CN110527736A - 用于水稻种质资源和品种鉴定的snp标记组合及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供用于水稻种质资源和品种鉴定的SNP标记组合及其应用。本发明以水稻种质资源为研究对象，综合利用生物信息学和高通量基因分型手段，对全基因组优异标记位点进行全方位、多角度降维处理，形成核心位点(70个核心SNP)及扩展位点(130个扩展SNP)集合，位点组合检测准确性高，可重复性好，检测效率高，操作性强。为种质资源和品种身份鉴别、纯度鉴定及品种确权提供强有力技术支撑。
Description
技术领域
本发明涉及生物信息学和植物遗传育种技术领域，具体地说，涉及用于水稻种质资源和品种鉴定的SNP标记组合及其应用。
背景技术
水稻是我国重要的粮食作物之一，优良品种的选育是保障粮食生产的源头。水稻种质资源是水稻新品种选育、生物技术研究以及农业生产的物质基础。中国具有丰富的水稻种质资源，但其育种利用率却不高，原因之一就在于传统方法不能够对其进行准确的鉴定和评价。而且随着我国水稻育种和种业的快速发展，以及不断引进国外的种质资源，水稻品种和种质资源的数量急剧增加，给品种和种质资源的鉴别、管理和应用带来了挑战。为了应对这些挑战就必须对水稻种质资源和品种进行高效而准确的鉴定。
分子标记能在DNA分子水平上揭示试验材料的不同，成为种质资源和品种鉴定分析可靠且高效的工具，尤其适用于亲缘关系较近的资源和品种。SNP(Single NucleotidePolymorphism)是指基因组水平上单个核苷酸的变异，包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等，具有数量大分布广的特点。SNP作为遗传标记，对于高等植物复杂性状的遗传变异具有贡献，因此被广泛应用于植物遗传研究中。现阶段SNP标记在植物遗传研究和育种上应用的主要形式是基因芯片和重测序技术。传统由Illumina和Affymetrix公司生产的基因芯片(6K、50K、56K、60K等)使用起来限制因素较多，不仅价格昂贵，需要专门设备，而且使用不灵活，对样品数量有一定限制。重测序技术受到测序深度的限制，无法准确高效地鉴定某些特定SNP位点，同时费用也较高，上述两种技术均难以满足对水稻种质资源和品种高效、快速和低成本的鉴定要求。
发明内容
本发明的目的是提供用于水稻种质资源和品种鉴定的SNP标记组合及其应用。
为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供用于水稻种质资源和品种鉴定的核心SNP标记组合，所述核心SNP标记组合包含70个核心SNP标记，70个核心SNP标记的编号分别为CoreLoci_001～CoreLoci_070，它们的信息如表1所示；其中，标记CoreLoci_001含有位于水稻基因组1号染色体第609506处的多态性为T/G的核苷酸序列，其余标记以此类推。
表1水稻70个核心SNP标记
以上物理位置参考水稻日本晴(Nipponbare)品种，基因组版本号：MSU RiceGenome Annotation Project-Release 7。
第二方面，本发明提供所述核心SNP标记组合的多重PCR引物，所述引物的信息见表2(引物序列如SEQ ID NO:1-140所示)。每对引物的退火温度为60℃。
表2 70个核心SNP标记的多重PCR引物信息
第三方面，本发明提供用于水稻种质资源和品种鉴定的SNP标记组合，所述SNP标记组合包含200个SNP标记，其中70个为核心SNP标记，130个为扩展SNP标记；70个核心SNP标记见表1，130个扩展SNP标记的编号分别为ExtendedLoci_001～ExtendedLoci_130，它们的信息如表3所示；其中，标记ExtendedLoci_001含有位于水稻基因组1号染色体第1409190处的多态性为C/T的核苷酸序列，其余标记以此类推。
表3水稻130个扩展SNP标记
第四方面，本发明提供所述SNP标记组合的多重PCR引物，70个核心SNP标记的多重PCR引物的信息见表2，130个扩展SNP标记的多重PCR引物的信息见表4(引物序列如SEQ IDNO:141-400所示)。每对引物的退火温度为60℃。
表4 140个扩展SNP标记的多重PCR引物信息
第五方面，本发明提供含有所述多重PCR引物的检测试剂或试剂盒。
第六方面，本发明提供所述70个核心SNP标记组合或所述200个SNP标记组合在制备水稻全基因组育种芯片中的应用。
第七方面，本发明提供所述70个核心SNP标记组合或所述200个SNP标记组合或所述引物的以下任一应用：
(1)用于水稻分子标记辅助育种；
(2)用于水稻种质资源和品种鉴定及选育；
(3)用于水稻DNA指纹图谱构建；
(4)用于水稻基因分型。
第八方面，本发明提供一种水稻全基因组育种芯片，所述芯片包含所述70个核心SNP标记组合或所述200个SNP标记组合。
第九方面，本发明提供所述水稻全基因组育种芯片的以下任一应用：
1)在水稻分子标记辅助育种中的应用；
2)在水稻品种鉴定及选育中的应用；
3)在检测水稻育种材料中的应用；
4)在水稻种质资源基因指纹分析中的应用；
5)在水稻全基因组选择育种中的应用；
6)在水稻的聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用；
7)在水稻基因型分型检测中的应用。
借由上述技术方案，本发明至少具有下列优点及有益效果：
本发明以水稻种质资源为研究对象，综合利用生物信息学和高通量基因分型手段，对全基因组优异标记位点进行全方位、多角度降维处理，形成扩展位点及核心位点集合，以尽量少的70个核心位点组合实现种质资源和品种指纹图谱检测，结合多重PCR技术的低成本操作体系，对检测样本数量没有固定要求，不仅可以大大节省检测成本，而且检测效率高、准确性好、可重复性好、灵活性强。本发明为资源和品种身份鉴别、纯度鉴定及品种确权提供强有力的技术支撑。
附图说明
图1为本发明实施例1中选出的1311个均匀分布在染色体上的SNP位点。
图2为本发明实施例1中不同SNP位点数量组合的最大区分能力曲线。
图3a为本发明实施例1中70个核心SNP位点在染色体上的分布情况。
图3b为本发明实施例1中200个SNP位点在染色体上的分布情况。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。
实施例1水稻种质资源核心和扩展SNP位点组合的获得
1、3000份水稻核心种质资源的SNP数据
3000份水稻(来自全球89个国家和地区)代表了全球78万份水稻种质约95％多样性的核心种质，通过前期研究，在3000份水稻种质资源中共检测到32M的高质量SNPs和InDels，对亚洲栽培稻群体的结构和分化进行了更为细致和准确的描述和划分。本发明人从http://snp-seek.irri.org网站下载3000重测序数据全部SNP变异信息(3K RG 32mioSNPs)进行全方位、多角度的降维处理。
2、全基因组标记位点的降维处理和初步筛选
为保证所选位点的通用性和多样性，本发明利用Perl语言脚本对3000份水稻重测序中的32mio SNPs进行统计筛选。
2.1去除重复区筛选
利用Perl脚本筛选出位于非重复区的高鉴定质量值SNP1,700,738个。
2.2初步候选位点集构建
2.2.1选取最小等位基因频率MAF>0.4的SNP位点作为候选位点集合，在基因组上每隔5K的位点处设置SNP搜索点，在搜索点前后各1K的长度范围内，提取所有SNP；
2.2.2SNP按优先级(非同义突变>启动子区>UTR区>同义突变>Intron区)从高到低排序，选取优先级最高的作为本搜索点的SNP。
2.2.3在全基因组上设置的74,655个搜索点中共筛选出38,750个SNP位点。
2.3位点筛选
2.3.1为保证位点通用性，筛选出38,750个位点中在3000份材料中缺失比例小于5％的位点，共计36,268个SNP位点；
2.3.2为了避免SNP附近区域存在拷贝数变异和重复序列，筛选出36,268个位点中在3000份样本中杂合比例小于10％的位点，共计剩余34,655个SNP位点；
2.3.3为保证位点的多态性，筛选出34,655个位点中最小等位基因频率MAF>0.45的位点，共获得8016个SNP位点。
3、位点筛选集构建
从8016个位点中按均匀分布的原则，挑选出1311个位点，位点分布详见图1，中间空洞区为着丝粒区，交换几率低，多态性差。
4、最大区分能力曲线绘制
为了确定最适合的核心位点数量和扩展位点数量，利用核心位点筛选程序，来评估每一种位点组合对样本的区分能力，程序设置差异1个位点即为区分。按组合位点最大区分能力的原则，以10个位点为起始，以200个位点为上限，10个位点为步长，绘制不同位点数量组合的最大区分能力曲线(图2)。根据结果显示，当位点组合达到200个位点时，其最大区分能力可以达到99.3％，区分3024个样本中的3016个。而当位点组合数量达到70个位点时，位点组合对3024个样本的区分能力最高可达95.0％。
5、核心位点和扩展位点的筛选
根据核心位点和扩展位点的设置规则，将70个位点组合中具有最大区分能力的位点组合设置为核心位点，核心位点在3024个重测序样本中区分能力为95.0％；将200个位点组合中具有最大区分能力的位点组合设置为扩展位点(70个核心位点包括在200个扩展位点中)，扩展位点在3024个重测序样本中99.7％。核心位点和扩展位点在染色体上的分布情况分别见图3a和图3b。
实施例2核心和扩展SNP位点组合在鉴定水稻品种中的应用
为了验证核心位点和扩展位点的区分能力，选择432份来自中国东北的粳稻品种作为测试材料，从432份品种的重测序数据中分别提取70个核心位点和200个扩展位点(70个核心位点包括在200个扩展位点中)的基因型信息。经计算核心位点对432份近似品种的区分能力为96.52％，扩展位点对432份近似品种的区分能力为97.91％，扩展位点未区分样本是由于位点缺失信息而无法区分。
该432份粳稻来自东北地区历年来育成的推广品种，东北地区的粳稻品种多样性是所有地区粳稻品种中最低的，吉林、黑龙江和辽宁的粳稻品种的多态信息含量(PIC)分别为0.239、0.222和0.254，低于其他粳稻品种群体的0.33。因此本发明的核心和扩展SNP位点组合能有效鉴别东北地区的粳稻品种多样性，利用这套核心位点和扩展位点鉴别其他籼稻的效果会更好。
实施例3核心位点和扩展位点的引物开发
为更好利用核心位点和扩展位点检测样本，设计了所有200个核心和扩展位点的多重PCR引物(表2和表4)，具体检测方法如下：
1、多重PCR测序文库的构建
在0.2mL PCR管中加入20ng提取的水稻叶片DNA、10μL GenoPlexs 3×T PCRMaster Mix(来自石家庄博瑞迪生物技术有限公司生产的多重PCR建库试剂盒)】和8μL引物混合液(各引物浓度为200nM)，并用水补至30μL；利用ABI 9700 PCR仪进行扩增，扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，60℃退火4min，共20个循环；72℃延伸5min。
向第一轮PCR产物中加入15μL Beckmen AMPure XP Beads，用移液器上下吸打均匀后，将0.2mL PCR管置于磁力架上至溶液澄清，吸取上清液至新的0.2mL PCR管中，向新管中加入18μL Beckmen AMPure XP Beads，用移液器上下吸打均匀后，再次将0.2mL PCR管置于磁力架上至溶液澄清，弃上清并用75％乙醇洗涤磁珠一次，晾干，备用。
向上一步的PCR管中加入1μL带有Barcode序列的测序接头、10μL GenoPlexs 3×TPCR Master Mix，并用水补至30μL；利用ABI 9700PCR仪进行扩增，扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸30s，共6个循环；72℃延伸5min。不同的Barcode用于区分不同样品。
向第二轮PCR产物中加入24μL Beckmen AMPure XP Beads，用移液器上下吸打均匀后，将0.2mL PCR管置于磁力架上至溶液澄清，弃上清并用75％乙醇洗涤磁珠一次，用pH8.0 10mM Tris-HCl溶液将文库DNA洗脱下来。
2、文库质检与测序
利用Qubit Fluorometric Quantitation(Thermo Fisher)对DNA浓度进行测定，利用琼脂糖凝胶电泳检测文库DNA的片段大小是否在350-400bp之间。构建好的文库用Illumina Hiseq X ten测序仪进行测序。
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之做一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 中国农业科学院作物科学研究所
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
<120> 用于水稻种质资源和品种鉴定的SNP标记组合及其应用
<130> KHP191114074.8
<160> 400
<170> SIPOSequenceListing 1.0
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<211> 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tgtcgtgtca actgttgttt ctatg 25
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actcttcctg caaagtacga tctaa 25
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ttgactagga caatgctttc ctttt 25
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<212> DNA
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<212> DNA
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gtttccactt tccattgcat acgta 25
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tacaccgtat tagagagtaa cagcg 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ctgtcttcaa aattcggaaa gctct 25
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<212> DNA
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ctttgatggc cttgaccacg ag 22
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gagacccgac gaaaacagac tc 22
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cacttccgct tgttaaaact ctgat 25
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caattgcatg ctttgttaca tgctt 25
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cctccgttaa tacttggcca ttttt 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ggtcgttagt ctcctttcta gtctc 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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caagctaatc ttgcctttta accgt 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tcatgtcact ttccccagaa atttg 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tctccatttg actcgtaact gacat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 113
tgtacgtact ccttgtagac gtttt 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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acggacatat tgatcttaga ggcaa 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 115
gagaagaaga tggagttgga agagt 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ctgaaaggtt cttcataacg gctac 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gtctctacgt aatgaatcgg caatg 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 118
accaaatgct acaatgacct ctagt 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 119
ttggagagca ttgcattttt cttct 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 120
agaaaatatg ttgccctgaa aagca 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ccaatcccct ctatctctct ctttt 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tcgatttact cctctgttgc ctc 23
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 123
tcacgagtaa atagaaatgg acgga 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 124
ctgatgttgc tactcacatc aatcc 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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atagtctaaa atacatcccc agggc 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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atacagacaa ccaaacggga agat 24
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tgtggtatac aaatcgattc gtcac 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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cccctatttg acgtcctttc cttat 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 129
ccaaatgaga aacccacaca tctaa 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 130
cgtgacacac taattcacac acttt 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 132
ctcttaggct ttggaatgca tgaat 25
<210> 133
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 133
tggcaatctg taaactaggt tctga 25
<210> 134
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 134
cttaactcat ctgcttccga ttcac 25
<210> 135
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 135
gaggatgcac tactacagaa catct 25
<210> 136
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 136
ccacttaaca gggcctatta aacct 25
<210> 137
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 137
aatcttcccc ggaacaaaaa ttctc 25
<210> 138
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 138
tcatcttgga aggcggtgtc 20
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 139
cataataggc cactcgattc acaac 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 140
caactaatcg atcgagggct tttac 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 141
tgcaaaatga acaagcaagc aaaat 25
<210> 142
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 142
catttcgttt gtttatgcgc cttag 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 143
cccctgcttg taaattcatg ttcat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 144
accaattgcg atcatcatta gacac 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 145
taatccaaca acttgaaaag gagcc 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 146
ctgagagaga gagagagaga gagag 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 147
attttctcct tttcacctcc tctca 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 148
ctagaccttt cagacgaaca atgtg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 149
taaaccaaac acacactgac agaac 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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cggatttata gcgaacgaat gtgat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ttggcttatg gggctagcta attaa 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 152
tatgatatgc atgatgggga tgtgt 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 153
cattgctttg gatgcttgta aaagg 25
<210> 154
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 154
tcattatggt ccaagggtat gtgtt 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 155
tggatttggt ttctagtcag tgcta 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 156
cgctctacta tcactcacaa ctgta 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 157
gtccaaacca atgcaccata cttat 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 158
ctatacgtgc cttgcgttgt tattg 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 159
atggtgcgtg tatggaaaat aagtc 25
<210> 160
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 160
aacctccaaa tttgactagg actca 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 161
ggtagggtca tacgtatagt cgttc 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 162
catatagtca caccccacga gtac 24
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 163
tctgatcgaa gactcctgaa atctc 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 164
aaaaacctat gggatctcgg gttat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 165
gacttcatct ctccctcacg atc 23
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 166
agaatagcgg aaacaacaac aagtg 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 167
atctaacact tgtgcaatcc aactg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 168
atttggtggt atgggaatat gggat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 169
aaaatttttg cagagacttt gtgcc 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 170
tttgtgggac atacacattc acaag 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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caaaattgct accatcgcta gcc 23
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 172
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 173
tgaacaagac aagaagcaaa atcgt 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 174
aaacctgcta tatttgtgta agccg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 175
gtcactttga tccccttcac aag 23
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 176
ggtgctagaa agaatcaaaa gctca 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 177
gtggacatga gacatgctat ctttg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 178
attttggtat gcaaacttgt cgagg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 179
ggtcgaccaa ataagttgag catag 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 180
atgtaactca ctttaggcgt acact 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 181
accacgaaac attcatgata catgg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 182
atttcgtggt acaatcaagt tgcat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 183
ctacttgttt gcggtagtga cctt 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 184
ttttgtaact tgccctttgc tgtaa 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 185
gtgttccatc ctttccccgg 20
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 186
atgcccaacc gaaagctaaa attaa 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 187
acaatgttct atgtttaggg ggtga 25
<210> 188
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 188
ctgatgggaa acaaatgtaa ccaca 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 189
agaaacggga agcgatacca tatat 25
<210> 190
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 190
tgaaggacaa taaggagttt ctcga 25
<210> 191
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 191
cctggagtat cttggaatgc ttcta 25
<210> 192
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 192
aggaaaaggg tatgcaggta aagat 25
<210> 193
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 193
cgcagctaag aatcaacagt tctag 25
<210> 194
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 194
caaacttgct ccagtttcca tgtaa 25
<210> 195
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 195
aatttttgtc ccaaaaccgt caaac 25
<210> 196
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 196
taggcttaat aaatttgtct cgcgg 25
<210> 197
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 197
tgtgagtgca taatgatgag gagat 25
<210> 198
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 198
taaggcgttt tacctttgga tcaag 25
<210> 199
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 199
tattaccaac tgacacagtg acaca 25
<210> 200
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 200
acagtctagc ttttagtcta aattctga 28
<210> 201
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 201
tactcgagaa attttcctca cgaga 25
<210> 202
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 202
caggctctga ttttcatcgc ttaat 25
<210> 203
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 203
gatgctcctt cggtacctgt attat 25
<210> 204
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 204
aaaatagaca gatacagcat gcagc 25
<210> 205
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 205
gaaggacaag tacctcatgc tcg 23
<210> 206
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 206
aagaaatcaa cctgatgaac acacc 25
<210> 207
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 207
ctttgtctca catcctctac tcctc 25
<210> 208
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 208
aaatgttgat ttgtgcaatt tccct 25
<210> 209
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 209
caaagtgaaa ggtaaaggta gtcca 25
<210> 210
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 210
gagaaggaaa tggttttgct ccaat 25
<210> 211
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 211
aggggattga cacatactaa cacaa 25
<210> 212
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 212
acaaataagt catggaccat gtgtg 25
<210> 213
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 213
gatccagtta cttttgcctg tacac 25
<210> 214
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 214
ccatcctaca gctcaaaatt catca 25
<210> 215
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 215
atttcatctg acacacagtg ctttc 25
<210> 216
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 216
acatcgaatt cctgaccaag aattg 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 217
attgcgggaa tatgctctat tttct 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 218
ataccccatt taatagtccg ggaag 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 219
ttagatgagt ggtgatatct gctgg 25
<210> 220
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 220
tcagcccaaa gtatgcttaa acttg 25
<210> 221
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 221
gtgtggtggc atgagaatga tattt 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 222
gaaacctcag ttatcgcaaa cttca 25
<210> 223
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 223
caatgaggag gactgaggtt tca 23
<210> 224
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 224
taaaaggaac cggtacctat gagtc 25
<210> 225
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 225
caaggcacag agctatatgg gatat 25
<210> 226
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 226
ttccatgtcc aaatcaatct aggct 25
<210> 227
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 227
agggatagtt gcagtgttgt gtata 25
<210> 228
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 228
tggaggaaaa taggaccaat catca 25
<210> 229
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 229
agaaaagtga agtgaaactg ccaaa 25
<210> 230
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 230
atatgtggtc cataatcgtt gttgc 25
<210> 231
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 231
cttctgcatt gtgacaagta gtgtt 25
<210> 232
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 232
caagggtgtt ctgaagctta tgaag 25
<210> 233
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 233
ttgcaaggca gtgaatgtga attaa 25
<210> 234
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 234
aaaaagctaa gatgatgtgc tgctt 25
<210> 235
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 235
taatttacgc tgcaacaagt caact 25
<210> 236
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 236
ggtggtcaag gctaacataa atgag 25
<210> 237
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 237
aaaaagcgca aagactatgg acaat 25
<210> 238
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 238
atcttatcct ctaacaagcg catct 25
<210> 239
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 239
ccaccgtctg ctccaaatca 20
<210> 240
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 240
aacttacaaa accgggtcac atttg 25
<210> 241
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 241
tcacaaagct cgatctagta cagtt 25
<210> 242
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 242
tgcgtgtagt cctaggttaa ttaga 25
<210> 243
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 243
tcatgtcgac cgattcaagg ttata 25
<210> 244
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 244
aacgaggcaa tgaatgagag agata 25
<210> 245
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 245
actatcgtat tgttcacgta ctggt 25
<210> 246
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 246
catacggatt tgctcgacat tgtta 25
<210> 247
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 247
ttgccggttt taagtttgtc tatcc 25
<210> 248
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 248
ggaatgatga gcttcaaact gacaa 25
<210> 249
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 249
ttttacatgt accagcaaca ggttc 25
<210> 250
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 250
taacaactag caacacaacc gtaac 25
<210> 251
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 251
tgcctcccaa tctccaatag tattt 25
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 252
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 253
agtgaatagc gtcaaagtgt tcttg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gatgacaaac ctcatagcaa ccaac 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gctggaggtt gaagaaattg tgtaa 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aatttcttgg cttgattggg tcatt 25
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cctcatgatg cagctcggtt 20
Claims (9)
1.用于水稻种质资源和品种鉴定的核心SNP标记组合，其特征在于，所述核心SNP标记组合包含70个核心SNP标记，70个核心SNP标记的编号分别为CoreLoci_001～CoreLoci_070，它们的信息如表1所示；其中，标记CoreLoci_001含有位于水稻基因组1号染色体第609506处的多态性为T/G的核苷酸序列，其余标记以此类推。
2.权利要求1所述核心SNP标记组合的多重PCR引物，其特征在于，所述引物的信息如表2所示。
3.用于水稻种质资源和品种鉴定的SNP标记组合，其特征在于，所述SNP标记组合包含200个SNP标记，其中70个为核心SNP标记，130个为扩展SNP标记；70个核心SNP标记的定义同权利要求1中所述，130个扩展SNP标记的编号分别为ExtendedLoci_001～ExtendedLoci_130，它们的信息如表3所示；其中，标记ExtendedLoci_001含有位于水稻基因组1号染色体第1409190处的多态性为C/T的核苷酸序列，其余标记以此类推。
4.权利要求3所述SNP标记组合的多重PCR引物，其特征在于，70个核心SNP标记的多重PCR引物的信息如表2所示，130个扩展SNP标记的多重PCR引物的信息如表4所示。
5.含有权利要求4所述多重PCR引物的检测试剂或试剂盒。
6.权利要求1所述核心SNP标记组合或权利要求3所述SNP标记组合在制备水稻全基因组育种芯片中的应用。
7.权利要求1所述核心SNP标记组合或权利要求3所述SNP标记组合或权利要求2或4所述引物的以下任一应用：
(1)用于水稻分子标记辅助育种；
(2)用于水稻种质资源、品种鉴定及选育；
(3)用于水稻DNA指纹图谱构建；
(4)用于水稻基因分型。
8.水稻全基因组育种芯片，其特征在于，所述芯片包含权利要求1所述的核心SNP标记组合或权利要求3所述的SNP标记组合。
9.权利要求8所述芯片的以下任一应用：
1)在水稻分子标记辅助育种中的应用；
2)在水稻品种鉴定及选育中的应用；
3)在检测水稻育种材料中的应用；
4)在水稻种质资源基因指纹分析中的应用；
5)在水稻全基因组选择育种中的应用；
6)在水稻的聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用；
7)在水稻基因型分型检测中的应用。
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