CN111372596A - 用于治疗微生物组相关病症的方法和组合物 - Google Patents

用于治疗微生物组相关病症的方法和组合物 Download PDF

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约翰·S·艾德
托马·奥特曼
奥维尔·G·科尔特曼
詹姆斯·H·布拉德
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Abstract

本文公开了用于治疗微生物组相关病症的方法和组合物。此外，本文公开了用于调节受试者中的短链脂肪酸产生的方法和组合物。

Description

用于治疗微生物组相关病症的方法和组合物
交叉引用
本申请要求2017年8月30日提交的第62/551,983号美国临时专利申请的权益，该美国临时申请通过引用整体并入本文。
背景技术
微生物组在维持身体的生理功能方面可以发挥重要作用。微生物组的生态失调可导致多种病症。基于微生物的疗法可用于治疗微生物组相关的病症。
序列表
本申请含有序列表，该序列表已经通过EFS-Web以ASCII格式电子提交，并且通过引用整体并入本文。创建于2018年8月30日的所述ASCII副本被命名为46790-707.601.txt，大小为36,245,267个字节。
生物保藏
本申请包含对生物材料保藏的提及。以下生物材料已经保藏在Manassas,VA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并具有以下名称、保藏号和保藏日期：拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii)(PTA-123634，2016年12月14日保藏)；和丁酸梭菌(Clostridium butyricum)(PTA-123635，2016年12月14日保藏)。
发明内容
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：向受试者施用治疗有效量的组合物，其中所述组合物包含增加所述受试者中丁酸的产生的分离并纯化的微生物群体，其中所述分离并纯化的微生物群体的所述施用导致所述受试者的神经系统的调节，从而治疗所述受试者的病症。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑神经回路的微生物。
在一些实施方案中，所述神经系统的调节包括改变神经系统受体的活性。
在一些实施方案中，所述群体包含编码多肽的微生物，所述多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。
在一些实施方案中，所述神经系统是肠神经系统。在一些实施方案中，所述神经系统是中枢神经系统。
在一些实施方案中，所述组合物增加所述受试者中GLP-1的产生。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一些实施方案中，所述神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。
在一些实施方案中，所述病症是神经系统病症或行为障碍。在一些实施方案中，所述病症是焦虑。
在一些实施方案中，所述受试者具有肠生态失调。
在另一方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的代谢紊乱的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的G蛋白偶联受体(GPCR)活性的微生物。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中丁酸的产生的微生物。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中瘦素的产生的微生物。
在一些实施方案中，所述GPCR是受试者中的游离脂肪酸(FFA)受体。在一些实施方案中，所述FFA选自：FFAR1、FFAR2、FFAR3、FFAR4及其任意组合。在一些实施方案中，所述GPCR是GPR41。
在一些实施方案中，调节所述GPCR导致肽酪氨酸-酪氨酸(PYY)产生。
在一些实施方案中，调节所述GPCR导致GLP1产生。
在一些实施方案中，调节所述GPCR导致所述受试者的肠神经系统的调节。
在另一方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中吲哚-3-丙酸的产生的微生物。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。
在一些实施方案中，所述群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一些实施方案中，所述群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。
在一些实施方案中，所述治疗导致受试者的行为改善。
在一些实施方案中，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。
在一些实施方案中，所述受试者是人。
在一些实施方案中，所述方法进一步包括伴随诊断。
在一些实施方案中，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。
在一些实施方案中，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。
在一些实施方案中，所述药物组合物在食物摄取之前施用。
在一些实施方案中，所述药物组合物被配制用于口服递送。
在一些实施方案中，所述药物组合物进一步包含益生元(prebiotic)。在一些实施方案中，该益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一些实施方案中，该益生元为寡糖。在一些实施方案中，该益生元为菊粉。
在一些实施方案中，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。
在一些实施方案中，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。
在一些实施方案中，所述治疗导致受试者具有改变的微生物组。
在一些实施方案中，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipescaccae、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、双歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium infantis)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutylicum)、嗜胺梭菌(Clostridium aminophilum)、拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii)、丁酸梭菌(Clostridium butyricum)、鹌鹑梭菌(Clostridium colinum)、球形梭菌(Clostridium coccoides)、吲哚梭菌(Clostridiumindolis)、系结梭菌(Clostridium nexile)、园环梭菌(Clostridium orbiscindens)、丙酸梭菌(Clostridium propionicum)、解木素梭菌(Clostridium xylanolyticum)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、直肠真杆菌(Eubacteriumrectale)、普氏粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobactersuccinogenes)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、短乳杆菌(Lactobacillusbrevis)、保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricus)、干酪乳杆菌(Lactobacilluscasei)、高加索乳杆菌(Lactobacillus caucasicus)、发酵乳杆菌(Lactobacillusfermentum)、瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)、乳乳杆菌(Lactobacilluslactis)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、路氏乳杆菌(Lactobacillusreuteri)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、吉氏颤螺菌(Oscillospiraguilliermondii)、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)、卵瘤胃球菌(Ruminococcus obeum)、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌(Streptococcus cremoris)、屎链球菌(Streptococcus faecium)、婴儿链球菌(Streptococcus infantis)、变异链球菌(Streptococcus mutans)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipeshadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌(Clostridium sporogenes)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、粪球菌属(Coprococcus)、规则粪球菌(Coprococcus eutactus)、柱状真杆菌(Eubacterium cylindroides)、长真杆菌(Eubacterium dolichum)、凸腹真杆菌(Eubacterium ventriosum)、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌(Lacatobacillus bifidus)、约氏乳杆菌(Lactobacillusjohnsonii)、发酵氨基酸球菌(Acidaminococcus fermentans)、肠氨基酸球菌(Acidaminococcusintestine)、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌(Citrobacteramalonaticus)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacterfreundii)、氨基丁酸梭菌(Clostridium aminobutyricum)、Clostridium bartlettii、匙形梭菌(Clostridiumcochlearium)、克氏梭菌(Clostridium kluyveri)、泥渣梭菌(Clostridium limosum)、坏名梭菌(Clostridium malenominatum)、巴氏梭菌(Clostridium pasteurianum)、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌(Clostridium saccharobutylicum)、球孢梭菌(Clostridium sporosphaeroides)、斯氏梭菌(Clostridium sticklandii)、近端梭菌(Clostridium subterminale)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、假破伤风梭菌(Clostridium tetanomorphum)、氧化还原真杆菌(Eubacteriumoxidoreducens)、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌(Methanobrevibactersmithii)、摩氏摩根氏菌(Morganellamorganii)、不解糖嗜胨菌(Peptoniphilus asaccharolyticus)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)及其任意组合。
在一些实施方案中，所述组合物在受试者中产生丁酸。
在一些实施方案中，所述组合物在受试者中产生丙酸。
在一些实施方案中，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。
在一些实施方案中，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。
在一些实施方案中，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
在一些实施方案中，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
在一些实施方案中，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
在一些实施方案中，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。
在一些实施方案中，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一些实施方案中，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一些实施方案中，所述群体包含培养的微生物。
在一些实施方案中，所述群体不包含粪便物。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：向受试者施用治疗有效量的组合物，其中所述组合物包含分离并纯化的微生物群体，其中所述组合物增加所述受试者中丁酸的产生，其中所述增加的丁酸产生导致导致所述受试者的神经系统的调节，从而治疗所述受试者的病症。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑轴的微生物。在一个方面，所述群体包含编码多肽的微生物，所述多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，所述神经系统是肠神经系统。在一个方面，所述神经系统是中枢神经系统。在一个方面，所述神经系统是自主神经系统。在一个方面，所述组合物增加所述受试者中GLP-1的产生。在一个方面，所述组合物激活所述受试者中的下丘脑室旁核(PVN)、臂旁核(PBN)、孤束核(NTS)或其组合。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一个方面，所述神经递质是5-羟色胺。在一个方面，所述神经递质是多巴胺。在一个方面，所述神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。在一个方面，所述神经活性代谢物选自：支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺或其任意组合。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中炎性剂的产生的微生物。在一个方面，所述炎性剂选自：脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP或其任意组合。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中类固醇激素的产生的微生物。在一个方面，所述类固醇激素是皮质类固醇。在一个方面，所述皮质类固醇是糖皮质激素。在一个方面，所述糖皮质激素是皮质酮。在一个方面，所述糖皮质激素是皮质醇。在一个方面，所述群体包含调节所述受试者的甲状腺稳态的微生物。在一个方面，所述群体包含调节所述受试者的下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)的微生物。在一个方面，所述病症是神经系统病症或行为障碍。在一个方面，所述病症是食物成瘾、焦虑或帕金森病。在一个方面，所述受试者具有肠生态失调。
在一个方面，本公开提供了治疗有需要的受试者的病症的方法。所述方法可包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者的神经系统的微生物。在一个方面，所述神经系统是肠神经系统。在一个方面，所述神经系统是中枢神经系统。在一个方面，所述神经系统是自主神经系统。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑轴的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一个方面，神经递质是5-羟色胺。在一个方面，神经递质是多巴胺。在一个方面，神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。在一个方面，神经活性代谢物选自：支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中炎性剂的产生的微生物。在一个方面，炎性剂选自：脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中类固醇激素的产生的微生物。在一个方面，类固醇激素是皮质类固醇。在一个方面，皮质类固醇是糖皮质激素。在一个方面，糖皮质激素是皮质酮。在一个方面，糖皮质激素是皮质醇。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的甲状腺稳态的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)的微生物。在一个方面，病症是神经系统病症。在一个方面，病症是行为障碍。在一个方面，所述神经系统病症是阿尔茨海默病。在一个方面，病症是中风。在一个方面，病症是脑缺血。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含与生孢梭菌的rRNA序列具有至少约85％序列同一性的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸(SCFA)的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，所述药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的代谢紊乱的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的G蛋白偶联受体(GPCR)活性的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中丁酸的产生的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中瘦素的产生的微生物。在一个方面，GPCR是受试者中的游离脂肪酸(FFA)受体。在一个方面，FFA选自：FFAR1、FFAR2、FFAR3、FFAR4及其任意组合。在一个方面，GPCR是GPR41。在一个方面，所述GPCR活性的调节导致肽酪氨酸-酪氨酸(PYY)产生。在一个方面，调节所述GPCR导致GLP1产生。在一个方面，调节所述GPCR导致所述受试者的肠神经系统的调节。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑轴的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一个方面，神经递质是5-羟色胺。在一个方面，神经递质是多巴胺。在一个方面，神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。在一个方面，神经活性代谢物选自：支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中炎性剂的产生的微生物。在一个方面，炎性剂选自：脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中类固醇激素的产生的微生物。在一个方面，类固醇激素是皮质类固醇。在一个方面，皮质类固醇是糖皮质激素。在一个方面，糖皮质激素是皮质酮。在一个方面，糖皮质激素是皮质醇。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的甲状腺稳态的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，该药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，该药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中细胞因子的产生的微生物。在一个方面，病症是免疫系统病症。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中丁酸的产生的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑轴的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一个方面，神经递质是5-羟色胺。在一个方面，神经递质是多巴胺。在一个方面，神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。在一个方面，神经活性代谢物选自：支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中炎性剂的产生的微生物。在一个方面，炎性剂选自：脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中类固醇激素的产生的微生物。在一个方面，类固醇激素是皮质类固醇。在一个方面，皮质类固醇是糖皮质激素。在一个方面，糖皮质激素是皮质酮。在一个方面，糖皮质激素是皮质醇。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的甲状腺稳态的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)的微生物。在一个方面，病症是神经系统病症。在一个方面，病症是行为障碍。在一个方面，所述神经系统病症是阿尔茨海默病。在一个方面，病症是中风。在一个方面，病症是脑缺血。在一个方面，分离并纯化的微生物的群体包含与生孢梭菌的rRNA序列具有至少约85％序列同一性的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，所述药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipescaccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburiacecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中活化B细胞核因子κ轻链增强子(NF-κB)途径的微生物。在一个方面，病症是神经系统病症。在一个方面，病症是行为障碍。在一个方面，所述神经系统病症是阿尔茨海默病。在一个方面，病症是中风。在一个方面，病症是脑缺血。在一个方面，分离并纯化的微生物的群体包含与生孢梭菌的rRNA序列具有至少约85％序列同一性的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，所述药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的细胞周期停滞的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，所述药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，该药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，该药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的组蛋白脱乙酰酶(HDAC)的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，该药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，该药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansiamuciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautiahydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridiumbartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridiumpeptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansiamuciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautiahydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridiumbartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridiumpeptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中吲哚-3-丙酸的产生的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑轴的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一个方面，神经递质是5-羟色胺。在一个方面，神经递质是多巴胺。在一个方面，神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。在一个方面，神经活性代谢物选自：支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中炎性剂的产生的微生物。在一个方面，炎性剂选自：脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中类固醇激素的产生的微生物。在一个方面，类固醇激素是皮质类固醇。在一个方面，皮质类固醇是糖皮质激素。在一个方面，糖皮质激素是皮质酮。在一个方面，糖皮质激素是皮质醇。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的甲状腺稳态的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)的微生物。在一个方面，病症是神经系统病症。在一个方面，病症是行为障碍。在一个方面，所述神经系统病症是阿尔茨海默病。在一个方面，病症是中风。在一个方面，病症是脑缺血。在一个方面，分离并纯化的微生物的群体包含与生孢梭菌的rRNA序列具有至少约85％序列同一性的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，该药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，该药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的核受体的微生物。在一个方面，核受体是孕烷X受体(PXR)。在一个方面，PXR受体位于受试者的肠上皮细胞上。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑轴的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。在一个方面，神经递质是5-羟色胺。在一个方面，神经递质是多巴胺。在一个方面，神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。在一个方面，神经活性代谢物选自：支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中炎性剂的产生的微生物。在一个方面，炎性剂选自：脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP或其任意组合。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中类固醇激素的产生的微生物。在一个方面，类固醇激素是皮质类固醇。在一个方面，皮质类固醇是糖皮质激素。在一个方面，糖皮质激素是皮质酮。在一个方面，糖皮质激素是皮质醇。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的甲状腺稳态的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节受试者的下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)的微生物。在一个方面，病症是神经系统病症。在一个方面，病症是行为障碍。在一个方面，所述神经系统病症是阿尔茨海默病。在一个方面，病症是中风。在一个方面，病症是脑缺血。在一个方面，分离并纯化的微生物的群体包含与生孢梭菌的rRNA序列具有至少约85％序列同一性的微生物。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中短链脂肪酸的产生的微生物。在一个方面，短链脂肪酸是丁酸。在一个方面，分离并纯化的微生物群体包含编码多肽的微生物，该多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。在一个方面，受试者具有肠生态失调。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的饱腹感增加。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的食欲降低。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的行为改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的体重减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的肥胖减轻。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的葡萄糖控制改善。在一个方面，所述治疗导致所述受试者的胰岛素敏感性改善。在一个方面，所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。在一个方面，所述受试者是人。在一个方面，所述方法进一步包括伴随诊断。在一个方面，所述药物组合物被配制成肠溶衣丸剂。在一个方面，所述药物组合物被递送至受试者的回肠和/或结肠区域。在一个方面，所述药物组合物在食物摄取之前施用。在一个方面，该药物组合物被配制用于口服递送。在一个方面，该药物组合物进一步包含益生元。在一个方面，益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。在一个方面，益生元为寡糖。在一个方面，益生元为菊粉。在一个方面，所述药物组合物在受试者完成抗生素方案之后施用。在一个方面，所述方法进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。在一个方面，治疗导致受试者具有改变的微生物组。在一个方面，所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丁酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生丙酸。在一个方面，所述组合物在受试者中产生吲哚3-丙酸。在一个方面，可以在受试者的血液样品中检测到吲哚3-丙酸。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的丁酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述组合物使所述受试者中的吲哚3-丙酸产生与未用该组合物治疗的对照受试者相比增加至少约1％、5％、10％、15％、30％、50％、75％、80％、90％或100％。在一个方面，所述药物组合物被配制用于口服施用。在一个方面，所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。在一个方面，所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。在一个方面，所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。在一个方面，所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
援引并入
本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度犹如具体地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。
关于微生物菌株Akkermansia muciniphila(培养物保藏ATCC BAA-835)的国际协作核苷酸序列数据库(DDBJ/EMBL/GENBANK)登录号CP001071.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Anaerofustis stercorihominis(培养物保藏DSM 17244)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AJ518871.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Anaerostipes caccae(培养物保藏DSM 14662)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号DS499744.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Anaerostipes caccae(产丁酸细菌L1-92)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AJ270487.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Anaerostipes hadrus(产丁酸细菌SS2/1)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AY305319.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Anaerotruncus colihominis(培养物保藏DSM 17241)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AJ315980.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株青春双歧杆菌(培养物保藏ATCC 15703)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AP009256.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株长双歧杆菌婴儿亚种(培养物保藏ATCC 15697)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号CP001095.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株溶纤维丁酸弧菌(培养物保藏ATCC 19171)的DDBJ/EMBL/GenBank登录号U41172.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株溶纤维丁酸弧菌16.4的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AJ250365.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株溶纤维丁酸弧菌OB156的DDBJ/EMBL/GenBank登录号U41168.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株产丁酸细菌A2-232的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AY305305.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株产丁酸细菌SS3/4的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AY305316.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株丙酮丁醇梭菌(培养物保藏ATCC 824)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AE001437.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株丙酮丁醇梭菌(培养物保藏DSM 792)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号X78070.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株拜氏梭菌(培养物保藏NCIMB 8052)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号CP000721.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株生孢梭菌的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号X68189.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株破伤风梭菌的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号X74770.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株粪球菌属产丁酸细菌L2-50的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AJ270491.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株规则粪球菌(培养物保藏ATCC 27759)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号EF031543.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株柱状真杆菌产丁酸细菌T2-87的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AY305306.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株柱状真杆菌产丁酸细菌SM7/11的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AY305313.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株长真杆菌(培养物保藏DSM 3991)的DDBJ/EMBL/GenBank登录号L34682.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株霍氏真杆菌产丁酸细菌L2-7的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AJ270490.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株霍氏真杆菌产丁酸细菌SM6/1的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AY305318.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株霍氏真杆菌(培养物保藏ATCC 27751)的DDBJ/EMBL/GenBank登录号L34621.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株直肠真杆菌A1-86的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AJ270475.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株直肠真杆菌(培养物保藏ATCC 33656)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号NC_012781.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株凸腹真杆菌(培养物保藏ATCC 27560)的DDBJ/EMBL/GenBank登录号L34421.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株普氏粪杆菌产丁酸细菌M21/2的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AY305307.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株普氏粪杆菌的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号FP929046.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株普氏粪杆菌的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号GG697168.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株产琥珀酸丝状杆菌产琥珀酸亚种的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号CP002158.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株丁酸梭菌的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号NZ_AUJN01000001.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株吲哚梭菌(培养物保藏DSM 755)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号NZ_AZUI01000001.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株霍氏真杆菌(培养物保藏DSM 3353)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号ACEP01000175.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Roseburia faecis M72/1的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AY305310.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Roseburia hominis模式株A2-183T的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AJ270482.2的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Roseburia intestinalis L1-82的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AJ312385.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Roseburia inulinivorans模式株A2-194T的DDBJ/EMBL/GenBank登录号AJ270473.3的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株Roseburia inulinivorans(培养物保藏DSM 16841)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号NZ_ACFY01000179.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株生黄瘤胃球菌(培养物保藏ATCC 19208)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号KI912489.1的内容通过引用整体并入本文。
关于微生物菌株活泼瘤胃球菌(培养物保藏ATCC 29149)的DDBJ/EMBL/GENBANK登录号AAYG02000043.1的内容通过引用整体并入本文。
附图说明
本发明的新颖特征在所附权利要求书中具体阐述。通过参考以下对利用本公开的原理的说明性实施方案加以阐述的详细描述以及附图，将会对本公开的特征和优点获得更好的理解，在这些附图中：
图1描绘了可使用本公开的微生物组治疗剂和诊断剂的说明性微生物组相关健康状况和疾病。这些健康状况可以包括：皮肤健康、痤疮、特应性皮炎、银屑病、阴道病、早产、变态反应、未足月产、慢性疲劳综合征、2型糖尿病、抑郁症、自闭症、哮喘、高血压、肠易激综合征、新陈代谢、肥胖症、药物代谢、I型糖尿病、多发性硬化、艰难梭菌、炎性肠病、克罗恩病、泌尿生殖系统病症和心脏病。
图2描绘了用来鉴定与健康状况有关的菌株，例如用来鉴定治疗群组(consortia)的示例性过程。
图3是描绘完全生物群系测试(CBT)(例如作为病症治疗之前或之后的诊断测试或作为开发治疗剂的开发工具)的示例性平台的图示。可使用完全生物群系测试来确定以从例如粪便物移植物(FMT)获得的微生物菌株开始的特定微生物可作用靶标、微生物、属以及与健康状况或疾病相关的微生物菌株的存在/不存在。
图4(A)描绘了使用标准测试时的微生物组菌株分辨率，图4(B)描绘了使用本公开的测试，例如完全生物群系测试时提高的微生物组菌株分辨率。
图5描绘了利用从下组获得的数据生成数据库的说明性过程：外部数据(例如科学文献和/或数据库)、患者信息、所测量的表观遗传变化、所测量的功能性途径、所测量的菌株分类及其任意组合。例如，该数据库可用来促进治疗群组(例如用于健康状况或疾病的治疗)的鉴定。
图6描绘了与复合粪便微生物组移植相比，本文概述的诊断和治疗方法二者如何可包含目标微生物菌株选择。
图7描绘了适合于使用机器可读代码让用户能够检测、分析并处理数据(例如测序数据、菌株分类、功能性途径、表观遗传变化、患者信息、外部数据、数据库、微生物组菌株；治疗群组等)的系统。
图8示出了肠微生物组和短链脂肪酸(SCFA)对肠-脑轴的作用。本公开的组合物(例如，产生短链脂肪酸的制剂，如产丁酸和/或产丙酸的制剂)可以调节肠-脑轴，这可以导致代谢和神经学益处。
图9示出了响应于采用本文所述制剂的治疗的感觉神经元反应的减少。图9A示出了在接受治疗的和对照小鼠IBS模型中内脏运动反射的水平，而图9B示出了来自接受治疗的和对照小鼠系统的CGRP阳性感觉神经元中对辣椒素的TRPV-1离子通道反应的活性。
图10示出了使用高架十字迷宫(EPM)在接受治疗的和对照小鼠IBS模型中评估焦虑样行为。
图11描绘了来自口服葡萄糖耐量试验的示例数据集。在C57BI/6饮食诱发的肥胖小鼠研究中，本公开的制剂(在图中标记为B2)在一部分小鼠中具有显著的葡萄糖降低功效，在标准治疗利格列汀与对照之间具有口服葡萄糖耐量试验曲线。
图12示出了在七种菌株中，乙酸和丁酸这两种SCFA的测量。
图13描绘了涉及受试者中SCFA产生的示例性微生物组介导的途径。例如包含益生元(例如菊粉)、初级发酵物(例如双歧杆菌)和次级发酵物(例如梭菌和/或真杆菌)的制剂可用于短链脂肪酸(例如，丁酸)产生。
图14示出了在不同培养基中生长的菌株的体外短链脂肪酸产生。
图15示出了在施用本文所述的组合物后，饮食诱发的肥胖小鼠模型中的GLP-1产生。
具体实施方式
除非上下文另有明确规定，否则如本说明书和权利要求书中所使用的，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指示物。例如，术语“一个样品”包括多个样品，包括其混合物。
术语“微生物(microbes)”和“微生物(microorganisms)”在本文中可互换使用，并且可指细菌、古菌、真核生物(例如原生动物、真菌、酵母)和病毒，包括细菌病毒(即噬菌体)。
术语“微生物组”、“微生物群”和“微生物生境”在本文中可互换使用，并且可指寄居在受试者身体之上或之内的微生物的生态群落。微生物组可由共生、共栖和/或病原微生物组成。微生物组可存在于受试者的许多部位(如果不是大多数部位的话)之上或之中。微生物组的生境的非限制性实例可包括：体表、体腔、体液、肠、结肠、皮肤、皮肤表面、皮肤孔、阴道腔、脐区、结膜区、肠区、胃、鼻腔和通道、胃肠道、泌尿生殖道、唾液、粘液和粪便。
如本文所用的术语“益生元”可以是通用术语，是指可以影响微生物在宿主中的生长和/或活动的化学物质和/或成分。益生元可允许微生物组中的组成和/或活动的特定变化。益生元可以给宿主带来健康益处。益生元可以例如在结肠中选择性发酵。益生元的非限制性实例可包括：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、寡糖、多糖、果寡糖(FOS)、果聚糖、可溶性纤维、不溶性纤维、纤维、淀粉、半乳寡糖(GOS)、菊粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖和甲基纤维素。益生元可在诸如阿拉伯胶、瓜尔豆籽、糙米、米糠、大麦壳、菊苣根、菊芋(Jerusalem artichoke)、蒲公英叶、大蒜、韭葱、洋葱、芦笋、麦麸、燕麦麸、烘豆、全麦面粉和香蕉等食物中发现。益生元可在母乳中发现。益生元可以以任何合适的形式，例如胶囊和膳食补充剂来施用。
如本文所用的术语“益生菌”可指一种或多种微生物，其在适当施用时可以给宿主或受试者带来健康益处。益生菌的非限制性实例包括，例如，Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌和消化链球菌属。
术语“确定”、“测量”、“评价”、“评估”、“测定”和“分析”在本文中可互换使用，并且可指任意形式的测量，并且包括确定元素是否存在(例如，检测)。这些术语可包括定量和/或定性测定。评估可以是相对的或绝对的。这些术语可包括本文所述的算法和数据库的使用。“检测……的存在”可包括测定某物的存在量以及确定其存在与否。如本文所用的术语“基因组组装算法”是指在可测定基因组的完整序列的条件下能够将测序读取相互(从头)比对或与参考序列(重新测序)进行比对的任何方法。
如本文所用的术语“基因组”可指在一级DNA序列中编码的生物遗传信息的整体。基因组既包括基因又包括非编码序列。例如，基因组可表示微生物基因组。微生物组的遗传内容可包括：基因组DNA、RNA和核糖体RNA，表观基因组，质粒，和在构成微生物组的微生物中发现的所有其他类型的遗传信息。
如本文所用的“核酸序列”和“核苷酸序列”是指寡核苷酸或多核苷酸及其片段或部分，还指基因组来源或合成来源的DNA或RNA(其可以是单链或双链的)，并且表示有义链或反义链。核酸序列可由腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶(A、T、C、G和U)以及修饰形式(例如N6-甲基腺苷、5-甲基胞嘧啶等)组成。
如本文关于核苷酸序列所用的术语“同源性”和“同源的”是指与其他核苷酸序列的互补性程度。可能存在部分同源性或完全同源性(即，同一性)。与核酸序列部分互补，即“基本同源”的核苷酸序列，是至少部分地抑制完全互补序列与靶核酸序列杂交的核苷酸序列。
如本文所用的术语“测序”是指用于确定核酸分子(例如，DNA或RNA核酸分子)中的核苷酸碱基——A、T、C、G和U——的顺序的测序方法。
术语“生物芯片”或“阵列”可指具有附着有吸附剂的、一般为平面的表面的固体基底。生物芯片的表面可包含多个可寻址的位置，其中每个位置可结合有吸附剂。生物芯片可适合于接合探针接口，并因此用作探针。蛋白质生物芯片适合于捕获多肽，并可包含在可寻址位置处附着有层析或生物特异性吸附剂的表面。微阵列芯片通常用于DNA和RNA基因表达检测。
如本文所用的术语“条形码”是指任何独特的、非天然存在的核酸序列，它可用来标识核酸片段的起源基因组。
术语“受试者”、“个体”、“宿主”和“患者”在本文中可互换使用，是指任何动物受试者，包括：人、实验室动物、家畜和家养宠物。受试者可以寄居有多种微生物。受试者可在其身体之上和之内的各种生境中具有不同的微生物组。受试者可被诊断出疾病或被怀疑具有患病的高风险。受试者可具有导致疾病的微生物组状态(即，生态失调)。在一些情况下，受试者不一定被诊断出疾病或被怀疑具有患病的高风险。在一些情况下，受试者可以遭受感染或有发生感染或将感染传播给他人的风险。
术语“治疗”或“处理”在本文中可互换使用。这些术语可指用于获得有益的或期望的结果的方法，该结果包括但不限于治疗性益处和/或预防性益处。治疗性益处可意指正在被治疗的潜在疾病的根除或改善。另外，治疗性益处也能如下实现：根除或改善与潜在病症相关的一种或多种生理学症状，使得在受试者中观察到改善，尽管该受试者可能仍受到该潜在病症的折磨。预防性效果包括延缓、防止或消除疾病或状况的出现，延缓或消除疾病或状况的症状发作，减慢、终止或逆转疾病或状况的进展，或其任意组合。对于预防性益处，具有发生特定疾病的风险的受试者或报告疾病的一种或多种生理学症状的受试者可接受治疗，即使可能尚未作出该疾病的诊断。
术语“16S”、“16S核糖体亚单位”和“16S核糖体RNA(rRNA)”在本文中可互换使用，并且可指原核生物(例如细菌、古菌)核糖体的小亚单位(例如30S)的组分。16S rRNA在微生物物种之间在进化上是高度保守的。因此，16S核糖体亚单位的测序可用来鉴定和/或比较样品中存在的微生物(例如微生物组)。
术语“23S”、“23S核糖体亚单位”和“23S核糖体RNA(rRNA)”在本文中可互换使用，并且可指原核生物(例如细菌、古菌)核糖体的大亚单位(例如50S)的组分。23S核糖体亚单位的测序可用来鉴定和/或比较样品中存在的微生物(例如微生物组)。
术语“孢子”可指由微生物产生的、用以抵抗诸如高温、湿度和化学试剂等不利条件的活细胞。孢子可具有允许微生物在恶劣条件下长时间存活的厚壁。在合适的环境条件下，孢子可以萌发，从而产生能够繁殖且具有该微生物的所有生理活性的活体形式微生物。本公开的组合物可以包含微生物的孢子。本公开的组合物可以包含能够形成孢子的微生物。
肠-脑轴可指胃肠道与中枢神经系统之间的生物化学通信。肠-脑轴可包括中枢神经系统、神经内分泌和神经免疫系统，包括下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA轴)、自主神经系统的交感臂和副交感臂，包括肠神经系统和迷走神经，以及肠微生物群。肠-脑轴对于维持稳态可能至关重要。本公开的组合物和方法可以调节受试者的肠-脑轴，例如，参见图8。
肠神经系统可以是神经系统的一部分。肠神经系统可以包括可控制胃肠系统功能的神经元的系统。肠神经系统可以自主运行。它可以通过例如副交感(例如，通过迷走神经)和交感(例如，通过椎前神经节)神经系统与中枢神经系统(CNS)通信。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗微生物组相关病症的方法和组合物。在一些实施方案中，本公开提供了治疗肠生态失调的方法和组合物。在一些实施方案中，本公开提供了治疗与肠生态失调相关的共病的方法和组合物。在一些实施方案中，本公开提供用于治疗或减轻例如神经系统状况(例如食物成瘾)和代谢状况(例如代谢综合征)的治疗组合物(例如益生元和益生菌)、伴随诊断工具和统计方法。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗受试者中与短链脂肪酸(例如丁酸)的产生改变(例如减少)相关的和/或由其引起的病症的方法和组合物。本公开的组合物可包含一种或多种产SCFA(例如，产丁酸)微生物。本公开的组合物可以调节受试者的神经系统。该神经系统可以是受试者的肠神经系统。该神经系统可以是受试者的中枢神经系统。本公开的组合物可以调节受试者的肠-脑轴。如图8所示，本公开的组合物可以激活受试者中的一个或多个脑靶点，例如，下丘脑室旁核(PVN)、臂旁核(PBN)和孤束核(NTS)。可以通过例如经由迷走神经和脊髓来自肠的信号传递来激活脑靶点。
改变的SCFA(例如丁酸)产生可以由例如受试者微生物组的改变，如肠中产SCFA微生物群体的减少、丁酸产生途径的改变和/或SCFA产生所需的底物、辅因子或益生元的改变引起。
包含微生物的组合物可以给受试者带来多种有益效果。这些有益效果的实例可以包括免疫调节特征、细胞增殖的调节、促进粘膜上皮正常生理发育的能力和人体营养的加强。基于微生物的组合物可作为治疗剂向患有微生物组相关健康状况或病症的受试者施用。
本公开提供了调节和/或恢复(例如，恢复健康状态或治疗健康状况)受试者的一个或多个微生物组的方法和组合物。在一些实施方案中，本公开提供了调节和/或恢复受试者的肠微生物组的方法和组合物。
在一些实施方案中，本公开提供了预测受试者中病症的可能性或确定病症的状态的诊断试验。该诊断试验可以使用个人特征，例如年龄、体重、性别、病史、危险因素、家族史或其组合。该诊断试验可进一步利用环境因素，如地理位置、工作类型和卫生用品的使用。该诊断试验可以在用本公开的方法和组合物治疗之前和/或之后进行。
本公开的组合物可以调节受试者中的SCFA产生。本公开的组合物可以增加受试者中的SCFA产生。本公开的组合物可以降低受试者中的SCFA产生。本公开的组合物可以增加一种SCFA的产生并减少第二种SCFA的产生。图14示出了当在不同培养基(蛋白胨酵母葡萄糖培养基(PYG)相对于增强型梭菌培养基(RCM))中生长时，本文所述菌株的体外SCFA产生。
SCFA可以是在脂肪族尾中具有6个或更少碳的脂肪酸亚组。SCFA的非限制性实例包括乙酸、丙酸、异丁酸、异戊酸、3-甲基丁酸、戊酸、缬草酸、delphinic acid、异戊酸和丁酸。在一些实施方案中，SCFA是丁酸。在一些实施方案中，SCFA是丙酸。
SCFA如丁酸可在调节各种身体功能中发挥核心作用。受试者中产生SCFA的微生物组的改变可以与病症相关。例如，丁酸可以保护大脑并增强在神经系统疾病中的塑性。丁酸可以起到抗炎因子的作用。丁酸可影响肠通透性。低水平的产生丁酸的微生物(例如梭菌集群XIVa和IV)和/或减少的产生乳酸的细菌(例如青春双歧杆菌)可与例如肠生态失调、皮肤病症、代谢紊乱和行为/神经系统病症相关。包含至少一种初级发酵物和至少一种次级发酵物的制剂的子集可用于治疗和/或减缓病症或状况的进展。
SCFA(例如，丁酸)可以参与免疫系统调节。例如，SCFA(例如，丁酸)可以激活受体，如游离脂肪酸受体(例如，FFA-1、FFA-3)，其继而可以激活白细胞产生并导致免疫系统活化。
SCFA(例如，丁酸)可以促进饱腹感(例如，充盈感)。SCFA(例如，丁酸)可以减少饮食摄入。丁酸激活游离脂肪酸受体可导致瘦素产生。瘦素的调节可以有助于饱腹感和/或减少饮食摄入。
SCFA(例如，丁酸)可用来减轻、预防和/或治疗炎症。例如，丁酸可抑制NF-κB途径，从而可以帮助减轻炎症。
SCFA(例如，丁酸)可以调节肠的通透性。例如，丁酸可抑制离子(例如，氯离子)在结肠中的转运。SCFA(例如，丁酸)可以改善离子保留。SCFA(例如，丁酸)可以改善肠对病原细菌及其毒素的弹性。
SCFA(例如，丁酸)可与癌症治疗和/或预防相关。例如，丁酸可抑制组蛋白脱乙酰酶(HDAC)。HDAC的抑制可导致P21积累，其继而可导致G1细胞周期停滞。
SCFA(例如，丁酸)可以被肠细胞吸收。在结肠中，膳食纤维可被产生丁酸的微生物加工，以产生丁酸(即丁酸酯)。继而，丁酸可以启动G蛋白偶联受体(GPCR)信号传导，导致例如胰高血糖素样肽-1(GLP-1)分泌。GLP-1可导致，例如，胰岛素敏感性增加。例如，图14表明在使用饮食诱发的肥胖小鼠的小鼠模型中，通过施用包含本文所述微生物菌株的群组和益生元纤维来源的组合物，GLP-1产生增加。
在一些实施方案中，所述组合物包含具有丁酸激酶(例如，EC 2.7.2.7；MetaCycReaction ID R11-RXN)的微生物。丁酸激酶是隶属于转移酶家族的酶，例如以羧基作为接受体转移含磷基团的酶(例如，磷酸转移酶)。该酶类别的系统名称可以是ATP:丁酸酯1-磷酸转移酶。丁酸激酶可参与丁酸代谢。丁酸激酶可催化以下反应：
Figure BDA0002476091050000661
在一些实施方案中，所述组合物包含具有丁酸辅酶A的微生物。丁酸辅酶A，亦即丁酰辅酶A，可以是丁酸的辅酶A活化形式。它可被丁酰辅酶A脱氢酶作用，并且可以是丙酮-丁醇-乙醇发酵中的中间化合物。丁酸辅酶A可参与丁酸代谢。
在一些实施方案中，所述组合物包含具有丁酸辅酶A转移酶的微生物。丁酸辅酶A转移酶，也被称为丁酸乙酰乙酸辅酶A转移酶，可隶属于例如辅酶A转移酶的转移酶家族。该酶类别的系统名称可以是丁酰辅酶A:乙酰乙酸辅酶A转移酶。其他常用名称可包括丁酰辅酶A-乙酰乙酸辅酶A转移酶(例如，EC 2.8.3.9；MetaCyc Reaction ID 2.8.3.9-RXN)和丁酰辅酶A-乙酰乙酸辅酶A转移酶。丁酸辅酶A转移酶可催化以下化学反应：
Figure BDA0002476091050000671
在一些实施方案中，所述组合物可包含具有乙酸辅酶A转移酶(例如，EC 2.8.3.1/2.8.3.8；MetaCyc Reaction ID BUTYRATE-KINASE-RXN)的微生物。
在一些实施方案中，所述组合物包含具有丁酰辅酶A脱氢酶的微生物。丁酰辅酶A脱氢酶可隶属于氧化还原酶家族，例如以其他接受体作用于供体的CH-CH基团的酶。该酶类别的系统名称可以是丁酰辅酶A:接受体2,3-氧化还原酶。其他常用名称可包括丁酰脱氢酶、不饱和酰基辅酶A还原酶、乙烯还原酶、烯酰辅酶A还原酶、不饱和酰基辅酶A还原酶、丁酰辅酶A脱氢酶、短链酰基CoA脱氢酶、短链酰基辅酶A脱氢酶、3-羟基酰基辅酶A还原酶和丁酰辅酶A:(接受体)2,3-氧化还原酶。丁酰辅酶A脱氢酶可参与的代谢途径的非限制性实例包括：脂肪酸代谢；缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解；和丁酸酯代谢。丁酰辅酶A脱氢酶可使用一种辅因子——FAD。丁酰辅酶A脱氢酶可催化以下反应：
Figure BDA0002476091050000672
在一些实施方案中，所述组合物包含具有β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶的微生物。β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶或3-羟基丁酰辅酶A脱氢酶可隶属于氧化还原酶家族，例如，以NAD+或NADP+为接受体作用于供体的CH-OH基团的酶。该酶类别的系统名称可以是(S)-3-羟基丁酰辅酶A:NADP+氧化还原酶。其他常用名称可包括β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶、L(+)-3-羟基丁酰辅酶A脱氢酶、BHBD、脱氢酶、L-3-羟基丁酰辅酶A(烟酰胺腺嘌呤、磷酸二核苷酸)、L-(+)-3-羟基丁酰辅酶A脱氢酶和3-羟基丁酰辅酶A脱氢酶。β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶可经由共同连接参与苯甲酸酯降解。β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶可参与丁酸酯代谢。β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶可催化以下反应：
Figure BDA0002476091050000673
在一些实施方案中，所述组合物包含具有巴豆酸酶的微生物。巴豆酸酶可包括具有例如脱卤素酶、水合酶、异构酶活性的酶。巴豆酸酶可与碳-碳键形成、断裂和硫酯的水解有关。巴豆酸酶超家族中的酶可包括，例如，可催化2-反式-烯酰辅酶A水合成3-羟基酰基辅酶A的烯酰辅酶A水合酶；可将不饱和脂肪酸氧化中间体的3-双键转移到2-反式位置的3-2反式烯酰辅酶A异构酶或十二碳烯酰辅酶A异构酶(例如，EC 5.3.3.8)；可参与产生丁酸/丁醇的途径的3-羟基丁酰辅酶A脱水酶(例如，巴豆酸酶；EC 4.2.1.55)；可催化4-氯苯甲酸辅酶A转化为4-羟基苯甲酸辅酶A的4-氯苯甲酰辅酶A脱卤素酶(例如，EC 3.8.1.6)；可催化3-反式,5-顺式-二烯酰辅酶A异构化为2-反式,4-反式-二烯酰辅酶A的二烯酰辅酶A异构酶；可参与甲萘醌(例如，维生素K2)的生物合成的萘甲酸合酶(例如，MenB或DHNA合成酶；EC4.1.3.36)；可在大肠杆菌(Escherichia coli)中催化巴豆甜菜碱可逆转化为L-肉碱的肉碱消旋酶(例如，基因caiD)；甲基丙二酰辅酶A脱羧酶(例如，MMCD；EC 4.1.1.41)；可参与碳青霉烯生物合成的羧甲基脯氨酸合酶(例如，CarB)；可催化双环β-二酮去对称化为旋光性酮酸的6-氧代樟脑水解酶；可催化脂肪酸β-氧化循环中最后三个反应的脂肪酸氧化复合物(多酶复合物)的α亚单位；以及可以是烯酰辅酶A水合酶的双功能RNA结合同源物的AUH蛋白。
在一些实施方案中，所述组合物包含具有硫解酶的微生物。硫解酶，也被称为乙酰辅酶A乙酰基转移酶(ACAT)，例如可在甲羟戊酸途径中将两个单位的乙酰辅酶A转化成乙酰乙酰辅酶A。硫解酶可包括，例如，降解型硫解酶(例如，EC 2.3.1.16)和生物合成型硫解酶(例如，EC 2.3.1.9)。3-酮脂酰辅酶A硫解酶，也被称为硫解酶I，可参与降解途径，如脂肪酸β-氧化。乙酰乙酰辅酶A硫解酶，也被称为硫解酶II，可对乙酰乙酰辅酶A的硫解具有特异性，并且可参与生物合成途径，如聚β-羟基丁酸合成或类固醇生物发生。硫解酶可催化以下反应：
Figure BDA0002476091050000681
丁酸的产生可涉及两个主要阶段或微生物，例如，初级发酵微生物和次级发酵物(参见图13)。当给予能量来源(例如纤维)时，初级发酵物可产生中间分子(例如乳酸、乙酸)。次级发酵物可将由初级发酵物产生的中间分子转化为丁酸。初级发酵物的非限制性实例包括Akkermansia muciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌和长双歧杆菌。次级发酵物的非限制性实例包括拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌和普氏粪杆菌。初级和次级发酵物的组合可用来在受试者中产生丁酸。包含至少一种初级发酵物和至少一种次级发酵物的制剂的子集可用于治疗和/或减缓健康状况的进展。该制剂可另外包含益生元。
在一些实施方案中，治疗组合物可包含至少一种初级发酵物和至少一种次级发酵物。在一些实施方案中，治疗组合物包含至少一种初级发酵物、至少一种次级发酵物和至少一种益生元。在一个非限制性实例中，治疗组合物可包含青春双歧杆菌、吲哚梭菌和菊粉。在另一个非限制性实例中，治疗组合物可包含长双歧杆菌、普氏粪杆菌和淀粉。在另一个非限制性实例中，治疗组合物可包含婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌和菊粉。在另一个非限制性实例中，治疗组合物可包含婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、Akkermansiamuciniphila和菊粉。在另一个非限制性实例中，治疗组合物可包含婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、Akkermansia muciniphila、霍氏真杆菌和菊粉。
SCFA相对于彼此的相对丰度的改变可导致病症。例如，改变的纤维至乙酸产生途径或乙酸至丁酸产生途径可导致诸如腹胀(bloating)等代谢紊乱。
Akkermansia muciniphila可以是可在粘蛋白降解中发挥作用的革兰氏阴性严格厌氧菌。Akkermansia muciniphila可以与控制炎症、肠屏障和肠肽分泌的内源性大麻素的水平升高有关。Akkermansia muciniphila可充当初级发酵物。
青春双歧杆菌可以是革兰氏阳性厌氧菌，其可在婴儿期的健康人肠中发现。青春双歧杆菌可合成B族维生素。青春双歧杆菌可充当初级发酵物。
婴儿双歧杆菌可以是革兰氏阳性、过氧化氢酶阴性、微耐氧的厌氧菌。婴儿双歧杆菌可充当初级发酵物。
长双歧杆菌可以是革兰氏阳性、过氧化氢酶阴性、微耐氧的厌氧菌。长双歧杆菌可充当初级发酵物。
拜氏梭菌可以是属于梭菌集群I的革兰氏阳性严格厌氧菌。拜氏梭菌可充当次级发酵物。
丁酸梭菌可以是可充当次级发酵物的革兰氏阳性严格厌氧菌。
吲哚梭菌可以是属于梭菌集群XIVA的革兰氏阳性严格厌氧菌。吲哚梭菌可充当次级发酵物。
霍氏真杆菌可以是属于排列A梭菌集群XIVA的革兰氏阳性厌氧菌。霍氏真杆菌可充当次级发酵物。
普氏粪杆菌可以是属于梭菌集群IV的革兰氏阳性厌氧菌。普氏粪杆菌可以是最常见的肠细菌和最高产的丁酸产生者之一。普氏粪杆菌可充当次级发酵物。
生孢梭菌可产生吲哚3-丙酸(或3-吲哚丙酸)。生孢梭菌可以使用色氨酸来合成3-吲哚丙酸(IPA)。生孢梭菌可在体内产生化学计量上显著量的吲哚3-丙酸，其可在血浆中测得。可以由表达色氨酸酶的微生物从色氨酸产生吲哚。生孢梭菌可将吲哚代谢成IPA。IPA可以起抗氧化剂的作用并清除羟基自由基。IPA可以与肠细胞中的孕烷X受体(PXR)结合，这可以帮助粘膜稳态和屏障功能。IPA可以从肠吸收并分布到大脑。IPA可赋予针对脑缺血和阿尔茨海默病的神经保护作用。例如，IPA可以调节神经胶质细胞和星形胶质细胞的活化，调节4-羟基-2-壬烯醛的水平(例如，抑制)，减少DNA损伤，抑制β-淀粉样蛋白原纤维形成，调节粘膜稳态，抑制TNFα活性，增加编码连接蛋白的mRNA。
参与丁酸生成的基因和/或蛋白质的非限制性实例包括：丁酰辅酶A脱氢酶、β-羟基丁酰辅酶A脱氢酶或3-羟基丁酰辅酶A脱氢酶、巴豆酸酶、电子转移蛋白a、电子转移蛋白b和硫解酶。在一些实施方案中，所述组合物包含具有参与产生SCFA(例如丁酸)的基因或蛋白质的微生物。
用于确定微生物生境的方法
本公开提供了包含用于治疗受试者中微生物组相关健康状况和/或病症的微生物群体的方法和组合物。本公开的方法可包括微生物收集、稳定化和提取以用于微生物组分析。本公开的方法可包括确定受试者的任何合适的微生物生境的微生物组谱(microbiomeprofile)。微生物生境的组成可用来诊断受试者的健康状况，例如，用来确定病症的可能性和/或病症的疗程。
本公开的示例性方法可包括以下步骤中的至少一个：从受试者获取样品，测量该样品中的一组微生物，将该样品中的这组微生物与健康样品中发现的微生物进行比较，基于该测量确定疾病状态，基于所述确定的结果生成提供疾病状态信息的报告，以及向该受试者施用本公开的基于微生物的组合物，以用于治疗病症，如基于微生物组的病症，或微生物的存在或不存在。
微生物组的谱分析方法在第14/437,133号美国专利申请中描述，该专利申请为了所有目的通过引用整体并入本文。
检测方法，例如长读测序，可用来对微生物组进行谱分析，并且/或者鉴定微生物组生物标志物。
可以对来自例如体腔、体液、肠、结肠、阴道腔、脐区、结膜区、肠区、胃、鼻腔和通道、胃肠道、泌尿生殖道、唾液、粘液和粪便的微生物组进行分析，并与健康受试者的相应微生物组进行比较。肠微生物组的多样性的增加和/或减少可能与病症相关。患有病症的受试者可能具有产丁酸细菌，例如规则粪球菌(C.eutactus)的较低存在率。
在一些实施方案中，本公开的方法可用来确定受试者的肠或胃肠道的微生物生境。肠包含复杂的微生物组，该微生物组包括可促进维生素产生和吸收、蛋白质和胆汁酸的代谢、膳食碳水化合物的发酵以及病原体过度生长的预防的多种微生物种。肠内微生物的组成可与受试者中的功能性代谢途径相关联。与肠微生物群相关联的代谢途径的非限制性实例包括能量平衡调节、瘦素分泌、脂质合成、肝胰岛素敏感性、肠内环境的调节和食欲信号传导。肠微生物组的改变(例如，生态失调)可增加诸如糖尿病、精神障碍、溃疡性结肠炎、结直肠癌、自身免疫性病症、肥胖、糖尿病和炎性肠病等健康状况的风险。
在一些实施方案中，本公开的方法用来分析肠的微生物生境。
在一些实施方案中，检测方法(例如测序)可用来鉴定与病症相关的微生物组生物标志物。
在一些实施方案中，本公开的检测方法(例如，测序)可用来分析例如在抗生素治疗、微生物组疗法和各种饮食期间，微生物组组成随时间的变化。在暴露于消除天然微生物群体的抗生素和饮食后，微生物组可显著改变。本公开的方法可用来在施用治疗剂之前和之后生成受试者的谱，以表征微生物群的差异。
在一些实施方案中，提供了基于测序标记(signatures)使微生物组可视化的方法。在一些实施方案中，提供了基于测序信息随时间推移使微生物组可视化的方法。
本公开的方法可用来检测、表征和量化受试者的微生物生境。微生物生境可用来定义微生物的多样性和丰度，以便评价病症的临床意义和因果关系。可以比较微生物组谱，以确定可用作预测和/或治疗健康状况的生物标志物的微生物。
可从受试者收集生物样品，以确定该受试者的微生物组谱。生物样品可以是来自受试者身体上的任何微生物生境的任何样品类型。微生物生境的非限制性实例包括皮肤生境、脐生境、阴道生境、羊水生境、结膜生境、肠内生境、胃生境、肠生境、口腔生境、鼻生境、胃肠道生境、呼吸道生境和泌尿生殖道生境。
根据应用，生物样品的选择可针对具体应用予以调整。生物样品可以是，例如，全血、血清、血浆、粘膜、唾液、颊拭子、尿、粪便、细胞、组织、体液、淋巴液、CNS液和病灶渗出物。本公开的方法可使用生物样品的组合。
样品制备可包括以下任一步骤或步骤的组合。首先将无菌拭子浸入含有无菌磷酸盐缓冲盐水(PBS)的管中以湿润。用足够的力度将拭子在目的区域上擦拭多次(例如，10-20次)，使得组织随后呈微粉红/红色。将拭子轻轻浸入无菌管中的缓冲液(例如，裂解缓冲液)中。将拭子留在该管中以供运送至实验室，以待进一步如本文提供的那样进行分析。获得的样品可在室温下运送过夜。在缓冲液中运送微生物细胞可能会在样品中引入检测偏差。一些微生物可利用随样品收集而带来的营养物继续繁殖。一些微生物可在缺乏特定环境的情况下经历凋亡。因此，以这种方式运送的微生物样品可具有与细胞完整性相关的初始谱分析/群体偏差。
可采用方法通过首先离心所收集的样品来富集完整的细胞。由样品内的完整细胞形成的所得沉淀物随后可用作所有下游步骤的前体。在一些实施方案中，本公开的方法进一步包括纯化步骤，以浓缩上清液中存在的任何DNA(例如，来自已经裂解的细胞)。该DNA可与从标准沉淀物制备中提取的DNA进行组合。组合的DNA可形成用于下游步骤的更完整的前体。
可通过任何合适的方法，包括物理方法、化学方法或两者的组合，进行细胞裂解和/或从细胞中提取核酸。可使用剪切方法从生物样品中分离核酸，该方法保持了基因组DNA的完整性和连续性。
本公开使用的核酸样品可包括所有类型的DNA和/或RNA。核酸的长度可以是约100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10,000、20,000、30,000、40,000、50,000、60,000、70,000、80,000、90,000、100,000、200,000、300,000、400,000、500,000、600,000、700,000、800,000、900,000、1,000,000、2,000,000、3,000,000、4,000,000、5,000,000、6,000,000、7,000,000、8,000,000、9,000,000或10,000,000个核苷酸或碱基对。
扩增子方法可以用来制备DNA以供微生物组谱分析。该方法可包括若干步骤，例如，PCR、样品定量(例如，Qubit、nanodrop、生物分析仪等)、Blue Pippin大小选择、0.5xAmpure纯化、样品定量、DNA末端修复、0.5x Ampure纯化、平端衔接子连接、外切核酸酶处理、两个0.5x Ampure纯化和最后的Blue Pippin大小选择。
在一些实施方案中，该方法不使用扩增步骤。此类方法的实例包括为通过全基因组鸟枪法(WGS)测序进行测序准备样品。这些方法可通过消除可使微生物分布偏离的扩增偏差来提供益处。另外，这类方法可允许从头发现相关元件，例如细菌质粒、真菌和病毒。
本公开的方法的实施可采用本领域技术范围内的免疫学、生物化学、化学、分子生物学、微生物学、细胞生物学、基因组学和重组DNA的常规技术。例如，生物样品的制备可包括，例如，从细胞或组织中提取或分离细胞内物质，诸如核酸、蛋白质或其他大分子的提取。本公开的方法可使用的样品制备包括但不限于离心、亲和色谱法、磁性分离、免疫测定、核酸测定、基于受体的测定、细胞计数测定、比色测定、酶测定、电泳测定、电化学测定、光谱测定、色谱测定、显微测定、地形测定、量热测定、放射性同位素测定、蛋白质合成试验、组织学试验、培养试验及其组合。
本公开提供了用于生成或确定受试者的微生物组谱的方法。本公开提供了用于测量来自受试者的至少一种微生物生境的生物样品中的至少一种微生物及确定微生物组谱的方法。微生物组谱可使用任何合适的检测手段进行评估，该手段可测量或量化构成微生物组的一种或多种微生物(例如，细菌、真菌、病毒和古菌)。
完全生物群系测试(CBT)可生成具有例如菌株水平分辨率的微生物组谱。可使用本文所述的微生物组谱分析方法进行CBT。图3提供了描绘用于CBT(例如作为治疗之前或之后的诊断测试或作为开发治疗剂的开发工具)的示例性平台的图示。可使用CBT来确定以从例如粪便物移植物(FMT)获得的微生物菌株开始的特定微生物可作用靶标、微生物、属以及与健康状况或疾病相关的微生物菌株的存在/不存在。
图4(A)描绘了使用标准测试时的微生物组菌株分辨率(resolution)。图4(B)描绘了使用CBT时提高的微生物组菌株分辨率。图5描绘了利用从下组获得的数据生成数据库(例如，CBT驱动数据库)的说明性过程：外部数据(例如科学文献和/或数据库)、患者信息、所测量的表观遗传变化、所测量的功能性途径、所测量的菌株分类及其任意组合。例如，该数据库可用来促进治疗群组(例如用于健康状况或疾病的治疗)的鉴定。
图6描绘了与复合粪便微生物组移植相比，本文概述的诊断和治疗方法二者如何可包含目标微生物菌株选择或治疗群组。
可对从生物样品制备的核酸样品实施检测方法，以生成与该样品相关的微生物组谱。微生物组的谱分析可包括一种或多种检测方法。
本公开的方法可用来测量，例如，16S核糖体亚单位、23S核糖体亚单位、基因间区和其他遗传元件。可选择合适的检测方法以在特定的微生物中提供足够的辨别力，以便鉴定含信息的微生物组谱。
在一些应用中，对微生物的核糖体RNA(rRNA)操纵子进行分析以确定受试者的微生物组谱。在一些应用中，对微生物的16S或23S核糖体亚单位的整个基因组区域进行分析以确定受试者的微生物组谱。在一些应用中，对微生物的16S和/或23S核糖体亚单位的可变区进行分析以确定受试者的微生物组谱。
在一些应用中，对微生物的整个基因组进行分析以确定受试者的微生物组谱。在其他应用中，对微生物基因组的可变区进行分析以确定受试者的微生物组谱。例如，基因组中的遗传变异可包括限制性片段长度多态性、单核苷酸多态性、插入、缺失、插入缺失(插入-缺失)、微卫星重复、小卫星重复、短串联重复、转座元件、随机扩增多态性DNA、扩增片段长度多态性或其组合。
在一些实施方案中，使用诸如长读长单分子测序等测序方法进行检测。长读测序可在低至每种微生物的菌株分辨率水平上提供微生物分类。本公开可用于实现长读长的测序技术的实例包括，来自Pacific Biosciences的SMRT测序系统、长读长Sanger测序、长读总体测序方法，例如，Illumina/Moleculo测序和潜在的其他单分子测序方法，如Nanopore测序技术。
长读测序可包括提供例如长于500个碱基、长于800个碱基、长于1000个碱基、长于1500个碱基、长于2000个碱基、长于3000个碱基或长于4500个碱基的连续序列读取的测序。
在一些实施方案中，本公开的检测方法包括用来对微生物组进行谱分析的扩增模式测序。在一些实施方案中，本公开的检测方法包括用来对微生物组进行谱分析的非扩增模式，例如全基因组鸟枪法(Whole Genome Shotgun，WGS)测序。
可通过任何合适的方法，例如克隆合适的序列和直接化学合成来制备本公开中使用的引物。引物还可从商业来源获得。此外，可利用计算机程序设计引物。引物可包含独特的条形码标识符。
微生物组谱分析可进一步包括使用例如核酸微阵列、生物芯片、蛋白质微阵列、分析蛋白质微阵列、反相蛋白质微阵列(RPA)、数字PCR装置和/或小液滴数字PCR装置。
在一些实施方案中，使用另外的信息如年龄、体重、性别、医疗史、危险因素、家族史或任何其他临床相关信息来确定微生物谱。在一些应用中，受试者的微生物组谱可由至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种微生物组组成。
受试者的微生物组谱可由一种微生物组成。在一些应用中，受试者的微生物组谱由例如2种微生物、3种或更少的微生物、4种或更少的微生物、5种或更少的微生物、6种或更少的微生物、7种或更少的微生物、8种或更少的微生物、9种或更少的微生物、10种或更少的微生物、11种或更少的微生物、不多于12种微生物、13种或更少的微生物、14种或更少的微生物、15种或更少的微生物、16种或更少的微生物、18种或更少的微生物、19种或更少的微生物、20种或更少的微生物、25种或更少的微生物、30种或更少的微生物、35种或更少的微生物、40种或更少的微生物、45种或更少的微生物、50种或更少的微生物、55种或更少的微生物、60种或更少的微生物、65种或更少的微生物、70种或更少的微生物、75种或更少的微生物、80种或更少的微生物、85种或更少的微生物、90种或更少的微生物、100种或更少的微生物、200种或更少的微生物、300种或更少的微生物、400种或更少的微生物、500种或更少的微生物、600种或更少的微生物、700种或更少的微生物或者800种或更少的微生物组成。
本公开提供了用于建立受试者微生物组谱的基于算法的方法。本公开可使用的算法的非限制性实例包括弹性网络、随机森林、支持向量机和逻辑回归。
所述算法可将基础测量值转换成与例如疾病风险、疾病可能性、疾病的存在与否、微生物的存在与否、治疗反应和/或疾病状态分类有关的定量评分或概率。该算法可帮助选择重要的微生物。
可对受试者的微生物组谱进行分析以确定与该受试者的健康状态有关的信息。该信息可包括，例如，病症的可能性程度、疾病状态的存在与否、不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。
所述分析可以是用来预测受试者的疾病状态或受试者对治疗剂的反应可能性的诊断试验的一部分。该诊断试验可采用通过本文描述的基于算法的方法所计算的定量评分来进行分析。
在一些应用中，受试者的微生物组谱中的一个或多个微生物阈值或定量评分的增加指示以下一项或多项的可能性增加：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些实施方案中，定量评分的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。
在一些应用中，受试者的微生物组谱中的一个或多个微生物阈值或定量评分的降低指示以下一项或多项的可能性降低：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些实施方案中，定量评分的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。
在一些应用中，受试者的微生物组谱中的一个或多个微生物阈值或定量评分的增加指示以下一项或多项的可能性增加：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些应用中，一个或多个微生物阈值的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。
在一些应用中，受试者的微生物组谱中的一个或多个微生物阈值或定量评分的增加指示以下一项或多项的可能性降低：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些应用中，一个或多个微生物阈值的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。
在一些应用中，与参考谱类似的微生物组谱指示以下一项或多项的可能性增加：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些应用中，与参考谱不同的微生物组谱指示以下一项或多项：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗的可能性增加。
在一些应用中，与参考谱类似的微生物组谱指示以下一项或多项的可能性降低：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些应用中，与参考谱不同的微生物组谱指示以下一项或多项：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗的可能性增加。
在一些应用中，与参考谱不同的微生物组谱指示以下一项或多项的可能性增加：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些应用中，与参考谱不同的微生物组谱指示以下一项或多项：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗的可能性增加。
在一些应用中，与参考谱不同的微生物组谱指示以下一项或多项的可能性降低：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗。在一些应用中，与参考谱不同的微生物组谱指示以下一项或多项：不良临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应和被推荐用于疾病处置的治疗的可能性增加。
本文提供的方法可提供样品中的一种或多种微生物的属、种或亚株水平的菌株分类，其准确度大于1％、20％、30％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.2％、99.5％、99.7％或99.9％。本文提供的方法可提供样品中的一种或多种微生物的属、种或亚株水平的菌株定量，其准确度大于1％、20％、30％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.2％、99.5％、99.7％或99.9％。
基于对生物样品中15种或更少的微生物的测量，所述微生物谱可具有70％或更大的准确度。基于对不多于2种微生物、3种或更少的微生物、4种或更少的微生物、5种或更少的微生物、6种或更少的微生物、7种或更少的微生物、8种或更少的微生物、9种或更少的微生物、10种或更少的微生物、11种或更少的微生物、不多于12种的微生物、13种或更少的微生物、14种或更少的微生物、15种或更少的微生物、16种或更少的微生物、18种或更少的微生物、19种或更少的微生物、20种或更少的微生物、25种或更少的微生物、30种或更少的微生物、35种或更少的微生物、40种或更少的微生物、45种或更少的微生物、50种或更少的微生物、55种或更少的微生物、60种或更少的微生物、65种或更少的微生物、70种或更少的微生物、75种或更少的微生物、80种或更少的微生物、85种或更少的微生物、90种或更少的微生物或者100种或更少的微生物、200种或更少的微生物、300种或更少的微生物、400种或更少的微生物、500种或更少的微生物、600种或更少的微生物、700种或更少的微生物或者800种或更少的微生物的测量，这样的谱分析方法可具有至少大于70％的准确度。
基于对生物样品中15种或更少的微生物的测量，由本公开提供的针对本文提供的疾病的诊断方法可具有70％或更大的灵敏度和大于70％的特异性中的至少一个。基于对不多于2种微生物、3种或更少的微生物、4种或更少的微生物、5种或更少的微生物、6种或更少的微生物、7种或更少的微生物、8种或更少的微生物、9种或更少的微生物、10种或更少的微生物、11种或更少的微生物、不多于12种的微生物、13种或更少的微生物、14种或更少的微生物、15种或更少的微生物、16种或更少的微生物、18种或更少的微生物、19种或更少的微生物、20种或更少的微生物、25种或更少的微生物、30种或更少的微生物、35种或更少的微生物、40种或更少的微生物、45种或更少的微生物、50种或更少的微生物、55种或更少的微生物、60种或更少的微生物、65种或更少的微生物、70种或更少的微生物、75种或更少的微生物、80种或更少的微生物、85种或更少的微生物、90种或更少的微生物或者100种或更少的微生物、200种或更少的微生物、300种或更少的微生物、400种或更少的微生物、500种或更少的微生物、600种或更少的微生物、700种或更少的微生物或者800种或更少的微生物的测量，这样的诊断方法可具有大于70％的灵敏度和大于70％的特异性中的至少一个。
本文提供的方法可提供受试者的健康状态，其特异性大于1％、20％、30％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.2％、99.5％、99.7％或99.9％受试者工作特征(ROC)。本文提供的方法可提供受试者的健康状态，其灵敏度小于1％、20％、30％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.2％、99.5％、99.7％或99.9％ROC。
计算机系统
本公开还提供了被配置为实现本公开的方法的计算机系统。该系统可包括被编程为实现本文所述方法的计算机服务器(“服务器”)。图7描绘了适合于让用户能够检测、分析并处理数据(例如测序数据；菌株分类、功能性途径、表观遗传变化、患者信息、外部数据、数据库、微生物组菌株；治疗群组等)的系统700。系统700包括被编程为实现本文所述的示例性方法的中央计算机服务器701。服务器701包括中央处理单元(CPU，也称为“处理器”)705，其可以是单核处理器、多核处理器，或用于并行处理的多个处理器，或云处理器。服务器701还包括存储器710(例如随机存取存储器、只读存储器、闪速存储器)；电子存储单元715(例如，硬盘)；用于与一个或多个其他系统进行通信的通信接口720(例如，网络适配器)；以及外围设备725，其可包括高速缓冲存储器、其他存储器、数据存储和/或电子显示适配器。存储器710、存储单元715、接口720和外围设备725通过通信总线(实线)如主板与处理器705进行通信。存储单元715可以是用于存储数据的数据存储单元。服务器701在通信接口720的帮助下可操作地耦合至计算机网络(“网络”)730。网络730可以是因特网、内联网和/或外联网、与因特网进行通信的内联网和/或外联网、电信或数据网络。在一些情况下，网络730在服务器701的帮助下可以实现对等网络，这可以使耦合至服务器701的设备能够作为客户端或服务器发挥作用。外围设备可包括，例如定序器725或远程计算机系统740。
存储单元715可存储文件(例如与本公开相关的数据的任何方面)。在一些情况下，使用云存储。云存储可以是将数字数据存储在逻辑池中的数据存储模型，其中物理存储可跨越多个服务器，并且在一些情况下可跨越一个或多个位置。在一些实施方案中，该物理环境由托管公司拥有并管理。例如，可通过共址云计算服务、网络服务应用程序编程接口(API)或通过利用API的应用程序，如云桌面存储、云存储网关或基于网络的内容管理系统来访问云存储服务。
服务器可通过网络730与一个或多个远程计算机系统进行通信。所述一个或多个远程计算机系统可以是，例如，个人计算机、膝上型计算机、平板计算机、电话、智能电话或个人数字助理。
在一些情况下，系统700包括一台服务器701。在其他情况下，该系统包括多个服务器，它们通过内联网、外联网和/或因特网彼此通信。
服务器701可适配为存储信息。这样的信息可以存储在存储单元715或服务器701上，并且这样的数据可以通过网络进行传输。
如本文所述的方法可通过存储在服务器701的电子存储位置上，例如，存储在存储器710或电子存储单元715上的机器(例如，计算机处理器)计算机可读介质(或软件)来实现。在使用期间，可以由处理器705执行该代码。在一些情况下，其代码可从存储单元715中检索到并存储在存储器710上，以备处理器705访问。在某些情形下，可以不包括电子存储单元715，而机器可执行指令被存储在存储器710上。或者，可以在第二计算机系统740上执行代码。
本文提供的系统和方法的方面，如服务器701，可在编程中具体体现。该技术的各个方面可被看作“产品”或“制品”，其通常为在某种类型的机器可读介质(例如，计算机可读介质)中携带或具体体现的机器(或处理器)可执行代码和/或相关数据的形式。机器可执行代码可以存储在电子存储单元如存储器(例如，只读存储器、随机存取存储器、闪速存储器)或硬盘上。“存储”型介质可以包括计算机、处理器等的任何或全部有形存储器，或其相关模块，如各种半导体存储器、磁带驱动器、磁盘驱动器等，其可以随时为软件编程提供非暂时性存储。软件的全部或部分可以不时地通过因特网或各种其他电信网络进行通信。例如，这样的通信可以使软件能够从一台计算机或处理器加载到另一台计算机或处理器，例如，从管理服务器或主机加载到应用服务器的计算机平台。因此，可以承载软件元件的另一类型的介质包括光波、电波和电磁波，诸如跨越本地设备之间的物理接口、通过有线和光学陆线网络以及经由各种空中链路所使用的。携带此类波的物理元素，如有线或无线链路、光学链路等，也可被认为是承载软件的介质。如本文所使用，除非限于非暂时性的有形“存储”介质，否则诸如计算机或机器“可读介质”等术语是指参与向处理器提供指令以供执行的任何介质。
因此，机器可读介质，如计算机可执行代码，可采取许多形式，包括但不限于有形存储介质、载波介质或物理传输介质。非易失性存储介质可包括，例如光盘或磁盘，如任何计算机中的任何存储设备等，以便可用来实现该系统。有形传输介质可包括：同轴电缆、铜线和光纤(包括构成计算机系统内的总线的导线)。载波传输介质可以采取电信号或电磁信号或者声波或光波的形式，诸如在射频(RF)和红外线(IR)数据通信期间生成的那些信号或波。因此，计算机可读介质的常见形式包括，例如：软盘、柔性盘、硬盘、磁带、任何其他磁性介质、CD-ROM、DVD、DVD-ROM、任何其他光学介质、穿孔卡片、纸带、任何其他具有孔洞图案的物理存储介质、RAM、ROM、PROM和EPROM、FLASH-EPROM、任何其他存储器芯片或匣盒、传送数据或指令的载波、电缆，或传送这样的载波的链路，或计算机可以从中读取编程代码和/或数据的任何其他介质。这些计算机可读介质形式中的许多形式可以参与将一个或多个指令的一个或多个序列运载到处理器以供执行。
治疗受试者的方法
本公开提供了用于治疗受试者的方法和组合物。本公开提供了用于治疗微生物组相关病症的方法和组合物。改变和/或恢复受试者中微生物组的组成可具有期望的健康后果。本公开的组合物可作为用于治疗健康状况的治疗剂和/或化妆品来施用。旨在改变宿主微生物组的治疗可导致患者症状的减轻、疾病的预防和/或疾病或健康状况的治疗。
本公开的方法、组合物和试剂盒可以包括治疗、预防、阻止、逆转或减轻病症的方法。在一些实施方案中，通过在显示与疾病发作相关联的任何身体部位施用治疗有效量的基于微生物的组合物来实现调节。在一些实施方案中，将该组合物递送至受试者的肠。在一些实施方案中，使该组合物在受试者的肠中释放。
图1描绘了可受微生物组影响的一些非限制性健康状况。这些健康状况可包括，例如，2型糖尿病(T2DM)、早产、慢性疲劳综合征、皮肤状况如痤疮、变态反应、自闭症、哮喘、抑郁症、高血压、肠易激综合征、代谢综合征、肥胖、乳糖不耐受、鹅口疮、溃疡性结肠炎、药物代谢、阴道病、特应性皮炎、银屑病、I型糖尿病(T1DM)、糖尿病、多发性硬化、神经系统病症如帕金森病、艰难梭菌(Clostridium Difficile)感染、炎性肠病、克罗恩病、心脏病、糖尿病足溃疡、菌血症、婴儿腹痛、癌症、囊性纤维化、多发性硬化、尿路感染、放射性肠病、药物代谢、龋齿、口臭、代谢紊乱、胃肠病症、胰岛素不敏感、代谢综合征、胰岛素缺乏、胰岛素抵抗、葡萄糖耐受不良、非酒精性脂肪酸肝病、心血管疾病、高血压、与胆固醇相关的病症、与甘油三酯相关的病症、肥胖、超重、炎症、婴儿配方食品喂养、阑尾炎、特应性疾病、衰老、禁食、肥胖的孕妇、葡聚糖硫酸钠诱发的结肠炎、腹泻、变应性腹泻和动脉粥样硬化。
本公开可提供至少一种微生物组的诊断试验，其包括给出关于健康状态或本文所述健康状况的治疗方式的指导的报告。本公开还可提供用于治疗本文所述的健康状况的治疗和/或美容制剂。
本公开提供了用于将受试者的微生物生境恢复到健康状态的方法。该方法可包括微生物组纠正和/或调整，包括例如补充天然微生物、去除病原微生物、施用益生元和微生物组存活所必需的生长因子。在一些实施方案中，该方法还包括施用抗微生物剂，如抗生素。
基于微生物组谱，本公开提供了给予受试者普遍性治疗建议的方法以及给予受试者特定的治疗建议的方法。治疗方法可包括以下步骤之一:确定从至少一个受试者获得的生物样品中受试者特定的微生物组谱的水平与第二微生物组谱的水平的第一比例，基于该确定检测该受试者中疾病的存在与否，以及向该受试者推荐至少一种普遍性或受试者特定的治疗，以改善疾病症状。
微生物组相关病症
在一些实施方案中，所述病症与受试者的改变的微生物组相关和/或由其引起。在一些实施方案中，病症与肠生态失调相关和/或由其引起。在一些实施方案中，所述病症与受试者中一种或多种短链脂肪酸(SCFA)的产生改变相关和/或由其引起。在一些实施方案中，该短链脂肪酸是丁酸。在一些实施方案中，该短链脂肪酸是丙酸(例如，吲哚3-丙酸)。在一些实施方案中，该短链脂肪酸是乙酸。在一些实施方案中，所述病症由降低的丁酸产生引起。例如，患者可以具有减少的产生短链脂肪酸(例如产生丁酸)的微生物。改变的SCFA产生可以由例如改变的SCFA途径(例如，改变的丁酸途径)、改变的产生SCFA的微生物或者SCFA途径或产生SCFA的微生物所需的底物或辅因子的增加或减少引起。改变的丁酸产生可以影响受试者中的一种或多种下游信号传导途径，这可以导致病症。例如，包含益生菌以增加丁酸产生的方法和组合物可用于治疗病症。
用于诊断和治疗病症的方法和组合物在美国专利9,486,487中有描述，该专利为了所有目的通过引用整体并入本文。
患有微生物组相关病症的受试者可以具有，例如，减少的拟杆菌、真杆菌、粪杆菌、瘤胃球菌或其组合的群体；放线菌、双歧杆菌或其组合的增多；丁酸产生途径的减少；丁酸生产菌株的减少；丁酸浓度(例如，在粪便中)的降低；肠道微生物区系组成的失衡，或其组合。疾病的微生物群标记可用作确定病症的诊断。
用本公开的组合物治疗的病症或状况可包括皮肤或皮肤学病症、代谢紊乱、神经系统病症、癌症、心血管病症、免疫功能病症、炎性病症、肺病症、转移、化疗或放疗诱发的状况、年龄相关的病症、早衰症和睡眠障碍。
肠微生物群的改变可能与病症的病理生理学有关，该病症例如是皮肤或皮肤学病症、代谢紊乱、神经系统病症、癌症、心血管病症、免疫功能病症、炎症、炎性病症、肺病症、转移、化疗或放疗诱发的状况、年龄相关的病症、早衰症和睡眠障碍。
患有代谢紊乱或代谢综合征的受试者可患有共病状况，该共病状况可包括，例如，皮肤或皮肤学病症、神经系统病症、癌症、心血管病症、免疫功能病症、炎性病症、肺病症、转移、化疗或放疗诱发的状况、年龄相关的病症、早衰症、睡眠障碍、阴道病症、牙科病症、妊娠相关病症或其组合。
在一些实施方案中，所述病症是神经系统状况。在一些实施方案中，所述病症是行为状况。神经系统状况包括但不限于神经活动障碍、焦虑、抑郁、食物成瘾、慢性疲劳综合征、自闭症、自闭症谱系病症、Asperger综合征、广泛性发育障碍、帕金森病、阿尔茨海默病、痴呆、肌萎缩侧索硬化(ALS)、延髓性麻痹、假性延髓麻痹、原发性侧索硬化、运动神经元功能障碍(MND)、轻度认知障碍(MCI)、亨廷顿病、眼部疾病、年龄相关性黄斑变性、青光眼、视力减退、老花眼、白内障、进行性肌萎缩、下运动神经元疾病、脊髓性肌萎缩(SMA)、Werdnig-Hoffman病(SMA1)、SMA2、Kugelberg-Welander病(SM3)、肯尼迪病、脊髓灰质炎后综合征和遗传性痉挛性截瘫。本公开的组合物可用于例如稳定情绪、改善情绪、调节过度情感抑郁、减轻焦虑、减轻压力及其组合。在一些实施方案中，所述病症是行为状况。在一些实施方案中，所述病症是帕金森病。在一些实施方案中，所述病症是食物成瘾。在一些实施方案中，所述病症是焦虑。在一些实施方案中，所述病症是抑郁症。
肠微生物可以在受试者的神经系统和行为中发挥作用。增加SCFA产量(例如，通过增加丁酸产生者)可以例如改善大脑发育、运动活动、减轻焦虑、改善抑郁、增加免疫调节性Treg细胞以及改善心理状态。
本公开的方法和组合物可以调节例如下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA)、免疫系统、肠神经系统、自主神经系统、中枢神经系统、神经活性物质的产生、短链脂肪酸(SCFA)的产生、抗生素活性物质的产生和肠功能的改变(例如，感觉-运动功能、屏障功能)。
本公开的方法和组合物可以通过例如调节皮质醇、5-羟色胺、多巴胺和/或GABA来调节行为。本公开的方法和组合物可以用来通过例如调节胰岛素、瘦素、生长素释放肽和/或GLP-1来调节食欲。
本公开的方法和组合物可以通过例如调节肥大细胞活化和/或炎性细胞因子产生来调节肠免疫系统。
丁酸可激活胰岛素敏感和胰岛素不敏感状态下的肠糖异生，这可促进葡萄糖和能量稳态。微生物组合物可以改变控制情绪和感觉的中枢处理的大脑区域的活动。
在一些实施方案中，本公开的方法和组合物调节(例如，降低)受试者的食欲。在一些实施方案中，本公开的方法和组合物调节(例如，改善)受试者的行为。本公开的方法和组合物调节(例如，促进)受试者的饱腹感。
肠微生物组的丁酸产生可以降低食欲，例如，通过肠-脑联系。与消瘦受试者相比，肥胖受试者在食物添加和食物渴望量表上的分数可能增加。肠微生物群的改变可能与几种脑病症的病理生理学相关，包括焦虑、抑郁和食欲。当摄入纤维时，肠微生物可以将纤维代谢成短链脂肪酸，包括丁酸。丁酸可以与受体，例如G蛋白偶联受体结合。例如，丁酸可以与G蛋白偶联受体GPR41结合并触发酪氨酸-酪氨酸肽(PYY)和胰高血糖素样肽1(GLP-1)。PYY和GLP-1可以与肠神经系统中的受体结合，导致通过迷走神经向大脑发出信号，这可导致食欲降低。类似地，如本文所述，施用微生物组合物以改变肠微生物群，可导致胃肠系统的变化，以影响，例如抑制肠中的感觉和其他神经元活动，以及影响神经系统特性，例如，与这类活动相关的焦虑、抑郁和食欲(参见，例如，下文的实施例1)。
在一些实施方案中，本公开的方法提供了合生元(synbiotic)(例如，包含益生元和益生菌)干预方法，其可以靶向与改变的脑功能和行为相关的特定肠微生物组生化途径。在一些实施方案中，本公开提供了用于评估基于微生物组的共病精神病学病症治疗的伴随诊断。在一些实施方案中，本公开提供了布尔蕴涵的扩展和协惯量分析的应用，其作为用于探索性数据分析和生物标志物发现的最新统计方法。
本公开的方法和组合物可以改变受试者中神经递质物质(例如，5-羟色胺、多巴胺、GABA)、神经活性代谢物(例如，支链和芳香族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、苯酚硫酸盐、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺)和炎性剂(例如，脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP)的水平。已经发现，本文所述的菌株携带关键神经递质产生途径酶例如A.muciniphila谷氨酸脱羧酶的基因，参见，例如，www.uniprot.org/uniprot/R6IYN9。
本公开的微生物组合物可以产生丙酸，例如，吲哚3-丙酸，或调节其产生。吲哚-3-丙酸可以起抗氧化剂的作用。吲哚-3-丙酸可与神经系统病症例如阿尔茨海默病相关。吲哚-3-丙酸可以保护神经元和神经母细胞瘤细胞免受β-淀粉样蛋白毒性。吲哚-3-丙酸可以由胃肠道中的微生物如生孢梭菌由例如膳食色氨酸产生。本公开的微生物组合物——其包含分离并纯化的微生物群体，该微生物与生孢梭菌的rRNA(例如，16S或23S)序列具有至少约85％(例如，90％、95％、98％、99％或100％)的序列同一性——可用来治疗神经系统病症(例如，阿尔茨海默病)。
在一些实施方案中，本公开提供了用于治疗神经系统病症，例如帕金森病的方法。该方法可包括施用(例如，口服)包含分离并纯化的微生物群体的组合物。该分离并纯化的微生物群体可包含在受试者中产生SCFA的微生物。该CFA可以是丁酸。产生SCFA的组合物可导致受试者中胰高血糖素样肽-1途径(GLP-1)的调节(例如，激活)，这可导致受试者中GLP-1的产生增加(参见图13)。增加的GLP-1产生可在受试者中导致神经保护作用。
在一些实施方案中，所述病症是代谢紊乱。在一些实施方案中，所述病症是非肥胖受试者中的代谢紊乱。在一些实施方案中，所述病症是代谢紊乱的共病状况。代谢紊乱的非限制性实例包括糖尿病、I型糖尿病、II型糖尿病、妊娠糖尿病、青少年糖尿病、代谢综合征、炎性肠病(IBD)、肠易激综合征、肥胖、超重状况、缺血再灌注损伤如肝脏缺血再灌注损伤、脂肪肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非肥胖受试者中的NAFLD(例如，不是由肥胖或体重过重问题引起的或不与之相关的NAFLD)、非肥胖受试者中的NASH(例如，不是由肥胖或体重过重问题引起的或不与之相关的NASH)、克罗恩病、结肠炎、溃疡性结肠炎、假膜性结肠炎、肾功能不全、肾病病理学、肾小球疾病、药物代谢、乳糖不耐受、胰岛素不敏感、胰岛素缺乏、胰岛素抵抗、葡萄糖耐受不良、腹泻、变应性腹泻和葡聚糖硫酸钠诱发的结肠炎。
在一些实施方案中，所述病症是I型糖尿病(T1DM)。T1DM患者可以具有减少的细菌多样性和减少的产生丁酸的微生物。增加丁酸产量，例如通过施用包含A.muciniphila的组合物，可用于T1DM治疗。
在一些实施方案中，所述病症是炎性肠病(IBD)。IBD患者可以具有降低的丁酸产量(例如，由于产生丁酸的微生物减少)。增加丁酸产量可导致IBD减轻。丁酸可以改善与IBD相关的结肠炎症。
在一些实施方案中，所述病症是克罗恩病。丁酸可以例如减少细胞因子(例如，肿瘤坏死因子；促炎性细胞因子mPRA)的产生；消除脂多糖诱导的细胞因子的表达；并消除NFkappaB(NF-kB)向血细胞核的迁移。丁酸可以减少促炎性细胞因子的表达，例如，通过抑制NF-κB活化和IkappaBalpha(IdBa)降解。丁酸可通过NFκB抑制来抑制炎性应答(例如，在克罗恩病中)。
在一些实施方案中，所述病症是非酒精性脂肪肝病(NAFLD)。患有NAFLD的受试者可以具有减少的丁酸产量和/或产生丁酸的微生物。施用产生丁酸的微生物(例如，丁酸梭菌)可以降低NAFLD进展、减少肝脏脂质沉积、改善甘油三酯含量、改善胰岛素抵抗、改善血清内毒素水平和改善肝脏炎症指数。改变的肠微生物组可以独立地引起肥胖，肥胖可能是NAFLD最重要的危险因素之一。这种能力可以归因于短链脂肪酸(SCFA)，SCFA是肠微生物发酵产物。SCFA可以占宿主的热量摄入的很大一部分。SCFA可通过激活GLP-2信号传导来增强肠吸收。SCFA升高可能是抑制结肠炎的适应性措施，其可能比热量摄入失衡更优先。非酒精性脂肪性肝炎(NASH)患者的微生物组可具有升高的酒精产生能力。酒精性脂肪性肝炎的病理机制可适用于NASH。NAFLD/NASH可能与升高的革兰氏阴性微生物组和内毒素血症相关。NASH患者可表现出正常的血清内毒素，表明NASH的发病机制可能不需要内毒素血症。本公开的微生物组合物可使NAFLD/NASH患者受益。
在一些实施方案中，所述病症是全肝缺血再灌注损伤。丁酸预处理可改善缺血再灌注损伤后的肝功能和组织学。炎性因子水平、巨噬细胞活化、TLR4表达和嗜中性粒细胞浸润可被丁酸减弱。
在一些实施方案中，所述病症是妊娠糖尿病。
在一些实施方案中，所述病症是免疫系统病症。在一些实施方案中，所述病症是炎性状况。
免疫系统相关病症的非限制性实例包括变态反应、炎症、炎性病症、过敏性休克、自身免疫病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮(SLE)、硬皮病、糖尿病、自身免疫性肠病、腹部疾病、克罗恩病、显微镜下结肠炎、溃疡性结肠炎、骨关节炎、骨质疏松症、口腔粘膜炎、炎性肠病、脊柱后凸、椎间盘突出、溃疡性哮喘、肾纤维化、肝纤维化、胰腺纤维化、心脏纤维化、皮肤伤口愈合和口腔粘膜下纤维化。
在一些实施方案中，本公开提供了用于治疗有需要的受试者中由对器官移植物的宿主免疫应答所导致的状况或降低其可能性的方法。器官移植的非限制性实例包括肾脏器官移植、骨髓移植、肝移植、肺移植和心脏移植。在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的受试者中的移植物抗宿主病的方法。
微生物代谢物可以在免疫系统的发育中发挥作用。肠微生物组可以在变态反应的发展中发挥作用。微生物可以介导免疫调节。基于细菌的免疫调节能力，益生菌可用于治疗湿疹，例如双歧双歧杆菌、动物双歧杆菌乳酸亚种(Bifidobacterium animalissubsp.Lactis)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)。较少量的代谢物SCFA、琥珀酸、苯丙氨酸和丙氨酸可以在后来发生皮肤病症(例如湿疹)的受试者(例如，儿童)的粪便样品中发现，而葡萄糖、半乳糖、乳酸和乳糖的量与未发生皮肤病症的受试者相比可以更高。补充多个物种的益生菌可以诱导更高水平的乳酸和SCFA，以及更低水平的乳糖和琥珀酸盐。
施用包含SCFA或产生SCFA的微生物的组合物可以增加免疫调节性细胞。
在一些实施方案中，所述病症是皮肤学病症。皮肤学状况包括但不限于痤疮、银屑病、湿疹、皮疹、皱纹、瘙痒、感觉迟钝、丘疹鳞屑性病症、红皮病、扁平苔癣、苔癣样皮肤病、特应性皮炎、湿疹、嗜酸性粒细胞性皮肤病、反应性嗜中性粒细胞性皮肤病、天疱疮、类天疱疮、免疫大疱性皮肤病、皮肤纤维组织细胞增生、皮肤淋巴瘤和皮肤狼疮。
在一些实施方案中，所述病症是特应性皮炎。在一些实施方案中，所述病症是湿疹。
患有皮肤病症(例如，特应性皮炎)的患者可以具有例如减少的产生丁酸的微生物、较低的拟杆菌门多样性、改变的肠微生物组多样性以及改变的规则粪球菌丰度。
在一些实施方案中，所述病症是心血管病症。心血管状况的非限制性实例包括但不限于心绞痛、心律失常、动脉粥样硬化、心肌病、充血性心力衰竭、冠状动脉疾病(CAD)、颈动脉疾病、心内膜炎、心脏病发作、冠状动脉血栓形成、心肌梗死(MI)、高血压(high bloodpressure)/高血压(hypertension)、主动脉瘤、脑动脉瘤、心肌纤维化、心脏舒张功能障碍、高胆固醇血症/高脂血症、心脏病、二尖瓣脱垂、周围血管疾病、外周动脉疾病(PAD)、心脏应激抗性、中风、与胆固醇水平改变相关的病症和与甘油三酯改变相关的病症。
在一些实施方案中，所述病症是肺状况或病症。肺状况包括但不限于特发性肺纤维化(IPF)、慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、囊性纤维化、支气管扩张和肺气肿。
在一些实施方案中，受试者已暴露于环境污染物，例如二氧化硅。受试者可能暴露于职业污染物，例如灰尘、烟雾、石棉或烟气。在一些实施方案中，受试者曾经吸烟。
在一些实施方案中，受试者患有结缔组织病。该结缔组织病可以是例如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、硬皮病、结节病或韦格纳氏肉芽肿病。在一些实施方案中，受试者具有感染。在一些实施方案中，受试者曾服用或正在服用药物或曾接受胸部放疗。该药物可以是，例如，胺碘酮、博来霉素、白消安(busufan)、氨甲蝶呤或呋喃妥因。
在一些实施方案中，所述病症是癌症。癌症的非限制性实例包括：结直肠癌、急性淋巴母细胞性白血病、急性髓样白血病、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症、AIDS相关淋巴瘤、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑肿瘤如小脑星形细胞瘤、大脑星形细胞瘤/恶性胶质瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、幕上原始性神经外胚层肿瘤、视通路和下丘脑胶质瘤、乳腺癌、支气管腺瘤、伯基特淋巴瘤、原发不明癌症、中枢神经系统淋巴瘤、小脑星形细胞瘤、宫颈癌、儿童癌症、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性骨髓增生性病症、结肠癌、皮肤T细胞淋巴瘤、结缔组织增生性小圆细胞肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、尤因肉瘤、生殖细胞肿瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠类癌瘤、胃肠间质瘤、胶质瘤、毛细胞白血病、头颈癌、心脏癌、肝细胞(肝)癌、霍奇金淋巴瘤、下咽癌、眼内黑素瘤、胰岛细胞癌、卡波西肉瘤、肾癌、喉癌、唇与口腔癌、脂肪肉瘤、肝癌、肺癌如非小细胞和小细胞肺癌、淋巴瘤、白血病、巨球蛋白血症、骨恶性纤维组织细胞瘤/骨肉瘤、髓母细胞瘤、黑素瘤、间皮瘤、转移性隐匿原发鳞状颈癌、口癌、多发性内分泌瘤病综合征、骨髓增生异常综合征、髓样白血病、鼻腔和副鼻窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口腔癌、口咽癌、骨肉瘤/骨恶性纤维组织细胞瘤、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢生殖细胞瘤、胰腺癌、胰岛细胞胰腺癌、副鼻窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、松果体星形细胞瘤、松果体生殖细胞瘤、垂体腺瘤、胸膜肺母细胞瘤、浆细胞瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌、肾盂和输尿管移行细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、皮肤癌、merkel细胞皮肤癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、胃癌、T细胞淋巴瘤、喉癌、胸腺瘤、胸腺癌、甲状腺癌、滋养细胞瘤(妊娠)、原发部位不明癌、尿道癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、维尔姆斯瘤和已经转移的癌症。
在一些实施方案中，所述病症是结直肠癌。
患有癌症的受试者可能具有改变的丁酸产生，例如，由于产生丁酸的微生物减少。本公开的方法和组合物可用于肿瘤治疗和减少，例如，通过向受试者递送产生丁酸的微生物。
体内的大多数细胞类型可以利用葡萄糖作为其初级能量来源，而正常的结肠细胞可以依赖丁酸作为其能量的约60-70％。丁酸可以在线粒体中经历β-氧化，这可以支持能量稳态以供结肠上皮的快速细胞增殖。相反，肿瘤细胞(例如，结直肠肿瘤细胞)可以转换为葡萄糖利用和有氧糖酵解。由于这种代谢转变，丁酸可能不会在肿瘤细胞的线粒体中以相同的程度代谢，并且可以在细胞核中累积。在细胞核中，丁酸可以起到组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂的作用，以在表观遗传上调节基因表达。结肠炎患者可以具有例如高达10倍的结直肠癌增加。
本公开的方法和组合物可以增加丁酸的水平，丁酸可以充当内源性HDAC抑制剂。由于丁酸的生物利用度可能主要局限于结肠，因此丁酸可能不会具有与合成HDAC抑制剂(例如化疗中使用的那些)相关的不良反应。例如，由于Warburg效应，丁酸可以靶向肿瘤细胞。
癌症(例如，结肠癌)的膳食风险可以由肠微生物群及其代谢物(例如，SCFA，如丁酸)的生态失调来介导。膳食纤维和/或复合碳水化合物可促进糖分解发酵，其可产生抗炎性和抗增殖SCFA，如丁酸。红肉可以通过促进蛋白水解发酵——从红肉中富含硫的氨基酸内含物产生硫化氢——来产生炎性和遗传毒性代谢物，并将结肠粘膜暴露于致癌成分。
膳食纤维摄入可以促进健康的肠微生物组，后者继而可以增强SCFA(例如丁酸、乙酸、丙酸)的产生。增强的SCFA产生可导致例如减少的食物摄入，增加的能量水平，更好的结肠健康，促进健康的肠道肠屏障，减少结肠内容物通过时间和暴露于致癌物，癌细胞周期停滞和凋亡，抑制癌细胞迁移和侵袭，抑制早期结肠病变，抑制腺瘤形成，抑制结肠腺瘤，抑制肿瘤进展，以及抑制结肠癌。
在一些实施方案中，所述病症是阴道状况。阴道状况的非限制性实例包括但不限于阴道病、细菌性阴道病、病毒性阴道病、外阴阴道炎、酵母感染、早产、与生育力相关的状况(例如，低生育力)、毛滴虫、外阴前庭炎和外阴痛。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在个体进行阴道灌洗后使用。在一些实施方案中，所述个体患有外阴痛。
在一些实施方案中，所述病症是牙科状况。牙科状况的非限制性实例包括但不限于牙腔和口臭。
在一些实施方案中，所述病症是妊娠相关状况。妊娠相关状况的非限制性实例包括但不限于早产、未足月产、妊娠期肥胖和妊娠糖尿病。
在一些实施方案中，将本文公开的组合物施用于将要通过剖腹产术生产的怀有婴儿的孕妇。在一些实施方案中，将本文公开的组合物施用于通过剖腹产术生出的婴儿。
病症可以是，例如，多发性硬化、艰难梭菌感染、泌尿生殖系统病症、鹅口疮、糖尿病足溃疡、菌血症、婴儿腹痛、尿路感染、放射性肠病、婴儿配方食品喂养、阑尾炎、特应性疾病、衰老、年龄相关病症、早衰症、禁食、共病、转移、化疗或放疗引起的状况以及睡眠障碍。在一些实施方案中，病症是多发性硬化。
本公开的方法和组合物可以调节和/或恢复受试者中的SCFA产生(例如，丁酸产生)。例如，可以增加受试者中的SCFA(例如，丁酸)产生。本公开的组合物可以将受试者中的丁酸产生增加例如至少约0.01％、0.02％、0.03％、0.04％、0.05％、0.06％、0.07％、0.08％、0.09％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.5％、2％、2.5％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。丁酸产生可以减少，例如，至少约0.01％、0.02％、0.03％、0.04％、0.05％、0.06％、0.07％、0.08％、0.09％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.5％、2％、2.5％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。
本公开的方法和组合物可用来调节受试者的体重。体重可以增加或减少。受试者可以损失或获得体重的至少约0.01％、0.02％、0.03％、0.04％、0.05％、0.06％、0.07％、0.08％、0.09％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.5％、2％、2.5％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％。
图2描绘了用来鉴定用于治疗健康状况的微生物菌株的说明性方法。可以使用多层方法来鉴定用作治疗剂的一种或多种微生物菌株。候选菌株可见于科学文献和研究。可通过分析健康和不健康的宿主找到候选菌株。可针对施用于患者的能力(例如生物安全性水平、用于制备的可用性、生长条件)过滤和/或选择候选菌株。
治疗或菌株群组可包含一种或多种选自下组的微生物：Akkermansiamuciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、Akkermansia、双歧杆菌、梭菌、真杆菌、疣微菌门、厚壁菌门。产醋细菌，发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
治疗或菌株群组可包含来自选自下组的门的微生物：放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)及其任意组合。
治疗或菌株群组可包含来自选自下组的科的微生物：产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、红蝽菌科(Coriobacteriaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、Erysipelotricaceae、真杆菌科(Eubacteriaceae)、Incertae-Cedis-XIII、Incertae-Sedis-XIV、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、巴斯德氏菌科(Pasturellaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、韦荣氏菌科(Veillonellaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)及其任意组合。
治疗或菌株群组可包含来自选自下组的属的微生物：Akkermansia、梭菌属、真杆菌属、双歧杆菌属、粪杆菌属及其任意组合。
治疗剂或菌株群组可包含一种或多种微生物，所述微生物与选自下组的微生物的rRNA(例如16S rRNA和/或23S rRNA)具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansiamuciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、Akkermansia、双歧杆菌、梭菌、真杆菌、疣微菌门、厚壁菌门。产醋细菌，发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
本公开的组合物可以包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23SrRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、Akkermansia、双歧杆菌、梭菌、真杆菌、疣微菌门、厚壁菌门。产醋细菌，发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautiahydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌Clostridiumbartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridiumpeptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
在一些实施方案中，提供了用来治疗病症的药物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、Akkermansia、双歧杆菌、梭菌、真杆菌、疣微菌门、厚壁菌门。产醋细菌，发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与乳杆菌属的种的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Akkermansia的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与双歧杆菌属的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与梭菌属的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与真杆菌属的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与疣微菌属的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与厚壁菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：路氏乳杆菌(例如，路氏乳杆菌RC-14、路氏乳杆菌L22)、变异链球菌、Stenotrophomonas nitritireducens及其任意组合。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：鼠李糖乳杆菌、普氏粪杆菌、吉氏颤螺菌、园环梭菌、鹌鹑梭菌、嗜胺梭菌、卵瘤胃球菌及其任意组合。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansia muciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌及其任意组合。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansia muciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌、普氏粪杆菌及其任意组合。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含以下微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansia muciniphila、拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌及其任意组合。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含以下微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌或其任意组合。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含以下微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌、霍氏真杆菌、Akkermansiamuciniphila或其任意组合。
组合物可包含选自拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌、霍氏真杆菌、Akkermansiamuciniphila及其任意组合的分离并纯化的微生物群体。
在一些实施方案中，提供了药物微生物组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中所述分离并纯化的微生物群体包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15种不同的微生物菌株或种。所述微生物菌株包含的rRNA序列可与选自下组的微生物的rRNA序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、吲哚梭菌、园环梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburiaintestinalis、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Akkermansia muciniphila的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Anaerostipes caccae的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与青春双歧杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与双歧双歧杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与婴儿双歧杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与长双歧杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与溶纤维丁酸弧菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与丙酮丁醇梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与嗜胺梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与拜氏梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与丁酸梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与鹌鹑梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与球形梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与吲哚梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与系结梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与园环梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与丙酸梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与解木素梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与屎肠球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与霍氏真杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与直肠真杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与普氏粪杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与产琥珀酸丝状杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与嗜酸乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与短乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与保加利亚乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与干酪乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与高加索乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与发酵乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与瑞士乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与乳乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与植物乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与路氏乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与鼠李糖乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与吉氏颤螺菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Roseburia cecicola的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Roseburia inulinivorans的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与生黄瘤胃球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与活泼瘤胃球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与卵瘤胃球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Stenotrophomonas nitritireducens的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与酪链球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与屎链球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与婴儿链球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与变异链球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与嗜热链球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Anaerofustis stercorihominis的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Anaerostipes hadrus的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Anaerotruncus colihominis的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与生孢梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与破伤风梭菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与粪球菌属的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与规则粪球菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与柱状真杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与长真杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与凸腹真杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Roseburia faeccis的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Roseburia hominis的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与Roseburia intestinalis的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与产醋微生物的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与两杈乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一个实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物的rRNA(例如，16S rRNA和/或23S rRNA)序列与约氏乳杆菌的rRNA序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
治疗组合物可包含至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种、至少26种、至少27种、至少28种、至少29种、至少30种、至少31种、至少32种、至少33种、至少34种、至少35种、至少36种、至少37种、至少38种、至少39种、至少40种、至少45种、或至少50种、或至少75种、或至少100种不同的微生物(例如，微生物的株、种、门、纲、目、科或属)。治疗组合物可包含至多1种、至多2种、至多3种、至多4种、至多5种、至多6种、至多7种、至多8种、至多9种、至多10种、至多11种、至多12种、至多13种、至多14种、至多15种、至多16种、至多17种、至多18种、至多19种、至多20种、至多21种、至多22种、至多23种、至多24种、至多25种、至多26种、至多27种、至多28种、至多29种、至多30种、至多31种、至多32种、至多33种、至多34种、至多35种、至多36种、至多37种、至多38种、至多39种、至多40种、至多45种、或至多50种、或至多75种、或至多100种不同的微生物(例如，微生物的株、种、门、纲、目、科或属)。
在一些实施方案中，与单独的微生物的稳定性相比，将一种或多种微生物组合在治疗组合物或治疗群组中增加或维持了微生物在该组合物中的稳定性。与单独的菌株相比，微生物的治疗群组可提供协同稳定性。
在一些实施方案中，将一种或多种微生物组合在治疗组合物或治疗群组中可在施用于个体时提供协同效应。例如，第一微生物的施用可能对受试者有益，并且第二微生物的施用可能对受试者有益，但是当将两种微生物一起施用于受试者时，其益处大于任一单独的益处。
治疗组合物中的不同类型的微生物可以以相同的量或不同的量存在。例如，治疗组合物中两种细菌的比例可以是约1:1、1:2、1:5、1:10、1:25、1:50、1:100、1:1000、1:10,000或1:100,000。
本公开的组合物可包含一个或多个乳杆菌属的种。乳杆菌属的种的非限制性实例包括，例如，耐酸乳杆菌(L.acetotolerans)、L.acidifarinae、L.acidipiscis、嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、敏捷乳杆菌(L.agilis)、L.algidus、消化乳杆菌(L.alimentarius)、解淀粉乳杆菌(L.amylolyticus)、嗜淀粉乳杆菌(L.amylophilus)、L.amylotrophicus、食淀粉乳杆菌(L.amylovorus)、动物乳杆菌(L.animalis)、L.antri、L.apodemi、鸟乳杆菌(L.aviarius)、双发酵乳杆菌(L.bifermentans)、两歧乳杆菌(L.bifidus)、短乳杆菌(L.brevis)、布氏乳杆菌(L.buchneri)、保加利亚乳杆菌(L.bulgaricus)、L.camelliae、干酪乳杆菌(L.casei)、链状乳杆菌(L.catenaformis)、L.ceti、L.coleohominis、丘状菌落乳杆菌(L.collinoides)、L.composti、L.concavus、棒状乳杆菌(L.coryniformis)、卷曲乳杆菌(L.crispatus)、L.crustorum、弯曲乳杆菌(L.curvatus)、德氏乳杆菌保加利亚亚种(L.delbrueckii subsp.bulgaricus)、德氏乳杆菌德氏亚种(L.delbrueckiisubsp.delbrueckii)、德氏乳杆菌乳亚种(L.delbrueckii subsp.lactis)、L.dextrinicus、L.diolivorans、L.equi、L.equigenerosi、L.farraginis、香肠乳杆菌(L.farciminis)、发酵乳杆菌(L.fermentum)、L.fornicalis、食果糖乳杆菌(L.fructivorans)、L.frumenti、L.fuchuensis、鸡乳杆菌(L.gallinarum)、加氏乳杆菌(L.gasseri)、L.gastricus、L.ghanensis、草乳杆菌(L.graminis)、L.hammesii、哈氏乳杆菌(L.hamsteri)、L.harbinensis、L.hayakitensis、瑞士乳杆菌(L.helveticus)、希氏乳杆菌(L.hilgardii)、同型腐酒乳杆菌(L.homohiochii)、L.iners、L.ingluviei、肠乳杆菌(L.intestinalis)、詹氏乳杆菌(L.jensenii)、约氏乳杆菌(L.johnsonii)、L.kalixensis、马乳酒样乳杆菌(L.kefiranofaciens)、高加索酸奶乳杆菌(L.kefiri)、L.kimchii、L.kitasatonis、L.kunkeei、希莱曼氏乳杆菌(L.leichmannii)、林氏乳杆菌(L.lindneri)、坏发酵乳杆菌(L.malefermentans)、马里乳杆菌(L.mali)、L.manihotivorans、L.mindensis、L.mucosae、鼠乳杆菌(L.murinus)、L.nagelii、L.namurensis、L.nantensis、L.oligofermentans、口乳杆菌(L.oris)、面包乳杆菌(L.panis)、L.pantheris、L.parabrevis、类布氏乳杆菌(L.parabuchneri)、类干酪乳杆菌(L.paracasei)、L.paracollinoides、L.parafarraginis、类高加索酸奶乳杆菌(L.parakefiri)、L.paralimentarius、L.paraplantarum、戊糖乳杆菌(L.pentosus)、L.perolens、植物乳杆菌(L.plantarum)、桥乳杆菌(L.pontis)、L.protectus、L.psittaci、L.rennini、路氏乳杆菌(L.reuteri)、鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus)、龈沟乳杆菌(L.rimae)、罗氏乳杆菌(L.rogosae)、L.rossiae、瘤胃乳杆菌(L.ruminis)、L.saerimneri、清酒乳杆菌(L.sakei)、唾液乳杆菌(L.salivarius)、旧金山乳杆菌(L.sanfranciscensis)、L.satsumensis、L.secaliphilus、沙氏乳杆菌(L.sharpeae)、L.siliginis、L.spicheri、猪双臼乳杆菌(L.suebicus)、L.thailandensis、L.ultunensis、牛痘乳杆菌(L.vaccinostercus)、阴道乳杆菌(L.vaginalis)、L.versmoldensis、L.vini、犊乳杆菌(L.vitulinus)、玉米乳杆菌(L.zeae)和L.zymae。
所述组合物可包含例如代谢物，以在微生物可产生其自身代谢物之前辅助治疗剂的初始功效。代谢物可以包括短链脂肪酸，其可以是在其脂肪族尾中具有6个或更少碳的脂肪酸亚组，例如乙酸、丙酸、异丁酸、异戊酸、3-甲基丁酸、戊酸、缬草酸、delphinic acid、异戊酸和丁酸。
所述组合物可包含一种或多种益生元。在一个非限制性实例中，该益生元为寡糖。
在一些实施方案中，选择益生元和益生菌群组以创建不需要任何外部输入的完全自给自足的系统。益生菌和益生元的组合可提供用于在受试者中产生氨基酸、多酚、维生素和其他具有营养价值的化合物的完整体系。可用产SCFA的益生菌和益生元的组合来治疗受试者，该组合包含膳食纤维和产SCFA的益生菌的活性所需的其他物质。以这种方式，该益生元和益生菌形成自给自足的体系，其中该益生菌将益生元膳食纤维转化为SCFA(例如，丁酸、乙酸、丙酸)，这可触发用于控制受试者的病症的下游信号传导。
在一些实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物具有的丁酸激酶序列(例如，氨基酸或核苷酸序列)与本文公开的微生物的丁酸激酶具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。该序列(例如氨基酸或核苷酸序列)可以与例如丁酸激酶(例如，EC 2.7.2.7；MetaCycReaction ID R11-RXN)具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一些实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物具有的丁酸辅酶A序列(例如，氨基酸或核苷酸序列)与本文公开的微生物的丁酸辅酶A具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一些实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物具有的丁酸辅酶A转移酶或丁酰辅酶A:乙酰乙酸辅酶A转移酶序列与本文公开的微生物的丁酸辅酶A转移酶具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。该序列(例如氨基酸或核苷酸序列)可以与例如丁酰辅酶A:乙酰乙酸辅酶A转移酶(例如，EC 2.8.3.9；MetaCyc Reaction ID 2.8.3.9-RXN)具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一些实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离和/或纯化的微生物，该微生物具有的乙酸辅酶A转移酶序列与本文公开的微生物的乙酸辅酶A转移酶具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。该序列(例如氨基酸或核苷酸序列)可以与例如乙酸辅酶A转移酶(例如，EC 2.8.3.1/2.8.3.8；MetaCyc Reaction ID BUTYRATE-KINASE-RXN)具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。
在一些实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物包含参与丁酸途径的蛋白质(例如，产生丁酸的酶)。
可存在于组合物中的微生物门的非限制性实例包括拟杆菌门、蓝菌门、梭杆菌门、变形菌门、螺旋体门、软壁菌门、疣微菌门、厚壁菌门和放线菌门。
可存在于组合物中的微生物科的非限制性实例包括产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、红蝽菌科(Coriobacteriaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、Erysipelotricaceae、真杆菌科(Eubacteriaceae)、Incertae-Cedis-XIII、Incertae-Sedis-XIV、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、巴斯德氏菌科(Pasturellaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、韦荣氏菌科(Veillonellaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)。
可存在于组合物中的微生物属的非限制性实例包括Akkermansia、梭菌属、真杆菌属、双歧杆菌属和粪杆菌属。微生物可以是专性厌氧微生物。微生物可以是氧稳定的专性厌氧微生物。
药物组合物
本文提供了可以作为治疗剂和/或化妆品施用的组合物。本文所述的一种或多种微生物可用来制备包含有效量的用于治疗受试者的组合物的药物制剂。所述微生物可以在任何合适的制剂中。一些非限制性实例可包括外用剂、胶囊、丸剂、灌肠剂、液体、注射剂等。在一些实施方案中，本文公开的一种或多种菌株可包含在食品或酒水产品、化妆品或营养补充物中。
本公开的药物组合物可以是任何本文所述微生物与其他组分如载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和/或赋形剂的组合。该药物组合物可有助于将所述微生物施用于受试者。药物组合物可以通过各种形式和途径，包括例如口服、局部、直肠、透皮、粘膜和阴道给药，作为药物组合物以治疗有效量施用。可以采用施用途径的组合。该药物组合物可以作为治疗剂和/或化妆品施用。
可以通过合适的方法将组合物施用至受试者的任何合适的身体部位或体表，例如，显示出与病症相关的部位或体表。
在一些实施方案中，将组合物施用至受试者的消化道的一部分。消化道的部分的非限制性实例包括口腔，口，食道，胃，十二指肠，包括十二指肠、空肠、回肠在内的小肠区域，以及包括盲肠、结肠、直肠和肛管在内的大肠区域。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于递送至胃肠道的回肠和/或结肠区域。在一些实施方案中，将组合物施用至多个身体部位或表面，例如皮肤和肠。
所述组合物可包含一种或多种活性成分。活性成分可以选自：代谢物、细菌素、酶、抗微生物肽、抗生素、益生元、益生菌、聚糖(作为限制特定细菌/病毒与肠壁结合的诱饵)、噬菌体和微生物。
在一些实施方案中，所述制剂包含益生元。在一些实施方案中，该益生元为菊粉。在一些实施方案中，该益生元为纤维。益生元，例如菊粉，可以充当微生物制剂的能量来源。
本公开的微生物组合物可以进一步包含：菊粉、蔗糖、海藻糖、甘油、麦芽糊精、羟丙基甲基纤维素或其组合。本公开的微生物组合物可以进一步包含菊粉、蔗糖、海藻糖、甘油、麦芽糊精、羟丙基甲基纤维素中的至少一种。
所述组合物可以局部施用。所述组合物可以被配制成可局部施用的组合物，如溶液、悬浮液、洗剂、凝胶、糊剂、药棒、香脂、乳膏、软膏、液体、包裹剂、粘合剂或贴剂。所述组合物可以含有增溶剂、稳定剂、张度增强剂、缓冲液和防腐剂。
所述组合物可以口服施用，例如，通过旨在于消化道中释放所述组合物的胶囊、丸剂、粉末、片剂、凝胶或液体。
在一些实施方案中，例如，对于包含例如丁酸、丙酸、乙酸和短链脂肪酸的制剂，通过注射进行制剂的施用。在一些实施方案中，通过栓剂和/或灌肠剂来进行制剂的施用。在一些实施方案中，采用给药途径的组合。
可将微生物组合物配制成膳食补充剂。微生物组合物可合并有维生素补充剂。可将微生物组合物配制成可咀嚼形式，如益生菌胶剂(gummy)。微生物组合物可并入到食品和/或饮料形式中。可并入微生物组合物的食品和饮料的非限制性实例包括，例如，棒、摇粒(shakes)、果汁、婴儿配方食品、饮料、冷冻食品、发酵食品，以及培养的乳制品，如酸奶、酸奶饮料、奶酪、嗜酸菌饮料和开菲尔(kefir)。
本公开的制剂可作为粪便移植过程的一部分来施用。可通过管，例如鼻胃管、鼻空肠管、鼻十二指肠管、口腔胃管、口腔空肠管或口腔十二指肠管将制剂施用于受试者。可通过结肠镜术、内窥镜术、乙状结肠镜术和/或灌肠将制剂施用于受试者。
在一些实施方案中，配制微生物组合物，使得一种或多种微生物一旦被递送至目标生境(例如肠)即可复制。在一些实施方案中，配制微生物组合物，使得一种或多种微生物在目标生境(例如肠)中存活。在一个非限制性实例中，将微生物组合物配制在丸剂中，使得该丸剂具有至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的保存期限。在另一个非限制性实例中，将微生物组合物的储存物配制成使得微生物可以在目标生境，例如肠中繁殖。在一些实施方案中，可加入其他组分以有助于微生物组合物的保存期限。在一些实施方案中，可以以能够在非天然环境中存活的方式配制一种或多种微生物。例如，以肠作为天然环境的微生物在富含氧气的环境中可能无法存活。为了克服这一限制，可将该微生物配制在可减少或避免氧气暴露的丸剂中。延长微生物保存期限的其他策略可包括其他微生物(例如，细菌群组构成一种组合物，借此一种或多种菌株有助于一种或多种菌株的存活)。
在一些实施方案中，将微生物组合物冻干(例如，冷冻干燥)，并配制成可通过任何合适的途径施用于受试者的粉末、片剂、肠溶衣胶囊(例如用于递送至肠，如回肠和/或结肠区域)或丸剂。冻干制剂可在施用之前与盐水或其他溶液混合。
在一些实施方案中，将微生物组合物配制用于口服施用，例如配制成肠溶衣胶囊或丸剂，以将该制剂的内容物递送至受试者的回肠和/或结肠区域。
在一些实施方案中，该微生物组合物被配制用于口服施用。在一些实施方案中，将该微生物组合物配制成肠溶衣丸剂或胶囊以供口服施用。在一些实施方案中，将该微生物组合物配制成用于将微生物递送至受试者的回肠区域。在一些实施方案中，将该微生物组合物配制成用于将微生物递送至受试者的结肠区域(例如结肠上部)。在一些实施方案中，将该微生物组合物配制成用于将微生物递送至受试者的回肠和结肠(例如结肠上部)区域。
肠溶衣可保护制剂，例如口服制剂，如丸剂或胶囊的内容物免受胃的酸性侵害。肠溶衣可提供向回肠和/或结肠上部区域的递送。微生物组合物可以被配制为使得该组合物的内容物可能无法在除受试者的肠区域，例如回肠和/或结肠区域以外的身体部位释放。肠溶衣的非限制性实例包括pH敏感性聚合物(例如，eudragit FS30D)、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、乙酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、羟丙基甲基纤维素乙酸琥珀酸酯(例如羟丙甲纤维素乙酸琥珀酸酯)、聚乙烯乙酸邻苯二甲酸酯(PVAP)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、虫胶、醋酸偏苯三酸纤维素、藻酸钠、玉米醇溶蛋白、其他聚合物、脂肪酸、蜡、虫胶、塑料和植物纤维。在一些实施方案中，肠溶衣由pH敏感性聚合物形成。在一些实施方案中，肠溶衣由eudragit FS30D形成。
可将肠溶衣设计成在任何合适的pH下溶解。在一些实施方案中，将肠溶衣设计成在高于约pH 6.5至约pH 7.0的pH下溶解。在一些实施方案中，将肠溶衣设计成在高于约pH6.5的pH下溶解。在一些实施方案中，将肠溶衣设计成在高于约pH 7.0的pH下溶解。可将肠溶衣设计成在高于大约5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4或7.5个pH单位的pH下溶解。可将肠溶衣设计成在肠中，例如在回肠和/或结肠区域中溶解。可将肠溶衣设计成不在胃中溶解。
所述制剂可以冷藏储存，例如，储存在约-80℃、约-20℃、约-4℃或约4℃的温度下。本文提供的组合物可以在任何合适的温度下储存。储存温度可以是，例如，约0℃、约1℃、约2℃、约3℃、约4℃、约5℃、约6℃、约7℃、约8℃、约9℃、约10℃、约12℃、约14℃、约16℃、约20℃、约22℃或约25℃。在一些实施方案中，储存温度为约2℃至约8℃。微生物组合物在低温，例如约2℃至约8℃下储存，可保持微生物存活并增加该组合物的有效性。冷却条件也可以为患者提供舒缓的缓解。用冷冻保护剂在低于0℃的冷冻温度下储存可进一步延长稳定性。
本公开的组合物可以是任何合适的pH。所述组合物的pH可在约3至约12的范围内。该组合物的pH可以是，例如约3至约4、约4至约5、约5至约6、约6至约7、约7至约8、约8至约9、约9至约10、约10至约11或约11至约12个pH单位。该组合物的pH可以是，例如约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11或约12个pH单位。该组合物的pH可以是，例如至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少11或至少12个pH单位。该组合物的pH可以是，例如至多3、至多4、至多5、至多6、至多7、至多8、至多9、至多10、至多11或至多12个pH单位。该组合物的pH可以是，例如，约2.0、约2.1、约2.2、约2.3、约2.4、约2.5、约2.6、约2.7、约2.8、约2.9、约3.0、约3.1、约3.2、约3.3、约3.4、约3.5、约3.6、约3.7、约3.8、约3.9、约4.0、约4.1、约4.2、约4.3、约4.4、约4.5、约4.6、约4.7、约4.8、约4.9、约5.0、约5.1、约5.2、约5.3、约5.4、约5.5、约5.6、约5.7、约5.8、约5.9、约6.0、约6.1、约6.2、约6.3、约6.4、约6.5、约6.6、约6.7、约6.8、约6.9或约7.0个pH单位。如果pH在配制者所期望的范围之外，则可使用足够的药学上可接受的酸和碱来调节pH。在一些实施方案中，该组合物的pH为约4至约6个pH单位。在一些实施方案中，该组合物的pH为约5.5个pH单位。
可将微生物组合物配制成膳食补充剂。微生物组合物可合并有维生素补充剂。可将微生物组合物配制成可咀嚼形式，如益生菌胶剂(gummy)。微生物组合物可并入到食品和/或饮料形式中。可并入微生物组合物的食品和饮料的非限制性实例包括，例如，棒、摇粒(shakes)、果汁、婴儿配方食品、饮料、冷冻食品、发酵食品，以及培养的乳制品，如酸奶、酸奶饮料、奶酪、嗜酸菌饮料和开菲尔(kefir)。
本公开的组合物可作为粪便移植过程的一部分来施用。可通过管，例如鼻胃管、鼻空肠管、鼻十二指肠管、口腔胃管、口腔空肠管或口腔十二指肠管将组合物施用于受试者。可通过结肠镜术、内窥镜术、乙状结肠镜术和/或灌肠将组合物施用于受试者。
在一些实施方案中，将微生物组合物冻干(冷冻干燥)，并配制成可通过任何合适的途径，例如口服、灌肠剂、栓剂、注射而施用于受试者的粉末、片剂、肠溶衣胶囊或丸剂。冻干组合物可在施用之前与盐水或其他溶液混合。
在一些实施方案中，可在施用本公开的组合物之前进行例如结肠净化方法，如结肠灌洗/水疗法，灌肠，轻泻剂、膳食补充剂、膳食纤维、酶和镁的施用。
在一些实施方案中，将微生物配制成孢子的群体。含孢子的组合物可通过本文所述的任何合适的途径施用。口服施用的含孢子组合物可在胃的低pH环境中存活。所采用的孢子的量可以是，例如，整个组合物的约1％w/w至约99％w/w。
本文提供的组合物可包括向治疗剂或化妆品中添加一种或多种试剂，以便增强微生物组合物的稳定性和/或存活率。稳定剂的非限制性实例包括遗传元件、甘油、抗坏血酸、脱脂乳、乳糖、吐温、藻酸盐、黄原胶、角叉菜胶、甘露醇、棕榈油和聚-L-赖氨酸(POPL)。
在一些实施方案中，组合物包含重组微生物或经遗传修饰的微生物。在一些实施方案中，该组合物包含可被调节的微生物，例如，包含用来控制微生物生长的操纵子的微生物。
可以为受试者定制组合物。定制组合物可包含，例如，益生元、益生菌、抗生素或本文所述的活性剂的组合。包含例如年龄、性别和体重的受试者特异性数据可与分析结果组合，以提供为该受试者定制的治疗剂。例如，对于相对于年龄和性别匹配的健康受试者亚群发现特定微生物含量低的受试者的微生物组，可以向其中提供包含该特定微生物的治疗和/或美容组合物，以匹配同该受试者具有相同年龄和性别的健康受试者亚群的微生物组。
在一些实施方案中，组合物在用抗微生物剂如抗生素治疗之前、期间和/或之后施用。例如，可在用抗生素治疗之前和/或之后至少1小时、2小时、5小时、12小时、1天、3天、1周、2周、1个月、6个月或1年施用该组合物。可在用抗生素治疗之前和/或之后至多1小时、2小时、5小时、12小时、1天、3天、1周、2周、1个月、6个月或1年施用该组合物。
在一些实施方案中，在用抗生素治疗之后施用所述制剂。例如，可在整个抗生素治疗方案或疗程完成后施用该制剂。在一些实施方案中，与抗生素同时施用所述制剂。
在一些实施方案中，在受试者摄取食物之前、期间和/或之后施用制剂。在一些实施方案中，该制剂与受试者摄取食物一起施用。在一些实施方案中，与食物摄取一起(例如，同时)施用该制剂。
在一些实施方案中，在受试者摄取食物之前施用所述制剂。在一些实施方案中，该制剂在食物摄取之前施用时在治疗微生物状况方面更有效或更高效。例如，可在受试者摄取食物之前约1分钟、约2分钟、约3分钟、约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天施用该制剂。例如，可在受试者摄取食物之前至少约1分钟、约2分钟、约3分钟、约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天施用该制剂。例如，可在受试者摄取食物之前至多约1分钟、约2分钟、约3分钟、约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天施用该制剂。
在一些实施方案中，在受试者摄取食物之后施用所述制剂。在一些实施方案中，该制剂在摄取食物之后施用时在治疗微生物状况方面更有效或更高效。例如，可在受试者摄取食物之后至少约1分钟、2分钟、3分钟、5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、5小时、10小时、12小时或1天施用该制剂。例如，可在受试者摄取食物之后至多约1分钟、2分钟、3分钟、5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、5小时、10小时、12小时或1天施用该制剂。
本文提供的制剂可包括适合于以下给药途径的制剂：包括颊部和舌下给药的口服、鼻内、局部、经皮、透皮贴剂、经肺、阴道、直肠、栓剂、粘膜、全身给药，或包括肌肉内、动脉内、鞘内、皮内、腹膜内、皮下和静脉内给药的肠胃外给药，或作为适于通过雾化、吸入或吹入进行施用的形式。
治疗或美容组合物可包含载体和赋形剂(包括但不限于缓冲液、碳水化合物、脂质、甘露醇、蛋白质、多肽或氨基酸如甘氨酸、抗氧化剂、抑菌剂、螯合剂、悬浮剂、增稠剂和/或防腐剂)，金属(例如铁、钙)，盐，维生素，矿物质，水，油(包括石油、动物、植物或合成来源的油，如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等)，盐溶液，右旋糖和甘油水溶液，调味剂，着色剂，防粘剂(detackifier)和其他可接受的添加剂、佐剂或粘合剂，达到近似的生理条件所需的其他药学上可接受的辅助物质，如pH缓冲剂、张度调节剂、乳化剂、湿润剂等。赋形剂的实例包括淀粉、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明胶、麦芽、大米、面粉、白垩、硅胶、硬脂酸钠、单硬脂酸甘油酯、滑石、氯化钠、干燥脱脂乳、甘油、丙二醇、水、乙醇等。
适用于本公开的药学上可接受的赋形剂的非限制性实例包括制粒剂、粘合剂、润滑剂、崩解剂、甜味剂、助流剂、抗粘剂、抗静电剂、表面活性剂、抗氧化剂、树胶、包衣剂、着色剂、调味剂、分散增强剂、崩解剂、包衣剂、增塑剂、防腐剂、悬浮剂、乳化剂、植物纤维素材料和滚圆剂及其任意组合。
药学上可接受的赋形剂的非限制性实例可见于例如Remington:The Science andPractice of Pharmacy,第19版(Easton,Pa.:Mack Publishing Company,1995)；Hoover,John E.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania 1975；Liberman,H.A.和Lachman,L.编著,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980；和Pharmaceutical Dosage Forms and DrugDelivery Systems,第7版(Lippincott Williams & Wilkins1999)，其中每一个均通过引用整体并入。
组合物可基本上不含防腐剂。在一些应用中，该组合物可含有至少一种防腐剂。
组合物可包封在合适的媒介物，例如脂质体、微球或微粒内。由聚合物或蛋白质形成的微球可被设计成通过胃肠道直接进入血流中。或者，可并入化合物，并植入微球或微球的复合物以供在从数天至数月的时间段内缓慢释放。
可将组合物配制成无菌溶液或悬浮液。该治疗或美容组合物可通过常规技术进行灭菌或者可以过滤除菌。所得水溶液可按原样包装以供使用或冻干。可以将微生物组合物的冻干制剂包装成适于口服给药的形式，例如胶囊或丸剂。
所述组合物可以局部施用并且可被配制成多种可局部施用的组合物，如溶液、悬浮液、洗剂、凝胶、糊剂、药物棒、药膏、乳膏和软膏。这类药物组合物可以含有增溶剂、稳定剂、张度增强剂、缓冲液和防腐剂。
还可将所述组合物配制成直肠组合物，如灌肠剂、直肠凝胶、直肠泡沫、直肠气雾剂、栓剂、胶冻状栓剂或保留灌肠剂，该直肠组合物含有常规栓剂基质如可可脂或其他甘油酯，以及合成聚合物如聚乙烯吡咯烷酮、PEG等。在栓剂形式的组合物中，可使用低熔点蜡，如任选与可可脂组合的脂肪酸甘油酯的混合物。
可利用包含赋形剂和助剂的一种或多种生理学上可接受的载体来配制微生物组合物，该载体有助于将微生物加工成药学上可使用的制品。可以根据所选的给药途径来改进组合物。本文所述的组合物可以以常规方式制备，例如借助常规的混合、溶解、制粒、制锭、水飞、包封、包埋、乳化或压缩工艺。
可施用含有本文所述微生物的药物组合物以用于预防性和/或治疗性处理。在治疗性应用中，可以以足以治愈或至少部分阻止疾病或状况的症状或者治愈、治疗、改善或缓解该状况的量将该组合物施用于已经患有该疾病或状况的受试者。也可施用微生物组合物以减小状况发展、感染或恶化的可能性。对于这种用途有效的量可基于疾病或状况的严重程度和病程，既往治疗，受试者的健康状态、体重和对药物的反应以及主治医师的判断而变化。
多种治疗剂可以以任意顺序施用或同时施用。如果同时施用，则可以以单一、统一的形式或以多种形式，例如作为多个独立的丸剂来提供多种治疗剂。所述组合物可以一起包装在一个包装中或独立地包装在多个包装中。可以以多个剂量来给予一种或全部治疗剂。如果并非同时施用，则多个剂量之间的时间可以变化长达约一个月。
可以在疾病或状况发生之前、期间或之后施用本文所述的组合物，并且施用该组合物的时机可以变化。例如，该微生物组合物可用作预防剂并且可连续施用于具有状况或疾病倾向的受试者，以便减少发生该疾病或状况的可能性。可在症状发作期间或发作之后尽可能快地将该微生物组合物施用于受试者。可在症状发作的前48小时内、症状发作的前24小时内、症状发作的前6小时内或症状发作的3小时内开始该微生物组合物的施用。可使用本文所述的任何组合物，经由任何实用的途径，如通过本文所述的任何途径进行初始施用。可在检测到或怀疑疾病或状况发作之后尽可能快地施用微生物组合物，并持续治疗该疾病所需的时间长度，例如约1个月至约3个月。治疗的长度可因每个受试者而异。
本公开的组合物可与另一种疗法联合施用，该疗法例如是免疫疗法、化疗、放疗、抗炎剂、抗病毒剂、抗微生物剂和抗真菌剂。
本公开的组合物可被包装成试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒包含关于该组合物的施用/使用的书面说明书。该书面材料可以是，例如标签。该书面材料可建议施用的条件和方法。该说明书为受试者和主管医师提供关于从疗法的施用中获得最佳临床结果的最佳指导。该书面材料可以是标签。在一些实施方案中，该标签可由监管机构，例如美国食品和药品管理局(FDA)、欧洲药品管理局(EMA)或其他监管机构批准。
例如，所述组合物被配制用于通过pH依赖性释放递送、微生物触发的递送、时间控制的递送、渗透调节的递送、压力控制的递送、多基质系统递送、生物粘附递送或多微粒递送来施用。该组合物还可被配制用于在小肠或大肠、结肠、直肠、胃、肛门或食管中释放。
待施用的治疗或美容组合物的合适的量、治疗次数和单位剂量可根据受试者和/或该受试者的疾病状态而变化。
本文所述的药物组合物可以是适合于单次施用精确剂量的单位剂型的形式。在单位剂型中，所述制剂可分为含有适量的一种或多种微生物组合物的单位剂量。该单位剂量可以是含有离散量的该制剂的包装的形式。非限制性实例为小瓶或安瓿中的液体。水性悬浮液组合物可以被包装在不可重新封闭的单剂量容器中。该组合物可以是多剂量的形式。可重新封闭的多剂量容器可以例如与防腐剂组合使用。用于肠胃外注射的制剂可呈现为单位剂型，例如，在安瓿或具有防腐剂的多剂量容器中。
所述剂型可以是固体、半固体或液体组合物的形式。适用于本发明的剂型的非限制性实例包括饲料、食品、丸粒、锭剂、液体、酏剂、气雾剂、吸入剂、喷雾剂、粉末、片剂、丸剂、胶囊、凝胶、凝胶片(geltab)、纳米悬浮液、纳米颗粒、微凝胶、栓剂锭、水性或油性悬浮液、软膏、贴剂、洗剂、洁齿剂、乳剂、乳膏、滴剂、可分散的粉末或颗粒、硬凝胶或软凝胶胶囊中的乳液、糖浆、植物性药剂(phytoceuticals)、保健品、膳食补充剂及其任意组合。
微生物可以以任何合适的浓度存在于药物组合物中。微生物的浓度可以是，例如，约101至约1018个菌落形成单位(CFU)。微生物的浓度可以是，例如，约101、约102、约103、约104、约105、约106、约107、约108、约109、约1010、约1011、约1012、约1013、约1014、约1015、约1016、约1017或约1018CFU。微生物的浓度可以是，例如，至少约101、至少约102、至少约103、至少约104、至少约105、至少约106、至少约107、至少约108、至少约109、至少约1010、至少约1011、至少约1012、至少约1013、至少约1014、至少约1015、至少约1016、至少约1017或至少约1018CFU。微生物的浓度可以是，例如，至多约101、至多约102、至多约103、至多约104、至多约105、至多约106、至多约107、至多约108、至多约109、至多约1010、至多约1011、至多约1012、至多约1013、至多约1014、至多约1015、至多约1016、至多约1017或至多约1018CFU。在一些实施方案中，微生物的浓度是约108CFU至约109CFU。在一些实施方案中，微生物的浓度是约108CFU。在一些实施方案中，微生物的浓度是约109CFU。在一些实施方案中，微生物的浓度是约1010CFU。在一些实施方案中，微生物的浓度是至少约108CFU。在一些实施方案中，微生物的浓度是至少约109CFU。
微生物在制剂中的浓度可以等于，例如约：1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90或100OD单位。微生物在制剂中的浓度可以等于，例如至少约：1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90或100OD单位。微生物在制剂中的浓度可以等于，例如至多约：1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90或100OD单位。
本公开的药物组合物可被配制成具有任何合适的治疗有效浓度的活性成分。例如，益生元的治疗有效浓度可以是至少约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。例如，益生元的治疗有效浓度可以是至多约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。例如，益生元的治疗有效浓度可以是约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。在一些实施方案中，药物组合物中益生元的浓度为约70mg/ml。在一些实施方案中，该益生元为菊粉。
本公开的药物组合物可以每天施用例如1、2、3、4、5次或更多次。本公开的药物组合物可以例如每天、每隔一天、每周三次、每周两次、每周一次或以其他适当的间隔进行施用，以用于状况的治疗。本公开的药物组合物可以施用例如1、2、3、4、5、6、7天或更多天。本公开的药物组合物可以施用例如1、2、3、4、5、6、7周或更多周。本公开的药物组合物可以施用例如1、2、3、4、5、6、7个月或更多个月。
在实施本文提供的治疗或使用方法时，将治疗有效量的本文所述化合物以药物组合物的形式施用于患有待治疗的疾病或病况的受试者。治疗有效量可以根据疾病的严重程度、受试者的年龄和相对健康、所用化合物的效力和其他因素而变化很大。
受试者可以是，例如，哺乳动物、人、孕妇、老年人、成年人、青少年、青春期前儿童、儿童、幼儿、婴儿、新生儿或新生婴儿。受试者可以是患者。在一些实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，受试者是儿童(即青春期以下的年轻人)。在一些实施方案中，受试者是婴儿。受试者可以是加入临床研究的个体。受试者可以是实验室动物，例如哺乳动物或啮齿动物。在一些实施方案中，该受试者是肥胖的或超重的受试者。在一些实施方案中，受试者是配方奶粉喂养的婴儿。
实施例
实施例1：产丁酸的微生物菌株对神经系统功能和行为的调节
简介：使用包含产丁酸细菌菌株群体的组合物来研究其对肠-脑轴(包括结直肠痛觉过敏和心理行为)的影响。使用小鼠IBS模型系统来观察该研究中的行为特征，而使用从这些鼠中提取的神经元来观察电生理学特性。
方法：在IBS小鼠模型中测试了由包括两种初级发酵物和三种次级发酵物的微生物菌株群组和益生元纤维来源组成的合生元。还使用了包含所有制备成分和益生元纤维，但不包含细菌菌株的阴性对照。通过向出生后第10天的C57B/6小鼠经结直肠输注0.5％乙酸(AA，“IBS小鼠”)或盐水来产生经验证的IBS模型。成年时，经口施用合生元和对照2周。通过高架十字迷宫(EPM)以及随后对结直肠扩张的内脏运动反射(VMR)反应，来评估焦虑样行为。还分别在用合生元或对照处理2周，然后停止处理1周的CGRP-GFP转基因小鼠中测试了感觉神经元反应。从这些小鼠中分离DRG神经元，并使用膜片钳记录电生理反应。
结果：IBS小鼠显示出对CRD的VMR反应显著增加，这被合生元治疗逆转，如三因素ANOVA所示(图9A)。如图所示，如通过对CRD的VMR反应所评估的，合生元治疗逆转了IBS小鼠的痛觉过敏。数据以平均值±SEM呈现(n＝6-8只小鼠)。三因素ANOVA显示IBS模型的主要作用影响P<0.05；合生元的主要影响P<0.05，压力的主要影响P<0.001。*：通过StudentNewman-keuls事后检验，在相同压力下与AA/对照组有显著差异。
合生元治疗还显著抑制了CGRP阳性感觉神经元对辣椒素的TRPV1反应(图9B)。如图所示，感觉神经元中的TRPV1电流受到合生素治疗的抑制，并且在停止治疗后一周恢复正常。数据以平均值±SEM呈现(n＝22-29个细胞)。*：通过t-检验，与对照组有显著差异，P<0.05；#通过t检验，与治疗组有显著差异，P<0.05。
最后，在IBS小鼠中用合生元治疗显著降低了焦虑样行为(图10)。双因素ANOVA显示合生元治疗具有显著效果(P<0.05)。数据以平均值±SEM呈现(n＝6-8只小鼠)。*：通过Student Newman-keuls事后检验，与AA/WBF-13有显著差异，P<0.05。
这些结果证明，产丁酸的合生元能够减轻IBS小鼠模型中的痛觉过敏，这似乎是由DRG感觉神经元中TRPV1通道的选择性抑制介导的。此外，结果还证明了合生元对情感行为的影响。
实施例2：治疗行为状况(例如，食物成瘾、抑郁、焦虑)的方法
目的：进行纵向研究，以确定向患有诸如代谢综合征和食物成瘾等病症的患者施用本公开的产丁酸制剂的治疗效果。对带安慰剂对照的纵向研究过程中收集的全面多组学数据集应用统计方法。该研究确定了可以推动行为和代谢结果的关键微生物参与者和途径。
意义：代谢综合征患者可罹患精神病学共病，如食物成瘾、抑郁和焦虑。肠微生物群组成的改变可能与以大脑为中心的疾病(例如，神经系统病症、行为障碍)的改善有关。丁酸可通过肠-脑神经回路对代谢和行为状况产生有益影响。本公开提供了一种产丁酸的制剂，该制剂被设计用于治疗人类患者的代谢综合征和相关精神病学共病的表现。
本公开的微生物组合物可以特异性地靶向并增加与代谢综合征和食物成瘾/渴望有关的关键丁酸生化途径。该微生物组合物可以改善葡萄糖代谢、代谢综合征和行为特性。如图11所示，本公开的微生物组合物可以改善葡萄糖代谢。在该研究中，采用行为调查和神经活性代谢物测量，通过向代谢综合征受试者递送产丁酸制剂来进行干预。
在纵向研究中，向患有代谢综合征和精神病学共病的患者施用产SCFA的制剂(例如，增加丁酸产生)可以，例如：1)改善行为，包括食物成瘾、渴望以及焦虑和抑郁症状；并且2)提供可能有助于开发伴随诊断和影响肠-脑轴的干预的数据和见解。
设计和验证布尔蕴涵方法和伴随诊断的方法是，首先设置基准和验证代码，以便可以逐步改进原型，并达到目标精度。
结果：产丁酸制剂对患者的行为，包括成瘾、渴望、焦虑和/或抑郁，具有统计学上积极的影响。确定了微生物组、神经信号传导和行为评分之间的关系和相关性。确定了指示个体对产丁酸微生物群干预的可能反应的生物标志物以及这些生物标志物对于伴随诊断的统计相关性。
实施例3：评价产丁酸制剂对行为测量指标的影响的研究。
合生元(例如，以协同形式组合益生菌和益生元的食物成分或膳食补充剂)疗法可用于靶向代谢综合征和相关的精神病学共病。
对于该研究，使用全面且经过验证的评估工具，测量产丁酸制剂对代谢综合征患者的食物成瘾、渴望、焦虑和抑郁症状的临床影响。还分析了肠-脑轴。
代谢综合征的合生元干预(例如，施用微生物组合物)与综合问卷和神经成像数据的收集一起进行，以评估该干预积极影响代谢综合征的常见精神病学共病的潜力。
方法与分析：该研究针对代谢综合征患者以及健康对照。这是一项纵向交叉研究，其中在基线(2周)收集数据两次，在第一次干预期间(8周)收集四次，在第一次洗脱期间(4周)收集一次，在第二次干预期间(8周)收集四次，并在最后一次洗脱期间(4周)收集一次。有两组75名患者，其中第一组在第一干预阶段期间采用产丁酸微生物组合物(例如，包含分离、纯化和培养的Akkermansia muciniphila、拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌、霍氏真杆菌或其任意组合的群体)，并在第二干预阶段期间采用安慰剂，而第二组相反。进行患者数据、血液检查和临床诊断试验。识别不出的粪便样品直接运送以进行分析，包括例如16S引物分析、代谢物筛选和生化分析。分析了多种数据类型，以阐明干预的影响以及响应于微生物群变化的生化途径。在该研究中，对研究参与者的食物成瘾进行了一组问卷调查，并提供了分析的结果和解释。问卷调查包括，例如，基于奖赏的饮食驱动量表(Reward-basedEating Drive，RED)、三因素饮食问卷(TFEQ-R21)、耶鲁食物成瘾量表(YFAS)2.0和医院焦虑与抑郁(HAD)。当通过电子表格收集数据时，看到关于问卷数据的高度符合。
在关于给药指导的后续研究中，在合生元干预之前和之后，收集静息状态功能磁共振成像(rs fMRI)、灰白质脑神经成像数据，重点是奖赏回路，该回路可在暴露于可口的食物提示时被激活。奖赏回路可在以下脑区中发现：伏核、海马、眶额叶皮质、内侧前额叶皮质、眶额叶皮质、前扣带回皮质、杏仁核、脑岛、腹侧被盖区和纹状体区域(尾状核、壳核和苍白球)。
结果：数据显示了行为特性响应于产丁酸微生物干预的统计学显著改善。
实施例4：鉴定与行为特性改变相关的肠微生物生物标志物的研究
为此，测量肠微生物群菌株、短链脂肪酸(SCFA)产生、粪便和血液样品中的神经活性分子标志物以及与肠微生物群相关的全身性炎症标志物。使用布尔蕴涵和协惯量分析方法，确定肠微生物代谢物与行为问卷评分之间的不对称关系和相关性。这用于开发与肠-脑轴相关的病症的治疗组合物和诊断工具。
收集涵盖来自受试者粪便和血液样品的神经递质和神经活性物质的代谢组学数据，以及炎症标志物。与临床结果具有显著关系的测量值通过使用布尔蕴涵来确定，以找到除相关性之外的不对称关系。
方法与分析。使用ShimadzuTM GC-2010Plus High-end气相色谱收集质谱数据，以供检测来自受试者粪便和血液样品的神经递质(例如，5-羟色胺、多巴胺、GABA)和神经活性代谢物(例如，支链和芳族氨基酸、对甲酚、N-乙酰基腐胺、邻甲酚、硫酸苯酚、kinurate、己酸、组胺、胍丁胺)。还从研究对象中收集炎性标志物组(例如，脂多糖、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、CRP)。
为了能够对这些不同种类的机理标志物进行多组学分析，采用了两种探索性数据分析方法：布尔蕴涵和协惯量分析。布尔蕴涵(BI)可以是一种严格的统计方法，用于发现测量变量对之间的重要关系。BI可以检测非对称关系，例如，如果A，则B，反之则不成立。因此，BI可能更敏感地发现仅使用相关性可能会错过的测量变量之间的关系。BI方法用来处理多个条件数据集，使得可以将在所有样品中发现的关联与在个例条件与对照条件之间差异发现的关联分开。改进的BI用来发现在问卷评分和神经成像数据方面在个例与对照受试者之间具有显著差异关联的标志物。
可以基于“多表分析”(例如，统计学中的“部分三元分析”)和相关方法，使用用于分析多组学数据的补充方法。该类别中的最小复杂性方法是协惯量分析(COIA)，它被扩展到关于相同样品/标本的一系列配对表格。这些方法可以允许对来自非均一来源的多变量数据进行鲁棒的非参数无监督探索，这可用于可能无法发现许多跨域模式的高通量环境。这些多表分析方法可以适应于配对神经成像和微生物群测量对于阐明两种数据源之间的高级关系的挑战。通过监督式学习方法分析临床结果的差异，以检测与健康或疾病相关的生物标志物。不同数据类型预测患者结果的能力可用于产生更精确的假设。用于分析的算法可以包括正则化逻辑回归、支持向量机和稀疏偏最小二乘判别分析。
干预对微生物群和代谢物具有可测量的影响。在例如急性剂量的产丁酸制剂之后，进行受试者的随机亚组的无目标代谢组学筛选，以筛选血液中的生物标志物代谢物作为候选神经活性代谢物。
干预显著影响患者群体中的神经活性代谢物。在一些情况下，干预可以通过减少与代谢综合征相关的低级别全身性炎症对大脑发挥调节作用。为了测试这种调节作用，评估了微生物干预对炎症生物标志物的影响，并将其变化与临床结果相关联。
实施例5：用来鉴定伴随诊断治疗预测指标的研究。
为此，使用机器学习方法进行统计分析，以发现可以预测产丁酸微生物组组合物对患者食物成瘾、渴望、抑郁和/或焦虑的功效的生物标记物。
一部分受试者可以显示出对干预的可检测反应，而其他受试者则可能无反应(参见图11的小鼠研究)。可以根据确定特定受试者的正确给药水平来判断有效反应。使用机器学习方法设计伴随诊断，以评估个体是否可能对微生物干预产生满意的反应并指导给药。
方法与分析。使用大型特征集(包括粪便样品的16S调查数据，葡萄糖耐量的临床测量、代谢组学和炎症标志物)构建机器学习分类器，以预测结果变量，如问卷评分和神经成像数据。使用R编程环境中的分类器工具，如广义线性模型和随机森林，设计反应诊断。对于给药伴随诊断，进行随访研究以评估各种浓度对患者反应的影响。
开发了给药伴随诊断。收集神经成像数据，并将其集成到诊断和布尔蕴涵方法中，随后进行验证。
实施例6：合生元人类干预研究
在代谢综合征患者中进行了临床干预研究。这些患者还可能患有代谢紊乱的神经系统共病。
设计了用来评价干预对健康患者和代谢综合征患者的影响的人体研究。
该研究包括约30名身体质量指数(BMI)小于25的健康对照受试者，以及大约120名BMI在30到40之间的表现出代谢综合征的受试者。代谢综合征的特征可以在于，例如，存在以下特性：腹部肥胖、空腹高甘油三酯血症、低HDL胆固醇、高血压、葡萄糖耐量减低及其任意组合。在一些方面，代谢综合征的特征可以在于，例如，存在以下至少三个特性：腹部肥胖、空腹高甘油三酯血症、低HDL胆固醇、高血压和葡萄糖耐量减低。
向患者施用增强肠微生物组产生SCFA的能力的本公开的制剂。该制剂可包含具有例如体外活性、体内活性(例如，在饮食诱发的C57BI/6肥胖小鼠和Harlan Sprague Dawley健康大鼠中)或两者的丁酸生产株。
该干预可以治疗代谢紊乱并改善与代谢综合征相关的行为症状。从该研究中获得的数据表明，针对微生物群的干预可以调节肠-脑轴。
实施例7：用微生物组合物对神经系统病症的治疗
具有诸如食物成瘾、抑郁、焦虑或其组合等神经系统病症的受试者向医疗专家寻求治疗。
医疗专家开出基于微生物的口服组合物，该口服组合物包含例如纯化、分离和培养的微生物菌株，其可以增加受试者中SCFA(例如，丁酸)的产生。该组合物可包含纯化、分离和培养的微生物菌株：丁酸梭菌、拜氏梭菌、婴儿双歧杆菌、Akkermansia muciniphila、霍氏真杆菌及其任意组合。微生物菌株可以以约10^7至约10^12CFU的范围存在于组合物中。该组合物可以另外包含浓度为约70mg/mL的益生元，如菊粉。该口服组合物的递送形式可以是包含干燥剂的肠溶衣(例如，pH敏感性聚合物)丸剂或胶囊，其可防止胃部酸性的损害并递送至受试者的回肠/结肠上部区域。将肠溶衣设计成在高于约6.5-7的pH下溶解。该口服组合物可以作为包含粉状微生物组合物的丸剂或胶囊施用。
在一些情况下，可以在食物摄取之前(例如，餐前1小时)向受试者口服施用该组合物，例如，每天两次，连续十四天。
所述微生物组合物可以使该受试者的肠微生物生境变成健康受试者的肠微生物生境。受试者的神经系统功能得到改善。受试者的神经系统状况，例如，食物成瘾和/或焦虑，可以用该组合物治疗。
实施例8：用微生物组合物对帕金森病的治疗
患有帕金森病的受试者向医疗专家寻求治疗。
医疗专家开出基于微生物的口服组合物，该口服组合物包含例如纯化、分离和培养的微生物菌株，其可以增加受试者中SCFA(例如，丁酸)的产生。该组合物可包含纯化、分离和培养的微生物菌株丁酸梭菌、拜氏梭菌、婴儿双歧杆菌、Akkermansia muciniphila、霍氏真杆菌及其任意组合。每种菌株可以以约10^7至约10^12CFU的范围存在于组合物中。该组合物可以另外包含例如浓度为约70mg/mL的益生元，如菊粉。该口服组合物的递送形式为肠溶衣(例如，pH敏感性聚合物)胶囊或丸剂，其可防止胃部酸性的损害并递送至受试者的回肠/结肠上部区域。可将肠溶衣设计成在高于约6.5-7的pH下溶解。在一些实施方案中，该口服组合物可以作为包含粉状微生物组合物的胶囊施用。
在一些情况下，可以在食物摄取之前(例如，餐前1小时)向受试者口服施用该组合物，例如，每天两次，连续十四天。
所述微生物组合物可以改变肠的微生物生境，并且受试者的神经系统功能得到改善。
实施例9：用来评价微生物组合物在治疗帕金森病中的作用的研究
目的：本研究的目的是评估本公开的微生物组合物在治疗帕金森病中的作用。
方法：二十名患有帕金森病的受试者进入双盲、带安慰剂对照的随机化研究。
1)实验组：给予十名受试者含有活性组合物的口服组合物，该活性组合物包含分离、纯化和培养的丁酸梭菌、拜氏梭菌、婴儿双歧杆菌、Akkermansia muciniphila、霍氏真杆菌或其任意组合。在餐前服用该组合物，每天一次，持续3周。所观察的参数是在该组合物施用之前和每天施用持续3周之后，由MDS统一帕金森病评定量表(MDS-UPDRS)上的评分所指示的神经系统功能。
2)对照组：给予十名受试者安慰剂丸剂。该安慰剂每天服用一次，持续3周。所观察的参数是在该组合物施用之前和每天施用持续3周之后，由MDS统一帕金森病评定量表(MDS-UPDRS)上的评分所指示的神经系统功能。
预测的结果：治疗后，实验组中的受试者具有恢复的肠微生物组，并显示出神经系统功能的改善。

Claims (54)

1.一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：向受试者施用治疗有效量的组合物，其中所述组合物包含增加所述受试者中丁酸的产生的分离并纯化的微生物群体，其中所述分离并纯化的微生物群体的所述施用导致所述受试者的神经系统的调节，从而治疗所述受试者的病症。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的肠-脑神经回路的微生物。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述神经系统的调节包括改变神经系统受体的活性。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述群体包含编码多肽的微生物，所述多肽包含与丁酸激酶至少约85％相同的序列。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述神经系统是肠神经系统。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述神经系统是中枢神经系统。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物增加所述受试者中GLP-1的产生。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经递质的产生的微生物。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述神经递质是γ-氨基丁酸(GABA)。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中神经活性代谢物的产生的微生物。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述病症是神经系统病症或行为障碍。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述病症是焦虑。
13.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者具有肠生态失调。
14.一种治疗有需要的受试者的代谢紊乱的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中的G蛋白偶联受体(GPCR)活性的微生物。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中丁酸的产生的微生物。
16.根据权利要求14所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中瘦素的产生的微生物。
17.根据权利要求14所述的方法，其中所述GPCR是受试者中的游离脂肪酸(FFA)受体。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述FFA选自：FFAR1、FFAR2、FFAR3、FFAR4及其任意组合。
19.根据权利要求14所述的方法，其中所述GPCR是GPR41。
20.根据权利要求14所述的方法，其中调节所述GPCR导致肽酪氨酸-酪氨酸(PYY)产生。
21.根据权利要求14所述的方法，其中调节所述GPCR导致GLP1产生。
22.根据权利要求14所述的方法，其中调节所述GPCR导致所述受试者的肠神经系统的调节。
23.一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括：施用治疗有效量的包含分离并纯化的微生物群体的组合物，其中所述分离并纯化的微生物群体包含调节所述受试者中吲哚-3-丙酸的产生的微生物。
24.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体在所述组合物中是协同的。
25.根据权利要求1所述的方法，其中所述群体包含产生丁酸途径中的中间体分子的第一微生物。
26.根据权利要求1所述的方法，其中所述群体包含将所述中间体分子转化为丁酸的第二微生物。
27.根据权利要求1所述的方法，其中所述治疗导致所述受试者的行为改善。
28.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。
29.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者是人。
30.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括伴随诊断。
31.根据权利要求1所述的方法，其中所述药物组合物被配制为肠溶衣丸剂。
32.根据权利要求1所述的方法，其中所述药物组合物被递送至所述受试者的回肠和/或结肠区域。
33.根据权利要求1所述的方法，其中所述药物组合物在食物摄取前施用。
34.根据权利要求1所述的方法，其中所述药物组合物被配制用于口服递送。
35.根据权利要求1所述的方法，其中所述药物组合物进一步包含益生元。
36.根据权利要求35所述的方法，其中所述益生元选自：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、果寡糖(FOS)、半乳寡糖(GOS)、菊粉、淀粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(HAS)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(MOS)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(XOS)、刺槐豆胶、P-葡聚糖、甲基纤维素及其任意组合。
37.根据权利要求35所述的方法，其中所述益生元是寡糖。
38.根据权利要求35所述的方法，其中所述益生元是菊粉。
39.根据权利要求1所述的方法，其中所述药物组合物在所述受试者完成抗生素方案之后施用。
40.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括通过测序来确定所述受试者的微生物组群体的序列。
41.根据权利要求1所述的方法，其中所述治疗导致受试者具有改变的微生物组。
42.根据权利要求1所述的方法，其中所述微生物中的至少一种是具有与选自下组的微生物的rRNA序列至少约85％相同的rRNA序列的微生物：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburia inulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonas nitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
43.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物在所述受试者中产生丁酸。
44.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物在所述受试者中产生丙酸。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述组合物在所述受试者中产生吲哚3-丙酸。
46.根据权利要求45所述的方法，其中在所述受试者的血液样品中能够检测到吲哚3-丙酸。
47.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含至少2种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
48.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含至少3种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
49.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含至少4种不同的微生物种，所述微生物种选自：Akkermansia muciniphila、Anaerostipes caccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburia cecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustis stercorihominis、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburia faeccis、Roseburia hominis、Roseburia intestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautia hydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridium bartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridium peptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacterium pyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌、消化链球菌属及其任意组合。
50.根据权利要求42所述的方法，其中所述组合物在所述分离并纯化的微生物的群体中包含至少约105个菌落形成单位(CFU)的一种或多种微生物。
51.根据权利要求42所述的方法，其中所述分离并纯化的微生物群体包含作为专性厌氧微生物的微生物。
52.根据权利要求51所述的方法，其中所述专性厌氧微生物是氧稳定的。
53.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述群体包含培养的微生物。
54.根据权利要求42所述的方法，其中所述群体不包含粪便物。
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