KR101793042B1 - 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커 - Google Patents

수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커 Download PDF

Info

Publication number
KR101793042B1
KR101793042B1 KR1020150101013A KR20150101013A KR101793042B1 KR 101793042 B1 KR101793042 B1 KR 101793042B1 KR 1020150101013 A KR1020150101013 A KR 1020150101013A KR 20150101013 A KR20150101013 A KR 20150101013A KR 101793042 B1 KR101793042 B1 KR 101793042B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
seq
watermelon
primer set
marker
resistance
Prior art date
Application number
KR1020150101013A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20170010204A (ko
Inventor
박영훈
김용재
Original Assignee
부산대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 부산대학교 산학협력단 filed Critical 부산대학교 산학협력단
Priority to KR1020150101013A priority Critical patent/KR101793042B1/ko
Publication of KR20170010204A publication Critical patent/KR20170010204A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101793042B1 publication Critical patent/KR101793042B1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C12Q1/683—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자 마커에 관한 것으로서, 상세하게는 수박 흰가루병 저항성 판별용 프라이머 세트, 수박 흰가루병 저항성 판별용 키트 및 수박 흰가루병 저항성 판별 방법을 제공한다. 이러한 DNA 마커를 이용하여 흰가루병 저항성 품종을 매우 신속하고 정확하게 육성함으로써 종자회사의 육종프로그램에 크게 활용될 수 있을 것으로 예상된다.

Description

수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커{Molecular marker for selecting powdery mildew resistance gene in watermelon}
본 발명은 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커에 대한 것이다.
Podosphaera xanthii는 박과 작물의 흰가루병(Powdery mildew, PM)을 일으키는 곰팡이균으로서, 25-30℃의 상대적으로 높은 온도와 98% 이상의 습도에서 병원균의 포자형성이 활발히 일어난다. 감염된 식물체들은 엽병, 자엽, 본엽 등 생장중인 식물체 전체에서 균사체와 포자증상을 보이며, 잎이 백화되고 수관이 줄어들며 과실의 양과 질이 감소함으로써 작물 생산량에 심각한 영향을 미친다.
우리나라의 수박은 2009년 기준 농가생산액은 9300억이며, 재배면적은 20,750ha로 중요한 채소작물에 속한다. 최근까지도 흰가루병은 우리나라의 수박 생산에서 중대한 질병이 아니었지만, 시설재배가 증가하고 아열대 환경으로 기후가 변화함으로 병의 발생이 계속적으로 늘어나고 있다. 수박에 있어서 흰가루병을 일으키는 병원균주로는 미국에서 race 1W 과 2W가 보고되었으며, 국내 연구결과에 의하면 국내 흰가루병원균의 우점종은 race 1W인 것으로 보고된 바 있다. 하지만 본 병원균에 저항성을 보이는 수박 품종의 개발은 우수한 저항성 소재의 부재와 병리검정에 있어서의 문제점으로 인해 매우 제한적으로 이루어지고 있다.
병저항성 유전자들과 밀접하게 연관된 분자마커는 육종 과정 중에서 마커의 유전자형을 바탕으로 저항성 식물체를 선발하는 마커이용선발(marker-assisted selection , MAS)에 유용하게 사용할 수 있다. 이러한 분자마커의 개발은 유전자지도작성을 통해 주로 이루어지고 있으나, 현재까지 수박의 흰가루병 저항성에 대한 유전자지도는 보고된 바가 없으며, 따라서 MAS에 활용될 가능성이 있는 분자마커에 대한 공식적인 보고는 없었다.
미국공개특허 US2015/0101072(2015.04.09 공개)
본 발명의 목적은 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물, 프라이머 세트 및 이를 이용한 수박 흰가루병 저항성 판별 방법을 제공하는데 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 서열번호 3 또는 서열번호 4로 표시되는 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트 또는 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 수박 흰가루병 저항성 판별용 프라이머 세트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 수박 흰가루병 저항성 판별 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 이용한 수박 흰가루병 저항성 판별 방법을 제공한다.
본 발명은 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커에 관한 것으로서, 수박의 신품종 육성에 요구되는 흰가루병 형질을 선발해 낼 수 있는 DNA 마커를 유전자 지도 방법으로 개발하였다. 이러한 DNA 마커를 이용하여 흰가루병 저항성 품종을 매우 신속하고 정확하게 육성함으로써 종자회사의 육종프로그램에 크게 활용될 수 있을 것으로 예상된다.
도 1은 ‘Arka Manik’בTS34’의 교배로 인한 F2 집단을 이용하여 제작한 내부특이적 유전자 지도 및 흰가루병 저항성(powdery mildew resistance; PMR)에 대한 3개 주요 QTL의 위치를 나타낸다. 왼쪽의 숫자는 각 염색체 상부로부터의 거리(cM)를 나타낸다.
도 2는 ‘Arka Manik’בTS34’의 교배로 인한 F2 집단의 표현형 분포도를 나타낸다.
도 3은 2번 염색체 상에 표시된 2개의 NBS-LRR 유전자 기반 마커들을 나타낸다(*로 표시).
도 4는 ‘Arka Manik’(AM)과 ‘TS34’(TS)에서 증폭되는 Cla019831 CAPS 마커 부분의 염기서열을 나타낸다.
도 5는 ‘Arka Manik’(AM)과 ‘TS34’(TS)에서 증폭되는 Cla019844 dCAPS 마커 부분의 염기서열을 나타낸다.
이에, 본 발명자들은 흰가루병에 강한 저항성을 지니는 수박 계통인 ‘Arka Manik’ (AM)과 감수성 계통인 ‘TS34’ (TS)를 이용하여 수박 종내 유전자지도 작성 및 양적 형질 유전자좌(Quantitative trait loci; QTL) 분석을 통해 저항성 유전자와 연관된 분자마커의 개발 및 후보유전자를 탐색하고 본 발명을 완성하였다.
본 발명은 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물을 제공한다. 상기 DNA 마커는 제한 증폭 다형성 서열(Cleaved amplified polymorphic sequence; CAPS) 마커일 수 있다.
서열번호 1은 흰가루 저항성 계통인 ‘Arka Manik’에서 증폭되는 Cla019831 CAPS 마커의 염기서열이며, 서열번호 2는 흰가루 감수성 계통인 ‘TS34’에서 증폭되는 Cla019831 CAPS 마커의 염기서열이다.
본 발명은 서열번호 3 또는 서열번호 4로 표시되는 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물을 제공한다. 상기 DNA 마커는 파생된 CAPS(derived CAPS; dCAPS) 마커일 수 있다.
서열번호 3은 흰가루 저항성 계통인 ‘Arka Manik’에서 증폭되는 Cla019844 dCAPS 마커의 염기서열이며, 서열번호 4는 흰가루 감수성 계통인 ‘TS34’에서 증폭되는 Cla019844 dCAPS 마커의 염기서열이다.
본 발명은 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트 또는 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 수박 흰가루병 저항성 판별용 프라이머 세트를 제공한다.
바람직하게는, 상기 프라이머 세트는 제한 증폭 다형성 서열(Cleaved amplified polymorphic sequence; CAPS) 마커 또는 파생된 CAPS(derived CAPS; dCAPS) 마커를 증폭하기 위한 것이다.
본 발명의 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트는 "wsb2-24" 마커를 증폭하기 위한 것이고, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트는 "wsb2-39" 마커를 증폭하기 위한 것이다. 또한, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트는 "Cla019831" 마커를 증폭하기 위한 것이고, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트는 "Cla019844" 마커를 증폭하기 위한 것이다.
본 발명에 있어서, “마커(marker)”는 유전적으로 불특정 연관된 유전자좌를 동정할 때 참고점으로 사용되는 염기서열을 말한다. 이 용어는 또한 마커 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트로 사용되는 핵산과 같은 마커 서열에 상보적인 핵산 서열에도 적용된다. 분자마커(molecular marker)의 유전자 지도상의 위치는 유전자좌(genetic locus)로 일컬어진다.
본 발명에 있어서, "분자 마커" 또는 "DNA 마커"는 작물의 재배 환경이나 성장 시기에 영향을 받지 않고 신속하게 품종을 구별할 수 있으므로 유용하게 사용될 수 있다. 분자 마커 또는 DNA 마커는 유전현상의 본질인 DNA의 염기서열 차이를 대상으로 개체간 다형성(polymorphism)을 나타내는 방법으로, 주로 반복 단순 염기서열로 이루어진 마이크로새털라이트(microsatellite)나 유전자 염기 서열을 이용한 마커 또는 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) 프로브나 SCAR(Sequence Characterised Amplified Region) 마커가 이용되고 있다.
본 발명에 있어서, "제한 증폭 다형성 서열(Cleaved amplified polymorphic sequence; CAPS) 마커"는 SNP처럼 한 개의 염기서열이 변하거나 InDel에 의해 발생하는 제한효소에 의해 잘리는 부위의 변화를 해석할 수 있는 마커이다. CAPS 마커는 유전자좌에 특이적인 프라이머로 PCR 증폭을 한 후 제한효소로 잘라준 뒤 나타나는 다형성을 분석하는 방법이다.
본 발명에 있어서, "파생된 CAPS(derived CAPS; dCAPS)"는 SNP가 제한효소 사이트 내에 원래부터 존재하지 않아, 인위적으로 single bp substitution을 일으켜 제한효소 사이트를 도입하여 제작된 CAPS 마커를 말한다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 증폭하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 발명에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 수박 흰가루병 저항성 판별 키트를 제공한다.
상기의 프라이머 세트 이외에, PCR 키트에 포함되는 통상적인 구성성분을 포함할 수 있다. 상기 키트에 포함되는 통상적인 구성성분은 반응완충액, 중합효소, dNTP(dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP) 및 Mg2+와 같은 조인자 등일 수 있다. 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, E. coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 및 박테리오파아지 T7 DNA 중합효소를 포함한다. 바람직하게는, 중합효소는 다양한 박테리아 종으로부터 얻을 수 있는 열안정성 DNA 중합효소이다. 상기 중합효소 대부분은 박테리아 그 자체로부터 분리될 수 있고 또는 상업적으로 구입할 수 있다.
한편, 프라이머 세트가 CAPS 마커 또는 dCAPS 마커를 포함하는 경우에는 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약 외에 제한효소를 필요로 한다. 즉, CAPS 마커 또는 dCAPS 마커는 증폭 반응을 수행한 후에, 해당하는 제한효소로 절단해야 증폭 산물을 구별할 수 있기 때문이다.
본 발명은 (1) 수박에서 DNA를 분리하는 단계; (2) 상기 분리된 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및 (3) 상기 PCR 증폭 산물을 제한효소로 절단하여 분석하는 단계를 포함하는 수박 흰가루병 저항성 판별 방법을 제공한다.
수박에서 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있다. 또한, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
본 발명의 방법은 상기 증폭 산물을 분석하는 단계를 포함한다. 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 젤 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABI Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 젤 전기영동을 수행할 수 있으며, 젤 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 젤 전기영동 또는 아크릴아미드 젤 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행 시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.
이하에서는, 본 발명을 한정하지 않는 실시예에 따라 본 발명을 상세히 설명한다. 본 발명의 하기 실시예는 본 발명을 구체화하기 위한 것일 뿐 본 발명의 권리범위를 제한하거나 한정하는 것이 아님은 물론이다. 따라서, 본 발명의 상세한 설명 및 실시예로부터 본 발명이 속하는 기술분야의 전문가가 용이하게 유추할 수 있는 것은 본 발명의 권리범위에 속하는 것으로 해석된다.
< 실험예 >
하기의 실험예들은 본 발명에 따른 각각의 실시예에 공통적으로 적용되는 실험예를 제공하기 위한 것이다.
1. 흰가루 병리 검정
부산대학교 온실에서 흰가루 저항성 계통 AM과 감수성 계통 TS, 이들을 부모본으로 한 F3 133 계통, 흰가루 병원균 race의 판별기주식물로 알려져 있는 멜론 4 계통 (‘Top marker’, ‘PMR1’, ‘PMR6’, ‘PMR45’)에 대한 병리검정을 수행하였다. 50구 트레이를 이용하여 반복당 10립씩 3반복으로 파종한 후 낮 25~30℃, 밤 15~20℃, 그리고 습도 50% 환경에서 육묘하였다. 접종원은 흰가루병이 발생한 수박 잎으로부터 포자를 채취하였으며, 농도 8 × 104 sporangia/ml로 맞추어 파종 20일 후 본엽이 발생하였을 때 스프레이를 사용해 충분히 뿌려주는 방법으로 1차 접종을 하였고, 이틀 후 2차 접종을 하였다. 발병도는 2차 접종 일주일 후 1차 scoring 하였고 이틀 후 2차 scoring을 아래의 지표에 따라 수행하였다.
1 (Resistance, R) = ‘Arka Manik’과 동일한 저항성을 보이는 단계, 2 (Intermediate resistance, IR) = 떡잎에 증상이 있으나 본엽에 증상이 없는 단계, 3 (Susceptibility, S) = ‘TS34’와 동일한 감수성 단계.
2. 전사체( Transcriptome ) 분석과 염기서열변이 탐색
RNA 염기서열분석을 위해‘AM’과‘TS’유묘를 액체질소를 이용하여 동결 후 마쇄하였다. RNA는 QIAGEN RNA purification kit를 이용하여 정제하였으며 이후 Transcript First Strand cDNA Synthesis Kit (Roche, Germany)을 이용하여 cDNA를 합성하였다. 합성된 cDNA의 염기서열분석은 Illumina Solexa Hiseq2000을 이용하여 차세대염기서열분석법(next generation sequencing, NGS)으로 수행되었다.
생산된 염기서열 데이터 전처리는 자체 전처리 파이프 라인을 사용하여 각 transcriptome library에 대해 수행하였다. 먼저 진핵세포의 염기로 추정되는 transcriptome은 Bowtie2로부터의 reference mapping을 거쳐 제거되어졌다. 다음, sequencing PCR 중에 파생된 중복 raw sequence는 자체 개발된 perl script에 의해 제거되어졌다. 그리고 low quality 염기쌍은 CLC NGS Cell 프로그램의 cut-off values Q20에서 필터링(filtering) 하였다. 끝으로, rRNA 염기서열은 SortMeRNA를 이용하여 필터링(filtering) 하였다.
‘AM’과 ‘TS’에 대한 unigene set 작성을 위한 de novo assembly를 CLC NGS Cell로 수행하였다. 작성된 두 unigene set를 정렬(alignment)하고 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)와 단순반복서열(simple sequence repeat, SSR), 그리고 삽입/결실 (insertions/deletions, indel)과 같은 염기서열변이를 확인하였다.
3. 유전자지도작성을 위한 발현된 유전자 단편(Expressed sequence tag; EST) 기반 마커의 개발
‘AM’과 ‘TS’의 RNA seq.을 통해 발견된 SNP와 indel로부터 각각 제한 증폭 다형성 서열(Cleaved amplified polymorphic sequence; CAPS) 마커와 서열-특징화된 증폭 다형성(sequence-characterized amplified polymorphism; SCAR) 마커를 개발하였다. CAPS는 SGN CAPS Designer tool (http://solgenomics.net/tools/caps_designer)과 Primer3 (http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)을 이용하여 제한효소가 인지하는 지역에 SNP의 존재 유무를 기반으로 개발되어졌다. SNP가 없는 경우 dCAPS Finder 2.0 (http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html)을 이용하여 derived-CAPS(dCAPS) 마커를 개발하였다. SCAR는 Primer3를 이용하여 unigene sequence에서 indel(>5bp)의 양측으로 존재하는 영역에서 프라이머(primer)를 제작하여 개발하였다. Genomic DNA 추출, cloning, PCR, 제한효소 처리, 그리고 agarose gel 전기영동은 기존의 일반적 방법을 따라 수행하였다. 이들 마커에 추가적으로 기존 발표된 수박 EST-SSR 마커 중 AM과 TS 간 다형성을 보이는 마커를 선발하여 유전자지도작성에 이용하였다.
4. 유전자지도 작성과 QTL 분석
CAPS, dCAPS, SCAR 그리고 EST-SSR 마커를 이용한 AM 과 TS, 그리고 이들간 F2 집단의 유전자형을 분석(genotyping)하고 그 결과를 기반으로 유전자지도작성을 수행하였다. 멘델의 F2 비율(1:2:1)로 분리되는 공우성(co-dominant) 다형성 마커만을 JoinMap Version 4.0 software를 이용한 chi-square( X 2 ) 분석으로 확인하여 선발한 후 유전자지도작성에 활용하였다. 유전자연관지도(genetic linkage map)는 JoinMap Version 4.0 Software (Kosambi map function, cM, LOD-likelihood score=3~4)를 이용하여 작성하였다. 연관그룹 (linkage group)과 염색체 간의 matching은 Ren et al.(2012)에 따라 명명하였다. 양적 형질 유전자좌(Quantitative trait loci; QTL) 분석과 QTL mapping은 MapQTL v5.0 software의 MQM function을 이용하여 composite interval mapping(CIM)으로 수행하였다.
5. 전장유전체 염기서열분석 및 후보유전자 기반 마커 개발
전장유전체 염기서열분석을 위해 AM과 TS로부터 genomic DNA를 추출하고 300~500 정도 길이의 insert를 지니는 genomic DNA library를 TruSeq DNA Sample Preparation Kit (Illumina Inc., USA)을 이용하여 제작하였다. 수박 reference genome 크기(350 Mb)의 약 20배 정도의 raw sequence data를 NextSeq (Illumina Inc., USA) platform을 이용한 paired-end sequencing 방법으로 두 library로부터 생산하였다. Raw sequence read들은 CLC Genomic Workbench (CLC bio, Denmark) software version 7.0.3.을 이용하여 분석되었다. 분석된 sequence들을 reference genome에 rear mapping 한 후 각 샘플에 대한 consensus sequence를 제작하였다. AM과 TS의 consensus sequence 간 염기서열변이는 CLC Genomics Workbench의 probability Variant Caller’ program을 이용하여 분석하였다.
< 실시예 1> 전사체( Transcriptome ) 분석과 염기서열 변이의 탐색
AM과 TS의 total RNA NGS로부터 총 3.64 Gb와 9.96 Gb의 염기서열 정보가 생산되었으며, 이는 수박게놈의 전체 추정크기 (425 Mbp)의 대략 10배 read coverage에 해당하였다. Contig assembly 결과 reference genome sequence(Cucurbit Genome Database, http://www.icugi.org/cgi-bin/ICuGI/genome)에 매치되는 총 2,819의 unigene이 생성되었다. AM과 TS 간 homologous unigene의 염기서열 비교에서 총 14,910개 SNP와 7,455개 indel이 염기서열변이로 발견되었다.
< 실시예 2> 유전자지도작성용 EST 마커의 개발
수박의 11개 염색체에 고르게 분포된 SNP 또는 indel 총 522개를 선발하였다. SNP를 기반으로 CAPS 455개, dCAPS 11개가 개발되었고, indel을 기반으로 56개의 SCAR 마커가 개발되었다. 이에 추가적으로 기존에 보고된 54개의 EST-SSR 마커를 더하여 총 576개 마커에 대해 AM과 TS 간 다형성을 검증하였다. 그 결과 총 312 (54.16%)개의 마커[229 CAPS (50.32%), 4 dCAPS (36.36%, 29 SCAR (51.78%), 그리고 50 EST-SSR (92.59%)]가 다형성 밴드 패턴을 보였다. 또한 이 마커들 중에 97개는 우성마커이거나 불분명한 밴드 패턴을 보여주어 본 발명에서 제외되어졌으며, 따라서 최종 215개의 마커가 F2 집단의 유전자형 분석과 유전자지도 작성에 이용되었다.
< 실시예 3> 유전자지도 작성
종내 수박 유전자 연관 지도 작성에는 PM 저항성 (PMR)과 215개의 DNA 마커가 이용되었다. 215개의 마커 중 4개는 멘델의 기대치 (P<0.05)에 분리비가 맞지 않았으며, 9개는 어느 연관군에도 속하지 않아 지도작성에서 제외되었다. 종합적으로, 182 CAPS, 2 dCAPS, 19 SCAR, 그리고 8 EST-SSR를 포함하여 총 211개의 마커로부터 15개의 연관군이 형성되었다(표 1, 도 1). 본 유전자 지도의 총 길이는 2495.8 cM, 마커 간의 간격은 평균 11.7 cM, 연관군 당 평균 마커수는 14.1개였으며, 마커의 순서는 대부분 수박의 참조 게놈 (reference genome) 정보와 일치하였다.
LG Map length
(cM)		 No. of markers Marker density
(cM/marker)		 Marker types QTL
CAPS SCAR SSR
Chr. 1a 63.8 5 12.76 5 - - -
Chr. 1b 94.7 20 4.74 20 - - -
Chr. 2 283.4 20 14.17 19 - 1 pmr2 .1
Chr. 3a 93.6 6 15.6 6 - -
Chr. 3b 143 13 11 8 3 2
Chr. 4 124.3 12 10.36 12 - - -
Chr. 5 232 13 17.85 11 2 - -
Chr. 6a 55.1 6 9.18 5 1 - -
Chr. 6b 131.2 19 6.91 15 3 1 -
Chr. 7a 113.7 12 9.48 9 2 1 -
Chr. 7b 40.7 6 6.78 6 - - -
Chr. 8 209.9 15 13.99 13 1 1 -
Chr. 9 340.3 27 12.6 22 3 2 -
Chr. 10 328.3 21 15.63 18 3 - -
Chr. 11 100.3 10 10.03 8 2 - -
< 실시예 4> 표현형 평가와 QTL 분석
흰가루병 균주의 race 평가 결과 판별품종 ‘PMR 1’, ‘PMR 6’, ‘PMR 45’, ‘Top mark’ 중 ‘Top mark’에서만 발병이 확인되어 접종된 균주가 race 1W 임을 알 수 있었다. 부모본에서는 AM은 높은 저항성(DSI=1.0)을 나타내었으나 TS는 감수성(DSI=3.0)을 나타내었다. 131개의 F3 계통에서는 1~3까지 DSI 범위가 분리되어졌다(2개의 F3 계통에 대해서는 종자의 발아가 어려워 병리검정이 불가능하였다). F3 집단에 대한 흰가루병 저항성 표현형 분포도는 AM의 흰가루 저항성이 불완전 우성(incomplete dominance)의 주동 QTL에 의해 단순조절됨을 보여주었다(도 2).
작성된 유전자지도를 기반으로 흰가루 저항성에 대한 QTL 분석 결과, 염색체 2번에서 전체 F3 집단의 표현형 변이의 79.1%(LOD=30.65)를 설명하는 주동 QTL이 발견되었으며(도 1 및 도 3), 이 유전자위(locus)를 pmr2 .1로 명명하였다(표 2). pmr2.1 유전자위는 유전자지도상에서 두 개의 CAPS 마커 wsb2-39(12.85cM, SNP의 물리적 위치: 27,472,123-27,473,080 bp)와 wsb2-24 (9.86cM, SNP의 물리적 위치: 25,214,171-25,214,903 bp)를 양측으로 상호 연관되어 있어, 이 영역에서 흰가루 저항성 유전자가 존재할 수 있을 것으로 예측되었다(표 3).
Trait Marker
/QTL		 Chromosome Position
(cM)		 LOD Variance R2(%) Additive Dominance
PMR wsb2-24 130.046 24.62 0.148481 58.8 -0.62002 -0.280218
pmr2 .1 2 136.046 30.84 0.0766121 78.7 -0.726954 -0.298926
　 wsb2-39 　 151.841 9.71 0.25397 29.5 -0.438698 -0.163726
QTL Flanking Marker Marker type Primer EST location Enzyme
Forward(5'-3') Reverse (5'-3') Chr.(bp)
pmr2 .1 wsb2-24 CAPS ATGGTTTACGGCAGAGCAAT
(서열번호 5)		 GGAGGAATCGAAGAACTCCA
(서열번호 6)		 2
(25214171-
25214903)		 BslI
wsb2-39 CAPS TTTTGCGACGATTTTCTTCC
(서열번호 7)		 GTAGCGGCGATGAACAGAGT
(서열번호 8)		 2
(27472123-
27473080)		 BclI
< 실시예 5> 후보유전자 탐색 및 유전자 기반 분자마커 개발
식물에 있어 다양한 병저항성 유전자들이 클로닝 되었으며, 많은 병 저항성 유전자들이 nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) class에 속하는 것으로 밝혀졌다. 따라서 본 발명에서는 수박에서 NBS-LRR 염기서열 특성을 가지는 유전자들을 reference genome DB에서 찾아내고, 이를 수박 흰가루 저항성에 후보유전자로 가정하여 유전자 기반 마커를 개발하고 실제 QTL map에서의 pmr2 .1의 위치와 일치하는지 알아보았다. Reference genome DB [Cucurbit Genomics Database (CuGenDB) (http://www.icugi.org/cgi-bin/ICuGI/index.cgi)] 탐색 결과, 총 87개의 NBS-LRR 유전자를 찾을 수 있었으며 이 중 19 개의 유전자가 pmr2 .1이 맵핑된 염색체 2번에 존재하였으며, 이 중 8개의 유전자가 pmr2 .1 부근에 clustering 되어 있음을 확인하였다.
이들 유전자로부터 분자마커를 개발하기 위해 AM 과 TS 간 염기서열변이를 알아야 하였으며, 이를 위해 AM과 TS genomic DNA의 전장유전체 염기서열분석 (whole genome resequencing)을 NGS를 통해 수행하였다. 그 결과 101 bp 길이를 지니는 13.1과 19.4 백만(M) paired-end 염기단편(read)들이 각각 AM과 TS에서 생산되었으며, 이는 전체 길이 1.08과 1.62 Gb에 해당되어 각각 30.44 ×와 45.74×의 genome coverage를 보였다. AM과 TS의 염기서열을 비교분석한 결과 총 164,438 SNP와 11,235 indel이 관찰되었다.
위의 8개 NBS-LRR 유전자에 대한 염기서열변이를 분석한 결과(표 4), Cla019831, Cla019844, Cla019855 유전자에서 각각 2, 4, 1개의 SNP가 확인되었으며, 이 중 pmr2.1의 양측 마커였던 wsb2-39와 wsb2-24 사이에 존재하는 Cla019831와 Cla019844의 SNP (A/G, T/A)에 대해 CAPS(Cla019831-CAPS)와 dCAPS(Cla019844-dCAPS) 마커를 개발할 수 있었다(표 5). 개발된 마커들을 F2 집단에 유전자형 분석하여 기존 유전자지도에 맵핑한 결과 두 마커가 함께 공동분리(cosegregation) 되면서 정확하게 두 양측마커 (wsb2-39와 wsb2-24) 사이에 맵핑됨을 확인하였다(도 3).
따라서 본 발명은, Cla019831과 Cla019844와 같이 염색체 2번에서 pmr2 .1 유전자좌와 근접하게 위치하는 NBS-LRR class 유전자들의 cluster 중 특정 유전자가 실제 수박의 흰가루 저항성에 대한 후보유전자 일 수 있음을 시사하고 있다. 또한 pmr2.1의 양측 마커인 wsb2-39와 wsb2-24, 그리고 Cla019831과 Cla019844 유전자를 기반으로 개발된 마커들이 실질적으로 흰가루 저항성 개체를 선발하는 마커이용선발(MAS) 과정에 활용가치가 매우 높다고 판단된다.
Trait Gene Gene ID Location Gene function annotation SNP(AM/TS)
　 　 　 Chr. Reference genome(bp) 　 Nucleotide Position
(bp)
PMR R-gene Cla019831 2 26750001-
26753327		 Disease resistance protein
(IPR002182 NB-ARC)		 A/G 26751854
A/C 26752052
Cla019844 2 26582380-
26589679		 Cc-nbs-lrr resistance protein (IPR002182 NB-ARC) C/T 26583608
C/T 26583793
T/G 26584613
T/A 26586794
Cla019850 2 26501165-
26506002		 Resistance protein RGC2 (Fragment)
(IPR001611 Leucing-rich repeat)		 - -
Cla019854 2 26456943-
26459976		 TIR-NBS disease resistance-like protein
(IPR000157 Toll-Interleukin receptor)		 - -
Cla019855 2 26449200-
26453033		 TIR-NBS disease resistance protein
(IPR000157 Toll-Interleukin receptor)		 T/C 26449686
Cla019856 2 26439873-
26444126		 TIR-NBS disease resistance-like protein
(IPR000157 Toll-Interleukin receptor)		 - -
Cla019857 2 26432098-
26437657		 TIR-NBS disease resistance-like protein
(IPR000157 Toll-Interleukin receptor)		 - -
Cla019863 2 26383499-
26388744		 TIR-NBS disease resistance-like protein
(IPR000157 Toll-Interleukin receptor)		 - -
Trait Gene ID Marker type Primer sequence
(5'-3')		 SNP location
[Chr.(bp)]		 Enzyme Product size
(bp)
AM TS
PMR Cla019831 CAPS F:CTTTTGCTTGCATTGTGCAT
(서열번호 9)		 2(26751854) TaqI 650 427,
223
R:GGATGCAAAGGAGCTGTTTC
(서열번호 10)
Cla019844 dCAPS F:ATTGAAGACCGTCCTGCCTTTCTCATAAAAAGT
(서열번호 11)		 2(26586806) MseI 160 192
R:GCGCAGCCAAATAATTCAGT
(서열번호 12)
<110> Pusan National University Industry-University Cooperation Foundation <120> Molecular marker for selecting powdery mildew resistance gene in watermelon <130> ADP-2015-0285 <160> 12 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 650 <212> DNA <213> watermelon_Arka Manik <400> 1 cttttgcttg cattgtgcat atcaaactat aataaaacac agtttttaca acaaataaca 60 tcaattatgt agtcaagaag caagatcaac ataaccaaaa aaaacttaga agacccagaa 120 ttttacctca aagagatagt gttaactaaa gtccgggtga agagctcatc aaggtttgac 180 attgtttcac attcatcttg ttcatacaac actgcacaaa tgtcaatgaa ggtagtcaca 240 cgaattctct ggtcttcagg aaatgaaccc aagtccatga aacactcctt gagcaccatc 300 ttgtcatctg ggactgcatc taaggtgcct ttgaggcact ccagaagctc tttctcagaa 360 cccagaatag aatctcctct agataatttc ctctctgtaa ctttccaaac cgaagtagct 420 ctacccgaaa gtgatcttgc aatcactttc agtgcaagtg ggaatctctt acaacccctc 480 actatctgca attaaatcat tcaaaacttc agttacactt caggtatcga aaagtttcca 540 ttccttgaga ggggaatcaa ttacttacct tttctacaat ttcatcatct gggagctgtg 600 gcattctgtt atccagcgat gccgagcgat gaaacagctc ctttgcatcc 650 <210> 2 <211> 650 <212> DNA <213> watermelon_TS34 <400> 2 cttttgcttg cattgtgcat atcaaactat aataaaacac agtttttaca acaaataaca 60 tcaattatgt agtcaagaag caagatcaac ataaccaaaa aaaacttaga agacccagaa 120 ttttacctca aagagatagt gttaactaaa gtccgggtga agagctcatc aaggtttgac 180 attgtttcac attcatcttg ttcatacaac actgcacaaa tgtccatgaa ggtagtcaca 240 cgaattctct ggtcttcagg aaatgaaccc aagtccatga aacactcctt gagcaccatc 300 ttgtcatctg ggactgcatc taaggtgcct ttgaggcact ccagaagctc tttctcagaa 360 cccagaatag aatctcctct agataatttc ctctctgtaa ctttccaaac cgaagtagct 420 ctccccgaaa gtgatcttgc aatcactttc agtgcaagtg ggaatctctt acaacccctc 480 actatctgca attaaatcat tcaaaacttc agttacactt caggtatcga aaagtttcca 540 ttccttgaga ggggaatcaa ttacttacct tttctacaat ttcatcatct gggagctgtg 600 gcattctgtt atccagcgat gccgagcgat gaaacagctc ctttgcatcc 650 <210> 3 <211> 193 <212> DNA <213> watermelon_Arka Manik <400> 3 attgaagacc gtcctgcctt tctcataaaa agttaacaga atgacatgag gacaaaatct 60 atgagatgtt ccatgttata tgtattttct tccaatgtat tacgtgcatt tcattgctgg 120 ggaatttctg catacctgct cattgaaaaa tgggatccaa tgttgtacat catactgaat 180 tatttggctg cgc 193 <210> 4 <211> 193 <212> DNA <213> watermelon_TS34 <400> 4 attgaagacc gtcctgcctt tctcataaaa agtaaacaga atgacatgag gacaaaatct 60 atgagatgtt ccatgttata tgtattttct tccaatgtat tacgtgcatt tcattgctgg 120 ggaatttctg catacctgct cattgaaaaa tgggatccaa tgttgtacat catactgaat 180 tatttggctg cgc 193 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 atggtttacg gcagagcaat 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 ggaggaatcg aagaactcca 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 ttttgcgacg attttcttcc 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 gtagcggcga tgaacagagt 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 cttttgcttg cattgtgcat 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ggatgcaaag gagctgtttc 20 <210> 11 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 attgaagacc gtcctgcctt tctcataaaa agt 33 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 gcgcagccaa ataattcagt 20

Claims (9)

  1. 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물.
  2. 삭제
  3. 제1항에 있어서, 상기 DNA 마커는 제한 증폭 다형성 서열(Cleaved amplified polymorphic sequence; CAPS) 마커인 것을 특징으로 하는 수박 흰가루병 저항성 판별용 DNA 마커 조성물.
  4. 삭제
  5. 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 수박 흰가루병 저항성 판별용 프라이머 세트.
  6. 제5항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 수박 흰가루병 저항성 판별 키트.
  7. 제6항에 있어서, 상기 키트는 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 프라이머 세트를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 수박 흰가루병 저항성 판별 키트.
  8. (1) 수박에서 DNA를 분리하는 단계;
    (2) 상기 분리된 DNA를 주형으로 하고, 제5항에 따른 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
    (3) 상기 PCR 증폭 산물을 제한효소로 절단하여 분석하는 단계를 포함하는 수박 흰가루병 저항성 판별 방법.
  9. 제8항에 있어서, 상기 (2) 단계는 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 프라이머 세트를 더 포함하여 PCR을 수행하는 것을 특징으로 하는 수박 흰가루병 저항성 판별 방법.
KR1020150101013A 2015-07-16 2015-07-16 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커 KR101793042B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020150101013A KR101793042B1 (ko) 2015-07-16 2015-07-16 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020150101013A KR101793042B1 (ko) 2015-07-16 2015-07-16 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20170010204A KR20170010204A (ko) 2017-01-26
KR101793042B1 true KR101793042B1 (ko) 2017-11-03

Family

ID=57992885

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020150101013A KR101793042B1 (ko) 2015-07-16 2015-07-16 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR101793042B1 (ko)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20230090535A (ko) 2021-12-15 2023-06-22 대한민국(농촌진흥청장) 오이 흰가루병 저항성 판별용 분자 표지 및 이를 이용한 판별 방법

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111334597B (zh) * 2020-01-23 2022-07-19 北京市农林科学院 用于检测西瓜白粉病抗性的snp位点、kasp标记及其应用
CN116555280A (zh) * 2023-02-20 2023-08-08 江苏徐淮地区淮阴农业科学研究所 西瓜隐性抗白粉病基因Clpm-2WF及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR100823692B1 (ko) 2007-11-07 2008-04-18 주식회사 농우바이오 국내 수박 품종의 유연관계 분석과 품종구별을 위한 ｄｎａ마커

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150101072A1 (en) 2013-10-04 2015-04-09 Vilmorin & Cie Combining fusarium 2 resistance gene (fon2) and red flesh in watermelon

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR100823692B1 (ko) 2007-11-07 2008-04-18 주식회사 농우바이오 국내 수박 품종의 유연관계 분석과 품종구별을 위한 ｄｎａ마커

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Kwang-Hwan Kim et al., Hort. Environ. Biotechnol. 54(2):134-140, 2013.
한밝음, 중앙대학교대학원 석사학위논문, "수박 흰가루병 저항성 형질 연관 분자마커 개발", 식물시스템과학과, 2014.

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20230090535A (ko) 2021-12-15 2023-06-22 대한민국(농촌진흥청장) 오이 흰가루병 저항성 판별용 분자 표지 및 이를 이용한 판별 방법

Also Published As

Publication number Publication date
KR20170010204A (ko) 2017-01-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Xu et al. Whole-genome resequencing: changing the paradigms of SNP detection, molecular mapping and gene discovery
She et al. Fine mapping and candidate gene screening of the downy mildew resistance gene RPF1 in Spinach
EP3561079B1 (en) Soybean anti-pod-shattering major qtlqpd08-1, and mapping method and application thereof
KR102388021B1 (ko) 가공용 사과 산도 형질과 연관된 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
CN104630215A (zh) 与甜瓜抗白粉病基因Pm-2F紧密连锁系列分子标记及获取方法
CN107723378A (zh) 葡萄果实无核主效qtl位点sdl的snp分子标记及应用
Sudheesh et al. Construction of an integrated genetic linkage map and detection of quantitative trait loci for ascochyta blight resistance in faba bean (Vicia faba L.)
KR101793042B1 (ko) 수박 흰가루병 저항성 유전자 선발용 분자마커
CN107099588B (zh) 用于鉴定陆地棉早熟性的ssr标记的开发及其应用
CN116064904A (zh) 与小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A紧密连锁的分子标记及应用
KR102116428B1 (ko) 뿌리혹병 저항성 배추 품종의 판별을 위한 프라이머 세트 및 이의 용도
Zhao et al. Mapping and characterization of a novel adult-plant leaf rust resistance gene LrYang16G216 via bulked segregant analysis and conventional linkage method
KR20160095213A (ko) 수박의 과형 구별용 dna 마커
KR101907825B1 (ko) 흰가루병 저항성 토마토 개체 선발용 분자마커
KR102024212B1 (ko) ＤＮＡ 마커를 포함하는 벼 키다리병 저항성 유전자 qBK1WD를 가진 벼 품종 선별용 조성물 및 이를 이용한 저항성 벼 품종 선별 방법
CN116515858A (zh) 花生早斑病抗性主效基因AhELSR1及其分子标记的应用
KR102438610B1 (ko) 시들음병 저항성 또는 감수성 무 품종을 판별하기 위한 프라이머 세트 조성물 및 이의 용도
Yan et al. Analysis of the diversity and function of the alleles of the rice blast resistance genes Piz-t, Pita and Pik in 24 rice cultivars
KR102273611B1 (ko) 흰가루병 저항성 호박 자원을 판별하기 위한 분자마커 및 이의 용도
KR102458440B1 (ko) 고추 역병 저항성 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 고추 역병 저항성 판별 방법
KR20130091434A (ko) 벼 줄무늬잎마름병 저항성 유전자 Ｓｔｖ－ｂｉ를 가진 벼 품종 선별용 프라이머 및 이를 이용한 벼 품종 선별 방법
KR102504390B1 (ko) 수박 덩굴마름병 저항성 개체 선발을 위한 분자마커 및 이의 용도
KR102319304B1 (ko) 토마토 흰가루병 저항성 품종 판별용 snp 마커 세트 및 이의 용도
WO2012017679A1 (en) Stalk-length-related marker of plant of the genus saccharum and the use thereof
WO2012017682A2 (en) Leaf-blade-length-related marker of plant of the genus saccharum and the use thereof

Legal Events

Date Code Title Description
E902 Notification of reason for refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant