CN110770224B - 作为外排泵抑制剂的吲哚衍生物 - Google Patents

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Abstract

本文公开了式(I)化合物：

Description

作为外排泵抑制剂的吲哚衍生物
发明优先权
本申请要求2017年3月10日提交的美国临时专利申请号62/469,987和2017年6月21日提交的美国临时专利申请号62/523,154的优先权，所述两个临时专利申请以引用的方式整体并入本文中。
背景技术
抗生素已经成为治疗感染性疾病的有效工具。然而，细菌已经发展出克服抗生素作用的若干种不同机制。这些抗性机制可以是特异性的，例如特异性针对抗生素的一种分子或一个家族，或者机制可以是非特异性的。单个细菌菌株中可能存在若干种抗性机制，并且那些机制可以独立地作用或者其可以协同作用来克服抗生素或抗生素组合的作用。特定的机制包括例如降解药物、通过酶改性使药物失活以及改变药物目标。其它抗药机制包括通过减少抗生素输送至细胞中或通过增加药物从细胞外排至外面介质的外排量来预防或减少抗生素进入目标。这两种机制可以降低药物在目标位点的浓度，并允许细菌在以其它方式抑制或杀死细菌细胞的一种或多种抗生素存在下存活。一些细菌利用两种机制，将细胞壁(包括膜)的低渗透性与抗生素的主动外排组合。已经显示抗生素的外排可以通过单个生物体中的超过一个泵介导，并且几乎所有的抗生素都通过这种机制进行抵抗。
这些多抗性机制已经变得普遍，并威胁抗细菌疗法的临床效用。已经尤其在主要医院和护理中心中注意到抗生素抗性菌株的增加。抗性菌株增加的结果包括例如发病率和死亡率更高、患者住院治疗时间更长以及治疗成本增加。因此，需要抑制这些细菌抗性机制中的一种或多种的剂和方法。
发明内容
本文公开的化合物在与已知的抗生素组合测试时降低已知的抗生素抑制细菌细胞生长的最低抑制浓度。不受理论束缚，相信化合物通过抑制细菌外排泵来发挥此作用。
因此，一个实施方案提供了式I化合物：
Figure BDA0002266282850000021
其中：
A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1、-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1、-(C1-C3)烷基-O-R1、-O-R1、-(C1-C3)烷基-N(Ra1)-R1、-N(Ra1)-R1或R1，并且A或B中的另一者为氢、卤素或(C1-C4)烷基；
每个R1独立地为：
(a)被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代的(C1-C14)烷基：-NRb2Rc2、-NHNH2、-C(＝NRa2)(NRb2Rc2)、-NRa2C(＝NRa2)(Rd2)和-NRa2C(＝NRa2)(NRb2Rc2)；并且其中(C1-C14)烷基任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基独立地取代；或
(b)(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-或-(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中每个4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中R1的任何(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-C4)烷基、-C(＝O)N((C1-C4)烷基)2、-NHC(＝O)(C1-C4)烷基-NH2或3-7元单环杂环基取代，其中(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基任选地被一个或多个卤素、(C1-C4)烷基、-NH2、-NH(C1-C4)烷基或-N((C1-C4)烷基)2取代；
R2为氢、(C1-C4)烷基或苯基(C1-C3)烷基-，其中所述苯基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代；
R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R4为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；
R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；
R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
每个Z1独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(NRb3Rc3)；
每个Z2独立地为被一个或多个Z1取代并且任选地被一个或多个Z3取代的-(C1-C6)烷基；
每个Z3独立地为卤基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra1独立地为氢、任选地被一个或多个卤素或(C1-C4)烷基取代的(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基；
每个Ra2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb2和Rc2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
Rd2为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb3和Rc3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
Rd3为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；并且
每个Re独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
或其盐。
一个实施方案提供了式I化合物：
Figure BDA0002266282850000051
其中：
A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1、-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1、-(C1-C3)烷基-O-R1、-O-R1、-(C1-C3)烷基-N(Ra1)-R1、-N(Ra1)-R1或R1，并且A或B中的另一者为H、卤素或(C1-C4)烷基；
每个R1独立地为：
(a)被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代的(C1-C14)烷基：-NRb2Rc2、-NHNH2、-C(＝NRa2)(NRb2Rc2)、-NRa2C(＝NRa2)(Rd2)和-NRa2C(＝NRa2)(NRb2Rc2)；并且其中(C1-C14)烷基任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基独立地取代；或
(b)(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基或(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中每个4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中R1的任何(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基独立地取代；
R2为氢、(C1-C4)烷基或苯基(C1-C3)烷基-，其中所述苯基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代；
R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R4为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
每个Z1独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(NRb3Rc3)；
每个Z2独立地为被一个或多个Z1取代并且任选地被一个或多个Z3取代的-(C1-C6)烷基；
每个Z3独立地为卤基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra1独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb2和Rc2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
Rd2为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb3和Rc3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；并且
Rd3为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
或其盐。
一个实施方案提供了式I化合物：
Figure BDA0002266282850000071
Figure BDA0002266282850000081
其中：
A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1、-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1、-(C1-C3)烷基-O-R1、-O-R1、-(C1-C3)烷基-N(Ra1)-R1、-N(Ra1)-R1或R1，并且A或B中的另一者为H、卤素或(C1-C4)烷基；
每个R1独立地为：
(a)被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代的(C1-C14)烷基：-NRb2Rc2、-NHNH2、-C(＝NRa2)(NRb2Rc2)、-NRa2C(＝NRa2)(Rd2)和-NRa2C(＝NRa2)(NRb2Rc2)；或
(b)(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基或(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，并且其中每个4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(N Rb3Rc3)并且其中每个(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个(C1-C4)烷基独立地取代；
R2为氢、(C1-C4)烷基或苯基(C1-C3)烷基-，其中所述苯基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代；
R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R4为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
每个Ra1独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb2和Rc2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
Rd2为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb3和Rc3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；并且
Rd3为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
或其盐。
一个实施方案提供了一种药物组合物，其包含如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐和药学上可接受的媒介物。
一个实施方案提供了一种药物组合物，其包含如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐、一种或多种抗菌剂和药学上可接受的媒介物。
一个实施方案提供了一种抑制动物(例如哺乳动物，例如人)中的细菌外排泵的方法，所述方法包括向所述动物施用如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐。
一个实施方案提供了一种抑制动物(例如哺乳动物，例如人)中的细菌外排泵的方法，所述方法包括向有需要的动物施用如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐。
一个实施方案提供了一种治疗或预防动物(例如哺乳动物，例如人)中的细菌感染的方法，所述方法包括向所述动物共同施用如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐和一种或多种抗菌剂。
一个实施方案提供了一种治疗或预防动物(例如哺乳动物，例如人)中的细菌感染的方法，所述方法包括向有需要的动物共同施用如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐和一种或多种抗菌剂。
一个实施方案提供了一种抑制具有细菌感染的动物(例如哺乳动物，例如人)中的细菌外排泵的方法，所述方法包括向所述动物施用如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐。
一个实施方案提供了一种治疗或预防感染细菌的动物(例如哺乳动物，例如人)中的细菌感染的方法，所述方法包括向所述动物共同施用如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐和一种或多种抗菌剂。
一个实施方案提供了如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐，用于医学治疗中。
一个实施方案提供了如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐，用于预防性或治疗性抑制细菌外排泵以治疗细菌感染。
一个实施方案提供了如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐，与一种或多种抗菌剂组合用于预防性或治疗性治疗细菌感染。
一个实施方案提供了如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐用于制备用于抑制细菌外排泵的药剂的用途。
一个实施方案提供了如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐用于制备用于治疗动物(例如哺乳动物，例如人)的细菌感染的药剂的用途。
一个实施方案提供了如本文所述的式I化合物或其药学上可接受的盐用于制备与一种或多种抗菌剂组合用于治疗动物(例如哺乳动物，例如人)的细菌感染的药剂的用途。
一个实施方案提供了可用于制备式I化合物或其盐的本文公开的方法和中间体。
具体实施方式
除非另外描述，否则使用以下定义：卤基或卤素为氟、氯、溴或碘。烷基和烷氧基等表示直链和支链基团，但对例如丙基等个别基团的提及仅仅涵盖直链基团(例如异丙基等支链异构体将特定地提及)。
如本文所用，其中a和b为整数的术语“(Ca-Cb)烷基”是指具有a至b个碳原子的直链或支链烷基。因此，当a为1并且b为6时，例如所述术语包括甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基和正己基。
术语“炔基”是指具有一个或多个三键的不饱和烷基。此类不饱和烷基的实例为乙炔基、1-丙炔基和3-丙炔基、3-丁炔基和高级同系物和异构体。
术语“苯氧基”是指经由氧原子(“氧基”)连接至分子其余部分的苯基。
术语“杂芳氧基”是指经由氧原子(“氧基”)连接至分子其余部分的杂芳基。
如本文所用，术语“芳基”是指其中环原子为碳的单芳香族环或多稠环系统。举例来说，芳基可以具有6至10个碳原子或6至12个碳原子。芳基包括苯基。芳基还包括具有约9至12个碳原子或9至10个碳原子的多稠环系统(例如环系统包含2个环)，其中至少一个环为芳香族的。此类多稠环系统可以在多稠环系统的任何环烷基部分上任选地被一个或多个(例如1或2个)氧代基取代。应了解如上定义的多稠环系统的连接点可以在环系统的任何位置处，包括环的芳基或环烷基部分。典型的芳基包括(但不限于)苯基、茚基、萘基、1,2,3,4-四氢萘基、蒽基等等。
如本文所用，术语“杂芳基”是指单芳香族环或多稠环系统。所述术语包括在环中具有约1至6个碳原子和约1-4个选自由氧、氮和硫组成的组的杂原子的单芳香族环。硫和氮原子还可以呈氧化形式存在，条件是环为芳香族。此类环包括(但不限于)吡啶基、嘧啶基、噁唑基或呋喃基。所述术语还包括多稠环系统(例如包含2个环的环系统)，其中如上定义的杂芳基可以与一个或多个杂芳基(例如萘啶基)、杂环(例如1,2,3,4-四氢萘啶基)、环烷基(例如5,6,7,8-四氢喹啉基)或芳基(例如吲唑基)缩合，形成多稠环系统。此类多稠环系统可以在缩合环的环烷基或杂环部分上任选地被一个或多个(例如1或2个)氧代基取代。在一个实施方案中，单环或双环杂芳基具有5至10个环原子，包含1至9个碳原子和1至4个杂原子。应了解，多稠环系统的连接点(如上针对杂芳基所定义)可以在多稠环系统的任何位置处，包括多稠环系统的杂芳基、杂环、芳基或环烷基部分，以及在多稠环系统的任何合适原子处，包括碳原子和杂原子(例如氮)。例示性杂芳基包括(但不限于)吡啶基、吡咯基、吡嗪基、嘧啶基、哒嗪基、吡唑基、噻吩基、吲哚基、咪唑基、噁唑基、噻唑基、呋喃基、噁二唑基、噻二唑基、喹啉基、异喹啉基、苯并噻唑基、苯并噁唑基、吲唑基、喹喔啉基、喹唑啉基、5,6,7,8-四氢异喹啉基、苯并呋喃基、苯并咪唑基和硫代萘次甲基。
如本文所用，术语“杂环基”或“杂环”是指单饱和或部分不饱和环或多稠环系统。所述术语包括在环中具有约1至6个碳原子和约1至3个选自由氧、氮和硫组成的组的杂原子的单饱和或部分不饱和环(例如3、4、5、6或7元环)。环可以被一个或多个(例如1、2或3个)氧代基取代并且硫和氮原子还可以呈其氧化形式存在。此类环包括(但不限于)氮杂环丁烷基、四氢呋喃基或哌啶基。应了解，杂环的连接点可以在杂环的任何合适原子处。例示性杂环包括(但不限于)氮杂环丙烯基、氮杂环丁烷基、吡咯烷基、哌啶基、高哌啶基、吗啉基、硫吗啉基、哌嗪基、四氢呋喃基、二氢噁唑基、四氢吡喃基和四氢硫吡喃基。
术语“卤代烷基”包括被一个或多个(例如1、2、3或4个)卤基取代的如本文中定义的烷基。一个特定卤代烷基为“(C1-C6)卤代烷基”。
术语环烷基、碳环或碳环基包括饱和和部分不饱和碳环系统。在一个实施方案中，环烷基为单环碳环。此类环烷基包括“(C3-C7)碳环基”和“(C3-C8)环烷基”。
以下针对基团、取代基和范围所列出的特定值仅仅是为了说明；其不排除其它界定的值或在针对基团和取代基界定的范围内的其它值。
具体地说，(C1-C6)烷基可以为甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、仲丁基、戊基、3-戊基或己基；(C1-C6)烷氧基可以为甲氧基、乙氧基、丙氧基、异丙氧基、丁氧基、异丁氧基、仲丁氧基、戊氧基、3-戊氧基或己氧基；(C3-C8)环烷基可以为环丙基、环丁基、环戊基或环己基；(C1-C6)卤代烷基可以为碘甲基、溴乙基、氯甲基、氟甲基、三氟甲基、2-氯乙烷、2-氟乙基、2,2,2-三氟乙基或五氟乙基；芳基可以为苯基、茚基或萘基；并且杂芳基可以为呋喃基、咪唑基、三唑基、三嗪基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、异噻唑基、吡唑基、吡咯基、吡嗪基、四唑基、吡啶基(或其N-氧化物)、噻吩基、嘧啶基(或其N-氧化物)、吲哚基、异喹啉基(或其N-氧化物)或喹啉基(或其N-氧化物)。
应了解，以下提供的实施方案是针对式I化合物和其所有子式(例如式Ia、Ib)。应了解，两个或更多个实施方案可以进行组合。
在一个实施方案中，A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1或-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1，并且A或B中的另一者为H、卤素或(C1-C6)烷基。
在一个实施方案中，A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且A或B中的另一者为H、卤素或(C1-C6)烷基。
在一个实施方案中，A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1、-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1、-(C1-C3)烷基-O-R1、-O-R1、-(C1-C3)烷基-N(Ra1)-R1、-N(Ra1)-R1或R1，并且A或B中的另一者为氢、溴、氟或甲基。
在一个实施方案中，A为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且B为H。
在一个实施方案中，A为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且B为氢、溴、氟或甲基。
在一个实施方案中，B为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且A为H。
在一个实施方案中，A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1或-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1，并且A或B中的另一者为H。
在一个实施方案中，A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1或-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1，并且A或B中的另一者为氢、溴、氟或甲基。
在一个实施方案中，A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且A或B中的另一者为H。
在一个实施方案中，R2为氢、(C1-C4)烷基或苯甲基，其中苯甲基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代。
在一个实施方案中，Ra1为氢。
在一个实施方案中，R2为氢或(C1-C4)烷基。
在一个实施方案中，R2为氢。
在一个实施方案中，R2为氢、甲基或4-氟苯甲基。
在一个实施方案中，式I化合物为式Ia或Ib化合物：
Figure BDA0002266282850000151
或其盐。
在一个实施方案中，式I化合物为式Ic或Id化合物：
Figure BDA0002266282850000161
或其盐。
在一个实施方案中，式I化合物为式Ie或Ib化合物：
Figure BDA0002266282850000162
或其盐。
在一个实施方案中，式I化合物为式Ie或Ib化合物：
Figure BDA0002266282850000163
或其盐。
在一个实施方案中，R3为氢或芳基，其中所述芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R3为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R3为氢或4-氟苯基。
在一个实施方案中，R4为氢、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R4为氢、苯基或吡啶基，其中所述苯基或吡啶基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R4为氢、4-硝基苯基、4-氟苯基、3,4-二氟苯基、4-叔丁基苯基、4-甲氧基苯基、吡啶-4-基、4-羟基苯基、4-氯苯基或4-氰基苯基。
在一个实施方案中，R4为氢、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R4为氢、苯基或吡啶基，其中所述苯基或吡啶基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R4为氢、4-硝基苯基、4-氟苯基、3,4-二氟苯基、4-叔丁基苯基、4-甲氧基苯基、吡啶-4-基、4-羟基苯基、4-氯苯基、4-氰基苯基、苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯基、4-环丙基苯基、苯甲基、环丙基乙基、环丙基乙炔基、4-氟苯氧基、4-甲基苯基、4-氟-3-甲氧基苯基、2-氯-4-氟苯基、3-氟苯基、2,4-二氟苯基、3-氯-4-氟苯基或溴。
在一个实施方案中，R4为芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R4为苯基或吡啶基，其中所述苯基或吡啶基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R4为4-硝基苯基、4-氟苯基、3,4-二氟苯基、4-叔丁基苯基、4-甲氧基苯基、吡啶-4-基、4-羟基苯基、4-氯苯基、4-氰基苯基、苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯基、4-环丙基苯基、苯甲基、环丙基乙基、环丙基乙炔基、4-氟苯氧基、4-甲基苯基、4-氟-3-甲氧基苯基、2-氯-4-氟苯基、3-氟苯基、2,4-二氟苯基、3-氯-4-氟苯基或溴。
在一个实施方案中，R5为氢或芳基，其中所述芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R5为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R5为氢或芳基，其中所述芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R5为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R5为氢或4-氟苯基。
在一个实施方案中，R4为卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；并且R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；
在一个实施方案中，R4为芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；并且R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基。
在一个实施方案中，R6为氢或芳基，其中所述芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R6为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
在一个实施方案中，R6为氢或4-氟苯基。
在一个实施方案中，R6为氢、4-氟苯基或甲氧基。
在一个实施方案中，R1为被一个或多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C1-C14)烷基。
在一个实施方案中，R1为被一个或多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C2-C10)烷基。
在一个实施方案中，R1为被一个或多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C1-C14)烷基。
在一个实施方案中，R1为被两个或更多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C2-C8)烷基。
在一个实施方案中，R1为被两个或更多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C4-C8)烷基。
在一个实施方案中，Rb2和Rc2各自为氢。
在一个实施方案中，R1为(C3-C7)碳环基、-4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基或(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中每个4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中R1的任何(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-C4)烷基、-C(＝O)N((C1-C4)烷基)2、-NHC(＝O)(C1-C4)烷基-NH2或3-7元单环杂环基独立地取代，其中(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基任选地被一个或多个卤素、(C1-C4)烷基、-NH2、-NH(C1-C4)烷基或-N((C1-C4)烷基)2取代。
在一个实施方案中，R1为-4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-，其中每个4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中R1的任何(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-C4)烷基、-C(＝O)N((C1-C4)烷基)2、-NHC(＝O)(C1-C4)烷基-NH2或3-7元单环杂环基独立地取代，其中(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基任选地被一个或多个卤素、(C1-C4)烷基、-NH2、-NH(C1-C4)烷基或-N((C1-C4)烷基)2取代。
在一个实施方案中，R1为4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中所述4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(NRb3Rc3)并且其中所述4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基取代。
在一个实施方案中，R1为4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中所述4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地为-NRb3Rc3并且其中所述4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基取代。
在一个实施方案中，R1为吡咯烷基-(C1-C4)烷基-，其中所述吡咯烷基-(C1-C4)烷基-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地为-NRb3Rc3并且其中吡咯烷基-(C1-C4)烷基-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基独立地取代。
在一个实施方案中，R1为吡咯烷基-(CH2)-，其中所述吡咯烷基-(CH2)-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地为-NRb3Rc3并且其中所述吡咯烷基-(CH2)-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基独立地取代。
在一个实施方案中，R1为吡咯烷基-(CH2)-，其中所述吡咯烷基-(CH2)-在吡咯烷基上用被一个或多个-NRb3Rc3取代的-(C1-C6)烷基取代。
在一个实施方案中，Rb3和Rc3各自为氢。
在一个实施方案中，R1为：
Figure BDA0002266282850000231
在一个实施方案中，R1为：
Figure BDA0002266282850000232
Figure BDA0002266282850000241
在一个实施方案中，A或B中的一者为：
Figure BDA0002266282850000251
并且A或B中的另一者为H。
在一个实施方案中，A或B中的一者为：
Figure BDA0002266282850000252
在一个实施方案中，A或B中的一者为：
Figure BDA0002266282850000253
Figure BDA0002266282850000261
Figure BDA0002266282850000271
一个实施方案提供了如下化合物：
Figure BDA0002266282850000272
Figure BDA0002266282850000281
Figure BDA0002266282850000291
或其盐。
一个实施方案提供了如下化合物：
Figure BDA0002266282850000292
Figure BDA0002266282850000301
Figure BDA0002266282850000311
Figure BDA0002266282850000321
Figure BDA0002266282850000331
Figure BDA0002266282850000341
Figure BDA0002266282850000351
Figure BDA0002266282850000361
或其盐。
一个实施方案提供了如下化合物：
Figure BDA0002266282850000371
Figure BDA0002266282850000381
Figure BDA0002266282850000391
一个实施方案提供了如下化合物：
Figure BDA0002266282850000392
Figure BDA0002266282850000401
Figure BDA0002266282850000411
Figure BDA0002266282850000421
Figure BDA0002266282850000431
一个实施方案提供了一种鉴定能够抑制细菌外排抑制剂的测试化合物的方法，所述方法包括：
1)使细菌接触低于抑制浓度的抗生素；
2)使细菌相继或同时接触a)抑制浓度的抗生素；和b)测试化合物；以及
3)定量抗生素的最低抑制浓度(MIC)，其中MIC低于单独抗生素的固有MIC表明测试化合物有效抑制细菌外排泵抑制剂。
在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、25小时、26小时、27小时、28小时、29小时、30小时、31小时、32小时、33小时、34小时、35小时、36小时、37小时、38小时、39小时、40小时、41小时、42小时、43小时、44小时、45小时、46小时、47小时或48小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约12小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约24小时。
一个实施方案提供了一种鉴定能够抑制细菌外排抑制剂的测试化合物的方法，所述方法包括：
1)使细菌接触低于抑制浓度的抗生素；
2)使细菌的第一子集接触抑制浓度的抗生素；
3)使细菌的第二子集相继或同时接触a)抑制浓度的抗生素；和b)测试化合物；以及
4)定量抗生素针对细菌的第一子集和细菌的第二子集的最低抑制浓度(MIC)，其中第二子集中的MIC较低表明测试化合物有效抑制细菌外排泵抑制剂。
在某些实施方案中，步骤1和步骤2和/或步骤1和步骤3相隔约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、25小时、26小时、27小时、28小时、29小时、30小时、31小时、32小时、33小时、34小时、35小时、36小时、37小时、38小时、39小时、40小时、41小时、42小时、43小时、44小时、45小时、46小时、47小时或48小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约12小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约24小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤3相隔约12小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤3相隔约24小时。在某些实施方案中，步骤2和步骤3基本上同时进行(例如相隔约不到10秒、30秒、60秒、90秒或120秒或相隔约3分钟、4分钟或5分钟)。
一个实施方案提供了一种鉴定能够降低抗生素的最低抑制浓度(MIC)的测试化合物的方法，所述方法包括：
1)使细菌接触低于抑制浓度的抗生素；
2)使细菌相继或同时接触a)抑制浓度的抗生素；和b)测试化合物；以及
3)定量抗生素的最低抑制浓度(MIC)，其中MIC低于抗生素的固有MIC表明测试化合物有效降低抗生素的MIC。
在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、25小时、26小时、27小时、28小时、29小时、30小时、31小时、32小时、33小时、34小时、35小时、36小时、37小时、38小时、39小时、40小时、41小时、42小时、43小时、44小时、45小时、46小时、47小时或48小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约12小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约24小时。
一个实施方案提供了一种鉴定能够降低抗生素的最低抑制浓度(MIC)的测试化合物的方法，所述方法包括
1)使细菌接触低于抑制浓度的抗生素；
2)使细菌的第一子集接触抑制浓度的抗生素；
3)使细菌的第二子集相继或同时接触a)抑制浓度的抗生素；和b)测试化合物；以及
4)定量抗生素针对细菌的第一子集和细菌的第二子集的最低抑制浓度(MIC)，其中第二子集中的MIC较低表明测试化合物有效降低抗生素的MIC。
在某些实施方案中，步骤1和步骤2和/或步骤1和步骤3相隔约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、25小时、26小时、27小时、28小时、29小时、30小时、31小时、32小时、33小时、34小时、35小时、36小时、37小时、38小时、39小时、40小时、41小时、42小时、43小时、44小时、45小时、46小时、47小时或48小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约12小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤2相隔约24小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤3相隔约12小时。在某些实施方案中，步骤1和步骤3相隔约24小时。在某些实施方案中，步骤2和步骤3基本上同时进行(例如相隔约不到10秒、30秒、60秒、90秒或120秒或相隔约3分钟、4分钟或5分钟)。
在一个实施方案中，本发明提供了式I化合物：
Figure BDA0002266282850000471
其中：
A或B中的一者为-C(＝O)N(Ra1)-R1、-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1、-(C1-C3)烷基-O-R1、-O-R1、-(C1-C3)烷基-N(Ra1)-R1、-N(Ra1)-R1或R1，并且A或B中的另一者为H、卤素或(C1-C4)烷基；
每个R1独立地为：
(a)被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代的(C1-C14)烷基：-NRb2Rc2、-NHNH2、-C(＝NRa2)(NRb2Rc2)、-NRa2C(＝NRa2)(Rd2)和-NRa2C(＝NRa2)(NRb2Rc2)；或
(b)(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基或(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，并且其中每个4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地为任选地被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(NRb3Rc3)并且其中每个(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个(C1-C4)烷基独立地取代；
R2为氢、(C1-C4)烷基或苯基(C1-C3)烷基-，其中所述苯基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代；
R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R4为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
每个Ra1独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb2和Rc2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
Rd2为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb3和Rc3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；并且
Rd3为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
或其盐。
此类方法还可以用于确定测试化合物与抗生素之间的协同作用。
如本文所用，术语“最低抑制浓度(MIC)”是指化合物(例如抗生素)阻止细菌显著生长的最低浓度。用于测量化合物MIC的测定是本领域中已知的，例如如本文所述。如本文所用，术语“固有MIC”是指化合物(例如抗生素)针对先前尚未暴露于化合物的具体细菌物种的MIC。
如本文所用，术语“低于抑制浓度”是指不减少细菌的显著生长的抗生素浓度。在某些实施方案中，低于抑制浓度为1/2×抗生素MIC。在某些实施方案中，抗生素的低于抑制浓度为能够诱发一种或多种外排泵在细菌中的表达的浓度。
如本文所用，术语“抑制浓度”是指减少细菌的显著生长的抗生素浓度。在某些实施方案中，此浓度为抗生素的固有MIC。
在某些实施方案中，细菌为本文所述的细菌物种。在某些实施方案中，细菌为铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)。
在某些实施方案中，抗生素为本文所述的抗生素。在某些实施方案中，抗生素为头孢吡肟(cefepime)、克拉霉素(clarithromycin)或左氧氟沙星(levofloxacin)。
在某些实施方案中，测试化合物为本文所述的化合物，例如式I化合物、外排泵抑制剂(efflux pump inhibitor，EPI)等等。
一个实施方案提供了一种鉴定能够治疗动物的败血症的测试化合物与抗生素的组合的方法，所述方法包括：
1)经静脉内向动物施用测试化合物；
2)经口或者经静脉内向动物施用抗生素；
3)皮下向动物施用测试化合物；
4)经口或者经静脉内向动物施用抗生素；以及
5)评估动物的败血症症状，其中症状减少表明所述组合有效治疗败血症。
在某些实施方案中，每次施用独立地相隔大约1分钟、2分钟、3分钟、4分钟、5分钟、6分钟、7分钟、8分钟、9分钟、10分钟、11分钟、12分钟、13分钟、14分钟、15分钟、16分钟、17分钟、18分钟、19分钟、20分钟、21分钟、22分钟、23分钟、24分钟、25分钟、26分钟、27分钟、28分钟、29分钟、30分钟、35分钟、40分钟、45分钟、50分钟、55分钟或60分钟。在某些实施方案中，每次施用相隔约5分钟。
在某些实施方案中，所述方法还包括重复步骤1-4。举例来说，在某些实施方案中，在已经第二次施用抗生素后24小时重复步骤1-4。
在某些实施方案中，测试化合物与抗生素的组合为协同组合。
在某些实施方案中，动物为非人动物。举例来说，在某些实施方案中，动物为小鼠。
在某些实施方案中，抗生素为本文所述的抗生素。在某些实施方案中，抗生素为头孢吡肟、克拉霉素或左氧氟沙星。
在某些实施方案中，抗生素为头孢菌素(cephalosporin)。
在某些实施方案中，测试化合物为本文所述的化合物，例如式I化合物、外排泵抑制剂(EPI)等等。
一个实施方案提供了本文所述的用于鉴定能够抑制细菌外排泵抑制剂的化合物的方法(例如使用实施例中所述的测定)。
一般地，式I化合物以及可以用于制备式I化合物的合成中间体可以如以下一般方法和方案中所说明来制备。应了解，以下显示的可变基团(例如R1、R2、R3、R4、R5、R6)可以表示式I化合物中存在的最终对应基团，或者这些基团可以表示在合成次序中的适宜时刻可以转变成式I化合物中存在的最终对应基团的基团。举例来说，可变基团可以含有一个或多个保护基，保护基可以在合成次序中的适宜时刻去除，得到式I化合物中的最终对应基团。
方案1、2和3说明一些用于制备被取代的1[H]-吲哚羧酰胺的通用方法。
方案1
Figure BDA0002266282850000511
方案2
Figure BDA0002266282850000512
方案3.
Figure BDA0002266282850000521
本文公开的化合物为细菌外排泵抑制剂。外排泵抑制剂为干扰外排泵输出底物的能力的化合物。抑制剂可以具有自身固有的抗菌特性。本文公开的化合物在与抗菌剂一起施用时可用于治疗细菌感染(例如革兰氏阴性和革兰氏阳性)。
在一个实施方案中，所治疗的细菌感染为革兰氏阴性细菌菌株感染。在一个实施方案中，革兰氏阴性细菌菌株选自由以下组成的组：鲍氏不动杆菌(Acinetobacterbaumannii)、醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)、溶血不动杆菌(Acinetobacter haemolyticus)、鲁氏不动杆菌(Acinetobacter lwoffi)、伴放线放线杆菌(Actinobacillus actinomycetemcomitans)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophilia)、伴放线凝聚杆菌(Aggregatibacter actinomycetemcomitans)、根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)、狄氏拟杆菌(Bacteroides distasonis)、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、福赛拟杆菌(Bacteroides forsythus)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovalus)、内脏拟杆菌(Bacteroidessplanchnicus)、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、单形拟杆菌(Bacteroidesuniformis)、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)、支气管炎博德特氏菌(Bordetellabronchiseptica)、副百日咳博德特氏菌(Bordetella parapertussis)、百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、粘膜炎布兰汉菌(Branhamella catarrhalis)、洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)、大肠弯曲杆菌(Campylobacter coli)、胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、新月柄杆菌(Caulobacter crescentus)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、异型柠檬酸杆菌(Citrobacter diversus)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、阿氏肠杆菌(Enterobacter asburiae)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii)、大肠杆菌(Escherchia coli)、土拉热弗朗西丝氏菌(Francisella tularensis)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、阴道加德纳菌(Gardnerella vaginalis)、杜克雷嗜血杆菌(Haemophilus ducreyi)、溶血性嗜血杆菌(Haemophilus haemolyticus)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)、副溶血嗜血杆菌(Haemophilus parahaemolyticus)、副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)、幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori)、反硝化金氏菌(Kingella denitrificans)、产吲哚金氏菌(Kingella indologenes)、金氏金氏菌(Kingella kingae)、口腔金氏菌(Kingellaoralis)、产酸克雷伯菌(Klebsiella oxytoca)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、鼻硬结克雷伯菌(Klebsiella rhinoscleromatis)、嗜肺军团菌(Legionellapneumophila)、单核细胞增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)、牛莫拉菌(Moraxella bovis)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、腔隙莫拉菌(Moraxellalacunata)、摩氏摩根菌(Morganella morganii)、淋病奈瑟氏菌(Neisseriagonorrhoeae)、脑膜炎奈瑟氏菌(Neisseria meningitidis)、成团泛菌(Pantoeaagglomerans)、犬巴斯德氏菌(Pasteurella canis)、溶血性巴斯德氏菌(Pasteurellahaemolytica)、多杀巴斯德氏菌(Pasteurella multocida)、土拉巴斯德氏菌(Pasteurellatularensis)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)、奇异变形杆菌(Proteusmirabilis)、普通变形杆菌(Proteus vulgaris)、产碱普罗威登斯菌(Providenciaalcalifaciens)、雷氏普罗威登斯菌(Providencia rettgeri)、斯氏普罗威登斯菌(Providencia stuartii)、食酸假单胞菌(Pseudomonas acidovorans)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、产碱假单胞菌(Pseudomonas alcaligenes)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、肠炎沙门氏菌(Salmonella enteriditis)、副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonellatyphimurium)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae)、弗氏志贺氏菌(Shigella fiexneri)、宋内氏志贺氏菌(Shigella sonnei)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilla)、小韦荣氏球菌(Veillonella parvula)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)、中间型耶尔森氏菌(Yersinia intermedia)、鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)以及假结核耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)。
在一个实施方案中，所治疗的细菌感染为革兰氏阳性细菌菌株感染。在一个实施方案中，革兰氏阳性细菌菌株选自由以下组成的组：内氏放线菌(Actinomycesnaeslundii)、粘性放线菌(Actinomyces viscosus)、炭疽芽孢杆菌(Bacillusanthracis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)、溃疡棒状杆菌(Corynebacterium ulcerans)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、藤黄微球菌(Micrococcus luteus)、鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium)、细胞内分枝杆菌(Mycobacterium intracellulare)、麻风分枝杆菌(Mycobacterium leprae)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、溶血性葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、人葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、猪葡萄球菌(Staphylococcus hyicus)、中间葡萄球菌(Staphylococcus intermedius)、解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus)、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、无乳链球菌(Streptococcusagalactiae)、变异链球菌(Streptococcus mutans)、肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae)、酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)、唾液链球菌(Streptococcussalivarius)以及血液链球菌(Streptococcus sanguis)。
必要时，组合物还可以含有其它活性治疗剂，例如麻醉药、非类固醇消炎药(non-steroid anti-inflammatory drug，NSAID)、止痛剂、麻醉剂、镇静剂、局部麻醉剂、神经肌肉阻断剂、抗癌药、抗微生物剂(例如氨基糖苷、抗真菌剂、驱寄生虫剂、抗病毒剂、碳青霉烯(carbapenem)、头孢菌素(例如头孢吡肟)、氟喹诺酮(fluoroquinolone)、巨环内酯、青霉素、磺酰胺、四环素、另一抗微生物)、抗牛皮癣药、糖皮质激素、合成代谢类固醇、糖尿病相关药、矿物质、营养物质、甲状腺剂、维生素、钙相关激素、止泻药、镇咳药、止吐药、抗溃疡药、缓泻药、抗凝剂、促红细胞生成素(例如阿法依泊汀(epoetin alpha))、非格司亭(filgrastim)(例如G-CSF、Neupogen)、沙格司亭(sargramostim)(GM-CSF、Leukine)、免疫接种、免疫球蛋白、免疫抑制剂(例如巴利昔单抗(basiliximab)、环孢霉素(cyclosporine)、达利珠单抗(daclizumab))、生长激素、激素替代药、雌激素受体调节剂、散瞳药、睫状肌麻痹药、烷基化剂、抗代谢物、有丝分裂抑制剂、放射性药物、抗抑郁药、抗躁狂药、抗精神病药、抗焦虑药、安眠药、拟交感神经药、刺激剂、多奈哌齐(donepezil)、他克林(tacrine)、哮喘药、β激动剂、吸入性类固醇、白细胞三烯抑制剂、甲基黄嘌呤、色甘酸、肾上腺素或其类似物、阿法链道酶(Pulmozyme)、细胞因子或其任何组合。
在一个实施方案中，抗菌剂选自喹诺酮、四环素、糖肽、氨基糖苷、β-内酰胺、头孢菌素、利福霉素(rifamycin)、巨环内酯、酮内酯、噁唑烷酮、香豆霉素(coumermycin)和氯霉素(chloramphenicol)。
在某些实施方案中，抗菌剂为头孢菌素。
应了解，具有手性中心的本发明的化合物可以呈光学活性和外消旋形式存在和分离。一些化合物可以展现多晶型。应了解，本发明涵盖本发明化合物的任何外消旋、光学活性、多晶型或立体异构形式或其混合物，这些具有本文所述的有用特性，本领域中众所周知如何制备光学活性形式，例如通过利用再结晶技术拆分外消旋形式、通过由光学活性起始物质合成、通过手性合成或通过使用手性固定相进行色谱分离。
当本文中的化合物式中的键呈非立体化学方式绘制(例如平坦)时，键连接的原子包括所有立体化学可能性。当本文中的化合物式中的键呈界定的立体化学方式绘制(例如粗体、粗体-楔形、虚线或虚线-楔形)时，应了解除非另作说明，否则立体化学键连接的原子以所描绘的绝对立体异构体富集。在一个实施方案中，化合物可为至少51％所描绘的绝对立体异构体。在另一个实施方案中，化合物可为至少60％所描绘的绝对立体异构体。在另一个实施方案中，化合物可为至少80％所描绘的绝对立体异构体。在另一个实施方案中，化合物可为至少90％所描绘的绝对立体异构体。在另一个实施方案中，化合物可为至少95％所描绘的绝对立体异构体。在另一个实施方案中，化合物可为至少99％所描绘的绝对立体异构体。
本领域的技术人员还应了解，本发明的某些化合物可以呈超过一种互变异构形式存在。举例来说，式(I)化合物中的式-NH-C(＝O)H的取代基可以呈如-N＝C(OH)H的互变异构形式存在。本发明涵盖式I化合物的所有互变异构形式，以及可以使不带电和带电实体取决于pH值达成平衡而存在的其混合物，这些具有本文所述的有用特性。
如果化合物具有足够碱性或酸性，那么式I化合物的盐适用作分离或纯化式I化合物的中间体。另外，式I化合物适宜呈药学上可接受的酸盐或碱盐形式施用。药学上可接受的盐的实例为用形成生理学上可接受的阴离子的酸形成的有机酸加成盐，例如甲苯磺酸盐、甲烷磺酸盐、乙酸盐、柠檬酸盐、丙二酸盐、酒石酸盐、丁二酸盐、反丁烯二酸盐、苯甲酸盐、抗坏血酸盐、α-酮戊二酸盐和α-甘油磷酸盐。还可以形成合适的无机盐，包括盐酸盐、硫酸盐、硝酸盐、碳酸氢盐和碳酸盐。可以使用本领域中众所周知的标准程序，例如通过使例如胺的足够碱性化合物与合适酸反应，得到对应阴离子来获得盐。还可以制备羧酸的碱金属(例如钠、钾或锂)或碱土金属(例如钙)盐。
药学上合适的平衡离子包括本领域中众所周知的药学上合适的阳离子和药学上合适的阴离子。药学上合适的阴离子的实例包括(但不限于)上述阴离子(例如生理学上可接受的阴离子)，包括Cl-、Br-、I-、CH3SO3 -、H2PO4 -、CF3SO3 -、p-CH3C6H4 SO3 -、柠檬酸根、酒石酸根、磷酸根、苹果酸根、反丁烯二酸根、甲酸根或乙酸根。
本领域的技术人员应了解，包含平衡离子的本发明化合物可以转变成包含不同平衡离子的本发明化合物。此类转变可以使用多种众所周知的技术和材料实现，包括(但不限于)离子交换树脂、离子交换色谱法和选择性结晶。
式I化合物可以配制成药物组合物并呈适于所选施用途径的多种形式，即经口或不经肠、通过静脉内、肌肉内、局部或皮下途径向哺乳动物寄主、例如人类患者施用。对于经口施用来说，化合物可以配制成有或者没有肠溶衣的固体剂型。
因此，本发明的化合物可以与药学上可接受的媒介物，例如惰性稀释剂、赋形剂或可吸收的可食用载体组合全身施用，例如经口施用。其可以装入硬或软壳明胶胶囊中，可以压缩成片剂，或者可以直接与患者饮食的食物合并。对于经口治疗性施用来说，活性化合物可以与一种或多种赋形剂组合，并呈可摄取的片剂、颊含片、糖锭、胶囊、酏剂、悬浮液、糖浆、糯米纸等形式使用。此类组合物和制剂应含有至少0.1％的活性化合物。当然，组合物和制剂的百分比可以变化，并且宜介于给定单位剂型的重量的约2％至约90％之间。此类治疗有用组合物中活性化合物的量使得将获得有效剂量水平。
片剂、糖锭、丸剂、胶囊等还可以含有以下：粘合剂，例如黄蓍胶、阿拉伯胶、玉米淀粉或明胶；赋形剂，例如磷酸二钙；崩解剂，例如玉米淀粉、马铃薯淀粉、海藻酸等；润滑剂，例如硬脂酸镁；以及甜味剂，例如蔗糖、果糖、乳糖或阿斯巴特，或调味剂，例如胡椒薄荷、冬青油，或者可以加入樱桃味。当单位剂型为胶囊时，除以上类型材料外，其可以含有液体载体，例如植物油或聚乙二醇。多种其它材料可以作为包衣存在或以其它方式修饰固体单位剂型的外观。举例来说，片剂、丸剂或胶囊可以包覆明胶、蜡、虫胶或糖等。糖浆或酏剂可以含有活性化合物、作为甜味剂的蔗糖或果糖、作为防腐剂的对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯、染料和例如樱桃味或橙味的调味剂。当然，用于制备任何单位剂型的任何材料都应该是药学上可接受的并且在所采用的量下基本上无毒。此外，活性化合物可以合并至持续释放制剂、粒子和装置中。
活性化合物还可以通过输注或注射经静脉内或肌肉内施用。活性化合物或盐的溶液可以在水中制备，任选地与无毒的表面活性剂混合。分散液还可以在丙三醇、液体聚乙二醇、三醋精和其混合物以及油中制备。在正常的存储和使用条件下，这些制剂含有防止微生物生长的防腐剂。
适合于注射或输注的药物剂型可以包括无菌水溶液或分散液，或包含活性成分的无菌粉剂，所述粉剂适宜临用时方制备无菌可注射或可输注溶液或分散液，任选地包封在脂质体中。在所有情况下，最终的剂型在制造和存储条件下将是无菌、流动和稳定的。液体载体或媒介物可以是包含例如水、乙醇、多元醇(例如丙三醇、丙二醇、液体聚乙二醇等)、植物油、无毒甘油酯和其合适混合物的溶剂或液体分散介质。可以例如通过形成脂质体、在分散液情况下通过维持所需粒度或通过使用表面活性剂来维持适当流动性。可以通过多种抗细菌和抗真菌剂，例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸、硫柳汞等来预防微生物的作用。多数情况下，优选包括等张剂，例如糖、缓冲液或氯化钠。可以通过在组合物中使用例如单硬脂酸铝和明胶等吸收延迟剂，延长可注射组合物的吸收。
无菌可注射溶液通过将需要量的活性化合物并入根据需要具有以上列举的其它成分中的多种成分的适当溶剂中，接着过滤灭菌来制备。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下，优选制备方法是真空干燥和冻干技术，其产生活性成分加上先前无菌过滤溶液中存在的任何额外所需成分的粉末。
对于局部施用来说，本发明的化合物可以呈纯的形式，即当其为液体时施加。然而，一般需要其呈与皮肤病学上可接受的载体组合的组合物或制剂形式施用至皮肤。
适用的固体载体包括细粉状固体，例如滑石、粘土、微晶纤维素、硅石、氧化铝、纳米粒子等等。适用的液体载体包括水、醇或二醇或水-醇/二醇掺合物，其中本发明的化合物可以任选地借助于无毒的表面活性剂以有效的水平溶解或分散。可以加入例如香料和额外抗微生物剂等助剂以优化所述特性，供既定用途使用。所得到的液体组合物可以从吸收垫中施加，用于浸渍绷带和其它敷料，或使用泵型或烟雾喷射机喷雾至受影响区域上。
例如合成聚合物、脂肪酸、脂肪酸盐和酯、脂肪醇、改性纤维素或改性无机物质等增稠剂也可以用于液体载体，以形成可涂抹的糊剂、凝胶、软膏、肥皂等，用于直接涂覆至使用者的皮肤。
式I化合物的适用剂量可以通过比较其体外活性和在动物模型中的体内活性来确定。本领域已知用于将在小鼠和其它动物中的有效剂量外推至人的方法；例如参见美国专利No.4,938,949。
治疗用途所需的化合物或其活性盐或衍生物的量将不仅随所选的具体盐变化，而且还随施用途径、所治疗的病状的性质和患者的年龄和状况变化，并且最终由主治医师或临床医师决定。
然而，一般说来，合适的剂量将在约1至约500mg/kg，例如每日每公斤体重约5至约400mg、例如每日每公斤接受者体重1至约250mg范围内。
化合物宜配制成单位剂型；例如每单位剂型含有5至500mg、10至400mg或5至100mg活性成分。在一个实施方案中，本发明提供了一种组合物，其包含配制成此类单位剂型的本发明化合物。
所需剂量宜以单一剂量或以适当时间间隔施用的分开剂量呈现，例如每日两次、三次、四次或更多次亚剂量。亚剂量本身可以进一步分成例如离散间隔的多次施用。
本文公开的化合物与一种或多种其它活性治疗剂(例如抗菌剂)共同施用一般是指本文公开的化合物和一种或多种其它活性治疗剂同时或相继施用，使得患者体内存在治疗有效量的本文公开的化合物和一种或多种其它活性治疗剂。
本文公开的化合物抑制细菌外排泵的能力可以使用如实施例67中所述和如表1所示的测试A或测试B的方法测定。
表1
Figure BDA0002266282850000601
Figure BDA0002266282850000611
Figure BDA0002266282850000621
Figure BDA0002266282850000631
Figure BDA0002266282850000641
Figure BDA0002266282850000651
Figure BDA0002266282850000661
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Figure BDA0002266282850000681
Figure BDA0002266282850000691
Figure BDA0002266282850000701
Figure BDA0002266282850000711
*这些数据使用克拉霉素作为抗生素和各种针对大肠杆菌ATCC 25922的EPI产生。
**这些数据使用左氧氟沙星作为抗生素和各种针对铜绿假单胞菌ATCC 27853的EPI产生。
现通过以下非限制性实施例说明本发明。
中间体的制备
表2展示用于或可以用于制备本文所述的化合物的中间体。
表2：胺中间体
Figure BDA0002266282850000731
方案4说明一种用于制备胺中间体A-G的通用方法。
方案4
Figure BDA0002266282850000732
试剂和条件：a)(i)N-甲基吗啉、氯甲酸异丁酯、DME；(ii)NaBH4、DME/H2O)；b)(i)邻苯二甲酰亚胺、DIAD、PPh3、THF；(ii)肼、甲醇。
根据需要，变量X和Y表示保护基。变量W表示与式I化合物的R1变量相对应的(C2-C13)烷基。应了解连接至W的两个氮原子连接在W的不同碳原子上。
制备胺中间体A((5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯)
Figure BDA0002266282850000741
(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
使所形成的(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(400mg，0.78mmol)溶于甲醇(20mL)中并且加入一水合肼(80μL，1.55mmol)。然后反应混合物回流2小时并且冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并使用甲醇洗涤滤液。将滤液在减压下浓缩并且剩余固体使用ISCO硅胶柱色谱法(0-10％甲醇/二氯甲烷，含1％NH3·H2O)纯化，得到呈白色粉末状的产物(206mg，68％产率)；1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.36(m,10H),5.18(m,6H),3.60(m,1H),3.19(m,2H),2.70(m,2H),1.70(s,2H),1.46(m,4H)；13C NMR(400MHz,CDCl3)δ156.6,136.6,136.5,128.53,128.51,128.1,128.0,66.6,66.5,53.0,45.6,40.7,29.7.26.5。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000751
(5-羟基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向-15℃下(S)-2,5-双(((苯甲氧基)羰基)氨基)戊酸(1.0g，2.5mmol)于二甲氧基乙烷(20mL)中的溶液中接连加入N-甲基吗啉溶液(310μL，2.82mmol)和氯甲酸异丁酯(320μL，2.5mmol)。将反应在-15℃下搅拌至-10℃，保持15分钟。通过过滤去除沉淀的N-甲基吗啉HCl并用二甲氧基乙烷(10mL)洗涤，在冰盐浴中使合并的滤液冷却至-15℃。然后在-15℃下一次性加入硼氢化钠(283mg，7.5mmol)于水(4mL)中的溶液。将此反应混合物在此温度下搅拌10分钟。反应通过加入饱和NH4Cl水溶液淬灭并将所得混合物用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥。然后过滤溶液并在减压下浓缩，通过硅胶柱色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色粉末状的产物(508mg，52％产率)；1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.34(m,10H),5.07(m,6H),3.69(m,3H),3.22(m,2H),1.54(m,4H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ156.6,156.5,136.5,136.3,128.54,128.52,128.2,128.1,66.8,66.7,65.1,52.8,40.7,28.5,26.5。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000752
(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
将三苯基膦(325mg，1.24mmol)和邻苯二甲酰亚胺(182mg，1.24mmol)加入含有无水THF(5mL)的烧瓶中。加入(5-羟基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(400mg，1.03mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(250mg，1.24mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟，然后在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物使用ISCO硅胶柱色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(491mg，92％产率)；1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.83(m,2H),7.72(m,2H),7.32(m,10H),5.10(m,3H),4.97(m,3H),4.03(m,1H)3.76(m,2H),3.24(m,2H),1.57(m,4H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ168.5,156.4,156.2,136.6,136.5,134.0,132.1,123.0,131.9,131.8,128.6,128.5,128.4,128.3,128.0,127.9,127.8,123.4,66.6,66.5,50.7,41.7,40.6,30.0,26.3。
制备胺中间体B((5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000761
(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
使所形成的(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(760mg，1.70mmol)溶于甲醇(30mL)中并且加入一水合肼(177μL，3.40mmol)。然后使反应混合物回流2小时并且冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并使用甲醇洗涤滤液。将滤液在减压下浓缩并且剩余油状物使用ISCO硅胶柱色谱法(0-10％甲醇/二氯甲烷，含1％NH3·H2O)纯化，得到呈黄色油状的产物(450mg，83％产率)；1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ4.63(m,2H),3.52-3.49(m,1H),3.14-3.12(m,2H),2.79-2.60(m,2H),1.54-1.57(m,4H),1.53-1.26(m,18H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000771
(5-羟基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
在-15℃下向(S)-2,5-双((叔丁氧羰基)氨基)戊酸(1.0g，3.01mmol)于30mL THF中的溶液中接连加入N-甲基吗啉(305μL，3.32mmol)和氯甲酸异丁酯(411μL，3.01mmol)的溶液。将反应在-15℃下搅拌至-10℃，保持15分钟。通过过滤去除沉淀的N-甲基吗啉HCl并用THF(10mL)洗涤，在冰盐浴中使合并的滤液冷却至-15℃。然后在-15℃下一次性加入硼氢化钠(342mg，9.03mmol)于水(4mL)中的溶液。将此反应混合物在此温度下搅拌10分钟。反应通过加入饱和NH4Cl水溶液淬灭并且将所得混合物用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥。然后过滤溶液并在减压下浓缩，进行柱上纯化(0-100％乙酸乙酯/己烷)，得到呈白色粉末状的产物(750mg，78％产率)；1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ4.74-4.64(m,2H),3.63-3.55(m,3H),3.14-3.13(m,2H),2.45(m,1H),1.68-1.58(m,4H),1.56-1.44(m,18H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000781
(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
将三苯基膦(742mg，2.83mmol)和邻苯二甲酰亚胺(417mg，2.83mmol)加入含有无水THF(15mL)的烧瓶中。加入(5-羟基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(750mg，2.36mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(573mg，2.83mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟并在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物使用ISCO硅胶色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(760mg，72％产率)。1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ7.86-7.83(m,2H),7.72-7.69(m,2H),4.64-4.61(m,2H),3.97-3.94(m,1H)3.70-3.67(m,2H),3.15-3.13(m,2H),1.67-1.54(m,4H),1.52-1.37(m,9H),1.37-1.22(m,9H)。
制备胺中间体C((4-氨基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯)
Figure BDA0002266282850000782
(4-氨基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
使(4-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(170mg，0.34mmol)溶于甲醇(5mL)中并加入一水合肼(0.03mL，0.68mmol)。然后使反应混合物回流2小时并冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并使用甲醇洗涤滤液。将滤液在减压下浓缩并且剩余固体经ISCO硅胶色谱法(0-10％甲醇/二氯甲烷，含1％NH3·H2O)纯化，得到呈白色粉末状的产物(77mg，61％产率)。1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.34(m,10H),5.77(brs,1H),5.56(d,1H,J＝8Hz),5.09(m,4H),3.69(m,1H),3.44(m,1H),3.02(m,1H),2.74(m,2H),2.26(s,2H),1.68(m,1H),1.47(m,1H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ157.0,156.5,136.7,136.4,128.5,128.4,128.1,128.0,66.8,66.5,50.5,45.5,37.6,33.0。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850000791
(4-羟基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
在-15℃下向(S)-2,4-双(((苯甲氧基)羰基)氨基)丁酸(1.0g，2.77mmol)于二甲氧基甲烷(10mL)中的溶液中接连加入N-甲基吗啉(340μL，3.13mmol)和氯甲酸异丁酯(360μL，2.77mmol)。将反应在-15℃下搅拌至-10℃，保持15分钟。通过过滤去除沉淀的N-甲基吗啉HCl并用二甲氧基乙烷(10mL)洗涤并且合并的滤液在冰盐浴中冷却至-15℃。然后在-15℃下一次性加入硼氢化钠(378mg，8.31mmol)于水(5mL)中的溶液。将此反应混合物在此温度下搅拌10分钟。反应通过加入饱和NH4Cl水溶液淬灭并且将所得混合物用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥。然后过滤溶液并在减压下浓缩，通过硅胶柱色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色粉末状的产物(491mg，48％产率)；1H NMR(CDCl3)(400MHz)7.33(m,10H),5.72(s,1H),5.63(d,1H,J＝8Hz),5.08(s,4H),3.48(m,5H),3.02(m,1H),1.71(m,1H),1.57(m,1H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ157.0,156.7,136.5,136.3,128.55,128.50,128.1,128.07,128.02,66,8,66.6,64.6,50.4,37.7,31.7。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000801
(4-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
将三苯基膦(365mg，1.39mmol)和邻苯二甲酰亚胺(204mg，1.39mmol)加入含有无水THF(6mL)的烧瓶中。加入(4-羟基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(432mg，1.39mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(281mg，1.39mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟并在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物经ISCO硅胶色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(237mg，41％产率)。1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.83(m,2H),7.70(m,2H),7.36(m,10H),5.61(brs,1H),5.46(d,1H,J＝8Hz),5.10(m,4H),4.12(m,1H),3.78(m,2H),3.51(m,1H),3.08(m,1H),1.83(m,1H),1.54(m,1H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ168.5,156.7,156.5,136.7,136.4,134.1,131.7,128.5,128.4,128.0,127.9,127.7,123.4,66.6,66.5,53.4,48.8,41.8,37.4,33.2。
制备胺中间体D((3-氨基丙烷-1,2-二基)(R)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000811
(3-氨基丙烷-1,2-二基)(R)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯
使(3-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)丙烷-1,2-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯(450mg，0.99mmol)溶于甲醇(10mL)中并加入一水合肼(0.1mL，1.98mmol)。然后使反应混合物回流2小时并且冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并使用甲醇洗涤滤液。将滤液在减压下浓缩并且剩余固体经ISCO硅胶柱色谱法(0-10％甲醇/二氯甲烷，含1％NH3·H2O)纯化，得到呈无色油状的产物(140mg，44％产率)；1H NMR(CDCl3,400MHz)δ7.27(m,5H),6.37(s,1H),5.87(s,1H),5.02(s,2H),3.94(s,4H),3.60(m,1H),3.12(m,2H),2.70(m,2H),1.36(s,9H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000812
(3-羟基丙烷-1,2-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯
在-15℃下向(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)-3-((叔丁氧羰基)氨基)丙酸(900mg，2.66mmol)于DME(10mL)中的溶液中接连加入N-甲基吗啉(0.33mL，3mmol)和氯甲酸异丁酯(0.35mL，2.66mmol)的溶液。将反应在-15℃下搅拌至-10℃，保持15分钟。通过过滤去除沉淀的N-甲基吗啉HCl并用DME(10mL)洗涤，在冰盐浴中使合并的滤液冷却至-15℃。然后在-15℃下一次性加入硼氢化钠(301mg，7.98mmol)于水(5mL)中的溶液。将此反应混合物在此温度下搅拌10分钟。反应通过加入饱和NH4Cl水溶液淬灭并且将所得混合物用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥。然后过滤溶液，在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色粉末状的产物(675mg，78％产率)；1HNMR(400MHz)(CD3OD)δ7.34(m,5H),5.09(s,2H),3.73(m,1H),3.24(m,4H),1.44(s,9H)；13CNMR(100MHz,CD3OD)δ158.6,138.3,129.5,129.0,128.9,80.3,67.5,63.0,54.6,42.1,28.8。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000821
(3-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)丙烷-1,2-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯
将三苯基膦(709mg，2.71mmol)和邻苯二甲酰亚胺(398mg，2.71mmol)加入含有无水THF(6mL)的烧瓶中。加入(3-羟基丙烷-1,2-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯(730mg，2.26mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(548mg，2.71mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟，然后在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物经ISCO硅胶色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(556mg，55％产率)。1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.83(m,2H),7.71(m,2H),7.28(m,5H),5.70(m,1H),5.26(m,1H),5.02(s,2H),4.06(m,1H),3.84(m,2H),3.31(m,2H),1.44(s,9H),13C NMR(100MHz,CDCl3)δ168.5,156.6,156.3,136.4,134.1,131.8,128.3,127.9,123.4,79.7,66.6,51.6,41.9,39.2,28.3,21.9。
制备胺中间体E((5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000831
(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
使(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(1.71g，2.24mmol)溶于甲醇(20mL)中并加入一水合肼(220μL，4.47mmol)。然后使反应混合物回流2小时并且冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并且使用甲醇洗涤固体。将滤液在减压下浓缩并且残余油状物使用ISCO硅石色谱法(0-10％甲醇/二氯甲烷+1％NH4OH)纯化，得到呈黄色油状的产物(560mg，79％)；1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ4.62(m,2H),3.52(m,1H),3.14-3.09(m,2H),2.79-2.60(m,2H),1.64-1.57(m,4H),1.48-1.23(m,18H)
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000841
(5-羟基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
在-15℃下向(R)-2,5-双((叔丁氧羰基)氨基)戊酸(1.70g，5.11mmol)于THF 30ml中的溶液中接连加入N-甲基吗啉(620μL，5.70mmol)和氯甲酸异丁酯(668μL，5.11mmol)的溶液。将反应在-15℃下搅拌至-10℃，保持15分钟。通过过滤去除沉淀的N-甲基吗啉HCl并且固体用THF(10mL)洗涤，在冰盐浴中使合并的滤液冷却至-15℃。然后在-15℃下一次性加入硼氢化钠(580mg，15.33mmol)于水(4mL)中的溶液。将此反应混合物在此温度下搅拌10分钟。反应通过加入饱和NH4Cl水溶液淬灭并且将所得混合物用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥。然后过滤溶液并且在减压下浓缩滤液。粗产物未经进一步纯化直接用于下一步。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000842
(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
将三苯基膦(1.61g，6.13mmol)和邻苯二甲酰亚胺(902mg，6.13mmol)加入含有无水THF(40mL)的烧瓶中。加入(5-羟基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(1.63g，5.11mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(1.24g，6.13mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟并在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物使用ISCO硅石色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(1.71g，74％)；1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ7.89-7.82(m,2H),7.76-7.69(m,2H),4.64-4.62(m,2H),3.97-3.94(m,1H)3.74-3.67(m,2H),3.15-3.13(m,2H),1.66-1.52(m,4H),1.52-1.43(m,9H),1.27-1.23(m,9H)。
制备胺中间体F((5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000851
(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯
使所形成的邻苯二甲酰亚胺(340mg，0.71mmol)溶于甲醇(20mL)中并加入一水合肼(0.07mL，1.41mmol)。然后使反应混合物回流2小时并冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并且使用甲醇洗涤滤液。将滤液在减压下浓缩并且剩余固体通过ISCO硅胶柱色谱法使用(0-10％甲醇/DCM，含1％NH3·H2O)纯化，得到呈白色粉末状的产物(164mg，66％产率)；1HNMR(CDCl3)(400MHz)δ7.25(m,5H),5.41(d,1H,J＝8Hz),5.00(s,1H),4.84(brs,1H)；3.50(m,1H),3.01(m,2H),2.61(m,2H),1.40(m,4H),1.36(s,9H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ156.6,156.0,136.6,128.4,128.1,128.0,78.9,66.6,53.2,45.7,40.2,29.7,28.4,26.6,25.0,24.9。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850000861
(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)-5-((叔丁氧羰基)氨基)戊酸甲酯
使(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)-5-((叔丁氧羰基)氨基)戊酸(1.0g，2.73mmol)溶于DMF(5mL)和K2CO3(453mg，3.26mmol)中。使反应冷却至0℃并且加入碘甲烷(775mg，5.46mmol)。使反应升温至室温并且在该温度下搅拌过夜。然后将反应混合物用饱和碳酸氢钠溶液洗涤并且用乙酸乙酯萃取。将合并的有机层用盐水洗涤，经硫酸钠干燥，在减压下浓缩并通过ISCO硅胶柱色谱法(0-60％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈无色油状的产物(761mg，73％产率)；1H NMR(400Hz,CDCl3)δ7.19(s,5H),6.06(d,1H,J＝8Hz),5.12(brs,1H),4.94(s,2H),4.17(m,1H),3.55(s,3H),2.94(m,2H),1.69(m,1H),1.55(m,1H),1.40(m,2H),1.27(s,9H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ172.7,156.0,155.9,136.3,128.2,128.1,127.9,127.8,78.6,67.2,66.5,53.7,39.8,29.2,28.2,25.9。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000862
(5-羟基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯
在0℃下向(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)-5-((叔丁氧羰基)氨基)戊酸甲酯(431mg，1.13mmol)于THF(5mL)/乙醇(1mL)中的溶液中加入LiBH4(32mg，1.47mmol)。将混合物在该温度下搅拌30分钟并且升温至室温并搅拌过夜。将反应混合物倾倒至水中并且用乙酸乙酯萃取。将合并的有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。其经ISCO硅胶色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈无色油状的产物(385mg，97％产率)。1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.28(m,5H),5.02(s,3H),3.60(m,4H),3.04(m,2H),1.47(m,4H),1.36(m,9H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ156.6,156.1,136.4,128.5,128.1,128.0,79.3,66.8,65.0,62.7,52.9,52.4,40.3,29.8,28.4,26.7,26.0。
步骤3)
Figure BDA0002266282850000871
(5-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸苯甲酯叔丁酯
将三苯基膦(325mg，1.24mmol)和邻苯二甲酰亚胺(182mg，1.24mmol)加入含有无水THF(5mL)的烧瓶中。加入(5-羟基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(400mg，1.03mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(250mg，1.24mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟，然后在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物使用ISCO硅胶色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(340mg，69％产率)；1H NMR(CDCl3)(400MHz)δ7.82(m,2H),7.71(m,2H),7.27(m,5H),5.18(brs,1H),4.96(m,2H),4.67(brs,1H),4.02(m,1H)3.75(m,2H),3.14(m,2H),1.55(m,4H),1.44(s,9H)；13C NMR(100MHz,CDCl3)δ168.4,156.3,156.0,136.6,133.9,131.8,128.4,128.3,127.8,127.7,123.3,78.9,66.3,60.3,50.7,41.9,40.2,29.9,28.4,26.4。
制备胺中间体G((4-氨基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000881
(4-氨基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
使形成的(4-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(900mg，2.08mmol)溶于甲醇(10mL)中并且加入一水合肼(203μL，4.16mmol)。然后使反应混合物回流2小时并且冷却至室温。将所形成的沉淀过滤并且使用甲醇洗涤固体。将滤液在减压下浓缩并且剩余油状物使用ISCO硅胶色谱法(0-10％甲醇/二氯甲烷，含1％NH3·H2O)纯化，得到呈无色油状的产物(436mg，70％产率)。1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ5.30-5.24(m,1H),4.75(m,1H),3.62-3.60(m,1H),3.40(m,1H),2.95-2.94(m,1H),1.73-1.62(m,2H),1.45-1.37(m,18H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000891
(4-羟基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
在-15℃下向(S)-2,4-双((叔丁氧羰基)氨基)丁酸(1.17g，3.67mmol)于THF(40mL)中的溶液中接连加入N-甲基吗啉(451μL，4.10mmol)和氯甲酸异丁酯(481μL，3.67mmol)的溶液。将反应在-15℃下搅拌至-10℃，保持15分钟。通过过滤去除沉淀的N-甲基吗啉HCl并用THF(10mL)洗涤，在冰盐浴中使合并的滤液冷却至-15℃。然后在-15℃下一次性加入硼氢化钠(417mg，11.01mmol)于水(4mL)中的溶液。将此反应混合物在此温度下搅拌10分钟。反应通过加入饱和NH4Cl水溶液淬灭并且将所得混合物用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤并且经硫酸钠干燥。然后过滤溶液并在减压下浓缩。粗产物未经进一步纯化直接用于下一步。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000892
(4-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
将三苯基膦(1.16g，4.41mmol)和邻苯二甲酰亚胺(649mg，4.41mmol)加入含有无水THF(40mL)的烧瓶中。加入(4-羟基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(1.12g，3.67mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(892mg，4.41mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟，然后在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物经ISCO色谱法使用硅胶(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(901mg，57％产率)；1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ7.87-7.83(m,2H),7.75-7.71(m,2H),5.08(m,1H),4.79-4.76(m,1H),4.02(m,1H),3.75-3.73(m,2H)3.42(m,1H),3.02-3.00(m,1H),1.79-1.73(m,2H),1.57-1.45(m,9H),1.27-1.24(m,9H)。
制备胺中间体H(((2S)-1-氨基-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000901
((2S)-1-氨基-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
使((2S)-1-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(3.0g，6.13mmol)溶于甲醇(50mL)中并且将一水合肼(1.2mL，24.5mmol)加入此溶液中。在反应混合物回流2小时后，其冷却至室温。将形成的沉淀过滤并且使用甲醇洗涤固体。将滤液在减压下浓缩。将反应混合物用EtOAc稀释，相继用饱和NaHCO3、饱和氯化铵和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。粗产物(2.4g，100％产率)未经进一步纯化直接使用。1H NMR(CDCl3)(300MHz)δ4.99(m,1H),4.60(m,1H),3.50(m,1H),2.70(m,1H),1.67(m,4H),1.31(s,9H),1.27(s,9H),0.85(m,6H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000911
(S)-5-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡咯烷-2-酮
在0℃下向(S)-5-(羟基甲基)吡咯烷-2-酮(5.0g，43.5mmol)于二氯甲烷(100mL)中的溶液中加入咪唑(4.44g，65.2mmol)和叔丁基氯二苯基硅烷(13.2g，47.8mmol)。将反应在0℃下搅拌30分钟，然后升温至室温并且在室温下搅拌过夜。将反应用DCM稀释，相继用饱和NaHCO3、饱和氯化铵和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。粗产物(15.4g，产率：100％产率)未经进一步纯化直接用于下一步。
步骤2)
Figure BDA0002266282850000912
(S)-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)-5-氧代基吡咯烷-1-甲酸叔丁酯
在0℃下向(S)-5-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡咯烷-2-酮(15.4g，43.5mmol)于DCM(150mL)中的溶液中加入DIPEA(15.2mL，87mmol)、4-二甲基氨基吡啶(0.532g，4.35mmol)和(Boc)2O(19.0g，87mmol)。在0℃下搅拌混合物30分钟，反应升温至室温并且在室温下搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释，用饱和NaHCO3和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。残余物通过ISCO硅胶柱色谱法(0-50％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(5.5g，84％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.55-7.52(m,4H),7.37-7.19(m,6H),4.15(m,1H),3.81(m,1H),3.63(m,1H),2.72(m,1H),2.37(m,1H),2.05(m,2H),1.36(s,9H),0.97(s,9H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850000921
(S)-(1-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-6-甲基-5-氧代基庚烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯
在-78℃下向(S)-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)-5-氧代基吡咯烷-1-甲酸叔丁酯(5.0g，11.0mmol)于THF(150mL)中的溶液中逐滴加入1.0M异丙基氯化镁(13.2mL，13.2mmol)。在-78℃下搅拌混合物2小时后，反应升温至0℃并且在室温下再搅拌2小时。将反应混合物用饱和氯化铵淬灭并且用EtOAc萃取三次。将合并的有机层用盐水洗涤，经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。残余物经ISCO硅胶色谱法(0-40％乙酸乙酯/己烷纯化，得到呈白色固体状的所需产物(4.8g，87.7％产率)；1H NMR(300MHz,CDCl3)7.65(m,4H),7.40(m,6H),4.64(br,1H),3.66-3.60(m,2H),2.60-2.48(m,2H),1.82(m,2H),1.64(s,1H),1.44-0.86(m,24H)。
步骤4)
Figure BDA0002266282850000931
((2S)-5-氨基-1-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-6-甲基庚烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯
向(S)-(1-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-6-甲基-5-氧代基庚烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯(4.5g，9.03mmol)和乙酸铵(6.97g，90.3mmol)于MeOH(100mL)中的溶液中加入分子筛和氰基硼氢化钠(5.68g，90.3mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，滤去分子筛并用EtOAc洗涤。合并的有机层用碳酸氢钠和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。粗产物未经进一步纯化直接用于下一步。
步骤5)
Figure BDA0002266282850000932
((2S)-1-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
在室温下向((2S)-5-氨基-1-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-6-甲基庚烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯(4.5g，9.03mmol)于二氯甲烷(100mL)中的溶液中加入DIPEA(1.88mL，10.8mmol)和(Boc)2O(2.37g，10.8mmol)。将反应在室温下搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释，用饱和NaHCO3和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。残余物通过ISCO硅胶柱色谱法(0-30％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(4.5g，83％产率)；1HNMR(300MHz,CDCl3)δ7.61(m,4H),7.60-7.34(m,6H),4.68(m,1H),4.25(m,1H),3.66-3.55(m,3H),3.38(m,1H),1.63-1.05(m,31H),0.88(m,6H)。
步骤6)
Figure BDA0002266282850000941
((2S)-1-羟基6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
在0℃下向((2S)-1-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(4.5g，7.51mmol)于THF(100mL)中的溶液中加入1M TBAF(30.0mL，30mmol)。将反应在室温下搅拌过夜。将反应混合物用饱和氯化铵淬灭并且用EtOAc萃取三次。合并的有机层用盐水洗涤，经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。残余物通过ISCO硅胶柱色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(2.4g，89％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ4.75(m,1H),4.41-4.29(m,1H),3.62-3.38(m,4H),1.71-1.33(m,23H),0.88(m,6H)。
步骤7)
Figure BDA0002266282850000942
((2S)-1-(1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
将三苯基膦(1.57g，6.0mmol)和邻苯二甲酰亚胺(0.882g，6.0mmol)加入含有无水THF(50mL)的烧瓶中。加入((2S)-1-羟基-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(1.81g，1.03mmol)并且使烧瓶冷却至0℃。逐滴加入DIAD(1.21g，6.0mmol)并且在0℃下搅拌反应30分钟并在室温下搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物使用ISCO硅胶柱色谱法(0-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.97-7.70(m,4H),6.39(bs,2H),4.97(m,2H),4.34(m,1H),3.94(m,1H),3.69(m,1H),1.67-0.85(m,29H)。
胺中间体I和J根据胺中间体H的制备，使用适当格氏试剂(Grignard reagent)来制备。
制备胺中间体L和M((((3S,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯和(((3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000951
(((3S,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯和
(((3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯
在0℃下向(((5S)-1-苯甲基-5-(羟基甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(1.58g，5.23mmol)、三苯基膦(1.51g，5.75mmol)和邻苯二甲酰亚胺(846mg，5.75mmol)于THF(20mL)中的溶液中加入DIAD(1.16mL，5.75mmol)。将其在0℃下搅拌至室温并通过TLC监测。在反应结束后将其在减压下浓缩并且经硅胶柱色谱法，使用己烷中50-90％乙酸乙酯纯化，得到呈灰白色固体状的粗产物(2.8g，约80％纯度)。
向上述粗产物(2.8g，约80％纯度，约5.2mmol)于MeOH(30mL)中的溶液中加入一水合肼(1.8mL，36.0mmol)。将混合物在80℃下搅拌1小时，然后冷却至室温。在减压下去除溶剂并将残余物用CH2Cl2湿磨。通过过滤去除白色固体并且将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化。先后用EtOAc、含1％NH3.H2O的10％MeOH/CH2Cl2洗脱，得到顶部Rf斑点(386mg，黄色油状物，2步25％产率)，为(((3S,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.30(m,5H),5.28(br.S,1H),3.99(d,J＝13.5Hz,1H),3.15(d,J＝12.9Hz,1H),3.09(m,2H),2.70-2.90(m,3H),2.51(m,1H),2.04-2.34(m,3H),1.36-1.50(m,10H)，和底部Rf斑点(498mg，白色固体，2步32％产率)，为(((3S,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.30(m,5H),4.52(br.S,1H),3.57(d,J＝12.9Hz,1H),3.47(d,J＝12.9Hz,1H),2.81-3.02(m,5H),1.80-1.95(m,2H),1.59(m,1H),1.43(s,9H),0.70(m,1H)
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850000961
((((5S)-1-苯甲基-5-(羟基甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯
在0℃下在N2下分几部分向(2S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-甲酸甲酯(2.37gmg，9.72mmol)于无水THF(50mL)中的溶液中加入LAH(730mg，19.4mmol)。将反应混合物在0℃下搅拌30分钟，然后在室温下搅拌1小时。然后使反应混合物冷却至0℃并且缓慢加入H2O(0.7mL)、15％NaOH溶液(0.7mL)、EtOAc和H2O(2.8mL)。在室温下搅拌30分钟后加入Na2SO4。将反应混合物搅拌30分钟，然后固体通过Celite垫被去除。将滤液在减压下浓缩，得到粗中间体((2S)-4-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-2-基)甲醇。粗中间体未进一步纯化和鉴别。其直接用于下一步。使上述中间体溶于二氯甲烷(30mL)中，然后向其加入Boc2O(2.54g，11.7mmol)和TEA(2.02mL，14.6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释并用水、盐水洗涤，然后经无水硫酸钠干燥。去除溶剂并且残余物通过硅胶柱色谱法，使用EtOAc纯化。收集呈淡黄色油状的所需产物(1.58g，54％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.30(m,5H),4.84(br.S,1H),3.98(d,J＝13.5Hz,1H),3.72(m,1H),3.48(d,J＝11.1Hz,1H),3.26(d,J＝12.9Hz,1H),3.07(m,2H),2.73(m,2H),2.43(m,1H),2.26(m,1H),2.10(m,1H),1.60(m,2H),1.42(s,9H)。
制备胺中间体N((2S,4S)-2-(氨基甲基)-4-氰基吡咯烷-1-甲酸叔丁酯)
Figure BDA0002266282850000971
(3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈
向含来自前一步骤的粗(3S,5S)-1-苯甲基-5-((1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)甲基)吡咯烷-3-甲腈(2.0g，约90％纯)的MeOH(30mL)加入NH2NH2.H2O(1.5mL)。将反应混合物在50℃下搅拌2小时。在减压下去除溶剂并且残余物用CH2Cl2湿磨。通过过滤去除白色固体并且滤液用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，在减压下浓缩并经硅胶柱纯化。用含1％氨的10％MeOH/CH2Cl2洗脱，得到呈淡黄色液体状的所需产物(0.96g，两步87％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.33-7.26(m,5H),4.02(d,J＝14Hz,1H),3.32(d,J＝14Hz,1H),3.18(dd,J＝10Hz,J＝2Hz,1H),2.99-2.91(m,2H),2.77-2.64(m,2H),2.49(dd,J＝9Hz,J＝8Hz,1H),2.34-2.22(m,1H),2.13-2.05(m,1H)。
胺由以下步骤制备：
Figure BDA0002266282850000981
(2S,4R)-4-羟基吡咯烷-2-甲酸甲酯
使含(2S,4R)-4-羟基吡咯烷-2-甲酸(30g，0.23mol)的MeOH(300mL)冷却至0℃，经10分钟逐份加入SOCl2(33mL)。将所得混合物在室温下搅拌过夜。去除甲醇并且将残余物用CH2Cl2(200mL)湿磨，得到呈白色固体状的所需产物，其未经进一步纯化即用于下一步。
Figure BDA0002266282850000982
(2S,4R)-1-苯甲基-4-羟基吡咯烷-2-甲酸甲酯
向含粗(2S,4R)-4-羟基吡咯烷-2-甲酸甲酯(约0.23mol)的CH2Cl2(300mL)逐份加入TEA(96mL，0.69mol)，然后加入BnBr(32.6mL，0.27mol)。反应温度增加至沸腾并通过水浴冷却。在室温下搅拌过夜后，将反应混合物用水、1N NaOH溶液、盐水洗涤，经Na2SO4干燥并在减压下浓缩，得到粗产物，其通过硅胶塞纯化。用50％EtOAc/己烷洗脱，得到呈淡黄色液体状的所需产物(50g，86％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.32-7.30(m,5H),4.48-4.41(m,1H),3.89(d,J＝13Hz,1H),3.72-3.60(m,5H),3.32(dd,J＝10Hz,J＝5Hz,1H),2.46(dd,J＝10Hz,J＝4Hz,1H),2.29-2.20(m,1H),2.11-2.04(m,1H),1.91(br.s,1H)。
Figure BDA0002266282850000991
(2S,4R)-1-苯甲基-4-(甲苯磺酰氧基)吡咯烷-2-甲酸甲酯
使含(2S,4R)-1-苯甲基-4-羟基吡咯烷-2-甲酸甲酯(3.25g，13.8mmol)的无水吡啶(7.0mL)冷却至0℃，加入TsCl(2.75g，14.5mmol)。将所得混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用CH2Cl2稀释并且用10％柠檬酸(2×50ml)、盐水洗涤并经Na2SO4干燥。有机溶液在减压下浓缩，得到呈淡棕色油状的所需粗产物(2.0g，70％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.77-7.73(m,2H),7.33-7.22(m,7H),4.98-4.95(m,1H),3.84(d,J＝13Hz,1H),3.64(s,3H),3.61-3.53(m,2H),3.27-3.24(m,1H),2.63(dd,J＝11Hz,J＝4Hz,1H),2.44(s,3H),2.77-2.25(m,2H)。
Figure BDA0002266282850000992
(2S,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-甲酸甲酯
将含(2S,4R)-1-苯甲基-4-(甲苯磺酰氧基)吡咯烷-2-甲酸甲酯(3.79g，9.7mmol)的无水DMSO(10mL)加入NaCN(0.96g，19.5mmol)。将反应混合物在60℃下搅拌过夜。将反应混合物用CH2Cl2稀释，用水、盐水洗涤并经Na2SO4干燥。有机溶液在减压下浓缩，得到呈淡棕色油状的所需粗产物(3.79g，84％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.31(m,5H),3.95(d,J＝14Hz,1H),3.74(s,3H),3.63-3.61(m,1H),3.48(dd,J＝9Hz,J＝6Hz,1H),3.24(dd,J＝9Hz,J＝5Hz,1H),3.08-3.05(m,1H),2.85(dd,J＝9Hz,J＝8Hz,1H),2.56-2.31(m,2H)。
Figure BDA0002266282850001001
(3S,5S)-1-苯甲基-5-(羟基甲基)吡咯烷-3-甲腈
将含(2S,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-甲酸甲酯(2.0g，8.2mmol)的无水THF(30mL)加入LiBH4(0.36g，16.4mmol)。将反应混合物在80℃下搅拌1小时。反应混合物冷却至室温并加入丙酮(1mL)以淬灭过量LiBH4。搅拌30分钟后，在减压下去除溶剂并且残余物分配于EtOAc与饱和NaHCO3溶液之间。将有机层用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，在减压下浓缩并经硅胶柱纯化。用50％EtOAc/己烷洗脱，得到呈淡黄色油状的所需产物(1.1g，62％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.33-7.26(m,5H),4.03(d,J＝14Hz,1H),3.77(dd,J＝11Hz,J＝3Hz,1H),3.53-3.47(m,1H),3.39(d,J＝14Hz,1H),3.22(d,J＝Hz,1H),2.99-2.94(m,1H),2.85-2.79(m,1H),2.61-2.56(m,1H),2.40-2.23(m,2H)。
Figure BDA0002266282850001002
(3S,5S)-1-苯甲基-5-((1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)甲基)吡咯烷-3-甲腈
向(3S,5S)-1-苯甲基-5-(羟基甲基)吡咯烷-3-甲腈(1.1g，5.1mmol)于THF(15mL)中的溶液加入邻苯二甲酰亚胺(823mg，5.6mmol)、Ph3P(1.46g，5.6mmol)，然后冷却至0℃，经5分钟逐份加入DIAD(1.13mL，5.6mmol)。将所得混合物在室温下搅拌过夜。在减压下去除溶剂并且残余物经硅胶柱纯化。用10-30％EtOAc/己烷洗脱，得到粗产物(2g，约90％纯)，其直接用于下一步。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.87-7.84(m,2H),7.76-7.71(m,2H),7.32-7.19(m,5H),4.23(d,J＝13Hz,1H),3.87(d,J＝5Hz,2H),3.44(d,J＝14Hz,1H),3.18(dd,J＝10Hz,J＝4Hz,1H),3.03-2.96(m,1H),2.94-2.85(m,1H),2.56(dd,J＝10Hz,J＝7Hz,1H),2.38-2.16(m,2H)。
胺中间体O、P和Q根据胺中间体M的制备，使用适当4-羟基吡咯烷-2-甲酸制备。
Figure BDA0002266282850001011
(3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(胺中间体O)
1H NMR(300MHz,CDCl3)7.33-7.26(m,5H),4.02(d,J＝14Hz,1H),3.32(d,J＝13Hz,1H),3.18(d,J＝10Hz,1H),3.00-2.64(m,4H),2.50(dd,J＝10Hz,J＝7Hz,1H),2.34-2.05(m,2H)。
Figure BDA0002266282850001012
(3S,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(胺中间体P)
1H NMR(300MHz,CDCl3)7.32-7.26(m,5H),4.00(d,J＝13Hz,1H),3.36(d,J＝13Hz,1H),3.23(dd,J＝9Hz,J＝8Hz,1H),2.95-2.80(m,3H),2.69(d,J＝10Hz,1H),2.50(t,J＝10Hz,1H),2.26-2.20(m,2H)。
Figure BDA0002266282850001013
(3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(胺中间体Q)
1H NMR(300MHz,CDCl3)7.30-7.26(m,5H),3.99(d,J＝14Hz,1H),3.56(d,J＝13Hz,1H),3.23(dd,J＝9Hz,J＝7Hz,1H),2.99-2.78(m,3H),2.69(dd,J＝13Hz,J＝2Hz,1H),2.50(t,J＝10Hz,1H),2.34-2.15(m,2H)。
制备胺中间体R((6-(氨基甲基)-1-苯甲基-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯)
Figure BDA0002266282850001021
(6-(氨基甲基)-1-苯甲基-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向粗(1-苯甲基-6-((1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)甲基)-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(100mg，0.22mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入水合肼(21μL，0.44mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且使所得残余物悬浮于二氯甲烷。悬浮液经Celite过滤。然后滤液用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并且将其在减压下浓缩，得到呈黄色油状的产物(15mg，35％)。1H NMR(300MHz,CDCl3).7.40-7.22(m,5H),5.83(s,1H),5.50(s,1H),3.77-3.63(m,2H),3.17-2.82(m,4H),2.67-2.64(m,1H),2.34-2.29(m,1H),2.04-1.92(m,1H),1.43(s,9H)。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850001031
5-(N.N-二叔丁氧羰基)氨基-2-吡啶甲酸甲酯
向5-氨基吡啶甲酸甲酯(1.78g，11.70mmol)于乙腈(50mL)中的溶液中加入Boc酸酐(5.20g，23.58mmol)和DMAP(300mg，2.46mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将反应混合物用二氯甲烷稀释并用水洗涤，然后用盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并且将其在减压下浓缩。所得残余物使用硅胶色谱法，用0至50％乙酸乙酯/己烷洗脱来纯化，得到呈黄色固体状的产物(2.92g，83％)。1H NMR(300MHz,CDCl3).8.52(d,J＝2Hz,1H),8.16(d,J＝8Hz,1H),7.65-7.61(m,1H),4.02(s,3H),1.40(s,18H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001032
(6-(羟基甲基)吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向5-(N.N-二叔丁氧羰基)氨基-2-吡啶甲酸甲酯(2.00g，5.70mmol)于甲醇(100mL)中的溶液中加入硼氢化钠(650mg，17.00mmol)。使反应混合物回流过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且所得残余物用乙酸乙酯稀释。然后将其用1N NaOH和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并且将其在减压下浓缩，得到呈白色固体状的所需产物(920mg，72％)。1HNMR(300MHz,CDCl3).8.40(d,J＝2Hz,1H),7.97-7.95(m,1H),7.20(d,J＝9Hz,1H),6.52(br.s,1H),4.71(s,2H),3.41(br.s,1H),1.53(s,9H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001041
(6-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向(6-(羟基甲基)吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(920mg，4.11mmol)于二氯甲烷(10mL)中的溶液中加入叔丁基二苯基氯硅烷(1.24mL，4.52mmol)和咪唑(560mg，8.24mmol)。将反应混合物搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释，然后将其先后用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。所得残余物使用硅石柱色谱法，用0至50％乙酸乙酯/己烷洗脱来纯化，得到呈白色固体状的产物(1.90g，100％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)8.33(s,1H),7.95(s,1H),7.69-7.66(m,4H),7.59(d,J＝Hz,1H),7.44-7.33(m,6H),6.48(br.s,1H),4.82(s,2H),1.53(s,9H),1.11(s,9H)。
步骤4)
Figure BDA0002266282850001042
溴化1-苯甲基-5-((叔丁氧羰基)氨基)-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-1-鎓
向(6-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(1.90g，4.10mmol)于甲苯(20mL)中的溶液中加入苯甲基溴(1.45mL，12.30mmol)。使反应混合物回流10小时。然后反应混合物冷却至室温，并且加入己烷以形成白色悬浮液。将悬浮液过滤，得到呈白色固体状的产物(2.0g，77％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)10.44(br.s,1H),10.21(s,1H),9.22(d,J＝9Hz,1H),7.65-7.30(m,14H),7.05(d,J＝8Hz,2H),5.64(s,2H),4.75(s,2H),1.53(s,9H),1.08(s,9H)。
步骤5)
Figure BDA0002266282850001051
(1-苯甲基-6-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向溴化1-苯甲基-5-((叔丁氧羰基)氨基)-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-1-鎓(2.0g，3.16mmol)于MeOH(20mL)中的溶液中加入硼氢化钠(240mg，6.31mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且所得残余物用乙酸乙酯稀释。将有机层用1N NaOH和盐水洗涤。然后有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩，得到呈棕色油状的所需产物(1.76g，100％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.72-7.70(m,14H),7.02(d,J＝6Hz,1H),5.77(s,1H),5.42(s,1H),3.92-3.85(m,3H),3.72-3.62(m,2H),3.03-2.97(m,3H),2.37-2.18(m,1H),1.42(s,9H),1.07(s,9H)。
步骤6)
Figure BDA0002266282850001052
(1-苯甲基-6-(羟基甲基)-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向(1-苯甲基-6-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(1.76g，3.16mmol)于四氢呋喃(20mL)中的溶液中加入1M TBAF的四氢呋喃溶液(6.40mL，6.40mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且所得残余物经硅胶柱纯化，用0至100％乙酸乙酯/己烷洗脱。获得呈棕色油状的产物(413mg，45％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.33-7.24(m,5H),5.82(s,1H),5.52(s,1H),3.82-3.62(m,2H),3.53-3.47(m,1H),3.30-3.24(m,1H),3.12-2.96(m,2H),2.41-2.34(m,2H),1.90-1.82(m,1H),1.43(s,9H)。
步骤7)
Figure BDA0002266282850001061
(1-苯甲基-6-((1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)甲基)-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向(1-苯甲基-6-(羟基甲基)-1,2,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(413mg，1.30mmol)于四氢呋喃(10mL)中的溶液中加入三苯基膦(374mg，1.43mmol)和邻苯二甲酰亚胺(210mg，1.43mmol)。然后在0℃下将DIAD(0.29mL，1.43mmol)缓慢加入混合物。然后将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释，先后用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并且在减压下浓缩，得到呈黄色油状的粗产物(314mg，54％)。
制备胺S((6-(氨基甲基)-1-苯甲基-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯)
Figure BDA0002266282850001071
(6-(氨基甲基)-1-苯甲基-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向粗(1-苯甲基-6-((1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(100mg，0.22mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入水合肼(21μL，0.44mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且使所得残余物悬浮于二氯甲烷中。悬浮液经Celite过滤。然后滤液先后用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并且将其在减压下浓缩，得到呈黄色油状的所需产物(30mg，43％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.36-7.23(m,5H),5.67-5.65(m,2H),3.75-3.48(m,2H),3.28-3.21(m,1H),3.10-3.04(m,1H),2.95-2.86(m,2H),2.73-2.65(m,1H),2.38-2.33(m,1H),1.99-1.93(m,1H),1.46(s,9H)。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850001081
4-(N.N-二叔丁氧羰基)氨基-2-吡啶甲酸甲酯
向4-氨基吡啶甲酸甲酯(1.80g，11.79mmol)于乙腈(50mL)中的溶液中加入Boc酸酐(5.20g，23.58mmol)和DMAP(288mg，2.36mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将反应混合物用二氯甲烷稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。所得残余物进行柱上纯化，用0至50％乙酸乙酯/己烷洗脱，得到呈黄色固体状的产物(1.98g，48％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)8.73(d,J＝5Hz,1Hz),7.95(d,J＝2Hz,1H),7.32-7.29(m,1H),4.10(s,3H),1.45(s,18H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001082
(2-(羟基甲基)吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向4-(N.N-二叔丁氧羰基)氨基-2-吡啶甲酸甲酯(1.10g，3.10mmol)于甲醇(30mL)中的溶液中加入硼氢化钠(360mg，9.52mmol)。使反应混合物回流过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且所得残余物用乙酸乙酯稀释。然后其先后用1N NaOH和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩，得到呈白色固体状的所需产物(600mg，86％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)8.36(d,J＝5Hz,1H),7.36(s,1H),7.14-7.12(m,1H),6.77(br.s,1H),4.70(s,2H),1.52(s,9H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001091
(2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向(2-(羟基甲基)吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(600mg，2.68mmol)于二氯甲烷(10mL)中的溶液中加入叔丁基二苯基氯硅烷(0.77mL，2.95mmol)和咪唑(365mg，5.36mmol)。将反应混合物搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。所得残余物进行柱上纯化，用0至50％乙酸乙酯/己烷洗脱，得到呈白色固体状的产物(1.20g，97％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)8.31(d,J＝5Hz,1H),7.69-7.67(m,4H),7.50-7.33(m,8H),6.71(br.s,1H),4.82(s,2H),1.54(s,9H),1.13(s,9H)。
步骤4)
Figure BDA0002266282850001092
溴化1-苯甲基-4-((叔丁氧羰基)氨基)-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-1-鎓
向(2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(1.00g，2.16mmol)于甲苯(30mL)中的溶液中加入苯甲基溴(0.77mL，6.48mmol)。使反应混合物回流10小时。然后反应混合物冷却至室温并且加入己烷，形成白色悬浮液。将悬浮液过滤，得到呈白色固体状的产物(1.20g，88％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)11.16(br.s,1H),8.65-8.58(m,3H),7.58-7.15(m,13H),6.94(d,J＝7Hz,2H),5.59(s,2H),4.73(s,2H),1.54(s,9H),1.09(s,9H)。
步骤5)
Figure BDA0002266282850001101
(1-苯甲基-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向溴化1-苯甲基-4-((叔丁氧羰基)氨基)-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)吡啶-1-鎓(235mg，0.37mmol)于MeOH(2mL)中的溶液中加入硼氢化钠(38mg，0.73mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且所得残余物用乙酸乙酯稀释。将有机层先后用1N NaOH和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩，得到所需呈无色油状的产物(200mg，97％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.77-7.65(m,4H),7.44-7.22(m,11H),5.78-5.71(m,2H),3.99-3.51(m,4H),3.30(m,1H),3.07-3.06(m,1H),2.91-2.85(m,1H).2.53-2.47(m,1H),2.20-2.13(m,1H),1.47(s,9H),1.07(s,9H)。
步骤6)
Figure BDA0002266282850001102
(1-苯甲基-6-(羟基甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向(1-苯甲基-2-(((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(200mg，0.36mmol)于四氢呋喃(5mL)中的溶液中加入1M TBAF的四氢呋喃溶液(1.00mL，1.00mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且所得残余物使用硅胶柱色谱法，用0至100％乙酸乙酯/己烷洗脱来纯化。获得呈无色油状的产物(30mg，26％)。1H NMR(300MHz,CDCl3)7.31(m,5H),5.73-5.71(m,2H),3.87-3.82(m,1H),3.64-3.54(m,2H),3.42-3.36(m,1H),3.24-3.25(m,1H),3.03-2.94(m,1H),2.69-2.61(m,1H),2.34-2.24(m,1H),1.97-1.88(m,1H),1.46(s,9H)。
步骤7)
Figure BDA0002266282850001111
(1-苯甲基-6-((1,3-二氧代基异吲哚啉-2-基)甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向(1-苯甲基-6-(羟基甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(318mg，1.00mmol)于四氢呋喃(2mL)中的溶液中加入三苯基膦(286mg，1.10mmol)和邻苯二甲酰亚胺(159mg，1.10mmol)。然后在0℃下将DIAD(0.22mL，1.10mmol)缓慢加入混合物。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用二氯甲烷稀释，先后用水和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并在减压下浓缩，得到呈黄色油状的粗产物(251mg，56％)。
制备胺中间体T：((3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯
Figure BDA0002266282850001121
((3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯
在0℃下向含有含三苯基膦(1.08g，4.12mmol)和邻苯二甲酰亚胺(0.605g，4.12mmol)的THF(15mL)的烧瓶加入((3S,5S)-1-苯甲基-5-(羟基甲基)吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(1.05g，3.43mmol)，接着加入DIAD(677mL，4.29mmol)。将反应混合物在0℃下搅拌并且升温至室温并搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩并且残余物使用硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色固体状的邻苯二甲酰亚胺产物(1.0g，67％)。然后使其溶于乙醇(20mL)中并且加入一水合肼(0.22mL，4.57mmol)。将反应混合物在60℃下加热，直至无起始物质留下。将所形成的沉淀滤去并将滤液在减压下浓缩，得到呈凝胶状的胺产物(0.53g，76％产率)。MS:C17H27N3O2的计算值306.21[M+H+],实验值306.25[M+H]+。
制备胺中间体U：(2S,4S)-1-苯甲基-N-甲基-4-(甲基氨基)吡咯烷-2-甲酰胺
Figure BDA0002266282850001122
Figure BDA0002266282850001131
(2S,4S)-1-苯甲基-N-甲基-4-(甲基氨基)吡咯烷-2-甲酰胺
向甲基胺于THF中的溶液(2.0M，20mL)中加入(2S,4R)-1-苯甲基-4-(甲苯磺酰氧基)吡咯烷-2-甲酸甲酯(0.63g，1.62mmol)。将反应混合物在密封管中在100℃下加热。向反应混合物加入二氯甲烷，然后在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(乙酸乙酯中0-15％甲醇)纯化，得到呈白色粉末状的产物(0.095g，25％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.32(m,5H),3.85(d,J＝12.9Hz,1H),3.45(d,J＝12.9Hz,1H),3.20(t,J＝7.2Hz,1H),3.13(m,1H),2.95(d,J＝9.9Hz,1H),2.75(s,3H),2.49(m,2H),2.32(s,3H),1.73(m,1H)。MS:C14H21N3O的计算值248.17[M+H+],实验值248.15[M+H]+。
制备胺中间体V：(S)-(4-(3-氨基吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
Figure BDA0002266282850001132
(S)-(4-(3-氨基吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
向(S)-(4-(3-N-Boc-氨基吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯(350mg，0.84mmol)于MeOH(8mL)中的溶液中加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，1mL，4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并收集呈灰白色粉末状的沉淀(280mg，60％产率)。MS:C18H27N3O2的计算值318.21[M+H+],实验值318.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
Figure BDA0002266282850001141
(S)-(4-(3-N-Boc-氨基吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
向(4-氧代基环己基)氨基甲酸苯甲酯(0.50g，2mmol)和(S)-吡咯烷-3-基氨基甲酸叔丁酯(0.37g，2mmol)于MeOH(20mL)中的混合物加入
Figure BDA0002266282850001142
分子筛和NaBH3CN(0.15g，2.4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并且通过TLC检查。在反应结束后，将其在减压下浓缩并通过硅石柱色谱法，使用EtOAc中0-10％MeOH纯化，得到呈无色固体状的产物(0.35g，42％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.35(m,5H),5.08(s,2H),4.85(br,1H),4.56(br,1H),4.15(m,1H),3.50(m,1H),2.92(m,1H),2.69(m,2H),2.39(m,1H),2.23(m,1H),2.04(m,1H),1.95(m,1H),1.68(m,2H),1.43(m,9H),1.36(m,2H),1.21(m,2H)。MS:C23H35N3O4的计算值418.26[M+H]+,实验值418.30[M+H]+。
胺中间体W
Figure BDA0002266282850001143
此化合物可以购得。
胺中间体X
Figure BDA0002266282850001144
此化合物可以购得。
制备胺中间体Y：(2-氨基乙基)(4-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯盐酸盐
Figure BDA0002266282850001151
(2-氨基乙基)(4-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯盐酸盐
向(2-(叔丁氧羰基)氨基)乙基)(4-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯(370mg，0.84mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入HCl于二噁烷中的溶液(4M二噁烷溶液，2mL，8mmol)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除溶剂。将残余物用Et2O湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(250mg，77％产率)。MS:C24H31N3O4的计算值426.23[M+H]+,实验值426.30[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)：
Figure BDA0002266282850001152
(2-(叔丁氧羰基)氨基)乙基)(4-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
在0℃下向(4-((2-N-Boc-氨基乙基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯(420mg，1.07mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入CbzCl(0.245mL，1.6mmol)和DIEA(0.56mL，3.2mmol)。将反应混合物在0℃下搅拌至室温，直至无起始物质留下。将反应混合物用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤并且在减压下浓缩有机层。残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中20-30％EtOAc纯化，得到呈白色粉末状的产物(460mg，82％产率)。MS:C29H39N3O6的计算值526.28[M+H]+,实验值526.40[M+H]+。
步骤2)：
Figure BDA0002266282850001161
(4-((2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
向(4-氧代基环己基)氨基甲酸苯甲酯(0.50g，2mmol)和(2-氨基乙基)氨基甲酸叔丁酯(0.40g，2.5mmol)于DCM(20mL)中的混合物加入
Figure BDA0002266282850001162
分子筛和NaBH3CN(0.19g，3.0mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并且通过TLC检查。在反应结束后，将其在减压下浓缩并且残余物通过柱色谱法纯化，得到呈无色固体状的产物(0.42g，54％产率)。MS:C21H33N3O4的计算值392.25[M+H]+,实验值392.25[M+H]+。
制备胺中间体Z：4-((2-氨基乙基)((苯甲氧基)羰基)氨基)哌啶-1-甲酸苯甲酯盐酸盐
Figure BDA0002266282850001163
4-((2-氨基乙基)((苯甲氧基)羰基)氨基)哌啶-1-甲酸苯甲酯盐酸盐
向4-(((苯甲氧基)羰基)(2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)氨基)哌啶-1-甲酸苯甲酯(280mg，0.55mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，1mL，4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除溶剂。将残余物用Et2O湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(195mg，79％产率)。MS:C23H29N3O4的计算值412.22[M+H]+,实验值412.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)：
Figure BDA0002266282850001171
4-(((苯甲氧基)羰基)(2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)氨基)哌啶-1-甲酸苯甲酯
在0℃下向4-((2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)氨基)哌啶-1-甲酸苯甲酯(450mg，1.2mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入CbzCl(0.25mL，1.75mmol)和DIEA(0.62mL，3.6mmol)。将反应混合物在0℃下搅拌至室温，直至基于TLC分析，无起始物质留下。将反应混合物用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。残余物通过柱色谱法，使用己烷中20-35％EtOAc纯化，得到呈白色粉末状的产物(290mg，47％产率)。MS:C28H37N3O6的计算值512.27[M+H]+,实验值512.35[M+H]+。
步骤2)：
Figure BDA0002266282850001172
4-((2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)氨基)哌啶-1-甲酸苯甲酯
向(4-氧代基环己基)氨基甲酸苯甲酯(0.467g，2mmol)和(2-氨基乙基)氨基甲酸叔丁酯(0.40g，2.5mmol)于DCM(20mL)中的混合物加入
Figure BDA0002266282850001181
分子筛和NaBH3CN(0.19g，3.0mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并且通过TLC检查。在反应结束后，将其浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈无色固体状的产物(0.46g，61％产率)。MS:C20H31N3O4的计算值378.23[M+H]+,实验值378.20[M+H]+。
制备胺中间体Z1：3-((2-氨基乙基)(叔丁氧羰基)氨基)吡咯烷-1-甲酸叔丁酯
Figure BDA0002266282850001182
3-((2-氨基乙基)(叔丁氧羰基)氨基)吡咯烷-1-甲酸叔丁酯
向3-((2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)乙基)(叔丁氧羰基)氨基)吡咯烷-1-甲酸叔丁酯(50mg，0.11mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。反应混合物经Celite垫过滤并用甲醇洗涤并且在减压下去除溶剂。收集呈灰白色粉末状的残余物(33mg，91％)，其未经纯化即用于反应。
需要的中间体如下制备：
步骤1)：
Figure BDA0002266282850001183
3-((2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)乙基)氨基)吡咯烷-1-甲酸叔丁酯
向3-氧代基吡咯烷-1-甲酸叔丁酯(0.388g，2mmol)和(2-氨基乙基)氨基甲酸苯甲酯(0.185g，1mmol)于MeOH(10mL)中的混合物加入
Figure BDA0002266282850001191
分子筛和NaBH(OAc)3(0.64g，3.0mmol)。将其在室温下搅拌并且通过TLC检查。反应结束后，将其在减压下浓缩并用EtOAc萃取并且在减压下浓缩有机层。残余物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈无色油状的产物(0.15g，41％产率)。
步骤2)：
Figure BDA0002266282850001192
3-((2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)乙基)(叔丁氧羰基)氨基)吡咯烷-1-甲酸叔丁酯
向3-((2-(((苯甲氧基)羰基)氨基)乙基)氨基)吡咯烷-1-甲酸叔丁酯(0.14g，0.38mmol)于DCM(20mL)中的溶液中加入Boc2O(0.125g，0.57mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至TLC分析显示无起始物质留下。浓缩反应混合物并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色粉末状的产物(0.13g，74％)。
制备胺中间体Z2：(2-氨基乙基)(3-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
Figure BDA0002266282850001193
(2-氨基乙基)(3-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
向(3-((2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)氨基)环己基)-氨基甲酸苯甲酯(460mg，0.87mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M二噁烷溶液，1mL，4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除溶剂。残余物经硅胶柱色谱法，利用EtOAc中的MeOH(含5％氨)纯化，得到灰白色粉末(250mg，62％产率)。MS:C24H31N3O4的计算值426.23[M+H]+,实验值426.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)：
Figure BDA0002266282850001201
(2-((3-氨基环己基)氨基)乙基)氨基甲酸叔丁酯
在室温下向环己烷-1,3-二胺(0.23g，2mmol)和(2-溴乙基)氨基甲酸叔丁酯(0.45g，2mmol)于DMF中的溶液中加入K2CO3(0.83g，6mmol)。在室温下搅拌混合物过夜。将反应混合物用EtOAc稀释。将有机层先后用水和盐水洗涤。有机层在减压下浓缩。粗混合物未经纯化即用于下一步。MS:C13H27N3O2的计算值258.21[M+H]+,实验值258.25[M+H]+。
步骤2)：
Figure BDA0002266282850001202
(2-((叔丁氧羰基)氨基)乙基)(3-(((苯甲氧基)羰基)氨基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
在0℃下向粗(2-((3-氨基环己基)氨基)乙基)氨基甲酸叔丁酯(515mg，2mmol)于DMF(6mL)中的溶液中加入CbzCl(0.72mL，5mmol)和DIEA(1.0mL，6mmol)。将反应混合物在0℃下搅拌至室温，直至无起始物质留下。将反应混合物用EtOAc稀释并且有机层先后用水和盐水洗涤。将有机层在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中0-30％EtOAc纯化，得到呈白色粉末状的产物(470mg，两步42％产率)。MS:C29H39N3O6的计算值526.28[M+H]+,实验值526.35[M+H]+。
制备胺中间体Z3：(S)-4-(3-氨基吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苯甲酯盐酸盐
Figure BDA0002266282850001211
(S)-4-(3-氨基吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苯甲酯盐酸盐
向(S)-4-(3-((叔丁氧羰基)氨基)吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苯甲酯(420mg，1.04mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M二噁烷溶液，1.5mL，6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下从反应混合物去除溶剂。将残余物用Et2O湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(260mg，67％产率)。MS:C17H25N3O2的计算值304.19[M+H]+,实验值304.20[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
Figure BDA0002266282850001212
(S)-4-(3-((叔丁氧羰基)氨基)吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苯甲酯
向4-氧代基哌啶-1-甲酸苯甲酯(0.467g，2mmol)和(S)-吡咯烷-3-基氨基甲酸叔丁酯(0.37g，2mmol)于MeOH(20mL)中的混合物加入
Figure BDA0002266282850001221
分子筛和NaBH3CN(0.15g，2.4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并且通过TLC分析来监测。在反应结束后，将反应混合物在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法，利用EtOAc中0-15％MeOH纯化，得到呈无色固体状的所需产物(0.43g，53％产率)。MS:C22H33N3O4的计算值404.25[M+H]+,实验值404.25[M+H]+。
实施例：
实施例1.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001222
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(16mg，0.03mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，50mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并在减压下浓缩。使其溶于MeOH(2mL)中并加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，0.05mL)。将其在室温下搅拌过夜并且在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(8mg，62％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ8.00(s,1H),7.78(s,1H),7.71(m,2H),7.68(m,2H),7.51(m,1H),7.25(m,2H),3.79(m,1H),3.69(m,1H),3.45(m,1H),3.07(m,2H),1.87(m,4H)。C20H23FN4O的MS(ESI+):355.20[M+H]+。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001231
(5-(5-溴-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向5-溴-1H-吲哚-2-甲酸(72mg，0.3mmol)于无水二氯甲烷(5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.15mL，1.2mmol)、DMAP(37mg，0.3mmol)和EDC(69mg，0.36mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)-(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(中间体A)(116mg，0.3mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(60-80％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(75mg，41％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.22(br,1H),7.75(s,1H),7.63(m,1H),7.48(m,1H),7.35(m,1H),5.08(m,4H),3.87(m,1H),3.52(m,2H),3.22(m,2H),1.56(m,4H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001241
(5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
将(5-(5-溴-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(70mg，0.11mmol)、(4-氟苯基)硼酸(30mg，0.22mmol)、K2CO3水溶液(2M，0.165mL)于二噁烷(4mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)2Cl2(8mg，0.01mmol)。将混合物在95℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取。将有机相合并，用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(50-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(17mg，25％产率)。1H NMR(300MHz,CD3COCD3)δ7.91(m,2H),7.86(s,1H),7.70(m,1H),7.55(m,1H),7.33(m,1H),7.28(m,10H),7.11(m,2H),6.45(br,1H),6.37(br,1H),5.05(m,4H),3.88(m,1H),3.50(m,2H),3.17(m,2H),1.63(m,4H)。
实施例2.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001251
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(50mg，0.09mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。将其在室温下搅拌过夜并去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈浅棕色粉末状的沉淀(28mg，73％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ8.19(d,J＝8.1Hz,1H),8.07(m,2H),7.65(m,2H),7.43(s,1H),7.25(m,1H),7.18(m,1H),3.69(m,1H),3.60(m,1H),3.49(m,1H),3.05(m,2H),1.88(m,4H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001252
(5-(6-溴-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-溴-1H-吲哚-3-甲酸(72mg，0.3mmol)于无水二氯甲烷(5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.15mL，1.2mmol)、HOBt(28mg，0.18mmol)和EDC(69mg，0.36mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(95mg，0.3mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(60-80％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(72mg，45％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.72(br,1H),8.00(d,J＝9Hz,1H),7.69(s,1H),7.52(s,1H),7.28(m,1H),6.98(br,1H),5.01(br,1H),4.76(br,1H),3.76(m,1H),3.46(m,2H),3.11(m,2H),1.55(m,4H),1.42(s,9H),1.33(s,9H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001261
(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
将(5-(6-溴-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(70mg，0.13mmol)、(4-氟苯基)硼酸(36mg，0.26mmol)、KF(38mg，0.65mmol)于二噁烷(5mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)2Cl2(21mg，0.026mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并且将其在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(50-80％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(29mg，40％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.00(br,1H),7.78(m,1H),7.67(s,1H),7.53(m,2H),7.43(m,1H),7.32(m,1H),7.07(m,2H),6.84(br,1H),4.92(br,1H),4.68(br,1H),3.80(m,1H),3.52(m,2H),3.13(m,2H),1.60(m,4H),1.43(s,9H),1.36(s,9H)。
实施例3.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001271
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(35mg，0.06mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。将其在室温下搅拌过夜并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(18mg，67％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ8.23(s,1H),7.98(s,1H),7.77(m,2H),7.65(m,1H),7.63(m,1H),7.24(t,J＝8.4Hz,2H),3.73(m,1H),3.62(m,1H),3.57(m,1H),3.04(m,2H),1.84(m,4H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001281
(5-(5-溴-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向5-溴-1H-吲哚-3-甲酸(72mg，0.3mmol)于无水二氯甲烷(5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.15mL，1.2mmol)、HOBt(28mg，0.18mmol)和EDC(69mg，0.36mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(95mg，0.3mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(60-80％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(90mg，56％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.62(br,1H),8.31(s,1H),7.72(s,1H),7.28(m,2H),7.01(br,1H),5.03(br,1H),4.75(br,1H),3.76(m,1H),3.48(m,2H),3.11(m,2H),1.56(m,4H),1.42(s,9H),1.34(s,9H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001282
(5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
将(5-(5-溴-1H-吲哚-3-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(70mg，0.13mmol)、(4-氟苯基)硼酸(36mg，0.26mmol)、KF(38mg，0.65mmol)于二噁烷(5mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)2Cl2(21mg，0.026mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并且将其在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(50-80％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(35mg，48％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.10(br,1H),8.32(s,1H),7.78(s,1H),7.65(m,2H),7.44(m,2H),7.07(m,2H),6.94(br,1H),4.95(br,1H),4.69(br,1H),3.80(m,1H),3.52(m,2H),3.13(m,2H),1.60(m,4H),1.42(s,9H),1.30(s,9H)。
实施例4.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-2-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001291
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-2-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺二盐酸盐
向(5-(2-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(30mg，0.05mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，0.15mL)。将反应混合物在室温下搅拌过夜并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(16mg，69％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.85(m,1H),7.74(m,2H),7.59(m,1H),7.50(m,1H),7.33(m,2H),7.24(m,1H),3.76(s,2H),3.42(m,1H),3.33(m,1),3.29(m,21H),2.89(m,2H),1.62-1.43(m,4H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001301
(5-(2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酸(76mg，0.3mmol)于无水二氯甲烷(5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.11mL，0.6mmol)、HOBt(28mg，0.18mmol)和EDC(69mg，0.36mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(95mg，0.3mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶色谱法(50-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(100mg，60％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.31(br,1H),7.68(s,1H),7.28(m,2H),7.17(s,1H),6.14(br,1H),4.62(br,2H),3.77(s,2H),3.50(m,1H),3.26(m,2H),3.07(m,2H),1.63(m,4H),1.42(s,9H),1.38(s,9H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001302
(5-(2-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
将(5-(2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(95mg，0.17mmol)、(4-氟苯基)硼酸(48mg，0.34mmol)、KF(41mg，0.68mmol)于二噁烷(8mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)2Cl2(26mg，0.03mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并且将其在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(50-70％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(32mg，33％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.61(br,1H),7.67(m,1H),7.56(m,1H),7.41(s,1H),7.21(m,2H),7.10(m,3H),6.24(br,1H),4.72(br,1H),4.65(br,1H),3.73(s,2H),3.48(m,1H),3.22(m,2H),3.04(m,2H),1.83-1.63(m,4H),1.42(s,9H),1.36(s,9H)。
实施例5.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-硝基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001311
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-硝基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-硝基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(10mg，0.017mmol)于MeOH(1mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.05mL，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将残余物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈棕色固体状的产物(7mg，96％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ8.17(m,2H),7.76(m,4H),7.48(m,1H),7.27(m,1H),3.70(m,1H),3.60(m,2H),3.06(m,2H),1.86(m,4H)。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001321
(5-(6-溴-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-溴-1H-吲哚-2-甲酸(240mg，1mmol)于无水DMF(5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.35mL，2mmol)、HOBt(157mg，1mmol)和EDC(230mg，2.4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(317mg，1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，利用己烷中40-60％乙酸乙酯纯化，得到呈黄色固体状的所需产物(340mg，57％产率)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001331
(5-(6-(4-硝基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
将(5-(6-溴-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(108mg，0.2mmol)、4,4,5,5-四甲基-2-(4-硝基苯基)-1,3,2-二氧硼戊环(100mg，0.4mmol)、KF(47mg，0.8mmol)于二噁烷(10mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)2Cl2(50mg，0.06mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并且将其在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法(50-80％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈棕色粉末状的所需产物(36mg，31％产率)。
实施例6.制备N-((2S)-2,5-二氨基-6-甲基庚基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001332
Figure BDA0002266282850001341
N-((2S)-2,5-二氨基-6-甲基庚基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向((2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(32mg，0.05mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.15mL，0.6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。TLC显示无起始物质留下。将反应混合物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈灰白色固体状的所需产物(23mg，86％产率)。1HNMR(300MHz,CD3OD)δ7.74(m,1H),7.72(m,2H),7.54(m,1H),7.51(m,1H),7.22(m,3H),3.61(m,2H),3.47(m,1H),3.06(m,1H),2.05-1.70(m,4H),0.99(t,J＝5.1Hz,6H)。C23H29FN4O的MS(ESI+):397.25[M+H]+。
需要的中间体如以下步骤中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001342
6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
向6-溴-1H-吲哚-2-甲酸(5.0g，20.8mmol)于MeOH(100mL)中的悬浮液非常缓慢地加入SOCl2(2.26mL，31mmol)。将混合物在回流下加热，直至TLC显示无起始物质留下。在减压下去除溶剂并且在干燥后收集呈棕色粉末状的粗产物(5.2g，98％产率)。其未经纯化即用于下一步。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.88(br,1H),7.59(s,1H),7.55(d,J＝6Hz,1H),7.25(m,1H),7.19(s,1H),3.96(s,3H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001351
6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(510mg，2mmol)、(4-氟苯基)硼酸(520mg，4mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(18/2/2mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(90mg，0.08mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(10-30％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(390mg，72％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.94(br,1H),7.74(d,J＝8.4Hz,1H),7.62(m,3H),7.36(d,J＝8.4Hz,1H),7.24(m,1H),7.15(m,2H),3.96(s 3H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001352
6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(0.35g，1.3mmol)于THF中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(290mg，88％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ11.48(br,1H),7.68(s,1H),7.65(m,1H),7.64(m,1H),7.60(m,1H),7.55(d,J＝8.4Hz,1H),7.26(m,1H),7.19(m,1H),6.66(s,1H)。C15H10FNO2的MS(ESI-):254.05[M-H]-。
步骤4)
Figure BDA0002266282850001361
((2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(26mg，0.1mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.018mL，0.1mmol)、HOBt(16mg，0.1mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入((2S)-1-氨基-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(中间体H)(36mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，利用己烷中30-40％乙酸乙酯纯化，得到呈白色固体状的所需产物(32mg，54％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.17(br,1H),7.69(m,1H),7.60(m,3H),7.34(m,1H),7.15(m,2H),6.92(m,1H),4.93(br,1H),4.73(br,1H),4.35(m,1H),3.84(m,1H),3.49(m,2H),1.66(m,5H),1.58(s,9H),1.42(s,9H),0.90(t,J＝4.5Hz,6H)。
实施例7.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001371
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(25mg，0.045mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.2mL)。将其在室温下搅拌过夜并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(15mg，70％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.69(d,J＝8.4Hz,1H),7.67(m,1H),7.66(m,2H),7.34(dd,J＝1.8,8.4Hz,1H),7.21(s,1H),7.16(t,J＝8.7Hz,2H),3.76(m,1H),3.62(m,1H),3.50(m,1H),3.02(m,2H),1.87(m,4H)。C20H23FN4O的MS(ESI+):355.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
Figure BDA0002266282850001372
(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(60mg，0.24mmol)于无水DMF(2mL)中的溶液中加入DIPEA(0.09mL，0.5mmol)、HOBt(22mg，0.18mmol)和EDC(45mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(76mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法(40-60％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(75mg，57％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.57(m,1H),7.48(m,2H),7.33(m,1H),7.18(d,J＝8.1Hz,1H),6.99(t,J＝8.1Hz,2H),6.92(s,1H),5.78(br,1H),3.57(m,1H),3.30(m,2H),2.95(m,2H),1.43(m,4H),1.28(s,9H),1.24(s,9H)。
实施例8.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-1-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001381
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-1-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-氟苯基)-1-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(20mg，0.045mmol)于MeOH(2mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(12mg，78％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.72(m,1H),7.67(m,3H),7.38(dd,J＝1.2,11.1Hz,1H),7.22(s,1H),7.19(t,J＝8.7Hz,2H),4.10(s,3H),3.71(m,1H),3.62(m,1H),3.51(m,1H),3.03(m,2H),2.00-1.72(m,4H)。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
Figure BDA0002266282850001391
(5-(6-(4-氟苯基)-1-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(28mg，0.05mmol)和碳酸钾(20mg，0.15mmol)于无水DMF(2mL)中的溶液中加入MeI(57mg，0.4mmol)。将其在55℃下加热3小时并且TLC显示无起始物质留下。将反应混合物用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。干燥合并的有机相，在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色粉末状的所需产物(22mg，77％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.65(m,1H),7.62(m,2H),7.49(s,1H),7.33(d,J＝11.1Hz,1H),7.17(m,2H),6.93(s,1H),4.79(br,1H),4.64(br,1H),4.09(s,3H),3.83(m,1H),3.49(m,2H),3.16(m,2H),1.62(m,4H),1.43(s,18H)。
实施例9.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-1-(4-氟苯甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001401
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-1-(4-氟苯甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(1-(4-氟苯甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(15mg，0.0mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。将其在室温下搅拌过夜并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(9.5mg，76％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.72(d,J＝8.1Hz,1H),7.60(m,2H),7.58(s,1H),7.39(dd,J＝1.2,11.1Hz,1H),7.32(s,1H),7.15(m,4H),6.98(m,2H),5.91(s,2H),3.66(m,1H),3.59(m,1H),3.45(m,1H),2.98(m,2H),1.84(m,2H),1.73(m,2H)。C27H28F2N4O的MS(ESI+):463.25[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
Figure BDA0002266282850001411
(5-(1-(4-氟苯甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
在0℃下向(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(20mg，0.036mmol)和1-(溴甲基)-4-氟苯(10mg，0.053mmol)于无水DMF(2mL)中的溶液中加入NaH(60％，2mg，0.05mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并且TLC显示形成新的斑点。将反应混合物用EtOAc稀释并用NH4Cl溶液和盐水洗涤。干燥合并的有机相，在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色粉末状的所需产物(19mg，80％产率)。1HNMR(300MHz,CDCl3)δ8.71(br,1H),7.68(d,J＝8.1Hz,1H),7.54(m,2H),7.42(s,1H),7.33(dd,J＝1.2,11.1Hz,1H),7.10(m,4H),7.02(s,1H),6.93(m,2H),5.83(m,2H),4.72(br,1H),4.59(br,1H),3.80(br,1H),3.45(m,2H),3.14(m,2H),1.60(m,4H),1.43(m,18H)。
实施例10.制备N-((2S)-2,5-二氨基-6-甲基庚基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001421
N-((2S)-2,5-二氨基-6-甲基庚基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向((2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(14mg，0.05mmol)于MeOH(2mL)和二噁烷(2mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.1mL，0.4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。TLC显示无起始物质留下。将其在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈灰白色固体状的所需产物(10mg，86％产率)。1HNMR(300MHz,CD3OD)δ8.77(br,1H),7.82(s,1H),7.62(m,2H),7.50(m,2H),7.28(d,J＝6.3Hz,1H),7.15(t,J＝8.1Hz,2H),3.70(m,2H),3.49(m,1H),3.12(m,1H),2.10-1.80(m,4H),1.05(t,J＝5.1Hz,6H)。C23H29FN4O的MS(ESI+):397.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001422
5-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
向5-溴-1H-吲哚-2-甲酸(1.5g，6.3mmol)于MeOH(50mL)中的悬浮液非常缓慢地加入SOCl2(0.91mL，12.6mmol)。将混合物在回流下加热，直至TLC显示无起始物质留下。在减压下去除溶剂并且在干燥后收集呈棕色粉末状的粗产物(1.5g，95％产率)并且未经纯化即使用。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.88(br,1H),7.84(s,1H),7.59(dd,J＝1.8,8.7Hz,1H),7.31(dd,J＝1.8,8.7Hz),7.19(s,1H),3.96(s,3H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001431
5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将5-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(700mg，2.76mmol)、(4-氟苯基)硼酸(770mg，5.5mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(18/2/2mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(110mg，0.1mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。然后其通过硅胶柱色谱法(10-30％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(550mg，78％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.84(s,1H),7.58(m,2H),7.49(m,1H),7.32(m,2H),7.14(m,2H),3.96(s,3H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001432
5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(0.4g，1.5mmol)于THF中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将其在室温下加热，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末状的产物(325mg，85％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。C15H10FNO2的MS(ESI-):509.00[2M-H]-。
步骤4)
Figure BDA0002266282850001441
((2S)-1-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(13mg，0.05mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.008mL，0.05mmol)、HOBt(8mg，0.05mmol)和EDC(12mg，0.06mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入((2S)-1-氨基-6-甲基庚烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(中间体H)(18mg，0.05mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，利用己烷中30-40％乙酸乙酯纯化，得到呈白色固体状的所需产物(17mg，57％产率)。1HNMR(300MHz,CDCl3)δ7.82(s,1H),7.49(m,2H),7.40(s,2H),7.04(m,3H),5.73(br,1H),5.55(br,1H),4.90(br,1H),3.60(m,2H),3.35(m,2H),1.59(m,5H),1.31(m,18H),0.80(t,J＝4.5Hz,6H)。
实施例11.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001451
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(32mg，0.05mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，10mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。反应混合物经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩。向残余物加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.05mL)。在室温下搅拌溶液并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(15mg，67％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ8.78(br,1H),7.69(m,2H),7.57(m,1H),7.45(m,1H),7.35(m,2H),7.23(s,1H),3.72(m,1H),3.65(m,1H),3.49(m,1H),3.06(m,2H),2.00-1.65(m,4H)。C20H22F2N4O的MS(ESI+):373.15[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001452
6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(254mg，1mmol)、(3,4-二氟苯基)硼酸(316mg，2mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将混合物在100℃下加热过夜。将冷却的反应混合物用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(10-25％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(140mg，50％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.89(br,1H),7.73(d,J＝8.4Hz,1H),7.54(s,1H),7.42(m,2H),7.35(m,3H),3.96(s,3H)。C16H11F2NO2的MS(ESI-):286.00[M-H]-。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001461
6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(144mg，0.5mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，2.5mL)。将反应混合物在50℃下加热，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且残余物用HCl酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(112mg，82％产率)并且未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d3)δ11.14(br,1H),7.66(m,2H),7.57(s,1H),7.47(m,2H),7.28(dd,J＝1.5,8.4Hz,1H),6.63(s,1H)。C15H9F2NO2的MS(ESI-):272.00[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001462
(5-(6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向6-(3,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(27mg，0.1mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.04mL，0.2mmol)、HOBt(15mg，0.1mmol)和EDC(19mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)-(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(中间体A)(39mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色固体状的所需产物(32mg，49％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.16(br,1H),7.71(m,2H),7.55(m,1H),7.47(m,1H),7.35(m,2H),7.27(m,10H),6.89(m,1H),5.09(m,4H),4.91(m,1H),3.88(br,1H),3.55(m,2H),3.24(m,2H),1.63(m,4H)。C36H34F2N4O5的MS(ESI+):663.20[M+Na]+。
实施例12.制备(S)-6-(4-(叔丁基)苯基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001471
(S)-6-(4-(叔丁基)苯基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-(叔丁基)苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(44mg，0.066mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，15mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。在室温下搅拌溶液并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(26mg，85％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.68(s,1H),7.67(m,1H),7.58(d,J＝8.4Hz,2H),7.45(d,J＝8.4Hz,2H),7.37(d,J＝8.4Hz,1H),7.24(s,1H),3.75(m,1H),3.64(m,1H),3.50(m,1H),3.01(m,2H),1.87(m,4H),1.36(s,9H)。C24H32N4O的MS(ESI+):393.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001481
6-(4-(叔丁基)苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(254mg，1mmol)、(4-(叔丁基)苯基)硼酸(356mg，2mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩有机层。然后其通过硅胶柱色谱法，使用己烷中10-30％乙酸乙酯纯化，得到呈灰白色粉末状的产物(220mg，72％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.63(br,1H),7.73(d,J＝8.4Hz,1H),7.59(m,2H),7.50(s,1H),7.47(d,J＝9Hz,1H),7.42(dd,J＝1.5,8.4Hz,1H),7.24(m,2H),3.95(s,3H),1.37(s,9H)。
C20H21NO2的MS(ESI-):306.10[M-H]-。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001491
6-(4-(叔丁基)苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-(叔丁基)苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(220mg，0.72mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，3mL)。在50℃下加热反应混合物，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且残余物用HCl酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(200mg，95％产率)并且未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.21(br,1H),7.58(m,2H),7.56(m,2H),7.44(m,2H),7.24(d,J＝8.4Hz,1H),6.72(s,1H),1.30(s,9H)。C19H19NO2的MS(ESI-):292.10[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001492
(5-(6-(4-(叔丁基)苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向6-(4-(叔丁基)苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(29mg，0.1mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.04mL，0.2mmol)、HOBt(15mg，0.1mmol)和EDC(19mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)-(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(中间体A)(39mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色固体状的所需产物(46mg，69％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.05(br,1H),7.60(m,1H),7.59(d,J＝9Hz,2H),7.48(d,J＝9Hz,2H),7.33(m,2H),7.26(m,10H),6.89(m,1H),5.09(m,4H),4.91(m,1H),3.88(br,1H),3.55(m,2H),3.23(m,2H),1.63(m,4H)。C40H44N4O5的MS(ESI+):661.20[M+H]+。
实施例13.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001501
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(42mg，0.066mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并且加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。在室温下搅拌溶液并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(26mg，89％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.65(d,J＝8.4Hz,1H),7.68(s,1H),7.58(m,2H),7.35(m,1H),7.19(s,1H),7.00(t,J＝8.4Hz,2H),3.83(s,3H),3.73(m,1H),3.60(m,1H),3.49(m,1H),3.02(m,2H),1.87(m,4H)。C21H26N4O2的MS(ESI+):367.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001511
6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(254mg，1mmol)、(4-甲氧基苯基)硼酸(303mg，2mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并用EtOAc萃取，然后用盐水洗涤并在减压下浓缩。粗产物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中10-30％乙酸乙酯纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(140mg，50％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.83(br,1H),7.72(d,J＝8.1Hz,1H),7.56(m,3H),7.38(d,J＝8.1Hz,1H),7.17(s,1H),7.01(m,2H),3.95(s,3H),3.86(s,3H)。C18H17NO3的MS(ESI-):280.05[M-H]-。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001512
6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(141mg，0.5mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，3mL)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(126mg，94％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.12(br,1H),7.53(m,4H),7.22(d,J＝8.1Hz,1H),7.00(m,2H),6.74(s,1H),3.78(s,3H)。C17H15NO3的MS(ESI-):266.00[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001521
(5-(6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(27mg，0.1mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.04mL，0.2mmol)、HOBt(15mg，0.1mmol)和EDC(19mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)-(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(中间体A)(39mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色固体状的产物(43mg，68％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.05(br,1H),7.68(m,1H),7.58(d,J＝6Hz,2H),7.35(m,2H),7.27(m,10H),6.99(d,J＝6Hz,2H),6.88(m,1H),5.09(m,4H),4.89(m,1H),3.87(s,3H),3.35(m,2H),3.24(m,2H),1.64(m,4H)。C37H38N4O6的MS(ESI+):657.25[M+Na]+。
实施例14.制备(R)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001531
(R)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(18mg，0.05mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.15mL，0.6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。TLC显示无起始物质留下。将反应混合物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈浅棕色固体状的产物(10mg，67％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ8.60(d,J＝6.9Hz,2H),8.23(d,J＝6.9Hz,2H),8.01(s,1H),7.82(d,J＝8.4Hz,1H),7.58(d,J＝8.4Hz,1H),7.13(s,1H),3.66(m,1H),3.53(m,1H),3.48(m,1H),2,94(m,2H),1.80-1.55(m,4H)。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001532
6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(254mg，1mmol)、4-吡啶硼酸频哪醇酯(205mg，1mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并用EtOAc萃取，然后用盐水洗涤并在减压下浓缩。粗产物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(91mg，36％产率)。C15H12N2O2的MS(ESI+):253.10[M+H]+。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001541
6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(90mg，0.36mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，3mL)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且残余物用氯化铵溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(50mg，58％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ12.04(br,1H),8.67(m,2H),7.82(m,2H),7.82(m,1H),754(m,2H),7.14(s,1H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001542
(5-(6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(吡啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酸(38mg，0.16mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.06mL，0.32mmol)、HOBt(17mg，0.12mmol)和EDC(33mg，0.16mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体E)(55mg，0.16mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(19mg，20％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.66(dd,J＝1.8,4.5Hz,2H),7.75(d,J＝8.1Hz,1H),7.69(s,1H),7.57(dd,J＝1.8,4.5Hz,2H),7.43(dd,J＝1.8,8.1Hz,1H),6.95(s,1H),4.78(br,1H),4.61(br,1H),3.83(m,1H),3.53(m,2H),3.16(m,2H),1.63(m,4H),1.44(s,9H),1.43(s,9H)。
实施例15.制备(R)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-羟基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001551
(R)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-羟基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-羟基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(36mg，0.065mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.1mL，0.4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。TLC显示无起始物质留下。将其在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈浅棕色固体状的产物(24mg，89％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.87(d,J＝8.1Hz,1H),7.80(s,1H),7.72(d,J＝8.1Hz,2H),7.55(m,1H),7.26(s,1H),7.17(d,J＝8.1Hz,2H),3.77(m,1H),3.70(m,1H),3.60(m,1H),3.00(m,2H),1.89(m,4H)。C20H24N4O2的MS(ESI+):353.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001561
6-(4-羟基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
在冰水浴中向6-(4-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(0.11g，0.4mmol)于二氯甲烷(5mL)中的溶液中逐滴加入BBr3(1.0M二氯甲烷溶液，1.2mL，1.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并通过TLC监测。一旦反应结束，就将其倾倒至冰中并用EtOAc萃取。将合并的有机相用盐水洗涤并经无水Na2SO4干燥。在去除溶剂后收集呈浅棕色粉末状的产物(85mg，80％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO-d3)δ9.48(br,1H),7.64(d,J＝8.4Hz,1H),7.52(s,1H),7.45(d,J＝8.4Hz,2H),7.28(dd,J＝1.5,8.4Hz,1H),7.06(s,1H),6.84(d,J＝8.4Hz,2H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001571
(5-(6-(4-羟基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-羟基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(51mg，0.2mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(28mg，0.17mmol)和EDC(39mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(63mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的产物(36mg，33％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ10.02(br,1H),7.80(s,1H),7.53(m,1H),7.41(m,2H),7.26(m,1H),6.93(s,1H),6.81(m,2H),5.60(br,1H),5.38(br,1H),3.62(m,1H),3.35(m,2H),3.00(m,2H),1.45(m,4H),1.31(s,9H),1.27(s,9H)。
实施例16.制备(R)-6-(4-氯苯基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001572
Figure BDA0002266282850001581
(R)-6-(4-氯苯基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(80mg，0.14mmol)于MeOH(10mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.4mL，2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，直至TLC显示无起始物质留下。将其在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈浅棕色固体状的产物(45mg，72％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.87(m,1H),7.77(m,4H),7.50(m,2H),7.21(s,1H),3.79(m,1H),3.65(m,1H),3.61(m,1H),3.10(m,2H),1.88(m,4H)。C20H23ClN4O的MS(ESI+):371.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001582
6-(4-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(508mg，2mmol)、(4-氯苯基)硼酸(313mg，2mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中20-50％乙酸乙酯纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(330mg，58％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.34(br,1H),7.34(d,J＝8.1Hz,1H),7.57(m,3H),7.44(s,1H),7.37(d,J＝6.9Hz,1H),7.25(m,2H),3.96(s,3H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001591
6-(4-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(315mg，1.1mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将其在50℃下加热，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(290mg，97％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d3)δ11.29(br,1H),7.62(m,5H),7.47(d,J＝8.4Hz,1H),7.28(d,8.4Hz,1H),6.74(s,1H)。C15H10ClNO2的MS(ESI-):541.15[2M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001592
(5-(6-(4-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(54mg，0.2mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(19mg，0.12mmol)和EDC(46mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体E)(64mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，然后用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中30-50％EtOAc纯化，得到呈浅黄色粉末状的所需产物(85mg，74％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.87(br,1H),7.64(m,1H),7.53(m,2H),7.39(m,2H),7.36(dd,J＝1.2,8.1Hz,1H),6.96(s,1H),6.41(br,1H),4.98(br,1H),4.71(br,1H),3.83(m,1H),3.50(m,2H),3.13(m,2H),1.60(m,4H),1.46(s,9H),1.43(s,9H)。
实施例17.制备(R)-6-(4-氰基苯基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001601
(R)-6-(4-氰基苯基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(6-(4-氰基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(50mg，0.09mmol)于MeOH(8mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.4mL，1.6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，直至TLC显示无起始物质留下。将其在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈浅棕色固体状的产物(22mg，57％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.79(d,J＝8.7Hz,1H),7.69(s,1H),7.65(d,J＝8.7Hz,2H),7.48(m,2H),7.44(m,1H),7.15(s,1H),3.73(m,1H),3.65(m,1H),3.59(m,1H),3.07(m,2H),1.86(m,4H)。C21H23N5O的MS(ESI+):362.25[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001611
6-(4-氰基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(508mg，2mmol)、(4-氰基苯基)硼酸(290mg，2mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将混合物在100℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中20-60％乙酸乙酯纯化，得到呈浅棕色粉末状的产物(180mg，33％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.96(br,1H),7.79(d,J＝8.1Hz,1H),7.74(m,5H),7.62(s,1H),7.40(d,J＝8.1Hz,1H),3.97(s,3H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001612
6-(4-氰基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-氰基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(175mg，0.63mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将其在50℃下加热，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(160mg，96％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.20(br,1H),7.84(q,J＝8.1Hz,4H),7.66(s,1H),7.61(d,J＝8.7Hz,1H),7.31(dd,J＝1.8,8.7Hz,1H),6.65(s,1H)。C16H10N2O2的MS(ESI-):261.10[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001621
(5-(6-(4-氰基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氰基苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(52mg，0.2mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(19mg，0.12mmol)和EDC(46mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体E)(64mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中40-45％EtOAc纯化，得到呈浅黄色粉末状的产物(55mg，49％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.23(br,1H),7.74(m,4H),7.63(s,1H),7.41(m,1H),7.39(dd,J＝1.2,9.9Hz,1H),6.96(s,1H),4.75(br,1H),4.61(br,1H),3.84(m,1H),3.53(m,2H),3.16(m,2H),1.64(m,4H),1.45(s,9H),1.43(s,9H)。
实施例18.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001631
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(90mg，0.14mmol)于MeOH(5mL)和EtOAc(2mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。在室温下搅拌溶液并在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(52mg，85％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.73(m,2H),7.57(m,1H),7.45(m,1H),7.32(m,4H),3.73(m,1H),3.66(m,1H),3.59(m,1H),3.06(m,2H),1.86(m,4H)。C20H23FN4O的MS(ESI+):355.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001641
4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将4-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(508mg，2mmol)、(4-氟苯基)硼酸(420mg，3mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并用EtOAc萃取，然后用盐水洗涤并在减压下浓缩。粗产物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(330mg，61％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.93(br,1H),7.63(m,2H),7.39(m,2H),7.39(s,1H),7.19(m,3H),3.94(s,3H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001642
4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(310mg，1.15mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末状的所需产物(220mg，75％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ7.69(m,2H),7.40(d,J＝8.1Hz,1H),7.32(t,J＝9.0Hz,2H),7.21(t,J＝7.2Hz,1H),7.07(d,J＝7.2Hz,1H),6.92(s,1H)。C15H10FNO2的MS(ESI-):254.05[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001651
(5-(4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向4-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(52mg，0.2mmol)于无水DMF(1.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(18mg，0.12mmol)和EDC(46mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)-(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(中间体A)(77mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中30-40％EtOAc纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(100mg，80％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ10.00(br,1H),7.62(m,2H),7.29(m,10H),7.17(m,6H),5.52(br,1H),5.02(m,4H),3.82(m,1H),3.48(m,2H),3.15(m,2H),1.54(m,4H)。C36H35FN4O5的MS(ESI+):645.35[M+Na]+。
实施例19.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001661
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(5-(7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(44mg，0.07mmol)于MeOH(5mL)和EtOAc(2mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。将混合物在室温下搅拌。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(17mg，56％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.66(t,J＝8.1Hz,2H),7.33(s,1H),7.25(m,5H),3.71(m,1H),3.63(m,1H),3.48(m,1H),3.00(m,2H),1.86(m,4H)。C20H23FN4O的MS(ESI+):355.20[M+H]+。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001671
7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将7-溴-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(536mg，2mmol)、(4-氟苯基)硼酸(420mg，3mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(10/4/4mL)中的混合物脱气并加入Pd(PPh3)4(100mg，0.09mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并用EtOAc萃取，然后用盐水洗涤并在减压下浓缩。粗产物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(320mg，57％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.89(br,1H),7.69(d,J＝8.4Hz,1H),7.60(m,1H),7.58(m,1H),7.23(m,5H),4.40(q,J＝6.9Hz,2H),1.41(t,J＝6.9Hz,3H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001672
7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(270mg，0.95mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下。将其在减压下浓缩并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈灰白色粉末的产物(110mg，45％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。C15H10FNO2的MS(ESI-):254.05[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001681
(5-(7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向7-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(51mg，0.2mmol)于无水DMF(1.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(18mg，0.12mmol)和EDC(46mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)-(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(中间体A)(77mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中30-40％EtOAc纯化，得到呈灰白色粉末状的产物(55mg，44％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.26(br,1H),7.59(m,1H),7.50(m,2H),7.40(m,1H),7.26(m,1H),7.21(m,10H),7.17(m,2H),6.99(m,1H),5.52(br,1H),5.04(m,4H),3.84(m,1H),3.47(m,2H),3.17(m,2H),1.46(m,4H)。C36H35FN4O5的MS(ESI+):645.30[M+Na]+。
实施例20.制备氯化(R)-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001691
氯化(R)-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
向(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(134mg，0.24mmol)(中间体E)于MeOH(3mL)中的溶液中加入0.5mL 4N HCl的二噁烷溶液。将反应在室温下搅拌过夜。将反应混合物在减压下浓缩并且残余物用EtOAc湿磨，得到呈白色固体状的所需产物(83mg，81％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.77(s,1H),8.99-8.97(m,1H),8.29(s,3H),8.02(s,3H),7.68-7.61(m,4H),7.34-7.25(m,4H),3.55-3.46(m,2H),3.33(m,1H),2.80-2.72(m,2H),1.70-1.58(m,4H)。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
Figure BDA0002266282850001692
(5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
向含6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(77mg，0.31mmol)的DMF(3mL)加入DIPEA(0.104mL，0.62mmol)、HOBT(25mg，0.18mmol)、EDC(70mg，0.36mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体E)(95mg，0.31mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并使用ISCO硅胶柱色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(134mg，78％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.41(s,1H),7.70-7.56(m,4H),7.39-7.32(m,2H),7.15-7.10(m,2H),6.94(s,1H),4.83-4.64(m,2H),3.83(m,1H),3.52(m,2H),3.16-3.14(m,2H),1.62-1.56(m,4H),1.45-1.42(m,18H)。
实施例21.制备氯化(S)-4-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)丁烷-1,3-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001701
氯化(S)-4-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)丁烷-1,3-二胺内盐
向(4-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(65mg，0.12mmol)于MeOH(1mL)中的溶液中加入0.3mL 4N HCl的二噁烷溶液。将反应在室温下搅拌过夜。将残余物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈白色固体状的所需产物(41mg，83％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.79(s,1H),9.09-0.08(m,1H),8.50(s,3H),8.18(s,3H),7.70-7.61(m,4H),7.38-7.25(m,4H),3.61-3.49(m,3H),2.99(m,2H),1.97(m,2H)。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
Figure BDA0002266282850001711
(4-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向含6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(81mg，0.32mmol)的DMF(3mL)加入DIPEA(0.111mL，0.64mmol)、HOBT(26mg，0.20mmol)、EDC(74mg，0.39mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入(4-氨基丁烷-1,3-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体G)(96mg，0.32mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并使用ISCO硅胶柱色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的产物(65mg，38％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ11.65(s,1H),8.41(s,1H),7.69-7.59(m,4H),7.32-7.25(m,4H),7.11(s,1H),6.76-6.67(m,2H),3.64(m,1H),3.13-2.85(m,4H),1.59(m,2H)。
实施例22.制备N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
Figure BDA0002266282850001721
N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺二盐酸盐
向(((3R,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(16mg，0.03mmol)于甲醇(10mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将其在H2下搅拌过夜。固体经Celite垫滤去并将滤液在减压下浓缩，得到残余物。使残余物溶于MeOH(1mL)中，加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.1mL)并将其在室温下搅拌过夜，然后在减压下浓缩。将粗产物用EtOAc湿磨并且通过过滤收集白色固体，得到标题化合物(7mg，两步55％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.67(m,5H),7.33(m,1H),7.15(m,3H),4.41(m,1H),3.58(m,3H),2.85-3.14(m,4H),2.23-2.42(m,2H),1.64(m,1H)。
需要的中间体如以下段落中所示来制备。
Figure BDA0002266282850001731
(((3R,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(26mg，0.1mmol)于无水DMF(1.0mL)中的溶液中加入DIPEA(0.04mL，0.2mmol)、HOBt(8.1mg，0.06mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟并加入(((3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(中间体L)(32mg，0.1mmol)。将反应在室温下搅拌过夜。然后其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并经硅胶纯化，得到呈黄色固体状的产物(20mg，35％产率)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.69(d,J＝8.1Hz,1H),7.56-7.62(m,4H),7.24-7.36(m,5H),7.13(m,3H),6.88(s,1H),4.61(m,1H),4.26(m,1H),3.55 9s,2H),3.07(m,3H),2.76(m,1H),2.21(m,2H),1.88(m,2H),1.43(s,9H)。
实施例23.制备氯化(S)-5-(6-(苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯-5-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001732
Figure BDA0002266282850001741
氯化(S)-5-(6-(苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯-5-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
向(5-(6-(苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯-5-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(122mg，0.19mmol)于MeOH(3ml)中的溶液中加入7mg10％钯/碳。将反应在室温下在氢气球下氢化过夜。反应经Celite过滤，用MeOH洗涤并在减压下浓缩。残余物加入0.3ml 4N HCl的二噁烷溶液并搅拌10分钟。将混合物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈黄色固体状的所需产物(65mg，76％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO)δ11.71(s,1H),9.03(s,1H),8.41(s,3H),8.14(s,3H),7.64-7.56(m,2H),7.35-7.26(m,2H)7.18-7.08(m,2H)6.99-6.96(m,1H)6.04(s,2H),3.56(m,4H),2.80(m,2H),1.72(m,4H)。
所需的中间体如下制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001742
(5-(6-(苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯-5-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯
向含6-(苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯-5-基)-1H-吲哚-2-甲酸(50mg，0.18mmol)的DMF(1ml)加入DIPEA(0.062mL，0.36mmol)、HOBT(15mg，0.11mmol)、EDC(42mg，0.22mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二苯甲酯(胺中间体A)(70mg，0.18mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并使用ISCO硅石色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈黄色固体状的所需产物(61mg，52％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO)δ11.58(s,1H),8.43(s,1H),7.64-7.54(m,2H),7.29-7.09(m,14H)7.00-6.97(m,2H)6.99-6.96(m,1H)6.04(s,2H),4.99-4.96(m,4H)3.69(m,1H),2.96(m,4H),1.47-1.40(m,4H)。
实施例24.制备氯化(R)-5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001751
氯化(R)-5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
向(5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(79mg，0.14mmol)于MeOH(1ml)中的溶液中加入0.3ml 4N HCl的二噁烷溶液。将反应在室温下搅拌过夜。将残余物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈棕色固体状的所需产物(40mg，33％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO)δ11.74(s,1H),9.00(s,1H),8.33(s,3H),8.07(s,3H),7.86(s,1H),7.71-7.67(m,2H)7.51-7.47(m,2H)7.37-7.36(d,1H)7.27-7.21(m,2H)3.55-3.53(m,2H),2.81-2.79(m,2H),1.71-1.34(m,5H)。
所需的中间体如下制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001761
(5-(5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯
向含5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(127mg，0.50mmol)的DMF(3ml)加入DIPEA(0.173mL，1.00mmol)、TBTU(97mg，0.30mmol)、EDC(115mg，0.60mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(胺中间体E)(157mg，0.50mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并使用ISCO硅石色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的所需产物(79mg，30％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.30(s,1H),7.77(s,1H),7.59-7.54(m,2H),7.47-7.31(m,3H),7.15-7.09(m,2H)6.95-6.91(m,1H)4.81-4.64(m,2H),3.84(m,1H),3.52-3.40(m,2H),3.17-3.13(m,2H),1.63-1.55(m,4H),1.49-1.35(m,18H)
实施例25.制备氯化(4S)-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-1,4-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001771
氯化(4S)-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-1,4-二胺内盐
向((4S)-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-1,4-二基)二氨基甲酸二苯甲酯(130mg，0.21mmol)于MeOH(1ml)中的溶液中加入20mg 10％钯/碳。将反应在氢气球下在室温下氢化过夜。反应物经celite过滤，用MeOH洗涤并在减压下浓缩。向残余物加入0.3ml 4N HCl的二噁烷溶液并搅拌10分钟。将混合物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈白色固体状的产物(50mg，56％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO)δ11.76(s,1H),8.89-8.79(m,1H),8.42-8.29(s,3H),8.06(s,3H),7.66-7.60(m,4H),7.42-7.24(m,4H)4.33(s,1H)3.77-3.74(s,1H),2.77-2.73(m,2H),1.72(m,4H),1.27-1.25(m,3H)。
所需的中间体如下制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001781
((4S)-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-1,4-二基)二氨基甲酸二苯甲酯
向含6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(86mg，0.33mmol)的DMF(2ml)加入DIPEA(0.114mL，0.66mmol)、HOBT(27mg，0.20mmol)、EDC(76mg，0.40mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入((4S)-5-氨基己烷-1,4-二基)二氨基甲酸二苯甲酯(胺中间体K)(134mg，0.33mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并使用ISCO硅石色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈白色固体状的所需产物(130mg，62％产率)。1HNMR(300MHz,CDCl3)δ9.76-9.70(s,1H),7.67-7.47(m,4H),7.37-7.19(m,10H),7.13-7.07(m,4H),6.92(s,1H),5.29-4.96(m,4H),4.17-4.11(m,1H),3.74-3.61(m,1H)3.25-3.19(m,2H),1.57-1.40(m,4H),1.31-1.12(m,3H)。
实施例26.制备氯化(4S)-1-环丙基-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001791
氯化(4S)-1-环丙基-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二胺内盐
向((4S)-1-环丙基-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(35mg，0.059mmol)于MeOH(1ml)中的溶液中加入0.3ml 4N HCl的二噁烷溶液。将反应在室温下搅拌过夜。将残余物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈黄色固体状的所需产物(12mg，44％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO)δ11.78(s,1H),9.03-9.00(m,1H),8.33(s,3H),8.16(s,3H),7.70-7.60(m,4H),7.36-7.22(m,4H)3.68-3.52(m,3H),2.56-2.41(m,1H),1.90-1.81(m,4H),0.87(m,1H),0.52-0.36(m,4H)。
所需的中间体如下制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001801
((4S)-1-环丙基-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向含6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(30mg，0.084mmol)的DMF(1ml)加入DIPEA(0.029mL，0.17mmol)、HOBT(7mg，0.051mmol)、EDC(19mg，0.10mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入((4S)-5-氨基-1-环丙基戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(胺中间体J)(34mg，0.084mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并使用ISCO硅石色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈黄色固体状的所需产物(35mg，70％产率)。1HNMR(300MHz,CDCl3)δ9.55(s,1H),7.68(d,1H),7.61-7.57(m,5H),7.34-7.32(m,2H),7.19-7.05(m,2H)6.98-6.95(d,1H)4.55(m,1H),3.56-3.33(m,2H),2.92(m,1H),1.67-1.50(m,4H),1.49-1.15(m,18H),0.76-0.71(m,1H),0.51-0.22(m,4H)。
实施例27.制备氯化(2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-2,5-二胺内盐
Figure BDA0002266282850001811
氯化(2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-2,5-二胺内盐
向((2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(57mg，0.10mmol)于MeOH(1ml)中的溶液中加入0.3ml 4N HCl的二噁烷溶液。将反应在室温下搅拌过夜。将残余物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈黄色固体状的所需产物(27mg，62％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO)δ11.78(s,1H),9.02(s,1H),8.34(s,3H),8.12(s,3H),7.69-7.60(m,4H),7.36-7.25(m,4H)3.55-3.14(m,4H),1.73(m,4H),1.18(m,3H)。
所需的中间体如下制备。
步骤1)
Figure BDA0002266282850001812
((2S)-1-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)己烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向含6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(60mg，0.18mmol)的DMF(2ml)加入DIPEA(0.064mL，0.36mmol)、HOBT(16mg，0.12mmol)、EDC(42mg，0.22mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟。加入((2S)-1-氨基己烷-2,5-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(胺中间体I)(74mg，0.18mmol)并在室温下搅拌反应过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并用15％LiCl和盐水洗涤。有机层经硫酸钠干燥并过滤。然后在减压下浓缩滤液并且残余物使用ISCO硅石色谱法(0-100％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈黄色固体状的所需产物(57mg，56％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.94(s,1H),7.67-7.56(m,5H),7.54-7.30(m,1H)7.23-7.03(m,2H)6.99-9.97(m,1H),5.11-4.94(m,1H),4.44-4.41(m,1H),4.08-3.52(m,4H),1.43-1.28(m,22H),1.26-1.08(d,3H)。
实施例28.制备N-((2S)-2,5-二氨基-5-环丙基戊基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001821
N-((2S)-2,5-二氨基-5-环丙基戊基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向((4S)-1-环丙基-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(50mg，0.08mmol)于甲醇(5mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4N，0.3mL)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，然后在减压下浓缩。将粗产物用EtOAc湿磨并通过过滤收集白色固体，得到呈白色固体状的所需产物(21mg，54％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.79-7.59(m,4H),7.34(m,1H),7.14-7.05(m,3H),3.57-3.30(m,3H),2.40(m,1H),1.80(m,4H),0.81(m,1H),0.52(m,2H),0.26(m,2H)。
Figure BDA0002266282850001831
((4S)-1-环丙基-5-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(36mg，0.14mmol)于无水DMF(2mL)中的溶液中加入DIPEA(0.05mL，0.28mmol)、HOBt(11mg，0.08mmol)和EDC(33mg，0.17mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟并加入((4S)-5-氨基-1-环丙基戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(50mg，0.14mmol)。将反应在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并经硅胶纯化，得到呈灰白色固体状的所需产物(55mg，66％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.37(br,1H),7.69(m,1H),7.60-7.55(m,3H),7.34(m,1H),7.15(m,2H),6.96(m,1H),4.98(br,1H),4.77(m,1H),4.53(m,1H),3.84(m,1H),3.52(m,2H),3.28(m,1H),2.93(m,1H),1.66(m,5H),1.58(s,9H),1.42(s,9H),0.80(m,1H),0.56(m,2H),0.25(m,2H)。
实施例29.制备N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001841
N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
在H2(55psi)下向N-(((2S,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺(200mg，0.44mmol)于THF(30mL)中的溶液中加入雷尼镍(200mg，50％于水中)过夜。反应进展由LC-MS来监测。反应完成后，通过Celite塞，去除催化剂并用MeOH洗涤。将滤液在减压下浓缩，得到胺中间体。使此中间体溶于MeOH(20mL)中。然后在H2(55psi)下加入Pd/C(30mg，碳上10％)过夜。反应完成后，由LC-MS监测。通过过滤去除催化剂，将滤液在减压下浓缩，得到粗产物，其经ISCO使用C18柱纯化。用水/MeOH洗脱，得到呈游离碱形式的所需产物。使游离碱产物溶于MeOH(10mL)中，加入4N HCl的二噁烷溶液(0.5mL)。在室温下搅拌1小时后，在减压下去除溶剂并且残余物用EtOAc湿磨，得到呈灰白色固体状的所需产物(124mg，64％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.59(d,J＝8.4Hz,1H),7.49(m,3H),7.24(d,J＝8.1Hz,1H),7.03(t,J＝8.7Hz,2H),6.95(s,1H),3.71(m,1H),3.51(m,2H),3.39(m,1H),3.01-2.87(m,3H),2.57(m,1H),2.31(m,1H),1.40(m,1H)。LC-MS 367.20[M+H+]。
Figure BDA0002266282850001851
N-(((2S,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(276mg，1.08mmol)、(3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(212mg，0.99mmol)、EDC(227mg，1.18mmol)、HOBt(80mg，0.59mmol)于DMF(5mL)中的混合物加入DIPEA(0.35mL，1.97mol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。在搅拌下向反应混合物逐滴加入水并通过过滤收集形成的固体。空气干燥，然后硅胶柱纯化，得到呈浅黄色固体状的所需化合物(270mg，60％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.19(bs,1H),7.73(d,J＝9.0Hz,1H),7.62-7.55(m,3H),7.39-7.26(m,6H),7.18-7.07(m,3H),6.77(m,1H),4.07(d,1H),3.83(m,1H),3.50-3.46(m,2H),3.31(d,J＝9.9Hz,1H),3.01(m,2H),2.57(m,1H),2.41(m,1H),2.14(m,1H)。
实施例30.制备N-(((2S,4S)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001861
N-(((2S,4S)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
在H2(55psi)下向N-(((2S,4R)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺(200mg，0.44mmol)于THF(30mL)中的溶液中加入雷尼镍(200mg，50％于水中)过夜。反应进展由LC-MS来监测。反应完成后，通过Celite塞，去除催化剂并用MeOH洗涤。将滤液在减压下浓缩，得到胺中间体。使此中间体溶于MeOH(20mL)中。加入Pd/C(30mg，碳上10％)并在H2(55psi)下搅拌反应混合物过夜。通过LC-MS监测，确定反应完成。通过过滤去除催化剂并将滤液在减压下浓缩，得到粗产物，其经ISCO使用C18柱纯化。用水/MeOH洗脱，得到呈游离碱形式的产物。使游离碱产物溶于MeOH(5mL)中，向其中加入4N HCl的二噁烷溶液(0.5mL)。在室温下搅拌1小时后，去除溶剂并且残余物用EtOAc湿磨，得到呈灰白色固体状的所需产物(135mg，70％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.58(d,J＝8.7Hz,1H),7.50(m,2H),7.23(d,J＝8.1Hz,1H),7.03(t,J＝9.0Hz,2H),6.94(s,1H),3.78(m,1H),3.48(m,3H),2.95-2.82(m,3H),2.61(m,1H),1.99-1.86(m,2H)。LC-MS 367.20[M+H+]。
Figure BDA0002266282850001871
N-(((2S,4R)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(276mg，1.08mmol)、(3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(212mg，0.99mmol)、EDC(227mg，1.18mmol)、HOBt(80mg，0.59mmol)于DMF(5mL)中的混合物加入DIPEA(0.35mL，1.97mol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。在搅拌下向反应混合物逐滴加入水并通过过滤收集形成的固体。空气干燥，然后硅胶柱纯化，得到呈灰白色固体状的所需产物(250mg，56％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.29(bs,1H),7.71(d,J＝9.0Hz,1H),7.62-7.57(m,3H),7.37-7.31(m,6H),7.14(t,J＝8.1Hz,2H),6.79(m,1H),6.53(m,1H),4.02(d,J＝13.5Hz,1H),3.83(m,1H),3.54(d,J＝13.5Hz,1H),3.35(m,1H),3.12(m,2H),2.95(m,1H),2.64(t,1H),2.30(m,1H),2.15(m,1H)。
实施例31.制备N-(((2R,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001881
N-(((2R,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
在H2(55psi)下向N-(((2R,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺(120mg，0.27mmol)于THF(20mL)中的溶液中加入雷尼镍(120mg，50％于水中)过夜。反应进展由LC-MS来监测。反应完成后，通过Celite塞，去除催化剂并用MeOH洗涤。将滤液在减压下浓缩，得到胺中间体。使此中间体溶于MeOH(20mL)中。加入Pd/C(30mg，碳上10％)并将反应混合物在H2(55psi)下搅拌过夜。通过LC-MS监测，确定反应完成。通过过滤去除催化剂，将滤液在减压下浓缩，得到粗产物，其经ISCO使用C18柱纯化。用水/MeOH洗脱，得到呈游离碱形式的所需产物。使游离碱产物溶于MeOH(2mL)中，向其中加入4N HCl的二噁烷溶液(0.2mL)。在室温下搅拌1小时后，去除溶剂并且残余物用EtOAc湿磨，得到呈米色固体状的所需产物(42mg，36％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.50(d,J＝8.4Hz,1H),7.43-7.36(m,3H),7.14(d,J＝8.1Hz,1H),6.97(t,J＝8.7Hz,2H),6.86(s,1H),3.81(m,1H),3.49(m,3H),2.96-2.86(m,3H),2.63(m,1H),1.98-1.85(m,2H)。LC-MS 367.20[M+H+]。
Figure BDA0002266282850001891
N-(((2R,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(140mg，0.54mmol)、(3S,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(110mg，0.51mmol)、EDC(120mg，0.61mmol)、HOBt(41mg，0.31mmol)于DMF(5mL)中的混合物加入DIPEA(0.19mL，1.02mol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。在搅拌下向反应混合物逐滴加入水并通过过滤收集形成的固体。空气干燥，然后硅胶柱纯化，得到呈淡黄色固体状的所需产物(150mg，65％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.22(bs,1H),7.71(d,J＝9.0Hz,1H),7.62-7.57(m,3H),7.37-7.31(m,6H),7.14(t,J＝8.1Hz,2H),6.79(m,1H),6.53(m,1H),4.02(d,J＝13.5Hz,1H),3.83(m,1H),3.54(d,J＝13.5Hz,1H),3.35(m,1H),3.10(m,2H),2.95(m,1H),2.65(t,1H),2.30(m,1H),2.15(m,1H)。
实施例32.制备N-(((2R,4S)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001901
N-(((2R,4S)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
在H2(55psi)下向N-(((2R,4R)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺(114mg，0.25mmol)于THF(30mL)中的溶液中加入雷尼镍(110mg，50％于水中)过夜。反应进展由LC-MS来监测。反应完成后，通过Celite塞，去除催化剂并用MeOH洗涤。将滤液在减压下浓缩，得到胺中间体。使此中间体溶于MeOH(20mL)中。然后在H2(55psi)下加入Pd/C(30mg，碳上10％)过夜。反应进展由LC-MS来监测。在反应完成后，通过过滤去除催化剂并将滤液在减压下浓缩，得到粗产物，其经ISCO使用C18柱纯化。用水/MeOH洗脱，得到呈游离碱形式的所需产物。使游离碱产物溶于MeOH(2mL)中，向其中加入4N HCl的二噁烷溶液(0.2mL)。在室温下搅拌1小时后，去除溶剂并且残余物用EtOAc湿磨，得到呈黄色固体状的所需产物(32mg，29％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.59(d,J＝8.4Hz,1H),7.52(m,3H),7.25(d,J＝8.1Hz,1H),7.03(t,J＝8.7Hz,2H),6.96(s,1H),3.76(m,1H),3.52(m,2H),3.44(m,1H),3.01-2.92(m,3H),2.58(m,1H),2.31(m,1H),1.44(m,1H)。LC-MS367.20[M+H+]。
Figure BDA0002266282850001911
N-(((2R,4R)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(140mg，0.54mmol)、(3R,5R)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(110mg，0.51mmol)、EDC(120mg，0.61mmol)、HOBt(41mg，0.31mmol)于DMF(5mL)中的混合物加入DIPEA(0.19mL，1.02mol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。在搅拌下向反应混合物逐滴加入水并通过过滤收集形成的固体。空气干燥，然后硅胶柱纯化，得到呈浅黄色固体状的所需产物(131mg，57％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.79(bs,1H),7.72(d,J＝9.0Hz,1H),7.60-7.55(m,3H),7.37-7.26(m,6H),7.14-7.08(m,3H),6.87(m,1H),4.07(d,1H),3.89-3.82(m,1H),3.50-3.43(m,2H),3.28(d,J＝9.9Hz,1H),2.97(m,2H),2.55(m,1H),2.39(m,1H),2.12(m,1H)。
实施例33.制备N-((5-氨基哌啶-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001921
N-((5-氨基哌啶-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(1-苯甲基-6-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)-1,4,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(20mg，0.04mmol)于甲醇(10mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将其在H2下搅拌过夜。固体经Celite垫滤去并将滤液在减压下浓缩，得到残余物。使残余物溶于MeOH(1mL)中，向其中加入HCl的二噁烷溶液(4N，0.1mL)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，然后在减压下浓缩。粗产物用EtOAc湿磨并通过过滤收集白色固体，得到标题化合物(7.1mg，两步44％产率)。LC-MS 367.25[M+H+]。
Figure BDA0002266282850001922
(1-苯甲基-6-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)-1,4,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(14mg，0.06mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.01mL，0.10mmol)、HOBt(5mg，0.03mmol)和EDC(10mg，0.06mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟并加入(6-(氨基甲基)-1-苯甲基-1,4,5,6-四氢吡啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(15mg，0.05mmol)。将反应物在室温下搅拌过夜。然后其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并经硅胶纯化，得到呈白色固体状的所需产物(21mg，80％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)9.31(br.s,1H),7.73(d,J＝8Hz,1H),7.62-7.57(m,3H),7.40-7.26(m,6H),7.17-7.11(m,,2H),6.92(br.s,1H),6.85(s,1H),5.81(s,1H),5.58(s,1H),3.80-3.65(m,3H),3.44-3.11(m,4H),2.49-2.44(m,1H),1.97(m,1H),1.45(s,9H)。
实施例34.制备N-((4-氨基哌啶-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001931
N-((4-氨基哌啶-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向(1-苯甲基-6-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.05mmol)于甲醇(10mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将其在H2下搅拌过夜。固体经Celite垫滤去并将滤液在减压下浓缩，得到残余物。使残余物溶于MeOH(2mL)中，向其中加入HCl的二噁烷溶液(4N，0.1mL)。将反应混合物在室温下搅拌过夜，然后在减压下浓缩。粗产物用EtOAc湿磨并通过过滤收集白色固体，得到标题化合物(12mg，两步50％产率)。1H NMR(300MHz,MeOD)7.70-7.64(m,4H),7.34(d,J＝9Hz,1H),7.19-7.14(m,3H),3.71-3.47(m,4H),3.29-3.18(m,2H),2.39-2.24(m,2H),2.00-1.76(m,2H)。LC-MS 367.25[M+H+]。
Figure BDA0002266282850001941
(1-苯甲基-6-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(28mg，0.11mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.02mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(20mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌5分钟并加入(6-(氨基甲基)-1-苯甲基-1,2,3,6-四氢吡啶-4-基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.10mmol)。将反应在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc稀释并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并经硅胶纯化，得到呈白色固体状的所需产物(38mg，73％产率)。LC-MS 555.40[M+H+]。
实施例35.制备(S)-6-苯甲基-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001951
(S)-6-苯甲基-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(6-苯甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(15mg，0.027mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL，0.4mmol)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(10mg，87％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.47(d,J＝8.4Hz,1H),7.22(m,2H),7.20(m,1H),7.18(m,2H),7.10(m,2H),6.89(dd,J＝8.4,1.5Hz,1H),3.99(s,2H),3.63(m,1H),3.57(m,1H),3.42(m,1H),2.95(m,2H),1.80(m,4H)。MS:C21H26N4O的计算值351.21[M+H+],实验值351.10[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850001952
6-溴-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯
向6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.07g，4.2mmol)于二氯甲烷(50mL)中的溶液中加入Boc2O(1.29g，5.9mmol)和DMAP(100mg，0.8mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。TLC分析显示无起始物质留下。将反应混合物用EtOAc萃取并用NH4Cl溶液和盐水洗涤。浓缩后，将其再结晶，得到白色晶体(1.13g，76％)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001961
6-苯甲基-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯
将6-溴-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(0.315g，1mmol)、苯甲基硼酸(0.25g，1.2mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(20/5/5mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(60mg，0.13mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜。将冷却的反应混合物用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(10-30％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(0.16g，44％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.09(d,J＝8.4Hz,1H),7.61(d,J＝8.4Hz,1H),7.42(t,J＝8.4Hz,1H),7.30-7.15(m,6H),7.09(s,1H),3.92(s,2H),1.63(s,9H)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001962
6-苯甲基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-苯甲基-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(160mg，0.97mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(4M，5mL)。将其在50℃下加热。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈白色粉末状的产物(18mg，16％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。MS:C16H13NO2的计算值250.09[M-H]-,实验值250.10[M-H]-。
步骤4)
Figure BDA0002266282850001971
(S)-(5-(6-苯甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-苯甲基-1H-吲哚-2-甲酸(18mg，0.072mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(32mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中30-45％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(19mg，48％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.27(br,1H),7.55(t,J＝8.4Hz,1H),7.30-7.15(m,6H),7.10(t,J＝8.4Hz,1H),6.86(s,1H),5.91(br,1H),4.82(br,1H),4.64(br,1H),4.13(s,2H),3.81(m,1H),3.48(m,2H),3.13(m,2H),1.61(m,4H),1.46(s,9H),1.43(s,9H)。
实施例36.制备(S)-6-环丙基-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850001972
Figure BDA0002266282850001981
(S)-6-环丙基-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(6-环丙基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(40mg，0.08mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.2mL，0.8mmol)。将其在室温下搅拌，直至无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈白色粉末状的沉淀(28mg，94％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.68(d,J＝8.1Hz,1H),7.60(d,J＝8.1Hz,1H),7.32(s,1H),7.16(s,1H),6.99(d,J＝8.1,1H),3.76(m,1H),3.67(m,1H),3.59(m,1H),3.07(m,2H),2.09(m,1H),1.83(m,4H),1.04(m,2H),0.78(m,2H)。MS:C23H28N4O的计算值300.23 21[M+H]+,实验值300.20[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850001982
6-环丙基-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯
将6-溴-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(0.71g，2mmol)、环丙基硼酸(0.35g，4mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(20/6/6mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(100mg，0.12mmol)。将反应混合物在105℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(0-5％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(0.17g，27％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.82(s,1H),7.61(d,J＝8.4Hz,1H),7.06(s,1H),7.00(d,J＝8.4Hz,1H),2.02(m,1H),1.61(s,9H),1.00(m,2H),0.78(m,2H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850001991
6-环丙基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-环丙基-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(420mg，0.97mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(4M，5mL)。在50℃下加热反应混合物。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其用ISCO C18柱色谱法，使用水中15-30％MeOH作为洗脱剂纯化，得到呈白色粉末状的产物(100mg，37％产率)，其未经进一步纯化即用于下一反应步骤。MS:C12H11NO2的计算值200.09[M-H]-,实验值200.10[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850001992
(S)-(5-(6-环丙基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-苯甲基-1H-吲哚-2-甲酸(18mg，0.072mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(32mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中30-45％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(19mg，48％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.26(br,1H),7.49(d,J＝8.4Hz,1H),7.26(m,1H),7.14(s,1H),6.86(s,1H),4.85(br,1H),4.66(br,1H),4.13(s,2H),3.81(m,1H),3.48(m,2H),3.12(m,2H),2.00(m,1H),1.61(m,4H),1.46(s,9H),1.43(s,9H),0.99(m,2H),0.72(m,2H)。
实施例37.制备(R)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002001
(R)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(R)-(5-(6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(19mg，0.032mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.15mL，0.6mmol)。将混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈浅棕色粉末状的沉淀(13mg，87％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.72(m,2H),7.33(s,1H),7.48(t,J＝8.7Hz,2H),7.17(s,1H),6.87(s,1H),4.05(s,3H),3.72(m,1H),3.65(m,1H),3.61(m,1H),3.09(m,2H),1.86(m,4H)。MS:C21H25FN4O2的计算值385.20[M+H]+,实验值385.20[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002011
6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将6-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(56mg，0.2mmol)、(4-氟苯基)硼酸(56mg，0.4mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(5/1/1mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(30mg，0.037mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜。将冷却的反应混合物用EtOAc萃取，用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅石柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(42mg，70％产率)。MS:C17H14FNO3的计算值300.10[M+H]+,实验值300.10[M+H]+。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002021
6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(42mg，0.14mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将其在65℃下加热，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈浅棕色粉末状的产物(20mg，50％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。MS:C16H12FNO3的计算值284.08[M-H]-,实验值284.00[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002022
(R)-(5-(6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(15mg，0.053mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.018mL，0.1mmol)、HOBt(5mg，0.03mmol)和EDC(12mg，0.06mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(R)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体E)(17mg，0.053mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(19mg，61％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.29(br,1H),7.57(m,2H),7.15(s,1H),7.12(m,2H),7.05(s,1H),6.66(s,1H),4.83(br,1H),4.66(br,1H),3.99(s,3H),3.81(m,1H),3.68(m,1H),3.51(m,1H),3.13(m,2H),1.62(m,4H),1.44(s,9H),1.42(s,9H)。
实施例38(YY-2-124).制备6-(4-氟苯基)-N-甲基-N-((3S,5S)-5-(甲基氨甲酰基)吡咯烷-3-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002031
6-(4-氟苯基)-N-甲基-N-((3S,5S)-5-(甲基氨甲酰基)吡咯烷-3-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向N-((3S,5S)-1-苯甲基-5-(甲基氨甲酰基)吡咯烷-3-基)-6-(4-氟苯基)-N-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺(45mg，0.093mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，25mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.05mL)。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈浅黄色粉末状的沉淀(25mg，62％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.86(m,1H),7.78(m,3H),7.52(m,1H),7.29(m,2H),7.09(m,1H),3.73(m,2H),3.37(s,3H),2.85(s,3H),2.42(m,2H),1.42(m,2H)。MS:C22H23FN4O2的计算值395.18[M+H]+,实验值395.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002041
N-((3S,5S)-1-苯甲基-5-(甲基氨甲酰基)吡咯烷-3-基)-6-(4-氟苯基)-N-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(42mg，0.16mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.08mL，0.46mmol)、HOBt(16mg，0.11mmol)和EDC(37mg，0.19mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(2S,4S)-1-苯甲基-N-甲基-4-(甲基氨基)吡咯烷-2-甲酰胺(中间体L)(40mg，0.16mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(25mg，32％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.33(br,1H),7.69(d,J＝8.1Hz,1H),7.56(m,2H),7.31(m,6H),7.13(t,J＝8.4Hz,2H),6.98(s,1H),6.79(br,1H),5.37(br,1H),3.97(d,1H),3.36(m,3H),3.30(s,3H),3.08(m,1H),2.95(m,1H),2.87(s,3H),2.76(m,2H)。MS:C29H29FN4O2的计算值485.23[M+H]+,实验值485.30[M+H]+。
实施例39.制备N-(((2S,4S)-4-((R)-2-氨基-3-甲基丁酰胺基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002051
N-(((2S,4S)-4-((R)-2-氨基-3-甲基丁酰胺基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向((R)-1-(((3S,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)氨基)-3-甲基-1-氧代基丁烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯(20mg，0.031mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并且将HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.15mL)加入残余物中。在室温下搅拌溶液，直至无起始物质留下。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(13mg，80％产率)。MS:C25H30FN5O2的计算值452.24[M+H]+,实验值452.30[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002061
((3S,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(123mg，0.5mmol)于无水DMF(2mL)中的溶液中加入DIPEA(0.17mL，1.0mmol)、HOBt(45mg，0.29mmol)和EDC(110mg，0.6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入((3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(中间体K)(153mg，0.5mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(140mg，52％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.45(br,1H),7.68(d,J＝8.1Hz,1H),7.59(m,2H),7.56(s,1H),7.33(m,1H),7.30(m,5H),7.13(t,J＝8.4Hz,2H),6.85(s,1H),6.66(br,1H),4.85(br,1H),4.33(br,1H),3.81(m,1H),3.58(s,2H),2.67(m,2H),2.50(m,3H),1.62(m,2H),1.43(s,9H)。MS:C32H35FN4O3的计算值485.23[M+H]+,实验值543.40[M+H]+。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002062
N-(((2S,4S)-4-氨基-1-苯甲基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向((3S,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(110mg，0.2mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL，0.4mmol)。将其在室温下搅拌，直至TLC分析显示无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂，得到粗产物(93mg，90％产率)。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002071
((R)-1-(((3S,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)氨基)-3-甲基-1-氧代基丁烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯
向N-(((2S,4S)-4-氨基-1-苯甲基吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺(30mg，0.056mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入Boc-Val-OH(24mg，0.11mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中40-80％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(22mg，62％产率)。MS:C37H44FN5O4的计算值642.34[M+H]+,实验值642.20[M+H]+。
实施例40.制备(S)-3-溴-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002081
(S)-3-溴-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(5-(3-溴-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(30mg，0.052mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL，0.4mmol)。将其在室温下搅拌，直至TLC显示无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(18mg，69％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.80(s,1H),7.67(m,3H),7.62(m,1H),7.22(d,J＝8.4Hz,2H),3.75(m,1H),3.67(m,1H),3.58(m,1H),3.05(m,2H),1.82(m,4H)。MS:C20H22BrFN4O的计算值433.10和435.10[M+H]+,实验值433.15和435.15[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002082
5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将5-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(4.5g，17.7mmol)、(4-氟苯基)硼酸(2.6g，18.6mmol)于甲苯、乙醇和饱和NaHCO3溶液的混合物(100/20/20mL)中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(300mg，0.37mmol)。将反应混合物在105℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且有机层用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(10-30％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(3.5g，73％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.94(br,1H),7.74(d,J＝8.4Hz,1H),7.62(m,3H),7.36(d,J＝8.4Hz,1H),7.24(m,1H),7.15(m,2H),3.96(s,3H)。MS:C16H12FNO2的计算值268.09[M-H]-实验值268.10[M-H]-
步骤2)
Figure BDA0002266282850002091
3-溴-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
向5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(0.27g，1.0mmol)于无水THF(10mL)中的溶液中加入NBS(187mg，1.05mmol)。在50℃下加热反应混合物，直至TLC显示无起始物质留下。反应混合物冷却至室温并在减压下浓缩。将所得沉淀滤去并用THF洗涤，得到呈白色结晶固体状的所需产物(0.34g，98％产率)。其未经进一步纯化即用于下一步反应。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.45(t,J＝8.4Hz,2H),7.41(m,1H),7.19(dd,J＝8.4,1.5Hz,2H),6.95(t,J＝8.4Hz,2H),3.80(s,3H)。MS:C16H11BrFNO2的计算值346.00和347.99[M-H]-,实验值345.85和347.85[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002101
3-溴-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向3-溴-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(340mg，0.97mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将反应混合物在70℃下加热，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(260mg，79％产率)，其未经进一步纯化即用于下一反应步骤。MS:C15H9BrFNO2的计算值331.98和333.98[M-H]-,实验值331.90和333.95[M-H]-。
步骤4)
Figure BDA0002266282850002102
(5-(3-溴-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯
向3-溴-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(34mg，0.1mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(32mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中40-50％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(37mg，58％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.69(br,1H),7.61(m,3H),7.49(m,2H),7.15(t,J＝8.4Hz,2H),4.75(br,1H),4.68(br,1H),3.87(m,1H),3.69(m,1H),3.52(m,1H),3.15(m,2H),1.58(m,4H),1.43(s,9H),1.40(s,9H)。
实施例41.制备(S)-6-(环丙基乙炔基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002111
(S)-6-(环丙基乙炔基)-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(40mg，0.076mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.2mL，0.8mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下。然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈白色粉末状的沉淀(23mg，76％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.45(d,J＝8.4Hz,1H),7.37(s,1H),7.07(s,1H),6.97(d,J＝8.4Hz,1H),3.62(m,1H),3.56(m,1H),3.40(m,1H),2.93(m,2H),1.93(m,4H),1.39(m,1H),0.81(m,2H),0.66(m,2H)。MS:C19H24N4O的计算值325.20[M+H]+,实验值325.20[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002121
6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯
将6-溴-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(0.354g，1mmol)、乙炔基环丙烷(0.39g，5.9mmol)、PPh3(40mg，0.15mmol)、Cs2CO3(0.45g，1.38mmol)于二噁烷中的混合物脱气并且加入CuI(54mg，0.03mmol)和Pd(dppf)Cl2(65mg，0.08mmol)。将反应混合物在85℃下加热过夜并将其用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(0-15％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(0.29g，85％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.14(s,1H),7.47(d,J＝8.4Hz,1H),7.26(d,J＝8.4Hz,1H),7.05(s,1H),3.91(s,3H),1.55(s,9H),1.47(m,1H),0.87(m,2H),0.83(m,2H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002122
6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(320mg，0.97mmol)于THF(10mL)中的溶液中加入NaOH溶液(4M，5mL)。在50℃下加热反应混合物。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤，得到所需呈白色粉末状的产物(180mg，85％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。MS:C14H11NO2的计算值224.08[M-H]-,实验值224.05[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002131
(S)-(5-(6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-苯甲基-1H-吲哚-2-甲酸(25mg，0.11mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(25mg，0.13mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(35mg，0.11mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将冷却的反应混合物用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并且残余物通过硅胶柱色谱法，使用己烷中0-5％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(44mg，76％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.24(br,1H),7.52(d,J＝8.4Hz,1H),7.45(s,1H),7.13(d,J＝8.4Hz,1H),6.87(s,1H),4.80(br,1H),4.64(br,1H),4.13(s,2H),3.80(m,1H),3.49(m,2H),3.13(m,2H),1.61(m,4H),1.49(m,1H),1.43(s,9H),1.39(s,9H),0.84(m,2H),0.82(m,2H)。
实施例42.制备N-(((2S,4S)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(2-环丙基乙基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002141
N-(((2S,4S)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(2-环丙基乙基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(((3S,5S)-1-苯甲基-5-((6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(40mg，0.076mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL，0.4mmol)。在无起始物质留下后，向反应混合物加入Pd/C(10％，20mg)。然后将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩，得到呈灰白色粉末状的所需产物(23mg，73％产率)。MS:C20H28N4O的计算值341.23[M+H]+,实验值341.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
Figure BDA0002266282850002142
(((3S,5S)-1-苯甲基-5-((6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯
向6-(环丙基乙炔基)-1H-吲哚-2-甲酸(45mg，0.2mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(20mg，0.12mmol)和EDC(46mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(((3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(中间体M)(40mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中0-50％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的产物(43mg，65％产率)。1HNMR(300MHz,CDCl3)δ9.53(br,1H),7.54(d,J＝8.4Hz,1H),7.47(s,1H),7.27(m,5H),7.14(d,J＝8.4Hz,1H),6.98(s,1H),4.83(br,1H),4.01(m,1H),3.64(m,2H),3.25(m,1H),3.04(m,1H),2.82(m,1H),2.75(m,1H),2.36(m,1H),2.15(m,2H),1.73(m,2H),1.52(m,1H),1.42(s,9H),1.39(s,9H),0.87(m,2H),0.82(m,2H)。MS:C32H38N4O3的计算值527.29[M+H]+,实验值527.35[M+H]+。
实施例43.制备(S)-3-甲基-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002151
(S)-3-甲基-N-(2,5-二氨基戊基)-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(5-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(26mg，0.045mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.15mL，0.6mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至LC-MS显示无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(15mg，74％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.73(m,3H),7.63(s,1H),7.41(m,1H),7.24(m,2H),3.70(m,1H),3.62(m,1H),3.56(m,1H),3.07(m,2H),2.57(s,3H),1.86(m,4H)。MS:C21H25FN4O的计算值369.20[M+H]+,实验值369.20[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002161
3-甲基-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
将3-溴-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(310mg，0.9mmol)、三甲基环硼氧烷(0.45mL，50％w/w，1.8mmol)于甲苯、乙醇和饱和Na2CO3溶液(10/3/3mL)的混合物中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(60mg，0.07mmol)。将反应混合物在105℃下加热过夜并且将冷却的反应混合物用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅石柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(86mg，34％产率)。MS:C17H14FNO2的计算值282.10[M-H]-,实验值282.15[M-H]-。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002171
3-甲基-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向3-甲基-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(86mg，0.3mmol)于THF(5mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。在60℃下加热反应混合物，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈浅棕色粉末状的产物(60mg，73％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。MS:C16H12FNO2的计算值268.09[M-H]-,实验值268.00[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002172
(S)-(5-(5-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向3-甲基-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(25mg，0.09mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(9mg，0.06mmol)和EDC(24mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(30mg，0.09mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中50-60％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的产物(29mg，57％产率)。MS:C31H41FN4O5的计算值569.31[M+H]+,实验值569.30[M+H]+。
实施例44.制备N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-5-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002181
N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-5-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(((3R,5S)-1-苯甲基-5-((5-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.053mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。在室温下搅拌溶液，直至无起始物质留下。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(16mg，67％产率)。MS:C22H25FN4O的计算值381.20[M+H]+,实验值381.20[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
Figure BDA0002266282850002191
(((3R,5S)-1-苯甲基-5-((5-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯
向3-甲基-5-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(30mg，0.11mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.043mL，0.25mmol)、HOBt(12mg，0.09mmol)和EDC(29mg，0.15mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(((3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(中间体L)(35mg，0.11mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。反应混合物用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的产物(34mg，54％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.14(br,1H),7.74(s,1H),7.58(m,2H),7.43(d,J＝8.4Hz,1H),7.33(m,1H),7.24(m,5H),7.20(m,1H),7.13(t,J＝8.1Hz,2H),6.17(br,1H),4.55(br,1H),4.28(br,1H),3.55(m,2H),3.16(m,1H),3.06(m,2H),2.74(m,1H),2.58(s,3H),2.11(m,2H),1.89(m,2H),1.56(m,2H),1.43(s,9H)。MS:C34H39FN4O3的计算值,571.30[M+H]+,实验值571.30[M+H]+。
实施例45(YY-3-90).制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002192
Figure BDA0002266282850002201
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(40mg，0.07mmol)于MeOH(4mL)中的溶液中加入HCl的溶液(4M二噁烷溶液，0.2mL，0.8mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至LC-MS分析显示无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈棕色粉末状的沉淀(26mg，84％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.71(m,3H),7.65(s,1H),7.22(m,2H),3.73(m,1H),3.64(m,1H),3.59(m,1H),3.06(m,2H),2.49(s,3H),1.83(m,4H)。MS:C21H25FN4O的计算值369.20[M+H]+,实验值369.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002202
6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯
将3-溴-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-1,2-二甲酸甲酯1-叔丁酯2-甲酯(850mg，1.9mmol)、三甲基环硼氧烷(1mL，50％w/w，4mmol)于甲苯、乙醇和饱和Na2CO3溶液的混合物(20/6/6mL)于中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(130mg，0.15mmol)。将反应混合物在105℃下加热过夜并将冷却的反应混合物用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅石柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(185mg，25％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.30(s,1H),7.61(m,3H),7.47(d,J＝8.4Hz,1H),7.14(t,J＝8.1Hz,2H),3.95(s,3H),2.51(s,3H),1.49(s,9H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002211
3-甲基-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向3-甲基-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(180mg，0.3mmol)于THF(5mL)中的溶液中加入NaOH溶液(4M，5mL)。在90℃下加热反应混合物，直至无起始物质留下。在减压下去除THF并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈浅棕色粉末状的产物(106mg，84％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。MS:C16H12FNO2的计算值268.09[M-H]-,实验值268.00[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002212
(S)-(5-(6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向3-甲基-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(54mg，0.2mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.07mL，0.4mmol)、HOBt(18mg，0.12mmol)和EDC(48mg，0.24mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(64mg，0.2mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的产物42mg，37％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.05(br,1H),7.67(d,J＝8.4Hz,1H),7.60(m,2H),7.50(s,1H),7.33(d,J＝8.4Hz,1H),7.13(t,J＝8.1Hz,2H),4.73(br,1H),4.64(br,1H),3.84(m,1H),3.58(m,1H),3.13(m,2H),2.06(s,3H),1.62(m,4H),1.44(s,9H),1.42(s,9H)。MS:C31H41FN4O5的计算值569.31[M+H]+,实验值569.30[M+H]+。
实施例46.制备N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002221
N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-
吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(((3R,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.053mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，20mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并加入HCl溶液(4M二噁烷溶液，0.1mL)。将溶液在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(17mg，71％产率)。MS:C22H25FN4O的计算值381.20[M+H]+,实验值381.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
Figure BDA0002266282850002231
(((3R,5S)-1-苯甲基-5-((6-(4-氟苯基)-3-甲基-1H-吲哚-2-甲酰胺基)甲基)吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯
向3-甲基-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(30mg，0.11mmol)于无水DMF(1mL)中的溶液中加入DIPEA(0.043mL，0.25mmol)、HOBt(12mg，0.09mmol)和EDC(29mg，0.15mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(((3R,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-基)甲基)氨基甲酸叔丁酯(中间体L)(31mg，0.1mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将其用EtOAc萃取并用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅棕色粉末状的产物(32mg，56％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.20(br,1H),7.66(d,J＝8.4Hz,1H),7.60(m,2H),7.51(s,1H),7.35(m,5H),7.33(d,J＝8.4Hz,1H),7.13(t,J＝8.1Hz,2H),6.13(br,1H),4.58(br,1H),4.28(br,1H),3.57(m,2H),3.16(m,1H),3.08(m,2H),2.77(m,1H),2.49(s,3H),2.11(m,2H),1.91(m,2H),1.50(m,2H),1.44(s,9H)。MS:C34H39FN4O3的计算值,571.30[M+H]+,实验值571.40[M+H]+。
实施例47.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002241
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(15mg，0.026mmol)于MeOH(2mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.1mL，0.4mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。反应混合物的TLC分析显示无起始物质留下。将反应混合物在减压下浓缩并用EtOAc湿磨，得到呈灰白色固体状的所需产物(8mg，69％产率)。1H NMR(300MHz,CD3OD)δ7.71(m,3H),7.60(s,1H),7.44(d,J＝8.4Hz,1H),7.22(m,2H),3.72(m,1H),3.64(m,1H),3.59(m,1H),3.05(m,2H),1.83(m,4H)。C20H22F2N4O的计算值373.18[M+H+],实验值373.25[M+H+]。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002251
6-溴-1H-吲哚-2-甲酸乙酯
向6-溴-1H-吲哚-2-甲酸(5.0g，20.8mmol)于MeOH(100mL)中的悬浮液非常缓慢地加入SOCl2(2.26mL，31mmol)。将混合物在回流下加热，直至TLC分析显示无起始物质留下。在减压下去除溶剂且在干燥后收集呈棕色粉末状的粗产物(5.52g，99％产率)。其未经纯化即用于下一步。MS:C11H11BrNO2的计算值265.99和267.99[M-H-],实验值265.95和267.95[M-H-]。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002252
6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸乙酯
将6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(3.60g，13.40mmol)、(4-氟苯基)硼酸(2.82g，20.14mmol)于甲苯、乙醇和饱和Na2CO3溶液(60/15/15mL)的混合物中的混合物脱气并加入Pd(dppf)Cl2(250mg，0.31mmol)。将反应混合物在110℃下加热过夜。将冷却的反应混合物用EtOAc萃取并且用盐水洗涤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法(10-30％乙酸乙酯/己烷)纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(2.85g，75％产率)。MS:C17H14FNO2的计算值284.10[M+H+],实验值284.10[M+H+]。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002261
3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸乙酯
在0℃下向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(269mg，1mmol)于乙腈中的溶液中加入Selectfluor(354mg，1mmol)。然后将其在0℃下搅拌并升温至室温。将其在减压下浓缩并使用硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色粉末状的所需产物(50mg，17％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.38(br,1H),7.75(d,J＝8.4Hz,1H),7.71(m,2H),7.46(s,1H),7.37(d,J＝8.4Hz,1H),7.17(m,2H),4.42(q,J＝7.8Hz,2H),1.43(t,J＝7.8Hz,3H)。
步骤4)
Figure BDA0002266282850002262
3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸
向3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(0.48g，0.16mmol)于EtOH(5mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，5mL)。将反应混合物在室温下搅拌，直至无起始物质留下。在减压下去除EtOH并且残余物用1N HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。其经ISCO使用C18柱，利用MeOH和水作为洗脱剂纯化，得到呈灰白色粉末的产物(30mg，69％产率)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.00(br,1H),7.56(d,J＝8.4Hz,1H),7.52(m,2H),7.45(s,1H),7.21(d,J＝8.4Hz,1H),7.04(m,2H)。
步骤5)
Figure BDA0002266282850002271
(S)-(5-(3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(14mg，0.05mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.018mL，0.1mmol)、HOBt(8mg，0.05mmol)和EDC(12mg，0.06mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(S)-(5-氨基戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(18mg，0.05mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将反应混合物用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法，利用己烷中30-40％乙酸乙酯纯化，得到呈白色固体状的产物(16mg，56％产率)。MS:C30H38F2N4O5的计算值573.28[M+H]+,实验值573.40[M+H]+。
实施例48.制备N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002281
N-(((2S,4R)-4-(氨基甲基)吡咯烷-2-基)甲基)-3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
在H2(55psi)下向N-(((2S,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺(110mg，0.23mmol)于THF(20mL)中的溶液中加入雷尼镍(110mg，50％于水中)过夜。反应进展由LC-MS来监测。反应完成后，通过Celite塞，去除催化剂并用MeOH洗涤。将滤液在减压下浓缩，得到胺中间体。使此中间体溶于MeOH(20mL)中。然后在H2(55psi)下加入Pd/C(30mg，碳上10％)过夜。在如通过LC-MS监测指示反应完成后，通过过滤去除催化剂。将滤液在减压下浓缩，得到粗产物，其经ISCO使用C18柱纯化。用水/MeOH洗脱，得到呈游离碱形式的所需产物。使游离碱产物溶于MeOH(2mL)中，加入4N HCl的二噁烷溶液(0.2mL)。在室温下搅拌1小时后，去除溶剂并且将残余物用EtOAc湿磨，得到呈米色固体状的所需产物(36mg，34％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.54(d,J＝8.1Hz,1H),7.47(m,2H),7.28(m,1H),7.18(m,2H),6.98(s,1H),3.76(m,1H),3.51(m,2H),3.43(m,1H),3.01-2.93(m,3H),2.60(m,1H),2.32(m,1H),1.43(m,1H)。LC-MS 385.20[M+H+]。
Figure BDA0002266282850002291
N-(((2S,4S)-1-苯甲基-4-氰基吡咯烷-2-基)甲基)-3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺
向3-氟-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(210mg，0.77mmol)、(3S,5S)-5-(氨基甲基)-1-苯甲基吡咯烷-3-甲腈(166mg，0.77mmol)、EDC(176mg，0.92mmol)、HOBt(62mg，0.46mmol)于DMF(5mL)中的混合物加入DIPEA(0.28mL，1.54mol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。在搅拌下向反应混合物逐滴加入水并通过过滤收集形成的固体。空气干燥，并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈浅黄色固体状的所需产物(150mg，41％产率)。LC-MS 471.20[M+H+]。
实施例49.制备(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002292
(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(5-(6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯(35mg，0.06mmol)于MeOH(4mL)中的溶液中加入HCl的二噁烷溶液(4M二噁烷溶液，0.2mL，0.8mmol)。将反应混合物在室温下搅拌，直至LC-MS显示无起始物质留下，然后在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈棕色粉末状的沉淀(19mg，70％产率)。1HNMR(300MHz,D2O)δ7.73(d,J＝8.1Hz,1H),7.17(s,1H),7.15(m,2H),7.00(m,3H),6.95(d,J＝8.1Hz,1H),3.73(m,1H),3.64(m,1H),3.59(m,1H),3.05(m,2H),1.84(m,4H)。MS:C20H23FN4O2的计算值371.18[M+H]+,实验值371.25[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
步骤1)
Figure BDA0002266282850002301
6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯
将6-溴-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(71mg，0.2mmol)、4-氟苯酚(34mg，0.3mmol)、Cs2CO3(100mg，0.3mmol)和2-(二甲基氨基)乙酸HCl盐(9mg，0.006mmol)于二噁烷中的混合物脱气并且然后加入CuI(8mg，0.04mmol)。将反应混合物在100℃下加热过夜并将其用EtOAc稀释并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈灰白色粉末状的所需产物(35mg，45％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.62(d,J＝8.4Hz,1H),7.27(m,1H),7.22-7.15(m,3H),7.02(m,2H),6.91(s,1H),3.94(s,2H),1.56(s,9H)。
步骤2)
Figure BDA0002266282850002302
6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-2-甲酸
向6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(34mg，0.12mmol)于乙醇(3mL)中的溶液中加入NaOH溶液(2M，3mL)。将反应混合物在室温下搅拌。在反应结束后，在减压下去除溶剂并且将残余物用HCl溶液酸化。将沉淀过滤并用水洗涤。将其干燥，得到呈白色粉末状的所需产物(25mg，77％产率)，其未经进一步纯化即用于下一步反应。MS:C15H10FNO3的计算值270.06[M-H]-,实验值270.10[M-H]-。
步骤3)
Figure BDA0002266282850002311
(S)-(5-(6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)戊烷-1,4-二基)二氨基甲酸二叔丁酯
向6-(4-氟苯氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(25mg，0.09mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.035mL，0.2mmol)、HOBt(10mg，0.06mmol)和EDC(23mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(5-氨基戊烷-1,4-二基)(S)-二氨基甲酸二叔丁酯(中间体B)(30mg，0.09mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。然后将其用EtOAc萃取并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。滤液浓缩并通过硅胶柱色谱法，使用己烷中30-45％EtOAc纯化，得到呈浅棕色粉末状的所需产物(36mg，68％产率)。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.07(br,1H),7.57(d,J＝8.4Hz,1H),7.30-7.15(m,4H),6.94(s,1H),6.88(d,J＝8.4Hz,2H),4.77(br,1H),4.62(br,1H),4.13(s,2H),3.80(m,1H),3.50(m,2H),3.15(m,2H),1.61(m,4H),1.47(s,9H),1.41(s,9H)。
实施例50.(S)-N-(1-(4-氨基环己基)吡咯烷-3-基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
Figure BDA0002266282850002321
(S)-N-(1-(4-氨基环己基)吡咯烷-3-基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐
向(S)-(4-(3-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯(25mg，0.06mmol)于MeOH(5mL)中的溶液中加入Pd/C(10％，15mg)。将反应混合物在H2下搅拌过夜。然后其经Celite垫过滤并用甲醇洗涤，然后在减压下浓缩并且加入HCl的二噁烷溶液(4M，0.05mL)。在减压下去除溶剂。将残余物用EtOAc湿磨并且收集呈灰白色粉末状的沉淀(16mg，72％产率)。1H NMR(300MHz,D2O)δ7.76(d,J＝8.4Hz,1H),7.55(s,1H),7.51(m,2H),7.43(d,J＝8.4Hz,1H),7.20(m,2H),7.14(s,1H),3.67(m,2H),3.58(m,1H),3.51(m,2H),3.27(m,2H),2.28(m,4H),2.17(m,2H),1.53(m,4H)。MS:C25H29FN4O的计算值421.23[M+H]+,实验值421.30[M+H]+。
需要的中间体如下制备：
Figure BDA0002266282850002322
(S)-(4-(3-(6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺基)吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯
向6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酸(30mg，0.12mmol)于无水DMF(0.5mL)中的溶液中加入DIPEA(0.10mL，0.6mmol)、HOBt(15mg，0.1mmol)和EDC(30mg，0.15mmol)。将反应混合物在室温下搅拌并加入(S)-(4-(3-氨基吡咯烷-1-基)环己基)氨基甲酸苯甲酯盐酸盐(中间体V)(50mg，0.12mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物用EtOAc稀释并先后用水和盐水洗涤。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱法纯化，得到呈白色固体状的所需产物(16mg，59％产率)。MS:C33H35FN4O3的计算值555.27[M+H]+,实验值555.40[M+H]+。
以下化合物根据上述程序制备。
实施例51.(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-苯基-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002331
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.86(m,4H),7.60(m,2H),7.48(m,2H),7.23(s,1H),3.77(m,1H),3.68(m,1H),3.63(m,1H),3.09(m,2H),1.87(m,4H)。
13C NMR(75MHz,D2O)δ164.22,140.84,137.28,137.22,130.17,128.98,127.27,126.96,126.52,122.50,120.11,109.97,104.89,51.66,40.83,39.09,27.12,23.03。MS:C20H24N4O的计算值337.21[M+H]+,实验值337.20[M+H]+。
实施例52(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(对甲苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002341
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.90(m,2H),7.71(m,2H),7.52(m,2H),7.13(m,1H),7.06(m,1H),3.61-3.42(m,3H),3.04(m,2H),2.73(s,3H),1.79(m,4H)。MS:C21H26N4O的计算值351.21[M+H]+,实验值351.20[M+H]+。
实施例53:(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟-3-甲氧基苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002342
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.66(d,J＝8.4Hz,1H),7.45(s,1H),7.29(d,J＝8.4Hz,1H),7.09(m,3H),7.05(s,1H),3.85(s,3H),3.72(m,1H),3.68(m,1H),3.55(m,1H),3.02(m,2H),1.82(m,4H)。MS:C21H25FN4O2的计算值385.20[M+H]+,实验值385.25[M+H]+。
实施例54.(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟-2-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002343
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.74(d,J＝8.4Hz,1H),7.52(s,1H),7.36(m,2H),7.29(d,J＝8.4Hz,1H),7.18(m,1H),7.17(s,1H),7.09(m,1H),3.73(m,1H),3.63(m,1H),3.58(m,1H),3.03(m,2H),1.81(m,4H)。MS:C20H22ClFN4O的计算值389.15[M+H]+,实验值389.20[M+H]+。
实施例55.(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(3-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002351
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.79(m,1H),7.79(s,1H),7.58-7.41(m,4H),7.18(s,1H),7.12(m,1H),3.73(m,1H),3.68(m,1H),3.53(m,1H),3.02(m,2H),1.82(m,4H)。
MS:C20H23FN4O的计算值355.19[M+H]+,实验值355.25[M+H]+。
实施例56.(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(2,4-二氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002352
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.81(d,J＝8.4Hz,1H),7.69(s,1H),7.56(m,2H),7.35(d,J＝8.4Hz,1H),7.30(m,1H),7.20(s,1H),7.07(m,2H),3.77(m,1H),3.65(m,1H),3.57(m,1H),3.04(m,2H),1.82(m,4H)。MS:C20H22F2N4O的计算值373.18[M+H]+,实验值373.25[M+H]+。
实施例57.(S)-N-(2,5-二氨基戊基)-6-(4-氟-3-氯苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备。
Figure BDA0002266282850002353
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.79(d,J＝8.4Hz,1H),7.57(s,1H),7.48-7.32(m,2H),7.24(d,J＝8.4Hz,1H),7.20(s,1H),7.16(m,1H),3.74(m,1H),3.65(m,1H),3.59(m,1H),3.04(m,2H),1.83(m,4H)。MS:C14H19BrN4O的计算值339.07和341.07[M+H]+,实验值339.10和341.10[M+H]+。
实施例58.(S)-6-溴-N-(2,5-二氨基戊基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例7类似的方法制备，无铃木偶合。
Figure BDA0002266282850002361
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.70(s,1H),7.59(d,J＝8.4Hz,1H),7.26(d,J＝8.4Hz,1H),7.11(s,1H),3.74(m,1H),3.64(m,1H),3.56(m,1H),3.01(m,2H),1.80(m,4H)。
MS:C14H19BrN4O的计算值339.07和341.07[M+H]+,实验值339.10和341.10[M+H]+。
实施例59.N-(3-氨基环己基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体W)制备。
Figure BDA0002266282850002362
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.75(d,J＝8.4Hz,1H),7.71(s,1H),7.69(m,2H),7.43(d,J＝8.4Hz,1H),7.21(s,1H),7.03(m,2H),3.71(m,1H),3.35(m,1H),1.93(m,4H),1.75(m,2H),1.43(m,2H)。MS:C21H22FN3O的计算值352.17[M+H]+,实验值352.25[M+H]+。
实施例60.(S)-6-(4-氟苯基)-N-(1-(哌啶-4-基)吡咯烷-3-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体Z3)制备。
Figure BDA0002266282850002371
MS:C24H27FN4O的计算值407.22[M+H]+,实验值407.25[M+H]+。
实施例61.N-(2-氨基乙基)-6-(4-氟苯基)-N-(哌啶-4-基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体X)制备。
Figure BDA0002266282850002372
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.78(d,J＝8.4Hz,1H),7.72(s,1H),7.69(m,2H),7.44(d,J＝8.4Hz,1H),7.21(m,2H),6.92(s,1H),3.79(m,2H),3.53(m,3H),3.26(m,2H),3.07(m,2H),2.16(m,4H)。MS:C22H25FN4O的计算值381.20[M+H]+,实验值381.20[M+H]+。
实施例62.N-(2-((4-氨基环己基)氨基)乙基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体Y)制备。
Figure BDA0002266282850002373
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.69(d,J＝8.4Hz,1H),7.61(m,2H),7.56(s,1H),7.34(d,J＝8.4Hz,1H),7.17(m,2H),7.03(s,1H),3.64(m,2H),3.27(m,2H),3.20(m,2H),2.22(m,2H),2.17(m,2H),1.51(m,4H)。MS:C23H27FN4O的计算值395.22[M+H]+,实验值395.30[M+H]+。
实施例63.6-(4-氟苯基)-N-(2-(哌啶-4-基氨基)乙基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体Z)制备。
Figure BDA0002266282850002381
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.61(d,J＝8.4Hz,1H),7.52(m,2H),7.45(s,1H),7.25(d,J＝8.4Hz,1H),7.10(m,2H),6.97(s,1H),3.62(m,2H),3.59(m,1H),3.27(m,2H),3.06(m,2H),2.35(m,2H),1.85(m,2H)。MS:C22H25FN4O的计算值381.20[M+H]+,实验值381.25[M+H]+。
实施例64.6-(4-氟苯基)-N-(2-(吡咯烷-3-基氨基)乙基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体Z1)制备。
Figure BDA0002266282850002382
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.72(d,J＝8.4Hz,1H),7.62(m,2H),7.59(s,1H),7.35(d,J＝8.4Hz,1H),7.17(m,2H),7.05(s,1H),3.83(m,1H),3.71(m,2H),3.53(m,1H),3.45(m,3H),3.36(m,2H),2.59(m,1H),2.22(m,1H)。MS:C21H23FN4O的计算值367.19[M+H]+,实验值367.20[M+H]+。
实施例65.N-(2-((3-氨基环己基)氨基)乙基)-6-(4-氟苯基)-1H-吲哚-2-甲酰胺盐酸盐使用与用于制备实施例50类似的方法，使用适当保护的胺组分(中间体Z2)制备。
Figure BDA0002266282850002391
1H NMR(300MHz,D2O)δ7.74(d,J＝8.4Hz,1H),7.64(m,3H),7.39(d,J＝8.4Hz,1H),7.19(m,2H),7.08(s,1H),3.68(m,2H),3.32(m,4H),2.43(m,1H),2.35(m,1H),2.21(m,1H),2.04(m,1H),1.70(m,2H),1.35(m,2H)。MS:C23H27FN4O的计算值395.22[M+H]+,实验值395.30。
实施例66.通用测试方法的描述：
固有MIC测定
MIC测定根据针对肉汤微稀释的临床和实验室标准学会(Clinical andLaboratory Standards Institute，CLSI)准则进行。将含有阳离子调节的穆勒-辛顿(Mueller-Hinton)(具有2倍连续稀释的化合物的CAMH肉汤)的96孔板用对数期细菌以5×105CFU/mL接种。每个孔中的最终体积为100μL。每种化合物一式两份地进行测试。将微量滴定板在含氧环境中在37℃下孵育18小时。然后通过用VersaMax板式读数器(MolecularDevices公司)在600nm下读取平板来测试细菌生长。MIC被定义为抑制90％细菌生长的最低化合物浓度。
用所述方法测试实验EPI的固有MIC。2倍连续稀释从96孔平板第一列中的100μg/mL测试化合物开始。这些测定中包括以下革兰氏阴性细菌菌株：
大肠杆菌ATCC 25922
肺炎克雷伯菌ATCC 13883和ATCC 10031
铜绿假单胞菌ATCC 27853
鲍氏不动杆菌ATCC 19606
细菌EPI测定
第1层测试
用于达成这些研究的目的的EPI测定表示其中测试在实验外排泵抑制剂(EPI)存在下抗生素针对细菌的MIC的MIC测定。测定中存在的EPI的最高浓度典型地为化合物固有MIC的1/2。如果EPI的固有MIC超过100μg/mL，那么EPI测定用50μg/mL测试。然后使用EPI的连续稀释液，评估其对抗菌活性的增强。通过比较在EPI化合物存在下抗生素的MIC与单独抗生素的固有MIC来判断相对EPI活性。为评估EPI针对预先暴露于抗生素的细菌的功效，所使用的细菌接种物从细菌培养物发展，在暴露于1/2MIIC的抗生素(以诱发外排泵表达)后呈单一菌落分离，与EPI组合使用。
实施例67.标准EPI测定
使用标准EPI测定评估实施例6对两种测试抗生素(左氧氟沙星和头孢吡肟)针对铜绿假单胞菌ATCC 27853的MIC值的影响。左氧氟沙星和头孢吡肟都是铜绿假单胞菌中外排泵的已知底物，因此非常适于测试抗生素以测定EPI活性。
在标准EPI测定中，在缺乏和存在低于抑制浓度的EPI下测定测试抗生素的MIC。最初，使用的低于抑制浓度为1/2×EPI MIC。因为实施例6针对铜绿假单胞菌ATCC 27853的固有MIC为25μg/mL，所以在标准EPI测定中使用12.5μg/mL(1/2×MIC)或更低的实施例6。在缺乏EPI下左氧氟沙星针对铜绿假单胞菌ATCC 27853的MIC为1μg/mL。在6.25μg/mL实施例6存在下，左氧氟沙星的MIC显著地减少至0.063μg/mL，相对于缺乏EPI下左氧氟沙星的MIC(1μg/mL)减少32倍。当头孢吡肟用作测试抗生素时，头孢吡肟的MIC减少2倍，从缺乏EPI下的2μg/mL减少至存在12.5μg/mL实施例6下的1.0μg/mL。采用类似的方法检查使用克拉霉素作为抗生素，在变化浓度的这些EPI存在下与大肠杆菌ATCC 25922的协同作用。
第2层测试
对展现EPI活性的那些化合物进行第二层体外评估，其中细菌预先暴露于1/2MIC下的抗生素。这种新颖的评定方法更好地预测显示在体外与抗生素的协同作用，从而在小鼠感染模型中显示类似功效的那些化合物。这些“预先暴露细菌EPI测定”被证明是将化合物的选择以优先次序排列以在体内进一步评定的极有效的方法。
实施例68.预先暴露细菌EPI测定
对于预先暴露EPI测定，测定中使用的铜绿假单胞菌ATCC 27853细菌首先在CAMH中在1/2×MIC测试抗生素(头孢吡肟或左氧氟沙星)存在下在37℃下生长过夜。此预先暴露的根本原理在于细菌暴露于低于抑制浓度的测试抗生素将诱发外排泵的表达(如果有的话)，并且可以更准确地表示体内情况。
头孢吡肟针对预先暴露于头孢吡肟的细菌铜绿假单胞菌的MIC为16μg/mL，比头孢吡肟针对未暴露的铜绿假单胞菌的MIC(1μg/mL)高8倍。然后，除预先暴露的细菌用于接种96孔板以外，以类似于上述标准EPI测定的方式测定实施例20对头孢吡肟针对预先暴露的细菌的MIC的影响。在6.25μg/mL实施例20存在下，头孢吡肟针对暴露于头孢吡肟的铜绿假单胞菌的MIC从16μg/mL减少至0.5μg/mL，减少8倍。此结果表明实施例20能够抑制已经预先暴露于头孢吡肟的细菌中诱发的泵。
因此，通过使用预先暴露EPI测定，可以搜集关于EPI抑制在暴露于不同抗生素后诱发的外排泵的能力的信息。此信息可用于指导体内实验，并预测具体EPI-抗生素对的功效。
实施例69.针对外流抑制的基于荧光的细胞测定
还利用基于荧光的细胞测定评估潜在EPI化合物对外排泵活性的影响，所述测定测量Hoechst 33342(革兰氏阴性细菌外排泵的已知底物)的外流。当结合于细胞内细菌DNA时，Hoechst 33342发出明亮荧光，而在细菌细胞外的未结合荧光团几乎没有展现荧光。因此，Hoechst 33342从细菌细胞内部外流至外部会引起荧光大量减少。
通过离心，从过夜培养物收获细菌细胞，并用含有1mM MgCl2的磷酸盐缓冲液(PBSM)洗涤细胞团块。在洗涤细胞后，使细胞团块再悬浮于PBSM中，以实现600nm下0.6至0.9的最终OD。然后通过加入羰基氰化3-氯苯基腙(CCCP)至3μM至10μM范围内的最终浓度，消耗掉外排泵功能所需要的ATP。然后将Hoechst 33342加至10μM的最终浓度，并且细胞在37℃下有氧孵育0.5至18小时。将细菌悬浮液(200μL)加入含有浓度在1.6μg/mL至25μg/mL范围内的测试EPI化合物或同等体积的单独媒介物(DMSO)的黑色平底96孔板的孔中。板式涡旋混合器用于将细菌细胞与测试EPI化合物混合，并且将平板在37℃下预先孵育5分钟。在预先孵育后，通过加入葡萄糖至10mM至50mM的最终浓度引发Hoechst 33342的外流。
Figure BDA0002266282850002421
2荧光板式读数器(Molecular Devices公司,Sunnyvale,CA)用于监测每个孔在37℃下的荧光，每分钟一次，历时20分钟至60分钟。激发和发射波长分别设定在355nm和460nm下。大肠杆菌ATCC 25922、肺炎克雷伯菌ATCC 13883、铜绿假单胞菌ATCC 27853和鲍氏不动杆菌ATCC 19606用作此测定中的革兰氏阴性细菌菌株模型。
用于体内评定细菌EPI的通用方法出于以下事实而复杂化：实现协同作用，需要抗生素与EPI都存在。发现一种通用方法，证明其有效确定细菌EPI在小鼠败血症模型中的相对功效。细菌EPI最初经静脉内施用至患有败血症的小鼠中，5分钟后经静脉内施用或口服抗生素。然后在又5分钟后，皮下施用EPI的第二次施用，充当加强剂，然后在EPI的第二次施用后最终经静脉内或者经口施用抗生素。在许多情况下，此方案证明有效显示协同作用并允许受感染的小鼠存活。在少数情况下，在24小时后需要如第1天施用的EPI和抗生素第二方案以实现治愈。
实施例70.评定外排泵抑制剂的体内功效的方法
可以使用小鼠败血症感染模型有效测定细菌外排泵抑制剂(EPI)的体内功效。通过在瑞士韦伯斯特雌性小鼠(Swiss Webster female mice)中腹膜内注射500ul含有浓度为5％粘蛋白中大约5×105个细胞的细菌(例如铜绿假单胞菌[ATCC 27853])的接种物，引发全身感染。实验组(每组4-6只感染小鼠)由阳性对照物和阴性对照物以及用单独抗生素或单独EPI以及与抗生素组合施用的EPI处理的感染小鼠组成。在感染后五分钟，经静脉内施用EPI，并在感染后10分钟施用例如头孢吡肟的抗生素(250ul 10mg/ml溶液)。然后在感染后20分钟皮下施用第二剂EPI，并在感染后25分钟再次施用头孢吡肟(250ul 10mg/ml溶液)。在感染后10分钟和25分钟以静脉内剂量(250ul 10mg/ml溶液)1天2次注射用单独头孢吡肟处理的小鼠。在感染后5分钟经静脉内以及在感染后20分钟皮下处理用单独EPI处理的小鼠。由4-6只感染小鼠组成的额外实验组未经处理或在适当时间点用单独媒介物处理。如果需要的话，此方案将在感染后24小时在测定第2天重复。
Figure BDA0002266282850002431
*头孢吡肟，10mg/ml 1天2次；250ul；实施例6；3.0mg/ml 1天2次。
实施例71.以下可以说明含有式I化合物(‘化合物X’)或其药学上可接受的盐的代表性药物剂型，用于人中的治疗性或预防性用途。片剂可以任选地包含肠溶衣。
Figure BDA0002266282850002432
Figure BDA0002266282850002441
Figure BDA0002266282850002442
Figure BDA0002266282850002443
Figure BDA0002266282850002444
Figure BDA0002266282850002451
Figure BDA0002266282850002452
以上制剂可以通过制药领域中众所周知的常规程序获得。
所有公布、专利和专利文件都以引用的方式并入本文中，如同以引用的方式个别地并入一般。本发明已经参考多个特定和优选实施方案和技术描述。但是，应了解可以进行许多变化和修改，同时保持在本发明的精神和范围内。

Claims (45)

1.一种式I化合物：
Figure FDA0003787538880000011
其中：
A为-C(＝O)N(Ra1)-R1或-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1，并且B为氢、卤素或(C1-C4)烷基；
每个R1独立地为：
(a)被两个或更多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C4-C8)烷基，并且其中(C4-C8)烷基任选地独立地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基取代；或
(b)(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-或-(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中每个4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中R1的任何(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4) 烷基-、(C3-C7)碳环基NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-C4)烷基、-C(＝O)N((C1-C4)烷基)2、-NHC(＝O)(C1-C4)烷基-NH2或3-7元单环杂环基取代，其中(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基任选地被一个或多个卤素、(C1-C4)烷基、-NH2、-NH(C1-C4)烷基或-N((C1-C4)烷基)2取代；
R2为氢、(C1-C4)烷基或苯基(C1-C3)烷基-，其中所述苯基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代；
R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R4为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；
R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基、杂芳基芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基，其中所述芳基、杂芳基、芳基(C1-C4)烷基-、杂芳基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基(C2-C4)炔基-、苯氧基或杂芳氧基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C3-C7)碳环基；
R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
每个Z1独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(NRb3Rc3)；
每个Z2独立地为被一个或多个Z1取代并且任选地被一个或多个Z3取代的-(C1-C6)烷基；
每个Z3独立地为卤基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra1独立地为氢、任选地被一个或多个卤素或(C1-C4)烷基取代的(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基；
每个Rb2和Rc2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb3为氢；
每个Rc3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
Rd3为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；并且
每个Re独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
或其盐，
其中：
芳基是指由6至10个碳原子组成的单芳香族环或多稠环系统，其中至少一个环为芳香族的，其中所述多稠环系统在所述多稠环系统的任何环烷基部分上任选地被一个或多个氧代基取代；
杂芳基是指在环中具有5至10个环原子的单环或双环杂芳基，所述环原子包括1至9个碳原子和1至4个选自氧、氮和硫的杂原子，其中硫和氮原子还可以以氧化形式存在，其中双环杂芳基包括与另一杂芳基、杂环基、环烷基或芳基稠合以形成双环杂芳基的杂芳基，并且其中所述双环杂芳基在所述双环杂芳基的任何环烷基或杂环基部分上任选地被一个或多个氧代基取代；
3至7元单环杂环基和4至7元单环杂环基是指在环中具有1至6个碳原子和1至3个选自氧、氮和硫的杂原子的单饱和或部分不饱和环，其中该环可以被一个或多个氧代基取代并且硫和氮原子还可以以其氧化形式存在；并且
杂芳氧基是指与经由氧原子连接至分子其余部分的杂芳基。
2.如权利要求1所述的化合物，其中：
A为-C(＝O)N(Ra1)-R1或-(C1-C3)烷基-C(＝O)N(Ra1)R1，并且B为H、卤素或(C1-C4)烷基；
每个R1独立地为：
(a)被两个或更多个独立地选自-NRb2Rc2的基团取代的(C4-C8)烷基；或
(b)(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基或(C3-C 7)碳环基-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，并且其中每个4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C 6)烷基，其中每个Z独立地选自由以下组成的组：-NRb3Rc3、-NHNH 2、-C(＝NRa3)(NRb3Rc3)、-NRa3C(＝NRa3)(Rd3)和-NRa3C(＝NRa3)(NRb3Rc3)，并且其中每个(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基或4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个(C1-C4)烷基独立地取代；
R2为氢、(C1-C4)烷基或苯基(C1-C3)烷基-，其中所述苯基任选地被一个或多个(C1-C4)烷基、-O(C1-C4)烷基、卤素或-NO2取代；
R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R4为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R5为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基；
每个Ra1独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb2和Rc2独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Ra3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
每个Rb3为氢；
每个Rc3独立地为氢、(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；并且
Rd3为(C1-C4)烷基或(C3-C7)碳环基；
或其盐。
3.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中A为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且B为氢、卤素或(C1-C6)烷基。
4.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中A为-C(＝O)N(Ra1)-R1，并且B为氢。
5.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中B为氢、溴、氟或甲基。
6.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中Ra1为氢。
7.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R2为氢或(C1-C6)烷基。
8.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R2为氢、甲基或4-氟苯甲基。
9.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其为式Ia化合物：
Figure FDA0003787538880000071
或其盐。
10.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R3为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基或(C1-C4)卤代烷氧基。
11.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R3为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C6)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
12.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R3为氢或4-氟苯基。
13.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R4为氢、芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
14.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R4为氢、苯基或吡啶基，其中所述苯基或吡啶基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
15.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R4为氢、4-硝基苯基、4-氟苯基、3,4-二氟苯基、4-叔丁基苯基、4-甲氧基苯基、吡啶-4-基、4-羟基苯基、4-氯苯基、4-氰基苯基、苯并[d][1,3]间二氧杂环戊烯基、4-环丙基苯基、苯甲基、环丙基乙基、环丙基乙炔基、4-氟苯氧基、4-甲基苯基、4-氟-3-甲氧基苯基、2-氯-4-氟苯基、3-氟苯基、2,4-二氟苯基、3-氯-4-氟苯基或溴。
16.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R5为氢或芳基，其中所述芳基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)、和(C1-C4)卤代烷氧基。
17.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R5为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、亚甲基二氧基(-OCH2O-)和(C1-C4)卤代烷氧基。
18.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R5为氢或4-氟苯基。
19.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R6为氢、卤基、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基、(C1-C4)卤代烷氧基。
20.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R6为氢或苯基，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：卤基、-OH、-NO2、-CN、(C1-C4)烷基、(C1-C4)卤代烷基、(C1-C4)烷氧基和(C1-C4)卤代烷氧基。
21.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R6为氢、4-氟苯基或甲氧基。
22.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中Rb2和Rc2各自为氢。
23.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R1为(C3-C7)碳环基、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-，其中每个(C3-C7)碳环基或-(C3-C7)碳环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中每个4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地被一个或多个Z1或Z2取代，并且其中R1的任何(C3-C7)碳环基、(C3-C7)碳环基-(C1-C4)烷基-、4-7元单环杂环基、4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-、(C3-C7)碳环基NRe-(C1-C4)烷基-或4-7元单环杂环基-NRe-(C1-C4)烷基-独立地任选地被一个或多个卤基、(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-C4)烷基、-C(＝O)N((C1-C4)烷基)2、-NHC(＝O)(C1-C4)烷基-NH2或3-7元单环杂环基独立地取代，其中(C1-C4)烷基、(C3-C7)碳环基或3-7元单环杂环基任选地被一个或多个卤素、(C1-C4)烷基、-NH2、-NH(C1-C4)烷基或-N((C1-C4)烷基)2取代。
24.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R1为4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-，其中所述4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地为-NRb3Rc3并且其中所述4-7元单环杂环基-(C1-C4)烷基-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基取代。
25.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R1为吡咯烷基-(C1-C4)烷基-，其中所述吡咯烷基-(C1-C4)烷基-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地为-NRb3Rc3并且其中吡咯烷基-(C1-C4)烷基-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基独立地取代。
26.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R1为吡咯烷基- (CH2)-，其中所述吡咯烷基-(CH2)-被一个或多个独立地选自由以下组成的组的基团取代：Z和被一个或多个Z取代的-(C1-C6)烷基，其中每个Z独立地为-NRb3Rc3并且其中所述吡咯烷基-(CH2)-任选地被一个或多个(C1-C6)烷基独立地取代。
27.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R1为吡咯烷基-(CH2)-，其中所述吡咯烷基-(CH2)-在所述吡咯烷基上用被一个或多个-NRb3Rc3取代的-(C1-C6)烷基取代。
28.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中Rb3和Rc3各自为氢。
29.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中R1为：
Figure FDA0003787538880000101
Figure FDA0003787538880000111
30.如权利要求1或2所述的化合物或盐，其中A为：
Figure FDA0003787538880000121
Figure FDA0003787538880000131
31.一种化合物，其为：
Figure FDA0003787538880000132
Figure FDA0003787538880000141
Figure FDA0003787538880000151
Figure FDA0003787538880000161
Figure FDA0003787538880000171
Figure FDA0003787538880000181
Figure FDA0003787538880000191
Figure FDA0003787538880000201
或其盐。
32.一种盐，其为：
Figure FDA0003787538880000211
Figure FDA0003787538880000221
Figure FDA0003787538880000231
Figure FDA0003787538880000241
Figure FDA0003787538880000251
Figure FDA0003787538880000261
Figure FDA0003787538880000271
33.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐和药学上可接受的媒介物。
34.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐、一种或多种抗菌剂和药学上可接受的媒介物。
35.如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐在制备用于抑制动物中的细菌外排泵的药物中的用途。
36.如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐在制备用于治疗或预防动物中的细菌感染的药物中的用途，其中所述药物还包含一种或多种抗菌剂。
37.如权利要求35或权利要求36所述的用途，其中所述动物感染细菌。
38.如权利要求37所述的用途，其中所述细菌感染为革兰氏阴性细菌菌株感染。
39.如权利要求38所述的用途，其中所述革兰氏阴性细菌菌株选自由以下组成的组：鲍氏不动杆菌、醋酸钙不动杆菌、溶血不动杆菌、鲁氏不动杆菌、伴放线放线杆菌、嗜水气单胞菌、伴放线凝聚杆菌、根癌土壤杆菌、狄氏拟杆菌、埃氏拟杆菌、福赛拟杆菌、脆弱拟杆菌、卵形拟杆菌、内脏拟杆菌、多形拟杆菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、支气管炎博德特氏菌、副百日咳博德特氏菌、百日咳博德特氏菌、伯氏疏螺旋体、粘膜炎布兰汉菌、洋葱伯克霍尔德菌、大肠弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、新月柄杆菌、沙眼衣原体、异型柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阿氏肠杆菌、阴沟肠杆菌、阪崎肠杆菌、大肠杆菌、土拉热弗朗西丝氏菌、具核梭杆菌、阴道加德纳菌、杜克雷嗜血杆菌、溶血性嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、幽门螺旋杆菌、反硝化金氏菌、产吲哚金氏菌、金氏金氏菌、口腔金氏菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、鼻硬结克雷伯菌、嗜肺军团菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、牛莫拉菌、卡他莫拉菌、腔隙莫拉菌、摩氏摩根菌、淋病奈瑟氏菌、脑膜炎奈瑟氏菌、成团泛菌、犬巴斯德氏菌、溶血性巴斯德氏菌、多杀巴斯德氏菌、土拉巴斯德氏菌、牙龈卟啉单胞菌、奇异变形杆菌、普通变形杆菌、产碱普罗威登斯菌、雷氏普罗威登斯菌、斯氏普罗威登斯菌、食酸假单胞菌、铜绿假单胞菌、产碱假单胞菌、荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌、肠炎沙门氏菌、副伤寒沙门氏菌、伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、弗氏志贺氏菌、宋内氏志贺氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、小韦荣氏球菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、中间型耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌以及假结核耶尔森氏菌。
40.如权利要求37所述的用途，其中所述细菌感染为革兰氏阳性细菌菌株感染。
41.如权利要求40所述的用途，其中所述革兰氏阳性细菌菌株选自由以下组成的组：内氏放线菌、粘性放线菌、炭疽芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、艰难梭菌、白喉棒状杆菌、溃疡棒状杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、藤黄微球菌、鸟分枝杆菌、细胞内分枝杆菌、麻风分枝杆菌、结核分枝杆菌、痤疮丙酸杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、猪葡萄球菌、中间葡萄球菌、解糖葡萄球菌、腐生葡萄球菌、无乳链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌、酿脓链球菌、唾液链球菌以及血液链球菌。
42.如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐在制备用于预防性或治疗性抑制细菌外排泵以治疗细菌感染的药物中的用途。
43.如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐用于制备用于抑制细菌外排泵的药剂的用途。
44.如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐用于制备用于治疗动物中的细菌感染的药剂的用途。
45.如权利要求1-31中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求32所述的盐和一种或多种抗菌剂用于制备用于治疗动物中的细菌感染的药剂的用途。
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