KR101696679B1 - 벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커 - Google Patents

벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커 Download PDF

Info

Publication number
KR101696679B1
KR101696679B1 KR1020140150008A KR20140150008A KR101696679B1 KR 101696679 B1 KR101696679 B1 KR 101696679B1 KR 1020140150008 A KR1020140150008 A KR 1020140150008A KR 20140150008 A KR20140150008 A KR 20140150008A KR 101696679 B1 KR101696679 B1 KR 101696679B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
seq
pair
nos
primers represented
primer
Prior art date
Application number
KR1020140150008A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20160053151A (ko
Inventor
김태호
윤웅한
이강섭
지현소
설영주
정인선
이현주
Original Assignee
대한민국
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 대한민국 filed Critical 대한민국
Priority to KR1020140150008A priority Critical patent/KR101696679B1/ko
Publication of KR20160053151A publication Critical patent/KR20160053151A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101696679B1 publication Critical patent/KR101696679B1/ko

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13Plant traits
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 밀양23호 및 기호벼에 특이적인 단일염기 다형성 (SNPs)을 결정하는 단계; 상기 단일염기 다형성 중 EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ 및 XhoⅠ을 포함하는 제한효소자리에 위치한 SNP를 CAPS 마커로 선별하는 단계; 상기 CAPS 마커에 특이적인 프라이머를 이용해 PCR을 수행하는 단계; 상기 PCR로 분리된 CAPS 마커를 이용해 도 3으로 표시되는 유전지도를 제작하는 단계; 및 상기 유전지도를 기초로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 분석하는 단계; 를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법에 관한 것이다.

Description

벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 CAPS 마커 {QTL ANALYSIS OF CULM LENGTH AND CAPS MARKER THEREFOR}
본 발명은 벼의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 조성물에 관한 것이다.
최근 차세대 염기서열 분석기술(Next Generation Sequencing)이 발달하면서 대용량의 염기서열 분석 비용이 감소하고, 속도가 가속화되었다. 또한, 벼 유전체 해독이 완료됨으로써 표준유전체(reference sequence)를 기반으로 전장 유전체 재염기서열 분석(whole genome re-sequencing)을 수행하여 SNP, 삽입(insertion) 그리고 결실(deletion) 등 다양한 마커들을 대량으로 단기간 안에 개발할 수 있게 되었다. 중국에서는 재래종 벼에 대한 재염기서열 분석을 통해 대량의 SNP를 탐색하여 고밀도의 분자 유전지도를 작성하였고, 14개의 주요 농업형질에 대한 관련 유전자를 보고한 바 있다(비특허문헌 2).
작물 육종에 있어서 농업적으로 중요한 형질들은 독립적인 단일 유전자가 아니라 전체 염색체 상에 존재하는 수많은 유전자들에 의해서 조절되는 양적형질이다. 양적 형질은 일반적으로 많은 수의 유전자에 의하여 영향을 받을 뿐만 아니라 여러 가지 환경요인에 의해서도 상당히 영향을 받는다. 따라서 양적 형질에 있어서는 이에 영향하는 개별적인 유전자 작용이나 특성과 같은 것을 구명하는 것이 질적 형질(qualitative trait)보다 극히 곤란하다. 때문에, 양적 형질의 유전을 연구하는데 통계적 방법이 강력한 수단으로 사용되고 있으며 양적 형질에 영향하는 유전적 요인을 여러 환경 요인으로부터 분리하여 효과적으로 추정하고자 하는 연구가 여러 학자들에 의해 수행되어 왔다. 품종 개량을 위한 분자 유전학적 기법의 이용은 DNA 수준에서의 개체의 유전적 소질에 대한 연구를 가능토록 할 수 있을 것이며, 개량 대상형질에 관련된 유전자, 즉 주유전자(major gene) 혹은 양적 형질 유전자좌위(QTL: Quantitative Trait Loci)에 대한 직접적인 선발 혹은 양적 형질 유전자좌위(QTL)에 연관되어 있는 유전적 표지(genetic marker)에 대한 선발을 통해 유전적 소질을 실현시킬 수 있는 도구를 제공할 수 있다. 표현형 정보에만 의존하는 것이 아니라 분자 유전학적인 정보의 추가적인 이용을 통해 유전적 개량을 보다 가속화할 수 있을 것이다. 따라서 오늘날은 이러한 양적형질 유전자좌를 연구하기 위해서 고밀도 분자 유전지도 작성을 통해 유전자를 찾고, 그 기능을 밝히는 등의 접근이 많이 이루어지고 있다. 현재까지 고밀도 분자 유전지도를 작성하기 위해 RFLP(restriction fragment-length polymorphism), RAPD (randomly amplified polymorphism) 및 AFLP (amplified fragment length polymorphism) 등 다양한 DNA 마커가 개발되었다. 벼에서는 자포니카 품종인 Nipponbare와 인디카 품종인 Kasalath 교배 후대 F2집단을 활용하여 2,275개 RFLP 마커들로 구성된 고밀도 분자 유전지도를 작성한 바가 있고(비특허문헌 3), 이는 벼 유전체 해독 프로젝트에 활용되기도 하였다.
기존의 DNA 마커들은 식별방법이 간편하지 못하고, 고비용과 많은 소요시간이 걸린다. 게다가 출현빈도가 낮다는 한계를 가지고 있다. 최근에 개발된 SSR (simple sequence repeat)과 SNP (single nucleotide phymorphism)는 품종 또는 개체간에 훨씬 높은 다형성을 보여주며, 골고루 분포하기 때문에 이용가치가 높아 표지인자로 많은 연구가 이루어지고 있다. 하지만 SSR은 PCR 산물의 크기가 작아 최종 판별 시 복잡하고 어려우며, 유전자칩(microarray)을 이용한 SNP은 다량의 시료를 빠르게 분석하는데 장점을 가지고 있지만 개발에 많은 시간과 노력이 필요한 실정이다.
이에 본 발명자들은 차세대 염기서열분석 장비를 활용해 새로운 CAPS 마커를 개발하여 유전 및 분자지도 작성에 활용하는 한편, 벼의 간장 형질과 관련한 QTL 마커를 개발하기에 이르렀다.
1. Ji H et al. 2012. Development of rice molecular genetic and physical map using PCR-based DNA markers with the recombinant inbred population derived from Milyang23/Gihobyeo cross. Korean J. Breed. Sci. 44: 273-281.  2. Huang X et al. 2010. Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces. Nature Genet. 42: 961-967 3. Harushima Y et al. 1998. A high-density rice genetic linkage map with 2275 markers using a single F2 population. Genetics 148: 479-494 4. Chen M et al. 2002. An integrated physical and genetic map of the rice genome. Plant Cell 14: 537-545 5. Cho YG et al. 2007. Identification of quantitative trait loci in rice for yield, yield components, and agronomic traits across years and locations. Crop Sci. 47: 2403-2417 6. Ashikari M et al. 2002. Loss-of-function of a rice gibberellin biosynthetic gene, GA20 oxidase (GA20ox-2), led to the rice 'green revolution'. Korean J. Breed. Sci. 52: 143-150.
본 발명의 목적은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 CAPS 마커 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 유전지도를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 방법으로 결정된 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
1) 밀양23호 및 기호벼에 특이적인 단일염기 다형성 (SNPs)을 결정하는 단계; 2) 상기 단일염기 다형성 중 EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ 및 XhoⅠ을 포함하는 제한효소자리에 위치한 SNP를 CAPS 마커로 선별하는 단계; 3) 상기 CAPS 마커에 특이적인 프라이머를 이용해 PCR을 수행하는 단계; 및 4) 상기 유전지도를 기초로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 분석하는 단계;를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법을 제공한다.
본 발명의 구체예에서, 상기 1) 단계는 최근 급속하게 발달한 차세대 유전체분석기술(next generation sequencing, NGS)을 기반으로 밀양23호와 기호벼의 유전체 서열을 분석함으로써 개발할 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다. 본 발명의 구체예에서, 상기 1) 및 2)단계는 NGS를 통해 Nipponbare 유전체 길이의 60 배수만큼 염기서열을 결정하였고, CDS 안에서 두 품종간 특이적으로 나타나는 SNP를 CAPS 마커로 이용할 수 있다. 상기 3) 단계는 바람직하게 본 발명의 표 4에 표시된 프라이머 서열을 사용해 PCR을 수행할 수 있다. 본 발명의 구체예에서, 상기 4) 단계에는 본 발명에서 새롭게 개발된 146개 CAPS 마커와 기존의 보고된 219개 마커를 통합하여 총 365개의 마커로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 유전집단에 대해 분자 유전지도를 작성할 수 있다. 본 발명의 구체예에서, 상기 4) 단계는 벼의 간장에 관한 QTL을 탐색하여 결정할 수 있다.
본 발명은 또한 5) 간장 관련 양적형질 유전자좌(QTL)인 qCL5와 qCL12를 결정하는 단계; 를 추가로 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법을 제공한다.
본 명세서에서 사용되는 용어, "벼의 밀양23호 및 기호벼 재조합자식 집단”은 본 명세서에서 ”벼의 밀양23호/기호벼 재조합자식 집단” 또는 “MGRIL(Milyang23/Gihobyeo cross)”로 혼용되어 사용된다. 상기 ”벼의 밀양23호 및 기호벼 재조합자식 집단”은 20세대 이상 진전되면서 고정된 162개의 자식계통으로 이루어진 집단으로서, DNA 추출에 제한이 없고 다양한 환경과 시기별로 반복실험이 가능한 장점을 가지고 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어, “양적형질 유전자좌 (quantitative trait loci; QTL)”는 간장 및 수장과 같이 다수의 유전자좌에 존재하는 대립형질들의 변이에 의하여 발현되는 형질을 말한다.
본 명세서에서 사용되는 용어, “양적형질 유전자좌 분석”은 특정 형질에 대하여 대비되는 특성을 나타내는 집단 간에 표현형과 연관된 마커를 탐색하는 것을 기본으로 하여 진행될 수 있다. QTL 분석을 통하여 각 유전좌자가 형질 발현에 미치는 정도, 유전자좌 간의 interaction, 환경에 의한 유전좌형 탐색 등이 가능하다.
본 명세서에서 사용되는 용어, “CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) 마커”는 단일염기 다형성 (SNPs) 중 제한효소 자리에 위치한 SNP를 일컫는다. 본 발명의 구체예에서, CAPS 마커는 coding region sequence (CDS)에 존재하는 두 밀양23호, 기호벼 모본 간의 특이적인 SNP 중 제한효소(EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ, XhoⅠ)자리에 위치한 SNP를 선정하여 후보 CAPS 마커로 개발할 수 있다.
벼의 다양한 주요 형질 중에 하나인 줄기 길이(간장)는 벼의 생산성 향상과 관련되어 있다. 줄기 길이가 길어지면 무게중심이 상승하고 물리 역학적 모멘텀이 커져 줄기가 약해져 쓰러지기 쉽게 된다. 이로 인해 동화작용의 장애와 양분이동이 억제되어 수량이 감소하거나 쌀의 품질이 떨어지게 된다. 이에 본 발명에서는 간장 형질 관련 QTL 연구를 수행하기 위해 차세대 대량 염기서열 분석을 통해 밀양23호 및 기호벼 사이의 특이적인 SNP를 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences) 마커로 개발한 후, PCR 기반 마커로 구성된 MGRIL 유전지도(비특허문헌 1)와 통합하여 분석이 용이하면서 마커 간에 균등한 발생 분포를 갖도록 하는 지도를 제공한다.
본 발명의 구체예에서, 상기 지도는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 도 3으로 표시되는 유전지도일 수 있다.
본 발명의 구체예에서, 상기 지도는 도 2로 표시되는 물리지도일 수 있다. 상기 물리지도는, DNA 마커간의 벼 유전체 상에서의 물리적인 위치를 파악하여 작성할 수 있다.
본 발명의 구체예에서, 상기 유전지도는 간장 관련 QTL 연구를 수행하기 위해 차세대 대량 염기서열 분석을 통해 밀양23호/기호벼 사이의 특이적인 SNP를 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences) 마커로 개발한 후, PCR 기반 마커로 구성된 MGRIL 유전지도(비특허문헌 1)와 통합함으로써 분석이 용이하면서 마커 간에 균등한 발생 분포를 갖도록 작성할 수 있다.
본 발명은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) 마커 및 상기 CAPS 마커를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명은 또한 상기한 방법으로 결정된 간장 관련 양적형질 유전자좌(QTL)인 qCL5와 qCL12를 제공한다.
본 발명의 구체예에서 QTL 분석 결과, 총 19개의 유의성이 있는 QTL을 찾을 수 있었다. 이 중에 2개 간장 형질 관련 QTL이 기존에 보고되지 않은 새로운 QTL이었다. 그 간장관련 QTL 중 가장 큰 LOD 값을 갖는 qCL5은 5번 염색체에서 탐색되었고, 이 QTL의 간장 표현형 변이는 4.24%였다. 재염기서열을 통해 밝혀진 SNP 중 소수만이 본 연구에 사용되었다. 향후 본 연구에서 밝혀진 SNP 정보를 이용한다면 더 많은 마커를 개발하여, 고밀도 유전지도 작성이 가능할 수 있다. 더 나아가 MGRIL을 이용하여 농업적으로 유용한 형질에 대해 더 정확한 QTL 분석과 유용유전자의 개발이 가능하게 될 수 있다.
다른 식으로 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 기술분야에서 숙련된 전문가에 의해서 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 일반적으로, 본 명세서에서 사용된 명명법은 본 기술분야에서 잘 알려져 있고 통상적으로 사용되는 것이다.
본 발명의 SNP 정보 및 CAPS 마커를 이용하면 더 많은 마커 개발이 가능하여, 향후 고밀도 유전지도 작성이 가능할 수 있다. 또한 본 발명에서 개발된 간장 형질 관련 QTL 마커는 분자육종에 활용할 수 있어 효과적이다.
도 1 은 본 발명의 구체예에 따른 Nipponbare 서열과 밀양23호와 기호벼 두 모본 간의 변이(SNP, Insertion, Deletion)를 분석한 결과이다. PCR 산물 크기는 585 bp이고, 밀양23호와 기호벼의 대립 형질은 제한 효소 절단 후 230 bp 및 350 bp 로 각각 분해되었다 (MY: 밀양23호, GH: 기호벼).
도 2는 본 발명의 구체예에 따른 마커의 물리적 위치를 나타낸 물리지도를 나타낸다. 염색체 숫자는 각 지도 위에 표기되어 있다. 각 마커의 이름은 염색체 오른쪽에 표시되어 있으며, 각 염색체의 맨 위에서부터 첫번째 마커로부터의 물리적 거리가 왼편에 표시되어 있다. 물리적 거리 단위는 Mbp(Megabase pair)이다.
도 3은 본 발명의 구체예에 따른 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 유전지도를 나타낸다. 염색체 숫자는 각 지도 위에 표기되어 있다. 각 마커의 이름은 염색체 오른쪽에 표시되어 있으며, 각 염색체의 맨 위에서부터 첫번째 마커로부터의 유전적 거리가 왼편에 표시되어 있다. 유전적 거리 단위는 cM(centimorgan)이며, Kosambi function 으로 계산하였다.
도 4는 본 발명의 구체예에 따른 밀양23호와 기호벼 그리고 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식(MGRIL) 집단에 대해 1절굵기(I1D), 2절굵기(I2D), 3절굵기(I3D), 4절굵기(I4D), 간장(CL), 그리고 수장(PL)의 표현형을 조사하여 나타난 형질 변이 분포를 나타낸다. 기호벼 및 밀양23호는 각각 그래프상에 표시하였다.
도 5는 본 발명의 구체예에 따른 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단에서 측정된 줄기굵기 및 간장형질 관련 QTL의 위치를 나타낸다. 1절굵기(I1D), 3절굵기(I3D), 4절굵기(I4D), 및 간장(CL)에 대한 QTL 위치가 유전 지도에 표기되어 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는 것은 이 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
재료 및 방법
1. 유전분석 집단 및 Genomic DNA 추출
본 연구에서 사용된 유전분석 집단은 통일형인 밀양23호와 자포니카인 기호벼를 각각 모본과 부본으로 하여 교배된 162계통의 재조합 자식계통(RILs, Recombinant Inbred Lines)으로 구성되어있다. 이 집단은 1988년도에 교배되어 F2를 SSD (single seed descent)법으로 F6세대에 걸쳐 양성하였고, 그 후 F7세대부터는 계통당 일렬 재배하여 일계통 일종자법을 통해 20세대 이상 세대진전하면서 형질을 고정하였다. 각 계통의 어린 잎 조직을 채취하여 Genomic DNA를 추출하였으며, 그 방법은 비특허문헌 1에서 이미 보고한 바와 같다.
2. NGS 대량 염기서열 분석
밀양23호와 기호벼의 잎을 채취하여 DNeasy Plant Maxi Kit (Qiagen)를 사용하여 제공된 매뉴얼에 따라 DNA를 추출하였으며, 추출된 DNA는 차세대 염기서열 분석에 사용하였다. 두 모본의 벼 재염기서열 분석을 위해 Illumina Hiseq 2000을 이용하여 paired-end sequencing을 수행하였으며, 생성된 리드의 길이는 101 bp이다. 리드는 1% 미만의 오류율을 갖는 Phred Quality Value ≥ Q20을 사용하였다. 두 모본의 염기서열은 CLC Assembly Cell (ver. 3.3.2, http://www.clcbio. com)를 이용하여 표준유전체(Nipponbare)에 조립한 후, 변이 분석을 하였다.
표준유전체는 전체 염기서열이 밝혀져 있는 Oryza sativa L. cv. Nipponbare (MSU Rice Genome Annotation Project, Pseudomolecules Build 7.0) 이며, 유전체 구조를 분석하기 위한 annotation 정보는 RAP-DB (http://rapdb.dna.affrc.go.jp/)을 이용하였다.
3. SNP 프라이머 제작 및 PCR 수행
차세대 염기서열 분석방법으로 해독된 양친의 유전체 염기서열에서 CDS (coding sequence)에 존재하고, 두 품종 사이에서 특이적으로 나타나는 SNP 중 4개(EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ, XhoⅠ) 제한효소자리에 위치한 SNP를 후보 CAPS 마커로 개발하였다. 이 후, 선별한 SNP를 기준으로 Vector NTI 9.0.0 프로그램을 활용하여 프라이머를 제작하였다(표 4).
PCR 반응을 위해서 반응액의 총 부피는 20 ㎕로 하였으며, 10X Buffer 2 ㎕, dNTP 10 mM 0.4 ㎕와 Taq polymerase 0.5 unit을 사용하였고, PCR 증폭조건은 95℃에서 5분간 denaturation 후, 95℃ 30초, 58℃~62℃ 30초, 72℃ 1분30초로 총 35cycle을 실행하고, 72℃ 10분으로 마지막 extension을 하였다.
4. CAPS 마커 개발 및 유전자형 분석
밀양23호와 기호벼의 gDNA를 주형으로 앞서 개발한 SNP 프라이머로 PCR을 수행한 뒤, 5 ㎕의 PCR product, 1 ㎕의 10X buffer, 5U의 제한효소 총 10 ㎕ 반응액으로 37℃에서 2시간 동안 제한 효소를 처리하였다. 제한효소 처리 후 1.2% 아가로스 젤에 전기영동 한 뒤, 모본간 다형성을 검정하였다. 다형성을 보인 마커들로 MGRIL 집단의 유전분석을 행하였다.
5. 물리 및 유전지도 작성
이 집단의 물리지도 작성을 위하여 기존에 보고된 219개의 PCR을 기반으로 한 STS, InDel, SSR 마커(비특허문헌 1)를 개발한 CAPS 마커와 통합하였다. DNA 마커들의 프라이머 시퀀스 정보와 위치정보를 이용하여 벼 유전체상에서의 위치를 파악하여 물리지도를 작성하였다. 이를 위해 표준유전체인 Nipponbare (build 7.0)의 위치정보를 사용하였다.
유전지도 작성을 위하여 MapDisto 프로그램(Mathias 2012)을 이용하여 유전자형 데이터를 분석하였다. MGRIL 집단의 유전형을 입력한 후, “Draw all sequence” 메뉴로 각 연관군의 마커들간의 유전적거리를 산출하여 유전지도를 작성하였는데, 그 때 Kosambi 함수식을 적용하였다. 최종 유전지도는 MapChart 프로그램(Voorrips 2002)을 이용하였다.
6. 표현형 조사 및 QTL 분석
QTL 분석을 위하여 공시재료에 대한 줄기굵기, 간장(Culm length) 그리고 수장(Panicle length)을 조사하였다. 줄기굵기형질은 1절굵기(First internode), 2절굵기(Second internode), 3절굵기(Third internode) 그리고 4절굵기(Fourth internode)로 총 4마디를 버니어캘리퍼스를 이용하여 계통당 5개체씩 조사하였다. 이삭목과 첫 번째 마디 사이를 1절로 정하고, 그 아래 마디를 따라 마디 사이를 각각 2절, 3절 그리고 4절로 정하였다. 줄기굵기는 마디 사이 중앙에서 가장 두꺼운 부분을 측정하였다. QTL 분석은 Windows QTL Cartographer V2.5를 이용하였으며, 분석 시 composite interval mapping(CIM)을 이용하였다. 각 형질 별로 95% 유의수준으로 1,000회의 치환을 실시하여 유의성 있는 LOD (logarithm of the odds) 값을 채택하였다.
실시예 1. NGS 대량 염기서열 및 mapping
재조합자식 유전집단의 모본인 밀양23호와 기호벼를 Nipponbare 서열(373Mbp)을 기준으로 재염기서열 분석을 실시하였다. 그 결과, 밀양23호는 Nipponbare 서열대비 69.6x, 기호벼는 68.5x의 염기서열을 결정하였다(표 1). 두 모본의 결정된 염기서열을 이용하여 alignment를 수행한 결과, 표준유전체인 Nipponbare 서열에 mapping된 read들의 평균 depth는 밀양23호 55.7x, 기호벼 63.3x이며, 두 모본과 Nipponbare사이의 mapping 영역의 비율(coverage)은 각각 밀양23호 78.3%, 기호벼 90.5%를 보였다(표 2).
밀양23호와 기호벼의 재염기서열 분석 결과
Variety Total Bases
( bp )
Depth (X) Read Count GC (%) Q20 z (%) Q30 y (%)
Milyang23 26,590,233,034 69.6 263,269,634 44.92 93.26 86.27
Gihobyeo 26,150,864,147 68.5 258,919,447 43.82 93.45 86.51
z : A quality score of 20 represents an error rate of 1 in 100, with a corresponding call accuracy of 99%.
y : A quality score of 30 represents an error rate of 1 in 1000, with a corresponding call accuracy of 99.9%
Nipponbare 표준 유전체에 read mapping 및 assembly 수행 결과
Variety Mapped reads
(#)
Mapped reads
(%)
Depth
(X)
All mapped nucleotide
( bp )
Coverage
(%)
Milyang23 205,997,634 78.25 55.7 344,161,476 92.05
Gihobyeo 234,289,038 90.49 63.3 365,807,427 97.84
실시예 2. 변이 탐색 및 후보 CAPS 마커 개발
Nipponbare 서열과 두 모본 간의 변이(SNP, Insertion, Deletion)를 분석하였다. 밀양23호와 기호벼의 탐색된 변이는 각각 1,564,167개와 162,631개였으며, 이 중 두 모본 사이의 특이적으로 나타나는 변이는 밀양23호 1,237,160개, 기호벼 87,271개였다. 이러한 변이의 차이는 자포니카 품종인 기호벼와는 다르게 자포니카와 인디카 통일형 품종인 밀양23호와 자포니카 품종인 Nipponbare의 염기서열 차이로 여겨진다. 이 변이들을 RAP-DB에서 제공하는 유전체 구조 정보에 따라 un-translated region (UTR), intron, Inter-region 및 coding region sequence (CDS)로 구분하였다. CDS에 존재하는 두 모본 간의 특이적인 SNP 중 제한효소(EcoRⅠ, Hind Ⅲ, PstⅠ, XhoⅠ)자리에 위치한 SNP를 선정하여 후보 CAPS 마커로 개발하였다(표 3, 표 4). 최종적으로 146개 SNP를 분자표지 개발에 사용하였다(도 1).
밀얄23호 및 기호벼 특이적 CAPS 마커 서열 정보
C hr P os marker _ name M ilyang23 G iho Gene _ ID r egion e nzyme
Chr1 1601850 RS011 G A LOC_Os01g03820.1 CDS Hind3
Chr1 24766160 RS0110 C T LOC_Os01g43330.1 CDS Hind3
Chr1 25370780 RS0111 G C LOC_Os01g44250.1 CDS Pst1
Chr1 27941461 RS0112 G C LOC_Os01g48720.1 CDS Pst1
Chr1 29459989 RS0113 G A LOC_Os01g51250.1 CDS EcoR1
Chr1 29617209 RS0114 T C LOC_Os01g51560.1 CDS Xho1
Chr1 30781803 RS0115 C T LOC_Os01g53610.1 CDS Hind3
Chr1 31358216 RS0116 A C LOC_Os01g54515.1 CDS Pst1
Chr1 33101571 RS0117 C G LOC_Os01g57280.1 CDS Hind3
Chr1 36486669 RS0118 A C LOC_Os01g62990.1 CDS Pst1
Chr1 38066048 RS0119 G A LOC_Os01g65580.1 CDS Hind3
Chr1 1959253 RS012 G C LOC_Os01g04409.1 CDS Xho1
Chr1 39389883 RS0120 T C LOC_Os01g67770.1 CDS Hind3
Chr1 39596921 RS0121 A G LOC_Os01g68120.1 CDS Xho1
Chr1 40596478 RS0122 C T LOC_Os01g70140.1 CDS EcoR1
Chr1 40986838 RS0123 C T LOC_Os01g70810.1 CDS Pst1
Chr1 42328372 RS0124 G T LOC_Os01g72970.1 CDS Pst1
Chr1 42552002 RS0125 T C LOC_Os01g73430.1 CDS Xho1
Chr1 3225214 RS013 T C LOC_Os01g06790.1 CDS Xho1
Chr1 4487164 RS014 T G LOC_Os01g08930.1 CDS Xho1
Chr1 7016670 RS015 A C LOC_Os01g12700.1 CDS Hind3
Chr1 11090143 RS016 T C LOC_Os01g19548.1 CDS EcoR1
Chr1 14812838 RS017 G A LOC_Os01g26160.1 CDS EcoR1
Chr1 22037567 RS018 G A LOC_Os01g39150.1 CDS Hind3
Chr1 22044959 RS019 C T LOC_Os01g39180.1 CDS Xho1
Chr2 2960072 RS0226 T G LOC_Os02g05950.1 CDS Pst1
Chr2 3953069 RS0227 C T LOC_Os02g07630.1 CDS Pst1
Chr2 6472561 RS0228 A G LOC_Os02g12400.1 CDS Pst1
Chr2 7317708 RS0229 A G LOC_Os02g13640.1 CDS Pst1
Chr2 8867251 RS0230 C G LOC_Os02g15730.1 CDS Pst1
Chr2 9563627 RS0231 C A LOC_Os02g16760.1 CDS Hind3
Chr2 10555862 RS0232 T C LOC_Os02g18180.1 CDS Xho1
Chr2 12402078 RS0233 C T LOC_Os02g20970.1 CDS Pst1
Chr2 16414962 RS0234 G A LOC_Os02g27710.1 CDS Pst1
Chr2 17886097 RS0235 T A LOC_Os02g30110.1 CDS Xho1
Chr2 18228684 RS0236 T C LOC_Os02g30620.1 CDS Hind3
Chr2 18237931 RS0237 T G LOC_Os02g30630.1 CDS Xho1
Chr2 19790251 RS0238 T C LOC_Os02g33310.1 CDS Hind3
Chr2 21101992 RS0239 G A LOC_Os02g35140.1 CDS EcoR1
Chr2 23436255 RS0240 G C LOC_Os02g38780.1 CDS Xho1
Chr2 23658021 RS0241 C G LOC_Os02g39160.1 CDS Xho1
Chr2 25320749 RS0242 A G LOC_Os02g42110.1 CDS Pst1
Chr2 32186260 RS0243 A T LOC_Os02g52610.1 CDS Pst1
Chr2 33194196 RS0244 A G LOC_Os02g54150.1 CDS Xho1
Chr2 33630297 RS0245 G A LOC_Os02g54910.1 CDS Pst1
Chr2 34766191 RS0246 A G LOC_Os02g56700.1 CDS Pst1
Chr3 4436656 RS0347 C T LOC_Os03g08610.1 CDS EcoR1
Chr3 4942068 RS0348 G A LOC_Os03g09920.1 CDS EcoR1
Chr3 5818943 RS0349 T G LOC_Os03g11310.1 CDS EcoR1
Chr3 10300785 RS0350 C T LOC_Os03g18380.1 CDS EcoR1
Chr3 10758304 RS0351 T A LOC_Os03g19190.1 CDS EcoR1
Chr3 16184967 RS0352 T C LOC_Os03g28140.1 CDS Xho1
Chr3 24431649 RS0353 T C LOC_Os03g43684.1 CDS Pst1
Chr3 26992096 RS0354 G A LOC_Os03g47650.1 CDS Hind3
Chr3 33689816 RS0355 T C LOC_Os03g59160.1 CDS Pst1
Chr3 36119119 RS0356 T A LOC_Os03g63920.1 CDS Hind3
Chr4 6638464 RS0457 C A LOC_Os04g12080.1 CDS Hind3
Chr4 12602077 RS0458 G A LOC_Os04g22240.1 CDS EcoR1
Chr4 13512519 RS0459 A G LOC_Os04g23600.1 CDS EcoR1
Chr4 17876462 RS0460 G A LOC_Os04g29960.1 CDS EcoR1
Chr4 17888569 RS0461 G A LOC_Os04g29990.1 CDS Xho1
Chr4 20589612 RS0462 G A LOC_Os04g34000.1 CDS Xho1
Chr4 21552430 RS0463 A G LOC_Os04g35420.1 CDS Xho1
Chr4 23772074 RS0464 A G LOC_Os04g39910.1 CDS Xho1
Chr4 27784875 RS0465 C T LOC_Os04g46880.1 CDS EcoR1
Chr4 30726432 RS0466 G A LOC_Os04g51820.1 CDS EcoR1
Chr4 31554999 RS0467 G T LOC_Os04g52970.1 CDS EcoR1
Chr4 31833178 RS0468 C A LOC_Os04g53460.1 CDS Hind3
Chr4 32824390 RS0469 C G LOC_Os04g55210.1 CDS EcoR1
Chr4 34273550 RS0470 A G LOC_Os04g57600.1 CDS Xho1
Chr4 34451488 RS0471 C T LOC_Os04g57860.1 CDS Hind3
Chr5 4309461 RS0572 A C LOC_Os05g07950.1 CDS Pst1
Chr5 6884680 RS0573 G T LOC_Os05g12040.1 CDS EcoR1
Chr5 6938692 RS0574 A G LOC_Os05g12140.1 CDS Xho1
Chr5 18564584 RS0575 A G LOC_Os05g31890.1 CDS Xho1
Chr5 19449628 RS0576 G C LOC_Os05g33160.1 CDS Xho1
Chr5 21706257 RS0577 C G LOC_Os05g37140.1 CDS Xho1
Chr5 22840944 RS0578 C T LOC_Os05g38950.1 CDS Pst1
Chr5 24076697 RS0579 G A LOC_Os05g41100.1 CDS Hind3
Chr6 4333751 RS0680 A G LOC_Os06g08690.1 CDS Xho1
Chr6 7407888 RS0681 T C LOC_Os06g13460.1 CDS Pst1
Chr6 11015790 RS0682 C T LOC_Os06g19360.1 CDS Xho1
Chr6 11089700 RS0683 A G LOC_Os06g19470.1 CDS EcoR1
Chr6 12796996 RS0684 T G LOC_Os06g22060.1 CDS EcoR1
Chr6 16265449 RS0685 T C LOC_Os06g28590.1 CDS EcoR1
Chr6 18931341 RS0686 A G LOC_Os06g32550.1 CDS Pst1
Chr6 20582800 RS0687 T A LOC_Os06g35300.1 CDS EcoR1
Chr6 22375507 RS0688 A G LOC_Os06g37810.1 CDS Pst1
Chr6 23139245 RS0689 C T LOC_Os06g38980.1 CDS Hind3
Chr6 25730803 RS0690 A T LOC_Os06g42800.1 CDS EcoR1
Chr6 27232021 RS0691 C T LOC_Os06g45020.1 CDS EcoR1
Chr6 28832535 RS0692 C T LOC_Os06g47620.1 CDS Hind3
Chr6 29734206 RS0693 T G LOC_Os06g49060.1 CDS Xho1
Chr7 16326841 RS07100 C T LOC_Os07g27980.1 CDS Pst1
Chr7 25687783 RS07101 T C LOC_Os07g42900.1 CDS Hind3
Chr7 29124412 RS07102 G T LOC_Os07g48640.1 CDS EcoR1
Chr7 945242 RS0794 C A LOC_Os07g02620.1 CDS Pst1
Chr7 3561493 RS0795 T C LOC_Os07g07194.1 CDS Xho1
Chr7 3866257 RS0796 A G LOC_Os07g07690.1 CDS Pst1
Chr7 6019346 RS0797 T C LOC_Os07g10970.1 CDS Xho1
Chr7 9252607 RS0798 A G LOC_Os07g15930.1 CDS Pst1
Chr7 14539888 RS0799 T C LOC_Os07g25440.1 CDS Xho1
Chr8 1198055 RS08103 T C LOC_Os08g02850.1 CDS Xho1
Chr8 2024065 RS08104 T C LOC_Os08g04170.1 CDS Xho1
Chr8 8788708 RS08105 C G LOC_Os08g14610.1 CDS Hind3
Chr8 12081057 RS08106 T C LOC_Os08g20160.1 CDS Hind3
Chr8 13473581 RS08107 C T LOC_Os08g22354.1 CDS Xho1
Chr8 17452677 RS08108 A G LOC_Os08g28570.1 CDS EcoR1
Chr8 21839328 RS08109 T C LOC_Os08g34740.1 CDS Xho1
Chr8 27025915 RS08110 A G LOC_Os08g42710.1 CDS Xho1
Chr8 27694486 RS08111 T C LOC_Os08g43980.1 CDS Xho1
Chr8 27902691 RS08112 A G LOC_Os08g44340.1 CDS Xho1
Chr9 415553 RS09113 G T LOC_Os09g01590.1 CDS Pst1
Chr9 6248346 RS09114 C A LOC_Os09g11250.1 CDS EcoR1
Chr9 10154341 RS09115 C T LOC_Os09g16540.1 CDS Pst1
Chr9 16479088 RS09116 C T LOC_Os09g27080.1 CDS EcoR1
Chr9 17988201 RS09117 C T LOC_Os09g29584.1 CDS EcoR1
Chr10 1746230 RS10118 A T LOC_Os10g03850.1 CDS EcoR1
Chr10 2662340 RS10119 A G LOC_Os10g05400.1 CDS EcoR1
Chr10 3474938 RS10120 G C LOC_Os10g06710.1 CDS Xho1
Chr10 11700655 RS10121 T C LOC_Os10g22570.1 CDS EcoR1
Chr10 16038003 RS10122 T C LOC_Os10g30790.1 CDS Pst1
Chr10 16853254 RS10123 G T LOC_Os10g32080.1 CDS Pst1
Chr10 19417856 RS10124 C A LOC_Os10g36350.1 CDS Hind3
Chr10 20284416 RS10125 T C LOC_Os10g37880.1 CDS Pst1
Chr11 1995714 RS11126 A G LOC_Os11g04680.1 CDS Hind3
Chr11 2126111 RS11127 C G LOC_Os11g04960.1 CDS Hind3
Chr11 3590980 RS11128 C A LOC_Os11g07180.1 CDS Hind3
Chr11 5088240 RS11129 C T LOC_Os11g09474.1 CDS Hind3
Chr11 5602009 RS11130 G C LOC_Os11g10310.1 CDS Hind3
Chr11 7603935 RS11131 T C LOC_Os11g13810.1 CDS Hind3
Chr11 15694355 RS11132 A T LOC_Os11g27264.1 CDS Hind3
Chr11 15791084 RS11133 C G LOC_Os11g27430.1 CDS Pst1
Chr11 21176969 RS11134 A T LOC_Os11g36020.1 CDS Hind3
Chr11 25433209 RS11135 A G LOC_Os11g42220.1 CDS Hind3
Chr11 26214259 RS11136 A G LOC_Os11g43410.1 CDS Pst1
Chr11 26954605 RS11137 T A LOC_Os11g44580.1 CDS Pst1
Chr12 1561008 RS12138 G A LOC_Os12g03816.1 CDS Hind3
Chr12 1804345 RS12139 T G LOC_Os12g04260.1 CDS Pst1
Chr12 4217458 RS12140 T A LOC_Os12g08280.1 CDS Hind3
Chr12 18470703 RS12141 T G LOC_Os12g30760.1 CDS Pst1
Chr12 19755602 RS12142 T C LOC_Os12g32710.1 CDS EcoR1
Chr12 24714226 RS12143 T G LOC_Os12g39980.1 CDS Pst1
Chr12 26005435 RS12144 G A LOC_Os12g41950.1 CDS Pst1
Chr12 27401061 RS12145 G A LOC_Os12g44170.1 CDS Hind3
Chr12 27095713 RS12146 G A LOC_Os12g43630.1 CDS EcoR1
* reference : Nipponbare genome (IRGSP build 7.0)
본 발명의 CAPS 마커 검출용 프라이머 서열 및 PCR 정보
marker _ name Forward _ primer (5'-3') Reverse _ primer (3'-5') Pro.len ( bp ) annealing tmp (℃)
RS011 TCCAGAAGTCAGGATAGGAGTGGCA TGGAAGAACCACAACTGCATCATG 683 59
RS0110 TGAAACCCTTCTTCAGGAAACCAGC CATTGTGCAGCCAGGAAAAGGATAA 747 58
RS0111 CAGTGCAGCGATCTTTATCAGCTTC TCGATCCTCGAGTCCATGCATG 444 58
RS0112 TCCTGCTTTTATGTTGGCTGTCACT GGCTGCTGCTTCAAAATTCCCTTT 783 58
RS0113 TGCATTTTGGAGCATTGTAGACGC TGCAAGCACAGAAGTGGGCAGT 679 58
RS0114 CACACGCAGCGCAGAAACTAAAA CCATCGAAAATCCACTGCAACATT 711 58
RS0115 AATGGTCTTGGTGACGAAGCAACTG CGAATAGGTGACCGAGCAGCACT 701 58
RS0116 TGCAGCGCCATCATCATGAGC AGTTGAGGAAGCTGAGCACGGC 658 58
RS0117 AGGGATTAATTGATTCACACAGCCC CCCAGTTGATGCAACTCATATCCCT 730 58
RS0118 ATATGATGTCACCCAAAGTTGCCCT GTGTTCCGTGTTCTTGATTTCGTGT 696 58
RS0119 GGGACATTGGCTTGACACATAAGTG ACGAACACTCTGGCAAGGACCA 682 58
RS012 TTGTTCTTGTAAAGGCGCTTCACTG ACTGTCCTTCGTTTCAACAGGGG 753 58
RS0120 ACACGTGCTGCCAAATATTGCG TTTTGCAGTCCTGCAGACCATTTAA 731 58
RS0121 TTTACCAAGCAGGGGATCAGAAATG TGCATTGCATTACCTGTGTCCTTTT 716 58
RS0122 GGCAGAACAGGAGCATTAGCAAGC CCTGGACTGGACTGGAGTATAGGGA 800 61
RS0123 CTGCAACTCAATGGCTCCTAGGTG GCTGGCAGAGCTTTATGTAATGGGA 804 58
RS0124 CAGGAGGAAAACACACCGGATGG CCGTCCACTGTAAGAACTGAATGCC 708 59
RS0125 ATGCGGAGGAAATGCCAAACA GGATCGATGCGTGAAATATTGAAGA 848 55
RS013 ATCAGGGAGTTTGCAATCAAAATGG CCCTTGTGGTATCTGTCCAGTCAAA 439 58
RS014 TCAGAAGATTGTACCTTTGGCTCCC GGGAAGTTCCTGCTGAAGAGAGGTA 723 58
RS015 TGTGTTCGTGATAGGATGCACAGG CGCACCTCCCCTCCATGTAAA 527 58
RS016 ATCCCATCCACATCCTTTGAATCC CGAGGTCAAGAGAATCTGGGAGTCT 432 62
RS017 TCAGCAAATGGAGTTGGCTAAACAA AGTGATGGAGAGGCCAAAATGTCTT 762 58
RS018 TGAAGGGGCTGATCGAGCTCCA TGGATCCGGCGACGACTACTTATT 502 58
RS019 ACTTCATGGGGACGAGAAGGTACG CATAGGTAGGAGGCACACATCCGT 703 55
RS0226 TGAAGCTGCTTCTAAATCACCATCG CTCACAGGACCAATACCAAGATGGA 753 58
RS0227 ATCTGGCTCAAGACTGTCCCTGATC GGCACCACTGCATCATACGTCTACT 685 62
RS0228 GAGATGTTTAGCGGGAAGAGACCAA GGATGGAATCCTGCGGGTAGTTAA 703 62
RS0229 GAAGTTGCAAAGATGGAGGAACTCG TGCATGGCCAGTGAGGATGGT 678 62
RS0230 AAATAAAAGACAAACGGGGAGCACA CAAAACCGAATCGCCCCTATAAATT 707 58
RS0231 CTGCTGGCCAGCGTTCTACAAG CCAACCGCAAATCAGCCTACAA 690 58
RS0232 TTGGGCTGAAGCAAAGAGCGA CGTCTGCTGGAAGACAAAATGAAGG 761 58
RS0233 TGTCATCTGGAAGTATGGAGGCTCA TGTTGCTCTAGCTGGGGCATTAAAT 814 62
RS0234 AAAATGGTGCACGAAGCAATTGATG CCCCTGCTGAAAAAGGAAAATGAG 684 58
RS0235 AGCATCTTAATAGGTTTGCGGATGG CAAACACGGGAGCTCTCCATACATT 748 55
RS0236 TACCTGAATCACAACCTTCTGTGCC CCTTTGGCTGCAATATGTCTTGTTG 692 58
RS0237 CTGGCATTGATCCGCATTGAGA TCGTGTGATGACAGTTGAGCAAACA 739 58
RS0238 CGCTGACATAGCAAATCTGATCTCC CCGGTCGAGAGAAGCTCTGTAGAAG 689 58
RS0239 AGAAAATGCCTGCAGTTGTGTTGTC TTCCAAACAATCTGCAGCCAGC 680 58
RS0240 GGAAGTCATCCTGATCCAGCTTGTG ACGCCTCCAGATTCAAGCAAGAG 702 58
RS0241 GCCAAGTGGCACATTCCCAAC AGCCGGAAGGATACACGAATCAG 876 58
RS0242 TGTTAATGAGGTTGCCATCTTGTCG CCATTACAGAAATGGGTTGGCACTT 743 62
RS0243 TTGACAGTACATGCTGGGTTAGGGA GCAGCTTTTCATTCTGAGCGCA 679 59
RS0244 TTCCAGAGTAGCAGCATCTTGTGCA TGGTTTTAGTGGAGGTGATTCGTTG 719 58
RS0245 TGTACGGCTACACAGCTGAAATTCC ACCATTTTCCGAACTGCTTTCTTTC 763 59
RS0246 ACGATTATTGCCATGACAAGATCGA GGTTTGTGTTCTCCCACTCTCCAA 729 59
RS0347 TTCGAAAATAAAAACCCTGCTCCAG CCTCAAAATGCCTTTCCAAATTCAG 770 58
RS0348 TTCACTTTCCTCCTCACTTTCGTCA GGCAGTGCATTTTGGACACACAGTA 758 58
RS0349 TGGCTTGTTTTGTGCGAAGGG CCCATTGACCAAGTCTTTCACAAGA 768 58
RS0350 TCTCAATCTTAACCCCACTCTTCGG TGACCACTGTCTGACATGGGCTC 682 58
RS0351 TCAAAATTCTGTGAAGACCGATGGA CAACAATTTGCCAACCTCATTGC 713 58
RS0352 TTTCGCAATACAAGTAGGACTGCCA GTGGTGTCGCTCAAACAGGTTTG 724 58
RS0353 ATCTAGCAGTCGATTGTTGGCATTG TGGTGCTGTAATTCCATTTCCATCA 720 59
RS0354 TTGCTGCCTCCAGTTGGAAGTCT CCCAACAGCAAGCATACACACACTC 607 58
RS0355 TGACCAGCATCAGCATATCAAAACA GCAGCAAGGTCATGATGACCATATT 603 59
RS0356 ATGTAATCCATGCCCCTTATTTTGC TCAGAGCTTCTGGAGGTGAGGAATT 674 58
RS0457 CATCATTGTGCAGGTATGGGAGAAA CCCGCTTAAATCGTCCCTTTTGTA 851 58
RS0458 GATGATGAAAATGACACTGCTTGGG GCAAAGTAAACAGGGCAAGCAAAA 724 58
RS0459 AGCAATTTTTCGCCTGCATTCC TGGAACATGCCATTCATTGACAGAG 678 58
RS0460 ATAGGAAAATTCACCTCGACAGCCG TGGCAGCTCAACATGACTGGC 585 59
RS0461 CCTGGAACAACCAAACACTGACTTG CGCCGTCGCAATTAAAATGTGC 678 59
RS0462 GGAACTGGCTACAGGAAAGACTTGG AGCCCTCCAAGTCACTTTTGTGTTT 727 58
RS0463 TTAGCAGCCACTTTCTCACAATCCA GCAGTTCGCATTTCCAGATCACTAG 726 58
RS0464 GGGGTTCTGCAATGAAGGTGC GCGCTGAAGCATTAGCAGTAGATGT 843 58
RS0465 TTGAAATTGCACACAAGACTAGGGG TTTCTCGGAGTATATGCAATCGGC 698 58
RS0466 AACCTGTCACTATGCGAACCAACAC CATTTCCAGAGCCAGATGTGTGG 533 58
RS0467 ATGAAGAAACTTTGGTCCAGGCTTG TTGCCAACACCAGCTATCGCA 697 58
RS0468 GGTACCACAGCAGATAACGGTTGTG GCACACAAGATAGCTCAAACATCCG 682 58
RS0469 ATGGTTTTCCTGTTGTTGATGAGCC TCATGAGCAATGAAAGCGATAATGC 689 58
RS0470 CTTCAGCCTCAAGTTTGTCACCATG AGCGGAGATCAAGTGAACTTGCTTT 432 58
RS0471 ATTAATTACCATTTGATGGCGAGGG GGATTGGTTATCCAGGTGGTCTCAT 597 58
RS0572 ACAAAAAGCTGAGATACGATTGGCA GGGGATGTTGATGATTGGAAGAAAA 415 59
RS0573 GCCGGCTTCATGATATCACCAA GAGGGGGCCCAAAAATATCTTTAAT 846 58
RS0574 ATCAATGTTGCCAAATGATGCTGC TGGAGACCTCGATCGAACTAGCTTT 716 58
RS0575 TCGGCAGTATCGTCAGGCACTC GGCCCATGCAAATACACCTGC 712 58
RS0576 TGACGACGAAAGGGAGCCAGT GCAGTATCCCCAGTTCCCCACTAAT 719 58
RS0577 AGAGTTCTTCCTCCTTGTGGGTGTG TTAGTTGCGGATCTTCCATCAGCTA 683 58
RS0578 ACACTCCAACTCTTCCATCGAAGGA TCCACTGTTGATTCAGGCATTGAGT 757 59
RS0579 GCAGACGATCCATCTTGCCCA CGAGGAGAAGAAGGAGACTGAGCAG 696 58
RS0680 TCGCCGGAGAGCATGTTGTC CCTTGGTAACAATCTCCTGGAGGG 708 60
RS0681 TATCAATAATCGTACCTGGGAGCGC CCAGGCGTCAGGTGATTATATTGCT 896 59
RS0682 CAGGGAAACGATGGTGACAACG TGAAGCCCATGCGAATCCATT 706 60
RS0683 AATGAAGCTGAAGTGATGATGCCAC TGGCAGCCATAGTGACTGAAGGATA 709 58
RS0684 AACAAGCATTTTCCCTATGCCACA AGATTTCCCAAGATGGACCAAGTTG 706 58
RS0685 TTTGAATGAAAGCTCGCAGATGATC TGGAACTTCAAGTGAAGGCTGTCAG 743 58
RS0686 TTGAGCTTATGAAACCAACAGCCAA TGAAATGGCCGGGAGTTACAATTA 656 59
RS0687 GAACTTGGGGTTCACCAGAGAGATG GGAAATGACCCCTTGATCATGTGAG 760 58
RS0688 AGGAAGTGAACAACAGCACTCGTGT TTTATTCGAGTTGCGGGAGACGT 865 59
RS0689 CACAACCCTTGCTCCTTCCATG CCTCTCCAGTAAGGTTGCCACAGAT 740 58
RS0690 AGGAATCTCAGGGATATTTGGAGCA TGGAAACCTCACTGCACTTTCTGAA 724 58
RS0691 GCTGCTAGACTAGTTGATGCCATGC GAATTGTGGTTCCTGCTCCATTAGG 765 58
RS0692 GCACGCCGATGTAGTAGAATCCG GGAAGTTCTATGCCGCGTGAATTG 906 58
RS0693 ACTTCCCTTCCTACCCTCGTTTTCA AACCATAGGAGCCAATTCTTGGAAA 702 60
RS07100 GAGCACCTGGCCAAGCAAATCTA CTGTACCGGGAGGTCAGAGGTGA 690 59
RS07101 ACATTGAGACCACTGCTAGGCACAA GCCGATGCTAATAGACTCGCTGAAT 485 58
RS07102 GGCAGTAAAATGCCTCAACACCAA CCATGCAAAACGATTCAAAAGTGG 777 58
RS0794 TGGAATCGAGTTTCCCGTTATTCAT TCGGTATCAATGGCGATGTTTAATG 803 59
RS0795 CGTCATCCAAGCCAGAGACCGT TGGAAGCGTTTCTCCCATGTCTG 711 60
RS0796 CTTCTAGAGAAGCGGTTGCTTGCA GCGATAACCTCATCCTTCTGCTGA 902 59
RS0797 CATTGAGTGACTCGGGATGATATGG GATCTGCTCCCTGCTATTTTGCG 710 60
RS0798 ATACGACCATGAAGCCTGCGTTCT TACTTAGCGGAAACAAGCGGCTTC 700 59
RS0799 TTTGTAACCTGCCAGCATTCATTTC GGGGCAATGTTGTCTTAATGGGTAT 700 60
RS08103 TCAATGCGTCTGGCCTGACAA GAGATATTCCGGTGTGTGACACCAG 682 60
RS08104 TCAGTGACCGTGGATCTGAATGG CATGAGAACTTGCCTGCACAGAATT 684 60
RS08105 TGATTACTACCCAGTCGGCTTCAGC TGCTTCTGCCCTTGTCTATGATTCA 723 58
RS08106 TCAAGTTACCGTAGGCCAGTGTGTG GCCTCTCCCCACAGAATGATCAG 680 58
RS08107 AGGTGTATGTAGGGCCTTTTGTTCG TGGTTTTCAAATATGATGCCCAGAG 696 60
RS08108 AATGATGGGTGTGAATCTATGCAGC GCCCTCTCCTCTCATCTCTCCATTA 815 58
RS08109 CAATCATCCCTAATGGTGAGCAGG ACACCGTGCGCGTCATTGTC 744 60
RS08110 AGGTATGGACGGTTATTGAGGCG CAGCTTCTGGTGTCATCCTCATCAT 683 60
RS08111 CTAGACCTCTGCAACGCCATTCA CATCTGAATAGCGAGGCCGTATCA 774 60
RS08112 TCACTGGCTTCAATGAACTTGCAG TCCAAACACGGCTCTTGAAGTTAAA 745 60
RS09113 GCATGCAGTGCTTTCTAACAAATCC TGCATGTTTGGTCTGTACACCTCAA 848 59
RS09114 TCCTTCTCAAGAACTAGCTGCACCA CAAATACCGGCGCATCTTTGAG 680 58
RS09115 AATGCTAATAGTCCGCCATTTGGAA TTGATCCAGAAGGTGACTGCCAGTA 779 59
RS09116 TTGATAGCCACTTTGGACATGTTGG GCATTATGGCCACACATTGATTGAA 691 58
RS09117 AATTGCGTCTCATCTGTTGGAGCT TTGGGTTGGGACTGGCCTTACTA 727 58
RS10118 GGAGATTTCGTCATCGTGAACGC TGGAGTTGAGAGCTGGGGATTCA 680 58
RS10119 TGTGCATCTGTACACCTCTTGTCCC GACGCCCCTCCTGGTAATACAGAG 773 59
RS10120 ATTGATTTCAACAACAAGCATCCGG TGATGCAATGTCATGTTGGAAGTGA 811 60
RS10121 TTATATTTCTTCACCCGACATGGCC TTGTGTTGCCCTTAAAACCTAAGCA 781 58
RS10122 ATGGAGCAGATGACCATCATCAGC CGTTCACTCGGGAGATTAAAATCCA 773 59
RS10123 GTGGTAGATCAGCGCCAGCATGT CCCTAGCTTGGTCATTGCACAACA 724 59
RS10124 TCAGTGCACTTACTGTCCCCATCTC TTGGTGTTTGAGGAATTGTCTCGC 681 58
RS10125 TTGTAGGTCTACACTGCATCGCGTT TTGGCAACAGAAAATACAGTGGAGG 814 59
RS11126 CGAGCTGTGTTTTGCTTGACATTG CCTTCATGAAAGATGCACGGTGAA 739 58
RS11127 ATCGATCAATGTACTTGCAGATGGG AAAGCCTGACGCATCATCGCTA 758 58
RS11128 GGTAGCATCCCAAGAGAGCTCTTCA GCTCTGGAAAGATCGTCGAATGAAA 665 58
RS11129 TGCATTTGGTCATCTTCAGCTCTTC TCATGCCTATCTAGGTTCCTCCACC 714 59
RS11130 GAGATGACAAGAAGCCCATATTCCC GGCAGATCCCGTCTTTTCTATTCAA 684 58
RS11131 CCTTTATACCACAGGTACCCGGTCA TGGGTTCAAGTCCTTCCATCGAT 680 58
RS11132 CTAACTCATCAATGAAGGCCTGCTG GGACAAGGGCACAGTCTCCAAAA 808 58
RS11133 GTGCTTGCTTGGCAATCACCATT CTCCACAGTTCATCTATCACCCGAA 629 59
RS11134 GCTTCTCGATAGTTTGATGCATTGC GCAACTCGCAGATAGAACCTGGAAT 752 58
RS11135 AGGTAACGGACAGTCCTGATTGACC GATGCATGAGGCCAGTAAGATTGG 684 58
RS11136 TGGCCGAGTCTTTCTCTGCGTATA CGAGATGATGAATGCAAGGACTTGA 693 59
RS11137 AAATCGTGAAGCAGATCATGAACCG GCATTGAGTCGAAAACGGTTCCTTT 704 61.8
RS12138 GACTGACTTTGCCATCATGACCTTG CCAACAGCAAGAGCAAGGCAGATA 685 62
RS12139 TCTTCTTTTGGAACAGTGATGGCTG GCACCGGTTGTGTCTGAAAGAAGTA 755 59
RS12140 CCTTTGTGTGGAAAACGCAAGTAAA GCCATGTAAAAGGCATCCTGTCAAA 688 59
RS12141 ACTCCAGCTTAAAAAGGGATCCGAG TATTGTAGTTGGCAGGGCCATGTC 755 59
RS12142 GAGGCAATCCATCACCATCAGGT GCGGCTCTTAAAGTTTGATGGACAT 734 58
RS12143 TTTTGAGTTCCCACCAAGAGAATCC GCGAGAAGATATACGGAACGGTGTT 799 59
RS12144 TAATGGAGCTTTCACGGTTCATGC TCGTGGTATGTAACTATGGCCGACA 929 59
RS12145 AGAATGATAATTTGTGTGGCGCTGA TGCACGGTCCTTCTACGTTAATGG 703 58
RS12146 TGATCTGGCAATCAAGTCATGAAGG GGCGATTCCTGTGTACTGTTGGTTT 688 59
실시예 3. 유전지도 및 물리지도 작성
앞서 개발된 146개의 CAPS 마커를 이용하여 MGRIL의 유전자형을 검정하였다. 이 집단의 유전지도 작성을 위해서 기존에 PCR을 기반으로 개발된 219개의 DNA 마커와 통합하였다(비특허문헌 1)(표 5). 146개의 CAPS 마커를 포함하여 총 365개의 DNA 마커를 이용하여 유전지도를 작성하였다. 총 유전거리는 1,572 cM이었으며, 마커 간의 평균 거리는 4.6 cM이었다(도 3). 본 발명의 NGS로 분석된 SNP를 기반으로 개발된 CAPS 마커는 빠른 시간에 효율적인 분석이 가능하며, 분석이 용이한 PCR 기반 마커들로 구성되었다는 장점을 가지고 있다. 유전지도 분석에 통합한 DNA 마커의 primer 서열을 표준유전체로 사용한 nipponbare genome (build7.0)에 mapping하여 각 마커들의 벼 유전체상에서의 물리적인 위치를 파악한 후, 물리지도를 작성하였다. 이 물리지도에서 마커 간의 물리적 거리의 합은 361 Mbp이었으며, 이를 총 유전거리로 나누어 구한 1 cM당 평균 물리적거리는 230 kbp이었다. 기존의 보고된 벼 물리지도와 유전지도의 통합분석연구 결과에서 1 cM당 244 kbp이었음을 미루어 볼 때(비특허문헌 4), 이번에 작성된 MGRIL 유전지도와 물리지도에 근거하여 특정한 1 cM당 평균 물리적 거리가 정확도가 높은 수치라고 할 수 있다(도 2).
본 발명의 유전지도 및 물리지도에 포함된 DNA 마커 정보
M arker type no . of markers Marker list
InDel z 36 R1M7, R1M30, R1M37, R1M47, R2M10, R2M37, R2M50, R3M10, R3M23, R3M37, R4M17, R4M43, R4M50, R5M13, R5M20, R5M30, R6M14, R6M30, R6M44, R7M7, R7M20, R7M37, R8M23, R8M33, R8M46, R9M10, R9M20, R9M30, R9M42, R10M10, R10M17, R10M30, R10M40, R11M17, R11M40, R12M43
RTM z 8 RTM4211 , RTM10147, RTM3211, RTM5697, RTM3550, RTM10742, RTM9188, RTM5516
STS z 88 STS01007, STS01009, STS01017, STS01021, STS01031, STS01039, STS01043, STS02012, STS02017, STS02025, STS02027, STS02030, STS02033, STS02036, STS02038, STS03009, STS03020, STS03025, STS03032, STS03036, STS03040, STS04001, STS04007, STS04009, STS04017, STS04024, STS04037, STS04042, STS05018, STS05020, STS05025, STS05027, STS05028, STS05037, STS05043, STS05045, STS05048, STS06013, STS06019, STS06023, STS06037, STS06040, STS07005, STS07010, STS07015, STS07021, STS07023, STS07025, STS07029, STS07036, STS07040, STS08001, STS08003, STS08005, STS08008, STS08019, STS08021, STS08023, STS08029, STS08033, STS08035, STS08038, STS08043, STS09003, STS09004, STS09007, STS09011, STS09031, STS09033, STS09035, STS09036, STS09048, STS10003, STS10005, STS10010, STS10014, STS10017, STS10037, STS11016, STS11019, STS11025, STS11039, STS12008, STS12011, STS12012, STS12019, STS12023, STS12030
SSR z 87 RM1 , RM10, RM101, RM1036, RM11, RM1155, RM1227, RM12368, RM1247, RM1300, RM1370, RM1375, RM167, RM16789, RM17, RM17303, RM17377, RM17960, RM17962, RM1880, RM19218, RM19620, RM201, RM205, RM20882, RM212, RM2136, RM214, RM224, RM226, RM22608, RM22630, RM22694, RM234, RM23736, RM23779, RM240, RM242, RM246, RM247, RM253, RM25366, RM257, RM26062, RM276, RM277, RM27970, RM28400, RM286, RM287, RM3, RM3170, RM3199, RM3252, RM332, RM3394, RM3472, RM3481, RM349,RM3664, RM3765, RM401, RM408, RM420, RM4355, RM44, RM4771, RM5055, RM5349, RM536, RM5526, RM5608, RM5633, RM5753, RM5807, RM5814, RM5907, RM6367, RM6467, RM6775, RM6840, RM6841, RM6842, RM7000, RM7389, RM7492, RM7631
SNP 146 RS011, RS012, RS013, RS014, RS015, RS016, RS017, RS018, RS019, RS0110, RS0111, RS0112, RS0113, RS0114, RS0115, RS0116, RS0117, RS0118, RS0119, RS0120, RS0121, RS0122, RS0123, RS0124, RS0125, RS0226, RS0227, RS0228, RS0229, RS0230, RS0231, RS0232, RS0233, RS0234, RS0235, RS0236, RS0237, RS0238, RS0239, RS0240, RS0241, RS0242, RS0243, RS0244, RS0245, RS0246, RS0347, RS0348, RS0349, RS0350, RS0351, RS0352, RS0353, RS0354, RS0355, RS0356, RS0457, RS0458, RS0459, RS0460, RS0461, RS0462, RS0463, RS0464, RS0465, RS0466, RS0467, RS0468, RS0469, RS0470, RS0471, RS0572, RS0573, RS0574, RS0575, RS0576, RS0577, RS0578, RS0579, RS0680, RS0681, RS0682, RS0683, RS0684, RS0685, RS0686, RS0687, RS0688, RS0689, RS0690, RS0691, RS0692, RS0693, RS0794, RS0795, RS0796, RS0797, RS0798, RS0799, RS07100, RS07101, RS07102, RS08103, RS08104, RS08105, RS08106, RS08107, RS08108, RS08109, RS08110, RS08111, RS08112, RS09113, RS09114, RS09115, RS09116, RS09117, RS10118, RS10119, RS10120, RS10121, RS10122, RS10123, RS10124, RS10125, RS11126, RS11127, RS11128, RS11129, RS11130, RS11131, RS11132, RS11133, RS11134, RS11135, RS11136, RS11137, RS12138, RS12139, RS12140, RS12141, RS12142, RS12143, RS12144, RS12145, RS12146
zJi et al. (2012)
실시예 4. MGRIL 표현형 상관관계 및 QTL 분석
밀양23호와 기호벼 그리고 MGRIL에 대해 1절굵기(I1D), 2절굵기(I2D), 3절굵기(I3D), 4절굵기(I4D), 간장(CL), 그리고 수장(PL)의 표현형을 조사하였다(도 4). 조사된 형질의 변이 분포는 연속적인 정규분포를 보였으며, 모본의 범위를 벗어나는 초월분리현상을 나타냈다. 6가지 형질간의 상관관계 분석한 결과, 수장과 4개의 줄기굵기에 대해 유의성 있는 상관관계를 확인할 수 있었고, 줄기의 굵기가 굵을수록 수장의 길이가 길어지는 경향을 나타내었다. 간장과 줄기굵기는 유의성이 낮은 상관관계를 갖거나 나타나지 않는 것을 확인할 수 있었다(표 6). 통합된 유전지도를 바탕으로 하여 6가지 형질에 대한 총 6개 새로운 QTL이 탐색되었다. 그 중 2개는 간장형질 관련 QTL이며, 이들을 각각 qCL5, qCL12로 명명하였다. qCL5은 LOD 값이 3.51로 밀양23호의 allele가 간장을 2.72cm 증가시키며, 간장 표현형 변이는 4.24%였다(표 7). qCL12은 LOD 값이 3.09로 밀양23호의 allele가 간장을 2.47cm 증가시키며, 간장 표현형 변이는 3.59%였다(표 7). 이 외에도 이전에 동일집단을 대상으로 분석된 간장형질 관련 QTL (비특허문헌 5)이 1번과 8번 염색체에서 탐색되었다(표 7). 특히, 1번 염색체에서 확인한 QTL은 알려져 있는 밀양23호의 반왜성 단간유전자인 sd-1에 존재했다(비특허문헌 6)(표 7). 수장 형질 관련 QTL에 대해 새롭게 나타난 것은 없었고, 동일집단에 대해 이전에 보고된 2개 QTL이 본 분석에서 확인되었다(표 7). 이는 본 발명의 NGS 기반 CAPS 마커로 개발된 유전지도가 정확하며, 신규로 개발된 QTL 또한 높은 신뢰성을 갖는다는 것을 보여준다.
이러한 QTL 분석 결과는 유용형질들과 DNA 표지인자간의 연관관계를 규명하여 gene tagging을 하고, 이 표지인자를 이용하여 실질적인 육종을 수행하는데 기반이 될 것으로 생각된다.
MGRIL 개체에서 측정된 6가지 형질사이의 상관관계
Trait I1D I2D I3D I4D CL PL
I1D z 0.8441** 0.6546** 0.6025** 0.0557(nsy) 0.5298**
I2D 0.8578** 0.7987** 0.1154(ns) 0.5264**
I3D 0.9347** 0.3184** 0.4964**
I4D 0.3602** 0.4688**
CL 0.2343**
**p<0.01
zI1D = first internode diameter; I2D = second internode diameter; I3D = third internode diameter; I4D = fourth internode diameter; CL = culm length; PL = Panicle length.
yns, not significant.
MGRIL의 6가지 형질로 탐지된 QTL 마커 특성
Traits No. QTL namez Chry Position LODw Additive R2 Interval marker Reference
(cM)x effectv (%)u
First
Internode
1 1 27.73 12.56 0.15 21.19 RS014 , RM1 sdm1 (Kashiwagi et al. 2008)
2 qI1D1 1 196.62 3.26 -0.07 5.02 RS0124 , RS0125
3 qI1D5 5 84.14 6.09 0.10 8.99 RM6841 , RS0578
4 6 119.17 3.75 0.08 6.06 RS0693 , RM5814 Kashiwagi & Ishimaru (2004)
Second
Internode
5 1 27.73 5.86 0.17 11.11 RS014 , RM1 sdm1 (Kashiwagi et al. 2008)
6 6 110.87 6.10 0.18 12.18 RS0691 , RM1370 Kashiwagi & Ishimaru (2004)
7 7 57.00 3.19 0.13 6.31 STS07015 , RS0798 sdm7 (Kashiwagi et al. 2008)
Third
Internode
8 qI3D1 1 192.10 3.17 -0.18 6.53 STS01039 , RS0124
9 4 74.84 4.12 -0.20 7.76 RS0462 , RS0463 qCD -4 (Wang et al. 2011)
10 6 113.39 6.45 0.26 12.94 RM1370 , RS0692 Kashiwagi & Ishimaru (2004)
Fourth
Internode
11 qI4D1 1 193.10 4.61 -0.25 9.97 STS01039 , RS0124
12 6 107.87 7.47 0.34 19.25 RS0691 , RM1370 Kashiwagi & Ishimaru (2004)
13 12 20.24 3.22 0.19 5.95 RS12140 , STS12019 sdm12 (Kashiwagi et al. 2008),
Culm
length
14 1 171.43 31.14 -9.99 58.23 RS0119 , RS0120 sd -1 (Ashikari et al. 2002,
Cho et al. 1994,
Monna et al. 2002,
Sasaki et al. 2002,
Spielmeyer et al. 2002)
15 qCL5 5 41.08 3.51 2.72 4.24 R5M13 , RS0573
16 8 12.16 5.37 3.33 6.44 STS08005 , STS08008 pl8 ( Xiao et al . 1995),
ph8 ( Xiong et al . 1999) 
17 qCL12 12 94.2 3.09 2.47 3.59 RS12143 , RM1300  
Panicle
length
18 1 134.68 3.32 0.64 6.59 R1M37 , RS0115 pl1 (Xiong et al. 1999),
pl1 .1 ( Septiningsih et al . 2003)
19 3 41.08 5.44 0.84 11.03 R3M10 , RTM5697 Pl3 .1 (Septiningsih et al. 2003),
pl3b (Zhuang et al. 1997)
z : QTLs were newly detected and tentatively named.
y : The number of chromosome.
x : Position of QTL from the top of each chromosome.
w : The logarithm of the ratio of two likelihoods.
v : Positive and negative values indicated additive effect contributed by the alleles of Milyang23 and Gihobyeo, respectively.
u : Percentage of variance explained by each QTL.
<110> REPUBLIC OF KOREA <120> QTL ANALYSIS OF CULM LENGTH AND CAPS MARKER THEREFOR <130> P14R12D1500 <160> 292 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS011 FORWARD PRIMER <400> 1 tccagaagtc aggataggag tggca 25 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS011 REVERSE PRIMER <400> 2 tggaagaacc acaactgcat catg 24 <210> 3 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0110 FORWARD PRIMER <400> 3 tgaaaccctt cttcaggaaa ccagc 25 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0110 REVERSE PRIMER <400> 4 cattgtgcag ccaggaaaag gataa 25 <210> 5 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0111 FORWARD PRIMER <400> 5 cagtgcagcg atctttatca gcttc 25 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0111 REVERSE PRIMER <400> 6 tcgatcctcg agtccatgca tg 22 <210> 7 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0112 FORWARD PRIMER <400> 7 tcctgctttt atgttggctg tcact 25 <210> 8 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0112 REVERSE PRIMER <400> 8 ggctgctgct tcaaaattcc cttt 24 <210> 9 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0113 FORWARD PRIMER <400> 9 tgcattttgg agcattgtag acgc 24 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0113 REVERSE PRIMER <400> 10 tgcaagcaca gaagtgggca gt 22 <210> 11 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0114 FORWARD PRIMER <400> 11 cacacgcagc gcagaaacta aaa 23 <210> 12 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0114 REVERSE PRIMER <400> 12 ccatcgaaaa tccactgcaa catt 24 <210> 13 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0115 FORWARD PRIMER <400> 13 aatggtcttg gtgacgaagc aactg 25 <210> 14 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0115 REVERSE PRIMER <400> 14 cgaataggtg accgagcagc act 23 <210> 15 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0116 FORWARD PRIMER <400> 15 tgcagcgcca tcatcatgag c 21 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0116 REVERSE PRIMER <400> 16 agttgaggaa gctgagcacg gc 22 <210> 17 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0117 FORWARD PRIMER <400> 17 agggattaat tgattcacac agccc 25 <210> 18 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0117 REVERSE PRIMER <400> 18 cccagttgat gcaactcata tccct 25 <210> 19 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0118 FORWARD PRIMER <400> 19 atatgatgtc acccaaagtt gccct 25 <210> 20 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0118 REVERSE PRIMER <400> 20 gtgttccgtg ttcttgattt cgtgt 25 <210> 21 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0119 FORWARD PRIMER <400> 21 gggacattgg cttgacacat aagtg 25 <210> 22 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0119 REVERSE PRIMER <400> 22 acgaacactc tggcaaggac ca 22 <210> 23 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS012 FORWARD PRIMER <400> 23 ttgttcttgt aaaggcgctt cactg 25 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS012 REVERSE PRIMER <400> 24 actgtccttc gtttcaacag ggg 23 <210> 25 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0120 FORWARD PRIMER <400> 25 acacgtgctg ccaaatattg cg 22 <210> 26 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0120 REVERSE PRIMER <400> 26 ttttgcagtc ctgcagacca tttaa 25 <210> 27 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0121 FORWARD PRIMER <400> 27 tttaccaagc aggggatcag aaatg 25 <210> 28 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0121 REVERSE PRIMER <400> 28 tgcattgcat tacctgtgtc ctttt 25 <210> 29 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0122 FORWARD PRIMER <400> 29 ggcagaacag gagcattagc aagc 24 <210> 30 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0122 REVERSE PRIMER <400> 30 cctggactgg actggagtat aggga 25 <210> 31 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0123 FORWARD PRIMER <400> 31 ctgcaactca atggctccta ggtg 24 <210> 32 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0123 REVERSE PRIMER <400> 32 gctggcagag ctttatgtaa tggga 25 <210> 33 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0124 FORWARD PRIMER <400> 33 caggaggaaa acacaccgga tgg 23 <210> 34 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0124 REVERSE PRIMER <400> 34 ccgtccactg taagaactga atgcc 25 <210> 35 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0125 FORWARD PRIMER <400> 35 atgcggagga aatgccaaac a 21 <210> 36 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0125 REVERSE PRIMER <400> 36 ggatcgatgc gtgaaatatt gaaga 25 <210> 37 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS013 FORWARD PRIMER <400> 37 atcagggagt ttgcaatcaa aatgg 25 <210> 38 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS013 REVERSE PRIMER <400> 38 cccttgtggt atctgtccag tcaaa 25 <210> 39 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS014 FORWARD PRIMER <400> 39 tcagaagatt gtacctttgg ctccc 25 <210> 40 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS014 REVERSE PRIMER <400> 40 gggaagttcc tgctgaagag aggta 25 <210> 41 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS015 FORWARD PRIMER <400> 41 tgtgttcgtg ataggatgca cagg 24 <210> 42 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS015 REVERSE PRIMER <400> 42 cgcacctccc ctccatgtaa a 21 <210> 43 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS016 FORWARD PRIMER <400> 43 atcccatcca catcctttga atcc 24 <210> 44 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS016 REVERSE PRIMER <400> 44 cgaggtcaag agaatctggg agtct 25 <210> 45 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS017 FORWARD PRIMER <400> 45 tcagcaaatg gagttggcta aacaa 25 <210> 46 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS017 REVERSE PRIMER <400> 46 agtgatggag aggccaaaat gtctt 25 <210> 47 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS018 FORWARD PRIMER <400> 47 tgaaggggct gatcgagctc ca 22 <210> 48 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS018 REVERSE PRIMER <400> 48 tggatccggc gacgactact tatt 24 <210> 49 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS019 FORWARD PRIMER <400> 49 acttcatggg gacgagaagg tacg 24 <210> 50 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS019 REVERSE PRIMER <400> 50 cataggtagg aggcacacat ccgt 24 <210> 51 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0226 FORWARD PRIMER <400> 51 tgaagctgct tctaaatcac catcg 25 <210> 52 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0226 REVERSE PRIMER <400> 52 ctcacaggac caataccaag atgga 25 <210> 53 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0227 FORWARD PRIMER <400> 53 atctggctca agactgtccc tgatc 25 <210> 54 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0227 REVERSE PRIMER <400> 54 ggcaccactg catcatacgt ctact 25 <210> 55 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0228 FORWARD PRIMER <400> 55 gagatgttta gcgggaagag accaa 25 <210> 56 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0228 REVERSE PRIMER <400> 56 ggatggaatc ctgcgggtag ttaa 24 <210> 57 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0229 FORWARD PRIMER <400> 57 gaagttgcaa agatggagga actcg 25 <210> 58 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0229 REVERSE PRIMER <400> 58 tgcatggcca gtgaggatgg t 21 <210> 59 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0230 FORWARD PRIMER <400> 59 aaataaaaga caaacgggga gcaca 25 <210> 60 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0230 REVERSE PRIMER <400> 60 caaaaccgaa tcgcccctat aaatt 25 <210> 61 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0231 FORWARD PRIMER <400> 61 ctgctggcca gcgttctaca ag 22 <210> 62 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0231 REVERSE PRIMER <400> 62 ccaaccgcaa atcagcctac aa 22 <210> 63 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0232 FORWARD PRIMER <400> 63 ttgggctgaa gcaaagagcg a 21 <210> 64 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0232 REVERSE PRIMER <400> 64 cgtctgctgg aagacaaaat gaagg 25 <210> 65 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0233 FORWARD PRIMER <400> 65 tgtcatctgg aagtatggag gctca 25 <210> 66 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0233 REVERSE PRIMER <400> 66 tgttgctcta gctggggcat taaat 25 <210> 67 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0234 FORWARD PRIMER <400> 67 aaaatggtgc acgaagcaat tgatg 25 <210> 68 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0234 REVERSE PRIMER <400> 68 cccctgctga aaaaggaaaa tgag 24 <210> 69 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0235 FORWARD PRIMER <400> 69 agcatcttaa taggtttgcg gatgg 25 <210> 70 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0235 REVERSE PRIMER <400> 70 caaacacggg agctctccat acatt 25 <210> 71 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0236 FORWARD PRIMER <400> 71 tacctgaatc acaaccttct gtgcc 25 <210> 72 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0236 REVERSE PRIMER <400> 72 cctttggctg caatatgtct tgttg 25 <210> 73 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0237 FORWARD PRIMER <400> 73 ctggcattga tccgcattga ga 22 <210> 74 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0237 REVERSE PRIMER <400> 74 tcgtgtgatg acagttgagc aaaca 25 <210> 75 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0238 FORWARD PRIMER <400> 75 cgctgacata gcaaatctga tctcc 25 <210> 76 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0238 REVERSE PRIMER <400> 76 ccggtcgaga gaagctctgt agaag 25 <210> 77 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0239 FORWARD PRIMER <400> 77 agaaaatgcc tgcagttgtg ttgtc 25 <210> 78 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0239 REVERSE PRIMER <400> 78 ttccaaacaa tctgcagcca gc 22 <210> 79 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0240 FORWARD PRIMER <400> 79 ggaagtcatc ctgatccagc ttgtg 25 <210> 80 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0240 REVERSE PRIMER <400> 80 acgcctccag attcaagcaa gag 23 <210> 81 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0241 FORWARD PRIMER <400> 81 gccaagtggc acattcccaa c 21 <210> 82 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0241 REVERSE PRIMER <400> 82 agccggaagg atacacgaat cag 23 <210> 83 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0242 FORWARD PRIMER <400> 83 tgttaatgag gttgccatct tgtcg 25 <210> 84 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0242 REVERSE PRIMER <400> 84 ccattacaga aatgggttgg cactt 25 <210> 85 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0243 FORWARD PRIMER <400> 85 ttgacagtac atgctgggtt aggga 25 <210> 86 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0243 REVERSE PRIMER <400> 86 gcagcttttc attctgagcg ca 22 <210> 87 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0244 FORWARD PRIMER <400> 87 ttccagagta gcagcatctt gtgca 25 <210> 88 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0244 REVERSE PRIMER <400> 88 tggttttagt ggaggtgatt cgttg 25 <210> 89 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0245 FORWARD PRIMER <400> 89 tgtacggcta cacagctgaa attcc 25 <210> 90 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0245 REVERSE PRIMER <400> 90 accattttcc gaactgcttt ctttc 25 <210> 91 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0246 FORWARD PRIMER <400> 91 acgattattg ccatgacaag atcga 25 <210> 92 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0246 REVERSE PRIMER <400> 92 ggtttgtgtt ctcccactct ccaa 24 <210> 93 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0347 FORWARD PRIMER <400> 93 ttcgaaaata aaaaccctgc tccag 25 <210> 94 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0347 REVERSE PRIMER <400> 94 cctcaaaatg cctttccaaa ttcag 25 <210> 95 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0348 FORWARD PRIMER <400> 95 ttcactttcc tcctcacttt cgtca 25 <210> 96 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0348 REVERSE PRIMER <400> 96 ggcagtgcat tttggacaca cagta 25 <210> 97 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0349 FORWARD PRIMER <400> 97 tggcttgttt tgtgcgaagg g 21 <210> 98 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0349 REVERSE PRIMER <400> 98 cccattgacc aagtctttca caaga 25 <210> 99 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0350 FORWARD PRIMER <400> 99 tctcaatctt aaccccactc ttcgg 25 <210> 100 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0350 REVERSE PRIMER <400> 100 tgaccactgt ctgacatggg ctc 23 <210> 101 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0351 FORWARD PRIMER <400> 101 tcaaaattct gtgaagaccg atgga 25 <210> 102 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0351 REVERSE PRIMER <400> 102 caacaatttg ccaacctcat tgc 23 <210> 103 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0352 FORWARD PRIMER <400> 103 tttcgcaata caagtaggac tgcca 25 <210> 104 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0352 REVERSE PRIMER <400> 104 gtggtgtcgc tcaaacaggt ttg 23 <210> 105 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0353 FORWARD PRIMER <400> 105 atctagcagt cgattgttgg cattg 25 <210> 106 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0353 REVERSE PRIMER <400> 106 tggtgctgta attccatttc catca 25 <210> 107 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0354 FORWARD PRIMER <400> 107 ttgctgcctc cagttggaag tct 23 <210> 108 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0354 REVERSE PRIMER <400> 108 cccaacagca agcatacaca cactc 25 <210> 109 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0355 FORWARD PRIMER <400> 109 tgaccagcat cagcatatca aaaca 25 <210> 110 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0355 REVERSE PRIMER <400> 110 gcagcaaggt catgatgacc atatt 25 <210> 111 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0356 FORWARD PRIMER <400> 111 atgtaatcca tgccccttat tttgc 25 <210> 112 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0356 REVERSE PRIMER <400> 112 tcagagcttc tggaggtgag gaatt 25 <210> 113 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0457 FORWARD PRIMER <400> 113 catcattgtg caggtatggg agaaa 25 <210> 114 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0457 REVERSE PRIMER <400> 114 cccgcttaaa tcgtcccttt tgta 24 <210> 115 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0458 FORWARD PRIMER <400> 115 gatgatgaaa atgacactgc ttggg 25 <210> 116 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0458 REVERSE PRIMER <400> 116 gcaaagtaaa cagggcaagc aaaa 24 <210> 117 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0459 FORWARD PRIMER <400> 117 agcaattttt cgcctgcatt cc 22 <210> 118 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0459 REVERSE PRIMER <400> 118 tggaacatgc cattcattga cagag 25 <210> 119 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0460 FORWARD PRIMER <400> 119 ataggaaaat tcacctcgac agccg 25 <210> 120 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0460 REVERSE PRIMER <400> 120 tggcagctca acatgactgg c 21 <210> 121 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0461 FORWARD PRIMER <400> 121 cctggaacaa ccaaacactg acttg 25 <210> 122 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0461 REVERSE PRIMER <400> 122 cgccgtcgca attaaaatgt gc 22 <210> 123 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0462 FORWARD PRIMER <400> 123 ggaactggct acaggaaaga cttgg 25 <210> 124 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0462 REVERSE PRIMER <400> 124 agccctccaa gtcacttttg tgttt 25 <210> 125 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0463 FORWARD PRIMER <400> 125 ttagcagcca ctttctcaca atcca 25 <210> 126 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0463 REVERSE PRIMER <400> 126 gcagttcgca tttccagatc actag 25 <210> 127 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0464 FORWARD PRIMER <400> 127 ggggttctgc aatgaaggtg c 21 <210> 128 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0464 REVERSE PRIMER <400> 128 gcgctgaagc attagcagta gatgt 25 <210> 129 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0465 FORWARD PRIMER <400> 129 ttgaaattgc acacaagact agggg 25 <210> 130 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0465 REVERSE PRIMER <400> 130 tttctcggag tatatgcaat cggc 24 <210> 131 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0466 FORWARD PRIMER <400> 131 aacctgtcac tatgcgaacc aacac 25 <210> 132 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0466 REVERSE PRIMER <400> 132 catttccaga gccagatgtg tgg 23 <210> 133 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0467 FORWARD PRIMER <400> 133 atgaagaaac tttggtccag gcttg 25 <210> 134 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0467 REVERSE PRIMER <400> 134 ttgccaacac cagctatcgc a 21 <210> 135 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0468 FORWARD PRIMER <400> 135 ggtaccacag cagataacgg ttgtg 25 <210> 136 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0468 REVERSE PRIMER <400> 136 gcacacaaga tagctcaaac atccg 25 <210> 137 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0469 FORWARD PRIMER <400> 137 atggttttcc tgttgttgat gagcc 25 <210> 138 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0469 REVERSE PRIMER <400> 138 tcatgagcaa tgaaagcgat aatgc 25 <210> 139 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0470 FORWARD PRIMER <400> 139 cttcagcctc aagtttgtca ccatg 25 <210> 140 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0470 REVERSE PRIMER <400> 140 agcggagatc aagtgaactt gcttt 25 <210> 141 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0471 FORWARD PRIMER <400> 141 attaattacc atttgatggc gaggg 25 <210> 142 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0471 REVERSE PRIMER <400> 142 ggattggtta tccaggtggt ctcat 25 <210> 143 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0572 FORWARD PRIMER <400> 143 acaaaaagct gagatacgat tggca 25 <210> 144 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0572 REVERSE PRIMER <400> 144 ggggatgttg atgattggaa gaaaa 25 <210> 145 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0573 FORWARD PRIMER <400> 145 gccggcttca tgatatcacc aa 22 <210> 146 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0573 REVERSE PRIMER <400> 146 gagggggccc aaaaatatct ttaat 25 <210> 147 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0574 FORWARD PRIMER <400> 147 atcaatgttg ccaaatgatg ctgc 24 <210> 148 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0574 REVERSE PRIMER <400> 148 tggagacctc gatcgaacta gcttt 25 <210> 149 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0575 FORWARD PRIMER <400> 149 tcggcagtat cgtcaggcac tc 22 <210> 150 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0575 REVERSE PRIMER <400> 150 ggcccatgca aatacacctg c 21 <210> 151 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0576 FORWARD PRIMER <400> 151 tgacgacgaa agggagccag t 21 <210> 152 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0576 REVERSE PRIMER <400> 152 gcagtatccc cagttcccca ctaat 25 <210> 153 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0577 FORWARD PRIMER <400> 153 agagttcttc ctccttgtgg gtgtg 25 <210> 154 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0577 REVERSE PRIMER <400> 154 ttagttgcgg atcttccatc agcta 25 <210> 155 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0578 FORWARD PRIMER <400> 155 acactccaac tcttccatcg aagga 25 <210> 156 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0578 REVERSE PRIMER <400> 156 tccactgttg attcaggcat tgagt 25 <210> 157 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0579 FORWARD PRIMER <400> 157 gcagacgatc catcttgccc a 21 <210> 158 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0579 REVERSE PRIMER <400> 158 cgaggagaag aaggagactg agcag 25 <210> 159 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0680 FORWARD PRIMER <400> 159 tcgccggaga gcatgttgtc 20 <210> 160 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0680 REVERSE PRIMER <400> 160 ccttggtaac aatctcctgg aggg 24 <210> 161 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0681 FORWARD PRIMER <400> 161 tatcaataat cgtacctggg agcgc 25 <210> 162 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0681 REVERSE PRIMER <400> 162 ccaggcgtca ggtgattata ttgct 25 <210> 163 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0682 FORWARD PRIMER <400> 163 cagggaaacg atggtgacaa cg 22 <210> 164 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0682 REVERSE PRIMER <400> 164 tgaagcccat gcgaatccat t 21 <210> 165 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0683 FORWARD PRIMER <400> 165 aatgaagctg aagtgatgat gccac 25 <210> 166 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0683 REVERSE PRIMER <400> 166 tggcagccat agtgactgaa ggata 25 <210> 167 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0684 FORWARD PRIMER <400> 167 aacaagcatt ttccctatgc caca 24 <210> 168 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0684 REVERSE PRIMER <400> 168 agatttccca agatggacca agttg 25 <210> 169 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0685 FORWARD PRIMER <400> 169 tttgaatgaa agctcgcaga tgatc 25 <210> 170 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0685 REVERSE PRIMER <400> 170 tggaacttca agtgaaggct gtcag 25 <210> 171 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0686 FORWARD PRIMER <400> 171 ttgagcttat gaaaccaaca gccaa 25 <210> 172 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0686 REVERSE PRIMER <400> 172 tgaaatggcc gggagttaca atta 24 <210> 173 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0687 FORWARD PRIMER <400> 173 gaacttgggg ttcaccagag agatg 25 <210> 174 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0687 REVERSE PRIMER <400> 174 ggaaatgacc ccttgatcat gtgag 25 <210> 175 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0688 FORWARD PRIMER <400> 175 aggaagtgaa caacagcact cgtgt 25 <210> 176 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0688 REVERSE PRIMER <400> 176 tttattcgag ttgcgggaga cgt 23 <210> 177 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0689 FORWARD PRIMER <400> 177 cacaaccctt gctccttcca tg 22 <210> 178 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0689 REVERSE PRIMER <400> 178 cctctccagt aaggttgcca cagat 25 <210> 179 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0690 FORWARD PRIMER <400> 179 aggaatctca gggatatttg gagca 25 <210> 180 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0690 REVERSE PRIMER <400> 180 tggaaacctc actgcacttt ctgaa 25 <210> 181 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0691 FORWARD PRIMER <400> 181 gctgctagac tagttgatgc catgc 25 <210> 182 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0691 REVERSE PRIMER <400> 182 gaattgtggt tcctgctcca ttagg 25 <210> 183 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0692 FORWARD PRIMER <400> 183 gcacgccgat gtagtagaat ccg 23 <210> 184 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0692 REVERSE PRIMER <400> 184 ggaagttcta tgccgcgtga attg 24 <210> 185 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0693 FORWARD PRIMER <400> 185 acttcccttc ctaccctcgt tttca 25 <210> 186 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0693 REVERSE PRIMER <400> 186 aaccatagga gccaattctt ggaaa 25 <210> 187 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS07100 FORWARD PRIMER <400> 187 gagcacctgg ccaagcaaat cta 23 <210> 188 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS07100 REVERSE PRIMER <400> 188 ctgtaccggg aggtcagagg tga 23 <210> 189 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS07101 FORWARD PRIMER <400> 189 acattgagac cactgctagg cacaa 25 <210> 190 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS07101 REVERSE PRIMER <400> 190 gccgatgcta atagactcgc tgaat 25 <210> 191 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS07102 FORWARD PRIMER <400> 191 ggcagtaaaa tgcctcaaca ccaa 24 <210> 192 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS07102 REVERSE PRIMER <400> 192 ccatgcaaaa cgattcaaaa gtgg 24 <210> 193 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0794 FORWARD PRIMER <400> 193 tggaatcgag tttcccgtta ttcat 25 <210> 194 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0794 REVERSE PRIMER <400> 194 tcggtatcaa tggcgatgtt taatg 25 <210> 195 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0795 FORWARD PRIMER <400> 195 cgtcatccaa gccagagacc gt 22 <210> 196 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0795 REVERSE PRIMER <400> 196 tggaagcgtt tctcccatgt ctg 23 <210> 197 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0796 FORWARD PRIMER <400> 197 cttctagaga agcggttgct tgca 24 <210> 198 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0796 REVERSE PRIMER <400> 198 gcgataacct catccttctg ctga 24 <210> 199 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0797 FORWARD PRIMER <400> 199 cattgagtga ctcgggatga tatgg 25 <210> 200 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0797 REVERSE PRIMER <400> 200 gatctgctcc ctgctatttt gcg 23 <210> 201 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0798 FORWARD PRIMER <400> 201 atacgaccat gaagcctgcg ttct 24 <210> 202 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0798 REVERSE PRIMER <400> 202 tacttagcgg aaacaagcgg cttc 24 <210> 203 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0799 FORWARD PRIMER <400> 203 tttgtaacct gccagcattc atttc 25 <210> 204 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0799 REVERSE PRIMER <400> 204 ggggcaatgt tgtcttaatg ggtat 25 <210> 205 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08103 FORWARD PRIMER <400> 205 tcaatgcgtc tggcctgaca a 21 <210> 206 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08103 REVERSE PRIMER <400> 206 gagatattcc ggtgtgtgac accag 25 <210> 207 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08104 FORWARD PRIMER <400> 207 tcagtgaccg tggatctgaa tgg 23 <210> 208 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08104 REVERSE PRIMER <400> 208 catgagaact tgcctgcaca gaatt 25 <210> 209 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08105 FORWARD PRIMER <400> 209 tgattactac ccagtcggct tcagc 25 <210> 210 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08105 REVERSE PRIMER <400> 210 tgcttctgcc cttgtctatg attca 25 <210> 211 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08106 FORWARD PRIMER <400> 211 tcaagttacc gtaggccagt gtgtg 25 <210> 212 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08106 REVERSE PRIMER <400> 212 gcctctcccc acagaatgat cag 23 <210> 213 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08107 FORWARD PRIMER <400> 213 aggtgtatgt agggcctttt gttcg 25 <210> 214 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08107 REVERSE PRIMER <400> 214 tggttttcaa atatgatgcc cagag 25 <210> 215 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08108 FORWARD PRIMER <400> 215 aatgatgggt gtgaatctat gcagc 25 <210> 216 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08108 REVERSE PRIMER <400> 216 gccctctcct ctcatctctc catta 25 <210> 217 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08109 FORWARD PRIMER <400> 217 caatcatccc taatggtgag cagg 24 <210> 218 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08109 REVERSE PRIMER <400> 218 acaccgtgcg cgtcattgtc 20 <210> 219 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08110 FORWARD PRIMER <400> 219 aggtatggac ggttattgag gcg 23 <210> 220 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08110 REVERSE PRIMER <400> 220 cagcttctgg tgtcatcctc atcat 25 <210> 221 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08111 FORWARD PRIMER <400> 221 ctagacctct gcaacgccat tca 23 <210> 222 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08111 REVERSE PRIMER <400> 222 catctgaata gcgaggccgt atca 24 <210> 223 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08112 FORWARD PRIMER <400> 223 tcactggctt caatgaactt gcag 24 <210> 224 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08112 REVERSE PRIMER <400> 224 tccaaacacg gctcttgaag ttaaa 25 <210> 225 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09113 FORWARD PRIMER <400> 225 gcatgcagtg ctttctaaca aatcc 25 <210> 226 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09113 REVERSE PRIMER <400> 226 tgcatgtttg gtctgtacac ctcaa 25 <210> 227 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09114 FORWARD PRIMER <400> 227 tccttctcaa gaactagctg cacca 25 <210> 228 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09114 REVERSE PRIMER <400> 228 caaataccgg cgcatctttg ag 22 <210> 229 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09115 FORWARD PRIMER <400> 229 aatgctaata gtccgccatt tggaa 25 <210> 230 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09115 REVERSE PRIMER <400> 230 ttgatccaga aggtgactgc cagta 25 <210> 231 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09116 FORWARD PRIMER <400> 231 ttgatagcca ctttggacat gttgg 25 <210> 232 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09116 REVERSE PRIMER <400> 232 gcattatggc cacacattga ttgaa 25 <210> 233 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09117 FORWARD PRIMER <400> 233 aattgcgtct catctgttgg agct 24 <210> 234 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09117 REVERSE PRIMER <400> 234 ttgggttggg actggcctta cta 23 <210> 235 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10118 FORWARD PRIMER <400> 235 ggagatttcg tcatcgtgaa cgc 23 <210> 236 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10118 REVERSE PRIMER <400> 236 tggagttgag agctggggat tca 23 <210> 237 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10119 FORWARD PRIMER <400> 237 tgtgcatctg tacacctctt gtccc 25 <210> 238 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10119 REVERSE PRIMER <400> 238 gacgcccctc ctggtaatac agag 24 <210> 239 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10120 FORWARD PRIMER <400> 239 attgatttca acaacaagca tccgg 25 <210> 240 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10120 REVERSE PRIMER <400> 240 tgatgcaatg tcatgttgga agtga 25 <210> 241 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10121 FORWARD PRIMER <400> 241 ttatatttct tcacccgaca tggcc 25 <210> 242 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10121 REVERSE PRIMER <400> 242 ttgtgttgcc cttaaaacct aagca 25 <210> 243 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10122 FORWARD PRIMER <400> 243 atggagcaga tgaccatcat cagc 24 <210> 244 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10122 REVERSE PRIMER <400> 244 cgttcactcg ggagattaaa atcca 25 <210> 245 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10123 FORWARD PRIMER <400> 245 gtggtagatc agcgccagca tgt 23 <210> 246 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10123 REVERSE PRIMER <400> 246 ccctagcttg gtcattgcac aaca 24 <210> 247 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10124 FORWARD PRIMER <400> 247 tcagtgcact tactgtcccc atctc 25 <210> 248 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10124 REVERSE PRIMER <400> 248 ttggtgtttg aggaattgtc tcgc 24 <210> 249 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10125 FORWARD PRIMER <400> 249 ttgtaggtct acactgcatc gcgtt 25 <210> 250 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10125 REVERSE PRIMER <400> 250 ttggcaacag aaaatacagt ggagg 25 <210> 251 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11126 FORWARD PRIMER <400> 251 cgagctgtgt tttgcttgac attg 24 <210> 252 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11126 REVERSE PRIMER <400> 252 ccttcatgaa agatgcacgg tgaa 24 <210> 253 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11127 FORWARD PRIMER <400> 253 atcgatcaat gtacttgcag atggg 25 <210> 254 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11127 REVERSE PRIMER <400> 254 aaagcctgac gcatcatcgc ta 22 <210> 255 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11128 FORWARD PRIMER <400> 255 ggtagcatcc caagagagct cttca 25 <210> 256 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11128 REVERSE PRIMER <400> 256 gctctggaaa gatcgtcgaa tgaaa 25 <210> 257 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11129 FORWARD PRIMER <400> 257 tgcatttggt catcttcagc tcttc 25 <210> 258 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11129 REVERSE PRIMER <400> 258 tcatgcctat ctaggttcct ccacc 25 <210> 259 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11130 FORWARD PRIMER <400> 259 gagatgacaa gaagcccata ttccc 25 <210> 260 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11130 REVERSE PRIMER <400> 260 ggcagatccc gtcttttcta ttcaa 25 <210> 261 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11131 FORWARD PRIMER <400> 261 cctttatacc acaggtaccc ggtca 25 <210> 262 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11131 REVERSE PRIMER <400> 262 tgggttcaag tccttccatc gat 23 <210> 263 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11132 FORWARD PRIMER <400> 263 ctaactcatc aatgaaggcc tgctg 25 <210> 264 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11132 REVERSE PRIMER <400> 264 ggacaagggc acagtctcca aaa 23 <210> 265 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11133 FORWARD PRIMER <400> 265 gtgcttgctt ggcaatcacc att 23 <210> 266 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11133 REVERSE PRIMER <400> 266 ctccacagtt catctatcac ccgaa 25 <210> 267 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11134 FORWARD PRIMER <400> 267 gcttctcgat agtttgatgc attgc 25 <210> 268 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11134 REVERSE PRIMER <400> 268 gcaactcgca gatagaacct ggaat 25 <210> 269 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11135 FORWARD PRIMER <400> 269 aggtaacgga cagtcctgat tgacc 25 <210> 270 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11135 REVERSE PRIMER <400> 270 gatgcatgag gccagtaaga ttgg 24 <210> 271 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11136 FORWARD PRIMER <400> 271 tggccgagtc tttctctgcg tata 24 <210> 272 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11136 REVERSE PRIMER <400> 272 cgagatgatg aatgcaagga cttga 25 <210> 273 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11137 FORWARD PRIMER <400> 273 aaatcgtgaa gcagatcatg aaccg 25 <210> 274 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11137 REVERSE PRIMER <400> 274 gcattgagtc gaaaacggtt ccttt 25 <210> 275 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12138 FORWARD PRIMER <400> 275 gactgacttt gccatcatga ccttg 25 <210> 276 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12138 REVERSE PRIMER <400> 276 ccaacagcaa gagcaaggca gata 24 <210> 277 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12139 FORWARD PRIMER <400> 277 tcttcttttg gaacagtgat ggctg 25 <210> 278 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12139 REVERSE PRIMER <400> 278 gcaccggttg tgtctgaaag aagta 25 <210> 279 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12140 FORWARD PRIMER <400> 279 cctttgtgtg gaaaacgcaa gtaaa 25 <210> 280 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12140 REVERSE PRIMER <400> 280 gccatgtaaa aggcatcctg tcaaa 25 <210> 281 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12141 FORWARD PRIMER <400> 281 actccagctt aaaaagggat ccgag 25 <210> 282 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12141 REVERSE PRIMER <400> 282 tattgtagtt ggcagggcca tgtc 24 <210> 283 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12142 FORWARD PRIMER <400> 283 gaggcaatcc atcaccatca ggt 23 <210> 284 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12142 REVERSE PRIMER <400> 284 gcggctctta aagtttgatg gacat 25 <210> 285 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12143 FORWARD PRIMER <400> 285 ttttgagttc ccaccaagag aatcc 25 <210> 286 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12143 REVERSE PRIMER <400> 286 gcgagaagat atacggaacg gtgtt 25 <210> 287 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12144 FORWARD PRIMER <400> 287 taatggagct ttcacggttc atgc 24 <210> 288 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12144 REVERSE PRIMER <400> 288 tcgtggtatg taactatggc cgaca 25 <210> 289 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12145 FORWARD PRIMER <400> 289 agaatgataa tttgtgtggc gctga 25 <210> 290 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12145 REVERSE PRIMER <400> 290 tgcacggtcc ttctacgtta atgg 24 <210> 291 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12146 FORWARD PRIMER <400> 291 tgatctggca atcaagtcat gaagg 25 <210> 292 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12146 REVERSE PRIMER <400> 292 ggcgattcct gtgtactgtt ggttt 25

Claims (3)

  1. RS011에 대한 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머 쌍, RS0110에 대한 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머 쌍, RS0111에 대한 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0112에 대한 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머 쌍, RS0113에 대한 서열번호 9 및 10으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0114에 대한 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머 쌍, RS0115에 대한 서열번호 13 및 14로 표시되는 프라이머 쌍, RS0116에 대한 서열번호 15 및 16으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0117에 대한 서열번호 17 및 18로 표시되는 프라이머 쌍, RS0118에 대한 서열번호 19 및 20으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0119에 대한 21 및 22로 표시되는 프라이머 쌍, RS012에 대한 서열번호 23 및 24로 표시되는 프라이머 쌍, RS0120에 대한 서열번호 25 및 26으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0121에 대한 서열번호 27 및 28로 표시되는 프라이머 쌍, RS0122에 대한 서열번호 29 및 30으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0123에 대한 서열번호 31 및 32로 표시되는 프라이머 쌍, RS0124에 대한 서열번호 33 및 34로 표시되는 프라이머 쌍, RS0125에 대한 서열번호 35 및 36으로 표시되는 프라이머 쌍, RS013에 대한 서열번호 37 및 38로 표시되는 프라이머 쌍, RS014에 대한 서열번호 39 및 40으로 표시되는 프라이머 쌍, RS015에 대한 서열번호 41 및 42로 표시되는 프라이머 쌍, RS016에 대한 서열번호 43 및 44로 표시되는 프라이머 쌍, RS017에 대한 서열번호 45 및 46으로 표시되는 프라이머 쌍, RS018에 대한 서열번호 47 및 48로 표시되는 프라이머 쌍, RS019에 대한 서열번호 49 및 50으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0226에 대한 서열번호 51 및 52로 표시되는 프라이머 쌍, RS0227에 대한 서열번호 53 및 54로 표시되는 프라이머 쌍, RS0228에 대한 서열번호 55 및 56으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0229에 대한 서열번호 57 및 58로 표시되는 프라이머 쌍, RS0230에 대한 서열번호 59 및 60으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0231에 대한 서열번호 61 및 62로 표시되는 프라이머 쌍, RS0232에 대한 서열번호 63 및 64로 표시되는 프라이머 쌍, RS0233에 대한 서열번호 65 및 66으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0234에 대한 서열번호 67 및 68로 표시되는 프라이머 쌍, RS0235에 대한 서열번호 69 및 70으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0236에 대한 서열번호 71 및 72로 표시되는 프라이머 쌍, RS0237에 대한 서열번호 73 및 74로 표시되는 프라이머 쌍, RS0238에 대한 서열번호 75 및 76으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0239에 대한 서열번호 77 및 78로 표시되는 프라이머 쌍, RS0240에 대한 서열번호 79 및 80으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0241에 대한 서열번호 81 및 82로 표시되는 프라이머 쌍, RS0242에 대한 서열번호 83 및 84로 표시되는 프라이머 쌍, RS0243에 대한 서열번호 85 및 86으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0244에 대한 서열번호 87 및 88로 표시되는 프라이머 쌍, RS0245에 대한 서열번호 89 및 90으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0246에 대한 서열번호 91 및 92로 표시되는 프라이머 쌍, RS0347에 대한 서열번호 93 및 94로 표시되는 프라이머 쌍, RS0348에 대한 서열번호 95 및 96으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0349에 대한 서열번호 97 및 98로 표시되는 프라이머 쌍, RS0350에 대한 서열번호 99 및 100으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0351에 대한 서열번호 101 및 102로 표시되는 프라이머 쌍, RS0352에 대한 서열번호 103 및 104로 표시되는 프라이머 쌍, RS0353에 대한 서열번호 105 및 106으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0354에 대한 서열번호 107 및 108로 표시되는 프라이머 쌍, RS0355에 대한 서열번호 109 및 110으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0356에 대한 서열번호 111 및 112로 표시되는 프라이머 쌍, RS0457에 대한 서열번호 113 및 114로 표시되는 프라이머 쌍, RS0458에 대한 서열번호 115 및 116으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0459에 대한 서열번호 117 및 118로 표시되는 프라이머 쌍, RS0460에 대한 서열번호 119 및 120으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0461에 대한 서열번호 121 및 122로 표시되는 프라이머 쌍, RS0462에 대한 서열번호 123 및 124로 표시되는 프라이머 쌍, RS0463에 대한 서열번호 125 및 126으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0464에 대한 서열번호 127 및 128로 표시되는 프라이머 쌍, RS0465에 대한 서열번호 129 및 130으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0466에 대한 서열번호 131 및 132로 표시되는 프라이머 쌍, RS0467에 대한 서열번호 133 및 134로 표시되는 프라이머 쌍, RS0468에 대한 서열번호 135 및 136으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0469에 대한 서열번호 137 및 138로 표시되는 프라이머 쌍, RS0470에 대한 서열번호 139 및 140으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0471에 대한 서열번호 141 및 142로 표시되는 프라이머 쌍, RS0572에 대한 서열번호 143 및 144로 표시되는 프라이머 쌍, RS0573에 대한 서열번호 145 및 146으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0574에 대한 서열번호 147 및 148로 표시되는 프라이머 쌍, RS0575에 대한 서열번호 149 및 150으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0576에 대한 서열번호 151 및 152로 표시되는 프라이머 쌍, RS0577에 대한 서열번호 153 및 154로 표시되는 프라이머 쌍, RS0578에 대한 서열번호 155 및 156으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0579에 대한 서열번호 157 및 158로 표시되는 프라이머 쌍, RS0680에 대한 서열번호 159 및 160으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0681에 대한 서열번호 161 및 162로 표시되는 프라이머 쌍, RS0682에 대한 서열번호 163 및 164로 표시되는 프라이머 쌍, RS0683에 대한 서열번호 165 및 166으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0684에 대한 서열번호 167 및 168로 표시되는 프라이머 쌍, RS0685에 대한 서열번호 169 및 170으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0686에 대한 서열번호 171 및 172로 표시되는 프라이머 쌍, RS0687에 대한 서열번호 173 및 174로 표시되는 프라이머 쌍, RS0688에 대한 서열번호 175 및 176으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0689에 대한 서열번호 177 및 178로 표시되는 프라이머 쌍, RS0690에 대한 서열번호 179 및 180으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0691에 대한 서열번호 181 및 182로 표시되는 프라이머 쌍, RS0692에 대한 서열번호 183 및 184로 표시되는 프라이머 쌍, RS0693에 대한 서열번호 185 및 186으로 표시되는 프라이머 쌍, RS07100에 대한 서열번호 187 및 188로 표시되는 프라이머 쌍, RS07101에 대한 서열번호 189 및 190으로 표시되는 프라이머 쌍, RS07102에 대한 서열번호 191 및 192로 표시되는 프라이머 쌍, RS0794에 대한 서열번호 193 및 194로 표시되는 프라이머 쌍, RS0795에 대한 서열번호 195 및 196으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0796에 대한 서열번호 197 및 198로 표시되는 프라이머 쌍, RS0797에 대한 서열번호 199 및 200으로 표시되는 프라이머 쌍, RS0798에 대한 서열번호 201 및 202로 표시되는 프라이머 쌍, RS0799에 대한 서열번호 203 및 204로 표시되는 프라이머 쌍, RS08103에 대한 서열번호 205 및 206으로 표시되는 프라이머 쌍, RS08104에 대한 서열번호 207 및 208로 표시되는 프라이머 쌍, RS08105에 대한 서열번호 209 및 210으로 표시되는 프라이머 쌍, RS08106에 대한 서열번호 211 및 212로 표시되는 프라이머 쌍, RS08107에 대한 서열번호 213 및 214로 표시되는 프라이머 쌍, RS08108에 대한 서열번호 215 및 216으로 표시되는 프라이머 쌍, RS08109에 대한 서열번호 217 및 218로 표시되는 프라이머 쌍, RS08110에 대한 서열번호 219 및 220으로 표시되는 프라이머 쌍, RS08111에 대한 서열번호 221 및 222로 표시되는 프라이머 쌍, RS08112에 대한 서열번호 223 및 224로 표시되는 프라이머 쌍, RS09113에 대한 서열번호 225 및 226으로 표시되는 프라이머 쌍, RS09114에 대한 서열번호 227 및 228로 표시되는 프라이머 쌍, RS09115에 대한 서열번호 229 및 230으로 표시되는 프라이머 쌍, RS09116에 대한 서열번호 231 및 232로 표시되는 프라이머 쌍, RS09117에 대한 서열번호 233 및 234로 표시되는 프라이머 쌍, RS10118에 대한 서열번호 235 및 236으로 표시되는 프라이머 쌍, RS10119에 대한 서열번호 237 및 238로 표시되는 프라이머 쌍, RS10120에 대한 서열번호 239 및 240으로 표시되는 프라이머 쌍, RS10121에 대한 서열번호 241 및 242로 표시되는 프라이머 쌍, RS10122에 대한 서열번호 243 및 244로 표시되는 프라이머 쌍, RS10123에 대한 서열번호 245 및 246으로 표시되는 프라이머 쌍, RS10124에 대한 서열번호 247 및 248로 표시되는 프라이머 쌍, RS10125에 대한 서열번호 249 및 250으로 표시되는 프라이머 쌍, RS11126에 대한 서열번호 251 및 252로 표시되는 프라이머 쌍, RS11127에 대한 서열번호 253 및 254로 표시되는 프라이머 쌍, RS11128에 대한 서열번호 255 및 256으로 표시되는 프라이머 쌍, RS11129에 대한 서열번호 257 및 258로 표시되는 프라이머 쌍, RS11130에 대한 서열번호 259 및 260으로 표시되는 프라이머 쌍, RS11131에 대한 서열번호 261 및 262로 표시되는 프라이머 쌍, RS11132에 대한 서열번호 263 및 264로 표시되는 프라이머 쌍, RS11133에 대한 서열번호 265 및 266으로 표시되는 프라이머 쌍, RS11134에 대한 서열번호 267 및 268로 표시되는 프라이머 쌍, RS11135에 대한 서열번호 269 및 270으로 표시되는 프라이머 쌍, RS11136에 대한 서열번호 271 및 272로 표시되는 프라이머 쌍, RS11137에 대한 서열번호 273 및 274로 표시되는 프라이머 쌍, RS12138에 대한 서열번호 275 및 276으로 표시되는 프라이머 쌍, RS12139에 대한 서열번호 277 및 278로 표시되는 프라이머 쌍, RS12140에 대한 서열번호 279 및 280으로 표시되는 프라이머 쌍, RS12141에 대한 서열번호 281 및 282로 표시되는 프라이머 쌍, RS12142에 대한 서열번호 283 및 284로 표시되는 프라이머 쌍, RS12143에 대한 서열번호 285 및 286으로 표시되는 프라이머 쌍, RS12144에 대한 서열번호 287 및 288로 표시되는 프라이머 쌍, RS12145에 대한 서열번호 289 및 290으로 표시되는 프라이머 쌍, 및 RS12146에 대한 서열번호 291 및 292로 표시되는 프라이머 쌍을 모두 포함하는, 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장(culm length)과 관련된 양적형질 유전자좌(QTLs, quantitative trait loci)를 결정하기 위한 유전지도 작성용 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences) 마커 증폭용 프라이머 세트.
  2. 제1항에 있어서, 상기 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장 관련 양적형질 유전자좌(QTL)는, 5번 염색체상의 R5M13 및 RS0573 사이에 위치하고, LOD(logarithm of the odds) 값이 3.51로 밀양23호의 대립유전자(allele)가 간장을 2.72cm 증가시키며, 4.24%의 간장 표현형 변이를 나타내는 특징을 가지는 "qCL5"로 명명된 QTL, 또는 12번 염색체상의 RS12143 및 RM1300 사이에 위치하고, LOD 값이 3.09로 밀양23호의 대립유전자가 간장을 2.47cm 증가시키며, 3.59%의 간장 표현형 변이를 나타내는 특징을 가지는 "qCL12"로 명명된 QTL인 것을 특징으로 하는, 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장과 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 유전지도 작성용 CAPS 마커 증폭용 프라이머 세트.
  3. 유전지도 작성용 집단으로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 계통을 대상으로 제1항에 따른 CAPS 마커 증폭용 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하고, 상기 PCR로 분리된 CAPS 마커를 이용하여 제작된, 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 간장 관련 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 도 3으로 표시되는 유전지도를 제작하는 방법.
KR1020140150008A 2014-10-31 2014-10-31 벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커 KR101696679B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020140150008A KR101696679B1 (ko) 2014-10-31 2014-10-31 벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020140150008A KR101696679B1 (ko) 2014-10-31 2014-10-31 벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20160053151A KR20160053151A (ko) 2016-05-13
KR101696679B1 true KR101696679B1 (ko) 2017-01-17

Family

ID=56023055

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020140150008A KR101696679B1 (ko) 2014-10-31 2014-10-31 벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR101696679B1 (ko)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109338003A (zh) * 2018-11-12 2019-02-15 上海市农业科学院 检测水稻耐高温基因TT1基因型的TT1-dCAPS标记及应用
CN113881796B (zh) * 2021-09-30 2023-06-16 浙江师范大学 水稻qVEα-toco/total-toco分子标记与应用

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR100264743B1 (ko) * 1998-02-06 2002-09-17 손재근 Rapdmarker를이용한벼의유묘내냉성에관여하는양적형질유전자지도(qtl)와저온저항성벼품종선발방법
KR20130134269A (ko) * 2012-05-30 2013-12-10 주식회사 씨더스 차세대염기서열기반 에스엔피 유전형분석을 이용한 초고밀도 유전자지도 작성기법

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Song, MT., et al., Korean J. Crop Sci., Vol.48(1), pp.56-64, (2003) "Evaluation of QTL Related SSR Marker Universality in Korean Rice Breeding Populations."
Wang, L., et al., Theor Appl Genet., Vol.122, pp.327-340, (2011) "Mapping 49 quantitative trait loci at high resolution through sequencing-based genotyping of rice recombinant inbred lines"

Also Published As

Publication number Publication date
KR20160053151A (ko) 2016-05-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Liu et al. Global transcriptome sequencing using the Illumina platform and the development of EST-SSR markers in autotetraploid alfalfa
Yan et al. Analyses of the complete genome and gene expression of chloroplast of sweet potato [Ipomoea batata]
Li et al. Identification of candidate genes for fiber length quantitative trait loci through RNA-Seq and linkage and physical mapping in cotton
TEMEL et al. Single nucleotide polymorphism discovery through Illumina-based transcriptome sequencing and mapping in lentil
US10590490B2 (en) QTLs associated with and methods for identifying whole plant field resistance to Sclerotinia
Xue et al. Chromosome level high-density integrated genetic maps improve the Pyrus bretschneideri ‘DangshanSuli’v1. 0 genome
CA3175033A1 (en) Autoflowering markers
CN109628630B (zh) 与棉花衣分性状显著相关的基因、snp标记及其应用
Skuza et al. Genetic diversity and relationship between cultivated, weedy and wild rye species as revealed by chloroplast and mitochondrial DNA non-coding regions analysis
Zheng et al. A consensus linkage map of common carp (Cyprinus carpio L.) to compare the distribution and variation of QTLs associated with growth traits
Wang et al. Construction of a high-density genetic map and analysis of seed-related traits using specific length amplified fragment sequencing for Cucurbita maxima
Luo et al. Rapid mapping of candidate genes for cold tolerance in Oryza rufipogon Griff. by QTL-seq of seedlings
KR101696679B1 (ko) 벼의 간장 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커
US10526613B2 (en) QTLs associated with and methods for identifying shatter resistance in canola
CN101747420B (zh) 一种水稻显性矮秆相关蛋白及其编码基因与应用
Khaliq et al. Ty1-Copia retrotransposons are heterogeneous, extremely high copy number and are major players in the genome organization and evolution of Agave tequilana
Noh et al. A genome-wide association study for the detection of genes related to apple Marssonina blotch disease resistance in apples
KR101700596B1 (ko) 벼의 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 caps 마커
Yan et al. Analysis of the diversity and function of the alleles of the rice blast resistance genes Piz-t, Pita and Pik in 24 rice cultivars
Zhao et al. Molecular mapping of a recessive gene for stripe rust resistance at the YrCf75 locus using bulked segregant analysis combined with single nucleotide polymorphism genotyping arrays and bulked segregant RNA-Sequencing
KR101793042B1 (ko) 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커
CN113234848B (zh) 一种与杨树气孔形态、光合效率相关的分子标记及其应用
Aguirre-Dugua et al. Evolutionary dynamics of transferred sequences between organellar genomes in Cucurbita
KR101570778B1 (ko) 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성 계통의 판별을 위한 snp 마커
CN107022616B (zh) 藜麦二态性InDel分子标记及其开发方法与应用

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
E902 Notification of reason for refusal
E90F Notification of reason for final refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant