CN102459647A - 与干扰素-α应答有关的遗传标记 - Google Patents

Abstract

本发明提供了与对干扰素α(IFN-α)的有益应答有关的、在人染色体19上的遗传标记。除了别的以外，这些IFN-α应答标记可用于鉴别最可能从IFN-α药物组合物和药物产品治疗获益的患者，用于治疗具有对IFN-α治疗敏感的疾病的患者的方法中，和用于选择对于这样的患者而言最适合的疗法的方法中。

Description

与干扰素-α应答有关的遗传标记

技术领域

本发明涉及在人染色体19上的遗传标记，它们可指示对干扰素α治疗的有益应答。

背景技术

在本部分或本申请的任意部分中对任何出版物的识别，不是承认这样的出版物是本发明的现有技术。

I型干扰素α(IFN-α)家族的蛋白表现出临床上重要的抗病毒、抗增殖和免疫调节活性，且许多IFN-α蛋白已经被批准用于治疗多种疾病，包括肝炎和癌症。由于最初批准的IFN-α蛋白的短血浆半衰期，已经开发了长效形式：具体地，Hoffman-La Roche (Nutley, NJ)在商标名PEGASYS®下销售的PEG干扰素α-2a；Schering-Plough (Kenilworth, NJ) 在商标名PegIntron®下销售的PEG干扰素α-2b；和人血清白蛋白和干扰素α-2b之间的融合体Albuferon®，它处于Human Genome Sciences的晚期临床开发中。

IFN-α蛋白会影响正常细胞和异常细胞的多种细胞功能，包括DNA复制以及RNA和蛋白合成。因而，IFN-α治疗的细胞毒性效应不限于肿瘤或病毒感染的细胞，而且也显示在正常的、健康的细胞中。结果，在IFN-α治疗期间，特别是当需要高剂量来达到治疗效果时，会产生不希望的、但是通常可逆的副作用。例如，IFN-α蛋白的施用可以导致减少的红血细胞、白血细胞和血小板计数，且高剂量通常会产生流感-样症状(例如，发热、疲劳、头痛和寒冷)、胃肠道障碍(例如，厌食、恶心和腹泻)、情绪变化和肝酶的改变。

由于基于IFN-α的治疗通常需要长治疗时间，这样的副作用可能受到特别关注。例如，对于丙型肝炎病毒(HCV)感染，聚乙二醇化的干扰素α/利巴韦林联合治疗的推荐持续时间是24至48周，取决于HCV 基因型和基线病毒载量。对于某些癌症适应症，治疗持续时间可能甚至更长，如最近完成的聚乙二醇化的干扰素α-2b作为切除的III期黑素瘤的辅助疗法的临床试验所证实的，在所述临床试验中，每周用6 μg/kg 聚乙二醇化的干扰素α-2b皮下地治疗患者，持续8周 (诱导期)，随后每周皮下地施用3 μg/kg，持续预期的5年治疗持续时间(维持期) (Eggermont A.M.M. 等人,Lancet372:117-126 [2008])。

除了有问题的副作用的可能性以外，IFN-α治疗的治疗效果可以在具有特定疾病的患者之间宽幅变化。例如，针对HCV的聚乙二醇化的干扰素α-2b/利巴韦林联合治疗会在由HCV 基因型和基线病毒载量限定的不同患者组中产生大约20%至93%的持续病毒应答(SVR)率。另外，与欧洲世系的患者相比，非洲世系的HCV患者具有明显更低的持续病毒应答(SVR)率。参见，例如，McCone, J. 等人,Hepatology48(4):430A - 431A, 摘要号268 (59th Ann. Mtg. Am. Assoc. Study Liver Dis., AASLD, San Francisco, CA, USA, 2008年10月31日至11月4日); Reid, A.E.,Curr. Hepatitis Rep., Vol. 7, No. 3, 第120 - 126页 (2008); Jacobson, I. M. 等人 Hepatology 46 (4): 971 - 981 (2007)。类似地，上面的Eggermont 等人报道了具有更早的III期黑素瘤的患者比具有晚期疾病的患者更好的临床结果，具体地，复发的总风险降低了大约18-25%。

因而，考虑到用IFN-α治疗所观察到的副作用和变化的应答和灵敏度特性，需要鉴别最可能从IFN-α治疗获益的患者的方法。本发明满足了该需要。

发明内容

本发明是基于下述发现，即在被HCV基因型1慢性感染的患者中，在人染色体区19q13.13上的几个单核苷酸多态性(SNP)与对聚乙二醇化的干扰素α/利巴韦林治疗的应答强烈相关。

这些SNP之一是C/T多态性，在NCBI SNP 数据库中被鉴别为rs12979860。rs12979860多态性位于白介素 28B (IL-28B)基因上游3 kb处，其编码干扰素λ 3 (IFN-λ3)。C等位基因的存在与更好的治疗应答有关，在欧洲、非洲和西班牙世系的HCV患者中，C/C基因型与比T/T基因型分别好2倍、3倍和2倍的持续病毒应答(SVR)有关。此外，由于与在非洲世系种群中相比，C/C 基因型在欧洲世系种群中以基本上更高的频率存在，rs12979860多态性会解释HCV患者对聚乙二醇化的干扰素α/利巴韦林联合治疗的应答的大部分种群间差异。与具有未知丙型肝炎状态的随机选择的群体样品相比，在被HCV慢性感染的患者组群中，rs1279860 C等位基因的频率显著减小，这提示，C等位基因也与丙型肝炎基因型1的天然清除的更大可能性有关。

发明人在此也鉴别出了rs12979860和在19q13.13上的其它SNP（它们自身与SVR有关）之间的关联。这些SNP中的2个是在IL-28B基因中：rs28416813，即位于ATG 起始密码子上游37个碱基处的G/C多态性，和rs8103142，即位于编码序列中的A/G多态性，后者导致在图4(SEQ ID NO:10)所示的IFN-λ3 氨基酸序列的氨基酸位置70处存在Lys或Arg的氨基酸多态性。rs8103142多态性的A等位基因编码在IFN-λ3的位置70处的Lys，而G多态性导致在位置70处的Arg。基于最近公开的IFN-λ3的晶体结构 (Gad, H.H. 等人, JBC 2009，于2009年5月20日在线公开为原稿M109.002923)，发明人在此认为，Arg/Lys变化发生在AB环（即可能涉入IFN-λ3与IFN-λR1的结合的区域）中。

在IL28B基因中的SNP作为候选原因多态性是特别令人感兴趣的，因为HCV和其它病毒的感染会诱导IFN-λ3表达，且IFN-λ3在体内表现出抗病毒活性 (Sheppard, P 等人,Nature Immunol.4(1):63-68 (2003); Kotenko, S. V., 等人,Nature Immunology4(1):p. 69-77 (2003) ; Ank, N., 等人,J. Interferon & Cytokine Res.26:373-379 (2006))。具体地，Arg70等位基因与对IFN-α的更差应答的关联表明，该等位基因的存在会不利地影响个体的产生（mount）针对HCV的免疫应答的必需组分的能力，在实现对基于IFN-α的治疗的SVR中涉及所述组分。这可能是由于Arg70同种型与Lys70同种型相比减少的功能、Lys70同种型的功能对Arg70同种型的干扰、或两种效应的组合。血清中降低的Arg70同种型水平是更差的应答表型的最可能的解释，因为发明人发现，工程化成表达myc-标记形式的Lys70同种型或Arg70同种型的人细胞系会分泌明显更大量的Lys70同种型。

在下面的表1中描述了与对IFN-α治疗的应答有关的SNP，该表列出了SNP所位于的多态位点(PS)（用NCBI SNP数据库命名来标识）、在PS处发现的替代性的等位基因、与对IFN-α治疗的更好应答有关的等位基因、和包含该等位基因的杂合和纯合基因型（它们在本文中称作IFN-α应答标记）。

表1. IFN-α应答标记

PS	SNP	更好的应答等位基因	杂合的IFN-α应答标记	纯合的IFN-α应答标记
					rs12979860	T/C	C	C/T 基因型	C/C 基因型
rs28416813	G/C	G	G/C 基因型	G/G 基因型
					rs8103142	A/G	A	A/G 基因型	A/A 基因型
rs12980275	A/G	A	A/G 基因型	A/A 基因型
					rs8099917	A/C	A	A/C 基因型	A/A 基因型
rs12972991	T/G	T	T/G 基因型	T/T 基因型
					rs8109886	A/C	C	C/A 基因型	C/C 基因型
rs4803223	T/C	T	T/C 基因型	T/T 基因型
					rs12980602	A/G	A	A/G 基因型	A/A 基因型

发明人在此预见到，测试表1中的一个或多个IFN-α应答标记在个体中的存在，在多种遗传药理学产品和方法中是有用的，它们涉及：鉴别最可能对IFN-α治疗（针对对IFN-α治疗敏感的疾病）做出应答的个体，用于鉴别被HCV慢性感染的个体，所述个体可能受益于给增加Lys70 IFN-λ3同种型的水平、降低Arg70 IFN-λ3同种型的水平或兼有两种作用的治疗补充干扰素α/利巴韦林联合治疗，并用于帮助医师确定是否给HCV急性感染的患者开出抗病毒治疗处方。

因此，在一个实施方案中，本发明提供了一种包含干扰素α (IFN-α)药物组合物，其用于治疗具有对IFN-α治疗敏感的疾病并且具有至少一种IFN-α应答标记的阳性测试的个体。

在另一个实施方案中，本发明提供了IFN-α在制备药物中的应用，所述药物用于治疗具有对IFN-α治疗敏感的疾病并且具有至少一种IFN-α应答标记的阳性测试的个体。

在另一个实施方案中，本发明提供了一种药物产品，其包含IFN-α药物组合物和处方信息，所述处方信息包括所述药物组合物所推荐用于的遗传药理学指征。所述遗传药理学指征包括2个组分：对药物组合物中的IFN-α的治疗敏感的疾病，和具有该疾病且通过具有至少一种IFN-α应答标记而在遗传上确定的患者。

本发明也提供了测试个体中至少一种IFN-α应答标记存在与否的方法，所述方法包括：从所述个体获得核酸样品，并测定所述样品，以测定所述个体的表1中的至少一个多态位点的基因型。

在另一个实施方案中，本发明提供了测试个体中IFN-α应答标记在rs8103142 PS处存在与否的方法，所述方法包括：从所述个体获得生物样品，并测定所述生物样品中具有在氨基酸位置70处的Lys的IFN-λ3的存在或具有在氨基酸位置70处的Arg的IFN-λ3的存在。在有些实施方案中，所述测定步骤包括：使所述生物样品接触单克隆抗体，所述单克隆抗体能够辨别具有在氨基酸位置70处的Lys的IFN-λ3和具有在氨基酸位置70处的Arg的IFN-λ3。

在有些实施方案中，测试个体中IFN-α应答标记存在与否的方法另外包括：建立测试报告，所述测试报告指示所述个体的测定的多态位点的基因型，并任选地将所述测试报告提供给所述个体或医师，所述医师正在治疗所述个体的对IFN-α治疗敏感的疾病。

在另一个方面，本发明提供了一种试剂盒，其用于检测核酸样品中的IFN-α应答标记。所述试剂盒包含一种或多种寡核苷酸的集合，所述寡核苷酸用于鉴别在IFN-α应答标记的多态位点处的每个等位基因。在有些实施方案中，所述核酸样品是来自具有对IFN-α治疗敏感的疾病的患者。在一个实施方案中，所述疾病是慢性HCV感染，所述受试者以前已经接受肝移植，且所述核酸样品是来自移植的肝的肝活组织检查。在另一个实施方案中，所述核酸样品是来自供体肝，所述供体肝正在被测试用于移植进具有慢性HCV感染的患者中。

在另一个实施方案中，本发明提供了选择疗法的方法，所述疗法用于治疗具有对IFN-α治疗敏感的疾病的个体，所述方法包括：测定所述个体是否具有至少一种IFN-α应答标记，并基于测试步骤的结果来选择疗法，其中如果所述个体具有IFN-α应答标记，则选择的疗法包括IFN-α的初始治疗或连续治疗，且如果所述个体缺少干扰素IFN-α应答标记，则选择的疗法包括与至少一种不是IFN-α的其它治疗剂联合地施用IFN-α，或排除基于IFN-α的治疗。

本发明也提供了从具有对IFN-α治疗敏感的疾病的个体组中，选择个体进行使用IFN-α的初始治疗或连续治疗的筛选方法。该筛选方法包括：测试所述疾病组的每个成员中至少一种IFN-α应答标记的存在，并选择IFN-α应答标记测试阳性的至少一个个体进行治疗。

在每个上述的实施方案中，所述IFN-α应答标记是表1所示的杂合的和纯合的IFN-α应答标记中的任一个。在优选的实施方案中，所述IFN-α应答标记是纯合的应答标记之一。在一个优选的实施方案中，所述IFN-α应答标记是在rs8103142 PS处的A/A基因型或在rs28416813处的G/G基因型。在其它实施方案中，对IFN-α的应答的预测是基于表1中至少2个PS的IFN-α应答标记的存在。

在另一个实施方案中，本发明提供了预测具有慢性HCV感染的患者是否会对包含IFN-α-2和利巴韦林的联合治疗做出应答的方法。所述方法包括：从所述个体获得核酸样品，测定所述核酸样品中表1的至少一种纯合的IFN-α应答标记的存在，并基于测定步骤的结果做出预测。如果所述结果就纯合的IFN-α应答标记的存在而言是阳性的，则预测是，所述个体可能实现SVR，如果所述结果就纯合的IFN-α应答标记的存在而言是阴性的(例如，所述个体具有在rs12979860 多态位点处的C/T 基因型或T/T基因型)，则预测是，所述个体不可能实现SVR。在一个实施方案中，所述患者以前已经接受肝移植，且所述核酸样品是来自移植的肝的肝活组织检查。

在另一个实施方案中，本发明提供了一种治疗个体的慢性HCV感染的方法。所述方法包括：得到所述个体关于表1中的至少一个多态位点的基因型，并基于得到的基因型来开出治疗方案。如果所述基因型是纯合的IFN-α应答标记之一，则所述治疗方案包括：给所述个体施用与利巴韦林联合的干扰素α。在有些实施方案中，具有纯合的IFN-α应答标记的个体的治疗方案包括：给所述个体施用治疗有效量聚乙二醇化的干扰素α、利巴韦林和至少一种其它的抗病毒剂。在有些实施方案中，所述其它的抗病毒剂是HCV蛋白酶抑制剂或HCV 聚合酶抑制剂。如果得到的基因型不是纯合的IFN-α应答标记(即，是更差的应答等位基因杂合的或纯合的)，则在有些实施方案中，开出的治疗方案包括一种或多种不是干扰素α的抗病毒剂，且在有些优选的实施方案中，这样的抗病毒剂选自：HCV蛋白酶抑制剂、HCV 聚合酶抑制剂、以及增加Lys70 IFN-λ3同种型的水平、降低Arg70 IFN-λ3同种型的水平或兼有两种效应的治疗剂。

在另一个实施方案中，本发明提供了一种药物产品，其包含IFN-λ3 Lys70药物组合物和处方信息，所述处方信息阐明了所述药物组合物被推荐用于治疗受HCV感染并且具有在rs8103142处G等位基因的存在为阳性测试的个体。IFN-λ3 Lys70药物组合物包含IFN-λ3 Lys70 多肽或编码IFN-λ3 Lys70 多肽的表达载体。在优选的实施方案中，所述处方信息另外阐明了，IFN-λ3 Lys70药物组合物用于与基于IFN-α的治疗联合使用。

在另一个实施方案中，本发明提供了一种药物组合物，其特异性地中和IFN-λ3 Arg 70的活性，但不中和IFN-λ3 Lys 70的活性。在有些实施方案中，所述药物组合物包含单克隆抗体，所述单克隆抗体特异性地结合并中和包含图4 (SEQ ID NO:10)的氨基酸23-196（其中用精氨酸置换在氨基酸位置70处的赖氨酸）的多肽，但是不结合包含SEQ ID NO:10的氨基酸23-196（其中赖氨酸存在于氨基酸位置70处）的多肽。在其它实施方案中，所述中和药物组合物包含这样的分子：所述分子抑制IFN-λ3 Arg 70的表达，但是不抑制IFN-λ3 Lys 70的表达。在有些实施方案中，所述分子是反义RNA、siRNA或核酶。

在任一个上述组合物和方法的有些实施方案中，其中对IFN-α治疗敏感的疾病是慢性HCV感染，所述慢性HCV感染是选自下述的HCV基因型的高基线病毒载量感染：基因型1 (G1 HCV)、基因型3 (G3 HCV)或基因型4 (G4 HCV)。

在所有上述的实施方案中，所述IFN-α优选地是聚乙二醇化的IFN-α-2a或聚乙二醇化的IFN-α-2b，且在特别优选的实施方案中，所述IFN-α是PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)或PegIntron® (PEG干扰素α-2b)。

在所有上述的实施方案中，具有对IFN-α治疗敏感的疾病的患者没有对以前的IFN-α治疗适当地做出应答。

在所有上述的实施方案中，可以与对IFN-α治疗的阳性应答的一种或多种其它指标（predictor）的存在联合地使用IFN-α应答标记的阳性测试，以鉴别可能对初始的或连续的IFN-α治疗做出应答的患者。

在另一个实施方案中，本发明提供了用于评估具有慢性HCV基因型1感染的患者会对聚乙二醇化的IFN-α-2和利巴韦林的联合治疗做出持续病毒应答的概率的方法。所述方法包括：得到患者的应答的遗传和临床应答指标集合，将得到的指标输入计算机中，所述计算机对输入的指标运行逻辑回归模型，以计算评估的概率，并将评估的概率传递给患者或患者的医师，其中所述患者自己鉴别为非裔美国人或高加索人，其中所述遗传和临床应答指标集合由下述指标组成：患者在rs12979860 多态位点处的基因型、患者的基线HCV病毒载量、患者自己鉴别的种族和患者的基线纤维化的METAVIR评分，其中所述逻辑回归模型是

，其中

P: 实现SVR的概率；

G: rs12979860 基因型: TT=0, CT=1, CC=2；

V: 基线病毒载量 : ≥ 600,000 IU/mL =0, <600,000 IU/mL=1；

E: 种族: 非洲世系 =0, 高加索人 =1；且

F: 基线纤维化: METAVIR F3-4 = 0, F0-2 =1。

在另一个实施方案中，本发明提供了治疗诊断出急性HCV感染的个体的方法。所述方法包括：获得所述个体关于rs12979860 PS的基因型，并基于得到的基因型做出治疗决定。如果所述基因型是纯合的T，则所述治疗决定是，对患者开始抗病毒治疗。如果所述基因型是杂合的C或纯合的C，则所述治疗决定是，在所述个体被诊断出慢性HCV感染之前，拒绝抗病毒治疗。

附图说明

图1 解释了在用聚乙二醇化的干扰素α-2/利巴韦林联合治疗的、HCV基因型1慢性感染的高加索人、非裔美国人和西班牙患者的混合组中，持续病毒应答(SVR)的重要决定因素的单-标记基因型趋势检验的结果。上图和中间图分别显示了来自基因组范围和染色体19分析的所有基因分型的SNP (Y-轴)的p值，红色垂直线指示表现出与SVR的基因组范围的显著关联的SNP，红色箭头指示rs12979860 SNP。下图显示了用垂直条标识的已知基因在染色体19上的位置，其中有几个基因用名称标识，IL-28B基因的位置用蓝色箭头指示。其它细节参见实施例。

图2 解释了在用PEG干扰素α/利巴韦林联合治疗的、HCV基因型1慢性感染的不同患者组中，在rs12979860 多态位点处的基因型(T/T、T/C或C/C) (Y–轴)与实现SVR的具有每个基因型的患者的百分比(X-轴和饼形图)之间的关联。其它细节参见实施例。

图3 解释了不同种族组中的持续病毒应答(SVR)率和rs12979860 C等位基因频率，其中高加索人（Caucasions）、拉丁裔美国人（Hispanics）和非裔美国人（Afican Americans）的SVR率取自本文的实施例中所述的2个临床研究，东亚人的SVR率取自Liu, C.H. 等人, Pegylated interferon-alpha-2a plus ribavirin for treatment-naive Asian patients with hepatitis C virus genotype 1 infection: a multicenter, randomized controlled trial（聚乙二醇化的干扰素-α-2a +利巴韦林用于治疗具有丙型肝炎病毒基因型1感染的原初亚洲患者：多中心随机化的对照试验）.Clin Infect Dis47, 1260-9 (2008)。其它细节参见实施例。

图4 解释了人前体白介素 28B(IFN-λ 3)的参照氨基酸序列: 196氨基酸 NCBI 参照序列 NP_742151.2, GI:28144901 (SEQ ID NO:10)，其中预测的信号肽标有下划线，用在参照序列中的粗体字母指示于2009年6月15日在NCBI SNP 数据库中报道的变体氨基酸位置的定位，用在变体氨基酸位置下面的粗体字母指示变体等位基因的身份。

图5 解释了当在293 T细胞中作为myc-标记的构建体来表达时，IFN-λ3 Arg70同种型与IFN-λ3 Lys70同种型相比减少的分泌，图5A显示了在用指示的表达构建体转染以后48小时时，在上清液中存在的总蛋白的考马斯染色的凝胶，图5B显示了用抗-myc抗体探测的重复凝胶的蛋白印迹。

具体实施方式

I. 定义。

为了更容易理解本发明，下面特别地定义了某些技术和科学术语。除非在本文件的别处明确地定义，当用在本文使用的类似上下文中时，在本文中使用的所有其它技术和科学术语具有本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义。

本文（包括所附的权利要求书）使用的单数形式的词语诸如“一个”、“一种”和“所述”包括它们的对应的复数所指，除非上下文另外清楚地指明。

当用于修饰数值上确定的参数（例如，本文讨论的治疗剂的剂量，或治疗时间的长度）时，“约”是指，该参数可以在关于该参数所述的数值之上或之下变动多达10%。例如，在HCV患者的治疗中使用的PegIntron® (PEG干扰素α-2b)的约1.5 μg/kg剂量，可以在1.30 μg/kg至1.65 μg/kg之间变化。

“等位基因”是基因或其它遗传基因座的特定形式，其与它的特定核苷酸序列的其它形式相区别，术语等位基因也包括在多态位点处存在的替代性的多态性(例如，SNP)之一。

“有益结果”是指，IFN-α治疗的希望的临床结果，包括但不限于：一种或多种疾病症状的减轻、疾病程度的减轻(例如，病毒载量的减小)、疾病的稳定化(即，未恶化)状态、疾病进展减慢、疾病状态的改善或缓解、延长的存活(与如果不治疗时的预期存活相比)、无复发存活、缓解(部分地或完全地)和治愈(即，消除疾病)。

在本说明书和权利要求书中使用的“基本上由……组成”和变体表示，包括任意列举的要素或要素集合，且任选地包括具有与所列举的要素类似或不同的性质的其它要素，所述其它要素不会实质地改变指定的剂量方案、方法或组合物的基础的或新颖的性质。

“个体”或“动物”或“患者”或“哺乳动物”是指，需要或可能受益于任一种要求保护的组合物和方法的任意受试者、尤其是哺乳动物受试者。在优选的实施方案中，所述个体是人。在更优选的实施方案中，所述个体是成年人，即，至少18岁。

“IFN-α应答”是指，IFN-α治疗的希望的临床结果，包括但不限于：一种或多种疾病症状的减轻、疾病程度的减轻、疾病的稳定化(即，未恶化)状态、疾病进展减慢、疾病状态的改善或缓解、延长的存活(与如果不治疗时的预期存活相比)、无复发存活、缓解(部分地或完全地)和治愈(即，消除疾病)。

“原初IFN-α治疗”是指，要根据本文所述的任一个实施方案治疗或测试的个体或患者以前没有用任何IFN-α（包括任何实验性的或经批准的IFN-α药物产品）进行治疗。

“干扰素-λ 3”或“IFN-λ3” 是指包含SEQ ID NO:10的氨基酸23-196(图4中的连续氨基酸)的多肽，且包括SEQ ID NO:10的天然存在的等位基因变体，其中在图4所示的一个或多个变体位置处的参照氨基酸被变体氨基酸置换。IFN-λ3 Lys70 多肽是具有在氨基酸位置70处的赖氨酸的IFN-λ3同种型（图3），IFN-λ3 Arg70 多肽是具有在氨基酸位置70处的精氨酸的IFN-λ3同种型（图4）。在本文所述的治疗组合物和方法的上下文中，术语“IFN-λ3 Lys70 多肽”包括其衍生物，其中氨基酸主链与其它分子共价地连接，以提供一种或多种希望的性质，诸如更长的体内半衰期或减少的免疫原性。在本发明中有用的IFN-λ3 Lys70 多肽衍生物的非限制性实例是：糖基化的衍生物、聚乙二醇化的衍生物以及IFN-λ3 Lys70 多肽和非-干扰素蛋白（诸如人血清白蛋白或IgG）之间的融合体。在本文所述的治疗组合物和方法的上下文中，术语“IFN-λ3 Lys70 多肽” 也包括半胱氨酸突变体，其中SEQ ID NO:10的7个半胱氨酸残基中的一个或多个被另一种氨基酸替换，以便利如在美国专利号7,517,961中所述的、具有单个二硫键模式的IFN-λ3 Lys70 组合物的重组生产。优选的半胱氨酸突变体包括，用丝氨酸、丙氨酸、苏氨酸、缬氨酸或天冬酰胺替换SEQ ID NO:10的第2个或第3个Cys残基。

“IFN-λ3 Lys70药物组合物”是指药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂和下述的任一种：(1) IFN-λ3 Lys70 多肽，或(2) 表达载体，其包含与启动子序列可操作地连接的编码IFN-λ3 Lys70 多肽的核苷酸序列，所述启动子序列能够驱动IFN-λ3 Lys70 多肽在至少一种人组织中的表达。在优选的实施方案中，所述人组织是肝。

“分离的”通常用于反映诸如RNA、DNA、寡核苷酸或蛋白等生物分子的纯化状态，且在这样的上下文中，是指所述分子基本上不含有其它生物分子（诸如核酸、蛋白、脂类、碳水化合物）或其它物质（诸如细胞碎片和生长培养基）。通常，术语“分离的”无意表示完全不存在其它生物分子或物质，或不存在水、缓冲液或盐，除非它们以实质上影响本发明的方法的量存在。

“基因座”表示与基因相对应的染色体或DNA 分子的位置，诸如多态位点等物理特征，或与表型特征有关的位置。

“核苷酸对”是在来自个体的染色体的2个拷贝上的多态位点处发现的2个核苷酸 (它们可以是相同的或不同的)的集合。

“寡核苷酸”表示这样的核酸：所述核酸的长度经常是5至100个连续碱基，最常见地，长度是10-50、10-40、10-30、10-25、10-20、15-50、15-40、15-30、15-25、15-20、20-50、20-40、20-30或20-25个连续碱基。寡核苷酸的序列可以设计成与基因座的任一个等位基因形式特异性地杂交；这样的寡核苷酸被称作等位基因-特异性的探针。如果所述基因座是包含SNP的PS，该SNP的互补等位基因可以存在于等位基因-特异性的探针内的任意位置处。可用于实践本发明的其它寡核苷酸会与邻近PS的靶区域特异性地杂交，它们的3'端与PS相距1个核苷酸至少于或等于约10个核苷酸，优选约5个核苷酸。这样的在邻近处与PS杂交的寡核苷酸可用于聚合酶-介导的引物延伸方法中，且在本文中称作 “引物-延伸寡核苷酸”。在一个优选的实施方案中，引物-延伸寡核苷酸的3-端是脱氧核苷酸，所述脱氧核苷酸与在PS邻近处紧邻的核苷酸互补。

“肠胃外给药”是指静脉内的、皮下的或肌肉内的注射。

“药学上可接受的”表示这样的分子实体和组合物：当施用给人时，其被“公认为安全的”，例如，其是生理上可耐受的，且通常不会产生变应性的或类似的不良反应，诸如胃不适等。在另一个实施方案中，该术语表示这样的分子实体和组合物：其被联邦政府或州政府的管理机构批准，或列在美国药典或另一种公认的用于动物（更具体地，人）的药典中。

“多态位点”或“PS”表示遗传基因座或基因中存在多态性的位置，所述多态性例如，单核苷酸多态性(SNP)、限制性片断长度多态性 (RFLP)、变数串联重复序列 (VNTR)、二核苷酸重复序列、三核苷酸重复序列、四核苷酸重复序列、简单序列重复序列、插入元件诸如Alu以及一个或多个核苷酸的缺失或插入)。在目标种群中，通常在PS之前和之后存在高度保守的序列，因而通常参照包括PS在内的30-60个核苷酸的共有核酸序列来确定PS的位置，在SNP的情况下，所述序列通常称作“SNP背景序列”。通过它在共有序列或参照序列中相对于用于蛋白翻译的起始密码子(ATG)的位置，也可以鉴别PS的位置。技术人员会理解，在目标种群内的每个个体中，特定PS的位置可能不精确地存在于与在参照序列或背景序列中相同的位置，这是由于与共有序列或参照序列相比，在所述个体中存在一个或多个插入或缺失。此外，当给技术人员提供了在要检测的PS处的替代性等位基因与其中存在PS的参照序列或背景序列之一或二者的身份时，设计用于检测在任意特定个体的多态位点处的替代性等位基因的稳健的、特异性的和准确的试验，对于技术人员而言是常规的。因而，技术人员会理解，参考参照序列或背景序列中的特定位置(或参考这样的序列中的起始密码子)来指定本文所述的任意PS的位置，仅仅是为了方便，还会理解，任意特别地列举的核苷酸位置完全（literally）包括任意的核苷酸位置，只要相同的PS实际上位于任意个体的相同基因座中，所述个体使用本文所述的任一种基因分型方法或本领域众所周知的其它基因分型方法，测试本发明的遗传标记的存在与否。

“治疗”是指，将治疗剂（诸如含有本文所述的任一种干扰素α蛋白的组合物）从内部或从外部施用给需要所述治疗剂的个体。需要试剂的个体包括：已经被诊断为具有对所述试剂的治疗敏感的病症或障碍或处于发展所述病症或障碍的风险中的个体，以及当使用第一种治疗剂进行治疗时具有一种或多种不良作用（其易于用第二种治疗剂减轻）或处于发展所述不良作用的风险中的个体。通常，以治疗有效量施用治疗剂，所述治疗有效量是指有效地产生一种或多种有益结果的量。特定试剂的治疗有效量可以随下述因素变化：诸如疾病状态、要治疗的患者的年龄和体重、患者对治疗剂的敏感性（例如，做出应答的能力）。通过医师或其它熟练的保健人员常用的任意临床测量，可以评估是否已经实现有益结果或临床结果，以评估被靶向的疾病、症状或不良作用的存在、严重性或进展状态。通常，治疗有效量的试剂会导致有关的临床测量结果相对于基线状态或相对于如果不治疗时的预期状态改善了至少5%、通常至少10%、更常见地至少20%、最常见地至少30%、优选至少40%、更优选至少50%、最优选至少60%、理想地至少70%、更理想地至少80%和最理想地至少90%。尽管本发明的一个实施方案(例如，治疗方法或制品)可能不会在每位患者中实现希望的临床益处或结果，它会在统计上显著的数目的患者中实现，这通过本领域已知的任意统计检验来测定，诸如Student氏t-检验、chi²-检验、根据Mann和Whitney的U-检验、Kruskal-Wallis检验 (H-检验)、Jonckheere-Terpstra-检验和Wilcoxon-检验。

在治疗慢性HCV感染的上下文中，“病毒载量”是指患者血清中HCV RNA的量(在本领域和本文中也称作血清HCV RNA和HCV病毒载量)。优选地，使用定量RT-PCR试验，测量病毒载量，所述定量RT-PCR试验例如，在本文的实施例部分中所述的试验，或采用不同的方法学、但是本领域普遍认为会提供等效的或类似的结果的任意其它试验。更优选地，用于测量个体的HCV病毒载量的RT-PCR试验具有约29 国际单位/mL (IU/ mL)或更低的定量下限(LLQ)。在基线时和在抗病毒治疗过程中的不同时间点定量患者的HCV病毒载量，可用于分类患者是否具有本文定义的高基线病毒载量，并将患者分配给病毒应答表型，包括本文所述的任一种病毒应答表型。

“基线病毒载量”是指，在开始一种或多种抗病毒剂治疗之前的血清HCV RNA 水平。“高基线病毒载量”是指这样的HCV RNA量：本领域普遍理解，该量会分类患者为难以治疗慢性HCV病毒感染。在间接的聚乙二醇化的干扰素α/利巴韦林治疗的背景下，已经用于分类患者为难以治疗的2个基线病毒载量值是>600,000 IU/ml和>800,000 IU/ml。最近，用于分类患者为难以治疗的病毒载量是>400,000 IU/ml。

“不可检测的HCV RNA”是指，使用具有约10 IU/ml或更低的检测下限 (LLD)的RT-PCR试验，或采用不同的方法学、但是本领域普遍认为会提供等效的或类似的灵敏度的任意其它试验，不可检测出的HCV RNA。

在治疗慢性HCV感染的背景下，“病毒应答”是指，在开始抗病毒治疗以后，血清HCV RNA的水平的降低。

在有些实施方案中，所述抗病毒治疗包括干扰素α。在其它实施方案中，所述治疗包括干扰素α和一种或多种额外的抗病毒剂。包括干扰素α的联合治疗在本领域中经常称作基于干扰素-α的治疗。在其它实施方案中，要测量的病毒应答是对不包括干扰素α的抗病毒治疗的应答。优选的病毒应答表型是快速的病毒应答(RVR)、早期的病毒应答(EVR)、治疗结束应答 (ETR)、持续病毒应答(SVR)、缓慢应答、空应答、无应答(NR)和复发。下面描述了用于评估这些应答表型的定义和时间点。在有些实施方案中，所述HCV治疗包括：间接的抗病毒治疗的引入期，诸如聚乙二醇化的干扰素α/利巴韦林联合治疗，继之以“直接的抗病毒治疗”，其在本文中用于表示，所述治疗包括施用至少一种直接的抗病毒剂，诸如HCV蛋白酶抑制剂，其任选地与一种或多种间接的抗病毒剂（诸如聚乙二醇化的干扰素和利巴韦林）相组合。在这样的多阶段治疗方案中，下述的病毒应答时间点不会包括引入治疗期；相反，它们表示直接的抗病毒治疗的治疗长度。

在间接的抗病毒联合治疗（例如，包括聚乙二醇化的干扰素-α和利巴韦林）的背景下，“快速的病毒应答”或“RVR”是指在4周治疗结束时不可检测的血清HCV RNA。

“早期的病毒应答”或“EVR”是指，在12周抗病毒治疗结束时，血清HCV RNA减小≥ 2 log，“完全的EVR”是指，在12周抗病毒治疗结束时，不可检测的血清HCV RNA。

“治疗结束应答”或“ETR”是指，在抗病毒治疗结束时，优选地在本文所述的任意治疗方案结束时，或在管理机构批准的处方信息中所推荐的任意治疗方案结束时，不可检测的血清HCV RNA。ETR 时间点的非限制性实例是12、16、24、36和48周。

“持续病毒应答”或“SVR”是指，在抗病毒治疗结束时，和在抗病毒治疗结束以后最多24周时，不可检测的血清HCV RNA。在有些实施方案中，在抗病毒治疗结束以后12周时，测量SVR。Steven L. Flamm博士在Journal of the American Medical Association, Vol. 289, No. 18,第2413-2417页 (2003)中也描述了SVR。

在聚乙二醇化的干扰素α/利巴韦林联合治疗的背景下，“缓慢应答” 是指，在12周抗病毒治疗结束时，血清HCV RNA减少≥ 2 log，但是仍然可检测出，以及在24周抗病毒治疗结束时不可检测的血清HCV RNA。

“空应答” 分别是指，在4周抗病毒治疗结束时，血清HCV RNA减少< 1 log，和/或在12周抗病毒治疗结束时，血清HCV RNA减少< 2 log。

“无应答”或“NR”是指，在最小12周抗病毒治疗过程中，存在可检测的HCV RNA。如果在4周抗病毒治疗结束时和在12周抗病毒治疗结束时血清HCV RNA是可检测的，通常指示无应答表型。

“复发”是指，在治疗结束应答(ETR)以后的任意时间，包括但不限于在ETR以后12周或24周，存在可检测的HCV RNA。

II. 本发明的 IFN- α应答标记的实用性

本文所述的应答标记的表型效应支持这些标记在多种商业用途中的应用，所述商业用途包括但不限于：研究中的或以前批准的干扰素α 药物在以这些标记中的一种或多种存在与否为基础选择的患者中的临床试验，用于治疗具有这些应答标记中的至少一种的患者的、包含干扰素α的药物组合物和药物产品，诊断方法，和遗传药理学治疗方法，它们包括：基于患者是否具有这些标记中的一种或多种，定制患者的药物疗法。

本文要求保护的任一种商业用途的实用性不要求，在100%的接受干扰素α的个体中观察到本发明遗传标记的存在与希望的对干扰素α 的应答的出现之间的关联；也不要求，诊断方法或试剂盒在测定应答标记在每个个体中的存在与否时具有特定程度的特异性或灵敏度，也不要求，本文要求保护的诊断方法在针对每个个体预测所述个体是否可能具有对干扰素α的有益应答时具有100%准确度。因而，发明人在此意指，术语“测定”、“测量”和“预测”不应当解释为要求明确的或确定的结果；相反，这些术语应当解释为表示，要求保护的方法会为大多数个体提供准确的结果，或任意特定个体的结果或预测更可能是正确的而不是错误的。

优选地，由本发明的诊断方法提供的结果的准确度是这样的：熟练的技术人员或管理当局会认为它适合所述方法用于的特定用途。类似地，要求保护的药物产品和治疗方法的实用性不要求，它们在每个个体中产生要求保护的或希望的效果；仅要求，当临床从业人员应用他/她的与所有可适用的标准相一致的职业判断时，会确定，根据要求保护的方法或使用要求保护的药物产品治疗特定个体时实现要求保护的作用的机会足够高，以确保开出所述治疗或药物产品的处方。

A. 测试本发明的 IFN- α应答标记

通过本领域常用的多种基因分型技术中的任一种，可以检测IFN-α应答标记存在与否。通常，这样的基因分型技术采用一种或多种与含有目标PS或邻近目标PS的区域互补的寡核苷酸。通常基于PS的背景序列，设计用于基因分型特定目标PS的寡核苷酸的序列。

在表1中鉴别出的任一个多态位点在特定个体中的位置，是在与目标PS的位置相对应的位置处，所述目标PS在围绕目标PS的参照编码或基因组DNA序列中，或在下面表2中所述的背景序列之一或它们的互补序列中。可用于设计寡核苷酸以基因分型表1的PS的更长的背景序列是在截止于2009年5月19日的NCBI SNP 数据库中列出的背景序列。IFN-λ3的参照编码和氨基酸序列是在2009年5月19日的NCBI核苷酸数据库中的GenBank 登记号AY129149 (Y129149.1版, GI:25527104)所示的那些。

表2: 与IFN-α应答有关的SNP的背景序列

¹在2009年5月20日的NCBI SNP 数据库中报道的背景序列；

Y表示C或T，S表示G或C，R表示G或A，K= G或T，M= A或C。

如技术人员所认识到的，含有特定PS的核酸样品可以是互补的双链分子，因而提及的有义链上的特定位点也表示在互补反义链上的对应位点。类似地，提及的在染色体的一条链的两个拷贝上的PS所得到的特定基因型，与在另一条链的两个拷贝上的相同PS所得到的互补基因型等效。因而，在IL28B基因的编码链上的rs8103142 PS的A/A基因型与在非编码链上的PS的T/T基因型等效。

本文列举的背景序列以及它们的互补序列可以用于设计探针和引物，所述探针和引物用于在从人目标受试者得到的核酸样品中基因分型表1的多态位点，其中使用本领域众所周知的多种方法中的任一种，所述方法允许测定所述个体就在表1中鉴别出的更好的应答等位基因而言是杂合的或纯合的。在这样的方法中使用的核酸分子通常包括RNA、基因组DNA、或源自RNA的cDNA。

通常，基因分型方法包括：测定从生物样品制备出的核酸样品，所述生物样品从个体得到，以测定在一个或多个目标多态位点处存在的核苷酸或核苷酸对的身份。核酸样品可以从基本上任意的生物样品制备。例如，方便的样品包括全血 血清、精液、唾液、眼泪、粪便物、尿、汗液、口腔物、皮肤和毛发。体细胞是优选的，因为它们允许测定在目标PS处存在的两个等位基因的身份。

使用本领域技术人员已知的任意技术，可以制备用于分析的核酸样品。优选地，这样的技术会导致基因组DNA的分离，所述基因组DNA对于测定核酸分子中的希望的多态位点的基因型而言是足够纯的。为了增强测定的灵敏度和特异性，经常希望从核酸样品扩增要基因分型的含有PS的靶区域。核酸分离和扩增技术可以参见：例如，Sambrook, 等人, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (2001)。

本领域技术人员已知的的任意扩增技术，可以用于实践本发明，包括，但不限于聚合酶链式反应(PCR)技术。使用本领域技术人员已知的材料和方法，可以实现PCR (一般参见PCR Technology: Princzals and Applications for DNA Amplification (H. A. Erlich编, Freeman Press, NY, N.Y., 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, 等人编, Academic Press, San Diego, Calif., 1990); Matilla 等人,Nucleic Acids Res.19: 4967 (1991); Eckert 等人, PCR Methods and Applications 1: 17 (1991); PCR (McPherson 等人编, IRL Press, Oxford);和美国专利号4,683,202。其它合适的扩增方法包括：连接酶链式反应 (LCR) (参见Wu和Wallace,Genomics4: 560 (1989)和Landegren 等人,Science241: 1077 (1988))、转录扩增 (Kwoh 等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA86: 1173 (1989))、自主序列复制 (Guatelli 等人,Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87: 1874 (1990)); 等温方法 (Walker 等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-6 (1992));和基于核酸的序列扩增(NASBA)。

测定扩增的靶区域，以确定在靶区域的PS处存在的至少一个等位基因的身份。如果在扩增的靶物中显现基因座的两个等位基因，技术人员会容易地理解，在PS纯合的个体中，在PS处仅可以检测到一个等位基因，而如果个体是PS杂合的，将检测到2个不同的等位基因。

可以直接地鉴别等位基因的身份，称作肯定-型鉴别，或通过推论，称作否定-型鉴别。例如，在已知参照群体中的SNP是鸟嘌呤或胞嘧啶的情况下，可以肯定地将PS确定为鸟嘌呤或胞嘧啶（对于在该位点纯合的个体而言），或鸟嘌呤和胞嘧啶（如果个体在该位点是杂合的）二者。或者，可以否定地将PS确定为不是鸟嘌呤 (且因而是胞嘧啶/胞嘧啶)或不是胞嘧啶(且因而是鸟嘌呤/鸟嘌呤)。

使用本领域技术人员已知的任意技术，可以鉴别在从个体得到的核酸样品中的PS处的等位基因或等位基因对(例如，在SNP的情况下，2个核苷酸)。优选的技术允许，使用最小的样品处理，快速地、准确地测定多个PS。合适的技术的一些实例包括、但不限于：扩增的靶区域的直接DNA测序、毛细管电泳法、等位基因-特异性的探针的杂交、单链构象多态性分析、变性梯度凝胶电泳、温度梯度电泳、错配检测、核酸阵列、引物特异性的延伸、蛋白检测和本领域众所周知的其它技术。参见，例如，Sambrook, 等人, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (2001); Ausubel, 等人, Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley和Sons, New York) (1997); Orita 等人,Proc. Nat. Acad. Sci. USA86, 2766-2770 (1989); Humphries 等人, 见MOLECULAR DIAGNOSIS OF GENETIC DISEASES, Elles, 编,第321-340页, 1996; Wartell 等人,Nucl. Acids Res.18:2699-706 (1990); Hsu 等人 (1994)Carcinogenesis15:1657-1662; Sheffield 等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA86:232-6 (1989); Winter 等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA82:7575 (1985); Myers 等人 (1985)Nature313:495; Rosenbaum和Reissner (1987)Biophys Chem.265:12753; Modrich,Ann. Rev. Genet.25:229-53 (1991); 美国专利号 6,300,063; 美国专利号 5, 837,832; 美国专利号5,459,039;和HuSNP绘图试验、试剂盒和用户手册, Affymetrix Part No. 90094 (Affymetrix, Santa Clara, CA)。

在优选的实施方案中，使用聚合酶-介导的引物延伸方法，测定在PS处的等位基因的身份。几种这样的方法已经描述在专利和科学文献中，包括“遗传命中分析”方法 (WO 92/15712)和连接酶/聚合酶介导的遗传命中分析 (美国专利号5,679,524)。有关的方法公开在WO 9 1/02087、WO 90/09455、WO 95/17676和美国专利号5,302,509和5,945,283中。通过在美国专利号5,605,798中所述的质谱法，可以检测含有多态性补体的延长的引物。

另一种引物延伸方法采用等位基因特异性的PCR (Ruano, G. 等人,Nucl. Acids Res.17:8392 (1989); Ruano, G. 等人, Nucl. Acids Res. 19:6877-82 (1991); WO 93/22456; Turki 等人,J. Gun. Invest.95:1635-41 (1995))。另外，通过使用等位基因-特异性的引物集合同时地扩增多个核酸区域，可以研究多个PS，如在WO 89/10414中所述。

用于鉴别和分析多态性的另一种引物延伸方法利用荧光地标记的引物的单碱基延伸(SBE)，所述引物与添加的碱基的标记和引物的标记之间的荧光共振能转移 (FRET)相偶联。通常，所述方法，诸如Chen 等人,Proc. Nat. Acad. Sci.94:10756-61 (1997)所述的方法，使用在5'端用5-羧基荧光素 (FAM)标记的基因座-特异性的寡核苷酸引物。设计该标记的引物，使得3'末端紧邻目标多态位点。使标记的引物与基因座杂交，并以染料-终止子测序方式，用荧光地标记的二脱氧核糖核苷酸 (ddNTPs)进行标记的引物的单碱基延伸，例外是，不存在脱氧核糖核苷酸。加入的ddNTP的荧光响应于在标记的引物的波长处的激发的增加，被用于推断加入的核苷酸的身份。

一种优选的基因分型试验是来自Applied Biosystems的TaqMan® SNP 基因分型试验，或具有大约相同的可靠性、准确度和特异性的试验。

在所有上述的方法中，通常如下验证用于检测在任意PS处的等位基因的身份的试验的准确度和特异性：对DNA 样品进行该试验，其中在该PS处的等位基因的身份是已知的。优选地，在验证过程中包括代表每个可能的等位基因的样品。对于二倍体基因座，诸如在常染色体和X 染色体上的那些，验证样品通常包括：在PS处的主要等位基因是纯合的样品，在PS处的次要等位基因是纯合的样品，和在该PS处是杂合的样品。当对实验样品 (即，未知在PS处的等位基因的身份的样品)进行测定时，通常也包括这些验证样品作为对照。也可以如下证实试验的特异性：通过对比实验样品的试验结果和使用不同类型的试验得到的相同样品的结果，诸如通过测定认为含有目标PS的扩增的靶区域的序列，并对比测定的序列和本领域接受的背景序列，诸如本文提供的背景序列。

确立正确的基因组位置受到测定必需的背景序列的长度随靶区域中序列的唯一性而变化(例如，可以有一个或多个高度同源的序列位于其它基因组区域中)。使用已知的技术，诸如相对于可公开得到的序列数据库对背景序列进行blast，技术人员可以容易地确定适合任意PS的背景序列的长度。对于扩增的靶区域（其提供第一个特异性水平），检查在已知样品的PS的每侧上的约30至60个碱基的背景序列，通常足以确保该试验设计是对目标PS特异性的。偶然地，验证过的试验可能不会提供实验样品的明确结果。这经常是具有不足纯度或数量的DNA的样品的结果，且通常如下得到明确的结果：通过再纯化或再分离DNA样品，或通过使用不同类型的试验来测定样品。

此外，在执行需要测定特定IFN-α应答标记的存在与否的本文所述的任意方法时，可以如下进行这样的测定：咨询含有足够的关于患者的遗传组成的信息的数据存储库，以确定患者是否具有目标标记。优选地，数据存储库会列出在哪个IFN-α应答标记在个体中存在和缺失。数据存储库可以包括个体的患者记录、医疗数据卡、计算机可接近的文件(例如，ASCII平面文件)或可以在其上面存储适当的信息或遗传数据的其它电子的或非电子的介质。本文使用的医疗数据卡是便携式存储装置，诸如磁性数据卡、智能卡（它们具有装载的（on-board）处理单元，且由诸如德国慕尼黑的西门子（Siemens of Munich Germany）等供应商销售）或闪速存储卡。如果数据存储库是计算机可接近的文件，这样的文件可以位于不同的介质上，包括：服务器、客户端、硬盘、CD、DVD、个人数字助理诸如掌上电脑（Palm Pilot）、磁带、zip盘、计算机内部ROM (只读存储器)或因特网或全球网。用于存储计算机可接近的文件的其它介质是本领域技术人员显而易见的。

本发明也预见到，可以如下测试IFN-α应答标记：测定个体是否具有在不同基因座处的等位基因（例如，核苷酸），所述基因座处于与在表1中列出的任一个SNP的更好的应答等位基因的高连锁不平衡 (LD)中。如果在一个基因座处的等位基因之一的存在倾向于预测在其它基因座处的其它等位基因的存在，则称在相同染色体上的不同基因座处的2个特定等位基因是处于连锁不平衡中。这样的变体（其在本文中称作连锁的变体或代理变体）可以是与更好的目标应答等位基因处于高连锁不平衡中的任意类型的变体(例如，SNP、插入或缺失)。

如下容易地鉴别连锁的变体：通过测定表1中的任一个SNP的更好的应答等位基因与候选的连锁的等位基因（其在位于染色体区19q13.13或在染色体19上的别处中的多态位点处）之间的连锁不平衡 (LD)程度。候选连锁变体可以是目前已知多态性的等位基因。使用本领域众所周知的用于发现多态性的任意技术，技术人员可以容易地鉴别其它候选连锁变体。

使用本领域已知的任意连锁不平衡测量，可以测定表1中的更好的应答等位基因与候选连锁变体之间的连锁不平衡程度。使用本领域已知的用于测定任意2个等位基因(例如，在不同PS处的核苷酸之间)是否处于连锁不平衡中的不同技术 (参见，例如，GENETIC DATA ANALYSIS II, Weir, Sineuer Associates, Inc. Publishers, Sunderland, MA 1996)，可以在适当选择的样品中以经验为主地容易地测定基因组区域中的连锁不平衡模式。技术人员可以容易地选择哪种测定LD的方法最适合特定群体样品大小和基因组区域。连锁不平衡的最常用度量之一是r²，它使用Devlin 等人 (Genornics, 29(2):311-22 (1995))所述的公式来计算。r²是在第一个基因座处的等位基因X预测在相同染色体上的第二个基因座处出现等位基因Y的正确性的度量。当预测是正确的时(例如 X当且仅当Y)，该度量仅达到1.0。

优选地，连锁的变体的基因座是在跨表1的任意PS的约100千碱基（更优选约10 kb）的基因组区域中。其它连锁的变体是与更好的应答等位基因的LD具有下述的r²值（在合适的参照群体中测量）的那些变体：至少0.75、更优选至少0.80、甚至更优选至少0.85或至少0.90、更优选至少0.95和最优选1.0。用于该r²测量的参照群体可以是一般群体，使用IFN-α的群体、被诊断出具有IFN-α会显示出效能的特定病症 (诸如慢性HCV感染)的群体、或其成员自己鉴别为属于相同种族组（诸如高加索人、非裔美国人、拉丁裔美国人、拉丁美洲人、美洲土著人等）的群体、或这些类别的任意组合。优选地，参照群体会反映要用IFN-α治疗的患者群体的遗传多样性。

在有些实施方案中，医师通过对诊断测试排序，确定患者是否具有本文所述的IFN-α应答标记，所述诊断测试用于测定患者是否在表1的一个或多个多态位点处具有至少一个更好的应答等位基因。优选地，所述测试测定在该PS处的2个等位基因的身份（即，基因型）。在有些实施方案中，测试实验室会从生物样品 (诸如血液样品或口腔拭子)制备核酸样品，所述生物样品从患者得到。在有些实施方案中，由医师或医师小组的成员或诊断实验室的技术人员，从患者采取血液样品。在有些实施方案中，给患者提供试剂盒，用于从她的口腔内采取口腔拭子，然后患者将它交给医师小组成员，或直接地送至诊断实验室。

在有些实施方案中，所述测试实验室不知道测试其样品的个体的身份；即，在送至实验室之前，以某种方式使实验室接受的样品隐名。例如，所述样品可以仅用编号或一些其它代码(“样品 ID”)来标识，并可以将诊断方法的结果报告给使用样品 ID来排序测试的一方。在优选的实施方案中，仅个体或个体的医师知道个体的身份和个体的样品之间的关联。

在有些实施方案中，在已经得到测试结果以后，测试实验室会制备测试报告，其指示更好的应答等位基因是否存在于基因分型的多态位点处，并优选地指示所述患者就更好的应答等位基因而言是杂合的还是纯合的。在有些实施方案中，所述测试报告是由测试实验室制备的书面文件，并作为硬拷贝或经由电子邮件发送至患者或患者的医师。在其它实施方案中，所述测试报告是由计算机程序产生，并显示在医师办公室内的视频监视器上。测试报告也可以包含测试结果直接地口头传递给患者或患者的医师或医师办公室中的经授权的人员。类似地，测试报告可以包含医师在患者的文件中做出的测试结果的记录。

在一个优选的实施方案中，如果患者就更好的应答等位基因而言是纯合的，则测试报告进一步指示，测试的患者就与IFN-α治疗的可能应答有关的遗传标记而言是阳性的，如果个体就更好的应答等位基因而言是杂合的，或就其它等位基因而言是纯合的，则测试报告进一步指示，测试的患者就与IFN-α治疗的可能应答有关的遗传标记而言是阴性的。在有些实施方案中，所述测试结果会包括实现对IFN-α的有益应答的概率评分，其源自运行模型，所述模型加权考虑了有关的疾病群体中与IFN-α 应答有关的不同的患者参数(例如，年龄、性别、体重、种族、IFN-α的其它遗传药理学标记的测试结果)和疾病参数 (例如，疾病严重性)。分给每个参数的权重是基于，在解释有关的疾病群体中对IFN-α的应答的个体间差异性时，该参数相对于其它参数的贡献。医生可以使用该应答概率评分，作为给患者选择疗法或治疗方案的指导。例如，对于慢性HCV感染，与实现SVR有关的患者参数包括种族，疾病参数包括HCV 基因型、基线病毒载量和纤维化程度。

通常，在开始IFN-α治疗之前，测试个体中IFN-α应答标记的存在，但是预见到，可以在给个体施用第一剂量的IFN-α以后的任意时间，进行这样的测试。例如，治疗医师可能关心患者没有适当地做出应答，并希望测试个体来确定继续的IFN-α治疗是否是正当的。在有些实施方案中，医师可能确定是否需要测试个体的IFN-α应答标记。例如，医师可能考虑是否给患者开出药物产品处方，所述药物产品适合IFN-α应答标记测试阳性的患者。在患者具有可检测的血清HCV RNA且已经接受肝移植的实施方案中，医师可能决定测试来自移植的肝的活组织检查中的IFN-α应答标记，以辅助做出患者的治疗决定。

在治疗任意单个患者中决定如何使用IFN-α应答标记测试结果时，医师也可能考虑其它有关的情况，诸如要治疗的疾病或病症、患者的年龄、体重、性别、遗传背景和种族，包括将这些因素和遗传标记测试结果的组合输入模型中，所述模型帮助引导医师选择疗法和/或含有该疗法的治疗方案。

使用已经为该目的特别设计的试剂盒，可以对表1中的任一种应答标记的存在与否进行检测。在一个实施方案中，本发明的试剂盒包含寡核苷酸集合，其用于鉴别在来自表1的至少一个标记中的PS处的每个等位基因，在优选的实施方案中，所述PS是rs12980275、rs28416813或rs8103142。在另一个实施方案中，所述寡核苷酸集合设计用于鉴别在表1中的2个或更多个PS的任意组合处的等位基因。在一个优选的实施方案中，PS组合至少包含rs28416813 PS和rs8103142 PS。在另一个优选的实施方案中，PS组合包含表1中的每个多态位点。

在有些实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸是等位基因-特异性的探针或等位基因-特异性的引物。在其它实施方案中，所述试剂盒包含引物-延伸寡核苷酸。在其它实施方案中，寡核苷酸集合是等位基因-特异性的探针、等位基因-特异性的引物和引物-延伸寡核苷酸的组合。所述试剂盒可以包含这样的寡核苷酸：其设计用于检测与对干扰素α的应答有关的其它遗传标记的存在。

本发明试剂盒中的寡核苷酸必须能够与多核苷酸靶区域特异性地杂交。本文使用的特异性的杂交是指，在特定杂交条件下，寡核苷酸与靶区域形成反向平行的双链结构，而在相同的杂交条件下，当与所述多核苷酸一起温育时，不会与非靶区域形成这样的结构。在有些实施方案中，所述靶区域含有目标PS，而在其它实施方案中，所述靶区域位于邻近PS的1-10个核苷酸。

试剂盒中的每个寡核苷酸的组成和长度取决于含有PS的基因组区域的性质以及用所述寡核苷酸进行的测试的类型，且可由技术人员容易地确定。

例如，要在测试中使用的多核苷酸可以构成扩增产物，因而需要的寡核苷酸特异性是相对于与扩增产物（而不是从个体分离出的基因组或cDNA）中的靶区域的杂交而言。作为另一个实例，如果试剂盒设计用于同时地基因分型2个或更多个多态位点，则试剂盒中的寡核苷酸（关于每个PS）的解链温度通常是在狭窄范围内，优选地小于约5℃，且更优选地小于约2℃。

在有些实施方案中，试剂盒中的每个寡核苷酸是它的靶区域的完美补体。如果一个分子的每个核苷酸与另一个分子的对应位置处的核苷酸互补，则称寡核苷酸是另一个核酸分子的“完美”或“完全”补体。尽管完美地互补的寡核苷酸对于检测多态性而言是优选的，预见到从完全互补性的偏离，其中这样的偏离不会阻止分子与上面定义的靶区域特异性地杂交。例如，寡核苷酸引物可以在它的5'末端处具有不互补的片段，且引物的剩余部分与靶区域完全互补。或者，不互补的核苷酸可以散布在探针或引物中，只要得到的探针或引物仍然能够与靶区域特异性地杂交。

在有些优选的实施方案中，在严谨的杂交条件下，试剂盒中的每个寡核苷酸会与它的靶区域特异性地杂交。严谨的杂交条件是序列-依赖性的，且随情况而变化。通常，将严谨的条件选择为，比特定序列在确定的离子强度和pH下的热解链点(Tm)低约5℃。Tm是50%的与靶序列互补的探针会与靶序列平衡地杂交时的温度(在确定的离子强度、pH和核酸浓度下)。由于靶序列通常过量存在，在Tm，50%的探针被平衡地占据。

通常，严谨的条件包括：对于短寡核苷酸探针(例如，10-50个核苷酸)而言，至少约0.01-1.0 M钠离子浓度 (或其它盐)的盐浓度，在pH 7.0-8.3，且温度是至少约25℃。通过加入去稳定剂诸如甲酰胺，也可以实现严谨的条件。例如，5xSSPE (750 mM NaCl、50 mM磷酸钠、5 mM EDTA、pH 7.4)和25-30℃温度的条件适合等位基因-特异性的探针杂交。其它严谨的条件可以参见：Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Sambrook 等人, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (1989), 第7、9和11章，以及NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION, A PRACTICAL APPROACH, Haymes 等人, IRL Press, Washington, D.C., 1985。

严谨的杂交条件的一个非限制性实例包括：在4X 氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中在约65-70℃杂交(或者，在4X SSC + 50% 甲酰胺中在约42-50℃杂交)，继之以在1X SSC中在约65-70℃的一次或多次洗涤。高度严谨的杂交条件的一个非限制性实例包括：在1X SSC中在约65-70℃杂交 (或者，在1X SSC + 50% 甲酰胺中在约42-50℃杂交)，继之以在0.3X SSC中在约65-70℃的一次或多次洗涤。降低严谨性的杂交条件的一个非限制性实例包括：在4X SSC中在约50-60℃杂交 (或者，在6X SSC + 50% 甲酰胺中在约40-45℃杂交)，继之以在2X SSC中在约50-60℃的一次或多次洗涤。本发明也意图包括具有在上面列举的值之间的范围（例如，在65-70℃或在42-50℃）的严谨性条件。在杂交和洗涤缓冲液中，可以用SSPE (1xSSPE是0.15M NaC1, 10mM NaH₂PO₄,和1.25mM EDTA, pH 7.4)替换SSC (1X SSC是0.15M NaCl和15mM 柠檬酸钠)；在杂交结束后，每次洗涤进行15分钟。

预测长度小于50碱基对的杂合体的杂交温度应当比杂合体的解链温度 (T_m)低5-10℃，其中Tm根据下述方程来确定。对于长度小于18碱基对的杂合体，T_m(℃) = 2(A + T碱基的数目) + 4(G + C碱基的数目)。对于长度在18至49碱基对之间的杂合体，T_m(℃) = 81.5 + 16.6(log₁₀[Na+]) + 0.41(%G+C)-(600/N)，其中N是杂合体中的碱基数目，[Na+]是杂交缓冲液中钠离子的浓度(1X SSC的[Na+] = 0.165 M)。

本发明试剂盒中的寡核苷酸可以包括核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸和无环的核苷酸衍生物和其它功能上等效的衍生物的任意磷酸化状态。或者，所述寡核苷酸可以具有无磷酸酯的主链，所述主链可以包含诸如羧甲基、乙酰胺化物（acetamidate）、氨基甲酸酯、聚酰胺(肽核酸(PNA))等连接(Varma, 见MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTEChNOLOGY, A COMPREHENSIVE DESK REFERENCE, Meyers编,第6 17-20页, VCH Publishers, Inc., 1995)。使用本领域已知的任意合适的方法，通过化学合成，可以制备寡核苷酸，或者可以从生物样品衍生出寡核苷酸，例如，通过限制酶切消化。根据本领域已知的任意技术，寡核苷酸可以含有可检测的标记，包括使用放射性标记、荧光标记、酶标记、蛋白、半抗原、抗体、序列标签等。试剂盒中的寡核苷酸可以作为分析物特异性的试剂(ASR)来生产和销售，或可以是经批准的诊断装置的构成组分。

在有些实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸集合具有不同的标记，以允许同时测定在2个或更多个多态位点处的等位基因的身份。寡核苷酸也可以包含固定在固体表面上的寡核苷酸的有序阵列，所述固体表面诸如微芯片、二氧化硅珠子(诸如来自加利福尼亚州圣地亚哥Illumina的BeadArray技术)或载玻片 (参见，例如，WO 98/20020和WO 98/20019)。包含这样的固定的寡核苷酸的试剂盒可以设计用于执行多种多态性检测试验，包括但不限于探针杂交和聚合酶延伸试验。

本发明的试剂盒也可以含有其它试剂诸如杂交缓冲液(例如，在将寡核苷酸用作等位基因-特异性的探针的情况下)或三磷酸二脱氧核苷酸 (ddNTPs; 例如，在要通过引物延伸来检测在多态位点处的等位基因的情况下)。为用于聚合酶-介导的基因分型试验中而设计的试剂盒也可以含有为要进行的聚合酶-介导的试验而优化的聚合酶和反应缓冲液。

本发明的试剂盒也可以包括这样的试剂：所述试剂会检测已经发生特异性的杂交或已经发生特异性的聚合酶-介导的延伸的时间。这样的检测试剂可以包括生物素-或荧光-标记的寡核苷酸或ddNTP和/或酶-标记的抗体以及当受酶作用时会产生可检测的信号的一种或多种底物。

技术人员会理解，用于执行测试的寡核苷酸集合和试剂将提供在分开的容器中，所述容器放在试剂盒容器中（如果适当的话），以保持生物或化学活性，并实现在测试中的适当使用。

在其它实施方案中，已经对试剂盒中的每种寡核苷酸和所有其它试剂进行了质量检验，以便在设计用于测定表1中的一个或多个PS的基因型的测试中具有最佳性能。在有些实施方案中，所述试剂盒包括指导手册，其描述了如何使用测得的基因型来指定应答标记在测试的核酸样品中的存在与否。

在有些优选的实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸集合是等位基因-特异性的寡核苷酸。本文使用的术语等位基因-特异性的寡核苷酸 (ASO) 是指这样的寡核苷酸：其在充分严谨的条件下，能够与在含有PS的靶区域处的PS的一个等位基因特异性地杂交，而不与含有不同等位基因的相同区域杂交。如熟练的技术人员所理解的，等位基因-特异性取决于多种可容易地优化的严谨性条件，包括杂交和洗涤步骤中的盐和甲酰胺浓度以及温度。

ASO探针和引物经常使用的杂交和洗涤条件的实例参见：Kogan 等人, “Genetic Prediction of Hemophilia A”，见PCR PROTOCOLS, A GUIDE TO METHODS AND APPLICATIONS, Academic Press, 1990,和Ruaflo 等人, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87:6296-300 (1990)。

通常，ASO会与一个等位基因完美地互补，同时含有与其它等位基因的单个错配。在ASO探针中，在与寡核苷酸探针与靶区域中的多态位点比对时，所述单个错配优选地是在寡核苷酸探针的中央位置内(例如，15聚体中的大约第7个或第8个位置，16聚体中的第8个或第9个位置，和20聚体中的第10个或第11个位置)。ASO引物中的单个错配位于3'末端核苷酸处，或优选地在3'次末端核苷酸处。本发明预见到与编码链或非编码链杂交的ASO探针和引物。

在有些实施方案中，所述试剂盒包括要测定的每个PS的一对等位基因-特异性的寡核苷酸，该对的一个成员对一个等位基因(例如，更好的应答等位基因)是特异性的，另一个成员对其它等位基因是特异性的。在这样的实施方案中，该对中的寡核苷酸可以具有不同的长度，或具有不同的可检测的标记，以允许试剂盒的用户确定测定的PS的基因型。

在其它优选的实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸是引物-延伸寡核苷酸。从这些寡核苷酸中的任一种中选择聚合酶-介导的延伸的终止混合物，以在目标PS处或在此后一个碱基处（取决于在PS处存在的替代核苷酸）终止寡核苷酸的延伸。

在一个实施方案中，所述试剂盒包含一对等位基因特异性的寡核苷酸探针，所述探针用于基因分型表1中的至少一个多态位点。在一个实施方案中，该对中的一个ASO探针包含至少15个核苷酸的核苷酸序列，所述序列与表2所示的背景序列的更好的应答等位基因相同或完美互补，且该对中的另一个ASO探针包含至少15个核苷酸的核苷酸序列，所述序列与表2所示的背景序列的其它等位基因相同或完美互补。在一个优选的实施方案中，所述试剂盒包含这样的ASO探针，所述探针用于基因分型至少一个选自rs8103142和rs8103142的PS。在另一个优选的实施方案中，所述试剂盒包含这样的ASO探针，所述探针用于基因分型这2个PS。在另一个实施方案中，所述试剂盒包含这样的ASO探针，所述探针用于基因分型表1中的每个PS。

B. 药物组合物、药物产品和治疗方案

要在本文所述的任意方法中测试的个体，或要用本文所述的任意产品治疗的个体，是需要干扰素α治疗的人受试者。在有些实施方案中，所述个体已经被诊断出具有干扰素α治疗敏感的疾病，或表现出所述疾病的症状。在其它实施方案中，要使用的干扰素α药物已经被批准用于治疗所述个体已经确诊的适应症。在其它实施方案中，要使用的干扰素α药物没有被批准用于治疗诊断出的疾病或表现出的症状，但是开处方的医师认为该药物可能有助于治疗所述个体。

在本发明的药物组合物、药物产品和方法中使用的IFN-α可以是在人和许多其它物种中表达的IFN-α蛋白的多个亚型中的任一个 (Pestka, S. 等人,Immunol. Reviews202:8-32 (2004); Diaz, M.O., 等人,J. Interferon Cytokine Res16:179-180 (1996)。在优选的实施方案中，所述IFN-α蛋白是重组地生产的蛋白，所述蛋白由下述人IFN-α亚型之一的成熟氨基酸序列组成，或基本上由所述序列组成： IFN-α1、IFN-α2、IFN-α4、IFN-α5、IFN-α6、IFN-α7、IFN-α8、IFN-α10、IFN-α13、IFN-α14、IFN-α16、IFN-α17、IFN-α21 (Bekisz, J. 等人,Growth Factors22(4):243-351 (2004))，以及这些亚型中的任一个的等位基因变体，例如，IFN-α2a、IFN-α2b和IFN-α2c。人IFN-α亚型具有75-99%氨基酸序列同一性和166个氨基酸的成熟序列，但是IFN-α2除外，IFN-α2具有165个氨基酸，这是由于在位置44处的删除 (Bekisz, J., 等人,同上)。预见到用于本发明中的其它重组IFN-α蛋白包括任意共有的IFN-α蛋白，其中已经如下设计氨基酸序列：在每个位置处，选择在不同的天然IFN-α亚型的该位置处最常见的氨基酸。

用于本发明的药物产品和方法中的特别优选的IFN-α 组合物是被政府管理机构批准的干扰素α-2产物，包括下述的任一种：由Hoffmann La-Roche(Nutley N.J. )销售的Roferon®-A (干扰素-α 2A，重组的)及其聚乙二醇化形式，诸如由Hoffmann La-Roche (Nutley N.J. )销售的PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)；由Schering Corporation(Kenilworth, NJ)销售的INTRON® A (干扰素α-2b，重组的)及其聚乙二醇化形式，诸如PegIntron® (PEG干扰素α-2b)；(INFERGEN® (干扰素alfacon-1)，最初由Amgen（Thousand Oaks, CA）开发出的、现在由Three Rivers Pharmaceuticals（Warrendale, PA）销售的共有的IFN-α。预见到用于本发明的其它干扰素包括：干扰素α和非-干扰素蛋白之间的融合体，诸如Human Genome Sciences（Rockville, MD）和Norvartis（Basel, Switzerland）正在开发的Albuferon® (albinterferon α-2b)；Locteron，即研究中的控释干扰素α制剂 (Biolex/OctoPlus)；和Belerofon®，即由Nautilus Biotech工程化的天然α干扰素的单个氨基酸变体。任一种上述的IFN-α 组合物也可以在不同的商标名下销售，诸如VIRAFERONPEG® 聚乙二醇化的干扰素α-2b，它是与PegIntron® 聚乙二醇化的干扰素α-2b相同的组合物。

如下得到PEGASYS® 聚乙二醇化的干扰素α-2a：使一个40 kDa分支的PEG-聚合物经由酰胺键共价地结合到干扰素α-2b 分子的赖氨酸侧链上，参见，例如，Dhalluin, C. 等人,Bioconjugate Chem.16:504-517 (2005)和美国专利号7,201,897。得到的产物是主要6种单聚乙二醇化的位置异构体的混合物 (Dhalluin, C.,同上, Foser, S. 等人,J. Prot. Exp. Purif.30: 78-87 [2003])。PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)及其生物类似物在本文中也称作bPEG40K-干扰素α-2a。

如下得到PegIntron® 聚乙二醇化的干扰素α-2b：在100 mM 磷酸钠、pH 6.5中，使重组干扰素-α 2b与具有12,000 Da平均分子量的碳酸琥珀酰亚胺酯PEG(SC-PEG12k)共价地反应(参见，例如，Grace, M. 等人,J. Interferon Cytokine Res.21:1103-1115 (2001); Wang, Y.S. 等人,Adv. Drug Delivery Rev.54:547-570 (2000);和美国专利号5,951,974)。得到的产物是主要单聚乙二醇化种类的混合物，在所述物质中，PEG12k经由氨基甲酸酯键连接至干扰素α-2b的不同残基上，大多数位置异构体具有在组氨酸 34处的氨基甲酸酯键 (参见，例如，Wang, Y.S. 等人,同上，和美国专利号5,951,974)。PegIntron® 聚乙二醇化的干扰素α-2b及其生物类似物在本文中也称作PEG12k-干扰素α-2b。

预见到用于本发明中的、以前已经批准的或目前面市的其它IFN-α产品包括：Berofor® α 2 (重组干扰素α-2C, Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., Ridgefield, CT)；干扰素α-n1，即天然α 干扰素的纯化的混合物，被称作Surniferon® (Sumitomo, Japan)或Wellferon® 干扰素α-nl (INS), Glaxo-Wellcome Ltd., London, Great Britain；共有的α 干扰素，诸如在美国专利号4,897,471和4,695,623 (具体地，其中的实施例7、8或9)中描述的那些；ALFERON N Injection® [干扰素α-n3 (人白细胞衍生出的)，即可从Hemispherx Biopharma, Inc.（Philadelphia, PA）得到的天然α 干扰素的多种种类的混合物。

在本发明中有用的其它干扰素α-聚合物缀合物，描述在：美国专利号4,766, 106、美国专利号4,917,888、欧洲专利申请号 0 236 987、欧洲专利申请号 0 510 356、0 593 868和0 809 996和国际公开号WO 95/13090中。

也预见到用于本发明中的是，被管理机构批准的任意聚乙二醇化的干扰素α 2a或2b药物组合物，所述批准至少部分地基于对以前呈递给管理当局的临床前数据和/或临床数据的信任，以及对任一种上述的面市的聚乙二醇化的干扰素α产品的批准，即，PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)和PegIntron® (PEG干扰素α-2b)。这样的以后批准的产品可以被管理机构用术语描述，诸如以前批准的产品的同一类、生物等效物、生物类似物或替代物，所述术语可以由管理机构明确地定义，或不定义。

预期用于肠胃外给药的聚乙二醇化的干扰素α的药物组合物可以用在无菌注射用水中的下述物质来配制：合适的缓冲剂（例如，Tris-HCl、乙酸盐或磷酸盐诸如磷酸氢二钠/磷酸二氢钠缓冲剂）和药学上可接受的赋形剂(例如，蔗糖、海藻糖)、载体(例如人血清白蛋白)、毒性剂(例如 NaCI)、防腐剂(例如硫柳汞、甲酚或苯甲醇)和表面活性剂(例如吐温或聚山梨酯)。参见，例如，美国专利号6,180,096和国际专利申请 WO2006/020720。这样的组合物可以作为低压冻干的粉末在2° - 8℃冷藏下储存，并在使用前用无菌水重构。当在2° - 8℃之间储存并在重构后24小时内使用时，这样的重构的水溶液通常是稳定的。参见，例如，美国专利号4,492,537、5,762,923和5,766,582。低压冻干的聚乙二醇化的干扰素制剂可以提供在笔式注射器系统中，所述系统包含：在一个隔室中的含有稀释剂 (即，无菌水)的玻璃药筒，和在一个分开的隔室中的低压冻干的聚乙二醇化的干扰素-α粉末。

聚乙二醇化的干扰素水制剂的实例描述在美国专利号5,762,923中。这样的制剂可以在预填充的多剂量注射器中储存，所述注射器例如可用于递送诸如胰岛素等药物的那些。典型的合适的注射器包括：包含与笔式注射器（诸如可从Novo Nordisk得到的NOVOLET Novo Pen）相连的预填充的管形瓶的系统，以及预填充的笔式注射器（其允许用户容易地进行自己注射）。

本发明也预见到与toll样受体(TLR) 激动剂（被提议用于诱导干扰素应答）相组合的任一种上述干扰素α的应用。例如，正在评价TLR3、TLR7和TLR9的激动剂用于治疗HCV。

根据本发明可以治疗的疾病和病症通常是对IFN-α治疗敏感的那些，即，IFN-α会在具有所述疾病的患者组中实现临床上可测量的有益结果，例如，HCV-感染的患者中病毒载量的减小。对IFN-α治疗敏感的示例性的疾病和病症包括、但不限于：由细胞增殖障碍（尤其是病毒感染）造成的疾病，和癌症。优选地，所述疾病是管理机构（诸如美国食品和药品管理局）已经批准使用IFN-α的疾病。

病毒感染包括甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、丁型肝炎、其它非甲型/非乙型肝炎、疱疹病毒、非洲淋巴细胞瘤病毒 (EBV)、巨细胞病毒 (CMV)、单纯疱疹、人疱疹病毒6型、乳头状瘤、痘病毒、微小核糖核酸病毒、腺病毒、鼻病毒、人T淋巴营养性病毒1和2型、人轮状病毒、狂犬病病毒、包括人免疫缺陷病毒 (HIV)在内的逆转录病毒、脑炎和呼吸道病毒感染。在优选的实施方案中，所述病毒感染是HCV或HBV。在一个特别优选的实施方案中，所述病毒感染是慢性HCV感染。

在优选的实施方案中，与被管理当局批准用于慢性HBV或慢性HCV适应症的任意IFN-α单一疗法或联合疗法治疗方案相结合地使用本发明的IFN-α应答标记，且在特别优选的实施方案中，与在Roferon®-A (干扰素-α 2A，重组的)、PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)、INTRON® A (干扰素α-2b，重组的)和PegIntron® (PEG干扰素α-2b)产品的包装说明书中关于慢性丙型肝炎所描述的任意定量给药和治疗方案相结合。对于慢性HCV感染而言，被批准的联合治疗方案通常施用利巴韦林（一种核苷类似物）以及IFN-α蛋白。对于PegIntron® (PEG干扰素α-2b)产品，这样的被批准的联合方案推荐治疗24周（对于HCV基因型2或3慢性感染的患者）和多达48周（对于HCV基因型1慢性感染的患者），其中24周疗法在欧洲被批准用于具有基因型1感染的患者子集，以及在治疗第4周时是HCV-RNA阴性的且在治疗第24周时仍然是HCV-RNA阴性的低病毒载量(<600,000)患者。

在其它实施方案中，与病毒应答检测相结合地使用IFN-α应答标记，以确定对于HCV基因型1感染的患者而言适当的干扰素α/利巴韦林联合疗法的治疗持续时间。纯合的IFN-α应答标记测试阳性的、且在治疗第4和12周时分别具有不可检测的HCV-RNA的患者，将是12-36周之间的治疗持续时间（例如，12、18、24、30或36周）的候选人。在有些优选的实施方案中，对于被高基线病毒载量的基因型1 HCV慢性感染的原初治疗患者（其是纯合的IFN-α应答标记测试阳性的，且在治疗第4和12周时分别具有不可检测的HCV-RNA），选择的治疗持续时间是24周。在特别优选的实施方案中，干扰素α是聚乙二醇化的干扰素α-2a或2-b，或者白蛋白-干扰素α-2a或-2b 融合蛋白。

也预见到包括除了利巴韦林以外的核苷类似物的、基于IFN-α的联合方案用于治疗IFN-α应答标记测试阳性的个体中的HCV感染。这样的核苷类似物的实例包括：利巴韦林衍生物诸如Valeant Pharmaceuticals International (Aliso Viejo, CA) 正在开发的taribavirin (也称作viramidine和ICN 3142)，和在美国专利号6,403,564和6,924,270中所述的化合物。

本发明的IFN-α应答标记也可以用于选择被HCV慢性感染的患者，所述患者可能从下述治疗获得最大益处：与一种或多种额外的抗病毒剂相组合的基于IFN-α的治疗 (有或没有利巴韦林)。可用于这样的联合治疗方案中的抗病毒剂的非限制性实例包括：HCV蛋白酶抑制剂、NS3蛋白酶抑制剂、HCV 聚合酶抑制剂、HCV NS5A 抑制剂、IRES 抑制剂、NS4B 抑制剂、HCV 解螺旋酶抑制剂、HCV进入抑制剂、HCV 病毒体生产抑制剂和其它干扰素。

在一个实施方案中，所述抗病毒剂是HCV蛋白酶抑制剂。

可用于这样的联合方案中的HCV蛋白酶抑制剂，描述在：公开的国际申请号WO2009/038663、WO 2007/092616和WO 2002/18369和公开的美国专利申请2007/0042968中。

可用于本发明的方法和联合治疗中的其它HCV蛋白酶抑制剂包括：boceprevir (SCH503034)和SCH 900518 (Schering-Plough); telaprevir (VX-950)、VX-500和VX-813 (Vertex Pharmaceuticals); MK-7009 (Merck);和ITMN-191 (R7227) (Intermune和Roche); TMC-435 (Medivir/Tibotec); MK-7009 (Merck); GS-9132 和ACH-1095 (Gilead/Achillon); PHX1766 (Phenomix); ABT-450 HCV (Abbott/Enanta Pharmaceuticals);和BILN 2061和BI 201335 (Boehringer Ingelheim)。

可用于本发明的方法和联合治疗中的HCV蛋白酶抑制剂的其它实例包括在下述文献中公开的那些：Landro等人,Biochemistry,36(31):9340-9348 (1997); Ingallinella等人,Biochemistry,37(25):8906-8914 (1998); Llinàs-Brunet等人,Bioorg Med Chem Lett, 8(13):1713-1718 (1998); Martin等人,Biochemistry,37(33):11459-11468 (1998); Dimasi等人,J Virol,71(10):7461-7469 (1997); Martin等人,Protein Eng,10(5):607-614 (1997); Elzouki等人,J Hepat,27(1):42-48 (1997);BioWorld Today,9(217):4 (1998年11月 10日); 美国专利公开号US2005/0249702和US 2007/0274951;和国际公开号WO 98/14181、WO 98/17679、WO 98/17679、WO 98/22496和WO 99/07734和WO 05/087731。

可用于本发明的组合物和方法中的HCV蛋白酶抑制剂的其它实例包括、但不限于下述化合物：

。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是NS3蛋白酶抑制剂。可用于本发明的方法和联合治疗中的NS3 丝氨酸蛋白酶抑制剂包括、但不限于在下述文献中公开的那些：美国专利号7,494,988、7,485,625、7,449,447、7,442,695、7,425,576、7,342,041、7,253,160、7,244,721、7,205,330、7,192,957、7,186,747、7,173,057、7,169,760、7,012,066、6,914,122、6,911,428、6,894,072、6,846,802、6,838,475、6,800,434、6,767,991、5,017,380、4,933,443、4,812,561和4,634,697；美国专利公开号US20020068702、US20020160962、US20050119168、US20050176648、US20050209164、US20050249702和US20070042968；和国际公开号WO 03/006490、WO 03/087092、WO 04/092161和WO 08/124148。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是HCV 聚合酶抑制剂。可用于本发明的方法和联合治疗中的HCV 聚合酶抑制剂包括、但不限于：VP-19744 (Wyeth/ViroPharma)、PSI-7851 (Pharmasset)、R7128 (Roche/Pharmasset)、PF-00868554 (Pfizer)、VCH-759和VCH-916 (ViroChem/Vertex)、HCV-796 (Wyeth/ViroPharma)、IDX184 (Idenix)、NM-283 (Idenix/Novartis)、R-1626 (Roche)、MK-0608 (Isis/Merck)、GS 9190 (Gilead)、ABT-333 (Abbott)、A-848837和A-837093 (Abbott)、GSK-71185 (Glaxo SmithKline)、ANA598 (Anadys)、GSK-625433 (Glaxo SmithKline)、XTL-2125 (XTL Biopharmaceuticals)以及在下述文献中公开的那些：Ni等人,Current Opinion in Current Opinion in Drug Discovery and Development,7(4):446 (2004); Tan等人,Nature Reviews,1:867 (2002);和Beaulieu等人,Current Opinion in Investigational Drugs,5:838 (2004)和国际公开号WO 08/082484、WO 08/082488、WO 08/083351、WO 08/136815、WO 09/032116、WO 09/032123、WO 09/032124和WO 09/032125。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是 HCV NS5A 抑制剂。可用于本发明的方法和联合治疗中的HCV NS5A 抑制剂的非限制性实例是AZD2836 (A-831)和AZD7295 (A-689) (Arrow Therapeutics);和BMS-790052 (Bristol-Myers Squibb)。

在一个实施方案中，所述抗病毒剂是 NS4B 抑制剂，诸如盐酸克立咪唑和克立咪唑的其它盐。

在一个实施方案中，所述抗病毒剂是HCV复制酶抑制剂，包括在美国专利公开号US20090081636中公开的那些。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是 HCV 解螺旋酶抑制剂，诸如三甲沙林。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是 HCV进入抑制剂，包括但不限于 ITX5061和ITX4520 (iTherx))、PRO 206 (Progenics)和西戈斯韦 (MX-3253)、MIGENIX。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是 RNAi 化合物，例如，TT-033 (Tacere Therapeutics, Inc., San Jose, CA)。

在另一个实施方案中，所述抗病毒剂是其它的1型干扰素(例如，IFN-β或IFN-ω)、II型干扰素(例如，IFN-γ或III型干扰素(例如，Il-28或Il-29)。

预见到用于本发明的方法和联合治疗中的III型干扰素的实例包括、但不限于：PEG-IFN λ (ZymoGenetics/Brisol Myers Squibb)。

预见到用于本发明的方法和联合治疗中的其它另外的抗病毒剂的实例包括、但不限于：TT033 (Benitec/Tacere Bio/Pfizer)、Sirna-034 (Sirna Therapeutics)、GNI-104 (GENimmune)、IDX-102 (Idenix)、左旋韦林^TM(ICN Pharmaceuticals、Costa Mesa、California); Humax (Genmab)、ITX-2155 (Ithrex/Novartis)、PRO 206 (Progenics)、HepaCide-I (NanoVirocides)、MX3235 (Migenix)、SCV-07 (SciClone Pharma)、KPE02003002 (Kemin Pharma)、Lenocta (VioQuest Pharmaceuticals)、IET – 干扰素增强疗法 (Transition Therapeutics)、日达仙 (SciClone Pharma)、VP 50406^TM(Viropharma, Incorporated, Exton, Pennsylvania); ISIS 14803^TM(ISIS Pharmaceuticals, Carlsbad, California); Heptazyme^TM(Ribozyme Pharmaceuticals, Boulder, Colorado); Thymosin^TM(SciClone Pharmaceuticals, San Mateo, California); Maxamine^TM(Maxim Pharmaceuticals, San Diego, California); NKB-122 (JenKen Bioscience Inc., North Carolina); Alinia (Romark Laboratories)、INFORM-1 (R7128、ITMN-191和利巴韦林的组合);和吗替麦考酚酯 (Hoffman-LaRoche, Nutley, New Jersey)、SCY-635 (SCYNEXIS)、ANA773 (Anadys)、CYT107 (Cytheris)、SPC3649 (Santaris Pharma)、Alinia (nitrazoxanide) (Romark); Oglufanide disodium (Implicit Bioscience)、CTS-1027 (Conatus)NOV-205 (Novelos Therapeutics)、IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals)和CF102 (CAN-FITE)。

本发明也预见到，使用增加Lys70 IFN-λ3同种型的水平、降低Arg70 IFN-λ3同种型的水平或兼有两种效应的治疗剂，治疗在rs8103142处是G等位基因杂合或纯合的HCV患者。

会增加Lys70 IFN-λ3同种型的水平的治疗剂的示例性实例包括IFN-λ3 Lys70 多肽和编码IFN-λ3 Lys70 多肽的表达载体。使用本领域众所周知的技术，可以生产IFN-λ3 Lys70 多肽，所述技术参见：例如，Dellgren, c. 等人,Genes and Immunity10:125–131 (2009)和美国专利号7,517,961。优选地，所述表达载体是靶向编码的IFN-λ3 Lys70 多肽在人肝脏肝细胞中的表达的表达载体。已经描述了使用腺-相关的病毒载体的这样的肝-靶向的基因疗法，参见，例如，Hasbrouck, NC 等人, Gene Therapy 15:870-875 (2008)和其中引用的参考文献, Nancy Smyth Templeton,Gene and Cell Therapy: Therapeutic Mechanisms and Strategies, 第3版, CRC Press出版 (2008), Mark A. Findeis,Nonviral vectors for gene therapy: methods and protocols,Humana Press出版 (2001)。

会降低Arg70 IFN-λ3同种型的水平的试剂包括反义 RNA、小干扰RNA (siRNA)和核酶。使用本领域已知的技术，熟练的技术人员可以容易地设计和测试这样的试剂。参见，例如，Stanley T. Crooke,Antisense drug technology: principles, strategies, and applications, 第2版: 2, CRC Press出版 (2007) Kevin J. Scanlon,Therapeutic applications of ribozymes, Humana Press出版 (1998)。

会降低Arg70 IFN-λ3同种型的水平的另一种试剂是，结合并中和Arg70同种型、但是不结合Lys70同种型的单克隆抗体。可以容易地分离这样的抗体，因为认为氨基酸位置70存在于IFN-λ3的外表面上。

rs12979860 C等位基因也与具有急性丙型肝炎（这是指HCV感染以后的前6个月）的患者中HCV的天然清除的更大可能性有关。60%-70%的受感染者在急性期中不会显现症状。但是，有些患者具有急性丙型肝炎感染的症状，这包括食欲降低、疲劳、腹痛、黄疸、瘙痒和流感-样症状，它们会导致早期诊断。其它患者被诊断为急性丙型肝炎是由于，在已知暴露于受感染源（诸如针刺损伤）以后，监测HCV感染。通过PCR，在感染后1-3周内，通常可检测到血液中的丙型肝炎病毒，在3-15周内，通常可检测到抗病毒的抗体。

因为多达50%的患者可能在急性期内自发地从他们的体内清除病毒，医师在传统上不情愿使被诊断出急性肝炎的患者遭受抗病毒治疗的费用和副作用，除非且直到患者发展成慢性HCV感染，即，持续超过6个月的感染。测定患者在rs12979860 PS处的基因型，可能是医师在诊断出急性HCV感染以后决定开始抗病毒治疗还是将治疗延迟6个月时要考虑的另一个因素。如果患者的基因型是杂合的或纯合的C，医师可以决定将治疗延迟6个月。如果患者的基因型是纯合的T，医师可以决定保证早期的抗病毒治疗，因为该患者不太可能自发地清除病毒。

主治临床医师可以确定在本发明的治疗HCV感染的联合治疗中使用的其它试剂的剂量和给药方案，其中考虑包装说明书中的批准的剂量和给药方案；以及患者的年龄、性别和一般健康。在HCV联合治疗中施用的试剂，可以同时地 (即，在同一组合物中，或在彼此相继的分开的组合物中)或顺序地地施用。在下述情况下，这是特别有用的：当组合的组分在不同的给药方案中施用时，例如，一种组分是每天施用1次，另一种组分是每6小时施用1次，或者当优选的药物组合物是不同的时，例如，一种是片剂，一种是胶囊。因此，包含分开的剂型的试剂盒是有利的。

当IFN-α是PEG12k-干扰素α-2b 诸如PegIntron® (PEG干扰素α-2b)或其生物类似物时，慢性HCV感染的优选治疗方案包括：与日剂量为800-1400 mg的利巴韦林相组合地，每周施用1次1.5 微克/kg的PEG12k-干扰素α-2b。利巴韦林剂量是基于患者体重：对于体重为40-65 kg的患者，800 mg/天；对于体重超过65且低于85 kg的患者，1000 mg/天；对于体重超过85且低于105 kg的患者，1200 mg/天；对于体重超过105 kg的患者，1400 mg/天。在有些实施方案中，推荐的PEG12k-干扰素α-2b的周剂量是0.5、0.75或1.0 微克/kg，利巴韦林日剂量是600-1400 mg 利巴韦林，基于患者体重。

当IFN-α是bPEG40K-干扰素α-2a 诸如PEGASYS® (PEG干扰素α-2a) 或其生物类似物时，慢性HCV感染的优选治疗方案包括：与日剂量为1000 mg（对于体重< 75 kg的患者）和1200 mg（对于体重≥ 75 kg的患者）的利巴韦林相组合的180 微克/周的bPEG40K-干扰素α-2a。在有些实施方案中，推荐的bPEG40K-干扰素α-2a的周剂量是比180 微克小至少25%。

在有些优选的实施方案中，用于治疗被高病毒载量HCV基因型1慢性感染的患者并测试至少一种IFN-α应答标记阳性的联合药物方案包括：约2-17周的引入治疗期，其中与利巴韦林联合地施用干扰素α 诸如PEG12k-干扰素α-2b和bPEG40K-干扰素α-2a，继之以约12至约28周的第二个治疗期，其中联合施用干扰素α、利巴韦林和a蛋白酶抑制剂（诸如boceprevir或telaprevir）的三元组合。这样的两阶段治疗方案描述在国际专利申请公开WO 2009/038663中。在特别优选的实施方案中，引入期是约4周，且第二个治疗期是约24周。

对IFN-α治疗敏感的癌症包括：黑素瘤、慢性髓性白血病 (CML)、肾细胞癌 (RCC)、毛细胞白血病、卡波西肉瘤、多发性骨髓瘤、基底细胞癌、恶性黑素瘤、表浅膀胱癌 (SBC)、卵巢癌、滤泡淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、尖锐湿疣、蕈样肉芽肿病、类癌综合征、结直肠癌、喉乳头状瘤病和光化性角化病。因此，在Roferon®-A (干扰素-α 2A，重组的)和INTRON® A (干扰素α-2b，重组的)产品的标签和处方信息中所述的慢性丙型肝炎的方案中，描述了优选的癌症和给药方案。

在优选的实施方案中，与用于治疗具有黑素瘤、慢性髓性白血病 (CML)或肾细胞癌 (RCC)的患者的聚乙二醇化的IFN-α相结合地使用本发明的IFN-α应答标记，包括，例如，在下述文献中描述的治疗方案：美国专利号6,923,966 (黑素瘤), 6,605,273 (RCC)和6,362,162 (CML); Bukowski R., 等人,Cancer95(2):389-396 (2002); Bukowski R., 等人, J. Clin Oncol. 20(18):3841-348 (2002); Garcia-Manero, G. 等人,Cancer97(12):2010-2016 (2003); Garcia-Manero, G. 等人,Cancer98(3): 437-457 (2003); Michallet, M. 等人,Leukemia18:309-315 (2004); Motzer, R.J. 等人,J. Clin Oncol.19(5):1312-1319 (2001); Motzer, R.J. 等人,Ann. Oncol.13:1799-1805 (2002); Lipton, J.H., 等人,Blood100:782a Abstract 3091 (2002); Hochhaus, A., 等人,Blood100:164a Abstract 616 (2002);和Dummer 等人, Proc. Am. Soc. Clin. Oncol. 22:712 Abstract 2861 (2003)。

在一个优选的实施方案中，使用本发明的IFN-α应答标记来鉴别具有高危黑素瘤的患者，他们是IFN-α治疗的良好候选人，特别是具有IIB期 (病灶> 4mm，但是没有阳性结节)和III期 (病灶> 4mm，且有阳性结节)原发性皮肤黑素瘤的患者。优选地，在患者已经接受对他们的IIB期或III期黑素瘤的手术以后，使用IFN-α治疗作为辅助疗法。

在更优选的实施方案中，用作辅助疗法的IFN-α是聚乙二醇化的IFN-α。根据本发明的改进方法可治疗的黑素瘤患者包括：新诊断出该疾病的那些，他们在手术后没有疾病，但是处于全身复发该疾病的高危中。本文使用的术语“高危患者”是指：具有Breslow厚度 >4mm的病灶的那些黑素瘤患者，以及具有原发性或复发性结节累及的任意Breslow厚度的病灶的那些患者。根据本发明的使用聚乙二醇化的IFN-α的治疗将持续多达5年，直到出现疾病进展、不可接受的毒性的临床证据，或者患者要求中断治疗。

当用于治疗高危黑素瘤患者的聚乙二醇化的IFN-α是PEG12k-干扰素α-2b 诸如PegIntron® (PEG干扰素α-2b)或其生物类似物时，一个优选的治疗方案包括：每周1次(QW)给患者施用3.0-9.0 微克/千克的起始剂量，优选地，在4.5-6.5 微克/千克 QW范围内，更优选地在5.5-6.5 微克/千克 QW范围内，最优选约6.0 微克/千克 QW。在有些优选的实施方案中，如下治疗高危黑素瘤患者：最初使用6.0 微克/千克的PEG12k-干扰素α-2b QW，持续8周，然后使用3.0 微克/千克或更少的PEG12k-干扰素α-2b QW，持续5年时段（减去初始治疗的8周）。如果将小于3.0 微克/千克施用给患者，例如，为了维持患者对治疗的耐受性，优选地每次减少使剂量减少1 微克/千克，例如，3.0至2.0至1.0。

当用于治疗高危黑素瘤患者的聚乙二醇化的IFN-α是bPEG40K-干扰素α-2a 诸如PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)或其生物类似物时，所述治疗方案包括：给患者施用下述剂量：约50微克至约500微克QW，优选约200微克至约250微克QW。

当施用基于IFN-α应答标记在患者中存在与否而选择的治疗患者的联合治疗时，可以以任意次序（例如，顺序地、并存地、一起、同时地等）施用组合中的治疗剂或药物组合物或包含治疗剂的组合物。在这样的联合治疗中的不同治疗剂的量可以是不同的量(不同的剂量)或相同的量(相同的剂量)。在有些实施方案中，以当这样的试剂被用作治疗患者的疾病或病症的单一疗法时常用的剂量，施用在组合中的试剂，而在其它实施方案中，施用的试剂的剂量低于当这样的试剂被用作治疗疾病或病症的单一疗法时常用的剂量。

在有些实施方案中，在联合治疗中使用的治疗剂存在于同一药物组合物中，所述药物组合物适合口服给药、静脉内给药、皮下给药或肠胃外给药。

发明人在此也预见到，本文所述的IFN-α应答标记可以用于寻求销售新的干扰素α药物产品的管理批准（regulatory approval），所述药物产品用于遗传药理学指征，即，包括疾病组分和IFN-α应答标记组分的指征。所述疾病组分是对IFN-α治疗敏感的疾病，所述遗传标记组分是本文所述的至少一种IFN-α应答标记测试阳性的患者。类似地，发明人在此预见到，这些 IFN-α应答标记可用于寻求这样的遗传药理学指征用于目前批准的IFN-α 药物（基于所述药物对于一般群体中的这种疾病的边界收益/风险比，医师不情愿为某些疾病开出该药物的处方）的批准。

寻求遗传药理学指征的批准通常包括：在用药物治疗的2个分开的患者组中，测量针对该药物的希望的应答的发生率。在一组内的每个个体具有将该个体放入提议的遗传药理学指征内的疾病和遗传特性。在其它组中的个体可以随机地选择，不考虑他们是否具有提议的遗传药理学指征的遗传标记组分。或者，以产生“对照”组的方式，将个体分配给其它组，在该方式中，满足和不满足遗传标记组分的个体的百分比与在一般群体中或在具有提议的遗传药理学指征的疾病组分的患者群体中观察到的百分比类似。可以在展望试验中将寻求批准的药物产品施用给2组。或者，可以对以前用该药物治疗的患者进行回顾遗传药理学分析。

可以用其它治疗活性剂评价寻求遗传药理学指征的药物产品，所述其它治疗活性剂例如具有用于治疗在提议的遗传药理学指征中的疾病或病症的效能的另一种药物，或意图减小由药物造成的不良作用的发生率的试剂。在有些实施方案中，寻求管理批准的遗传药理学指征可以包括药物应答的其它标记(遗传标记或生物标记)或指标。例如，对聚乙二醇化的干扰素α和利巴韦林的联合治疗的快速HCV病毒应答(RVR)是实现SVR的良好指标。

在特定国家销售遗传药理学药物产品之前需要得到管理机构或政府实体的代表处的批准，可以与这种咨询相一致地设计遗传药理学研究。优选地，管理机构得到主要的工业化国家（诸如澳大利亚、加拿大、中国、欧盟成员国、日本等）的政府的授权。最优选地，管理机构得到美国政府的授权，提交的批准的申请类型取决于在最新颁布的食品、药品和化妆品法案（Food, Drug and Cosmetic Act）版本中阐述的法律要求，所述法案适用于药物产品，且也可以包括其它考虑因素，诸如进行管理提交的成本和药物产品的销售策略。例如，如果药物产品中的药物制剂以前已经被批准用于提议的遗传药理学指征的疾病组分，则申请可能是纸NDA、补充NDA或缩短的NDA，但是，如果药物制剂以前从未得到批准，则申请可能需要是完整的NDA；这些术语具有药学领域的技术人员赋予它们的含义，或在1984年的药物价格竞争和专利术语恢复法案（Drug Price Competition and Patent Term Restoration Act）中定义的含义。

使用本发明的IFN-α应答标记的遗传药理学临床测试的一个希望的结果是，批准销售药物产品，所述药物产品包含：(1)干扰素α药物组合物，和(2) 处方信息，其包括所述药物组合物推荐用于的遗传药理学指征。处方信息通常存在于产品插页中，所述产品插页也经常称作药物的包装说明书或标签。

如上面所讨论的，遗传药理学指征具有2个组分：疾病组分和IFN-α应答标记组分。因而，处方信息会描述遗传上确定的患者组，所述药物已经表现出对所述患者的一种或多种疾病、症状或医学状况的效能。在有些实施方案中，所述处方信息会讨论如何鉴别处于遗传上确定的组中的个体。例如，在有些实施方案中，所述处方信息阐明，所述药物适用于本文所述的一个或多个IFN-α应答标记测试阳性的个体。或者，所述处方信息可以阐明，所述药物禁用于这些 IFN-α应答标记中的一个、多个或全部检测阴性的个体。在有些优选的实施方案中，所述处方信息包括至少一种批准的诊断测试的名称，所述诊断测试用于检测遗传药理学指征的要求的遗传标记组分的存在与否。如上所述，本发明的遗传药理学药物产品中的遗传药理学指征可以包括：针对IFN-α药物组合物的应答的额外标记或指标，和/或与一种或多种其它治疗活性剂组合地使用药物的要求。所述处方信息可以包括关于推荐的剂量和治疗方案的信息。

在有些实施方案中，所述遗传药理学药物产品提供为制剂，或提供在具有独特外观的包装中，生产商已经采用所述独特外观来鉴别药物产品作为遗传药理学产品，以辅助药剂师和医师将该产品与其它销售的产品区分开，所述其它销售的产品包含相同的或类似的IFN-α 活性成分，但是不具有遗传药理学指征。使用药物制剂和药物产品包装的外观作为建立药物产品的特有商标的一部分，是本领域众所周知的，并包括片剂或胶囊的形状和颜色、以及印在它们上面或在药物产品的包装材料上的符号或商标。

在本发明的优选的遗传药理学药物产品中，药物组合物包含聚乙二醇化的干扰素α-2a、聚乙二醇化的干扰素α-2b或albinterferonα-2b。更优选地，所述药物组合物包含bPEG40K-干扰素α-2a或PEG12k-干扰素α-2b。本发明的药物产品的一个优选的遗传药理学指征包括：使用所述药物组合物治疗患者，所述患者被HCV基因型1慢性感染，且是本文所述的至少一种纯合的IFN-α应答标记测试阳性的。在有些优选的实施方案中，所述患者具有上文定义的高基线HCV病毒载量。在更优选的实施方案中，所述处方信息阐明，干扰素α药物组合物适用于与至少一种其它的抗病毒剂组合地用于治疗被高基线病毒载量的 HCV基因型1慢性感染的患者。所述抗病毒剂可以是利巴韦林、HCV蛋白酶抑制剂和HCV 聚合酶抑制剂或特异性地抑制HCV 复制的另一种试剂。所述处方信息可以推荐与这些抗病毒剂中的两种或更多种的任意组合联合地使用干扰素α药物组合物。另外，所述处方信息可以包括推荐的治疗方案，优选的治疗方案是上面关于PEG12k-干扰素α-2b和bPEG40K-干扰素α-2a药物组合物所述的那些中的任一种。

在执行本文所述的方法时或在使用本文所述的试剂盒和产品时所涉及的任意或所有分析和数学运算，可以由计算机来实现。例如，计算机可以执行计算机程序，该程序基于由测试实验室人员或治疗医师输入的基因型数据，将IFN-α应答标记存在与否分配给个体。另外，基于该应答标记分配，相同的计算机或不同的计算机可以将预测的应答输出给IFN-α治疗。在有些实施方案中，所述计算机会执行计算机程序，该程序从与IFN-α应答有关的不同患者参数和疾病参数（包括IFN-α应答标记存在与否）衍生出患者的应答概率评分。与IFN-α 标记在个体中的存在与否有关的数据可以存储为有关的数据库(例如，实例是Oracle 数据库或ASCII平面文件集合)的一部分，所述数据库含有个体的其它临床数据和/或遗传数据。这些数据可以存储在计算机的硬盘上，或可以例如存储在CD ROM上或一种或多种计算机可接近的其它存储装置上。例如，所述数据可以存储在一个或多个数据库中，所述数据库经由网络与计算机通信。

实施例

提供下述实施例，以更清楚地描述本发明，且不应解释为限制本发明的范围。

实施例1. HCV RNA的定量RT-PCR试验

A 原理

如下检测HCV-RNA：从生物样品提取总RNA，并进行反转录-聚合酶链式反应 (RT-PCR)。使用的RT-PCR是自动化的方法，该方法允许实时定量靶核酸分子。该方法使用rTth DNA 聚合酶的逆转录酶活性、5’-外切核酸酶活性和DNA 聚合酶活性。rTth DNA 聚合酶首先制备病毒RNA的DNA拷贝(逆转录酶活性)，然后继续制备DNA的拷贝(聚合酶活性)。随着扩增的进行，rTth DNA 聚合酶的5’-外切核酸酶活性会消化序列-特异性的探针。该作用会释放出荧光信号，这允许定量输入的RNA拷贝。

通过测序PCR扩增的HCV基因组的5'-非翻译区的DNA片段，测定HCV 基因型。然后将该序列与HCV 基因型的公开序列相比对，以进行测定。

B 从样品提取 RNA

在自动化的高处理量液体处理器和来自QIAGEN (Germantown, MD)的QIAamp 96病毒RNA提取试剂盒中，提取总RNA。该方法会产生适合RT-PCR的高质量RNA。

HCV 的定量 RT-PCR

使用rTth DNA 聚合酶，进行单步RT-PCR。通过监测染料-标记的探针的荧光的增加，直接检测RT-PCR产物。在PCR过程中，如果存在目标靶物，则探针会与靶物特异性地对合。rTth DNA 聚合酶的5’-外切核酸酶活性会消化发出荧光的探针。该过程发生与PCR过程中的每个循环中，且不会干扰产物的指数积累。只有在靶序列与探针互补且在PCR过程中被扩增的情况下，才会检测到荧光的增加(与积累的PCR产物的量成比例)。因为这些要求，没有检测到非特异性的扩增。

该系统能够测量在每个扩增循环以后的PCR产物。通过分析PCR过程中模板扩增引起的荧光信号在循环之间的变化(.Rn)，测定靶模板的起始拷贝数。达到可检测的荧光水平所需的循环越少(报告为Ct，阈值循环)，起始拷贝数越大。通过在从已知起始拷贝数的标准品建立的标准曲线上内插，序列检测应用程序会确定未知物的起始拷贝数。

D 质量控制 / 质量保证

将内部RNA对照加入每个样品中，以检查RNA提取和RT-PCR的效率。在每个试验中运行预先校正的HCV对照RNA的不同稀释液，以制备标准曲线。由HCV熟练组成员（HCV Proficiency Panel Member）运行每个试验，作为阳性对照。运行正常人血清和水作为RNA提取和RT-PCR的阴性对照。

使用已经相对于丙型肝炎病毒RNA的WHO 国际标准和来自Acro Metrix的HCV组验证过的上述试验，进行RT-PCR HCV-RNA测定。该试验的定量下限是29 国际单位/mL (IU/ mL)。本文报告的所有HCV-RNA结果是以IU/mL为单位。

实施例2. 与对聚乙二醇化的干扰素α 2/利巴韦林联合治疗的HCV 应答有关的单核苷酸多态性 (SNP)的鉴别

为了鉴别对治疗应答的遗传贡献，发明人对从2个有希望的临床研究得到的基因组样品进行了基因组范围的关联研究。超过1500 个体是IDEAL研究的一部分，其设计报道在：McHutchinson 等人,J. Viral Hepatol., Vol. 15, No. 7, 2008年7月, 第475 - 481页)。为了增加基因组范围的关联分析中非裔美国人的数目，也包括了来自另一个有希望的研究的67位患者，该研究聚焦于用聚乙二醇化的干扰素α-2b和利巴韦林治疗非裔美国人 (Muir, A. J., Bornstein, J. D. & Killenberg, P. G. Peginterferon alfa-2b and ribavirin for the treatment of chronic hepatitis C in blacks and non-Hispanic whites.N Engl J Med350, 2265-71 (2004))。

简而言之，在IDEAL研究中，将被HCV基因型1慢性感染的原初治疗患者随机化(1:1:1)，以接受下述48-周治疗方案之一：1.5 微克/kg/周的聚乙二醇化的干扰素α-2b (PEG2b) + 利巴韦林 (RBV); 1.0微克/kg/周的PEG2b + RBV;或180 微克/周的聚乙二醇化的干扰素α-2a (PEG2a) + RBV。在PEG2b方案中，体重为40-65 kg的患者接受800 mg/天 RBV；体重超过65且小于85 kg的患者接受1000 mg/天 RBV；体重超过85且小于105 kg的患者接受1200 mg/天 RBV；体重超过105 kg的患者接受1400 mg/天 RBV。在PEG2a方案中，体重< 75 kg的患者接受1000 mg/天的RBV，而体重≥75 kg 的患者接受1200 mg/天的RBV。在基线时、在治疗12和24周时、在48周治疗结束时和在治疗后24周时，测定HCV RNA状态。在12或24周没有足够的病毒应答的受试者作为治疗失败而中断治疗。IDEAL研究的结果证实PEG2b (1.5 微克/kg/周) + RBV与PEG2a方案基本上等效的效能，与高加索人相比，在非常匹配的非裔美国人中具有明显更低的应答。

在基因组范围的分析中包括的所有患者都是治疗原初的（treatment naïve），且被基因型1 HCV慢性感染。患者接受48周治疗(按照方案在12或24周没有足够的病毒应答的受试者作为治疗失败而中断治疗)和24周随访。使用来自Illumina® (San Diego, CA)的Human610-quad BeadChip，对来自1630个体的基因组样品进行基因分型，所述Human610-quad BeadChip含有约600,000个源自II期HapMap 数据(HumanHap 610 quad V 1.0)的标记的SNP。分析基因分型结果中治疗应答(病毒清除率或SVR)的决定因素作为主要终点。根据标准定义 (Ghany, M. G. 等人, Strader, D. B., Thomas, D. L. & Seeff, L. B. American Association for the Study of Liver Diseases: Practice Guidelines; Diagnosis, Management, and Treatment of Hepatitis C: An Update (2009))，定义治疗应答和无应答(NR)。将持续病毒应答定义为，在治疗停止以后24周，使用灵敏的RT- PCR试验不可检测的血清HCV RNA (或在12周随访时不可检测的病毒水平，如果不可得到进一步的随访)。将无应答定义为，在治疗第12周时血清HCV RNA减少没有达到至少2-log₁₀，或者在随访结束时可检测的血清HCV RNA。在分析中包括达到SVR的所有患者作为应答者。为了确保仅评价具有足够的药物暴露的非应答者(真实的生物学非应答者)，在关联分析中仅包括了具有最少12周治疗且对PegIFN和 RBV具有大于80%的顺应性的患者。应用一系列质量控制规程，以确保数据质量。共有1,143位具有足够的治疗应答数据的丙型肝炎患者满足这些标准，并随后被包括在关联分析中(表3)。

对SVR的主要关联检验包括：在3个独立的种族群体(高加索人，N=874；非裔美国人，N=191；和拉丁裔美国人，N=78)中进行的单-标记基因型趋势检验，其中使用在PLINK 软件 (Purcell, S. 等人Am J Hum Genet.81 (2007))中执行的逻辑回归模型，对许多临床协变量进行了校正，所述协变量包括基线(治疗前) 血清HCV病毒载量和纤维化严重性。

表3. 用于研究SVR的丙型肝炎群体的临床特征

SVR, 持续病毒应答(SVR24 = 539, SVR12 = 36); NR, 无应答; BMI, 体重系数。 基线病毒载量是经对数转换的。 纤维化通过在基线中心评价的肝活组织检查上的METAVIR阶段进行评分Hepatology20, 15-20 (1994); McHutchison, J. G. et al.N Engl J Med.In press (2009). 除非另有说明，数据为平均值(SD)。

然后，使用Stouffer氏的加权的Z-方法 (Whitlock, M.C., 等人J Evol Biol18, 1368-73 (2005))，组合关联信号(P值)，其中正确地考虑每个群体中的样品大小、效应大小和效应方向。然后与在每个种族群体中的P值一起，将该组合的P值报告为主要结果。一系列质量控制步骤产生了关联检验的565,759个多态性。采用方法评估拷贝数变体(CNV)，并检验CNV和SVR之间的关联。为了控制由群体分级产生的假关联的可能性，使用改进的EIGENSTRAT 方法 (Price, A. L. 等人Nat Genet38, 904-9 (2006))来校正每个种族群体内的群体世系轴。使用Bonferroni 校正 (P截止值=2.9×10^-8)，评估显著性。

这些分析表明，在研究的所有患者组中，在染色体19（rs12979860）上的多态性与SVR强烈相关，其中高加索人患者组表现出极大的基因组范围的显著性(P = 1.17 x 10^-25)。组合群体组之间的p值，变体显示出1.21×10^-28的关联(图1和表4)。

在高加索人患者组中，CC 基因型与相对于TT基因型高2倍的SVR率有关(图2)，在非裔美国人 (3倍)和西班牙患者组 (2倍)中具有类似的比率。重要的是，尽管在仅根据自己报告的种族来分组的高加索人和非裔美国人个体中存在2.4倍的SVR率差异(56.1%/23.6%)，在具有C/C基因型的高加索人和非裔美国人组之间的这种差异性下降至1.5倍 (81.7%/53.3%)。发明人估计，非裔美国人和高加索人患者组中C等位基因的频率的差异（分别是0.395 和0.635），可以解释非裔美国人患者中显著量的更低的SVR率(图2，下面的表5)。

令人感兴趣地，已经确定地记载，东亚人具有比高加索人更高的SVR率(Liu, C. H., 等人Clin Infect Dis47, 1260-9 (2008); Yan, K. K. 等人,World J Gastroenterol14, 3416-20 (2008))。通过观察具有未知丙型肝炎状态的随机的多种族群体样品，我们在东亚人中观察到基本上更高频率的C等位基因(图3)。总之，如图3所示，不同种族组之间的SVR率显示出C等位基因频率之间的显著一致性，并估计每组中的药物应答的SVR率。

最后，还值得注意的是，与具有TT基因型的欧洲世系个体(33.3%, p<0.05)相比，具有CC基因型的非裔美国人具有明显更高的应答率(53.3%)，这证明了在预测治疗应答时个体基因型比种族更重要 (Wilson, J. F. 等人Population genetic structure of variable drug response.Nat Genet29, 265-9 (2001))。

实施例3.引起 SVR 的差异性的候选原因变体的鉴别

在鉴别原因变体或引起这些关联的变体的工作中，我们首先测试了SNPExpress 数据库中来自80 个体 (未感染的群体对照)的rs12979860 SNP与末梢血单核细胞中的基因表达之间的关联，其将2个主要的细胞群体中的基因组范围的多态性集合与基因组范围的表达模式相关联 (Heinzen, E. L. 等人Tissue-specific genetic control of splicing: implications for the study of complex traits.PLoS Biol6, e1 (2008))。我们发现，IL28B 的表达水平与在该数据库中可得到的rs12979860的最好代用品(rs12980275, 与rs12979860的r²=0.88)没有关联，尽管在没有感染时的IL28B表达水平较低。需要其它研究来评价在有HCV感染存在下（更具体地，在HCV-感染的肝细胞中），rs12979860对IL28B 表达的影响。

在与rs12979860相同的基因组区域中的6个其它的SNP(rs12980275、rs8099917、rs12972991、rs8109886、rs4803223、rs12980602，表1)，在Illumina Human610-quad BeadChip上具有基因组-显著的关联信号。这些 SNP是引起该关联的可能候选物，但是这些 SNP的关联信号在很大程度上可以由rs12979860的信号来解释，因为这些 SNP中的每一个和rs12979860之间的连锁不平衡，如下面的表4A所示。

由于rs12979860与IL-28B基因的接近，对96个样品中的IL28B基因的所有外显子进行了测序。IL28B基因中的2个强烈关联的推定有功能的SNP是：在位置70处的单氨基酸置换多态性(Lys70Arg，或c.213A>G，或rs8103142)，和在启动子区域中的一个多态性(-37G>C，或rs28416813)。两个SNP都是引起该关联的候选物，并也被包含在表1中。

实施例4. HCV患者组中与SVR有关的SNP的等位基因和基因型频率的鉴别

为了评估C等位基因和C/C基因型在慢性感染的HCV患者中和在一般群体中的普遍性，在实施例1的关联分析中使用的所有受试者中，以及在自己鉴别的未知丙型肝炎状态的高加索个体（即，高加索人对照群体）的随机群体样品中，测定了rs12979860 PS的3个可能的基因型的频率。这些结果报告在下面的表5中。

表5. rs12979860 SNP的等位基因和基因型频率

群体	受试者数目	C等位基因	C/C 基因型	C/T 基因型	T/T 基因型
						高加索人对照	263	0.732	0.513	0.437	0.049
高加索人 HCV患者	876	0.635	0.387	0.497	0.116
						非裔美国人 HCV患者	191	0.395	0.157	0.476	0.366
拉丁裔美国人HCV患者	78	0.583	0.346	0.474	0.179

如果多态性对天然清除有影响，则在该对比中可以预见到频率差异，因为天然地清除该病毒的所有个体将从慢性感染组群中排除。表2中的数据与该预期相一致，因为在HCV 组群的高加索个体中(0.635)，和在未知HCV状态的种族匹配的对照群体中(0.732)，C等位基因的频率存在统计上显著的差异(P=2.48 × 10^-6)。这些数据表明，具有C等位基因的个体优先地从HCV 组群中排除。该对比表明，与对治疗的更好应答有关的rs12979860 C等位基因也与天然清除丙型肝炎的更大可能性有关，尽管该效应的量级难以评估，缺少已知天然地清除该病毒的组群和类似地匹配的慢性感染的组群之间的更直接的对比。

IL28B基因中的2个SNP的等位基因频率如下：

rs28416813

-37G>C: 负链具有参照等位基因G，其与SVR有关

-37C等位基因频率 = 0.345，在n=55白种人中

-37C等位基因频率 = 0.500，在n=11黑种人中

G等位基因与SVR有关

rs8103142

c.213A>G: 负链具有参照等位基因A，其与SVR有关

Lys70Arg (参照等位基因c.213A编码Lys70)

Arg70等位基因频率 = 0.361，在n=54白种人中

Arg70等位基因频率 = 0.545，在n=11黑种人中

A等位基因(Lys70)与SVR有关 。

实施例5. 与SVR有关的不同SNP的连锁不平衡。

白种人中的 LD 测量：

rs28416813 (-37G>C)与rs8103142 (213A>G) : r-sq = 0.96 ; D' = 1.00

rs28416813 (-37G>C) 与：

rs12979860: r-sq= 1.00 ; D' = 1.00

rs12980275: r-sq= 0.88 ; D' = 1.00

rs8099917: r-sq= 0.50 ; D' = 1.00

rs12972991: r-sq= 0.59 ; D' = 1.00

rs8109886: r-sq= 0.49 ; D' = 1.00

rs4803223: r-sq= 0.08 ; D' = 0.45

rs12980602: r-sq= 0.19 ; D' = 0.60

rs8103142 (213A>G)与：

rs12979860: r-sq= 0.96 ; D' = 1.00

rs12980275: r-sq= 0.85 ; D' = 1.00

rs8099917: r-sq= 0.48 ; D' = 1.00

rs12972991: r-sq= 0.56 ; D' = 1.00

rs8109886: r-sq= 0.51 ; D' = 1.00

rs4803223: r-sq= 0.07 ; D' = 0.42

rs12980602: r-sq= 0.29 ; D' = 0.65

黑种人中的LD测量(由于小的样品大小，仅是初步的，n =11)：

rs28416813 (-37G>C)与rs8103142 (213A>G) : r-sq= 0.83 ; D' = 1.00

rs28416813 (-37G>C)与：

rs12979860: r-sq= 0.69 ; D' = 1.00

rs12980275: r-sq= 0.83 ; D' = 1.00

rs8099917: r-sq= 0.22 ; D' = 1.00

rs12972991: r-sq= 0.16 ; D' = 1.00

rs8109886: r-sq= 0.38 ; D' = 1.00

rs4803223: r-sq= 0.10 ; D' = 1.00

rs12980602: r-sq= 0.18 ; D' = 0.61

rs8103142 (213A>G)与：

rs12979860: r-sq= 0.83 ; D' = 1.00

rs12980275: r-sq= 0.69 ; D' = 1.00

rs8099917: r-sq= 0.19 ; D' = 1.00

rs12972991: r-sq= 0.13 ; D' = 1.00

rs8109886: r-sq= 0.45 ; D' = 1.00

rs4803223: r-sq= 0.12 ; D' = 1.00

rs12980602: r-sq= 0.23 ; D' = 0.64 。

实施例6. SVR的遗传指标和临床指标的对比

为了定量地对比这里研究的患者的应答的不同指标的量级，发明人开发了一个简单的逻辑回归模型，该模型将几个已知的临床指标以及rs12979860 基因型与应答率相关联。

，其中

P: 实现SVR的概率；

G: rs12979860 基因型: TT=0, CT=1, CC=2；

V: 基线病毒载量 : ≥ 600,000 IU/mL =0, <600,000 IU/mL=1；

E: 种族: 非洲世系 =0, 高加索人 =1；

F: 基线纤维化: METAVIR F3-4 = 0, F0-2 =1。

该回归模型表明，与在该模型中包括的其它已知的基线指标相比，CC 基因型与应答率的更实质的差异有关。

实施例7. rs12979860多态性与自发的病毒清除有关。

发明人如下测试了rs12979860多态性是否会影响丙型肝炎的天然清除：将在该研究中的慢性感染的患者的等位基因频率(上面的表3)与具有未知丙型肝炎状态的表观健康的个体的随机的多种族的群体样品相对比。所有受试者都签署了参加遗传研究的知情同意书。使用Illumina Human 610-Quad BeadChip，对他们基因分型，对基因型数据进行关于HCV 组群所述的质量控制规程。下面的表6显示了该群体样品的一般特征。

如果rs12979860多态性会影响天然清除，会预见到在该对比中的频率差异，因为天然地清除该病毒的所有个体将从慢性感染组群中排除，从而降低增加天然清除的可能性的等位基因的频率。发明人发现，在慢性感染的组群中，C等位基因的频率显著降低，在HCV 组群的欧洲世系个体中的频率是0.63，与此相比，在种族匹配的对照（校正了任何隐藏的分级）中的频率是0.732 (P=2.48 × 10^-6)，这表明，具有C等位基因的个体优先地从HCV 组群中排除。该对比表明，与对治疗的更好应答有关的rs12979860 C等位基因也与天然清除丙型肝炎的更大可能性有关。该效应的量级难以评估，缺少已知天然地清除该病毒的组群和类似地匹配的慢性感染的组群之间的更直接的对比。

实施例8. IFN-λ3 Arg70同种型当在细菌中表达时是不稳定的

为了评估rs8103142 SNP的G等位基因是否会影响IFN-λ3 Arg70同种型的表达或功能，纯化了在细菌细胞中表达的His-标记的IFN-λ3 Lys70和His-标记的IFN-λ3 Arg70同种型，并使用EMCV病毒挑战试验，评估了每种纯化的同种型的抗病毒活性。令人惊讶的是，在纯化过程中观察到Arg同种型的大量降解，而Lys同种型则没有，但是，当当使用等同量的全长的纯化的同种型时，观察到相当的抗病毒活性。分离出了明显更低量的His-标记的IFN- λ3 Arg70同种型。

实施例9.与来自人293T细胞的IFN-λ3 Lys70同种型相比减少IFN-λ3 Arg70同种型的分泌

为了评估当在人细胞中表达时，IFN-λ3 Arg70同种型是否也是不稳定的，进行了下述实验。

哺乳动物表达构建体：在体外(GenSript, Piscataway, NJ)合成了IFN-λ3 Lys70同种型和IFN-λ3 Arg70 同种型基因序列，其中在IFN-λ3基因编码序列的3'末端处掺入了myc 抗体表位的DNA 编码序列。通过标准的限制性酶消化和连接，将得到的IFN-λ3-myc标签基因编码区掺入哺乳动物表达载体pCDNA3.1 (+) (Invitrogen, Carlsbad, CA)中，使得IFN- λ3 基因表达受到早期巨细胞病毒 (CMV) 增强子/启动子的调节。得到的构建体命名为pcDNA3.1 (+) IFN-λ3 Lys70和pcDNA3.1 (+) IFN-λ3 Arg70。

表达的IFN-λ3蛋白的检测：从ATCC (Manassas, VA)购买293T细胞 (CRL-11268)，并维持在补充了10% FBS和300 μg/ml G418的DMEM中。为了检测IFN-λ3 表达，将3x10⁶293T细胞接种到100 mm细胞培养皿(Corning, Coming, NY)上，并在24小时以后，使用ProFection® 哺乳动物转染系统 (Promega Corp., Madison, WI)，通过磷酸钙方法，转染10 ug pcDNA3.1(+)IFN-λ3 Lys70或pcDNA3.1(+)IFN-λ3 Arg70 质粒。在转染后48小时，收集细胞上清液，并在相同的10% NuPAGE bis-tris 凝胶 (Invitrogen, Carlsbad, CA)上分离等体积。一份NuPAGE凝胶用考马斯蓝(Invitrogen, Carlsbad, CA)染色，以证实等量蛋白装载，将来自另一份NuPAGE凝胶的蛋白转移至PVDF膜 (Invitrogen, Carlsbad, CA)。然后通过用抗-c-Myc (Ab-1)小鼠单克隆9E10抗体(Calbiochem, La Jolla, CA)进行蛋白印迹，分析PVDF膜，以检测myc-标记的IFN-λ3 Lys70和IFN-λ3 Arg70同种型。

如图5所示，myc-标记的IFN-λ3 Arg70同种型的分泌远远低于myc-标记的IFN-λ3 Lys70同种型的分泌。通过测量每种同种型的凝胶带的强度，定量该差异。Lys70同种型的总强度是9441，而Arg70同种型仅是2541，减小了3.72倍。该结果与下述假设相一致：即rs8103142 SNP的G等位基因有原因地涉入HCV 患者的降低的对聚乙二醇化的干扰素α-2b/利巴韦林联合治疗的应答。

本发明的范围不受本文所述的具体实施方案的限制。实际上，除了本文所述的那些以外，本领域技术人员从前面的描述会明白本发明的不同修改。这样的修改意图落入所附权利要求书的范围内。

在本申请中引用了专利、专利申请、出版物、产品说明书和手册，它们的公开内容为了所有目的通过引用整体并入本文。

序列表

<110> Bertelsen, Arthur

Fellay, Jacques

Ge, Dongliang

Goldstein, David B.

McHutchison, John G

Murgolo, Nicholas J.

Qiu, Ping

Ralston II, Robert Orville

Shianna, Kevin

Simon, Jason S.

Thompson, Alexander J.

Urban, Thomas

<120> 与干扰素-α应答有关的遗传标记

<130> CL2009.6992

<140> PCT/US10/35782

<141> 2010-05-21

<160> 10

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> Y表示C或T

<400> 1

ctgaaccagg gagctccccg aaggcgygaa ccagggttga attgcactcc gc 52

<210> 2

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> S表示G或C

<400> 2

cagagagaaa gggagctgag ggaatgsaga ggctgcccac tgagggcagg gg 52

<210> 3

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> Y表示C或T

<400> 3

tcctggggaa gaggcgggag cggcacytgc agtccttcag cagaagcgac tc 52

<210> 4

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> R表示G或A

<400> 4

ctgagagaag tcaaattcct agaaacrgac gtgtctaaat atttgccggg gt 52

<210> 5

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> K = G或T

<400> 5

cttttgtttt cctttctgtg agcaatktca cccaaattgg aaccatgctg ta 52

<210> 6

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> M = A或C

<400> 6

agaacaaatg ctgtatgatt ccccctmcat gaggtgctga gagaagtcaa at 52

<210> 7

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> M = A或C

<400> 7

tattcatttt tccaacaagc atcctgmccc aggtcgctct gtctgtctca at 52

<210> 8

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> R表示G或A

<400> 8

cctaaatatg atttcctaaa tcatacrgac atatttcctt gggagctata ca 52

<210> 9

<211> 52

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<220>

<221> misc_feature

<222> (27)..(27)

<223> Y表示C或T

<400> 9

tcatataaca atatgaaagc cagagayagc tcgtctgaga cacagatgaa ca 52

<210> 10

<211> 196

<212> PRT

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 10

Met Thr Gly Asp Cys Met Pro Val Leu Val Leu Met Ala Ala Val Leu

1 5 10 15

Thr Val Thr Gly Ala Val Pro Val Ala Arg Leu Arg Gly Ala Leu Pro

20 25 30

Asp Ala Arg Gly Cys His Ile Ala Gln Phe Lys Ser Leu Ser Pro Gln

35 40 45

Glu Leu Gln Ala Phe Lys Arg Ala Lys Asp Ala Leu Glu Glu Ser Leu

50 55 60

Leu Leu Lys Asp Cys Lys Cys Arg Ser Arg Leu Phe Pro Arg Thr Trp

65 70 75 80

Asp Leu Arg Gln Leu Gln Val Arg Glu Arg Pro Val Ala Leu Glu Ala

85 90 95

Glu Leu Ala Leu Thr Leu Lys Val Leu Glu Ala Thr Ala Asp Thr Asp

100 105 110

Pro Ala Leu Gly Asp Val Leu Asp Gln Pro Leu His Thr Leu His His

115 120 125

Ile Leu Ser Gln Leu Arg Ala Cys Ile Gln Pro Gln Pro Thr Ala Gly

130 135 140

Pro Arg Thr Arg Gly Arg Leu His His Trp Leu His Arg Leu Gln Glu

145 150 155 160

Ala Pro Lys Lys Glu Ser Pro Gly Cys Leu Glu Ala Ser Val Thr Phe

165 170 175

Asn Leu Phe Arg Leu Leu Thr Arg Asp Leu Asn Cys Val Ala Ser Gly

180 185 190

Asp Leu Cys Val

195

Claims (49)

1.一种包含干扰素α (IFN-α)的药物组合物，其用于治疗具有对IFN-α治疗敏感的疾病并且具有对至少一种IFN-α应答标记阳性测验的个体，

其中所述IFN-α应答标记选自下面表1的IFN-α应答标记

PS SNP 更好的应答等位基因 杂合的IFN-α应答标记 纯合的IFN-α应答标记 rs12979860 T/C C C/T 基因型 C/C 基因型 rs28416813 G/C G G/C 基因型 G/G 基因型 rs8103142 A/G A A/G 基因型 A/A 基因型 rs12980275 A/G A A/G 基因型 A/A 基因型 rs8099917 A/C A A/C 基因型 A/A 基因型 rs12972991 T/G T T/G 基因型 T/T 基因型 rs8109886 A/C C C/A 基因型 C/C 基因型 rs4803223 T/C T T/C 基因型 T/T 基因型 rs12980602 A/G A A/G 基因型 A/A 基因型

。

2.干扰素α在制备药物中的应用，所述药物用于治疗具有对干扰素α (IFN-α)治疗敏感的疾病并且具有对至少一种IFN-α应答标记阳性测验的个体，

其中所述IFN-α应答标记选自表1中的IFN-α应答标记。

3.一种药物产品，其包含药物组合物和处方信息，

其中所述药物组合物包含干扰素α (IFN-α)，且所述处方信息包含遗传药理学指征，

其中所述遗传药理学指征包括，在至少一种IFN-α应答标记测验阳性的患者中，治疗对IFN-α治疗敏感的疾病，其中所述IFN-α应答标记选自表1中的IFN-α应答标记。

4.测验个体中至少一种IFN-α应答标记存在与否的方法，所述方法包括：从所述个体获得核酸样品，并测定所述核酸样品，以确定所述个体在表1的多态位点(PS)处的基因型，其中如果所述个体是所述PS的更好的应答等位基因杂合的或纯合的，则IFN-α应答标记存在，且如果所述个体是所述PS的其它等位基因纯合的，则IFN-α应答标记不存在。

5.如权利要求4所述的方法，所述方法另外包括：建立测验报告，所述测验报告指示所述个体在所述PS处的基因型。

6.一种选择疗法的方法，所述疗法用于治疗具有对干扰素α(IFN-α)治疗敏感的疾病的个体，所述方法包括：获得所述个体在选自表1中的多态位点的多态位点(PS)处的基因型，并基于测试步骤的结果来选择疗法，

其中如果所述个体在选择的PS处是更好的应答等位基因杂合的或纯合的，则选择的疗法包括使用IFN-α的初始治疗或连续治疗，且

其中如果所述个体在选择的PS处是其它等位基因纯合的，则选择的疗法包括：与至少一种不是IFN-α的其它治疗剂联合地施用IFN-α，或者选择的疗法排除基于IFN-α的治疗。

7.一种筛选方法，其用于从具有对IFN-α治疗敏感的疾病的个体组中选择个体进行使用干扰素α (IFN-α)的初始治疗或连续治疗，所述方法包括：测验所述疾病组的每个成员中至少一种IFN-α应答标记的存在，并选择IFN-α应答标记测验阳性的至少一个个体进行治疗，其中IFN-α应答标记的阳性测验是选自表1中的多态位点的至少一个多态位点(PS)的更好的应答等位基因的杂合基因型或纯合基因型。

8.一种试剂盒，其用于测验具有对干扰素α(IFN-α)治疗敏感的疾病的个体中的IFN-α应答标记存在与否，所述试剂盒包含寡核苷酸集合，所述寡核苷酸设计用于对选自表1中的多态位点的组的至少一个多态位点(PS)进行基因分型。

9.如权利要求8所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸是等位基因特异性寡核苷酸(ASO)探针。

10.如权利要求8或9所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸被固定在固体表面上。

11.如权利要求1-10中任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α应答标记选自表1中的纯合的IFN-α应答标记基因型。

12.如权利要求1-11中任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述对干扰素α治疗敏感的疾病是病毒感染。

13.如权利要求12所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述病毒感染是乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)的慢性感染。

14.如权利要求13所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述丙型肝炎病毒是HCV基因型1。

15.如权利要求1-11中任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述对IFN-α治疗敏感的疾病是癌症。

16.如权利要求15所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述癌症是黑素瘤、肾细胞癌 (RCC)或慢性粒细胞性白血病(CML)。

17.如权利要求16所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述癌症是黑素瘤。

18.如前述权利要求中的任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α是干扰素α-2a蛋白、干扰素α-2b蛋白、干扰素α-2c蛋白或共有的干扰素α蛋白。

19.如权利要求18所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α是聚乙二醇化的干扰素α-2a蛋白或白蛋白-干扰素α-2a 融合蛋白。

20.如权利要求19所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α是PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)或其生物类似物。

21.如权利要求18所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α是聚乙二醇化的干扰素α-2b或白蛋白-干扰素α-2b 融合蛋白。

22.如权利要求21所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α是PegIntron® (PEG干扰素α-2b)或其生物类似物。

23.如前述权利要求中的任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α被配制成用于肠胃外给药。

24.如权利要求23所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述对IFN-α治疗敏感的疾病是HCV基因型1的慢性感染，且所述IFN-α是PegIntron® (PEG干扰素α-2b)。

25.一种预测被HCV基因型1慢性感染的个体是否会对包含干扰素α-2和利巴韦林的联合治疗实现持续病毒应答(SVR)的方法，所述方法包括：

从所述个体获得核酸样品；

测定所述核酸样品，以确定患者的表1中的至少一个多态位点(PS)的基因型；并且

基于测定的基因型做出预测，

其中如果患者的基因型是更好的应答等位基因纯合的，则所述预测是所述个体可能实现SVR，如果患者的基因型是其它等位基因杂合的或纯合的，则所述预测是所述个体不可能实现SVR。

26.一种治疗个体的HCV基因型1慢性感染的方法，所述方法包括：

得到所述个体关于表1中的至少一个多态位点(PS)的基因型，并且

基于得到的基因型来开出治疗方案，

其中如果所述基因型是更好的应答等位基因纯合的，则所述治疗方案包括：给所述个体施用与利巴韦林联合的干扰素α，且

其中如果所述个体的基因型是其它等位基因杂合的或纯合的，则所述治疗方案包括：给所述个体施用与利巴韦林和至少一种非干扰素α的抗病毒剂联合的干扰素α，或者所述治疗方案排除基于干扰素-α的疗法。

27.如权利要求25或26所述的方法，其中所述干扰素α是聚乙二醇化的干扰素α-2a蛋白或白蛋白-干扰素α-2a 融合蛋白。

28.如权利要求27所述的方法，其中所述干扰素α是PEGASYS® (PEG干扰素α-2a)或其生物类似物。

29.如权利要求25或26所述的方法，其中所述干扰素α是聚乙二醇化的干扰素α-2b或白蛋白-干扰素α-2b 融合蛋白。

30.如权利要求29所述的方法，其中所述干扰素α是PegIntron® (PEG干扰素α-2b)或其生物类似物。

31.如权利要求26-30中任一项所述的方法，其中所述至少一种抗病毒剂是 HCV蛋白酶抑制剂。

32.如权利要求31所述的方法，其中所述HCV蛋白酶抑制剂是boceprevir或telaprevir。

33.如权利要求中31-32任一项所述的方法，其中如果所述个体的基因型是其它等位基因的杂合的或纯合的，则所述治疗方案排除基于干扰素-α的疗法，且包括至少2种直接的抗病毒剂的组合。

34.如权利要求33所述的方法，其中所述至少2种直接的抗病毒剂的组合包括HCV蛋白酶抑制剂和HCV 聚合酶抑制剂。

35.如权利要求26-32中任一项所述的方法，其中所述多态位点是rs8103142，且其中如果所述个体的基因型是G等位基因杂合的或纯合的，则所述治疗方案包括：给所述个体施用与利巴韦林和至少一种非干扰素α的治疗剂联合的干扰素α。

36.如权利要求35所述的方法，其中所述治疗剂是 IFN-λ3 Lys70药物组合物。

37.如权利要求1-36中任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述个体被分类为，在以前的干扰素α治疗以后，具有无应答表型。

38.如权利要求1-36中任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述个体是IFN-α治疗原初的。

39.如前述权利要求中的任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述个体自己鉴别为高加索人、非裔美国人、拉丁裔美国人或亚洲人。

40.如前述权利要求中的任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述个体自己鉴别为非裔美国人。

41.如前述权利要求中的任一项所述的药物组合物、应用、药物产品、方法或试剂盒，其中所述IFN-α应答标记在rs8103142处是纯合的A。

42.一种药物产品，其包含IFN-λ3 Lys70药物组合物和处方信息，所述处方信息阐明了所述药物组合物被推荐用于治疗受HCV感染并且具有在rs8103142处G等位基因的存在为阳性测验的个体，其中所述药物组合物包含IFN-λ3 Lys70 IFN-α多肽或编码IFN-λ3 Lys70 多肽的表达载体。

43.如权利要求42所述的药物产品，其中所述处方信息另外阐明了所述药物组合物用于与基于IFN-α的治疗联合使用。

44.如权利要求10所述的试剂盒，其中每个寡核苷酸被固定在单独的二氧化硅珠子上。

45.一种评估具有慢性HCV基因型1感染的患者对聚乙二醇化的IFN-α-2和利巴韦林的联合治疗实现持续病毒应答的概率的方法，所述方法包括：

得到患者的应答的遗传和临床应答指标集合，

将得到的指标输入计算机中，所述计算机对输入的指标运行逻辑回归模型，以计算评估的概率，并且

将评估的概率传递给患者或患者的医师，

其中所述患者自己鉴别为非裔美国人或高加索人，并且

其中所述遗传和临床应答指标集合由下述指标组成：患者在rs12979860 多态位点处的基因型、患者的基线HCV病毒载量、患者自己鉴别的种族和患者的基线纤维化的METAVIR评分，其中所述逻辑回归模型是

，其中

P: 实现SVR的概率；

G: rs12979860 基因型: TT=0, CT=1, CC=2；

V: 基线病毒载量 : ≥ 600,000 IU/mL =0, <600,000 IU/mL=1；

E: 种族: 非洲世系 =0, 高加索人 =1；且

F: 基线纤维化: METAVIR F3-4 = 0, F0-2 =1。

46.一种治疗诊断出急性丙型肝炎的个体的方法，所述方法包括：

获得所述个体关于rs12979860 多态位点的基因型，并基于得到的基因型做出治疗决定，

其中如果所述基因型是纯合的T，则所述治疗决定是，对患者开始抗病毒治疗，以及其中如果所述基因型是杂合的C或纯合的C，则所述治疗决定是，在所述个体被诊断出慢性HCV感染之前，拒绝抗病毒治疗。

47.如权利要求46所述的方法，其中所述个体被HCV基因型1感染。

48.如权利要求27-30中任一项所述的方法，其中如果患者的基因型是更好的应答等位基因纯合的，且所述患者在干扰素-α 利巴韦林联合治疗第4周和第12周时具有不可检测的HCV RNA，则所述联合治疗的总治疗时间是12至36周。

49.如权利要求27-30中任一项所述的方法，其中如果患者具有高基线病毒载量、是更好的应答等位基因纯合的、在干扰素-α 利巴韦林联合治疗第4周和第12周时具有不可检测的HCV RNA，则所述联合治疗的总治疗时间是24周。

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