CN107699632A

CN107699632A - 分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记、引物及应用

Info

Publication number: CN107699632A
Application number: CN201711160257.3A
Authority: CN
Inventors: 许学; 秦瑞英; 马卉; 倪金龙; 李莉; 汪秀峰; 李�浩; 杨亚春; 宋风顺; 王钰; 杨剑波
Original assignee: Rice Research Institute of Anhui Academy of Agricultural Sciences
Current assignee: Rice Research Institute of Anhui Academy of Agricultural Sciences; Anhui Academy of Agricultural Sciences
Priority date: 2017-11-20
Filing date: 2017-11-20
Publication date: 2018-02-16
Anticipated expiration: 2037-11-20
Also published as: CN107699632B

Abstract

本发明属于分子生物学技术领域，具体公开了一种分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记，公开了InDel标记在水稻中的位点，获得该InDel标记的引物，及相关应用。该InDel标记通用性好，不需要大型的设备仪器；本发明的InDel标记能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异，遗传距离很近的位点的差异也能区分；在对某个位点的引物设计好后，可以针对这个位点对多个个体进行研究，成本可以得到很好的控制。

Description

分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记、引物及应用

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记、引物及应用。

背景技术

水稻是我国重要的粮食作物，杂交水稻更是以其显著的产量优势为我国乃至世界粮食安全作出了巨大贡献。新品种的推广和使用对保障我国粮食供应、满足人们多元化需求发挥了极其重要的作用。2001-2015年间，全国各地通过省级以上审定的水稻品种就达6310个。有效的区别鉴定这些品种材料，对水稻的品种选育、试验、质量和市场管理以及产权保护具有重要的现实意义。

品种的形态差异和特征特性的不同，本质上是由基因的差异所致。利用DNA分子标记鉴别水稻不同品种基因型的差异，是目前区别品种较为有效、快捷的方法。其中SSR标记具有操作简便快捷、多态性高和稳定性好等特点，能够准确揭示不同品种间同一位点的SSR多态性，并已广泛应用于遗传图谱的构建、遗传多样性分析以及品种纯度与真实性的鉴定。但由于SSR标记与品种的农艺性状关联性较差或缺乏关联性，难以区分近等基因系或功能代换系等，对于此类品种，需要利用相关特征功能基因的InDel标记(功能标记)才能与原品种予以区别。

InDel(insertion-deletion)标记即插入缺失标记，指的是两种基因型在全基因组中的差异，相对于另一个基因型而言，其中一个基因型的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。根据基因组中插入缺失位点，设计一些特异扩增识别这些插入缺失位点的PCR引物，这就是InDel标记，是一类共显性标记。InDel在基因组中分布广泛、密度大、数目众多。就分布密度而言，InDel仅次于InDel,但远高于SSR。在水稻中平均密度为每953bp包含一个InDel。InDel标记准确性高、变异稳定，避免了由于特异性和复杂性导致的后续分析模糊。因此，有必要利用InDel标记在种内和种间的多态性和通用性，开发一种与水稻农艺形状紧密相关，且能够分析水稻遗传多样性、鉴定品种的功能性InDel标记。

发明内容

本发明提供的一种分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记、引物及应用，开发了与水稻农艺形状紧密相关，且能够分析水稻遗传多样性、鉴定品种的功能性InDel标记。

本发明的第一个目的是提供一种分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记，所述InDel标记在水稻中的位点如表1所示：

表1不同InDel标记位点、对应的引物序列

本发明的第二个目的是提供一种获得所述的水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记的引物，获得所述InDel标记的对应的引物序列表1所示。

本发明的第三个目的是提供一种所述的分析水稻遗传多样性鉴定品种的InDel标记在水稻分子标记辅助育种中的应用。

本发明的第四个目的是提供一种所述的水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记的引物在水稻分子标记辅助育种中的应用。

与现有技术相比，本发明提供的一种分析水稻遗传多样性鉴定品种的InDel标记、引物及应用，具有以下有益效果：

(1)该InDel标记通用性好，不需要大型的设备仪器；本发明的InDel标记能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异，遗传距离很近的位点的差异也能区分。

(2)在对某个位点的引物设计好后，可以针对这个位点对多个个体进行研究，成本可以得到很好的控制。利用本发明的InDel标记对不同种质材料进行指纹图谱鉴定时，通过筛选针对不同种质材料鉴定的特征InDel标记，可以实现利用1个InDel标记对特定种质材料进行鉴定的目的。

附图说明

图1是功能性InDel标记在水稻遗传多样性分析中的应用的聚类分析图；

图2是功能性InDel标记在杂交水稻种子纯度鉴定中的应用；

图2中a、c、e、g为SSR方法的检测，b、d、f、h是InDel标记的检测结果。

具体实施方式

下面结合具体实施例对本发明进行详细说明，但不应理解为本发明的限制。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

1试验材料与方法

征集长江中下游地区主推杂交水稻及亲本样品245份(表2)，其中，常规种/亲本157份，两系杂交种38份，三系杂交种50份。对部分纯度存在疑问的样品进行田间种植去杂，在抽穗期选取典型单株幼嫩叶片(每品种10个单株)，其余样品进行室内发苗；CTAB法提取单株DNA(每品种10个单株)，-20℃保存，作为下一步工作的实验材料。

表2 245份水稻样品

2、水稻功能基因筛选

从决定水稻品种特征的性状和特点出发，选择与水稻主要农艺性状密切相关的已知重要功能基因，具体信息如表3所示。

表3水稻主要农艺性状密切相关的已知重要基因功能

3、功能性InDel标记筛选

3.1、种子发苗：从表1征集的水稻样品中随机选取96个常规种/亲本样品，各取种子若干，28℃发芽一周。

3.2、DNA提取(CTAB法)：取单株幼苗(每样品提取4个单株)，置于2.0mL离心管中，加液氮用玻棒充分研磨至粉末状；向离心管中加入700μL 65℃预热的DNA提取液，65℃孵育1h，每隔15min颠倒混匀一次；加入等体积氯仿/异戊醇混合液，轻缓混匀，室温静置15min；10,000g离心15min，吸取上清液至另一支1.5mL离心管中，再加入等体积异丙醇混匀，置于-20℃30min，4℃、10,000g离心10min，弃上清，加入200μL 70％乙醇洗涤沉淀；10,000g离心10min后弃去乙醇，室温干燥后加入50μL灭菌水，充分溶解后备用。

3.3、PCR扩增反应体系：1×PCR缓冲液，2.5mmol/L Mg2+，0.25mmol/L dNTPs，0.2μmol/L正、反向引物(参见表3)，1.0U Taq DNA聚合酶，20ng-40ng样品DNA，总体积10μL。

3.4、PCR扩增反应程序：95℃5min，94℃30s、55℃30s、72℃40s、循环35次，72℃5min，12℃保存。

3.5、PCR扩增产物电泳检测(非变性聚丙烯酰胺凝胶)：在10μL PCR产物中加入40μL的加样缓冲液，充分混匀后在PCR仪上运行变性程序，95℃变性5min，4℃冷却10min以上。取清洗干净的长短玻璃板，用去离子水冲洗后晾干。将玻璃板安装到胶框上(胶厚1.5mm)，用1％琼脂糖封底。待琼脂糖凝固后，将封好的胶框安装至电泳槽上，拧紧螺栓。胶框上沿应注意保持水平。在一定体积的6％非变性聚丙烯酰胺溶液中加入0.5％体积的过硫酸铵溶液和0.1％体积的TEMED，充分混匀后，立即灌胶，灌胶后及时插入梳齿。胶凝固后加入1×TBE电泳缓冲液，中间的液面应超过内侧的玻璃板上缘，两侧的液面应漫过铂金丝(电泳缓冲液可反复使用多次，每周更换一次)，拔出梳齿。100V恒压，预电泳10-30min。用移液器冲洗胶孔，清除气泡和杂质。每孔加样1-3μL。200-250V恒压，电泳1-2h，二甲苯氰FF电泳到中部即可。关闭电源，取下玻璃板，轻轻撬开两块玻璃板，将凝胶从玻璃板上剥离，并及时做记号以区别胶板。将凝胶浸入固定液中，置于摇床上摇动固定5min(固定液的量可根据胶板数量和大小调整，以没过胶面为准)。用适量ddH₂O进行快速漂洗一次。在新配制的染色液中摇动染色10min。用适量ddH2O(含0.2％体积的0.1％硫代硫酸钠)快速漂洗，时间不超过10s。在新配制的显影液中摇动直至显出清晰的条带。在固定液中定影5min。在胶片观察灯上直接记录结果或照相。

3.6、InDel标记筛选

通过相关网站(http://ricevarmap.ncpgr.cn/)，下载整理上述功能基因内的InDel位点4670个。剔除位置或效应为内含子(INTRON)的等非功能位点，保留位置或效应为上游(UPSTREAM)，下游(DOWNSTREAM)，非编码区5’端(UTR_5_PRIME)，非编码区3’端(UTR_3_PRIME)，密码子插入(CODON-INSERTION)，密码子缺失(CODON-DELETION)，新剪切位点(SPLICE-SITE-ACCEPTOR)，移框(FRAME SHIFT)等，且插入缺少大于3bp的位点，获得功能性InDel位点124个，不同InDel标记位点、对应的引物序列结果如表1所示。表1中每个InDel标记位点对应两个引物，其中序号为1的标记在序列表中引物的编号依次对应SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，序号为2的标记在序列表中引物的编号依次对应SEQ ID NO.3和SEQ IDNO.4，以此类推，按InDel标记位点顺序对相应的引物进行编号，最终序号为1的标记在序列表中引物的编号依次对应SEQ ID NO.247和SEQ ID NO.248。序列表中各序列均为DNA人工序列。

4、功能性InDel标记在水稻遗传多样性分析中的应用

4.1种子发苗：从征集的245份水稻样品中，各取种子若干，28℃发芽一周。

4.2DNA提取：操作步骤同3.2；PCR扩增反应体系：操作步骤同3.3；PCR扩增反应程序：操作步骤同3.4；PCR扩增产物电泳检测(非变性聚丙烯酰胺凝胶)：操作步骤同3.5。

4.3InDel标记电泳检测谱带数据记录。

4.4水稻品种聚类分析：根据124个多态性InDel标记信息，应用NTSYS软件计算出245份供试品种之间的遗传距离，并按照UPGMA法绘制了遗传关系聚类图，检测效率达到100％。聚类分析结果如图1所示，由图1可知，可以明显地将这245份材料按照遗传距离的远近分成不同类群，群体结构分析表明这245份材料存在明显的群体结构，能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。所选取的InDel标记在水稻籼粳属性鉴定上的显示了一定的有效性，揭示了各研究材料的亲缘关系和遗传分化，准确性及分辨力大大提高。

5、功能性InDel标记在杂交水稻种子纯度鉴定中的应用

5.1种子发苗：取杂交水稻样品(共计192个杂交样品)约20克左右，28℃发芽一周。

5.2DNA提取：取单株幼苗192个单株提取DNA。

5.3PCR扩增：选用SSR引物RM7120，上游引物为TGCCCAAAATATATGAAACC，下游引物为TTTTCTTGTTGAATGGGAAC；选用的InDel标记为，上游引物为TGCCCAAAATATATGAAACC，下游引物为TTTTCTTGTTGAATGGGAAC。反应体系、反应程序和扩增产物检测同3.3-3.5。

5.4结果判定：根据样品单株是否具有父母本互补带型，判定其是否为真实杂交种。共扩增192个单株，检出5株混杂。再利用筛选出的InDel标记对上述单株进行扩增分析，共扩增192个单株，检出5株混杂。结果如图2所示，图2a、2c、2e、2g为SSR方法的检测，2b、2d、2f、2h是InDel标记的检测结果，其中，图2a与2b中泳道样品一一对应，图2c与2d中泳道样品一一对应，图2e与2f中泳道样品一一对应，图2g与2h中泳道样品一一对应.由图2可以看出，相同的192份样品，InDel标记检测结果与SSR检测结果完全一致，说明水稻功能性InDel标记完全可用于杂交水稻种子纯度鉴定，并且InDel标记是检测碱基的插入和缺失的检测，结果更精确可靠。我们经过筛选获得的100多个标记能够实现检测要求，并不需要使用所有位点的标记。

尽管已描述了本发明的优选实施例，但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念，则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以，所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。

序列表

<120> 分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记、引物及应用

<160> 248

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 1

tctgccattg acggttacct 20

<210> 2

tcagtcaaaa ccaccaggga 20

<210> 3

tctgccattg acggttacct 20

<210> 4

tcagtcaaaa ccaccaggga 20

<210> 5

cccccaaaaa aatattgcaa atgg 24

<210> 6

caaagaaggg tggtctgctg 20

<210> 7

cccccaaaaa aatattgcaa atgg 24

<210> 8

caaagaaggg tggtctgctg 20

<210> 9

cgcaggtcaa atcgtcgaat 20

<210> 10

gtggacaaca tgaaatggtc ca 22

<210> 11

aaggattcct ttttgttgat atgtca 26

<210> 12

agaaggtgcc tgaagaaatg aataa 25

<210> 13

ttcaaccaat ccggacctca 20

<210> 14

tttctcgcct ctccttcctc 20

<210> 15

ggaggagaga gagagggaga 20

<210> 16

ggaaatagcg cggccact 18

<210> 17

atcctgacct gctcttgctt 20

<210> 18

ataggccacc ttgtcccttc 20

<210> 19

cgagctcgct taaatccttg g 21

<210> 20

tctttctagc cttgtttctg ca 22

<210> 21

catcaccttc cccctctcc 19

<210> 22

tccttccttt cctcgacctg 20

<210> 23

caggtcgagg aaaggaagga 20

<210> 24

ccttcgcctt ccattccatg 20

<210> 25

acttgggagg ttgaggatgg 20

<210> 26

caacgtgcct catcactctg 20

<210> 27

gggattgaag atgcgtgcat 20

<210> 28

tggggtagac ggggagataa 20

<210> 29

gtcatgctgt tgttgccgta 20

<210> 30

tggggtagac ggggagataa 20

<210> 31

cgtacgtaat gcagtggtca 20

<210> 32

atcgcatttg ccttgccttc 20

<210> 33

cgtacgtaat gcagtggtca 20

<210> 34

atcgcatttg ccttgccttc 20

<210> 35

ggccccagat gcattcaaaa 20

<210> 36

agattggggg taggaggagt 20

<210> 37

ccaaaaggtg ggggagaga 19

<210> 38

atcatgattg ctggcgagc 19

<210> 39

tgcaagatat attagaaccc tagct 25

<210> 40

gctgtactag ttaagtggcc c 21

<210> 41

tcaatctctc tatagcccgc a 21

<210> 42

gcgacatggc ttgatgatca 20

<210> 43

tttgggagtt gcaggttgtg 20

<210> 44

aaggtcctga tcgtgtggag 20

<210> 45

acggaaatgg gaaggagagg 20

<210> 46

ccactcgcta tccccaacc 19

<210> 47

acggaaatgg gaaggagagg 20

<210> 48

ccactcgcta tccccaacc 19

<210> 49

ggaacgaaca gaagccgatt 20

<210> 50

agcggtaggg tccaaaattg 20

<210> 51

gggagtagga gcagagcaaa 20

<210> 52

tgcactgcca aacttatgca 20

<210> 53

cgaagctgac gaacttgtgg 20

<210> 54

acacaactac tacttgccac tg 22

<210> 55

cgaagctgac gaacttgtgg 20

<210> 56

gcagggacag atgtggctaa 20

<210> 57

gtggatccat ggcgaattgg 20

<210> 58

gaagaggagg ggagagtcca 20

<210> 59

ccagttcagt agttcacaca cc 22

<210> 60

tcaattgttc atcgttctgg aca 23

<210> 61

ggcgccatca ggtctatact 20

<210> 62

tagttgcctc tgtggaagct 20

<210> 63

tgagcataag aagctgaaaa gaaa 24

<210> 64

ggagctgaga gggaaagagg 20

<210> 65

tgagcataag aagctgaaaa gaaa 24

<210> 66

ggagctgaga gggaaagagg 20

<210> 67

ccacagatcg gtgaaggact 20

<210> 68

atgggagaga ggaggaaagc 20

<210> 69

actgatgaag tccgagcatc a 21

<210> 70

acagaacaaa ctggtaggcc t 21

<210> 71

ttctgaggaa ggacgtacgc 20

<210> 72

ttattcatgt cacacggggc 20

<210> 73

ggcaagcatg atcactggag 20

<210> 74

tgagcttctc gcatgtttgc 20

<210> 75

gtaaatctag cgcgaggtcg 20

<210> 76

gtcgcggagt cagagtcg 18

<210> 77

taacgcaaaa gccacggc 18

<210> 78

cggtacttgt cccatcctgt 20

<210> 79

tacacaagag cacccaaacg 20

<210> 80

tggttgcatg ctaccactac 20

<210> 81

ccagtacaat cgaaccaagc a 21

<210> 82

ccacgaagta cttcctccgt 20

<210> 83

aagaagtggc ggagaggttt 20

<210> 84

gccgtacgcc attgatcttt 20

<210> 85

agccatataa ttatatgagc aaaatcca 28

<210> 86

agacgatact acctccatcc taaaa 25

<210> 87

gaagcaactg tcacccatgg 20

<210> 88

tacctgctca accaatcccc 20

<210> 89

tgagaaggag aaggagcacg 20

<210> 90

ccgtgaaatt ccggtggatt 20

<210> 91

ggggcagaag cattagaagc 20

<210> 92

cgagaaaaat ccccaccacc 20

<210> 93

gaaggtcatc aaggacgtgc 20

<210> 94

taacaccggc aggatcttcc 20

<210> 95

caaccgtgca tcctaccaag 20

<210> 96

ggtgcagagg tagcagatgt 20

<210> 97

ctagtccggc cgtacatgaa 20

<210> 98

agtttcttgt gtgacgcgtg 20

<210> 99

tcaattcgga gccaaacaag a 21

<210> 100

ggtggcgaat ggagtttgat 20

<210> 101

atcgggtgat ggagatgctc 20

<210> 102

ctgaggcatt catcgccatc 20

<210> 103

ccatgatctt aacccattcg aca 23

<210> 104

tggctcgcat taagtgatgc 20

<210> 105

gtgtagttgg tgttcctcgc 20

<210> 106

gagagtgctg ggaatctgga 20

<210> 107

ggtggaggac aggtggtatc 20

<210> 108

caaacaactc agccgccat 19

<210> 109

ggtggtatct tgtgccgtct 20

<210> 110

aaacaaacaa ctcagccgcc 20

<210> 111

acttgcatag cccaacaagg 20

<210> 112

gtcttggact cttggcactg 20

<210> 113

tgacgcttca gtgttcagtg 20

<210> 114

gtgtagatga gagggaccgg 20

<210> 115

cattgacgag ctgaagcaca 20

<210> 116

gcgcaacagt gagctatagc 20

<210> 117

gcccgaacta catgtccaac 20

<210> 118

ctccaccacc accacctc 18

<210> 119

gatgcggctt catcaccg 18

<210> 120

cggtgggacg acgttgag 18

<210> 121

gtacagcggc tggtccag 18

<210> 122

catgatcgcg aggatgttcg 20

<210> 123

gtgccaagaa gagacctcct 20

<210> 124

agccttagcc agataccaca 20

<210> 125

ggagatggag atgcagccta 20

<210> 126

ttcttccctt cccttccacc 20

<210> 127

tgttgcctca ccattaccac 20

<210> 128

ttcttccctt cccttccacc 20

<210> 129

caaatagcca cccacaccac 20

<210> 130

acaacagaac aacacaagca ga 22

<210> 131

caccccctct ctcaccattc 20

<210> 132

acaacagaac aacacaagca ga 22

<210> 133

tatcacttcg ctgtgtggct 20

<210> 134

ccatgggcga cgtctactc 19

<210> 135

cactcgcttc accccaaatc 20

<210> 136

cgtcaggaag ctcaggatgt 20

<210> 137

cactcgcttc accccaaatc 20

<210> 138

cgtcaggaag ctcaggatgt 20

<210> 139

gagtagacgt cgcccatgg 19

<210> 140

cgtcaggaag ctcaggatgt 20

<210> 141

ctggaacacc tcgacctctc 20

<210> 142

gatgaaggcg ttctgctcg 19

<210> 143

gtcgccatga tcccccct 18

<210> 144

ctcagcccac tcctctctct 20

<210> 145

agagagagga gtgggctgag 20

<210> 146

agcgaaccag ctcatccac 19

<210> 147

gacgaggagg tggactcttg 20

<210> 148

acatgccgtt gttgctgc 18

<210> 149

gacgaggagg tggactcttg 20

<210> 150

acatgccgtt gttgctgc 18

<210> 151

gacgaggagg tggactcttg 20

<210> 152

gatgcggttg tcgtagtacg 20

<210> 153

gacattccat ccaagggtgc 20

<210> 154

agagagggca gtgaacactc 20

<210> 155

gacattccat ccaagggtgc 20

<210> 156

agagagggca gtgaacactc 20

<210> 157

ccatttgctg ctgttccctt 20

<210> 158

tgcagagact tgcagctagt 20

<210> 159

gctcgacgca gagagacat 19

<210> 160

gttcacgacc acgccgac 18

<210> 161

gcatcctgat gattgttccc a 21

<210> 162

tctttcagca catggttggc 20

<210> 163

aggtgtccat catcgagagc 20

<210> 164

gagctcctgc atcgcctg 18

<210> 165

ctcacgcaca tccaactgc 19

<210> 166

cacatctcat ctcacgcgtc 20

<210> 167

gaaagccaag gagcaagcag 20

<210> 168

ctctccctct cctcacgaca 20

<210> 169

cctcccccca tttccatctt 20

<210> 170

atcttgttct cgatccgccg 20

<210> 171

cctcccccca tttccatctt 20

<210> 173

atcttgttct cgatccgccg 20

<210> 173

cctcccccca tttccatctt 20

<210> 174

agaaggtcac ctgcctgttt 20

<210> 175

ccgccctccc caatatctag 20

<210> 176

aagttacctg cggttggttg 20

<210> 177

caaactcaga tgctgcacca 20

<210> 178

gctgtgcagg atgaaatgct 20

<210> 179

gtctaaacca ttgcacgcca 20

<210> 180

tgatggagtt cgagggcatc 20

<210> 181

gtctaaacca ttgcacgcca 20

<210> 182

tgatggagtt cgagggcatc 20

<210> 183

acctatgcaa agtgagtaga gatt 24

<210> 184

atgcgctgca cacatgtaat 20

<210> 185

acctatgcaa agtgagtaga gatt 24

<210> 186

atgcgctgca cacatgtaat 20

<210> 187

acctatgcaa agtgagtaga gatt 24

<210> 188

atgcgctgca cacatgtaat 20

<210> 189

aacttggttg tttgcattac atgtg 25

<210> 190

tgatcatcac ctaagatttt ttagtctt 28

<210> 191

cttggggctc tcctacgatc 20

<210> 192

ccgcggaaac aacaacagaa 20

<210> 193

caggcctctg catagctgat 20

<210> 194

ctgagcaatc gcaaccatga 20

<210> 195

caggtaccgt tctccccg 18

<210> 196

gcgagcttct tggatctgtg 20

<210> 197

caggtaccgt tctccccg 18

<210> 198

gcgagcttct tggatctgtg 20

<210> 199

caggtaccgt tctccccg 18

<210> 200

gcgagcttct tggatctgtg 20

<210> 201

gctcttctcg tgcttggatg 20

<210> 202

ccagccgaag cagaatcaat 20

<210> 203

cacggaatcg agagtgagga 20

<210> 204

cggcatcttg agatcccact 20

<210> 205

agccacttct gaagacggta 20

<210> 206

gagcacttgt gtcaacccac 20

<210> 207

gcatcagtag cagtagcagc 20

<210> 208

cggagccaat aaggaggatt c 21

<210> 209

gcatcagtag cagtagcagc 20

<210> 210

cggagccaat aaggaggatt c 21

<210> 211

cctgtgcttc gcgatcaac 19

<210> 212

gtgtagcagg tggcctctg 19

<210> 213

cctgtgcttc gcgatcaac 19

<210> 214

gtgtagcagg tggcctctg 19

<210> 215

catcactggc gagcgaatag 20

<210> 216

ccatgcatat cgtcgacagc 20

<210> 217

actggtcatt gagttgctgc 20

<210> 218

gcacattgac acctgcagag 20

<210> 219

actggtcatt gagttgctgc 20

<210> 220

gcacattgac acctgcagag 20

<210> 221

cccacaagta gctgcagttg 20

<210> 222

tgccattgac ccaacctagt 20

<210> 223

aactactacc ttttgacttg acct 24

<210> 224

tggatgtata tgagtcccca cc 22

<210> 225

acatccaccc ttactaatat ttttcca 27

<210> 226

gagcagcagg aggagaagg 19

<210> 227

cgaggagcca gtagaagagg 20

<210> 228

ttctacctca gctccctcct 20

<210> 229

gtgaacatct cggacacgc 19

<210> 230

ccgtcacctt ctccatggt 19

<210> 231

tttgttgatg cggtggacag 20

<210> 232

ggcggtaacc aagaggaaac 20

<210> 233

gcgttgaagt agctcgacag 20

<210> 234

cctcaagccc aacatcatcg 20

<210> 235

agcggccttc tcaccatc 18

<210> 236

gtcctcgacg gtgaagcc 18

<210> 237

agcggccttc tcaccatc 18

<210> 238

gtcctcgacg gtgaagcc 18

<210> 239

cacaggaaag tctaccccga 20

<210> 240

cctcatggga tggtccttcc 20

<210> 241

cacaggaaag tctaccccga 20

<210> 242

cctcatggga tggtccttcc 20

<210> 243

cacaggaaag tctaccccga 20

<210> 244

cctcatggga tggtccttcc 20

<210> 245

gttcatgttg cttcctaacc ga 22

<210> 246

aggctacgta cactgcacaa 20

<210> 247

ggtgaatatc gtcccggaga 20

<210> 248

ccgagttcgt gcactacac 19

Claims

1.一种分析水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记，其特征在于，所述InDel标记在水稻中的位点如表1所示：

表1不同InDel标记位点、对应的引物序列

2.一种获得权利要求1所述的水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记的引物，其特征在于，获得所述InDel标记的对应的引物序列表1所示。

3.一种如权利要求1所述的分析水稻遗传多样性鉴定品种的InDel标记在水稻分子标记辅助育种中的应用。

4.一种获得权利要求2所述的水稻遗传多样性、鉴定品种的InDel标记的引物在水稻分子标记辅助育种中的应用。