CN107012232A - 用于检测胃癌易感性相关的snp位点的引物及检测方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物,包括PSCA基因rs2294008位点的引物、PSCA基因rs2976392位点的引物、PLCE1基因rs2274223位点的引物和PLCE1基因rs3781264位点的引物。采用该引物检测胃癌易感性相关SNP位点的方法,包括以下步骤:(1)采集样品并提取DNA;(2)采用四种引物分别进行目的基因的PCR扩增、胶回收;(3)对胶回收产物进行浓度测定,PCR扩增并纯化;(4)将纯化产物上样,并对SNP检测结果进行分析。该引物特异性好、灵敏度高、准确性好,检测方法简单,可预测受检者患胃癌的风险。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物及检测方法。
背景技术
胃癌(gastric cancer)是死亡率和发病率较高的人类恶性肿瘤之一,在全球范围内,每年大约有70万的人口死于胃癌。在全球最常见的恶性肿瘤中胃癌排第4位,仅次于肺癌、肠癌和乳腺癌。同时,更为严峻的是胃癌的全球发病率和死亡率呈现出了逐年上升的趋势。在我国,胃癌也是常见的消化系肿瘤,相对全球胃癌发病率更高,其5年总生存率只有30%左右,占恶性肿瘤死亡的第一位。目前,制约胃癌患者5年生存率的主要原因是多数患者就诊时已为晚期。因此,明确胃癌的患病原因、寻找早期诊断就显得尤为重要。目前已知胃癌的发生与胃部一般疾病(如胃炎、胃切除手术等)、幽门螺杆菌感染、生活习惯以及易感遗传因素等有关。而胃癌的家庭聚集现象以及在相同的暴露环境下只有少数人患病的事实表明,个体是否患胃癌在很大程度上还取决于个体的遗传易感性。基因的多态性是导致疾病发生遗传易感性的重要方面,其中以单核苷酸多态性(Single NucleotidePolymorphsm,SNP)最为常见。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,它是人类可遗传的基因组变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500-1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。近年来,单核苷酸多态性(SNP)在胃癌易感性研究中备受关注,全基因组扫描及遗传连锁分析发现,PSCA基因的rs2294008位点、rs2976392位点以及PLCE1基因的rs2274223位点、rs3781264位点增加个人患胃癌的风险。因此,通过对这些位点检测,有助于胃癌的早期预测预防。但迄今为止,本领域未发现为胃癌易感风险检测提供一组密切相关的易感基因及引物的报道。
发明内容
针对现有技术中的上述不足,本发明提供了用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物及检测方法,其引物特异性好,检测方法准确性高,可用于胃癌的风险评估,为胃癌的疾病预防提供指导。
为实现上述目的,本发明解决其技术问题所采用的技术方案是:
用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物,这些引物包括PSCA基因rs2294008位点的引物、PSCA基因rs2976392位点的引物、PLCE1基因rs2274223位点的引物和PLCE1基因rs3781264位点的引物;
其中,PSCA基因rs2294008位点的正向引物为5′-AGAAGGACAAAGGGAGAG-3′(SEQ IDNo:1),反向引物为5′-CTCCTCATCAGCATCTCT-3′(SEQ ID No:2);
PSCA基因rs2976392位点的正向引物为5′-ACATTGAGGGTGACAAGA-3′(SEQ ID No:3),反向引物为5′-ATGGGGTGAGTGAGTAAGT-3′(SEQ ID No:4);
PLCE1基因rs2274223位点的正向引物为5′-GCAGAGGTTGTCTTTCTTT-3′(SEQ IDNo:5),反向引物为5′-GAGATGTGCTTCAAAAGTG-3′(SEQ ID No:6);
PLCE1基因rs3781264位点的正向引物为5′-CTTTTTCCCTTCATCACTC-3′(SEQ IDNo:7),反向引物为5′-AGTAGTCTTGTGGGACTGAG-3′(SEQ ID No:8)。
采用上述引物检测检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,包括以下步骤:
(1)采集样品并提取基因组DNA;
(2)采用上述引物对基因组DNA进行PCR扩增,并对扩增产物进行胶回收;
(3)对胶回收产物进行浓度测定,计算模板量,然后进行PCR扩增(荧光标记反应)并纯化;
(4)将步骤(3)中的纯化产物在3730型全自动序列分析仪(美国AppliedBiosystems公司)上样,用Chromas软件对SNP分型进行分析。
进一步地,步骤(2)中PCR扩增体系为:DNA模板100-150ng,浓度为5pmol/μL的正向引物3.0μL,浓度为5pmol/μL的反向引物3.0μL,Prime STAR MAX 25.0μL,用ddH2O补足体积至50μL。
进一步地,步骤(2)中PCR扩增反应条件为:95℃预变性5min,95℃变性30s,55℃退火15s,72℃延伸15s,30个循环,最后72℃延伸5min后于4℃保存。
进一步地,步骤(3)中PCR扩增体系为:DTCS Master Mix 2.5μL,浓度为5pmol/μL的反向引物1.0μL,DNA模板20ng,用ddH2O补足体积至10μL。
进一步地,步骤(3)中PCR扩增反应条件为:94℃预变性30s,94℃变性25s,55℃退火25s,60℃延伸3min,30个循环,最后60℃延伸20min。
本发明提供的用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物及检测方法,具有以下有益效果:
(1)本发明提供了用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物,该引物特异性好,准确性好,实现了胃癌易感性相关的SNP位点的检测,提高了检测效率。
(2)本发明还提供了一种检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,该方法为直接测序法,本检测方法简单,其检测结果也具有特异性好,灵敏度高,准确性好等优点,可以为胃癌的疾病预防提供指导。
附图说明
图1为不同受检者血液DNA样品在4种不同引物下的PCR扩增电泳图;
图2为PSCA基因的rs2294008位点多态性检测结果图;
图3为PSCA基因的rs2976392位点多态性检测结果图;
图4为PLCE1基因的rs2274223位点多态性检测结果图;
图5为PLCE1基因的rs3781264位点多态性检测结果图;
图6为PSCA基因的rs2294008位点荧光探针法的检测结果图;
图7为PSCA基因的rs2976392位点荧光探针法的检测结果图;
图8为PLCE1基因的rs2274223位点荧光探针法的检测结果图;
图9为PLCE1基因的rs3781264位点荧光探针法的检测结果图。
具体实施方式
实施例1引物设计
针对胃癌易感性相关的SNP位点设计了大量的引物,通过引物反应条件的优化和比较,筛选出特异性好的四对引物。
其中,PSCA基因rs2294008位点的正向引物为5′-AGAAGGACAAAGGGAGAG-3′(SEQ IDNo:1),反向引物为5′-CTCCTCATCAGCATCTCT-3′(SEQ ID No:2)。
PSCA基因rs2976392位点的正向引物为5′-ACATTGAGGGTGACAAGA-3′(SEQ ID No:3),反向引物为5′-ATGGGGTGAGTGAGTAAGT-3′(SEQ ID No:4)。
PLCE1基因rs2274223位点的正向引物为5′-GCAGAGGTTGTCTTTCTTT-3′(SEQ IDNo:5),反向引物为5′-GAGATGTGCTTCAAAAGTG-3′(SEQ ID No:6)。
PLCE1基因的rs3781264位点的正向引物为5′-CTTTTTCCCTTCATCACTC-3′(SEQ IDNo:7),反向引物为5′-AGTAGTCTTGTGGGACTGAG-3′(SEQ ID No:8)。
使用胃癌易感性相关的SNP位点的引物对待测基因组DNA分别进行PCR扩增,PCR扩增体系为:DNA模板xμL使其含量为100-150ng,去离子水(19-x)μL,浓度为5pmol/μL的正向引物3.0μL,浓度为5pmol/μL的反向引物3.0μL,Primer STAR MAX 25.0μL;扩增反应条件为:95℃预变性5min,95℃变性30s,55℃退火15s,72℃延伸15s,30个循环,最后72℃延伸5min后于4℃保存;将扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,结果如图1所示,其中,1、2、3孔为PSCA基因rs2294008位点的引物扩增出的条带;4、5、6孔为PSCA基因rs2976392位点的引物扩增出的条带;7、8、9孔为PLCE1基因rs2274223位点的引物扩增出的条带;10、11、12孔为PLCE1基因rs3781264位点的引物扩增出的条带。
由图1可知,目的条带清晰,无杂带,且片段大小与设计的大小一致,说明设计的引物特异性好。
实施例2胃癌易感性相关的SNP位点的检测
(1)提取EDTA抗凝外周血(肘静脉血)的DNA样品,提取方法参照血液基因组DNA提取试剂盒(购自北京天根生化科技有限公司)的说明书;
(2)对上述DNA样品进行PCR扩增,PCR扩增采用Primer STAR MAX Premix(2X)(购自北京天根生化科技有限公司),反应体系如表1所示,引物浓度为5pmol/μL,模板DNA的量为100-150ng,加入xμL(根据提取的DNA浓度计算),PCR扩增反应条件见表2;PCR产物用2%琼脂糖凝胶电泳分离切胶、DNA胶回收试剂盒回收DNA;电泳参数为:电压120V,400mA,时间30min;胶回收方法参照胶回收试剂盒(购自TaKaRa)说明书;
表1 PCR反应体系
试剂 | 体积(μL) |
DNA | x |
ddH2O | 19-x |
Primer F | 3.0 |
Primer R | 3.0 |
Primer STAR MAX | 25.0 |
total | 50.0 |
表2 PCR反应条件
(3)将回收后的产物测定其DNA浓度后,采用所述引物的反向引物进行PCR扩增(荧光标记反应),PCR反应体系见表3,模板的量为20ng,根据纯化后DNA的浓度计算后加入yμL(根据提取的DNA浓度计算),PCR扩增条件见表4;然后将浓度为3mol/L,pH值为5.2的醋酸钠缓冲液、0.1mol/L,pH值为8.0的Na2EDTA缓冲液和Glycogen以体积比为2:2:1配制终止液,取5μL终止液加入到PCR产物中,然后用乙醇对产物进行纯化,具体纯化步骤为:取5μL终止液加入到PCR产物中充分混匀,离心,将液体转移至一支新的1.5mL EP管中,然后加入50μL预冷无水乙醇,充分混匀,放入冰箱-20℃冷冻10min后于12000r/min离心5min,弃去上清,再向EP管中加入150μL预冷70%乙醇,放入高速离心机离心,12000r/min离心2min,弃去上清,稍离心,用移液器吸干EP管内剩余的液体,打开EP管盖,室温晾干至白色沉淀变透明,再向EP管中加入25μL SLS(Sample Loading Solution)溶解DNA;
表3 PCR反应体系
试剂 | 体积(μL) |
DTCS Master Mix | 2.5 |
Primer R | 1.0 |
ddH2O | 6.5-y |
模板DNA | y |
总计 | 10.0 |
表4 PCR反应条件
(4)将纯化产物点样后装入ABI3730全自动序列分析仪,通过Chromas软件,将所测序列与标准序列进行比对,寻找该SNP位点,通过该SNP位点处碱基的类型,就可以得到该SNP位点的基因型。
PSCA基因rs2294008位点分型结果见图2,PSCA基因rs2976392位点分型结果见图3,PLCE1基因rs2274223位点分型结果见图4,PLCE1基因rs3781264位点分型结果见图5。
图2中2-1、2-2和2-3均为PSCA基因rs2294008位点多态性检测的测序结果图,基因型依次为GG、AA和AG;其中GG为rs2294008位点的非易感基因型,而AA和AG为rs2294008位点的易感基因型。
图3中3-1、3-2和3-3均为rs2976392位点多态性检测的测序结果图,基因型依次为GG、AA和AG;其中GG为rs2976392位点的非易感基因型,而AA和AG为rs2976392位点的易感基因型。
图4中4-1、4-2和4-3均为rs2274223位点多态性检测的测序结果图,基因型依次为AA、GG和AG;其中AA为rs2274223位点的非易感基因型,而GG和AG为rs2274223位点的易感基因型。
图5中5-1、5-2和5-3均为rs3781264位点多态性检测的测序结果图,基因型依次为AA、GG和AG;其中AA为rs3781264位点的非易感基因型,而GG和AG为rs3781264位点的易感基因型。
实施例3检测胃癌易感性相关的SNP位点的特异性
本检测方法将特异性定义为测序结果峰图无套峰、背景峰、杂峰、飘峰等现象。
按照本发明提供的检测方法对30个样品进行检测,测序峰图单一,无双峰、背景峰等现象,30个样品检测结果均相同,说明本发明提供的检测方法特异性为100%。
实施例4检测胃癌易感性相关的SNP位点的灵敏度和准确度
本检测方法将灵敏度定义为检测结果符合率。
按照本发明提供的检测方法对50个样品进行检测,同时采用荧光探针法进行验证,两种方法对50个样品的检测结果一致,本检测方法的准确性达到了100%。
PSCA基因rs2294008位点分型结果见图6,PSCA基因rs2976392位点分型结果见图7,PLCE1基因rs2274223位点分型结果见图8,PLCE1基因rs3781264位点分型结果见图9。
图6中6-1、6-2和6-3均为rs2294008位点荧光探针法的检测结果图,基因型依次为GG、AA和AG;其中GG为rs2294008位点的非易感基因型,而AA和AG为rs2294008位点的易感基因型。
图7中7-1、7-2、7-3均为rs2976392位点荧光探针法的检测结果图,基因型依次为GG、AA和AG;其中GG为rs2976392位点的非易感基因型,而AA和AG为rs2976392位点的易感基因型。
图8中8-1、8-2和8-3均为rs2274223位点荧光探针法的检测结果图,基因型依次为AA、GG和AG;其中AA为rs2274223位点的非易感基因型,而GG和AG为rs2274223位点的易感基因型。
图9中9-1、9-2和9-3均为rs3781264位点荧光探针法的检测结果图,基因型依次为AA、GG和AG;其中AA为rs3781264位点的非易感基因型,而GG和AG为rs3781264位点的易感基因型。
上述结果图说明本发明提供的检测方法灵敏度和准确度高。
实验例5检测胃癌易感性相关的SNP位点的精密度
本检测方法将精密度定义为对多个样品分别进行重复检测后,结果一致。
按照本发明提供的检测方法,重复检测不同人员、不同时间和同一样品不同孔间的对比实验,所得结果均一致,说明该检测方法精密度为100%。
SEQUENCE LISTING
<110> 成都中创清科医学检验所有限公司
<120> 用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物及检测方法
<130> 2016
<160> 8
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
agaaggacaa agggagag 18
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
ctcctcatca gcatctct 18
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
acattgaggg tgacaaga 18
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
atggggtgag tgagtaagt 19
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
gcagaggttg tctttcttt 19
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
gagatgtgct tcaaaagtg 19
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
ctttttccct tcatcactc 19
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
agtagtcttg tgggactgag 20
Claims (6)
1.用于检测胃癌易感性相关的SNP位点的引物,其特征在于,所述引物包括PSCA基因rs2294008位点的引物、PSCA基因rs2976392位点的引物、PLCE1基因rs2274223位点的引物和PLCE1基因rs3781264位点的引物;
其中,PSCA基因rs2294008位点的正向引物为5′-AGAAGGACAAAGGGAGAG-3′,反向引物为5′-CTCCTCATCAGCATCTCT-3′;
PSCA基因rs2976392位点的正向引物为5′-ACATTGAGGGTGACAAGA-3′,反向引物为5′-ATGGGGTGAGTGAGTAAGT-3′;
PLCE1基因rs2274223位点的正向引物为5′-GCAGAGGTTGTCTTTCTTT-3′,反向引物为5′-GAGATGTGCTTCAAAAGTG-3′;
PLCE1基因rs3781264位点的正向引物为5′-CTTTTTCCCTTCATCACTC-3′,反向引物为5′-AGTAGTCTTGTGGGACTGAG-3′。
2.采用权利要求1所述的引物检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)采集样品并提取其基因组DNA;
(2)采用上述四种引物分别对基因组DNA进行目的基因的PCR扩增,并对扩增产物进行胶回收;
(3)对胶回收产物进行浓度测定,计算模板量,然后进行PCR扩增并纯化;
(4)将步骤(3)中的纯化产物在测序仪上样,并对SNP检测结果进行分析。
3.根据权利要求2所述的检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,其特征在于,步骤(2)中PCR扩增体系为:DNA模板100-150ng,浓度为5pmol/μL的正向引物3.0μL,浓度为5pmol/μL的反向引物3.0μL,Prime STAR MAX25.0μL,用ddH2O补足体积至50μL。
4.根据权利要求2所述的检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,其特征在于,步骤(2)中PCR扩增反应条件为:95℃预变性5min,95℃变性30s,55℃退火15s,72℃延伸15s,30个循环,最后72℃延伸5min。
5.根据权利要求2所述的检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,其特征在于,步骤(3)中PCR扩增体系为:DTCS Master Mix 2.5μL,浓度为5pmol/μL的反向引物1.0μL,DNA模板20ng,用ddH2O补足体积至10μL。
6.根据权利要求2所述的检测胃癌易感性相关的SNP位点多态性的方法,其特征在于,步骤(3)中PCR扩增反应条件为:94℃预变性30s,94℃变性25s,55℃退火25s,60℃延伸3min,30个循环,最后60℃延伸20min。
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2017
- 2017-04-26 CN CN201710284040.7A patent/CN107012232A/zh active Pending
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