CN104818323B - 人类13、18和21号染色体20个str基因座的基因分型检测试剂盒 - Google Patents

人类13、18和21号染色体20个str基因座的基因分型检测试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明属于人核酸体外检测技术领域,具体涉及人类13、18和21号染色体20个STR基因座的基因分型检测试剂盒。本发明首先设计了对分布于人类13、18、21号染色体上的20个STR基因座同时进行基因分型的复合PCR扩增系统,其中PCR扩增引物组为:SEQ ID No.1~SEQ ID No.40;本发明的基因分型检测试剂盒包括引物组合物容器、PCR反应母液容器;引物组合物容器包含引物SEQ ID No.1~SEQ ID No.40组合物贮存液。本发明实现了对20个STR基因座的单管扩增,各荧光通道内以及不同荧光通道内的STR基因座扩增均衡,分型图谱良好;而且可显著节省成本、人力和时间,提高工作效率。

Description

人类13、18和21号染色体20个STR基因座的基因分型检测试 剂盒
技术领域
本发明属于人核酸体外检测技术领域,具体涉及对人基因组DNA中具有高度多态性的STR基因座的基因型的检测,具体涉及一个采用多重聚合酶链式反应对人类13、18和21号染色体上20个STR基因座进行基因分型检测的试剂盒。
背景技术
短串联重复序列( Short tandem repeats, STR)是一类广泛存在于人基因组中的DNA 串联重复序列,核心重复单位通常多为2-6个碱基,是人类基因组中最具多态性的遗传标记,其多态性主要源自核心重复单位在个体间重复次数的差异,并且核心重复单位重复次数在遗传过程中遵循孟德尔遗传规律。由于同一STR基因座的等位基因(STR基因座等位基因通常依据核心重复单位的重复次数来命名)在PCR过程中表现出的是扩增子长度的不同,基因分型方法相对简单。复合荧光多重PCR方法结合遗传分析仪毛管电泳,即可通过一次PCR反应准确、方便地得出多个STR基因座的基因分型结果。因此,STR基因座被广泛应用于法医DNA分析中的个体识别、亲缘关系鉴定,以及群体遗传学研究、细胞倍型分析等。目前在世界范围内已有多个在法医学应用广泛的商品化STR基因座分型试剂盒。
然而,STR基因座在上述应用中存在的一个问题是,STR基因座本身具有较高的自发突变率。通常认为,无论是3核苷酸、4核苷酸还是5核苷酸核心重复单位的STR基因座,在人的遗传过程中的自发突变率都相似,约在0.2%水平。这是STR基因座产生并得以维持其多态性的重要原因。但STR基因座的这一特性却对其在亲缘关系鉴定中应用造成了困扰。当父子或母子间在某个常染色体STR基因座不吻合孟德尔遗传规律时,往往需要增加更多的STR基因座分型结果进一步评估被检个体间的遗传关系。而在对同胞或其它远一些亲缘关系(如祖孙、叔侄等)进行分析时,往往需要在传统所检STR基因座的基础上补充更多的STR基因座信息。同时,在临床医学中,也往往对特定染色体(如13、18、21号染色体)的倍型更为关注。通过同一条染色体上多个高度多态性的STR基因座的峰型图,往往可以为临床医生提生更多的相关染色体的倍型信息。
发明内容
本发明的目的就是针对法医DNA分析中对补充STR基因座分型的需求以及临床中对13、18和21号染色体倍型检测的需求,提供一种可同时对13、18和21号染色体上共20个STR基因座进行基因分型的试剂盒。
本发明首先建立一个可在一个PCR反应中对13号染色体上6个STR基因座、18号染色体上6个STR基因座、21号染色体上8个STR基因座进行复合PCR扩增的系统。所述20个STR基因座为:D13S796、D13S317、D13S795、D13S788、D13S1817、D13S325、D18S1357、D18S1364、ATA82B02、D18S851、D18S978、D18S1371、D21S1413、D21S1442、D21S1411、Penta D、D21S1432、D21S11、D21S1446、D21S1444。根据每一STR基因座扩增子长度分布范围,将所述20个STR基因座分为四组,其对应PCR扩增引物分别:
第一组为分布于13号染色体上的6个STR基因座依扩增子大小依次为:D13S796、D13S317、D13S795、D13S788、D13S1817、D13S325,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ IDNo.7、SEQ ID No.8、SEQ ID No.9、SEQ ID No.10、SEQ ID No.11和SEQ ID No.12所示。第一组STR基因座上游引物均采用HEX荧光素进行标记。
第二组为分布于18号染色体上的6个STR基因座依扩增子大小依次为:D18S1357、D18S1364、ATA82B02、D18S851、D18S978、D18S1371,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.13、SEQ ID No.14、SEQ ID No.15、SEQ ID No.16、SEQ ID No.17、SEQ IDNo.18、SEQ ID No.19、SEQ ID No.20、SEQ ID No.21、SEQ ID No.22、SEQ ID No.23和SEQID No.24所示。第二组STR基因座上游引物均采用FAM荧光素进行标记。
第三组为分布于21号染色体上的4个STR基因座依扩增子大小依次为:D21S1413、D21S1442、D21S1411、Penta D,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.25、SEQID No.26、SEQ ID No.27、SEQ ID No.28、SEQ ID No.29、SEQ ID No.30、SEQ ID No.31、SEQID No.32所示。第三组STR基因座均采用TAMRA荧光素进行标记。
第四组为分布于21号染色体上的4个STR基因座依扩增子大小依次为:D21S1432、D21S11、D21S1446、D21S1444,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.33、SEQ IDNo.34、SEQ ID No.35、SEQ ID No.36、SEQ ID No.37、SEQ ID No.38、SEQ ID No.39、SEQ IDNo.40所示。第四组STR基因座均采用ROX荧光素进行标记。
上述20个STR基因座对应的复合PCR扩增引物及荧光素修饰特征列表如下:
每一组STR基因座PCR扩增产物长度相互不重叠。调整各STR基因座PCR引物工作浓度,使同一组内纯合子间或杂合子间片段峰高相差在40%以内。其中,第一组与第二组STR基因座PCR扩增引物的工作浓度为150〜300nmol/L,第三组与第四组STR基因PCR扩增引物的工作浓度为200〜350nmol/L。
本发明提供的人13、18和21号染色体上20个STR基因座基因型检测试剂盒,其包含引物组合物容器、PCR反应母液容器。其中:
引物组合物容器内有如SEQ ID No.1-SEQ ID No.40所示的上述20个STR基因座的复合PCR扩增系统的引物组合物的贮存液,贮存液中各引物的浓度为相应引物工作液浓度的10倍;
PCR反应母液容器内有进行PCR反应的2倍反应浓度的PCR反应母液,PCR反应母液包含DNA聚合酶、镁离子、dNTP等。
本发明检测试剂盒的使用方法,具体如下:
(1)提取人基因组DNA,紫外分光定量基因组DNA浓度为1〜10ng/μL;
(2)多重PCR扩增:总反应体系为20μL,反应体系组成如下:
2×PCR反应母液 10μL
引物SEQ ID No.1~SEQ ID No.40组合物 2μL
样本DNA模板 1μL
ddH2O 7μL
(3)PCR反应在普通PCR仪上( 如ABI9700、ABI9600、Bio-Rad C1000 等)进行,PCR反应条件如下:95℃10分钟启动后,95℃ 30秒、60℃ 60秒、72℃ 60秒,共28个循环,然后72℃保温60分钟,然后4℃保温;
(4)PCR产物取1μL,按常规操作在遗传分析仪上进行毛细管电泳;
(5)对电泳后的数据利用专用数据分析软件(如GeneMapper等)分析,可以得到每一个STR 基因座的分型图谱和数据。
其中,所述DNA模板是指人类基因组DNA。人类基因组DNA可采用各种常规方法(如Chelex-100法、磁珠法、酚氯仿法以及各种商品化的人基因组DNA提取试剂盒等)从以下组织或检材中提取得到:人血液、血斑、精液、精斑、唾液、唾液斑、羊水、毛发、肌肉组织、骨骼等。较佳地,20μL的PCR扩增体系中,DNA 模板量在0.5ng 至4ng 的范围内能够得到较好的扩增与分型结果。
本发明所提供的20个STR基因座复合PCR扩增系统的PCR扩增产物可采用遗传分析仪(如AB3130XL、AB3500 Genetic Analyzer)进行毛细管电泳分析,电泳后的数据可以在GeneMapper等数据分析软件上分析,得到每一个STR 基因座的分型图谱和数据。
本发明的有益效果:
在建立多重PCR扩增系统过程中,随着所检测STR基因座个数的增加,各对引物间的相互干扰也会增加。本发明通过优化的设计,实现了对20个STR基因座的单管扩增,各荧光通道内以及不同荧光通道内的STR基因座扩增均衡,分型图谱良好。
本发明所提供的20个常染色体STR基因座复合扩增系统,除21号染色体上的PentaD和D21S11两个在法医学DNA分析中已广泛应用的STR基因座外,其它18个STR基因座均为3核苷酸或4核苷酸核心重复单位,在汉族人群中显示出高度多态性,并且均不包括在主流的法医学DNA分型试剂盒中,可作为法医DNA分析,尤其是复杂亲缘关系鉴定中的有益补充。
本发明所提供的多重PCR扩增系统检测的20个STR基因座分别分布在人类3条特定的染色体上,即13、18和21号常染色体上。其中,13和18号染色体各有6个STR基因座、21号染色体上有8个STR基因座。依据STR基因的峰型可对上述3条染色体的倍型判断提供辅助信息。当同一条染色体上多个STR基因座出现三峰峰型或杂合子表现为2:1峰型时,在排除混合DNA样本的前提下可提示该条染色体为三体型。另外,在本发明所提供的这20个STR基因座的多重PCR扩增系统中,13号染色体上的6个STR基因座占用一个荧光同道,18号染色体上的6个STR基因占用一个荧光通道,21号染色体上的8个STR基因座占用2个荧光通道,这样的排布使得对13、18和21号染色体的倍型分析时更为直观便捷。
采用本发明所提供的20个STR基因座分型检测试剂盒,除21号染色体上的Penta D和D21S11外,可通过一次反应提供18个高度多态性的常染色体STR基因座分型信息,无论是在PCR 扩增环节还是遗传分析仪检测环节,都可显著节省成本、人力和时间,从而提高工作效率。
附图说明
图1和图2为一例正常人DNA样本采用本发明所提供试剂盒得到的20个STR基因座分型图谱。
图3和图4为一例21三体综合征DNA样本采用本发明所提供试剂盒得到的20个STR基因座分型图谱。
具体实施方式
为更好的理解本发明的内容,下面以人血样本中20个STR基因座分型检测为具体实施例作进一步说明。应理解,下列具体实施例仅用于说明本发明,而不是对本发明的限制。
在本实施例中扩增反应在ABI 9700 热循环仪上进行,电泳及检测在ABI 3500遗传分析仪上进行,数据分析采用GeneMapper ID v3.2 软件。所使用其它试剂和材料如内标、POP7、毛细管电泳缓冲液、Hi-Di、等位基因阶梯(ladder)均为本领域技术人员常用的常规材料。
实施例1:人血样本基因组DNA制备
测试样本在知情同意下由志愿者捐献。按医疗常规采外周静脉血1mL,EDTA抗凝。采用QIAGEN公司的人外周血基因组抽提试剂盒抽提基因组DNA,洗脱体积为100微升,采用紫外分光定量仪定量,稀释基因组DNA浓度至1ng/μL。
实施例2:PCR体系配制
按以下体系配制PCR反应体系(总反应体系为20μL):
2×PCR反应母液 10μL
引物组合物 2μL
样本DNA模板 1μL
ddH2O 7μL
在试剂盒中取出引物组合物容器、PCR反应母液容器。按总反应数乘以上述反应体系中单个反应需要量分别计算出所需要的PCR反应母液量、引物组合物量、PCR反应辅助液量和ddH2O量,在一个1.5mL EP管中将上述试剂混均匀,在按每个PCR反应管19μL进行分装、编号,然后按样本编号分别加入样本DNA模板1μL,并再次混匀。
实施例3:PCR反应
采用ABI 9700 PCR仪进行PCR反应。
PCR条件如下:95℃10分钟启动后,95℃ 30秒、60℃ 60秒、72℃ 60秒,共30个循环,然后72℃保温60分钟,然后4℃保温。
实施例4:毛细管电泳分型检测
1)取(1μL内标+10μL Hi-Di)×(样品数+1)配成混合液,混合后按每管10μL分装在96孔板板孔中。其中一孔中加入1μL等位基因阶梯(Ladder)。
2)取1μL PCR产物按样本编号加入相应的96孔板板孔中。
3)样品95℃变性4 分钟,然后迅速冰上冷却4 分钟。
4)将样品放入基因分析仪的样品托盘中,按常规参数进行毛细管电泳(参见遗传分析仪厂商操作说明书)。
5)毛细管电泳结束,用GeneMapper 软件分析实验数据得到分型图谱,参见图1至图4所示。
图1和图2所示为正常人基因组DNA分型图谱,FAM标记18号染色体上6个STR基因座(从左至右依次为D18S1357、D18S1364、ATA82B02、D18S851、D18S978、D18S1371),HEX标记13号染色体上6个STR基因座(从左至右依次为:D13S796、D13S317、D13S795、D13S788、D13S1817、D13S325),TAMRA标记21号染色体上4个STR基因座(从左至右依次为:D21S1413、D21S1442、D21S1411、Penta D),ROX标记21号染色体上4个STR基因座(从左到右依次为:D21S1432、D21S11、D21S1446、D21S1444),均分型清楚,每一个基因座等位基因个数不超过2个,杂合子2个等位基因峰高比在0.8-1.2之间,同一荧光通道内不同等位基因座杂合子间峰高相差不超过30%,符合法医DNA分型试剂盒对于均衡性的要求。
图3和图4所示为一例临床诊断21三体综合征患儿标本分型图谱。FAM标记18号染色体上6个STR基因座,HEX标记13号染色体上6个STR基因座,均为正常峰型,每个基因座等位基因个数不超过2个,杂合子峰高均衡,提示18号及13号染色体倍型正常。TRMRA及ROX标记21号染色体上8个STR基因座中,TAMRA标记的2个STR基因座及ROX标记的后2个STR基因座均为3峰峰型,其它STR基因座均表现为2个等位基因,但2个等位基因峰高不均衡,峰高较高的等位基因与峰高较低的等位基因的峰高约为2:1,提示21号染色体为3倍型。
本发明所提出的一种人类13、18和21号染色体20个STR基因座分型试剂盒可在具有PCR仪以及遗传分析的实验室稳定实施,检测时间为3-4小时。同时,本发明所提供的试剂可以方便地在生物技术公司生产以及在生物医学检测机构、法医DNA检测机构用于检测,具备产业化以及推广应用的条件。
本发明已参照其特定的实施例作了描述。对于本领域技术人员而言,依据前面的描述,可能对本发明做各种修改或变换,包括(但不仅限于):改变不同组别的荧光素标记,改变荧光素标记的引物(如由标记上游引物改变为标记下游引物),依据各STR基因座等位基因范围改变基因组的分组排布,依据其它的PCR反应母液对PCR扩增条件、引物反应浓度进行优化,以及改变所推荐的反应体系等。很显然,上述修改或变换对于本领域技术人员而言都是可能的,但这些修改和变换并不背离本发明的精神和范围。
序列表
<110> 上海五色石医学研究有限公司
<120> 一种用于人类13、18和21号染色体20个STR基因座的分型试剂盒
<160> 40
<210> 1
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
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TGGTAGCTTA ATTATGGCAC TATCTA 26
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<212> DNA
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<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(25)
<223> D13S796基因座下游引物
<400> 2
CACAGATATG GAGGGATGAC TGTAG 25
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(24)
<223> D13S317基因座上游引物,5’端HEX荧光素标记
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AGTTCATTTC TTTAGTGGGC ATCC 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(22)
<223> D13S317基因座下游引物
<400> 4
TCCTCCTTCA ACTTGGGTTG AG 47
<210> 5
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<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(24)
<223> D13S795基因座上游引物,5’端HEX标记
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TCACTTTAAA TCTGGAATGA TGGC 24
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<223> D13S795基因座上游引物
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CCACCCAAAC AGGGATCGAT 20
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<212> DNA
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<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(26)
<223> D13S788基因座上游引物,5’端HEX标记
<400> 7
AGAGATTTCG GGAGTCATAG TCTAGC 26
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(19)
<223> D13S788基因座下游引物
<400> 8
TGGGTCCTTT CGGTCGCCA 19
<210> 9
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(23)
<223> D13S1817基因座上游引物,5’端HEX标记
<400> 9
TAACCGGACC TCAGATCTGA ATC 23
<210> 10
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<212> DNA
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<220>
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<222> (1)...(22)
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GAACAGAAGC AAGGGGGATT AA 22
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<220>
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<222> (1)...(23)
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<400> 11
ACAGCAGAAA GTGGCTTTGA GTG 23
<210> 12
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(26)
<223> D13S325基因座下游引物
<400> 12
TAACTATTCA TGCTAACCAT TCTCCC 26
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(23)
<223> D18S1357基因座上游引物,5’端FAM标记
<400> 13
TATGTGAAGT TTTCAGGGTC CAT 23
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(20)
<223> D18S1357基因座下游引物
<400> 14
CCCTTATCCC ACAGGATGCC 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(20)
<223> D18S1364基因座上游引物,5’端FAM标记
<400> 15
ACAGGGCCCC AATACAGGAG 20
<210> 16
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(28)
<223> D18S1364基因座下游引物
<400> 16
GAGAAATCCA GTAAAGAAAT AAGTCTGT 28
<210> 17
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(23)
<223> ATA82B02基因座上游引物,5’端FAM标记
<400> 17
AGGACTCTCC CACAGCAAAT ACC 23
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(20)
<223> ATAB2B02基因座下游引物
<400> 18
ATCATGCCAC TGCACTCCAG 20
<210> 19
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(25)
<223> D18S851基因座上游引物,5’端FAM标记
<400> 19
AGCTGAAAAG AATCTCTCTC TGTCC 25
<210> 20
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(24)
<223> D18S851基因座下游引物
<400> 20
CCATACAACA AGCCTTTATG AAGC 24
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(22)
<223> D18S978基因座上游引物,5’端FAM标记
<400> 21
CTCTTCCCAG GTCTGAAGCA TG 22
<210> 22
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(24)
<223> D18S978基因座下游引物
<400> 22
TTCTTCAGTA TCATCTTGTG CCTC 24
<210> 23
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(22)
<223> D18S1371基因座上游引物,5’端FAM标记
<400> 23
CTGGGTGGCA GATGTACTCA TT 22
<210> 24
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(25)
<223> D18S1371基因座下游引物
<400> 24
TTCATGTGTG TGTAAACATC ATAGG 25
<210> 25
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(28)
<223> D21S1413基因座上游,5’端TAMRA标记
<400> 25
TACAGTTCTT CACAGAGTTC TTTCTAAA 28
<210> 26
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(25)
<223> D21S1413基因座下游引物
<400> 26
GAAAAATCAT ACATAAAGCT GCCAG 25
<210> 27
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(22)
<223> D21S1442基因座上游引物,5’端TAMRA标记
<400> 27
CTCCCAGTGC ACAGACTGTA CA 22
<210> 28
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(26)
<223> D21S1442下游引物
<400> 28
AGACTTCTCG ATCTCCAGAA TCACAT 26
<210> 29
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(30)
<223> D21S1411基因座上游引物,5’端TAMRA标记
<400> 29
ATAGGATGGA TAAATAGAAC ATAGGTAGAT 30
<210> 30
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(26)
<223> D21S1411基因座下游引物
<400> 30
TCGGAAGATT TATAAGTAGG ACAAAT 26
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(20)
<223> Penta D基因座上游引物,5’端TAMRA标记
<400> 31
ATAGCCAGGC ATGGTGAGGC 20
<210> 32
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(27)
<223> Penta D基因座下游引物
<400> 32
TGATTAGAAG TACTTTCTCT TAGCCTG 27
<210> 33
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(25)
<223> D21S1432基因座上游引物,5’端ROX标记
<400> 33
CCTCAGCTTG TAGACAGCCT ATTGT 25
<210> 34
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(30)
<223> D21S1432下游引物
<400> 34
AGGGACAGAA CTAATAGGCT AGATACATAG 30
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(25)
<223> D21S11基因座上游引物,5’端ROX标记
<400> 35
TTATGGGACT TTTCTCAGTC TCCAT 25
<210> 36
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(31)
<223> D21S11下游引物
<400> 36
GACTAATAGG AGGTAGATAG ACTGGATAGA T 31
<210> 37
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(34)
<223> D21S1446基因座上游引物,5’端ROX标记
<400> 37
TAGTACATCA AATTATGTAC GATACGTAAT ACTT 34
<210> 38
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(28)
<223> D21S1446基因座下游引物
<400> 38
GTCGAGGTAT ACAGAGTAAC AGGAACTC 28
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(20)
<223> D21S1444基因座上游引物,5’端ROX标记
<400> 39
TGTGATGGCT GCCACATGAA 20
<210> 40
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(23)
<223> D21S1444基因座下游引物
<400> 40
TATTTTGTTA TGGCAGCCCT AGC 23

Claims (6)

1.一种对分布于人13、18、21号染色体上的20个STR基因座同时进行基因分型的复合PCR扩增系统,所述20个STR基因座为D13S796、D13S317、D13S795、D13S788、D13S1817、D13S325、D18S1357、D18S1364、ATA82B02、D18S851、D18S978、D18S1371、D21S1413、D21S1442、D21S1411、Penta D、D21S1432、D21S11、D21S1446、D21S1444;其特征在于上述20个STR基因座分为四组,其组合方式与相应的PCR扩增引物如下:
第一组为分布于13号染色体上的6个STR基因座:D13S796、D13S317、D13S795、D13S788、D13S1817、D13S325,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8、SEQ IDNo.9、SEQ ID No.10、SEQ ID No.11和SEQ ID No.12所示;第一组STR基因座上游引物均采用HEX荧光素进行标记;
第二组为分布于18号染色体上的6个STR基因座:D18S1357、D18S1364、ATA82B02、D18S851、D18S978、D18S1371,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.13、SEQ IDNo.14、SEQ ID No.15、SEQ ID No.16、SEQ ID No.17、SEQ ID No.18、SEQ ID No.19、SEQ IDNo.20、SEQ ID No.21、SEQ ID No.22、SEQ ID No.23和SEQ ID No.24所示;第二组STR基因座上游引物均采用FAM荧光素进行标记;
第三组为分布于21号染色体上的4个STR基因座:D21S1413、D21S1442、D21S1411、PentaD,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.25、SEQ ID No.26、SEQ ID No.27、SEQID No.28、SEQ ID No.29、SEQ ID No.30、SEQ ID No.31、SEQ ID No.32所示;第三组STR基因座均采用TAMRA荧光素进行标记;
第四组为分布于21号染色体上的4个STR基因座:D21S1432、D21S11、D21S1446、D21S1444,相应的PCR扩增引物核苷酸序列依次为SEQ ID No.33、SEQ ID No.34、SEQ IDNo.35、SEQ ID No.36、SEQ ID No.37、SEQ ID No.38、SEQ ID No.39、SEQ ID No.40所示;第四组STR基因座均采用ROX荧光素进行标记。
2.如权利要求1所述的复合PCR扩增系统,其特征在于,第一组与第二组STR基因座PCR扩增引物的工作浓度为150〜300nmol/L,第三组与第四组STR基因PCR扩增引物的工作浓度为200〜350nmol/L。
3.如权利要求1所述的复合PCR扩增系统,其特征在于,引物由SEQ ID No.1-40所示核苷酸序列的PCR引物的干粉或溶液组成。
4.一种用于分析DNA样品20个STR基因座基因分型的非诊断方法,其特征在于使用权利要求1-3之一所述的复合PCR扩增系统检测人DNA样本,所述人DNA样本选自人血液、血斑、精液、精斑、唾液、唾液斑、羊水、毛发、肌肉组织、骨骼中的一种或多种。
5.一种人类13、18、21号染色体上20个STR基因座分型检测试剂盒,所述20个STR基因座为D13S796、D13S317、D13S795、D13S788、D13S1817、D13S325、D18S1357、D18S1364、ATA82B02、D18S851、D18S978、D18S1371、D21S1413、D21S1442、D21S1411、Penta D、D21S1432、D21S11、D21S1446、D21S1444;其特征在于,包含引物组合物容器、PCR反应母液容器;其中:
所述引物组合物容器包含引物SEQ ID No.1~SEQ ID No.40组合物贮存液,贮存液浓度为相应工作浓度的10倍;
所述PCR反应母液容器内有进行PCR反应的2倍反应浓度的PCR反应母液,PCR反应母液包含DNA聚合酶、镁离子、dNTP。
6.一种如权利要求5所述检测试剂盒的使用方法,其特征在于具体步骤如下:
(1)提取人基因组DNA,紫外分光定量基因组DNA浓度为1〜10ng/μL;
(2)多重PCR扩增:总反应体系为20μL,反应体系组成如下:
2×PCR反应母液 10μL
引物SEQ ID No.1~SEQ ID No.40组合物 2μL
样本DNA模板 1μL
ddH2O 7μL
(3)PCR反应在普通PCR仪进行,PCR反应条件如下:95℃10分钟启动后,95℃ 30秒、60℃60秒、72℃ 60秒,共28个循环,然后72℃保温60分钟,然后4℃保温;
(4)PCR产物取1μL,按常规操作在遗传分析仪上进行毛细管电泳;
(5)对电泳后的数据利用专用数据分析软件分析,得到每一个STR 基因座的分型图谱和数据;
所述方法为非诊断用途。
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