CN109929931A - 一种胃癌风险基因检测的试剂盒及其使用方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括用于检测9个基因中11个单核苷酸多态性位点中的一种或多种的检测试剂,具体为:COX‑2基因rs5273和rs20417变异;IL‑10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP‑1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。该试剂盒能够用于对待测个体的样本中多种突变基因的检测,从而在早期监测或诊断胃癌的发生,进而为临床诊断和治疗提供参考。
Description
技术领域
本发明涉及疾病风险基因检测领域,具体涉及一种胃癌风险基因检测的试剂盒及其使用 方法。
背景技术
胃癌是我国常见的消化系肿瘤,占恶性肿瘤死亡的第1位。目前已知胃癌的发生与胃部 基础疾病(如胃炎、胃切除手术等)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)感染、生活习 惯如高盐饮食和易感遗传因素等有关。研究表明35%-60%的胃癌发生与HP感染有关,但 HP感染人群中只有部分人患胃癌,遗传因素可能是胃癌发生的另一重要因素。胃癌的家庭聚 集性现象以及在相同的暴露环境下只有少数人患病的事实表明,个体对环境暴露因素的遗传 易感性在胃癌发病过程中起着同样重要作用。同样近几年的流行病学研究结果发现,同样生 活在胃癌高发区的环境中,也只有少数人发病,提示个体是否罹患胃癌在很大程度上还取决 于个体的遗传易感性。
近年对白细胞介素的研究比较多,如研究发现IL-1、IL-6、IL-8、IL-10的多个位点基因 多态性可增加胃癌发生的危险性,IL-1是感染产生或起放大免疫反应的重要IL-10是抗炎细 胞因子的一种,在抑制炎症和预防肿瘤方面起着重要作用。亚洲人群中IL-10-592AA和 IL-l0-819TT基因型能减少胃癌的发生,是一个保护性因素。在河西地区HP感染的患者中, IL-10-819C等位基因IL-10-592C等位基因能增加胃癌的发病风险。而且IL-10与HP感染存 在协同效应。
前列腺干细胞抗原(prostate stem cell antigen,PSCA)基因定位于染色体8q24.2,其编 码的PSCA是1998年在人前列腺癌动物模型LAPC-4鼠中发现的一种糖化磷脂酰肌醇(GPI) 锚定的细胞膜表面抗原,PSCA的生物学功能目前尚不完全清楚,推测可能与细胞黏附和肿 瘤发生有关。研究发现PSCA基因SNP位点多态性可能与调控胃上皮细胞扩散及弥漫型胃癌 的易感性有关。
环氧合酶-2(cyclooxygenase-2,COX-2)是花生四烯酸代谢过程中前列腺素(PG)合成 的限速酶。近年来,大量的研究均报道COX-2在胃癌中呈高表达状态,因此COX-2的过度 表达可能对胃癌的演进进程起了重要的作用。
p53基因作为重要的肿瘤抑制基因,在肿瘤细胞的发生、发展中都具有重要作用。鼠双 微体(murine double minute-2,MDM2)作为p53通路中的重要调控因子,直接与p53结合, 抑制其活性,调节其定位和降解。p53能够反作用于MDM2基因的启动子,调节MDM2表达。
PARP-1[poly(ADP-ribose)polymerases 1]是催化聚ADP核糖化的重要功能酶,在DNA 损伤修复、基因组稳定性、细胞周期调控、能量代谢、凋亡和肿瘤发生的过程中均发挥重要 作用。PARP-1与多种恶性肿瘤密切相关,在胃癌领域,PARP-1单核苷酸多态性(Val762Ala, Lys940Arg)与胃癌的发生有相关性,胃癌患者血清PARP-1蛋白显著增高,PARP-1蛋白阳 性的胃癌患者的总体生存期显著缩短。
PLCE1是新发现的磷脂酶C家族的成员之一,受GTP酶和G蛋白的双向调节,rs2274223位点是目前研究最多的多态位点之一,位于PLCE1基因的第26个外显子上,研 究发现其最终可以导致组氨酸向精氨酸的转变,成为GC的一个独立危险因素,与胃癌的关 系十分密切,且与性别、年龄、BMI及饮酒等因素无关。Meta分析发现PLCE1的表达可以 促进胃癌的发展,并且与肿瘤组织的浸润深度、淋巴结转移情况密切相关。
PRKAA1基因位于常染色体5p13,该基因编码活化维持细胞内能量代谢的能量感受器 AMP蛋白激酶(AMPK)。研究表明,PRKAA1基因多个位点多态性均与胃癌易感性相关, 其中rs13361707位点CC基因型。PRKAA1多态基因型的检测对胃癌风险预测具有辅助作 用,并且这些位点可作为未来基因筛查及药物治疗的靶点,为胃癌的预防和治疗提供新方向。
超氧化物歧化酶(SOD)是体内活性氧清除系统中重要的抗氧化酶,在肿瘤的发生过程中有 着重要的作用。SOD1 2809A/-和SOD2 16Ala/-基因型、饮酒、胃癌家族史及Ⅰ型H.Pylori感 染与汉族人群胃癌发病风险增高相关;SOD1 2809A/-基因型、SOD2 16Ala/-基因型与饮酒、 胃癌家族史及Ⅰ型H.Pylori感染之间在胃癌的发病风险中均存在相加的交互作用。
发明内容
为了解决上述技术问题,本发明公开一种胃癌风险基因检测的试剂盒,该试剂盒能够用 于对待测个体的样本中多种突变基因的检测,从而在早期监测或诊断胃癌的发生,进而为临 床诊断和治疗提供参考,本发明还公开一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法。
本发明通过下述技术方案实现:
一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括用于检测9个基因中11个单核苷酸多态性位点中 的一种或多种的检测试剂,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273 和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410 和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因 rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。
进一步的,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273的T→C和 rs20417的G→C变异、IL-10基因rs1800896的A→G变异;P53基因rs1042522的C→G变异;PARP-1基因rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异;PLCE1基因rs2274223的A →G变异;PRKAA1基因rs13361707的T→C变异;PSCA基因rs2294008的C→T变异;SOD1 基因rs4998557的G→A变异;SOD2基因rs4880的T→C变异。
所述检测试剂包括:PCR试剂和基因型判定试剂。
其中,所述基因型判定试剂为Taqman探针荧光PCR试剂、Snapshot试剂、荧光PCR法用试剂、恒温扩增-荧光法用试剂、荧光PCR-熔解曲线法用试剂、限制性片段长度多态方法用试剂、限制性内切酶酶切法试剂、变性高效液相色谱法用试剂、特异引物PCR法用试剂、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法试剂、一代测序法试剂和二代基 因型判定试剂中的任意一种。
所述PCR试剂包括PCR反应缓冲液、Taq酶和11对特异性引物,引物分别根据9个基因中11个单核苷酸多态性位点进行设计,其中,11对特异性引物序列如下:
所述Snapshot试剂包括11个Snapshot引物,11个Snapshot引物的名称、序列和碱基数 具体如下表:
。
一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,包括以下步骤:
(1)提取包含目的序列的样本DNA;
(2)利用所述PCR试剂进行样本DNA中的目的序列的PCR扩增;
(3)利用所述基因型判定试剂分析测定目的序列的基因型。
其中,所述目的序列为:COX-2基因rs5273和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异; P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223 变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变 异;SOD2基因rs4880变异。
进一步的,步骤(3)中,目的序列的基因型判定通过Taqman探针荧光PCR法、Snapshot 法、荧光PCR法、恒温扩增-荧光法、荧光PCR-熔解曲线法、限制性片段长度多态方法、限 制性内切酶酶切法、变性高效液相色谱法、特异引物PCR法、基于等位基因特异性寡核苷酸 杂交反应原理的芯片检测方法、一代测序法和二代测序法中的任意一种。
本发明与现有技术相比,具有如下的优点和有益效果:
本发明一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括胃癌易感基因特异性引物、Taq酶、以及 基因型判定试剂组成,采用核酸扩增技术结合荧光标记探针杂交方法,通过荧光定量PCR仪 荧光信号的变化,利用荧光标记定性检测组织标本中DNA多态性,本试剂盒还使用尿苷酶 (UNG)防污染体系,经加热可选择性地降解U-DNA,以防止先前PCR扩增产物的污染,采用内参基因,控制整个试剂盒检测过程的有效性,因此本发明试剂盒能快速、准确、特异地对临床病理组织或外周血循环DNA进行胃癌9个基因11个单核苷酸多态性位点进行筛查,操作简单,能够方便准确的应用于临床,尤其是大量样本的筛查。
附图说明
此处所说明的附图用来提供对本发明实施例的进一步理解,构成本申请的一部分,并不 构成对本发明实施例的限定。在附图中:
图1为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测胃癌风险基因COX-2基因的rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因的rs1800896的A→G变异、P53基因的rs1042522的C→G变异、PARP-1基因的rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异、PLCE1 基因的rs2274223的A→G变异、RKAA1基因的rs13361707的T→C变异、PSCA基因的 rs2294008的C→T变异、SOD1基因的rs4998557的G→A变异、SOD2基因的rs4880的T →C变异的扩增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图2为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第一组胃癌风险基因COX-2基因的rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因的rs1800896的A→G变异的扩 增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图3为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第二组胃癌风险基因P53基因 的rs1042522的C→G变异、PARP-1基因的rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异的扩增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图4为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第三组胃癌风险基因PLCE1基因的rs2274223的A→G变异、RKAA1基因的rs13361707的T→C变异、PSCA基因的rs2294008的C→T变异的扩增曲线图,图中不同颜色曲线对应不同SNP突变;
图5为本发明采用Taqman探针多重实时荧光PCR法检测第四组胃癌风险基因SOD1基 因的rs4998557的G→A变异、SOD2基因的rs4880的T→C变异以及内参对照的扩增曲线图, 图中不同颜色曲线对应不同SNP突变。
附图中标记及对应的名称:
1-rs5273,2-rs20417,3-rs1800896,4-rs3219145,5-rs1136410,6-rs1042522,7-rs2294008, 8-rs13361707,9-rs2274223,10-rs4880,11-rs4998557,12-内参。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白,下面结合实施例和附图,对本发明 作进一步的详细说明,本发明的示意性实施方式及其说明仅用于解释本发明,并不作为对本 发明的限定。
实施例1
如图1所示,本发明一种胃癌风险基因检测的试剂盒,包括用于检测9个基因中11个单 核苷酸多态性位点中的一种或多种的检测试剂,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为: COX-2基因rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因rs1800896的A→G变异; P53基因rs1042522的C→G变异;PARP-1基因rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异;PLCE1基因rs2274223的A→G变异;RKAA1基因rs13361707的T→C变异;PSCA基 因rs2294008的C→T变异;SOD1基因rs4998557的G→A变异;SOD2基因rs4880的T→C 变异。
所述检测试剂包括:PCR试剂和基因型判定试剂。
其中,所述基因型判定试剂为Taqman探针荧光PCR试剂、Snapshot试剂、荧光PCR法用试剂、恒温扩增-荧光法用试剂、荧光PCR-熔解曲线法用试剂、限制性片段长度多态方法用试剂、限制性内切酶酶切法试剂、变性高效液相色谱法用试剂、特异引物PCR法用试剂、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法试剂、一代测序法试剂和二代基 因型判定试剂中的任意一种。
所述PCR试剂包括PCR反应缓冲液、Taq酶和11对特异性引物,引物分别根据9个基因中11个单核苷酸多态性位点进行设计,其中,11对特异性引物序列如下:
一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,包括以下步骤:
一、包含目的序列的样本DNA的提取
利用QIAamp DNABlood Mini Kit试剂盒提取患者石蜡切片或组织基因组DNA。
二、PCR扩增基因组DNA中包含目的序列的片段
将提取的基因组DNA与PCR试剂混合,PCR试剂包含PCR反应缓冲液、Taq酶、11 对特异性引物,混匀后在PCR仪内扩增,反应条件如下:
rs5273:95℃3minutes,(94℃30seconds,50℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles, 72℃10minutes,4℃forever;
rs1800896:95℃3minutes,(94℃30seconds,51℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs1136410:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs3219145:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs13361707:95℃3minutes,(94℃30seconds,50℃30seconds,72℃45seconds)*35 cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs2274223:95℃3minutes,(94℃30seconds,51℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs2294008:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs4998557:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever;
rs4880:95℃3minutes,(94℃30seconds,50℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles, 72℃10minutes,4℃forever;
rs20417:95℃3minutes,(94℃30seconds,51℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles, 72℃10minutes,4℃forever;
rs1042522:95℃3minutes,(94℃30seconds,53℃30seconds,72℃45seconds)*35cycles,72℃10minutes,4℃forever。
具体的,包含目的序列的样本DNA的提取方法为:
取患者组织0.5克或石蜡切片,利用QIAamp DNA Blood Mini Kit提取基因组DNA。
1)在1.5mL离心管底部加入20μl蛋白酶K;
2)加入样品至上述离心管中;
3)加入200μL Buffer AL至样品中,涡旋振荡15s;
4)56℃孵育10min;
5)瞬时离心除去管盖上的液滴;
6)加入200μl96-100%的乙醇,涡旋振荡15s,瞬时离心除去管盖上的液滴;
7)小心地将上述混合液转至QIAamp Mini spin column(将QIAamp Mini spincolumn放 置在2mL的收集管中,收集管试剂盒已提供),小心地盖上收集管的盖子,6000xg(8000rpm) 离心1min,将QIAamp Mini spin column转至新的2mL收集管(试剂盒已提供)中,弃掉含 有废液的收集管;
8)加入500μl Buffer AW1至QIAamp Mini spin column,6000xg(8000rpm)离心1min, 将QIAamp Mini spin column转至新的2mL收集管(试剂盒已提供)中,弃掉含有废液的收 集管;
9)加入500μl Buffer AW2至QIAamp Mini spin column,全速离心(20000xg;14000rpm) 3min;
10)推荐:将QIAamp Mini spin column转至新的2mL收集管(试剂盒未提供)中,弃掉含有废液的收集管,全速离心(20000xg;14000rpm)1min;
11)将QIAamp Mini spin column放在一个新的1.5mL离心管里,加200μl BufferAE至 QIAamp Mini spin column的膜上,小心盖上盖子,室温下静置1min,6000xg(8000rpm)离 心1min,丢弃QIAamp Mini spin column,离心管中的液体即为提取的核酸。
PCR扩增基因组DNA中包含目的序列的片段的具体操作如下:
基因组DNA 1ul+19ul PCR混合液:
a.扩增试剂准备:
从试剂盒中取出各种反应液及PCR反应混合液,室温融化并振荡混匀后,短暂离心数秒, 各PCR反应液体系1人份均按如下配制:6ulPCR探针引物+13ul PCR混合反应液(PCR管 数应为样本数、1个阴性对照及1个阳性对照之和);
b.将上述配制好的PCR预混液,分别按每管20ul的量,分装于各PCR管内;
c.cDNA液的配制:经“人体组织RNA质量检测试剂盒”转录,并经过内参基因检测后的剩余cDNA中加入阴性对照40ul混合。
反应体系:
反应条件:
三、目的序列基因型的分析测定
单碱基引物延伸法基因分型(SnapShot)
1.纯化PCR反应产物
反应体系:
其中,PCR产物总体积9μl视PCR反应数量而定,N对引物的PCR,则每对引物获得 的产物加样为9μl/N。
反应条件:37℃1hour;75℃15min。
2.单碱基引物延伸
反应体系:
Snpshot引物:
。
3.纯化反应物
反应体系:0.7μl SAP/well;
反应条件:37℃1hour;75℃15min。
4.变性
反应体系:
反应条件:95℃5min;迅速冰浴冷却。
5.测序
在ABI3100测序仪上读取基因型结果。
实施例2
本实施例与实施例1的区别在于:目的序列基因型的分析测定方法不同。
三、目的序列基因型的分析测定
一代测序法
核苷酸序列测定:
1.胶回收:
1.1将放有胶回收的管中加入Binding Buffer30ul 55℃孵育7min,待其完全溶化;
1.2胶溶化后,取出柱管,作好标记,把液体转入柱管中,10000rpm/1min离心,完毕后 倒掉上清液,再加入700ulSpw,静置2~3min,10000rpm/1min离心,倒掉上清液;
1.3重复上述1.2操作一次;
1.4倒掉上清液后,柱管1000rpm/1min空转;
1.5加入15ulElution Buffer到柱中央,静置2~3min,10000rpm/1min离心;
1.6重复上述1.5操作;
1.7把洗脱下来的液体轻转至干净管中,作好标记,置于冰箱中。
2.测序前扩增
反应体系:
反应条件:
3.纯化:
4.上机测序:
混匀后1ul/well,25ul无水乙醇/well避光保存15min,4100rpm/30min离心,尽量吸 干上清液,70%乙醇40ul/well,4100rpm/10min离心;吸干上清液,室温避光保存15min;加入9ul/well,避光放置1hour。
实施例3
本实施例与实施例1的区别在于:目的序列基因型的分析测定方法不同。
三、目的序列基因型的分析测定
Taqman探针荧光PCR法
反应体系:
Component | Volume | Final Concentration |
DNA | 1pg-1ug | |
Forward primer(10uM) | 0.4ul | 0.2uM |
Reverse primer(10uM) | 0.4ul | 0.2uM |
Probe(10uM) | 0.4ul | 0.2uM |
qPCR SuperMix | 10ul | 1× |
Passive reference Dye(50x) | 0.4ul | 1× |
Nuclease-free Water | Variable | - |
Total volume | 20ul | - |
反应条件:
扩增引物及探针:
本发明中,目的序列基因型的分析测定还可以采用其他方法。如:
1、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测
流程:DNA抽提-----DNA消化----加接头----扩增----产物片段化----生物素 标记----芯片杂交---洗涤----染色----扫描----数据分析。
2、变性高效液相色谱(Denature HPLC)
本发明试剂盒用于:1、胃癌患者的早期诊断和分型参考;2、胃癌易感人群的基因检测和风险评估;3、胃癌患者预后评估。
下表为本发明所使用的物料缩写含义:
英文缩写 | 中文全称 |
Exol酶 | 外切酶I |
SAP | 虾碱性磷酸酶 |
ddH2O | 双蒸水 |
SNaPshot Multiplex | SNaPshot混合液 |
SNaPshot primer | SNaPshot引物 |
HD | 高度去离子甲酰胺 |
Spw | SPW洗脱液 |
Elution Buffer | 溶解缓冲液 |
Primer(0.2pm) | 引物(0.2皮摩尔) |
Seq | 测序 |
NaAc | 醋酸钠 |
EDTA | 乙二胺四乙酸 |
Template | 模板 |
Forward Primer | 正向引物 |
Reverse Primer | 反向引物 |
Probe | 探针 |
Probe qPCR SuperMix | 探针混合液 |
Passive Peference Dye | 参比荧光 |
Nuclease-free Water | 无核酸酶的水 |
Total volume | 总体积 |
dNTPs | 脱氧核苷三磷酸 |
Tris-HCl | 三羟甲基氨基甲烷 |
DTT | 二硫苏糖醇 |
Buffer AL | AL缓冲液 |
QIAamp Mini spin column | QIAamp小离心柱 |
Buffer AW1 | AW1缓冲液 |
Buffer AW2 | AW2缓冲液 |
Buffer AE | AE缓冲液 |
FAM | 羧基荧光素 |
HEX | 六氯荧光素 |
CY5 | 菁染料琥珀酰亚胺酯 |
CT值 | 循环阈值 |
Control DNA | 对照DNA |
结果判定:
1.有效性判定:
阴性对照(CT值):大于或等于35或显示“Undet”
阳性对照(CT值):小于或等于33
2、结果判定:
先分析样本在PCR反应液4中的CY5通道(即内参基因),CT值是否≤30,对符合上述要求的样本再进行下列相关SNP的分析。因不同反应液、不同荧光通道检测不同的SNP,因此,每个样本在分析中,必须逐一对不同的反应液、同一反应液中的不同通道分别分析,即必须逐一将样本、阳性对照、阴性对照同时分析其在各个反应液中的三种荧光扩增曲线。
重新进行检测后判定
各组反应液检测SNP位点和检测荧光表:
以上所述的具体实施方式,对本发明的目的、技术方案和有益效果进行了进一步详细说 明,所应理解的是,以上所述仅为本发明的具体实施方式而已,并不用于限定本发明的保护 范围,凡在本发明的精神和原则之内,所做的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本 发明的保护范围之内。
Claims (9)
1.一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,包括用于检测9个基因中11个单核苷酸多态性位点中的一种或多种的检测试剂,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。
2.根据权利要求1所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,9个基因中11个单核苷酸多态性位点具体为:COX-2基因rs5273的T→C和rs20417的G→C变异、IL-10基因rs1800896的A→G变异;P53基因rs1042522的C→G变异;PARP-1基因rs1136410的T→C和rs3219145的A→G变异;PLCE1基因rs2274223的A→G变异;RKAA1基因rs13361707的T→C变异;PSCA基因rs2294008的C→T变异;SOD1基因rs4998557的G→A变异;SOD2基因rs4880的T→C变异。
3.根据权利要求1所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述检测试剂包括:PCR试剂和基因型判定试剂。
4.根据权利要求3所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述基因型判定试剂为Taqman探针荧光PCR试剂、Snapshot试剂、荧光PCR法用试剂、恒温扩增-荧光法用试剂、荧光PCR-熔解曲线法用试剂、限制性片段长度多态方法用试剂、限制性内切酶酶切法试剂、变性高效液相色谱法用试剂、特异引物PCR法用试剂、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法试剂、一代测序法试剂和二代基因型判定试剂中的任意一种。
5.根据权利要求3所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述PCR试剂包括PCR反应缓冲液、Taq酶和11对特异性引物,引物分别根据9个基因中11个单核苷酸多态性位点进行设计,其中,11对特异性引物序列如下:
6.根据权利要求4所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒,其特征在于,所述Snapshot试剂包括11个Snapshot引物,11个Snapshot引物的名称、序列和碱基数具体如下表:
。
7.如权利要求1-6中任一项所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取包含目的序列的样本DNA;
(2)利用所述PCR试剂进行样本DNA中的目的序列的PCR扩增;
(3)利用所述基因型判定试剂分析测定目的序列的基因型。
8.根据权利要求7所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,其特征在于,所述目的序列为:COX-2基因rs5273和rs20417变异;IL-10基因rs1800896变异;P53基因rs1042522变异;PARP-1基因rs1136410和rs3219145变异;PLCE1基因rs2274223变异;RKAA1基因rs13361707变异;PSCA基因rs2294008变异;SOD1基因rs4998557变异;SOD2基因rs4880变异。
9.根据权利要求7所述的一种胃癌风险基因检测的试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤(3)中,目的序列的基因型判定通过Taqman探针荧光PCR法、Snapshot法、荧光PCR法、恒温扩增-荧光法、荧光PCR-熔解曲线法、限制性片段长度多态方法、限制性内切酶酶切法、变性高效液相色谱法、特异引物PCR法、基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应原理的芯片检测方法、一代测序法和二代测序法中的任意一种。
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