JP5469744B2 - インターフェロンアルファ応答に関連する遺伝子マーカー - Google Patents

Description

本発明はインターフェロンアルファを用いた治療に対する有益な応答を予測するヒト１９番染色体上の遺伝子マーカーに関する。

本セクションおよび本出願のいずれのセクションにおける如何なる公開出版物の特定もそのような公開出版物が本発明の従来技術であることを受け入れるものではない。

タンパク質のＩ型インターフェロンアルファ（ＩＦＮ−α）ファミリーは臨床的に重要な抗ウィルス性、抗増殖性および免疫調節性の活性を呈し、肝炎および癌を包含する種々の疾患を治療するために認可されている。最初に認可されたＩＦＮ−αタンパク質の短い血漿中半減期のために、より長時間作用するバージョンが開発されており；特に商標名ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）の下にＨｏｆｆｍａｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ（Ｎｕｔｌｅｙ，ＮＪ）により販売されているペグインターフェロンアルファ−２ａ；商標名ＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）の下にＳｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ（Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ，ＮＪ）より販売されているペグインターフェロンアルファ−２ｂ；およびＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓにより後期臨床開発中のヒト血清アルブミンとインターフェロンアルファ−２ｂとの融合物であるＡｌｂｕｆｅｒｏｎ（登録商標）が挙げられる。

ＩＦＮ−αタンパク質は正常および異常の両方の細胞におけるＤＮＡ複製およびＲＮＡおよびタンパク質の合成を包含する種々の細胞機能に影響する。したがって、ＩＦＮ−α療法の細胞毒性作用は腫瘍またはウィルス感染細胞に限定されず、正常で健康な細胞においても同様に顕在化する。その結果、望ましくない（但し典型的には可逆性の）副作用がＩＦＮ−α療法中に、特に治療効果を達成するために高用量が必要とされる場合に生じる。例えば、ＩＦＮ−αタンパク質の投与は赤血球、白血球および血小板数の減少もたらす場合があり、高用量は一般に感冒様症状（例えば発熱、疲労、頭痛および寒気）、胃腸障害（例えば食欲不振、吐き気および下痢）、気分変化および肝酵素の変動をもたらす。

そのような副作用は特にＩＦＮ−α系療法で典型的に必要とされる長い治療期間に起因する問題となる場合がある。例えばＣ型肝炎ウィルス（ＨＣＶ）感染のためのペグインターフェロンアルファ／リバビリンの複合療法の推奨継続期間はＨＣＶの遺伝子型およびベースラインウィルス量に応じて２４〜４８週間である。特定の癌適応症に対する治療継続期間は、より一層長期となる場合があり、これは切除ＩＩＩ期黒色腫に対するアジュバント療法としてのペグインターフェロンアルファ−２ｂの近年終了した臨床治験により明らかにされており、それにおいては、患者に６μｇ／ｋｇのペグインターフェロンアルファ−２ｂを週１回皮下で８週間（誘導期）、その後、週当たり３μｇ／ｋｇを皮下で目的とする治療継続期間の５年間（維持期）投与している（Ｅｇｇｅｒｍｏｎｔ Ａ．Ｍ．Ｍ．ら、Ｌａｎｃｅｔ ３７２：１１７−１２６［２００８］）。

問題となる副作用の潜在性に加えて、ＩＦＮ−α療法の治療効果は特定の疾患を有する患者の間で非常に大きなばらつきがあり得る。例えば、ＨＣＶに対する複合ペグインターフェロンアルファ−２ｂ／リバビリン療法はＨＣＶ遺伝子型およびベースラインウィルス量により定義される種々の患者群において約２０％〜９３％の持続性ウィルス学的著効（ＳＶＲ）率をもたらす。更にまた、アフリカ系のＨＣＶ患者はヨーロッパ系の患者よりも有意に低値の持続性ウィルス学的著効（ＳＶＲ）率を有する。例えばＭｃＣｏｎｅ，Ｊら、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ ４８（４）：４３０Ａ−４３１Ａ，Ａｂｓｔｒ．Ｎｏ．２６８（５９ｔｈ Ａｎｎ．Ｍｔｇ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｓｔｕｄｙ Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓ．，ＡＡＳＬＤ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ、ＵＳＡ２００８年１０月３１日〜１１月４日）；Ｒｅｉｄ，Ａ．Ｅ．，Ｃｕｒｒ．Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｒｅｐ．，Ｖｏｌ．７，Ｎｏ．３，ｐｐ．１２０−１２６（２００８）；Ｊａｃｏｂｓｏｎ，Ｉ．Ｍ．ら、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ ４６（４）：９７１−９８１（２００７）を参照できる。同様に、上出のＥｇｇｅｒｍｏｎｔらは、より早期のＩＩＩ期黒色腫を有する患者に関して、より後期の疾患を有する患者よりも良好な臨床転帰、特に約１８〜２５％の回帰の全体的危険性低下を報告している。

したがって、ＩＦＮ−α療法で観察された副作用および変動性の応答および感受性のプロファイルに鑑みれば、ＩＦＮ−α療法から利益を被る可能性が最も高い患者を識別する方法の必要性が存在している。本発明はこの必要性に着目している。

本発明はヒト染色体領域１９ｑ１３．１３上の幾つかの１塩基多型（ＳＮＰ）が、ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染している患者におけるペグインターフェロンアルファ／リバビリン治療への応答に対して強力な関連性を有するという発見に基づいている。

これらのＳＮＰの１つはＮＣＢＩのＳＮＰデータベースにおいてｒｓ１２９７９８６０として識別されるＣ／Ｔ多型である。ｒｓ１２９７９８６０多型はインターフェロンラムダ３（ＩＦＮ−λ３）をコードするインターロイキン２８Ｂ（ＩＬ−２８Ｂ）遺伝子の３ｋｂ上流に位置している。Ｃ対立遺伝子の存在は、より良好な治療応答に関連しており、Ｃ／Ｃ遺伝子型は、ヨーロッパ、アフリカおよびヒスパニック系のＨＣＶ患者において、Ｔ／Ｔ遺伝子型よりもそれぞれ２倍、３倍および２倍良好な持続性ウィルス応答（ＳＶＲ）を有する。更にまた、Ｃ／Ｃ遺伝子型はアフリカ系の集団よりもヨーロッパ系の集団において実質的に高値の頻度で存在しているため、ｒｓ１２９７９８６０多型はペグ化インターフェロンアルファ／リバビリン複合療法に対するＨＣＶ患者の応答における集団間の相違の有意な成分を説明している。ｒｓ１２７９８６０Ｃ対立遺伝子の頻度は、Ｃ型肝炎状態が不明な無作為に選択された集団サンプルと比較した場合にＨＣＶに慢性感染している患者のコホートにおいて有意に低く、Ｃ対立遺伝子が、Ｃ型肝炎遺伝子型１の天然排除の確率が高いことにも関連していることを示唆している。

本発明者らは本明細書において、１９ｑ１３．１３上のｒｓ１２９７９８６０と他のＳＮＰの間の関連性も記載するが、これら自体がＳＶＲと関連している。これらのＳＮＰのうちの２つはＩＬ−２８Ｂ遺伝子中にあり：ｒｓ２８４１６８１３、即ちＡＴＧ開始コドンの３７塩基上流に位置するＧ／Ｃ多型、および、ｒｓ８１０３１４２、即ち図４に示すＩＦＮ−λ３アミノ酸配列（配列番号１０）のアミノ酸７０位におけるＬｙｓまたはＡｒｇのアミノ酸多型の存在をもたらすコーディング配列中に位置するＡ／Ｇ多型である。ｒｓ８１０３１４２多型のＡ対立遺伝子はＩＦＮ−λ３の７０位のＬｙｓをコードするのに対し、Ｇ多型は７０位におけるＡｒｇをもたらす。ＩＦＮ−λ３の近年公開された結晶構造（Ｇａｄ，Ｈ．Ｈ．ら、ＪＢＣ２００９、２００９年５月２０日オンライン出版、原稿Ｍ１０９．００２９２３）に基づいて、本発明者らは本明細書において、ＩＦＮ−λＲ１へのＩＦＮ−λ３の結合に関与すると考えられる領域であるＡＢループ中にＡｒｇ／Ｌｙｓ変異が生じると考える。

ＩＬ２８Ｂ遺伝子におけるＳＮＰは、ＨＣＶおよび他のウィルスによる感染によりＩＦＮ−λ３の発現が誘導されること、およびＩＦＮ−λ３がインビボで抗ウィルス性を示すこと（Ｓｈｅｐｐａｒｄ，Ｐら、Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４（１）：６３−６８（２００３）；Ｋｏｔｅｎｋｏ，Ｓ．Ｖ．ら、Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４（１）：ｐ．６９−７７（２００３）；Ａｎｋ，Ｎ．ら、Ｊ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ＆Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｒｅｓ．２６：３７３−３７９（２００６））から、多型原因候補として特に興味深いものである。特にＩＦＮ−αへの貧応答性とのＡｒｇ７０対立遺伝子の関連性は、この対立遺伝子の存在が、ＩＦＮ−α系療法に対するＳＶＲを達成することに関与しているＨＣＶへの免疫応答の必須成分を備える個体の能力に対して、負の影響を及ぼしていることを示唆している。これは、Ｌｙｓ７０アイソフォームと比較してＡｒｇ７０アイソフォームの機能が低いことによるか、Ｌｙｓ７０アイソフォームの機能に対するＡｒｇ７０アイソフォームの干渉によるか、または両方の作用の組み合わせによると考えられる。血清中のＡｒｇ７０アイソフォームのレベルが低いことは、Ｌｙｓ７０アイソフォームまたはＡｒｇ７０アイソフォームのいずれかのｍｙｃ−タグ付けされたバージョンを発現するように操作されたヒト細胞系が有意により多くの量のＬｙｓ７０アイソフォームを分泌するという本発明者らの発見からすれば、貧応答表現型に関する最も可能性の高い説明である。

ＩＦＮ−α療法への応答に関連するＳＮＰは下記の表１に示す通りであり、これはＮＣＢＩのＳＮＰデータベース標記を用いて識別された、ＳＮＰが位置する多型部位（ＰＳ）、ＰＳにおいて観察される代替の対立遺伝子、ＩＦＮ−α療法に対するより良好な応答に関連する対立遺伝子、およびこの対立遺伝子を含むヘテロ接合およびホモ接合の遺伝子型、即ち本明細書においてＩＦＮ−α応答マーカーと称するものを列挙している。

本発明者らは本明細書において、表１におけるＩＦＮ−α応答マーカーの１つ以上の存在に関して個体を試験することが、ＩＦＮ−αを用いた治療に感受性である疾患のためのＩＦＮ−α療法に対して応答する可能性が最も高い個体を識別するための種々の薬理遺伝学的な製品および方法において有用であり、Ｌｙｓ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを上昇させるか、Ａｒｇ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを低下させるか、またはその両方を行う療法との補充的複合インターフェロンアルファ／リバビリン療法から利益を被る可能性のあるＨＣＶに慢性的に感染している個体を識別するために有用であり、更に、ＨＣＶに急性に感染している患者に対して抗ウィルス療法を処方するかどうかを医師が決定する場合の助力となることにおいて有用となることを意図している。

従って、１つの実施形態において、本発明はインターフェロンアルファ（ＩＦＮ−α）を用いた治療に対して感受性である疾患およびＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つに対する陽性判定を有する個体を治療するためのＩＦＮ−αを含む医薬組成物を提供する。

別の実施形態においては、本発明はＩＦＮ−αを用いた治療に対して感受性である疾患およびＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つに対する陽性判定を有する個体を治療するための医薬の製造におけるＩＦＮ−αの使用を提供する。

更に別の実施形態において、本発明は、ＩＦＮ−α医薬組成物および医薬組成物が推奨される薬理遺伝学的適応症を包含する処方情報を含む薬剤製品を提供する。薬理遺伝学的情報は２つの要素、即ち、医薬組成物中のＩＦＮ−αを用いた治療に感受性である疾患、および、疾患を有し、ＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つを有することにより遺伝子的に定義される患者を包含する。

本発明は更に、ＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つの存在または非存在に関して個体を試験する方法であって、個体から核酸試料を得ること、および、試料をアッセイすることにより表１における少なくとも１つの多型部位に関する個体の遺伝子型を決定することを含む方法を提供する。

別の実施形態においては、本発明は、ｒｓ８１０３１４２ＰＳにおけるＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在に関して個体を試験する方法を提供し、この方法は個体から生物学的試料を得ること、および、アミノ酸７０位にＬｙｓを有するＩＦＮ−λ３の存在に関して、またはアミノ酸７０位にＡｒｇを有するＩＦＮ−λ３の存在に関して、生物学的試料をアッセイすることを含む。一部の実施形態においては、アッセイ工程はアミノ酸７０位にＬｙｓを有するＩＦＮ−λ３とアミノ酸７０位にＡｒｇを有するＩＦＮ−λ３との間の区別が可能なモノクローナル抗体に生物学的試料を接触させることを含む。

一部の実施形態においては、ＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在に関して個体を試験する方法は、更に、アッセイした多型部位に関する個体の遺伝子型を示す試験報告を作成すること、および場合により、個体に、または、ＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の疾患に関して個体を治療している医師に、試験報告を提供することを含む。

別の特徴において、本発明は核酸試料中のＩＦＮ−α応答マーカーを検出するためのキットを提供する。キットはＩＦＮ−α応答マーカー中の多型部位における対立遺伝子の各々を識別するために設計されたオリゴヌクレオチドの１つ以上のセットを含む。一部の実施形態においては、核酸試料はＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の疾患を有する患者から得られる。１つの実施形態において、疾患は慢性ＨＣＶ感染であり、対象は以前に肝臓移植を受けており、核酸試料は移植された肝臓の肝生検から得られる。別の実施形態においては、核酸試料は慢性ＨＣＶ感染を有する患者への移植に関して試験されているドナー肝から得られる。

更にその他の実施形態において、本発明は、個体がＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つを有するかどうかを測定すること、および、試験工程の結果に基づいて療法を選択することを含む、ＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の疾患を有する個体を治療するための療法を選択する方法を提供し、ここで個体がＩＦＮ−α応答マーカーを有する場合は選択された療法はＩＦＮ−αを用いた初回治療または継続治療を含み、個体がインターフェロンＩＦＮ−α応答マーカーを欠失している場合は、選択された療法はＩＦＮ−αではない他の治療薬の少なくとも１つと組み合わせてＩＦＮ−αを投与することを含むか、または、ＩＦＮ−α系の療法を除外する。

本発明はまたＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の疾患を有する個体の群からＩＦＮ−αを用いた初回治療または継続治療のための個体を選択するためのスクリーニング方法を提供する。このスクリーニング方法はＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つの存在に関して疾患群の各メンバーを試験すること、および、ＩＦＮ−α応答マーカーに関して陽性判定された個体少なくとも１つを治療のために選択することを含む。

上記した実施形態の各々において、ＩＦＮ−α応答マーカーは表１に示すヘテロ接合およびホモ接合のＩＦＮ−α応答マーカーのいずれかである。好ましい実施形態においては、ＩＦＮ−α応答マーカーはホモ接合応答マーカーの１つである。１つの好ましい実施形態においては、ＩＦＮ−α応答マーカーはｒｓ８１０３１４２におけるＡ／Ａ遺伝子型またはｒｓ２８４１６８１３におけるＧ／Ｇ遺伝子型である。１つの実施形態において、ＩＦＮ−αに対する応答の予測は表１における少なくとも２つのＰＳに関するＩＦＮ−α応答マーカーの存在に基づく。

また更なる実施形態において、本発明は慢性ＨＣＶ感染を有する患者がＩＦＮ−α−２およびリバビリンを含む複合療法に対して応答することになるかどうかを予測する方法を提供する。本方法は個体から核酸試料を得ること、表１のホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つの存在に関して核酸試料をアッセイすること、および、アッセイ工程の結果に基づいて予測を行うことを含む。結果がホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーの存在に関して陽性である場合は、予測は個体がＳＶＲを達成する可能性があるとするものであり、結果がホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーの存在に関して陰性であった（例えば個体がｒｓ１２９７９８６０多型部位においてＣ／Ｔ遺伝子型またはＴ／Ｔ遺伝子型を有する）場合は、予測は個体がＳＶＲを達成する可能性がないとするものである。１つの実施形態において、患者は以前に肝移植片を受けており、核酸試料は移植された肝の肝生検から得られる。

なお更なる実施形態において、本発明は慢性ＨＣＶ感染に関して個体を治療する方法を提供する。本方法は表１における多型部位の少なくとも１つに関する個体の遺伝子型を得ること、および、得られた遺伝子型に基づいて治療レジメンを処方することを含む。遺伝子型がホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーの１つである場合は、治療レジメンはリバビリンと組み合わせてインターフェロンアルファを個体に投与することを含む。一部の実施形態においては、ホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーを有する個体に対する治療レジメンは、治療有効量のペグ（ＰＥＧ）化インターフェロンアルファ、リバビリンおよび少なくとも１つの他の抗ウィルス剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態においては、他の抗ウィルス剤はＨＣＶプロテアーゼ阻害剤またはＨＣＶポリメラーゼ阻害剤である。得られた遺伝子型がホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーではない（即ち貧応答性対立遺伝子に関してヘテロ接合またはホモ接合である）場合は、一部の実施形態においては処方された治療レジメンはインターフェロンアルファではない抗ウィルス剤１つ以上を含み、一部の好ましい実施形態においては、そのような抗ウィルス剤はＨＣＶプロテアーゼ阻害剤、ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤、および、Ｌｙｓ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを上昇させるか、Ａｒｇ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを低下させるか、または両方を行う治療薬から選択される。

更に別の実施形態において、本発明はＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０医薬組成物、および、医薬組成物がＨＣＶに感染しており、ｒｓ８１０３１４２におけるＧ対立遺伝子の存在に関して陽性判定である個体を治療するために推奨されることを明示している処方情報を含む薬剤製品を提供する。ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０医薬組成物はＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドまたはＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドをコードする発現ベクターを含む。好ましい実施形態においては処方情報は更に、ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０医薬組成物がＩＦＮ−α系療法と組み合わせた使用のためのものであることを明示している。

更にその他の実施形態において、本発明はＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０の活性を特異的に中和するがＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０に対してはそうではない医薬組成物を提供する。一部の実施形態においては、医薬組成物はアミノ酸７０位におけるリジンに対してアルギニンが置換している図４（配列番号１０）のアミノ酸２３〜１９６を含むポリペプチドに特異的に結合してそれを中和するが、アミノ酸７０位にリジンが存在する配列番号１０のアミノ酸２３〜１９６を含むポリペプチドには結合しないモノクローナル抗体を含む。他の実施形態において、中和医薬組成物はＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０の発現を阻害するがＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０に対してはそうではない分子を含む。一部の実施形態においては、分子はアンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡまたはリボザイムである。

ＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の疾患が慢性ＨＣＶ感染である上記した組成物および方法のいずれかの一部の実施形態においては、慢性ＨＣＶ感染は遺伝子型１（Ｇ１ ＨＣＶ）、遺伝子型３（Ｇ３ ＨＣＶ）または遺伝子型４（Ｇ４ ＨＣＶ）よりなる群から選択されるＨＣＶ遺伝子型による高ベースラインウィルス量感染である。

上記実施形態の全てにおいて、ＩＦＮ−αは好ましくはペグ化ＩＦＮ−α−２ａまたはペグ化ＩＦＮ−α−２ｂであり、特に好ましい実施形態においては、ＩＦＮ−αはＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）またはＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）である。

上記した実施形態の全てにおいて、ＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の疾患を有する患者はＩＦＮ−αを用いた以前の療法に対して十分に応答することに失敗している。

上記した実施形態の全てにおいて、ＩＦＮ−α応答マーカーに関する陽性判定は、ＩＦＮ−αを用いた初回または継続療法に応答する可能性のある患者を識別するために、ＩＦＮ−α療法に対する陽性応答の予測因子の１つ以上の存在と組み合わせて使用してよい。

なお更なる実施形態において、本発明は、慢性ＨＣＶ遺伝子型１感染を有する患者がペグ化ＩＦＮ−α−２およびリバビリンを用いた複合療法に対する持続ウィルス応答を達成することになる確率を推定するための方法を提供する。本方法は以下の工程、即ち、患者の応答の遺伝子的および臨床的な応答予測因子のセットを得ること；得られた予測因子を、入力された予測因子に対するロジスティック回帰モデルを実行するコンピューターに入力することにより推定確率を計算すること；および、推定確率を患者に、または、患者の医師に伝送すること、を含み、ここで患者はアフリカ系アメリカ人または白人として自己識別され、ここで遺伝子的および臨床的な応答の予測因子のセットはｒｓ１２９７９８６０多型部位における患者の遺伝子型、患者のベースラインＨＣＶウィルス量、患者の自己識別された民族性、および、ベースライン線維症に関する患者のＭＥＴＡＶＩＲスコアよりなり、ここでロジスティック回帰モデルは下記：

（式中、
Ｐ：ＳＶＲを達成する確率；
Ｇ：ｒｓ１２９７９８６０遺伝子型：ＴＴ＝０、ＣＴ＝１、ＣＣ＝２；
Ｖ：ベースラインウィルス負荷：≧６００，０００ＩＵ／ｍｌ＝０、＜６００，０００ＩＵ／ｍＬ＝１；
Ｅ：民族性：アフリカ系＝０、白人＝１；および、
Ｆ：ベースライン線維症：ＭＥＴＡＶＩＲ Ｆ３−４＝０、Ｆ０−２＝１）である。

なお更なる実施形態において、本発明は急性ＨＣＶ感染を有すると診断された個体を治療する方法を提供する。本方法はｒｓ１２９７９８６０における個体の遺伝子型を得ること、および、得られた遺伝子型に基づいて治療を決定することを含む。遺伝子型がホモ接合Ｔである場合、治療決定は患者に対して抗ウィルス療法を開始することである。遺伝子型がヘテロ接合Ｃまたはホモ接合Ｃである場合は、治療決定は患者が慢性ＨＣＶ感染を有すると診断されるまで抗ウィルス療法を見合わせることである。

ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染しており、ペグインターフェロンアルファ−２／リバビリン複合療法により治療されている白人、アフリカ系アメリカ人およびヒスパニックの患者の複合群における持続ウィルス応答（ＳＶＲ）の有意な決定要因に関する単一マーカー遺伝子型トレンド試験の結果を示す。上および中央のグラフはそれぞれゲノムワイドおよび染色体１９の分析から得られた全ての遺伝子型決定されたＳＮＰ（Ｙ軸）のｐ値を示し、赤色の垂直の線はＳＶＲとのゲノムワイドの有意な関連性を示すＳＮＰを示し、赤色の矢印はｒｓ１２９７９８６０ＳＮＰを示す。下のグラフは垂直バーにより示される染色体１９上の知られた遺伝子の位置を示し、幾つかの遺伝子は名称により識別され、ＩＬ−２８Ｂ遺伝子の位置は青色の矢印により示す。より詳細には実施例に記載する。 ｒｓ１２９７９８６０多型部位（Ｔ／Ｔ、Ｔ／ＣまたはＣ／Ｃ）における遺伝子型（Ｙ軸）とＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染しており、ペグインターフェロンアルファ／リバビリン複合療法により治療されている異なる患者群においてＳＶＲを達成した各遺伝子型を有する患者のパーセンテージ（Ｘ軸および円グラフ）の間の関連性を説明している。より詳細には実施例に記載する。 多様な民族群における持続ウィルス応答（ＳＶＲ）の率およびｒｓ１２９７９８６０Ｃ対立遺伝子頻度を示し、白人、ヒスパニックおよびアフリカ系アメリカ人におけるＳＶＲ率は本明細書の実施例に記載した２つの臨床試験から得たものであり、東アジア人におけるＳＶＲ率はＬｉｕ，Ｃ．Ｈ．らのＣ型肝炎ウィルス遺伝子型１感染を有する治療未経験のアジア人患者に対するペグ化インターフェロン−アルファ−２ａ＋リバビリン：多施設無作為化コントロール治験、Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ４７，１２６０−９（２００８）から採用した。より詳細には実施例に記載する。 ヒト前駆体インターロイキン２８Ｂ（ＩＦＮ−ラムダ３）に関するレファレンスアミノ酸配列：１９６アミノ酸ＮＣＢＩレファレンス配列ＮＰ＿７４２１５１．２、ＧＩ：２８１４４９０１（配列番号１０）を示し、予測されるシグナルペプチドは下線を付し、２００９年６月１５日時点でのＮＣＢＩ ＳＮＰデータベースにおいて報告されている変異体アミノ酸位置の所在箇所はレファレンス配列において太字で示し、変異体対立遺伝子のアイデンティティーは変異体アミノ酸位置の下の太字で示す。 図５は、２９３Ｔ細胞中におけるｍｙｃタグ付けされたコンストラクトとして発現される場合に、ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０アイソフォームに比較してＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームの分泌が少ないことを示し、図５Ａは記載された発現コンストラクトを用いたトランスフェクションの後４８時間における上澄み中に存在する全タンパク質のクマシーブルー染色ゲルを示し、図５Ｂは抗ｍｙｃ抗体でプローブした２連のゲルのウエスタンブロットを示す。

Ｉ．定義
本発明を更に容易に理解するために、特定の技術的および科学的な用語を以下の通り具体的に定義する。本明細書中で別途特段に定義しない限り、本明細書において使用する全ての他の技術的および科学的な用語は、本明細書において使用する場合と同様の内容において使用される場合に本発明が属する技術分野の当業者により一般的に理解される意味を有する。

本明細書においては、添付請求項も含めて、「ａ」「ａｎ」および「ｔｈｅ」などの単数標記は、内容から別様に明示されない限り、相当する複数標記を包含する。

「約」とは、数的に定義されたパラメーター、例えば本明細書において考察する治療薬の用量、または治療時間の長さを修飾するために使用される場合、そのパラメーターがそのパラメーターの記載された数値の上下１０％まで変動してよいことを意味する。例えば、ＨＣＶ患者の治療において使用されるＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）約１．５μｇ／ｋｇの用量は、１．３０μｇ／ｋｇおよび１．６５μｇ／ｋｇの間で変動できる。

「対立遺伝子」とはこの特定のヌクレオチド配列により他の型から区別される遺伝子または他の遺伝子座の特定の型であり、対立遺伝子という用語はまた、多型部位において観察される代替の多型（例えばＳＮＰ）の１つを包含する。

「有益な結果」とは、ＩＦＮ−αを用いた治療の所望の臨床的結果を意味し、例えば１つ以上の疾患症状の軽減、疾患の範囲の減衰（例えばウィルス量の低減）、疾患の安定化された（即ち悪化していない）状態、疾患の進行の緩徐化、疾患状態の緩解または緩和、生存の延長（治療しない場合に予測される生存と比較して）、回帰のない生存、軽快（部分的または勧善のいずれも）および治癒（即ち疾患の排除）を包含するが、これらに限定されない。

「〜より本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」、または「〜より本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」または「〜より本質的になっている（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」などの変化形表現は、明細書および請求項を通じて使用する場合、いずれかの言及された要素または要素の群を含むこと、および、、言及された要素と性質が同じか異なる他の要素であって、特定された投薬レジメン、方法または組成物の基本的または新規な特性を物質的に変化させないものを含んでいてもよいことを指す。

「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳類」とは、請求項に記載した組成物および方法のいずれかが必要とされるか、または有益である可能性があるいずれかの対象、特に哺乳類対象を意味する。好ましい実施形態においては、個体はヒトである。より好ましい実施形態においては、個体は成人ヒト、即ち少なくとも１８歳である。

「ＩＦＮ−α応答」とは、ＩＦＮ−αを用いた治療の所望の臨床的結果を意味し、例えば１つ以上の疾患症状の軽減、疾患の範囲の減衰、疾患の安定化された（即ち悪化していない）状態、疾患の進行の緩徐化、疾患状態の緩解または緩和、（治療しない場合に予測される生存と比較した）生存の延長、無再発の生存、軽快（部分的または完全のいずれも）および治癒（即ち疾患の排除）を包含するが、これらに限定されない。

「ＩＦＮ−α治療未経験」とは、いずれかの実験的または認可されたＩＦＮ−α薬剤製品を包含するいずれかのＩＦＮ−αを用いて以前に治療されたことのない、本明細書に記載する実施形態のいずれかに従って治療または試験されるべき個体または患者を意味する。

「インターフェロン−ラムダ３」または「ＩＦＮ−λ３」とは、配列番号１０（図４における近接アミノ酸）のアミノ酸２３〜１９６を含むポリペプチドを意味し、図４に示す変異体位置の１つ以上におけるレファレンスアミノ酸が変異体アミノ酸で置換されている配列番号１０の天然に存在する対立遺伝子変異体を包含する。ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドは図３のアミノ酸位置７０においてリジンを有するＩＦＮ−λ３アイソフォームであり、ＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０ポリペプチドは図４のアミノ酸位置７０においてアルギニンを有するＩＦＮ−λ３アイソフォームである。本明細書に記載した治療用組成物および方法の関連において、「ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチド」という用語は、アミノ酸骨格が他の分子に共有結合することにより望ましい特性１つ以上、例えばより長いインビボの半減期または低減された免疫原性を与える、その誘導体を包含する。本発明において有用なＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチド誘導体の非限定的な例は、グリコシル化誘導体、ペグ化誘導体、およびＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドと非インターフェロンタンパク質、例えばヒト血清アルブミンまたはＩｇＧの間の融合物である。本明細書に記載した治療用組成物および方法の関連において、「ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチド」という用語はまた、米国特許第７，５１７，９６１号に記載されているように、単一のジスルフィド結合パターンを有するＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０組成物の組み換え製造が容易になるように別のアミノ酸で配列番号１０の７つのシステイン残基の１つ以上が置き換えられているシステイン突然変異体も包含する。好ましいシステイン突然変異体はセリン、アラニン、スレオニン、バリンまたはアスパラギンによる配列番号１０の２つ目または３つ目のＣｙｓ残基の置き換えを包含する。

「ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０医薬組成物」とは、製薬上許容し得る担体、希釈剤または賦形剤および（１）ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ３０ポリペプチドまたは（２）ヒト組織少なくとも１つにおいてＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドの発現を駆動することができるプロモーター配列に作動可能に連結したＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターのいずれかを意味する。好ましい実施形態においては、ヒト組織は肝臓である。

「単離された」とは、典型的には、生物学的分子、例えばＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、またはタンパク質の精製状態を反映するために使用され、その関連において、分子が他の生物学的分子、例えば核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、または他の物質、例えば細胞破砕片および生育培地を実質的に伴っていないことを意味する。一般的に、「単離された」という用語は、他の生物学的分子または物質の完全な非存在、または、水、緩衝物質、または塩の非存在を、それらが本発明の方法を実質的に妨害する量で存在しない限り、指すことを意図していない。

「遺伝子座」とは遺伝子、物理的特徴、例えば多型部位、または表現型の特徴に相当する染色体またはＤＮＡ分子の所在箇所を指す。

「ヌクレオチド対」とは、個体の染色体の２コピー上の多型部位において観察される２ヌクレオチド（同じかまたは異なっていてよい）のセットである。

「オリゴヌクレオチド」とは通常は５〜１００連続塩基長、より頻繁には１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１５〜５０、１５〜４０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２０、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０または２０〜２５近接塩基長である核酸を指す。オリゴヌクレオチドの配列は遺伝子座の対立遺伝子型のいずれかに特異的にハイブリダイズするように設計することができ；そのようなオリゴヌクレオチドは対立遺伝子特異的プローブと称する。遺伝子座がＳＮＰを含むＰＳである場合、そのＳＮＰに対する相補対立遺伝子は対立遺伝子特異的プローブ内のいずれかの位置に生じることができる。本発明を実施する場合に有用な他のオリゴヌクレオチドはＰＳから１〜約１０ヌクレオチド、好ましくは約５ヌクレオチドに所在するその３’末端で、ＰＳに隣接する標的領域に特異的にハイブリダイズする。ＰＳに隣接してハイブリダイズするこのようなオリゴヌクレオチドはポリメラーゼ媒介プライマー伸長法において有用であり、本明細書においては「プライマー伸長オリゴヌクレオチド」と称する。好ましい実施形態においては、プライマー伸長オリゴヌクレオチドの３末端は、ＰＳに直接隣接して所在するヌクレオチドに対して相補的なデオキシヌクレオチドである。

「非経腸投与」とは静脈内、皮下、または筋肉内注射を意味する。

「製薬上許容し得る」とはヒトに投与された場合に、「一般的に安全であると見なされる」、例えば生理学的に耐容性があり、典型的にはアレルギーまたは同様の良くない反応、例えば胃の不調などをもたらさない化合物および組成物を指す。別の実施形態においては、この用語は連邦または州の政府の規制当局により認可されるか、または、合衆国薬局方、または動物における、更に特定すればヒトにおける使用のための他の一般的に認識されている薬局方に掲載されている、化合物および組成物を指す。

「多型部位」または「ＰＳ」とは、多型、例えば１塩基多型（ＳＮＰ）、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、縦列反復配列多型（ＶＮＴＲ）、ジヌクレオチドリピート、トリヌクレオチドリピート、テトラヌクレオチドリピート、単純配列リピート、挿入エレメント、例えばＡｌｕ、およびヌクレオチド１つ以上の欠失または挿入が観察される遺伝子座または遺伝子中の位置を指す。ＰＳは通常は目的の集団における高度に保存された配列に先行され、後続され、このため、ＰＳの所在箇所は典型的には、ＳＮＰの場合には一般的に「ＳＮＰコンテクスト配列」と称されるＰＳを包囲する３０〜６０ヌクレオチドのコンセンサス核酸配列に関するものとなる。ＰＳの所在箇所はまたタンパク質翻訳の開始コドン（ＡＴＧ）に対して相対的なコンセンサスまたはレファレンス配列におけるその位置により識別してもよい。当業者の知る通り、特定のＰＳの所在箇所は、目的の集団における各個体におけるレファレンスまたはコンテクスト配列における厳密に同じ位置に生じない場合もあるが、これはコンセンサスまたはレファレンス配列と比較した場合に、その個体における挿入または欠失１つ以上の存在のためである。更にまた、検出すべきＰＳにおける代替対立遺伝子のアイデンティティーおよびＰＳが生じているレファレンス配列またはコンテクスト配列の一方または両方を当業者が利用可能である場合には、対象者の多型部位における代替対立遺伝子を検出するために、強力、特異的且つ正確な試験法を設計することは、当業者にとって慣用手法である。したがって、当業者は、レファレンスまたはコンテクスト配列における特定の位置を基準として（またはそのような配列における開始コドンに対して）本明細書に記載したいずれかのＰＳの所在箇所を特定するのは単に簡便のためであることを理解し、また、特定的に数値化されたヌクレオチド位置は、本明細書に記載した遺伝子型決定方法または当分野で周知の他の遺伝子型決定方法を用いて本発明の遺伝子マーカーの存在または非存在に関して試験される個体において、同じＰＳが実際に所在している同じ遺伝子座における何れのヌクレオチド位置も、文言上包含することを理解するであろう。

「治療する」または「治療している」とは、治療薬を必要としている個体に内用または外用において本明細書に記載したインターフェロンアルファタンパク質のいずれかを含有する組成物のような治療薬を投与することを意味する。薬剤を必要としている個体は、薬剤を用いた治療に対して感受性の状態または障害を有するか、発症する危険性を有すると診断されている個体、並びに、第１の治療薬を用いた治療の副作用であって第２の治療薬によって緩和され得る副作用を１つ以上を有するか、発症する危険性を有する個体を包含する。典型的には、治療薬は、有益な結果１つ以上をもたらすために有効な量を意味する治療有効量において投与される。特定の薬剤の治療有効量は治療すべき患者の疾患状態、年齢および体重、および患者の重症度、例えば治療薬に応答する能力のような要因に応じて変動する場合がある。有益な結果、または臨床的な結果が達成されているかどうかは、標的となる疾患、症状または有害作用の存在、重症度、または進行状態を評価するために医師または医療関係者により典型的に使用されているいずれかの臨床計測により評価することができる。典型的には、薬剤の治療有効量はベースライン状態よりも、または、治療しない場合に予測される状態よりも、少なくとも５％、通常は少なくとも１０％、より通常は少なくとも２０％、最も通常は少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、最も好ましくは少なくとも６０％、理想的には少なくとも７０％、より理想的には少なくとも８０％、最も理想的には少なくとも９０％、該当する臨床計測値における改善をもたらすものである。本発明の実施形態（例えば治療方法または製造物品）はあらゆる患者において所望の臨床上の利益または結果を達成しなくてよいが、当分野で知られたいずれかの統計学的検定、例えばスチューデントのｔ検定、カイ二乗検定、Ｍａｎｎ−ＷｈｉｔｎｅｙのＵ検定、Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定（Ｈ検定）、Ｊｏｎｃｋｈｅｅｒｅ−Ｔｅｒｐｓｔｒａ検定およびＷｉｌｃｏｘｏｎ検定により測定した場合に患者の統計学的に有意な数においてはそうあるべきである。

慢性ＨＣＶ感染を治療することの関連における「ウィルス量」とは、患者の血清中のＨＣＶのＲＮＡの量を意味する（当分野および本明細書においては、血清中ＨＣＶ ＲＮＡおよびＨＣＶウィルス量とも称する）。ウィルス量は好ましくは、定量的ＲＴ−ＰＣＲ試験、例えば本明細書における実施例のセクションにおいて記載する試験、または異なる方法論を用いているが等価または同様の結果を与えるものとして当分野で一般的に受け入れられているいずれかの他の試験を用いながら計測される。より好ましくは、個体のＨＣＶウィルス量を計測するために使用されるＲＴ−ＰＣＲ試験は約２９国際単位／ｍｌ（ＩＵ／ｍｌ）以下の定量下限（ＬＬＱ）を有する。ベースラインにおける、抗ウィルス療法を用いた治療の間の種々の時点における患者のＨＣＶウィルス量を定量することは、本明細書に定義する通り高いベースラインウィルス量を患者が有するかどうかを分類するため、本明細書に記載したウィルス応答表現型のいずれか１つを包含するウィルス応答表現型に患者を割り付けるために、有用である。

「ベースラインウィルス量」とは１つ以上の抗ウィルス剤を用いた療法の開始前の血清中ＨＣＶ ＲＮＡレベルを意味する。「高ベースラインウィルス量」とは治療困難な慢性ＨＣＶウィルス感染を有すると患者を分類する場合の当分野において一般的に理解されているＨＣＶ ＲＮＡの量を意味する。間接的ペグインターフェロンアルファ／リバビリン療法の関連において治療が困難と患者を分類するために使用されている２つのベースラインウィルス量値は＞６００，０００ＩＵ／ｍｌおよび＞８００，０００ＩＵ／ｍｌである。近年、治療が困難であると患者を分類するために使用されるウィルス量は＞４００，０００ＩＵ／ｍｌである。

「検出不能なＨＣＶ ＲＮＡ」とは約１０ＩＵ／ｍｌ以下の検出下限（ＬＬＤ）を有するＲＴ−ＰＣＲ試験、または、異なる方法論を用いているが等価または同様の結果を与えるものとして当分野で一般的に受け入れられているいずれかの他の試験を用いた場合にＨＣＶ ＲＮＡが検出されないことを意味する。

慢性ＨＣＶ感染を治療することの関連における「ウィルス応答」とは、抗ウィルス療法の開始後の血清中ＨＣＶ ＲＮＡのレベルの低減を意味する。

一部の実施形態においては、抗ウィルス療法はインターフェロンアルファを含む。他の実施形態において、療法はインターフェロンアルファおよび１つ以上の追加的な抗ウィルス剤を含む。インターフェロンアルファを包含する複合療法は当分野ではしばしばインターフェロンアルファ系療法と称される。他の実施形態において、計測すべきウィルス応答はインターフェロンアルファを包含しない抗ウィルス療法への応答である。好ましいウィルス応答表現型は急速ウィルス応答（ＲＶＲ）、早期ウィルス応答（ＥＶＲ）、治療終了時応答（ＥＴＲ）、持続ウィルス応答（ＳＶＲ）、緩徐応答、ゼロ応答、非応答（ＮＲ）および回帰である。これらの応答表現型の定義および評価時点は以下に記載する。一部の実施形態においては、ＨＣＶ治療は、間接的抗ウィルス療法、例えば複合ペグインターフェロンアルファ／リバビリン療法のリードイン期間、およびそれに続く直接抗ウィルス療法を含むが、本明細書において「直接抗ウィルス療法」は、この治療法が、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤のような直接的抗ウィルス剤の少なくとも１つの投与を含むことを意味し、この治療法はペグ化インターフェロンおよびリバビリンのような間接的抗ウィルス剤の１つ以上とくみあわせられてもよい。そのような多相治療レジメンにおいて、以下に記載するウィルス応答時点はリードイン治療期間を包含せず；むしろ、それらは直接抗ウィルス療法の治療期間を指す。

「急速ウィルス応答」即ち「ＲＶＲ」とは、例えばペグ化インターフェロンアルファおよびリバビリンを含む間接抗ウィルス複合療法の関連においては、治療４週間の終了時の検出不可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡを意味する。

「早期ウィルス応答」即ち「ＥＶＲ」とは、抗ウィルス療法１２週間の終了時に≧２ｌｏｇの血清中ＨＣＶ ＲＮＡの低減を意味し、「完全ＥＶＲ」とは抗ウィルス療法１２週間の終了時の検出不可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡを意味する。

「治療終了時応答」即ち「ＥＴＲ」とは、抗ウィルス療法の完結時、好ましくは本明細書に記載する治療レジメンのいずれかの完結時、または規制当局により認可された処方情報において推奨されるいずれかの治療レジメンの完結時における検出不可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡを意味する。ＥＴＲ時点の非限定的な例は１２、１６、２４、３６および４８週である。

「持続ウィルス応答」即ち「ＳＶＲ」とは抗ウィルス療法の完結時、および抗ウィルス療法の終了後最大２４週における検出不可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡを意味する。一部の実施形態においては、ＳＶＲは抗ウィルス療法終了後１２週において計測される。ＳＶＲはまたＤｒ．Ｓｔｅｖｅｎ Ｌ．Ｆｌａｍｍ、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ、Ｖｏｌ．２８９，Ｎｏ．１８，ｐｐ．２４１３〜２４１７（２００３）に記載されている。

「緩徐応答」とは、ペグ化インターフェロンアルファ／リバビリン複合療法の関連においては、抗ウィルス療法１２週間の終了時における≧２ｌｏｇの低減であるがなお検出可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡ、抗ウィルス療法２４週間の終了時における検出不可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡを意味する。

「ゼロ応答」とは抗ウィルス療法４週間および１２週間の終了時においてそれぞれ血清中ＨＣＶ ＲＮＡの＜１ｌｏｇ低減、および／または、血清中ＨＣＶ ＲＮＡの＜２ｌｏｇ低減を意味する。

「非応答」即ち「ＮＲ」とは、抗ウィルス療法の最低１２週間を通した検出可能なＨＣＶ ＲＮＡの存在を意味する。非応答表現型は典型的には、抗ウィルス療法の４週間の終了時、および、１２週間の終了時に血清中ＨＣＶ ＲＮＡが検出可能である場合に割り付けられる。

「再発」とはＥＴＲ後１２週または２４週の時点を含むがこれらに限定されない治療応答の終了（ＥＴＲ）の後のいずれかのときにおける検出可能なＨＣＶ ＲＮＡの存在を意味する。

ＩＩ．本発明のＩＦＮ−α応答マーカーの有用性
本明細書に記載した応答マーカーの表現型作用は、種々の商業的用途、例えば限定しないが、これらのマーカー１つ以上の存在または非存在に基づいて選択された患者における治験中または以前に認可されたインターフェロンアルファ剤の臨床治験、これらの応答マーカーの少なくとも１つを有する患者を治療するためのインターフェロンアルファを含む医薬組成物および薬剤製品、診断方法、および、これらのマーカー１つ以上を患者が有するかどうかに基づいて患者の薬剤療法を個人専用化することを包含する薬理遺伝学的治療方法におけるこれらのマーカーの使用を支援する。

ここに主張した商業的用途のいずれの有用性も、本発明の遺伝子マーカーの存在とインターフェロンアルファへの所望の応答の発生との間の相関がインターフェロンアルファを受容する個体の１００％において観察されることを必要とするわけではなく；また、診断方法またはキットがあらゆる個人において応答マーカーの存在または非存在の測定における特定の程度の特異性または感度を有することを必要とするわけではなく、また、インターフェロンアルファへの有益な応答を個人が有している可能性があるかどうかをあらゆる個体に対して予測する場合にここに主張した診断方法が１００％正確であることを必要とするわけではない。したがって、本発明者らは本明細書において、「測定する」、「測定すること」および「予測すること」という用語は決定的または特定の結果を必要とすると解釈すべきではなく；むしろこれらの用語は主張した方法が個人の大部分において正確な結果をもたらすこと、または、いずれかの所定の個人に対する結果または予測が不正確ではなく正確である可能性がより高いことを意味しているものととらえるべきであることを意図している。

好ましくは、本発明の診断方法により与えられる結果の正確度は方法が使用される特定の用途に対して当業者または規制当局が適当であると考えるものである。同様に、主張する薬剤製品および治療方法の有用性はあらゆる個人において主張または所望される作用をそれらがもたらすことを必要とせず；必要であることは、臨床医が全ての適応可能な基準に合致した自身の専門的判断を適用する際に、主張された方法に従って、または主張された薬剤製品を用いて所定の個人を治療することの主張された作用を達成できる機会は治療または薬剤製品を処方することを保証するために十分高いものであることを決定することのみである。

Ａ．本発明のＩＦＮ−α応答マーカーに関する試験
ＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在は当分野で一般的に使用されている遺伝子型決定手法の種々のもののいずれかにより検出してよい。典型的には、そのような遺伝子型決定手法は目的のＰＳを含有するか、それに隣接している領域に相補であるオリゴヌクレオチド１つ以上を使用する。目的の特定のＰＳを遺伝子型決定するために使用されるオリゴヌクレオチドの配列は典型的にはＰＳに関するコンテクスト配列に基づいて設計される。

表１に示す多型部位のいずれかの特定の個人における所在箇所は、目的のＰＳを包囲するレファレンスのコーディングまたはゲノムのＤＮＡ配列の中、または、以下の表２に記載するコンテクスト配列またはそれらの相補配列の１つの中の、目的のＰＳの所在箇所に相当する。表１のＰＳを遺伝子型決定するためのオリゴヌクレオチドを設計する場合に有用なより長いコンテクスト配列は２００９年５月１９日時点のＮＣＢＩのＳＮＰデータベースに掲載されているコンテクスト配列である。ＩＦＮ−λ３に関するレファレンスコーディングおよびアミノ酸配列は２００９年５月１９日時点のＮＣＢＩのヌクレオチドデータベース中のゲンバンクアクセッション番号ＡＹ１２９１４９（バージョンＹ１２９１４９．１、ＧＩ：２５５２７１０４）に示されるものである。

当分野で周知の通り、特定のＰＳを含有している核酸試料は相補２本鎖分子である場合があり、このためセンス鎖上の特定の部位に言及する場合は、それは同時に相補アンチセンス鎖上の相当する部位を指すことになる。同様に染色体の一方の鎖の両方のコピーの上のＰＳに関して得られた特定の遺伝子型への言及は、もう一方の鎖の両方のコピーの上の同じＰＳに関して得られた相補遺伝子型に等しい。したがって、ＩＬ２８Ｂ遺伝子に関するコーディング鎖上のｒｓ８１０３１４２ＰＳに関するＡ／Ａ遺伝子型は、非コーディング鎖上のそのＰＳに関するＴ／Ｔ遺伝子型に等しい。

本明細書に記載したコンテクスト配列並びにその相補配列は、個人が表１に示す良好応答対立遺伝子に関してヘテロ接合であるかホモ接合であるかを決定可能とする当分野で周知の種々の方法のいずれかを用いながら目的のヒト対象から得られた核酸試料中の表１の多型部位を遺伝子型決定するためのプローブおよびプライマーを設計するために使用してよい。そのような方法において利用される核酸分子は一般的にＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはＲＮＡから誘導されたｃＤＮＡを包含する。

典型的には、遺伝子型決定方法では、目的の多型部位１つ以上に存在するヌクレオチドまたはヌクレオチド対のアイデンティティーを測定するために個体から得られた生物学的試料から調製された核酸試料を試験することを含む。核酸試料は実質的に如何なる生物学的試料から調製してもよい。例えば好都合な試料は全血、血清、精液、唾液、涙液、糞便物質、尿、汗、口腔内物質、皮膚および体毛を包含する。体細胞は目的のＰＳに存在する両方の対立遺伝子のアイデンティティーの測定を可能にするため、好適である。

核酸試料は当業者の知るいずれかの手法を用いながら分析用に調製してよい。好ましくは、そのような手法は核酸分子中の所望の多型部位に関する遺伝子型を測定するために十分純粋であるゲノムＤＮＡの単離をもたらす。その測定の感度および特異性を増強するためには、遺伝子型決定するべきＰＳを含有する標的領域を核酸試料から増幅することが望ましい場合が多い。核酸の単離および増幅の手法は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）（２００１）に記載されている。

当業者の知るいずれかの増幅手法、例えば限定しないがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の手法を、本発明を実施する場合に使用してよい。ＰＣＲは当業者の知る材料および方法を用いながら実施してよい（例えば一般的にＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｚａｌｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（編集Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，Ｎ．Ｙ．，１９９２）；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（編集Ｉｎｎｉｓら、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．，１９９０）；Ｍａｔｉｌｌａら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：４９６７（１９９１）；Ｅｃｋｅｒｔら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ １：１７（１９９１）；ＰＣＲ（編集ＭｃＰｈｅｒｓｏｎら、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ）；および米国特許第４，６８３，２０２号を参照できる。他の適当な増幅方法はリガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（Ｗｕ ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０（１９８９）およびＬａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７（１９８８）参照）、転写増幅（Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３（１９８９）），自己持続配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４（１９９０））；等温法（Ｗａｌｋｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：３９２−６（１９９２））；および核酸系配列増幅（ＮＡＳＢＡ）を包含する。

増幅された標的領域は標的領域におけるＰＳに存在する対立遺伝子の少なくとも１つのアイデンティティーを測定するために試験される。遺伝子座の両方の対立遺伝子が増幅された標的において示される場合は、当業者のよく知る通り、そのＰＳにおいてホモ接合である個人においては１つのみの対立遺伝子が検出されることになり、個体がそのＰＳに関してヘテロ接合である場合は２つの異なる対立遺伝子が検出されることになる。

対立遺伝子のアイデンティティーはポジ型識別として知られている通り直接、またはネガティブ識別と称される干渉により、識別してよい。例えばレファレンス集団においてＳＮＰがグアニンまたはシトシンとわかっている場合、ＰＳは、その部位においてホモ接合である個人に関してはグアニンまたはシトシンのいずれか、或いは個人がその部位においてヘテロ接合である場合はグアニンおよびシトシンの両方であるとポジティブに決定してよい。或いは、ＰＳはグアニンではないか（このためシトシン／シトシンである）またはシトシンではない（このためグアニン／グアニンである）とネガティブに決定してよい。

個人から得られた核酸試料中のＰＳにおける対立遺伝子または対立遺伝子対（例えばＳＮＰの場合は２ヌクレオチド）を識別することは、当分野で知られたいずれかの手法を用いながら行ってよい。好ましい手法は試料の取り扱いを最小限にしつつ多数のＰＳの急速で正確な試験を可能にする。適当な手法の一部の例は限定しないが、増幅された標的領域の直接ＤＮＡ配列決定、キャピラリー電気泳動、対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーション、１本鎖コンホーメーション多型分析、変性勾配ゲル電気泳動、温度勾配電気泳動、ミスマッチ検出；核酸アレイ、プライマー特異的伸長、タンパク質検出、および他の当分野で周知の手法を包含する。例えばＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）（２００１）；Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）（１９９７）；Ｏｒｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６，２７６６−２７７０（１９８９）；Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓら、ｉｎ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＤＩＡＧＮＯＳＩＳ ＯＦ ＧＥＮＥＴＩＣ ＤＩＳＥＡＳＥＳ，Ｅｌｌｅｓ編集、ｐｐ．３２１−３４０，１９９６；Ｗａｒｔｅｌｌら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：２６９９−７０６（１９９０）；Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７−１６６２；Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２３２−６（１９８９）；Ｗｉｎｔｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８２：７５７５（１９８５）；Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５；Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ ａｎｄ Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３；Ｍｏｄｒｉｃｈ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２５：２２９−５３（１９９１）；米国特許第６，３００，０６３号；米国特許第５，８３７，８３２号；米国特許第５，４５９，０３９号；およびＨｕＳＮＰ Ｍａｐｐｉｎｇ Ａｓｓａｙ，ｒｅａｇｅｎｔ ｋｉｔ ａｎｄ ｕｓｅｒ ｍａｎｕａｌ，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｐａｒｔ Ｎｏ．９００９４（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）を参照できる。

好ましい実施形態においては、ＰＳにおける対立遺伝子のアイデンティティーはポリメラーゼ媒介プライマー伸長法を用いて決定される。そのような方法の幾つかが特許および科学文献に記載されており、「遺伝子ビット分析」法（ＷＯ９２／１５７１２）およびリガーゼ／ポリメラーゼ媒介遺伝子ビット分析（米国特許第５，６７９，５２４号）を包含する。関連の方法はＷＯ９１／０２０８７、ＷＯ９０／０９４５５、ＷＯ９５／１７６７６および米国特許第５，３０２，５０９号および同第５，９４５，２８３号に開示されている。多型の相補物を含有する伸長されたプライマーは米国特許第５，６０５，７９８号に記載されている質量スペクトル分析により検出してよい。

別のプライマー伸長法は対立遺伝子特異的ＰＣＲを使用する（Ｒｕａｎｏ，Ｇ．ら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：８３９２（１９８９）；Ｒｕａｎｏ，Ｇ．ら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：６８７７−８２（１９９１）；ＷＯ９３／２２４５６；Ｔｕｒｋｉら、Ｊ．Ｇｕｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：１６３５−４１（１９９５））。更にまた、ＷＯ８９／１０４１４に記載の通り対立遺伝子特異的プライマーのセットを用いながら核酸の多数の領域を同時に増幅することにより多数のＰＳを検討してよい。

多型を識別して分析するための更に別のプライマー伸長法は、付加された塩基の標識とプライマーの標識との間の蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）と組み合わせた蛍光標識されたプライマーの１塩基伸長（ＳＢＥ）を利用している。典型的には、本方法は、Ｃｈｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：１０７５６−６１（１９９７）に記載のもののように、５−カルボキシフルオレセインで５’末端を標識された遺伝子座特異的オリゴヌクレオチドプライマーを使用している（ＦＡＭ）。この標識されたプライマーは、３’末端が目的の多型部位に直接隣接するように設計されている。標識されたプライマーを遺伝子座にハイブリダイズし、標識されたプライマーの１塩基伸長を、デオキシリボヌクレオチドが存在しないことを除きダイターミネーター配列決定様式において蛍光標識されたデオキシリボヌクレオチド（ｄｄＮＴＰ）を用いながら実施する。標識されたプライマーの波長における励起に応答した添加ｄｄＮＴＰの蛍光の増大が、添加ヌクレオチドのアイデンティティーを推定するために使用される。

好ましい遺伝子型決定試験はＡｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ遺伝子型決定試験、または概ね同じ信頼性、正確度および特異性を有する試験である。

上記した方法の全てにおいて、いずれかのＰＳにおける対立遺伝子のアイデンティティーを検出するために設計された試験の正確度および特異性は典型的にはそのＰＳにおける対立遺伝子のアイデンティティーが既知であるＤＮＡ試料に対する試験を実施することにより有効化される。好ましくは、各々の可能な対立遺伝子を示す試料を有効化のプロセスに包含させる。常染色体およびＸ染色体上のもののような二倍体の遺伝子座に関しては、有効化の試料は典型的にはＰＳにおけるメジャー対立遺伝子に関してホモ接合である試料、ＰＳにおけるマイナー対立遺伝子に関してホモ接合である試料、およびそのＰＳにおいてヘテロ接合である試料を包含することになる。これらの有効化試料は典型的にはまた、被験試料に対する試験を実施する場合の対照として包含される（即ちＰＳにおける対立遺伝子のアイデンティティーが未知である試料）。試験の特異性もまた、被験試料に関する試験結果を、異なる型の試験を用いて同じ試料に関して得られた結果と比較することにより、例えば目的のＰＳを含有すると考えられている増幅された標的領域の配列を決定すること、および、決定された配列を本明細書に記載したコンテクスト配列のような当分野で受け入れられているコンテクスト配列と比較することにより、確認してもよい。

正しいゲノム位置が試験されていることを明確化するために必要なコンテクスト配列の長さは標的領域における配列の唯一性に応じて変動することになる（例えば他のゲノム領域に所在する高度に相同な配列１つ以上が存在する場合がある）。当業者であれば、いずれかのＰＳに関するコンテクスト配列の適切な長さは、公開されている配列データに対してコンテクスト配列をブラスティングするなどの知られた手法を用いながら容易に決定することができる。第１レベルの特異性を与える増幅された標的領域に関しては、既知試料中のＰＳの各側における約３０〜６０塩基のコンテクスト配列を調べることが、試験設計が目的のＰＳに関して特異的であることを確認するためには十分である。ときとして、有効化された試験は被験試料に関する明白な結果を与えることができない場合がある。これは通常は試料が不十分な純度または量のＤＮＡを有している結果であり、明白な結果は通常は、ＤＮＡ試料を再精製または再単離することにより、または、異なる型の試験を用いて試料を試験することにより得られる。

更にまた、特定のＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在を決定することを必要とする本明細書に記載した方法のいずれかを実施するに際しては、そのような決定は、患者が目的のマーカーを有するかどうかを決定するために患者の遺伝子組成に関する十分な情報を含有するデータレポジトリを調べることにより行ってよい。好ましくはデータレポジトリはどのＩＦＮ−α応答マーカーが個人において存在および非存在であるかを包含する。データレポジトリは個人の患者記録、医療データカード、コンピューターによりアクセスできるファイル（例えばフラットＡＳＣＩＩファイル）または適切な情報または遺伝子データを格納できる他の電子的または非電子的な媒体を包含する場合がある。本明細書においては、医療データカードはポータブルの格納デバイス、例えば磁気データカード、オンボードプロセシングユニットを有し、ドイツミュンヘンのシーメンスのような供給元により販売されているスマートカード、または、フラッシュメモリカードである。データレポジトリがコンピューターによりアクセス可能なファイルである場合、そのようなファイルは種々の媒体、例えばサーバー、クライアント、ハードディスク、ＣＤ、ＤＶＤ、パーソナルデジタルアシスタント、例えばＰａｌｍ Ｐｉｌｏｔ、テープ、ジップディスク、コンピューターの内部ＲＯＭ（リードオンリーメモリ）またはインターネットまたはワールドワイドウエブ上に所在してよい。コンピューターによりアクセス可能なファイルの格納のための他の媒体は当分野で周知である。

本発明はまた、ＩＦＮ−α応答マーカーに関して試験することは、表１に掲載したＳＮＰのいずれかに関する良好応答対立遺伝子と高い連鎖不平行（ＬＤ）にある異なる遺伝子座において対立遺伝子、例えばヌクレオチドを個人が有するかどうかを決定することにより決定してよい。同じ染色体上の異なる遺伝子座における２つの特定の対立遺伝子は、ある遺伝子座における対立遺伝子の１つの存在が他の遺伝子座における他の対立遺伝子の存在を予測する傾向を有していれば、ＬＤにあるといえる。そのような変異体は、本明細書においては連結変異体、またはプロキシ変異体と称し、これは目的の良好応答対立遺伝子と高いＬＤにあるいずれかの型の変異体（例えばＳＮＰ、挿入または欠失）であってよい。

連結変異体は表１のＳＮＰのいずれかの良好応答対立遺伝子と染色体領域１９ｑ１３．１３または染色体１９上の他所に所在する多型部位における候補連結対立遺伝子との間の連鎖不平衡（ＬＤ）の程度を測定することにより容易に識別される。候補連結変異体は現在知られている多型の対立遺伝子であってよい。他の候補連結変異体は多型を発見するための当分野で周知のいずれかの手法を用いて当業者が容易に識別してよい。

表１の良好応答対立遺伝子と候補連結変異体との間のＬＤの程度は当分野で知られているいずれかのＬＤ計測を用いて測定してよい。ゲノム領域におけるＬＤパターンは、いずれかの２つの対立遺伝子（例えば異なるＰＳにおけるヌクレオチドの間）が連鎖不平衡にあるかどうかを決定するための当分野で知られている種々の手法を用いて適切に選択された試料において経験的に容易に決定される（例えばＧＥＮＥＴＩＣ ＤＡＴＡ ＡＮＡＬＹＳＩＳ ＩＩ，Ｗｅｉｒ，Ｓｉｎｅｕｅｒ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，Ｍａ １９９６参照）。どのＬＤ決定方法が特定の集団のサンプルサイズおよび遺伝子領域に最も適しているかは、当業者が容易に選択してよい。連鎖不平衡の最も頻繁に使用されている尺度の１つはｒ^２であり、これはＤｅｖｌｉｎら（Ｇｅｎｏｒｎｉｃｓ，２９（２）：３１１−２２（１９９５））の記載した式を用いて計算される。ｒ^２は第１の遺伝子座における対立遺伝子Ｘが同じ染色体の第２の遺伝子座における対立遺伝子Ｙの存在をどの程度正しく予測するかの尺度である。尺度は予測が完璧である場合に１．０に到達するのみである（例えばＹのときかつその場合に限りＸ）。

好ましくは、連結変異体の遺伝子座は、表１のＰＳのいずれかに渡っている、約１００キロ塩基、より好ましくは約１０ｋｂのゲノム領域にある。他の連結変異体は、良好応答対立遺伝子とのＬＤが、適当なレファレンス集団において計測した場合に、少なくとも０．７５、より好ましくは少なくとも０．８０、更に好ましくは少なくとも０．８５、または少なくとも０．９０、更に好ましくは少なくとも０．９５、最も好ましくは１．０のｒ^２値を有するものである。このｒ^２計測のために使用されるレファレンス集団は、一般的な集団、ＩＦＮ−αを用いている集団、ＩＦＮ−αが薬効を示す特定の状態（例えば慢性ＨＣＶ感染）と診断された集団、または白人、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック、ラテン、ネイティブアメリカンなどのような同じ民族群に属するものとして所属メンバーが自己識別される集団、またはこれらの範疇のいずれかの組み合わせであってよい。好ましくは、レファレンス集団はＩＦＮ−αを用いて治療されるべき患者の集団の遺伝子多様性を反映する。

一部の実施形態においては、医師は、患者が表１の多型部位の１つ以上において良好応答対立遺伝子少なくとも１つを有するかどうかを決定するために設計された診断試験をオーダーすることにより、患者が本明細書に記載したＩＦＮ−α応答マーカーを有するかどうかを決定する。好ましくは、試験は両方の対立遺伝子のアイデンティティー、即ちこのＰＳにおける遺伝子型を決定する。一部の実施形態においては、試験作業所は患者から得られた生物学的試料（例えば血液試料または口腔スワブ）から核酸試料を調製することになる。一部の実施形態においては患者由来の血液試料は医師または医師スタッフのメンバーにより、または、診断作業所の技術者により採取される。一部の実施形態においては、患者は自身の頬内部から口腔スワブを採取するためのキットを提供され、これを患者がその後、医師スタッフのメンバーに渡すか、診断作業所に直接送付する。

一部の実施形態においては、試験所は試料を試験している個人のアイデンティティーを知らず；即ち、作業所により受領された試料は作業所に送付される前に何らかの態様において匿名化される。例えば試料は数字または何らかの別の記号（「試料ＩＤ」）により識別されるのみであってよく、診断方法の結果は試料ＩＤを用いながら試験をオーダーした団体に報告されることができる。好ましい実施形態においては、個体のアイデンティティーと個体の試料との間の関連は個体のみ、または個体の医師のみが知っている。

一部の実施形態においては、試験結果が得られた後、試験作業所は、良好応答対立遺伝子が遺伝子型決定された多型部位に存在するか存在しないかを示している、好ましくは、患者が良好応答対立遺伝子に関してヘテロ接合であるかホモ接合であるかを示している試験報告書を作成する。一部の実施形態においては、試験報告書は、試験作業所により作成され、ハードコピーとして、または電子メールを介して、患者または患者の医師に送付される書面である。他の実施形態において、試験報告書は、コンピュータープログラムにより作成され、医師のオフィスにおいてビデオモニター上に表示される。試験報告書はまた、患者、または患者の医師、または医師のオフィスの権限を与えられた従業員に直接試験結果を口頭で伝達することも含んでよい。同様に、試験報告書は患者のファイル中に医師が作成する試験結果の記録を含んでよい。

１つの好ましい実施形態においては、患者が良好応答対立遺伝子に関してホモ接合である場合は、試験報告書は更にＩＦＮ−αを用いた治療に対する応答の可能性に関連する遺伝子マーカーに関して患者が陽性判定であることを示し、個人が良好応答対立遺伝子に関してヘテロ接合であるか、または、別の対立遺伝子に関してホモ接合である場合には、試験報告書は更にＩＦＮ−αを用いた治療に対する応答の可能性に関連する遺伝子マーカーに関して患者が陰性判定であることを示す。一部の実施形態においては、試験結果はＩＦＮ−αに対する有益な応答を達成することに関する確率評点を包含することになり、これは、該当する疾患の集団におけるＩＦＮ−α応答に関連する、種々の患者のパラメーター（例えば年齢、性別、体重、人種、ＩＦＮ−αに関する他の薬理遺伝学的マーカーに関する試験結果）および疾患パラメーター（例えば疾患の重症度）を加重するモデルを実行することにより誘導される。各パラメーターに与えられる荷重は該当する疾患集団におけるＩＦＮ−αへの応答の個体間の変動性を説明する際の、他のパラメーターと相対比較した場合のその寄与度に基づく。医師はこの応答確率評点を、患者に対する療法または治療レジメンを選択する際の指針として使用してよい。例えば、慢性ＨＶＣ感染については、ＳＶＲを達成することに関連する患者のパラメーターは人種を包含し、疾患パラメーターはＨＣＶ遺伝子型、ベースラインウィルス量、および線維症の程度を包含する。

典型的には、個人はＩＦＮ−α療法の開始よりも前にＩＦＮ−α応答マーカーの存在に関して試験されるが、そのような試験はＩＦＮ−αの初回用量を個人に投与した後のいずれかのときに実施され得ることも意図している。例えば、治療している医師は、患者が十分に応答していないのではないかと懸念し、ＩＦＮ−αを用いた継続治療が正当化されるかどうかを決定するために個体を試験することを望んでいる場合がある。一部の実施形態においては、医師は、ＩＦＮ−α応答マーカーに関して個体を試験すべきか否かを決定してよい。例えば、医師はＩＦＮ−α応答マーカーに関して陽性判定である患者を適応症とする医薬製品を患者に対して処方するかどうか検討してよい。患者が検出可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡを有し、肝移植を受けている実施形態においては、医師は患者に対する治療決定を支援するためにＩＦＮ−α応答マーカーに関して試験された移植肝に由来する生検試料を保有することを決定してよい。

任意の患者を治療する場合にＩＦＮ−α応答マーカーの試験結果をどのように使用するかを決定する際には、医師はまた、他の該当する状況、例えば治療すべき疾患または状態、患者の年齢、体重、性別、遺伝子的背景および人種もまた考慮してよく、更にはこれらの要因と遺伝子マーカー試験の結果の組み合わせをその治療を用いた療法および／または治療レジメンを選択する場合の医師の指針となるモデルに入力することも包含する。

表１の応答マーカーのいずれかの存在または非存在を検出することはこの目的のために特に設計されているキットを用いて実施してよい。１つの実施形態において、本発明のキットは表１のマーカー少なくとも１つにおけるＰＳにおける対立遺伝子の各々を識別するために設計されたオリゴヌクレオチドのセットを含み、好ましい実施形態においては、ＰＳはｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ２８４１６８１３またはｒｓ８１０３１４２である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドのセットは表１におけるＰＳの２つ以上のいずれかの組み合わせにおける対立遺伝子を識別するために設計される。好ましい実施形態においては、ＰＳの組み合わせは少なくともｒｓ２８４１６８１３ＰＳおよびｒｓ８１０３１４２ＰＳを含む。別の好ましい実施形態においては、ＰＳの組み合わせは表１における多型部位の各々を含む。

一部の実施形態においては、キット中のオリゴヌクレオチドは対立遺伝子特異的プローブまたは対立遺伝子特異的プライマーのいずれかである。他の実施形態において、キットはプライマー伸長オリゴヌクレオチドを含む。更にその他の実施形態において、オリゴヌクレオチドのセットは対立遺伝子特異的プローブ、対立遺伝子特異的プライマーおよびプライマー伸長オリゴヌクレオチドの組み合わせである。キットはインターフェロンアルファへの応答に関連した他の遺伝子マーカーの存在を検出するために設計されたオリゴヌクレオチドを含んでよい。

本発明のキット中のオリゴヌクレオチドはポリヌクレオチドの標的領域に特異的にハイブリダイズすることが可能でなければならない。本明細書においては、特異的ハイブリダイゼーションとは、オリゴヌクレオチドが特定のハイブリダイゼーション条件下に標的領域とアンチパラレルな２本鎖構造を形成するが、同じハイブリダイゼーション条件下でポリヌクレオチドと共にインキュベートした場合に非標的領域とはそのような構造を形成できないことを意味する。一部の実施形態においては標的領域は目的のＰＳを含有し、他の実施形態においては、標的領域はＰＳに１〜１０ヌクレオチド隣接して所在する。

キット中の各オリゴヌクレオチドの組成および長さはＰＳを含有するゲノム領域の性質並びにオリゴヌクレオチドを用いて実施されるべき試験の型に応じたものとなり、当業者が容易に決定できる。

例えば試験において使用されるべきポリヌクレオチドは増幅産物を構成する場合があり、そのため、オリゴヌクレオチドの必要な特異性は、個体から単離したゲノムまたはｃＤＮＡ中ではなくむしろ増幅産物中の標的領域へのハイブリダイゼーションに関するものである。別の例として、キットが２つ以上の多型部位を同時に遺伝子型決定するように設計されている場合、キット中の各ＰＳに関するオリゴヌクレオチドの融点は典型的には狭い範囲内、好ましくは約５℃未満、より好ましくは約２℃未満にあることになる。

一部の実施形態においてはキット中の各オリゴヌクレオチドはその標的領域の完全な相補体である。オリゴヌクレオチドは、分子の１つのあらゆるヌクレオチドが他の分子の相当する位置におけるヌクレオチドに相補である場合に、別の核酸分子の「完璧な」または「完全な」相補体であるといえる。完璧に相補なオリゴヌクレオチドが多型検出のためには好ましいが、完全な相補からの逸脱は、そのような逸脱が上記定義した標的領域に分子が特異的にハイブリダイズすることを妨げない場合には、意図される。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーはその５’末端において非相補フラグメントを有してよく、プライマーの残余は標的領域に完全に相補である。或いは、非相補ヌクレオチドは、結果として生じるプローブまたはプライマーがなお標的領域に特異的にハイブリダイズできる限り、プローブまたはプライマー内に点在してもよい。

一部の好ましい実施形態においては、キットにおける各オリゴヌクレオチドはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下にその標的領域に特異的にハイブリダイズする。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は配列依存的であり、状況に応じて変動する。一般的にストリンジェントな条件は所定のイオン強度およびｐＨにおいて特定の配列に関する熱融点（Ｔｍ）より約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは標的配列に相補なプローブの５０％が平衡時に標的配列にハイブリダイズする温度（所定のイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度の下）である。標的配列は一般的に過剰に存在するため、Ｔｍにおいてはプローブの５０％が平衡時に占有される。

典型的には、ストリンジェントな条件はｐＨ７．０〜８．３における少なくとも約０．０１〜１．０Ｍのナトリウムイオン濃度（または他の塩）の塩濃度を包含し、温度は短いオリゴヌクレオチドプローブ（例えば１０〜５０ヌクレオチド）の場合は少なくとも約２５℃である。ストリンジェントな条件はまたホルムアミドのような脱安定化剤の添加によっても達成できる。例えば５ｘＳＳＰＥ（７５０ｍＭ ＮａＣｌ、５０ｍＭ Ｎａホスフェート、５ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４）および２５〜３０℃の温度の条件は対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーションのために適している。別のストリンジェントな条件はＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９８９），第７、９および１１章、およびＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＨＹＢＲＩＤＩＺＡＴＩＯＮ，Ａ ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ ＡＰＰＲＯＡＣＨ，Ｈａｙｍｅｓら、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，１９８５に記載されている。

ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の１つの非限定的な例は、約６５〜７０℃における４×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中のハイブリダイゼーション（または代替として、４２〜５０℃における４×ＳＳＣ＋５０％ホルムアルデヒド中のハイブリダイゼーション）と、その後の約６５〜７０℃における１×ＳＳＣ中の１回以上の洗浄を包含する。高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、約６５〜７０℃における１×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーション（または代替として４２〜５０℃における１×ＳＳＣ＋５０％ホルムアルデヒド中のハイブリダイゼーション）と、その後の約６５〜７０℃における０．３×ＳＳＣ中の１回以上の洗浄を包含する。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、約５０〜６０℃における４×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーション（または代替として約４０〜４５℃における６×ＳＳＣ＋５０％ホルムアルデヒド中のハイブリダイゼーション）と、その後の約５０〜６０℃における２×ＳＳＣ中の１回以上の洗浄を包含する。中程度〜上記値、例えば６５〜７０℃、または４２〜５０℃の範囲を有するストリンジェンシー条件もまた本発明により包含されることを意図している。ＳＳＰＥ（１×ＳＳＰＥは０．１５Ｍ ＮａＣｌ、１０ｍＭ ＮａＨ_２ＰＯ_４および１．２５ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４）はハイブリダイゼーションおよび洗浄緩衝液においてＳＳＣ（１×ＳＳＣは０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウム）と置き換えることができ；洗浄はハイブリダイゼーション終了後、各々１５分間実施する。

５０塩基対長未満であると予測されるハイブリッドに対するハイブリダイゼーション温度はハイブリッドの融点（Ｔ_ｍ）よりも５〜１０℃低いことが必要であり、ここでＴｍは以下の式に従って求める。１８塩基対長未満のハイブリッドについては、Ｔ_ｍ（℃）＝２（Ａ＋Ｔ塩基の数）＋４（Ｇ＋Ｃ塩基の数）である。１８〜４９塩基対長のハイブリッドについては、Ｔ_ｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ_１０［Ｎａ^＋］）＋０．４１（％ Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）であり、ここでＮはハイブリッド内の塩基の数であり、［Ｎａ^＋］はハイブリダイゼーション緩衝液中のナトリウムイオンの濃度である（１×ＳＣＣに関する［Ｎａ^＋］＝０．１６５Ｍ）。

本発明のキット中のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、および非環式のヌクレオチド誘導体、および他の機能的に等価な誘導体のいずれかのホスホリル化状態を含む場合がある。或いは、オリゴヌクレオチドはホスフェート非含有の骨格を有してよく、それはカルボキシメチル、アセトアミデート、カーバメート、ポリアミド（ペプチド核酸（ＰＮＡ））などのような連結部を含む場合がある（Ｖａｒｍａ、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ ＡＮＤ ＢＩＯＴＥＣｈＮＯＬＯＧＹ、Ａ ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ ＤＥＳＫ ＲＥＦＥＲＥＮＣＥ，Ｍｅｙｅｒｓ編、ｐｐ．６１７〜２０、ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，１９９５）。オリゴヌクレオチドは当分野で知られているいずれかの適当な方法論を用いた化学合成により調製してよく、または、例えば制限酵素消化により生物学的試料から誘導してよい。オリゴヌクレオチドは当分野で知られているいずれかの手法に従って検出可能な標識を含有してよく、例えば放射標識、蛍光標識、酵素標識、タンパク質、ハプテン、抗体、配列タグなどの使用を包含する。キット中のオリゴヌクレオチドは、分析対象特異的な試薬（ＡＳＲ）として製造および販売されてよく、或いは、認可された診断装置の要素を構成してよい。

一部の実施形態においては、キット中のオリゴヌクレオチドのセットは異なる標識を有することにより、２つ以上の多型部位における対立遺伝子のアイデンティティーの同時決定を可能とする。オリゴヌクレオチドはまた、マイクロチップ、シリカビーズ（例えばＩｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡのＢｅａｄＡｒｒａｙの技術）またはスライドガラス（例えばＷＯ９８／２００２０およびＷＯ９８／２００１９参照）のような固体表面上に固定化されたオリゴヌクレオチドの秩序のあるアレイを含んでよい。そのような固定化されたオリゴヌクレオチドを含むキットは種々の多型検出試験、例えば限定しないがプローブハイブリダイゼーションおよびポリメラーゼ伸長試験を実施するために設計してよい。

本発明のキットはまた、他の試薬、例えばハイブリダイゼーション緩衝液（例えばオリゴヌクレオチドが対立遺伝子特異的プローブとして使用される場合）またはジデオキシヌクレオチドトリホスフェート（ｄｄＮＴＰ；例えば多型部位における対立遺伝子がプライマー伸長により検出される場合）を含有してよい。ポリメラーゼ媒介遺伝子型決定試験における使用のために設計されたキットはまた、ポリメラーゼおよび実施されるべきポリメラーゼ媒介試験のために最適化された反応緩衝液を含有してよい。

本発明のキットはまた、いつ特異的ハイブリダイゼーションが起こったか、または特異的ポリメラーゼ媒介伸長が起こったかを検出するための試薬を包含してよい。そのような検出試薬は、ビオチンまたは蛍光タグ付きオリゴヌクレオチドまたはｄｄＮＴＰおよび／または酵素標識抗体および酵素による作用を受けた場合に検出可能なシグナルを発生する基質１つ以上を包含してよい。

当業者が知る通り、試験を実施するためのオリゴヌクレオチドおよび試薬のセットは、生物学的または化学的な活性を温存し、試験における適切な使用を可能とするために、適宜、キット容器中に入れられた別個のレセプタクル中で提供されることになる。

他の実施形態において、キット中のオリゴヌクレオチドおよび全ての他の試薬の各々は表１におけるＰＳ１つ以上に関する遺伝子型を決定するために設計された試験における最適な性能に関して品質試験を受けている。一部の実施形態においては、キットは、応答マーカーの存在または非存在を試験された核酸試料に割り付けるためには、決定された遺伝子型をどのように使用すればよいかを記載した説明書を包含する。

一部の好ましい実施形態においては、キット中のオリゴヌクレオチドのセットは対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドである。本明細書においては、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）という用語は、十分にストリンジェントな条件下で、ＰＳを含有する標的領域においてＰＳの一方の対立遺伝子に特異的にハイブリダイズするが、異なる対立遺伝子を含有する同じ領域にはハイブリダイズしないという能力を有するオリゴヌクレオチドを意味する。当業者の知る通り、対立遺伝子特異性は種々の容易に最適化されるストリンジェンシーの条件、例えば塩およびホルムアミドの濃度、並びにハイブリダイゼーションおよび洗浄の両方の工程の温度に依存することになる。

ＡＳＯプローブおよびプライマーに対して典型的に使用されるハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件の例はＫｏｇａｎら、「Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｅｍｏｐｈｉｌｉａ Ａ」ｉｎ ＰＣＲ ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ，Ａ ＧＵＩＤＥ ＴＯ ＭＥＴＨＯＤＳ ＡＮＤ ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９０およびＲｕａｆｌｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６２９６−３００（１９９０）に記載されている。

典型的には、ＡＳＯは一方の対立遺伝子に対して完璧に相補でありつつ他方の対立遺伝子に対しては１ミスマッチを含有することになる。ＡＳＯプローブにおいて、１ミスマッチは好ましくは、それが標的領域における多型部位にアラインするため、オリゴヌクレオチドプローブの中央の位置内部にある（例えば概ね、１５量体では７番目または８番目、１６量体では８番目または９番目、２０量体では１０番目または１１番目）。ＡＳＯプライマーにおける１ミスマッチは３’末端ヌクレオチドに、または好ましくは３’末端から２番目のヌクレオチドに所在する。コーディングおよび非コーディング鎖のいずれかにハイブリダイズするＡＳＯプローブおよびプライマーが本発明では意図される。

一部の実施形態においては、キットは試験されるべき各ＰＳに関する対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの対を含み、対の一方のメンバーは一方の対立遺伝子（例えば良好応答対立遺伝子）に対して特異的であり、もう一方のメンバーは他の対立遺伝子に対して特異的である。そのような実施形態において、対中のオリゴヌクレオチドは、キットのユーザーが試験されたＰＳに関する遺伝子型を決定できるようにするために、異なる長さを有するか、異なる検出可能な標識を有してよい。

更に他の好ましい実施形態において、キット中のオリゴヌクレオチドはプライマー伸長オリゴヌクレオチドである。これらのオリゴヌクレオチドのいずれかからのポリメラーゼ媒介伸長のための終止ミックスはＰＳにおいて存在する代替のヌクレオチドに応じて、目的のＰＳかそれより１塩基後方において、オリゴヌクレオチドの伸長を終止させるように選択される。

１つの実施形態において、キットは表１における多型部位の少なくとも１つを遺伝子型決定するための対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブの対を含む。１つの実施形態において、対の一方のＡＳＯプローブは表２に示すコンテクスト配列の良好応答対立遺伝子と同一であるか、これに完璧に相補である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、対のもう一方のＡＳＯプローブは表２に示すコンテクスト配列の他の対立遺伝子と同一であるか、これに完璧に相補である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。１つの好ましい実施形態においては、キットはそのようなＡＳＯプローブをｒｓ８１０３１４２およびｒｓ８１０３１４２よりなる群から選択されるＰＳ少なくとも１つを遺伝子型決定するために含んでいる。別の好ましい実施形態においては、キットはそのようなＰＳプローブをこれらのＰＳの両方を遺伝子型決定するために含んでいる。また別の実施形態において、キットはそのようなＡＳＯプローブを表１のＰＳの各々を遺伝子型決定するために含んでいる。

Ｂ．医薬組成物、薬剤製品および治療レジメン
本明細書に記載した方法および製品のいずれかを用いて試験または治療されるべき個体はインターフェロンアルファを用いた治療を必要とするヒト対象である。一部の実施形態においては個体はインターフェロンアルファを用いた治療に感受性である疾患を有すると診断されているか、その症状を呈する。他の実施形態において、使用されるべきインターフェロンアルファ薬剤は個体が診断されている適応症を治療する場合の使用に関して認可されている。更に他の実施形態においては、使用されるべきインターフェロンアルファ薬剤は診断された疾患または呈された症状を治療するためには認可されていないが、処方する医師は薬剤が個体の治療に有用である場合があると考える。

本発明の医薬組成物、薬剤製品および方法において使用されるＩＦＮ−αはヒトおよび多くの他の種において発現されるＩＦＮ−αタンパク質の多数のサブタイプのいずれかであってよい（Ｐｅｓｔｋａ，Ｓ．ら、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖｉｅｗｓ ２０２：８−３２（２００４）；Ｄｉａｚ，Ｍ．Ｏ．ら、Ｊ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｒｅｓ １６：１７９−１８０（１９９６）。好ましい実施形態においてはＩＦＮ−αタンパク質は以下のヒトＩＦＮ−αサブタイプ：ＩＦＮ−α１、ＩＦＮ−α２、ＩＦＮ−α４、ＩＦＮ−α５、ＩＦＮ−α６、ＩＦＮ−α７、ＩＦＮ−α８、ＩＦＮ−α１０、ＩＦＮ−α１３、ＩＦＮ−α１４、ＩＦＮ−α１６、ＩＦＮ−α１７、ＩＦＮ−α２１（Ｂｅｋｉｓｚ、Ｊ．ら、Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒｓ ２２（４）：２４３−３５１（２００４））並びにこれらのサブタイプのいずれかの対立遺伝子変異体、例えばＩＦＮ−α２ａ、ＩＦＮ−α２ｂ、およびＩＦＮ−α２ｃの１つの成熟アミノ酸配列よりなるか、これらより本質的になる組み換え生産されたタンパク質である。ヒトＩＦＮ−αサブタイプは７５〜９９％のアミノ酸配列同一性および４４位における欠失のために１６５ａ．ａ．を有するＩＦＮ−α２を除き１６６ａ．ａ．の成熟配列を共有している（Ｂｅｋｉｓｚ，Ｊ．ら、上出）。本発明における使用を意図する他の組み換えＩＦＮ−αタンパク質は、各位置において、種々のネイティブのＩＦＮ−αサブタイプにおけるその位置で最も共通して存在しているアミノ酸を選択することにより、アミノ酸配列が設計されているいずれかのコンセンサスＩＦＮ−αタンパク質を包含する。

本発明の薬剤製品および方法における使用のために特に好ましいＩＦＮ−α組成物は政府規制当局により認可されているインターフェロンアルファ−２製品であり、これらに包含されるものは、Ｈｏｆｆｍａｎｎ Ｌａ−Ｒｏｃｈｅ，Ｎｕｔｌｅｙ Ｎ．Ｊ．により販売されているＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａ（インターフェロンアルファ２Ａ、組み換え体）およびそのペグ化型、例えばＨｏｆｆｍａｎｎ Ｌａ−Ｒｏｃｈｅ，Ｎｕｔｌｅｙ Ｎ．Ｊ．により販売されているＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）；Ｓｃｈｅｒｉｎｇ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ，Ｎ．Ｊ．により販売されているＩＮＴＲＯＮ（登録商標）Ａ（インターフェロンアルファ−２ｂ、組み換え体）およびそのペグ化型、例えばＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）；（ＩＮＦＥＲＧＥＮ（登録商標）（インターフェロンアルファコン−１）、即ちＡｍｇｅｎ，Ｔｈｏｕｓａｎｄ Ｏａｋｓ，ＣＡで最初に開発され、現在はＴｈｒｅｅ Ｒｉｖｅｒｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｗａｒｒｅｎｄａｌｅ，ＰＡにより販売されているコンセンサスＩＦＮ−αである。本発明における使用のために意図される他のインターフェロンは、インターフェロンアルファと非インターフェロンタンパク質の間の融合物、例えばＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤおよびＮｏｒｖａｒｔｉｓ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄにより開発中のＡｌｂｕｆｅｒｏｎ（登録商標）（アルブインターフェロンアルファ−２ｂ）；Ｌｏｃｔｅｒｏｎ、即ち研究用制御放出インターフェロンアルファ製剤（Ｂｉｏｌｅｘ／ＯｃｔｏＰｌｕｓ）；およびＢｅｌｅｒｏｆｏｎ（登録商標）、即ちＮａｕｔｉｌｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈにより作成された天然アルファインターフェロンの１アミノ酸変異体を包含する。上記の名称を有するＩＦＮ−α組成物のいずれも、例えばＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）ペグインターフェロンアルファ−２ｂと同じ組成であるＶＩＲＡＦＥＲＯＮＰＥＧ（登録商標）ペグインターフェロンアルファ−２ｂのように、異なる商標名の下に販売されている場合がある。

ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）ペグインターフェロンアルファ−２ｂはインターフェロンアルファ−２ｂ分子のリジン側鎖にアミド結合を介して１つの４０ｋＤａの分枝鎖ＰＥＧ重合体の共有結合により得られ、例えばＤｈａｌｌｕｉｎ，Ｃ．ら、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．１６：５０４−５１７（２００５）および米国特許第７，２０１，８９７号を参照できる。得られる生成物は主に６モノペグ化位置異性体の混合物である（Ｄｈａｌｌｕｉｎ，Ｃ．，上出、Ｆｏｓｅｒ，Ｓ．ら、Ｊ．Ｐｒｏｔ．Ｅｘｐ．Ｐｕｒｉｆ．３０：７８−８７［２００３］）。ＲＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）およびそのバイオシミラーはまた、本明細書においては、ｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａとも称する。

ＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）インターフェロンアルファ−２ｂは１００ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ６．５中の平均分子量１２，０００Ｄａ（ＳＣ−ＰＥＧ１２ｋ）を有するスクシンイミジルカーボネートＰＥＧに組み換えインターフェロンアルファ−２ｂを共有結合することにより得られる（例えばＧｒａｃｅ，Ｍ．ら、Ｊ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｒｅｓ．２１：１１０３−１１１５（２００１）；Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｓ．ら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．５４：５４７−５７０（２０００）；および米国特許第５，９５１，９７４号参照）。得られた産物は主に、ＰＥＧ１２ｋがウレタン結合を介してインターフェロンアルファ−２ｂの異なる残基に結合したモノペグ化物質種とヒスチジン３４においてウレタン結合を有する大部分は位置異性体との混合物である（例えばＷａｎｇ，Ｙ．Ｓ．ら、上出および米国特許第５，９５１，９７４号参照）。ＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）ペグインターフェロンアルファ−２ｂおよびそのバイオシミラーは本明細書においてはＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂとも称する。

既にに認可されているか現在販売されている本発明における使用のために意図される他のＩＦＮ−α製品は、Ｂｅｒｏｆｏｒ（登録商標）アルファ２（組み換えインターフェロンアルファ−２Ｃ，Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，Ｉｎｃ．，Ｒｉｄｇｅｆｉｅｌｄ，ＣＴ）；インターフェロンアルファ−ｎ１、即ち、Ｓｕｒｎｉｆｅｒｏｎ（登録商標）（Ｓｕｍｉｔｏｍｏ，Ｊａｐａｎ）またはＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロンアルファ−ｎ１（ＩＮＳ）、Ｇｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ Ｌｔｄ．，Ｌｏｎｄｏｎ，Ｇｒｅａｔ Ｂｒｉｔａｉｎとして知られている天然のアルファインターフェロンの精製された混合物；米国特許第４，８９７，４７１号および同第４，６９５，６２３号（特にその実施例７、８または９）に記載のもののようなコンセンサスアルファインターフェロン；ＡＬＦＥＲＯＮ Ｎ Ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ（登録商標）［インターフェロンアルファ−ｎ３（ヒト白血球誘導）、Ｈｅｍｉｓｐｈｅｒｘ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡから入手できる天然のアルファインターフェロンの複数の種の混合物を包含する。

本発明において有用な他のインターフェロンアルファ−重合体コンジュゲートは米国特許第４，７６６，１０６号、米国特許第４，９１７，８８８号、欧州特許出願第０２３６９８７号、欧州特許出願第０５１０３５６号、同第０５９３８６８号および同第０８０９９９６号および国際公開番号ＷＯ９５／１３０９０に記載されている。

同様に本発明における使用のために意図されるものは、上記した販売されているペグ化インターフェロンアルファ製品、即ちＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）およびＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）のいずれかの認可に関連して規制当局に以前に提出されている前臨床および／または臨床データに少なくとも部分的には信頼により基づいて規制当局から認可されるいずれかのペグ化インターフェロンアルファ２ａまたは２ｂの医薬組成物である。そのような後に認可された製品は以前に認可された製品のジェネリック、生物同等性、バイオシミラー、または代替品のような用語において記載当局により説明される場合があり、このような用語は規制当局により明確に定義される場合またはされない場合がある。

非経腸投与を意図されるペグ化インターフェロンアルファの医薬組成物は適当な緩衝物質、例えばＴｒｉｓ−ＨＣＩ、酢酸塩またはリン酸塩、例えば２塩基性リン酸ナトリウム／１塩基性リン酸ナトリウム緩衝液、および製薬上許容し得る賦形剤（例えばスクロース、トレハロース）、担体（例えばヒト血清アルブミン）、毒性剤（例えばＮａＣＩ）、保存料（例えばチメロソール、クレゾールまたはベニルアルコール）、および界面活性剤（例えばツイーンまたはポリソルベート）を用いながら、滅菌された注射用水中に製剤してよい。米国特許第６，１８０，０９６号および国際特許出願ＷＯ２００６／０２０７２０を参照できる。このような組成物は２〜８℃の冷蔵下に、凍結乾燥粉末として保存し、使用前に滅菌水で再溶解してよい。そのような再溶解された水溶液は典型的には再溶解２４時間以内は保存中安定であり、その間に使用される。例えば米国特許第４，４９２，５３７号；同第５，７６２，９２３号および同第５，７６６，５８２号を参照できる。凍結乾燥されたペグ化インターフェロン製剤は１つのコンパートメントに希釈剤（即ち滅菌水）を、別個のコンパートメントに凍結乾燥されたペグ化インターフェロンアルファ粉末を含有するガラスカートリッジを含むペンタイプのシリンジシステムにおいて提供してよい。

水性ペグ化インターフェロン製剤の例は米国特許第５，７６２，９２３号に記載されている。そのような製剤は予め充填された多用量シリンジ、例えばインスリンのような薬品の送達のために有用なものの中で保存してよい。典型的な適当なシリンジはＮｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋから入手可能なＮＯＶＯＬＥＴ Ｎｏｖｏ Ｐｅｎのようなペンタイプシリンジに連結された予備充填バイアル、並びにユーザーによる簡単な自己注射を可能にする予備充填ペンタイプシリンジを含むシステムを包含する。

本発明はまたインターフェロン応答を誘導することが提案されるｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストと組み合わせた上記インターフェロンアルファのいずれかの使用を意図する。例えば、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７およびＴＬＲ９に対するアゴニストがＨＣＶを治療する場合の使用に関して評価中である。

本発明に従って治療してよい疾患および状態は、一般的にＩＦＮ−αを用いた治療に対して感受性であるものであり、即ち、ＩＦＮ−αが疾患を有する患者の群において臨床的に計測可能な有益な結果、例えばＨＣＶ感染患者におけるウィルス量の低減を達成する場合である。ＩＦＮ−αを用いた治療に対して感受性の疾患および状態の例は、限定しないが例えば細胞増殖障害により誘発される疾患、特にウィルス感染および癌を包含する。好ましくは、疾患はそれに対してＩＦＮ−αが合衆国食品医薬品局のような規制当局により認可されているものである。

ウィルス感染は、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、他の非Ａ／非Ｂ肝炎、ヘルペスウィルス、エプスタインバーウィルス（ＥＢＶ）、サイトメガロウィルス（ＣＭＶ）、単純疱疹、ヒトヘルペスウィルス６型、乳糖腫、ポックスウイルス、ピコルナウィルス、アデノウィルス、ライノウィルス、ヒトＴリンパ親和性ウィルス１型および２型、ヒトロタウィルス、狂犬病、レトロウィルス、例えばヒト免疫不全ウィルス（ＨＩＶ）、脳炎および呼吸器ウィルス感染を包含する。好ましい実施形態においては、ウィルス感染はＨＣＶまたはＨＢＶである。特に好ましい実施形態においては、ウィルス感染は慢性ＨＣＶ感染である。

好ましい実施形態においては本発明のＩＦＮ−α応答マーカーは慢性ＨＢＶまたは慢性ＨＣＶ適応症に関して規制当局により認可されているいずれかのＩＦＮ−α単剤療法または複合療法の治療レジメンとの関連において、特に好ましい実施形態においては、Ｒｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａ（インターフェロンアルファ２Ａ、組み換え体）、ＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）、ＩＮＴＲＯＮ（登録商標）Ａ（インターフェロンアルファ−２ｂ、組み換え体）およびＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）の製品の添付文書に記載されている慢性Ｃ型肝炎に対する投薬および治療レジメンのいずれかとの関連において、使用される。慢性ＨＣＶ感染に対する認可された複合療法レジメンは典型的には、リバビリン、ヌクレオシド類縁体を、ＩＦＮ−αタンパク質に追加して投与する。ＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）製品に関しては、そのような認可された複合レジメンは、ＨＣＶ遺伝子型２または３に慢性的に感染した患者に対しては２４週間、ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染した患者に対しては４８週間までの療法を推奨しており、欧州では遺伝子型１感染を有する患者、および治療第４週でＨＣＶ−ＲＮＡ陰性であり、治療第２４週においてＨＣＶ−ＲＮＡ陰性のまま存続している低ウィルス量（＜６００，０００）患者のサブセットに対して２４週間治療が認可されている。

他の実施形態において、ＩＦＮ−α応答マーカーはＨＣＶ遺伝子型１に感染している患者に対する複合インターフェロンアルファ／リバビリン療法を用いた治療の適切な継続期間を決定するためにウィルス応答試験との関連において使用される。ホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーに関して陽性判定であり、治療第４週および１２週の各々において検出不可能なＨＣＶ−ＲＮＡを有する患者は、１２〜３６週間、例えば１２、１８、２４、３０または３６週の治療継続期間に関する候補となる。一部の好ましい実施形態においては、選択される治療継続期間はホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカーに関して陽性判定であり、治療第４週および１２週の各々において検出不可能なＨＣＶ−ＲＮＡを有する高いベースラインウィルス量の遺伝子型１ＨＣＶに慢性的に感染している治療ナイーブな患者に対して、２４週間である。特に好ましい実施形態においては、インターフェロンアルファはＰＥＧ化インターフェロンアルファ−２ａまたは２ｂまたはアルブミン−インターフェロンアルファ−２ａまたは２ｂ融合タンパク質である。

リバビリン以外のヌクレオシド類縁体を含むＩＦＮ−α系の複合レジメンもまた、ＩＦＮ−α応答マーカーに関して陽性判定の個体におけるＨＣＶ感染を治療するために意図される。そのようなヌクレオシド類縁体の例は、リバビリン誘導体、例えばＶａｌｅａｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（Ａｌｉｓｏ Ｖｉｅｊｏ，ＣＡ）により開発中のタリバビリン（ビラミジンおよびＩＣＮ３１４２としても知られている）および米国特許第６，４０３，５６４号および同第６，９２４，２７０号に記載されている化合物を包含する。

本発明のＩＦＮ−α応答マーカーは追加的な抗ウィルス剤１つ以上と組み合わせたＩＦＮ−α系療法（リバビリンを使用または非使用）を用いた治療から最も利益を被ると考えられるＨＣＶに慢性的に感染している患者を選択するためにも使用してよい。そのような複合治療レジメンにおいて有用な抗ウィルス剤の非限定的な例はＨＣＶプロテアーゼ阻害剤、ＮＳ３プロテアーゼ阻害剤、ＨＣＶポリメラーゼ阻害剤、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ阻害剤、ＩＲＥＳ阻害剤、ＮＳ４Ｂ阻害剤、ＨＣＶヘリカーゼ阻害剤、ＨＣＶエントリー阻害剤、ＨＣＶビリオン生産阻害剤、および他のインターフェロンを包含する。

１つの実施形態において、抗ウィルス剤はＨＣＶプロテアーゼ阻害剤である。

そのような複合レジメンにおいて有用なＨＣＶプロテアーゼ阻害剤は公開国際出願ＷＯ２００９／０３８６６３、ＷＯ２００７／０９２６１６およびＷＯ２００２／１８３６９および公開米国特許出願第２００７／００４２９６８号に記載されている。

本発明の方法および複合療法において有用な他のＨＣＶプロテアーゼ阻害剤はボセプレビル（ＳＣＨ５０３０３４）およびＳＣＨ９００５１８（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ）；テラプレビル（ＶＸ−９５０）、ＶＸ−５００およびＶＸ−８１３（Ｖｅｒｔｅｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＭＫ−７００９（Ｍｅｒｃｋ）；およびＩＴＭＮ−１９１（Ｒ７２２７）（ＩｎｔｅｒｍｕｎｅおよびＲｏｃｈｅ）；ＴＭＣ−４３５（Ｍｅｄｉｖｉｒ／Ｔｉｂｏｔｅｃ）；ＭＫ−７００９（Ｍｅｒｃｋ）；ＧＳ−９１３２およびＡＣＨ−１０９５（Ｇｉｌｅａｄ／Ａｃｈｉｌｌｏｎ）；ＰＨＸ１７６６（Ｐｈｅｎｏｍｉｘ）；ＡＢＴ−４５０ＨＣＶ（Ａｂｂｏｔｔ／Ｅｎａｎｔａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；およびＢＩＬＮ２０６１およびＢＩ２０１３３５（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）を包含する。

本発明の方法および複合療法において有用なＨＣＶプロテアーゼ阻害剤の追加的な例はＬａｎｄｒｏら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３６（３１）：９３４０−９３４８（１９９７）；Ｉｎｇａｌｌｉｎｅｌｌａら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３７（２５）：８９０６−８９１４（１９９８）；Ｌｌｉｎａｓ−Ｂｒｕｎｅｔら、Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ，８（１３）：１７１３−１７１８（１９９８）；Ｍａｒｔｉｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３７（３３）：１１４５９−１１４６８（１９９８）；Ｄｉｍａｓｉら、Ｊ Ｖｉｒｏｌ，７１（１０）：７４６１−７４６９（１９９７）；Ｍａｒｔｉｎら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ，１０（５）：６０７−６１４（１９９７）；Ｅｌｚｏｕｋｉら、Ｊ Ｈｅｐａｔ，２７（１）：４２−４８（１９９７）；ＢｉｏＷｏｒｌｄ Ｔｏｄａｙ，９（２１７）：４（１９９８年１１月１０日）；米国特許公開番号ＵＳ２００５／０２４９７０２およびＵＳ２００７／０２７４９５１；および国際公開番号ＷＯ９８／１４１８１、ＷＯ９８／１７６７９、ＷＯ９８／１７６７９、ＷＯ９８／２２４９６およびＷＯ９９／０７７３４およびＷＯ０５／０８７７３１に開示されているものを包含する。

本発明の組成物および方法において有用なＨＣＶプロテアーゼ阻害剤の別の例は、以下の化合物を包含するがこれらに限定されない。

別の実施形態においては、抗ウィルス剤はＮＳ３プロテアーゼ阻害剤である。本発明の方法および本発明の複合療法において有用なＮＳ３セリンプロテアーゼ阻害剤は、米国特許第７，４９４，９８８号、同第７，４８５，６２５号、同第７，４４９，４４７号、同第７，４４２，６９５号、同第７，４２５，５７６号、同第７，３４２，０４１号、同第７，２５３，１６０号、同第７，２４４，７２１号、同第７，２０５，３３０号、同第７，１９２，９５７号、同第７，１８６，７４７号、同第７，１７３，０５７号、同第７，１６９，７６０号、同第７，０１２，０６６号、同第６，９１４，１２２号、同第６，９１１，４２８号、同第６，８９４，０７２号、同第６，８４６，８０２号、同第６，８３８，４７５号、同第６，８００，４３４号、同第６，７６７，９９１号、同第５，０１７，３８０号、同第４，９３３，４４３号、同第４，８１２，５６１号および同第４，６３４，６９７号；米国特許公開ＵＳ２００２００６８７０２、ＵＳ２００２０１６０９６２、ＵＳ２００５０１１９１６８、ＵＳ２００５０１７６６４８、ＵＳ２００５０２０９１６４、ＵＳ２００５０２４９７０２およびＵＳ２００７００４２９６８；および国際公開番号ＷＯ０３／００６４９０、ＷＯ０３／０８７０９２、ＷＯ０４／０９２１６１およびＷＯ０８／１２４１４８に開示されているものを包含するがこれらに限定されない。

更にその他の実施形態において、抗ウィルス剤はＨＣＶポリメラーゼ阻害剤である。本発明の方法および複合療法において有用なＨＣＶポリメラーゼ阻害剤はＶＰ−１９７４４（Ｗｙｅｔｈ／ＶｉｒｏＰｈａｒｍａ）、ＰＳＩ−７８５１（Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ）、Ｒ７１２８（Ｒｏｃｈｅ／Ｐｈａｒｍａｓｓｅｔ）、ＰＦ−００８６８５５４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＶＣＨ−７５９およびＶＣＨ−９１６（ＶｉｒｏＣｈｅｍ／Ｖｅｒｔｅｘ）、ＨＣＶ−７９６（Ｗｙｅｔｈ／ＶｉｒｏＰｈａｒｍａ）、ＩＤＸ１８４（Ｉｄｅｎｉｘ）、ＮＭ−２８３（Ｉｄｅｎｉｘ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｒ−１６２６（Ｒｏｃｈｅ）、ＭＫ−０６０８（Ｉｓｉｓ／Ｍｅｒｃｋ）、ＧＳ９１９０（Ｇｉｌｅａｄ）、ＡＢＴ−３３３（Ａｂｂｏｔｔ）、Ａ−８４８８３７およびＡ−８３７０９３（Ａｂｂｏｔｔ）、ＧＳＫ−７１１８５（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ＡＮＡ５９８（Ａｎａｄｙｓ）、ＧＳＫ−６２５４３３（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ＸＴＬ−２１２５（ＸＴＬ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）およびＮｉら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、７（４）：４４６（２００４）；Ｔａｎら、Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ、１：８６７（２００２）；およびＢｅａｕｌｉｅｕら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎａｌ Ｄｒｕｇｓ、５：８３８（２００４）および国際公開番号ＷＯ０８／０８２４８４、ＷＯ０８／０８２４８８、ＷＯ０８／０８３３５１、ＷＯ０８／１３６８１５、ＷＯ０９／０３２１１６、ＷＯ０９／０３２１２３、ＷＯ０９／０３２１２４およびＷＯ０９／０３２１２５に開示されているものを包含するがこれらに限定されない。

別の実施形態においては、抗ウィルス剤はＨＣＶ ＮＳ５Ａ阻害剤である。本発明の方法および複合療法において有用なＨＣＶ ＮＳ５Ａ阻害剤の非限定的な例はＡＺＤ２８３６（Ａ−８３１）およびＡＺＤ７２９５（Ａ−６８９）（Ａｒｒｏｗ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；およびＢＭＳ−７９００５２（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）である。

１つの実施形態において、抗ウィルス剤はＮＳ４Ｂ阻害剤、例えば塩酸クレミゾールおよびクレミゾールの他の塩である。

１つの実施形態において、抗ウィルス剤は米国特許公開番号ＵＳ２００９００８１６３６に開示されているものを包含するＨＣＶレプリカーゼ阻害剤である。

別の実施形態においては、抗ウィルス剤はトリオキサレンのようなＨＣＶヘリカーゼ阻害剤である。

別の実施形態においては、抗ウィルス剤はＨＣＶエントリー阻害剤、例えば限定しないがＩＴＸ５０６１およびＩＴＸ４５２０（ｉＴｈｅｒｘ））、ＰＲＯ２０６（Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ）およびセルゴシビル（ＭＸ−３２５３）、ＭＩＧＥＮＩＸである。

別の実施形態においては、抗ウィルス剤はＲＮＡｉ化合物、例えばＴＴ−０３３（Ｔａｃｅｒｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ）である。

更にその他の実施形態において、抗ウィルス剤は別のＩ型インターフェロン（例えばＩＦＮ−ベータまたはＩＦＮ−オメガ）、ＩＩ型インターフェロン（例えばＩＦＮ−γ）またはＩＩＩ型インターフェロン（例えばＩｌ−２８またはＩｌ２９）である。

本発明の方法および複合療法における使用を意図するＩＩＩ型インターフェロンの例はＰＥＧ−ＩＦＮラムダ（ＺｙｍｏＧｅｎｅｔｉｃｓ／Ｂｒｉｓｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）を包含するがこれに限定されない。

本発明の方法および複合療法における使用を意図する別の追加的な抗ウィルス剤の例はＴＴ０３３（Ｂｅｎｉｔｅｃ／Ｔａｃｅｒｅ Ｂｉｏ／Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｓｉｒｎａ−０３４（Ｓｉｒｎａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＧＮＩ−１０４（ＧＥＮｉｍｍｕｎｅ）、ＩＤＸ−１０２（Ｉｄｅｎｉｘ）、Ｌｅｖｏｖｉｒｉｎ（商標）（ＩＣＮ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｃｏｓｔａ Ｍｅｓａ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；Ｈｕｍａｘ（Ｇｅｎｍａｂ）、ＩＴＸ−２１５５（Ｉｔｈｒｅｘ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＰＲＯ２０６（Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＨｅｐａＣｉｄｅ−Ｉ（ＮａｎｏＶｉｒｏｃｉｄｅｓ）、ＭＸ３２３５（Ｍｉｇｅｎｉｘ）、ＳＣＶ−０７（ＳｃｉＣｌｏｎｅ Ｐｈａｒｍａ）、ＫＰＥ０２００３００２（Ｋｅｍｉｎ Ｐｈａｒｍａ）、Ｌｅｎｏｃｔａ（ＶｉｏＱｕｅｓｔ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＩＥＴ−インターフェロン増強療法（Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、Ｚａｄａｘｉｎ（ＳｃｉＣｌｏｎｅ Ｐｈａｒｍａ）、ＶＰ ５０４０６（商標）（Ｖｉｒｏｐｈａｒｍａ、Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ、Ｅｘｔｏｎ、Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）；ＩＳＩＳ１４８０３（商標）（ＩＳＩＳ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；Ｈｅｐｔａｚｙｍｅ（商標）（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｂｏｕｌｄｅｒ、Ｃｏｌｏｒａｄｏ）；Ｔｈｙｍｏｓｉｎ（商標）（ＳｃｉＣｌｏｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｓａｎ Ｍａｔｅｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；Ｍａｘａｍｉｎｅ（商標）（Ｍａｘｉｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）；ＮＫＢ−１２２（ＪｅｎＫｅｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｉｎｃ．，Ｎｏｒｔｈ Ｃａｒｏｌｉｎａ）；Ａｌｉｎｉａ（Ｒｏｍａｒｋ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ＩＮＦＯＲＭ−１（Ｒ７１２８、ＩＴＭＮ−１９１とリバビリンの組み合わせ）；およびマイコフェノレートモフェチル（Ｈｏｆｆｍａｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ、Ｎｕｔｌｅｙ、Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ）、ＳＣＹ−６３５（ＳＣＹＮＥＸＩＳ）、ＡＮＡ７７３（Ａｎａｄｙｓ）、ＣＹＴ１０７（Ｃｙｔｈｅｒｉｓ）、ＳＰＣ３６４９（Ｓａｎｔａｒｉｓ Ｐｈａｒｍａ）、Ａｌｉｎｉａ（ｎｉｔｒａｚｏｘａｎｉｄｅ）（Ｒｏｍａｒｋ）；Ｏｇｌｕｆａｎｉｄｅ ｄｉｓｏｄｉｕｍ（Ｉｍｐｌｉｃｉｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＣＴＳ−１０２７（Ｃｏｎａｔｕｓ）ＮＯＶ−２０５（Ｎｏｖｅｌｏｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＩＭＯ−２１２５（Ｉｄｅｒａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）およびＣＦ１０２（ＣＡＮ−ＦＩＴＥ）を包含するがこれらに限定されない。

本発明はＬｙｓ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを上昇させるか、Ａｒｇ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを低下させるか、その両方を行う治療薬を用いてｒｓ８１０３１４２におけるＧ対立遺伝子に対してヘテロ接合またはホモ接合であるＨＣＶ患者を治療することを意図する。

Ｌｙｓ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを上昇させる治療薬の代表例はＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドおよびＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドをコードする発現ベクターを包含する。ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドは当分野で周知の手法を用いて製造してよく、例えばＤｅｌｌｇｒｅｎ，ｃ．ら、Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １０：１２５−１３１（２００９）および米国特許第７，５１７，９６１号を参照できる。好ましくは、発現ベクターはヒト肝細胞中のコードされたＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０ポリペプチドの発現をターゲティングするものである。アデノ関連ウィルスベクターを用いたそのような肝ターゲティング遺伝子療法は報告されており、例えばＨａｓｂｒｏｕｃｋ，ＮＣら、Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １５：８７０−８７５（２００８）およびその引用文献、Ｎａｎｃｙ Ｓｍｙｔｈ Ｔｅｍｐｌｅｔｏｎ，Ｇｅｎｅ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，３^ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ、発行元ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ（２００８），Ｍａｒｋ Ａ．Ｆｉｎｄｅｉｓ，Ｎｏｎｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｇｅｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ：ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、発行元Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ（２００１）を参照できる。

Ａｒｇ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを低下させる薬剤はアンチセンスＲＮＡ、小型干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）およびリボザイムを包含する。当業者であれば当分野で知られている手法を用いながらそのような剤を容易に設計して試験することができる。例えばＳｔａｎｌｅｙ Ｔ．Ｃｒｏｏｋｅ，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｄｒｕｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、第２版：２、発行元ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ（２００７）Ｋｅｖｉｎ Ｊ．Ｓｃａｎｌｏｎ，Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｒｉｂｏｚｙｍｅｓ、発行元Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ（１９９８）を参照できる。

Ａｒｇ７０ ＩＦＮ−λ３アイソフォームのレベルを低下させる別の薬剤はＡｒｇ７０アイソフォームには結合して中和するが、Ｌｙｓ７０アイソフォームに対してはそうではないモノクローナル抗体である。そのような抗体の単離はアミノ酸７０位がＩＦＮ−λ３の外部表面上に存在すると考えられているため、容易に達成されるはずである。

ｒｓ１２９７９８６０Ｃ対立遺伝子はまた、ＨＣＶによる急性Ｃ型肝炎（感染の最初の６ヶ月を指す）の患者においてＨＣＶの自然排除の可能性が高いことと関連している。感染者の６０％〜７０％が急性期には症状を発症しない。しかしながら、一部の患者は急性Ｃ型肝炎の症状を有し、これは、食欲低下、疲労、腹痛、黄疸、掻痒および風邪様の症状を包含し、これらは早期の診断につながる。他の患者は針による傷害のような感染源への曝露が確認された後のＨＣＶ感染に関するモニタリングにより急性Ｃ型肝炎と診断される。Ｃ型肝炎ウィルスは通常は感染後１〜３週間以内にＰＣＲにより血中で検出可能であり、ウィルスに対する抗体は一般的に３〜１５週間以内に検出可能である。

患者の５０％までが急性期の間に自身の身体からウィルスを自発的に排除するため、患者が慢性ＨＣＶ感染、即ち６ヶ月以上継続する感染にまで進行しない限り、急性肝炎と診断された患者を抗ウィルス療法の出費および副作用に付すことには医師は伝統的には消極的であった。ｒｓ１２９７９８６０ＰＳにおける患者の遺伝子型を決定することは抗ウィルス療法を開始するか、または急性ＨＣＶ感染と診断された後６ヶ月の間は療法を遅延させるかどうかを決定する場合に医師が考慮する別の要因である場合がある。患者の遺伝子型がヘテロ接合またはホモ接合のＣである場合、医師は６ヶ月間治療を遅延するように決定してよい。患者の遺伝子型がホモ接合Ｔである場合は、患者が自発的にウィルスを排除する可能性は低いため、早期の抗ウィルス療法を正当化できると医師は決定してよい。

担当医師は、ＨＣＶ感染の治療のための本発明の複合療法において使用される他剤の用量および投薬レジメンを、認可された用量および添付文書中の投薬レジメン；および患者の年齢、性別および全身の健康状態を考慮しながら、決定することができる。ＨＣＶ複合療法において投与される薬剤は同時（即ち同じ組成物中か、または一方を他方の直後となる別個の組成物中）または逐次的に投与できる。これは複合物の成分が異なる投薬スケジュールにおいて与えられる、例えば１つの成分を１日１回、別を６時間毎に投与する場合、または好ましい医薬組成物が異なる場合、例えば１つは錠剤および１つはカプセルである場合に、特に有用である。従って別個の剤型を含むキットが好都合である。

ＩＦＮ−αがＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂ、例えばＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）またはそのバイオシミラーである場合、慢性ＨＣＶ感染に対する好ましい治療投薬法は１．５ｍｃｇ／ｋｇのＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂ週１回を８００〜１４００ｍｇのリバビリンの一日当たり用量と組み合わせたものを含む。リバビリン用量は患者体重に基づいており：体重４０−６５ｋｇの患者に対しては８００ｍｇ／日、体重６５超〜８５ｋｇの患者に対しては１０００ｍｇ／日、体重８５超〜１０５ｋｇの患者に対しては１２００ｍｇ／日、体重１０５ｋｇ超の患者に対しては１４００ｍｇ／日となる。一部の実施形態においては、患者体重に基づいて、ＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂの推奨される週当たり用量は０．５、０．７５または１．０ｍｃｇ／ｋｇであり、一日あたりのリバビリン用量は６００−１４００ｍｇリバビリンである。

ＩＦＮ−αがｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａ、例えばＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）またはそのバイオシミラーである場合、慢性ＨＣＶ感染に対する好ましい投与レジメンは、体重＜７５ｋｇの患者では１０００ｍｇ、体重≧７５ｋｇの患者では１２００ｍｇの用量の一日あたりリバビリンと組み合わせた１８０ｍｃｇ／週のｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａを含む。一部の実施形態においては、ｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａの推奨される週当たり用量は１８０ｍｃｇより少なくとも２５％低値である。

一部の好ましい実施形態においては、高ウィルス量ＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染しており、ＩＦＮ−α応答マーカー少なくとも１つに関して陽性判定である患者を治療するために使用される複合薬剤レジメンは、インターフェロンアルファ、例えばＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ２ｂおよびｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａがリバビリンと組み合わせて投与される約２〜１７週のリードイン治療期間と、その後のインターフェロンアルファ、リバビリンおよびプロテアーゼ阻害剤、例えばボセプレビルまたはテラプレビルの３重複合物が投与される約１２〜約２８週間の第２治療期間を含む。そのような２相治療投薬法は国際特許出願公開ＷＯ２００９／０３８６６３に記載されている。特に好ましい実施形態においては、リードイン期間は約４週間であり、第２治療期間は約２４週間である。

ＩＦＮ−αを用いた治療に感受性の癌は、黒色腫、骨髄性白血病（ＣＭＬ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、ヘアリー細胞白血病、カポジ肉腫、多発性骨髄腫、基底細胞癌、悪性黒色腫、表在性膀胱癌（ＳＢＣ）、卵巣癌、濾胞性リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、尖圭コンジローム、菌状息肉腫、カルチノイド症候群、結腸直腸癌、喉頭乳頭腫症、および光線性角化症を包含する。従って好ましい癌および投薬レジメンはＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａ（インターフェロンアルファ２Ａ、組み換え体）およびＩＮＴＲＯＮ（登録商標）Ａ（インターフェロンアルファ−２ｂ、組み換え体）製品に関する標記および処方の情報において記載されている慢性Ｃ型肝炎に関するレジメンに記載されている。

好ましい実施形態においては、本発明のＩＦＮ−α応答マーカーは黒色腫、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）および腎細胞癌（ＲＣＣ）を有する患者を治療するためにペグ化ＩＦＮ−αとの関連において使用され、例えばその治療レジメンは米国特許第６，９２３，９６６号（黒色腫）、同第６，６０５，２７３号（ＲＣＣ）および同第６，３６２，１６２号（ＣＭＬ）；Ｂｕｋｏｗｓｋｉ Ｒ．ら、Ｃａｎｃｅｒ ９５（２）：３８９−３９６（２００２）；Ｂｕｋｏｗｓｋｉ Ｒ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．２０（１８）：３８４１−３４８（２００２）；Ｇａｒｃｉａ−Ｍａｎｅｒｏ，Ｇ．ら、Ｃａｎｃｅｒ ９７（１２）：２０１０−２０１６（２００３）；Ｇａｒｃｉａ−Ｍａｎｅｒｏ，Ｇ．ら、Ｃａｎｃｅｒ ９８（３）：４３７−４５７（２００３）；Ｍｉｃｈａｌｌｅｔ，Ｍ．ら、Ｌｅｕｋｅｍｉａ １８：３０９−３１５（２００４）；Ｍｏｔｚｅｒ，Ｒ．Ｊ．ら、Ｊ．Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．１９（５）：１３１２−１３１９（２００１）；Ｍｏｔｚｅｒ，Ｒ．Ｊ．ら、Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．１３：１７９９−１８０５（２００２）；Ｌｉｐｔｏｎ，Ｊ．Ｈ．ら、Ｂｌｏｏｄ １００：７８２ａ Ａｂｓｔｒａｃｔ ３０９１（２００２）；Ｈｏｃｈｈａｕｓ，Ａ．ら、Ｂｌｏｏｄ１００：１６４ａ Ａｂｓｔｒａｃｔ ６１６（２００２）；およびＤｕｍｍｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：７１２ Ａｂｓｔｒａｃｔ ２８６１（２００３）に記載されている。

１つの好ましい実施形態においては、本発明のＩＦＮ−α応答マーカーはＩＦＮ−α療法の良好な候補であるハイリスクの黒色腫を有する患者、特にステージＩＩＢ（患部＞４ｍｍ、しかし陽性節を伴わない）およびステージＩＩＩ（患部＞４ｍｍで節陽性）の原発皮膚黒色腫を有する患者を識別するために使用される。好ましくは、ＩＦＮ−α療法は患者が自身のステージＩＩＢまたはステージＩＩＩの黒色腫に関して手術を受けた後にアジュバント療法として使用される。

より好ましい実施形態においては、アジュバント療法として使用されるＩＦＮ−αはペグ化ＩＦＮ−αである。本発明の進歩した方法に従って治療可能な黒色腫患者はこの疾患を有すると新たに診断された者であって手術後の疾患を有さないが疾患の全身性再発の危険性が高い者を包含する。「ハイリスク患者」という用語は本明細書においては、Ｂｒｅｓｌｏｗ厚み＞４ｍｍの患部を有する黒色腫患者、並びに原発または再発の節関与を伴うＢｒｅｓｌｏｗ厚みのいずれかの患部を有する患者を意味する。本発明によるペグ化ＩＦＮ−αを用いた治療は疾患の進行、許容できない毒性、または治療中断の患者要請がない限り、５年まで継続されることになる。

ハイリスク黒色腫患者を治療するために使用されるペグ化ＩＦＮ−αがＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂ、例えばＰｅｇＩｎｔｒｏｎ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ｂ）またはそのバイオシミラーである場合、好ましい治療投薬法は、キログラム当たり３．０〜９．０マイクログラムを週１回（ＱＷ）、好ましくはキログラム当たり４．５〜６．５マイクログラムＱＷの範囲、より好ましくはキログラム当たり５．５〜６．５マイクログラムＱＷの範囲、最も好ましくはキログラム当たり約６．０マイクログラムＱＷの開始用量を患者に投与することを含む。一部の好ましい実施形態においては、ハイリスクの黒色腫患者は、８週間ＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂＱＷのキログラムあたり６．０マイクログラムで初期治療され、次に５年マイナス初期治療８週間の期間、ＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂＱＷのキログラム当たり３．０マイクログラム以下で治療される。例えば治療に対する患者耐容性を維持するために患者に対してキログラム当たり３．０マイクログラム未満を投与する場合は、用量は好ましくはキログラム当たり１マイクログラムずつ低減され、例えば３．０から２．０に、１．０に低減される。

ハイリスク黒色腫患者を治療するために使用されるペグ化ＩＦＮ−αがｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａ、例えばＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ペグインターフェロンアルファ−２ａ）またはそのバイオシミラーである場合、治療レジメンは約５０マイクログラム〜約５００マイクログラムＱＷ、好ましくは約２００マイクログラム〜約２５０マイクログラムＱＷの用量を患者に投与することを含む。

患者におけるＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在に基づいて患者を治療するために選択された複合療法剤を投与する場合、複合物中の治療薬、または治療薬を含む医薬組成物は、例えば逐次的に、併用により、共存させて、同時になど、いずれかの順序において投与してよい。そのような複合療法における種々の治療薬の量は異なる量（異なる投薬量）または同じ量（同じ投薬量）であってよい。一部の実施形態においては、複合物中の剤は患者の疾患または状態を治療するための単剤療法としてそのような剤が使用される場合に一般的に使用される用量において投与され、他の実施形態においては、剤は疾患または状態を治療するための単剤療法としてそのような剤が使用される場合に一般的に使用される用量より低用量において投与される。

一部の実施形態においては、複合療法において使用される治療薬は、経口投与、静脈内投与、皮下投与または非経腸投与に適していてよい同じ医薬組成物中に存在する。

本発明者らは本明細書においてはまた、本明細書に記載したＩＦＮ−α応答マーカーが薬理遺伝学的適応症、即ち、疾患の成分とＩＦＮ−α応答マーカーの成分を包含する適応症に対する新しいインターフェロンアルファ薬剤製品を販売するために制定法上の認可を訴求するために使用されることを意図している。疾患の成分はＩＦＮ−αを用いた治療に感受性である疾患であり、遺伝子マーカー成分は本明細書に記載したＩＦＮ−α応答マーカーの少なくとも１つに関して陽性判定である患者である。同様に本発明者らは本明細書において、これらのＩＦＮ−α応答マーカーが、一般的集団における特定の疾患のための薬剤の境界的な利益／危険性の比率に基づいてその疾患のために処方することに医師が消極的である現在認可されているＩＦＮ−α薬剤に関する薬理遺伝学的適応症の認可を訴求するために有用であることを意図している。

薬理遺伝学的適応症に関して認可を訴求することは、薬剤で治療されている患者の２つの別個の群において薬剤に対する所望の応答の発生率を計測することを一般的に包含する。１つの群における各個体は提案された薬理遺伝学的適応症内に個体を位置づける疾患および遺伝子的プロファイルを有する。他の群における個体は提案された薬理遺伝学的適応症の遺伝子マーカー成分を彼らが有するかどうかとは関係なく無作為に選択してよい。或いは、遺伝子マーカー成分に合致するおよび合致しない個体のパーセンテージが一般的集団、または提案された薬理遺伝学的適応症の疾患成分を有する患者の集団において観察されるものと同様である「対照」群をもたらすような態様において、個体を他の群に割り付ける。認可を訴求している薬剤製品は、予測的治験における２つの群に投与され得る。或いは、薬剤で以前に治療されている患者の回顧的薬理遺伝学的分析が実施され得る。

薬理遺伝学的適応症を訴求している薬剤製品は、他の治療活性剤、例えば提案された薬理遺伝学的適応症における疾患または状態を治療するための薬効を有する別の薬剤、または薬剤により生じる有害作用の発生率を低減することを意図した薬剤と共に評価され得る。一部の実施形態においては、制定法上の認可を訴求している薬理遺伝学的適応症は、薬剤への応答の他のマーカー（遺伝子マーカーまたはバイオマーカー）または予測因子を包含してよい。例えばペグ化インターフェロンアルファおよびリバビリンの複合療法に対する迅速なＨＣＶウィルス応答（ＲＶＲ）はＳＶＲを達成する良好な予測因子である。

薬理遺伝学的試験は、特定の国における薬理遺伝学的薬剤製品の販売の前に認可を要求してくる規制当局または政府の機関の代表との協議において設計され得る。好ましくは、規制当局は主要先進国、例えばオーストラリア、カナダ、中国、欧州連合のメンバー、日本などの政府により権限を与えられている。最も好ましくは、規制当局は合衆国政府により権限を与えられ、提出すべき認可のための願書の形式は薬剤製品に適応される食品医薬品化粧品法の最終成立版に記載されている法的要件に基づくものとなり、また、制定法上の提出および薬剤製品の販売を行う費用のような他の懸案事項も包含する場合がある。例えば、薬剤製品の医薬品製剤が提案される薬理遺伝学的適応症の疾患成分に関して以前に認可されている場合は、願書はペーパーＮＤＡ、追補ＮＤＡ、または略式ＮＤＡである場合があるが、医薬品製剤が以前に認可されたことがない場合、願書は完全ＮＤＡである必要が生じる場合もあり；これらの用語は薬学分野の当業者により適用されているか、または、１９８４年の薬剤価格競争および特許期間回復法に定義されている意味を有する。

本発明のＩＦＮ−α応答マーカーを用いた薬理遺伝学的臨床治験の１つの望ましい結果は、（１）インターフェロンアルファ医薬組成物、および（２）医薬組成物が推奨される薬理遺伝学的適応症を包含する処方情報を含む薬剤製品を販売するための認可である。処方情報は典型的には製品添付物に含まれ、頻繁には薬剤の添付文書またはラベルと称される。

上記考察した通り、薬理遺伝学的適応症は２つの成分：疾患成分およびＩＦＮ−α応答マーカー成分を有する。即ち、処方情報は１つ以上の疾患、症状または医学的状態に対する薬効を薬剤が呈している患者の遺伝子的に定義された群を記載する場合がある。一部の実施形態においては、処方情報は遺伝子的に定義された群に属する個体を識別するための方法を考察することになる。例えば、一部の実施形態においては、処方情報は本明細書に記載したＩＦＮ−α応答マーカーの１つ以上に関して陽性判定である個体が薬剤の適応症となることを示す。或いは、処方情報はこれらのＩＦＮ−α応答マーカーの１つ、それより多く、または全てに対して陰性判定である個体が薬剤の禁忌となることを示してよい。一部の好ましい実施形態においては、処方情報は薬理遺伝学的適応症の必要な遺伝子マーカー成分の存在または非存在を検出するために使用されるべき認可された診断試験少なくとも１つの名称を包含する。本明細書に記載した通り、本発明の薬理遺伝学的薬剤製品における薬理遺伝学的適応症はＩＦＮ−α医薬組成物への応答の追加的なマーカーまたは予測因子および／または他の治療活性剤１つ以上との組み合わせで薬剤を使用するための要件を包含してよい。処方情報は推奨される用量および治療レジメンに関する情報を包含してよい。

一部の実施形態においては薬理遺伝学的薬剤製品は、同じか同様のＩＦＮ−α活性成分を含むが薬理遺伝学的適応症を有さない他の市販品から本製品を区別する場合に、薬剤師および医師の支援となるために、薬理遺伝学的製品として薬剤製品を識別するために製造者が採用している区別可能な外観を有する製剤として、または包装において、提供される。薬剤製品に関して区別可能なブランドを発生させることの一部として医薬品製剤および薬剤製品包装の外観を用いることは、当分野で周知であり、錠剤またはカプセルの形状および色、並びにそれらの上、または薬剤製品の包装材料の上に刻印された符号またはロゴマークを包含する。

本発明の好ましい薬理遺伝学的薬剤製品において、医薬組成物はペグ化インターフェロンアルファ−２ａ、ペグ化インターフェロンアルファ−２ｂ、またはアルブインターフェロンアルファ−２ｂを含む。より好ましくは、医薬組成物はｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａまたはＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂを含む。本発明の薬剤製品に関する好ましい薬理遺伝学的適応症はＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染しており、本明細書に記載したホモ接合ＩＦＮ−α応答マーカー少なくとも１つに関して陽性判定である患者の治療のための医薬組成物の使用を含む。一部の好ましい実施形態においては、患者は上記定義した通り高いベースラインＨＣＶウィルス量を有する。より好ましい実施形態においては、処方情報はインターフェロンアルファ医薬組成物がＨＣＶ遺伝子型１の高いベースラインウィルス量に慢性的に感染している患者を治療するための他の抗ウィルス剤少なくとも１つとの組み合わせにおいて指示されることを示している。抗ウィルス剤はリバビリン、ＨＣＶプロテアーゼ阻害剤、およびＨＣＶポリメラーゼ阻害剤、または、ＨＣＶの複製を特異的に阻害する他の剤であってよい。処方情報はこれらの抗ウィルス剤２つ以上のいずれかの組み合わせと組み合わせたインターフェロンアルファ医薬組成物の使用を推奨する場合がある。更にまた、処方情報は推奨される治療レジメンを包含してよく、好ましい治療レジメンはＰＥＧ１２ｋ−インターフェロンアルファ−２ｂおよびｂＰＥＧ４０Ｋ−インターフェロンアルファ−２ａ医薬組成物に関して上記したもののいずれかである。

本明細書に記載した方法の実施、または本明細書に記載したキットおよび製品の使用に関与する全ての分析および数学的作業はコンピューターにより実施してよい。例えば、コンピューターは、試験作業所の従業員によるか、治療医師により入力される遺伝子型データに基づいて個体にＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在を割り付けるコンピュータープログラムを実行してよい。更にまた、同じコンピューターまたは異なるコンピューターが応答マーカー割り付けに基づいてＩＦＮ−α療法への予測される応答を出力してよい。一部の実施形態においては、コンピューターは、ＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在を包含するＩＦＮ−α応答に関連する種々の患者および疾患のパラメーターから患者に関する応答確率評点を誘導するコンピュータープログラムを実行する。個体におけるＩＦＮ−αマーカーの存在または非存在に関連するデータは、個体の他の臨床および／または遺伝子データを含有する関連データベース（例えばＯｒａｃｌｅデータベースの例、またはＡＳＣＩＩフラットファイルのセット）の部分として格納してよい。これらのデータはコンピューターのハードドライブに格納するか、または例えばＣＤＲＯＭまたはコンピューターによりアクセス可能な他の格納デバイス１つ以上に格納してよい。例えばデータはネットワークを介してコンピューターと接続しているデータベース１つ以上の上に格納してよい。

以下の実施例は本発明をより明確に説明するために提示するものであり、本発明の範囲を制限すると見なしてはならない。

ＨＣＶ ＲＮＡに関する定量的ＲＴ−ＰＣＲ試験
原理
ＨＣＶ−ＲＮＡの検出は生物学的試料から全ＲＮＡを抽出し、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を実施することにより測定する。使用するＲＴ−ＰＣＲは標的核酸分子のリアルタイム定量を可能にする自動化された方法である。この方法は逆転写酵素、５’−エキソヌクレアーゼおよびｒＴｔｈ ＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡポリメラーゼ活性を利用している。ｒＴｔｈＤＮＡポリメラーゼはまずウィルスＲＮＡのＤＮＡコピーを作成（逆転写酵素活性）し、次にＤＮＡのコピーの作成に進行する（ポリメラーゼ活性）。増幅が進行するに従って、ｒＴｔｈＤＮＡポリメラーゼの５’−エキソヌクレアーゼ活性が配列特異的プローブを消化する。この反応が蛍光シグナルを放出し、投入されたＲＮＡコピーの定量を可能にする。

ＨＣＶ遺伝子型はＨＣＶゲノムの５’−未翻訳領域のＰＣＲ増幅されたＤＮＡフラグメントを配列決定することにより決定する。次に配列をＨＣＶ遺伝子型の公開された配列とアラインすることにより決定に至る。

Ｂ 試料からのＲＮＡの抽出
全ＲＮＡは自動化ハイスループット液体ハンドラーおよびＱＩＡＧＥＮ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＭＤ）製のＱＩＡａｍｐ９６ Ｖｉｒａｌ ＲＮＡ抽出キットにおいて抽出する。この方法はＲＴ−ＰＣＲに適する高品質のＲＮＡを与える。

Ｃ ＨＣＶに関する定量的ＲＴ−ＰＣＲ
１工程ＲＴ−ＰＣＲをｒＴｔｈＤＮＡポリメラーゼを用いて実施する。ＲＴ−ＰＣＲ産物の直接検出は、染料標識プローブの蛍光の増大をモニタリングすることにより達成される。ＰＣＲの間、目的の標的が存在する場合、プローブは標的に特異的にアニーリングする。ｒＴｔｈＤＮＡポリメラーゼの５’−エキソヌクレアーゼ活性がプローブを消化して蛍光を放出する。このプロセスはＰＣＲの間の毎サイクルにおいて起こり、産物の指数的蓄積を妨害しない。蛍光の増大（蓄積したＰＣＲ産物の量に比例）は、標的配列がプローブに相補であり、ＰＣＲの間に増幅される場合のみ、検出される。これらの要件のために、非特異的な増幅は検出されない。

システムは増幅の毎サイクルの後のＰＣＲ産物を計測できる。標的鋳型の最初のコピー数はＰＣＲの間の鋳型の増幅の結果として蛍光シグナル（．Ｒｎ）のサイクル毎の変化を分析することにより求められる。検出可能なレベルの蛍光に達するために必要なサイクル数（Ｃｔ、即ち閾値サイクルとして報告）が少ないほど初期コピー数が多い。配列検出アプリケーションは既知初期コピー数の標準物質から作成した標準曲線上の外挿により未知の初期コピー数を決定する。

Ｄ 品質管理／品質保証
内部ＲＮＡ対照を各試料に添加することによりＲＮＡ抽出およびＲＴ−ＰＣＲの効率を確認する。予備検定されたＨＣＶ対照ＲＮＡの種々の希釈物を毎回の試験において試行することにより標準曲線を作成する。ＨＣＶ Ｐｒｏｆｉｃｉｅｎｃｙ Ｐａｎｅｌ Ｍｅｍｂｅｒｓは陽性対照として各試験と共に試行する。正常ヒト血清および水はＲＮＡ抽出およびＲＴ−ＰＣＲの陰性対照として試行する。

上記した試験を用いて実施したＲＴ−ＰＣＲ ＨＣＶ−ＲＮＡ測定はＣ型肝炎ウィルスＲＮＡに関するＷＨＯの国際基準およびＡｃｒｏ Ｍｅｔｒｉｘより入手したＨＣＶ Ｐａｎｅｌに対して有効化されている。この試験の定量下限は２９国際単位／ｍＬ（ＩＵ／ｍＬ）である。全てのＨＣＶ−ＲＮＡの結果は本明細書においてはＩＵ／ｍＬで報告する。

ペグインターフェロンアルファ２／リバビリン複合療法を用いた治療へのＨＣＶ応答に関連する１塩基多型（ＳＮＰ）の識別
治療応答への遺伝子的寄与を確認するために、本発明者らは２つの予測的臨床試験から得られたゲノム試料に対して全ゲノム相関解析（genome-wide association study）を実施した。１５００を超える個体数がＩＤＥＡＬ試験の部分となり、その設計はＭｃＨｕｔｃｈｉｎｓｏｎら、Ｊ．Ｖｉｒａｌ Ｈｅｐａｔｏｌ．，Ｖｏｌ．１５，Ｎｏ．７，Ｊｕｌｙ ２００８，ｐｐ．４７５−４８１により報告される通りである。全ゲノム相関解析におけるアフリカ系アメリカ人の数を増大させるために、ペグインターフェロンアルファ−２ｂおよびリバビリンを用いたアフリカ系アメリカ人の治療に着目した別の予測的試験から６７患者を更に含めた（Ｍｕｉｒ，Ａ．Ｊ．，Ｂｏｒｎｓｔｅｉｎ，Ｊ．Ｄ．＆Ｋｉｌｌｅｎｂｅｒｇ，Ｐ．Ｇ．Ｐｅｇｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ａｌｆａ−２ｂ ａｎｄ ｒｉｂａｖｉｒｉｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｃｈｒｏｎｉｃ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｉｎ ｂｌａｃｋｓ ａｎｄ ｎｏｎ−Ｈｉｓｐａｎｉｃ ｗｈｉｔｅｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５０，２２６５−７１（２００４））．
慨すれば、ＩＤＥＡＬ試験においてはＨＣＶ遺伝子型１に慢性的に感染している治療未経験の患者を以下の４８週間治療レジメン：即ちペグインターフェロンアルファ−２ｂ（ＰＥＧ２ｂ）１．５ｍｃｇ／ｋｇ／週＋リバビリン（ＲＢＶ）；ＰＥＧ２ｂ １．０ｍｃｇ／ｋｇ／週＋ＲＢＶ；またはペグインターフェロンアルファ−２ａ（ＰＥＧ２ａ）１８０ｍｃｇ／週＋ＲＢＶの１つを受けるように無作為（１：１：１）に割り付けた。ＰＥＧ２ｂレジメンにおいては体重４０〜６５ｋｇの患者には８００ｍｇ／日のＲＢＶを投与；体重６５ｋｇ超〜８５ｋｇの患者には１０００ｍｇ／日のＲＢＶを投与；体重８５ｋｇ超〜１０５ｋｇの患者には１２００ｍｇ／日のＲＢＶを投与；体重１０５ｋｇ超の患者には１４００ｍｇ／日のＲＢＶを投与した。ＰＥＧ２ａレジメンにおいては、体重＜７５ｋｇの患者にはＲＢＶ１０００ｍｇ／日を投与し、体重≧７５ｋｇの患者にはＲＢＶ１２００ｍｇ／日を投与した。ＨＣＶ ＲＮＡの状態はベースライン時、治療の１２および２４週において、４８週の治療終了時において、治療後２４週において測定した。１２週または２４週で不十分なウィルス応答を有していた対象は治療失敗として療法を停止した。ＩＤＥＡＬ試験の結果はＰＥＧ２ｂ（１．５ｍｃｇ／ｋｇ／週）＋ＲＢＶとＰＥＧ２ａのレジメンの本質的に等価な薬効を明らかにし、白人と比較して十分マッチしたアフリカ系アメリカ人における有意に低値の応答を示していた。

全ゲノム相関解析に含めた全ての患者は、治療未経験であり遺伝子型１ ＨＣＶに慢性的に感染していた。患者は治療４８週間（１２および２４週で十分なウィルス応答を有さなかった対象は治療失敗としてプロトコルにより療法を中断した）およびフォローアップ２４週間を受けた。１６３０個体に由来するゲノム試料をフェーズＩＩのＨａｐＭａｐデータ（ＨｕｍａｎＨａｐ ６１０ ｑｕａｄ Ｖ１．０）から取り出した約６００，０００のタグ付けＳＮＰを含有するＩｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）製のＨｕｍａｎ６１０−ｑｕａｄＢｅａｄＣｈｉｐを用いて遺伝子型決定した。遺伝子型決定の結果は一次エンドポイントとして治療応答の決定因子（ウィルスクリアランスまたはＳＶＲ）に関して分析した。治療の応答および非応答（ＮＲ）は標準的な定義に従って定義した（Ｇｈａｎｙ，Ｍ．Ｇ．ら、Ｓｔｒａｄｅｒ，Ｄ．Ｂ．，Ｔｈｏｍａｓ，Ｄ．Ｌ．＆Ｓｅｅｆｆ，Ｌ．Ｂ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｔｕｄｙ ｏｆ Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓｅａｓｅｓ：Ｐｒａｃｔｉｃｅ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ；Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ，Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ，ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ：Ａｎ Ｕｐｄａｔｅ．（２００９））。持続ウィルス応答は治療終了後２４週間の高感度ＲＴ−ＰＣＲ試験を用いた場合の検出不可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡ（またはその後のフォローアップができない場合は１２週間フォローアップ時点での検出不能ウィルスレベル）として定義した。非応答は治療１２週の時点での血清中ＨＣＶ ＲＮＡにおける少なくとも２−ｌｏｇ_１０の低減達成の失敗、または、フォローアップ終了時の検出可能な血清中ＨＣＶ ＲＮＡのいずれかとして、定義した。ＳＶＲを達成した全ての患者はレスポンダーとして分析に含めた。十分な薬剤曝露を受けた非レスポンダーのみが評価されることを確実なものとするために（真の生物学的非レスポンダー）、最低１２週間の療法およびＰｅｇＩＦＮおよびＲＢＶの両方に関して８０％超のコンプライアンスを有する患者のみを関連性の分析に含めた。一連の品質管理手順を適用するためにデータの品質を確保した。十分な治療応答データを有する合計１，１４３人のＣ型肝炎患者がこれらの基準を満足し、その後、関連性の分析に含めた（表３）。

ＳＶＲに対する一次関連性試験は、３つの独立した民族集団（白人、Ｎ＝８７４；アフリカ系アメリカ人、Ｎ＝１９１；およびヒスパニック、Ｎ＝７８）において実施した単一マーカー遺伝子型トレンド試験を含み、これにはベースライン（投与前）血清中ＨＣＶウィルス量および線維症の重症度を含む多くの臨床的共分散の補正を行いながらＰＬＩＮＫソフトウエア（Ｐｕｒｃｅｌｌ，Ｓ．ら、Ａｍ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ．８１（２００７））において実施したロジスティック回帰モデルを用いた。

次に関連性シグナル（Ｐ値）をＳｔｏｕｆｆｅｒの加重Ｚ方法（Ｗｈｉｔｌｏｃｋ，Ｍ．Ｃ．ら．Ｊ Ｅｖｏｌ Ｂｉｏｌ １８，１３６８−７３（２００５））を用いて組み合わせ、その際サンプルサイズ、エフェクトサイズおよびエフェクトディレクションを各集団で正確に考慮した。この複合Ｐ値を次に主要結果として報告し、各民族集団におけるＰ値も併記した。一連の品質管理工程により関連性試験に関して５６５，７５９多型が得られた。方法をコピー数変異体（ＣＮＶ）を評価するために適用し、ＣＮＶとＳＶＲの間の関係を試験した。集団の層化に起因する見かけの関連性の可能性を制御するために、変更したＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ法（Ｐｒｉｃｅ，Ａ．Ｌ．ら、Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ３８，９０４−９（２００６））を用いて各民族集団内の集団系統軸に関して補正した。有意性はＢｏｎｆｅｒｒｏｎｉ補正（Ｐ ｃｕｔｏｆｆ＝２．９×１０^−８）により試験した。

これらの分析によれば、染色体１９上の多型、ｒｓ１２９７９８６０は試験した全ての患者群においてＳＶＲと強力な関連性を有しており、白人患者群は圧倒的なゲノムワイドの有意性を示していた（Ｐ＝１．１７×１０^−２５）。集団群に渡るｐ値を組み合わせると、変異体は１．２１×１０^−２８で関連性を示している（図１および表４）。

白人患者群において、ＣＣ遺伝子型はＴＴ遺伝子型よりもＳＶＲの２倍高率に関連しており（図２）、同様の比率がアフリカ系アメリカ人（３倍）およびヒスパニックの患者群（２倍）の両方で観察された。重要な点は、自己報告の民族性によってのみ群わけした白人およびアフリカ系アメリカ人でＳＶＲ率は２．４倍相違していた（５６．１％／２３．６％）が、この変動性はＣ／Ｃ遺伝子型を有していた白人とアフリカ系アメリカ人の間では１．５倍の相違にまで低下した（８１．７％／５３．３％）。本発明者らはアフリカ系アメリカ人患者における低値のＳＶＲ率の有意な量はアフリカ系アメリカ人および白人の患者群におけるＣ対立遺伝子の頻度の相違、即ちそれぞれ０．３９５対０．６３５であることにより説明されると推定する（図２、および以下の表５）。

興味深いことに、東アジア人は白人よりも高いＳＶＲ率を有することが明らかにされている（Ｌｉｕ，Ｃ．Ｈ．ら、Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ４７，１２６０−９（２００８）；Ｙａｎ，Ｋ．Ｋ．ら、Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ １４，３４１６−２０（２００８））。未知のＣ型肝炎状態を有する無作為の多民族集団のサンプルを見た場合、本発明者らは東アジアにおいてＣ対立遺伝子のかなり高値の頻度を観察した（図３）。総括すれば図３に示す通り、多様な民族群に渡るＳＶＲ率は各群におけるＣ対立遺伝子頻度と薬剤応答の推定ＳＶＲ率との間の明白な一致を示していた。

最後にやはり注目すべき点として、ＣＣ遺伝子型を有するアフリカ系アメリカ人（５３．３％）はＴＴ遺伝子型を有するヨーロッパ系統の個体（３３．３％，ｐ＜０．０５）よりも有意に高値の率を有しており、治療応答を予測する場合には民族性を超えた個体の遺伝子型の重要性が強調されている（Ｗｉｌｓｏｎ，Ｊ．Ｆ．ら、Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｒｕｇ ｒｅｓｐｏｎｓｅ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ２９，２６５−９（２００１））。

ＳＶＲにおける変動性の原因となる候補起因変異体の発見
これらの関連性の原因となる起因変異体を発見する試みにおいて、本発明者らはまず２つの初代細胞における多型の全ゲノムセットを全ゲノム発現パターンに関連付けるＳＮＰＥｘｐｒｅｓｓデータベース中の８０個体（未感染集団対照）に由来する末梢血単核細胞中の遺伝子発現とｒｓ１２９７９８６０ ＳＮＰの間の関連性を試験した（Ｈｅｉｎｚｅｎ，Ｅ．Ｌ．ら、Ｔｉｓｓｕｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ：ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｘ ｔｒａｉｔｓ．ＰＬｏＳ Ｂｉｏｌ ６，ｅｌ（２００８））。本発明者らは本データベース中で入手可能なｒｓ１２９７９８６０の最良の代替物を用いた場合に、感染非存在下のＩＬ２８Ｂ発現レベルは低値であったものの、ＩＬ２８Ｂの発現レベルとの相関は発見できなかった（ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ１２９７９８６０の場合はｒ^２＝０．８８）。ＨＣＶ感染存在下、より特異的にはＨＣＶ感染肝細胞中の、ＩＬ２８Ｂ発現上に対するｒｓ１２９７９８６０の作用を評価するためには追加的な試験が必要である。

ｒｓ１２９７９８６０と同じゲノム領域中の６つの他のＳＮＰはＩｌｌｕｍｉｎａ Ｈｕｍａｎ６１０−ｑｕａｄ ＢｅａｄＣｈｉｐ上でゲノム有意の関連性シグナルを有していた（ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９７２９９１、ｒｓ８１０９８８６、ｒｓ４８０３２２３、ｒｓ１２９８０６０２、表１）。これらのＳＮＰはこの関連性の原因であることの可能性のある候補であるが、これらのＳＮＰの関連性シグナルは大部分は、以下の表４Ａに示す通りこれらのＳＮＰ各々とｒｓ１２９７９８６０の間の連鎖不平衡のため、ｒｓ１２９７９８６０のシグナルにより説明され得る。

ＩＬ−２８Ｂ遺伝子へのｒｓ１２９７９８６０の接近のため、ＩＬ２８Ｂ遺伝子の全エクソンを９６試料中で配列決定した。ＩＬ２８Ｂ遺伝子中の２つの強力に関連する推定機能性ＳＮＰは：７０位における１アミノ酸置換多型（Ｌｙｓ７０Ａｒｇ、またはｃ．２１３Ａ＞Ｇ、またはｒｓ８１０３１４２）およびプロモーター領域における１つの多型（−３７Ｇ＞Ｃ、またはｒｓ２８４１６８１３）であった。両方のＳＮＰがこの関連性の原因である候補であり、表１に同じく含めた。

ＳＶＲに関連するＳＮＰに関するＨＣＶ患者群における対立遺伝子の発見および遺伝子型頻度
慢性感染ＨＣＶ患者および一般的集団におけるＣ対立遺伝子およびＣ／Ｃ遺伝子型の優勢度を推定するために、ｒｓ１２９７９８６０ＰＳに関する３つの可能な遺伝子型の頻度を実施例１の関連性分析において、未知Ｃ型肝炎状態の自己識別白人個体の無作為集団サンプル、即ち白人対照集団において使用した全ての対象に関して測定した。これらの結果を以下の表５に示す。

多型が自然排除に対して影響するとすれば、ウィルスを自然に排除する全ての個体は慢性感染のコホートから除外されることになるため、この比較においては頻度の相違が予測されることになる。表２のデータはその予測に合致しており、その理由は、ＨＣＶコホート（０．６３５）と未知ＨＣＶ状態の民族的にマッチした対照集団（０．７３２）（Ｐ＝２．４８×１０^−６）における白人個体におけるＣ対立遺伝子の頻度において統計学的有意差が観察されているためである。これらのデータはＣ対立遺伝子を有する個体はＨＣＶコホートから優先的に排除されることを示している。この比較は、治療に対する良好な応答に関連しているｒｓ１２９７９８６０Ｃ対立遺伝子はＣ型肝炎の自然排除のより高い誘導にも関連していることを示しているが、一方でこの作用の規模は、ウィルスを天然に浄化することがわかっているコホートと同様にマッチした慢性感染のものとの間のより直接的な比較がなければ推定困難である。

ＩＬ２８Ｂ遺伝子における２つのＳＮＰに関する対立遺伝子頻度は以下の通りである。

ｒｓ２８４１６８１３
−３７Ｇ＞Ｃ：マイナス鎖はレファレンス対立遺伝子Ｇを有し、これはＳＶＲに関連している。

−３７Ｃ対立遺伝子頻度＝０．３４５、ただしここでｎ＝５５白人
−３７Ｃ対立遺伝子頻度＝０．５００、ただしここでｎ＝１１黒人
Ｇ対立遺伝子はＳＶＲに関連している。

ｒｓ８１０３１４２
ｃ．２１３Ａ＞Ｇ：マイナス鎖はレファレンス対立遺伝子Ａを有し、これはＳＶＲに関連している。

Ｌｙｓ７０Ａｒｇ（レファレンス対立遺伝子ｃ．２１３ＡはＬｙｓ７０に関してコードしている）
Ａｒｇ７０対立遺伝子頻度＝０．３６１、ただしここでｎ＝５４白人
Ａｒｇ７０対立遺伝子頻度＝０．５４５、ただしここでｎ＝１１黒人
Ａ対立遺伝子（Ｌｙｓ７０）はＳＶＲに関連している。

ＳＶＲに関連する種々のＳＮＰの間の連鎖不平衡
白人におけるＬＤ尺度：
ｒｓ２８４１６８１３（−３７Ｇ＞Ｃ）とｒｓ８１０３１４２（２１３Ａ＞Ｇ）：ｒ−ｓｑ＝０．９６；Ｄ’＝１．００
ｒｓ２８４１６８１３（−３７Ｇ＞Ｃ）と：
ｒｓ１２９７９８６０：ｒ−ｓｑ＝１．００；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９８０２７５：ｒ−ｓｑ＝０．８８；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８０９９９１７：ｒ−ｓｑ＝０．５０；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９７２９９１：ｒ−ｓｑ＝０．５９；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８１０９８８６：ｒ−ｓｑ＝０．４９；Ｄ’＝１．００
ｒｓ４８０３２２３：ｒ−ｓｑ＝０．０８；Ｄ’＝０．４５
ｒｓ１２９８０６０２：ｒ−ｓｑ＝０．１９；Ｄ’＝０．６０
ｒｓ８１０３１４２（２１３Ａ＞Ｇ）ただし：
ｒｓ１２９７９８６０：ｒ−ｓｑ＝０．９６；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９８０２７５：ｒ−ｓｑ＝０．８５；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８０９９９１７：ｒ−ｓｑ＝０．４８；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９７２９９１：ｒ−ｓｑ＝０．５６；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８１０９８８６：ｒ−ｓｑ＝０．５１；Ｄ’＝１．００
ｒｓ４８０３２２３：ｒ−ｓｑ＝０．０７；Ｄ’＝０．４２
ｒｓ１２９８０６０２：ｒ−ｓｑ＝０．２９；Ｄ’＝０．６５
黒人におけるＬＤ尺度（小さいサンプルサイズのため予備的、ｎ＝１１）：
ｒｓ２８４１６８１３（−３７Ｇ＞Ｃ）とｒｓ８１０３１４２（２１３Ａ＞Ｇ）：ｒ−ｓｑ ０．８３；Ｄ’＝１．００
ｒｓ２８４１６８１３（−３７Ｇ＞Ｃ）と：
ｒｓ１２９７９８６０：ｒ−ｓｑ＝０．６９；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９８０２７５：ｒ−ｓｑ＝０．８３；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８０９９９１７：ｒ−ｓｑ＝０．２２；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９７２９９１：ｒ−ｓｑ＝０．１６；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８１０９８８６：ｒ−ｓｑ＝０．３８；Ｄ’＝１．００
ｒｓ４８０３２２３：ｒ−ｓｑ＝０．１０；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９８０６０２：ｒ−ｓｑ＝０．１８；Ｄ’＝０．６１
ｒｓ８１０３１４２（２１３Ａ＞Ｇ）と：
ｒｓ１２９７９８６０：ｒ−ｓｑ＝０．８３；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９８０２７５：ｒ−ｓｑ＝０．６９；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８０９９９１７：ｒ−ｓｑ＝０．１９；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９７２９９１：ｒ−ｓｑ＝０．１３；Ｄ’＝１．００
ｒｓ８１０９８８６：ｒ−ｓｑ＝０．４５；Ｄ’＝１．００
ｒｓ４８０３２２３：ｒ−ｓｑ＝０．１２；Ｄ’＝１．００
ｒｓ１２９８０６０２：ｒ−ｓｑ＝０．２３；Ｄ’＝０．６４

ＳＶＲの遺伝子的および臨床的な予測因子の比較
本明細書において試験した患者に関する応答の種々の予測因子の規模を定量的に比較するために、本発明者らは幾つかの知られた臨床予測因子、並びにｒｓ１２９７９８６０遺伝子型を応答率に関連付ける簡単なロジスティック回帰モデルを開発した。

（式中、
Ｐ：ＳＶＲを達成する確率；
Ｇ：ｒｓ１２９７９８６０遺伝子型：ＴＴ＝０，ＣＴ＝１，ＣＣ＝２；
Ｖ：ベースラインウィルス量：≧６００，０００ＩＵ／ｍＬ＝０，＜６００，０００ＩＵ／ｍＬ＝１；
Ｅ：民族性：アフリカ系＝０、白人＝１；
Ｆ：ベースライン線維症：ＭＥＴＡＶＩＲ Ｆ３−４＝０、Ｆ０−２＝１）
この回帰モデルは、ＣＣ遺伝子型が、モデルに包含した他の既知ベースライン予測因子よりも、応答率におけるより大きい相違に関連していることを示している。

ｒｓ１２９７９８６０多型は自発的ウィルス排除に関連している。

本発明者らはｒｓ１２９７９８６０多型がＣ型肝炎の自然排除に影響するかどうかを、本試験における慢性感染患者における対立遺伝子頻度（上記表３）をＣ型肝炎状態が未確認の見かけ上健康な個体の無作為多民族集団サンプルと比較することにより試験した。全対象が遺伝子試験参加のインフォームドコンセントにサインした。彼らはＩｌｌｕｍｉｎａ Ｈｕｍａｎ ６１０−Ｑｕａｄ ＢｅａｄＣｈｉｐを使用して遺伝子型決定され、遺伝子型データはＨＣＶコホートに関して記載した通り品質管理手順に付した。以下の表６はこの集団サンプルの一般的特徴を示す。

ｒｓ１２９７９８６０多型が天自然排除に影響するとすれば、この比較において頻度の相違が予測されるはずであり、その理由は天然にウィルスを排除する個体は全て慢性感染コホートから除外されることになるため天然排除の可能性を上昇させる対立遺伝子の頻度が低減するからである。本発明者らの観察によれば、Ｃ対立遺伝子の頻度は慢性感染コホートにおいて有意に低く、ＨＣＶコホートにおけるヨーロッパ系の個体においては頻度０．６３であったのに比較して、曖昧な層化があった場合のために補正してある民族的にマッチした対照においては頻度０．７３２であり（Ｐ＝２．４８×１０^−６）、Ｃ対立遺伝子を有する個体がＨＣＶコホートから優先的に除外されていることを示していた。この比較は、治療への良好な応答に関連しているｒｓ１２９７９８６０Ｃ対立遺伝子はまた、Ｃ型肝炎の天然の浄化のより高い尤度にも関連していることを示している。作用の規模は、天然にウィルスを浄化することがわかっているコホートと同様にマッチした慢性感染のものとの間のより直接的な比較を行わなければ推定は困難である。

ＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームは細菌中で発現された場合には不安定である。

ｒｓ８１０３１４２ ＳＮＰのＧ対立遺伝子がＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームの発現または機能に影響するかどうかを試験するために、細菌の細胞中で発現されたＨｉｓタグ付けＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０およびＨｉｓタグ付けＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームを精製し、各精製アイソフォームの抗ウィルス活性をＥＭＣＶウィルス誘発刺激試験を用いて評価した。意外にもＬｙｓアイソフォームでは観察されなかった広範な分解がＡｒｇアイソフォームでは精製中に観察されたが、完全長の精製されたアイソフォームの等しい量を使用した場合に同等の抗ウィルス活性が観察された。Ｈｉｓタグ付けＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームの有意に低値の量が単離された。

ヒト２９３Ｔ細胞由来のＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０アイソフォームと相対比較した場合のＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームの低減された分泌
ＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームがヒト細胞中で発現された場合にやはり不安定であるかどうかを評価するために、以下の実験を実施した。

哺乳類発現コンストラクト：ｍｙｃ抗体エピトープに対するＤＮＡコーディング配列がＩＦＮ−λ３遺伝子コーディング配列の３’末端に取り込まれているＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０アイソフォームおよびＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォーム遺伝子配列をインビトロで合成した（ＧｅｎＳｒｉｐｔ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）。得られたＩＦＮ−λ３−ｍｙｃタグ遺伝子コーディング領域を、ＩＦＮ−λ３遺伝子発現が早期サイトメガロウィルス（ＣＭＶ）のエンハンサー／プロモーターにより調節されるように、標準的な制限酵素消化およびライゲーションにより哺乳類発現ベクターｐＣＤＮＡ３．１（＋）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）内に取り込ませた。得られたコンストラクトはｐｃＤＮＡ３．１（＋）ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０およびｐｃＤＮＡ３．１（＋）ＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０と命名した。

発現されたＩＦＮ−λ３タンパク質の発現：：２９３Ｔ細胞（ＣＲＬ−１１２６８）をＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ）から購入し、１０％ ＦＢＳおよび３００μｇ／ｍｌ Ｇ４１８を添加したＤＭＥＭ中で維持した。ＩＦＮ−λ３発現の検出のために、３×１０^６２９３Ｔ細胞を１００ｍｍの細胞培養皿（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｃｏｒｎｉｎｇ，ＮＹ）上にプレーティングし、２４時間後１０μｇのｐｃＤＮＡ３．１（＋）ＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０または ｐｃＤＮＡ３．１（＋）ＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０プラスミドをＰｒｏＦｅｃｔｉｏｎ（登録商標）哺乳類トランスフェクションシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を用いながらリン酸カルシウム法によりトランスフェクトした。トランスフェクション後４８時間に細胞上澄みを収集し、等量を同じ１０％ ＮｕＰＡＧＥビストリスゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）上に分離した。ＮｕＰＡＧＥゲルの１つをクーマジーブルー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）で染色することにより等しいタンパク質ローディングを確認し、他のＮｕＰＡＧＥゲルから得られたタンパク質はＰＶＤＦ メンブレン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に移行させた。次にＰＶＤＦメンブレンをｍｙｃタグ付けＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０およびＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームの検出のために抗−ｃ−Ｍｙｃ（Ａｂ−１）マウスモノクローナル９Ｅ１０抗体（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）を用いたウエスタンブロットにより分析した。

図５に示される通り、ｍｙｃタグ付けＩＦＮ−λ３ Ａｒｇ７０アイソフォームの分泌はｍｙｃタグ付けＩＦＮ−λ３ Ｌｙｓ７０アイソフォームの分泌より遥かに低値であった。この相違は各アイソフォームのゲルバンドの強度を計測することにより定量した。Ｌｙｓ７０アイソフォームの総強度は９４４１であったのに対し、Ａｒｇ７０アイソフォームに関しては僅か２５４１であり３．７２倍の低減であった。この結果はｒｓ８１０３１４２ ＳＮＰのＧ対立遺伝子が通常はペグインターフェロンアルファ−２ｂ／リバビリン複合療法へのＨＣＶ患者の低減された応答に原因として関与しているという仮説と合致している。

本発明は本明細書に記載した特定の実施形態により範囲が制限されるわけではない。実際、本明細書に記載したもの以外の本発明の種々の変更が上記説明から当業者には自明である。そのような変更は添付の特許請求の範囲内に属するものとする。

特許、特許出願、出版物、製品の説明およびプロトコルを本出願を通して引用したが、その開示内容は全ての目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (8)

1. 少なくとも１つのＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在に関してヒト個体から得られた生物学的試料を試験することにより、該ヒト個体のインターフェロンアルファ（ＩＦＮ−α）を用いた治療に対する感受性の診断を補助する方法であって、前記方法が生物学的試料から核酸試料を単離すること、および、この核酸試料を試験して下記表１における多型部位（ＰＳ）における遺伝子型を決定することを含み、
   

   

   前記ヒト個体が慢性Ｃ型肝炎感染患者であり、ＩＦＮ−α治療が更にリバビリンを投与することも含み、
   遺伝子型が前記ＰＳに関する良好応答対立遺伝子に関してヘテロ接合またはホモ接合である場合は、ＩＦＮ−α応答マーカーは試料中に存在し、遺伝子型が前記ＰＳに関する他の対立遺伝子に関してホモ接合である場合は、ＩＦＮ−α応答マーカーは試料中に存在しない、前記感受性の診断を補助する方法。
2. ＩＦＮ−α応答マーカーがｒｓ１２９７９８６０においてホモ接合Ｃである、請求項１に記載の方法。
3. 前記ＩＦＮ−αが、ペグ化ＩＦＮ−α−２ａまたはペグ化ＩＦＮ−α−２ｂである、請求項１または２のいずれか一項に記載の方法。
4. 前記ＩＦＮ−αが、ペグインターフェロンアルファ−２ａまたはペグインターフェロンアルファ−２ｂである、請求項３に記載の方法。
5. 少なくとも１つのＩＦＮ−α応答マーカーの存在または非存在に関してヒト個体から得られた核酸試料を試験することによりインターフェロンアルファ（ＩＦＮ−α）を用いた治療に対する感受性を診断するために用いるキットであって、下記表１における多型部位の群から選択された少なくとも１つの多型部位（ＰＳ）における遺伝子型に対して設計されたオリゴヌクレオチドのセットを含み、前記ヒト個体が慢性Ｃ型肝炎感染患者であり、ＩＦＮ−α治療が更にリバビリンを投与することも含む、キット。
   

   
6. オリゴヌクレオチドのセットがｒｓ１２９７９８６０における対立遺伝子の各々を識別するために設計されている、請求項５に記載のキット。
7. オリゴヌクレオチドが対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブである、請求項５または６に記載のキット。
8. ＡＳＯプローブが固体表面上に固定化されている、請求項７に記載のキット。

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