CN110129470B - 玉米分子育种核心snp位点组合及其应用 - Google Patents

玉米分子育种核心snp位点组合及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用。本发明提供了300个SNP位点在如下(1)‑(4)中至少一种中的应用：(1)检测玉米自交系遗传相似度；(2)检测玉米杂交种杂合度；(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；(4)玉米分子育种；本发明从740对SNP引物中筛选确定一套适用于玉米分子育种的SNP位点组合。因此本发明基于样品高通量的KASP检测平台，筛选适用于玉米分子育种的核心SNP位点组合，能够显著提高育种效率。

Description

玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用
技术领域
本发明属于生物技术领域，尤其涉及玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用。
背景技术
目前我国玉米新品种培育很大程度仍然依赖常规育种技术，育种周期长、效率低、偶然性大、且费时费力。基因组学和DNA分子标记技术的飞速发展催生了作物分子育种。分子标记技术主要包括RAPD、AFLP、SSR、SNP等。其中SSR技术因其具有多态性高、操作简单等优点，目前在我国作物遗传育种上应用较为普遍和广泛。但是，由于SSR标记技术无法满足大规模、高通量、自动化的检测需求，在先锋、孟山都等国际种子企业已将SNP标记技术作为作物分子育种研发的主要标记技术。SNP标记作为第三代分子标记，与SSR标记相比具有以下优势：一是在基因组中密度更高分布更均匀；二是易实现数据整合比较；三是高通量，检测位点数可达几百万个；四是易实现数据统计的自动化。Illumina、Affymetrix、DouglasScientific等公司相继推出了SNP基因分型高通量检测平台，可以满足低、中、高不同通量的检测需求。
随着玉米全基因组测序工作的大规模开展，SNP位点信息不断丰富和扩充，为开展基于SNP标记技术的玉米高通量分子育种奠定了良好的基础。近两年，国内科研单位及企业已经探索将SNP芯片技术应用在品种鉴定、分子育种检测等方面，位点高通量的玉米SNP芯片MaizeSNP200K、MaizeSNP3072、MaizeSNP384、MaizeSNP55K及Maize6H90K等相继问世。但是由于芯片单个样品检测成本偏高、位点固定等，在分子标记辅助选择育种中的应用受到一定限制。而KASP检测平台既能够达到样品高通量的目的，又能实现SNP位点的灵活变化和自由组合，比较符合玉米分子育种对SNP位点的检测需要。
发明内容
为了提高玉米育种效率，本发明筛选出300个SNP位点用于检测玉米自交系遗传相似度、玉米杂交种杂合度或用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择等分子育种。
本发明的一个目的是提供300个SNP位点在如下(1)-(4)中至少一种中的应用：
(1)检测玉米自交系遗传相似度；
(2)检测玉米杂交种杂合度；
(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；
(4)玉米分子育种；
所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73 RefGen V4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；
BJ001位于1号染色体上第2386298位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ002位于1号染色体上第9015954位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ003位于1号染色体上第11678232位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ004位于1号染色体上第18044029位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ005位于1号染色体上第21772113位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ006位于1号染色体上第24949696位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ007位于1号染色体上第27995196位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ008位于1号染色体上第30525614位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ009位于1号染色体上第36684150位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ010位于1号染色体上第44316803位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ011位于1号染色体上第44730532位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ012位于1号染色体上第57256655位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ013位于1号染色体上第62426055位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ014位于1号染色体上第64842917位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ015位于1号染色体上第80946353位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ016位于1号染色体上第88699192位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ017位于1号染色体上第99951335位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ018位于1号染色体上第108427900位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ019位于1号染色体上第110560233位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ020位于1号染色体上第113772604位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ021位于1号染色体上第123880045位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ022位于1号染色体上第157314653位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ023位于1号染色体上第158442106位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ024位于1号染色体上第166195632位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ025位于1号染色体上第182929292位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ026位于1号染色体上第200710300位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ027位于1号染色体上第212613678位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ028位于1号染色体上第223545401位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ029位于1号染色体上第239173394位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ030位于1号染色体上第245200617位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ031位于1号染色体上第246790737位，其脱氧核苷酸为G或C；
BJ032位于1号染色体上第249338521位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ033位于1号染色体上第252666922位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ034位于1号染色体上第257767178位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ035位于1号染色体上第270258270位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ036位于1号染色体上第278821858位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ037位于1号染色体上第286308381位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ038位于1号染色体上第287809693位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ039位于1号染色体上第290907274位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ040位于1号染色体上第294734309位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ041位于1号染色体上第295780473位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ042位于1号染色体上第297926819位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ043位于1号染色体上第302251282位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ044位于1号染色体上第304304693位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ045位于2号染色体上第3763049位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ046位于2号染色体上第6962452位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ047位于2号染色体上第9725122位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ048位于2号染色体上第13595075位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ049位于2号染色体上第30127728位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ050位于2号染色体上第38275041位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ051位于2号染色体上第39887341位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ052位于2号染色体上第48114795位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ053位于2号染色体上第53850049位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ054位于2号染色体上第61532853位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ055位于2号染色体上第64590989位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ056位于2号染色体上第82185472位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ057位于2号染色体上第91614222位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ058位于2号染色体上第106729029位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ059位于2号染色体上第115915285位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ060位于2号染色体上第131206918位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ061位于2号染色体上第152741735位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ062位于2号染色体上第171118069位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ063位于2号染色体上第178096449位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ064位于2号染色体上第183651486位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ065位于2号染色体上第187447790位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ066位于2号染色体上第191280878位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ067位于2号染色体上第198323481位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ068位于2号染色体上第201507721位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ069位于2号染色体上第205404138位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ070位于2号染色体上第209509992位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ071位于2号染色体上第219172449位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ072位于2号染色体上第222359478位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ073位于2号染色体上第225208099位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ074位于2号染色体上第227408503位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ075位于2号染色体上第230560613位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ076位于2号染色体上第231791730位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ077位于2号染色体上第232254988位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ078位于2号染色体上第242416915位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ079位于2号染色体上第243465767位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ080位于3号染色体上第5496829位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ081位于3号染色体上第8207992位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ082位于3号染色体上第10558026位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ083位于3号染色体上第14516004位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ084位于3号染色体上第17171530位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ085位于3号染色体上第41716639位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ086位于3号染色体上第110791214位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ087位于3号染色体上第108749512位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ088位于3号染色体上第89708520位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ089位于3号染色体上第117394708位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ090位于3号染色体上第110841958位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ091位于3号染色体上第126925604位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ092位于3号染色体上第133077911位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ093位于3号染色体上第135455615位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ094位于3号染色体上第143615147位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ095位于3号染色体上第142490909位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ096位于3号染色体上第152440715位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ097位于3号染色体上第157891895位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ098位于3号染色体上第167226752位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ099位于3号染色体上第177267256位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ100位于3号染色体上第180846069位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ101位于3号染色体上第182654916位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ102位于3号染色体上第187256252位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ103位于3号染色体上第198917190位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ104位于3号染色体上第206991538位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ105位于3号染色体上第211618708位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ106位于3号染色体上第212618653位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ107位于3号染色体上第215638283位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ108位于3号染色体上第218833090位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ109位于3号染色体上第219573683位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ110位于3号染色体上第230174013位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ111位于3号染色体上第233313935位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ112位于3号染色体上第235335829位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ113位于4号染色体上第1739065位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ114位于4号染色体上第14933099位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ115位于4号染色体上第19992707位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ116位于4号染色体上第21275190位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ117位于4号染色体上第23825706位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ118位于4号染色体上第34701792位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ119位于4号染色体上第39073611位，其脱氧核苷酸为A或T；
BJ120位于4号染色体上第58181917位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ121位于4号染色体上第69980490位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ122位于4号染色体上第82716278位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ123位于4号染色体上第116463964位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ124位于4号染色体上第123436433位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ125位于4号染色体上第128449774位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ126位于4号染色体上第131909367位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ127位于4号染色体上第134817964位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ128位于4号染色体上第148978829位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ129位于4号染色体上第152675972位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ130位于4号染色体上第154203504位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ131位于4号染色体上第157207753位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ132位于4号染色体上第172954523位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ133位于4号染色体上第176222779位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ134位于4号染色体上第180169695位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ135位于4号染色体上第198077263位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ136位于4号染色体上第205815966位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ137位于4号染色体上第212298903位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ138位于4号染色体上第214574654位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ139位于4号染色体上第218923039位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ140位于4号染色体上第225636570位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ141位于4号染色体上第227482564位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ142位于4号染色体上第236207694位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ143位于4号染色体上第238721563位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ144位于4号染色体上第241456450位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ145位于4号染色体上第243231190位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ146位于4号染色体上第245873226位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ147位于5号染色体上第7148611位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ148位于5号染色体上第8851444位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ149位于5号染色体上第11683352位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ150位于5号染色体上第13744674位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ151位于5号染色体上第21325878位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ152位于5号染色体上第21505964位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ153位于5号染色体上第30864455位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ154位于5号染色体上第34231061位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ155位于5号染色体上第36896481位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ156位于5号染色体上第43932481位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ157位于5号染色体上第51387774位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ158位于5号染色体上第60848684位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ159位于5号染色体上第62765284位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ160位于5号染色体上第66013542位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ161位于5号染色体上第74821251位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ162位于5号染色体上第82969158位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ163位于5号染色体上第90502766位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ164位于5号染色体上第103189624位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ165位于5号染色体上第118052768位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ166位于5号染色体上第134288332位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ167位于5号染色体上第140661203位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ168位于5号染色体上第144540975位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ169位于5号染色体上第155111024位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ170位于5号染色体上第164800996位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ171位于5号染色体上第170325850位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ172位于5号染色体上第177354381位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ173位于5号染色体上第183178987位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ174位于5号染色体上第185788710位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ175位于5号染色体上第195642707位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ176位于5号染色体上第205083043位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ177位于5号染色体上第210194272位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ178位于5号染色体上第222687487位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ179位于6号染色体上第3646695位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ180位于6号染色体上第6890138位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ181位于6号染色体上第17761860位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ182位于6号染色体上第34694152位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ183位于6号染色体上第47430377位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ184位于6号染色体上第56301400位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ185位于6号染色体上第59431612位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ186位于6号染色体上第63728542位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ187位于6号染色体上第86011472位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ188位于6号染色体上第89033009位，其脱氧核苷酸为A或T；
BJ189位于6号染色体上第99770028位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ190位于6号染色体上第105518242位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ191位于6号染色体上第111334472位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ192位于6号染色体上第118133941位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ193位于6号染色体上第122125948位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ194位于6号染色体上第127493339位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ195位于6号染色体上第133280110位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ196位于6号染色体上第137396987位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ197位于6号染色体上第142968977位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ198位于6号染色体上第145398320位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ199位于6号染色体上第152057353位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ200位于6号染色体上第155639177位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ201位于6号染色体上第158357970位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ202位于6号染色体上第162816382位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ203位于6号染色体上第168822699位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ204位于7号染色体上第1298519位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ205位于7号染色体上第8358129位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ206位于7号染色体上第21929238位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ207位于7号染色体上第26620853位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ208位于7号染色体上第42068584位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ209位于7号染色体上第45653665位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ210位于7号染色体上第51707789位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ211位于7号染色体上第79126176位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ212位于7号染色体上第88892840位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ213位于7号染色体上第97040992位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ214位于7号染色体上第104761239位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ215位于7号染色体上第110029898位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ216位于7号染色体上第116166340位，其脱氧核苷酸为G或C；
BJ217位于7号染色体上第119795808位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ218位于7号染色体上第126909772位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ219位于7号染色体上第130581036位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ220位于7号染色体上第137670828位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ221位于7号染色体上第141716256位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ222位于7号染色体上第148349344位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ223位于7号染色体上第153030799位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ224位于7号染色体上第159376425位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ225位于7号染色体上第164336752位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ226位于7号染色体上第169116076位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ227位于7号染色体上第174782421位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ228位于7号染色体上第178667327位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ229位于7号染色体上第180747932位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ230位于8号染色体上第2930186位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ231位于8号染色体上第7963308位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ232位于8号染色体上第10486919位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ233位于8号染色体上第16434990位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ234位于8号染色体上第27420127位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ235位于8号染色体上第30567805位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ236位于8号染色体上第41567841位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ237位于8号染色体上第47412162位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ238位于8号染色体上第68813027位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ239位于8号染色体上第75124888位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ240位于8号染色体上第80238350位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ241位于8号染色体上第86257217位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ242位于8号染色体上第95737617位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ243位于8号染色体上第100376389位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ244位于8号染色体上第102969951位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ245位于8号染色体上第112912154位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ246位于8号染色体上第120522562位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ247位于8号染色体上第128740336位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ248位于8号染色体上第142291860位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ249位于8号染色体上第149532021位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ250位于8号染色体上第153381000位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ251位于8号染色体上第158591566位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ252位于8号染色体上第164247021位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ253位于8号染色体上第170111730位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ254位于8号染色体上第176632607位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ255位于8号染色体上第180043333位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ256位于9号染色体上第3444316位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ257位于9号染色体上第10911267位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ258位于9号染色体上第17203666位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ259位于9号染色体上第24098322位，其脱氧核苷酸为A或T；
BJ260位于9号染色体上第29991363位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ261位于9号染色体上第33746263位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ262位于9号染色体上第48266692位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ263位于9号染色体上第76105284位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ264位于9号染色体上第69430303位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ265位于9号染色体上第63010188位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ266位于9号染色体上第81311763位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ267位于9号染色体上第86544316位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ268位于9号染色体上第92349830位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ269位于9号染色体上第100817978位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ270位于9号染色体上第104739055位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ271位于9号染色体上第120958016位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ272位于9号染色体上第125910054位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ273位于9号染色体上第128995399位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ274位于9号染色体上第137419108位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ275位于9号染色体上第145902424位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ276位于9号染色体上第151503320位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ277位于9号染色体上第152169890位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ278位于9号染色体上第157941320位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ279位于10号染色体上第2372764位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ280位于10号染色体上第10705931位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ281位于10号染色体上第22668596位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ282位于10号染色体上第25894245位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ283位于10号染色体上第33038105位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ284位于10号染色体上第41075615位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ285位于10号染色体上第44978636位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ286位于10号染色体上第53926469位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ287位于10号染色体上第63065572位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ288位于10号染色体上第75999226位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ289位于10号染色体上第81335145位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ290位于10号染色体上第86743338位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ291位于10号染色体上第92542190位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ292位于10号染色体上第95450662位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ293位于10号染色体上第110237917位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ294位于10号染色体上第115205047位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ295位于10号染色体上第105808287位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ296位于10号染色体上第129881183位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ297位于10号染色体上第133738092位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ298位于10号染色体上第138396527位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ299位于10号染色体上第145758072位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ300位于10号染色体上第148384622位，其脱氧核苷酸为A或G。
用于检测上述300个SNP位点的KASP引物也是本发明保护的范围；具体为实施例中表3中所示的引物。
含有上述的KASP引物的反应体系或试剂盒也是本发明保护的范围。
上述KASP引物或上述反应体系或试剂盒在如下(1)-(4)中至少一种中的应用也是本发明保护的范围：
(1)检测玉米自交系遗传相似度；
(2)检测玉米杂交种杂合度；
(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；
(4)玉米分子育种。
本发明另一个目的是提供一种检测玉米自交系遗传相似度的方法。
本发明提供的方法，包括如下步骤：
(a1)分别提取所需检测的玉米自交系的基因组DNA；
(a2)利用上述KASP引物对每个所述玉米自交系的基因组DNA进行所述300个SNP位点的检测，从而获得所有所述玉米自交系在所述300个SNP位点的基因型；
(a3)根据所有所述玉米杂交种在所述300个SNP位点的基因型，进行两两材料间的差异位点比较和遗传相似度分析。
本发明第3个目的是提供一种检测玉米杂交种杂合度的方法。
本发明提供的方法，包括如下步骤：
(a1)分别提取所需检测的玉米杂交种的基因组DNA；
(a2)利用上述KASP引物对每个所述玉米杂交种的基因组DNA进行所述300个SNP位点的检测，从而获得所有所述玉米杂交种在所述300个SNP位点的基因型；
(a3)根据所有所述玉米杂交种在所述300个SNP位点的基因型，计算杂合度。
本发明第4个目的是提供一种从玉米转育回交后代中筛选与轮回亲本背景相同或最相近的玉米回交后代的方法。
本发明提供的方法，包括如下步骤：
(b1)分别提取玉米回交转育后代的基因组DNA；
(b2)利用上述的KASP引物对所述玉米回交转育后代的基因组DNA分别进行所述300个SNP位点的检测，从而获得所述玉米回交转育后代各自在所述300个SNP位点上的基因型；与玉米轮回亲本在所述300个SNP位点上的基因型进行对比，从而筛选得到与轮回亲本背景相同或最相近的玉米回交转育后代。
本发明第5个目的是提供一种检测玉米自交系遗传相似度的试剂盒。
本发明提供的试剂盒，包括上述KASP引物或上述的反应体系，和，记载上述方法的可读载体。
本发明第6个目的是提供一种检测玉米杂交种杂合度的试剂盒。
本发明提供的试剂盒，包括上述KASP引物或上述的反应体系，和，记载上述方法的可读载体。
本发明第7个目的是提供一种从玉米转育回交后代中筛选与轮回亲本背景相同或最相近的玉米回交后代的试剂盒。
本发明提供的试剂盒，包括上述KASP引物或上述的反应体系，和，记载上述方法的可读载体。
本发明以具有广泛遗传变异的各个杂种优势群代表系和主推杂交种为试验材料，依据染色体分布、MAF(最小等位基因频率，Minor Allele Frequency)、PIC(多态性信息含量，polymorphism information content)、可重复性、数据缺失率、拷贝数、KASP分型效果等信息，从740对SNP引物中筛选确定一套适用于玉米分子标记辅助背景选择的SNP位点组合。因此本发明基于样品高通量的KASP检测平台，筛选适用于玉米分子育种的核心SNP位点组合，能够显著提高育种效率。
附图说明
图1为统计分析PHR类型的SNP标记。
图2为核心SNP位点在玉米染色体上的分布情况。
图3为利用核心位点标记分析124份自交系的遗传相似度。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下述实施例中所用的材料如下：
选取具有广泛代表性的玉米骨干自交系124份和主推杂交种33份(见表1)，用于分子标记辅助背景选择核心SNP位点的筛选。自交系涵盖了我国玉米育种核心种质和杂种优势群，杂交种包括当前主栽春播和夏播普通玉米品种，甜糯及青贮玉米品种。适量杂交种的加入，能够检测SNP位点对杂合基因型的区分能力。
表1为用于SNP标记筛选的玉米自交系和杂交种名单
Figure BDA0002027597470000121
Figure BDA0002027597470000131
Figure BDA0002027597470000141
Figure BDA0002027597470000151
Figure BDA0002027597470000161
注：编号1-124为自交系，125-157为杂交种。
自交系参考文献如下：
1、赵久然，李春辉，宋伟，王元东，张如养，王继东，王凤格，田红丽，王蕊.基于SNP芯片揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.中国农业科学，2018，51(4)：626-634
2、赵久然，李春辉，宋伟，王元东，邢锦丰，张如养，易红梅，杨扬，石子，王继东.利用SSR标记解析京科968等系列玉米品种的杂优模式.玉米科学，2017，25(5)：1-8
3、何钟碧，王秀全，刘昌明，张光祖.玉米优质、耐旱自交系81565及其杂交种绵单一号的选育.西南农业学报，1998，11：212-216
4、苏顺宗，吴玲，张晓霞，刘丹，高世斌，张素芝.以玉米自交系18-599为受体的转基因再生体系优化.四川农业大学学报，2013,31(2)：122-126
5、彭云承,朱涛,艾合买提江,艾尔居马,崔新菊.10个玉米自交系的聚类分析.杂粮作物，2004，24(3)：127-129
6、张华生，段民孝，陈传永，张春原，张雪原，刘新香，毛振武，张亮，王元东，赵久然.中国种业，2016，2：62-64
7、王洪伟.鲜食玉米品种京科糯2000的特征特性及高产栽培技术.现代农业科技，2018，16：19
8、“京科糯928”——甜糯玉米的主力军.农村新技术，2016，4：40
9、石雷.现代美国马齿型玉米商业育种的种质基础.玉米科学，2011，19(5)：1-5
10、鲁宝良，关国志，赵文媛.玉米自交系PH4CV及其改良系在育种上的应用.中国种业，2017，2：9-11。
上述自交系公众均可从申请人处获得。
实施例1、分子育种核心SNP位点组合的筛选和KASP引物的设计
一、分子育种核心SNP位点的筛选
1、初筛740个SNP位点
从北京市农林科学院玉米研究中心研制的Maize6H90K芯片中，根据位点分型效果、染色体均匀分布、PIC值、MAF值等综合指标优选740个SNP位点，设计并合成740组KASP引物，每组引物对应一个SNP位点。
2、复筛498对分型效果较为理想的SNP标记
提取待鉴定的157份玉米材料的基因组DNA，并分别稀释至200ng/μl(RNAase酶处理)，制备成两块96孔母液板，多余样品孔作为参照NTC。
利用合成的共计740对引物，对157份玉米材料进行KASP基因分型，实现SNP分型和筛选。
KASP引物筛选试验的简要工作流程为：将母液板DNA稀释到20ng/μl为Master板；利用LGC公司的Replikator孔板复制机，选定合适的模式进行分液至1536孔的Working板，并将分液数据导入Kraken系统；利用干燥箱，烘干Working板中的DNA；利用Merdian微量分液器，加入对应的引物和反应液，同时保存分液信息；Fusion激光封膜仪进行样品孔封口后，利用Hydrocycler水浴锅进行Touch-down PCR反应；最后利用BMG Pherastar激光扫描仪识别PCR的荧光探针，Kluster Caller软件分析SNP等位点并生成基因分型图。
采用LGC的1536板进行引物筛选，Working板的DNA分液体积均为1.5μl。KASP反应体系为1μl，包括0.014μl的Primer mix和0.986μl1×KASP master mix(Primer mix和KASPmaster mix均由LGC公司提供)。Touch-downPCR反应程序为：94℃15min；94℃20s，61～55℃60s，10个循环；94℃20s，55℃60s，26个循环。若分型效果不佳，可采用普通PCR程序加3或6次循环。
利用设计的KASP引物检测待测玉米自交系和杂交种的SNP分型情况。结果表明，大部分位点分型效果较好，属于PHR(Poly High Resolution)类型。同时，由于芯片和KASP两个不同平台的兼容性和其他因素，也存在一定比例的位点分型效果较差。设计的740对KASP引物中共筛选到498对分型效果较为理想的候选SNP标记。
统计候选SNP位点标记在当前样品集合中的NullSNPTypeRate、MAF(最小等位基因频率，Minor Allele Frequency)、DP(个体识别率，Power of discrimination)、PIC(多态性信息含量，polymorphism information content)值，以评估498对引物的数据质量(图1，1A为标记位点样品缺失情况，1B为MAF值分布情况，1C为DP值分布情况，1D为PIC值分布情况)。首先按照位点数据缺失率对标记进行筛选，从图1A可以看出除极个别位点外，位点缺失率主要集中在0.2以内。其次，利用MAF值、DP值、PIC值作为综合指标，评价SNP位点标记的区分度与多态性。498对候选SNP位点标记的位点数据缺失率均值0.068、MAF均值0.343、DP均值0.516、PIC均值0.338，绝大部分适用于进一步筛选。
3、筛选300对核心SNP位点
利用498对PHR类型的SNP标记，计算分析位点数据缺失率、MAF、DP和PIC等值，按照如下指标对SNP标记进行筛选：
1)根据Kluster Caller生成基因分型图，确定兼容KASP平台，且具备AA、AB、BB三种基因型明显界限的PRH类型的位点标记。
2)排除数据缺失率(NullSNPTypeRate)过高的位点标记。
3)利用MAF、DP、PIC值，评价SNP位点的区分能力与多态性。
4)依据染色体位置均匀分布的原则，确定300个核心SNP位点标记。
5)根据染色体分布，结合MAF、DP和PIC值，确定三套各100个SNP位点标记组合。
以位点数据缺失率≤0.2、MAF值≥0.20、DP值≥0.3、PIC值≥0.25作为筛选指标，最后依据染色体位置均匀分布的原则，大约7M选取一个SNP位点，共确定均匀分布玉米10条染色体的300个核心SNP位点(表2)。其中，根据基因组大小，1号染色体共入选44个位点，2-5号染色体分别入选32-35个位点，6-10号染色体分别入选22-26个位点。从这些位点在染色体上的分布来看，基本均匀地覆盖了除着丝粒区域外的基因组区域(图2)。
同时，统计分析300个核心位点标记在试验材料中的分型数据。分别从参数NullSNPTypeRate、MAF、DP、GD、PIC、AARate、ABRate、BBRate等方面，对引物质量进行评估后发现，这300个位点均具有较为理想的分型效果和较高的个体辨识度，完全可以应用于玉米分子标记辅助背景选择、遗传背景和连锁分析等玉米分子育种检测实践。
表2为300个核心SNP位点的分布和分组情况
Figure BDA0002027597470000191
为提高这些SNP位点标记用于分子标记辅助育种中的利用效率，进一步依据染色体均匀分布原则和筛选指标，将这300个核心SNP位点分为三个组合，每个组合100对位点标记(表2)。在回交群体的遗传背景恢复情况分析中，可优先使用第一组合的100对位点标记对群体材料进行恢复率的初步评价，根据分析结果对重点材料进一步分析。
300个核心SNP位点的名称及位置具体如下：
这300个SNP位点的物理位置及其侧翼序列是基于玉米品种B73的全基因组序列(版本号为B73RefGen V4，网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000005005.2)比对确定的，上述300个SNP位点为BJ001-BJ300。
BJ001位于1号染色体上第2386298位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ002位于1号染色体上第9015954位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ003位于1号染色体上第11678232位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ004位于1号染色体上第18044029位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ005位于1号染色体上第21772113位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ006位于1号染色体上第24949696位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ007位于1号染色体上第27995196位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ008位于1号染色体上第30525614位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ009位于1号染色体上第36684150位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ010位于1号染色体上第44316803位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ011位于1号染色体上第44730532位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ012位于1号染色体上第57256655位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ013位于1号染色体上第62426055位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ014位于1号染色体上第64842917位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ015位于1号染色体上第80946353位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ016位于1号染色体上第88699192位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ017位于1号染色体上第99951335位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ018位于1号染色体上第108427900位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ019位于1号染色体上第110560233位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ020位于1号染色体上第113772604位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ021位于1号染色体上第123880045位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ022位于1号染色体上第157314653位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ023位于1号染色体上第158442106位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ024位于1号染色体上第166195632位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ025位于1号染色体上第182929292位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ026位于1号染色体上第200710300位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ027位于1号染色体上第212613678位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ028位于1号染色体上第223545401位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ029位于1号染色体上第239173394位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ030位于1号染色体上第245200617位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ031位于1号染色体上第246790737位，其脱氧核苷酸为G或C；
BJ032位于1号染色体上第249338521位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ033位于1号染色体上第252666922位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ034位于1号染色体上第257767178位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ035位于1号染色体上第270258270位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ036位于1号染色体上第278821858位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ037位于1号染色体上第286308381位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ038位于1号染色体上第287809693位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ039位于1号染色体上第290907274位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ040位于1号染色体上第294734309位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ041位于1号染色体上第295780473位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ042位于1号染色体上第297926819位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ043位于1号染色体上第302251282位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ044位于1号染色体上第304304693位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ045位于2号染色体上第3763049位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ046位于2号染色体上第6962452位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ047位于2号染色体上第9725122位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ048位于2号染色体上第13595075位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ049位于2号染色体上第30127728位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ050位于2号染色体上第38275041位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ051位于2号染色体上第39887341位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ052位于2号染色体上第48114795位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ053位于2号染色体上第53850049位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ054位于2号染色体上第61532853位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ055位于2号染色体上第64590989位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ056位于2号染色体上第82185472位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ057位于2号染色体上第91614222位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ058位于2号染色体上第106729029位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ059位于2号染色体上第115915285位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ060位于2号染色体上第131206918位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ061位于2号染色体上第152741735位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ062位于2号染色体上第171118069位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ063位于2号染色体上第178096449位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ064位于2号染色体上第183651486位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ065位于2号染色体上第187447790位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ066位于2号染色体上第191280878位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ067位于2号染色体上第198323481位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ068位于2号染色体上第201507721位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ069位于2号染色体上第205404138位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ070位于2号染色体上第209509992位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ071位于2号染色体上第219172449位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ072位于2号染色体上第222359478位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ073位于2号染色体上第225208099位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ074位于2号染色体上第227408503位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ075位于2号染色体上第230560613位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ076位于2号染色体上第231791730位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ077位于2号染色体上第232254988位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ078位于2号染色体上第242416915位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ079位于2号染色体上第243465767位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ080位于3号染色体上第5496829位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ081位于3号染色体上第8207992位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ082位于3号染色体上第10558026位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ083位于3号染色体上第14516004位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ084位于3号染色体上第17171530位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ085位于3号染色体上第41716639位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ086位于3号染色体上第110791214位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ087位于3号染色体上第108749512位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ088位于3号染色体上第89708520位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ089位于3号染色体上第117394708位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ090位于3号染色体上第110841958位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ091位于3号染色体上第126925604位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ092位于3号染色体上第133077911位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ093位于3号染色体上第135455615位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ094位于3号染色体上第143615147位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ095位于3号染色体上第142490909位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ096位于3号染色体上第152440715位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ097位于3号染色体上第157891895位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ098位于3号染色体上第167226752位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ099位于3号染色体上第177267256位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ100位于3号染色体上第180846069位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ101位于3号染色体上第182654916位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ102位于3号染色体上第187256252位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ103位于3号染色体上第198917190位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ104位于3号染色体上第206991538位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ105位于3号染色体上第211618708位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ106位于3号染色体上第212618653位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ107位于3号染色体上第215638283位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ108位于3号染色体上第218833090位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ109位于3号染色体上第219573683位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ110位于3号染色体上第230174013位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ111位于3号染色体上第233313935位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ112位于3号染色体上第235335829位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ113位于4号染色体上第1739065位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ114位于4号染色体上第14933099位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ115位于4号染色体上第19992707位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ116位于4号染色体上第21275190位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ117位于4号染色体上第23825706位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ118位于4号染色体上第34701792位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ119位于4号染色体上第39073611位，其脱氧核苷酸为A或T；
BJ120位于4号染色体上第58181917位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ121位于4号染色体上第69980490位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ122位于4号染色体上第82716278位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ123位于4号染色体上第116463964位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ124位于4号染色体上第123436433位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ125位于4号染色体上第128449774位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ126位于4号染色体上第131909367位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ127位于4号染色体上第134817964位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ128位于4号染色体上第148978829位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ129位于4号染色体上第152675972位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ130位于4号染色体上第154203504位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ131位于4号染色体上第157207753位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ132位于4号染色体上第172954523位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ133位于4号染色体上第176222779位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ134位于4号染色体上第180169695位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ135位于4号染色体上第198077263位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ136位于4号染色体上第205815966位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ137位于4号染色体上第212298903位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ138位于4号染色体上第214574654位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ139位于4号染色体上第218923039位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ140位于4号染色体上第225636570位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ141位于4号染色体上第227482564位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ142位于4号染色体上第236207694位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ143位于4号染色体上第238721563位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ144位于4号染色体上第241456450位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ145位于4号染色体上第243231190位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ146位于4号染色体上第245873226位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ147位于5号染色体上第7148611位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ148位于5号染色体上第8851444位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ149位于5号染色体上第11683352位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ150位于5号染色体上第13744674位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ151位于5号染色体上第21325878位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ152位于5号染色体上第21505964位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ153位于5号染色体上第30864455位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ154位于5号染色体上第34231061位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ155位于5号染色体上第36896481位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ156位于5号染色体上第43932481位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ157位于5号染色体上第51387774位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ158位于5号染色体上第60848684位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ159位于5号染色体上第62765284位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ160位于5号染色体上第66013542位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ161位于5号染色体上第74821251位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ162位于5号染色体上第82969158位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ163位于5号染色体上第90502766位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ164位于5号染色体上第103189624位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ165位于5号染色体上第118052768位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ166位于5号染色体上第134288332位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ167位于5号染色体上第140661203位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ168位于5号染色体上第144540975位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ169位于5号染色体上第155111024位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ170位于5号染色体上第164800996位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ171位于5号染色体上第170325850位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ172位于5号染色体上第177354381位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ173位于5号染色体上第183178987位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ174位于5号染色体上第185788710位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ175位于5号染色体上第195642707位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ176位于5号染色体上第205083043位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ177位于5号染色体上第210194272位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ178位于5号染色体上第222687487位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ179位于6号染色体上第3646695位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ180位于6号染色体上第6890138位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ181位于6号染色体上第17761860位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ182位于6号染色体上第34694152位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ183位于6号染色体上第47430377位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ184位于6号染色体上第56301400位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ185位于6号染色体上第59431612位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ186位于6号染色体上第63728542位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ187位于6号染色体上第86011472位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ188位于6号染色体上第89033009位，其脱氧核苷酸为A或T；
BJ189位于6号染色体上第99770028位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ190位于6号染色体上第105518242位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ191位于6号染色体上第111334472位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ192位于6号染色体上第118133941位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ193位于6号染色体上第122125948位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ194位于6号染色体上第127493339位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ195位于6号染色体上第133280110位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ196位于6号染色体上第137396987位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ197位于6号染色体上第142968977位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ198位于6号染色体上第145398320位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ199位于6号染色体上第152057353位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ200位于6号染色体上第155639177位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ201位于6号染色体上第158357970位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ202位于6号染色体上第162816382位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ203位于6号染色体上第168822699位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ204位于7号染色体上第1298519位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ205位于7号染色体上第8358129位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ206位于7号染色体上第21929238位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ207位于7号染色体上第26620853位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ208位于7号染色体上第42068584位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ209位于7号染色体上第45653665位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ210位于7号染色体上第51707789位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ211位于7号染色体上第79126176位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ212位于7号染色体上第88892840位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ213位于7号染色体上第97040992位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ214位于7号染色体上第104761239位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ215位于7号染色体上第110029898位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ216位于7号染色体上第116166340位，其脱氧核苷酸为G或C；
BJ217位于7号染色体上第119795808位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ218位于7号染色体上第126909772位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ219位于7号染色体上第130581036位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ220位于7号染色体上第137670828位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ221位于7号染色体上第141716256位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ222位于7号染色体上第148349344位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ223位于7号染色体上第153030799位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ224位于7号染色体上第159376425位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ225位于7号染色体上第164336752位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ226位于7号染色体上第169116076位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ227位于7号染色体上第174782421位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ228位于7号染色体上第178667327位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ229位于7号染色体上第180747932位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ230位于8号染色体上第2930186位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ231位于8号染色体上第7963308位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ232位于8号染色体上第10486919位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ233位于8号染色体上第16434990位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ234位于8号染色体上第27420127位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ235位于8号染色体上第30567805位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ236位于8号染色体上第41567841位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ237位于8号染色体上第47412162位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ238位于8号染色体上第68813027位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ239位于8号染色体上第75124888位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ240位于8号染色体上第80238350位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ241位于8号染色体上第86257217位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ242位于8号染色体上第95737617位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ243位于8号染色体上第100376389位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ244位于8号染色体上第102969951位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ245位于8号染色体上第112912154位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ246位于8号染色体上第120522562位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ247位于8号染色体上第128740336位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ248位于8号染色体上第142291860位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ249位于8号染色体上第149532021位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ250位于8号染色体上第153381000位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ251位于8号染色体上第158591566位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ252位于8号染色体上第164247021位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ253位于8号染色体上第170111730位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ254位于8号染色体上第176632607位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ255位于8号染色体上第180043333位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ256位于9号染色体上第3444316位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ257位于9号染色体上第10911267位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ258位于9号染色体上第17203666位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ259位于9号染色体上第24098322位，其脱氧核苷酸为A或T；
BJ260位于9号染色体上第29991363位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ261位于9号染色体上第33746263位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ262位于9号染色体上第48266692位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ263位于9号染色体上第76105284位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ264位于9号染色体上第69430303位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ265位于9号染色体上第63010188位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ266位于9号染色体上第81311763位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ267位于9号染色体上第86544316位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ268位于9号染色体上第92349830位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ269位于9号染色体上第100817978位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ270位于9号染色体上第104739055位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ271位于9号染色体上第120958016位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ272位于9号染色体上第125910054位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ273位于9号染色体上第128995399位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ274位于9号染色体上第137419108位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ275位于9号染色体上第145902424位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ276位于9号染色体上第151503320位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ277位于9号染色体上第152169890位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ278位于9号染色体上第157941320位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ279位于10号染色体上第2372764位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ280位于10号染色体上第10705931位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ281位于10号染色体上第22668596位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ282位于10号染色体上第25894245位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ283位于10号染色体上第33038105位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ284位于10号染色体上第41075615位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ285位于10号染色体上第44978636位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ286位于10号染色体上第53926469位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ287位于10号染色体上第63065572位，其脱氧核苷酸为C或G；
BJ288位于10号染色体上第75999226位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ289位于10号染色体上第81335145位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ290位于10号染色体上第86743338位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ291位于10号染色体上第92542190位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ292位于10号染色体上第95450662位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ293位于10号染色体上第110237917位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ294位于10号染色体上第115205047位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ295位于10号染色体上第105808287位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ296位于10号染色体上第129881183位，其脱氧核苷酸为T或C；
BJ297位于10号染色体上第133738092位，其脱氧核苷酸为A或G；
BJ298位于10号染色体上第138396527位，其脱氧核苷酸为T或G；
BJ299位于10号染色体上第145758072位，其脱氧核苷酸为A或C；
BJ300位于10号染色体上第148384622位，其脱氧核苷酸为A或G。
二、300个核心SNP位点的KASP引物的设计合成
根据上述一筛选的300个核心SNP位点设计KASP引物，每个SNP位点对应的KASP引物由引物Allele1FAM(5'末端标记FAM序列5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’)、引物Allele2HEX(5'末端标记HEX序列5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’)和通用引物组成；具体序列见表3；表3中序列编号按照如下顺序：核心SNP位点BJ001-BJ300的引物Allele1FAM的核苷酸序列依次为序列1-序列300；核心SNP位点BJ001-BJ300的引物Allele2HEX的核苷酸序列依次为序列301-序列600；核心SNP位点BJ001-BJ300的引物通用引物的核苷酸序列依次为序列601-序列900。
表3为300个核心SNP位点KASP引物序列信息
Figure BDA0002027597470000291
Figure BDA0002027597470000301
Figure BDA0002027597470000311
Figure BDA0002027597470000321
Figure BDA0002027597470000331
Figure BDA0002027597470000341
Figure BDA0002027597470000351
Figure BDA0002027597470000361
Figure BDA0002027597470000371
Figure BDA0002027597470000381
Figure BDA0002027597470000391
Figure BDA0002027597470000401
实施例2、分子育种核心SNP位点及其KASP引物的应用
一、分子育种核心SNP位点及其KASP引物在检测自交系遗传相似度和检测杂交种杂合度中的应用
1、检测自交系遗传相似度
表1所示的124份玉米自交系分别提取基因组DNA作为模板，用表3所示的KASP引物分别进行扩增，检测124份玉米自交系的300个核心SNP位点的基因型。
KASP筛选引物试验的简要工作流程为：将母液板DNA稀释到20ng/μl为Master板；利用LGC公司的Replikator孔板复制机，选定合适的模式进行分液至1536孔的Working板，并将分液数据导入Kraken系统；利用干燥箱，烘干Working板中的DNA；利用Merdian微量分液器，加入对应的引物和反应液，同时保存分液信息；Fusion激光封膜仪进行样品孔封口后，利用Hydrocycler水浴锅进行Touch-down PCR反应；最后利用BMG Pherastar激光扫描仪识别PCR的荧光探针，Kluster Caller软件分析SNP等位点并生成基因分型图。
采用LGC的1536板进行SNP位点检测，Working板的DNA分液体积均为1.5μl。KASP反应体系为1μl，包括0.014μl的Primer mix和0.986μl1×KASP master mix(Primer mix和KASP master mix均由LGC公司提供)。。
Touch-down PCR反应程序为：94℃15min；94℃20s，61～55℃60s，10个循环；94℃20s，55℃60s，26个循环。
得到124份玉米自交系的300个核心SNP位点的基因型。
根据124份玉米自交系的300个核心SNP位点的基因型，进行两两材料间的差异位点比较和遗传相似度分析；
遗传相似度分析采用如下公式：
遗传相似度＝[1-(差异等位基因数/(2×比较总位点数))]×100％
差异等位基因数为两份自交系之间存在差异的等位基因数目；
比较总位点数为两份自交系比较的SNP位点总数。
结果如图3和表4所示，124份玉米自交系两两材料间的遗传相似度在0.38-0.99之间，其中95％以上的成对比较遗传相似度均低于0.7。说明选取的124份骨干自交系具有丰富的多样性和广泛的遗传变异，代表性好。
表4为124份自交系两两之间遗传相似度的分布情况
遗传相似度 样品比对数 所占比例
0.38-0.49 1040 13.63756
0.5-0.59 5336 69.97115
0.6-0.69 907 11.89352
0.7-0.79 263 3.448728
0.8-0.89 61 0.799895
0.9-0.99 19 0.249148
表中，样品比对数为遗传相似度在相应范围的两两自交系对数，所占比例为相应遗传相似度范围的两两自交系对数占总比对数的比例，如在本实施例中，两两自交系总比对数为124*123/2＝7626。
2、检测杂交种杂合度
表5所示的33份玉米杂交种分别提取基因组DNA作为模板，用表3所示的KASP引物分别进行扩增，检测33份玉米杂交种的300个核心SNP位点的基因型。
KASP筛选引物试验的简要工作流程为：将母液板DNA稀释到20ng/μl为Master板；利用LGC公司的Replikator孔板复制机，选定合适的模式进行分液至1536孔的Working板，并将分液数据导入Kraken系统；利用干燥箱，烘干Working板中的DNA；利用Merdian微量分液器，加入对应的引物和反应液，同时保存分液信息；Fusion激光封膜仪进行样品孔封口后，利用Hydrocycler水浴锅进行Touch-down PCR反应；最后利用BMG Pherastar激光扫描仪识别PCR的荧光探针，Kluster Caller软件分析SNP等位点并生成基因分型图。
采用LGC的1536板进行SNP位点检测，Working板的DNA分液体积均为1.5μl。KASP反应体系为1μl，包括0.014μl的Primer mix和0.986μl1×KASP master mix(Primer mix和KASP master mix均由LGC公司提供)。
Touch-down PCR反应程序为：94℃15min；94℃20s，61～55℃60s，10个循环；94℃20s，55℃60s，26个循环。
得到33份玉米杂交种的300个核心SNP位点的基因型。
根据33份玉米杂交种的300个核心SNP位点的基因型，计算杂合度；
杂合度＝杂合位点数/检测总位点数×100％
杂合位点数为某样品基因型检测为杂合的位点数；
检测总位点数为检测的总位点数，本实施例中总位点数为300。
结果如表5所示，可以看出，利用300个核心位点对33份杂交种的杂合度进行分析发现，除京科甜533、京科糯2000E、德美亚3号及雅玉青贮26之外，其余29个杂交种杂合度均高于42％。
表5为利用核心位点标记分析33个杂交种的杂合情况
Figure BDA0002027597470000421
Figure BDA0002027597470000431
二、核心SNP位点在分子标记辅助背景选择中的应用
回交转育是玉米种质资源改良的重要途径，利用分子标记辅助背景选择可大大加快转育进程。
检测材料为以优良自交系京724作为轮回亲本，京725作为供体亲本，杂交1代，回交2代，得到京724×京725组配的BC2F1世代植株。
1、300对核心SNP位点KASP标记检测
分别以48个京724×京725组配的BC2F1代植株的基因组DNA为模板，用表3所示的KASP引物分别进行扩增，检测BC2F1世代植株的300个核心SNP位点的基因型。以京724为对照。
KASP筛选引物试验的简要工作流程为：将母液板DNA稀释到20ng/μl为Master板；利用LGC公司的Replikator孔板复制机，选定合适的模式进行分液至1536孔的Working板，并将分液数据导入Kraken系统；利用干燥箱，烘干Working板中的DNA；利用Merdian微量分液器，加入对应的引物和反应液，同时保存分液信息；Fusion激光封膜仪进行样品孔封口后，利用Hydrocycler水浴锅进行Touch-down PCR反应；最后利用BMG Pherastar激光扫描仪识别PCR的荧光探针，Kluster Caller软件分析SNP等位点并生成基因分型图。
采用LGC的1536板进行SNP位点检测，Working板的DNA分液体积均为1.5μl。KASP反应体系为1μl，包括0.014μl的Primer mix和0.986μl1×KASP master mix(Primer mix和KASP master mix均由LGC公司提供)。
Touch-down PCR反应程序为：94℃15min；94℃20s，61～55℃60s，10个循环；94℃20s，55℃60s，26个循环。
对BC2F1世代植株的300个核心SNP位点的基因型与京724的300个核心SNP位点的基因型进行比较，获得BC2F1植株与京724的差异位点数。
在BC2F1世代的48个单株中，与京724差异位点数为6的有2个单株，差异位点数为5的有19个单株，差异位点数为4的有3个单株，差异位点数为3的有22个单株，差异位点数为2的有2个单株。通过分子标记辅助选择，有望在BC3即可获得背景完全恢复(与轮回亲本背景完全一致)的改良材料。
2、与40个SSR引物分子标记辅助选择效果比较：
如上所述，京724和京725在300个KASP引物中，存在6个差异位点；而在40个SSR引物(参见中国专利ZL 2013 1 0751112.6/CN(104285776 B)中，只存在2个差异位点。
因此，利用40个SSR引物进行分子标记辅助背景选择时，回交个体的基因型只会出现3种情况：(1)40个位点与京724完全相同；(2)40个位点中与京724仅存在一个位点差异；(3)40个位点中与京724存在2个位点差异。而使用300个KASP引物进行分子标记辅助背景选择时，回交个体的基因型会出现更多种情况，因此可以对待测单株的背景回复率进行更加精准的排序，对于候选单株的准确选择更加具有指导和参考意义。
3、与常规育种表型选择效果比较：
在回交转育过程中，常规育种方法是对待测单株根据经验进行表型选择。对于京724、京725这种遗传背景非常相近的亲本组建的回交群体，仅依靠经验和表型差异很难准确判断回交个体的背景回复情况。而且表型性状容易受到环境条件的影响，导致单凭田间表现进行选择往往会存在一定程度的偏差。
序列表
<110>北京市农林科学院
<120>玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用
<160>900
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211>28
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 1
cataattgta tgcctcgatc gtatatgt 28
<210> 2
<211>23
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 2
ggaactgtgc gtagttcctg aga 23
<210> 3
<211>24
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 3
accaatctgg tgcagagcta aatt 24
<210> 4
<211>25
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 4
caagaacgtg gctcctaatg tttca 25
<210> 5
<211>24
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 5
gtagttcctt cacattcatt aggg 24
<210> 6
<211>22
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 6
cacatagcac gaggacagag ac 22
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<211>22
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 7
gccatctttg tcctttgcca cg 22
<210> 8
<211>22
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 8
caaggggatc aggaattcag gc 22
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<211>26
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 9
gttcctaaat tcccaacttg cctaga 26
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<211>22
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<213>Artificial sequence
<400> 10
aggactgctg gatggaaacc ac 22
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<211>25
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<213>Artificial sequence
<400> 11
acctgtgatt ggatctgatg cagaa 25
<210> 12
<211>22
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 12
tcggcagatt tgctctggtg ta 22
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<211>21
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<213>Artificial sequence
<400> 13
gttgcagcag agaagccgaa c 21
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<211>26
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 14
agtttgttga aatctgttaa taccat 26
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<211>22
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ggtgtacagc tccgagatct tc 22
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<211>27
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atttgtttgc ccagctcata aatgttg 27
<210> 17
<211>21
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<213>Artificial sequence
<400> 17
ctctgcagcc actgcttgga a 21
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<211>26
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gagggaagaa aaggattgga tgatac 26
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<211>25
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<400> 19
gaaatctatc aatccaaagc ctcta 25
<210> 20
<211>25
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<400> 20
atcatccaga aggtcaaact ctcct 25
<210> 21
<211>26
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caattaattg aatatgcagc gcatga 26
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<211>23
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<400> 22
gatgagtggt accttagcag ctt 23
<210> 23
<211>22
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 23
ggtctagcag tgctgcaagt ag 22
<210> 24
<211>25
<212> DNA
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catagttagt gttctgtctg gatgg 25
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<211>24
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<400> 25
ggaatgcttg aagaaggacg aatc 24
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gaagcacata ccaaattcaa tcttcgta 28
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<211>24
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gaaccggaac aggacaataa ttgc 24
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agcctgaatt gcacaagagg tca 23
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<211>22
<212> DNA
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<400> 29
gcggataatc gggatcgaga ct 22
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<211>22
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acccatctcc ctaaaccagc ac 22
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<211>25
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<400> 31
actcaactcc aaaatctagc tatac 25
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<211>23
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<400> 32
ggagatgctc tacaagtttg tca 23
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<211>21
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gcacaggtgt aaaagcagcc t 21
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<211>30
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<400> 34
aaacattgac agttactaat gatctcgatt 30
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<211>23
<212> DNA
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<400> 35
ggaactctgt ccaggacaaa gca 23
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aagctcggca ggtaaggaaa cc 22
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<211>25
<212> DNA
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<400> 37
attgcaagat ggaagtacag tggtc 25
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<400> 38
ccatggtttt aaggaactat cgaaaga 27
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<211>25
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gtatggagtt ctcgggatac ttgat 25
<210> 40
<211>25
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<400> 40
ccgtatcatt tagtgcatca gaacc 25
<210> 41
<211>21
<212> DNA
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aagatttgaa tggtactctg gaacag 26
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gcaaagctac tagagaagga tctca 25
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gagtacaatc gagtgtaatg taatagtg 28
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atttggtagt tacctataca tctgcg 26
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cgcaccacta gctataatat cctca 25
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tactccggtg ctcctcagtt g 21
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caatctctag gaatcatttt ctctc 25
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ggttgacatg agacttgcag aga 23
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gaaacctgtg gagctagata at 22
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cattctccca gcttccatgg ca 22
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acatcggcta tgattttggt tcactgtt 28
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<211>29
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<400> 806
ccgaattggc attacccatc tgaaattat 29
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<211>29
<212> DNA
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<400> 807
tgctttgaca ttccttgatc cttctacat 29
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<211>26
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 808
cgtcctctat ccttgtccaa tctctt 26
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<211>24
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agttttggtg gcaggggtag ctat 24
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cgggaccgag gcggagcta 19
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atggccgaga caacgatgtc aagta 25
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<211>25
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ggaatgcgct gcaaactcta aggtt 25
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cctatgatat agtaatgtga tagccttctt 30
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<211>29
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gctaactgga taataaggaa gttcaggaa 29
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cccgtcagtt gttcagtttg tccat 25
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<211>30
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catgtagctt aatttcagtg atcactcgtt 30
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ataggacagg tggtgcagcg gt 22
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cagtatatct tgtgccagtt cgttctaaa 29
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taggagctag ccaagagcct acta 24
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<211>24
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gaggtaggtg gagctgaagc tgaa 24
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gtccaggact ccacatgatc ttacta 26
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gaattctctc cagcatgcca ccaa 24
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ctgagtgggt accagttgac cttta 25
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gcgatcgggc tcgttcttgt gat 23
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gggtgcagag agacactgac atttt 25
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ggacatggtg gtggtcgtgg aa 22
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ccatggggtt gctgagaacc caa 23
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taccaaacac gatcgccaca ccaaa 25
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tccgacaaac ctatgagaag aaatgtgtt 29
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aggagaatgg cgatccacca ttgaa 25
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ctaattatat cgcgcgtgat gttcctaa 28
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cagcaaaaga gacacatagt tccaatcaa 29
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gggagtatct tttaggaaga tgtacagat 29
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acggcgacga cggcaagaag tt 22
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agacgtagaa acaagaaaca ggtcttcaa 29
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gagcagcaag agcaccacca atata 25
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ggacgaggaa gaagatcttt ttccatttt 29
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ccaaaacagt gaagtgaccg ccat 24
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ggagcgacga aagccatgac acaa 24
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acattgcccc cagacacctg ca 22
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cagaggtcga gtggcagagg at 22
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ggttgaccct tcgataatgg tcctt 25
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gagtcttcca tagcagagaa gaccat 26
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gcaacaaaca ataggaatgc aactgagaa 29
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ctcatgtgca tccatcagca gtcat 25
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gaactgtaag tgatgtggca aatcttctt 29
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ggtgatacag ttgtcacaat gttggaata 29
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ttaccatcat gacaagaatg gacctagtt 29
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gtgtgccaca tgctattttc tgactattt 29
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tgcacgggag ggagtttggg tt 22
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agagtttgaa gcagcagccc ttgaa 25
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tatctcgcac caagcaggga aacaa 25
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ctcagggcaa tgcctctcac gat 23
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ctcgtcaaag agaatccatc cgcaa 25
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gacaactgga gagaggaaga aagcta 26
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gtgcacggct actttcaagc aacaa 25
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tcgatgtttt cgatcccaag ttcaacatt 29
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tcccgtaatc atctgctcgt ctgta 25
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cacaaaacct acatgcttaa tgactcgta 29
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ctagtagcct actggggtat atttgtata 29
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ggtttgtttc gcggcctggg tt 22
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ggctagcttg ttccatgaat gacgaa 26
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atggatagct gctccgtcat cctaa 25
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<212> DNA
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tcgtatcacc ataccagaga ttaaggaaa 29
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<211>22
<212> DNA
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gcccagccgt ctttgcttgc tt 22
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<211>25
<212> DNA
<213>Artificial sequence
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aagcaaattt cctcgccctc ctctt 25
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<211>25
<212> DNA
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gacgtcatcg aagtaactcg acgtt 25
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<211>24
<212> DNA
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gtttcagcaa accggcgaac ggaa 24
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tctaactctt gacagtgtta gcacaacta 29
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<212> DNA
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caagttgcat gtcgctgctc aagtt 25
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<211>29
<212> DNA
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cagtctgcaa aggaaattga ttccacata 29
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actcgaattt gatcgctttg tgtgactt 28
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<212> DNA
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cgctgatggt cacagaaaca tcgtt 25
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<400> 874
ccaagacctc cgccgaaacc tt 22
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ctgctgcttc agatttgttt agaaagcaa 29
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caaatgcaca ataggatagg actagactt 29
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gaagggtttt aagggctcat tcagcaa 27
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<211>28
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tttcagtcgc agatctttca aggagatt 28
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<211>28
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cccaatgagc aaaaagaata gcaccaaa 28
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tttcaccatt ggaatagact gcaagctta 29
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tgcacaaatt ggctcctcct ggttt 25
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gcagttgaat tgaactgctg acgaattta 29
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<211>25
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tagcagagag catgccatgg cttat 25
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<212> DNA
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gaatgtgcag attggatttg agggataaa 29
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<211>29
<212> DNA
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acgaagcatc attagcttct cgttagttt 29
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<211>25
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acttcatgcc cagttgccct aagaa 25
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ggtcacctgg tccaaagttg agtaa 25
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<211>25
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gggcatacag aatacacagg agctt 25
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gggaaacctg cagaatgctg ttgat 25
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<211>29
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gagcactaca tggattctct taagaagat 29
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<211>29
<212> DNA
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gcagatgtag tactacgtac tactcttta 29
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<211>30
<212> DNA
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ggagcaagaa aagtaaagca gaaaatgaaa 30
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<211>25
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<213>Artificial sequence
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tcgggaagcc atacttcaca tgcat 25
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<211>25
<212> DNA
<213>Artificial sequence
<400> 894
ccttgttgag gatcagacct tggat 25
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<211>25
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<213>Artificial sequence
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ggtcgccagc ttaattagaa gcgaa 25
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<211>25
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<213>Artificial sequence
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gacatacgta ccgggagatg acaat 25
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cagtttctga gagcaagcgt cacaa 25
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<400> 898
ccaggttccc aggagctcag tt 22
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gttcgtgctc cctgaaatca gcaaa 25
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<211>25
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<213>Artificial sequence
<400> 900
gatacccgaa tcatggccga agtta 25

Claims (13)

1.检测300个SNP位点的试剂在检测玉米自交系遗传相似度中的应用：
所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73 RefGen V4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；
BJ001位于1号染色体上第2386298位；
BJ002位于1号染色体上第9015954位；
BJ003位于1号染色体上第11678232位；
BJ004位于1号染色体上第18044029位；
BJ005位于1号染色体上第21772113位；
BJ006位于1号染色体上第24949696位；
BJ007位于1号染色体上第27995196位；
BJ008位于1号染色体上第30525614位；
BJ009位于1号染色体上第36684150位；
BJ010位于1号染色体上第44316802位；
BJ011位于1号染色体上第44730532位；
BJ012位于1号染色体上第57256655位；
BJ013位于1号染色体上第62426055位；
BJ014位于1号染色体上第64842917位；
BJ015位于1号染色体上第80946353位；
BJ016位于1号染色体上第88699192位；
BJ017位于1号染色体上第99951335位；
BJ018位于1号染色体上第108427900位；
BJ019位于1号染色体上第110560233位；
BJ020位于1号染色体上第113772604位；
BJ021位于1号染色体上第123880045位；
BJ022位于1号染色体上第157314653位；
BJ023位于1号染色体上第158442106位；
BJ024位于1号染色体上第166195632位；
BJ025位于1号染色体上第182929292位；
BJ026位于1号染色体上第200710300位；
BJ027位于1号染色体上第212613678位；
BJ028位于1号染色体上第223545401位；
BJ029位于1号染色体上第239173394位；
BJ030位于1号染色体上第245200617位；
BJ031位于1号染色体上第246790737位；
BJ032位于1号染色体上第249338521位；
BJ033位于1号染色体上第252666922位；
BJ034位于1号染色体上第257767178位；
BJ035位于1号染色体上第270258270位；
BJ036位于1号染色体上第278821858位；
BJ037位于1号染色体上第286308381位；
BJ038位于1号染色体上第287809693位；
BJ039位于1号染色体上第290907274位；
BJ040位于1号染色体上第294734309位；
BJ041位于1号染色体上第295780473位；
BJ042位于1号染色体上第297926819位；
BJ043位于1号染色体上第302251282位；
BJ044位于1号染色体上第304304693位；
BJ045位于2号染色体上第3763049位；
BJ046位于2号染色体上第6962452位；
BJ047位于2号染色体上第9725122位；
BJ048位于2号染色体上第13595075位；
BJ049位于2号染色体上第30127728位；
BJ050位于2号染色体上第38275041位；
BJ051位于2号染色体上第39887341位；
BJ052位于2号染色体上第48114795位；
BJ053位于2号染色体上第53850049位；
BJ054位于2号染色体上第61532853位；
BJ055位于2号染色体上第64590989位；
BJ056位于2号染色体上第82185472位；
BJ057位于2号染色体上第91614222位；
BJ058位于2号染色体上第106729029位；
BJ059位于2号染色体上第115915285位；
BJ060位于2号染色体上第131206918位；
BJ061位于2号染色体上第152741735位；
BJ062位于2号染色体上第171118069位；
BJ063位于2号染色体上第178096449位；
BJ064位于2号染色体上第183651486位；
BJ065位于2号染色体上第187447790位；
BJ066位于2号染色体上第191280878位；
BJ067位于2号染色体上第198323481位；
BJ068位于2号染色体上第201507721位；
BJ069位于2号染色体上第205404138位；
BJ070位于2号染色体上第209509992位；
BJ071位于2号染色体上第219172449位；
BJ072位于2号染色体上第222359478位；
BJ073位于2号染色体上第225208099位；
BJ074位于2号染色体上第227408503位；
BJ075位于2号染色体上第230560613位；
BJ076位于2号染色体上第231791729位；
BJ077位于2号染色体上第232254988位；
BJ078位于2号染色体上第242416915位；
BJ079位于2号染色体上第243465767位；
BJ080位于3号染色体上第5496829位；
BJ081位于3号染色体上第8207992位；
BJ082位于3号染色体上第10558026位；
BJ083位于3号染色体上第14516004位；
BJ084位于3号染色体上第17171530位；
BJ085位于3号染色体上第41716639位；
BJ086位于3号染色体上第110791214位；
BJ087位于3号染色体上第108749512位；
BJ088位于3号染色体上第89708520位；
BJ089位于3号染色体上第117394708位；
BJ090位于3号染色体上第110841958位；
BJ091位于3号染色体上第126925604位；
BJ092位于3号染色体上第133077911位；
BJ093位于3号染色体上第135455615位；
BJ094位于3号染色体上第143615147位；
BJ095位于3号染色体上第142490909位；
BJ096位于3号染色体上第152440715位；
BJ097位于3号染色体上第157891895位；
BJ098位于3号染色体上第167226752位；
BJ099位于3号染色体上第177267256位；
BJ100位于3号染色体上第180846069位；
BJ101位于3号染色体上第182654916位；
BJ102位于3号染色体上第187256252位；
BJ103位于3号染色体上第198917190位；
BJ104位于3号染色体上第206991538位；
BJ105位于3号染色体上第211618708位；
BJ106位于3号染色体上第212618653位；
BJ107位于3号染色体上第215638283位；
BJ108位于3号染色体上第218833090位；
BJ109位于3号染色体上第219573683位；
BJ110位于3号染色体上第230174013位；
BJ111位于3号染色体上第233313935位；
BJ112位于3号染色体上第235335829位；
BJ113位于4号染色体上第1739065位；
BJ114位于4号染色体上第14933099位；
BJ115位于4号染色体上第19992707位；
BJ116位于4号染色体上第21275190位；
BJ117位于4号染色体上第23825706位；
BJ118位于4号染色体上第34701792位；
BJ119位于4号染色体上第39073611位；
BJ120位于4号染色体上第58181917位；
BJ121位于4号染色体上第69980490位；
BJ122位于4号染色体上第82716278位；
BJ123位于4号染色体上第116463964位；
BJ124位于4号染色体上第123436433位；
BJ125位于4号染色体上第128449774位；
BJ126位于4号染色体上第131909367位；
BJ127位于4号染色体上第134817964位；
BJ128位于4号染色体上第148978829位；
BJ129位于4号染色体上第152675972位；
BJ130位于4号染色体上第154203504位；
BJ131位于4号染色体上第157207753位；
BJ132位于4号染色体上第172954523位；
BJ133位于4号染色体上第176222779位；
BJ134位于4号染色体上第180169695位；
BJ135位于4号染色体上第198077263位；
BJ136位于4号染色体上第205815966位；
BJ137位于4号染色体上第212298903位；
BJ138位于4号染色体上第214574654位；
BJ139位于4号染色体上第218923039位；
BJ140位于4号染色体上第225636570位；
BJ141位于4号染色体上第227482564位；
BJ142位于4号染色体上第236207694位；
BJ143位于4号染色体上第238721563位；
BJ144位于4号染色体上第241456450位；
BJ145位于4号染色体上第243231190位；
BJ146位于4号染色体上第245873226位；
BJ147位于5号染色体上第7148611位；
BJ148位于5号染色体上第8851444位；
BJ149位于5号染色体上第11683352位；
BJ150位于5号染色体上第13744674位；
BJ151位于5号染色体上第21325877位；
BJ152位于5号染色体上第21505964位；
BJ153位于5号染色体上第30864455位；
BJ154位于5号染色体上第34231061位；
BJ155位于5号染色体上第36896481位；
BJ156位于5号染色体上第43932481位；
BJ157位于5号染色体上第51387774位；
BJ158位于5号染色体上第60848684位；
BJ159位于5号染色体上第62765284位；
BJ160位于5号染色体上第66013542位；
BJ161位于5号染色体上第74821251位；
BJ162位于5号染色体上第82969158位；
BJ163位于5号染色体上第90502766位；
BJ164位于5号染色体上第103189624位；
BJ165位于5号染色体上第118052768位；
BJ166位于5号染色体上第134288332位；
BJ167位于5号染色体上第140661203位；
BJ168位于5号染色体上第144540975位；
BJ169位于5号染色体上第155111024位；
BJ170位于5号染色体上第164800996位；
BJ171位于5号染色体上第170325850位；
BJ172位于5号染色体上第177354381位；
BJ173位于5号染色体上第183178987位；
BJ174位于5号染色体上第185788710位；
BJ175位于5号染色体上第195642707位；
BJ176位于5号染色体上第205083043位；
BJ177位于5号染色体上第210194272位；
BJ178位于5号染色体上第222687487位；
BJ179位于6号染色体上第3646695位；
BJ180位于6号染色体上第6890138位；
BJ181位于6号染色体上第17761860位；
BJ182位于6号染色体上第34694152位；
BJ183位于6号染色体上第47430377位；
BJ184位于6号染色体上第56301400位；
BJ185位于6号染色体上第59431612位；
BJ186位于6号染色体上第63728542位；
BJ187位于6号染色体上第86011472位；
BJ188位于6号染色体上第89033009位；
BJ189位于6号染色体上第99770028位；
BJ190位于6号染色体上第105518241位；
BJ191位于6号染色体上第111334472位；
BJ192位于6号染色体上第118133941位；
BJ193位于6号染色体上第122125948位；
BJ194位于6号染色体上第127493339位；
BJ195位于6号染色体上第133280110位；
BJ196位于6号染色体上第137396987位；
BJ197位于6号染色体上第142968977位；
BJ198位于6号染色体上第145398320位；
BJ199位于6号染色体上第152057353位；
BJ200位于6号染色体上第155639177位；
BJ201位于6号染色体上第158357970位；
BJ202位于6号染色体上第162816382位；
BJ203位于6号染色体上第168822699位；
BJ204位于7号染色体上第1298519位；
BJ205位于7号染色体上第8358129位；
BJ206位于7号染色体上第21929238位；
BJ207位于7号染色体上第26620853位；
BJ208位于7号染色体上第42068584位；
BJ209位于7号染色体上第45653665位；
BJ210位于7号染色体上第51707789位；
BJ211位于7号染色体上第79126176位；
BJ212位于7号染色体上第88892840位；
BJ213位于7号染色体上第97040992位；
BJ214位于7号染色体上第104761239位；
BJ215位于7号染色体上第110029898位；
BJ216位于7号染色体上第116166340位；
BJ217位于7号染色体上第119795808位；
BJ218位于7号染色体上第126909772位；
BJ219位于7号染色体上第130581036位；
BJ220位于7号染色体上第137670828位；
BJ221位于7号染色体上第141716256位；
BJ222位于7号染色体上第148349344位；
BJ223位于7号染色体上第153030799位；
BJ224位于7号染色体上第159376425位；
BJ225位于7号染色体上第164336752位；
BJ226位于7号染色体上第169116076位；
BJ227位于7号染色体上第174782421位；
BJ228位于7号染色体上第178667327位；
BJ229位于7号染色体上第180747932位；
BJ230位于8号染色体上第2930186位；
BJ231位于8号染色体上第7963308位；
BJ232位于8号染色体上第10486919位；
BJ233位于8号染色体上第16434990位；
BJ234位于8号染色体上第27420127位；
BJ235位于8号染色体上第30567805位；
BJ236位于8号染色体上第41567841位；
BJ237位于8号染色体上第47412162位；
BJ238位于8号染色体上第68813027位；
BJ239位于8号染色体上第75124888位；
BJ240位于8号染色体上第80238350位；
BJ241位于8号染色体上第86257217位；
BJ242位于8号染色体上第95737617位；
BJ243位于8号染色体上第100376389位；
BJ244位于8号染色体上第102969951位；
BJ245位于8号染色体上第112912154位；
BJ246位于8号染色体上第120522562位；
BJ247位于8号染色体上第128740336位；
BJ248位于8号染色体上第142291860位；
BJ249位于8号染色体上第149532021位；
BJ250位于8号染色体上第153381000位；
BJ251位于8号染色体上第158591566位；
BJ252位于8号染色体上第164247021位；
BJ253位于8号染色体上第170111730位；
BJ254位于8号染色体上第176632607位；
BJ255位于8号染色体上第180043333位；
BJ256位于9号染色体上第3444316位；
BJ257位于9号染色体上第10911267位；
BJ258位于9号染色体上第17203666位；
BJ259位于9号染色体上第24098322位；
BJ260位于9号染色体上第29991363位；
BJ261位于9号染色体上第33746262位；
BJ262位于9号染色体上第48266692位；
BJ263位于9号染色体上第76105284位；
BJ264位于9号染色体上第69430303位；
BJ265位于9号染色体上第63010188位；
BJ266位于9号染色体上第81311763位；
BJ267位于9号染色体上第86544316位；
BJ268位于9号染色体上第92349830位；
BJ269位于9号染色体上第100817978位；
BJ270位于9号染色体上第104739055位；
BJ271位于9号染色体上第120958016位；
BJ272位于9号染色体上第125910054位；
BJ273位于9号染色体上第128995399位；
BJ274位于9号染色体上第137419108位；
BJ275位于9号染色体上第145902424位；
BJ276位于9号染色体上第151503320位；
BJ277位于9号染色体上第152169890位；
BJ278位于9号染色体上第157941320位；
BJ279位于10号染色体上第2372764位；
BJ280位于10号染色体上第10705931位；
BJ281位于10号染色体上第22668596位；
BJ282位于10号染色体上第25894245位；
BJ283位于10号染色体上第33038105位；
BJ284位于10号染色体上第41075615位；
BJ285位于10号染色体上第44978636位；
BJ286位于10号染色体上第53926469位；
BJ287位于10号染色体上第63065572位；
BJ288位于10号染色体上第75999226位；
BJ289位于10号染色体上第81335145位；
BJ290位于10号染色体上第86743338位；
BJ291位于10号染色体上第92542190位；
BJ292位于10号染色体上第95450662位；
BJ293位于10号染色体上第110237917位；
BJ294位于10号染色体上第115205047位；
BJ295位于10号染色体上第105808287位；
BJ296位于10号染色体上第129881183位；
BJ297位于10号染色体上第133738092位；
BJ298位于10号染色体上第138396527位；
BJ299位于10号染色体上第145758072位；
BJ300位于10号染色体上第148384622位。
2.检测300个SNP位点的试剂在检测玉米杂交种杂合度中的应用；
所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73 RefGen V4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；
BJ001位于1号染色体上第2386298位；
BJ002位于1号染色体上第9015954位；
BJ003位于1号染色体上第11678232位；
BJ004位于1号染色体上第18044029位；
BJ005位于1号染色体上第21772113位；
BJ006位于1号染色体上第24949696位；
BJ007位于1号染色体上第27995196位；
BJ008位于1号染色体上第30525614位；
BJ009位于1号染色体上第36684150位；
BJ010位于1号染色体上第44316802位；
BJ011位于1号染色体上第44730532位；
BJ012位于1号染色体上第57256655位；
BJ013位于1号染色体上第62426055位；
BJ014位于1号染色体上第64842917位；
BJ015位于1号染色体上第80946353位；
BJ016位于1号染色体上第88699192位；
BJ017位于1号染色体上第99951335位；
BJ018位于1号染色体上第108427900位；
BJ019位于1号染色体上第110560233位；
BJ020位于1号染色体上第113772604位；
BJ021位于1号染色体上第123880045位；
BJ022位于1号染色体上第157314653位；
BJ023位于1号染色体上第158442106位；
BJ024位于1号染色体上第166195632位；
BJ025位于1号染色体上第182929292位；
BJ026位于1号染色体上第200710300位；
BJ027位于1号染色体上第212613678位；
BJ028位于1号染色体上第223545401位；
BJ029位于1号染色体上第239173394位；
BJ030位于1号染色体上第245200617位；
BJ031位于1号染色体上第246790737位；
BJ032位于1号染色体上第249338521位；
BJ033位于1号染色体上第252666922位；
BJ034位于1号染色体上第257767178位；
BJ035位于1号染色体上第270258270位；
BJ036位于1号染色体上第278821858位；
BJ037位于1号染色体上第286308381位；
BJ038位于1号染色体上第287809693位；
BJ039位于1号染色体上第290907274位；
BJ040位于1号染色体上第294734309位；
BJ041位于1号染色体上第295780473位；
BJ042位于1号染色体上第297926819位；
BJ043位于1号染色体上第302251282位；
BJ044位于1号染色体上第304304693位；
BJ045位于2号染色体上第3763049位；
BJ046位于2号染色体上第6962452位；
BJ047位于2号染色体上第9725122位；
BJ048位于2号染色体上第13595075位；
BJ049位于2号染色体上第30127728位；
BJ050位于2号染色体上第38275041位；
BJ051位于2号染色体上第39887341位；
BJ052位于2号染色体上第48114795位；
BJ053位于2号染色体上第53850049位；
BJ054位于2号染色体上第61532853位；
BJ055位于2号染色体上第64590989位；
BJ056位于2号染色体上第82185472位；
BJ057位于2号染色体上第91614222位；
BJ058位于2号染色体上第106729029位；
BJ059位于2号染色体上第115915285位；
BJ060位于2号染色体上第131206918位；
BJ061位于2号染色体上第152741735位；
BJ062位于2号染色体上第171118069位；
BJ063位于2号染色体上第178096449位；
BJ064位于2号染色体上第183651486位；
BJ065位于2号染色体上第187447790位；
BJ066位于2号染色体上第191280878位；
BJ067位于2号染色体上第198323481位；
BJ068位于2号染色体上第201507721位；
BJ069位于2号染色体上第205404138位；
BJ070位于2号染色体上第209509992位；
BJ071位于2号染色体上第219172449位；
BJ072位于2号染色体上第222359478位；
BJ073位于2号染色体上第225208099位；
BJ074位于2号染色体上第227408503位；
BJ075位于2号染色体上第230560613位；
BJ076位于2号染色体上第231791729位；
BJ077位于2号染色体上第232254988位；
BJ078位于2号染色体上第242416915位；
BJ079位于2号染色体上第243465767位；
BJ080位于3号染色体上第5496829位；
BJ081位于3号染色体上第8207992位；
BJ082位于3号染色体上第10558026位；
BJ083位于3号染色体上第14516004位；
BJ084位于3号染色体上第17171530位；
BJ085位于3号染色体上第41716639位；
BJ086位于3号染色体上第110791214位；
BJ087位于3号染色体上第108749512位；
BJ088位于3号染色体上第89708520位；
BJ089位于3号染色体上第117394708位；
BJ090位于3号染色体上第110841958位；
BJ091位于3号染色体上第126925604位；
BJ092位于3号染色体上第133077911位；
BJ093位于3号染色体上第135455615位；
BJ094位于3号染色体上第143615147位；
BJ095位于3号染色体上第142490909位；
BJ096位于3号染色体上第152440715位；
BJ097位于3号染色体上第157891895位；
BJ098位于3号染色体上第167226752位；
BJ099位于3号染色体上第177267256位；
BJ100位于3号染色体上第180846069位；
BJ101位于3号染色体上第182654916位；
BJ102位于3号染色体上第187256252位；
BJ103位于3号染色体上第198917190位；
BJ104位于3号染色体上第206991538位；
BJ105位于3号染色体上第211618708位；
BJ106位于3号染色体上第212618653位；
BJ107位于3号染色体上第215638283位；
BJ108位于3号染色体上第218833090位；
BJ109位于3号染色体上第219573683位；
BJ110位于3号染色体上第230174013位；
BJ111位于3号染色体上第233313935位；
BJ112位于3号染色体上第235335829位；
BJ113位于4号染色体上第1739065位；
BJ114位于4号染色体上第14933099位；
BJ115位于4号染色体上第19992707位；
BJ116位于4号染色体上第21275190位；
BJ117位于4号染色体上第23825706位；
BJ118位于4号染色体上第34701792位；
BJ119位于4号染色体上第39073611位；
BJ120位于4号染色体上第58181917位；
BJ121位于4号染色体上第69980490位；
BJ122位于4号染色体上第82716278位；
BJ123位于4号染色体上第116463964位；
BJ124位于4号染色体上第123436433位；
BJ125位于4号染色体上第128449774位；
BJ126位于4号染色体上第131909367位；
BJ127位于4号染色体上第134817964位；
BJ128位于4号染色体上第148978829位；
BJ129位于4号染色体上第152675972位；
BJ130位于4号染色体上第154203504位；
BJ131位于4号染色体上第157207753位；
BJ132位于4号染色体上第172954523位；
BJ133位于4号染色体上第176222779位；
BJ134位于4号染色体上第180169695位；
BJ135位于4号染色体上第198077263位；
BJ136位于4号染色体上第205815966位；
BJ137位于4号染色体上第212298903位；
BJ138位于4号染色体上第214574654位；
BJ139位于4号染色体上第218923039位；
BJ140位于4号染色体上第225636570位；
BJ141位于4号染色体上第227482564位；
BJ142位于4号染色体上第236207694位；
BJ143位于4号染色体上第238721563位；
BJ144位于4号染色体上第241456450位；
BJ145位于4号染色体上第243231190位；
BJ146位于4号染色体上第245873226位；
BJ147位于5号染色体上第7148611位；
BJ148位于5号染色体上第8851444位；
BJ149位于5号染色体上第11683352位；
BJ150位于5号染色体上第13744674位；
BJ151位于5号染色体上第21325877位；
BJ152位于5号染色体上第21505964位；
BJ153位于5号染色体上第30864455位；
BJ154位于5号染色体上第34231061位；
BJ155位于5号染色体上第36896481位；
BJ156位于5号染色体上第43932481位；
BJ157位于5号染色体上第51387774位；
BJ158位于5号染色体上第60848684位；
BJ159位于5号染色体上第62765284位；
BJ160位于5号染色体上第66013542位；
BJ161位于5号染色体上第74821251位；
BJ162位于5号染色体上第82969158位；
BJ163位于5号染色体上第90502766位；
BJ164位于5号染色体上第103189624位；
BJ165位于5号染色体上第118052768位；
BJ166位于5号染色体上第134288332位；
BJ167位于5号染色体上第140661203位；
BJ168位于5号染色体上第144540975位；
BJ169位于5号染色体上第155111024位；
BJ170位于5号染色体上第164800996位；
BJ171位于5号染色体上第170325850位；
BJ172位于5号染色体上第177354381位；
BJ173位于5号染色体上第183178987位；
BJ174位于5号染色体上第185788710位；
BJ175位于5号染色体上第195642707位；
BJ176位于5号染色体上第205083043位；
BJ177位于5号染色体上第210194272位；
BJ178位于5号染色体上第222687487位；
BJ179位于6号染色体上第3646695位；
BJ180位于6号染色体上第6890138位；
BJ181位于6号染色体上第17761860位；
BJ182位于6号染色体上第34694152位；
BJ183位于6号染色体上第47430377位；
BJ184位于6号染色体上第56301400位；
BJ185位于6号染色体上第59431612位；
BJ186位于6号染色体上第63728542位；
BJ187位于6号染色体上第86011472位；
BJ188位于6号染色体上第89033009位；
BJ189位于6号染色体上第99770028位；
BJ190位于6号染色体上第105518241位；
BJ191位于6号染色体上第111334472位；
BJ192位于6号染色体上第118133941位；
BJ193位于6号染色体上第122125948位；
BJ194位于6号染色体上第127493339位；
BJ195位于6号染色体上第133280110位；
BJ196位于6号染色体上第137396987位；
BJ197位于6号染色体上第142968977位；
BJ198位于6号染色体上第145398320位；
BJ199位于6号染色体上第152057353位；
BJ200位于6号染色体上第155639177位；
BJ201位于6号染色体上第158357970位；
BJ202位于6号染色体上第162816382位；
BJ203位于6号染色体上第168822699位；
BJ204位于7号染色体上第1298519位；
BJ205位于7号染色体上第8358129位；
BJ206位于7号染色体上第21929238位；
BJ207位于7号染色体上第26620853位；
BJ208位于7号染色体上第42068584位；
BJ209位于7号染色体上第45653665位；
BJ210位于7号染色体上第51707789位；
BJ211位于7号染色体上第79126176位；
BJ212位于7号染色体上第88892840位；
BJ213位于7号染色体上第97040992位；
BJ214位于7号染色体上第104761239位；
BJ215位于7号染色体上第110029898位；
BJ216位于7号染色体上第116166340位；
BJ217位于7号染色体上第119795808位；
BJ218位于7号染色体上第126909772位；
BJ219位于7号染色体上第130581036位；
BJ220位于7号染色体上第137670828位；
BJ221位于7号染色体上第141716256位；
BJ222位于7号染色体上第148349344位；
BJ223位于7号染色体上第153030799位；
BJ224位于7号染色体上第159376425位；
BJ225位于7号染色体上第164336752位；
BJ226位于7号染色体上第169116076位；
BJ227位于7号染色体上第174782421位；
BJ228位于7号染色体上第178667327位；
BJ229位于7号染色体上第180747932位；
BJ230位于8号染色体上第2930186位；
BJ231位于8号染色体上第7963308位；
BJ232位于8号染色体上第10486919位；
BJ233位于8号染色体上第16434990位；
BJ234位于8号染色体上第27420127位；
BJ235位于8号染色体上第30567805位；
BJ236位于8号染色体上第41567841位；
BJ237位于8号染色体上第47412162位；
BJ238位于8号染色体上第68813027位；
BJ239位于8号染色体上第75124888位；
BJ240位于8号染色体上第80238350位；
BJ241位于8号染色体上第86257217位；
BJ242位于8号染色体上第95737617位；
BJ243位于8号染色体上第100376389位；
BJ244位于8号染色体上第102969951位；
BJ245位于8号染色体上第112912154位；
BJ246位于8号染色体上第120522562位；
BJ247位于8号染色体上第128740336位；
BJ248位于8号染色体上第142291860位；
BJ249位于8号染色体上第149532021位；
BJ250位于8号染色体上第153381000位；
BJ251位于8号染色体上第158591566位；
BJ252位于8号染色体上第164247021位；
BJ253位于8号染色体上第170111730位；
BJ254位于8号染色体上第176632607位；
BJ255位于8号染色体上第180043333位；
BJ256位于9号染色体上第3444316位；
BJ257位于9号染色体上第10911267位；
BJ258位于9号染色体上第17203666位；
BJ259位于9号染色体上第24098322位；
BJ260位于9号染色体上第29991363位；
BJ261位于9号染色体上第33746262位；
BJ262位于9号染色体上第48266692位；
BJ263位于9号染色体上第76105284位；
BJ264位于9号染色体上第69430303位；
BJ265位于9号染色体上第63010188位；
BJ266位于9号染色体上第81311763位；
BJ267位于9号染色体上第86544316位；
BJ268位于9号染色体上第92349830位；
BJ269位于9号染色体上第100817978位；
BJ270位于9号染色体上第104739055位；
BJ271位于9号染色体上第120958016位；
BJ272位于9号染色体上第125910054位；
BJ273位于9号染色体上第128995399位；
BJ274位于9号染色体上第137419108位；
BJ275位于9号染色体上第145902424位；
BJ276位于9号染色体上第151503320位；
BJ277位于9号染色体上第152169890位；
BJ278位于9号染色体上第157941320位；
BJ279位于10号染色体上第2372764位；
BJ280位于10号染色体上第10705931位；
BJ281位于10号染色体上第22668596位；
BJ282位于10号染色体上第25894245位；
BJ283位于10号染色体上第33038105位；
BJ284位于10号染色体上第41075615位；
BJ285位于10号染色体上第44978636位；
BJ286位于10号染色体上第53926469位；
BJ287位于10号染色体上第63065572位；
BJ288位于10号染色体上第75999226位；
BJ289位于10号染色体上第81335145位；
BJ290位于10号染色体上第86743338位；
BJ291位于10号染色体上第92542190位；
BJ292位于10号染色体上第95450662位；
BJ293位于10号染色体上第110237917位；
BJ294位于10号染色体上第115205047位；
BJ295位于10号染色体上第105808287位；
BJ296位于10号染色体上第129881183位；
BJ297位于10号染色体上第133738092位；
BJ298位于10号染色体上第138396527位；
BJ299位于10号染色体上第145758072位；
BJ300位于10号染色体上第148384622位。
3.检测300个SNP位点的试剂在用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择中的应用；
所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73 RefGen V4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；
BJ001位于1号染色体上第2386298位；
BJ002位于1号染色体上第9015954位；
BJ003位于1号染色体上第11678232位；
BJ004位于1号染色体上第18044029位；
BJ005位于1号染色体上第21772113位；
BJ006位于1号染色体上第24949696位；
BJ007位于1号染色体上第27995196位；
BJ008位于1号染色体上第30525614位；
BJ009位于1号染色体上第36684150位；
BJ010位于1号染色体上第44316802位；
BJ011位于1号染色体上第44730532位；
BJ012位于1号染色体上第57256655位；
BJ013位于1号染色体上第62426055位；
BJ014位于1号染色体上第64842917位；
BJ015位于1号染色体上第80946353位；
BJ016位于1号染色体上第88699192位；
BJ017位于1号染色体上第99951335位；
BJ018位于1号染色体上第108427900位；
BJ019位于1号染色体上第110560233位；
BJ020位于1号染色体上第113772604位；
BJ021位于1号染色体上第123880045位；
BJ022位于1号染色体上第157314653位；
BJ023位于1号染色体上第158442106位；
BJ024位于1号染色体上第166195632位；
BJ025位于1号染色体上第182929292位；
BJ026位于1号染色体上第200710300位；
BJ027位于1号染色体上第212613678位；
BJ028位于1号染色体上第223545401位；
BJ029位于1号染色体上第239173394位；
BJ030位于1号染色体上第245200617位；
BJ031位于1号染色体上第246790737位；
BJ032位于1号染色体上第249338521位；
BJ033位于1号染色体上第252666922位；
BJ034位于1号染色体上第257767178位；
BJ035位于1号染色体上第270258270位；
BJ036位于1号染色体上第278821858位；
BJ037位于1号染色体上第286308381位；
BJ038位于1号染色体上第287809693位；
BJ039位于1号染色体上第290907274位；
BJ040位于1号染色体上第294734309位；
BJ041位于1号染色体上第295780473位；
BJ042位于1号染色体上第297926819位；
BJ043位于1号染色体上第302251282位；
BJ044位于1号染色体上第304304693位；
BJ045位于2号染色体上第3763049位；
BJ046位于2号染色体上第6962452位；
BJ047位于2号染色体上第9725122位；
BJ048位于2号染色体上第13595075位；
BJ049位于2号染色体上第30127728位；
BJ050位于2号染色体上第38275041位；
BJ051位于2号染色体上第39887341位；
BJ052位于2号染色体上第48114795位；
BJ053位于2号染色体上第53850049位；
BJ054位于2号染色体上第61532853位；
BJ055位于2号染色体上第64590989位；
BJ056位于2号染色体上第82185472位；
BJ057位于2号染色体上第91614222位；
BJ058位于2号染色体上第106729029位；
BJ059位于2号染色体上第115915285位；
BJ060位于2号染色体上第131206918位；
BJ061位于2号染色体上第152741735位；
BJ062位于2号染色体上第171118069位；
BJ063位于2号染色体上第178096449位；
BJ064位于2号染色体上第183651486位；
BJ065位于2号染色体上第187447790位；
BJ066位于2号染色体上第191280878位；
BJ067位于2号染色体上第198323481位；
BJ068位于2号染色体上第201507721位；
BJ069位于2号染色体上第205404138位；
BJ070位于2号染色体上第209509992位；
BJ071位于2号染色体上第219172449位；
BJ072位于2号染色体上第222359478位；
BJ073位于2号染色体上第225208099位；
BJ074位于2号染色体上第227408503位；
BJ075位于2号染色体上第230560613位；
BJ076位于2号染色体上第231791729位；
BJ077位于2号染色体上第232254988位；
BJ078位于2号染色体上第242416915位；
BJ079位于2号染色体上第243465767位；
BJ080位于3号染色体上第5496829位；
BJ081位于3号染色体上第8207992位；
BJ082位于3号染色体上第10558026位；
BJ083位于3号染色体上第14516004位；
BJ084位于3号染色体上第17171530位；
BJ085位于3号染色体上第41716639位；
BJ086位于3号染色体上第110791214位；
BJ087位于3号染色体上第108749512位；
BJ088位于3号染色体上第89708520位；
BJ089位于3号染色体上第117394708位；
BJ090位于3号染色体上第110841958位；
BJ091位于3号染色体上第126925604位；
BJ092位于3号染色体上第133077911位；
BJ093位于3号染色体上第135455615位；
BJ094位于3号染色体上第143615147位；
BJ095位于3号染色体上第142490909位；
BJ096位于3号染色体上第152440715位；
BJ097位于3号染色体上第157891895位；
BJ098位于3号染色体上第167226752位；
BJ099位于3号染色体上第177267256位；
BJ100位于3号染色体上第180846069位；
BJ101位于3号染色体上第182654916位；
BJ102位于3号染色体上第187256252位；
BJ103位于3号染色体上第198917190位；
BJ104位于3号染色体上第206991538位；
BJ105位于3号染色体上第211618708位；
BJ106位于3号染色体上第212618653位；
BJ107位于3号染色体上第215638283位；
BJ108位于3号染色体上第218833090位；
BJ109位于3号染色体上第219573683位；
BJ110位于3号染色体上第230174013位；
BJ111位于3号染色体上第233313935位；
BJ112位于3号染色体上第235335829位；
BJ113位于4号染色体上第1739065位；
BJ114位于4号染色体上第14933099位；
BJ115位于4号染色体上第19992707位；
BJ116位于4号染色体上第21275190位；
BJ117位于4号染色体上第23825706位；
BJ118位于4号染色体上第34701792位；
BJ119位于4号染色体上第39073611位；
BJ120位于4号染色体上第58181917位；
BJ121位于4号染色体上第69980490位；
BJ122位于4号染色体上第82716278位；
BJ123位于4号染色体上第116463964位；
BJ124位于4号染色体上第123436433位；
BJ125位于4号染色体上第128449774位；
BJ126位于4号染色体上第131909367位；
BJ127位于4号染色体上第134817964位；
BJ128位于4号染色体上第148978829位；
BJ129位于4号染色体上第152675972位；
BJ130位于4号染色体上第154203504位；
BJ131位于4号染色体上第157207753位；
BJ132位于4号染色体上第172954523位；
BJ133位于4号染色体上第176222779位；
BJ134位于4号染色体上第180169695位；
BJ135位于4号染色体上第198077263位；
BJ136位于4号染色体上第205815966位；
BJ137位于4号染色体上第212298903位；
BJ138位于4号染色体上第214574654位；
BJ139位于4号染色体上第218923039位；
BJ140位于4号染色体上第225636570位；
BJ141位于4号染色体上第227482564位；
BJ142位于4号染色体上第236207694位；
BJ143位于4号染色体上第238721563位；
BJ144位于4号染色体上第241456450位；
BJ145位于4号染色体上第243231190位；
BJ146位于4号染色体上第245873226位；
BJ147位于5号染色体上第7148611位；
BJ148位于5号染色体上第8851444位；
BJ149位于5号染色体上第11683352位；
BJ150位于5号染色体上第13744674位；
BJ151位于5号染色体上第21325877位；
BJ152位于5号染色体上第21505964位；
BJ153位于5号染色体上第30864455位；
BJ154位于5号染色体上第34231061位；
BJ155位于5号染色体上第36896481位；
BJ156位于5号染色体上第43932481位；
BJ157位于5号染色体上第51387774位；
BJ158位于5号染色体上第60848684位；
BJ159位于5号染色体上第62765284位；
BJ160位于5号染色体上第66013542位；
BJ161位于5号染色体上第74821251位；
BJ162位于5号染色体上第82969158位；
BJ163位于5号染色体上第90502766位；
BJ164位于5号染色体上第103189624位；
BJ165位于5号染色体上第118052768位；
BJ166位于5号染色体上第134288332位；
BJ167位于5号染色体上第140661203位；
BJ168位于5号染色体上第144540975位；
BJ169位于5号染色体上第155111024位；
BJ170位于5号染色体上第164800996位；
BJ171位于5号染色体上第170325850位；
BJ172位于5号染色体上第177354381位；
BJ173位于5号染色体上第183178987位；
BJ174位于5号染色体上第185788710位；
BJ175位于5号染色体上第195642707位；
BJ176位于5号染色体上第205083043位；
BJ177位于5号染色体上第210194272位；
BJ178位于5号染色体上第222687487位；
BJ179位于6号染色体上第3646695位；
BJ180位于6号染色体上第6890138位；
BJ181位于6号染色体上第17761860位；
BJ182位于6号染色体上第34694152位；
BJ183位于6号染色体上第47430377位；
BJ184位于6号染色体上第56301400位；
BJ185位于6号染色体上第59431612位；
BJ186位于6号染色体上第63728542位；
BJ187位于6号染色体上第86011472位；
BJ188位于6号染色体上第89033009位；
BJ189位于6号染色体上第99770028位；
BJ190位于6号染色体上第105518241位；
BJ191位于6号染色体上第111334472位；
BJ192位于6号染色体上第118133941位；
BJ193位于6号染色体上第122125948位；
BJ194位于6号染色体上第127493339位；
BJ195位于6号染色体上第133280110位；
BJ196位于6号染色体上第137396987位；
BJ197位于6号染色体上第142968977位；
BJ198位于6号染色体上第145398320位；
BJ199位于6号染色体上第152057353位；
BJ200位于6号染色体上第155639177位；
BJ201位于6号染色体上第158357970位；
BJ202位于6号染色体上第162816382位；
BJ203位于6号染色体上第168822699位；
BJ204位于7号染色体上第1298519位；
BJ205位于7号染色体上第8358129位；
BJ206位于7号染色体上第21929238位；
BJ207位于7号染色体上第26620853位；
BJ208位于7号染色体上第42068584位；
BJ209位于7号染色体上第45653665位；
BJ210位于7号染色体上第51707789位；
BJ211位于7号染色体上第79126176位；
BJ212位于7号染色体上第88892840位；
BJ213位于7号染色体上第97040992位；
BJ214位于7号染色体上第104761239位；
BJ215位于7号染色体上第110029898位；
BJ216位于7号染色体上第116166340位；
BJ217位于7号染色体上第119795808位；
BJ218位于7号染色体上第126909772位；
BJ219位于7号染色体上第130581036位；
BJ220位于7号染色体上第137670828位；
BJ221位于7号染色体上第141716256位；
BJ222位于7号染色体上第148349344位；
BJ223位于7号染色体上第153030799位；
BJ224位于7号染色体上第159376425位；
BJ225位于7号染色体上第164336752位；
BJ226位于7号染色体上第169116076位；
BJ227位于7号染色体上第174782421位；
BJ228位于7号染色体上第178667327位；
BJ229位于7号染色体上第180747932位；
BJ230位于8号染色体上第2930186位；
BJ231位于8号染色体上第7963308位；
BJ232位于8号染色体上第10486919位；
BJ233位于8号染色体上第16434990位；
BJ234位于8号染色体上第27420127位；
BJ235位于8号染色体上第30567805位；
BJ236位于8号染色体上第41567841位；
BJ237位于8号染色体上第47412162位；
BJ238位于8号染色体上第68813027位；
BJ239位于8号染色体上第75124888位；
BJ240位于8号染色体上第80238350位；
BJ241位于8号染色体上第86257217位；
BJ242位于8号染色体上第95737617位；
BJ243位于8号染色体上第100376389位；
BJ244位于8号染色体上第102969951位；
BJ245位于8号染色体上第112912154位；
BJ246位于8号染色体上第120522562位；
BJ247位于8号染色体上第128740336位；
BJ248位于8号染色体上第142291860位；
BJ249位于8号染色体上第149532021位；
BJ250位于8号染色体上第153381000位；
BJ251位于8号染色体上第158591566位；
BJ252位于8号染色体上第164247021位；
BJ253位于8号染色体上第170111730位；
BJ254位于8号染色体上第176632607位；
BJ255位于8号染色体上第180043333位；
BJ256位于9号染色体上第3444316位；
BJ257位于9号染色体上第10911267位；
BJ258位于9号染色体上第17203666位；
BJ259位于9号染色体上第24098322位；
BJ260位于9号染色体上第29991363位；
BJ261位于9号染色体上第33746262位；
BJ262位于9号染色体上第48266692位；
BJ263位于9号染色体上第76105284位；
BJ264位于9号染色体上第69430303位；
BJ265位于9号染色体上第63010188位；
BJ266位于9号染色体上第81311763位；
BJ267位于9号染色体上第86544316位；
BJ268位于9号染色体上第92349830位；
BJ269位于9号染色体上第100817978位；
BJ270位于9号染色体上第104739055位；
BJ271位于9号染色体上第120958016位；
BJ272位于9号染色体上第125910054位；
BJ273位于9号染色体上第128995399位；
BJ274位于9号染色体上第137419108位；
BJ275位于9号染色体上第145902424位；
BJ276位于9号染色体上第151503320位；
BJ277位于9号染色体上第152169890位；
BJ278位于9号染色体上第157941320位；
BJ279位于10号染色体上第2372764位；
BJ280位于10号染色体上第10705931位；
BJ281位于10号染色体上第22668596位；
BJ282位于10号染色体上第25894245位；
BJ283位于10号染色体上第33038105位；
BJ284位于10号染色体上第41075615位；
BJ285位于10号染色体上第44978636位；
BJ286位于10号染色体上第53926469位；
BJ287位于10号染色体上第63065572位；
BJ288位于10号染色体上第75999226位；
BJ289位于10号染色体上第81335145位；
BJ290位于10号染色体上第86743338位；
BJ291位于10号染色体上第92542190位；
BJ292位于10号染色体上第95450662位；
BJ293位于10号染色体上第110237917位；
BJ294位于10号染色体上第115205047位；
BJ295位于10号染色体上第105808287位；
BJ296位于10号染色体上第129881183位；
BJ297位于10号染色体上第133738092位；
BJ298位于10号染色体上第138396527位；
BJ299位于10号染色体上第145758072位；
BJ300位于10号染色体上第148384622位。
4.检测300个SNP位点的试剂在玉米分子育种中的应用；
所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73 RefGen V4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；
BJ001位于1号染色体上第2386298位；
BJ002位于1号染色体上第9015954位；
BJ003位于1号染色体上第11678232位；
BJ004位于1号染色体上第18044029位；
BJ005位于1号染色体上第21772113位；
BJ006位于1号染色体上第24949696位；
BJ007位于1号染色体上第27995196位；
BJ008位于1号染色体上第30525614位；
BJ009位于1号染色体上第36684150位；
BJ010位于1号染色体上第44316802位；
BJ011位于1号染色体上第44730532位；
BJ012位于1号染色体上第57256655位；
BJ013位于1号染色体上第62426055位；
BJ014位于1号染色体上第64842917位；
BJ015位于1号染色体上第80946353位；
BJ016位于1号染色体上第88699192位；
BJ017位于1号染色体上第99951335位；
BJ018位于1号染色体上第108427900位；
BJ019位于1号染色体上第110560233位；
BJ020位于1号染色体上第113772604位；
BJ021位于1号染色体上第123880045位；
BJ022位于1号染色体上第157314653位；
BJ023位于1号染色体上第158442106位；
BJ024位于1号染色体上第166195632位；
BJ025位于1号染色体上第182929292位；
BJ026位于1号染色体上第200710300位；
BJ027位于1号染色体上第212613678位；
BJ028位于1号染色体上第223545401位；
BJ029位于1号染色体上第239173394位；
BJ030位于1号染色体上第245200617位；
BJ031位于1号染色体上第246790737位；
BJ032位于1号染色体上第249338521位；
BJ033位于1号染色体上第252666922位；
BJ034位于1号染色体上第257767178位；
BJ035位于1号染色体上第270258270位；
BJ036位于1号染色体上第278821858位；
BJ037位于1号染色体上第286308381位；
BJ038位于1号染色体上第287809693位；
BJ039位于1号染色体上第290907274位；
BJ040位于1号染色体上第294734309位；
BJ041位于1号染色体上第295780473位；
BJ042位于1号染色体上第297926819位；
BJ043位于1号染色体上第302251282位；
BJ044位于1号染色体上第304304693位；
BJ045位于2号染色体上第3763049位；
BJ046位于2号染色体上第6962452位；
BJ047位于2号染色体上第9725122位；
BJ048位于2号染色体上第13595075位；
BJ049位于2号染色体上第30127728位；
BJ050位于2号染色体上第38275041位；
BJ051位于2号染色体上第39887341位；
BJ052位于2号染色体上第48114795位；
BJ053位于2号染色体上第53850049位；
BJ054位于2号染色体上第61532853位；
BJ055位于2号染色体上第64590989位；
BJ056位于2号染色体上第82185472位；
BJ057位于2号染色体上第91614222位；
BJ058位于2号染色体上第106729029位；
BJ059位于2号染色体上第115915285位；
BJ060位于2号染色体上第131206918位；
BJ061位于2号染色体上第152741735位；
BJ062位于2号染色体上第171118069位；
BJ063位于2号染色体上第178096449位；
BJ064位于2号染色体上第183651486位；
BJ065位于2号染色体上第187447790位；
BJ066位于2号染色体上第191280878位；
BJ067位于2号染色体上第198323481位；
BJ068位于2号染色体上第201507721位；
BJ069位于2号染色体上第205404138位；
BJ070位于2号染色体上第209509992位；
BJ071位于2号染色体上第219172449位；
BJ072位于2号染色体上第222359478位；
BJ073位于2号染色体上第225208099位；
BJ074位于2号染色体上第227408503位；
BJ075位于2号染色体上第230560613位；
BJ076位于2号染色体上第231791729位；
BJ077位于2号染色体上第232254988位；
BJ078位于2号染色体上第242416915位；
BJ079位于2号染色体上第243465767位；
BJ080位于3号染色体上第5496829位；
BJ081位于3号染色体上第8207992位；
BJ082位于3号染色体上第10558026位；
BJ083位于3号染色体上第14516004位；
BJ084位于3号染色体上第17171530位；
BJ085位于3号染色体上第41716639位；
BJ086位于3号染色体上第110791214位；
BJ087位于3号染色体上第108749512位；
BJ088位于3号染色体上第89708520位；
BJ089位于3号染色体上第117394708位；
BJ090位于3号染色体上第110841958位；
BJ091位于3号染色体上第126925604位；
BJ092位于3号染色体上第133077911位；
BJ093位于3号染色体上第135455615位；
BJ094位于3号染色体上第143615147位；
BJ095位于3号染色体上第142490909位；
BJ096位于3号染色体上第152440715位；
BJ097位于3号染色体上第157891895位；
BJ098位于3号染色体上第167226752位；
BJ099位于3号染色体上第177267256位；
BJ100位于3号染色体上第180846069位；
BJ101位于3号染色体上第182654916位；
BJ102位于3号染色体上第187256252位；
BJ103位于3号染色体上第198917190位；
BJ104位于3号染色体上第206991538位；
BJ105位于3号染色体上第211618708位；
BJ106位于3号染色体上第212618653位；
BJ107位于3号染色体上第215638283位；
BJ108位于3号染色体上第218833090位；
BJ109位于3号染色体上第219573683位；
BJ110位于3号染色体上第230174013位；
BJ111位于3号染色体上第233313935位；
BJ112位于3号染色体上第235335829位；
BJ113位于4号染色体上第1739065位；
BJ114位于4号染色体上第14933099位；
BJ115位于4号染色体上第19992707位；
BJ116位于4号染色体上第21275190位；
BJ117位于4号染色体上第23825706位；
BJ118位于4号染色体上第34701792位；
BJ119位于4号染色体上第39073611位；
BJ120位于4号染色体上第58181917位；
BJ121位于4号染色体上第69980490位；
BJ122位于4号染色体上第82716278位；
BJ123位于4号染色体上第116463964位；
BJ124位于4号染色体上第123436433位；
BJ125位于4号染色体上第128449774位；
BJ126位于4号染色体上第131909367位；
BJ127位于4号染色体上第134817964位；
BJ128位于4号染色体上第148978829位；
BJ129位于4号染色体上第152675972位；
BJ130位于4号染色体上第154203504位；
BJ131位于4号染色体上第157207753位；
BJ132位于4号染色体上第172954523位；
BJ133位于4号染色体上第176222779位；
BJ134位于4号染色体上第180169695位；
BJ135位于4号染色体上第198077263位；
BJ136位于4号染色体上第205815966位；
BJ137位于4号染色体上第212298903位；
BJ138位于4号染色体上第214574654位；
BJ139位于4号染色体上第218923039位；
BJ140位于4号染色体上第225636570位；
BJ141位于4号染色体上第227482564位；
BJ142位于4号染色体上第236207694位；
BJ143位于4号染色体上第238721563位；
BJ144位于4号染色体上第241456450位；
BJ145位于4号染色体上第243231190位；
BJ146位于4号染色体上第245873226位；
BJ147位于5号染色体上第7148611位；
BJ148位于5号染色体上第8851444位；
BJ149位于5号染色体上第11683352位；
BJ150位于5号染色体上第13744674位；
BJ151位于5号染色体上第21325877位；
BJ152位于5号染色体上第21505964位；
BJ153位于5号染色体上第30864455位；
BJ154位于5号染色体上第34231061位；
BJ155位于5号染色体上第36896481位；
BJ156位于5号染色体上第43932481位；
BJ157位于5号染色体上第51387774位；
BJ158位于5号染色体上第60848684位；
BJ159位于5号染色体上第62765284位；
BJ160位于5号染色体上第66013542位；
BJ161位于5号染色体上第74821251位；
BJ162位于5号染色体上第82969158位；
BJ163位于5号染色体上第90502766位；
BJ164位于5号染色体上第103189624位；
BJ165位于5号染色体上第118052768位；
BJ166位于5号染色体上第134288332位；
BJ167位于5号染色体上第140661203位；
BJ168位于5号染色体上第144540975位；
BJ169位于5号染色体上第155111024位；
BJ170位于5号染色体上第164800996位；
BJ171位于5号染色体上第170325850位；
BJ172位于5号染色体上第177354381位；
BJ173位于5号染色体上第183178987位；
BJ174位于5号染色体上第185788710位；
BJ175位于5号染色体上第195642707位；
BJ176位于5号染色体上第205083043位；
BJ177位于5号染色体上第210194272位；
BJ178位于5号染色体上第222687487位；
BJ179位于6号染色体上第3646695位；
BJ180位于6号染色体上第6890138位；
BJ181位于6号染色体上第17761860位；
BJ182位于6号染色体上第34694152位；
BJ183位于6号染色体上第47430377位；
BJ184位于6号染色体上第56301400位；
BJ185位于6号染色体上第59431612位；
BJ186位于6号染色体上第63728542位；
BJ187位于6号染色体上第86011472位；
BJ188位于6号染色体上第89033009位；
BJ189位于6号染色体上第99770028位；
BJ190位于6号染色体上第105518241位；
BJ191位于6号染色体上第111334472位；
BJ192位于6号染色体上第118133941位；
BJ193位于6号染色体上第122125948位；
BJ194位于6号染色体上第127493339位；
BJ195位于6号染色体上第133280110位；
BJ196位于6号染色体上第137396987位；
BJ197位于6号染色体上第142968977位；
BJ198位于6号染色体上第145398320位；
BJ199位于6号染色体上第152057353位；
BJ200位于6号染色体上第155639177位；
BJ201位于6号染色体上第158357970位；
BJ202位于6号染色体上第162816382位；
BJ203位于6号染色体上第168822699位；
BJ204位于7号染色体上第1298519位；
BJ205位于7号染色体上第8358129位；
BJ206位于7号染色体上第21929238位；
BJ207位于7号染色体上第26620853位；
BJ208位于7号染色体上第42068584位；
BJ209位于7号染色体上第45653665位；
BJ210位于7号染色体上第51707789位；
BJ211位于7号染色体上第79126176位；
BJ212位于7号染色体上第88892840位；
BJ213位于7号染色体上第97040992位；
BJ214位于7号染色体上第104761239位；
BJ215位于7号染色体上第110029898位；
BJ216位于7号染色体上第116166340位；
BJ217位于7号染色体上第119795808位；
BJ218位于7号染色体上第126909772位；
BJ219位于7号染色体上第130581036位；
BJ220位于7号染色体上第137670828位；
BJ221位于7号染色体上第141716256位；
BJ222位于7号染色体上第148349344位；
BJ223位于7号染色体上第153030799位；
BJ224位于7号染色体上第159376425位；
BJ225位于7号染色体上第164336752位；
BJ226位于7号染色体上第169116076位；
BJ227位于7号染色体上第174782421位；
BJ228位于7号染色体上第178667327位；
BJ229位于7号染色体上第180747932位；
BJ230位于8号染色体上第2930186位；
BJ231位于8号染色体上第7963308位；
BJ232位于8号染色体上第10486919位；
BJ233位于8号染色体上第16434990位；
BJ234位于8号染色体上第27420127位；
BJ235位于8号染色体上第30567805位；
BJ236位于8号染色体上第41567841位；
BJ237位于8号染色体上第47412162位；
BJ238位于8号染色体上第68813027位；
BJ239位于8号染色体上第75124888位；
BJ240位于8号染色体上第80238350位；
BJ241位于8号染色体上第86257217位；
BJ242位于8号染色体上第95737617位；
BJ243位于8号染色体上第100376389位；
BJ244位于8号染色体上第102969951位；
BJ245位于8号染色体上第112912154位；
BJ246位于8号染色体上第120522562位；
BJ247位于8号染色体上第128740336位；
BJ248位于8号染色体上第142291860位；
BJ249位于8号染色体上第149532021位；
BJ250位于8号染色体上第153381000位；
BJ251位于8号染色体上第158591566位；
BJ252位于8号染色体上第164247021位；
BJ253位于8号染色体上第170111730位；
BJ254位于8号染色体上第176632607位；
BJ255位于8号染色体上第180043333位；
BJ256位于9号染色体上第3444316位；
BJ257位于9号染色体上第10911267位；
BJ258位于9号染色体上第17203666位；
BJ259位于9号染色体上第24098322位；
BJ260位于9号染色体上第29991363位；
BJ261位于9号染色体上第33746262位；
BJ262位于9号染色体上第48266692位；
BJ263位于9号染色体上第76105284位；
BJ264位于9号染色体上第69430303位；
BJ265位于9号染色体上第63010188位；
BJ266位于9号染色体上第81311763位；
BJ267位于9号染色体上第86544316位；
BJ268位于9号染色体上第92349830位；
BJ269位于9号染色体上第100817978位；
BJ270位于9号染色体上第104739055位；
BJ271位于9号染色体上第120958016位；
BJ272位于9号染色体上第125910054位；
BJ273位于9号染色体上第128995399位；
BJ274位于9号染色体上第137419108位；
BJ275位于9号染色体上第145902424位；
BJ276位于9号染色体上第151503320位；
BJ277位于9号染色体上第152169890位；
BJ278位于9号染色体上第157941320位；
BJ279位于10号染色体上第2372764位；
BJ280位于10号染色体上第10705931位；
BJ281位于10号染色体上第22668596位；
BJ282位于10号染色体上第25894245位；
BJ283位于10号染色体上第33038105位；
BJ284位于10号染色体上第41075615位；
BJ285位于10号染色体上第44978636位；
BJ286位于10号染色体上第53926469位；
BJ287位于10号染色体上第63065572位；
BJ288位于10号染色体上第75999226位；
BJ289位于10号染色体上第81335145位；
BJ290位于10号染色体上第86743338位；
BJ291位于10号染色体上第92542190位；
BJ292位于10号染色体上第95450662位；
BJ293位于10号染色体上第110237917位；
BJ294位于10号染色体上第115205047位；
BJ295位于10号染色体上第105808287位；
BJ296位于10号染色体上第129881183位；
BJ297位于10号染色体上第133738092位；
BJ298位于10号染色体上第138396527位；
BJ299位于10号染色体上第145758072位；
BJ300位于10号染色体上第148384622位。
5.用于检测权利要求1-4任一中所述300个SNP位点的KASP引物；
所述引物由序列1至序列900组成。
6.含有权利要求5所述的KASP引物的反应体系或试剂盒。
7.权利要求5所述的KASP引物或权利要求6所述的反应体系或试剂盒在如下(1)-(4)中至少一种中的应用：
(1)检测玉米自交系遗传相似度；
(2)检测玉米杂交种杂合度；
(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；
(4)玉米分子育种。
8.一种检测玉米自交系遗传相似度的方法，包括如下步骤：
(a1)分别提取所需检测的玉米自交系的基因组DNA；
(a2)利用权利要求5所述KASP引物对每个所述玉米自交系的基因组DNA进行所述300个SNP位点的检测，从而获得所有所述玉米自交系在所述300个SNP位点的基因型；
(a3)根据所有所述玉米杂交种在所述300个SNP位点的基因型，进行两两材料间的差异位点比较和遗传相似度分析。
9.一种检测玉米杂交种杂合度的方法，包括如下步骤：
(a1)分别提取所需检测的玉米杂交种的基因组DNA；
(a2)利用权利要求5所述KASP引物对每个所述玉米杂交种的基因组DN进行所述300个SNP位点的检测，从而获得所有所述玉米杂交种在所述300个SNP位点的基因型；
(a3)根据所有所述玉米杂交种在所述300个SNP位点的基因型，计算杂合度。
10.一种从玉米转育回交后代中筛选与轮回亲本背景相同或最相近的玉米回交后代的方法，包括如下步骤：
(b1)分别提取玉米回交转育后代的基因组DNA；
(b2)利用权利要求5所述的KASP引物对所述玉米回交转育后代的基因组DNA分别进行所述300个SNP位点的检测，从而获得所述玉米回交转育后代各自在所述300个SNP位点上的基因型；与玉米轮回亲本的在所述300个SNP位点上的基因型进行对比，从而筛选得到与轮回亲本背景相同或最相近的玉米回交转育后代。
11.一种检测玉米自交系遗传相似度的试剂盒，包括权利要求5所述KASP引物或权利要求6所述的反应体系，和记载权利要求8所述方法的可读载体。
12.一种检测玉米杂交种杂合度的试剂盒，包括权利要求5所述KASP引物或权利要求6所述的反应体系，和记载权利要求9所述方法的可读载体。
13.一种从玉米转育回交后代中筛选与轮回亲本背景相同或最相近的玉米回交后代的试剂盒，包括权利要求5所述KASP引物或权利要求6所述的反应体系，和记载权利要求10所述方法的可读载体。
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