KR101570778B1 - 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성 계통의 판별을 위한 ｓｎｐ 마커 - Google Patents

Abstract

본 발명은 화영벼의 약배양 후손 특이적인 SNPs에 관한 것으로, 본 발명의 SNP 마커들을 통하여 벼 흰잎마름병 저항성을 가지는 화영벼의 약배양 후손인 BLB 계통을 특이적으로 판별할 수 있어 품종 구별 마커로 이용될 수 있다.

Description

화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성 계통의 판별을 위한 ＳＮＰ 마커{SNP markers for discrimination of Bacterial Leaf Blight resistance line that anther-derived from Hwayeong rice}

본 발명은 화영벼의 약배양 후손 계통인 BLB를 판별할 수 있는 SNP 마커들 및 이를 포함하는 키트를 이용한 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 계통의 품종 판별 방법에 관한 것이다.

일반적으로 식물은 자방의 난핵과 화분의 정핵이 결합하는 유성생식을 하여 후대를 남기게 되는데 드물게 난핵이나 정핵이 단독으로 발육하여 배를 형성하는 경우가 자연상태에서 종종 있다. 이러한 식물체는 염색체의 수가 정상개체의 반수에 해당하게 되므로 반수체(haploid)라 명명하고 있다. 이런 반수체는 약제처리 등 인위적으로 염색체수를 배가 시킬수 있으므로 유전적으로 순수한 계통을 만들어 낼 수 있다. 일반적으로 교배를 통해 유전적으로 균일한 계통을 만들기 위해서는 4~5년 정도의 시간이 소요되는데 비해 반수체를 이용한 육종은 1~2년 사이에 순수한 계통을 만들 수 있는 장점이 있다. 반수체를 만드는 방법은 여러 가지가 있는데 화분으로 완전히 발달하기 전의 약(Anther)을 기내에 배양하여 배상체 형태를 거쳐 반수체인 식물체로 만들어 내는 약배양 방법이 있다. 그러나, 약배양은 배상체로 발달하기 적합한 소포자 발달단계와 배지내 호르몬의 조성, 모식물체의 생육환경, 온도처리 등 여러 조건에 대해 많은 실험을 수행하여 적합한 조건을 찾아야 한다.

벼 형질전환체를 이용하여 신품종을 창출하려는 노력은 오래전부터 꾸준히 시도되어 왔다. 그러나 기내에서 많은 개체를 전개하는 것이 현실적으로 어렵고, 상대적으로 긴 생육기간으로 인하여 유전적으로 고정된 형질전환체를 확보하는데 오랜 시일이 소요되는 문제점이 있다. 더 나아가 외래유전자가 건실히 발현되어도 출수기, 수량성 등의 작물학적 특성은 독립계통(event) 별로 상이하게 관찰되는 경우가 많다. 이입된 외래유전자의 위치효과를 고려해 볼 수 있으나, 조직배양과정 중 야기된 체세포변이에 의한 표현형이상(abnormal phenotype)의 가능성도 배재 할 수 없다. 그러므로 벼 형질전환체 육성의 효율은 1) 유전적으로 고정된 계통확보에 소요되는 시간과 2) 조직배양 중 야기되는 체세포변이의 억제 혹은 제거유무에 크게 지배된다. 형질전환당대에서 유전적으로 고정될 수 있으며, 체세포변이를 적절한 수단으로 제거할 수 있다면 벼 형질전환체육성에 소요되는 시간과 경비를 획기적으로 절감할 수 있고, 경제성이 겸비된 우량 신기능성 품종을 창출할 수 있다.

분자육종(molecular breeding)은 SSR(simple sequence repeat), RAPD(random amplified polymorphic DNAs), RFLP(restriction fragment length polymorphism), SNPs(single nucleotide polymorphisms), AFLP(amplified fragment length polymorphism) 등 분자마커의 활용을 통한 육종을 의미한다. SNPs는 여러 분자마커 중 가장 풍부하게 존재하는 마커이며, 식물의 유전육종에 널리 활용될 수 있고 (Agarwal M, Shrivastava N, Padh H (2008). Plant Cell Rep. 27: 617-631.), 많은 수의 SNPs가 유전체 서열 또는 ESTs로부터 얻어질 수 있다 (Marth GT, Korf I, Yandell MD, Yeh RT, Gu Z, Zakeri H, Stitziel NO, Hillier L, Kwok P-Y, Gish WR (1999). Nat. Genet. 23: 452-456.). 그러나 SNP 분석은 고가의 장비와 시약을 필요로 하기 때문에 식물분야의 적용이 어렵다 (Ardashir KM, Daniel LEW, Russel FR, Robert JH (2009). Plant Biotechnol. J. 7: 355-363.; Aurelie B, Marie Christine Le P, Mireille D, Florence E-V, Isabelle B, Alberto C, Annabelle H, Dominique B, Catherine R (2009). Plant Biotechnol. J. 7: 364-374.). 이를 극복하고자 제한효소절단과 PCR 방법을 동시에 적용하는 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence) 마커를 개발하여 왔다 (Rafalski A (2002). Curr. Opin. Plant Biol. 5: 94-100.; Kota R, Varshney R, Prasad M, Zhang H, Stein N, Graner A (2008). Funct. Integr. Genomics 8: 223-233.; Shu Y, Li Y. Zhu Z, Bai X, Cai H, Ji W, Guo D, Zhu Y (2011). Mol. Biol. Rep. 38: 1841-1846.). 그러나 CAPS 마커도 활용도 측면에서 PCR 방법만 활용한 마커에 비해 시간 및 비용이 소모되어 새로운 마커의 필요성이 대두되었다.

이에, 본 발명자들은 화영벼를 약배양하여 후손 계통들을 얻었으며, 이 중 벼 흰잎마름병 저항성 계통인 BLB 계통에 특이적인 신규한 SNP들을 검출하였으므로, 상기 SNP들에 특이적인 프라이머들을 화영벼 약배양 후손인 BLB 계통 특이적 마커로 사용할 수 있다.

본 발명은 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통 품종 판별용 SNP 마커 조성물 및 이를 포함하는 키트를 제공한다.

아울러, 본 발명은 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별 방법을 제공한다.

본 발명은 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별용 SNP 마커 조성물을 제공한다.

본 발명은 상기 SNP 마커 조성물을 포함하는 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별용 키트를 제공한다.

본 발명은 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별 방법을 제공한다.

벼 흰잎마름병 저항성을 가지는 화영벼의 약배양 후손인 BLB 계통을 본 발명의 SNP 마커들에 특이적인 조성물을 이용하여 간단하고 저렴하게 탐지할 수 있어 벼 품종 구별에 용이하게 적용할 수 있다.

도 1은 화영벼의 약배양 후손인 BLB 계통의 벼 흰잎마름병 저항성을 확인한 도이다;
동진벼: 양성 대조군;
밀양23호: 음성 대조군; 및
K1, K2, K3 및 K3a: 흰잎마름병 레이스(race).
도 2는 본 발명에서 검출한 SNP들을 NCBI의 dbSNP와 비교하여 기존에 보고된 SNP 및 신규한 SNP들(novel SNPs)을 동정한 것을 나타낸 그래프이다.
도 3은 화영벼와 그의 약배양 후손(BLB, HY-04 및 HY-08) 계통에서 검출한 SNPs를 NCBI의 dbSNP와 비교하여 기존에 보고된 SNP 및 신규한 SNP들(novel SNPs)을 확인한 그래프이다;
dbSNP: 종래에 보고된 SNPs; 및
no dbSNP: 신규한 SNPs.
도 4는 본 발명의 SNP를 검출하기 위한 서열번호 1 및 2의 프라이머 쌍을 이용하여 SNP가 밴드로 검출된 것을 나타낸 도이다.

이하, 본 발명을 상세히 설명한다.

본 발명에서 사용되는 용어 "화영벼의 약배양 후손 계통"은 화영벼를 약배양하여 얻은 후손 중에 변이체들을 제거하고 남은 고정종을 의미한다. 본 발명에서는 BLB 계통을 말한다.

본 발명에서 사용되는 용어 "BLB 계통"은 화영벼를 약배양하여 얻은 후손 계통 중에 벼 흰잎마름병에 저항성을 가지는 계통을 의미한다.

본 발명에서는 벼 흰잎마름병에 저항성을 가지는 계통을 벼 흰잎마름병인 “Bacterial Leaf Blight”를 약칭하여 “BLB”로 지칭하였다.

본 발명에서 사용되는 용어 "약배양"은 화분으로 완전히 발달하기 전의 약을 기내에 배양하여 배상체 형태를 거쳐 반수체(haploid) 식물체로 만든 뒤 인위적으로 염색체수를 배가시켜 유전적으로 순수한 계통을 만들어 내는 배양을 의미한다.

유전적 다양성을 보이는 개체의 집단은 동일한 게놈을 갖지 않으며, 게놈은 게놈 내의 다수의 위치에서 개체들 간에 서열 변이성(sequence variability)을 보이므로, 개체군 내에 다수의 다형성 부위들이 존재한다. 일부 경우에, 기준 대립형질(reference allele)의 선택 없이, 하나의 다형성 부위의 상이한 대립형질들이 언급될 수 있다. 대안적으로, 특정한 다형성 부위에 대해 기준 서열이 언급될 수 있다. 개체군(자연적 개체군 또는 인위적 개체군, 예를 들면, 합성 분자의 라이브러리) 내에서 하나 보다 많은 서열이 가능한 뉴클레오타이드 위치를 "다형성 부위"라 지칭한다. 다형성 부위가 단일 뉴클레오타이드로 구성된 길이인 경우, 그 부위는 단일 뉴클레오타이드 다형성(single nucleotide polymorphism: "SNP")으로 지칭된다. 예를 들면, 특정한 염색체상의 위치에, 개체군 내의 한 구성원은 아데닌을 가지며, 그 개체군 내의 또 다른 구성원은 티민을 갖는 경우, 이 위치는 다형성 부위이고, 보다 구체적으로, 상기 다형성 부위는 SNP이다.

본 명세서에서 지칭되는 SNP 마커는 이용된 SNP 분석법에서 다형성 부위에서 나타나는 염기인 A, C, G, 또는 T를 의미한다. 본 발명이 속하는 기술 분야의 통상의 기술자는 반대편 가닥을 분석하거나 또는 판독하는 것에 의해, 각 경우에 상보적 대립형질이 측정될 수 있다는 것을 인식할 것이다. 따라서, A/G 다형성을 포함하는 다형성 부위의 경우, 이용된 분석법은 가능한 두 개의 염기, 즉, A 또는 G의 백분율 또는 비율을 측정할 수 있다. 대안적으로, DNA 주형 상의 반대편 가닥을 결정하는 분석법을 설계하여, 상보적인 염기 T/C의 백분율 또는 비율이 측정될 수 있다. 정량적으로(예를 들면, 상대적 위험의 측면에서), 두 개의 DNA 가닥 중 어느 DNA가닥(+-가닥, 또는 - 가닥)의 측정으로부터도 동일한 결과가 수득될 것이다. 다형성 부위들은 치환, 삽입 또는 결실에 근거한 서열 상의 차이를 가능하게 한다. 따라서, 이전의 예에서, SNP는 아데닌 대립형질 및 티민 대립형질을 모두 허용한다. 화영벼의 약배양 후손들에서 계통의 표현형과 관련된 유전자 및 상기 유전자에 존재하는 계통 특이적 SNP (SNP 번호 1)가 표 3 및 4에 기재된다.

본 명세서에 기재된, "SNP 마커(marker)"는 게놈에서 발견되는 임의의 변이체 유형의 대립형질인 SNP 또는 이에 대한 프라이머를 말한다. 예를 들어, 벼의 특정 유전자의 특정 위치의 특정 뉴클레오타이드가 기준 서열인 니폰바레(Nipponbare , IRGSP build 5.0)의 동일 위치의 뉴클레오타이드와 다른 것을 말한다.

본 발명은 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별용 SNP 마커 조성물을 제공한다.

상기 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통은 BLB 계통인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

상기 BLB 계통 특이적 SNP는 SNP 번호 1인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

상기 BLB 계통 특이적 SNP 마커들은 흰잎마름병 저항성 관련 유전자 내에 존재하는 SNPs인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

본 발명의 화영벼의 약배양 후손 계통인 BLB를 판별할 수 있는 SNP 마커들은 SNP 번호 1이며, 구체적으로 하기와 같다:

번호 1의 SNP는 벼의 7번 염색체의 Calmodulin-Binding Transcription Factor 유전자 관련 locus ID Os07g0490200(서열번호 3)의 18871270 위치의 뉴클레오타이드가 A인 SNP이다.

또한, 본 발명은 단일 뉴클레오타이드 다형성을 포함하는 유전자 또는 핵산의 기준(reference) 또는 변이체 대립형질 또는 그의 상보체(complement)에 혼성화하는 대립형질-특이적 올리고뉴클레오타이드를 제공할 수 있다. 이 올리고 뉴클레오타이드는 프로브 또는 프라이머일 수 있다.

또한, 본 발명은 서열번호 1 및 2로 이루어지는 프라이머 쌍을 포함하는, 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통 품종 판별용 SNP 마커 조성물을 제공한다.

상기 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통은 BLB 계통인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

또한, 본 발명은

1) 본 발명에 따른 SNP 특이적 프라이머 쌍 및 샘플에서 분리한 핵산을 이용하여 PCR을 실시하는 단계; 및

2) 상기 단계 1)에서 증폭된 PCR 산물의 SNP를 판별하는 단계를 포함하는 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별 방법을 제공한다.

상기 화영벼의 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통은 BLB 계통인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

상기 단계 1)의 프라이머는 상기 BLB 계통에 특이적인 SNPs를 검출할 수 있는 프라이머라면 제한 없이 사용될 수 있다.

상기 단계 2)의 SNP는 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 locus ID Os07g0490200의 18871270 위치의 뉴클레오타이드가 A인 SNP인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

상기 BLB 계통 특이적 SNP 마커들은 흰잎마름병 저항성 관련 유전자 내에 존재하는 SNPs인 것이 바람직하나, 이에 한정되지 않는다.

본 발명의 일 양태에서, 화영벼의 약배양(Anther culture) 후손 계통 BLB의 판별은 벼로부터 분리한 핵산에서 SNPs를 검출하는 단계에 의해 수행될 수 있으며, 화영벼의 약배양 후손 벼로부터 분리한 핵산에서 특정한 SNPs를 검출하기 위해서 서열 분석이 이용될 수 있다. 테스트 개체로부터 DNA 또는 RNA의 테스트 시료가 수득된다. 유전자 또는 핵산, 및/또는 원하는 경우, 그의 플랭킹 서열을 증폭하기 위해 PCR 또는 다른 적합한 방법이 이용될 수 있다. 후손 계통의 핵산, 또는 상기 핵산의 단편, 또는 cDNA 또는 cDNA의 단편, 또는 mRNA 또는 mRNA의 단편의 서열이 표준 방법을 이용하여 결정될 수 있다. 결정한 서열의 특정 위치에서 특정 SNPs(SNP 마커)의 존재를 확인함으로써 벼의 계통을 판별한다.

아울러, 본 발명은 본 발명에 따른 SNP 마커 조성물을 포함하는 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통 품종 판별용 키트를 제공한다.

본 명세서에 기재된 SNP 마커들은 화영벼의 약배양 후손들을 각각 판별하는 다양한 방법 및 키트에서 사용될 수 있다.

본 발명의 구체적인 실시예에서, 본 발명자들은 화영벼를 약배양하여 후손 계통 벼들을 얻었으며, 이들 중 벼 흰잎마름병 저항성을 가지는 BLB 계통을 선별하였다. 선별한 BLB와 동진벼, 화영벼의 전체 염기서열을 결정한 후 벼의 기준 서열인 니폰바레와 비교하여 SNPs를 검출하였다. 검출한 SNP들을 기존에 보고된 SNPs 데이터베이스와 비교하여 신규한 SNPs를 찾아냈다. 또한, 신규한 SNPs 중에 화영벼 약배양 후손 계통인 BLB 계통에 특이적인 SNPs를 선별하였으므로, 벼의 특정 위치의 뉴클레오타이드(SNP 마커)를 확인함으로써 유용한 특성을 가지는 화영벼의 약배양 후손 BLB 계통을 특이적으로 판별할 수 있는 효과가 있다.

이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 실시예를 들어 상세하게 설명하기로 한다. 다만 하기의 실시예는 본 발명의 내용을 예시하는 것일 뿐 본 발명의 범위가 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다. 본 발명의 실시예는 통상의 기술분야에서 평균적인 지식을 가진 자에게 본 발명을 보다 완전하게 설명하기 위해 제공되는 것이다.

< 실시예 1> 화영벼의 약배양

화영(Hwayeong) 품종의 벼를 약배양하여 후손 계통의 벼 종자를 수득하였다.

구체적으로, 화영벼가 1 핵성 소포자기(약배양 할 줄기의 마지막 올라온 엽이 3 내지 5 cm 되었을 때)일 때, 엽이 간장과 영 내의 약의 선단 위치 (1/2 내지 1/3)를 측정하여 이삭을 채취하였다. 채취한 이삭을 진공포장한 후 4 내지 12 ℃에서 5 내지 10일 동안 저온 전처리하였다. 저온처리된 이삭의 표면을 70% 에탄올로 소독한 뒤 화사 부분을 가위로 절단하였다. NAA 2mg/L, Kinein(KI) 0.2~0.5 mg/L 및 5% gelrite (Phytagel, sigma P8169)가 첨가된 N₆-Y₁ (pH 5.6) 배지를 121 ℃에서 15분 동안 고온멸균한 뒤 지름 6 cm의 패트리디쉬에 분주한 캘러스 유도 배지에 화사를 절단한 약(anther)을 치상하였다. 치상한 약을 25 ℃ 암실에서 약 30일 동안 배양하여 캘러스를 유도하였다. KI 2 mg/L, NAA 0.2 mg/L, casein hydrolysate (sigma C-9386) 2 g/L , ABA 2 mg/L, Maltose 40 g/L 및 gelrite 5%가 첨가된 N₆-Y₁ 배지를 121 ℃에서 15분 동안 고온멸균한 뒤 지름 6 cm의 패트리디쉬에 분주한 식물체 재분화 배지에서 25 ℃의 명조건 (2500 Lux, 14시간 조명)에서 상기에서 유도된 캘러스를 30일 동안 배양하여 재분화시켰다. 배양된 식물체를 MS 배지에 이식한 뒤 15일 이상 배양하고 5 내지 7일 동안 순화시킨 후 이앙하였다.

그 결과, 화영벼의 약배양 변이체 계통들을 제작하였다.

< 실시예 2> 화영벼 약배양 후손 중 벼 흰잎마름병 저항성 계통 선발

화영벼의 약배양 변이체 계통들을 대상으로 흰잎마름병 K1 균계(레이스, race)를 이용하여 벼 흰잎마름병 저항성 계통 70개를 1차 선발하였다. 1차 선발한 계통과 벼흰잎마름병 균주 판별 품종인 밀양 23호(음성 대조군) 및 저항성 품종인 동진벼 (양성 대조군)에 벼 흰잎마름병 K1, K2, K3, K3a 레이스를 각각 접종한 뒤 저항성을 검정하였다.

그 결과, 저항성 품종인 동진벼보다도 흰잎마름병 K1, K2, K3 레이스에 강력한 저항성을 보이고, K3a 레이스에 중도 저항성을 보이는 계통을 선별하여 BLB 계통이라고 명명하였다 (도 1).

따라서, 화영벼의 약배양 변이체 중 벼 흰잎마름병 저항성을 보이는 계통의 벼를 선별하고 BLB(Bacterial Leaf Blight) 계통으로 명명하였으며, 이 외의 다른 계통은 HY-04 (Hwayeong-04) 및 HY-08(Hwayeong-08)로 명명하였다.

< 실시예 3> SNP 마커 탐색

<3-1> 계통의 전체 염기서열 분석 및 SNP 분석

동진벼, 화영벼, 화영벼의 약배양(anther culture) 후손인 HY-04, HY-08 및 BLB에서 샘플을 채취하고 유전체 DNA를 분리하였다. 라이브러리의 단편들을 IlluminaHiseq 2000를 이용하여 페어-엔드 시퀀싱하여 이들의 전체 서열을 결정하였다. 그 후, 니폰바레(Nipponbare)의 서열을 참조서열로 이용하여 상기 5 계통의 전체 염기 서열과 비교하여 각각의 계통과 니폰바레 사이의 CDS(coding sequence), UTRs(untranslated regions) 및 인트론, 또는 암호화 부위 내의 DNA 다형성(DNA polymorphism)을 검출하였다.

그 결과, 검출된 DNA 다형성은 1,154,063였으며, 그 중 SNP는 1,024,202개 였다.

발견된 SNP들의 위치를 RAP-DB를 활용하여 찾아냈으며, sySNPs(synonymous SNP) 및 nsSNPs(non-synonymous SNPs)로 분리하였다. 또한, SNP들을 미스매치 빈도(mismatch frequency)에 기초하여 동형 및 이형 타입의 SNPs로 분류하였으며, 각 계통별 SNP들을 NCBI의 dbSNP와 비교하여 각각의 계통에 대해 기존 dsSNP에 보고되어진 SNP 및 기존에 보고된 바 없는 신규한 SNP들을 동정하였다 (도 2).

<3-2> 화영벼 약배양 후손 계통 특이적 SNP 분석

상기 실시예 <3-1>에서 동정 신규한 SNP들 중에 화영벼와 그의 약배양 후손(BLB, HY-04 및 HY-08) 계통에 각각 특이적인 lsSNPs(Line-specific SNPs)를 동정하고 각각의 SNPs이 위치한 영역 및 타입을 확인하였다.

그 결과, 확인된 SNPs는 전체 SNPs의 1 내지 3% 였으며, SNP 데이터 베이스인 NCBI의 dsSNP에 보고된 바가 없는 각각의 계통 특이적 SNPs의 위치 및 타입을 표 1에 나타내었다.

또한, 상기 4 계통에 공통된 SNPs들은 총 34,710개 였으나, 그들 중에 8,099개의 SNPs 만이 상기 4 계통에 특이적이고 SNP 데이터 베이스(dsSNP)에 보고되지 않은 신규한 SNPs인 것을 확인하였다 (도 3).

	Region/type	화영		BLB		HY-04		HY-08
		(#)	(%)	(#)	(%)	(#)	(%)	(#)	(%)
위치 (Location)	총 lsSNP	2,599		2,160		9,602		5,685
	Intergenic	2,300	(88.5)	1,821	(84.3)	7,972	(83.0)	4,990	(87.8)
	Intron	175	(6.7)	172	(8.0)	887	(9.2)	443	(7.6)
	5'UTR	26	(1.0)	31	(1.4)	139	(1.4)	68	(1.2)
	CDS	48	(1.8)	73	(3.4)	346	(3.6)	96	(1.7)
	Non-synonymous	26	(1.0)	44	(2.0)	214	(2.2)	63	(1.1)
	Synonymous	22	(0.8)	29	(1.3)	132	(1.4)	33	(0.6)
	3'UTR	43	(1.7)	49	(2.3)	229	(2.4)	85	(1.5)
	Exon	7	(0.3)	14	(0.6)	29	(0.3)	13	(0.2)
	Deletion	209	(8.0)	267	(12.4)	736	(7.7)	590	(10.4)
										타입 (Type)	Insertion	288	(11.1)	189	(8.8)	1,111	(11.5)	840	(14.8)
Substitution	2,102	(80.9)	1,704	(78.8)	7,754	(80.8)	4,255	(74.8)

<3-3> 벼 흰잎마름병 저항성 계통 특이적 SNP 분석 및 선별

화영벼의 약배양 후손 중 벼 흰잎마름병에 저항성을 가지는 계통인 BLB 계통에 특이적인 SNP들 중 현재까지 보고된 (Overview of functionally characterized Genes in Rice Online database : http://qtaro.abr.affrc.go.jp/ogro/table) 벼 흰잎마름병 저항성 관련 유전자들 중에 Os07g0490200 유전자 (표 2) 내에 존재하는 SNP 마커를 검색하였다.

그 결과, 벼 흰잎마름병 벼 흰잎마름병에 저항성을 가지는 BLB 계통 특이적인 SNP가 동정되었다 (표 3).

Gene	Gene Symbol	Locus ID (RAP 5.0v)	cultivar
Calmodulin-Binding Transcription Factor	oscbt	Os07g0490200	BLB

계통	Locus ID (RAP 5.0v)	염색체	SNP_위치	ref	SNP	zygosity	NS/SY	SNP 번호
BLB	Os07g0490200	chr07	18871270	G	A	Homo	NS	1

< 실시예 4> SNP 특이적 프라이머 제작

상기 <실시예 3>에서 확인한 SNP 위치를 기준으로 상위와 하위의 각각 500bp 영역의 뉴클레오타이드 서열(1001bp)을 추출하여 프라이머 쌍을 제작했다. 제작을 위해 사용한 소프트웨어는 Vector NTI suite 9.0이며, 이 때 설정한 파라미터 값은 다음과 같다.

- Tm(℃) : 58.0 ~ 62.0

- GC(%) : 40 ~ 60

- 프라이머 길이(bp) : 20 ~ 25

<4-1> 벼 흰잎마름병 저항성 계통 특이적 SNP 마커 프라이머 제작

SNP를 포함하는 벼 흰잎마름병 저항성과 관련된 계통 특이적 유전자 서열을 PCR 증폭하기 위해 센스 프라이머와 안티센스 프라이머를 제작하였다. SNP 마커의 결합온도는 59℃, 길이는 778bp가 되도록 제작하였다.

그 결과, 화영벼의 약배양 후손인 BLB 계통 특이적인 SNP들 중 벼 흰잎마름병 저항성 관련 식별용 마커에 대한 프라이머 2쌍(서열번호 1 및 2)을 제작하였다 (표 4).

계통	LocusID (RAP5.0v)	염색체	SNP_위치	SNP번호	Size (bp)	서열번호	Primer sequence (5'->3')	Tm (℃)
BLB	Os07g0490200	chr07	18871270	1	778	1	CCGTGTTTTCTTCCCACTTCAATGA	59
						2	CCGTGTTTTCTTCCCACTTCAATGA

<4-2> 벼 흰잎마름병 저항성 계통 식별용 마커 확인을 위한 중합효소 연쇄반응

DNA 증폭을 위하여, Takara Ex Taq 중합효소(Takara Ex Taq, 5units/㎕)를 사용하였다. 이는 10X PCR 버퍼(Tris-HCl(pH8.0) 20mM, KCl 100mM and MgCl 2mM), dNTPs(2.5mM), Taq DNA 중합효소로 이루어져 있다. 각각의 프라이머의 적절한 농도는 1μM이다. 반응 혼합물은 반응액 20㎕에는 1XPCR 버퍼, dNTP 0.25mM, 27.6ng/㎕ 주형, 그리고 0.05 unit의 Taq 중합효소가 포함되어있다.

DNA증폭 조건은 다음과 같다. DNA를 5분간 변성시키고, 일련의 반응(95℃에서 30 sec, 59℃에서 30 sec, 72℃에서 1min 30 sec)을 30회 반복하였다. 72℃에서 10분간 마무리한 뒤 4℃로 식히고 반응을 종료하였다. 증폭결과를 확인하기 위하여 PCR 반응액 5㎕에 LoadingSTAR 1㎕를 넣어서 1% 아가로즈 젤에 로딩하여 100V에서 30분간 전기영동을 하였다. 전기영동이 끝난 후 corebio의 i-MAX 겔다큐멘테이션 시스템으로 사진을 찍었다. 하나의 밴드가 형성되었는지 확인하고 DNA 분자량 마커와 비교한 뒤, 밴드가 두 개 이상이거나 없으면, 후보 염기서열에서 제외하였다 (도 4).

<110> republic of Korea <120> SNP markers for discrimination of Bacterial Leaf Blight resistance line that anther-derived from Hwayeong rice <130> p130411 <160> 3 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNP 1 forward primer <400> 1 ccgtgttttc ttcccacttc aatga 25 <210> 2 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNP 1 reverse primer <400> 2 ccgtgttttc ttcccacttc aatga 25 <210> 3 <211> 12829 <212> DNA <213> Oryza sativa <400> 3 aaaaacagag aaaaaccaca ctccttgtca ttggctcagg gctttgctga ttattgctaa 60 tcttattagc atttacaaca tgatatgtac ttgcattgca tctacatgta cattgaagca 120 cacgctgttt atgtccagct taaagccagc caaacgcaaa ccaccacagt tactacaggg 180 ctaacatcaa attcatcagc cataaggggt cagcaaaagc tgtatcagat cattcagatg 240 gtcctaaaat gtacagcgtc ggcaaactgc aggttgttct agcatttcca ataatgtaca 300 agacaagaat tagagaaact agctgtccct aaaaaccatt tcaactcctg catgctgctc 360 ctagctgccc ttcactgaac tcaatctgca cagcacagtg acaagcataa ctcaagagat 420 tgtgtcaaca aaaaatatat gccactgcaa tagcatattc catgttttct ttaagaaatt 480 gtgtgaaaga cataggcgtt aggcatgctg cggtatgggt tttttcccct ttttttggag 540 atggtatttg gttgacaaat ggctacaata caagttctaa aggataattg gaatgtgtaa 600 aaatcaaata atatatggta gtcggcacat gccagcaatt attggagaaa gttttaaaaa 660 aaattacctt ggcctcctca tgagcaatct tcatcctccg gtactcctgt tgtgccttgt 720 aagaacggaa cagggcttga acgcgaacca cagatctatt gaacctgtcc tcggcttgtt 780 gccggccggc ctggaagaag tcttcttctg cagtacttgc tggttctgct tcggcatcca 840 cagtcataac tactggcatt ccagatgcga tcccacgaag gccttttctc ttctttctcc 900 atcgcaaaat tgctttctca acaattccaa cagaccatat taccttgcgg tactgccttc 960 tcacttgatg acctcggtac gcagcctgag caaaatattg tagtcaatac acaatatcca 1020 atacacatga catgaacaat ataagaaggc acagcaactt cctttttttt tctcaccaaa 1080 aataagaaca ttgaaaattt gaaatatcaa atgacattaa tttgccttcc aagttccaac 1140 acattgagct accacaagtg ctcttcagca cagtgaggac agaagtaaca aatcaaaaca 1200 tgcaacaaga agatgcagaa gcttacttgt atcctgataa cttgtcttcg catgttaatg 1260 aagttcctcc tcatcttcca tgtacggaaa tgactctgta ttcgtgcagc agctctcatt 1320 gctttctttc tgttgtagtt ccgaaatgca tgttgaatct tcatagcagc aactatctca 1380 gatgcttcaa tctcaggatt agccaattga attgcttttg tttgaagctt aagagttctc 1440 tccctgagtg cagcttggat attactggca gcatcagcag cattgcgata ggctgctaga 1500 gattctttta agcaaagttc ttgttcacta aggtgctcaa acttctcgct ttgtagtttt 1560 gttagcctag tctttgatgg tgattgctca gtatccttgg acagtgacat ggcctcaaaa 1620 tgtgcagtca atcctttctc agcaagatat gctgccaagc catcgtaacc ttgtcttgct 1680 gcaagatcag cagcagtgag tccagcaggg gattcgggag tagggtctgt aactaaactt 1740 ggatttgctc cagcagataa aagagtggca accatccttt ccctggaaaa tgaatgttaa 1800 aaagttgagc acaagaaagt catcaaaaat ctatgacccg atctattccg acacaaaatg 1860 tacccaagat tgcctattac tagttgtctc cagcaaaaat gaaccaaatg aatctaagat 1920 cacactataa tagaaaatac tgcttatgca ttacaaacgt tccagatgta gcaggttgtt 1980 cataacaaaa ttcggttcat gttgtctaac agctgcttat ttggtttctc attagtcagt 2040 ttccaatcaa gcttgactta caaataagct gaacacatca cagctgccag aactcatgca 2100 gtaaatgggt tgtttaattt ttaatattat ttcgtctatg ttacacagca aaagaaggat 2160 agaaatatca ggacatagag ggtacctccc gtggtatgca gcccagtgta aagcagtcca 2220 accagaagaa tcacggaaat ccaaggagaa ccccgacaaa gaaaacaatc gaatagccca 2280 agtataacct aggaaagaac acagatggat agctccttgt cctagatcat cgcgaccagt 2340 agacttatga ccttccatta ccatttcaac aagccactct tgcaacctat ttcgcaacac 2400 tagttcaagc aagctttcag taacaggaac atatgtgcct tctgggtcac taagaatatt 2460 ccacaaatcc atccattcct tctctggtaa tgctgacatg agattggcaa ctttggtgcc 2520 ttctacaagc aactttggtg ctatcttttt cttgtttgtg gcaaacaaca agcgagctag 2580 tctcatctgc atcttaagat ttgtcctttt gtaatcatcc tcagatggcg gcagcctagc 2640 ctccaaggaa ctaccatgca taacatgata cgtgaaactg caaatctcac tgattggcgt 2700 tttcccatcc aaagtcaaat aaaaatccac ttttccaggt gtatgtggtc caaccatgaa 2760 acggtaaaca ccagtttgaa caatatctcc ggcaacacat tgctcaccaa agacaccaaa 2820 catagcagac ccagccaaat gcttgtattg ctcatagaaa ttcccaatca ccacgaccta 2880 caattcagca gtcgtcaata ctttagtaat ttgcagtttg atataacata aatataaaac 2940 ataacagctc aggtggatta tgcatgcaat tctatatagt actccctcca tcccaaaata 3000 taagcatttt tagaatagta aacatgttta actttgacta tcaataatga aaaaataaaa 3060 aagatcaatc atttaataat gatgttacta gatttatcac taaacaaacg atcgtactcc 3120 ctccgtttca caatgtaaat cattctagca ttttccacat tcatattgat gttaatgaat 3180 ctagacatat atgtgtgcct agattcatta acatctatat gaatgtgggc aatgctagaa 3240 tgacttacat tatgaaacgg aggaagtaat atgctactcc atttattcaa aatattcttt 3300 ttgtaaatat tattagtcaa agtagcatat ggagttatga cagaaacaac ccaaccaaga 3360 ggtaccttgt agacaataaa aacaatattt ttttttgaag ttaacaagaa taataatttt 3420 ggtaactggg aacagataat aatggaatgc agctttccca tcaaaattga acatttcaag 3480 aatgaaacta aaactagaca gcatggaagt ttgctagata tcaaaaggac aaccttggta 3540 gtctctgtag agtaagccca ttctggggag atctcattga tttctaatag tctttcattg 3600 gtcactggac agaagctctg tggaactgaa cttggattat ctcctaaacc aggactgtca 3660 tcatccaagt acttccacag tccaagactg ttctgcctag caggcacctc attaggaata 3720 gatgtgttac catccattgg agatttcacc gaagaactta taaattgatc tgattgagaa 3780 tctacatcag acgccaaaag agattgagtc tgatctcctt gatgcttcag agctccaaaa 3840 tgatttgcat ttacttgatt gaggccatga tttgtagcat aagtttctga caccacatta 3900 agtgctggga tagcctgcat agatacaaaa aaatatgcat atatacatat acacataaat 3960 gtgtgcagaa atagaaccca tgtatactga atagcgcata ctcatattta tcattggatc 4020 cccatggctt taagataaaa cgtgttgtag ttgtagatca aaaaaacagg agatgacgga 4080 agtgtaaaga ctaaagagaa cagcttttct ggccaccttg cattataacc agattggcag 4140 aataatcaca tatgcaatgt gttggatatg ttacgactat atagaagact tataagttca 4200 caggaagcat tgctggttca taaaaattaa catacagaaa gaccctgagt attgatgaag 4260 gaagaagaga attgcatgaa atcaaatgct cctcccaaat tccagagtat caaccaggta 4320 tgctatgctg aatttaaagc taaaacctaa agaatagcaa ttgagttcca gaattgtagt 4380 gaaatttgtt tgcaatttaa atcacagagc atatcactta tcagtttaaa accgataggt 4440 ttgtagcagc taacttacat tacttgccat actggtattg acaatgtttc cagaattctt 4500 cggcccatta ttaatctgct gactggacac aaaggaacca cctgttttat acaataagca 4560 ggattataac tctacaacag taatatcaat tgtcatagct ttgtcaaaaa tcccaccgca 4620 ggcagaagta acaacttttg ggtcgttttt tatagatgac tctaaaagat tagcccaaaa 4680 ctcctccagg ctggaatcat gattgccagt ctctgcgtaa tgaacaatcc aagataaaat 4740 tagtaagaca tgtagagaag ggaacagcct acaaaaatta tgacatgaca atatggaaaa 4800 gaatgagaaa ctaaaaacta gtagaagcta aactttcgga caaaattttc tgaacataaa 4860 gctggtaatg aagcacattt acatccaata aatgttcagg atccaagcat gtctcaccac 4920 tagaagctga tatgccacca tgtgaattaa tttcctctgg caaagatagc tcagtatgac 4980 cagaggttga atctgcagag gtcagaggag aggtgtaatg gatcaaattc actgtaggaa 5040 catctgcaac ttcaggttct gggttcggag gagccattgc attttcctga tcaagataaa 5100 ccagattaag agactgatca tagcagaaac tataaatatg tagaggatca acgacatcaa 5160 ccctttgcag aacatcctac aacatgtcta attagatctt gtgatctaaa agaaaatgtt 5220 ttacttagaa gtatcctgaa aagatctttt ttttgtcatg aagggaatgg gtgtatatac 5280 accatcactc cgtttaaagg agtgaagatt tgacttgcgt gacaacttga aaactagata 5340 agcatagctg gtaccctttc tttgtccata gaaagctaaa taaatctttg aataaaagat 5400 acagagaaca gcatgctccg ctgggccacg ttagaaatta atcattgtgt acaacaaaga 5460 aaatagcact gataaaaatg ttaaatctag ccaccaacct tttaacagtt agtaggcgaa 5520 gagcatctgg tcaacttaat gcagtgcagg aaaatacaaa agaaaaaaaa actatacaaa 5580 attacaaaca gcagaaagaa tgtgataacc aaatgcaggc tctttctatt tgttcttgaa 5640 agattatatc ttttatcatg agatctacat aagctgaaac agatcaaaaa atacttaacg 5700 agttactgag tgttactaat ttagaatgca tcctcacttc agcatccgaa atgaataatt 5760 tattgtaaaa cataaaacaa gagagaaaaa gaagtacctc agctgtttgc cgataatgca 5820 caagaactat gcgctccaaa tctctgaata agaaataacc aagaacaata tcagaaaata 5880 aaatttgcag gaccatatca gcaaataaaa gttgcagaat catatcagca aataagagtt 5940 gcatggtata tctatccaat tttgcatctg aacatactgt ggaaaatatc aattttacag 6000 catatctatg cattctgtaa ccaaatacaa attttctttt gttagaaatc catcctaagg 6060 ttatcaatac aaaatttgac cacattcttg ttcatagaat atgttatcac gttcatcaca 6120 aaaattatta gagatgtctc aattttaact cattgaagtg ggaagaaaac acggcacagc 6180 aaaataaaat ataagttata ctgtataaaa agctaatgta tccattaaca taaaattcaa 6240 atatgcaata actgcaatat cctaccccta gtataaagca gttttccagc tcagagaata 6300 gaaaatttgt actaaacttc agacaggttt gggaaagcaa agaacacaat ggggtgtcct 6360 agtccaacat taacatatat atgaatatat taatttttga catggtgaat gtagccatat 6420 tgacagaaaa atgtcttaag aagcctgtat tagccaaaca atagtagcta tttgtcacaa 6480 tctgctgaaa agagcacagt ctacttgcag ataagaccat aagatgcaaa caatgatgca 6540 agtcgatttt gtcgaaattt gaaagaaaaa aaaatagaac tgttggagtt caactcttac 6600 ttgtcaagta gccagtagca tcttcgaaag aaatttggat catcttcacc tcgagcataa 6660 tagacatgaa ccctttcttc gttaccaatc tacaaaatga cacaaatcaa taccagtaaa 6720 gggggtatta gaatatagca ccagtcaggc aatttttggg ttttccccct ttcaccttta 6780 atttttcatg agcttcttgg accgtcctgc catccttctt ttttttccaa ttatggccat 6840 ccttacggaa gttcctgact actttacgat catatagaac aacagttcca cctgatttaa 6900 aagaaagtta gtgctcatgt ttgcttggaa tgcacaaaac agtttctgat agcaaaagga 6960 tggaactgga aactggggac taatatatga ttcacggaag catgcaacag ttttcaacat 7020 aatttcaaga ggtggaaatc ctcacaatgt aatgcaatca gaaacatacc ctagttactc 7080 cctctgtccc aaaatataag ggattttgga ctgaattata cagttagcat aaaagaaatt 7140 ttgagtgact aatgttctta tggaatatcg tgcatgatag agtggtgttt tattggtgaa 7200 aaaaaggtga atgacaaata gccactaaaa attacccgtg cagatgggtg agcagagttt 7260 aaaaaaaaag gtcagtgtca aagtgaacat agagaagcct gactagtaga aatggcagaa 7320 caacaaaaga aagaattcag agaaagcaca aattaatttg taatctatac taatataaaa 7380 aggaggagtt gtctccttcc aatcctacag gccaaatcac ccggatcaat ccctaccgtc 7440 catctgcgcg catgatttca ccaccgcgcg atccatccac gcgcggatat ttcgctgctc 7500 ctcctccacc cgcgaagact tcgcttctcc tcctcctcgc ttgctcctcc tccccgcatg 7560 ttctgccacc acatcgctgc atcctcgctg gagatcctcc ccgcgtggac tgccgccgga 7620 gccgctgctt cttccccacc gccgtggccg gttccgacct cggccccatc cgccgccgtc 7680 gaggtcccct tccgccgcca ccgccaccac gaccgccgcg gccagagccg acctcggccc 7740 catccgcggt tgatgaaaag ggtactggga gggcattgcc cactcgcccc cgctgttacc 7800 catccccgca gcttcgacca ggacggctga ttcgacaacg gcttcggtgt ggaagaacca 7860 aagccgtgca tctccccgtc ggcgagcatc ttctaggtga tggaggagca tcactcacaa 7920 ggtattgctt cgatctactg ctttgatttg taaaatattt ctcctgctca aaccctagaa 7980 acaatcacca aaaagaacac acaacccttc ttttgctgtc acccctggga tgatttgtgt 8040 tgttagattt gtgcatatgg tggagatcga tcaaatcttt tattggtgtt acctttttct 8100 gattaggaga agcattggtg gagatggatc aagaaccatg actttttata atgaaaataa 8160 aaaacagtgt gttgtttgtc acagatgtat atgtgcttgg agctgtatgt ctgtatgtag 8220 gtggatgcag aggtttgcaa aagtccgtat gtgccgggtg tgtgtgtatg gaggttcctt 8280 tgtgctaggc atgggtggag caagaagggc ggcactgggg ccagcgatgg tagcatgacg 8340 ctaattccac ctgctgttca tgtctgcaga tggctcagac acgacgatga tgctgctttg 8400 tgtgatggat aaggagacat gatcagtatg catatttgta ggaatctgca gtgcagacat 8460 atgttcaata tatttctgtt ttgctattat atagtttttt ttcttcgcta gatacagact 8520 attattaaga agtgaaaact actgctactg actcaatggg agactctggc catgatagtg 8580 gtgcaactga aagttcaagc aggaaagaac ctgctatact tttagatgct gctacttctt 8640 ttagtactca caacaattca tgatgtatga ttttaggcag tagaagaaat tttattgcac 8700 tgaactctgg tgacacatgt ggtgaaatcc aaagctcaga tggaaatcaa aagaactgca 8760 tagttttcca cattaatcaa cagaatagca ttataatgac aggtagtatt tctatgtcac 8820 acgtttctaa ttaattgtac ttctgatatt ttcatgctaa aagaaacatc aaaattttat 8880 tgcatccaat agagtgtgga ctttatttta gagttcacta atactttgcc tttaattcaa 8940 ttaaatagac ttggagttat tgagctacga tgatatgata gtgcacaatc accatgcatt 9000 ctgattaatt tcaatgggta atgtactaag ccctacaccg caaaattctg caatgacagg 9060 tccattattt tgcttttcta aattttgatt tgtttgctac cattatttta cctgcagaca 9120 atttatattg gcctgtgata atactctatc tatagcgtat gtattaaaag tgcttttacg 9180 tgacgatgtc gtttgttgct ggcagctgac tctcattttt catttttaat cattcactat 9240 ttcttatgct caagcttttt tgtggcaaac gatgtgtcaa ttatgatttc ccattggtcc 9300 tctatttgta ttttgttgtt cagctgaatg gtgacatgtt gagacctgat tcagctcgat 9360 gttgccgtga cgaatttgtt ggtgagtttg gaatccccat ctccaattca tacaatctga 9420 cagttgaatt gtagattcaa gtctgaattc aaaatcttgt gtctgtatat taggaacgat 9480 agagtctcat cagattaatg agcagccttt tgtttattta atgcacttat ttttggttcc 9540 tctgctttca attaatcctc tgaaataagg agaaatcctg atttctgaca atatggcagt 9600 gtgatgctaa tgttatgatg ctaccttcaa aatttacatt gttgatgtac acaggtgaca 9660 gattattctt ttttgtttaa 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aagctctatt aaagttgtca gcaagtttta ggcaatgttg tgtacaaggt gaggttgctg 11400 acaaataata aattcaggta actgatatat agaaaatacg taagtggata cctacatttt 11460 gagcaatatt aacctaactg atgttgggag catataaatt tttctacatc caatattcca 11520 taatctgatc ctagagatgg tattttgatc agaatagtaa caatacggct cttggtgcac 11580 aaatatttct taacaagagc aatttcattc aattatgcct actgtaaatg tatttcaata 11640 ctcaacatgc tttcatccat ctaacgcgaa tgatgggacg ctcaggtgct caacaccgca 11700 agaccatcgc aaaatcaacc atcacattat ttcttaagcg atggaccaag atgccctaaa 11760 ctcaagacag catttttttt tcacacacaa gacagccaat ccaaaagatc aagaaatgac 11820 tgccttccta cactctaaca ctttaccaat caacgtgccc ctatgctctg ctcccttgag 11880 ttcacatcat accatcaaag aaaagaccat ggcaggtaca tgagggtcta aaggggtgca 11940 tgaacacata ctcacgggct tgtcgaccgg ttgtgcgtgg atcttgaacc tcgcgtggtt 12000 cgccaatatc gcgtagatct cattaggccg gaaccaccgc gccgccgcct ccgccaccag 12060 cttctcatag ttcaagtcta ccacgacaca tacaccaatc aagaagtcag ctcaaaattg 12120 atttatttct ttcaacagcg aatgcggcat aaactcagtg tcctaaaaat 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Claims (5)

1. 서열번호 1 및 2로 이루어지는 프라이머 쌍을 포함하는, 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별용 SNP 마커 조성물.
   
2. 제 1항에 있어서, 상기 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통은 BLB 계통인 것을 특징으로 하는 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통 품종 판별용 SNP 마커 조성물.
   
3. 1) 제 1항의 프라이머 쌍 및 샘플에서 분리한 핵산을 이용하여 PCR을 실시하는 단계; 및
   2) 상기 단계 1)에서 증폭된 PCR 산물의 SNP를 판별하는 단계를 포함하는, 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별 방법.
   
4. 제 3항에 있어서, 상기 단계 2)의 SNP는 서열번호 3의 5833 번째 뉴클레오타이드가 A인 SNP인 것을 특징으로 하는 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별 방법.
   
5. 제 1항의 SNP 마커 조성물을 포함하는 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성이 우수한 화영벼의 약배양 후손 계통의 품종 판별용 키트.
   

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