JP2017500886A - Hcv遺伝子型決定アルゴリズム - Google Patents
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Abstract
Description
本明細書及び特許請求の範囲で使用される場合、単数形(the singular forms of "a" and "an")は特に明確に指定のない限り、対応する複数形も包含する。
a.病原体を含有する疑いのあるサンプルを準備する工程と、
b.上記病原体の存在の指標となるコンセンサス配列を選択する工程と、
c.シークエンシングリードアセンブリに適したソフトウェア(例えばMIRA)を用いて、上記病原体の指標となる選択されたコンセンサス配列の核酸配列を決定する工程と、
d.広く受け入れられている複合配列アラインメントアルゴリズム(例えばMAFFT、CLUSTALW、MUSCLE)及び系統樹構築アルゴリズム(例えばMaximum-likelihood、Nearest-neighbor、Maximum-parsimony)を用いたソフトウェアにて構築された、既知の遺伝子型を含む遺伝子配列セットの系統樹を作成する工程と、
e.配列アラインメントに適したソフトウェア(例えばBLAST、TMAP、BWA)を用いて、得られたコンセンサス核酸配列を、上記病原体の指標となる既知の遺伝子型を含む遺伝子配列セットとともにアラインする工程と、
f.得られたコンセンサス核酸配列との類似性の高い遺伝子配列サブセットを決定する工程と、
g.工程d)における系統樹において、工程f)における得られたコンセンサス核酸配列との類似性の高い遺伝子配列サブセットの最小共通祖先(lowest common ancestors)を決定する工程と、
h.工程g)で得られた結果に基づき、サンプル中に存在する病原体の遺伝子型/亜型を診断する工程と、
i.上記病原体の指標となる遺伝子配列の少なくとも2つの異なる遺伝子型又は亜型への同時感染を任意に判定する工程と、
を含む、方法に関する。
a)HCVに感染している疑いのある患者、
b)遺伝子型及び/又は亜型が未知のHCVに感染していることが分かっている患者、
c)これまでに抗ウイルス薬による治療を行ったことのない患者、
d)既に抗ウイルス薬による治療を行ったことのある患者、
e)抗ウイルス薬に対する応答のない患者、
f)抗ウイルス薬に対して耐性を呈するHCVに感染している患者、
g)HCVに感染しており、臨床試験において抗ウイルス薬による治療を行っている患者、
からなる群から選択される患者に由来するものである。
Claims (27)
- サンプル中の病原体の有無及び/又は遺伝子型及び/又は亜型を決定/検出する方法であって、該方法は、
a.病原体を含有する疑いのあるサンプルを準備する工程と、
b.前記病原体の存在の指標となるコンセンサス配列を選択する工程と、
c.前記病原体の指標となる選択されたコンセンサス配列の核酸配列を決定する工程と、
d.BLAST(配列アラインメントに適したソフトウェア)を用いて、得られた核酸配列を前記病原体の指標となる既知の遺伝子配列とともにアラインする工程と、
e.前記病原体の指標となるゲノム領域の選択されたコンセンサス配列の核酸配列に基づき病原体の遺伝子型又は亜型を決定する工程と、
を含む、方法。 - 前記病原体の指標となる遺伝子配列の少なくとも2つの異なる遺伝子型又は亜型による同時感染を判定する工程f.を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記病原体が、HCV、HIV、HBV又はヘルペスウイルスからなる群から選択されるウイルスである、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記ウイルスがHCVである、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 感染の指標となる前記コンセンサス配列が、ヌクレオチド位置8614〜9298を含むHCV NS5Bゲノム領域のHCV断片である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルが臨床サンプルである、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記臨床サンプルが、
a)HCVに感染している疑いのある患者、
b)遺伝子型及び/又は亜型が未知のHCVに感染していることが分かっている患者、
c)これまでに抗ウイルス薬による治療を行ったことのない患者、
d)既に抗ウイルス薬による治療を行ったことのある患者、
e)抗ウイルス薬に対する応答のない患者、
f)抗ウイルス薬に対して耐性を呈するHCVに感染している患者等、
からなる群から選択される患者由来のものである、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。 - 前記配列が、NS5Bのゲノム領域の一部を増幅し、ヌクレオチド配列を決定することにより決定される、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ヌクレオチド配列が次世代シークエンシングにより決定される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記配列が、前記コンセンサス配列をシークエンシングし、シークエンシング情報をコンティグへとアセンブリすることにより決定される、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- ソフトウェアアルゴリズムを用いて、前記シークエンシング情報をコンティグ配列へとアセンブリする、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 配列アラインメントに適したソフトウェア又はBLASTを用いて、各コンティグを前記病原体の指標となる遺伝子配列とともにアラインする、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法の工程を実施するソフトウェアパスを備えるソフトウェア製品。
- 請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法を実施することを含み、前記病原体の遺伝子型/亜型を決定する該方法の結果に基づき、治療を選択する工程を更に含む、治療法を選択する方法。
- 前記病原体がHCV、HIV、HBVからなる群から選択されるウイルスである、請求項1〜12及び14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ウイルスがHCVである、請求項14又は15に記載の方法。
- 感染の指標となるコンセンサス配列がHCVゲノム領域NS5Bの8614位〜9298位である、請求項14〜16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルが臨床サンプルである、請求項14〜17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記臨床サンプルが、
a.HCVに感染している疑いのある患者、
b.遺伝子型及び/又は亜型が未知のHCVに感染していることが分かっている患者、
c.これまでに抗ウイルス薬による治療を行ったことのない患者、
d.既に抗ウイルス薬による治療を行ったことのある患者、
e.抗ウイルス薬に対する応答のない患者、
f.抗ウイルス薬に対して耐性を呈するHCVに感染している患者、
g.抗ウイルス薬の臨床試験に参加する、HCVに感染している患者、
からなる群から選択される患者由来のものである、請求項14〜18のいずれか一項に記載の方法。 - 前記配列が次世代シークエンシングにより決定される、請求項14〜19のいずれか一項に記載の方法。
- 前記配列が、前記コンセンサス配列の断片をシークエンシングし、シークエンシング情報をコンティグへとアセンブリすることにより決定される、請求項14〜20のいずれか一項に記載の方法。
- ソフトウェアアルゴリズムを用いて、前記シークエンシング情報をコンティグ配列へとアセンブリする、請求項14〜21のいずれか一項に記載の方法。
- 配列アラインメントに適したソフトウェア又はBLASTを用いて、各コンティグを前記病原体の指標となる既知の遺伝子配列とともにアラインする、請求項14〜22のいずれか一項に記載の方法。
- 抗ウイルス薬による特異治療をHCV遺伝子型に応じて選択する、請求項14〜23のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項14〜24のいずれか一項に記載の方法の工程を実施するソフトウェアパスを備えるソフトウェア製品。
- 請求項25に記載のソフトウェアにおいて規定される方法工程を読み込み、実行することの可能な機器。
- 請求項25に記載のソフトウェアにて与えられた方法工程を実行することが可能である、請求項26に記載の機器。
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