JP2000139465A - イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いた細胞質雄性不稔回復遺伝子の判別方法 - Google Patents
イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いた細胞質雄性不稔回復遺伝子の判別方法Info
- Publication number
- JP2000139465A JP2000139465A JP10315985A JP31598598A JP2000139465A JP 2000139465 A JP2000139465 A JP 2000139465A JP 10315985 A JP10315985 A JP 10315985A JP 31598598 A JP31598598 A JP 31598598A JP 2000139465 A JP2000139465 A JP 2000139465A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- dna
- sequence
- primers
- base
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】 イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−
１）の近傍に座乗するＤＮＡマーカーを利用してＲｆ−
１の遺伝子型を識別し、細胞質雄性不稔性回復の能力の
有無を簡便かつ確実に検定する方法を提供する。 【解決手段】 イネの稔性回復遺伝子近傍に位置するＤ
ＮＡ配列を特定し、そのＤＮＡ配列を利用してＤＮＡマ
ーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅させ、ＤＮＡマーカ
ーの内のＤＮＡ塩基配列の違いを識別することによっ
て、Ｒｆ−１に関する３種類の遺伝子型を識別し、細胞
質雄性不稔回復能力の有無を判別する。 【効果】 ＤＮＡレベルでＲｆ−１の遺伝子型が識別で
き、そに細胞質雄性不稔性の回復能力を判別できるの
で、ハイブリッドライスおよびその親系統の育成を省力
化できると共に、ハイブリッドライス種子の純度管理が
可能になる。
１）の近傍に座乗するＤＮＡマーカーを利用してＲｆ−
１の遺伝子型を識別し、細胞質雄性不稔性回復の能力の
有無を簡便かつ確実に検定する方法を提供する。 【解決手段】 イネの稔性回復遺伝子近傍に位置するＤ
ＮＡ配列を特定し、そのＤＮＡ配列を利用してＤＮＡマ
ーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅させ、ＤＮＡマーカ
ーの内のＤＮＡ塩基配列の違いを識別することによっ
て、Ｒｆ−１に関する３種類の遺伝子型を識別し、細胞
質雄性不稔回復能力の有無を判別する。 【効果】 ＤＮＡレベルでＲｆ−１の遺伝子型が識別で
き、そに細胞質雄性不稔性の回復能力を判別できるの
で、ハイブリッドライスおよびその親系統の育成を省力
化できると共に、ハイブリッドライス種子の純度管理が
可能になる。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、イネ、特にハイブ
リッドライスおよびその親系統の育成または育成された
ハイブリッドライス種子生産における種子純度および親
系統の純度の管理に利用される細胞質雄性不稔回復遺伝
子の判別方法に関し、更に詳しくは該判別方法に使用さ
れるＤＮＡマーカーに関する。
リッドライスおよびその親系統の育成または育成された
ハイブリッドライス種子生産における種子純度および親
系統の純度の管理に利用される細胞質雄性不稔回復遺伝
子の判別方法に関し、更に詳しくは該判別方法に使用さ
れるＤＮＡマーカーに関する。
【０００２】
【従来の技術】細胞質雄性不稔（ＣＭＳ）とは、細胞質
内のミトコンドリアゲノムにコードされる細胞質雄性不
稔化因子によって正常な花粉が生産できなくなる現象で
ある。このＣＭＳは高等植物に広く見られる現象で、核
と細胞質の遺伝子産物の不親和によって生じると考えら
れている。一方、細胞質雄性不稔回復遺伝子とは、核ゲ
ノムにコードされていおり、上記のＣＭＳの因子を含む
細胞質による花粉の不稔性を打ち消す機能を持つ。ＣＭ
Ｓは自分自身の花粉で稔実する事なく、大規模な交配に
よるハイブリッド種子の商業生産に利用する事ができ
る。また、細胞質雄性不稔回復遺伝子はハイブリッド植
物での結実を可能とし、特に、ハイブリッドライスやハ
イブリッドコーンの様にハイブリッド植物に結実する種
子を収穫物とする植物においては必須となる遺伝子であ
る。従って、ＣＭＳ化因子とそれを回復させる細胞質雄
性不稔回復遺伝子は農業上極めて重要な遺伝子に挙げら
れている。
内のミトコンドリアゲノムにコードされる細胞質雄性不
稔化因子によって正常な花粉が生産できなくなる現象で
ある。このＣＭＳは高等植物に広く見られる現象で、核
と細胞質の遺伝子産物の不親和によって生じると考えら
れている。一方、細胞質雄性不稔回復遺伝子とは、核ゲ
ノムにコードされていおり、上記のＣＭＳの因子を含む
細胞質による花粉の不稔性を打ち消す機能を持つ。ＣＭ
Ｓは自分自身の花粉で稔実する事なく、大規模な交配に
よるハイブリッド種子の商業生産に利用する事ができ
る。また、細胞質雄性不稔回復遺伝子はハイブリッド植
物での結実を可能とし、特に、ハイブリッドライスやハ
イブリッドコーンの様にハイブリッド植物に結実する種
子を収穫物とする植物においては必須となる遺伝子であ
る。従って、ＣＭＳ化因子とそれを回復させる細胞質雄
性不稔回復遺伝子は農業上極めて重要な遺伝子に挙げら
れている。
【０００３】イネにおいては、野生種に栽培種を交配し
た場合や、インディカ種にジャポニカ種を交配した場合
に、核と細胞質の不親和によってＣＭＳが生じることが
知られている。特に、インディカ種の１つであるＣｈｉ
ｎｓｕｒａｈ Ｂｏｒｏ ＩＩにジャポニカ種を交配した
場合に生じるＣＭＳはＢＴ型として分類され、このＢＴ
型ＣＭＳを回復させる細胞質雄性不稔回復遺伝子はＲｆ
−１と呼ばれている。ハイブリッドライスを商業生産す
る方法として、上記のＣＭＳと細胞質雄性不稔回復遺伝
子を組み合わせた「三系法」が確立されている。「三系
法」ではＣＭＳの因子を含む細胞質を持つ細胞質雄性不
稔系統とハイブリッドライスで稔性を回復させるための
細胞質雄性不稔回復遺伝子を有する稔性回復系統を用い
てハイブリッドライスを大規模生産する。
た場合や、インディカ種にジャポニカ種を交配した場合
に、核と細胞質の不親和によってＣＭＳが生じることが
知られている。特に、インディカ種の１つであるＣｈｉ
ｎｓｕｒａｈ Ｂｏｒｏ ＩＩにジャポニカ種を交配した
場合に生じるＣＭＳはＢＴ型として分類され、このＢＴ
型ＣＭＳを回復させる細胞質雄性不稔回復遺伝子はＲｆ
−１と呼ばれている。ハイブリッドライスを商業生産す
る方法として、上記のＣＭＳと細胞質雄性不稔回復遺伝
子を組み合わせた「三系法」が確立されている。「三系
法」ではＣＭＳの因子を含む細胞質を持つ細胞質雄性不
稔系統とハイブリッドライスで稔性を回復させるための
細胞質雄性不稔回復遺伝子を有する稔性回復系統を用い
てハイブリッドライスを大規模生産する。
【０００４】稔性回復系統としては細胞質雄性不稔回復
遺伝子を有する事が必須となる。従来、この細胞質雄性
不稔回復遺伝子の有無を判別するためには、まず、調査
対象とする系統をＣＭＳである細胞質雄性不稔系統と交
配し、次に、得られた交配種子を播種して植物体を育成
し、その植物の自殖種子の形成率を調査する必要があっ
た。すなわち、この自殖種子の形成率が８０％以上の場
合に、稔性回復遺伝子を有すると判別していた。しか
し、かかる方法では膨大な労力と時間を必要とするた
め、簡便でかつ確実に細胞質雄性不稔回復遺伝子の有無
を判別方法の開発が望まれていた。しかしながら、現在
のところ、この細胞質雄性不稔回復遺伝子の機能・構造
はまったく不明で、これを直接同定する方法は存在して
いない。
遺伝子を有する事が必須となる。従来、この細胞質雄性
不稔回復遺伝子の有無を判別するためには、まず、調査
対象とする系統をＣＭＳである細胞質雄性不稔系統と交
配し、次に、得られた交配種子を播種して植物体を育成
し、その植物の自殖種子の形成率を調査する必要があっ
た。すなわち、この自殖種子の形成率が８０％以上の場
合に、稔性回復遺伝子を有すると判別していた。しか
し、かかる方法では膨大な労力と時間を必要とするた
め、簡便でかつ確実に細胞質雄性不稔回復遺伝子の有無
を判別方法の開発が望まれていた。しかしながら、現在
のところ、この細胞質雄性不稔回復遺伝子の機能・構造
はまったく不明で、これを直接同定する方法は存在して
いない。
【０００５】ところで、本発明で言う細胞質雄性不稔回
復遺伝子とはＢＴ型のＣＭＳを回復させるもので、イネ
の第１０染色体に座乗するものを指す。本発明ではＲｆ
−１と省略して示す。従って、細胞質雄性不稔回復遺伝
子を持つ場合の遺伝子型はＲｆ−１で、一方、細胞質雄
性不稔回復遺伝子を持たない場合の遺伝子型はrｆ−１
で示される。この表記方法に従えば、細胞質雄性不稔回
復遺伝子を持つイネの、遺伝子型はＲｆ−１／Ｒｆ−１
の優性ホモ型、これを持たないイネの遺伝子型はrｆ−
１／rｆ−１の劣性ホモ型、これらのハイブリッド（Ｆ
１）の遺伝子型はＲｆ−１／rｆ−１のヘテロ型で示さ
れる。
復遺伝子とはＢＴ型のＣＭＳを回復させるもので、イネ
の第１０染色体に座乗するものを指す。本発明ではＲｆ
−１と省略して示す。従って、細胞質雄性不稔回復遺伝
子を持つ場合の遺伝子型はＲｆ−１で、一方、細胞質雄
性不稔回復遺伝子を持たない場合の遺伝子型はrｆ−１
で示される。この表記方法に従えば、細胞質雄性不稔回
復遺伝子を持つイネの、遺伝子型はＲｆ−１／Ｒｆ−１
の優性ホモ型、これを持たないイネの遺伝子型はrｆ−
１／rｆ−１の劣性ホモ型、これらのハイブリッド（Ｆ
１）の遺伝子型はＲｆ−１／rｆ−１のヘテロ型で示さ
れる。
【０００６】近年、ＤＮＡ解析技術の急速な進歩によっ
て、ＤＮＡレベルで目的遺伝子または目的形質を判別す
る、いわゆるマーカー育種技術が開発されてきた。この
技術では、目的遺伝子そのものもしくは目的遺伝子と近
接して存在する塩基配列（ＤＮＡマーカー）を探索す
る。このＤＮＡマーカーは目的とする遺伝子に近接して
いるほど育種への寄与度は高いが、実用的に育種に利用
するためには、このＤＮＡマーカーと目的遺伝子との距
離が５ｃＭ（センチモルガン）以下である事が望まし
く、さらに、育種をより効率化するためには１ｃＭ以内
であることが望ましい。
て、ＤＮＡレベルで目的遺伝子または目的形質を判別す
る、いわゆるマーカー育種技術が開発されてきた。この
技術では、目的遺伝子そのものもしくは目的遺伝子と近
接して存在する塩基配列（ＤＮＡマーカー）を探索す
る。このＤＮＡマーカーは目的とする遺伝子に近接して
いるほど育種への寄与度は高いが、実用的に育種に利用
するためには、このＤＮＡマーカーと目的遺伝子との距
離が５ｃＭ（センチモルガン）以下である事が望まし
く、さらに、育種をより効率化するためには１ｃＭ以内
であることが望ましい。
【０００７】イネにおいては精密なＲＦＬＰ地図が作成
されており、本発明の対象であるＲｆ−１が座乗してい
る第１０染色体にも多数のＲＦＬＰマーカーがマップさ
れていた。しかしながら、何れのＲＦＬＰマーカーがＲ
ｆ−１の近傍に位置するかは明らかではなかった。さら
に、ＲＦＬＰマーカーを用いた場合には、簡便な操作で
判別を行うことは困難であった。そのため、ＰＣＲを用
いて判定することが可能なＤＮＡマーカーの開発が行わ
れ、その結果、Ｒｆ−１と近接するＤＮＡ断片が見出さ
れ、さらに、このＤＮＡ断片有無をＰＣＲによって判定
する技術が開発された（特開平０６−０１６１６２）。
しかしながら、このＤＮＡマーカーはＲｆ−１を持つ場
合にのみ増幅され、持たない場合には増幅されないた
め、優性ホモの遺伝子型（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）とヘテ
ロの遺伝子型（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）を識別する事は不
可能であった。これに対して、Ｒｆ−１と近接するマイ
クロサテライトマーカーが開発され、優性ホモの遺伝子
型（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）とヘテロの遺伝子型（Ｒｆ−
１／ｒｆ−１）を識別する事は可能となった（特開平０
９−３１３１８７）。しかしながら、このマイクロサテ
ライトマーカーを用いてもＲｆ−１の有無を判別できな
いイネ系統が存在する事が明らかとなった。
されており、本発明の対象であるＲｆ−１が座乗してい
る第１０染色体にも多数のＲＦＬＰマーカーがマップさ
れていた。しかしながら、何れのＲＦＬＰマーカーがＲ
ｆ−１の近傍に位置するかは明らかではなかった。さら
に、ＲＦＬＰマーカーを用いた場合には、簡便な操作で
判別を行うことは困難であった。そのため、ＰＣＲを用
いて判定することが可能なＤＮＡマーカーの開発が行わ
れ、その結果、Ｒｆ−１と近接するＤＮＡ断片が見出さ
れ、さらに、このＤＮＡ断片有無をＰＣＲによって判定
する技術が開発された（特開平０６−０１６１６２）。
しかしながら、このＤＮＡマーカーはＲｆ−１を持つ場
合にのみ増幅され、持たない場合には増幅されないた
め、優性ホモの遺伝子型（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）とヘテ
ロの遺伝子型（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）を識別する事は不
可能であった。これに対して、Ｒｆ−１と近接するマイ
クロサテライトマーカーが開発され、優性ホモの遺伝子
型（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）とヘテロの遺伝子型（Ｒｆ−
１／ｒｆ−１）を識別する事は可能となった（特開平０
９−３１３１８７）。しかしながら、このマイクロサテ
ライトマーカーを用いてもＲｆ−１の有無を判別できな
いイネ系統が存在する事が明らかとなった。
【０００８】さらに、Ｒｆ−１とＤＮＡマーカーとの距
離の推定においては、この遺伝子が生殖に強く関与する
ため、誤差が大きくなる。従って、より精度の高い判定
を行うためには、Ｒｆ−１により近接する複数のＤＮＡ
マーカーを用いる必要があった。また、Ｒｆ−１を挟む
両側に位置するＤＮＡマーカーを組み合せることによ
り、二重組換えの生じる確率に比例して判定の精度は飛
躍的に向上させることができる。
離の推定においては、この遺伝子が生殖に強く関与する
ため、誤差が大きくなる。従って、より精度の高い判定
を行うためには、Ｒｆ−１により近接する複数のＤＮＡ
マーカーを用いる必要があった。また、Ｒｆ−１を挟む
両側に位置するＤＮＡマーカーを組み合せることによ
り、二重組換えの生じる確率に比例して判定の精度は飛
躍的に向上させることができる。
【０００９】
【発明が解決しようとする課題】本発明の課題は、ＤＮ
Ａマーカーを用いて簡便、かつ高精度にＲｆ−１の有無
を判別する技術を提供することにある。
Ａマーカーを用いて簡便、かつ高精度にＲｆ−１の有無
を判別する技術を提供することにある。
【００１０】本発明は、イネのＲｆ−１の近傍に座乗す
るＤＮＡマーカーとそれらを増幅するためのプライマー
を提供し、これらのＤＮＡマーカーを利用してＲｆ−１
の有無を判別する方法、さらに、イネのＲｆ−１の優性
ホモ型、劣性ホモ型、ヘテロ型の３種類の遺伝子型を識
別する方法を提供することを目的とする。
るＤＮＡマーカーとそれらを増幅するためのプライマー
を提供し、これらのＤＮＡマーカーを利用してＲｆ−１
の有無を判別する方法、さらに、イネのＲｆ−１の優性
ホモ型、劣性ホモ型、ヘテロ型の３種類の遺伝子型を識
別する方法を提供することを目的とする。
【００１１】
【課題を解決するための手段】本発明者らは、Ｒｆ−１
が座乗すると推測されるイネの第１０染色体に座乗する
複数のＲＦＬＰマーカーに着目し、これらの塩基配列を
決定した。決定した塩基配列を元に設計したプライマー
を用いて、Ｒｆ−１を持つ品種とこの遺伝子を持たない
品種から、これらのＲＦＬＰマーカーに対応するＤＮＡ
断片をＰＣＲによって増幅した。それぞれの品種から増
幅されたＤＮＡ断片の塩基配列には部分的な相違が見出
された。本発明者らは、それぞれの品種から増幅したＤ
ＮＡ断片の塩基配列の相違を利用してこれらのＤＮＡ断
片を識別しうることを見出し、複数のＤＮＡマーカーを
開発した。
が座乗すると推測されるイネの第１０染色体に座乗する
複数のＲＦＬＰマーカーに着目し、これらの塩基配列を
決定した。決定した塩基配列を元に設計したプライマー
を用いて、Ｒｆ−１を持つ品種とこの遺伝子を持たない
品種から、これらのＲＦＬＰマーカーに対応するＤＮＡ
断片をＰＣＲによって増幅した。それぞれの品種から増
幅されたＤＮＡ断片の塩基配列には部分的な相違が見出
された。本発明者らは、それぞれの品種から増幅したＤ
ＮＡ断片の塩基配列の相違を利用してこれらのＤＮＡ断
片を識別しうることを見出し、複数のＤＮＡマーカーを
開発した。
【００１２】さらに、本発明者らは、開発した複数のＤ
ＮＡマーカーの中からＲｆ−１に近接し、かつ、その両
側に座乗するＤＮＡマーカーを特定した。開発されたＤ
ＮＡマーカーをＰＣＲ法によって増幅し、ＤＮＡマーカ
ーの増幅の有無もしくはＤＮＡマーカーの制限酵素によ
る切断パターンによって、Ｒｆ−１に関する優性ホモ
型、劣性ホモ型、ヘテロ型の３種類の遺伝子型が識別で
き、これによってイネのＲｆ−１の有無を詳細かつ容易
に判定できる。本発明者らは以上の知見に基づき本発明
を完成した。
ＮＡマーカーの中からＲｆ−１に近接し、かつ、その両
側に座乗するＤＮＡマーカーを特定した。開発されたＤ
ＮＡマーカーをＰＣＲ法によって増幅し、ＤＮＡマーカ
ーの増幅の有無もしくはＤＮＡマーカーの制限酵素によ
る切断パターンによって、Ｒｆ−１に関する優性ホモ
型、劣性ホモ型、ヘテロ型の３種類の遺伝子型が識別で
き、これによってイネのＲｆ−１の有無を詳細かつ容易
に判定できる。本発明者らは以上の知見に基づき本発明
を完成した。
【００１３】すなわち、本発明は以下のとおりである。 ［１］ 配列表の配列番号１で表される塩基配列を有
し、イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−１）の近
傍１センチモルガン（ｃＭ）の位置に座乗するＤＮＡマ
ーカー。 ［２］ 配列表の配列番号２で表される塩基配列を有
し、イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−１）の近
傍１センチモルガン（ｃＭ）の位置に座乗するＤＮＡマ
ーカー。 ［３］ 配列表の配列番号３で表される塩基配列を有す
るプライマーと、これと互いに向かいあうプライマーで
あって、配列番号１の４９２番から２３７１番より任意
に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さの塩基配列
を有するプライマーとからなる、上記［１］に記載のＤ
ＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［４］ １組のプライマーの塩基配列が配列表の配列番
号３と配列番号４で表される事を特徴とする上記［３］
に記載の１組のプライマー。 ［５］ 配列表の配列番号６の塩基配列を有するプライ
マーと、これと、これと互いに向かいあうプライマーで
あって、配列表の配列番号２の１番から４９０番より任
意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さの塩基配
列を有するプライマーとからなる、上記［２］に記載の
ＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［６］ １組のプライマーの塩基配列が配列番号５と配
列番号６で表される事を特徴とする上記［５］に記載の
１組のプライマー。 ［７］ 上記［３］又は上記［４］の何れか１項に記載
の１組のプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が
増幅された場合にはＲｆ−１を持たないと判定し、ＤＮ
Ａマーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅されない場合に
はＲｆ−１を持つと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識
別方法。 ［８］ 上記［５］又は上記［６］の何れか１項に記載
の１組のプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が
増幅された場合にはＲｆ−１を持つと判定し、ＤＮＡマ
ーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅されない場合にはＲ
ｆ−１を持たないと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識
別方法。 ［９］ 配列表の配列番号７又は配列番号８で示される
塩基配列を有し、イネのＲｆ−１の近傍３ｃＭの位置に
座乗するＤＮＡマーカー。 ［１０］ 配列表の配列番号７の１１５番目の塩基又は
配列表の配列番号８の１１５番目の塩基を挟んで互いに
向かい合う２種のプライマーからなる上記［９］に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［１１］ プライマーの塩基配列が配列番号９と配列番
号１０で表される事を特徴とする上記［９］に記載のＤ
ＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［１２］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号７
の１番から１１５番と配列番号７の１１６番から６１５
番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から４０
塩基の長さの塩基配列で表されることを特徴とする上記
［９］に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組の
プライマー。 ［１３］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号８
の１番から１１５番と配列番号８の１１６番から６１０
番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から４０
塩基の長さの塩基配列で表されることを特徴とする上記
［９］に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組の
プライマー。 ［１４］ 上記［１０］から上記［１３］の何れか１項
に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、上記［９］に記載のＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅され
たＤＮＡ断片が制限酵素ＤｄｅＩで切断された場合には
Ｒｆ−１を持たないと判定し、切断されない場合にはＲ
ｆ−１を持つと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識別方
法。 ［１５］ 配列表の配列番号１１および配列番号１２で
表される塩基配列を有し、イネのＲｆ−１の近傍５ｃＭ
の位置に座乗するＤＮＡマーカー。 ［１６］ 配列表の配列番号１１の２６４番目の塩基又
は配列表の配列番号１２の２６４番目の塩基を挟んで互
いに向かい合う２種のプライマーからなる上記［１５］
に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライ
マー。 ［１７］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
１の１番から２６４番と配列表の配列番号１１の２６５
番から５７６番より、それぞれ任意に選ばれる連続した
１５から４０塩基の長の塩基配列で表されることを特徴
とする上記［１６］に記載の１組のプライマー。 ［１８］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
２の１番から２６４番と配列表の配列番号１２の２６５
番から５７６番より、それぞれ任意に選ばれる連続した
１５から４０塩基の長さの塩基配列で表されることを特
徴とする上記［１６］に記載の１組のプライマー。 ［１９］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
３と配列番号１４で表される事を特徴とする上記［１
６］に記載の１組のプライマー。 ［２０］ 上記［１６］から上記［１９］の何れか１項
に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、上記［１５］に記載の
ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅さ
れたＤＮＡ断片が制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩで切断された
場合にはＲｆ−１を持たないと判定し、切断されない場
合にはＲｆ−１を持つと判定する、 Ｒｆ−１の遺伝子
型の識別方法。 ［２１］ 上記［１］、上記［９］又は上記［１５］に
記載のＤＮＡマーカーとイネのＲｆ−１を挟んで逆方向
に位置し、配列表の配列番号１５又は配列番号１６で表
される塩基配列を有し、Ｒｆ−１から４ｃＭの位置に座
乗するＤＮＡマーカー。 ［２２］ 配列表の配列番号１５の１０６番目の塩基又
は配列表の配列番号１６の１０６番目の塩基を挟んで互
いに向かい合う２種のプライマーからなる上記［２１］
に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライ
マー。 ［２３］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
５の１番から１０６番と配列番号１５の１０７番から４
２１番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から
４０塩基の長さの塩基配列を有する上記［２１］に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［２４］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
６の１番から１０６番と配列番号１６の１０７番から４
２１番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から
４０塩基の長さの塩基配列を有する上記［２１］に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［２５］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
７と配列番号１８である事を特徴とする上記［２２］〜
［２４］に記載の１組のプライマー。 ［２６］ 上記［２２］から上記［２５］の何れか１項
に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、上記［２１］に記載の
ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅さ
れたＤＮＡ断片がＰｖｕＩＩで切断された場合にはＲｆ
−１を持つと判定し、ＤＮＡ断片が切断されない場合に
はＲｆ−１を持つたないと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子
型の識別およびＲｆ−１の有無の判別方法。
し、イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−１）の近
傍１センチモルガン（ｃＭ）の位置に座乗するＤＮＡマ
ーカー。 ［２］ 配列表の配列番号２で表される塩基配列を有
し、イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−１）の近
傍１センチモルガン（ｃＭ）の位置に座乗するＤＮＡマ
ーカー。 ［３］ 配列表の配列番号３で表される塩基配列を有す
るプライマーと、これと互いに向かいあうプライマーで
あって、配列番号１の４９２番から２３７１番より任意
に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さの塩基配列
を有するプライマーとからなる、上記［１］に記載のＤ
ＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［４］ １組のプライマーの塩基配列が配列表の配列番
号３と配列番号４で表される事を特徴とする上記［３］
に記載の１組のプライマー。 ［５］ 配列表の配列番号６の塩基配列を有するプライ
マーと、これと、これと互いに向かいあうプライマーで
あって、配列表の配列番号２の１番から４９０番より任
意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さの塩基配
列を有するプライマーとからなる、上記［２］に記載の
ＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［６］ １組のプライマーの塩基配列が配列番号５と配
列番号６で表される事を特徴とする上記［５］に記載の
１組のプライマー。 ［７］ 上記［３］又は上記［４］の何れか１項に記載
の１組のプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が
増幅された場合にはＲｆ−１を持たないと判定し、ＤＮ
Ａマーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅されない場合に
はＲｆ−１を持つと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識
別方法。 ［８］ 上記［５］又は上記［６］の何れか１項に記載
の１組のプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型として
ＰＣＲを行い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が
増幅された場合にはＲｆ−１を持つと判定し、ＤＮＡマ
ーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅されない場合にはＲ
ｆ−１を持たないと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識
別方法。 ［９］ 配列表の配列番号７又は配列番号８で示される
塩基配列を有し、イネのＲｆ−１の近傍３ｃＭの位置に
座乗するＤＮＡマーカー。 ［１０］ 配列表の配列番号７の１１５番目の塩基又は
配列表の配列番号８の１１５番目の塩基を挟んで互いに
向かい合う２種のプライマーからなる上記［９］に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［１１］ プライマーの塩基配列が配列番号９と配列番
号１０で表される事を特徴とする上記［９］に記載のＤ
ＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［１２］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号７
の１番から１１５番と配列番号７の１１６番から６１５
番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から４０
塩基の長さの塩基配列で表されることを特徴とする上記
［９］に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組の
プライマー。 ［１３］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号８
の１番から１１５番と配列番号８の１１６番から６１０
番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から４０
塩基の長さの塩基配列で表されることを特徴とする上記
［９］に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組の
プライマー。 ［１４］ 上記［１０］から上記［１３］の何れか１項
に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、上記［９］に記載のＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅され
たＤＮＡ断片が制限酵素ＤｄｅＩで切断された場合には
Ｒｆ−１を持たないと判定し、切断されない場合にはＲ
ｆ−１を持つと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識別方
法。 ［１５］ 配列表の配列番号１１および配列番号１２で
表される塩基配列を有し、イネのＲｆ−１の近傍５ｃＭ
の位置に座乗するＤＮＡマーカー。 ［１６］ 配列表の配列番号１１の２６４番目の塩基又
は配列表の配列番号１２の２６４番目の塩基を挟んで互
いに向かい合う２種のプライマーからなる上記［１５］
に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライ
マー。 ［１７］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
１の１番から２６４番と配列表の配列番号１１の２６５
番から５７６番より、それぞれ任意に選ばれる連続した
１５から４０塩基の長の塩基配列で表されることを特徴
とする上記［１６］に記載の１組のプライマー。 ［１８］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
２の１番から２６４番と配列表の配列番号１２の２６５
番から５７６番より、それぞれ任意に選ばれる連続した
１５から４０塩基の長さの塩基配列で表されることを特
徴とする上記［１６］に記載の１組のプライマー。 ［１９］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
３と配列番号１４で表される事を特徴とする上記［１
６］に記載の１組のプライマー。 ［２０］ 上記［１６］から上記［１９］の何れか１項
に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、上記［１５］に記載の
ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅さ
れたＤＮＡ断片が制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩで切断された
場合にはＲｆ−１を持たないと判定し、切断されない場
合にはＲｆ−１を持つと判定する、 Ｒｆ−１の遺伝子
型の識別方法。 ［２１］ 上記［１］、上記［９］又は上記［１５］に
記載のＤＮＡマーカーとイネのＲｆ−１を挟んで逆方向
に位置し、配列表の配列番号１５又は配列番号１６で表
される塩基配列を有し、Ｒｆ−１から４ｃＭの位置に座
乗するＤＮＡマーカー。 ［２２］ 配列表の配列番号１５の１０６番目の塩基又
は配列表の配列番号１６の１０６番目の塩基を挟んで互
いに向かい合う２種のプライマーからなる上記［２１］
に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライ
マー。 ［２３］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
５の１番から１０６番と配列番号１５の１０７番から４
２１番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から
４０塩基の長さの塩基配列を有する上記［２１］に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［２４］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
６の１番から１０６番と配列番号１６の１０７番から４
２１番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５から
４０塩基の長さの塩基配列を有する上記［２１］に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 ［２５］ プライマーの塩基配列が配列表の配列番号１
７と配列番号１８である事を特徴とする上記［２２］〜
［２４］に記載の１組のプライマー。 ［２６］ 上記［２２］から上記［２５］の何れか１項
に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、上記［２１］に記載の
ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅さ
れたＤＮＡ断片がＰｖｕＩＩで切断された場合にはＲｆ
−１を持つと判定し、ＤＮＡ断片が切断されない場合に
はＲｆ−１を持つたないと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子
型の識別およびＲｆ−１の有無の判別方法。
【００１４】
【発明の実施の形態】本発明で言うイネのＲｆ−１のＤ
ＮＡマーカーとは、イネのＲｆ−１の近傍に位置するＤ
ＮＡ配列であり、イネ細胞中のＤＮＡ配列の存在を調べ
ることにより間接的にＲｆ−１のｒｆ−１の遺伝子型を
判別する事によって、Ｒｆ−１の有無を判別できるもの
を指す。
ＮＡマーカーとは、イネのＲｆ−１の近傍に位置するＤ
ＮＡ配列であり、イネ細胞中のＤＮＡ配列の存在を調べ
ることにより間接的にＲｆ−１のｒｆ−１の遺伝子型を
判別する事によって、Ｒｆ−１の有無を判別できるもの
を指す。
【００１５】本発明のＤＮＡマーカーは、Ｒｆ−１と１
ｃＭないし５ｃＭの遺伝的距離に位置するものを指す。
これらのＤＮＡマーカーとＲｆ−１との位置関係は分析
に用いる個体の集団の種類や個体数によって変動するこ
とが知られている。本発明の場合、約３００系統の分析
によって遺伝的距離を算出しており、上記の遺伝的距離
が５ｃＭの場合には１．３ｃＭ、３ｃＭの場合には０．
３２ｃＭ、１ｃＭの場合には０．１８ｃＭの標準誤差が
含まれる。従って、本発明のＤＮＡマーカーはＲｆ−１
と０．８２ｃＭないし６．３ｃＭの距離に位置し、育種
上有効な距離に位置する。また、本発明とは異なる集団
を用いた場合にもこれらの遺伝的距離の変動が予想され
るが、上記の範囲を大きくはずれることはない。従っ
て、いかなる集団を用いた場合でも、これらのＤＮＡマ
ーカーは育種上有効に利用することができる。
ｃＭないし５ｃＭの遺伝的距離に位置するものを指す。
これらのＤＮＡマーカーとＲｆ−１との位置関係は分析
に用いる個体の集団の種類や個体数によって変動するこ
とが知られている。本発明の場合、約３００系統の分析
によって遺伝的距離を算出しており、上記の遺伝的距離
が５ｃＭの場合には１．３ｃＭ、３ｃＭの場合には０．
３２ｃＭ、１ｃＭの場合には０．１８ｃＭの標準誤差が
含まれる。従って、本発明のＤＮＡマーカーはＲｆ−１
と０．８２ｃＭないし６．３ｃＭの距離に位置し、育種
上有効な距離に位置する。また、本発明とは異なる集団
を用いた場合にもこれらの遺伝的距離の変動が予想され
るが、上記の範囲を大きくはずれることはない。従っ
て、いかなる集団を用いた場合でも、これらのＤＮＡマ
ーカーは育種上有効に利用することができる。
【００１６】本発明のイネのＲｆ−１のＤＮＡマーカー
としては、例えば配列番号１、配列番号２、配列番号
７、配列番号８、配列番号１１、配列番号１２、配列番
号１５、或いは配列番号１６に記載の塩基配列を有する
ＤＮＡが挙げられる。
としては、例えば配列番号１、配列番号２、配列番号
７、配列番号８、配列番号１１、配列番号１２、配列番
号１５、或いは配列番号１６に記載の塩基配列を有する
ＤＮＡが挙げられる。
【００１７】さらに、本発明のＤＮＡマーカーの内、配
列番号１５および１６で示されるものは、配列番号１、
配列番号２、配列番号７、配列番号８、配列番号１１お
よび配列番号１２とは、Ｒｆ−１を挟んで逆の位置に座
乗している。従って、これらＲｆ−１の両側に座乗する
ＤＮＡマーカーを組み合わせて用いることにより、二重
組換えの生じる確率に比例して判定の精度は飛躍的に向
上させることができる。
列番号１５および１６で示されるものは、配列番号１、
配列番号２、配列番号７、配列番号８、配列番号１１お
よび配列番号１２とは、Ｒｆ−１を挟んで逆の位置に座
乗している。従って、これらＲｆ−１の両側に座乗する
ＤＮＡマーカーを組み合わせて用いることにより、二重
組換えの生じる確率に比例して判定の精度は飛躍的に向
上させることができる。
【００１８】次に、イネのＲｆ−１のＤＮＡマーカーの
同定方法について説明する。まず、第１０染色体に座乗
するＲＦＬＰマーカーの塩基配列を決定する。決定した
塩基配列を基にＲＦＬＰマーカーをＰＣＲによって増幅
するためのプライマーを合成する。合成したプライマー
を用い、Ｒｆ−１を持つイネとこれを持たないイネから
抽出したＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、それぞれの
イネのＲＦＬＰマーカーに対応するＤＮＡ断片を増幅す
る。次に、増幅されたＤＮＡ断片の塩基配列を決定す
る。塩基配列は増幅されたＤＮＡ断片を直接、あるい
は、ベクターにクローニングして決定することができ
る。
同定方法について説明する。まず、第１０染色体に座乗
するＲＦＬＰマーカーの塩基配列を決定する。決定した
塩基配列を基にＲＦＬＰマーカーをＰＣＲによって増幅
するためのプライマーを合成する。合成したプライマー
を用い、Ｒｆ−１を持つイネとこれを持たないイネから
抽出したＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、それぞれの
イネのＲＦＬＰマーカーに対応するＤＮＡ断片を増幅す
る。次に、増幅されたＤＮＡ断片の塩基配列を決定す
る。塩基配列は増幅されたＤＮＡ断片を直接、あるい
は、ベクターにクローニングして決定することができ
る。
【００１９】例えば、配列番号１に示すＲｆ−１を持つ
イネから増幅されたＤＮＡ断片と、配列番号２に示すＲ
ｆ−１を持たないイネから増幅されたＤＮＡ断片の塩基
配列では、一部の塩基の置換や欠失が見られ、両者の配
列は９９．６％の相同性を示す。これらの塩基配列の違
いを利用し、 Ｒｆ−１とｒｆ−１の遺伝子型を識別す
る事で、Ｒｆ−１を持つイネと持たないイネを識別する
方法について説明する。ＤＮＡマーカーの塩基の相違の
特徴により、以下のａ）およびｂ）の２種類の方法で遺
伝子型を識別することができる。
イネから増幅されたＤＮＡ断片と、配列番号２に示すＲ
ｆ−１を持たないイネから増幅されたＤＮＡ断片の塩基
配列では、一部の塩基の置換や欠失が見られ、両者の配
列は９９．６％の相同性を示す。これらの塩基配列の違
いを利用し、 Ｒｆ−１とｒｆ−１の遺伝子型を識別す
る事で、Ｒｆ−１を持つイネと持たないイネを識別する
方法について説明する。ＤＮＡマーカーの塩基の相違の
特徴により、以下のａ）およびｂ）の２種類の方法で遺
伝子型を識別することができる。
【００２０】ａ）塩基の置換を利用する 対立するＤＮＡマーカーの間での１塩基の違いがあれ
ば、ＰＣＲによってこれらを識別することができる。す
なわち、異なる塩基をＰＣＲで用いるプライマーの３’
末端に位置させる。これによって、プライマーの３’末
の塩基が対合できないＤＮＡマーカーはＰＣＲによって
増幅されない。この時、ＤＮＡマーカーの塩基がＡに対
してプライマー側の塩基をＧとした場合に、ＤＮＡマー
カーの塩基がＧに対してプライマー側の塩基をＡとした
場合に、また、ＤＮＡマーカーの塩基がＣに対してプラ
イマー側の塩基がＣとした場合にＤＮＡマーカーの増幅
は殆ど見られず、最も高い効果が得られる。用いるプラ
イマーとしてはこれらの条件を満たしていれば良いが、
その長さとしては１５から４０ｍｅｒ程度の長さのもの
を用いることで、安定してＰＣＲによる増幅が行える。
ば、ＰＣＲによってこれらを識別することができる。す
なわち、異なる塩基をＰＣＲで用いるプライマーの３’
末端に位置させる。これによって、プライマーの３’末
の塩基が対合できないＤＮＡマーカーはＰＣＲによって
増幅されない。この時、ＤＮＡマーカーの塩基がＡに対
してプライマー側の塩基をＧとした場合に、ＤＮＡマー
カーの塩基がＧに対してプライマー側の塩基をＡとした
場合に、また、ＤＮＡマーカーの塩基がＣに対してプラ
イマー側の塩基がＣとした場合にＤＮＡマーカーの増幅
は殆ど見られず、最も高い効果が得られる。用いるプラ
イマーとしてはこれらの条件を満たしていれば良いが、
その長さとしては１５から４０ｍｅｒ程度の長さのもの
を用いることで、安定してＰＣＲによる増幅が行える。
【００２１】例えば、配列番号１で示されるＤＮＡマー
カーの４９１番の塩基はＣであるが、配列番号２で示さ
れるＤＮＡマーカーではＧに置換されている。配列番号
１の配列のみを増幅するためには、４９１番目の塩基Ｃ
を３’端とするプライマー（例えば、４７５番から４９
１番の配列を有する配列番号３で示されるプライマー）
とこれと向かい合うプライマーを利用すればよい。一
方、配列番号２の４９１番の塩基はＧであるため、その
相補鎖の塩基はＣとなる。従って、配列番号２を特異的
に増幅するためには、相補鎖に対応するプライマーを合
成し、その３’端を４９１番目のＣとする（例えば、配
列番号２の相補鎖の５０８番から４９１番の配列を有す
る配列番号５で示されるプライマー）。これと向かい合
うプライマーと組み合わせることで、配列番号１は増幅
されず、配列番号２のみが増幅されることになる。ここ
で、配列番号１はＲｆ−１を持つイネに特異的存在す
る、すなわち、Ｒｆ−１の遺伝子型を識別するＤＮＡマ
ーカー。一方、配列番号２はＲｆ−１を持たないイネに
特異的に存在する、すなわち、ｒｆ−１の遺伝子型を識
別するＤＮＡマーカーである。
カーの４９１番の塩基はＣであるが、配列番号２で示さ
れるＤＮＡマーカーではＧに置換されている。配列番号
１の配列のみを増幅するためには、４９１番目の塩基Ｃ
を３’端とするプライマー（例えば、４７５番から４９
１番の配列を有する配列番号３で示されるプライマー）
とこれと向かい合うプライマーを利用すればよい。一
方、配列番号２の４９１番の塩基はＧであるため、その
相補鎖の塩基はＣとなる。従って、配列番号２を特異的
に増幅するためには、相補鎖に対応するプライマーを合
成し、その３’端を４９１番目のＣとする（例えば、配
列番号２の相補鎖の５０８番から４９１番の配列を有す
る配列番号５で示されるプライマー）。これと向かい合
うプライマーと組み合わせることで、配列番号１は増幅
されず、配列番号２のみが増幅されることになる。ここ
で、配列番号１はＲｆ−１を持つイネに特異的存在す
る、すなわち、Ｒｆ−１の遺伝子型を識別するＤＮＡマ
ーカー。一方、配列番号２はＲｆ−１を持たないイネに
特異的に存在する、すなわち、ｒｆ−１の遺伝子型を識
別するＤＮＡマーカーである。
【００２２】例えば、イネ品種“コシヒカリ”および
“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とした、配列番号
３と配列番号４で示されるオリゴヌクレオチドを用いた
場合には“コシヒカリ”由来のＤＮＡを鋳型とした場合
にのみＤＮＡ断片が増幅される。一方、配列番号５と配
列番号６で示されるオリゴヌクレオチドを用いた場合に
は“コシヒカリ”由来のＤＮＡを鋳型とした場合にのみ
ＤＮＡ断片が増幅される。
“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とした、配列番号
３と配列番号４で示されるオリゴヌクレオチドを用いた
場合には“コシヒカリ”由来のＤＮＡを鋳型とした場合
にのみＤＮＡ断片が増幅される。一方、配列番号５と配
列番号６で示されるオリゴヌクレオチドを用いた場合に
は“コシヒカリ”由来のＤＮＡを鋳型とした場合にのみ
ＤＮＡ断片が増幅される。
【００２３】次に、この様なＤＮＡマーカーを用いたＲ
ｆ−１の有無を判別する方法について説明する。まず、
イネからＤＮＡを抽出するが、抽出するための組織とし
ては根、葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用で
き、また精米も用いることができる。ＤＮＡの抽出方法
としてはどの様な方法も用いることができ、粗精製のＤ
ＮＡを用いることもできる。次に、抽出されたＤＮＡを
鋳型としてＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片をＰＣ
Ｒ法によって増幅する。ＤＮＡ断片の増幅の有無を解析
する。Ｒｆ−１の遺伝子型に特異的なＤＮＡマーカーの
みが増幅された場合にはＲｆ−１をホモに持つと判定
し、逆に、ｒｆ−１の遺伝子型に特異的なＤＮＡマーカ
ーのみが増幅された場合にはｒｆ−１をホモに持つと判
定する。さらに、何れのＤＮＡマーカーも増幅された場
合には、Ｒｆ−１とｒｆ−１を合わせ持つ、ヘテロであ
ると判定する。
ｆ−１の有無を判別する方法について説明する。まず、
イネからＤＮＡを抽出するが、抽出するための組織とし
ては根、葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用で
き、また精米も用いることができる。ＤＮＡの抽出方法
としてはどの様な方法も用いることができ、粗精製のＤ
ＮＡを用いることもできる。次に、抽出されたＤＮＡを
鋳型としてＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片をＰＣ
Ｒ法によって増幅する。ＤＮＡ断片の増幅の有無を解析
する。Ｒｆ−１の遺伝子型に特異的なＤＮＡマーカーの
みが増幅された場合にはＲｆ−１をホモに持つと判定
し、逆に、ｒｆ−１の遺伝子型に特異的なＤＮＡマーカ
ーのみが増幅された場合にはｒｆ−１をホモに持つと判
定する。さらに、何れのＤＮＡマーカーも増幅された場
合には、Ｒｆ−１とｒｆ−１を合わせ持つ、ヘテロであ
ると判定する。
【００２４】ｂ）塩基の置換、欠失が制限酵素の認識配
列内で生じた場合 塩基の置換、欠失が制限酵素の認識配列内で生じた場
合、その部位は制限酵素で切断されなくなる。この様な
例として、例えば、配列番号７の１１５番から１１９番
のＣＴＣＡＧで示されるＤｄｅＩ認識配列は、配列番号
８ではＣＴＣの３塩基が欠失しているために配列番号８
はＤｄｅＩで切断されない。あるいは、配列番号１１の
２６２番から２６７番で示されるＡＡＧＣＴＴはＨｉｎ
ｄＩＩＩの認識配列であるが、これに対応する配列番号
１２の２６２番から２６７番ではＡＡＴＣＴＴと塩基の
置換が生じ、ＨｉｎｄＩＩＩでは切断されない。さら
に、配列番号１６の１０６番から１１１番で示されるＰ
ｖｕＩＩの認識配列であるＣＡＧＣＴＧは、対応する配
列番号１５では１０６番目の塩基がＴに置換されてお
り、ＰｖｕＩＩでは切断されない。
列内で生じた場合 塩基の置換、欠失が制限酵素の認識配列内で生じた場
合、その部位は制限酵素で切断されなくなる。この様な
例として、例えば、配列番号７の１１５番から１１９番
のＣＴＣＡＧで示されるＤｄｅＩ認識配列は、配列番号
８ではＣＴＣの３塩基が欠失しているために配列番号８
はＤｄｅＩで切断されない。あるいは、配列番号１１の
２６２番から２６７番で示されるＡＡＧＣＴＴはＨｉｎ
ｄＩＩＩの認識配列であるが、これに対応する配列番号
１２の２６２番から２６７番ではＡＡＴＣＴＴと塩基の
置換が生じ、ＨｉｎｄＩＩＩでは切断されない。さら
に、配列番号１６の１０６番から１１１番で示されるＰ
ｖｕＩＩの認識配列であるＣＡＧＣＴＧは、対応する配
列番号１５では１０６番目の塩基がＴに置換されてお
り、ＰｖｕＩＩでは切断されない。
【００２５】これらの塩基の欠失、置換が生じた制限酵
素認識配列を含むそれぞれの配列に対応したＤＮＡマー
カーをＰＣＲによって増幅する。ＤＮＡマーカーを増幅
するためのプライマーとして、ＤＮＡマーカーに含まれ
る制限酵素認識配列を挟み、かつ、互いに向かい合う２
個のプライマーが必要である。プライマーの長さとして
は１５から４０ｍｅｒ程度の長さのものを用いること
で、安定してＰＣＲによる増幅が行える。プライマーの
配列は、例えば、配列番号７番の１番から１１５番およ
び１１６番から６１５番、配列番号８番の１番から１１
５番および１１６番から６１５番、配列番号１１の１番
から２６４番および２６５番から５７６番、配列番号１
２の１番から２６４番および２６５番から５７６番、配
列番号１５の１番から１０６番および１０７番から４２
１番、配列番号１６の１番から１０６番および１０７番
から４２１番より任意に選ばれる連続する塩基によって
決定される。
素認識配列を含むそれぞれの配列に対応したＤＮＡマー
カーをＰＣＲによって増幅する。ＤＮＡマーカーを増幅
するためのプライマーとして、ＤＮＡマーカーに含まれ
る制限酵素認識配列を挟み、かつ、互いに向かい合う２
個のプライマーが必要である。プライマーの長さとして
は１５から４０ｍｅｒ程度の長さのものを用いること
で、安定してＰＣＲによる増幅が行える。プライマーの
配列は、例えば、配列番号７番の１番から１１５番およ
び１１６番から６１５番、配列番号８番の１番から１１
５番および１１６番から６１５番、配列番号１１の１番
から２６４番および２６５番から５７６番、配列番号１
２の１番から２６４番および２６５番から５７６番、配
列番号１５の１番から１０６番および１０７番から４２
１番、配列番号１６の１番から１０６番および１０７番
から４２１番より任意に選ばれる連続する塩基によって
決定される。
【００２６】ＰＣＲによって増幅したＤＮＡマーカーに
由来するＤＮＡ断片を制限酵素で処理し、それらの切断
の有無を調べることによって、Ｒｆ−１もしくはｒｆ−
１の何れの遺伝子型に対応するＤＮＡマーカーに由来す
るＤＮＡ断片であるかを確認する。
由来するＤＮＡ断片を制限酵素で処理し、それらの切断
の有無を調べることによって、Ｒｆ−１もしくはｒｆ−
１の何れの遺伝子型に対応するＤＮＡマーカーに由来す
るＤＮＡ断片であるかを確認する。
【００２７】例えば、配列番号９と配列番号１０で示さ
れるオリゴヌクレオチドを用い、イネ品種“コシヒカ
リ”から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には配列番号
７の１番から３８６番が、“ＩＲ８”から抽出したＤＮ
Ａを鋳型とした場合には配列番号７の１番から３８６番
で示されるＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅
される。さらに、増幅されたＤＮＡ断片をＤｄｅＩで処
理した場合、“コシヒカリ”から増幅されたＤＮＡ断片
は切断され１１８ｂｐと２６８ｂｐの２つの断片として
検出されるのに対し、“ＩＲ８”から増幅されたＤＮＡ
断片は切断されず３８６ｂｐの断片として検出される。
れるオリゴヌクレオチドを用い、イネ品種“コシヒカ
リ”から抽出したＤＮＡを鋳型とした場合には配列番号
７の１番から３８６番が、“ＩＲ８”から抽出したＤＮ
Ａを鋳型とした場合には配列番号７の１番から３８６番
で示されるＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅
される。さらに、増幅されたＤＮＡ断片をＤｄｅＩで処
理した場合、“コシヒカリ”から増幅されたＤＮＡ断片
は切断され１１８ｂｐと２６８ｂｐの２つの断片として
検出されるのに対し、“ＩＲ８”から増幅されたＤＮＡ
断片は切断されず３８６ｂｐの断片として検出される。
【００２８】次に、ＤＮＡマーカーを用いたＲｆ−１の
有無を判別する方法について説明する。まず、イネから
ＤＮＡを抽出するが、抽出するための組織としては根、
葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用でき、また精
米も用いることができる。ＤＮＡの抽出方法としてはど
の様な方法も用いることができ、粗精製のＤＮＡを用い
ることもできる。次に、抽出されたＤＮＡを鋳型として
ＤＮＡマーカーをＰＣＲ法によって増幅する。さらに、
増幅されたＤＮＡマーカーを制限酵素で処理し、切断の
有無を電気泳動等によって確認する。例えば、配列番号
１３と配列番号１４で示されるオリゴヌクレオチドをプ
ライマーとして用いた場合、３５５ｂｐのＤＮＡ断片が
増幅される。このＤＮＡ断片が制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩ
処理によって１６０ｂｐと１９５ｂｐの断片に切断され
た場合はＲｆ−１を持たないｒｆ−１／ｒｆ−１の遺伝
子型と判定し、切断されなかった場合はＲｆ−１／Ｒｆ
−１の遺伝子型でＲｆ−１を持つと判定する。さらに、
ＨｉｎｄＩＩＩで処理後、３５５ｂｐと１６０ｂｐおよ
び１９５ｂｐの３種類の断片が検出された場合には、遺
伝子型はＲｆ−１／ｒｆ−１のヘテロで、Ｒｆ−１を持
つと判定する。この様に、２つの対立する遺伝子座を同
時に検出することができるＤＮＡマーカーを共優性のマ
ーカーという。さらに、Ｒｆ−１を夾んでその両側に位
置するＤＮＡマーカー、例えば、配列番号１および配列
番号２で示されるＤＮＡマーカーと配列番号１５および
配列番号１６で示されるＤＮＡマーカーと組み合わせる
ことによって、飛躍的にＲｆ−１を有するイネを判別す
る精度が向上できる。
有無を判別する方法について説明する。まず、イネから
ＤＮＡを抽出するが、抽出するための組織としては根、
葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用でき、また精
米も用いることができる。ＤＮＡの抽出方法としてはど
の様な方法も用いることができ、粗精製のＤＮＡを用い
ることもできる。次に、抽出されたＤＮＡを鋳型として
ＤＮＡマーカーをＰＣＲ法によって増幅する。さらに、
増幅されたＤＮＡマーカーを制限酵素で処理し、切断の
有無を電気泳動等によって確認する。例えば、配列番号
１３と配列番号１４で示されるオリゴヌクレオチドをプ
ライマーとして用いた場合、３５５ｂｐのＤＮＡ断片が
増幅される。このＤＮＡ断片が制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩ
処理によって１６０ｂｐと１９５ｂｐの断片に切断され
た場合はＲｆ−１を持たないｒｆ−１／ｒｆ−１の遺伝
子型と判定し、切断されなかった場合はＲｆ−１／Ｒｆ
−１の遺伝子型でＲｆ−１を持つと判定する。さらに、
ＨｉｎｄＩＩＩで処理後、３５５ｂｐと１６０ｂｐおよ
び１９５ｂｐの３種類の断片が検出された場合には、遺
伝子型はＲｆ−１／ｒｆ−１のヘテロで、Ｒｆ−１を持
つと判定する。この様に、２つの対立する遺伝子座を同
時に検出することができるＤＮＡマーカーを共優性のマ
ーカーという。さらに、Ｒｆ−１を夾んでその両側に位
置するＤＮＡマーカー、例えば、配列番号１および配列
番号２で示されるＤＮＡマーカーと配列番号１５および
配列番号１６で示されるＤＮＡマーカーと組み合わせる
ことによって、飛躍的にＲｆ−１を有するイネを判別す
る精度が向上できる。
【００２９】
【実施例】以下に本発明を実施例に基づき詳細に説明す
る。 ［実施例１］Ｒｆ−１を持つイネ品種として、インディ
カ種の“ＩＲ８”を、これを持たないイネ品種としてジ
ャポニカ種の“コシヒカリ”を用いた。これらの成葉か
ら、Lichtenstein & Draper （(1985) DNA cloning vo
l.3 Practical approach, pp. 67-119, IRL Press, Ox
ford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮＡを抽出
した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番号１９と配
列番号２０で示される配列を持つオリゴヌクレオチドを
プライマーとし、ＰＣＲによてＤＮＡマーカーに由来す
るＤＮＡ断片を増幅した。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６
００システム（ＡＢＩ社）を使用して行った。反応液２
０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓ Ａ
ｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴ
Ｐ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号１９），４ｐ
ｍｏｌｅ プライマー（配列番号２０），１０ｍＭ Ｔ
ｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，
１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９
４℃で１０秒間のディネーチャー、５５℃で３０秒間の
アニール、７２℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルと
し、３５サイクル反応させた。反応液を１％アガロース
ゲルで分画し、増幅された分子量約４３０ｂｐのＤＮＡ
断片を回収した。回収したＤＮＡ断片をＴＡクローニン
グキット（In Vitrogen社）を用いプラスミドｐＣＲＴ
ＭＩＩにサブクローニングし、得られたクローンの塩基
配列を３７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ＡＢＩ社）を
用いて決定した。“コシヒカリ ”および“ＩＲ８”か
ら増幅されたＤＮＡ断片の塩基配列は、それぞれ配列番
号１の１番から４１８番および配列番号２の１番から１
番から４１８番で示され、４１８個の塩基を含んでい
た。これらの２品種に由来する塩基配列は同一であっ
た。
る。 ［実施例１］Ｒｆ−１を持つイネ品種として、インディ
カ種の“ＩＲ８”を、これを持たないイネ品種としてジ
ャポニカ種の“コシヒカリ”を用いた。これらの成葉か
ら、Lichtenstein & Draper （(1985) DNA cloning vo
l.3 Practical approach, pp. 67-119, IRL Press, Ox
ford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮＡを抽出
した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番号１９と配
列番号２０で示される配列を持つオリゴヌクレオチドを
プライマーとし、ＰＣＲによてＤＮＡマーカーに由来す
るＤＮＡ断片を増幅した。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６
００システム（ＡＢＩ社）を使用して行った。反応液２
０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓ Ａ
ｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴ
Ｐ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号１９），４ｐ
ｍｏｌｅ プライマー（配列番号２０），１０ｍＭ Ｔ
ｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，
１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９
４℃で１０秒間のディネーチャー、５５℃で３０秒間の
アニール、７２℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルと
し、３５サイクル反応させた。反応液を１％アガロース
ゲルで分画し、増幅された分子量約４３０ｂｐのＤＮＡ
断片を回収した。回収したＤＮＡ断片をＴＡクローニン
グキット（In Vitrogen社）を用いプラスミドｐＣＲＴ
ＭＩＩにサブクローニングし、得られたクローンの塩基
配列を３７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ＡＢＩ社）を
用いて決定した。“コシヒカリ ”および“ＩＲ８”か
ら増幅されたＤＮＡ断片の塩基配列は、それぞれ配列番
号１の１番から４１８番および配列番号２の１番から１
番から４１８番で示され、４１８個の塩基を含んでい
た。これらの２品種に由来する塩基配列は同一であっ
た。
【００３０】［実施例２］実施例１で増幅したＤＮＡマ
ーカーの隣接領域をＴＡＩＬ−ＰＣＲ法によって増幅・
クローニングした。実施例１で抽出した“コシヒカリ”
および“ＩＲ８”のＤＮＡを鋳型として、以下に示す方
法に従って、ＴＡＩＬ−ＰＣＲを実施した。 第１回目
のＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ
社）を使用して行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎ
ｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｅｘ
Ｔａｑ（ＴＡＫＡＲＡ社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，
１０ｐｍｏｌｅ プライマー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈ
Ｃｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭＫＣｌ，１．５ｍＭ Ｍ
ｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間
のディネーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２
℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイク
ル反応させた。ＰＣＲプライマーとして配列番号２１と
配列番号２２のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチド
を用いた。第２回目のＰＣＲ反応液には、２０μｌ中に
は１０ｎｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ
Ｅｘ Ｔａｑ(TAKARA社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，
１０ｐｍｏｌｅ プライマー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈ
Ｃｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ
ＭｇＣｌ2が含まれる。これに第１回目の反応液１μｌ
を１００μｌの滅菌水で希釈したもの１μｌを鋳型とし
て加えた。 ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のディネ
ーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０
秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反応さ
せた。ＰＣＲプライマーとして配列番号２１と配列番号
２３のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチドを用い
た。さらに、第３回目の反応液には、２０μｌ中には１
０ｎｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｅ
ｘ Ｔａｑ（ＴＡＫＡＲＡ社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴ
Ｐ，１０ｐｍｏｌｅ プライマー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ
−ＨＣｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ2が含まれる。これに第１回目の反応液１
μｌを１００μｌの滅菌水で希釈したもの１μｌを鋳型
として加えた。 ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のデ
ィネーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で
３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反
応させた。ＰＣＲプライマーとして配列番号２１と配列
番号２４のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチドを用
いた。第３回目の反応液を０．８％アガロースで分画
し、増幅された約２ｋｂｐの増幅ＤＮＡ断片をゲルから
回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen社）を
用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニングし
た。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮＡシ
ークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コシヒ
カリ”由来のクローンには配列番号１の３９７番から２
３７１番で示されるＤＮＡマーカーが含まれていた。一
方、“ＩＲ８”由来のクローンには配列番号２の３９７
番から２３７４番で示されるＤＮＡマーカーが含まれて
いた。
ーカーの隣接領域をＴＡＩＬ−ＰＣＲ法によって増幅・
クローニングした。実施例１で抽出した“コシヒカリ”
および“ＩＲ８”のＤＮＡを鋳型として、以下に示す方
法に従って、ＴＡＩＬ−ＰＣＲを実施した。 第１回目
のＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ
社）を使用して行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎ
ｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｅｘ
Ｔａｑ（ＴＡＫＡＲＡ社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，
１０ｐｍｏｌｅ プライマー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈ
Ｃｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭＫＣｌ，１．５ｍＭ Ｍ
ｇＣｌ2が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間
のディネーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２
℃で３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイク
ル反応させた。ＰＣＲプライマーとして配列番号２１と
配列番号２２のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチド
を用いた。第２回目のＰＣＲ反応液には、２０μｌ中に
は１０ｎｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ
Ｅｘ Ｔａｑ(TAKARA社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，
１０ｐｍｏｌｅ プライマー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈ
Ｃｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ
ＭｇＣｌ2が含まれる。これに第１回目の反応液１μｌ
を１００μｌの滅菌水で希釈したもの１μｌを鋳型とし
て加えた。 ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のディネ
ーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０
秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反応さ
せた。ＰＣＲプライマーとして配列番号２１と配列番号
２３のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチドを用い
た。さらに、第３回目の反応液には、２０μｌ中には１
０ｎｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｅ
ｘ Ｔａｑ（ＴＡＫＡＲＡ社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴ
Ｐ，１０ｐｍｏｌｅ プライマー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ
−ＨＣｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ2が含まれる。これに第１回目の反応液１
μｌを１００μｌの滅菌水で希釈したもの１μｌを鋳型
として加えた。 ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のデ
ィネーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で
３０秒間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反
応させた。ＰＣＲプライマーとして配列番号２１と配列
番号２４のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチドを用
いた。第３回目の反応液を０．８％アガロースで分画
し、増幅された約２ｋｂｐの増幅ＤＮＡ断片をゲルから
回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen社）を
用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニングし
た。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮＡシ
ークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コシヒ
カリ”由来のクローンには配列番号１の３９７番から２
３７１番で示されるＤＮＡマーカーが含まれていた。一
方、“ＩＲ８”由来のクローンには配列番号２の３９７
番から２３７４番で示されるＤＮＡマーカーが含まれて
いた。
【００３１】［実施例３］実施例１のイネ品種“コシヒ
カリ"および“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号２５と配列番号２６で示される配列を持つ
オリゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてＤ
ＮＡマーカーに由来する断片ＤＮＡを増幅した。ＰＣＲ
はＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ社）を使用
して行った。反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，
０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ社），４
ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配
列番号２５），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号２
６），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、５
５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３５サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。“コシヒカリ”およ
び“ＩＲ８”のそれぞれから増幅されたＤＮＡ断片をゲ
ルから回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen
社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニン
グした。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮ
Ａシークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コ
シヒカリ”由来のクローンには配列番号７で示される塩
基配列を有するＤＮＡマーカーが、一方、“ＩＲ８”由
来のクローンには配列番号８で示される塩基配列を有す
るＤＮＡマーカーが含まれていた。
カリ"および“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号２５と配列番号２６で示される配列を持つ
オリゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてＤ
ＮＡマーカーに由来する断片ＤＮＡを増幅した。ＰＣＲ
はＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ社）を使用
して行った。反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，
０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ社），４
ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配
列番号２５），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号２
６），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、５
５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３５サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。“コシヒカリ”およ
び“ＩＲ８”のそれぞれから増幅されたＤＮＡ断片をゲ
ルから回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen
社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニン
グした。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮ
Ａシークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コ
シヒカリ”由来のクローンには配列番号７で示される塩
基配列を有するＤＮＡマーカーが、一方、“ＩＲ８”由
来のクローンには配列番号８で示される塩基配列を有す
るＤＮＡマーカーが含まれていた。
【００３２】［実施例４］実施例１のイネ品種“コシヒ
カリ"および“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号２７と配列番号２８で示される配列を持つ
オリゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅した。ＰＣＲ
はＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ社）を使用
して行った。反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，
０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ(ABI社)，４ｎｍ
ｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番
号２７），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号２
８），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、５
５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３５サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。“コシヒカリ”およ
び“ＩＲ８”のそれぞれから増幅されたＤＮＡ断片をゲ
ルから回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen
社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニン
グした。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮ
Ａシークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コ
シヒカリ”由来のクローンには配列番号１１で示される
塩基配列を有するＤＮＡマーカーが、一方、“ＩＲ８”
由来のクローンには配列番号１２で示される塩基配列を
有するＤＮＡマーカーが含まれていた。
カリ"および“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号２７と配列番号２８で示される配列を持つ
オリゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅した。ＰＣＲ
はＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ社）を使用
して行った。反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，
０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ(ABI社)，４ｎｍ
ｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番
号２７），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号２
８），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、５
５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３５サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。“コシヒカリ”およ
び“ＩＲ８”のそれぞれから増幅されたＤＮＡ断片をゲ
ルから回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen
社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニン
グした。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮ
Ａシークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コ
シヒカリ”由来のクローンには配列番号１１で示される
塩基配列を有するＤＮＡマーカーが、一方、“ＩＲ８”
由来のクローンには配列番号１２で示される塩基配列を
有するＤＮＡマーカーが含まれていた。
【００３３】［実施例５］実施例１のイネ品種“コシヒ
カリ"および“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号１７と配列番号１８で示される配列を持つ
オリゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅した。ＰＣＲ
はＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム(ABI社)を使用して
行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，０．
２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ社），４ｎｍ
ｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番
号１７），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号１
８），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、５
５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３５サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。“コシヒカリ”およ
び“ＩＲ８”のそれぞれから増幅されたＤＮＡ断片をゲ
ルから回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen
社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニン
グした。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮ
Ａシークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コ
シヒカリ”由来のクローンには配列番号１５で示される
塩基配列を有するＤＮＡマーカーが、一方、“ＩＲ８”
由来のクローンには配列番号１６で示される塩基配列を
有するＤＮＡマーカーが含まれていた。
カリ"および“ＩＲ８”から抽出したＤＮＡを鋳型とし
て、配列番号１７と配列番号１８で示される配列を持つ
オリゴヌクレオチドをプライマーとし、ＰＣＲによてＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅した。ＰＣＲ
はＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム(ABI社)を使用して
行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮＡ，０．
２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ社），４ｎｍ
ｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番
号１７），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配列番号１
８），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、５
５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３５サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。“コシヒカリ”およ
び“ＩＲ８”のそれぞれから増幅されたＤＮＡ断片をゲ
ルから回収し、ＴＡクローニングキット（In Vitrogen
社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭＩＩにサブクローニン
グした。得られたクローンの塩基配列を３７３Ｓ ＤＮ
Ａシークエンサー（ＡＢＩ社）を用いて決定した。“コ
シヒカリ”由来のクローンには配列番号１５で示される
塩基配列を有するＤＮＡマーカーが、一方、“ＩＲ８”
由来のクローンには配列番号１６で示される塩基配列を
有するＤＮＡマーカーが含まれていた。
【００３４】［実施例６］Ｒｆ−１を持つイネ品種とし
て、“ＩＲ８”および“ＭＨＲ１８”を、これを持たな
いイネ品種として“コシヒカリ”および“ＭＨＡ２３”
を用いた。さらに、“ＭＨＡ２３”に“ＭＨＲ１８”を
交配して得たＦ１植物“ＭＨ２００３”を用いた。ここ
で供試した“ＩＲ８”と“ＭＨＲ１８”の遺伝子型は優
性ホモ型で（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）、“コシヒカリ”お
よび“ＭＨＡ２３”の遺伝子型は劣性ホモ型で（ｒｆ−
１／ｒｆ−１）、“ＭＨ２００３”の遺伝子型はヘテロ
型で（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）となる。これらの成葉か
ら、 Lichtenstein & Draper （(1985) DNA cloning vo
l.3 Practical approach, pp. 67-119, IRL Press, Ox
ford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮＡを抽出
した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番号３と配列
番号４で示す配列を持つオリゴヌクレオチドを一組のプ
ライマーとし、また、配列番号５と配列番号６で示され
る配列を持つオリゴヌクレオチドをもう一組のプライマ
ーとし、ＰＣＲによって配列番号１または配列番号２で
示すＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅した。
ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム(ABI社)を使
用して行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮ
Ａ，０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ
社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐｍｏｌｅ プライ
マー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、６
０℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３０サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。配列番号３と配列番
号４で示すプライマーを組み合わせた場合には、“コシ
ヒカリ”、“ＭＴＡ２３”および“ＭＨ２００３”から
のみ３０６ｂｐのＤＮＡ断片が増幅され、“ＩＲ８”と
“ＭＴＲ１８”からはＤＮＡ断片は増幅されなかった。
一方、配列番号５と配列番号６で示すプライマーを組み
合わせた場合には、Ｒｆ−１を持つ“ＩＲ８”、“ＭＴ
Ｒ１８および“ＭＨ２００３”からのみ１６０ｂｐのＤ
ＮＡ断片が増幅され、Ｒｆ−１を持たない“コシヒカ
リ”および“ＭＨＡ２３”からＤＮＡ断片は増幅されな
かった。すなわち、このＤＮＡマーカーによってＲｆ−
１に関する優性ホモ型（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）、劣性ホ
モ型（ｒｆ−１／ｒｆ−１）およびヘテロ型（Ｒｆ−１
／ｒｆ−１）の３種類の遺伝子型が識別できることが明
らかとなった。さらに、これによって何れのイネ品種が
Ｒｆ−１を持つか否かを判定できた。
て、“ＩＲ８”および“ＭＨＲ１８”を、これを持たな
いイネ品種として“コシヒカリ”および“ＭＨＡ２３”
を用いた。さらに、“ＭＨＡ２３”に“ＭＨＲ１８”を
交配して得たＦ１植物“ＭＨ２００３”を用いた。ここ
で供試した“ＩＲ８”と“ＭＨＲ１８”の遺伝子型は優
性ホモ型で（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）、“コシヒカリ”お
よび“ＭＨＡ２３”の遺伝子型は劣性ホモ型で（ｒｆ−
１／ｒｆ−１）、“ＭＨ２００３”の遺伝子型はヘテロ
型で（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）となる。これらの成葉か
ら、 Lichtenstein & Draper （(1985) DNA cloning vo
l.3 Practical approach, pp. 67-119, IRL Press, Ox
ford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮＡを抽出
した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番号３と配列
番号４で示す配列を持つオリゴヌクレオチドを一組のプ
ライマーとし、また、配列番号５と配列番号６で示され
る配列を持つオリゴヌクレオチドをもう一組のプライマ
ーとし、ＰＣＲによって配列番号１または配列番号２で
示すＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅した。
ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム(ABI社)を使
用して行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮ
Ａ，０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ
社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，８ｐｍｏｌｅ プライ
マー，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．３），５
０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含まれる。
ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチャー、６
０℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間の伸長反
応を１サイクルとし、３０サイクル反応させた。反応液
を１％アガロースゲルで分画した。配列番号３と配列番
号４で示すプライマーを組み合わせた場合には、“コシ
ヒカリ”、“ＭＴＡ２３”および“ＭＨ２００３”から
のみ３０６ｂｐのＤＮＡ断片が増幅され、“ＩＲ８”と
“ＭＴＲ１８”からはＤＮＡ断片は増幅されなかった。
一方、配列番号５と配列番号６で示すプライマーを組み
合わせた場合には、Ｒｆ−１を持つ“ＩＲ８”、“ＭＴ
Ｒ１８および“ＭＨ２００３”からのみ１６０ｂｐのＤ
ＮＡ断片が増幅され、Ｒｆ−１を持たない“コシヒカ
リ”および“ＭＨＡ２３”からＤＮＡ断片は増幅されな
かった。すなわち、このＤＮＡマーカーによってＲｆ−
１に関する優性ホモ型（Ｒｆ−１／Ｒｆ−１）、劣性ホ
モ型（ｒｆ−１／ｒｆ−１）およびヘテロ型（Ｒｆ−１
／ｒｆ−１）の３種類の遺伝子型が識別できることが明
らかとなった。さらに、これによって何れのイネ品種が
Ｒｆ−１を持つか否かを判定できた。
【００３５】［実施例７］実施例６に記載の、“ＩＲ
８”、“ＭＨＲ１８”、“コシヒカリ”、“ＭＨＡ２
３”および“ＭＨ２００３”から抽出したＤＮＡをＰＣ
Ｒの鋳型として用い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ
断片を増幅した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番
号９と配列番号１０で示す配列を持つオリゴヌクレオチ
ドをプライマーとし、ＰＣＲによって配列番号７または
配列番号８で示すＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片
を増幅した。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム
(ABI社)を使用して行った。 反応液２０μｌ中には１０
ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ(AB
I社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ ｐｒｉ
ｍｅｒ（配列番号９），４ｐｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ
（配列番号１０），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ
８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ２
が含まれる。ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネ
ーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０
秒間の伸長反応を１サイクルとし、３５サイクル反応さ
せた。増幅されたＤＮＡ断片を制限酵素ＤｄｅＩで処理
し、１％アガロースゲルで分画した。Ｒｆ−１を持たな
い“コシヒカリ”と“ＭＨＡ２３”では、１１８ｂｐと
２６８ｂｐの２本の断片が検出され、Ｒｆ−１を持つ
“ＩＲ８”と“ＭＨＲ１８”では３８６ｂｐの断片が１
本のみ検出された。また、ヘテロの遺伝子型を持つ“Ｍ
Ｈ２００３”では１１８ｂｐ、２６８ｂｐおよび３８６
ｂｐの３本の断片が検出された。すなわち、このＤＮＡ
マーカーによってＲｆ−１に関する優性ホモ型（Ｒｆ−
１／Ｒｆ−１）、劣性ホモ型（ｒｆ−１／ｒｆ−１）お
よびヘテロ型（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）の３種類の遺伝子
型が識別できることが明らかとなった。さらに、これに
よって何れのイネ品種がＲｆ−１を持つか否かを判定で
きた。
８”、“ＭＨＲ１８”、“コシヒカリ”、“ＭＨＡ２
３”および“ＭＨ２００３”から抽出したＤＮＡをＰＣ
Ｒの鋳型として用い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ
断片を増幅した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番
号９と配列番号１０で示す配列を持つオリゴヌクレオチ
ドをプライマーとし、ＰＣＲによって配列番号７または
配列番号８で示すＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片
を増幅した。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム
(ABI社)を使用して行った。 反応液２０μｌ中には１０
ｎｇ ＤＮＡ，０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ(AB
I社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ ｐｒｉ
ｍｅｒ（配列番号９），４ｐｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ
（配列番号１０），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ
８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ２
が含まれる。ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネ
ーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０
秒間の伸長反応を１サイクルとし、３５サイクル反応さ
せた。増幅されたＤＮＡ断片を制限酵素ＤｄｅＩで処理
し、１％アガロースゲルで分画した。Ｒｆ−１を持たな
い“コシヒカリ”と“ＭＨＡ２３”では、１１８ｂｐと
２６８ｂｐの２本の断片が検出され、Ｒｆ−１を持つ
“ＩＲ８”と“ＭＨＲ１８”では３８６ｂｐの断片が１
本のみ検出された。また、ヘテロの遺伝子型を持つ“Ｍ
Ｈ２００３”では１１８ｂｐ、２６８ｂｐおよび３８６
ｂｐの３本の断片が検出された。すなわち、このＤＮＡ
マーカーによってＲｆ−１に関する優性ホモ型（Ｒｆ−
１／Ｒｆ−１）、劣性ホモ型（ｒｆ−１／ｒｆ−１）お
よびヘテロ型（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）の３種類の遺伝子
型が識別できることが明らかとなった。さらに、これに
よって何れのイネ品種がＲｆ−１を持つか否かを判定で
きた。
【００３６】［実施例８］実施例６に記載の、“ＩＲ
８”、“ＭＨＲ１８”、“コシヒカリ”、“ＭＨＡ２
３”および“ＭＨ２００３”から抽出したＤＮＡをＰＣ
Ｒの鋳型として用い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ
断片を増幅した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番
号１７と配列番号１８で示す配列を持つオリゴヌクレオ
チドをプライマーとし、ＰＣＲによって配列番号１５ま
たは配列番号１６で示すＤＮＡマーカーを増幅した。Ｐ
ＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ社）を
使用して行った。反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮ
Ａ，０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ
社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライ
マー（配列番号１７），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配
列番号１８），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．
３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含
まれる。ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチ
ャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間
の伸長反応を１サイクルとし、３５サイクル反応させ
た。増幅されたＤＮＡ断片を制限酵素ＰｖｕＩＩで処理
し、１％アガロースゲルで分画した。 Ｒｆ−１を持つ
“ＩＲ８”と“ＭＨＲ１８”では１０８ｂｐと３１３ｂ
ｐの２本の断片が検出され、 Ｒｆ−１を持たない“コ
シヒカリ”と“ＭＨＡ２３”では４２１ｂｐの断片が１
本のみ検出された。また、ヘテロの遺伝子型を持つ“Ｍ
Ｈ２００３”では１０８ｂｐ、３１３ｂｐおよび４２１
ｂｐの３本の断片が検出された。すなわち、このＤＮＡ
マーカーによってＲｆ−１に関する優性ホモ型（Ｒｆ−
１／Ｒｆ−１）、劣性ホモ型（ｒｆ−１／ｒｆ−１）お
よびヘテロ型（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）の３種類の遺伝子
型が識別できることが明らかとなった。さらに、これに
よって何れのイネ品種がＲｆ−１を持つか否かを判定で
きた。
８”、“ＭＨＲ１８”、“コシヒカリ”、“ＭＨＡ２
３”および“ＭＨ２００３”から抽出したＤＮＡをＰＣ
Ｒの鋳型として用い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ
断片を増幅した。抽出したＤＮＡを鋳型として、配列番
号１７と配列番号１８で示す配列を持つオリゴヌクレオ
チドをプライマーとし、ＰＣＲによって配列番号１５ま
たは配列番号１６で示すＤＮＡマーカーを増幅した。Ｐ
ＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム（ＡＢＩ社）を
使用して行った。反応液２０μｌ中には１０ｎｇ ＤＮ
Ａ，０．２ｕｎｉｔｓ ＡｍｐｌｉＴａｑ（ＡＢＩ
社），４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，４ｐｍｏｌｅ プライ
マー（配列番号１７），４ｐｍｏｌｅ プライマー（配
列番号１８），１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−Ｈｃｌ（ｐＨ８．
３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ2が含
まれる。ＰＣＲ条件は、９４℃で１０秒間のディネーチ
ャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間
の伸長反応を１サイクルとし、３５サイクル反応させ
た。増幅されたＤＮＡ断片を制限酵素ＰｖｕＩＩで処理
し、１％アガロースゲルで分画した。 Ｒｆ−１を持つ
“ＩＲ８”と“ＭＨＲ１８”では１０８ｂｐと３１３ｂ
ｐの２本の断片が検出され、 Ｒｆ−１を持たない“コ
シヒカリ”と“ＭＨＡ２３”では４２１ｂｐの断片が１
本のみ検出された。また、ヘテロの遺伝子型を持つ“Ｍ
Ｈ２００３”では１０８ｂｐ、３１３ｂｐおよび４２１
ｂｐの３本の断片が検出された。すなわち、このＤＮＡ
マーカーによってＲｆ−１に関する優性ホモ型（Ｒｆ−
１／Ｒｆ−１）、劣性ホモ型（ｒｆ−１／ｒｆ−１）お
よびヘテロ型（Ｒｆ−１／ｒｆ−１）の３種類の遺伝子
型が識別できることが明らかとなった。さらに、これに
よって何れのイネ品種がＲｆ−１を持つか否かを判定で
きた。
【００３７】［実施例９］配列番号１と配列番号２、配
列番号７と配列番号８、配列番号１１と配列番号１２お
よび配列番号１５と配列番号１６で示される、ＤＮＡマ
ーカーとＲｆ−１との遺伝的距離、並びに位置関係を決
定した。Ｒｆ−１を持たないＣＭＳ系統である“ＭＴＣ
−１０Ａ”とＲｆ−１を持つ“ＭＴＣ−１０Ｒ”を用い
た。これらは、“台中６５号”にインディカ種の“Ｃｈ
ｉｎｓｕｒａｈ Ｂｏｒｏ ＩＩ”を戻し交配して得ら
れた準同質遺伝子系統である。“ＭＴＣ−１０Ａ”を母
親とし、これに“ＭＴＣ−１０Ｒ”を交配してＦ１植物
を育成した。得られたＦ１の花粉を“ＭＴＣ−１０Ａ”
に交配し、３００個体のＢ１Ｆ１植物を得た。“ＭＴＣ
−１０Ａ”はＢＴ型の細胞質を有する配偶体型細胞質雄
性不稔であるので、“ＭＴＣ−１０Ａ”と“ＭＴＣ−１
０Ｒ”のＦ１では遺伝子型Ｒｆ−１の花粉のみが正常に
発達する。すなわち、Ｆ１の花粉を“ＭＴＣ−１０Ａ”
に戻し交配して得られるＢ１Ｆ１の遺伝子型は全てＲｆ
−１／ｒｆ−１のへテロとなる。３００個体の植物体か
らＳｔｅｉｎｅｒらの方法（(1995) Nuleic Acid Resar
ch 13:2569-2570）に従って、ＤＮＡを粗抽出した。実
施例６から実施例８に記載の方法で、ＰＣＲによってＤ
ＮＡマーカーを増幅し、各ＤＮＡマーカーのパターンを
解析した。何れのＤＮＡマーカーにおいても、解析した
全ての個体で“ＭＴＣ−１０Ａ”由来のパターンが検出
された。一方、“ＭＴＣ−１０Ｒ”由来のパターンに関
しては、配列番号１と配列番号２のＤＮＡマーカーで
は、３００個体中３個体で“ＭＴＣ−１０Ｒ”由来のパ
ターンが検出され無かった。同様に、配列番号７と配列
番号８のＤＮＡマーカーでは３００個体中９個体、配列
番号１１と配列番号１２のＤＮＡマーカーでは３００個
体中１５個体、配列番号１５と配列番号１６のＤＮＡマ
ーカーでは１８０個体中７個体で“ＭＴＣ−１０Ｒ”由
来のパターンが検出され無かった。即ち、これら“ＭＴ
Ｃ−１０Ｒ”由来のパターンが検出されなかった個体で
は、各ＤＮＡマーカーとＲｆ−１との間で組換えが生じ
たことになる。これらの結果を元に、Ｋｏｓａｍｂｉの
計算式（(1944)Ann Eugen 12:172-175）によって、各Ｄ
ＮＡマーカーとＲｆ−１との位置関係および遺伝的距離
を算出した。配列番号１と配列番号２のＤＮＡマーカー
とＲｆ−１との遺伝的距離は１．０ｃＭ±０．１８ｃ
Ｍ、配列番号７と配列番号８のＤＮＡマーカーとは３．
０ｃＭ±０．３２ｃＭ、配列番号１１と配列番号１２の
ＤＮＡマーカーとは５．０ｃＭ±１．３ｃＭ、配列番号
１５と配列番号１６のＤＮＡマーカーとは３．９ｃＭ±
１．４８ｃＭであることが明らかとなった。また、位置
関係については、配列番号１５と配列番号１６のＤＮＡ
マーカーが他のＤＮＡマーカーとＲｆ−１を挟んで逆側
に位置することが明らかとなった。
列番号７と配列番号８、配列番号１１と配列番号１２お
よび配列番号１５と配列番号１６で示される、ＤＮＡマ
ーカーとＲｆ−１との遺伝的距離、並びに位置関係を決
定した。Ｒｆ−１を持たないＣＭＳ系統である“ＭＴＣ
−１０Ａ”とＲｆ−１を持つ“ＭＴＣ−１０Ｒ”を用い
た。これらは、“台中６５号”にインディカ種の“Ｃｈ
ｉｎｓｕｒａｈ Ｂｏｒｏ ＩＩ”を戻し交配して得ら
れた準同質遺伝子系統である。“ＭＴＣ−１０Ａ”を母
親とし、これに“ＭＴＣ−１０Ｒ”を交配してＦ１植物
を育成した。得られたＦ１の花粉を“ＭＴＣ−１０Ａ”
に交配し、３００個体のＢ１Ｆ１植物を得た。“ＭＴＣ
−１０Ａ”はＢＴ型の細胞質を有する配偶体型細胞質雄
性不稔であるので、“ＭＴＣ−１０Ａ”と“ＭＴＣ−１
０Ｒ”のＦ１では遺伝子型Ｒｆ−１の花粉のみが正常に
発達する。すなわち、Ｆ１の花粉を“ＭＴＣ−１０Ａ”
に戻し交配して得られるＢ１Ｆ１の遺伝子型は全てＲｆ
−１／ｒｆ−１のへテロとなる。３００個体の植物体か
らＳｔｅｉｎｅｒらの方法（(1995) Nuleic Acid Resar
ch 13:2569-2570）に従って、ＤＮＡを粗抽出した。実
施例６から実施例８に記載の方法で、ＰＣＲによってＤ
ＮＡマーカーを増幅し、各ＤＮＡマーカーのパターンを
解析した。何れのＤＮＡマーカーにおいても、解析した
全ての個体で“ＭＴＣ−１０Ａ”由来のパターンが検出
された。一方、“ＭＴＣ−１０Ｒ”由来のパターンに関
しては、配列番号１と配列番号２のＤＮＡマーカーで
は、３００個体中３個体で“ＭＴＣ−１０Ｒ”由来のパ
ターンが検出され無かった。同様に、配列番号７と配列
番号８のＤＮＡマーカーでは３００個体中９個体、配列
番号１１と配列番号１２のＤＮＡマーカーでは３００個
体中１５個体、配列番号１５と配列番号１６のＤＮＡマ
ーカーでは１８０個体中７個体で“ＭＴＣ−１０Ｒ”由
来のパターンが検出され無かった。即ち、これら“ＭＴ
Ｃ−１０Ｒ”由来のパターンが検出されなかった個体で
は、各ＤＮＡマーカーとＲｆ−１との間で組換えが生じ
たことになる。これらの結果を元に、Ｋｏｓａｍｂｉの
計算式（(1944)Ann Eugen 12:172-175）によって、各Ｄ
ＮＡマーカーとＲｆ−１との位置関係および遺伝的距離
を算出した。配列番号１と配列番号２のＤＮＡマーカー
とＲｆ−１との遺伝的距離は１．０ｃＭ±０．１８ｃ
Ｍ、配列番号７と配列番号８のＤＮＡマーカーとは３．
０ｃＭ±０．３２ｃＭ、配列番号１１と配列番号１２の
ＤＮＡマーカーとは５．０ｃＭ±１．３ｃＭ、配列番号
１５と配列番号１６のＤＮＡマーカーとは３．９ｃＭ±
１．４８ｃＭであることが明らかとなった。また、位置
関係については、配列番号１５と配列番号１６のＤＮＡ
マーカーが他のＤＮＡマーカーとＲｆ−１を挟んで逆側
に位置することが明らかとなった。
【００３８】
【発明の効果】本発明により、イネの細胞質雄性不稔回
復遺伝子（Ｒｆ−１）の近傍に位置する複数の共優性の
ＤＮＡマーカーが提供される。本発明の共優性のＤＮＡ
マーカーをＰＣＲによるＲｆ−１の遺伝子型の識別に利
用することで、イネのＲｆ−１の表現形質である細胞質
雄性不稔回復能の判別を簡便にしかも精度よく行うこと
が出来る。
復遺伝子（Ｒｆ−１）の近傍に位置する複数の共優性の
ＤＮＡマーカーが提供される。本発明の共優性のＤＮＡ
マーカーをＰＣＲによるＲｆ−１の遺伝子型の識別に利
用することで、イネのＲｆ−１の表現形質である細胞質
雄性不稔回復能の判別を簡便にしかも精度よく行うこと
が出来る。
【００３９】この本発明の方法により稔性回復能力の有
無を判別することが可能となり、ハイブリッドライスの
親系統の育成が効率化される。さらに、ハイブリッドラ
イス種子の純度管理が可能となる。
無を判別することが可能となり、ハイブリッドライスの
親系統の育成が効率化される。さらに、ハイブリッドラ
イス種子の純度管理が可能となる。
【００４０】
【００４１】 配列番号：１ 配列の長さ：２３７１ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"コシヒカリ" 配列： CAAGCAGTTT GGTTTGAAAG CAAATTTGGG GGATTATTAT TTTTTTGGTG GGAAATTTGA 60 GTAGGGATCT GTAATAGCGG AAAAAGGAGG AGCTTCGGTG GTGAATTGAG GGGGTTTCTC 120 CATGGTGGGG AAGGAATTGG TGGTGAGAAA GAACGGCCCC GTGGACATCC GCGAGATTGC 180 CGCCAAGGCG ACGCTGAGGG AGGTCCGGCA GAATGGGCAC ACCTACGTTG AGCTCCGCCG 240 TGTCGGCAAG CGCGTCATCT TCTTCTGCAC CATCTGCCTC ACCGAGTGCT TCAGCGACAC 300 CGTGCTGTTT GATCACCTGA AGGGGAACCT GCACTCCCGG CGCTACGCGG AGGCTAAGGT 360 CACGCTGTTC GGGCCCATGC CATGGCCGTT CAACGACGGC GTGCTCTTCT TCAACAACTC 420 GCGCGAGAAG GACCCAGCTC TTGCTGGACT CGAGCTCGCA GAACACCAGA GAGCTGGCTC 480 TGGTTCCAGC CAACGACACT GAAGTGACTT CGAGGTTGAG AGATGATTCT AGCTCTCGCA 540 ATGGCGCAAA AGGCACACGC CGTGGTGCAA ATGCGCATGG TAATGGTAGA ACTGCTTCTG 600 TATCTGAAGA TCATGTGCTG TCAAACCAAA GTGGAACTGA CGGTCCCCTC GTTATTCCTA 660 GTGTATTGCT AAAGGATGTT GTTTCGGATT TGCCTGTGCA TCTTTTGGGA TATGGAAATA 720 TTGCATACAG GTTATGGGAA GCTAGCAAAG GAAGTAAAAA GATTAGCAAG ATCTGGTGTG 780 CTTGGGTAGG ACAGGATGGC TCCCATGGCT TGGATGAGTG TGACACCTAT GAGCAATCTG 840 ACTTTGCCAT TGTCAACTTC TCTTATACAA TTGAGTTGGG CAGGAAGTGG TCTTCTGATG 900 ATCAGGACCT TCCTATCTCT GCTGGATCTT TCTTCGTGAT TGATGATGCT GGACACCGTG 960 GAAAGAGAAG AAAGAAGTCA TTTTCAGATC AAGAAGCATC TTCAGAGGAG TCGAATGAGC 1020 AAAGCAGCTC CGCCCATGAC AATAGCCAAG CTATCATAAC AGGTTCCCCG ACAGGTACTT 1080 CACACAATCT TCAAGTTGGC CTCTTATCCA CCAAATCTAT GAGGAGGGAG TTGCGTAAGC 1140 AGAAGCGCCT TGCTGCTGAG AAAGCTTGTG ATATTTGTGG GCGACCAATG CTTCTTGAAA 1200 AGGATGTAGC TACCTTGCTC AACTGCAAGA CAGGAAATCT AGCCTGCAGC AGTAGAAACT 1260 CAAGCGGGGT AAGTTATTTC AAACATTCTT TGCCTTTGCA GTTTCTTAGT ATTTCTTGAA 1320 GATAGCAACG CATGACATGC TTAGCATTTC TCACAGATAA ATAAATTAAA GCAAACCTAA 1380 AAAATTAGGC ATTTGACTAA TTTCCATTCA TTAGTTATGG TAACTTCTTC ACTGTTGTAA 1440 TGGAATTACA GTTCTCACAA ACCAGGGATT CCAAACCGTA TAATGCAAAG TGGTTGAATT 1500 CATTTCAAGC AAAACATAGA CAGTGTATAG TTTCTTCTTT AAAAATTTGT AGTATTCTGC 1560 TGCAACCTCC AATGACTTTG TACGGCTAAT TTTGCAGGCA TTTCATTTGT TTCACACTTC 1620 TTGCCTTGTG CACTGGACTA TTTTATGCCA ATATGAGATG CTAGCAGACA AAATTGCAAG 1680 CAAGGGAAAA AGCAATCGAG GAAGAAAGGC AAAAAATGCA CCTAAGAAAA TAACATCCAT 1740 CCTTTGCCCA GAATGCCAGG GTACTGGAAT CCATGTTGAG GGAGATGAAC TGGAAAAACC 1800 AACCATTTCT TTATCTGAGG TTCAGACTTC AGAGTGCTAT TCTTCGCTGC TACTTTTCTT 1860 TAACTGGACC TGCTTCAATT ATTTGTTGTG TTAAGTAATT GTCGACATCC TTAATTTTAG 1920 ATCCGTATCG CAGATGTTTC GCTATAAGCT GAAAGCCATT GAAGCACACA AAGCATGGAT 1980 GAAGAGCCCT GAGGTGCTTG AGAACTGTTC CACTGGACTT CATTTCCCTG CAGAGCAAAT 2040 AGAGAACTCT GAGGTAGCTT CATAGGCTAG CATAATTAAT ACCCATTTTG TTTTGGATTA 2100 AACGCGTGAT TGATCGAACC AACTTTTTTG CAGGAGCAGG TGATTCCACT GAAGTCGGTT 2160 GCTTTCTATG CAGCTGACGG GTGAGATGTC CTGCTAAGGC CATGGACCGT GCCTCGTCGC 2220 TGCCAGAAAC GAGAGGGATT CTGCCAGGGA CGTTGTAAAT TTACTAGAGC AGCTGTAAAT 2280 AAGCTTGCTT GACGATACTG TTAGAGATGC TGACAGTGTA GTTCGCTTCG GTTTAGCCTG 2340 TAATTGCGTT GTACCTATGT TTCTCACTGC T 2371
【００４２】 配列番号：２ 配列の長さ：２３７４ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ＩＲ８" 配列： CAAGCAGTTT GGTTTGAAAG CAAATTTGGG GGATTATTAT TTTTTTGGTG GGAAATTTGA 60 GTAGGGATCT GTAATAGCGG AAAAAGGAGG AGCTTCGGTG GTGAATTGAG GGGGTTTCTC 120 CATGGTGGGG AAGGAATTGG TGGTGAGAAA GAACGGCCCC GTGGACATCC GCGAGATTGC 180 CGCCAAGGCG ACGCTGAGGG AGGTCCGGCA GAATGGGCAC ACCTACGTTG AGCTCCGCCG 240 TGTCGGCAAG CGCGTCATCT TCTTCTGCAC CATCTGCCTC ACCGAGTGCT TCAGCGACAC 300 CGTGCTGTTT GATCACCTGA AGGGGAACCT GCACTCCCGG CGCTACGCGG AGGCTAAGGT 360 CACGCTGTTC GGGCCCATGC CATGGCCGTT CAACGACGGC GTGCTCTTCT TCAACAACTC 420 GCGCGAGAAG GACCCAGCTC TTGCTGGACT CGAGCTCGCA GAACACCAGA GAGCTGGCTC 480 TGGTTCCAGC GAACGACACT GAAGTGACTT CGAGGTTGAG AGATGATTCT AGCTCTCGCA 540 ATGGCGCAAA AGGCACACGC CGTGGTGCAA ATGCGCATGG TAATGGTAGA ACTGCTTCTG 600 TATCTGAAGA TCATGTGCTG TCAAACCAAA GTGGAACTGA CGGTCCTCTC GTTATTCCTA 660 GTGTATTGCT AAAGGATGTT GTTTCGGATT TGCCTGTGCA TCTTTTGGGA TATGGAAATA 720 TTGCATACAG GTTATGGGAA GCTAGCAAAG GAAGTAAAAA GATTAGCAAG ATCTGGTGTG 780 CTTGGGTAGG ACAGGATGGC TCCCATGGCT TGGATGAGTG TGACACCTAT GAGCAATCTG 840 ACTTTGCCAT TGTCAACTTC TCTTATACAA TTGAGTTGGG CAGGAAGTGG TCTTCTGATG 900 ATCAGGACCT TCCTATCTCT GCTGGATCTT TCTTCGTGAT TGATGATGCT GGACACCGTG 960 GAAAGAGAAG AAAGAAGTCA TTTTCAGATC AAGAAGCATC TTCAGAGGAG TCGAATGAGC 1020 AAAGCAGCTC CGCCCATGAC AATAGCCAAG CTATCATAAC AGGTTCCCCG ACAGGTACTT 1080 CACACAATCT TCAAGTTGGC CTCTTATCCA CCAAATCTAT GAGGAGGGAG TTGCGTAAGC 1140 AGAAGCGCCT TGCTGCTGAG AAAGCTTGTG ATATTTGTGG GCGACCAATG CTTCTTGAAA 1200 AGGATGTAGC TACCTTGCTC AACTGCAAGA CAGGAAATCT AGCCTGCAGC AGTAGAAACT 1260 CAAGCGGGGT AAGTTATTTC AAACATTCTT TGCCTTTGCA GTTTCTTAGT ATTTCTTGAA 1320 GATAGCAACG CATGACATGC TTAGCATTTC TCACAGATAA ATAAATTAAA GCAAACCTAA 1380 AAAATTAGGC ATTTGACTAA TTTCCATTCA TTAGTTATGG TAACTTCTTC ATTGTTGTAA 1440 TGGAATTACA GTTCTCACAA ACCAGGGATT CCAAACCGTA TAATGCAAAG TGGTTGAATT 1500 CATTTCAAGC AAAACATAGA CAGTGTATAG TTTCTTCTTT AAAAATTTGT AGTATTCTGC 1560 TGCAACCTCC AATGACTTTG TACGGCTAAT TTTGCAGGCA TTTCATTTGT TTCACACTTC 1620 TTGCCTTGTG CACTGGACTA TTTTACGCCA ATATGAGATG CTAGCAGACA AAATTGCAAG 1680 CAAGGGAAAA AGCAATCGAG GAAGAAAGGC AAAAAATGCA CCTAAGAAAA TAACATCCAT 1740 CCTTTGCCCA GAATGCCAGG GTACTGGAAT CCATGTTGAG GGAGATGAAC TGGAAAAACC 1800 AACCATTTCT TTATCTGAGG TTCAGACTTC AGAGTGCTAT TCTTCGCTGC TACTTTTCTT 1860 TAACTGGACC TGCTTCAATT ATTTGTTGTG TTAAGTAATT GTCGACATCC TTAATTTTAG 1920 ATCCATATCG CAGATGTTTC GCTATAAGCT GAAAGCCATT GAAGCACACA AAGCATGGAT 1980 GAAGAGCCCT GAGGTGCTTG AGAACTGTTC CACTGGACTT CATTTCCCTG CAGAGCAAAT 2040 AGAGAACTCT GAGGTAGCTT CATAGGCTAG CATAATTAAT ACCCATTTTG TTTTGGATTA 2100 AACGCGTGAT TGATCGAACC AACTCTTTTG CAGGAGCAGG AGGTGATTCC ACTGAAGTCG 2160 GTTGCTTTCT ATGCAGCTGA CGGGTGAGAT GTCCTGCTAA GGCCATGGAC CGTGCCTCGT 2220 CGCTGCCAGA AACGAGAGGG ATTCTGCCAG GGACGTTGTA AATTTACTAG AGCAGCTGTA 2280 AATAAGCTTG CTTGACGATA CTGTTAGAGA TGCTGACAGT GTAGTTCGCT TCGGTTTAGC 2340 CTGTAATTGC GTTGTACCTA TGTTTCTCAC TGCT 2374
【００４３】配列番号：３ 配列の長さ：１７ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： TGGCTCTGGT TCCAGCC 17
【００４４】配列番号：４ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CACACCAGAT CTTGCTAATC 20
【００４５】配列番号：５ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGAGGCTAAG GTCACGCTGT TC 22
【００４６】配列番号：６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GTCACTTCAG TGTCGTTC 18
【００４７】 配列番号：７ 配列の長さ：６１５ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"コシヒカリ" 配列： GCAGGGATAG GATTTGTATG GTTGGTGGGT GCTCATAGCC TCATCCTTTG TTTAGACCAT 60 TAATTCCCCT CTGCTTGATC CAGTGTACAT CCATGGGTTA GGACAGATTA GTTACTCAGT 120 TAATTAAGTG TGAGACTGGA AAAAAATATC TGACGGCAGT TTTATAAGTT GAGTGATTGA 180 ACTAGTGAAA GTTCAGTTAA CTGTCAACGG CTGTAGATTT GGGATGGCAG ACTGTTCTGA 240 GTCAAAATGA AGCTTTTACT GTGCGTGGTT ACCAGGTGCA GTAAAATAAT TTCAGATCTA 300 ATCGCAGTAA AAAAAATGTA GTACTATATG TTAAGACGAG ATTGGTCGGT CAAAATCTAT 360 CTGGCCCTTT ACATCTCCCA AATGTTACCT CAGTTGCAGG TGGTAAAAAA AAATCACTCG 420 TTTCACGTGA TGTCGGCAGA TCATGGACCA TGTCTCAAAT GCTGAAACTC TGAACAATCA 480 ACAAAAAAAT CCAACCAGAT GAGCTGTGCA ACTGATAATT GATCATCACA CTATTTGCAA 540 CTCATCTTCA TGTAGATGGA CTTCAATCCC GAAGAAATAA TGACAGCAAA ATGCTGCGAT 600 CTGAGAAAGG GATGG 615
【００４８】 配列番号：８ 配列の長さ：６１０ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ＩＲ８" 配列： GCAGGGATAG GATTTGTATG GTTGGTGGGT GCTCATAGCC TCATCCTTTG TTTAGACCAT 60 TAATTCCCCT CTGCTTGATC CAGTGTACAT CCATGGGTTA GGACAGATTA GTTAGTTAAT 120 TAAGTGTGAG ACTGGAAAAA AATATCTGAC GGCAGTTTTA TAAGTTGAGT GATTGAACTA 180 GTGAAAGTTC AGTTAACTGT CAACGGCTGT AGATTTGGGA TGGCAGACTG TTCTGAGTCA 240 AAATGAAGCT TTTACTGTGC GTGGTTACCA GGTGCAGTAA AATAATTTCA GATCTAATCG 300 CAGTAAAAAA ATGTAGTACT ATATGTTAAG ACGAGATTGG TCGGTCAAAA TCTATCTGGC 360 CCTTTACATC TCCCAAATGT TACCTCAGTT GCAGGTGGTA AAAAAAAATC ACTCGTTTCA 420 CGTGATGTCG GCAGATCATG GACCATGTCT CAAATGCTGA AACTCTGAAC AATCAACAAA 480 AAAATCCAAC CAGATGAGCT GTGCAACTGA TAATTGATCA TCACACTATT TGCAACTCAT 540 CTTCATGTAG ATGGACTTCA ATCCCGAAGA AATAATGACA GCAAAATGCT GCGATCTGAG 600 AAAGGGATGG 610
【００４９】配列番号：９ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GCAGGGATAG GATTTGTATG GTTG 24
【００５０】配列番号：１０ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GAGGTAACAT TTGGGAGATG TAAAG 25
【００５１】 配列番号：１１ 配列の長さ：５７６ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"コシヒカリ" 配列： GCGGCCGCTC CGGGAAGTCG AGCGAGTAGA CGCCCCTGAC GCCGTACGCG TCGGCGAGCC 60 GCAGCGGCGT CTCTGGCGGT GTGAAGGACA GCCCGTTCAG CGTCGCGCGG CGCCGCCCGT 120 TGATCGTCAC CGGCGCCGTG CTCCGCAGCA GGTACGCCTG CGTCACGTTG ATCGACGAGT 180 ACCTGAACGA TCCCTGTGGG TTCGGCCTCG CCGCTCCGGC ACTCAGGTTC CACCTGCCCA 240 ATGCAAAAAA CCAAAACCCA AAAGCTTAAT GCGAATAATA CATCATTCCA CGTATTTAAA 300 AAAATAATTT ATAGGTAAAA TTTTTATAAT GTATTTTAGC GACGTAAATG TCAATGCTGA 360 GAAATAAACG ATAATACTTT AAATGAAGTT CTAAAATTTA AATTTTGGCA TCGGTTGATG 420 TTGGATAAAG AAAACGATGG AGGCTAGTAA TTTTTCTTCT TTTTTAAGTA TCTAGATTGT 480 CATATATTGA ATTTTTCAGT TTTTCATCCC TTTGAGGACA ATCCAACTAT TATTTTTCCT 540 TTTCTATGTA AAAGGTTGAA CAACATATTC AAACAT 576
【００５２】 配列番号：１２ 配列の長さ：５７６ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ＩＲ８" 配列： GCGGCCGCTC CGGGAAGTCG AGCGAGTAGA CGCCCCTGAC GCCGTACGCG TCGGCGAGCC 60 GCAGCGGCGT CTCTGGCGGT GTGAAGGACA GCCCGTTCAG CGTCGCGCGG CGCCGCCCGT 120 TGATCGTCAC CGGCGCCGTG CTCCGCAGCA GGTACGCCTG CGTCACGTTG ATCGACGAGT 180 ACCTGAACGA TCCCTGTGGG TTCGGCCTCG CCGCTCCGGC ACTCAGGTTC CACCTGCCCA 240 ATGCAAAAAA CCAAAACCCA AAATCTTAAT GCGAATAATA CATCATTCCA CGTATTTTAA 300 AAAATAATTT ATAGGTAAAA TTTTTATAAT GTATTTTAGC GACGTAAATG TCAATGCTGA 360 GAAATAAACG ATAATGCTTT AAATGAAGTT CTAAAATTTA AATTTTGGCA GCGGTTGATG 420 TTGGATAAAG AAAACGATGG AGGCTAGTAA TTTTTCTTCT TTTTTAAGTA TCCAGATTGT 480 CATATATTGA ATTTTTCAGT TTTTTATCCC TTTGAGGACA ATCCAACTAT TATTTTTCCT 540 TTTCTATGTA AAAGGTTGAA CAACATATTC AAACAT 576
【００５３】配列番号：１３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： TCGACGAGTA CCTGAACGAT CC 22
【００５４】配列番号：１４ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： TTGGATTGTC CTCAAAGGGA TG 22
【００５５】 配列番号：１５ 配列の長さ：４２１ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"コシヒカリ" 配列： TGCTTGATGC ACTATTGACT TGTAAACATA AATGGTCTGT TCGTTGCAAC TTTTGTGCAG 60 CTGCGCAGTT GTAGCTGCTA CAGTGACTAT ATTGCTTCTA TGTTGTAGCT GCTGCTGCAG 120 CAAGCTGCAC CGAACAGGAT CAAAAGTAAA CGACGAGGGC ATTTAGAAGG AGAGGAATTG 180 TATTTGTTCC TGGTATTTAA TTTTTAAATT TGTGGTCGGA AGTTTCGGAA GAAAAAATGT 240 GCTCATGAGT GATTATTGGC TCTGAACACC AACCTCTCTT TTCGTTGATT CCTTCTGAAG 300 TGTTGGGTGT TGGGACACGA TGCTGCCGCC GACACGACAC CGGGTTCCAC AATACACTAA 360 TCTACTCGCG ACACCTTCAT TGAACTGCAT ATAATTATTT AGAAAGTCCA TTAACACATC 420 T 421
【００５６】 配列番号：１６ 配列の長さ：４２１ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源： 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ＩＲ８" 配列： TGCTTGATGC ACTATTGACT TGTAAACATA AATGGTCTGT TCGTTGCAAC TTTTGTGCAG 60 CTGCGCAGTT GTAGCTGCTA CAGTGACTAT ATTGCTTCTA TGTTGCAGCT GCTGCTGCAG 120 CAAGCTGCAC CGAACAGGAT CAAAAGTAGA CGACGAGGGC ATTTAGAAGG AGAGGAATTG 180 TATTTGTTCC CGGTATTTAA TTTTTAAATT TGTGGTCGGA AGTTTCGGAA GAAAAAATGT 240 GCTCATGAGT GATTATTGGC TCTGAACACC AACCTCTCTT TTCGTTGATT CCTTCTGAAG 300 TGTTGGGTGT TGGGACACGA TGCTGCCGCC GACACGACAC CGGGTTCCAC AATACACTAA 360 TCTACTCGCG ACACCTTCAT TGAACTGCAT ATAATTATTT AGAAAGTCCA TTAACACATC 420 T 421
【００５７】配列番号：１７ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： AGATGTGTTA ATGGACTTTC TA 22
【００５８】配列番号：１８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： AGATGTGTTA ATGGACTTTC TA 22
【００５９】配列番号：１９ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CAAGCAGTTT GGTTTGAAAG CA 22
【００６０】配列番号：２０ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： AGTTGTTGAA GAAGAGCACG CC 22
【００６１】配列番号：２１ 配列の長さ：１６ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： AGWGNAGWAN CAWAGG 16
【００６２】配列番号：２２ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CGTCATCTTC TTCTGCACCA TC 22
【００６３】配列番号：２３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGAGGCTAAG GTCACGCTGT TC 22
【００６４】配列番号：２４ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CGGCGTGCTC TTCTTCAACA AC 22
【００６５】配列番号：２４ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GCAGGGATAG GATTTGTATG G 21
【００６６】配列番号：２５ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CCATCCCTTT CTCAGATCGC A 21
【００６７】配列番号：２６ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GCGGCCGCTC CGGGAAGTCG 20
【００６８】配列番号：２７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： ATGTTTGAAT ATGTTGTTCA AGG 23
【００６９】配列番号：２８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： TGCTTGATGC ACTATTGACT TG 22
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き Ｆターム(参考） 4B024 AA11 AA20 CA01 CA20 EA04 HA11 4B063 QA01 QA05 QA11 QQ04 QQ42 QS16 QS25 QX10
Claims (26)
- 【請求項１】 配列表の配列番号１で表される塩基配列
を有し、イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−１）
の近傍１センチモルガン（ｃＭ）の位置に座乗するＤＮ
Ａマーカー。 - 【請求項２】 配列表の配列番号２で表される塩基配列
を有し、イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子（Ｒｆ−１）
の近傍１センチモルガン（ｃＭ）の位置に座乗するＤＮ
Ａマーカー。 - 【請求項３】 配列表の配列番号３で表される塩基配列
を有するプライマーと、これと互いに向かいあうプライ
マーであって、配列番号１の４９２番から２３７１番よ
り任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さの塩
基配列を有するプライマーとからなる、請求項１に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 - 【請求項４】 １組のプライマーの塩基配列が配列表の
配列番号３と配列番号４で表される事を特徴とする請求
項３に記載の１組のプライマー。 - 【請求項５】 配列表の配列番号６の塩基配列を有する
プライマーと、これと、これと互いに向かいあうプライ
マーであって、配列表の配列番号２の１番から４９０番
より任意に選ばれる連続した１５から４０塩基の長さの
塩基配列を有するプライマーとからなる、請求項２に記
載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマ
ー。 - 【請求項６】 １組のプライマーの塩基配列が配列番号
５と配列番号６で表される事を特徴とする請求項５に記
載の１組のプライマー。 - 【請求項７】 請求項３又は請求項４の何れか１項に記
載の１組のプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型とし
てＰＣＲを行い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片
が増幅された場合にはＲｆ−１を持たないと判定し、Ｄ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅されない場合
にはＲｆ−１を持つと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の
識別方法。 - 【請求項８】 請求項５又は請求項６の何れか１項に記
載の１組のプライマーを用いてイネのＤＮＡを鋳型とし
てＰＣＲを行い、ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片
が増幅された場合にはＲｆ−１を持つと判定し、ＤＮＡ
マーカーに由来するＤＮＡ断片が増幅されない場合には
Ｒｆ−１を持たないと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の
識別方法。 - 【請求項９】 配列表の配列番号７又は配列番号８で示
される塩基配列を有し、イネのＲｆ−１の近傍３ｃＭの
位置に座乗するＤＮＡマーカー。 - 【請求項１０】 配列表の配列番号７の１１５番目の塩
基又は配列表の配列番号８の１１５番目の塩基を挟んで
互いに向かい合う２種のプライマーからなる請求項９に
記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマ
ー。 - 【請求項１１】 プライマーの塩基配列が配列番号９と
配列番号１０で表される事を特徴とする請求項９に記載
のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマー。 - 【請求項１２】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号７の１番から１１５番と配列番号７の１１６番から
６１５番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５か
ら４０塩基の長さの塩基配列で表されることを特徴とす
る請求項９に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１
組のプライマー。 - 【請求項１３】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号８の１番から１１５番と配列番号８の１１６番から
６１０番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１５か
ら４０塩基の長さの塩基配列で表されることを特徴とす
る請求項９に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１
組のプライマー。 - 【請求項１４】 請求項１０から請求項１３の何れか１
項に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出した
ＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、請求項９に記載のＤ
ＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅され
たＤＮＡ断片が制限酵素ＤｄｅＩで切断された場合には
Ｒｆ−１を持たないと判定し、切断されない場合にはＲ
ｆ−１を持つと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子型の識別方
法。 - 【請求項１５】 配列表の配列番号１１および配列番号
１２で表される塩基配列を有し、イネのＲｆ−１の近傍
５ｃＭの位置に座乗するＤＮＡマーカー。 - 【請求項１６】 配列表の配列番号１１の２６４番目の
塩基又は配列表の配列番号１２の２６４番目の塩基を挟
んで互いに向かい合う２種のプライマーからなる請求項
１５に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプ
ライマー。 - 【請求項１７】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号１１の１番から２６４番と配列表の配列番号１１の
２６５番から５７６番より、それぞれ任意に選ばれる連
続した１５から４０塩基の長の塩基配列で表されること
を特徴とする請求項１６に記載の１組のプライマー。 - 【請求項１８】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号１２の１番から２６４番と配列表の配列番号１２の
２６５番から５７６番より、それぞれ任意に選ばれる連
続した１５から４０塩基の長さの塩基配列で表されるこ
とを特徴とする請求項１６に記載の１組のプライマー。 - 【請求項１９】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号１３と配列番号１４で表される事を特徴とする請求
項１６に記載の１組のプライマー。 - 【請求項２０】 請求項１６から請求項１９の何れか１
項に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出した
ＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、請求項１５に記載の
ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅さ
れたＤＮＡ断片が制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩで切断された
場合にはＲｆ−１を持たないと判定し、切断されない場
合にはＲｆ−１を持つと判定する、 Ｒｆ−１の遺伝子
型の識別方法。 - 【請求項２１】 請求項１、請求項９又は請求項１５に
記載のＤＮＡマーカーとイネのＲｆ−１を挟んで逆方向
に位置し、配列表の配列番号１５又は配列番号１６で表
される塩基配列を有し、Ｒｆ−１から４ｃＭの位置に座
乗するＤＮＡマーカー。 - 【請求項２２】 配列表の配列番号１５の１０６番目の
塩基又は配列表の配列番号１６の１０６番目の塩基を挟
んで互いに向かい合う２種のプライマーからなる請求項
２１に記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプ
ライマー。 - 【請求項２３】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号１５の１番から１０６番と配列番号１５の１０７番
から４２１番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１
５から４０塩基の長さの塩基配列を有する請求項２１に
記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマ
ー。 - 【請求項２４】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号１６の１番から１０６番と配列番号１６の１０７番
から４２１番より、それぞれ任意に選ばれる連続した１
５から４０塩基の長さの塩基配列を有する請求項２１に
記載のＤＮＡマーカーを検出するための１組のプライマ
ー。 - 【請求項２５】 プライマーの塩基配列が配列表の配列
番号１７と配列番号１８である事を特徴とする請求項２
２〜２４に記載の１組のプライマー。 - 【請求項２６】 請求項２２から請求項２５の何れか１
項に記載の１組のプライマーを用いてイネから抽出した
ＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行い、請求項２１に記載の
ＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片を増幅し、増幅さ
れたＤＮＡ断片がＰｖｕＩＩで切断された場合にはＲｆ
−１を持つと判定し、ＤＮＡ断片が切断されない場合に
はＲｆ−１を持つたないと判定する、Ｒｆ−１の遺伝子
型の識別およびＲｆ−１の有無の判別方法。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP10315985A JP2000139465A (ja) | 1998-11-06 | 1998-11-06 | イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いた細胞質雄性不稔回復遺伝子の判別方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP10315985A JP2000139465A (ja) | 1998-11-06 | 1998-11-06 | イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いた細胞質雄性不稔回復遺伝子の判別方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2000139465A true JP2000139465A (ja) | 2000-05-23 |
Family
ID=18071961
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP10315985A Pending JP2000139465A (ja) | 1998-11-06 | 1998-11-06 | イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いた細胞質雄性不稔回復遺伝子の判別方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP2000139465A (ja) |
Cited By (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2002014506A1 (fr) * | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Japan Tobacco Inc. | Procede d'estimation du genotype du locus de recuperation de fertilite affectant le cytoplasme de fertilite male de type bt du riz |
| WO2003027290A1 (fr) * | 2001-09-19 | 2003-04-03 | Japan Tobacco Inc. | Procede pour conferer ou reguler la fertilite d'un cytoplasme a sterilite male de riz bt au moyen d'un gene de restauration de la fertilite, et procede d'estimation de la presence d'un gene de restauration de la fertilite |
| WO2004005515A1 (ja) * | 2002-07-05 | 2004-01-15 | Japan Tobacco Inc. | イネｂｔ型雄性不稔細胞質に対する稔性回復遺伝子 |
| KR100435152B1 (ko) * | 2001-06-25 | 2004-06-14 | 대한민국 | Ｐｃｒ－ｒｆｌｐ를 이용한 양파세포질 웅성불임인자 판별방법 |
| JP2012210206A (ja) * | 2011-03-18 | 2012-11-01 | Honda Motor Co Ltd | イネｆ１種子の生産方法、イネｆ１種子、及びイネ雄性不稔系統 |
| JP2012210205A (ja) * | 2011-03-18 | 2012-11-01 | Honda Motor Co Ltd | イネｆ１種子の生産方法、イネｆ１種子、及びイネ雄性不稔系統 |
-
1998
- 1998-11-06 JP JP10315985A patent/JP2000139465A/ja active Pending
Cited By (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2002014506A1 (fr) * | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Japan Tobacco Inc. | Procede d'estimation du genotype du locus de recuperation de fertilite affectant le cytoplasme de fertilite male de type bt du riz |
| KR100435152B1 (ko) * | 2001-06-25 | 2004-06-14 | 대한민국 | Ｐｃｒ－ｒｆｌｐ를 이용한 양파세포질 웅성불임인자 판별방법 |
| WO2003027290A1 (fr) * | 2001-09-19 | 2003-04-03 | Japan Tobacco Inc. | Procede pour conferer ou reguler la fertilite d'un cytoplasme a sterilite male de riz bt au moyen d'un gene de restauration de la fertilite, et procede d'estimation de la presence d'un gene de restauration de la fertilite |
| AU2002335163B2 (en) * | 2001-09-19 | 2008-07-10 | Japan Tobacco Inc. | Method of imparting or controlling fertility with the use of fertility restoring gene for rice BT-male sterility cytoplasm and method of judging the existence of fertility restoring gene |
| WO2004005515A1 (ja) * | 2002-07-05 | 2004-01-15 | Japan Tobacco Inc. | イネｂｔ型雄性不稔細胞質に対する稔性回復遺伝子 |
| US7544856B2 (en) | 2002-07-05 | 2009-06-09 | Japan Tobacco Inc. | Rice restorer gene to the rice BT type cytoplasmic male sterility |
| JP2012210206A (ja) * | 2011-03-18 | 2012-11-01 | Honda Motor Co Ltd | イネｆ１種子の生産方法、イネｆ１種子、及びイネ雄性不稔系統 |
| JP2012210205A (ja) * | 2011-03-18 | 2012-11-01 | Honda Motor Co Ltd | イネｆ１種子の生産方法、イネｆ１種子、及びイネ雄性不稔系統 |
| US9943048B2 (en) | 2011-03-18 | 2018-04-17 | Honda Motor Co., Ltd. | Method for producing rice F1 seed, rice F1 seed, and rice male sterile line |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Brondani et al. | Development, characterization and mapping of microsatellite markers in Eucalyptus grandis and E. urophylla | |
| Liu et al. | Toward positional cloning of Fhb1, a major QTL for Fusarium head blight resistance in wheat | |
| AU2016270918B2 (en) | Genetic locus associated with phytophthora root and stem rot in soybean | |
| US10383295B2 (en) | Methods of creating drought tolerant corn plants using markers linked to cold shock domain-containing proteins and compositions thereof | |
| US8809623B2 (en) | Genetic loci associated with resistance to tropical rust in maize | |
| AU2021404992A1 (en) | New native clubroot resistance in rapeseed brassica napus | |
| CN109688805B (zh) | 产生灰叶斑病抗性玉蜀黍的方法 | |
| US7939708B2 (en) | Maize genomic marker set | |
| CN113736910A (zh) | 花生单株荚果数主效QTL位点qPN7的连锁分子标记及其应用 | |
| JP2000139465A (ja) | イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いた細胞質雄性不稔回復遺伝子の判別方法 | |
| Bassi et al. | Fast‐forward genetics by radiation hybrids to saturate the locus regulating nuclear–cytoplasmic compatibility in Triticum | |
| KR101570778B1 (ko) | 화영벼의 약배양 후손 계통 중 벼 흰잎마름병 저항성 계통의 판별을 위한 ｓｎｐ 마커 | |
| KR101961855B1 (ko) | 식물의 화분 발달에 관여하는 phd 유전자 및 이를 이용한 유전자적 웅성불임성의 판별방법 | |
| KR20180013887A (ko) | 개선된 내병성을 갖는 토마토 식물 | |
| US9725773B2 (en) | Molecular markers associated with green snap in maize | |
| KR101471029B1 (ko) | 양파의 임성회복 관련 분자 마커 및 웅성-가임 또는 웅성-불임의 선별방법 | |
| JPH09313187A (ja) | イネの細胞質雄性不稔回復遺伝子の近傍に位置するｄｎａマーカーおよびｄｎａ診断法 | |
| WO2013033234A1 (en) | Molecular markers associated with aphid resistance in soybean | |
| CN116970734B (zh) | 一种棉花多心室控制基因GaMV连锁的SNP位点及其应用 | |
| CN114717350B (zh) | 水稻株型的分子标记及其应用 | |
| JP2000342267A (ja) | イネ雑種不稔座ｓ−５座近傍に位置するｄｎａマーカーおよびこれを用いたｓ−５座の遺伝子型の判別方法 | |
| JP2017529861A (ja) | トウモロコシ中の培養および形質転換と関連する遺伝子座 | |
| US20150167105A1 (en) | Genetic loci associated with gray leaf spot in maize | |
| AU2014386227B2 (en) | Markers linked to reniform nematode resistance | |
| KR101570781B1 (ko) | 화영벼의 약배양 후손 계통 중 고수량 특성을 가지는 약배양 후손 계통 ｈｙ-08의 판별을 위한 ｓｎｐ 마커 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20060425 |
|
| A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20060822 |