MX2008013796A - Biomarcadores de infeccion por el virus de hepatitis c. - Google Patents

Abstract

Se describe un conjunto de firma de genes asociados con la infección por el virus de hepatitis C. La Figura 1 ilustra una gráfica de líneas que demuestra los niveles medios de ARN de HCV (eje y) a través del tiempo (eje x) en los pacientes infectados por el virus de hepatitis C, después del tratamiento con VX-950 o con un control de placebo.

Description

BIOMARCADORES DE INFECCIÓN POR EL VIRUS DE HEPATITIS C CAMPO TÉCNICO Esta invención se refiere a la infección por el virus de hepatitis C (HCV), y más particularmente, a un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C. ANTECEDENTES La infección por el virus de hepatitis C ("HCV") es un problema médico humano desafiante. El virus de hepatitis C es reconocido como el agente causativo para la mayoría de los casos de hepatitis no A, no B, con una sero-prevalencia humana estimada del 3 por ciento globalmente (A. Alberti y colaboradores, "Natural History of Hepatitis C", (1999) J. Hepatology, 31, (Suplemento 1), páginas 17-24). Casi cuatro millones de individuos pueden ser infectados en los Estados Unidos solamente (M. J. Alter y colaboradores, "The Epidemiology of Viral Hepatitis in the United States", (1994) Gastroenterol. Clin. North Am., 23, páginas 437-455; M. J. Alter "Hepatitis C Virus Infection in the United States", (1999) J. Hepatology, 31, (Suplemento 1), páginas 88-91). Después de la primera exposición al virus de hepatitis C, sólo aproximadamente el 20 por ciento de los individuos infectados desarrollan la hepatitis clínica aguda, mientras que otros parecen resolver la infección de una manera espontánea. Sin embargo, en casi el 70 por ciento de los casos, el virus establece una infección crónica que persiste durante décadas (S. Iwarson, "The Natural Course of Chronic Hepatitis", (1994) FEMS Microbiology Reviews, 14, páginas 201-204; D. Lavanchy, "Global Surveillance and Control of Hepatitis C", (1999) J. Viral Hepatitis, 6, páginas 35-47). Esto normalmente da como resultado el empeoramiento recurrente y progresivo de la inflamación del hígado, que con frecuencia conduce a estados de enfermedad más severos, tales como cirrosis y carcinoma hepatocelular (M. C. Kew, "Hepatitis C and Hepatocellular Carcinoma", (1994) FEMS Microbiology Reviews, 14, páginas 211-220; I. Saito y colaboradores, "Hepatitis C Virus Infection is Associated with the Development of Hepatocellular Carcinoma", (1990) Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 87, páginas 6547-6549). Se estima que el virus de hepatitis C infecta a 170 millones de personas en todo el mundo. Durante los siguientes 10 años, debido a que una mayor proporción de pacientes que actualmente están infectados entran a la tercera década de su infección, se espera que aumente de una manera significativa el número de muertes atribuidas a la hepatitis C. Desafortunadamente, no existen tratamientos ampliamente efectivos para debilitar el progreso del virus de hepatitis C crónico. BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN Los inventores han identificado un conjunto de genes, por ejemplo un conjunto de firma, asociado con la infección por el virus de hepatitis C. Los inventores también han determinado que la actividad anti-viral de VX-950 da como resultado cambios en la expresión genética, por ejemplo el tratamiento con VX-950 conduce a la normalización del conjunto de firma, de tal manera que los niveles de transcripción genética después de 14 días de tratamiento se parecen más a los niveles que se ven en los sujetos no infectados. Además, los inventores han establecido un conjunto de expresión genética de la línea base que incluye genes, por ejemplo genes sensibles a interferón (ISGs) que se pueden monitorear y correlacionar con (y opcionalmente son predictivos de) los resultados del tratamiento, por ejemplo la dosificación de VX-950. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar a un sujeto (por ejemplo, un sujeto del que se sospeche que tiene una infección viral, por ejemplo una infección por el virus de hepatitis C), por ejemplo, para determinar la presencia o el nivel de infección por el virus de hepatitis C (HCV) (por ejemplo, virus de hepatitis C crónico). El método incluye proporcionar una evaluación de la expresión de los genes en un conjunto de firma de genes en el sujeto, en donde el conjunto de firma tiene las siguientes propiedades: incluye una pluralidad de genes, cada uno de los cuales se expresa diferencialmente entre los individuos viralmente infectados y los individuos no infectados, y contiene un número suficiente de genes diferencialmente expresados para que la expresión diferencial (por ejemplo, comparándose con una referencia no infectada) de cada uno de los genes en el conjunto de firma de un sujeto, sea predictiva de la infección con no más de aproximadamente el 15, aproximadamente el 10, aproximadamente el 5, aproximadamente el 2.5, o aproximadamente el 1 por ciento de positivos falsos (en donde positivo falso significa la identificación de un sujeto como infectado con el virus, cuando el sujeto no está infectado); y proporcionar una comparación de la expresión de cada uno de los genes en el conjunto del sujeto con un valor de referencia, evaluando de esta manera al sujeto. En algunas modalidades, la comparación incluye comparar la expresión en el sujeto con una referencia no infectada, y en donde la expresión diferencial de cada uno de los genes del conjunto de firma de genes indica un primer estado, por ejemplo la infección o una primera posibilidad de infección, y la expresión diferencial de menos que todos los genes en el conjunto de firma indica un segundo estado, por ejemplo la no infección o una segunda posibilidad de infección. En algunas modalidades, la referencia es un valor de expresión a partir de uno o más, por ejemplo una cohorte de, sujetos no infectados. En algunas modalidades, la comparación incluye comparar la expresión en el sujeto con una referencia infectada, y en donde la expresión no diferencial (por ejemplo, similar) de cada uno de los genes del conjunto de firma de genes, indica un primer estado, por ejemplo la infección o la primera posibilidad de infección, y la expresión no diferencial (por ejemplo, similar) de menos que todos los genes en el conjunto de firma indica un segundo estado, por ejemplo la no infección o una segunda posibilidad de infección. En algunas modalidades, la referencia es un valor de expresión a partir de uno o más, por ejemplo una cohorte de, sujetos viralmente infectados. En algunas modalidades, se evalúa la sangre periférica del sujeto. En algunas modalidades, la evaluación se presenta antes de administrar un inhibidor de una proteasa viral al sujeto. En otras modalidades, la evaluación se presenta durante el transcurso de la administración o después de la administración de un inhibidor de una proteasa viral al sujeto (opcionalmente en combinación con la evaluación antes de la administración del inhibidor). En algunas modalidades, el inhibidor es VX-950, SCH-503034, ó BILN-261 (ciluprevir). En algunas modalidades, el método incluye determinar un nivel posterior a la administración de expresión genética, determinado, por ejemplo, en el nivel de ARN o de proteína, para un gen sensible a interferon (ISG) en el sujeto, para proporcionar un valor determinado después de la administración; y comparar el valor determinado después de la administración con un valor de referencia (a manera de ejemplo, el valor de referencia puede ser el nivel de expresión del gen sensible a interferon antes de la administración del tratamiento anti-viral), evaluando de esta manera al sujeto, por ejemplo, determinando si el sujeto es un respondente mejorado o un respondente mejorado. En algunas modalidades, el método incluye determinar un nivel de expresión genética antes de la administración, determinado, por ejemplo, en el nivel de ARN o de proteína, para un gen sensible a interferón (ISG) en el sujeto, para proporcionar un valor determinado antes de la administración; y comparar el valor determinado antes de la administración con un valor de referencia (a manera de ejemplo, el valor de referencia puede ser el nivel de expresión del gen sensible a interferón después de comenzar la administración del tratamiento anti-viral), evaluando de esta manera al sujeto, por ejemplo, determinando si el sujeto es un respondente mejorado o un respondente no mejorado. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye una pluralidad de genes asociados con la infección por el virus de hepatitis C (HCV) (por ejemplo, infección crónica). En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye una pluralidad de genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye cuando menos aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 70 por ciento, aproximadamente el 80 por ciento, aproximadamente el 90 por ciento, aproximadamente el 95 por ciento, aproximadamente el 96 por ciento, aproximadamente el 97 por ciento, aproximadamente el 98 por ciento, ó aproximadamente el 99 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye un gen a partir de una o más, por ejemplo de cada una de las siguientes categorías (por ejemplo, categorías de ontología): procesos fisiológicos organismales; respuestas inmunes (por ejemplo, IFIT2, IFIT3, IFIT4, IFI5, IFM6, IFI27, IFI30, IFI35, IFI44, IFITM1, IFITM2, IFITM3, MX1); respuesta de defensa (por ejemplo, ITGB1); respuesta a estímulo biótico (por ejemplo, CCR1); respuesta a estímulo (por ejemplo, OGG1); respuesta a la tensión (por ejemplo, CEBP/B); respuesta a plagas, patógenos, o parásitos (por ejemplo, IFI27); o respuesta a virus (por ejemplo, IRF7, PLSCR1). En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye un gen a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 categorías de ontología de genes descritas en la presente. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye una pluralidad de genes a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 categorías de ontología de genes descritas en la presente. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye cuando menos 20, 40, 60, 80, 100, 150, ó 200 genes. En otras modalidades, el conjunto de firma de genes no incluye más de 20, 40, 60, 80, 100, 150, ó 200 genes. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, el conjunto de firma de genes incluye cuando menos 10, 20, 30, 40, ó 50 genes, los cuales se expresan más altamente en la infección que en la no infección. En otras modalidades, el conjunto de firma de genes incluye cuando menos 10, 20, 30, 40, ó 50 genes, los cuales se expresan más altamente en la no infección que en la infección. En algunas modalidades, el método incluye asignar al sujeto a una clase de diagnóstico. En algunas modalidades, el método incluye seleccionar al sujeto para un tratamiento. En algunas modalidades, el método incluye además proporcionar la evaluación al sujeto, a un patrocinador tercero, a una compañía de seguros, empleador, plan de salud patrocinador por el empleador, HMO, entidad gubernamental, proveedor de cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad que venda o suministre un fármaco. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar la eficacia de un tratamiento de infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye administrar el tratamiento; y llevar a cabo una evaluación descrita en la presente, evaluando de esta manera la eficacia del tratamiento. En algunas modalidades, el método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es anterior a, o está dentro de, aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después de comenzar la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después de comenzar la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética, en donde los niveles sostenidos de expresión genética (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento) entre los primero y segundo puntos del tiempo, indican un tratamiento efectivo. En algunas modalidades, la provisión de una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética incluye una comparación de los niveles de uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA. En algunas modalidades preferidas, se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar la eficacia de un tratamiento de la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el I 1 sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después de comenzar la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1 , 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después de comenzar la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C; y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética con un nivel de control de expresión genética, en donde una diferencia más pequeña entre el segundo nivel y el nivel de control, comparándose con la diferencia entre el primer nivel y el nivel de control, indica un tratamiento efectivo. En algunas modalidades, el control corresponde al nivel en un sujeto no infectado por el virus de hepatitis C, o en una cohorte de sujetos no infectados. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar la eficacia del un fármaco para utilizarse en el tratamiento de la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo está antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después de comenzar la administración de la terapia contra el virus de hepatitis (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después de comenzar la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética, en donde los niveles sostenidos de expresión genética (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento) entre los primero y segundo puntos del tiempo, indican la eficacia del fármaco. En algunas modalidades, la comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética incluye comparar los niveles de uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1 , IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades preferidas, se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1 , IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar la eficacia de un fármaco para utilizarse en el tratamiento de infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos1,2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética con un nivel de control de expresión genética, en donde una diferencia más pequeña entre el segundo nivel y el nivel de control, comparándose con la diferencia entre el primer nivel y el nivel de control, indica la eficacia del fármaco. En algunas modalidades, la expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C se determina para una pluralidad de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye cuando menos aproximadamente el 10 por ciento, 20 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 70 por ciento, aproximadamente el 80 por ciento, aproximadamente el 90 por ciento, aproximadamente el 95 por ciento, aproximadamente el 96 por ciento, aproximadamente el 97 por ciento, aproximadamente el 98 por ciento, ó aproximadamente el 99 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye un gen a partir de una o más, por ejemplo cada una de las siguientes categorías (por ejemplo, categorías de ontología): procesos fisiológicos organismales; respuesta inmune (por ejemplo, IFIT2, IFIT3, IFIT4, IFI5, IFI16, IFI27, IFI30, IFI35, IFI44, IFITM1, IFITM2, IFITM3, MX1); respuesta de defensa (por ejemplo, ITGB1); respuesta a estímulo biótico (por ejemplo, CCR1); respuesta a estímulo (por ejemplo, OGG1); respuesta a la tensión (por ejemplo, CEBP/B); respuesta a plagas, patógenos, o parásitos (por ejemplo, IFI27); o respuesta a virus (por ejemplo, IRF7, PLSCR1). En algunas modalidades, la pluralidad incluye un gen a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 categorías de ontología de genes descritas en la presente. En algunas modalidades, la pluralidad incluye una pluralidad de genes a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 categorías de ontología de genes descritas en la presente. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para monitorear el tratamiento para la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto, e incluye administrar el tratamiento (por ejemplo, un tratamiento descrito en la presente), llevar a cabo una evaluación descrita en la presente, y de esta manera monitorear el tratamiento. En algunas modalidades, el método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2,3, 4, 5, o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis); proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética; y proporcionar una determinación de si los niveles de expresión genética son sostenidos (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento) entre los primero y segundo puntos del tiempo, monitoreando de esta manera el tratamiento. En algunas modalidades, la comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética incluye comparar los niveles de uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades preferidas, se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA.

En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para monitorear el tratamiento para la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética con un nivel de control de la transcripción genética, monitoreando de esta manera el tratamiento. En algunas modalidades, la expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C se determina para una pluralidad de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye cuando menos aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 70 por ciento, aproximadamente el 80 por ciento, aproximadamente el 90 por ciento, aproximadamente el 95 por ciento, aproximadamente el 96 por ciento, aproximadamente el 97 por ciento, aproximadamente el 98 por ciento, o aproximadamente el 99 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye los genes enlistados en la Tabla 2.

En algunas modalidades, la pluralidad incluye un gen a partir de una o más, por ejemplo cada una de las siguientes categorías (por ejemplo, categorías de ontología): procesos fisiológicos organismales; respuesta inmune (por ejemplo, IFIT2, IFIT3, IFIT4, IFI5, IFI16, IFI27, IFI30, IFI35, IFI44, IFITM1, IFITM2, IFITM3, MX1); respuesta de defensa (por ejemplo, ITGB1); respuesta a estímulo biótico (por ejemplo, CCR1); respuesta a estímulo (por ejemplo, OGG1); respuesta a la tensión (por ejemplo, CEBP/B); respuesta a plagas, patógenos, o parásitos (por ejemplo, IFI27); o respuesta a virus (por ejemplo, IRF7, PLSCR1 ). En algunas modalidades, la pluralidad comprende un gen a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 categorías de ontología de genes descritas en la presente. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar un fármaco candidato para el tratamiento de la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética, y determinar si los niveles de expresión genética son sostenidos (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento) entre los primero y segundo puntos del tiempo, evaluando de esta manera el fármaco candidato. En algunas modalidades, la comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética comprende comparar los niveles de uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades preferidas, se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA.

En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar un fármaco candidato para el tratamiento de la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética con un nivel de control de expresión genética; y proporcionar una determinación de si hay una diferencia más pequeña entre el segundo nivel y el nivel de control, comparándose con la diferencia entre el primer nivel y el nivel de control, evaluando de esta manera un fármaco candidato. En algunas modalidades, la expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C se determina para una pluralidad de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye cuando menos aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 70 por ciento, aproximadamente el 80 por ciento, aproximadamente el 90 por ciento, aproximadamente el 95 por ciento, aproximadamente el 96 por ciento aproximadamente el 97 por ciento, aproximadamente el 98 por ciento, o aproximadamente el 99 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, la pluralidad incluye los genes enlistados en la Tabla 2.

En algunas modalidades, la pluralidad incluye un gen a partir de una o más, por ejemplo de cada una de las siguientes categorías (por ejemplo, categorías de ontología): procesos fisiológicos organismales; respuestas inmunes (por ejemplo, IFIT2, IFIT3, IFIT4, IFI5, IFI16, IFI27, IFI30, IFI35, IFI44, IFITM1, IFITM2, IFITM3, MX1); respuesta de defensa (por ejemplo, ITGB1); respuesta a estímulo biótico (por ejemplo, CCR1); respuesta a estímulo (por ejemplo, OGG1); respuesta a la tensión (por ejemplo, CEBP/B); respuesta a plagas, patógenos, o parásitos (por ejemplo, IFI27); o respuesta a virus (por ejemplo, IRF7, PLSCR1). En algunas modalidades, la pluralidad incluye un gen a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 categorías de ontología de genes descritas en la presente. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para seleccionar la duración de un tratamiento con un inhibidor de proteasa (por ejemplo, un tratamiento con VX-950) para un sujeto que tenga una infección por el virus de hepatitis C. El método incluye proporcionar una evaluación de si el paciente es un respondente mejorado o un respondente no mejorado; y llevar a cabo cuando menos una de: (1) si el sujeto es un respondente mejorado, seleccionar un tratamiento de una primera duración, y (2) si el sujeto es un respondente no mejorado, seleccionar una segunda duración de tratamiento, en donde el primer tratamiento es más corto que el segundo tratamiento. En algunas modalidades, el paciente es un respondente no mejorado, y se selecciona una duración de tratamiento de más de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4 ó 2 semanas. En otras modalidades, el paciente es un respondente mejorado, y se selecciona una duración de tratamiento de menos de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4 ó 2 semanas. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para seleccionar la duración del tratamiento con el inhibidor de proteasa (por ejemplo, tratamiento con VX-950) para la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética, y si está presente un nivel sostenido de expresión genética (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento), seleccionar un tratamiento de una primera duración, y si no está presente un nivel sostenido, seleccionar un tratamiento de una segunda duración, en donde el primer tratamiento es más corto que el segundo tratamiento. En algunas modalidades, la primera duración es durante menos de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En otras modalidades, la segunda duración es durante más de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En algunas modalidades, la comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética incluye comparar los niveles de uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades preferidas, se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA.

En un aspecto, la divulgación proporciona un método para evaluar a un sujeto, con el fin de determinar, por ejemplo, si un sujeto es un respondente mejorado o un respondente no mejorado, a un tratamiento anti-viral, por ejemplo a un tratamiento contra el virus de hepatitis C. El método incluye opcionalmente administrar un inhibidor de una proteasa viral, por ejemplo VX-950, al sujeto; proporcionar un valor posterior a la administración para el nivel de expresión genética (determinado, por ejemplo, en el nivel de ARN o de proteína), para un gen sensible a interferón (ISG) en el sujeto; proporcionar una comparación del valor posterior a la administración con un valor de referencia (a manera de ejemplo, el valor de referencia puede ser el nivel de expresión del gen sensible a interferón antes de la administración del tratamiento anti-viral), evaluando de esta manera al sujeto, por ejemplo determinando si el sujeto es un respondente mejorado o un respondente no mejorado. En algunas modalidades, el método incluye asignar al sujeto a una clase, y opcionalmente registrar la asignación, por ejemplo en un registro legible por computadora. En algunas modalidades, la evaluación incluye determinar si el sujeto es un respondente mejorado. En otras modalidades, la evaluación incluye determinar si el sujeto es un respondente no mejorado. En algunas modalidades, la evaluación incluye proporcionar información sobre la cual tomar una decisión acerca del sujeto (por ejemplo, una decisión con respecto a la duración del tratamiento con un agente anti-viral (por ejemplo, VX-950), o una decisión con respecto a cuál tratamiento se debe administrar a un sujeto, etc.). En algunas modalidades, el método incluye además el paso de seleccionar al sujeto para un tratamiento previamente seleccionado. En algunas modalidades, el método incluye además el paso de seleccionar una duración de tratamiento de la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica) en un sujeto. En algunas modalidades, una determinación de que un sujeto es un respondente mejorado indica que se puede/debe administrar o que se administra/administrará una duración más corta de tratamiento al sujeto (por ejemplo, más corta que el tratamiento que se recomienda para un respondente no mejorado, o una duración más corta que la actualmente utilizada con las terapias anti-virales existentes, por ejemplo la terapia de combinación con interferón y ribavirina, por ejemplo de 52, 48, 36, ó 24 semanas), y opcionalmente se introduce esta indicación en un registro. En algunas modalidades, una determinación de que un sujeto es un respondente no mejorado indica que se contra-indica una duración más corta de tratamiento para el sujeto (por ejemplo, una duración más corta que la actualmente utilizada con las terapias antivirales existentes, por ejemplo la terapia de combinación con interferón y ribavirina, por ejemplo de 52, 48, 36, ó 24 semanas), y opcionalmente, se introduce esa indicación en un registro. En algunas modalidades, la provisión de una comparación del valor posterior a la administración con un valor de referencia incluye: proporcionar una determinación de un nivel posterior a la administración del gen sensible a interferón en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); proporcionar una determinación de un valor de referencia de la expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un segundo punto del tiempo que es anterior al primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo es anterior a, o está dentro de, aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); y proporcionar una comparación del nivel posterior a la administración y el valor de referencia de expresión genética, en donde los niveles sostenidos de expresión genética (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento) entre el nivel posterior a la administración y el valor de referencia, indican que el sujeto es un respóndeme mejorado. En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFIT 1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1 , IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades preferidas, se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR 1 , IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para predecir el resultado del tratamiento para un sujeto con infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, HCV crónica). El método incluye emplear un método descrito en la presente para determinar si un sujeto es un respóndeme mejorado (por ejemplo, mediante la administración de un inhibidor de proteasa, la determinación de un valor posterior a la administración de la expresión genética (por ejemplo, para un sensible a interferón), y la comparación de un valor posterior a la administración con un valor de referencia), en donde una determinación de que el sujeto es un respondente mejorado, predice un resultado favorable del tratamiento. En algunas modalidades, el sujeto es un ser humano, por ejemplo un ser humano diagnosticado con un trastorno viral (por ejemplo, virus de hepatitis C). El trastorno puede ser crónico o agudo. En algunas modalidades, se administra un inhibidor de proteasa viral al sujeto, por ejemplo el inhibidor de una proteasa viral (por ejemplo, VX-950) inhibe una proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo, la proteasa NS3/4A. En algunas modalidades, el inhibidor es VX-950, SCH-503034, o BILN-261 (ciluprevir).

En algunas modalidades, el trastorno es la infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, infección por el virus de hepatitis C genotipo 1 , 2, ó 3). En algunas modalidades, el sujeto es un ser humano, por ejemplo un ser humano diagnosticado con el virus de hepatitis C genotipo 1, 2, ó 3, un ser humano que ha respondido bien (por ejemplo, que ha tenido éxito en o mal (por ejemplo, que ha fracasado en) los tratamientos anteriores, un ser humano que previamente se ha sometido a un tratamiento particular, un ser humano que todavía no se ha sometido a un tratamiento para la infección por el virus de hepatitis C, un ser humano que ha sido diagnosticado por estar coinfectado con otro virus (por ejemplo, el virus de hepatitis B y/o el VIH). En algunas modalidades, el método incluye proporcionar una comparación del valor posterior a la administración con un valor de referencia, e incluye determinar si el valor posterior a la administración tiene una relación previamente determinada con el valor de referencia, por ejemplo, determinar si el valor posterior a la administración difiere del valor de referencia por no más del 1, 5, 10, 20, 30, 40, ó 50 por ciento. En algunas modalidades, se evalúa un gen sensible a interferón. En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1 , IFIL44L, PLSCR1, \F\27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA. En algunas modalidades, el valor de referencia es el valor de expresión genética para el gen sensible a interferón (ISG) en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es anterior a, o dentro de, 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)). En algunas modalidades, el valor posterior a la administración del gen sensible a interferón, es el nivel presente en el sujeto cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C. En algunas modalidades, se determina un siguiente valor posterior a la administración, y el valor de la siguiente determinación es el nivel del gen sensible a interferón presente en el sujeto 1., 2, 3, 4, 5, 6,7, 8, 9, ó 10 días después del valor posterior a la administración. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de un solo gen sensible a interferón. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de cuando menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, ó 24 genes sensibles a interferón, por ejemplo, seleccionados a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1 , IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, ??1 , IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e I FITA . En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de cuando menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, ó 10 genes sensibles a interferón, por ejemplo seleccionados a partir del grupo que consiste en: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de cuando menos 2, pero no más de 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, ó 24 genes sensibles a interferón, por ejemplo seleccionados a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1 , IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades, 1, 2, o todos de: el valor posterior a la administración; el valor de referencia, si se determina a partir del paciente; y el siguiente valor posterior a la administración, si se determina uno; se determinan a partir de la sangre periférica. En algunas modalidades, el valor de referencia es una función de: un nivel determinado a partir del paciente y/o un nivel que es una función del nivel determinado a partir de uno o más sujetos diferentes (por ejemplo, una cohorte). En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para seleccionar una clase de pago para un programa de tratamiento con un inhibidor de proteasa (por ejemplo, VX-950) para un sujeto que tenga una infección por el virus de hepatitis C. El método incluye proporcionar (por ejemplo, recibir) una evaluación de si el paciente es un respondente mejorado o un respondente no mejorado; y llevar a cabo cuando menos uno de: (1) si el sujeto es un respondente mejorado, seleccionar una primera clase de pago, y (2) si el sujeto es un respondente no mejorado, seleccionar una segunda clase de pago. En algunas modalidades, la asignación del paciente es a la primera clase, y la asignación autoriza el pago para un programa del tratamiento por una primera duración. En algunas modalidades, el paciente es un respondente mejorado, y se autoriza una duración de tratamiento de menos de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En algunas modalidades, la asignación del paciente es la a segunda clase, y la asignación autoriza el pago para un programa de tratamiento por una segunda duración. En algunas modalidades, el paciente es un respondente no mejorado, y se autoriza una duración de tratamiento de más de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para seleccionar una clase de pago para un programa de tratamiento con un inhibidor de proteasa (por ejemplo, VX-950) para un sujeto que tenga una infección por el virus de hepatitis C. El método incluye proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es anterior a, o está dentro de, aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)); proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo, después del primer punto del tiempo, y de preferencia el segundo punto del tiempo es después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, en donde el segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, o más días después del primer punto del tiempo, o en donde el segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C); y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética, y si está presente un nivel sostenido de expresión genética (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento), seleccionar una primera clase de pago, y si no está presente un nivel sostenido, seleccionar una segunda clase de pago. En algunas modalidades, la asignación del paciente es a la primera clase, y la asignación autoriza el pago para un programa de tratamiento por una primera duración. En algunas modalidades, el paciente es un respóndeme mejorado, y se autoriza una duración de tratamiento de menos de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En algunas modalidades, la asignación del paciente es a la segunda clase, y la asignación autoriza el pago para un programa de tratamiento por una segunda duración. En algunas modalidades, el paciente es un respondente no mejorado, y se autoriza una duración de tratamiento de más de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En algunas modalidades, se proporciona el nivel de expresión de uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En algunas modalidades, se proporciona el nivel de expresión de cuando menos 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para proporcionar información sobre cuál decisión tomar acerca de un sujeto, o para tomar esta decisión. El método incluye proporcionar (por ejemplo, mediante la recepción de) una evaluación de un sujeto, en donde la evaluación se hizo mediante un método descrito en la presente, por ejemplo mediante la administración opcional de un inhibidor de una proteasa viral, por ejemplo VX-950, al sujeto; proporcionar una determinación de un nivel posterior a la administración de expresión genética para un gen sensible a interferón (ISG) en el sujeto, proporcionado de esta manera un valor posterior a la administración; proporcionar una comparación del nivel posterior a la administración con un valor de referencia, proporcionando de esta manera información sobre cuál decisión tomar acerca de un sujeto, o para tomar esta decisión. En algunas modalidades, el método incluye tomar la decisión. En algunas modalidades, el método también incluye comunicar la información a otra parte (por ejemplo, mediante computadora, disco compacto, teléfono, facsímil, correo electrónico, o correspondencia). En algunas modalidades, la decisión incluye seleccionar a un sujeto para el pago, hacer o autorizar el pago para un primer programa de acción si el sujeto es un respondente mejorado, y para un segundo programa de acción si el sujeto es un respondente no mejorado. En algunas modalidades, la decisión incluye seleccionar un primer programa de acción si el valor posterior a la administración tiene una primera relación previamente determinada con un valor de referencia, y seleccionar un segundo programa de acción si el valor posterior a la administración tiene una segunda relación previamente determinada con el valor de referencia. En algunas modalidades, la decisión incluye seleccionar un primer programa de acción si el sujeto es un respondente mejorado, y un segundo programa de acción si el sujeto es un respondente no mejorado. En algunas modalidades, el sujeto es un respondente mejorado, y el programa de acción es la autorización de un curso de terapia. En algunas modalidades, el curso de terapia es más corto que el que se proporciona a un sujeto de otra manera similar que sea un respondente no mejorado, por ejemplo, el curso de terapia es de menos de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En algunas modalidades, el sujeto es un respondente mejorado, y el programa de acción es asignar al sujeto a una primera clase. En algunas modalidades, la asignación a la primera clase hará posible el pago por un tratamiento proporcionado el sujeto. En algunas modalidades, el pago es por una primera parte a una segunda parte. En algunas modalidades, la primera parte es diferente del paciente (por ejemplo, el sujeto). En algunas modalidades, la primera parte se selecciona a partir de un pagador tercero, una compañía de seguros, empleador, plan de salud patrocinado por el empleador, HMO, o entidad gubernamental. En algunas modalidades, la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratando, un HMO, un hospital, o una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la primera parte es una compañía de seguros, y la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la primera parte es una entidad gubernamental, y la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una compañía de seguros, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, el sujeto es un respondente no mejorado, y el programa de acción es la autorización de un curso de terapia. En algunas modalidades, el curso de terapia es más largo que el que se proporciona a un sujeto de otra manera similar que sea un respondente mejorado, por ejemplo, el curso de terapia es mayor de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas. En algunas modalidades, el sujeto es un respondente no mejorado, y el programa de acción es asignar al sujeto a una segunda clase. En algunas modalidades, la asignación a la segunda clase hará posible el pago por un tratamiento proporcionado al paciente (por ejemplo, el sujeto), por ejemplo, el tratamiento durante un período que es más largo que un período previamente seleccionado (por ejemplo, más largo que el período de tratamiento para un respondente mejorado). En algunas modalidades, el pago es por una primera parte a una segunda parte. En algunas modalidades, la primera parte es diferente del sujeto. En algunas modalidades, la primera parte se selecciona a partir de un pagador tercero, una compañía de seguros, empleador, plan de salud patrocinado por el empleador, HMO, o entidad gubernamental. En algunas modalidades, la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la primera parte es una compañía de seguros, y la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la primera parte es una entidad gubernamental, y la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una compañía de seguros, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, el sujeto es un ser humano, por ejemplo un ser humano diagnosticado con un trastorno viral. En algunas modalidades, el inhibidor de una proteasa viral inhibe una proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo la proteasa NS3/4A. En algunas modalidades, el trastorno es crónico o agudo. En algunas modalidades, el trastorno es infección por el virus de hepatitis C (por ejemplo, infección por el virus de hepatitis C genotipo 1, 2, ó 3). En algunas modalidades, el sujeto es un ser humano, por ejemplo un ser humano diagnosticado con el genotipo 1, 2, ó 3 del virus de hepatitis C, un ser humano que ha respondido bien (por ejemplo, ha tenido éxito en) o mal (por ejemplo, ha fracasado en) los tratamientos anteriores, un ser humano que se haya sometido previamente a un tratamiento particular, un ser humano que todavía no se haya sometido al tratamiento para la infección por el virus de hepatitis C, un ser humano que se haya diagnosticado por estar co-infectado con otro virus (por ejemplo, hepatitis B y/o VIH). En algunas modalidades, la comparación del nivel posterior a la administración con un valor de referencia incluye determinar si el nivel posterior a la administración tiene una relación previamente determinada con el valor de referencia (por ejemplo, determinar si el valor posterior a la administración difiere del valor de referencia por no más del 1, 5, 10, 20, 30, 40, ó 50 por ciento. En algunas modalidades, el inhibidor es VX-950, SCH-503034, ó BILN-261 (ciluprevir). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA. En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA.

En algunas modalidades, el valor de referencia es el nivel de expresión genética para el gen sensible a interferón (ISG) en el sujeto en un primer punto del tiempo (por ejemplo, en donde el primer punto del tiempo es anterior a, o está dentro de, 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C (por ejemplo, un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950)). En algunas modalidades, el valor posterior a la administración del gen sensible a interferón es el nivel presente en el sujeto cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C. En algunas modalidades, se determina un siguiente nivel posterior a la administración, y el siguiente valor de la determinación es en el nivel de gen sensible a interferón presente en el sujeto 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, ó 10 días después del valor posterior a la administración. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de un solo gen sensible a interferón. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de expresión de cuando menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, ó 24 genes sensibles a interferón, por ejemplo seleccionados a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de cuando menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, ó 10 genes sensibles a interferón, por ejemplo seleccionados a partir del grupo que consiste en: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de cuando menos 2, pero no más de 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, ó 25 genes sensibles a interferón, por ejemplo seleccionados a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, e IFITA. En algunas modalidades, el valor posterior a la administración es una función de la expresión de cuando menos dos genes sensibles a interferón dentro del valor que es el valor de la expresión intrínseca asociado con cada gen sensible a interferón. En algunas modalidades, se determinan uno, dos o todos de: el valor posterior a la administración; el valor de referencia, si se determina a partir del paciente; y el siguiente valor posterior a la administración, si se determina uno, a partir de la sangre periférica. En algunas modalidades, el valor de referencia es una función de: un nivel determinado a partir del paciente; y/o un nivel que es una función del nivel determinado a partir de uno o más sujetos diferentes (por ejemplo, un cohorte). En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para seleccionar una clase de pago por un programa de tratamiento con un inhibidor de proteasa para un sujeto que tenga una infección por el virus de hepatitis C. El método incluye identificar al sujeto como un respondente mejorado, y aprobar, hacer, autorizar, recibir, transmitir, o permitir de otra manera el pago de un programa de tratamiento seleccionado, por ejemplo un programa de tratamiento más corto (por ejemplo, menor de 52, 48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas), que si se ha identificado al sujeto como un respondente no mejorado. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para seleccionar una clase de pago por un programa de tratamiento con un inhibidor de proteasa para un sujeto que tenga una infección por el virus de hepatitis C. El método incluye identificar al sujeto como un respondente no mejorado, y aprobar, hacer, autorizar, recibir, transmitir, o permitir de otra manera el pago de un programa de tratamiento seleccionado, por ejemplo un programa de tratamiento más largo (por ejemplo, de más de 52,48, 36, 24, 18, 12, 10, 8, 4, ó 2 semanas), que si el sujeto se hubiera identificado como un respondente mejorado. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para hacer un registro de datos. El método incluye introducir el resultado de un método descrito en la presente en un registro, por ejemplo un registro legible por computadora. En algunas modalidades, el registro está disponible en la World Wide Web (Red Amplia Mundial). En algunas modalidades, el registro es evaluado por un pagador tercero, una compañía de seguros, empleador, plan de salud patrocinado por el empleador, HMO, o entidad gubernamental, o un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco, o se apoya de otra manera en un método descrito en la presente.

En otro aspecto, la divulgación proporciona un registro de datos (por ejemplo, un registro legible por computadora), en donde el registro incluye los resultados a partir de un método descrito en la presente. En algunas modalidades, el registro está disponible en la World Wide Web (Red Amplia Mundial). En algunas modalidades, el registro se evalúa y/o se transmite a un pagador tercero, una compañía de seguros, empleador, plan de salud patrocinado por el empleador, HMO, una entidad gubernamental, o un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para proporcionar datos. El método incluye proporcionar los datos descritos en la presente, por ejemplo generados mediante un método descrito en la presente, para proporcionar un registro, por ejemplo un registro descrito en la presente, para determinar si se proporcionará un pago. En algunas modalidades, los datos son proporcionados por computadora, disco compacto, teléfono, facsímil, correo electrónico, o correspondencia. En algunas modalidades, los datos son proporcionados por una primera parte a una segunda parte. En algunas modalidades, la primera parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la segunda parte es un pagador tercero, una compañía de seguros, un empleador, plan de salud patrocinado por el empleador, HMO, o entidad gubernamental. En algunas modalidades, la primera parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una compañía de seguros, o una entidad que venda o suministre el fármaco, y la segunda parte es una entidad gubernamental. En algunas modalidades, la primera parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una compañía de seguros, o una entidad que venda o suministre el fármaco, y la segunda parte es una compañía de seguros. En otro aspecto, la divulgación proporciona un conjunto de firma de sondas que tienen una sonda para cada uno de los genes en un conjunto de firma descrito en la presente, por ejemplo cada uno de una pluralidad de genes, cada uno de los cuales se expresa diferencialmente entre individuos viralmente infectados e individuos no infectados, y contiene un número suficiente de genes diferencialmente expresados para que, si cada uno de los genes del conjunto de firma se expresa diferencialmente, comparándose con una referencia no infectada, sea predictiva de la infección con no más de aproximadamente el 15, aproximadamente el 10, aproximadamente el 5, aproximadamente el 2.5, o aproximadamente el 1 por ciento de positivos falsos. En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para una pluralidad de genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, el conjunto de sondas incluye sondas para cuando menos aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 70 por ciento, aproximadamente el 80 por ciento, aproximadamente el 90 por ciento, aproximadamente el 95 por ciento, aproximadamente el 96 por ciento, aproximadamente el 97 por ciento, aproximadamente el 98, o aproximadamente el 99 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para los genes enlistados en la Tabla 2. En algunas modalidades, el conjunto de sondas incluye una sonda para un gen a partir de una o más, por ejemplo para cada una de las siguientes categorías (por ejemplo, categorías de ontología): procesos fisiológicos organismales; respuesta inmune (por ejemplo, IFIT2, IFIT3, IFIT4, IFI5, IFI16, IFI27, IFI30, IFI35, IFI44, IFITM1, IFITM2, IFITM3, MX1); respuesta de defensa (por ejemplo, ITGB1); respuesta a estímulo biótico (por^ ejemplo, CCR1); respuesta a estímulo (por ejemplo, OGG1); respuesta a la tensión (por ejemplo, CEBP/B); respuesta a plagas, patógenos, o parásitos (por ejemplo, IFI27); o respuesta a virus (por ejemplo, IRF7, PLSCR1). En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para un gen a partir de cada una de 2, 3, 4, 5, 6, 7, u 8 de las categorías de ontología de genes. En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para uno o más genes sensibles a interferón (ISG). En algunas modalidades, el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1 , IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, Ó IFITA. En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o todos de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1 , IFI27, IFIT2A, PRSAD, o IFITA. En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para cuando menos 20, 40, 60, 80, 100, 150, ó 200 genes. En algunas modalidades, el conjunto de firma de sondas incluye sondas para no más de 20, 40, 60, 80, 100, 150, ó 200 genes. En otro aspecto, la divulgación proporciona un registro (por ejemplo, un registro legible por computadora) que incluye una lista y el valor de expresión para cada gen representado en el conjunto de firma. En algunas modalidades, el registro incluye un valor para cada gen, en donde se proporcionan un primer valor (por ejemplo, previo al tratamiento, por ejemplo en donde el primer valor se obtiene en un primer punto del tiempo que es anterior a, o está dentro de, 1,2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C), y un segundo valor (por ejemplo, en donde el segundo valor se obtiene después de la administración del tratamiento, por ejemplo, cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, o más días después del primer punto del tiempo, o a los 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C), para cada gen. En un aspecto, la divulgación proporciona un método para transmitir un registro descrito en la presente. El método incluye que una primera parte transmite el registro a una segunda parte, por ejemplo mediante computadora, disco compacto, teléfono, facsímil, correo electrónico, o correspondencia. En algunas modalidades, la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la primera parte es una compañía de seguros o una entidad gubernamental, y la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una entidad gubernamental, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En algunas modalidades, la primera parte es una entidad gubernamental o una compañía de seguros, y la segunda parte se selecciona a partir del sujeto, un proveedor del cuidado de la salud, un médico tratante, un HMO, un hospital, una compañía de seguros, o una entidad que venda o suministre el fármaco. En otro aspecto, la divulgación proporciona un arreglo que incluye una pluralidad de regiones espacialmente distinguibles, teniendo cada región una sonda específica para un gen a partir de un conjunto de firma de genes descrito en la presente, y teniendo el arreglo cuando menos una de las siguientes propiedades: si están presentes regiones espacialmente distinguibles específicas de la sonda para genes diferentes de aquéllos del conjunto de firma, las regiones espacialmente distinguibles para las sondas específicas del conjunto de firma cuentan por cuando menos el 10, el 20, el 30, el 50, el 75, el 80, el 90, o el 99 por ciento de las regiones espacialmente distinguibles específicas de la sonda totales del arreglo; no hay más de 10, 100, 500, 1,000, 5,000, ó 10,000 regiones espacialmente distinguibles específicas de la sonda para genes diferentes de aquéllos del conjunto de firma presentes en el arreglo; el arreglo está en contacto con ácidos nucleicos derivados a partir de un sujeto al que se ha administrado un inhibidor de proteasa, por ejemplo VX-950, SCH-503034, ó BILN-261 (ciluprevir); o el arreglo está en contacto con ácidos nucleicos derivados a partir de un sujeto que tiene el virus de hepatitis C. En algunas modalidades, el arreglo incluye un duplicado, o triplicado, de 1, 5, 10, 20, o todas las regiones que tienen una sonda específica para un gen a partir de un conjunto de firma de genes. En otro aspecto, la divulgación proporciona un método para proporcionar datos. El método incluye proporcionar datos de hibridación por el contacto de un arreglo que incluye una pluralidad de regiones espacialmente distinguibles descritas en la presente, con una muestra de ácido nucleico derivada a partir de un sujeto (por ejemplo, un sujeto descrito en la presente), y proporcionar un registro de estos datos. En algunas modalidades, el sujeto tiene una infección por el virus de hepatitis C. En algunas modalidades, el registro incluye datos de la hibridación del ácido nucleico del sujeto antes de la administración de un inhibidor de proteasa, por ejemplo VX-950, al sujeto. En algunas modalidades, el registro incluye datos de la hibridación del ácido nucleico del sujeto después de la administración de un inhibidor de proteasa, por ejemplo VX-950, al sujeto. En algunas modalidades, el registro incluye un valor que es una función de comparar los datos antes y después de la administración. En otro aspecto, una evaluación de la proporción de expresión genética de los genes sensibles a interferón antes de la dosificación (por ejemplo, con VX-950) en los respondentes mejorados, comparándose con los respondentes no mejorados, demuestra que, para muchos genes sensibles a interferón, los niveles de expresión antes de la dosis son elevados comparándose con los niveles en los respondentes no mejorados (véase, por ejemplo, la Tabla 5). Por consiguiente, se pueden determinar los niveles de un gen sensible a interferón, por ejemplo un gen sensible a interferón mostrado en la Tabla 5 (por ejemplo, IFIT4, IFI44L, RSAD2, IFIT2, IFIT3, IFI16, IFI44, IFIT5, PLSCR1), para un sujeto, con el fin de generar un valor que es una función del nivel de gen sensible a interferón en el sujeto. Este valor para el sujeto se puede comparar entonces con un valor de referencia. Por ejemplo, si el valor del sujeto se compara con un valor de un respondente mejorado (o una cohorte de respondentes mejorados), y el valor del sujeto es similar a este valor de referencia, se puede utilizar para predecir que el sujeto también será un respondente mejorado. Si el valor del sujeto se compara con un valor de un respondente no mejorado (o una cohorte de respondentes no mejorados), y el valor del sujeto es similar a esta referencia, se puede utilizar para predecir que el sujeto puede no ser un respondente mejorado. Los resultados de una clasificación como un respondente mejorado o no mejorado se describen en la presente.

El término "expresión genética", como se utiliza en la presente, se refiere a una indicación de los niveles de expresión genética, tales como los niveles de ARN (por ejemplo, ARNm), los niveles de ADNc, y los niveles de proteína. El término "transcripción genética", como se utiliza en la presente, se refiere ya sea a la transcripción de longitud completa para un gen particular, o bien a una porción de esa transcripción (por ejemplo, oligonucleótido, por ejemplo sonda) que permite la identificación de esa porción como correspondiente (por ejemplo, de una manera específica) a una transcripción de longitud completa particular, isoforma particular, variante de empalme u otra variante, o polimorfismo de la misma. Por consiguiente, el término "transcripción genética" también incluye los biomarcadores de una transcripción genética particular, por ejemplo un biomarcador que puede estar presente en un arreglo tridimensional, por ejemplo un chip genético. Un "conjunto de firma de genes", como se utiliza en la presente, se refiere a una pluralidad de transcripciones genéticas, cada una de las cuales se expresa diferencialmente entre los sujetos viralmente infectados (por ejemplo, por el virus de hepatitis C), y sujetos no infectados, y contiene un número suficiente de genes diferencialmente expresados, de tal manera que, si cada uno de los genes del conjunto de firma se expresa diferencialmente comparándose con una diferencia no infectada (por ejemplo, un individuo no infectado una cohorte de individuos no infectados), esto es predictivo de la infección en un sujeto de prueba para el que se esté determinando la presencia o ausencia de infección. El conjunto de firma puede ser predictivo de la presencia de infección (por ejemplo, una infección por el virus de hepatitis C) con no más de aproximadamente el 15 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2.5 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento de positivos falsos. El conjunto de firma puede tener un límite previamente establecido para un índice de descubrimiento falso (por ejemplo, menos de aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2.5 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento). Como se describe en la presente, la expresión genética se puede medir, por ejemplo, ensayando los niveles de ARN o de ADNc, o los niveles de un polipéptido codificado por una transcripción genética dada. Como se utiliza en la presente, un "gen sensible a interferón" (ISG) se refiere a un gen cuya expresión es afectada por la señalización del interferón, por ejemplo la señalización del interferón puede provocar una mayor o menor expresión del gen sensible a interferón. Por ejemplo, un gen sensible a interferón puede tener un elemento de respuesta estimulada por interferón (ISRE) en su región corriente arriba 5'. Como se utiliza en la presente, el término "valor" (por ejemplo, valor determinado, valor posterior a la administración, valor de referencia) se refiere a un valor que es una función del nivel de expresión de una transcripción genética. Por ejemplo, un valor para un gen se puede basar en el nivel de expresión (por ejemplo, niveles de ARN o de proteína) del gen. El valor no necesita ser igual a un nivel de expresión medido. Por ejemplo, el llegar a un valor puede involucrar sustraer los niveles de fondo, amplificar el nivel por algún factor determinado, determinar un nivel promedio a partir de una cohorte de sujetos, y/o ajustar de otra manera el valor. El término "normalización del conjunto de firma" indica que la firma de un sujeto varía por menos de aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 4 por ciento, aproximadamente el 3 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento de la firma de una referencia (por ejemplo, un sujeto no infectado por el virus de hepatitis C, o una cohorte de sujetos no infectados por el virus de hepatitis C). Un "respondente mejorado", como se utiliza en la presente, se refiere a un sujeto que responde significativamente más rápido, comparándose con un "respondente no mejorado" a un tratamiento anti-viral (por ejemplo, un tratamiento con proteasa anti-viral, por ejemplo VX-950), en el sentido de que las titulaciones virales disminuyen significativamente más rápido en el respondente mejorado. En una modalidad, un respondente mejorado no tendrá más de aproximadamente el 35 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 60 por ciento, o aproximadamente el 75 por ciento de la titulación viral de un respondente no mejorado de otra manera similar, en donde la titulación se puede medir como unidades internacionales (U. I.) de ARN viral (por ejemplo, HCV)/mililitro de sangre a los 14 días después del inicio del tratamiento. Por ejemplo, un respondente mejorado puede tener menos o igual a 35 Unidades Internacionales de ARN de HCV/mililitro a los 14 días después del comienzo del tratamiento, mientras que un "respondente no mejorado" puede tener más o igual a 100 Unidades Internacionales de ARN de HCV/mililitro a los 14 días después del comienzo del tratamiento (por ejemplo, en donde las titulaciones se miden mediante la Prueba de HCV COBAS AmpliPrep/COBAS TAQM ANMR (Roche Molecular Diagnostics)). De una manera alternativa, un respondente mejorado también se puede identificar mediante la expresión del gen sensible a interferón. En algunas modalidades, por ejemplo, en donde se comparan los primero y segundo niveles de un gen sensible a interferón, los niveles sostenidos de la transcripción genética (por ejemplo, los niveles difieren por no más de aproximadamente el 60 por ciento, aproximadamente el 50 por ciento, aproximadamente el 40 por ciento, aproximadamente el 30 por ciento, aproximadamente el 20 por ciento, aproximadamente el 10 por ciento, aproximadamente el 5 por ciento, aproximadamente el 2 por ciento, o aproximadamente el 1 por ciento) entre los primero y segundo puntos del tiempo (por ejemplo un primer punto del tiempo que es anterior a, o está dentro de, 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración de una terapia contra el virus de hepatitis C, y el segundo punto del tiempo está después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C, por ejemplo, dentro del segundo punto del tiempo se toma cuando menos 1, 2, 3, 4, 5, o más días después del primer punto del tiempo, o dentro del segundo punto del tiempo es 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo de la administración de la terapia contra el virus de hepatitis C), indican que el sujeto es un respondente mejorado, y, por ejemplo, la duración del tratamiento para el respondente mejorado puede ser más corta que para el respondente no mejorado. Un conjunto de firma descrito en la presente se puede evaluar para grupos específicos de sujetos, por ejemplo hombres, mujeres, genotipos 1, 2, ó 3 del virus de hepatitis C, grupos de edades particulares, razas, sujetos que hayan respondido bien o mal a los tratamientos anteriores (por ejemplo, al mismo o a un diferente tratamiento), sujetos que se hayan sometido previamente a un tratamiento particular (por ejemplo, el mismo o un diferente tratamiento), sujetos que no se hayan sometido a ningún tratamiento para la infección por el virus de hepatitis C, sujetos que hayan sido diagnosticados por estar co-infectados con otro virus (por ejemplo, hepatitis B y/o VIH), y que puedan o no haberse sometido a tratamiento para el otro virus, sujetos con enfermedad hepática alcohólica, etc. Todas las patentes, solicitudes de patente, y referencias citadas, se incorporan a la presente como referencia en su totalidad. En caso de conflicto, controla la presente solicitud. Los detalles de una o más modalidades de la invención se estipulan en los dibujos acompañantes y en la siguiente descripción. Otras características, objetos, y ventajas de la invención serán evidentes a partir de la descripción y de los dibujos, y a partir de las reivindicaciones. DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La Figura 1 es una gráfica de líneas que demuestra los niveles promedio de ARN de HCV (eje y) sobre el tiempo (eje x) en los pacientes infectados por el virus de hepatitis C, después del tratamiento con VX-950 o con un control de placebo. La Figura 2 es una gráfica que ilustra la correlación de los pacientes que reciben VX-950 a través del tiempo, con los niveles de expresión genética de los sujetos saludables. Las Figuras 3A, 3B, y 3C demuestran la correlación entre los niveles sostenidos de genes sensibles a IFN (ISG) y una reducción en los niveles en plasma del ARN de HCV. La Figura 3A muestra las proporciones medias de los niveles de expresión genética inducida por IFN (día 14 contra antes de la dosis). Hay una diferencia estadísticamente significativa en los niveles de expresión sostenida de los genes sensibles a interferón. La Figura 3B muestra los niveles sostenidos de los genes sensibles a interferón en cinco respondentes mejorados (barras más a la izquierda), que fueron indetectables en el ARN de HCV en el día 14. La Figura 3C muestra la confirmación con reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa de los resultados de Affymetrix Genechip. Se muestra la modulación de la expresión genética de los genes sensibles a interferón específicos para cada uno de los tres grupos en la Figura 3B (el panel superior izquierdo muestra los resultados para los respondentes mejorados, mientras que los paneles superior derecho e inferior muestran los resultados para los respondentes no mejorados). DESCRIPCIÓN DETALLADA Los inventores han identificado un conjunto de firma asociado con la infección crónica por el virus de hepatitis C. Se pueden utilizar uno o más de los genes de la firma, por ejemplo, para diagnosticar la infección por el virus de hepatitis C, para predecir el resultado del tratamiento de un sujeto con el virus de hepatitis C, para seleccionar un régimen de tratamiento, para seleccionar las dosificaciones de un tratamiento dado, para evaluar un fármaco candidato, y/o para seleccionar la duración de un régimen de tratamiento. El patrón o los niveles de expresión de una pluralidad de transcripciones genéticas de la firma puede correlacionarse con un régimen de tratamiento dado o una predicción de resultados. Adicionalmente, los inventores han identificado genes sensibles a ¡nterferón (ISGs) cuyos niveles de expresión pueden cambiar después de la infección por el virus de hepatitis C. Para los sujetos que alcanzaron un estado en plasma del virus de hepatitis C indetectable (por ejemplo, los respondentes mejorados), se observó una expresión sostenida de los genes sensibles a interferón, por ejemplo en la sangre periférica (por ejemplo, en las células mononucleares). Por consiguiente, se pueden utilizar los niveles de expresión de la línea base y/o sostenida de los genes sensibles a interferón para predecir los resultados del tratamiento. Infección por el Virus de Hepatitis C Hepatitis C: La hepatitis C es una infección viral del hígado, y es una importante causa de la hepatitis aguda y de la enfermedad crónica del hígado, incluyendo cirrosis y cáncer de hígado. El virus de hepatitis C es uno de los virus (A, B, C, D, y E) que cuentan juntos por la gran mayoría de casos de hepatitis viral. El virus de hepatitis C es un virus de ARN envuelto de la familia de flaviviridae, que parece tener un intervalo estrecho de huéspedes. Los seres humanos y los chimpancés son las únicas especies conocidas susceptibles a la infección, desarrollando ambas especies una enfermedad similar. Una característica importante del virus es la mutabilidad relativa de su genoma, que puede estar relacionada con su alta propensión (80 por ciento) a inducir la infección crónica. El período de incubación de la infección por el virus de hepatitis C antes del establecimiento de los síntomas clínicos está en el intervalo de 15 a 150 días. En las infecciones agudas, los síntomas más comunes son fatiga e ictericia; sin embargo, la mayoría de los casos (entre el 60 por ciento y el 70 por ciento), inclusive aquéllos que desarrollan la infección crónica, son asintomáticos. Otros síntomas de la infección por el virus de hepatitis C incluyen: orina obscura, dolor abdominal, pérdida de apetito, y náusea. Aproximadamente el 80 por ciento de los pacientes recién infectados progresan hasta desarrollar la infección crónica. La cirrosis se desarrolla en aproximadamente el 10 por ciento al 20 por ciento de las personas con la infección crónica, y el cáncer de hígado se desarrolla en el 1 por ciento al 5 por ciento de las personas con infección crónica durante un período de 20 a 30 años. La mayoría de los pacientes que sufren de cáncer de hígado que no tienen la infección por el virus de hepatitis B, tienen evidencia de infección por el virus de hepatitis C. La hepatitis C también exacerba la gravedad de la enfermedad hepática subyacente cuando coexiste con otras condiciones hepáticas. En particular, la enfermedad hepática progresa más rápidamente entre las personas con enfermedad hepática alcohólica y con infección por el virus de hepatitis C. Las células B, los monocitos, y las células dendríticas absorben las partículas del virus de hepatitis C, y la degradación de las partículas libera las proteínas virales y el dsARN que activan la expresión genética en las células sanguíneas periféricas. La liberación del ARN de HCV en plasma y la eliminación de las partículas de virus pueden dar como resultado la normalización del conjunto de firma. La persistencia de la expresión diferencial, y la falta de normalización, del conjunto de firma de 258 genes, se correlacionan con la presencia del ARN de HCV, por ejemplo, 2-3 logs de ARN de HCV en plasma. Diagnóstico: Se utilizan pruebas de diagnóstico para el virus de hepatitis C, con el objeto de prevenir la infección a través del rastreo de la sangre y el plasma del donador, para establecer el diagnóstico clínico, y para tomar mejores decisiones con respecto al manejo médico de un paciente. Las pruebas de diagnóstico comercialmente disponibles en la actualidad se basan en ensayos inmunosorbentes de enzimas (EIA) para la detección de los anticuerpos específicos del virus de hepatitis C. Los ElAs pueden detectar más del 95 por ciento de los pacientes crónicamente infectados, pero pueden detectar solamente del 50 por ciento al 70 por ciento de las infecciones agudas. Se puede utilizar un ensayo de inmunomanchado recombinante (RIBA) que identifica los anticuerpos que reaccionan con los antígenos individuales del virus de hepatitis C, como una prueba de complemento para la confirmación de un resultado de EIA positivo. También se puede utilizar la prueba para el ARN de HCV mediante métodos de amplificación (por ejemplo, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), o ensayo de ADN ramificado), para la confirmación de los resultados serológicos, así como para evaluar la efectividad de la terapia anti-viral. Un resultado positivo indica la presencia de la infección activa, y un potencial para la extensión de la infección y/o el desarrollo de la enfermedad hepática crónica. Genotipos: Existen seis genotipos conocidos, y más de 50 subtipos del virus de hepatitis C, y la información de los genotipos es útil para definir la epidemiología de la hepatitis C. El conocer el genotipo o el serotipo (anticuerpos específicos del genotipo) del virus de hepatitis C, es útil para hacer recomendaciones y para asesorar con respecto a la terapia. Los pacientes con los genotipos 2 y 3 tienen casi tres veces más posibilidades que los pacientes con el genotipo 1 de responder a la terapia con alfa-interferón, o con la combinación de alfa-interferón y ribavirina. Adicionalmente, cuando se utiliza la terapia de combinación, la duración recomendada de tratamiento depende del genotipo. Para los pacientes con los genotipos 2 y 3, puede ser adecuado un programa de tratamiento de combinación de 24 semanas, mientras que para los pacientes con el genotipo 1, con frecuencia se recomienda un programa de 48 semanas. Por estas razones, con frecuencia la prueba para el genotipo del virus de hepatitis C es clínicamente útil. Genes Sensibles a Interferón (ISG) Los interferones (IFN) se clasifican en dos tipos distintos, designados como tipo I (IFN-alfa, IFN-beta, IFN-omega, IFN-tau), y tipo II (IFN-gamma), de acuerdo con su origen celular, agentes inductores, y propiedades antigénicas y funcionales. Los interferones afectan a la expresión de un número de genes en seguida de la interacción con los receptores de la membrana de plasma de alta afinidad específicos. Los productos de estos genes, ya sea de una manera individual o coordinada, median las actividades anti-virales, inhibidoras del crecimiento, o inmuno-reguladoras atribuidas al interferón. Una característica común a la mayoría, si no es que a todos, los genes sensibles a interferón, es la presencia de un elemento de ADN que constituye un potenciador que responde al interferón, usualmente presente en la región corriente arriba 5' de los genes. Este elemento, denominado como elemento de respuesta estimulada por interferón (ISRE) se enlaza con un factor nuclear translocalizado desde el citoplasma hasta el núcleo en seguida de la transducción de señal desencadenada por el receptor de IFN. El enlace de estos factores con el ISRE representa el evento iniciador en el estímulo de la transcripción mediada por la polimerasa de ARN II a partir de los genes sensibles a interferón. Dependiendo de la naturaleza de las células que respondan al interferón y a los genes involucrados, la transcripción inducida se puede prolongar o se puede terminar rápidamente. La rápida terminación de la transcripción depende, en algunos casos, de la síntesis de proteína inducida por interferón, y también involucra el enlace del factor con el ISRE. Los genes sensibles a interferón están involucrados en la mediación del efecto anti-viral del IFN. Los genes sensibles a interferón incluyen los genes que pertenecen al funcionamiento de las células inmunes, incluyendo los genes involucrados en el procesamiento y presentación de antígeno, en la activación de células-T, en el tráfico de linfocitos, y en las funciones efectoras. Los genes sensibles a interferón pueden mejorar la inmunidad contra los virus, por ejemplo contra el virus de hepatitis C. Los ejemplos de los genes sensibles a interferón se enlistan en la Tabla 5. Se vio una expresión sostenida de genes sensibles a interferón en los sujetos que liberaron el ARN de HCV en plasma. Esto puede reflejar las defensas anti-virales intrínsecas restauradas y la secreción de interferones, y puede ser una señal del re-surgimiento de una respuesta inmune efectiva que es esencial para eliminar los hepatocitos infectados por el virus de hepatitis C residuales. La expresión de los genes sensibles a interferón y de otros genes asociados con la inmunidad adquirida, se puede monitorear para establecer las correlaciones potenciales con, y para hacer las predicciones de, los resultados del tratamiento. Además, se puede utilizar la terapia genética o de proteína con un gen sensible a interferón (por ejemplo, un gen sensible a interferón enlistado en la Tabla 5) sola o como parte de una terapia anti-viral (por ejemplo, anti-HCV), por ejemplo, se puede utilizar una terapia genética o de proteína con un gen sensible a interferón en combinación con un agente anti-viral, por ejemplo un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950, SCH-503034, ó BILN-261 (ciluprevir). Tratamiento de HCV Los fármacos anti-virales, tales como el interferón tomado solo o en combinación con ribavirina, se pueden utilizar para el tratamiento de las personas con hepatitis C crónica. El tratamiento con interferón (o con interferón pegilado) (por ejemplo, interferón-alfa) solo es efectivo en aproximadamente el 10 por ciento al 20 por ciento de los pacientes. El interferón (o el interferón pegilado) combinado con ribavirina es efectivo en aproximadamente el 30 por ciento al 50 por ciento de los pacientes. Los tratamientos adicionales incluyen VX-950, ya sea solo o en combinación con interferón (o con interferón pegilado) y/o ribavirina, u otro agente anti-viral o inmunomodulador. No existe una vacuna contra el virus de hepatitis C. Hay investigación en progreso, pero la alta mutabilidad del genoma del virus de hepatitis C complica el desarrollo de una vacuna. Las invenciones descritas en la presente se pueden utilizar como parte de la evaluación de un sujeto con el virus de hepatitis C, y/o en la selección de un régimen de tratamiento adecuado, por ejemplo VX-950 solo o en combinación con otro agente, u otra terapia (por ejemplo, otra monoterapia o terapia de combinación) descrita en la presente. Por ejemplo, los métodos y reactivos descritos en la presente se pueden utilizar para seleccionar un régimen de tratamiento para un sujeto, por ejemplo un sujeto que se haya identificado como un respondente mejorado o como un respondente no mejorado. VX-950 VX-950 es un inhibidor de proteasa NS3/4A de HCV peptidomimético reversible con una constante de enlace de estado continuo (ki*) de 3 nM (y con una ki de 8 nM), y se describe en la Solicitud Internacional Número WO 02/018369. La estructura del VX-950 es: VX-950 El VX-950 es altamente insoluble en agua. El VX-950 se puede preparar mediante los métodos conocidos por los expertos en la materia (véanse, por ejemplo, las Solicitudes Internacionales Números WO 02/18369 y WO 2005/123076; la Solicitud de Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 11/147,524 (presentada el 8 de junio de 2005)). VX-950 se puede formular en tabletas, como se describe en las Solicitudes de Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Números 60/764,654 (presentada el 2 de febrero de 2006), 60/784,427 (presentada el 20 de marzo de 2006), 60/784,428 (presentada el 20 de marzo de 2006), 60/784,275 (presentada el 20 de marzo de 2006), 11/687,716 (presentada el 10 de marzo de 2007), 11/687,779 (presentada el 19 de marzo de 2007), y en la Solicitud del TCP Número PCTUS2007/061456 (presentada el 1 de febrero de 2007). La inhibición de NS3/4A mediante VX-950 puede restablecer la señalización del IFN, y bloquear la réplica viral en los hepatocitos, y la disociación de TRIF/CARDIF, restableciendo de esta manera la señalización de IRF3 y RIG- , y la transcripción de los genes sensibles a interferón, que pueden activar las defensas anti-virales intrínsecas, incluyendo la producción de ??? , en los hepatocitos. Tratamiento con VX-950 Monoterapia con VX-950: Los niveles de dosificación de aproximadamente 0.01 a aproximadamente 100 miligramos/kilogramo de peso corporal al día, de preferencia de aproximadamente 10 a aproximadamente 100 miligramos/kilogramo de peso corporal al día de VX-950, son útiles para la prevención y el tratamiento de una enfermedad mediada por el virus de hepatitis C. En algunas modalidades, se incluyen niveles de dosificación de aproximadamente 0.4 a aproximadamente 10 gramos/día, por ejemplo de aproximadamente 1 a aproximadamente 4 gramos/día, de preferencia de aproximadamente 2 a aproximadamente 3.5 gramos/día por persona (basándose en el tamaño promedio de una persona, calculada en aproximadamente 70 kilogramos). Típicamente, las composiciones farmacéuticas de, y de acuerdo con, esta invención, se administrarán de aproximadamente 1 a aproximadamente 5 veces al día, de aproximadamente 1 a aproximadamente 3 veces al día, o de una manera alternativa, como una infusión continua. En algunas modalidades, el VX-950 se administra utilizando una formulación de liberación controlada. En algunas modalidades, esto puede ayudar a proporcionar niveles en sangre reversiblemente estables de VX-950. En algunas modalidades, se administra el VX-950 amorfo. La dosis del VX-950 amorfo puede ser una dosis convencional, por ejemplo de aproximadamente 1 gramo a aproximadamente 5 gramos al día, más preferiblemente de aproximadamente 2 gramos a aproximadamente 4 gramos al día, más preferiblemente de aproximadamente 2 gramos a aproximadamente 3 gramos al día, por ejemplo de aproximadamente 2.25 gramos o de aproximadamente 2.5 gramos al día. Por ejemplo, se puede administrar una dosis de aproximadamente 450 miligramos, 750 miligramos, ó 1,250 miligramos a un sujeto tres veces al día. Se puede dar una dosis de 1,250 miligramos dos veces al día. Por ejemplo, se puede administrar una dosis de aproximadamente 2.25 gramos/día del VX-950 amorfo a un paciente, por ejemplo aproximadamente 750 miligramos administrados tres veces al día. Esta dosis se puede administrar, por ejemplo, como tres dosis de 250 miligramos tres veces al día, o como dos dosis de 375 miligramos dos veces al día. En algunas modalidades, la dosis de 250 miligramos está en una tableta de aproximadamente 700 miligramos. En algunas modalidades, la dosis de 375 miligramos está en una tableta de aproximadamente 800 miligramos. Como otro ejemplo, se puede administrar una dosis de aproximadamente 2.5 gramos/día del VX-950 amorfo a un paciente, por ejemplo, aproximadamente 1,250 miligramos administrados dos veces al día. Como otro ejemplo, se pueden administrar de aproximadamente 1 gramo a aproximadamente 2 gramos del VX-950 amorfo al día a un paciente, por ejemplo, se pueden administrar aproximadamente 1.35 gramos del VX-950 amorfo a un paciente, por ejemplo aproximadamente 450 miligramos administrados tres veces al día. La dosis del VX-950 amorfo se puede administrar, por ejemplo, como una dispersión secada por aspersión o como una tableta (por ejemplo, una tableta que comprende VX-950, por ejemplo en una dispersión secada por aspersión). En algunas modalidades, las dispersiones sólidas (por ejemplo, secadas por aspersión) de VX-950 descritas en la presente contienen cuando menos aproximadamente el 50 por ciento, cuando menos aproximadamente el 55 por ciento, cuando menos aproximadamente el 60 por ciento, cuando menos aproximadamente el 65 por ciento, cuando menos aproximadamente el 70 por ciento, cuando menos aproximadamente el 75 por ciento, cuando menos aproximadamente el 80 por ciento, cuando menos aproximadamente el 85 por ciento o más de VX-950 (por ejemplo, VX-950 amorfo). Debido a que estas dispersiones pueden incluir mayores cantidades de VX-950 para una cantidad dada de una dispersión (por ejemplo, un mayor porcentaje en peso de VX-950), para la misma cantidad en peso de la dispersión sólida, se puede incorporar una mayor cantidad de VX-950 en una composición farmacéutica, aumentando de esta manera la carga del ingrediente activo en esta composición. Como un resultado, un sujeto que reciba el VX-950 puede tomar menos dosis de VX-950, y no obstante, ingerir la misma cantidad de fármaco. Por ejemplo, para recibir una dosis de 750 miligramos de VX-950, un sujeto puede tomar dos dosis de 375 miligramos de VX-950 conteniendo una dispersión sólida descrita en la presente, en lugar de tres dosis de 250 miligramos. Ésta puede ser una mejora o una dosis preferida para algunos pacientes. Como otro ejemplo, la mayor carga de VX-950 amorfo en una dispersión sólida puede permitir la administración de una mayor dosis de VX-950 a un sujeto en una dosis total fija de una composición farmacéutica (por ejemplo, una tableta de un tamaño estándar puede contener un mayor porcentaje (y por consiguiente de dosis) del VX-950 amorfo). Inversamente, la mayor carga del VX-950 amorfo puede permitir que se administre una cantidad de dosis fija del amorfo a un sujeto en una dosis total pequeña de una composición farmacéutica (por ejemplo, se puede administrar una dosis estándar del VX-950 amorfo en una tableta más pequeña). En algunas modalidades, el VX-950 amorfo no es 100 por ciento potente o puro (por ejemplo, la potencia o pureza es cuando menos aproximadamente el 90 por ciento, cuando menos aproximadamente el 92 por ciento, cuando menos aproximadamente el 93 por ciento, cuando menos aproximadamente el 94 por ciento, cuando menos aproximadamente el 95 por ciento, cuando menos aproximadamente el 96 por ciento, cuando menos aproximadamente el 97 por ciento, cuando menos aproximadamente el 98 por ciento, o cuando menos aproximadamente el 99 por ciento potente), en cuyo caso, las dosis descritas anteriormente se refieren a la cantidad del VX-950 potente o puro administrado a un paciente, en lugar de la cantidad total de VX-950. Estas dosis se pueden administrar a un paciente como una monoterapia y/o como parte de una terapia de combinación, por ejemplo como se describe adicionalmente más adelante. Esta administración se puede utilizar como una terapia crónica o aguda. La cantidad de ingrediente activo que se puede combinar con tos materiales portadores para producir una sola forma de dosificación variará dependiendo del sujeto tratado y del modo particular de administración. Una preparación típica contendrá de aproximadamente el 5 por ciento a aproximadamente el 95 por ciento de compuesto activo (peso/peso). De una manera preferible, estas preparaciones contienen de aproximadamente el 20 por ciento a aproximadamente el 80 por ciento, de aproximadamente el 25 por ciento a aproximadamente el 70 por ciento, de aproximadamente el 30 por ciento a aproximadamente el 60 por ciento del compuesto activo. Cuando las composiciones o métodos de esta divulgación involucran una combinación de VX-950 y uno o más agentes terapéuticos o profilácticos adicionales, tanto el compuesto como el agente adicional deben estar presentes en niveles de dosificación de entre aproximadamente el 10 y el 100 por ciento, y más preferiblemente de entre aproximadamente el 10 y el 80 por ciento de la dosificación normalmente administrada en un régimen de monoterapia. Después de la mejora de la condición de un paciente, se puede administrar una dosis de mantenimiento de un compuesto, composición, o combinación de esta divulgación, si es necesaria. Subsiguientemente, se puede reducir la dosificación o la frecuencia de administración, o ambas, por ejemplo, hasta aproximadamente 1/2 ó 1/4 o menos de la dosificación o frecuencia de administración, como una función de los síntomas, hasta un nivel en donde se retenga la condición mejorada cuando se hayan aliviado los síntomas hasta el nivel deseado, y debe cesar el tratamiento. Sin embargo, los pacientes pueden requerir de un tratamiento intermitente sobre una base a largo plazo después de cualquier recurrencia de los síntomas de la enfermedad. También se debe entender que una dosificación y régimen de tratamiento específicos para cualquier paciente particular dependerán de una variedad de factores, incluyendo la actividad del compuesto específico empleado, la edad, el peso corporal, la salud general, el sexo, la dieta, el tiempo de administración, la velocidad de excreción, la combinación de fármacos, la influencia de cualesquiera terapias previas a las que se sometió el sujeto, y el juicio del médico tratante y la severidad de la enfermedad particular que se esté tratando. La cantidad de ingredientes activos también dependerá del compuesto descrito particular, y de la presencia o ausencia, y de la naturaleza de, el agente anti-viral adicional en la composición. Terapia de Combinación Se puede utilizar más de un agente terapéutico para el tratamiento del virus de hepatitis C. En algunas modalidades, se pueden iniciar dos o más agentes que traten el virus de hepatitis C al mismo tiempo, o dentro de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días uno del otro, u opcionalmente, se pueden administrar en secuencia. En la terapia de combinación, el programa de los primero y segundo agentes puede ser el mismo, puede traslaparse pero puede ser diferente, o puede ser en secuencia, por ejemplo, se da el programa del primer agente, y luego se da el programa del segundo agente. En una modalidad preferida, los niveles terapéuticos de ambos agentes están presentes durante cuando menos una porción de la terapia. En algunas modalidades, se administra un inhibidor de proteasa, por ejemplo VX-950, a un sujeto, y se mide la expresión del gen sensible a interferón (por ejemplo, uno o más de los genes sensibles a interferón descritos en la presente). En algunas modalidades, se mide la expresión del gen sensible a interferón antes de, o dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, ó 5 días del comienzo de la administración del inhibidor de proteasa (primer punto del tiempo), y/o cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o cuando menos 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del comienzo del inhibidor de proteasa, y opcionalmente en otro punto del tiempo. Si se mide la expresión del gen sensible a interferón en más de un punto del tiempo, se pueden comparar los niveles de expresión del gen sensible a interferón. Por ejemplo, si los niveles del gen sensible a interferón están sostenidos en los dos puntos del tiempo, el sujeto se puede clasificar como un respondente mejorado; si los niveles del gen sensible a interferón no son sostenidos, el sujeto se puede clasificar como un respondente no mejorado, como se describe en la presente. La clasificación del sujeto se puede utilizar para decidir un régimen de tratamiento, como se describe en la presente. Después de que se mide el nivel del gen sensible a interferón en uno o más puntos del tiempo, opcionalmente se puede iniciar una segunda terapia (por ejemplo, mientras que se continúa con el primer tratamiento con el inhibidor de proteasa), por ejemplo, se puede administrar al sujeto interferón, ribavirina, un segundo inhibidor de proteasa, u otra terapia descrita en la presente. La segunda terapia se puede administrar dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días del inicio de la primera terapia. La segunda terapia se puede mantener por la duración del tratamiento de la primera terapia, o durante un período más largo o más corto que el período empleado para la primera terapia. Por ejemplo, la segunda terapia se puede administrar en una dosis y por una duración previamente conocida para esa terapia (por ejemplo, peg- interferón o ribavirina). Los ejemplos de los agentes que se pueden utilizar para el tratamiento de la infección por el virus de hepatitis C, solos o en terapias de combinación (por ejemplo, con otro agente descrito en la misma, o con VX-950), se describen en la Publicación Internacional Número WO 02/18369. Las combinaciones mencionadas específicamente en la misma se pueden combinar con los métodos descritos en la presente. Los métodos y reactivos descritos en la presente se pueden utilizar para seleccionar un régimen de tratamiento (por ejemplo, una terapia de combinación) para un sujeto, por ejemplo, un sujeto que se haya identificado como un respondente mejorado o como un respondente no mejorado. Terapia de Combinación de VX-950: El VX-950 se puede administrar opcionalmente con otro componente que comprenda un agente adicional, por ejemplo seleccionado a partir de un agente inmunomodulador; un agente anti-viral; un inhibidor de proteasa del virus de hepatitis C; un inhibidor de otro objetivo en el ciclo de vida del virus de hepatitis C; un inhibidor de la entrada de ribosoma interno; un inhibidor viral de amplio espectro; un inhibidor del citocromo P450; o combinaciones de los mismos. De conformidad con lo anterior, en otra modalidad, esta invención proporciona un método que comprende administrar cualquier forma de VX-950, cualquier dispersión sólida, o cualquier composición de acuerdo con esta invención, un inhibidor de CYP, y otro agente anti-viral, de preferencia un agente contra el virus de hepatitis C. Estos agentes anti-virales incluyen, pero no se limitan a, agentes inmunomoduladores, tales como a-, ß-, y ?-interferones, compuestos de interferón-a derivados pegilados, y timosina; otros agentes anti-virales, tales como ribavirina, amantadina, y telbivudina; otros inhibidores de proteasas de hepatitis C (inhibidores de NS2-NS3, e inhibidores de NS3/NS4A); inhibidores de otros objetivos en el ciclo de vida del virus de hepatitis C, incluyendo inhibidores de helicasa, polimerasa, y metaloproteasa; inhibidores de la entrada de ribosoma interno; inhibidores virales de amplio espectro, tales como inhibidores de IMPDH (por ejemplo, los compuestos de las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,807,876, 6,498,178, 6,344,465, 6,054,472; de las Solicitudes Internacionales Números WO 97/40028, WO 98/40381, WO 00/56331; y ácido micofenólico y sus derivados, e incluyendo, pero no limitándose a, VX-497, VX-148, y/o VX-944); o combinaciones de cualquiera de los anteriores. Una terapia de combinación preferida comprende una formulación del VX-950 amorfo descrito en la presente, e interferón-a, por ejemplo interferón-a derivado pegilado (por ejemplo, interferón-alfa-2a pegilado; por ejemplo, PEGASYS®, por ejemplo como su dosis estándar). Por ejemplo, se puede administrar una dosis (por ejemplo, como se describe anteriormente) del VX-950 amorfo, por ejemplo de aproximadamente 2 gramos a aproximadamente 3 gramos (por ejemplo, de 2.5 gramos, 2.25 gramos, por ejemplo, 750 miligramos tres veces al día)), por ejemplo, en la forma de una tableta descrita en la presente, tres veces al día, y se puede administrar el interferón-alfa-2a pegilado en una dosis estándar, por ejemplo de 180 microgramos una vez por semana mediante administración subcutánea, por ejemplo durante 48 ó 52 semanas. Como otro ejemplo, el VX-950 se puede administrar con tanto el interferón-alfa-2 pegilado como la ribavirina. Por ejemplo, se pueden administrar de aproximadamente 2 gramos a aproximadamente 3 gramos (por ejemplo, aproximadamente 2.5 gramos, aproximadamente 2.25 gramos (por ejemplo, 750 miligramos tres veces al día)) del VX-950 amorfo en la forma de una tableta descrita en la presente, tres veces al día, en combinación con 180 microgramos del interferón-alfa-2a pegilado (por ejemplo, PEGASYS®) una vez por semana, y ribavirina (por ejemplo, COPEGUS®; (1 -beta-D-ribofuranosil-1 H-1 ,2,4-triazol-3-carboxamida, disponible en ICN Pharmaceuticals, Inc., Costa Mesa, CA; descrito en el Merck Index, entrada 8365, 12a Edición) a 1,000-1,200 miligramos/día, por ejemplo durante 48 a 52 semanas, para los pacientes con el genotipo 1, o en combinación con 180 microgramos del interferón-alfa-2a pegilado una vez por semana más ribavirina en 800 miligramos/día para los pacientes con el genotipo 2 ó 3 de hepatitis C. Otros agentes que se pueden utilizar en combinación con VX-950 incluyen aquéllos descritos en diferentes solicitudes de patente de los Estados Unidos de Norteamérica publicadas. Estas publicaciones proporcionan enseñanzas adicionales de los compuestos y métodos que se podrían utilizar en combinación con VX-950 en los métodos de esta invención, en particular para el tratamiento de hepatitis. Se contempla que cualquiera de estos métodos y composiciones se pueden emplear en combinación con los métodos y composiciones de la presente invención. Para mayor brevedad, la divulgación de las descripciones de estas publicaciones es referida como referencia al número de publicación. Los ejemplos de estas publicaciones incluyen las Publicaciones de los Estados Unidos de Norteamérica Números 20040058982; 20050192212; 20050080005; 20050062522; 20050020503; 20040229818; 20040229817; 20040224900; 20040186125; 20040171626; 20040110747; 20040072788; 20040067901; 20030191067; 20030187018; 20030186895; 20030181363; 20020147160; 20040082574; 20050192212; 20050187192; 20050187165; 20050049220; y US20050222236. Los ejemplos adicionales de agentes incluyen, pero no se limitan a, ALBUFERONMR (albúmina-l nterferón alfa) disponible en Human Genome Sciences; PEG-INTRON® (peginterferón alfa-2b, disponible en Schering Corporation, Kenilworth, NJ); INTRON-A®, (VI RAFERON®, ¡nterferón alfa-2b disponible en Schering Corporation, Kenilworth, NJ); REBETROL® (Schering Corporation, Kenilworth, NJ); COPEGUS® (Hoffmann-La Roche, Nutley, NJ); PEGASYS® (peginterferón alfa-2a disponible en Hoffmann-La Roche, Nutley, NJ); ROFERON® (¡nterferón alfa-2a recombinante disponible en Hoffniann-La Roche, Nutley, NJ); BEREFOR® (¡nterferón alfa 2 disponible en Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., Ridgefield, CT); SUMIFERON® (una mezcla purificada de interferones alfa naturales tales como Sumiferón disponible en Sumitomo, Japón); WELLFERON® (interferón alfa n1 disponible en Glaxo Wellcome Ltd., Gran Bretaña); ALFERON® (una mezcla de interferones alfa naturales hecha por Interferón Sciences, y disponible en Purdue Frederick Co., CT); a-interferón; interferón alfa 2a natural; interferón alfa 2b natural; interferón alfa pegilado 2a ó 2b; interferón alfa en consenso (Amgen, Inc., Newbury Park, CA); REBETRON® (Schering Plough, Interferón-alfa 2B + Ribavirina); interferón alfa pegilado (Reddy, K. R. y colaboradores, "Efficacy and Safety of Pegylated (40-kd) Interferón alpha-2a Compared with Interferón alpha-2a in Noncirrhotic Patients with Chronic Hepatitis C" (Hepatology, 33, páginas 433-438 (2001)); interferón en consenso (INFERGEN®) (Kao, J. H., y colaboradores, "Efficacy of Consensus Interferón in the Treatment of Chronic Hepatitis" J. Gastroenterol. Hepatol. 15, páginas 1418-1423 (2000)); interferón linfoblastoide o "natural"; interferón tau (Clayette, P. y colaboradores, "IFN-tau, A New Interferón Type I with Antiretroviral activity" Pathol. Biol. (París) 47, páginas 553-559 (1999)); interleucina-2 (Davis, G. L. y colaboradores, "Future Options for the Management of Hepatitis C." Seminars in Liver Disease, 19, páginas 103-112 (1999)); lnterleucina-6 (Davis y colaboradores, "Future Options for the Management of Hepatitis C." Seminars in Liver Disease 19, páginas 103-112 (1999)); interleucina-12 (Davis, G. L. y colaboradores, "Future Options for the Management of Hepatitis C." Seminars in Liver Disease, 19, páginas 103-112 (1999)); y compuestos que mejoran el desarrollo de la respuesta de células-T auxiliares tipo 1 (Davis y colaboradores, "Future Options for the Management of Hepatitis C." Seminars in Liver Disease, 19, páginas 103-112 (1999)). También se incluyen los compuestos que estimulan la síntesis de interferón en las células (Tazulakhova, E. B. y colaboradores, "Russian Experience in Screening, analysis, and Clinical Application of Novel Interferón Inducers" J. Interferón Cytokine Res., 21 páginas 65-73) incluyendo, pero no limitándose a, ARN de doble cadena, solo o en combinación con tobramicina, e Imiquimod (3M Pharmaceuticals; Sauder, D. N. "Immunomodulatory and Pharmacologic Properties of Imiquimod" J. Am. Acad. Dermatol., 43 páginas S6-1 1 (2000)). En adición, los inhibidores de proteasa conocidos (por ejemplo, los inhibidores de proteasa del virus de hepatitis C) se pueden probar para determinar su idoneidad con los métodos descritos en la presente. Cada agente se puede formular en formas de dosificación separadas. De una manera alternativa, para disminuir el número de formas de dosificación administradas a un paciente, cada agente se puede formular junto en cualquier combinación. Por ejemplo, el VX-950 se puede formular en una forma de dosificación, y cualesquiera agentes adicionales se pueden formular juntos o en otra forma de dosificación. El VX-950 se puede dosificar, por ejemplo, antes, después, o durante la dosificación del agente adicional.

Un método de acuerdo con esta invención también puede comprender el paso de administrar un inhibidor de mono-oxigenasa de citocromo P450 (CYP). Los inhibidores de CYP pueden ser útiles para aumentar las concentraciones en hígado y/o para aumentar los niveles en sangre de los compuestos (por ejemplo, VX-950) que son inhibidos por CYP. Las ventajas de mejorar la farmacocinética de un fármaco (por ejemplo, mediante la administración de un inhibidor de CYP) son bien aceptadas en este campo. Mediante la administración de un inhibidor de CYP, esta invención proporciona un metabolismo reducido del inhibidor de proteasa, VX-950. De esta manera se mejora la farmacocinética del inhibidor de proteasa. Las ventajas de mejorar la farmacocinética de un fármaco son bien aceptadas en este campo. Esta mejora puede conducir a mayores niveles en sangre del inhibidor de proteasa. Más importante, para las terapias contra el virus de hepatitis C, la mejora puede conducir a mayores concentraciones del inhibidor de proteasa en el hígado. En un método de esta invención, la cantidad de inhibidor de CYP administrado es suficiente para aumentar los niveles en sangre del VX-950, comparándose con los niveles en sangre de este inhibidor de proteasa en ausencia de un inhibidor de CYP. De una manera conveniente, en un método de esta invención, se puede utilizar, por consiguiente, una dosis todavía más baja del inhibidor de proteasa (en relación con la administración de un inhibidor de proteasa solo).

De conformidad con lo anterior, otra modalidad de esta invención proporciona un método para aumentar los niveles en sangre o para aumentar las concentraciones en hígado del VX-950 en un paciente que reciba VX-950, el cual comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente efectiva de VX-950 y un inhibidor de mono-oxigenasa del citocromo P450. En adición al tratamiento de los pacientes infectados con hepatitis C, el método de esta invención se puede emplear para impedir que un paciente llegue a ser infectado con hepatitis C, por ejemplo, un paciente que pueda someterse a una transfusión de sangre. De conformidad con lo anterior, una modalidad de esta invención proporciona un método para prevenir una infección por el virus de hepatitis C en un paciente (por ejemplo, tratamiento profiláctico), el cual comprende administrar al paciente: a) una formulación de VX-950 o cualquier composición de acuerdo con esta invención; y opcionalmente, b) un inhibidor de mono-oxigenasa de citocromo P450. Como se darían cuenta los expertos, si se está empleando un método de esta invención para tratar a un paciente profilácticamente, y ese paciente llega a ser infectado con el virus de hepatitis C, entonces el método puede tratar la infección. Por consiguiente, una modalidad de esta invención proporciona VX-950 o cualquier composición de acuerdo con esta invención, y opcionalmente, un inhibidor de mono-oxigenasa del citocromo P450, en donde los inhibidores de la combinación están en cantidades terapéuticamente efectivas para el tratamiento o la prevención de una infección de hepatitis C en un paciente. Si una modalidad de esta invención involucra a un inhibidor de CYP, se puede utilizar cualquier inhibidor de CYP que mejore la farmacocinética del VX-950 en un método de esta invención. Estos inhibidores de CYP incluyen, pero no se limitan a, ritonavir (Solicitud Internacional Número WO 94/14436), quetoconazol, troleandomicina, 4-metil-pirazol, ciclosporina, clometiazol, cimetidina, itraconazol, fluconazol, miconazol, fluvoxamina, fluoxetina, nefazodona, sertralina, indinavir, nelfinavir, amprenavir, fosamprenavir, saquinavir, lopinavir, delavirdina, eritromicina, VX-944, y VX-497. Los inhibidores de CYP preferidos incluyen ritonavir, quetoconazol, troleandomicina, 4-metil-pirazol, ciclosporina, y clometiazol. Para las formas de dosificación preferidas de ritonavir, véase la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,037,157, y los documentos citados en la misma; la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,484,801, la Solicitud de Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 08/402,690, y las Solicitudes Internacionales Números WO 95/07696 y WO 95/09614.

La estructura del VX-944 es como sigue: VX-944 El VX-497 es un inhibidor de IMPDH. Actualmente está en desarrollo clínico una combinación de VX-497, interferón a pegilado (IFN-a), y ribavirina, para el tratamiento del virus de hepatitis C (W. Markland y colaboradores, (2000) Antimicrobial & Antiviral Chemotherapy, 44, página 859; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,541,496). La estructura del VX-497 es como sigue: VX-497 Los métodos para medir la capacidad de un compuesto para inhibir la actividad de la mono-oxigenasa del citocromo P450 son conocidos (véase la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,037,157, y Yun, y colaboradores, (1993) Drug Metabolism & Disposition, volumen 21, páginas 403-407). Un inhibidor de CYP empleado en esta invención puede ser un inhibidor de solamente una isozima, o de más de una isozima. Si el inhibidor de CYP inhibe más de una isozima, el inhibidor no obstante puede inhibir una isozima más selectivamente que otra isozima. Se puede utilizar cualquiera de estos inhibidores de CYP en un método de esta invención. En un método de esta invención, el inhibidor de CYP se puede administrar junto con una formulación de VX-950, o cualquier composición de acuerdo con esta invención, en la misma forma de dosificación o en formas de dosificación separadas. Si el inhibidor de CYP y los otros componentes de la combinación se administran en formas de dosificación separadas, cada inhibidor se puede administrar aproximadamente de una manera simultánea. De una manera alternativa, el inhibidor de CYP se puede administrar en cualquier período de tiempo alrededor de la administración de la combinación. Es decir, el inhibidor de CYP se puede administrar antes de, junto con, o en seguida de cada componente de la combinación. El período de tiempo de administración debe ser tal que el inhibidor de CYP afecte al metabolismo de un componente de la combinación, de preferencia del VX-950. Por ejemplo, si el VX-950 se administra primero, el inhibidor de CYP debe administrarse antes de que se metabolice y/o se excrete sustancialmente el VX-950 (por ejemplo, dentro de la vida media del VX-950). Análisis de Ácido Nucleico y Proteína Los genes (o sus polipéptidos codificados) de un conjunto de firma descrito en la presente, se pueden utilizar en el diagnóstico del virus de hepatitis C, y/o para predecir el resultado del tratamiento de un sujeto con el virus de hepatitis C. Además, se pueden utilizar los niveles de uno o más (o todos) genes (o polipéptido codificado) de la firma para seleccionar un régimen de tratamiento, para seleccionar las dosificaciones de un tratamiento dado, y/o para seleccionar la duración de un régimen de tratamiento. Por ejemplo, se pueden utilizar los niveles de un gen sensible a interferón en dos o más puntos del tiempo (por ejemplo, antes del tratamiento, o dentro de 1, 2, 3, 4, ó 5 días del inicio del tratamiento, y en otros tiempos, por ejemplo, cuando menos 1, 2, 3, 4, 5 o más días después del primer punto del tiempo, o 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 o más días después del inicio del tratamiento), para predecir la respuesta de un sujeto a una terapia dada (por ejemplo, VX-950). Como otro ejemplo, el patrón o los niveles de expresión de una pluralidad de genes (por ejemplo, un gen sensible a interferón) pueden correlacionarse con un régimen de tratamiento dado o con una predicción de resultado. Están disponibles numerosos métodos para detectar la expresión de un gen (por ejemplo, un ácido nucleico y/o una proteína codificada de uno o más genes del conjunto de firma descrito en la presente) (por ejemplo, un gen sensible a interferón), y para detectar los niveles de expresión, para los expertos. Los métodos incluyen métodos basados en hibridación para la detección de ácidos nucleicos (por ejemplo, reacción en cadena de la polimerasa o Northern blot), y métodos basados en anticuerpos para la detección de proteínas (por ejemplo, Western blot, radioinmunoensayo (RIA), o ELISA). Los niveles de expresión del gen del conjunto de firma se pueden determinar utilizando técnicas de ácido nucleico o de hibridación o de amplificación conocidas en este campo (por ejemplo, utilizando reacción en cadena de la polimerasa o Northern blot). Los niveles de expresión en una muestra (por ejemplo, de un sujeto con hepatitis C) se pueden comparar de una manera cuantitativa o cualitativa con los niveles de una referencia o de un control (por ejemplo, los niveles de un sujeto saludable). Los arreglos son herramientas moleculares particularmente útiles para la caracterización de una muestra, por ejemplo, una muestra de un sujeto, por ejemplo un sujeto con hepatitis C. Por ejemplo, se puede utilizar un arreglo que tenga sondas de captura para múltiples genes (o para múltiples proteínas), incluyendo sondas para un gen del conjunto de firma descrito en la presente, en un método descrito en la presente. Se puede utilizar la expresión alterada de un ácido nucleico y/o proteína codificada del conjunto de firma descrito en la presente para evaluar una muestra, por ejemplo una muestra de un sujeto, por ejemplo para predecir la respuesta del sujeto al tratamiento (por ejemplo, al tratamiento con VX-950). Los arreglos pueden tener muchas direcciones, por ejemplo sitios localizables, sobre un sustrato. Los arreglos proporcionados se pueden configurar en una variedad de formatos, cuyos ejemplos no limitantes se describen más adelante. El sustrato puede ser opaco, traslúcido, o transparente. Las direcciones se pueden distribuir sobre el sustrato en una dimensión, por ejemplo un arreglo lineal; en dos dimensiones, por ejemplo un arreglo plano; o en tres dimensiones, por ejemplo un arreglo tridimensional. El sustrato sólido puede ser de cualquier forma o configuración conveniente, por ejemplo cuadrado, rectangular, ovoide, o circular. Los arreglos se pueden fabricar mediante una variedad de métodos, por ejemplo métodos fotolitográficos (véanse, por ejemplo, las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,143,854; 5,510,270; y 5,527,681), métodos mecánicos (por ejemplo, métodos de flujo dirigido, como se describen en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,384,261), métodos basados en picos (por ejemplo, como se describen en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,288,514), y técnicas basadas en esferas (por ejemplo, como se describen en la Publicación del TCP Número PCT US/93/04145). La sonda de captura puede ser un ácido nucleico de una sola cadena, un ácido nucleico de doble cadena (por ejemplo, que se desnaturaliza antes o durante la hibridación), o un ácido nucleico que tenga una región de una sola cadena y una región de doble cadena. De una manera preferible, la sonda de captura es de una sola cadena. La sonda de captura se puede seleccionar mediante una variedad de criterios, y de preferencia se diseña mediante un programa de computación con los parámetros de optimización. La sonda de captura se puede seleccionar para hibridarse a una región del gen rica en la secuencia (por ejemplo, no homopolimérica). La Tm de la sonda de captura se puede optimizar mediante una selección prudente de la región de complementariedad y de la longitud. Idealmente, la Tm de todas las sondas de captura en el arreglo es similar, por ejemplo, está dentro de 20, 10, 5, 3, ó 2°C una de otra. El ácido nucleico aislado de preferencia es un ARNm que se puede aislar mediante los métodos de rutina, por ejemplo incluyendo el tratamiento con ADNsa para remover el ADN genómico, e hibridación a un sustrato sólido acoplado con oligo-dT (por ejemplo, como se describe en Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y). El sustrato se lava, y se eluye el ARNm. El ARNm aislado se puede transcribir inversamente, y opcionalmente se puede amplificar, por ejemplo, mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (por ejemplo, como se describe en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,683,202). El ácido nucleico puede ser un producto de amplificación, por ejemplo, a partir de la reacción en cadena de la polimerasa (Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 4,683,196 y 4,683,202); amplificación de círculo rodante ("RCA", Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,714,320), amplificación de ARN isotérmica o NASBA (Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,130,238; 5,409,818; y 5,554,517), y amplificación con desplazamiento de cadena (Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,455,166). El ácido nucleico se puede marcar durante la amplificación, por ejemplo, mediante la incorporación de un nucleótido marcado. Los ejemplos de las marcas preferidas incluyen marcas fluorescentes, por ejemplo tinte fluorescente rojo Cy5 (Amersham) o tinte fluorescente verde Cy3 (Amersham), y las marcas quimiluminiscentes, por ejemplo, como se describen en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,277,437. De una manera alternativa, el ácido nucleico se puede marcar con biotina, y se puede detectar después de la hibridación con la estreptavidina marcada, por ejemplo, estreptavidina-ficoeritrina (Molecular Probes). El ácido nucleico marcado se puede poner en contacto con el arreglo. En adición, un ácido nucleico de control o un ácido nucleico de referencia se puede poner en contacto con el mismo arreglo. El ácido nucleico de control o el ácido nucleico de referencia se puede marcar con una marca diferente del ácido nucleico de la muestra, por ejemplo, uno con un máximo de emisión diferente. Los ácidos nucleicos marcados se pueden poner en contacto con un arreglo bajo condiciones de hibridación. El arreglo se puede lavar, y luego se pueden tomar imágenes para detectar la fluorescencia en cada dirección del arreglo. Los niveles de expresión en los ácidos nucleicos de control y de muestra se pueden comparar uno en relación con el otro, o con un valor de referencia. El nivel de expresión de un polipéptido codificado por un gen del conjunto de firma se puede determinar utilizando un anticuerpo específico para el polipéptido (por ejemplo, utilizando un Western blot o un ELISA). Los niveles de polipéptido en una muestra (por ejemplo, de un sujeto con hepatitis C) se pueden comparar de una manera cuantitativa o cualitativa con los niveles de una referencia o de un control (por ejemplo, los niveles de un sujeto saludable). Más aún, los niveles de expresión de múltiples proteínas, tales como una pluralidad de las transcripciones genéticas del conjunto de firma proporcionado en la presente, se pueden determinar rápidamente en paralelo, utilizando un arreglo de polipéptido que tenga sondas de captura de anticuerpo para cada uno de los polipéptidos. Los anticuerpos específicos para un polipéptido se pueden generar como se conoce generalmente en la materia. El nivel de polipéptido de una transcripción genética proporcionada en la presente (por ejemplo, un gen sensible a interferón), se puede medir en una muestra biológica de un sujeto (por ejemplo, sangre, suero, o plasma). Se ha desarrollado un arreglo de proteína de baja densidad (formato de 96 pozos), en donde las proteínas se manchan sobre una membrana de nitrocelulosa (Ge (2000) Nucleic Acids Res. 28, e3, I-VII). Se formó un arreglo de proteína de alta densidad (100,000 muestras dentro de 222 x 222 milímetros) utilizado para el rastreo de anticuerpos, manchando las proteínas sobre difluoruro de p o I i -vinilideno (PVDF) (Lueking y colaboradores (1999) Anal. Biochem. 270: 103-111). Véase también, por ejemplo, Mendoza y colaboradores (1999). Biotechniques 27:778-788; MacBeath y Schreiber (2000) Science 289:1760- 1763; y De Wildt y colaboradores (2000) Nature Biotech. 18:989-994. Estos métodos conocidos en la técnica, y otros, se pueden utilizar para generar un arreglo de anticuerpos para la detección de la abundancia de polipéptidos (por ejemplo, codificados por las transcripciones genéticas del conjunto de firma) en una muestra. La muestra se puede marcar, por ejemplo se puede biotinilar, para la siguiente detección con estreptavidina acoplada con una marca fluorescente. Luego el arreglo se puede escanear para medir el enlace en cada dirección. La cantidad de enlace en una muestra se puede comparar con la cantidad de enlace en un control o en una referencia. Los arreglos de ácidos nucleicos y polipéptidos de la invención se pueden utilizar en una amplia variedad de aplicaciones. Por ejemplo, los arreglos se pueden utilizar para analizar una muestra de un sujeto (por ejemplo, sangre periférica o tejido de una biopsia de hígado). La muestra se compara con los datos obtenidos previamente, por ejemplo con muestras clínicas conocidas, muestras de otros pacientes, un control saludable (no infectado), o datos obtenidos de una cohorte de sujetos. Además, los arreglos se pueden utilizar para caracterizar una muestra de cultivo celular, por ejemplo para determinar un estado celular después de variar un parámetro, por ejemplo de dosificar a un paciente con una terapia contra el virus de hepatitis C, por ejemplo VX-950. Los datos de expresión se pueden almacenar en una base de datos, por ejemplo en una base de datos de relación, tal como una base de datos SQL (por ejemplo, los medios ambientes de las bases de datos Oracle o Sybase). La base de datos puede tener múltiples tablas. Por ejemplo, los datos de expresión brutos se pueden almacenar en una tabla, en donde cada columna corresponda a un gen (por ejemplo, una transcripción genética de la firma) que se esté ensayando, por ejemplo una dirección o un arreglo, y cada fila corresponde a una muestra. Una tabla separada puede almacenar los identificadores y la información de la muestra, por ejemplo, el número de lote del arreglo utilizado, la fecha, y otra información de control de calidad. Los perfiles de expresión obtenidos a partir del análisis de expresión genética sobre un arreglo, se pueden utilizar para comparar muestras y/o células en una variedad de estados, como se describe en Golub y colaboradores ((1999) Science 286:531). En una modalidad, se evalúa la información de expresión (por ejemplo, expresión de ARNm o expresión de proteína) para una transcripción genética proporcionada en la presente, por ejemplo, mediante la comparación de un valor de referencia, por ejemplo un valor de control, de un sujeto saludable. Los valores de referencia también se pueden obtener a partir de análisis estadísticos, por ejemplo, para proporcionar un valor de referencia para una cohorte de sujetos, por ejemplo sujetos agrupados por edad y género, por ejemplo sujetos normales o sujetos que tengan el virus de hepatitis C, por ejemplo un genotipo particular del virus de hepatitis C, o que se hayan sometido a una terapia particular contra el virus de hepatitis C. Se puede utilizar la similitud estadística con una cohorte de referencia particular (por ejemplo, con una referencia para una cohorte asociada con el riesgo), con el fin de proporcionar una evaluación (por ejemplo, una predicción del resultado del tratamiento) a un sujeto, por ejemplo un sujeto que haya sido diagnosticado con el virus de hepatitis C. Los sujetos adecuados para el tratamiento también se pueden evaluar para determinar la expresión y/o actividad de una transcripción genética del conjunto de firma. Los sujetos se pueden identificar como adecuados para el tratamiento (por ejemplo, con dosificación de VX-950), si la expresión y/o actividad para una transcripción genética particular es elevada en relación con una referencia, por ejemplo con un valor de referencia, por ejemplo con un valor de referencia asociado con el normal. Los sujetos a los que se esté administrando un agente descrito en la presente (por ejemplo, VX-950) u otro tratamiento, se pueden evaluar como se describe para la expresión y/o actividad de un gen descrito en la presente. El sujeto se puede evaluar en múltiples tiempos, por ejemplo en múltiples tiempos durante un curso de terapia, por ejemplo durante un régimen terapéutico, y/o antes del comienzo del régimen. El tratamiento del sujeto se puede modificar dependiendo de la manera en que esté respondiendo el sujeto a la terapia. Por ejemplo, un cambio en la expresión o actividad genética (por ejemplo, normalización de la firma) puede indicar que hay respuesta. Los efectos particulares mediados por un agente pueden mostrar una diferencia (por ejemplo, en relación con un sujeto no tratado, con un sujeto de control, o con otra referencia) que sea estadísticamente significativa (por ejemplo, valor P < 0.05 ó 0.02). El significado estadístico se puede determinar mediante cualquier método conocido en la materia. Las pruebas estadísticas de ejemplo incluyen: la Prueba T de Student, la prueba no paramétrica U de Mann Whitney, y la prueba estadística no paramétrica de Wilcoxon. Algunas relaciones estadísticamente significativas tienen un valor P de 0.05 ó 0.02. Métodos de Evaluación del Material Genético Existen numerosos métodos para evaluar el material genético con el fin de proporcionar la información genética. Estos métodos se pueden emplear para evaluar un locus genético que incluya un gen del conjunto de firma. Los métodos se pueden emplear para evaluar uno o más nucleótidos, por ejemplo una región codificante o no codificante del gen, por ejemplo en una región reguladora (por ejemplo, un promotor, una región que codifique una región no traducida o intrón, etc.). Las muestras de ácidos nucleicos se pueden analizar empleando técnicas biofísicas (por ejemplo, hibridación, electroforesis, etc.), secuenciación, técnicas basadas en enzimas, y combinaciones de las mismas. Por ejemplo, se puede utilizar la hibridación de los ácidos nucleicos de muestra a los microarreglos de ácidos nucleicos, con el objeto de evaluar las secuencias en una población de ARNm, y de evaluar los polimorfismos genéticos. Otras técnicas basadas en hibridación incluyen el enlace de cebador específico de la secuencia (por ejemplo, PCR ó LCR); análisis Southern de ADN, por ejemplo ADN genómico; análisis Northern de ARN, por ejemplo ARNm; técnicas basadas en sonda fluorescente (por ejemplo, Beaudet y colaboradores (2001) Genome Res. 11 (4):600-608); y amplificación específica del alelo. Las técnicas enzimáticas incluyen digestión con enzima de restricción; secuenciación; y extensión de una sola base (SBE). Estas y otras técnicas son bien conocidas por los expertos en este campo. Las técnicas electroforéticas incluyen electroforesis capilar y detección de Polimorfismo de Conformación de Una Sola Cadena (SSCP) (véase, por ejemplo, Myers y colaboradores, (1985) Nature 313:495-8, y Ganguly (2002) Hum. Mutat. 19(4):334-42). Otros métodos biofísicos incluyen cromatografía de líquidos a alta presión desnaturalizante (DHPLC). En una modalidad, se puede utilizar la tecnología de amplificación específica del alelo que depende de la amplificación selectiva con reacción en cadena de la polimerasa, para obtener la información genética. Los oligonucleótidos utilizados como cebadores para la amplificación específica pueden llevar la mutación de interés en el centro de la molécula (de tal manera que la amplificación depende de la hibridación diferencial) (Gibbs y colaboradores (1989) Nucí. Acids Res. 17:2437-2448), o en el extremo 3' de un cebador, en donde, bajo las condiciones apropiadas, un mal emparejamiento puede prevenir o reducir la extensión de la polimerasa (Prossner (1993) Tibtech 11:238) En adición, es posible introducir un sitio de restricción en la región de la mutación para crear la detección basada en la disociación (Gasparini y colaboradores (1992) Mol. Cell Probes 6:1). En otra modalidad, la amplificación se puede llevar a cabo utilizando ligasa Taq para la amplificación (Barany (1991) Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 88:189). En estos casos, el ligamiento ocurrirá solamente si hay un perfecto emparejamiento en el extremo 3' de la secuencia 5', haciendo posible detectar la presencia de una mutación conocida en un sitio específico, buscando la presencia o la ausencia de la amplificación.

Los métodos enzimáticos para detectar secuencias incluyen los métodos basados en amplificación, tales como la reacción en cadena de la polimerasa (PC ; Saiki, y colaboradores (1985) Science 230:1350-1354) y la reacción de la cadena de ligasa (LCR; Wu y colaboradores (1989) Genomics 4:560-569; Barringer y colaboradores (1990), Gene 1989:117-122; F. Barany (1991) Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 1988:189-193); los métodos basados en la transcripción utilizan síntesis de ARN mediante polimerasas de ARN para amplificar el ácido nucleico (Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 6,066,457; 6,132,997; y 5,716,785; Sarkar y colaboradores (1989) Science 244:331-34; Stofler y colaboradores (1988) Science 239:491); NASBA (Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,130,238; 5,409,818; y 5,554,517); amplificación de círculo rodante (RCA; Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,854,033 y 6,143,495), y amplificación de desplazamiento de cadena (SDA; Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,455,166 y 5,624,825). Los métodos de amplificación se pueden utilizar en combinación con otras técnicas. Otras técnicas enzimáticas incluyen la secuenciación utilizando polimerasas, por ejemplo polimerasas de ADN, y variaciones de las mismas, tales como tecnología de extensión de una sola base. Véanse, por ejemplo, las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 6,294,336; 6,013,431; y 5,952,174. También se puede utilizar la detección basada en fluorescencia para detectar los polimorfismos de los ácidos nucleicos. Por ejemplo, los ddNTPs terminadores diferentes se pueden marcar con tintes fluorescentes diferentes. Un cebador se puede templar cerca o inmediatamente adyacente a un polimorfismo, y el nucleótido en el sitio polimórfico se puede detectar mediante el tipo (por ejemplo, "color") del tinte fluorescente que se incorpore. También se puede utilizar la hibridación a microarreglos para detectar los polimorfismos, incluyendo los SNPs. Por ejemplo, un conjunto de diferentes oligonucleotidos, con el nucleótido polimórfico en diferentes posiciones en los oligonucleotidos, se puede colocar sobre un arreglo de ácido nucleico. La extensión de la hibridación como una función de la posición e hibridación a oligonucleotidos específicos para el otro alelo, se puede utilizar para determinar si está presente un polimorfismo particular. Véase, por ejemplo, la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,066,454. En una implementación, las sondas de hibridación pueden incluir uno o más malos emparejamientos adicionales para desestabilizar la formación de dúplex y sensibilizar el ensayo. El mal emparejamiento puede estar directamente adyacente a la posición pedida, o dentro de 10, 7, 5, 4, 3, ó 2 nucleótidos de la posición pedida. También se pueden seleccionar sondas de hibridación que tengan una Tm particular, por ejemplo, entre 45°C y 60°C, entre 55°C y 65°C, o entre 60°C y 75°C. En un ensayo múltiplex, las Tms se pueden seleccionar dentro de 5, 3, ó 2°C unas de otras. También es posible secuenciar directamente el ácido nucleico para un locus genético particular (por ejemplo, un locus de una transcripción genética), por ejemplo mediante amplificación y secuenciación, o mediante amplificación, clonación y secuenciación. Se pueden utilizar aparatos de secuenciación automatizados de alta producción (por ejemplo, basados en capilaridad o en microchips). En todavía otras modalidades, se analiza la secuencia de una proteína de interés para inferir su secuencia genética. Los métodos para analizar una secuencia de proteína incluyen secuenciación de proteínas, espectroscopia de masas, inmunoglobulinas específicas de la secuencia/epítopo, y digestión de proteasa. Kits y Reactivos Una o más de las transcripciones genéticas de la firma de transcripción descrita en la presente se pueden utilizar como un componente de un kit o como un reactivo, por ejemplo un kit de diagnóstico o un reactivo de diagnóstico. Por ejemplo, un ácido nucleico (o su complemento) (por ejemplo, un oligonucleótido, por ejemplo una sonda) correspondiente a uno o más de los genes descritos en la presente (o uno o más conjuntos de firma descritos en la presente) puede ser un miembro de un arreglo de ácido nucleico contra el cual se hibride una muestra (por ejemplo, de un sujeto, por ejemplo un sujeto que se esté evaluando para determinar la infección por el virus de hepatitis C), con el fin de determinar el nivel de expresión genética. Por ejemplo, un conjunto de firma descrito en la presente puede estar presente sobre un arreglo para un ensayo de expresión genética TAQMAN® (Applied Biosystems) (por ejemplo, un ensayo TAQMAN® a la medida), por ejemplo, para utilizarse en un formato de placa de 384 pozos, por ejemplo empleando los protocolos convencionales. La evaluación de diagnóstico de la muestra de un sujeto (por ejemplo, sangre periférica) se puede llevar a cabo, por ejemplo, en el consultorio del doctor, en un laboratorio de hospital, o en un laboratorio por contrato. El ácido nucleico puede contener la transcripción genética de longitud completa (o su complemento), o un fragmento de la transcripción (o su complemento) (por ejemplo, un oligonucleótido, por ejemplo una sonda), que le permita enlazarse específicamente con el complemento de ácido nucleico (o con el ácido nucleico) en la muestra bajo condiciones de hibridación seleccionadas. Entonces se puede comparar el nivel con un valor de control o de referencia. El valor de control o de referencia puede ser parte del kit, o de una manera alternativa, el kit puede contener la dirección de la World Wide Web (Red Amplia Mundial) en donde se localice la información de referencia. De una manera alternativa, el ácido nucleico (o su complemento) correspondiente a uno o más de los genes descritos en la presente, se puede proporcionar como un reactivo (por ejemplo, un reactivo de diagnóstico), que se puede utilizar para detectar la presencia y el nivel de una transcripción genética descrita en la presente. Por ejemplo, el ácido nucleico (o su complemento) se puede marcar con una marca detectable, y se puede hibridar con el ácido nucleico de una muestra. Entonces se puede comparar el nivel de hibridación con un valor de referencia. El valor de referencia se puede proporcionar con el reactivo, o de una manera alternativa, el reactivo puede contener una dirección de la World Wide Web (Red Amplia Mundial) para un sitio en donde se localice la información de referencia. De la misma manera, el polipéptido correspondiente a un gen descrito en la presente se puede utilizar como un reactivo o como un componente de un kit. El polipéptido puede ser el polipéptido de longitud completa o un fragmento del mismo, que le permita enlazarse específicamente a un anticuerpo o a un ligando (por ejemplo, ligando receptor o componente de enlace o fragmento del mismo) que sea específico para la proteína a partir de la cual se derive el fragmento, o que permita de otra manera la identificación específica de la proteína. En otra modalidad, los anticuerpos (incluyendo las inmunoglobulinas intactas y/o de longitud completa de los tipos IgA, IgG (por ejemplo, IgGI , lgG2, lgG3, lgG4), IgE, IgD, IgM (así como los subtipos de las mismas), y los fragmentos de anticuerpos, por ejemplo los anticuerpos de una sola cadena, fragmentos Fab, fragmentos F(ab')2, fragmentos Fd, fragmentos Fv, y fragmentos dAb), específicos para uno o más polipéptidos codificados por las transcripciones genéticas, pueden ser un reactivo o componente de un kit para la detección del polipéptido. Por ejemplo, una muestra se puede poner en contacto con el anticuerpo bajo condiciones que permitan el enlace del anticuerpo con su antígeno, y entonces se detecta la presencia y/o cantidad de enlace (por ejemplo, mediante ELISA). Cualquiera de los kits puede incluir opcionalmente instrucciones para su uso (por ejemplo, cómo utilizar el kit con el fin de predecir el resultado de un tratamiento, o para seleccionar un régimen de tratamiento, etc.), o puede contener una dirección de la World Wide Web (Red Amplia Mundial) hacia una liga en donde se proporcionen instrucciones. Los reactivos también se pueden suministrar con instrucciones para su uso (por ejemplo, cómo utilizar los reactivos con el fin de predecir el resultado de un tratamiento, o para seleccionar un régimen de tratamiento, etc.), o una dirección de la World Wide Web (Red Amplia Mundial) hacia una liga en donde se proporcionen instrucciones. Como un ejemplo, los patrones de expresión de una pluralidad de genes (por ejemplo, un conjunto de firma) descritos en la presente, en una muestra de un sujeto, se pueden comparar con los patrones de expresión de los mismos genes de las referencias, por ejemplo respondentes mejorados o respondentes no mejorados para una terapia particular (por ejemplo, dosificación de VX-950), o sujetos no infectados. A partir de la comparación, se puede hacer una predicción, por ejemplo, si la muestra del sujeto tiene el mismo patrón de expresión o uno similar de las transcripciones genéticas que el respóndeme mejorado; se puede hacer una predicción de que el sujeto también responderá bien a la terapia dada. El que un patrón o expresión sea igual o similar puede ser determinado por un experto basándose en el conocimiento de la técnica, y opcionalmente puede incluir métodos estadísticos. Los kits y reactivos se pueden utilizar, por ejemplo, para diagnosticar el virus de hepatitis C, para predecir el resultado del tratamiento de un sujeto con el virus de hepatitis C (por ejemplo, si se administra al sujeto una terapia particular), seleccionar un régimen de tratamiento (por ejemplo, una monoterapia o una terapia de combinación), seleccionar las dosificaciones de un tratamiento dado, y/o seleccionar la duración de un régimen de tratamiento. Usos Adicionales En un método, se proporciona la información acerca de los niveles de expresión genética del sujeto, por ejemplo, el resultado de la evaluación de un conjunto de firma descrito en la presente (por ejemplo, un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C), (por ejemplo, se comunica, por ejemplo se comunica electrónicamente) a una tercera parte, por ejemplo un hospital, clínica, entidad gubernamental, parte reembolsante o compañía de seguros (por ejemplo, una compañía de seguros de vida). Por ejemplo, la elección del procedimiento médico, el pago por un procedimiento médico, el pago por una parte reembolsante, o el costo por un servicio o seguro, pueden ser una función de la información. Por ejemplo, la tercera parte recibe la información, una determinación basándose cuando menos en parte en la información, y opcionalmente comunica la información o hace una elección de procedimiento, pago, nivel de pago, cobertura, etc., basándose en la información. En una modalidad, se evalúa una prima para seguro (por ejemplo, de vida o médico) como una función de la información acerca de uno o más niveles de expresión genética, por ejemplo, un conjunto de firma descrito en la presente, por ejemplo un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C. Por ejemplo, las primas se pueden aumentar (por ejemplo, por cierto porcentaje) si los genes de un conjunto de firma descrito en la presente se expresan diferencialmente entre un candidato asegurado (o un candidato que busque cobertura de seguros) y un valor de referencia (por ejemplo, una persona no infectada por el virus de hepatitis C). Como otro ejemplo, las primas se pueden reducir si los niveles de un gen sensible a interferón son sostenidos (como se describe en la presente) después del tratamiento con un inhibidor de proteasa viral (por ejemplo, VX-950) en el candidato asegurado infectado por el virus de hepatitis C, o en un candidato infectado por el virus de hepatitis C que busque cobertura de seguro. Las primas también se pueden escalar dependiendo de los niveles de expresión genética, por ejemplo el resultado de la evaluación de un conjunto de firmas descrito en la presente (por ejemplo un conjunto de firmas de la infección por el virus de hepatitis C). Por ejemplo, las primas se pueden evaluar para distribuir el riesgo, por ejemplo, como una función de los niveles de expresión genética, por ejemplo, el resultado de evaluar un conjunto de firma descrito en la presente (por ejemplo, un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C). En otro ejemplo, las firmas se evalúan como una función de los datos actuariales que se obtienen de los sujetos que sean respondentes mejorados o no mejorados. La información acerca de los niveles de expresión genética, por ejemplo, el resultado de evaluar un conjunto de firma descrito en la presente (por ejemplo, un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C), se puede utilizar, por ejemplo, en un proceso de suscripción para un seguro de vida. La información se puede incorporar en un perfil acerca de un sujeto. Otra información del perfil puede incluir, por ejemplo, fecha de nacimiento, género, estado civil, información bancaria, información de crédito, hijos, etc. Se puede recomendar una póliza de seguro como una función de la información sobre los niveles de expresión genética, por ejemplo, el resultado de evaluar un conjunto de firma descrito en la presente (por ejemplo, un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C), junto con uno o más puntos de información adicionales en el perfil. También se puede evaluar una prima de seguro o una evaluación de riesgo como una función de la información del conjunto de firma. En una implementación, se asignan puntos con base en ser un respondente mejorado o no mejorado. En una modalidad, se analiza la información acerca de los niveles de expresión genética, por ejemplo el resultado de evaluar un conjunto de firma descrito en la presente (por ejemplo, un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C), mediante una función que determina si se autoriza la transferencia de fondos para pagar por un servicio o tratamiento proporcionado a un sujeto (o para tomar otra decisión referida en la presente). Por ejemplo, los resultados de analizar un conjunto de firma descrito en la presente, pueden indicar que un sujeto es un respondente no mejorado, sugiriendo que se necesita un programa de tratamiento más largo, desencadenando de esta manera un resultado que indica o provoca la autorización para pagar por un servicio o tratamiento (por ejemplo, una duración más larga de la terapia contra el virus de hepatitis C, por ejemplo la terapia con VX-950) proporcionado a un sujeto. Por ejemplo, una entidad, por ejemplo un hospital, proveedor de cuidados, entidad gubernamental, o una compañía de seguros u otra entidad que pague por, o que reembolse, los gastos médicos, puede utilizar el resultado de un método descrito en la presente para determinar si una parte, por ejemplo una parte diferente del paciente sujeto, pagará por los servicios (por ejemplo, una monoterapia particular o una terapia de combinación, y/o cierta duración de la terapia) o el tratamiento proporcionado al paciente. Por ejemplo, una primera entidad, por ejemplo una compañía de seguros, puede utilizar el resultado de un método descrito en la presente para determinar si se proporciona el pago financiero a, o a nombre de, un paciente, por ejemplo, si se reembolsa a una tercera parte, por ejemplo un vendedor de bienes o servicios, un hospital, médico, u otro proveedor de cuidados, por un servicio o tratamiento proporcionado a un paciente. Por ejemplo, una primera entidad, por ejemplo una compañía de seguros, puede utilizar el resultado de un método descrito en la presente para determinar si continúa, interrumpe, inscribe a un individuo en un plan o programa de seguro, por ejemplo un plan o programa de seguro de salud o de seguro de vida. EJEMPLOS Se llevaron a cabo experimentos, en parte, para identificar un conjunto mínimo de transcripciones genéticas asociadas con la infección crónica por el virus de hepatitis C en muestras clínicas, para establecer un conjunto de datos de expresión genética de la línea base (por ejemplo, conjunto de firma) en la sangre periférica, que puede incluir genes para monitorear y correlacionar con los resultados del tratamiento, y para determinar si la actividad anti-viral de VX-950 da como resultado cambios en la expresión genética en las células de sangre periférica de una manera coincidente con la eliminación viral en plasma. Una comparación de las muestras de sangre periférica de la línea base de sujetos saludables y con el virus de hepatitis C, identificó un conjunto robusto y estadísticamente significativo de 258 genes (un conjunto de firma) asociados con la infección por el virus de hepatitis C (índice de descubrimiento de falsos del 5 por ciento). Un subconjunto de cambios de expresión en los pacientes infectados por el virus de hepatitis C fue de una magnitud regularmente grande (de dos veces a cinco veces), y reflejó la regulación de los genes que previamente habían demostrado estar asociados con la respuesta anti-viral del huésped. En seguida de la dosificación con VX-950 durante 14 días, la expresión de estos genes tendió a normalizarse hacia los niveles que se ven en los sujetos saludables, indicando que el VX-950 normalizó el conjunto de firma, y condujo a una caída media de 4.4 log en la carga viral en plasma del virus de hepatitis C (por ejemplo, en los sujetos dosificados con 750 miligramos de VX-950). Los niveles sostenidos de genes sensibles a interferón (ISGs) en la sangre periférica durante la dosificación con VX-950, estuvieron asociados con una mejor respuesta anti-viral. Sin obligarse por la teoría, parece que la inhibición de NS3/4A mediante el VX-950 puede restablecer la señalización de IFN, bloquear la réplica viral en los hepatocitos, y bloquear la disociación de TRIF/CARDIF, restableciendo de esta manera la señalización de IRF3 y RIG-1, y la transcripción de los genes sensibles a interferón que activan las defensas anti-virales intrínsecas, incluyendo la producción de IFNp, en los hepatocitos. Además, se cree, con respecto a la eliminación en plasma del ARN de HCV, que las células-B, los monocitos, y las células dendríticas pueden absorber y degradar las partículas del virus de hepatitis C, y la degradación libera a las proteínas virales y al dsARN que activan la expresión genética en las células de sangre periférica. La eliminación del ARN de HCV en plasma, y la eliminación de las partículas de virus, pueden dar como resultado la normalización de la firma de la expresión genética. En contraste, la expresión genética persiste (por ejemplo, y no se presenta ninguna normalización) en la presencia de 2-3 logs de ARN de HCV en plasma. Finalmente, parece que la expresión sostenida de los genes sensibles a interferón en los sujetos que liberan el ARN de HCV en plasma, puede reflejar defensas anti-virales intrínsecas restablecidas, y una secreción de interferones. La expresión sostenida de genes sensibles a interferón puede ser un signo del re-surgimiento de una respuesta inmune efectiva que es esencial para eliminar los hepatocitos infectados por el virus de hepatitis C residuales. Por consiguiente, se puede monitorear la expresión de los genes sensibles a interferón y otros genes asociados con la inmunidad adquirida para establecer las correlaciones potenciales con los resultados del tratamiento. Ejemplo 1 : Materiales y Métodos Los estudios presentados en la presente incluyeron cuatro paneles, cada uno de seis sujetos saludables, a los que se administró placebo, 450 miligramos cada 8 horas (q8h), o 750 miligramos cada 8 horas (q8h), o 1,250 miligramos cada 12 horas (q12h) de VX-950 durante 5 días, y 4 paneles de sujetos con placebo administrado con el virus de hepatitis C (6 sujetos), 450 miligramos (10 sujetos) cada 8 horas, o 750 miligramos de VX-950 (8 sujetos) cada 8 horas, o 1,250 miligramos (10 sujetos) cada 12 horas durante 14 días. Aislamiento de ARN: Se recolectó la sangre entera periférica (2.5 mililitros) antes de la dosis y en el día 5, de los sujetos saludables, y antes de la dosis, en los días -7, -14, y en el seguimiento de los sujetos con el virus de hepatitis C. Se aisló el ARN total utilizando tubos y protocolos convencionales PAXGENE BLOOD RNA (Qiagen). Las transcripciones de globina se redujeron utilizando el Kit de Remoción de ARNm de Globina Humana GLOBINCLEARMR (Ambion). Análisis de Transcripción: Los análisis de transcripción se llevaron a cabo utilizando los arreglos de genes Affymetrix U133 versión 2.0 después de la reducción de globina. El ARN se preparó utilizando los protocolos convencionales, y se híbrido a los arreglos de Genoma Humano Affymetrix U133 plus 2.0. Análisis de Datos: Los datos se procesaron utilizando el Bioconductor, un software, primordialmente basado en el lenguaje de programación R, para el análisis y la comprensión de los datos genómicos (Bioconductor.org). Los datos se procesaron previamente utilizando el paquete GCRMA en Bioconductor, que se normaliza en el nivel de la sonda utilizando el contenido de GC de las sondas en la normalización con el RMA (multi-arreglo robusto). Los genes diferencialmente expresados estadísticamente significativos se identificaron utilizando el algoritmo SAM (Análisis de Significado de Microarreglos), con un índice de descubrimiento de falsos del 5 por ciento. Agrupación: Los genes diferencialmente expresados estadísticamente significativos se sometieron entonces a una agrupación jerárquica (aglomerativa) de tanto los genes como los sujetos, utilizando la función de "heatmap" (mapa de calor) del Bioconductor, para identificar el conjunto mínimo que se distinguirá entre los dos grupos.

Ejemplo 2: Demografía de los Sujetos Infectados con el Virus de Hepatitis C El estudio de los sujetos con infecciones crónicas por el virus de hepatitis C incluyeron 6 sujetos que recibieron un placebo, 10 sujetos que fueron dosificados con VX-950 en 400 miligramos cada 8 horas, 8 sujetos que fueron dosificados con VX-950 en 750 miligramos cada 8 horas, y 10 sujetos que fueron dosificados con VX-950 en 1,200 miligramos cada 8 horas. La demografía de los sujetos fue comparable entre los grupos, excepto que hubo más mujeres en el grupo de dosis de 750 miligramos. Solamente 5 de 28 sujetos que recibieron VX-950 no habían recibido una terapia previa para el virus de hepatitis C. La demografía de los sujetos se muestra en la Tabla 1. Tabla 1: Demografía de Sujetos Placebo 450 mg q8h 750 mg q8h 1,250 mg q12h (n=6) (n=10) (n=8) (n=10) Hombres/Mujeres 3/3 8/2 3/5 8/2 Edad media (años) 53 47 52 44 Peso medio (kg) 77.2 78.5 75.0 70.0 Tratamiento puro 2 1 1 3 ARN de HCV 6.38 6.45 6.13 6.48 medio (log0)* Placebo 450 mg q8h 750 mg q8h 1,250 mg q12h (n=6) (n=10) (n=8) (n=10) ARN de HCV 6.28 6.54 6.18 6.46 promedio (log10)* *: Los niveles de ARN de HCV se determinaron mediante la Prueba de HCV COBAS AmpliPrep/COBAS TAQM ANMR (Roche Molecular Diagnostics).

Ejemplo 3: El Tratamiento con VX-950 Reduce las Cargas Virales de HCV Se examinaron las cargas virales de HCV en los sujetos infectados por el virus de hepatitis C en cada uno de los grupos descritos en el Ejemplo 2. Como se muestra en la Figura 1, los sujetos con placebo no tuvieron un cambio significativo en la carga viral (círculos huecos), mientras que todos los sujetos dosificados con VX-950 tuvieron una caída inicial de >2 log en la carga viral. Todos los grupos de dosis mostraron una declinación fuerte de los niveles de ARN en los primeros 2 a 3 días. Después de la declinación fuerte inicial durante los 3 días, se observó un índice más lento de declinación de ARN en el grupo de dosis de 750 miligramos (rombos), pero el ARN de HCV medio todavía estaba disminuyendo al final de los 14 días. En este ensayo, para los grupos de dosis de 450 miligramos (cuadrados) y de 1,250 miligramos (triángulos), los niveles de ARN permanecieron más o menos estables, y todavía tenían tendencia a aumentar nuevamente.

Ejemplo 4: Conjunto de Firma de la Infección por el Virus de Hepatitis C El análisis de agrupación jerárquica reveló un conjunto de firma asociado con la infección crónica por el virus de hepatitis C. Una comparación de los genes que se expresan diferencialmente entre los sujetos saludables y los sujetos infectados por el virus de hepatitis C en el punto del tiempo antes de la dosis, reveló un conjunto de firma de la infección por el virus de hepatitis C. Este conjunto de firma consiste en 258 genes asociados con la infección crónica por el virus de hepatitis C (FDR <5 por ciento). El conjunto de firma de 258 genes se identificó en la línea base, es decir, antes del establecimiento de la dosificación con VX-950. Además, en la dosificación con VX-950, los niveles de expresión en los pacientes infectados por el virus de hepatitis C se resolvió hacia los niveles saludables, como se describe en el Ejemplo 5. En la Tabla 2 se proporciona la lista completa de los 258 genes, incluyendo la identificación (ID) del conjunto de sonda Affymetrix, el símbolo del gen, la descripción del gen, el proceso biológico GO (ontología del gen), la función molecular GL, y el componente celular GL.

Tabla 2: Genes de un Conjunto de Firma del Virus de Hepatitis C (HCV) ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular ción del Componente Celular Firma del GO GO Affy- Gen GO Gen me- trix 1557 ... ... ... ... ... 961_ s_at 2273 ... ... ... ... ... 53_at 2284 ... Clon de ... ... ... 12_at ADNc de longitud completa CsODf004 Yg03 de cerebro fetal de Homo Sapiens (Humano) 2285 ... ... ... ... ... 49_at ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2287 — LOC389185 ... ... ... 58_at hipotético 2322 — Gen ... ... ... 53_at hipotético soportado por Ak128882 2387 — L.0C388969 ... ... ... 68_at hipotético 2045 ABC Cásete de Transporte de Enlace de Fracción de 67_s G1 enlace de lípido /// nucleótido/// enlace membrana/// retículo _at Atp, submetabolismo de de Atp/// actividad endoplásmico/// pila familia G colesterol/// del transportador de de Golgi/// (blanca), detección de L-triptófano/// membrana/// integral miembro 1 estímulo actividad del de membrana/// hormonal/// transportador de integral de respuesta a nucleótido de membrana de sustancia purina/// actividad plasma orgánica/// de permeasa/ homeostasis de actividad de colesterol/// ATPasa/// actividad ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix transporte/// de ATPasa, transporte de acoplada con lípido/// transporte movimiento transmembrana de sustancias/// actividad de dimerización de proteína/// enlace de Atp/// actividad de trifosfatasa de nucleósido/// actividad de ATPasa, acoplada con movimiento transmembrana de sustancias/// actividad de ATPasa, acoplada con movimiento transmembrana de sustancias 2130 ABH 3 que — Actividad catalítica/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular ción del Componente Celular Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 17_at D3 contiene actividad de dominio de hidrolasa abhidrolas a 2023 ACB 3 que Biosíntesis de Enlace de acil- Mitocondria/// pila de 23_s D3 contiene esteroide/// Coa/// actividad de Golgi/// membrana _at dominio de Transporte de portador de proteína enlace de proteína acil- intracelular/// coenzima Biosíntesis de A lípido 2017 ADA Desaminas Procesamiento de Enlace de ADN/// Núcleo/// 86_s R a de ARNm/// edición enlace de ARN de citoplasma/// _at adenosina, de ARN/// doble cadena/// intracelular/// núcleo específica respuesta humoral actividad de de ARN antimicrobiana desaminasa de {Sensu adenosina de doble vertebrata)/// cadena/// actividad conversión de de hidrolasa/// base o edición de enlace de ión de sustitución/// metal/// actividad de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix procesamiento de desaminasa de ARN ARN de doble cadena/// enlace de ARN/// actividad de desaminasa de adenosina de ARN de doble cadena/// actividad de desaminasa de adenosina/// enlace de ión de zinc/// actividad de desaminasa de adenosina de ARN de doble cadena 2391 ADD Aduciría 3 Constituyente Citoesqueleto /// 71 _at 3 (gamma) estructural de membrana /// citoesqueleto/// membrana enlace de calmodulina 2029 AD Adrenome Biosíntesis de Actividad de Espacio extracelular ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 12_at M dulina Camp/// biosíntesis hormona/// enlace /// fracción soluble /// de progesterona/// de receptor región extracelular transducción de señal/// señalización de célula-célula/// embarazo/// excreción/// circulación/// respuesta a heridas 2008 AHC 1 tipo Metabolismo de Actividad de ... 49_s YL1 hidrolasa compuesto de un adenosil- _at de S- átomo de carbono homocisteinasa/// adenosil- actividad de homocisteí hidrolasa na 2255 AKI Proteína 1 Regulación Enlace de proteína Núcleo/// núcleo 55_x P de negativa de _at interacción mitosis/// con cinasa regulación positiva ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix aurora A de proteólisis 2227 AP1 Protefna 1 Transporte de Enlace de ión de Pila de Golgi/// 15_S GBP de enlace proteína calcio membrana/// _at 1 de ¡ntracelular/// complejo adaptador subunidad endocitosis/// Ap-1/// citoplasma/// Api transporte/// aparato de Golgi gamma transporte de proteína 2098 Enlace de Desarrollo de Enlace de ... 70_s proteína sistema nervioso/// proteína/// enlace de _at precursora transporte de proteína/// enlace de amiloide proteína/// proteína beta (A4), transporte familia A, miembro 2 (tipo X1 1 ) 2285 Proteína 2 Senda de Enlace de ADN/// Núcleo/// integral de 20_s tipo señalización de actividad inhibidora membrana/// _at precursor proteína receptora de endopeptidasa núcleo/// integral de amiloide acoplada con tipo serina/// enlace membrana beta (A4) proteína-G de proteína/// enlace ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de ADN/// actividad inhibidora de endopeptidasa/// enlace 2216 Apolipopro Metabolismo de Enlace de Región extracelular/// 53_x teína L, 2 lípidos/// transporte receptor/// enlace de ¡ntracelular _at de lípidos/// lipoproteína de alta respuesta en fase densidad/// enlace aguda/// de lípidos/// enlace desarrollo/// de lípidos metabolismo de colesterol/// metabolismo de lipoproteína/// transporte 2257 Proteína 6 — — — 07_at de interacción con factor tipo ribosilación ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de Adp 6 2098 ARN Tipo Regulación de Actividad de factor Núcleo 24_s TL translocaliz transcripción, de transcripción/// _at ador dependiente de actividad de nuclear de ADN/// transductor de receptor transducción de señales/// enlace de de aril- señal/// ritmo ADN/// actividad hidrocarbu circadiano/// reguladora de ro transcripción/// transcripción/// regulación de actividad de transcripción receptor 2088 ATP ATPasa, Transporte/// Actividad de Complejo de ATPasa 36_at 1 B3 transporte transporte de ión ATPasa de de intercambio de de de potasio/// intercambio de sodio:potasio/// Na+/K+, transporte de ión sodio: potasio/// membrana/// integral polipéptido de sodio enlace de ión de de membrana beta 3 potasio/// enlace de ión de sodio/// actividad de ATPasa de intercambio de sodio:potasio ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix 2141 ATP ATPasa, Transporte de Actividad de Fracción de 49_S 6V0 transporte iones/// transporte transportador/// membrana/// _at E de H+, de protones actividad de complejo de ATPasa lisosomal acoplado con hidrolasa/// actividad de dos sectores de 9Kda, V0 síntesis de ATP/// de sintasa de ATP transporte de subunidad transporte de de transporte de protones/// integral E protones/// hidrógeno, de membrana transporte/// mecanismo transporte de giratorio/// actividad protones de ATPasa de transporte de hidrógeno, mecanismo giratorio/// actividad de transportador de ión de hidrógeno/// actividad de ATPasa de transporte de hidrógeno, mecanismo giratorio 2363 BAC Homología Transcripción/// Enlace de ADN/// Núcleo 07_at H2 de Btb y regulación de enlace de proteína ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix Cnc, factor transcripción, de dependiente de transcripci ADN ón de cremallera de leucina básico 2 2031 BCL CU de Regulación Actividad de factor Complejo mediador/// 40_at 6 células-B/// negativa de de transcripción/// núcleo/// núcleo linfoma 6 transcripción a enlace de proteína/// (proteína partir del promotor enlace de ¡ón de de dedo de de polimerasa de zinc/// enlace de ¡ón zinc 51 )/// ARN li/// de metal/// enlace CU de transcripción/// de ácido nucleico/// células-B/// regulación de enlace de ADN/// linfoma 6 transcripción, enlace de proteína (proteína dependiente de de dedo de ADN/// respuesta zinc 51 ) inflamatoria/// regulación positiva de proliferación celular/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix regulación de transcripción, dependiente de ADN 2286 BIR Factor- 1 Enlace de ion de 17 at C4B asociado zinc P con Xiap 2435 BTG Gen 1 de Desarrollo de Actividad de co- Núcleo/// núcleo/// 09 at 1 translocaliz espermatida/// factor de citoplasma ación de regulación transcripción/// células-B, negativa de enlace de cinasa/// anti- proliferación enlace de proteína/// proliferativ célula/// migración enlace de enzima o celular/// regulación negativa de crecimiento celular/// regulación de apoptosis/// regulación positiva ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de actividad enzlmática/// regulación de transcripción/// regulación positiva de diferenciación de células endoteliales/// regulación positiva de diferenciación de mloblastos/// regulación positiva de anglogénesis 2039 Butirofilina, Metabolismo de ... Integral de 44_x subfamilia lípidos membrana/// Integral _at 2, miembro de membrana de A1 plasma 2052 BTN Butirofilina, — ... Integral de 98_S 2A2 subfamilia membrana _at 2, miembro A2 ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2014 BUB Retoño Mitosis/// punto de — Cinetocoro/// núcleo 57_x 3 Bub3 no verificación de _at inhibido huso mitótico/// por proliferación homólogo celular/// punto de de verificación bencimida mitótico zoles 3 (levadura) 2224 C10 Marco de — ... ... 64_s orfl lectura _at 19 abierta 1 19 del cromosom a 10 2194 C13 Marco de — Actividad de — 71 _at orfl lectura inhibidor de 8 abierta 18 fosfatasa de del proteína cromosom a 13 ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2224 C1 o Marco de 58_s rf10 lectura _at 8 abierta 108 del cromosom a 1 2120 C1 o Marco de ... ... ... 03_at rf44 lectura abierta 144 del cromosom a 1 2178 C20 Marco de — ... ... 35_x orf2 lectura _at 4 abierta 24 del cromosom a 20 2160 C20 Marco de — ... Integral de 32_s orf4 lectura membrana _at 7 abierta 47 ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular ción del Componente Celular Firma del GO GO Aff Gen GO y- Gen me- trix del cromosom a 20 2231 C6o Marco de — — ... 45_S rf16 lectura _at 6 abierta 166 del cromosom a 6 2432 C7o Tipo 9 que — — — 71_at rf6 contiene dominio de motivo estéril alfa 2071 CAS Caspasa Proteólisis/// Enlace de Citoplasma 81_s P7 7, programa proteína/// actividad _at peptidasa apoptótico/// de peptidasa/// de cisteína apoptosis/// actividad de relacionad apoptosis peptidasa tipo a con cisteína/// actividad apoptosis de caspasa/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix actividad de peptidasa tipo cisterna/// actividad de hidrolasa Actividad de Membrana de receptor tipo plasma/// integral de rodopsina/// membrana de actividad de plasma/// integral de receptor/// enlace de membrana/// proteína/// actividad membrana de de receptor de plasma quimiocina C-C/// actividad de transductor de señales/// actividad de receptor acoplado con proteína G/// actividad de receptor de quimiocina ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2050 CC Receptor Quimiotaxis/// 98_at R1 de respuesta quimiocina inflamatoria // (motivo C- adhesión celular/// C) 1 señalización de proteína-G, acoplada con segundo mensajero de nucleótido cíclico/// elevación de concentración de ión de calcio citosóllco/// señalización de célula-célula/// senda de señalización mediada por citoquina y quimiocina/// transducción de señales/// senda ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de señalización de proteína receptora acoplada con proteína-G/// quimiotaxis/// respuesta inmune/// transducción de señales enlazada con receptor de superficie celular/// respuesta a heridas 2035 CD4 Antígeno Respuesta Actividad de Membrana de 47_at Cd4 (P55) inmune/// adhesión receptor plasma/// integral de /// antígeno celular/// senda de transmembrana/// membrana/// a Cd4 señalización de actividad de co- complejo de receptor (P55) cinasa de proteína receptor/// enlace de de células-T/// tirosina receptora proteína Mhc clase membrana de transmembrana/// l¡/// enlace de plasma/// membrana diferenciación de proteína/// enlace de células-T/// ión de zinc/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix selección de actividad de células-T/// receptor/// actividad regulación positiva de co-receptor/// de la biosíntesis actividad de de interleucina-2/// receptor respuesta inmune/// transducción de señales/// transducción de señales enlazada con receptor de superficie celular/// senda de señalización de proteína receptora enlazada con enzimas 2092 CD Proteína Regulación de la — Citoesqueleto 87_S C42 CDC42 forma celular _at EP3 (enlace de GTPasa ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de Rho) 3 2125 CEB Proteína Transcripción/// Actividad de factor Núcleo/// núcleo 01_at PB de enlace regulación de de transcripción/// de transcripción, enlace de ADN/// Ccaat/pote dependiente de enlace de ADN nciador ADN/// (C/Ebp), transcripción a beta partir de promotor de polimerasa de ARN li/// respuesta en fase aguda/// respuesta inflamatoria/// respuesta inmune 2052 CEN Centaurina Cascada de Actividad de — 12_s TB1 , beta 1 señalización fosfolipasa 0,111 _at intracelular/// actividad de regulación de activador de actividad de (al zssJII enlace de GTPasa/// ión de metal/// transducción de enlace de ión de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix señales zinc 2052 CEN Centaurina Cascada de Actividad de — 12_s TB1 , beta 1 señalización fosfolipasa Clll _at intracelular/// actividad de regulación de activador de actividad de GTPasa/// enlace de GTPasa/// ión de metal/// transducción de enlace de ión de señales zinc 2345 CKL Súper- Quimiotaxis/// Actividad de Espacio 62_x FSF familia de percepción citoquina extracelular/// _at 8 factor tipo sensorial membrana/// integral quimiocina de membrana 8 2062 CLC Proteína Metabolismo de Actividad de — 07_at de cristal fosfolípidos/// lisofosfolipasa/// de desarrollo/// actividad de Charcot- catabolismo de esterasa de serina/// Leyden/// lípidos/// respuesta enlace de azúcar/// proteína humoral actividad de de cristal antimicrobiana hidrolasa ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de Charco- {Sensu vertébrate) Leyden 2021 CRE Proteína Respuesta a Actividad de factor Núcleo/// 60 at BBP de enlace hipoxia/// de transcripción/// citoplasma/// núcleo de Creb regulación de actividad de co¬ (síndrome transcripción, activador de de dependiente de transcripción/// Robinstein ADN/// ensamble actividad de acetil- -Taybi) de complejo de transferasa de proteína/// histona/// actividad transducción de de transductor de señales/// señal/// enlace de homeostasis/// proteína/// enlace de transcripción/// ión de zinc/// regulación de actividad de transcripción, transferasa/// enlace dependiente de de ión de metal/// ADN/// regulación enlace de proteína/// de transcripción/// actividad de co- transducción de factor de señales/// transcripción/// regulación de actividad de co- ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix transcripción activador de transcripción/// enlace de proteína/// actividad de coactivador de transcripción 2121 CRK Homologo Fosforilación de Actividad de cinasa — 80_at L de aminoácidos de de proteína oncogén proteína/// tirosina/// actividad de virus de movilidad celular/// de adaptador sarcoma cascada de Sh3/Sh2/// enlace V-Crk Ct10 señalización de proteína/// tipo (de intracelular/// actividad de aves) cascada de Jnk/// transductor de transducción de señales señal de proteína Ras/// cascada de señalización intracelular 2147 CUT 1 tipo Cut, Regulación Actividad de factor Núcleo 43_at L1 proteína negativa de de transcripción/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de transcripción a actividad de factor desplazam partir del promotor de transcripción de iento de de polimerasa de polimerasa de ARN Ccaat ARN li/// li/// enlace de ADN (Drosophil transcripción/// a) desarrollo/// regulación de transcripción, dependiente de ADN/// desarrollo/// regulación de transcripción a partir del promotor de polimerasa de ARN li 2147 CUT Proteína Regulación Actividad de factor Núcleo 43_at L1 de negativa de de transcripción/// desplazam transcripción a actividad de factor iento de partir del promotor de transcripción de Ccaat, 1 de polimerasa de polimerasa de ARN tipo Cut ARN li/// li/// enlace de ADN [Drosophil Transcripción/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix a) desarrollo/// regulación de transcripción, dependiente de ADN/// desarrollo/// regulación de transcripción a partir del promotor de polimerasa de ARN li 2091 Citocromo Transporte de Actividad de Integral de 64_s B 561 electrones/// reductasa de membrana de _at transporte/// citocromo-B5/// plasma/// integral de generación de enlace de ión de membrana metabolitos hierro/// enlace de precursores y ión de metal energía 2219 Cilindraría Catabolismo de Actividad de Citoesqueleto 03_s tosis proteína endopeptidasa tipo _at (síndrome dependiente de cisteína/// actividad de tumor ubiquitina/// ciclo de tiolesterasa de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de Turban) de ubiquitina/// ubiquitina/// ciclo celular/// actividad de regulación tlolesterasa de negativa del ubiquitina/// progreso a través actividad de del ciclo celular/// peptidasa/// catabolismo de actividad de proteína peptidasa tipo dependiente de cisteína/// actividad ubiquitina de hidrolasa 2007 Proteína 2 ... — ... 94_x asociada _at con Daz 2097 Sitio D de Transcripción/// Enlace de ADN/// Núcleo 82_s promotor regulación de actividad de factor _at de transcripción a de transcripción de albúmina partir del promotor polimerasa de ARN (cuadro-D de polimerasa de li de ARN II/// proceso albúmina), rítmico/// proteína regulación de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix de enlace transcripción, dependiente de ADN 2240 DH Miembro 9 Metabolismo de Actividad de Microsoma/// integral 09_x RS9 de andrógeno/// deshidrogenase de de membrana de _at deshidroge metabolismo de alcohol/// actividad retículo nasa/reduc progesterona/// de deshidrogenasa endoplásmico/// tasa biosíntesis de de retinol/// actividád membrana/// (familia ácido 9-cis- de deshidrogenasa microsoma/// integral Sdr) retinoico/// 3-alfa-(17-beta)- de membrana de metabolismo/// hidroxi-esteroide retículo diferenciación de (Nad+)/// actividad endoplásmico células de óxido- epiteliales/// reductasa/// metabolismo de actividad de retinol/// racemasa y metabolismo de epimerasa/// andrógeno/// actividad de diferenciación de deshidrogenasa de células alcohol/// actividad epiteliales/// de deshidrogenasa metabolismo de de retinol/// actividad ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix retinol/// de deshidrogenasa biosíntesis de de 3-alfa(17-beta)- ácido 9-cis- hidroxi-esteroide retinoico (Nad+) 2088 DNA Homólogo Pliegue de Enlace de proteína — 10_at JB6 de ADNj proteína/// de choque por (Hsp40), respuesta a calor/// enlace de subfamilia proteína no proteína no plegada B, plegada miembro 6 2091 DR1 Sub- Regulación Enlace de ADN/// Núcleo 88_x regulador negativa de actividad de co- _at de transcripción a represor de transcripci partir del promotor transcripción/// ón 1 , de polimerasa de enlace de factor de enlace de ARN l¡/// transcripción/// Tbp (co- transcripción/// enlace de ADN f actor regulación de negativo 2) transcripción, dependiente de ADN ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2254 DTX Tipo Ubiquitinación de Actividad de ligasa Complejo de ligasa 15_at 3L Deltex 3 proteína de proteína- de ubiquitina {Drosophil ubiquitina/// enlace a) de ion de zinc/// enlace de ion de metal 2088 DUS Fosfatasa Regulación del Actividad de Fracción soluble/// 91 _at P6 de progreso a través fosfatasa de citoplasma especificid del ciclo celular/// proteína ad doble 6 inactivación de la serina/treonina/// actividad de actividad de apk/// fosfatasa de desfosforilación de proteína tirosina/// aminoácidos de actividad de proteína/// hidrolasa/// actividad desfosforilación de de fosfatasa de aminoácidos de cinasa Map/// proteína actividad de fosfatasa de fosfoproteína/// actividad de fosfatasa de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix proteína tirosina/serina/treoni na 2128 Dominio — Actividad de Integral de 30_at tipo Egf, molécula membrana múltiple 5 estructural/// enlace de ion de calcio 2214 EGL Homólogo Metabolismo de Enlace de ion de Citosol 97_x N1 1 de Egl proteína hierro/// actividad de _at nueve (C. óxido-reductasa/// elegans) actividad de óxido- reductasa, que actúa sobre los donadores individuales con incorporación de oxígeno molecular, incorporación de 2 átomos de oxígeno/// actividad de óxido-reductasa, ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix que actúa sobre donadores emparejados, con incorporación o reducción de oxígeno molecular, 2-oxoglutamato como el donador uno, e incorporación de un átomo de cada oxígeno en ambos donadores/// enlace de ácido L- ascórbico/// enlace de ión de metal/// enlace de ión de zinc 2148 EIF4 Factor de Biosíntesis de Enlace de — 05_at A1 inicio de proteína nucleótido/// enlace traducción de ADN/// enlace de eucariótico ARN/// actividad de 4A, factor de inicio de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix ¡soforma 1 traducción/// enlace de proteína/// enlace de ATP/// actividad de helicasa dependiente de ATP/// actividad de hidrolasa/// enlace de ácido nucleico/// actividad de helicasa 2135 Proteína Respuesta a Actividad de factor Núcleo/// núcleo 79_s P300 de hipoxia/// de transcripción/// _at enlace de regulación de actividad de coE1 A transcripción, activador de dependiente de transcripción/// ADN/// apoptosis/// actividad de acetil- ciclo celular/// transferasa de transducción de histona/// enlace de señales/// término de proteína desarrollo de 0,111 enlace de ión de sistema nervioso/// zinc/// actividad de homeostasis/// transferasa/// enlace ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix regulación de de ión de metal/// transcripción/// enlace de proteína/// transcripción/// enlace de factor de regulación de transcripción/// transcripción enlace de ADN/// actividad de co- factor de transcripción/// actividad de coactivador de transcripción/// enlace de proteína/// actividad de coactivador de transcripción 2299 EW Región de Transcripción/// Enlace de Núcleo 66_at SR1 punto de regulación de nucleótido/// enlace rompimient transcripción, de ARN/// enlace de o de dependiente de calmodulina/// sarcoma ADN enlace de ión de de Ewing 1 zinc/// enlace de ión de metal/// enlace ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de ácido nucleico/// enlace de ARN/// enlace de ADN/// actividad de factor de transcripción 2152 EXT Exostosas Desarrollo Actividad de Membrana de 06 at 1 (múltiples) esquelético/// transferasa, que retículo 1 biosíntesis de transfiere grupos endoplásmico/// pila glicosamino- glicosilo/// actividad de Golgi/// glicano/// ciclo de 4-alfa-N-acetil- membrana // integral celular/// glucosaminil- de membrana/// transducción de transferasa de integral de señales/// glucuronosil-N- membrana de biosíntesis de acetil-glucosaminil- retículo proteoglicano de proteoglicano/// endoplásmico/// sulfato de actividad de retículo heparano/// transferasa/// endoplásmico/// regulación actividad de 4-beta- integral de negativa del glucuronosil- membrana/// retículo progreso a través transferasa de N- endoplásmico/// del ciclo celular acetil-glucosaminil- aparato de Golgi proteoglicano ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2248 FKB Proteína 5 Pliegue de Actividad de cis- Núcleo 40_at P5 de enlace proteína/// pliegue trans-isomerasa de de Fk506 de proteína peptidilo-prolilo/// enlace de Fk506/// actividad de isomerasa/// enlace de proteína no plegada/// enlace de proteína/// enlace 2189 FU Proteína ... ... ... 99_at 1 10 hipotética 00 Fij 1 1000 2180 FU Proteína — Enlace de ... 35_s 202 de enlace nucleotidos/// enlace _at 73 de ARN de ácidos nucleicos/// enlace de ARN 2197 FU Proteína ... ... ... 17_at 202 hipotética 80 Fij20280 ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2227 FLJ Proteína Modificación de ... ... 51 _at 223 hipotética proteína 13 FÍJ22313 2193 FLJ Proteína ... ... ... 59_at 226 hipotética 35 Fij22635 2300 FLJ Proteína ... ... ... 12_at 347 hipotética 90 Fij34790 21 10 FOL Receptor Endocitosis Actividad de Fracción de 74_at R1 de folato 1 mediada por el receptor/// enlace de membrana/// integral (adultos)/// receptor/// ácido fólico/// de membrana de receptor transporte de actividad de plasma/// membrana de folato 1 ácido fólico receptor/// enlace de (adultos) ácido fólico 2091 FOS Homólogo Metilación de Enlace de ADN/// Núcleo/// núcleo 89_at de ADN/// regulación actividad de factor oncogén de transcripción a de transcripción de viral de partir del promotor polimerasa de ARN osteosarco de polimerasa de li específica ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix ma de ARN l¡/// respuesta murino V- inflamatoria/// Fos Fbj regulación de transcripción, dependiente de ADN 2281 FOS Antígeno 2 Regulación de Actividad de factor Núcleo/// núcleo 88_at L2 tipo Fos transcripción a de transcripción/// partir del promotor enlace de ADN de polimerasa de ARN li/// muerte celular/// regulación de transcripción, dependiente de ADN 2009 FUS Fusión Respuesta inmune Enlace de Núcleo/// núcleo/// 59_at (involucrad nucleótidos/// enlace membrana a en de ADN/// enlace de T(12; 16) ARN/// enlace de en proteína/// enlace de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix liposarcom ión de zinc/// enlace a maligno) de ión de metal/// enlace de ácido nucleico/// enlace de ARN/// enlace de receptor de factor de necrosis tumoral 2054 G1 P Proteína Modificación de Enlace de proteína Espacio 83_S 2 ¡nducible proteína/// extracelular/// _at por respuesta citoplasma ¡nterferón inmune/// alfa (clon señalización de lfi-15K) célula-célula 2044 G1 P Proteína Respuesta ... Integral de 15_at 3 inducible inmune/// membrana por respuesta a ¡nterferón plagas, patógenos, alfa (clon o parásitos/// lf¡-6-16) respuesta inmune 2128 GAP Proteína — ... — 04_s VD1 activadora ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix _at de GTPasa y dominios VPS9, 1 2096 GAT Proteína Transcripción/// Actividad de factor Núcleo 04_s A3 de enlace regulación de de transcripción/// _at de GATA3 transcripción, enlace de ión de dependiente de metal/// enlace de ADN/// ADN/// actividad de transcripción a factor de partir del promotor transcripción/// de polimerasa de enlace de ión de ARN l¡/// respuesta zinc/// enlace de de defensa/// ADN percepción sensorial de sonido/// morfogénesis 2355 GBP Proteína Respuesta inmune Actividad de — 74_at 4 de enlace GTPasa/// enlace de de GTP/// enlace de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix guanilato 4 nucleótidos 2039 GCL Subunidad Metabolismo de Actividad de ligasa — 25_at modificado cisteína/// de cisteína de ra de biosíntesis de glutamato/// ligasa de glutationa actividad de óxido- cisteína de reductasa/// glutamato actividad de ligasa 2026 GN Polipéptido Ribosilación de Enlace de Citoplasma/// 15_at AQ Q de ADP de nucleótidos/// complejo de proteína aminoácidos de actividad de proteína-G (proteína proteína/// GTPasa/// actividad heterotrimérico/// G) de transducción de de transductor de membrana de enlace de señales/// senda señales/// enlace de plasma nucleótido de señalización de GTP/// enlace de de guanina proteína receptora nucleótido de acoplada con guanilo proteína-G/// activación de fosfolipasa C/// coagulación sanguínea ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2204 GP Receptor Transducción de Actividad de Membrana/// integral 04_at R97 97 señales/// senda receptor/// actividad de membrana/// acoplado de señalización de de receptor integral de con neuropéptido/// acoplado con membrana proteína-G senda de proteína-G/// señalización de actividad de proteína receptora transductor de acoplada con señales proteína-G 21 16 GSS Sintetasa Metabolismo de Enlace de — 30_s de aminoácidos/// nucleótidos/// _at glutationa// biosíntesis de actividad de sintasa / sintetasa glutationa/// de glutationa/// de respuesta a la enlace de ATP/// glutationa tensión oxidativa/// actividad de ligasa/// desarrollo del actividad de sintasa sistema nervioso de glutationa 2048 H1 F Familia de Ensamble de Enlace de ADN/// Nucleosoma/// 05_s X histona nucleosoma/// enlace de ADN núcleo/// _at H 1 , organización de cromosoma/// miembro X cromosomas y nucleosoma ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix biogénesis {Sensu Eukaryota)/// ensamble de nucleosoma 2145 H2A Familia de Ensamble de Enlace de ADN/// Nucleosoma/// 00_at FY historia nucleosoma/// enlace de ADN núcleo/// H2A, organización de cromosoma/// cuerpo miembro Y cromosomas y de Barr/// biogénesis (Sensu nucleosoma Eukariota)/// compensación de dosificación/// ensamble de nucleosoma 2010 HAD Deshidrog Metabolismo de Actividad de Membrana 07_at HB enasa de lípidos/// deshidrogenase de mltocondrial/// hidroxi- metabolismo de 3-hidroxi-acil-CoA/// mitocondria acil- ácidos grasos/// actividad de C-acil- coenzima beta-oxidación de transferasa de AJ3- ácidos grasos/// acetil-CoA // quetoacil- biosíntesis de actividad de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix coenzima ácidos grasos hidratasa de enoil- A- CoA/// actividad de tiolasa/eno acil-transferasa/// ¡I- actividad de coenzima transferasa/// A- actividad de C-acil- hidratasa transferasa de (proteína acetil-CoA/// trifuncional actividad catalítica subunidad beta 2179 HDA Desacetila Regulación del Actividad de Complejo de 37_S C7A sa de progreso a través desacetilasa de desacetilasa de _at histona 7A del ciclo celular/// histona/// enlace de histona/// núcleo/// transcripción/// factor de citoplasma/// núcleo regulación de transcripción/// transcripción, actividad de dependiente de represor de ADN/// respuesta transcripción inflamatoria/// específico/// desarrollo del actividad de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix sistema nervioso/// hidrolasa/// enlace modificación de de proteína cromatina/// diferenciación de células-B/// regulación negativa del desarrollo del músculo estriado/// modificación de cromatina/// activación de células-B 2198 HER Dominio Regulación de la Actividad de ligasa Intracelular 63_at C5 Hect y Rid actividad de cinasa de ublquitlna- 5 de proteína proteína/// actividad dependiente de de ligasa ciclina/// ciclo de ubiquitina/// modificación de proteína ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2028 HEX 1 inducible Regulación Enlace de Núcleo/// citoplasma 14_s I 1 por bis- negativa de proteína/// actividad _at acetamida transcripción a de inhibidor de de partir del promotor cinasa de proteína hexametile de polimerasa de dependiente de no ARN li/// ciclina/// actividad regulación de represor de negativa de la transcripción/// actividad de cinasa enlace de snARN de proteína dependiente de ciclina 2046 HHE Homeocua Regulación de Actividad de factor Núcleo/// núcleo 89_at X dro transcripción, de transcripción/// expresado dependiente de enlace de ADN/// hematopoi ADN/// desarrollo/// actividad de factor éticamente respuesta humoral de transcripción/// antimicrobiana enlace de ADN [Sensu Vertebrata) III desarrollo/// regulación de transcripción ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 1558 HM1 Histocomp ... Enlace de Retículo 561 _ 3 atibilidad proteína/// actividad endoplásmico/// at (menor) 13 de peptidasa/// integral de actividad de membrana endopeptidasa de D-alanil-D-alanina/// actividad de hidrolasa 2000 HN Ribonucleo Empalme de ARN Enlace de Complejo de 14_s RPC proteína nucleótido/// enlace ribonucleoproteína _at nuclear de ARN/// enlace de nuclear heterogén ácido nucleico/// heterogénea // ea C enlace de ARN núcleo/// complejo de (C1 /C2)/// ribonucleoproteína/// ribonucleo núcleo proteína nuclear heterogén ea C (C1/C2) 2149 HN Ribonucleo ... Enlace de Fracción de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 18_at RP proteína nucleótido/// enlace membrana/// M nuclear de ARN/// actividad núcleo/// membrana heterogén de receptor de plasma/// integral ea M transmembrana/// de membrana de enlace de ácido plasma/// complejo nucleico/// actividad de de receptor ribonucleoproteína 2312 HSC Proteína Regulación de Actividad de — 71 _x AR Hscarg utilización de represor de _at G nitrógeno transcripción 2025 HSP Proteína Catabolismo de Enlace de Núcleo/// 81_at A1 B de choque ARNm/// pliegue nucleótidos/// enlace citoplasma/// por calor de proteína/// de ATP/// enlace de citoplasma 1 B de 70 respuesta a proteína no kDa proteína no plegada/// enlace de plegada/// proteína/// actividad biosíntesis de de factor de proteína/// elongación de elongación de traducción/// enlace traducción/// de GTP respuesta a ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix proteína no plegada 2124 HYP Proteína ... ... ... 93_S B de _at interacción con Huntingtin a B 2024 IDS Sulfatasa Metabolismo/// Actividad de Lisosoma/// lisosoma 39_s de metabolismo de sulfatasa de _at iduronato 2 glicosaminoglicano iduronato-2/// (síndrome actividad de de Hunter) hldrolasa de éster sulfúrico/// actividad de hidrolasa/// actividad de sulfatasa de iduronato-2 2186 IER Respuesta ... ... — 1 1_at 5 temprana inmediata ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico ción del Función Molecular Componente Celular Firma del GO GO Affy- Gen GO Gen me- trlx 5 2024 IFI2 Proteína Respuesta — Integral de 1 1_at 7 27 inmune/// membrana/// integral ¡nducible respuesta a de membrana por plagas, patógenos, interferón o parásitos alfa 2044 IFI4 Tipo — ... — 39_at 4L proteína 44 inducida por interferón 2031 IFIT Proteína Respuesta inmune Enlace Citoplasma 53_at 1 inducida por interferón con repeticione s de tetratricopé ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico ción del Función Molecular Componente Celular Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix ptido Mil proteína inducida por ¡nterferón con repeticione s de tetratricopé ptido 1 2175 IFIT Proteína Respuesta inmune Enlace 02_at 2 inducida por interferón con repeticione s de tetratricopé ptido 2 Proteína Respuesta inmune Enlace ... inducida ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix por ¡nterferón con repeticione s de tetratricopé ptido 3 2035 IFIT Proteína Respuesta inmune Enlace ... 95_s 5 inducida _at por interferón con repeticione s de tetratricopé ptido 5 2016 IFN Receptor Transducción de Actividad del Integral de 42_at GR2 de señal enlazada receptor/// actividad membrana de interferón con el receptor de de receptor de plasma/// gamma 2 superficie celular/// citoquina de membrana/// integral (transducto respuesta a virus/// hematopoetina/clas de membrana ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix r 1 de respuesta a e de interferón interferón patógenos/// (dominio D200)/// gamma) bacteria actividad de receptor de interferón gamma 2031 IMP Monofosfat Metabolismo de Enlace de ¡ón de — 26_at A2 asa 2 de fosfato/// magnesio/// inos¡tol(My transducción de actividad de o)-1 (ó 4) señales monofosfatasa de ¡nositol-1 (ó 4)/// actividad de hldrolasa/// actividad de fosfatasa de inositol o fosfatldll- inositol/// actividad de monofosfatasa de inositol-1 (ó 4)/// enlace de ión de metal 2032 IRF Factor Regulación Actividad de factor Núcleo 75_at 2 regulador negativa de de transcripción/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix de transcripción a actividad de factor ¡nterferón partir del promotor de transcripción de 2 de polimerasa de polimerasa de ARN ARN li/// li/// enlace de ADN transcripción/// regulación de transcripción, dependiente de ADN/// respuesta inmune/// proliferación celular 2084 IRF Factor Regulación Actividad de factor Núcleo/// 36_s 7 regulador negativa de de transcripción/// citoplasma/// _at de transcripción a actividad de factor núcleo/// núcleo ¡nterferón partir del promotor de transcripción de 7 de polimerasa de olimerasa de ARN li ARN li/// específica/// enlace transcripción/// de ADN/// actividad regulación de de factor de transcripción, transcripción de dependiente de polimerasa de ARN ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix ADN/// inicio de li/// enlace de ADN/// transcripción a actividad de partir del promotor represor de de polimerasa de transcripción ARN li/// respuesta inflamatoria/// respuesta al estímulo por daño del ADN/// respuesta a virus/// inyección viral pasiva de la respuesta inmune del huésped/// inducción viral de la respuesta inmune del huésped/// respuesta a virus/// regulación negativa de transducción ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix 2038 ISG Factor de Transcripción/// Actividad de factor Complejo de ligasa 82_at F3G transcripci regulación de de transcripción/// de ublquitina/// ón transcripción, actividad de ligasa núcleo/// estimulado dependiente de de proteína citoplasma/// núcleo por ADN/// ubiquitlna/// enlace ¡nterferón transcripción a de ¡ón de zinc/// 3, gamma, partir del promotor enlace de ¡ón de de 48 kDa de polimerasa de metal/// enlace de ARN WIH respuesta ADN/// actividad de inmune/// factor de transducción de transcripción señal enlazada con receptor de superficie celular/// respuesta a virus/// ubiquitinación de proteína 1553 ITG Integrina, Respuesta de Actividad de Complejo de 530_ B1 beta 1 defensa celular/// receptor/// enlace de integrina/// complejo a_at (receptor adhesión celular/// proteína/// enlace de de integrina/// de adhesión de proteína/// actividad Integral de fibronectin células de membrana ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix a, homofílicas/// heterodimerización polipéptido adhesión de matriz de proteína/// auto- beta, celular/// senda de enlace de proteína antígeno señalización CD29 mediada por incluye integrina/// MDF2, desarrollo MSK12) 2099 ITS Intersectin Endocitosis Actividad de — 07_s N2 a 2 adaptador _at Sh3/Sh2/// enlace de ión de calcio/// enlace de proteína 2234 KBT Repetición — Enlace de proteína — 12_at B07 Kelch y 7 que contiene dominio Btb (Poz) 2276 KCN Canal de Transporte de Actividad de canal Complejo de canal 47_at E compuerta iones/// transporte de potasio con de potasio con 10 de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix de voltaje de ión de potasio/// compuerta de compuerta de de potasio, transporte voltaje/// enlace de voltaje/// familia ión de potasio/// membrana/// integral relacionad actividad de canal de membrana a con Isk, de iones/// actividad miembro 3 de canal de iones con compuerta de voltaje 2006 KIA Kiaa0152 ... ... Integral de 17_at A01 membrana 52 2268 KIA Probablem Regulación de Enlace de ácido Intracelular 08_at A05 ente transcripción, nucleico/// actividad 43 ortólogo de dependiente de de dimerización de Sco- ADN/// adhesión proteína espondina celular de ratón 2290 KIA Kiaa 1443 Regulación de Actividad de factor Núcleo 01_at A14 transcripción, de transcripción 43 dependiente de ADN ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2338 KIA Proteína 93_S A15 Kiaa 1530 _at 30 2319 KIA Kiaa 1618 — Actividad catalítica — 56_at A16 18 2267 KIA Proteína — Actividad de metil- — 20_at A19 Kiaa 1935 transferasa/// 35 actividad de transferasa 2193 KLF Factor 2 Transcripción/// Actividad de factor Núcleo/// núcleo 71_s 2 tipo regulación de de transcripción/// _at Kruppel transcripción, enlace de ión de (pulmón) dependiente de zinc/// actividad de ADN activador de transcripción/// enlace de ión de metal/// enlace de ácido nucleico/// enlace de ADN ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix 1555 KLF Factor 6 Transcripción/// Enlace de ADN/// Núcleo/// núcleo 832_ 6 tipo regulación de enlace de ión de s_at Kruppel transcripción, zinc/// actividad de dependiente de activador de ADN/// transcripción/// diferenciación de enlace de ión de células-B/// metal/// enlace de regulación de ácido nucleico transcripción, dependiente de ADN/// crecimiento celular 2103 LILR Receptor Respuesta inmune Actividad de Integral de 13_at A4 tipo receptor membrana inmunoglo bulina de leucocitos, subfamilia A (con dominio Tm), miembro 4 ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix 2158 LI LR Receptor 36 at A5 tipo inmunoglo bulina de leucocitos, subfamilia A (con dominio Tm), miembro 5 2007 LITA Factor Transcripción/// Actividad de factor Núcleo 04 at F TNF regulación de de transcripción de inducido transcripción a polimerasa de ARN por partir del promotor Wlll actividad de lipopolisac de polimerasa de transductor de árido ARN Wlll señales regulación positiva de cascada de cinasa L- Kappab/Nf- Kappab/// regulación de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix transcripción, dependiente de ADN 2200 LMB Tipo Actividad de 36_s R1 L homólogo receptor at de región de miembro 1 (ratón) 2263 L T Cinasa de Fosforilación de Actividad de cinasa Integral de 75 at IC2 tirosina 2 aminoácidos de de proteína membrana/// integral de Lémur proteína/// auto- serina/treonina/// de membrana fosforilación de actividad de aminoácidos de inhibidor de proteína/// fosfatasa de fosforilación de proteína/// enlace de aminoácidos de proteína/// enlace de proteína/// ATP/// enlace de fosforilación de nucleótldo/// aminoácidos de actividad de cinasa proteína/// auto- de proteína/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix fosforilación de actividad de cinasa aminoácidos de de proteína proteína tirosina // enlace de ATP/// actividad de cinasa/// actividad de transferasa/// enlace de proteína/// actividad de cinasa de proteína serina/treonina/// actividad de inhibidor de fosfatasa de proteína/// enlace de ATP 2267 LOC Proteína Biosíntesis de Actividad de cinasa — 02_at 129 hipotética Dtdp/// biosíntesis de timidilato/// 607 Lod 29607 de Dttp enlace de ATP/// actividad de cinasa 2249 LOC Proteína — Enlace de proteína ... 90_at 201 hipotética ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 895 Loc201895 2266 LOC Kccr13L Metabolismo de Actividad de lipasa ... 40_at 221 lípidos de triacil-glicerol 955 2257 LOC Gen — — ... 94_s 916 hipotético _at 89 soportado por AI449243 2283 LOC Proteína — ... ... 20_x 925 hipotética _at 58 Loc92558 2046 LRC Repetición Desarrollo del ... - 92_at H4 es ricas en sistema nervioso leucina y 4 que contiene dominio de homología de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix calponina (Ch) 223 LRR 4 que — — Integral de 552_ C4 contiene membrana at repetición rica en leucina 2058 LY8 Antígeno Apoptosis/// Actividad de Membrana de 59_at 6 de respuesta transductor de plasma linfocitos inflamatoria/// señales 86 respuesta inmune humoral/// transducción de señales/// proliferación celular/// respuesta inmune 2267 LYS Lysm, 2 Catabolismo de — — 48_at MD2 que pared celular contiene dominio de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix enlace supuesto de peptidogllc ano 2079 MA Unidor de Apoptosis/// ... Fracción de 22_S EA eritroblasto adhesión celular/// membrana/// integral _at de desarrollo de membrana de macrófago plasma 2049 MAF Homólogo Transcripción/// Actividad de factor Cromatina/// núcleo 70_s G G de regulación de de transcripción/// _at oncogén transcripción, enlace de ADN de dependiente de flbrosarco ADN/// ma transcripción a músculo- partir del promotor aponeuróti de polimerasa de co V-Maf ARN li (de aves) 2285 MAL Transcripci — — — 82_x AT1 ón 1 de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix _at adenocarci noma de pulmón asociado con metástasis (ARN no codificante ) 2323 A 2 tipo Transcripción/// Actividad de Núcleo/// núcleo 33_at L2 mastermin regulación de coactivador de d transcripción, transcripción/// {Drosophil dependiente de actividad catalítica/// a) ADN/// senda de enlace de proteína/// señalización de enlace de proteína muesca/// de enlace de regulación positiva elemento de de transcripción a respuesta Camp partir del promotor de polimerasa de ARN li/// senda de señalización de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix muesca 2327 MA 3 tipo Transcripción/// Actividad de coNúcleo 26_at ML3 Mastermin regulación de activador de d transcripción, transcripción {Drosophil dependiente de a) AON/// senda de señalización de muesca/// regulación positiva de transcripción a partir del promotor de polimerasa de ARN l¡ 2087 MA Proteína 1 Ciclo de Enlace de proteína Microtúbulos/// 85_s P1 L asociada ubiquitina/// membrana/// vacuola _at C3B con autofagia autofágica/// microtúbul membrana de os, cadena organelo/// vacuola ligera 3 beta 2038 MA Cinasa de Cascada de Enlace de — ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 37_at P3K cinasa de Mapkk/// nucleótidos/// enlace 5 cinasa de fosforilación de de ión de proteína aminoácidos de magnesio/// activada proteína/// actividad de cinasa por apoptosis/// de proteína mitógeno 5 respuesta a la serina/treonina/// tensión/// actividad de cinasa activación de de cinasa de cinasa actividad de Jnk/// Map/// actividad de inducción de cinasa de proteína apoptosis tirosina/// enlace de mediante señales Atp/// actividad de extracelulares transferasa/// auto- enlace de proteína/// enlace de proteína/// actividad de cinasa de proteína/// actividad de cinasa/// enlace de ión de metal 1552 MA Cinasa de Fosforilación de Enlace de ... 264_ PK1 proteína aminoácidos de nucleótidos/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix a_at activada proteína/// actividad de cinasa por inducción de de proteína mitógeno 1 apoptosis/// serina/treonina/// quimiotaxis/// actividad de cinasa respuesta a la Map/// actividad de tensión/// ciclo cinasa de proteína celular/// tirosina/// enlace de transducción de Atp/// actividad de señales/// transferasa/// transmisión actividad de cinasa sináptica de proteína/// actividad de cinasa Map/// actividad de cinasa 21 15 C Proteína Respuesta Actividad de Membrana de 74_s P de co- inmune/// receptor plasma/// integral de _at factor de activación de membrana de membrana complemento, plasma/// integral de (Cd46, senda clásica/// membrana antígeno respuesta inmune que innata/// activación reacciona de complemento ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix cruzadame nte con trofoblasto- linfocito) 2257 MD dm4, Regulación Actividad de ligasa Complejo de ligasa 42_at M4 célula negativa de de proteína de ubiquitina/// doble transcripción a ubiquitina/// enlace núcleo/// núcleo diminuta 4 partir del promotor de proteína/// enlace 3T3 de polimerasa de de ión de zinc/// transforma ARN li/// ensamble enlace de ión de da, de complejo de metal/// enlace de proteína proteína/// ión de zinc de enlace apoptosis/// P53 (ratón) proliferación celular/// regulación negativa de proliferación celular/// ubiquitinación de proteína/// regulación ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix negativa de catabolismo de proteína/// transición de GO a G1/// estabilización de proteína 2232 ME Candidato — — ... 64_at SDC de 1 desarrollo de mesoderm o 1 2065 MG Maltasa- Metabolismo de Actividad de 1 ,4- Integral de 22_at AM glucoamila carbohidratos/// alfa-glucosidasa de membrana sa (alfa- catabolismo de glucano/// actividad glucosidas almidón de hidrolasa, que a) hidroliza los compuestos de 0- glicosilo/// actividad de alfa- glucosidasa/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix actividad catalítica/// actividad de hidrolasa/// actividad de hidrolasa, que actúa sobre los enlaces de glicosilo/// actividad catalítica 2255 MG Proteína — ... ... 68_at C14 hipotética 141 Mgc14141 2217 MG Gen Hgfl/// — ... ... 56_at C17 gen Hgfl 330 2447 MG Proteína — ... — 16_x C23 hipotética _at 244 Mgc23244 2259 MG Proteína — ... 95_x C52 relacionad _at 000 a con ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix Cxyorfl 2012 MO Mob1 , 1 B — Enlace de ion de — 98_S BK1 tipo metal/// enlace de _at B activador ión de zinc de cinasa enlazadora uno de Mps (levadura) 2225 MR Proteína Procesamiento de Enlace de ARN de Mitocondria/// 55_s PL4 ribosomal ARN doble cadena // complejo de _at 4 mitocondri constituyente ribonucleoproteína/// al L44 estructural de intracelular ribosoma/// actividad de endonucleasa/// actividad de ribonucleasa li/// actividad de hidrolasa/// enlace de ARN/// actividad de nucleasa ID de Conjunto Sím¬ Descripdé bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2327 MS4 4-dominios Transducción de Actividad de Integral de 24_at A6A de señales receptor membrana extensión de membrana subfamilia A, miembro 6A 2187 MS Reductasa Reparación de Actividad de itocondria 73_s RB2 de proteína reductasa de _at sulfóxido proteína-metionina- de R-óxido/// actividad metionina de factor de B2 transcripción/// enlace de ión de zinc/// actividad de óxido-reductasa 2163 T1 etalotion — Enlace de ión de — 36_x K eína 1 M cobre/// enlace de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix _at ión de cadmio/// enlace de ión de metal 2020 MX1 Proteína Inducción de Enlace de Citoplasma 86_at P78 apoptosis/// nucleótidos/// ¡nducible respuesta actividad de por inmune/// GTPasa/// enlace de interferón transducción de GTP/// enlace de de señales/// GTP/// actividad de resistencia respuesta a virus/// GTPasa a respuesta de mixovirus defensa (virus de influenza) 1 (ratón) /// proteína P78 inducible por interferón de resistencia ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix a mixovirus (virus de influenza) 1 (ratón) 2049 MX2 Resistenci Respuesta Enlace de Núcleo/// citoplasma 94_at a inmune/// nucleótidos/// mixovirus respuesta a virus/// actividad de (virus de respuesta de GTPasa/// enlace de influenza) defensa GTP/// actividad de 2 (ratón) GTPasa 2033 MY Proteína Transcripción/// Actividad de coNúcleo/// 60_s CBP de enlace regulación de activador de mitocondria/// _at de C-Myc transcripción, transcripción/// citoplasma/// dependiente de enlace de proteína núcleo/// citoplasma ADN 2203 YL Proteína Movilidad celular/// Actividad de ligasa Complejo de ligasa 19_s IP de desarrollo del de proteína de ubiquitina/// _at interacción sistema nervioso/// ubiquitina/// enlace citoplasma/// de cadena ubiquitinación de de proteína citoesqueleto/// ligera proteína/// ciclo de citoesquelética/// membrana/// ?? de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix reguladora ubiquitlna/// enlace de ión de ¡ntracelular de miocina ubiquitlnación de zinc/// actividad de proteína ligasa/// enlace de ión de metal/// enlace de proteína/// actividad de ligasa de proteína ubiquitina/// enlace/// enlace de proteína citoesquelética 1567 NFE 2 tipo Transcripción/// Actividad de factor Núcleo 013_ 2L2 factor regulación de de transcripción/// at nuclear transcripción, enlace de ADN/// (derivado dependiente de actividad de de erltroide ADN/// inhibidor de 2) transcripción a endopeptidasa tipo partir del promotor serina de polimerasa de ARN li 2035 NFI Factor Regulación de Enlace de ADN/// Núcleo/// núcleo 74_at L3 nuclear, transcripción, enlace de ADN/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix regulado dependiente de actividad de factor por ADN/// de transcripción/// interleucin transcripción a actividad de co- a 3 partir del promotor represor de de polimerasa de transcripción ARN li/// respuesta Inmune 2178 NSF Co-factor ... Enlace de lípidos Núcleo/// pila de 30_s L1 C (P47) NsfH Golgi _at (P97) 2224 NU Cinasa de Actividad de cinasa Núcleo 24_S CKS caseína _at 1 nuclear y sustrato 1 de cinasa dependient e de ciclina 21 19 NU Motivo 3 Cascada de Enlace de ión de Intracelular 73_at DT3 tipo Nudix señalización magnesio/// (fracción X celular/// actividad de enlazada señalización de dlfosfatasa de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix con célula-célula/// polifosfato de difosfato catabolismo de difosfo-inositol/// de polifosfato de actividad de nucleósido diadenosina/// hidrolasa/// actividad ) señalización de difosfatasa de mediada por polifosfato de calcio/// difosfo-inositol/// señalización enlace de ión de mediada por metal/// actividad de nucleótido cíclico/// difosfatasa de regulación de polifosfato de exportación de difosfo-inositol ARN desde el núcleo/// transporte intracelular 2049 OAS Sintetasa 2 Metabolismo de Enlace de ARN/// Microsoma/// 72_at 2 de 2',5'- nucleobase, enlace de ATP/// membrana oligoadenil nucleósido, actividad de ato,*69/71 nucleótido, y ácido transferasa/// kDa nucleico/// actividad de respuesta inmune nucleotidil- 10 de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix transferasa/// enlace de ácido nucleico 2184 OAS Sintetasa 3 Metabolismo de Enlace de ARN/// Microsoma 00_at 3 de 2',5'- nucleobase, enlace de ATP/// oligoadenil nucleósido, actividad de ato, 100 nucleótido, y ácido transferasa/// kDa nucleico/// actividad de respuesta inmune nucleotidil- transferasa/// enlace de ácido nucleico 2056 OAS Tipo Modificación de Enlace de ADN/// Núcleo/// citoplasma 60_at L sintetasa proteína/// enlace de ARN de de 2',5'- respuesta inmune doble cadena/// oligoadenil enlace de ATP/// ato actividad de transferasa/// enlace de receptor de hormona tiroides/// enlace de ácido nucleico/// enlace de ARN ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2015 OAT Aminotran Metabolismo de Actividad de Matriz mitocondrial/// 99_at sferasa de aminoácidos/// transaminasa de mitocondria/// omitiría metabolismo de ornitina-oxo-ácido/// mitocondria (atrofia de ornitina/// actividad de g i rato) percepción visual transferasa/// enlace de fosfato de piridoxal/// actividad de transaminasa de ornitina-oxo-ácido/// actividad de transaminasa 2057 OG Glicosilasa Metabolismo de Enlace de ADN Nucleoplasma/// 60_s G1 de ADN de carbohidratos/// dañado/// actividad mitocondria/// núcleo _at 8-oxo- reparación de de endonucleasa/// guanina excisión de base/// actividad de N- reparación de glicosilasa de ADN ADN/// reparación de lesión de base de excisión de oxidada específica base/// respuesta a de purina/// estímulo de daño actividad de del ADN/// hidrolasa, que actúa reparación de ADN sobre ios enlaces de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix glicosilo/// actividad de ligasa/// enlace de ADN/// actividad catalítica/// actividad de liasa de ADN (sitio apurínico o apirimidínico) /// actividad de N- glicosilasa de ADN de lesión de base oxidada específica/// actividad de hidrolasa/// actividad de N-glicosllasa de ADN de lesión de base oxidada específica de purina 2070 P2R Receptor Transporte de Actividad de Integral de 91 _at X7 purinérgico iones/// receptor/// actividad membrana de P2X, canal transducción de de canal de cationes plasma/// de ión con señales/// con compuerta de membrana/// integral compuerta transporte/// ATP/// actividad de de membrana ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de ligando, transporte canal de iones/// 7 enlace de ATP/// actividad de receptor 2188 PAN Cinasa de Biosíntesis de Enlace de — 09_at K2 pantotenat coenzima A nucleótldos/// o 2 actividad de cinasa (síndrome de pantotenato/// de enlace de ATP/// Hallervord actividad de en-Spatz) transferasa/// actividad de cinasa 2232 PAR Miembro 9 Ribosilación de Actividad de Núcleo/// núcleo 20_s P9 de la ADP de Na+ribosil- _at familia de aminoácidos de transf erasa de ADP polimerasa proteína/// de poli- migración celular (ADP- ribosa) 2037 PDE Fosfodiest Transducción de Actividad de Fracción soluble/// 08_at 4B erasa 4B, señales fosfodiesterasa fracción insoluble ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix específica específica de de cAMP cAMP/// actividad de (homólogo hidrolasa/// actividad de catalítica/// actividad fosfodieste de fosfodiesterasa rasa E4 de nucleótido 3', 5'- Dunce, cíclico Drosophila ) 2076 PDI Familia A Transporte de Actividad de Retículo 68_x A6 de electrones/// isomerasa de endoplásmico _at isomerasa pliegue de disulfuro de de proteína proteína/// actividad disulfuro de transportador de de electrones/// proteína, actividad de m¡embro6 isomerasa/// actividad de isomerasa de disulfuro de proteína 2024 PFK 6- Metabolismo de Enlace de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 64_s FB3 fosfofructo- 2,6-bisfosfato de nucleótidos/// _at 2- fructosa/// actividad catalítica/// cinasa/fruc metabolismo de actividad de 6'- tosa-2,6- 2,6-bisfosfato de fosfo-fructo-2- difosfatasa fructosa/// cinasa/// actividad 3 metabolismo de 2-fosfatasa de fructosa-2,6- bisfosfato/// enlace de ATP/// actividad de cinasa/// actividad de transferasa/// actividad de hidrolasa/// actividad de 6-fosfo-fructo-2- cinasa 2185 PHF Proteína Regulación de Enlace de Núcleo/// 17_at 17 de dedo de transcripción, proteína/// enlace de citoplasma/// Phd 17 dependiente de ion de zinc/// enlace núcleo/// citoplasma ADN/// apoptosis/// de proteína/// enlace respuesta a la de proteína tensión/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix regulación negativa de crecimiento celular/// apoptosis/// respuesta a la tensión/// regulación negativa del crecimiento celular 2032 PHF Proteína Regulación de Enlace de — 78_S 21 A de dedo de transcripción, proteína/// enlace de _at Phd 21 A dependiente de ion de zinc/// enlace ADN/// de ADN/// actividad transcripción de helicasa/// enlace de ión de metal 2036 PI3 Inhibidor Copulación Actividad de Matriz extracelular 91 _at de inhibidor de (Sensu Metazoa)/// peptidasa endopeptidasa tipo región extracelular 3, derivado serina/// enlace de de piel proteína/// actividad ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix (cuero de inhibidor de cabelludo) endopeptldasa/// /// inhibidor actividad de de inhibidor de peptidasa endopeptidasa tipo 3, derivado serina/// actividad de de piel inhibidor de (cuero endopeptidasa cabelludo) 2108 PLA Activador Movilidad celular/// Enlace de Membrana de 45_S UR de quimiotaxis/// proteína/// actividad plasma/// superficie _at plasminóg transducción de de receptor de celular/// integral de eno, señal enlazada activador de membrana/// receptor con receptor de plasminógeno-U/// extrínseca a de superficie celular/// actividad de membrana/// urocinasa coagulación receptor/// actividad membrana sanguínea/// de receptor de regulación de activador de proteólisis/// plasminógeno-U/// transducción de actividad de señales/// receptor/// actividad coagulación de receptor/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix sanguínea actividad de cinasa 2024 PLS Escrambla Respuesta a Enlace de ¡ón de Membrana de 30_S CR1 sa de virus/// mezcla de calcio/// actividad de plasma/// integral de _at fosfolípido fosfolípido/// escramblasa de membrana 1 activación de fosfolípido/// enlace plaquetas de ¡ón de calcio 2006 PPP Fosfatasa Regulación del Enlace de Complejo de 95_at 2R1 de progreso a través antígeno/// actividad fosfatasa de proteína A proteína 2 del ciclo celular/// de fosfatasa de tipo 2NII fracción (anteriorm inactivación de la fosfoproteína/// soluble/// núcleo/// ente 2A), actividad de enlace de proteína/// mitocondria/// subunidad apk/// regulación actividad de citosol/// reguladora de la réplica del regulador de citoesqueleto de A (Pr65), ADN/// regulación fosfatasa de microtúbulos/// ¡soforma de traducción/// proteína tipo 2A/// membrana alfa ensamble de actividad de complejo de hidrolasa/// actividad proteína/// de desfosforilación de heterodimerización aminoácidos de de proteína/// enlace proteína/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico ción del Función Molecular Componente Celular Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix metabolismo de ceramida/// inducción de apoptosis/// empalme de ARN/// respuesta a sustancia orgánica/// señalización mediada por segundo mensajero/// regulación de la senda de señalización del receptor Wnt/// regulación de adhesión celular/// regulación negativa del crecimiento celular/// regulación del ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix crecimiento/// regulación negativa de la fosforilación de tirosina de la proteína Stat3/// regulación de transcripción/// regulación de diferenciación celular 2018 PR Proteoglica ... ... ... 59_at G 1 no 1 , gránulo secretor 2017 PS Subunidad Respuesta inmune Actividad de Complejo de 62_s ME2 2 de activador de proteasoma (Sensu _at activador proteasoma Eukaryota)/// de complejo activador proteasom de proteasoma/// a citosol/// complejo de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix (prosoma, proteína macropaín a) (Pa28 beta) 2014 PTD Sintasa de Biosíntesis de Actividad de Integral de 33_S SS1 fosfatidll- fosfatidil-serina/// transferasa membrana _at serina 1 biosíntesis de fosfolípido 2007 PTP Fosfatasa Desfosforilación de Actividad de Retículo 30_s 4A1 de aminoácidos de fosfatasa de endoplásmico/// _at proteína proteína/// ciclo proteína tirosina/// membrana tirosina celular/// desarrollo actividad de tipo Iva, hidrolasa/// actividad miembro 1 de fosfatasa de fosfoproteína 2086 PTP Fosfatasa Desfosforilación de Actividad de Membrana 16_s 4A2 de aminoácidos de fosfatasa de _at proteína proteína proteína tirosina tirosina prenilada/// actividad tipo Iva, de hidrolasa/// miembro 2 actividad de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix fosfatasa de fosfoproteína/// actividad de fosfatasa de proteína tirosina 2051 QP Ciclotransf Modificación de Actividad de ... 74_s CT erasa de proteína/// peptidasa/// _at glutaminil- proteólisis actividad de acil- péptido transferasa/// (ciclasa de actividad de glutaminilo ciclotransferasa de ) glutaminil-péptido/// actividad de transferasa 2095 RAB Rab27A, Transporte de Enlace de — 14_S 27A miembro proteína nucleótidos/// _at de la intracelular/// actividad de familia de transducción de GTPasa/// enlace de oncogenes señales mediada GTP Ras por GTPasa pequeña // ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix transporte de proteína 2218 RAB Rab9A, Transporte de Enlace de Pila de Golgi/// 08_at 9A miembro proteína nucleótidos/// lisosoma/// de la intracelular/// actividad de endosoma tardío familia de transducción de GTPasa/// enlace de oncogenes señales mediada GTP Ras por GTPasa pequeña // transporte/// transporte de proteína 2021 RAL Homólogo Transporte de Enlace de — 00_at B B de proteína nucleótidos/// oncogén intracelular/// actividad de viral de transducción de GTPasa/// enlace de leucemia señales/// GTP de simio V- transducción de Ral señales mediada (relacionad por GTPasa o con Ras; pequeña ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix proteína de enlace de Gtp) 2446 RB Proteína Procesamiento de Enlace de Núcleo/// 74_at M6 de motivo ARN nucleótidos/// enlace intracelular/// núcleo de enlace de ADN/// enlace de de ARN 6 ARN/// enlace de ácido nucleico/// enlace de ARN 2177 RD Deshidrog Metabolismo/// Actividad de Intracelular/// retículo 75_s H1 1 enasa de metabolismo de deshidrogenase de endoplásmico/// _at retinol 1 1 retinol/// retinol/// actividad de integral de (todo trans mantenimiento de óxido-reductasa membrana y 9-Cis) foto-receptor/// percepción visual 2292 RNA Ribonuclea Procesamiento de Enlace de ARN/// — 85_at SEL sa L ARNm/// actividad de cinasa (dependien fosforilación de de proteína te de aminoácidos de serina/treonina/// sintetasa proteína/// enlace de ATP/// de 2',5'- fosforilación de actividad de 10 de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix oligoisoad aminoácidos de hidrolasa/// actividad enilato) proteína de endo- ribonucleasa, que produce 5'- fosfomonoésteres/// enlace de ión de metal/// enlace de nucleótidos/// actividad de cinasa de proteína/// actividad de cinasa/// actividad de transferasa 2254 RNF Proteína Proteólisis/// Actividad de ligasa Complejo de ligasa 14_at 149 de dedo de ubiquitinación de de proteína de ubiquitina anillo 149 proteína ubiquitina/// actividad de peptidasa/// enlace de ión de zinc 2249 RNF Proteína Ubiquitinación de Actividad de ligasa Complejo de ligasa 47_at 26 de dedo de proteína de proteína de ubiquitina/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix anillo 26 ubiquitina/// enlace núcleo de ion de zinc/// enlace de ion de metal/// enlace de ión de zinc 2190 RNF Proteína Apoptosis/// Actividad de ligasa Complejo de ligasa 35_s 34 de dedo de ubiquitinación de de proteína de ubiquitina/// _at anillo 34 proteína/// ciclo de ubiquitina/// enlace núcleo/// membrana ubiquitina de ión de zinc/// enlace de ión de metal 21 19 RPL Proteína Biosíntesis de Enlace de ARNm/// Núcleo/// ribosoma/// 76_at 35 ribosomal proteína/// constituyente subunidad ribosomal L35 biosíntesis de estructural de grande citosólica proteína ribosoma/// {Sensu Eukaryota)/// constituyente ¡ntracelular/// estructural de complejo de ribosoma ribonucleoproteína 2137 RSA 2 que — Actividad catalítica/// ... 97_at D2 contiene enlace de ión de dominio de hierro ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix radical S- adenosil- metionina 2109 RTN Reticulón 4 Regulación Enlace de proteína Membrana nuclear/// 68_S 4 negativa de anti- retículo _at apoptosis/// endoplásmico/// regulación Integral de negativa de membrana/// integral extensión de de membrana de axón/// regulación retículo de apoptosis/// endoplásmico/// apoptosis retículo endoplásmico 2229 SC Escotina Regulación Actividad de Núcleo 86_s OTI positiva de transductor de _at N cascada de cinasa señales l-kappab/Nf- kappab 2022 SDF Receptor 1 ... Actividad de Membrana 28_s R1 de factor receptor _at derivado ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de células estromales 2092 SEC 1 tipo Transporte de — Membrana de 06_at 22L proteína retículo retículo 1 de tráfico endoplásmico a endoplásmico/// pila de Golgl/// transporte de Golgi/// integral de vesícula de proteína/// membrana/// retículo Sec22 (S. transporte endoplásmico cerevisiaé) mediado por vesícula/// transporte/// transporte de retículo endoplásmico a Golgi 2015 SEC Homólogo Transporte de Enlace de proteína Retículo 82_at 23B B de proteína endoplásmico/// pila Sec23 (S. intracelular/// de Golgi/// cerevisiaé) transporte de membrana/// retículo recubrimiento de endoplásmico a vesícula Copü ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix Golgi/// transporte mediado por vesícula/// transporte/// transporte de proteína 2122 SER Inhibidor ... Actividad de Citoplasma 68_at PIN de inhibidor de B1 peptidasa endopeptidasa tipo de serpina, serina/// actividad de grupo B inhibidor de (ovalbúmin endopeptidasa/// a), actividad de miembro 1 inhibidor de endopeptidasa tipo serina 2083 SF1 Factor de Ensamble de Actividad de factor Complejo de 13_s empalme 1 espliceosoma/// de transcripción de espliceosoma/// _at transcripción/// polimerasa de ARN ribosoma/// núcleo/// regulación de li/// actividad de co- núcleo transcripción, represor de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix dependiente de transcripción/// ADN/// empalme enlace de ARN/// de ARNm nuclear, enlace de ion de por medio de metal/// enlace de espliceosoma/// ácido nucleico/// procesamiento de enlace de ARN/// ARNm enlace de ión de zinc/// enlace de ácido nucleico/// enlace de ¡ón de metal 2250 SIP 2 tipo ... Actividad de ... 56_at A1 L asociado activador de 2 con GTPasa/// enlace de proliferació proteína n inducida por señal 1 2037 SLA Adaptador Cascada de Actividad de ... 61 _at tipo Src/// señalización adaptador Sh3/Sh2 adaptador intracelular tipo Src ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2058 SLC Familia Transporte de Enlace de Membrana de 96_at 22A portadora iones/// transporte nucleótidos/// enlace plasma/// integral de 4 de soluto de ión de sodio/// de ATP/// actividad membrana de 22 secreción de de portador de plasma/// (transporta fluido/// transporte cationes orgánico/// membrana/// integral dor de de cationes actividad de de membrana cationes orgánico/// transportador de orgánico), transporte iones/// actividad de miembro 4 Simporter/// enlace de ión de sodio/// enlace de nucleótidos/// actividad de transportador 2187 SLC Familia — — Integral de 49_s 24A portadora membrana _at 6 de soluto 24 (¡ntercambi ador de sodio/pota sio/calcio), ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix miembro 6 2024 SLC Familia Metabolismo de Actividad de Fracción de 97_x 2A3 portadora carbohidratos/// transportador/// membrana/// _at de soluto 2 transporte de actividad de potador membrana/// integral (transporta carbohidratos/// de azúcar/// de membrana/// dor de transporte de actividad de Integral de glucosa glucosa/// transportador de membrana facilitado), transporte/// glucosa/// actividad miembro 3 desarrollo/// de transportador de espermatogénesis/ glucosa // diferenciación celular 2350 SLC Familia Transporte de Actividad de Integral de 13_at 31 A portadora iones/// transporte transportador de ión membrana de 1 de soluto de ion de cobre/// de cobre/// actividad plasma/// integral de 31 transporte de ión de transportador de membrana (transporta de cobre/// ión de cobre/// dores de transporte enlace de ión de cobre), cobre miembro 1 2251 SLC Familia Transporte/// Actividad de Integral de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 75_s 44A portadora regulación positiva transductor de membrana _at 2 de soluto de cascada de señales 44, cinasa I- miembro 2 kappab/Nf-kappab 2091 SNA Proteína Transporte/// Actividad de T- Membrana/// 31 _s P23 asociada transporte de Snare sinaptosoma/// _at con proteína/// membrana de sinaptoso transporte plasma mal, 23 después de kDa Golgl/// dirección de vesícula/// fusión de membrana 2088 SNR Polipéptido Procesamiento de Enlace de ARN/// Complejo de 21 _at PB s de ARNm/// empalme enlace de proteína espliceosoma/// ribonucleo de ARN/// complejo de proteína empalme de ribonucleoproteína nucleares ARNm nuclear, por nucleolar pequeña/// pequeños medio de complejo de B y B1 espliceosoma ribonucleoproteína nuclear pequeña/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix núcleo/// complejo de ribonucleoproteína/// complejo de ribonucleoproteína nuclear pequeña 2215 SOA O-acil- Metabolismo de Actividad de O-acil- Retículo 61 _at T1 transferasa lípidos/// transferasa de endoplásmico/// de esterol circulación/// esterol/// actividad membrana/// integral (acil- metabolismo de de acil-transferasa/// de membrana/// coenzima esteroides/// actividad de acil- retículo A: acil- metabolismo de transferasa/// endoplásmico transferasa colesterol/// actividad de de metabolismo de transferasa colesterol) colesterol 1 2080 SP1 Proteína Transcripción/// Enlace de ADN/// Núcleo/// núcleo 12_x 10 de cuerpo regulación de actividad de _at nuclear transcripción, transductor de Sp1 10 dependiente de señales de receptor ADN/// transporte de citoquina de de electrones hematopoietina/clas ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix e de interferón (dominio D200) /// enlace de proteína/// enlace de ión de zinc/// enlace de ión de metal/// enlace de ADN/// actividad de transportador de electrones 2217 SPS 3 que Cascada de — ... 69_at B3 contiene señalización dominio de intracelular receptor de Spla/riano dina y cuadro Socs 2179 SQ Tipo — Actividad de óxido- Mitocondria 95_at RDL reductasa reductasa de quinona ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix de sulfuro (levadura) 2012 SRE Factor de Regulación de Enlace de ADN/// Núcleo/// retículo 47 at BF2 transcripci transcripción a actividad de factor endoplásmico/// pila ón de partir del promotor de transcripción de de Golgi/// integral de enlace de de polimerasa de polimerasa de ADN membrana elemento ARN li/// li/// enlace de regulador metabolismo de proteína/// actividad de esterol lípidos/// de regulador de 2 metabolismo de transcripción esteroides/// metabolismo de colesterol/// transcripción/// regulación de transcripción, dependiente de ADN/// metabolismo de lípidos/// regulación de transcripción ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2089 SRI Sorcina Regulación de Enlace de Citoplasma 21 _s potencial de receptor/// actividad _at acción/// de regulador de transporte/// canal de calcio/// secuestro enlace de ión de ¡ntracelular de ión calcio de hierro/// regulación de contracción de músculo estriado/// desarrollo cardíaco/// desarrollo muscular/// regulación de índice de contracción del corazón 2101 STX Sintaxina Transporte de Actividad de Pila de Golg/// 90_at 1 1 1 1 proteína receptor Snap/// membrana ¡ntracelular/// actividad de fusión de transportador de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix membrana/// proteína transporte/// transporte de proteína 2088 SUP Supresor Metabolismo de Actividad de factor Núcleo/// núcleo 31 _x T6H de nucleobase, de transcripción/// _at homólogo nucleósido, enlace de ARN/// de Ty6 (S. nucleótido, y ácido actividad de cerevisiae) nucleico/// hidrolasa, que actúa remodelación de sobre los enlaces de cromatina/// éster regulación de transcripción, dependiente de ADN/// cascada de señalización intracelular/// transcripción/// regulación de transcripción, dependiente de ADN ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2297 TAG Proteína ... Actividad de factor ... 23_at AP activadora de intercambio de de nucleótido de GTPasa guanilo de activación de células- T 2023 TAP Transporta Transporte/// * Enlace de Retículo 07_s 1 dor 1 , transporte de nucleótidos/// endoplásmico/// _at cásete de oligopéptido/// actividad de integral de enlace de respuesta transportador/// membrana/// integral ATP, inmune/// enlace de Atp/// de membrana subfamilia transporte de actividad de B proteína/// transportador de (Mdr/Tap) transporte de oligopéptido/// péptido actividad de ATPasa/// actividad de ATPasa, acoplada con movimiento transmembrana de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix sustancia/// actividad de heterodimerización de proteína/// actividad de trifosfatasa de nucleótido 201 1 TER Factor 2 Mantenimiento de Enlace de ADN Cromosoma 74_s F2IP de enlace telómero telomérico/// enlace nuclear/// región _at de dependiente de de ADN/// actividad telomérica de repetición telomerasa/// de receptor cromosoma/// telomérico, regulación de núcleo/// cromosoma proteína transcripción/// de mantenimiento de interacción telómero/// transcripción/// regulación de transcripción, dependiente de ADN 2050 TGF Factor de Regulación del Actividad de cinasa Espacio ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 16_at A crecimient progreso a través de proteína extracelular/// 0 del ciclo celular/// tirosina/// actividad fracción soluble/// transforma señalización de de transductor de membrana de nte, alfa célula-célula/// señales/// actividad plasma/// integral de proliferación de ligando activador membrana de celular/// de receptor de plasma/// integral de proliferación factor de membrana celular crecimiento epidérmico/// enlace de proteína/// actividad de factor de crecimiento 2306 THO Complejo Empalme de Enlace de ARN Núcleo 51_at C2 Tho 2 ARNm nuclear, por medio de espliceosoma/// exportación de ARNm desde el núcleo/// transporte/// procesamiento de ARNm ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix 2426 TME 8 que Transporte de Actividad de Membrana 17_at D8 contiene proteína portador de proteína dominio de intracelular transporte de proteína transmemb rana Emp24 2177 TME Proteína — ... Integral de 95_S M43 transmemb membrana _at rana 43 2006 TME Proteína — — Integral de 20_at M59 transmemb membrana rana 59 2038 TNK Cinasa de Fosforilación de Enlace de Citoplasma 39_S 2 tirosina, no aminoácidos de nucleótidos/// _at receptora, proteína/// actividad de cinasa 2 organización de de proteína citoesqueleto y serina/treonina/// biogénesis/// actividad de cinasa ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix transducción de de proteína tirosina señales mediada no de extensión de por GTPasa membrana/// pequeña actividad de inhibidor de GTPasa/// enlace de proteína/// enlace de AT /// actividad de transferasa/// actividad de cinasa de proteína/// actividad de cinasa de proteína tirosina/// actividad de cinasa 2215 TNP Transporti Importación de Enlace/// enlace de Núcleo/// poro 07_at 02 na 2 proteína hacia el secuencia de nuclear/// (¡mportina núcleo, empalme/// localización citoplasma/// 3, transporte de nuclear/// actividad núcleo/// citoplasma carioferina proteína/// de transportador de beta 2B) transporte proteína ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix 2378 TNR 6B que Transporte de Enlace de ... 95_at C6B contiene proteína nucleótido/// enlace repetición intracelular/// de GTP de transducción de trinucleótid señales mediada 0 por GTPasa pequeña/// transporte de proteína 2179 TPC Canal 1 de Transporte/// Actividad de canal Membrana/// integral 14_at N1 segmentos transporte de de iones/// actividad de membrana de dos iones/// transporte de canal de poros de cationes cationes/// enlace de ión de calcio 2215 TRA Factor 3 Inducción de Actividad de ligasa Complejo de ligasa 71_at F3 asociado apoptosis/// de proteína de ubiquitina con transducción de ublquitina/// receptor señales/// actividad de de Tnf ubiquitinación de transductor de proteína/// señales/// enlace de regulación de proteína/// enlace de ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix apoptosls/// ión de zinc/// enlace apoptosis/// de ión de metal/// transducción de actividad de señales receptor 2167 TRE Factor Biosíntesis de Actividad de factor Núcleo/// núcleo 49_at RF1 regulador esteroide/// de transcripción/// de catabolismo de enlace de factor de transcripci colesterol/// transcripción/// ón 1 desarrollo/// enlace de ión de homeostasis/// zinc/// actividad de regulación de enlace de ADN/// transcripción/// actividad de regulación positiva mediador de de transcripción, transcripción de dependiente de polimerasa de ARN ADN/// regulación li/// actividad de code biosíntesis de activador de hormonas transcripción de receptor nuclear dependiente de ligando/// enlace de ión de metal/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix enlace de ácido nucleico/// enlace de ADN 2031 TRI 14 que Especificación de Enlace de Citoplasma/// 48_S M14 contiene compartimiento proteína/// enlace de intracelular _at motivo ión de zinc/// enlace tripartita de ión de metal 2107 TRI 5 que Ubiquitinación de Actividad de ligasa Complejo de ligasa 05_s M5 contiene proteína/// ciclo de de proteína de ubiquitina/// _at motivo ubiquitina ubiquitina/// enlace intracelular tripartita de ión de zinc/// actividad de ligasa/// enlace de ión de metal 2205 TSP Tetraspani Señalización de — Integral de 58_x AN3 na 32 célula-célula membrana/// integral _at 2 de membrana 1557 TTB Cinasa de Fosforilación de Enlace de Filamento intermedio 073_ K2 tubulina aminoácidos de nucleósidos/// s_at Tau 2 proteína actividad de cinasa ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Gen Affy- Gen me- trix de proteína/// enlace de ATP/// actividad de cinasa/// actividad de transferasa/// actividad de molécula estructural 2023 UBE Enzima de Reparación de Actividad de ligasa Núcleo/// membrana 35_S 2B conjugació ADN/// ciclo de de proteína _at n de ubiquitina // ubiquitina/// ubiquitina modificación de actividad de enzima E2B proteína/// activadora tipo (homólogo respuesta a ubiquitina/// Rad6) estímulo de daño actividad de ligasa de ADN 2006 UBE Enzima de Ciclo de Actividad de ligasa ... 68_s 2D3 conjugació ubiquitina/// de proteína _at n de modificación de ubiquitina/// enlace ubiquitina proteína de proteína/// E2D 3 actividad de enzima (homologo activadora tipo ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix Ubc4/5,lev ubiquitina/// adura) actividad de ligasa 2157 USF Factor de Regulación de Actividad de factor Núcleo 37_x 2 transcripci transcripción, de transcripción/// _at ón dependiente de actividad de factor corriente ADN/// de transcripción de arriba 2, transcripción/// polimerasa de ARN que regulación de li/// enlace de ADN/// interactúa transcripción actividad de con C-Fos regulador de transcripción 2015 VA Proteína Transporte ... Integral de 57_at MP2 de mediado por membrana/// membrana vesícula sinaptosoma/// asociada sinapsis con vesícula 2 (sinaptobre vina 2) 2042 VDR Receptor Transcripción/// Actividad de factor Núcleo 54_s de regulación de de transcripción/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix _at vitamina D transcripción, actividad de (1 ,25- dependiente de receptor de dihidroxi- ADN/// hormona esteroide/// vitamina transducción de enlace de proteína/// D3) señales/// actividad de regulación receptor de vitamina negativa de D3/// enlace de ión transcripción de metal/// enlace de ADN/// enlace de proteína/// enlace de ADN/// actividad de receptor/// actividad de receptor nuclear dependiente de ligando/// enlace de ión de zinc/// enlace de ADN 2172 VI L2 Villina 2 Anclaje Actividad de Citoplasma/// 34_s (Ezhna) citoesquelético/// molécula citoesqueleto/// _at regulación de la estructural/// enlace microvillus/// forma de la célula de proteína membrana/// citoesquelética/// filamento de actina/// ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix enlace de proteína/// citoesqueleto cortical enlace 1562 WD 1 que — Enlace de fosfatidil- Núcleo/// endosoma 955_ FY1 contiene inositol/// enlace de temprano/// citosol at repetición ion de zinc/// enlace Wd y de ión de metal/// dominio enlace de ión de Fyve zinc 2087 YW Proteína ... Actividad de mono- ... 43_s HAB de oxigenasa/// enlace _at activación específico de de 3- dominio de mono- proteína/// enlace de oxigenasa proteína/// enlace de de proteína tirosina/5- mono- oxigenasa de triptófano, polipéptido ID de Conjunto Sím¬ Descripde bolo Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular ción del Firma del GO GO GO Affy- Gen Gen me- trix beta 2177 ZA2 Dedo de — Enlace de ADN/// — 41 _S 0D2 zinc, 2 que enlace de ión de _at contiene zinc/// enlace de ión dominio de metal A20 2223 ZBT Dedo de Transcripción/// Enlace de ADN/// Núcleo 57_at B20 zinc, y 20 regulación de enlace de proteína/// que contietranscripción, enlace de ión de ne dominio dependiente de zinc/// enlace de ión Btb ADN de metal 2190 ZCC Dedo de — Enlace de ácido — 62_s HC2 zinc, 2 que nucleico/// enlace de _at contiene ión de metal/// dominio enlace de ión de Cchc zinc Se identificaron un nú mero de genes asociados con la respuesta vi ral , la defensa cel ular, y la respuesta inmune . E n la Tabla 3 se da una l ista representativa de los genes del conj unto de fi rma.

Tabla 3: Genes Representativos en el Con i unto de Fi rma de la I nfección Crón ica por el Vi rus de Hepatitis C ID de conjunto Símbolo Título del gen Proceso biológico de sonda del gen GO 201642_at IFNGR2 Receptor de interferón gamma 2 Respuesta a virus 202086_at MX1 Resistencia a mixovirus (virus de Respuesta a virus influenza) 1 202430_s_at PLSCR1 Escramblasa de fosfolípido 1 Respuesta a virus 203882_at ISGF3G Factor de transcripción Respuesta a virus estimulado por interferón 3, gamma, 48 kDa 204994_at MX2 Resistencia a mixovirus (virus de Respuesta a virus influenza) 2 208436_s_at IRF7 Factor regulador de interferón 7 Inducción viral de respuesta inmune del huésped, respuesta a virus 1553530_a_at ITGB1 Integrina, beta 1 (receptor de Respuesta de fibronectina, polipéptido beta, el defensa celular antígeno Cd29 incluye Mdf2, sk12) 1553530_a_at ITGB1 Integrina, beta 1 (receptor de Respuesta de ID de conjunto Símbolo Título del gen Proceso biológico de sonda del gen GO fibronectina, polipéptido beta, el defensa celular antígeno Cd29 incluye Mdf2, sk12) 1555832_s_at KLF6 Factor tipo Kruppel 6 Diferenciación de células-B, regulación de transcripción, dependiente de ADN 200959_at FUS Fusión (involucrada en T(12:16) Respuesta inmune en liposarcoma maligno) 201762_S_at PS E2 Subunidad 2 activadora de Respuesta inmune proteasoma (prosoma, macropaína) (Pa28 beta) 201786_s_at ADAR Desaminasa de adenosina, Respuesta humoral específica del ARN anti-microbiana (Sensu Vertebrata) 202086_at MX1 Resistencia de mixovirus (virus Respuesta inmune, de influenza) 1 , proteína induci- respuesta a virus ble por interferón p78 (ratón)/// resistencia a mixovirus (virus de influenza) 1 , proteína inducible por interferón P78 (ratón) O = Ontolog ía del gen .

Ejemplo 5: VX-950 Normaliza el Conjunto de Firma Durante el Período de Tratamiento de 14 Días Hubo una tendencia observable en los niveles de expresión genética que se normalizaron hacia los niveles de un sujeto saludable con la dosificación de VX-950. Los niveles de expresión delta se calcularon como la proporción media de los niveles de expresión del gen sensible (ISG) a interferón (IFN) para cada paciente (día 14 contra día 0), mostrados en una escala log10. La carga viral delta se calculó como la proporción de la carga viral para cada paciente (día 0 contra día 14), mostrada en una escala logi0. La correlación con los niveles de un sujeto saludable se determinó para los sujetos saludables después de 5 días de dosificación con VX-950, y para los pacientes infectados por el virus de hepatitis C antes de la dosificación, y después de 7, 14, y 28 días de la dosificación con VX-950. Los resultados se muestran en la Figura 2. Ejemplo 6: La infección por el Virus de Hepatitis C Enriquece los Genes de las Categorías de Genes Anti-virales del Huésped En los sujetos infectados por el virus de hepatitis C, el análisis de expresión genética reveló una sobre-representación significativa de las categorías de ontología genética (GO) relacionada con la respuesta del huésped a la infección viral (Tabla 4). También se observó un enriquecimiento significativo para los genes sensibles a interferón conocidos (ISG) (p <10'6) (en donde el valor-p representa la probabilidad de que el enriquecimiento de los genes en esa categoría funcional sea aleatorio). Tabla 4: Coniunto de firma enriquecido para las categorías GO anti-virales del huésped Otros genes en el conjunto de firma se mapearon en las funciones de respuesta inmune del huésped, y otras funciones biológicas clave relacionadas con un huésped de mecanismos de defensa anti-virales. Por ejemplo, los genes mapeados para las funciones relacionadas con los procesos fisiológicos organismales; la respuesta inmune; la respuesta de defensa; la respuesta a estímulo biótico; la respuesta a estímulo externo; la respuesta a estímulo; la respuesta a estím ulo biótico externo ; la respuesta a la tensión ; la respuesta a plagas , patógenos o parásitos; y la respuesta a vi rus. E jem plo 7: Los N iveles de Expresión antes de la Dosi s de los Genes Sensi bles a I FN se Correlaci onan con u na Red ucción en los N iveles de A R N de HCV en Plasma La Tabla 5 muestra las proporciones de los niveles de expresión del gen sensi ble a I FN ( ISG) entre los respondentes mejorados y los respondentes no mejorados (la proporción es el nivel de expresión de los respondentes mejorados sobre los niveles de expresión de los respondentes no mejorados) antes de la dosificación con VX-950. Los niveles de expresión antes de la dosi s de estos genes se correlaciona con la reducción del A RN de HCV en plasma. Tabla 5 : Proporciones de los niveles de ISG entre los respondentes mejorados y otros ID de Descripción de conjunto de Símbolo Título del gen proceso biológico Proporción sonda del gen GO Affymetrix 203153_at Proteína inducida por IFIT1 Respuesta inmune 8.57 interferón con repeticiones de tetratricopéptido 1 204439_at Tipo proteína inducida por IFI44L — 4.17 interferón 44 213797_at 2 que contiene dominio de RSAD2 — 4.1 1 radical S-adenosil- ID de Descripción de conjunto de Símbolo Título del gen proceso biológico Proporción sonda del gen GO Affymetrix metionina 226757_at Proteína inducida por IFIT2 Respuesta inmune 3.48 interferon con repeticiones de tetratricopéptido 2 204747_at Proteína inducida por IFIT3 Respuesta inmune 2.91 interferon con repeticiones de tetratricopéptido 3 206332_s_at Interferon, proteína IFI16 Respuesta inmune, 2.79 gamma-inducible 16 regulación de transcripción dependiente de ADN 208966_x_at Interferon, proteína IFI16 Respuesta inmune, 2.75 gamma-inducible 16 regulación de transcripción dependiente de ADN 214453_s_at Proteína inducida por IFI44 Respuesta inmune 2.73 interferon 44 217502_at Proteína inducida por IFIT2 Respuesta inmune 2.73 interferon con repeticiones ID de Descripción de conjunto de Símbolo Título del gen proceso biológico Proporción sonda del gen GO Affymetrix de tetratricopéptido 2 203595_s_at Proteína inducida por IFIT5 Respuesta inmune 2.68 interferón con repeticiones de tetratricopéptido 5 229450_at Proteína inducida por IFIT3 Respuesta inmune 2.46 interferón con repeticiones de tetratricopéptido 3 208965_s_at Interferón, proteína IFI16 Respuesta inmune, 2.45 gamma-inducible 16 regulación de transcripción dependiente de ADN 203596_s_at Proteína inducida por IFIT5 Respuesta inmune 1.69 interferón con repeticiones de tetratricopéptido 5 202446_s_at Escramblasa de fosfolípido PLSCR1 Respuesta a virus, 1.42 1 mezcla de fosfolípidos 202086_at Resistencia a mixovirus MX1 Respuesta inmune, 1.39 (virus de influenza) 1 transducción de señales ID de Descripción de conjunto de Símbolo Título del gen proceso biológico Proporción sonda del gen GO Affymetrix 202411_at Interferón, proteína alfa- IFI27 Respuesta inmune 1.16 inducible 27 209417_s_at Proteína inducida por IFI35 Respuesta inmune 1.11 interferón 35 201601_x_at Proteína transmembrana IFIT 1 Respuesta inmune, 1.01 inducida por interferón 1 (9- regulación negativa 27) de proliferación celular 212203_x_at Proteína transmembrana IFITM3 Respuesta inmune 1.01 inducida por interferón 3 (1 - 8U) 201422_at Interferón, proteína IFI30 Respuesta inmune 0.93 gamma-inducible 30 214022_s_at Proteína transmembrana IFITM1 Respuesta inmune, 0.93 inducida por interferón 1 (9- regulación negativa 27) de proliferación celular 201315_x_at Proteína transmembrana IFITM2 Respuesta inmune 0.82 inducida por interferón 2 (1 - 8D) Ejemplo 8: Los Niveles Sostenidos de los Genes Sensibles a Interferón se Correlacionan con una Reducción en los Niveles de ARN de HCV en Plasma Se examinaron los niveles de expresión de los genes sensibles a interferón (ISGs) seleccionados antes de la dosificación y en el día 14 después de la dosificación con VX-950, en respondentes mejorados y respondentes no mejorados, infectados por el virus de hepatitis C. Las proporciones medias de los niveles de expresión de ISG (día 14) (d14) contra antes de la dosis (dO)) se muestran en la Figura 3A. Hubo una diferencia estadísticamente significativa en los niveles de expresión sostenidos del gen sensible a interferón entre los dos grupos, en donde los respondentes mejorados tuvieron niveles sostenidos de expresión del gen sensible a interferón. Se enlistan los genes quedaron fuera dentro de cada grupo. Por consiguiente, en tan poco como 14 días, una comparación de los niveles de expresión de la línea base con el día 14 de los genes sensibles a interferón, puede predecir potencialmente los resultados de la dosificación con VX-950. La Figura 3B muestra el cambio en los niveles de expresión y el cambio en la carga viral del virus de hepatitis C en el día 14, comparándose con el día 0, en 5 respondentes mejorados (barras más a la izquierda), y en 16 respondentes no mejorados. Los 5 respondentes mejorados, que tuvieron ARN de HCV indetectable en el día 14, tuvieron niveles sostenidos de los genes sensibles a IFN (ISGs), como se indica por el cambio mínimo en sus niveles de expresión. La Figura 3C muestra la confirmación de la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real de los resultados de Affymetrix Genechip. Se muestra la modulación de expresión genética de los genes sensibles a interferon específicos para cada uno de los grupos en 3B (el panel superior izquierdo muestra los resultados para los respondentes mejorados, mientras que los paneles superior derecho e inferior muestran los resultados para los respondentes no mejorados). La tendencia global confirma los datos de perfilación de Genechip. También hay diferencias de expresión del nivel de genes individuales (por ejemplo, GIP2, PLSCR) entre los respondentes mejorados y no mejorados. A partir de estos resultados, parece que los niveles sostenidos de genes inducidos por interferon en la sangre periférica durante la dosificación con VX-950, estuvieron asociados con la mejor respuesta anti-viral. Ejemplo 9: Conjuntos de Firma de Subqrupos Específicos de HCV El conjunto de firma mostrado en la Tabla 2 se obtuvo de una población de sujetos crónicamente infectados por el virus de hepatitis C sin una tendencia a priori, empleando un método de agrupación no supervisado. Se puede preparar un conjunto de firma para un grupo seleccionado basándose en las enseñanzas proporcionadas en la presente. Por ejemplo, se puede generar un conjunto de firma para ciertos subgrupos de sujetos infectados por el virus de hepatitis C, por ejemplo: hombres, mujeres, genotipo 1, 2, ó 3 del virus de hepatitis C, grupos de edades particulares, razas, sujetos que hayan respondido bien o mal a los tratamientos anteriores, sujetos que se hayan sometido previamente a un tratamiento particular, sujetos que no se hayan sometido todavía a un tratamiento para la infección por el virus de hepatitis C, sujetos que hayan sido diagnosticados como co-infectados con otro virus (por ejemplo, hepatitis B, y/o VIH), etc. La información obtenida de estos análisis se puede utilizar como se describe en la presente. Se han descrito un número de modalidades de la invención. No obstante, se entenderá que se pueden hacer diferentes modificaciones sin apartarse del espíritu y alcance de la invención. De acuerdo con lo anterior, otras modalidades están dentro del alcance de las siguientes reivindicaciones.

Claims (30)

REIVINDICACIONES

1. Un método para evaluar a un sujeto, comprendiendo el método: proporcionar una evaluación de la expresión de los genes en un conjunto de firma de genes en el sujeto, en donde el conjunto de firma tiene las siguientes propiedades: incluye una pluralidad de genes, cada uno de los cuales se expresa diferencialmente entre individuos viralmente infectados e individuos no infectados, contiene un número suficiente de genes diferencialmente expresados, de tal manera que la expresión diferencial de cada uno de los genes en el conjunto de firma en un sujeto predice infección con no más de aproximadamente el 15 por ciento de positivos falsos; y proporcionar una comparación de la expresión de cada uno de los genes en el conjunto del sujeto con un valor de referencia, evaluando de esta manera al sujeto.

2. El método de la reivindicación 1, en donde la comparación comprende comparar la expresión en el sujeto con una referencia no infectada, y en donde la expresión diferencial de cada uno de los genes del conjunto de firma de genes indica un primer estado, y la expresión diferencial de menos que todos los genes del conjunto de firma indica un segundo estado.

3. El método de la reivindicación 2, en donde el primer estado comprende infección o una primera probabilidad de infección.

4. El método de la reivindicación 2, en donde el segundo estado comprende no infección o una segunda probabilidad de infección.

5. El método de la reivindicación 1, en donde la referencia es un valor de expresión a partir de uno o más sujetos no infectados.

6. El método de la reivindicación 1, en donde la comparación comprende comparar la expresión en el sujeto con una referencia infectada, y en donde la expresión no diferencial de cada uno de los genes del conjunto de firma de genes, indica un primer estado, y la expresión no diferencial de menos que todos los genes en el conjunto de firma indica un segundo estado.

7. El método de la reivindicación 6, en donde el primer estado comprende infección o una primera probabilidad de infección.

8. El método de la reivindicación 6, en donde el segundo estado comprende no infección o una segunda probabilidad de infección.

9. El método de la reivindicación 6, en donde la referencia es un valor de expresión a partir de uno o más sujetos viralmente infectados.

10. El método de la reivindicación 1, en donde se evalúa la sangre periférica del sujeto.

11. El método de la reivindicación 1, en donde la evaluación se presenta antes de la administración de un inhibidor de una proteasa viral al sujeto.

12. El método de la reivindicación 11, en donde el inhibidor es VX-950, SCH-503034, o BILN-261 (ciluprevir).

13. El método de la reivindicación 1, en donde la evaluación se presenta durante el curso de la administración o después de la administración de un inhibidor de una proteasa viral al sujeto.

14. El método de la reivindicación 13, en donde el inhibidor es VX-950, SCH-503034, o BILN-261 (ciluprevir).

15. El método de la reivindicación 1, en donde el método comprende determinar un nivel expresión genética después de la administración, determinado para un gen sensible a interferón (ISG) en el sujeto, para proporcionar un valor determinado después de la administración; y comparar el valor determinado después de la administración con un valor de referencia, evaluando de esta manera al sujeto.

16. El método de la reivindicación 15, en donde el valor de referencia comprende el nivel de expresión del gen sensible a interferón antes de la administración del tratamiento anti-viral.

17. El método de la reivindicación 1, en donde el conjunto de firma de genes comprende una pluralidad de genes asociados con la infección por el virus de hepatitis C (HCV).

18. El método de la reivindicación 1, en donde el conjunto de firma de genes comprende cuando menos aproximadamente el 10 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2.

19. El método de la reivindicación 1, en donde el conjunto de firma de genes comprende un gen a partir de una o más de las siguientes categorías: procesos fisiológicos organismales; respuesta inmune; respuesta de defensa; respuesta a estímulo biótico; respuesta a estímulo; respuesta a la tensión; respuesta a plagas, patógenos, o parásitos; o respuesta a virus.

20. El método de la reivindicaciónl , en donde el conjunto de firma de genes comprende uno o más genes sensibles a interferón (ISG).

21. El método de la reivindicación 20, en donde el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA.

22. El método de la reivindicación 20, en donde el conjunto de firma de genes comprende cuando menos uno de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA.

23. Un método para evaluar la eficacia de un tratamiento de una infección por el virus de hepatitis C en un sujeto, comprendiendo el método: administrar el tratamiento; llevar a cabo la evaluación de la reivindicación 1, evaluando de esta manera la eficacia del tratamiento.

24. Un método para evaluar la eficacia de un fármaco para utilizarse en el tratamiento de una infección por el virus de hepatitis C en un sujeto, comprendiendo el método: proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo; proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo; y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética, en donde los niveles sostenidos de expresión genética entre los primero y segundo puntos del tiempo indican la eficacia del fármaco.

25. El método de la reivindicación 24, en donde la comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética comprende comparar los niveles de uno o más genes sensibles a interferón (ISG).

26. El método de la reivindicación 25, en donde el gen sensible a interferón se selecciona a partir del grupo que consiste en: IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA.

27. El método de la reivindicación 25, en donde se comparan los primero y segundo niveles de cuando menos uno de: GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD, ó IFITA.

28. Un método para evaluar la eficacia de un fármaco para utilizarse en el tratamiento de infección por el virus de hepatitis C en un sujeto, comprendiendo el método: proporcionar una determinación de un primer nivel de expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C en el sujeto en un primer punto del tiempo; proporcionar una determinación de un segundo nivel de expresión genética en el sujeto en un segundo punto del tiempo; y proporcionar una comparación de los primero y segundo niveles de expresión genética con un nivel de control de expresión genética, en donde una diferencia más pequeña entre el segundo nivel y el nivel de control, comparándose con la diferencia entre el primer nivel y el nivel de control, indica la eficacia del fármaco.

29. El método de la reivindicación 28, en donde la expresión genética asociada con la infección por el virus de hepatitis C se determina para una pluralidad de los genes enlistados en la Tabla 2.

30. El método de la reivindicación 29, en donde la pluralidad comprende cuando menos aproximadamente el 10 por ciento de los genes enlistados en la Tabla 2.