CN111253408A - 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用 - Google Patents

抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111253408A
CN111253408A CN202010086255.XA CN202010086255A CN111253408A CN 111253408 A CN111253408 A CN 111253408A CN 202010086255 A CN202010086255 A CN 202010086255A CN 111253408 A CN111253408 A CN 111253408A
Authority
CN
China
Prior art keywords
pactamide
compound
configuration
extract
sgr813
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202010086255.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN111253408B (zh
Inventor
张长生
金红波
张文军
张光涛
张丽萍
刘威
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
South China Sea Institute of Oceanology of CAS
Original Assignee
South China Sea Institute of Oceanology of CAS
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by South China Sea Institute of Oceanology of CAS filed Critical South China Sea Institute of Oceanology of CAS
Priority to CN202010086255.XA priority Critical patent/CN111253408B/zh
Publication of CN111253408A publication Critical patent/CN111253408A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111253408B publication Critical patent/CN111253408B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D487/00Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00
    • C07D487/02Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D487/08Bridged systems
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04Antibacterial agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P17/00Preparation of heterocyclic carbon compounds with only O, N, S, Se or Te as ring hetero atoms
    • C12P17/18Preparation of heterocyclic carbon compounds with only O, N, S, Se or Te as ring hetero atoms containing at least two hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring system, e.g. rifamycin
    • C12P17/182Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring heteroatoms in the condensed system

Landscapes

  • Organic Chemistry (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本发明公开了一种抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用。所述的化合物pactamide G的结构如式(I)所示。本发明的化合物pactamide G是从链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物中制备分离得到的,其是具有5/5/6多元碳环结构的新颖的polycyclic tetramate macrolactams家族化合物。polycyclic tetramate macrolactams是一类具有良好生物活性的复杂分子,进一步对pactamide G及进行活性筛选,有望成为药物先导小分子。
Figure DDA0002382157510000011

Description

抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的 应用
技术领域
本发明涉及工业微生物领域,具体涉及抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用。
背景技术
Polycyclic tetramate macrolactams是一类吡咯烷-2,4-二酮的多环大环内酰类化合物,这一家族的化合物结构多样,具有抗菌生物活性。Pactamide G是具有5/5/6多元碳环结构的新颖的polycyclic tetramate macrolactams家族化合物。
发明内容
本发明的第一个目的是提供一种新的polycyclic tetramate macrolactams类化合物pactamide G或其药用盐。
本发明的一种新的polycyclic tetramate macrolactams类化合物pactamide G,其结构如式(I)所示:
Figure BDA0002382157490000011
化合物pactamide G,C2和C3间为顺式双键,C17和C18间为反式双键,C5为S构型,C6为R构型,C8为S构型,C10为R构型,C11为S构型,C12为S构型,C13为R构型,C14为S构型,C16为S构型,C23为S构型。
本发明的第二个目的是提供一种新的polycyclic tetramate macrolactams类化合物pactamide G的制备方法。所述的化合物pactamide G是从链霉菌Streptomycessp.ZJ306的突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物中制备分离得到的。
具体的,所述的制备方法包括以下步骤:
a、制备链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物,将该发酵培养物的发酵液和菌丝体分离开,发酵液经丁酮萃取,丁酮层经蒸馏浓缩后得到浸膏A;菌丝体先用丙酮浸提,浸取液回收丙酮后剩余的水混合液再用丁酮萃取,丁酮层经蒸馏浓缩后得到浸膏B;
b、将浸膏A和浸膏B合并的粗提物C经硅胶柱层析,用氯仿/甲醇作为洗脱剂,从体积比100:0~0:100进行梯度洗脱,收集氯仿/甲醇体积比80:20梯度洗脱下来的馏分Fr.1,然后经LH-20凝胶柱,以氯仿/甲醇体积比1:1作为流动相洗脱,洗脱馏分再经HPLC制备分离,得到化合物pactamide G。
优选,上述a步骤的制备链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物是通过以下方法制备:将活化的链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811接入种子培养基,28℃,200rpm,培养72h得种子液,将种子液以10%v/v的接种量接入到发酵培养基中,28℃,200rpm,振荡培养168h,即制得发酵培养物。所述的种子培养基和发酵培养基的配方均为:每升培养基中含有可溶性淀粉20g,葡萄糖10g,蛋白胨5g,酵母粉5g,CaCO3 5g,余量为海盐质量分数为3%的海水或陈海水。
本发明的第三个目的是提供一种上述的化合物pactamide G或其药用盐在制备抗菌药物中的应用。
本发明的第四个目的是提供一种抗菌药物,所述的抗菌药物含有有效量的上述的化合物pactamide G或其药用盐作为活性成分。
本发明的第五个目的是提供上述的链霉菌Streptomyces sp.ZJ306的突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811在制备上述的化合物pactamide G中的应用。
本发明的有益效果为:
本发明提供了一种新的polycyclic tetramate macrolactams类化合物pactamide G及其制备方法,polycyclic tetramate macrolactams是一类具有良好生物活性的复杂分子,进一步对化合物pactamide G或药用盐进行活性筛选,有望成为药物先导小分子。经试验证明,化合物pactamide G对所测的指示菌具有抑制活性,通过生物工程或化学修饰可望开发成为抑菌新药。
本发明的链霉菌Streptomyces sp.ZJ306,于2014年3月13日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC),地址:中国武汉武汉大学,其保藏编号为:CCTCC NO.M2014081,并公开于专利申请号为CN 104073507A,发明名称为:一种斑鸠霉素的生物合成基因簇及其应用的中国发明专利中。
附图说明
图1是质粒pCSG8013示意图。
图2是质粒pCSG3500和质粒pCSG3510示意图。
图3是上清液的提取物-浸膏A和菌丝体的提取物-浸膏B合并后浸膏C的高效液相色谱图。
图4是化合物pactamide G的关键的HMBC,1H–1H COSY及其晶体衍射结构。
图5是化合物pactamide G的1H-NMR谱图。
图6是化合物pactamide G的13C-NMR谱图。
具体实施方式
以下实施例是对本发明的进一步说明,而不是对本发明的限制。
实施例1:构建活性代谢产物pactamide G的生产菌株(ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811)
1、接合转移供体菌株的构建
利用三对引物152-SGR812F/R、152-SGR813F/R和152-SGR811F/R(引物序列见表1)通过PCR方法从链霉菌Streptomyces griseus的基因组中扩增出三个基因SGR812、SGR813和SGR811(序列如SEQ ID NO.1-3所示)。利用三对引物Erm1F/R、Erm2F/R和Erm3F/R(引物序列见表1)通过PCR方法从质粒pPWW50(参考文献:M.Doumith,P.Weingarten,U.F.Wehmeier,K.Salah-Bey,B.Benhamou,C.Capdevila,J.M.Michel,W.Piepersberg,M.C.Raynal,Mol.Gen.Genet.2000,264,477-485.)上扩增得到三条核酸片段Erm1、Erm2和Erm3,分别作为基因SGR812、SGR813和SGR811的启动子。随后利用多片段一步克隆试剂盒(生产公司:南京诺唯赞生物科技有限公司)将片段Erm1和基因SGR812首尾相连,连接到用限制性内切酶Xba I线性化的载体pSET152(参考文献:Bierman,M.;Logan,R.;O'Brien,K.;Seno,E.T.;Rao,R.N.;Schoner,B.E.,Plasmid cloning vectors for the conjugal transfer ofDNAfrom Escherichia coli to Streptomyces spp.Gene 1992,116,43-9.)上得到质粒pCSG8010。随后质粒pCSG8010被限制性内切酶BamH I线性化,通过同样的方法将片段Erm2和基因SGR813依次连接到质粒pCSG8010上形成质粒pCSG8011,同样的质粒pCSG8011被限制性内切酶MauB I线性化后,片段Erm3和基因SGR811依次连接到质粒pCSG8011上形成质粒pCSG8013(质粒图谱如图1所示)。将质粒pCSG8013转化到大肠杆菌E.coliET12567/pUZ8002中得到E.coli ET12567/pUZ8002/pCSG8013,即作为接合转移的供体菌。
表1.本发明中使用的引物
Figure BDA0002382157490000051
Figure BDA0002382157490000061
2、接合转移受体菌株的构建
利用引物C5F和C7R从Streptomyces sp.ZJ306的cosmid文库中筛选,获得包含斑鸠霉素生物合成基因簇(Genbank登录号:KF954540)的cosmid质粒pCSG3500(图2)。通过PCR-targeting的方法(敲除所用到的引物为表1中的IFikaBF/R和ikaBDF/R)在质粒pCSG3500的基础上构建了ikaB和ikaC双基因缺失突变质粒pCSG3510(图2)。将质粒pCSG3510转化到大肠杆菌E.coli ET12567/pUZ8002中得到E.coliET12567/pUZ8002/pCSG3510,并将其与野生型链霉菌Streptomyces sp.ZJ306进行结合转移实验,得到ikaB和ikaC双基因缺失突变株△BC306,即作为下一步接合转移的受体菌。
3、通过接合转移获得pactamide G的生产菌株(ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811)接合转移过程具体说明如下:ikaB和ikaC双基因缺失突变株△BC306在SFM培养基(培养基配方:黄豆粉15g,甘露醇15g,氯化钠2g,碳酸钙5g,加水定容至1L,pH7.4,配制:将培养基各成分溶于水,搅拌溶解,灭菌,即得)平板中划线培养5-7天,长出的孢子用无菌棉签收集于TSB培养基(配方:取购买的TSB培养基粉末100g,加水定容至1L,pH7.4,配制:将TSB培养基粉末溶于水,搅拌溶解,灭菌,即得)中,涡旋振荡,使孢子分散。过滤分离菌丝体和孢子,孢子悬浮于5mL的TSB培养基中,50℃热激10min,然后于28℃萌发2h,作为接合转移的受体菌。供体菌E.coli ET12567/pUZ8002/pCSG8013在50mL含50μg/mL阿泊拉霉素的LB液体培养基中于37℃生长至OD600值约为0.8。取上述受体菌400μL和供体菌100μL混合均匀,涂布于不含任何抗生素的ISP4固体培养基(培养基配方:可溶性淀粉10g,细菌学蛋白胨1g,酵母提取粉0.5g,磷酸氢二钾1g,硫酸镁1g,硫酸铵2g,氯化钠1g,海盐30g,碳酸钙2g,琼脂粉18g,加水定容至1L,pH7.4,配制:将培养基各成分溶于水,搅拌溶解,灭菌,即得)上,吹干后,于28℃培养18-20h。然后将平板取出,用含有抗生素的水覆盖平板,抗生素终浓度为50μg/mL阿泊拉霉素和100μg/mL甲氧苄氨嘧啶,吹干后,置于28℃培养箱中,培养5-7天后观察。当接合转移平板上长出菌落后,用无菌牙签将其转接到含有50μg/mL阿泊拉霉素和100μg/mL甲氧苄氨嘧啶的SFM平板上,28℃培养3天后,抽取各个突变株的基因组DNA,利用引物Erm1F和SGR811R(表1)通过PCR检测获得阳性克隆,即获得pactamide G的生产菌株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811。
实施例2:活性代谢产物pactamide G的分离和制备
1、配制培养基:
种子培养基配制,每升种子培养基中含有:可溶性淀粉20g,葡萄糖10g,蛋白胨5g,酵母粉5g,CaCO3 5g,余量为海盐质量分数为3%的海水或陈海水,pH 7.4。将培养基各成分混合,搅拌溶解,于115℃,灭菌30min,即得种子培养基,备用;
发酵培养基与种子培养基相同。
2、发酵:
种子培养:将在平板上活化的海洋来源的链霉菌(Streptomyces)ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811接入种子培养基(800mL)中,28℃,200rpm,培养72h制得种子液。
规模发酵培养:将种子液以10%v/v的接种量接入到发酵培养基中(10L),28℃,200rpm,培养168h,制得链霉菌(Streptomyces)ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物。
3、发酵液的萃取:
发酵培养物先进行离心分离(3500r·min-1,8min),得到10L体积的上清液(发酵液)和菌丝体。发酵液经丁酮萃取3次,丁酮层经蒸馏浓缩后得到上清液提取物-浸膏A(6.0g);菌丝体用2L丙酮在室温下浸提3次,每次3小时,合并提取液,减压回收丙酮后剩余水混合液用6L丁酮萃取,丁酮层减压蒸馏得菌丝体提取物-浸膏B(0.7g)。将浸膏A与B合并为浸膏C(6.7g)。
将浸膏C进行高效液相色谱检测。高效液相色谱(HPLC)条件:色谱柱为phenomex150×4.6mm(SphereClone SAX),流动相包括A相和B相,流动相A相:10%(体积分数)的乙腈+0.08%(体积分数)的甲酸,溶剂为水,流动B相:90%(体积分数)的乙腈,溶剂为水;进样程序:0-18min,流动相比例为A相/B相(体积比):95:5-0:100,18-23min,流动相比例为A相/B相(体积比):0:100,23-25min,流动相比例为A相/B相(体积比):0:100-95:5,25-30min,流动相比例为A相/B相(体积比):95:5,检测波长320nm,流速1mL/min。浸膏C检测的高效液相色谱图见图3所示。
4、化合物的分离:
a)浸膏C经中压硅胶柱层析(300-400mesh),从体积比100:0~0:100进行梯度洗脱,收集氯仿/甲醇体积比80:20梯度洗脱下来的馏分Fr.1。
b)500mg的馏分Fr.1经凝胶sephadex LH-20柱层析,用体积比为1:1的氯仿-甲醇作为流动相洗脱,洗脱200mL,每20mL收集为一个馏分,先后依次得馏分Fr.1A至Fr.1J,把收集的第7个馏分Fr.1G(100mg)通过使用半制备型高效液相色谱(乙腈:水体积比60:40,流速2.5mL/min),运用C-18反相柱(250×10.0mm i.d.,5μm,Phenomenex,USA)制备,收集保留时间为第10分钟的馏分,旋转蒸干制备获得化合物pactamide G(9.7mg)。
5、化合物的鉴定:
化合物pactamide G的关键的HMBC,1H–1H COSY及其晶体衍射结构见图4所示。
化合物pactamide G的1H-NMR谱图见图5所示。
化合物pactamide G的13C-NMR谱图见图6所示。
通过结构分析,对本发明的从链霉菌(Streptomyces)ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物中制备得到的化合物pactamide G(式(I))进行鉴定,其鉴定结果如下:
化合物pactamide G:白色晶体,UV(MeOH)λmax(logε)322nm(4.99);ECD(c 2.4×10-5M,MeOH)λmax(Δε)212(8.34),239(-11.48),and 325(4.24)nm;1H NMR(700MHz,DMSO)and 13C NMR(176MHz,DMSO)data,see Table S3-S4;HRMS(ESI-TOF)m/z:[M-H]-,Calcd forC29H39N2O6,511.2814,Found 511.2824。
化合物pactamide G的负源高分辨电喷雾质谱图显示其准分子离子峰为m/z511.2824,[M-H]-,推测其分子式为C29H39N2O6(计算值为511.2814,不饱和度为11)。分析1H,13C和HSQC(表2)数据表明该化合物含有二个甲基(δH 0.83,3H,m;δH 1.07,3H,m),一个连氧的次甲基(δH 3.29,1H,m),二个碳碳双键(ZΔ2,3(J2,3 11.4Hz);EΔ17,18(J17,18 16.0Hz)),碳谱显示有29个碳,包括2个甲基,8个亚甲基,9个sp3杂化的次甲基,4个sp2杂化的次甲基,和6个季碳。进一步的2D NMR分析,显示化合物1中有一个典型的tetramate环,和三个依次骈合的多元碳环(5元碳环A,5元碳环B,6元碳环C),以上的这些信号说明化合物pactamideG是polycyclic tetramate macrolactams家族中的一员(Jin H.;Zhang W.;Zhang G.;Zhang L.;Liu W.;Zhang C.,.Org.Lett.2020)。
表2.化合物pactamide G的NMR(700MHz)核磁数据归属
Table1.1H NMR(700MHz)and 13C NMR(176MHz)assignments of pactamide G(Jin Hz within parentheses).
Figure BDA0002382157490000101
Figure BDA0002382157490000111
a Recorded at 700MHz in DMSO-d6;assignments were based on DEPT,HSQC,COSY,HMBC,and NOESY experiments.
根据上述数据结果,确认化合物pactamide G的结构如式(I)所示:
Figure BDA0002382157490000112
实施例3:化合物pactamide G抗菌活性测定
化合物pactamide G针对5株指示菌Acinetobacter baumannii ATCC 19606,Staphylococcus aureus ATCC 29213,Escherichia coli ATCC 25922,Pseeudomonasaeruginosa ATCC 9027和Methicillin-Resistant Staphylococus Epidermidiss等进行了抗菌活性的MIC值测定,实验方法参考文献[Zhang,W.Liu,Z.Li,S.Lu,Y.Chen,Y.Zhang,H.Zhang,G.Zhu,Y.Zhang,G.Zhang,W.Liu,J.Zhang,C..Fluostatins I-K from the SouthChina Sea-derived Micromonospora rosaria SCSIO N160.J.Nat.Prod.,2012,75,1937–1943],以Ampicillin作为阳性对照。结果表明化合物pactamide G对Staphylococcusaureus ATCC 29213,Pseeudomonas aeruginosa ATCC 9027和Methicillin-ResistantStaphylococus Epidermi diss等的MIC值分别为64μg/mL,128μg/mL,128μg/mL。PactamideG对所测的指示菌具有抑制活性,通过生物工程或化学修饰可望开发成为抑菌新药。
表3.化合物pactamide G的抗菌MIC值活性测定。
Figure BDA0002382157490000121
aAmpicillin,positive control.
以上仅是本发明的优选实施方式,应当指出的是,上述优选实施方式不应视为对本发明的限制,本发明的保护范围应当以权利要求所限定的范围为准。对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明的精神和范围内,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 中国科学院南海海洋研究所
<120> 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1725
<212> DNA
<213> 链霉菌(Streptomyces griseus)
<400> 1
gtgagcggcg acaggacagg gacccggccc gggggcgccc gccggccccg ggagacgatg 60
atcatcatcg gggccggtct cggcgggctc tccaccggct gctacgccca gatgaacggc 120
taccgcaccc gcatcctgga gatgcacgag atccccggcg gctgctgcac cgcctgggag 180
cgcggcgggt tcaccctgga cgcctgcgtc agctggctcc tgggcagcgg ccccggcaac 240
gagatgcacc agatctggct ggagctcggc gccctccagg gcaaggaaat ccggcacttc 300
gacgtcttca acatcgtgcg cggcacggac ggccgggccg tccacttcta ctccgacccc 360
gaccggctcg aagcccacct catcgacatc tcacccgccg acgcccgcct cgtacggaag 420
ttctgcgccc agctccgcag cttccgcaag gcgctggcgg tctacccctt cctcaagccc 480
gtcggactga tgggacgcag ggagcggtgg cggatgctcg cctcgttcct gccgtacttc 540
aacgccgtcc gcaccacgat caccgtcctg atgagcgact tctcccagaa gttcaaggac 600
cccctcctcc aggaggcgtt caacttcatc ctgtacgaga agcacccggc cttccccgtc 660
ctgcccttcc acttccagct cgcctcgcac gccaacctct ccgccggggt ccccgagggc 720
ggctccctcg gcctcgccga gtcgatcgag gcccgctacc gccggctcgg cggcgaggtc 780
tcctacaaca ccaaggtcga gacggtgatc gtcgaggacg accgggcggt gggcgtccgc 840
ctcagcgacg gccgggagat gcgcgccgac atcgtcgtgt cggcctgcga cggctacacc 900
acgaccatga agttcctgga gggcgagtac ctgggcgagg actaccgcaa gctctacacc 960
gagaccatcc acgaacccgg catggtcttc cccggctact tcaccctctt cctcggcctc 1020
tcccgcccct tcccggaggg agacccctgc accacccacc tcctcgacgg ggcgacggcc 1080
gcggagctga ccggcatccg ccaccccagc atcaacgtcc agttccgcag ccgccactac 1140
cccgagcttt ccccggacgg caccaccgtc gtctacgcca cctacttctg cgacatcgcc 1200
ccctggcgag ccctggacga gggccccgaa cagatcaccc gcacccgcgg cggccaggag 1260
ctgcacaccc tgcccgtacg ccacgggcgc ggctactacg ccgcgaaacg gcgggcccgc 1320
gaggcactca tcggcttcct ggaggagcgc caccccggac tgcgggacgc gatcgtcgtc 1380
cgggacgtct ccagccccct cacccaggtc cgctacaccg gcaactacga cgggaccgtg 1440
ctgggctggc agcccttcgt cgagagcggc gagaccctgg aggagctgat caagaagcac 1500
ggtccgggcc tccccggact gcgcgacttc taccagtcgg gcgtctgggc caccaccggc 1560
ggactcatcc gggccgccgc cgccggacgc cacgtcatgc agttcgtctg ccgcgacgac 1620
ggcaagccct tcaccgcgtc gctcgaccgc accgcaccgc caccgaccca ccgggtcatc 1680
cccgtgcccg ttcgtcccgc cgcaccgacg gagaggaagt catga 1725
<210> 2
<211> 1683
<212> DNA
<213> 链霉菌(Streptomyces griseus)
<400> 2
atggcggatg acgaccccac cgactggacc agcagggaac gcgccccggg gaccccgccc 60
cgcgtcatcg tcgtcggcgc gggcgtggcc ggcctcgcca ccggtgtgta cgcgcagatg 120
agcggggcca ggactcgcat cttcgagaag cacgtgctgc ccggtggctg ctgcaccgcc 180
tggtcccgcg acggctacct cttcgactac tgcatcgaat ggctcatcgg caccgccccg 240
ggcaacgacg cccaccaggt gtggagcgag ctcggcgcgt tcgacggcaa gaccgtcacc 300
aacttcgaac tgttcaacaa ggtcgaggac gcctcgggca ggtcggtgac gttctacaac 360
gaccccgacc ggctggaggc ccacctcctg gaggtctcac ccgccgacgc cccgctcatc 420
cgcgccttca cccgggacct gcggcgcttc atcgacatcg agctgtaccc gttcctgacc 480
gcgcccgcgc tccggaccgt gggggagcgg gcccggaccc tgcgcacggt gctccccgcc 540
ttccggctgt tctggcggac cgccgccacc ccgatgcacg tgttcgccga ccggttccag 600
gacccgttgc tgcgcagggc gttccgcaac atcttcttcc aggaccccga gggcttcccg 660
atgctgccgt acctcttcaa catggcggcc gcccaccacg gcaacgcggg cttcccccag 720
ggcggttcgc tcggcctcgc ccgctccgtc gaggagcgct acaggagcct gggcggaacg 780
gtcacctacc gggcccgcac cgaacggatc ctggtcgagg acgaccgggc gatcggcatc 840
gaactccgca acggcaagca gtacttcgcc gagcacgtgg tctccgcctg cgacggccac 900
accaccgtct acgggctcct gggcggccgg tacaccggcc cccggatcga caagctctac 960
accgacctgc tgcaccgccc cggcaccctc ttccccgccg tcgtctccgc cttcgtcggc 1020
ctgcgcggcg acctggaacc cgaggaggcg cacagcacca cgcacctcct cggcccggag 1080
gacgcggccc acctcccggg cgccctccag gacagcatcg tcgtgcaggc acgctcccgc 1140
tactccggcg gcttcgcacc gccgggccac tccgtcctgc actgcaccta cttcagcgac 1200
tacgcccact ggaagaacct ccgcaccagg gaccgcaagg agtaccgccg gcgcaagcgc 1260
gaagtcgccg acttcgtccg ggacttcctg gagcgccgca ccccgggcat cgcggagcgc 1320
atcgacatcg tcgaggtcgc cacaccggcc acgacccacc gctacacggg caacctcggc 1380
ggctccatcc tcgcctggaa ggcgttctcc gacgccgacg acgtcgcggc acgcctcgtc 1440
ggcaaggacc ggatgcggct gccgggactg agcaacttct ccatggccgg acagtgggtc 1500
ggcatgggcg gcctgatccg cgccgcctcc accggccgct tcgcggtcca gtacctctgc 1560
cgcgacctgg gcctggagtt ccgggcctgg gagagcaagg gcgccgaacc ctggcatccg 1620
gggaagctgg ggcacctgcc ccagctcgac cggtggtccg cacgggagag cgaggaagcg 1680
tga 1683
<210> 3
<211> 1056
<212> DNA
<213> 链霉菌(Streptomyces griseus)
<400> 3
atgaagatcg cgaaatgggt ggtccgcgaa cacgtcgaag gagtccccga cgtggaccgc 60
gtctacgaga agatcgtcga gaacgtcgac gtgaggctcg cccccgacga gatgctcctg 120
cgcaccctgt acgtctccgt cgacccctac ctccagggca tcgccctcga caccccgatc 180
ggccggcaca tgggcgccga ctcgatcatg gaggtggtgg aggcgggacc gcgcgccgcc 240
caccgcgtcg gcgacctcgt ccagggcttc gggggctggc gcacccatgt ggtctccacc 300
ggcgtccccg aactctggca gaccggcacg ttccccatgg tcttccccgc ctaccgcagg 360
ctggaccccc ggtggtacga cgacgccctg ccgctcccga ccgccctcag cgtgatgggc 420
ggccccggca tgacggcctg ggggaccctg accaagtaca tgacgatcag ccccggcgag 480
accctcgtca tcagcggggc ctccgggccg gtgggcgccc tggtcgggca gctcgccgcg 540
ctcgccgggg cccgggtgat cggcaccacc tcctccccgg agaaggcgga ctacctcacc 600
gggctcgggt tcgacgccgt gatcgtctac cgccacgggg acggtgcgga caccgtcggc 660
gacgcactcg tccgggccgc gcccgacggc gtcgaccgct acttcgacaa cctcggcggc 720
gcggtcaccg acgccgtgtt ccccctgctc aacatcggga gccaggtggc ggtgtgctgg 780
cagtgggcga cccaggtcgg caacgaggcc accggtcccc ggctcctgcc ctacctgatg 840
tttccccgcg ccaccgtccg cggcatcttc tccctggaat ggttcaccga acagaactgg 900
caggacctcc acaccgagct gggcggccgc gtccgacgcg gcgaggtcgt ctgcgaccac 960
accctgcacc acggcttcga cgcgatcccc gccgcctacg gcagcctcta cggcgaccgg 1020
gcggccaacc ggggcaaggt actcgtcgaa ctctga 1056

Claims (8)

1.化合物pactamide G或其药用盐,其结构如式(I)所示:
Figure FDA0002382157480000011
化合物pactamide G,C2和C3间为顺式双键,C17和C18间为反式双键,C5为S构型,C6为R构型,C8为S构型,C10为R构型,C11为S构型,C12为S构型,C13为R构型,C14为S构型,C16为S构型,C23为S构型。
2.一种权利要求1所述的化合物pactamide G的制备方法,其特征在于,所述的化合物pactamide G是从链霉菌Streptomyces sp.ZJ306的突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物中制备分离得到的。
3.根据权利要求2所述的制备方法,其特征在于,具体步骤如下:
a、制备链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物,将该发酵培养物的发酵液和菌丝体分离开,发酵液经丁酮萃取,丁酮层经蒸馏浓缩后得到浸膏A;菌丝体先用丙酮浸提,浸取液回收丙酮后剩余的水混合液再用丁酮萃取,丁酮层经蒸馏浓缩后得到浸膏B;
b、将浸膏A和浸膏B合并的粗提物C经硅胶柱层析,用氯仿/甲醇作为洗脱剂,从体积比100:0~0:100进行梯度洗脱,收集氯仿/甲醇体积比80:20梯度洗脱下来的馏分Fr.1,然后经LH-20凝胶柱,以氯仿/甲醇体积比1:1作为流动相洗脱,洗脱馏分再经HPLC制备分离,得到化合物pactamide G。
4.根据权利要求3所述的制备方法,其特征在于,所述a步骤的制备链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811的发酵培养物是通过以下方法制备:将活化的链霉菌突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811接入种子培养基,28℃,200rpm,培养72h得种子液,将种子液以10%v/v的接种量接入到发酵培养基中,28℃,200rpm,振荡培养168h,即制得发酵培养物。
5.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于,所述的种子培养基和发酵培养基的配方均为:每升培养基中含有可溶性淀粉20g,葡萄糖10g,蛋白胨5g,酵母粉5g,CaCO35g,余量为海盐质量分数为3%的海水或陈海水。
6.权利要求1所述的化合物pactamide G或其药用盐在制备抗菌药物中的应用。
7.一种抗菌药物,其特征在于,含有有效量的权利要求1所述的化合物pactamide G或其药用盐作为活性成分。
8.链霉菌Streptomyces sp.ZJ306的突变株ΔBC306::SGR812::SGR813::SGR811在制备权利要求1所述的化合物pactamide G中的应用。
CN202010086255.XA 2020-02-11 2020-02-11 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用 Active CN111253408B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010086255.XA CN111253408B (zh) 2020-02-11 2020-02-11 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010086255.XA CN111253408B (zh) 2020-02-11 2020-02-11 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111253408A true CN111253408A (zh) 2020-06-09
CN111253408B CN111253408B (zh) 2021-03-19

Family

ID=70954486

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010086255.XA Active CN111253408B (zh) 2020-02-11 2020-02-11 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111253408B (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113121545A (zh) * 2021-04-25 2021-07-16 山东大学 多环大环内酰胺类化合物及其制备方法和应用
CN117024611A (zh) * 2023-03-01 2023-11-10 中国科学院南海海洋研究所 寡糖类抗生素everninomicin高产菌株的构建及活性的应用

Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH0987284A (ja) * 1995-09-20 1997-03-31 Banyu Pharmaceut Co Ltd 抗腫瘍性物質be−42303類
WO2000020418A1 (fr) * 1998-10-06 2000-04-13 Japan Science And Technology Corporation Antibiotiques a base de xanthobaccines
WO2001087884A2 (en) * 2000-05-17 2001-11-22 Kosan Biosciences, Inc. Polyketide derivatives
CN104073507A (zh) * 2014-03-27 2014-10-01 中国科学院南海海洋研究所 一种斑鸠霉素的生物合成基因簇及其应用
CN104592239A (zh) * 2014-12-25 2015-05-06 南京农业大学 产酶溶杆菌oh11中一种抗真菌和卵菌活性的代谢产物及其分离方法
CN106008531A (zh) * 2016-05-30 2016-10-12 上海交通大学 多环稠合大环内酰胺类化合物的抗胰腺癌用途
CN106434702A (zh) * 2016-09-06 2017-02-22 中国科学院南海海洋研究所 一种帕克特酰胺的生物合成基因簇及其应用
CN106946892A (zh) * 2017-05-05 2017-07-14 江苏省农业科学院 一种快速高效提取发酵液中活性抗菌物质hsaf的方法
CN108623607A (zh) * 2017-03-24 2018-10-09 中国海洋大学 5,5,6-多环含特特拉姆酸大环内酰胺类化合物及其制备方法和用途
CN109666606A (zh) * 2018-12-28 2019-04-23 中国科学院沈阳应用生态研究所 一种异壁放线菌及其抗微生物和抗肿瘤活性物质的制备与应用
CN110642863A (zh) * 2019-09-23 2020-01-03 中国科学院南海海洋研究所 5,5,6型ptm类化合物及其制备方法和用途

Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH0987284A (ja) * 1995-09-20 1997-03-31 Banyu Pharmaceut Co Ltd 抗腫瘍性物質be−42303類
WO2000020418A1 (fr) * 1998-10-06 2000-04-13 Japan Science And Technology Corporation Antibiotiques a base de xanthobaccines
WO2001087884A2 (en) * 2000-05-17 2001-11-22 Kosan Biosciences, Inc. Polyketide derivatives
CN104073507A (zh) * 2014-03-27 2014-10-01 中国科学院南海海洋研究所 一种斑鸠霉素的生物合成基因簇及其应用
CN104592239A (zh) * 2014-12-25 2015-05-06 南京农业大学 产酶溶杆菌oh11中一种抗真菌和卵菌活性的代谢产物及其分离方法
CN106008531A (zh) * 2016-05-30 2016-10-12 上海交通大学 多环稠合大环内酰胺类化合物的抗胰腺癌用途
CN106434702A (zh) * 2016-09-06 2017-02-22 中国科学院南海海洋研究所 一种帕克特酰胺的生物合成基因簇及其应用
CN108623607A (zh) * 2017-03-24 2018-10-09 中国海洋大学 5,5,6-多环含特特拉姆酸大环内酰胺类化合物及其制备方法和用途
CN106946892A (zh) * 2017-05-05 2017-07-14 江苏省农业科学院 一种快速高效提取发酵液中活性抗菌物质hsaf的方法
CN109666606A (zh) * 2018-12-28 2019-04-23 中国科学院沈阳应用生态研究所 一种异壁放线菌及其抗微生物和抗肿瘤活性物质的制备与应用
CN110642863A (zh) * 2019-09-23 2020-01-03 中国科学院南海海洋研究所 5,5,6型ptm类化合物及其制备方法和用途

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HONGBO JIN,ET AL.: "Engineered Biosynthesis of 5/5/6 Type Polycyclic Tetramate Macrolactams in an Ikarugamycin (5/6/5 Type)-Producing Chassis", 《ORGANIC LETTERS》 *
MONIKA JAKOBI,ET AL.: "Maltophilin : A New Antifimgal Compound Produced by Stenotvophomonas maltophilia R3089", 《THE JOURNAL OF ANTIBIOTICS》 *
刘焱: "新PoTeM类天然产物的发掘与生物合成", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑》 *
梅显贵 等: "海洋异壁放线菌WH1-2216-6 产生的多环含特特拉姆酸大环内酰胺", 《有机化学》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113121545A (zh) * 2021-04-25 2021-07-16 山东大学 多环大环内酰胺类化合物及其制备方法和应用
CN117024611A (zh) * 2023-03-01 2023-11-10 中国科学院南海海洋研究所 寡糖类抗生素everninomicin高产菌株的构建及活性的应用
CN117024611B (zh) * 2023-03-01 2024-05-17 中国科学院南海海洋研究所 寡糖类抗生素everninomicin高产菌株的构建及活性的应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN111253408B (zh) 2021-03-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111253408B (zh) 抗生素pactamide G及其制备方法和在制备抗菌药物中的应用
MXPA05005672A (es) Metodo para producir un compuesto a macrolido.
CN115197172A (zh) 二倍半萜化合物、其合成基因簇与合成方法
JP4521145B2 (ja) 抗生物質カプラザマイシン類およびその製造法
CN111170975B (zh) 抗生素lobophorin及其制备方法和应用
Petersen et al. Paeciloquinones A, B, C, D, E and F: New Potent Inhibitors of Protein Tyrosine Kinases Produced by Paecilomyces carneus I. Taxonomy, Fermentation, Isolation and Biological Activity
KR0177839B1 (ko) 신규 티오마리놀 유도체 및 그의 제조방법
WO2010127645A2 (en) The method of biotechnological preparation of lincomycin derivatives and its using
JP5826406B2 (ja) ストレプトマイセス、抗腫瘍化合物スピロインディマイシン(Spiro−Indimycin)A−D、その製造方法及び使用、並びに、該スピロインディマイシンを含む抗腫瘍剤及び薬物
CN109810919B (zh) 一类安莎全碳环聚酮类抗生素及其在制备抗菌药物或抗肿瘤药物中的应用
Phongsopitanun et al. Marine Streptomyces chumphonensis KK1-2 T produces piericidin A1 as the major secondary metabolite.
CN110305881B (zh) 一种聚酮类化合物neoenterocins的生物合成基因簇及其应用
CN109836433B (zh) 新型LL-D49194α1类似物,及其制备方法和应用
Tao et al. Functional characterization of tlmH in Streptoalloteichus hindustanus E465-94 ATCC 31158 unveiling new insight into tallysomycin biosynthesis and affording a novel bleomycin analog
CN110872338B (zh) 一种吲哚二萜类化合物及其制备方法和用途
CN112409372A (zh) 玉红霉素类似物、制备方法及其应用
CN108456689B (zh) 提高安丝菌素p-3生物合成产量的方法
CN113396214A (zh) 从链霉菌属sp.mcc-0151生产尼日利亚菌素的方法
CN118063531B (zh) 大环内酯类化合物PA-46101s C-E的制备及其应用
CA1337760C (en) Antibacterial and antitumor agents ll-e33288e-i and ll-e33288e-br, with processes and intermediates for producing said agents
CN111285828B (zh) 化合物proximicin及其制备方法和应用
CN113121545B (zh) 多环大环内酰胺类化合物及其制备方法和应用
CN108864221B (zh) 阿克拉霉素类似物及其制法和用途
KR100313651B1 (ko) 미크로모노스포라카르보나세아로부터의신규한오르토소마이신
JP4342048B2 (ja) 抗生物質ツベラクトマイシンb、dおよびeとその製造法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
CB02 Change of applicant information
CB02 Change of applicant information

Address after: No.1119 Haibin Road, Nansha District, Guangzhou City, Guangdong Province

Applicant after: SOUTH CHINA SEA INSTITUTE OF OCEANOLOGY, CHINESE ACADEMY OF SCIENCES

Address before: 510301 No. 164 West Xingang Road, Guangzhou, Guangdong, Haizhuqu District

Applicant before: SOUTH CHINA SEA INSTITUTE OF OCEANOLOGY, CHINESE ACADEMY OF SCIENCES

GR01 Patent grant
GR01 Patent grant