CN102676650B - Cpt1a基因或蛋白的定量检测在食管鳞癌预后判断中的应用 - Google Patents
Cpt1a基因或蛋白的定量检测在食管鳞癌预后判断中的应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明属于分子生物学、临床预后判断领域，涉及CPT1A基因或蛋白的定量检测在食管鳞癌预后判断中的应用。具体地，本发明涉及CPT1A基因或蛋白的定量检测试剂在制备食管鳞癌预后判断试剂盒中的用途，用于食管鳞癌预后判断的试剂盒，以及检测食管鳞癌患者CPT1A基因拷贝数或蛋白表达水平的方法。当CPT1A基因的拷贝数增加或蛋白过表达时，提示食管鳞癌患者术后生存期短。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学、临床预后判断领域，具体涉及CPT1A基因的拷贝数或蛋白表达水平在食管鳞癌预后判断中的应用。本发明还涉及CPT1A基因拷贝数和蛋白表达水平的检测方法。
背景技术
食管鳞状细胞癌简称食管鳞癌，是人类常见的消化道恶性肿瘤之一。食管组织细胞在一些生物、物理、化学及其他因素刺激下异常增生直至癌变为食管鳞癌的病理特点，进行性吞咽困难是其主要临床表现。食管鳞癌的发病机制目前尚不清楚。
全球每年新增病例超过45万，死亡病例超过38万。值得注意的是，中国依然是食管鳞癌的高发地区。2006年全国第三次死因回顾抽样人口调查资料显示：中国食管鳞癌高发县标准化死亡率在10.34/10万-78.32/10万之间，占全部恶性肿瘤死亡的11.69％-42.61％。男女年龄调整死亡率合计为15.78/10万，均居恶性肿瘤死亡顺位的第四位。特别是在多数农村高发区，食管鳞癌的发生率和死亡率多年来一直居高不下，是一项严重的社会问题。
食管癌预后很差，长期存活率低于5％。复发和远处转移是术后治疗失败的主要原因。目前临床实践中，病理分期是最重要、最可靠的预后指标，但是仍然需要更精确的标志物进一步将术后病人划分为高风险和低风险，进而采取更有效的治疗。
食管鳞癌的基因组改变中包含了许多可以用于早期诊断、预后判断和药物靶点的信息，因此许多的研究致力于从基因组改变中寻找食管鳞癌的预后分子标志物。目前的研究发现，一些染色体区域的基因组改变与预后有关。Ueno等通过比较基因组杂交技术发现5p15，8q24-qter和14q21的增益与食管鳞癌的不良预后显著相关，多因素分析进一步显示5p15是一个独立的预后因子。另一项研究结果显示病理分期、12p的增益和3p的缺失与短的无进展生存期相关，其中12p是独立于病理分期的预后因素(Kwong D et al.2004)。Carneiro课题组利用比较基因组杂交芯片技术筛选与食管鳞癌预后相关的基因组改变，结果表明1p36.32和19p13.3的增益是独立的预测食管鳞癌术后生存的因素。另一项比较基因组杂交芯片的工作发现4q、13q、20q和Xq的拷贝数改变与预后相关(Hirasaki et al.2007)。
尽管已发现了上述与食管鳞癌预后相关的DNA分子标志物，但是均未能应用于临床检测。
CPT1A和CPT1B是肉碱棕榈酰转移酶1。CPT1定位于线粒体外膜，是细胞内脂肪代谢的调控位点，并且具有将长链脂肪酸转运入线粒体进行beta-氧化的功能。研究表明，CPT1可以与BCL2相互作用，而后者具有调节细胞凋亡的功能。
发明内容
在此背景下，本发明系统研究了食管鳞癌中与预后相关的基因组改变，发现CPT1A所在的11q13.2区域的增益具有预后判断价值，进而在两个独立样本中验证该基因的增益与预后的关系，同时也发现CPT1A基因(Gene ID：1374)的拷贝数增加或蛋白的强表达与食管鳞癌不良预后相关。
本发明的第一方面涉及CPT1A基因或蛋白的定量检测试剂在制备食管鳞癌预后判断试剂盒中的用途。
根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测的方法为本领域常用的核酸定量检测方法，例如可以为电泳法或定量PCR法。在本发明的一个实施方案，所述的CPT1A基因的定量检测方法为实时荧光定量PCR的方法。
根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A蛋白定量检测的方法为本领域常用的蛋白定量检测方法，例如可以为电泳法、色谱法或免疫组织化学的方法。在本发明的一个实施方案，所述的CPT1A蛋白的定量检测方法为免疫组织化学法。
根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A基因或蛋白的定量检测方法中包括使用定量检测试剂的步骤。
根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测试剂包括用于定量检测CPT1A基因的寡核苷酸片段；任选地，还包括用于定量检测GAPDH的寡核苷酸片段；任选地，还包括检测缓冲液。
根据本发明第一方面任一项的用途，其中所述的寡核苷酸片段为引物或探针。在本发明的一个实施方案中，所述的寡核苷酸片段为引物。
在本发明的一个实施方案中，其中用于定量检测CPT1A基因的引物序列为SEQ ID NO：1和2所示序列；在本发明的一个实施方案中，其中用于定量检测GAPDH的引物序列为SEQ ID NO：3和4所示序列。
根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A蛋白的定量检测试剂包括与CPT1A蛋白特异性结合的抗体，所述抗体为多克隆抗体或单克隆抗体；任选地，还包括检测缓冲液。
在本发明的一个实施方案中，其中所述的抗体为抗CPT1A的多克隆抗体，购于Proteintech公司，其货号为15184-1-AP。
根据本发明第一方面的用途，其中所述的食管鳞癌预后判断方法为：CPT1A基因的拷贝数增加，则食管鳞癌患者术后生存期短；或者，CPT1A蛋白过表达，则食管鳞癌患者术后生存期短。
在本发明的实施方案中，所述的CPT1A基因拷贝数可以利用实时定量PCR的方法测量得到；所述方法中包括使用扩增CPT1A基因的引物的步骤，以及使用扩增GAPDH基因的引物的步骤；测定结果采用2-ΔΔCt的方法进行分析。
所述的实时定量PCR方法具体包括以下步骤：配制体积为20μl的反应体系，包括10μl 2×Power SYBR Green PCR Master Mix(Applied Biosystems)，2μl样品DNA(5ng/μl)，1μl引物混合液(10μM/每条引物)和7μl去离子水；在7300或7900Real-Time PCR System(Applied Biosystems)上，进行如下程序：先进行95℃ 10min的热变性，然后进行40个循环，每个循环包括95℃ 15sec和60℃ 1min的程序。结果采用2-ΔΔCt的方法进行分析。
所述的拷贝数增加是指，2-ΔΔCt＞1.25，其中ΔΔCt＝ΔCt(待测样本)-ΔCt(内参照)。其中所述的内参照为GAPDH。
在本发明的实施方案中，所述的CPT1A蛋白表达水平可以利用免疫组织化学方法测量得到；所述的免疫组织化学方法中包括使用抗CPT1A多克隆抗体的步骤；在本发明的一个实施方案中，所述抗CPT1A多克隆抗体购于Proteintech公司，其货号为15184-1-AP。
所述的蛋白过表达是指在随机观察的3个视野中，强表达细胞所占比例平均值高于50％。
所述强表达细胞是指与阴性着色细胞相比有明显着色的细胞，其中阴性着色细胞指目标蛋白不表达，不着色的细胞。
在本发明的一个实施方案中，所述的免疫组织化学方法具体包括以下步骤：先将组织切片在65℃烘箱中烘烤30min，然后二甲苯脱蜡3次，每次10min，接着梯度乙醇水化(100％，85％，75％)，每次3min，然后置于1×PBS中洗涤2次，每次5min，用3％的过氧化氢处理10min后，接着用枸橼酸钠溶液修复抗原20min，经1×PBS洗涤后，加入抗CPT1A抗体，4℃过夜孵育，经1×PBS洗涤后，用pv9000试剂盒处理后，加DAB显色，苏木素复染，经梯度乙醇脱水(75％，85％，100％)和二甲苯透明后，封片和镜检。
本发明的第二方面涉及用于食管鳞癌预后判断的试剂盒，其包含CPT1A基因或蛋白的定量检测试剂。
根据本发明第二方面的试剂盒，其中所述的CPT1A基因的定量检测试剂可以为用于核酸定量检测的常用试剂，例如可以为用于定量检测CPT1A基因的寡核苷酸片段；任选地，还包括用于定量检测GAPDH的寡核苷酸片段；任选地，还包括检测缓冲液。
根据本发明第二方面任一项的试剂盒，其中所述的寡核苷酸片段为引物或探针。在本发明的一个实施方案中，所述的寡核苷酸片段为引物。
在本发明的一个实施方案中，其中用于定量检测CPT1A基因的引物序列为SEQ ID NO：1和2所示序列；在本发明的一个实施方案中，其中用于定量检测GAPDH的引物序列为SEQ ID NO：3和4所示序列。
根据本发明第二方面任一项的试剂盒，其中所述的CPT1A蛋白的定量检测试剂可以为用于蛋白定量检测的常用试剂，例如可以为与CPT1A蛋白特异性结合的抗体，所述抗体为多克隆抗体或单克隆抗体；任选地，还包括检测缓冲液。
在本发明的一个实施方案中，其中所述的抗体为抗CPT1A的多克隆抗体，购于Proteintech公司，其货号为15184-1-AP。
根据本发明第二方面任一项的试剂盒，其中所述的食管鳞癌预后判断方法为：CPT1A基因的拷贝数增加，则食管鳞癌患者术后生存期短；或者，CPT1A蛋白过表达，则食管鳞癌患者术后生存期短。
根据本发明第二方面任一项的试剂盒，其中所述的CPT1A基因拷贝数可以利用实时定量PCR的方法测量得到；所述方法中包括使用扩增CPT1A基因的引物的步骤，以及使用扩增GAPDH基因的引物的步骤；测定结果采用2-ΔΔCt的方法进行分析。
所述的实时定量PCR方法具体包括以下步骤：配制体积为20μl的反应体系，包括10μl 2×Power SYBR Green PCR Master Mix(Applied Biosystems)，2μl样品DNA(5ng/μl)，1μl引物混合液(10μM/每条引物)和7μl去离子水；在7300或7900Real-Time PCR System(Applied Biosystems)上，进行如下程序：先进行95℃10min的热变性，然后进行40个循环，每个循环包括95℃ 15sec和60℃ 1min的程序。结果采用2-ΔΔCt的方法进行分析。
所述的拷贝数增加是指，2-ΔΔCt＞1.25，其中ΔΔCt＝ΔCt(待测样本)-ΔCt(内参照)。其中所述的内参照为GAPDH。
在本发明的实施方案中，所述的CPT1A蛋白表达水平可以利用免疫组织化学方法测量得到；所述的免疫组织化学方法中包括使用抗CPT1A多克隆抗体的步骤；在本发明的一个实施方案中，所述抗CPT1A多克隆抗体购于Proteintech公司，其货号为15184-1-AP。
所述的蛋白过表达是指在随机观察的3个视野中，强表达细胞所占比例平均值高于50％。
所述强表达细胞是指与阴性着色细胞相比有明显着色的细胞，其中阴性着色细胞指目标蛋白不表达，不着色的细胞。
在本发明的一个实施方案中，所述的免疫组织化学方法具体包括以下步骤：先将组织切片在65℃烘箱中烘烤30min，然后二甲苯脱蜡3次，每次10min，接着梯度乙醇水化(100％，85％，75％)，每次3min，然后置于1×PBS中洗涤2次，每次5min，用3％的过氧化氢处理10min后，接着用枸橼酸钠溶液修复抗原20min，经1×PBS洗涤后，加入抗CPT1A抗体，4℃过夜孵育，经1×PBS洗涤后，用pv9000试剂盒处理后，加DAB显色，苏木素复染，经梯度乙醇脱水(75％，85％，100％)和二甲苯透明后，封片和镜检。
本发明的第三方面涉及检测食管鳞癌患者CPT1A基因拷贝数或蛋白表达水平的方法。
在本发明的一个实施方案中，所述的CPT1A基因拷贝数可以利用实时定量PCR的方法测量得到；所述方法中包括使用扩增CPT1A基因的引物的步骤，以及使用扩增GAPDH基因的引物的步骤；测定结果采用2-ΔΔCt的方法进行分析。
所述的实时定量PCR方法具体包括以下步骤：配制体积为20μl的反应体系，包括10μl 2×Power SYBR Green PCR Master Mix(Applied Biosystems)，2μl样品DNA(5ng/μl)，1μl引物混合液(10μM/每条引物)和7μl去离子水；在7300或7900 Real-Time PCR System(Applied Biosystems)上，进行如下程序：先进行95℃ 10min的热变性，然后进行40个循环，每个循环包括95℃ 15sec和60℃ 1min的程序。结果采用2-ΔΔCt的方法进行分析。
当2-ΔΔCt＞1.25时，定义为CPT1A基因拷贝数增加。其中ΔΔCt＝ΔCt(待测样本)-ΔCt(内参照)。其中所述的内参照为GAPDH。
在本发明的一个实施方案中，所述的CPT1A蛋白表达水平可以利用免疫组织化学方法测量得到；所述的免疫组织化学方法中包括使用抗CPT1A多克隆抗体的步骤；在本发明的一个实施方案中，所述抗CPT1A多克隆抗体购于Proteintech公司，其货号为15184-1-AP。
在随机观察的3个视野中，当强表达细胞所占比例平均值高于50％时，定义为CPT1A蛋白过表达。
所述强表达细胞是指与阴性着色细胞相比有明显着色的细胞，其中阴性着色细胞指目标蛋白不表达，不着色的细胞。
在本发明的一个实施方案中，所述的免疫组织化学方法具体包括以下步骤：先将组织切片在65℃烘箱中烘烤30min，然后二甲苯脱蜡3次，每次10min，接着梯度乙醇水化(100％，85％，75％)，每次3min，然后置于1×PBS中洗涤2次，每次5min，用3％的过氧化氢处理10min后，接着用枸橼酸钠溶液修复抗原20min，经1×PBS洗涤后，加入抗CPT1A抗体，4℃过夜孵育，经1×PBS洗涤后，用pv9000试剂盒处理后，加DAB显色，苏木素复染，经梯度乙醇脱水(75％，85％，100％)和二甲苯透明后，封片和镜检。
根据本发明第三方面的方法，其可用于食管鳞癌预后的判断。其中所述的食管鳞癌预后判断方法为：CPT1A基因的拷贝数增加，则食管鳞癌患者术后生存期短；或者，CPT1A蛋白过表达，则食管鳞癌患者术后生存期短。
在本发明的一个实施方案中，所述CPT1A基因拷贝数的检测方法为：提取肿瘤组织DNA，要求肿瘤组织中肿瘤细胞含量大于50％；进行Real-time PCR检测；对Real-time PCR结果进行分析。
在本发明的一个实施方案中，所述CPT1A蛋白表达水平的检测方法为：取食管鳞癌组织(要求肿瘤组织中肿瘤细胞含量大于50％)制成组织切片，用于免疫组织化学检测；加入抗体进行孵育；加入显色剂显色；最后进行显微镜观察和分析。
在本发明中，所述的CPT1A基因或蛋白是指哺乳动物的CPT1A基因或蛋白。在本发明的一个实施方案中，所述的哺乳动物为人。
在本发明中，所述的食管鳞癌为食管的鳞状细胞癌，pN1期指有区域淋巴结转移；II期指肿瘤侵及肌层或外膜但无区域淋巴结转移和肿瘤侵及粘膜固有层或粘膜下层或肌层但有区域淋巴结转移；III期指肿瘤侵及外膜伴有区域淋巴结转移和肿瘤侵及邻近结构(器官)。
在本发明中，所述的食管鳞癌预后判断是指对食管鳞癌患者的生存期进行预测或判断，在本发明的实施方案中，所述食管鳞癌患者为肿瘤切除术后。
在本发明中，所述的试剂盒并不拘泥于其存在形式，其包括用于定量检测所需要的试剂的组合以及检测方法。
在本发明中，所述的用于定量检测CPT1A基因的寡核苷酸片段可以为引物或探针，其可以扩增CPT1A基因，或者定量检测CPT1A基因。在本发明的实施方案中，所述的寡核苷酸片段为引物。在本发明的一个实施方案中，所述的引物为SEQ ID NO：1和2所示的引物序列；所述的内参基因即内参照为GAPDH。
在本发明的实施方案中，所述的定量检测CPT1A基因的方法为实时定量PCR方法，也称为实时荧光定量PCR方法，其方法为本领域技术人员通常采用的方法。
在本发明的实施方案中，所述的拷贝数增加是指，2-ΔΔCt＞1.25，其中ΔΔCt＝ΔCt(待测样本)-ΔCt(内参照)。
在本发明的实施方案中，其中所述的CPT1A蛋白表达水平可以利用免疫组织化学方法测量得到，其方法为本领域技术人员通常采用的方法。所述的蛋白过表达是指在随机观察的3个视野中，强表达细胞所占比例平均值高于50％。
在基因拷贝数和蛋白表达的检测时，通常要求被检测组织的肿瘤细胞含量大于50％。
发明的有益效果
本发明提供了一种可以有效区分食管鳞癌病人术后生存期的分子标志物，该标志物具有以下特征：
(a)存在CPT1A基因拷贝数增加的食管鳞癌病人，较未发生拷贝数改变病人的术后生存期短。
(b)存在CPT1A基因蛋白强表达的食管鳞癌病人，较中低强度表达病人术后生存期短。
统计学分析结果表明CPT1A基因拷贝数增加和蛋白过表达可以用于食管鳞癌预后的判断，为食管鳞癌预后的判断提供了新途径，为临床医生对于食管鳞癌患者的病情分析提供了参考依据。
附图说明
图1显示了CPT1A增益对全部、III期、pN1期和II期食管鳞癌
病人预后的影响
图2显示了CPT1A增益对全部、III期、pN1期和II期食管鳞癌
病人预后的影响
图3显示了CPT1A强表达(过表达)与食管鳞癌病人预后的关系
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本发明，而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。
本发明使用的实时定量PCR仪为7300或7900Real-Time PCRSystem(Applied Biosystems公司)。
本发明中的基因拷贝数或蛋白表达水平与食管鳞癌患者的生存时间的关系采用SPSS软件生存分析模块中的Kaplan-Meier法来分析，在附图中用累积生存率来表示。
实施例1
回顾性研究：将151例食管鳞癌肿瘤标本(来自中国医学科学院肿瘤医院)，提取DNA，用Real-time PCR方法检测CPT1A基因的拷贝数，并进行分析。
DNA拷贝数分析：采用DNeasy Blood & Tissue Kit(Qiagen)试剂盒，按照说明书，提取肿瘤组织DNA，要求肿瘤组织中肿瘤细胞含量大于50％。采用Power SYBRGreen PCR Master Mix(AppliedBiosystems)试剂盒进行实时定量PCR(Real-time PCR)检测。反应体系为20μl：10μl 2×Power SYBRGreen PCR Master Mix，2μl肿瘤组织DNA(5ng/μl)，1μl引物(上下游引物各10μM)，7μl无核酸酶的水。
反应程序为：95℃ 10分钟；95℃ 15秒，60℃ 1分钟，循环40次。
Real-time PCR结果采用2-ΔΔCt法进行分析，内参基因为GAPDH，ΔΔCt＝ΔCt(肿瘤)-ΔCt(参照)。当2-ΔΔCt＞1.25时，定义基因拷贝数增加(增益)。
CPT1A上游引物：5’-TTTCCCACGTCCAAAATAGGC-3’(SEQID NO：1)，下游引物：5’-ACCAGGAGCAGGTGAGAGTCC-3’(SEQID NO：2)；
GAPDH上游引物：5’-GGAGCCAAAAGGGTCATCAT-3’(SEQID NO：3)，下游引物：5’-GGCATTGCTGCAAAGAAAGAG-3’(SEQID NO：4)。
结果如图1、表1所示。
表1.多因素回归分析
其中HR为危险比，CI为置信区间，下同。
从结果可以看出，CPT1A基因的拷贝数增加(增益)的患者术后生存时间比无增益患者短。而且两组在组织分化方面也有显著差异。
实施例2
回顾性研究：将84例食管鳞癌肿瘤标本(来自河南省林县)，提取DNA，用Real-time PCR方法检测CPT1A基因的拷贝数，并进行分析。DNA拷贝数分析方法同实施例1。结果如图2和表2所示。
表2.多因素回归分析
从结果可以看出，CPT1A基因的拷贝数增加(增益)的患者术后生存时间比无增益患者短。
实施例3
回顾性研究：将73例食管鳞癌肿瘤标本，制备组织芯片，用免疫组化方法检测CPT1A基因的蛋白表达水平，并进行分析。
蛋白表达水平检测：
(1)食管鳞癌组织用10％中性福尔马林固定48h后，分别用石蜡包埋，切HE染色，明辨肿瘤病理类型。切取4μm/张白片，用于免疫组织化学检测。
(2)组织芯片65℃烤片30min，二甲苯脱蜡10min×3次，100％、85％、75％乙醇各3min，PBS 5min×2次，H2O2 15min，枸橼酸钠溶液(PH＝6.0)微波热修复(微波加热至95℃-99℃后将薄片置入，再用微波炉中-低火加热20分钟，冷却至室温)，PBS 3min×3次，加入抗CPT1A的多克隆抗体(Proteintech，Cat# 15184-1-AP)(按照1∶100稀释)置入湿盒中4℃过夜。
(3)第二天取出湿盒恢复至室温，PBS 3min×3次，加PV9000试剂1于37℃温箱中孵育20min，加PBS 3min×3次，加PV9000试剂2于37℃温箱中孵育30min，PBS 3min×3次，DAB溶液镜下显色，蒸馏水漂洗，苏木素复染，氨水返蓝10min，75％、85％、100％乙醇脱水各3min，二甲苯透明5min×2次，树胶封片。
(4)最后进行显微镜观察，评分。免疫组织化学检测的蛋白表达强度根据染色强度和染色细胞所占比例作出。无表达、弱表达或强表达细胞所占比例小于25％判定为0分；弱或强表达细胞所占比例位于25％到50％之间判定为1分；强表达细胞所占比例高于50％判定为2分，即过表达。其中强表达细胞是指与无表达细胞相比有明显着色的细胞，其中无表达细胞指目标蛋白不表达，不着色的细胞。
结果如图3、表3所示。
表3.多因素回归分析
从结果可以看出，CPT1A蛋白强表达的患者术后生存时间比中低表达患者短。
尽管本发明的具体实施方式已经得到详细的描述，本领域技术人员将会理解。根据已经公开的所有教导，可以对那些细节进行各种修改和替换，这些改变均在本发明的保护范围之内。本发明的全部范围由所附权利要求及其任何等同物给出。
Claims (13)
1.CPT1A基因或蛋白的定量检测试剂在制备食管鳞癌预后判断试剂盒中的用途。
2.权利要求1的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测的方法为实时荧光定量PCR方法；其中所述的CPT1A蛋白的定量检测的方法为免疫组织化学方法。
3.权利要求1或2的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测试剂包括用于定量检测CPT1A基因的寡核苷酸片段。
4.权利要求3的用途，其中所述的寡核苷酸片段为引物或探针。
5.权利要求4的用途，其中所述的引物的序列为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示序列。
6.权利要求3的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测试剂还包括用于定量检测GAPDH的寡核苷酸片段。
7.权利要求6的用途，其中所述的寡核苷酸片段为引物或探针。
8.权利要求7的用途，基中所述的引物的序列为SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示序列。
9.权利要求3的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测试剂还包括检测缓冲液。
10.权利要求1或2的用途，其中所述的CPT1A蛋白的定量检测试剂包括与CPT1A蛋白特异性结合的抗体。
11.权利要求10的用途，其中所述抗体为多克隆抗体或单克隆抗体
12.权利要求10的用途，其中所述的CPT1A蛋白的定量检测试剂还包括检测缓冲液。
13.权利要求1或2的用途，其中所述的食管鳞癌预后判断的方法为：CPT1A基因的拷贝数增加，则食管鳞癌患者生存期短；或者，CPT1A蛋白过表达，则食管鳞癌患者生存期短。
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