CN108276490A - 使用BCL-9的安定的α螺旋将癌症中失调WNT信号传递订为目标 - Google Patents

使用BCL-9的安定的α螺旋将癌症中失调WNT信号传递订为目标 Download PDF

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Abstract

本发明公开了使用BCL‑9的安定的α螺旋将癌症中失调WNT信号传递订为目标。本发明提供将以BCL9 HD2螺旋烃装订的结构约束的肽用作治疗剂。本发明进一步提供使用本发明的结构约束的肽的方法和试剂盒。本发明至少部分是基于本文提供的证实烃装订的螺旋肽展现优异的蛋白分解、酸以及热安定性，恢复肽的天然螺旋结构，相较于相应于未改性的肽具备优势的药物动力学性质，以及对于体外、细胞内以及体内结合β‑联蛋白是高度有效的，破坏BCL‑9/β‑联蛋白的交互作用，以及藉以干扰失调Wnt/β‑联蛋白讯息传递而进行各种人类疾病(包含人类癌症)的治疗益处的结果。

Description

使用BCL-9的安定的α螺旋将癌症中失调WNT信号传递订为 目标
本申请是申请号为201280029656.5，申请日为2012年4月16日，发明名称为“使用BCL-9的安定的α螺旋将癌症中失调WNT信号传递订为目标”的中国专利申请的分案申请。
本申请案主张于2011年4月15日申请的美国临时申请案连续号61/475,932的利益，其内容是以参考方式全部并入本文中。
对美国联邦政府赞助的研究下完成的发明的权利的声明
这部分的成果由美国国家卫生研究院的R01 CA151391-01(R.D.C)所支持。美国政府对于这发明有某些权利。
技术领域
本发明涉及使用BCL-9的安定的α螺旋将癌症中失调WNT信号传递订为目标。
背景技术
典型的Wnt路径调节β-联蛋白的持续性浓度和细胞内定位，β-联蛋白为胚胎发育和成人组织恒定两者所需的紧密调节的受体介导的信号转导网络的重要成分。于未刺激的正常细胞中，β-联蛋白结合腺肿性息肉(adenomatous polyposis coli,APC)、肝醣合成酶激酶3β(GSK3β)以及体轴抑制蛋白(Axin)，形成磷酸化β-联蛋白的破坏复合体，以β-联蛋白为目标来进行蛋白酶体分解。Wnt配体结合至绉缩(frizzled)和低密度的脂蛋白受体(LRP5和LRP6)抑制GSK3β/APC/体轴抑制蛋白复合体的活性，使得非磷酸化的β-联蛋白能经历核易位以发挥其转录效果。核β-联蛋白与转录因子的淋巴增强因子/T细胞因子(lymphoidenhancer factor(LEF)/T-cell factor(TCF))家族相关，以诱导细胞增生、迁移以及存活基因，诸如，c-Myc和cyclin D1的表现。通常，当Wnt配体与其受体去耦时，这转录路径是关闭的。然而，各种APC和Axin中的功能流失突变和β-联蛋白本身中的活化突变使得β-联蛋白能从破坏复合体逃脱，存留在核中，以及驱动致癌的转录。
于黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)中，β-联蛋白的转录活性进一步取决于两个辅助因子BCL9和Pygopus。由TCF、β-联蛋白、BCL9以及Pygopus所组成的四级复合体的形成增强β-联蛋白依赖性Wnt转录活性。人类BCL9基因是藉由将来自患有前驱B细胞急性淋巴性白血病(ALL)的病患的t(1；14)(q21；q32)易位克隆化而首度辨识。在宽广范围的人类癌症种类中观察到BCL9基因存在于其中的染色体1q21-基因座中的扩增物，而且该基因已与肿瘤扩展、减少存活以及差的临床结果相关。最近，PiggyBac转座子的插入突变法辨识出BCL9一次。反之，在直肠结肠癌(colorectal cancer,CRC)中，APC和β-联蛋白中确立的突变驱动致癌的表型，而多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)中尚无报导此突变且Wnt活化反而是由BCL9所驱动，隐含这β-联蛋白辅助因子是真正的致癌基因。BCL9过度表现自此已从大子群的人类肿瘤中辨识，但尚未在肿瘤所源自的正常细胞相对处中表现。BCL9介导的β-联蛋白的转录活性的增强是藉由促进上皮的表型的流失和获得似间质功能性，而增加细胞增生、迁移、侵袭以及肿瘤细胞的转移的潜力。shRNA诱导的体内的BCL9的向下调节减抑Wnt目标(c-Myc、cyclin D1、CD44以及VEGF)的表现，并且相应地藉由减少肿瘤负荷量、转移以及宿主血管生成反应，而增加具有CRC和MM的异体移植小鼠的存活。这些癌症惊人的BCL9依赖性和约30％上皮肿瘤中的BCL9表现提供以BCL9/β-联蛋白蛋白质交互作用为目标的令人信服的理论基础。重要地，Bcl9剔除小鼠缺乏显明的疾病表型，暗示BCL9/β-联蛋白复合体药理封锁可为相对无毒。
Wnt路径是由脊椎动物和无脊椎动物中的胚胎发育和成人组织恒定两者所需的紧密调节受体介导的信号转导系统所组成，并且涉及典型的和非典型的Wnt路径。业经显示典型的Wnt信号传递串联的许多成分在广范围的共同人类癌症(包含结肠直肠癌、肝细胞癌、乳癌、上皮癌以及MM)中作用为肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene,TSG)或作用为致癌基因。另外，典型的Wnt路径已涉及正常(例如，创伤愈合)以及病理过程(例如，糖尿病)的调节。这些观察强调这路径与致癌产生的相关性，以及进一步研究将Wnt信号传递成分作为癌症治疗、创伤愈合、血管生成以及糖尿病的潜在目标的需求。
本发明的目的为设计和产生BCL9的HD2结构域的烃装订(stapled)肽(BCL9的装订的α-螺旋或SAH-BCL9)以阻挡Wnt信号传递。本发明的目的亦为证实安定的α-螺旋肽与β-联蛋白的直接结合防止β-联蛋白/BCL9交互作用、Wnt转录活性以及下游目标的表现。此机转会造成一种以SAH-BCL9治疗癌症细胞方法，并且造成肿瘤细胞增生、迁移、肿瘤诱导的血管生成、肿瘤负荷量、去分化(上皮间质转变[epithelial-mesenchyma transistion,EMT])以及Wnt/β-联蛋白驱动的癌症中的转移的抑制。
发明内容
本发明提供结构约束，抗蛋白酶以及细胞可穿透的BCL9α-螺旋肽，以及将彼等肽用作治疗和预防剂的方法。相较于相应的未改性的肽，此结构约束的肽展现优异的蛋白分解、酸以及热安定性，而且具备优异的药物动力学性质。本发明的肽以至少一种烃装订安定，但可包含两种、三种或更多种烃装订。多种烃装订的加入特别适合长度为20或更多个氨基酸的α螺旋肽。由于BCL9 HD2结构域的螺旋结构的安定，烃装订允许交互作用面上的氨基酸残基适当地定向。
于一个态样中，本发明提供一种BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，包括至少一种烃装订或缝线。
于一个具体例中，肽包括由与β-联蛋白交互作用的氨基酸所组成的交互作用面。
于另一个具体例中，交互作用面包括约3至约20个氨基酸。
于某些具体例中，交互作用面包括4至15个氨基酸。
于多个具体例中，交互作用面包括与β-联蛋白结合的BCL9-HD2的螺旋面有40％或更大的同一性，其中该交互作用面包括BCL9残基Gln-355、His-358、Arg-359、Ser-362、Leu-363、Leu-366、Ile-369、Gln-370、Leu-373以及Phe-374或其保守性取代。
又其它具体例中，交互作用面包括与β-联蛋白结合的BCL9-HD2的螺旋面有50％至90％同一性，其中该交互作用面包括BCL9残基Gln-355、His-358、Arg-359、Ser-362、Leu-363、Leu-366、Ile-369、Gln-370、Leu-373以及Phe-374或其保守性取代。
于另一个具体例中，交互作用面表示α-螺旋的单面。
于多个具体例中，螺旋的单面包括一个、两个、三个或四个相邻的堆栈列的氨基酸，其中该堆栈列的氨基酸是由每转具有3.6个氨基酸的α螺旋中的位置a、d以及g；位置b和e；或位置c和f所定义，其中氨基酸连续地且顺序地指定为位置a至g；由每转具有3个氨基酸的310螺旋中的位置a和d；位置b和e；或位置c和f所定义，其中氨基酸连续地和顺序地指定为位置a至f；或其同系物。
于其它具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，其是由以下者所组成：与BCL9-HD2的氨基酸351至374(SEQ ID NO：1(LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF))有约20％至100％之间的序列同源性，
其中该肽包括一个和五个之间的烃装订。
于其它具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，其是由以下者所组成：与BCL9-HD2的氨基酸351至374(SEQ ID NO：1(LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF))有约50％至100％之间的序列同源性，
其中该肽包括一个和五个之间的烃装订。
于多个具体例中，烃装订或缝线在一个或多个天然或非天然氨基酸之间。
于某些具体例中，烃装订或缝线是以烯烃换位反应形成。
于另一个具体例中，非天然氨基酸是选自下列各者：
于多个具体例中，结构约束的肽包括在BCL9 HD2肽内的1至5的装订或缝线。
于其它具体例中，一个装订或缝线是位于BCL9 HD2肽内的以下位置：a)i、i+4；b)i、i+7；以及c)i、i+3。
于某些具体例中，另一个装订或缝线是位于BCL9 HD2肽内的以下位置：a)i、i+4；b)i、i+7；以及c)i、i+3。
于多个具体例中，任何其它装订或缝线位于BCL9 HD2肽内的以下位置：a)i、i+4；b)i、i+7；以及c)i、i+3。
于另一个具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，其中一个烃装订是位于BCL9HD2肽内的以下例示性位置，以及藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2 结构域
i、i+4单一装订:
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于某些具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，其中两个烃装订是位于BCL9HD2肽内的以下例示性位置，以及藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2 结构域
i、i+3双装订：
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i、i+4双装订:
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于另一个具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，其中一种或多种烃装订或缝线是位于BCL9 HD2结构域内的任何以下例示性位置，以及藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2 结构域
混合的i、i+4；i、i+3；以及i、i+7双装订:
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混合的依序装订:
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于多个具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，进一步包括一个至四个另外的烃装订。
于其它具体例中，本发明提供一种结构约束的肽，其中另外的烃装订是位于BCL9HD2结构域内的任何以下例示性位置，并且藉由装订扫描而迭代：
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i、i+3双装订:
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i、i+4双装订:
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i、i+7双装订:
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XSQEQLEXRERSLQXLRDIQRXLF。
在某些权利要求2中，其中位置351至374的氨基酸序列是选自以下者：
SEQ ID NO:1:BCL9 HD2 结构域： LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF
SEQ ID NO:2:BCL9 HD2 结构域M372B LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF
SEQ ID NO:3:SAH-BCL9A: LSQEQLEHRERSLQTLRXIQRXLF
SEQ ID NO:4:SAH-BCL9B: LSQEQLEHRERSLXTLRXIQRBLF
SEQ ID NO:5:SAH-BCL9C: LSQEQLEHREXSLQXLRDIQRBLF
SEQ ID NO:6:SAH-BCL9B(H358D): LSQEQLEDRERSLXTLRXIQRBLF
SEQ ID NO:7:SAH-BCL9B(R359E): LSQEQLEHEERSLXTLRXIQRBLF
于另一个态样中，本发明提供一种组成物，包括上述肽和医药上可接受的载体。本发明进一步提供单位剂量形式的医药载体中的本发明的肽。
于另一个态样中，本发明提供一种抑制受试者的典型的Wnt/β-联蛋白信号传递的方法，包括给药本发明的肽。
于另一个态样中，本发明提供一种抑制受试者的BCL9与β-联蛋白的结合的方法，包括给药本发明的肽。
于一个具体例中，抑制BCL9与β-联蛋白的结合是由本发明的结构约束的肽所造成。
于另一个态样中，本发明提供一种治疗受试者的由BCL9/β-联蛋白结合所介导的疾病或病症的方法，包括对受试者给药本发明的肽。
于一个具体例中，受试者已辨识为需要BCL9/β-联蛋白交互作用或Wnt信号传递的抑制剂。
于另一个具体例中，疾病为癌症、肿瘤细胞增生、肿瘤细胞去分化以及转移、肿瘤转移、肿瘤诱导的血管生成、癌症干细胞化学抗性、以及增生疾病；或涉及创伤愈合、血管生成或糖尿病。
本发明提供一种改善或治疗癌症的方法，例如，在受试者中，藉由对受试者给药治疗上有效量的本发明的结构约束的肽。该方法可进一步包含辨识需要改善或治疗癌症的受试者，或监控受试者以预防、改善或治疗癌症的一者或更多者。于某些具体例中，本发明提供一种改善或治疗癌症的方法，其中受试者辨识为需要BCL9/β-联蛋白调制。
于进一步具体例中，疾病为结肠直肠癌、多发性骨髓瘤、肺癌、结肠癌、乳癌、前列腺癌、肝癌、胰脏癌、脑癌、肾脏癌、卵巢癌、胃癌、皮肤癌、骨癌、胃癌、乳癌、胰脏癌、神经胶瘤、胶质母细胞瘤、肝细胞上皮癌、乳突样肾上皮癌、头和颈鳞状细胞上皮癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤以及固态肿瘤。
于另一个态样中，本发明提供一种治疗受试者的癌症的方法，包括对受试者给药本发明的肽。
于一个具体例中，受试者已先前辨识为需要典型的Wnt/β-联蛋白信号传递抑制剂以治疗癌症。
于另一个具体例中，疾病涉及创伤愈合、血管生成或糖尿病。
于其它具体例中，对受试者给药另外的治疗剂、辐射或化疗。
于进一步具体例中，另外的治疗化合物为抗癌症化合物。
于另一进一步具体例中，化合物和另外的治疗剂是同时地或依序地给药。
于其它具体例中，化合物和另外的治疗剂共同联结(亦即，双官能性化合物)。
于某些具体例中，受试者为人类。
于另一个态样中，本发明提供一种试剂盒，包括本发明的结构约束的肽和用于治疗癌症的指示。
于另一个态样中，本发明提供一种辨识抑制BCL9与β-联蛋白的结合的化合物的方法，包括以下步骤：将本发明的肽与β-联蛋白接触，及然后筛选破坏本发明的肽与β-联蛋白之间的交互作用的小分子或化合物。
将基于以下提供的揭示内容了解本发明的其它具体例。
附图说明
图1A至图1I.SAH-BCL9肽的设计、合成以及特征化。图1A.BCL9的α-螺旋HD2结构域(其直接接合β-联蛋白的表面凹槽)提供用于以烃装订安定结构的模板。图1B.SAH-BCL9 A至C是藉由以烯烃非天然氨基酸取代HD2结构域的非交互作用表面上的天然的残基而产生，当该烯烃非天然氨基酸受到烯烃换位反应时，产生相应的装订肽。亦产生未改性的模板肽(BCL9 HD2)。图1C.相较于未改性的模板肽，CD分析揭露明显的SAH-BCL9肽的α-螺旋安定。图1D.FITC-SAH-BCL9B和β-联蛋白是藉由抗FITC和抗β-联蛋白拉下(pulldown)测定法两者，而自以FITC-SAH-BCL9处理的Colo320细胞的溶解产物共沉淀。TCL(total celllysate)为总细胞溶解产物。图1E和图1F.如共焦显微镜术和细胞分化分析所监控，FITC-SAH-BCL9B和β-联蛋白两者优先地定位在Colo320细胞的核。图1G.藉由CD分析，相较于野生型SAH，FITC-SAH-BCL9B的H358D和R359E的反极性突变体展现类似高百分率的α-螺旋性。图1H.点突变法损伤FITC-SAH-BCL9/β-联蛋白共免疫沉淀，而且以R359E-衍生物作为最有效的阴性对照。图1I.Colo320细胞对展现FITC-SAH-BCL9B和其R359E对照展现剂量相当的细胞吸收。
图2A至图2C.SAH-BCL9B破坏天然的β-联蛋白-BCL9/B9L复合体且压抑Wnt/β-联蛋白/BCL9驱动的转录。图2A.SAH-BCL9B剂量反应性地破坏β-联蛋白与BCL9和B9L的结合，反之以SAH-BCL9B(R359E)处理的细胞无效果。β-联蛋白从BCL9/B9L的分离与β-联蛋白与FITC-SAH-BCL9B的共免疫沈淀相关。图2B.将Colo320细胞以TOP-FLASH转染，与载体或SAH-BCL9肽培养，以及测定发光酶活性(其常态化至海肾发光酶对照)。SAH-BCL9B，但非SAH-BCL9B(R359E)，抑制Wnt-依赖性报导活性。誤差槓为以三重复进行测定法的平均+/-标准差。*,P<0.01。图2C.qPCR分析揭露因应SAH-BCL9B处理，压抑Wnt目标基因VEGF、c-Myc以及Axin2，但非GAPDH。载体和SAH-BCL9B(R359E)不具有效果。誤差槓为以四重复进行测定法的平均+/-标准差。*,P<0.01。
图3A至图3I.SAH-BCL9B阻挡细胞增生、血管生成以及转移。图3A和图3B.如在第24小时监控[3H]-胸苷吸收时，SAH-BCL9B处理减少Colo320和结肠直肠原发肿瘤(colorectalprimary tumors,CCPT)的生长。*,P<0.01。图3C和图3D.SAH-BCL9B，但非载体或SAH-BCL9B(R359E)，同样地损伤MM1S细胞在存在或缺少Wnt3A-调理的培养基(Wnt3A-CM)时和多发性骨髓瘤原发肿瘤(multiple myeloma primary tumor,MMPT)中的生长*,P<0.01。图3E.如在第72小时以CellTiter-Glo评估，SAH-BCL9B对Colo320和MM1S细胞的生存力不具效果。图3F.相应地，如西方分析所监控，SAH-BCL9B无活化硫胱氨酸蛋白酶-3或PARP。图3G.如ELISA所测量，SAH-BCL9B处理减少Colo320和MM1S细胞的VEGF分泌。*,P<0.001。图3H.将HUVEC与采集自与载体或SAH-BCL9B肽培养的Colo320或MM1S细胞的上清液培养，而且以显微镜术在第5小时分析每高倍视野形成的管(黑色箭头)数。SAH-BCL9B阻挡体外微血管似管形成。*,P<0.01(n＝3)。图3I.如使用Matrigel Boyden室所监控，SAH-BCL9B阻挡Colo320细胞的转移。载体和SAH-BCL9B(R359E)不具效果。*,P<0.01。载体、0.5％DMSO；SAH-BCL9肽，5μM。誤差槓为以三重复进行的实验的平均+/-标准差。
图4A至图4I.SAH-BCL9B抑制体内肿瘤生长、血管生成以及转移。图4A.将同龄群(n＝6)的腹膜内带有GFP-阳性Colo320细胞的NOD/SCID小鼠以每隔一天对腹膜内给药载体(2.5％DMSO于D5W)或SAH-BCL9B肽(20mg/kg)而处理，总共六种剂量。全身摄像和尸体剖验揭露减少的肿瘤负荷量，而且以SAH-BCL9B处理的小鼠中有肝转移，但以载体和SAH-BCL9B(R359E)处理的动物中则无。图4B.肝的组织学分析揭露在以SAH-BCL9B处理的小鼠中有减少的肿瘤侵袭和CD44-阳性。图4C.如藉由检验每5mm的间隔的肝切片而定性，以SAH-BCL9B处理的小鼠中，各实验组(n＝6)的脑实质内小结的总数目明显地减少。誤差槓为平均+/-标准差。*,P<0.01。图4D和图4E.如肿瘤血管定量和抗CD34免疫染色所评估，SAH-BCL9B处理同样地抑制血管生成。誤差槓为平均+/-标准差。*,P<0.0001(n＝6)。图4F和图4G.以载体(2.5％DMSO于D5W)或SAH-BCL9B肽(5mg/kg)每隔一天局部地注射同龄群的带有稠密的GFP-阳性INA-6细胞的人类骨碎片的SCID-人鼠(n＝5)，总共十种剂量。在第33天牺牲时注射肿瘤细胞(图4F)和荧光全身摄像(图4G)后，在注明天数以shuIL-6R血清浓度评估肿瘤负荷量。如减少的骨碎片荧光所反应，SAH-BCL9B处理显着地减抑shuIL-6R产生和肿瘤负荷量。图4H.组织学分析同样地证实以SAH-BCL9B处理的小鼠的骨碎片中的INA-6细胞实质的减少，而且肿瘤细胞局限于骨。在以载体和SAH-BCL9B(R359E)处理的小鼠中，肿瘤细胞转移到骨碎片外，而且侵袭相邻的软组织(黑色箭头)。图4I.如血管定量和抗CD34免疫染色所监控，以SAH-BCL9B处理的小鼠中的瘤内血管生成受到减抑。
图5.使用BCL9的安定的α螺旋而将癌症中的Wnt转录活性订为目标。失调的Wnt信号传递强调宽广范围的人类癌症的病理机转，但破坏路径的目标疗法的发展仍为挑战。β-联蛋白为典型的Wnt路径的中央效应物，活化涉及细胞增生、迁移以及血管生成的基因诸如c-Myc、cyclinD1、VEGF以及CD44的表现。BCL9为β-联蛋白介导的转录的重要共活化剂，而且在肿瘤(但非起源的细胞)中高度表现，表示选择性地抑制病态β-联蛋白活性的机会。由BCL9/β-联蛋白复合体的结构所引导，产生BCL9的安定的α螺旋(SAH-BCL9)通过目标破坏BCL9/β-联蛋白复合体而阻挡癌症中的Wnt信号传递。SAH-BCL9减少Wnt转录活性和Wnt/β-联蛋白转录目标的表现，阻碍体外和体内肿瘤细胞增生、迁移、侵袭以及血管生成。
图6A至图6B.BCL9在宽广范围的肿瘤中的过度表现。图6A.对来自大肠(n＝23)、胸(n＝22)、肺(n＝32)、肝(n＝29)以及卵巢(n＝32)的上皮癌的组织微数组进行免疫组织化学研究，揭露广泛多种肿瘤中有高浓度的BCL9表现。显示具有高或低浓度的BCL9免疫染色的肿瘤的代表性例子。图6B.根据制造商的实验计划和考证的BCL9抗体专一性，对人类结肠直肠癌症试样进行使用免疫BCL9肽(Abcam)的阻挡实验。
图7A至图7B.SAH-BCL9肽的相当细胞吸收。图7A.FITC-SAH-BCL9B和FITC-SAH-BCL9B(R359E)肽在Co1o320细胞中展现相当的温度依赖性吸收，与先前针对装订肽考证的能量依赖性内吞吸收机转一致(Bernal,F.,et al.J Am Chem Soc 129,2456-7(2007)；Walensky,L.D.et alScience 305,1466-70(2004))。图7B.Colo320和MM1S细胞对FITC-SAH-BCL9B和FITC-SAH-BCL9B(R359E)肽展现相当的细胞吸收。
图8A至图8B.SAH-BCL9B选择性地接合β-联蛋白，而且不会破坏其与非BCL9结合对象的交互作用。图8A.重要地，以β-联蛋白为目标的FITC-SAH-BCL9B选择性地破坏BCL9/β-联蛋白复合体，而且不会影响来自MCF7细胞溶解产物的E-钙黏素的抗β-联蛋白共免疫沉淀。图8B.以FITC-SAH-BCL9B处理的MCF7细胞及接着对细胞溶解产物进行对抗FITC拉下揭露FITC-SAH-BCL9B和β-联蛋白之间的选择性交互作用，而且不相关的蛋白质诸如ILxBα和肌动蛋白无免疫沉淀。SAH-BCL9结合接口的单一R359E点突变法终止β-联蛋白的共免疫沉淀，进一步确保SAH-BCL9B肽的专一性。这测定法中采用MCF7细胞，因其含有可容易侦测的E-钙黏素蛋白质浓度以监控β-联蛋白/E-钙黏素交互作用。
图9.以SAH-BCL9B减抑的β-联蛋白/BCL9驱动的转录是由增加的BCL9的表现剂量反应性地反向。将以TOP-FLASH和pcDNA-BCL9转染的HCT116细胞以载体或SAH-BCL9肽(5μM)处理，并且在第24小时进行双重发光酶测定法。以SAH-BCL9B减抑的报导活性是藉由增加BCL9蛋白质表现而剂量反应性地反向，强调β-联蛋白/BCL9驱动的转录的以SAH-BCL9B为主的抑制的目标专一性。*P<0.01。由于HCT116细胞的相对低的内源性BCL9表现量，这测定法中采用HCT116细胞。
图10.以SAH-BCL9B抑制Wnt-专一性转录报导活性。SAH-BCL9B剂量反应性地阻挡在Colo320细胞中的TCF调控序列(7xTdG)的转录控制下的dGFP表现。相反，以SAH-BCL9B(R359E)处理具有些许效果至无效果。
图11A至图11B.VEGF为BCL9的直接转录目标。图11A.使用抗TCF-4、β-联蛋白以及BCL9抗体的Colo320细胞的染色质免疫沉淀分析(ChIP)考证如同c-Myc，VEGF启动子以Wnt/β-联蛋白/BCL9转录复合体为目标。阴性对照包含具有IgG的ChIP及对VEGF启动子的非专一性，上游区域使用引子。图11B.以VEGF启动子-发光酶报导质体转染经慢病毒属转导对照shRNA或BCL9 shRNA介体的Colo320细胞。使用双重发光酶测定法系统测定报导活性，并且将各样本的结果常态化至海肾值。BCL9剔除者有效地减少VEGF启动子的转录活性。*,P<0.001。
图12.以SAH-BCL9处理的小鼠中的结肠黏膜和骨髓的正常外观。单离自以载体或SAH-BCL9-肽处理的实验小鼠的结肠黏膜和骨髓组织的H&E染色无显示整个所有组织试样的毒性的证据。
图13A至图13B.SAH-BCL9B抑制INA-6多发性骨髓瘤细胞的增生。图13A.如西方分析所侦测的MM1S和INA-6细胞中的BCL9和β-联蛋白蛋白质表现。图13B.如以胸苷并入所测，相较于以载体和SAH-BCL9B(R359E)处理的细胞，暴露于SAH-BCL9B(5μM)24小时后的INA-6细胞展示显着地减少生长。*,P<0.001。誤差槓为以三重复进行测定法的平均+/-标准差。
图14.插置入肽模板以藉由烯烃换位反应产生烃装订肽的非天然烯烃氨基酸的实例。
图15.单独地、双重地以及依序地装订BCL9 HD2的肽的实例。X，装订的氨基酸；B，正亮氨酸。装订扫描使得迭代产生及离散的装订组成及其沿着肽序列以辨识BCL9 HD2建构体的最佳安定的α-螺旋的差别位置的测试容易进行。
图16.BCL9的α-螺旋HD2结构域的残基351至374的三维度结构，强调接触β-联蛋白的BCL9 HD2交互作用面的彼等氨基酸残基。
图17A至图17B.SAH-BCL9B破坏β-联蛋白-BCL9/B9L复合体。图17A.针对重组β-联蛋白的SAH-BCL9B和SAH-BCL9B(R359E)的差别的结合亲合力。图17B.如GST-拉下测定法所证实，SAH-BCL9B剂量反应性地分离重组β-联蛋白/BCL9复合体。R359E点突变法减少6倍的SAH-BCL9B活性。
图18A至图18F.SAH-BCL9B选择性地阻挡Wnt转录.图18A.qRT-PCR分析揭露因应Colo320细胞的SAH-BCL9B处理的Wnt目标基因的剂量依赖性压抑。誤差槓为以四重复进行测定法的平均+/-标准差。*p<0.01。定量比较整个腺瘤(图18B)和上皮癌(图18C)印记的DLD1细胞中的以SAH-BCL9B和显性-负性TCF1/TCF4表现向下调节的基因。腺瘤(图18D)和上皮癌(图18E)印记的最尖端(即对SAH-BCL9B和显性-负性TCF1/TCF4之间的关联性贡献最多的基因)的50个向下调节最多的基因(p<0.001)的热图表示。(图18F)以SAH-BCL9B处理的DLD1细胞中的重要Wnt目标基因的qRT-PCR验证。
图19A至图19B.以SAH-BCL9B减抑Wnt目标基因表现。图19A.qRT-PCR分析揭露因应以10μM SAH-BCL9B处理的MM1S细胞而压抑Wnt目标基因。誤差槓为以四重复进行测定法的平均+/-标准差。*p<0.01。图19B.DLD1细胞中的VEGF-A的Affimetrix基因表现剖面分析。
图20A至图20B.SAH-BCL9B选择性地抑制由病态Wnt信号传递所驱动且表现BCL9的经培养的结肠癌症细胞的增生。图20A.SAH-BCL9B，但非载体或SAH-BCL9MUT，显着地减少CRC细胞株的增生。SAH-BCL9B感受性癌症细胞表现BCL9，反之不表现BCL9的LS174T细胞株无显示反应，联结SAH-BCL9B的抑制效果和BCL9表现。作为SAH-BCL9B的作用专一性的进一步的细胞对照，HCT116细胞和其两种衍生物细胞株HCT116DO20和HCT116KO58的增生量非取决于Wnt/β-联蛋白活性(T.A.Chan et al.,Proc Natl Acad Sci USA 99,8265(2002))，显示对SAH-BCL9B无敏感性。图20B.如西方墨点法所评估的CRC细胞株中的BCL9、B9L以及β-联蛋白的表现。
图21A至图21B.SAH-BCL9B增强传统的化疗剂的细胞毒效果。图21A.将Colo320细胞与载体、SAH-BCL9B或SAH-BCL9MUT以及增加浓度的5-氟尿嘧啶(5-FU)共同培养，以及使用3H-胸苷并入评估细胞增生。图21B.将MM1S细胞与载体、SAH-BCL9B或SAH-BCL9MUT与增加浓度的杜萨鲁比辛(doxorubicin，Dox)共同培养，并且使用3H-胸苷并入评估细胞增生。SAH-BCL9B，但非SAH-BCL9MUT或载体，显着地增强传统剂的抗肿瘤活性。
图22.以SAH-BCL9B处理的小鼠的结肠肿瘤组织中的增加细胞凋亡。使用TUNEL测定法，评估带有腹膜内Colo320细胞的NOD/SCID小鼠的肿瘤组织的细胞凋亡诱导(褐色)。SAH-BCL9B,但非载体或SAH-BCL9MUT，特别增加TUNEL阳性。业经显示三种代表性40X倍视野，包含6高倍视野的TUNEL阳性的定量。*p<0.001。
图23A至图23B.INA-6细胞的增生是取决于以SAH-BCL9B处理的小鼠的骨髓瘤肿瘤组织中的Wnt转录活性和增加的细胞凋亡。图23A.对INA-6细胞慢病毒属转导空介体(Mock)或表现TCF4的显性负性形式(EdTP)的载体，并且以3H-胸苷并入测量增生。图23B.使用TUNEL测定法，评估来自带有INA-6细胞的NOD/SCID小鼠骨碎片的肿瘤组织切片的细胞凋亡诱导(褐色)。SAH-BCL9B，但非载体或或SAH-BCL9MUT，特别增加TUNEL阳性。业经显示三种代表性40X倍视野，包含6高倍视野的TUNEL阳性的定量。*p<0.001。
具体实施方式
最近的研究已揭露高Wnt信号传递活性是功能性地归因于对传统的化疗有抗性且咸信为肿瘤复发负责的结肠癌症干细胞(CSC)群体(Vermeulen L,et al.Nat CellBiol.12:468,2010)。因此，阻挡Wnt信号传递路径可为对抗这些细胞的最有力者。另外，典型的Wnt路径已生理隐含病理血管生成(Dejana E.Circulation Research.107:9432010)，强调发现这路径与发现目标药物和治疗发展的相关性(Barker,N.,&Clevers,H.NatRev Drug Discov 5:997,2006)。
β-联蛋白/BCL9/TCF-4复合体的结晶结构揭露β-联蛋白上的BCL9结合处与其它结合配偶体相异，因为BCL9的α-螺旋HD2结构域(残基352至374)结合由β-联蛋白的犰狳重复1的α-螺旋2和3a所形成的表面凹槽(图1A)(Sampietro,J.et al.Mol Cell 24,293-300(2006))。重要地，在BCL9结合接口的重要残基(诸如，H358A或R359A)的丙氨酸突变法阻挡BCL9与β-联蛋白结合的能力，终止转活化。为了利用这天然的结合功能域将β-联蛋白定为目标，应用烃装订以产生以BCL9 HD2结构域为主的结构强化的α-螺旋肽(Schafmeister,C.,Po,J.&Verdine,G.J Am Chem Soc 122,5891-5892(2000)；Walensky,L.D.etal.Science 305,1466-70(2004))。具有烯烃侧链的非天然氨基酸在(i,i+4)位置经取代，接着进行钌催化的烯烃换位反应以产生SAH-BCL9肽A至C(图1B)。圆二色性(circulrdicrhoism,CD)分析确认，相较于相应的未改性的肽(BCL9 HD2)，烃装订构形地增强肽α-螺旋性(图1C)。以肽的荧光衍生物处理，接着清洗，胰蛋白酶处理，以及萃取的细胞含有FITC-SAH-BCL9 A至C，但溶解产物中的非相应的未改性的FITC-肽则无，考证SAH肽的细胞吸收(图1D)。FITC和β-联蛋白免疫沉淀两者辨识SAH-BCL9B为最有效的原位的β-联蛋白交互作用子(图1D)。免疫荧光共焦显微镜术证实β-联蛋白和SAH-BCL9B在核中的主要核定位(图1E)，由细胞分化确认SAH-BCL9B的核富集(图1F)。为了发展生物研究的阴性对照SAH-BCL9B肽，产生SAH-BCL9B(H358D)和SAH-BCL9B(R359E)，且含有重要结合接口残基的单一反极性点突变体(图1A)。相较于SAH-BCL9B，两种突变体皆展示相似的α-螺旋增强(图1G)和细胞吸收(图1H)，但由共免疫沉淀分析证实损伤的β-联蛋白交互作用(图1H)，而以R359E突变法造成最有害的效果。因此，选择SAH-BCL9B和其相应的R359E突变体以进行β-联蛋白/BCL9依赖性细胞株Colo320和MM1S的功能研究(Mani,M.et al.Cancer Res 69,7577-86(2009)；Ilyas,M.,et al.Proc NatlAcad Sci U S A 94,10330-4(1997))，其对两种肽展现剂量相当吸收(图1I)。
进行一系列的共免疫沉淀分析以测定为SAH-BCL9B目标的β-联蛋白是否破坏β-联蛋白和BCL9及其相近同系物B9L(其含有相同的HD2结构域(Sampietro,J.et al.MolCell24,293-300(2006))的内源性交互作用(Brembeck,F.H.et al.Genes Dev 18,2225-30(2004))。惊人地，SAH-BCL9B，但非其R359E衍生物，造成抗BCL9和B9L共免疫沉淀研究中的β-联蛋白-BCL9/B9L复合体的剂量-反应性破坏(图2A)。相应地，FITC-SAH-BCL9B，但非SAH-BCL9B(R359E)，与β-联蛋白剂量反应性地共免疫沉淀(图2A)，联结为SAH-BCL9B的目标的β-联蛋白并脱离β-联蛋白-BCL9/B9L复合体。在考证的毒性与以β-联蛋白为目标且广泛地破坏其蛋白质交互作用的剂相关的情况下，FITC-SAH-BCL9B经确认对β-联蛋白与E-钙黏素的恒定交互作用无效果，与BCL9/β-联蛋白结合处的离散、非重迭的位置一致。由抗FITC拉下(其共沉淀β-联蛋白，但非其它不相关的细胞蛋白质诸如，IκBα和肌动蛋白)进一步考证FITC-SAH-BCL9B的以目标为主的选择性。
为了检验SAH-BCL9B-介导复合体破坏的功能结果，评估SAH-BCL9B和SAH-BCL9B(R359E)在Wnt-专一性TCF报导基因转录测定法中的效果(Mani,M.et al..Cancer Res 69,7577-86(2009)；Sustmann,C.,et al.Mol Cell Biol 28,3526-37(2008))。反之，SAH-BCL9B处理减少报导活性几近50％，载体和SAH-BCL9B(R359E)则显示无效果(图2B)。重要地，SAH-BCL9的效果的专一性是藉由显示SAH-BCL9的抑制效果选择性地以增加量的pcDNA-BCL9转染终止而考证，以及SAH-BCL9B对NFκB报告基因转录测定法无效果(图2B)。于监控dGFP(其在TCF调控序列的转录控制下)的第二Wnt-专一性报导测定法中，SAH-BCL9B，但非载体或SAH-BCL9B(R359E)，剂量反应性地阻挡dGFP表现。采用定量PCR(qPCR)分析以测量载体、SAH-BCL9B以及SAH-BCL9B(R359E)对β-联蛋白/BCL9目标基因(包含VEGF)的表现的效果。SAH-BCL9B，但非载体或SAH-BCL9B(R359E)，显着地减少VEGF、c-Myc以及Axin2的mRNA浓度，但非GAPDH(其为非Wnt路径目标基因)的mRNA浓度(图2C)。
为了检验β-联蛋白/BCL9复合体的药理破坏的表型结果，进行细胞增生、血管生成以及迁移测定法。一致的图案出现，据此SAH-BCL9B，但非载体或SAH-BCL9B(R359E)，减少Colo320、MM1S以及初级CRC以及MM细胞的增生(图3A至3D)。值得注意的是，如以硫胱氨酸蛋白酶-3和PARP活化的生存力测定法和西方分析所评估，SAH-BCL9B治疗无诱导细胞死亡(图3E至图3F)。为了测定SAH-BCL9B对肿瘤细胞诱导的血管生成的效果，以载体和SAH-BCL9B肽处理Colo320和MM1S细胞，接着在培养基中定量VEGF浓度。与qPCR分析一致，仅SAH-BCL9B减少分泌的VEGF浓度(图3G)。于体外血管生成测定法中，人类脐静脉内皮细胞(HUVEC)与来自经处理的Colo320或MM1S细胞的上清液培养，接着以显微镜术记录似微血管形成物的形成。相较于载体和SAH-BCL9B(R359E)处理对照，暴露于来自以SAH-BCL9B处理的细胞的上清液的HUVEC细胞显示减少的微血管形成(图3H)。如使用基质胶(Matrigel)涂覆之侵袭室所评估，如穿过细胞外间质的以SAH-BCL9B处理的细胞量的显着减少所反应，SAH-BCL9B亦减少Colo320细胞的黏着性和侵袭可能性(图3I)。两者合计，这些数据证实SAH-BCL9B具体地破坏一系列的由BCL9/β-联蛋白转录复合体调节的生理过程。
为了探究以BCL9/复合物-联蛋白交互作用为目标的治疗可能性，检验SAH-BCL9B在体内减抑肿瘤生长的量。将表现GFP的Colo320细胞(1x106)注射入经亚致死剂量照射的NOD/SCID小鼠的腹膜。细胞注射后两天，将同龄群小鼠(n＝6)以载体(2.5％DMSO于D5W)、SAH-BCL9B或SAH-BCL9B(R359E)肽(20mg/kg)处理，每隔一天腹膜内地给药，总共6种剂量。在实验的第40天，牺牲小鼠，并且藉由全身摄像和采集的GFP阳性组织的组织学检验评估肿瘤负荷量和转移。相较于以载体和SAH-BCL9B(R359E)处理的动物，以SAH-BCL9B处理的小鼠的整体组织荧光明显地减少(图4A)。这些数据与以SAH-BCL9B处理的小鼠的肝中观察到的转移性肿瘤小结的整体减少一致(图4B至图4C)。有趣地，来自以SAH-BCL9B处理的小鼠的肿瘤组织亦显示减少的肿瘤细胞CD44免疫反应性(图4B)，瘤内血管数目的减少(图4D)，以及较不强烈的微血管CD34免疫反应性(图4E)，暗示肿瘤生长和转移的SAH-BCL9B-介导的减抑可至少一部分衍生自细胞迁移和血管生成的减少。重要地，在尸体剖验时，观察到所有处理组的正常小鼠组织无组织变化。
在第二体内模式中，检验SAH-BCL9B处理对SCID-人鼠的侧腹中所植入的人类移植骨内的INA-6MM细胞生长的冲击(Tassone,P.et al.Blood 106,713-6(2005))。GFP标示的INA-6细胞(5x 106)表现BCL9和β-联蛋白两者，而且被植入后四周藉由体外注射入移植骨的SAH-BCL9B而减抑。两天后，将同龄群的小鼠(n＝5)以局部注射载体(2.5％DMSO于D5W)、SAH-BCL9B或SAH-BCL9B(R359E)肽(5mg/kg)而处理，每隔一天给药，总共10种剂量。为了监控肿瘤负荷量，测量可溶性人类介白素-6受体(shuIL-6R)的血清浓度，其在INA-6肿瘤植入后3至4周首先可侦测。反之，以载体和SAH-BCL9B(R359E)处理的小鼠显示反应肿瘤生长的逐步增加的shuIL-6R浓度，以SAH-BCL9B处理的小鼠在整个评估期维持低至不可侦测的浓度(图4F)。INA-6细胞注射后第33天，牺牲小鼠，并且以荧光成像、组织学分析以及抗CD34染色评估MM肿瘤负荷量。与shuIL-6R的测量浓度一致，以SAH-BCL9B处理的小鼠中的骨碎片内的肿瘤负荷量显着地减少(图4G至图4H)。有趣地，以SAH-BCL9B处理的小鼠中存在的肿瘤细胞留在骨碎片的局限区内，反之以载体和SAH-BCL9B(R359E)处理的小鼠经证实侵袭入周围的软组织(图4H，黑色箭头)。如由抗CD34染色和血管定量所监控，相似于CRC模式，减抑以SAH-BCL9B处理的SCID-人鼠的局部血管生成(图4I)。因此，在Wnt驱动的癌症的两种不同的小鼠模式中，SAH-BCL9以序列专一性的方式有效地减抑肿瘤生长、侵袭以及血管生成。
β-联蛋白转录复合体为高顺位的药理目标，因为其在宽广范围的癌症中的病态角色。因为β-联蛋白参予中各种恒定功能及使用相同结合表面接合其大部分的交互作用配偶体(Barker,N.&Clevers,H.Nat Rev Drug Discov 5,997-1014(2006))，达成抗癌症活性和选择性仍为紧迫挑战。例如，PKF115-584(其为藉由高生产量筛选β-联蛋白/TCF交互作用的抑制剂所辨识的小分子)，阻挡Wnt-专一性转录活性且减少结肠癌症细胞的生长(Lepourcelet,M.et al.Cancer Cell 5,91-102(2004))，但诱导严重的骨髓发育不全、贫血以及处理小鼠的一般性浪费(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))。以β-联蛋白-BCL9接口为目标而作为另外的策略是吸引人的，因为BCL9(1)驱动病态β-联蛋白转录活性，(2)在独特结合处接合β-联蛋白(Sampietro,J.et al.Mol Cell24,293-300(2006))，以及(3)主要地发现在肿瘤组织中，而非源起的细胞(Mani,M.etal.CancerRes 69,7577-86(2009))。重要地，通过小鼠模式中的Bcl9的基因缺失而消除BCL9/β-联蛋白交互作用不具有显明的表型结果(Deka,J.et al.Cancer Res 70,6619-28)。因此，应用烃装订于直接接合β-联蛋白以结构安定BCL9的α-螺旋HD2结构域。通过这样做，测定SAH-BCL9B在原位上以β-联蛋白为目标，并且选择性地破坏β-联蛋白-BCL9/B9L复合体。这些交互作用的药理封锁与β-联蛋白依赖性转录活性且目标基因表现的抑制相符，以及在不会显明对正常组织造成损害下，减抑肿瘤细胞生长、血管生成以及迁移。因此，对疑问和对抗致癌的Wnt信号传递而言，这些原理论证考证选择性地以癌症中的β-联蛋白-BCL9接口为目标是具有前景的策略。
本发明至少部分是基于本文提供的结果以及PCT/US2009/000438(WO 2009/108261；于2009年1月23日申请)证实安定的α螺旋肽具有优异的结构、蛋白分解、酸以及热安定性。亦已测定安定的α螺旋肽对于干扰Wnt/β-联蛋白信号传递是高度有效的，表示肽可用于治疗癌症。再者，安定的α-螺旋肽相较于其未改性的相应物在体内具有优异的药理性质，减少安定的α-螺旋肽相较于天然的肽序列需要给药的频率和量，以及确保暴露是持续的。
从这点开始，术语“安定交联”或其派生词应意指其同名或其它共价或离子性交联诸如，但不限于，二硫化物、酰胺、酯、1,2,3-三唑或其它生物耦合或生物适应性交联。从这点开始，术语“烃-装订”或“烃-交联”或其派生词应意指其同名或其它烃共价或离子性、生物耦合或生物适应性交联。
本文提供的肽中，α螺旋HD2结构域是以至少一种分子链接，例如，烃装订安定，但可包含两个、三个或更多个烃装订。多个烃装订的加入特别适合具有长度为16或更多的氨基酸的α螺旋肽。超过一个(例如，2、3、4、5个，取决于肽的长度)烃装订提供改性的多肽优异的蛋白分解、结构、酸以及热安定性，在体内产生具有惊人地增强的药理性质的生物活性肽(参阅Bird et al,PNAS,2010)。
本文提供的化合物中，HD2结构域是由天然的序列的一种或多种改性而结构约束。HD2结构域的α-螺旋可用分子链接，诸如，烃装订来安定。或者，或此外，氨基酸取代可在区域中或邻近该区域中进行，以包含天然或非天然的氨基酸以促进肽的期望的结构，以促进或维持两个螺旋之间的期望的角度或定向螺旋相对于彼此，或改善药理性质。在具体例中，HD2结构域的至少一种螺旋包含分子链接，诸如，烃装订，以促进或维持结构域的螺旋本质。在另一个具体例中，HD2结构域的螺旋两者包含一个或多个分子链接，诸如，一个或多个烃装订以促进或维持结构域的螺旋本质。
多肽的烃装订
较佳地，α螺旋或HD2结构域以至少一个烃装订的安定。烃装订适合与任何本文及美国公开案第2005/0250680、2010/0234563、2007/0197772、2006/0008848、2006/0014675号；美国专利公开案第7,723,469、7,192,713以及7,084,244号；国际公开案第WO 2009/108261以及WO 2010/148335号；以及Kawamoto,S.A.et al.,J.Med.Chem.55,1137-1146(2012)；Mahon,A.B.and Arora,P.S.,Chem.Commun.48,1416-1418(2012)；以及Chapman,R.N.et al.,J.Am.Chem.Soc.126,12252-3(2004)中描述的改性的多肽使用，该等文件是以参考方式全部并入本文中。烃装订允许多肽，其倾向于具有螺旋二级结构，以维持其天然的螺旋构形及增加其安定性和功效。在一个具体例中，如圆二色性所测定，改性的多肽在水溶液中具有至少10％、20％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％或更多的螺旋性。用于测定圆二色性的测定法为本领域中已知，而且于本文中描述。
烃装订的多肽包含两个氨基酸之间的链接(联结)，其中链接显着地增强多肽的螺旋二级结构。通常，链接延伸横跨一个或两个螺旋转数(亦即，3、4或7个氨基酸)的长度。据此，定位在i和i+3；i和i+4；或i和i+7的氨基酸为化学改性和交联的理想候选者。因此，任何本发明的改性的多肽的氨基酸残基可与以上者构形地经链接(例如，交联)。本文和美国公开案第2005/0250680、2010/0234563、2007/0197772、2006/0008848、2006/0014675号；美国专利公开案第7,723,469、7,192,713以及7,084,244号；国际公开案第WO 2009/108261号以及WO 2010/148335；以及Kawamoto,S.A.et al.,J.Med.Chem.55,1137-1146(2012)；Mahon,A.B.and Arora,P.S.,Chem.Commun.48,1416-1418(2012)；以及Chapman,R.N.et al.,J.Am.Chem.Soc.126,12252-3(2004)描述的适合的链接。应了解链接，诸如，烃装订可在其它间隔定位，以促进螺旋以外的螺旋变异体(例如，每转具有不同斜角、角度或残基及其部分)或结构。
于进一步具体例中，将一个或多个烃装订定位，致使第一个氨基酸(i)及第二氨基酸(i+3)联结，其为第一个氨基酸下游的3个氨基酸。于另一个具体例中，烃装订联结第一个氨基酸(i)和第二氨基酸(i+4)，其为第一个氨基酸下游的4个氨基酸。另一个具体例中，烃装订联结第一个氨基酸(i)和第二氨基酸(i+7)，其为第一个氨基酸下游的7个氨基酸。
本发明的改性的多肽将通常包含以下提供的式(I)、(II)或(III)的结构。
本文所述的任何改性的多肽可在组成物(例如，医药组成物)或试剂盒中存在。在本发明的一些具体例中，组成物或试剂盒包括两种或更多种改性的多肽。
SAH-BCL9肽
本发明的改性的多肽包含如下的HD-2肽的氨基酸351至374：
SEQ ID NO:1:BCL9 HD2结构域： LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF
SEQ ID NO:2:BCL9 HD2结构域M372B： LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF
SEQ ID NO:3:SAH-BCL9A: LSQEQLEHRERSLQTLRXIQRXLF
SEQ ID NO:4:SAH-BCL9B: LSQEQLEHRERSLXTLRXIQRBLF
SEQ ID NO:5:SAH-BCL9C: LSQEQLEHREXSLQXLRDIQRBLF
SEQ ID NO:6:SAH-BCL9B(H358D): LSQEQLEDRERSLXTLRXIQRBLF
SEQ ID NO:7:SAH-BCL9B(R359E): LSQEQLEHEERSLXTLRXIQRBLF
上述相应于全长和截切的HD2结构域的类似物的肽或BCL9肽可由本发明预期。本文使用的术语“HD2结构域类似物”意指认知或辨识为具有重复类似物结构域或BCL9结构域的肽。用于重复类似物多肽的方法为本领域中已知，例如，以成对残基相关性为主的生物信息程序(例如，全球信息网：ch.embnet.org/software/COILS_form.html)上，其具有认知来自蛋白质序列的圈且塑造其结构的能力(参见Lupas,A.,et al.Science 1991.252:1162-1164，其是以参考方式并入本文)。再者，此改性的肽展现抗癌症活性。用于辨识BCL9 HD2和其它BCL9同系物的方法本领域中已知，而且可使用本文的准则规定进行。
HD2结构域和BCL9肽的突变、截切以及伸长
氨基酸取代可具有保留或非保留的本质。保留性氨基酸取代是由以具有相似的电荷、尺寸、及/或疏水性特征的氨基酸取代HD2肽序列的一个或更多个氨基酸所组成。非保留性取代是由以拥有不相似的电荷、尺寸、及/或疏水性特征的氨基酸取代HD2结构域序列的一个或更多种氨基酸所组成。取代可包含保留性或非保留性非天然氨基酸。
氨基酸插入可由单一氨基酸残基或残基的序列所组成。插入可在全长或截切的HD2结构域或BCL9肽的羧基或胺基终端以及在肽内的位置进行。此插入将通常为范围为2至15个氨基酸的长度。预期在有兴趣的肽的羧基或胺基端进行的插入可为更宽的尺寸范围，而且以约2至约50个氨基酸为较佳。可在全长或截切的HD2结构域或BCL9肽导入一种或多种此插入，只要此插入造成的改性的肽仍可展现抗癌症活性。
全长或截切的HD2结构域或BCL9肽的删除亦可在本发明的范畴内。此删除是由移除来自HD2结构域或BCL9肽；或HD2结构域或BCL9肽似的肽序列的一个或多个氨基酸所组成，而且产生的肽序列的下限长度为4、5或6个氨基酸。此删除可涉及肽序列的单一邻接或大于一个的离散部分。可在全长或截切的HD2结构域或BCL9肽中导入一个或多个此删除，只要此删除产生的肽仍可展现抗癌症活性。
此外，熟悉本领域者会认知烃装订肽和其目标蛋白质之间的交互作用形成复合体，其中在肽上可定义交互作用面和非交互作用面。可轻便地沿着非交互作用面制造突变，而交互作用面上的突变为无法容忍的，以便使交互作用面上的残基作为复合体的主要成分，因此在设计的烃装订肽中应保留和维持交互作用面上的残基。因此，在β-联蛋白/BCL9复合体中的BCL9 HD2结构域的交互作用面上的大于10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的残基应未改变或改变成结构或化学相似的氨基酸残质。
HD2结构域和BCL9肽的安定
本发明的改性的多肽是结构约束(例如，经安定、经装订)的螺旋及/或含一个或多个相较于天然(亦即，野生株或天然存在者)序列的氨基酸序列改性以并入天然及/或非天然氨基酸，以限制相较于天然序列的肽的结构弹性(其从生理环境而言流失生物活性形状)。较佳地，多肽包含至少一种分子链接，诸如，烃装订。烃装订在美国公开案第2005/0250680、2010/0234563、2007/0197772、2006/0008848、2006/0014675号；美国专利公开案第7,723,469、7,192,713以及7,084,244号；国际公开案第WO 2009/10826 1以及WO 2010/148335号；以及Kawamoto,S.A.et al.,J.Med.Chem.55,1137-1146(2012)；Mahon,A.B.andArora,P.S.,Chem.Commun.48,1416-1418(2012)；and Chapman,R.N.et al.,J.Am.Chem.Soc.126,12252-3(2004)中描述，其是以参考方式全部并入本文。
肽α-螺旋藉由以在相对大接触表面面积呈现有序且精确排列的专一性氨基酸残基而参予极为重要的蛋白质交互作用(Chittenden,T.,et al.,Embo Journal,1995.14(22):p.5589-5596；Kussie,P.H.,et al.Science,1996.274(5289):p.948-953；Ellenberger,T.E.,et al.,Cell,1992.71(7):p.1223-1237)。α-螺旋结构域和其它蛋白质结构特征频繁地以蛋白质剩余者的台架序列(scaffolding sequence)安定，该台架序列促进螺旋结构(例如，α-螺旋结构)的形成及/或维持。当从环境取出时，α-螺旋肽结构域可展开，导致生物活性的流失。发展α-螺旋肽的重要挑战包含促进及/或维持其天然α-螺旋结构，以及制备可抗拒蛋白分解、酸以及热降解的肽，藉以维持体内完整。
烃装订意指经由协助构形地赐给多肽的天然的二级结构的至少两个经取代的氨基酸(或来自两个天然氨基酸的非原始的链接，例如，碳-碳)安定地交联多肽的制程。烃装订在热动力地有利于α-螺旋结构的肽中促进且维持α-螺旋二级结构。这二级结构增加多肽对蛋白分解裂解和热的抗性，而且亦可增加疏水性。据此，相对于相应的非烃装订(非结构约束)的多肽，本文描述的烃装订(结构约束的(例如，经交联)的多肽已改善生物活性。本文所述交联多肽可治疗地使用，例如，治疗癌症。
烃装订的多肽包含两个氨基酸之间的链接(联结)，其链接显着地增强多肽的螺旋二级结构。通常，链接延伸横跨一个或两个螺旋转数的长度(亦即，约3至3.6或约7个氨基酸)。据此，在i和i+3；i和i+4；或i和i+7定位的氨基酸为化学改性和交联的理想候选者。因此，例如，于肽具有序列...X1、X2、X3、X4、X5、X6、X7、X8、X9...处，X1和X4之间、或X1和X5之间、或X1和X8之间的交联有用于作为X2和X5之间、或X2和X6之间、或X2和X9之间等的交联。亦达成多重交联(例如，2、3、4或更多个)的使用，组合个别装订加成物的益处(例如，改善螺旋性和活性；改善螺旋性以及热安定性；改善螺旋性和酸安定性；改善螺旋性和药理性质)。亦达成“缝线”交联的使用，据此从共同来源制造的双链接(例如，X1、X5以及X9，其中X5为两个装订的固定点)。因此，本发明涵盖在多肽序列内并入一个或多个交联以进一步安定序列或促进更长多肽序列的结构安定、蛋白分解抗性、热安定性、酸安定性、药理性质以及生物活性增强。
于本发明的一些具体例中，链接(例如，烃装订)是用以安定螺旋以外的其它结构。于此例子中，链接的端可以i、i+3、i+4以及i+7以外的间隔安置。
于一个具体例中，本发明的改性的多肽具有式(I)，
其中；
各R1和R2独立地为H或C1至C10烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂芳基烷基或杂环基烷基；
R3为烷基、烯基、炔基；[R4--K--R4]n；其中各者经0至6个R5取代；
R4为烷基、烯基或炔基；
R5为卤素、烷基、OR6、N(R6)2、SR6、SOR6、SO2R6、CO2R6、R6、荧光部分(moiety)或同位素；
K为O、S、SO、SO2、CO、CO2、CONR6，或
R6为H、烷基或治疗剂；
n为1至4的整数；
x为2至10的整数；
各y独立地为0至100的整数；
z为1至10的整数(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)；以及
各Xaa独立地为氨基酸。
改性的多肽可包含形成α-螺旋的氨基酸序列，而且与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列有30％或更多的同一性；其中X为任何氨基酸，而且进一步辨识藉由烃装订而联结的氨基酸残基，以及B为正亮氨酸。
链接可包含烷基、烯基、或炔基部分(例如，C5、C8或C11烷基或C5、C8或C11烯基，或C5、C8或C11炔基)。链接的氨基酸可为α二取代(例如，C1-C3或甲基)。
一些情况中，x为2、3或6。
一些情况中，各y独立地为3和15之间的整数。
一些情况中，各y独立地为1和15之间的整数。
一些情况中，R1和R2各独立地为H或C1-C6烷基。
一些情况中，R1和R2各独立地为C1-C3烷基。
一些情况中，R1和R2的至少一者为甲基。例如，R1和R2皆为甲基。
一些情况中，R3为烷基(例如，C8烷基)，而且x为3。
一些情况中，R3为C11烷基，而且x为6。
一些情况中，R3为烯基(例如，C8烯基)，而且x为3。
一些情况中，x为6，而且R3为C11烯基。
一些情况中，R3为直链烷基、烯基或炔基。
一些情况中，R3is--CH2--CH2--CH2--CH＝CH--CH2--CH2--CH2--。
某些具体例中，两个α,α二取代立体中心在R构形或S构形(例如，i、i+4交联)两者中，或一个立体中心为R，而另一个为S(例如，i、i+7交联)。因此，其中式I描述为
例如当X为3时，C’和C”二取代立体中心可均为R构形，或其可均为S构形。当x为6时，C’二取代立体中心为R构形，而且C”二取代立体中心为S构形。R3双键可为E或Z立体化学构形。
一些情况中，R3为[R4--K--R4]n；以及R4为直链烷基、烯基、或炔基。
于一些具体例中，改性的多肽包括重复或似重复的结构域例如(BCL9 HD2结构域)的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50个或更多个氨基酸。各[Xaa]y为可独立地包括重复或似重复的结构域(例如，HD2结构域)的至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25个或更多个氨基酸的肽。[Xaa]x为可包括重复或似重复的结构域的3或6个氨基酸的肽。
改性的多肽可包括重复或似重复的结构域(例如，HD2结构域)的3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50个或更多个氨基酸，例如，具有SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的多肽，其中以两个、三个或六个氨基酸分离的两个氨基酸是以经由R3联结的氨基酸取代基置换。因此，至少两个氨基酸可以经链接的氨基酸或经链接的氨基酸取代基置换。因此，其中式(I)描述为
[Xaa]y’和[Xaa]y”可各包括来自相同或不同的七重复或似七重复的结构域的多肽序列。
本发明的特征为交联多肽，其包括重复或似重复的结构域(例如，HD2结构域)的10个(11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50个或更多个)氨基酸，例如具有SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的多肽，其中以两个、三个或六个氨基酸分离的两个氨基酸的α碳是经由R3联结，两个α碳中之一者是经R1取代，而另一者是经R2取代，以及各者是经由肽键联结另外的氨基酸。
于另一个具体例中，本发明的改性的多肽具有式(II)，
其中
各R1和R2独立地为H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基；杂芳基烷基；或杂环基烷基；
各n独立地为1至15的整数；
X为2、3或6；
各y独立地为0至100的整数；
z为1至10的整数(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)；
各Xaa独立地为氨基酸。
于仍另一个具体例中，本发明的改性的多肽具有式(III)，
其中；
各R1和R2独立地为H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂芳基烷基、或杂环基烷基；
R3为烷基、烯基、炔基；[R4--K--R4]n或天然存在的氨基酸侧链；各者经0至6个R5取代；
R4为烷基、烯基或炔基；
R5为卤素、烷基、OR6、N(R6)2、SR6、SOR6、SO2R6、CO2R6、R6、荧光部分或同位素；
K为O、S、SO、SO2、CO、CO2、CONR6，或
R6为H、烷基、或治疗剂；
R7为烷基、烯基、炔基；[R4--K--R4]n或天然存在的氨基酸侧链；各者经0至6个R5取代；
n为1至4的整数；
x为2至10的整数；
各y独立地为0至100的整数；
z为1至10的整数(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)；以及
各Xaa独立地为氨基酸。
至少在PCT/US2008/058575(WO 2008/121767)中揭露本发明亦预期的缝线的肽，其内容是以参考方式并入本文。
改性的多肽可包含形成α-螺旋的氨基酸序列，而且与胺基酸序列有20％或更高的同一性，或含有来自氨基酸序列的至少7个氨基酸，或来自由具有SEQ ID NO:1至7的序列的肽所形成的螺旋的面的至少两个氨基酸；其中X为任何氨基酸，并且进一步辨识以烃装订联结的氨基酸残基，以及B为正亮氨酸。某些具体例中，改性的多肽可包含形成α-螺旋的氨基酸序列，而且与具有SEQ ID NO:1至7的序列的肽有30％或更高的同一性。于某些具体例中，α-螺旋中的氨基酸序列与具有SEQ ID NO:1至7的序列的肽有40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％或更大的同一性。
虽然已描述烃链接，亦想象其它链接。例如，链接可包含一种或多种醚、硫醚、酯、胺或酰胺部分。一些例子中，天然存在的氨基酸侧链可并入链接。例如，链接可与官能基，诸如，丝氨酸中的羟基、半胱氨酸中的硫醇、离氨酸中的初级胺、天冬氨酸盐或谷氨酸盐中的酸、或天冬酰胺或谷氨酰胺中的酰胺耦合。据此，可创造使用天然存在的氨基酸的链接，而非使用藉由耦合两个非天然存在的氨基酸而制造的链接。亦可一起使用单一非天然存在的氨基酸与天然存在的氨基酸。
进一步想象链接的长度可改变。例如，在期望对二级结构提供相对高约束，可使用较短长度的链接，而一些情况中，期望对二级结构提供较少约束，因此可期望更长的链接。进一步了解当氨基酸序列无形成螺旋的趋势时，将链接插入某处或在氨基酸序列中将不会造成螺旋形成。
此外，虽然已描述为了提供主要在α螺旋的单面上的链接而跨距氨基酸i至i+3、i至i+4；以及i至i+7的链接的实例，可合成链接以跨具任何组合的氨基酸数以促进及/或维持α螺旋以外的结构。
如本领域技术人员可了解，本文所述合成化合物的方法将对彼等本领域中具有通常知识者而言是明显的。此外，多个合成步骤可以交替序列或以给出期望的化合物的顺序进行。有用于合成本文所述化合物的合成化学转化和保护基方法(保护和去保护)为本领域中已知，而且包含，例如，诸如，彼等R.Larock,Comprehensive Organic Transformations,VCH Publishers(1989)；T.W.Greene and P.G.M.Wuts,Protective ProtectiveGroups inOrganic Synthesis,2d.Ed.,John Wiley and Sons(1991)；L.Fieser and M.Fieser,Fieser and Fieser Reagents for Organic Synthesis,John Wiley and Sons(1994)；and L.Paquette,ed.,Encylopedia of Reagents for Organic Synthesis,John Wileyand Sons(1995)及其后续版本中描述者。肽的合成的特定方法非本发明的限定条件。
肽的合成
这发明的肽可藉由本领域技术人员周知且描述于本文的化学合成方法制造。参见，例如,Fields et al.,Chapter 3in Synthetic Peptides:A User’s Guide,ed.Grant,W.H.Freeman&Co.,New York,N.Y.,1992,p.77；and Bird,G.H.,et al.,Methods Enzymol446,369-86(2008)。因此，肽可使用固相合成的自动化Merrifield技术和以在，例如，Applied Biosystems Peptide Synthesizer Model 430A或431或the AAPPTEC多信道合成器APEX 396上使用侧链保护的氨基酸的t-Boc或Fmoc化学保护的α-NH2合成。
本文所述的一种制造肽的方式是使用固相肽合成(solid phase peptidesynthesis,SPPS)。C终端氨基酸经由具有连结物分子的酸不稳定键结而附着于交联的聚苯乙烯树脂。这树脂不可溶于合成的溶剂中，使洗掉过量试剂和副产物相对简单和快速。N-端可以在酸中安定，但可由碱移除的Fmoc基团保护。任何侧链官能基是以碱安定但酸不稳定的基团保护。
更长的肽亦可藉由使用天然的化学接合连接个别合成肽而制造。或者，更长的合成肽可藉由周知的重组DNA技术而合成。具有实验计划的周知标准手册中有提供此技术。为了建构编码本发明的肽的编码序列，将氨基酸序列回译以获得编码氨基酸序列的核酸序列，较佳为其中有待表现的基因的生物的密码子。接着，若需要，典型地藉由合成编码肽和任何调制因子的寡核苷酸而制造编码序列。将编码序列插入适合的克隆介体，并且将其转染入宿主细胞。另外，操纵宿主细胞，致使其能并入烃装订用的非天然氨基酸。接着，在适合经选择的表现系统和宿主的条件下表现肽。参见Liu et al.Proc.Nat.Acad.Sci(USA),94:10092-10097(1997)。以标准方法将肽纯化和特征化。
肽可以高生产量及组合的方式，例如，使用高生产量多信道组合合成器，诸如，可获得自Advanced Chemtech/APPTTEC,Thuramed或CEM者制造。
定义
应了解本文的“剂”包含治疗活性化合物或潜在的治疗活性化合物。剂可为先前已知或未知的化合物。如本文所使用，剂典型地是非细胞为主的化合物，然而，剂可包含生物治疗剂，例如，肽或用于核酸治疗、细胞介素等。
如本文所使用，“改善”或“治疗”应了解为表示衰减或减少特定疾病或状态的至少一种症状、病征、适应症或效果。改善治疗可需要单独给药超过一种剂量的剂，或将其与其它治疗剂和干预结合给药。改善或治疗不需要将疾病或状态治愈。
术语“氨基酸”意指含有两个胺基和一个羧基的分子。适合的氨基酸包含，但不限于，有机合成或其它代谢路径制备且可应用于专门用途诸如，增加化学多样性、功能性、结合能力、结构拟态以及安定性的肽(例如，A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y、V(已知为一个字母的缩写))以及天然存在和非天然存在的氨基酸(包含β-氨基酸和α,α-二取代的氨基酸)中发现的20种常见天然存在的氨基酸的D-和L-异构物。
术语“氨基酸侧链”或“氨基酸R基团”意指部分附接于氨基酸的α-碳。例如，丙氨酸的氨基酸侧链或R基团为甲基，苯基丙氨酸的氨基酸侧链为苯基甲基，半胱氨酸的氨基酸侧链为硫甲基，天冬氨酸盐的氨基酸侧链为羧基甲基，酪氨酸的氨基酸侧链为4-羟基苯基甲基等，其它非天然存在的氨基酸侧链亦包含，例如，彼等自然存在者(例如，氨基酸代谢物)或彼等制造合成者(例如，α,α二取代的氨基酸、β-氨基酸)。
如本文所使用，“改变相较于对照”样本或受试者应了解为具有分析物或诊断或治疗指标的浓度在统计学上不同于来自正常，未经处理的样本或对照样本所侦测的浓度。对照样本，包含，例如，培养物中的细胞、一种或更多种实验室试验动物、或一位或多位人类受试者。选择和测试对照样本的方法是在彼等本领域者的能力的范围内。分析物可为细胞或生物特征表现或制造的天然存在的物质，或由报导建构体(例如，β-半乳糖苷酶或荧光素酶)制造的物质。取决于用于侦测的方法，可改变改变的量和测量。统计学上显着的测定是在彼等本领域中技术人员的能力内。
如本文所使用，“共给药”应了解为对受试者给药一种或多种剂，致使该剂于相同时间存在受试者并于其中有活性。共给药不需要制备剂的混合物或将剂同时给药。
“保留性氨基酸取代”为其中氨基酸残基经具有相似的侧链的氨基酸残基置换者。例如，本领域中已定义具有相似的侧链的氨基酸残基家族。这些家族包含碱性侧链的氨基酸(例如，离氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如、天冬氨酸、谷氨酰胺)、不带电荷的极性侧链(例如，甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、羟丁氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)、非极性侧链(例如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯基丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)、β-分支侧链(例如，羟丁氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)以及芳香族侧链(例如，酪氨酸、苯基丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。其它保留性氨基酸取代亦可发生在整个氨基酸侧链家族，诸如，当以天冬酰胺取代天冬氨酸以改性肽的电荷时。因此，HD2结构域肽中的预测的氨基酸残基，例如，较佳地是以来自相同侧链家族的另一个氨基酸残基或整个家族的同系物置换(例如，以天冬酰胺置换天冬氨酸、以谷氨酰胺置换谷氨酰胺)。保留性改变可进一步包含取代化学同源性的非天然氨基酸(亦即，以合成的非天然疏水性氨基酸取代亮氨酸、以合成的非天然的芳香族氨基酸取代色氨酸)。
应了解本文的“接触细胞”为将剂提供给测试的细胞例如，欲于培养物中或动物中处理的细胞，致使剂或单离的细胞可与测试的细胞或待处理的细胞交互作用，可能被测试的细胞或待处理的细胞吸收，以及对测试的细胞或待处理的细胞具有效果。剂或单离的细胞可直接输送至细胞(例如，藉由添加剂至培养物培养基或藉由注射入有兴趣的细胞或组织)或藉由经由肠或非经口路径给药输送而以循环、淋巴或其它手段输送至细胞而输送至生物。
如本文所使用，“侦测(detecting)”、“侦测(detection)”及类似者应了解为进行以辨识样本中的特定分析物、来自样本中的报导建构体或样本中的剂的活性的测定法。
如本文所使用的“诊断”意指受试者的状态的临床或其它评估，其是以观察、测试、或辨识具有疾病、病症或基于疾病、病症或状态的至少一种症状或病征的存在为主的状态的受试者的情况。典型地，使用本发明之方法的诊断包含观察受试者的疾病、病症或状态的其它症状或病征。
术语“有效量”或“有效剂量”意指制造意欲的药理、治疗预防性结果的剂的量。药理有效量导致本文所提供的疾病的一种或多种症状或病征的改善，或防止病症的扩散的量。例如，治疗上有效量较佳地意指，相较于未经处理的对照受试者，减少癌症扩散率为至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或更多的治疗剂的量。可需要超过一个剂量的剂以提供有效剂量。
如本文所使用，术语“有效的(effective)”和“有效性”包含药理有效性和生理安全两者。药理有效性意指造成病患中的期望的生物效果的治疗能力。生理安全意指由治疗的给药造成的毒性浓度，或细胞、器官及/或生物浓度层面上的其它不利的生理效果(通常称为副作用)。另一方面，术语“无效的(ineffective)”表示，甚至在缺少有害的效果下，至少在未分层群体中治疗不提供治疗上有用的足够药理效果。(此治疗可在可以表现剖面或剖面辨识的子群中无效。)“较不有效的”表示治疗导致治疗显着较低浓度的药理有效性及/或治疗地更大浓度的不利的生理效果。
因此，关于药物给药，对抗疾病或状态“有效的”药物表示以临床适当方式给药对至少统计学上显着的部分病患造成有益效果，诸如，病征的改善、治愈、疾病症状或病征的减少、生命的延长、生命质量的改善或通常被熟悉治疗特定种类的疾病或状态的医生认知为阳性的其它效果。
如本文中所使用，应了解螺旋(例如，α-螺旋或310螺旋)的“面”为蛋白质的螺旋中“堆栈”的氨基酸，以便当螺旋垂直地定位时，将单面的氨基酸描述为一个在另一个的顶部上。例如，α-螺旋每转具有约3.6个氨基酸。因此，当具有序列abcdefga’b’c’d’e’f’g’的肽形成α螺旋时，第四个和第五个氨基酸(i+3和i+4)，亦即，氨基酸d和e，将“堆栈”在第一个氨基酸(位置1+约3.6个氨基酸)上，以及第八氨基酸，即氨基酸a’(i+7)，将堆栈在氨基酸上以形成螺旋的面并且以氨基酸a’开始新的转。于α-螺旋中，氨基酸b，即第二氨基酸，将与第五个和第六个氨基酸，亦即，在+3和+4位置上的氨基酸e和f，以及在+7位置上的氨基酸b’“堆栈”，以形成螺旋的面。基于上述揭露内容，可容易决定以氨基酸c、d、e、f以及g开始的螺旋的面。另外，螺旋的面可包含两个相邻、三个相邻或四个相邻的栏的“堆栈”的残基。
螺旋的“面”的实例包含螺旋的“交互作用面”。“交互作用面”氨基酸残基为与螺旋束中的一个或多个螺旋接触的残基，导致废除或实质上废除多肽功能活性。实质上废除是了解为，在适当测定法中，减少BCL9肽的功能活性至少于野生型肽的约50％、少于约40％、少于约30％。BCL9肽的交互作用面氨基酸残基可容易地以本领域中周知且于本文中描述的方法测定。于一个具体例中，必要氨基酸残基是在BCL9 HD2结构域的“a”或“d”位置，同时非必要氨基酸可发生在“b”、“c”、“e”、“f”或“g”位置。如本文所使用，术语“交互作用面”氨基酸残基包含不会破坏序列功能的交互作用面氨基酸的保守性取代。通常，在α螺旋的交互作用面发现“交互作用面”氨基酸残基。
彼等拥有本领域中具有通常知识者可藉由以序列为主的同源性、结构同源性及/或功能同源性，而容易辨识BLC9、似BCL9以及HD2结构域和HD2结构域类似物。此方法为本领域中周知，而且包含以成对残基相关性为主的生物信息程序(例如，ch.embnet.org/software/COILS_form.html)，其具有辨识来自蛋白质序列的圈和模式其结构的能力(参见Lupas,A.,et al.Science 1991.252(5009)；p.1162-1164)。
于一个具体例中，本发明的改性的多肽是与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有20％或更多的相似度。于另一个具体例中，本发明的改性的多肽为与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有30％或更多的相似度。于另一个具体例中，本发明的改性的多肽与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有40％或更多的相似度。于另一个具体例中，本发明的改性的多肽与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有50％或更多的相似度。于另一个具体例中，本发明的改性的多肽与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有60％或更多的相似度。于另一个具体例中，本发明的改性的多肽与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有70％或更多的相似度。于另一个具体例中，于本发明的改性的多肽与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有80％或更多的相似度。于另一个具体例中，本发明的改性的多肽与SEQ ID NO:1至7的氨基酸序列的交互作用面有90％或更多的相似度。BCL9肽的交互作用面可为β-联蛋白交互作用面。α螺旋的“交互作用面”包含彼等与其它蛋白质上及/或者其它螺旋中的其它氨基酸残基交互作用的氨基酸残基。用于辨识重复和交互作用面残基的方法为本领域中周知，而且于本文中描述。
如本文所使用，术语“烃装订”意指用于安定地交联具有至少两个氨基酸的多肽以协助构形地赐给该多肽天然的二级结构的制程。烃装订促进或维持倾向于具有螺旋二级结构的肽中的螺旋二级结构，例如，α-螺旋二级结构，以达成或维持其天然的α-螺旋构形。这二级结构增加多肽对蛋白分解裂解和热的抗性，而且亦可增加疏水性。
烃装订多肽在两个非天然氨基酸或非原始的链接(联结)之间包含一个或多个链接(或来自两个天然氨基酸的非原始的联结，例如，碳-碳)，其链接显着地增强多肽的螺旋二级结构。通常，为了促进螺旋结构，链接延伸横跨一个或两个螺旋转数的长度(亦即，约3、4或7个氨基酸)。据此，定位在i和i+3；i和i+4；或i和i+7的氨基酸为化学改性和交联的理想的候选者。因此，例如，肽具有序列...X1、X2、X3、X4、X5、X6、X7、X8、X9...及各位置的氨基酸X是独立地选择处，X1和X4之间，或X1和X5之间，或X1和X8之间交联是有用于作为X2和X5之间或X2和X6之间，或X2和X9之间等的交联。亦预期多种交联(例如，2、3、4或更多)的用途。多种交联的使用对于安定和优化肽是有效的，尤其是增加肽长度。亦已达成“缝线”的交联的使用，据此从共同来源制造(例如，X1、X5以及X9，其中X5为两个装订的固定点)双链接。因此，本发明涵盖在多肽序列内并入一个或多个交联。多个交联的使用对于安定和优化肽是有效的，尤其是增加肽长度。因此，本发明涵盖在多肽序列中并入一个或更多个交联，包含其中两个装订来自共同起源的缝线的交联。
如本文所使用，术语“装订扫描”意指合成装订肽的库，据此i和i+3；i和i+4；以及i和i+7单一和多个装订或缝线的位置是依序地沿着肽序列的长度定位，采样所有可能位置，以辨识装订或缝线的建构体的期望或最佳性质和活性。
如本文所使用，术语“同一性”或“百分比同一性”意指两个聚合物分子，例如，两个多核苷酸或两个多肽，之间的次单元序列近似性。当两个分子中的次单元位置是由相同单体次单元占用时，例如，若各两个肽的位置是由丝氨酸占用，接着其在该位置相同。两个序列之间的同一性为匹配或相同位置的数目的直接函数，例如，若两个肽或化合物序列的一半(例如，长度为10个次单元的聚合物中的5个位置)位置是相同的，则两个序列为50％相同；若90％的位置，例如，10个中有9个匹配，则两个序列共有90％序列同一性。两个序列之间的同一性为匹配或相同位置的数目的直接函数。因此，为了计算序列同一性的目的，若特定肽中删除一部分的参考序列，则不会计数该删除段。同一性是通常使用序列分析软件例如，BLASTN或BLASTP(可获得自(www.ncbi.nih.gov/BLAST))测量。以BLASTN(用于核苷酸序列)比较两个序列的内定参数(例如，将两个序列以彼此相对的方式“Blast”，匹配的奖励值＝1，不匹配的惩罚值＝-2，开放间隙＝5，伸长间隙＝2。当将BLASTP用于蛋白质序列时，内定参数为匹配的奖励值＝0，不匹配的惩罚值＝0，开放间隙＝11，以及伸长间隙＝1。此外，测定同一性的计算机程序为本领域中已知。
如本文所使用，当参考多肽使用“单离”或“纯化”时，表示已从其正常生理环境(例如，自血浆或组织单离的蛋白质)移除的天然多肽或蛋白质，或在非天然环境中合成(例如，体外转译系统中人工合成或使用化学合成)。因此，“单离”或“纯化”的多肽可在不含细胞的溶液中，或置于不同的细胞环境中(例如，以异源性细胞种类表现者)。术语“纯化”非暗示多肽仅以多肽存在，而是基本上不含与其自然相关的(约90至95％，高达99至100％纯)细胞或生物材料，因此其与天然存在的多肽区别。相似地，经单离的核酸移除自其正常生理环境。当参考细胞使用“单离”时，表示细胞是以细胞培养物或器官培养物的形式，而在初级细胞或细胞株的培养物中(亦即，非动物中)。细胞可自正常动物、转基因的动物、具有天然产生的基因改变的动物、及/或具有基因及/或诱导疾病或状态的动物单离。
如本文所使用，“试剂盒”应了解为含有至少一种用于本发明之方法中的非标准实验室试剂。例如，试剂盒可包含至少一个，较佳为至少两个的至少一种肽，以及用途之指示，其皆以适当包装。试剂盒可进一步包含需要实施本发明之方法的任何其它成分，如干粉剂、浓缩溶液、或即用型溶液。于一些具体例中，试剂盒包括一个或多个容器，其含有用于本发明之方法的试剂；此容器可为盒子、安瓿、瓶子、小玻璃瓶、管、袋、囊、薄膜包装或本领域中已知的其它适合的容器形式。此容器可由塑料、玻璃、层合纸、金属箔或适合容纳试剂的其它材料制造。
“非必要”氨基酸残基为可从多肽的野生型序列改变，但不会废除或实质上改变其活性/二级结构(α-螺旋结构)的残基。
“获得”在本文中应了解为制造、购买或变成拥有。
如本文所使用，“可操作地联结”应了解为连结，较佳为经由共价联结，例如，以两种或更多种成分可操作地联结以保留其原始活性或在结合时获得活性的方式，将一个肽的胺基端与另一个肽的羧基端连结，致使可操作地联结部分的活性可使用至少一种实施例中提供的方法测定且具有可侦测的活性。
词组“医药上可接受的载体”是本领域中认知的，而且包含适合对哺乳动物给药本发明化合物的医药上可接受的材料、组成物或载体。载体包含液体或固体填料、稀释剂、赋形剂、溶剂或封装材料，其涉及将主题剂自一个器官或身体的一部分带到或传输至另一个器官或或身体的一部分。就与调配物的其它成分相符且对病患无害而言，各载体必需为“可接受的”。例如，对细胞给药的医药上可接受的载体典型为可接受用于以注射输送的载体，而且不会包含可损害待传递的细胞的剂(诸如，清洁剂或其它化合物)。一些可作为医药上可接受的载体的材料实例包含：糖类，诸如，乳糖、葡萄糖以及蔗糖；淀粉，诸如，玉米淀粉和马铃薯淀粉；纤维素以及其衍生物，诸如，羧甲基纤维素钠、乙基纤维素以及纤维素乙酸酯；粉末黄蓍胶；麦芽；明胶；滑石；赋形剂，诸如，可可脂以及栓剂蜡；油类、诸如，花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油以及大豆油；乙二醇、诸如，丙二醇；多元醇，诸如，甘油、山梨醇、甘露糖以及聚乙二醇；酯，诸如，油酸乙酯以及月桂酸乙酯；洋菜；缓冲剂，诸如，氢氧化镁以及氢氧化铝；海藻酸；不含热源水；等张盐水；林格氏液(Ringer’s solution)；乙醇；磷酸盐缓冲液；以及其它医药调配物中采用的无毒的相符的物质。
组成物中亦可存在润湿剂、乳化剂以及润滑剂，诸如，月桂硫酸钠以及硬脂酸镁，以及着色剂、脱模剂、涂覆剂、甜味、调味以及香味剂、防腐剂以及抗氧化剂。
医药上可接受的抗氧化剂的实例包含：水可溶性抗氧化剂，诸如，抗坏血酸、半胱氨酸盐酸盐、硫酸氢钠、偏二亚硫酸钠、亚硫酸钠及类似者；油可溶性抗氧化剂，诸如，抗坏血酸棕榈酸酯、丁羟甲醚(BHA)、丁羟甲苯(BHT)、卵磷脂、五倍子酸丙酯、α-生育酚、及类似者；以及金属螯合剂，诸如，柠檬酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、山梨醇、酒石酸、磷酸、及类似者。
本发明的调配物包含彼等适合用于口服、鼻腔、局部、经皮、颊侧、舌下、肌内、腹膜内、直肠、阴道及/或非经口给药者。调配物可便利地以单位剂量形式呈现，而且可以任何制药学领域中周知的方法制备。可与载体材料组合以制造单一剂量形式的活性成分的量，通常为制造治疗效果的化合物的量。
如本文所使用，“复数个”应了解为表示超过一个。例如，复数个意指至少两个、三个、四个、五个、或更多个。
如本文所使用，“多肽”或“肽”应了解为两个或更多个独立地选择经由共价键(例如，肽键)连结的天然或非天然的氨基酸。肽可包含经由肽键连结的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、或更多个天然或非天然的氨基酸。本文所述的多肽包含全长蛋白质(例如，完全处理的蛋白质)以及较短的氨基酸序列(例如，天然存在的蛋白质的片段或合成多肽片段)。
如本文所使用，“样本”意指单离自其环境(例如，来自动物的血液或组织、细胞、或来自组织培养物的调理的培养基)的生物材料，而且疑似含有或已知含有分析物，诸如，病毒、抗体、或来自报导建构体的产物。样本亦可为组织或体液的部分纯化的部分。参考样本可为“正常”的样本，其来自不具有疾病或状态液体的供体，或来自具有疾病或状态的受试者的正常组织(例如，非感染组织相对于感染组织。参考样本亦可来自未经处理的供体或或未经活性剂处理的细胞培养物(例如，无治疗或仅给药载体)。参考样本亦可在以待测试的剂接触细胞或受试者之前的零时间点”采样。
本文中的两个或更多个多肽序列的“相似度”或“百分比相似度”意指，当相同的两个或更多个序列或子序列，或具有指定百分比的氨基酸残基的两个或更多个序列或子序列，或其保守性取代进行比较和排列以获得最大配对时为相同者，其是使用以下序列比较运算法的其中一者测量或目视检查。
如本文中参考多肽所使用，术语“安定(stable)”或“安定(stabilized)”意指已经烃装订以促进及/或维持螺旋结构及/或改善蛋白分解酶抗性及/或改善酸定性及/或改善热安定性及/或改善药理性质的多肽。安定的多肽为一种结构约束的多肽。
如本文所使用，“结构约束的肽”及类似者应了解为包含具有任何(亦即，至少一个)化学改性改性的肽，例如，具有天然或非天然的氨基酸的原始或天然的序列的突变；化学改性以并入分子链接；化学改性以促进二硫化物桥键的形成；等，致使结构约束的肽采取较未改性的肽更多限定数目的结构。相较于天然的野生型序列，结构约束的肽可包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多个突变。例如，分子链接可包含烃装订以促进安定的螺旋结构的形成，尤其是α-螺旋和310结构，或取决于链接端的位置和链接的长度的弯折。天然或非天然的氨基酸可用以促进弯折(例如，由两个联接结构之间的可变异角度所定义的结构中的弯曲)或其它较佳的构形。例如，由于氨基酸R基团的结构和缺乏氢键供体，天然氨基酸脯氨酸可诱导肽中的弯折。非天然氨基酸，特别是彼等具有大及/或带电荷的R基团，或N-甲基化酰胺、N-取代甘氨酸、环状α,α-二取代、环状N,N-二取代以及β-氨基酸者可促进特定期望的构形。应了解溶液中的“结构约束”的肽群体可能不会在所有时间皆具有期望的构形。反而是，溶液中的结构约束的肽群体中，相较于化学改性之前的溶液中的天然或原始肽序列，期望的构形是以至少约30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、或更多的时间存在。溶液中的肽群体的结构可藉由彼等本领域中的技术人员已知的各种方法测定，该方法包含，但不限于，圆二色性和NMR光谱法。当以结晶的形式组装时，可应用X射线结晶学以测定约束肽的结构。
如本文所使用，“小分子”应了解为化合物，典型为有机化合物，其具有分子重量为不超过约1500Da、1000Da、750Da或500Da。于一个具体例中，小分子不包含仅包含天然氨基酸及/或核苷酸的多肽或或核酸。
相较于非特定化合物或一堆非特定化合物，当目标分子必将为至少100倍，较佳为至少500倍，较佳为至少1000倍，较佳为至少5000倍，较佳为至少10,000倍偏好时，剂、多肽、核酸或其它化合物“具体地结合”目标分子，例如，抗原、多肽、核酸、或其它化合物。关于结合一种或两种或更多种具有物理相关结构的相关化合物时，可使用“具体地结合”。可测定绝对或相对的结合偏好和亲和力，例如，藉由分别测定各对的亲和力或使用彼等本领域中的技术人员周知的竞争型测定法或其它方法。
如本文所使用，“受试者”意指活的有机体。某些具体例中，活的有机体为动物。某些较佳具体例中，受试者为哺乳动物。某些具体例中，受试者为家养哺乳动物。受试者的实例包含人类、猴、狗、猫、小鼠、大鼠、牛、马、山羊以及绵羊。人类受试者亦可称为病患。
“患有或疑似患有”特定疾病、状态或症状的受试者具有足够数目的风险因子，或呈现足够数目的疾病、状态或症状的迹象或病征或组合，致使强健的个体会诊断或怀疑受试者患有疾病、状态或症状。
如本文所使用，“治疗上有效量”意指对细胞或受试者给药单一或多种剂量时，对延长患有此病症的病患的存活性、减少病症的一种或更多种症状或病征、预防或延缓感染、预防或延缓疾病或病症及类似者的病程以及超出缺少此治疗所预期者的有效剂量。
可单独或与一种或多种治疗剂组合的方式，例如，与传统的赋形剂(例如，医药上可接受的载体、或治疗处理)混合的医药组成物而对受试者给药剂。
医药剂可以单位剂量形式便利地给药，而且可藉由医药领域中周知的任何方法制备，例如，如Remington’s Pharmaceutical Sciences(Mack Pub.Co.,Easton,PA,1985)中所述者。非经口给药用调配物可含有，诸如，无菌水或盐水、聚烯烃乙二醇(诸如，聚乙二醇)、蔬菜来源的油类、氢化萘及类似者作为共同赋形剂。
特别地，生物兼容性、生物可降解交酯的聚合物、交酯/乙交酯共聚物、或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可为控制某些剂的释放的有用赋形剂。
将了解特定治疗中使用的活性化合物的实际较佳量将根据，例如，利用的特定化合物、调配的特定组成物、给药模式以及受试者的特征，例如，受试者的物种、性别、重量、一般健康以及年龄改变。给药的特定实验计划的最佳给药速率可容易地使用传统的剂量测定试验并以关于前述规范的方式进行，而由彼等本领域中熟悉者确认。
如本文所使用，“对特定疾病或状态及类似者敏感”或“易于”或“倾向于”特定疾病或状态及类似者意指基于其基因、环境、健康及/或其它风险因子的个体较一般群体更易于发展疾病或状态。发展疾病的可能性的增加可为约10％、20％、50％、100％、150％、200％或更多的增加。
术语“烷基”意指可为直链或分支链且含有注明数目的碳原子的烃链。例如，C1-C10表示可在其中具有1至10(包含边值)个碳原子的基团。在缺少任何数字标示的情况下，“烷基”为在其中具有1至20(含边值，亦即，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)个碳原子的链(直链或分支链)。术语“伸烷基”意指二价烷基(亦即，--R--)。
术语“烯基”意指可为具有一个或更多个碳-碳双键的直链或分支链的烃链。烯基部分含有注明数目的碳原子。例如，C2-C10表示可在其中具有2至10(包含边值)个碳原子的基团。术语“低碳烯基”意指C2-C8烯基链。在缺少任何数字标示的情况下，“烯基”为其中具有2至20(包含边值)个碳原子的链(直链或分支链)。
术语“炔基”意指可为具有一个或多个碳-碳三键的直链或分支链的烃链。炔基部分含有注明数目的碳原子。例如，C2-C10表示其中可具有2至10(包含边值)个碳原子。术语“低碳炔基”意指C2-C8炔基链。在缺少任何数字表示之情形下，“炔基”为其中具有2至20(包含边值)个碳原子的链(直链或分支链)。
术语“芳基”意指6-碳单环或10-碳双环状的芳香族环系统，其中各环的0、1、2、3或4个原子可经取代基取代。芳基的实例包含苯基、萘基及类似者。术语“芳基烷基”或术语“芳烷基”意指经芳基取代的烷基。术语“芳基烷氧基”意指经芳基取代的烷氧基。
本文采用的术语“环烷基”包含具有3至12个碳，较佳为3至8个碳，以及更佳为3至6个碳的饱和和部分不饱和的环状烃基，其中环烷基可另外视需要经取代。较佳的环烷基包含，但不限于，环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基以及环辛基。
术语“卤素”意指氟、氯、溴或碘的任何自由基。术语“杂芳基”意指芳香族5至8员单环、8至12员双环、或11至14员三环的环系统，若为单环，该环系统具有1至3个杂原子；若双环，该环系统具有1至6个杂原子；或若三环，该环系统具有1至9个杂原子，该杂原子是选自O、N或S(例如，碳原子和若为单环、双环、或三环则分别为1至3、1至6或1至9个N、O或S的杂原子)，其中各环的0、1、2、3、或4个原子可经取代基取代。杂芳基的实例包含吡啶基、喃基或喃基、咪唑基、苯并咪唑基、嘧啶基、硫苯基或吩基、喹啉基、吲哚基、噻唑基、及类似者。术语“杂芳基烷基”或术语“杂芳烷基”意指经杂芳基取代的烷基。术语“杂芳基烷氧基”意指经杂芳基取代的烷氧基。
术语“杂环基”意指非芳香族5至8员单环、8至12员双环、或11至14员三环的环系统，若为单环，该环系统具有1至3个杂原子；若双环，该环系统具有1至6个杂原子；或若三环，该环系统具有1至9个杂原子，该杂原子是选自O、N或S(例如，碳原子和若单环、双环、或三环则分别为1至3、1至6或1至9个N、O或S的杂原子)，其中各环的0、1、2或3个原子可经取代基取代。杂环基的实例包含哌嗪基、吡咯啶基、二氧杂环己烷基、吗啉基、四氢喃基、及类似者。
术语“取代基”意指在烷基、环烷基、芳基、杂环基、或杂芳基的任何原子上“取代”的基团。适合的取代基包含，但不限于，卤素、羟基、巯基、侧氧基、硝基、卤素烷基、烷基、烷芳基、芳基、芳烷基、烷氧基、硫烷氧基、芳基氧基、胺基、烷氧基碳基、酰胺基、羧基、烷磺酰基、烷基碳基以及氰基。
本文提供的范围应了解为该范围内的所有值的简写。当提供SEQ ID NO:范围时，这包含所有个别序列。例如，1至50的范围应了解为包含任何数字、数字的组合、或来自由1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、或50所组成群组的次范围。
除非具体注明或从本文中清楚可见，本文所用的用语“或”应了解为包含。
除非具体注明或从本文中清楚可见，本文所用的用语“一(a)”、“一(an)”以及“该(the)”应了解为单数或复数。
除非具体注明或从本文中清楚可见，本文所用的用语“约”应了解为在本领域正常公差的范围内，例如，在平均值的2个标准差内。约可了解在注明值的10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、或0.01％内。除非从本文清楚可见，本文提供所有数值可以用语约修改。
本文变量的任何定义中的化学基团的列表的复述包含该变量作为任何单一基团或所列基团的组合的定义。本文的变量的具体例的复述或态样包含该具体例作为任何单一具体例或与任何其它具体例或其部分的组合。
当使用作为分子结构的一部分时，符号
意指单键或反或顺双键。
本文提供的任何组成物或方法可与本文提供的一种或多种任何其它组合物及方法组合。
医药组成物和给药路径
本发明的一种或多种结构约束的肽可用于治疗本文提供的疾病的医药组成物。本文提供的治疗方法可用结构约束的肽的组合进行，且可选择结构约束的肽且将其组合以治疗受试者的疾病。例如，本发明的医药组成物可包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、或更多个结构约束的肽。结构约束的肽亦可与其它剂，例如，抗癌症剂或血管生成抑制剂组合。
如本文所使用，本发明的化合物是定义为包含其医药上可接受的衍生物。“医药上可接受的衍生物”表示任何医药上可接受的盐、酯、酯的盐或其它本发明的化合物衍生物，其在对受体给药时，能(直接或间接)提供本发明的化合物。特别偏好的衍生物为彼等对哺乳动物给药化合物(例如，藉由允许口服给药化合物以更多容易吸收入血液，以增加化合物的血清安定性或减少清除率)时，增加本发明的化合物的生物利用率者，或相对于母物种增强母化合物至生物分隔区(例如，脑或淋巴系统)的输送。衍生物包含本文所述式的结构附加的其中增强水溶解度或活性传输通过肠膜的基团的衍生物。
本发明的化合物可藉由附加适当官能性以增强选择性生物性质而改性。此改性为本领域中已知，而且包含彼等增加生物穿越入特定生物分隔区(例如，血液、淋巴系统、中央神经系统)者、增加口服利用率、增加溶解度以允许藉由注射而给药、改变代谢以及改变排泄率。本发明的化合物的医药上可接受的盐包含彼等衍生自医药上可接受的无机和有机酸以及碱者。适合的酸盐的实例包含乙酸盐、己二酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、丁酸盐、柠檬酸盐、二葡萄糖酸盐、十二烷基磺酸盐、甲酸盐、反丁烯二酸盐、甘醇酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、已酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、乳酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐,烟碱酸盐、硝酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、三甲基乙酸盐、丙酸盐、水杨酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐以及十一酸盐。衍生自适当碱的盐包含碱金属(例如，钠)、碱土金属(例如，镁)、铵以及N-(烷基)4+盐。这发明亦想象为本文所揭露的化合物的任何碱性含氮基的季铵化。水或油溶性或可分散性产物可由此季铵化获得。
本发明的化合物可，例如，藉由经静脉、动脉内、经真皮下、腹膜内、肌内或皮下；或口服、颊侧、鼻腔、穿透黏膜、阴道内、子宫颈、局部注射眼用制剂给药、或藉由吸入给药，剂量为体重的约0.001至约100mg/kg的范围或根据特定药物的需求，而且更佳为体重的0.5至10mg/kg。本文方法预期给药有效量的化合物或化合物组成物以达成期望或注明的效果。
可与载体材料组合以制造单一剂量形式的活性成分的量将取决于治疗的宿主和特定给药模式而改变。典型的制备将含有约1％至约95％的活性化合物(w/w)。或者，此制剂含有约20％至约80％的活性化合物。
可需要低于或高于彼等以上复述者的剂量。任何特定病患的专一性剂量和治疗方法将取决于多种因素，包含采用的特定化合物的活性、年龄、体重、一般健康状态、性别、饮食、给药时间、排泄率、药物组合、疾病的严重度和过程、状态或病征、病患对于疾病的先天倾向、状态或病征以及治疗医师的判断。
若需要，改善病患的状态时，可给药维持剂量的本发明的化合物、组成物或组合。后续地，与病征为函数的给药的剂量或频率或两者可减少至保留改善的状态的浓度。然而，在任何疾病的病征复发时，病患可能需要以长期进行间歇治疗。
本发明的医药组成物包括本发明的化合物或其医药上可接受的盐；另外的剂包含例如，一种或多种预防及/或治疗本文提供的疾病的剂，特别是预防及/或治疗癌症，以及任何医药上可接受的载体、佐剂或载体。本发明的另外的组成物包括本发明的化合物或其医药上可接受的盐；以及医药上可接受的载体、佐剂或载体。本文所述的组成物包含有效量的本文所述的本发明的化合物，以及，若存在，另外的治疗剂，其是以对达成疾病或疾病的病征，包含其癌症或病征的调制有效的量。
术语“医药上可接受的载体或佐剂”意指可对病患给药载体或佐剂以及本发明的化合物，而且当以足够传递该化合物的治疗量给药时，不会破坏其药理活性且是无毒的。
可用于本发明的医药组成物中的医药上可接受的载体、佐剂以及载体包含，但不限于，离子交换剂、氧化铝、硬脂酸铝、卵磷脂、自乳化药物输送系统(self-emulsifyingdrug delivery system,SEDDS)(诸如，d-α-生育酚聚乙二醇1000琥珀酸盐)、医药剂量形式使用的界面活性剂(诸如，或其它相似的聚合性输送基质)、血清蛋白质(诸如，人类血清白蛋白)、缓冲剂物质(诸如，磷酸盐)、甘氨酸山梨酸、己二烯酸钾、饱和蔬菜脂肪酸的部分甘油酯混合物、水、盐或电解质(诸如，鱼精蛋白硫酸盐)、二钠氢磷酸盐、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、硅酸胶、三硅酸镁、聚乙烯氢吡咯酮、以纤维素为主的物质、聚乙二醇、羧基甲基纤维素钠、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧基伸丙基嵌段聚合物、聚乙二醇以及羊毛脂。环糊精诸如，α-、β-以及γ-环糊精，亦可有利地用以加强本文所述式的化合物的输送。
本发明的医药组成物可为经肠给药，例如，藉由口服给药、藉由非经口给药(吸入喷雾、局部、直肠、鼻腔、颊侧、阴道)，或经由植入贮器，较佳为口服或阴道给药或注射给药。本发明的医药组成物可含有任何传统的无毒的医药上可接受的载体、佐剂、或载体。于一些例子中，调配物的pH可经医药上可接受的酸、碱、或缓冲剂调整，以增强调配的化合物或其输送形式的安定性。如本文所使用，术语“非经口”包含皮下、皮内、静脉内、肌内、关节内、动脉内、滑膜腔内、胸骨内、脊髓内、病灶内以及颅内注射或注入技术。
剂量形式的实例包含，但不限于：锭剂；囊片；囊剂，诸如，软弹性明胶囊剂；药包；药片；口含锭；分散液；栓剂；软膏；粥状敷剂(泥罨剂)；糊剂；粉剂；涂剂；乳油；硬膏剂；溶液；布片；喷雾剂(例如，鼻腔喷雾或吸气器)；胶体；适合对病患口服或黏膜给药的液体剂量形式包含悬浮液(例如，水性或非水性液体悬浮液、水中油乳剂、或油中水液体乳剂)、溶液以及酏剂；适合对病患非经口给药的液体剂量形式；以及可还原成提供适合对病患非经口给药的液体剂量形式的无菌固体(例如，晶质或非晶形固体)。
医药组成物可为无菌注射制剂的形式，例如，作为无菌注射水性或油质悬浮液。这悬浮液可使用适合的分散或润湿剂(诸如，例如，80)以及悬浮剂，以根据本领域中已知的技术调配。无菌注射制备亦可为非经口地可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射溶液或悬浮液，例如，作为1,3-丁二醇中的溶液。可接受的的载体和溶剂中，可采用者为甘露糖、水、林格氏液以及等张氯化钠溶液。此外，将无菌，定性油便利地采用为溶剂或悬浮培养基。为了这目的，任何平味定性油可采用为包含合成的单-或二甘油酯。脂肪酸，诸如，用于制备注射剂的油酸和其甘油酯衍生物为天然的医药上可接受的油类，诸如，橄榄油或菎麻油，尤其是其聚氧基乙基化版本。这些油溶液或悬浮液亦可含有常用于调配医药上可接受的剂量形式，诸如，乳剂及/或悬浮液的长链醇稀释剂或分散剂，或羧基甲基纤维素或相似的分散剂。其它常用于制造医药上可接受的固体、液体、或其它剂量形式的常用的界面活性剂诸如，Tweens或Spans及/或其它相似的乳化剂或生物利用率增强剂亦可用于调配物的目的。
本发明的医药组成物可以任何口服可接受的剂量形式包含，但不限于，囊剂但非限制于，锭剂、乳剂以及水性悬浮液、分散液以及溶液口服给药。口服用途的锭剂之情况下，常用的载体包含乳糖和玉米淀粉。亦典型地添加润滑剂，诸如，硬脂酸镁。至于口服给药囊剂形式，有用的稀释剂包含乳糖和干燥玉米淀粉。当给药口服水性悬浮液及/或乳剂时，活性成分可悬浮或溶解于油相中，而且与乳化及/或悬浮剂组合。若期望，可添加某些甜味及/或调味及/或着色剂。
至于直肠给药，本发明的医药组成物亦可以栓剂给药。这些组成物可藉由将本发明的化合物与适合的非刺激性赋形剂(其在室温为固体，但在直肠温度为液体)组合而制备，因此将在直肠中熔化以释放活性组分。此材料包含，但不限于，可可脂、蜂蜡以及聚乙烯乙二醇。
本发明的医药组成物可经局部或阴道内给药。医药组成物将以含有活性成分悬浮或溶解于载体中的适合的软膏调配。用于将本发明的化合物局部给药的载体包含，但不限制于，无机酸、液体石油、白石油、丙二醇、聚氧乙烯聚氧丙烯化合物、乳化蜡以及水。或者，医药组成物可以含有活性化合物悬浮或溶解于载体中的适合的洗剂或乳油调配。仍另一个具体例中，医药组成物是调配成阴道环。适合的载体包含，但不限于，无机酸、山梨醇单硬脂酸酯、聚山梨醇酯60、十六基酯蜡、鲸蜡硬脂醇、2-辛基十二醇、苯甲醇以及水。本发明的医药组成物亦可以直肠栓剂调配物或适合的灌肠剂调配物局部施用于较低肠道。本发明亦包含局部经皮布片和离子电渗给药。
本发明的医药组成物可藉由鼻腔喷雾剂或吸入给药。此组成物是根据医药调配物领域中周知的技术制备，而且可采用苯甲醇或其它适合的防腐剂、增强生物利用率的吸收促进剂、氟碳及/或本领域中已知的其它助溶或分散剂而制备成在盐水中的溶液。
当本发明的组成物包括本文所述式的化合物与一种或多种另外的治疗或预防剂的组合时，化合物和另外的剂皆应以单治疗法中通常剂量的1至100％，更较佳为约5至95％之间的剂量浓度呈现。作为多重剂量治疗法的一部分，另外的剂可为与本发明的化合物分开给药。或者，彼等者剂可作为单一剂量形式的一部分，其与本发明的化合物在单一组成物中共同混合。
将本发明的肽给药的有效剂量可通过彼等本领域周知的关于生物半生期、生物利用率以及毒性等参数步骤测定。
治疗上有效的剂量意指足以造成改善病征或延长病患的存活的化合物的量。此化合物的毒性和治疗功效可藉由细胞培养物或实验动物中的标准医药步骤测定，例如，用于测定LD50(50％的群体的致死剂量)和ED50(50％群体的治疗上有效的剂量)。毒性与治疗效果之间的剂量比是治疗指数，而且可呈现为LD50/ED50比。较佳为展现大的治疗指数的化合物。获得自这些细胞培养物测定法和动物研究的数据可用于调配大范围的用于人类的剂量。此化合物的剂量较佳为在包含ED50和稍有或毒性的循环浓度的范围内。取决于采用的剂量形式和利用的给药路径，剂量可在这范围内改变。至于用于本发明方法的任何化合物，治疗上有效的剂量可最初从细胞培养物测定法预期。如细胞培养物中所测定，动物模式中可调配达成包含IC50(例如，达成BCL9/b-联蛋白蛋白质交互作用或其功能代用品的最大半抑制的试验化合物的浓度，如藉由相对于缺少试验化合物的情况的量的测定法所测量)的循环血浆浓度范围的剂量。此信息可用以更准确地测定在人类中有用的剂量。血浆中的浓度可藉由，例如，高效液相层析法(HPLC)或质谱仪(MS)测量。
试剂盒
本发明亦涵盖完成的包装和标示的医药产物或实验室试剂。这制造对象包含用于密封的适当容器或容器(诸如，小玻璃瓶或其它容器)的适当指示。医药产物可含有，例如，第一个容器中为单位剂量形式的本发明的化合物，以及第二容器中为注射用无菌水或佐剂。或者，单位剂量形式可为适合口服、经皮、鼻腔内、阴道内、子宫颈环、或局部传递的固体。
一个特定具体例中，单位剂量形式适合用于静脉内、肌内、腹膜内、鼻腔内、口服、阴道内、子宫颈、局部或皮下传递。因此，本发明涵盖适合各种输送路径的溶液、固体、泡沫、胶体，较佳为无菌。
至于任何医药产物，包装材料和容器是设计成保护产品在储存和船运期间的安定性。再者，本发明的产物包含使用指示或其它建议医师、技术人员或病患如何适当预防或治疗疾病或怀疑的疾病的提供信息性材料。换言之，制造对象包含指示表明或暗示用剂法，包含，但不限于，实际剂量、监控步骤(例如，感染的侦测和定量)以及其它监控信息。
具体地，本发明提供一种制造对象，其包含该包装材料内含有的包装材料，诸如，盒、瓶、管、小玻璃瓶、容器、喷雾器、吸入器、静脉内(静脉注射)袋、包膜及类似者；以及至少一种单位剂量形式的医药剂，其中该医药剂包括本发明的化合物，以及其中该包装材料包含指示方式表明该化合物可藉由以本文所述特定剂量给药和使用特定用剂法，而用以处置、治疗、及/或改善一种或多种与本文提供的疾病相关的病征。
以下提供的实例仅阐示本发明的各种态样，而且不应解释为以任何方式限制本发明。
本发明处理的病症
于某些具体例中，以本发明的安定的肽处理疾病或病症是与血管生成相关。于某些具体例中，该疾病是选自：肿瘤或癌症生长(肿瘤形成)、皮肤障碍、血管生成、发炎以及关节炎疾病、视网膜母细胞瘤、黄斑囊样水肿(CME)、湿性老年性黄斑部病变(AMD)、糖尿病视网膜病变、糖尿病黄斑部水肿、或眼睛发炎障碍。
于多个具体例中，本发明的结构约束的肽可用于可服癌症干细胞的化学和放射抗性(治疗-抗性)。
某些具体例中，疾病或病症为肿瘤或癌症生长(肿瘤形成)。于进一步具体例中，疾病或病症为眼癌、直肠癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫颈癌症、前列腺癌、乳癌、膀胱癌、口腔癌、良性和上皮癌、胃癌、肝癌、胰脏癌、肺癌、子宫体癌、卵巢癌、前列腺癌、睪丸癌、肾脏癌、脑/中枢神经系统癌、咽喉癌、多发性骨髓瘤、皮肤黑色素瘤、急性急性淋巴性白血病、急性骨髓性白血病、尤文氏肉瘤、卡波西氏肉瘤、基细胞上皮癌以及鳞状细胞上皮癌、小细胞肺癌、绒毛膜癌、横纹肌肉瘤、血管肉瘤、血管内皮瘤、維耳姆斯氏肿瘤、神经母细胞瘤、嘴/咽癌、食道癌、喉癌、淋巴瘤、神经纤维瘤病、结节性硬化症、血管瘤以及淋巴血管生成。
于其它具体例中，疾病或病症为皮肤失调。进一步具体例中，疾病或病症为牛皮癣、粉刺、酒渣癣、疣、湿疹、血管瘤、淋巴血管生成、斯特奇-韦伯症候群、皮肤的静脉曲张性溃疡、神经纤维瘤病以及结节性硬化症。
于某些具体例中，疾病或病症为血管生成。进一步具体例中，疾病或病症为糖尿病视网膜病变、早产儿网膜症、角膜移植排斥,新生血管性青光眼、晶状体后纤维组织增生、流行性角结膜炎、维生素A缺乏症、隐形眼镜超戴、异位性角膜炎、上方角膜缘角结膜炎、眼翳干眼症、修格兰氏症候群、粉刺、酒渣癣、疱性角结膜病、梅毒、分枝杆菌感染、脂质变性、化学性灼伤、细胞性溃疡、真菌性溃疡、单纯泡疹感染、带状泡疹感染、原生动物感染、卡波西氏肉瘤、莫伦氏溃疡、特里恩氏角膜边缘性变性、边缘角质层分离、外伤、风湿性动脉炎、红斑性狼疮、多发性动脉炎、韦格纳氏肉状瘤病、巩膜炎、史帝芬-琼森疾病、类天疱疮、放射性角膜切开术、角膜移植排斥、黄斑水肿、黄斑退化、镰状细胞贫血、肉状瘤、梅毒、弹性纤维假黄瘤、佩吉特氏疾病、静脉闭塞、动脉闭塞、颈动脉阻塞疾病、慢性葡萄膜炎/玻璃体炎、分枝杆菌感染、莱姆病、系统性红斑性狼疮、早产儿网膜症、伊尔斯氏病、贝西氏病、感染造成的视网膜炎或脉络膜炎、眼假组织胞质菌病、贝斯特氏症、近视、眼凹、斯塔加特病、平坦部炎、慢性视网膜剥离,高黏滞血症候群、弓虫症、外伤以及激光后并发症以及与潮红(足踝的血管生成)相关的疾病。
于某些具体例中，疾病或病症为发炎和关节炎疾病。进一步具体例疾病或病症为风湿性动脉炎、退化性关节炎、狼疮、硬皮病、克隆氏症、溃疡性结肠炎、牛皮癣、肉状瘤病、肉状瘤病、皮肤病灶、血管瘤、遗传性出血性血管扩张症、以及退化性关节炎。
于其它具体例中，疾病或病症影响真皮、表皮、子宫内膜、网膜、手术伤口、肠胃道、脐带、肝、肾脏、生殖系统、淋巴系统、中央神经系统、乳房组织、尿道,循环系统、骨、肌肉、或呼吸道。
实施例
实施例1.肽合成和圆二色性
为了产生直接与b-联蛋白交互作用(图16)的BCL9 HD2结构域的安定的α螺旋，如前述(Walensky,L.D.et al.Science 305,1466-70(2004)；Bird,G.H.,et al.,MethodsEnzymol 446,369-86(2008)；Bird et al.PNAS 107,14093-8,(2010))进行烃装订肽的合成(图14和图15)。在使用Rink酰胺AM LL树脂(EMD Biosciences,0.2mmol/g resin)的Apex396(Aapptec)自动化肽合成器上，以50mmol的规模制造肽。标准Fmoc实验计划在20％呱啶/NMP中采用2x 10分钟去保护，进行接着一对连续的甲醇和二甲基甲酰胺(DMF)清洗。将并入的非天然氨基酸在以20％呱啶/NMP中以4x 10分钟培养处理以达成完全的去保护。氨基酸耦合是使用以保护Fmoc氨基酸、0.67M 2-(6-氯-1H-苯并三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基铵六氟磷酸盐(HCTU)以及2M N,N-二异丙基乙基胺(DIEA)的0.4M母液进行，产生1mL的0.2M活性酯(4当量)。标准残基的耦合频率和培养时间为2x 30分钟，烯烃非天然氨基酸的耦合频率和培养时间为2x 45分钟，以及伴随非天然氨基酸的残基的耦合频率和培养时间为3x 45分钟。自动化合成完成时，胺基端为酰化或以Fmoc-β-丙氨酸封端以进行FITC衍生化。为了藉由烯烃换位反应产生烃装订，将树脂以双(三环己基膦)-苯亚基钌(IV)二氯化物(Grubbs的第一代触媒)于1,2-二氯乙烷的10mM溶液带电荷，以及搅拌2小时两次。为了FITC衍生化，将Fmoc-β-丙氨酸以NMP中的呱啶去保护，接着以二甲基甲酰胺中的异硫氰酸荧光素(FITC)和三乙基胺反应隔夜。将肽自树脂切断，并且于TFA/三异丙基硅烷(TIS)/水(95％、2.5％、2.5％)中去保护，以及以二乙醚/己烷沉淀。装订肽经由使用C18管柱(Zorbax)的逆相HPLC(Agilent)纯化，以LC/MS(使用正离子工况的电喷雾获得的质谱中)特征化，以及在Beckman6300高-效氨基酸分析仪上进行氨基酸分析(AAA)而定性。工作母液是藉由将1至10mM的于100％DMSO中的冷冻干燥粉剂溶解而产生。将SAH-gp41粉剂和DMSO溶液储存于-20℃。如前述进行α-螺旋性的测定(Walensky,L.D.et al.Science 305,1466-70(2004)；Bird,G.H.,et al.,Methods Enzymol 446,369-86(2008))。参见图1A至图1C、图1G中的实验结果。
实施例2.蛋白质产生和纯化
将重组人类BCL9(214-493)克隆化入含有羧基终端的六组氨酸标志pET-23a(+)介体(Novagen)。E.coli BL21(DE3)感受态细胞(Stratagene)变换，于37℃培养直到达成A600＝0.6，以及接着以1mM异丙基-β-D-硫半乳糖苷(IPTG)诱导3小时。将细胞以离心采集，并于50mM Na2HPO4，pH 8.0，0.3M NaCl缓冲剂中音波震动而溶化。接着，将溶解产物离心，并且装上HIS-选择镍亲和力凝胶(Sigma)，以及以清洗缓冲剂(50mM NaH2PO4(pH 8.0)，0.3M NaCl以及10mM咪唑)清洗。将蛋白质以50mM Na2HPO4(pH 8.0)、0.3M NaC1以及250mM咪唑淋洗，并且在无菌1x PBS中透析隔夜。将人类β-联蛋白建构体(例如，残基1至781、138至683、273至684)分别克隆化入pGEX4T1/pGEX4T2、pET-28a以及pET-23。如上述产生BCL9的组氨酸融合蛋白质。至于GST-标志建构体，将变换的E.coli BL21(DE3)于37℃培养A600＝0.6，并且以1mM IPTG诱导4小时。细胞成丸状，在缓冲剂A(50mM Tris(pH 8.0)、150MM NaCl、蔗糖20％、5mM二硫苏糖醇(DTT)、1mM EDTA、1mM PMSF、2mg/ml抑肽酶以及0.7mg/ml胃蛋白酶抑制剂)中再悬浮和音波振动。溶解的蛋白质经吸附至谷胱甘肽-琼脂糖凝胶4B珠(GE)，接着在缓冲剂A和20mM谷胱甘肽中淋洗，以及对抗补充蛋白分解酶抑制剂鸡尾酒锭剂(Roche)的PBS缓冲剂透析。
实施例3.GST拉下测定法
将结合谷胱甘肽-琼脂糖凝胶4B珠(GE)的等量(0.5μM)的组氨酸BCL9和GST-标志β-联蛋白与或不与增加量的HD2或SAH-BCL9肽于最终容量1000μl的PBS和4℃培养1小时。蛋白质复合体于2000rpm离心2分钟而成丸状，并且将珠以PBS缓冲剂清洗四次。接着SDS-PAGE承载缓冲剂吸收珠，将其沸腾，以及进行SDS-PAGE进行以藉由考马斯染色具象化结合蛋白质。
实施例4.病患样本和细胞株
骨髓试样是根据Dana-Farber Cancer Institute Review Board的核准和符合Helsinki的宣誓书的知情同意书，而获得自患有MM的病患。将初级CD138+血浆细胞如所述使用磁性珠纯化(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))。CRC原发肿瘤样本是根据Brigham and Women’s Hospital的Institutional Review Board的政策，而获得自该医院。为了产生足够的CRC原发肿瘤细胞以进行实验，将原发肿瘤首先于NOD/SCID小鼠(Jackson Laboratory)中进行皮下扩充。肿瘤达成直径2cm后，将小鼠根据制度上规范牺牲，以及将其皮下肿瘤异体移植以刮刀绞碎d，并且藉由与胶原蛋白酶IV(Worthington Biomedical Corporation)和0.01％DNase I(Sigma-Aldrich)于37℃培养30分钟而分解，接着使用Stomacher装置(Seward Laboratory Systems Inc.)而进行另外的机械解聚。使样本过滤通过70μm细胞粗滤器，并且以PBS清洗。将红血液细胞用ACK溶化缓冲剂(BioWhittaker,Lonza)溶化，以及将活的肿瘤细胞以Ficoll-Paque梯度离心(GEHealthcare)富集。为了仅纯化活肿瘤细胞，将样本以APC接合的抗小鼠H-2Kd(克隆SF1-1.1.1,eBioscience)、FITC-接合抗人类EpCAM抗体(克隆Ber-EP4,Dako)以及Hoechst33258(Sigma-Aldrich)处理，接着使用FACSAria流动排序(BD Biosciences)以单离EpCAM-阳性、H-2Kd-阴性以及Hoechst-阴性原发肿瘤细胞。将培养的细胞株如前述维持(Mani,M.et al.CAncer Res 69,7577-86(2009))。参见图3B、图3D中的结果。
实施例5.免疫渍墨法和共免疫沉淀
如前述进行的西方墨点法(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))是采用以下初级抗体：BCL9(6109)(Mani,M.et al.CAncer Res 69,7577-86(2009))、BCL9(ab37305,Abcam)、B9L(AF4967,R&D Systems)、β-联蛋白(CAT5-H10,Zymed)、FITC(ab19224,Abcam)、肌动蛋白-HRP(C-11,Santa Cruz)、硫胱氨酸蛋白酶3(#9662,细胞信号传递)、IκBα(#9242,细胞信号传递)、PARP(#9542,细胞信号传递)、E-钙黏素(#3195,细胞信号传递)以及核纤层蛋白B(sc-6217,Santa Cruz)。辣根过氧化酶接合的二级抗体是购买自Santa Cruz and SouthernBiotech。共免疫沉淀是如前述进行(Walensky,L.D.et al.Science 305,1466-70(2004))。简要地，将细胞于50mM Tris、150mM NaCl以及含有蛋白分解酶和磷酸酯酶抑制剂的1％CHAPS缓冲剂中溶化。将溶解产物以蛋白质A/GPLUS-琼脂糖珠(Santa Cruz Biotechnologies)预清除3小时，接着与各种抗体隔夜培养4℃。接着，如前述添加琼脂糖A/G珠4小时，使其成丸状，以及清洗(Walensky,L.D.etal.Science 305,1466-70(2004))。参见图1D、图1H、图2A、图8A-图8B中的结果。
实施例6.SAH-BCL9细胞吸收和定位分析
为了荧光显微镜术评估，使用前述的细胞离心(Thermo Shandon)和固定(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007)；Mani,M.etal.CAncer Res 69,7577-86(2009))制备细胞。采用抗β-联蛋白和玫瑰红接合的二级抗体(5μg/ml；Southern Biotechnology)。使用BioRad Radiance 2000激光扫描共轭焦显微镜获得影像。藉由对以上述装订肽的FITC-衍生物处理的细胞进行荧光显微镜术和亦藉由前述进行的墨点法/荧光扫描(Pitter,K.et al Methods Enzymol,446,(2008),387-408；Walensky,L.D.et al.Science 305,1466-70(2004))，而测定SAH-BCL9B和SAH-BCL9B(R359E)的细胞渗透力。参见图1E、图7A-图7B中的结果。
实施例7.组织病理分析和免疫组织化学
如所述制备组织切片(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))。将切片与初级抗体(5μg/ml)或免疫前血清的相应的IgG部分在阻挡溶液和4℃中培养隔夜(3％BSA/PBS)。采用BCL9(ab37305,Abcam)、小鼠CD34(RAM34,eBiosciences)、人类CD34(M7165,Dako)以及人类CD44H 2C5,R&DSystems)抗体。CRC和MM模式中的血管形成是分别使用抗小鼠CD34和抗人类CD34抗体以及与链霉亲和素过氧化物酶的相应的生物素标记抗体(载体)。血管的数目是藉由计数CD34染色(褐色)所强调的在50x倍率的5个随机选择视野中的独立血管的平均数目以测定。参见图4B、图4E、图4I,图6A-图6B的结果。
实施例8.定量反转录-PCR
根据制造商的实验计划，以TRIzol试剂(Invitrogen)萃取RNA。将总RNA(2μg)反转录(SuperScript VILO cDNA合成试剂盒,Invitrogen)，并且使用Applied Biosynthesis7500Real-time PCR系统进行qPCR。将POWER SYBR Green Master Mix(AppliedBiosystems)和先前描述引子组用于进行四重复的目标基因的分析。将转录体浓度常态化至β-肌动蛋白表现。将这些实验重复三次。参见图2B、图2C中的结果。
实施例9.基因表现剖面测勘
将来自SAH-BCL9B的RNA和以载体(0.1％DMSO)处理的细胞如所述在AffymetrixU133A 2.0数组芯片上运转(Mollering et al,Nature 462,182-8(2009)。统计分析在R中进行(http://www.r-project.org)。将数组数据以Affy程序包(http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/html/affy.html)中执行的rma方法常态化(Bolstad,B.M.,et al..Bioinformatics19,185-93(2003))，并且标准误差的朝向具有LIMMA(http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/html/limma.html)的共同值的实验贝氏收缩(empirial Bayes shrinkage)计算差异性表现(McCarthy,D.J.&Smyth,G.K.Bioinformatics 25,765-71(2009)；Smyth,G.K.Stat Appl Gnet Mol Biol 3,Article3(2004))。将GSEA软件(2.06版本)和mSigDB(2.5版本)用于进行基因组富集分析(Subramanian,A.et al.Proc Natl Acad Sci USA 102,15545-50(2005))。
实施例10.细胞凋亡之细胞增生、生存力测定法以及侦测
细胞增生测定法如所述进行(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A104,7516-21(2007))。根据制造商的指示，使用CellTiter-Glo测定法(Promega)用于测量细胞生存力。藉由活化硫胱氨酸蛋白酶-3和PARP的西方墨点法，而评估细胞凋亡。参见图3A至图3F、图13A-图13B以及图20A-图20B中的结果。
实施例11.血管生成和侵袭测定法
将血管生成如前述使用体外血管生成测定法试剂盒(Millipore)进行评估(Mani,M.et al.CAncer Res 69,7577-86(2009))。至于微血管形成分析，将HUVEC培养于聚合的基质胶上，并且暴露于采集自以载体(0.5％DMSO)、SAH-BCL9B肽(5μM)处理的Colo320或MM1S细胞的上清液培养基24小时。根据制造商的指示，藉由计数在40x倍率的5个随机选择视野，而测定在37℃治疗5小时后的微血管形成的数目。将培养于VEGF培养基和不含VEGF的培养基中之HUVEC分别用作阳性和阴性对照。如所述使用Matrigel Boyden室(BD Biosciences)进行细胞侵袭测定法(Mani,M.et al.CAncer Res 69,7577-86(2009))。发表的数据表示以三重复进行的三种独立实验的平均。参见图3H至图3I中的结果。
实施例12.SAH-BCL9B的体内抗肿瘤效果(异体移植模式)
如先前发表产生GFP-阳性Colo320细胞(Mani,M.et al.CAncer Res 69,7577-86(2009))。使细胞成丸状，再悬浮于无菌1x PBS中，以及腹膜内注射(1x106细胞/小鼠)入5周龄的亚致死剂量照射NOD.CB17-PrkdcSCID/J小鼠(Jackson Laboratory)(n＝6只同龄群)。细胞接种后两天，将小鼠以每隔一天腹膜内注射载体(2.5％DMSO于D5W)或SAH-BCL9肽(20mg/kg)而处理，总共6种剂量。肿瘤细胞注射后四十天，将小鼠安乐死，并且使用ImageQuant LAS-4000(GE Healthcare)具象化GFP-阳性肿瘤。对各实验动物进行完整的验尸，并且将肝于5mm间隔完整切开以定量肿瘤转移。对组织进行H&E染色和使用抗CD34和抗CD44抗体的免疫组织化学分析。
至于人类MM的SCID-人类模式，如前述将测定1.5x 0.5cm的人类胎儿移植骨皮下植入八周龄雄性CB-17SCID小鼠(Taconic)(Tassone,P.et al.Blood 106,713-6(2005))。骨植入后四周，将5x 106GFP-阳性INA-6MM细胞直接注射入各骨质入物。两天后，以每隔一天滴注相邻骨碎片(总共10种剂量)的载体(2.5％DMSO于D5W)或SAH-BCL9肽(5mg/kg)的100μl注射剂处理小鼠。以ELISA(R&DSystems)继续监控小鼠血清中的shuIL-6R浓度。肿瘤细胞注射后三十三天，将小鼠牺牲，并且藉由移植骨的荧光摄像和组织学分析来分析肿瘤负荷量。参见图4A至图4I中的结果。此外，在样本上进行获得自小鼠的TUNEL染色。结果证实为相较于以载体或SAH-BCL9MUT处理的小鼠，以SAH-BCL9B处理的动物中有增加的凋亡肿瘤细胞。参见图22和图23A-图23B中的结果。根据Dana-Farber Cancer Institute Animal Careand Use Committee的核准的实验计划，进行所有动物实验。
实施例13.SAH-BCL9B对Wnt报导活性的体内效果
将HCT116细胞以pOT-Luc质体或控制UbC-Luc质体转染。将HCT116-pOT-Luc细胞植入小鼠(n＝2)的左侧腹，并且将持续性UbC-Luc控制细胞植入小鼠的右侧腹。动物进行基线摄像，接着在注明时间点进行SAH-BCL9B或SAH-BCL9B(R359E)注射和连续摄像。将pOT-Luc报导活性常态化至UbC-Luc活性。参见图9中的结果。
实施例14.VEGF ELISA
如前述进行VEGF ELISA(Mani,M.et al.CAncer Res 69,7577-86(2009))。简要地，将细胞(1x106)以载体和SAH-BCL9肽(5μM)处理24小时。接着，根据制造商的ELISA实验计划(DuoSet,R&D Systems)，测量上清液中的VEGF浓度。
实施例15.染色质免疫沉淀(ChIP)和聚合酶链反应(PCR)
将抗体(3μg)与蛋白质A和蛋白质G Dynal磁性珠(Dynal Biotech,Norway)预结合8小时，并且以含有5％BSA的冰冷PBS清洗5次，接着添加至稀释的染色质以使用以下抗体进行隔夜免疫沉淀：TCF-4(Upstate#05-511)、小鼠IgG2a同型控制(Sigma,M5409)以及兔IgG(sc-2027,Santa Cruz)。采集磁性颗粒-染色质复合体，并且将其于RIPA缓冲剂(50mMHEPES[pH 7.6]、1mM EDTA、0.7％脱氧胆酸钠、1％NP-40,0.5M LiCl)中清洗6次。将DNA如前述从珠淋洗(Clevers,H.Cell 127,469-80(2006))。在94℃进行5分钟的最初变性后，以PTC-200可程序化热控制器(MJ Research)进行扩增，接着使用以下温度和时间剖面进行30个循环的PCR：在94℃扩增0.5分钟，在59℃引子黏着0.5分钟，在72℃引子伸长0.5分钟，以及在72℃最终伸长10分钟。将PCR产物以2％胶体电泳具象化。采用以下启动子引子组：(1)VEGF:F(前):5’-gcgtgtctctggacagagttt-3’和R(反):5’-agcctcagcccttccaca-3’；(2)VEGF上游：F:5’-gaggctatgccagctgtagg-3’和R:5’-cccttttcctccaactctcc-3’；(3)c-Myc:F:5’-actcccccggctcggtccacaagc-3’和R:5’-cccaatttctcagccaggtttcag-3’(Klaus,A.&Birchmeier,W.Nat Rev Cancer 8,387-98(2008))。参见图11A中的结果。
实施例16.VEGF启动子荧光素酶测定法
VEGF启动子驱动的发光酶建构体(2.6-kb)为来自Soumitro Pal(Transplantation Research Center,Children’s Hospital Boston and Brigham andWomen的Hospital)的好礼物(Basu,A.et al.CAncer Res 68,5689-98(2008))。将细胞如前述(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))使用FuGENE转染试剂(Roche)的VEGF发光酶建构体转染，并且使用双重发光酶报告测定法系统(Promega)测量发光酶活性。参见图11B中的结果。
实施例17.慢病毒属载体
从含有含有三种TCF/LEF-1结合结构域的慢病毒属载体TOP-dGFP衍生含有七种TCF/LEF-1结合结构域和最小启动子驱动去安定的GFP表现(7xTdG)的慢病毒属报告载体(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))。设计具有四个TCF/LEF-1结合结构域(GATCAAAGG)的两个合成互补寡核苷酸(IDT-DNA)，以产生用于黏着Xba1切割处的相符悬伸端。藉由加热至95℃及缓慢冷却至室温，接着黏合入Xba1-线性化的TOP-dGFP载体以产生7xTdG而黏着寡核苷酸。为了建构带有七个FOP-处(7xFdG)的控制载体，藉由以Xma1和Age1切割分解，而自7xTdG载体移除7xTOP卡匣。将合带有七个FOP处但与移除的7xTOP卡匣(GGCCAAAGG)的卡匣插置，以产生7xFdG。如所发表(Sampietro,J.et al.MolCell 24,293-300(2006))，产生BCL9 shRNA和控制shRNA慢病毒属载体。参见图10、图11B中的结果。
实施例18.慢病毒属产生和感染
将HEK293T细胞平板培养于10cm组织培养碟中，并且根据制造商的实验计划，使用60μL LipoD293(Signagen)，以10μg慢病毒属载体(7xTdG或7xFdG)、10μg pCMV-dR8.91以及2μg pMD2.G(Naldini et al,PNAS,1996)共转染。12小时后以含有DMEM(Gibco)的30％FCS取代培养基，并且将其调理36小时。接着，将调理的培养基过滤通过0.45μm注射滤器(Millipore)，与新鲜DMEM以1:1混合，以及接着直接用于培养的Colo320(ATCC)细胞的感染。将聚凝胺(Sigma)添加为最终浓度of 8μg/mL以增强感染效率。如前述(Logan,C.Y.&Nusse,R.Annu Rev Cell Dev Biol 20,781-810(2004))进行对剔除BCL9表现的慢病毒属shRNA感染进行。简要地，藉由短暂转染293T细胞，而制造重组BCL9 shRNA和控制慢病毒属。将Colo320与含有聚凝胺的病毒上清液转导，并且以FACS进行GFP-表现细胞排序。参见图10、图11B中的结果。
实施例19.单一细胞培养物的建立
将Colo320细胞以7xTdG或7xFdG慢病毒属感染72小时，以及将转导和控制的非转导细胞胰蛋白酶消化，清洗，以及接着在FACSaria流式细胞分选仪上分析。将Hoechst33258染色用以排除死细胞。将单一GFP-阳性Colo320-7xTdG细胞排序入96孔板，其在前/侧散布高度和宽度使用严格闸控以排除双重线。每孔单一细胞的存在于排序后微视地确认，接着将单一细胞培养物扩充进行后续使用。参见图11B中的结果。
实施例20.染色质免疫沉淀
将三微克的抗体与蛋白质A和蛋白质G Dynal磁性珠(Dynal Biotech,Norway)预结合8小时且以含有5％BSA的冰冷PBS清洗5次，接着添加至稀释染色质以使用以下抗体进行隔夜免疫沉淀：TCF-4(Upstate#05-511)、小鼠IgG2a同型控制(Sigma,M5409)以及兔IgG(sc-2027,Santa Cruz)。采集磁性颗粒-染色质复合体，并且将其于RIPA缓冲剂(50mMHEPES[pH 7.6]、1mM EDTA、0.7％脱氧胆酸钠、1％NP-40,0.5M LiCI)中清洗6次。将DNA如前术从珠淋洗(Shang,Y.,et al.Cell 103,843-52(2000))。于94℃最初扩增5分钟后，以PTC-200可程序化热控制器(MJ Research)后进行扩增，接着使用以下温度和时间剖面进行30个PCR循环：于94℃扩增0.5分钟，于59℃引子黏着0.5分钟，于72℃引子伸长0.5分钟，以及于72℃最终伸长10分钟。将PCR产物以2％胶体电泳具象化。采用以下启动子引子组：(1)VEGFB:F(前):5’-gcgtgtctctggacagagttt-3’和R(反):5’-agcctcagcccttccaca-3’；(2)VEGF上游:F:5’-gaggctatgccagctgtagg-3’和R:5’-cccttttcctccaactctcc-3’；(3)c-Myc:F:5’-actcccccggctcggtccacaagc-3’,和R:5’-cccaatttctcagccaggtttcag-3’。参见图11A中的结果。
实施例21.报告测定法
如前述(Sukhdeo,K.et al.Proc Natl Acad Sci U S A 104,7516-21(2007))，使用双重发光酶报告测定法系统(Promega)测量发光酶活性。为了测量Wnt或NFκB报导活性，将Colo320细胞以TOP-FLASH、FOP-FLASH质体(Millipore Corporation)或NFκB发光酶报导(Stratagene)以及内海肾控制质体(hRL-null)转染。根据制造商的实验计划，使用FuGENE(Roche)达成转染。将结果常态化以控制海肾活性。发表的数据表示以三重复进行的三个独立转染实验的平均。参见图9、图10中的结果。
实施例22.藉由SAH-BCL9B选择性的分解BCL9/β-联蛋白复合体
为了评估结合ELISA，将谷胱甘肽微孔板(Pierce)与每孔在100μL ELISA缓冲剂(PBS、1％BSA、0.05％Tween-20)中的50ng重组GST-β-联蛋白于37℃培养和旋转(200rpm)培养1小时，接着以PBS、0.05％Tween-20进行4个循环的自动化盘-清洗。在个别的96-孔盘中制备在ELISA缓冲剂中的FITC-接合肽的两倍连续稀释，并且转移(100μL)至β-联蛋白-结合盘。将实验盘于37℃(200rpm)培养2小时，受到自动化盘清洗，接着将100μL的ELISA缓冲剂中的1:7500稀释的抗FITC-接合HRP转移各孔以于37℃(200rpm)进行另外的1小时培养，接着进行自动化盘清洗。藉由添加50μL四甲基联苯胺(TMB)溶液而发展孔，将其于室温培养20分钟，以及接着以50μL 2M H2SO4停止反应。在微盘读取机(Molecular Devices)上读取在450nm的吸光度，以及结合等温线绘图和EC50值是以使用Prism软件(GraphPad)的非线性回归分析而测定。结合测定法是以三重复进行，并且以刚制备的重组蛋白质重复至少两次。与FITC-SAH-BCL9MUT(SAH-BCL9B(R359E))以免疫沉淀天然的β-联蛋白的减少能力一致(参见图1H)，R359E点突变法造成对重组β-联蛋白蛋白质的直接结合的活性有5倍的减少。参见图17A中的结果。
如稍早公开(J.Sampietro et al.,Mol Cell 24,293(2006))，为了评估SAH-BCL9破坏预形成的BCL9/β-联蛋白复合体的量，表现Wnt信号传递阻塞所需的生物活性、克隆化入含有羧基终端的六组氨酸标志(His-BCL9)的pET-23a(+)载体和重组人类BCL9(残基243至469)以及克隆化入具有胺基-终端谷胱甘肽-S-转移酶(GST)标志(重组GST-β-联蛋白)的pGEX-4T-1载体的全长人类β-联蛋白，并且将其纯化。将结合谷胱甘肽-琼脂糖凝胶4B珠(GE)的等量(1nM)的组氨酸标志的BCL9和GST标志的β-联蛋白于4℃和测定法缓冲剂(100mMNa2PO4[pH7.4]、100μg/mL牛血清白蛋白、0.01％Triton X-100以及4％DMSO)培养过夜。将结合以颗粒固化的以GST-标志β-联蛋白的组氨酸BCL9的复合体藉由离心单离，再悬浮于1mL的测定法缓冲剂，以及将50μL的浆料在SAH-BCL9B或SAH-BCL9MUT(SAH-BCL9B(R359E))的存在或缺少下于室温和500μl测定法缓冲剂中培养2小时。将与谷胱甘肽颗粒结合的蛋白质藉由离心清洗两次，将其淋洗，以及藉由胶体电泳分辨。GST-β-联蛋白是以考马斯蓝染色侦测，而且保留的His-BCL9的存在是以免疫墨点分析(抗His 23655,细胞信号传递)及用ImageJ软件(msbweb.nih.gov/ij)定性而侦测。实验重复三次，得到相似的结果。结果证实SAH-BCL9B可剂量反应性地分解复合体，IC50为135nM，反之单一点突变法减少活性6倍。参见图17B的结果。
实施例23.SAH-BCL9B抑制Wnt转录活性
为了测量载体、SAH-BCL9B以及SAH-BCL9MUT对在Colo320(图18A-图18F)和MM1S(图19A-图19B)细胞株Wnt/β-联蛋白目标基因(包含VEGF)中的表现的效果，进行定量PCR(qRT-PCR)分析。根据制造商的实验计划，将RNA以TRIzol试剂(Invitrogen)萃取。使总共RNA(2μg)反转录(SuperScript VILO cDNA合成试剂盒,Invitrogen)，并且使用AppliedBiosynthesis 7500Real-time PCR系统进行qPCR。PCR引子是设计如下:
FOXQ1:cgcggactttgcactttgaa；agctttaaggcacgtttgatggag
CDK4:atgttgtccggctgatgga；caccagggttaccttgatctcc
体轴抑制蛋白2:cggaaactgttgacagtggat；ggtgcaaagacatagccagaa
VEGF:catgaactttctgctgtcttgg；atgattctgccctcctcctt
LGR5:ctcccaggtctggtgtgttg；gtgaagacgctgaggttgga
CMYC:tttttcgggtagtggaaaacc；gcagtagaaatacggctgcac
CD44:tttgcattgcagtcaacagtc；tgagtccacttggctttctgt
CLDN2:cggtgtggctaagtacaggc；caaagctcacgatggtggtct
LEF-1:catcccttcctcattccttcaac；aggcttcctaaaaggtggtgg
将目标基因的分析如前述(M.Mani et al.,CAncer Res 69,7577(2009))使用POWER SYBR Green Master Mix(Applied Biosystems)进行四重复。将转录体浓度常态化至β-肌动蛋白表现。这些实验重复三次。以SAH-BCL9B，但非载体或SAH-BCL9MUT的处理剂量反应性地减少VEGF、c-MYC、LGR5、LEF1、以及AXIN2的mRNA浓度(图18A和图19A)。Actin为一种非Wnt路径的目标基因，用作Colo320细胞中的参考且因应SAH-BCL9B的治疗无显示改变(图18A)。Colo320细胞中的减少，但MM1S细胞中则无，其与Wnt目标基因转录的细胞专一性一致。
为了进一步研究SAH-BCL9B于阻挡Wnt转录活性的专一性，进行DLD1结肠癌症细胞株(其中已描述Wnt转录路径印记(L.G.Van der Flier et al.,Gastroenterology 132,628(2007)))中的Wnt目标基因的比较性全基因表现分析。将来自三重复的以SAH-BCL9B-和载体处理的DLD1样本的RNA(各10μM，进行12小时)单离，以进行基因表现剖面分析。使用affy Bioconductor程序包(URLhttp://www.R-project.org.)的功能进行Affymetri人类U133Plus 2.0数组处理。将基因组编译自Van der Flier et al.，并且分别使用GSEA软件(http://www.broad.mit.edu/GSEA)和双尾t测定法进行基因组富集和统计分析。微数组数据已在Gene Expression Omnibus(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)寄存，并且遵守MIAME批注标准。
将使用Affimetrix寡核苷酸微数组产生的来自以SAH-BCL9B-和载体处理的DLD1的三重复数据组与来自带有TCF1和TCF4形式的可诱发显性-负性的DLD1细胞(L.G.Van derFlier et al.,Gastroenterology 132,628(2007))的公布基因表现数据比较。基因组富集分析(GSEA)揭露由SAH-BCL9B向下调节的基因和两种腺瘤中的TCF1和TCF4的显性-负性形式之间的强和统计显着的相关性之间(图18B，总体错误(FWER)p-值<0.001；错误发生率(FDR q-值<0.001)以及上皮癌(图18C FWER和FDR<0.01)，强调SAH-BCL9B于阻挡Wnt转录活性的专一性。除了涉及细胞转移(CD44、CLDN2)、细胞增生(CyclinA2、CDK4)以及EMT(FOXQ1)的其它Wnt目标外，Axin2为强健专一性Wnt目标基因(3)，是SAH-BCL9B处理中向下调节最多的基因(图18D和图18E)。接着，以qRT-PCR验证这些发现(图18F)。VEGF-A为以SAH-BCL9B处理的细胞向下调节的基因(图18F和图19A-图19B)，其联结β-联蛋白/BCL9复合体与肿瘤诱导的血管生成。
实施例24.组合治疗
为了测试SAH-BCL9B的抗增生效果是否可与其它常用以治疗MM或CRC的剂协同，进行组合治疗研究。的确，SAH-BCL9B增强5-氟尿嘧啶对CRC细胞的细胞毒效果和艾霉素对MM细胞的细胞毒效果，但非藉由载体或突变肽。参见图21A-图21B中的结果。
以参考方式并入
整个本申请案引用的所有参考文件(包含参考文献、公告的专利、公布专利申请案、共同未决的专利申请案以及GenBank号)的内容特此以参考方式将其全部内容表达并入本文。除非另有定义，否则本文所用的所有技术和科学术语符合本领域中具有通常知识者通常已知的意思。
同等物
彼等本领域中的技术人员将认知或能使用不超过常规实验而确认本文所述的本发明的特定具体例的许多同等物。此同等物意欲由以下权利要求所涵盖。

Claims (41)

1.一种BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，包括至少一个烃装订或缝线。
2.根据权利要求1所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述肽包括由与β-联蛋白交互作用的氨基酸所组成的交互作用面。
3.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述交互作用面包括约3至约20个氨基酸。
4.根据权利要求3所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述交互作用面包括4至15个氨基酸。
5.根据权利要求4所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述交互作用面包括与结合β-联蛋白的BCL9-HD2的螺旋面有40％或更大的同一性，其中所述交互作用面包括BCL9残基Gln-355、His-358、Arg-359、Ser-362、Leu-363、Leu-366、Ile-369、Gln-370、Leu-373、以及Phe-374或其保守性取代。
6.根据权利要求5所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述交互作用面包括与结合β-联蛋白的BCL9-HD2的所述螺旋面有50％至90％的同一性，其中所述交互作用面包括BCL9残基Gln-355、His-358、Arg-359、Ser-362、Leu-363、Leu-366、Ile-369、Gln-370、Leu-373、以及Phe-374或其保守性取代。
7.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述交互作用面表示α-螺旋的单面。
8.根据权利要求7所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中螺旋的所述单面包括一个、两个、三个或四个相邻的堆栈列的氨基酸，其中所述堆栈列的氨基酸是由每转具有3.6个氨基酸的α螺旋中的位置a、d以及g；位置b和e；或位置c和f所定义，其中所述氨基酸连续地且顺序地指定为位置a至g；由每转具有3个氨基酸的310螺旋中的位置a和d；位置b和e；或位置c和f所定义，其中氨基酸连续地和顺序地指定为位置a至f；或其同系物。
9.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，是由以下者所组成：对BCL9-HD2的氨基酸351至374(SEQ ID NO:1(LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF))有约20％至100％之间的序列同源性，
其中所述肽包括一个至五个之间的烃装订。
10.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，对BCL9-HD2的氨基酸351至374(SEQ ID NO:1(LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF))有约50％至100％之间的序列同源性，
其中所述肽包括一个至五个之间的烃装订。
11.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述烃装订或缝线是在一个或多个天然或非天然的氨基酸之间。
12.根据权利要求11所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述烃装订或缝线是以烯烃换位反应形成。
13.根据权利要求11所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述非天然氨基酸是选自以下各者:
14.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，包括在所述BCL9 HD2肽内的1个至5个装订或缝线。
15.根据权利要求14所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中一个装订或缝线是位于所述BCL9 HD2肽的以下位置内：a)i、i+4；b)i,i+7；以及c)i、i+3。
16.根据权利要求14所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中另一个装订或缝线是位于所述BCL9 HD2肽的以下位置内：a)i、i+4；b)i、i+7；以及c)i、i+3。
17.根据权利要求14所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中任何其它装订或缝线是位于所述BCL9 HD2肽的以下位置内：a)i、i+4；b)i、i+7；以及c)i、i+3。
18.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中一个烃装订是位于所述BCL9 HD2肽的以下例示性位置内，以及藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2结构域
i、i+4单一装订:
XSQEXLEHRERSLQTLRDIQRBLF
LXQEQXEHRERSLQTLRDIQRBLF
LSXEQLXHRERSLQTLRDIQRBLF
LSQXQLEXRERSLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEHXERSLQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLXHREXSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEXRERXLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHXERSXQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLEHREXSLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEHRERXLQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHRERSXQTLXDIQRBLF
LSQEQLEHRERSLXTLRXIQRBLF
LSQEQLEHRERSLQXLRDXQRBLF
LSQEQLEHRERSLQTXRDIXRBLF
LSQEQLEHRERSLQTLXDIQXBLF
LSQEQLEHRERSLQTLRXIQRXLF
LSQEQLEHRERSLQTLRDXQRBXF
LSQEQLEHRERSLQTLRDIXRBLX
i、i+7装订:
XSQEQLEXRERSLQTLRDIQRBLF
LXQEQLEHXERSLQTLRDIQRBLF
LSXEQLEHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSQXQLEHREXSLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEHRERXLQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHRERSXQTLRDIQRBLF
LSQEQLXHRERSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLEXRERSLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEHXERSLQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSLQTLXDIQRBLF
LSQEQLEHREXSLQTLRXIQRBLF
LSQEQLEHRERXLQTLRDXQRBLF
LSQEQLEHRERSXQTLRDIXRBLF
LSQEQLEHRERSLXTLRDIQXBLF
LSQEQLEHRERSLQXLRDIQRXLF
LSQEQLEHRERSLQTXRDIQRBXF
LSQEQLEHRERSLQTLXDIQRBLX
i、i+3单一装订:
XSQXQLEHRERSLQTLRDIQRBLF
LXQEXLEHRERSLQTLRDIQRBLF
LSXEQXEHRERSLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEXRERSLQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHXERSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLXHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEXREXSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHXERXLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSXQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHREXSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLEHRERXLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEHRERSXQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHRERSLXTLXDIQRBLF
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LSQEQLEHRERSLQTXRDXQRBLF
LSQEQLEHRERSLQTLXDIXRBLF
LSQEQLEHRERSLQTLRXIQXBLF
LSQEQLEHRERSLQTLRDXQRXLF
LSQEQLEHRERSLQTLRDIXRBXF
LSQEQLEHRERSLQTLRDIQXBLX。
19.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中两个烃装订是位于所述BCL9 HD2肽的以下例示性位置内，而且藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2结构域
i、i+3双装订:
XSQXQLEHRERSLQTLRDIQXBLX
XSQXQLEHRERSLQTLRDIXRBXF
XSQXQLEHRERSLQTLRDXQRBXF
i、i+4双装订:
XSQEXLEHRERSLQTLRDIXRBLX
XSQEXLEHRERSLQTLRDXQRBXF
XSQEXLEHRERSLQTLXDIQRXLF
i、i+7双装订:
XSQEQLEXRERSLQTLXDIQRBLX
XSQEQLEXRERSLQTXRDIQRBXF
XSQEQLEXRERSLQXLRDIQRXLF。
20.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述一个或多个烃装订或缝线是位于所述BCL9 HD2结构域的任何以下例示性位置内，而且藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2结构域
混合的i、i+4；i、i+3；以及i、i+7双装订:
XSQEXLEHRERSLQTLXDIQRBLX
XSQEXLEHRERSLQTXRDIQRBXF
XSQEXLEHRERSLQXLRDIQRXLF
XSQEXLEHRERSLQTLRDIQXBLX
XSQEXLEHRERSLQTLRDIXRBXF
XSQEXLEHRERSLQTLRDXQRXLF
XSQEQLEXRERSLQTLRDIXRBLX
XSQEQLEXRERSLQTLRDXQRBXF
XSQEQLEXRERSLQTLRXIQRXLF
XSQEQLEXRERSLQTLRDIQXBLX
XSQEQLEXRERSLQTLRDIXRBXF
XSQEQLEXRERSLQTLRDXQRXLF
XSQXQLEHRERSLQTLRDIXRBLX
XSQXQLEHRERSLQTLRDXQRBXF
XSQXQLEHRERSLQTLRXIQRXLF
XSQXQLEHRERSLQTLXDIQRBLX
XSQXQLEHRERSLQTXRDIQRBXF
XSQXQLEHRERSLQXLRDIQRXLF
依序的i、i+4装订:
XSQEXLEHXERSLQTLRDIQRBLF
LXQEQXEHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSXEQLXHREXSLQTLRDIQRBLF
LSQXQLEXRERXLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEHXERSXQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHRXRSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLXHREXSLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEXRERXLQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHXERSXQTLXDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSLXTLRXIQRBLF
LSQEQLEHREXSLQXLRDXQRBLF
LSQEQLEHRERXLQTXRDIXRBLF
LSQEQLEHRERSXQTLXDIQXBLF
LSQEQLEHRERSLXTLRXIQRXLF
LSQEQLEHRERSLQXLRDXQRBXF
LSQEQLEHRERSLQTXRDIXRBLX
依序的i、i+3装订:
XSQXQLXHRERSLQTLRDIQRBLF
依序的i、i+7装订:
XSQEQLEXRERSLQXLRDIQRBLF
混合的依序装订:
XSQXQLEXRERSLQTLRDIQRBLF
XSQXQLEHREXSLQTLRDIQRBLF
XSQEXLEXRERSLQTLRDIQRBLF
XSQEXLEHRERXLQTLRDIQRBLF
XSQEQLEXREXSLQTLRDIQRBLF
XSQEQLEXRERXLQTLRDIQRBLF。
21.根据权利要求18所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，进一步包括一个至四个另外的烃装订。
22.根据权利要求21所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中所述另外的烃装订是位于所述BCL9 HD2结构域的任何以下例示性位置内，并且藉由装订扫描迭代：
351 LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF 374 BCL9-HD2结构域
i、i+4单一装订:
XSQEXLEHRERSLQTLRDIQRBLF
LXQEQXEHRERSLQTLRDIQRBLF
LSXEQLXHRERSLQTLRDIQRBLF
LSQXQLEXRERSLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEHXERSLQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLXHREXSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEXRERXLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHXERSXQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLEHREXSLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEHRERXLQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHRERSXQTLXDIQRBLF
LSQEQLEHRERSLXTLRXIQRBLF
LSQEQLEHRERSLQXLRDXQRBLF
LSQEQLEHRERSLQTXRDIXRBLF
LSQEQLEHRERSLQTLXDIQXBLF
LSQEQLEHRERSLQTLRXIQRXLF
LSQEQLEHRERSLQTLRDXQRBXF
LSQEQLEHRERSLQTLRDIXRBLX
i、i+7装订:
XSQEQLEXRERSLQTLRDIQRBLF
LXQEQLEHXERSLQTLRDIQRBLF
LSXEQLEHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSQXQLEHREXSLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEHRERXLQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHRERSXQTLRDIQRBLF
LSQEQLXHRERSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLEXRERSLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEHXERSLQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSLQTLXDIQRBLF
LSQEQLEHREXSLQTLRXIQRBLF
LSQEQLEHRERXLQTLRDXQRBLF
LSQEQLEHRERSXQTLRDIXRBLF
LSQEQLEHRERSLXTLRDIQXBLF
LSQEQLEHRERSLQXLRDIQRXLF
LSQEQLEHRERSLQTXRDIQRBXF
LSQEQLEHRERSLQTLXDIQRBLX
i、i+3单一装订:
XSQXQLEHRERSLQTLRDIQRBLF
LXQEXLEHRERSLQTLRDIQRBLF
LSXEQXEHRERSLQTLRDIQRBLF
LSQEXLEXRERSLQTLRDIQRBLF
LSQEQXEHXERSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLXHRXRSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEXREXSLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHXERXLQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHRXRSXQTLRDIQRBLF
LSQEQLEHREXSLXTLRDIQRBLF
LSQEQLEHRERXLQXLRDIQRBLF
LSQEQLEHRERSXQTXRDIQRBLF
LSQEQLEHRERSLXTLXDIQRBLF
LSQEQLEHRERSLQXLRXIQRBLF
LSQEQLEHRERSLQTXRDXQRBLF
LSQEQLEHRERSLQTLXDIXRBLF
LSQEQLEHRERSLQTLRXIQXBLF
LSQEQLEHRERSLQTLRDXQRXLF
LSQEQLEHRERSLQTLRDIXRBXF
LSQEQLEHRERSLQTLRDIQXBLX
i、i+3双装订:
XSQXQLEHRERSLQTLRDIQXBLX
XSQXQLEHRERSLQTLRDIXRBXF
XSQXQLEHRERSLQTLRDXQRBXF
i、i+4双装订:
XSQEXLEHRERSLQTLRDIXRBLX
XSQEXLEHRERSLQTLRDXQRBXF
XSQEXLEHRERSLQTLXDIQRXLF
i、i+7双装订:
XSQEQLEXRERSLQTLXDIQRBLX
XSQEQLEXRERSLQTXRDIQRBXF
XSQEQLEXRERSLQXLRDIQRXLF。
23.根据权利要求2所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽，其中位置351至374的所述氨基酸序列是选自以下各者:
SEQ ID NO:1:BCL9 HD2结构域:LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLF
SEQ ID NO:2:BCL9 HD2结构域M372B LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRBLF
SEQ ID NO:3:SAH-BCL9A:LSQEQLEHRERSLQTLRXIQRXLF
SEQ ID NO:4:SAH-BCL9B:LSQEQLEHRERSLXTLRXIQRBLF
SEQ ID NO:5:SAH-BCL9C:LSQEQLEHREXSLQXLRDIQRBLF
SEQ ID NO:6:SAH-BCL9B(H358D):LSQEQLEDRERSLXTLRXIQRBLF
SEQ ID NO:7:SAH-BCL9B(R359E):LSQEQLEHEERSLXTLRXIQRBLF。
24.一种组成物，包括权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽及医药上可接受的载体。
25.一种抑制受试者的典型的Wnt/β-联蛋白讯息传递的方法，包括给药权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽。
26.一种抑制受试者的BCL9与β-联蛋白的结合的方法，包括给药权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽。
27.根据权利要求25或26所述的方法，其中对BCL9与β-联蛋白的结合的所述抑制是由权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽造成。
28.一种治疗受试者的BCL9/β-联蛋白结合介导的疾病或病症的方法，包括对所述受试者给药权利要求1至23中任一项所述的化合物。
29.根据权利要求28所述的治疗受试者的BCL9/β-联蛋白结合介导的疾病或病症的方法，其中所述受试者已经辨识为需要BCL9/β-联蛋白交互作用或Wnt讯息传递的抑制剂。
30.根据权利要求28所述的治疗受试者的BCL9/β-联蛋白结合介导的疾病或病症的方法，其中所述疾病是癌、肿瘤细胞增生、肿瘤细胞去分化以及转移、肿瘤转移、肿瘤诱导血管生成、癌症干细胞化学抗性、以及增生疾病；或涉及创伤愈合、血管生成或糖尿病。
31.根据权利要求30所述的治疗受试者的BCL9/β-联蛋白结合介导的疾病或病症的方法，其中所述疾病是结肠直肠癌、多发性骨髓瘤、肺癌、结肠癌、乳癌、前列腺癌、肝癌、胰脏癌、脑癌、肾脏癌、卵巢癌、胃癌、皮肤癌、骨癌、胃癌、乳癌、胰脏癌、神经胶瘤、胶质母细胞瘤、肝细胞上皮癌、乳突样肾上皮癌、头和颈鳞状细胞上皮癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、以及固态肿瘤。
32.一种治疗受试者的癌症的方法，包括对所述受试者给药权利要求1至23中任一项所述的化合物。
33.根据权利要求32所述的治疗受试者的癌症的方法，其中所述受试者已先前经辨识为需要典型的Wnt/β-联蛋白讯息传递抑制剂以治疗所述癌症。
34.根据权利要求30所述的治疗受试者的BCL9/β-联蛋白结合介导的疾病或病症的方法，其中所述疾病涉及创伤愈合、血管生成或糖尿病。
35.根据权利要求28至34中任一项所述的方法，其中对所述受试者给药另外的治疗剂、辐射或化疗。
36.根据权利要求35所述的方法，其中所述另外的治疗化合物是抗癌症化合物。
37.根据权利要求35所述的方法，其中所述化合物和所述另外的治疗剂是同时或依序地给药。
38.根据权利要求35所述的方法，其中所述化合物和所述另外的治疗剂共同连结(亦即，双官能性化合物)。
39.根据权利要求25至38中任一项所述的方法，其中所述受试者为人类。
40.一种试剂盒，包括权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽以及用于治疗癌症的指示。
41.一种辨识抑制BCL9与β-联蛋白的结合的化合物的方法，包括以下步骤：使权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽与β-联蛋白接触，以及接着筛选破坏权利要求1至23中任一项所述的BCL9的HD2结构域(BCL9-HD2)的结构约束的肽与β-联蛋白之间的交互作用的小分子或化合物。
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