CN110423826A - 一种c57bl/6亚系小鼠kasp遗传检测试剂盒及引物 - Google Patents
一种c57bl/6亚系小鼠kasp遗传检测试剂盒及引物 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110423826A CN110423826A CN201910812349.8A CN201910812349A CN110423826A CN 110423826 A CN110423826 A CN 110423826A CN 201910812349 A CN201910812349 A CN 201910812349A CN 110423826 A CN110423826 A CN 110423826A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sequence
- primer
- seq
- upstream primer
- upstream
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 25
- 238000011740 C57BL/6 mouse Methods 0.000 title claims abstract description 20
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 17
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims abstract description 68
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 6
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 claims description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 3
- 238000011814 C57BL/6N mouse Methods 0.000 abstract description 6
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 abstract description 5
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 abstract description 4
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 abstract description 2
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 abstract 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 37
- 238000000034 method Methods 0.000 description 25
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 12
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 11
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 5
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 5
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 3
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 3
- 230000004087 circulation Effects 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- 240000003186 Stachytarpheta cayennensis Species 0.000 description 2
- 235000009233 Stachytarpheta cayennensis Nutrition 0.000 description 2
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 2
- 238000007844 allele-specific PCR Methods 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 2
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 241000208340 Araliaceae Species 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 206010015548 Euthanasia Diseases 0.000 description 1
- 101000829171 Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) Effector TSP1 Proteins 0.000 description 1
- 101000969137 Mus musculus Metallothionein-1 Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 1
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 239000003150 biochemical marker Substances 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- 239000012470 diluted sample Substances 0.000 description 1
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 1
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 1
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000010183 spectrum analysis Methods 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明揭示了用于C57BL/6亚系小鼠遗传检测的试剂盒及引物，包括至少一组由第一上游引物、第二上游引物及下游引物组成的引物对。本发明针对C57BL/6J与C57BL/6N 2个亚系间存在差异的12个SNPs位点和1个基因突变位点设计特异识别SNP位点的引物组，其中第一上游引物含有FAM荧光结合序列，第二上游引物含有HEX荧光结合序列，可用于荧光定量PCR检测，结果可靠性高，并且可以根据需求调节监测的SNP位点数量。
Description
技术领域
本发明涉及一种C57BL/6亚系小鼠KASP遗传检测试剂盒及引物。
背景技术
C57BL/6小鼠在生物医药研究领域应用非常广泛，是应用最多的一个近交品系；经过多年的繁育，不同的小鼠供应商各自建立了很多不同的亚系。目前使用最多的主要有2个亚系：C57BL/6J(6J)和C57BL/6N(6N)，这两个亚系在全球多个生产繁育单位都有保种，而且已繁育到220代左右，被广泛应用到生物医药的研究中，如免疫学、行为学、代谢机制、基因工程鼠的制作等。每当一个C57BL/6群体与现有种群分开繁殖20代以上后，就成为一个新的亚系。
从基因型到表型，不同C57BL/6亚系的小鼠间存在一定程度的差异，6J和6N之间不仅在基因水平存在差异，如：编码区存在34个SNPs差异，2个核苷酸的缺失，15个与基因相关的结构变异体，存在Crb1rd8、Nnt、Cyfip2M1N、Nlrp12等基因的突变，而且，在表型方面，如免疫学、生理学、领地意识等方面也存在差异。研究者在选择实验小鼠时，需要充分了解所用小鼠的品系、亚系是否适合所需开展实验的要求，以保证实验的可行性及结果的准确性。
目前的国家标准采用生化标记和皮肤移植的方法进行小鼠近交系遗传背景监测，不适用于小鼠亚系的遗传检测。单核苷酸多态性(SNP)可以用于实验动物遗传检测，是国外主要的小鼠供应商提倡采用的方法。传统的SNP检测方法采用DNA测序、RFLP、SSCP、ASO等，虽在某种程度上能完成对SNP的检测，但必须通过凝胶电泳进行检测，距快速、高效、自动化的目标相差甚远。Taqman方法、质谱分析、DNA芯片、SNaPshot法等有着高效快速的优点，但需要投入昂贵设备或者高成本的试剂，也难以普及应用。
基于6N小鼠全基因组序列的测序完成，国外学者用SNP标记的方法来进行B6亚系小鼠的遗传分析。Zurita等研究者通过二代测序技术，分析1449个SNP位点，最终发现12个位点对于区分10个B6来源亚系小鼠有帮助，但对于同一来源的不同生产单位的B6亚系小鼠无法区分。2015年，Mekada等研究者用普通PCR结合Sanger测序方法，检测了100个SNP位点，对11个B6N来源的亚系进行有效的基因分型，但该方法非常耗时，不适用于常规的快速筛查。也有研究者针对2种亚系间突变基因进行检测来加以区分，Bourdi M等用普通PCR方法针对Nnt基因进行检测来区分6J和6N小鼠。
公开号为CN104975105A、CN108588236A的专利申请文件公开了将SNP Panel用于近交系小鼠遗传检测，但均未提及C57BL/6亚系小鼠的遗传鉴别。其中，CN104975105A针对7个SNP位点，通过普通PCR结合Sanger测序法对常见的8个近交小鼠品系进行鉴别，C57BL品系名称不规范，无法区分C57BL/6亚系小鼠；CN108588236A针对96个SNP位点采用KASP法，对常见的8个近交小鼠品系进行鉴别，仅涉及到C57BL/6J品系小鼠与另7种品系小鼠的鉴别检测，同样无法区分C57BL/6亚系小鼠。
发明内容
本发明的目的在于解决上述C57BL/6J和C57BL/6N亚系小鼠分型检测的问题，实现高时效性、可靠性及灵活性的基因分型检测。
为了实现上述目的，本发明提供一种用于C57BL/6亚系小鼠遗传检测的引物，其包括至少一组引物对，引物对选自：
序列为SEQ ID NO:1的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:2的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:3的下游引物；
序列为SEQ ID NO:4的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:5的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:6的下游引物；
序列为SEQ ID NO:7的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:8的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:9的下游引物；
序列为SEQ ID NO:10的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:11的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:12的下游引物；
序列为SEQ ID NO:13的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:14的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:15的下游引物；
序列为SEQ ID NO:16的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:17的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:18的下游引物；
序列为SEQ ID NO:19的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:20的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:21的下游引物；
序列为SEQ ID NO:22的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:23的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:24的下游引物；
序列为SEQ ID NO:25的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:26的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:27的下游引物；
序列为SEQ ID NO:28的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:29的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:30的下游引物；
序列为SEQ ID NO:31的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:32的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:33的下游引物；
序列为SEQ ID NO:34的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:35的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:36的下游引物；
序列为SEQ ID NO:37的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:38的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:39的下游引物。
本发明针对C57BL/6J与C57BL/6N 2个亚系间存在差异的12个SNPs位点和1个基因突变位点设计特异识别SNP位点的引物组，其中第一上游引物含有FAM荧光结合序列，第二上游引物含有HEX荧光结合序列，可用于荧光定量PCR检测，结果可靠性高，并且可以根据需求调节监测的SNP位点数量。
本发明的另一方面，提供一种C57BL/6亚系小鼠的KASP遗传检测试剂盒，包括若干反应体系，每一反应体系包括2×PCR试剂预混液5μL及如上所述的其中一组引物对，引物对中第一上游引物含量为12μM，第二上游引物为12μM，下游引物为15μM。
本发明基于SNP检测建立C57BL/6N与C57BL/6J小鼠基因型快速鉴别的试剂盒，通过KASP方法独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测都最终使用通用荧光引物扩增，大大降低了试剂成本，同时可以实现在1-2个工作日内从接到样品到出具结果的时效性。
作为本发明一实施方式的进一步改进，反应体系为十三组，每一组反应体系包括前述的其中一组引物对，且各组反应体系的引物对均不相同。
作为本发明一实施方式的进一步改进，每一反应体系包括引物混合液0.14μL，引物混合液由第一上游引物、第二上游引物和下游引物组成。
本发明的另一方面，提供上述引物在制备C57BL/6亚系小鼠遗传检测的试剂中的应用。
附图说明
图1是本发明标准品的Crb1rd8基因突变位点KASP法基因分型聚类图；
图2是本发明盲样的12个SNP位点及Crb1rd8基因突变位点KASP法基因分型聚类图；
图3是本发明待测样本的12个SNP位点及Crb1rd8基因突变位点KASP法基因分型聚类图。
具体实施方式
以下将结合附图所示的具体实施方式对本发明进行详细描述。但这些实施方式并不限制本发明，本领域的普通技术人员根据这些实施方式所做出的结构、方法、或功能上的变换均包含在本发明的保护范围内。
本发明应用KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)技术，选取12个SNP位点，结合1个突变基因位点，实现快速区分6J和6N小鼠。
实施例：
针对小鼠11条染色体上选取12个SNP位点及一个Crb1rd8突变基因，设计13组引物组，由苏州泓迅生物科技股份有限公司合成。引物序列见表1、表2。
表1 12个SNP位点信息及引物序列
表2突变基因位点信息及引物序列
样本来源
1份C57BL/6JNju和1份C57BL/6NNju小鼠鼠尾核酸样本由剑桥-苏大基因组资源中心馈赠，作为方法建立时的标准品，每个样品做3个重复。1只C57BL/6JNju，1只C57BL/6JSlac，1只C57BL/6NCrl小鼠由诺华(中国)生物医学研究中心馈赠，分别来自于3个不同小鼠供应商，作为盲样，对方法进行验证。随机选取未提供具体亚系信息的C57BL/6小鼠4只。
核酸提取
小鼠安乐死后，无菌采集鼠尾1-2cm、肾脏、肝脏、肺脏等组织，-20℃冻存备用，每个动物取30mg左右组织样本，参照组织基因组DNA提取试剂盒说明书(天根生化科技有限公司，DP304)提取核酸，-20℃冻存备用。PCR扩增前，用紫外分光光度计(GE,NanoVue plus)测定核酸浓度，稀释样本使其核酸浓度调整为10ng/μL左右。
KASP法
表1所示13个引物组分别在各自的反应体系中扩增。
每一反应体系为：2×PCR试剂预混液5μL(LGC，KBS-1016-001)；引物混合液(上游引物1/上游引物2/下游引物浓度分别为12/12/15μM)0.14μL；样本DNA 5μL。
反应条件为：94℃预变性15min，94℃ 20s，退火温度61℃开始每个循环降0.6℃，1min，10个循环；94℃ 20s，退火温度55℃ 1min，26个循环；94℃ 20s，退火温度57℃ 1min，12个循环；30℃ 30s，荧光定量PCR仪(Bio-Rad，CFX96)读取FAM和HEX荧光信号，分析结果。
KASP分型方法共检测2份标准品核酸样本，采用Bio-Rad CFX Manager 3.1软件分析。图1是针对Crb1rd8突变基因的KASP分型结果，正方形聚集点为HEX荧光信号，识别的是该突变位点上G碱基；圆形聚集点为FAM荧光信号，识别的是该突变位点缺失碱基；菱形点是空白对照，无荧光信号未识别到对应碱基。2份标准品的12个SNP等位基因碱基信息与突变基因的KASP分型后，得到6J和6N各1份，与预期的亚系信息一致，且重复性好。
结果表明，通过荧光定量PCR仪对产物中荧光信号的识别，可以很好地区分6J和6N基因型。
KASP分型方法共检测已知亚系小鼠3只(盲样)，采用Bio-Rad CFX Manager 3.1软件分析。参图2，图形代表的信号同上。经鉴定，有2只小鼠为6J，1只为6N，12个SNP位点和1个突变位点均为纯合子，等位基因与预期相符。
KASP分型方法共检测4份临床样本，采用Bio-Rad CFX Manager 3.1软件分析。参图3，鉴定结果为6J 2份，6N 2份。12个SNP位点及1个突变基因位点检测这4个动物均为纯合子，未发现杂合子，另外所测位点均与亚系相符。
本发明在小鼠基因型方面建立一套标准的鉴别体系，从2个亚系间的差异SNPs着手，建立一套监测体系，用以区分6J和6N小鼠。本发明的SNP检测主要针对小鼠的11条染色上的12个SNP差异位点，可以快速区别出6J和6N小鼠品系，并配合Crb1rd8突变位点的检测，结果更加可信。
本发明建立的C57BL/6N与C57BL/6J小鼠基因型鉴别技术，是基于SNP检测的一种快速鉴定方法，通过KASP方法独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测都最终使用通用荧光引物扩增，大大降低了试剂成本，同时可以实现在1-2个工作日内从接到样品到出具结果的时效性。
本发明可以根据需求调整监测的SNP位点数量，相较于芯片或测序的方法，更具有灵活性，比TaqMan探针法荧光定量PCR成本更低。
应当理解，虽然本说明书按照实施方式加以描述，但并非每个实施方式仅包含一个独立的技术方案，说明书的这种叙述方式仅仅是为清楚起见，本领域技术人员应当将说明书作为一个整体，各实施方式中的技术方案也可以经适当组合，形成本领域技术人员可以理解的其他实施方式。
上文所列出的一系列的详细说明仅仅是针对本发明的可行性实施方式的具体说明，它们并非用以限制本发明的保护范围，凡未脱离本发明技艺精神所作的等效实施方式或变更均应包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 苏州西山生物技术有限公司
<120> 一种C57BL/6亚系小鼠KASP遗传检测试剂盒及引物
<160> 39
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gaaggtgacc aagttcatgc tgctagatag aaaaggcct 39
<210> 2
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gaaggtcgga gtcaacggat tgctagatag aaaaggccc 39
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
caatcagagg cagcaccat 19
<210> 4
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gaaggtgacc aagttcatgc tgcattatac attaccaaca aactatgcac 50
<210> 5
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gaaggtcgga gtcaacggat tgcattatac attaccaaca aactatgcat 50
<210> 6
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
caaaattaca tgagagatat attccactaa 30
<210> 7
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
gaaggtgacc aagttcatgc ttaaggtctt tgtcctcata ctgcg 45
<210> 8
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gaaggtcgga gtcaacggat tcttaaggtc tttgtcctca tactgca 47
<210> 9
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
tctggtaaag cccattaaac actgcaaa 28
<210> 10
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gaaggtgacc aagttcatgc tcatgttgga ccttctagaa acccta 46
<210> 11
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
gaaggtcgga gtcaacggat tatgttggac cttctagaaa ccctg 45
<210> 12
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
agcccaaccc ccagctgcta tt 22
<210> 13
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
gaaggtgacc aagttcatgc tcattatcaa cgagaagct 39
<210> 14
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gaaggtcgga gtcaacggat tcattatcaa cgagaagcc 39
<210> 15
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
atagctcttc ccacatca 18
<210> 16
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
gaaggtgacc aagttcatgc ttgataagca gggccacacg tg 42
<210> 17
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
gaaggtcgga gtcaacggat tttgataagc agggccacac gta 43
<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
ctggaagtgt atgcagccaa ctcaa 25
<210> 19
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
gaaggtgacc aagttcatgc tgcgcacgaa cttactaaa 39
<210> 20
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
gaaggtcgga gtcaacggat tgcgcacgaa cttactaag 39
<210> 21
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
agcctgctca gtgggttt 18
<210> 22
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
gaaggtgacc aagttcatgc tcttctccag ctccttcct 39
<210> 23
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
gaaggtcgga gtcaacggat tcttctccag ctccttccc 39
<210> 24
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
gccctggacc tctgaat 17
<210> 25
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
gaaggtgacc aagttcatgc tgggagccag cactcgga 38
<210> 26
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
gaaggtcgga gtcaacggat tgggagccag cactcggg 38
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
catctggtaa cctcagcgtc acaat 25
<210> 28
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
gaaggtgacc aagttcatgc ttgagaaagg cccagtgta 39
<210> 29
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
gaaggtcgga gtcaacggat ttgagaaagg cccagtgtg 39
<210> 30
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
ctcaagggct catccaa 17
<210> 31
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
gaaggtgacc aagttcatgc tctgatgtgt aaacataatt tttcccatg 49
<210> 32
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gaaggtcgga gtcaacggat tgtctgatgt gtaaacataa tttttcccat a 51
<210> 33
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ctgggatgac tctcagattt aaataccaa 29
<210> 34
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
gaaggtgacc aagttcatgc ttcaggagat caccagagct 40
<210> 35
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
gaaggtcgga gtcaacggat ttcaggagat caccagagcg 40
<210> 36
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
gggctgcttt gctgtct 17
<210> 37
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
gaaggtgacc aagttcatgc tccgagagac aggcacaccg 40
<210> 38
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
gaaggtcgga gtcaacggat tcccgagaga caggcacacc a 41
<210> 39
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
gaaactgtga agacagctac agttctta 28
Claims (5)
1.用于C57BL/6亚系小鼠遗传检测的引物，其特征在于：所述引物包括至少一组引物对，所述引物对选自：
序列为SEQ ID NO:1的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:2的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:3的下游引物；
序列为SEQ ID NO:4的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:5的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:6的下游引物；
序列为SEQ ID NO:7的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:8的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:9的下游引物；
序列为SEQ ID NO:10的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:11的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:12的下游引物；
序列为SEQ ID NO:13的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:14的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:15的下游引物；
序列为SEQ ID NO:16的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:17的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:18的下游引物；
序列为SEQ ID NO:19的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:20的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:21的下游引物；
序列为SEQ ID NO:22的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:23的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:24的下游引物；
序列为SEQ ID NO:25的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:26的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:27的下游引物；
序列为SEQ ID NO:28的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:29的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:30的下游引物；
序列为SEQ ID NO:31的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:32的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:33的下游引物；
序列为SEQ ID NO:34的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:35的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:36的下游引物；
序列为SEQ ID NO:37的第一上游引物，序列为SEQ ID NO:38的第二上游引物及序列为SEQ ID NO:39的下游引物。
2.一种C57BL/6亚系小鼠的KASP遗传检测试剂盒，其特征在于：包括若干反应体系，每一所述反应体系包括2×PCR试剂预混液5μL及如权利要求1所述的其中一组引物对，所述引物对中第一上游引物含量为12μM，第二上游引物为12μM，下游引物为15μM。
3.如权利要求2所述的C57BL/6亚系小鼠的KASP遗传检测试剂盒，其特征在于：所述反应体系为十三组，每一组反应体系包括权利要求1所述的其中一组引物对，且各组反应体系的引物对均不相同。
4.如权利要求2所述的C57BL/6亚系小鼠的KASP遗传检测试剂盒，其特征在于：所述每一反应体系包括引物混合液0.14μL，所述引物混合液由第一上游引物、第二上游引物和下游引物组成。
5.如权利要求1所述的引物在制备C57BL/6亚系小鼠遗传检测的试剂中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910812349.8A CN110423826B (zh) | 2019-08-30 | 2019-08-30 | 一种c57bl/6亚系小鼠kasp遗传检测试剂盒及引物 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910812349.8A CN110423826B (zh) | 2019-08-30 | 2019-08-30 | 一种c57bl/6亚系小鼠kasp遗传检测试剂盒及引物 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110423826A true CN110423826A (zh) | 2019-11-08 |
| CN110423826B CN110423826B (zh) | 2023-10-31 |
Family
ID=68416689
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201910812349.8A Active CN110423826B (zh) | 2019-08-30 | 2019-08-30 | 一种c57bl/6亚系小鼠kasp遗传检测试剂盒及引物 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN110423826B (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114317767A (zh) * | 2021-12-21 | 2022-04-12 | 斯贝福（北京）生物技术有限公司 | 一种区别c57bl/6亚系小鼠的引物、试剂盒和方法 |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2006314289A (ja) * | 2005-05-16 | 2006-11-24 | Sumitomo Chemical Co Ltd | マウスのｃｂａ系統とｃ５７ｂｌ／６系統との間の遺伝的多型の型を判別するためのマイクロサテライト |
| CN108588236A (zh) * | 2018-05-17 | 2018-09-28 | 江苏集萃药康生物科技有限公司 | 一种近交系遗传质量监控的snp快速检测方法和snp位点及其引物 |
| CN109609659A (zh) * | 2018-12-21 | 2019-04-12 | 江苏集萃药康生物科技有限公司 | 一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用 |
| CN109694914A (zh) * | 2018-12-28 | 2019-04-30 | 江苏集萃药康生物科技有限公司 | 用于监控dba近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用 |
-
2019
- 2019-08-30 CN CN201910812349.8A patent/CN110423826B/zh active Active
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2006314289A (ja) * | 2005-05-16 | 2006-11-24 | Sumitomo Chemical Co Ltd | マウスのｃｂａ系統とｃ５７ｂｌ／６系統との間の遺伝的多型の型を判別するためのマイクロサテライト |
| CN108588236A (zh) * | 2018-05-17 | 2018-09-28 | 江苏集萃药康生物科技有限公司 | 一种近交系遗传质量监控的snp快速检测方法和snp位点及其引物 |
| CN109609659A (zh) * | 2018-12-21 | 2019-04-12 | 江苏集萃药康生物科技有限公司 | 一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用 |
| CN109694914A (zh) * | 2018-12-28 | 2019-04-30 | 江苏集萃药康生物科技有限公司 | 用于监控dba近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| MEKADA K等: "Development of SNP markers for C57BL/6N-derived mouse inbred strains", 《EXP ANIM》 * |
| 无: "C57BL/6NJ", 《HTTPS://WWW.EBI.AC.UK/OLS/ONTOLOGIES/EFO/TERMS?SHORT_FORM=EFO_0007732》 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114317767A (zh) * | 2021-12-21 | 2022-04-12 | 斯贝福（北京）生物技术有限公司 | 一种区别c57bl/6亚系小鼠的引物、试剂盒和方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN110423826B (zh) | 2023-10-31 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| WO2019218743A1 (zh) | 一种近交系遗传质量监控的snp快速检测方法和snp位点及其引物 | |
| CN107090494B (zh) | 与谷子码粒数性状相关的分子标记及其检测引物和应用 | |
| CN107619870B (zh) | 能预示和鉴定绵羊羊毛长度的分子标记及其特异性引物对和应用 | |
| WO2023001211A1 (zh) | 一种分析绵羊毛用性状的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| CN115198023B (zh) | 一种海南黄牛液相育种芯片及其应用 | |
| WO2023001212A1 (zh) | 分析绵羊产奶性能的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| CN110541041B (zh) | 与中国家马矮小性状相关的snp标记及其应用 | |
| WO2023001209A1 (zh) | 分析绵羊脂尾的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| CN107090450B (zh) | 与谷子穗长性状相关的分子标记及其检测引物和应用 | |
| CN107354202B (zh) | 用于鉴定烤烟k326的引物组合及试剂盒、应用及鉴定方法 | |
| CN110452969B (zh) | 一种基于kasp的大鼠遗传质量监控snp标记分型方法及试剂盒 | |
| CN107447000A (zh) | 一种与绵羊多羔相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN102943107A (zh) | 分析生物样本的目标核酸序列的方法 | |
| CN107988385B (zh) | 一种检测肉牛PLAG1基因Indel标记的方法及其专用试剂盒 | |
| CN106520958B (zh) | 微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法 | |
| CN107586857A (zh) | 用于快速鉴定猪的红黑毛色基因的核酸、试剂盒及方法 | |
| CN110423826A (zh) | 一种c57bl/6亚系小鼠kasp遗传检测试剂盒及引物 | |
| CN116334240A (zh) | Snp标记在近交系大鼠品系鉴定中的应用及引物序列 | |
| CN113278714B (zh) | 分析绵羊是否有角的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| CN113293220B (zh) | 分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| CN109295240A (zh) | 一种与绵羊单胎多羔性状相关的snp分子标记及smad1基因分型检测试剂盒和应用 | |
| CN110305974B (zh) | 基于检测五个snp位点区分常见小鼠近交系的pcr分析引物及其分析方法 | |
| CN110373489B (zh) | 与小麦籽粒蛋白含量相关的kasp标记及其应用 | |
| CN113355449A (zh) | 一种长穗偃麦草3e染色体特异共显性kasp分子标记及其应用 | |
| CN113234838A (zh) | 高分辨率熔解曲线鉴定绵羊FecB基因型的引物对、产品和方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |