CN106795530A - 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞 - Google Patents

用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞 Download PDF

Info

Publication number
CN106795530A
CN106795530A CN201580043006.XA CN201580043006A CN106795530A CN 106795530 A CN106795530 A CN 106795530A CN 201580043006 A CN201580043006 A CN 201580043006A CN 106795530 A CN106795530 A CN 106795530A
Authority
CN
China
Prior art keywords
activity
coa
ala
acid
leu
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201580043006.XA
Other languages
English (en)
Inventor
A.L.博特斯
A.V.E.康拉迪
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Invista Textiles UK Ltd
Original Assignee
Technology Of English Weida LLC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Technology Of English Weida LLC filed Critical Technology Of English Weida LLC
Publication of CN106795530A publication Critical patent/CN106795530A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/62—Carboxylic acid esters
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C69/00—Esters of carboxylic acids; Esters of carbonic or haloformic acids
    • C07C69/52—Esters of acyclic unsaturated carboxylic acids having the esterified carboxyl group bound to an acyclic carbon atom
    • C07C69/533—Monocarboxylic acid esters having only one carbon-to-carbon double bond
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0008—Oxidoreductases (1.) acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1025—Acyltransferases (2.3)
    • C12N9/1029—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1096—Transferases (2.) transferring nitrogenous groups (2.6)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/18—Carboxylic ester hydrolases (3.1.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P11/00—Preparation of sulfur-containing organic compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P13/00—Preparation of nitrogen-containing organic compounds
    • C12P13/001—Amines; Imines
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P13/00—Preparation of nitrogen-containing organic compounds
    • C12P13/005—Amino acids other than alpha- or beta amino acids, e.g. gamma amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P17/00—Preparation of heterocyclic carbon compounds with only O, N, S, Se or Te as ring hetero atoms
    • C12P17/10—Nitrogen as only ring hetero atom
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/02—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group
    • C12P7/04—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group acyclic
    • C12P7/18—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group acyclic polyhydric
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/24—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carbonyl group
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/40—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/40—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
    • C12P7/42—Hydroxy-carboxylic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/40—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
    • C12P7/44—Polycarboxylic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y102/00—Oxidoreductases acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2)
    • C12Y102/99—Oxidoreductases acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2) with other acceptors (1.2.99)
    • C12Y102/99006—Carboxylate reductase (1.2.99.6)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y203/00—Acyltransferases (2.3)
    • C12Y203/01—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
    • C12Y203/01016—Acetyl-CoA C-acyltransferase (2.3.1.16)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y206/00—Transferases transferring nitrogenous groups (2.6)
    • C12Y206/01—Transaminases (2.6.1)
    • C12Y206/01018—Beta-alanine-pyruvate transaminase (2.6.1.18)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y206/00—Transferases transferring nitrogenous groups (2.6)
    • C12Y206/01—Transaminases (2.6.1)
    • C12Y206/01019—4-Aminobutyrate—2-oxoglutarate transaminase (2.6.1.19)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y206/00—Transferases transferring nitrogenous groups (2.6)
    • C12Y206/01—Transaminases (2.6.1)
    • C12Y206/01029—Diamine transaminase (2.6.1.29)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y206/00—Transferases transferring nitrogenous groups (2.6)
    • C12Y206/01—Transaminases (2.6.1)
    • C12Y206/01048—5-Aminovalerate transaminase (2.6.1.48)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y206/00—Transferases transferring nitrogenous groups (2.6)
    • C12Y206/01—Transaminases (2.6.1)
    • C12Y206/01082—Putrescine aminotransferase (2.6.1.82)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
    • C12Y301/01—Carboxylic ester hydrolases (3.1.1)
    • C12Y301/01085—Pimelyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase (3.1.1.85)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
    • C12Y301/02—Thioester hydrolases (3.1.2)

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Abstract

本文件描述了使用脂肪酸O‑甲基转移酶，硫酯酶，CoA转移酶，CoA连接酶中的一种或多种从前体，诸如2‑酮戊二酸，乙酰CoA，或琥珀酰‑CoA产生2(E)‑庚烯二酰基‑CoA甲酯的生物化学途径，以及表达一种或多种此类酶的重组宿主。可以使用反式‑2‑烯酰基‑CoA还原酶，和甲酯酶将2(E)‑庚烯二酰基‑CoA甲酯酶促转化为庚二酰‑CoA。可以将庚二酰‑CoA酶促转化为庚二酸，7‑氨基庚酸，7‑羟基庚酸，七亚甲基二胺，或1,7‑庚二醇。

Description

用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
对相关申请的交叉引用
本申请要求均于2014年06月16日提交的美国申请号62/012,674和62/012,735的优先权，其公开内容通过提述以其整体并入本文。
发明领域
本发明涉及在重组宿主中使用具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽遮蔽用末端羧基官能化的碳链脂肪族主链的方法。本发明还涉及在宿主中使用如下一种或多种生物合成庚烯二酰基-CoA甲酯的方法：(i)具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽(ii)具有硫酯酶活性或CoA-转移酶活性的多肽，或(iii)具有CoA连接酶活性的多肽，以及涉及表达一种或多种此类酶的重组宿主细胞。另外，本发明还涉及使用具有反式-烯酰基-CoA还原酶活性的多肽和/或具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶活性的多肽将庚-2-烯二酰基-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA的方法，以及将庚二酰-CoA酶促转化为庚二酸，7-氨基庚酸，七亚甲基二胺，7-羟基庚酸，和1,7-庚二醇(以下称为“C7构件块”)中一种或多种，以及产生这种C7构件块的重组宿主。
发明背景
尼龙是聚酰胺，其有时通过二胺与二羧酸的缩合聚合而合成。同样，尼龙可以通过内酰胺的缩合聚合制备。普遍存在的尼龙是尼龙6,6，其通过六亚甲基二胺(HMD)与己二酸的反应制备。尼龙6通过己内酰胺的开环聚合制备(Anton&Baird,Polyamides Fibers,Encyclopedia of Polymer Science andTechnology,2001)。
尼龙7和尼龙7,7代表与尼龙6和尼龙6,6相比具有增值特性的新型聚酰胺。尼龙7通过7-氨基庚酸的聚合制备，而尼龙7,7通过庚二酸和七亚甲基二胺的缩合聚合制备。不存在经济可行的石油化学路线用于产生尼龙7和尼龙7,7的单体。
鉴于没有经济可行的石油化学单体原料，生物技术提供了通过生物催化的替代方法。生物催化是使用生物催化剂(如酶)来进行有机化合物的生物化学转化。
生物来源的原料和石油化学原料都是用于生物催化过程的可行的原料。
因此，针对这种背景，显然需要产生庚二酸，7-氨基庚酸，七亚甲基二胺，7-羟基庚酸和1,7-庚二醇(下文称为“C7构件块”)的方法，其中所述方法是基于生物催化剂的。
然而，没有野生型原核生物或真核生物天然地过量产生或分泌C7构件块(building block)到细胞外环境。然而，已报道庚二酸的代谢。
二羧酸庚二酸作为碳源被许多细菌和酵母经由β-氧化有效地转化为中心代谢物。辅酶A(CoA)活化的庚二酸到CoA活化的3-氧代庚二酸的β-氧化促进了进一步分解代谢，其通过例如与芳族底物降解相关的途径进行。已经全面地表征了通过几种细菌的3-氧代庚二酰-CoA到乙酰-CoA和戊二酰-CoA的分解代谢(Harwood and Parales,Annual Review ofMicrobiology,1996,50,553–590)。
最优性原理(optimality principle)叙述，微生物调节其生物化学网络以支持最大生物量生长。超出在宿主生物体中表达异源途径的需要，将碳流(carbon flux)引向充当碳源而不是作为生物质生长成分的C7构件块违背了最优性原理。例如，与天然产生者的产生性能相比，将梭菌属(Clostridium)物种的1-丁醇途径转移到其它产生菌株中通常下降一个数量级(Shen et al.,Appl.Environ.Microbiol.,2011,77(9),2905–2915)。
七碳脂肪族主链前体的有效合成是在C7脂肪族主链上形成末端官能团(如羧基，胺或羟基)之前合成C7构件块的关键考虑。
发明概述
本文件至少部分基于这样的发现，即可以构建经由庚-2-烯二酰基-CoA(也称为2-庚烯二酰基-CoA)甲酯的生物化学途径用于产生七碳链脂肪族主链前体如庚二酰-CoA，其中可以形成一种或两种官能团(即羧基、胺或羟基)，导致合成庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇(以下称为“C7构件块”)的一种或多种。庚二酸和庚二酸盐/酯，7-羟基庚酸和7-羟基庚酸盐/酯，和7-氨基庚酸和7-氨基庚酸盐/酯在本文中可互换使用，指任何其中性或离子化形式的化合物，包括其任何盐形式。本领域技术人员应当理解，具体形式将取决于pH。本文描述的这些途径，代谢工程和培养策略依赖于使用例如脂肪酸O-甲基转移酶从2(E)-庚烯二酸产生2(E)-庚烯二酸甲酯和使用例如CoA连接酶从2(E)-庚烯二酸甲酯产生2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。可以使用例如反式-2-烯酰基-CoA还原酶和庚二酰-[acp]甲酯酯酶从2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯产生庚二酰基-CoA。可以从例如2-酮戊二酸，乙酰-CoA或琥珀酸半醛产生2(E)-庚烯二酸，如分别示于图1，2和3。
在面对最优性原则下，令人惊奇地，已经发现可以组合适当的非天然途径、原料、宿主微生物、对宿主生物化学网络的弱化策略和培养策略以有效地产生一种或多种C7构件块。
在一些实施方案中，可以使用以下酶来酶促形成末端羧基：硫酯酶，醛脱氢酶，7-氧代庚酸脱氢酶，6-氧代己酸脱氢酶，5-氧代戊酸脱氢酶，可逆的CoA-连接酶(如可逆的琥珀酰-CoA-连接酶)，或CoA-转移酶(如戊烯二酸CoA-转移酶)。参见图4。
在一些实施方案中，可以使用ω-转氨酶或脱乙酰酶来酶促形成末端胺基。参见图5和6。
在一些实施方案中，可以使用4-羟基丁酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶，6-羟基己酸脱氢酶或醇脱氢酶来酶促形成末端羟基。参见图7和8。
两个末端官能团可以相同(例如，胺或羟基)或可以不同(例如末端胺和末端羧基；或末端羟基和末端羧基)。
任何方法可以在重组宿主中通过发酵进行。宿主可以经受在厌氧，微需氧或混合氧/反硝化培养条件下的培养策略。宿主可以在营养限制的条件下培养。可以使用陶瓷膜保留所述宿主以在发酵期间维持高细胞密度。最终的电子受体可以是氧的替代物，例如硝酸盐。
在任何方法中，可以通过在选择性环境中连续培养来改善宿主对高浓度C7构件块的耐受性。
补料到发酵的主要碳源可以源自生物或非生物给料，在一些实施方案中，生物给料可以是，包括或源自单糖、二糖、木质纤维素、半纤维素、纤维素、木质素、乙酰丙酸和甲酸、甘油三酯、甘油、脂肪酸、农业废物、浓缩的酒糟可溶物(condensed distillers'solubles)或城市废物。
在一些实施方案中，所述非生物给料是或者源自天然气、合成气、CO2/H2、甲醇、乙醇、苯甲酸盐/酯(benzoate)、来自环己烷氧化过程的非挥发性残留物(NVR)或碱洗液废物流(non-volatile residue(NVR)or a causticwash waste stream from cyclohexaneoxidation processes)，或对苯二甲酸/间苯二甲酸混合物废物流。
本文件特征在于包括至少一种编码以下的外源核酸的重组宿主：(i)脂肪酸O-甲基转移酶；和(ii)硫酯酶或CoA-转移酶，所述宿主产生2(E)-庚烯二酸甲酯。宿主可以进一步包含外源CoA连接酶，所述宿主进一步生成2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。在一些实施方案中，所述宿主还可包括外源反式-2-烯酰基-CoA还原酶和/或外源庚二酰-[acp]甲酯酯酶，并产生庚二酰-CoA。
本文件特征还在于包括至少一种编码以下的外源核酸的重组宿主：(i)脂肪酸O-甲基转移酶；和(ii)CoA连接酶，所述宿主产生2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。此类宿主还可以包括外源硫酯酶或CoA-转移酶。在一些实施方案中，所述宿主还可包括外源反式-2-烯酰基-CoA还原酶和/或外源庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶，并产生庚二酰-CoA。
产生庚二酰-CoA的重组宿主还可以包括至少一种编码以下一种或多种的外源核酸：硫酯酶，醛脱氢酶，7-氧代庚酸脱氢酶，6-氧代己酸脱氢酶，5-氧代戊酸脱氢酶，CoA-转移酶，可逆的CoA-连接酶(如可逆的琥珀酰-CoA-连接酶)，乙酰化醛脱氢酶或羧酸还原酶，所述宿主产生庚二酸或庚二酸半醛。在任何表达羧酸还原酶的重组宿主中，还可以表达磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶以增强羧酸还原酶的活性。
产生庚二酸半醛的重组宿主还可以包括至少一种编码ω-转氨酶的外源核酸，并进一步产生7-氨基庚酸。
产生庚二酸半醛的重组宿主还可以包括至少一种编码4-羟基丁酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶或6-羟基己酸脱氢酶的外源核酸，所述宿主进一步产生7-羟基庚酸。
产生庚二酸半醛，7-氨基庚酸或7-羟基庚酸的重组宿主还可以包括羧酸还原酶，ω-转氨酶，脱乙酰酶，N-乙酰转移酶或醇脱氢酶，所述宿主进一步产生七亚甲基二胺。
产生7-羟基庚酸的重组宿主还可以包括至少一种编码羧酸还原酶或醇脱氢酶的外源核酸，宿主进一步产生1,7-庚二醇。
重组宿主可以是原核生物，例如，来自埃希氏菌属如大肠杆菌；来自梭菌属如杨氏梭菌、自产乙醇梭菌或者克鲁佛梭菌；来自棒状杆菌属如谷氨酸棒状杆菌；来自贪铜菌属如钩虫贪铜菌或者耐金属贪铜菌；来自假单胞菌属如荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌或者食油假单胞菌；来自食酸代尔夫特菌；来自芽孢杆菌属如枯草芽胞杆菌；来自乳杆菌属如德氏乳杆菌；来自乳球菌属如乳酸乳球菌或来自红球菌属如马红球菌。
重组宿主可以真核生物，例如来自曲霉属如黑曲霉；来自酵母属，如酿酒酵母；来自毕赤氏酵属如巴斯德毕赤酵母；来自耶罗维亚酵母属如解脂耶罗维亚酵母；来自伊萨酵母属如东方伊萨酵母；来自德巴利酵母属如汉逊德巴利酵母；来自Arxula属如Arxulaadenoinivorans；或者来自克鲁维酵母菌属如乳酸克鲁维酵母菌的真核生物。
本文所述的任何重组宿主还可以包括一种或多种以下弱化的酶：聚羟基链烷酸合酶，乙酰CoA硫酯酶，乙酰CoA特异性β-酮硫解酶，形成乙酸的磷酸转乙酰酶，乙酸激酶，乳酸脱氢酶，menaquinol-延胡索酸氧化还原酶，形成乙醇的醇脱氢酶，丙糖磷酸异构酶，丙酮酸脱羧酶，葡萄糖-6-磷酸异构酶，消散NADPH不平衡的转氢酶，消散NADPH不平衡的谷氨酸脱氢酶，利用NADH/NADPH的谷氨酸脱氢酶，庚二酰-CoA脱氢酶；接受C7构件块和中心前体作为底物的酰基-CoA脱氢酶；戊二酰-CoA脱氢酶；或庚二酰-CoA合成酶。
本文所述的任何重组宿主还可以过表达一种或多种编码以下的基因：乙酰CoA合成酶，6-磷酸葡糖酸脱氢酶；转酮酶；吡啶(puridine)核苷酸转氢酶；甲酸脱氢酶；甘油醛-3P-脱氢酶；苹果酸酶；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶；果糖1,6二磷酸酶；L-丙氨酸脱氢酶；PEP羧化酶，丙酮酸羧化酶，PEP羧激酶，PEP合酶，用于产生平衡的对NADPH特异的L-谷氨酸脱氢酶；甲醇脱氢酶，甲醛脱氢酶，赖氨酸转运蛋白；二羧酸转运蛋白；S-腺苷甲硫氨酸合成酶，3-磷酸甘油酸脱氢酶，3-磷酸丝氨酸氨基转移酶，磷酸丝氨酸磷酸酶，和/或多药物转运蛋白。
本文描述的途径的反应可在以下一种或多种细胞(例如宿主细胞)株中进行，所述细胞株：(a)天然表达一种或多种相关酶，(b)经遗传工程化改造以表达一种或多种相关酶，或(c)天然表达一种或多种相关酶并且经遗传工程化改造以表达一种或多种相关酶。或者，可从任何上述类型的宿主细胞中提取相关酶，并以纯化或半纯化形式使用。提取的酶可以任选地固定到固体基质，如合适的反应容器的底部和/或壁。此外，此类提取物包括可作为相关酶的来源的裂解物(例如细胞裂解物)。在文件提供的方法中，所有步骤可以在细胞(例如宿主细胞)中进行，所有步骤可以使用提取的酶进行，或者一些步骤可以在细胞中进行，而其它步骤可以使用提取的酶。
本文所述的许多酶催化可逆反应，并且感兴趣的反应可与所述反应相反。示于图1至8中的示意性途径显示了每种中间体的感兴趣的反应。
在一个方面，该文件的特征在于产生生物衍生的七碳化合物的方法。用于产生生物衍生的七碳化合物的方法可以包括在一定条件下培养或生长如本文所述的重组宿主达足够的时间段以产生生物衍生的七碳化合物，其中，任选地，所述生物衍生的七碳化合物选自由以下组成的组：庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，1,7-庚二醇及其组合。
一方面，本文特征在于包含如本文所述的生物衍生的七碳化合物和除所述生物衍生的七碳化合物之外的化合物的组合物，其中所述生物衍生的七碳化合物选自由庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，1,7-庚二醇及其组合所组成的组。例如，所述生物衍生的七碳化合物是宿主细胞或生物体的细胞部分。
本文特征还在于基于生物的(biobased)聚合物，其包含生物衍生的庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，1,7-庚二醇及其组合。
本文特征还在于基于生物的树脂，其包含生物衍生的庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，1,7-庚二醇及其组合，以及通过模制基于生物的树脂获得的模制产品(molded product)。
另一方面，本文的特征在于产生基于生物的聚合物的方法，包括在聚合物产生反应中使生物衍生的庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，或1,7-庚二醇与其自身或另一化合物发生化学反应。
另一方面，本文的特征在于产生基于生物的树脂的方法，包括在聚合物产生反应中使生物衍生的庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，或1,7-庚二醇与其自身或另一化合物发生化学反应。
本文还描述的是包含具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽的生物化学网络，其中具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽将2(E)庚烯二酸酶促转化为2(E)庚烯二酸甲酯。生物化学网络还可以包括具有CoA连接酶活性的多肽，其中所述具有CoA连接酶活性的多肽将2(E)庚烯二酸甲酯酶促转化为2(E)庚烯二酰-CoA甲酯。生物化学网络还可以包括具有反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性的多肽，其中所述具有反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性的多肽将2(E)庚烯二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。生物化学网络还可以包括具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶活性的多肽，其中所述具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶活性的多肽将庚二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA。
生物化学网络还可以包括一种或多种具有以下活性的多肽：硫酯酶活性，可逆的CoA连接酶活性，戊烯二酸CoA-转移酶活性，ω-转氨酶活性，6-羟基己酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，4-羟基丁酸脱氢酶活性，醇脱氢酶活性，羧酸还原酶活性，或醇脱氢酶活性，其中一种或多种具有硫酯酶活性，可逆的CoA-连接酶活性，戊烯二酸CoA-转移酶活性，ω-转氨酶活性，6-羟基己酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，4-羟基丁酸脱氢酶活性，醇脱氢酶活性，羧酸还原酶活性，或醇脱氢酶活性的多肽将庚二酰-CoA酶促转化为选自由庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇组成的组的产物。
本文还描述的是使用一种或多种具有以下活性的多肽获得2(E)-庚烯二酸甲酯，2-庚烯二酰基-CoA甲酯，庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇的手段：硫酯酶，可逆的CoA连接酶，戊烯二酸CoA-转移酶，ω-转氨酶，6-羟基己酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶，4-羟基丁酸脱氢酶，醇脱氢酶，羧酸还原酶或醇脱氢酶活性。
在另一方面，本文件特征在于组合物，其包含一种或多种具有脂肪酸O-甲基转移酶，硫酯酶，可逆的CoA-连接酶，戊烯二酸CoA-转移酶，ω-转氨酶，6-羟基己酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶，4-羟基丁酸脱氢酶，醇脱氢酶，羧酸还原酶，或醇脱氢酶活性的多肽，以及以下至少一种：2(E)-庚烯二酸甲酯，2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯，庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇。所述组合物可以是细胞的。
本领域技术人员理解，当存在于亲本化合物中的酸性质子被金属离子，例如碱金属离子，碱土金属离子或铝离子替代；或与有机碱配位时，含有羧酸基团的化合物(包括但不限于有机一元酸，羟基酸，氨基酸和二羧酸)得以形成或被转化成其离子盐形式。可接受的有机碱包括但不限于乙醇胺，二乙醇胺，三乙醇胺，氨丁三醇，N-甲基葡糖胺等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝，氢氧化钙，氢氧化钾，碳酸钠，氢氧化钠等。将本发明的盐分离为盐或通过经由添加酸或用酸性离子交换树脂处理将pH降至pKa以下而转化成游离酸。
本领域技术人员理解，含有胺基团的化合物(包括但不限于有机胺，氨基酸和二胺)得以形成或被转化为它们的离子盐形式，例如通过向胺中加入酸性质子形成铵盐，与无机酸如盐酸，氢溴酸，硫酸，硝酸，磷酸等形成；或与有机酸形成，包括但不限于乙酸，丙酸，己酸，环戊烷丙酸，乙醇酸，丙酮酸，乳酸，丙二酸，琥珀酸，苹果酸，马来酸，富马酸，酒石酸，柠檬酸，苯甲酸，3-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸，肉桂酸，扁桃酸，甲磺酸，乙磺酸，1,2-乙二磺酸，2-羟基乙磺酸，苯磺酸，2-萘磺酸，4-甲基双环-[2.2.2]辛-2-烯-1-羧酸，葡庚糖酸，4,4'-亚甲基双-(3-羟基-2-烯-1-羧酸)，3-苯基丙酸，三甲基乙酸，叔丁基乙酸，月桂基硫酸，葡糖酸，谷氨酸，羟基萘甲酸，水杨酸，硬脂酸，粘康酸等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝，氢氧化钙，氢氧化钾，碳酸钠，氢氧化钠等。本发明的盐以盐的形式分离或通过经由添加碱或用碱性离子交换树脂处理将pH至高于pKb转化成游离胺。
本领域技术人员理解，含有胺基团和羧酸基团两者的化合物(包括但不限于氨基酸)通过以下形成或转化成它们的离子盐形式：通过1)与无机酸形成的酸加成盐，所述无机酸包括但不限于盐酸，氢溴酸，硫酸，硝酸，磷酸等；或与有机酸形成的酸加成盐，所述有机酸包括但不限于乙酸，丙酸，己酸，环戊烷丙酸，乙醇酸，丙酮酸，乳酸，丙二酸，琥珀酸，苹果酸，马来酸，富马酸，酒石酸，柠檬酸，苯甲酸，3-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸，肉桂酸，扁桃酸，甲磺酸，乙磺酸，1,2-乙二磺酸，2-羟基乙磺酸，苯磺酸，2-萘磺酸，4-甲基双环-[2.2.2]辛-2-烯-1-羧酸，葡庚糖酸，4,4'-亚甲基双-(3-羟基-2-烯-1-羧酸)，3-苯基丙酸，三甲基乙酸酸，叔丁基乙酸，月桂基硫酸，葡糖酸，谷氨酸，羟基萘甲酸，水杨酸，硬脂酸，粘康酸等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝，氢氧化钙，氢氧化钾，碳酸钠，氢氧化钠等，或2)当存在于亲本化合物中的酸性质子被金属离子，例如碱金属离子，碱土金属离子或铝离子置换时；或与有机碱配位。可接受的有机碱包括但不限于乙醇胺，二乙醇胺，三乙醇胺，氨丁三醇，N-甲基葡糖胺等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝，氢氧化钙，氢氧化钾，碳酸钠，氢氧化钠等。本发明的盐可以作为盐分离或通过经由添加酸或用酸性离子交换树脂处理将pH降至pKa以下而转化为游离酸。
除非另有定义，本文中使用的所有技术和科学术语与本发明所属领域的普通技术人员的通常理解具有相同的含义。尽管与本文中所述的方法和材料类似或等同的方法和材料可用于实施本发明，但下文描述了合适的方法和材料。本文中提及的所有出版物，专利申请，专利和其它参考文献，包括具有登录号的GenBank和NCBI提交物通过引用整体并入。在冲突的情况下，以本说明书(包括定义)为准。此外，材料，该方法和实施例仅仅是说明性的，而不是限制性的。
在下面的附图和描述中阐述了本发明的一个或多个实施例的细节。本发明的其它特征，目的和优点将从说明书和附图以及权利要求书中显而易见。根据专利法中的标准实践，权利要求书中的词语“包括”可以被“基本上由...组成”或由“由...组成”替代。
附图简述
图1是从2-酮戊二酸或乙酰CoA，经由庚-2-烯二酰基-CoA甲酯导致庚二酰-CoA的示例性生物化学途径的示意图。
图2是从2-酮戊二酸经由庚-2-烯二酰基-CoA甲酯导致庚二酰-CoA的示例性生物化学途径的示意图。
图3是从琥珀酰-CoA或2-酮戊二酸经由庚-2-烯二酰基-CoA甲酯导致庚二酰-CoA的示例性生物化学途径的示意图。
图4是使用庚二酰-CoA作为中心前体导致庚二酸的示例性生物化学途径的示意图。
图5是使用庚二酰-CoA或庚二酸作为中心前体导致7-氨基庚酸的示例性生物化学途径的示意图。
图6是使用7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，或庚二酸半醛作为中心前体导致七亚甲基二胺的示例性生物化学途径的示意图。
图7是使用庚二酸，庚二酰-CoA或庚二酸半醛作为中心前体导致7-羟基庚酸的示例性生物化学途径的示意图。
图8是使用7-羟基庚酸作为中心前体导致1,7-庚二醇的示例性生物化学途径的示意图。
图9包含以下酶的氨基酸序列：海分枝杆菌脂肪酸O-甲基转移酶(GenBank登录号ACC41782.1；SEQ ID NO:1)，耻垢分枝杆菌MC2菌株脂肪酸O-甲基转移酶(GenBank登录号ABK73223.1；SEQ ID NO:2)，恶臭假单胞菌脂肪酸O-甲基转移酶(GenBank登录号CAA39234.1；SEQ ID NO:3)，短乳杆菌酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号ABJ63754.1，SEQID NO:4)，植物乳杆菌酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号CCC78182.1，SEQ ID NO:5)，大肠杆菌庚二酰-[acp]甲酯酯酶(参见GenBank登录号AAC76437.1，SEQ ID NO:6)，海分枝杆菌羧酸还原酶(参见GenBank登录号ACC40567.1，SEQ ID NO:7)，耻垢分枝杆菌羧酸还原酶(参见GenBank登录号ABK71854.1，SEQ ID NO:8)，Segniliparus rugosus羧酸还原酶(参见GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)，耻垢分枝杆菌羧酸还原酶(参见GenBank登录号ABK75684.1，SEQ ID NO:10)，马赛分枝杆菌羧酸还原酶(参见GenBank登录号EIV11143.1，SEQ ID NO:11)，Segniliparus rotundus羧酸还原酶(参见GenBank登录号ADG98140.1，SEQID NO:12)，紫色色杆菌ω-转氨酶(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，铜绿假单胞菌ω-转氨酶(参见GenBank登录号AAG08191.1，SEQ ID NO:14)，丁香假单胞菌ω-转氨酶(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌ω-转氨酶(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)，大肠杆菌ω-转氨酶(参见GenBank登录号AAA57874.1，SEQID NO:17)，河流弧菌(Vibrio Fluvialis)ω-转氨酶(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)，枯草芽孢杆菌磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)，诺卡氏菌属物种NRRL 5646磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20)，由tesB编码的大肠杆菌硫酯酶(参见GenBank登录号AAA24665.1，SEQ ID NO:21)，大肠杆菌长链脂肪酸-CoA连接酶(GenBank登录号CAA50321.1，SEQ ID NO:22)，钩虫贪铜菌长链脂肪酸-CoA连接酶(GenBank登录号CAJ95550.1，SEQ ID NO:23)，发酵氨基酸球菌戊烯二酸CoA-转移酶(参见例如分别为GenBank登录号CAA57199.1(GctA)和CAA57200.1(GctB)，SEQID NO:24和25)，齿垢密螺旋体烯酰CoA还原酶(参见例如GenBank登录号AAS11092.1，SEQ ID NO:26)，细小裸藻(Euglenagracilis)烯酰CoA还原酶(参见例如GenBank登录号AAW66853.1，SEQ ID NO:27)，Pseudomonas reinekei MT1β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ACZ63623.1，SEQ ID NO:28)，恶臭假单胞菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号AAA85138.1，SEQ ID NO:29)，Burkholderia xenovoransβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ABE33819.1，SEQ ID NO:30)，节杆菌属(Arthrobacter)物种β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ABK03524.1，SEQID NO:31)，Burkholderia xenovoransβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ABE36495.1，SEQ ID NO:32)，Geobacillus kaustophilusβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号BAD75605.1，SEQ ID NO:33)，Gordonia bronchialisβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录ACY20886.1，SEQ ID NO:34)，弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录KFB98168.1，SEQ ID NO:35)，伯克氏菌属物种(Burkholderia sp.)β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录ADG18081.1，SEQ ID NO:36)，印度拜耶林克氏菌(Beijerinckia indica)β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录ACB95386.1，SEQ ID NO:37)，Arthrobacter arilaitensisβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录CBT74677.1，SEQ ID NO:38)，钩虫贪铜菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录AAC38322.1，SEQ ID NO:39)，和大肠杆菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录AAC74479.1，SEQ ID NO:40)。
图10是20分钟后释放的CoA的在412nm处相对吸光度的柱状图，其是相对于空载体对照，将庚二酰-CoA转化为庚二酸的硫酯酶活性的量度。
图11是总结了20分钟后在340nm处吸光度变化的柱状图，其是相对于仅对照(无底物)的NADPH消耗和羧酸还原酶活性的量度。
图12是20分钟后在340nm处吸光度变化的柱状图，其是相对于空载体对照的NADPH消耗和将庚二酸转化为庚二酸半醛的羧酸还原酶活性的量度。
图13是20分钟后在340nm处吸光度变化的柱状图，其是相对于空载体对照的NADPH消耗和将7-羟基庚酸转化为7-羟基庚醛的羧酸还原酶活性的量度。
图14是20分钟后在340nm处吸光度变化的柱状图，其是相对于空载体对照的NADPH消耗和将N7-乙酰基-7-氨基庚酸转化为N7-乙酰基-7-氨基庚醛的羧酸还原酶活性的量度。
图15是20分钟后在340nm处吸光度变化的柱状图，其是相对于空载体对照的NADPH消耗和将庚二酸半醛转化为庚二醛的羧酸还原酶活性的量度。
图16是总结了4小时后丙酮酸至L-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的柱状图，其作为仅酶的对照(无底物)的ω-转氨酶活性的量度。
图17是4小时后丙酮酸至L-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的柱状图，其作为相对于空载体对照的将7-氨基庚酸转化为庚二酸半醛的ω-转氨酶活性的量度。
图18是4小时后L-丙氨酸至丙酮酸的转化百分比(mol/mol)的柱状图，其作为相对于空载体对照的将庚二酸半醛转化为7-氨基庚酸的ω-转氨酶活性的量度。
图19是4小时后丙酮酸至L-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的柱状图，其作为相对于空载体对照的将七亚甲基二胺转化为7-氨基庚醛的ω-转氨酶活性的量度。
图20是4小时后丙酮酸至L-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的柱状图，其作为相对于空载体对照的将N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷转化为N7-乙酰基-7-氨基庚醛的ω-转氨酶活性的量度。
图21是4小时后丙酮酸至L-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的柱状图，其作为相对于空载体对照的将7-氨基庚醇转化为7-氧代庚醇的ω-转氨酶活性的量度。
图22是1小时后，通过庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶将庚二酰-CoA甲酯转化为庚二酰-CoA的表。
图23是3小时后通过β-酮酯酶将戊二酰-CoA和乙酰CoA转化为3-酮庚二酰-CoA的表。
发明详述
本文件提供了酶、非天然途径、培养策略、原料、宿主微生物和对宿主生物化学网络的弱化(attenuation)，其从中心代谢物产生七碳链脂肪族主链，可在该七碳脂肪族主链中形成一个或两个末端官能团，导致合成庚二酸，7-氨基庚酸，七亚甲基二胺，7-羟基庚酸，或1,7-庚二醇(本文称为“C7构件块”)。如本文所用，术语“中心前体”用于表示导致C7构件块的合成的本文所示的任何代谢途径中的任何代谢物。术语“中心代谢物”在本文中用于表示在所有微生物中产生以支持生长的代谢物。
本文所述的宿主微生物可以包括能够被操作，使得可以产生一种或多种C7构件块的内源途径。在内源途径中，宿主微生物天然表达催化途径中的反应的所有酶。包含工程化途径的宿主微生物不天然表达催化途径中的反应的所有酶，但已经被工程化改造，从而在宿主中表达途径中所有的酶。
如本文中提及核酸(或蛋白质)和宿主使用的，术语“外源”指不像其在自然界中被发现一样存在于特定类型细胞中(并且不能从特定类型细胞获得)的核酸或由所述核酸编码的蛋白质。如此，非天然存在的核酸一旦在宿主中即视为对于宿主而言外源的。重要的是注意非天然存在的核酸可含有在自然界中发现的核酸序列的核酸亚序列或片段，只要该核酸作为整体不存在于自然界中。例如，表达载体内含有基因组DNA序列的核酸分子是非天然存在的核酸，如此一旦导入宿主中对于宿主细胞而言是外源的，因为该核酸分子作为整体(基因组DNA加载体DNA)不存在于自然界中。如此，作为整体不存在于自然界中的任何载体、自主复制的质粒或病毒(例如逆转录病毒、腺病毒、或疱疹病毒)视为非天然存在的核酸。由此得出结论通过PCR或限制内切性核酸酶处理产生的基因组DNA片段以及cDNA也视为非天然存在的核酸，因为它们作为未见于自然界的分开的分子存在。由此还得出结论任何以未见于自然界中的排布含有启动子序列和多肽编码序列(例如cDNA或基因组DNA)的任何核酸也是非天然存在的核酸。天然存在的核酸可以是对于特定宿主微生物而言外源的。例如，从酵母x的细胞分离的完整染色体一旦将该染色体导入酵母y的细胞中就酵母y细胞而言是外源核酸。
比较而言，如本文中提及核酸(例如基因)(或蛋白质)和宿主使用的，术语“内源的”指就像其在自然界中被发现一样的确存在于特定宿主中(并且可以从特定宿主获得)的核酸(或蛋白质)。此外，“内源表达”核酸(或蛋白质)的细胞就像其在自然界中被发现时相同特定类型的宿主那样表达所述核酸(或蛋白质)。此外，“内源生成”核酸、蛋白质、或其它化合物的宿主就像其在自然界中被发现时相同特定类型的宿主那样生成所述核酸、蛋白质、或化合物。
例如，根据宿主和宿主产生的化合物，重组宿主可以表达具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的外源多肽。
例如，根据宿主和由宿主产生的化合物，除了具有(i)脂肪酸O-甲基转移酶活性，(ii)硫酯酶活性或CoA转移酶活性，和(iii)CoA连接酶活性的多肽外，还可以在宿主中表达一种或多种以下多肽：庚二酰-[acp]甲酯酯酶，(高)n柠檬酸合酶，(高)n柠檬酸脱水酶，(高)乌头酸水合酶，异(高)n柠檬酸脱氢酶，脱羧酶如吲哚丙酮酸脱羧酶，β-酮硫解酶，乙酰羧化酶，乙酰乙酰CoA合酶，3-羟基丁酰CoA脱氢酶，烯酰CoA水合酶，戊二酰CoA脱氢酶，烯酰CoA还原酶，反式-2-烯酰CoA还原酶，戊烯二酰基-CoA脱羧酶，β-酮酰基-[acp]合酶，3-羟基丁酰-CoA脱氢酶，2-羟基戊二酸脱氢酶，2-羟基戊二酰-CoA脱水酶，戊二酸半醛脱氢酶，4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶，2-氧代-庚-3-烯-1,7-二酸水合酶，2-烯酸还原酶，2-羟基戊二酸脱氢酶，2-羟基戊二酰-CoA脱水酶，硫酯酶，醛脱氢酶，6-氧代己酸脱氢酶，7-氧代庚酸脱氢酶，可逆的CoA-连接酶(例如可逆的琥珀酰-CoA-连接酶)，CoA-转移酶(例如戊烯二酸CoA-转移酶)，乙酰化醛脱氢酶，羧酸还原酶，4-羟基丁酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶，6-羟基己酸脱氢酶，ω-转氨酶，N-乙酰转移酶，醇脱氢酶，或脱乙酰酶。在表达羧酸还原酶的重组宿主中，也可以表达磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶，因为它增强羧酸还原酶的活性。
例如，重组宿主可以包括至少一种编码以下的外源核酸：(i)脂肪酸O-甲基转移酶，(ii)硫酯酶或CoA-转移酶，和/或(iii)CoA连接酶。在一些实施方案中，重组宿主包括编码以下的外源核酸：(i)脂肪酸O-甲基转移酶和(ii)硫酯酶或CoA-转移酶，其中所述宿主产生2(E)-庚烯二酸甲酯。在一些实施方案中，重组宿主包括编码脂肪酸O-甲基转移酶和CoA连接酶的外源核酸，其中所述宿主产生庚-2-烯二酰基-CoA甲酯(hept-2-enedioyl CoAmethyl ester)。在一些实施方案中，重组宿主包括编码以下的外源核酸：(i)脂肪酸O-甲基转移酶，(ii)硫酯酶，和(iii)CoA连接酶，并产生庚-2-烯二酰基CoA甲酯。此类宿主还可以包括外源反式-2-烯酰CoA还原酶和外源庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶，并进一步产生庚二酰-CoA。
在一些实施方案中，宿主可以包括一种或多种用于从2-酮戊二酸产生戊二酰-CoA的外源酶：(a)高柠檬酸合酶，(b)高柠檬酸脱水酶，(c)高乌头酸水合酶(homoaconitatehydratase)，(d)异高柠檬酸脱氢酶，(e)脱羧酶如吲哚丙酮酸脱羧酶，(f)戊二酸半醛脱氢酶，和(g)戊二酸:CoA连接酶或CoA-转移酶。
在一些实施方案中，宿主可以包括一种或多种用于从乙酰CoA产生戊二酰CoA的外源酶：(a)β-酮硫解酶或乙酰基-羧化酶与乙酰乙酰-CoA合酶的组合，(b)3-羟基丁酰-CoA脱氢酶，(c)烯酰CoA水合酶，和(d)戊二酰-CoA脱氢酶与烯酰CoA还原酶的组合或(e)戊烯二酰基-CoA脱羧酶。
在一些实施方案中，宿主可以包括一种或多种用于从戊二酰CoA产生2-庚烯二酰-CoA的外源酶：β-酮酰基-[acp]合酶或β-酮硫解酶，3-羟基酰基-CoA脱氢酶和烯酰基-CoA水合酶。
在一些实施方案中，如图2所示，宿主可以包括一种或多种用于通过2-氧代-庚二酸将2-氧代-戊二酸转化为庚-2-烯二酰基-CoA的外源酶：高柠檬酸合酶，高柠檬酸脱水酶，高乌头酸脱水酶，异高柠檬酸脱氢酶，2-羟基戊二酸脱氢酶，戊烯二酸CoA-转移酶，和2-羟基戊二酰CoA脱水酶。
在一些实施方案中，如图3所示，宿主可以包括一种或多种下列外源酶，用于通过2-氧代-庚二酸将琥珀酸半醛转化为庚-2-烯二酰基-CoA：戊二酸半醛脱氢酶，4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶，2-氧代-庚-3-烯-1,7-二酸水合酶，2-烯酸还原酶，2-羟基戊二酸脱氢酶，戊烯二酸CoA-转移酶，和2-羟基戊二酰-CoA脱水酶。
此类重组宿主还可以包括至少一种编码以下一种或多种的外源核酸：硫酯酶，醛脱氢酶，7-氧代庚酸脱氢酶，6-氧代己酸脱氢酶，5-氧代戊酸脱氢酶，CoA-转移酶，可逆的CoA-连接酶，乙酰化醛脱氢酶，或羧酸还原酶，并产生庚二酸或庚二酸半醛。例如，产生庚二酰CoA的重组宿主还可以包括硫酯酶，可逆的CoA-连接酶(例如可逆的琥珀酰-CoA连接酶)或CoA转移酶(例如戊烯二酸CoA转移酶)并产生庚二酸。例如，产生庚二酰CoA的重组宿主还可以包括乙酰化醛脱氢酶并产生庚二酸半醛。例如，产生庚二酸的重组宿主还可以包括羧酸还原酶并产生庚二酸半醛。
产生庚二酸或庚二酸半醛的重组宿主还可以包括至少一种编码ω-转氨酶的外源核酸并产生7-氨基庚酸。在一些实施方案中，产生庚二酸的重组宿主包括羧酸还原酶和ω-转氨酶以产生7-氨基庚酸。
产生庚二酸或庚二酸半醛的重组宿主还可以包括编码6-羟基己酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶或4-羟基丁酸脱氢酶的至少一种外源核酸，并产生7-羟基庚酸。在一些实施方案中，产生庚二酰-CoA的重组宿主包括乙酰化醛脱氢酶和6-羟基己酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶或4-羟基丁酸脱氢酶以产生7-羟基庚酸。在一些实施方案中，产生庚二酸的重组宿主包括羧酸还原酶和6-羟基己酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶或4-羟基丁酸脱氢酶以产生7-羟基庚酸。
产生7-氨基庚酸，7-羟基庚酸或庚二酸半醛的重组宿主还可包括至少一种编码ω-转氨酶，脱乙酰酶，N-乙酰转移酶或醇脱氢酶的外源核酸，并产生七亚甲基二胺。例如，产生7-羟基庚酸的重组宿主可以包括羧酸还原酶与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂、ω-转氨酶和醇脱氢酶。
产生7-羟基庚酸的重组宿主还可以包括以下一种或多种：羧酸还原酶与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂和醇脱氢酶，并产生1,7-庚二醇。
在工程化途径中，酶可以来自单一来源，即来自一个物种或属，或可来自多个来源，即不同的物种或属。已经从各种生物体鉴定了编码本文所述酶的核酸，并且可容易地在公众可获得的数据库，如GenBank或EMBL中获得。
本文描述的可用于产生一种或多种C7构件块的任何酶可与相应的野生型酶的氨基酸序列具有至少70％序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。应当理解，可以基于成熟酶(例如，除去任何信号序列)或基于未成熟酶(例如，包括任何信号序列)确定序列同一性。还应当理解，起始甲硫氨酸残基可以存在于或可以不存在于本文所述的任何酶序列上。
例如，本文所述的具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽可以与海分枝杆菌(参见GenBank登录号ACC41782.1，SEQ ID NO:1)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK73223.1，SEQ ID NO:2)，或恶臭假单胞菌(参见GenBank登录号CAA39234.1，SEQ ID NO:3)甲基转移酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。参见图9。
例如，本文所述的具有硫酯酶活性的多肽可以与短乳杆菌(GenBank登录号ABJ63754.1，SEQ ID NO:4)或植物乳杆菌(GenBank登录号CCC78182.1，SEQ ID NO:5)酰基-[acp]硫酯酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。参见图9。
例如，本文所述的具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶活性的多肽可以与大肠杆菌庚二酰-[acp]甲酯酯酶(参见GenBank登录号AAC76437.1，SEQ ID NO:6)的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。参见图9。
例如，本文所述的具有羧酸还原酶活性的多肽可以与海分支杆菌(参见GenBank登录号ACC40567.1，SEQ ID NO:7)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK71854.1，SEQ IDNO:8)，Segniliparus rugosus(参见GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK75684.1，SEQ ID NO:10)，马赛分枝杆菌(参见GenBank登录号EIV11143.1，SEQ ID NO:11)，或Segniliparus rugosus(参见GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)羧酸还原酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。参见图9。
例如，具本文所述的有ω-转氨酶活性的多肽可以与紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，铜绿假单胞菌(参见GenBank登录号AAG08191.1，SEQ IDNO:14)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(seeGenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)，大肠杆菌(参见GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)ω-转氨酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。这些ω-转氨酶中的一些是二胺ω-转氨酶。
例如，本文所述的具有磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶活性的多肽可以与枯草芽孢杆菌磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或诺卡氏菌属物种NRRL 5646磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见GenBank登录号ABI83656.1，SEQ IDNO:20)的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。参见图9。
例如，本文所述的具有硫酯酶活性的多肽可以与由tesB编码的大肠杆菌硫酯酶的氨基酸序列(参见GenBank登录号AAA24665.1，SEQ ID NO:21)具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。参见图9。
例如，本文所述的具有长链脂肪酸-CoA连接酶活性的多肽可以与大肠杆菌长链脂肪酸-CoA连接酶(参见GenBank登录号CAA50321.1，SEQ ID NO:22)，或钩虫贪铜菌长链脂肪酸-CoA连接酶(参见GenBank登录号CAJ95550.1，SEQ ID NO:23)的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。
例如，本文所述的具有戊烯二酸CoA-转移酶活性的多肽可以与发酵氨基酸球菌戊烯二酸CoA-转移酶(参见例如分别为GenBank登录号CAA57199.1(GctA)和CAA57200.1(GctB)，SEQ ID NO:24和25)的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。
例如，本文所述的具有烯酰-CoA还原酶活性的多肽可以与齿垢密螺旋体烯酰-CoA还原酶的氨基酸序列(参见例如GenBank登录号AAS11092.1，SEQ ID NO:26)或与细小裸藻烯酰-CoA还原酶的氨基酸序列(参见例如GenBank登录号AAW66853.1，SEQ ID NO:27)具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。
例如，本文所述的具有烯酰CoA还原酶活性的多肽可以与Pseudomonas reinekeiMT1的β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ACZ63623.1，SEQ ID NO:28)，恶臭假单胞菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号AAA85138.1，SEQ ID NO:29)，Burkholderiaxenovoransβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ABE33819.1，SEQ ID NO:30)，节杆菌属物种β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ABK03524.1，SEQ ID NO:31)，Burkholderiaxenovoransβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号ABE36495.1，SEQ ID NO:32)，Geobacillus kaustophilusβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录号BAD75605.1，SEQ ID NO:33)，Gordonia bronchialisβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录ACY20886.1，SEQ ID NO:34)，弗氏柠檬酸杆菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录KFB98168.1，SEQ ID NO:35)，伯克氏菌属β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录ADG18081.1，SEQ ID NO:36)，印度拜耶林克氏菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录ACB95386.1，SEQ ID NO:37)，Arthrobacterarilaitensisβ-酮硫解酶(参见例如GenBank登录CBT74677.1，SEQ ID NO:38)，钩虫贪铜菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录AAC38322.1，SEQ ID NO:39)，和大肠杆菌β-酮硫解酶(参见例如GenBank登录AAC74479.1，SEQ ID NO:40)的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如，至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。
可以如下测定两种氨基酸序列间的百分比同一性(同源性)。首先，使用来自含有BLASTP第2.0.14版的单机版BLASTZ的BLAST 2Sequences(Bl2seq)程序比对氨基酸序列。此单机版BLASTZ可以获自Fish&Richardson的网站(例如www.fr.com/blast/)或美国政府国立生物技术信息中心网站(www.ncbi.nlm.nih.gov)。解释如何使用Bl2seq程序的用法说明可以参见伴随BLASTZ的自述文件。Bl2seq使用BLASTP算法实施两种氨基酸序列之间的比较。为了比较两种氨基酸序列，如下设置Bl2seq的选项：-i设置为含有要比较的第一氨基酸序列的文件(例如C:\seq1.txt)；-j设置为含有要比较的第二氨基酸序列的文件(例如C:\seq2.txt)；-p设置为blastp；-o设置为任何期望的文件名称(例如C:\output.txt)；并且所有其它选项保持为其缺省设置。例如，可以使用以下命令来产生含有两种氨基酸序列间的比较的输出文件：C:\Bl2seq–ic:\seq1.txt–j c:\seq2.txt–p blastp–o c:\output.txt。如果两种比较序列共享同源性(同一性)，那么指定的输出文件会呈现那些同源性区作为比对序列。如果两种比较序列不共享同源性(同一性)，那么指定的输出文件不会呈现比对序列。可以对核酸序列遵循相似的规程，只是使用blastn。
一旦比对，通过计算相同氨基酸残基在这两种序列中呈现的位置的数目确定匹配数目。通过用匹配数目除以全长多肽氨基酸序列的长度，接着将所得的数值乘以100来确定百分比同一性(同源性)。注意到百分比同一性(同源性)值被四舍五入到最近的十分位。例如，78.11、78.12、78.13、和78.14被向下四舍五入到78.1，而78.15、78.16、78.17、78.18、和78.19被向上四舍五入到78.2。还注意到长度值会总是整数。
应当领会，许多核酸可以编码具有特定氨基酸序列的多肽。遗传密码的简并性是本领域中公知的；即对于许多氨基酸，存在有超过一种充当氨基酸密码子的核苷酸三联体。例如，可以修饰给定酶的编码序列中的密码子，从而获得特定物种(例如细菌或真菌)中的最佳表达，这使用适合于所述物种的密码子偏爱表进行。
也可以在本文件的方法中使用本文中描述的任何酶的功能性片段。如本文中使用的，术语“功能性片段”指与相应的成熟、全长、野生型蛋白质的活性具有至少25％(例如至少30％；40％；50％；60％；70％；75％；80％；85％；90％；95％；98％；99％；100％；或甚至大于100％)的蛋白质的肽片段。功能性片段一般但不总是可以由蛋白质的连续区构成，其中该区具有功能性活性。功能片段通常但不总是由蛋白质的连续区域组成，其中该区域具有功能活性。功能片段比相应的成熟蛋白要短，但通常至少25个(例如至少:30；40；50；60；70；80，90；100；120；150；200；250；300；450；500；800；或更多个)氨基酸长。
此文件还提供了(i)本文件的方法中使用的酶的功能性变体和(ii)上文描述的功能性片段的功能性变体。相对于相应的野生型序列，酶和功能性片段的功能性变体可以含有添加、缺失、或取代。具有取代的酶一般会具有不超过50(例如不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、20、25、30、35、40、或50)处氨基酸取代(例如保守取代)。这适用于本文中描述的任何酶和功能性片段。保守取代是用一种氨基酸取代具有相似特征的另一种。保守取代包括下列组内的取代：缬氨酸、丙氨酸和甘氨酸；亮氨酸、缬氨酸、和异亮氨酸；天冬氨酸和谷氨酸；天冬酰胺和谷氨酰胺；丝氨酸、半胱氨酸、和苏氨酸；赖氨酸和精氨酸；和苯丙氨酸和酪氨酸。非极性疏水性氨基酸包括丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和甲硫氨酸。极性中性氨基酸包括甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。带正电荷的(碱性)氨基酸包括精氨酸、赖氨酸和组氨酸。带负电荷的(酸性)氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。用上文提及的极性、碱性或酸性组的一种成员被相同组的另一种成员的任何取代可以视为保守取代。比较而言，非保守取代是用一种氨基酸取代具有不同特征的另一种。
缺失变体可以缺乏1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个氨基酸的区段(具有两种或更多种氨基酸)或非连续的单一氨基酸。添加(添加变体)包括融合蛋白，其含有：(a)本文中描述的任何酶或其片段；和(b)内部或末端(C或N)无关或异源氨基酸序列。在此类融合蛋白的背景中，术语“异源氨基酸序列”指与(a)不同的氨基酸序列。异源序列可以是例如用于纯化重组蛋白的序列(例如FLAG、多组氨酸(例如六组氨酸)、凝集素(HA)、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、或麦芽糖结合蛋白(MBP))。异源序列也可以是可用作可检测标志物的蛋白质，例如萤光素酶、绿色荧光蛋白(GFP)、或氯霉素乙酰基转移酶(CAT)。在一些实施方案中，融合蛋白含有来自另一种蛋白质的信号序列。在某些宿主细胞(例如酵母宿主细胞)中，可以经由使用异源信号序列提高靶蛋白的表达和/或分泌。在一些实施方案中，融合蛋白可以含有可用于例如引发免疫应答以生成抗体的载体(例如KLH)或ER或高尔基体保留信号。异源序列可以是不同长度的，并且在一些情况中可以是比与异源序列附接的全长靶蛋白质更长的序列。
工程化宿主可天然表达本文所述途径的酶的无一(none)或一些(例如，一种或多种、两种或多种、三种或多种、四种或多种、五种或多种，或六种或多种)。因此，工程化宿主内的途径可以包括所有外源性酶，或者可以包括内源性和外源性酶两者。工程化宿主的内源基因也可以被破坏以防止不期望的代谢物的形成或防止通过作用于该中间体的其它酶导致途径中的中间体的损失。工程化宿主可以称为重组宿主或重组宿主细胞。如本文所述，重组宿主可以包括编码如下的一种或多种的核酸：甲基转移酶，酯酶，合酶，脱水酶，水合酶，脱氢酶，硫酯酶，可逆的CoA-连接酶，CoA-转移酶，还原酶，脱乙酰酶，N-乙酰转移酶或ω-转氨酶，如下面更详细地描述。
此外，可以使用本文所述的分离的酶，使用来自宿主微生物的裂解物(例如，细胞裂解物)作为酶的来源，或使用多种来自不同宿主微生物的裂解物作为酶的来源，体外进行一种或多种C7构件块的产生。
生物合成方法
本文件提供了在重组宿主中遮蔽(shielding)用末端羧基官能化的碳链脂肪族主链的方法。所述方法可以包括在所述宿主中使用具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽，将n-羧基-2-烯酸酶促转化为n-羧基-2-烯酸甲酯，其中n+1反映了碳链脂肪族主链的长度。例如，n-羧基-2-烯酸可以是长度为4至18个，4至16个，4至14个，4至12个，4至10个，5至10个，5至9个，或5至8个碳，如2(E)-庚烯二酸，并可以被酶促转化为相应的甲酯，如2(E)-庚烯二酸甲酯。具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽可以被归类于EC 2.1.1.15下。在一些实施方案中，具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽可以与SEQ ID NO:1，SEQ ID NO:2，或SEQ ID NO:3所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
在一些实施方案中，所述方法还包含将2(E)-庚烯二酸甲酯酶促转化为庚二酰-CoA。例如所述方法还可以包括将庚二酰-CoA酶促转化为选自以由下组成的组的产物：庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇，例如使用一种或多种具有硫酯酶活性，可逆的CoA-连接酶活性，戊烯二酸CoA-转移酶活性，ω-转氨酶活性，6-羟基己酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，4-羟基丁酸脱氢酶活性，醇脱氢酶活性，羧酸还原酶活性，或醇脱氢酶活性的多肽进行。
本文件还提供了在重组宿主中产生2(E)-庚烯二酰-CoA甲酯的方法。所述方法可以包括在重组宿主中使用具有脂肪酸O-甲基转移酶活性活性的多肽将2(E)-庚烯二酸酶促转化为2(E)-庚烯二酸甲酯。具有脂肪酸O-甲基转移酶活性活性的多肽可以被归类于EC2.1.1.15下。在一些实施方案中，具有脂肪酸O-甲基转移酶活性活性的多肽与SEQ ID NO:1，SEQ ID NO:2，或SEQ ID NO:3所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。所述方法还可以包括将2(E)-庚烯二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。
在一些实施方案中，从2(E)-庚烯二酰-CoA酶促产生2(E)-庚烯二酸。例如具有硫酯酶或CoA-转移酶活性的多肽可以将2(E)-庚烯二酰-CoA酶促转化为2(E)-庚烯二酸。在一些实施方案中，具有硫酯酶活性的多肽可以与SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。在一些实施方案中，具有CoA-转移酶活性的多肽可以与SEQID NO:24或SEQ ID NO:25所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性
在一些实施方案中，使用归类于EC 6.2.1.-(例如EC 6.2.1.2或EC 6.2.1.3)下的具有CoA连接酶活性的多肽将2(E)-庚烯二酸甲酯酶促转化为2(E)-庚烯二酰-CoA甲酯。
在一些实施方案中，所述方法还包括将2(E)-庚烯二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。在一些实施方案中，具有反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性的多肽将2(E)-庚烯二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。
在一些实施方案中，所述方法还包括将庚二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA。在一些实施方案中，具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶活性的多肽与SEQ ID NO:6所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
在一些实施方案中，所述方法还包括将庚二酰-CoA酶促转化为由以下组成的组的产物：庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇。在一些实施方案中，所述方法使用具有硫酯酶，可逆的CoA-连接酶或戊烯二酸CoA转移酶活性的多肽将庚二酰-CoA酶促转化为庚二酸。
在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有羧酸还原酶活性的多肽将庚二酸酶促转化为庚二酸半醛。在一些实施方案中，具有羧酸还原酶活性的多肽与SEQ ID NO:7到12所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有乙酰化醛脱氢酶活性的多肽将庚二酰-CoA酶促转化为庚二酸半醛。在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有以下活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为庚二酸：5-氧代戊酸脱氢酶活性，6-氧代己酸脱氢酶活性，7-氧代庚酸脱氢酶活性，或醛脱氢酶活性。
在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有ω-转氨酶活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为7-氨基庚酸。在一些实施方案中，具有ω-转氨酶活性的多肽与SEQ ID NO:13至18所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有ω-转氨酶活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为七亚甲基二胺。
在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有以下活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为7-羟基庚酸：6-羟基己酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，4-羟基丁酸脱氢酶活性，或醇脱氢酶活性。
在一些实施方案中，所述方法还包括使用具有羧酸还原酶或醇脱氢酶活性的多肽将7-羟基庚酸酶促转化为1,7-庚二醇。
在一些实施方案中，方法的一个或多个步骤通过发酵实施。在一些实施方案中，宿主经受在需氧，厌氧，微需氧或混合氧/反硝化的培养条件下的培养策略。在一些实施方案中，在磷酸盐，氧，和/或氮限制的条件下培养宿主。在一些实施方案中，使用陶瓷膜保留宿主来维持发酵期间的高细胞密度
在一些实施方案中，补料到发酵的主要碳源源自生物或非生物给料。在一些实施方案中，生物给料是或源自单糖、二糖、木质纤维素、半纤维素、纤维素、木质素、乙酰丙酸、甲酸、甘油三酯、甘油、脂肪酸、农业废物、浓缩的酒糟可溶物(condensed distillers'solubles)或城市废物。在一些实施方案中，非生物给料是或源自天然气、合成气(syngas)、CO2/H2、甲醇、乙醇、苯甲酸盐/酯、来自环己烷氧化过程的非挥发性残留物(NVR)碱洗液(caustic wash)废物流，或对苯二甲酸/间苯二甲酸混合物废物流。
在一些实施方案中，宿主包含一种或多种具有弱化的以下活性的多肽：聚羟基链烷酸合酶活性，乙酰CoA硫酯酶活性，乙酰CoA特异性β-酮硫解酶活性，形成乙酸的磷酸转乙酰酶活性，乙酸激酶活性，乳酸脱氢酶活性，menaquinol-延胡索酸氧化还原酶活性，产生异丁醇的2-酮酸脱羧酶活性，形成乙醇的醇脱氢酶活性，丙糖磷酸异构酶活性，丙酮酸脱羧酶活性，葡萄糖-6-磷酸异构酶活性，消散NADPH不平衡的转氢酶活性，消散NADPH不平衡的谷氨酸脱氢酶活性，利用NADH/NADPH的谷氨酸脱氢酶活性，庚二酰-CoA脱氢酶活性；接受C7构件块和中心前体作为底物的酰基-CoA脱氢酶活性；戊二酰-CoA脱氢酶活性；或庚二酰-CoA合成酶活性。
在一些实施方案中，宿主过表达一种或多种基因，其编码具有以下活性的多肽：乙酰CoA合成酶活性；6-磷酸葡糖酸脱氢酶活性；转酮酶活性；吡啶(puridine)核苷酸转氢酶活性；甲酸脱氢酶活性；甘油醛-3P-脱氢酶活性；苹果酸酶活性；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶活性；果糖1,6二磷酸酶活性；L-丙氨酸脱氢酶活性；PEP羧化酶活性，丙酮酸羧化酶活性；PEP羧激酶活性；PEP合酶活性；用于产生辅因子不平衡的对NADPH特异的L-谷氨酸脱氢酶活性；甲醇脱氢酶活性，甲醛脱氢酶活性，赖氨酸转运蛋白活性；二羧酸转运蛋白活性；S-腺苷甲硫氨酸合成酶活性；3-磷酸甘油酸脱氢酶活性；3-磷酸丝氨酸转氨酶活性；磷酸丝氨酸磷酸酶活性；或多药物转运蛋白活性。
在一些实施方案中，所述宿主是原核生物，例如，大肠杆菌，杨氏梭菌，自产乙醇梭菌，克鲁佛梭菌，谷氨酸棒状杆菌，钩虫贪铜菌，耐金属贪铜菌，荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌，食油假单胞菌，食酸代尔夫特菌，枯草芽胞杆菌，德氏乳杆菌，乳酸乳球菌，和红球菌。
在一些实施方案中，所述宿主是真核生物，例如，黑曲霉，酿酒酵母，巴斯德毕赤酵母，解脂耶罗维亚酵母，东方伊萨酵母，汉逊德巴利酵母，Arxula adenoinivorans，和乳酸克鲁维酵母菌。
将2(E)-庚烯二酰基-CoA转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯的酶
如描绘于图1至3中，可以使用脂肪酸O-甲基转移酶(如例如归类于EC 2.1.1.15下的脂肪酸O-甲基转移酶)从2(E)-庚烯二酸形成2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。例如，所述脂肪酸O-甲基转移酶可以获得自海分枝杆M(GenBank登录号ACC41782.1.SEQ ID NO:1)；耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK73223.1，SEQ ID NO:2)，或恶臭假单胞菌(参见GenBank登录号CAA39234.1，SEQ ID NO:3)。
例如，可以使用例如归类于EC 6.2.1.-下的CoA连接酶，将2(E)-庚烯二酸甲酯转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。在一些实施方案中，可以使用归类于EC 6.2.1.2下的丁酸-CoA连接酶或归类于EC 6.2.1.3下的长链脂肪酸-CoA连接酶(如来自大肠杆菌(GenBank登录号CAA50321.1，SEQ ID NO:22)或钩虫贪铜菌的长链脂肪酸-CoA连接酶(GenBank登录号CAJ95550.1，SEQ ID NO:23))，将2(E)-庚烯二酸甲酯转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。参见图1至3。
在一些实施方案中，可以使用例如归类于EC 3.1.2.-下的硫酯酶(如来自短乳杆菌的酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号ABJ63754.1，SEQ ID NO:4)或来自植物乳杆菌的酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号CCC78182.1，SEQ ID NO:5))，从2(E)-庚烯二酰基-CoA(也称为2,3-脱氢庚二酰-CoA)形成2(E)-庚烯二酸。此类酰基-[acp]硫酯酶具有C6–C8链长度特异性(参见，例如Jing等，2011，BMC Biochemistry，12(44))。参见，例如图1。
在一些实施方案中，可以使用例如CoA-转移酶(如戊烯二酸CoA-转移酶)从2(E)-庚烯二酰基-CoA形成2(E)-庚烯二酸，所述CoA-转移酶例如归类于EC 2.8.3.12下，如来自发酵氨基酸球菌的GctAB的基因产物(分别为GenBank登录号CAA57199.1(GctA)和CAA57200.1(GctB)，SEQ ID NO:24和25)。参见，例如Buckel等，1981，Eur.J.Biochem.，118:315-321。参见，例如图2和3。
从戊二酰-CoA产生2(E)-庚烯二酰基-CoA的酶
如描绘于图1中，可以从中心代谢物2-酮戊二酸或乙酰CoA经由以下碳链延伸来形成戊二酰-CoA，所述碳链延伸(i)与通过α-氨基己二酸的赖氨酸生物合成相关或(ii)与Synthrophus aciditrophicus中的环己烷羧酸生物合成相关。可以使用(i)β-酮酰基-[acp]合酶或β-酮硫解酶，(ii)3-羟基丁酰-CoA脱氢酶，和(iii)烯酰CoA水合酶将戊二酰-CoA转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA。
例如，可以通过与经由α-氨基己二酸的赖氨酸生物合成有关的C1碳链延伸来形成戊二酰-CoA，其包含使用(i)高柠檬酸合酶，(ii)高柠檬酸脱水酶和高乌头酸水合酶，(iii)异高柠檬酸脱氢酶，(iv)脱羧酶，如吲哚丙酮酸脱羧酶，(vi)戊二酸半醛脱氢酶和(v)戊二酸:CoA连接酶。参见例如图1。
例如，可以通过与在Synthrophus aciditrophicus中的环己烷羧酸生物合成相关的CoA-依赖的碳链延伸来形成戊二酰-CoA，其包括使用(i)β-酮硫解酶或乙酰基-羧化酶与乙酰乙酰CoA合酶的组合，(ii)3-羟基丁酰-CoA脱氢酶，(iii)烯酰CoA水合酶，和(iv)戊二酰-CoA脱氢酶与烯酰CoA还原酶或反式-2-烯酰CoA还原酶的组合或(v)戊烯二酰基-CoA脱羧酶。参见例如图1。
在一些实施方案中，(高)n柠檬酸合酶例如可以被归类于EC 2.3.3.14或EC2.3.3.13下，如来自詹氏甲烷球菌(Methanocaldococcus jannaschii)的aksA的基因产物(参见GenBank登录号AAB98494.1)。
在一些实施方案中，(高)n柠檬酸脱氢酶和(高)n乌头酸盐水合酶的组合可以被归类于例如EC 4.2.1.-(如EC 4.2.1.114，EC 4.2.1.36或EC 4.2.1.33)下，如来自詹氏甲烷球菌的aksD的基因产物(参见GenBank登录号AAB99007.1)或来自詹氏甲烷球菌的aksE的基因产物(参见GenBank登录号AAB99277.1)。aksD和aksE的基因产物是归类于EC 4.2.1.114下的酶的亚基。LeuC和LeuD的基因产物是归类于EC 4.2.1.33下的酶的亚基。
在一些实施例中，异(高)n柠檬酸脱氢酶例如可以被归类于EC 1.1.1.-(如EC1.1.1.85，EC 1.1.1.87或EC 1.1.1.286)下，如来自詹氏甲烷球菌的aksF的基因产物(参见GenBank登录号ACA28837.1)，来自酿酒酵母的LYS12的基因产物(参见GenBank登录号CAA86700.1)或来自嗜热栖热菌(Thermus thermophiles)的hicdh(参见GenBank登录号BAB88861.1)。
在一些实施方案中，可以通过归类于例如EC 4.1.1.43，EC 4.1.1.72，或EC4.1.1.74下的脱羧酶，如来自鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的吲哚-3-丙酮酸脱羧酶(参见，例如GenBank登录号CAC48239.1)对2-氧代-己二酸脱羧。来自鼠伤寒沙门氏菌的吲哚-3-丙酮酸脱羧酶的突变体变体被成功地工程化改造以选择地接受较长链长度的底物。提供于GenBank登录号CAC48239.1中的序列的L544A突变允许比对C5 2-酮酸高567倍的对C7 2-酮酸的选择性(参见Xiong等，2012，Scientific Reports，2:311)。2-酮戊二酸脱氢酶复合物已证实对2-酮戊二酸和2-氧代己二酸的活性(Bunik等，2000，Eur.J.Biochem.，267，3583–3591)。
还可以通过2-酮戊二酸脱氢酶复合物对2-氧代己二酸来脱羧，所述2-酮戊二酸脱氢酶复合物由与归类于例如EC 1.2.4.2，EC 1.8.1.4，和EC 2.3.1.61下的酶同源的酶构成。2-酮戊二酸脱氢酶复合物含有多拷贝的例如归类于EC 1.2.4.2下的2-酮戊二酸脱氢酶，所述2-酮戊二酸脱氢酶结合到例如归类于EC 2.3.1.61下的二氢脂酰赖氨酸-残基琥珀酰转移酶(dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferases)的核心，其还结合多拷贝的例如归类于EC 1.8.1.4下的二氢脂酰基脱氢酶(dihydrolipoyl dehydrogenase)。
在一些实施方案中，5-氧代戊酸脱氢酶(如戊二酸半醛脱氢酶)可被归类于，例如EC 1.2.1.-(如EC 1.2.1.20，EC 1.2.1.16或EC 1.2.1.79)下，如CpnE的基因产物(参见，例如Iwaki等，2002，Appl.Environ.Microbiol.，68(11):5671–5684)。
在一些实施方案中，戊二酸CoA连接酶例如可以被归类于EC 6.2.1.6下。
在一些实施方案中，β-酮硫解酶可以被归类于EC 2.3.1.-(例如EC 2.3.1.9，EC2.3.1.16，或EC 2.3.174)下。例如，β-酮硫解酶可以被归类于EC 2.3.1.9下，如atoB或phaA的基因产物。由atoB或phaA编码的β-酮硫解酶接受乙酰CoA作为底物，形成乙酰乙酰CoA(参见Haywood等，1988，同上；Slater等，1998，同上)。由paaJ(参见例如GenBank登录号AAC74479.1)，catF和pcaF编码的β-酮硫解酶可以归类于例如EC 2.3.1.174下。由paaJ编码的β-酮硫解酶将乙酰CoA和琥珀酰-CoA缩合成3-氧代己二酰-CoA(参见例如，Fuchs等，2011，Nature Reviews Microbiology，9，803–816；等，2002，J.Bacteriol.，184(1)，216–223)。Synthrophus aciditrophicus中paaJ的同源物催化乙酰CoA和戊二酰CoA缩合成3-氧代庚二酰-CoA，如GenBank登录号ABC78517.1或GenBank登录号ABC78881.1。或者，在Synthrophus aciditrophicus中的paaJ的β-酮酰基-[acp]同源物催化乙酰基-CoA和戊二酰基-CoA缩合成3-氧代庚二酰-CoA。
乙酰CoA羧化酶可以被归类于EC 6.4.1.2下，且乙酰乙酰CoA合酶可以被归类于EC2.3.1.194下。通过乙酰CoA羧化酶将乙酰CoA转化为丙二酰CoA已显示增加脂肪酸合成的速率(Davis等，J.Biol.Chem.，2000，275(37)，28593-28598)。已经证明，乙酰乙酰CoA合酶可以用作在与聚羟基丁酸合成相关的碳链延伸中的phaA的基因产物的不可逆替代物(Matsumoto等，Biosci.Biotechnol.Biochem.，2011，75(2)，364–366)。
在一些实施方案中，3-羟基丁酰基-CoA脱氢酶(也可以称为3-羟基酰基-CoA脱氢酶)可被归类于EC 1.1.1.157下，如hbd的基因产物(参见，例如Shen等，Appl.Environ.Microbiol.，2011，77(9)，2905–2915；Budde等，J.Bacteriol.，2010，192(20)，5319–5328)或paaH的基因产物(Teufel等，2010，Proc.Natl.Acad.Sci.107(32)，14390–14395)。
在一些实施方案中，烯酰CoA水合酶可以被归类于EC 4.2.1.17下，如crt的基因产物(参见，例如Shen等，2011，同上；Fukui等，J.Bacteriol.，1998，180(3)，667–673)或paaF的基因产物(参见，例如Fuchs等，2011，同上)。Synthrophus aciditrophicus中的paaF的同源物包括GenBank登录号ABC77794.1的烯酰CoA水合酶或GenBank登录号ABC78950.1的烯酰CoA水合酶。
在一些实施方案中，依赖于Na+膜泵的可逆戊烯二酰基-CoA脱羧酶例如可以被归类于例如EC 4.1.1.70下(参见Mouttaki等，Appl.Environ.Microbiol.，2007，73(3)，930-938)。所述EC 4.1.1.70酶活性与Synthrophus aciditrophicus中的以下的亚基相关，即Genbank登录号(1)ABC77900.1，(2)ABC76114.1和(3)ABC77898.1。
在一些实施方案中，烯酰基-[acp]还原酶可以被归类于EC 1.3.1.-(例如EC1.3.1.9)下，如获自Synthrophus aciditrophicus的烯酰基-[acp]还原酶或来自枯草芽孢杆菌的FabI的基因产物(Genbank登录号:CAB13029.2)(参见，例如Heath等，2000，J.Biol.Chem.，275(51)，40128-33)。在Synthrophus aciditrophicus中涉及脂肪酸合成的烯酰基-[acp]还原酶可能接受辅酶A活化的二羧酸(Mouttaki等，2007，同上)。
在一些实施方案中，反式-2-烯酰基-CoA还原酶例如可被归类于EC 1.3.1.44下，如ter的基因产物(GenBank登录号AAW66853.1)(Hoffmeister等，2005，J.Biol.Chem.，280(6)，4329-4338；Shen等，2011，同上)，或tdter的基因产物(GenBank登录号AAS11092.1)(Bond-Watts等，Biochemistry，2012，51，6827-6837)。
β-酮酰基-[acp]合酶例如可被归类于EC 2.3.1.41，EC 2.3.1.179，或EC2.3.1.180下。在Synthrophus aciditrophicus中涉及脂肪酸合成的β-酮硫解酶和β-酮酰基-[acp]合酶可能接受CoA活化的二羧酸(Mouttaki等，Appl.Environ.Microbiol.，2007，73(3)，930-938)。
从2-氧代-庚二酸产生2(E)-庚烯二酰基-CoA的酶
如图2中描绘，可以通过两轮与经由α-氨基己二酸的赖氨酸生物合成相关的碳链延伸，从中心代谢物2-酮戊二酸形成2-氧代-庚二酸，其中每轮延伸包含使用(i)高柠檬酸合酶，(ii)高柠檬酸脱水酶和高乌头酸水合酶，和(iii)异高柠檬酸脱氢酶。高柠檬酸合酶，高柠檬酸脱水酶，高乌头酸水合酶，和异高柠檬酸脱氢酶如上所述。还可以使用4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶(hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase)，2-氧代-庚-3-烯-1,7二酸水合酶，和2-烯酸还原酶从琥珀酸半醛形成2-氧代-庚二酸，如图3中显示的。
可以使用(i)2-羟基戊二酸脱氢酶或(ii)乳酸脱氢酶，(ii)CoA-转移酶如戊烯二酸CoA转移酶，和(iii)2-羟基戊二酰-CoA脱水酶或2-羟基异己酰基-CoA脱水酶将2-氧代-庚二酸转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA。参见图2和3。
2-羟基戊二酸脱氢酶例如可以被归类于1.1.1.-(337)下，如HgdH或ldhA的基因产物。参见Djurdjevic等，2011，Appl.Environ.Microbiol.，77(1)，320–322和Kim等，2005，FEBS Journal，272，550-561。
CoA转移酶，如戊烯二酸CoA转移酶例如可以被归类于EC 2.8.3.12下，且可以获得自发酵氨基酸球菌(参见例如SEQ ID NO:24和25)。参见，例如Buckel等，1981，Eur.J.Biochem.，118:315–321。
2-羟基戊二酰-CoA脱水酶例如可以被归类于EC 4.2.1.-下，如HgdAB的基因产物(Genbank登录号AAD31677.1和AAD31675.1)，与活化子(activator)HgdC的基因产物(GenBank登录号CAA42196.1)组合。HgdAB基因产物含有亚基A和B。参见，Djurdjevic等，2011，同上。2-羟基异己酰基-CoA脱水酶例如可以被归类于EC 4.2.1.-下，如hadBC(Genbank登录号AAV40819.1和AAV40820.1)或hadI(GenBank登录号AAV40818.1)的基因产物。
4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶(4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase)例如可以被归类于EC 4.1.2.52下，例如HpaI的基因产物。参见GenBank登录号CAA87759.1。
2-氧代-庚-3-烯-1,7-二酸水合酶例如可以被归类于EC 4.2.1.-下，例如HpaH的基因产物。参见GenBank登录号AAB91474.1。
在一些实施方案中，2-烯酸还原酶可以被归类于EC 1.3.1.-(如EC 1.3.1.31或EC1.6.99.1)下，如来源于枯草芽孢杆菌(GenBank登录号BAA12619.1)，恶臭假单胞菌(GenBank登录号AAN66878.1)，乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyces lactis)(GenBank登录号AAA98815.1)，干酪乳杆菌(GenBank登录号AGP69310.1)，Saccharomyces pastorianus(GenBank登录号CAA37666.1)，Thermoanaerobacter pseudethanolicus(GenBank登录号ABY93685.1)，或阴沟肠杆菌(GenBank登录号AAB38683.1)(Gao等，2012，EnzymeMicrob.Technol.，51(1)，26-34)。
在C7构件块的生物合成中促进引入末端官能基团的酶
在一些实施方案中，羧酸还原酶促进末端醛基的产生，用于随后通过ω-转氨酶转化为胺基或通过醇脱氢酶转化为羟基。羧酸还原酶例如可获得自海分枝杆菌(GenBank登录号ACC40567.1，SEQ ID NO:7)，耻垢分枝杆菌(GenBank登录号ABK71854.1，SEQ ID NO:8)，Segniliparus rugosus(GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)，耻垢分枝杆菌(GenBank登录号ABK75684.1，SEQ ID NO:10)，马赛分枝杆菌(GenBank登录号EIV11143.1，SEQ ID NO:11)，或Segniliparus rotundus(GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)。参见例如图4至8。
由car的基因产物编码的羧酸还原酶和增强剂npt具有较宽的底物特异性，包括末端双官能的C4和C5羧酸(Venkitasubramanian等，Enzyme and Microbial Technology，2008，42，130-137)。
在C7构件块的生物合成中产生末端羧基的酶
如描绘于图4中，可以使用硫酯酶，醛脱氢酶，7-氧代庚酸脱氢酶，6-氧代己酸脱氢酶，CoA-转移酶或可逆的CoA-连接酶酶促形成末端羧基。
在一些实施方案中，通过庚二酰-[acp]甲酯酯酶酶促形成导致C7构件块合成的第一末端羧基，所述庚二酰-[acp]甲酯酯酶例如归类于EC 3.1.1.85下，如bioH的基因产物(GenBank登录号AAC76437.1，SEQ ID NO:6)。参见图1和2。
在一些实施方案中，通过硫酯酶酶促形成导致C7构件块合成的第二末端羧基，所述硫酯酶被归类于EC 3.1.2.-下，如YciA，tesB(GenBank登录号AAA24665.1，SEQ ID NO:21)，Acot13或源自短乳杆菌(GenBank登录号ABJ63754.1，SEQ ID NO:4)或源自植物乳杆菌(GenBank登录号CCC78182.1，SEQ ID NO:5)的基因产物(参见例如Cantu等，ProteinScience，2010，19，1281–1295；Zhuang等，Biochemistry，2008，47(9)，2789-2796；Naggert等，J.Biol.Chem.，1991，266(17)，11044-11050；或Jing等，2011，BMC Biochemistry，12(44))。
在一些实施方案中，导致庚二酸的合成的第二末端羧基由例如归类于EC 1.2.1.3的醛脱氢酶酶促形成(参见例如，Guerrillot和Vandecasteele，Eur.J.Biochem.，1977，81，185–192)。
在一些实施方案中，导致庚二酸的合成的第二末端羧基由归类于EC 1.2.1.-(如EC 1.2.1.16，EC 1.2.1.20，EC 1.2.1.79，EC 1.2.1.3或EC 1.2.1.63)下的脱氢酶，如5-氧代戊酸脱氢酶(例如来自丛毛单胞菌属物种(Comamonas sp.)的CpnE的基因产物)，6-氧代己酸脱氢酶(例如来自不动杆菌属物种(Acinetobacter sp.)的ChnE的基因产物)或7-氧代庚酸脱氢酶(例如来自Sphingomonas macrogolitabida的ThnG的基因产物)。参见例如Iwaki等，Appl.Environ.Microbiol.，1999，65(11)，5158–5162；Iwaki等，Appl.Environ.Microbiol.，2002，68(11)，5671-5684；或López-Sánchez等，Appl.Environ.Microbiol.，2010，76(1)，110-118。例如，6-氧代己酸脱氢酶可以被归类于EC 1.2.1.63下。例如，7-氧代庚酸脱氢酶可以被归类于EC 1.2.1.-下。
在一些实施方案中，导致庚二酸的合成的第二末端羧基由CoA-转移酶酶促形成，所述CoA-转移酶例如归类于EC 2.8.3.12下，如来自发酵氨基酸球菌。参见例如Buckel等，1981，Eur.J.Biochem.，118:315-321。
在一些实施方案中，导致庚二酸的合成的第二末端羧基由可逆的CoA-连接酶酶促形成，所述可逆的CoA-连接酶酶如例如归类于EC 6.2.1.5下，如来自Thermococcuskodakaraensis。参见例如Shikata等，2007，J.Biol.Chem.，282(37):26963-26970。
在C7构件块的生物合成中产生末端胺基的酶
如描绘与图5和图6中，可以使用ω-转氨酶或脱乙酰酶酶促形成末端胺基。
在一些实施方案中，导致7-氨基庚酸合成的第一或第二末端胺基由ω-转氨酶酶促形成，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC2.6.1.48，或EC 2.6.1.82下，如获得自紫色色杆菌(GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ IDNO:13)，铜绿假单胞菌(GenBank登录号AAG08191.1，SEQ ID NO:14)，丁香假单胞菌(GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(GenBank登录号ABA81135.1，SEQID NO:16)，大肠杆菌(GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)，河流弧菌(GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)，灰色链霉菌(Streptomyces griseus)，或Clostridiumviride。例如，归类于例如EC 2.6.1.29或EC 2.6.1.82下的ω-转氨酶可以是二胺ω-转氨酶。
来自紫色色杆菌的可逆的ω-转氨酶(GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)已经证明接受6-氨基己酸作为氨基供体的类似的活性，从而在己二酸半醛中形成第一末端氨基(Kaulmann等，Enzyme and Microbial Technology，2007，41，628-637)。
来自灰色链霉菌的可逆的4-氨基丁酸:2-酮戊二酸转氨酶已经证明对于6-氨基己酸到己二酸半醛的转化的类似的活性(Yonaha等，Eur.J.Biochem.，1985，146:101-106)。
来自Clostridium viride的可逆的5-氨基戊酸转氨酶已经证明对于6-氨基己酸到己二酸半醛的转化的类似的活性(Barker等，J.Biol.Chem.，1987，262(19)，8994-9003)。
在一些实施方案中，导致7-氨基庚酸或七亚甲基二胺的合成的末端氨基通过二胺ω-转氨酶酶促形成。例如可以通过二胺ω-转氨酶酶促形成第二末端氨基，所述二胺ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.29下或例如归类于EC 2.6.1.82下，如来自大肠杆菌的YgjG的基因产物(GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)。
ygjG的基因产物接受宽范围的二胺碳链长度底物，如腐胺，尸胺和亚精胺(参见例如，Samsonova等，BMC Microbiology，2003，3:2)。
来自大肠杆菌菌株B的二胺ω-转氨酶已经证明针对1,7二氨基庚烷的活性(Kim，The Journal of Chemistry，1964，239(3)，783–786)。
在一些实施方案中，导致七亚甲基二胺合成的第二末端氨基由脱乙酰酶酶促形成，所述脱乙酰酶如例如归类于EC 3.5.1.17下的酰基-赖氨酸脱酰酶或如例如归类于如EC3.5.1.62下的乙酰腐胺脱乙酰酶。来自藤黄微球菌(Micrococcus luteus)K11的乙酰腐胺脱乙酰酶接受宽范围的碳链长度底物，如乙酰腐胺，乙酰尸胺和N8-乙酰亚精胺(参见例如Suzuk等，1986，BBA–General Subjects，882(1):140-142)。
在C7构件块的生物合成中产生末端羟基的酶
如描绘与图7和8，可以使用6-羟基己酸脱氢酶，5-羟基戊酸脱氢酶，4-羟基丁酸脱氢酶或醇脱氢酶，酶促形成末端羟基。
例如导致7-羟基庚酸的末端羟基可以由脱氢酶酶促形成，所述脱氢酶例如归类于EC 1.1.1.-下，如6-羟基己酸脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.258下(如来自ChnD的基因))，例如归类于EC 1.1.1.-下的5-羟基戊酸脱氢酶，如CpnD的基因产物(参见例如Iwaki等，2002，Appl.Environ.Microbiol.，68(11):5671-5684)，来自Clostridium viride的5-羟基戊酸脱氢酶，或4-羟基丁酸脱氢酶，如gabD(参见例如，Lütke-Eversloh和Steinbüchel，1999，FEMS Microbiology Letters，181(1):63-71)。参见图7。
在一些实施方案中，导致1,7庚二醇合成的第二末端羟基由醇脱氢酶酶促形成，所述醇脱氢酶例如归类于EC 1.1.1.-(如EC 1.1.1.1，EC 1.1.1.2，EC 1.1.1.21，或EC1.1.1.184)下。
生物化学途径
在C7主链生物合成中使用乙酰CoA或2-酮戊二酸作为中心代谢物的途径。
在一些实施方案中，从如下中心代谢物乙酰CoA合成戊二酰-CoA：通过β-酮硫解酶(例如归类于EC 2.3.1.9下)如atoB或phaA的基因产物，或者通过乙酰CoA羧化酶(例如归类于EC 6.4.1.2下)和乙酰乙酰CoA合酶(例如归类于EC 2.3.1.194下)将乙酰CoA转化为乙酰乙酰CoA；然后通过3-羟基酰基-CoA脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.-，如EC 1.1.1.157或EC1.1.1.35下)，如hbd的基因产物，转化为3-羟基丁酰-CoA；然后通过烯酰CoA还原酶(例如归类于EC 4.2.1.-(如EC 4.2.1.17)下)，如crt的基因产物，转化为巴豆酰-CoA，然后通过戊烯二酰基-CoA脱羧酶(如归类于EC 4.1.1.70下)转化为a)戊烯二酰基-CoA；然后通过(i)烯酰基-[acp]还原酶(如归类于EC 1.3.1.9下)或(ii)反式-2-烯酰CoA还原酶(如归类于EC1.3.1.44下)如ter或tdter的基因产物转化为戊二酰-CoA，或(b)通过来自Synthrophusaciditrophicus的经受电子分叉(electron bifurcation)的戊二酰-CoA脱氢酶如Genbank登录号(1)ABC77899.1，(2)ABC76101.1，(3)ABC76260.1，(4)ABC76949或(5)ABC78863.1的脱氢酶，转化为戊二酰-CoA。参见图1。
在一些实施方案中，从如下中心代谢物2-酮戊二酸合成戊二酰-CoA：通过高柠檬酸合酶(例如归类于EC 2.3.3.14或EC 2.3.3.13下)，如来自酿酒酵母的LYS20和LYS21的基因产物或来自嗜热栖热菌(Thermus thermophiles)hcs的基因产物，将2-酮戊二酸转化为(高)1柠檬酸；然后通过高柠檬酸脱水酶和高乌头酸水合酶(例如归类于EC 4.2.1.114，EC4.2.1.36或EC 4.2.1.33下)，如来自酿酒酵母的LYS4的基因产物或来自嗜热栖热菌的lysT和LysU的基因产物，转化为异(高)1柠檬酸；然后通过异(高)1柠檬酸脱氢酶(例如归类于EC1.1.1.85，EC 1.1.1.87或EC 1.1.1.286下)，如来自酿酒酵母的LYS12的基因产物或来自嗜热栖热菌(Thermus thermophiles)的hicdh的基因产物，转化为2-氧代己二酸；然后通过脱羧酶(如归类于EC 4.1.1.43，EC 4.1.1.74，EC 4.1.1.72下)，如吲哚丙酮酸脱羧酶(如GenBank登录号CAC48239.1)，支链alpha-酮酸脱羧酶(如GenBank登录号AAS49166.1)或alpha-酮异戊酸脱羧酶(如GenBank登录号ADA65057.1)，转化为戊二酸半醛；然后通过戊二酸半醛脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.20，EC 1.2.1.16，EC 1.2.1.79，EC 1.2.1.3，或EC1.2.1.63)下，如CpnE，ChnE，或ThnG的基因产物，转化为戊二酸；然后通过戊二酸:CoA连接酶(例如归类于EC 6.2.1.6下)或通过CoA-转移酶(例如归类于EC 2.8.3.12下)，转化为戊二酰-CoA。参见，例如图1。
在一些实施方案中，如下从如上所述产生的戊二酰-CoA合成庚二酰-CoA：通过β-酮硫解酶(例如归类于EC 2.3.1.-,如EC 2.3.1.174或EC 2.3.1.16下)，如paaJ或paaJ的同源物的基因产物(如GenBank登录号ABC78517.1，AAC74479.1，或ABC78881.1)或通过β-酮酰基-[acp]合酶(例如归类于EC 2.3.1.41，EC 2.3.1.179，EC 2.3.1.180下)，将戊二酰-CoA转化为3-酮庚二酰-CoA；然后通过3-羟基己二酰-CoA脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.157下)，如paaH或paaH的同源物的基因产物(如GenBank登录号ABC77793.1)，转化为3-羟基庚二酰-CoA；然后通过烯酰CoA水合酶，如paaF或paaF的同源物的基因产物(例如GenBank登录号ABC77794.1或GenBank登录号ABC78950.1)，转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA(也称为2,3-脱氢庚二酰CoA)；然后通过以下转化为2(E)-庚烯二酸：酰基-[acp]硫酯酶(例如归类于3.1.2.-下)，如来自短乳杆菌的酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号ABJ63754.1，SEQ IDNO:4)或来自植物乳杆菌的酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号CCC78182.1，SEQ ID NO:5)，或者CoA-转移酶，例如归类于EC 2.8.3.-如EC 2.8.3.12下(参见例如分别为GenBank登录号CAA57199.1(GctA)和CAA57200.1(GctB)，SEQ ID NO:24和25)，然后使用如下转化为2(E)-庚烯二酸甲酯：脂肪酸O-甲基转移酶(例如归类于EC 2.1.1.15下)，如来自以下的脂肪酸O-甲基转移酶：海分枝杆菌M(GenBank登录号ACC41782.1，SEQ ID NO:1)；耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK73223.1，SEQ ID NO:2)，恶臭假单胞菌(参见GenBank登录号CAA39234.1，SEQ ID NO:3)；然后通过CoA连接酶(例如归类于EC 6.2.1.-下(例如归类于EC6.2.1.2下的丁酸-CoA连接酶或归类于EC 6.2.1.3下的长链脂肪酸-CoA连接酶)转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯；然后使用反式-2-烯酰基-CoA还原酶(例如归类于EC 1.3.1.44下)，如ter或tdter的基因产物，转化为庚二酰-CoA甲酯；然后通过庚二酰-[acp]甲酯酯酶(例如归类于EC 3.1.1.85下)如来自大肠杆菌bioH的基因产物(GenBank登录号AAC76437.1，SEQ ID NO:6)，转化为庚二酰-CoA。参见，例如图1。
在一些实施方案中，可以如下从中心代谢物2-酮戊二酸，通过两循环的2-酮酸链延伸合成庚二酰-CoA：通过(高)n柠檬酸合酶，例如归类于EC 2.3.3.14或EC 2.3.3.13下(例如参见AksA，GenBank登录号AAB98494.1)，将2-酮戊二酸转化为(高)1柠檬酸；然后通过(高)n柠檬酸脱水酶和(高)n乌头酸水合酶，例如归类于EC 4.2.1.114，EC 4.2.1.36或EC4.2.1.33(例如参见AksD和AksE，GenBank登录号AAB99007.1和AAB99277.1)转化为异(高)1柠檬酸；然后通过异(高)n柠檬酸脱氢酶，例如归类于EC 1.1.1.85，EC 1.1.1.87或EC1.1.1.286下(例如参见AksF，GenBank登录号ACA28837.1)，转化为2-氧代己二酸；然后通过(高)n柠檬酸合酶，例如归类于EC 2.3.3.14或EC 2.3.3.13(例如参见AksA，GenBank登录号AAB98494.1)，转化为(高)2柠檬酸；然后通过(高)n柠檬酸脱氢酶和(高)n乌头酸水合酶，例如归类于EC 4.2.1.114，EC 4.2.1.36或EC 4.2.1.33下(参见例如Genbank登录号AAB99007.1和AAB99277.1)，转化为异(高)2柠檬酸(也称为1-羟基戊烷-1,2,5-三羧酸或苏-异(高)2柠檬酸)；然后通过异(高)n柠檬酸脱氢酶，例如归类于EC 1.1.1.85，EC1.1.1.87，或EC 1.1.1.286(例如参见AksF，GenBank登录号ACA28837.1)，转化为2-氧代-庚二酸；然后使用醇脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.-下)，如HgdH的基因产物(参见Djurdjevic等，2011，同上)或LdhA的基因产物(参见Kim等，2005，FEBS Journal，272，550-561)，转化为2-氧代-庚二酸；然后通过CoA-转移酶如戊烯二酸CoA转移酶，例如归类于EC 2.8.3.12下(如GctAB的基因产物)，转化为2-羟基庚二酰-CoA；然后通过以下转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA：通过2-羟基戊二酰-CoA脱水酶(例如归类于EC 4.2.1.-下)如HgdAB的基因产物与其激活子(activator)HgdC的基因产物(参见Djurdjevic等，2011，同上)组合或2-羟基异己酰基-CoA脱水酶(例如归类于EC 4.2.1.-下)，如hadBC的基因产物与其激活子(activator)hadI的基因产物(Kim等，2005，同上)组合；然后通过CoA-转移酶如戊烯二酸CoA转移酶，例如归类于EC 2.8.3.12下(如GctAB的基因产物)，转化为2(E)-庚烯二酸；然后使用以下转化为2(E)-庚烯二酸甲酯：脂肪酸O-甲基转移酶(例如归类于EC 2.1.1.15下)，如来自以下的脂肪酸O-甲基转移酶：海分枝杆菌M(GenBank登录号ACC41782.1，SEQ ID NO:1)；耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK73223.1，SEQ ID NO:2)，恶臭假单胞菌(参见GenBank登录号CAA39234.1，SEQ ID NO:3)；然后通过CoA连接酶，例如归类于EC 6.2.1.-下(例如归类于EC6.2.1.2下的丁酸-CoA连接酶或归类于EC 6.2.1.3下的长链脂肪酸-CoA连接酶)，转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯；然后使用反式-2-烯酰基-CoA还原酶(例如归类于EC 1.3.1.44下)，如ter或tdter的基因产物，转化为庚二酰-CoA甲酯；然后通过庚二酰-[acp]甲酯酯酶(例如归类于EC 3.1.1.85下)如来自大肠杆菌bioH的基因产物(GenBank登录号AAC76437.1，SEQ ID NO:6)，转化为庚二酰-CoA。参见图2。
在C7主链生物合成中使用琥珀酸半醛作为中心代谢物的途径
在一些实施方案中，如以下从(i)中心代谢物2-酮戊二酸或从(ii)中心代谢物琥珀酰-CoA合成庚二酰-CoA：(i)通过例如归类于EC 4.1.1.72下的支链alpha-酮酸脱羧酶(如GenBank登录号AAS49166.1)，或例如归类于EC 4.1.1.74下的alpha-酮异戊酸脱羧酶(如GenBank登录号ADA65057.1)将2-酮戊二酸转化为琥珀酸半醛，或(ii)通过琥珀酸半醛脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.76下)将琥珀酰-CoA转化为琥珀酸半醛；然后通过4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶，例如归类于EC 4.1.2.52下(如Hpa1的基因产物)，转化为2,4-二羟基庚-2-烯二酸；然后通过2-氧代-庚-3-烯-1,7-二酸水合酶(例如归类于EC 4.2.1.-下)，如HpaH的基因产物(如GenBank登录号AAB91474.1)转化为2-氧代庚-3-烯二酸；然后通过以下转化为2-氧代庚二酸：2-烯酸还原酶，例如归类于EC 1.3.1.-，如EC 1.3.1.31或EC1.6.99.-如EC 1.6.99.1下(如由GenBank登录号BAA12619.1，AAN66878.1，AAA98815.1，AGP69310.1，CAA37666.1，ABY93685.1,或AAB38683.1编码)；然后通过2-羟基戊二酸脱氢酶，例如归类于EC 1.1.1.-，如EC 1.1.1.337下(如HgdH或ldhA的基因产物)转化为2-羟基庚二酸；然后通过CoA-转移酶如戊烯二酸CoA转移酶，例如归类于EC 2.8.3.12下(如GctAB的基因产物)转化为2-羟基庚二酰-CoA；然后通过以下转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA：2-羟基戊二酰-CoA脱水酶(例如归类于EC 4.2.1.-下)，如HgdAB的基因产物与其活化子(activator)，HgdC的基因产物(参见Djurdjevic等，2011，同上)组合或2-羟基异己酰基-CoA脱水酶(例如归类于EC 4.2.1.-下)，如hadBC的基因产物与其活化子(activator)，hadI的基因产物(Kim等，2005，同上)组合；然后通过CoA-转移酶如戊烯二酸CoA转移酶，例如归类于EC 2.8.3.12下(如GctAB的基因产物)，转化为2(E)-庚烯二酸；然后使用以下转化为2(E)-庚烯二酸甲酯：脂肪酸O-甲基转移酶(例如归类于EC 2.1.1.15下)，如来自海分枝杆菌(GenBank登录号ACC41782.1，SEQ ID NO:1)；耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK73223.1，SEQ ID NO:2)，或恶臭假单胞菌(参见GenBank登录号CAA39234.1，SEQ ID NO:3)；然后通过CoA连接酶(例如归类于EC 6.2.1.-下)如丁酸-CoA连接酶(例如归类于EC6.2.1.2下)或长链脂肪酸-CoA连接酶，例如归类于6.2.1.3下(如GenBank登录号CAA50321.1或CAJ95550.1)，转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯；然后使用反式-2-烯酰基-CoA还原酶(例如归类于EC 1.3.1.44下)如ter的基因产物(例如GenBank登录号AAW66853.1)或tdter的基因产物(GenBank登录号AAS11092.1)转化为庚二酰-CoA甲酯；然后通过庚二酰-[acp]甲酯酯酶(例如归类于EC 3.1.1.85下)如来自大肠杆菌bioH的基因产物(GenBank登录号AAC76437.1，SEQ ID NO:6)，转化为庚二酰-CoA。参见，例如图3。
使用庚二酰-CoA或庚二酸半醛作为中心前体至庚二酸的途径
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酰-CoA合成庚二酸：通过乙酰化醛脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.10下)如PduB或PduP的基因产物(参见例如Lan等，2013，EnergyEnviron.Sci.，6:2672-2681)，将庚二酰-CoA转化为庚二酸半醛；然后通过以下转化为庚二酸：7-氧代庚酸脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.-下)如ThnG的基因产物，6-氧代己酸脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.63下)如ChnE的基因产物，5-氧代戊酸脱氢酶(例如归类于EC1.2.1.-下)如CpnE的基因产物，或醛脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.3下)。参见图4。
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酰-CoA合成庚二酸：通过硫酯酶(例如归类于EC 3.1.2.-下)，如YciA，tesB的基因产物(GenBank登录号AAA24665.1，SEQ ID NO:21)，Acot13，来自短乳杆菌的酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号ABJ63754.1，SEQ ID NO:4)，或来自植物乳杆菌的酰基-[acp]硫酯酶(GenBank登录号CCC78182.1，SEQ ID NO:5)，将庚二酰-CoA转化为庚二酸。参见图4。
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酰-CoA合成庚二酸：通过CoA-转移酶，如戊烯二酸CoA转移酶(例如归类于EC 2.8.3.12下)，将庚二酰-CoA转化为庚二酸。参见图4。
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酰-CoA合成庚二酸：通过可逆的CoA-连接酶，如可逆的琥珀酸CoA连接酶(例如归类于EC 6.2.1.5下)，将庚二酰-CoA转化为庚二酸。参见图4。
使用庚二酰-CoA或庚二酸半醛作为中心前体至7-氨基庚酸的途径
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酰-CoA合成7-氨基庚酸：通过乙酰化醛脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.10下)，如PduB或PduP的基因产物，将庚二酰-CoA转化为庚二酸半醛；然后通过ω-转氨酶将庚二酸半醛转化为7-氨基庚酸，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如EC 2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC 2.6.1.48，或EC 2.6.1.82下，如来自于紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)。参见图5。
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酸合成7-氨基庚酸：通过羧酸还原酶将庚二酸转化为庚二酸半醛，所述羧酸还原酶例如归类于EC 1.2.99.6下，如来自Segniliparus rugosus(GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)或Segniliparusrotundus(GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)，与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))，或来自灰色链霉菌GriC和GriD的基因产物(Suzuki等，J.Antibiot.，2007，60(6)，380-387)组合；然后通过ω-转氨酶将庚二酸半醛转化为7-氨基庚酸，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如EC2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.48，EC 2.6.1.29，EC 2.6.1.82下，例如来自紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)。参见图5。
使用7-氨基庚酸，7-羟基庚酸或庚二酸半醛作为中心前体至七亚甲基二胺的途径
在一些实施方案中，如下从中心前体7-羟基庚酸合成七亚甲基二胺：通过羧酸还原酶(例如归类于EC 1.2.99.6下)，如car的基因产物(见上)，与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))，或GriC和GriD的基因产物(Suzuki等，J.Antibiot.，2007，60(6)，380-387)组合，将7-氨基庚酸转化为7-氨基庚醛；然后通过ω-转氨酶将7-氨基庚醛转化为七亚甲基二胺，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC 2.6.1.48，或EC2.6.1.82下，例如来自紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，铜绿假单胞菌(参见GenBank登录号AAG08191.1，SEQ ID NO:14)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ IDNO:16)，大肠杆菌(参见GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)。参见图6。
由car的基因产物编码的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂npt或sfp具有广泛的底物特异性，其包括末端双官能的C4和C5羧酸(Venkitasubramanian等，Enzymeand Microbial Technology，2008，42，130-137)。
在一些实施方案中，如下从中心前体7-羟基庚酸(其可以如图7中描述的产生)合成七亚甲基二胺：通过羧酸还原酶与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))或GriC和GriD的基因产物(Suzuki等，J.Antibiot.，2007，60(6)，380–387)组合，将7-羟基庚酸转化为7-羟基庚醛，所述羧酸还原酶例如归类于EC 1.2.99.6下，如来自海分枝杆菌(参见GenBank登录号ACC40567.1，SEQ ID NO:7)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK71854.1，SEQ ID NO:8)，Segniliparus rugosus(参见GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK75684.1，SEQ ID NO:10)，马赛分枝杆菌(参见GenBank登录号EIV11143.1，SEQ ID NO:11)，或Segniliparus rotundus(参见GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)；然后通过ω-转氨酶将7-氨基庚醛转化为7-氨基庚醇，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如EC 2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC 2.6.1.48，或EC2.6.1.82下，来自紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，或球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)；然后通过醇脱氢酶转化为7-氨基庚醛，所述醇脱氢酶例如归类于EC 1.1.1.-(如EC 1.1.1.1，EC 1.1.1.2，EC 1.1.1.21，或EC 1.1.1.184)下，如YMR318C的基因产物(例如归类于EC 1.1.1.2下，参见GenBank登录号CAA90836.1)(例如归类于EC 1.1.1.2下，参见GenBank登录号CAA90836.1)或YqhD的基因产物(来自大肠杆菌，GenBank登录号AAA69178.1)(Liu等，Microbiology，2009，155，2078-2085；Larroy等，2002，Biochem J.，361(Pt 1)，163–172；Jarboe，2011，Appl.Microbiol.Biotechnol.，89(2)，249-257)或具有GenBank登录号CAA81612.1(来自嗜热脂肪地芽孢杆菌(Geobacillusstearothermophilus))的蛋白；然后通过ω-转氨酶转化为七亚甲基二胺，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如EC 2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC 2.6.1.48，或EC2.6.1.82下，例如来自紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，铜绿假单胞菌(参见GenBank登录号AAG08191.1，SEQ ID NO:14)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ IDNO:16)，大肠杆菌(参见GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)。参见图6。
在一些实施方案中，如下从中心前体7-氨基庚酸合成七亚甲基二胺：通过N-乙酰转移酶，如赖氨酸N-乙酰转移酶(例如归类于EC 2.3.1.32下)，将7-氨基庚酸转化为N7-乙酰基-7-氨基庚酸；然后通过羧酸还原酶与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))或GriC和GriD的基因产物(Suzuki等，J.Antibiot.，2007，60(6)，380-387)组合，转化为N7-乙酰基-7-氨基庚醛，所述羧酸还原酶例如归类于EC 1.2.99.6下，例如来自耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK71854.1，SEQ ID NO:8)，马赛分枝杆菌(参见GenBank登录号EIV11143.1，SEQ ID NO:11)，或Segniliparus rotundus(参见GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)；然后通过ω-转氨酶转化为N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如EC 2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC 2.6.1.48，EC 2.6.1.46，或EC 2.6.1.82下，如来自紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ ID NO:13)，铜绿假单胞菌(参见GenBank登录号AAG08191.1，SEQ ID NO:14)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)，大肠杆菌(参见GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)；然后通过乙酰腐胺脱乙酰酶(例如归类于EC 3.5.1.62或EC 3.5.1.17下)，转化为七亚甲基二胺。参见图6。
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酸半醛合成七亚甲基二胺：通过羧酸还原酶与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))或GriC和GriD的基因产物(Suzuki等，J.Antibiot.，2007，60(6)，380-387)组合，将庚二酸半醛转化为庚二醛，所述羧酸还原酶例如归类于EC1.2.99.6下，如来自Segniliparus rotundus(参见GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)；然后通过ω-转氨酶(例如归类于EC 2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC2.6.1.48，或EC 2.6.1.82下)转化为7-氨基庚醛；然后通过ω-转氨酶转化为七亚甲基二胺，所述ω-转氨酶例如归类于EC 2.6.1.-如2.6.1.18，EC 2.6.1.19，EC 2.6.1.29，EC2.6.1.48，或EC 2.6.1.82，如来自紫色色杆菌(参见GenBank登录号AAQ59697.1，SEQ IDNO:13)，铜绿假单胞菌(参见GenBank登录号AAG08191.1，SEQ ID NO:14)，丁香假单胞菌(参见GenBank登录号AAY39893.1，SEQ ID NO:15)，球形红杆菌(参见GenBank登录号ABA81135.1，SEQ ID NO:16)，大肠杆菌(参见GenBank登录号AAA57874.1，SEQ ID NO:17)，或河流弧菌(参见GenBank登录号AEA39183.1，SEQ ID NO:18)。参见图6。
使用庚二酸或庚二酸半醛作为中心前体至7-羟基庚酸和1,7-庚二醇的途径
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酸合成7-羟基庚酸：通过羧酸还原酶(例如归类于EC 1.2.99.6下)与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))或来自灰色链霉菌的GriC和GriD的基因产物相组合，将庚二酸转化为庚二酸半醛，所述羧酸还原酶如来自Segniliparus rugosus(GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)或Segniliparus rotundus(GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)；然后通过以下转化为7-羟基庚酸：醇脱氢酶(例如归类于EC1.1.1.-下)，如6-羟基己酸脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.258下)(例如来自ChnD的基因)，5-羟基戊酸脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.-下)(例如CpnD的基因产物)(例如参见，Iwaki等，2002，Appl.Environ.Microbiol.，68(11):5671-5684)，来自Clostridium viride的5-羟基戊酸脱氢酶，或4-羟基丁酸脱氢酶如gabD(例如参见，Lütke-Eversloh和Steinbüchel，1999，FEMS Microbiology Letters，181(1):63-71)。参见图7。
在一些实施方案中，如下从中心前体庚二酰-CoA合成7-羟基庚酸：通过乙酰化醛脱氢酶(例如归类于EC 1.2.1.10下)如PduB或PduP的基因产物，将庚二酰-CoA转化为庚二酸半醛；然后通过醇脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.-下)，转化为7-羟基庚酸，所述醇脱氢酶如6-羟基己酸脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.258下)(例如来自ChnD的基因)，5-羟基戊酸脱氢酶(例如归类于EC 1.1.1.-下)，例如CpnD的基因产物，来自Clostridium viride的5-羟基戊酸脱氢酶，或4-羟基丁酸脱氢酶如gabD。参见图7。
在一些实施方案中，如下从中心前体7-羟基庚酸合成1,7-庚二醇：通过羧酸还原酶(例如归类于EC 1.2.99.6下)与磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强剂(例如由来自枯草芽孢杆菌的sfp基因编码(GenBank登录号CAA44858.1，SEQ ID NO:19)或来自诺卡氏菌的npt基因编码(GenBank登录号ABI83656.1，SEQ ID NO:20))或GriC和GriD的基因产物(Suzuki等，J.Antibiot.，2007，60(6)，380-387)相组合，将7-羟基庚酸转化为7-羟基庚醛，所述羧酸还原酶例如来自海分枝杆菌(参见GenBank登录号ACC40567.1，SEQ ID NO:7)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK71854.1，SEQ ID NO:8)，Segniliparus rugosus(参见GenBank登录号EFV11917.1，SEQ ID NO:9)，耻垢分枝杆菌(参见GenBank登录号ABK75684.1，SEQ IDNO:10)，马赛分枝杆菌(参见GenBank登录号EIV11143.1，SEQ ID NO:11)，或Segniliparusrotundus(参见GenBank登录号ADG98140.1，SEQ ID NO:12)；然后通过醇脱氢酶(例如归类于EC1.1.1.-(如EC 1.1.1.1，EC 1.1.1.2，EC 1.1.1.21，或EC 1.1.1.184)下)，将7-羟基庚醛转化为1,7庚二醇，所述醇脱氢酶如YMR318C的基因产物(例如归类于EC1.1.1.2下，参见GenBank登录号CAA90836.1)或YqhD的基因产物(来自大肠杆菌，GenBank登录号AAA69178.1)(Liu等，Microbiology，2009，155，2078–2085；Larroy等，2002，Biochem J.，361(Pt 1)，163-172；Jarboe，2011，Appl.Microbiol.Biotechnol.，89(2)，249-257)或具有GenBank登录号CAA81612.1的蛋白(来自嗜热脂肪地芽孢杆菌)。参见图8。
培养策略
在一些实施方案中，培养策略需要实现需氧，厌氧，微需氧或混合氧/反硝化培养条件。在体外表征为对氧敏感的酶需要保持非常低的溶解氧浓度的微需氧培养策略(例如参见Chayabatra和Lu-Kwang，Appl.Environ.Microbiol.，2000，66(2)，493-498；Wilson和Bouwer，1997，Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology，18(2-3)，116-130)。
在一些实施方案中，培养策略需要营养限制，如氮磷酸盐或氧限制。
在一些实施方案中，可以使用除氧以外的最终电子受体，例如硝酸盐。
在一些实施方案中，可以采用使用例如陶瓷膜的细胞保留策略来实现并维持补料分批或连续发酵期间的高细胞密度。
在一些实施方案中，在一种或多种C7构件块的合成中对发酵补料的主要碳源可以源自生物或非生物给料。
在一些实施方案中，生物给料可以是或可以源自单糖，二糖，木质纤维素，半纤维素，纤维素，木质素，乙酰丙酸和甲酸，甘油三酯，甘油，脂肪酸，农业废物，浓缩的酒糟可溶物(condensed distillers'solubles)，或城市废物。
已经在几种微生物(诸如大肠杆菌、钩虫贪铜菌、食油假单胞菌、恶臭假单胞菌和解脂耶罗维亚酵母)中证明了源自生物柴油产生的粗制甘油的有效分解代谢(Lee等，Appl.Biochem.Biotechnol.，2012，166:1801-1813；Yang等，Biotechnology forBiofuels，2012，5:13；Meijnen等，Appl.Microbiol.Biotechnol.，2011，90:885-893)。
已经在几种生物体(诸如钩虫贪铜菌和恶臭假单胞菌)中在经由前体丙酰基-CoA合成3-羟基戊酸中证明了木质纤维素衍生的乙酰丙酸的有效分解代谢(Jaremko和Yu，Journal of Biotechnology，2011，155，2011，293-298；Martin和Prather，Journal ofBiotechnology，2009，139，61-67)。
已经在几种微生物(诸如恶臭假单胞菌、钩虫贪铜菌)中证明了木质素衍生的芳香族化合物诸如苯甲酸类似物的有效分解代谢(Bugg等，Current Opinion inBiotechnology，2011，22，394-400；Pérez-Pantoja等，FEMS Microbiol.Rev.，2008，32，736-794)。
已经在几种微生物(包括解脂耶罗维亚酵母)中证明了农业废物(诸如橄榄磨坊废水)的有效利用(Papanikolaou等，Bioresour.Technol.，2008，99(7):2419-2428)。
已经对几种微生物(诸如大肠杆菌、谷氨酸棒状杆菌和德氏乳杆菌和乳酸乳球菌)证明了可发酵糖类(诸如源自纤维素、半纤维素、甘蔗和甜菜糖蜜、木薯、玉米和其它农业来源的单糖和二糖)的有效利用(参见例如Hermann等，Journal of Biotechnology，2003，104，155-172；Wee等，Food Technol.Biotechnol.，2006，44(2)，163-172；Ohashi等，Journal of Bioscience and Bioengineering，1999，87(5)，647–654)。
已经针对钩虫贪铜菌证明了源自多种农业木质纤维素来源的糠醛的有效利用(Liet al.,Biodegradation,2011,22,1215–1225)。
在一些实施方案中，非生物给料可以是或者可以源自天然气，合成气，CO2/H2，甲醇，乙醇，苯甲酸酯，非挥发性残留物(NVR)，或来自环己烷氧化过程的碱洗液(causticwash)废物流，或对苯二甲酸/间苯二甲酸混合物废物流。
已经对甲基营养型酵母巴斯德毕赤酵母证明了甲醇的有效分解代谢。
已经对克鲁佛梭菌证明了乙醇的有效分解代谢(Seedorf等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，2008，105(6)2128-2133)。
已经对钩虫贪铜菌证明了CO2和H2(其可以源自天然气和其它化学和石油化学来源)的有效分解代谢(Prybylski等，Energy，Sustainability and Society，2012，2:11)。
已经对多种微生物(诸如杨氏梭菌和自产乙醇梭菌)证明了合成气的有效分解代谢(等，Applied and Environmental Microbiology，2011，77(15):5467-5475)。
已经对多种微生物(诸如食酸代尔夫特菌和钩虫贪铜菌)证明了来自环己烷过程的非挥发性残留物废物流的有效分解代谢(Ramsay等，Applied and EnvironmentalMicrobiology，1986，52(1):152-156)。在一些实施方案中，宿主微生物可以是原核生物。例如，原核生物可以是来自以下的细菌：埃希氏菌属如大肠杆菌；梭菌属如杨氏梭菌、自产乙醇梭菌或者克鲁佛梭菌；棒状杆菌属如谷氨酸棒状杆菌；贪铜菌属如钩虫贪铜菌或者耐金属贪铜菌；假单胞菌属如荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌或者食油假单胞菌；代尔夫特菌属如食酸代尔夫特菌；芽孢杆菌属如枯草芽胞杆菌；乳杆菌属如德氏乳杆菌；或者乳球菌属如乳酸乳球菌。此类原核生物也可以是构建能够生成一种或多种C7构件块的本文中描述的重组宿主细胞的基因来源。
在一些实施方案中，宿主微生物可以是真核生物。例如，真核生物可以是丝状真菌，例如来自曲霉属如黑曲霉的。另外，真核生物可以是酵母，例如来自酵母属如酿酒酵母；来自毕赤氏酵属如巴斯德毕赤酵母；来自耶罗维亚酵母属如解脂耶罗维亚酵母；来自伊萨酵母属如东方伊萨酵母；来自德巴利酵母属如汉逊德巴利酵母；来自Arxula属如Arxulaadenoinivorans；或者来自克鲁维酵母菌属如乳酸克鲁维酵母菌的酵母。此类真核生物也可以是构建能够生成一种或多种C7构件块的本文中描述的重组宿主细胞的基因来源。
代谢工程
本文件提供方法，所述方法牵涉对所有上述途径描述的少于所有的步骤。此类方法可牵涉例如此类步骤中的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12或者更多个。在此类方法包含少于所有步骤的情况下，第一个步骤(且尽在一些事实方案中)可为所列步骤中的任一个。
此外，本文中描述的重组宿主可以包括上述酶中的任何组合，使得所述步骤中的一个或者多个，例如此类步骤中的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10或者更多个可以在重组宿主内实施。本文件提供了所列出的任何属和种的宿主细胞，并且被遗传工程化以表达一种或多种(例如，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12或更多种)本文件中所述的任何酶的重组形式。因此，例如，宿主细胞可以含有编码酶的外源核酸，所述酶催化本文中所述的任何途径的一个或多个步骤。
另外，本文件认识到，在酶已经被描述为接受CoA活化的底物的情况下，存在与[acp]结合底物相关的相似的酶活性，其不一定为相同的酶种类。
此外，本文件认识到，在酶已经被描述为接受底物的(R)-对映异构体的情况下，存在与底物的(S)-对映异构体相关的相似的酶活性，其不一定为相同的酶种类。
本文件还认识到，在已经显示酶接受特定辅因子如NADPH或者共底物如乙酰基-CoA的情况下，许多酶在催化特定酶活性中在接受大量不同辅因子或者共底物方面是泛宿主性的(promiscuous)。此外，本文件认识到，在酶对例如特定辅因子如NADH具有高特异性的情况下，对辅助因子NADPH具有高特异性的具有相似或者相同活性的酶可为不同的酶种类。
在一些实施方案中，概述于本文的途径中的酶是经由非直接或者合理酶设计方法的酶工程的结果，目的在于改善活性、改善特异性、降低反馈抑制、降低阻抑、改善酶溶解度、改变立体特异性，或者改变辅因子特异性。
在一些实施方案中，将概述于本文的途径中的酶经由附加型或者染色体整合方法基因投入(gene dose)(即，通过在宿主生物中具有多个拷贝的基因的过表达)至所得的经遗传修饰的生物体中。
在一些实施方案中，可以使用基因组级别(genome-scale)系统生物学技术如通量平衡分析(Flux Balance Analysis)来设计用于将碳流量引导至C7构件块的基因组级别的弱化或者敲除策略。
弱化策略包括但不限于使用转座子，同源重组(双交叉方法)，诱变，酶抑制剂和RNAi干扰。
在一些实施方案中，可以利用通量组(fluxomic)、代谢物组(metabolomic)和转录物组(transcriptomal)数据来告知或者支持基因组级别的系统生物学技术，由此在将碳流量导向C7构件块中设计基因组级别的弱化或者敲除策略。
在一些实施方案中，可以通过在选择性环境中连续培养，改善了宿主微生物对高浓度C7构件块的耐受性。
在一些实施方案中(例如参见图1至3)，弱化或增强宿主微生物的生物化学网络以(1)确保2-酮戊二酸和乙酰CoA的细胞内利用度，(2)创建NADPH不平衡，其可通过形成C7构件块来平衡，(3)防止导致并包括C7构件块的中心代谢物、中心前体的降解和(4)确保从细胞有效的流出。
在一些需要2-酮戊二酸细胞内利用度的实施方案中，可以在宿主中过表达PEP羧激酶或PEP羧化酶以产生添补碳流(anaplerotic carbon flux)进入朝向2-酮戊二酸的Krebs循环(Schwartz等，2009，Proteomics，9，5132-5142)。
在一些需要2-酮戊二酸细胞内利用度的实施方案中，可以在宿主中过表达丙酮酸羧化酶以产生添补碳流进入朝向2-酮戊二酸的Krebs循环(Schwartz等，2009，Proteomics，9，5132-5142)。
在一些需要2-酮戊二酸细胞内利用度的实施方案中，可以在宿主中过表达PEP合酶以增强从丙酮酸到PEP的流量(flux)，从而增加经由PEP羧激酶或PEP羧化酶的碳流进入Krebs循环(Schwartz等，2009，Proteomics，9，5132-5142)。
在需要2-酮戊二酸细胞内利用度用于C6构件块合成的一些实施方案中，可以在宿主生物体中过表达添补反应酶(anaplerotic reactions enzymes)，如磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(例如pck的基因产物)，磷酸烯醇丙酮酸羧激酶(例如ppc的基因产物)，苹果酸酶(例如sfcA的基因产物)和/或丙酮酸羧化酶(Song和Lee，2006，Enzyme Micr.Technol.，39，352–361)。
在一些需要乙酰CoA细胞内利用度的实施方案中，可以在宿主中弱化催化乙酰CoA水解的内源酶，如短链长度的硫酯酶(例如乙酰CoA硫酯酶)。
在一些需要乙酰CoA缩合用于C7构件块合成的实施方案中，可以弱化一种或多种催化仅乙酰CoA缩合至乙酰乙酰CoA的内源β-酮硫解酶，如AtoB或phaA的内源基因产物。
在一些需要乙酰CoA细胞内利用度的实施方案中，可以弱化产生乙酸的内源性磷酸转乙酰酶，例如pta(Shen等，Appl.Environ.Microbiol.，2011，77(9):2905–2915)。
在一些需要乙酰CoA细胞内利用度的实施方案中，可以弱化乙酸合成途径中编码乙酸激酶的内源基因，如ack。
在需要乙酰CoA和NADH细胞内利用度用于C7构件块合成的一些实施方案中，可以弱化编码催化丙酮酸降解至乳酸的酶的内源基因，如由ldhA编码的乳酸脱氢酶(Shen等，2011，同上)。
在需要Krebs循环中间体细胞内利用度用于C6构件块合成的一些实施方案中，2-酮戊二酸脱氢酶在其一个或多个亚基中弱化。
在需要Krebs循环中间体细胞内利用度用于C6构件块合成的一些实施方案中，通过在宿主微生物中诱导来过表达2-酮戊二酸脱氢酶的调控子(regulator)。
在需要乙酰CoA和NADH细胞内利用度用于C7构件块合成的一些实施方案中，可以弱化编码催化磷酸烯醇丙酮酸降解至琥珀酸的酶，如menaquinol-延胡索酸氧化还原酶的内源基因，如frdBC(例如参见Shen等，2011，同上)。
在需要乙酰CoA和NADH细胞内利用度用于C7构件块合成的一些实施方案中，可以弱化编码催化乙酰CoA降解至乙醇的酶(例如由adhE编码的醇脱氢酶)的内源基因(例如参见Shen等，2011，同上)。
在一些实施方案中，其中宿主使用经由内消旋-2,6-二氨基庚二酸的赖氨酸生物合成途径，将编码从2-酮戊二酸合成2-氧代己二酸的基因投入到(dosed into)宿主中。
在一些实施方案中，其中宿主使用经由2-氧代己二酸的赖氨酸生物合成途径，将编码经由内消旋-2,6-二氨基庚二酸的赖氨酸合成的基因投入到宿主中。
在一些实施方案中，弱化编码催化丙酮酸降解至乙醇的酶(如丙酮酸脱羧酶)的内源基因。
在一些实施方案中，其中途径需要过量的NADPH或NADH辅因子用于C7构件块合成，可以弱化消耗辅因子不平衡的内源性转氢酶，如归类于EC 1.6.1.1，EC 1.6.1.2，或EC1.6.1.3下的。
在一些实施方案中，其中途径需要过量的NADPH辅因子用于C7构件块合成，可以过表达将NADH转化为NADPH的外源转氢酶，如归类于EC 1.6.1.1，EC 1.6.1.2或EC 1.6.1.3下的。
在使用天然积累聚羟基链烷酸的宿主的一些实施方案中，可以在宿主菌株中弱化编码聚羟基链烷酸合酶的内源基因。
在使用天然积累脂质体的宿主的一些实施方案中，弱化编码牵涉脂质体合成的酶的基因。
在需要乙酰CoA细胞内利用度用于C7构件块合成的一些实施方案中，可以在微生物中过表达重组乙酰CoA合成酶如acs的基因产物(Satoh等，J.Bioscience andBioengineering，2003，95(4):335-341)。
在一些实施方案中，可以在宿主中过表达L-丙氨酸脱氢酶，以从丙酮酸再生L-丙氨酸，作为用于ω-转氨酶反应的氨基供体。
在一些实施方案中，可以在宿主中过表达NADH特异性L-谷氨酸脱氢酶，以从2-酮戊二酸再生L-谷氨酸，作为用于ω-转氨酶反应的氨基供体。
在一些实施方案中，可以弱化降解导致并包括C7构件块的中心代谢物，中心前体的酶，所述酶如庚二酰-CoA脱氢酶如归类于EC 1.3.1.62下；酰基-CoA脱氢酶如归类于EC1.3.8.7或EC 1.3.8.1；和/或戊二酰-CoA脱氢酶如归类于EC 1.3.8.6下。
在一些实施方案中，可以弱化经由辅酶A酯化活化C7构件块的酶，如CoA-连接酶，如例如归类于EC 6.2.1.14下的庚二酰-CoA合成酶。
在一些实施方案中，可以通过弱化内源性葡萄糖-6-磷酸异构酶(EC 5.3.1.9)将碳流引导入戊糖磷酸循环来增加NADPH的供应。
在一些实施方案中，可以通过过表达6-磷酸葡糖酸脱氢酶和/或转酮醇酶将碳流重新引导入戊糖磷酸循环来增加NADPH的供应(Lee等，2003，Biotechnology Progress，19(5)，1444-1449)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以在宿主生物体中过表达编码吡啶(puridine)核苷酸转氢酶的基因，如UdhA(Brigham等，Advanced Biofuels and Bioproducts，2012，Chapter 39，1065-1090)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以在宿主生物体中过表达重组甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因如GapN(Brigham等，2012，同上)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以在宿主生物体中过表达重组苹果酸酶基因如maeA或maeB(Brigham等，2012，同上)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以在宿主生物体中过表达重组葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因如zwf(Lim等，J.Bioscience andBioengineering，2002，93(6)，543-549)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以在宿主生物体中过表达重组果糖1,6二磷酸酶基因如fbp(Becker等，J.Biotechnol.，2007，132:99-109)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以弱化内源性丙糖磷酸异构酶(EC 5.3.1.1)。
在一些实施方案中，其中途径在C7构件块的合成中需要过量的NADPH辅因子，可以在宿主生物体中过表达重组葡萄糖脱氢酶如gdh的基因产物(Satoh等，J.Bioscience andBioengineering，2003，95(4):335–341)。
在一些实施方案中，可以弱化促进将NADPH转化为NADH的内源性酶，如可经由EC1.4.1.2(NADH-特异的)和EC 1.4.1.4(NADPH-特异的)下分类的谷氨酸脱氢酶的相互转换产生的NADH产生循环。例如，避免NADPH向C7构件块的不平衡的消散，可以弱化NADH特异性谷氨酸脱氢酶。
在一些实施方案中，可以弱化利用NADH和NADPH两者作为辅因子的内源谷氨酸脱氢酶(EC 1.4.1.3)。
在一些实施方案中，可以在宿主中过表达甲醇脱氢酶或甲醛脱氢酶以允许经由甲酸的甲醇分解代谢。
在一些实施方案中，S-腺苷甲硫氨酸合成酶可以在宿主中过表达以产生S-腺苷酰基-L-甲硫氨酸作为用于脂肪酸O-甲基转移酶的辅因子。
在一些实施方案中，可以在宿主中过表达3-磷酸甘油酸脱氢酶，3-磷酸丝氨酸转氨酶和磷酸丝氨酸磷酸酶中的一种或多种，以产生丝氨酸作为S-腺苷酰基-L-甲硫氨酸循环的甲基供体。
在一些实施方案中，膜结合烯酰CoA还原酶可以通过作为与小的可溶性蛋白(如麦芽糖结合蛋白)的融合蛋白表达而可溶(Gloerich等，FEBS Letters，2006，580，2092-2096)。
在一些实施方案中，可以通过遗传工程化改造对细胞膜的结构修饰或者提高C7构件块的任何关联转运蛋白活性增强或放大C7构件块穿过细胞膜到胞外介质的流出。
可以通过过表达宽底物范围的多药物转运蛋白来增强或放大七亚甲基二胺的流出，所述多药物转运蛋白如来自枯草芽孢杆菌的Blt(Woolridg等，1997，J.Biol.Chem.，272(14):8864–8866)；来自大肠杆菌的AcrB和AcrD(Elkins和Nikaido，2002，J.Bacteriol.，184(23)，6490-6499)或来自金黄色葡萄球菌的NorA(Ng等，1994，Antimicrob AgentsChemother，38(6)，1345-1355)或来自枯草芽孢杆菌的Bmr(Neyfakh，1992，AntimicrobAgents Chemother，36(2)，484–485)。
可以通过过表达可溶的转运蛋白(如来自谷氨酸棒杆菌的lysE转运蛋白)来增强或放大7-氨基庚酸和七亚甲基二胺的流出(Bellmann等，2001，Microbiology，147，1765–1774)。
可以通过过表达二羧酸转运蛋白(例如来自谷氨酸棒杆菌的SucE转运蛋白)来增强或放大庚二酸的流出(Huhn等，Appl.Microbiol.&Biotech.，89(2)，327–335)。
使用重组宿主产生C7构件块
通常，可以通过提供宿主微生物并用包含如上所述的合适碳源的培养基培养所提供的微生物来产生一种或多种C7构件块。通常，培养基和/或培养条件可以使得微生物生长至足够的密度并有效地产生C7构件块。对于大规模产生方法，可以使用任何方法，如在别处描述的方法(Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology，2nd Edition，Editors:A.L.Demain and J.E.Davies，ASM Press；和Principles of FermentationTechnology，P.F.Stanbury and A.Whitaker，Pergamon)。简言之，用特定微生物接种含有合适培养基的大罐(例如，100加仑、200加仑、500加仑或更大的罐)。接种后，温育微生物以允许产生生物质。一旦达到所需的生物质，可以将含有微生物的培养基转移到第二个罐。此第二罐可以是任何尺寸。例如，第二罐可以更大，更小，或者与第一罐尺寸相同。通常，第二罐大于第一罐，使得可以将额外的培养基添加到来自第一罐的培养基。此外，此第二罐内的培养基可以与第一罐中使用的培养基相同或不同。
一旦转移，可以温育微生物以允许产生C7构件块。一旦产生，任何方法可以用于分离C7构件块。例如，可以通过吸附过程从发酵液中选择性回收C7构件块。在庚二酸和7-氨基庚酸的情况下，可以通过蒸发进一步浓缩，通过蒸发和/或冷却结晶结晶所得洗脱液，并且通过离心回收晶体。在七亚甲基二胺和1,7-庚二醇的情况下，可以采用蒸馏以达到所需的产物纯度。
因此，本文提供的方法可以在重组宿主中进行。在一些实施方案中，本文提供的方法可以通过发酵在重组宿主中进行。在一些实施方案中，重组宿主经受需氧，厌氧或微需氧培养条件下的培养策略。在一些实施方案中，重组宿主在营养限制(如磷酸盐，氮和氧限制)的条件下培养。在一些实施方案中，使用陶瓷膜保留重组宿主以维持发酵期间的高细胞密度。
在一些实施方案中，补料到发酵的主要碳源源自生物或非生物给料。在一些实施方案中，生物给料可以是或可以源自单糖、二糖、木质纤维素、半纤维素、纤维素、木质素、乙酰丙酸和甲酸、甘油三酯、甘油、脂肪酸、农业废物、浓缩的酒糟可溶物或城市废物。在一些实施方案中，所述非生物给料可以是或可以源自天然气、合成气、CO2/H2、甲醇、乙醇、苯甲酸盐/酯(benzoate)、来自环己烷氧化过程的非挥发性残留物(NVR)碱洗液(caustic wash)废物流，或对苯二甲酸/间苯二甲酸混合物废物流。
在一些实施方案中，所述宿主微生物是原核生物。在一些实施方案中，所述原核生物可以来自埃希氏菌属(Escherichia)如大肠杆菌(Escherichia coli)；来自梭菌属(Clostridia)如杨氏梭菌(Clostridium ljungdahlii)、自产乙醇梭菌(Clostridiumautoethanogenum)或者克鲁佛梭菌(Clostridium kluyveri)；来自棒状杆菌属(Corynebacteria)如谷氨酸棒状杆菌(Corynebacterium glutamicum)；来自贪铜菌属(Cupriavidus)如钩虫贪铜菌(Cupriavidus necator)或者耐金属贪铜菌(Cupriavidusmetallidurans)；来自假单胞菌属(Pseudomonas)如荧光假单胞菌(Pseudomonasfluorescens)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)或者食油假单胞菌(Pseudomonasoleavorans)；来自代尔夫特菌属(Delftia)，如食酸代尔夫特菌(Delftia acidovorans)；来自芽孢杆菌属(Bacillus)如枯草芽胞杆菌(Bacillus subtillis)；来自乳杆菌属(Lactobacillus)如德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)；或者来自乳球菌属(Lactococcus)如乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)；或者来自红球菌(Rhodococcus)如马红球菌(Rhodococcus equi)。
在一些实施方案中，重组宿主可以真核生物。在一些实施方案中，真核生物来自曲霉属如黑曲霉；来自酵母属，如酿酒酵母；来自毕赤氏酵属如巴斯德毕赤酵母；来自耶罗维亚酵母属如解脂耶罗维亚酵母；来自伊萨酵母属如东方伊萨酵母；来自德巴利酵母属如汉逊德巴利酵母；来自Arxula属如Arxula adenoinivorans；或者来自克鲁维酵母菌属如乳酸克鲁维酵母菌的真核生物
在一些实施方案中，重组宿主包括一种或多种具有弱化活性的以下多肽：聚羟基链烷酸合酶活性，乙酰CoA硫酯酶活性，乙酰CoA特异性β-酮硫解酶活性，形成乙酸磷酸转乙酰酶活性，乙酸激酶活性，乳酸脱氢酶活性，menaquinol-延胡索酸氧化还原酶活性，产生异丁醇的2-酮酸脱羧酶，形成乙醇的醇脱氢酶活性，丙糖磷酸异构酶活性，丙酮酸脱羧酶活性，葡萄糖-6-磷酸异构酶活性，消耗NADPH不平衡的转氢酶活性，消耗NADPH不平衡的谷氨酸脱氢酶活性，利用NADH/NADPH的谷氨酸脱氢酶活性，庚二酰-CoA脱氢酶活性；接受C7构件块和中心前体作为底物的酰基-CoA脱氢酶活性；戊二酰-CoA脱氢酶活性；或庚二酰-CoA合成酶活性。
在一些实施方案中，重组宿主过表达一种或多种编码具有以下活性的多肽的基因：乙酰CoA合成酶活性；转酮酶活性；吡啶(puridine)核苷酸转氢酶活性；甲酸脱氢酶活性；甘油醛-3P-脱氢酶活性；苹果酸酶活性；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶活性；果糖1,6二磷酸酶活性；L-丙氨酸脱氢酶活性；PEP羧化酶活性，丙酮酸羧化酶活性；PEP羧激酶活性；PEP合酶活性；对用于产生辅因子不平衡的NADPH特异性的L-谷氨酸脱氢酶活性；甲醇脱氢酶活性，甲醛脱氢酶活性，赖氨酸转运蛋白活性；二羧酸转运蛋白活性；S-腺苷甲硫氨酸合成酶活性；3-磷酸甘油酸脱氢酶活性；3磷酸丝氨酸转氨酶活性；磷酸丝氨酸磷酸酶活性；或多药物转运蛋白活性
本文件还提供了包含至少一种编码具有以下活性的外源核酸的重组宿主：(i)β-酮酰基-[acp]合酶活性或β-酮硫解酶活性，(ii)3-羟基丁酰-CoA脱氢酶活性，和(iii)烯酰-CoA水合酶活性。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括一种或多种具有以下活性的外源多肽：高柠檬酸合酶活性，高柠檬酸脱水酶活性，高乌头酸水合酶，异高柠檬酸脱氢酶，2-羟基戊二酸脱氢酶活性，戊烯二酸CoA转移酶活性，或2-羟基戊二酰CoA脱水酶活性。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括一种或多种具有以下活性的外源多肽：戊二酸半醛脱氢酶活性，4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶活性，2-氧代-庚-3-烯-1,7-二酸水合酶活性，2-烯酸还原酶活性，2-羟基戊二酸脱氢酶活性，戊烯二酸CoA-转移酶活性，或2-羟基戊二酸-CoA脱水酶活性。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括一种或多种具有以下活性的外源多肽：硫酯酶活性，醛脱氢酶活性，7-氧代庚酸脱氢酶活性，6-氧代己酸脱氢酶活性，戊烯二酸CoA转移酶活性，可逆的琥珀酰-CoA连接酶活性，乙酰化醛脱氢酶活性，或羧酸还原酶活性，所述宿主还产生庚二酸或庚二酸半醛。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括具有ω-转氨酶活性的外源多肽，所述宿主还产生7-氨基庚酸。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括一种或多种具有以下活性的外源多肽：4-羟基丁酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，6-羟基己酸脱氢酶活性，或醇脱氢酶活性，所述宿主还产生7-羟基庚酸。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括一种或多种具有以下活性的外源多肽：ω-转氨酶活性，脱乙酰酶活性，N-乙酰转移酶活性，或醇脱氢酶活性，所述宿主还产生七亚甲基二胺。
在一些实施方案中，所述重组宿主还包括一种或多种具有以下活性的外源多肽：(a)通过磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶活性增强的羧酸还原酶活性，或(b)醇脱氢酶活性，所述宿主还产生1,7-庚二醇。
在以下实施例中进一步描述本发明，这些实施例不限制权利要求中描述的本发明的范围。
实施例
实施例1
使用庚二酰-CoA作为底物并形成庚二酸的硫酯酶的酶活性
将编码N-末端His-标签的序列添加到编码硫酯酶的来自大肠杆菌的tesB基因(SEQ ID NO:21，参见图9)，使得可以产生N末端加HIS标签的ω-转氨酶。将修饰的tesB基因在T7启动子控制下克隆到pET15b表达载体中。将表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。所得的重组大肠杆菌菌株在含有50mL Luria肉汤(LB)培养基和抗生素选择压力的500mL摇瓶培养物中于37℃在以230rpm振荡下培养。使用0.5mM IPTG在17℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收获来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬所述团粒并在Y-perTM溶液(ThermoScientific，Rockford，IL)中裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片。使用Ni亲和层析从上清液纯化硫酯酶，并且用缓冲液置换洗脱液并通过超滤浓缩。
在由终浓度为50mM磷酸盐缓冲液(pH＝7.4)，0.1mM Ellman’s试剂和667μM庚二酰-CoA(作为底物)的缓冲液中一式三份进行酶活性测定。通过将0.8μM tesB的基因产物加入到含有庚二酰-CoA的测定缓冲液中来开始酶活性测定反应，并在37℃下温育20分钟。通过在412nm的吸光度来监测辅酶A的释放。从活性酶测定吸光度减去与仅底物的对照(其包含煮沸后的酶)相关的吸光度，并与空载体对照比较。tesB的基因产物接受庚二酰-CoA作为底物，如通过相对分光光度法(relative spectrophotometry)证实(参见图10)，并且合成庚二酸作为反应产物。
实施例2
使用庚二酸半醛作为底物并形成7-氨基庚酸的ω-转氨酶的酶活性
将编码N-末端His-标签的序列添加到分别编码SEQ ID NO：13，15，16，和18的ω-转氨酶的来自紫色色杆菌、丁香假单胞菌、球形红杆菌和河流弧菌的基因(参见图9)，使得可以产生N末端加HIS标签的ω-转氨酶。将得到的每个修饰的基因在T7启动子控制下克隆到pET21a表达载体中，并将每个表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。所得的重组大肠杆菌菌株在含有50mL LB培养基和抗生素选择压力的250mL摇瓶培养物中于37℃在以230rpm振荡下培养。使用1mM IPTG在16℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收获来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片，并将无细胞提取物立即用于酶活性测定。
在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，10mM 7-氨基庚酸，10mM丙酮酸和100μM吡哆醛5’磷酸盐组成的缓冲液中进行反向(reverse direction)(即7-氨基庚酸至庚二酸半醛)的酶活性测定。通过将ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物加入到含有7-氨基庚酸的测定缓冲液中来开始每个酶活性测定反应，并在25℃在250rpm振荡的情况下温育24小时。通过RP-HPLC对由丙酮酸形成的L-丙氨酸定量。
不含7-氨基庚酸的每个仅酶的对照表明丙酮酸向L-丙氨酸的低基线转化。参见图16。如针对空载体对照所证实的，SEQ ID NO:13，SEQ ID NO:15，SEQ ID NO:16，和SEQ IDNO:18的基因产物接受7-氨基庚酸作为底物。参见图17。
对于SEQ ID NO:15，SEQ ID NO:16，和SEQ ID NO:18的转氨酶，证实了正向(forward direction)(即庚二酸半醛至7-氨基庚酸)的酶活性。酶活性测定在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，10mM庚二酸半醛，10mM L-丙氨酸和100μM吡哆醇5'磷酸盐组成的缓冲液中进行。通过将ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物加入到含有庚二酸半醛的测定缓冲液中来开始每个酶活性测定反应，并在25℃在250rpm振荡的情况下温育4小时。通过RP-HPLC定量丙酮酸的形成。
如针对空载体对照所证实的，SEQ ID NO:15，SEQ ID NO:16，和SEQ ID NO:18的基因产物接受庚二酸半醛作为底物。参见图18。证实了ω-转氨酶活性的可逆性，这表明SEQID NO:13，SEQ ID NO:15，SEQ ID NO:16，和SEQ ID NO:18的ω-转氨基酶接受己二酸半醛作为底物，并合成7-氨基庚酸作为反应产物。
实施例3
使用庚二酸作为底物并形成庚二酸半醛的羧酸还原酶的酶活性
将编码His-标签的序列添加到分别编码SEQ ID NO：9和12的羧酸还原酶的来自Segniliparus rugosus和Segniliparus rotundus的基因(参见图9)，使得可以产生N末端加HIS标签的羧酸还原酶。将每个修饰的基因与编码加His标签的来自枯草芽孢杆菌的磷酸泛酰巯基乙胺转移酶的sfp基因一同克隆到pETDuet表达载体中，均在T7启动子下。将每个表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中，并且在含有50mL LB培养基和抗生素选择压力的250mL摇瓶培养物中于37℃在230rpm振荡的情况下培养每个所得的重组大肠杆菌菌株。使用自诱导培养基在37℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收获来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解，并通过离心从上清液中分离细胞碎片。使用Ni亲和层析从上清液纯化羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶，以10倍稀释到50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)中，并通过超滤浓缩。
在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，2mM庚二酸，10mM MgCl2，1mM ATP和1mM NADPH组成的缓冲液中一式三份进行酶活性(即从庚二酸到庚二酸半醛)测定。通过将纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶或空载体对照加入到含有庚二酸盐的测定缓冲液中，开始每个酶活性测定反应，然后在室温温育20分钟。通过在340nm处的吸光度监测NADPH的消耗。不含庚二酸的每个仅酶的对照表明NADPH的低基线消耗。参见图11。
如针对空载体对照所证实的，通过sfp的基因产物增强的SEQ ID NO:9和SEQ IDNO:12的基因产物接受庚二酸作为底物(参见图12)，并合成庚二酸半醛。
实施例4
使用7-羟基庚酸作为底物并形成7-羟基庚醛的羧酸还原酶的酶活性
将编码His-标签的序列添加到分别编码SEQ ID NO：7至12的羧酸还原酶的来自海分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、Segniliparus rugosus、耻垢分枝杆菌、马赛分枝杆菌、和Segniliparus rotundus的基因(参见图19)，使得可以产生N末端加HIS标签的羧酸还原酶。将每个修饰的基因与编码加His标签的来自枯草芽孢杆菌的磷酸泛酰巯基乙胺转移酶的sfp基因一同克隆到pET Duet表达载体中，均在T7启动子的控制之下。
将每个表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。在含有50mL LB培养基和抗生素选择压力的250mL摇瓶培养物中于37℃在230rpm振荡的情况下培养每个所得的重组大肠杆菌菌株。使用自诱导培养基在37℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收获来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片。使用Ni亲和层析从上清液纯化羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶，以10倍稀释到50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)中，并通过超滤浓缩。
在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，2mM 7-羟基庚酸，10mM MgCl2，1mMATP和1mM NADPH组成的缓冲液中一式三份进行酶活性(即7-羟基庚酸到7-羟基庚醛)测定。通过将纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶或空载体对照加入到含有7-羟基庚酸盐的测定缓冲液中，开始每个酶活性测定反应，然后在室温温育20分钟。通过在340nm处的吸光度监测NADPH的消耗。不含7-羟基庚酸的每个仅酶的对照表明NADPH的低基线消耗。参见图11。
如针对空载体对照所证实的，通过sfp的基因产物增强的SEQ ID No：7至12的基因产物接受7-羟基庚酸作为底物(参见图13)，并合成7-羟基庚醛。
实施例5
用于7-氨基庚醇，形成7-氧代庚醇的ω-转氨酶活性
将编码N-末端His-标签的核苷酸序列添加到分别编码SEQ ID NO：13，15，和16的ω-转氨酶的紫色色杆菌、丁香假单胞菌和球形红杆菌基因(参见图9)，使得可以产生N末端加HIS标签的ω-转氨酶。将修饰的基因在T7启动子下克隆到pET21a表达载体中。将每个表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。将每个所得的重组大肠杆菌菌株在含有50mL LB培养基和抗生素选择压力的250mL摇瓶中于37℃在230rpm振荡情况下培养。使用1mM IPTG在16℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收获来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片，并将无细胞提取物立即用于酶活性测定。
在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，10mM 7-氨基庚醇，10mM丙酮酸和100μM吡哆醛5’磷酸盐组成的缓冲液中进行反向(即7-氨基庚醇至7-氧代庚醇)酶活性测定。通过将ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物加入到含有7-氨基庚醇的测定缓冲液中来开始每个酶活性测定反应，并在25℃在250rpm振荡的情况下温育4小时。通过RP-HPLC定量L-丙氨酸的形成。
不含7-氨基庚醇的每个仅酶的对照具有丙酮酸向L-丙氨酸的低基线转化。参见图16。
如针对空载体对照所证实的，SEQ ID NO:13，15，和16的基因产物接受7-氨基庚醇作为底物(参见图21)并合成7-氧代庚醇作为反应产物。鉴于ω-转氨酶活性的可逆性(参见实施例2)，可以得出结论，SEQ ID NO:13，15，和16的基因产物接受7-氧代庚醇作为底物并形成7-氨基庚醇。
实施例6
使用七亚甲基二胺作为底物并形成7-氨基庚醛的ω-转氨酶的酶活性
将编码N-末端His-标签的序列添加到分别编码SEQ ID NO:13至18的ω-转氨酶的紫色色杆菌、铜绿假单胞菌、丁香假单胞菌、球形红杆菌、大肠杆菌和河流弧菌基因(参见图9)，使得可以产生N末端加HIS标签的ω-转氨酶。将修饰的基因在T7启动子下克隆到pET21a表达载体中。将每个表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。将每个所得的重组大肠杆菌菌株在含有50mL LB培养基和抗生素选择压力的250mL摇瓶中37℃在230rpm振荡下培养。使用1mM IPTG在16℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收集来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片，并将无细胞提取物立即用于酶活性测定。
在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，10mM七亚甲基二胺，10mM丙酮酸和100μM吡哆醛5’磷酸盐组成的缓冲液中进行反向(即七亚甲基二胺至7-氨基庚醛)酶活性测定。通过将ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物加入到含有七亚甲基二胺的测定缓冲液中来开始每个酶活性测定反应，并在25℃以250rpm振荡温育4小时。通过RP-HPLC定量L-丙氨酸的形成。
不含七亚甲基二胺的每个仅酶的对照具有丙酮酸向L-丙氨酸的低基线转化。参见图16。
如针对空载体对照所证实的，SEQ ID NO：13至18的基因产物接受七亚甲基二胺作为底物(参见图19)并合成7-氨基庚醛作为反应产物。鉴于ω-转氨酶活性的可逆性(参见实施例2)，可以得出结论，SEQ ID NO:13至18的基因产物接受7-氨基庚醛作为底物并形成七亚甲基二胺。
实施例7
羧酸还原酶针对N7-乙酰基-7-氨基庚酸，形成N7-乙酰基-7-氨基庚醛的酶活性
在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，2mM N7-乙酰基-7-氨基庚酸，10mMMgCl2，1mM ATP和1mM NADPH组成的缓冲液中一式三份测定用于将N7-乙酰基-7-氨基庚酸转化为N7-乙酰基-7-氨基庚醛的每个N末端加His标签的SEQ ID NO:8，11，和12的羧酸还原酶(参见实施例4和图9)的活性。通过将纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶或空载体对照加入到含有N7-乙酰基-7-氨基庚酸的测定缓冲液中来开始测定，然后在室温温育20min。通过340nm处的吸光度监测NADPH的消耗。不含N7-乙酰基-7-氨基庚酸的每个仅酶的对照表明NADPH的低基线消耗。参见图11。
如针对空载体对照所证实的，通过sfp的基因产物增强的SEQ ID NO:8，11，和12的基因产物接受N7-乙酰基-7-氨基庚酸作为底物(参见图14)，并合成N7-乙酰基-7-氨基庚醛。
实施例8
使用N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷，并形成N7-乙酰基-7-氨基庚醛的ω-转氨酶的酶活性
使用由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，10mM N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷，10mM丙酮酸和100μM吡哆醛5’磷酸盐组成的缓冲液测定用于将N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷转化为N7-乙酰基-7-氨基庚醛的N末端加His标签的SEQ ID NO：13至18的ω-转氨酶(参见实施例6和图9)的活性。通过将ω-转氨酶的无细胞提取物或空载体对照加入到含有N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷的测定缓冲液中来开始每个酶活性测定反应，然后在25℃在250rpm振荡的情况下温育4小时。通过RP-HPLC定量L-丙氨酸的形成。
不含N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷的每个仅酶的对照表明丙酮酸到L-丙氨酸的低基线转化。参见图16。
如针对空载体对照所证实的，SEQ ID No：13至18的基因产物接受N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷作为底物(参见图20)并合成N7-乙酰基-7-氨基庚醛作为反应产物。
鉴于ω-转氨酶活性的可逆性(参见实施例2)，SEQ ID NO:13至18的基因产物接受N7-乙酰基-7-氨基庚醛作为形成N7-乙酰基-1,7-二氨基庚烷的底物。
实施例9
使用庚二酸半醛作为底物并形成庚二醛的羧酸还原酶的酶活性
使用庚二酸半醛作为底物测定N-末端加His标签的SEQ ID NO:12的羧酸还原酶(参见实施例4和图9)。在由终浓度为50mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，2mM庚二酸半醛，10mMMgCl2，1mM ATP和1mM NADPH组成的缓冲液中一式三份进行酶活性测定。通过将纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺转移酶或空载体对照加入到含有己二酸半醛的测定缓冲液中来开始酶活性测定反应，并然后在室温温育20min。通过340nm处的吸光度监测NADPH的消耗。不含庚二酸半醛的每个仅酶的对照表明NADPH的低基线消耗。参见图11。
如针对空载体对照所证实的，通过sfp的基因产物增强的SEQ ID NO:12的基因产物接受己二酸半醛作为底物(参见图15)，并合成庚二醛。
实施例10
使用庚二酰-CoA甲酯作为底物并形成庚二酰-CoA的庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶的酶活性
将编码C-末端His-标签的核苷酸序列添加到编码SEQ ID NO:6的庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶的来自大肠杆菌的基因(参见图9)，使得可以产生C末端加HIS标签的庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶。将所得的修饰的基因在T7启动子下克隆到pET28b+表达载体中，并将表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。将所得的重组大肠杆菌菌株在含有100mL LB培养基和抗生素选择压力的500mL摇瓶中于37℃在230rpm振荡情况下培养。使用0.3mM IPTG在18℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收集来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片。使用Ni亲和层析从上清液纯化庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶，进行缓冲液置换，并通过超滤浓缩至20mM HEPES缓冲液(pH＝7.5)，并在4℃下储存。
在由终浓度为25mM Tris·HCl缓冲液(pH＝7.0)和5[mM]庚二酰-CoA甲酯组成的缓冲液中一式三份进行将庚二酰-CoA甲酯转化为庚二酰-CoA的酶活性测定。通过将庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶(到10[μM]的终浓度)加入到含有庚二酰-CoA甲酯的测定缓冲液中来开始酶活性测定反应，并在30℃以250rpm振荡温育1小时。通过LC-MS定量庚二酰-CoA的形成。
不含酶的仅底物的对照没有表现出底物庚二酰-CoA甲酯向庚二酰-CoA的转化。参见图22。如通过LC-MS所证实的，SEQ ID NO:6的庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶接受庚二酰-CoA甲酯作为底物并合成庚二酰-CoA作为反应产物。参见图22。
实施例11
使用戊二酰-CoA和乙酰CoA作为底物并形成3-酮庚二酰-CoA的β-酮硫解酶的酶活性
将编码N-末端His-标签的核苷酸序列添加到分别编码SEQ ID NO：28至40的β-酮硫解酶的Pseudomonas reinekei MT1，恶臭假单胞菌，Burkholderia xenovorans，节杆菌属物种，Burkholderia xenovorans，Geobacillus kaustophilus，Gordonia bronchialis，弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)，伯克氏菌属物种(Burkholderia sp.)，印度拜耶林克氏菌(Beijerinckia indica)，Arthrobacter arilaitensis，钩虫贪铜菌和大肠杆菌(参见图9)，使得可以产生N末端加HIS标签的β-酮硫解酶。将所得的修饰的基因在T7启动子下克隆到pET15b表达载体中，并且将表达载体转化到BL21[DE3]大肠杆菌宿主中。将所得的重组大肠杆菌菌株在含有350mL LB培养基和抗生素选择压力的1L摇瓶中于37℃在230rpm振荡情况下培养。使用1mM IPTG在25℃诱导每种培养物过夜。
通过离心收集来自每个诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒并通过超声处理裂解。通过离心从上清液中分离细胞碎片。使用Ni亲和层析从上清液纯化β-酮硫解酶，进行缓冲液置换，并通过超滤浓缩至50mM磷酸钾缓冲液(pH＝6.8)。
在由终浓度为50mM磷酸钾缓冲液(pH＝6.8)和1mM戊二酰-CoA和1mM乙酰CoA组成的缓冲液中一式三份进行将戊二酰-CoA和乙酰CoA转化为3-酮庚二酰基-CoA的酶活性测定。通过将β-酮硫解酶(到7[μM]的终浓度)加入到含有1mM戊二酰-CoA和1mM乙酰CoA的测定缓冲液中来开始酶活性测定反应，并在30℃轻柔振荡温育3小时。通过LC-MS定量3-酮庚二酰基-CoA的形成。
不含酶的仅底物的对照没有表现出底物庚二酰-CoA甲酯向庚二酰-CoA的转化。参见图23。如通过针对空载体对照的LC-MS所证实的，SEQ ID NO:28至40的β-酮硫解酶接受戊二酰-CoA和乙酰CoA作为底物，并合成3-酮庚二酰基-CoA作为反应产物。参见图23。
其它实施方案
应理解的是，尽管本发明已经结合其详细说明进行描述，但是前面描述意图说明并且不限制发明的范围，本发明的范围由所附权利要求书的范围限定。其它方面、优点和修改也在权利要求书的范围内。
序列表
<110> 英威达技术有限责任公司
<120>用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
<130> 35643-0063WO1
<150> US 62/012,735
<151> 2014-06-16
<150> US 62/012,674
<151> 2014-06-16
<160> 40
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 368
<212> PRT
<213> 海分枝杆菌
<400> 1
Met Pro Arg Glu Ile Arg Leu Pro Glu Ser Ser Val Val Val Arg Pro
1 5 10 15
Ala Pro Met Glu Ser Ala Thr Tyr Ser Gln Ser Ser Arg Leu Gln Ala
20 25 30
Ala Gly Leu Ser Pro Ala Ile Thr Leu Phe Glu Lys Ala Ala Gln Thr
35 40 45
Val Pro Leu Pro Asp Ala Pro Gln Pro Val Val Ile Ala Asp Tyr Gly
50 55 60
Val Ala Thr Gly His Asn Ser Leu Lys Pro Met Met Ala Ala Ile Asn
65 70 75 80
Ala Leu Arg Arg Arg Ile Arg Glu Asp Arg Ala Ile Met Val Ala His
85 90 95
Thr Asp Val Pro Asp Asn Asp Phe Thr Ala Leu Phe Arg Thr Leu Ala
100 105 110
Asp Asp Pro Asp Ser Tyr Leu His His Asp Ser Ala Ser Phe Ala Ser
115 120 125
Ala Val Gly Arg Ser Phe Tyr Thr Gln Ile Leu Pro Ser Asn Thr Val
130 135 140
Ser Leu Gly Trp Ser Ser Trp Ala Ile Gln Trp Leu Ser Arg Ile Pro
145 150 155 160
Ala Gly Ala Pro Glu Leu Thr Asp His Val Gln Val Ala Tyr Ser Lys
165 170 175
Asp Glu Arg Ala Arg Ala Ala Tyr Ala His Gln Ala Ala Thr Asp Trp
180 185 190
Gln Asp Phe Leu Ala Phe Arg Gly Arg Glu Leu Cys Pro Gly Gly Arg
195 200 205
Leu Val Val Leu Thr Met Ala Leu Asp Glu His Gly His Phe Gly Tyr
210 215 220
Arg Pro Met Asn Asp Ala Leu Val Ala Ala Leu Asn Asp Gln Val Arg
225 230 235 240
Asp Gly Leu Leu Arg Pro Glu Glu Leu Arg Arg Met Ala Ile Pro Val
245 250 255
Val Ala Arg Ala Glu Lys Asp Leu Arg Ala Pro Phe Ala Pro Arg Gly
260 265 270
Trp Phe Glu Gly Leu Thr Ile Glu Gln Leu Asp Val Phe Asn Ala Glu
275 280 285
Asp Arg Phe Trp Ala Ala Phe Gln Ser Asp Gly Asp Ala Glu Ser Phe
290 295 300
Gly Ala Gln Trp Ala Gly Phe Ala Arg Ala Ala Leu Phe Pro Thr Leu
305 310 315 320
Ala Ala Ala Leu Asp Cys Gly Thr Gly Asp Pro Arg Ala Thr Ala Phe
325 330 335
Ile Glu Gln Leu Glu Ala Ser Val Ala Asp Arg Leu Ala Ser Gln Pro
340 345 350
Glu Pro Met Arg Ile Pro Leu Ala Ser Leu Val Leu Ala Lys Arg Ala
355 360 365
<210> 2
<211> 360
<212> PRT
<213> 耻垢分枝杆菌
<400> 2
Met Pro Lys Phe Arg Val Ala Val Asp Pro Glu Pro Asp Asp Pro Thr
1 5 10 15
Pro Lys Met Arg Ala Pro Arg Pro His Ala Ala Gly Leu Asn Ser Ala
20 25 30
Ile Ala Leu Leu Glu Glu Ala Ala Arg Thr Val Pro Leu Pro Glu Ala
35 40 45
Pro Tyr Pro Ile Val Ile Ala Asp Tyr Gly Val Gly Thr Gly Arg Asn
50 55 60
Ser Met Arg Pro Ile Ala Ala Ala Ile Ala Ala Leu Arg Gly Arg Thr
65 70 75 80
Arg Pro Glu His Ser Val Leu Val Thr His Thr Asp Asn Ala Asp Asn
85 90 95
Asp Phe Thr Ala Val Phe Arg Gly Leu Ala Asp Asn Pro Asp Ser Tyr
100 105 110
Leu Arg Arg Asp Thr Ser Thr Tyr Pro Ser Ala Val Gly Arg Ser Phe
115 120 125
Tyr Thr Gln Ile Leu Pro Ser Lys Ser Val His Val Gly Trp Ser Ala
130 135 140
Trp Ala Ile Val Arg Val Gly Arg Met Pro Met Pro Val Pro Asp His
145 150 155 160
Val Ala Ala Ser Phe Ser Gly Asp Pro Gln Val Val Ala Ala Tyr Ala
165 170 175
Arg Gln Ala Ala Phe Asp Trp His Glu Phe Val Ala Phe Arg Gly Arg
180 185 190
Glu Leu Ala Ser Gly Ala Gln Leu Val Val Leu Thr Ala Ala Leu Gly
195 200 205
Asp Asp Gly Asp Phe Gly Tyr Arg Pro Leu Phe Ala Ala Val Met Asp
210 215 220
Thr Leu Arg Glu Leu Thr Ala Asp Gly Val Leu Arg Gln Asp Glu Leu
225 230 235 240
His Arg Met Ser Leu Pro Ile Val Gly Arg Arg Ala Asn Asp Phe Met
245 250 255
Ala Pro Phe Ala Pro Ser Gly Arg Phe Glu Arg Leu Ser Ile Ser His
260 265 270
Leu Glu Val Tyr Asp Ala Glu Asp Val Ile Tyr Ser Ser Tyr Gln Lys
275 280 285
Asp Arg Asp Thr Asp Val Phe Gly Leu Arg Trp Ala Asp Phe Cys Arg
290 295 300
Phe Thr Phe Phe Ser Asp Leu Cys Thr Ala Leu Asp Asp Asp Ala Ala
305 310 315 320
Arg Cys Thr Gln Phe Gln Asp Arg Leu His Ala Gly Ile Ala Ala Arg
325 330 335
Leu Ser Ala Gln Pro Glu Gln Met Arg Ile Pro Leu Ala Gln Leu Val
340 345 350
Leu Glu Arg Arg Arg Arg Ser Gly
355 360
<210> 3
<211> 394
<212> PRT
<213> 恶臭假单胞菌
<400> 3
Met Leu Ala Gln Leu Pro Pro Ala Leu Gln Ser Leu His Leu Pro Leu
1 5 10 15
Arg Leu Lys Leu Trp Asp Gly Asn Gln Phe Asp Leu Gly Pro Ser Pro
20 25 30
Gln Val Thr Ile Leu Val Lys Glu Pro Gln Leu Ile Gly Gln Leu Thr
35 40 45
His Pro Ser Met Glu Gln Leu Gly Thr Ala Phe Val Glu Gly Lys Leu
50 55 60
Glu Leu Glu Gly Asp Ile Gly Glu Ala Ile Arg Val Cys Asp Glu Leu
65 70 75 80
Ser Glu Ala Leu Phe Thr Asp Glu Asp Glu Gln Pro Pro Glu Arg Arg
85 90 95
Ser His Asp Lys Arg Thr Asp Ala Glu Ala Ile Ser Tyr His Tyr Asp
100 105 110
Val Ser Asn Ala Phe Tyr Gln Leu Trp Leu Asp Gln Asp Met Ala Tyr
115 120 125
Ser Cys Ala Tyr Phe Arg Glu Pro Asp Asn Thr Leu Asp Gln Ala Gln
130 135 140
Gln Asp Lys Phe Asp His Leu Cys Arg Lys Leu Arg Leu Asn Ala Gly
145 150 155 160
Asp Tyr Leu Leu Asp Val Gly Cys Gly Trp Gly Gly Leu Ala Arg Phe
165 170 175
Ala Ala Arg Glu Tyr Asp Ala Lys Val Phe Gly Ile Thr Leu Ser Lys
180 185 190
Glu Gln Leu Lys Leu Gly Arg Gln Arg Val Lys Ala Glu Gly Leu Thr
195 200 205
Asp Lys Val Asp Leu Gln Ile Leu Asp Tyr Arg Asp Leu Pro Gln Asp
210 215 220
Gly Arg Phe Asp Lys Val Val Ser Val Gly Met Phe Glu His Val Gly
225 230 235 240
His Ala Asn Leu Ala Leu Tyr Cys Gln Lys Leu Phe Gly Ala Val Arg
245 250 255
Glu Gly Gly Leu Val Met Asn His Gly Ile Thr Ala Lys His Val Asp
260 265 270
Gly Arg Pro Val Gly Arg Gly Ala Gly Glu Phe Ile Asp Arg Tyr Val
275 280 285
Phe Pro His Gly Glu Leu Pro His Leu Ser Met Ile Ser Ala Ser Ile
290 295 300
Cys Glu Ala Gly Leu Glu Val Val Asp Val Glu Ser Leu Arg Leu His
305 310 315 320
Tyr Ala Lys Thr Leu His His Trp Ser Glu Asn Leu Glu Asn Gln Leu
325 330 335
His Lys Ala Ala Ala Leu Val Pro Glu Lys Thr Leu Arg Ile Trp Arg
340 345 350
Leu Tyr Leu Ala Gly Cys Ala Tyr Ala Phe Glu Lys Gly Trp Ile Asn
355 360 365
Leu His Gln Ile Leu Ala Val Lys Pro Tyr Ala Asp Gly His His Asp
370 375 380
Leu Pro Trp Thr Arg Glu Asp Met Tyr Arg
385 390
<210> 4
<211> 246
<212> PRT
<213> 短乳杆菌
<400> 4
Met Ala Ala Asn Glu Phe Ser Glu Thr His Arg Val Val Tyr Tyr Glu
1 5 10 15
Ala Asp Asp Thr Gly Gln Leu Thr Leu Ala Met Leu Ile Asn Leu Phe
20 25 30
Val Leu Val Ser Glu Asp Gln Asn Asp Ala Leu Gly Leu Ser Thr Ala
35 40 45
Phe Val Gln Ser His Gly Val Gly Trp Val Val Thr Gln Tyr His Leu
50 55 60
His Ile Asp Glu Leu Pro Arg Thr Gly Ala Gln Val Thr Ile Lys Thr
65 70 75 80
Arg Ala Thr Ala Tyr Asn Arg Tyr Phe Ala Tyr Arg Glu Tyr Trp Leu
85 90 95
Leu Asp Asp Ala Gly Gln Val Leu Ala Tyr Gly Glu Gly Ile Trp Val
100 105 110
Thr Met Ser Tyr Ala Thr Arg Lys Ile Thr Thr Ile Pro Ala Glu Val
115 120 125
Met Ala Pro Tyr His Ser Glu Glu Gln Thr Arg Leu Pro Arg Leu Pro
130 135 140
Arg Pro Asp His Phe Asp Glu Ala Val Asn Gln Thr Leu Lys Pro Tyr
145 150 155 160
Thr Val Arg Tyr Phe Asp Ile Asp Gly Asn Gly His Val Asn Asn Ala
165 170 175
His Tyr Phe Asp Trp Met Leu Asp Val Leu Pro Ala Thr Phe Leu Arg
180 185 190
Ala His His Pro Thr Asp Val Lys Ile Arg Phe Glu Asn Glu Val Gln
195 200 205
Tyr Gly His Gln Val Thr Ser Glu Leu Ser Gln Ala Ala Ala Leu Thr
210 215 220
Thr Gln His Met Ile Lys Val Gly Asp Leu Thr Ala Val Lys Ala Thr
225 230 235 240
Ile Gln Trp Asp Asn Arg
245
<210> 5
<211> 261
<212> PRT
<213> 植物乳杆菌
<400> 5
Met Ala Thr Leu Gly Ala Asn Ala Ser Leu Tyr Ser Glu Gln His Arg
1 5 10 15
Ile Thr Tyr Tyr Glu Cys Asp Arg Thr Gly Arg Ala Thr Leu Thr Thr
20 25 30
Leu Ile Asp Ile Ala Val Leu Ala Ser Glu Asp Gln Ser Asp Ala Leu
35 40 45
Gly Leu Thr Thr Glu Met Val Gln Ser His Gly Val Gly Trp Val Val
50 55 60
Thr Gln Tyr Ala Ile Asp Ile Thr Arg Met Pro Arg Gln Asp Glu Val
65 70 75 80
Val Thr Ile Ala Val Arg Gly Ser Ala Tyr Asn Pro Tyr Phe Ala Tyr
85 90 95
Arg Glu Phe Trp Ile Arg Asp Ala Asp Gly Gln Gln Leu Ala Tyr Ile
100 105 110
Thr Ser Ile Trp Val Met Met Ser Gln Thr Thr Arg Arg Ile Val Lys
115 120 125
Ile Leu Pro Glu Leu Val Ala Pro Tyr Gln Ser Glu Val Val Lys Arg
130 135 140
Ile Pro Arg Leu Pro Arg Pro Ile Ser Phe Glu Ala Thr Asp Thr Thr
145 150 155 160
Ile Thr Lys Pro Tyr His Val Arg Phe Phe Asp Ile Asp Pro Asn Arg
165 170 175
His Val Asn Asn Ala His Tyr Phe Asp Trp Leu Val Asp Thr Leu Pro
180 185 190
Ala Thr Phe Leu Leu Gln His Asp Leu Val His Val Asp Val Arg Tyr
195 200 205
Glu Asn Glu Val Lys Tyr Gly Gln Thr Val Thr Ala His Ala Asn Ile
210 215 220
Leu Pro Ser Glu Val Ala Asp Gln Val Thr Thr Ser His Leu Ile Glu
225 230 235 240
Val Asp Asp Glu Lys Cys Cys Glu Val Thr Ile Gln Trp Arg Thr Leu
245 250 255
Pro Glu Pro Ile Gln
260
<210> 6
<211> 256
<212> PRT
<213> 大肠杆菌
<400> 6
Met Asn Asn Ile Trp Trp Gln Thr Lys Gly Gln Gly Asn Val His Leu
1 5 10 15
Val Leu Leu His Gly Trp Gly Leu Asn Ala Glu Val Trp Arg Cys Ile
20 25 30
Asp Glu Glu Leu Ser Ser His Phe Thr Leu His Leu Val Asp Leu Pro
35 40 45
Gly Phe Gly Arg Ser Arg Gly Phe Gly Ala Leu Ser Leu Ala Asp Met
50 55 60
Ala Glu Ala Val Leu Gln Gln Ala Pro Asp Lys Ala Ile Trp Leu Gly
65 70 75 80
Trp Ser Leu Gly Gly Leu Val Ala Ser Gln Ile Ala Leu Thr His Pro
85 90 95
Glu Arg Val Gln Ala Leu Val Thr Val Ala Ser Ser Pro Cys Phe Ser
100 105 110
Ala Arg Asp Glu Trp Pro Gly Ile Lys Pro Asp Val Leu Ala Gly Phe
115 120 125
Gln Gln Gln Leu Ser Asp Asp Phe Gln Arg Thr Val Glu Arg Phe Leu
130 135 140
Ala Leu Gln Thr Met Gly Thr Glu Thr Ala Arg Gln Asp Ala Arg Ala
145 150 155 160
Leu Lys Lys Thr Val Leu Ala Leu Pro Met Pro Glu Val Asp Val Leu
165 170 175
Asn Gly Gly Leu Glu Ile Leu Lys Thr Val Asp Leu Arg Gln Pro Leu
180 185 190
Gln Asn Val Ser Met Pro Phe Leu Arg Leu Tyr Gly Tyr Leu Asp Gly
195 200 205
Leu Val Pro Arg Lys Val Val Pro Met Leu Asp Lys Leu Trp Pro His
210 215 220
Ser Glu Ser Tyr Ile Phe Ala Lys Ala Ala His Ala Pro Phe Ile Ser
225 230 235 240
His Pro Ala Glu Phe Cys His Leu Leu Val Ala Leu Lys Gln Arg Val
245 250 255
<210> 7
<211> 1174
<212> PRT
<213> 海分枝杆菌
<400> 7
Met Ser Pro Ile Thr Arg Glu Glu Arg Leu Glu Arg Arg Ile Gln Asp
1 5 10 15
Leu Tyr Ala Asn Asp Pro Gln Phe Ala Ala Ala Lys Pro Ala Thr Ala
20 25 30
Ile Thr Ala Ala Ile Glu Arg Pro Gly Leu Pro Leu Pro Gln Ile Ile
35 40 45
Glu Thr Val Met Thr Gly Tyr Ala Asp Arg Pro Ala Leu Ala Gln Arg
50 55 60
Ser Val Glu Phe Val Thr Asp Ala Gly Thr Gly His Thr Thr Leu Arg
65 70 75 80
Leu Leu Pro His Phe Glu Thr Ile Ser Tyr Gly Glu Leu Trp Asp Arg
85 90 95
Ile Ser Ala Leu Ala Asp Val Leu Ser Thr Glu Gln Thr Val Lys Pro
100 105 110
Gly Asp Arg Val Cys Leu Leu Gly Phe Asn Ser Val Asp Tyr Ala Thr
115 120 125
Ile Asp Met Thr Leu Ala Arg Leu Gly Ala Val Ala Val Pro Leu Gln
130 135 140
Thr Ser Ala Ala Ile Thr Gln Leu Gln Pro Ile Val Ala Glu Thr Gln
145 150 155 160
Pro Thr Met Ile Ala Ala Ser Val Asp Ala Leu Ala Asp Ala Thr Glu
165 170 175
Leu Ala Leu Ser Gly Gln Thr Ala Thr Arg Val Leu Val Phe Asp His
180 185 190
His Arg Gln Val Asp Ala His Arg Ala Ala Val Glu Ser Ala Arg Glu
195 200 205
Arg Leu Ala Gly Ser Ala Val Val Glu Thr Leu Ala Glu Ala Ile Ala
210 215 220
Arg Gly Asp Val Pro Arg Gly Ala Ser Ala Gly Ser Ala Pro Gly Thr
225 230 235 240
Asp Val Ser Asp Asp Ser Leu Ala Leu Leu Ile Tyr Thr Ser Gly Ser
245 250 255
Thr Gly Ala Pro Lys Gly Ala Met Tyr Pro Arg Arg Asn Val Ala Thr
260 265 270
Phe Trp Arg Lys Arg Thr Trp Phe Glu Gly Gly Tyr Glu Pro Ser Ile
275 280 285
Thr Leu Asn Phe Met Pro Met Ser His Val Met Gly Arg Gln Ile Leu
290 295 300
Tyr Gly Thr Leu Cys Asn Gly Gly Thr Ala Tyr Phe Val Ala Lys Ser
305 310 315 320
Asp Leu Ser Thr Leu Phe Glu Asp Leu Ala Leu Val Arg Pro Thr Glu
325 330 335
Leu Thr Phe Val Pro Arg Val Trp Asp Met Val Phe Asp Glu Phe Gln
340 345 350
Ser Glu Val Asp Arg Arg Leu Val Asp Gly Ala Asp Arg Val Ala Leu
355 360 365
Glu Ala Gln Val Lys Ala Glu Ile Arg Asn Asp Val Leu Gly Gly Arg
370 375 380
Tyr Thr Ser Ala Leu Thr Gly Ser Ala Pro Ile Ser Asp Glu Met Lys
385 390 395 400
Ala Trp Val Glu Glu Leu Leu Asp Met His Leu Val Glu Gly Tyr Gly
405 410 415
Ser Thr Glu Ala Gly Met Ile Leu Ile Asp Gly Ala Ile Arg Arg Pro
420 425 430
Ala Val Leu Asp Tyr Lys Leu Val Asp Val Pro Asp Leu Gly Tyr Phe
435 440 445
Leu Thr Asp Arg Pro His Pro Arg Gly Glu Leu Leu Val Lys Thr Asp
450 455 460
Ser Leu Phe Pro Gly Tyr Tyr Gln Arg Ala Glu Val Thr Ala Asp Val
465 470 475 480
Phe Asp Ala Asp Gly Phe Tyr Arg Thr Gly Asp Ile Met Ala Glu Val
485 490 495
Gly Pro Glu Gln Phe Val Tyr Leu Asp Arg Arg Asn Asn Val Leu Lys
500 505 510
Leu Ser Gln Gly Glu Phe Val Thr Val Ser Lys Leu Glu Ala Val Phe
515 520 525
Gly Asp Ser Pro Leu Val Arg Gln Ile Tyr Ile Tyr Gly Asn Ser Ala
530 535 540
Arg Ala Tyr Leu Leu Ala Val Ile Val Pro Thr Gln Glu Ala Leu Asp
545 550 555 560
Ala Val Pro Val Glu Glu Leu Lys Ala Arg Leu Gly Asp Ser Leu Gln
565 570 575
Glu Val Ala Lys Ala Ala Gly Leu Gln Ser Tyr Glu Ile Pro Arg Asp
580 585 590
Phe Ile Ile Glu Thr Thr Pro Trp Thr Leu Glu Asn Gly Leu Leu Thr
595 600 605
Gly Ile Arg Lys Leu Ala Arg Pro Gln Leu Lys Lys His Tyr Gly Glu
610 615 620
Leu Leu Glu Gln Ile Tyr Thr Asp Leu Ala His Gly Gln Ala Asp Glu
625 630 635 640
Leu Arg Ser Leu Arg Gln Ser Gly Ala Asp Ala Pro Val Leu Val Thr
645 650 655
Val Cys Arg Ala Ala Ala Ala Leu Leu Gly Gly Ser Ala Ser Asp Val
660 665 670
Gln Pro Asp Ala His Phe Thr Asp Leu Gly Gly Asp Ser Leu Ser Ala
675 680 685
Leu Ser Phe Thr Asn Leu Leu His Glu Ile Phe Asp Ile Glu Val Pro
690 695 700
Val Gly Val Ile Val Ser Pro Ala Asn Asp Leu Gln Ala Leu Ala Asp
705 710 715 720
Tyr Val Glu Ala Ala Arg Lys Pro Gly Ser Ser Arg Pro Thr Phe Ala
725 730 735
Ser Val His Gly Ala Ser Asn Gly Gln Val Thr Glu Val His Ala Gly
740 745 750
Asp Leu Ser Leu Asp Lys Phe Ile Asp Ala Ala Thr Leu Ala Glu Ala
755 760 765
Pro Arg Leu Pro Ala Ala Asn Thr Gln Val Arg Thr Val Leu Leu Thr
770 775 780
Gly Ala Thr Gly Phe Leu Gly Arg Tyr Leu Ala Leu Glu Trp Leu Glu
785 790 795 800
Arg Met Asp Leu Val Asp Gly Lys Leu Ile Cys Leu Val Arg Ala Lys
805 810 815
Ser Asp Thr Glu Ala Arg Ala Arg Leu Asp Lys Thr Phe Asp Ser Gly
820 825 830
Asp Pro Glu Leu Leu Ala His Tyr Arg Ala Leu Ala Gly Asp His Leu
835 840 845
Glu Val Leu Ala Gly Asp Lys Gly Glu Ala Asp Leu Gly Leu Asp Arg
850 855 860
Gln Thr Trp Gln Arg Leu Ala Asp Thr Val Asp Leu Ile Val Asp Pro
865 870 875 880
Ala Ala Leu Val Asn His Val Leu Pro Tyr Ser Gln Leu Phe Gly Pro
885 890 895
Asn Ala Leu Gly Thr Ala Glu Leu Leu Arg Leu Ala Leu Thr Ser Lys
900 905 910
Ile Lys Pro Tyr Ser Tyr Thr Ser Thr Ile Gly Val Ala Asp Gln Ile
915 920 925
Pro Pro Ser Ala Phe Thr Glu Asp Ala Asp Ile Arg Val Ile Ser Ala
930 935 940
Thr Arg Ala Val Asp Asp Ser Tyr Ala Asn Gly Tyr Ser Asn Ser Lys
945 950 955 960
Trp Ala Gly Glu Val Leu Leu Arg Glu Ala His Asp Leu Cys Gly Leu
965 970 975
Pro Val Ala Val Phe Arg Cys Asp Met Ile Leu Ala Asp Thr Thr Trp
980 985 990
Ala Gly Gln Leu Asn Val Pro Asp Met Phe Thr Arg Met Ile Leu Ser
995 1000 1005
Leu Ala Ala Thr Gly Ile Ala Pro Gly Ser Phe Tyr Glu Leu Ala Ala
1010 1015 1020
Asp Gly Ala Arg Gln Arg Ala His Tyr Asp Gly Leu Pro Val Glu Phe
1025 1030 1035 1040
Ile Ala Glu Ala Ile Ser Thr Leu Gly Ala Gln Ser Gln Asp Gly Phe
1045 1050 1055
His Thr Tyr His Val Met Asn Pro Tyr Asp Asp Gly Ile Gly Leu Asp
1060 1065 1070
Glu Phe Val Asp Trp Leu Asn Glu Ser Gly Cys Pro Ile Gln Arg Ile
1075 1080 1085
Ala Asp Tyr Gly Asp Trp Leu Gln Arg Phe Glu Thr Ala Leu Arg Ala
1090 1095 1100
Leu Pro Asp Arg Gln Arg His Ser Ser Leu Leu Pro Leu Leu His Asn
1105 1110 1115 1120
Tyr Arg Gln Pro Glu Arg Pro Val Arg Gly Ser Ile Ala Pro Thr Asp
1125 1130 1135
Arg Phe Arg Ala Ala Val Gln Glu Ala Lys Ile Gly Pro Asp Lys Asp
1140 1145 1150
Ile Pro His Val Gly Ala Pro Ile Ile Val Lys Tyr Val Ser Asp Leu
1155 1160 1165
Arg Leu Leu Gly Leu Leu
1170
<210> 8
<211> 1173
<212> PRT
<213> 耻垢分枝杆菌
<400> 8
Met Thr Ser Asp Val His Asp Ala Thr Asp Gly Val Thr Glu Thr Ala
1 5 10 15
Leu Asp Asp Glu Gln Ser Thr Arg Arg Ile Ala Glu Leu Tyr Ala Thr
20 25 30
Asp Pro Glu Phe Ala Ala Ala Ala Pro Leu Pro Ala Val Val Asp Ala
35 40 45
Ala His Lys Pro Gly Leu Arg Leu Ala Glu Ile Leu Gln Thr Leu Phe
50 55 60
Thr Gly Tyr Gly Asp Arg Pro Ala Leu Gly Tyr Arg Ala Arg Glu Leu
65 70 75 80
Ala Thr Asp Glu Gly Gly Arg Thr Val Thr Arg Leu Leu Pro Arg Phe
85 90 95
Asp Thr Leu Thr Tyr Ala Gln Val Trp Ser Arg Val Gln Ala Val Ala
100 105 110
Ala Ala Leu Arg His Asn Phe Ala Gln Pro Ile Tyr Pro Gly Asp Ala
115 120 125
Val Ala Thr Ile Gly Phe Ala Ser Pro Asp Tyr Leu Thr Leu Asp Leu
130 135 140
Val Cys Ala Tyr Leu Gly Leu Val Ser Val Pro Leu Gln His Asn Ala
145 150 155 160
Pro Val Ser Arg Leu Ala Pro Ile Leu Ala Glu Val Glu Pro Arg Ile
165 170 175
Leu Thr Val Ser Ala Glu Tyr Leu Asp Leu Ala Val Glu Ser Val Arg
180 185 190
Asp Val Asn Ser Val Ser Gln Leu Val Val Phe Asp His His Pro Glu
195 200 205
Val Asp Asp His Arg Asp Ala Leu Ala Arg Ala Arg Glu Gln Leu Ala
210 215 220
Gly Lys Gly Ile Ala Val Thr Thr Leu Asp Ala Ile Ala Asp Glu Gly
225 230 235 240
Ala Gly Leu Pro Ala Glu Pro Ile Tyr Thr Ala Asp His Asp Gln Arg
245 250 255
Leu Ala Met Ile Leu Tyr Thr Ser Gly Ser Thr Gly Ala Pro Lys Gly
260 265 270
Ala Met Tyr Thr Glu Ala Met Val Ala Arg Leu Trp Thr Met Ser Phe
275 280 285
Ile Thr Gly Asp Pro Thr Pro Val Ile Asn Val Asn Phe Met Pro Leu
290 295 300
Asn His Leu Gly Gly Arg Ile Pro Ile Ser Thr Ala Val Gln Asn Gly
305 310 315 320
Gly Thr Ser Tyr Phe Val Pro Glu Ser Asp Met Ser Thr Leu Phe Glu
325 330 335
Asp Leu Ala Leu Val Arg Pro Thr Glu Leu Gly Leu Val Pro Arg Val
340 345 350
Ala Asp Met Leu Tyr Gln His His Leu Ala Thr Val Asp Arg Leu Val
355 360 365
Thr Gln Gly Ala Asp Glu Leu Thr Ala Glu Lys Gln Ala Gly Ala Glu
370 375 380
Leu Arg Glu Gln Val Leu Gly Gly Arg Val Ile Thr Gly Phe Val Ser
385 390 395 400
Thr Ala Pro Leu Ala Ala Glu Met Arg Ala Phe Leu Asp Ile Thr Leu
405 410 415
Gly Ala His Ile Val Asp Gly Tyr Gly Leu Thr Glu Thr Gly Ala Val
420 425 430
Thr Arg Asp Gly Val Ile Val Arg Pro Pro Val Ile Asp Tyr Lys Leu
435 440 445
Ile Asp Val Pro Glu Leu Gly Tyr Phe Ser Thr Asp Lys Pro Tyr Pro
450 455 460
Arg Gly Glu Leu Leu Val Arg Ser Gln Thr Leu Thr Pro Gly Tyr Tyr
465 470 475 480
Lys Arg Pro Glu Val Thr Ala Ser Val Phe Asp Arg Asp Gly Tyr Tyr
485 490 495
His Thr Gly Asp Val Met Ala Glu Thr Ala Pro Asp His Leu Val Tyr
500 505 510
Val Asp Arg Arg Asn Asn Val Leu Lys Leu Ala Gln Gly Glu Phe Val
515 520 525
Ala Val Ala Asn Leu Glu Ala Val Phe Ser Gly Ala Ala Leu Val Arg
530 535 540
Gln Ile Phe Val Tyr Gly Asn Ser Glu Arg Ser Phe Leu Leu Ala Val
545 550 555 560
Val Val Pro Thr Pro Glu Ala Leu Glu Gln Tyr Asp Pro Ala Ala Leu
565 570 575
Lys Ala Ala Leu Ala Asp Ser Leu Gln Arg Thr Ala Arg Asp Ala Glu
580 585 590
Leu Gln Ser Tyr Glu Val Pro Ala Asp Phe Ile Val Glu Thr Glu Pro
595 600 605
Phe Ser Ala Ala Asn Gly Leu Leu Ser Gly Val Gly Lys Leu Leu Arg
610 615 620
Pro Asn Leu Lys Asp Arg Tyr Gly Gln Arg Leu Glu Gln Met Tyr Ala
625 630 635 640
Asp Ile Ala Ala Thr Gln Ala Asn Gln Leu Arg Glu Leu Arg Arg Ala
645 650 655
Ala Ala Thr Gln Pro Val Ile Asp Thr Leu Thr Gln Ala Ala Ala Thr
660 665 670
Ile Leu Gly Thr Gly Ser Glu Val Ala Ser Asp Ala His Phe Thr Asp
675 680 685
Leu Gly Gly Asp Ser Leu Ser Ala Leu Thr Leu Ser Asn Leu Leu Ser
690 695 700
Asp Phe Phe Gly Phe Glu Val Pro Val Gly Thr Ile Val Asn Pro Ala
705 710 715 720
Thr Asn Leu Ala Gln Leu Ala Gln His Ile Glu Ala Gln Arg Thr Ala
725 730 735
Gly Asp Arg Arg Pro Ser Phe Thr Thr Val His Gly Ala Asp Ala Thr
740 745 750
Glu Ile Arg Ala Ser Glu Leu Thr Leu Asp Lys Phe Ile Asp Ala Glu
755 760 765
Thr Leu Arg Ala Ala Pro Gly Leu Pro Lys Val Thr Thr Glu Pro Arg
770 775 780
Thr Val Leu Leu Ser Gly Ala Asn Gly Trp Leu Gly Arg Phe Leu Thr
785 790 795 800
Leu Gln Trp Leu Glu Arg Leu Ala Pro Val Gly Gly Thr Leu Ile Thr
805 810 815
Ile Val Arg Gly Arg Asp Asp Ala Ala Ala Arg Ala Arg Leu Thr Gln
820 825 830
Ala Tyr Asp Thr Asp Pro Glu Leu Ser Arg Arg Phe Ala Glu Leu Ala
835 840 845
Asp Arg His Leu Arg Val Val Ala Gly Asp Ile Gly Asp Pro Asn Leu
850 855 860
Gly Leu Thr Pro Glu Ile Trp His Arg Leu Ala Ala Glu Val Asp Leu
865 870 875 880
Val Val His Pro Ala Ala Leu Val Asn His Val Leu Pro Tyr Arg Gln
885 890 895
Leu Phe Gly Pro Asn Val Val Gly Thr Ala Glu Val Ile Lys Leu Ala
900 905 910
Leu Thr Glu Arg Ile Lys Pro Val Thr Tyr Leu Ser Thr Val Ser Val
915 920 925
Ala Met Gly Ile Pro Asp Phe Glu Glu Asp Gly Asp Ile Arg Thr Val
930 935 940
Ser Pro Val Arg Pro Leu Asp Gly Gly Tyr Ala Asn Gly Tyr Gly Asn
945 950 955 960
Ser Lys Trp Ala Gly Glu Val Leu Leu Arg Glu Ala His Asp Leu Cys
965 970 975
Gly Leu Pro Val Ala Thr Phe Arg Ser Asp Met Ile Leu Ala His Pro
980 985 990
Arg Tyr Arg Gly Gln Val Asn Val Pro Asp Met Phe Thr Arg Leu Leu
995 1000 1005
Leu Ser Leu Leu Ile Thr Gly Val Ala Pro Arg Ser Phe Tyr Ile Gly
1010 1015 1020
Asp Gly Glu Arg Pro Arg Ala His Tyr Pro Gly Leu Thr Val Asp Phe
1025 1030 1035 1040
Val Ala Glu Ala Val Thr Thr Leu Gly Ala Gln Gln Arg Glu Gly Tyr
1045 1050 1055
Val Ser Tyr Asp Val Met Asn Pro His Asp Asp Gly Ile Ser Leu Asp
1060 1065 1070
Val Phe Val Asp Trp Leu Ile Arg Ala Gly His Pro Ile Asp Arg Val
1075 1080 1085
Asp Asp Tyr Asp Asp Trp Val Arg Arg Phe Glu Thr Ala Leu Thr Ala
1090 1095 1100
Leu Pro Glu Lys Arg Arg Ala Gln Thr Val Leu Pro Leu Leu His Ala
1105 1110 1115 1120
Phe Arg Ala Pro Gln Ala Pro Leu Arg Gly Ala Pro Glu Pro Thr Glu
1125 1130 1135
Val Phe His Ala Ala Val Arg Thr Ala Lys Val Gly Pro Gly Asp Ile
1140 1145 1150
Pro His Leu Asp Glu Ala Leu Ile Asp Lys Tyr Ile Arg Asp Leu Arg
1155 1160 1165
Glu Phe Gly Leu Ile
1170
<210> 9
<211> 1148
<212> PRT
<213> Segniliparus rugosus
<400> 9
Met Gly Asp Gly Glu Glu Arg Ala Lys Arg Phe Phe Gln Arg Ile Gly
1 5 10 15
Glu Leu Ser Ala Thr Asp Pro Gln Phe Ala Ala Ala Ala Pro Asp Pro
20 25 30
Ala Val Val Glu Ala Val Ser Asp Pro Ser Leu Ser Phe Thr Arg Tyr
35 40 45
Leu Asp Thr Leu Met Arg Gly Tyr Ala Glu Arg Pro Ala Leu Ala His
50 55 60
Arg Val Gly Ala Gly Tyr Glu Thr Ile Ser Tyr Gly Glu Leu Trp Ala
65 70 75 80
Arg Val Gly Ala Ile Ala Ala Ala Trp Gln Ala Asp Gly Leu Ala Pro
85 90 95
Gly Asp Phe Val Ala Thr Val Gly Phe Thr Ser Pro Asp Tyr Val Ala
100 105 110
Val Asp Leu Ala Ala Ala Arg Ser Gly Leu Val Ser Val Pro Leu Gln
115 120 125
Ala Gly Ala Ser Leu Ala Gln Leu Val Gly Ile Leu Glu Glu Thr Glu
130 135 140
Pro Lys Val Leu Ala Ala Ser Ala Ser Ser Leu Glu Gly Ala Val Ala
145 150 155 160
Cys Ala Leu Ala Ala Pro Ser Val Gln Arg Leu Val Val Phe Asp Leu
165 170 175
Arg Gly Pro Asp Ala Ser Glu Ser Ala Ala Asp Glu Arg Arg Gly Ala
180 185 190
Leu Ala Asp Ala Glu Glu Gln Leu Ala Arg Ala Gly Arg Ala Val Val
195 200 205
Val Glu Thr Leu Ala Asp Leu Ala Ala Arg Gly Glu Ala Leu Pro Glu
210 215 220
Ala Pro Leu Phe Glu Pro Ala Glu Gly Glu Asp Pro Leu Ala Leu Leu
225 230 235 240
Ile Tyr Thr Ser Gly Ser Thr Gly Ala Pro Lys Gly Ala Met Tyr Ser
245 250 255
Gln Arg Leu Val Ser Gln Leu Trp Gly Arg Thr Pro Val Val Pro Gly
260 265 270
Met Pro Asn Ile Ser Leu His Tyr Met Pro Leu Ser His Ser Tyr Gly
275 280 285
Arg Ala Val Leu Ala Gly Ala Leu Ser Ala Gly Gly Thr Ala His Phe
290 295 300
Thr Ala Asn Ser Asp Leu Ser Thr Leu Phe Glu Asp Ile Ala Leu Ala
305 310 315 320
Arg Pro Thr Phe Leu Ala Leu Val Pro Arg Val Cys Glu Met Leu Phe
325 330 335
Gln Glu Ser Gln Arg Gly Gln Asp Val Ala Glu Leu Arg Glu Arg Val
340 345 350
Leu Gly Gly Arg Leu Leu Val Ala Val Cys Gly Ser Ala Pro Leu Ser
355 360 365
Pro Glu Met Arg Ala Phe Met Glu Glu Val Leu Gly Phe Pro Leu Leu
370 375 380
Asp Gly Tyr Gly Ser Thr Glu Ala Leu Gly Val Met Arg Asn Gly Ile
385 390 395 400
Ile Gln Arg Pro Pro Val Ile Asp Tyr Lys Leu Val Asp Val Pro Glu
405 410 415
Leu Gly Tyr Arg Thr Thr Asp Lys Pro Tyr Pro Arg Gly Glu Leu Cys
420 425 430
Ile Arg Ser Thr Ser Leu Ile Ser Gly Tyr Tyr Lys Arg Pro Glu Ile
435 440 445
Thr Ala Glu Val Phe Asp Ala Gln Gly Tyr Tyr Lys Thr Gly Asp Val
450 455 460
Met Ala Glu Ile Ala Pro Asp His Leu Val Tyr Val Asp Arg Ser Lys
465 470 475 480
Asn Val Leu Lys Leu Ser Gln Gly Glu Phe Val Ala Val Ala Lys Leu
485 490 495
Glu Ala Ala Tyr Gly Thr Ser Pro Tyr Val Lys Gln Ile Phe Val Tyr
500 505 510
Gly Asn Ser Glu Arg Ser Phe Leu Leu Ala Val Val Val Pro Asn Ala
515 520 525
Glu Val Leu Gly Ala Arg Asp Gln Glu Glu Ala Lys Pro Leu Ile Ala
530 535 540
Ala Ser Leu Gln Lys Ile Ala Lys Glu Ala Gly Leu Gln Ser Tyr Glu
545 550 555 560
Val Pro Arg Asp Phe Leu Ile Glu Thr Glu Pro Phe Thr Thr Gln Asn
565 570 575
Gly Leu Leu Ser Glu Val Gly Lys Leu Leu Arg Pro Lys Leu Lys Ala
580 585 590
Arg Tyr Gly Glu Ala Leu Glu Ala Arg Tyr Asp Glu Ile Ala His Gly
595 600 605
Gln Ala Asp Glu Leu Arg Ala Leu Arg Asp Gly Ala Gly Gln Arg Pro
610 615 620
Val Val Glu Thr Val Val Arg Ala Ala Val Ala Ile Ser Gly Ser Glu
625 630 635 640
Gly Ala Glu Val Gly Pro Glu Ala Asn Phe Ala Asp Leu Gly Gly Asp
645 650 655
Ser Leu Ser Ala Leu Ser Leu Ala Asn Leu Leu His Asp Val Phe Glu
660 665 670
Val Glu Val Pro Val Arg Ile Ile Ile Gly Pro Thr Ala Ser Leu Ala
675 680 685
Gly Ile Ala Lys His Ile Glu Ala Glu Arg Ala Gly Ala Ser Ala Pro
690 695 700
Thr Ala Ala Ser Val His Gly Ala Gly Ala Thr Arg Ile Arg Ala Ser
705 710 715 720
Glu Leu Thr Leu Glu Lys Phe Leu Pro Glu Asp Leu Leu Ala Ala Ala
725 730 735
Lys Gly Leu Pro Ala Ala Asp Gln Val Arg Thr Val Leu Leu Thr Gly
740 745 750
Ala Asn Gly Trp Leu Gly Arg Phe Leu Ala Leu Glu Gln Leu Glu Arg
755 760 765
Leu Ala Arg Ser Gly Gln Asp Gly Gly Lys Leu Ile Cys Leu Val Arg
770 775 780
Gly Lys Asp Ala Ala Ala Ala Arg Arg Arg Ile Glu Glu Thr Leu Gly
785 790 795 800
Thr Asp Pro Ala Leu Ala Ala Arg Phe Ala Glu Leu Ala Glu Gly Arg
805 810 815
Leu Glu Val Val Pro Gly Asp Val Gly Glu Pro Lys Phe Gly Leu Asp
820 825 830
Asp Ala Ala Trp Asp Arg Leu Ala Glu Glu Val Asp Val Ile Val His
835 840 845
Pro Ala Ala Leu Val Asn His Val Leu Pro Tyr His Gln Leu Phe Gly
850 855 860
Pro Asn Val Val Gly Thr Ala Glu Ile Ile Arg Leu Ala Ile Thr Ala
865 870 875 880
Lys Arg Lys Pro Val Thr Tyr Leu Ser Thr Val Ala Val Ala Ala Gly
885 890 895
Val Glu Pro Ser Ser Phe Glu Glu Asp Gly Asp Ile Arg Ala Val Val
900 905 910
Pro Glu Arg Pro Leu Gly Asp Gly Tyr Ala Asn Gly Tyr Gly Asn Ser
915 920 925
Lys Trp Ala Gly Glu Val Leu Leu Arg Glu Ala His Glu Leu Val Gly
930 935 940
Leu Pro Val Ala Val Phe Arg Ser Asp Met Ile Leu Ala His Thr Arg
945 950 955 960
Tyr Thr Gly Gln Leu Asn Val Pro Asp Gln Phe Thr Arg Leu Val Leu
965 970 975
Ser Leu Leu Ala Thr Gly Ile Ala Pro Lys Ser Phe Tyr Gln Gln Gly
980 985 990
Ala Ala Gly Glu Arg Gln Arg Ala His Tyr Asp Gly Ile Pro Val Asp
995 1000 1005
Phe Thr Ala Glu Ala Ile Thr Thr Leu Gly Ala Glu Pro Ser Trp Phe
1010 1015 1020
Asp Gly Gly Ala Gly Phe Arg Ser Phe Asp Val Phe Asn Pro His His
1025 1030 1035 1040
Asp Gly Val Gly Leu Asp Glu Phe Val Asp Trp Leu Ile Glu Ala Gly
1045 1050 1055
His Pro Ile Ser Arg Ile Asp Asp His Lys Glu Trp Phe Ala Arg Phe
1060 1065 1070
Glu Thr Ala Val Arg Gly Leu Pro Glu Ala Gln Arg Gln His Ser Leu
1075 1080 1085
Leu Pro Leu Leu Arg Ala Tyr Ser Phe Pro His Pro Pro Val Asp Gly
1090 1095 1100
Ser Val Tyr Pro Thr Gly Lys Phe Gln Gly Ala Val Lys Ala Ala Gln
1105 1110 1115 1120
Val Gly Ser Asp His Asp Val Pro His Leu Gly Lys Ala Leu Ile Val
1125 1130 1135
Lys Tyr Ala Asp Asp Leu Lys Ala Leu Gly Leu Leu
1140 1145
<210> 10
<211> 1168
<212> PRT
<213> 耻垢分枝杆菌
<400> 10
Met Thr Ile Glu Thr Arg Glu Asp Arg Phe Asn Arg Arg Ile Asp His
1 5 10 15
Leu Phe Glu Thr Asp Pro Gln Phe Ala Ala Ala Arg Pro Asp Glu Ala
20 25 30
Ile Ser Ala Ala Ala Ala Asp Pro Glu Leu Arg Leu Pro Ala Ala Val
35 40 45
Lys Gln Ile Leu Ala Gly Tyr Ala Asp Arg Pro Ala Leu Gly Lys Arg
50 55 60
Ala Val Glu Phe Val Thr Asp Glu Glu Gly Arg Thr Thr Ala Lys Leu
65 70 75 80
Leu Pro Arg Phe Asp Thr Ile Thr Tyr Arg Gln Leu Ala Gly Arg Ile
85 90 95
Gln Ala Val Thr Asn Ala Trp His Asn His Pro Val Asn Ala Gly Asp
100 105 110
Arg Val Ala Ile Leu Gly Phe Thr Ser Val Asp Tyr Thr Thr Ile Asp
115 120 125
Ile Ala Leu Leu Glu Leu Gly Ala Val Ser Val Pro Leu Gln Thr Ser
130 135 140
Ala Pro Val Ala Gln Leu Gln Pro Ile Val Ala Glu Thr Glu Pro Lys
145 150 155 160
Val Ile Ala Ser Ser Val Asp Phe Leu Ala Asp Ala Val Ala Leu Val
165 170 175
Glu Ser Gly Pro Ala Pro Ser Arg Leu Val Val Phe Asp Tyr Ser His
180 185 190
Glu Val Asp Asp Gln Arg Glu Ala Phe Glu Ala Ala Lys Gly Lys Leu
195 200 205
Ala Gly Thr Gly Val Val Val Glu Thr Ile Thr Asp Ala Leu Asp Arg
210 215 220
Gly Arg Ser Leu Ala Asp Ala Pro Leu Tyr Val Pro Asp Glu Ala Asp
225 230 235 240
Pro Leu Thr Leu Leu Ile Tyr Thr Ser Gly Ser Thr Gly Thr Pro Lys
245 250 255
Gly Ala Met Tyr Pro Glu Ser Lys Thr Ala Thr Met Trp Gln Ala Gly
260 265 270
Ser Lys Ala Arg Trp Asp Glu Thr Leu Gly Val Met Pro Ser Ile Thr
275 280 285
Leu Asn Phe Met Pro Met Ser His Val Met Gly Arg Gly Ile Leu Cys
290 295 300
Ser Thr Leu Ala Ser Gly Gly Thr Ala Tyr Phe Ala Ala Arg Ser Asp
305 310 315 320
Leu Ser Thr Phe Leu Glu Asp Leu Ala Leu Val Arg Pro Thr Gln Leu
325 330 335
Asn Phe Val Pro Arg Ile Trp Asp Met Leu Phe Gln Glu Tyr Gln Ser
340 345 350
Arg Leu Asp Asn Arg Arg Ala Glu Gly Ser Glu Asp Arg Ala Glu Ala
355 360 365
Ala Val Leu Glu Glu Val Arg Thr Gln Leu Leu Gly Gly Arg Phe Val
370 375 380
Ser Ala Leu Thr Gly Ser Ala Pro Ile Ser Ala Glu Met Lys Ser Trp
385 390 395 400
Val Glu Asp Leu Leu Asp Met His Leu Leu Glu Gly Tyr Gly Ser Thr
405 410 415
Glu Ala Gly Ala Val Phe Ile Asp Gly Gln Ile Gln Arg Pro Pro Val
420 425 430
Ile Asp Tyr Lys Leu Val Asp Val Pro Asp Leu Gly Tyr Phe Ala Thr
435 440 445
Asp Arg Pro Tyr Pro Arg Gly Glu Leu Leu Val Lys Ser Glu Gln Met
450 455 460
Phe Pro Gly Tyr Tyr Lys Arg Pro Glu Ile Thr Ala Glu Met Phe Asp
465 470 475 480
Glu Asp Gly Tyr Tyr Arg Thr Gly Asp Ile Val Ala Glu Leu Gly Pro
485 490 495
Asp His Leu Glu Tyr Leu Asp Arg Arg Asn Asn Val Leu Lys Leu Ser
500 505 510
Gln Gly Glu Phe Val Thr Val Ser Lys Leu Glu Ala Val Phe Gly Asp
515 520 525
Ser Pro Leu Val Arg Gln Ile Tyr Val Tyr Gly Asn Ser Ala Arg Ser
530 535 540
Tyr Leu Leu Ala Val Val Val Pro Thr Glu Glu Ala Leu Ser Arg Trp
545 550 555 560
Asp Gly Asp Glu Leu Lys Ser Arg Ile Ser Asp Ser Leu Gln Asp Ala
565 570 575
Ala Arg Ala Ala Gly Leu Gln Ser Tyr Glu Ile Pro Arg Asp Phe Leu
580 585 590
Val Glu Thr Thr Pro Phe Thr Leu Glu Asn Gly Leu Leu Thr Gly Ile
595 600 605
Arg Lys Leu Ala Arg Pro Lys Leu Lys Ala His Tyr Gly Glu Arg Leu
610 615 620
Glu Gln Leu Tyr Thr Asp Leu Ala Glu Gly Gln Ala Asn Glu Leu Arg
625 630 635 640
Glu Leu Arg Arg Asn Gly Ala Asp Arg Pro Val Val Glu Thr Val Ser
645 650 655
Arg Ala Ala Val Ala Leu Leu Gly Ala Ser Val Thr Asp Leu Arg Ser
660 665 670
Asp Ala His Phe Thr Asp Leu Gly Gly Asp Ser Leu Ser Ala Leu Ser
675 680 685
Phe Ser Asn Leu Leu His Glu Ile Phe Asp Val Asp Val Pro Val Gly
690 695 700
Val Ile Val Ser Pro Ala Thr Asp Leu Ala Gly Val Ala Ala Tyr Ile
705 710 715 720
Glu Gly Glu Leu Arg Gly Ser Lys Arg Pro Thr Tyr Ala Ser Val His
725 730 735
Gly Arg Asp Ala Thr Glu Val Arg Ala Arg Asp Leu Ala Leu Gly Lys
740 745 750
Phe Ile Asp Ala Lys Thr Leu Ser Ala Ala Pro Gly Leu Pro Arg Ser
755 760 765
Gly Thr Glu Ile Arg Thr Val Leu Leu Thr Gly Ala Thr Gly Phe Leu
770 775 780
Gly Arg Tyr Leu Ala Leu Glu Trp Leu Glu Arg Met Asp Leu Val Asp
785 790 795 800
Gly Lys Val Ile Cys Leu Val Arg Ala Arg Ser Asp Asp Glu Ala Arg
805 810 815
Ala Arg Leu Asp Ala Thr Phe Asp Thr Gly Asp Ala Thr Leu Leu Glu
820 825 830
His Tyr Arg Ala Leu Ala Ala Asp His Leu Glu Val Ile Ala Gly Asp
835 840 845
Lys Gly Glu Ala Asp Leu Gly Leu Asp His Asp Thr Trp Gln Arg Leu
850 855 860
Ala Asp Thr Val Asp Leu Ile Val Asp Pro Ala Ala Leu Val Asn His
865 870 875 880
Val Leu Pro Tyr Ser Gln Met Phe Gly Pro Asn Ala Leu Gly Thr Ala
885 890 895
Glu Leu Ile Arg Ile Ala Leu Thr Thr Thr Ile Lys Pro Tyr Val Tyr
900 905 910
Val Ser Thr Ile Gly Val Gly Gln Gly Ile Ser Pro Glu Ala Phe Val
915 920 925
Glu Asp Ala Asp Ile Arg Glu Ile Ser Ala Thr Arg Arg Val Asp Asp
930 935 940
Ser Tyr Ala Asn Gly Tyr Gly Asn Ser Lys Trp Ala Gly Glu Val Leu
945 950 955 960
Leu Arg Glu Ala His Asp Trp Cys Gly Leu Pro Val Ser Val Phe Arg
965 970 975
Cys Asp Met Ile Leu Ala Asp Thr Thr Tyr Ser Gly Gln Leu Asn Leu
980 985 990
Pro Asp Met Phe Thr Arg Leu Met Leu Ser Leu Val Ala Thr Gly Ile
995 1000 1005
Ala Pro Gly Ser Phe Tyr Glu Leu Asp Ala Asp Gly Asn Arg Gln Arg
1010 1015 1020
Ala His Tyr Asp Gly Leu Pro Val Glu Phe Ile Ala Glu Ala Ile Ser
1025 1030 1035 1040
Thr Ile Gly Ser Gln Val Thr Asp Gly Phe Glu Thr Phe His Val Met
1045 1050 1055
Asn Pro Tyr Asp Asp Gly Ile Gly Leu Asp Glu Tyr Val Asp Trp Leu
1060 1065 1070
Ile Glu Ala Gly Tyr Pro Val His Arg Val Asp Asp Tyr Ala Thr Trp
1075 1080 1085
Leu Ser Arg Phe Glu Thr Ala Leu Arg Ala Leu Pro Glu Arg Gln Arg
1090 1095 1100
Gln Ala Ser Leu Leu Pro Leu Leu His Asn Tyr Gln Gln Pro Ser Pro
1105 1110 1115 1120
Pro Val Cys Gly Ala Met Ala Pro Thr Asp Arg Phe Arg Ala Ala Val
1125 1130 1135
Gln Asp Ala Lys Ile Gly Pro Asp Lys Asp Ile Pro His Val Thr Ala
1140 1145 1150
Asp Val Ile Val Lys Tyr Ile Ser Asn Leu Gln Met Leu Gly Leu Leu
1155 1160 1165
<210> 11
<211> 1185
<212> PRT
<213> 马赛分枝杆菌
<400> 11
Met Thr Asn Glu Thr Asn Pro Gln Gln Glu Gln Leu Ser Arg Arg Ile
1 5 10 15
Glu Ser Leu Arg Glu Ser Asp Pro Gln Phe Arg Ala Ala Gln Pro Asp
20 25 30
Pro Ala Val Ala Glu Gln Val Leu Arg Pro Gly Leu His Leu Ser Glu
35 40 45
Ala Ile Ala Ala Leu Met Thr Gly Tyr Ala Glu Arg Pro Ala Leu Gly
50 55 60
Glu Arg Ala Arg Glu Leu Val Ile Asp Gln Asp Gly Arg Thr Thr Leu
65 70 75 80
Arg Leu Leu Pro Arg Phe Asp Thr Thr Thr Tyr Gly Glu Leu Trp Ser
85 90 95
Arg Thr Thr Ser Val Ala Ala Ala Trp His His Asp Ala Thr His Pro
100 105 110
Val Lys Ala Gly Asp Leu Val Ala Thr Leu Gly Phe Thr Ser Ile Asp
115 120 125
Tyr Thr Val Leu Asp Leu Ala Ile Met Ile Leu Gly Gly Val Ala Val
130 135 140
Pro Leu Gln Thr Ser Ala Pro Ala Ser Gln Trp Thr Thr Ile Leu Ala
145 150 155 160
Glu Ala Glu Pro Asn Thr Leu Ala Val Ser Ile Glu Leu Ile Gly Ala
165 170 175
Ala Met Glu Ser Val Arg Ala Thr Pro Ser Ile Lys Gln Val Val Val
180 185 190
Phe Asp Tyr Thr Pro Glu Val Asp Asp Gln Arg Glu Ala Phe Glu Ala
195 200 205
Ala Ser Thr Gln Leu Ala Gly Thr Gly Ile Ala Leu Glu Thr Leu Asp
210 215 220
Ala Val Ile Ala Arg Gly Ala Ala Leu Pro Ala Ala Pro Leu Tyr Ala
225 230 235 240
Pro Ser Ala Gly Asp Asp Pro Leu Ala Leu Leu Ile Tyr Thr Ser Gly
245 250 255
Ser Thr Gly Ala Pro Lys Gly Ala Met His Ser Glu Asn Ile Val Arg
260 265 270
Arg Trp Trp Ile Arg Glu Asp Val Met Ala Gly Thr Glu Asn Leu Pro
275 280 285
Met Ile Gly Leu Asn Phe Met Pro Met Ser His Ile Met Gly Arg Gly
290 295 300
Thr Leu Thr Ser Thr Leu Ser Thr Gly Gly Thr Gly Tyr Phe Ala Ala
305 310 315 320
Ser Ser Asp Met Ser Thr Leu Phe Glu Asp Met Glu Leu Ile Arg Pro
325 330 335
Thr Ala Leu Ala Leu Val Pro Arg Val Cys Asp Met Val Phe Gln Arg
340 345 350
Phe Gln Thr Glu Val Asp Arg Arg Leu Ala Ser Gly Asp Thr Ala Ser
355 360 365
Ala Glu Ala Val Ala Ala Glu Val Lys Ala Asp Ile Arg Asp Asn Leu
370 375 380
Phe Gly Gly Arg Val Ser Ala Val Met Val Gly Ser Ala Pro Leu Ser
385 390 395 400
Glu Glu Leu Gly Glu Phe Ile Glu Ser Cys Phe Glu Leu Asn Leu Thr
405 410 415
Asp Gly Tyr Gly Ser Thr Glu Ala Gly Met Val Phe Arg Asp Gly Ile
420 425 430
Val Gln Arg Pro Pro Val Ile Asp Tyr Lys Leu Val Asp Val Pro Glu
435 440 445
Leu Gly Tyr Phe Ser Thr Asp Lys Pro His Pro Arg Gly Glu Leu Leu
450 455 460
Leu Lys Thr Asp Gly Met Phe Leu Gly Tyr Tyr Lys Arg Pro Glu Val
465 470 475 480
Thr Ala Ser Val Phe Asp Ala Asp Gly Phe Tyr Met Thr Gly Asp Ile
485 490 495
Val Ala Glu Leu Ala His Asp Asn Ile Glu Ile Ile Asp Arg Arg Asn
500 505 510
Asn Val Leu Lys Leu Ser Gln Gly Glu Phe Val Ala Val Ala Thr Leu
515 520 525
Glu Ala Glu Tyr Ala Asn Ser Pro Val Val His Gln Ile Tyr Val Tyr
530 535 540
Gly Ser Ser Glu Arg Ser Tyr Leu Leu Ala Val Val Val Pro Thr Pro
545 550 555 560
Glu Ala Val Ala Ala Ala Lys Gly Asp Ala Ala Ala Leu Lys Thr Thr
565 570 575
Ile Ala Asp Ser Leu Gln Asp Ile Ala Lys Glu Ile Gln Leu Gln Ser
580 585 590
Tyr Glu Val Pro Arg Asp Phe Ile Ile Glu Pro Gln Pro Phe Thr Gln
595 600 605
Gly Asn Gly Leu Leu Thr Gly Ile Ala Lys Leu Ala Arg Pro Asn Leu
610 615 620
Lys Ala His Tyr Gly Pro Arg Leu Glu Gln Met Tyr Ala Glu Ile Ala
625 630 635 640
Glu Gln Gln Ala Ala Glu Leu Arg Ala Leu His Gly Val Asp Pro Asp
645 650 655
Lys Pro Ala Leu Glu Thr Val Leu Lys Ala Ala Gln Ala Leu Leu Gly
660 665 670
Val Ser Ser Ala Glu Leu Ala Ala Asp Ala His Phe Thr Asp Leu Gly
675 680 685
Gly Asp Ser Leu Ser Ala Leu Ser Phe Ser Asp Leu Leu Arg Asp Ile
690 695 700
Phe Ala Val Glu Val Pro Val Gly Val Ile Val Ser Ala Ala Asn Asp
705 710 715 720
Leu Gly Gly Val Ala Lys Phe Val Asp Glu Gln Arg His Ser Gly Gly
725 730 735
Thr Arg Pro Thr Ala Glu Thr Val His Gly Ala Gly His Thr Glu Ile
740 745 750
Arg Ala Ala Asp Leu Thr Leu Asp Lys Phe Ile Asp Glu Ala Thr Leu
755 760 765
His Ala Ala Pro Ser Leu Pro Lys Ala Ala Gly Ile Pro His Thr Val
770 775 780
Leu Leu Thr Gly Ser Asn Gly Tyr Leu Gly His Tyr Leu Ala Leu Glu
785 790 795 800
Trp Leu Glu Arg Leu Asp Lys Thr Asp Gly Lys Leu Ile Val Ile Val
805 810 815
Arg Gly Lys Asn Ala Glu Ala Ala Tyr Gly Arg Leu Glu Glu Ala Phe
820 825 830
Asp Thr Gly Asp Thr Glu Leu Leu Ala His Phe Arg Ser Leu Ala Asp
835 840 845
Lys His Leu Glu Val Leu Ala Gly Asp Ile Gly Asp Pro Asn Leu Gly
850 855 860
Leu Asp Ala Asp Thr Trp Gln Arg Leu Ala Asp Thr Val Asp Val Ile
865 870 875 880
Val His Pro Ala Ala Leu Val Asn His Val Leu Pro Tyr Asn Gln Leu
885 890 895
Phe Gly Pro Asn Val Val Gly Thr Ala Glu Ile Ile Lys Leu Ala Ile
900 905 910
Thr Thr Lys Ile Lys Pro Val Thr Tyr Leu Ser Thr Val Ala Val Ala
915 920 925
Ala Tyr Val Asp Pro Thr Thr Phe Asp Glu Glu Ser Asp Ile Arg Leu
930 935 940
Ile Ser Ala Val Arg Pro Ile Asp Asp Gly Tyr Ala Asn Gly Tyr Gly
945 950 955 960
Asn Ala Lys Trp Ala Gly Glu Val Leu Leu Arg Glu Ala His Asp Leu
965 970 975
Cys Gly Leu Pro Val Ala Val Phe Arg Ser Asp Met Ile Leu Ala His
980 985 990
Ser Arg Tyr Thr Gly Gln Leu Asn Val Pro Asp Gln Phe Thr Arg Leu
995 1000 1005
Ile Leu Ser Leu Ile Ala Thr Gly Ile Ala Pro Gly Ser Phe Tyr Gln
1010 1015 1020
Ala Gln Thr Thr Gly Glu Arg Pro Leu Ala His Tyr Asp Gly Leu Pro
1025 1030 1035 1040
Gly Asp Phe Thr Ala Glu Ala Ile Thr Thr Leu Gly Thr Gln Val Pro
1045 1050 1055
Glu Gly Ser Glu Gly Phe Val Thr Tyr Asp Cys Val Asn Pro His Ala
1060 1065 1070
Asp Gly Ile Ser Leu Asp Asn Phe Val Asp Trp Leu Ile Glu Ala Gly
1075 1080 1085
Tyr Pro Ile Ala Arg Ile Asp Asn Tyr Thr Glu Trp Phe Thr Arg Phe
1090 1095 1100
Asp Thr Ala Ile Arg Gly Leu Ser Glu Lys Gln Lys Gln His Ser Leu
1105 1110 1115 1120
Leu Pro Leu Leu His Ala Phe Glu Gln Pro Ser Ala Ala Glu Asn His
1125 1130 1135
Gly Val Val Pro Ala Lys Arg Phe Gln His Ala Val Gln Ala Ala Gly
1140 1145 1150
Ile Gly Pro Val Gly Gln Asp Gly Thr Thr Asp Ile Pro His Leu Ser
1155 1160 1165
Arg Arg Leu Ile Val Lys Tyr Ala Lys Asp Leu Glu Gln Leu Gly Leu
1170 1175 1180
Leu
1185
<210> 12
<211> 1186
<212> PRT
<213> Segniliparus rotundus
<400> 12
Met Thr Gln Ser His Thr Gln Gly Pro Gln Ala Ser Ala Ala His Ser
1 5 10 15
Arg Leu Ala Arg Arg Ala Ala Glu Leu Leu Ala Thr Asp Pro Gln Ala
20 25 30
Ala Ala Thr Leu Pro Asp Pro Glu Val Val Arg Gln Ala Thr Arg Pro
35 40 45
Gly Leu Arg Leu Ala Glu Arg Val Asp Ala Ile Leu Ser Gly Tyr Ala
50 55 60
Asp Arg Pro Ala Leu Gly Gln Arg Ser Phe Gln Thr Val Lys Asp Pro
65 70 75 80
Ile Thr Gly Arg Ser Ser Val Glu Leu Leu Pro Thr Phe Asp Thr Ile
85 90 95
Thr Tyr Arg Glu Leu Arg Glu Arg Ala Thr Ala Ile Ala Ser Asp Leu
100 105 110
Ala His His Pro Gln Ala Pro Ala Lys Pro Gly Asp Phe Leu Ala Ser
115 120 125
Ile Gly Phe Ile Ser Val Asp Tyr Val Ala Ile Asp Ile Ala Gly Val
130 135 140
Phe Ala Gly Leu Thr Ala Val Pro Leu Gln Thr Gly Ala Thr Leu Ala
145 150 155 160
Thr Leu Thr Ala Ile Thr Ala Glu Thr Ala Pro Thr Leu Phe Ala Ala
165 170 175
Ser Ile Glu His Leu Pro Thr Ala Val Asp Ala Val Leu Ala Thr Pro
180 185 190
Ser Val Arg Arg Leu Leu Val Phe Asp Tyr Arg Ala Gly Ser Asp Glu
195 200 205
Asp Arg Glu Ala Val Glu Ala Ala Lys Arg Lys Ile Ala Asp Ala Gly
210 215 220
Ser Ser Val Leu Val Asp Val Leu Asp Glu Val Ile Ala Arg Gly Lys
225 230 235 240
Ser Ala Pro Lys Ala Pro Leu Pro Pro Ala Thr Asp Ala Gly Asp Asp
245 250 255
Ser Leu Ser Leu Leu Ile Tyr Thr Ser Gly Ser Thr Gly Thr Pro Lys
260 265 270
Gly Ala Met Tyr Pro Glu Arg Asn Val Ala His Phe Trp Gly Gly Val
275 280 285
Trp Ala Ala Ala Phe Asp Glu Asp Ala Ala Pro Pro Val Pro Ala Ile
290 295 300
Asn Ile Thr Phe Leu Pro Leu Ser His Val Ala Ser Arg Leu Ser Leu
305 310 315 320
Met Pro Thr Leu Ala Arg Gly Gly Leu Met His Phe Val Ala Lys Ser
325 330 335
Asp Leu Ser Thr Leu Phe Glu Asp Leu Lys Leu Ala Arg Pro Thr Asn
340 345 350
Leu Phe Leu Val Pro Arg Val Val Glu Met Leu Tyr Gln His Tyr Gln
355 360 365
Ser Glu Leu Asp Arg Arg Gly Val Gln Asp Gly Thr Arg Glu Ala Glu
370 375 380
Ala Val Lys Asp Asp Leu Arg Thr Gly Leu Leu Gly Gly Arg Ile Leu
385 390 395 400
Thr Ala Gly Phe Gly Ser Ala Pro Leu Ser Ala Glu Leu Ala Gly Phe
405 410 415
Ile Glu Ser Leu Leu Gln Ile His Leu Val Asp Gly Tyr Gly Ser Thr
420 425 430
Glu Ala Gly Pro Val Trp Arg Asp Gly Tyr Leu Val Lys Pro Pro Val
435 440 445
Thr Asp Tyr Lys Leu Ile Asp Val Pro Glu Leu Gly Tyr Phe Ser Thr
450 455 460
Asp Ser Pro His Pro Arg Gly Glu Leu Ala Ile Lys Thr Gln Thr Ile
465 470 475 480
Leu Pro Gly Tyr Tyr Lys Arg Pro Glu Thr Thr Ala Glu Val Phe Asp
485 490 495
Glu Asp Gly Phe Tyr Leu Thr Gly Asp Val Val Ala Gln Ile Gly Pro
500 505 510
Glu Gln Phe Ala Tyr Val Asp Arg Arg Lys Asn Val Leu Lys Leu Ser
515 520 525
Gln Gly Glu Phe Val Thr Leu Ala Lys Leu Glu Ala Ala Tyr Ser Ser
530 535 540
Ser Pro Leu Val Arg Gln Leu Phe Val Tyr Gly Ser Ser Glu Arg Ser
545 550 555 560
Tyr Leu Leu Ala Val Ile Val Pro Thr Pro Asp Ala Leu Lys Lys Phe
565 570 575
Gly Val Gly Glu Ala Ala Lys Ala Ala Leu Gly Glu Ser Leu Gln Lys
580 585 590
Ile Ala Arg Asp Glu Gly Leu Gln Ser Tyr Glu Val Pro Arg Asp Phe
595 600 605
Ile Ile Glu Thr Asp Pro Phe Thr Val Glu Asn Gly Leu Leu Ser Asp
610 615 620
Ala Arg Lys Ser Leu Arg Pro Lys Leu Lys Glu His Tyr Gly Glu Arg
625 630 635 640
Leu Glu Ala Met Tyr Lys Glu Leu Ala Asp Gly Gln Ala Asn Glu Leu
645 650 655
Arg Asp Ile Arg Arg Gly Val Gln Gln Arg Pro Thr Leu Glu Thr Val
660 665 670
Arg Arg Ala Ala Ala Ala Met Leu Gly Ala Ser Ala Ala Glu Ile Lys
675 680 685
Pro Asp Ala His Phe Thr Asp Leu Gly Gly Asp Ser Leu Ser Ala Leu
690 695 700
Thr Phe Ser Asn Phe Leu His Asp Leu Phe Glu Val Asp Val Pro Val
705 710 715 720
Gly Val Ile Val Ser Ala Ala Asn Thr Leu Gly Ser Val Ala Glu His
725 730 735
Ile Asp Ala Gln Leu Ala Gly Gly Arg Ala Arg Pro Thr Phe Ala Thr
740 745 750
Val His Gly Lys Gly Ser Thr Thr Ile Lys Ala Ser Asp Leu Thr Leu
755 760 765
Asp Lys Phe Ile Asp Glu Gln Thr Leu Glu Ala Ala Lys His Leu Pro
770 775 780
Lys Pro Ala Asp Pro Pro Arg Thr Val Leu Leu Thr Gly Ala Asn Gly
785 790 795 800
Trp Leu Gly Arg Phe Leu Ala Leu Glu Trp Leu Glu Arg Leu Ala Pro
805 810 815
Ala Gly Gly Lys Leu Ile Thr Ile Val Arg Gly Lys Asp Ala Ala Gln
820 825 830
Ala Lys Ala Arg Leu Asp Ala Ala Tyr Glu Ser Gly Asp Pro Lys Leu
835 840 845
Ala Gly His Tyr Gln Asp Leu Ala Ala Thr Thr Leu Glu Val Leu Ala
850 855 860
Gly Asp Phe Ser Glu Pro Arg Leu Gly Leu Asp Glu Ala Thr Trp Asn
865 870 875 880
Arg Leu Ala Asp Glu Val Asp Phe Ile Ser His Pro Gly Ala Leu Val
885 890 895
Asn His Val Leu Pro Tyr Asn Gln Leu Phe Gly Pro Asn Val Ala Gly
900 905 910
Val Ala Glu Ile Ile Lys Leu Ala Ile Thr Thr Arg Ile Lys Pro Val
915 920 925
Thr Tyr Leu Ser Thr Val Ala Val Ala Ala Gly Val Glu Pro Ser Ala
930 935 940
Leu Asp Glu Asp Gly Asp Ile Arg Thr Val Ser Ala Glu Arg Ser Val
945 950 955 960
Asp Glu Gly Tyr Ala Asn Gly Tyr Gly Asn Ser Lys Trp Gly Gly Glu
965 970 975
Val Leu Leu Arg Glu Ala His Asp Arg Thr Gly Leu Pro Val Arg Val
980 985 990
Phe Arg Ser Asp Met Ile Leu Ala His Gln Lys Tyr Thr Gly Gln Val
995 1000 1005
Asn Ala Thr Asp Gln Phe Thr Arg Leu Val Gln Ser Leu Leu Ala Thr
1010 1015 1020
Gly Leu Ala Pro Lys Ser Phe Tyr Glu Leu Asp Ala Gln Gly Asn Arg
1025 1030 1035 1040
Gln Arg Ala His Tyr Asp Gly Ile Pro Val Asp Phe Thr Ala Glu Ser
1045 1050 1055
Ile Thr Thr Leu Gly Gly Asp Gly Leu Glu Gly Tyr Arg Ser Tyr Asn
1060 1065 1070
Val Phe Asn Pro His Arg Asp Gly Val Gly Leu Asp Glu Phe Val Asp
1075 1080 1085
Trp Leu Ile Glu Ala Gly His Pro Ile Thr Arg Ile Asp Asp Tyr Asp
1090 1095 1100
Gln Trp Leu Ser Arg Phe Glu Thr Ser Leu Arg Gly Leu Pro Glu Ser
1105 1110 1115 1120
Lys Arg Gln Ala Ser Val Leu Pro Leu Leu His Ala Phe Ala Arg Pro
1125 1130 1135
Gly Pro Ala Val Asp Gly Ser Pro Phe Arg Asn Thr Val Phe Arg Thr
1140 1145 1150
Asp Val Gln Lys Ala Lys Ile Gly Ala Glu His Asp Ile Pro His Leu
1155 1160 1165
Gly Lys Ala Leu Val Leu Lys Tyr Ala Asp Asp Ile Lys Gln Leu Gly
1170 1175 1180
Leu Leu
1185
<210> 13
<211> 459
<212> PRT
<213>紫色色杆菌
<400> 13
Met Gln Lys Gln Arg Thr Thr Ser Gln Trp Arg Glu Leu Asp Ala Ala
1 5 10 15
His His Leu His Pro Phe Thr Asp Thr Ala Ser Leu Asn Gln Ala Gly
20 25 30
Ala Arg Val Met Thr Arg Gly Glu Gly Val Tyr Leu Trp Asp Ser Glu
35 40 45
Gly Asn Lys Ile Ile Asp Gly Met Ala Gly Leu Trp Cys Val Asn Val
50 55 60
Gly Tyr Gly Arg Lys Asp Phe Ala Glu Ala Ala Arg Arg Gln Met Glu
65 70 75 80
Glu Leu Pro Phe Tyr Asn Thr Phe Phe Lys Thr Thr His Pro Ala Val
85 90 95
Val Glu Leu Ser Ser Leu Leu Ala Glu Val Thr Pro Ala Gly Phe Asp
100 105 110
Arg Val Phe Tyr Thr Asn Ser Gly Ser Glu Ser Val Asp Thr Met Ile
115 120 125
Arg Met Val Arg Arg Tyr Trp Asp Val Gln Gly Lys Pro Glu Lys Lys
130 135 140
Thr Leu Ile Gly Arg Trp Asn Gly Tyr His Gly Ser Thr Ile Gly Gly
145 150 155 160
Ala Ser Leu Gly Gly Met Lys Tyr Met His Glu Gln Gly Asp Leu Pro
165 170 175
Ile Pro Gly Met Ala His Ile Glu Gln Pro Trp Trp Tyr Lys His Gly
180 185 190
Lys Asp Met Thr Pro Asp Glu Phe Gly Val Val Ala Ala Arg Trp Leu
195 200 205
Glu Glu Lys Ile Leu Glu Ile Gly Ala Asp Lys Val Ala Ala Phe Val
210 215 220
Gly Glu Pro Ile Gln Gly Ala Gly Gly Val Ile Val Pro Pro Ala Thr
225 230 235 240
Tyr Trp Pro Glu Ile Glu Arg Ile Cys Arg Lys Tyr Asp Val Leu Leu
245 250 255
Val Ala Asp Glu Val Ile Cys Gly Phe Gly Arg Thr Gly Glu Trp Phe
260 265 270
Gly His Gln His Phe Gly Phe Gln Pro Asp Leu Phe Thr Ala Ala Lys
275 280 285
Gly Leu Ser Ser Gly Tyr Leu Pro Ile Gly Ala Val Phe Val Gly Lys
290 295 300
Arg Val Ala Glu Gly Leu Ile Ala Gly Gly Asp Phe Asn His Gly Phe
305 310 315 320
Thr Tyr Ser Gly His Pro Val Cys Ala Ala Val Ala His Ala Asn Val
325 330 335
Ala Ala Leu Arg Asp Glu Gly Ile Val Gln Arg Val Lys Asp Asp Ile
340 345 350
Gly Pro Tyr Met Gln Lys Arg Trp Arg Glu Thr Phe Ser Arg Phe Glu
355 360 365
His Val Asp Asp Val Arg Gly Val Gly Met Val Gln Ala Phe Thr Leu
370 375 380
Val Lys Asn Lys Ala Lys Arg Glu Leu Phe Pro Asp Phe Gly Glu Ile
385 390 395 400
Gly Thr Leu Cys Arg Asp Ile Phe Phe Arg Asn Asn Leu Ile Met Arg
405 410 415
Ala Cys Gly Asp His Ile Val Ser Ala Pro Pro Leu Val Met Thr Arg
420 425 430
Ala Glu Val Asp Glu Met Leu Ala Val Ala Glu Arg Cys Leu Glu Glu
435 440 445
Phe Glu Gln Thr Leu Lys Ala Arg Gly Leu Ala
450 455
<210> 14
<211> 468
<212> PRT
<213>铜绿假单胞菌
<400> 14
Met Asn Ala Arg Leu His Ala Thr Ser Pro Leu Gly Asp Ala Asp Leu
1 5 10 15
Val Arg Ala Asp Gln Ala His Tyr Met His Gly Tyr His Val Phe Asp
20 25 30
Asp His Arg Val Asn Gly Ser Leu Asn Ile Ala Ala Gly Asp Gly Ala
35 40 45
Tyr Ile Tyr Asp Thr Ala Gly Asn Arg Tyr Leu Asp Ala Val Gly Gly
50 55 60
Met Trp Cys Thr Asn Ile Gly Leu Gly Arg Glu Glu Met Ala Arg Thr
65 70 75 80
Val Ala Glu Gln Thr Arg Leu Leu Ala Tyr Ser Asn Pro Phe Cys Asp
85 90 95
Met Ala Asn Pro Arg Ala Ile Glu Leu Cys Arg Lys Leu Ala Glu Leu
100 105 110
Ala Pro Gly Asp Leu Asp His Val Phe Leu Thr Thr Gly Gly Ser Thr
115 120 125
Ala Val Asp Thr Ala Ile Arg Leu Met His Tyr Tyr Gln Asn Cys Arg
130 135 140
Gly Lys Arg Ala Lys Lys His Val Ile Thr Arg Ile Asn Ala Tyr His
145 150 155 160
Gly Ser Thr Phe Leu Gly Met Ser Leu Gly Gly Lys Ser Ala Asp Arg
165 170 175
Pro Ala Glu Phe Asp Phe Leu Asp Glu Arg Ile His His Leu Ala Cys
180 185 190
Pro Tyr Tyr Tyr Arg Ala Pro Glu Gly Leu Gly Glu Ala Glu Phe Leu
195 200 205
Asp Gly Leu Val Asp Glu Phe Glu Arg Lys Ile Leu Glu Leu Gly Ala
210 215 220
Asp Arg Val Gly Ala Phe Ile Ser Glu Pro Val Phe Gly Ser Gly Gly
225 230 235 240
Val Ile Val Pro Pro Ala Gly Tyr His Arg Arg Met Trp Glu Leu Cys
245 250 255
Gln Arg Tyr Asp Val Leu Tyr Ile Ser Asp Glu Val Val Thr Ser Phe
260 265 270
Gly Arg Leu Gly His Phe Phe Ala Ser Gln Ala Val Phe Gly Val Gln
275 280 285
Pro Asp Ile Ile Leu Thr Ala Lys Gly Leu Thr Ser Gly Tyr Gln Pro
290 295 300
Leu Gly Ala Cys Ile Phe Ser Arg Arg Ile Trp Glu Val Ile Ala Glu
305 310 315 320
Pro Asp Lys Gly Arg Cys Phe Ser His Gly Phe Thr Tyr Ser Gly His
325 330 335
Pro Val Ala Cys Ala Ala Ala Leu Lys Asn Ile Glu Ile Ile Glu Arg
340 345 350
Glu Gly Leu Leu Ala His Ala Asp Glu Val Gly Arg Tyr Phe Glu Glu
355 360 365
Arg Leu Gln Ser Leu Arg Asp Leu Pro Ile Val Gly Asp Val Arg Gly
370 375 380
Met Arg Phe Met Ala Cys Val Glu Phe Val Ala Asp Lys Ala Ser Lys
385 390 395 400
Ala Leu Phe Pro Glu Ser Leu Asn Ile Gly Glu Trp Val His Leu Arg
405 410 415
Ala Gln Lys Arg Gly Leu Leu Val Arg Pro Ile Val His Leu Asn Val
420 425 430
Met Ser Pro Pro Leu Ile Leu Thr Arg Glu Gln Val Asp Thr Val Val
435 440 445
Arg Val Leu Arg Glu Ser Ile Glu Glu Thr Val Glu Asp Leu Val Arg
450 455 460
Ala Gly His Arg
465
<210> 15
<211> 454
<212> PRT
<213> 丁香假单胞菌
<400> 15
Met Ser Ala Asn Asn Pro Gln Thr Leu Glu Trp Gln Ala Leu Ser Ser
1 5 10 15
Glu His His Leu Ala Pro Phe Ser Asp Tyr Lys Gln Leu Lys Glu Lys
20 25 30
Gly Pro Arg Ile Ile Thr Arg Ala Glu Gly Val Tyr Leu Trp Asp Ser
35 40 45
Glu Gly Asn Lys Ile Leu Asp Gly Met Ser Gly Leu Trp Cys Val Ala
50 55 60
Ile Gly Tyr Gly Arg Glu Glu Leu Ala Asp Ala Ala Ser Lys Gln Met
65 70 75 80
Arg Glu Leu Pro Tyr Tyr Asn Leu Phe Phe Gln Thr Ala His Pro Pro
85 90 95
Val Leu Glu Leu Ala Lys Ala Ile Ser Asp Ile Ala Pro Glu Gly Met
100 105 110
Asn His Val Phe Phe Thr Gly Ser Gly Ser Glu Gly Asn Asp Thr Met
115 120 125
Leu Arg Met Val Arg His Tyr Trp Ala Leu Lys Gly Gln Pro Asn Lys
130 135 140
Lys Thr Ile Ile Ser Arg Val Asn Gly Tyr His Gly Ser Thr Val Ala
145 150 155 160
Gly Ala Ser Leu Gly Gly Met Thr Tyr Met His Glu Gln Gly Asp Leu
165 170 175
Pro Ile Pro Gly Val Val His Ile Pro Gln Pro Tyr Trp Phe Gly Glu
180 185 190
Gly Gly Asp Met Thr Pro Asp Glu Phe Gly Ile Trp Ala Ala Glu Gln
195 200 205
Leu Glu Lys Lys Ile Leu Glu Leu Gly Val Glu Asn Val Gly Ala Phe
210 215 220
Ile Ala Glu Pro Ile Gln Gly Ala Gly Gly Val Ile Val Pro Pro Asp
225 230 235 240
Ser Tyr Trp Pro Lys Ile Lys Glu Ile Leu Ser Arg Tyr Asp Ile Leu
245 250 255
Phe Ala Ala Asp Glu Val Ile Cys Gly Phe Gly Arg Thr Ser Glu Trp
260 265 270
Phe Gly Ser Asp Phe Tyr Gly Leu Arg Pro Asp Met Met Thr Ile Ala
275 280 285
Lys Gly Leu Thr Ser Gly Tyr Val Pro Met Gly Gly Leu Ile Val Arg
290 295 300
Asp Glu Ile Val Ala Val Leu Asn Glu Gly Gly Asp Phe Asn His Gly
305 310 315 320
Phe Thr Tyr Ser Gly His Pro Val Ala Ala Ala Val Ala Leu Glu Asn
325 330 335
Ile Arg Ile Leu Arg Glu Glu Lys Ile Val Glu Arg Val Arg Ser Glu
340 345 350
Thr Ala Pro Tyr Leu Gln Lys Arg Leu Arg Glu Leu Ser Asp His Pro
355 360 365
Leu Val Gly Glu Val Arg Gly Val Gly Leu Leu Gly Ala Ile Glu Leu
370 375 380
Val Lys Asp Lys Thr Thr Arg Glu Arg Tyr Thr Asp Lys Gly Ala Gly
385 390 395 400
Met Ile Cys Arg Thr Phe Cys Phe Asp Asn Gly Leu Ile Met Arg Ala
405 410 415
Val Gly Asp Thr Met Ile Ile Ala Pro Pro Leu Val Ile Ser Phe Ala
420 425 430
Gln Ile Asp Glu Leu Val Glu Lys Ala Arg Thr Cys Leu Asp Leu Thr
435 440 445
Leu Ala Val Leu Gln Gly
450
<210> 16
<211> 467
<212> PRT
<213>球形红杆菌
<400> 16
Met Thr Arg Asn Asp Ala Thr Asn Ala Ala Gly Ala Val Gly Ala Ala
1 5 10 15
Met Arg Asp His Ile Leu Leu Pro Ala Gln Glu Met Ala Lys Leu Gly
20 25 30
Lys Ser Ala Gln Pro Val Leu Thr His Ala Glu Gly Ile Tyr Val His
35 40 45
Thr Glu Asp Gly Arg Arg Leu Ile Asp Gly Pro Ala Gly Met Trp Cys
50 55 60
Ala Gln Val Gly Tyr Gly Arg Arg Glu Ile Val Asp Ala Met Ala His
65 70 75 80
Gln Ala Met Val Leu Pro Tyr Ala Ser Pro Trp Tyr Met Ala Thr Ser
85 90 95
Pro Ala Ala Arg Leu Ala Glu Lys Ile Ala Thr Leu Thr Pro Gly Asp
100 105 110
Leu Asn Arg Ile Phe Phe Thr Thr Gly Gly Ser Thr Ala Val Asp Ser
115 120 125
Ala Leu Arg Phe Ser Glu Phe Tyr Asn Asn Val Leu Gly Arg Pro Gln
130 135 140
Lys Lys Arg Ile Ile Val Arg Tyr Asp Gly Tyr His Gly Ser Thr Ala
145 150 155 160
Leu Thr Ala Ala Cys Thr Gly Arg Thr Gly Asn Trp Pro Asn Phe Asp
165 170 175
Ile Ala Gln Asp Arg Ile Ser Phe Leu Ser Ser Pro Asn Pro Arg His
180 185 190
Ala Gly Asn Arg Ser Gln Glu Ala Phe Leu Asp Asp Leu Val Gln Glu
195 200 205
Phe Glu Asp Arg Ile Glu Ser Leu Gly Pro Asp Thr Ile Ala Ala Phe
210 215 220
Leu Ala Glu Pro Ile Leu Ala Ser Gly Gly Val Ile Ile Pro Pro Ala
225 230 235 240
Gly Tyr His Ala Arg Phe Lys Ala Ile Cys Glu Lys His Asp Ile Leu
245 250 255
Tyr Ile Ser Asp Glu Val Val Thr Gly Phe Gly Arg Cys Gly Glu Trp
260 265 270
Phe Ala Ser Glu Lys Val Phe Gly Val Val Pro Asp Ile Ile Thr Phe
275 280 285
Ala Lys Gly Val Thr Ser Gly Tyr Val Pro Leu Gly Gly Leu Ala Ile
290 295 300
Ser Glu Ala Val Leu Ala Arg Ile Ser Gly Glu Asn Ala Lys Gly Ser
305 310 315 320
Trp Phe Thr Asn Gly Tyr Thr Tyr Ser Asn Gln Pro Val Ala Cys Ala
325 330 335
Ala Ala Leu Ala Asn Ile Glu Leu Met Glu Arg Glu Gly Ile Val Asp
340 345 350
Gln Ala Arg Glu Met Ala Asp Tyr Phe Ala Ala Ala Leu Ala Ser Leu
355 360 365
Arg Asp Leu Pro Gly Val Ala Glu Thr Arg Ser Val Gly Leu Val Gly
370 375 380
Cys Val Gln Cys Leu Leu Asp Pro Thr Arg Ala Asp Gly Thr Ala Glu
385 390 395 400
Asp Lys Ala Phe Thr Leu Lys Ile Asp Glu Arg Cys Phe Glu Leu Gly
405 410 415
Leu Ile Val Arg Pro Leu Gly Asp Leu Cys Val Ile Ser Pro Pro Leu
420 425 430
Ile Ile Ser Arg Ala Gln Ile Asp Glu Met Val Ala Ile Met Arg Gln
435 440 445
Ala Ile Thr Glu Val Ser Ala Ala His Gly Leu Thr Ala Lys Glu Pro
450 455 460
Ala Ala Val
465
<210> 17
<211> 459
<212> PRT
<213> 大肠杆菌
<400> 17
Met Asn Arg Leu Pro Ser Ser Ala Ser Ala Leu Ala Cys Ser Ala His
1 5 10 15
Ala Leu Asn Leu Ile Glu Lys Arg Thr Leu Asp His Glu Glu Met Lys
20 25 30
Ala Leu Asn Arg Glu Val Ile Glu Tyr Phe Lys Glu His Val Asn Pro
35 40 45
Gly Phe Leu Glu Tyr Arg Lys Ser Val Thr Ala Gly Gly Asp Tyr Gly
50 55 60
Ala Val Glu Trp Gln Ala Gly Ser Leu Asn Thr Leu Val Asp Thr Gln
65 70 75 80
Gly Gln Glu Phe Ile Asp Cys Leu Gly Gly Phe Gly Ile Phe Asn Val
85 90 95
Gly His Arg Asn Pro Val Val Val Ser Ala Val Gln Asn Gln Leu Ala
100 105 110
Lys Gln Pro Leu His Ser Gln Glu Leu Leu Asp Pro Leu Arg Ala Met
115 120 125
Leu Ala Lys Thr Leu Ala Ala Leu Thr Pro Gly Lys Leu Lys Tyr Ser
130 135 140
Phe Phe Cys Asn Ser Gly Thr Glu Ser Val Glu Ala Ala Leu Lys Leu
145 150 155 160
Ala Lys Ala Tyr Gln Ser Pro Arg Gly Lys Phe Thr Phe Ile Ala Thr
165 170 175
Ser Gly Ala Phe His Gly Lys Ser Leu Gly Ala Leu Ser Ala Thr Ala
180 185 190
Lys Ser Thr Phe Arg Lys Pro Phe Met Pro Leu Leu Pro Gly Phe Arg
195 200 205
His Val Pro Phe Gly Asn Ile Glu Ala Met Arg Thr Ala Leu Asn Glu
210 215 220
Cys Lys Lys Thr Gly Asp Asp Val Ala Ala Val Ile Leu Glu Pro Ile
225 230 235 240
Gln Gly Glu Gly Gly Val Ile Leu Pro Pro Pro Gly Tyr Leu Thr Ala
245 250 255
Val Arg Lys Leu Cys Asp Glu Phe Gly Ala Leu Met Ile Leu Asp Glu
260 265 270
Val Gln Thr Gly Met Gly Arg Thr Gly Lys Met Phe Ala Cys Glu His
275 280 285
Glu Asn Val Gln Pro Asp Ile Leu Cys Leu Ala Lys Ala Leu Gly Gly
290 295 300
Gly Val Met Pro Ile Gly Ala Thr Ile Ala Thr Glu Glu Val Phe Ser
305 310 315 320
Val Leu Phe Asp Asn Pro Phe Leu His Thr Thr Thr Phe Gly Gly Asn
325 330 335
Pro Leu Ala Cys Ala Ala Ala Leu Ala Thr Ile Asn Val Leu Leu Glu
340 345 350
Gln Asn Leu Pro Ala Gln Ala Glu Gln Lys Gly Asp Met Leu Leu Asp
355 360 365
Gly Phe Arg Gln Leu Ala Arg Glu Tyr Pro Asp Leu Val Gln Glu Ala
370 375 380
Arg Gly Lys Gly Met Leu Met Ala Ile Glu Phe Val Asp Asn Glu Ile
385 390 395 400
Gly Tyr Asn Phe Ala Ser Glu Met Phe Arg Gln Arg Val Leu Val Ala
405 410 415
Gly Thr Leu Asn Asn Ala Lys Thr Ile Arg Ile Glu Pro Pro Leu Thr
420 425 430
Leu Thr Ile Glu Gln Cys Glu Leu Val Ile Lys Ala Ala Arg Lys Ala
435 440 445
Leu Ala Ala Met Arg Val Ser Val Glu Glu Ala
450 455
<210> 18
<211> 453
<212> PRT
<213>河流弧菌
<400> 18
Met Asn Lys Pro Gln Ser Trp Glu Ala Arg Ala Glu Thr Tyr Ser Leu
1 5 10 15
Tyr Gly Phe Thr Asp Met Pro Ser Leu His Gln Arg Gly Thr Val Val
20 25 30
Val Thr His Gly Glu Gly Pro Tyr Ile Val Asp Val Asn Gly Arg Arg
35 40 45
Tyr Leu Asp Ala Asn Ser Gly Leu Trp Asn Met Val Ala Gly Phe Asp
50 55 60
His Lys Gly Leu Ile Asp Ala Ala Lys Ala Gln Tyr Glu Arg Phe Pro
65 70 75 80
Gly Tyr His Ala Phe Phe Gly Arg Met Ser Asp Gln Thr Val Met Leu
85 90 95
Ser Glu Lys Leu Val Glu Val Ser Pro Phe Asp Ser Gly Arg Val Phe
100 105 110
Tyr Thr Asn Ser Gly Ser Glu Ala Asn Asp Thr Met Val Lys Met Leu
115 120 125
Trp Phe Leu His Ala Ala Glu Gly Lys Pro Gln Lys Arg Lys Ile Leu
130 135 140
Thr Arg Trp Asn Ala Tyr His Gly Val Thr Ala Val Ser Ala Ser Met
145 150 155 160
Thr Gly Lys Pro Tyr Asn Ser Val Phe Gly Leu Pro Leu Pro Gly Phe
165 170 175
Val His Leu Thr Cys Pro His Tyr Trp Arg Tyr Gly Glu Glu Gly Glu
180 185 190
Thr Glu Glu Gln Phe Val Ala Arg Leu Ala Arg Glu Leu Glu Glu Thr
195 200 205
Ile Gln Arg Glu Gly Ala Asp Thr Ile Ala Gly Phe Phe Ala Glu Pro
210 215 220
Val Met Gly Ala Gly Gly Val Ile Pro Pro Ala Lys Gly Tyr Phe Gln
225 230 235 240
Ala Ile Leu Pro Ile Leu Arg Lys Tyr Asp Ile Pro Val Ile Ser Asp
245 250 255
Glu Val Ile Cys Gly Phe Gly Arg Thr Gly Asn Thr Trp Gly Cys Val
260 265 270
Thr Tyr Asp Phe Thr Pro Asp Ala Ile Ile Ser Ser Lys Asn Leu Thr
275 280 285
Ala Gly Phe Phe Pro Met Gly Ala Val Ile Leu Gly Pro Glu Leu Ser
290 295 300
Lys Arg Leu Glu Thr Ala Ile Glu Ala Ile Glu Glu Phe Pro His Gly
305 310 315 320
Phe Thr Ala Ser Gly His Pro Val Gly Cys Ala Ile Ala Leu Lys Ala
325 330 335
Ile Asp Val Val Met Asn Glu Gly Leu Ala Glu Asn Val Arg Arg Leu
340 345 350
Ala Pro Arg Phe Glu Glu Arg Leu Lys His Ile Ala Glu Arg Pro Asn
355 360 365
Ile Gly Glu Tyr Arg Gly Ile Gly Phe Met Trp Ala Leu Glu Ala Val
370 375 380
Lys Asp Lys Ala Ser Lys Thr Pro Phe Asp Gly Asn Leu Ser Val Ser
385 390 395 400
Glu Arg Ile Ala Asn Thr Cys Thr Asp Leu Gly Leu Ile Cys Arg Pro
405 410 415
Leu Gly Gln Ser Val Val Leu Cys Pro Pro Phe Ile Leu Thr Glu Ala
420 425 430
Gln Met Asp Glu Met Phe Asp Lys Leu Glu Lys Ala Leu Asp Lys Val
435 440 445
Phe Ala Glu Val Ala
450
<210> 19
<211> 224
<212> PRT
<213> 枯草芽孢杆菌
<400> 19
Met Lys Ile Tyr Gly Ile Tyr Met Asp Arg Pro Leu Ser Gln Glu Glu
1 5 10 15
Asn Glu Arg Phe Met Ser Phe Ile Ser Pro Glu Lys Arg Glu Lys Cys
20 25 30
Arg Arg Phe Tyr His Lys Glu Asp Ala His Arg Thr Leu Leu Gly Asp
35 40 45
Val Leu Val Arg Ser Val Ile Ser Arg Gln Tyr Gln Leu Asp Lys Ser
50 55 60
Asp Ile Arg Phe Ser Thr Gln Glu Tyr Gly Lys Pro Cys Ile Pro Asp
65 70 75 80
Leu Pro Asp Ala His Phe Asn Ile Ser His Ser Gly Arg Trp Val Ile
85 90 95
Cys Ala Phe Asp Ser Gln Pro Ile Gly Ile Asp Ile Glu Lys Thr Lys
100 105 110
Pro Ile Ser Leu Glu Ile Ala Lys Arg Phe Phe Ser Lys Thr Glu Tyr
115 120 125
Ser Asp Leu Leu Ala Lys Asp Lys Asp Glu Gln Thr Asp Tyr Phe Tyr
130 135 140
His Leu Trp Ser Met Lys Glu Ser Phe Ile Lys Gln Glu Gly Lys Gly
145 150 155 160
Leu Ser Leu Pro Leu Asp Ser Phe Ser Val Arg Leu His Gln Asp Gly
165 170 175
Gln Val Ser Ile Glu Leu Pro Asp Ser His Ser Pro Cys Tyr Ile Lys
180 185 190
Thr Tyr Glu Val Asp Pro Gly Tyr Lys Met Ala Val Cys Ala Ala His
195 200 205
Pro Asp Phe Pro Glu Asp Ile Thr Met Val Ser Tyr Glu Glu Leu Leu
210 215 220
<210> 20
<211> 222
<212> PRT
<213> 诺卡氏菌属物种NRRL 5646
<400> 20
Met Ile Glu Thr Ile Leu Pro Ala Gly Val Glu Ser Ala Glu Leu Leu
1 5 10 15
Glu Tyr Pro Glu Asp Leu Lys Ala His Pro Ala Glu Glu His Leu Ile
20 25 30
Ala Lys Ser Val Glu Lys Arg Arg Arg Asp Phe Ile Gly Ala Arg His
35 40 45
Cys Ala Arg Leu Ala Leu Ala Glu Leu Gly Glu Pro Pro Val Ala Ile
50 55 60
Gly Lys Gly Glu Arg Gly Ala Pro Ile Trp Pro Arg Gly Val Val Gly
65 70 75 80
Ser Leu Thr His Cys Asp Gly Tyr Arg Ala Ala Ala Val Ala His Lys
85 90 95
Met Arg Phe Arg Ser Ile Gly Ile Asp Ala Glu Pro His Ala Thr Leu
100 105 110
Pro Glu Gly Val Leu Asp Ser Val Ser Leu Pro Pro Glu Arg Glu Trp
115 120 125
Leu Lys Thr Thr Asp Ser Ala Leu His Leu Asp Arg Leu Leu Phe Cys
130 135 140
Ala Lys Glu Ala Thr Tyr Lys Ala Trp Trp Pro Leu Thr Ala Arg Trp
145 150 155 160
Leu Gly Phe Glu Glu Ala His Ile Thr Phe Glu Ile Glu Asp Gly Ser
165 170 175
Ala Asp Ser Gly Asn Gly Thr Phe His Ser Glu Leu Leu Val Pro Gly
180 185 190
Gln Thr Asn Asp Gly Gly Thr Pro Leu Leu Ser Phe Asp Gly Arg Trp
195 200 205
Leu Ile Ala Asp Gly Phe Ile Leu Thr Ala Ile Ala Tyr Ala
210 215 220
<210> 21
<211> 286
<212> PRT
<213> 大肠杆菌
<400> 21
Met Ser Gln Ala Leu Lys Asn Leu Leu Thr Leu Leu Asn Leu Glu Lys
1 5 10 15
Ile Glu Glu Gly Leu Phe Arg Gly Gln Ser Glu Asp Leu Gly Leu Arg
20 25 30
Gln Val Phe Gly Gly Gln Val Val Gly Gln Ala Leu Tyr Ala Ala Lys
35 40 45
Glu Thr Val Pro Glu Glu Arg Leu Val His Ser Phe His Ser Tyr Phe
50 55 60
Leu Arg Pro Gly Asp Ser Lys Lys Pro Ile Ile Tyr Asp Val Glu Thr
65 70 75 80
Leu Arg Asp Gly Asn Ser Phe Ser Ala Arg Arg Val Ala Ala Ile Gln
85 90 95
Asn Gly Lys Pro Ile Phe Tyr Met Thr Ala Ser Phe Gln Ala Pro Glu
100 105 110
Ala Gly Phe Glu His Gln Lys Thr Met Pro Ser Ala Pro Ala Pro Asp
115 120 125
Gly Leu Pro Ser Glu Thr Gln Ile Ala Gln Ser Leu Ala His Leu Leu
130 135 140
Pro Pro Val Leu Lys Asp Lys Phe Ile Cys Asp Arg Pro Leu Glu Val
145 150 155 160
Arg Pro Val Glu Phe His Asn Pro Leu Lys Gly His Val Ala Glu Pro
165 170 175
His Arg Gln Val Trp Ile Arg Ala Asn Gly Ser Val Pro Asp Asp Leu
180 185 190
Arg Val His Gln Tyr Leu Leu Gly Tyr Ala Ser Asp Leu Asn Phe Leu
195 200 205
Pro Val Ala Leu Gln Pro His Gly Ile Gly Phe Leu Glu Pro Gly Ile
210 215 220
Gln Ile Ala Thr Ile Asp His Ser Met Trp Phe His Arg Pro Phe Asn
225 230 235 240
Leu Asn Glu Trp Leu Leu Tyr Ser Val Glu Ser Thr Ser Ala Ser Ser
245 250 255
Ala Arg Gly Phe Val Arg Gly Glu Phe Tyr Thr Gln Asp Gly Val Leu
260 265 270
Val Ala Ser Thr Val Gln Glu Gly Val Met Arg Asn His Asn
275 280 285
<210> 22
<211> 561
<212> PRT
<213> 大肠杆菌
<400> 22
Met Lys Lys Val Trp Leu Asn Arg Tyr Pro Ala Asp Val Pro Thr Glu
1 5 10 15
Ile Asn Pro Asp Arg Tyr Gln Ser Leu Val Asp Met Phe Glu Gln Ser
20 25 30
Val Ala Arg Tyr Ala Asp Gln Pro Ala Phe Val Asn Met Gly Glu Val
35 40 45
Met Thr Phe Arg Lys Leu Glu Glu Arg Ser Arg Ala Phe Ala Ala Tyr
50 55 60
Leu Gln Gln Gly Leu Gly Leu Lys Lys Gly Asp Arg Val Ala Leu Met
65 70 75 80
Met Pro Asn Leu Leu Gln Tyr Pro Val Ala Leu Phe Gly Ile Leu Arg
85 90 95
Ala Gly Met Ile Val Val Asn Val Asn Pro Leu Tyr Thr Pro Arg Glu
100 105 110
Leu Glu His Gln Leu Asn Asp Ser Gly Ala Ser Ala Ile Val Ile Val
115 120 125
Ser Asn Phe Ala His Thr Leu Glu Lys Val Val Asp Lys Thr Ala Val
130 135 140
Gln His Val Ile Leu Thr Arg Met Gly Asp Gln Leu Ser Thr Ala Lys
145 150 155 160
Gly Thr Val Val Asn Phe Val Val Lys Tyr Ile Lys Arg Leu Val Pro
165 170 175
Lys Tyr His Leu Pro Asp Ala Ile Ser Phe Arg Ser Ala Leu His Asn
180 185 190
Gly Tyr Arg Met Gln Tyr Val Lys Pro Glu Leu Val Pro Glu Asp Leu
195 200 205
Ala Phe Leu Gln Tyr Thr Gly Gly Thr Thr Gly Val Ala Lys Gly Ala
210 215 220
Met Leu Thr His Arg Asn Met Leu Ala Asn Leu Glu Gln Val Asn Ala
225 230 235 240
Thr Tyr Gly Pro Leu Leu His Pro Gly Lys Glu Leu Val Val Thr Ala
245 250 255
Leu Pro Leu Tyr His Ile Phe Ala Leu Thr Ile Asn Cys Leu Leu Phe
260 265 270
Ile Glu Leu Gly Gly Gln Asn Leu Leu Ile Thr Asn Pro Arg Asp Ile
275 280 285
Pro Gly Leu Val Lys Glu Leu Ala Lys Tyr Pro Phe Thr Ala Ile Thr
290 295 300
Gly Val Asn Thr Leu Phe Asn Ala Leu Leu Asn Asn Lys Glu Phe Gln
305 310 315 320
Gln Leu Asp Phe Ser Ser Leu His Leu Ser Ala Gly Gly Gly Met Pro
325 330 335
Val Gln Gln Val Val Ala Glu Arg Trp Val Lys Leu Thr Gly Gln Tyr
340 345 350
Leu Leu Glu Gly Tyr Gly Leu Thr Glu Cys Ala Pro Leu Val Ser Val
355 360 365
Asn Pro Tyr Asp Ile Asp Tyr His Ser Gly Ser Ile Gly Leu Pro Val
370 375 380
Pro Ser Thr Glu Ala Lys Leu Val Asp Asp Asp Asp Asn Glu Val Pro
385 390 395 400
Pro Gly Gln Pro Gly Glu Leu Cys Val Lys Gly Pro Gln Val Met Leu
405 410 415
Gly Tyr Trp Gln Arg Pro Asp Ala Thr Asp Glu Ile Ile Lys Asn Gly
420 425 430
Trp Leu His Thr Gly Asp Ile Ala Val Met Asp Glu Glu Gly Phe Leu
435 440 445
Arg Ile Val Asp Arg Lys Lys Asp Met Ile Leu Val Ser Gly Phe Asn
450 455 460
Val Tyr Pro Asn Glu Ile Glu Asp Val Val Met Gln His Pro Gly Val
465 470 475 480
Gln Glu Val Ala Ala Val Gly Val Pro Ser Gly Ser Ser Gly Glu Ala
485 490 495
Val Lys Ile Phe Val Val Lys Lys Asp Pro Ser Leu Thr Glu Glu Ser
500 505 510
Leu Val Thr Phe Cys Arg Arg Gln Leu Thr Gly Tyr Lys Val Pro Lys
515 520 525
Leu Val Glu Phe Arg Asp Glu Leu Pro Lys Ser Asn Val Gly Lys Ile
530 535 540
Leu Arg Arg Glu Leu Arg Asp Glu Ala Arg Gly Lys Val Asp Asn Lys
545 550 555 560
Ala
<210> 23
<211> 515
<212> PRT
<213> 钩虫贪铜菌
<400> 23
Met His Pro His Ile His Ala Gln Arg Thr Pro Glu Lys Pro Ala Val
1 5 10 15
Ile Met Gly Gly Ser Gly Ala Val Val Thr Tyr Arg Glu Leu Asp Glu
20 25 30
Arg Ser Asn Gln Val Ala His Leu Phe Arg Ser Gln Gly Leu Gln Pro
35 40 45
Gly Asp Arg Val Ala Phe Met Val Glu Asn His Pro Arg Leu Phe Glu
50 55 60
Leu Cys Trp Gly Ala Gln Arg Ser Gly Ile Val Tyr Val Cys Leu Ser
65 70 75 80
Thr Arg Leu Asn Val Ala Asp Ala Ala His Ile Ile Asn Asp Ser Gly
85 90 95
Ala Arg Leu Leu Val Thr Thr His Ala Gln Ala Glu Val Ala Ala Ala
100 105 110
Leu Ala Gly Gln Thr Pro Ala Leu Arg Gly Arg Leu Met Leu Asp Gly
115 120 125
Thr Met Pro Gly Tyr Asp Ala Tyr Glu Thr Ala Leu Ala Arg Cys Pro
130 135 140
Ala Thr Arg Ile Asp Asp Glu Val Thr Gly Gly Asp Met Leu Tyr Ser
145 150 155 160
Ser Gly Thr Thr Gly Arg Pro Lys Gly Val Tyr Ala Pro Pro Ser Ser
165 170 175
Pro Asn Ile Asp Asp Pro Thr Thr Leu Thr Ser Leu Cys Gln Arg Leu
180 185 190
Tyr Gly Phe Asp Ala Glu Thr Arg Tyr Leu Ser Pro Ala Pro Leu Tyr
195 200 205
His Ala Ala Pro Leu Arg Tyr Asn Met Thr Val Gln Ala Leu Gly Gly
210 215 220
Thr Ala Val Val Met Glu His Phe Asp Ala Glu His Tyr Leu Gln Leu
225 230 235 240
Val Gln Gln His Arg Ile Thr His Thr Gln Leu Val Pro Thr Met Phe
245 250 255
Ser Arg Met Leu Lys Leu Pro Glu Ala Gln Arg Gln Ala Tyr Asp Val
260 265 270
Ser Ser Leu Arg Val Ala Ile His Ala Ala Ala Pro Cys Pro Val Gln
275 280 285
Val Lys Glu Ala Met Ile Ala Trp Trp Gly Pro Val Ile Trp Glu Tyr
290 295 300
Tyr Ala Gly Thr Glu Gly Asn Gly Val Thr Val Val Ser Thr Pro Glu
305 310 315 320
Trp Leu Glu Arg Lys Gly Thr Val Gly Arg Ala Met Val Gly Lys Leu
325 330 335
Arg Ile Cys Gly Pro Asp Gly Ala Leu Leu Pro Pro Gly Glu Ser Gly
340 345 350
Thr Ile Tyr Phe Ala Glu Gly Arg Asp Phe Ser Tyr His Asn Asp Glu
355 360 365
Ala Lys Thr Ala Glu Ser Arg His Pro Gln Gln Pro Asp Trp Ser Thr
370 375 380
Ile Gly Asp Val Gly Tyr Val Asp Ala Asp Gly Tyr Leu Tyr Leu Thr
385 390 395 400
Asp Arg Lys Ala Asn Met Ile Ile Ser Gly Gly Val Asn Ile Tyr Pro
405 410 415
Gln Glu Ala Glu Asn Leu Leu Met Thr His Pro Lys Val Met Asp Val
420 425 430
Ala Val Ile Gly Val Pro Asn Glu Asp Phe Gly Glu Glu Val Lys Ala
435 440 445
Val Val Gln Pro Val Asp Met Ser Gln Ala Gly Pro Glu Leu Ala Ala
450 455 460
Glu Leu Ile Ala Phe Cys Arg Ala Asn Leu Ser Ala Ile Lys Cys Pro
465 470 475 480
Arg Ser Val Asp Phe Ala Ser Glu Leu Pro Arg Leu Pro Thr Gly Lys
485 490 495
Leu Leu Lys Arg Leu Leu Arg Asp Arg Tyr Trp Gly Gly His Ala Asn
500 505 510
Lys Leu Val
515
<210> 24
<211> 320
<212> PRT
<213> 发酵氨基酸球菌
<400> 24
Met Ser Lys Val Met Thr Leu Lys Asp Ala Ile Ala Lys Tyr Val His
1 5 10 15
Ser Gly Asp His Ile Ala Leu Gly Gly Phe Thr Thr Asp Arg Lys Pro
20 25 30
Tyr Ala Ala Val Phe Glu Ile Leu Arg Gln Gly Ile Thr Asp Leu Thr
35 40 45
Gly Leu Gly Gly Ala Ala Gly Gly Asp Trp Asp Met Leu Ile Gly Asn
50 55 60
Gly Arg Val Lys Ala Tyr Ile Asn Cys Tyr Thr Ala Asn Ser Gly Val
65 70 75 80
Thr Asn Val Ser Arg Arg Phe Arg Lys Trp Phe Glu Ala Gly Lys Leu
85 90 95
Thr Met Glu Asp Tyr Ser Gln Asp Val Ile Tyr Met Met Trp His Ala
100 105 110
Ala Ala Leu Gly Leu Pro Phe Leu Pro Val Thr Leu Met Gln Gly Ser
115 120 125
Gly Leu Thr Asp Glu Trp Gly Ile Ser Lys Glu Val Arg Lys Thr Leu
130 135 140
Asp Lys Val Pro Asp Asp Lys Phe Lys Tyr Ile Asp Asn Pro Phe Lys
145 150 155 160
Pro Gly Glu Lys Val Val Ala Val Pro Val Pro Gln Val Asp Val Ala
165 170 175
Ile Ile His Ala Gln Gln Ala Ser Pro Asp Gly Thr Val Arg Ile Trp
180 185 190
Gly Gly Lys Phe Gln Asp Val Asp Ile Ala Glu Ala Ala Lys Tyr Thr
195 200 205
Ile Val Thr Cys Glu Glu Ile Ile Ser Asp Glu Glu Ile Arg Arg Asp
210 215 220
Pro Thr Lys Asn Asp Ile Pro Gly Met Cys Val Asp Ala Val Val Leu
225 230 235 240
Ala Pro Tyr Gly Ala His Pro Ser Gln Cys Tyr Gly Leu Tyr Asp Tyr
245 250 255
Asp Asn Pro Phe Leu Lys Val Tyr Asp Lys Val Ser Lys Thr Gln Glu
260 265 270
Asp Phe Asp Ala Phe Cys Lys Glu Trp Val Phe Asp Leu Lys Asp His
275 280 285
Asp Glu Tyr Leu Asn Lys Leu Gly Ala Thr Arg Leu Ile Asn Leu Lys
290 295 300
Val Val Pro Gly Leu Gly Tyr His Ile Asp Met Thr Lys Glu Asp Lys
305 310 315 320
<210> 25
<211> 266
<212> PRT
<213> 发酵氨基酸球菌
<400> 25
Met Ala Asp Tyr Thr Asn Tyr Thr Asn Lys Glu Met Gln Ala Val Thr
1 5 10 15
Ile Ala Lys Gln Ile Lys Asn Gly Gln Val Val Thr Val Gly Thr Gly
20 25 30
Leu Pro Leu Ile Gly Ala Ser Val Ala Lys Arg Val Tyr Ala Pro Asp
35 40 45
Cys His Ile Ile Val Glu Ser Gly Leu Met Asp Cys Ser Pro Val Glu
50 55 60
Val Pro Arg Ser Val Gly Asp Leu Arg Phe Met Ala His Cys Gly Cys
65 70 75 80
Ile Trp Pro Asn Val Arg Phe Val Gly Phe Glu Ile Asn Glu Tyr Leu
85 90 95
His Lys Ala Asn Arg Leu Ile Ala Phe Ile Gly Gly Ala Gln Ile Asp
100 105 110
Pro Tyr Gly Asn Val Asn Ser Thr Ser Ile Gly Asp Tyr His His Pro
115 120 125
Lys Thr Arg Phe Thr Gly Ser Gly Gly Ala Asn Gly Ile Ala Thr Tyr
130 135 140
Ser Asn Thr Ile Ile Met Met Gln His Glu Lys Arg Arg Phe Met Asn
145 150 155 160
Lys Ile Asp Tyr Val Thr Ser Pro Gly Trp Ile Asp Gly Pro Gly Gly
165 170 175
Arg Glu Arg Leu Gly Leu Pro Gly Asp Val Gly Pro Gln Leu Val Val
180 185 190
Thr Asp Lys Gly Ile Leu Lys Phe Asp Glu Lys Thr Lys Arg Met Tyr
195 200 205
Leu Ala Ala Tyr Tyr Pro Thr Ser Ser Pro Glu Asp Val Leu Glu Asn
210 215 220
Thr Gly Phe Asp Leu Asp Val Ser Lys Ala Val Glu Leu Glu Ala Pro
225 230 235 240
Asp Pro Ala Val Ile Lys Leu Ile Arg Glu Glu Ile Asp Pro Gly Gln
245 250 255
Ala Phe Ile Gln Val Pro Thr Glu Ala Lys
260 265
<210> 26
<211> 397
<212> PRT
<213> 齿垢密螺旋体
<400> 26
Met Ile Val Lys Pro Met Val Arg Asn Asn Ile Cys Leu Asn Ala His
1 5 10 15
Pro Gln Gly Cys Lys Lys Gly Val Glu Asp Gln Ile Glu Tyr Thr Lys
20 25 30
Lys Arg Ile Thr Ala Glu Val Lys Ala Gly Ala Lys Ala Pro Lys Asn
35 40 45
Val Leu Val Leu Gly Cys Ser Asn Gly Tyr Gly Leu Ala Ser Arg Ile
50 55 60
Thr Ala Ala Phe Gly Tyr Gly Ala Ala Thr Ile Gly Val Ser Phe Glu
65 70 75 80
Lys Ala Gly Ser Glu Thr Lys Tyr Gly Thr Pro Gly Trp Tyr Asn Asn
85 90 95
Leu Ala Phe Asp Glu Ala Ala Lys Arg Glu Gly Leu Tyr Ser Val Thr
100 105 110
Ile Asp Gly Asp Ala Phe Ser Asp Glu Ile Lys Ala Gln Val Ile Glu
115 120 125
Glu Ala Lys Lys Lys Gly Ile Lys Phe Asp Leu Ile Val Tyr Ser Leu
130 135 140
Ala Ser Pro Val Arg Thr Asp Pro Asp Thr Gly Ile Met His Lys Ser
145 150 155 160
Val Leu Lys Pro Phe Gly Lys Thr Phe Thr Gly Lys Thr Val Asp Pro
165 170 175
Phe Thr Gly Glu Leu Lys Glu Ile Ser Ala Glu Pro Ala Asn Asp Glu
180 185 190
Glu Ala Ala Ala Thr Val Lys Val Met Gly Gly Glu Asp Trp Glu Arg
195 200 205
Trp Ile Lys Gln Leu Ser Lys Glu Gly Leu Leu Glu Glu Gly Cys Ile
210 215 220
Thr Leu Ala Tyr Ser Tyr Ile Gly Pro Glu Ala Thr Gln Ala Leu Tyr
225 230 235 240
Arg Lys Gly Thr Ile Gly Lys Ala Lys Glu His Leu Glu Ala Thr Ala
245 250 255
His Arg Leu Asn Lys Glu Asn Pro Ser Ile Arg Ala Phe Val Ser Val
260 265 270
Asn Lys Gly Leu Val Thr Arg Ala Ser Ala Val Ile Pro Val Ile Pro
275 280 285
Leu Tyr Leu Ala Ser Leu Phe Lys Val Met Lys Glu Lys Gly Asn His
290 295 300
Glu Gly Cys Ile Glu Gln Ile Thr Arg Leu Tyr Ala Glu Arg Leu Tyr
305 310 315 320
Arg Lys Asp Gly Thr Ile Pro Val Asp Glu Glu Asn Arg Ile Arg Ile
325 330 335
Asp Asp Trp Glu Leu Glu Glu Asp Val Gln Lys Ala Val Ser Ala Leu
340 345 350
Met Glu Lys Val Thr Gly Glu Asn Ala Glu Ser Leu Thr Asp Leu Ala
355 360 365
Gly Tyr Arg His Asp Phe Leu Ala Ser Asn Gly Phe Asp Val Glu Gly
370 375 380
Ile Asn Tyr Glu Ala Glu Val Glu Arg Phe Asp Arg Ile
385 390 395
<210> 27
<211> 539
<212> PRT
<213>细小裸藻
<400> 27
Met Ser Cys Pro Ala Ser Pro Ser Ala Ala Val Val Ser Ala Gly Ala
1 5 10 15
Leu Cys Leu Cys Val Ala Thr Val Leu Leu Ala Thr Gly Ser Asn Pro
20 25 30
Thr Ala Leu Ser Thr Ala Ser Thr Arg Ser Pro Thr Ser Leu Val Arg
35 40 45
Gly Val Asp Arg Gly Leu Met Arg Pro Thr Thr Ala Ala Ala Leu Thr
50 55 60
Thr Met Arg Glu Val Pro Gln Met Ala Glu Gly Phe Ser Gly Glu Ala
65 70 75 80
Thr Ser Ala Trp Ala Ala Ala Gly Pro Gln Trp Ala Ala Pro Leu Val
85 90 95
Ala Ala Ala Ser Ser Ala Leu Ala Leu Trp Trp Trp Ala Ala Arg Arg
100 105 110
Ser Val Arg Arg Pro Leu Ala Ala Leu Ala Glu Leu Pro Thr Ala Val
115 120 125
Thr His Leu Ala Pro Pro Met Ala Met Phe Thr Thr Thr Ala Lys Val
130 135 140
Ile Gln Pro Lys Ile Arg Gly Phe Ile Cys Thr Thr Thr His Pro Ile
145 150 155 160
Gly Cys Glu Lys Arg Val Gln Glu Glu Ile Ala Tyr Ala Arg Ala His
165 170 175
Pro Pro Thr Ser Pro Gly Pro Lys Arg Val Leu Val Ile Gly Cys Ser
180 185 190
Thr Gly Tyr Gly Leu Ser Thr Arg Ile Thr Ala Ala Phe Gly Tyr Gln
195 200 205
Ala Ala Thr Leu Gly Val Phe Leu Ala Gly Pro Pro Thr Lys Gly Arg
210 215 220
Pro Ala Ala Ala Gly Trp Tyr Asn Thr Val Ala Phe Glu Lys Ala Ala
225 230 235 240
Leu Glu Ala Gly Leu Tyr Ala Arg Ser Leu Asn Gly Asp Ala Phe Asp
245 250 255
Ser Thr Thr Lys Ala Arg Thr Val Glu Ala Ile Lys Arg Asp Leu Gly
260 265 270
Thr Val Asp Leu Val Val Tyr Ser Ile Ala Ala Pro Lys Arg Thr Asp
275 280 285
Pro Ala Thr Gly Val Leu His Lys Ala Cys Leu Lys Pro Ile Gly Ala
290 295 300
Thr Tyr Thr Asn Arg Thr Val Asn Thr Asp Lys Ala Glu Val Thr Asp
305 310 315 320
Val Ser Ile Glu Pro Ala Ser Pro Glu Glu Ile Ala Asp Thr Val Lys
325 330 335
Val Met Gly Gly Glu Asp Trp Glu Leu Trp Ile Gln Ala Leu Ser Glu
340 345 350
Ala Gly Val Leu Ala Glu Gly Ala Lys Thr Val Ala Tyr Ser Tyr Ile
355 360 365
Gly Pro Glu Met Thr Trp Pro Val Tyr Trp Ser Gly Thr Ile Gly Glu
370 375 380
Ala Lys Lys Asp Val Glu Lys Ala Ala Lys Arg Ile Thr Gln Gln Tyr
385 390 395 400
Gly Cys Pro Ala Tyr Pro Val Val Ala Lys Ala Leu Val Thr Gln Ala
405 410 415
Ser Ser Ala Ile Pro Val Val Pro Leu Tyr Ile Cys Leu Leu Tyr Arg
420 425 430
Val Met Lys Glu Lys Gly Thr His Glu Gly Cys Ile Glu Gln Met Val
435 440 445
Arg Leu Leu Thr Thr Lys Leu Tyr Pro Glu Asn Gly Ala Pro Ile Val
450 455 460
Asp Glu Ala Gly Arg Val Arg Val Asp Asp Trp Glu Met Ala Glu Asp
465 470 475 480
Val Gln Gln Ala Val Lys Asp Leu Trp Ser Gln Val Ser Thr Ala Asn
485 490 495
Leu Lys Asp Ile Ser Asp Phe Ala Gly Tyr Gln Thr Glu Phe Leu Arg
500 505 510
Leu Phe Gly Phe Gly Ile Asp Gly Val Asp Tyr Asp Gln Pro Val Asp
515 520 525
Val Glu Ala Asp Leu Pro Ser Ala Ala Gln Gln
530 535
<210> 28
<211> 398
<212> PRT
<213> Pseudomonas reinekei MT1
<400> 28
Met Lys Asn Ala Leu Ile Val Ser Pro Leu Arg Thr Pro Ile Gly Lys
1 5 10 15
Phe Gly Gly Ala Leu Ala Pro Leu Thr Ala Glu His Leu Ala Ser Phe
20 25 30
Met Ile Ser Gln Val Met Ala Arg Thr Gly Val Pro Gly His Ser Leu
35 40 45
Asp Glu Val Ile Val Ala Gln Ser Tyr Ala Ser Ser Glu Ala Pro Cys
50 55 60
Ile Gly Arg Tyr Ala Ala Leu Ser Ala Gly Leu Pro Val Glu Val Pro
65 70 75 80
Gly Tyr Thr Leu Asp Arg Arg Cys Gly Ser Gly Leu Gln Ala Val Ile
85 90 95
Asp Ala Ser Met Met Val Lys Thr Gly Asn Ala Glu Ala Val Leu Val
100 105 110
Val Gly Val Glu Ser Met Ser Asn Ile Glu Tyr Tyr Ser Thr Asp Met
115 120 125
Arg Trp Gly Ala Arg Ala Gly Ser Val Arg Phe His Asp Arg Leu Glu
130 135 140
Arg Gly Arg Glu Arg Ser Gln Pro Ser Glu Arg Phe Gly His Ile Ser
145 150 155 160
Gly Met Pro Glu Thr Ala Asp Asn Leu Ala Leu Asp Tyr Gly Ile Ser
165 170 175
Arg Glu Glu Ala Asp Ser Phe Ser Val Arg Ser His Gln Asn Ala Ala
180 185 190
Ala Ala Trp Arg Glu Gly Arg Phe Ala Asp Glu Val Val Ala Val Asp
195 200 205
Val Pro Gly Lys Arg Gly Ala Val Thr Arg Val Thr Ile Asp Glu Gly
210 215 220
Ile Arg Glu Asp Ala Ser Leu Glu Ser Met Lys Ala Leu Arg Leu Ile
225 230 235 240
Arg Pro Glu Gly Val Cys Thr Ala Gly Asn Ser Ser Gln Gln Asn Asp
245 250 255
Ala Ala Ala Gly Cys Leu Val Val Ser Pro Glu Tyr Ala Ala Arg His
260 265 270
Gly Leu Thr Pro Met Ala Arg Leu Val Asp Trp Ala Ala Ala Gly Cys
275 280 285
Glu Pro Ser Arg Met Gly Ile Gly Pro Val Pro Ala Thr Gln Lys Leu
290 295 300
Leu Met Arg Thr Gly Leu Ser Leu Ala Glu Leu Asp Leu Ile Glu Leu
305 310 315 320
Asn Glu Ala Phe Ala Ala Gln Ala Leu Ala Val Leu Lys Thr Trp Gly
325 330 335
Leu Asp Asp Leu Ser Arg Val Asn Val Asn Gly Ser Gly Ile Ser Leu
340 345 350
Gly His Pro Ile Gly Ala Thr Gly Val Arg Ile Met Thr Thr Leu Leu
355 360 365
His Glu Met Arg Arg Arg Glu Ala Arg Tyr Gly Leu Glu Thr Met Cys
370 375 380
Ile Gly Gly Gly Gln Gly Leu Ala Ala Leu Phe Glu Arg Val
385 390 395
<210> 29
<211> 400
<212> PRT
<213> 恶臭假单胞菌
<400> 29
Met Arg Asp Val Phe Ile Cys Asp Ala Ile Arg Thr Pro Ile Gly Arg
1 5 10 15
Phe Gly Gly Ala Leu Ala Gly Val Arg Ala Asp Asp Leu Ala Ala Val
20 25 30
Pro Leu Lys Ala Leu Ile Glu Pro Asn Pro Ala Val Gln Trp Asp Gln
35 40 45
Val Asp Glu Val Phe Phe Gly Cys Ala Asn Gln Ala Gly Glu Asp Asn
50 55 60
Arg Asn Val Ala Arg Met Ala Leu Leu Leu Ala Gly Leu Pro Glu Ser
65 70 75 80
Ile Pro Gly Val Thr Leu Asn Arg Leu Cys Ala Ser Gly Met Asp Ala
85 90 95
Ile Gly Thr Ala Phe Arg Ala Ile Ala Ser Gly Glu Met Glu Leu Ala
100 105 110
Ile Ala Gly Gly Val Glu Ser Met Ser Arg Ala Pro Phe Val Met Gly
115 120 125
Lys Ala Glu Ser Gly Tyr Ser Arg Asn Met Lys Leu Glu Asp Thr Thr
130 135 140
Ile Gly Trp Arg Phe Ile Asn Pro Leu Met Lys Ser Gln Tyr Gly Val
145 150 155 160
Asp Ser Met Pro Glu Thr Ala Asp Asn Val Ala Asp Asp Tyr Gln Val
165 170 175
Ser Arg Ala Asp Gln Asp Ala Phe Ala Leu Arg Ser Gln Gln Lys Ala
180 185 190
Ala Ala Ala Gln Ala Ala Gly Phe Phe Ala Glu Glu Ile Val Pro Val
195 200 205
Arg Ile Ala His Lys Lys Gly Glu Thr Ile Val Glu Arg Asp Glu His
210 215 220
Leu Arg Pro Glu Thr Thr Leu Glu Ala Leu Thr Lys Leu Lys Pro Val
225 230 235 240
Asn Gly Pro Asp Lys Thr Val Thr Ala Gly Asn Ala Ser Gly Val Asn
245 250 255
Asp Gly Ala Ala Ala Leu Ile Leu Ala Ser Ala Glu Ala Val Lys Lys
260 265 270
His Gly Leu Thr Pro Arg Ala Arg Val Leu Gly Met Ala Ser Gly Gly
275 280 285
Val Ala Pro Arg Val Met Gly Ile Gly Pro Val Pro Ala Val Arg Lys
290 295 300
Leu Thr Glu Arg Leu Gly Val Ala Val Ser Asp Phe Asp Val Ile Glu
305 310 315 320
Leu Asn Glu Ala Phe Ala Ser Gln Gly Leu Ala Val Leu Arg Glu Leu
325 330 335
Gly Val Ala Asp Asp Ala Pro Gln Val Asn Pro Asn Gly Gly Ala Ile
340 345 350
Ala Leu Gly His Pro Leu Gly Met Ser Gly Ala Arg Leu Val Leu Thr
355 360 365
Ala Leu His Gln Leu Glu Lys Ser Gly Gly Arg Lys Gly Leu Ala Thr
370 375 380
Met Cys Val Gly Val Gly Gln Gly Leu Ala Leu Ala Ile Glu Arg Val
385 390 395 400
<210> 30
<211> 400
<212> PRT
<213> Burkholderia xenovorans
<400> 30
Met Thr Glu Ala Phe Leu Cys Asp Ala Ile Arg Thr Pro Ile Gly Arg
1 5 10 15
Tyr Ala Gly Ala Leu Ser Ser Val Arg Ala Asp Asp Leu Gly Ala Val
20 25 30
Pro Leu Lys Ala Leu Met Glu Arg Asn Lys Glu Val Asp Trp Asn Ala
35 40 45
Ile Asp Asp Val Ile Tyr Gly Cys Ala Asn Gln Ala Gly Glu Asp Asn
50 55 60
Arg Asn Val Ala Arg Met Ser Leu Leu Leu Ala Gly Leu Pro Gln Gly
65 70 75 80
Val Pro Gly Thr Thr Val Asn Arg Leu Cys Gly Ser Gly Met Asp Ala
85 90 95
Val Gly Ile Ala Ala Arg Ala Ile Lys Ser Gly Glu Ala Ala Leu Met
100 105 110
Val Ala Gly Gly Val Glu Ser Met Ser Arg Ala Pro Phe Val Thr Gly
115 120 125
Lys Ala Thr Ser Ala Phe Ser Arg Gln Ala Glu Ile Tyr Asp Thr Thr
130 135 140
Ile Gly Trp Arg Phe Val Asn Pro Leu Met Lys Lys Leu Tyr Gly Val
145 150 155 160
Asp Ser Met Pro Glu Thr Gly Glu Asn Val Ala Thr Asp Tyr Asn Ile
165 170 175
Ser Arg Ala Asp Gln Asp Ala Phe Ala Leu Arg Ser Gln Gln Lys Ala
180 185 190
Ala Arg Ala Gln Arg Asp Gly Thr Leu Ala Gln Glu Ile Val Gly Val
195 200 205
Thr Ile Ala Gln Lys Lys Gly Asp Pro Val Thr Val Ser Gln Asp Glu
210 215 220
His Pro Arg Glu Thr Ser Leu Asp Ala Leu Ala Lys Leu Lys Gly Val
225 230 235 240
Val Arg Pro Asp Gly Thr Val Thr Ala Gly Asn Ala Ser Gly Val Asn
245 250 255
Asp Gly Ala Ala Ala Leu Leu Leu Ala Asn Glu Glu Thr Ala Arg Arg
260 265 270
Phe Gly Leu Thr Pro Arg Ala Arg Val Leu Gly Ile Ala Thr Ala Gly
275 280 285
Val Ala Pro Arg Val Met Gly Ile Gly Pro Ala Pro Ala Thr Gln Lys
290 295 300
Leu Leu Ala Arg Leu Asn Met Ser Leu Asp Gln Phe Asp Val Ile Glu
305 310 315 320
Leu Asn Glu Ala Phe Ala Ser Gln Gly Ile Ala Val Leu Arg Ala Leu
325 330 335
Gly Val Ala Asp Asp Asp Thr Arg Val Asn Pro Asn Gly Gly Ala Ile
340 345 350
Ala Leu Gly His Pro Leu Gly Met Ser Gly Ala Arg Leu Val Thr Thr
355 360 365
Ala Met Tyr Gln Leu His Arg Thr Gln Gly Arg Phe Ala Leu Cys Thr
370 375 380
Met Cys Ile Gly Val Gly Gln Gly Ile Ala Ile Ala Ile Glu Arg Val
385 390 395 400
<210> 31
<211> 456
<212> PRT
<213>节杆菌属物种
<400> 31
Met Ser Phe Asn Gly Gln Ser Ala Thr Gly Pro Asp Glu Ser Ala Ala
1 5 10 15
Ala Pro Ala Ala Thr Pro Gly Ala Gly Leu Leu Arg Lys Ala Val Val
20 25 30
Val Gly Gly Asn Arg Ile Pro Phe Ala Arg Thr Gly Gly Ala Tyr Thr
35 40 45
Lys Ser Ser Asn Gln Asp Met Leu Thr Ala Ala Leu Asp Gly Leu Ile
50 55 60
Ala Arg Phe Gly Leu Ala Asp Glu Arg Ile Gly Glu Val Ala Ala Gly
65 70 75 80
Ala Val Leu Lys His Ser Arg Asp Phe Asn Leu Thr Arg Glu Ala Val
85 90 95
Leu Gly Ser Ala Leu Ser Ala Glu Thr Pro Ala Tyr Asp Leu Gln Gln
100 105 110
Ala Cys Ala Thr Gly Leu Glu Thr Val Leu Gly Leu Ala Asn Lys Ile
115 120 125
Lys Leu Gly Gln Ile Asp Ser Ala Ile Ala Gly Gly Val Asp Ser Ala
130 135 140
Ser Asp Ala Pro Ile Ala Val Ser Glu Gly Leu Arg Glu Val Leu Leu
145 150 155 160
Asp Leu Asn Arg Ala Lys Thr Leu Pro Gln Arg Leu Lys Val Leu Gly
165 170 175
Arg Leu Arg Pro Lys Asp Leu Ala Pro Asp Ala Pro Asn Thr Gly Glu
180 185 190
Pro Arg Thr Gly Leu Ser Met Gly Glu His Gln Ala Leu Thr Thr Ala
195 200 205
Gln Trp Lys Ile Thr Arg Glu Ala Gln Asp Glu Leu Ala Tyr Asn Ser
210 215 220
His Arg Asn Leu Ala Ala Ala Tyr Asp Ala Gly Phe Phe Asp Asp Leu
225 230 235 240
Leu Thr Pro Tyr Arg Gly Leu Asn Arg Asp Ser Asn Leu Arg Ala Asp
245 250 255
Thr Thr Arg Glu Lys Leu Ser Thr Leu Lys Pro Val Phe Gly Lys Asn
260 265 270
Leu Gly Ala Glu Ala Thr Met Thr Ala Gly Asn Ser Thr Pro Leu Thr
275 280 285
Asp Gly Ala Ser Thr Val Leu Leu Ala Ser Glu Glu Trp Ala Asp Ala
290 295 300
His Glu Leu Pro Lys Leu Ala Thr Val Val Asp Gly Glu Ala Ala Ala
305 310 315 320
Val Asp Phe Val His Gly Lys Asp Gly Leu Leu Met Ala Pro Ala Phe
325 330 335
Ala Val Pro Arg Leu Leu Ala Arg Asn Gly Leu Thr Leu Asp Asp Ile
340 345 350
Asp Phe Phe Glu Ile His Glu Ala Phe Ala Gly Thr Val Leu Ser Thr
355 360 365
Leu Ala Ala Trp Glu Asp Glu Glu Phe Gly Arg Thr Arg Leu Gly Leu
370 375 380
Asp Gly Pro Leu Gly Ser Ile Asp Arg Ala Lys Leu Asn Val Asn Gly
385 390 395 400
Ser Ser Leu Ala Ala Gly His Pro Phe Ala Ala Thr Gly Gly Arg Ile
405 410 415
Val Ala Thr Leu Ala Lys Met Leu His Asp Lys Gly Gln Val Asp Gly
420 425 430
Arg Pro Ala Arg Gly Leu Ile Ser Ile Cys Ala Ala Gly Gly Gln Gly
435 440 445
Val Val Ala Ile Leu Glu Ala Ser
450 455
<210> 32
<211> 394
<212> PRT
<213> Burkholderia xenovorans
<400> 32
Met Thr Arg Asp Thr Arg Asp Val Val Ile Val Asp Ala Val Arg Thr
1 5 10 15
Pro Ile Gly Lys Phe Arg Gly Ala Leu Ala Gly Val Arg Ala Asp His
20 25 30
Leu Gly Ala Leu Val Ile Asp Glu Leu Ile Arg Arg Ala Gly Val Lys
35 40 45
Pro Gln Ala Val Asn Asp Val Val Phe Gly Cys Val Thr Gln Ile Gly
50 55 60
Glu Gln Ser Ala Asn Ile Ala Arg Thr Ser Val Leu Gly Ala Gly Trp
65 70 75 80
Pro Glu Thr Ile Pro Gly Leu Thr Ile Asp Arg Lys Cys Gly Ser Gly
85 90 95
Glu Glu Ala Val His Ile Ala Ala Gly Leu Ile Ala Phe Gly Ala Ala
100 105 110
Asp Val Ile Val Ala Gly Gly Ala Glu Ser Met Ser Arg Val Pro Met
115 120 125
Gly Ser Asn Arg Asp Leu His Gly Glu Ala Phe Gly Trp Met Ala Ser
130 135 140
Glu Arg Phe Glu Leu Thr Ser Gln Gly Glu Ala Ala Glu Arg Leu Cys
145 150 155 160
Asp Cys Trp Ala Leu Thr Arg Ala Gln Leu Asp Ala Tyr Ser Val Glu
165 170 175
Ser His Arg Arg Ala Ala Ala Ala Ala Ala Glu Gly Trp Phe Ala Arg
180 185 190
Glu Ile Val Pro Val Pro Val Gly Gln Val Arg Glu Lys Ser Leu Glu
195 200 205
Gly Glu Ala Ala Leu Phe Ala Ala Asp Glu Thr Ile Arg Pro Gly Thr
210 215 220
Asn Ala Asp Lys Leu Ala Thr Leu Lys Ser Ser Phe Arg Ser Asp Gly
225 230 235 240
Arg Leu Thr Ala Gly Asn Ser Ser Gln Ile Ser Asp Gly Ala Ala Ala
245 250 255
Leu Leu Leu Met Ser Ser Asp Lys Ala Arg Glu Leu Gly Val Lys Ala
260 265 270
Arg Ala Arg Val Arg Ala Val Thr Thr Val Gly Ser Asp Pro Thr Leu
275 280 285
Met Leu Thr Gly Pro Ile Leu Ala Thr Cys Gln Val Leu Glu Lys Ala
290 295 300
Gly Leu Gly Leu Ser Asp Ile Asp Leu Phe Glu Ile Asn Glu Ala Phe
305 310 315 320
Ala Pro Val Pro Leu Val Trp Met Lys Glu Phe Gly Val Pro His Ala
325 330 335
Lys Leu Asn Val Asn Gly Gly Ala Ile Ala Leu Gly His Pro Leu Gly
340 345 350
Ala Ser Gly Ala Arg Ile Met Thr Ser Met Leu His Glu Leu Glu Arg
355 360 365
Arg Gly Ala Arg Tyr Gly Leu Gln Ala Ile Cys Cys Ala Gly Gly Met
370 375 380
Gly Thr Ala Thr Leu Ile Glu Arg Leu Asp
385 390
<210> 33
<211> 382
<212> PRT
<213> Geobacillus kaustophilus
<400> 33
Met Arg Glu Ala Val Ile Val Glu Ala Val Arg Thr Pro Val Gly Lys
1 5 10 15
Arg Asn Gly Val Phe Arg Asp Val His Pro Val His Leu Ala Ala Val
20 25 30
Val Leu Asp Glu Val Val Arg Arg Ala Gly Met Asp Lys Gly Ala Val
35 40 45
Glu Asp Ile Val Met Gly Cys Val Thr Pro Val Ala Glu Gln Gly Tyr
50 55 60
Asn Ile Gly Arg Leu Ala Ala Leu Glu Ala Gly Phe Pro Ile Glu Val
65 70 75 80
Pro Ala Val Gln Ile Asn Arg Met Cys Gly Ser Gly Gln Gln Ala Ile
85 90 95
His Phe Ala Ala Gln Glu Ile Arg Ser Gly Asp Met Asp Val Thr Ile
100 105 110
Ala Ala Gly Val Glu Ser Met Thr Lys Val Pro Ile Leu Ser Asp Gly
115 120 125
Asn Glu Arg Thr Ile Pro Pro Ser Leu His Glu Lys Tyr Glu Phe Ile
130 135 140
His Gln Gly Val Ser Ala Glu Arg Ile Ala Lys Lys Tyr Gly Leu Thr
145 150 155 160
Arg Glu Glu Leu Asp Ala Tyr Ala Tyr Glu Ser His Gln Arg Ala Leu
165 170 175
Ala Ala Leu Arg Glu Gly Lys Phe Arg Ala Glu Ile Val Pro Val Lys
180 185 190
Gly Leu Asp Arg Asp Gly Arg Glu Ile Leu Val Thr Asp Asp Glu Gly
195 200 205
Pro Arg Ala Asp Thr Ser Pro Glu Ala Leu Ala Ala Leu Lys Pro Val
210 215 220
Phe Gln Glu Asp Gly Leu Ile Thr Ala Gly Asn Ala Ser Gln Met Ser
225 230 235 240
Asp Gly Ala Ala Ala Val Leu Leu Met Glu Arg Glu Ala Ala Arg Arg
245 250 255
Phe Gly Leu Lys Pro Lys Ala Arg Ile Val Ala Gln Thr Val Val Gly
260 265 270
Ser Asp Pro Thr Tyr Met Leu Asp Gly Val Ile Pro Ala Thr Arg Gln
275 280 285
Val Leu Lys Lys Ala Gly Leu Ser Ile Asp Asp Ile Asp Leu Ile Glu
290 295 300
Ile Asn Glu Ala Phe Ala Pro Val Val Leu Ala Trp Gln Lys Glu Ile
305 310 315 320
Gly Ala Pro Leu Glu Lys Val Asn Val Asn Gly Gly Ala Ile Ala Leu
325 330 335
Gly His Pro Leu Gly Ala Thr Gly Ala Lys Leu Met Thr Ser Leu Val
340 345 350
His Glu Leu Glu Arg Arg Gly Gly Arg Tyr Gly Leu Leu Thr Ile Cys
355 360 365
Ile Gly His Gly Met Ala Thr Ala Thr Ile Ile Glu Arg Glu
370 375 380
<210> 34
<211> 415
<212> PRT
<213> Gordonia bronchialis
<400> 34
Met Ala Pro Cys Ser Val Lys Ala Met Pro Glu Ala Val Ile Val Ala
1 5 10 15
His Ala Arg Ser Pro Ile Gly Arg Ala Gly Lys Gly Ser Leu Lys Asp
20 25 30
Val Arg Pro Asp Glu Leu Ser Arg Gln Met Val Ala Ala Ala Leu Ala
35 40 45
Lys Val Pro Glu Leu Ala Pro Ser Asp Ile Glu Asp Ile His Trp Gly
50 55 60
Ile Gly Gln Pro Gly Gly Gln Gly Gly Tyr Asn Ile Ala Arg Val Ile
65 70 75 80
Ala Val Glu Leu Gly Tyr Asp His Ile Pro Gly Val Thr Val Asn Arg
85 90 95
Tyr Cys Ser Ser Ser Leu Gln Thr Thr Arg Met Ala Leu His Ala Ile
100 105 110
Lys Ala Gly Glu Ala Asp Val Leu Ile Ser Gly Gly Val Glu Ser Val
115 120 125
Ser Ser Phe Gly Ile Ser Gly Gly Ala Asp Gly Ala Pro Asp Ser Lys
130 135 140
Asn Pro Val Phe Asp Asp Ala Gln Ala Arg Thr Ala Lys Ala Ala Glu
145 150 155 160
Gly Gly Ala Pro Ala Trp Thr Asp Pro Arg Glu Gln Gly Leu Ile Pro
165 170 175
Asp Val Tyr Ile Ala Met Gly Gln Thr Ala Glu Asn Val Ala Ser Phe
180 185 190
Thr Gly Ile Ser Arg Glu Asp Gln Asp Arg Trp Ser Val Leu Ser Gln
195 200 205
Asn Arg Ala Glu Glu Ala Ile Asn Ala Gly Phe Phe Glu Arg Glu Ile
210 215 220
Asp Pro Val Thr Leu Pro Asp Gly Ser Thr Val Asn Thr Asp Asp Gly
225 230 235 240
Pro Arg Ala Gly Thr Thr Tyr Glu Lys Val Ser Gln Leu Lys Pro Val
245 250 255
Phe Arg Pro Asp Gly Thr Val Thr Ala Gly Asn Ala Cys Pro Leu Asn
260 265 270
Asp Gly Ala Ala Ala Leu Val Ile Met Ser Asp Ser Lys Ala Lys Gln
275 280 285
Leu Gly Leu Thr Pro Leu Ala Arg Val Val Ala Thr Ala Ala Thr Gly
290 295 300
Leu Ser Pro Glu Ile Met Gly Leu Gly Pro Ile Glu Ala Ile Arg Lys
305 310 315 320
Val Leu Arg Ile Ser Gly Met Ser Leu Ser Asp Ile Asp Leu Val Glu
325 330 335
Ile Asn Glu Ala Phe Ala Val Gln Val Leu Gly Ser Ala Asn Glu Leu
340 345 350
Gly Ile Asp His Asp Lys Leu Asn Val Ser Gly Gly Ala Ile Ala Leu
355 360 365
Gly His Pro Phe Gly Met Thr Gly Ala Arg Ile Thr Thr Thr Leu Leu
370 375 380
Asn Asn Leu Gln Thr Arg Asp Lys Thr Phe Gly Ile Glu Ser Met Cys
385 390 395 400
Val Gly Gly Gly Gln Gly Met Ala Met Val Leu Glu Arg Leu Ser
405 410 415
<210> 35
<211> 387
<212> PRT
<213>弗氏柠檬酸杆菌
<400> 35
Met Glu Gln Val Val Ile Val Asp Ala Ile Arg Thr Pro Met Gly Arg
1 5 10 15
Ser Lys Gly Gly Ala Phe Arg Asn Val Arg Ala Glu Asp Leu Ser Ala
20 25 30
His Leu Met Arg Ser Leu Leu Ala Arg Asn Pro Ala Leu Asp Pro Thr
35 40 45
Ala Leu Asp Asp Ile Tyr Trp Gly Cys Val Gln Gln Thr Leu Glu Gln
50 55 60
Gly Phe Asn Ile Ala Arg Asn Ala Ala Leu Leu Ala Glu Ile Pro His
65 70 75 80
Ser Val Pro Ala Val Thr Val Asn Arg Leu Cys Gly Ser Ser Met Gln
85 90 95
Ala Leu His Asp Ala Ala Arg Met Ile Met Thr Gly Asp Ala Gln Ala
100 105 110
Cys Leu Ile Gly Gly Val Glu His Met Gly His Val Pro Met Ser His
115 120 125
Gly Val Asp Phe His Pro Gly Met Ser Arg Asn Val Ala Lys Ala Ala
130 135 140
Gly Met Met Gly Leu Thr Ala Glu Met Leu Ser Arg Met His Gly Ile
145 150 155 160
Ser Arg Glu Met Gln Asp Ala Phe Ala Ala Arg Ser His Ala Arg Ala
165 170 175
Trp Ala Ala Thr Gln Ser Gly Ala Phe Lys Asn Glu Ile Ile Pro Thr
180 185 190
Gly Gly His Asp Ala Asp Gly Val Leu Lys Gln Phe Asn Tyr Asp Glu
195 200 205
Val Ile Arg Pro Glu Thr Thr Val Glu Ala Leu Ser Thr Leu Arg Pro
210 215 220
Ala Phe Asp Pro Val Ser Gly Thr Val Thr Ala Gly Thr Ser Ser Ala
225 230 235 240
Leu Ser Asp Gly Ala Ala Ala Met Leu Val Met Ser Glu Ser Arg Ala
245 250 255
Arg Glu Leu Gly Leu Thr Pro Arg Ala Arg Ile Arg Ser Met Ala Val
260 265 270
Val Gly Cys Asp Pro Ser Ile Met Gly Tyr Gly Pro Val Pro Ala Ser
275 280 285
Lys Leu Ala Leu Lys Lys Ala Gly Leu Ser Thr Ser Asp Ile Gly Leu
290 295 300
Phe Glu Met Asn Glu Ala Phe Ala Ala Gln Ile Leu Pro Cys Ile Lys
305 310 315 320
Asp Leu Gly Leu Met Glu Gln Ile Asp Glu Lys Ile Asn Leu Asn Gly
325 330 335
Gly Ala Ile Ala Leu Gly His Pro Leu Gly Cys Ser Gly Ala Arg Ile
340 345 350
Ser Thr Thr Leu Leu Asn Leu Met Glu Arg Lys Asp Val Gln Phe Gly
355 360 365
Leu Ala Thr Met Cys Ile Gly Leu Gly Gln Gly Ile Ala Thr Val Phe
370 375 380
Glu Arg Val
385
<210> 36
<211> 393
<212> PRT
<213>伯克氏菌属物种
<400> 36
Met Arg Glu Ala Val Ile Val Ser Thr Ala Arg Thr Pro Leu Thr Lys
1 5 10 15
Ala His Arg Gly Glu Phe Asn Ile Thr Pro Gly Pro Thr Leu Ala Ser
20 25 30
Phe Ala Val Arg Ala Ala Val Glu Arg Ser Gly Val Asp Pro Asp Ile
35 40 45
Ile Glu Asp Ala Ile Leu Gly Cys Gly Tyr Pro Glu Gly Thr Thr Gly
50 55 60
Arg Asn Val Ala Arg Gln Ser Val Ile Arg Ala Gly Leu Pro Leu Ser
65 70 75 80
Ile Ala Gly Thr Thr Val Asn Arg Phe Cys Ala Ser Gly Leu Gln Ala
85 90 95
Ile Ala Met Ala Ala Gly Arg Ile Val Val Asp Gly Ala Pro Ala Met
100 105 110
Ile Ala Gly Gly Val Glu Ser Ile Ser Asn Ile Gln Thr Arg Glu Asp
115 120 125
Gly Val Ser Gly Leu Asp Pro Trp Ile Val Glu His Lys Pro Ser Leu
130 135 140
Tyr Thr Ala Met Ile Asp Thr Ala Asp Ile Val Ala Arg Arg Tyr Gly
145 150 155 160
Ile Ser Arg Glu Ala Gln Asp Gln Phe Ser Val Glu Ser Gln Arg Arg
165 170 175
Thr Ala Glu Ala Gln Gln Ala Gly Arg Tyr Ala Asp Glu Ile Ile Pro
180 185 190
Val Thr Thr Thr Met Ala Ile Thr Asp Lys Glu Thr Arg Ala Val Ser
195 200 205
Tyr Arg Glu Val Thr Val Ser Ala Asp Asn Cys Asn Arg Pro Gly Thr
210 215 220
Thr Tyr Glu Ala Leu Ala Lys Leu Ala Pro Val Lys Gly Pro Asp Gln
225 230 235 240
Phe Ile Thr Ala Gly Asn Ala Ser Gln Asn Ala Asp Gly Ala Ser Ala
245 250 255
Cys Val Leu Met Glu Ala Lys Ala Ala Glu Arg Ala Asn Phe Ala Pro
260 265 270
Leu Gly Ala Phe Arg Gly Leu Ala Leu Ala Gly Cys Glu Pro Asp Glu
275 280 285
Met Gly Ile Gly Pro Val Leu Ala Val Pro Lys Leu Leu Ala Arg His
290 295 300
Gly Leu Thr Val Asp Asp Ile Gly Leu Trp Glu Leu Asn Glu Ala Phe
305 310 315 320
Ala Ser Gln Ala Val Tyr Cys Gln Lys Arg Leu Glu Ile Pro Ser Glu
325 330 335
Arg Leu Asn Val Asn Gly Gly Ala Ile Ser Ile Gly His Pro Phe Gly
340 345 350
Met Thr Gly Ser Arg Leu Val Gly His Val Leu Ile Glu Gly Arg Arg
355 360 365
Arg Gly Val Lys Tyr Ala Val Val Thr Met Cys Met Ala Gly Gly Met
370 375 380
Gly Ala Ala Gly Leu Phe Glu Ile Tyr
385 390
<210> 37
<211> 378
<212> PRT
<213>印度拜耶林克氏菌
<400> 37
Met Thr Lys Val Val Ile Ala Gly Tyr Ile Arg Ser Pro Phe Thr Leu
1 5 10 15
Ala Lys Lys Gly Glu Leu Ala Thr Val Arg Pro Asp Asp Leu Ala Ala
20 25 30
Gln Val Val Lys Gly Leu Ile Lys Lys Thr Gly Ile Pro Ala Glu Asp
35 40 45
Ile Glu Asp Leu Leu Leu Gly Cys Ala Phe Pro Glu Gly Glu Gln Gly
50 55 60
Phe Asn Val Ala Arg Leu Val Ser Phe Leu Ala Gly Leu Pro Leu Ser
65 70 75 80
Val Gly Ala Ser Thr Val Asn Arg Phe Cys Gly Ser Ser Met Thr Thr
85 90 95
Val His Met Ala Ala Gly Ala Ile Gln Met Asn Ala Gly Asn Ala Phe
100 105 110
Ile Ala Ala Gly Val Glu Ser Met Ser Arg Val Pro Met Met Gly Phe
115 120 125
Asn Pro Leu Pro Asn Pro Glu Leu Ala Ala Thr Met Pro Gly Ala Tyr
130 135 140
Met Gly Met Gly Asp Thr Ala Glu Asn Val Ala Ala Lys Trp Thr Ile
145 150 155 160
Ser Arg Lys Glu Gln Glu Glu Phe Ala Leu Arg Ser His Gln Arg Ala
165 170 175
Thr Ala Ala Gln Lys Glu Gly Arg Leu Thr Gly Glu Ile Ile Pro Ile
180 185 190
Thr Gly Arg Lys Gly Thr Ile Thr Thr Asp Gly Cys Ile Arg Pro Asp
195 200 205
Thr Thr Leu Glu Gly Leu Ala Glu Leu Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asn
210 215 220
Gly Val Val Thr Ala Gly Thr Ser Ser Pro Leu Thr Asp Gly Ala Ala
225 230 235 240
Ala Val Leu Val Cys Ser Glu Asp Tyr Ala Lys His His His Leu Asp
245 250 255
Val Leu Ala Ser Val Lys Ala Ile Ala Val Ser Gly Cys Ser Pro Glu
260 265 270
Ile Met Gly Ile Gly Pro Val Ala Ala Ser Arg Lys Ala Leu Ala Arg
275 280 285
Ala Gly Leu Glu Ala Gly Gln Ile Asp Ile Val Glu Leu Asn Glu Ala
290 295 300
Phe Ala Ser Gln Ser Ile Ala Cys Met Arg Glu Leu Asn Leu Ser Pro
305 310 315 320
Asp Arg Val Asn Ile Asp Gly Gly Ala Ile Ala Leu Gly His Pro Leu
325 330 335
Gly Ala Thr Gly Ala Arg Ile Val Gly Lys Ala Ala Ser Leu Leu Lys
340 345 350
Arg Glu Lys Gly Lys Tyr Ala Leu Ala Thr Gln Cys Ile Gly Gly Gly
355 360 365
Gln Gly Ile Ala Thr Val Leu Glu Ala Phe
370 375
<210> 38
<211> 403
<212> PRT
<213> Arthrobacter arilaitensis
<400> 38
Met Gln Gln Ala Tyr Leu Tyr Asp Ala Ile Arg Thr Pro Phe Gly Lys
1 5 10 15
Ile Gly Gly Ala Leu Ser Ser His Arg Pro Asp Asp Leu Ala Ala His
20 25 30
Val Val Arg Glu Leu Val Ala Arg Ser Pro Lys Leu Asp Val Ala Asp
35 40 45
Ile Asp Glu Ser Ile Phe Gly Asn Ala Asn Gly Ala Gly Glu Glu Asn
50 55 60
Arg Asn Val Ala Arg Met Ala Thr Leu Leu Ala Gly Leu Pro Thr Ser
65 70 75 80
Leu Pro Gly Thr Thr Met Asn Arg Leu Cys Gly Ser Ser Leu Asp Ala
85 90 95
Ser Ile Ala Ala Ser Arg Gln Ile Ala Thr Gly Asp Ala Asp Leu Val
100 105 110
Leu Val Gly Gly Val Glu Ser Met Ser Arg Ala Pro Trp Val Leu Pro
115 120 125
Lys Thr Glu Arg Pro Phe Pro Met Ser Asn Leu Glu Leu Ala Asn Thr
130 135 140
Thr Leu Gly Trp Arg Leu Val Asn Pro Ala Met Pro Gly Glu Trp Thr
145 150 155 160
Val Ser Leu Gly Glu Ala Thr Glu Gln Leu Arg Glu Lys His Gly Ile
165 170 175
Ser Arg Glu Asp Gln Asp Glu Phe Ser Ala Ala Ser His Gln Arg Ala
180 185 190
Ala Ala Ala Trp Gln Ala Gly Lys Tyr Asp Asn Leu Val Val Pro Val
195 200 205
Pro Pro Ala Asn Lys Arg Gly Thr Glu Val Thr Arg Asp Glu Thr Ile
210 215 220
Arg Ala Asp Ser Thr Ala Gln Thr Leu Ser Lys Leu Arg Thr Val Phe
225 230 235 240
Arg Thr Gly Glu Asn Ala Thr Val Thr Ala Gly Asn Ala Ser Pro Met
245 250 255
Ser Asp Gly Ala Ser Ala Ala Phe Ile Gly Ser Glu Arg Gly Gly Glu
260 265 270
Leu Leu Gly Ala Ala Pro Ile Ala Arg Ile Ala Ser Asn Gly Ala Ala
275 280 285
Ala Leu Asp Pro Gln Phe Phe Gly Phe Ala Pro Val Glu Ala Ala Asn
290 295 300
Lys Ala Leu Ala Lys Ala Gly Leu Lys Trp Ser Asp Ile Ala Ala Val
305 310 315 320
Glu Leu Asn Glu Ala Phe Ala Ala Gln Ser Leu Ala Cys Ile Arg Ala
325 330 335
Trp Asp Ile Asp Pro Ala Ile Val Asn Ala Trp Gly Gly Ala Ile Ser
340 345 350
Ile Gly His Pro Leu Gly Ala Ser Gly Leu Arg Ile Leu Gly Thr Val
355 360 365
Ala Arg Arg Leu Ala Glu Ser Gly Glu Arg Tyr Gly Leu Ala Ala Ile
370 375 380
Cys Ile Gly Val Gly Gln Gly Leu Ala Val Val Val Glu Asn Ile Asn
385 390 395 400
Ala Thr Lys
<210> 39
<211> 394
<212> PRT
<213>钩虫贪铜菌
<400> 39
Met Thr Arg Glu Val Val Val Val Ser Gly Val Arg Thr Ala Ile Gly
1 5 10 15
Thr Phe Gly Gly Ser Leu Lys Asp Val Ala Pro Ala Glu Leu Gly Ala
20 25 30
Leu Val Val Arg Glu Ala Leu Ala Arg Ala Gln Val Ser Gly Asp Asp
35 40 45
Val Gly His Val Val Phe Gly Asn Val Ile Gln Thr Glu Pro Arg Asp
50 55 60
Met Tyr Leu Gly Arg Val Ala Ala Val Asn Gly Gly Val Thr Ile Asn
65 70 75 80
Ala Pro Ala Leu Thr Val Asn Arg Leu Cys Gly Ser Gly Leu Gln Ala
85 90 95
Ile Val Ser Ala Ala Gln Thr Ile Leu Leu Gly Asp Thr Asp Val Ala
100 105 110
Ile Gly Gly Gly Ala Glu Ser Met Ser Arg Ala Pro Tyr Leu Ala Pro
115 120 125
Ala Ala Arg Trp Gly Ala Arg Met Gly Asp Ala Gly Leu Val Asp Met
130 135 140
Met Leu Gly Ala Leu His Asp Pro Phe His Arg Ile His Met Gly Val
145 150 155 160
Thr Ala Glu Asn Val Ala Lys Glu Tyr Asp Ile Ser Arg Ala Gln Gln
165 170 175
Asp Glu Ala Ala Leu Glu Ser His Arg Arg Ala Ser Ala Ala Ile Lys
180 185 190
Ala Gly Tyr Phe Lys Asp Gln Ile Val Pro Val Val Ser Lys Gly Arg
195 200 205
Lys Gly Asp Val Thr Phe Asp Thr Asp Glu His Val Arg His Asp Ala
210 215 220
Thr Ile Asp Asp Met Thr Lys Leu Arg Pro Val Phe Val Lys Glu Asn
225 230 235 240
Gly Thr Val Thr Ala Gly Asn Ala Ser Gly Leu Asn Asp Ala Ala Ala
245 250 255
Ala Val Val Met Met Glu Arg Ala Glu Ala Glu Arg Arg Gly Leu Lys
260 265 270
Pro Leu Ala Arg Leu Val Ser Tyr Gly His Ala Gly Val Asp Pro Lys
275 280 285
Ala Met Gly Ile Gly Pro Val Pro Ala Thr Lys Ile Ala Leu Glu Arg
290 295 300
Ala Gly Leu Gln Val Ser Asp Leu Asp Val Ile Glu Ala Asn Glu Ala
305 310 315 320
Phe Ala Ala Gln Ala Cys Ala Val Thr Lys Ala Leu Gly Leu Asp Pro
325 330 335
Ala Lys Val Asn Pro Asn Gly Ser Gly Ile Ser Leu Gly His Pro Ile
340 345 350
Gly Ala Thr Gly Ala Leu Ile Thr Val Lys Ala Leu His Glu Leu Asn
355 360 365
Arg Val Gln Gly Arg Tyr Ala Leu Val Thr Met Cys Ile Gly Gly Gly
370 375 380
Gln Gly Ile Ala Ala Ile Phe Glu Arg Ile
385 390
<210> 40
<211> 401
<212> PRT
<213> 大肠杆菌
<400> 40
Met Arg Glu Ala Phe Ile Cys Asp Gly Ile Arg Thr Pro Ile Gly Arg
1 5 10 15
Tyr Gly Gly Ala Leu Ser Ser Val Arg Ala Asp Asp Leu Ala Ala Ile
20 25 30
Pro Leu Arg Glu Leu Leu Val Arg Asn Pro Arg Leu Asp Ala Glu Cys
35 40 45
Ile Asp Asp Val Ile Leu Gly Cys Ala Asn Gln Ala Gly Glu Asp Asn
50 55 60
Arg Asn Val Ala Arg Met Ala Thr Leu Leu Ala Gly Leu Pro Gln Ser
65 70 75 80
Val Ser Gly Thr Thr Ile Asn Arg Leu Cys Gly Ser Gly Leu Asp Ala
85 90 95
Leu Gly Phe Ala Ala Arg Ala Ile Lys Ala Gly Asp Gly Asp Leu Leu
100 105 110
Ile Ala Gly Gly Val Glu Ser Met Ser Arg Ala Pro Phe Val Met Gly
115 120 125
Lys Ala Ala Ser Ala Phe Ser Arg Gln Ala Glu Met Phe Asp Thr Thr
130 135 140
Ile Gly Trp Arg Phe Val Asn Pro Leu Met Ala Gln Gln Phe Gly Thr
145 150 155 160
Asp Ser Met Pro Glu Thr Ala Glu Asn Val Ala Glu Leu Leu Lys Ile
165 170 175
Ser Arg Glu Asp Gln Asp Ser Phe Ala Leu Arg Ser Gln Gln Arg Thr
180 185 190
Ala Lys Ala Gln Ser Ser Gly Ile Leu Ala Glu Glu Ile Val Pro Val
195 200 205
Val Leu Lys Asn Lys Lys Gly Val Val Thr Glu Ile Gln His Asp Glu
210 215 220
His Leu Arg Pro Glu Thr Thr Leu Glu Gln Leu Arg Gly Leu Lys Ala
225 230 235 240
Pro Phe Arg Ala Asn Gly Val Ile Thr Ala Gly Asn Ala Ser Gly Val
245 250 255
Asn Asp Gly Ala Ala Ala Leu Ile Ile Ala Ser Glu Gln Met Ala Ala
260 265 270
Ala Gln Gly Leu Thr Pro Arg Ala Arg Ile Val Ala Met Ala Thr Ala
275 280 285
Gly Val Glu Pro Arg Leu Met Gly Leu Gly Pro Val Pro Ala Thr Arg
290 295 300
Arg Val Leu Glu Arg Ala Gly Leu Ser Ile His Asp Met Asp Val Ile
305 310 315 320
Glu Leu Asn Glu Ala Phe Ala Ala Gln Ala Leu Gly Val Leu Arg Glu
325 330 335
Leu Gly Leu Pro Asp Asp Ala Pro His Val Asn Pro Asn Gly Gly Ala
340 345 350
Ile Ala Leu Gly His Pro Leu Gly Met Ser Gly Ala Arg Leu Ala Leu
355 360 365
Ala Ala Ser His Glu Leu His Arg Arg Asn Gly Arg Tyr Ala Leu Cys
370 375 380
Thr Met Cys Ile Gly Val Gly Gln Gly Ile Ala Met Ile Leu Glu Arg
385 390 395 400
Val

Claims (65)

1.在重组宿主中遮蔽(shielding)用末端羧基官能化的碳链脂肪族主链的方法，所述方法包括：
在所述宿主中使用具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽将n-羧基-2-烯酸酶促转化为n-羧基-2-烯酸甲酯，其中n+1反映了所述碳链脂肪族主链的长度。
2.权利要求1的方法，其中所述n-羧基-2-烯酸是2(E)-庚烯二酸。
3.权利要求1的方法，其中所述n-羧基-2-烯酸甲酯是2(E)-庚烯二酸甲酯，所述方法还包括将2(E)-庚烯二酸甲酯酶促转化为庚二酰-CoA。
4.权利要求3的方法，所述方法还包括将庚二酰-CoA酶促转化为选自下组的产物：庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇。
5.权利要求4的方法，其中使用一种或多种具有以下活性的多肽将庚二酰-CoA转化为所述产物：硫酯酶活性，可逆的CoA-连接酶活性，戊烯二酸CoA转移酶活性，ω-转氨酶活性，6-羟基己酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，4-羟基丁酸脱氢酶活性，醇脱氢酶活性，羧酸还原酶活性，或醇脱氢酶活性。
6.在重组宿主中产生2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯的方法，所述方法包括：
使用具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽将2(E)-庚烯二酸酶促转化为2(E)-庚烯二酸甲酯。
7.权利要求6的方法，所述方法还包括将2(E)-庚烯二酸甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。
8.权利要求6的方法，其中从2(E)-庚烯二酰基-CoA酶促产生2(E)-庚烯二酸。
9.权利要求8的方法，其中具有硫酯酶或CoA-转移酶活性的多肽将2(E)-庚烯二酰基-CoA酶促转化为2(E)-庚烯二酸。
10.权利要求9的方法，其中所述具有硫酯酶活性的多肽与SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
11.权利要求9的方法，其中所述具有CoA-转移酶活性的多肽与SEQ ID NO:24或SEQ IDNO:25所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
12.权利要求1至11中任一项的方法，其中所述具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽被归类于EC 2.1.1.15下。
13.权利要求1至11中任一项的方法，其中所述具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽与SEQ ID NO:1，SEQ ID NO:2，或SEQ ID NO:3所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
14.权利要求6的方法，其中使用归类于EC 6.2.1.-下的具有CoA连接酶活性的多肽将2(E)-庚烯二酸甲酯酶促转化为2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯。
15.权利要求14的方法，其中所述具有CoA连接酶活性的多肽被归类于EC 6.2.1.2或EC6.2.1.3下。
16.权利要求14或权利要求15中的方法，所述方法还包含将2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。
17.权利要求16的方法，其中具有反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性的多肽将2(E)-庚烯二酰基-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA甲酯。
18.权利要求16或17的方法，所述方法还包含将庚二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA。
19.权利要求18的方法，其中具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶(pimelyl-[acp]methylester esterase)活性的多肽将庚二酰-CoA甲酯酶促转化为庚二酰-CoA。
20.权利要求19的方法，其中所述具有庚二酰-[acp]甲酯酯酶活性的多肽与SEQ IDNO:6所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
21.权利要求18至20中任一项的方法，其还包括将庚二酰-CoA酶促转化为选自下组的产物：庚二酸，7-氨基庚酸，7-羟基庚酸，七亚甲基二胺，和1,7-庚二醇。
22.权利要求21的方法，其中所述方法包括使用具有硫酯酶，可逆的CoA-连接酶，或戊烯二酸CoA-转移酶活性的多肽将庚二酰-CoA酶促转化为庚二酸。
23.权利要求22的方法，其中所述方法还包括使用具有羧酸还原酶活性的多肽将庚二酸酶促转化为庚二酸半醛。
24.权利要求21的方法，其中所述方法包括使用具有乙酰化醛脱氢酶(acetylatingaldehyde dehydrogenase)活性的多肽将庚二酰-CoA酶促转化为庚二酸半醛。
25.权利要求23或权利要求24的方法，所述方法还包括使用具有以下活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为庚二酸：5-氧代戊酸脱氢酶活性，6氧代己酸脱氢酶活性，7-氧代庚酸脱氢酶活性，或醛脱氢酶活性。
26.权利要求23或权利要求24的方法，所述方法还包括使用具有ω-转氨酶活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为7-氨基庚酸。
27.权利要求23或权利要求24的方法，所述方法还包括使用具有ω-转氨酶和/或羧酸还原酶活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为七亚甲基二胺。
28.权利要求23或权利要求24的方法，所述方法还包含使用具有以下活性的多肽将庚二酸半醛酶促转化为7-羟基庚酸：6-羟基己酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，4-羟基丁酸脱氢酶活性，或醇脱氢酶活性。
29.权利要求28的方法，所述方法还包含使用具有羧酸还原酶和醇脱氢酶活性的多肽将7-羟基庚酸酶促转化为1,7-庚二醇。
30.前述权利要求中任一项的方法，其中所述方法的一个或多个步骤通过发酵进行。
31.权利要求1至30中任一项的方法，其中所述宿主经受在需氧，厌氧，微需氧，或混合氧/反硝化培养条件下的培养策略。
32.权利要求1至31中任一项的方法，其中在磷酸盐，氧，和/或氮限制的条件下培养所述宿主。
33.权利要求1至32中任一项的方法，其中使用陶瓷膜保留所述宿主以在发酵期间维持高细胞密度。
34.权利要求30的方法，其中补料到所述发酵的主要碳源源自生物或非生物原料。
35.权利要求34的方法，其中所述生物原料是或源自单糖，二糖，木质纤维素，半纤维素，纤维素，木质素，乙酰丙酸、甲酸，甘油三酯，甘油，脂肪酸，农业废物，浓缩的酒糟可溶物(condensed distillers'solubles)，或城市废物。
36.权利要求34的方法，其中所述非生物原料是或源自天然气，合成气(syngas)，CO2/H2，甲醇，乙醇，苯甲酸盐/酯，来自环己烷氧化过程的非挥发性残留物(NVR)碱洗液废物流(non-volatile residue(NVR)caustic wash waste stream from cyclohexaneoxidation processes)，或对苯二甲酸/间苯二甲酸(isophthalic acid)混合物废物流。
37.权利要求30至36中任一项的方法，其中所述宿主包含一种或多种具有以下弱化的活性的多肽：聚羟基链烷酸合酶活性，乙酰CoA硫酯酶活性，乙酰CoA特异的β-酮硫解酶活性，形成乙酸的磷酸转乙酰酶活性，乙酸激酶活性，乳酸脱氢酶活性，menaquinol-延胡索酸氧化还原酶活性，产生异丁醇的2-酮酸脱羧酶活性，形成乙醇的醇脱氢酶活性，丙糖磷酸异构酶活性，丙酮酸脱羧酶活性，葡萄糖-6-磷酸异构酶活性，消散(dissipating)NADPH不平衡的转氢酶活性，消散NADPH不平衡的谷氨酸脱氢酶活性，利用NADH/NADPH的谷氨酸脱氢酶活性，庚二酰-CoA脱氢酶活性；接受C7构件块和中心前体作为底物的酰基-CoA脱氢酶活性；戊二酰-CoA脱氢酶活性；或庚二酰-CoA合成酶活性。
38.权利要求30至37中任一项的方法，其中所述宿主过表达一种或多种编码具有以下活性的多肽的基因：乙酰CoA合成酶活性；6-磷酸葡糖酸脱氢酶活性；转酮酶活性；吡啶(puridine)核苷酸转氢酶活性；甲酸脱氢酶活性；甘油醛-3P-脱氢酶活性；苹果酸酶活性；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶活性；果糖1,6二磷酸酶活性；L-丙氨酸脱氢酶活性；PEP羧化酶活性，丙酮酸羧化酶活性；PEP羧激酶活性；PEP合酶活性；用于产生辅因子不平衡的对NADPH特异的L-谷氨酸脱氢酶活性；甲醇脱氢酶活性，甲醛脱氢酶活性，赖氨酸转运蛋白活性；二羧酸转运蛋白活性；S-腺苷甲硫氨酸合成酶活性；3-磷酸甘油酸脱氢酶活性；3-磷酸丝氨酸转氨酶活性；磷酸丝氨酸磷酸酶活性；或多药物转运蛋白活性。
39.权利要求1至38中任一项的方法，其中所述宿主是原核生物。
40.权利要求39的方法，其中所述原核生物选自由以下组成的组：埃希氏菌属(Escherichia)；梭菌属(Clostridia)；棒状杆菌属(Corynebacteria)；贪铜菌属(Cupriavidus)；假单胞菌属(Pseudomonas)；代尔夫特菌属(Delftia)；芽孢杆菌属(Bacillus)；乳杆菌属(Lactobacillus)；乳球菌属(Lactococcus)和红球菌属(Rhodococcus)。
41.权利要求39的方法，其中所述原核生物选自由以下组成的组：大肠杆菌(Escherichia coli)、杨氏梭菌(Clostridium ljungdahlii)、自产乙醇梭菌(Clostridiumautoethanogenum)、克鲁佛梭菌(Clostridium kluyveri)、谷氨酸棒状杆菌(Corynebacterium glutamicum)、钩虫贪铜菌(Cupriavidus necator)、耐金属贪铜菌(Cupriavidus metallidurans)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、食油假单胞菌(Pseudomonas oleavorans)、食酸代尔夫特菌(Delftia acidovorans)、枯草芽胞杆菌(Bacillus subtillis)、德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)和马红球菌(Rhodococcus equi)。
42.权利要求1至38中任一项的方法，其中所述宿主是真核生物。
43.权利要求42的方法，其中所述真核生物选自由以下组成的组：曲霉属(Aspergillus)、酵母属(Saccharomyces)、毕赤氏酵属(Pichia)、耶罗维亚酵母属(Yarrowia)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、德巴利酵母属(Debaryomyces)、Arxula属，和克鲁维酵母菌属(Kluyveromyces)。
44.权利要求42的方法，其中所述真核生物选自由以下组成的组：黑曲霉(Aspergillusniger)、酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)、解脂耶罗维亚酵母(Yarrowia lipolytica)、东方伊萨酵母(Issathenkia orientalis)、汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、Arxula adenoinivorans和乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyces lactis)。
45.重组宿主，其包含编码具有脂肪酸O-甲基转移酶活性的多肽的外源核酸，所述宿主产生2(E)-庚烯二酸甲酯。
46.权利要求45的重组宿主，所述宿主还包含具有硫酯酶或者CoA-转移酶活性的外源多肽，所述宿主产生2(E)-庚烯二酸。
47.权利要求45或权利要求46的重组宿主，所述宿主还包含具有CoA连接酶活性的外源多肽，所述宿主还产生2(E)-庚二酰基-CoA甲酯。
48.权利要求45至47中任一项的重组宿主，所述宿主还包含具有反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性的外源多肽，所述宿主还产生己二酰-CoA甲酯和/或具有庚二酰-[acp]甲酯甲酯酶活性的外源多肽，所述宿主还产生庚二酰-CoA。
49.权利要求45至48中任一项的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：高柠檬酸合酶活性，高柠檬酸脱水酶活性，高乌头酸水合酶活性，异高柠檬酸脱氢酶活性，脱羧酶活性，吲哚丙酮酸脱羧酶活性，戊二酸半醛脱氢酶活性，或戊二酸:CoA连接酶活性。
50.权利要求45至48中任一项的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种外源多肽，其选自具有以下活性的多肽：(a)与乙酰乙酰CoA合酶活性组合的β-酮硫解酶活性或乙酰-羧化酶活性，(b)3-羟基丁酰-CoA脱氢酶活性，(c)烯酰CoA水合酶活性，和(d)与烯酰CoA还原酶活性或反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性组合的戊二酰-CoA脱氢酶活性，或(e)戊烯二酰基-CoA脱羧酶活性。
51.权利要求49或权利要求50的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：(i)β-酮脂酰-[acp]合酶活性或β-酮硫解酶活性，(ii)3-羟酸-CoA脱氢酶活性，和(iii)β-羟酸脱水酶活性。
52.权利要求45至48中任一项的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：高柠檬酸合酶活性，高柠檬酸脱水酶活性，高乌头酸水合酶活性，异高柠檬酸脱氢酶活性，2-羟基戊二酸脱氢酶活性，戊烯二酸CoA转移酶活性，或2-羟基戊二酰-CoA脱水酶活性。
53.权利要求45至48中任一项的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：戊二酸半醛脱氢酶活性，4-羟基-2-氧代庚二酸醛缩酶活性，2-氧代-庚-3-烯-1,7-二酸水合酶活性，2-烯酸还原酶活性，2-羟基戊二酸脱氢酶活性，戊烯二酸CoA转移酶活性，或2-羟基戊二酰-CoA脱水酶活性。
54.权利要求45至53中任一项的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：硫酯酶，醛脱氢酶，7-氧代庚酸脱氢酶，6-氧代己酸脱氢酶，戊烯二酸CoA转移酶，可逆的琥珀酰-CoA连接酶，乙酰化醛脱氢酶，或由磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶活性增强的羧酸还原酶，所述宿主还产生庚二酸或庚二酸半醛。
55.权利要求54的重组宿主，所述宿主还包含具有ω-转氨酶活性的外源多肽，所述宿主还产生7-氨基庚酸。
56.权利要求54的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：4-羟基丁酸脱氢酶活性，5-羟基戊酸脱氢酶活性，6-羟基己酸脱氢酶活性，或醇脱氢酶活性，所述宿主还产生7-羟基庚酸。
57.权利要求54至56中任一项的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：ω-转氨酶活性，脱乙酰酶活性，N-乙酰转移酶活性，由磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶活性增强的羧酸还原酶，或醇脱氢酶活性，所述宿主还产生七亚甲基二胺。
58.权利要求56的重组宿主，所述宿主还包含一种或多种具有以下活性的外源多肽：(a)由磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶活性增强的羧酸还原酶活性，和(b)醇脱氢酶活性，所述宿主还产生1,7-庚二醇。
59.权利要求23，27和29中任一项的方法，其中所述具有羧酸还原酶活性的多肽与SEQID NOs:7至12所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
60.权利要求26或27的方法，其中所述具有ω-转氨酶活性的多肽与SEQ ID NO:13至18所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
61.权利要求14的方法，其中所述具有CoA连接酶活性的多肽与SEQ ID NO:22或SEQ IDNO:23所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
62.权利要求17的方法，其中所述具有反式-2-烯酰基-CoA还原酶活性的多肽与SEQ IDNO:26或SEQ ID NO:27所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
63.权利要求22的方法，其中所述具有硫酯酶活性的多肽与SEQ ID NO:21所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
64.权利要求51的方法，其中所述具有β-酮硫解酶活性的多肽与SEQ ID NO:28至40所列的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。
65.生物衍生的产品，基于生物的产品或发酵衍生的产品，其中所述产品包含：
i.组合物，所述组合物包含至少一种根据权利要求1-64中任一项，或图1-9中任一项的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的化合物，或它们的任何组合，
ii.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的聚合物，其包含i.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的组合物或化合物，或它们的任何组合，
iii.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的树脂，其包含i.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的化合物或生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的组合物或它们的任何组合或ii.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的聚合物或它们的任何组合，
iv.模制物质，其通过使ii.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的聚合物或iii.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的树脂或它们的任何组合模制获得，
v.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的配制剂，其包含i.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的组合物、i.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的化合物、ii.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的聚合物、iii.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的树脂，或iv的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的模制物质，或它们的任何组合，或
vi.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的半固体或非半固体流，其包含i.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的组合物、i.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的化合物、ii.的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的聚合物、iii.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的树脂，v.生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的配制剂，或iv的生物衍生的、基于生物的或发酵衍生的模制物质，或它们的任何组合。
CN201580043006.XA 2014-06-16 2015-06-16 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞 Pending CN106795530A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462012674P 2014-06-16 2014-06-16
US201462012735P 2014-06-16 2014-06-16
US62/012,674 2014-06-16
US62/012,735 2014-06-16
PCT/US2015/035947 WO2015195611A2 (en) 2014-06-16 2015-06-16 Methods, reagents and cells for biosynthesizing compound

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN106795530A true CN106795530A (zh) 2017-05-31

Family

ID=53488477

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201580043213.5A Pending CN106795531A (zh) 2014-06-16 2015-06-16 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
CN201580043006.XA Pending CN106795530A (zh) 2014-06-16 2015-06-16 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201580043213.5A Pending CN106795531A (zh) 2014-06-16 2015-06-16 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞

Country Status (5)

Country Link
US (2) US9896702B2 (zh)
EP (2) EP3155105A1 (zh)
CN (2) CN106795531A (zh)
BR (2) BR112016029394A2 (zh)
WO (2) WO2015195654A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113817782A (zh) * 2021-09-27 2021-12-21 江南大学 一种庚二酸的全生物合成方法

Families Citing this family (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8647642B2 (en) 2008-09-18 2014-02-11 Aviex Technologies, Llc Live bacterial vaccines resistant to carbon dioxide (CO2), acidic PH and/or osmolarity for viral infection prophylaxis or treatment
JP2014525741A (ja) 2011-06-30 2014-10-02 インビスタ テクノロジーズ エス．アー．エール．エル． ナイロン−７、ナイロン−７，７、およびポリエステルを生産するための生物変換方法
BR112016029394A2 (pt) 2014-06-16 2017-10-17 Invista Tech Sarl métodos, reagentes e células para biossintetizar composto
US11180535B1 (en) 2016-12-07 2021-11-23 David Gordon Bermudes Saccharide binding, tumor penetration, and cytotoxic antitumor chimeric peptides from therapeutic bacteria
US11129906B1 (en) 2016-12-07 2021-09-28 David Gordon Bermudes Chimeric protein toxins for expression by therapeutic bacteria
BR112020010328A2 (pt) * 2017-11-30 2020-11-17 Toray Industries, Inc. micro-organismo geneticamente modificado e métodos de produção de ácido 3-hidroxiadípico, ácido a-hidromucônico e ácido adípico
CN108130334B (zh) * 2017-12-27 2021-04-13 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 柳枝稷s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因sams1调控木质素合成的应用
EP3775246A1 (en) * 2018-03-30 2021-02-17 INVISTA Textiles (U.K.) Limited Materials and methods for biosynthetic manufacture of carbon-based chemicals
US10975363B2 (en) 2018-03-30 2021-04-13 Inv Nylon Chemicals Americas, Llc Materials and methods for biosynthetic manufacture and utilization of synthetic polypeptides, and products therefrom
US12065636B2 (en) 2018-03-30 2024-08-20 Inv Nylon Chemicals Americas, Llc High hydrogen utilization and gas recycle
CN111836897B (zh) 2018-03-30 2023-10-17 英威达纺织（英国）有限公司 用于在好氧生物合成期间控制氧浓度的方法
WO2019213108A1 (en) 2018-05-02 2019-11-07 Invista Textiles (U.K.) Ltd. Methods for controlling limitation conditions in product biosynthesis for non-phb generating cupriavidus or ralstonia
WO2019213033A1 (en) 2018-05-02 2019-11-07 Invista North America S.A.R.L. Materials and methods for maximizing biosynthesis through alteration of pyruvate-acetyl-coa-tca balance in species of the genera ralstonia and cupriavidus and organisms related thereto
EP3788058A1 (en) 2018-05-02 2021-03-10 INVISTA Textiles (U.K.) Limited Materials and methods for differential biosynthesis in species of the genera ralstonia and cupriavidus and organisms related thereto
WO2019213017A1 (en) 2018-05-02 2019-11-07 Invista North America S.A.R.L. Materials and methods for controlling oxidation and reduction in biosynthetic pathways of species of the genera ralstonia and cupriavidus and organisms related thereto
US11098381B2 (en) 2018-05-02 2021-08-24 Inv Nylon Chemicals Americas, Llc Materials and methods for controlling regulation in biosynthesis in species of the genera Ralstonia or Cupriavidus and organisms related thereto
KR102187682B1 (ko) * 2018-06-08 2020-12-07 한국과학기술원 타입 iii 폴리케타이드 합성 효소 기반 신규 말로닐-코에이 바이오센서 및 그 용도
CN111394380A (zh) * 2020-03-11 2020-07-10 大连理工大学 一种利用甲酸脱氢酶提高纤维素水解液中甲酸和乙酸抗性的方法
CN114606169B (zh) * 2022-03-03 2023-10-17 清华大学 一种全细胞催化生产1,6-己二醇的方法、重组微生物及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013003744A2 (en) * 2011-06-30 2013-01-03 Invista Techonologies S.A R.L Bioconversion process for producing nylon-7, nylon-7,7 and polyesters

Family Cites Families (62)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US2439513A (en) 1945-11-30 1948-04-13 Du Pont Adipic acid process
US2557282A (en) 1949-03-31 1951-06-19 Du Pont Adipic acid process
US2791566A (en) 1953-09-16 1957-05-07 Ici Ltd Catalyst recovery process
US2840607A (en) 1956-02-20 1958-06-24 Union Oil Co Separation of dibasic acids
US2971010A (en) 1958-06-26 1961-02-07 Du Pont Production of dicarboxylic acid anhydrides
NL255708A (zh) 1959-09-08
US3338959A (en) 1962-08-22 1967-08-29 Du Pont Process for separation and recovery of glutaric, succinic, and adipic acids
US3365490A (en) 1966-08-05 1968-01-23 Du Pont Process for the production of dicarboxylic acids
US3719561A (en) 1966-08-26 1973-03-06 Kyowa Hakko Kogyo Kk Process for producing diaminopimelic acid
US3515751A (en) 1967-09-25 1970-06-02 Firestone Tire & Rubber Co Process for oxidation of cyclohexane
US4058555A (en) 1969-07-18 1977-11-15 El Paso Products Company Process for the purification of mixed acids
DE19706023A1 (de) 1997-02-17 1998-08-20 Bayer Ag Abbau von biologisch abbaubaren Polymeren mit Enzymen
US6372939B1 (en) 2000-11-16 2002-04-16 E.I. Du Pont De Nemours And Company Production of 6-aminocaproic acid
US6703529B1 (en) 2002-09-12 2004-03-09 E. I. Du Pont De Nemours And Company Process for oxidation of cyclohexane
US8110670B2 (en) 2006-05-19 2012-02-07 Ls9, Inc. Enhanced production of fatty acid derivatives
EP2041267A4 (en) 2006-07-06 2009-09-02 Integrated Genomics Inc COMPOSITIONS AND METHODS FOR INCREASING THE USE OF GLYCEROL
CA2688292C (en) 2007-06-01 2015-01-27 Evonik Roehm Gmbh A process for preparing methacrylic acid or methacrylic esters
FR2921364B1 (fr) 2007-09-20 2009-11-06 Arkema France Procede de coproduction de 7-oxoheptanoate de methyle et d'acide undecylenique a partir d'acide ricinoleique
TW202306945A (zh) 2008-03-11 2023-02-16 美商吉諾瑪蒂卡股份有限公司 由α-酮庚二酸製備6-胺己酸之技術
PL2252698T3 (pl) 2008-03-11 2018-03-30 Genomatica, Inc. Synteza estru lub tioestru adypianianowego
CN106119112B (zh) 2008-03-27 2021-07-13 基因组股份公司 用于产生己二酸和其他化合物的微生物
CN101983239A (zh) 2008-03-28 2011-03-02 加利福尼亚大学董事会 使用聚酮化物合酶制备二元羧酸
US8389252B2 (en) 2008-05-12 2013-03-05 Butamax(Tm) Advanced Biofuels Llc Yeast strain for production of four carbon alcohols
WO2009140695A1 (en) 2008-05-16 2009-11-19 Ls9, Inc. Methods and compositions for producing hydrocarbons
US20100035309A1 (en) 2008-08-06 2010-02-11 Luca Technologies, Inc. Analysis and enhancement of metabolic pathways for methanogenesis
KR20110104492A (ko) 2008-12-12 2011-09-22 메타볼릭스 인코포레이티드 폴리（5ｈｖ）및 5 탄소 화학물질의 생산을 위한 녹색 공정 및 조성물
CN102317464B (zh) 2008-12-12 2014-10-29 塞莱西翁有限公司 从α-酮酸生物合成双官能烷烃
JP2012512876A (ja) 2008-12-18 2012-06-07 インビスタ テクノロジーズ エス エイ アール エル シクロヘキサン酸化工程副生成物流れの誘導体およびそれの使用方法
BRPI1009197A2 (pt) 2009-03-11 2015-09-15 Dsm Ip Assets Bv preparação de ácido alfa-cetopimélico
US8377680B2 (en) 2009-05-07 2013-02-19 Genomatica, Inc. Microorganisms and methods for the biosynthesis of adipate, hexamethylenediamine and 6-aminocaproic acid
KR20120036851A (ko) 2009-05-15 2012-04-18 게노마티카 인코포레이티드 사이클로헥사논의 제조를 위한 유기체
US20100298612A1 (en) 2009-05-22 2010-11-25 Codexis, Inc. Engineered biosynthesis of fatty alcohols
EP2449091A4 (en) 2009-07-02 2012-12-05 Verdezyne Inc BIOLOGICAL METHODS FOR PREPARING ADIPIC ACID
WO2011031146A2 (en) 2009-09-11 2011-03-17 Dsm Ip Assets B.V. Preparation of alpha-ketopimelic acid
WO2011031147A1 (en) 2009-09-11 2011-03-17 Dsm Ip Assets B.V. Preparation of a compound comprising an amine group from an alpha-keto acid
US8361769B1 (en) 2009-11-16 2013-01-29 U.S. Department Of Energy Regioselective alkane hydroxylation with a mutant CYP153A6 enzyme
WO2012031910A2 (en) 2010-09-10 2012-03-15 Dsm Ip Assets B.V. Method for preparing alpha-ketopimelic acid by c1-elongation
WO2012071439A1 (en) 2010-11-22 2012-05-31 The Regents Of The University Of California Host cells and methods for producing diacid compounds
WO2012094425A2 (en) 2011-01-05 2012-07-12 Verdezyne, Inc. Biological methods for preparing adipic acid
CN103930558A (zh) 2011-04-01 2014-07-16 基因组股份公司 用于生产甲基丙烯酸和甲基丙烯酸酯类的微生物以及与之相关的方法
MY161761A (en) 2011-06-17 2017-05-15 Invista Tech Sarl Methods of making nylon intermediates from glycerol
WO2012174451A1 (en) 2011-06-17 2012-12-20 Invista Technologies S.A.R.L. Use of hydrolases to increase monomer content in waste stream
WO2012177721A1 (en) 2011-06-22 2012-12-27 Genomatica, Inc. Microorganisms for producing 6-aminocaproic acid
WO2013096898A2 (en) 2011-12-21 2013-06-27 Invista North America S.A.R.L. Bioconversion process for producing nylon-7, nylon-7,7 and polyesters
KR102043381B1 (ko) 2011-08-19 2019-11-11 게노마티카 인코포레이티드 2,4-펜타디에노에이트, 부타디엔, 프로필렌, 1,3-부탄디올 및 관련 알코올을 생합성하기 위한 미생물과 방법
BR112014012999A2 (pt) 2011-12-02 2017-06-13 Invista Tech Sarl método para biossíntese de butadieno
US9102958B2 (en) 2011-12-16 2015-08-11 Invista North America S.á.r.l. Methods of producing 6-carbon chemicals via CoA-dependent carbon chain elongation associated with carbon storage
CN104220601A (zh) * 2011-12-16 2014-12-17 英威达技术有限责任公司 经与碳储存相关的CoA 依赖性碳链延长制备6 碳化学品的方法
US9102960B2 (en) 2011-12-16 2015-08-11 Invista North America S.á.r.l. Methods of producing 6-carbon chemicals via CoA-dependent carbon chain elongation associated with carbon storage
EP2647718A3 (en) 2012-04-06 2014-12-24 Metabolic Explorer Process for producing 5-aminopentanoate empolying a recombinant microorganism
EP2888356A1 (en) 2012-08-23 2015-07-01 Bioamber Inc. Methods and microorganisms for the biological synthesis of (s)-2-amino-6-hydroxypimelate, hexamethylenediamine and 6-aminocaproate
BR112015013413A2 (pt) 2012-12-14 2017-11-14 Invista Tech Sarl método para biosintetizar um produto e hospedeiro recombinante
WO2014105805A2 (en) 2012-12-31 2014-07-03 Invista North America S.A.R.L. Methods of producing 6-carbon chemicals via methyl-ester shielded carbon chain elongation
US9580731B2 (en) 2012-12-31 2017-02-28 Invista North America S.A.R.L. Methods of producing 7-carbon chemicals via c1 carbon chain elongation associated with coenzyme B synthesis
US10196657B2 (en) 2012-12-31 2019-02-05 Invista North America S.A.R.L. Methods of producing 7-carbon chemicals via methyl-ester shielded carbon chain elongation
US9920336B2 (en) 2012-12-31 2018-03-20 Invista North America S.A.R.L. Methods of producing 7-carbon chemicals from long chain fatty acids via oxidative cleavage
CN105026569A (zh) 2012-12-31 2015-11-04 英威达技术有限责任公司 通过丙酮酸和琥珀酸半醛羟醛缩合生产7-碳化学物的方法
US9617572B2 (en) 2012-12-31 2017-04-11 Invista North America S.A.R.L. Methods of producing 7-carbon chemicals via aromatic compounds
US9637764B2 (en) 2012-12-31 2017-05-02 Invista North America S.A.R.L. Methods of producing 7-carbon chemicals via carbon chain elongation associated with cyclohexane carboxylate synthesis
US20140196904A1 (en) 2013-01-15 2014-07-17 Halliburton Energy Services, Inc. Methods of Controlled Release pH Adjustment for Oilwell Stimulation
BR112016004204A2 (pt) 2013-08-27 2017-10-17 Invista Tech Sarl métodos e materiais para produção de blocos de construção de cinco carbonos a partir de prolina
BR112016029394A2 (pt) 2014-06-16 2017-10-17 Invista Tech Sarl métodos, reagentes e células para biossintetizar composto

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013003744A2 (en) * 2011-06-30 2013-01-03 Invista Techonologies S.A R.L Bioconversion process for producing nylon-7, nylon-7,7 and polyesters

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
FLEISCHMANN,R.D.等: "登录号ABK73223.1", 《NCBI GENBANK》 *
PALMER,J.A.等: "登录号CAA39234.1", 《NCBI GENBANK》 *
STINEAR,T.P.等: "登录号ACC41782.1", 《NCBI GENBANK》 *
WEI-WEI ZHANG等: "Construction of recombinant Bacillus subtilis strains for efficient pimelic acid synthesis", 《ELECTRONIC JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113817782A (zh) * 2021-09-27 2021-12-21 江南大学 一种庚二酸的全生物合成方法
CN113817782B (zh) * 2021-09-27 2023-08-25 江南大学 一种庚二酸的全生物合成方法

Also Published As

Publication number Publication date
US20150361463A1 (en) 2015-12-17
EP3155106A2 (en) 2017-04-19
US20150361458A1 (en) 2015-12-17
WO2015195654A1 (en) 2015-12-23
EP3155105A1 (en) 2017-04-19
WO2015195611A3 (en) 2016-03-31
BR112016029388A2 (pt) 2017-10-17
US9988654B2 (en) 2018-06-05
WO2015195611A2 (en) 2015-12-23
BR112016029394A2 (pt) 2017-10-17
CN106795531A (zh) 2017-05-31
US9896702B2 (en) 2018-02-20

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106795530A (zh) 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
CN106795519A (zh) 用于生成戊二酸和戊二酸甲酯的方法
US9617572B2 (en) Methods of producing 7-carbon chemicals via aromatic compounds
US9580731B2 (en) Methods of producing 7-carbon chemicals via c1 carbon chain elongation associated with coenzyme B synthesis
US9790525B2 (en) Methods of producing 7-carbon chemicals via CoA-dependent carbon chain elongation associated with carbon storage
US9637764B2 (en) Methods of producing 7-carbon chemicals via carbon chain elongation associated with cyclohexane carboxylate synthesis
US9580733B2 (en) Methods of producing 6-carbon chemicals via methyl-ester shielded carbon chain elongation
CN105026570A (zh) 通过氧化裂解从长链脂肪酸生产7-碳化学物的方法
CN105026569A (zh) 通过丙酮酸和琥珀酸半醛羟醛缩合生产7-碳化学物的方法
US9102960B2 (en) Methods of producing 6-carbon chemicals via CoA-dependent carbon chain elongation associated with carbon storage
CN105408487A (zh) 通过甲酯保护的碳链延伸生产7碳化学物的方法
CN106795536A (zh) 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
CN105073997A (zh) 经由与碳储存有关的CoA依赖性碳链延长生成6碳化学品的方法
CN105849272A (zh) 用于从脯氨酸生产五碳结构单元的方法和材料
CN106795534A (zh) 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
CN107429272A (zh) 用于通过c9途径产生7‑碳化合物的方法和材料
JP2017533734A (ja) ６−炭素モノマーを産生するための方法および材料
CN106574283A (zh) 使用2,6‑二氨基庚二酸作为2‑氨基庚二酸的前体生产6‑碳化学品的方法
CN107636156A (zh) 由8碳化合物生产6碳单体的方法
CN107109444A (zh) 生产6‑碳单体的方法和材料
CN106795532A (zh) 用于生物合成化合物的方法、试剂和细胞
CN106715701A (zh) 通过氧化切割从长链脂肪酸生产6‑碳化学物的方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
TA01 Transfer of patent application right
TA01 Transfer of patent application right

Effective date of registration: 20171127

Address after: University of Manchester

Applicant after: INVISTA Textile Co. Ltd (UK)

Address before: St Gallen

Applicant before: Technology limited liability company of English Weida

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20170531