CN103748270A - 使用基于珠或颗粒的文库以及诊断试剂盒和治疗学在复杂生物液体中的生物标记发现 - Google Patents

使用基于珠或颗粒的文库以及诊断试剂盒和治疗学在复杂生物液体中的生物标记发现 Download PDF

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Abstract

本发明可用于筛选与任何其他疾病或状况相关的生物标记。此类疾病和状况范围为上文鉴定的神经学疾病、自身免疫疾病和癌症以及任何其他疾病或状况,其具有与疾病或疾病进展相关的生物标记例如抗体或其他表征蛋白质或生物分子。这些疾病和状况具体包括炎性疾病、传染病、心血管病和代谢病。本发明的大型配体文库可在合适的实验条件下且根据本文所述过程直接用于生物液体中,以筛选此类标记且无需使用更少的载体成员(例如约100,000或更少)或无需在筛选生物液体前将此类类肽或配体转移至微阵列。此外,配体文库还可用于筛选与特定细胞表面标记特别相关的基于细胞的受体。

Description

使用基于珠或颗粒的文库以及诊断试剂盒和治疗学在复杂生物液体中的生物标记发现
与相关申请的交叉参考
本申请要求分别于2011年3月24日、2011年5月31日和2012年1月6日提交的美国临时专利申请61/467,256、61/491,717和61/583,881的优先权,所有所述专利申请均全文以引用方式并入本文。 
技术领域
本发明涉及新筛选方法及由其衍生的诊断和治疗产品。特别地,包含丰富多样的小分子、肽、类肽和/或其他寡聚物的新的基于珠的大型文库用于在生物样品中筛选疾病相关生物标记。本发明允许快速和直接筛选血浆、血清或其他生物液体,以发现一系列疾病中的疾病相关抗体并且还发现抗体特异性分子,其可充当诊断工具或作为用于所述疾病的治疗学。包含此类抗体特异性分子的诊断试剂盒可制备用于具有抗体或免疫原性组分的基本上任何疾病状态,例如自身免疫疾病、中枢神经系统障碍和癌症。此类试剂盒可由基本上任何已知的载体系统制成,条件是所述系统可支持或结合抗体特异性分子例如类肽或其他配体结合部分。类似地,任何已知的检测方法包括ELISA或其他已知的检测方法可用于在初始筛选后检测抗体,以发现假定命中,和/或在诊断筛选后,在诊断测定中使用此类假定命中。此类方法还可用于筛选其他生物标记,包括在细胞表面上的蛋白质和/或其他生物标记,以区别表达疾病相关标记的细胞相对于不表达此类标记的健康细胞。 
背景技术
美国专利公开2007/0003954公开了使用小分子微阵列的蛋白质和抗体概况分析。本申请公开了与配体结合部分结合的配体,其中所述配体排列在用于筛选生物标记和分子指纹的合成分子阵列中。其中描述的具体阵 列包括例如具有与阵列结合的7680种不同化合物的类肽微阵列。在那个公开中,基于珠的文库用作制备类肽的起始方法,所述类肽随后转移至微阵列以筛选生物液体,在该微阵列上具有可寻址的定位。筛选导致阵列上对于复杂生物混合物中的任何特定蛋白质的独特模式或分子指纹。在此以引用方式并入的美国专利申请2010/0303805公开了可用于在生物液体中筛选与中枢神经系统障碍相关的生物标记的特定类肽和诊断阵列。其中公开的用于在其中形成阵列的具体单体也可用于本发明的新筛选方法中,条件是该文库扩大至数目大得多的珠/类肽或珠/配体,例如大于100K至150MM。 
本发明人已发现显著更大的基于珠的文库(相对于用于抗体生物标记的基于微阵列的筛选或用于细胞的基于珠的筛选)可在适当条件下用于直接筛选复杂生物样品,以发现疾病相关生物标记以及与此类配体结合部分结合的显著更大的配体库。这个显著更大的库包括显著改善数目的高亲和力配体,其充当诊断工具以及潜在治疗学。这种方法还允许对于任何特定复杂生物液体显著改善的筛选率,因为首先避免制备微阵列或相似可寻址载体系统的需要。一旦执行筛选,就可制造包含在筛选中发现的命中的微阵列或其他载体系统包括诊断阵列,并且包括在本发明的范围内。 
发明内容
本发明涉及包含基于珠的大型随机配体文库的组合物或多种“组合物”。选择形成任何特定“组合物”的文库或多个文库,以筛选靶标疾病或状况,并且每个文库均可用于针对不同疾病或状况筛选,或相同文库可用于筛选多种疾病状态或状况。术语“随机”包括在单取代的胺上具有丰富多样的侧链的那些文库,所述单取代的胺形成寡聚链中的任何特定单体。即使在任何特定单体上的化学和/或物理特征中的某些例如功能性/溶解性是靶标寡聚物的所需特点或特征的部分,在胺原材料上的这个多样的R基也是“随机的”。对于基于血浆的筛选或血清筛选,例如,期望与珠结合的任何特定配体均具有溶解性特征,其促进在溶液中与配体结合部分例如抗体的相互作用。此外,寡聚物的大小也是在形成配体文库时考虑的特点,当靶标部分是例如抗体或蛋白质时,所述配体可与配体结合部分结合。基 于珠的文库包含具有配体与之(或与此类树脂上的接头)键合的珠或相似载体结构(即聚合树脂),所述配体选自小分子、肽、类肽、多糖或任何基于寡聚物的化合物,包括核酸和修饰的核酸部分。在优选实施例中,基于珠的文库包含类肽。类肽是具有共价连接形成寡聚物的5–15个单体的单体单位的寡聚物。寡聚物可具有连接至寡聚物末端的另外部分,以键合至载体或接头,所述接头使寡聚物连接至载体。寡聚类肽使用例如与亚单体合成方法合并的一般固态肽合成的杂交组合生成,并且包含具有单取代酰胺的甘氨酸或碳取代的甘氨酸样部分,其中在酰胺氮或α-碳上的取代基选自广泛范围的部分,取决于在合成中利用的单取代的胺或甘氨酸α碳取代基。类肽文库一般可如例如Kodadek和Reddy,Proceedings of the National Academy of Sciences,2005年9月6日,第102卷,No.36中所述或如本文所述进行制备。如上文提及的,单取代的胺库一般选自广泛范围的单体。文库的大小范围可为具有所述数目的不同配体/珠的约200,000到150MM珠。作为另外一种选择,且取决于珠或载体的大小,每个载体或珠可具有超过一种配体/珠/载体,并且配体可以是相同配体或不同配体。 
随后还在本发明的过程中获得具有包含文库的配体的珠/载体。本发明包含用于在生物液体中筛选疾病相关生物标记的过程,其包括用至少一种基于珠的配体文库筛选生物对照样品和生物患病样品,且使用此类筛选发现疾病相关生物标记的步骤。本发明包含用于在复杂生物样品中筛选疾病相关生物标记的存在的过程,其包括使所述样品暴露于多个含配体载体,其中至少一种配体与疾病相关生物标记可检测地结合。本发明还包含在复杂生物样品中筛选疾病相关生物标记的方法,其包括步骤(1)使随机配体文库暴露于对照样品,以鉴定且取出任何非特异性配体命中,和(2)使剩余配体文库暴露于患病样品,以鉴定与患病样品中的疾病相关生物标记相关的任何配体。特别地,本发明包含用于在生物样品中筛选疾病相关生物标记的过程,其包括(1)用合适溶剂预处理含配体珠(LBB)文库,以形成处理的LLB;(2)使处理的LLB暴露于具有对照样品配体结合部分的正常对照(NC)生物样品;(3)使来自对照样品的处理的LBB暴露于Dynabead筛选(加铁标记的抗IgG抗体),且取出命中;(4)洗涤剩余的LBB文库, 且使用量子点标记的次级抗IgG抗体,使所述文库暴露于具有任何剩余对照样品配体结合部分的NC生物样品,且取出命中;(5)洗涤剩余的LBB文库,且使所述文库暴露于来自具有疾病的患者的生物样品;(6)使来自患病样品的处理的LBB暴露于Dynabead筛选,且取出命中;(7)洗涤剩余的LBB,且使所述文库暴露于来自具有疾病的患者的生物样品;(8)将量子点标记的次级抗IgG抗体加入洗涤的LBB中,且鉴定与LBB上的配体结合的疾病相关配体结合部分,和任选地,在洗涤来自步骤(6)的Dynabead后,使用来自步骤(6)的Dynabead命中重复步骤(8),且鉴定Dynabead Qdot命中。在优选实施例中,Tentagel珠(具有嵌入的PEG接头)用于LBB的制备中。具有不同和/或任选接头的可替代珠和/或颗粒也可连同可替代检测方法一起使用。珠还可选自例如Luminex珠。在优选过程中,不利用Dynabead步骤,除了作为起始确认步骤以证实Qdot命中之外。 
来自上文鉴定的一个或多个步骤的分离命中的任何或全部还可作为相同部分或作为其修饰形式进行表征,化学鉴定且合成。特别地,优选表征涉及获得来自步骤(8)的LBB上的配体,且测序与生物标记或疾病相关配体结合部分结合的特定寡聚物或配体。在优选实施例中,配体是类肽,并且将类肽测序以鉴定和/或证实或再证实假定诊断探针的同一性,所述假定诊断探针还可用于诊断试剂盒中或用作治疗性药物或疫苗候选物的基础,取决于特定疾病或状况。在优选实施例中,将配体命中测序,鉴定且随后使用基于珠或载体的合成方法以更大规模再合成或合成,以产生鉴定的/测序的配体。在这种情况下,优选的合成配体包括例如半胱氨酸氨基酸作为功能配体,所述半胱氨酸连接至树脂/珠或载体(或所述载体上的接头),并且这种氨基酸还用例如亚单体进行处理,所述亚单体包含溴乙酸和对于特定测序配体(类肽或α取代的类肽)具有所选R基的取代胺。半胱氨酸残基或其他类似氨基酸残基提供硫氢基,其可与玻璃载玻片或载体上的亲电子基团反应。以不同的方式,在初始文库形成中和在tentagel珠或者不含接头的珠或树脂上,甲硫氨酸用作第一单体,以允许在类肽寡聚物的合成后从珠或树脂中切割。当从树脂或珠中切割时,甲硫氨酸形成寡聚物的部分。另一方面,Rink树脂具有切割接头或在适当条 件下促进分子从接头和树脂中切割的接头,而不切割寡聚物中的其他酰胺键。 
本发明还包含使用在生物样品筛选方法中鉴定的配体(或其修饰形式)的诊断试剂盒。特定筛选的能力导致显著数目的实际命中的快速鉴定,所述实际命中还用于此类诊断试剂盒中。术语“快速的”在这种情况下意指本过程避免在必须分析复杂生物液体前复杂和不需要的构建微阵列的步骤,这因此导致时间中的显著节省。此外,本方法允许在任何一个时间针对复杂生物液体筛选数目大得多的分子,而不是限制于微阵列上的小数目。除了发现显著数目的命中外,相对于使用先前筛选方法发现的那些,发现的配体包括显著更大数目的高亲和力粘合剂,所述先前筛选方法不使用此类基于珠或颗粒的技术直接筛选或测定复杂生物液体。此类配体可用于包含筛选疾病或状况A的第一类肽和筛选疾病或状况B的至少一种另外类肽的多重疾病平台中。 
可使用本发明的方法在目的生物体中筛选疾病相关抗体或生物标记的存在的疾病范围包括基本上任何疾病和疾病的任何发展阶段。本发明可用于人和动物疾病的诊断和进展中。包含在筛选过程中发现且鉴定的配体的诊断试剂盒可包含用于重点护理诊断筛选的基于珠的诊断试剂盒,和/或可包含在更复杂的载体系统例如微阵列上构建的更精细的诊断系统和/或多重系统。此外,由在初始筛选中发现的类肽、α取代的类肽或配体构建的诊断阵列可用于临床试验中,以鉴定或帮助鉴定在任何特定患者群体或亚群中的患者分层和/或疾病进展。设想衍生自本文的初级和/或次级或三级筛选的此类数据可加速药物开发和使用药剂的亚组或个体化患者护理,所述药剂特别设计用于疾病的阶段或特定阶段,包括早期阶段疾病。类似地,衍生自本文发现的配体的诊断试剂盒可用于基于生物标记概况来鉴定早期疾病进展和/或疾病进展的任何阶段。此类信息可用于帮助医生开出用于个别患者或患者组的最合适的医疗护理处方。 
本发明的其他特点和优点由于下文详细描述的例子和附图将变得显而易见。然而,应当理解详述和具体例子在指示本发明的优选实施例的同时,仅作为举例说明给出,因为在本发明的精神和范围内的多种变化和修饰由于这个详述对于本领域技术人员将变得显而易见。 
附图说明
下述附图是本说明书的部分。 
图1显示用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(KN1B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始(PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成)。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸,并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体(单体胺和卤代乙酸)。 
图2显示也用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(JC3B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始(PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成)。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸,并且其随后反应以形成B中所示的化合物,图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体(单体胺和卤代乙酸)。JC3B还用于筛选胰腺癌血清(数据未显示)。 
图3显示用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(JC4B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始(PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成)。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸,并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体(单体胺和卤代乙酸)。 
图4显示用于筛选阿尔茨海默氏血清样品的Tentagel珠(JC5B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始(PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成)。图1B显示在珠上作为甲硫氨酸的起始氨基酸,并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体(单体胺和卤代乙酸)。JC5B单体包括异丁胺、2-甲氧基乙胺、二氨基丁烷、糠胺、环己胺、R-甲基苄胺、胡椒基胺和4-(氨乙基)苯磺酰胺。 
图5显示用于筛选血清样品的Tentagel珠(JC7B)文库制备的基本化学示意图。图1A显示从作为反应物的具有氨基的聚苯乙烯珠开始(PEG或等价或可替代接头可在珠和末端氨基之间形成)。图1B显示在珠上作为 甲硫氨酸的起始氨基酸,并且其随后反应以形成B中所示的化合物。图1C显示用于形成化合物的寡聚物文库的亚单体(单体胺和卤代乙酸)。 
图6显示使用基于珠的类肽配体文库筛选复杂生物样品的本发明过程示意图。 
图7显示在制备为针对阿尔茨海默氏正常对照血清样品和阿尔茨海默氏患病血清样品筛选的类肽文库(JC3B)中的QDot添加后的正常对照(NC)Dynabead命中。挑出命中且剩余配体结合的珠用于基于疾病的筛选中。 
图8显示在取出NC命中后,来自阿尔茨海默氏患者血样的患病血清的Tentagel珠筛选。命中以红色显示,所述命中是与血清中的疾病相关生物标记(抗体)结合的Qdot次级抗体,其与通过PEG接头连接至珠的类肽结合。 
图9显示重现性测试,其在SDS洗涤和QDOT添加后使用正常对照样品(NC 030093)。箭头显示对于序列挑选哪些NC类肽命中。 
图10显示重现性测试,其在SDS洗涤和QDOT添加后使用正常对照样品(NC 050047)。 
图11显示重现性测试,其在SDS洗涤和QDOT添加后使用患病样品。 
图12显示来自JC3B文库的从阿尔茨海默氏筛选中选择的假定命中的类肽序列。C末端在片层的右侧上,并且N末端在左侧上。 
图13显示来自JC3B文库的来自阿尔茨海默氏筛选的优选高亲和力命中的化学结构。在这个例子中,显示的结构具有半胱氨酸残基且在测定初步筛选中的初始命中结构后再合成。JC3B文库包含类似的类肽,但其在C末端上具有甲硫氨酸残基而不是半胱氨酸残基。 
图14显示在溶液中的高亲和力配体(ADTG1)相对于在微阵列载体上的ADTG-1-ADTG-42之间的竞争实验。该竞争实验显示在溶液中的ADTG1键合至相同抗体,所述抗体已与在微阵列上的类肽ADTG-1、ADTG14、ADTG24、ADTG25、ADTG31、ADTG35和ADTG40结合。对类肽各自进行相似实验,以发现与四种不同的阿尔茨海默氏自身抗体结合的四组类肽(数据未显示)。 
图15显示四组不同类肽,其与阿尔茨海默氏筛选中的不同自身抗体结合。该图上的每个组在顶部具有更高亲和力的粘合剂。 
图16A显示使用P1aag1(JC3B-1)类肽关于一群患者的AD测试数据(不 知情的),并且图16B显示使用P1aag2(JC3B-21)关于相同AD患者群的测试数据(不知情的)。每种类肽呈现于微阵列上。 
图17A显示使用P1aag3(JC3B-7)类肽关于一群患者的AD测试数据(不知情的),并且图17B显示使用P1aag4(JC3B-5)关于相同AD患者群的测试数据(不知情的)。每种类肽呈现于微阵列上。 
图18A显示使用P1aag5(JC3B-R8)类肽关于一群患者的AD测试数据(不知情的),并且图18B显示使用P1aag6(JC3B-R12)关于相同AD患者群的测试数据(不知情的)。每种类肽呈现于微阵列上。 
图19A显示在关于使用P1aag1-6进行的测试的相同患者群中的ADP2微阵列数据。图19B显示对于相同患者组使用P1aag4的比较数据。该数据显示在相同患者群中用先前鉴定的ADP2和新近鉴定的P1aag4实现的结果之间的明确关联。 
图20A显示关于使用P1aag1-6进行的测试的相同患者群中的ADP3的微阵列数据,图20B显示对于相同患者组使用P1aag2的比较数据。该数据显示在相同患者群中用先前鉴定的ADP3和新近鉴定的P1aag2实现的结果之间的明确关联。 
图21显示在以40ug/mL的患病AD血清相对于健康对照(合并的)的比较中,在TentaGel珠上的P1aag5(假定的命中5或JC3B-R8)确认。 
图22A显示使用QDot655和使用JC5B文库在胰腺癌筛选中的类肽命中。图22B和C显示使用QDot655的命中再证实(箭头指向命中)。 
图23显示胰腺类肽命中确认且比较疾病血清添加和用QDot655检测相对于正常血清添加。 
图24显示通过混合AD标记和PC标记的命中确认。数据显示检测到PC标记,同时在胰腺癌血清(血清1)中的AD类肽珠上不存在可检测抗体。 
图25显示来自JC3B文库的胰腺癌筛选命中序列。 
图26显示来自JC5B文库的胰腺癌筛选命中序列。 
图27A、B和C显示SLE(狼疮)筛选的结果。A是正常对照,并且B和C是来自两个不同组1和2的SLE血清。箭头指向命中。 
图28显示来自KN1B文库的SLE命中。C末端在片层的右侧上。 
图29显示关于类肽KN1B-20的命中确认。组1是以约0.374mg/mL浓度的合并患病血清(左图)(命中在珠上以红色色调显示)。非患病的合并血清(中图)以约0.378mg/mL的浓度提供,并且最右侧的图显示无血清对照。 
图30显示使用荧光素标签使用以不同浓度类肽的两种不同结合方法,SLE(狼疮)类肽之一与ELISA板的结合/检测。 
图31显示在板结合的KN1B-20-生物素-荧光素相对于溶液中以不同浓度的游离KN1B-20-生物素之间的竞争测定。信号阻尼随着来自等摩尔浓度的结合相对于游离的游离KN1B-20-生物素浓度增加而出现。 
图32显示具有以不同浓度的类肽的ELISA板,并且明确显示在患病血清(AD)(P第1列)和正常对照血清(第3列)[1:200每个孔倍增至1:400、1:800、1:1,600、1:3,200、1:6,400、1:12,800]之间的差异。箭头指向在1XTBST缓冲液中的1:800稀释度。孔中的类肽浓度是10mM。图32还显示区别患病和对照血清的TentaGel珠平台的确认。 
图33显示具有10mM ADP3和以AD血清的不同稀释度相对于对照血清的ELISA板。箭头指向1:800稀释度。 
图34显示具有10mM SLE-KN1B-20和以AD血清的不同稀释度相对于对照血清的ELISA板。箭头指向1:800稀释度。 
图35显示使用以不同血清稀释度在结合缓冲液中制备的10mM ADP3的AD血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200(组1以.394mg/mL的AD血清和以.386mg/mL的非患病血清)。 
图36显示使用以不同血清稀释度在结合缓冲液中制备的10mMKN1B-20的SLE血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200(组1以.375mg/mL的SLE血清和以.396mg/mL的非患病血清)。 
图37显示使用以不同血清稀释度在DMSO中制备的10mM KN1B-20的SLE血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200(组1以.367mg/mL的SLE血清和以.322mg/mL的非患病血清)。 
图38显示用于Tentagel珠命中确认的FACS平台。 
图39显示以不同浓度的血清(100ug/mL至1,000ug/mL)和响应用抗DNP标记的次级抗体的治疗,在具有乙酰基的珠和具有2,5-二硝基苯基(DNP)的珠之间的分离程度。平均荧光强度(MFI)分离在1,000ug/mL血清的更高稀释度时最大。 
图40显示在1,000ug/mL血清浓度时,存在游离乙醇胺-DNP和DNP(在板上)与抗DNP抗体的结合之间的直接竞争。 
图41来自合并的正常对照血清和合并的AD血清的ADP3结合的抗抗体。数据显示使用两种不同的次级抗体(山羊抗人Dylight649和山羊抗人Alexa647),在20至140ug/mL的血清浓度范围时的良好分离。 
图42显示在不同血清浓度范围时的本底扣除后,来自正常对照和AD血清的ADP3结合的自身抗体。在小于20ug/mL到120ug/mL或更大的大多数血清浓度范围时,存在显著程度的分离。 
图43和44显示SLE(狼疮)再合成的类肽配体命中的结构。 
图45显示在10um Tentagel珠上的ADP3制备和使用CNBr的后续切割连同所示内酯的质谱法读数。 
图46显示来自以不同浓度的正常对照和阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体。珠用1X TBST预封闭3小时,并且随后使用山羊抗人Alexa647次级抗体检测。 
图47显示来自以不同血清浓度的正常对照和阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体,并且还显示DNP值。 
图48和49显示使用预封闭条件例如大肠杆菌(E.coli)裂解产物和赖氨酸,来自正常对照相对于阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体。 
图50显示在微阵列中使用的类肽相对于置于ELISA板上的那些类肽之间的制备和区别的简单示意图。关于类肽微阵列如何制备的示意图:将个别珠分离到微量滴定板的孔内,并且从珠中切割类肽,以制备浓缩原液。应当指出每个孔目前将包含单个种类的类肽。随后将几千个类肽以这样的方式点在化学修饰的玻璃显微镜载玻片上,使得它们与表面共价结合。几千个载玻片可由单个合成文库高度重现性产生。ELISA产生是类似的,除了在表面上不存在PEG链外,但在ELISA板上的类肽密度可不同于在微阵 列上的密度。 
图51显示使用连接至次级抗体的辣根过氧化物酶,在1:800的血清稀释度时在正常对照和患病血清之间具有明确区别的ELISA实验,所述次级抗体检测疾病相关的抗体-类肽复合物。加入无色底物,并且在与结合的HRP酶反应后改变颜色(蓝色)。 
图52显示在患病血清(A)相对于对照血清(B)的不同血清稀释度时,在ELISA测试中比较多个AD类肽的滴定数据。当浓度从1:12,800增加到1:200时,在正常血清中不存在信号强度,但存在所有AD类肽的明确区别和强度。 
图53提供确认在阿尔茨海默氏病(或不是)的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品(不知情的)且针对ADP3类肽筛选以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1的读数视为阳性的,1和0.7之间的读数视为未定的,并且低于0.7的读数视为阴性的。 
图54提供确认在阿尔茨海默氏病(或不是)的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品(不知情的)且针对多种AD类肽筛选(曲线图是9个类肽的结果的平均值)以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1的读数视为阳性的,1和0.7之间的读数视为未定的,并且低于0.7的读数视为阴性的。 
图55提供确认在阿尔茨海默氏病(或不是)的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品(不知情的)且针对本发明的多种AD类肽筛选以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1.的读数视为阳性的,1和0.7之间的读数视为未定的,并且低于0.7的读数视为阴性的。数据还显示对其他痴呆的表现,其中标记MCI/抑郁样品并且同样标记路易体痴呆样品。数据显示至少三个MCI患者具有通过本发明的AD选择性类 肽捕获的抗体可检测量超过1的血清样品。 
图56A-D提供关于来自患者的样品子集的数据,所述患者具有在使用多个AD类肽的Opko Health类肽诊断测定相对于不知情时提供这个信息后的临床诊断之间的不一致。图56A显示如对于患者所示的关于类肽ADP3及其他的数据,所述患者是临床患病的,但Opko类肽Plaag4对于其低于1.0(在单个点时的UND;滴定AD阳性的)。所有其他Opko类肽对于AD是阳性的(即高于1.0)。图56B显示所有Opko类肽对于患者中的疾病相关抗体是阳性的,所述患者目前诊断为正常的(非痴呆的),暗示AD前。图56C显示Opko AD类肽无一在患者中的任何稀释点显示高于1的强度,所述患者临床诊断有AD,暗示这个患者具有某些其他形式的痴呆。图56D显示在临床阳性的AD患者中,多个Opko AD类肽对于疾病相关抗体不是阳性的,但两个类肽(P1aag6和P1aag4)是阳性的,因此在单个点时的UND和甚至在滴定后的UND。 
图57显示使用由ADP3点上的微阵列,由先前AD样品生成的聚类简图。在微阵列数据和使用ELISA平台生成的数据中的患病相对于对照之间存在明确关联。图57还显示选择ADP3用于与阿尔茨海默氏病而不与帕金森或狼疮(SLE)相关的疾病相关抗体。 
图58提供使用测试的总共106个血清样品的ELISA分析概括。 
图59提供P1aag7-9的化学结构。 
具体实施方式
本发明代表诊断和治疗发现中的重大进展。特别地,本发明人已发现对于复杂生物样品的筛选超越先前方法的筛选方法。特别地,存在发现疾病相关生物标记和用于制备包含关于此类生物标记的高亲和力配体的诊断试剂盒的改良方法的需要。本发明涉及筛选此类生物标记和使用检测此类生物标记的配体来诊断疾病和疾病进展的方法。 
本发明包括包含基于颗粒的化合物文库的组合物,所述化合物选自类肽、肽、寡聚物、小分子和任何天然衍生或合成制备的分子,并且可置于载体系统例如珠或小颗粒上。随后在适当条件下和在暴露于对照血浆或血清样品以允许取出非选择性配体后,将这个“文库”预处理且暴露于复杂生物 液体例如血浆或血清,在所述复杂生物液体中“筛选”疾病相关生物标记或其他靶标生物标记例如抗体或蛋白质或其他标记例如细胞表面蛋白质的存在或不存在。血样或其他生物液体样品得自可能具有或不具有特定疾病的患者,并且由筛选生成的结果与得自对照健康患者或对照患病患者的结果比较。 
初级筛选导致显著数目的对于任何特定疾病相关生物标记例如抗体的高亲和力配体。本发明还包含用于生成高亲和力配体的过程,所述高亲和力配体可用于此类疾病状态的诊断设置中和/或配体自身可用作例如治疗疫苗或药物,其可靶向位于身体或身体组织的特定区域中的所述疾病相关抗体。此类药物可连接至其他部分例如化学治疗剂或其他试剂,所述其他试剂生成或可生成局限性免疫应答以去除和/或降解自身抗体。 
阿尔茨海默氏病(AD)是影响多达5.3百万美国人的进行性和致命性脑疾病。AD破坏脑细胞,引起关于记忆、思考和行为的问题。这些症状随着时间过去转坏,并且最后该疾病是致命的。今天,它是美国的第六大死因,并且是最常见的痴呆形式,占所有痴呆病例的50-70%。不幸的是,虽然存在关于症状的治疗,但不存在治愈。 
诊断阿尔茨海默氏病是经验过程,其涉及若干类型的评定,且可能花费许多天到数周完成。评定包括获得详细的医疗史和体格检查。此外,标准实验室测试包括血液、尿和CSF测试主要设计为帮助消除其他可能状况。还执行神经心理学测试,使用多种工具以评估记忆、问题解决、注意力、视觉运动协调和抽象思维。还应包括关于抑郁的测试。最后,推荐脑成像扫描以排除脑瘤或脑中的血块作为症状的原因。总之,目前不存在准确地诊断阿尔茨海默氏病的单一测试,其中阿尔茨海默氏的确定性诊断可能仅通过在死亡后检查脑组织。 
帕金森氏病(PD)是另一脑(中枢神经系统)变性疾病,其通常损害运动技能、语言和其他功能。它影响运动(运动症状),但其他典型症状包括情绪、行为、思考和知觉障碍(非运动症状)。患者的个别症状可能是相当不同的,并且该疾病的进展显然也是个体的。PD的症状起因于黑质(字面上“黑色物质”)致密部区域中的色素沉着多巴胺分泌型(多巴胺能)细胞的丧失(特发性或遗传、毒性或创伤的)。这些神经元突出至纹状体,并 且它们的丧失导致在基底神经节内的神经回路的活性中的改变,所述基底神经节调节运动,基本上抑制直接途径和激发间接途径。 
PD的诊断呈现相似虽然有些不同的挑战。当执行神经病学检查以评定具有任何运动障碍的患者时,医生应获得医疗史且执行体格检查。此外,进行神经病学检查以作出神经系统的充分评定,包括观察患者的运动、协调和平衡方面。具有帕金森氏典型症状的患者血液的实验室测试仅很少揭露任何异常。脑电图(EEG’s)记录脑电活动性的某些方面,但它们在认出PD中是无效的。脑的MRI和CAT扫描产生显著和精密的解剖图像,但具有PD疾病的个人的脑即使在这个细察下看起来也正常,因为与PD相关的变化是微观的并且无法通过这些扫描揭示。没有提供特定答案的确定性诊断测试,医生必须以判断作为其PD诊断的基础。 
因此,仍存在用于这两种疾病和其他神经学疾病的诊断程序的需要,所述诊断程序是(i)准确和客观的,(ii)简单和重现性的,和(iii)可用于早期和晚期病例。 
依照本发明,提供包含结合指示神经变性疾病的抗体的类肽的组合物和检测含抗体样品中的抗体的方法,其包括使含抗体样品与具有类肽与之附着的载体接触。配体文库可包括式I的化合物,其中在胺侧链或α碳上的R基独立地选自氢;烷基;烯丙基;甲基;乙基;正丙基;异丙基;正丁基;异丁基;正丁胺;仲丁基;叔丁基;戊基;己基;异戊基;芳基;杂芳基;呋喃基;吲哚基;苯硫基;噻唑基;咪唑基;异噁唑基;噁唑基;胡椒基;吡唑基;吡咯基;吡嗪基;吡啶基;嘧啶基;嘧啶碱基;嘌呤基;噌啉基;苯并呋喃基;苯并噻吩基;苯并三唑基;苯并噁唑基;喹啉;异噁唑基;异喹啉环烷基;烯基;环烯基;苯基;吡啶基;甲氧乙基;(R)-甲苄基;C0-6烷芳基;C0-6烷基杂芳基;由选自下述的基团取代的C1-6烷基:OH、SH、卤素、OR15、COOR15、NR15(其中R15选自H或C1-6烷基或C1-6炔基)或R16(其中R16选自H或C1-6炔基);OC1-6烷基;C2-6烯基;C2-6炔基;C2-6烯基;和C2-6炔基–包括下表1和2中所述的一种或多种化学基团。 
用于筛选阿尔茨海默氏病用途的本发明的优选配体文库包含用于筛选复杂生物液体的随机配体文库,其包含在载体上的式I化合物, 
Figure BDA0000419999300000151
其中R1选自富电子氨基酸侧链Y; 
R2选自H; 
并且R3-R6独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代。 
适合于筛选阿尔茨海默氏病的其他类肽文库包括包含下述的那些文库: 
包含在载体上的式I化合物的用于筛选复杂生物液体的随机配体文库, 
其中所述化合物通过包括使用选自下述的反应物的过程产生: 
(A)糠胺;3,4-二甲氧基乙醇胺;苄胺;N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或环己胺;或 
(B)甲氧基乙胺;胡椒基胺;环己胺;二氨基丁烷;甲基苄胺;异丁胺;糠胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(C)糠胺、乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(D)糠胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨乙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘 氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(E)半胱氨酸、甘氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、甲基苄胺、胡椒基胺、甲硫氨酸、环己胺、3,4-二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺和糠胺;和 
其中 
R1选自-(C1-C6)SCH3; 
R2选自H; 
R3和R5独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代; 
R4选自糠基或–(C1-C6烷基)NR7R8, 
R6选自H、1-基-烯丙基、1-基-2-羟乙基、异丁基、1-基-正丁胺、甲基苄基、胡椒基、环己基、1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基、苄基、1-基-2-(乙酰胺)乙基、1-基-3-2-吡咯烷酮、1-基-2-(4-苯磺酰胺)乙基或糠基,和 
n是3-11。 
在更优选的实施例中,此类文库和/或化合物选自: 
具有式Ia的化合物 
Figure BDA0000419999300000161
其中所述化合物选自式Ia的化合物,其中 
(a)R9是正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(b)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2,2-二甲基乙基(异丁基);R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(d)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基; 
(f)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丙基;R12是异丙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(g)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(h)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基; 
(i)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基--正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(j)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(k)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是异丁基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(l)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(m)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是糠基,并且R16是糠基; 
(n)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是糠基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是糠基; 
(o)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是甲基苄基; 
(p)R9是环己基;R10是环己基;R11是胡椒基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基; 
(q)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基; 
(r)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(s)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是胡椒基; 
(t)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(u)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(v)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是胡椒基; 
(w)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是环己基; 
(x)R9是糠基;R10是糠基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(y)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(z)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(aa)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(bb)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(cc)R9是环己基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(dd)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是异丁基,并且R16是环己基; 
(ee)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(ff)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(gg)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(hh)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(ii)R9是1-基-正丁胺;R10是糠基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是糠基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(jj)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是异丁基; 
(kk)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(ll)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(mm)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(nn)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(oo)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(pp)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(qq)R9是环己基;R10是环己基;R11是糠基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基; 
(rr)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(ss)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是环己基,并且R16是胡椒基; 
及其可药用的盐。 
在更优选的实施例中且对于使用试剂盒和/或诊断机和/或器械在具有或怀疑具有阿尔茨海默氏的患者中筛选疾病相关生物标记,下述化合物是优选的: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000211
其中所述化合物选自式II的化合物,其中 
(a)R9是正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(b)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2,2-二甲基乙基(异丁基);R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(d)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基; 
(f)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丙基;R12是异丙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(g)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(h)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基; 
(i)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基--正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(j)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(k)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是异丁基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(l)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(m)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是糠基,并且R16是糠基; 
(n)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是糠基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是糠基; 
(o)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是甲基苄基; 
(p)R9是环己基;R10是环己基;R11是胡椒基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基; 
(q)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基; 
(r)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(s)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是胡椒基; 
(t)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(u)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(v)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是胡椒基; 
(w)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是环己基; 
(x)R9是糠基;R10是糠基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(y)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(z)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(aa)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(bb)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(cc)R9是环己基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(dd)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是异丁基,并且R16是环己基; 
(ee)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(ff)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基; 
(gg)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(hh)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(ii)R9是1-基-正丁胺;R10是糠基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是糠基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(jj)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是异丁基; 
(kk)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(ll)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(mm)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(nn)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(oo)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(pp)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(qq)R9是环己基;R10是环己基;R11是糠基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基; 
(rr)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(ss)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是环己基,并且R16是胡椒基; 
及其可药用的盐。 
在更优选的实施例中,选择下述化合物作为用于阿尔茨海默氏病筛选和/或检测的类肽配体: 
根据权利要求35所述的化合物,其中所述式II的化合物选自具有R9-R16的基团, 
(a)R9是正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(b)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2,2-二甲基乙基(异丁基);R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基; 
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基; 
(d)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基; 
(f)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丙基;R12是异丙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
及其可药用的盐。 
自身免疫疾病 
本发明还提供可结合来自多种自身免疫疾病或状况的自身免疫T细胞和/或抗体的分子的鉴定。尽管例子针对EAE,关于MS的动物模型,但本发明应可用于多种自身免疫疾病的背景下,其中某些在下文讨论。在特定方面,疾病状态包括但不限于疾病例如急性播散性脑脊髓炎(ADEM)、急性坏死性出血性白质脑炎、阿狄森氏病、丙种球蛋白缺乏症、变应性哮喘、变应性鼻炎、斑秃、淀粉样变性、强直性脊柱炎、抗GBM/抗TBM肾炎、抗磷脂综合征(APS)、自身免疫性再生障碍性贫血、自身免疫性家族性自主神经异常、自身免疫性肝炎、自身免疫性高脂血症、自身免疫性免疫缺陷、自身免疫性内耳病(AIED)、自身免疫性心肌炎、自身免疫性胰腺炎、自身免疫性视网膜病变、自身免疫性血小板减少性紫癜(ATP)、自身免疫性甲状腺病、轴突和神经元神经病、巴娄病、白塞氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、卡斯尔曼病、乳糜泻(非热带)、查格斯病、慢性疲劳综合征、慢性炎性脱髓鞘性多神经病(CIDP)、慢性复发性多病灶性骨髓炎(CRMO)、丘斯综合征、瘢痕性类天疱疮/良性粘膜类天疱疮、克罗恩氏病、科根氏综合征、冷凝集素疾病、先天性心脏传导阻滞、柯萨奇病毒性心肌炎、CREST病、特发性混合性冷球蛋白血症、脱髓鞘性神经病、皮肌炎、德维克氏病(视神经脊髓炎)、盘状狼疮、德雷斯勒氏综合征、子宫内膜异位症、嗜酸性筋膜炎、结节性红斑、实验性过敏性脑脊髓炎、伊文氏综合征、纤维肌痛、纤维化肺泡炎、巨细胞动脉炎(颞动脉炎)、肾小球肾炎、古德帕斯丘综合征、格雷夫斯病、格-巴二氏综合征、桥本氏脑炎、桥本氏甲状腺炎、溶血性贫血、过敏性紫癜、妊娠疱疹、低丙种球蛋白血症、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、IgA肾病、免疫调节脂蛋白、包涵体肌炎、胰岛素依赖性糖尿病(1型)、间质性膀胱炎、幼年型关节炎、幼年型糖尿病、川崎综合症、朗-伊二氏综合征、白血病破裂性血管炎、扁平苔藓、硬化性苔藓、木样结膜炎、线性IgA病(LAD)、狼疮(SLE)、莱姆病、美尼尔氏病、显微镜下多血管炎、混合结缔组织病(MCTD)、莫伦氏溃疡、穆-哈二氏病、多发性硬化、重症肌无力、肌炎、发作性睡病、视神经脊髓炎(德维克氏)、嗜中性白血球减少症、眼瘢痕性类天疱疮、视神经炎、复发性风湿病、PANDAS(儿童链球菌感染相关性自身免疫性神经精神障碍)、副肿瘤性小脑变性、阵发性睡眠性血红蛋白尿症(PNH)、帕-罗二氏综合征、帕森-特纳综合症 (Parsonnage-Turner syndrome)、平坦部炎(周边葡萄膜炎)、天疱疮、周围神经病、静脉周围性脑脊髓炎、恶性贫血、POEMS综合征、结节性多动脉炎、I、II和III型自身免疫性多腺体综合征、风湿性多肌痛、多肌炎、心肌梗塞后综合征、心包切开术后综合征、孕酮皮炎、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎、银屑病、银屑病关节炎、特发性肺纤维化、坏疽性脓皮病、纯红细胞再生障碍、雷诺现象、反射性交感神经营养不良、赖特氏综合症、复发性多软骨炎、不宁腿综合症、腹膜后纤维化、风湿热、类风湿性关节炎、肉瘤样病、施密特综合症、巩膜炎、硬皮病、干燥综合症、精子和睾丸自身免疫、僵人综合症、亚急性细菌性心内膜炎(SBE)、交感性眼炎、高安氏动脉炎、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、血小板减少性紫癜(TPP)、托-亨二氏综合征、横贯性脊髓炎、溃疡性结肠炎、未分化结缔组织病(UCTD)、葡萄膜炎、血管炎、囊泡性皮炎(vesiculobullous dermatosis)、白癜风或韦格纳氏肉芽肿病或慢性活动性肝炎、原发性胆汁性肝硬变、扩张型心肌病、心肌炎、自身免疫多内分泌症I型(APS-I)、囊性纤维化血管炎、获得性甲状旁腺功能减退、冠状动脉疾病、落叶性天疱疮、寻常天疱疮、罗氏脑炎(Rasmussen encephalitis)、自身免疫性胃炎、胰岛素低血糖综合征(平田疾病(Hirata disease))、B型胰岛素抗性、棘皮症、系统性红斑狼疮(SLE)、恶性贫血、治疗抗性莱姆关节炎、多神经病、脱髓鞘疾病、特应性皮炎、自身免疫性甲状腺功能减退、白癜风、甲状腺相关眼病、自身免疫性腹部疾病、ACTH缺乏症、皮肌炎、干燥综合征、系统性硬化症、进行性系统性硬化症、硬斑病、原发性抗磷脂综合征、慢性特发性荨麻疹、结缔组织综合征、坏死性和新月体性肾小球肾炎(NCGN)、系统性血管炎、雷诺综合征、慢性肝病、内脏利什曼病、自身免疫C1缺乏症、膜性增生性肾小球肾炎(MPGN)、凝血时间延长、免疫缺陷、动脉粥样硬化、神经元病、副肿瘤性天疱疮、副肿瘤性僵人综合征、副肿瘤性脑脊髓炎、亚急性自主神经病、癌症相关性视网膜病变、副肿瘤性斜视性眼阵挛共济失调、下位运动神经元综合征和朗-爱二氏肌无力综合征。 
用于筛选狼疮相关抗体用途的本发明的类肽文库包含上文指定的文库并且还包含用于筛选复杂生物液体的随机配体文库,其包含在载体上的式I的化合物, 
Figure BDA0000419999300000291
其中R1选自富电子氨基酸侧链Y; 
R2选自H; 
并且R3-R6独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代。 
适合于筛选SLE(狼疮)的其他类肽文库包括包含下述的文库: 
包含在载体上的式I化合物的用于筛选复杂生物液体的随机配体文库, 
Figure BDA0000419999300000292
其中所述化合物通过包括使用选自下述的反应物的过程产生: 
(A)糠胺;3,4-二甲氧基乙醇胺;苄胺;N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或环己胺;或 
(B)甲氧基乙胺;胡椒基胺;环己胺;二氨基丁烷;甲基苄胺;异丁胺;糠胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(C)糠胺、乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(D)糠胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨乙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(E)半胱氨酸、甘氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、甲基苄胺、胡椒基胺、甲硫氨酸、环己胺、3,4-二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺和糠胺;和 
其中 
R1选自-(C1-C6)SCH3; 
R2选自H; 
R3和R5独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代; 
R4选自糠基或–(C1-C6烷基)NR7R8, 
R6选自H、1-基-烯丙基、1-基-2-羟乙基、异丁基、1-基-正丁胺、甲基苄基、胡椒基、环己基、1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基、苄基、1-基-2-(乙酰胺)乙基、1-基-3-2-吡咯烷酮、1-基-2-(4-苯磺酰胺)乙基或糠基,和 
n是3-11。 
用于初始筛选用途的优选实施例包含: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000301
其中在式IIIa的化合物中,R9-R16选自 
(a)R9是1-基-烯丙基;R10是1-基-3N-(2-吡咯烷酮)丙基;R11是乙酸;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-烯丙基; 
(b)R9是环己基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R13是苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(c)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-烯丙基;R11是1-基-正丁胺;R12是苄基;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(d)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是苄基; 
(e)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是苄基;R14是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(f)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(g)R9是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(h)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(i)R9是胡椒基;R10是苄基;R11是胡椒基;R12是苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺,和 
其可药用的盐。 
用于试剂盒和/或其他诊断方法用途的优选实施例包括: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000311
其中在式II的化合物中,R9-R16选自 
(a)R9是1-基-烯丙基;R10是1-基-3N-(2-吡咯烷酮)丙基;R11是乙酸;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-烯丙基; 
(b)R9是环己基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R13是苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基; 
(c)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-烯丙基;R11是1-基-正丁胺;R12是苄基;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(d)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是苄基; 
(e)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是苄基;R14是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(f)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(g)R9是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(h)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(i)R9是胡椒基;R10是苄基;R11是胡椒基;R12是苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺,和 
其可药用的盐。 
癌症 
本发明还可用于鉴定和/或表征与癌症或癌前状况相关的生物标记的存在或不存在。这些癌症选自例如下述: 
急性成淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症、AIDS相关淋巴瘤、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、儿童期小脑或大脑的、基底细胞癌、胆管癌、肝外的、膀胱癌、骨癌、骨肉瘤/恶性纤维组织细胞瘤、脑干神经胶质瘤、脑瘤、脑瘤、小脑星形细胞瘤、脑瘤、大 脑星形细胞瘤/恶性神经胶质瘤、脑瘤、室管膜瘤、脑瘤、成髓细胞瘤、脑瘤、幕上原始神经外胚层肿瘤、脑瘤、视通路和下丘脑神经胶质瘤、乳腺癌、支气管腺瘤/良性肿瘤、伯基特淋巴瘤、类癌瘤、儿童期、类癌瘤、胃肠道的、原发灶不明癌、中枢神经系统淋巴瘤、原发性、小脑星形细胞瘤、儿童期、大脑星形细胞瘤/恶性神经胶质瘤、儿童期、宫颈癌、儿童期癌症、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性骨髓增殖性障碍、结肠癌、皮肤T细胞淋巴瘤、结缔组织增生性小圆细胞肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食管癌、尤因家族肿瘤中的尤因氏肉瘤、颅外生殖细胞肿瘤、儿童期、性腺外生殖细胞肿瘤、肝外胆管癌、眼癌、眼内黑素瘤、眼癌、成视网膜细胞瘤、胆囊癌、胃(胃部)癌、胃肠道类癌瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、生殖细胞肿瘤:颅外、性腺外或卵巢、妊娠滋养细胞肿瘤、脑干神经胶质瘤、神经胶质瘤、儿童期大脑星形细胞瘤、神经胶质瘤、儿童期视通路和下丘脑的、胃良性肿瘤、多毛细胞白血病、头与颈癌、心脏癌症、肝细胞(肝)癌、何杰金淋巴瘤、下咽癌、下丘脑和视通路神经胶质瘤、儿童期、眼内黑素瘤、胰岛细胞癌(内分泌胰腺)、卡波济肉瘤、肾癌(肾细胞癌)、喉癌、白血病、白血病、急性成淋巴细胞性(也称为急性淋巴细胞性白血病)、白血病、急性髓样(也称为急性髓性白血病)、白血病、慢性淋巴细胞性(也称为慢性淋巴细胞性白血病)、白血病、慢性髓性(也称为慢性髓样白血病)、白血病、多毛细胞、唇与口腔癌症、肝癌(原发性)、肺癌、非小细胞、肺癌、小细胞、淋巴瘤、淋巴瘤、AIDS相关的、淋巴瘤、伯基特、淋巴瘤、皮肤T细胞、淋巴瘤、何杰金、淋巴瘤、非何杰金(除何杰金氏外的所有淋巴瘤的旧分类)、淋巴瘤、原发性中枢神经系统、Marcus Whittle、膏盲病、巨球蛋白血症、瓦尔登斯特伦、骨恶性纤维组织细胞瘤/骨肉瘤、成髓细胞瘤、儿童期、黑素瘤、黑素瘤、眼内(眼)、默克细胞癌、间皮瘤、成人恶性、间皮瘤、儿童期、原发灶不明的转移性鳞状颈癌、口腔癌、多发性内分泌肿瘤综合征、儿童期、多发性骨髓瘤/浆细胞肿瘤、蕈样真菌病、骨髓发育不良综合征、骨髓发育不良/骨髓增殖性疾病、髓性白血病、慢性、髓样白血病、成人急性、髓样白血病、儿童期急性、骨髓瘤、多发性(骨髓癌症)、骨髓增殖性障碍、慢性、鼻腔和鼻旁窦癌、鼻咽癌、成神经细胞瘤、非何杰金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口癌、口咽癌、 骨肉瘤/骨恶性纤维组织细胞瘤、卵巢癌、卵巢上皮癌(表面上皮-间质瘤)、卵巢生殖细胞肿瘤、卵巢低度潜在恶性肿瘤、胰腺癌、胰腺癌、胰岛细胞、鼻旁窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、喉癌、嗜铬细胞瘤、松果体星形细胞瘤、松果体生殖细胞瘤、成松果体细胞瘤和幕上原始神经外胚层肿瘤、儿童期、垂体腺瘤、浆细胞肿瘤/多发性骨髓瘤、胸膜肺母细胞瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌(肾癌)、肾盂和输尿管、移行细胞癌、成视网膜细胞瘤、横纹肌肉瘤、儿童期、唾液腺癌、肉瘤、尤因家族肿瘤、肉瘤、卡波济、肉瘤、软组织、肉瘤、子宫、塞扎莱综合征、皮肤癌(非黑素瘤)、皮肤癌(黑素瘤)、皮肤癌、默克细胞、非小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌–参见皮肤癌(非黑素瘤)、原发灶不明的鳞状颈癌、转移性、胃癌、幕上原始神经外胚层肿瘤、儿童期、T细胞淋巴瘤、皮肤的–参见蕈样真菌病和塞扎莱综合征、睾丸癌、喉癌、胸腺瘤、儿童期、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、甲状腺癌、儿童期、肾盂和输尿管移行细胞癌、滋养细胞瘤、妊娠期、原发部位不明、成人、原发部位不明癌、儿童期、输尿管和肾盂癌、移行细胞癌、尿道癌症、子宫癌、子宫内膜、子宫肉瘤、阴道癌症、视通路和下丘脑神经胶质瘤、儿童期、外阴癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、肾母细胞瘤(肾癌)、儿童期。 
除了上文所述的那些文库外,用于筛选胰腺癌用途的本发明的类肽文库还包含用于筛选复杂生物液体的随机配体文库,其包含在载体上的式I的化合物, 
其中R1选自富电子氨基酸侧链Y; 
R2选自H; 
并且R3-R6独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代。 
适合于筛选癌症的其他类肽文库包括包含下述的文库: 
包含在载体上的式I化合物的用于筛选复杂生物液体的随机配体文库, 
Figure BDA0000419999300000351
其中所述化合物通过包括使用选自下述的反应物的过程产生: 
(A)糠胺;3,4-二甲氧基乙醇胺;苄胺;N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或环己胺;或 
(B)甲氧基乙胺;胡椒基胺;环己胺;二氨基丁烷;甲基苄胺;异丁胺;糠胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(C)糠胺、乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(D)糠胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨乙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或 
(E)半胱氨酸、甘氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、甲基苄胺、胡椒基胺、甲硫氨酸、环己胺、3,4-二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺和糠胺;和 
其中 
R1选自-(C1-C6)SCH3; 
R2选自H; 
R3和R5独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基 C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代; 
R4选自糠基或–(C1-C6烷基)NR7R8, 
R6选自H、1-基-烯丙基、1-基-2-羟乙基、异丁基、1-基-正丁胺、甲基苄基、胡椒基、环己基、1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基、苄基、1-基-2-(乙酰胺)乙基、1-基-3-2-吡咯烷酮、1-基-2-(4-苯磺酰胺)乙基或糠基,和 
n是3-11。 
用于初步筛选用途的优选实施例包括包含下述的类肽: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000361
其中所述化合物选自式IIa的化合物,其中 
(a)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是环己基;R14是异丁基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(b)R9是甲基苄基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(d)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是异丁基; 
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是甲基苄基; 
(f)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺; 
(g)R9是糠基;R10是糠基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基; 
(h)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是环己基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(i)R9是异丁基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(j)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(k)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基; 
(l)R9是环己基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
及其可药用的盐。 
用于在试剂盒中筛选胰腺癌用途的优选实施例包含: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000371
其中所述化合物选自式II的化合物,其中 
(a)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是环己基;R14是异丁基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(b)R9是甲基苄基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
(d)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是异丁基; 
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是甲基苄基; 
(f)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺; 
(g)R9是糠基;R10是糠基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基; 
(h)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是环己基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(i)R9是异丁基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(j)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(k)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基; 
(l)R9是环己基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基; 
及其可药用的盐。 
用于检测胰腺癌自身抗体的初步筛选用途的其他可替代实施例包括: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000391
其中所述化合物选自具有R9-R16的化合物, 
(a)R9是胡椒基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(b)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-烯丙基;R14是异丁基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(c)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺; 
(d)R9是异丁基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-烯丙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-烯丙基,并且R16是胡椒基; 
(e)R9是胡椒基;R10是异丁基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(f)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是胡椒基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-羟乙基; 
(g)R9是1-基-2-羟乙基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(h)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(i)R9是甲基苄基;R10是1-基-烯丙基;R11是胡椒基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(j)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(k)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基; 
(l)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(m)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-羟乙基;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是环己基; 
(n)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-羟乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-羟乙基;和 
其可药用的盐。 
用于试剂盒和诊断用途的优选实施例包括: 
具有下式的化合物: 
Figure BDA0000419999300000411
其中所述化合物选自具有R9-R16的化合物, 
(a)R9是胡椒基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(b)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-烯丙基;R14是异丁基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(c)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺; 
(d)R9是异丁基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-烯丙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-烯丙基,并且R16是胡椒基; 
(e)R9是胡椒基;R10是异丁基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(f)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是胡椒基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-羟乙基; 
(g)R9是1-基-2-羟乙基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(h)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(i)R9是甲基苄基;R10是1-基-烯丙基;R11是胡椒基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基; 
(j)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺; 
(k)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基; 
(l)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基; 
(m)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-羟乙基;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是环己基; 
(n)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-羟乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-羟乙基;和 
其可药用的盐。 
本发明还可用于筛选与任何其他疾病或状况相关的生物标记。此类疾病和状况范围为上文鉴定的神经学疾病、自身免疫疾病和癌症以及任何其他疾病或状况,其具有与疾病或疾病进展相关的生物标记例如抗体或其他表征蛋白质或生物分子。这些疾病和状况具体包括炎性疾病、传染病、心血管病和代谢病。具体的传染病包括AIDS、炭疽、食物中毒、布鲁杆菌病、软下疳、衣原体感染、霍乱、球孢子菌病、隐孢子虫病、环孢子虫病、白喉、埃立克体病、虫媒病毒性脑炎、肠出血性大肠杆菌(Escherichia coli)、贾第虫病、淋病、登革热、流感嗜血杆菌(haemophilus influenza)、汉森病(麻风病)、汉坦病毒肺综合征、溶血性尿毒症综合征、甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、人免疫缺陷病毒、军团杆菌病、李斯特菌病、莱姆病、疟疾、麻疹、脑膜炎球菌病、腮腺炎、百日咳(顿咳)、瘟疫、麻痹型脊髓灰质炎、鹦鹉病、Q型热、狂犬病、洛基山斑疹热、风疹、先天性风疹综合征(SARS)、志贺氏菌病、天花、链球菌病(侵袭性A群)、链球菌中毒性休克综合征、肺炎链球菌(streptococcus pneumonia)、梅毒、破伤风、中毒性休克综合征、 旋毛虫病、肺结核、土拉菌病、伤害症、万古霉素中介抗性金黄色葡萄球菌(staphylocossus aureus)、水痘、黄热病、变异克雅氏病(vCJD)、埃博拉出血热、棘球蚴病、亨德拉病毒感染、人类猴痘、A型流感、H5N1、拉沙热、马尔堡出血热、尼帕病毒、奥绒绒热、裂谷热、委内瑞拉马脑炎和西尼罗病毒。 
本发明的大型配体文库可在合适的实验条件下直接用于生物液体中,以筛选此类标记且无需使用更少的载体成员(例如约100,000或更少)或在筛选生物液体前将此类类肽或配体转移至微阵列的需求。此外,配体文库还可用于筛选与特定细胞表面标记特别相关的基于细胞的受体。与先前方法不同,本发明允许包括更大数目的珠/树脂,且因此在配体结合试剂筛选或细胞受体筛选中包括更大型的文库,以直接筛选复杂生物样品。本发明因此还包括监控疾病进展的方法,其包括下述步骤:使用具有衍生自本发明的快速筛选方法的至少一种配体的试剂盒或器械或装置,在时间点1筛选患者的生物样品,随后在时间点2或任何后续时间筛选所述患者的生物样品,以跟踪和/或监控在任何时间点在所述患者中的疾病相关生物标记的存在或不存在。 
配体 
如先前就微阵列系统而言描述的,基本上任何分子或化合物均可用于构建基于珠或树脂的随机文库。这些“分子”或“化合物”可包括天然产物或人工化合物或合成衍生的分子。此类分子的来源可来自生物系统以及非生物衍生的来源。用于在本发明请求保护的条件下使用大型珠文库的初始筛选用途的优选配体部分部分由亚单体制成,所述亚单体选自任何已知的单体胺和任何已知的乙酸卤化物或取代的乙酸卤化物。例如,表1提供可选择的在单取代的胺上的一系列R基: 
表1用于类肽的侧链修饰 
Figure BDA0000419999300000451
Figure BDA0000419999300000461
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Figure BDA0000419999300000491
Figure BDA0000419999300000501
表2可用于合成本文所述类肽的胺列表。 
Figure BDA0000419999300000521
Figure BDA0000419999300000531
Figure BDA0000419999300000541
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用于AD筛选、胰腺癌筛选和狼疮筛选(初步和/或诊断)用途的优选单体和/或亚单体选自半胱氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、二氨基丁烷、甲基苄胺(外消旋或对映体的)、胡椒基胺、环己胺、3,4二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或糠胺。 
乙酸卤化物和/或R取代的乙酸卤化物也用作亚单体,其中R选自任何氨基酸侧链或任何其他基团,包括在单取代的胺上的那些基团或变量。作为另外一种选择,任何胺和任何乙酸卤化物的组合均可反应以形成单体,所述单体随后与成长中的类肽链上的另一反应性单体反应,以形成本发明的寡聚物。 
类肽的组合文库可如下制备: 
具有附着至载体或者载体或树脂或珠上的接头的半胱氨酸或甲硫氨酸单体氨基酸的类肽,可通过首先将受保护的氨基酸添加到载体或载体的接头上进行制备。在所述氨基酸(或可在寡聚物或具有所述寡聚物的诊断中发挥功能或其他用途的任何所需氨基酸)添加后,剩余单体可使用标准肽化学或使用溴乙酸(或α-取代的溴乙酸或相似反应物)和单取代的胺的亚单体添加,其中所述胺由R基取代。R基可选自任何已知的类肽取代基,包括例如美国专利公开号2010/0303805或2010/0303835中描述的那些和/或Zuckermann和多个Kodadek出版物中描述的那些。优选的胺是选自本文所述文库的那些,其中特定单体胺添加到每个文库中,以构建1-2MM珠或树脂文库。 
制备每个类肽的过程一般涉及(1)在载体(包括在载体上的任选接头)上制备氨基酸反应物;(2)使所述载体上的氨基酸部分与酰卤例如溴乙酸或氯乙酸反应,以形成卤代衍生物,(3)卤代衍生物与单取代的胺反应,以形成酰胺,和(4)重复步骤(2)和(3),以形成类肽。含甲硫氨酸类肽一般在大型文库中制备。当期望更大规模量的高亲和力类肽时且在大型珠或树脂文库的初始筛选后,一般制备含半胱氨酸类肽。在用于初始筛选复杂生物液体例如血清的基于珠的大型文库中,不需要或不要求微阵列筛选一般必需的长PEG接头。PEG接头可在珠或树脂上,条件是它是小于约10个单体单位的短接头。在包含小于约50微米(例如10微米)的珠或tentagel珠的诊断试剂盒中,可使用短PEG接头(例如2-10个PEG单体)或较长的PEG 寡聚物。 
用于执行寡聚物构建过程中的每个步骤的条件利用溶剂例如DMF或乙腈或二氯甲烷。三氟乙酸用于切割目的,并且哌啶或其他合适的碱用作溴衍生物和胺之间的反应中的碱。多种保护基团用于氨基酸反应物的制备中。在优选实施例中,二氨基丁烷用作与类肽C末端上的半胱氨酸残基相邻的链中的第一胺亚单体。在该过程的第一步骤中,所选珠或树脂(以克或毫克数量)在合适溶剂例如DMF中膨胀。如果珠由所述珠上的反应胺上的保护基团“保护”,则重复添加碱溶液例如哌啶,伴随用DMF的后续洗涤,以使珠脱保护。一旦珠脱保护,或如果最初利用珠例如tentagel珠,则它可在合适溶剂例如DMF中与合适的氨基酸例如半胱氨酸或甲硫氨酸(由氮上的Fmoc或其他合适保护基团保护且由硫上的Trt(三苯甲基)保护,并且以足够的摩尔数量与每粒珠反应)反应。将HBTU(四甲基脲鎓六氟磷酸酯(偶联剂)和4-甲基吗啉(碱)连同受保护的氨基酸一起加入烧杯(或管或烧瓶)中的珠溶液,并且在室温下振荡,以形成在树脂上(或在树脂上的接头上)由Fmoc/Trt保护的氨基酸。随后将珠在溶剂例如DMF中洗涤多次。随后使用合适试剂和活化剂例如DIC(3-异丙基碳二亚胺)在合适溶剂中在加热(微波伴随搅拌)下使Fmoc基团脱保护,所述合适试剂允许氨基酸上的胺与另一反应物例如另一受保护的氨基酸或亚单体例如溴乙酸反应。随后将所得的珠洗涤多次,并且随后用期望的单体胺(以轻微摩尔过量)中在合适的溶剂中在加热下处理。将所得的珠洗涤多次,并且随后用选择的溴乙酸和胺反复洗涤,以构建寡聚物和寡聚物文库。类肽可使用三氟乙酸从珠中切割。用于包含优选实施例的类肽-例如具有与含1-基-正丁胺的单体相邻的半胱氨酸的那些类肽的可替代或其他合适过程,包括构建在C末端上具有两个氨基酸的类肽,随后为还包括添加在亚单体过程中构建的单体中的任何的过程,其中第二氨基酸是赖氨酸。这还包括选择任何单体或亚单体以制备α-取代的溴乙酸亚单体,其中碳取代基可选自通常的氨基酸侧链,以在反应物反应后形成α-取代的类肽,其中R基在类肽链上的碳或在类肽链上的氮中的任一或两者上发现。 
小分子的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。参见例如,Eichler等人1995;Cho等人,1999;LePlae等人,2002;Ostergaard和 Holm,1997;Yang等人,1999)。此外,美国专利号6,344,334和出版物Gallop等人,(1994),Gordon等人,(1994);Thompson和Ellman(1996)也是此类分子和文库的来源。 
肽的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。参见例如,Stewart和Young(1984);Tam等人(1983);Merrifield(1986);以及Barany和Merrifield(1979),其各自在此以引用方式并入。 
核酸包括RNA或DNA的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。寡糖的组合文库可商购获得或使用本领域已知的方法制备。 
在每种情况下,“配体”或随机配体可加入载体树脂或珠中,以形成在本文所述的条件下可使用的筛选文库,以筛选复杂生物液体中的生物标记。优选配体是类肽配体。 
除了构建和/或使用此类文库外,可能需要或期望表征、纯化和/或合成或再合成任何此类配体。此类方法是本领域已知的,并且包括整个范围的纯化方法例如经由色谱法的HPLC或经由化学法的纯化方法;表征方法例如质谱法或NMR或这些方法中的任何的组合。此类方法还在例如美国专利公开2007/0003954中描述,所述专利在此以引用方式并入。在此类情况下,任何此类纯化的配体均可被称为化合物或基本上纯化的化合物。 
在本发明的初始筛选方法中,珠和/或树脂用作具有与所述载体可操作地偶联的寡聚物的载体装置。在具有来自此类初始筛选的“命中”或“假定命中”的诊断试剂盒或其他试剂盒中,载体系统可扩大至基本上任何载体系统,包括微阵列或任何其他已知的诊断平台。在这些情况下,必需确保具有假定命中的此类试剂盒或其他载体系统也具有或适合于具有检测器或检测方法,以允许检测具有附着至此类配体的配体结合部分的配体。优选检测方法包括例如涉及使用标记的次级抗体的ELISA或其他方法。 
载体可由任何合适材料制成。用于制备此类载体的材料可包括例如玻璃、塑料、陶瓷或聚合树脂或珠。载体还可包括材料例如镍、铜、钢或其他金属或金属混合物。载体还可调节为具有与配体或配体上的活性基团结合或连接或反应的接头和/或其他装置。此类基团也在美国专利公开号2007/0003954中描述。在本发明中,具有个别配体与之键合或者与接头键合且随后与所述载体键合的树脂或珠数目范围为大于100K到约 150,000,000(MM)。在本发明的初始筛选方法中利用的优选数目范围为1MM至2MM配体/树脂。 
Figure BDA0000419999300000671
树脂最优选用于本发明的大型配体筛选方法。这些树脂是由低交联的聚苯乙烯基质组成的接枝共聚物,在所述聚苯乙烯基质上接枝聚乙二醇(PEG或POE)。TentaGel树脂可商购获得(Rapp Polymere GmbH)。因为PEG是具有疏水和亲水性质的“变色龙型(cameleon type)”聚合物,所以接枝共聚物显示修饰的化学性质。根据制造商,原则上存在将PEG引入修饰的聚苯乙烯基质上的两种方法。最简单的固定程序是根据常规醚合成经由其末端羟基之一将PEG偶联至氯甲基化聚苯乙烯,或使用其他双功能PEG用于偶联到固体载体上。制造商发现借助于阴离子接枝共聚合一步一步地直接在基质上建立PEG,具有最高达20千道尔顿的分子质量的PEG链已固定到官能化的交联聚苯乙烯上。具有约2000-3000道尔顿的PEG链的接枝共聚物证明就动力学速率、流动性、膨胀和树脂容量而言是最佳的。因为不存在通过任何聚合技术获得具有超过10个环氧乙烷单位的单分散PEG的程序,所以理论上不存在将具有超过10个环氧乙烷单位的单分散PEG链引入树脂,或通过在聚苯乙烯主链上的直接聚合获得单分散PEG的方法(单分散定义为:不含任何分子量分布的PEG)。这些接枝共聚物是压力稳定的,并且可用于分批过程中以及连续流动条件下。共聚物包含约50-70%PEG(w/w)。这些聚合物的性质受PEG性质以及相对的聚苯乙烯基质高度控制。 
通过“一珠一化合物”方法设置化学文库或肽文库必须知道在一定量的树脂内可获得的珠数目以及单粒珠的容量。表2概括某些粒度且将其与单粒珠的相应容量关联。计算基于TentaGel珠的一般负荷,其在0.25–0.3mmol/g的范围中。对于分析表征,需要至少5pmol树脂结合的肽用于在珠上的测序。为了估计可节约地处理的用于文库的最佳树脂数量,必须考虑到珠大小和珠容量。关于扩散过程的同质性和动力学速率以及单珠分析和单珠定量,所有珠均显示极窄的粒径分布。 
表3 
树脂 大小[μm] 珠/g 容量/珠
TentaGel NH2 750μm 4.62x103 65nmol
TentaGel NH2 500μm 1.5x104 19nmol
TentaGel NH2 300μm 6.4x104 4nmol
TentaGel NH2 200μm 2.15x105 1.3nmol
TentaGel NH2 130μm 8.87x105 280-330pmol
TentaGel NH2 90μm 2.86x106 80-100pmol
TentaGel M NH2 35μm 4.55x107 5.5pmol
TentaGel M NH2 20μm 2.4x108 1.0pmol
TentaGel M NH2 10μm 1.95x109 0.13pmol
粒度、珠数目/克树脂和容量/单粒珠的关联。单粒珠容量的计算基于0.25-0.3mmol/g树脂的容量。 
存在可获得的显示定制性质的若干类型的TentaGel珠,取决于其应用: 
TentaGel S树脂: 
PEG间隔物经由烷基键附着至聚苯乙烯主链。这个键对酸或碱不敏感。这类树脂是用于肽合成、固相有机合成或组合化学的标准类型的树脂。 
TentaGel PAP树脂: 
PEG经由苄醚键附着至聚苯乙烯主链。这个苄醚键对苛刻酸条件如100%TFA或TFA/TMSBr的混合物敏感。 
这些特别定制的树脂用于免疫接种程序或用于合成PEG修饰的衍生物(PEG附着产物)。使用苛刻酸条件,通过应用固相条件(例如PEG修饰的肽),从固体载体中切割PEG间隔物连同合成的化合物,以获得可溶性PEG修饰的化合物。 
TentaGel N树脂: 
PEG间隔物经由苄醚键附着至聚苯乙烯主链。这些定制的树脂在寡核苷 酸化学中用于小和大规模的寡核苷酸合成。与CPG玻璃相比较,容量增加10倍。 
因为TentaGel树脂是由聚苯乙烯和聚乙二醇组成的共聚物,所以两种基础聚合物的化学和理化性质都必须加以考虑。 
PEG自身是吸水聚合物。由文献已知PEG酯不是非常稳定且容易水解的。取决于存储条件和存储时间,PEG自身可沿着聚醚链氧化,以形成过氧化物或酯。因此,酸处理或用碱处理水解形成的PEG–酯,这导致少量“PEG渗漏”。这个渗漏可通过MS或NMR作为PEG信号和最终产物中的杂质注意到。这个化学行为对于所有PEG和基于PEG的聚合物都是真实的。 
表4 
Figure BDA0000419999300000691
除了TentaGel珠外,可利用其他树脂和/或颗粒构建一个配体/珠文库。例如,可利用轻微交联的聚苯乙烯树脂或聚酰胺树脂。将基底与树脂珠连接的基团可以是固相合成的必需部分。接头是专门保护基团,因为大多数时间,接头将阻碍官能团,所以仅在合成结束时再现。接头必须不受用于修饰或延长附着的化合物的化学作用影响。并且最后切割步骤应容易地和以良好得率进行。最佳接头必须允许附着和以定量得率切割。 
在某些方面,载体可以是珠、板、浸渍片、滤器、膜、针或壁。样品可以是血液、血清、唾液或CSF。检测可包含RIA、FIA、ELISA、蛋白质印迹、流式细胞术、FRET或表面等离振子共振。 
羧酸接头 
用于肽合成的第一连接基团具有固相合成之父的名称。氯甲基树脂是由氯甲基官能化的交联聚苯乙烯。羰基通过在DMF中氯化物由羧酸铯盐的亲核置换附着。切割以再生羧酸通常通过氟化氢实现。 
用于羧酸的第二类接头是王氏(Wang)接头。这个接头一般附着至交联聚苯乙烯、TentaGel和聚丙烯酰胺,以形成王氏树脂。它设计用于使用Fmoc保护策略合成肽羧酸,并且由于活化苄醇设计,羧酸产物可用TFA切割。酸更不稳定形式的王氏树脂已得到开发。SASRIN树脂具有与王氏接头相同的结构,但伴随甲氧基的添加,以稳定在酸催化的切割过程中形成的碳鎓离子。 
甲酰胺接头 
rink接头一般优选用于生成固相上的伯甲酰胺。在本发明中,当制造或再合成来自本发明的初级筛选的命中或假定命中时,利用这个接头。在此类情况下,半胱氨酸是与rink接头反应的第一单体,并且随后该过程涉及后续单体添加以构建寡聚物,或后续亚单体化学作用以构建寡聚物。rink接头中更大的酸敏感性是甲氧基捐献的两个另外电子的结果。在伯甲酰胺的生成中,原材料作为羧酸附着至接头,并且在合成修饰后,用TFA从树脂中切割。 
Figure DEST_PATH_GDA0000470156380000011
Rink树脂用于在TFA催化的切割后产生甲酰胺。 
醇接头 
基于四氢吡喃(THP)保护基团的羟基接头已由Thompson和Ellmann开发。所有类型的醇均容易添加到二氢吡喃,并且所得的THP保护基团对强碱稳定,但用酸易于切割。这个接头附着至甲基化树脂。三苯甲基是用于许多杂原子的良好的对酸敏感的保护基团。三苯甲基已用于在β-巯基酮文库的合成中锚定醇。 
氨基甲酸酯和胺接头 
氨基甲酸酯接头已用于合成在锥虫寄生虫感染的抑制剂搜索中制备的576种聚胺的组合文库。研究两种接头。一种基于羟甲基苯甲酸1,并且另一种,已添加供电子基团2。后一种允许通过TFA切割,而前一种可用强酸性条件切割。 
Figure DEST_PATH_GDA0000470156380000012
非常有用的接头近期已开发用于生成叔胺。(叔胺是药物分子中常用的。)伯胺和仲胺通过迈克尔加成引入接头中。可将胺烷基化,以给出树脂结合的季铵离子。在弱碱性条件下,发生霍夫曼消除,以给出高纯度的叔胺。 
无痕接头 
在某些情况下,将原材料以一种形式例如羧酸装载到树脂,并且以另一种形式例如甲酰胺切割。如果靶标化合物需要释放的功能,则这是完全 可接受的。(肽总是包含羧酸或甲酰胺)。然而,低分子量非肽组合文库中的兴趣增长已引发新型接头的需要。这些接头在切割后显示非特异性功能。无痕接头被这样称呼是因为最终化合物的检查未揭示与固相的连接点的痕迹。 
样品 
如先前讨论的,制备用于在本发明的过程中分析的复杂生物液体包括或可包括大量潜在生物标记,包括在细胞(非贴壁细胞,包括T细胞或其他免疫效应细胞)上表达的标记、微生物、蛋白质、肽、脂质、多糖、小分子、有机分子、无机分子、生物分子,并且包括在此类复杂环境中的任何可检测和可反应部分。在优选实施例中,此类标记是抗体,并且特别是由于疾病或状况而生成的抗体。在优选实施例中,衍生自患者或动物或生物体的体液例如血清、血浆、唾液或其他液体或样品是此类标记的来源。将每个样品或组织或生物衍生、或环境衍生或获得的样品条件化,或处理或稀释,或另外处置,以便使所述样品暴露于使用假定命中或配体的初始筛选或任何后续筛选,所述假定命中或配体对于此类生物标记具有亲和力。依照本文所述方法将样品稀释,以提供或允许充分区别本底水平或与配体和配体结合部分的结合相关的噪音和信号。 
配体/载体暴露于此类样品所需的时间和/或条件取决于特定样品和其他因素。用于本发明的过程的优选条件还在本文中描述。在几乎所有情况下,在生物液体暴露于大型配体文库和/或衍生自此类文库的配体或试剂盒后,利用洗涤或洗脱步骤和其他条件化方法。利用水溶液包括缓冲溶液例如HEPES缓冲液、Tris缓冲液或磷酸盐缓冲盐水。载体系统还可用能量吸收材料处理,以促进“复合物”从载体表面中的解吸或电离。化学方法也用于从载体中解偶联或去除配体-配体结合部分复合物。 
用于检测载体上的配体-配体结合部分复合物的检测方法包括光度测定和非光度测定法。此类方法包括确保该过程包括检测且测量吸光度、荧光、折射率、极化或光散射的方法。这些包括测量此类参数的直接和/或间接法。涉及荧光的方法包括在免疫学方法例如ELISA或夹心测定中的加荧光标签。涉及折射率的方法包括表面等离振子共振(SPR)、光栅耦合方法(例如传感器均匀光栅耦合器、波长查询光传感器(WIOS)和啁啾光栅耦合器)、 共振镜和干涉测量技术。涉及极化的方法包括椭圆光度法。还可使用光散射法。用于加标签和/或分离和/或检测的其他方法还可包括磁性方法。磁共振成像、气相离子质谱法、MRI均可使用。 
生成的数据的分析一般涉及由于检测的生物标记相对于对照或参考的信号的定量。数据可通过任何合适方法进行分析。计算机和计算机程序可用于生成且分析数据。珠和/或其他载体可以是计算机编码的或编码用于鉴定用途的。数据分析包括在分析或检测方法的特定条件下的信号强度分析。配体、配体结合部分或参考部分和/或次级检测部分可用可检测部分标记或放射标记或加标签。本领域普通技术人员可评估具有疾病相关生物标记的生物液体样品相对于不含此类标记的那些对照或健康患者样品之间的差异和/或区别。依照本文所述方法,本领域普通技术人员还可测定其是或可在对照样品中找到的假阳性或其他命中的存在,以解释和/或取出此类“命中”,并且依照本文所述方法,本领域普通技术人员可继续测定或发现具有任何疾病或状况的患者样品中的疾病相关生物标记的过程。在所有情况下,此类命中的“检测”借助于检测配体结合部分例如疾病相关生物标记或其他标记与配体文库例如本文所述那些中的配体的结合来完成。 
与本文所述疾病和/或状况相关的生物标记将取决于评估的特定患者或动物或其他生物体的疾病和/或状况的特定阶段而不同。在大多数情况下,其为本文所述假定命中和化合物的配体预期模拟天然抗原,其首先起始免疫应答和/或抗体或免疫细胞的形成。本文请求保护且叙述的本发明和筛选过程不需要了解特定抗原或响应该抗原生成的抗体。然而,除了在本文所述的筛选和诊断方法中有用外,配体自身可用作疫苗或药物候选物。本发明因此包括化合物和药物组合物。 
类肽筛选: 
为了筛选一珠一化合物(OBOC)组合类肽文库,制备数万到数百万荷有类肽的珠且随后与复杂生物样品混合。初始复杂生物样品优选是对照样品,并且用已“去除”对照命中的配体文库处理的后续复杂生物样品随后针对患病的复杂生物样品进行处理和/或筛选。与至少一种疾病相关生物标记相互作用的配体/珠随后进行检测、鉴定且分离和/或表征。在优选实施例中,使 用Tentagel筛选方案,其包括(1)珠制备,(2)复杂生物液体的筛选和(3)命中的检测。 
肽筛选: 
为了筛选一珠一化合物(OBOC)组合肽文库,制备数万到数百万荷有肽的珠且随后根据本文所述过程与复杂生物样品混合。随后鉴定且分离与疾病相关生物标记相互作用的珠用于化合物结构测定。例如,可执行OBOC肽文库筛选,使用链霉抗生物素蛋白(SA)作为探测蛋白质,用红色荧光染料标记,且使用COPAS BIO-BEAD流动分选设备,以分离荧光与非荧光珠。参见Marani等人,J.Comb.Chem.,2009,11(1),第146-150页。可使用的红色染料是ATTO590和德克萨斯红。在使文库与SA-红色荧光染料缀合物一起温育后,获得通过肽-SA相互作用引起的阳性珠。通过基质辅助激光电离解吸飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)分析珠。因此,肽文库可以类似于本文对于类肽所述过程的方式使用,其中初始对照生物液体样品用于从起始化合物文库中去除任何配体/珠命中,并且其中文库的剩余成员随后用于筛选在患病的复杂生物液体样品中的任何命中。这些命中是随后推进任何诊断试剂盒的假定命中。 
以相似的方式,任何配体均可使用本文所述过程在珠或载体上筛选。除了类肽或肽外,这些配体还包括核酸寡聚物、多糖、小分子和/或其任何组合,其可构建成文库,并且在本文所述条件下,用于筛选复杂生物液体。 
试剂盒和诊断工具 
本文所述的化合物或组合物中的任何还均可用于临床或实验室设置下的诊断试剂盒中。这些试剂盒范围可从简单的重点护理诊断测定到复杂和多重器械或探针。载体系统和围绕核心载体/配体系统的“包装”可选自设计为包括假定命中和或命中的目前商业试剂盒,所述假定命中和或命中在此类合适平台上再合成且安装,或它们可用于新近设计的诊断试剂盒。试剂盒一般伴随任何合适的试剂和说明书,以使用该试剂盒筛选和/或诊断试剂盒设计用于其的特定疾病或状况。任何此类试剂盒或方法包括已依照本文所述筛选方法鉴定的至少一个假定命中或配体。这个配体或多个配体可选自包含本发明化合物的相同配体或配体混合物。配体可基于其对于一个特定疾病状态或一组或一系列疾病或状况的疾病相关生物标记的亲和力加以选择。优选配体 是类肽配体。该试剂盒还包括用于医生诊断特定疾病或状况的说明书以及用于特定试剂盒和疾病状态或状况的特异性标记。本发明因此包括试剂盒的组合,其包括所有其必需组分,例如使用本文公开和/或依照本文所述具体方法和标记说明书已知的的文库中的任何一个,从初始筛选中发现的假定类肽或配体。还设想本文公开的特定过程和方法和材料可在熟练操作员的监督下用于临床和实验室设置中。试剂盒和/或器械或设备包括对疾病相关抗体和/或细胞特异性的配体例如类肽。“试剂盒”可包括完全诊断试剂盒或筛选试剂盒,或“试剂盒”可包括组分或亚组分,其含有或包含诊断类肽,通过此类类肽发现且表征的抗体,或由于与自身抗体的相互作用而发现且纯化和/或表征和由自身抗体发现的天然抗原。此类抗体和纯化抗原包含本发明的部分。 
诊断方法 
本发明的配体文库用于发现且测定与疾病相关生物标记结合的配体。此类配体随后用于上文一般描述的试剂盒和/或方法中,以评估、筛选或诊断疾病状态或状况。这些诊断方法一般涉及筛选且发现疾病相关生物标记,其包含抗体和/或其他生物标记。如上所述,这些抗体还可使用本发明的配体在合适的柱上鉴定且表征,以从血样中抽出或取出此类抗体。抗体依次可用于探测且发现与此类抗体结合的天然抗原。本发明因此包括抗体和纯化抗原,所述纯化抗原与此类抗体结合且使用本发明的方法发现、分离且表征。 
筛选和/或诊断疾病状态或状况的试剂盒和/或其他装置首先必须针对患者样品进行评估。这些患者样品可衍生自正常对照样品或患者样品,其中所述患者已鉴定为具有或怀疑具有该疾病或状况的患者。除了疾病相关生物标记的“存在”外,该患者还可具有与疾病相关的其他症状。该患者可处于疾病的早期,可能完全不具有疾病或状况,或可处于特定疾病的晚期。在任何临床背景中和在合适的指导和控制下,患者和临床样品可以不知情形式提供,并且随后使用本发明的化合物评估。由于筛选生成的数据随后可在知情后分析,以发现或未发现统计上显著的结果或与关于任何特定患者或患者组的已知或潜在数据的关联。本发明包含筛选疾病或状况的存在的方法,其包括(1)用本发明的至少一种化合物筛选来自患者的生物样品,(2)使用所述至少一种化合物在相同条件下筛选对照生物样品,和(3)比较健 康对照数据相对于患者数据,以测定疾病相关生物标记的存在或不存在。具有或怀疑具有疾病X的一组患者或患者样品可针对具有本发明的至少一种化合物的试剂盒或诊断探针筛选,并且就每个患者而言生成的数据可在逐个病例的基础上用于证实或确认疾病状态或状况或其缺乏。本文生成的此类数据可与关于该特定患者已知的总体信息组合使用,以评估患者的状况且为提供治疗选项的医学从业者提供指导。由于任何此类筛选生成的“信息”可用于临床试验设置中,以评估服用药物疗法的个别患者。本发明因此包括评估临床试验进展的方法,其包括使用根据本文所述方法执行的筛选。在优选实施例中,本发明涉及筛选或针对早期疾病状态的方法,其包括使用本文请求保护的筛选或化合物,以检测疾病相关生物标记。本发明在早期癌症干预的背景下是特别有用的,其中此类生物标记的检测预期在疾病的侵袭性进展前适当发生。在另一个背景下,在心血管病和/或代谢病以及神经学疾病中的早期干预预期挽救生命且预防或可用于预防此类疾病的更多发展,而无需早期医学干预或治疗。 
本发明还包括增加对照或标准溶液和包含疾病相关生物标记的复杂生物液体之间的差异分辨或效率的方法。例如,方法包括用缓冲液或条件化试剂例如大肠杆菌裂解产物和/或赖氨酸预条件化或预处理或预封闭系统/血清。 
在又一实施例中,提供治疗怀疑具有疾病的受试者的方法,其包括(a)使来自所述受试者的含抗体样品与具有类肽与之附着的一种或多种载体接触,所述类肽包含具有本文所述式的类肽,(b)检测与所述类肽结合的抗体;和(c)基于步骤(b)的结果作出治疗决策。该方法还可包括从受试者中获得所述样品。该方法另外还可包括当与类肽的抗体结合大于对于对照非患病患者观察到的那种时,作出所述样品由其获得的受试者的疾病的诊断。该方法另外还可包括作出关于所述受试者的治疗决策。样品可与超过一种具有本文所述式的类肽接触。样品可与多重平台接触用于诊断多重疾病状态或状况的目的。载体可以是珠、板、浸渍片、滤器、膜、针或壁。样品可以是血液、血清、唾液或CSF。检测可包含RIA、FIA、ELISA、蛋白质印迹、流式细胞术、FRET或表面等离振子共振。 
更多实施例涉及指示疾病的从生物液体中分离的抗体组合物。在特定实施例中,抗体通过使具有此类抗体的样品与类肽组合物接触进行分离,所述类肽组合物特异性结合指示疾病或与疾病相关的抗体。抗体可与其他非抗体和非D特异性组分取出、分离或纯化。该抗体随后可洗涤和/或与类肽捕获试剂解离。 
在特定实施例中,使由本文所述过程中发现的类肽制成的类肽阵列与生物样品杂交,所述生物样品已补充有细菌裂解产物例如大肠杆菌裂解产物。生物样品包括对照样品和具有关于中枢神经系统障碍的标记的样品。例如,微阵列载玻片用杂交室覆盖,且用1XTBST(50mM Tris、pH8.0、150mM NaCl、0.1%Tween20)平衡约15分钟。随后将载玻片用细菌裂解产物以至少、至多或约0.5、1、1.5、2mg/ml裂解产物的浓度封闭。去除裂解产物,并且使载玻片在细菌裂解产物中与约一毫升生物样品(具有5、10、15、20或25μg/ml的近似蛋白质浓度,包括两者之间的所有范围和值)一起温育,伴随轻轻振荡。随后将微阵列用1XTBST洗涤且与标记的抗IgG抗体(例如以1:400稀释度)杂交。随后将载玻片用合适的缓冲液洗涤。载玻片使用离心机(例如以1500rpm旋转5分钟)干燥且在微阵列扫描仪上扫描,例如使用以100%功率的635-nm激光和600或650光电倍增管增益。本发明因此还涉及降低诊断测定中的本底抗血清噪声的方法,其包括用大肠杆菌裂解产物处理对照血浆样品和患病样品,并且使所述样品与类肽或配体阵列接触。认为这个过程可用于支持任何阵列的处理,所述任何阵列用于在比较对照样品与患病样品的背景下检测且区别血清中的抗体。 
考虑本文所述的任何方法或组合物均可就本文所述的任何其他方法或组合物而言执行。 
在权利要求和/或说明书中与术语“包含”结合使用时,单词“一个”或“一种”的使用可意指“一个/种”,但它还与“一个或多个/一种或多种”、“至少一个/种”和“一个/种或超过一个/种”的含义一致。 
考虑本说明书中讨论的任何实施例均可就本文的任何方法或组合物而言执行,并且反之亦然。此外,本发明的组合物和试剂盒可用于实现本发明的方法 
本申请自始至终,术语“约”用于指示值包括关于装置的固有误差变异、用于测定该值的方法、或在研究受试者中存在的变异。 
疫苗和药物 
应当理解通过本文所述过程发现的假定命中或类肽中的任何一种均还可是治疗药物或疫苗候选物。本发明因此涉及发现药物候选物或疫苗的过程,其包括使用依照本文所述方法的筛选。 
实例1文库制备 
用于类肽合成的方案(半胱氨酸-类肽或甲硫氨酸-类肽) 
下述实例证实本发明的类肽文库如何生成。在该实例中利用的材料包括反应烧瓶或烧杯、塑料管、10-15个3ml具有针的注射器。乳胶手套、10-15个15ml聚丙烯试管和具有溶剂安全盖的微量吸管(1000μl)、玻璃吸管和树脂珠。利用的化学制品和/或试剂包括N,N二甲基甲酰胺、溴乙酸(BMA)、无水二甲基甲酰胺、哌啶、乙腈、3-二异丙基碳二亚胺(DIC)、三氟乙酸、5(6)-羧基荧光素、二氯甲烷(DCM)和4-甲基吗啉(NMM)。还使用在每个文库制备中利用的多种胺以及HBTU(四甲基脲鎓六氟磷酸酯)和三乙基硅烷。 
类肽制备 
在该过程中使用的每种胺的浓度使用下式计算:V=FW/d/1000x2Mx5ml 
程序: 
步骤1 
树脂珠的膨胀。 
(a)将250毫克树脂珠置于干净的干燥反应烧瓶内,并且将5ml无水DMF加入珠中,允许所述珠经过一小时或更少的时期膨胀。随后在真空下将珠用DMF洗涤多次(2或3X)。 
步骤2 
当使用“不受保护的珠”(例如Tenta-Gel)时,省略步骤(b)、(c)和(d)。 
使用无水DMF作为溶剂的20%哌啶(碱)溶液用于下述过程中: 
当使用“受保护的珠”时,包括步骤(b)、(c)和(d)的下述过程进行2次。 
(b)将2.5ml20%哌啶溶液加入受保护的珠中; 
(c)在添加哌啶后,将反应烧瓶置于在25℃下设为200rpm的振荡器/温箱上20分钟。 
(d)随后将反应烧瓶用无水DMF使用5ml DMF洗涤8-10次。 
还制备下述溶液: 
1.溶于无水DMF(2ml体积)中的468mg Fmoc-Cys(Trt)-OH(溶液A)。 
2.溶于无水DMF2ml中的161.6mg NMM 
3.将303.2mg HBTU加入NMM小瓶中(溶液B)。 
HBTU/NMM和Fmoc-Cys的添加 
将各1ml溶液A和溶液B-(HBTU/NMM)和Fmoc-Cys(Trt)-OH)加入珠中,并且振荡1小时。 
将珠在DMF中洗涤5-10次。 
将溶液A和B的剩余1ml溶液加入珠中,所述珠振荡一小时的时期,并且随后再次在DMF中洗涤5-10次。 
还制备下述溶液: 
20%哌啶(在无水DMF中) 
2M溴乙酸 
50%DIC/A.DMF 
2M每种胺的溶液 
下述步骤(a)、(b)和(c)执行2次。加入2.5ml20%哌啶溶液;(b)使反应烧瓶在25摄氏度下以200rpm振荡,和随后(c)将珠用DMF洗涤8X至10X。 
制备10ml2M溴乙酸溶液。 
还制备10ml50%3.2M DIC/无水DMF(v/v)溶液。 
在每个文库中和对于每个文库的每种胺制备2M胺溶液。 
对于类肽合成,每次使用1ml2M原液,并且将胺加入类肽链上。 
步骤3 
(a)将1ml溴乙酸加入反应容器中; 
(b)随后添加1ml50%DIC/DMF溶液,并且将所得的溶液(c)在10%功率下微波15秒。 
将步骤(c)执行2次,在微波设置之间使烧瓶左右回荡。 
在每个微波步骤后形成白色沉淀物。随后将珠用DMF洗涤8-10次。 
步骤4 
将1ml序列中的第一胺加入包含来自先前步骤的溴中间体的反应烧瓶中,并且将器皿振荡以使胺平均分布在珠上。随后使用微波在10%功率下15秒2次起始反应。随后将反应的珠用无水DMF洗涤8-10次。 
重复步骤3和4直至所有胺均加入,以制备靶标类肽。 
步骤5 
随后将珠用二氯甲烷(DCM)洗涤3次,且允许干燥。 
步骤6 
随后使用95%TFA溶液(5ml)从珠中切割类肽。随后收集脱离珠的类肽,所述珠用溶剂(CH3CN和水)洗涤以去除残留类肽。氩气用于去除任何残留TFA。随后根据需要使类肽冻干且表征且纯化。 
上文指定的反应条件可在需要的基础上修饰,取决于对于任何特定珠组成所需的数量。 
图1-5一般证实本发明的文库如何制备用于AD诊断、胰腺癌诊断和狼疮。一般而言,具有胺部分的珠使用标准肽化学通过一系列步骤连接至氨基酸残基,所述珠随后与具有卤化物基团的活化羰基部分反应,所述活化羰基部分随后与具有R基的单体胺反应。循环的步骤2和3如该图中所示的重复,以产生具有1MM-2MM不同配体的大型类肽文库。在Tentagel树脂或珠上制备的初始筛选文库一般具有甲硫氨酸氨基酸作为链中的第一单体。本发明人使用此类氨基酸,以促进从不具有可切割接头的珠或树脂中切割。用于构建含半胱氨酸类肽的Rink树脂具有不需要或不要求使用甲硫氨酸作为第一氨基酸的接头。含半胱氨酸类肽一般在发现假定命中的初始筛选后再合成。半胱氨酸硫基团允许类肽链与例如诊断平台基底上的另一反应部分反应。再合成的类肽还包含1-基-正丁基氨基部分作为在氨基酸胺后的链中的第一侧链。认为这个基团是展示类肽且溶解含水溶液中的类肽必需的。 
实例2一般筛选方法 
使附着至选择类肽的160微米Tentagel珠在DMF中膨胀过夜。珠随后在反应容器中用Millipore水和剧烈振荡洗涤十次。每次添加新鲜的 Millipore水,并且在第10次洗涤时,允许珠以150-200rpm振荡过夜。第二天,将珠用1X TBST以相同方式洗涤,且允许以150-200rpm振荡至少3小时。 
随后将珠平均分到15ml锥形管内的1X TBST中,约0.5克/管。去除TBST,并且将4ml稀释的正常人血清加入每个管中。纳米滴加(Nano-dropped)在1X TBST中制备的血清母液,以获得20ug/ml的所需浓度。随后使含血清和珠的管在4摄氏度下在黑暗中翻滚过夜。随后将血清吸出管外,且替换为4ml1X TBST。随后将管缓慢倒置,以重悬浮珠,且允许沉降。将TBST去除且再添加两次,总共三次TBST洗涤。 
随后通过制备5ul山羊抗人IgG Qdot655/1ml1X TBST来制备次级抗体溶液。一旦从珠中去除末次TBST添加,就添加4ml Qdot溶液,并且使珠在4摄氏度下在黑暗中翻滚2小时。随后允许珠沉降,并且去除Qdot溶液。随后将珠用4ml1X TBST洗涤三次。随后将珠倾入包含DAPI滤波器的干净培养皿内,在UV显微镜下显现。取出所有染成红色的珠。 
在首次筛选完成后,将珠倾回到15ml锥形管内,并且在下一次血清样品添加前在4摄氏度下翻滚至少4小时。随后将疾病血清以与正常血清添加相同的方式加入珠中,除了与1X TBST相反,血清在PBS起始块(starting block)中稀释外。然而,在1X TBST中制备最初母液,以便用纳米滴管获得适当浓度。血清添加和次级抗体添加与正常血清相同。 
一旦取出患病“命中”,就将它们合并到1.5ml eppendorf管内,并且在95摄氏度下在1%SDS中加热25-30分钟。随后从管中去除SDS,并且替换为Millipore水。随后使珠在4摄氏度下翻滚15分钟。随后将水替换为新鲜水,并且使珠翻滚另外15分钟。随后去除水且替换为50/50乙腈/水溶液,且允许翻滚另外15分钟。随后将珠分离到96孔板中的个别孔内且允许干燥。 
制备20-30mg溴化氰、500ul乙腈、400ul冰乙酸和100ul Millipore水的溶液,并且将20ul溶液加入含命中珠的每个孔中。将板覆盖且允许以100rpm振荡16小时。随后去除覆盖,并且从孔中蒸发切割溶液。随后将命中点到MSMS板上,并且使用4800MALDI/TOF/TOF分析仪测序。 
图6提供本文公开且请求保护的筛选方法的一般示意图。 
实例3阿尔茨海默氏病筛选 
Tentagel磁性筛选 
将500毫克160微米Tentagel珠(JC3B library)加入15毫升锥形管中。将5毫升DMF加入管中,并且允许珠静置过夜以膨胀。第二天,将DMF吸出管外,且替换为5毫升1X TBST。将管倒置以混合,并且随后允许珠沉降到底部,并且去除1X TBST。将5毫升1X TBST添加且再去除五次。 
通过将4毫升PBS起始块加入管中,并且将各7ul四个分开的AD样品加入相同管中,制备正常AD血清样品。将血清加入洗涤的珠中,并且允许珠和血清在4摄氏度下在黑暗中翻滚过夜。第二天早晨,从转筒中取出珠且允许在将血清吸出管外之前沉降。将4毫升1X TBST加入管中,且将管倒置以混合。随后将TBST吸出管外,且替换为4毫升新鲜的1X TBST且再次去除。 
随后通过将50ul充分混合的山羊抗人IgG DYNA珠加入4毫升1XTBST中制备DYNA-珠溶液。随后将混合物加入洗涤的珠中。随后允许珠在4摄氏度下在黑暗中翻滚2小时。 
无需洗涤珠,执行DYNA珠筛选。将管置于磁支架上,且用1X TBST填充到边缘。将磁体和管缓慢搅动2分钟,并且允许珠在磁支架中沉降。小心去除TBST和沉降至底部的游离珠,不要触碰通过磁体附着至侧面的命中珠,并且替换为新鲜的1X TBST。将该过程重复两到三次,直到无法看见附着至管侧面的珠。随后将命中珠合并到一个管内。 
将剩余非命中珠分到1.5毫升管内,倒置且快速脉冲离心。将上清液去除且替换为新鲜的1X TBST。将该过程重复6-8次,直到在珠/TBST溶液中无法看见更多的DYNA珠。将命中珠以相同方式洗涤。 
将珠合并回到15ml管内,并且将正常血清以与先前所述相同的方式加入珠中,并且允许在4摄氏度下在黑暗中翻滚过夜。此外,将各3毫升的四个正常AD样品加入1毫升PBS起始块中,并且将这种溶液加入DYNA珠“命中”珠管中。第二天,将珠以与正常血清添加相同的方式洗涤。 
将20ul山羊抗人IgG量子点655稀释到4毫升1X TBST中(对于“命中”管在I Ml1X TBST中的20ul Qdot),并且加入珠中。使溶液在4摄氏度下在黑暗中翻滚2小时。将命中和非命中管用1X TBST洗涤四次,且在 UV显微镜下筛选鲜红色珠。使剩余珠在4毫升1X TBST中翻滚1小时,并且将疾病AD血清以与正常血清相同的方式加入。磁性筛选和Qdot添加以与先前所述相同的方式执行。命中随后在MALDI TOF/TOF质谱仪上测序。 
图7显示与来自类肽文库(JC3B)的珠一起温育过夜的合并的正常对照血清样品。执行使用由DYNA珠加标签的山羊抗人IgG的初始次级抗体DYNA珠筛选,以取出非特异性珠命中。这些非特异性命中随后使用不同的次级抗体再证实。在这种情况下,在包含DAPI滤波器的UV显微镜上检测由量子点655(Invitrogen)加标签的山羊抗人IgG。红色珠指示再证实的命中;蓝色珠指示未再证实的珠。再证实的珠的百分比持续很低,因此最后中断DYNA珠筛选。 
图8显示与来自AD患者的血清一起温育的类肽文库。其后,使该文库与次级检测抗体(由量子点655(Invitrogen)加标签的山羊抗人IgG)一起温育。在包含DAPI滤波器的UV显微镜下检测命中珠,并且挑选在颜色中是红色的珠作为待测序的命中用于更多测试。 
图9、10和11显示在从类肽文库中分离疾病命中后,执行1%SDS洗涤以从任何残留抗体中剥离命中。随后使珠与个别疾病样品一起温育,并且随后与山羊抗人IgG量子点655一起温育。随后在UV显微镜下显现珠,以测定命中是否将由个别样品再证实。选择一致再证实的命中以测序。 
图12显示在JC3B文库的阿尔茨海默氏筛选中所有选择的命中的序列。 
图13显示在阿尔茨海默氏筛选中选择的假定命中的化学结构。 
图14显示在溶液中的类肽ADTG1相对于在微阵列上指定为ADTG1-42的那些类肽之间的竞争实验。数据显示类肽ADTG1、14、24、25、31、35和40与相同自身抗体结合。对于阵列上的类肽各自进行相同实验,并且这个过程测定类肽与针对阿尔茨海默氏抗原的七种不同自身抗体结合。 
图15显示这41个类肽的序列,其从顶行开始指定为更多活性到更少活性的,并且基于竞争实验的结果在四个不同组中呈现,所述竞争实验发现配体与关于AD的四种不同抗体生物标记结合。ADP1-3先前在微阵列筛选中发现(数据未显示,但先前在美国专利公开号2010/0303805中描述),并且发现与关于AD的两种不同的抗体生物标记结合。发现ADP1和ADP3 与相同抗体结合,而ADP2与分开的抗体结合。在本发明的新筛选方法中发现的新配体(图15中和如图13中所示的所有其他配体)也在组中与不同抗体结合。发现两种新抗体生物标记,并且新配体中的某些结合ADP1和ADP3与之结合的相同抗体或ADP2与之结合的抗体。 
AD数据分析:具有单次测量的微阵列数据 
微阵列如在此以引用方式并入的美国专利公开号2010/0303805中所述制备。将微阵列载玻片用杂交室覆盖,且用1XTBST(50mM Tris、pH8.0、150mM NaCl、0.1%Tween20)平衡15分钟。随后将载玻片用1ml封闭缓冲液在4℃下封闭1小时。去除封闭缓冲液,并且使载玻片在4℃下与1ml血清(20mg/ml)一起温育16小时,伴随轻轻振荡。在可替代方法中,将载玻片在4℃下用1ml大肠杆菌裂解产物(1.5mg/ml)封闭1小时。去除大肠杆菌裂解产物,并且使载玻片在4℃下与1ml血清(15mg/ml)一起在大肠杆菌裂解产物(1.5mg/ml)中温育18小时,伴随轻轻振荡。随后将微阵列用1XTBST洗涤三次,并且在定轨振荡器上在4℃下与Alexa-647标记的抗IgG抗体(5mg/ml)杂交2小时。从微阵列载玻片中取出室盒且用1XTBST(3x15分钟)随后为0.1XTBST(1x10)洗涤。随后将载玻片在离心机(以1500RPM5分钟)上干燥,且通过使用以100%功率的635-nm激光和600或650光电倍增管增益,在微阵列扫描仪(Gene Pix Autoloader4200)上扫描。所有扫描的图像均通过Gene Pix Pro6.0软件和Genespring软件分析。 
新类肽或配体在微阵列上构建且依照上文在不知情研究中所述的方法针对患者样品测试。图16-20提供这些筛选测定的结果。血清样品得自34个患者的库。每个样品导致如图16-18中所示的强度或其缺乏。新类肽中的两种(P1aag4和P1aag2)针对已知类肽ADP3和ADP2在相同患者库中进行比较。这些结果显示在新类肽相对于先前类肽之间的直接关联,所述先前类肽已在知情的研究中确认,所述研究证明在AD相关抗体的存在和疾病的临床症状或存在之间的直接关联。 
图16A显示关于来自用微阵列上的类肽P1aag1筛选的34个患者的一组血清样品(20ug/mL)的数据。图16B显示关于来自用微阵列上的类肽P1aag2筛选的34个患者的一组血清样品的数据。 
图17A显示关于来自用微阵列上的类肽P1aag3筛选的34个患者的一组血清样品的数据。图17B显示关于来自用微阵列上的类肽P4aag1筛选的34个患者的一组血清样品的数据。 
图18A显示关于来自用微阵列上的类肽P1aag5筛选的34个患者的一组血清样品的数据。图18B显示关于来自用微阵列上的类肽P1aag6筛选的34个患者的一组血清样品的数据。 
这些类肽各自以另外方式显示于图13中。P1aag1是JC3B-1;P1aag2是JC3B-21;P1aag3是JC3B-7;P1aag4是JC3B-5;P1aag5是JC3B-R8,并且P1aag6是JC3B-R12。 
图19A显示ADP2微阵列数据。图19B显示使用来自相同患者库的患者血清的P1aag4微阵列数据。在左侧上使用ADP2的数据集和在右侧上使用P1aag4的数据集之间存在至少90%关联。 
图20A显示ADP3微阵列数据。图20B显示使用相同患者库中的患者血清样品的P1aag2微阵列数据。在左侧上使用ADP3的数据集和在右侧上使用P1aag2的数据集之间存在至少90%关联。 
图21显示在基于tentagel的用于阿尔茨海默氏的筛选中类肽(JC3B-R8)的使用的确认。使用140微米(um)珠并且血清浓度是40ug/mL。在患病珠和非患病(正常对照)珠之间存在明确区别。 
图50显示在微阵列中使用的类肽相对于置于ELISA板上的那些类肽之间的制备和区别的简单示意图。关于类肽微阵列如何制备的示意图:将个别珠分离到微量滴定板的孔内,并且从珠中切割类肽,以制备浓缩原液。应当指出每个孔目前将包含单个种类的类肽。随后将几千个类肽以这样的方式点在化学修饰的玻璃显微镜载玻片上,使得它们与表面共价结合。几千个载玻片可由单个合成文库高度重现性产生。ELISA产生是类似的,除了在表面上不存在PEG链外,但在ELISA板上的类肽密度可不同于在微阵列上的密度。 
图51显示使用连接至次级抗体的辣根过氧化物酶,在1:800的血清稀释度时在正常对照和患病血清之间具有明确区别的ELISA实验,所述次级抗体检测疾病相关的抗体-类肽复合物。加入无色底物,并且在与结合的HRP酶反应后改变颜色(蓝色)。 
图52显示在患病血清(A)相对于对照血清(B)的不同血清稀释度时,在ELISA测试中比较多个AD类肽的滴定数据。当浓度从1:12,800增加到1:200时,在正常血清中不存在信号强度,但存在所有AD类肽的明确区别和强度。 
图53提供确认在阿尔茨海默氏病(或不是)的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品(不知情的)且针对ADP3类肽筛选以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1.的读数视为阳性的,1和0.7之间的读数视为未定的,并且低于0.7的读数视为阴性的。 
图54提供确认在阿尔茨海默氏病(或不是)的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品(不知情的)且针对多种AD类肽筛选(曲线图是9个类肽的结果的平均值)以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>3的读数视为阳性的,1和0.7之间的读数视为未定的,并且低于0.7的读数视为阴性的。 
图55提供确认在阿尔茨海默氏病(或不是)的多个阶段的知情AD患者血清组的临床诊断相对于得自相同患者血清样品(不知情的)且针对本发明的多种AD类肽筛选以检测疾病相关抗体的数据之间的关联的简图。显示的结果来自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清样品研究。UND=未定的。该图表衍生自获得单个血清浓度(1:800)稀释度。>1.的读数视为阳性的,1和0.7之间的读数视为未定的,并且低于0.7的读数视为阴性的。数据还显示对其他痴呆的表现,其中标记MCI/抑郁样品并且同样标记路易体痴呆样品。数据显示至少三个MCI患者具有通过本发明的AD选择性类肽捕获的抗体可检测量超过1的血清样品。 
图56A-D提供关于来自患者的样品子集的数据,所述患者具有在使用多个AD类肽的Opko Health类肽诊断测定相对于不知情时提供这个信息后的临床诊断之间的不一致。图56A显示如对于患者所示的关于类肽ADP3及其他的数据,所述患者是临床患病的,但Opko类肽Plaag4对于其低于 1.0(在单个点时的UND;滴定AD阳性的)。所有其他Opko类肽对于AD是阳性的(即高于1.0)。图56B显示所有Opko类肽对于患者中的疾病相关抗体是阳性的,所述患者目前诊断为正常的(非痴呆的),暗示AD前。图56C显示Opko AD类肽无一在患者中的任何稀释点显示高于1的强度,所述患者临床诊断有AD,暗示这个患者具有某些其他形式的痴呆。图56D显示在临床阳性的AD患者中,多个Opko AD类肽对于疾病相关抗体不是阳性的,但两个类肽(P1aag6和P1aag4)是阳性的,因此在单个点时的UND和甚至在滴定后的UND。 
图57显示使用由ADP3点上的微阵列,由先前AD样品生成的聚类简图。在微阵列数据和使用ELISA平台生成的数据中的患病相对于对照之间存在明确关联。图57还显示选择ADP3用于与阿尔茨海默氏病而不与帕金森或狼疮(SLE)相关的疾病相关抗体。 
图58提供使用测试的总共106个血清样品的ELISA分析概括。使用这个数据,9个样品不能从单点数据中调用(临床上4个AD,5个正常)。滴定曲线的检查指定9个中的3个与临床数据一致。6个仍不明了(在不同类肽中的不一致)。 
图59提供P1aag7-9的化学结构。 
上图就Opko诊断方法而言针对检测与阿尔茨海默氏病相关的疾病相关抗体而呈现的数据,证实本文公开且叙述的方法是证实和/或预测阿尔茨海默氏发作和/或证实神经学疾病或障碍是某些其他神经障碍如轻度认知损害的有力工具。数据明确支持较早期提交的专利申请,其请求保护且公开检测疾病相关抗体的特定类肽和方法。此处,通过全新和新型和更快速的筛选过程发现的完全新型的类肽在多种平台包括微阵列和ELISA中,针对具有阿尔茨海默氏病各个阶段症状的患者中的临床数据进行确认,且与知情后的实际临床数据显著关联。 
实例4胰腺癌筛选 
生成类肽文库以执行来自胰腺癌患者的血清的筛选。合成两个文库(JC3B和JC5B)。在针对胰腺癌生物标记的筛选中获得总共26个命中。JC3B文库包含选自下述的胺:二氨基丁烷;R-甲基苄胺;异丁胺;环己胺;胡椒基胺;4-(氨乙基)苯磺酰胺;糠胺和2-甲氧基乙胺。JC5B文库由选自 下述的胺构建:异丁胺;2-甲氧基乙胺;二氨基丁烷;糠胺;环己胺;R-甲基苄胺;胡椒基胺和4-(氨乙基)苯磺酰胺。每个胰腺疾病血清和对照血清的合并的6个样品用于筛选。JC3B条件:使用在4ml PBS封闭缓冲液中的各5ul患病血清样品,且使用在4ml1X TBST中的各5ul正常血清样品。JC5B条件:使用在4ml PBS封闭缓冲液中的10ug/ml患病血清,且使用在4ml1X TBST中的150ug/ml对照血清。Dnay珠筛选:将50ul山羊抗人IgGDYNA珠加入1ml1X TBST中。执行DYNA珠筛选,以取出非特异性命中。量子点筛选:将10ul/1山羊抗人IgG量子点655加入1X TBST中;使用UV显微镜筛选以取出命中。命中确认:JC3B:将各2ul对照PC样品加入1ml1X TBST内,以筛选命中;取出红色(非特异性)珠;将各2ul疾病PC样品加入1ml封闭缓冲液内,以筛选命中;取出红色珠(实际命中)且切割用于测序。这对DYNA珠命中和Q点命中执行。12个命中得到再证实。JC5B:将50ug/ml合并的疾病样品加入1ml封闭缓冲液中,以命中;将15ug/ml合并的对照样品加入1ml1X TBST中,以命中;取出红色珠(实际命中)且切割用于测序;这对DYNA珠命中和Q点命中执行。14个命中得到再证实。 
图22(左图)使类肽文库与来自胰腺癌患者的血清一起温育。其后,使该文库与次级检测抗体(由量子点655(Invitrogen)加标签的山羊抗人IgG)一起温育。在包含DAPI滤波器的UV显微镜下检测命中珠,并且挑选在颜色中是红色的珠作为待测序的命中用于更多测试。 
(右图):在从类肽文库中分离胰腺癌疾病命中后,执行1%SDS洗涤以从任何残留抗体中剥离命中。随后使珠与来自胰腺癌患者的个别血清样品一起温育,并且随后与山羊抗人IgG量子点655一起温育。随后在UV显微镜下显现珠,以测定命中是否将由个别样品再证实。选择一致再证实的命中以测序。 
图23:(左)命中确认图像证实Tentagel筛选的功效。在从类肽文库中分离胰腺癌疾病命中后,执行1%SDS洗涤以从任何残留抗体中剥离命中。随后使珠与来自胰腺癌患者的个别血清样品一起温育,并且随后与山羊抗人IgG量子点655一起温育。随后在UV显微镜下显现珠,以测定命中是否将由个别样品再证实。选择一致再证实的命中以测序。 
(右)对命中珠执行另一次SDS洗涤,并且随后使珠与对照血清一起温育,随后与山羊抗人IgG量子点655一起温育。随后在UV显微镜下显现珠,以测定命中是否将由个别样品再证实。选择一致再证实的命中以测序。 
图24显示通过混合在胰腺癌筛选中的命中确认。数据显示标记对于特定疾病是特异性的(PC相对于AD)。 
图25显示来自JC3B文库的胰腺癌配体(假定命中)。 
图26显示来自JC5B文库的胰腺癌配体(假定命中)。 
实例5狼疮筛选 
图27显示在相对于正常对照的SLE文库筛选中的SLE命中。使用KN1B文库且发现在这个特定筛选中是有用的。与上文对于胰腺癌筛选和AD筛选所述确切相同的方案用于狼疮筛选中,除了文库和血清样品外。 
图28显示假定SLE命中。 
图29显示命中确认研究。 
诊断试剂盒和方法 
图30显示使用两种不同结合方法,SLE(狼疮)类肽之一与ELISA板的结合。在第一种情况下,生物素用作通过链霉抗生物素蛋白处理的板与ELISA板“结合”的“部分”(这是非共价键)。该类肽具有荧光素标签。在第二种情况下,类肽上的半胱氨酸共价附着至马来酰亚胺处理的ELISA板。在两种情况下,数据均显示在大于约3mM的mM浓度时,可见显著的荧光信号。 
图31显示在板结合的KN1B-20-生物素-荧光素相对于溶液中以不同浓度的游离KN1B-20-生物素之间的竞争测定。信号阻尼随着来自等摩尔浓度的结合相对于游离的游离KN1B-20-生物素浓度增加而出现。 
图32显示具有以10mM的类肽的ELISA板,并且明确显示在多个血清稀释度[1:200倍增至1:400、1:800、1:1,600、1:3,200、1:6,400、1:12,800],在患病血清(第1列)(AD)和正常对照血清(第3列)之间的差异。具有AD类肽ADP3的类肽孔具有10mM的类肽浓度。类似地,图32显示在140微米珠上的40ug/ml患病血清浓度时,对于tentagel平台在患病样品和正常对照血清之间的明确区别。 
图33显示具有以不同浓度的类肽的ELISA板,并且明确显示在多个稀释度[1:200至1:12,800]在患病血清(AD)和正常对照血清之间的差异。箭头显示在1:800血清稀释度时关于10mM ADP3的数据。 
图34显示具有以10mM的类肽的ELISA板,并且明确显示在多个血清稀释度[1:200-1:12,800]在患病血清(SLE)和正常对照血清之间的差异。数据显示使用SLE-KN1B-20(10mM)在患病血清和对照之间的明确区别。血浆也可用于所有筛选方法中,条件是解释总蛋白质。 
图35显示使用以不同血清稀释度在结合缓冲液中制备的10mM ADP3的AD血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200(组1AD血清.394mg/mL和以.386mg/mL的非患病血清)。 
图36显示使用以不同血清稀释度在结合缓冲液中制备的10mMKN1B-20的SLE血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200(组1SLE血清.375mg/mL和以.396mg/mL的非患病血清)。 
图37显示使用以不同血清稀释度在DMSO中制备的10mM KN1B-20的SLE血清ELISA曲线图。经过1:200直到约1:10,000的稀释度范围发生正常和患病血清之间的分离。起始稀释度是1:200(组1SLE血清.367mg/mL和以.322mg/mL的非患病血清)。 
图38显示用于Tentagel珠命中确认的FACS平台。 
图39显示以不同浓度的血清(100ug/mL至1,000ug/mL)和响应用抗DNP标记的次级抗体的治疗,在具有乙酰基的珠和具有2,5-二硝基苯基(DNP)的珠之间的分离程度。平均荧光强度(MFI)分离在1,000ug/mL血清的更高稀释度时最大。 
图40显示在1,000ug/mL血清浓度时,存在游离乙醇胺-DNP和DNP(在板上)与抗DNP抗体的结合之间的直接竞争。 
图41来自合并的正常对照血清和合并的AD血清的ADP3结合的抗抗体。数据显示使用两种不同的次级抗体(山羊抗人Dylight649和山羊抗人Alexa647),在20至140ug/mL的血清浓度范围时的良好分离。 
图42显示在不同血清浓度范围时的本底扣除后,来自正常对照和AD 血清的ADP3结合的自身抗体。在小于20ug/mL到120ug/mL或更大的大多数血清浓度范围时,存在显著程度的分离。 
图43和44显示SLE(狼疮)再合成的类肽配体命中的结构。 
图45显示在10um Tentagel珠上的ADP3制备和使用CNBr的后续切割连同所示内酯的质谱法读数。 
图46显示来自以不同浓度的正常对照和阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体。珠用1X TBST预封闭3小时,并且随后使用山羊抗人Alexa647次级抗体检测。 
图47显示来自以不同血清浓度的正常对照和阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体,并且还显示DNP值。 
图48和49显示使用预封闭条件例如大肠杆菌裂解产物和赖氨酸,来自正常对照相对于阿尔茨海默氏疾病血清的ADP3结合的自身抗体。 
ELISA方案 
96孔马来酰亚胺活化板得自Thermo Scientific,并且用400ul/孔洗涤缓冲液(0.1M磷酸钠、0.15M氯化钠、0.05%Tween20,pH7.2)洗涤三次,使用来自Beckman Coulter的洗板机。将目的类肽在PBS结合缓冲液(0.1M磷酸钠、0.15M氯化钠、l0mM EDTA,pH7.2)中稀释至10mM,并且将200ul类肽溶液加入合适孔中。随后允许板在黑暗中在室温下温育2小时,伴随以500rpm的振荡。随后使用洗板机从孔中吸取类肽溶液,并且再次用400ul/孔洗涤缓冲液洗涤三次。将L-半胱氨酸HCL:H20(Thermo Scientific)在结合缓冲液中稀释至10ug/mL,并且加入200ul/孔。随后使板在黑暗中在室温下温育1小时,伴随以500rpm的振荡,并且洗涤三次。将200ul StartingBlockTM(PBS)封闭缓冲液(Thermo Scientific)加入孔中,并且使板在4摄氏度下在黑暗中温育1小时,伴随以500rpm的振荡。将板用洗板机洗涤三次,并且通过在结合缓冲液中从1:200向下系列稀释制备血清样品。使用纳米滴管(Thermo Scientific)获得1:200样品母液的浓缩物,以确保它们是相似的。每个稀释的样品在制备下一个稀释度前涡旋。将200ul用于血清(疾病和正常)的合适稀释物加入板中,以及不含血清的结合缓冲液作为对照。允许血清在室温下在黑暗中温育2小时,伴随500rpm振荡。将板再次洗涤,并且将200ul在结合缓冲液中1:30,000稀释的山羊抗人IgG HRP(Millipore) 加入合适孔中,并且在室温下在黑暗中温育30分钟,伴随500rpm振荡。将板洗涤三次,并且将100ul TMB(3,3′,5,5′-四甲基联苯胺)溶液加入每个孔中,并且允许颜色在黑暗中在工作台上发展30分钟。加入100ul2M硫酸停止液,以停止反应,并且使用板阅读器在450吸光度下阅读孔。 
因此,在每种情况下且就每种疾病或任何疾病而言,本发明的过程可用于快速地发现疾病相关生物标记和与此类标记结合的配体。这些配体-这个更大型的配体库-随后可用于多个诊断和/或治疗目的。诊断平台包括微阵列、基于珠的方法和ELISA系统。上文利用的条件包含本发明的重要方面。这些条件包括在珠上或在孔和检测方法中关于血清的稀释范围以及特定类肽的浓度。在珠上具有类肽的珠数目可取决于特定测试试剂盒或筛选试剂盒而改变。这些数目还可取决于珠/配体是用于本文所述的初始筛选方案和方法中和/或基于高亲和力配体的发现用于测试试剂盒中而改变。 
本领域技术人员应当理解可对上文所述实施例作出改变,而不背离其广泛的本发明概念。因此,应当理解本发明并不限于公开的特定实施例,而是预期涵盖如通过附加权利要求定义的在本发明的精神和范围内的修饰。 

Claims (71)

1.一种在复杂生物液体中筛选生物标记的方法,其包括
(a)提供包含具有与载体结合的至少一种配体的多种载体的随机配体文库;
(b)使所述随机配体文库暴露于具有配体结合部分的对照复杂生物液体;
(c)取出具有配体结合部分与之结合的任何载体,以形成纯化的配体文库;
(d)针对具有生物标记的非对照复杂生物液体筛选所述纯化的配体文库;
(e)使步骤(d)中形成的溶液暴露于检测试剂或系统,以允许检测具有生物标记与之结合的配体,和任选地,
(f)鉴定与所述生物标记结合的所述配体。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述随机配体文库在步骤(b)前预处理。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述配体选自肽、碳水化合物、核酸寡聚物、类肽、α取代的类肽或小分子。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述复杂生物液体衍生自哺乳动物。
5.根据权利要求1所述的方法,其中所述复杂生物液体包含血液血清或血浆。
6.根据权利要求5所述的方法,其中所述血液血清或血浆是稀释的。
7.根据权利要求6所述的方法,其中所述血清稀释至约500ug/ml至约1ug/mL的浓度范围。
8.根据权利要求1所述的方法,其中所述纯化的配体文库包含约0.2至2.0克/筛选。
9.根据权利要求1所述的方法,其中所述疾病相关生物标记选自蛋白质或细胞表面受体。
10.根据权利要求1所述的方法,其中所述疾病相关生物标记选自抗体。
11.根据权利要求1所述的方法,其中所述检测试剂选自标记的次级抗体。
12.根据权利要求1所述的方法,其中所述随机配体文库包含约500,000至约150MM载体和约500,000至约150MM载体。
13.根据权利要求1所述的方法,其中在所述载体和所述随机配体之间存在PEG接头。
14.根据权利要求13所述的方法,其中所述PEG接头小于10个单体单位。
15.根据权利要求2所述的方法,其中所述载体是珠或树脂。
16.根据权利要求15所述的方法,其中所述珠是tentagel珠。
17.根据权利要求16所述的方法,其中所述tentagel珠是约5至约1,000微米。
18.根据权利要求17的方法,其中所述具有配体的tentagel珠预处理至包括使所述珠暴露于膨胀步骤的过程步骤。
19.根据权利要求1的方法,其中所述疾病选自心血管病、自身免疫疾病、癌症或神经学疾病。
20.根据权利要求1的方法,其中所述疾病或状况选自炎性疾病、代谢病或障碍或传染病。
21.根据权利要求1的方法,其中所述生物标记与化学毒素或环境污染物相关。
22.一种在复杂生物液体中筛选疾病相关生物标记的方法,其包括
(a)提供包含具有与载体结合的配体的多种载体的大型随机配体文库;
(b)使所述随机配体文库暴露于具有配体结合部分的健康对照复杂生物液体;
(c)取出具有配体结合部分与之结合的任何载体,以形成纯化的配体文库;
(d)使所述纯化的配体文库暴露于具有疾病相关生物标记的非对照复杂生物液体;
(e)检测具有疾病相关生物标记与之结合的配体;和
(f)鉴定具有疾病相关生物标记与之结合的所述配体,和任选地,
(g)纯化和/或表征所述疾病相关生物标记。
23.一种检测关于疾病相关生物标记的高亲和力配体的方法,其包括
(a)提供包含具有与载体结合的配体的多种载体的大型随机配体文库;
(b)使所述随机配体文库暴露于具有配体结合部分的健康对照复杂生物液体;
(c)取出具有配体结合部分与之结合的任何载体,以形成纯化的配体文库;
(d)使所述纯化的配体文库暴露于具有疾病相关生物标记的非对照复杂生物液体;
(e)检测具有疾病相关生物标记与之结合的配体。
24.根据权利要求23所述的方法,其中所述大型随机文库包含具有配体与之结合的约150,000至约150MM载体。
25.根据权利要求23所述的方法,其中所述复杂生物液体稀释至约1,000ug/ml至约1ug/mL的浓度范围。
26.根据权利要求23所述的方法,其中所述与生物标记结合的不同检测配体数目范围为约5到约100。
27.一种鉴定关于疾病相关生物标记的高亲和力配体的方法,其包括
(a)提供包含具有与珠结合的配体的多粒珠的大型随机配体文库;
(b)使所述随机配体文库暴露于具有配体结合部分的健康对照复杂生物液体;
(c)取出具有配体结合部分与之结合的任何珠,以形成纯化的配体文库;
(d)使所述纯化的配体文库暴露于具有疾病相关生物标记的非对照复杂生物液体;
(e)检测具有疾病相关生物标记与之结合的配体;和
(f)鉴定具有疾病相关生物标记与之结合的所述配体。
28.一种用于筛选复杂生物液体的随机配体文库,其包含在载体上的式I化合物,
Figure FDA0000419999290000051
其中R1选自富电子氨基酸侧链Y;
R2选自H;
并且R3-R6独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代。
29.一种根据权利要求28所述的用于筛选复杂生物液体的随机配体文库,其包含在载体上的式I化合物,
其中所述化合物通过包括使用选自下述的反应物的过程产生:
(A)糠胺;3,4-二甲氧基乙醇胺;苄胺;N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺或环己胺;或
(B)甲氧基乙胺;胡椒基胺;环己胺;二氨基丁烷;甲基苄胺;异丁胺;糠胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或
(C)糠胺、乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺或4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或
(D)糠胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺;N-(3-氨乙基)-2-吡咯烷酮;乙醇胺;甘氨酸;二氨基丁烷;烯丙胺;胡椒基胺;甲基苄胺;异丁胺;4-(2-氨乙基)苯磺酰胺;或
(E)半胱氨酸、甘氨酸、烯丙胺、乙醇胺、异丁胺、甲基苄胺、胡椒基胺、甲硫氨酸、环己胺、3,4-二甲氧基苯乙胺、苄胺、N-(2-氨乙基)乙酰胺、N-(3-氨丙基)-2-吡咯烷酮、4-(2-氨乙基)苯磺酰胺和糠胺;和
其中
R1选自-(C1-C6)SCH3
R2选自H;
R3和R5独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代;
R4选自糠基或–(C1-C6烷基)NR7R8
R6选自H、1-基-烯丙基、1-基-2-羟乙基、异丁基、1-基-正丁胺、甲基苄基、胡椒基、环己基、1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基、苄基、1-基-2-(乙酰胺)乙基、1-基-3-2-吡咯烷酮、1-基-2-(4-苯磺酰胺)乙基或糠基,和
n是3-11。
30.根据权利要求29所述的配体文库,其包含约200,000至约150MM种不同配体。
31.根据权利要求30所述的配体文库,其中所述载体选自珠或树脂。
32.根据权利要求31所述的配体文库,其中所述珠或树脂包含小于10个单体单位的PEG接头。
33.一种式X的化合物
Figure FDA0000419999290000071
其中R1选自富电子氨基酸侧链Y;
R2选自H;
并且R3-R6独立地选自H、-C1-C6烷基、-C1-C6烷基SCH3、-C0-C6烷基C2-C6烯基、-C0-C6烷基C2-C6炔基、-C1-C6COOH、-C1-C6烷基OH、-C1-C6烷基N(R)2、-C3-C8环烷基、-C1-C6烷芳基、-C1-C6烷基杂芳基、-C1-C6烷基NC(O)C1-C6烷基、-C1-C6烷基环酰胺,其中所述芳基或杂芳基中的任何均可独立地由-OH、Cl、F、Br、-OCH3、-SO2NH2或-O-CH2-O-取代,和
n是3-10。
34.根据权利要求33所述的化合物,其中R4选自–正丁胺。
35.根据权利要求34所述的化合物,其中R1选自–CH2CH2SCH3或–CH2SH。
36.一种具有式Ia的化合物
Figure FDA0000419999290000072
其中所述化合物选自式Ia的化合物,其中
(a)R9是正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(b)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2,2-di甲基乙基(异丁基);R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(d)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基;
(f)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丙基;R12是异丙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(g)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(h)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基;
(i)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基--正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(j)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(k)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是异丁基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(l)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(m)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-yl—正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是糠基,并且R16是糠基;
(n)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是糠基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是糠基;
(o)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是甲基苄基;
(p)R9是环己基;R10是环己基;R11是胡椒基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基;
(q)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基;
(r)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺;
(s)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是胡椒基;
(t)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(u)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(v)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是胡椒基;
(w)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是环己基;
(x)R9是糠基;R10是糠基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(y)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(z)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(aa)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(bb)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(cc)R9是环己基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(dd)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是异丁基,并且R16是环己基;
(ee)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-正丁胺;
(ff)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(gg)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(hh)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(ii)R9是1-基-正丁胺;R10是糠基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是糠基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(jj)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是异丁基;
(kk)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(ll)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(mm)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(nn)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(oo)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(pp)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(qq)R9是环己基;R10是环己基;R11是糠基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基;
(rr)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(ss)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是环己基,并且R16是胡椒基;
及其可药用的盐。
37.一种具有下式的化合物:
Figure FDA0000419999290000121
其中所述化合物选自式II的化合物,其中
(a)R9是正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(b)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2,2-di甲基乙基(异丁基);R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(d)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基;
(f)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丙基;R12是异丙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(g)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(h)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基;
(i)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基--正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(j)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(k)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是异丁基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(l)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(m)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-yl—正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是糠基,并且R16是糠基;
(n)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是糠基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是糠基;
(o)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是甲基苄基;
(p)R9是环己基;R10是环己基;R11是胡椒基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基;
(q)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基;
(r)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺;
(s)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是胡椒基;
(t)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(u)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(v)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是胡椒基;
(w)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是异丁基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是环己基;
(x)R9是糠基;R10是糠基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(y)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(z)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(aa)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(bb)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是异丁基;R13是环己基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(cc)R9是环己基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(dd)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是异丁基,并且R16是环己基;
(ee)R9是1-基-2-甲氧基乙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是异丁基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-正丁胺;
(ff)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是环己基;
(gg)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-甲氧基乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(hh)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(ii)R9是1-基-正丁胺;R10是糠基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是糠基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(jj)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-甲氧基乙基,并且R16是异丁基;
(kk)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(ll)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(mm)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(nn)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(oo)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(pp)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是甲胺;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(qq)R9是环己基;R10是环己基;R11是糠基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基;
(rr)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是异丁基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(ss)R9是环己基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是环己基,并且R16是胡椒基;
及其可药用的盐。
38.根据权利要求35所述的化合物,其中所述式II的化合物选自具有R9-R16的基团,
(a)R9是正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(b)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-2,2-di甲基乙基(异丁基);R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是甲基苄基;
(c)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是胡椒基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是环己基;
(d)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(e)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是环己基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是胡椒基;
(f)R9是胡椒基;R10是1-基-正丁胺;R11是异丙基;R12是异丙基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是环己基;R15是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基,
及其可药用的盐。
39.一种用于筛选在具有或怀疑具有阿尔茨海默氏病的患者复杂生物液体中筛选疾病相关生物标记的存在的筛选试剂盒,其包含根据权利要求37所述的至少一种类肽和检测平台。
40.根据权利要求39所述的筛选试剂盒,其中所述试剂盒包含基于珠的平台或微阵列平台或ELISA平台。
41.根据权利要求40所述的筛选试剂盒,其中所述基于珠的平台选自TentaGel平台或Luminex平台。
42.根据权利要求40所述的筛选试剂盒,其中测试溶液中的所述类肽的浓度范围为0.1mM-约20mM。
43.根据权利要求40所述的筛选试剂盒,其中所述复杂生物液体稀释至约1:100至约1:50,000液体/稀释剂的范围中。
44.根据权利要求41所述的筛选试剂盒,其中所述复杂生物液体在稀释剂中稀释至约10至约200ug/mL的浓度范围。
45.根据权利要求44所述的筛选试剂盒,其中所述TentaGel珠具有约10um–50um的微米直径范围。
46.根据权利要求45所述的筛选试剂盒,其中所述TentaGel珠具有与所述类肽连接的PEG接头。
47.一种在复杂生物液体中筛选与阿尔茨海默氏病相关的生物标记的存在或不存在的方法,其包括使所述复杂生物液体与根据权利要求37所述的至少一种类肽接触,且检测所述复杂生物液体中所述生物标记的结合的存在或不存在。
48.一种具有下式的化合物:
Figure FDA0000419999290000191
其中所述化合物选自式IIa的化合物,其中
(m)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是环己基;R14是异丁基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(n)R9是甲基苄基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(o)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(p)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是异丁基;
(q)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是甲基苄基;
(r)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺;
(s)R9是糠基;R10是糠基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基;
(t)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是环己基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(u)R9是异丁基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(v)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(w)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基;
(x)R9是环己基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
及其可药用的盐。
49.一种具有下式的化合物:
其中所述化合物选自式II的化合物,其中
(m)R9是1-基-正丁胺;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是环己基;R14是异丁基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(n)R9是甲基苄基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是异丁基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(o)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-2-甲氧基乙基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是异丁基;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
(p)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是异丁基;
(q)R9是1-基-正丁胺;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-2-甲氧基乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是环己基,并且R16是甲基苄基;
(r)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-甲氧基乙基;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺;
(s)R9是糠基;R10是糠基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是甲基苄基;
(t)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是环己基;R12是环己基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-甲氧基乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(u)R9是异丁基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(v)R9是异丁基;R10是1-基-正丁胺;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是甲基苄基;R14是环己基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(w)R9是环己基;R10是环己基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是异丁基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基;
(x)R9是环己基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-正丁胺;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-甲氧基乙基;
及其可药用的盐。
50.一种具有下式的化合物:
Figure FDA0000419999290000221
其中所述化合物选自具有R9-R16的化合物,
(a)R9是胡椒基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(b)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-烯丙基;R14是异丁基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺;
(c)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺;
(d)R9是异丁基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-烯丙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-烯丙基,并且R16是胡椒基;
(e)R9是胡椒基;R10是异丁基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(f)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是胡椒基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-羟乙基;
(g)R9是1-基-2-羟乙基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(h)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(i)R9是甲基苄基;R10是1-基-烯丙基;R11是胡椒基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(j)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(k)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基;
(l)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(m)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-羟乙基;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是环己基;
(n)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-羟乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-羟乙基;和
其可药用的盐。
51.一种具有下式的化合物:
Figure FDA0000419999290000231
其中所述化合物选自具有R9-R16的化合物,
(a)R9是胡椒基;R10是环己基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-正丁胺;
(b)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-烯丙基;R14是异丁基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺;
(c)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是环己基;R12是胡椒基;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-正丁胺;
(d)R9是异丁基;R10是环己基;R11是异丁基;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-烯丙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-烯丙基,并且R16是胡椒基;
(e)R9是胡椒基;R10是异丁基;R11是胡椒基;R12是环己基;R13是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(f)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是胡椒基;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-羟乙基;
(g)R9是1-基-2-羟乙基;R10是甲基苄基;R11是环己基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是甲基苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(h)R9是甲基苄基;R10是胡椒基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(i)R9是甲基苄基;R10是1-基-烯丙基;R11是胡椒基;R12是胡椒基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(j)R9是甲基苄基;R10是甲基苄基;R11是胡椒基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(k)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是甲基苄基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是异丁基;
(l)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是胡椒基;R14是1-基-正丁胺;R15是1-基-正丁胺,并且R16是胡椒基;
(m)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是异丁基;R12是1-基-正丁胺;R13是1-基-2-羟乙基;R14是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是环己基;
(n)R9是1-基-正丁胺;R10是1-基-2-羟乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-2-羟乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是1-基-正丁胺;R15是胡椒基,并且R16是1-基-2-羟乙基;和
其可药用的盐。
52.一种用于筛选在具有或怀疑具有胰腺癌的患者复杂生物液体中筛选疾病相关生物标记的存在的筛选试剂盒,其包含根据权利要求37所述的至少一种类肽和检测平台。
53.根据权利要求52所述的筛选试剂盒,其中所述试剂盒包含基于珠的平台或微阵列平台或ELISA平台。
54.根据权利要求53所述的筛选试剂盒,其中所述基于珠的平台选自TentaGel平台或Luminex平台。
55.根据权利要求53所述的筛选试剂盒,其中测试溶液中的所述类肽的浓度范围为0.1mM-约20mM。
56.根据权利要求53所述的筛选试剂盒,其中所述复杂生物液体稀释至约1:100至约1:50,000液体/稀释剂的范围中。
57.根据权利要求54所述的筛选试剂盒,其中所述复杂生物液体在稀释剂中稀释至约10至约200ug/mL的浓度范围。
58.根据权利要求54所述的筛选试剂盒,其中所述TentaGel珠具有约10um–50um的微米直径范围。
59.根据权利要求54所述的筛选试剂盒,其中所述TentaGel珠具有与所述类肽连接的PEG接头。
60.一种在复杂生物液体中筛选与胰腺癌相关的生物标记的存在或不存在的方法,其包括使所述复杂生物液体与根据权利要求49或51所述的至少一种类肽接触,且检测所述复杂生物液体中所述生物标记的结合的存在或不存在。
61.一种具有下式的化合物:
Figure FDA0000419999290000261
其中在式IIIa的化合物中,R9-R16选自
(a)R9是1-基-烯丙基;R10是1-基-3N-(2-吡咯烷酮)丙基;R11是乙酸;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-烯丙基;
(b)R9是环己基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R13是苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(c)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-烯丙基;R11是1-基-正丁胺;R12是苄基;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(d)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是苄基;
(e)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是苄基;R14是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(f)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺;
(g)R9是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺;
(h)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(i)R9是胡椒基;R10是苄基;R11是胡椒基;R12是苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺,和
其可药用的盐。
62.一种具有下式的化合物:
Figure FDA0000419999290000271
其中在式II的化合物中,R9-R16选自
(a)R9是1-基-烯丙基;R10是1-基-3N-(2-吡咯烷酮)丙基;R11是乙酸;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是苄基;R14是1-基-正丁胺;R15是异丁基,并且R16是1-基-烯丙基;
(b)R9是环己基;R10是1-基-正丁胺;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R13是苄基;R14是胡椒基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;
(c)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-烯丙基;R11是1-基-正丁胺;R12是苄基;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是1-基-正丁胺;
(d)R9是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R10是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R11是1-基-正丁胺;R12是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是甲基苄基,并且R16是苄基;
(e)R9是胡椒基;R10是胡椒基;R11是1-基-正丁胺;R12是环己基;R13是苄基;R14是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(f)R9是1-基-烯丙基;R10是甲基苄基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是胡椒基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺;
(g)R9是1-基-2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基;R10是异丁基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是苄基;R15是胡椒基,并且R16是1-基-正丁胺;
(h)R9是甲基苄基;R10是1-基-2-(4(苯磺酰胺)乙基;R11是甲基苄基;R12是1-基-正丁胺;R13是甲基苄基;R14是甲基苄基;R15是1-基-正丁胺,并且R16是甲基苄基;
(i)R9是胡椒基;R10是苄基;R11是胡椒基;R12是苄基;R13是1-基-正丁胺;R14是苄基;R15是环己基,并且R16是1-基-正丁胺,和
其可药用的盐。
63.一种用于筛选在具有或怀疑具有SLE(狼疮)的患者复杂生物液体中筛选疾病相关生物标记的存在的筛选试剂盒,其包含根据权利要求37所述的至少一种类肽和检测平台。
64.根据权利要求63所述的筛选试剂盒,其中所述试剂盒包含基于珠的平台或微阵列平台或ELISA平台。
65.根据权利要求64所述的筛选试剂盒,其中所述基于珠的平台选自TentaGel平台或Luminex平台。
66.根据权利要求64所述的筛选试剂盒,其中测试溶液中的所述类肽的浓度范围为0.1mM-约20mM。
67.根据权利要求64所述的筛选试剂盒,其中所述复杂生物液体稀释至约1:100至约1:50,000液体/稀释剂的范围中。
68.根据权利要求65所述的筛选试剂盒,其中所述复杂生物液体在稀释剂中稀释至约10至约200ug/mL的浓度范围。
69.根据权利要求68所述的筛选试剂盒,其中所述TentaGel珠具有约10um–50um的微米直径范围。
70.根据权利要求68所述的筛选试剂盒,其中所述TentaGel珠具有与所述类肽连接的PEG接头。
71.一种在复杂生物液体中筛选与SLE(狼疮)相关的生物标记的存在或不存在的方法,其包括使所述复杂生物液体与根据权利要求37所述的至少一种类肽接触,且检测所述复杂生物液体中所述生物标记的结合的存在或不存在。
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