KR20140014375A - 인터페론-알파 반응과 연관된 유전자 마커 - Google Patents

Abstract

본 발명은 인터페론 알파 (IFN-α)에 대한 유익한 반응과 연관된 인간 염색체 19 상의 유전자 마커를 제공한다. 이들 IFN-α 반응 마커는 IFN-α 제약 조성물 및 약품을 사용한 치료가 유익할 가능성이 큰 환자를 확인하기 위해, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 있는 환자의 치료 방법에서, 및 그러한 환자를 위해 가장 적합한 요법을 선택하기 위한 방법에서 특히 유용하다.

Description

인터페론-알파 반응과 연관된 유전자 마커{GENETIC MARKERS ASSOCIATED WITH INTERFERON-ALPHA RESPONSE}

본 발명은 인터페론 알파를 사용한 요법에 유익한 반응이 예측되는 인간 염색체 19 상의 유전자 마커에 관한 것이다.

본 섹션 및 본원의 임의의 섹션에서 임의의 문헌의 확인은 그러한 문헌이 본 발명에 대한 선행기술임을 인정하는 것이 아니다.

타입 I 인터페론 알파 (IFN-α) 패밀리의 단백질은 임상적으로 중요한 항바이러스, 항증식 및 면역조절 활성을 보이고, 다양한 IFN-α 단백질이 간염 및 암을 포함한 다양한 질병을 치료하기 위해 승인되었다. 원래 승인된 IFN-α 단백질의 짧은 혈장 반감기 때문에, 보다 장기 작용성 버전이 개발되었다: 특히, 호프만-라 로슈 (Hoffman-La Roche, 미국 뉴저지주 너틀리)에서 상표명 페가시스 (PEGASYS)?로 시판되는 페그인터페론 알파-2a; 쉐링-플로우 (Schering-Plough, 미국 뉴저지주 케닐워쓰)에서 상표명 페그인트론 (PegIntron)?으로 시판되는 페그인터페론 알파-2b; 및 휴먼 게놈 사이언시즈 (Human Genome Sciences)에서 후기 임상 개발 중인 알부페론 (Albuferon)? (인간 혈청 알부민 및 인터페론 알파-2b 사이의 융합체).

IFN-α 단백질은 정상 및 비정상 세포 모두에서 DNA 복제 및 RNA 및 단백질 합성을 비롯한 다양한 세포 기능을 수행한다. 따라서, IFN-α 요법의 세포독성 효과는 종양 또는 바이러스 감염된 세포에 제한되지 않고, 대신에 정상의 건강한 세포에서도 또한 나타난다. 그 결과, 특히 치료 효과를 달성하기 위해 고용량이 요구될 때, IFN-α 요법 동안 바람직하지 않지만 대개 가역적인 부작용이 발생한다. 예를 들어, IFN-α 단백질의 투여는 적혈구, 백혈구 및 혈소판 계수의 감소를 일으키고, 고용량은 일반적으로 독감-유사 증상 (예를 들어, 열, 피로, 두통 및 오한), 위장관 질환 (예를 들어, 식욕부진, 구역 및 설사), 기분 변화 및 간 효소의 변경을 일으킨다.

그러한 부작용은 IFN-α 기반 요법에서 일반적으로 요구되는 긴 치료 시간 때문에 특히 문제가 될 수 있다. 예를 들어, C형 간염 바이러스 (HCV) 감염에 대한 페그인터페론 알파/리바비린 조합 요법의 권장 지속기간은 HCV 유전자형 및 기준선 바이러스 부하 (viral load)에 따라 24 내지 48주이다. 환자를 8주 동안 매주 피하로 6 ㎍/kg 페그인터페론 알파-2b (유도상), 이어서 5년의 의도된 치료 지속기간 동안 매주 피하로 3 ㎍/kg (유지상)로 치료하는, 절제된 III기 흑색종에 대한 보조 요법으로서 페그인터페론 알파-2b의 최근에 완료된 임상 시험에 의해 입증되는 바와 같이, 특정 암 적응증에 대한 치료 지속기간은 훨씬 더 길 수 있다 (Eggermont A.M.M. et al., Lancet 372:117-126 [2008]).

문제가 되는 부작용의 가능성에 추가로, IFN-α 요법의 치료 효과는 특정 질병이 있는 환자들 사이에서 광범하게 변할 수 있다. 예를 들어, HCV에 대한 조합 페그인터페론 알파-2b/리바비린 요법은 HCV 유전자형 및 기준선 바이러스 부하에 의해 규정된 다양한 환자군에서 약 20% 내지 93%의 지속 바이러스 반응 (SVR)률을 생성시킨다. 또한, 아프리카인 혈통의 HCV 환자는 유럽인 혈통의 환자보다 유의하게 더 낮은 지속 바이러스 반응 (SVR)률을 가진다 (예를 들어, 문헌 [McCone, J. et al., Hepatology 48(4):430A-431A, Abstr. No. 268 (59th Ann. Mtg. Am. Assoc. Study Liver Dis., AASLD, San Francisco, CA, USA, Oct. 31 - Nov. 4, 2008)]; [Reid, A.E., Curr. Hepatitis Rep., Vol. 7, No. 3, pp. 120-126 (2008)]; [Jacobson, I.M. et al. Hepatology 46(4): 971 - 981 (2007)] 참조). 유사하게, 문헌 [Eggermont et al., 상기 문헌]에서는 보다 후기 질병의 환자보다 보다 초기의 III기 흑색종 환자에 대해 더 우수한 임상 성과, 특히 총 약 18-25%의 재발 위험 감소를 보고하였다.

따라서, IFN-α 요법을 사용하여 관찰된 부작용 및 가변적인 반응 및 감수성 프로필의 면에서, IFN-α 요법이 유익할 가능성이 큰 환자를 확인하는 방법이 필요하다. 본 발명은 이러한 필요를 다룬다.

<발명의 개요>

본 발명은 인간 염색체 영역 19q13.13 상의 몇몇 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)이 HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염된 환자에서 페그인터페론 알파/리바비린 치료에 대한 반응과 강하게 연관된다는 발견을 기초로 한다.

이들 SNP 중의 하나는 NCBI SNP 데이타베이스에서 rs12979860으로서 확인되는 C/T 다형성이다. rs12979860 다형성은 인터페론 람다 3 (IFN-λ3)을 코딩하는 인터류킨 28B (IL-28B) 유전자의 3 kb 상류에 위치한다. C 대립유전자의 존재는 더 우수한 치료 반응과 연관되고, 여기서 C/C 유전자형은 유럽인, 아프리카인 및 히스패닉 (Hispanic) 혈통의 HCV 환자에서 T/T 유전자형보다 각각 2배, 3배, 및 2배 더 우수한 지속 바이러스 반응 (SVR)과 연관된다. 더욱이, C/C 유전자형은 아프리카인 혈통의 집단에서보다 유럽인 혈통의 집단에서 실질적으로 더 고 빈도로 존재하므로, rs12979860 다형성은 PEG화 (pegylated) 인터페론 알파/리바비린 조합 요법에 대한 HCV 환자의 반응에서 집단간 차이의 유의한 성분을 설명한다. rs1279860 C 대립유전자의 빈도는 원인 미상의 C형 간염 상태를 갖는 무작위로 선택된 집단 샘플에 비해 HCV로 만성적으로 감염된 환자의 코호트 (cohort)에서 유의하게 감소되고, 이것은 C 대립유전자가 또한 C형 간염 유전자형 1의 자연적인 제거 (natural clearance)의 보다 큰 확률과 연관됨을 제안한다.

본 발명자들은 본원에서 rs12979860 및 19q13.13 상의 다른 SNP (이들은 자체가 SVR과 연관됨) 사이의 연관성을 또한 확인하였다. 이들 SNP 중 2개는 IL-28B 유전자 내에 있다: rs28416813 (ATG 출발 코돈의 37 염기 상류에 위치하는 G/C 다형성) 및 rs8103142 (도 4에 제시된 IFN-λ3 아미노산 서열 (서열 10)의 아미노산 위치 70에서 Lys 또는 Arg의 아미노산 다형성을 발생시키는 코딩 서열 내에 위치하는 A/G 다형성). rs8103142 다형성의 A 대립유전자는 IFN-λ3의 위치 70에서 Lys를 코딩하는 반면, G 다형성은 위치 70에서 Arg를 일으킨다. IFN-λ3의 최근 발표된 결정 구조에 기초하면 (Gad, H.H. et al., JBC 2009, published online on May 20, 2009 as Manuscript M109.002923), 본 발명자들은 Arg/Lys 변동이 AB 루프 (loop) (IFN-λR1에 대한 IFN-λ3의 결합에 관여하는 것 같은 영역)에서 일어나는 것으로 믿는다.

IFN-λ3 발현은 HCV 및 다른 바이러스로의 감염에 의해 유도되고, IFN-λ3은 생체 내에서 항바이러스 활성을 보이기 때문에, IL28B 유전자 내의 SNP가 후보 원인 다형성으로서 특히 중요하다 ([Sheppard, P. et al., Nature Immunol. 4(1):63-68 (2003)]; [Kotenko, S.V., et al., Nature Immunology 4(1):p. 69-77 (2003)]; [Ank, N., et al., J. Interferon & Cytokine Res. 26:373-379 (2006)]). 특히, Arg70 대립유전자와 IFN-α에 대한 보다 불량한 반응과의 연관성은 상기 대립유전자의 존재가 IFN-α 기반 요법에 대한 SVR을 달성하는데 관여되는, HCV에 대한 면역 반응의 필수 성분을 시작하는 개체의 능력에 부정적인 영향을 끼친다는 것을 제안한다. 이것은 Lys70 이소형에 비해 Arg70 이소형의 감소된 작용, Lys70 이소형의 작용으로 인한 Arg70 이소형의 방해, 또는 두 효과의 조합 때문일 수 있다. 혈청 내의 Arg70 이소형의 감소된 수준은 Lys70 이소형 또는 Arg70 이소형의 myc-태깅된 (tagged) 버전을 발현하도록 조작된 인간 세포주가 유의하게 더 많은 양의 Lys70 이소형을 분비하다는 본 발명자들의 발견을 감안하면 보다 불량한 반응 표현형에 대한 가장 가능성 있는 설명이다.

IFN-α 요법에 대한 반응과 연관된 SNP는 아래 표 1에 기재되어 있고, 표에서는 NCBI SNP 데이타베이스 명칭으로 확인된 SNP가 위치하는 다형성 부위 (PS), PS에서 발견된 대체 (alternative) 대립유전자, IFN-α 요법에 대한 보다 우수한 반응과 연관된 대립유전자, 및 상기 대립유전자를 포함하는 이종접합성 및 동종접합성 유전자형 (이를 본원에서 IFN-α 반응 마커로서 칭함)을 나열한다.

<표 1>

본 발명자들은 본원에서 개체를 표 1의 하나 이상의 IFN-α 반응 마커의 존재에 대해 시험하는 것이, Lys70 IFN-λ3 이소형의 수준을 증가시키거나 Arg70 IFN-λ3 이소형의 수준을 감소시키거나 또는 둘 모두를 수행하는 요법을 조합 인터페론 알파/리바비린 요법에 보충하면 유익할 수 있는, HCV로 만성적으로 감염된 개체를 확인하기 위해, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병에 대해 IFN-α 요법에 반응할 가능성이 큰 개체를 확인하는 것을 수반하는 다양한 약물유전학 제품 및 방법에서, 및 의사가 HCV로 급성 감염된 환자에 대해 항바이러스 요법을 처방할지 결정하는 것을 돕는데 있어서 유용할 것으로 생각한다.

따라서, 한 실시양태에서, 본 발명은 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가지며 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 개체를 치료하기 위한 인터페론 알파 (IFN-α)를 포함하는 제약 조성물을 제공한다.

또 다른 실시양태에서, 본 발명은 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가지며 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 개체를 치료하기 위한 의약의 제조에 있어서 IFN-α의 용도를 제공한다.

또 다른 실시양태에서, 본 발명은 IFN-α 제약 조성물, 및 제약 조성물이 권장되는 약물유전학적 표시 (indication)를 포함하는 처방 정보를 포함하는 약품을 제공한다. 약물유전학적 표시는 2가지 성분을 포함한다: 즉, 제약 조성물 내의 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병, 및 질병이 있고 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커를 갖는 것으로 유전적으로 규정된 환자.

본 발명은 또한 개체로부터 핵산 샘플을 얻고, 표 1의 적어도 하나의 다형성 부위에 대해 개체의 유전자형을 결정하기 위해 샘플을 분석하는 것을 포함하는, 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재에 대해 개체를 시험하는 방법을 제공한다.

또 다른 실시양태에서, 본 발명은 개체로부터 생물학적 샘플을 얻고, 생물학적 샘플을 아미노산 위치 70에서 Lys을 갖는 IFN-λ3의 존재 또는 아미노산 위치 70에서 Arg를 갖는 IFN-λ3의 존재에 대해 분석하는 것을 포함하는, rs8103142 PS에서 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재에 대해 개체를 시험하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 분석 단계는 생물학적 샘플을, 아미노산 위치 70에서 Lys을 갖는 IFN-λ3 및 아미노산 위치 70에서 Arg를 갖는 IFN-λ3을 구별할 수 있는 모노클로날 항체와 접촉시키는 것을 포함한다.

일부 실시양태에서, IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재에 대해 개체를 시험하는 방법은 분석된 다형성 부위에 대한 개체의 유전자형을 나타내는 시험 보고서를 작성하고, 임의로 시험 보고서를 개체 또는 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병에 대해 개체를 치료하는 의사에게 제공하는 것을 추가로 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 핵산 샘플 내에서 IFN-α 반응 마커를 검출하기 위한 키트를 제공한다. 키트는 IFN-α 반응 마커 내에서 다형성 부위에서 각각의 대립유전자를 확인하기 위해 설계된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드의 세트를 포함한다. 일부 실시양태에서, 핵산 샘플은 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 있는 환자로부터 얻어진다. 한 실시양태에서, 질병은 만성 HCV 감염이고, 대상체는 이전에 간 이식을 받았고, 핵산 샘플은 이식된 간의 간 생검으로부터 얻어진다. 또 다른 실시양태에서, 핵산 샘플은 만성 HCV 감염의 환자로의 이식을 위해 시험되는 공여자 간으로부터 얻어진다.

추가의 실시양태에서, 본 발명은 개체가 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커를 갖는지 결정하고, 시험 단계의 결과에 기초하여 요법을 선택하는 것을 포함하는, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가진 개체를 치료하기 위한 요법을 선택하는 방법을 제공하고, 여기서 개체에 IFN-α 반응 마커가 있으면, 선택된 요법은 IFN-α를 사용한 초기 치료 또는 지속 치료를 포함하고, 개체에 인터페론 IFN-α 반응 마커가 없으면, 선택된 요법은 IFN-α를 IFN-α가 아닌 적어도 하나의 다른 치료제와 조합으로 투여하는 것을 포함하거나 IFN-α-기반 요법을 배제한다.

본 발명은 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가진 개체의 군으로부터 IFN-α를 사용한 초기 치료 또는 지속 치료를 위한 개체를 선택하기 위한 스크리닝 방법을 또한 제공한다. 상기 스크리닝 방법은 질병 군의 각각의 구성원을 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커의 존재에 대해 시험하고 치료를 위해 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 적어도 하나의 개체를 선택하는 것을 포함한다.

각각의 상기 실시양태에서, IFN-α 반응 마커는 표 1에 제시된 임의의 이종접합성 및 동종접합성 IFN-α 반응 마커이다. 바람직한 실시양태에서, IFN-α 반응 마커는 동종접합성 반응 마커 중 하나이다. 한 바람직한 실시양태에서, IFN-α 반응 마커는 rs8103142 PS에서 A/A 유전자형 또는 rs28416813에서 G/G 유전자형이다. 다른 실시양태에서, IFN-α에 대한 반응의 예측은 표 1의 적어도 2개의 PS에 대한 IFN-α 반응 마커의 존재에 기초한다.

또 다른 실시양태에서, 본 발명은 만성 HCV 감염이 있는 환자가 IFN-α-2 및 리바비린을 포함하는 조합 요법에 반응할 것인지 예측하는 방법을 제공한다. 방법은 개체로부터 핵산 샘플을 얻고, 핵산 샘플을 표 1의 적어도 하나의 동종접합성 IFN-α 반응 마커의 존재에 대해 분석하고, 분석 단계의 결과에 기초하여 예측하는 것을 포함한다. 결과가 동종접합성 IFN-α 반응 마커의 존재에 대해 양성이면, 예측은 개체가 SVR을 달성하는 것 같다는 것이고, 결과가 동종접합성 IFN-α 반응 마커의 존재에 대해 음성이면 (예를 들어, 개체는 rs12979860 다형성 부위에서 C/T 유전자형 또는 T/T 유전자형을 가짐), 예측은 개체가 SVR을 달성할 것 같지 않다는 것이다. 한 실시양태에서, 환자는 이전에 간 이식을 받았고, 핵산 샘플은 이식된 간의 간 생검으로부터 얻어진다.

추가의 실시양태에서, 본 발명은 표 1의 적어도 하나의 다형성 부위에 대해 개체의 유전자형을 얻고 얻어진 유전자형에 기초하여 치료 요법을 처방하는 것을 포함하는, 만성 HCV 감염에 대해 개체를 치료하는 방법을 제공한다. 유전자형이 동종접합성 IFN-α 반응 마커 중 하나이면, 치료 요법은 개체에게 인터페론 알파를 리바비린과 조합으로 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 동종접합성 IFN-α 반응 마커를 갖는 개체에 대한 치료 요법은 개체에게 치료상 유효량의 PEG화 인터페론 알파, 리바비린 및 적어도 하나의 다른 항바이러스제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 다른 항바이러스제는 HCV 프로테아제 억제제 또는 HCV 중합효소 억제제이다. 얻어진 유전자형이 동종접합성 IFN-α 반응 마커가 아니면 (즉, 보다 불량한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면), 일부 실시양태에서 처방된 치료 요법은 인터페론 알파가 아닌 하나 이상의 항바이러스제를 포함하고, 일부 바람직한 실시양태에서 그러한 항바이러스제는 HCV 프로테아제 억제제, HCV 중합효소 억제제, 및 Lys70 IFN-λ3 이소형의 수준을 증가시키거나, Arg70 IFN-λ3 이소형의 수준을 감소시키거나 또는 둘 모두를 수행하는 치료제로부터 선택된다.

또 다른 실시양태에서, 본 발명은 IFN-λ3 Lys70 제약 조성물, 및 제약 조성물이 HCV로 감염되고 rs8103142에서 G 대립유전자의 존재에 대해 양성으로 시험되는 개체를 치료하기 위해 권장되는 것을 언급하는 처방 정보를 포함하는 약품을 제공한다. IFN-λ3 Lys70 제약 조성물은 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드 또는 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드를 코딩하는 발현 벡터를 포함한다. 바람직한 실시양태에서, 처방 정보는 IFN-λ3 Lys70 제약 조성물이 IFN-α-기반 요법과 조합으로 사용하기 위한 것임을 추가로 언급한다.

추가의 실시양태에서, 본 발명은 IFN-λ3 Arg 70의 활성을 특이적으로 중화시키지만 IFN-λ3 Lys 70의 활성은 중화시키지 않는 제약 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 아르기닌이 아미노산 위치 70에서 라이신을 치환한 도 4 (서열 10)의 아미노산 23-196을 포함하는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하여 중화시키지만, 라이신이 아미노산 위치 70에서 존재하는 서열 10의 아미노산 23-196을 포함하는 폴리펩티드에는 결합하지 않는 모노클로날 항체를 포함한다. 다른 실시양태에서, 중화성 제약 조성물은 IFN-λ3 Arg 70의 발현을 억제하지만 IFN-λ3 Lys 70의 발현은 억제하지 않는 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자는 안티센스 RNA, siRNA 또는 리보자임이다.

IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 만성 HCV 감염인 임의의 상기 조성물 및 방법의 일부 실시양태에서, 만성 HCV 감염은 유전자형 1 (G1 HCV), 유전자형 3 (G3 HCV) 또는 유전자형 4 (G4 HCV)로 이루어지는 군 중에서 선택되는 HCV 유전자형으로의 높은 기준선 바이러스 부하 감염이다.

상기 모든 실시양태에서, IFN-α는 바람직하게는 PEG화 IFN-α-2a 또는 PEG화 IFN-α-2b이고, 특히 바람직한 실시양태에서, IFN-α는 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 또는 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b)이다.

상기 모든 실시양태에서, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 있는 환자는 IFN-α를 사용한 선행 요법에 대해 적당하게 반응하지 못하였다.

상기 모든 실시양태에서, IFN-α 반응 마커에 대한 양성 시험은 IFN-α를 사용한 초기 또는 지속 요법에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하기 위해 IFN-α 요법에 대한 양성 반응의 하나 이상의 다른 예측자의 존재와 조합으로 사용될 수 있다.

추가의 실시양태에서, 본 발명은 만성 HCV 유전자형 1 감염이 있는 환자가 PEG화 IFN-α-2 및 리바비린을 사용한 조합 요법에 대해 지속 바이러스 반응을 달성할 확률을 추정하는 방법을 제공한다. 방법은 환자의 반응의 유전 및 임상 반응 예측자의 세트를 얻고, 수득된 예측자를 추정 확률을 계산하기 위해 입력된 예측자에 대해 로지스틱 (logistic) 회귀 모델을 실행하는 컴퓨터 내에 입력하고, 추정 확률을 환자 또는 환자의 의사에게 전송하는 것을 포함하며, 여기서 환자는 아프리카계 미국인 또는 백인 (Caucasion)으로서 자가-확인하고, 유전 및 임상 반응 예측자의 세트는 rs12979860 다형성 부위에서 환자의 유전자형, 환자의 기준선 HCV 바이러스 부하, 환자의 자가-확인된 민족성 및 기준선 섬유화에 대한 환자의 METAVIR 스코어로 이루어지고, 로지스틱 회귀 모델은 다음과 같다:

P: SVR을 달성하는 확률;

G: rs12979860 유전자형: TT=0, CT=1, CC=2;

V: 기준선 바이러스 부하: ≥ 600,000 IU/mL=0, <600,000 IU/mL=1;

E: 민족성: 아프리카인 혈통=0, 백인=1; 및

F: 기준선 섬유화: METAVIR F3-4=0, F0-2=1.

추가의 실시양태에서, 본 발명은 급성 HCV 감염으로 진단된 개체를 치료하는 방법을 제공한다. 방법은 rs12979860 PS에 대한 개체의 유전자형을 얻고, 얻어진 유전자형에 기초하여 치료 결정을 하는 것을 포함한다. 유전자형이 동종접합성 T이면, 치료 결정은 환자를 항바이러스 요법으로 시작하는 것이다. 유전자형이 이종접합성 C 또는 동종접합성 C이면, 치료 결정은 개체가 만성 HCV 감염으로 진단될 때까지 항바이러스 요법을 보류하는 것이다.

도 1은 HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염되고 페그인터페론 알파-2/리바비린 조합 요법으로 치료된 백인, 아프리카계 미국인 및 히스패닉 환자의 조합 군에서 지속 바이러스 반응 (SVR)의 유의한 결정자에 대한 단일-마커 유전자형 경향 시험 (trend test)의 결과를 예시한다. 상단 및 중간 그래프는 각각 게놈 범위 (genome wide) 및 염색체 19 분석으로부터의 모든 유전자형 결정된 SNP (Y축)의 p 값을 보여주고, 여기서 적색 수직선은 SVR과 게놈-범위 유의한 연관성을 보이는 SNP를 표시하고, 적색 화살표는 rs12979860 SNP를 표시한다. 하단 그래프는 수직 막대에 의해 확인된 염색체 19 상의 공지의 유전자의 위치를 보여주고, 여기서 IL-28B 유전자의 명칭 및 위치로 확인되는 몇몇 유전자를 청색 화살표로 표시한다. 추가의 상세한 내용은 실시예에 제공한다.
도 2는 HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염되고 페그인터페론 알파/리바비린 조합 요법으로 치료된 상이한 환자 군에서 rs12979860 다형성 부위에서 유전자형 (T/T, T/C 또는 C/C) (Y축) 및 SVR을 달성한 각각의 유전자형을 갖는 환자의 백분율 (X축 및 파이 챠트) 사이의 연관성을 도시한 것이다. 추가의 상세한 내용은 실시예에 제공한다.
도 3은 다양한 민족 군에서 지속 바이러스 반응 (SVR) 비율 및 rs12979860 C 대립유전자 빈도를 예시하고, 여기서 백인, 히스패닉 및 아프리카계 미국인에서 SVR 비율은 본원의 실시예에 설명된 2개의 임상 연구에서 취하고, 동아시아인에서 SVR 비율은 문헌 [Liu, C.H. et al., Pegylated interferon-alpha-2a plus ribavirin for treatment-naive Asian patients with hepatitis C virus genotype 1 infection: a multicenter, randomized controlled trial. Clin Infect Dis 47, 1260-9 (2008)]에서 채택하였다. 추가의 상세한 설명은 실시예에 제공한다.
도 4는 인간 전구체 인터류킨 28B (IFN-람다 3): 196 아미노산 NCBI 참조 서열 NP_742151.2, GI:28144901 (서열 10)에 대한 참조 아미노산 서열을 예시하고, 여기서 예측된 신호 펩티드를 밑줄치고, 2009년 6월 15일자로 NCBI SNP 데이타베이스에 보고된 변이체 아미노산 위치의 위치를 참조 서열에서 굵은 글자체로 표시하고, 변이체 대립유전자의 정체성을 변이체 아미노산 위치 아래에 굵은 글자체로 표시한다.
도 5는 293 T 세포에서 myc-태깅된 구성체로서 발현될 때 IFN-λ3 Lys70 이소형에 비해 IFN-λ3 Arg70 이소형의 감소된 분비를 예시하고, 여기서 도 5A는 표시된 발현 구성체로의 형질감염 후 48시간에 상등액 내에 존재하는 총 단백질의 쿠마지 블루 (Coomassie Blue)-염색된 겔을 보여주고, 도 5B는 항-myc 항체로 프로빙된 이중 겔의 웨스턴 (Western) 블롯을 보여준다.

<발명의 상세한 설명>

I. 정의

본 발명이 보다 쉽게 이해될 수 있도록, 특정 기술 및 학술 용어를 아래에서 구체적으로 정의된다. 본 명세서에서 구체적으로 달리 규정되지 않으면, 본원에서 사용되는 모든 다른 기술 및 학술 용어는 본원에서 사용되는 바와 유사한 맥락에서 사용될 때 본 발명이 속하는 기술 분야의 숙련인에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 갖는다.

첨부되는 청구의 범위를 비롯하여 본원에서 사용되는 바와 같이, 부정관사 ("a", "an") 및 정관사 ("the")와 같은 단어의 단수 형태는 본원에서 명백하게 달리 나타내지 않으면 그의 대응하는 복수 형태를 포함한다.

수치적으로 규정되는 파라미터, 예를 들어 본원에서 논의되는 치료제의 투여량, 또는 치료 기간을 수식하기 위해 사용될 때 "약"은 파라미터가 해당 파라미터에 대해 언급된 수치의 10% 이상 또는 미만만큼 상이할 수 있음을 의미한다. 예를 들어, HCV 환자의 치료에 사용되는 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b)의 약 1.5 ㎍/kg의 투여량은 1.30 ㎍/kg 내지 1.65 ㎍/kg으로 가변적이다.

"대립유전자"는 그의 특정 뉴클레오티드 서열에 의해 다른 형태와 구별되는 유전자 또는 다른 유전자좌의 특정 형태이고, 용어 대립유전자는 또한 다형성 부위에서 발견되는 선택적 다형성 (예를 들어, SNP)을 포함한다.

"유익한 결과"는 다음을 포함하고 이로 제한되지 않는, IFN-α를 사용한 치료의 목적하는 임상 결과를 의미한다: 하나 이상의 질병 증상의 경감, 질병의 정도 감소 (예를 들어, 바이러스 부하의 감소), 질병의 안정화된 (즉, 악화되지 않는) 상태, 느린 질병 진행, 질병 상태의 개선 또는 완화, 생존 연장 (치료되지 않은 경우 예상되는 생존에 비해), 무재발 생존, 완화 (부분적인 또는 전체적인) 및 치유 (즉, 질병의 제거).

명세서 및 청구의 범위의 전체에 걸쳐 사용되는 "본질적으로 이루어지다" 및 "본질적으로 이루어진다 또는 "본질적으로 이루어지는"과 같은 변형 표현은 임의의 언급된 요소 또는 일군의 요소의 포함, 및 명시된 투여 요법, 방법, 또는 조성물의 기본적인 또는 신규한 특성을 실질적으로 변경하지 않는, 언급된 요소 이외의 유사한 또는 상이한 특성의 다른 요소의 선택적인 포함을 나타낸다.

"개체" 또는 "동물" 또는 "환자" 또는 "포유동물"은 임의의 특허청구된 조성물 및 방법이 필요하거나 유익할 수 있는 임의의 대상체, 특히 포유동물 대상체를 의미한다. 바람직한 실시양태에서, 개체는 인간이다. 보다 바람직한 실시양태에서, 개체는 성인 인간, 즉, 18세 이상의 인간이다.

"IFN-α 반응"은 다음을 포함하고 이로 제한되지 않는, IFN-α를 사용한 치료의 목적하는 임상 결과를 의미한다: 하나 이상의 질병 증상의 경감, 질병의 정도 감소, 질병의 안정화된 (즉, 악화되지 않는) 상태, 느린 질병 진행, 질병 상태의 개선 또는 완화, 생존 연장 (치료되지 않은 경우 예상되는 생존에 비해), 무재발 생존, 완화 (부분적인 또는 전체적인) 및 치유 (즉, 질병의 제거).

"IFN-α 치료 경험없는"은 본원에 기재된 임의의 실시양태에 따라 치료 또는 시험되는 개체 또는 환자가 임의의 실험 또는 승인된 IFN-α 약품을 비롯하여 임의의 IFN-α로 이전에 치료된 적이 없음을 의미한다.

"인터페론-람다 3" 또는 "IFN-λ3"은 서열 10의 아미노산 23-196 (도 4의 인접하는 아미노산)을 포함하는 폴리펩티드를 의미하고, 도 4에 제시된 하나 이상의 변이체 위치의 참조 아미노산이 변이체 아미노산으로 치환된 서열 10의 천연 대립유전자 변이체를 포함한다. IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드는 도 3의 아미노산 위치 70에 라이신을 갖는 IFN-λ3 이소형이고, IFN-λ3 Arg70 폴리펩티드는 도 4의 아미노산 위치 70에 아르기닌을 갖는 IFN-λ3 이소형이다. 본원에 기재된 치료 조성물 및 방법의 측면에서, 용어 "IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드"는 아미노산 백본이 하나 이상의 바람직한 특성, 예를 들어 보다 긴 생체내 반감기 또는 감소된 면역원성을 제공하기 위해 다른 분자에 공유 부착된 그의 유도체를 포함한다. 본 발명에 유용한 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드 유도체의 비제한적인 예는 글리코실화된 유도체, PEG화 유도체, 및 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드와 비-인터페론 단백질, 예를 들어 인간 혈청 알부민 또는 IgG 사이의 융합체이다. 본원에 기재된 치료 조성물 및 방법의 측면에서, 용어 "IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드"는 또한 미국 특허 7,517,961에 기재된 바와 같이 단일 디술파이드 결합 패턴을 갖는 IFN-λ3 Lys70 조성물의 재조합 생산을 용이하게 하기 위해 서열 10의 7개의 시스테인 잔기 중 하나 이상의 잔기가 또 다른 아미노산으로 교체된 시스테인 돌연변이체를 포함한다. 바람직한 시스테인 돌연변이체는 서열 10의 제2 또는 제3 Cys 잔기의 세린, 알라닌, 트레오닌, 발린 또는 아스파라긴으로의 교체를 포함한다.

"IFN-λ3 Lys70 제약 조성물"은 제약상 허용되는 담체, 희석제 또는 부형제 및 (1) IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드 또는 (2) 적어도 하나의 인간 조직에서 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드의 발현을 유도할 수 있는 프로모터 서열에 작동가능하게 연결된 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 발현 벡터를 의미한다. 바람직한 실시양태에서, 인간 조직은 간이다.

"단리된"은 일반적으로 생물학적 분자, 예를 들어 RNA, DNA, 올리고뉴클레오티드, 또는 단백질의 정제 상태를 반영하기 위해 사용되고, 상기 측면에서 다른 생물학적 분자, 예를 들어 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 또는 세포 파쇄물 및 성장 배지와 같은 다른 물질이 분자에 실질적으로 존재하지 않음을 의미한다. 일반적으로, 용어 "단리된"은 본 발명의 방법을 실질적으로 방해하는 양으로 존재하지 않는 한, 다른 생물학적 분자 또는 물질의 완전한 부재 또는 물, 버퍼, 또는 염의 부재를 의미하고자 의도되지 않는다.

"로커스"는 염색체 또는 유전자에 대응하는 DNA 분자 상의 위치, 다형성 부위와 같은 물리적 특징, 또는 표현형 특징과 연관된 위치를 의미한다.

"뉴클레오티드 쌍"은 개체로부터의 2 카피의 염색체 상의 다형성 부위에서 발견되는 2개의 뉴클레오티드 (동일하거나 상이할 수 있는)의 세트이다.

"올리고뉴클레오티드"는 일반적으로 길이가 5 내지 100개의 인접하는 염기, 가장 빈번하게는 10-50, 10-40, 10-30, 10-25, 10-20, 15-50, 15-40, 15-30, 15-25, 15-20, 20-50, 20-40, 20-30 또는 20-25개의 인접하는 염기인 핵산을 의미한다. 올리고뉴클레오티드의 서열은 로커스의 임의의 대립유전자 형태에 특이적으로 혼성화하도록 설계될 수 있고; 상기 올리고뉴클레오티드는 대립유전자-특이적 프로브로서 언급된다. 로커스가 SNP를 포함하는 PS인 경우, SNP에 대한 상보성 대립유전자는 대립유전자-특이적 프로브 내의 임의의 위치에서 발생할 수 있다. 본 발명을 실시하는데 유용한 다른 올리고뉴클레오티드는 PS에 인접하는 표적 영역에 특이적으로 혼성화하고, 그의 3' 말단은 PS로부터 1개 내지 약 10개, 바람직하게는 약 5개 이하의 뉴클레오티드에 위치한다. PS에 인접하여 혼성화하는 상기 올리고뉴클레오티드는 중합효소-매개된 프라이머 연장 방법에 유용하고, 본원에서 "프라이머-연장 올리고뉴클레오티드"로 언급된다. 바람직한 실시양태에서, 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드의 3-말단은 PS에 바로 인접하여 위치하는 뉴클레오티드에 상보성인 데옥시뉴클레오티드이다.

"비경구 투여"는 정맥내, 피하, 또는 근육내 주사를 의미한다.

"제약상 허용되는"은 "일반적으로 안전한 것으로 간주되는" - 예를 들어 생리학상 허용되고 인간에게 투여시에 일반적으로 알레르기 또는 유사한 부적당한 반응, 예를 들어 급성 위연동 이상항진 (gastric upset) 등을 야기하지 않는 분자 엔티티 (entity) 및 조성물을 의미한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 용어는 미국 연방 또는 주 정부의 감독 기관에 의해 승인되거나 미국 약전 또는 동물, 보다 특히 인간에 사용하기 위한 또 다른 일반적으로 승인된 약전에 열거된 분자 엔티티 및 조성물을 의미한다.

"다형성 부위" 또는 "PS"는 다형성, 예를 들어, 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP), 제한 단편 길이 다형성 (RFLP), 가변적인 수의 직렬 반복체 (VNTR), 디뉴클레오티드 반복체, 트리뉴클레오티드 반복체, 테트라뉴클레오티드 반복체, 단순 서열 반복체, 삽입 요소, 예를 들어 Alu, 및 하나 이상의 뉴클레오티드의 결실 또는 삽입이 발견되는 유전자좌 또는 유전자 내의 위치를 의미한다. PS 전후에는 일반적으로 관심 있는 집단 내에서 고도로 보존된 서열이 존재하고, 따라서 PS의 위치는 일반적으로 SNP의 경우에 일반적으로 "SNP 콘텍스트 (context) 서열"로서 지칭되는, PS를 포괄하는 30 내지 60개의 뉴클레오티드의 컨센서스 핵산 서열과 관련하여 언급된다. 또한, PS의 위치는 단백질 번역을 위한 개시 코돈 (ATG)과 관련한, 컨센서스 또는 참조 서열 내의 그의 위치에 의해 확인될 수 있다. 당업자는 컨센서스 또는 참조 서열에 비해 개체 내의 하나 이상의 삽입 또는 결실의 존재 때문에 특정 PS의 위치가 관심 있는 집단 내의 각각의 개체의 참조 또는 콘텍스트 서열 내의 정확하게 동일한 위치에서 발생하지 않을 수 있음을 이해한다. 더욱이, 당업자에게 검출되는 PS의 대체 대립유전자의 종류 및 PS가 발생하는 참조 서열 또는 콘텍스트 서열의 하나 또는 둘 모두가 제공될 때, 당업자는 임의의 제시된 개체에서 다형성 부위의 대체 대립유전자를 검출하기 위한 강력하고 특이적인 정확한 분석을 일상적인 방식으로 설계할 수 있다. 따라서, 당업자는 참조 또는 콘텍스트 서열 내의 특정 위치를 참고로 하여 (또는 상기 서열 내의 개시 코돈에 대해) 본원에 기재된 임의의 PS의 위치를 특정하는 것은 단지 편의를 위한 것이고, 임의의 구체적으로 나열된 뉴클레오티드 위치는 본원에 기재된 임의의 유전자형 결정 (genotyping) 방법 또는 당업계에 공지된 다른 유전자형 결정 방법을 사용하여 본 발명의 유전자 마커의 존재 또는 부재에 대해 시험되는 임의의 개체 내의 동일한 유전자좌 내에 동일한 PS가 실제로 위치하는 모든 뉴클레오티드 위치를 문자 그대로 포함함을 이해할 것이다.

"치료하다" 또는 "치료하는"은 치료제를 필요로 하는 개체에게 치료제, 예를 들어 본원에 기재된 임의의 인터페론 알파 단백질을 함유하는 조성물을 내부에서 또는 외부에서 투여하는 것을 의미한다. 치료제를 필요로 하는 개체는 치료제를 사용하여 치료될 수 있는 병태 또는 질환이 있거나 발생할 위험이 있는 것으로 진단된 개체, 및 제2 치료제를 사용하여 경감될 수 있는, 제1 치료제를 사용한 치료의 하나 이상의 유해 효과가 있거나 발생할 위험이 있는 개체를 포함한다. 일반적으로, 치료제는 하나 이상의 유익한 결과를 생성하기에 효과적인 양을 의미하는 치료상 유효량으로 투여된다. 특정 치료제의 치료 유효량은 치료되는 환자의 질병 상태, 연령 및 체중, 및 환자의 감수성, 예를 들어 치료제에 반응하는 능력과 같은 인자에 따라 상이할 수 있다. 유익한 또는 임상 결과의 달성 여부는 표적 질병, 증상 또는 유해 효과의 존재, 중증도 또는 진행 상태를 평가하기 위해 의사 또는 다른 숙련된 의료 제공자에 의해 일반적으로 사용되는 임의의 임상 측정치에 의해 평가될 수 있다. 일반적으로, 치료제의 치료상 유효량은 기준선 상태에 비해, 또는 치료되지 않은 경우에 예상된 상태에 비해 관련 임상 측정치(들)의 적어도 5%, 일반적으로 적어도 10%, 보다 일반적으로 적어도 20%, 가장 일반적으로 적어도 30%, 바람직하게는 적어도 40%, 보다 바람직하게는 적어도 50%, 가장 바람직하게는 적어도 60%, 이상적으로는 적어도 70%, 보다 이상적으로는 적어도 80%, 가장 이상적으로는 적어도 90%의 개선을 야기할 것이다. 본 발명의 특정 실시양태 (예를 들어, 치료 방법 또는 제조품)가 모든 환자에서 목적하는 임상 이익 또는 결과를 달성할 수는 없을 수 있지만, 스튜던츠 (Student's) t-시험, chi²-시험, 만 및 휘트니 (Mann and Whitney)에 따른 U-시험, 크루스칼-월리스 (Kruskal-Wallis) 시험 (H-시험), 욘키레-테릅스트라 (Jonckheere-Terpstra)-시험 및 윌콕슨 (Wilcoxon)-시험과 같이 당업계에 공지된 임의의 통계 시험에 의해 결정될 때 통계상 유의한 수의 환자에서 달성되어야 한다.

만성 HCV 감염의 치료의 측면에서 "바이러스 부하"는 환자의 혈청 내의 HCV RNA의 양을 의미한다 (당업계 및 본원에서 혈청 HCV RNA 및 HCV 바이러스 부하로도 언급됨). 바이러스 부하는 바람직하게는 정량적 RT-PCR 분석, 예를 들어, 본원의 실시예 섹션에서 설명되는 분석 또는 상이한 방법을 사용하지만 일반적으로 동등하거나 유사한 결과를 제공하는 것으로 당업계에서 수용되는 임의의 다른 분석을 사용하여 측정된다. 보다 바람직하게는, 개체의 HCV 바이러스 부하를 측정하기 위해 사용되는 RT-PCR 분석은 약 29 국제 단위/mL (IU/ ml) 또는 그 미만의 정량 하한 (LLQ)을 갖는다. 기준선 및 항바이러스 요법을 사용한 치료 동안의 다양한 시점에서 환자의 HCV 바이러스 부하를 정량하는 것은 본원에서 규정되는 바와 같은 높은 기준선 바이러스 부하를 환자가 갖는지 분류하고, 환자를 본원에 기재된 임의의 하나의 바이러스 반응 표현형을 비롯한 바이러스 반응 표현형으로 지정하는데 유용하다.

"기준선 바이러스 부하"는 하나 이상의 항바이러스제를 사용한 요법의 개시 전의 혈청 HCV RNA 수준을 의미한다. "높은 기준선 바이러스 부하"는 일반적으로 환자를 만성 HCV 바이러스 감염의 치료가 어려운 환자로 분류하는 것으로서 당업계에서 이해되는 HCV RNA의 양을 의미한다. 환자를 간접 페그인터페론 알파/리바비린 요법의 측면에서 치료가 어려운 것으로 분류하기 위해 사용된 2개의 기준선 바이러스 부하 값은 >600,000 IU/ml 및 >800,000 IU/ml이다. 최근에, 환자를 치료가 어려운 것으로 분류하기 위해 사용된 바이러스 부하는 >400,000 IU/ml이다.

"검출될 수 없는 HCV RNA"는 검출 (LLD) 하한이 약 10 IU/ml 또는 그 미만인 RT-PCR 분석 또는 상이한 방법을 사용하지만 일반적으로 동등하거나 유사한 감수성을 제공하는 것으로 당업계에서 수용되는 임의의 다른 분석을 사용하여 HCV RNA가 검출되지 않음을 의미한다.

만성 HCV 감염의 치료의 측면에서 "바이러스 반응"은 항바이러스 요법의 개시 후에 혈청 HCV RNA의 수준 감소를 의미한다.

일부 실시양태에서, 항바이러스 요법은 인터페론 알파를 포함한다. 다른 실시양태에서, 요법은 인터페론 알파 및 하나 이상의 추가의 항바이러스제를 포함한다. 인터페론 알파를 포함하는 조합 요법은 당업계에서 빈번하게 인터페론-알파 기반 요법으로 언급된다. 다른 실시양태에서, 측정되는 바이러스 반응은 인터페론 알파를 포함하지 않는 항바이러스 요법에 대한 반응이다. 바람직한 바이러스 반응 표현형은 급속 바이러스 반응 (RVR), 초기 바이러스 반응 (EVR), 치료 종료 반응 (ETR), 지속 바이러스 반응 (SVR), 느린 반응, 무 (null) 반응, 비반응 (NR) 및 재발이다. 이들 반응 표현형의 정의 및 평가를 위한 시점은 아래에서 설명된다. 일부 실시양태에서, HCV 치료는 간접적인 항바이러스 요법, 예를 들어 조합 페그인터페론 알파/리바비린 요법의 도입기, 이어서 "직접적인 항바이러스 요법" (본원에서 사용되는 바와 같이, 이 요법은 하나 이상의 간접적인 항바이러스제, 예를 들어 PEG화 인터페론 및 리바비린과 임의로 조합되어 적어도 하나의 직접적인 항바이러스제, 예를 들어 HCV 프로테아제 억제제의 투여를 포함함을 의미함)을 포함한다. 상기 다상 치료 요법에서, 아래에서 설명되는 바이러스 반응 시점은 도입 치료기를 포함하지 않고; 직접적인 항바이러스 요법을 사용한 치료의 길이를 나타낸다.

예를 들어 PEG화 인터페론-알파 및 리바비린을 포함하는 간접적인 항바이러스 조합 요법의 측면에서 "급속 바이러스 반응" 또는 "RVR"은 4주의 치료 종료시에 검출될 수 없는 혈청 HCV RNA를 의미한다.

"초기 바이러스 반응" 또는 "EVR"은 12주의 항바이러스 요법의 종료시에 2 로그 (log) 이상의 혈청 HCV RNA의 감소를 의미하고, "완전 EVR"은 12주의 항바이러스 요법의 종료시에 검출될 수 없는 혈청 HCV RNA를 의미한다.

"치료 종료 반응 또는 "ETR"은 항바이러스 요법의 종료, 바람직하게는 본원에 기재된 임의의 치료 요법의 종료시에 또는 감독 기관이 승인한 처방 정보에서 권장된 임의의 치료 요법의 종료시에 검출될 수 없는 혈청 HCV RNA를 의미한다. ETR 시점의 비-제한적인 예는 12, 16, 24, 36 및 48주이다.

"지속 바이러스 반응" 또는 "SVR"은 항바이러스 요법의 종료시에 및 항바이러스 요법을 종료하고 최대 24주 후에 검출될 수 없는 혈청 HCV RNA를 의미한다. 일부 실시양태에서, SVR은 항바이러스 요법을 종료하고 12주 후에 측정된다. SVR은 또한 문헌 [Dr. Steven L. Flamm in the Journal of the American Medical Association, Vol. 289, No. 18, pp. 2413 to 2417 (2003)]에 설명되어 있다.

PEG화 인터페론 알파/리바비린 조합 요법의 측면에서 "느린 반응"은 12주의 항바이러스 요법의 종료시에 계속 검출가능하지만 2 로그 이상의 혈청 HCV RNA의 감소 및 24주의 항바이러스 요법의 종료시에 검출될 수 없는 혈청 HCV RNA를 의미한다.

"무 반응"은 각각 4주 및 12주의 항바이러스 요법의 종료시에 1 로그 미만의 혈청 HCV RNA의 감소 및/또는 2 로그 미만의 혈청 HCV RNA의 감소를 의미한다.

"비반응" 또는 "NR"은 최소 12주의 항바이러스 요법 내내 검출가능한 HCV RNA의 존재를 의미한다. 비반응 표현형은 일반적으로 혈청 HCV RNA가 항바이러스 요법의 4주 종료시에 및 12주 종료시에 검출가능할 경우에 지정된다.

"재발"은 치료 종료 반응 (ETR) 12주 또는 24주 후를 포함하고 이로 제한되지 않는, ETR 후 임의의 시간에 검출가능한 HCV RNA의 존재를 의미한다.

II. 본 발명의 IFN -α 반응 마커의 유용성

본원에 기재된 반응 마커의 표현형 효과는 하나 이상의 상기 마커의 존재 또는 부재에 기초하여 선택된 환자에서 조사용의 또는 이전에 승인된 인터페론 알파 약물의 임상 시험, 적어도 하나의 이들 반응 마커가 존재하는 환자의 치료를 위한 인터페론 알파를 포함하는 제약 조성물 및 약품, 진단 방법, 및 환자가 이들 마커 중 하나 이상을 갖는지에 기초하여 환자의 약물 요법을 맞추는 약물유전학적 치료 방법을 포함하고 이로 제한되지 않는 다양한 상업적인 용도에서 이들 마커의 사용을 지지한다.

본원에서 특허청구되는 임의의 상업적인 용도의 유용성은 본 발명의 유전자 마커의 존재와 인터페론 알파를 투여한 개체의 100%에서 인터페론 알파에 대한 목적하는 반응의 발생 사이에 상호관계를 필요로 하지 않고, 또한 반응 마커의 존재 또는 부재를 결정하는데 있어서 진단 방법 또는 키트가 모든 개체에서 특이적인 정도의 특이성 또는 감수성을 가질 것을 필요로 하지도 않으며, 개체가 인터페론 알파에 대해 유익한 반응을 보일 가능성이 있는지를 모든 개체에 대해 예측할 때 본원에서 특허청구되는 진단 방법이 100% 정확할 것을 필요로 하지도 않는다. 따라서, 본 발명자들은 본원에서 용어 "결정하다", "결정하는" 및 "예측하는"이 명확한 또는 특정 결과를 필요로 하는 것으로서 해석되지 않아야 하고, 그 대신에 이들 용어는 특허청구된 방법이 대부분의 개체에 대해 정확한 결과를 제공하거나 또는 임의의 제시된 개체에 대한 결과 또는 예측이 부정확하기보다는 정확할 가능성이 더 큼을 의미하는 것으로 고려되어야 함을 의도한다.

바람직하게는, 본 발명의 진단 방법에 의해 제시되는 결과의 정확성은 방법이 사용되는 특정 용도에 적합한 것으로 숙련된 당업자 또는 감독 당국이 간주하는 것이다. 유사하게, 특허청구된 약품 및 치료 방법의 유용성은 이들이 특허청구된 또는 목적하는 효과를 모든 개체에서 생성할 것을 필요로 하지 않고; 단지 필요한 것은 임상의의 전문적인 판단을 모든 적용가능한 기준과 일치하도록 적용할 때 제시된 개체를 특허청구된 방법에 따라 또는 특허청구된 약품으로 치료시에 특허청구된 효과를 달성할 가능성이 치료 또는 약품의 처방을 인가할 수 있을 정도로 충분히 높다고 임상의가 결정하는 것이다.

A. 본 발명의 IFN -a 반응 마커에 대한 시험

IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재는 당업계에 일반적으로 공지된 임의의 다양한 유전자형 결정 기술에 의해 검출될 수 있다. 일반적으로, 상기 유전자형 결정 기술은 관심 있는 PS를 함유하거나 이에 인접하는 영역에 상보성인 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 이용한다. 관심 있는 특정 PS의 유전자형 결정에 사용되는 올리고뉴클레오티드의 서열은 일반적으로 PS에 대한 콘텍스트 서열에 기초하여 설계된다.

특정 개체에서 표 1에서 확인되는 임의의 다형성 부위의 위치는 관심 있는 PS를 둘러싸는 참조 코딩 또는 게놈 DNA 서열 내의 또는 하기 표 2에 제시된 콘텍스트 서열 중의 하나, 또는 이들의 상보성 서열 내의 관심 있는 PS의 위치에 대응하는 위치이다. 표 1의 PS의 유전자형 결정을 위한 올리고뉴클레오티드 설계에 유용한 보다 긴 콘텍스트 서열은 2009년 5월 19일 현재 NCBI SNP 데이타베이스에 나열된 콘텍스트 서열이다. IFN-λ3에 대한 참조 코딩 및 아미노산 서열은 2009년 5월 19일의 NCBI 뉴클레오티드 데이타베이스 내의 GenBank 기탁 번호 AY129149 (버전 Y129149.1, GI:25527104)에 제시된 것이다.

<표 2>

당업자에 의해 인식되는 바와 같이, 특정 PS를 함유하는 핵산 샘플은 상보성 이중 가닥 분자일 수 있고, 따라서 센스 가닥 상의 특정 부위에 대한 언급은 상보성 안티센스 가닥 상의 대응하는 부위도 언급하는 것이다. 이와 유사하게, 염색체의 한 가닥의 두 카피 상의 PS에 대해 수득된 특정 유전자형에 대한 언급은 다른 가닥의 두 카피 상의 동일한 PS에 대해 수득된 상보성 유전자형과 동등한 것이다. 따라서, IL28B 유전자에 대한 코딩 가닥 상의 rs8103142 PS에 대한 A/A 유전자형은 비코딩 가닥 상의 PS에 대한 T/T 유전자형과 동등한 것이다.

본원에서 언급된 콘텍스트 서열 및 그의 상보성 서열은 개체가 표 1에서 확인되는 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성인지 동종접합성인지 결정할 수 있도록 허용하는 당업계에 잘 알려진 임의의 다양한 방법을 사용하여 관심 있는 인간 대상체로부터 얻어진 핵산 샘플에서 표 1의 다형성 부위의 유전자형을 결정하기 위한 프로브 및 프라이머를 설계하기 위해 사용될 수 있다. 상기 방법에 이용되는 핵산 분자는 일반적으로 RNA, 게놈 DNA, 또는 RNA로부터 유도되는 cDNA를 포함한다.

일반적으로, 유전자형 결정 방법은 관심 있는 하나 이상의 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 쌍의 정체성을 결정하기 위해 개체로부터 얻은 생물학적 샘플로부터 제조된 핵산 샘플의 분석을 수반한다. 핵산 샘플은 실질적으로 임의의 생물학적 샘플로부터 제조될 수 있다. 예를 들어, 편리한 샘플은 전체 혈청, 정액, 타액, 눈물, 대변, 소변, 땀, 구강내 물질, 피부 및 모발을 포함한다. 체세포는 관심 있는 PS에 존재하는 두 대립유전자의 정체성의 결정을 허용하기 때문에 바람직하다.

핵산 샘플은 당업자에게 공지된 임의의 기술을 사용하는 분석을 위해 제조될 수 있다. 바람직하게는, 상기 기술은 핵산 분자 내의 목적하는 다형성 부위(들)에 대한 유전자형의 결정을 위해 충분히 순수한 게놈 DNA를 단리한다. 상기 결정의 감수성 및 특이성을 향상시키기 위해서, 유전자형이 결정되는 PS를 함유하는 표적 영역을 핵산 샘플로부터 증폭하는 것이 종종 바람직하다. 핵산 단리 및 증폭 기술은 예를 들어 문헌 [Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (2001)]에서 볼 수 있다.

중합효소 연쇄 반응 (PCR) 기술을 포함하고 이로 제한되지 않는, 당업자에게 공지된 임의의 증폭 기술이 본 발명의 실행시에 사용될 수 있다. PCR은 당업자에게 공지된 물질 및 방법을 사용하여 수행될 수 있다 (일반적으로, 문헌 [PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification (ed. H. A. Erlich, Freeman Press, NY, N. Y., 1992)]; [PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (eds. Innis, et al., Academic Press, San Diego, Calif., 1990)]; [Matilla et al., Nucleic Acids Res. 19: 4967 (1991)]; [Eckert et al., PCR Methods and Applications 1: 17 (1991)]; [PCR (eds. McPherson et al., IRL Press, Oxford)]; 및 미국 특허 4,683,202 참조). 다른 적합한 증폭 방법은 리가제 연쇄 반응 (LCR) ([Wu and Wallace, Genomics 4: 560 (1989)] 및 [Landegren et al., Science 241: 1077 (1988)] 참조), 전사 증폭 (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173 (1989)), 자가유지 (self-sustained) 서열 복제 (Guatelli et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87: 1874 (1990)); 등온 (isothermal) 방법 (Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-6 (1992)); 및 핵산-기반 서열 증폭 (NASBA)을 포함한다.

증폭된 표적 영역은 표적 영역 내의 PS에 존재하는 적어도 하나의 대립유전자의 정체성을 결정하기 위해 분석된다. 유전자좌의 두 대립유전자가 증폭된 표적에 제시될 경우, PS에 대해 동종접합성인 개체에서는 단지 하나의 대립유전자가 PS에서 검출될 것이지만, 개체가 PS에 대해 이종접합성인 경우에는 2개의 상이한 대립유전자가 검출될 것임을 당업자는 쉽게 이해할 것이다.

대립유전자의 정체성은 직접 (양성형 확인으로 알려짐), 또는 추론 (음성형 확인으로 언급됨)에 의해 확인될 수 있다. 예를 들어, SNP가 참조 집단에서 구아닌 또는 시토신인 것으로 알려진 경우에, PS는 그 부위에서 동종접합성인 개체에 대해 구아닌 또는 시토신인 것으로, 또는 개체가 그 부위에서 이종접합성인 경우에는 구아닌과 시토신 둘 모두인 것으로 양성형으로 결정될 수 있다. 별법으로, PS는 구아닌이 아닌 (따라서 시토신/시토신인) 또는 시토신이 아닌 (따라서 구아닌/구아닌인) 것으로 음성형으로 결정될 수 있다.

개체로부터 얻은 핵산 샘플 내에서 PS에서 대립유전자 또는 대립유전자의 쌍 (예를 들어, SNP의 경우에 2개의 뉴클레오티드)의 확인은 당업자에게 공지된 임의의 기술을 사용하여 수행될 수 있다. 바람직한 기술은 샘플 취급을 최소로 하면서 다중 PS의 신속하고 정확한 분석을 허용한다. 적합한 기술의 일부 예는 증폭된 표적 영역의 직접 DNA 서열결정, 모세관 전기영동, 대립유전자-특이적 프로브의 혼성화, 단일 가닥 입체형태 다형성 분석, 변성 구배 겔 전기영동, 온도 구배 전기영동, 미스매치 검출; 핵산 어레이, 프라이머 특이적 연장, 단백질 검출, 및 당업계에 잘 알려진 다른 기술을 포함하고 이로 제한되지 않는다 (예를 들어, 문헌 [Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (2001)]; [Ausubel, et al., Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, New York) (1997)]; [Orita et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 86, 2766-2770 (1989)]; [Humphries et al., in MOLECULAR DIAGNOSIS OF GENETIC DISEASES, Elles, ed., pp. 321-340, 1996]; [Wartell et al., Nucl. Acids Res. 18:2699-706 (1990)]; [Hsu et al. (1994) Carcinogenesis 15: 1657-1662]; [Sheffield et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:232-6 (1989)]; [Winter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:7575 (1985)]; [Myers et al. (1985) Nature 313:495]; [Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys Chem. 265:12753]; [Modrich, Ann. Rev. Genet. 25:229-53 (1991)]; 미국 특허 6,300,063; 미국 특허 5,837,832; 미국 특허 5,459,039; 및 [HuSNP Mapping Assay, reagent kit and user manual, Affymetrix Part No. 90094 (아피메트릭스 (Affymetrix, 미국 캘리포니아주 산타클라라)] 참조).

바람직한 실시양태에서, PS에서 대립유전자(들)의 정체성은 중합효소-매개된 프라이머 연장 방법을 사용하여 결정된다. 몇 개의 상기 방법은 특허 및 학술 문헌에 기재되어 있고, "유전자 비트 (Genetic Bit) 분석" 방법 (WO 92/15712) 및 리가제/중합효소 매개된 유전자 비트 분석 (미국 특허 5,679,524)을 포함한다. 관련 방법은 WO 91/02087, WO 90/09455, WO 95/17676, 및 미국 특허 5,302,509 및 5,945,283에 개시되어 있다. 다형성의 상보체를 함유하는 연장된 프라이머는 미국 특허 5,605,798에 기재된 바와 같이 질량 분광법에 의해 검출될 수 있다.

또 다른 프라이머 연장 방법은 대립유전자 특이적 PCR을 이용한다 ([Ruano, G. et al., Nucl. Acids Res. 17:8392 (1989)]; [Ruano, G. et al., Nucl. Acids Res. 19:6877-82 (1991)]; WO 93/22456; [Turki et al., J. Gun. Invest. 95:1635-41 (1995)]). 또한, 다중 PS는 WO 89/10414에 기재된 대립유전자-특이적 프라이머의 세트를 사용하여 다중 핵산 영역을 동시에 증폭함으로써 조사될 수 있다.

다형성을 확인하고 분석하기 위한 또 다른 프라이머 연장 방법은 첨가된 염기의 표지와 프라이머의 표지 사이의 형광 공명 에너지 전달 (FRET)과 함께 형광-표지된 프라이머의 단일-염기 연장 (SBE)을 이용한다. 일반적으로, 문헌 [Chen et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 94:10756-61 (1997)]에 기재된 바와 같은 방법은 5-카르복시플루오레세인 (FAM)으로 5' 말단 상에 표지된 유전자좌-특이적 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용한다. 상기 표지된 프라이머는 3' 말단부가 관심 있는 다형성 부위에 바로 인접하도록 설계된다. 표지된 프라이머는 유전자좌에 혼성화되고, 표지된 프라이머의 단일 염기 연장은 데옥시리보뉴클레오티드가 존재하지 않는 것을 제외하고는 염료-종료자 서열결정 방식으로 형광 표지된 디데옥시리보뉴클레오티드 (ddNTP)를 사용하여 수행된다. 표지된 프라이머의 파장에서의 여기에 반응하여 첨가된 ddNTP의 형광의 증가는 부가된 뉴클레오티드의 정체성을 추정하기 위해 사용된다.

바람직한 유전자형 결정 분석은 어플라이드 바이오시스템즈 (Applied Biosystems)의 TaqMan? SNP 유전자형 결정 분석 또는 거의 동일한 신뢰성, 정확성 및 특이성을 갖는 분석이다.

상기 모든 방법에서, 임의의 PS에서 대립유전자(들)의 정체성을 검출하기 위해 설계된 분석의 정확성 및 특이성은 일반적으로 해당 PS에서 대립유전자(들)의 정체성이 알려진 DNA 샘플에 대해 분석을 수행함으로써 확인된다. 바람직하게는, 각각의 가능한 대립유전자를 제시하는 샘플이 확인 과정에 포함된다. 상염색체 및 X 염색체 상의 유전자좌와 같은 이배체 유전자좌에 대해, 확인 샘플은 일반적으로 PS에서 주 대립유전자에 대해 동종접합성인 샘플, PS에서 부 대립유전자에 대해 동종접합성인 샘플, 및 해당 PS에서 이종접합성인 샘플을 포함할 것이다. 이들 확인 샘플은 일반적으로 시험 샘플 (즉, PS에서 대립유전자(들)의 정체성이 미지인 샘플)에 대한 분석을 수행할 때 대조군으로서 또한 포함된다. 또한, 분석의 특이성은 시험 샘플에 대한 분석 결과를 상이한 종류의 분석을 사용하여 동일한 샘플에 대해 수득된 결과와 비교함으로써, 예를 들어 관심 있는 PS를 함유하는 것으로 생각되는 증폭된 표적 영역의 서열을 결정하고 결정된 서열을 당업계에 승인된 콘텍스트 서열, 예를 들어 본원에 제공된 콘텍스트 서열과 비교함으로써 확인될 수 있다.

정확한 게놈 위치 분석의 확립에 필요한 콘텍스트 서열의 길이는 표적 영역 내의 서열의 특유성에 기초로 하여 상이할 것이다 (예를 들어, 다른 게놈 영역에 위치하는 하나 이상의 고도로 상동성인 서열이 존재할 수 있음). 당업자는 공지의 기술, 예를 들어 공개적으로 이용가능한 서열 데이타베이스에 대한 콘텍스트 서열의 블라스팅 (blasting)을 사용하여 임의의 PS에 대한 콘텍스트 서열의 적합한 길이를 쉽게 결정할 수 있다. 제1 특이성 수준을 제공하는 증폭된 표적 영역에 대해, 공지의 샘플에서 PS의 각 측면 상의 약 30 내지 60개의 염기의 콘텍스트 서열을 조사하는 것이 일반적으로 분석 설계가 관심 있는 PS에 특이적임을 보장하기에 충분하다. 때때로, 확인된 분석은 시험 샘플에 대한 모호하지 않은 결과를 제공하지 못할 수 있다. 이것은 일반적으로 불충분한 순도 또는 양의 DNA를 갖는 샘플에 기인하고, 모호하지 않은 결과는 일반적으로 DNA 샘플을 재정화 또는 재단리함으로써 또는 상이한 종류의 분석을 사용하여 샘플을 분석함으로써 수득된다.

추가로, 특정 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재의 결정을 필요로 하는 본원에 기재된 임의의 방법을 수행할 때, 상기 결정은 환자가 관심 있는 마커를 갖는지를 결정하기 위해 환자의 유전적 조성에 대한 충분한 정보를 함유하는 데이타 저장소 (repository)를 조사함으로써 이루어질 수 있다. 바람직하게는, 데이타 저장소는 어떠한 IFN-α 반응 마커(들)이 개체 내에 존재하고 부재하는지 나열한다. 데이타 저장소는 개체의 환자 기록, 의료 데이타 카드, 컴퓨터로 접근가능한 파일 (예를 들어, 플랫 (flat) ASCII 파일) 또는 적합한 정보 또는 유전적 데이타가 저장될 수 있는 다른 전자 또는 비-전자 매체를 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 의료 데이타 카드는 휴대용 저장 장치, 예를 들어 자기 데이타 카드, 스마트 카드 (온보드 (on-board) 처리 장치를 갖고 지멘스 (Siemens, 독일 뮌헨)와 같은 공급처에 의해 시판됨) 또는 플래시-메모리 카드이다. 데이타 저장소가 컴퓨터로 접근가능한 파일이면, 상기 파일은 서버, 클라이언트, 하드 디스크, CD, DVD, 개인 정보 단말기 (personal digital assistant), 예를 들어 팜 파일럿 (Palm Pilot), 테이프, 집 (zip) 디스크, 컴퓨터 내부 ROM (읽기 전용 메모리) 또는 인터넷 또는 월드와이드 웹을 포함한 다양한 매체에 존재할 수 있다. 컴퓨터로 접근가능한 파일의 저장을 위한 다른 매체는 당업자에게 명백할 것이다.

본 발명은 또한 IFN-α 반응 마커에 대해 시험하는 것이 개체가 표 1에 나열된 임의의 SNP에 대한 더 우수한 반응 대립유전자와 높은 연관 불균형 (LD) 상태인 상이한 유전자좌에 대립유전자, 예를 들어, 뉴클레오티드를 갖는지를 결정함으로써 결정될 수 있음을 고려한다. 동일한 염색체 상의 상이한 유전자좌에서의 2개의 특정 대립유전자는 하나의 유전자좌에서 하나의 대립유전자의 존재가 다른 유전자좌에서 다른 대립유전자의 존재를 예측하는 경향이 있을 경우에 LD 상태인 것으로 언급된다. 연관된 변이체, 또는 프록시 (proxy) 변이체로 본원에서 언급되는 상기 변이체는 관심 있는 더 우수한 반응 대립유전자와 높은 LD 상태인 임의의 종류의 변이체 (예를 들어, SNP, 삽입 또는 결실)일 수 있다.

연관된 변이체는 표 1의 임의의 SNP의 더 우수한 반응 대립유전자와, 염색체 영역 19q13.13 또는 염색체 19 상의 다른 영역에 위치하는 다형성 부위에서의 후보 연관된 대립유전자 사이의 연관 불균형 (LD) 정도를 결정함으로써 쉽게 확인된다. 후보 연관된 변이체는 현재 알려진 다형성의 대립유전자일 수 있다. 다른 후보 연관된 변이체는 다형성을 발견하기 위한 당업계에 공지된 임의의 기술을 사용하여 당업자에 의해 쉽게 확인될 수 있다.

표 1의 더 우수한 반응 대립유전자와 후보 연관된 변이체 사이의 LD의 정도는 당업계에 공지된 임의의 LD 척도를 사용하여 결정될 수 있다. 게놈 영역 내의 LD 패턴은 임의의 2개의 대립유전자 (예를 들어, 상이한 PS에서의 뉴클레오티드 사이)가 연관 불균형 상태인지를 결정하기 위해 당업계에 공지된 다양한 기술을 사용하여 적합하게 선택된 샘플에서 경험적으로 쉽게 결정된다 (예를 들어, 문헌 [GENETIC DATA ANALYSIS II, Weir, Sineuer Associates, Inc. Publishers, Sunderland, MA 1996] 참조). 당업자는 어떤 LD 결정 방법이 특정 집단 샘플 크기 및 게놈 영역에 대해 최적일 것인지를 쉽게 선택할 수 있다. 연관 불균형에 대해 가장 빈번하게 사용되는 척도 중의 하나는 문헌 [Devlin et al., Genomics, 29(2):311-22 (1995)]에 기재된 공식을 사용하여 계산되는 r²이다. r²는 제1 유전자좌에서의 대립유전자 X가 동일한 염색체 상의 제2 유전자좌에서 대립유전자 Y의 발생을 얼마나 잘 예측하는지를 알려주는 척도이다. 이 척도는 예측이 완벽한 경우에 1.0이다 (예를 들어, 반드시 Y인 경우에만 X임).

바람직하게는, 연관된 변이체의 유전자좌는 표 1의 임의의 PS에 걸치는 약 100 kb, 보다 바람직하게는 약 10 kb의 게놈 영역 내에 존재한다. 다른 연관된 변이체는 더 우수한 반응 대립유전자와의 LD가 적합한 참조 집단에서 측정된, 적어도 0.75, 보다 바람직하게는 적어도 0.80, 훨씬 더 바람직하게는 적어도 0.85 또는 적어도 0.90, 보다 더 바람직하게는 적어도 0.95, 가장 바람직하게는 1.0의 r² 값을 갖는 것이다. 상기 r² 척도에 대해 사용된 참조 집단은 일반적인 집단, IFN-α를 사용한 집단, 그에 대해 IFN-α가 효능을 보이는 특정 병태 (예를 들어 만성 HCV 감염)로 진단된 집단 또는 그의 구성원이 동일한 민족 군, 예를 들어 백인, 아프리카계 미국인, 히스패닉, 라틴 아메리카인, 북미 원주민 등에 속하는 것으로 자가-확인된 집단, 또는 이들 범주의 임의의 조합일 수 있다. 참조 집단은 IFN-α로 치료되는 환자 집단의 유전적 다양성을 반영하는 것이 바람직하다.

일부 실시양태에서, 의사는 환자가 표 1의 하나 이상의 다형성 부위에 적어도 하나의 더 우수한 반응 대립유전자를 갖는지를 결정하기 위해 설계된 진단 시험을 지시함으로써 환자가 본원에 기재된 IFN-α 반응 마커를 갖는지를 결정한다. 바람직하게는, 시험은 상기 PS에서 두 대립유전자의 정체성, 즉, 유전자형을 결정한다. 일부 실시양태에서, 시험 실험실은 환자로부터 얻은 생물학적 샘플 (예를 들어, 혈액 샘플 또는 볼 면봉채취물)로부터 핵산 샘플을 준비할 것이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터 혈액 샘플은 의사 또는 의사의 직원, 또는 진단 실험실의 기술자에 의해 채취된다. 일부 실시양태에서, 환자에게 그의 볼 안으로부터 볼 면봉채취물을 얻기 위한 키트를 제공하고, 이어서 환자는 볼 면봉채취물을 의사의 직원에게 주거나 또는 직접 진단 실험실에 제출한다.

일부 실시양태에서, 시험 실험실은 그의 샘플이 시험되는 개체의 정체성을 모른다; 즉, 실험실에서 받은 샘플은 실험실로 이송되기 전에 몇몇 방식으로 익명으로 처리된다. 예를 들어, 샘플은 단지 숫자 또는 몇몇의 다른 코드 ("샘플 ID")에 의해 확인될 수 있고, 진단 방법의 결과는 샘플 ID를 사용하여 시험을 지시한 사람에게 보고될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 개체의 정체성과 개체의 샘플 사이의 관련성은 개체에게만 또는 개체의 의사에게만 알려진다.

일부 실시양태에서, 시험 결과를 얻은 후, 시험 실험실은, 더 우수한 반응 대립유전자가 유전자형 결정된 다형성 부위에 존재하는지를 나타내고, 바람직하게는 환자가 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성인지 또는 동종접합성인지를 나타내는 시험 보고서를 작성한다. 일부 실시양태에서, 시험 보고서는 시험 실험실에서 작성한 문서로서, 환자 또는 환자의 의사에게 하드 카피 (hard copy)로서 또는 전자 우편을 통해 보내진다. 다른 실시양태에서, 시험 보고서는 컴퓨터 프로그램에 의해 생성되고, 의사의 사무실 내의 비디오 모니터 상에 디스플레이된다. 또한, 시험 보고서는 시험 결과의 환자 또는 환자의 의사 또는 의사 사무실의 담당 직원에 대한 구두 전달을 포함할 수 있다. 유사하게, 시험 보고서는 시험 결과의 보고서를 의사가 환자의 파일에 작성한 시험 결과의 기록을 포함할 수 있다.

한 바람직한 실시양태에서, 환자가 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 동종접합성이면, 시험 보고서는 IFN-α를 사용한 치료에 대한 가능성 있는 반응과 연관된 유전자 마커에 대해 환자가 양성으로 시험되었음을 추가로 나타내고, 개체가 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성이거나 또는 다른 대립유전자에 대해 동종접합성이면, 시험 보고서는 IFN-α를 사용한 치료에 대한 가능성 있는 반응과 연관된 유전자 마커에 대해 환자가 음성으로 시험되었음을 추가로 나타낸다. 일부 실시양태에서, 시험 결과는 다양한 환자 파라미터 (예를 들어, 연령, 성별, 체중, 인종, IFN-α에 대한 다른 약리유전자 마커에 대한 시험 결과) 및 관련 질병 집단에서 IFN-α 반응과 연관된 질병 파라미터 (예를 들어, 질병 중증도)에 가중치를 주는 모델의 작동으로부터 유래되는, IFN-α에 대한 유익한 반응을 달성하기 위한 확률 스코어를 포함할 것이다. 각각의 파라미터에 부여된 가중치는 관련 질병 집단에서 IFN-α에 대한 반응의 개체간 차이를 설명할 때 다른 파라미터에 비해 그의 기여도를 기초로 한다. 의사는 환자에 대한 요법 또는 치료 요법을 선택할 때 상기 반응 확률 스코어를 지표로서 사용할 수 있다. 예를 들어, 만성 HCV 감염에 대해, SVR 달성과 연관된 환자 파라미터는 인종을 포함하고, 질병 파라미터는 HCV 유전자형, 기준선 바이러스 부하, 및 섬유화 정도를 포함한다.

일반적으로, 개체는 IFN-α 요법의 개시 전에 IFN-α 반응 마커의 존재에 대해 시험될 것이지만, 상기 시험은 개체에게 IFN-α의 제1 용량을 투여한 후 임의의 시점에 수행될 수 있음이 고려된다. 예를 들어, 치료 의사는 환자가 적절하게 반응하지 않았음에 관심을 갖고, IFN-α를 사용한 지속 치료의 허가 여부를 결정하기 위해 개체를 시험하고자 하는 생각을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 의사는 개체가 IFN-α 반응 마커에 대해 시험되어야 하는지를 결정할 수 있다. 예를 들어, 의사는 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 환자에게 사용이 지시되는 약품을 환자에게 처방할 것인지를 고려할 수 있다. 환자가 검출가능한 혈청 HCV RNA를 갖고 간이 이식된 실시양태에서, 의사는 환자에 대한 치료 결정을 돕기 위해 이식된 간의 생검을 IFN-α 반응 마커에 대해 시험하고자 결정할 수 있다.

임의의 개체 환자를 치료할 때 IFN-α 반응 마커 시험 결과를 사용하는 방법의 결정시에, 의사는 다른 관련 상황, 예를 들어 치료되는 질병 또는 병태, 환자의 연령, 체중, 성별, 유전적 배경 및 인종을 고려할 수 있고, 이는 상기 인자 및 유전자 마커 시험 결과의 조합을 의사가 요법 및/또는 상기 요법과 함께 시행되는 치료 요법을 선택할 때 의사를 돕는 모델에 입력하는 것을 포함한다.

표 1의 임의의 반응 마커의 존재 또는 부재의 검출은 상기 목적을 위해 특수하게 설계된 키트를 사용하여 수행할 수 있다. 한 실시양태에서, 본 발명의 키트는 표 1의 적어도 하나의 마커 내에서 PS에서 각각의 대립유전자를 확인하기 위해 설계된 올리고뉴클레오티드의 세트를 포함한다. 바람직한 실시양태에서, PS는 rs12980275, rs28416813 또는 rs8103142이다. 또 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 세트는 표 1의 PS의 2 이상의 임의의 조합에서 대립유전자를 확인하도록 설계된다. 바람직한 실시양태에서, PS의 조합은 적어도 rs28416813 PS 및 rs8103142 PS를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, PS의 조합물은 표 1의 각각의 다형성 부위를 포함한다.

일부 실시양태에서, 키트 내의 올리고뉴클레오티드는 대립유전자-특이적 프로브 또는 대립유전자-특이적 프라이머이다. 다른 실시양태에서, 키트는 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 또 다른 추가의 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 세트는 대립유전자-특이적 프로브, 대립유전자-특이적 프라이머 및 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드의 조합이다. 키트는 인터페론 알파에 대한 반응과 연관된 다른 유전자 마커의 존재를 검출하기 위해 설계된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.

본 발명의 키트 내의 올리고뉴클레오티드는 폴리뉴클레오티드의 표적 영역에 특이적으로 혼성화할 수 있어야 한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 특이적 혼성화는 올리고뉴클레오티드가 특정 혼성화 조건 하에 표적 영역과 역-평행 이중 가닥 구조를 형성하는 반면에, 동일한 혼성화 조건 하에 폴리뉴클레오티드와 함께 인큐베이팅할 때 비-표적 영역과는 상기 구조를 형성하지 못함을 의미한다. 일부 실시양태에서, 표적 영역은 관심 있는 PS를 함유하고, 다른 실시양태에서, 표적 영역은 PS에 1 내지 10개의 뉴클레오티드만큼 인접하여 위치한다.

키트 내의 각각의 올리고뉴클레오티드의 조성 및 길이는 PS를 함유하는 게놈 영역의 성질 및 올리고뉴클레오티드를 사용하여 수행할 분석의 종류에 따라 변할 것이고, 당업자에 의해 쉽게 결정된다.

예를 들어, 분석에 사용되는 폴리뉴클레오티드는 증폭 생성물을 구성할 수 있고, 따라서 올리고뉴클레오티드의 요구되는 특이성은 개체로부터 단리된 게놈 또는 cDNA가 아니라 증폭 생성물 내의 표적 영역에 대한 혼성화에 관련된다. 또 다른 예로서, 키트가 2 이상의 다형성 부위의 유전자형을 동시에 결정하도록 설계될 경우, 키트 내의 각각의 PS에 대한 올리고뉴클레오티드의 융점은 일반적으로 좁은 범위 내, 바람직하게는 약 5℃ 미만, 보다 바람직하게는 약 2℃ 미만일 것이다.

일부 실시양태에서, 키트 내의 각각의 올리고뉴클레오티드는 그의 표적 영역의 완벽한 상보체이다. 올리고뉴클레오티드는 분자 중의 하나의 모든 뉴클레오티드가 다른 분자의 대응하는 위치의 뉴클레오티드에 상보성인 경우에 또 다른 핵산 분자의 "완벽한" 또는 "완전한" 상보체인 것으로 언급된다. 완벽하게 상보성인 올리고뉴클레오티드가 다형성 검출에 바람직하지만, 분자가 상기 규정된 바와 같은 표적 영역에 특이적으로 혼성화하는 것을 방해하지 않는, 완전 상보성에서 벗어난 것도 고려된다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 프라이머는 그의 5' 말단부에 비-상보성 단편을 가질 수 있고, 프라이머의 나머지는 표적 영역에 완전히 상보성이다. 별법으로, 비-상보성 뉴클레오티드는 생성되는 프로브 또는 프라이머가 표적 영역에 계속 특이적으로 혼성화할 수 있는 한, 프로브 또는 프라이머 내에 산재할 수 있다.

일부 바람직한 실시양태에서, 키트 내의 각각의 올리고뉴클레오티드는 엄격한 혼성화 조건 하에 그의 표적 영역에 특이적으로 혼성화한다. 엄격한 혼성화 조건은 서열-의존적이고, 상황에 따라 상이하다. 일반적으로, 엄격한 조건은 규정된 이온 강도 및 pH에서 특이적 서열에 대한 열 융점 (Tm)보다 약 5℃ 더 낮도록 선택된다. Tm은 표적 서열에 상보성인 프로브의 50%가 평형 상태로 표적 서열에 혼성화하는 온도이다 (규정된 이온 강도, pH, 및 핵산 농도 하에). 표적 서열은 일반적으로 Tm에서 과량으로 존재하므로, 50%의 프로브는 평형 상태로 점유된다.

일반적으로, 엄격한 조건은 pH 7.0 내지 8.3에서 적어도 약 0.01 내지 1.0 M 나트륨 이온 농도 (또는 다른 염)의 염 농도를 포함하고, 온도는 짧은 올리고뉴클레오티드 프로브 (예를 들어, 10 내지 50개의 뉴클레오티드)에 대해 적어도 약 25℃이다. 또한, 엄격한 조건은 포름아미드와 같은 탈안정화제의 첨가에 의해 달성될 수 있다. 예를 들어, 5xSSPE (750 mM NaCl, 50 mM 인산나트륨, 5 mM EDTA, pH 7.4)의 조건 및 25-30℃의 온도가 대립유전자-특이적 프로브 혼성화에 적합하다. 추가의 엄격한 조건은 문헌 [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Sambrook et al., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (1989), chapters 7, 9, and 11], 및 [NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION, A PRACTICAL APPROACH, Haymes et al., IRL Press, Washington, D.C., 1985]에서 볼 수 있다.

엄격한 혼성화 조건의 하나의 비-제한적인 예는 약 65-70℃에서 4X 염화나트륨/시트르산나트륨 (SSC) 내에서의 혼성화 (또는 별법으로, 약 42-50℃에서 4X SSC + 50% 포름아미드 내에서의 혼성화), 이어서 약 65-70℃에서 1X SSC 내에서의 1회 이상의 세척을 포함한다. 고도로 엄격한 혼성화 조건의 비-제한적인 예는 약 65-70℃에서 1X SSC 내에서의 혼성화 (또는 별법으로, 약 42-50℃에서 1X SSC + 50% 포름아미드 내에서의 혼성화), 이어서 약 65-70℃에서 0.3X SSC 내에서의 1회 이상의 세척을 포함한다. 감소된 엄격도 혼성화 조건의 비-제한적인 예는 약 50-60℃에서 4X SSC 내에서의 혼성화 (또는 별법으로, 약 40-45℃에서 6X SSC + 50% 포름아미드 내에서의 혼성화), 이어서 약 50-60℃에서 2X SSC 내에서의 1회 이상의 세척을 포함한다. 상기 언급된 값의 중간 범위, 예를 들어 65-70℃ 또는 42-50℃에서의 엄격도 조건도 본 발명에 포함되는 것으로 의도된다. SSPE (1xSSPE는 0.15 M NaCl, 10 mM NaH₂PO₄, 및 1.25 mM EDTA, pH 7.4임)는 혼성화 및 세척 버퍼에서 SSC (1X SSC는 0.15 M NaCl 및 15 mM 시트르산나트륨임)를 대체할 수 있고; 세척은 각각 혼성화가 완료된 후 15분 동안 수행된다.

길이가 50 염기쌍 미만으로 예상되는 혼성체에 대한 혼성화 온도는 혼성체의 융점 (Tm)보다 5-10℃ 더 낮아야 하고, Tm은 다음 식에 따라 결정한다. 길이가 18 염기쌍 미만인 혼성체의 경우, Tm (℃) = 2(A + T 염기의 #) + 4(G + C 염기의 #). 길이가 18 내지 49 염기쌍인 혼성체의 경우, Tm (℃) = 81.5 + 16.6(log₁₀[Na+]) + 0.41(%G+C)-(600/N), 여기서 N은 혼성체 내의 염기의 수이고, [Na+]는 혼성화 버퍼 내의 나트륨 이온의 농도이다 (1X SSC에 대한 [Na+] = 0.165 M).

본 발명의 키트 내의 올리고뉴클레오티드는 임의의 인산화 상태의 리보뉴클레오티드, 데옥시리보뉴클레오티드, 및 비환상 뉴클레오티드 유도체, 및 다른 기능상 동등한 유도체로 이루어질 수 있다. 별법으로, 올리고뉴클레오티드는 카르복시메틸, 아세트아미데이트, 카르바메이트, 폴리아미드 (펩티드 핵산 (PNA)) 등과 같은 연결로 이루어질 수 있는 포스페이트-미함유 백본을 가질 수 있다 (Varma, in MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, A COMPREHENSIVE DESK REFERENCE, Meyers, ed., pp. 6 17-20, VCH Publishers, Inc., 1995). 올리고뉴클레오티드는 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 화학적 합성에 의해 제조될 수 있거나, 또는 예를 들어 제한 소화에 의해 생물학적 샘플로부터 유도될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 방사성 표지, 형광 표지, 효소 표지, 단백질, 합텐, 항체, 서열 태그 등의 사용을 포함하는 당업계에 공지된 임의의 기술에 따라 검출가능한 표지를 함유할 수 있다. 키트 내의 올리고뉴클레오티드는 분석물 특이적 시약 (ASR)으로서 제조되고 시판될 수 있거나 또는 승인된 진단 장치의 구성 성분일 수 있다.

일부 실시양태에서, 키트 내의 올리고뉴클레오티드의 세트는 2 이상의 다형성 부위에서 대립유전자의 정체성을 동시에 결정할 수 있도록 상이한 표지를 갖는다. 또한, 올리고뉴클레오티드는 고체 표면, 예를 들어 마이크로칩, 실리카 비드 (예를 들어, 일루미나 (Illumina, 미국 캘리포니아주 샌디에고)의 비드어레이 (BeadArray) 기술), 또는 유리 슬라이드 (예를 들어, WO 98/20020 및 WO 98/20019 참조)에 고정된 올리고뉴클레오티드의 규칙적인 어레이를 포함할 수 있다. 상기 고정된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키트는 프로브 혼성화 및 중합효소 연장 분석을 포함하고 이로 제한되지 않는 다양한 다형성 검출 분석을 수행하기 위해 설계될 수 있다.

또한, 본 발명의 키트는 다른 시약, 예를 들어 혼성화 버퍼 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드가 대립유전자-특이적 프로브로서 사용되어야 하는 경우) 또는 디데옥시뉴클레오티드 트리포스페이트 (ddNTP; 예를 들어, 다형성 부위에서 대립유전자가 프라이머 연장에 의해 검출되어야 하는 경우)를 함유할 수 있다. 중합효소-매개된 유전자형 결정 분석에 사용하기 위해 설계된 키트는 또한 수행되는 중합효소-매개된 분석을 위해 최적화된 중합효소 및 반응 버퍼를 함유할 수 있다.

또한, 본 발명의 키트는 특이적 혼성화가 발생하거나 또는 특이적 중합효소-매개된 연장이 발생한 때를 검출하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 상기 검출 시약은 비오틴- 또는 형광-태깅된 올리고뉴클레오티드 또는 ddNTP 및/또는 효소-표지된 항체 및 효소가 그에 대해 작용할 때 검출가능한 신호를 생성하는 하나 이상의 기질을 포함할 수 있다.

생물학적 또는 화학적 활성을 보존하고 분석에 적절하게 사용할 수 있도록 하기에 적합한 경우에, 분석을 수행하기 위한 올리고뉴클레오티드의 세트 및 시약이 키트 용기 내의 별개의 수용기에 제공될 것임을 당업자는 이해할 것이다.

다른 실시양태에서, 키트 내의 각각의 올리고뉴클레오티드 및 모든 다른 시약은 표 1의 하나 이상의 PS에 대해 유전자형을 결정하기 위해 설계된 분석에서 최적의 수행을 위해 품질이 시험되었다. 일부 실시양태에서, 키트는 결정된 유전자형을 시험된 핵산 샘플에 할당하고, 반응 마커의 존재 또는 부재를 사용하는 방법을 설명하는 사용 설명서를 포함한다.

일부 바람직한 실시양태에서, 키트 내의 올리고뉴클레오티드의 세트는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 (ASO)는 충분히 엄격한 조건 하에 상이한 대립유전자를 함유하는 동일한 영역에는 혼성화하지 않으면서 PS를 함유하는 표적 영역에서 PS의 하나의 대립유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 대립유전자-특이성은 염 및 포름아미드 농도, 및 혼성화 및 세척 단계 모두의 온도를 비롯하여 쉽게 최적화되는 다양한 엄격도 조건에 따라 결정될 것이다.

ASO 프로브 및 프라이머에 대해 사용되는 혼성화 및 세척 조건의 예는 일반적으로 문헌 [Kogan et al., "Genetic Prediction of Hemophilia A" in PCR PROTOCOLS, A GUIDE TO METHODS AND APPLICATIONS, Academic Press, 1990], 및 [Ruaflo et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87:6296-300 (1990)]에서 볼 수 있다.

일반적으로, ASO는 하나의 대립유전자에 완벽하게 상보성이지만, 다른 대립유전자에 대해서는 단일 미스매치를 함유할 것이다. ASO 프로브에서, 단일 미스매치는 바람직하게는 표적 영역 내의 다형성 부위와 함께 정렬될 때 올리고뉴클레오티드 프로브의 중앙 위치 내에 존재한다 (예를 들어, 대략 15mer의 7 또는 8번째 위치, 16mer의 8 또는 9번째 위치, 및 20mer의 10 또는 11번째 위치). ASO 프라이머 내의 단일 미스매치는 3' 말단 뉴클레오티드에, 또는 바람직하게는 3' 말단으로부터 2번째의 뉴클레오티드에 위치한다. 코딩 또는 비코딩 가닥에 혼성화하는 ASO 프로브 및 프라이머가 본 발명에 의해 고려된다.

일부 실시양태에서, 키트는 분석되는 각각의 PS에 대한 한 쌍의 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 그 쌍의 하나의 구성원은 하나의 대립유전자 (예를 들어, 더 우수한 반응 대립유전자)에 대해 특이적이고 다른 구성원은 다른 대립유전자에 대해 특이적이다. 상기 실시양태에서, 쌍 내의 올리고뉴클레오티드는 상이한 길이를 가질 수 있거나 또는 키트 사용자가 분석되는 PS에 대해 유전자형을 결정할 수 있도록 상이한 검출가능한 표지를 가질 수 있다.

또 다른 바람직한 실시양태에서, 키트 내의 올리고뉴클레오티드는 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드이다. 임의의 이들 올리고뉴클레오티드로부터 중합효소-매개된 연장에 대한 종료 믹스 (mix)는 PS에 존재하는 대체 뉴클레오티드에 따라 관심 있는 PS에서, 또는 한 개의 염기 이후에서 올리고뉴클레오티드의 연장을 종료하기 위해서 선택된다.

한 실시양태에서, 키트는 표 1의 적어도 하나의 다형성 부위를 유전자형을 결정하기 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 그 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 표 2에 제시된 콘텍스트 서열의 더 우수한 반응 대립유전자에 동일하거나 완벽하게 상보성인 적어도 15개 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 표 2에 제시된 콘텍스트 서열의 다른 대립유전자에 동일하거나 완벽하게 상보성인 적어도 15개 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 한 바람직한 실시양태에서, 키트는 rs8103142 및 rs8103142로 이루어지는 군 중에서 선택되는 적어도 하나의 PS의 유전자형을 결정하기 위한 상기 ASO 프로브를 포함한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 키트는 이들 PS 둘 모두의 유전자형을 결정하기 위한 상기 ASO 프로브를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 키트는 표 1의 각각의 PS의 유전자형을 결정하기 위한 상기 ASO 프로브를 포함한다.

B. 제약 조성물, 약품 및 치료 요법

본원에 기재된 임의의 방법 및 약품에 의해 시험되거나 치료되는 개체는 인터페론 알파를 사용한 치료를 필요로 하는 인간 대상체이다. 일부 실시양태에서, 개체는 인터페론 알파를 사용하여 치료될 수 있는 질병으로 진단되었거나 그 증상을 보인다. 다른 실시양태에서, 사용할 인터페론 알파 약물은 개체가 진단된 적응증을 치료하는데 사용하기 위해 승인된 것이다. 또 다른 실시양태에서, 사용할 인터페론 알파는 진단된 질병 또는 나타나는 증상(들)의 치료에 대해 승인되지 않았지만, 처방 의사는 약물이 개체를 치료하는데 도움이 될 수 있다고 생각한다.

본 발명의 제약 조성물, 약품 및 방법에 사용되는 IFN-α는 인간 및 많은 다른 종에서 발현되는 IFN-α 단백질의 다수의 하위형 중 임의의 것일 수 있다 ([Pestka, S. et al., Immunol. Reviews 202:8-32 (2004)]; [Diaz, M.O., et al., J. Interferon Cytokine Res 16: 179-180 (1996)]). 바람직한 실시양태에서, IFN-α 단백질은 다음 인간 IFN-α 하위형 중 하나에 대한 성숙 아미노산 서열로 이루어지거나 이 서열로 본질적으로 이루어지는 재조합 방식으로 생산된 단백질이다: IFN-α1, IFN-α2, IFN-α4, IFN-α5, IFN-α6, IFN-α7, IFN-08, IFN-α10, IFN-α13, IFN-α14, IFN-α16, IFN-α17, IFN-α21 (Bekisz, J. et al., Growth Factors 22(4):243-351 (2004)), 및 임의의 이들 하위형에 대한 대립유전자 변이체, 예를 들어, IFN-α2a, IFN-α2b, 및 IFN-α2c. 인간 IFN-α 하위형은 75-99% 아미노산 서열 동일성 및 166개 a.a.의 성숙 서열 (위치 44에서의 결실 때문에 165개의 a.a.를 갖는 IFN-α2를 제외)을 공유한다 (Bekisz, J., et al., 상기 문헌). 본 발명에서 사용하기 위해 고려되는 다른 재조합 IFN-α 단백질은 다양한 천연 IFN-α 하위형 내의 위치에서 가장 일반적으로 발생하는 아미노산을 각각의 위치에서 선택함으로써 아미노산 서열이 설계된 임의의 컨센서스 IFN-α 단백질을 포함한다.

본 발명의 약품 및 방법에 사용하기 위해 특히 바람직한 IFN-α 조성물은 다음 중 임의의 것을 포함하는, 정부 감독 기관에서 승인된 인터페론 알파-2 제품이다: 호프만-라 로슈 (미국 뉴저지주 너틀리)에서 시판되는 로페론 (Roferon)?-A (인터페론-알파 2A, 재조합) 및 그의 PEG화 버전, 예를 들어 호프만-라 로슈 (미국 뉴저지주 너틀리)에서 시판되는 페가시스? (페그인터페론 알파-2a); 쉐링 코퍼레이션 (Schering Corporation, 미국 뉴저지주 케닐워쓰)에서 시판되는 인트론 (INTRON)? A (인터페론 알파-2b, 재조합)) 및 그의 PEG화 버전, 예를 들어 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b); 인페르겐 (INFERGEN)? (인터페론 알파콘-1) (원래 암젠 (Amgen, 미국 캘리포니아주 싸우즌드 오크스)에서 개발되고 현재 쓰리 리버스 파마슈티칼스 (Three Rivers Pharmaceuticals, 미국 펜실베니아주 워렌데일)에서 시판되는 컨센서스 IFN-α). 본 발명에서 사용하기 위해 고려되는 다른 인터페론은 인터페론 알파 및 비-인터페론 단백질 사이의 융합체, 예를 들어 휴먼 게놈 사이언시즈 (미국 메릴랜드주 록빌) 및 노바티스 (Norvartis, 스위스 바젤)에 의해 개발 중인 알부페론? (알브인터페론 알파-2b); 록테론 (Locteron) (조사용 제어 방출 인터페론 알파 제형 (비올렉스 (Biolex)/옥토플러스 (OctoPlus))); 및 벨레로폰 (Belerofon)? (천연 알파 인터페론의 단일 아미노산 변이체, 노틸러스 바이오테크 (Nautilus Biotech)에 의해 조작됨)을 포함한다. 상기 명명된 임의의 IFN-α 조성물은 또한 상이한 상표명, 예를 들어 비라페론페그 (VIRAFERONPEG)? 페그인터페론 알파-2b (페그인트론? 페그인터페론 알파-2b와 동일한 조성물임)으로 시판될 수 있다.

페가시스? 페그인터페론 알파-2a는 하나의 40 kDa 분지형 PEG-중합체가 아미드 결합을 통해 인터페론 알파-2b 분자의 라이신 측쇄에 공유 결합함으로써 수득된다 (예를 들어, 문헌 [Dhalluin, C. et al., Bioconjugate Chem. 16:504-517 (2005)] 및 미국 특허 7,201,897 참조). 생성되는 생성물은 주로 6개의 모노PEG화 위치 이성질체의 혼합물이다 ([Dhalluin, C, 상기 문헌], [Foser, S. et al., J. Prot. Exp. Purif. 30: 78-87 [2003]]). 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 및 그의 바이오시밀러 (biosimilar)는 본원에서 bPEG40K-인터페론 알파-2a로도 언급된다.

페그인트론? 페그인터페론 알파-2b는 재조합 인터페론-알파 2b를 100 mM 인산나트륨 (pH 6.5) 중에서 평균 분자량 12,000 Da의 숙신이미딜카르보네이트 PEG (SC-PEG12k)와 공유 반응시킴으로써 얻어진다 (예를 들어, 문헌 [Grace, M. et al., J. Interferon Cytokine Res. 21:1103-1115 (2001)]; [Wang, Y.S. et al., Adv. Drug Delivery Rev. 54:547-570 (2000)]; 및 미국 특허 5,951,974 참조). 생성되는 생성물은 주로 PEG12k가 우레탄 결합을 통해 인터페론 알파-2b의 상이한 잔기에 부착된 모노PEG화 종의 혼합물이고, 그 대부분은 히스티딘 34에 우레탄 결합을 갖는 대부분의 위치 이성질체이다 (예를 들어, 문헌 [Wang, Y.S. et al., 상기 문헌] 및 미국 특허 5,951,974 참조). 페그인트론? 페그인터페론 알파-2b 및 그의 바이오시밀러는 본원에서 PEG12k-인터페론 알파-2b로도 언급된다.

이전에 승인되었거나 현재 시판되는, 본 발명에서 사용하기 위해 고려되는 다른 IFN-α 제품은 다음을 포함한다: 베로포르 (Berofor)? 알파 2 (재조합 인터페론 알파-2C, 뵈링거 인겔하임 파마슈티칼, 인크. (Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., 미국 코네티컷주 리지필드)); 인터페론 알파-n1 (수르니페론 (Surniferon)? (스미토모 (Sumitomo, 일본))으로 또는 웰페론 (Wellferon)? 인터페론 알파-nl (INS) (글락소-웰컴 엘디디. (Glaxo-Wellcome Ltd., 영국 런던)으로 알려진 천연 알파 인터페론의 정제된 블렌드); 컨센서스 알파 인터페론, 예를 들어 미국 특허 4,897,471 및 4,695,623 (특히 그의 실시예 7, 8 또는 9)에 기재된 것; 알페론 엔 인젝션 (ALFERON N Injection)? [인터페론 알파-n3 (인간 백혈구 유래), 헤미스페륵스 바이오파마, 인크. (Hemispherx Biopharma, Inc., 미국 펜실베니아주 필라델피아)로부터 이용가능한 다수 종의 천연 알파 인터페론의 혼합물).

본 발명에 유용한 다른 인터페론 알파-중합체 접합체는 미국 특허 4,766,106, 미국 특허 4,917,888, 유럽 특허 출원 0 236 987, 유럽 특허 출원 0 510 356, 0 593 868 및 0 809 996 및 국제 특허 출원 공개 WO 95/13090에 기재되어 있다.

또한, 적어도 부분적으로는 임의의 상기 설명된 시판되는 PEG화 인터페론 알파 제품, 즉, 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 및 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b)의 승인과 관련되어 감독 당국에 이전에 제출된 전임상 및/또는 임상 데이타를 기초로 하여 감독 기관에 의해 승인된 임의의 PEG화 인터페론 알파 2a 또는 2b 제약 조성물이 본 발명에서 사용하기 위해 고려된다. 상기 나중에 승인된 제품은 이전에 승인된 제품의 제네릭 (generic), 생물학적 등가물 (bioequivalent), 바이오시밀러, 또는 대체물과 같은 용어로 감독 기관에 의해 설명될 수 있고, 상기 용어는 감독 기관에 의해 분명하게 규정되거나 규정되지 않을 수 있다.

비경구 투여가 의도되는 PEG화 인터페론 알파의 제약 조성물은 주사용 멸균수 내의 적합한 버퍼, 예를 들어, Tris-HCl, 아세테이트 또는 포스페이트, 예를 들어 이염기성 인산나트륨/일염기성 인산나트륨 버퍼, 및 제약상 허용되는 부형제 (예를 들어, 수크로스, 트레할로스), 담체 (예를 들어, 인간 혈청 알부민), 독성제 (예를 들어, NaCl), 보존제 (예를 들어, 티메로졸, 크레졸 또는 벤질알콜), 및 계면활성제 (예를 들어 트윈 (tween) 또는 폴리소르베이트)로 제형화될 수 있다 (예를 들어, 미국 특허 6,180,096 및 국제 특허 출원 WO2006/020720 참조). 상기 조성물은 2℃ - 8℃에서 냉장 하에 동결건조된 분말로서 보관되고, 사용 전에 멸균수로 재구성될 수 있다. 상기 재구성된 수용액은 일반적으로 재구성 24시간 내에 보관 및 사용시에 안정하다 (예를 들어, 미국 특허 4,492,537; 5,762,923 및 5,766,582 참조). 동결건조된 PEG화 인터페론 제형은 한 구획에 희석제 (즉, 멸균수) 함유 유리 카트리지를 포함하고 별개의 구획에 동결건조된 PEG화 인터페론-알파 분말을 포함하는 펜형 (pen-type) 주사기 시스템에 제공될 수 있다.

수성 PEG화 인터페론 제형의 예는 미국 특허 5,762,923에 기재되어 있다. 상기 제형은 인슐린과 같은 약물의 전달에 유용한 것과 같은 미리 충전된 다수-용량 주사기에 보관될 수 있다. 전형적인 적합한 주사기는 노보 노르디스크 (Novo Nordisk)로부터 입수가능한 노볼렛 노보 펜 (NOVOLET Novo Pen)과 같은 펜형 주사기에 부착된 미리 충전된 바이알을 포함하는 시스템, 및 사용자가 쉽게 자가 주사할 수 있는 미리 충전된 펜형 주사기를 포함한다.

또한, 본 발명은 인터페론 반응을 유도하는 것으로 제안되는 톨 (toll) 유사 수용체 (TLR) 효능제와 조합한 상기 임의의 인터페론 알파의 용도를 고려한다. 예를 들어, TLR3, TLR7 및 TLR9에 대한 효능제는 HCV를 치료할 때 사용하기 위해 평가되고 있다.

본 발명에 따라 치료될 수 있는 질병 및 병태는 일반적으로 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 것이다. 즉, IFN-α는 질병이 있는 환자군에서 임상적으로 측정가능한 유익한 결과, 예를 들어 HCV-감염된 환자에서 바이러스 부하의 감소를 달성한다. IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 예시적인 질병 및 병태는 세포 증식 질환에 의해 야기되는 질병, 특히 바이러스 감염, 및 암을 포함하고 이로 제한되지 않는다. 바람직하게는, 질병은 IFN-α가 그에 대해 미국 식품의약청 (Food and Drug Administration)에 의해 승인된 것이다.

바이러스 감염은 A형 간염, B형 간염, C형 간염, D형 간염, 다른 비-A/비-B형 간염, 헤르페스 바이러스, 엡스타인-바 (Epstein-Barr) 바이러스 (EBV), 사이토메갈로바이러스 (CMV), 단순 헤르페스, 인간 헤르페스 바이러스 타입 6, 유두종, 폭스바이러스, 피코르나바이러스, 아데노바이러스, 리노바이러스, 인간 T 림프친화 바이러스-타입 1 및 2, 인간 로타바이러스, 광견병, 레트로바이러스, 예를 들어 인간 면역결핍 바이러스 (HIV), 뇌염 및 호흡기 바이러스 감염을 포함한다. 바람직한 실시양태에서, 바이러스 감염은 HCV 또는 HBV이다. 특히 바람직한 실시양태에서, 바이러스 감염은 만성 HCV 감염이다.

바람직한 실시양태에서, 본 발명의 IFN-α 반응 마커는 만성 HBV 또는 만성 HCV 적응증에 대해 감독 당국에 의해 승인된 임의의 IFN-α 단일요법 또는 조합 요법 치료 요법과 함께, 특히 바람직한 실시양태에서 로페론?-A (인터페론-알파 2A, 재조합), 페가시스? (페그인터페론 알파-2a), 인트론? A (인터페론 알파-2b, 재조합) 및 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b) 제품의 포장 삽입물에 설명된 만성 C형 간염에 대한 임의의 투약 및 치료 요법과 함께 사용된다. 만성 HCV 감염에 대한 승인된 조합 요법은 일반적으로 IFN-α 단백질에 추가하여 뉴클레오시드 유사체인 리바비린을 투여한다. 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b) 제품에 대해, 상기 승인된 조합 요법은 HCV 유전자형 2 또는 3으로 만성적으로 감염된 환자에 대해 24주 동안, HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염된 환자에 대해 48주까지 요법을 수행할 것을 권고하고 있고, 24주 요법은 유전자형 1 감염 환자의 하위세트 및 치료 제4주차에 HCV-RNA 음성이고 치료 제24주차에 HCV-RNA 음성으로 유지되는 낮은 바이러스 부하 (<600,000) 환자에 대해 유럽에서 승인되었다.

다른 실시양태에서, IFN-α 반응 마커는 HCV 유전자형 1로 감염된 환자에 대해 조합 인터페론 알파/리바비린 요법을 사용한 치료의 적절한 기간을 결정하기 위한 바이러스 반응 시험과 관련하여 사용된다. 동종접합성 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되고 치료 제4주 및 제12주차 각각에서 검출불가능한 HCV-RNA를 갖는 환자가 12-36주, 예를 들어, 12, 18, 24, 30 또는 36주의 치료 지속기간에 대한 후보일 것이다. 일부 바람직한 실시양태에서, 선택된 치료 지속기간은 동종접합성 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되고 치료 제4주 및 제12주차 각각에서 검출불가능한 HCV-RNA를 갖는 높은 기준선 바이러스 부하의 유전자형 1 HCV로 만성적으로 감염된 치료 경험없는 환자에 대해 24주이다. 특히 바람직한 실시양태에서, 인터페론 알파는 PEG화 인터페론 알파-2a 또는 2-b 또는 알부민-인터페론 알파-2a 또는 -2b 융합 단백질이다.

리바비린 이외의 다른 뉴클레오시드 유사체를 포함하는 IFN-α-기반 조합 요법이 또한 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 개체에서 HCV 감염을 치료하기 위해 고려된다. 상기 뉴클레오시드 유사체의 예는 리바비린 유도체, 예를 들어 발렌트 파마슈티칼스 인터내셔날 (Valeant Pharmaceuticals International, 미국 캘리포니아주 알리소 비에조)에 의해 개발된 타리바비린 (비라미딘 및 ICN 3142로도 알려짐), 및 미국 특허 6,403,564 및 6,924,270에 기재된 화합물을 포함한다.

또한, 본 발명의 IFN-α 반응 마커는 하나 이상의 추가의 항바이러스제와 조합하여 IFN-α-기반 요법 (리바비린 포함 또는 불포함)을 사용한 치료로부터 가장 많은 이익을 얻을 가능성이 있는 HCV로 만성적으로 감염된 환자를 선택하기 위해 사용될 수 있다. 상기 조합 치료 요법에 유용한 항바이러스제의 비제한적인 예는 HCV 프로테아제 억제제, NS3 프로테아제 억제제, HCV 중합효소 억제제, HCV NS5A 억제제, IRES 억제제, NS4B 억제제, HCV 헬리카제 억제제, HCV 진입 억제제, HCV 비리온 생산 억제제, 및 다른 인터페론을 포함한다.

한 실시양태에서, 항바이러스제는 HCV 프로테아제 억제제이다.

상기 조합 요법에 유용한 HCV 프로테아제 억제제는 국제 특허 출원 공개 WO 2009/038663, WO 2007/092616, 및 WO 2002/18369 및 미국 특허 출원 공개 2007/0042968에 기재되어 있다.

본 발명의 방법 및 조합 요법에 유용한 다른 HCV 프로테아제 억제제는 보세프레비르 (SCH503034) 및 SCH 900518 (쉐링-플로우); 텔라프레비르 (VX-950), VX-500 및 VX-813 (베르텍스 파마슈티칼스 (Vertex Pharmaceuticals)); MK-7009 (머크 (Merck)); 및 ITMN-191 (R7227) (인터뮨 (Intermune) 및 로슈 (Roche)); TMC-435 (메디비르 (Medivir)/티보텍 (Tibotec)); MK-7009 (머크); GS-9132 및 ACH-1095 (길리드 (Gilead)/아킬론 (Achillon)); PHX1766 (페노믹스 (Phenomix)); ABT-450 HCV (애보트 (Abbott)/에난타 파마슈티칼스 (Enanta Pharmaceuticals)); 및 BILN 2061 및 BI 201335 (뵈링거 인겔하임)를 포함한다.

본 발명의 방법 및 조합 요법에 유용한 HCV 프로테아제 억제제의 추가의 예는 문헌 [Landro et al., Biochemistry, 36(31):9340-9348 (1997)]; [Ingallmella et al., Biochemistry, 37(25): 8906-8914 (1998)]; [Llinas-Brunet et al., Bioorg Med Chem Lett, 8(13): 1713-1718 (1998)]; [Martin et al., Biochemistry, 37(33): 1459-11468 (1998)]; [Dimasi et al., J Virol, 71(10):7461-7469 (1997)]; [Martin et al., Protein Eng, 10(5):607-614 (1997)]; [Elzouki et al., J Hepat, 27(1):42-48 (1997)]; [BioWorld Today, 9(217):4 (November 10, 1998)]; 미국 특허 출원 공개 US2005/0249702 및 US2007/0274951; 및 국제 특허 출원 공개 WO 98/14181, WO 98/17679, WO 98/17679, WO 98/22496 및 WO 99/07734 및 WO 05/087731에 개시된 것을 포함한다.

본 발명의 조성물 및 방법에 유용한 HCV 프로테아제 억제제의 추가의 예는 다음 화합물을 포함하고 이로 제한되지 않는다:

또 다른 실시양태에서, 항바이러스제는 NS3 프로테아제 억제제이다. 본 발명의 방법 및 본 발명의 조합 요법에 유용한 NS3 세린 프로테아제 억제제는 미국 특허 7,494,988, 7,485,625, 7,449,447, 7,442,695, 7,425,576, 7,342,041, 7,253,160, 7,244,721, 7,205,330, 7,192,957, 7,186,747, 7,173,057, 7,169,760, 7,012,066, 6,914,122, 6,911,428, 6,894,072, 6,846,802, 6,838,475, 6,800,434, 6,767,991, 5,017,380, 4,933,443, 4,812,561 및 4,634,697; 미국 특허 출원 공개 US20020068702, US20020160962, US20050119168, US20050176648, US20050209164, US20050249702 및 US20070042968; 및 국제 특허 출원 공개 WO 03/006490, WO 03/087092, WO 04/092161 및 WO 08/124148에 개시된 것을 포함하고, 이로 제한되지 않는다.

추가의 실시양태에서, 항바이러스제는 HCV 중합효소 억제제이다. 본 발명의 방법 및 조합 요법에 유용한 HCV 중합효소 억제제는 VP-19744 (와이어쓰 (Wyeth)/비로파마 (ViroPharma)), PSI-7851 (파마쎄트 (Pharmasset)), R7128 (로슈/파마쎄트), PF-00868554 (화이자), VCH-759 및 VCH-916 (비로켐/베르텍스), HCV-796 (와이어쓰/비로파마), IDX184 (Idenix), NM-283 (이뎀스 (Idemx)/노바티스 (Novartis)), R-1626 (로슈), MK-0608 (아이시스 (Isis)/머크), GS 9190 (길리드), ABT-333 (애보트), A-848837 및 A-837093 (애보트), GSK-71185 (글락소 스미스클라인 (Glaxo SmithKline)), ANA598 (아나디스 (Anadys)), GSK-625433 (글락소 스미스클라인), XTL-2125 (엑스티엘 바이오파마슈티칼스 (XTL Biopharmaceuticals)), 및 문헌 ([Ni et al., Current Opinion in Drug Discovery and Development, 7(4):446 (2004)]; [Tan et al., Nature Reviews, 1:867 (2002)]; 및 [Beaulieu et al., Current Opinion in Investigational Drugs, 5:838 (2004)]) 및 국제 특허 출원 공개 WO 08/082484, WO 08/082488, WO 08/083351, WO 08/136815, WO 09/032116, WO 09/032123, WO 09/032124 및 WO 09/032125에 개시된 것을 포함하고, 이로 제한되지 않는다.

또 다른 실시양태에서, 항바이러스제는 HCV NS5A 억제제이다. 본 발명의 방법 및 조합 요법에 유용한 HCV NS5A 억제제의 비제한적인 예는 AZD2836 (A-831) 및 AZD7295 (A-689) (애로우 써라퓨틱스 (Arrow Therapeutics)); 및 BMS-790052 (브리스톨-마이어스 스퀴브 (Bristol-Myers Squibb))이다.

한 실시양태에서, 항바이러스제는 NS4B 억제제, 예를 들어 클레미졸 염산염 및 클레미졸의 다른 염이다.

한 실시양태에서, 항바이러스제는 HCV 복제효소 억제제, 예를 들어 미국 특허 공개 US20090081636에 개시된 것이다.

또 다른 실시양태에서, 항바이러스제는 HCV 헬리카제 억제제, 예를 들어 트리옥살렌이다.

또 다른 실시양태에서, 항바이러스제는 ITX5061 및 ITX4520 (아이써엑스 (iTherx)), PRO 206 (프로게니스 (Progenies)) 및 셀고시비르 (MX-3253), 미게닉스 (MIGENIX)를 포함하고 이로 제한되지 않는 HCV 진입 억제제이다.

또 다른 실시양태에서, 항바이러스제는 RNAi 화합물, 예를 들어 TT-033 (타세레 써라퓨틱스 인크. (Tacere Therapeutics, Inc., 미국 캘리포니아주 산 호세))이다.

추가의 실시양태에서, 항바이러스제는 또 다른 타입 1 인터페론 (예를 들어, IFN-베타 또는 IFN-오메가), 타입 II 인터페론 (예를 들어, IFN-감마) 또는 타입 III 인터페론 (예를 들어, Il-28 또는 Il-29)이다.

본 발명의 방법 및 조합 요법에 사용하기 위해 고려되는 타입 III 인터페론의 예는 PEG-IFN 람다 (자이모제네틱스 (ZymoGenetics)/브리스톨-마이어스 스퀴브)를 포함하고 이로 제한되지 않는다.

본 발명의 방법 및 조합 요법에 사용하기 위해 고려되는 추가의 항바이러스제의 예는 TT033 (베니텍 (Benitec)/타세레 바이오 (Tacere Bio)/화이자), 시르나 (Sirna)-034 (시르나 써라퓨틱스 (Sirna Therapeutics)), GNI-104 (젠이뮨 (GENimmune)), IDX-102 (이데닉스 (Idenix)), 레보비린 (Levovirin)™ (아이시엔 파마슈티칼스 (ICN Pharmaceuticals, 미국 캘리포니아주 코스타 메사)); 휴맥스 (Humax) (젠맵 (Genmab)), ITX-2155 (이트렉스 (Ithrex)/노바티스), PRO 206 (프로게니스), 헤파시드 (HepaCide)-I (나노비로시데스 (NanoVirocides)), MX3235 (미게닉스 (Migenix)), SCV-07 (사이클론 파마 (SciClone Pharma)), KPE02003002 (케민 파마 (Kemin Pharma)), 레녹타 (Lenocta) (바이오퀘스트 파마슈티칼스 (VioQuest Pharmaceuticals)), IET (인터페론 증강 요법) (트랜지션 써라퓨틱스 (Transition Therapeutics)), 자닥신 (Zadaxin) (사이클론 파마), VP 50406™ (비로파마, 인코포레이티드, 미국 펜실베니아주 엑스톤); 아이시스 14803™ (아이시스 파마슈티칼스 (ISIS Pharmaceuticals, 미국 캘리포니아주 칼스바드)); 헵타자임 (Heptazyme)™ (리보자임 파마슈티칼스 (Ribozyme Pharmaceuticals, 미국 콜로라도주 보울더)); 티모신 (Thymosin)™ (사이클론 파마슈티칼스 (SciClone Pharmaceuticals, 미국 캘리포니아주 산 마테오)); 맥사민 (Maxamine)™ (맥심 파마슈티칼스 (Maxim Pharmaceuticals, 미국 캘리포니아주 산 디에고)); NKB-122 (젠켄 바이오사이언스 인크. (JenKen Bioscience Inc., 미국 노쓰캐롤라이나주)); 알리니아 (Alinia) (로마크 래보래토리즈 (Romark Laboratories)), 인폼 (INFORM)-1 (R7128, ITMN-191 및 리바비린의 조합); 및 미코페놀레이트 모페틸 (mycophenolate mofetil) (호프만-라 로슈, 미국 뉴저지주 너틀리), SCY-635 (시넥시스 (SCYNEXIS)), ANA773 (아나디스 (Anadys)), CYT107 (시테리스 (Cytheris)), SPC3649 (산타리스 파마 (Santaris Pharma)), 알리니아 (Alinia) (니트라족사니드) (로마크); 오글루파니드 이나트륨 (Oglufanide disodium) (임플리시트 바이오사이언스 (Implicit Bioscience)), CTS-1027 (코나투스 (Conatus)), NOV-205 (노벨로스 써라퓨틱스 (Novelos Therapeutics)), IMO-2125 (이데라 파마슈티칼스 (Idera Pharmaceuticals)) 및 CF102 (칸-파이트 (CAN-FITE))를 포함하고 이로 제한되지 않는다.

또한, 본 발명은 rs8103142에서 G 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성인 HCV 환자를 Lys70 IFN-λ3 이소형의 수준을 증가시키거나 Arg70 IFN-λ3 이소형의 수준을 감소시키거나 또는 둘 모두를 수행하는 치료제로 치료하는 것을 고려한다.

Lys70 IFN-λ3 이소형의 수준을 증가시키는 치료제의 예시적인 예는 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드, 및 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드를 코딩하는 발현 벡터를 포함한다. IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드는 당업계에 잘 알려진 기술을 사용하여 제조될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Dellgren, c. et al., Genes and Immunity 10: 125-131 (2009)] 및 미국 특허 7,517,961 참조). 바람직하게는, 발현 벡터는 인간 간세포에서 코딩되는 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드의 발현을 표적으로 하는 것이다. 아데노-연관 바이러스 벡터를 사용한 상기 간-표적화 유전자 요법은 문헌에 기재되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Hasbrouck, NC et al., Gene Therapy 15:870-875 (2008) 및 여기에 인용된 참고문헌], [Nancy Smyth Templeton, Gene and Cell Therapy: Therapeutic Mechanisms and Strategies, 3^rd Edition, Published by CRC Press (2008)], [Mark A. Findeis, Nonviral vectors for gene therapy: methods and protocols, Published by Humana Press (2001)] 참조).

Arg70 IFN-λ3 이소형의 수준을 감소시키는 작용제는 안티센스 RNA, 작은 간섭 RNA (siRNA) 및 리보자임을 포함한다. 당업자는 당업계에 공지된 기술을 사용하여 상기 작용제를 쉽게 설계하고 시험할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Stanley T. Crooke, Antisense drug technology: principles, strategies, and applications, 2^nd Edition: 2, Published by CRC Press (2007)], [Kevin J. Scanlon, Therapeutic applications of ribozymes, Published by Humana Press (1998)] 참조).

Arg70 IFN-λ3 이소형의 수준을 감소시키는 또 다른 작용제는 Arg70 이소형에 결합하여 이를 중화시키지만 Lys70 이소형에 대해서는 그렇지 않은 모노클로날 항체이다. 그러한 항체의 단리는 아미노산 위치 70이 IFN-λ3의 외부 표면 상에 존재하는 것으로 생각되기 때문에 쉽게 달성된다.

또한, rs12979860 C 대립유전자는 HCV 감염 후 처음 6개월로 언급되는 급성 C형 간염의 환자에서 HCV가 자연적으로 제거될 보다 큰 가능성과 연관된다. 60% 내지 70%의 감염된 사람들은 급성기 동안 증상을 나타내지 않는다. 그러나, 일부 환자는 식욕 감소, 피로, 복통, 황달, 가려움 및 독감-유사 증상을 포함하는 급성 C형 간염 감염의 증상이 있고, 이를 통해 조기 진단이 가능하다. 다른 환자는 주사바늘 찔림 손상과 같은 감염원에 대한 노출이 알려진 후에 HCV 감염에 대한 모니터링에 의해 급성 C형 간염으로 진단된다. C형 간염 바이러스는 일반적으로 감염 후 1 내지 3주 내에 PCR에 의해 혈액에서 검출가능하고, 바이러스에 대한 항체는 일반적으로 3 내지 15주 내에 검출가능하다.

50% 이하의 환자가 급성기 동안 신체로부터 바이러스를 자발적으로 제거할 수 있기 때문에, 의사는 환자가 만성 HCV 감염, 즉, 6개월을 초과하여 지속되는 감염으로 진행되지 않으면 그리고 진행될 때까지, 급성 간염 환자에게 항바이러스 요법의 비용 및 부작용을 감당하게 하는 것을 전통적으로 꺼려왔다. rs12979860 PS에서 환자의 유전자형 결정은 급성 HCV 감염으로 진단된 후 6개월 동안 항바이러스 요법을 개시하거나 또는 요법을 지연하는 것을 의사가 결정할 때 고려할 수 있는 또 다른 요인일 수 있다. 환자의 유전자형이 이종접합성 또는 동종접합성 C이면, 의사는 6개월 동안 요법을 지연할 것을 결정할 수 있다. 환자의 유전자형이 동종접합성 T인 경우에, 의사는 환자가 바이러스를 자연적으로 제거할 가능성이 작기 때문에 조기 항바이러스 요법을 허용할 것을 결정할 수 있다.

HCV 감염의 치료를 위해 본 발명의 조합 요법에 사용되는 다른 작용제의 용량 및 투여 요법은 포장 삽입물 내의 승인된 용량 및 투여 요법; 및 환자의 연령, 성별 및 전반적인 건강 상태를 고려하여 주치의에 의해 결정될 수 있다. HCV 조합 요법에서 투여되는 작용제는 동시에 (즉, 동일한 조성물로 또는 별개의 조성물로 잇따라) 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 이것은 조합 성분이 상이한 투약 스케줄로 투여될 때, 예를 들어, 하나의 성분은 1일 1회 투여되고 또 다른 성분은 6시간마다 투여될 때, 또는 바람직한 제약 조성물이 상이할 때, 예를 들어, 하나는 정제이고 하나는 캡슐일 때 특히 유용하다. 따라서, 별개의 투여 형태를 포함하는 키트가 유리하다.

IFN-α가 PEG12k-인터페론 알파-2b, 예를 들어 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b) 또는 그의 바이오시밀러일 때, 만성 HCV 감염에 대한 바람직한 치료 요법은 800-1400 mg 리바비린의 일일 용량과 조합한 1.5 mcg/kg의 PEG12k-인터페론 알파-2b의 매주 1회 투여를 포함한다. 리바비린 용량은 환자 체중에 기초하고: 40-65 kg의 환자에 대해 800 mg/일이고, 65 kg 초과 및 85 kg 이하의 환자에 대해 1000 mg/일이고, 85 kg 초과 및 105 kg 이하의 환자에 대해 1200 mg/일이고, 105 kg 초과의 환자에 대해 1400 mg/일이다. 일부 실시양태에서, PEG12k-인터페론 알파-2b의 권장된 매주 용량은 0.5, 0.75 또는 1.0 mcg/kg이고, 1일 리바비린 용량은 환자 체중에 기초하여 600-1400 mg 리바비린이다.

IFN-α가 bPEG40K-인터페론 알파-2a, 예를 들어 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 또는 그의 바이오시밀러인 경우에, 만성 HCV 감염에 대해 바람직한 치료 요법은 75 kg 미만의 환자에 대해 1000 mg 및 75 kg 이상의 환자에 대해 1200 mg의 1일 리바비린 용량과 조합한 180 mcg/주의 bPEG40K-인터페론 알파-2a의 투여를 포함한다. 일부 실시양태에서, bPEG40K-인터페론 알파-2a의 권장된 매주 용량은 180 mcg보다 적어도 25% 더 적다.

일부 바람직한 실시양태에서, 고 바이러스 부하의 HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염되고 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험된 환자의 치료를 위해 사용된 조합 약물 요법은 인터페론 알파, 예를 들어 PEG12k-인터페론 알파-2b 및 bPEG40K-인터페론 알파-2a가 리바비린과 조합으로 투여되는 약 2 내지 17주의 도입 치료기, 이어서 인터페론 알파, 리바비린 및 프로테아제 억제제, 예를 들어 보세프레비르 또는 텔라프레비르의 삼중 조합물이 투여되는 약 12 내지 약 28주의 제2 치료기를 포함한다. 그러한 2기 치료 요법은 국제 특허 출원 공개 WO 2009/038663에 설명되어 있다. 특히 바람직한 실시양태에서, 도입기는 약 4주이고 제2 치료기는 약 24주이다.

IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 암은 흑색종, 만성 골수성 백혈병 (CML), 신세포 암 (RCC), 유모세포 백혈병, 카포시 (Kaposi) 육종, 다발성 골수종, 기저세포 암종, 악성 흑색종, 표재성 방광암 (SBC), 난소암, 여포성 림프종, 비-호지킨 (Hodgkin) 림프종, 피부 T 세포 림프종, 첨규형 콘틸롬 (condyloma accuminata), 균상식육종, 유암종 증후군, 결장직장암, 후두 유두종증, 및 광선각화증을 포함한다. 따라서, 바람직한 암 및 투여 요법은 로페론?-A (인터페론-알파 2A, 재조합) 및 인트론? A (인터페론 알파-2b, 재조합) 제품에 대한 라벨 표시 및 처방 정보에 기재된 만성 C형 간염에 대한 요법에 설명되어 있다.

바람직한 실시양태에서, 본 발명의 IFN-α 반응 마커는 예를 들어 미국 특허 6,923,966 (흑색종), 6,605,273 (RCC) 및 6,362,162 (CML); 문헌 [Bukowski R., et al., Cancer 95(2):389-396 (2002)]; [Bukowski R., et al., J. Clin Oncol. 20(18):3841-348 (2002)]; [Garcia-Manero, G. et al., Cancer 97(12):2010-2016 (2003)]; [Garcia-Manero, G. et al., Cancer 98(3): 437-457 (2003)]; [Michallet, M. et al., Leukemia 18:309-315 (2004)]; [Motzer, R.J. et al., J. Clin Oncol. 19(5): 1312-1319 (2001)]; [Motzer, R.J. et al., Ann. Oncol. 13:1799-1805 (2002)]; [Lipton, J.H., et al., Blood 100:782a Abstract 3091 (2002)]; [Hochhaus, A., et al., Blood 100:164a Abstract 616 (2002)]; 및 [Dummer et al., Proc. Am. Soc. Clin. Oncol. 22:712 Abstract 2861 (2003)]에 기재된 치료 요법을 포함하여 흑색종, 만성 골수성 백혈병 (CML) 또는 신세포 암 (RCC) 환자를 치료하기 위해 PEG화 IFN-α와 함께 사용된다.

한 바람직한 실시양태에서, 본 발명의 IFN-α 반응 마커는 IFN-α 요법에 대한 우수한 후보인 고위험 흑색종 환자, 특히 제IIB기 (병변>4 mm, 양성 림프절 없음) 및 제III기 (병변>4 mm 및 림프절-양성) 원발성 피부 흑색종 환자를 확인하기 위해 사용된다. 바람직하게는, IFN-α 요법은 환자가 제IIB기 또는 제III기 흑색종에 대한 수술을 받은 후 보조 요법으로서 사용된다.

보다 바람직한 실시양태에서, 보조 요법으로서 사용된 IFN-α는 PEG화 IFN-α이다. 본 발명의 개선된 방법에 따라 치료가능한 흑색종 환자는 수술 후에 질병이 존재하지 않았지만 질병의 전신 재발 고위험을 보유하였던, 상기 질병으로 새로 진단된 환자를 포함한다. 본원에서 사용되는 용어 "고위험 환자"는 브레슬로우 (Breslow) 두께가 4 mm를 초과하는 병변이 있는 흑색종 환자 및 원발성 또는 재발성 림프절 병발의 임의의 브레슬로우 두께를 갖는 병변이 있는 환자를 의미한다. 본 발명에 따른 PEG화 IFN-α를 사용한 치료는 질병 진행, 허용되지 않는 독성의 임상 증거가 존재하거나 또는 환자가 요법 중단을 요청하지 않으면 5년까지 계속될 것이다.

고위험 흑색종 환자를 치료하기 위해 사용된 PEG화 IFN-α가 PEG12k-인터페론 알파-2b, 예를 들어 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b) 또는 그의 바이오시밀러인 경우에, 바람직한 치료 요법은 환자에게 3.0 내지 9.0 마이크로그램/킬로그램 매주 1회 (QW), 바람직하게는 4.5 내지 6.5 마이크로그램/킬로그램 QW, 보다 바람직하게는 5.5 내지 6.5 마이크로그램/킬로그램 QW, 가장 바람직하게는 약 6.0 마이크로그램/킬로그램 QW의 출발 용량을 투여하는 것을 포함한다. 일부 바람직한 실시양태에서, 고위험 흑색종 환자는 초기에 6.0 마이크로그램/킬로그램의 PEG12k-인터페론 알파-2b QW로 8주 동안, 이어서 3.0 마이크로그램/킬로그램 또는 그 이하의 PEG12k-인터페론 알파-2b QW로 5년 (8주의 초기 치료 기간 포함)의 기간 동안 치료된다. 예를 들어, 치료에 대한 환자 허용성을 유지하기 위해 환자에게 3.0 마이크로그램/킬로그램 미만이 투약되면, 용량은 바람직하게는 각각의 감소에 대해 1 마이크로그램/킬로그램씩, 예를 들어, 3.0에서 2.0으로, 2.0에서 1.0로 감소된다.

고위험 흑색종 환자를 치료하기 위해 사용된 PEG화 IFN-α가 bPEG40K-인터페론 알파-2a, 예를 들어 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 또는 그의 바이오시밀러인 경우에, 치료 요법은 환자에게 약 50 마이크로그램 내지 약 500 마이크로그램 QW, 바람직하게는 약 200 마이크로그램 내지 약 250 마이크로그램 QW의 용량을 투여하는 것을 포함한다.

환자에서 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재에 기초하여 환자를 치료하기 위해 선택된 조합 요법을 투여하는 경우에, 조합되는 치료제, 또는 치료제를 포함하는 제약 조성물 또는 조성물들은 임의의 순서로, 예를 들어, 순차적으로, 병용하여, 함께, 동시에 등으로 투여될 수 있다. 상기 조합 요법에서 다양한 치료제의 양은 상이한 양 (상이한 투여량) 또는 동일한 양 (동일한 투여량)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 조합물 내의 치료제는 환자의 질병 또는 병태를 치료하기 위해 단일요법으로서 사용될 때 일반적으로 사용되는 용량으로 투여되지만, 다른 실시양태에서, 치료제는 질병 또는 병태를 치료하기 위해 단일요법으로서 사용될 때 일반적으로 사용되는 용량보다 적은 용량으로 투여된다.

일부 실시양태에서, 조합 요법에서 사용되는 치료제는 동일한 제약 조성물 내에 존재하고, 이는 경구 투여, 정맥내 투여, 피하 투여 또는 비경구 투여에 적합할 수 있다.

또한, 본 발명자들은 본원에서 본원에 기재된 IFN-α 반응 마커가 약물유전학적 표시, 즉, 질병 성분 및 IFN-α 반응 마커 성분을 포함하는 표시에 대해 새로운 인터페론 알파 약품을 시판하기 위한 감독 당국의 승인을 얻기 위해 사용될 수 있음을 고려한다. 질병 성분은 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이고, 유전자 마커 성분은 본원에 기재된 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 양성으로 시험된 환자이다. 유사하게, 본 발명자들은 본원에서 이들 IFN-α 반응 마커가 일반적인 집단에서 특정 질병에 대한 약물의 한계 (marginal) 이익/위험 비를 기초로 하여 상기 질병에 대해 처방하는 것을 꺼리는, 현재 승인된 IFN-α 약물에 대해 상기 약물유전학적 표시의 승인을 얻고자 할 때 유용함을 고려한다.

약물유전학적 표시에 대한 승인을 얻는 것은 일반적으로 약물을 사용하여 치료되는 환자의 2개의 개별 군에서 약물에 대해 목적하는 반응의 발생률을 측정하는 것을 수반한다. 군들 중 하나의 군 내의 각각의 개체는 개체를 제안된 약물유전학적 표시 내에 분류하는 질병 및 유전적 프로필을 갖는다. 다른 군 내의 개체는 제안된 약물유전학적 표시의 유전자 마커 성분을 갖는 지의 여부와 상관없이 무작위로 선택될 수 있다. 별법으로, 개체는 유전자 마커 성분을 충족하고 충족하지 않는 개체의 백분율이 일반적인 집단에서, 또는 제안된 약물유전학적 표시의 질병 성분이 존재하는 환자의 집단에서 관찰되는 것과 유사한 "대조군"을 생성하는 방식으로 다른 군에 할당된다. 승인을 얻기 위한 약품은 전향적 시험에서 2개의 군에 투여될 수 있다. 별법으로, 약물을 사용하여 이전에 치료된 환자의 후향적 약물유전학 분석이 수행될 수 있다.

약물유전학적 표시를 그에 대해 확보하고자 하는 약품은 다른 치료상 활성 작용제, 예를 들어 제안된 약물유전학적 표시에서 질병 또는 병태를 치료하기 위한 효능을 갖는 또 다른 약물 또는 약물에 의해 야기되는 유해 효과의 발생을 감소시키기는 것이 의도되는 작용제를 사용하여 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 감독 승인을 얻고자 하는 약물유전학적 표시는 다른 마커 (유전자 마커 또는 생체마커) 또는 약물에 대한 반응의 예측자를 포함할 수 있다. 예를 들어, PEG화 인터페론 알파 및 리바비린을 사용한 조합 요법에 대한 급속 HCV 바이러스 반응 (RVR)은 SVR을 달성하는 우수한 예측자이다.

약물유전학 연구는 특정 국가에서 약물유전학 약품의 시판 전에 그로부터 승인이 필요한 감독 기관 또는 정부 기관의 대표자와 상담하여 설계될 수 있다. 바람직하게는, 감독 기관은 주요 산업 국가, 예를 들어 호주, 캐나다, 중국, 유럽 연합의 회원국, 일본 등의 정부로부터 권한을 부여받은 기관이다. 가장 바람직하게는, 감독 기관은 미국 정부로부터 권한을 부여받은 기관이고, 승인을 위한 제출되는 신청의 종류는 약품에 적용될 수 있는 미국 연방 연방 식품, 의약품, 화장품법 (Food, Drug and Cosmetic Act)의 최근에 제정된 버전에 제시된 법적 요건에 따라 결정될 것이고, 약품의 규제당국에 대한 서류 제출 및 시판 전략에 따른 비용과 같은 다른 고려 사항을 또한 포함할 수 있다. 예를 들어, 약품 내의 제약 제형이 제안된 약물유전학적 표시의 질병 성분에 대해 이전에 승인된 경우에는, 신청은 페이퍼 (paper) NDA, 추가 NDA 또는 간이 NDA일 수 있지만, 신청은 제약 제형이 이전에 승인된 적이 없는 경우에는 전체 (full) NDA일 필요가 있을 수 있고; 이들 용어는 제약업계의 숙련인에 의해 적용되거나 또는 의약품의 가격경쟁 및 특허존속기간의 회복에 관한 1984년 법 (Drug Price Competition and Patent Term Restoration Act of 1984)에 규정된 의미를 갖는다.

본 발명의 IFN-α 반응 마커를 사용하는 약물유전학 임상 시험의 하나의 목적하는 결과는 (1) 인터페론 알파 제약 조성물 및 (2) 그에 대해 제약 조성물이 권장되는 약물유전학적 표시를 포함하는 처방 정보를 포함하는 약품의 시판에 대한 승인이다. 처방 정보는 일반적으로 종종 포장 삽입물 또는 라벨로도 언급되는, 약물에 대한 제품 삽입물에서 발견된다.

상기 논의된 바와 같이, 약물유전학적 표시는 다음과 같은 2가지의 성분을 갖는다: 질병 성분 및 IFN-α 반응 마커 성분. 따라서, 처방 정보는 약물이 하나 이상의 질병, 증상 또는 의료 상태에 대해 입증된 효능을 갖는 유전적으로 규정된 환자의 군을 설명할 것이다. 일부 실시양태에서, 처방 정보는 유전적으로 규정된 군에 해당하는 개체를 확인하는 방법을 논의할 것이다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 처방 정보는 본원에 기재된 하나 이상의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 개체에 대해 약물의 사용이 지시됨을 설명한다. 별법으로, 처방 정보는 약물이 이들 IFN-α 반응 마커 중 하나 이상 또는 전부에 대해 음성으로 시험되는 개체에 대해 사용이 금지됨을 설명할 수 있다. 일부 바람직한 실시양태에서, 처방 정보는 약물유전학적 표시의 요구되는 유전자 마커 성분의 존재 또는 부재를 검출하기 위해 사용되는 적어도 하나의 승인된 진단 시험의 명칭을 포함한다. 상기한 바와 같이, 본 발명의 약물유전학 약품에서 약물유전학적 표시는 IFN-α 제약 조성물에 대한 추가의 마커 또는 반응 예측자 및/또는 하나 이상의 다른 치료상 활성 작용제와 조합하여 약물을 사용하기 위한 요건을 포함할 수 있다. 처방 정보는 권장 투여량 및 치료 요법에 대한 정보를 포함할 수 있다.

일부 실시양태에서, 약물유전학 약품은 약사 및 의사가 동일한 또는 유사한 IFN-α 활성 성분을 포함하지만 약물유전학적 표시를 갖지 않는 다른 시판 제품으로부터 해당 약품을 구별하는 것을 돕기 위해서 제조자가 약품을 약물유전학 제품으로서 확인하기 위해 채택한 특유한 제형 또는 포장으로 제공된다. 약품의 특유한 브랜드를 생성하는 일부로서 제약 제형 및 약품 포장의 외형을 사용하는 것은 당업계에 잘 알려져 있고, 정제 또는 캡슐의 형태 및 색상, 및 그 위에 또는 약물의 포장재 위에 찍은 기호 또는 로고를 포함한다.

본 발명의 바람직한 약물유전학 약품에서, 제약 조성물은 PEG화 인터페론 알파-2a, PEG화 인터페론 알파-2b, 또는 alb인터페론 알파-2b를 포함한다. 보다 바람직하게는, 제약 조성물은 bPEG40K-인터페론 알파-2a 또는 PEG12k-인터페론 알파-2b를 포함한다. 본 발명의 약품에 대한 바람직한 약물유전학적 표시는 HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염되고 본원에 기재된 적어도 하나의 동종접합성 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 환자의 치료를 위한 제약 조성물의 사용을 포함한다. 일부 바람직한 실시양태에서, 환자는 상기 규정된 바와 같이 높은 기준선 HCV 바이러스 부하를 갖는다. 보다 바람직한 실시양태에서, 처방 정보는 인터페론 알파 제약 조성물이 높은 기준선 바이러스 부하의 HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염된 환자를 치료하기 위해 적어도 하나의 다른 항바이러스제와 조합되어 사용되도록 지시됨을 설명한다. 항바이러스제는 리바비린, HCV 프로테아제 억제제, 및 HCV 중합효소 억제제, 또는 HCV 복제를 특이적으로 억제하는 또 다른 작용제일 수 있다. 처방 정보는 2가지 이상의 이들 항바이러스제의 임의의 조합물과 조합하여 인터페론 알파 제약 조성물을 사용할 것을 권장할 수 있다. 또한, 처방 정보는 권장 치료 요법을 포함할 수 있고, 여기서 바람직한 치료 요법은 PEG12k-인터페론 알파-2b 및 bPEG40K-인터페론 알파-2a 제약 조성물에 대해 상기 설명된 임의의 것이다.

본원에 기재된 방법을 수행하는데 또는 본원에 기재된 키트 및 제품을 사용하는데 수반되는 임의의 또는 모든 분석 및 수학적 작업은 컴퓨터에 의해 실행할 수 있다. 예를 들어, 컴퓨터는 시험 실험실의 작업자 또는 치료 의사에 의해 입력된 유전자형 데이타를 기초로 하여 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재를 개체에 지정하는 컴퓨터 프로그램을 실행할 수 있다. 또한, 동일한 컴퓨터 또는 상이한 컴퓨터는 그러한 반응 마커 지정에 기초하여 IFN-α 요법에 대한 예측된 반응을 출력할 수 있다. 일부 실시양태에서, 컴퓨터는 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재를 포함한, IFN-α 반응과 연관된 다양한 환자 및 질병 파라미터로부터 환자에 대한 반응 확률 스코어를 유도하는 컴퓨터 프로그램을 실행한다. 개체에서 IFN-α 마커의 존재 또는 부재에 관련한 데이타는 개체에 대한 다른 임상 및/또는 유전자 데이타를 함유하는 관련된 데이타베이스 (예를 들어, 오라클 (Oracle) 데이타베이스 또는 ASCII 플랫 파일의 세트의 경우)의 일부로서 저장될 수 있다. 이들 데이타는 컴퓨터의 하드 드라이브 상에 저장될 수 있거나, 예를 들어 CD ROM 또는 컴퓨터로 접근가능한 하나 이상의 다른 저장 장치 상에 저장될 수 있다. 예를 들어, 데이타는 네트워크를 통해 컴퓨터와 소통하는 하나 이상의 데이타베이스 상에 저장될 수 있다.

실시예

다음 실시예는 본 발명을 보다 명백하게 설명하도록 제공되고 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다.

실시예 1. HCV RNA에 대한 정량적 RT-PCR 분석.

A. 원리

HCV-RNA의 검출은 생물학적 샘플로부터 총 RNA를 추출하고 역전사-중합효소 연쇄 반응 (RT-PCR)을 수행함으로써 결정된다. 사용되는 RT-PCR은 표적 핵산 분자의 실시간 정량을 허용하는 자동화 방법이다. 본 방법은 rTth DNA 중합효소의 역 전사효소, 5'-엑소뉴클레아제 및 DNA 중합효소 활성을 이용한다. rTth DNA 중합효소는 먼저 바이러스 RNA의 DNA 카피를 제조한 (역 전사효소 활성) 후, DNA의 카피를 제조하도록 진행한다 (중합효소 활성). 증폭이 진행함에 따라, rTth DNA 중합효소의 5'-엑소뉴클레아제 활성은 서열-특이적 프로브를 소화시킨다. 상기 작용은 도입 RNA 카피의 정량을 허용하는 형광 신호를 방출한다.

HCV 유전자형은 HCV 게놈의 5'-비번역 영역의 PCR 증폭된 DNA 단편을 서열결정함으로써 결정된다. 이어서, 서열은 결정하기 위해 HCV 유전자형의 공개된 서열과 함께 정렬된다.

B. 샘플로부터 RNA 의 추출

자동화 고출력 액체 핸들러 (handler) 및 QIAamp 96 바이러스 RNA 추출 키트 (퀴아겐 (QIAGEN, 미국 메릴랜드주 저먼타운))에서 총 RNA를 추출한다. 본 방법은 RT-PCR에 적합한 고품질 RNA를 제공한다.

HCV 에 대한 정량적 RT - PCR

1-단계 RT-PCR은 rTth DNA 중합효소를 사용하여 수행한다. RT-PCR 생성물의 직접적인 검출은 염료-표지된 프로브의 형광 증가를 모니터링함으로써 달성된다. PCR 동안, 관심 있는 표적이 존재하는 경우에, 프로브는 표적에 특이적으로 어닐링한다. rTth DNA 중합효소의 5'-엑소뉴클레아제 활성은 형광을 방출하는 프로브를 소화시킨다. 본 과정은 PCR 동안 모든 사이클에서 일어나고, 생성물의 지수 축적을 방해하지 않는다. 형광의 증가 (축적된 PCR 생성물의 양에 비례적임)는 표적 서열이 프로브에 상보성이고 PCR 동안 증폭되는 경우에만 검출된다. 이들 요건 때문에, 비특이적 증폭은 검출되지 않는다.

시스템은 모든 증폭 사이클 후에 PCR 생성물을 측정할 수 있다. 표적 주형의 초기 카피수는 PCR 동안 주형의 증폭의 결과로서 형광 신호의 사이클-대-사이클 변화 (.Rn)를 분석함으로써 결정된다. 검출가능한 수준의 형광에 도달하기 위해 소요되는 사이클 (Ct, 역치 사이클로서 보고됨)이 더 적을수록, 초기 카피수가 더 크다. 서열 검출 응용 프로그램은 생성된 표준 곡선 상에 내삽함으로써 미지물의 초기 카피수를 결정한다.

D. 품질 제어/품질 보장

RNA 추출 및 RT-PCR의 효율을 검토하기 위해 각각의 샘플에 내부 RNA 대조물을 첨가한다. 예비보정된 HCV 대조군 RNA의 상이한 희석액을 표준 곡선을 생성하기 위해 모든 분석에서 실행한다. HCV 프로피션시 패널 (Proficiency Panel) 구성원에 대해 양성 대조군으로서 각각의 분석을 실행한다. 정상 인간 혈청 및 물을 RNA 추출 및 RT-PCR에 대한 음성 대조군으로서 실행한다.

상기 분석을 이용하여 수행된 RT-PCR HCV-RNA 결정은 에어로 메트릭스 (Aero Metrix)로부터의 C형 간염 바이러스 RNA 및 HCV 패널에 대한 WHO 국제 표준물에 대해 확인되었다. 상기 분석에 대한 정량 하한은 29 국제 단위/mL (IU/mL)이다. 모든 HCV-RNA 결과를 본원에서 IU/mL 단위로 보고하였다.

실시예 2. 페그인터페론 알파 2/리바비린 조합 요법을 사용한 치료에 대한 HCV 반응과 연관된 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)의 확인.

치료 반응에 대한 유전적 기여를 확인하기 위해, 본 발명자들은 2개의 전향적 임상 연구로부터 얻어진 게놈 샘플에 대해 게놈-범위 연관성 연구를 수행하였다. 1500명 초과의 개체가 IDEAL 연구의 일부였고, 그의 설계는 문헌 [McHutchinson et al., J. Viral Hepatol, Vol. 15, No. 7, July 2008, pp. 475-481]에 보고되어 있다. 게놈 범위 연관성 분석에서 아프리카계 미국인의 수를 증가시키기 위해, 67명의 환자가 또한 페그인터페론 알파-2b 및 리바비린을 사용한 아프리카계 미국인의 치료에 집중한 또 다른 전향적 연구로부터 포함되었다 (Muir, A.J., Bornstein, J.D. & Killenberg, P.G. Peginterferon alfa-2b 및 ribavirin for the treatment of chronic hapatitis C in blacks 및 non-Hispanic whites. N Engl J Med 350, 2265-71 (2004)).

간단히 설명하면, IDEAL 연구에서, HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염된 치료 경험없는 환자를 다음 48-주 치료 요법 중 하나를 투여받도록 무작위로 선정하였다 (1:1:1): 페그인터페론 알파-2b (PEG2b) 1.5 mcg/kg/주 + 리바비린 (RBV); PEG2b 1.0 mcg/kg/주 + RBV; 또는 페그인터페론 알파-2a (PEG2a) 180 mcg/주 + RBV. PEG2b 요법에서, 40-65 kg의 환자는 800 mg/일 RBV를 투여받고; 65 초과 및 85 kg 이하의 환자는 1000 mg/일 RBV를 투여받고; 85 초과 및 105 kg 이하의 환자는 1200 mg/일 RBV를 투여받고; 105 kg 초과의 환자는 1400 mg/일 RBV를 투여받는다. PEG2a 요법에서, <75 kg의 환자는 1000 mg/일의 RBV를 투여받는 한편, ≥75 kg의 환자는 1200 mg/일의 RBV를 투여받는다. HCV RNA 상태는 기준선, 치료의 12 및 24주, 48주 치료의 끝에 및 치료 후 24주에서 결정하였다. 12 또는 24주에서 불충분한 바이러스 반응을 갖는 대상체는 치료 실패로서 요법을 중단하였다. IDEAL 연구의 결과는 PEG2b (1.5 mcg/kg/주) + RBV 및 PEG2a 요법의 본질적으로 동등한 효능을 입증하였고, 여기서 백인에 비해 잘 매칭된 (matched) 아프리카계 미국인에서 유의하게 더 낮은 반응을 갖는다.

게놈 범위 분석에 포함된 모든 환자는 치료 경험없는 것이고 유전자형 1 HCV로 만성적으로 감염되었다. 환자는 48주 치료 (12 또는 24주에서 불충분한 바이러스 반응을 갖는 대상체는 치료 실패로서 프로토콜에 따른 요법을 중단하였음) 및 24주의 추적조사를 받았다. 1630명의 개체로부터의 게놈 샘플을 II상 HapMap 데이타 (HumanHap 610 quad V 1.0)로부터 유래된 약 600,000 태깅 SNP를 함유하는 일루미나 (Illumina)? (미국 캘리포니아주 샌디에고)의 휴먼610-쿼드 비드칩을 사용하여 유전자형 결정하였다. 유전자형 결정 결과를 1차 종점으로서 치료 반응의 결정자 (바이러스 제거 또는 SVR)에 대해 분석하였다. 치료 반응 및 비-반응 (NR)은 표준 정의에 따라 정의되었다 (Ghany, M.G. et al., Strader, D.B., Thomas, D.L. & Seeff, L.B. American Association for the Study of Liver Diseases: Practice Guidelines; Diagnosis, Management, and Treatment of Hepatitis C: An Update. (2009)). 지속 바이러스 반응은 치료 중단 24주 후에 예민한 RT-PCR 분석을 이용하여 검출될 수 없는 혈청 HCV RNA (또는 추가의 추적조사가 이용가능하지 않으면 12주 추적조사에서 검출될 수 없는 바이러스 수준)로서 정의된다. 비-반응은 12주의 치료에서 혈청 HCV RNA의 적어도 2-로그₁₀ 감소의 달성 실패로서 또는 추적조사의 끝에 검출가능한 혈청 HCV RNA로서 정의되었다. SVR을 달성한 모든 환자는 응답자로서 분석에 포함되었다. 적당한 약물 노출이 있는 비-응답자만이 평가되도록 보장하기 위해 (진정한 생물학적 비-응답자), 최소 12주 요법을 받고 PegIFN 및 RBV 모두에 대해 80% 초과의 복약순응도를 갖는 환자만을 연관성 분석에 포함시켰다. 데이타 품질을 보장하기 위해 일련의 품질 제어 절차를 적용하였다. 충분한 치료 반응 데이타를 갖는 총 1,143명의 C형 간염 환자가 이들 기준을 만족하였고, 따라서 연관성 분석에 포함시켰다 (표 3).

SVR에 대한 1차 연관성 시험은 기준선 (예비-치료) 혈청 HCV 바이러스 부하 및 섬유화 중증도를 포함한 많은 임상 공변량에 대한 교정과 함께 PLINK 소프트웨어 (Purcell, S. et al. Am J Hum Genet. 81 (2007))에서 이행된 로지스틱 회귀 모델을 이용하는 3개의 독립적인 민족 집단 (백인, N=874; 아프리카계 미국인, N=191; 및 히스패닉, N=78)에서 수행된 단일-마커 유전자형 경향 시험을 수반하였다.

<표 3>

이어서, 연관성 신호 (P 값)를 스토우퍼 (Stouffer)의 가중 (weighted) Z-방법 (Whitlock, M.C., et al. J Evol Biol 18, 1368-73 (2005))을 이용하여 조합하였고, 이때 각각의 집단에서 샘플 크기, 유효 크기, 및 유효 방향을 정확하게 고려한다. 이어서, 상기 조합된 P 값을 각각의 민족 집단에서 P 값과 함께, 주요 결과로서 기록하였다. 일련의 품질 제어 단계는 연관성 시험을 위해 565,759개의 다형성을 생성시켰다. 방법은 카피수 변이체 (CNV)를 평가하기 위해 적용되었고, CNV 및 SVR 사이의 관계를 시험하였다. 집단 계층화로부터 생성되는 거짓 연관성의 가능성에 대해 제어하기 위해, 변형된 EIGENSTRAT 방법 (Price, A.L. et al. Nat Genet 38, 904-9 (2006))을 사용하여, 각각의 민족 집단 내에서 집단 혈통 축에 대해 교정하였다. 유의성은 본페로니 (Bonferroni) 교정 (P 컷오프=2.9 x 10^-8)을 이용하여 평가하였다.

이들 분석은 염색체 19 상의 다형성, rs12979860이 연구된 모든 환자군에서 SVR과 강하게 연관됨을 보여주었고, 여기서 백인 환자군이 압도적인 게놈-범위 유의성 (P = 1.17x10^-25)을 보인다. 집단 군을 가로질러 p 값을 조합하면, 변이체는 1.21x10^-28에서 연관성을 보인다 (도 1 및 표 4).

<표 4>

백인 환자군에서, CC 유전자형은 TT 유전자형보다 2배 더 큰 SVR 비율과 연관되고 (도 2), 여기서 아프리카계 미국인 (3배) 및 히스패닉 환자군 (2배)에서 유사한 비를 갖는다. 유의하게, 자가-기록된 민족성에 의해서만 분류한 백인 및 아프리카계 미국인 개체에서 SVR 비율의 2.4배 차이가 존재하지만 (56.1%/23.6%), 상기 가변성은 C/C 유전자형을 가진 백인 및 아프리카계 미국인 군 (81.7%/53.3%) 사이에서 1.5배 차이로 하락한다. 본 발명자들은 아프리카계 미국인 환자에서 유의한 양의 보다 낮은 SVR 비율은 아프리카계 미국인 및 백인 환자군에서 C 대립유전자의 빈도의 차이 (각각 0.395 대 0.635)에 의해 설명되는 것으로 추정한다 (도 2, 아래 표 5).

흥미롭게도, 동아시아인이 백인보다 더 높은 SVR 비율을 갖는 것은 문서에서 잘 입증되었다 ([Liu, C.H., et al. Clin Infect Dis 47, 1260-9 (2008)]; [Yan, K.K. et al., World J Gastroenterol 14, 3416-20 (2008)]). 미지의 C형 간염 상태의 무작위 다수-민족 집단 샘플을 찾음으로써, 본 발명자들은 동아시아인에서 실질적으로 더 높은 빈도의 C 대립유전자를 관찰하였다 (도 3). 종합하면, 도 3에 도시된 바와 같이, 다양한 민족 군에 걸쳐 SVR 비율은 C 대립유전자 빈도 및 각각의 군에서 약물 반응의 추정 SVR 비율 사이에 놀라운 일치를 보였다.

마지막으로, TT 유전자형을 갖는 유럽인 혈통의 개체 (33.3%, p<0.05)보다, CC 유전자형을 갖는 아프리카계 미국인이 유의하게 더 높은 비율의 반응 (53.3%)을 갖는 것이 또한 주목할 만하고, 이것은 치료 반응을 예측하는데 있어서 민족성에 비해 개체 유전자형의 중요성을 강조한다 (Wilson, J.F. et al. Population genetic structure of variable drug response. Nat Genet 29, 265-9 (2001)).

실시예 3. SVR의 가변성의 원인이 되는 후보 원인 변이체의 확인.

이들 연관성의 원인이 되는 원인 변이체(들)을 확인하기 위한 노력에서, 본 발명자들은 먼저 SNPExpress 데이타베이스에서 80명의 개체 (비감염된 집단 대조군)로부터의 말초 혈액 단핵 세포에서 rs12979860 SNP 및 유전자 발현 사이의 연관성에 대해 시험하였고, 이는 게놈-범위 세트의 다형성을 세포의 2개의 1차 집단에서 게놈-범위 발현 패턴에 관련시킨다 (Heinzen, E.L. et al. Tissue-specific genetic control of splicing: implications for the study of complex traits. PLoS Biol 6, e1 (2008)). 본 발명자들은 감염의 부재 시에 IL28B 발현 수준은 낮았지만 IL28B의 발현 수준과 상기 데이타베이스에서 이용가능한 rs12979860에 대한 최상의 프록시와의 상호연관성을 발견하지 못하였다 (rs12980275, rs12979860과의 r²=0.88). HCV 감염의 존재 하에, 보다 구체적으로 HCV-감염된 간세포에서 IL28B 발현에 대한 rs12979860의 효과를 평가하기 위해 추가의 연구가 필요하다.

rs12979860과 동일한 게놈 영역 내의 6개의 다른 SNP는 일루미나 휴먼610-쿼드 비드칩 상에서 게놈-유의한 연관성 신호를 가졌다 (rs12980275, rs8099917, rs12972991, rs8109886, rs4803223, rs12980602, 표 1). 이들 SNP는 상기 연관성의 원인이 되는 가능한 후보이지만, 이들 SNP의 연관성 신호는 아래 표 4A에 도시된 바와 같이 각각의 이들 SNP 및 rs12979860 사이의 연관 불균형 때문에 주로 rs12979860의 신호에 의해 설명될 수 있다.

<표 4A>

rs12979860의 IL-28B 유전자에의 근접성 때문에, IL28B 유전자의 모든 엑손을 96개의 샘플에서 서열 결정하였다. IL28B 유전자 내의 2개의 강하게 연관된 추정되는 기능성 SNP는 위치 70에서 1개의 아미노산 교체 다형성 (Lys70Arg, 또는 c.213A>G, 또는 rs8103142), 및 프로모터 영역 내의 1개의 다형성 (-37G>C, 또는 rs28416813)이다. 두 SNP는 상기 연관성의 원인이 되는 후보이고, 표 1에 또한 포함된다.

실시예 4. SVR과 연관된 SNP에 대한 HCV 환자군에서 대립유전자 및 유전자형 빈도의 확인.

만성적으로 감염된 HCV 환자 및 일반적인 집단에서 C 대립유전자 및 C/C 유전자형의 우세함을 추정하기 위해, 실시예 1에서 연관성 분석에 이용된 모든 대상체 및 미지의 C형 간염 상태의 자가-확인된 백인 개체의 무작위 집단 샘플, 즉, 백인 대조군 집단에 대해 rs12979860 PS에 대한 3가지 가능한 유전자형의 빈도를 결정하였다. 이들 결과를 아래 표 5에 보고한다.

<표 5>

다형성이 자연적인 제거에 대해 영향을 미치면, 바이러스를 자연적으로 제거하는 모든 개체는 만성 간염 코호트로부터 배제될 것이므로 상기 비교에서 빈도 차이가 예상될 것이다. HCV 코호트 (0.635) 내에서 및 미지의 HCV 상태의 민족 매칭된 대조군 집단 (0.732) 내에서 백인 개체에서 C 대립유전자의 빈도의 통계상 유의한 차이가 존재하므로 (P= 2.48 x 10^-6), 표 2의 데이타는 그러한 예상과 일치한다. 이들 데이타는 C 대립유전자를 갖는 개체가 HCV 코호트로부터 우선적으로 배제됨을 나타낸다. 상기 비교는 치료에 대한 더 우수한 반응과 연관된 rs12979860 C 대립유전자가 C형 간염의 자연적인 제거의 보다 큰 가능성과 또한 연관됨을 보여주지만, 바이러스를 자연적으로 제거하는 것으로 알려진 코호트 및 유사하게 매칭된 만성적으로 감염된 코호트 사이의 보다 직접적인 비교가 부재하므로 상기 효과의 크기는 추정하기 어렵다.

IL28B 유전자 내에서 2개의 SNP에 대한 대립유전자 빈도는 다음과 같다:

rs28416813

-37G>C: 마이너스 가닥은 참조 대립유전자 G를 갖고, 이것은 SVR과 연관된다.

-37C 대립유전자 빈도 = 0.345 (n=55 백인에서).

-37C 대립유전자 빈도 = 0.500 (n=11 흑인에서).

G 대립유전자는 SVR과 연관된다

rs8103142

c.213A>G: 마이너스 가닥은 참조 대립유전자 A를 갖고, 이것은 SVR과 연관된다.

Lys70Arg (Lys70에 대한 참조 대립유전자 c.213A 코드)

Arg70 대립유전자 빈도 = 0.361 (n=54 백인에서).

Arg70 대립유전자 빈도 = 0.545 (n=11 흑인에서).

A 대립유전자 (Lys70)은 SVR과 연관된다

실시예 5. SVR과 연관된 다양한 SNP 사이의 연관 불균형.

백인에서 LD 척도:

rs28416813 (-37G>C)와 rs8103142 (213A>G): r-sq = 0.96; D' = 1.00.

rs28416813 (-37G>C)와:

rs12979860: r-sq = 1.00; D' = 1.00

rs12980275: r-sq = 0.88; D' = 1.00

rs8099917: r-sq = 0.50; D' = 1.00

rs12972991: r-sq = 0.59; D' = 1.00

rs8109886: r-sq = 0.49; D' = 1.00

rs4803223: r-sq = 0.08; D' = 0.45

rs12980602: r-sq = 0.19; D' = 0.60.

rs8103142 (213A>G)와:

rs12979860: r-sq = 0.96; D' = 1.00

rs12980275: r-sq = 0.85; D' = 1.00

rs8099917: r-sq = 0.48; D' = 1.00

rs12972991: r-sq = 0.56; D' = 1.00

rs8109886: r-sq = 0.51; D' = 1.00

rs4803223: r-sq = 0.07; D' = 0.42

rs12980602: r-sq = 0.29; D' = 0.65.

흑인에서 LD 척도 (작은 샘플 크기 (n = 11) 때문에 예비적임):

rs28416813 (-37G>C)과 rs8103142 (213A>G): r-sq = 0.83; D' = 1.00.

rs28416813 (-37G>C)과:

rs12979860: r-sq = 0.69; D' = 1.00

rs12980275: r-sq = 0.83; D' = 1.00

rs8099917: r-sq = 0.22; D' = 1.00

rs12972991: r-sq = 0.16; D' = 1.00

rs8109886: r-sq = 0.38; D' = 1.00

rs4803223: r-sq = 0.10; D' = 1.00

rs12980602: r-sq = 0.18; D' = 0.61

rs8103142 (213A>G)와:

rs12979860: r-sq = 0.83; D' = 1.00

rs12980275: r-sq = 0.69; D' = 1.00

rs8099917: r-sq = 0.19; D' = 1.00

rs12972991: r-sq = 0.13; D' = 1.00

rs8109886: r-sq = 0.45; D' = 1.00

rs4803223: r-sq = 0.12; D' = 1.00

rs12980602: r-sq = 0.23; D' = 0.64

실시예 6. SVR의 유전 및 임상 예측자의 비교

본원에서 연구한 환자에 대한 반응의 상이한 예측자의 크기를 정량적으로 비교하기 위해, 본 발명자들은 몇몇 공지의 임상 예측자 및 rs12979860 유전자형을 반응 속도에 관련시키는 단순한 로지스틱 회귀 모델을 개발하였다.

P: SVR을 달성하는 확률;

G: rs12979860 유전자형: TT=0, CT=1, CC=2;

V: 기준선 바이러스 부하: ≥ 600,000 IU/mL=0, <600,000 IU/mL=1;

E: 민족성: 아프리카인 혈통=0, 백인=1; 및

F: 기준선 섬유화: METAVIR F3-4=0, F0-2=1.

상기 회귀 모델은 CC 유전자형이 모델에 포함된 다른 공지의 기준선 예측자보다 반응의 속도에서 더 많은 실질적인 차이와 연관됨을 보여준다.

실시예 7. rs12979860 다형성은 자발적인 바이러스 제거와 연관된다.

본 발명자들은 본 연구에서 만성적으로 감염된 환자에서 대립유전자 빈도 (상기 표 3)를 미지의 C형 간염 상태의 겉보기에 건강한 개체의 무작위 다수-민족 집단 샘플에 비교함으로써, rs12979860 다형성이 C형 간염의 자연적인 제거에 영향을 미치는지 시험하였다. 모든 대상체는 유전자 연구에 참여하기 위해 고지에 의한 동의서 (informed consent)에 서명했다. 이들을 일루미나 휴먼610-쿼드 비드칩을 사용하여 유전자형 결정하고, 유전자형 데이타를 HCV 코호트에 대해 설명된 바와 같이 품질 제어 절차로 처리하였다. 아래 표 6은 상기 집단 샘플의 전체적인 특징을 보여준다.

<표 6>

rs12979860 다형성이 자연적인 제거에 대해 영향을 미치면, 바이러스를 자연적으로 제거하는 모든 개체는 만성 간염 코호트로부터 배제될 것이고 그에 의해 자연적인 제거의 가능성을 증가시키는 대립유전자의 빈도를 감소시키므로 상기 비교에서 빈도 차이가 예상될 것이다. 본 발명자들은 임의의 잠재 계층화에 대해 교정된 민족 매칭된 대조군에서 0.732의 빈도에 비해 HCV 코호트 내의 유럽인 혈통의 개체에서 0.63의 빈도를 갖는 (P= 2.48 x 10^-6), 만성적으로 감염된 코호트에서 C 대립유전자의 빈도가 유의하게 감소하였음을 발견하였고, 이것은 C 대립유전자를 갖는 개체가 HCV 코호트로부터 우선적으로 배제됨을 나타낸다. 상기 비교는 치료에 대한 더 우수한 반응과 연관된 rs12979860 C 대립유전자가 C형 간염의 자연적인 제거의 보다 큰 가능성과 또한 연관됨을 보여준다. 바이러스를 자연적으로 제거하는 것으로 알려진 코호트 및 유사하게 매칭된 만성적으로 감염된 코호트 사이의 보다 직접적인 비교가 부재하므로 효과의 크기는 추정하기 어렵다.

실시예 8. IFN-λ3 Arg70 이소형은 세균에서 발현될 때 불안정하다.

rs8103142 SNP의 G 대립유전자가 IFN-λ3 Arg70 이소형의 발현 또는 기능에 영향을 미치는지 평가하기 위해, 세균 세포에서 발현된 His-태깅된 IFN-λ3 Lys70 및 His-태깅된 IFN-λ3 Arg70 이소형을 정제하고, 각각의 정제된 이소형의 항바이러스 활성을 EMCV 바이러스 접종 분석을 이용하여 평가하였다. 놀랍게도, Arg 이소형의 광범한 분해가 정제 동안 관찰되었지만 Lys 이소형의 분해는 관찰되지 않았고, 반면에 동등한 양의 전장 정제된 이소형이 사용될 때 대등한 항바이러스 활성이 관찰되었다. 유의하게 더 적은 양의 His-태깅된 IFN-λ3 Arg70 이소형이 단리되었다.

실시예 9. 인간 293T 세포로부터 IFN-λ3 Lys70 이소형에 비해 IFN-λ3 Arg70 이소형의 감소된 분비.

IFN-λ3 Arg70 이소형이 인간 세포 내에서 발현될 때 또한 불안정한지 평가하기 위해, 다음 실험을 수행하였다.

포유동물 발현 구성체: myc 항체 에피토프에 대한 DNA 코딩 서열이 IFN-λ3 유전자 코딩 서열의 3' 말단에서 포함된, IFN-λ3 Lys70 이소형 및 IFN-λ3 Arg70 이소형 유전자 서열을 시험관 내에서 합성하였다 (젠스크립트 (GenSript, 미국 뉴저지주 피스카타웨이)). 생성되는 IFN-λ3-myc 태그 유전자 코딩 영역을 표준 제한 효소 소화 및 라이게이션 (ligation)에 의해 포유동물 발현 벡터 pCDNA3.1 (+) (인비트로겐 (Invitrogen, 미국 캘리포니아주 칼스바드)) 내로 포함시켜, IFN-λ3 유전자 발현이 조기 사이토메갈로바이러스 (CMV) 인핸서/프로모터에 의해 조절되도록 하였다. 생성되는 구성체를 pcDNA3.1 (+) IFN-λ3 Lys70 및 pcDNA3.1 (+) IFN-λ3 Arg70로 명명하였다.

발현된 IFN -λ3 단백질의 검출: 293T 세포 (CRL-11268)를 ATCC (미국 버지니아주 매나싸스)로부터 구입하고, 10% FBS 및 300 ㎍/ml G418을 보충한 DMEM 내에 유지시켰다. IFN-λ3 발현의 검출을 위해, 3x10⁶개의 293T 세포를 100 mm 세포 배양 접시 (코닝 (Corning, 미국 뉴욕주 코닝)) 상에 플레이팅하고, 24시간 후에 10 ㎍의 pcDNA3.1 (+) IFN-λ3 Lys70 또는 pcDNA3.1 (+) IFN-λ3 Arg70 플라스미드를 ProFection? 포유동물 형질감염 시스템 (프로메가 코프. (Promega Corp., 미국 위스콘신주 매디슨))을 사용하는 인산칼슘 방법에 의해 형질감염시켰다. 형질감염의 48시간 후에, 세포 상등액을 수집하고, 동일 부피들을 동일한 10% NuPAGE 비스-트리스 겔 (인비트로겐, 미국 캘리포니아주 칼스바드) 상에서 분리하였다. NuPAGE 겔 중 하나를 동일 단백질 부하를 확인하기 위해 쿠마지 블루 (인비트로겐, 미국 캘리포니아주 칼스바드)로 염색하고, 다른 NuPAGE 겔로부터의 단백질을 PVDF 막 (인비트로겐, 미국 캘리포니아주 칼스바드)에 전달하였다. 이어서, PVDF 막을 myc-태깅된 IFN-λ3 Lys70 및 IFN-λ3 Arg70 이소형의 검출을 위해 항-c-Myc (Ab-1) 마우스 모노클로날 9E10 항체 (칼비오켐 (Calbiochem, 미국 캘리포니아주 라 졸라))를 사용하여 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다.

도 5에 도시된 바와 같이, myc-태깅된 IFN-λ3 Arg70 이소형의 분비는 myc-태깅된 IFN-λ3 Lys70 이소형의 분비보다 훨씬 더 적었다. 상기 차이는 각각의 이소형에 대한 겔 밴드의 강도를 측정함으로써 정량되었다. Lys70 이소형에 대한 총 강도는 9441인 한편, Arg70 이소형에 대해서는 단지 2541 (3.72의 배수 감소)이었다. 상기 결과는 rs8103142 SNP의 G 대립유전자가 페그인터페론 알파-2b/리바비린 조합 요법에 대한 HCV 환자의 감소된 반응에서 원인으로 관여된다는 가설과 일치한다.

본 발명의 범위는 본원에 기재된 구체적인 실시양태에 의해 제한되지 않아야 한다. 실제로, 본원에 기재된 것에 추가로 본 발명의 다양한 변형은 상기한 상세한 설명으로부터 당업자에게 명백해질 것이다. 그러한 변형은 첨부된 청구항의 범위 내에 있는 것으로 의도된다.

특허, 특허 출원, 간행물, 제품 설명서, 및 프로토콜은 본원 전체에 걸쳐 인용되고, 그 개시내용은 모든 목적을 위해 그 전부가 본원에 참고로 포함된다.

SEQUENCE LISTING <110> Bertelsen, Arthur Fellay, Jacques Ge, Dongliang Goldstein, David B. McHutchison, John G Murgolo, Nicholas J. Qiu, Ping Ralston II, Robert Orville Shianna, Kevin Simon, Jason S. Thompson, Alexander J. Urban, Thomas <120> GENETIC MARKERS ASSOCIATED WITH INTERFERON-ALPHA RESPONSE <130> CL2009.6992 <140> PCT/US10/35782 <141> 2010-05-21 <160> 10 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> Y indicates C or T <400> 1 ctgaaccagg gagctccccg aaggcgygaa ccagggttga attgcactcc gc 52 <210> 2 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> S indicates G or C <400> 2 cagagagaaa gggagctgag ggaatgsaga ggctgcccac tgagggcagg gg 52 <210> 3 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> Y indicates C or T <400> 3 tcctggggaa gaggcgggag cggcacytgc agtccttcag cagaagcgac tc 52 <210> 4 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> R indicates G or A <400> 4 ctgagagaag tcaaattcct agaaacrgac gtgtctaaat atttgccggg gt 52 <210> 5 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> K = G or T <400> 5 cttttgtttt cctttctgtg agcaatktca cccaaattgg aaccatgctg ta 52 <210> 6 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> M = A or C <400> 6 agaacaaatg ctgtatgatt ccccctmcat gaggtgctga gagaagtcaa at 52 <210> 7 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> M = A or C <400> 7 tattcatttt tccaacaagc atcctgmccc aggtcgctct gtctgtctca at 52 <210> 8 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> R indicates G or A <400> 8 cctaaatatg atttcctaaa tcatacrgac atatttcctt gggagctata ca 52 <210> 9 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> Y indicates C or T <400> 9 tcatataaca atatgaaagc cagagayagc tcgtctgaga cacagatgaa ca 52 <210> 10 <211> 196 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 10 Met Thr Gly Asp Cys Met Pro Val Leu Val Leu Met Ala Ala Val Leu 1 5 10 15 Thr Val Thr Gly Ala Val Pro Val Ala Arg Leu Arg Gly Ala Leu Pro 20 25 30 Asp Ala Arg Gly Cys His Ile Ala Gln Phe Lys Ser Leu Ser Pro Gln 35 40 45 Glu Leu Gln Ala Phe Lys Arg Ala Lys Asp Ala Leu Glu Glu Ser Leu 50 55 60 Leu Leu Lys Asp Cys Lys Cys Arg Ser Arg Leu Phe Pro Arg Thr Trp 65 70 75 80 Asp Leu Arg Gln Leu Gln Val Arg Glu Arg Pro Val Ala Leu Glu Ala 85 90 95 Glu Leu Ala Leu Thr Leu Lys Val Leu Glu Ala Thr Ala Asp Thr Asp 100 105 110 Pro Ala Leu Gly Asp Val Leu Asp Gln Pro Leu His Thr Leu His His 115 120 125 Ile Leu Ser Gln Leu Arg Ala Cys Ile Gln Pro Gln Pro Thr Ala Gly 130 135 140 Pro Arg Thr Arg Gly Arg Leu His His Trp Leu His Arg Leu Gln Glu 145 150 155 160 Ala Pro Lys Lys Glu Ser Pro Gly Cys Leu Glu Ala Ser Val Thr Phe 165 170 175 Asn Leu Phe Arg Leu Leu Thr Arg Asp Leu Asn Cys Val Ala Ser Gly 180 185 190 Asp Leu Cys Val 195

Claims (49)

1. 인터페론 알파 (IFN-α)를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가지며 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 개체를 치료하기 위한 IFN-α를 포함하고, 상기 IFN-α 반응 마커가 하기 표 1의 IFN-α 반응 마커로부터 선택되는 것인 제약 조성물.
   

   
2. 인터페론 알파 (IFN-α)를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가지며 표 1의 IFN-α 반응 마커로부터 선택되는 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 개체를 치료하기 위한 의약의 제조에 있어서의 인터페론 알파의 용도.
3. 인터페론 알파 (IFN-α)를 포함하는 제약 조성물 및 약물유전학적 표시를 포함하는 처방 정보를 포함하며, 여기서 약물유전학적 표시는 표 1의 IFN-α 반응 마커로부터 선택되는 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 환자에서 IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병의 치료를 포함하는 것인 약품.
4. 개체로부터 핵산 샘플을 얻고, 표 1의 다형성 부위 (PS)에서 개체의 유전자형을 결정하기 위해 핵산 샘플을 분석하는 것을 포함하고, 개체가 상기 PS에서 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면, IFN-α 반응 마커가 존재하고, 개체가 상기 PS에서 다른 대립유전자에 대해 동종접합성이면, IFN-α 반응 마커가 부재하는 것인, 적어도 하나의 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재에 대해 개체를 시험하는 방법.
5. 제4항에 있어서, 상기 PS에서 개체의 유전자형을 나타내는 시험 보고서를 작성하는 것을 추가로 포함하는 방법.
6. 표 1의 다형성 부위 (PS)로부터 선택된 다형성 부위에서 개체의 유전자형을 얻고 결정 단계의 결과에 기초하여 요법을 선택하는 것을 포함하며, 여기서 개체가 선택된 PS에서 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면, 선택된 요법은 인터페론 알파 (IFN-α)를 사용한 초기 치료 또는 지속 치료를 포함하고, 개체가 선택된 PS에서 다른 대립유전자에 대해 동종접합성이면, 선택된 요법은 IFN-α를 IFN-α가 아닌 적어도 하나의 다른 치료제와 조합으로 투여하는 것을 포함하거나 또는 선택된 요법은 IFN-α-기반 요법을 배제하는 것인, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가진 개체를 치료하기 위한 요법을 선택하는 방법.
7. 질병 군의 각각의 구성원을 적어도 하나의 인터페론 알파 (IFN-α) 반응 마커의 존재에 대해 시험하고 치료를 위해 IFN-α 반응 마커에 대해 양성으로 시험되는 적어도 하나의 개체를 선택하는 것을 포함하며, 여기서 IFN-α 반응 마커에 대한 양성 시험이 표 1의 다형성 부위 (PS)로부터 선택된 적어도 하나의 다형성 부위에 대한 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 이종접합성 유전자형 또는 동종접합성 유전자형인 것인, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가진 개체의 군으로부터 IFN-α를 사용한 초기 치료 또는 지속 치료를 위해 개체를 선택하기 위한 스크리닝 방법.
8. 표 1의 다형성 부위 (PS)의 군으로부터 선택된 적어도 하나의 다형성 부위의 유전자형을 결정하기 위해 설계된 올리고뉴클레오티드의 세트를 포함하는, 인터페론 알파 (IFN-α)를 사용하여 치료될 수 있는 질병을 가진 개체를 IFN-α 반응 마커의 존재 또는 부재에 대해 시험하기 위한 키트.
9. 제8항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 (ASO) 프로브인 키트.
10. 제8항 또는 제9항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 고체 표면 상에 고정되는 것인 키트.
11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, IFN-α 반응 마커가 표 1의 동종접합성 IFN-α 반응 마커 유전자형으로부터 선택되는 것인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 인터페론 알파를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 바이러스 감염인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
13. 제12항에 있어서, 바이러스 감염이 B형 간염 바이러스 (HBV) 또는 C형 간염 바이러스 (HCV)에 의한 만성 감염인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
14. 제13항에 있어서, C형 간염 바이러스가 HCV 유전자형 1인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
15. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 암인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
16. 제15항에 있어서, 암이 흑색종, 신세포 암종 (RCC), 또는 만성 골수구성 백혈병 (CML)인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
17. 제16항에 있어서, 암이 흑색종인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, IFN-α가 인터페론 알파-2a 단백질, 인터페론 알파-2b 단백질, 인터페론 알파-2c 단백질 또는 컨센서스 인터페론 알파 단백질인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
19. 제18항에 있어서, IFN-α가 PEG화 인터페론 알파-2a 단백질 또는 알부민-인터페론 알파-2a 융합 단백질인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
20. 제19항에 있어서, IFN-α가 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 또는 그의 바이오시밀러인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
21. 제18항에 있어서, IFN-α가 PEG화 인터페론 알파-2b 또는 알부민-인터페론 알파-2b 융합 단백질인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
22. 제21항에 있어서, IFN-α가 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b) 또는 그의 바이오시밀러인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, IFN-α가 비경구 투여를 위해 제형화되는 것인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
24. 제23항에 있어서, IFN-α를 사용하여 치료될 수 있는 질병이 HCV 유전자형 1에 의한 만성 감염이고, IFN-α가 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b)인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
25. 개체로부터 핵산 샘플을 얻고;
    표 1의 적어도 하나의 다형성 부위 (PS)에 대한 환자의 유전자형을 결정하기 위해 핵산 샘플을 분석하고;
    결정된 유전자형에 기초하여 예측하는 것
    을 포함하며, 여기서 환자의 유전자형이 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 동종접합성이면, 예측은 개체가 지속 바이러스 반응 (SVR)을 달성할 것 같다는 것이고, 환자의 유전자형이 다른 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면, 예측은 개체가 SVR을 달성할 것 같지 않다는 것인,
    HCV 유전자형 1로 만성적으로 감염된 개체가 인터페론 알파-2 및 리바비린을 포함하는 조합 요법에 대해 SVR을 달성할 것인지 예측하는 방법.
26. 표 1의 적어도 하나의 다형성 부위 (PS)에 대해 개체의 유전자형을 얻고,
    얻어진 유전자형에 기초하여 치료 요법을 처방하는 것
    을 포함하며, 여기서 유전자형이 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 동종접합성이면, 치료 요법이 개체에게 인터페론 알파를 리바비린과 조합으로 투여하는 것을 포함하고, 개체의 유전자형이 다른 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면, 치료 요법이 개체에게 인터페론 알파를 리바비린, 및 인터페론 알파가 아닌 적어도 하나의 항바이러스제와 조합으로 투여하는 것을 포함하거나 또는 치료 요법이 인터페론-알파 기반 요법을 배제하는 것인, HCV 유전자형 1의 만성 감염에 대해 개체를 치료하는 방법.
27. 제25항 또는 제26항에 있어서, 인터페론 알파가 PEG화 인터페론 알파-2a 단백질 또는 알부민-인터페론 알파-2a 융합 단백질인 방법.
28. 제27항에 있어서, 인터페론 알파가 페가시스? (페그인터페론 알파-2a) 또는 그의 바이오시밀러인 방법.
29. 제25항 또는 제26항에 있어서, 인터페론 알파가 PEG화 인터페론 알파-2b 또는 알부민-인터페론 알파-2b 융합 단백질인 방법.
30. 제29항에 있어서, 인터페론 알파가 페그인트론? (페그인터페론 알파-2b) 또는 그의 바이오시밀러인 방법.
31. 제26항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 항바이러스제가 HCV 프로테아제 억제제인 방법.
32. 제31항에 있어서, HCV 프로테아제 억제제가 보세프레비르 또는 텔라프레비르인 방법.
33. 제31항 또는 제32항에 있어서, 개체의 유전자형이 다른 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면, 치료 요법이 인터페론-알파 기반 요법을 배제하고 적어도 2개의 직접적인 항바이러스제의 조합을 포함하는 것인 방법.
34. 제33항에 있어서, 적어도 2개의 직접적인 항바이러스제의 조합이 HCV 프로테아제 억제제 및 HCV 중합효소 억제제를 포함하는 것인 방법.
35. 제26항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 다형성 부위가 rs8103142이고, 개체의 유전자형이 G 대립유전자에 대해 이종접합성 또는 동종접합성이면, 치료 요법이 개체에게 인터페론 알파를 리바비린, 및 인터페론 알파가 아닌 적어도 하나의 치료제와 조합으로 투여하는 것을 포함하는 것인 방법.
36. 제35항에 있어서, 치료제가 IFN-λ3 Lys70 제약 조성물인 방법.
37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 개체가 인터페론 알파를 사용한 이전 요법 후에 비반응 표현형을 갖는 것으로서 분류된 것인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
38. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 개체가 IFN-α 치료 경험없는 것인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
39. 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 개체가 백인 (Caucasian), 아프리카계 미국인, 히스패닉 (Hispanic) 또는 아시아인으로서 자가-확인되는 것인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 개체가 아프리카계 미국인으로서 자가-확인되는 것인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
41. 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, IFN-α 반응 마커가 rs8103142에서 동종접합성 A인 제약 조성물, 용도, 약품, 방법 또는 키트.
42. IFN-λ3 Lys70 제약 조성물, 및 제약 조성물이 HCV로 감염되고 rs8103142에서 G 대립유전자의 존재에 대해 양성으로 시험되는 개체를 치료하기 위해 권장되는 것을 언급하는 처방 정보를 포함하며, 여기서 제약 조성물이 IFN-λ3 Lys70 IFN-α 폴리펩티드 또는 IFN-λ3 Lys70 폴리펩티드를 코딩하는 발현 벡터를 포함하는 것인 약품.
43. 제42항에 있어서, 처방 정보가, 제약 조성물이 IFN-α-기반 요법과 조합으로 사용하기 위한 것임을 추가로 언급하는 것인 약품.
44. 제10항에 있어서, 각각의 올리고뉴클레오티드가 별개의 실리카 비드 상에 고정되는 것인 키트.
45. 환자의 반응의 유전 및 임상 반응 예측자의 세트를 얻고,
    수득된 예측자를 추정 확률을 계산하기 위해 입력된 예측자에 대해 로지스틱 (logistic) 회귀 모델을 실행하는 컴퓨터 내에 입력하고,
    추정 확률을 환자 또는 환자의 의사에게 전송하는 것
    을 포함하며, 여기서 환자는 아프리카계 미국인 또는 백인으로서 자가-확인하고, 유전 및 임상 반응 예측자의 세트는 rs12979860 다형성 부위에서 환자의 유전자형, 환자의 기준선 HCV 바이러스 부하 (load), 환자의 자가-확인된 민족성 및 기준선 섬유화에 대한 환자의 METAVIR 스코어로 이루어지고, 로지스틱 회귀 모델은 다음 식으로 표시되는 것인, 만성 HCV 유전자형 1 감염이 있는 환자가 PEG화 IFN-α-2 및 리바비린을 사용한 조합 요법에 대해 지속 바이러스 반응을 달성할 확률을 추정하는 방법.
    

    

    
    P: SVR을 달성하는 확률;
    G: rs12979860 유전자형: TT=0, CT=1, CC=2;
    V: 기준선 바이러스 부하: ≥ 600,000 IU/mL=0, <600,000 IU/mL=1;
    E: 민족성: 아프리카인 혈통=0, 백인=1; 및
    F: 기준선 섬유화: METAVIR F3-4=0, F0-2=1.
46. rs12979860 다형성 부위에 대한 개체의 유전자형을 얻고, 얻어진 유전자형에 기초하여 치료 결정을 하는 것을 포함하며, 여기서 유전자형이 동종접합성 T이면, 치료 결정은 환자를 항바이러스 요법으로 시작하는 것이고, 유전자형이 이종접합성 C 또는 동종접합성 C이면, 치료 결정은 개체가 만성 HCV 감염으로 진단될 때까지 항바이러스 요법을 보류하는 것인, 급성 C형 간염으로 진단된 개체를 치료하는 방법.
47. 제46항에 있어서, 개체가 HCV 유전자형 1로 감염된 것인 방법.
48. 제27항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 환자의 유전자형이 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 동종접합성이고 환자가 인터페론-알파 리바비린 조합 요법을 사용한 치료의 4주 및 12주에 검출될 수 없는 HCV RNA를 갖는 경우에, 조합 요법의 총 치료 시간이 12 내지 36주인 방법.
49. 제27항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 높은 기준선 바이러스 부하를 갖고, 더 우수한 반응 대립유전자에 대해 동종접합성이고, 인터페론-알파 리바비린 조합 요법을 사용한 치료의 4주 및 12주에 검출될 수 없는 HCV RNA를 갖는 경우에, 조합 요법을 사용한 총 치료 시간이 24주인 방법.

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