅或REP。生物型菌株可具有与以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的对应序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性的序列。

可替代地，可以通过使用以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种和限制性片段分析和/或PCR分析，例如通过使用荧光扩增片段长度多态性(FAFLP)和重复DNA元件(rep)-PCR指纹分析或蛋白质分析或部分16S或23S rDNA测序来鉴定作为以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物型并且适用于本发明的菌株。在优选的实施方案中，此类技术可以用于鉴定其他马氏巨球菌菌株。

在某些实施方案中，作为以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物型并且适用于本发明的菌株是当通过扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)，例如当使用Sau3AI限制性酶分析时，提供与以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种相同模式的菌株。可替代地，生物型菌株被鉴定为与以保藏号NCIMB43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种具有相同的碳水化合物发酵模式的菌株。

可用于本发明的组合物和方法的其他菌株，诸如以保藏号NCIMB 43385、NCIMB43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物型，可以使用任何适当的方法或策略来鉴定，包括实施例中所述的测定。例如，可通过将细菌无细胞上清液与SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞一起培养，然后评定色氨酸羟化酶1和/或色氨酸羟化酶2和/或血清素转运体的表达水平来鉴定用于本发明的菌株。相对于对照，还可以通过喂养小鼠并离体筛选脑组织中血清素分泌的增加来鉴定用于本发明的菌株。

在某些实施方案中，本发明的优选的菌株是以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株。在某些实施方案中，本发明提供一种以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种或其衍生物的细胞，诸如分离的细胞。本发明还提供了一种组合物，其包含以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种或其衍生物的细胞。本发明还提供了一种以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物学纯培养物。本发明还提供了一种以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种或其衍生物的细胞，其用于治疗，特别是用于本文所述疾病的治疗。

本发明菌株的衍生物可以是子代菌株(后代)或从原体培养的菌株(亚克隆)。本发明的菌株的衍生物可以在不损失生物活性的情况下例如在基因水平下进行修饰。具体地，本发明的衍生物菌株是治疗上有活性的。衍生物菌株将具有与以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种相当的治疗活性。具体地，衍生物菌株将引起与神经元中的色氨酸羟化酶1和/或色氨酸羟化酶2和/或血清素转运体的表达水平相当的作用，以及与实施例中显示的血清素分泌的作用相当的作用，这可以通过使用实施例中描述的培养和施用方案来鉴定。以保藏号NCIMB43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的衍生物通常将分别是以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388和/或NCIMB 43389保藏的菌株中一种或多种的生物型。

发明人已经发现，实施例中使用的细菌菌株产生2-甲基丙酸和3-甲基丙酸并消耗甲酸(参见图10)。还发现以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43388和NCIMB 43389保藏的菌株产生2-甲基丙酸和3-甲基丙酸。此外，还发现以保藏号NCIMB 43385和NCIMB 43388保藏的菌株消耗甲酸。因此，在一些实施方案中，本发明的细菌菌株产生代谢物2-甲基丙酸和3-甲基丙酸中的一种或多种。在一些实施方案中，本发明的细菌菌株消耗甲酸。在一些实施方案中，本发明的细菌菌株产生2-甲基丙酸和3-甲基丙酸并消耗甲酸。在优选的实施方案中，本发明的细菌菌株产生丁酸盐、戊酸、己酸、2-甲基丙酸和3-甲基丙酸，并消耗乙酸盐、丙酸盐和甲酸。

在某些实施方案中，本发明的组合物不包含埃氏巨球菌。在某些实施方案中，可用于本发明的组合物和方法中的细菌菌株不是埃氏巨球菌。

在某些实施方案中，用于本发明的菌株是以保藏号NCIMB 8927保藏的埃氏巨球菌菌株。这是在实施例中测试的示例性埃氏巨球菌菌株。因此，本发明提供了一种以保藏号NCIMB 8927保藏的埃氏巨球菌菌株或其衍生物的细胞，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症，特别是本文所述疾病。在某些实施方案中，本发明提供了作为以保藏号NCIMB8927保藏的埃氏巨球菌菌株的生物型或衍生物的细菌菌株，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

以保藏号NCIMB 8927保藏的埃氏巨球菌菌株的16S rRNA基因序列的GenBank登录号是LC036319.1(本文中公开为SEQ ID NO:16)。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与埃氏巨球菌的细菌菌株的16S rRNA基因序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA基因序列。

在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与SEQ ID NO:16具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA基因序列。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有由SEQ ID NO:16表示的16S rRNA序列。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有与SEQ ID NO:16具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些实施方案中，本发明提供了一种具有由SEQ ID NO:16表示的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

治疗性用途

如实施例所表明，本发明的细菌组合物有效地治疗以血清素缺乏为特征的病症。“血清素缺乏”是指受试者中的血清素水平低于最佳水平，除其他症状外，其可能导致焦虑、担忧、恐慌、恐惧症、精神强迫、行为强迫、睡眠障碍、攻击性和/或食欲抑制或渴望。通常，与对受试者中的血清素水平进行生物化学测定相反，基于观察到受试者中这些症状的一种或多种来诊断受试者中的血清素缺乏。因此，“血清素缺乏”描述了一系列病症，其中血清素缺乏可能是病理生物学的促成因素。在一些实施方案中，“以血清素缺乏为特征的病症”还包括其中增加体内血清素的浓度对受试者的治疗具有有益作用(例如，通过缓解与病症相关的症状)的那些病症，其中所述受试者未表现出低水平的血清素(即低于基线水平)。换句话说，以血清素缺乏为特征的病症可以包括其中增加体内血清素的浓度具有有益作用的任何病症。

发明人已经发现，用本发明的组合物进行的治疗增加了色氨酸羟化酶(与血清素产生有关的酶)的表达。色氨酸羟化酶催化血清素前体5-羟色氨酸形成过程中的L-色氨酸的羟基化，这是血清素形成中的限速步骤。因此，本发明的组合物可通过经由色氨酸羟化酶途径增加血清素的产生，来用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在优选的实施方案中，本发明的组合物经由大脑中色氨酸羟化酶途径增加血清素的产生。

更具体地说，发明人已经发现，本发明的组合物增加了神经元中色氨酸羟化酶2的表达。色氨酸羟化酶2是大脑中血清素能神经元表达的主要同工型[20]。因此，在一些实施方案中，本发明的组合物可通过增加受试者例如受试者大脑中的色氨酸羟化酶2的表达来增加血清素的产生，用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

发明人还已经发现，本发明的组合物增加了神经元中色氨酸羟化酶1的表达。色氨酸羟化酶1主要在大脑以外的组织中表达。然而，已显示色氨酸羟化酶1的表达在经历应激的受试者大脑的血清素能神经元中增加[21]。在不希望受到理论束缚的情况下，色氨酸羟化酶1在经历应激的受试者的血清素能神经元中表达的增加可能是通过增强受试者中血清素的产生的生物应对机制，从而“自我”治疗或预防应激诱导的以血清素缺乏为特征的精神病症。这表明即使色氨酸羟化酶1不是在主要发生血清素信号传导的大脑区域中发现的主要同工型，但相关大脑区域中色氨酸羟化酶1的表达增加仍有效地增加活动部位处的血清素局部浓度。因此，增加受试者的神经元中色氨酸羟化酶1和/或色氨酸羟化酶2的表达可有效治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症，特别是以血清素缺乏为特征的精神病症。在一些实施方案中，本发明的组合物可通过增加受试者例如受试者的大脑中色氨酸羟化酶1的表达来增加血清素的产生，用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防应激诱导的以血清素缺乏为特征的病症。

此外，用本发明的组合物进行的治疗增加了神经元中血清素能神经元标志物血清素转运体(SERT)的表达。因此，本发明的组合物可以在体内增加未成熟神经元向血清素能神经元的分化。血清素能神经元在体内产生血清素。因此本发明的组合物可以通过增加受试者的血清素能神经元的数量来增加体内血清素的产生，以有效地治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

此外，发明人已经发现，用本发明的组合物进行的治疗增加了大脑中血清素的分泌。因此，本发明的组合物可以通过增加受试者中的血清素分泌来特别有效地治疗或预防受试者中以血清素缺乏为特征的病症。在优选的实施方案中，本发明的组合物增加了受试者大脑中血清素的分泌。

在某些实施方案中，本发明的组合物用于增加中缝核中血清素能神经元的数量。

在某些实施方案中，本发明的组合物用于增加血清素水平。在某些实施方案中，本发明的组合物用于增加5-羟色氨酸水平。在某些实施方案中，本发明的组合物用于增加血清素和5-羟色氨酸水平。在某些实施方案中，纹状体中血清素和/或5-羟色氨酸增加。血清素和5-羟色氨酸的水平可以使用本领域已知的任何适当方法来测量，诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)，例如在CSF中(例如[22]中所述)，或者反相HPLC法，可能连同电化学检测，例如在血浆或CSF中(例如[23]中所述)。

在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗怀疑具有或鉴定具有降低的血清素水平的患者。

抑郁症

本发明的组合物可特别用于治疗或预防抑郁症。抑郁症的特征在于情绪低落和对活动厌恶的状态，并可影响受试者的思想、行为、倾向、感觉和幸福感。抑郁症的生物学机制尚未完全阐明，但已显示血清素水平低(即血清素缺乏)至少可导致抑郁症[24]。因此，本发明的组合物可以例如通过增加血清素的生物利用度来有效治疗抑郁症。

抑郁症描述了以以下症状中的一种或多种为特征的各种不同的情绪低落的精神病症：情绪低落、悲伤、绝望、无助、自卑、流泪、易怒、缺乏动力、焦虑、食欲不振、食欲增加、体重减轻、体重增加、便秘、性欲减退和睡眠障碍。本发明的组合物可以有效治疗与抑郁症相关的这些症状中的一种或多种。本发明可作为有效治疗的抑郁症子类别的非限制性实例包括：重度抑郁症、持续性抑郁症、双相情感障碍、产后抑郁症、经前焦虑性障碍、季节性情感障碍和非典型抑郁症。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的抑郁症，其中当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者血清素能神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中色氨酸羟化酶的表达。中缝核包含在脑干中发现的中等大小的核集群。这些核的主要功能之一是向大脑其他部位释放血清素。因此，增加中缝核神经元中的色氨酸羟化酶表达可有效地增加大脑可及的血清素的产生。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的抑郁症，其中当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者血清素能神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中血清素转运体的表达。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的抑郁症，其中所述受试者已被诊断患有抑郁症。可以使用汉密尔顿(Hamilton)抑郁评分量表对受试者进行抑郁症诊断。还可根据《精神疾病诊断与统计手册》(Diagnostic and Statistical Manualof Mental Disorders)(DSM-5)中指定的标准，对受试者进行抑郁症诊断[25]。根据DSM-5，可通过存在以下抑郁症状中的5种或更多种，来诊断受试者患有临床抑郁症：1)一天的大部分时间(几乎每天)都情绪低落，如主观报告(例如，感到悲伤、忧郁、“垂头丧气”或空虚)或其他人的观察(例如，看起来流泪或即将哭泣)所指示。(在儿童和青少年中，这可能表现为易怒或暴躁，而不是悲伤的情绪。)；2)每天对所有或几乎所有活动的兴趣或乐趣明显下降，诸如对爱好、运动或此人过去喜欢做的其他事情没有兴趣；3)不节食时体重显著下降或体重增加(例如一个月内体重变化超过5％)，或几乎每天都有食欲下降或增加；4)几乎每天都失眠(无法入睡或难以入睡)或睡眠过度(睡眠过多)；5)对于坐着不动的问题，发生的天数多过不发生的天数，包括不断的躁动、踱步或扒衣服(专业人员称其为精神运动性激动)；或者相反，一个人的动作缓慢、说话很安静伴有说话语速很慢(专业人士称其为精神运动性阻滞)；6)几乎每天都会疲劳、疲倦或精力不振-即使是最小的任务，像穿衣或清洗，似乎也很难做到，并且比平时花费的时间更长；7)几乎每天都会感到没有价值或过度或不适当的内疚感(例如，对过去的小失误进行反思)；8)几乎每天都有思考或专心的能力下降或优柔寡断(例如，看起来容易分散注意力，抱怨记忆困难)；9)反复想到死亡(不只是恐惧死亡)，反复的自杀想法而没有具体的计划，或自杀企图或自杀的具体计划。在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗临床抑郁症。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗抑郁症的一种或多种以上症状。抑郁症的一种或多种症状的治疗可以通过临床评定受试者在施用组合物之前和之后确认与抑郁症相关的一种或多种症状的改善来确定。在一些实施方案中，根据症状或诊断测试和/或量表，本发明的组合物改善与抑郁症相关的症状。在某些实施方案中，所述测试或量表是汉密尔顿抑郁评分量表(HAM-D 17；抑郁)。在某些实施方案中，所述测试或量表是DSM-5中指定的测试或量表。

在一些实施方案中，本发明的组合物改善用于评定精神病症和神经系统病症的临床整体印象–整体改善(CGI-I)量表。在一些实施方案中，本发明的组合物对临床诊断为患有抑郁症的受试者的整体社会障碍和职业障碍显示出积极作用。

在一些实施方案中，所述组合物用于治疗或预防抑郁症的一种或多种症状。例如，本发明的组合物可用于治疗或预防选自由以下组成的列表的抑郁症的一种或多种心理症状：情绪低落、悲伤、绝望、无助、自卑、流泪、易怒、缺乏动力和焦虑。在一些实施方案中，所述组合物用于治疗或预防选自由以下组成的列表的抑郁症的一种或多种身体症状：食欲不振、食欲增加、体重减轻、体重增加、便秘、性欲减退和睡眠障碍。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于与选择性血清素再摄取抑制剂(SSRI)组合使用。SSRI是一种类型的药物，其通过阻断血清素转运体(SERT)的活性来选择性地阻断血清素再摄取。SERT是一种类型的单胺转运蛋白，其可将血清素从突触间隙转运到突触前神经元。因此，SSRI增加血清素在突触中的停留时间，以增加血清素信号传导事件的半衰期。SSRI和本发明的组合物的组合在治疗抑郁症的情况下特别有用，因为它可以进一步提高受试者中的血清素生物利用度。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于与SSRI同时、依序或单独使用以治疗或预防抑郁症。

在一些实施方案中，本发明涉及一种SSRI，其用于与本发明的组合物同时、依序或单独使用以治疗或预防抑郁症。

在一些实施方案中，本发明涉及一种用于治疗或预防受试者中的抑郁症的SSRI，其中所述受试者待施用或已施用本发明的组合物。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的抑郁症，其中所述受试者待施用或已施用SSRI。

适用于本发明的示例性SSRI包括但不限于西酞普兰、达泊西汀、艾司西酞普兰、氟西汀、氟伏沙明、帕罗西汀、舍曲林和伏硫西汀。

在一些实施方案中，本发明的组合物与选自由以下组成的列表的一种或多种抗抑郁疗法组合用于治疗抑郁症：认知行为疗法、咨询、人际关系疗法、精神动力疗法、三环抗抑郁剂、血清素-去甲肾上腺素再摄取抑制剂、去甲肾上腺素和特异性血清素能抗抑郁剂以及单胺氧化酶抑制剂。

焦虑

本发明的组合物可特别用于治疗或预防焦虑。焦虑的特征是感觉或不安，诸如担忧或恐惧，其可以是轻度或重度的。焦虑描述了与上述症状相关的一系列病状。可以通过本发明的组合物治疗或预防的焦虑症的非限制性实例包括：恐慌症、恐惧症、创伤后应激障碍、社交焦虑症和广泛性焦虑症。研究表明增加受试者中血清素的生物利用度可有效治疗焦虑[26]。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的广泛性焦虑症(GAD)。GAD是一种长期病状，其使受试者对广泛的情况和问题感到焦虑，而不是对一个具体事件感到焦虑。患有GAD的受试者在大多数日子里都感到焦虑：当与一种特定想法相关的焦虑得到解决时，可能会出现另一种焦虑。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的GAD，其中当施用至受试者时，所述组合物增加色氨酸羟化酶的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加血清素能神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中色氨酸羟化酶的表达。中缝核包含在脑干中发现的中等大小的核集群。这些核的主要功能之一是向大脑其他部位释放血清素。因此，增加中缝核神经元中的色氨酸羟化酶表达有利于增加大脑可及的血清素的产生。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物经由色氨酸羟化酶途径增加受试者中血清素的产生。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的GAD，其中当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者血清素能神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中血清素转运体的表达。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的GAD，其中所述受试者已被诊断患有GAD。根据DSM-5，如果受试者表现出以下症状，则可以做出GAD诊断：对各种话题、事件或活动存在过度的焦虑和担忧，其中担忧至少在6个月内经常发生，并且明显过度；担忧经历非常具有挑战性的控制；焦虑和担忧伴随着以下身体或认知症状中的至少三种(在儿童中，诊断GAD只需要一种症状)：急躁或躁动、容易疲劳、比平时更疲劳、注意力不集中或感觉头脑一片空白、易怒(可能是或可能不是其他人观察到的)、肌肉疼痛或酸痛增加、难以入睡(由于入睡或保持睡眠困难、夜间躁动或睡眠令人不满意)。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗GAD的一种或多种以上症状。GAD的一种或多种症状的治疗可以通过临床评定受试者在施用组合物之前和之后确认与GAD相关的一种或多种症状的改善来确定。在一些实施方案中，根据症状或诊断测试和/或量表，本发明的组合物改善与GAD相关的症状。在某些实施方案中，所述测试或量表是DSM-5中指定的测试或量表。在某些实施方案中，所述量表是汉密尔顿焦虑评分量表(HAM-A)。

在一些实施方案中，本发明的组合物改善用于评定精神病症和神经系统病症的临床整体印象–整体改善(CGI-I)量表。在一些实施方案中，本发明的组合物对临床诊断为患有GAD的受试者的整体社会障碍和职业障碍显示出积极作用。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于与选择性血清素再摄取抑制剂(SSRI)同时、依序或单独使用以治疗或预防焦虑。

在一些实施方案中，本发明涉及一种SSRI，其用于与本发明的组合物同时、依序或单独使用以治疗或预防焦虑。

在一些实施方案中，本发明涉及一种用于治疗或预防受试者中的焦虑的SSRI，其中所述受试者待施用或已施用本发明的组合物。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防焦虑，其中受试者待施用或已施用SSRI。

适用于本发明的示例性SSRI包括但不限于西酞普兰、达泊西汀、艾司西酞普兰、氟西汀、氟伏沙明、帕罗西汀、舍曲林和伏硫西汀。

在一些实施方案中，本发明的组合物与选自由以下组成的列表的一种或多种疗法组合用于治疗或预防焦虑：认知行为疗法、所施加的放松、三环抗抑郁剂、血清素-去甲肾上腺素再摄取抑制剂、单胺氧化酶抑制剂、苯二氮卓或普瑞巴林(pregabalin)。

创伤后应激障碍

本发明的组合物可特别用于治疗或预防创伤后应激障碍(PTSD)。PTSD是一种特殊类型的焦虑症。已显示使用血清素再摄取抑制剂治疗PTSD是治疗上有效的[27]。因此，本发明的组合物可有效治疗PTSD。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的PTSD，其中当施用至受试者时，所述组合物增加色氨酸羟化酶的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加血清素能神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中色氨酸羟化酶的表达。中缝核包含在脑干中发现的中等大小的核集群。这些核的主要功能之一是向大脑其他部位释放血清素。因此，增加中缝核神经元中的色氨酸羟化酶表达有利于增加大脑可及的血清素的产生。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的PTSD，其中当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者血清素能神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中血清素转运体的表达。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的PTSD，其中所述受试者已被诊断患有PTSD。根据DSM-IV-TR，在以下情况下可以做出PTSD诊断：(1)患者经历、目击或面对涉及实际或威胁死亡或严重伤害的事件，或对自身或其他人身体完整性的威胁，并且反应涉及强烈的恐惧、无助或恐怖；(2)作为创伤事件的后果，患者经历至少一种再体验/侵入症状，三种回避/麻木症状和两种高度觉醒症状，并且症状持续时间超过一个月；以及(3)症状在社会、职业或其他重要功能领域引起临床上的重大痛苦或损害。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗由以下组成的PTSD的一种或多种症状：复发性和侵入性创伤回忆、创伤事件的复发性和痛苦梦境、行为或感觉好像创伤事件在复发、遭受创伤提醒时的痛苦、遭受创伤提醒时的生理反应、对重大活动的兴趣明显降低、与其他人的分离感或疏离感、影响范围有限、前途短缩的感觉、社交焦虑、对陌生环境的焦虑、难以入睡或保持睡眠、易怒或愤怒爆发、难以集中注意力、过度警惕、对疼痛的感知问题、疼痛耐受性以及夸张的吃惊反应。

PTSD的一种或多种症状的治疗可以通过临床评定受试者在施用组合物之前和之后确认与PTSD相关的一种或多种症状的改善来确定。在一些实施方案中，根据症状或诊断测试和/或量表，本发明的组合物改善与PTSD相关的症状。在某些实施方案中，所述测试或量表是临床医师管理的PTSD量表(Clinician-Administered PTSD Scale)临床医师管理的PTSD量表第2部分。在某些实施方案中，所述测试或量表是DSM-IV-TR中指定的测试或量表。

在一些实施方案中，本发明的组合物改善用于评定精神病症和神经系统病症的临床整体印象–整体改善(CGI-I)量表。在一些实施方案中，本发明的组合物对临床诊断为患有PTSD的受试者的整体社会障碍和职业障碍显示出积极作用。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于与SSRI同时、依序或单独使用以治疗PTSD。

在一些实施方案中，本发明涉及一种SSRI，其用于与本发明的组合物同时、依序或单独使用以治疗PTSD。

在一些实施方案中，本发明涉及一种用于治疗或预防受试者中的PTSD的SSRI，其中所述受试者待施用或已施用本发明的组合物。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗受试者中的PTSD，其中所述受试者待施用或已施用SSRI。

适用于本发明的示例性SSRI包括但不限于西酞普兰、达泊西汀、艾司西酞普兰、氟西汀、氟伏沙明、帕罗西汀、舍曲林和伏硫西汀。

在一些实施方案中，本发明的组合物与选自由以下组成的列表的一种或多种疗法组合用于治疗PTSD：以创伤为中心的认知行为疗法、眼动致密化和再加工、三环抗抑郁剂、血清素-去甲肾上腺素再摄取抑制剂、去甲肾上腺素和特异性血清素能抗抑郁剂以及单胺氧化酶抑制剂。

强迫症

本发明的组合物可特别用于治疗或预防强迫症(OCD)。强迫症是一种特殊类型的精神病症，其中受试者感到需要反复检查和执行事情(即执行“仪式”)。血清素缺乏与强迫症的病理学有关[28]。因此，本发明的组合物可以通过增加血清素的生物利用度来有效治疗OCD。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的OCD，其中当施用至受试者时，所述组合物增加色氨酸羟化酶的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，所述组合物增加血清素能神经元中的色氨酸羟化酶表达的表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中色氨酸羟化酶的表达。中缝核包含在脑干中发现的中等大小的核集群。这些核的主要功能之一是向大脑其他部位释放血清素。因此，增加中缝核神经元中的色氨酸羟化酶表达有利于增加大脑可及的血清素的产生。在一些实施方案中，当施用至受试者时，所述组合物经由色氨酸羟化酶途径增加受试者中血清素的产生。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的OCD，其中当施用至受试者时，所述组合物增加受试者中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，所述组合物增加受试者血清素能神经元中的血清素转运体表达。在一些实施方案中，本发明的组合物增加受试者的中缝核中的血清素能神经元中血清素转运体的表达。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防受试者中的OCD，其中所述受试者已被诊断患有OCD。根据DSM-5，在以下情况下可以做出OCD诊断：(1)受试者具有强迫观念和强迫行为；(2)强迫观念和强迫行为显著影响受试者的日常生活；以及(3)受试者可能没有意识到强迫观念和强迫行为是过度或不合理的。强迫观念必须是引起痛苦的侵入性、重复性和持续性的想法、冲动或图像；不只是过度关注自己生活中的实际问题；不能被受试者成功地抑制或忽略；并且(iv)不能调和地认为，这些想法、冲动或图像对受试者不构成真正的威胁。强迫行为必须是受试者感觉他们必须执行的过度和重复的仪式性行为，否则将发生不好的事情；每天至少要占用一个小时；并且必须执行以减少因强迫性想法而引起的严重焦虑。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗OCD的一种或多种强迫观念和/或强迫行为。

一种或多种强迫观念和/或强迫行为的治疗可以通过临床评定受试者在施用组合物之前和之后确认一种或多种强迫观念和/或强迫行为的改善来确定。在一些实施方案中，根据症状或诊断测试和/或量表，本发明的组合物改善强迫观念和/或强迫行为。在某些实施方案中，所述测试或量表是DSM-V中指定的测试或量表。

在一些实施方案中，本发明的组合物改善用于评定精神病症和神经系统病症的临床整体印象–整体改善(CGI-I)量表。在一些实施方案中，本发明的组合物对临床诊断为患有OCD的受试者的整体社会障碍和职业障碍显示出积极作用。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于与SSRI同时、依序或单独使用以治疗OCD。

在一些实施方案中，本发明涉及一种SSRI，其用于与本发明的组合物同时、依序或单独使用以治疗OCD。

在一些实施方案中，本发明涉及一种用于治疗或预防受试者中的OCD的SSRI，其中所述受试者待施用或已施用本发明的组合物。

在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗受试者中的OCD，其中所述受试者待施用或已施用SSRI。

适用于本发明的示例性SSRI包括但不限于西酞普兰、达泊西汀、艾司西酞普兰、氟西汀、氟伏沙明、帕罗西汀、舍曲林和伏硫西汀。

在一些实施方案中，本发明的组合物与选自由以下组成的列表的一种或多种疗法组合用于治疗OCD：暴露和反应预防。

施用方式

优选地，本发明的组合物施用到胃肠道以便允许本发明的细菌菌株递送到肠和/或本发明的细菌菌株部分或完全定殖于肠。通常，本发明的组合物口服施用，或者它们可以直肠、鼻内或通过口腔或舌下途径施用。

在某些实施方案中，本发明的组合物可以作为泡沫、作为喷雾剂或凝胶施用。

在某些实施方案中，本发明的组合物可以作为栓剂诸如直肠栓剂，例如呈可可油(可可脂)、合成硬脂(例如，suppocire、witepsol)、甘油-明胶、聚乙二醇或皂甘油组合物的形式施用。

在某些实施方案中，本发明的组合物通过管(诸如鼻胃管、口胃管、胃管、空肠造瘘管(J管)、经皮内窥镜胃造口术(PEG))或端口(诸如提供到胃的路径的胸壁端口、空肠或其他合适的路径端口)来施用到胃肠道。

本发明的组合物可以施用一次，或者它们可以作为治疗方案的一部分顺序地施用。在某些实施方案中，本发明的组合物每天施用。

在本发明的某些实施方案中，根据本发明的治疗伴随对患者的肠道微生物群的评定。如果未实现本发明的菌株的递送和/或本发明的菌株的部分或完全定殖而使得未观察到功效，则可以重复治疗，或者如果递送和/或部分或完全定殖成功并且观察到功效，则可以停止治疗。

在某些实施方案中，可以将本发明的组合物施用于怀孕动物，例如哺乳动物，诸如人，以防止子宫内和/或出生后的孩子体内发生与血清素缺乏相关的病症。

可以将本发明的组合物施用于已被诊断患有以血清素缺乏为特征的病症的患者，或已被鉴定为处于以血清素缺乏为特征的病症风险中的患者。所述组合物还可作为预防性措施施用，以防止健康患者中发生以血清素缺乏为特征的病症。

本发明的组合物可以施用给已鉴定为具有异常的肠道微生物群的患者。例如，所述患者可以具有减少的或没有巨球菌，特别是马氏巨球菌进行的定殖。

本发明的组合物可以作为食物产品诸如营养补充剂施用。

通常，本发明的组合物用于治疗人类，虽然它们可以用于治疗动物，包括单胃哺乳动物，诸如家禽、猪、猫、狗、马或兔。本发明的组合物可以用于增强动物的生长和性能。如果施用给动物，则可以使用经口灌胃法。

组合物

通常，本发明的组合物包含细菌。在本发明的优选的实施方案中，所述组合物以冻干形式配制。例如，本发明的组合物可以包含颗粒或明胶胶囊，例如硬明胶胶囊，其包含本发明的细菌菌株。

优选地，本发明的组合物包含冻干的细菌。细菌的冻干是建立完善的程序，并且相关指导可见于例如参考文献[29]、[30]、[31]。

可替代地，本发明的组合物可以包含活的有活性的细菌培养物。

在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被灭活，例如未被热灭活。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被杀死，例如未被热杀死。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被减毒，例如未被热减毒。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被杀死、灭活和/或减毒。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是活的。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是可存活的。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株能够部分地或完全地定殖于肠。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株是可存活的并且能够部分地或完全地定殖于肠。

在一些实施方案中，所述组合物包含活细菌菌株和已被杀死的细菌菌株的混合物。

在优选的实施方案中，本发明的组合物被封装以允许将细菌菌株递送到肠。封装保护组合物不被降解，直至通过例如用化学或物理刺激(诸如压力、酶活性或可以通过pH变化触发的物理崩解)破裂来递送在目标位置。可以使用任何适当的封装方法。示例性封装技术包括包埋在多孔基质内、附着或吸附在固体载体表面上、通过絮凝自聚集或与交联剂聚集、以及机械包含在微孔膜或微胶囊之后。关于可用于制备本发明的组合物的封装的指导可见于例如参考文献[32]和[33]。

所述组合物可以口服施用并且可以呈片剂、胶囊或粉末的形式。封装的产品是优选的，因为巨球菌是厌氧菌。可以包括其他成分(例如像维生素C)作为氧清除剂和益生菌底物以改善体内递送和/或部分或完全定殖和存活。可替代地，本发明的益生菌组合物可以作为食物或营养产品(诸如基于奶或乳清的发酵乳制品)或作为药物产品口服施用。

所述组合物可以配制为益生菌。

本发明的组合物包含治疗有效量的本发明的细菌菌株。治疗有效量的细菌菌株足以对患者发挥有益作用。治疗有效量的细菌菌株可以足以产生对患者的肠的递送和/或患者的肠的部分或完全定殖。

例如，对于成年人，细菌的合适的每日剂量可以是约1×10³至约1×10¹¹个菌落形成单位(CFU)；例如，约1×10⁷至约1×10¹⁰个CFU；在另一个实例中，约1×10⁶至约1×10¹⁰个CFU；在另一个实例中，约1×10⁷至约1×10¹¹个CFU；在另一个实例中，约1×10⁸至约1×10¹⁰个CFU；在另一个实例中，约1×10⁸至约1×10¹¹个CFU。

在某些实施方案中，细菌的剂量是至少10⁹个细胞/天，诸如至少10¹⁰、至少约10¹¹或至少约10¹²个细胞/天。

在某些实施方案中，所述组合物包含相对于组合物的重量的约1×10⁶至约1×10¹¹个CFU/g、例如约1×10⁸至约1×10¹⁰个CFU/g的量的细菌菌株。剂量可以例如为1g、3g、5g和10g。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中细菌菌株的量是相对于组合物的重量的约1×10³至约1×10¹¹个菌落形成单位/克。

通常，益生菌(诸如本发明的组合物)任选地与至少一种合适的益生菌化合物组合。益生菌化合物通常是不易消化的碳水化合物，诸如寡糖或多糖或者糖醇，其在上消化道中不被降解或吸收。已知的益生菌包括商业产品诸如菊粉和半乳糖-寡糖。

在某些实施方案中，本发明的益生菌组合物包含相对于总重量组成的约1至约30重量％(例如，约5至20重量％)的量的益生菌化合物。碳水化合物可选自由以下组成的组：果糖-寡糖(或FOS)、短链果糖-寡糖、菊粉、异麦芽糖醇-寡糖、果胶、木寡糖(或XOS)、壳聚糖-寡糖(或COS)、β-葡聚糖、改性的阿拉伯树胶和抗性淀粉、聚糊精、D-塔格糖、金合欢纤维、角豆树、燕麦以及柑橘纤维。在一方面，益生菌是短链果糖-寡糖(为了简单起见，以下在本文中示为FOS-c.c)；所述FOS-c.c.是不易消化的碳水化合物，通常通过甜菜糖的转化获得并且包含三个葡萄糖分子所结合的蔗糖分子。

在某些实施方案中，本发明的组合物与另一种治疗化合物组合使用以治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。在一些实施方案中，将本发明的组合物与调节神经保护或神经增殖的营养补充剂一起施用。在优选的实施方案中，营养补充剂包含营养维生素或由营养维生素组成。在某些实施方案中，维生素是维生素B6、镁、二甲基甘氨酸(维生素B16)和维生素C。在某些实施方案中，本发明的组合物与另一种益生菌组合施用。

在某些实施方案中，本发明的组合物用于增强第二药剂对以血清素缺乏为特征的病症的作用。

本发明的组合物可以包含药学上可接受的赋形剂或载剂。此类合适的赋形剂的实例可见于参考文献[34]。用于治疗性用途的可接受的载剂或稀释剂在制药领域是熟知的，并且例如在参考文献[35]中描述。合适的载剂的实例包括乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露糖醇、山梨醇等。合适的稀释剂的实例包括乙醇、甘油和水。药物载剂、赋形剂或稀释剂的选择可以考虑预期的施用途径和标准药学实践来选择。所述药物组合物除载剂、赋形剂或稀释剂之外可以包含任何合适的粘合剂、润滑剂、悬浮剂、包衣剂、增溶剂。合适的粘合剂的实例包括淀粉；明胶；天然糖，诸如葡萄糖、无水乳糖、自由流动的乳糖、β-乳糖；玉米甜味剂；天然和合成胶，诸如阿拉伯树胶、黄蓍胶或藻酸钠、羧甲基纤维素和聚乙二醇。合适的润滑剂的实例包括油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠等。在所述药物组合物中可以提供防腐剂、稳定剂、染料以及甚至调味剂。防腐剂的实例包括苯甲酸钠、山梨酸以及对羟基苯甲酸的酯。还可以使用抗氧化剂和悬浮剂。

本发明的组合物可以配制为食物产品。例如，食物产品可以提供除本发明的治疗性作用之外的营养益处，诸如呈营养补充剂的形式。相似地，可以配制食物产品以增强本发明的组合物的口味或通过与普通食品而非与药物组合物更相似来使得组合物对于消费者更具吸引力。在某些实施方案中，本发明的组合物被配制为基于奶的产品。术语“基于奶的产品”意指具有变化的脂肪含量的任何液体或半固体的基于奶或乳清的产品。基于奶的产品可以是例如牛奶、山羊奶、绵羊奶、脱脂奶、全脂奶、由奶粉和乳清重组而没有任何加工的奶、或加工产品，诸如酸乳酪、凝固奶、凝乳、酸奶、酸化全脂奶、黄油乳以及其他酸奶产品。另一个重要的组包括奶饮料诸如乳清饮料、发酵奶、炼乳、婴儿或幼儿奶；调味奶、冰淇淋；含奶食物诸如糖果。

在一些实施方案中，本发明的组合物包含一种或多种巨球菌属的细菌菌株，并且不包含来自任何其他属的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一属的细菌。因此，在一些实施方案中，本发明提供了一种用于治疗的包含一种或多种巨球菌属的细菌菌株的组合物，其不包含来自任何其他属的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一属的细菌。

在一些实施方案中，本发明的组合物包含一种或多种马氏巨球菌菌种的细菌菌株，并且不包含来自任何其他菌种的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一菌种的细菌。因此，在一些实施方案中，本发明提供了一种用于治疗的包含一种或多种马氏巨球菌菌种的细菌菌株的组合物，其不包含来自任何其他菌种的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一菌种的细菌。

在一些实施方案中，本发明的组合物包含一种或多种马氏巨球菌菌种的细菌菌株，并且不包含来自任何其他巨球菌菌种的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一巨球菌菌种的细菌。因此，在一些实施方案中，本发明提供了一种用于治疗的包含一种或多种马氏巨球菌菌种的细菌菌株的组合物，其不包含来自任何其他巨球菌菌种的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一巨球菌菌种的细菌。

在某些实施方案中，本发明的组合物包含单一细菌菌株或菌种并且不含任何其他细菌菌株或菌种。此类组合物可以仅包含微少的或生物非相关的量的其他细菌菌株或菌种。此类组合物可以是基本上不含其他种类的生物体的培养物。

在一些实施方案中，本发明提供了一种用于治疗的包含巨球菌属的单一细菌菌株的组合物，其不包含来自任何其他菌株的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一菌株的细菌。

在一些实施方案中，本发明提供了一种用于治疗的包含马氏巨球菌菌种的单一细菌菌株的组合物，其不包含来自任何其他菌株的细菌，或者其仅包含微少的或生物非相关的量的来自另一菌株的细菌。

在一些实施方案中，本发明的组合物包含多于一种的细菌菌株。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物包含多于一种来自同一菌种内的菌株(例如，多于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40或45种菌株)，并且任选地不含来自任何其他菌种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含少于50种来自同一菌种内的菌株(例如，少于45、40、35、30、25、20、15、12、10、9、8、7、6、5、4或3种菌株)，并且任选地不含来自任何其他菌种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含1-40、1-30、1-20、1-19、1-18、1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-50、2-40、2-30、2-20、2-15、2-10、2-5、6-30、6-15、16-25或31-50种来自同一菌种内的菌株，并且任选地不含来自任何其他菌种的细菌。本发明包括前述内容的任何组合。

在一些实施方案中，所述组合物包含微生物聚生体。例如，在一些实施方案中，所述组合物包含巨球菌细菌菌株作为微生物聚生体的一部分。例如，在一些实施方案中，巨球菌细菌菌株与一种或多种(例如，至少2、3、4、5、10、15或20种)来自其他属的其他细菌菌株组合存在，巨球菌细菌菌株可以与所述其他细菌菌株在体内在肠中以共生方式存活。例如，在一些实施方案中，所述组合物包含与来自不同属的细菌菌株组合的巨球菌的细菌菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体包含从单一生物体例如人类的粪便样品获得的两种或更多种细菌菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体在自然界中发现不在一起。例如，在一些实施方案中，微生物聚生体包含从至少两个不同的生物体的粪便样品获得的细菌菌株。在一些实施方案中，两个不同的生物体来自同一物种，例如两个不同的人类。在一些实施方案中，两个不同的生物体是婴儿人类和成人人类。在一些实施方案中，两个不同的生物体是人类和非人类哺乳动物。

在替代性实施方案中，本发明的组合物包含16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5种或更少种的不同细菌菌种。在某些实施方案中，所述组合物包含4种或更少种的不同细菌菌种。在某些实施方案中，所述组合物包含3种或更少种的不同细菌菌种。在某些实施方案中，所述组合物包含2种或更少种的不同细菌菌种。在某些实施方案中，所述组合物包含巨球菌，特别是马氏巨球菌的菌种，并且没有其他细菌菌种。在优选的实施方案中，本发明的组合物包含巨球菌的单一菌株，特别是马氏巨球菌的单一菌株，并且没有其他细菌菌株或菌种。此类组合物可以仅包含微少的或生物非相关的量的其他细菌菌株或菌种。引人注目地，实施例表明，仅包含本发明单一菌株的组合物可以具有强效作用(参见例如实施例1和3)，而不依赖于其他菌株或菌种。

在一些实施方案中，本发明的组合物另外包含具有与菌株NCIMB 42787相同的安全性和治疗功效特征的细菌菌株，但其不是NCIMB 42787或不是马氏巨球菌。

在本发明的组合物包含多于一种细菌菌株、菌种或属的一些实施方案中，各个细菌菌株、菌种或属可以用于单独、同时或依序施用。例如，所述组合物可以包含所述多于一种细菌菌株、菌种或属中的全部，或者所述细菌菌株、菌种或属可以单独保存并且单独、同时或依序施用。在一些实施方案中，所述多于一种细菌菌株、菌种或属单独保存但是在使用之前混合在一起。

在一些实施方案中，用于本发明的细菌菌株从成人粪便获得。在本发明的组合物包含多于一种细菌菌株的一些实施方案中，所有细菌菌株均从成人粪便获得，或者如果存在其他细菌菌株，它们仅以微少的量存在。细菌可以在从成人粪便获得并且用于本发明的组合物之后进行培养。

如上所述，在一些实施方案中，一种或多种巨球菌细菌菌株是本发明组合物中的唯一治疗活性剂。在一些实施方案中，组合物中的细菌菌株是本发明的组合物中的唯一的治疗活性剂。

用于根据本发明使用的组合物可能需要或可能不需要市场批准。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株被冻干。在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株进行喷雾干燥。在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株被冻干或进行喷雾干燥并且其中它是活的。在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株被冻干或进行喷雾干燥并且其中它是可存活的。在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株被冻干或进行喷雾干燥并且其中它能够部分地或完全地定殖于肠。在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株被冻干或进行喷雾干燥并且其中它是可存活的并且能够部分地或完全地定殖于肠。

在一些情况下，冻干的细菌菌株在施用之前被复原。在一些情况下，所述复原通过使用本文所述的稀释剂进行。

本发明的组合物可以包含药学上可接受的赋形剂、稀释剂或载剂。

在某些实施方案中，本发明提供一种药物组合物，其包含：本发明的细菌菌株；以及药学上可接受的赋形剂、载剂或稀释剂；其中所述细菌菌株的量当施用于有需要的受试者时足以治疗以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明提供一种药物组合物，其包含：本发明的细菌菌株；以及药学上可接受的赋形剂、载剂或稀释剂；其中所述细菌菌株的量足以治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中细菌菌株的量是相对于组合物的重量的约1×10³至约1×10¹¹个菌落形成单位/克。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述组合物在1g、3g、5g或10g的剂量下施用。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述组合物通过选自由以下组成的组的方法施用：口服、经直肠、皮下、经鼻、经颊以及舌下。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其包含选自由以下组成的组的载剂：乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露糖醇以及山梨醇。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其包含选自由以下组成的组的稀释剂：乙醇、甘油和水。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其包含选自由以下组成的组的赋形剂：淀粉、明胶、葡萄糖、无水乳糖、自由流动的乳糖、β-乳糖、玉米甜味剂、阿拉伯树胶、黄蓍胶、藻酸钠、羧甲基纤维素、聚乙二醇、油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠以及氯化钠。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其还包含防腐剂、抗氧化剂和稳定剂中的至少一种。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其包含选自由以下组成的组的防腐剂：苯甲酸钠、山梨酸以及对羟基苯甲酸的酯。

在某些实施方案中，本发明提供以上的药物组合物，其中所述细菌菌株被冻干。

在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中当将所述组合物保存在约4℃或约25℃下的密封容器中并将所述容器置于具有50％相对湿度的气氛中时，如以菌落形成单位测量的细菌菌株的至少80％在至少约以下的时间段之后仍保留：1个月、3个月、6个月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年。

在一些实施方案中，本发明的组合物在包含如本文所述的组合物的密封容器中提供。在一些实施方案中，密封容器是小袋或瓶。在一些实施方案中，本发明的组合物在包含如本文所述的组合物的注射器中提供。

在一些实施方案中，本发明的组合物提供为药物制剂。例如，所述组合物可提供为片剂或胶囊。在一些实施方案中，所述胶囊是明胶胶囊(“凝胶套”)。

在一些实施方案中，本发明的组合物口服施用。口服施用可涉及吞咽，使得化合物进入胃肠道，和/或涉及口腔、舌或舌下施用，通过所述施用，化合物直接从口进入血管。

适用于口服施用的药物制剂包括固体填料、固体微颗粒、半固体和液体(包括多相或分散系统)，诸如片剂；含有多颗粒或纳米颗粒、液体(例如水性溶液)、乳液或粉末的软胶囊或硬胶囊；糖锭(包括液体填充)；咀嚼剂；凝胶；快速分散剂型；膜；卵形体；喷雾剂；以及口腔/粘膜粘附贴片。

在一些实施方案中，所述药物制剂是肠溶性制剂，即适于通过口服施用将本发明的组合物递送到肠的胃耐受性制剂(例如，耐受胃pH)。当所述组合物的细菌或另一种组分是酸敏感的，例如易于在酸条件下降解时，肠溶性制剂可以是特别有用的。

在一些实施方案中，所述肠溶性制剂包含肠溶性包衣。在一些实施方案中，所述制剂是肠溶包衣剂型。例如，所述制剂可以是肠溶包衣片剂或肠溶包衣胶囊等。肠溶性包衣可以是常规的肠溶性包衣，例如，用于口服递送的片剂、胶囊等的常规包衣。所述制剂可以包括膜包衣，例如，肠溶性聚合物例如酸不可溶的聚合物的薄膜层。

在一些实施方案中，肠溶性制剂是本质上肠溶性的，例如胃耐受性的而不需要肠溶性包衣。因此，在一些实施方案中，所述制剂是不包括肠溶性包衣的肠溶性制剂。在一些实施方案中，所述制剂是由热胶凝化材料制成的胶囊。在一些实施方案中，热胶凝化材料是纤维素材料，诸如甲基纤维素、羟甲基纤维素或羟丙基甲基纤维素(HPMC)。在一些实施方案中，所述胶囊包括不含有任何成膜聚合物的壳体。在一些实施方案中，所述胶囊包括壳体并且所述壳体包含羟丙基甲基纤维素并且不包含任何成膜聚合物(例如，参见[36])。在一些实施方案中，所述制剂是本质上肠溶性的胶囊(例如，来自Capsugel的

)。

在一些实施方案中，所述制剂是软胶囊。软胶囊是由于存在于胶囊壳体中的软化剂例如像甘油、山梨醇、麦芽糖醇以及聚乙二醇的添加而可以具有某种弹性和柔软性的胶囊。软胶囊可以例如基于明胶或淀粉来产生。基于明胶的软胶囊可从各种供应商商购获得。基于施用方法例如像口服或直肠方式，软胶囊可以具有各种形状，它们可以是例如圆形、卵形、椭圆形或鱼雷形。软胶囊可通过常规方法例如像通过Scherer法、Accogel法或微滴或喷吹法产生。

培养方法

用于本发明的细菌菌株可以使用如在例如参考文献[37]、[38]和[39]中详述的标准微生物技术来培养。

用于培养的固体或液体培养基可以是YCFA+琼脂或YCFA培养基。YCFA培养基可包含(每100ml，近似值)：酪胨(1.0g)、酵母提取物(0.25g)、NaHCO₃(0.4g)、半胱氨酸(0.1g)、K₂HPO₄(0.045g)、KH₂PO₄(0.045g)、NaCl(0.09g)、(NH₄)₂SO₄(0.09g)、MgSO₄·7H₂O(0.009g)、CaCl₂(0.009g)、刃天青(0.1mg)、氯化血红素(1mg)、生物素(1μg)、钴胺素(1μg)、对氨基苯甲酸(3μg)、叶酸(5μg)以及吡哆胺(15μg)。

用于疫苗组合物的细菌菌株

发明人已确定，本发明的细菌菌株可用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。这可能是本发明的细菌菌株对于宿主免疫系统所具有的作用产生的结果。因此，当作为疫苗组合物施用时，本发明的组合物还可以用于预防以血清素缺乏为特征的病症。在某些此类实施方案中，本发明的细菌菌株可以被杀死、灭活或减毒。在某些此类实施方案中，所述组合物可以包含疫苗佐剂。在某些实施方案中，所述组合物用于通过注射诸如通过皮下注射进行施用。

总则

除非另外指示，否则本发明的实践将采用本领域的技术内的化学、生物化学、分子生物学、免疫学以及药学的常规方法。这些技术在文献中有充分的解释。参见例如参考文献[40]和[41,47]等。

术语“包含”涵盖“包括”以及“由……组成”，例如“包含”X的组合物可以仅由X组成或者可以包括另外的事物，例如X+Y。

与数值x相关的术语“约”是任选的并且意指例如x+10％。

单词“基本上”不排除“完全”，例如“基本上不含”Y的组合物可以完全不含Y。必要时，单词“基本上”可以从本发明的定义中省略。

两个核苷酸序列之间的百分比序列同一性的引用意指当比对时，比较两个序列的核苷酸的百分比是相同的。此比对和百分比同源性或序列同一性可以使用本领域已知的软件程序，例如参考文献[48]的7.7.18章节中描述的那些来确定。优选的比对通过Smith-Waterman同源性搜索算法使用仿射间隔搜索的具有间隔开放罚分(gap open penalty)为12，间隔延伸罚分(gap extension penalty)为2，BLOSUM矩阵为62来确定。Smith-Waterman同源性搜索算法在参考文献[49]中公开。

除非明确地声明，否则包括多个步骤的工艺或方法可以在方法开始或结束时包括另外的步骤或者可以包括另外的插入步骤。另外，在适当的情况下，步骤可以组合、省略或以可替代的顺序执行。

本发明的各种实施方案在本文中描述。应理解，在每个实施方案中指定的特征可以与其他指定的特征组合以提供另外的实施方案。具体地，在本文中突出显示为合适的、典型的或优选的实施方案可以彼此组合(当它们相互排斥时除外)。

用于实施本发明的方式

实施例1–神经化学产生–脑中的代谢物

背景

在离体筛查期间，在喂养马氏巨球菌菌株NCIMB 42787的小鼠的脑组织中，测量了在神经系统过程中起关键作用的神经化学因子、神经肽和神经递质的水平。这些化学物质的失衡，例如血清素的缺乏(例如，亚最佳水平)已经与许多精神病症的病理学有关。

方法

动物

将BALBc(Envigo,UK)成年雄性小鼠在12h明暗周期下分组饲养；随意提供标准的啮齿动物食物和水。经过科克大学动物伦理实验委员会(University College CorkAnimal Ethics Experimentation Committee)的批准，所有实验均按照欧洲指南进行。在实验开始时，动物为8周龄。

研究设计

进入动物单位后，允许动物在其饲养室中适应一周。在15:00与17:00之间，它们以1X10⁹个CFU的剂量接受活体生物治疗剂的经口灌胃(200μL剂量)，连续6天。在第7天，将动物断头，并收集组织进行实验。

组织收集

关于治疗和测试条件，以随机方式处死动物；取样发生在上午9:00与下午1:00之间。将躯干血收集在EDTA(乙二胺四乙酸)钾管中，并以4000g离心15min。将血浆分离并保存在-80℃下以用于进一步分析。快速切除大脑，解剖，并且将每个大脑区域在干冰上快速冷冻并保存在-80℃下以用于进一步分析。

分析

通过HPLC对脑干样品上的神经化学因子、神经肽和神经递质的浓度进行分析。简而言之，将脑干组织在加标有4ng/40μl N-甲基5-HT(Sigma Chemical Co.,UK)作为内标的500μl冷冻流动相中进行超声处理。流动相含有0.1M柠檬酸、5.6mM辛烷-1-磺酸(Sigma)、0.1M磷酸二氢钠、0.01mM EDTA(Alkem/Reagecon,Cork)和9％(v/v)甲醇(Alkem/Reagecon)，并使用4N氢氧化钠(Alkem/Reagecon)将其调节至pH 2.8。然后将匀浆在4℃下以22,000×g离心15min，并将40μl上清液注入HPLC系统，所述系统由SCL 10-Avp系统控制器、LECD 6A电化学检测器(Shimadzu)、LC-10AS泵、CTO-10A烘箱、SIL-10A自动进样器(样品冷却器保持在40℃下)和在线Gastorr脱气器(ISS,UK)组成。使用保持在30℃下的反相柱(Kinetex 2.6u C18 100×4.6mm，Phenomenex)进行分离(流速0.9ml/min)。玻碳工作电极与Ag/AgCl参比电极(Shimdazu)组合使用，工作电压为+0.8V，并使用Class-VP 5软件(Shimadzu)分析所产生的色谱图。通过由标准进样确定的特征性保留时间来鉴定神经递质，这些标准进样在样品分析过程中以定期间隔进行。测量分析物与内标的峰高之比，并与标准进样进行比较。结果表示为ng神经递质/g鲜重组织。

结果–神经递质的产生

结果在图1中示出，所述图显示在喂养NCIMB 42787的小鼠的大脑中，去甲肾上腺素(p＝0.0507)、血清素和5-HIAA的水平升高。因此，本发明的组合物可用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

实施例2–色氨酸羟化酶表达

背景

色氨酸羟化酶是一种参与血清素产生的酶。因此，发明人试图研究马氏巨球菌菌株NCIMB 42787是否可以在神经元样细胞中诱导色氨酸羟化酶基因TPH1和TPH2的上调表达。这可以解释NCIMB 42787如何增加体内血清素的水平。

材料和方法

使神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞在补充有2mM L-谷氨酰胺、10％热灭活的FBS、100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素的50％MEM和50％营养混合物F-12Ham培养基中生长。将细胞接种在10cm培养皿中，密度为2×10⁶个细胞。静置24h后，将细胞在含有10％NCIMB 42787上清液或YCFA⁺的生长培养基(含1％FBS)中处理24h。接下来收集细胞，并根据RNeasy小试剂盒方案(RNeasy mini kit protocol)(Qiagen)分离总RNA。使用高容量cDNA逆转录试剂盒(Applied Biosystems)制备cDNA。引物序列在表1中示出。通过qPCR测量基因表达。B-肌动蛋白用作内部对照。根据2^(-ΔΔct)方法计算倍数变化。

进行第二组相似实验，除了以0.5×10⁶细胞/孔的密度在六孔培养皿接种细胞。静置24h后，将细胞在含有5％细菌上清液或YCFA⁺的生长培养基(含1％FBS)中处理72h。如上所述分析总RNA。

表1-TPH1和β-肌动蛋白的引物序列

对照一起进行，其中细胞未经处理或在YCFA⁺培养基中孵育等效时间。YCFA⁺培养基具有以下组成：

矿物质溶液1：K₂HPO₄-3.0g；d.H₂O补足至总体积1l

矿物质溶液2：KH₂PO₄-3.0g；(NH₄)₂SO₄-6.0g；NaCl-6.0g；MgSO₄-0.6g；CaCl₂-0.6g；d.H₂O补足至总体积1l

刃天青溶液：100ml蒸馏水中的0.1％粉末状刃天青

短链脂肪酸溶液：乙酸-17ml；丙酸-6ml；正戊酸-1ml；异戊酸-1ml；异丁酸-1ml

氯化血红素溶液：KOH-0.28g乙醇95％-25ml；氯化血红素-100mg；d.H₂O补足至总体积100ml

维生素溶液1：生物素-1mg；钴胺素-1mg；对氨基苯甲酸-3mg；叶酸-5mg；吡哆胺-15mg；d.H₂O补足至总体积100ml

维生素溶液2：硫胺素-5mg；核黄素-5mg；d.H₂O补足至总体积100ml

结果

图2中显示的结果表明，当细胞与10％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育24h后，TPH1的表达水平相对于未处理或YCFA⁺处理的对照增加了5倍。TPH2的表达水平相对于未处理的对照也增加了30倍。

图3中显示的结果表明，当细胞与5％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育72h后，TPH1的表达水平相对于未处理或YCFA⁺处理的对照增加了5倍。TPH2的表达水平相对于未处理的对照也增加了30倍。

因此，本发明的组合物可通过增加血清素的产生来用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

实施例3–血清素转运体表达

背景

SLC6A4基因编码血清素转运体。血清素转运体是分化的血清素能神经元的生物标志物。因此，发明人试图确定马氏巨球菌菌种的细菌菌株是否可以上调神经元样细胞中的血清素能标志物。

材料和方法

如实施例2所述进行相同的实验组。SLC6A4基因的引物序列在表2中示出。

表2-SLC6A4和β-肌动蛋白的引物序列

结果

图4中显示的结果表明，当细胞与10％马氏巨球菌菌株NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育24h后，SLC6A4的表达相对于未处理的对照上调了3倍，但与YCFA+处理的细胞没有差异。图5中显示的结果表明，当细胞与5％NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育72h后，SLC6A4的表达相对于未处理的对照上调了3倍，并且相对于YCFA+处理的细胞上调了约2倍。

体内血清素能神经元数量的增加可能解释了NCIMB 42787如何增加用NCIMB42787喂养的健康小鼠大脑中血清素的水平。因此，本发明的组合物可用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

实施例4–Caco2细胞中的色氨酸羟化酶和血清素转运体的表达分析

引言

大部分血清素在肠道中产生。肠道血清素被认为在肠道与大脑之间起着重要的沟通作用。因此，发明人试图确定马氏巨球菌菌株NCIMB 42787是否可以增加肠样细胞中TPH1和SLC6A4的表达，从而表明NCIMB 42787是否可以增加肠道中血清素的水平，这可能会增强其他地方(例如在大脑中)的血清素生物利用度。

为此，发明人将分化的Caco2细胞与NCIMB 42787细菌无细胞上清液一起孵育。分化的Caco2细胞形成极化的顶膜/粘膜和基底外侧膜/浆膜，这些膜不可渗透，并且在结构和功能上与小肠上皮细胞相似。

材料和方法

将Caco2细胞接种在12孔板上，并分化10天；然后将其血清饥饿12小时，并随后暴露于源自固定相NCIMB 42787的10％上清液中24h。收集细胞，并根据RNeasy小试剂盒方案(Qiagen)分离总RNA。使用高容量cDNA逆转录试剂盒(Applied Biosystems)制备cDNA。通过qPCR测量基因表达。β-肌动蛋白用作内部对照。根据2^(-ΔΔct)方法计算倍数变化。引物序列在表1中示出。

结果

图6中显示的结果表明，当分化的Caco2细胞与10％NCIMB42787细菌无细胞上清液一起孵育24h后，TPH1的表达相对于未处理的对照和YCFA⁺处理的对照上调了几乎3倍。图7中显示的结果表明，孵育相对于未处理的对照使SLC6A4的表达增加了3倍以上。

肠道中血清素水平的增加可能解释了NCIMB 42787如何增加用NCIMB 42787喂养的小鼠大脑中血清素的水平。

实施例5–马氏巨球菌菌株NCIMB 42787代谢物分析

引言

肠道微生物群具有巨大的多样性和代谢能力，代表了巨大的代谢库，可用于产生多种分子。细菌上清液中存在的代谢物可以直接影响宿主对氧化应激、细胞间通信的反应并影响神经元过程。发明人试图确定由马氏巨球菌菌株NCIMB 42787产生了哪些代谢物，特别是哪些短链脂肪酸和中链脂肪酸。

材料和方法

细菌培养和无细胞上清液收集

使纯细菌培养物在YCFA肉汤中厌氧生长，直到达到稳定的生长阶段。将培养物以5,000x g离心5分钟，并且使用0.2μM过滤器(Millipore,UK)过滤无细胞上清液(CFS)。将CFS的1mL等分试样保存在-80℃下直至使用。丁酸钠、己酸和戊酸从Sigma Aldrich(UK)获得，并在YCFA+肉汤中制备悬浮液。

细菌上清液的SCFA和MCFA定量

细菌上清液中的短链脂肪酸(SCFA)和中链脂肪酸(MCFA)如下通过MS Omics APS分析和定量。使用盐酸将样品酸化，并添加氘标记的内标。所有样品均按随机顺序进行分析。使用安装在与四极杆检测器(59977B,Agilent)偶联的GC(7890B,Agilent)中的高极性柱(Zebron^TMZB-FFAP,GC Cap.Column 30m x 0.25mm x 0.25μm)进行分析。所述系统由ChemStation(Agilent)控制。使用Chemstation(Agilent)将原始数据转换为netCDF格式，然后使用[50]中所述的PARADISe软件在Matlab R2014b(Mathworks,Inc.)中将数据导入并处理。

结果

NCIMB 42787产生代谢物丁酸盐和戊酸

NCIMB 42787产生平均浓度分别为5.08mM、1.60mM的戊酸、己酸(图8)。发明人还发现了马氏巨球菌菌种的其他菌株产生相当水平的戊酸、己酸和丁酸，并且消耗相似量的乙酸盐和丙酸盐(图9)。

在增加大脑中血清素分泌的情况下，丁酸盐的产生可能是重要的，因为丁酸盐具有降低血脑屏障的不渗透性的已知作用，这意味着当NCIMB 42787存在时，增强血清素分泌的生物活性分子进入大脑的机会增加[51]。NCIMB 42787(和其他细菌)的这种特性可能有助于其功效。

实施例6-稳定性测试

含有本文所述的至少一种细菌菌株的本文所述的组合物保存在25℃或4℃下的密封容器中，并且所述容器置于具有30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％相对湿度的气氛中。在1个月、2个月、3个月、6个月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年之后，至少50％、60％、70％、80％或90％的细菌菌株仍保留，如通过标准方案以菌落形成单位所测量的。

实施例7–代谢物分析

除实施例5提供的数据外，图10表明马氏巨球菌菌株NCIMB 42787和以保藏号NCIMB 43385、NCIMB 43388和NCIMB 43389保藏的菌株产生和消耗了哪些其他短链脂肪酸。

马氏巨球菌菌株NCIMB 42787减少了甲酸，同时提高了2-甲基丙酸和3-甲基丙酸的水平(图10)。因此，NCIMB 42787菌株产生2-甲基丙酸和3-甲基丙酸并消耗甲酸。发明人还发现，其他保藏菌株产生相当水平的2-甲基丙酸和3-甲基丙酸并消耗相似量的甲酸。

实施例8–NCIMB 42787导致BALB/c小鼠结肠中的Tph1 mRNA表达显著增加

向BALB/c小鼠施用活体生物治疗剂，并分离组织以使用qPCR进行基因表达分析。

图11表明，与媒介物对照相比，NCIMB 42787触发了BALB/c小鼠结肠中Tph1表达的增加(使用通过qPCR归一化为β-肌动蛋白的定量)。

如上所述，Tph1驱动血清素的产生，并且因此，预期Tph1的增加可有效治疗抑郁症。在某些实施方案中，本发明的组合物增加Tph1的表达。在某些实施方案中，本发明的组合物经由增加Tph1表达而增加血清素的产生。在某些实施方案中，通过驱动血清素表达的增加，本发明的组合物是治疗上有效的，特别是在抑郁症中。

实施例9–巨球菌菌株NCIMB 43385显著增加BALB/c小鼠海马、杏仁核和前额皮质(cortext)中的盐皮质激素受体表达

向BALB/c小鼠施用活体生物治疗剂，并分离组织以使用qPCR进行基因表达分析。

图12表明，与媒介物对照相比，NCIMB 43385具有显著增加大脑三个区域中的盐皮质激素受体表达的能力(使用通过qPCR归一化为β-肌动蛋白的定量)。

应理解，抑郁症可伴有盐皮质激素活性降低。事实上，这种受体被视为在慢性应激和抑郁症期间被下调，但由抗抑郁剂诱导。盐皮质激素受体活性的增加会抑制HPA轴的活性，并可具有治疗有益的作用，包括促进慢波睡眠、减少焦虑以及转换电路连通以支持复制。在某些实施方案中，本发明的组合物增加盐皮质激素受体的表达。在某些实施方案中，鉴于对盐皮质激素受体表达的影响，本发明的组合物在抑郁症和与血清素缺乏相关的其他病症中显示出治疗功效。

实施例10–巨球菌菌株NCIMB 43385显著增加BALB/c小鼠海马和杏仁核中的GABAA2表达

向BALB/c小鼠施用活体生物治疗剂，并分离组织以使用qPCR进行基因表达分析。

图13表明，与媒介物对照相比，NCIMB 43385具有显著增加大脑中的GABA A2表达的能力(使用通过qPCR归一化为β-肌动蛋白的定量)。

神经递质GABA被认为在抑郁症中起作用，并且GABA水平在患有严重抑郁症的患者中降低，并在用抗抑郁剂长期治疗后正常化。因此，增加GABA A2的表达在诸如抑郁症和焦虑的病症中具有有益的治疗作用。在某些实施方案中，本发明的组合物增加GABA A2的表达。在某些实施方案中，鉴于GABA A2表达的增加，本发明的组合物在与血清素缺乏相关的病症(例如抑郁症)中显示出治疗功效。

实施例11–巨球菌菌株NCIMB 43387显著增加BALB/c小鼠前额皮质中的催产素受体表达

向BALB/c小鼠施用活体生物治疗剂，并分离组织以使用qPCR进行基因表达分析。

图14表明，与媒介物对照相比，NCIMB 43387触发前额皮质中的催产素受体的表达显著增加(使用通过qPCR归一化为β-肌动蛋白的定量)。

催产素与情绪、社交、认知和神经内分泌生理以及自动调节相关联。具体地，催产素释放涉及抗焦虑作用；积极的情绪；母性行为；成对结合；性行为；社会记忆；嗅觉记忆；厌食作用；HPA轴对应激响应的减弱；出生和哺乳以及其他生理和心理过程中的自激。在某些实施方案中，本发明的组合物增加了催产素的水平。在某些实施方案中，鉴于催产素受体表达的增加，本发明的组合物在与血清素缺乏相关的病症中是治疗上有益的。

实施例12–马氏巨球菌菌株DSM 26228、埃氏巨球菌菌株NCIMB 8927和马氏巨球菌菌株NCIMB 42787对体外短链脂肪酸产生的影响

概要

这项研究调查了DSM 26228、NCIMB 8927和NCIMB 42787对体外产生短链脂肪酸(SCFA)的影响。SCFA(包括乙酸盐、丙酸盐、戊酸盐、异丁酸盐和异戊酸盐)是膳食纤维的微生物副产物。任何SCFA的增加都表明微生物群生产力的增加，并且是期望的性状。

材料和方法

使DSM 26228、NCIMB 8927和NCIMB 42787的纯培养物在YCFA+肉汤[每升：酪蛋白水解物10.0g、酵母提取物2.5g、碳酸氢钠4.0g、葡萄糖2.0g、纤维二糖2.0g、可溶性淀粉2.0g、磷酸氢二钾0.45g、磷酸二氢钾0.45g、刃天青0.001g、L-半胱氨酸HCl 1.0g、硫酸铵0.9g、氯化钠0.9g、硫酸镁0.09g、氯化钙0.09g、氯化血红素0.01g、SCFA 3.1ml(乙酸2.026ml/L、丙酸0.715ml/L、正戊酸0.119ml/L、异戊酸0.119ml/L、异丁酸0.119ml/L)、维生素混合物1：1ml(生物素1mg/100ml、氰钴胺素1mg/100ml、对氨基苯甲酸3mg/100ml、吡哆醇15mg/100ml)、维生素混合物2：1ml(硫胺素5mg/100ml、核黄素5mg/100ml)、维生素混合物3：1ml(叶酸5mg/100ml)]中厌氧生长，直到达到稳定的生长阶段。将培养物以5000x g离心10分钟，并且使用0.45μM过滤器(Millipore,UK)过滤无细胞上清液(CFS)，接着用0.2μM过滤器过滤，之后将CFS的1mL等分试样保存在-80℃下直至使用。

细菌上清液中的短链脂肪酸(SCFA)和中链脂肪酸(MCFA)通过MS Omics APS，Denmark分析和定量。使用盐酸将样品酸化，并添加氘标记的内标。所有样品均按随机顺序进行分析。使用安装在与四极杆检测器(59977B,Agilent)偶联的气相色谱仪(7890B,Agilent)中的高极性柱(Zebron^TMZB-FFAP,GC Cap.Column 30m x 0.25mm x 0.25μm)进行分析。所述系统由ChemStation(Agilent)控制。使用Chemstation(Agilent)将原始数据转换为netCDF格式，然后使用参考文献[50]中所述的PARADISe软件在Matlab R2014b(Mathworks,Inc.)中将数据导入并处理。

结果

对于每种细菌菌株，观察到以下模式：

这些数据表明，巨球菌的三种菌株均增加丁酸盐(丁酸)和戊酸(valeric acid/pentanoic acid)。

戊酸是GABA-A激动剂，并且其被认为可以增加突触GABA的可用性和/或增强突触后GABA反应，从而增强GABA能(GABAergic)活性。因此，如上所述，增加GABA反应在诸如抑郁症和焦虑的病症中具有有益的治疗作用。马氏巨球菌菌株和埃氏巨球菌菌株两者均触发戊酸的有益增加。因此，在某些实施方案中，鉴于戊酸增加，本发明的组合物在与血清素缺乏相关的病症(例如抑郁症)中显示出治疗功效。

如上所述，丁酸盐具有神经保护活性，增加血清素和BDNF的表达，并可协助血脑屏障损伤的恢复。因此，丁酸盐可以显著改善抑郁症样行为。马氏巨球菌菌株和埃氏巨球菌菌株两者均触发丁酸盐的有益增加。在某些实施方案中，鉴于丁酸盐增加，本发明的组合物在与血清素缺乏相关的病症(例如抑郁症)中显示出治疗功效。

实施例13-马氏巨球菌菌株NCIMB 43389和巨球菌菌种菌株NCIMB 43385的短/中链脂肪酸生产概况

材料和方法

使马氏巨球菌菌株NCIMB 43389和巨球菌菌种菌株NCIMB 43385的纯培养物在YCFA+肉汤中厌氧生长。细菌上清液中的短链脂肪酸(SCFA)和中链脂肪酸(MCFA)通过MSOmics APS，Denmark分析和定量。使用盐酸将样品酸化，并添加氘标记的内标。所有样品均按随机顺序进行分析。使用安装在与四极杆检测器(59977B,Agilent)偶联的气相色谱仪(7890B,Agilent)中的高极性柱(Zebron^TMZB-FFAP,GC Cap.Column 30m x 0.25mm x 0.25μm)进行分析。所述系统由ChemStation(Agilent)控制。使用Chemstation(Agilent)将原始数据转换为netCDF格式，然后使用PARADISe软件在Matlab R2014b(Mathworks，Inc.)中将数据导入并处理。

结果

结果与实施例7(以及图9-图10)中报告的马氏巨球菌菌株NCIMB 43389和巨球菌菌种菌株NCIMB 43385的结果一致，进一步证实了这些菌株的短/中脂肪酸链概况。

序列

SEQ ID NO:1(16S核糖体RNA的马氏巨球菌基因，部分序列，菌株：NP3-JX424772.1)

SEQ ID NO:2(马氏巨球菌菌株NCIMB 42787的共有16S rRNA基因序列)

SEQ ID NO:11(以保藏号NCIMB 43385保藏的巨球菌菌株的共有16S rRNA序列)

SEQ ID NO:12(以保藏号NCIMB 43388保藏的马氏巨球菌菌株的共有16S rRNA序列)

SEQ ID NO:13(以保藏号NCIMB 43389保藏的马氏巨球菌菌株的共有16S rRNA序列)

SEQ ID NO:14(以保藏号NCIMB 43386保藏的巨球菌菌株的共有16S rRNA序列)

SEQ ID NO:15(以保藏号NCIMB 43387保藏的巨球菌菌株的共有16S rRNA序列)

SEQ ID NO:16(以保藏号NCIMB 8927保藏的埃氏巨球菌菌株的共有16S rRNA序列)

参考文献

[1]Spor et al.(2011)Nat Rev Microbiol.9(4)：279-90.

[2]Eckburg et al.(2005)Science.10；308(5728)：1635-8.

[3]Macpherson et al.(2001)Microbes Infect.3(12)：1021-35

[4]Macpherson et al.(2002)Cell Mol Life Sci.59(12)：2088-96.

[5]Mazmanian et al.(2005)Cell 15；122(1)：107-18.

[6]Fmnk et al.(2007)PNAS 104(34)：13780-5.

[7]Scanlan et al.(2006)J Clin Microbiol.44(11)：3980-8.

[8]Kang et al.(2010)Inflamm Bowel Dis.16(12)：2034-42.

[9]Machiels et al.(2013)Gut.63(8)：1275-83.

[10]WO 2013/050792

[11]WO 03/046580

[12]WO 2013/008039

[13]WO 2014/167338

[14]Goldin and Gorbach(2008)Clin Infect Dis.46 Suppl 2：S96-100.

[15]Azad et al.(2013)BMJ.347：f6471.

[16]Deans(2017)Journal of Physiological Anthropology 36：1

[17]Padmanabhan et al.(2013)Standards in Genomic Sciences 8：525-538

[18]Masco et al.(2003)Systematic and Applied Microbiology，26：557-563.

[19]Srütková et al.(2011)J.Microbiol.Methods，87(1)：10-6.

1201Zill et al(2009)Neuroscience 159：1274-82

[21]Abumaria et al(2008)cell Mol Neurobiol 28：331-42

[22]Hou et al(2006)Brain Research 1095(1)：154-158

[23]Kim et al.(1987)J Chromatogr.386：25-35.

[24]Cowen et al(1997)Lancet 349：915-9.

[25]American Psychiatric Association Diagnostic and statisticalmanual of mental disorders(5th ed)Washington，DC

[26]Luck I(1996)J Clin Psychiatry 57(Supple.6)：5-10

[27]Stoddard et al(2011)J Child Adolesc Psychopharmacol.21：469-77

[28]Pogarell et al(2003)Biological Psychiatry.54：1406-1413

[29]Miyamoto-Shinohara et al.(2008)J.Gen.Appl.Microbiol.，54，9-24.

[30]Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols，ed.by Day andMcLellan.Humana Press.

[31]Leslie et al.(1995)Appl.Environ.Microbiol.61，3592-3597.

[32]Mitropoulou et al.(2013)J Nutr Metab.(2013)716861.

[33]Kailasapathy et al.(2002)Curr Issues Intest Microbiol.3(2)：39-48.

[34]Handbook of Pharmaceutical Excipients.2nd Edition，(1994)，Editedby A Wade and PJ Weller

[35]Remington′s Pharmaceutical Sciences.Mack Publishing Co.(A.R.Gennaro edit.1985)

[361US 2016/0067188

[37]Handbook of Microbiological Media.Fourth Edition(2010)RonaldAtlas.CRC Press.

[38]Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry(1996)JennieC.Hunter-Cevera，Academic Press

[39]Strobel(2009)Methods Mol Biol.581：247-61.

[40]Gemnaro(2000)Remington：The Science and Practice of Pharmacy.20thedition，ISBN：0683306472.

[41]Molecular Biology Techniques：An Intensive Laboratory Course，(Reamet al.，eds.，1998，Academic Press).

[42]Methods In Enzymology(S.Colowick and N.Kaplan.eds.，AcademicPress，Inc.)

[43]Handbook of Experimental Immunology，Vols.I-IV(D.M.Weir audC.C.Blackwell，eds，1986，Blackwell Scientific Publications)

[44]Sambrook et al.(2001)Molecular Cloning：A Laboratory Manual，3rdedition(Cold Spring Harbor Laboratory Press).

［45]Handbook of Surface and Colloidal Chemistry(Birdi，K.S.ed.，CRCPress，1997)

[46]Ausubel et al.(eds)(2002)Short protocols in molecular biology，5thedhtion(Current Protocols).

[47]PCR(Introduction to Biotechniques Series)，2nd ed.(Newton&Grahameds.，1997，Sptinger Verlag)

[48]Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel et al.，eds.，1987)Supplement 30

[49]Smith&Waterman(1981)Adv.Appl.Math.2：482-489.

[501Johnsen et al(2017)Journal of Chromatography A.1503：57-64

[51]Michel and Prat(2016)Ann Transl Med.4(1)：15.

PCT

(电子版原件)

(此页不是也不算为国际申请的页)

序列表

<110> 4D制药研究有限公司(4D PHARMA RESEARCH LIMITED)

<120> 包含细菌菌株的组合物

<130> P074586WO

<150> EP18212096.4

<151> 2018-12-12

<150> GB1906728.9

<151> 2019-05-13

<150> GB1914852.7

<151> 2019-10-14

<160> 16

<170> SeqWin2010, version 1.0

<210> 1

<211> 1519

<212> DNA

<213> 16S核糖体RNA的马氏巨球菌基因，部分序列，菌株：NP3 - JX424772.1

<400> 1

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

gagaagagat gagaagcttg cttcttatca attcgagtgg caaacgggtg agtaacgcgt 120

aagcaacctg cccttcagat ggggacaaca gctggaaacg gctgctaata ccgaatacgt 180

tctttccgcc gcatgacggg aagaagaaag ggaggccttc gggctttcgc tggaggaggg 240

gcttgcgtct gattagctag ttggaggggt aacggcccac caaggcgacg atcagtagcc 300

ggtctgagag gatgaacggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatcttccg caatggacga aagtctgacg gagcaacgcc gcgtgaacga 420

tgacggcctt cgggttgtaa agttctgtta tatgggacga acagggcatc ggttaatacc 480

cggtgtcttt gacggtaccg taagagaaag ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg 540

taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggaa ttattgggcg taaagggcgc gcaggcggca 600

tcgcaagtcg gtcttaaaag tgcggggctt aaccccgtga ggggaccgaa actgtgaagc 660

tcgagtgtcg gagaggaaag cggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg 720

aggaacacca gtggcgaaag cggctttctg gacgacaact gacgctgagg cgcgaaagcc 780

aggggagcaa acgggattag ataccccggt agtcctggcc gtaaacgatg gatactaggt 840

gtaggaggta tcgactcctt ctgtgccgga gttaacgcaa taagtatccc gcctggggag 900

tacggccgca aggctgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagtat 960

gtggtttaat tcgacgcaac gcgaagaacc ttaccaagcc ttgacattga ttgctacgga 1020

aagagatttc cggttcttct tcggaagaca agaaaacagg tggtgcacgg ctgtcgtcag 1080

ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat cttctgttgc 1140

cagcacctcg ggtggggact cagaagagac tgccgcagac aatgcggagg aaggcgggga 1200

tgacgtcaag tcatcatgcc ccttatggct tgggctacac acgtactaca atggctctta 1260

atagagggac gcgaaggagc gatccggagc aaaccccaaa aacagagtcc cagttcggat 1320

tgcaggctgc aactcgcctg catgaagcag gaatcgctag taatcgcagg tcagcatact 1380

gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccacgaa agtcattcac 1440

acccgaagcc ggtgaggcaa ccgcaaggaa ccagccgtcg aaggtggggg cgatgattgg 1500

ggtgaagtcg taacaaggt 1519

<210> 2

<211> 1398

<212> DNA

<213> 马氏巨球菌菌株MRx0029的共有16S rRNA基因序列

<400> 2

tgagaagctt gcttcttatc gattctagtg gcaaacgggt gagtaacgcg taagcaacct 60

gcccttcaga tggggacaac agctggaaac ggctgctaat accgaatacg ttctttccgc 120

cgcatgacgg gaagaagaaa gggaggcctt cgggctttcg ctggaggagg ggcttgcgtc 180

tgattagcta gttggagggg taacggccca ccaaggcgac gatcagtagc cggtctgaga 240

ggatgaacgg ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg 300

ggaatcttcc gcaatggacg aaagtctgac ggagcaacgc cgcgtgaacg atgacggcct 360

tcgggttgta aagttctgtt atatgggacg aacaggacat cggttaatac ccggtgtctt 420

tgacggtacc gtaagagaaa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta 480

ggtggcaagc gttgtccgga attattgggc gtaaagggcg cgcaggcggc atcgcaagtc 540

ggtcttaaaa gtgcggggct taaccccgtg aggggaccga aactgtgaag ctcgagtgtc 600

ggagaggaaa gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc 660

agtggcgaaa gcggctttct ggacgacaac tgacgctgag gcgcgaaagc caggggagca 720

aacgggatta gataccccgg tagtcctggc cgtaaacgat ggatactagg tgtaggaggt 780

atcgactcct tctgtgccgg agttaacgca ataagtatcc cgcctgggga gtacggccgc 840

aaggctgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa 900

ttcgacgcaa cgcgaagaac cttaccaagc cttgacattg attgctacgg aaagagattt 960

ccggttcttc ttcggaagac aagaaaacag gtggtgcacg gctgtcgtca gctcgtgtcg 1020

tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttctgttg ccagcacctc 1080

gggtggggac tcagaagaga ctgccgcaga caatgcggag gaaggcgggg atgacgtcaa 1140

gtcatcatgc cccttatggc ttgggctaca cacgtactac aatggctctt aatagaggga 1200

agcgaaggag cgatccggag caaaccccaa aaacagagtc ccagttcgga ttgcaggctg 1260

caactcgcct gcatgaagca ggaatcgcta gtaatcgcag gtcagcatac tgcggtgaat 1320

acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcattca cacccgaagc 1380

cggtgaggca accgcaag 1398

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> TPH1正向引物

<400> 3

aaagagcgta caggtttttc 20

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> TPH1反向引物

<400> 4

gtctcacata ttgagtgcag 20

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> β-肌动蛋白正向引物

<400> 5

gatcaagatc attgctcctc 20

<210> 6

<211> 20

<212> DNA

<213> β-肌动蛋白反向引物

<400> 6

ttgtcaagaa agggtgtaac 20

<210> 7

<211> 19

<212> DNA

<213> SLC6A4正向引物

<400> 7

aatctgccga ttttcaaag 19

<210> 8

<211> 21

<212> DNA

<213> SLC6A4反向引物

<400> 8

gtgttgtagt aggaagcaat g 21

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> TPH2正向引物

<400> 9

cactattgtg acgctgaatc 20

<210> 10

<211> 20

<212> DNA

<213> TPH2反向引物

<400> 10

agctcagaac catacatgag 20

<210> 11

<211> 1409

<212> DNA

<213> 以保藏号NCIMB 43385保藏的巨球菌菌株的共有16S rRNA序列

<400> 11

ggctggttcc ttgcggttgc ctcaccggct tcgggtgtga atgactttcg tggtgtgacg 60

ggcggtgtgt acaaggcccg ggaacgtatt caccgcagta tgctgacctg cgattactag 120

cgattcctgc ttcatgcagg cgagttgcag cctgcaatcc gaactgggac tctgtttttg 180

gggtttgctc cggatcgctc cttcgcttcc ctctattaag agccattgta gtacgtgtgt 240

agcccaagcc ataaggggca tgatgacttg acgtcatccc cgccttcctc cgcattgtct 300

gcggcagtct cttctgagtc cccaccctta gtgctggcaa cagaagatag gggttgcgct 360

cgttgcggga cttaacccaa catctcacga cacgagctga cgacagccgt gcaccacctg 420

ttttcttgtc ttccgaagaa gaaccggaaa tctctttccg tagcaatcaa tgtcaaggct 480

tggtaaggtt cttcgcgttg cgtcgaatta aaccacatac tccaccgctt gtgcgggccc 540

ccgtcaattc ctttgagttt cagccttgcg gccgtactcc ccaggcggga tacttattgc 600

gttaactccg gcacagaagg agtcgatacc tcctacacct agtatccatc gtttacggcc 660

aggactaccg gggtatctaa tcccgtttgc tcccctggct ttcgcgcctc agcgtcagtt 720

gtcgtccaga aagccgcttt cgccactggt gttcctccta atatctacgc atttcaccgc 780

tacactagga attccgcttt cctctccgac actcgagctt cacagtttcg gtcccctcac 840

ggggttaagc cccgcacttt taagaccgac ttgcgatgcc gcctgcgcgc cctttacgcc 900

caataattcc ggacaacgct tgccacctac gtattaccgc ggctgctggc acgtagttag 960

ccgtggcttt ctcttacggt accgtcaggg ataacgggta ttgaccgcta tcctgttcgt 1020

cccatataac agaactttac aacccgaagg ccgtcatcgt tcacgcggcg ttgctccgtc 1080

agactttcgt ccattgcgga agattcccca ctgctgcctc ccgtaggagt ctgggccgtg 1140

tctcagtccc aatgtggccg ttcatcctct cagaccggct actgatcgtc gccttggtgg 1200

gccgttaccc ctccaactag ctaatcagac gcaagcccct cctccagcga aagcccgaag 1260

gcctcccttt cttcatcccg tcatgcggcg gaaagaacgt attcggtatt agcagccgtt 1320

tccagctgtt gtccccatct gaagggcagg ttgcttacgc gttactcacc cgtttgccac 1380

tcgaattgat aagaagcaag cttctcatc 1409

<210> 12

<211> 1415

<212> DNA

<213> 以保藏号ncimb 43388保藏的马氏巨球菌菌株的共有16S rrna序列

<400> 12

ggctggttcc ttgcggttgc ctcaccggct tcgggtgtga atgactttcg tggtgtgacg 60

ggcggtgtgt acaaggcccg ggaacgtatt caccgcagta tgctgacctg cgattactag 120

cgattcctgc ttcatgcagg cgagttgcag cctgcaatcc gaactgggac tctgtttttg 180

gggtttgctc cggatcgctc cttcgcttcc ctctattaag agccattgta gtacgtgtgt 240

agcccaagcc ataaggggca tgatgacttg acgtcatccc cgccttcctc cgcattgtct 300

gcggcagtct cttctgagtc cccacccgag gtgctggcaa cagaagatag gggttgcgct 360

cgttgcggga cttaacccaa catctcacga cacgagctga cgacagccgt gcaccacctg 420

ttttcttgtc ttccgaagaa gaaccggaaa tctctttccg tagcaatcaa tgtcaaggct 480

tggtaaggtt cttcgcgttg cgtcgaatta aaccacatac tccaccgctt gtgcgggccc 540

ccgtcaattc ctttgagttt cagccttgcg gccgtactcc ccaggcggga tacttattgc 600

gttaactccg gcacagaagg agtcgatacc tcctacacct agtatccatc gtttacggcc 660

aggactaccg gggtatctaa tcccgtttgc tcccctggct ttcgcgcctc agcgtcagtt 720

gtcgtccaga aagccgcttt cgccactggt gttcctccta atatctacgc atttcaccgc 780

tacactagga attccgcttt cctctccgac actcgagctt cacagtttcg gtcccctcac 840

ggggttaagc cccgcacttt taagaccgac ttgcgatgcc gcctgcgcgc cctttacgcc 900

caataattcc ggacaacgct tgccacctac gtattaccgc ggctgctggc acgtagttag 960

ccgtggcttt ctcttacggt accgtcaaag acaccgggta ttaaccgatg tcctgttcgt 1020

cccatataac agaactttac aacccgaagg ccgtcatcgt tcacgcggcg ttgctccgtc 1080

agactttcgt ccattgcgga agattcccca ctgctgcctc ccgtaggagt ctgggccgtg 1140

tctcagtccc aatgtggccg ttcatcctct cagaccggct actgatcgtc gccttggtgg 1200

gccgttaccc ctccaactag ctaatcagac gcaagcccct cctccagcga aagcccgaag 1260

gcctcccttt cttcttcccg tcatgcggcg gaaagaacgt attcggtatt agcagccgtt 1320

tccagctgtt gtccccatct gaagggcagg ttgcttacgc gttactcacc cgtttgccac 1380

tagaatcgat aagaagcaag cttctcatgt cttct 1415

<210> 13

<211> 1433

<212> DNA

<213> 以保藏号NCIMB 43389保藏的马氏巨球菌菌株的共有16S rRNA序列

<400> 13

cgacggctgg ttccttgcgg ttgcctcacc ggcttcgggt gtgaatgact ttcgtggtgt 60

gacgggcggt gtgtacaagg cccgggaacg tattcaccgc agtatgctga cctgcgatta 120

ctagcgattc ctgcttcatg caggcgagtt gcagcctgca atccgaactg ggactctgtt 180

tttggggttt gctccggatc gctccttcgc ttccctctat taagagccat tgtagtacgt 240

gtgtagccca agccataagg ggcatgatga cttgacgtca tccccgcctt cctccgcatt 300

gtctgcggca gtctcttctg agtccccacc cgaggtgctg gcaacagaag ataggggttg 360

cgctcgttgc gggacttaac ccaacatctc acgacacgag ctgacgacag ccgtgcacca 420

cctgttttct tgtcttccga agaagaaccg gaaatctctt tccgtagcaa tcaatgtcaa 480

ggcttggtaa ggttcttcgc gttgcgtcga attaaaccac atactccacc gcttgtgcgg 540

gcccccgtca attcctttga gtttcagcct tgcggccgta ctccccaggc gggatactta 600

ttgcgttaac tccggcacag aaggagtcga tacctcctac acctagtatc catcgtttac 660

ggccaggact accggggtat ctaatcccgt ttgctcccct ggctttcgcg cctcagcgtc 720

agttgtcgtc cagaaagccg ctttcgccac tggtgttcct cctaatatct acgcatttca 780

ccgctacact aggaattccg ctttcctctc cgacactcga gcttcacagt ttcggtcccc 840

tcacggggtt aagccccgca cttttaagac cgacttgcga tgccgcctgc gcgcccttta 900

cgcccaataa ttccggacaa cgcttgccac ctacgtatta ccgcggctgc tggcacgtag 960

ttagccgtgg ctttctctta cggtaccgtc aaagacaccg ggtattaacc gatgccctgt 1020

tcgtcccata taacagaact ttacaacccg aaggccgtca tcgttcacgc ggcgttgctc 1080

cgtcagactt tcgtccattg cggaagattc cccactgctg cctcccgtag gagtctgggc 1140

cgtgtctcag tcccaatgtg gccgttcatc ctctcagacc ggctactgat cgtcgccttg 1200

gtgggccgtt acccctccaa ccagctaatc agacgcaagc ccctcctcca gcgaaagccc 1260

gaaggcctcc ctttcttctt cccgtcatgc ggcggaaaga acgtattcgg tattagcagc 1320

cgtttccagc tgttgtcccc atctgaaggg caggttgctt acgcgttact cacccgtttg 1380

ccactagaat cgataagaag caagcttctc atgtcttctc gttcgacttg cat 1433

<210> 14

<211> 1431

<212> DNA

<213> 以保藏号NCIMB 43386保藏的巨球菌菌株的共有16S rRNA序列

<400> 14

cgacggctgg ttccttgcgg ttgcctcacc ggcttcgggt gtgaatgact ttcgtggtgt 60

gacgggcggt gtgtacaagg cccgggaacg tattcaccgc agtatgctga cctgcgatta 120

ctagcgattc ctgcttcatg caggcgagtt gcagcctgca atccgaactg ggactctgtt 180

tttggggttt gctccggatc gctccttcgc ttccctctat taagagccat tgtagtacgt 240

gtgtagccca agccataagg ggcatgatga cttgacgtca tccccgcctt cctccgcatt 300

gtctgcggca gtctcttctg agtccccacc cttagtgctg gcaacagaag ataggggttg 360

cgctcgttgc gggacttaac ccaacatctc acgacacgag ctgacgacag ccgtgcacca 420

cctgttttct tgtcttccga agaagaaccg gaaatctctt tccgtagcaa tcaatgtcaa 480

ggcttggtaa ggttcttcgc gttgcgtcga attaaaccac atactccacc gcttgtgcgg 540

gcccccgtca attcctttga gtttcagcct tgcggccgta ctccccaggc gggatactta 600

ttgcgttaac tccggcacag aaggagtcga tacctcctac acctagtatc catcgtttac 660

ggccaggact accggggtat ctaatcccgt ttgctcccct ggctttcgcg cctcagcgtc 720

agttgtcgtc cagaaagccg ctttcgccac tggtgttcct cctaatatct acgcatttca 780

ccgctacact aggaattccg ctttcctctc cgacactcga gcttcacagt ttcggtcccc 840

tcacggggtt aagccccgca cttttaagac cgacttgcga tgccgcctgc gcgcccttta 900

cgcccaataa ttccggacaa cgcttgccac ctacgtatta ccgcggctgc tggcacgtag 960

ttagccgtgg ctttctctta cggtaccgtc agggataacg ggtattgacc gctatcctgt 1020

tcgtcccata taacagaact ttacaacccg aaggccgtca tcgttcacgc ggcgttgctc 1080

cgtcagactt tcgtccattg cggaagattc cccactgctg cctcccgtag gagtctgggc 1140

cgtgtctcag tcccaatgtg gccgttcatc ctctcagacc ggctactgat cgtcgccttg 1200

gtgggccgtt acccctccaa ctagctaatc agacgcaagc ccctcctcca gcgaaagccc 1260

gaaggcctcc ctttcttcat cccgtcatgc ggcggaaaga acgtattcgg tattagcagc 1320

cgtttccagc tgttgtcccc atctgaaggg caggttgctt acgcgttact cacccgtttg 1380

ccactcgaat tgataagaag caagcttctc atctcttctc gttcgactgc a 1431

<210> 15

<211> 1434

<212> DNA

<213> 以保藏号NCIMB 43387保藏的巨球菌菌株的共有16S rRNA序列

<400> 15

tcgaacggct ggttccttgc ggttgcctca ccggcttcgg gtgtgaatga ctttcgtggt 60

gtgacgggcg gtgtgtacaa ggcccgggaa cgtattcacc gcagtatgct gacctgcgat 120

tactagcgat tcctgcttca tgcaggcgag ttgcagcctg caatccgaac tgggactctg 180

tttttggggt ttgctccgga tcgctccttc gcttccctct attaagagcc attgtagtac 240

gtgtgtagcc caagccataa ggggcatgat gacttgacgt catccccgcc ttcctccgca 300

ttgtctgcgg cagtctcttc tgagtcccca cccttagtgc tggcaacaga agataggggt 360

tgcgctcgtt gcgggactta acccaacatc tcacgacacg agctgacgac agccgtgcac 420

cacctgtttt cttgtcttcc gaagaagaac cggaaatctc tttccgtagc aatcaatgtc 480

aaggcttggt aaggttcttc gcgttgcgtc gaattaaacc acatactcca ccgcttgtgc 540

gggcccccgt caattccttt gagtttcagc cttgcggccg tactccccag gcgggatact 600

tattgcgtta actccggcac agaaggagtc gatacctcct acacctagta tccatcgttt 660

acggccagga ctaccggggt atctaatccc gtttgctccc ctggctttcg cgcctcagcg 720

tcagttgtcg tccagaaagc cgctttcgcc actggtgttc ctcctaatat ctacgcattt 780

caccgctaca ctaggaattc cgctttcctc tccgacactc gagcttcaca gtttcggtcc 840

cctcacgggg ttaagccccg cacttttaag accgacttgc gatgccgcct gcgcgccctt 900

tacgcccaat aattccggac aacgcttgcc acctacgtat taccgcggct gctggcacgt 960

agttagccgt ggctttctct tacggtaccg tcagggataa cgggtattga ccgctatcct 1020

gttcgtccca tataacagaa ctttacaacc cgaaggccgt catcgttcac gcggcgttgc 1080

tccgtcagac tttcgtccat tgcggaagat tccccactgc tgcctcccgt aggagtctgg 1140

gccgtgtctc agtcccaatg tggccgttca tcctctcaga ccggctactg atcgtcgcct 1200

tggtgggccg ttacccctcc aactagctaa tcagacgcaa gcccctcctc cagcgaaagc 1260

ccgaaggcct ccctttcttc atcccgtcat gcggcggaaa gaacgtattc ggtattagca 1320

gccgtttcca gctgttgtcc ccatctgaag ggcaggttgc ttacgcgtta ctcacccgtt 1380

tgccactcga attgataaga agcaagcttc tcatctcttc tcgttcgact tgca 1434

<210> 16

<211> 1525

<212> DNA

<213> 以保藏号NCIMB 8927保藏的埃氏巨球菌菌株的共有16S rRNA序列

<400> 16

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

gagaagagat gagaagcttg cttcttatcg attcgagtgg caaacgggtg agtaacgcgt 120

aagcaacctg cccttcagat ggggacaaca gctggaaacg gctgctaata ccgaatacgt 180

tctttttgtc gcatggcaga gggaagaaag ggaggctctt cggagctttc gctgaaggag 240

gggcttgcgt ctgattagct agttggaggg gtaacggccc accaaggcga cgatcagtag 300

ccggtctgag aggatgaacg gccacattgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga 360

ggcagcagtg gggaatcttc cgcaatggac gaaagtctga cggagcaacg ccgcgtgaac 420

gatgacggcc ttcgggttgt aaagttctgt tatacgggac gaatggcgta gcggtcaata 480

cccgttacga gtgacggtac cgtaagagaa agccacggct aactacgtgc cagcagccgc 540

ggtaatacgt aggtggcaag cgttgtccgg aattattggg cgtaaagggc gcgcaggcgg 600

cgtcgtaagt cggtcttaaa agtgcggggc ttaaccccgt gaggggaccg aaactgcgat 660

gctagagtat cggagaggaa agcggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta 720

ggaggaacac cagtggcgaa agcggctttc tggacgacaa ctgacgctga ggcgcgaaag 780

ccaggggagc aaacgggatt agataccccg gtagtcctgg ccgtaaacga tggatactag 840

gtgtaggagg tatcgacccc ttctgtgccg gagttaacgc aataagtatc ccgcctgggg 900

agtacggccg caaggctgaa actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagt 960

atgtggttta attcgacgca acgcgaagaa ccttaccaag ccttgacatt gattgctatg 1020

gatagagata tccagttcct cttcggagga caagaaaaca ggtggtgcac ggctgtcgtc 1080

agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaacccct atcttctgtt 1140

accagcggtt cggccgggga ctcaggagag actgccgcag acaatgcgga ggaaggcggg 1200

gatgacgtca agtcatcatg ccccttatgg cttgggctac acacgtacta caatggctct 1260

taatagaggg aagcgaagga gcgatccgga gcaaacccca aaaacagagt cccagttcgg 1320

attgcaggct gcaactcgcc tgcatgaagc aggaatcgct agtaatcgca ggtcagcata 1380

ctgcggtgaa tacgttcccg ggccttgtac acaccgcccg tcacaccacg aaagtcattc 1440

acacccgaag ccggtgaggt aaccttttgg agccagccgt ccaaggtggg ggcgatgatt 1500

ggggtgaagt cgtaacaagg taacc 1525

Claims (19)

1.一种包含巨球菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症。

2.根据权利要求1所述所使用的组合物，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的精神病症。

3.根据权利要求1或2所述所使用的组合物，其中所述病症选自由以下组成的组：抑郁症、焦虑、创伤后应激障碍(PTSD)和强迫症。

4.根据权利要求3所述所使用的组合物，其中所述病症是抑郁症。

5.根据权利要求3所述所使用的组合物，其中所述病症是PTSD。

6.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物经由色氨酸羟化酶途径增加所述受试者中血清素的产生。

7.根据权利要求6所述所使用的组合物，其中当施用至所述受试者时，所述组合物增加所述受试者中色氨酸羟化酶1和色氨酸羟化酶2的表达。

8.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加所述受试者神经元中血清素转运体的表达。

9.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中当施用至受试者时，所述组合物增加所述受试者大脑中血清素的分泌。

10.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株产生以下代谢物中的一种或多种：丁酸盐、戊酸和己酸，并且消耗乙酸盐和丙酸盐中的一种或两种，任选地其中所述细菌菌株产生丁酸盐、戊酸和己酸并消耗乙酸盐和丙酸盐。

11.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与巨球菌属的细菌菌株的16S rRNA序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。

12.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列，或者其中所述细菌菌株具有由SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者表示的16s rRNA基因序列。

13.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株是马氏巨球菌。

14.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQID NO:1或2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列。

15.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQID NO:2具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rRNA基因序列，或者其中所述细菌菌株具有由SEQ ID NO:2表示的16s rRNA基因序列。

16.根据前述权利要求中任一项所述所使用的组合物，其中待治疗的所述受试者已施用或待施用选择性血清素再摄取抑制剂。

17.一种选择性血清素再摄取抑制剂，其用于治疗或预防以血清素缺乏为特征的病症，其中待治疗的所述受试者已接受或待接受以权利要求1-15中任一项为特征的组合物。

18.一种用于治疗的细菌菌株，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16S rRNA序列。

19.一种具有由SEQ ID NO:11、12、13、14、15或16中的任一者表示的16S rRNA序列的细菌菌株，其用于治疗。

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