CN106868150B - 一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用 - Google Patents

一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用，所述试剂盒包含47对常染色体InDel位点基因座、2对Y染色体InDel位点基因座以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物。所述试剂盒能够用于人类个体识别、亲权鉴定以及降解检材识别。本发明包含49个分型较均衡的InDel位点和1个性别鉴定基因，采用六色STR荧光检测系统，高于目前已经公开的法医InDel检测试剂盒；本发明适用于中国人群的检测；本发明建立的50个位点的扩增体系，扩增片段短，扩增子控制在200bp，适用于高度降解检材的InDel分型；本发明所述扩增体系提高了降解检材中位点的检出数目；本发明所述的体系中引入的2个Y‑InDel位点，能够对性别鉴定基因Amelogenin起到辅助判定的作用。

Description

一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增 试剂盒及其应用
技术领域
本发明属于分子生物学领域，涉及采用分子标记进行基因检测，具体为一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用。
背景技术
亲权鉴定和个体识别是法医DNA鉴定的主要内容。短串联重复序列(short tandemrepeat，STR)分型技术是目前普遍采用的技术手段。STR基因座是核心序列为2～6bp的短串联重复多态性遗传标记。20世纪90年代初，STR基因座首次作为一种重要的遗传标记在人类亲权鉴定中被使用。从此，法医物证鉴定进入了DNA鉴定时代。随着STR基因座在法医DNA分析中的广泛应用，其缺陷也日益受到关注，如STR基因座的高突变率不利于亲权鉴定的结果解释，PCR扩增子较长不易实现对降解检材的DNA分型，STR基因座的数量有限不利于复杂亲缘关系的鉴定等。而曾被学界提出有望作为STR替代标记的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)则因受到分型系统的限制而止步于更广泛的法医DNA鉴定的应用。
InDel多态性是人类基因组中一种特殊类型的二等位基因遗传标记，表现为基因组中插入或缺失了不同大小的小片段。InDel作为新一代的法医遗传学鉴定标记，兼具STR和SNP的优点。与STR相比，InDel突变频率较低，约为10-8，比STR小几个数量级，相对比较稳定。同时在结构上属于二等位基因多态性，等位基因都固定并且已知，能够通过很小的扩增子进行扩增，提高了扩增高度降解检材的成功率。与SNP相比，InDel本质上属于长度多态性，可以应用于目前法医DNA实验室普及的毛细管电泳技术平台上进行分析，分型技术易于掌握和普及。2006年，Mills等创建了第一个人类基因组InDel图谱。该图谱中包含有415000多个具有特异性的多态性位点，平均密度为每7.2kb一个InDel位点。2011年的随访研究又报道了在79种不同人群的基因组中发现了近200万个InDel多态性标记。这项工作被认为是InDel位点识别方面里程碑式的进展，大大促进了InDel在相关领域的研究，同时也引起了法医学领域的关注。2009年，Pereira等建立了一种用于人类个体识别的多重PCR体系，该体系包含有38个位于非编码区的常染色体InDel。目前法医学领域应用较多的InDel商品化试剂盒是QIAGEN公司的Investigator DIPplex Kit荧光标记复合扩增系统，该试剂盒包含了30个常染色体InDel位点，采用四色荧光标记技术，其优势在于能够通过一次PCR得到所有目标产物，产物通过毛细管电泳平台进行检测分型。但是由于InDel属于二等位基因，已有的报道显示30个InDel位点在国内外多个人群中的多态性表现不能完全达到司法鉴定案件中遗传标记的要求，且并非根据我国主要民族群体遗传学数据筛选得到的高多态性位点，因此一定程度上制约了该InDel试剂盒在个体识别和亲权鉴定上的应用。
中国专利CN101956005A，公开了一种荧光标记的插入缺失遗传多态性位点复合扩增系统及其应用，具体为：该现有技术包含扩增35个InDel位点的特异性引物，所述引物由FAM、HEX、TAMRA、ROX四种荧光素标记，该试剂盒可以应用于三联体亲子鉴定、二联体亲子鉴定、祖孙鉴定、同胞鉴定以及个体识别和人类学领域。本发明具有高灵敏度、多态性高、稳定性、重复性好、分型结果准确等优点。但是该现有技术存在以下不足：(1)采用四色荧光系统，鉴定效率较低；(2)部分PCR扩增产物大于200bp，对于降解的检材，检测效果不佳；(3)检测的位点较少，人群识别度不高。
发明内容
解决的技术问题：为了克服现有技术的缺陷，获得一种针对中国人群，且适用于高度降解的检材的鉴定分析的试剂盒，本发明提供了一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用。
技术方案：一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，所述试剂盒包含47对常染色体InDel位点基因座的特异性扩增引物、2对Y染色体InDel位点基因座的特异性扩增引物以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物；所述InDel位点基因座为：InDel-01(rs3067397)、InDel-02(rs10607699)、InDel-03(rs71852971)、InDel-04(rs67487831)、InDel-05(rs140683187)、InDel-06(rs5787309)、InDel-07(rs34287950)、InDel-08(rs67100350)、InDel-09(rs769299)、InDel-10(rs3076465)、InDel-11(rs67939200)、InDel-12(rs145941537)、InDel-13(rs67264216)、InDel-14(rs35453727)、InDel-15(rs35065898)、InDel-16(rs60575667)、InDel-17(rs66911131)、InDel-18(rs61490765)、InDel-19(rs34419736)、InDel-20(rs34421865)、InDel-21(rs66739142)、InDel-22(rs3029189)、InDel-23(rs33971783)、InDel-24(rs72085595)、InDel-25(rs34529638)、InDel-26(rs11277697)、InDel-27(rs10558392)、InDel-28(rs538690481)、InDel-29(rs140323077)、InDel-30(rs66477007)、InDel-31(rs3834231)、InDel-32(rs145577149)、InDel-33(rs35309403)、InDel-34(rs66595817)、InDel-35(rs1160980)、InDel-36(rs79225518)、InDel-37(rs3217112)、InDel-38(rs67426579)、InDel-39(rs151335218)、InDel-40(rs142221201)、InDel-41(rs34209360)、InDel-42(rs67700747)、InDel-43(rs67365630)、InDel-44(rs35464887)、InDel-45(rs5897566)、InDel-46(rs35267904)、InDel-47(rs67405073)、InDel-48(rs199815934)、InDel-49(rs76041101)，性别鉴定基因为Amelogenin；其中括号中的rs号表示该位点在dbSNP数据库中的编号。
上述InDel遗传多态性位点的筛选原则如下：应用VCFtools等生物信息分析软件，分析1000 Genomes Project和其它遗传信息数据库中的人类基因组遗传变异数据，筛选在东亚人群中多态性高的100个左右常染色体InDel、10个左右Y染色体InDel作为候选位点。建立单位点检测体系，使用候选InDel位点分别在10～20个汉族样本中进行分型，进一步筛选出单位点检验中多态性高、检验效果好的47个常染色体InDel位点、2个Y-InDel位点。其中最终筛选到的InDel位点必须符合：1、最低等位基因频率(MAF)0.3-0.5之间，对应的理论平均杂合度(HET)在0.4以上；2、Hardy—Weinberg平衡卡方检验p>0.05；3、intron区域的位点；4、InDel等位基因片段长度差异(插入或缺失的碱基)在3-6bp；5、分散在不同的染色体上且距离在5M以上；6、hg38版基因组以及DBsnp147-common中能找到的位点。
优选的，所述特异性扩增引物的序列如下：InDel-01、SEQ ID NO.1-2；InDel-02、SEQ ID NO.3-4；InDel-03、SEQ ID NO.5-6；InDel-04、SEQ ID NO.7-8；InDel-05、SEQ IDNO.9-10；InDel-06、SEQ ID NO.11-12；InDel-07、SEQ ID NO.13-14；InDel-08、SEQ IDNO.15-16；InDel-09、SEQ ID NO.17-18；InDel-10、SEQ ID NO.19-20；InDel-11、SEQ IDNO.21-22；InDel-12、SEQ ID NO.23-24；InDel-13、SEQ ID NO.25-26；InDel-14、SEQ IDNO.27-28；InDel-15、SEQ ID NO.29-30；InDel-16、SEQ ID NO.31-32；InDel-17、SEQ IDNO.33-34；InDel-18、SEQ ID NO.35-36；InDel-19、SEQ ID NO.37-38；InDel-20、SEQ IDNO.39-40；InDel-21、SEQ ID NO.41-42；InDel-22、SEQ ID NO.43-44；InDel-23、SEQ IDNO.45-46；InDel-24、SEQ ID NO.47-48；InDel-25、SEQ ID NO.49-50；InDel-26、SEQ IDNO.51-52；InDel-27、SEQ ID NO.53-54；InDel-28、SEQ ID NO.55-56；InDel-29、SEQ IDNO.57-58；InDel-30、SEQ ID NO.59-60；InDel-31、SEQ ID NO.61-62；InDel-32、SEQ IDNO.63-64；InDel-33、SEQ ID NO.65-66；InDel-34、SEQ ID NO.67-68；InDel-35、SEQ IDNO.69-70；InDel-36、SEQ ID NO.71-72；InDel-37、SEQ ID NO.73-74；InDel-38、SEQ IDNO.75-76；InDel-39、SEQ ID NO.77-78；InDel-40、SEQ ID NO.79-80；InDel-41、SEQ IDNO.81-82；InDel-42、SEQ ID NO.83-84；InDel-43、SEQ ID NO.85-86；InDel-44、SEQ IDNO.87-88；InDel-45、SEQ ID NO.89-90；InDel-46、SEQ ID NO.91-92；InDel-47、SEQ IDNO.93-94；InDel-48、SEQ ID NO.95-96；InDel-49、SEQ ID NO.97-98；Amelogenin、SEQ IDNO.99～100。
优选的，所述特异性扩增引物的浓度如下：InDel-01、0.08μM；InDel-02、0.1μM；InDel-03、0.07μM；InDel-04、0.06μM；InDel-05、0.12μM；InDel-06、0.09μM；InDel-07、0.07μM；InDel-08、0.07μM；InDel-09、0.11μM；InDel-10、0.09μM；InDel-11、0.08μM；InDel-12、0.05μM；InDel-13、0.07μM；InDel-14、0.08μM；InDel-15、0.12μM；InDel-16、0.11μM；InDel-17、0.1μM；InDel-18、0.06μM；InDel-19、0.07μM；InDel-20、0.11μM；InDel-21、0.08μM；InDel-22、0.06μM；InDel-23、0.07μM；InDel-24、0.12μM；InDel-25、0.11μM；InDel-26、0.06μM；InDel-27、0.08μM；InDel-28、0.08μM；InDel-29、0.07μM；InDel-30、0.09μM；InDel-31、0.05μM；InDel-32、0.06μM；InDel-33、0.12μM；InDel-34、0.08μM；InDel-35、0.09μM；InDel-36、0.07μM；InDel-37、0.11μM；InDel-38、0.1μM；InDel-39、0.05μM；InDel-40、0.06μM；InDel-41、0.13μM；InDel-42、0.09μM；InDel-43、0.08μM；InDel-44、0.07μM；InDel-45、0.05μM；InDel-46、0.06μM；InDel-47、0.1μM；InDel-48、0.11μM；InDel-49、0.09μM；Amelogenin、0.13μM。
所述试剂盒中的引物及其序列和浓度如下表所示：
优选的，所述特异性扩增引物的PCR扩增产物长度均小于200bp。
优选的，所述特异性扩增引物分为五组：第一组，InDel-04、InDel-07、InDel-12、InDel-18、InDel-22、InDel-23、InDel-27、InDel-31、InDel-36、InDel-40和InDel-46；第二组，InDel-01、InDel-03、InDel-08、InDel-11、InDel-13、InDel-19、InDel-26、InDel-28、InDel-32、InDel-34和InDel-45；第三组，InDel-02、InDel-05、InDel-09、InDel-15、InDel-16、InDel-30、InDel-35、InDel-38、InDel-43、InDel-48；第四组，InDel-06、InDel-14、InDel-20、InDel-25、InDel-33、InDel-39、InDel-42、InDel-47、Amelogenin；第五组：InDel-10、InDel-17、InDel-21、InDel-24、InDel-29、InDel-37、InDel-41、InDel-44、InDel-49；每对引物中至少一条采用荧光染料标记其5’端。
优选的，所述荧光染料为6-FAM、HEX、TAMRA、ROX、VIG中任意一种，且每组采用的荧光标记不同。
进一步的，所述特异性扩增引物分组及标记如下：荧光染料为6-FAM、HEX、TAMRA、ROX、VIG；其中6-FAM标记InDel-04、InDel-07、InDel-12、InDel-18、InDel-22、InDel-23、InDel-27、InDel-31、InDel-36、InDel-40和InDel-46；HEX标记InDel-01、InDel-03、InDel-08、InDel-11、InDel-13、InDel-19、InDel-26、InDel-28、InDel-32、InDel-34和InDel-45；TAMRA标记InDel-02、InDel-05、InDel-09、InDel-15、InDel-16、InDel-30、InDel-35、InDel-38、InDel-43、InDel-48；ROX标记InDel-06、InDel-14、InDel-20、InDel-25、InDel-33、InDel-39、InDel-42、InDel-47、Amelogenin；VIG标记InDel-10、InDel-17、InDel-21、InDel-24、InDel-29、InDel-37、InDel-41、InDel-44、InDel-49。
所述试剂盒中含有分子量内标，且分子量内标由橙色荧光SIZ标记。
优选的，所述试剂盒包括2.5×Reaction Mix，2mL；基因组DNA，10ng；5×引物混合物，1mL；5U/μL的热启动Taq酶，100μL；sdH2O，1.95mL；其中，所述的2.5×Reaction Mix成分为：7.5mM MgCl2，125mM Tris-HCl(pH8.3)，125mM KCl,7.5mM dNTPs,2mg/mL BSA，1％PCR增强剂。
所述的人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒在人类个体识别、亲权鉴定以及降解检材识别中的应用。
优选的，所述应用的程序为采用聚合酶链式反应扩增InDel位点，并通过毛细管电泳检测扩增产物。
有益效果：(1)本发明包含49个分型较均衡的InDel位点和1个性别鉴定基因，采用六色STR荧光检测系统，高于目前已经公开的法医InDel检测试剂盒；(2)本发明包含的49个InDel位点筛选自我国主要民族群体遗传学数据，适用于中国人群的检测；(3)本发明建立的50个位点的扩增体系，扩增片段短，扩增子控制在200bp，适用于高度降解检材的InDel分型；(4)本发明建立的50个位点的扩增体系，提高了降解检材中位点的检出数目；(5)本发明所述的体系中引入的2个Y-InDel位点，能够对性别鉴定基因Amelogenin起到辅助判定的作用。
附图说明
图1是由血液滤纸收集的血液样本InDel位点分型图；
图2是陈旧骨骼样本InDel位点分型图。
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改和替换，均属于本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1
一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，所述试剂盒包含47对常染色体InDel位点基因座的特异性扩增引物、2对Y染色体InDel位点基因座的特异性扩增引物以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物；所述InDel位点基因座为：InDel-01(rs3067397)、InDel-02(rs10607699)、InDel-03(rs71852971)、InDel-04(rs67487831)、InDel-05(rs140683187)、InDel-06(rs5787309)、InDel-07(rs34287950)、InDel-08(rs67100350)、InDel-09(rs769299)、InDel-10(rs3076465)、InDel-11(rs67939200)、InDel-12(rs145941537)、InDel-13(rs67264216)、InDel-14(rs35453727)、InDel-15(rs35065898)、InDel-16(rs60575667)、InDel-17(rs66911131)、InDel-18(rs61490765)、InDel-19(rs34419736)、InDel-20(rs34421865)、InDel-21(rs66739142)、InDel-22(rs3029189)、InDel-23(rs33971783)、InDel-24(rs72085595)、InDel-25(rs34529638)、InDel-26(rs11277697)、InDel-27(rs10558392)、InDel-28(rs538690481)、InDel-29(rs140323077)、InDel-30(rs66477007)、InDel-31(rs3834231)、InDel-32(rs145577149)、InDel-33(rs35309403)、InDel-34(rs66595817)、InDel-35(rs1160980)、InDel-36(rs79225518)、InDel-37(rs3217112)、InDel-38(rs67426579)、InDel-39(rs151335218)、InDel-40(rs142221201)、InDel-41(rs34209360)、InDel-42(rs67700747)、InDel-43(rs67365630)、InDel-44(rs35464887)、InDel-45(rs5897566)、InDel-46(rs35267904)、InDel-47(rs67405073)、InDel-48(rs199815934)、InDel-49(rs76041101)，性别鉴定基因为Amelogenin；其中括号中的rs号表示该位点在dbSNP数据库中的编号。
上述InDel遗传多态性位点的筛选原则如下：应用VCFtools等生物信息分析软件，分析1000 Genomes Project和其它遗传信息数据库中的人类基因组遗传变异数据，筛选在东亚人群中多态性高的100个左右常染色体InDel、10个左右Y染色体InDel作为候选位点。建立单位点检测体系，使用候选InDel位点分别在10～20个汉族样本中进行分型，进一步筛选出单位点检验中多态性高、检验效果好的47个常染色体InDel位点、2个Y-InDel位点。其中最终筛选到的InDel位点必须符合：1、最低等位基因频率(MAF)0.3-0.5之间，对应的理论平均杂合度(HET)在0.4以上；2、Hardy—Weinberg平衡卡方检验p>0.05；3、intron区域的位点；4、InDel等位基因片段长度差异(插入或缺失的碱基)在3-6bp；5、分散在不同的染色体上且距离在5M以上；6、hg38版基因组以及DBsnp147-common中能找到的位点。
所述特异性扩增引物的序列如下：InDel-01、SEQ ID NO.1-2；InDel-02、SEQ IDNO.3-4；InDel-03、SEQ ID NO.5-6；InDel-04、SEQ ID NO.7-8；InDel-05、SEQ ID NO.9-10；InDel-06、SEQ ID NO.11-12；InDel-07、SEQ ID NO.13-14；InDel-08、SEQ ID NO.15-16；InDel-09、SEQ ID NO.17-18；InDel-10、SEQ ID NO.19-20；InDel-11、SEQ ID NO.21-22；InDel-12、SEQ ID NO.23-24；InDel-13、SEQ ID NO.25-26；InDel-14、SEQ ID NO.27-28；InDel-15、SEQ ID NO.29-30；InDel-16、SEQ ID NO.31-32；InDel-17、SEQ ID NO.33-34；InDel-18、SEQ ID NO.35-36；InDel-19、SEQ ID NO.37-38；InDel-20、SEQ ID NO.39-40；InDel-21、SEQ ID NO.41-42；InDel-22、SEQ ID NO.43-44；InDel-23、SEQ ID NO.45-46；InDel-24、SEQ ID NO.47-48；InDel-25、SEQ ID NO.49-50；InDel-26、SEQ ID NO.51-52；InDel-27、SEQ ID NO.53-54；InDel-28、SEQ ID NO.55-56；InDel-29、SEQ ID NO.57-58；InDel-30、SEQ ID NO.59-60；InDel-31、SEQ ID NO.61-62；InDel-32、SEQ ID NO.63-64；InDel-33、SEQ ID NO.65-66；InDel-34、SEQ ID NO.67-68；InDel-35、SEQ ID NO.69-70；InDel-36、SEQ ID NO.71-72；InDel-37、SEQ ID NO.73-74；InDel-38、SEQ ID NO.75-76；InDel-39、SEQ ID NO.77-78；InDel-40、SEQ ID NO.79-80；InDel-41、SEQ ID NO.81-82；InDel-42、SEQ ID NO.83-84；InDel-43、SEQ ID NO.85-86；InDel-44、SEQ ID NO.87-88；InDel-45、SEQ ID NO.89-90；InDel-46、SEQ ID NO.91-92；InDel-47、SEQ ID NO.93-94；InDel-48、SEQ ID NO.95-96；InDel-49、SEQ ID NO.97-98；Amelogenin、SEQ ID NO.99～100。
所述特异性扩增引物的浓度如下：InDel-01、0.08μM；InDel-02、0.1μM；InDel-03、0.07μM；InDel-04、0.06μM；InDel-05、0.12μM；InDel-06、0.09μM；InDel-07、0.07μM；InDel-08、0.07μM；InDel-09、0.11μM；InDel-10、0.09μM；InDel-11、0.08μM；InDel-12、0.05μM；InDel-13、0.07μM；InDel-14、0.08μM；InDel-15、0.12μM；InDel-16、0.11μM；InDel-17、0.1μM；InDel-18、0.06μM；InDel-19、0.07μM；InDel-20、0.11μM；InDel-21、0.08μM；InDel-22、0.06μM；InDel-23、0.07μM；InDel-24、0.12μM；InDel-25、0.11μM；InDel-26、0.06μM；InDel-27、0.08μM；InDel-28、0.08μM；InDel-29、0.07μM；InDel-30、0.09μM；InDel-31、0.05μM；InDel-32、0.06μM；InDel-33、0.12μM；InDel-34、0.08μM；InDel-35、0.09μM；InDel-36、0.07μM；InDel-37、0.11μM；InDel-38、0.1μM；InDel-39、0.05μM；InDel-40、0.06μM；InDel-41、0.13μM；InDel-42、0.09μM；InDel-43、0.08μM；InDel-44、0.07μM；InDel-45、0.05μM；InDel-46、0.06μM；InDel-47、0.1μM；InDel-48、0.11μM；InDel-49、0.09μM；Amelogenin、0.13μM。
所述试剂盒中的引物及其序列和浓度如下表所示：
所述特异性扩增引物的PCR扩增产物长度均小于200bp。
所述特异性扩增引物分组及标记如下：荧光染料为6-FAM、HEX、TAMRA、ROX、VIG；其中6-FAM标记InDel-04、InDel-07、InDel-12、InDel-18、InDel-22、InDel-23、InDel-27、InDel-31、InDel-36、InDel-40和InDel-46；HEX标记InDel-01、InDel-03、InDel-08、InDel-11、InDel-13、InDel-19、InDel-26、InDel-28、InDel-32、InDel-34和InDel-45；TAMRA标记InDel-02、InDel-05、InDel-09、InDel-15、InDel-16、InDel-30、InDel-35、InDel-38、InDel-43、InDel-48；ROX标记InDel-06、InDel-14、InDel-20、InDel-25、InDel-33、InDel-39、InDel-42、InDel-47、Amelogenin；VIG标记InDel-10、InDel-17、InDel-21、InDel-24、InDel-29、InDel-37、InDel-41、InDel-44、InDel-49。
所述试剂盒中含有分子量内标，且分子量内标由橙色荧光SIZ标记。
所述试剂盒包括2.5×Reaction Mix，2mL；基因组DNA，10ng；5×引物混合物，1mL；5U/μL的热启动Taq酶，100μL；sdH2O，1.95mL；其中，所述的2.5×Reaction Mix成分为：7.5mM MgCl2，125mM Tris-HCl(pH8.3)，125mM KCl,7.5mM dNTPs,2mg/mL BSA，1％PCR增强剂。PCR增强剂为海藻糖、浓度低于5％的聚乙二醇、二甲压砜、NP40中的一种。
将上述试剂盒用于检测由血液滤纸收集的血迹样本，操作步骤如下：
扩增体系：
组分 体积
Reaction Mix 4.0μL
1.0mm孔径纸片 1片
引物 2.0μL
热启动Taq酶 0.4μL
sdH<sub>2</sub>O 补足至10.0μL
扩增程序：
扩增产物在遗传分析仪上荧光检测：
由去离子甲酰胺与系统中分子量内标AGCU Marker SIZ-500组成上样混合物〔(0.5μl AGCU Marker SIZ-500(无锡中德美联生物技术有限公司))×(进样数)+(12μl去离子甲酰胺)×(进样数)〕。将12.5μl上样混合物与本试剂盒中1μl扩增产物混合，避免产生气泡。95℃变性3分钟，冰浴3分钟，并尽快电泳；用遗传分析仪检测分析。
分型分析：用片段分析软件GeneMapper IDX分析遗传分析仪检测收集的数据。
结论：应用本实施例所述试剂盒对常用建库检材样本共计50份。试剂盒的检出率是100％。如图1所示的某血滤纸收集的血迹样本InDel位点分型。
实施例2
采用实施例1所述的试剂盒检测陈旧骨骼样本。
扩增体系：
其中，DNA样本的提取参考《GA/T 383-2002法庭科学DNA实验室检验规范》进行，此类样本均由磁珠法提取。
扩增程序：
扩增产物在遗传分析仪上荧光检测：
由去离子甲酰胺与系统中分子量内标AGCU Marker SIZ-500组成上样混合物〔(0.5μl AGCU Marker SIZ-500(无锡中德美联生物技术有限公司))×(进样数)+(12μl去离子甲酰胺)×(进样数)〕。将12.5μl上样混合物与本试剂盒中1μl扩增产物混合，避免产生气泡。95℃变性3分钟，冰浴3分钟，并尽快电泳；用遗传分析仪检测分析。
分型分析：用片段分析软件GeneMapper IDX分析遗传分析仪检测收集的数据。
结论：应用本发明所述试剂盒对实际案件降解检材样本共计13份。试剂盒的检出率是61.5％。本发明所述试剂盒由于扩增片段更短，在降解的检材中表现较好，如图2所示的陈旧骨骼样本。
SEQUENCE LISTING
<110> 无锡中德美联生物技术有限公司
<120> 一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用
<130>
<160> 100
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
aagtagatag ccaggggcca 20
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
tgcttcactc catccaggat tt 22
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
atcagtgaaa acttggaggg t 21
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
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aaagcaggca aggagctagg 20
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<212> DNA
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<400> 5
atatccaagg actcaaaaca ttctc 25
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
acagccacta ccaataactg ct 22
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
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gtagcccagc ctaaagacac a 21
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ctcaaaacaa acaaacaaac a 21
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
acacaatgct ctaggacttg ga 22
<210> 10
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
tggaatcata gaccctcacc t 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
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cataataata acttgtctat gtccc 25
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
ttcccaatct tccagtggtc tcc 23
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
tattttggga aaagccaatg gaga 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
atatctccca agggccatct gt 22
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
gatgcccaga acccaccata ggg 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
tttttgaatg aagcgagaac taa 23
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
tcctatgcaa gttgtttaca gtgtt 25
<210> 18
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
actaaagcat atttgggagg atgt 24
<210> 19
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
gttttgctgt cacttattcg tgt 23
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 20
tcctcacatg ttatttttct tggac 25
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
agagtggact ctgtgcttgc 20
<210> 22
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<212> DNA
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ttagtgcctg cagtgccttc 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
agctcattag agccacagac ac 22
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
agcaagcagg cttagaaagt tttag 25
<210> 25
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<212> DNA
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<400> 25
agggtgtgga gaaacaggag aca 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
caaagtgctg ggattgcagg cgt 23
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
cctggattac catcacgtct g 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
cttttcactg aagtgggcca tc 22
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
atgtctagga aggcactctg ttg 23
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<212> DNA
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<400> 31
gtcctctctt ggttctgggc 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
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<212> DNA
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
aatgtcattt tagcaagatg aggc 24
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
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cctacctgcc tctgagtcct 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tgcagaagca tctctggagc 20
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<212> DNA
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catcttgtta agttcccctg cc 22
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<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 43
ggaggacaaa gcatggcaat c 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 44
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<210> 45
<211> 20
<212> DNA
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<212> DNA
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<213> 人工序列
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<212> DNA
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tccaacagcg ctcatagtgg 20
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<213> 人工序列
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gttctgtagg atctcaggca ca 22
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 52
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 53
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<213> 人工序列
<400> 67
gtagttcctc acatgccccc 20
<210> 68
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 68
ctccgtgatc aaggtgtgct 20
<210> 69
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 69
tcctactctg actcctagct tgt 23
<210> 70
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 70
aattatttga atgtattcct tta 23
<210> 71
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 71
agatgggttt gcaaagtgaa aagt 24
<210> 72
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 72
tttgctgtta ctggttacat cttct 25
<210> 73
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 73
ctggccgcaa gaccaaataa c 21
<210> 74
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 74
ttgagatcat aaaggccgac aa 22
<210> 75
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 75
ttttaagcat tgacaagcca cca 23
<210> 76
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 76
cctggtattc atgacgctcc 20
<210> 77
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 77
attgtctagc cagggcccat t 21
<210> 78
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 78
tccactccac ttctctaggg tcta 24
<210> 79
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 79
tgcaaaactc ggatgtacgt t 21
<210> 80
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 80
agtggaaatg ccacaattag ga 22
<210> 81
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 81
ttaagcatct ctatgccccg a 21
<210> 82
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 82
gctcatttgc ctaagtgggg 20
<210> 83
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 83
ctctgtcaca tctgccctgg 20
<210> 84
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 84
gacctgagat cccacacagc 20
<210> 85
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 85
ctgaagatgt gacaaccgac tg 22
<210> 86
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 86
cccttcacat aggctcaggt c 21
<210> 87
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 87
gagaactaca tgtacccggc tt 22
<210> 88
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 88
tccattagct ccattcaagg gtaa 24
<210> 89
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 89
aagtctcctg gttgggttaa g 21
<210> 90
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 90
atcagaacag ctgctacttg c 21
<210> 91
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 91
tggactctac tcaagacctt cca 23
<210> 92
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 92
gacatttggc cacagaaccg 20
<210> 93
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 93
tccaaaggat gtgagaccta aat 23
<210> 94
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 94
cctgtacaac tgtacatggc aac 23
<210> 95
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 95
agtacccaaa tcaactcaac tcca 24
<210> 96
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 96
ccatgtactt tgtccaatgc tg 22
<210> 97
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 97
accagaatgc tgtttatcct ct 22
<210> 98
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 98
ttctaacaca ccaatgaagc caaat 25
<210> 99
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 99
tgtgttgatt ctttatccca g 21
<210> 100
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 100
gacacaggct tgaggccaac c 21

Claims (8)

1.一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含47对常染色体InDel位点基因座的特异性扩增引物、2对Y染色体InDel位点基因座的特异性扩增引物以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物；所述InDel位点基因座为：InDel-01：rs3067397、InDel-02：rs10607699、InDel-03：rs71852971、InDel-04：rs67487831、InDel-05：rs140683187、InDel-06：rs5787309、InDel-07：rs34287950、InDel-08：rs67100350、InDel-09：rs769299、InDel-10：rs3076465、InDel-11：rs67939200、InDel-12：rs145941537、InDel-13：rs67264216、InDel-14：rs35453727、InDel-15：rs35065898、InDel-16：rs60575667、InDel-17：rs66911131、InDel-18：rs61490765、InDel-19：rs34419736、InDel-20：rs34421865、InDel-21：rs66739142、InDel-22：rs3029189、InDel-23：rs33971783、InDel-24：rs72085595、InDel-25：rs34529638、InDel-26：rs11277697、InDel-27：rs10558392、InDel-28：rs538690481、InDel-29：rs140323077、InDel-30：rs66477007、InDel-31：rs3834231、InDel-32：rs145577149、InDel-33：rs35309403、InDel-34：rs66595817、InDel-35：rs1160980、InDel-36：rs79225518、InDel-37：rs3217112、InDel-38：rs67426579、InDel-39：rs151335218、InDel-40：rs142221201、InDel-41：rs34209360、InDel-42：rs67700747、InDel-43：rs67365630、InDel-44：rs35464887、InDel-45：rs5897566、InDel-46：rs35267904、InDel-47：rs67405073、InDel-48：rs199815934、InDel-49：rs76041101，性别鉴定基因为Amelogenin；其中所述的rs号表示该位点在dbSNP数据库中的编号；所述特异性扩增引物的序列如下：InDel-01、SEQ ID NO.1-2；InDel-02、SEQ ID NO.3-4；InDel-03、SEQ ID NO.5-6；InDel-04、SEQ ID NO.7-8；InDel-05、SEQ IDNO.9-10；InDel-06、SEQ ID NO.11-12；InDel-07、SEQ ID NO.13-14；InDel-08、SEQ IDNO.15-16；InDel-09、SEQ ID NO.17-18；InDel-10、SEQ ID NO.19-20；InDel-11、SEQ IDNO.21-22；InDel-12、SEQ ID NO.23-24；InDel-13、SEQ ID NO.25-26；InDel-14、SEQ IDNO.27-28；InDel-15、SEQ ID NO.29-30；InDel-16、SEQ ID NO.31-32；InDel-17、SEQ IDNO.33-34；InDel-18、SEQ ID NO.35-36；InDel-19、SEQ ID NO.37-38；InDel-20、SEQ IDNO.39-40；InDel-21、SEQ ID NO.41-42；InDel-22、SEQ ID NO.43-44；InDel-23、SEQ IDNO.45-46；InDel-24、SEQ ID NO.47-48；InDel-25、SEQ ID NO.49-50；InDel-26、SEQ IDNO.51-52；InDel-27、SEQ ID NO.53-54；InDel-28、SEQ ID NO.55-56；InDel-29、SEQ IDNO.57-58；InDel-30、SEQ ID NO.59-60；InDel-31、SEQ ID NO.61-62；InDel-32、SEQ IDNO.63-64；InDel-33、SEQ ID NO.65-66；InDel-34、SEQ ID NO.67-68；InDel-35、SEQ IDNO.69-70；InDel-36、SEQ ID NO.71-72；InDel-37、SEQ ID NO.73-74；InDel-38、SEQ IDNO.75-76；InDel-39、SEQ ID NO.77-78；InDel-40、SEQ ID NO.79-80；InDel-41、SEQ IDNO.81-82；InDel-42、SEQ ID NO.83-84；InDel-43、SEQ ID NO.85-86；InDel-44、SEQ IDNO.87-88；InDel-45、SEQ ID NO.89-90；InDel-46、SEQ ID NO.91-92；InDel-47、SEQ IDNO.93-94；InDel-48、SEQ ID NO.95-96；InDel-49、SEQ ID NO.97-98；Amelogenin、SEQ IDNO.99-100。
2.根据权利要求1所述的一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物的浓度如下：InDel-01、0.08μM；InDel-02、0.1μM；InDel-03、0.07μM；InDel-04、0.06μM；InDel-05、0.12μM；InDel-06、0.09μM；InDel-07、0.07μM；InDel-08、0.07μM；InDel-09、0.11μM；InDel-10、0.09μM；InDel-11、0.08μM；InDel-12、0.05μM；InDel-13、0.07μM；InDel-14、0.08μM；InDel-15、0.12μM；InDel-16、0.11μM；InDel-17、0.1μM；InDel-18、0.06μM；InDel-19、0.07μM；InDel-20、0.11μM；InDel-21、0.08μM；InDel-22、0.06μM；InDel-23、0.07μM；InDel-24、0.12μM；InDel-25、0.11μM；InDel-26、0.06μM；InDel-27、0.08μM；InDel-28、0.08μM；InDel-29、0.07μM；InDel-30、0.09μM；InDel-31、0.05μM；InDel-32、0.06μM；InDel-33、0.12μM；InDel-34、0.08μM；InDel-35、0.09μM；InDel-36、0.07μM；InDel-37、0.11μM；InDel-38、0.1μM；InDel-39、0.05μM；InDel-40、0.06μM；InDel-41、0.13μM；InDel-42、0.09μM；InDel-43、0.08μM；InDel-44、0.07μM；InDel-45、0.05μM；InDel-46、0.06μM；InDel-47、0.1μM；InDel-48、0.11μM；InDel-49、0.09μM；Amelogenin、0.13μM。
3.根据权利要求1所述的一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物的PCR扩增产物长度均小于200bp。
4.根据权利要求1所述的一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物分为五组：第一组，InDel-04、InDel-07、InDel-12、InDel-18、InDel-22、InDel-23、InDel-27、InDel-31、InDel-36、InDel-40和InDel-46；第二组，InDel-01、InDel-03、InDel-08、InDel-11、InDel-13、InDel-19、InDel-26、InDel-28、InDel-32、InDel-34和InDel-45；第三组，InDel-02、InDel-05、InDel-09、InDel-15、InDel-16、InDel-30、InDel-35、InDel-38、InDel-43、InDel-48；第四组，InDel-06、InDel-14、InDel-20、InDel-25、InDel-33、InDel-39、InDel-42、InDel-47、Amelogenin；第五组：InDel-10、InDel-17、InDel-21、InDel-24、InDel-29、InDel-37、InDel-41、InDel-44、InDel-49；每对引物中至少一条采用荧光染料标记其5’端。
5.根据权利要求4所述的一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，其特征在于，所述荧光染料为6-FAM、HEX、TAMRA、ROX、VIG中任意一种，且每组采用的荧光标记不同。
6.根据权利要求1所述的一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括2.5×Reaction Mix，2mL；基因组DNA，10ng；5×引物混合物，1mL；5U/μL的热启动Taq酶，100μL；sdH2O，1.95mL；其中，所述的2.5×Reaction Mix成分为：7.5mM MgCl2，pH8.3的125mM Tris-HCl，125mM KCl, 7.5mM dNTPs, 2mg/mL BSA，1% PCR增强剂。
7.权利要求1所述的人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒在人类个体识别、亲权鉴定以及降解检材识别中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述应用的程序为采用聚合酶链式反应扩增InDel位点，并通过毛细管电泳检测扩增产物。
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Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107541554B (zh) * 2017-09-14 2021-06-11 中山大学 用于人体个体识别和/或亲权鉴定的遗传标记及其检测方法和试剂盒
CN108220413B (zh) * 2018-02-05 2021-06-29 浙江省公安物证鉴定中心 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用
CN108060240B (zh) * 2018-02-12 2019-06-04 江苏苏博生物医学股份有限公司 一种用于插入缺失多态性检测的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
CN108384842B (zh) * 2018-02-27 2021-04-27 宁波海尔施基因科技有限公司 一种对疑是人源的未知生物样本进行物种及人源个体识别鉴定的复合pcr扩增方法
CN108676856B (zh) * 2018-04-17 2022-07-22 深圳华大法医科技有限公司 人类x染色体str位点检测系统、dna样品分析方法及引物对
CN109321662B (zh) * 2018-10-31 2022-03-29 浙江省公安物证鉴定中心 一种人类Y染色体15个Indel基因座的荧光标记复合扩增试剂盒
CN109762909A (zh) * 2018-12-09 2019-05-17 朱波峰 一种用于降解检材法医学个体鉴识的44个InDels位点复合扩增检测试剂盒
CN110257489A (zh) * 2019-06-17 2019-09-20 南方医科大学 一种基于二代测序的30个Multiple-allele SNP位点的检测技术体系
CN110241234B (zh) * 2019-07-19 2020-07-21 华中科技大学 一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用
CN113584179A (zh) * 2021-04-14 2021-11-02 南方医科大学 一种用于降解检材分型的人类常染色体和性染色体上64个基因座的六色荧光标记检测体系
CN114438173B (zh) * 2022-01-18 2023-11-21 广州市刑事科学技术研究所 同时检测60个InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及应用
CN114774409A (zh) * 2022-03-10 2022-07-22 南方医科大学 基于224个InDel和57个SNP位点的二代测序检测体系
CN114480678B (zh) * 2022-03-28 2023-09-05 山西医科大学 基于CpG-InDel/STR标记的精液来源鉴定及个人识别试剂盒

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101956005A (zh) * 2010-08-13 2011-01-26 司法部司法鉴定科学技术研究所 一种荧光标记的插入缺失遗传多态性位点复合扩增系统及其应用
CN105695569A (zh) * 2015-12-11 2016-06-22 广东华美众源生物科技有限公司 一种人类基因组33个基因座的复合扩增试剂盒及其应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101956005A (zh) * 2010-08-13 2011-01-26 司法部司法鉴定科学技术研究所 一种荧光标记的插入缺失遗传多态性位点复合扩增系统及其应用
CN105695569A (zh) * 2015-12-11 2016-06-22 广东华美众源生物科技有限公司 一种人类基因组33个基因座的复合扩增试剂盒及其应用

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