CN110551813B - 用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关snp位点的引物组、应用、产品及方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法，涉及生物技术领域，本发明提供的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，能够用于检测免疫抑制剂代谢能力、免疫调节剂代谢能力、抗炎药代谢能力、TNF抑制剂代谢能力、B细胞调节剂代谢能力、IL‑6抑制剂代谢能力、降尿酸剂代谢能力和排尿酸药代谢能力，该引物组针对风湿免疫疾病常见药物代谢相关的主要突变位点进行设计，可以对风湿免疫疾病常见药物代谢相关的位点突变实现特异性检测，准确性高，能够极大的缩短检测周期，同时降低检测成本。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域，尤其是涉及一种用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法。
背景技术
风湿免疫病是一大类疾病的总称，临床上最常见的主要包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎、痛风等。风湿免疫疾病是迁延反复的疾病，多数患者需要在相当长时间内带病生存，且绝大部分病种目前尚无根治方法，治疗以通过药物控制病情、维持临床缓解、提高生存质量为目的。但可惜的是，即使在指南标准药物治疗方案下规律治疗，其疾病的控制率和缓解率依然很低。
尽管近几十年来随着人们对改善病情的抗风湿药(DMARDs药物)的认识及其在临床上广泛应用于类风湿性关节炎与系统性红斑狼疮的治疗，其疾病的缓解率也明显提高，但是在临床用药中仍存在一个突出的问题：个体间药物应答存在差异，相同的药物对于不同的人群起到的作用不尽一致。
风湿免疫疾病患者的基因多态性会导致药物疗效和不良反应发生个体差异，而药物基因组学研究可以通过对患者基因的筛查，制订个体化给药方案，提高疗效，降低其不良反应发生率。
目前主要是以PCR为基础的检测手段，诸如ARMS-PCR，荧光定量PCR、数字PCR等，上述检测方法虽然操作简便、快速，且数据分析简单，但由于其通量的限制，难以满足临床对多基因、多位点检测的需求。而高通量检测，如高通量测序技术等，虽然解决了通量的限制，但成本较高、周期较长，且需要专业的实验操作及数据分析人员，因此应用于临床检测的普适性较差。
综上，目前市场上与风湿免疫疾病个体化用药相关的检测无法综合全面的评估风湿免疫疾病常见药物在治疗中的有效性和安全性。因此，需要一种经济、快速、易操作的风湿免疫疾病个体化用药相关的检测方法，以为不同风湿免疫疾病患者个体制定相应的用药方案，以达到精准的用药和治疗需求。
有鉴于此，特提出本发明。
发明内容
本发明的第一个目的在于提供一种用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，以至少缓解现有技术中存在的技术问题之一。
本发明的第二个目的在于提供上述引物组在制备风湿免疫疾病个体化用药检测的产品中的应用。
本发明的第三个目的在于提供一种用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，以缓解现有技术中缺少通量高、易操作且成本低的针对风湿免疫疾病个体化用药进行检测的产品的技术问题。
本发明的第四个目的在于提供一种检测风湿免疫疾病个体化用药的相关SNP位点的方法，以缓解现有的检测方法通量较低或操作繁琐、价格昂贵等技术问题。
本发明提供了一种用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，所述药物代谢能力包括：免疫抑制剂代谢能力、免疫调节剂代谢能力、抗炎药代谢能力、TNF抑制剂代谢能力、B细胞调节剂代谢能力、IL-6抑制剂代谢能力、降尿酸剂代谢能力、排尿酸药代谢能力。
进一步的，所述用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点包括：rs1042597、rs1045642、rs1051266、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800460、rs1800462、rs1800584、rs1800629、rs1801131、rs1801133、rs1801274、rs1801280、rs2032582、rs2231142、rs2234693、rs2267076、rs3731722、rs3957356、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4673993、rs4802101、rs7254579、rs72554664、rs72554665、rs7574865、rs762551、rs767455、rs776746、rs9262570、rs9263726、rs9340799及AMEL。
进一步的，所述引物组的序列如SEQ ID NO.1-90所示，或者与SEQ ID NO.1-90具有至少85％的同一性。
进一步的，所述引物组还包括SEQ ID NO.91-135所示的延伸引物，或者与SEQ IDNO.91-135具有至少85％的同一性的延伸引物。
本发明还提供了上述的引物组在制备风湿免疫疾病个体化用药检测的产品中的应用。
本发明还提供了一种用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，包括上述的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组。
进一步的，所述产品包括用于检测SNP位点的试剂和/或设备；
优选地，所述设备包括采用MassARRAY对SNP位点核苷酸进行检测的设备。
另外，本发明还提供了一种检测风湿免疫疾病个体化用药的相关SNP位点的方法，应用上述的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组对待测样本DNA中SNP位点的核苷酸进行检测。
进一步地，应用上述的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组对待测样本DNA进行PCR扩增反应及碱基延伸反应，然后应用MassARRAY对反应产物进行检测，确定待测样本DNA中SNP位点的核苷酸；
优选地，所述检测风湿免疫疾病个体化用药的相关SNP位点的方法还包括在碱基延伸反应前对PCR扩增的产物去磷酸化；
优选地，所述检测风湿免疫疾病个体化用药的相关SNP位点的方法还包括在碱基延伸反应后对反应产物纯化，然后再采用MassARRAY检测反应产物。
进一步地，将所述引物组分为如下2组：
I组包括检测rs1045642、rs1051266、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800462、rs1800584、rs1801133、rs2032582、rs2231142-1、rs2234693、rs2267076、rs3957356、rs4673993、rs7254579、rs72554665、rs762551、rs776746和rs9340799的引物组；
II组包括检测rs1042597、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1800460、rs1800629、rs1801131、rs1801274、rs1801280、rs2231142-2、rs3731722、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4802101、rs72554664、rs7574865、rs767455、rs9262570、rs9263726和AMEL的引物组。
相比于现有技术，本发明具有如下有益效果：
本发明提供的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，能够用于检测免疫抑制剂代谢能力、免疫调节剂代谢能力、抗炎药代谢能力、TNF抑制剂代谢能力、B细胞调节剂代谢能力、IL-6抑制剂代谢能力、降尿酸剂代谢能力和排尿酸药代谢能力，该引物组针对风湿免疫疾病常见药物代谢相关的主要突变位点进行设计，可以对风湿免疫疾病常见药物代谢相关的位点突变实现特异性检测，准确性高，且检测结果覆盖免疫抑制剂、免疫调节剂、抗炎药、TNF抑制剂、B细胞调节剂、IL-6抑制剂、降尿酸剂、排尿酸药等常见的风湿免疫疾病用药的突变位点，能够极大的缩短检测周期，同时降低检测成本。并且，检测得到的结果既可以对其中一项药物代谢的需求进行预测，又可以综合评估多种药物的代谢能力，为风湿免疫疾病的个体化用药提供科学参考。
本发明提供的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组是通过对引物序列、引物靶向区段、延伸引物方向、工作液浓度、以及引物分孔优化等的调整及优化，并通过大样本测试筛选得到，所得到的引物序列在对样本进行准确的分型的基础上，也能满足质谱检测技术的要求，实现应用MassARRAY系统对待测样本的风湿免疫疾病的药物的代谢能力进行快速有效的检测。
本发明提供的用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，包括本发明提供的引物组，该产品能够对与风湿免疫疾病用药相关的位点突变实现特异性检测，在通量高的基础上还兼具检测成本低、检测周期短、操作简单且准确度高等优点，且经市场检验效果显著，能够获得极大商业上的回报，具有极大临床应用价值及更开阔的市场推广。
本发明提供的检测风湿免疫疾病个体化用药的相关SNP位点的方法，包括应用上述的引物组检测待测样品DNA中SNP位点的核苷酸。该方法应用本发明提供的引物组能够对风湿免疫疾病常见药物，包括免疫抑制剂、免疫调节剂、抗炎药、TNF抑制剂、B细胞调节剂、IL-6抑制剂、降尿酸剂、排尿酸药所涉及的29个药物代谢相关基因及44个多态性位点(包含性别鉴定位点AMEL)进行检测，具有准确性强、灵敏度高、重复性好、成本低、周期短、结果直观无需生信介入等特点。
本发明将核酸质谱平台运用于风湿免疫疾病常见药物的综合基因检测中，检测效率高，尤其适用于批量检测。该方法克服了现有技术中一次性检测SNP位点较少且成本较高的缺陷，适合广泛推广。并且，本发明可用样本的普适性广，例如外周血或口腔脱落细胞等均能较好的检出。此外，发明适用于所有风湿免疫疾病患者，通过检测风湿免疫疾病药物相关的基因，评估不同药物在体内的代谢情况、疗效及毒副作用，以合适的药物剂量、合适的药物种类提高药物疗效、减少或者避免不良反应，为临床医生选择最佳治疗药物提供参考建议。
附图说明
图1为本发明实施例1提供的优化PCR引物工作液浓度前rs10919563位点的聚类图；
图2为本发明实施例1提供的优化PCR引物工作液浓度前rs10919563位点的聚类图；
图3为本发明实施例1提供的更改PCR引物前rs4244285位点的聚类图；
图4为本发明实施例1提供的更改PCR引物后rs4244285位点的聚类图；
图5为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向前rs1142345位点的聚类图；
图6为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向后rs1142345位点的聚类图；
图7为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向前rs1061622位点的NTC的峰图；
图8为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向前rs1061622位点的样本的峰图；
图9为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向后rs1061622位点的NTC的峰图；
图10为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向后rs1061622位点的N样本的峰图；
图11为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向前rs1061622位点的聚类图；
图12为本发明实施例1提供的更改UEP引物方向后rs1061622位点的聚类图；
图13为本发明实施例1提供的优化分孔前rs72554664位点的NTC的峰图；
图14为本发明实施例1提供的优化分孔前rs72554664位点的样本的峰图；
图15为本发明实施例1提供的优化分孔后rs72554664位点的NTC的峰图；
图16为本发明实施例1提供的优化分孔后rs72554664位点的样本的峰图；
图17为本发明实施例1提供的优化分孔后rs72554664位点的聚类图；
图18为本发明实施例1提供的优化分孔后rs72554664位点的聚类图；
图19为本发明实施例1提供的W1孔中rs2231142位点的聚类图；
图20为本发明实施例1提供的W2孔中rs2231142位点的聚类图；
图21为本发明实施例2提供的rs11265618位点的聚类图；
图22为本发明实施例2提供的rs2032582位点的聚类图；
图23为本发明实施例2提供的rs4329505位点的聚类图；
图24为本发明实施例2提供的rs9262570位点的聚类图。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
本发明提供了一种用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，所述药物代谢能力包括：免疫抑制剂代谢能力、免疫调节剂代谢能力、抗炎药代谢能力、TNF抑制剂代谢能力、B细胞调节剂代谢能力、IL-6抑制剂代谢能力、降尿酸剂代谢能力和排尿酸药代谢能力。
本发明提供的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，针对风湿免疫疾病常见药物代谢相关的主要突变位点进行设计，可以对风湿免疫疾病常见药物代谢相关的位点突变实现特异性检测，准确性高，且检测结果覆盖免疫抑制剂、免疫调节剂、抗炎药、TNF抑制剂、B细胞调节剂、IL-6抑制剂、降尿酸剂、排尿酸药等常见的风湿免疫疾病用药的突变位点，能够极大的缩短检测周期，同时降低检测成本。并且，检测得到的结果既可以对其中一项药物代谢的需求进行预测，又可以综合评估多种药物的代谢能力，为风湿免疫疾病的个体化用药提供科学参考。
需要说明的是，在本发明中，风湿免疫疾病的药物例如可以为，但不限于甲氨蝶呤、来氟米特、环磷酰胺、环磷酰胺、硫唑嘌呤、环孢素、他克莫司、吗替麦考酚酯、羟氯喹等免疫抑制剂；沙利度胺等免疫调节剂；柳氮磺吡啶等抗炎药；英夫利昔单抗、阿达木单抗、依那西普、戈利木单抗等TNF抑制剂；利妥昔单抗等B细胞调节剂；托珠单抗等IL-6抑制剂；别嘌呤醇、非布司他等降尿酸剂；苯溴马隆等排尿酸药。
在一些优选的实施方式中，所述用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点包括：rs1042597、rs1045642、rs1051266、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800460、rs1800462、rs1800584、rs1800629、rs1801131、rs1801133、rs1801274、rs1801280、rs2032582、rs2231142、rs2234693、rs2267076、rs3731722、rs3957356、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4673993、rs4802101、rs7254579、rs72554664、rs72554665、rs7574865、rs762551、rs767455、rs776746、rs9262570、rs9263726、rs9340799及AMEL。
在一些优选的实施方式中，所述引物组的序列如SEQ ID NO.1-90所示，或者与SEQID NO.1-90具有至少85％的同一性。
本发明提供的引物组通过更改优化，包括了对引物工作液浓度、引物靶向区段、延伸引物方向以及引物分孔优化的调整等，同时经大样本测试筛选得到，所有引物序列都能对样本进行准确的分型，同时也能达到质谱检测技术的要求，实现应用MassARRAY系统对待测样品的风湿免疫疾病的药物的代谢能力进行快速有效的检测。
需要说明的是，“同一性”指的是序列之间的相似性，包括与本发明所述的SEQ IDNO.1-SEQ ID NO.90所示的序列具有至少85％(例如可以为，但不限于85％、90％、95％或者更高)同一性的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中，当实际应用需要使用延伸引物时，所述引物组还包括SEQ ID NO.91-135所示的45个延伸引物，或者与SEQ ID NO.91-135具有至少85％的同一性的延伸引物。
可以理解的是，本发明引物组中的各引物对与各延伸引物均呈对应关系，且相对应的引物对和延伸引物用于检测同一SNP位点的核苷酸。例如，第一引物对包括如SEQ IDNO.1所示的上游引物、如SEQ ID NO.2所示的下游引物和如SEQ ID NO.91所示的第一延伸引物，上述第一引物对和第一延伸引物均用于检测同一SNP位点的核苷酸；第二引物对包括如SEQ ID NO.3所示的上游引物、如SEQ ID NO.4所示的下游引物和如SEQ ID NO.92所示的第二延伸引物，上述第二引物对和第二延伸引物也均用于检测同一SNP位点的核苷酸等。
可以理解的是，引物对及延伸引物的编号与上述SNP位点的顺序对应，即第一引物对及第一延伸引物对应检测rs1045642位点，第二引物对及第二延伸引物对应检测rs1051266位点，第三引物对及第三延伸引物对应检测rs1142345位点。需要说明的是，本发明提供的引物组包括对重复位点rs2231142和性别鉴定位点AMEL进行检测的引物对。
进一步的，列举各位点的基因型，具体见下表：
表1各位点多态性对应表
检测位点及药物种类的对应关系如下表2所示：
表2检测位点及对应的药物种类
本发明还提供了上述的引物组在制备风湿免疫疾病个体化用药检测的产品中的应用。
风湿免疫疾病患者的基因多态性会导致药物疗效和不良反应发生个体差异，而由于个体间药物应答存在差异，相同的药物对于不同的人群起到的作用也不尽一致，针对上述情况，在已知性别、年龄、体重、生理病理特征以及正在服用的其它药物等客观条件的基础上，应用本发明提供的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，能够高效、准确地检测相关药物代谢基因类型，从而能够在提高风湿免疫疾病的药物疗效的基础上降低药物的毒副作用，节省医疗费用。
本发明还提供了一种用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，所述产品包括上述的引物组。
本发明提供的用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，能够对与风湿免疫疾病用药相关的位点突变实现特异性检测，在通量高的基础上还兼具检测成本低、检测周期短、操作简单且准确度高等优点，且经市场检验效果显著，能够获得极大商业上的回报，具有极大临床应用价值及更开阔的市场推广。
在一些优选的实施方式中，包括用于检测SNP位点的试剂和/或设备。
可以理解的是，用于检测SNP位点的试剂和/或设备可以是可通过市售购得的、本领域常规通用的用于检测SNP位点核苷酸的试剂和/或设备，例如可以是用于检测SNP位点核苷酸的试剂或试剂盒等。
优选地，所述试剂包括10×PCR Buffer、dNTP Mix、MgCl2、Primer Mix、PCREnzyme和水；其中水优选为超纯水。
优选地，所述设备包括应用MassARRAY对SNP位点核苷酸进行检测的设备，典型的包括MassARRAY CPM。
另外，本发明还提供了一种检测风湿免疫疾病个体化用药的相关SNP位点的方法，应用上述的引物组对待测样品DNA中SNP位点的核苷酸进行检测。
该方法应用本发明提供的引物组能够对风湿免疫疾病常见药物，包括免疫抑制剂、免疫调节剂、抗炎药、TNF抑制剂、B细胞调节剂、IL-6抑制剂、降尿酸剂、排尿酸药所涉及的29个药物代谢相关基因及44个多态性位点(包含一个性别鉴定位点AMEL)进行检测，具有准确性强、灵敏度高、重复性好、成本低、周期短、结果直观无需生信介入等特点。
可以理解的是，本发明可以对待测样品的全基因组进行检测，也可以筛选特定基因进行检测。(例如对rs1042597、rs1045642、rs1051266、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800460、rs1800462、rs1800584、rs1800629、rs1801131、rs1801133、rs1801274、rs1801280、rs2032582、rs2231142、rs2234693、rs2267076、rs3731722、rs3957356、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4673993、rs4802101、rs7254579、rs72554664、rs72554665、rs7574865、rs762551、rs767455、rs776746、rs9262570、rs9263726、rs9340799及AMEL特定的基因进行检测)，当对特定的基因进行检测时，干扰更小，检测结果更加精确。
在一些优选的实施方式中，应用上述的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组对待测样本DNA进行PCR扩增反应及碱基延伸反应，然后应用MassARRAY对反应产物进行检测，确定待测样本DNA中SNP位点的核苷酸。
MassARRAY基因分析技术是先通过PCR扩增目标序列，然后根据需要加入特异延伸引物，在SNP位点上进行单个碱基的延伸。MassARRAY基因分析技术能够有效将仅有一个不同碱基的两段基因序列区别开，进而推测出SNP分型，具有检测灵敏、准确度高的优点。
本发明首次将核酸质谱平台运用于风湿免疫疾病常见药物的基因检测中，检测效率高，尤其适用于批量检测。该方法克服了现有技术中一次性检测SNP位点较少且成本较高的缺陷，适合广泛推广。并且，本发明可用样本的普适性广，例如外周血或口腔脱落细胞等均能较好的检出。此外，发明适用于所有风湿免疫疾病患者，通过检测风湿免疫疾病药物相关的基因，评估不同药物在体内的代谢情况、疗效及毒副作用，以合适的药物剂量、合适的药物种类提高药物疗效、减少或者避免不良反应，为临床医生选择最佳治疗药物提供参考建议。
优选地，所述方法还包括在碱基延伸反应前对PCR产物进行去磷酸化的步骤。
优选地，所述方法还包括在碱基延伸反应后对反应得到的产物进行纯化的步骤，然后再应用MassARRAY检测反应产物。
在一些优选的实施方式中，将所述引物组分为如下2组：
I组包括检测rs1045642、rs1051266、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800462、rs1800584、rs1801133、rs2032582、rs2231142-1、rs2234693、rs2267076、rs3957356、rs4673993、rs7254579、rs72554665、rs762551、rs776746和rs9340799的引物组；
II组包括检测rs1042597、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1800460、rs1800629、rs1801131、rs1801274、rs1801280、rs2231142-2、rs3731722、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4802101、rs72554664、rs7574865、rs767455、rs9262570、rs9263726和AMEL的引物组。
通过对延伸引物大小进行综合分析判断，将上述用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组进行分组，能够保证每组内引物间互相无干扰。
需要说明的是，AMEL为性别鉴定，通过对性别鉴定位点进行检测，能够使检测结果更加准确。
下面通过具体的实施例进一步说明本发明，本发明实施例中用到的主要试剂及仪器信息如下：
实施例1：引物的设计和优化，以及反应体系的建立
通过MassARRAY网址的引物设计软件(Assay Design Suite)，调整相关参数，完成44个位点(包含一个重复检测位点rs2231142和性别鉴定位点AMEL)的PCR和UEP的引物设计，导出设计好的引物及各参数文件，并合成引物。按照引物配置表配制扩增引物MIX和延伸引物MIX，并微调延伸引物MIX直至符合要求。然后进行引物测试和优化。具体步骤如下：
(1)将基因组DNA样本稀释至10ng/μL，按下表配制PCR反应MIX，其中PCR PrimerMix为两组位点不同的扩增引物混液(以下为单个样本量)：
表3 PCR反应体系
封膜，vortex混匀30秒，4000rpm离心1分钟，将板放上PCR仪进行以下热循环：
(2)虾碱性磷酸酶消化(SAP)
取出PCR板，4000rpm离心1分钟，按下表配制SAP反应体系(以下为单个样本量)：
表4 SAP反应体系
每个反应孔加2μL SAP混液，封膜，vortex混匀30秒，4000rpm离心1分钟，将板放上PCR仪进行以下热循环：
| 温度(℃) | 时间 |
| 37 | 40min |
| 85 | 5min |
| 4 | 保温 |
(3)单碱基延伸(EXT)
取出PCR板，4000rpm离心1分钟，按下表配制EXT反应体系，其中Extend PrimerMix为两组位点不同的延伸引物混液(以下为单个样本量)：
表5 EXT反应体系
每个反应孔加入2μL延伸混液，封膜，vortex混匀30秒，4000rpm离心1分钟，将板放上PCR仪进行以下热循环：
(4)树脂脱盐
①把洁净树脂(Resin)铺平在dimple plate应孔上，至少风干10分钟；
②样本板取出，板式离心机4000rpm离心1分钟；
③向样本板每一个有样本的孔里加入16μL水，封板；
④板式离心机4000rpm离心30秒；
⑤轻轻将样本板凌空翻转，放在已放树脂的dimple plate上，然后将dimpleplate连样本板一起翻转(过程中两快板不可水平移动)，让树脂掉到孔里；
⑥取下dimple plate，样本板封板，旋转器上颠倒摇匀15-30分钟；
⑦4000rpm离心5分钟。
(5)Dispensing点样
使用MassARRAY CPM将样本点到对应的SpectroCHIP(芯片)上。
(6)MALDI-TOF
使用MALDI-TOF(基质辅助激光解吸电离-飞行时间)质谱仪获得数据。
以rs10919563位点引物优化为例(PCR引物工作液浓度)：
最初所采用的引物配制中，所有位点的PCR引物工作液浓度为0.5μM，用该引物浓度扩增后，发现体系中某些位点的UEP转化效率较低的现象，原因是PCR引物扩增效率较低，用来进行UEP单碱基延伸的模板较少，如位点rs10919563。经过对PCR引物工作液浓度的优化(提高部分引物的工作液浓度)，并通过多轮测试后，发现新体系的位点UEP转化效率较好，所有位点都可以正确的稳定的报出基因型。图1列举了rs10919563位点在更改PCR引物工作液浓度前的具体聚类图，图2列举了rs10919563位点在更改PCR引物工作液浓度后的具体聚类图(纵坐标代表UEP引物转化效率百分比)。从图中可以看出所示的位点在更改PCR引物工作液浓度后UEP转化效率优于更改前，使得结果更加明确清晰。
以rs4244285位点引物优化为例(靶向区域调整)：
rs4244285位点出现出峰较低现象，经过重新设计PCR引物(更改前上游引物序列为：ACGTTGGATGCCAGAGCTTGGCATATTGTATCTA，更改前下游引物序列为：ACGTTGGATGTCCTGACATCCTTATTGTTCAGA)后，按照上述步骤进行测试，发现更改后的PCR引物测试效果更好，出峰较低现象改善。通过对50例以上样本进行测试均未出现no call，更改引物前的具体的聚类图如图3所示，更改引物后的具体的聚类图如图4所示。从图中可以看出更改引物前的聚类集中在左下角且均为no call，而更改后的聚类正常且都成功报出位点基因型，这说明更改后的引物优于更改前的引物，符合本项目的检出要求。
以rs1142345位点引物优化为例(UEP引物方向调整)：
rs1142345位点出现出峰较低现象，经过更改UEP引物方向(更改前UEP序列为：TTTTCTGTAAGTAGA)后，按照上述步骤进行测试，发现更改后的UEP引物测试效果更好，出峰较低现象改善。通过对50例以上样本进行测试均未出现no call，更改引物前的具体的聚类图如图5所示，更改引物后的具体的聚类图如图6所示。从图中可以看出更改引物前的聚类集中在左下角且均为no call，而更改后的聚类正常且都成功报出位点基因型，这说明更改后的引物优于更改前的引物，符合本项目的检出要求。
以rs1061622位点引物优化为例(UEP引物方向调整)：
rs1061622位点出现假阳的现象，经过更改UEP引物方向(更改前UEP序列为：tACGTGCAGACTGCATCC)后，按照上述步骤进行测试，该位点出峰正常没有假阳的出现。NTC的rs1061622位点在更改UEP引物方向前的峰图如图7所示，样本的rs1061622位点在更改UEP引物方向前的峰图如图8所示，NTC的rs1061622位点在更改UEP引物方向后的峰图如图9所示，同一样本的rs1061622位点在更改UEP引物方向后的峰图如图10所示，rs1061622位点在更改UEP引物方向前的具体的聚类图如图11所示，rs1061622位点在更改UEP引物方向后的具体的聚类图如图12所示。所取样本为已知的G基因型，从图中可以看出更改前NTC在T峰处有明显出峰，样本在G峰和T峰处都有明显的出峰同时软件报出样本的rs1061622为GT基因型；而更改后NTC无明显出峰，样本的检测峰上只有G型峰同时软件报出为G基因型，这与该样本的已知基因型一致。
以rs72554664位点优化分孔为例(位点分孔排布调整)：
最初所设计的rs72554664位点位于W1孔中，经过测试发现该位点检出假阳的现象。本实施例通过将rs72554664位点移至W2孔后，该位点出峰正常没有假阳的出现。NTC的rs72554664位点在优化分孔前的峰图如图13所示，样本的rs72554664位点在优化分孔前的峰图如图14所示，NTC的rs72554664位点在优化分孔后的峰图如图15所示，同一样本的rs72554664位点在优化分孔后的峰图如图16所示，rs72554664位点在优化分孔前的具体的聚类图如图17所示，rs1061622位点在在优化分孔后的具体的聚类图如图18所示。所取样本为已知的C基因型，从图中可以看出更改前NTC在A峰和G峰处都有明显出峰，样本在A峰处有明显出峰的同时G峰处有弱峰出现；而更改后NTC无明显出峰，样本只在A峰处有明显出峰，这与该样本的已知基因型一致。
以rs2231142位点优化引物为例(引物间分孔调整)：
rs2231142位点因为设计要求，在W1和W2中都进行了引物设计进行位点检测，分别标注为rs2231142-1和rs2231142-2。而且为了将两个孔内的结果进行互相验证，两个孔内UEP的方向不同。通过对50例以上样本进行测试两个孔内rs2231142位点的结果均一致，在W1中的具体的聚类图如图19所示，W2中的具体的聚类图如图20所示。
经过引物的多次更改和反复优化测试，筛选出最优PCR扩增引物及单碱基延伸(UEP)引物，具体引物序列参见表6和表7的引物序列。
表6 PCR引物序列
表7 UEP引物序列
实施例2反应体系的验证
在体系优化过程中，每个检测位点都有2～3个样本经过Sanger测序的验证，经比对结果均一致，确认检测结果准确无误。在确认最优反应体系后进行如下实验：
(1)准确性实验验证方案：43个位点各选取一例样本进行Sanger测序，并比对sanger测序与MassARRAY的结果，一致性大于95％则验证通过；
(2)精密度实验验证方案：挑取2例外周血样本和2例口腔拭子样本，每个样本重复3次进行一个批次的检测，共检测3个批次，批间精密度和批内精密度的一致性大于95％则验证通过；
(3)实验操作员比对和试剂比对实验验证方案：上述(2)中配制两个批次的引物(批次A和批次B)，实验操作员甲使用引物批次A检测批次1，使用引物批次B检测批次2，实验操作员乙使用引物批次B检测批次3，比较实验操作员和试剂间的结果，一致性大于95％则验证通过。
具体地：首先按照本发明实施例1提供的体系加量表配制两个批次的扩增引物MIX和延伸引物MIX，分为第一批次和第二批次。然后按照实施例1中的操作步骤进行试验并分析结果。准确性和精密度结果见下表，因精密度实验批次内和批次间的结果均一致，故只列出4个样本的检测结果。其中，因为rs137852327位点位于X染色体上，且进行准确性验证的样本为男性样本，只有一条X染色体，故报出结果只有一个碱基C。
表8准确性的验证结果
| 检测位点 | MassARRAY检测结果 | 一代检测结果 | 检测位点 | MassARRAY检测结果 | 一代检测结果 |
| rs1042597 | GC | GC | rs2231142 | GT | GT |
| rs1045642 | GA | GA | rs2234693 | TC | TC |
| rs1051266 | TT | TT | rs2267076 | TT | TT |
| rs1057910 | AA | AA | rs3731722 | GA | GA |
| rs1061622 | GG | GG | rs3957356 | CT | CT |
| rs10919563 | GA | GA | rs396991 | CC | CC |
| rs11265618 | CC | CC | rs4244285 | GG | GG |
| rs1142345 | TT | TT | rs4329505 | CT | CT |
| rs116855232 | CC | CC | rs4646487 | TT | TT |
| rs137852327 | C | C | rs4673993 | TT | TT |
| rs1495741 | AA | AA | rs4802101 | CC | CC |
| rs1799930 | AA | AA | rs7254579 | CT | CT |
| rs1799931 | GA | GA | rs72554664 | CC | CC |
| rs1800460 | CC | CC | rs72554665 | CA | CA |
| rs1800462 | CC | CC | rs7574865 | GT | GT |
| rs1800584 | CC | CC | rs762551 | CC | CC |
| rs1800629 | GG | GG | rs767455 | CC | CC |
| rs1801131 | TT | TT | rs776746 | TT | TT |
| rs1801133 | GG | GG | rs9262570 | TC | TC |
| rs1801274 | GG | GG | rs9263726 | GA | GA |
| rs1801280 | TT | TT | rs9340799 | GA | GA |
| rs2032582 | CA | CA | / | / | / |
经57例样本的MassARRAY结果和Sanger结果的比对可知，本发明的体系验证实验的准确性为100％。
表9精密度的验证结果
经2例外周血样本和2例口腔拭子样本的3个批次的检测结果比对，可知本发明的体系的批间精密度、批内精密度以及人员间比对和试剂间比对的一致性均为100％。
因本发明检测位点较多，故在此随机选取4个位点rs11265618、rs2032582、rs4329505和rs9262570进行展示，上述4个位点的聚类图分别如图21、图22、图23和图24所示。从上述附图结果中同样可以得出，本发明的体系的批间精密度、批内精密度以及人员间比对和试剂间比对的一致性均为100％。
最后应说明的是：以上各实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述各实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分或者全部技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 江苏先声医疗器械有限公司
南京先声医学检验有限公司
江苏先声医学诊断有限公司
<120> 用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组、应用、产
品及方法
<160> 135
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
acgttggatg taggcagtga ctcgatgaag 30
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
acgttggatg tatggagaca acagccgggt 30
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
acgttggatg agaagcaggt gcccgtggaa 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
acgttggatg tgaagccgta gaagcaaagg 30
<210> 5
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
acgttggatg agaacgacat aaaagttggg 30
<210> 6
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
acgttggatg cctcaaaaac atgtcagtgt g 31
<210> 7
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
acgttggatg tgtatcccac cagatggttc 30
<210> 8
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
acgttggatg aagaactacc tcccctggac 30
<210> 9
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
acgttggatg attgttggcc tgcacctctg 30
<210> 10
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
acgttggatg caactcaaca cccaaggagc 30
<210> 11
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
acgttggatg ggcctcacat ggtcacttc 29
<210> 12
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
acgttggatg tctctcagga aaggagcaaa 30
<210> 13
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
acgttggatg cctgccaaag aagaaacacc 30
<210> 14
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
acgttggatg aagatgttgg agacgtctgc 30
<210> 15
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
acgttggatg ggaagaggtt gaagaagtgc 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gggtgataca tacacaaggg 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
acgttggatg acaccaacta cactgtgtcc 30
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<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
acgttggatg gcttactcta atataaccct c 31
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<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gaatccctga tgtcattctt c 31
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg cacttgaagg agaaggtgtc 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gtgcatgcct tcacaaagcg 30
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<211> 30
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<213> 人工序列
<400> 23
acgttggatg gagcatagta agcagtaggg 30
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<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gaaaatgttg tctggacaag c 31
<210> 25
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
acgttggatg tgatgttgtg atgggcactc 30
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<212> DNA
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acgttggatg gtcatagttg ttgcaagccg 30
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<211> 30
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<213> 人工序列
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acgttggatg agaccaatgc tcatcccaac 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg tcaagaggca ccacctcaag 30
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<213> 人工序列
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acgttggatg tctgccacag agctgggttc 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg tggctcgaca actgaattcc 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gaagagccaa ttgactaccc 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gaacctacgt ggaatattgg 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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acgttggatg agcagtgggg tgaaaatacg 30
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<213> 人工序列
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acgttggatg tgcatacctg tgggctatgg 30
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<213> 人工序列
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acgttggatg ctaagctcca tctaccatgc 30
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<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg gaatcttgag gctcctttcc 30
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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acgttggatg tggtggccat ccctgggaat 30
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acgttggatg catcccaatc atcttcgctc 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 56
acgttggatg tgaaggcact attggctgac 30
<210> 57
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 57
acgttggatg ctggtaggac aaatattggc 30
<210> 58
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 58
acgttggatg acttaccatt tgcgatcacc 30
<210> 59
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 59
acgttggatg ctgatttgtg tgtaggaccc 30
<210> 60
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 60
acgttggatg ggaggcaata ggttttgagg 30
<210> 61
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 61
acgttggatg tctacctgaa gagcaagtcc 30
<210> 62
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 62
acgttggatg tctcccgaga ggtaaagaac 30
<210> 63
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 63
acgttggatg ctgtgactgt ggtttgcttg 30
<210> 64
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 64
acgttggatg cttccagaat ggaaaatccc 30
<210> 65
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 65
acgttggatg atacagcact ggcatggttc 30
<210> 66
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 66
acgttggatg cacatctggg aggagcttc 29
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 67
acgttggatg gtcatagttg ttgcaagccg 30
<210> 68
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 68
acgttggatg tgatgttgtg atgggcactc 30
<210> 69
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 69
acgttggatg ggtcagtgga ctattaaggg 30
<210> 70
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 70
acgttggatg tttcgctatc catgacgcag 30
<210> 71
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 71
acgttggatg acaccgtggg tgtgattagc 30
<210> 72
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 72
acgttggatg gtcacatatt tacagaatgg caaagg 36
<210> 73
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 73
acgttggatg ccagagcttg gcatattgta tcta 34
<210> 74
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 74
acgttggatg aactagtcaa tgaatcacaa atacgc 36
<210> 75
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 75
acgttggatg gaatgtagtg tatcattccg 30
<210> 76
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 76
acgttggatg gaacaccatg aaagtccctc 30
<210> 77
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 77
acgttggatg cctacacatt gcctcctatc 30
<210> 78
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 78
acgttggatg ccacatcgca gaagatgtca 30
<210> 79
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 79
acgttggatg acatggcaaa accccatctg 30
<210> 80
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 80
acgttggatg cccaggttca agtgattctc 30
<210> 81
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 81
acgttggatg tcagcgacga gctccgtga 29
<210> 82
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 82
acgttggatg tctccagctc aatctggtgc 30
<210> 83
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 83
acgttggatg gagtgtgtat gcagtaaaag 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
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acgttggatg aatcccctga aattccactg 30
<210> 85
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 85
acgttggatg tgagaggcca tagctgtctg 30
<210> 86
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 86
acgttggatg tcttcccttt gtccctggtc 30
<210> 87
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 87
acgttggatg ccaggtcaga cagttagtag 30
<210> 88
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 88
acgttggatg gcatgggtta agggctttag 30
<210> 89
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 89
acgttggatg tccttaacac agatcccagc 30
<210> 90
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 90
acgttggatg cagaaatggt ttgctggctc 30
<210> 91
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 91
ggcatccttt gctgccctca c 21
<210> 92
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 92
agctccggtc ctggcggc 18
<210> 93
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 93
gactgtcttt ttgaaaagtt at 22
<210> 94
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 94
tcctagcctt gttcttttaa acaac 25
<210> 95
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 95
cccctctgag atgcatttca aca 23
<210> 96
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 96
agctactgtg aatgccca 18
<210> 97
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 97
atagacttat ttacgcttga acctc 25
<210> 98
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 98
gggcccaaac ctggtgatg 19
<210> 99
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 99
gggcactgtg tccccggtct g 21
<210> 100
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 100
tgttactctt tcttgtttca 20
<210> 101
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 101
agaaggtgtc tgcgggag 18
<210> 102
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 102
cccctttgac tcaccttccc ag 22
<210> 103
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 103
tgacggtgag agaaaactta 20
<210> 104
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 104
gttccaaatg tcccagc 17
<210> 105
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 105
tcaccacctc aagcctcat 19
<210> 106
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 106
tttgttcctc tcaatagttc 20
<210> 107
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 107
aagtgactac cctcagtttt tta 23
<210> 108
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 108
ttaggggtga attttgcccg ata 23
<210> 109
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 109
gggttgaaaa tacgccaggc ctca 24
<210> 110
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 110
atctaccatg cgtcctg 17
<210> 111
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 111
acagagctct tttgtctttc a 21
<210> 112
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 112
caatgctcat cccaactc 18
<210> 113
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 113
gtacagagcc caggg 15
<210> 114
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 114
ctcattcgcc aggggaatag 20
<210> 115
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 115
ctggcacgag gtccagagat ac 22
<210> 116
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 116
ggtggccatc cctgggaatg caagca 26
<210> 117
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 117
taaggacatt cacgtttga 19
<210> 118
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 118
ttttgtcatt catttccaag t 21
<210> 119
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 119
acatgatttg ggatagagga 20
<210> 120
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 120
ggggctgaac cccgtcc 17
<210> 121
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 121
ggagctgacc agtgaag 17
<210> 122
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 122
agaaggtggg atccaaa 17
<210> 123
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 123
cttctcctgc aggtgacca 19
<210> 124
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 124
agagctgctg agaact 16
<210> 125
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 125
agggtcaagg gtcca 15
<210> 126
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 126
ctgaagacac atttttactc ccaa 24
<210> 127
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 127
agtaatttgt tatgggttcc 20
<210> 128
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 128
cggtatttta aaatcagagc tt 22
<210> 129
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 129
aggacttacc ctccc 15
<210> 130
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 130
tctgtactaa aaacacaaaa atta 24
<210> 131
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 131
ggctccgtga ggcctggc 18
<210> 132
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 132
agttggtgac caaaatgt 18
<210> 133
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 133
acgtgcctga cctgctgctg cc 22
<210> 134
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 134
ggtggaacaa cgatttaaat caa 23
<210> 135
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 135
agctcccagg aaactc 16
Claims (5)
1.一种用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述药物代谢能力为：免疫抑制剂代谢能力、免疫调节剂代谢能力、抗炎药代谢能力、TNF抑制剂代谢能力、B细胞调节剂代谢能力、IL-6抑制剂代谢能力、降尿酸剂代谢能力和排尿酸药代谢能力；所述用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点为：rs1042597、rs1045642、rs1051266、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800460、rs1800462、rs1800584、rs1800629、rs1801131、rs1801133、rs1801274、rs1801280、rs2032582、rs2231142、rs2234693、rs2267076、rs3731722、rs3957356、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4673993、rs4802101、rs7254579、rs72554664、rs72554665、rs7574865、rs762551、rs767455、rs776746、rs9262570、rs9263726、rs9340799及AMEL；所述引物组的序列如SEQ ID NO.1-90所示；
所述引物组还包括SEQ ID NO.91-135所示的延伸引物。
2.根据权利要求1述的引物组，其特征在于，所述引物分为如下2组：
I组包括检测rs1045642、rs1051266、rs1142345、rs116855232、rs137852327、rs1495741、rs1799930、rs1799931、rs1800462、rs1800584、rs1801133、rs2032582、rs2231142-1、rs2234693、rs2267076、rs3957356、rs4673993、rs7254579、rs72554665、rs762551、rs776746和rs9340799的引物组；
II组包括检测AMEL、rs1042597、rs1057910、rs1061622、rs10919563、rs11265618、rs1800460、rs1800629、rs1801131、rs1801274、rs1801280、rs2231142-2、rs3731722、rs396991、rs4244285、rs4329505、rs4646487、rs4802101、rs72554664、rs7574865、rs767455、rs9262570和rs9263726的引物组。
3.如权利要求1或2所述的引物组在制备风湿免疫疾病个体化用药检测的产品中的应用。
4.一种用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，其特征在于，所述产品包括权利要求1或2所述的用于检测风湿免疫疾病的药物代谢能力的相关SNP位点的引物组。
5.根据权利要求4所述的用于风湿免疫疾病个体化用药检测的产品，其特征在于，包括用于检测SNP位点的试剂和设备；所述设备包括采用MassARRAY对SNP位点核苷酸进行检测的设备。
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Legal Events
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| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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| GR01 | Patent grant | ||
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