CN109609659A - 一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域,涉及一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用。该SNP位点包括10个针对CBA品系的特异性识别位点、70个识别除CBA外某品系的特征位点以及16个通用性位点,综合96个SNP位点结果,能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度,全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况,实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。本发明还对SNP引物在后续检测中优化反应条件,确保检测灵敏、特异、高效。此外,本发明对10个特异性位点还设计了多套引物,以便根据不同的检测需求和具体的检测条件进行选用。
Description
技术领域
本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域,特别涉及一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合。
背景技术
用于实验动物遗传背景质量控制检测的方法主要有3类:生化标记分析法、微卫星DNA、SNP(单核苷酸的多态性)检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法,这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化;使用此方法进行检测,存在准确度低、灵敏度低、检测位点有限、反映遗传概貌有限等方法缺陷。分子遗传标记可以对实验动物进行更精细的基因分析,是一种更加完善的实验动物质量检测手段;其中SNP检测作为分子遗传标记的有效技术手段,在基因组水平上检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,即SNP所表现的多态性。这一方法可以监测到单个碱基的变异,具有密度高、代表性强、遗传稳定性等特点,能够全面地反映被试个体基因组的遗传及变异情况。
KASP法是竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的简称,该方法在高灵敏度荧光检测的基础上,对目标SNPs进行双等位基因的精准分型。与传统Taqman荧光标记技术不同的是,此种方法无需对靶点即特异性引物/探针进行标记,不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物,其独特的ARM PCR原理,让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增,大大降低了实验成本。优化的PCR体系可满足不同位点高通量反应的需求,既有金标准的准确,又降低了使用成本,保持了高通量检测的便利,比Taqman具有更好的位点适应性。KASP技术将传统检测等位基因的2个反应合成了1个反应,成本更低。SNPs检测不但弥补了传统检测流程需要完成PCR、切胶回收、测序比对等复杂流程耗时较长的缺点,而且大大节省了测序的费用,实现了成本的有效控制。
中国专利ZL2018104752119,一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法和SNP位点及其引物,该专利提供了一种SNP快速检测方法,但是该方法无法针对性地确定某个品系(如CBA/CaJ小鼠)的SNP检测位点;此外关于同一个位点可以有很多不同的引物,即使确定了位点,也不能保障后续的引物都可以正常应用,更不能保证检测结果特异且检测信号好,所以得到引物后续反应条件也需要进一步的优化。此外,关于特定品系的特异性位点无法提供备选引物。
发明内容
针对现有技术中存在的缺点与不足,本发明提供了一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用,在全基因组范围内,针对特定近交系小鼠品系(CBA/CaJ)的遗传多态性展开检测;在这一检测组合中,每一个检测点都能分别检测出样本与两个特定小鼠品系是纯合,杂合或无关联性/检测阴性;且检测的各样本点均匀分布于特定近交系小鼠的基因组中。综合96个位点结果,能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度,全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况,从而建立一种高效快速检测实验动物遗传稳定性的方法,实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。
本发明在全基因组范围内筛选出了一套高效、CBA特异性的SNP位点组合(共96个位点)及其引物,可用于快速检测CBA近交系小鼠的遗传背景,并对相关品系遗传质量状态进行监控。
本发明解决其技术问题所采用的技术方案是:
一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点,所述SNP位点如表5所示。
一组用于所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合,其特征在于,所述引物组合如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.288所示:(1)CBA品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.30所示;(2)识别除CBA外某品系的特征位点的引物序列如SEQ ID NO.31至SEQ IDNO.240所示;(3)用性位点的引物序列如SEQ ID NO.241至SEQ ID NO.288所示。
一组用于所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合,其特征在于,所述引物组合包括(1)CBA品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQ ID NO.289至SEQ ID NO.318所示;(2)识别除CBA外某品系的特征位点的引物序列如SEQ ID NO.31至SEQID NO.240所示;(3)用性位点的引物序列如SEQ ID NO.241至SEQ ID NO.288所示。
所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点在遗传质量监控中的应用。
一种CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP检测方法,使用针对这一近交系的SNP组合(96个)及引物,在优化后的反应条件下,对样品进行批量检测。检测过程包括采用样本(小鼠组织DNA提取物)作为模板,使用SNP位点的引物组合对上述样本模板的SNP进行扩增。样品的各个SNP位点在优化条件下,根据模板的各个SNP碱基组成,在适当反应条件下,仪器可分别读取并显示测定结果为A/T/G/C中的两个碱基组合;综合全部(96个)位点的检测信号,经比对显示样本可能的基因型(是否归属于2个待测品系之一)以及可能的遗传污染(如:该品系与上述8个已知品系之一发生过杂交),从而识别可能的污染来源/杂交背景,对该样品进行遗传质量监测。
其中,对部分所述SNP位点的引物组合进行扩增的反应条件如表10所示。
本发明基于小鼠不同近交系的基因组测序结果,在大量SNP位点中鉴别、挑选并最终设计出的一组可用于CBA/CAJ小鼠近交品系特异性遗传背景检测的96个SNP位点,虽然本发明使用了部分已公开的检测方法,但本发明的SNP位点组合是独特的,其仅针对CBA/CAJ小鼠。SNP位点包括10个针对CBA品系特异性识别位点和70个识别除CBA外某品系的特征位点,其中识别除CBA外某品系的特征位点可以在单次鉴定中,鉴别出可能的遗传背景污染来源(污染来自表1已知品系),或进行杂合背景的回溯和分析;上述96个位点中还包含了8个可以有效检测除CBA/CAJ近交系外的超过(含)2个品系的位点,其中2个SNP通用于3个品系,3个SNP通用于2个品系的杂合检测。全部96个SNP位点相对均匀的分布于小鼠每一条染色体上,以便用相对有限的96个SNP样本,对可能出现在全部基因组各条染色体上的遗传背景改变(包括杂交污染和遗传漂变)作出及时监测。
此外,本发明对设计的引物序列后续反应条件进行过全面的优化,确保检测灵敏、特异、高效,在实施例中显示,部分位点随机设计且未经优化的引物,检测信号和分辨率均不能对实际检测提供支持;因此,本发明的引物组合是原创性的设计,具有独特的使用价值。此外,本发明对10个特异性位点还设计了多套引物,以便根据不同的检测需求和具体的检测条件进行选用,其中一套优化后的引物与其他通用性引物形成组合,在推荐的测试条件下,具有信号强,通量大,分型明确的显著优势;另一套是备用引物,可适用于某些特殊的使用场景或测试条件(如:需要多对引物对结果进行复核;需要同时检测正/反双链;测试条件改变等),以备选用(备用引物见表6)。
总之,本发明的位点及对应引物,除用于CBA/CaJ品系常规遗传质量监控外,还可用于区分该特定品系与其他品系(包括:A/J、129S1/SvImJ、BALB/CJ、C57BL/6J,DBA/1J,FVB/NJ、NOD/LTJ系列品系),监测可能的品系遗传漂变与近交系遗传背景污染;同时,该组引物还可用于CBA/J、CBA/CaH、CBA/CaGnLeJ等CBA/CaJ遗传背景高度相关的突变品系的常规遗传质量验证和监控。本发明对CBA/CaJ近交系小鼠的常规遗传质量监控与相关转基因小鼠的背景检测与追踪具有重要的意义。
附图说明
图1为位点rs3688710在引物优化前进行基因型归属检测结果示意图;
图2为位点rs3688710在引物优化后进行基因型归属检测结果示意图;
图3为位点rs3696039在引物优化前进行基因型归属检测结果示意图;
图4为位点rs3696039在引物优化后进行基因型归属检测结果示意图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明做进一步的说明。
实施例1:SNP位点筛选与特异性引物设计
1、确定需要通过SNP位点组合进行鉴别的近交小鼠品系
从CBA近交系小鼠品系中选取CBA/CaJ作为代表,综合NCBI,Sanger,BroadInstitute等已公开的小鼠SNP数据库中的位点信息,筛选确定8个近交系参与比对,用于在全基因组范围内建立针对CBA/CaJ近交品系的SNP检测组合(如表1)。
表1 SNP检测panel近交系列表
序号 | 品系名称 |
1 | DBA/1JNju |
2 | C57BL/6JNju |
3 | A/JNju |
4 | BALB/cJNju |
5 | FVB/NJNju |
6 | CBA/CAJ/1JNju |
7 | NOD/ShiLtJNju |
8 | 129S1/SvImJNju |
2、设计用于区分CBA/CaJ近交系与其它品系的特异性位点组合
a)设计目的:用于筛选CBA/CaJ品系区别于前述其他品系(A/J、129S1/SvImJ、BALB/CJ、CBA/CAJ、CBA/CAJ/1J、FVB/NJ、NOD/LTJ)的SNP位点组合,可用于常规SNP检测,同时可以用于CBA/J、CBA/CaH、CBA/CaGnLeJ品系及CBA相关突变品系的常规遗传质量监控。
b)设计原则:以染色体为单位,SNP位点组合应涵盖5对及以上的染色体,且每对染色体应含有2个及以上特异性区分位点,则认为该SNP组合可以反映这一近交小鼠品系的特异性遗传特征,即可以将该品系小鼠与其它近交系进行区分。可特异性区分位点:在某一品系中,位点与其它品系位点均不相同。这一设计原则避免了单一SNP检测位点可能因某一个体的突变而丧失其特异性,导致无法与其它品系进行区分,也不能确定是遗传漂变还是品系污染。
在这一设计原则下,根据具体需求,遗传质量监控的频率为1年/次或以上,若出现品系污染,则最长污染周期不超过1年(或相应最短监控周期),影响小鼠应不超过4代。按照F1代与其它品系配繁,后续小鼠全部与纯背景近交品系回交计算,F2代污染全部染色体,F3污染50%染色体(<=10条),F4污染25%染色体(<=5条)。以此计算,当5条或以上染色体含有特异性位点时,该SNP组合能够将测试小鼠近交系与其它品系有效区分;同时为充分覆盖全基因组各染色体的遗传信息,某一单条染色体上含有2个及以上位点,则最终检测结果具有参考价值,可满足鉴定需要。
c)结果筛选与验证:基于网络公开数据库(Sanger,Broad Institute,NCBI)近100个近交品系的SNP相关数据与前述8个相关近交品系的SNP位点信息,本实施例设计出一组可以显著区分CBA/CaJ近交系与其他品系的特异性位点,该特异性位点组合(共包含10个SNP位点,如表2)散在分布于CBA/CaJ的各染色体上,包含CBA/CaJ近交系的典型特征,即与A/J、129S1/SvImJ、BALB/CJ、CBA/CAJ、CBA/CAJ/1J、FVB/NJ、NOD/LTJ品系均不相同,同时,此特异性位点组合应满足在染色体上等间距分布(每条染色体上特异性位点数应不少于2个),从而满足CBA/CaJ品系的验证,同时支持CBA/CaJ品系与其他品系遗传信息的有效区分。
表2 10个CBA/CaJ近交系的特异性位点
3、设计用于识别除CBA外某品系的特征位点
SNP位点设计中,包含用于鉴定CBA/CaJ以外品系的识别位点(识别除CBA外某品系的特征位点),这些特征位点能特异性检测至少一个非CBA品系,这一设计是为了在CBA/CaJ品系检测中鉴定是否杂交,并用于溯源常规遗传质量监控中出现的非CBA/CaJ品系的SNP位点。若SNP改变不包含在其他已知品系/所有可能杂交品系的特异性区分位点中,则有可能为突变/遗传漂变。
设计结果:共得到特定的70个特征位点,并列举了各个位点可用于有效区分CBA/CaJ近交系小鼠以外的各个品系,70个特征位点与10个CBA特异识别位点联合使用,效果更优,从而实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求。
表3用于杂交品系溯源检测的部分位点列表
4、设计CBA/CaJ品系常规遗传质量监控的位点(通用性SNP位点)
a)设计目的:用于CBA/CaJ品系常规遗传质量监控。
b)设计原则和设计结果:在上述CBA/CaJ品系SNP特异性区分位点等基础上,为满足常规遗传质量监控的要求,其中应包含通用性SNP位点,同时满足每条染色体上通用性SNP检测位点的密度应大于2个且间距相对均匀。基于这一原则,共设计16个通用性SNP位点(如表4中所示为供多品系鉴定分析的通用位点列表),其中包括可供多品系检测分析的位点(见表5)。
其中,已在‘备注’栏标出CBA品系特异性识别位点(共10个),‘*’表示识别除CBA外某品系的特征位点(共70个);未加备注的为多个品系的通用性位点(共16个)。
表4供多品系鉴定分析的通用位点列表
表5 96个SNP位点
实施例2:CBA/CaJ品系遗传质量监控的SNP位点的相关引物设计
上述SNP位点组合设计完成后,在小鼠基因组中各位点序列上下游各100bp左右进行引物设计:在SNP位点的上游设计20-30bp的引物,一对引物的3’末端分别为SNP的两个不同突变碱基;引物5’端增加一段约20bp的序列,分别产生不同的识别信号,如FAM及HEX信号;3’设计下游引物,长度约18-28bp。
对SNP位点进行引物设计,将引物的Tm(℃)控制在55-65℃之间,GC%在34%-60%之间。对每个SNP位点,设计3条引物作为一组,对特异性位点设计多套引物组合用于引物测试及结果验证,设计引物计288条,用于该SNP检测组合的引物序列见表6,备用引物见表7。测试时,针对每个SNP位点,将有3条引物同时进行PCR扩增;若检测到其中一个信号,则说明样品模板中含有该引物对应的碱基突变类型。
表6:位点引物信息
表7列出用于特异性识别CBA/CaJ品系的位点(10个)的备用引物组合,同时注明相关测试条件,产物长度和碱基信号类别。
表7:10组CBA/CaJ特异性位点的备用引物
实施例3:CBA/CaJ小鼠的SNP组合分型测试
高通量基因分型及数据分析,使用IntelliQube荧光检测进行读数,使用IntelliScore进行PCR后的数据分析,自动导出基因型进行分析。以129S1/SvImJ小鼠作为对照品系,对CBA/CaJ进行96个位点的引物测试基因分型,详见下表8;结果表明CBA/CaJ在96个位点中与NCBI上登记的位点信息全部一致,其中特征位点与对照品系(129S1/SvImJ小鼠129S1/SvImJ小鼠)存在明显差别,该结果验证了本发明中,用于CBA/CaJ背景检测的SNP引物组合可以用于该品系的遗传质量监控。
表8 129S1/SvImJ作为对照的CBA/CaJ引物测试结果
实施例4:对CBA/CaJ小鼠个体进行SNP分型鉴定
采用上述实施例所设计SNP组合及优化引物(96个/组),选取CBA/CaJ品系的5个不同小鼠个体(样品号:219-223),使用本方法进行SNP位点检测和基因型分析,查看样本小鼠遗传质量情况。结果显示5个测试样品包含全部SNP组合,且全部SNP位点检测结果显示测试样品均为CBA/CaJ纯合背景,具体结果见表9。
表9小鼠样品检测结果
实施例5:CBA/CaJ SNP引物组合优化案例
对96个SNP位点中的部分位点(因GC含量、引物位置等原因)进行了针对反应温度和反应体系的调整和优化,具体见表10,优化引物已在备注中标出。
随后,利用SNP位点组合进行两组杂交小鼠样品的分型测试;实施例仅提供部分位点优化前后的测试结果,其中,优化后的位点有利于测试,匹配引物拥有最优Tm及更合适的PCR反应体系,有更好的检测效果与更高的分型成功率;相反,未经优化设计的相邻位点,引物出现了分型失败或无扩增等问题。对比显示,优化后的引物比对照引物信号更强、更特异,具有显著优势(两例,图1-4)。
表10各位点测试条件列表
引物测试条件优化实施例(两例):
1.测试例94#(rs3688710):
使用SNP位点rs3688710,通过对BALB/c,CBA/CaJ二者杂交后代的检测,比较该SNP位点优化前后实验结果。
该位点特异检测结果(参见表5中所示):两组测试均使用同一组针对该位点的SNP检测引物(参见表5中所示的该位点引物):
本位点测试条件优化:测试温度从55-61℃温度区间调整为优化后的62-68℃温度区间。效果如下:未优化,温度区间55-61℃,测试结果不能分辨待测样本在该位点基因型归属,如图1所示。优化后,温度区间调整为62-68℃,测试结果有显著改善,能明确分离阴性对照(黑色样品点,信号均小于0.10),Hex阳性纯合(X:小于0.10,Y:大于0.35),Fam阳性纯合(X:大于0.35,Y:小于0.10);结果符合仪器的信号检出限为>0.15的要求。在此测试条件下,来自前述两近交系杂合小鼠的多个样品(已知样本),在这一SNP位点(rs3688710)可被鉴定出杂合遗传背景(图2,坐标:X:0.20,Y:0.25附近样本点群落)。结论:优化后,该引物及测试条件可以满足这一检测位点的测试要求。
2.测试例362#(rs3696039):使用通用性SNP位点:位点rs3696039,检测129S1/SvImJ与CBA/CAJ杂合小鼠样品,通过对该位点G/C的检测,比较该SNP位点优化前后测试结果:
该位点特异检测结果(参见表5中所示):两组测试均使用同一组针对该位点的SNP检测引物(参见表5中该位点的引物所示):
本位点测试条件优化如下:测试温度从55-61℃温度区间调整为优化后的62-68℃温度区间,效果如下:未优化时,温度区间55-61℃,Hex与FAM信号(即对应G/C信号)均在检出限以下(<0.15),测试结果不能分辨待测样本在该位点基因型归属图3所示。
优化后,温度区间调整为62-68℃,测试结果有显著改善,能明确分离阴性对照(X:小于0.10,Y:小于0.10,),Hex阳性纯合(X:小于0.15,Y:大于0.30),Fam阳性纯合(X:大于0.25,Y:小于0.15);结果符合仪器的信号检出限为>0.15的要求。在此测试条件下,来自129S1/SvImJ与CBA/CAJ两近交系杂合小鼠的多个样品,在这一SNP位点(rs3696039)可被鉴定出杂合遗传背景(图4,样本点群落,坐标:X:0.30,Y:0.25附近)。结论:优化后,该引物及测试条件可以满足这一检测位点的测试要求。
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gaaggtcgga gtcaacggat tctctggctg agttctgaag ca 42
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
cctggggatc tgcatacttc 20
<210> 22
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 22
gaaggtgacc aagttcatgc tagtctcacc agtctgtgtt cttgc 45
<210> 23
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
gaaggtcgga gtcaacggat tagtctcacc agtctgtgtt cttgt 45
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
tgacccagga acaagaagga tg 22
<210> 25
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
gaaggtgacc aagttcatgc tacagccagg actacacaga gaaac 45
<210> 26
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
gaaggtcgga gtcaacggat tacagccagg actacacaga gaaat 45
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
ctcaaactac aggatgagaa cagct 25
<210> 28
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
gaaggtgacc aagttcatgc tgcttctcaa aatactgtat gccg 44
<210> 29
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
gaaggtcgga gtcaacggat tgcttctcaa aatactgtat gcca 44
<210> 30
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
ctcacttttc acacttggaa gacc 24
<210> 31
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
gaaggtgacc aagttcatgc tacccactat ctatcagtgt gttcc 45
<210> 32
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
gaaggtcgga gtcaacggat tacccactat ctatcagtgt gttct 45
<210> 33
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
agagttcctg ttgctccatg tc 22
<210> 34
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
gaaggtgacc aagttcatgc tgggtgtgtt aggtgggtga g 41
<210> 35
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
gaaggtcgga gtcaacggat tgggtgtgtt aggtgggtga c 41
<210> 36
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
attcttccta gttgcttggt gttag 25
<210> 37
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
gaaggtgacc aagttcatgc tctcatcctg tttcagccat cca 43
<210> 38
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 38
gaaggtcgga gtcaacggat ttcatcctgt ttcagccatc cc 42
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 39
agatgggcac tgtgaaggag ag 22
<210> 40
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 40
gaaggtgacc aagttcatgc taaggcacca caggtcacaa cat 43
<210> 41
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 41
gaaggtcgga gtcaacggat taaggcacca caggtcacaa cac 43
<210> 42
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 42
gggccttccc tagtgtaatt tgtat 25
<210> 43
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 43
gaaggtgacc aagttcatgc taatggaggg gaaggactat agttg 45
<210> 44
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 44
gaaggtcgga gtcaacggat taatggaggg gaaggactat agtta 45
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 45
tgacctgatg tgttgcctga ct 22
<210> 46
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 46
gaaggtgacc aagttcatgc tggccttgct aagagtttgt atactg 46
<210> 47
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 47
gaaggtcgga gtcaacggat tggccttgct aagagtttgt atactc 46
<210> 48
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 48
gggtccaagg atgtttgctc t 21
<210> 49
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 49
gaaggtgacc aagttcatgc tgtttgggtc cttttgtgct ca 42
<210> 50
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 50
gaaggtcgga gtcaacggat tgtttgggtc cttttgtgct cg 42
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 51
aggagcacgg aagcagagga 20
<210> 52
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 52
gaaggtgacc aagttcatgc tcaagatgat tgctctcaat aatcct 46
<210> 53
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 53
gaaggtcgga gtcaacggat taagatgatt gctctcaata atccc 45
<210> 54
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 54
atacctggtt cacaatttag tacttac 27
<210> 55
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 55
gaaggtgacc aagttcatgc tctgattaga gcaaagggac aagaga 46
<210> 56
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 56
gaaggtcgga gtcaacggat ttgattagag caaagggaca agagc 45
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 57
tccccaactt tcccactcaa 20
<210> 58
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 58
gaaggtgacc aagttcatgc ttacagctgt acccctcctg ac 42
<210> 59
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 59
gaaggtcgga gtcaacggat ttacagctgt acccctcctg ag 42
<210> 60
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 60
caacacaatc tcagttccca g 21
<210> 61
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 61
gaaggtgacc aagttcatgc ttgtgggact gttgggaata actg 44
<210> 62
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 62
gaaggtcgga gtcaacggat ttgtgggact gttgggaata actc 44
<210> 63
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 63
cttccacctc taccctaaga tttcta 26
<210> 64
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 64
gaaggtgacc aagttcatgc tttcaacact ctgagataca cggagta 47
<210> 65
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 65
gaaggtcgga gtcaacggat tttcaacact ctgagataca cggagtg 47
<210> 66
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 66
ctgtaaaagg tagtttgtgg tggtg 25
<210> 67
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 67
gaaggtgacc aagttcatgc tccagggctg taagcacacc tt 42
<210> 68
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 68
gaaggtcgga gtcaacggat tccagggctg taagcacacc tc 42
<210> 69
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 69
ccttctaacc tcagaaatcc ctcc 24
<210> 70
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 70
gaaggtgacc aagttcatgc ttctcttctg atgtcccttc cc 42
<210> 71
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 71
gaaggtcgga gtcaacggat ttctcttctg atgtcccttc cg 42
<210> 72
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 72
cagtcccagc aagctaaaca ct 22
<210> 73
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 73
gaaggtgacc aagttcatgc tccacgaggt tctgttaagg ttga 44
<210> 74
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 74
gaaggtcgga gtcaacggat tcacgaggtt ctgttaaggt tgg 43
<210> 75
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 75
gctgttttca ctccagtatt tccat 25
<210> 76
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 76
gaaggtgacc aagttcatgc tgcttgctaa aaaggtttcc agga 44
<210> 77
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 77
gaaggtcgga gtcaacggat tcttgctaaa aaggtttcca ggc 43
<210> 78
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 78
cacaggccaa atttaaacag aactc 25
<210> 79
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 79
gaaggtgacc aagttcatgc ttgtgaaggc cattatgaat tagctg 46
<210> 80
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 80
gaaggtcgga gtcaacggat ttgtgaaggc cattatgaat tagctc 46
<210> 81
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 81
ggtatctggt atgaaatcac actcct 26
<210> 82
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 82
gaaggtgacc aagttcatgc tgccatgact cctaggcagt ctgta 45
<210> 83
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 83
gaaggtcgga gtcaacggat tccatgactc ctaggcagtc tgtc 44
<210> 84
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 84
tgaagttgtg aagagcagag cc 22
<210> 85
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 85
gaaggtgacc aagttcatgc ttagttttga ctaaaactat ggaaga 46
<210> 86
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 86
gaaggtcgga gtcaacggat ttagttttga ctaaaactat ggaagg 46
<210> 87
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 87
attcagattt gacattagtt cttg 24
<210> 88
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 88
gaaggtgacc aagttcatgc tataggatgt gctgtttgga tacg 44
<210> 89
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 89
gaaggtcgga gtcaacggat tataggatgt gctgtttgga taca 44
<210> 90
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 90
ataaatgcta gatgtggtgg atgg 24
<210> 91
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 91
gaaggtgacc aagttcatgc tgggtttgca ctactgtggg taact 45
<210> 92
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 92
gaaggtcgga gtcaacggat tggtttgcac tactgtgggt aacc 44
<210> 93
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 93
gaaaccaaat ttagtctttg agacaga 27
<210> 94
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 94
gaaggtgacc aagttcatgc tactagagct gtgtggctga tgta 44
<210> 95
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 95
gaaggtcgga gtcaacggat tactagagct gtgtggctga tgtc 44
<210> 96
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 96
gaagatggga ttgagcatct ct 22
<210> 97
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 97
gaaggtgacc aagttcatgc ttgaccttta gtccacgccc act 43
<210> 98
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 98
gaaggtcgga gtcaacggat ttgaccttta gtccacgccc acc 43
<210> 99
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 99
gccctcattc accactacac ca 22
<210> 100
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 100
gaaggtgacc aagttcatgc tgatattaca cacttgtttc gatgcc 46
<210> 101
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 101
gaaggtcgga gtcaacggat tcgatattac acacttgttt cgatgct 47
<210> 102
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 102
gatccaccat gcccatagaa a 21
<210> 103
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 103
gaaggtgacc aagttcatgc tagaaggctc ccataagcca gc 42
<210> 104
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 104
gaaggtcgga gtcaacggat tagaaggctc ccataagcca ga 42
<210> 105
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 105
caaggtctgt aaagagccag aaaa 24
<210> 106
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 106
gaaggtgacc aagttcatgc ttgaatgcca cagtaataag gagcta 46
<210> 107
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 107
gaaggtcgga gtcaacggat ttgaatgcca cagtaataag gagctg 46
<210> 108
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 108
gaaggtcgga gtcaacggat ttgaatgcca cagtaataag gagctg 46
<210> 109
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 109
gaaggtgacc aagttcatgc tcaggaaagg gaaggctcac ca 42
<210> 110
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 110
gaaggtcgga gtcaacggat tcaggaaagg gaaggctcac cc 42
<210> 111
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 111
ccagcagtgg caaaggatgt g 21
<210> 112
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 112
gaaggtgacc aagttcatgc tttctacggt ggtgtcttta gggac 45
<210> 113
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 113
gaaggtcgga gtcaacggat tttctacggt ggtgtcttta gggaa 45
<210> 114
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 114
acctgatctt tagaataatg taggga 26
<210> 115
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 115
gaaggtgacc aagttcatgc tctcagtggc ttaccactca tagaac 46
<210> 116
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 116
gaaggtcgga gtcaacggat tctcagtggc ttaccactca tagaaa 46
<210> 117
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 117
aatgttgaat tttctagaga gcagg 25
<210> 118
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 118
gaaggtgacc aagttcatgc tacagactca agggcacacc tc 42
<210> 119
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 119
gaaggtcgga gtcaacggat tacagactca agggcacacc tt 42
<210> 120
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 120
cagaggagat cttagaaggc tttg 24
<210> 121
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 121
gaaggtgacc aagttcatgc tttccacatg agcggtgttg ag 42
<210> 122
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 122
gaaggtcgga gtcaacggat tttccacatg agcggtgttg at 42
<210> 123
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 123
cagccttgcc tgtgtgtttc 20
<210> 124
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 124
gaaggtgacc aagttcatgc tctttcaagg aaatggtagg tgtct 45
<210> 125
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 125
gaaggtcgga gtcaacggat tctttcaagg aaatggtagg tgtcg 45
<210> 126
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 126
tgaaagacgc caggaagacc 20
<210> 127
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 127
gaaggtgacc aagttcatgc ttagggcatg gtgggactgt t 41
<210> 128
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 128
gaaggtcgga gtcaacggat tttagggcat ggtgggactg ta 42
<210> 129
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 129
gtctgctgac tgcaataacc tctg 24
<210> 130
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 130
gaaggtgacc aagttcatgc tttggtgaca cggatgacat agc 43
<210> 131
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 131
gaaggtcgga gtcaacggat tttggtgaca cggatgacat agt 43
<210> 132
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 132
tcctggtatg aaatgctaac tgtgg 25
<210> 133
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 133
gaaggtcgga gtcaacggat tatgtctaga gtgcgaagca gtttc 45
<210> 134
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 134
gaaggtgacc aagttcatgc tatgtctaga gtgcgaagca gtttg 45
<210> 135
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 135
gcgagacagt gacacgcaaa 20
<210> 136
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 136
gaaggtgacc aagttcatgc tgggtgtgac cattctagag tctcagt 47
<210> 137
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 137
gaaggtcgga gtcaacggat tgggtgtgac cattctagag tctcaga 47
<210> 138
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 138
catttgtctt cactccaggg tcta 24
<210> 139
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 139
gaaggtgacc aagttcatgc ttgtcttctg tttcctgtat tatcttcg 48
<210> 140
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 140
gaaggtcgga gtcaacggat ttgtcttctg tttcctgtat tatcttcc 48
<210> 141
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 141
gaaagcaact ctgacaaaca ccc 23
<210> 142
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 142
gaaggtgacc aagttcatgc ttatttccag aacagcgggc a 41
<210> 143
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 143
gaaggtcgga gtcaacggat ttatttccag aacagcgggc g 41
<210> 144
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 144
gctggctagt ttgacatctt tgag 24
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<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 145
gaaggtgacc aagttcatgc tccaggaata agctgccttt ct 42
<210> 146
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 146
gaaggtcgga gtcaacggat tccaggaata agctgccttt cc 42
<210> 147
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 147
actaccccac cttagctctg tac 23
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<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 148
gaaggtgacc aagttcatgc tggctcaaaa gttcagagac acag 44
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<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 149
gaaggtcgga gtcaacggat tggctcaaaa gttcagagac acac 44
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 150
gctttgattt ggctttcctg 20
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<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 151
gaaggtgacc aagttcatgc ttagacttgg tcactgtccc atcat 45
<210> 152
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 152
gaaggtcgga gtcaacggat ttagacttgg tcactgtccc atcac 45
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 153
cacctatgct agtagcagct ttcact 26
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<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 154
gaaggtgacc aagttcatgc ttgttcagga ggggcactct aac 43
<210> 155
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 155
gaaggtcgga gtcaacggat ttgttcagga ggggcactct aat 43
<210> 156
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 156
tcattccaaa caggagttcc aac 23
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<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 157
gaaggtgacc aagttcatgc tgagaccaag gcacaacatc agttc 45
<210> 158
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 158
gaaggtcgga gtcaacggat tgagaccaag gcacaacatc agttt 45
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 159
ccaaaggaaa aaagaagatc aatc 24
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<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 160
gaaggtgacc aagttcatgc tgcaatagtg aggaaatccc tacg 44
<210> 161
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 161
gaaggtcgga gtcaacggat tgcaatagtg aggaaatccc taca 44
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 162
tcttgtgtcc actctggtgt tctg 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 163
gaaggtgacc aagttcatgc ttcagcatgt cctgtcttta aagta 45
<210> 164
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 164
gaaggtcgga gtcaacggat ttcagcatgt cctgtcttta aagtg 45
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 165
gaaaaagcaa atattcctgg atagt 25
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<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 166
gaaggtgacc aagttcatgc taactgtgat gcaatatcag tgctct 46
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<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 167
gaaggtcgga gtcaacggat tactgtgatg caatatcagt gctcg 45
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 168
gttagcagcc tgcttgcact t 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 169
gaaggtgacc aagttcatgc tcaagaaggg atgaagtcag agga 44
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<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 170
gaaggtcgga gtcaacggat tcaagaaggg atgaagtcag aggg 44
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 171
aatggccgtt ccctcacttg 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 172
gaaggtgacc aagttcatgc tcctccacat tggtttctat agtggt 46
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<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 173
gaaggtcgga gtcaacggat tctccacatt ggtttctata gtggc 45
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 174
tctacacact gttgatggga tgct 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 175
gaaggtgacc aagttcatgc tgcacatttg taagcagcaa tgag 44
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 176
gaaggtcgga gtcaacggat tcgcacattt gtaagcagca atgaa 45
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<211> 24
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<213> 人工序列
<400> 177
aggagtgatg atgtctcaga tgga 24
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<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 178
gaaggtgacc aagttcatgc tcgccatatt ttatgtggtc aaatgt 46
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<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 179
gaaggtcgga gtcaacggat tgccatattt tatgtggtca aatgc 45
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 180
aagtgactca aagtgtgctt acaaa 25
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<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 181
gaaggtgacc aagttcatgc tggaacctta aacaaaatca tgcg 44
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<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 182
gaaggtcgga gtcaacggat tggaacctta aacaaaatca tgcc 44
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 183
atttgcctgg tgtgagcaac a 21
<210> 184
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 184
gaaggtgacc aagttcatgc tgctaactta gtgtgaccag gagaagag 48
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<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 185
gaaggtcgga gtcaacggat tgctaactta gtgtgaccag gagaagaa 48
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 186
cctctcttag aacacctcca ttctc 25
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<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 187
gaaggtgacc aagttcatgc tcacagcctc aaatgcaggg 40
<210> 188
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 188
gaaggtcgga gtcaacggat tgcacagcct caaatgcagg a 41
<210> 189
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 189
catgcacaac tactcaaaac aatca 25
<210> 190
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 190
gaaggtgacc aagttcatgc ttttagtcgg ccatgaccag g 41
<210> 191
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 191
gaaggtcgga gtcaacggat ttttagtcgg ccatgaccag a 41
<210> 192
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 192
cctttcttcc tggtagagca tt 22
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<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 193
gaaggtgacc aagttcatgc taggaagatt agatgtgcag agatga 46
<210> 194
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 194
gaaggtcgga gtcaacggat taggaagatt agatgtgcag agatgg 46
<210> 195
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 195
atgatccaat agccagcaca ct 22
<210> 196
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 196
gaaggtgacc aagttcatgc tcagaccaga gccctccctt aag 43
<210> 197
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 197
gaaggtcgga gtcaacggat tcagaccaga gccctccctt aaa 43
<210> 198
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 198
ccctaggaat gtctgggagg a 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 199
gaaggtgacc aagttcatgc tgctgcaaca aatgtcttct taggatg 47
<210> 200
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 200
gaaggtcgga gtcaacggat tgctgcaaca aatgtcttct taggata 47
<210> 201
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 201
cattaaggac cagggactga ctcta 25
<210> 202
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 202
gaaggtgacc aagttcatgc taaaaggctg cctgtccccc 40
<210> 203
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 203
gaaggtcgga gtcaacggat taaaaggctg cctgtccccg 40
<210> 204
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 204
ctggtgaaag acacctgtgg g 21
<210> 205
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 205
gaaggtgacc aagttcatgc tcaggtgcca cagatagtga acat 44
<210> 206
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 206
gaaggtgacc aagttcatgc tcaggtgcca cagatagtga acat 44
<210> 207
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 207
gtaagctatc agaaagctaa gcc 23
<210> 208
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 208
gaaggtgacc aagttcatgc tatttgatct aagttgggaa atcagt 46
<210> 209
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 209
gaaggtcgga gtcaacggat tatttgatct aagttgggaa atcagc 46
<210> 210
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 210
gctaatacct cagtgcccaa aac 23
<210> 211
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 211
gaaggtgacc aagttcatgc tgcctgcttg ctctttctag gata 44
<210> 212
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 212
gaaggtcgga gtcaacggat tgcctgcttg ctctttctag gatg 44
<210> 213
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 213
cctggggtga tgcttgttct 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 214
gaaggtgacc aagttcatgc tgagaggccg cagacagatt cg 42
<210> 215
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 215
gaaggtcgga gtcaacggat tgagaggccg cagacagatt ca 42
<210> 216
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 216
aggcagctct ttctttctgt tgtg 24
<210> 217
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 217
gaaggtgacc aagttcatgc tctatctccc tattgacctc cttca 45
<210> 218
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 218
gaaggtcgga gtcaacggat tctatctccc tattgacctc cttcg 45
<210> 219
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 219
cacctacttt caacacttgc agcacaa 27
<210> 220
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 220
gaaggtgacc aagttcatgc tagacagcgt gagcggagcg 40
<210> 221
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 221
gaaggtcgga gtcaacggat tcagacagcg tgagcggagc a 41
<210> 222
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 222
ccagctcctg aaatcgtttt cctaa 25
<210> 223
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 223
gaaggtgacc aagttcatgc tcctgcacat gtaactacaa tgcaatca 48
<210> 224
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 224
gaaggtcgga gtcaacggat tctgcacatg taactacaat gcaatcg 47
<210> 225
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 225
cctgtgaaga tttaccacac tgcttgtta 29
<210> 226
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 226
gaaggtgacc aagttcatgc ttagctccct ctcctggata ctata 45
<210> 227
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 227
gaaggtcgga gtcaacggat ttagctccct ctcctggata ctatg 45
<210> 228
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 228
gatacagtgg tgaggttgac agaat 25
<210> 229
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 229
gaaggtgacc aagttcatgc tcaatacagg gaaggtctct tcatga 46
<210> 230
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 230
gaaggtcgga gtcaacggat taatacaggg aaggtctctt catgc 45
<210> 231
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 231
tcagtatcca acctgggagg ctta 24
<210> 232
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 232
gaaggtgacc aagttcatgc ttacaaaatc aggccaattg agttcagt 48
<210> 233
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 233
gaaggtcgga gtcaacggat taaatcaggc caattgagtt cagc 44
<210> 234
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 234
tctaagccaa ccaggaacgg tcaa 24
<210> 235
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 235
gaaggtgacc aagttcatgc ttaacctaag aaatgcacaa tgaacattca 50
<210> 236
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 236
gaaggtcgga gtcaacggat tacctaagaa atgcacaatg aacattcg 48
<210> 237
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 237
cttctcccag agtctctgtt tccaa 25
<210> 238
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 238
gaaggtgacc aagttcatgc taggaaagtg aagcagaaga ggg 43
<210> 239
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 239
gaaggtcgga gtcaacggat tgaggaaagt gaagcagaag agga 44
<210> 240
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 240
ggacgtattt cttagctgag cct 23
<210> 241
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 241
gaaggtgacc aagttcatgc ttattatctc actgctgtca agtaggc 47
<210> 242
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 242
gaaggtcgga gtcaacggat tgtattatct cactgctgtc aagtagga 48
<210> 243
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 243
gtcattcacc tgaatacagc caga 24
<210> 244
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 244
gaaggtgacc aagttcatgc tggacttgat cagtttctgt gactg 45
<210> 245
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 245
gaaggtcgga gtcaacggat tggacttgat cagtttctgt gacta 45
<210> 246
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 246
ggtggcatga aatgtgga 18
<210> 247
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 247
gaaggtgacc aagttcatgc tcagttgtac ataacacctt caacat 46
<210> 248
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 248
gaaggtcgga gtcaacggat tcagttgtac ataacacctt caacac 46
<210> 249
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 249
actgaaatct aagagaacct aacat 25
<210> 250
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 250
gaaggtgacc aagttcatgc tggagaaaat ttgggtattg gg 42
<210> 251
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 251
gaaggtcgga gtcaacggat tggagaaaat ttgggtattg ga 42
<210> 252
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 252
gaaggtcgga gtcaacggat tggagaaaat ttgggtattg ga 42
<210> 253
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 253
gaaggtgacc aagttcatgc tagcctactg aggactggca cttt 44
<210> 254
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 254
gaaggtcgga gtcaacggat tagcctactg aggactggca cttc 44
<210> 255
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 255
cccttccaaa tatctcagct tcac 24
<210> 256
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 256
gaaggtgacc aagttcatgc tacgtaccca gatcttaggg aacag 45
<210> 257
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 257
gaaggtcgga gtcaacggat tacgtaccca gatcttaggg aacat 45
<210> 258
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 258
gctgaatccc tgcttcatgg 20
<210> 259
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 259
gaaggtgacc aagttcatgc tcaatccata tgcgtgcata caca 44
<210> 260
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 260
gaaggtcgga gtcaacggat tcaatccata tgcgtgcata cacg 44
<210> 261
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 261
gcatccatcc cctagttgac ttta 24
<210> 262
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 262
gaaggtgacc aagttcatgc tgtggtttag ccttaacagt tatgaac 47
<210> 263
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 263
gaaggtcgga gtcaacggat tgtggtttag ccttaacagt tatgaag 47
<210> 264
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 264
actcctaacg gtggtggtgt 20
<210> 265
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 265
gaaggtgacc aagttcatgc tctcagacca tctataggaa ctgg 44
<210> 266
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 266
gaaggtcgga gtcaacggat tctcagacca tctataggaa ctgc 44
<210> 267
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 267
tgttggagta gtaggccctt c 21
<210> 268
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 268
gaaggtgacc aagttcatgc tgaacaaggc gcatgtggaa a 41
<210> 269
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 269
gaaggtcgga gtcaacggat tgaacaaggc gcatgtggaa c 41
<210> 270
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 270
caaaatgggt gcatttcaag c 21
<210> 271
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 271
gaaggtgacc aagttcatgc tgctaccatc agcaagagca ctaa 44
<210> 272
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 272
gaaggtcgga gtcaacggat tgctaccatc agcaagagca ctag 44
<210> 273
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 273
ttctcaacgc tcccgtatgg t 21
<210> 274
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 274
gaaggtgacc aagttcatgc tggtgttttt gttggactcc tga 43
<210> 275
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 275
gaaggtcgga gtcaacggat ttggtgtttt tgttggactc ctgg 44
<210> 276
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 276
gcaaaaggaa acagactcag atgc 24
<210> 277
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 277
gaaggtgacc aagttcatgc tcctacaaaa agcttggctt ctctta 46
<210> 278
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 278
gaaggtcgga gtcaacggat tctacaaaaa gcttggcttc tcttc 45
<210> 279
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 279
ggtattgcat taaataatgg agaaatg 27
<210> 280
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 280
gaaggtgacc aagttcatgc tatttcctgg aaaaagacac tgtatg 46
<210> 281
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 281
gaaggtcgga gtcaacggat tatttcctgg aaaaagacac tgtata 46
<210> 282
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 282
tctccaggtc agccttctca cta 23
<210> 283
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 283
gaaggtgacc aagttcatgc tgtctttcaa tacagaacag gactacac 48
<210> 284
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 284
gaaggtcgga gtcaacggat tgtctttcaa tacagaacag gactacat 48
<210> 285
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 285
tgctgccagt tgaatatgtg c 21
<210> 286
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 286
gaaggtgacc aagttcatgc tcaagaagca catgatttgg agcaa 45
<210> 287
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 287
gaaggtcgga gtcaacggat tcaagaagca catgatttgg agcag 45
<210> 288
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 288
gccttgtctg ctaaggaaga ttg 23
<210> 289
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 289
gaaggtgacc aagttcatgc taccaggtat ccaagcttgc c 41
<210> 290
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 290
gaaggtcgga gtcaacggat taccaggtat ccaagcttgc t 41
<210> 291
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 291
gctttgtgga cacttgagtt ctgc 24
<210> 292
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 292
gaaggtgacc aagttcatgc tacagtatcg cagaggaagg ct 42
<210> 293
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 293
gaaggtcgga gtcaacggat tacagtatcg cagaggaagg ca 42
<210> 294
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 294
caacttgcct gtctcgcttt 20
<210> 295
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 295
gaaggtgacc aagttcatgc tgggtttact tcacattcta ggaatgatt 49
<210> 296
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 296
gaaggtcgga gtcaacggat tgggtttact tcacattcta ggaatgata 49
<210> 297
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 297
ataggtagag tgagtcaaag actgtg 26
<210> 298
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 298
gaaggtgacc aagttcatgc tccactgaac tttaaagaga caaga 45
<210> 299
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 299
gaaggtcgga gtcaacggat tccactgaac tttaaagaga caagg 45
<210> 300
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 300
tctaagattt gccactggat ttgtc 25
<210> 301
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 301
gaaggtgacc aagttcatgc tgcaatgaac ttggacagtt gcg 43
<210> 302
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 302
gaaggtcgga gtcaacggat ttgcaatgaa cttggacagt tgct 44
<210> 303
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 303
taagagggaa gatgcccacc a 21
<210> 304
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 304
gaaggtgacc aagttcatgc tgttcattct gtggcatttt ctctgt 46
<210> 305
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 305
gaaggtcgga gtcaacggat ttcattctgt ggcattttct ctgg 44
<210> 306
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 306
caagccaggg tcttacaaga aatac 25
<210> 307
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 307
gaaggtgacc aagttcatgc tacactctgg ctgagttctg aagct 45
<210> 308
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 308
gaaggtcgga gtcaacggat tactctggct gagttctgaa gca 43
<210> 309
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 309
ggatctgcat acttctctct attcca 26
<210> 310
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 310
gaaggtgacc aagttcatgc tgacagccag gactacacag agaaac 46
<210> 311
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 311
gaaggtgacc aagttcatgc tgacagccag gactacacag agaaac 46
<210> 312
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 312
aggatgagaa cagctgacct aagg 24
<210> 313
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 313
gaaggtgacc aagttcatgc tacttggaag acctcccgct c 41
<210> 314
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 314
gaaggtcgga gtcaacggat tacttggaag acctcccgct t 41
<210> 315
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 315
ctagtaagaa gtcagggttg agcttc 26
<210> 316
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 316
gaaggtgacc aagttcatgc tgatgctccc tctgctagag tcag 44
<210> 317
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 317
gaaggtcgga gtcaacggat tgatgctccc tctgctagag tcaa 44
<210> 318
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 318
accaagtctc accagtctgt gttc 24
Claims (5)
1.一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点,其特征在于,所述SNP位点如下:
其中,CBA品系特异性识别位点标为“特异位点”,识别除CBA外某品系的特征位点标为“*”,通用性位点未加备注。
2.一组用于权利要求1所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合,其特征在于,所述引物组合如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.288所示。
3.一组用于权利要求1所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合,其特征在于,所述引物组合包括(1)CBA品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQ IDNO.289至SEQ ID NO.318所示;(2)识别除CBA外某品系的特征位点的引物序列如SEQ IDNO.31至SEQ ID NO.240所示;(3)用性位点的引物序列如SEQ ID NO.241至SEQ ID NO.288所示。
4.权利要求1所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点在遗传质量监控中的应用。
5.一种CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP检测方法,其特征在于,使用SNP位点的引物组合对样本SNP进行扩增,扩增产物根据样本SNP模板的碱基组成,分别显示两组不同信号并可被仪器检出,综合全部位点信号,对样本的遗传背景进行鉴定,如果样本遗传质量出现杂交污染,可进一步对检测结果进行比对,识别可能的污染源/杂交背景;对SNP位点的引物组合扩增的反应条件如下:
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