CN103562444B

CN103562444B - 使用配体文库的诊断和治疗方法

Info

Publication number: CN103562444B
Application number: CN201280025178.0A
Authority: CN
Inventors: M·R·穆拉; J·席尔克
Original assignee: OPKO Pharmaceuticals LLC
Current assignee: OPKO Pharmaceuticals LLC
Priority date: 2011-03-24
Filing date: 2012-03-23
Publication date: 2017-08-25
Anticipated expiration: 2032-03-23
Also published as: BR112013024453A2; MX351228B; EA201391378A1; AU2012230880B2; US20120270741A1; MX2013011000A; WO2012129457A3; KR20140027174A; EP2688911A4; EP2689053A2; CL2013002731A1; EA201391382A1; AU2012230818A1; JP6153921B2; JP6412798B2; TWI630389B; EA037648B1; CL2013002732A1; WO2012129457A2; JP2014515739A

Abstract

本发明涉及使用配体文库的诊断和治疗方法。具体地，本发明涉及使用配体文库诊断或检测药物诱导应答，所述药物诱导应答包括药物不良反应、副作用、药物抗性和治疗效果。本发明还涉及鉴定与药物诱导应答相关的生物标记且提供个体化医学治疗。

Description

使用配体文库的诊断和治疗方法

与相关申请的交叉参考

本申请要求分别于2011年3月24日、2011年5月31日和2012年1月6日提交的美国临时专利申请61/467,256、61/491,717和61/583,881的优先权，所有所述专利申请均全文以引用方式并入本文。

技术领域

本发明涉及使用配体文库及由其衍生的活性化合物的诊断和治疗方法。具体地，本发明涉及使用配体文库发现用于测定疾病生物标记概况且诊断或检测药物诱导应答的配体，所述药物诱导应答包括药物不良反应、副作用、药物抗性和治疗效果。本发明还涉及鉴定与药物诱导应答相关的生物标记且提供个体化医学治疗。

背景技术

小分子微阵列变成组合化学中越来越重要的工具。阵列一般通过下述产生：首先在合适的珠树脂上合成组合文库，将珠分离到微量滴定板的孔内，并且随后从珠中释放化合物。随后将所得的溶液用机器点在化学修饰的玻璃载玻片上，使得文库衍生的分子共价附着至表面。作为另外一种选择，存在用于在阵列表面上原位合成特定种类的化合物的方法。迄今为止最常见的小分子微阵列应用是作为用于文库筛选的通用平台，通常目的为鉴定关于给定目的蛋白质的小分子配体。

美国专利公开2007/0003954公开了使用小分子微阵列的蛋白质和抗体概况分析。本申请公开了与配体结合部分结合的配体，其中所述配体排列在用于筛选生物标记和分子指纹的合成分子阵列中。其中描述的具体阵列包括例如具有与阵列结合的7680种不同化合物的类肽微阵列。在那个公开中，基于珠的文库用作制备类肽的起始方法，所述类肽随后转移至微阵列以筛选生物液体，在该微阵列上具有可寻址的定位。筛选导致阵列上对于复杂生物混合物中的任何特定蛋白质的独特模式或分子指纹。在此以引用方式并入的美国专利申请2010/0303805公开了可用于在生物液体中筛选与中枢神经系统障碍相关的生物标记的特定类肽和诊断阵列。其中公开的用于在其中形成阵列的具体单体也可用于本发明的新筛选方法中，条件是该文库扩大至数目大得多的珠/类肽或珠/配体，例如大于I00K至150MM。

本申请的发明人已发现显著更大的基于珠的文库（相对于用于抗体生物标记的基于微阵列的筛选或用于细胞的基于珠的筛选）可在适当条件下用于直接筛选复杂生物样品，以发现药物应答相关生物标记以及与此类配体结合部分结合的显著更大的配体库。这个显著更大的库包括显著改善数目的高亲和力配体，其充当诊断工具以及潜在治疗学。

发明内容

在一个实施例中，本发明提供抗体文库。在示例性实施例中，本发明提供基于珠的大型随机配体文库，包括随机类肽配体文库。

在另一个实施例中，本发明提供用于诊断受试者中的药物诱导应答的方法，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述药物诱导应答相关，从而诊断所述受试者中的所述药物诱导应答。在一个示例性实施例中，所述药物诱导应答是不良反应，在另一个示例性实施例中，所述药物诱导应答是副作用。在另一个示例性实施例中，所述药物诱导应答是针对所述药物的抗性。在另一个示例性实施例中，所述药物诱导应答是其治疗功效包括剂量功效。

在另一个实施例中，本发明提供用于治疗受试者中的疾病的方法，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；测定所述一种或多种标记是否与针对用于治疗所述疾病的药物的应答相关；基于针对所述应答的所述一种或多种标记之间的关联的测定，给所述受试者施用所述药物，从而治疗所述受试者中的所述疾病。

在另一个实施例中，本发明提供用于检测受试者中针对药物的不良反应危险的方法，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述危险相关，从而检测所述受试者中针对所述药物的所述不良反应危险。

在另一个实施例中，本发明提供用于就针对治疗疾病的药物的应答来概况分析一个或多个受试者的方法，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与关于所述药物的所述应答相关，从而就针对治疗所述疾病的所述药物的所述应答来概况分析所述一个或多个受试者。

在另一个实施例中，本发明提供用于鉴定与用于治疗疾病的药物诱导应答相关的标记的方法，该方法包括：从受试者中获得生物样品；针对所述生物样品筛选配体文库；测定在所述样品中的标记与文库中的配体的结合特征；且测定所述标记是否与用于治疗所述疾病的所述药物诱导应答相关，从而鉴定与用于治疗所述疾病的所述药物诱导应答相关的所述标记。

在另一个实施例中，本发明提供用于鉴定与针对用于治疗疾病的药物的应答相关的标记的方法，该方法包括：从显示出针对用于治疗所述疾病的所述药物的所述应答的一个或多个受试者中获得第一组生物样品；从未显示出针对用于治疗所述疾病的所述药物的所述应答的一个或多个受试者中获得第二组生物样品；针对所述第一和第二生物样品筛选随机配体文库；测定在所述第一和第二生物样品之间一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合中的差异；且鉴定与针对用于治疗所述疾病的所述药物的所述应答相关的标记。在示例性实施例中，该标记是能够与类肽配体结合的自身抗体。

本发明的其他特点和优点由于下文详细描述的例子和附图将变得显而易见。然而，应当理解详述和具体例子在指示本发明的优选实施例的同时，仅作为举例说明给出，因为在本发明的精神和范围内的多种变化和修饰由于这个详述对于本领域技术人员将变得显而易见。

附图说明

图1显示用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(KN1B)文库制备的基本化学示意图。图IA显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始（PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成）。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体（单体胺和卤代乙酸）。

图2显示也用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(JC3B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始（PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成）。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其随后反应以形成B中所示的化合物，图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体（单体胺和卤代乙酸）。JC3B还用于筛选胰腺癌血清。

图3显示用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(JC4B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始（PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成）。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其随后反应以形成B中所示的化合物，图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体（单体胺和卤代乙酸）。

图4显示用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(JC5B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始（PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成）。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体（单体胺和卤代乙酸）。JC5B单体包括异丁胺、2-甲氧基乙胺、二氨基丁烷、糠胺、环己胺、R-甲基苄胺、胡椒基胺和4-(氨乙基)苯磺酰胺。

图5显示用于筛选血清样品的Tentagel珠(JC7B)文库制备的基本化学示意图。图3A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始（PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成）。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图IC显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体（单体胺和卤代乙酸）。

图6显示使用基于珠的类肽配体文库筛选复杂生物样品的本发明过程示意图。

图7显示在制备为针对阿尔茨海默氏正常对照血清样品和阿尔茨海默氏患病血清样品筛选的类肽文库(JOB)中的QDot添加后的正常对照(NC)Dynabead命中。挑出命中且剩余配体结合的珠用于基于疾病的筛选中。

图8显示在取出NC命中后，来自阿尔茨海默氏患者血样的患病血清的Tentagel珠筛选。命中以红色显示，所述命中是与血清中的疾病相关生物标记（抗体）结合的Qdot次级抗体，其与通过PEG接头连接至珠的类肽结合。

图9显示重现性测试，其在SDS洗涤和QDOT添加后使用正常对照样品(NC030093)。箭头显示对于序列挑选哪些NC类肽命中。

图10显示重现性测试，其在SDS洗涤和QDOT添加后使用正常对照样品(NC050047)。

图11显示重现性测试，其在SDS洗涤和QDOT添加后使用患病样品。

图12显示来自JC3B文库的从阿尔茨海默氏筛选中选择的假定命中的类肽序列。C末端在片层的右侧上，并且N末端在左侧上。

图13显示来自JC3B文库的来自阿尔茨海默氏筛选的优选高亲和力命中的化学结构，在这个例子中，显示的结构具有半胱氨酸残基且在测定初步筛选中的初始命中结构后再合成。JC3B文库包含类似的类肽，但其在C末端上具有甲硫氨酸残基而不是半胱氨酸残基。

图14显示在溶液中的高亲和力配体(ADTGI)相对于在微阵列载体上的ADTG-l-ADTG-42之间的竞争实验。该竞争实验显示在溶液中的ADTGI键合至相同抗体，所述抗体已与在微阵列上的类肽ADTG-1、ADTG14、ADTG24、ADTG25、ADTG3I、ADTG35和ADTG40结合。对类肽各自进行相似实验，以发现与四种不同的阿尔茨海默氏自身抗体结合的四组类肽。

图15显示四组不同类肽，其与阿尔茨海默氏筛选中的不同自身抗体结合。该图上的每个组在顶部具有更高亲和力的粘合剂。

图16A显示使用PlaagI(JC3B-1)类肽关于一群患者的AD测试数据（不知情的），并且图16B显示使用Plaag2(JC3B-21)关于相同AD患者群的测试数据（不知情的）。每种类肽呈现于微阵列上。

图17A显示使用Plaag3(JC3B-7)类肽关于一群患者的AD测试数据（不知情的），并且图17B显示使用Plaag4(3C3B-5)关于相同AD患者群的测试数据（不知情的）。每种类肽呈现于微阵列上。

图18A显示使用Plaag5(JC3B-R8)类肽关于一群患者的AD测试数据（不知情的），并且图18B显示使用Plaag6(JC3B-R12)关于相同AD患者群的测试数据（不知情的）。每种类肽呈现于微阵列上。

图19A显示在关于使用Plaag1-6进行的测试的相同患者群中的ADP2微阵列数据。图19B显示对于相同患者组使用Plaag4的比较数据。该数据显示在相同患者群中用先前鉴定的ADP2和新近鉴定的Plaag4实现的结果之间的明确关联。

图20A显示关于使用Plaag1-6进行的测试的相同患者群中的ADP3的微阵列数据，图20B显示对于相同患者组使用Plaag2的比较数据。该数据显示在相同患者群中用先前鉴定的ADP3和新近鉴定的Plaag2实现的结果之间的明确关联。

图21显示在以40ug/mL的患病AD血清相对于健康对照（合并的）的比较中，在TentaGel珠上的Plaag5（假定的命中5或JC3B-R8）确认。

图22A显示使用QDot655和使用JC5B文库在胰腺癌筛选中的类肽命中。图22B和C显示使用QDot655的命中证实（箭头指向命中）。

图23显示胰腺类肽命中确认且比较疾病血清添加和用QDot655检测相对于正常血清添加。

图24显示通过混合AD标记和PC标记的命中确认。数据显示检测到PC标记，同时在胰腺癌血清（血清1）中的AD类肽珠上不存在可检测抗体。

图25显示来自JC3B文库的胰腺癌筛选命中序列。

图26显示来自JC5B文库的胰腺癌筛选命中序列。

图27A、B和C显示SLE（狼疮）筛选的结果。A是正常对照，并且B和C是来自两个不同组1和2的SLE血清。箭头指向命中。

图28显示来自KN1B文库的SLE命中。C末端在片层的右侧上。

图29显示关于类肽KN1B-20的命中确认。组1是以约0.374mg/mL浓度的合并患病血清（左图）（命中在珠上以红色色调显示）。非患病的合并血清（中图）以约0.378mg/mL的浓度提供，并且最右侧的图显示无血清对照。

图30显示使用荧光素标签使用以不同浓度类肽的两种不同结合方法，SLE（狼疮）类肽之一与ELISA板的结合/检测。

图31显示在板结合的KN1B-20-生物素-荧光素相对于溶液中以不同浓度的游离KN1B-20-生物素之间的竞争测定。信号阻尼随着来自等摩尔浓度的结合相对于游离的游离KN1B-20-生物素浓度增加而出现。

图32显示具有以不同浓度的类肽的ELISA板，并且明确显示在患病血清(AD)（P第1列）和正常对照血清（第3列）[1:200每个孔倍增至1:400、1:800、1:1,600、1:3,200、1:6,400、1:12,800]之间的差异。箭头指向在1XTBST缓冲液中的1:800稀释度。孔中的类肽浓度是10mM。图32还显示区别患病和对照血清的TentaGel珠平台的确认。

图33显示具有10mM ADP3和以AD血清的不同稀释度相对于对照血清的ELISA板。箭头指向1:800稀释度。

图34显示具有10mM SLE-KNJ B-20和以AD血清的不同稀释度相对于对照血清的ELISA板。箭头指向1:800稀释度。

图35显示使用以不同血清稀释度在结合缓冲液中制备的10mM ADP3的AD血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200（组1AD血清.394mg/mL和以.386mg/mL的非患病血清）。

图36显示使用以不同血清稀释度在结合缓冲液中制备的10mM KN1B-20的SLE血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200（组1SLE血清.375mg/mL和以.396mg/mL的非患病血清）。

图37显示使用以不同血清稀释度在DMSO中制备的1.0mM KN1B-20的SLE血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200（组1SLE血清.367mg/mL和以.322mg/mL的非患病血清）。

图38显示用于Tentagel珠命中确认的FAGS平台。

图39显示以不同浓度的血清（100ug/mL至1,000ug/mL）和响应用抗DNP标记的次级抗体的治疗，在具有乙酰基的珠和具有2,5-二硝基苯基(DNP)的珠之间的分离程度。平均荧光强度(MFI)分离在1,000ug/mL血清的更高稀释度时最大。

图40显示在1,000ug/mL血清浓度时，存在游离乙醇胺-DNP和DNP（在板上）与抗DNP抗体的结合之间的直接竞争。

图41来自合并的正常对照血清和合并的AD血清的ADP3结合的抗抗体。数据显示使用两种不同的次级抗体（山羊抗人Dylight649和山羊抗人Alexa647），在20至140ug/mL的血清浓度范围时的良好分离。

图42显示在不同血清浓度范围时的本底扣除后，来自正常对照和AD血清的ADP3结合的自身抗体。在小于20ug/mL到1.20ug/mL或更大的大多数血清浓度范围时，存在显著程度的分离。

图43和44显示SLE（狼疮）再合成的类肽配体命中的结构。

图45显示在10um Tentagel珠上的ADP3制备和使用CNBr的后续切割连同所示内酯的质谱法读数。

图46显示来自以不同浓度的正常对照和阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体。珠用1X TBST预封闭3小时，并且随后使用山羊抗人Alexa647次级抗体检测。

图47显示来自以不同血清浓度的正常对照和阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体，并且还显示DNP值。

图48和49显示使用预封闭条件例如大肠杆菌(E.coli)裂解产物和赖氨酸，来自正常对照相对于阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体。

图50显示在微阵列中使用的类肽相对于置于ELISA板上的那些类肽之间的制备和区别的简单示意图。关于类肽微阵列如何制备的示意图：将个别珠分离到微量滴定板的孔内，并且从珠中切割类肽，以制备浓缩原液。应当指出每个孔目前将包含单个种类的类肽。随后将几千个类肽以这样的方式点在化学修饰的玻璃显微镜载玻片上，使得它们与表面共价结合。几千个载玻片可由单个合成文库高度重现性产生。ELISA产生是类似的，除了在表面上不存在PEG链外，但在ELISA板上的类肽密度可不同于在微阵列上的密度。

图51显示使用连接至次级抗体的辣根过氧化物酶，在1:800的血清稀释度时在正常对照和患病血清之间具有明确区别的ELISA实验，所述次级抗体检测疾病相关的抗体-类肽复合物。加入无色底物，并且在与结合的HRP酶反应后改变颜色（蓝色）。

图52显示在患病血清(A)相对于对照血清(B)的不同血清稀释度时，在ELISA测试中比较多个AD类肽的滴定数据。当浓度从1:12,800增加到1:200时，在正常血清中不存在信号强度，但存在所有AD类肽的明确区别和强度。

图53提供确认在阿尔茨海默氏病（或不是）的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品（不知情的）且针对ADP3类肽筛选以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1.的读数视为阳性的，1和0.7之间的读数视为未定的，并且低于0.7的读数视为阴性的。

图54提供确认在阿尔茨海默氏病（或不是）的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品（不知情的）且针对多种AD类肽筛选（曲线图是9个类肽的结果的平均值）以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自MayoClinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>3的读数视为阳性的，1和0.7之间的读数视为未定的，并且低于0.7的读数视为阴性的。

图55提供确认在阿尔茨海默氏病（或不是）的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品（不知情的）且针对本发明的多种AD类肽筛选以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1.的读数视为阳性的，1和0.7之间的读数视为未定的，并且低于0.7的读数视为阴性的。数据还显示对其他痴呆的表现，其中标记MCl/抑郁样品并且同样标记路易体痴呆样品。数据显示至少三个MCI患者具有通过本发明的AD选择性类肽捕获的抗体可检测量超过1的血清样品。

图56A-D提供关于来自患者的样品子集的数据，所述患者具有在使用多个AD类肽的Opko Health类肽诊断测定相对于不知情时提供这个信息后的临床诊断之间的不一致。图56A显示如对于患者所示的关于类肽ADP3及其他的数据，所述患者是临床患病的，但Opko类肽Plaag4对于其低于1.0（在单个点时的UND；滴定AD阳性的）。所有其他Opko类肽对于AD是阳性的（即高于1.0）。图56B显示所有Opko类肽对于患者中的疾病相关抗体是阳性的，所述患者目前诊断为正常的（非痴呆的），暗示AD前。图56C显示Opko AD类肽无一在患者中的任何稀释点显示高于1的强度，所述患者临床诊断有AD，暗示这个患者具有某些其他形式的痴呆。图56D显示在临床阳性的AD患者中，多个Opko AD类肽对于疾病相关抗体不是阳性的，但两个类肽（Plaag6和Plaag4）是阳性的，因此在单个点时的UND和甚至在滴定后的UND。

图57显示使用由ADP3点上的微阵列，由先前AD样品生成的聚类简图。在微阵列数据和使用ELISA平台生成的数据中的患病相对于对照之间存在明确关联。图57还显示选择ADP3用于与阿尔茨海默氏病而不与帕金森或狼疮(SLE)相关的疾病相关抗体。

图58提供使用测试的总共106个血清样品的ELISA分析概括。

图59提供Plaag7-9的化学结构。

具体实施方式

在下述详述中，阐述众多具体细节，以便提供本发明的充分理解。然而，本领域技术人员应当理解本发明可无需这些具体细节进行实践。在其他情况下，熟知的方法、程序和组分未如此详细地描述，以便不使本发明含糊。

本发明包含配体文库及其用途。具体地，本发明包含分子的筛选、药物蛋白质组学、诊断、治疗和随机文库的其他用途。

在一个实施例中，本发明提供用于个体化医学的配体文库。如本文所用，术语“个体化医学”可指在最可能由其获益的患者中测试（或诊断）靶向药物（或治疗）的用途，或鉴定可能处于来自所述治疗的危害危险中的患者。在药物或诊断产物可在美国及大多数其他国家销售之前，它遭受严格的其安全与有效的管理审查。在用于个体化医学的诊断的情况下，这可能需要测试来自接受药物的患者的组织或体液，以确定其针对治疗的应答和特定标记的存在之间是否存在联系。相应地，在一个实施例中，本文提供的是用于诊断受试者中对于治疗疾病的药物的应答的方法，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与对于所述药物的所述应答相关，从而诊断所述受试者中对于治疗所述疾病的所述药物的所述应答。应答的例子包括但不限于不良反应、副作用、药物抗性和治疗效果包括剂量功效。

不良药物反应是药物开发计划的低成功率的主因（进入人临床测试的四种化合物中小于一种最终由美国食品与药物管理局(FDA)批准用于使用）。药物诱发疾病或毒性对药物开发者提出独特系列的挑战，因为这些反应通常无法由临床前研究预测，并且可能在涉及小量受试者的早期临床试验中无法检测到。当此类效应在临床开发晚期中检测到时，它们通常导致药物开发计划的终止。当药物尽管某些毒性仍被批准时，它的临床用途通常严重受在即使小患者组中的不良反应的可能出现约束。此类化合物变成第一线治疗的可能性很小（除非不存在竞争产品）。使用本发明的临床试验可允许在涉及小量受试者的研究中的可能毒性反应的改善预测。本发明的方法提供干预的可能未来毒性效应的快速获得预测。相应地，在另一个实施例中，本文提供的是用于检测受试者中针对药物的不良反应危险的方法，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述受试者筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述危险相关，从而检测所述受试者中针对所述药物的所述不良反应危险。

本发明部分基于令人惊讶的发现：类肽结合生物标记的组合可用于个别化患者中的治疗。考虑到响应药物的患者间变异性，本发明的测定方法是特别有利的，因为它们利用考虑到多个分子决定簇（例如类肽结合生物标记）的结合特征中的差异的组合策略，以测定患者中的疾病是否具有响应用特定药物或药物组合的治疗的高可能性。如果患者分类为应答者，则随后可产生对那个患者定制的给药方案，以实现治疗效果，而不诱导毒性副作用。因此，分类为应答者的患者可接受药物诱导疗法的完全利益，而不经历与此类疗法相关的副作用。类似地，通过调整药物的后续剂量，已经历用药物的治疗的患者可经历毒性副作用中的降低，而不妥协治疗效果。同样地，可监控已经历用药物的治疗的患者，以评估是否已发展针对药物的抗性，并且是否应施用另类疗法。

因此，本发明的方法允许治疗受试者中的疾病，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述受试者筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；测定所述一种或多种标记是否与针对用于治疗所述疾病的药物的应答相关；基于针对所述应答的所述一种或多种标记之间的关联的测定，给所述受试者施用所述药物，从而治疗所述受试者中的所述疾病。在另一个实施例中，本发明提供监控受试者中通过药物的治疗，该方法包括：从所述受试者中获得生物样品；针对所述受试者筛选配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征；测定所述一种或多种标记是否与针对用于治疗所述疾病的药物的应答相关；基于针对所述应答的所述一种或多种标记之间的关联的测定，给所述受试者施用所述药物，从而监控所述受试者中通过所述药物的所述治疗。

在另一个实施例中，本发明提供用于药物蛋白质组学且鉴定与针对药物的应答相关的标记的配体文库。相应地，在一个实施例中，本文提供的是用于鉴定与用于治疗疾病的药物诱导应答相关的标记的方法，该方法包括：从受试者中获得生物样品；针对所述生物样品筛选配体文库；测定在所述样品中的标记与文库中的配体的结合特征；且测定所述标记是否与用于治疗所述疾病的所述药物诱导应答相关，从而鉴定与用于治疗所述疾病的所述药物诱导应答相关的所述标记。在示例性实施例中，针对药物的应答是患者对药剂、其剂量或不良反应的应答。

在一个实施例中，使用本发明的配体文库鉴定一种或多种生物标记的假定命中或先导物。生物样品可得自受试者或多个受试者（例如患者群体或亚群）。在某些实施例中，第一组生物样品可得自显示出应答的多个受试者（例如药物诱导应答或对疾病的应答），并且第二组生物样品可得自不显示出应答的多个受试者。配体文库可针对第一和第二组生物样品进行筛选。可测定在第一和第二组生物样品之间一种或多种标记与文库中的一种或多种配体的结合特征中的差异。基于结合特征中的差异，可鉴定生物标记的假定命中或先导物。在某些实施例中，假定命中或先导物是识别针对与应答相关的抗原的自身抗体的生物标记，所述应答例如患者对药物的应答、对疾病的应答和对疾病的特定阶段的应答。

在一个实施例中，为了鉴定生物标记的假定命中或先导物，可使用具有范围为约350K到约250MM的类肽配体的基于珠的大型随机类肽配体文库。在初始随机文库筛选中鉴定的生物标记的假定命中或先导物随后可用于在用于本文讨论的诊断或伴随诊断的后续筛选中针对样品筛选。

在某些实施例中，假定命中或先导物在后续筛选中确认。在一个实施例中，在初始筛选中使用的相同配体文库可用于确认后续筛选。在另一个实施例中，不同配体文库（不同于初始筛选中使用的那种）可用于确认后续筛选。

在一个实施例中，在初始筛选中鉴定与第一性状（例如对疾病的应答）相关的假定命中或先导物，并且鉴定的假定命中或先导物用于针对样品筛选，以测定其与第二性状（例如对药物的应答）的关联。在一个实施例中，在初始筛选中鉴定与疾病相关的假定命中或先导物，并且鉴定的假定命中或先导物用于针对样品筛选，以确认且测定与所述疾病的特定阶段的关联。

在一些实施例中，用于鉴定假定命中的初始筛选可在基于珠的装置上使用大型随机配体文库执行，并且用于诊断或伴随诊断的后续筛选可使用任何平台例如微阵列使用非随机或随机配体文库执行。

在一个实施例中，在用于诊断或伴随诊断的后续筛选中，第一筛选可针对第一配体文库执行，并且后续筛选针对第二配体文库执行，其中所述第一配体文库包含第一组配体，并且第二组配体文库包含第二组配体。在一个例子中，筛选第一配体文库，以鉴定与疾病相关的标记，并且在后续筛选中筛选第二配体文库，以鉴定与药物诱导应答相关的标记。

在一个例子中，假定命中或先导物用于在药物治疗前收集的患者样品中的第一筛选中，以测定其与疾病的关联。在药物治疗后，可从患者中收集样品，并且在一个实施例中，在治疗前组中使用的相同假定命中可用于鉴定具有特定疾病阶段或对药物治疗的应答变化的那些患者。在另一个实施例中，不同假定命中可用于监控药物相关的副作用或处理效应，其是由于药物施用且不一定与治疗前概况相关或有关。在一些实施例中，另一随机文库可用于发现可能与药物处理相关的另外生物标记。

如本文所用，术语“药物”可指任何药物，包括但不限于合成无机或有机化合物、蛋白质、肽、多糖及其他糖、脂质、DNA和RNA核酸序列、反义寡核苷酸、抗体、受体配体、酶、粘附肽、抗原、激素、生长因子、核酶和逆转录病毒载体。

本发明包含本领域技术人员已知的任何合适药物。这些药物在The Merck Index；Physicians’Desk Reference,PDR Network，2011编辑版（2010年12月1日）；美国专利7,932,294以及美国专利公开20060046967、20110274695、20110269722、20110269709和20060205674中列出，所有所述参考文献均全文以引用方式并入本文。

在一个实施例中，药物选自下述种类/组中的一种或多种：抗生素、镇静剂、安眠药、抗抑郁药、抗紧张剂、抗噪抗药、镇痛药、解热药、抗偏头痛药、抗惊厥药、在帕金森症和运动障碍中使用的药物、用于痴呆的药物、止吐药、用于眩晕的药物、CNS兴奋剂激活物、抗感染眼制剂、抗炎药、抗变应性制剂、抗青光眼药、治愈眼疾病的制剂、耳用制剂、鼻用制剂、口咽制剂、抗心律失常药、抗高血压剂、α/β-阻断剂、通道阻断剂、ACE抑制剂、血管紧张素II受体拮抗剂、利尿药、抗心绞痛药、硝酸盐、钙通道阻断剂、用于心力衰竭和休克的药物、血管扩张剂、促凝剂、抗凝剂、血栓溶解剂、抗血小板药、呼吸兴奋剂、镇咳药、祛痰药、粘液溶解药、解充血药、抗组胺剂、止喘药；抗溃疡药、抗分泌药、H.sub.2受体拮抗剂、质子泵抑制剂、前列腺素类似物、抗酸药、镇痉药、改变肠能动性的药物、抗腹泻药、抗蠕动药、抗微生物药、作用于胆囊的药物、泌尿道抗感染剂、利尿药、泌尿道镇痛药、镇痉药、作用于尿道和阴道的抗感染药、作用于子宫的药物、用于前列腺肥大的药物、α阻断剂、抗雄激素、用于勃起功能障碍的药物、杀精剂、非激素避孕药、软化剂、角质离解剂、局部抗感染药、局部抗真菌剂、局部杀寄生虫剂、局部类固醇、用于寻常痤疮的局部用药物、用于银屑病、色素沉着障碍和抗脂溢性(seborrhoeics)的药物、非类固醇抗炎药(NSAID)、COX-2抑制剂、抗关节炎药、免疫抑制剂、局部用镇痛药、肌肉松弛药、神经肌肉药物、青霉素抗生素类、头孢菌素抗生素类、喹诺酮、氟喹诺酮抗生素类、大环内酯抗生素类、氯霉素、四环素抗生素类、磺胺、抗厌氧菌药、甲硝唑、抗结核药、抗麻风药、抗真菌剂、抗原生动物剂、驱肠虫药、抗感染药、抗疟疾药、抗病毒剂、合成代谢、雄激素类固醇、皮质类固醇、雌二醇、孕激素和激素避孕药、致育药、促激素和有关药物、甲状腺和抗甲状腺药、抗糖尿病药和升血糖药、维生素、氨基酸、抗肥胖药、降血脂药、纤维酸衍生物、他汀、HMG CoA还原酶抑制剂、烟酸基、用于痛风的药物、影响骨代谢的药物、双磷酸盐、抗癌药、烷化剂、细胞毒性抗生素类、抗代谢药、阿糖胞苷、氟达拉滨、5-氟尿嘧啶、巯嘌呤、硫鸟嘌呤、长春花生物碱、依托泊苷、紫杉烷、拓扑异构酶1抑制剂、细胞毒性免疫抑制剂、免疫刺激剂、细胞保护剂、氨磷汀、雌二醇、孕激素、激素拮抗剂、抗肿瘤药物、抗过敏药、非镇静性抗组胺药、西替利嗪、地氯雷他定、特非那定、非索非那定、镇静性组胺、组胺受体阻断剂、局部麻醉药、静脉内麻醉药、吸入麻醉药和肌肉松弛剂。

在另一个实施例中，药物选自下表1中列出的药物中的一种或多种。

表1.市场中的所选品牌药例子

NHL非何杰金氏淋巴瘤，RA类风湿性关节炎，JRA幼年型类风湿性关节炎，JIA幼年型特发性关节炎，

Ps银屑病，PsA银屑病关节炎，CD克罗恩氏病；UC溃疡性结肠炎，AS强直性脊柱炎

在另一个实施例中，药物选自下述中的一种或多种：阿巴卡韦、阿立哌唑、三氧化二砷、托莫西汀、阿托伐他汀、硫唑嘌呤、波塞普韦、贝伦妥单抗-维多汀、白消安、卡培他滨、卡马西平、卡立普多、卡维地洛、塞来昔布、西妥昔单抗(1)、西妥昔单抗(2)、西维美林、氯氮卓和阿米替林、氯喹、西酞普兰(1)、西酞普兰(2)、氯巴占、氯米芬、氯米帕明、氯吡格雷、氯氮平、可待因、克里唑蒂尼、氨苯砜、达沙替尼、地昔帕明、地氯雷他定和伪麻黄碱、右兰索拉唑(1)、右兰索拉唑(2)、右美沙芬和奎尼丁、地西泮、多塞平、屈螺酮和炔雌醇、厄洛替尼、埃索美拉唑、氟尿嘧啶、氟西汀、氟西汀和奥氮平、氟比洛芬、氟伏沙明(1)、氟伏沙明(2)、氟伏沙明(3)、氟维司群、加兰他敏、吉非替尼(1)、吉非替尼(2)、伊潘立酮、伊马替尼(1)、伊马替尼(2)、伊马替尼(3)、伊马替尼(4)、丙咪嗪、茚达特罗、伊立替康、异山梨醇和肼屈嗪、拉帕替尼、来那度胺、马拉维若、巯嘌呤、美托洛尔、美维松、莫达非尼(1)、莫达非尼(2)、奈法唑酮、奈非那韦、尼洛替尼(1)、尼洛替尼(2)、去甲替林、奥美拉唑、帕木单抗(1)、帕木单抗(2)、泮托拉唑、帕罗西汀、培干扰素α-2b、奋乃静、苯妥英、哌迷清、普拉格雷、普伐他汀、普罗帕酮、普萘洛尔、普罗替林、奎尼丁、雷贝拉唑、拉布立酶、利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、利培酮、苯乙酸钠和苯甲酸钠、苯丁酸钠、它莫西芬、特拉匹韦、特比萘芬、丁苯那嗪、硫鸟嘌呤、硫利达嗪、替卡格雷、噻吗洛尔、噻托溴铵、托特罗定、托西莫单抗、曲马多和乙氨酚、曲妥珠单抗、维甲酸、曲米帕明、丙戊酸、威罗菲尼、文拉法辛、伏立康唑、华法林(1)和华法林(2)。

在另一个实施例中，本发明包含靶向已知药物靶标的药物的伴随诊断。在另一个实施例中，本发明包含针对经历临床试验的药物靶标的伴随诊断。经历临床试验的药物靶标的例子包括但不限于巴匹珠单抗、茄尼醇单抗、静脉内免疫球蛋白(IVIg)、Latrepirdine(Dimebon)、青蟹肌醇/ELND005、亚甲蓝(Rember)、CERE-110、PBT2、达夫奈肽/AL-108、BMS-708163、PF-04494700/TTP488、Tideglusib/NP-12(Nypta)、贝利木单抗、阿塞西普、马帕木单抗、阿泊单抗、杜拉乐明、奥达卡替、AMG-785、DG-041、OC-000459、PLX-4032、LX-1031和LX-1032。

一种或多种样品组分（例如生物标记）的结合概况可用于预测、诊断、评估或治疗本领域技术人员已知的任何疾病。术语“疾病”或“状况”是本领域通常认识到的，并且指明个体或患者中一般识别为异常的体征和/或症状的存在。疾病或状况可基于病理变化进行诊断且分类。体征可包括疾病的任何客观证据，例如通过患者的体格检查明显的变化或诊断测试的结果。症状是疾病或患者状况的主观证据，即不同于正常功能、知觉或外观的异常状况的患者感觉，其可包括但不限于肢体残废、病态、疼痛和由个体经历的来自正常状况的其他变化。多种疾病或状况包括但不限于：在标准医学教科书中分类的那些，包括但不限于营养、对抗疗法、顺势疗法和骨病医学的教科书。在本发明的某些方面，疾病或状况选自标准课本中列出的疾病类型，所述标准课本例如Harrison's Principles of InternalMedicine,14.sup.th Edition（Fauci等人，编辑，McGraw Hill,1997），或RobbinsPathologic Basis of Disease,6.sup.th Edition（Cotran等人，编辑W B Saunders Co.,1998），或Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders:DSM-IV,4.sup.thEdition,(American Psychiatric Press,1994)，或其他课本，所述课本全文并入本文。疾病还在美国专利公开2007/0003954和2011/0092384中列出，所述专利全文并入本文。

疾病或状况的例子包括但不限于癌症、自身免疫疾病、炎性疾病、传染病、神经变性疾病、心血管病、细菌感染、病毒感染、真菌感染、朊病毒感染、生理学状态、污染状态或一般而言的健康。

本发明的随机配体文库筛选方法可使用结合特征以区别不同形式的疾病或其状态，包括疾病前状态或疾病状态的严重性。例如，该方法可用于测定癌症的转移状态或对试剂的敏感性或疾病状态。在某些实施例中，本发明包括用于评估癌症中存在的或与癌症相关的配体结合部分的方法和组合物，所述癌症例如但不限于乳腺癌、肺癌、前列腺癌、宫颈癌、头与颈癌、睾丸癌、卵巢癌、皮肤癌、脑癌、胰腺癌、肝癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、食管癌、淋巴瘤和白血病。

在一些实施例中，本发明包括用于评估自身免疫疾病中存在的配体结合部分的方法和组合物，所述自身免疫疾病例如但不限于重症肌无力、慢性活动性肝炎、原发性胆汁性肝硬变、扩张型心肌病、心肌炎、自身免疫多内分泌症I型(APS-I)、自身免疫性肝炎、囊性纤维化血管炎、获得性甲状旁腺功能减退、古德帕斯丘综合征、克罗恩病、冠状动脉疾病、落叶性天疱疮、寻常天疱疮、格-巴二氏综合征、1型糖尿病、僵人综合征、罗氏脑炎(Rasmussenencephalitis)、自身免疫性胃炎、阿狄森病、胰岛素低血糖综合征（平田疾病(Hiratadisease)）、B型胰岛素抗性、棘皮症、系统性红斑狼疮(SLE)、恶性贫血、治疗抗性莱姆关节炎、多神经病、多发性硬化、脱髓鞘疾病、风湿热、特应性皮炎、原发性胆汁性肝硬变、格雷夫斯病、自身免疫性甲状腺功能减退、白癜风、甲状腺相关眼病、自身免疫性甲状腺炎、自身免疫性桥本甲状腺炎、腹部疾病、ACTH缺乏症、肌炎、皮肌炎、多肌炎、皮肌炎、干燥综合征、系统性硬化症、进行性系统性硬化症、系统性硬化症、硬皮病、硬斑病、原发性抗磷脂综合征、大疱性类天疱疮、妊娠疱疹、瘢痕性类天疱疮、慢性特发性荨麻疹、结缔组织综合征、坏死性和新月体性肾小球肾炎(NCGN)、系统性血管炎、韦格纳肉芽肿病、丘斯综合征、多肌炎、雷诺综合征、慢性肝病、内脏利什曼病、自身免疫C1缺乏症、膜性增生性肾小球肾炎(MPGN)、凝血时间延长、自身免疫性血小板减少性紫癜、免疫缺陷、动脉粥样硬化、神经元病、副肿瘤性天疱疮、副肿瘤性僵人综合征、副肿瘤性脑脊髓炎、亚急性自主神经病、癌症相关性视网膜病变、副肿瘤性斜视性眼阵挛共济失调、下位运动神经元综合征、朗-爱二氏肌无力综合征和副肿瘤性小脑变性。

在一个实施例中，本发明包括用于评估传染病中存在的配体结合部分的方法和组合物，所述传染病例如但不限于获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、炭疽、食物中毒、布鲁杆菌病、软下疳、衣原体感染、霍乱、球孢子菌病、隐孢子虫病、环孢子虫病、白喉、埃立克体病、虫媒病毒性脑炎、肠出血性大肠杆菌(Escherichia coli)（大肠杆菌）、贾第虫病、淋病、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)、汉森病（麻风病）、汉坦病毒肺综合征、溶血性尿毒症综合征、甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、人免疫缺陷病毒(HIV)、军团杆菌病、李斯特菌病、莱姆病、疟疾、麻疹、脑膜炎球菌病、腮腺炎、百日咳（顿咳）、瘟疫、麻痹型脊髓灰质炎（小儿麻痹症）、鹦鹉病（鹦鹉热）、Q型热、狂犬病、洛基山斑疹热、风疹、先天性风疹综合征、沙门氏菌病、严重急性呼吸器官综合征(SARS)、志贺氏菌病、天花、链球菌病（侵袭性A群）、链球菌中毒性休克综合征(STSS)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、梅毒、破伤风、中毒性休克综合征、旋毛虫病、肺结核、土拉菌病、伤害症、万古霉素中介/抗性金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、水痘、黄热病、变异克雅氏病(vCJD)、登革热、埃博拉出血热、棘球蚴病（泡状刺球蚴(Alveolar Hydatid)病）、亨德拉病毒感染、人类猴痘、A型流感H5N1（禽流感）、拉沙热、马尔堡出血热、尼帕病毒、奥绒绒热、裂谷热、委内瑞拉马脑炎和西尼罗病毒。

本发明的配体文库可用于筛选疾病的任何阶段，例如疾病的早期或疾病的晚期阶段。

在又一实施例中，本发明包括用于评估神经变性疾病中存在的配体结合部分的方法和组合物，所述神经变性疾病例如但不限于中风、低血容量性休克、创伤性休克、再灌注损伤、多发性硬化、AIDS相关痴呆、神经元毒性、阿尔茨海默氏病、头损伤、成人呼吸系疾病(ARDS)、急性脊髓损伤、亨廷顿氏病和帕金森氏病。

本发明包括包含基于颗粒的化合物文库的组合物，所述化合物选自类肽、肽、寡聚物、小分子和任何天然衍生或合成制备的分子，并且可置于载体系统例如珠或小颗粒上。

依照本发明，提供包含结合指示对药物应答的抗体的类肽的组合物和检测含抗体样品中的抗体的方法，其包括使含抗体样品与具有类肽与之附着的载体接触。配体文库可包括式I的化合物，其中在胺侧链或α碳上的R基独立地选自氢；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；异丙基；正丁基；异丁基；正丁胺；仲丁基；叔丁基；戊基；己基；异戊基；芳基；杂芳基；呋喃基；吲哚基；苯硫基；噻唑基；咪唑基；异噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基；嘧啶碱基；嘌呤基；噌啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；异噁唑基；异喹啉环烷基；烯基；环烯基；苯基；吡啶基；甲氧乙基；(R)-甲苄基；C_0-6烷芳基；C_0-6烷基杂芳基；由选自下述的基团取代的C_0-6烷基：OH、SH、卤素、OR¹⁵、COOR¹⁵、NR¹⁵（其中R¹⁵选自H或C_1-6烷基或C_1-6炔基）或R¹⁶（其中R¹⁶选自H或C_1-6炔基）；OC_1-6烷基；C_2-6烯基；C_2-6炔基；C_2-6烯基；和C_2-6炔基–包括美国临时专利申请61/467,256中的表1和2中所述的一种或多种化学基团，所述专利申请全文以引用方式并入本文。

在一个实施例中，本发明的配体文库可包含在载体上的式I化合物，

其中R₁选自富电子氨基酸侧链Y；

并且R₂-R₆独立地选自H、-C₁-C₆烷基、-C₁-C₆烷基SCH₃、-C₀-C₆烷基C₂-C₆烯基、-C₀-C₆烷基C₂-C₆炔基、-C_1-C₆COOH、-C₁-C₆烷基OH、-C₁-C₆烷基N(R)₂、-C₃-C₈环烷基、-C₁-C₆烷芳基、-C₁-C₆烷基杂芳基、-C₁-C₆烷基NC(O)C₁-C₆烷基、-C₁-C₆烷基环酰胺(alkykycloamide)，其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH₃、-SO₂NH₂或-O-CH₂-O-取代。

用于筛选复杂生物液体的随机配体文库（例如配体文库）的化合物在美国临时专利申请61/467,256和61/491,717中充分描述，所述专利申请全文以引用方式并入本文。

本发明的大型配体文库可在合适的实验条件下直接用于生物液体中，以筛选生物标记且无需使用更少的载体成员（例如约100,000或更少）或在筛选生物液体前将此类类肽或配体转移至微阵列的需求。此外，配体文库还可用于筛选与特定细胞表面标记特别相关的基于细胞的受体。与先前方法不同，本发明允许包括更大数目的珠/树脂，且因此在配体结合试剂筛选或细胞受体筛选中包括更大型的文库，以直接筛选复杂生物样品。

如先前就微阵列系统而言描述的，基本上任何分子或化合物均可用于构建基于珠或树脂的随机文库。这些“分子”或“化合物”可包括天然产物或人工化合物或合成衍生的分子。此类分子的来源可来自生物系统以及非生物衍生的来源。用于在本发明请求保护的条件下使用大型珠文库的初始筛选用途的优选配体部分部分由亚单体制成，所述亚单体选自任何已知的单体胺和任何已知的乙酸卤化物或取代的乙酸卤化物。例如，全文以引用方式并入本文的美国临时专利申请61/467,256的表1中提供在单取代的胺上的一系列R基。

在某些实施例中，单体和/或亚单体选自半胱氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、二氨基丁烷、甲基苄胺（外消旋或对映体的）、胡椒基胺、环己胺、3,4二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或糠胺。

乙酸卤化物和/或R取代的乙酸卤化物也用作亚单体，其中R选自任何氨基酸侧链或任何其他基团，包括在单取代的胺上的那些基团或变量。作为另外一种选择，任何胺和任何乙酸卤化物的组合均可反应以形成单体，所述单体随后与成长中的类肽链上的另一反应性单体反应，以形成本发明的寡聚物。

类肽的组合文库可如下制备：具有附着至载体或者载体或树脂或珠上的接头的半胱氨酸或甲硫氨酸单体氨基酸的类肽，可通过首先将受保护的氨基酸添加到载体或载体的接头上进行制备。在所述氨基酸（或可在寡聚物或具有所述寡聚物的诊断中发挥功能或其他用途的任何所需氨基酸）添加后，剩余单体可使用标准肽化学或使用溴乙酸（或α-取代的溴乙酸或相似反应物）和单取代的胺的亚单体添加，其中所述胺由R基取代。R基可选自任何已知的取代的类肽，包括例如美国专利公开号2010/0303805或2010/0303835中描述的那些和/或Zuckermann和多个Kodadek出版物中描述的那些，所述参考文献全文以引用方式并入本文。优选的胺是选自本文所述文库的那些，其中特定单体胺添加到每个文库中，以构建1-250MM珠或树脂文库。优选的文库大小范围为1MM至50MM的在其上具有所述化合物多样性的珠或树脂。

制备每个类肽的过程一般涉及(1)在载体（包括在载体上的任选接头）上制备氨基酸反应物；(2)使所述载体上的氨基酸部分与酰卤例如溴乙酸或氯乙酸反应，以形成卤代衍生物，(3)卤代衍生物与单取代的胺反应，以形成酰胺，和(4)重复步骤(2)和(3)，以形成类肽。含甲硫氨酸类肽一般在大型文库中制备。当期望更大规模量的高亲和力类肽时且在大型珠或树脂文库的初始筛选后，一般制备含半胱氨酸类肽。在用于初始筛选复杂生物液体例如血清的基于珠的大型文库中，不需要或不要求微阵列筛选一般必需的长PEG接头。PEG接头可在珠或树脂上，条件是它是小于约10个单体单位的短接头。在包含小于约50微米（例如10微米）的珠或tentagel珠的诊断试剂盒中，可使用短PEG接头（例如2-10个PEG单体）或较长的PEG寡聚物。

用于执行寡聚物构建过程中的每个步骤的条件利用溶剂例如DMF或乙腈或二氯甲烷。三氟乙酸用于切割目的，并且哌啶或其他合适的碱用作溴衍生物和胺之间的反应中的碱。多种保护基团用于氨基酸反应物的制备中。在优选实施例中，二氨基丁烷用作与类肽C末端上的半胱氨酸残基相邻的链中的第一胺亚单体。在该过程的第一步骤中，所选珠或树脂（以克或毫克数量）在合适溶剂例如DMF中膨胀。如果珠由所述珠上的反应胺上的保护基团“保护”，则重复添加碱溶液例如哌啶，伴随用DMF的后续洗涤，以使珠脱保护。一旦珠脱保护，或如果最初利用珠例如tentagel珠，则它可在合适溶剂例如DMF中与合适的氨基酸例如半胱氨酸或甲硫氨酸（由氮上的Fmoc或其他合适保护基团保护且由硫上的Trt(三苯甲基)保护，并且以足够的摩尔数量与每粒珠反应）反应。将HBTU（四甲基脲鎓六氟磷酸酯（偶联剂）和4-甲基吗啉（碱）连同受保护的氨基酸一起加入烧杯（或管或烧瓶）中的珠溶液，并且在室温下振荡，以形成在树脂上（或在树脂上的接头上）由Fmoc/Trt保护的氨基酸。随后将珠在溶剂例如DMF中洗涤多次。随后使用合适试剂和活化剂例如DIG(3-异丙基碳二亚胺)在合适溶剂中在加热（微波伴随搅拌）下使Fmoc基团脱保护，所述合适试剂允许氨基酸上的胺与另一反应物例如另一受保护的氨基酸或亚单体例如溴乙酸反应。随后将所得的珠洗涤多次，并且随后用期望的单体胺（以轻微摩尔过量）中在合适的溶剂中在加热下处理。将所得的珠洗涤多次，并且随后用选择的溴乙酸和胺反复洗涤，以构建寡聚物和寡聚物文库。类肽可使用三氟乙酸从珠中切割。用于包含优选实施例的类肽-例如具有与含1-基-正丁胺的单体相邻的半胱氨酸的那些类肽的可替代或其他合适过程，包括构建在C末端上具有两个氨基酸的类肽，随后为还包括添加在亚单体过程中构建的单体中的任何的过程，其中第二氨基酸是赖氨酸。这还包括选择任何单体或亚单体以制备α-取代的溴乙酸亚单体，其中碳取代基可选自通常的氨基酸侧链，以在反应物反应后形成α-取代的类肽，其中R基在类肽链上的碳或在类肽链上的氮中的任一或两者上发现。在α-碳或氮上的取代基基本上可以是如本文所述的任何取代基。

小分子的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。参见例如，Bichler等人1995；Cho等人，1999；LePiae等人，2002；Ostergaard和Holm，1997；Yang等人，1999)。此外，美国专利号6,344,334和出版物Gallop等人，(1994)，Gordon等人，(1994)；Thompson和Eilman(1996)也是此类分子和文库的来源。

肽的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。参见例如，Stewart和Young(1984)；Tam等人(1983)；MerrifteM(1986)；以及Barany和Merritleld(1979)，其各自在此以引用方式并入。

核酸包括RNA或DNA的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。寡糖的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。

在每种情况下，“配体”或随机配体可加入载体树脂或珠中，以形成在本文所述的条件下可使用的筛选文库，以筛选复杂生物液体中的生物标记。优选配体是类肽配体。

除了构建和/或使用此类文库外，可能需要或期望表征、纯化和/或合成或再合成任何此类配体。此类方法是本领域已知的，并且包括整个范围的纯化方法例如经由色谱法的HPLC或经由化学法的纯化方法；表征方法例如质谱法或NMR或这些方法中的任何的组合。此类方法还在例如美国专利公开2007/0003954中描述，所述专利在此以引用方式并入。在此类情况下，任何此类纯化的配体均可被称为化合物或基本上纯化的化合物。

在本发明的初始筛选方法中，珠和/或树脂用作具有与所述载体可操作地偶联的寡聚物的载体装置。在具有来自此类初始筛选的“命中”或“假定命中”的诊断试剂盒或其他试剂盒中，载体系统可扩大至基本上任何载体系统，包括微阵列或任何其他已知的诊断平台。在这些情况下，必需确保具有假定命中的此类试剂盒或其他载体系统也具有或适合于具有检测器或检测方法，以允许检测具有附着至此类配体的配体结合部分的配体。优选检测方法包括例如涉及使用标记的次级抗体的ELISA或其他方法。

载体可由任何合适材料制成。用于制备此类载体的材料可包括例如玻璃、塑料、陶瓷或聚合树脂或珠。载体还可包括材料例如镍、铜、钢或其他金属或金属混合物。载体还可调节为具有与配体或配体上的活性基团结合或连接或反应的接头和/或其他装置。此类基团也在美国专利公开号2007/0003954中描述。在本发明中，具有个别配体与之键合或者与接头键合且随后与所述载体键合的树脂或珠数目范围为大于100K到约150,000,000(MM)。在本发明的初始筛选方法中利用的优选数目范围为1MM至2MM配体/树脂。

树脂最优选用于本发明的大型配体筛选方法。这些树脂是由低交联的聚苯乙烯基质组成的接枝共聚物，在所述聚苯乙烯基质上接枝聚乙二醇（PEG或FOB）。TentaGel树脂可商购获得(Rapp Polymere GmbH)。因为PECS是具有疏水和亲水性质的“变色龙型(cameleon type)”聚合物，所以接枝共聚物显示修饰的化学性质。根据制造商，原则上存在将PEG引入修饰的聚苯乙烯基质上的两种方法。最简单的固定程序是根据常规醚合成经由其末端羟基之一将PEG偶联至氯甲基化聚苯乙烯，或使用其他双功能PEG用于偶联到固体载体上。制造商发现借助于阴离子接枝共聚合一步一步地直接在基质上建立PEG，具有最高达20千道尔顿的分子质量的PEG链已固定到官能化的交联聚苯乙烯上。具有约2000-3000道尔顿的PEG链的接枝共聚物证明就动力学速率、流动性、膨胀和树脂容量而言是最佳的。因为不存在通过任何聚合技术获得具有超过10个环氧乙烷单位的单分散PEG的程序，所以理论上不存在将具有超过10个环氧乙烷单位的单分散PEG链引入树脂，或通过在聚苯乙烯主链上的直接聚合获得单分散PEG的方法（单分散定义为：不含任何分子量分布的PEG）。这些接枝共聚物是压力稳定的，并且可用于分批过程中以及连续流动条件下。共聚物包含约50-70%PEG(w/w)。这些聚合物的性质受PEG性质以及相对的聚苯乙烯基质高度控制。

通过“一珠一化合物”方法设置化学文库或肽文库必须知道在一定量的树脂内可获得的珠数目以及单粒珠的容量。表1概括某些粒度且将其与单粒珠的相应容量关联。计算基于TentaGel珠的一般负荷，其在0.25-0,3mmol/g的范围中。对于分析表征，需要至少5pmol树脂结合的肽用于在珠上的测序。为了估计可节约地处理的用于文库的最佳树脂数量，必须考虑到珠大小和珠容量。关于扩散过程的同质性和动力学速率以及单珠分析和单珠定量，所有珠均显示极窄的粒径分布。

树脂	大小[μm]	珠/g	容量/珠
				TentaGel NH₂	750μm	4.62x10³	65nmol
TentaGel NH₂	500μm	1.5x10⁴	19nmol
				TentaGel NH₂	300μm	6.4x10⁴	4nmol
TentaGel NH₂	200μm	2.15x10⁵	1.3nmol
				TentaGel NH₂	130μm	8.87x10⁵	280-330pmol
TentaGel NH₂	90μm	2.86x10⁶	80-100pmol
				TentaGel M NH₂	35μm	4.55x10⁷	5.5pmol
TentaGel M NH₂	20μm	2.4x10⁸	1.0pmol
				TentaGel M NH₂	10μm	1.95x10⁹	0.13pmol

粒度、珠数目/克树脂和容量/单粒珠的关联。单粒珠容量的计算基于0.25-0.3mmol/g树脂的容量。

存在可获得的显示定制性质的若干类型的TentaGel珠，取决于其应用：

TentaGel S树脂：

PEG间隔物经由烷基键附着至聚苯乙烯主链。这个键对酸或碱不敏感。这类树脂是用于肽合成、固相有机合成或组合化学的标准类型的树脂。

TentaGel PAP树脂：

PEG经由苄醚键附着至聚苯乙烯主链。这个苄醚键对苛刻酸条件如100%TFA或TFA/FMSBr的混合物敏感。

这些特别定制的树脂用于免疫接种程序或用于合成PEG修饰的衍生物（PEG附着产物）。使用苛刻酸条件，通过应用固相条件（例如PEG修饰的肽），从固体载体中切割PEG间隔物连同合成的化合物，以获得可溶性PEG修饰的化合物。

TentaGel N树脂：

PEG间隔物经由苄醚键附着至聚苯乙烯主链。这些定制的树脂在寡核苷酸化学中用于小和大规模的寡核苷酸合成。与CPG玻璃相比较，容量增加K倍)。

因为TentaGel树脂是由聚苯乙烯和聚乙二醇组成的共聚物，所以两种基础聚合物的化学和理化性质都必须加以考虑。

PEG自身是吸水聚合物。由文献已知PEG酯不是非常稳定且容易水解的。取决于存储条件和存储时间，PEG自身可沿着聚醚链氧化，以形成过氧5化物或酯。因此，酸处理或用碱处理水解形成的PEG–酯，这导致少量“PEG渗漏”。这个渗漏可通过MS或NMR作为PEG信号和最终产物中的杂质注意到。这个化学行为对于所有PEG和基于PEG的聚合物都是真实的。

除了TentaGel珠外，可利用其他树脂和/或颗粒构建一个配体/珠文库。例如，可利用轻微交联的聚苯乙烯树脂或聚酰胺树脂。将基底与树脂珠连接的基团可以是固相合成的必需部分。接头是专门保护基团，因为大多数时间，接头将阻碍官能团，所以仅在合成结束时再现。接头必须不受用于修饰或延长附着的化合物的化学作用影响。并且最后切割步骤应容易地和以良好得率进行。最佳接头必须允许附着和以定量得率切割。

在某些方面，载体可以是珠、板、浸渍片、滤器、膜、针或壁。检测可包含RIA、FIA、ELISA、蛋白质印迹、流式细胞术、FRET或表面等离振子共振。

羧酸接头

用于肽合成的第一连接基团具有固相合成之父的名称。氯甲基树脂是由氯甲基官能化的交联聚苯乙烯。羰基通过在DMF中氯化物由羧酸铯盐的亲核置换附着。切割以再生羧酸通常通过氟化氢实现。

用于羧酸的第二类接头是王氏(Wang)接头。该接头一般附着至交联聚苯乙烯、TentaGel和聚丙烯酰胺，以形成王氏树脂，它设计用于使用Fmoc保护策略合成肽羧酸，并且由于活化苄醇设计，羧酸产物可用TFA切割。酸更不稳定形式的王氏树脂已得到开发。SA.SRIN树脂具有与王氏接头相同的结构，但伴随甲氧基的添加，以稳定在酸催化的切割过程中形成的碳鎓离子。

甲酰胺接头

rink接头一般优选用于生成固相上的伯甲酰胺，在本发明中，当制造或再合成来自本发明的初级筛选的命中或假定命中时，利用这个接头。在此类情况下，半胱氨酸是与rink接头反应的第一单体，并且随后该过程涉及后续单体添加以构建寡聚物，或后续亚单体化学作用以构建寡聚物。rink接头中更大的酸敏感性是甲氧基捐献的两个另外电子的结果。在伯甲酰胺的生成中，原材料作为羧酸附着至接头，并且在合成修饰后，用TEA从树脂中切割。

Rink树脂用于在TFA催化的切割后产生甲酰胺。

醇接头

基于四氢吡喃(THP)保护基团的羟基接头已由Thompson和Ellmann开发。所有类型的醇均容易添加到二氢吡喃，并且所得的THP保护基团对强碱稳定，但用酸易于切割。这个接头附着至甲基化树脂。三苯甲基是用于许多杂原子的良好的对酸敏感的保护基团。三苯甲基已用于在β-巯基酮文库的合成中锚定醇。

氨基甲酸酯和胺接头

氨基甲酸酯接头已用于合成在锥虫寄生虫感染的抑制剂搜索中制备的576种聚胺的组合文库。研究两种接头。一种基于羟甲基苯甲酸1，并且另一种，已添加供电子基团2。后一种允许通过TFA切割，而前一种可用强酸性条件切割。

非常有用的接头近期已开发用于生成叔胺。（叔胺是药物分子中常用的。）伯胺和仲胺通过迈克尔加成引入接头中。可将胺烷基化，以给出树脂结合的季铵离子。在弱碱性条件下，发生霍夫曼消除，以给出高纯度的叔胺。

无痕接头

在某些情况下，将原材料以一种形式例如羧酸装载到树脂，并且以另一种形式例如甲酰胺切割。如果靶标化合物需要释放的功能，则这是完全可接受的。（肽总是包含羧酸或甲酰胺）。然而，低分子量非肽组合文库中的兴趣增长已引发新型接头的需要。这些接头在切割后显示非特异性功能。无痕接头被这样称呼是因为最终化合物的检查未揭示与固相的连接点的痕迹。

样品

如先前讨论的，制备用于在本发明的过程中分析的复杂生物液体包括或可包括大量潜在生物标记，包括在细胞（非贴壁细胞，包括T细胞或其他免疫效应细胞）上表达的标记、微生物、蛋白质、肽、脂质、多糖、小分子、有机分子、无机分子、生物分子，并且包括在此类复杂环境中的任何可检测和可读部分。在优选实施例中，此类标记是抗体，并且特别是由于疾病或状况而生成的抗体。在优选实施例中，衍生自患者或动物或生物体的体液例如血清、血浆、唾液或其他液体或样品是此类标记的来源。将每个样品或组织或生物衍生、或环境衍生或获得的样品条件化，或处理或稀释，或另外处置，以便使所述样品暴露于使用假定命中或配体的初始筛选或任何后续筛选，所述假定命中或配体对于此类生物标记具有亲和力。依照本文所述方法将样品稀释，以提供或允许充分区别本底水平或与配体和配体结合部分的结合相关的噪音和信号。

配体/载体暴露于此类样品所需的时间和/或条件取决于特定样品和其他因素。用于本发明的过程的优选条件还在本文中描述。在几乎所有情况下，在生物液体暴露于大型配体文库和/或衍生自此类文库的配体或试剂盒后，利用洗涤或洗脱步骤和其他条件化方法。利用水溶液包括缓冲溶液例如HEPES缓冲液、Tris缓冲液或磷酸盐缓冲盐水。载体系统还可用能量吸收材料处理，以促进“复合物”从载体表面中的解吸或电离。化学方法也用于从载体中解偶联或去除配体-配体结合部分复合物。

用于检测载体上的配体-配体结合部分复合物的检测方法包括光度测定和非光度测定法。此类方法包括确保该过程包括检测且测量吸光度、荧光、折射率、极化或光散射的方法。这些包括测量此类参数的直接和/或间接法。涉及荧光的方法包括在免疫学方法例如ELISA或夹心测定中的加荧光标签。涉及折射率的方法包括表面等离振子共振(SPR)、光栅耦合方法（例如传感器均匀光栅耦合器、波长查询光传感器(WIOS)和啁啾光栅耦合器）、共振镜和干涉测量技术。涉及极化的方法包括椭圆光度法。还可使用光散射法。用于加标签和/或分离和/或检测的其他方法还可包括磁性方法。磁共振成像、气相离子质谱法、MRI均可使用。

生成的数据的分析一般涉及由于检测的生物标记相对于对照或参考的信号的定量。数据可通过任何合适方法进行分析。计算机和计算机程序可用于生成且分析数据。珠和/或其他载体可以是计算机编码的或编码用于鉴定用途的。数据分析包括在分析或检测方法的特定条件下的信号强度分析。配体、配体结合部分或参考部分和/或次级检测部分可用可检测部分标记或放射标记或加标签。本领域普通技术人员可评估具有疾病相关生物标记的生物液体样品相对于不含此类标记的那些对照或健康患者样品之间的差异和/或区别。依照本文所述方法，本领域普通技术人员还可测定其是或可在对照样品中找到的假阳性或其他命中的存在，以解释和/或取出此类“命中”，并且依照本文所述方法，本领域普通技术人员可继续测定或发现具有疾病或状况的患者样品中的疾病相关生物标记的过程。在所有情况下，此类命中的“检测”借助于检测配体结合部分例如疾病相关生物标记或其他标记与配体文库例如本文所述那些中的配体的结合来完成。

与本文所述疾病和/或状况相关的生物标记将取决于评估的特定患者或动物或其他生物体的疾病和/或状况的特定阶段而不同。在大多数情况下，其为本文所述假定命中和化合物的配体预期模拟天然抗原，其首先起始免疫应答和/或抗体或免疫细胞的形成。本文请求保护且叙述的本发明和筛选过程不需要了解特定抗原或响应该抗原生成的抗体。然而，除了在本文所述的筛选和诊断方法中有用外，配体自身可用作疫苗或药物候选物。本发明因此包括化合物和药物组合物。

类肽筛选：

为了筛选一珠一化合物(OBOC)组合类肽文库，制备数万到数百万荷有类肽的珠且随后与复杂生物样品混合。初始复杂生物样品优选是对照样品，并且用已“去除”对照命中的配体文库处理的后续复杂生物样品随后针对患病的复杂生物样品进行处理和/或筛选。与至少一种疾病相关生物标记相互作用的配体/珠随后进行检测、鉴定且分离和/或表征。在优选实施例中，使用Tentagel筛选方案，其包括(1)珠制备，(2)复杂生物液体的筛选和(3)命中的检测。

肽筛选：

为了筛选一珠一化合物(OBOC)组合肽文库，制备数万到数百万荷有肽的珠且随后根据本文所述过程与复杂生物样品混合。随后鉴定且分离与疾病相关生物标记相互作用的珠用于化合物结构测定。例如，可执行OBOC肽文库筛选，使用链霉抗生物素蛋白(SA)作为探测蛋白质，用红色荧光染料标记，且使用COPAS BIO-BEAD流动分选设备，以分离荧光与非荧光珠。参见Manmi等人，J.Comb.Chein,,2009,11(1)，第146-150页。可使用的红色染料是ATTO590和德克萨斯红。在使文库与SA-红色荧光染料缀合物一起温育后，获得通过肽-SA相互作用引起的阳性珠。通过基质辅助激光电离解吸飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)分析珠。因此，肽文库可以类似于本文对于类肽所述过程的方式使用，其中初始对照生物液体样品用于从起始化合物文库中去除任何配体/珠命中，并且其中文库的剩余成员随后用于筛选在患病的复杂生物液体样品中的任何命中。这些命中是随后推进任何诊断试剂盒的假定命中。

以相似的方式，任何配体均可使用本文所述过程在珠或载体上筛选。除了类肽或肽外，这些配体还包括核酸寡聚物、多糖、小分子和/或其任何组合，其可构建成文库，并且在本文所述条件下，用于筛选复杂生物液体。

试剂盒和诊断工具

本文所述的化合物或组合物中的任何还均可用于临床或实验室设置下的诊断试剂盒中。这些试剂盒范围可从简单的重点护理诊断测定到复杂和多重器械或探针。载体系统和围绕核心载体/配体系统的“包装”可选自设计为包括假定命中和或命中的目前商业试剂盒，所述假定命中和或命中在此类合适平台上再合成且安装，或它们可用于新近设计的诊断试剂盒。试剂盒一般伴随任何合适的试剂和说明书，以使用该试剂盒筛选和/或诊断试剂盒设计用于其的特定疾病或状况。任何此类试剂盒或方法包括已依照本文所述筛选方法鉴定的至少一个假定命中或配体。这个配体或多个配体可选自包含本发明化合物的相同配体或配体混合物。配体可基于其对于一个特定疾病状态或一组或一系列疾病或状况的疾病相关生物标记的亲和力加以选择。优选配体是类肽配体。该试剂盒还包括用于医生诊断特定疾病或状况的说明书以及用于特定试剂盒和疾病状态或状况的特异性标记。本发明因此包括试剂盒的组合，其包括所有其必需组分，例如使用本文公开和/或依照本文所述具体方法和标记说明书已知的的文库中的任何一个，从初始筛选中发现的假定类肽或配体。还设想本文公开的特定过程和方法和材料可在熟练操作员的监督下用于临床和实验室设置中。试剂盒和/或器械或设备包括对疾病相关抗体和/或细胞特异性的配体例如类肽。“试剂盒”可包括完全诊断试剂盒或筛选试剂盒，或“试剂盒”可包括组分或亚组分，其含有或包含诊断类肽，通过此类类肽发现且表征的抗体，或由于与自身抗体的相互作用而发现且纯化和/或表征和由自身抗体发现的天然抗原。此类抗体和纯化抗原包含本发明的部分。

在一个实施例中，本文提供的是用于诊断疾病的试剂盒。在另一个实施例中，本文提供的是用于治疗疾病的试剂盒。试剂盒可包括配体文库、用于针对生物样品筛选配体文库的检测试剂、用于筛选的佐剂和包装说明书。包装说明书可包括用于执行诊断步骤的说明书、用于测定药物施用的说明书、和基于测定用于施用药物的说明书。在某些实施例中，该试剂盒可包括包装说明书，其是由FDA或其他国家的药物批准当局批准的标签。

本发明的配体文库用于发现且测定与疾病相关生物标记结合的配体。此类配体随后用于上文一般描述的试剂盒和/或方法中，以评估、筛选或诊断疾病状态或状况。这些诊断方法一般涉及筛选且发现疾病相关生物标记，其包含抗体和/或其他生物标记。如上所述，这些抗体还可使用本发明的配体在合适的柱上鉴定且表征，以从血样中抽出或取出此类抗体。抗体依次可用于探测且发现与此类抗体结合的天然抗原。本发明因此包括抗体和纯化抗原，所述纯化抗原与此类抗体结合且使用本发明的方法发现、分离且表征。

筛选和/或诊断疾病状态或状况的试剂盒和/或其他装置首先必须针对患者样品进行评估。这些患者样品可衍生自正常对照样品或患者样品，其中所述患者已鉴定为具有或怀疑具有该疾病或状况的患者。除了疾病相关生物标记的“存在”外，该患者还可具有与疾病相关的其他症状。该患者可处于疾病的早期，可能完全不具有疾病或状况，或可处于特定疾病的晚期。在任何临床背景中和在合适的指导和控制下，患者和临床样品可以不知情形式提供，并且随后使用本发明的化合物评估。由于筛选生成的数据随后可在知情后分析，以发现或未发现统计上显著的结果或与关于任何特定患者或患者组的已知或潜在数据的关联。本发明包含筛选疾病或状况的存在的方法，其包括(1)用本发明的至少一种化合物筛选来自患者的生物样品，(2)使用所述至少一种化合物在相同条件下筛选对照生物样品，和(3)比较健康对照数据相对于患者数据，以测定疾病相关生物标记的存在或不存在。具有或怀疑具有疾病X的一组患者或患者样品可针对具有本发明的至少一种化合物的试剂盒或诊断探针筛选，并且就每个患者而言生成的数据可在逐个病例的基础上用于证实或确认疾病状态或状况或其缺乏。本文生成的此类数据可与关于该特定患者已知的总体信息组合使用，以评估患者的状况且为提供治疗选项的医学从业者提供指导。由于任何此类筛选生成的“信息”可用于临床试验设置中，以评估服用药物疗法的个别患者。本发明因此包括评估临床试验进展的方法，其包括使用根据本文所述方法执行的筛选。在优选实施例中，本发明涉及筛选或针对早期疾病状态的方法，其包括使用本文请求保护的筛选或化合物，以检测疾病相关生物标记。本发明在早期疾病干预的背景下是特别有用的，其中此类生物标记的检测预期在疾病的侵袭性进展前适当发生。在另一个背景下，在心血管病和/或代谢病以及神经学疾病中的早期干预预期挽救生命且预防或可用于预防此类疾病的更多发展，而无需早期医学干预或治疗。

本发明还包括增加对照或标准溶液和包含疾病相关生物标记的复杂生物液体之间的差异分辨或效率的方法。例如，方法包括用缓冲液或条件化试剂例如大肠杆菌裂解产物和/或赖氨酸预条件化或预处理或预封闭系统/血清。

在又一实施例中，提供治疗怀疑具有疾病的受试者的方法，其包括(a)使来自所述受试者的含抗体样品与具有类肽与之附着的一种或多种载体接触，所述类肽包含具有本文所述式的类肽，(b)检测与所述类肽结合的抗体；和(c)基于步骤(b)的结果作出治疗决策。该方法还可包括从受试者中获得所述样品。该方法另外还可包括当与类肽的抗体结合大于对于对照非患病患者观察到的那种时，作出所述样品由其获得的受试者的疾病的诊断。该方法另外还可包括作出关于所述受试者的治疗决策。样品可与超过一种具有本文所述式的类肽接触。样品可与多重平台接触用于诊断多重疾病状态或状况的目的。载体可以是珠、板、浸渍片、滤器、膜、针或壁。样品可以是血液、血清、唾液或CSF。检测可包含RIA、FLA、ELISA、蛋白质印迹、流式细胞术、FRET或表面等离振子共振。

更多实施例涉及指示疾病的从生物液体中分离的抗体组合物，在特定实施例中，抗体通过使具有此类抗体的样品与类肽组合物接触进行分离，所述类肽组合物特异性结合指示疾病或与疾病相关的抗体。抗体可与其他非抗体和非D特异性组分取出、分离或纯化。该抗体随后可洗涤和/或与类肽捕获试剂解离。

在特定实施例中，使由本文所述过程中发现的类肽制成的类肽阵列与生物样品杂交，所述生物样品已补充有细菌裂解产物例如大肠杆菌裂解产物。生物样品包括对照样品和具有关于中枢神经系统障碍的标记的样品。例如，微阵列载玻片用杂交室覆盖，且用1XTBST(50mM Tris、pH8.0、150mM NaCl、0.1%Tween20)平衡约15分钟。随后将载玻片用细菌裂解产物以至少、至多或约0.5、1、1.5、2mg/ml裂解产物的浓度封闭。去除裂解产物，并且使载玻片在细菌裂解产物中与约一毫升生物样品（具有5、10、15、20或25Dg/ml的近似蛋白质浓度，包括两者之间的所有范围和值）一起温育，伴随轻轻振荡。随后将微阵列用1XTBST洗涤且与标记的抗IgG抗体（例如以1:400稀释度）杂交。随后将载玻片用合适的缓冲液洗涤。载玻片使用离心机（例如以1500rpm旋转5分钟）干燥且在微阵列扫描仪上扫描，例如使用以100%功率的635-nm激光和600或650光电倍增管增益。本发明因此还涉及降低诊断测定中的本底抗血清噪声的方法，其包括用大肠杆菌裂解产物处理对照血浆样品和患病样品，并且使所述样品与类肽或配体阵列接触。认为这个过程可用于支持任何阵列的处理，所述任何阵列用于在比较对照样品与患病样品的背景下检测且区别血清中的抗体。

考虑本文所述的任何方法或组合物均可就本文所述的任何其他方法或组合物而言执行。

在权利要求和/或说明书中与术语“包含”结合使用时，单词“一个”或“一种”的使用可意指“一个/种”，但它还与“一个或多个/一种或多种”、“至少一个/种”和“一个/种或超过一个/种”的含义一致。

考虑本说明书中讨论的任何实施例均可就本文的任何方法或组合物而言执行，并且反之亦然。此外，本发明的组合物和试剂盒可用于实现本发明的方法

本申请自始至终，术语“约”用于指示值包括关于装置的固有误差变异、用于测定该值的方法、或在研究受试者中存在的变异。

应当理解通过本文所述过程发现的假定命中或类肽中的任何一种均还可是治疗药物或疫苗候选物。本发明因此涉及发现药物候选物或疫苗的过程，其包括使用依照本文所述方法的筛选。

呈现下述实施例，以便更充分地举例说明本发明的优选实施例。然而，它们决不应解释为限制本发明的广泛范围。

实施例

实例1：文库制备

用于类肽合成的方案（半胱氨酸-类肽或甲硫氨酸-类肽）

下述实例证实本发明的类肽文库如何生成。在该实例中利用的材料包括反应烧瓶或烧杯、塑料管、10-15个3ml具有针的注射器。乳胶手套、10-15个15ml聚丙烯试管和具有溶剂安全盖的微量吸管(1000μl)、玻璃吸管和树脂珠。利用的化学制品和/或试剂包括N,N二甲基甲酰胺、溴乙酸(BMA)、无水二甲基甲酰胺、哌啶、乙腈、3-二异丙基碳二亚胺(D1C)、三氟乙酸、5(6)-羧基荧光素、二氯甲烷(DCM)和4-甲基吗啉(NMM)。还使用在每个文库制备中利用的多种胺以及HBTU（四甲基脲鎓六氟磷酸酯）和三乙基硅烷。

类肽制备

在该过程中使用的每种胺的浓度使用下式计算：V-FW/d/1000x2Mx5ml

程序：

步骤1

树脂珠的膨胀。

(a)将250毫克树脂珠置于干净的干燥反应烧瓶内，并且将5ml无水DMF加入珠中，允许所述珠经过一小时或更少的时期膨胀。随后在真空下将珠用DMF洗涤多次（2或3X）。

步骤2

当使用“不受保护的珠”（例如TeMa～Gel）时，省略步骤(b)、(c)和(d)。

使用无水DMF作为溶剂的20%哌啶（碱）溶液用于下述过程中：

当使用“受保护的珠”时，包括步骤(b)、(c)和(d)的下述过程进行2次。

(b)将2.5ml20%哌啶溶液加入受保护的珠中；

(c)在添加哌啶后，将反应烧瓶置于在25℃下设为200rpm的振荡器/温箱上20分钟。

(d)随后将反应烧瓶用无水DMF使用5ml DMF洗涤8-10次。

还制备下述溶液：

溶于无水DMF（2ml体积）中的468mg Fmoc-Cys(Trt)-OH（溶液A）。

溶于无水DMF2ml中的161.6mg NMM

将303.2mg HBTU加入NMM小瓶中（溶液B）。

HBTU/NMM和Fmoc-Cys的添加

将各1ml溶液A和溶液B-(HBTU/NMM)和Fmoc-Cys(Trt)-OH)加入珠中，并且振荡1小时。

将珠在DMF中洗涤5-10次。

将溶液A和B的剩余1ml溶液加入珠中，所述珠振荡一小时的时期，并且随后再次在DMF中洗涤5-10次。

还制备下述溶液：

20%哌啶（在无水DMF中）

2M溴乙酸

50%D1C/A.DMF

2M每种胺的溶液

下述步骤(a)、(b)和(c)执行2次，加入2.5ml20%哌啶溶液；(b)使反应烧瓶在25摄氏度下以200rpm振荡，和随后(c)将珠用DMF洗涤8X至10X。

制备10ml2M溴乙酸溶液。

还制备10ml50%3.2M DlC/无水DMF(v/v)溶液。

在每个文库中和对于每个文库的每种胺制备2M胺溶液。

对于类肽合成，每次使用1ml2M原液，并且将胺加入类肽链上。

步骤3

将1ml溴乙酸加入反应容器中；

(b)随后添加1ml50%DIC/DMF溶液，并且将所得的溶液(c)在10%功率下微波15秒。

将步骤(c)执行2次，在微波设置之间使烧瓶左右回荡。

在每个微波步骤后形成白色沉淀物。随后将珠用DMF洗涤8-10次。

步骤4

将1ml序列中的第一胺加入包含来自先前步骤的溴中间体的反应烧瓶中，并且将器皿振荡以使胺平均分布在珠上。随后使用微波在10%功率下15秒2次起始反应。随后将反应的珠用无水DMF洗涤8-10次。

重复步骤3和4直至所有胺均加入，以制备靶标类肽。

步骤5

随后将珠用二氯甲烷(DCM)洗涤3次，且允许干燥。

步骤6

随后使用95%TFA溶液(5ml)从珠中切割类肽。随后收集脱离珠的类肽，所述珠用溶剂（CH3CN和水）洗涤以去除残留类肽。氩气用于去除任何残留TFA。随后根据需要使类肽冻干且表征且纯化。

上文指定的反应条件可在需要的基础上修饰，取决于对于任何特定珠组成所需的数量。

图1-5一般证实本发明的文库如何制备用于疾病，例如AD诊断、胰腺癌诊断和狼疮。一般而言，具有胺部分的珠使用标准肽化学通过一系列步骤连接至氨基酸残基，所述珠随后与具有卤化物基团的活化羰基部分反应，所述活化羰基部分随后与具有R基的单体胺反应。循环的步骤2和3如该图中所示的重复，以产生具有1MM-2MM不同配体的大型类肽文库。在Tentagel树脂或珠上制备的初始筛选文库一般具有甲硫氨酸氨基酸作为链中的第一单体。本发明人使用此类氨基酸，以促进从不具有可切割接头的珠或树脂中切割。用于构建含半胱氨酸类肽的Rink树脂具有不需要或不要求使用甲硫氨酸作为第一氨基酸的接头。含半胱氨酸类肽一般在发现假定命中的初始筛选后再合成。半胱氨酸硫基团允许类肽链与例如诊断平台基底上的另一反应部分反应。再合成的类肽还包含1-基-正丁基氨基部分作为在氨基酸胺后的链中的第一侧链。认为这个基团是展示类肽且溶解含水溶液中的类肽必需的。

实例2：一般筛选方法

使附着至选择类肽的160微米Tentagei珠在DMF中膨胀过夜。珠随后在反应容器中用Millipore水和剧烈振荡洗涤十次。每次添加新鲜的Millipore水，并且在第10次洗涤时，允许珠以150-200rpm振荡过夜。第二天，将珠用1X TBST以相同方式洗涤，且允许以150-200rpm振荡至少3小时。

随后将珠平均分到15ml锥形管内的1X TBST中，约0.5克/管。去除TBST，并且将4ml稀释的正常人血清加入每个管中。纳米滴加(Nano-dropped)在1X TBST中制备的血清母液，以获得20ug/ml的所需浓度。随后使含血清和珠的管在4摄氏度下在黑暗中翻滚过夜。随后将血清吸出管外，且替换为4ml1X TBST。随后将管缓慢倒置，以重悬浮珠，且允许沉降。将TBST去除且再添加两次，总共三次TBST洗涤。

随后通过制备5ul山羊抗人IgG Qdot655/1ml1X TBST来制备次级抗体溶液。一旦从珠中去除末次TBST添加，就添加4ml Qdot溶液，并且使珠在4摄氏度下在黑暗中翻滚2小时。随后允许珠沉降，并且去除Qdot溶液。随后将珠用4ml1X TBST洗涤三次。随后将珠倾入包含DAPI滤波器的干净培养皿内，在UV显微镜下显现。取出所有染成红色的珠。

在首次筛选完成后，将珠倾回到15ml锥形管内，并且在下一次血清样品添加前在4摄氏度下翻滚至少4小时。随后将疾病血清以与正常血清添加相同的方式加入珠中，除了与1X TBST相反，血清在PBS起始块(starting block)中稀释外。然而，在1X TBST中制备最初母液，以便用纳米滴管获得适当浓度。血清添加和次级抗体添加与正常血清相同。

一旦取出患病“命中”，就将它们合并到1.5ml eppendorf管内，并且在95摄氏度下在1%SDS中加热25-30分钟。随后从管中去除SDS，并且替换为Millipore水。随后使珠在4摄氏度下翻滚15分钟。随后将水替换为新鲜水，并且使珠翻滚另外15分钟。随后去除水且替换为50/50乙腈/水溶液，且允许翻滚另外15分钟。随后将珠分离到96孔板中的个别孔内且允许干燥。

制备20-30mg溴化氰、500ul乙腈、400ul冰乙酸和100ul Millipore水的溶液，并且将20ul溶液加入含命中珠的每个孔中。将板覆盖且允许以100rpm振荡16小时。随后去除覆盖，并且从孔中蒸发切割溶液。随后将命中点到MSMS板上，并且使用4800MALDl/TOF/FOF分析仪测序。

图6提供本文公开且请求保护的筛选方法的一般示意图。

实例3：诊断对用于治疗疾病的药物的应答

将500毫克160微米Tentagel珠(JC3B library)加入15毫升锥形管中。将5毫升DMF加入管中，并且允许珠静置过夜以膨胀。第二天，将DMT吸出管外，且替换为5毫升1X TBST。将管倒置以混合，并且随后允许珠沉降到底部，并且去除1X TBST。将5毫升1X TBST添加且再去除五次。

通过将4毫升PBS起始块加入管中，并且将各7ul四个分开药物处理的样品加入相同管中，制备正常血清样品。将血清加入洗涤的珠中，并且允许珠和血清在4摄氏度下在黑暗中翻滚过夜。第二天早晨，从转筒中取出珠且允许在将血清吸出管外之前沉降。将4毫升1X TBST加入管中，且将管倒置以混合。随后将TBST吸出管外，且替换为4毫升新鲜的1XTBST且再次去除。

随后通过将50ul充分混合的山羊抗人IgG DYNA珠加入4毫升1X TBST中制备DYNA-珠溶液。随后将混合物加入洗涤的珠中。随后允许珠在4摄氏度下在黑暗中翻滚2小时。

无需洗涤珠，执行DYNA珠筛选。将管置于磁支架上，且用1X TBST填充到边缘。将磁体和管缓慢搅动2分钟，并且允许珠在磁支架中沉降。小心去除TBST和沉降至底部的游离珠，不要触碰通过磁体附着至侧面的命中珠，并且替换为新鲜的1X TBST。将该过程重复两到三次，直到无法看见附着至管侧面的珠。随后将命中珠合并到一个管内。

将剩余非命中珠分到15毫升管内，倒置且快速脉冲离心。将上清液去除且替换为新鲜的1X TBST。将该过程重复6-8次，直到在珠/TBST溶液中无法看见更多的DYNA珠。将命中珠以相同方式洗涤。

将珠合并回到15ml管内，并且将正常血清以与先前所述相同的方式加入珠中，并且允许在4摄氏度下在黑暗中翻滚过夜。此外，将各3毫升的四个正常样品加入1毫升PBS起始块中，并且将这种溶液加入DYNA珠“命中”珠管中。第二天，将珠以与正常血清添加相同的方式洗涤。

将20ul山羊抗人IgG量子点655稀释到4毫升1X TBST中（对于“命中”管在1Ml1XTBST中的20ul Qdot），并且加入珠中。使溶液在4摄氏度下在黑暗中翻滚2小时。将命中和非命中管用1X TBST洗涤四次，且在UV显微镜下筛选鲜红色珠。使剩余珠在4毫升1X TBST中翻滚1小时，并且将疾病或药物处理的血清样品以与正常血清样品相同的方式加入。磁性筛选和Qdot添加以与先前所述相同的方式执行。命中随后在MALDl TOF/TOF质谱仪上测序。

实例4：具有单次测量的微阵列数据

微阵列如在此以引用方式并入的美国专利公开号2010/0303805中所述制备。将微阵列载玻片用杂交室覆盖，且用1XTBST(50mM Tris、pH8.0、150mM NaCl0.1%Tween20)平衡15分钟。随后将载玻片用1ml封闭缓冲液在4℃下封闭1小时。去除封闭缓冲液，并且使载玻片在4℃下与1ml血清(20mg/ml)一起温育16小时，伴随轻轻振荡。在可替代方法中，将载玻片在4℃下用1ml大肠杆菌裂解产物(1.5mg/ml)封闭1小时。去除大肠杆菌裂解产物，并且使载玻片在4℃下与1ml血清(15mg/ml)一起在大肠杆菌裂解产物(1.5mg/ml)中温育18小时，伴随轻轻振荡。随后将微阵列用1XTBST洗涤三次，并且在定轨振荡器上在4℃下与Alexa-647标记的抗IgG抗体(5mg/ml)杂交2小时。从微阵列载玻片中取出室盒且用1XTBST（3x15分钟）随后为0.1XTBST(1x10)洗涤。随后将载玻片在离心机（以1500RPM5分钟）上干燥，且通过使用以100%功率的635-nm激光和600或650光电倍增管增益，在微阵列扫描仪(Gene PixAutoloader4200)上扫描。所有扫描的图像均通过Gene Fix Pro6.0软件和Genespring软件分析。

实例5：ELISA方案

96孔马来酰亚胺活化板得自Thermo Scientific，并且用400uL/孔洗涤缓冲液（0.1M磷酸钠、0.15M氯化钠、0.05%Tween20，pH7.2）洗涤三次，使用来自Beckman Coulter的洗板机。将目的类肽在PBS结合缓冲液（0.1M磷酸钠、0.15M氯化钠、10mM EDTA，pH7.2）中稀释至10mM，并且将200ul类肽溶液加入合适孔中。随后允许板在黑暗中在室温下温育2小时，伴随以500rpm的振荡。随后使用洗板机从孔中吸取类肽溶液，并且再次用400ul/孔洗涤缓冲液洗涤三次。将L-半胱氨酸HCL:H20(Thermo Scientific)在结合缓冲液中稀释至10ug/mL，并且加入200ul/孔。随后使板在黑暗中在室温下温育1小时，伴随以500rpm的振荡，并且洗涤三次。将200ul StartingBloek^TM(PBS)封闭缓冲液(Thermo Scientific)加入孔中，并且使板在4摄氏度下在黑暗中温育1小时，伴随以500rpm的振荡。将板用洗板机洗涤三次，并且通过在结合缓冲液中从1:200向下系列稀释制备血清样品。使用纳米滴管(ThermoScientific)获得1:200样品母液的浓缩物，以确保它们是相似的。每个稀释的样品在制备下一个稀释度前涡旋。将200ul用于血清（疾病和正常）的合适稀释物加入板中，以及不含血清的结合缓冲液作为对照。允许血清在室温下在黑暗中温育2小时，伴随500rpm振荡。将板再次洗涤，并且将200ul在结合缓冲液中1:30,000稀释的山羊抗人IgG HRP(MilHpore)加入合适孔中，并且在室温下在黑暗中温育30分钟，伴随500rpm振荡。将板洗涤三次，并且将100ul TMB（3,3',5,5'～四甲基联苯胺）溶液加入每个孔中，并且允许颜色在黑暗中在工作台上发展30分钟。加入100ul2M硫酸停止液，以停止反应，并且使用板阅读器在450吸光度下阅读孔。

因此，在每种情况下且就每种药物处理而言，本发明的过程可用于快速地发现与药物应答（例如不良反应、药物抗性和治疗剂量功效）相关的生物标记和与此类标记结合的配体。这些配体-这个更大型的配体库-随后可用于多个诊断和/或治疗目的。诊断平台包括微阵列、基于珠的方法和ELISA系统。上文利用的条件包含本发明的重要方面。这些条件包括在珠上或在孔和检测方法中关于血清的稀释范围以及特定类肽的浓度。在珠上具有类肽的珠数目可取决于特定测试试剂盒或筛选试剂盒而改变。这些数目还可取决于珠/配体是用于本文所述的初始筛选方案和方法中和/或基于高亲和力配体的发现用于测试试剂盒中而改变。

本领域技术人员应当理解可对上文所述实施例作出改变，而不背离其广泛的本发明概念。因此，应当理解本发明并不限于公开的特定实施例，而是预期涵盖如通过附加权利要求定义的在本发明的精神和范围内的修饰。

Claims

1.类肽配体文库在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于如下所述地诊断受试者中的药物诱导应答：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选所述类肽配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与所述文库中的一种或多种类肽配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述药物诱导应答相关，从而诊断所述受试者中的所述药物诱导应答，其中所述药物诱导应答是对所述药物的不良反应、所述药物的副作用或对所述药物的抗性，其中所述文库包含式I的化合物

其中

R₁是-(C₁-C₆)SCH₃或-CH₂SH；

R₂是H；且

R₃-R₆独立地选自H、-C₁-C₆烷基、-C₁-C₆烷基SCH₃、-C₀-C₆烷基C₂-C₆烯基、-C₀-C₆烷基C₂-C₆炔基、-C₁-C₆COOH、-C₁-C₆烷基OH、-C₁-C₆烷基N(R)₂、-C₃-C₈环烷基、-C₁-C₆烷基芳基、-C₁-C₆烷基杂芳基、-C₁-C₆烷基NC(O)C₁-C₆烷基、-C₁-C₆烷基环酰胺，其中所述芳基或杂芳基中的任何一个均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH₃、-SO₂NH₂或-O-CH₂-O-取代。

2.根据权利要求1所述的用途，其中所述药物是选自下列药物中的至少一种：阿托伐他汀、氯吡格雷、依那西普、氟替卡松沙美特罗、英夫利昔单抗、缬沙坦、利妥昔单抗、埃索美拉唑、贝伐珠单抗、阿立哌唑、曲妥珠单抗、奥氮平、喹硫平、阿达木单抗、孟鲁司特、依诺肝素、文拉法辛、吡格列酮、坎地沙坦、依地普仑和格拉默。

3.根据权利要求1所述的用途，其中所述药物诱导应答与疾病或疾病的阶段相关。

4.根据权利要求1所述的用途，其中所述疾病是癌症、自身免疫疾病、炎性疾病、传染病、神经变性疾病或心血管病。

5.根据权利要求4所述的用途，其中所述癌症疾病是乳腺癌、肺癌、前列腺癌、宫颈癌、头与颈癌、睾丸癌、卵巢癌、皮肤癌、脑癌、胰腺癌、肝癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、食管癌、淋巴瘤或白血病，例如识别对这些疾病状态独特的标记的配体。

6.根据权利要求4所述的用途，其中所述自身免疫疾病是狼疮、重症肌无力、多发性硬化、发作性睡病、类风湿性关节炎、肾炎、查格斯病、硬皮病或斯耶格伦氏病。

7.根据权利要求4所述的用途，其中所述传染病是由病毒、细菌或真菌感染的结果。

8.根据权利要求4所述的用途，其中所述神经变性疾病是阿尔茨海默氏病、痴呆或克雅氏病。

9.根据权利要求1所述的用途，其中所述配体文库包含基于已知的与所述配体结合标记的反应性，在较早期初始筛选或预选择中鉴定的多种配体。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的用途，其中R₁是-(C₁-C₆)SCH₃。

11.配体文库在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于如下所述地诊断受试者中的药物诱导应答：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选所述配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与所述文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述药物诱导应答相关，并且其中所述文库包含式I的化合物，

其中所述化合物通过包括使用选自下述的反应物的过程产生：

(A)糠胺；3,4-二甲氧基乙醇胺；苄胺；N-(2-氨乙基)乙酰胺；N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮；乙醇胺；甘氨酸；二氨基丁烷；烯丙胺；胡椒基胺；甲基苄胺；异丁胺；4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或环己胺；或

(B)甲氧基乙胺；胡椒基胺；环己胺；二氨基丁烷；甲基苄胺；异丁胺；糠胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺；或

(C)糠胺、乙醇胺；甘氨酸；二氨基丁烷；烯丙胺；胡椒基胺；甲基苄胺；异丁胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺；或

(D)糠胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺；N-(3-氨乙基)-2-吡咯烷酮；乙醇胺；甘氨酸；二氨基丁烷；烯丙胺；胡椒基胺；甲基苄胺；异丁胺；4-(2-氨乙基)苯磺酰胺；或

(E)半胱氨酸、甘氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、甲基苄胺、胡椒基胺、甲硫氨酸、环己胺、3,4-二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺和糠胺；和

其中

R₁选自-(C₁-C₆)SCH₃；

R₂选自H；

R₃和R₅独立地选自H、-C₁-C₆烷基、-C₁-C₆烷基SCH₃、-C₀-C₆烷基C₂-C₆烯基、-C₀-C₆烷基C₂-C₆炔基、-C₁-C₆COOH、-C₁-C₆烷基OH、-C₁-C₆烷基N(R)₂、-C₃-C₈环烷基、-C₁-C₆烷基芳基、-C₁-C₆烷基杂芳基、-C₁-C₆烷基NC(O)C₁-C₆烷基、-C₁-C₆烷基环酰胺，其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH₃、-SO₂NH₂或-O-CH₂-O-取代；

R₄选自糠基，

R₆选自H、1-基-烯丙基、1-基-2-羟乙基、异丁基、1-基-正丁胺、甲基苄基、胡椒基、环己基、1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基、苄基、1-基-2-(乙酰胺)乙基、1-基-3-2-吡咯烷酮、1-基-2-(4-苯磺酰胺)乙基或糠基，和

n是3-11。

12.配体文库在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于如下所述地诊断受试者中的药物诱导应答：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选所述配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与所述文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述药物诱导应答相关，并且其中所述文库包含具有式Ia的化合物，

其中所述化合物选自式Ia的化合物，其中

(a)R₉是正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是胡椒基；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是胡椒基；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(b)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是环己基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是1-基-2,2-二甲基乙基(异丁基)；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是甲基苄基；

(c)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是胡椒基；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是环己基；

(d)R₉是胡椒基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是异丁基；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是环己基；R₁₅是异丁基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(e)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是环己基；R₁₄是环己基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是胡椒基；

(f)R₉是胡椒基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是异丙基；R₁₂是异丙基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是环己基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；

(g)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是胡椒基；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是胡椒基；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是环己基；

(h)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是环己基；R₁₄是环己基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是胡椒基；

(i)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基--正丁胺；R₁₃是1-基-正丁胺；R¹⁴是环己基；R¹⁵是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R¹⁶是环己基；

(j)R₉是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是环己基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是异丁基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(k)R₉是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₀是异丁基；R₁₁是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₂是胡椒基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是环己基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(l)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是环己基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是异丁基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是甲基苄基；

(m)R₉是1-基-2-甲氧基乙基；R10是1-基-正丁胺；R11是1-基-正丁胺；R12是1-基-2-甲氧基乙基；R13是甲基苄基；R14是1-基-正丁胺；R15是糠基，并且R16是糠基；

(n)R₉是环己基；R10是环己基；R11是1-基-正丁胺；R12是糠基；R13是1-基-2-甲氧基乙基；R14是1-基-2-甲氧基乙基；R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R16是糠基；

(o)R₉是1-基-正丁胺；R10是胡椒基；R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R12是1-基-2-甲氧基乙基；R13是甲基苄基；R14是1-基-正丁胺；R15是1-基-2-甲氧基乙基，并且R16是甲基苄基；

(p)R₉是环己基；R10是环己基；R11是胡椒基；R12是1-基-正丁胺；R13是1-基-正丁胺；R14是1-基-正丁胺；R15是1-基-正丁胺，并且R16是异丁基；

(q)R₉是胡椒基；R10是1-基-正丁胺；R11是1-基-2-甲氧基乙基；R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R13是胡椒基；R14是1-基-正丁胺；R15是甲基苄基，并且R16是甲基苄基；

(r)R₉是甲基苄基；R10是甲基苄基；R11是甲基苄基；R12是1-基-正丁胺；R13是胡椒基；R14是1-基-正丁胺；R15是胡椒基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(s)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是1-基-2-甲氧基乙基，并且R₁₆是胡椒基；

(t)R₉是甲基苄基；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是异丁基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(u)R₉是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是异丁基；R₁₂是异丁基；R₁₃是环己基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是环己基；

(v)R₉是异丁基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是胡椒基，并且R₁₆是胡椒基；

(w)R₉是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₀是异丁基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₄是异丁基；R₁₅是1-基-2-甲氧基乙基，并且R₁₆是环己基；

(x)R₉是糠基；R₁₀是糠基；R₁₁是胡椒基；R₁₂是环己基；R₁₃是胡椒基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是环己基；

(y)R₉是胡椒基；R₁₀是胡椒基；R₁₁是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-正丁胺，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(z)R₉是胡椒基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是异丁基；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是环己基；R₁₅是异丁基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(aa)R₉是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；

(bb)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是异丁基；R₁₃是环己基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-正丁胺，并且R₁₆是胡椒基；

(cc)R₉是环己基；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是环己基；R₁₂是胡椒基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₅是1-基-正丁胺，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(dd)R₉是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₄是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₅是异丁基，并且R₁₆是环己基；

(ee)R₉是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是胡椒基；R₁₄是异丁基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(ff)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是环己基；

(gg)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₅是1-基-正丁胺，并且R₁₆是甲基苄基；

(hh)R₉是环己基；R₁₀是环己基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是环己基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(ii)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是糠基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是糠基；R₁₄是环己基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是环己基；

(jj)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是1-基-2-甲氧基乙基，并且R₁₆是异丁基；

(kk)R₉是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是环己基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是甲基苄基；

(ll)R₉是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

(mm)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₁是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是环己基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是甲基苄基；

(nn)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是胡椒基；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是环己基；

(oo)R₉是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是胡椒基；R₁₅是1-基-正丁胺，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(pp)R₉是胡椒基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是甲胺；R₁₃是胡椒基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是胡椒基，并且R₁₆是1-基-2-甲氧基乙基；

(qq)R₉是环己基；R₁₀是环己基；R₁₁是糠基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是异丁基；R₁₄是环己基；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是甲基苄基；

(rr)R₉是胡椒基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是异丁基；R₁₂是异丁基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是环己基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；

(ss)R₉是环己基；R₁₀是环己基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是甲基苄基；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是甲基苄基；R₁₅是环己基，并且R₁₆是胡椒基；

及其可药用的盐。

13.配体文库在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于如下所述地诊断受试者中的药物诱导应答：从所述受试者中获得生物样品；针对所述样品筛选所述配体文库；鉴定在所述样品中的一种或多种标记与所述文库中的一种或多种配体的结合特征；且测定所述一种或多种标记是否与所述药物诱导应答相关，并且其中所述文库包含具有下式的化合物：

其中所述化合物选自式II的化合物，其中

(m)R₉是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是糠基，并且R₁₆是糠基；

(n)R₉是环己基；R₁₀是环己基；R₁₁是1-基-正丁胺；R₁₂是糠基；R₁₃是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₄是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₅是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基，并且R₁₆是糠基；

(o)R₉是1-基-正丁胺；R₁₀是胡椒基；R₁₁是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₂是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₃是甲基苄基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-2-甲氧基乙基，并且R₁₆是甲基苄基；

(p)R₉是环己基；R₁₀是环己基；R₁₁是胡椒基；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是1-基-正丁胺；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是1-基-正丁胺，并且R₁₆是异丁基；

(q)R₉是胡椒基；R₁₀是1-基-正丁胺；R₁₁是1-基-2-甲氧基乙基；R₁₂是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基；R₁₃是胡椒基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是甲基苄基，并且R₁₆是甲基苄基；

(r)R₉是甲基苄基；R₁₀是甲基苄基；R₁₁是甲基苄基；R₁₂是1-基-正丁胺；R₁₃是胡椒基；R₁₄是1-基-正丁胺；R₁₅是胡椒基，并且R₁₆是1-基-正丁胺；

及其可药用的盐。

14.根据权利要求1所述的用途，其中所述配体文库是基于珠的配体文库，其包含具有与所述珠结合的配体的多粒珠。

15.根据权利要求1所述的用途，其中所述筛选通过阵列执行。

16.根据权利要求15所述的用途，其中所述阵列是微阵列、显微镜载玻片、板、芯片或珠群体。

17.根据权利要求15所述的用途，其中所述阵列包含具有表面的固体基底；与所述基底结合的多个配体，所述配体各自包含与所述基底表面稳定结合的锚区段、类肽区段、和连接且分离所述锚和类肽区段的接头区段。

18.根据权利要求15所述的用途，其中所述阵列包含约1000-100,000种不同配体。