CN112567051A - 肝癌特异性生物标志物 - Google Patents
肝癌特异性生物标志物 Download PDFInfo
- Publication number
- CN112567051A CN112567051A CN201980053149.7A CN201980053149A CN112567051A CN 112567051 A CN112567051 A CN 112567051A CN 201980053149 A CN201980053149 A CN 201980053149A CN 112567051 A CN112567051 A CN 112567051A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- fetoprotein
- alpha
- liver cancer
- neurotrophin
- hyaluronic acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 33
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 title claims description 108
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 title claims description 107
- 108010026331 alpha-Fetoproteins Proteins 0.000 claims abstract description 104
- 102000013529 alpha-Fetoproteins Human genes 0.000 claims abstract description 103
- 229920002674 hyaluronan Polymers 0.000 claims abstract description 101
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 claims abstract description 101
- KIUKXJAPPMFGSW-DNGZLQJQSA-N (2S,3S,4S,5R,6R)-6-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-Acetamido-2-[(2S,3S,4R,5R,6R)-6-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-2,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy-2-carboxy-4,5-dihydroxyoxan-3-yl]oxy-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy-3,4,5-trihydroxyoxane-2-carboxylic acid Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O3)C(O)=O)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)NC(C)=O)[C@@H](C(O)=O)O1 KIUKXJAPPMFGSW-DNGZLQJQSA-N 0.000 claims abstract description 89
- 229960003160 hyaluronic acid Drugs 0.000 claims abstract description 89
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 88
- 102100029219 Thrombospondin-4 Human genes 0.000 claims abstract description 87
- 229940097998 neurotrophin 4 Drugs 0.000 claims abstract description 79
- 108010060815 thrombospondin 4 Proteins 0.000 claims abstract description 75
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 65
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims abstract description 63
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 claims abstract description 59
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 claims abstract description 55
- 102000003683 Neurotrophin-4 Human genes 0.000 claims abstract description 48
- 108090000099 Neurotrophin-4 Proteins 0.000 claims abstract description 48
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims abstract description 46
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims abstract description 46
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 claims abstract description 46
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 claims abstract description 46
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 26
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims description 64
- 101000837581 Homo sapiens Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T Proteins 0.000 claims description 45
- 102100028705 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T Human genes 0.000 claims description 42
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 35
- 102000007339 Nerve Growth Factor Receptors Human genes 0.000 claims description 33
- 108010032605 Nerve Growth Factor Receptors Proteins 0.000 claims description 33
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 26
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 22
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 20
- -1 paralogous domain 1 Proteins 0.000 claims description 19
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 17
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 16
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 16
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 claims description 14
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 11
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 10
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 10
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 claims description 10
- 102000009331 Homeodomain Proteins Human genes 0.000 claims description 9
- 108010048671 Homeodomain Proteins Proteins 0.000 claims description 9
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 9
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 9
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 7
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 claims description 6
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 6
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims description 6
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 5
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 4
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 4
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 4
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 3
- 102000053028 CD36 Antigens Human genes 0.000 claims description 3
- 108010045374 CD36 Antigens Proteins 0.000 claims description 3
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 claims description 3
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 claims description 3
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 claims description 3
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 claims description 3
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 claims description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 claims description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 claims description 2
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 claims description 2
- 239000013068 control sample Substances 0.000 claims description 2
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 claims description 2
- 238000000760 immunoelectrophoresis Methods 0.000 claims description 2
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 claims description 2
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims description 2
- 108010063338 receptorphin Proteins 0.000 claims description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims 1
- 101000633617 Homo sapiens Thrombospondin-4 Proteins 0.000 abstract description 12
- 101001007738 Homo sapiens Neurexophilin-4 Proteins 0.000 abstract description 11
- 101000583156 Homo sapiens Pituitary homeobox 1 Proteins 0.000 abstract description 11
- 102100027531 Neurexophilin-4 Human genes 0.000 abstract description 11
- 102100030345 Pituitary homeobox 1 Human genes 0.000 abstract description 11
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 3
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 26
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 22
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 18
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 18
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 16
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 15
- 208000019425 cirrhosis of liver Diseases 0.000 description 13
- KIUKXJAPPMFGSW-MNSSHETKSA-N hyaluronan Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)C1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O[C@H]2[C@@H](C(O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O3)C(O)=O)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)NC(C)=O)[C@@H](C(O)=O)O1 KIUKXJAPPMFGSW-MNSSHETKSA-N 0.000 description 12
- 229940099552 hyaluronan Drugs 0.000 description 12
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 11
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 11
- 206010016654 Fibrosis Diseases 0.000 description 9
- 230000007882 cirrhosis Effects 0.000 description 9
- 206010008909 Chronic Hepatitis Diseases 0.000 description 8
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 7
- 239000000306 component Substances 0.000 description 5
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- 102100040750 CUB and sushi domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 3
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 3
- 101000892017 Homo sapiens CUB and sushi domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 3
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- 235000019333 sodium laurylsulphate Nutrition 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 3
- 102100025450 DNA replication factor Cdt1 Human genes 0.000 description 2
- 102100033201 G2/mitotic-specific cyclin-B2 Human genes 0.000 description 2
- 102000010956 Glypican Human genes 0.000 description 2
- 108050001154 Glypican Proteins 0.000 description 2
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 2
- 101000914265 Homo sapiens DNA replication factor Cdt1 Proteins 0.000 description 2
- 101000713023 Homo sapiens G2/mitotic-specific cyclin-B2 Proteins 0.000 description 2
- 101000722006 Homo sapiens Olfactomedin-like protein 2B Proteins 0.000 description 2
- 102100025388 Olfactomedin-like protein 2B Human genes 0.000 description 2
- 102000043276 Oncogene Human genes 0.000 description 2
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 2
- 102000052575 Proto-Oncogene Human genes 0.000 description 2
- 108700020978 Proto-Oncogene Proteins 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 2
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 2
- 239000002115 aflatoxin B1 Substances 0.000 description 2
- OQIQSTLJSLGHID-WNWIJWBNSA-N aflatoxin B1 Chemical compound C=1([C@@H]2C=CO[C@@H]2OC=1C=C(C1=2)OC)C=2OC(=O)C2=C1CCC2=O OQIQSTLJSLGHID-WNWIJWBNSA-N 0.000 description 2
- 229930020125 aflatoxin-B1 Natural products 0.000 description 2
- 102000012086 alpha-L-Fucosidase Human genes 0.000 description 2
- 108010061314 alpha-L-Fucosidase Proteins 0.000 description 2
- 239000012503 blood component Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 238000009795 derivation Methods 0.000 description 2
- 239000000104 diagnostic biomarker Substances 0.000 description 2
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000010199 gene set enrichment analysis Methods 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 210000005228 liver tissue Anatomy 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 2
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 230000004899 motility Effects 0.000 description 2
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- HMUNWXXNJPVALC-UHFFFAOYSA-N 1-[4-[2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylamino)pyrimidin-5-yl]piperazin-1-yl]-2-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)ethanone Chemical compound C1C(CC2=CC=CC=C12)NC1=NC=C(C=N1)N1CCN(CC1)C(CN1CC2=C(CC1)NN=N2)=O HMUNWXXNJPVALC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000005749 Anthriscus sylvestris Nutrition 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N COP(O)=O Chemical class COP(O)=O QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 1
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 102100040996 Cochlin Human genes 0.000 description 1
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 241001272567 Hominoidea Species 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000748988 Homo sapiens Cochlin Proteins 0.000 description 1
- 206010020843 Hyperthermia Diseases 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 108010094028 Prothrombin Proteins 0.000 description 1
- 102100027378 Prothrombin Human genes 0.000 description 1
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108050002653 Retinoblastoma protein Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 201000000839 Vitamin K Deficiency Bleeding Diseases 0.000 description 1
- 206010047634 Vitamin K deficiency Diseases 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010063628 acarboxyprothrombin Proteins 0.000 description 1
- 230000004520 agglutination Effects 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 231100000357 carcinogen Toxicity 0.000 description 1
- 239000003183 carcinogenic agent Substances 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 230000002301 combined effect Effects 0.000 description 1
- 238000010835 comparative analysis Methods 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000009109 curative therapy Methods 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 150000002016 disaccharides Chemical class 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005538 encapsulation Methods 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 description 1
- 231100000118 genetic alteration Toxicity 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000007417 hierarchical cluster analysis Methods 0.000 description 1
- 230000036031 hyperthermia Effects 0.000 description 1
- 230000000951 immunodiffusion Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 208000037819 metastatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000011575 metastatic malignant neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 description 1
- 150000008298 phosphoramidates Chemical class 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 1
- 229940039716 prothrombin Drugs 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J sodium diphosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 229940048086 sodium pyrophosphate Drugs 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- ZZIZZTHXZRDOFM-XFULWGLBSA-N tamsulosin hydrochloride Chemical compound [H+].[Cl-].CCOC1=CC=CC=C1OCCN[C@H](C)CC1=CC=C(OC)C(S(N)(=O)=O)=C1 ZZIZZTHXZRDOFM-XFULWGLBSA-N 0.000 description 1
- 235000019818 tetrasodium diphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001577 tetrasodium phosphonato phosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 208000016794 vitamin K deficiency hemorrhagic disease Diseases 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/471—Pregnancy proteins, e.g. placenta proteins, alpha-feto-protein, pregnancy specific beta glycoprotein
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/78—Connective tissue peptides, e.g. collagen, elastin, laminin, fibronectin, vitronectin, cold insoluble globulin [CIG]
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/9015—Ligases (6)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/91045—Acyltransferases (2.3)
- G01N2333/91074—Aminoacyltransferases (general) (2.3.2)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/60—Complex ways of combining multiple protein biomarkers for diagnosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及一种使用其表达针对肝细胞癌特异性改变的基因作为用于检测及诊断肝癌细胞的生物标志物,作为本发明生物标志物的透明质酸介导的运动受体(HMMR)、神经亲和素4(NXPH4)、成对同源异型域1(PITX1)、血小板反应蛋白4(THBS4)或泛素结合酶E2T(UBE2T)会针对肝细胞癌特异性地改变其表达,因此具有如下效果:可将它们用作肝细胞癌特异性标志物,若将它们分别单独使用或与甲胎蛋白一同使用或另外组合,则可以更加特异性和准确地诊断肝细胞癌。
Description
技术领域
本发明涉及肝癌特异性生物标志物,更加详细地,涉及一种使用其表达针对肝细胞癌特异性改变的基因作为用于检测及诊断肝癌细胞的生物标志物。
背景技术
在癌症中,肝癌被公知为是世界上最致命的癌症之一,据报道,尤其是在亚洲和撒哈拉以南的非洲每年有超过约50万人死于肝癌。肝癌大致可分为由肝细胞自身引起的原发性肝癌(肝细胞癌;hepatocellular carcinoma)和由其他组织的癌症转移到肝脏而引起的转移性肝癌,其中,约90%以上肝癌为原发性肝癌。
肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上第五大最常见的肿瘤,每年有50万人死于肝癌(Okuda 2000)。在过去20年中,肝癌细胞患者的生存率并未提高,其发病率大约等于死亡率(Marrero、Fontana et al 2005)。由乙型肝炎病毒或丙型肝炎病毒感染以及暴露于诸如黄曲霉毒素B1(aflatoxin B1)等致癌物引起的慢性肝炎被公知为是肝癌细胞的主要危险因素(Thorgeirsson and Grisham 2002),尽管已经有报道称从细胞周期机制进展到G1阶段的细胞周期调节物质的变化与肝癌的形成有关(Hui et al,Hepatogasteroenterology 45:1635-1642,1998),但尚不清楚与肝癌的发病和进展有关的细胞内分子机制。根据以往的研究,当诸如各种生长因子基因之类的原癌基因(protooncogene)因各种原因而突变为癌基因(oncogene)且过表达或过度活跃,或者诸如Rb蛋白或p53蛋白之类的肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene)因各种原因而突变且表达不足或丧失功能时,据报道,会引起包括肝癌在内的各种肝癌的发病和进展。除此之外,据报道,在肝癌患者组织中确认到DNA突变和基因表达的遗传变异(genetic alteration)等(Park et al,Cancer Res 59:307-310,1999;Bjersing et al,J Intern Med 234:339-340,1993;Tsopanomichalou et al,Liver 19:305-311,1999;Kusano et al,Hepatology29:1858-1862,1999;Keck et al,Cancer Genet Cytogenet 111:37-44,1999)。近年来,人们认识到包括肝癌在内的大多数癌症的发病及进展并非由特定的几个基因引起,而是由与细胞周期、信号传导等有关的各种基因的复合性相互作用引起,因此,需要对各种基因或蛋白质进行全面研究,而不是仅关注单个基因或蛋白质的表达或功能。
另一方面,尚未开发出可以在正常人群中早期准确检测出肝癌的生物标志物检测方法,用于诊断高危人群的非侵入性早期肝癌的检测方法为血清甲胎蛋白检测。开发当时提出了将20ng/mL作为可以同时达到优异的甲胎蛋白(AFP)的敏感性和特异性的参考值,但在此情况下,敏感性仅为60%,当根据国际协会的肝癌诊断指南,以200ng/mL的标准诊断出肝癌时,虽然特异性提高,但敏感性仅为22%。根据以往的研究其结果,甲胎蛋白被公知为总体上具有约66%的敏感性和82%的特异性,因此在诊断所有肝癌患者方面存在局限性。另外,虽然尚未建立诊断标准,但有助于肝癌诊断的血清标志物包括脱羧凝血酶原(Descarboxyprothrombin,DCP)、维生素K缺乏Ⅱ诱导的凝血酶原Ⅱ(Prothrombin Inducedby Vitamin K Absence Ⅱ,PIVKA-Ⅱ)、糖基化甲胎蛋白与总甲胎蛋白(L3 fraction))分布、岩藻糖苷酶(alpha fucosidase)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖(glypican)3、热激蛋白(HSP)-70等。但是,它们中的大多数具有作为预后因子的含义,当单独使用时,其准确性低,因此尚不能用于筛选检测,并且肝癌的早期诊断被判断为已达到极限。在可进行诸如实际手术或高频热疗等治愈性治疗阶段被诊断出的患者仅限于所有肝癌患者的30%左右。
发明内容
技术问题
本发明的目的在于,开发出具有改善的特异性和敏感性的新的诊断标志物,其可以在能够根治肝癌的阶段最大限度地实现早期诊断。
技术手段
为了实现上述目的,本发明提供用于诊断肝癌的生物标志物。
并且,本发明提供用于诊断肝癌的组合物。
并且,本发明提供肝癌诊断试剂盒。
同时,本发明提供诊断肝癌所需信息的提供方法。
技术效果
根据本发明,作为本发明生物标志物的透明质酸介导的运动受体(HMMR,hyaluronan-mediated motility receptor)、神经亲和素4(NXPH4,neurexophilin 4)、成对同源异型域1(PITX1,paired-like homeodomain 1)、血小板反应蛋白4(THBS4,thrombospondin 4)或泛素结合酶E2T(UBE2T,ubiquitin-conjugating enzyme E2T)会针对肝细胞癌特异性地改变其表达,因此具有如下效果:可将它们用作肝细胞癌特异性标志物,若将它们分别单独使用或与甲胎蛋白(α-fetoprotein)一同使用或另外组合,则可以更加特异性和准确地诊断肝细胞癌。
附图说明
图1是示出本发明的肝细胞癌特异性标志物的衍生过程的示意图。
图2是示出仅在肝细胞癌中过表达的2502个前癌症基因组(Pre-Cancer Genome)的衍生过程的图。
图3是通过分析癌症基因组图谱(Cancer Genome Atlas)肝细胞癌(TCGA_LIHC)数据及基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库来对在两个数据库中均过表达的737个基因进行层次聚类分析的结果的图。
图4a-图4d是确认在GSE114564数据队列和GSE6764中均表现出过表达的10个候选标志物基因的图。
图5a-图5d示出分别分析源自TCGA_LIHC数据集及ICGC_LIRI数据集的肝癌细胞患者的非肿瘤组织及肿瘤组织的10个标志物基因的表达水平的结果。
图6a-6b示出利用GSE77314数据集来比较分析上述10个标志物基因的表达水平的结果。
图7是在独立的肝病患者队列(100名患者的771个试样)中确认作为肝癌细胞癌症标志物的甲胎蛋白值的图。
图8a-8b是通过酶联免疫吸附试验(ELISA)分析10个选定的标志物基因的表达水平的结果。
图9a-9b是使用10个标志物基因的酶联免疫吸附试验值进行受试者工作特征(ROC)曲线分析的结果。
图10是在独立的肝病患者队列(279名患者的1148个试样)中确认作为肝癌细胞癌症标志物的甲胎蛋白值的图。
图11a-11b通过酶联免疫吸附试验分析10个标志物基因的表达水平的结果。
图12a-12b是使用标志物基因的透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T的酶联免疫吸附试验值进行受试者工作特征曲线分析的结果。
图13a-13g是通过酶联免疫吸附试验分析确认在使用甲胎蛋白验证的队列中的透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T的敏感性、特异性及准确性的图。
图14a-14d是根据甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的两种标志物的组合(甲胎蛋白与透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4或泛素结合酶E2T的组合;或者透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的两种标志物的组合)或三种标志物的组合(甲胎蛋白与透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的两种标志物的组合;或者透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的三种标志物的组合)的肝细胞癌诊断效果的比较图。
最优实施方式
以下,将参照附图来通过本发明的实例对本发明进行详细描述。然而,以下实例是作为本发明的例示来提出的,当判断为针对本发明所属技术领域的普通技术人员所公知的技术或结构的具体描述有可能不必要地混淆本发明主旨的情况下,可以省略对其的详细描述,并且本发明不限于此。在下述发明要求保护范围的记载以及由此解释的等同范围内,本发明能够进行各种变形及应用。
并且,本说明书中使用的术语(terminology)是用于适当地表达本发明的优选实施例而使用的术语,其可根据使用者或操作者的意图或本发明所属领域的惯例等而变化。因此,应当基于整个说明书中的内容来对这些术语下定义。在整个说明书中,当表示某个部分“包括”某个结构要素时,只要没有特别相反的记载,这并不意味着排除其他结构要素,而是意味着还可包括其他结构要素。
除非另有指示,否则核酸从左到右沿5'→3'方向记录。说明书中例举的数值范围包括用于定义范围的数字,并且包括定义范围内的每个整数或任何非整数分数。
除非另有定义,否则本说明书中使用的所有技术术语和科学术语具有与本发明所属技术领域的普通技术人员通常所理解的含义相同的含义。可在用于测试本发明的实践中使用与本说明书中描述的内容类似或等同的任何方法和材料,但是本文中描述了优选的材料和方法。
在本发明中,术语“受试体”或“患者”是指需要治疗的任何单个个体,包括人、猿、猴、牛、狗、豚鼠、兔、鸡、昆虫等。并且,对象包括参加临床研究试验且未显示任何疾病临床表现的的任何对象或参加力学研究的对象或用作对照组的对象。
在本发明中,术语“试样(样品)”是指从对象或患者获取的生物试样。生物试样的供给源可以是新鲜、冷冻和/或保存的器官或组织样品或从活检或引物产生的固体组织;血液或任意血液组分;对象的怀孕或发育中任意时间点的细胞。在本发明的一实施例中,将血液或任意血液组分用作试样。
除非另有定义,否则本发明中使用的所有技术术语均以本发明所属技术领域的普通技术人员通常在本发明的相关领域中理解的含义相同的含义来使用。并且,在本发明中记载了优选的方法或试样,但是与其相似或等同物也包括在本发明的范畴之内。本说明书中作为参考文献记载的所有出版物的内容被并入本发明。
在一方面中,本发明涉及用于诊断肝癌的生物标志物,其包含针对肝癌表现出特异性表达变化的选自由甲胎蛋白(α-fetoprotein)、透明质酸介导的运动受体(HMMR,hyaluronan-mediated motility receptor)、神经亲和素4(NXPH4,neurexophilin 4)、成对同源异型域1(PITX1,paired-like homeodomain 1)、血小板反应蛋白4(THBS4,thrombospondin 4)及泛素结合酶E2T(UBE2T,ubiquitin-conjugating enzyme E2T)组成的组中的一种以上的基因或从上述基因表达的蛋白质。在本发明的一实施例中,图1中示出了对肝癌特异性生物标志物的识别顺序的示意图。
在一实例中,肝癌可以是肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC),并且可以是早期肝细胞癌或进展的肝细胞癌。
在一实例中,本发明的生物标志物基因的表达可以肝癌特异性地增加。
在一方面中,本发明涉及用于诊断肝癌的组合物,其包含用于在mRNA或蛋白质水平上测量选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因的表达量的制剂。
在一实例中,上述组合物可以包含用于在mRNA或蛋白质水平上测量选自由甲胎蛋白及透明质酸介导的运动受体、甲胎蛋白及神经亲和素4、甲胎蛋白及成对同源异型域1、甲胎蛋白及血小板反应蛋白4、甲胎蛋白及泛素结合酶E2T、透明质酸介导的运动受体及神经亲和素4、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1、透明质酸介导的运动受体及血小板反应蛋白4、透明质酸介导的运动受体及泛素结合酶E2T、神经亲和素4及成对同源异型域1、神经亲和素4及血小板反应蛋白4、神经亲和素4及泛素结合酶E2T、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因集的表达量的制剂。
在一实例中,上述组合物可以包含在mRNA或蛋白质水平上测量选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及神经亲和素4;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、神经亲和素4及成对同源异型域1;甲胎蛋白、神经亲和素4及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、神经亲和素4及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及成对同源异型域1;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;神经亲和素4、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;神经亲和素4、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;及神经亲和素4、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因集的表达量的制剂。
在一实例中,用于在mRNA水平上测量上述生物标志物基因的表达量的制剂可以包含标志物的核酸序列、上述核酸序列互补的核酸序列、特异性识别上述核酸序列及互补序列的片段的引物对、探针、或者引物对和探针,可通过选自由聚合酶链反应、实时荧光定量逆转录多聚酶链反应(Real-time RT-PCR)、逆转录聚合酶链反应、竞争性聚合酶链反应(Competitive RT-PCR)、核酸酶(Nuclease)保护分析(RNase,S1 nuclease assay)、原位杂交法、核酸微阵列、RNA印迹或DNA芯片组成的组中的方法进行上述测量。
在一实例中,上述生物用于在蛋白质水平上测量标志物基因的表达量的制剂可以包含特异性识别上述标志物的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、适体(aptamer)、高亲和性多聚体(avidity multimer)或拟肽(peptidomimetics),可通过选自由免疫印迹、酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay)、放射免疫分析(RIA:Radioimmunoassay)、放射免疫扩散法(radioimmunodiffusion)、免疫电泳、组织免疫染色、免疫沉淀分析法(Immunoprecipitation assay)、补体固定分析法(Complement FixationAssay),荧光激活细胞分选(FACS)、质量分析或蛋白质微阵列组成的组中的方法进行上述测量。
本发明中使用的术语“检测”或“测量”是指量化被检测或测量的对象的浓度。
在本发明中,术语“引物”是指短核酸序列,其具有短的游离3羟基(free 3hydroxyl group)的核酸序列,能够与互补的模板(template)形成碱基对(base pair),其充当用于模板链复制的起点。引物可以在适当的缓冲液及温度下,在用于聚合反应(即,DN聚合酶或逆转录酶)的试剂及不同的4种核苷三磷酸的存在下诱发DNA合成。
在本发明中,术语“探针”是指对应于能够特异性结合mRNA的数个碱基至数百个碱基的核酸片段,例如RNA或DNA等。由于被标记,因而可以确认是否存在特定的mRNA。探针能够以寡核苷酸(oligonucleotide)探针、单链DNA(single stranded DNA)探针、双链DNA(double stranded DNA)探针、RNA探针等形式制造。在本发明中,利用与上述甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4和/或泛素结合酶E2T基因互补的探针进行杂交,并且可通过是否杂交来诊断上述基因的表达水平。可以基于本技术领域中公知的技术来更改用于合适探针的选择及杂交条件,在本发明中,对此没有特别限制。
本发明的引物或探针可以使用亚磷酰胺固相载体方法或其他公知的方法化学合成。这种核酸序列可以利用本领域中公知的多种手段来进行变形。这种变形的非限制性例包括甲基化、封装、天然核苷酸的一种以上的同源物的取代以及核苷酸之间的变形,例如,变形为不带电的连接体(例:膦酸甲酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)或带电的连接体(例:硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯等)。
在本发明中,可通过优化步骤在一系列过程中确定使探针与cDNA分子杂交的合适条件。该步骤由本领域普通技术人员通过一系列过程进行,以建立用于在研究室中使用的协议。例如,温度、成分浓度、杂交及洗涤时间、缓冲液成分及其pH以及离子强度等条件取决于探针的长度、GC量及靶核苷酸序列等各种因素。用于杂交的详细条件可从“JosephSambrook,et al.,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,Cold Spring HarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(2001);以及M.L.M.Anderson,NucleicAcidHybridization,Springer-Verlag New York Inc.N.Y.(1999)”中确认。例如,在上述严格条件中的高严格条件是指在65℃下在0.5M NaHPO4、7%十二烷基硫酸钠(SDS,sodium dodecyl sulfate)、1mM EDTA中进行杂交,并且在68℃下在0.1×标准柠檬酸盐水(SSC,standard saline citrate)/0.1%十二烷基硫酸钠中进行洗涤。或者,高严格条件是指在48℃下在6×标准柠檬酸盐水/0.05%焦磷酸钠中进行洗涤。低严格条件是指例如在42℃下在0.2×标准柠檬酸盐水/0.1%十二烷基硫酸钠中进行洗涤。
在本发明中,术语“抗体”是本领域中公知的术语,是指针对抗原性位点指示的特异蛋白分子。为了本发明的目的,抗体是指与作为本发明标志物的甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4和/或泛素结合酶E2T基因中表达的蛋白质特异性结合的抗体,上述抗体可以使用公知的方法来制备。其中包括可以由上述蛋白质制成的部分肽。对本发明的抗体的形式没有特别限制,如果多克隆抗体,单克隆抗体或具有抗原结合特性的任何一种,则其一部分也包括在本发明的抗体中,并且包括所有的免疫球蛋白抗体。进而,本发明的抗体还包括特殊抗体,例如人源化抗体。
在一方面中,本发明涉及包含用于诊断肝癌的组合物的肝癌诊断试剂盒。
在一实例中,上述试剂盒还可包含用于从受试者或患者收集生物试样的工具和/或试剂,以及用于从其试样准备基因组DNA、cDNA、RNA或蛋白质的工具和/或试剂。例如,可以包含用于扩增基因组DNA的相关区域的PCR引物。上述试剂盒可包含可用于药物基因组分析的遗传因子的探针。并且,当使用这种试剂盒时,可以使用被标记的寡核苷酸来在分析过程中轻松识别。
在一实例中,上述试剂盒可进一步含有标记物质,例如DNA聚合酶、dNTP(dGTP、dCTP、dATP及dTTP)、荧光物质等。
在本发明中,术语“肝癌诊断试剂盒”是指包含本发明的用于诊断肝癌的组合物的试剂盒。因此,上述表述“肝癌诊断试剂盒”可以与“用于诊断肝癌的组合物”互换或混合使用。在本说明书中,术语“诊断”包括判断一个对象对特定疾病或病症的敏感性(susceptibility)、判断一个对象当前是否患有特定疾病或病症、判断患有特定疾病或病症的一个对象的预后(prognosis)(例如,识别前转移性或转移性癌症状、确定癌症的阶段或癌症对治疗的反应性)、或者治疗指标(therametrics)(例如,监控对象的状态以提供与治疗功效有关的信息)。
在本发明中,术语“诊断用生物标志物、用于诊断的生物标志物或诊断标志物(diagnosis marker)”是一种能够与正常细胞或组织分开来诊断是否存在肝癌细胞或组织的物,包括与正常细胞相比,在具有肝癌细胞的细胞或组织中表达增加或减少状态的诸如多肽或核酸(例:mRNA等)、脂质、糖脂、糖蛋白、糖(单糖,二糖,寡糖等)之类的有机生物分子等。为了本发明的目的,上述肝癌检测或诊断生物标志物是选自由基因甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上,并且是在肝癌中mRNA表达或蛋白质表达水平特异性增加的基因。这些标志物不仅包括基因,还包括与一种标志物互补的DNA或mRNA,并且优选为包括两种以上的这些标志物的复合标志物,更优选为选自由甲胎蛋白及透明质酸介导的运动受体;甲胎蛋白及神经亲和素4;甲胎蛋白及成对同源异型域1;甲胎蛋白及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体及神经亲和素4;透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1;透明质酸介导的运动受体及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体及泛素结合酶E2T;神经亲和素4及成对同源异型域1;神经亲和素4及血小板反应蛋白4;神经亲和素4及泛素结合酶E2T;成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及神经亲和素4;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、神经亲和素4及成对同源异型域1;甲胎蛋白、神经亲和素4及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、神经亲和素4及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及成对同源异型域1;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;神经亲和素4、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;神经亲和素4、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;及神经亲和素4、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上。
在一方面中,本发明涉及抗癌候选物质的筛选方法,其包括:步骤(a),测量肝癌细胞的甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4或泛素结合酶E2T基因的表达水平;步骤(b),向上述肝癌细胞给予抗癌候选物质并测量甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4或泛素结合酶E2T基因的表达水平;以及步骤(c),当步骤(a)中的甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4或泛素结合酶E2T基因的表达水平大于步骤(b)中的甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4或泛素结合酶E2T基因的表达水平时,判断上述抗癌候选物质为有效抗癌物质。
在一方面中,本发明涉及诊断肝癌所需信息的提供方法,其包括:步骤(a),在从受试体分离的生物试样中测量选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因的表达量;步骤(b),与正常对照组试样的对应标志物的相应结果进行比较;以及步骤(c),当步骤(a)中的生物标志物基因的表达量大于步骤(b)中的生物标志物基因的表达水平时,判断为上述受试体可能是肝癌。
在一实例中,上述方法可以进一步包括根据生物标志物基因的表达变化水平来区分早期肝癌和进展的肝癌的步骤。
在一实例中,测量上述生物标志物基因的mRNA或其蛋白质的表达水平的具体方法如下:可以在mRNA水平或蛋白质水平上检测上述基因的表达,可以使用公知工序从生物试样中分离mRNA或蛋白质,并且可以通过逆转录聚合酶链反应(reverse transcriptase-polymerase chain reaction)或实时聚合酶链反应(real time-polymerase chainreaction)来确认基因的表达水平。
在一实例中,生物试样可以包括诸如组织、细胞、全血、血清、血浆、唾液、痰液、脑脊液或尿液之类的试样等,更优选为全血、血清或血浆。
将通过以下实施例更详细地描述本发明。但是,以下实施例仅用于具体描述本发明的内容,而本发明不限于此。
具体实施方式
实施例1.利用数据库进行的血液标志物筛选
1-1.肝癌细胞特异性标志物的筛选
从独立的肝病患者队列(86名患者的108个试样)的血液试样(15个正常肝患者试样(Normal liver,NL);20个慢性肝炎患者试样(Chronic hepatitis,CH);10个肝硬化患者试样(Liver Cirrhosis,LC);18个早期肝细胞癌患者试样(Early HCC,eHCC);以及45个进展的肝细胞癌患者试样(Advanced HCC,avHCC))中选择3个独立组,并利用TRIzol试剂提取总RNA之后,利用RNA Library Prep Kit for Illumina(Cat#E7420L)制备测序文库,并通过Illumina HiSeq 2000来根据Illumina公司的标准方法进行了测序。在利用STAR及Gencode v.25绘制经过分析的肝的整个转录组(transcriptome)后,用FPKM值替换表达谱,然后用Gencode v.25分类基因类型,并用SignalP 4.1衍生了12654个信号肽。产生的所有数据均记录在开放的Omix数据库GEO中。之后衍生仅在肝细胞癌中过表达的2502个前癌症基因组(Pre-Cancer Genome)之后(图2),通过癌症基因组图谱(Cancer Genome Atlas)肝细胞癌(TCGA_LIHC)数据及基因表达综合(Gene Expression Omnibus)(GEO)数据库进行分析,从而通过层次聚类分析了这两个数据库中均过表达的737个基因。其结果,GSE114564数据库示出了分为正常肝、慢性肝炎(CHB)、肝硬化、早期肝细胞癌及进展型肝细胞癌等5个子类的系统图,TCGA_LIHC数据库示出了分为正常肝及进展型肝细胞癌等2个子类的系统图(图3)。当在2个数据集中对计算出的737个基因的表达状态进行比较时,确认到与正常肝组织相比,其进展为肝癌或在进展型肝癌中的表达变化存在显著差异。并且,为了对其进行具有两类的基因数据的分析,利用基因集富集分析(Gene set enrichiment analysis,GSEA)进行了分析,上述基因集富集分析用于在基于生物学特征组成的各种基因集中提取两类表达值在统计学上表现出显著差异的重要的基因集。分析结果,可以确认到与以往众所周知的一种肝癌队列基因集CHANG_LIVER_CANCER的数据集有非常密切的关联性(平均凝集指数NES=1.88,NES=1.85)。然后,通过确认在上述GSE114564数据队列和GSE6764中均表现出过表达的10个候选标志物基因(图4a-4d),从而筛选出仅在肝细胞癌中其表达特异性增加的10个候选标志物CCNB2、CDT1、COCH、CSMD1、HMMR、NXPH4、OLFML2B、PITX1、THBS4及UBE2T。
1-2.利用TCGA_LIHC及ICGC_LIRI区别验证正常肝和进展型肝细胞癌
为了实现从患者的血清中显著增加的生物标志物,进展型肝癌的中的表达增加率必须在统计学上显著高于正常肝的增加率,在已公开的数据中,基于可准确地测量表达的测序,以及分别分析和验证作为大规模队列的源自TCGA_LIHC数据集及ICGC_LIRI数据集的肝癌细胞患者的非肿瘤组织及肿瘤组织的10个标志物基因的表达水平,结果确认到两种队列中均表现出明显的表达差异(图5a-5d)。
1-3.肝癌细胞患者的50对配对(matched pair)分析
利用GSE77314数据集来对上述10个标志物基因的表达水平进行了比较分析,上述GSE77314数据集是作为中国肝癌患者队列在共50名肝癌患者的周围正常组织和肝癌组织中通过测序方法测得的基因的表达值,其结果,在大多数患者中,确认到与正常肝组织相比,在肝癌组织中其表达显著增加(图6a-6b)。
实施例2.第一次选定的标志物的酶联免疫吸附试验分析
2-1.确认标志物的表达谱
在确认到作为肝癌细胞癌症标志物的甲胎蛋白值的独立的肝病患者队列(100名患者的771个试样)的血液试样(16名正常肝患者的135个试样(Normal liver,NL);13名慢性肝炎患的65个试样(Chronic hepatitis,CH);15名肝硬化患者的103个试样(LiverCirrhosis,LC);35名早期肝细胞癌患者的227个试样(Early HCC,eHCC);以及24名进展的肝细胞癌患者的241个试样(Advanced HCC,avHCC))(图7)中,通过酶联免疫吸附试验分析确认到上述实施例1中选定的10个标志物基因的表达水平(图8a-8b)。
其结果,在CCNB2的情况下,从正常肝患者(NL)平均测出0.02ng/ml,慢性肝炎患者(CH)表现出0.2029ng/ml,肝硬化患者(LC)表现出0.43ng/ml,早期肝细胞癌患者(eHCC)表现出0.27ng/ml,以及进展的肝细胞癌患者(avHCC)表现出0.31ng/ml,因而LC表现出最大值。在CDT1的情况下,从正常肝患者(NL)平均测出167.7pg/ml,CH表现出230.8pg/ml,LC表现出178.2pg/ml,eHCC表现出103.5pg/ml,以及avHCC表现出146.8pg/ml,因而avHCC表现出最大值,总体上,疾病之间未表现出显著差异。在COCH的情况下,从正常肝患者(NL)平均测出1.724ng/ml,CH表现出12.78ng/ml,LC表现出10.03ng/ml,eHCC表现出6.74ng/ml,以及avHCC表现出8.025ng/ml,因此除了正常肝之外,在所有肝病及肝癌阶段均表现出较大值。在CSMD1的情况下,从正常肝患者(NL)平均测出14.8ng/ml,CH表现出11.65ng/ml,LC表现出14.48ng/ml,eHCC表现出14.72ng/ml,以及avHCC表现出15.66ng/ml,因而总体上表现出相似值。在OLFML2B的情况下,NL平均表现出175.2pg/ml,CH表现出658.8pg/ml,LC表现出338.4pg/ml,eHCC表现出284.1pg/ml,以及avHCC表现出349.6pg/ml,因而除了正常肝之外,在所有肝病及肝癌阶段均表现出较大值,尤其在CH中表现出较大值。在HMMR的情况下,从NL平均测出0.21ng/ml,CH表现出0.62ng/ml,LC表现出0.74ng/ml,eHCC表现出1.54ng/ml,以及avHCC表现出1.64ng/ml,因而与测序结果相似,该值随着肝病阶段的进展而增加。在NXPH4的情况下,NL平均表现出3.54ng/ml,CH表现出10.23ng/ml,LC表现出6.52ng/ml,eHCC表现出15.02ng/ml,以及avHCC表现出19.83ng/ml,因而在CH中略高,但与测序结果相似,该值随着肝病阶段的进展而增加。在PITX1的情况下,NL平均表现出2042pg/ml,CH表现出1994pg/ml,LC表现出3238pg/ml,eHCC表现出3314pg/ml,以及avHCC表现出6135pg/ml,因而在CH中表现出比正常值低的值,但与测序结果相似,该值随着肝病阶段的进展而增加。在THBS4的情况下,NL平均表现出45.36ng/ml,CH表现出70.96ng/ml,LC表现出141.8ng/ml,eHCC表现出229.4ng/ml,以及avHCC表现出233.6ng/ml,因而与测序结果相同,该值随着肝病阶段的进展而增加。在UBE2T的情况下,NL平均表现出16.14ng/ml,CH表现出319.9ng/ml,LC表现出426.1ng/ml,eHCC表现出505.5ng/ml,以及avHCC表现出877.2ng/ml,因而与正常肝相比,在肝病中剧增约20倍,并且该值随着肝病阶段的进展而增加。
2-2.受试者工作特征(receiver operating characteristic)曲线分析
通过酶联免疫吸附试验值对上述队列中的10个标志物基因进行了受试者工作特征曲线分析。
其结果,CSMD1、HMMR、NXPH4、OPITX1、THBS4及UBE2T与参考线相比具有统计学上显著的值,受试者工作特征曲线分析中表现出曲线下面积(AUC,area under the curve)值与甲胎蛋白相似或更大,这表明具有特性性及敏感性的标志物为HMMR、NXPH4、PITX1、THBS4及UBE2T(图9a-9b)。
实施例3.早期癌症诊断标志物HMMR、NXPH4、PITX1、THBS4及UBE2T的验证
3-1.确认标志物的表达谱
在确认到作为肝癌细胞癌症标志物的甲胎蛋白值的独立的肝病患者队列(279名患者的1148个试样)的血液试样(49名正常肝患者的222个试样(Normal liver,NL);31名慢性肝炎患者的115个试样(Chronic hepatitis,CH);46名肝硬化患者的183个试样(LiverCirrhosis,LC);77名早期肝细胞癌患者的345个试样(Early HCC,eHCC);以及64名进展的肝细胞癌患者的283个试样(Advanced HCC,avHCC))(图10)中,通过酶联免疫吸附试验分析确认到上述实施例1中选定的10个标志物基因的表达水平(图11a-11b)。
其结果,当在验证队列中分别测量5个标志物的蛋白质表达水平时,在HMMR的情况下,通过将共230个试样中的正常组与每个肝病组进行比较的结果,表现出除了肝硬化组之外,有非常显著的差异,并且确认到尤其在早期肝癌中其表达特异性地高。在NXPH4的情况下,与正常组相比,每个肝病阶段组均表现出较大的表达变化,PITX1也表现出同样的结果。在THBS4的情况下,像HMMR一样,除了肝硬化组之外,其表达显著增加,并且在早期肝癌组表现出较大值。在UBE2T的情况下,像测试队列一样,正常组中根本未表达,而在肝病阶段组中表现出表达增加。
3-2.受试者工作特征曲线分析
对上述队列中的标志物基因HMMR、NXPH4、PITX1、THBS4及UBE2T进行了受试者工作特征曲线分析。
其结果,在HMMR及THBS4的情况下,分别表现出AUC=0.856及AUC=0.772的值,因而确认到其表达水平高于以往的标志物AFP的AUC=0.749(图12a-12b)。
3-3.确认肝细胞癌的每个发展阶段的表达状态
为了确认通过AFP验证的上述HMMR、NXPH4、PITX1、THBS4及UBE2T的敏感性(sensitivity)、特异性(specificity)及准确性(accuracy),对上述队列试样进谢了酶联免疫吸附试验分析。
表1
结果示出于上述表1及图13a-13g。具体地,对于甲胎蛋白以及5个标志物进行了如下步骤:1)在非肝癌试样(正常肝、肝炎、肝硬化试样)及肝癌试样中进行比较;2)在肝病试样(肝炎、肝硬化试样)及肝癌试样中进行比较之后,仅针对早期肝癌,特异性地分别按3)非肝癌试样及4)肝病试样进行了分析。在所有4种情况下,均表现出透明质酸介导的运动受体的敏感性、特异性及准确性最大。当利用MedCal程序求出它们各自标志物的截止值(cut-off value)时,测出透明质酸介导的运动受体为0.8ng/μl,神经亲和素4为7.5ng/μl,成对同源异型域1为2475pg/μl,血小板反应蛋白4为90ng/μl,泛素结合酶E2T为40ng/μl,在截止值增加超过每个截止值的试样的情况下,分为阳性(Positive)或低的阴性(Negative)来进行分析。从正常肝中的阳性率来看,测出甲胎蛋白为2%,透明质酸介导的运动受体为0%,神经亲和素4为6%,成对同源异型域1为23%,血小板反应蛋白4为4%,以及泛素结合酶E2T为0%。在肝炎组在,测出甲胎蛋白为19%,透明质酸介导的运动受体为19%,神经亲和素4为50%,成对同源异型域1为44%,血小板反应蛋白4为44%,以及泛素结合酶E2T为63%。在肝硬化组中,测出甲胎蛋白为39%,透明质酸介导的运动受体为17%,神经亲和素4为48%,成对同源异型域1为57%,血小板反应蛋白4为4%,以及泛素结合酶E2T为70%。在早期肝癌组在,测出甲胎蛋白为33%,透明质酸介导的运动受体为83%,神经亲和素4为64%,成对同源异型域1为72%,血小板反应蛋白4为54%,以及泛素结合酶E2T为54%,因而测出的5个标志物的阳性率显著高于作为肝癌测量标志物的甲胎蛋白。在进展型肝癌组中,表现出甲胎蛋白为73%,透明质酸介导的运动受体为78%,神经亲和素4为87%,成对同源异型域1为89%,血小板反应蛋白4为62%,以及泛素结合酶E2T为67%。然后,当比较肝癌患者中的甲胎蛋白及5个标志物的阳性率时,甲胎蛋白为52%,而剩余标志物表现出高阳性率,尤其当比较甲胎蛋白为阴性的肝癌患者中的每个阳性率时,在HMMR的情况下,测出86%的高阳性率,预计这将能够补充未测出甲胎蛋白为阳性的肝癌患者。在早期肝癌组的情况下,甲胎蛋白表现出33%的阳性率,相反,在HMMR的情况下,表现出83%的高阳性率。并且在甲胎蛋白为阴性的肝癌患者中,也表现出85%的高阳性率。
实施例4.确认早期癌症诊断标志物的组合效果
对于上述实施例3-1的队列,比较了根据甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的两种标志物的组合(甲胎蛋白与透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4或泛素结合酶E2T的组合;或者透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的两种标志物的组合)或三种标志物的组合(甲胎蛋白与透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的两种标志物的组合;或者透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T中的三种标志物的组合)的肝细胞癌的诊断效果。
表2
结果示出于上述表2及图14a-14d。具体地,当组合2种标志物时,若以所有肝癌患者作为对象,则甲胎蛋白及透明质酸介导的运动受体的组合表现出92%的阳性率,透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合表现出最大的96%的阳性率。若以早期肝癌患者作为对象,则甲胎蛋白及透明质酸介导的运动受体的组合表现出90%的阳性率,透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合表现出最大的99%的阳性率。并且,在将三种标志物组合的情况下,若以所有肝癌患者作为对象,则甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及成对同源异型域1的组合以及透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T的组合表现出100%的阳性率。若以早期肝癌患者作为对象,则甲胎蛋白与透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及成对同源异型域1的组合、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及泛素结合酶E2T的组合以及透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T的组合表现出100%的阳性率。
进一步地,当对86个非肝癌试样和132个肝癌试样中表现出100%的阳性率的组合进行受试者工作特征分析时,可以确认到,与以往的甲胎蛋白相比,所有组合的曲线下面积值在统计学上均显著增加,在两种组合中,评估出甲胎蛋白及透明质酸介导的运动受体的组合最优秀,在三种组合中,甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合表现出最大值。在诊断分析方面,在两种组合中,对准确性分析的结果,测出了透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1最高,优势比也表现出最高的75.23。在三种组合中,对准确性分析的结果,甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1表现出最高的90.37%,优势比也表现出最高的87.04。并且,当对86个非肝癌试样和69个早期肝癌试样中分别表现出100%的阳性率的组合进行受试者工作特征分析时,可以确认到,与以往的甲胎蛋白相比,所有组合的曲线下面积值在统计学上均显著增加,在两种组合中,评估出透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合最优秀,在三种组合中,甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1的组合表现出最大值。在诊断分析方面,在两种组合中,对准确性分析的结果,测出了透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1为最高的88.39%,优势比也表现出最高的64.75。在三种组合中,对准确性分析的结果,甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1表现出最高的92.75%,优势比也被测出最高的65.83。
Claims (16)
1.一种用于诊断肝癌的生物标志物,其特征在于,包含选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的基因或从上述基因表达的蛋白质。
2.根据权利要求1所述的用于诊断肝癌的生物标志物,其特征在于,肝癌为肝细胞癌。
3.根据权利要求2所述的用于诊断肝癌的生物标志物,其特征在于,肝细胞癌为早期肝细胞癌或进展的肝细胞癌。
4.一种用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,包含用于在mRNA或蛋白质水平上测量选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因的表达量的制剂。
5.根据权利要求4所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,包含用于在mRNA或蛋白质水平上测量选自由甲胎蛋白及透明质酸介导的运动受体、甲胎蛋白及神经亲和素4、甲胎蛋白及成对同源异型域1、甲胎蛋白及血小板反应蛋白4、甲胎蛋白及泛素结合酶E2T、透明质酸介导的运动受体及神经亲和素4、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1、透明质酸介导的运动受体及血小板反应蛋白4、透明质酸介导的运动受体及泛素结合酶E2T、神经亲和素4及成对同源异型域1、神经亲和素4及血小板反应蛋白4、神经亲和素4及泛素结合酶E2T、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因集的表达量的制剂。
6.根据权利要求4所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,包含用于在mRNA或蛋白质水平上测量选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及神经亲和素4;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及成对同源异型域1;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、神经亲和素4及成对同源异型域1;甲胎蛋白、神经亲和素4及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、神经亲和素4及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;甲胎蛋白、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;甲胎蛋白、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及成对同源异型域1;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;透明质酸介导的运动受体、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;透明质酸介导的运动受体、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T;神经亲和素4、成对同源异型域1及血小板反应蛋白4;神经亲和素4、成对同源异型域1及泛素结合酶E2T;以及神经亲和素4、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因集的表达量的制剂。
7.根据权利要求4所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,肝癌为肝细胞癌。
8.根据权利要求7所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,肝细胞癌为早期肝细胞癌或进展的肝细胞癌。
9.根据权利要求4所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,用于在mRNA水平上测量生物标志物基因的表达量的制剂为上述标志物的核酸序列、与上述核酸序列互补的核酸序列、特异性识别上述核酸序列及互补序列的片段的引物对、探针或者引物对和探针。
10.根据权利要求9所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,通过选自由聚合酶链反应、实时荧光定量逆转录多聚酶链反应、逆转录聚合酶链反应、竞争性聚合酶链反应、核酸酶保护分析、原位杂交法、核酸微阵列、RNA印迹或DNA芯片组成的组中的方法进行测量。
11.根据权利要求4所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,用于在蛋白质水平上测量标志物基因的表达量的制剂为特异性识别上述标志物的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、适体、高亲和性多聚体或拟肽。
12.根据权利要求11所述的用于诊断肝癌的组合物,其特征在于,通过选自由免疫印迹、酶联免疫吸附试验、放射免疫分析、放射免疫扩散法、免疫电泳、组织免疫染色、免疫沉淀分析法、补体固定分析法、荧光激活细胞分选,质量分析或蛋白质微阵列组成的组中的方法进行测量。
13.一种肝癌诊断试剂盒,其特征在于,包含权利要求4所述的用于诊断肝癌的组合物。
14.一种诊断肝癌所需信息的提供方法,其特征在于,包括:
步骤(a),在从受试体分离的生物试样中测量选自由甲胎蛋白、透明质酸介导的运动受体、神经亲和素4、成对同源异型域1、血小板反应蛋白4及泛素结合酶E2T组成的组中的一种以上的生物标志物基因的表达量;
步骤(b),与正常对照组试样的对应标志物的相应结果进行比较;以及
步骤(c),当步骤(a)中的生物标志物基因的表达量大于步骤(b)中的生物标志物基因的表达水平时,判断为上述受试体可能是肝癌。
15.根据权利要求14所述的诊断肝癌所需信息的提供方法,其特征在于,生物试样为血液或血清。
16.根据权利要求15所述的诊断肝癌所需信息的提供方法,其特征在于,上述肝癌为早期肝细胞癌或进展的肝细胞癌。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020180067968A KR102180117B1 (ko) | 2018-06-14 | 2018-06-14 | 간암 특이적 바이오 마커 |
KR10-2018-0067968 | 2018-06-14 | ||
PCT/KR2019/007131 WO2019240510A1 (ko) | 2018-06-14 | 2019-06-13 | 간암 특이적 바이오 마커 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN112567051A true CN112567051A (zh) | 2021-03-26 |
Family
ID=68843484
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201980053149.7A Pending CN112567051A (zh) | 2018-06-14 | 2019-06-13 | 肝癌特异性生物标志物 |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20210254174A1 (zh) |
KR (1) | KR102180117B1 (zh) |
CN (1) | CN112567051A (zh) |
WO (1) | WO2019240510A1 (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113403382A (zh) * | 2021-06-17 | 2021-09-17 | 西安市红会医院 | Ube2f在诊治股骨头坏死中的应用 |
CN114941029A (zh) * | 2022-03-28 | 2022-08-26 | 武汉艾米森生命科技有限公司 | 肝癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒 |
CN116121374A (zh) * | 2022-09-23 | 2023-05-16 | 武汉大学 | 血液外泌体分子标志物及其在制备肝癌诊断产品中的应用 |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113943798B (zh) * | 2020-07-16 | 2023-10-27 | 中国农业大学 | 一种circ RNA作为肝细胞癌诊断标志物及治疗靶点的应用 |
CN114113611B (zh) * | 2021-12-13 | 2023-07-14 | 郑州大学 | 一种用于肝癌诊断的生物标志物及检测试剂盒 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN1659287A (zh) * | 2002-04-05 | 2005-08-24 | 美国政府健康及人类服务部 | 诊断肝癌转移或发病可能性及鉴定治疗靶点的方法 |
US20100184046A1 (en) * | 2008-11-12 | 2010-07-22 | Caris Mpi, Inc. | Methods and systems of using exosomes for determining phenotypes |
CN107345969A (zh) * | 2016-05-05 | 2017-11-14 | 中国医学科学院基础医学研究所 | 包含afp、gp73和ceacam1的血清标记物在诊断肝脏疾病中的用途 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2009234444A1 (en) | 2008-04-11 | 2009-10-15 | China Synthetic Rubber Corporation | Methods, agents and kits for the detection of cancer |
KR101520615B1 (ko) * | 2013-03-20 | 2015-05-18 | 서울대학교산학협력단 | 간암 진단용 바이오 마커 |
KR101788414B1 (ko) * | 2014-12-12 | 2017-10-19 | 서울대학교산학협력단 | 간암 조기 진단용 바이오마커 및 그 용도 |
KR20170071724A (ko) * | 2015-12-16 | 2017-06-26 | 연세대학교 산학협력단 | 간암 발생 특이적 유전자 발현에 관여하는 유전자 구조 내 cpg 섬의 dna 메틸화 변이를 이용한 간암의 예측 또는 진단 방법 |
-
2018
- 2018-06-14 KR KR1020180067968A patent/KR102180117B1/ko active IP Right Grant
-
2019
- 2019-06-13 US US17/252,066 patent/US20210254174A1/en active Pending
- 2019-06-13 CN CN201980053149.7A patent/CN112567051A/zh active Pending
- 2019-06-13 WO PCT/KR2019/007131 patent/WO2019240510A1/ko active Application Filing
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN1659287A (zh) * | 2002-04-05 | 2005-08-24 | 美国政府健康及人类服务部 | 诊断肝癌转移或发病可能性及鉴定治疗靶点的方法 |
US20100184046A1 (en) * | 2008-11-12 | 2010-07-22 | Caris Mpi, Inc. | Methods and systems of using exosomes for determining phenotypes |
CN107345969A (zh) * | 2016-05-05 | 2017-11-14 | 中国医学科学院基础医学研究所 | 包含afp、gp73和ceacam1的血清标记物在诊断肝脏疾病中的用途 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
FENG XIE 等: ""Investigation of potential molecular biomarkers and small molecule drugs for hepatocellular carcinoma transformed from cirrhosis"", 《ONCOLOGY LETTERS》, vol. 12, pages 495 - 503 * |
HOLGER HASS 等: ""Gene Expression Analysis for Evaluation of Potential Biomarkers in Hepatocellular Carcinoma"", 《ANTICANCER RESEARCH》, vol. 35, pages 2021 - 2028, XP055668175 * |
RAHUL AGARWAL 等: ""Gene expression profiling, pathway analysis and subtype classification reveal molecular heterogeneity in hepatocellular carcinoma and suggest subtype specific therapeutic targets"", 《CANCER GENETICS》, pages 37 * |
彭莉 等: "肝癌相关差异基因的生物信息学分析", 《胃肠病学和肝病学杂志》, vol. 26, no. 4, pages 399 - 403 * |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113403382A (zh) * | 2021-06-17 | 2021-09-17 | 西安市红会医院 | Ube2f在诊治股骨头坏死中的应用 |
CN113403382B (zh) * | 2021-06-17 | 2022-09-20 | 西安市红会医院 | Ube2f在诊治股骨头坏死中的应用 |
CN114941029A (zh) * | 2022-03-28 | 2022-08-26 | 武汉艾米森生命科技有限公司 | 肝癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒 |
CN114941029B (zh) * | 2022-03-28 | 2023-08-29 | 武汉艾米森生命科技有限公司 | 肝癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒 |
CN116121374A (zh) * | 2022-09-23 | 2023-05-16 | 武汉大学 | 血液外泌体分子标志物及其在制备肝癌诊断产品中的应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20210254174A1 (en) | 2021-08-19 |
KR102180117B1 (ko) | 2020-11-17 |
WO2019240510A1 (ko) | 2019-12-19 |
KR20190141340A (ko) | 2019-12-24 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN112567051A (zh) | 肝癌特异性生物标志物 | |
CN114250299A (zh) | 用于膀胱癌检测的尿标记物 | |
JP2008528024A (ja) | 肺癌診断用マーカー遺伝子 | |
KR101478826B1 (ko) | 신규한 대장암 진단용 마커 및 이를 이용한 대장암 진단 키트 | |
WO2017039359A1 (ko) | 트립토파닐 티알엔에이 합성효소를 이용한 감염 질환 또는 감염 합병증의 진단용 조성물과 진단 마커 검출 방법 | |
KR101343916B1 (ko) | 폐암의 림프절 미세전이 진단용 마커, 상기 마커에 대한프라이머를 포함하는 키트, 상기 마커 또는 상기 마커에대한 항체를 포함하는 마이크로어레이, 및 폐암의 림프절미세전이 여부를 진단하는 방법 | |
CN113817825A (zh) | 预测直肠癌患者对术前放化疗联合全直肠系膜切除术治疗敏感性的分子标志物 | |
CN113846164A (zh) | 用于预测患者对术前放化疗联合全直肠系膜切除术敏感性的标志分子及其衍生产品 | |
JP5568807B2 (ja) | プロテオミクス解析を用いたメラノーママーカーの同定 | |
US20220252608A1 (en) | Urinary exosome biomarker for diagnosing antibody-mediated rejection after kidney transplantation or predicting prognosis of patient after kidney transplantation | |
KR101995189B1 (ko) | 비침습적 체외진단을 위한 간암 진단용 바이오마커 조성물 및 이를 포함하는 키트 | |
WO2011146937A1 (en) | Methods and kits useful in diagnosing nsclc | |
KR101054952B1 (ko) | 간암 진단 및 환자 생존기간 예측용 마커인 uqcrh, 그를 포함하는 키트 및 상기 마커를 이용한 간암 환자 생존기간 예측 | |
KR101657051B1 (ko) | 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물 | |
KR101878974B1 (ko) | 신장암 진단용 조성물과 진단 마커 검출 방법 | |
CN113862357A (zh) | 基于生物标志物预测直肠癌对术前放化疗联合全直肠系膜切除术敏感性的产品及其用途 | |
CN113832228A (zh) | 生物标志物在预测直肠癌对术前放化疗联合全直肠系膜切除术的敏感性中的应用 | |
CN113862356A (zh) | 通过标志物预测直肠癌对术前放化疗联合全直肠系膜切除术治疗方案敏感性的产品 | |
KR102347899B1 (ko) | 신장이식 후 bk 바이러스 신병증의 진단 또는 예후 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 | |
KR102350228B1 (ko) | 신장이식 후 t세포 매개성 거부반응의 진단 또는 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 | |
KR101054953B1 (ko) | 간암을 진단 및 치료하기 위한 분자인 snx14, 그를 포함하는 키트 | |
KR20230019038A (ko) | 머신러닝 기반 비알코올성 지방간염 판별용 복합 마커 및 이의 용도 | |
JP2024012078A (ja) | Her2陽性乳癌治療予後予測用新規バイオマーカーおよびその用途 | |
KR101054951B1 (ko) | 간암을 진단 및 치료하기 위한 분자인 capn12, 그를 포함하는 키트 | |
KR101006226B1 (ko) | 간암을 진단하기 위한 마커인 cxcl2, 그를 포함하는키트 및 상기 마커를 이용한 간암 예측 방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |