CN109929931A - 一种胃癌风险基因检测的试剂盒及其使用方法 - Google Patents

一种胃癌风险基因检测的试剂盒及其使用方法 Download PDF

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CN109929931A CN201811615080.6A CN201811615080A CN109929931A CN 109929931 A CN109929931 A CN 109929931A CN 201811615080 A CN201811615080 A CN 201811615080A CN 109929931 A CN109929931 A CN 109929931A
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李玉民
刘涛
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Abstract

本发明公开了一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括用于检测9个基因中11个单核苷酸多态性位点中的一种或多种的检测试剂,具体为:COX‑2基因rs5273和rs20417变异;IL‑10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP‑1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。该试剂盒能够用于对待测个体的样本中多种突变基因的检测,从而在早期监测或诊断胃癌的发生,进而为临床诊断和治疗提供参考。

Description

一种胃癌风险基因检测的试剂盒及其使用方法
技术领域
本发明涉及疾病风险基因检测领域,具体涉及一种胃癌风险基因检测的试剂盒及其使用 方法。
背景技术
胃癌是我国常见的消化系肿瘤,占恶性肿瘤死亡的第1位。目前已知胃癌的发生与胃部 基础疾病(如胃炎、胃切除手术等)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)感染、生活习 惯如高盐饮食和易感遗传因素等有关。研究表明35%-60%的胃癌发生与HP感染有关,但 HP感染人群中只有部分人患胃癌,遗传因素可能是胃癌发生的另一重要因素。胃癌的家庭聚 集性现象以及在相同的暴露环境下只有少数人患病的事实表明,个体对环境暴露因素的遗传 易感性在胃癌发病过程中起着同样重要作用。同样近几年的流行病学研究结果发现,同样生 活在胃癌高发区的环境中,也只有少数人发病,提示个体是否罹患胃癌在很大程度上还取决 于个体的遗传易感性。
近年对白细胞介素的研究比较多,如研究发现IL-1、IL-6、IL-8、IL-10的多个位点基因 多态性可增加胃癌发生的危险性,IL-1是感染产生或起放大免疫反应的重要IL-10是抗炎细 胞因子的一种,在抑制炎症和预防肿瘤方面起着重要作用。亚洲人群中IL-10-592AA和 IL-l0-819TT基因型能减少胃癌的发生,是一个保护性因素。在河西地区HP感染的患者中, IL-10-819C等位基因IL-10-592C等位基因能增加胃癌的发病风险。而且IL-10与HP感染存 在协同效应。
前列腺干细胞抗原(prostate stem cell antigen,PSCA)基因定位于染色体8q24.2,其编 码的PSCA是1998年在人前列腺癌动物模型LAPC-4鼠中发现的一种糖化磷脂酰肌醇(GPI) 锚定的细胞膜表面抗原,PSCA的生物学功能目前尚不完全清楚,推测可能与细胞黏附和肿 瘤发生有关。研究发现PSCA基因SNP位点多态性可能与调控胃上皮细胞扩散及弥漫型胃癌 的易感性有关。
环氧合酶-2(cyclooxygenase-2,COX-2)是花生四烯酸代谢过程中前列腺素(PG)合成 的限速酶。近年来,大量的研究均报道COX-2在胃癌中呈高表达状态,因此COX-2的过度 表达可能对胃癌的演进进程起了重要的作用。
p53基因作为重要的肿瘤抑制基因,在肿瘤细胞的发生、发展中都具有重要作用。鼠双 微体(murine double minute-2,MDM2)作为p53通路中的重要调控因子,直接与p53结合, 抑制其活性,调节其定位和降解。p53能够反作用于MDM2基因的启动子,调节MDM2表达。
PARP-1[poly(ADP-ribose)polymerases 1]是催化聚ADP核糖化的重要功能酶,在DNA 损伤修复、基因组稳定性、细胞周期调控、能量代谢、凋亡和肿瘤发生的过程中均发挥重要 作用。PARP-1与多种恶性肿瘤密切相关,在胃癌领域,PARP-1单核苷酸多态性(Val762Ala, Lys940Arg)与胃癌的发生有相关性,胃癌患者血清PARP-1蛋白显著增高,PARP-1蛋白阳 性的胃癌患者的总体生存期显著缩短。
PLCE1是新发现的磷脂酶C家族的成员之一,受GTP酶和G蛋白的双向调节,rs2274223位点是目前研究最多的多态位点之一,位于PLCE1基因的第26个外显子上,研 究发现其最终可以导致组氨酸向精氨酸的转变,成为GC的一个独立危险因素,与胃癌的关 系十分密切,且与性别、年龄、BMI及饮酒等因素无关。Meta分析发现PLCE1的表达可以 促进胃癌的发展,并且与肿瘤组织的浸润深度、淋巴结转移情况密切相关。
PRKAA1基因位于常染色体5p13,该基因编码活化维持细胞内能量代谢的能量感受器 AMP蛋白激酶(AMPK)。研究表明,PRKAA1基因多个位点多态性均与胃癌易感性相关, 其中rs13361707位点CC基因型。PRKAA1多态基因型的检测对胃癌风险预测具有辅助作 用,并且这些位点可作为未来基因筛查及药物治疗的靶点,为胃癌的预防和治疗提供新方向。
超氧化物歧化酶(SOD)是体内活性氧清除系统中重要的抗氧化酶,在肿瘤的发生过程中有 着重要的作用。SOD1 2809A/-和SOD2 16Ala/-基因型、饮酒、胃癌家族史及Ⅰ型H.Pylori感 染与汉族人群胃癌发病风险增高相关;SOD1 2809A/-基因型、SOD2 16Ala/-基因型与饮酒、 胃癌家族史及Ⅰ型H.Pylori感染之间在胃癌的发病风险中均存在相加的交互作用。
发明内容
为了解决上述技术问题,本发明公开一种胃癌风险基因检测的试剂盒,该试剂盒能够用 于对待测个体的样本中多种突变基因的检测,从而在早期监测或诊断胃癌的发生,进而为临 床诊断和治疗提供参考,本发明还公开一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法。
本发明通过下述技术方案实现:
一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括用于检测9个基因中11个单核苷酸多态性位点中 的一种或多种的检测试剂,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273 和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410 和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因 rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。
进一步的,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273的T→C和 rs20417的G→C变异、IL-10基因rs1800896的A→G变异;P53基因rs1042522的C→G变异;PARP-1基因rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异;PLCE1基因rs2274223的A →G变异;PRKAA1基因rs13361707的T→C变异;PSCA基因rs2294008的C→T变异;SOD1 基因rs4998557的G→A变异;SOD2基因rs4880的T→C变异。
所述检测试剂包括:PCR试剂和基因型判定试剂。
其中,所述基因型判定试剂为Taqman探针荧光PCR试剂、Snapshot试剂、荧光PCR法用试剂、恒温扩增-荧光法用试剂、荧光PCR-熔解曲线法用试剂、限制性片段长度多态方法用试剂、限制性内切酶酶切法试剂、变性高效液相色谱法用试剂、特异引物PCR法用试剂、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法试剂、一代测序法试剂和二代基 因型判定试剂中的任意一种。
所述PCR试剂包括PCR反应缓冲液、Taq酶和11对特异性引物,引物分别根据9个基因中11个单核苷酸多态性位点进行设计,其中,11对特异性引物序列如下:
所述Snapshot试剂包括11个Snapshot引物,11个Snapshot引物的名称、序列和碱基数 具体如下表:
一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,包括以下步骤:
(1)提取包含目的序列的样本DNA;
(2)利用所述PCR试剂进行样本DNA中的目的序列的PCR扩增;
(3)利用所述基因型判定试剂分析测定目的序列的基因型。
其中,所述目的序列为:COX-2基因rs5273和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异; P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223 变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变 异;SOD2基因rs4880变异。
进一步的,步骤(3)中,目的序列的基因型判定通过Taqman探针荧光PCR法、Snapshot 法、荧光PCR法、恒温扩增-荧光法、荧光PCR-熔解曲线法、限制性片段长度多态方法、限 制性内切酶酶切法、变性高效液相色谱法、特异引物PCR法、基于等位基因特异性寡核苷酸 杂交反应原理的芯片检测方法、一代测序法和二代测序法中的任意一种。
本发明与现有技术相比,具有如下的优点和有益效果:
本发明一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括胃癌易感基因特异性引物、Taq酶、以及 基因型判定试剂组成,采用核酸扩增技术结合荧光标记探针杂交方法,通过荧光定量PCR仪 荧光信号的变化,利用荧光标记定性检测组织标本中DNA多态性,本试剂盒还使用尿苷酶 (UNG)防污染体系,经加热可选择性地降解U-DNA,以防止先前PCR扩增产物的污染,采用内参基因,控制整个试剂盒检测过程的有效性,因此本发明试剂盒能快速、准确、特异地对临床病理组织或外周血循环DNA进行胃癌9个基因11个单核苷酸多态性位点进行筛查,操作简单,能够方便准确的应用于临床,尤其是大量样本的筛查。
附图说明
此处所说明的附图用来提供对本发明实施例的进一步理解,构成本申请的一部分,并不 构成对本发明实施例的限定。在附图中:
图1为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测胃癌风险基因COX-2基因的rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因的rs1800896的A→G变异、P53基因的rs1042522的C→G变异、PARP-1基因的rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异、PLCE1 基因的rs2274223的A→G变异、RKAA1基因的rs13361707的T→C变异、PSCA基因的 rs2294008的C→T变异、SOD1基因的rs4998557的G→A变异、SOD2基因的rs4880的T →C变异的扩增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图2为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第一组胃癌风险基因COX-2基因的rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因的rs1800896的A→G变异的扩 增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图3为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第二组胃癌风险基因P53基因 的rs1042522的C→G变异、PARP-1基因的rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异的扩增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图4为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第三组胃癌风险基因PLCE1基因的rs2274223的A→G变异、RKAA1基因的rs13361707的T→C变异、PSCA基因的rs2294008的C→T变异的扩增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图5为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第四组胃癌风险基因SOD1基 因的rs4998557的G→A变异、SOD2基因的rs4880的T→C变异以及内参对照的扩增曲线图, 图中不同颜色曲线对应不同SNP突变。
附图中标记及对应的名称:
1-rs5273,2-rs20417,3-rs1800896,4-rs3219145,5-rs1136410,6-rs1042522,7-rs2294008, 8-rs13361707,9-rs2274223,10-rs4880,11-rs4998557,12-内参。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白,下面结合实施例和附图,对本发明 作进一步的详细说明,本发明的示意性实施方式及其说明仅用于解释本发明,并不作为对本 发明的限定。
实施例1
如图1所示,本发明一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括用于检测9个基因中11个单 核苷酸多态性位点中的一种或多种的检测试剂,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为: COX-2基因rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因rs1800896的A→G变异; P53基因rs1042522的C→G变异;PARP-1基因rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异;PLCE1基因rs2274223的A→G变异;RKAA1基因rs13361707的T→C变异;PSCA基 因rs2294008的C→T变异;SOD1基因rs4998557的G→A变异;SOD2基因rs4880的T→C 变异。
所述检测试剂包括:PCR试剂和基因型判定试剂。
其中,所述基因型判定试剂为Taqman探针荧光PCR试剂、Snapshot试剂、荧光PCR法用试剂、恒温扩增-荧光法用试剂、荧光PCR-熔解曲线法用试剂、限制性片段长度多态方法用试剂、限制性内切酶酶切法试剂、变性高效液相色谱法用试剂、特异引物PCR法用试剂、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法试剂、一代测序法试剂和二代基 因型判定试剂中的任意一种。
所述PCR试剂包括PCR反应缓冲液、Taq酶和11对特异性引物,引物分别根据9个基因中11个单核苷酸多态性位点进行设计,其中,11对特异性引物序列如下:
一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,包括以下步骤:
一、包含目的序列的样本DNA的提取
利用QIAamp DNABlood Mini Kit试剂盒提取患者石蜡切片或组织基因组DNA。
二、PCR扩增基因组DNA中包含目的序列的片段
将提取的基因组DNA与PCR试剂混合,PCR试剂包含PCR反应缓冲液、Taq酶、11 对特异性引物,混匀后在PCR仪内扩增,反应条件如下:
rs5273:95℃3minutes,(94℃30seconds,50℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles, 72℃10minutes,4℃forever;
rs1800896:95℃3minutes,(94℃30seconds,51℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs1136410:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs3219145:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs13361707:95℃3minutes,(94℃30seconds,50℃30seconds,72℃45seconds)*35 cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs2274223:95℃3minutes,(94℃30seconds,51℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs2294008:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs4998557:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs4880:95℃3minutes,(94℃30seconds,50℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles, 72℃10minutes,4℃forever;
rs20417:95℃3minutes,(94℃30seconds,51℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles, 72℃10minutes,4℃forever;
rs1042522:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever。
具体的,包含目的序列的样本DNA的提取方法为:
取患者组织0.5克或石蜡切片,利用QIAamp DNA Blood Mini Kit提取基因组DNA。
1)在1.5mL离心管底部加入20μl蛋白酶K;
2)加入样品至上述离心管中;
3)加入200μL Buffer AL至样品中,涡旋振荡15s;
4)56℃孵育10min;
5)瞬时离心除去管盖上的液滴;
6)加入200μl96-100%的乙醇,涡旋振荡15s,瞬时离心除去管盖上的液滴;
7)小心地将上述混合液转至QIAamp Mini spin column(将QIAamp Mini spincolumn放 置在2mL的收集管中,收集管试剂盒已提供),小心地盖上收集管的盖子,6000xg(8000rpm) 离心1min,将QIAamp Mini spin column转至新的2mL收集管(试剂盒已提供)中,弃掉含 有废液的收集管;
8)加入500μl Buffer AW1至QIAamp Mini spin column,6000xg(8000rpm)离心1min, 将QIAamp Mini spin column转至新的2mL收集管(试剂盒已提供)中,弃掉含有废液的收 集管;
9)加入500μl Buffer AW2至QIAamp Mini spin column,全速离心(20000xg;14000rpm) 3min;
10)推荐:将QIAamp Mini spin column转至新的2mL收集管(试剂盒未提供)中,弃掉含有废液的收集管,全速离心(20000xg;14000rpm)1min;
11)将QIAamp Mini spin column放在一个新的1.5mL离心管里,加200μl BufferAE至 QIAamp Mini spin column的膜上,小心盖上盖子,室温下静置1min,6000xg(8000rpm)离 心1min,丢弃QIAamp Mini spin column,离心管中的液体即为提取的核酸。
PCR扩增基因组DNA中包含目的序列的片段的具体操作如下:
基因组DNA 1ul+19ul PCR混合液:
a.扩增试剂准备:
从试剂盒中取出各种反应液及PCR反应混合液,室温融化并振荡混匀后,短暂离心数秒, 各PCR反应液体系1人份均按如下配制:6ulPCR探针引物+13ul PCR混合反应液(PCR管 数应为样本数、1个阴性对照及1个阳性对照之和);
b.将上述配制好的PCR预混液,分别按每管20ul的量,分装于各PCR管内;
c.cDNA液的配制:经“人体组织RNA质量检测试剂盒”转录,并经过内参基因检测后的剩余cDNA中加入阴性对照40ul混合。
反应体系:
反应条件:
三、目的序列基因型的分析测定
单碱基引物延伸法基因分型(SnapShot)
1.纯化PCR反应产物
反应体系:
其中,PCR产物总体积9μl视PCR反应数量而定,N对引物的PCR,则每对引物获得 的产物加样为9μl/N。
反应条件:37℃1hour;75℃15min。
2.单碱基引物延伸
反应体系:
Snpshot引物:
3.纯化反应物
反应体系:0.7μl SAP/well;
反应条件:37℃1hour;75℃15min。
4.变性
反应体系:
反应条件:95℃5min;迅速冰浴冷却。
5.测序
在ABI3100测序仪上读取基因型结果。
实施例2
本实施例与实施例1的区别在于:目的序列基因型的分析测定方法不同。
三、目的序列基因型的分析测定
一代测序法
核苷酸序列测定:
1.胶回收:
1.1将放有胶回收的管中加入Binding Buffer30ul 55℃孵育7min,待其完全溶化;
1.2胶溶化后,取出柱管,作好标记,把液体转入柱管中,10000rpm/1min离心,完毕后 倒掉上清液,再加入700ulSpw,静置2~3min,10000rpm/1min离心,倒掉上清液;
1.3重复上述1.2操作一次;
1.4倒掉上清液后,柱管1000rpm/1min空转;
1.5加入15ulElution Buffer到柱中央,静置2~3min,10000rpm/1min离心;
1.6重复上述1.5操作;
1.7把洗脱下来的液体轻转至干净管中,作好标记,置于冰箱中。
2.测序前扩增
反应体系:
反应条件:
3.纯化:
4.上机测序:
混匀后1ul/well,25ul无水乙醇/well避光保存15min,4100rpm/30min离心,尽量吸 干上清液,70%乙醇40ul/well,4100rpm/10min离心;吸干上清液,室温避光保存15min;加入9ul/well,避光放置1hour。
实施例3
本实施例与实施例1的区别在于:目的序列基因型的分析测定方法不同。
三、目的序列基因型的分析测定
Taqman探针荧光PCR法
反应体系:
Component Volume Final Concentration
DNA 1pg-1ug
Forward primer(10uM) 0.4ul 0.2uM
Reverse primer(10uM) 0.4ul 0.2uM
Probe(10uM) 0.4ul 0.2uM
qPCR SuperMix 10ul
Passive reference Dye(50x) 0.4ul
Nuclease-free Water Variable -
Total volume 20ul -
反应条件:
扩增引物及探针:
本发明中,目的序列基因型的分析测定还可以采用其他方法。如:
1、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测
流程:DNA抽提-----DNA消化----加接头----扩增----产物片段化----生物素 标记----芯片杂交---洗涤----染色----扫描----数据分析。
2、变性高效液相色谱(Denature HPLC)
本发明试剂盒用于:1、胃癌患者的早期诊断和分型参考;2、胃癌易感人群的基因检测和风险评估;3、胃癌患者预后评估。
下表为本发明所使用的物料缩写含义:
英文缩写 中文全称
Exol酶 外切酶I
SAP 虾碱性磷酸酶
ddH2O 双蒸水
SNaPshot Multiplex SNaPshot混合液
SNaPshot primer SNaPshot引物
HD 高度去离子甲酰胺
Spw SPW洗脱液
Elution Buffer 溶解缓冲液
Primer(0.2pm) 引物(0.2皮摩尔)
Seq 测序
NaAc 醋酸钠
EDTA 乙二胺四乙酸
Template 模板
Forward Primer 正向引物
Reverse Primer 反向引物
Probe 探针
Probe qPCR SuperMix 探针混合液
Passive Peference Dye 参比荧光
Nuclease-free Water 无核酸酶的水
Total volume 总体积
dNTPs 脱氧核苷三磷酸
Tris-HCl 三羟甲基氨基甲烷
DTT 二硫苏糖醇
Buffer AL AL缓冲液
QIAamp Mini spin column QIAamp小离心柱
Buffer AW1 AW1缓冲液
Buffer AW2 AW2缓冲液
Buffer AE AE缓冲液
FAM 羧基荧光素
HEX 六氯荧光素
CY5 菁染料琥珀酰亚胺酯
CT值 循环阈值
Control DNA 对照DNA
结果判定:
1.有效性判定:
阴性对照(CT值):大于或等于35或显示“Undet”
阳性对照(CT值):小于或等于33
2、结果判定:
先分析样本在PCR反应液4中的CY5通道(即内参基因),CT值是否≤30,对符合上述要求的样本再进行下列相关SNP的分析。因不同反应液、不同荧光通道检测不同的SNP,因此,每个样本在分析中,必须逐一对不同的反应液、同一反应液中的不同通道分别分析,即必须逐一将样本、阳性对照、阴性对照同时分析其在各个反应液中的三种荧光扩增曲线。
重新进行检测后判定
各组反应液检测SNP位点和检测荧光表:
以上所述的具体实施方式,对本发明的目的、技术方案和有益效果进行了进一步详细说 明,所应理解的是,以上所述仅为本发明的具体实施方式而已,并不用于限定本发明的保护 范围,凡在本发明的精神和原则之内,所做的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本 发明的保护范围之内。

Claims (9)

1.一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,包括用于检测9个基因中11个单核苷酸多态性位点中的一种或多种的检测试剂,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。
2.根据权利要求1所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因rs1800896的A→G变异;P53基因rs1042522的C→G变异;PARP-1基因rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异;PLCE1基因rs2274223的A→G变异;RKAA1基因rs13361707的T→C变异;PSCA基因rs2294008的C→T变异;SOD1基因rs4998557的G→A变异;SOD2基因rs4880的T→C变异。
3.根据权利要求1所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述检测试剂包括:PCR试剂和基因型判定试剂。
4.根据权利要求3所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述基因型判定试剂为Taqman探针荧光PCR试剂、Snapshot试剂、荧光PCR法用试剂、恒温扩增-荧光法用试剂、荧光PCR-熔解曲线法用试剂、限制性片段长度多态方法用试剂、限制性内切酶酶切法试剂、变性高效液相色谱法用试剂、特异引物PCR法用试剂、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法试剂、一代测序法试剂和二代基因型判定试剂中的任意一种。
5.根据权利要求3所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述PCR试剂包括PCR反应缓冲液、Taq酶和11对特异性引物,引物分别根据9个基因中11个单核苷酸多态性位点进行设计,其中,11对特异性引物序列如下:
6.根据权利要求4所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述Snapshot试剂包括11个Snapshot引物,11个Snapshot引物的名称、序列和碱基数具体如下表:
7.如权利要求1-6中任一项所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取包含目的序列的样本DNA;
(2)利用所述PCR试剂进行样本DNA中的目的序列的PCR扩增;
(3)利用所述基因型判定试剂分析测定目的序列的基因型。
8.根据权利要求7所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,其特征在于,所述目的序列为:COX-2基因rs5273和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。
9.根据权利要求7所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤(3)中,目的序列的基因型判定通过Taqman探针荧光PCR法、Snapshot法、荧光PCR法、恒温扩增-荧光法、荧光PCR-熔解曲线法、限制性片段长度多态方法、限制性内切酶酶切法、变性高效液相色谱法、特异引物PCR法、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法、一代测序法和二代测序法中的任意一种。
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