RU2008146518A - Биомаркеры инфекции, вызываемой вирусом гепатита с - Google Patents

Биомаркеры инфекции, вызываемой вирусом гепатита с Download PDF

Info

Publication number
RU2008146518A
RU2008146518A RU2008146518/13A RU2008146518A RU2008146518A RU 2008146518 A RU2008146518 A RU 2008146518A RU 2008146518/13 A RU2008146518/13 A RU 2008146518/13A RU 2008146518 A RU2008146518 A RU 2008146518A RU 2008146518 A RU2008146518 A RU 2008146518A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
genes
individual
expression
infection
characteristic set
Prior art date
Application number
RU2008146518/13A
Other languages
English (en)
Inventor
Рави К. РАМАЧАНДРАН (US)
Рави К. РАМАЧАНДРАН
Мэттью В. ХАРДИНГ (US)
Мэттью В. ХАРДИНГ
Пол Р. КАРОН (US)
Пол Р. КАРОН
Мартин К. БОТФИЛД (US)
Мартин К. БОТФИЛД
Брайан Дж. ХЭР (US)
Брайан Дж. ХЭР
Радж БАНДАРУ (US)
Радж БАНДАРУ
Кевин М. КЕЛЛИХЕР (US)
Кевин М. КЕЛЛИХЕР
Катрин Н. КОРНЕЛЛ (US)
Катрин Н. КОРНЕЛЛ
Original Assignee
Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед (Us)
Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед (Us), Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед filed Critical Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед (Us)
Publication of RU2008146518A publication Critical patent/RU2008146518A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
    • C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K49/00—Preparations for testing in vivo
    • A61K49/0004—Screening or testing of compounds for diagnosis of disorders, assessment of conditions, e.g. renal clearance, gastric emptying, testing for diabetes, allergy, rheuma, pancreas functions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2545/00—Reactions characterised by their quantitative nature
    • C12Q2545/10—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis
    • C12Q2545/114—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis involving a quantitation step

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

1. Способ оценки индивида, включающий: ! проведение оценки экспрессии генов в характерном наборе генов у индивида, причем характерный набор имеет следующие свойства: ! включает множество генов, каждый из которых по-разному экспрессируется у инфицированного вирусом индивида и у неинфицированного индивида, ! содержит достаточное число по-разному экспрессирующихся генов, так что указанная отличающаяся экспрессия каждого из генов в характерном наборе у индивида прогнозирует инфекцию не более чем приблизительно с 15% ложноположительных результатов; и ! проведение сравнения экспрессии каждого из генов в наборе у индивида со стандартной величиной, что обеспечивает оценку индивида. ! 2. Способ по п.1, в котором сравнение включает сравнение экспрессии у индивида с неинфицированным стандартом и в котором если экспрессия каждого гена характерного набора генов отличается, то это указывает на первое состояние, и если экспрессия отличается не у всех генов в характерном наборе, то это указывает на второе состояние. ! 3. Способ по п.2, в котором первое состояние включает инфекцию или значительную вероятность инфекции. ! 4. Способ по п.2, в котором второе состояние включает отсутствие инфекции или меньшую вероятность инфекции. ! 5. Способ по п.1, в котором стандартом является величина экспрессии одного или нескольких неинфицированных индивидов. ! 6. Способ по п.1, в котором сравнение включает сравнение экспрессии у индивида с инфицированным стандартом и в котором если экспрессия каждого из генов в характерном наборе генов не отличается, то это указывает на первое состояние, и если экспрессия отличается не для всех генов в характе

Claims (30)

1. Способ оценки индивида, включающий:
проведение оценки экспрессии генов в характерном наборе генов у индивида, причем характерный набор имеет следующие свойства:
включает множество генов, каждый из которых по-разному экспрессируется у инфицированного вирусом индивида и у неинфицированного индивида,
содержит достаточное число по-разному экспрессирующихся генов, так что указанная отличающаяся экспрессия каждого из генов в характерном наборе у индивида прогнозирует инфекцию не более чем приблизительно с 15% ложноположительных результатов; и
проведение сравнения экспрессии каждого из генов в наборе у индивида со стандартной величиной, что обеспечивает оценку индивида.
2. Способ по п.1, в котором сравнение включает сравнение экспрессии у индивида с неинфицированным стандартом и в котором если экспрессия каждого гена характерного набора генов отличается, то это указывает на первое состояние, и если экспрессия отличается не у всех генов в характерном наборе, то это указывает на второе состояние.
3. Способ по п.2, в котором первое состояние включает инфекцию или значительную вероятность инфекции.
4. Способ по п.2, в котором второе состояние включает отсутствие инфекции или меньшую вероятность инфекции.
5. Способ по п.1, в котором стандартом является величина экспрессии одного или нескольких неинфицированных индивидов.
6. Способ по п.1, в котором сравнение включает сравнение экспрессии у индивида с инфицированным стандартом и в котором если экспрессия каждого из генов в характерном наборе генов не отличается, то это указывает на первое состояние, и если экспрессия отличается не для всех генов в характерном наборе, то это указывает на второе состояние.
7. Способ по п.6, в котором первое состояние включает инфекцию или значительную вероятность инфекции.
8. Способ по п.6, в котором второе состояние включает отсутствие инфекции или меньшую вероятность инфекции.
9. Способ по п.6, в котором стандартом является величина экспрессии одного или нескольких неинфицированных индивидов.
10. Способ по п.1, в котором оценивают периферическую кровь от индивида.
11. Способ по п.1, в котором оценку осуществляют перед введением ингибитора вирусной протеиназы индивиду.
12. Способ по п.11, в котором ингибитор представляет собой VX-950, SCH-503034 или BILN-261 (цилупревир).
13. Способ по п.1, в котором оценку осуществляют во время курса или после курса лечения ингибитором вирусной протеиназы индивиду.
14. Способ по п.13, в котором ингибитор представляет собой VX-950, SCH-503034 или BILN-261 (цилупревир).
15. Способ по п.1, включающий определение уровня экспрессии генов после введения для интерферончувствительного гена (ISG) у индивида с получением величины, определенной после введения; и
сравнение величины, определенной после введения, со стандартной величиной, в результате чего осуществляется оценка индивида.
16. Способ по п.15, в котором стандартная величина включает уровень экспрессии ISG перед проведением противовирусного лечения.
17. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает множество генов, связанных с инфекцией вирусом гепатита С (HCV).
18. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает по меньшей мере приблизительно 10% генов, перечисленных в таблице 2.
19. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает ген одной или нескольких следующих категорий: физиологические процессы организма; иммунный ответ; защитный ответ; ответ на биотический раздражитель; ответ на раздражитель; ответ на стресс; ответ на вредителя, на патоген или на паразита или ответ на вирус.
20. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает один или несколько интерферончувствительных генов (ISG).
21. Способ по п.20, в котором ISG выбран из группы, состоящей из IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
22. Способ по п.20, в котором характерный набор генов включает по меньшей мере 1 из GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
23. Способ оценки эффективности лечения инфекции HCV у индивида, включающий:
введение лекарственного средства;
осуществление оценки по п.1,
в результате чего оценивается эффективность лечения.
24. Способ оценки эффективности лекарственного средства для лечения инфекции HCV у индивида, включающий:
определение первого уровня экспрессии генов, связанных с инфекцией HCV, у индивида в первую временную точку;
определение второго уровня экспрессии генов у индивида во вторую временную точку и
сравнение первого и второго уровней экспрессии генов, в котором устойчивые уровни между первой и второй временными точками указывают на эффективность лекарственного средства.
25. Способ по п.24, в котором сравнение первого и второго уровней экспрессии генов включает сравнение уровней одного или нескольких интерферончувствительных генов (ISG).
26. Способ по п.25, в котором ISG выбран из группы, состоящей из IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
27. Способ по п.25, в котором сравнивают первый и второй уровни по меньшей мере 1 из GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
28. Способ оценки эффективности лекарственного средства для лечения инфекции HCV у индивида, включающий:
определение первого уровня экспрессии генов, связанных с инфекцией HCV, у индивида в первую временную точку;
определение второго уровня экспрессии генов у индивида во вторую временную точку и
сравнение первого и второго уровней экспрессии генов с контрольным уровнем экспрессии генов, при котором небольшая разница между вторым уровнем и контрольным уровнем по сравнению с разницей между первым уровнем и контрольным уровнем является показателем эффективности лекарственного средства.
29. Способ по п.28, в котором экспрессию генов, связанных с инфекцией HCV, определяют для множества генов, перечисленных в таблице 2.
30. Способ по п.29, в котором множество включает по меньшей мере приблизительно 10% генов, перечисленных в таблице 2.
RU2008146518/13A 2006-04-26 2007-04-25 Биомаркеры инфекции, вызываемой вирусом гепатита с RU2008146518A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US79552006P 2006-04-26 2006-04-26
US60/795,520 2006-04-26

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2008146518A true RU2008146518A (ru) 2010-06-10

Family

ID=38656353

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2008146518/13A RU2008146518A (ru) 2006-04-26 2007-04-25 Биомаркеры инфекции, вызываемой вирусом гепатита с

Country Status (13)

Country Link
US (1) US20100028874A1 (ru)
EP (1) EP2016195A4 (ru)
JP (1) JP2009535036A (ru)
KR (1) KR20090023360A (ru)
CN (1) CN101479389A (ru)
AU (1) AU2007244824A1 (ru)
CA (1) CA2650616A1 (ru)
IL (1) IL194920A0 (ru)
MX (1) MX2008013796A (ru)
NO (1) NO20084954L (ru)
NZ (1) NZ573052A (ru)
RU (1) RU2008146518A (ru)
WO (1) WO2007127801A2 (ru)

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8399615B2 (en) 2005-08-19 2013-03-19 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Processes and intermediates
JP2009178057A (ja) * 2008-01-29 2009-08-13 Miyazakiken Sangyo Shien Zaidan インターフェロンとリバビリンとの併用治療効果の検出方法および検出キット
CA2738477A1 (en) * 2008-09-24 2010-04-01 Robert S. Kauffman Therapeutic regimen comprising peg-interferon, ribavirin and vx-950 for the treatment of hepatitis
CN103119444B (zh) * 2010-04-21 2016-10-26 米密德诊断学有限公司 区分细菌与病毒感染的标记物和决定因素以及其使用方法
CN102178927A (zh) * 2011-03-01 2011-09-14 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 干扰素诱导跨膜蛋白3在制备抗乙型肝炎病毒感染药物中的用途
CN102323426A (zh) * 2011-08-08 2012-01-18 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 用于诊断或筛查丙型肝炎病毒感染的试剂
EP3882633A1 (en) 2012-02-09 2021-09-22 MeMed Diagnostics Ltd. Signatures and determinants for diagnosing infections and methods of use thereof
AU2015243256B2 (en) 2014-04-11 2020-11-05 Globeimmune, Inc. Yeast-based immunotherapy and type I interferon sensitivity
CA3190715A1 (en) 2014-08-14 2016-02-18 Memed Diagnostics Ltd. Computational analysis of biological data using manifold and a hyperplane
WO2016026258A1 (en) * 2014-08-22 2016-02-25 Institute Of Biophysics, Chinese Academy Of Sciences Methods and compositions for treating and/or preventing a disease or disorder associated with abnormal level and/or activity of the ifp35 family of proteins
US20170234873A1 (en) 2014-10-14 2017-08-17 Memed Diagnostics Ltd. Signatures and determinants for diagnosing infections in non-human subjects and methods of use thereof
US11466331B2 (en) 2016-03-03 2022-10-11 Memed Diagnostics Ltd. RNA determinants for distinguishing between bacterial and viral infections
CN109312411A (zh) 2016-06-07 2019-02-05 斯坦福大学托管董事会 用于诊断细菌和病毒感染的方法
CN109804245B (zh) 2016-07-10 2022-10-25 米密德诊断学有限公司 感染的早期诊断
WO2018011795A1 (en) 2016-07-10 2018-01-18 Memed Diagnostics Ltd. Protein signatures for distinguishing between bacterial and viral infections
EP3519833A4 (en) 2016-09-29 2020-06-03 MeMed Diagnostics Ltd. PROGNOSTIC AND TREATMENT METHODS
WO2018060999A1 (en) 2016-09-29 2018-04-05 Memed Diagnostics Ltd. Methods of risk assessment and disease classification
US10209260B2 (en) 2017-07-05 2019-02-19 Memed Diagnostics Ltd. Signatures and determinants for diagnosing infections and methods of use thereof
CN108379584B (zh) * 2018-04-12 2020-08-11 上海交复生物医药科技有限公司 RSAD2通过wnt通路影响肿瘤细胞替莫唑胺耐药性
CN110448548B (zh) * 2018-05-08 2023-05-05 四川大学华西医院 Ifitm2抑制剂在制备治疗乙型肝炎的药物中的用途
KR102289533B1 (ko) * 2019-08-19 2021-08-17 주식회사 테라젠바이오 특정 약물의 타겟 유전자와 관련된 시그니처를 기초로 타겟 유전자와 관련된 유전자들을 판단하는 전자 장치, 방법 및 상기 방법을 실행하기 위한 컴퓨터 프로그램
CN111333710B (zh) * 2020-03-04 2021-12-03 暨南大学 C20orf24蛋白缺失突变体及其应用

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BRPI0407587A (pt) * 2003-02-18 2006-02-14 Pfizer inibidores do vìrus da hepatite c, composições e tratamentos que os utilizam
US20050282179A1 (en) * 2003-12-05 2005-12-22 Applera Corporation Biomarkers for interferon-alpha response in hepatitis C virus infected patients
US7892735B2 (en) * 2004-12-30 2011-02-22 University Of Louisville Research Foundation, Inc. Genetic markers of schizophrenia spectrum disorders in the sulfotransferase 4a (sult4a) gene

Also Published As

Publication number Publication date
EP2016195A2 (en) 2009-01-21
CA2650616A1 (en) 2007-11-08
KR20090023360A (ko) 2009-03-04
NO20084954L (no) 2009-01-22
MX2008013796A (es) 2009-03-31
IL194920A0 (en) 2009-08-03
US20100028874A1 (en) 2010-02-04
JP2009535036A (ja) 2009-10-01
CN101479389A (zh) 2009-07-08
NZ573052A (en) 2012-03-30
EP2016195A4 (en) 2010-03-10
AU2007244824A1 (en) 2007-11-08
WO2007127801A2 (en) 2007-11-08
WO2007127801A3 (en) 2008-09-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2008146518A (ru) Биомаркеры инфекции, вызываемой вирусом гепатита с
Betancourt et al. Estimation of the effective number of founders that initiate an infection after aphid transmission of a multipartite plant virus
Hartman et al. Whole-genome expression profiling reveals that inhibition of host innate immune response pathways by Ebola virus can be reversed by a single amino acid change in the VP35 protein
Simmonds Genetic diversity and evolution of hepatitis C virus–15 years on
Oh et al. Acute hemorrhagic conjunctivitis caused by coxsackievirus A24 variant, South Korea, 2002
JP2014519487A5 (ru)
Hwang et al. Transcriptome analysis of olive flounder (Paralichthys olivaceus) head kidney infected with moderate and high virulent strains of infectious viral hemorrhagic septicaemia virus (VHSV)
Nag et al. Patchy DNA forms of the Zika virus RNA genome are generated following infection in mosquito cell cultures and in mosquitoes
Mao et al. Virologic and immunologic characteristics in mature ducks with acute duck hepatitis A virus 1 infection
Kim et al. Organoid studies in COVID-19 research
Hayes et al. Interferon stimulated genes and innate immune activation following infection with hepatitis B and C viruses
Younossi et al. Early gene expression profiles of patients with chronic hepatitis C treated with pegylated interferon‐alfa and ribavirin
Johnson et al. Lyssavirus infection activates interferon gene expression in the brain
Torres‐Puente et al. Genetic variability in hepatitis C virus and its role in antiviral treatment response
Yağci et al. Molecular identification of adenoviral conjunctivitis in Turkey
Rasmussen et al. Delayed inflammatory and cell death responses are associated with reduced pathogenicity in Lujo virus-infected cynomolgus macaques
Dehghan-Manshadi et al. Relative expression of toll-like receptors 2 and 7 mRNA in peripheral blood of patients with hepatitis C
Singh et al. Coronavirus: A threat to global public health
Grimes et al. Differentially regulated gene expression associated with hepatitis C virus clearance
Plauzolles et al. Influence of host resistance on viral adaptation: hepatitis C virus as a case study
Shaikh et al. Detection of Chikungunya virus from a case of encephalitis, Bangalore, Karnataka State
Hoshino et al. Phylogenetic and phylodynamic analyses of hepatitis C virus subtype 1a in Okinawa, Japan
WO2009021121A4 (en) Identification and characterization of hcv replicon variants with reduced susceptibility to a combination of polymerase and protease inhibitors, and methods related thereto
JP2017500886A (ja) Ｈｃｖ遺伝子型決定アルゴリズム
Chopra Characteristics of the hepatitis C virus

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20130319