CN110004245A

CN110004245A - 在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用

Info

Publication number: CN110004245A
Application number: CN201910210586.7A
Authority: CN
Inventors: 许文静; 张红梅; 陈景斌; 袁星星; 陈华涛; 刘晓庆
Original assignee: Jiangsu Academy of Agricultural Sciences
Current assignee: Jiangsu Academy of Agricultural Sciences
Priority date: 2019-03-20
Filing date: 2019-03-20
Publication date: 2019-07-12
Anticipated expiration: 2039-03-20
Also published as: CN110004245B

Abstract

本发明公开了在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用。通用的长豇豆InDel分子标记，包括以豆类DNA为模板，利用如下SEQ ID NO.1～24任意所示的一组或几组引物对进行PCR扩增得到。本发明通过对苏紫41和苏豇1419进行转录组测序，将转录组组装序列进行BLAST比对，筛选有插入/缺失的转录本，开发InDel标记。分析所开发InDel标记的可行性后，再利用筛选得到的有效扩增标记分析其在不同豆类材料中的通用性。本发明的InDel分子标记在不同豆类材料上具有通用性，可用于今后豆类材料的遗传图谱构建、QTL定位、遗传多样性分析、分子标记辅助选择。

Description

在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用

技术领域

本发明涉及InDel分子标记引物开发及应用，尤其涉及一种在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用。

背景技术

在豇豆的分子标记研究中，大多采用基于PCR(Polymerase chain reaction，聚合酶链式反应)的DNA分子标记。利用显性分子标记，如RAPD、ISSR等，已经筛选获得一批重复性好、稳定可靠的分子标记引物(陈禅友等，2008；Chen C Y,et al.,2010)。近年来，SSR和SNP等共显性分子标记的应用备受青睐。2009 年首次报道了基于EST序列的1 375个SNP位点(Muchero W，et al.,2009)。 Li等(2001)率先开发出27个SSR标记应用于豇豆研究。Gupta等于2010年从NCBI数据库(http://archive-dtd.ncbi.nlm.nih.gov/)的豇豆unigenes序列中设计筛选出102个SSR标记。Xu等于2010年则从豇豆基因组数据库HarvEST(http://www.harvest-web.org/)和CGKB (http://cowpeagenomics.med.virginia.edu/CGKB)中发掘出172个多态性豇豆 SSR分子标记(45个EST-SSR标记和127个gSSR标记)。InDe1标记是指由核苷酸水平上碱基的插入或缺失多态性，在植物基因组中有较高的分布频率，具有遗传稳定性高、分布广、多态性强等优点，并且InDel分布密度远高于SSR，理论上讲SSR标记包含在InDel标记范围内。标记辅助育种需要高密度遗传连锁图，但利用豇豆转录组数据开发InDel标记的研究还未见报道。

特异引物PCR标记的发展趋势是引物的通用性，即设计一套引物可在不同物种、不同属、甚至不同科之间共用，共用的范围越广、宽，效率越高，为遗传研究带来的方便就越多；同时，提供的信息越系统、越深入，就越便于比较，这在比较遗传学研究中尤其突出。

发明内容

发明目的：本发明的目的之一是提供一种新的、具有通用性的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记；本发明的目的之二是提供所述长豇豆InDel 分子标记的开发方法及应用；本发明的目的之三是提供所述长豇豆InDel分子标记引物。

技术方案：本发明所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记，包括以豆类DNA为模板，利用如下任意一组或几组引物对进行PCR扩增得到，其中，引物对包括：

VUIn26：上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示；

VUIn86：上游引物如SEQ ID NO.3所示，下游引物如SEQ ID NO.4所示；

VUIn87：上游引物如SEQ ID NO.5所示，下游引物如SEQ ID NO.6所示；

VUIn88：上游引物如SEQ ID NO.7所示，下游引物如SEQ ID NO.8所示；

VUIn89：上游引物如SEQ ID NO.9所示，下游引物如SEQ ID NO.10所示；

VUIn96：上游引物如SEQ ID NO.11所示，下游引物如SEQ ID NO.12所示；

VUIn162：上游引物如SEQ ID NO.13所示，下游引物如SEQ ID NO.14所示；

VUIn211：上游引物如SEQ ID NO.15所示，下游引物如SEQ ID NO.16所示；

VUIn234：上游引物如SEQ ID NO.17所示，下游引物如SEQ ID NO.18所示；

VUIn619：上游引物如SEQ ID NO.19所示，下游引物如SEQ ID NO.20所示；

VUIn695：上游引物如SEQ ID NO.21所示，下游引物如SEQ ID NO.22所示；

VUIn753：上游引物如SEQ ID NO.23所示，下游引物如SEQ ID NO.24所示；

VUIn829：上游引物如SEQ ID NO.25所示，下游引物如SEQ ID NO.26所示。

其中，所述不同豆类选自豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的任意一种或几种。

本发明还提供了一种所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记的开发方法，包括：

(1)对长豇豆品种苏紫41和苏豇1419进行转录组测序，得到转录组组装序列；

(2)对苏紫41和苏豇1419的转录组组装序列进行BLAST比对，筛选有插入/缺失的核苷酸的转录本；

(3)挑选插入/缺失的序列长度差异相对较大的序列，设计InDel标记引物；

(4)以所述不同豆类的DNA为模板，采用设计的引物进行扩增，筛选出在不同豆类中均能扩增出有效条带(条带清楚、单一无杂带)的InDel标记引物，获得通用性分子标记。

本发明选用苏紫41和苏豇1419进行测序，其中，苏紫41为紫花、鲜荚紫色、平均荚长在65cm左右、全生育期97天、耐盐品种，耐盐级别STR为1；苏豇1419为浅紫色花、鲜荚银白色、平均荚长在50cm左右、全生育期93.5天、盐敏感品种，耐盐级别STR为5。两者具有更多的性状差异，有利于开发通用性分子标记。

步骤(3)中，挑选插入/缺失的序列长度差异相对较大的序列，序列挑选的原则包括：比对序列≥300bp；插入/缺失长度≥3bp；苏紫41和苏豇1419的序列一对一比对；两比对序列相似度大于90％。

步骤(4)中，所述不同豆类选自豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的任意一种或几种。

本发明还提供了所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记在豆类遗传图谱构建、QTL定位、分子辅助育种或遗传多样性分析中的应用。其中，所述不同豆类选自豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的任意一种或几种。

本发明最后提供了一种在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记引物，选自如下任意一组或几组引物对其中，引物对包括：

VUIn26：上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示；

VUIn86：上游引物如SEQ ID NO.3所示，下游引物如SEQ ID NO.4所示；

VUIn87：上游引物如SEQ ID NO.5所示，下游引物如SEQ ID NO.6所示；

VUIn88：上游引物如SEQ ID NO.7所示，下游引物如SEQ ID NO.8所示；

本发明还提供了所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记引物在豆类遗传图谱构建、QTL定位、分子辅助育种或遗传多样性分析中的应用。其中，所述不同豆类选自豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的任意一种或几种。

本发明中，上述涉及的，所述豇豆属选自绿豆、小豆、黑吉豆中的一种或几种，所述大豆属选自大豆，所述豌豆属选自蚕豆/和豌豆，所述菜豆属选自芸豆，所述扁豆属选自扁豆，所述刀豆属选自刀豆，所述鹰嘴豆属选自鹰嘴豆。

有益效果：

本发明通过对两个长豇豆品种苏紫41和苏豇1419进行转录组测序，将转录组组装序列进行BLAST比对，筛选有插入/缺失(InDel)的转录本，开发InDel 标记。首先利用部分豇豆资源分析所开发InDel标记的可行性。然后再利用筛选得到的有效扩增标记分析其在不同豆类材料中的通用性，获得13个通用性InDel 标记。本发明所提供的InDel分子标记在多个不同属豆类材料上具有通用性，可用于今后豆类材料的遗传图谱构建、QTL定位、遗传多样性分析、分子标记辅助选择，提高育种的准确性和选择效率，节约成本。

附图说明

图1为分子标记引物VUIn234对不同豆类材料的扩增结果；

图2为分子标记引物VUIn88对不同豆类材料的扩增结果；

其中1-34分别为宁豆4号、苏豆7号、新大粒1号、y-32芸豆、y-13芸豆、 y-1芸豆、TC2211、Jp100258、CN200319、CN200345、P1 464908、P1 619181、翼绿7号、特优54号、苏绿4号、苏红豆037、苏红豆058、苏红1号、青扁5 号、红扁B27号、沧州大扁豆、苏蚕17-80、苏蚕2号、苏蚕1号、苏豌8号、苏豌4号、苏豌1号、刀豆、刀豆、刀豆、大刀豆、鹰嘴豆、鹰嘴豆M209、鹰嘴豆M218。

具体实施方式

下面结合具体实施例，进一步阐明本发明，应理解这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围，在阅读了本发明之后，本领域技术人员对本发明的各种等价形式的修改均落于本申请所附权利要求所限定的范围。

以下实施例中所用材料、试剂、仪器和方法，未经特殊说明，均为本领域中的常规材料、试剂、仪器和方法，均可通过商业渠道获得；

实施例1植物材料叶片基因组DNA的提取

豆类材料种子用质量分数1％次氯酸溶液消毒10min，再用蒸馏水冲洗5次。将苏紫41、苏豇1419、10份豇豆资源和34份不同豆类作物播种于盛有蛭石的塑料杯(下口直径7cm，上口直径9cm，高15cm)中，再覆盖2cm蛭石；

取苏紫41和苏豇1419、10份豇豆资源和34份不同豆类作物植株叶片提取 DNA。

利用CTAB法提取叶片总DNA，具体步骤如下：

(1)取0.1克叶片鲜样，加650μL提取液(1.4M NaCl，100mM Tris，pH 8.0，20mMEDTA，pH 8.0，2％CTAB)研磨，随即装入1.5mL离心管中置于65℃恒温水浴60分钟，其间混合2-3次；

(2)加等体积的苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1，体积比)，轻轻颠倒使其充分混匀；12000rpm离心10min使其分层，轻轻吸取上清液转入另一1.5mL离心管，加等体积的氯仿:异戊醇(24:1，体积比)重新抽提一次；

(3)吸取(2)中的上清液，加入1mL的-20℃预冷无水乙醇，置于4℃冷冻不超过30min让DNA析出，12000rpm离心10min，倒掉离心管中乙醇溶液；用100μL 75％乙醇(体积分数)清洗2-3次；倒掉浸泡液，打开离心管盖置于通风橱内吹干；

(4)干燥后加入TE(10mM Tris，pH8.0；lmM EDTA，pH8.0)溶解DNA；紫外分光光度计测定DNA的浓度，于4℃冰箱中保存备用；

实施例2InDel分子标记引物的开发及多态性的筛选

(1)利用lllumina Hiseq2000平台对豇豆品种苏紫41和苏豇1419进行转录组测序，根据苏紫41(耐盐)和苏豇1419(盐敏感)转录组组装序列，进行BLAST 比对，筛选有插入/缺失(InDel)的转录本。

(2)挑选插入/缺失(InDel)的序列长度差异相对较大的序列，对比参数： a比对序列≥300bp，b插入/缺失长度≥3bp，c苏紫41和苏豇1419的序列一对一比对，d两比对序列相似度大于90％。然后用Primer5.0软件设计InDel标记引物，扩增产物长度在200bp左右。

(3)通过生物公司合成了InDel引物845对，进行多态性筛选。多态性筛选具体方法如下：

(3-1)PCR扩增

从苏紫41和苏豇1419中各随机选择4株DNA等量混合，作为筛选引物的模板。分别采用上述合成的InDel引物进行PCR扩增。其中，

PCR反应体系如表1所示。

表1

PCR反应程序为：94℃变性4min；94℃变性30s，52-58℃退火30s，72℃延伸30s，30个循环；72℃延伸2min，4℃保存。

(3-2)凝胶电泳

按照常规方法进行，具体可采用如下步骤。

试剂配制：

10×TBE：108g Tris-base(三羟甲基氨基甲烷)、7.44g EDTA、55.0g硼酸溶解后用超纯水定容至1L。

10％过硫酸铵配制：称取过硫酸铵10g，加水溶解后，用超纯水定容至100 mL。

8％非变性聚丙烯酰胺(PAGE)的配制：配方由14.0ml 5×TBE、18.9mL质量分数为30％的丙烯酰胺、37.1mL ddH₂O、1mL质量分数为10％APS(过硫酸铵)组成，按照常规方法配制凝胶。

6×loading Buffer(加入到扩增产物中)：4.40g EDTA、0.25g二甲苯腈蓝 FF、0.25g溴酚蓝加入少量的超纯水溶解，再加入180mL的甘油，调节PH至 7.0，定容至500mL。

1×TBE(电泳缓冲液)：100mL的10×TBE，用900mL的超纯水定容至1L 。

染色液：硝酸银1g，用超纯水溶解并定容至1L。

显色液：氢氧化钠15g，用超纯水溶解并定容至1L，加入3mL的甲醛。

聚丙烯酰胺凝胶胶制备及电泳：

电泳槽的各部件在使用前均需清洗干净。尤其是凝胶玻璃板，必须用泡沫海绵沾少许肥皂或者洗涤剂清洗，清洗后用自来水将洗涤剂冲洗干净，在用超纯水冲洗2遍，晾干备用选择水平操作台面，将上玻璃板和下玻璃板合起，在玻璃板边二分之一处用一至两个夹子固定好。

在烧杯中倒入70mL的8％非变性聚丙烯酰胺，再分别加入1毫升的10％过硫酸铵以及25μL TEMED，快速搅拌均匀；将配置好的8％非变性聚丙烯酰胺凝胶溶液沿着玻璃板上沿缓慢注入(防止有气泡)，注入高度距下沿齐平；向凝胶内插入相应的加样梳；待胶凝固后，拆下夹子，将凝胶板安装到电泳槽上，然后再用夹子加紧防止渗漏；在上下电极槽中加注电泳缓冲液即1倍TBE，下槽液面不得高于凹型玻璃板凹口底边5-10mm。下槽液面不得高于最高水位线“MAX”。双手轻轻取出梳子，即可看到界限清楚的加样孔，用移液枪吸取一定的样品溶液，加入凹型凝胶样品孔内；正确连接电泳槽的正负极，接通电泳仪，根据胶面大小和其他要求，选择合适的电压或电流进行电泳。

(3-3)染色和显色

将电泳好的凝胶取出，转移至染色器皿中。加入配置好的硝酸银溶液，在小型摇床上染色10min。将硝酸银溶液倒出，再加入清水冲洗一遍。加入氢氧化钠和甲醛溶液显色5min。倒掉显色液，用清水冲洗两遍。将保鲜膜平铺在桌面上，然后再将胶整齐的平铺在保鲜膜上并包好，室温晾干，拍照后留用。

筛选结果表明，有31％的引物的扩增产物在苏紫41和苏豇1419间存在多态性差异。

实施例3

利用10份豇豆资源(包括长豇豆和饭豇豆)分析所开发InDel标记的可行性。在实施例2设计的InDel标记中随机选择107对标记引物，分别对10份豇豆资源进行PCR扩增和电泳分析，其中DNA提取同实施例1，PCR扩增、电泳等方法同实施例2。10份豇豆资源的材料名称见表2(不仅限于表2的材料)。电泳结束后统计扩增率。

表2

结果见表3，在10份豇豆材料中均能扩增出条带的有93个标记(87％)，14 个标记(13％)只能在部分豇豆扩增出条带。这些标记中，在两个或以上豇豆材料中具有多态性的标记有98个(91.6％)，不具有多态性的标记有9个(8.4％)。其中98个标记中，有65个标记(60.7％)同时具有苏紫41和苏豇1419条带，而33个标记(30.9％)扩增出除苏紫41和苏豇1419条带之外的条带。苏豇11 号能扩增出106个标记，扩增率为99％；苏豇12号、苏豇17ZM以及苏豇096 上均能扩增出105个标记，扩增率为98％；镇店之宝能扩增出106个标记，扩增率为99％；绿色经典能扩增出104个标记，扩增率为97％；5205饭豇豆以及花脸饭豇豆均能扩增出103个标记，扩增率为96％；饭豇豆以及苏豇046均能扩增出107个标记，扩增率为100％。实施例2所开发的InDel标记扩增率高，可行有效。

表3

实施例4InDel分子标记在34份不同豆类材料中的扩增情况分析

随机挑选出177个(包括实施例3所用的107个标记，再加上在实施例2 标记中随机挑选的其他标记)在苏紫41和苏豇1419材料中能够有效扩增的引物对34份不同豆类材料进行分子标记基因型分析(PCR扩增的条件和体系与实施例2相同)，获得分子标记基因型数据。

表4豆类作物信息

在随机挑选的177个标记中，有13个标记(表5)在所有材料中均能扩增出有效条带，占比7.3％，这些材料分布于豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的多个种。其中，在小豆材料中通用标记157个，占比88.7％；在绿豆材料中149个通用标记，占比84.2％；在芸豆材料中通用标记134个，占比77.4％；在黑吉豆材料中通用标记152个，占比85.9％；在扁豆材料中通用标记131个，占比73.0％；在大豆材料中通用标记99个，占比55.9％；在豌豆材料中通用标记95个，占比53.7％；在蚕豆材料中通用标记83个，占比46.9％；在刀豆材料中通用标记96个，占比54.2％；在鹰嘴豆材料中通用标记 63个，占比35.5％。

表5

序列表

<110> 江苏省农业科学院

<120> 在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用

<160> 26

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

tggcacagta gtaaattaag aa 22

<210> 2

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

gcaacttgac aaagcgac 18

<210> 3

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

ttccccttat ccattttctg c 21

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

caatccactt tacccgtcat c 21

<210> 5

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

gctatcttcc ccttatccat tt 22

<210> 6

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

tccactttac ccgtcatcta ct 22

<210> 7

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 7

tatcttcccc ttatccattt tc 22

<210> 8

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 8

tccactttac ccgtcatcta ct 22

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 9

tcttcccctt atccattttc 20

<210> 10

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 10

cactttaccc gtcatctac 19

<210> 11

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 11

ctgaacgtaa ctgaagagca tgtaa 25

<210> 12

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 12

caattagcac aaccacgaag a 21

<210> 13

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 13

tgacatttgg cgacttta 18

<210> 14

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 14

taagcaaccc ttcagacag 19

<210> 15

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 15

tgggaatgga atggggtag 19

<210> 16

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 16

aggaaacatg agaacaatgt ctgag 25

<210> 17

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 17

gatgctgctt ttgaggttta 20

<210> 18

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 18

cagtgtttgt tgttttggct 20

<210> 19

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 19

gcaacctcaa aaactctgtc aa 22

<210> 20

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 20

ccttaaacca gactctcctg tt 22

<210> 21

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 21

taccaatgcc tcccatcc 18

<210> 22

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 22

gaggctgtga aaaatattgt tagaa 25

<210> 23

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 23

ctttcaactg taatggaatc ctc 23

<210> 24

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 24

ctcatttgtc aattcaggtg agt 23

<210> 25

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 25

agatgagtag gactgaatta tcgag 25

<210> 26

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 26

atctcacggc caattagagt t 21

Claims

1.一种在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记，其特征在于，包括以豆类DNA为模板，利用如下任意一组或几组引物对进行PCR扩增得到，其中，引物对包括：

VUIn26：上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示；

VUIn86：上游引物如SEQ ID NO.3所示，下游引物如SEQ ID NO.4所示；

VUIn87：上游引物如SEQ ID NO.5所示，下游引物如SEQ ID NO.6所示；

VUIn88：上游引物如SEQ ID NO.7所示，下游引物如SEQ ID NO.8所示；

2.根据权利要求1所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记，其特征在于，所述豆类选自豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的任意一种或几种。

3.根据权利要求2所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记，其特征在于，所述豇豆属选自绿豆、小豆、黑吉豆中的一种或几种，所述大豆属选自大豆，所述豌豆属选自蚕豆/和豌豆，所述菜豆属选自芸豆，所述扁豆属选自扁豆，所述刀豆属选自刀豆，所述鹰嘴豆属选自鹰嘴豆。

4.一种根据权利要求1～3任一项所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记的开发方法，其特征在于，包括：

(4)以所述不同豆类的DNA为模板，采用设计的引物进行扩增，筛选出在不同豆类中均能扩增出有效条带的InDel标记引物，获得通用性分子标记。

5.根据权利要求4所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记的开发方法，其特征在于，所述豆类选自豇豆属、大豆属、豌豆属、菜豆属、扁豆属、刀豆属、鹰嘴豆属中的任意一种或几种。

6.根据权利要求5所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记的开发方法，其特征在于，所述豇豆属选自绿豆、小豆、黑吉豆中的一种或几种，所述大豆属选自大豆，所述豌豆属选自蚕豆/和豌豆，所述菜豆属选自芸豆，所述扁豆属选自扁豆，所述刀豆属选自刀豆，所述鹰嘴豆属选自鹰嘴豆。

7.根据权利要求5所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记的开发方法，其特征在于，步骤(3)中，序列挑选的原则包括：比对序列≥300bp；插入/缺失长度≥3bp；苏紫41和苏豇1419的序列一对一比对；两比对序列相似度大于90％。

8.根据权利要求1～3任一项所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记在豆类遗传图谱构建、QTL定位、分子辅助育种或遗传多样性分析中的应用。

9.一种在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记引物，其特征在于，选自如下任意一组或几组引物对，其中，引物对包括：

VUIn26：上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示；

VUIn86：上游引物如SEQ ID NO.3所示，下游引物如SEQ ID NO.4所示；

VUIn87：上游引物如SEQ ID NO.5所示，下游引物如SEQ ID NO.6所示；

VUIn88：上游引物如SEQ ID NO.7所示，下游引物如SEQ ID NO.8所示；

10.根据权利要求9所述的在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记引物在豆类遗传图谱构建、QTL定位、分子辅助育种或遗传多样性分析中的应用。