CN102286637B - 采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法 - Google Patents

采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN102286637B
CN102286637B CN 201110205107 CN201110205107A CN102286637B CN 102286637 B CN102286637 B CN 102286637B CN 201110205107 CN201110205107 CN 201110205107 CN 201110205107 A CN201110205107 A CN 201110205107A CN 102286637 B CN102286637 B CN 102286637B
Authority
CN
China
Prior art keywords
primer
seq
virus
tobacco
lamp
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
CN 201110205107
Other languages
English (en)
Other versions
CN102286637A (zh
Inventor
成巨龙
赵磊
胡翠华
郝兴安
满建云
吴云锋
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
SHAANXI TOBACCO INSTITUTE
Northwest A&F University
Original Assignee
SHAANXI TOBACCO INSTITUTE
Northwest A&F University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by SHAANXI TOBACCO INSTITUTE, Northwest A&F University filed Critical SHAANXI TOBACCO INSTITUTE
Priority to CN 201110205107 priority Critical patent/CN102286637B/zh
Publication of CN102286637A publication Critical patent/CN102286637A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN102286637B publication Critical patent/CN102286637B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Abstract

本发明涉及采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法,其中该方法包括烟草病毒总RNA提取,RT-LAMP反应和电泳检测,确定病毒种类,其中烟草病毒选自黄瓜花叶病毒(CMV)、马铃薯Y病毒(PVY)、烟草蚀纹病毒(TEV)、烟草花叶病毒(TMV)和烟草脉带花叶病毒(TVBMV)中的2种或2种以上。本发明根据烟草病毒的外壳蛋白基因保守区设计了LAMP引物,采用一步法反转录环介导等温扩增技术建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测烟草多种主要病毒的方法。为烟草病毒的快速检测提供了新的手段。

Description

采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法
技术领域
本发明属于植物病毒学技术领域,特别是涉及一种采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法。
背景技术
烟草是全世界最主要的经济作物之一,中国的种植面积居世界首位,每年为国家增加财政收入2000~3000亿元。然而,随着产业的发展和种植面积的不断扩大,20世纪70年代以后,烟草病毒病危害逐年加重。在烟草田间,常表现为多种病毒混合侵染,给烟草生产造成重大损失,重病田减产20%-50%,夏烟减产70%以上,并呈现出随栽培品种的单一化及栽种面积的不断扩大而逐步加重的趋势。
危害中国的烟草病毒主要有黄瓜花叶病毒(Cucumber Mosaic Virus,CMV)、马铃薯X病毒(Potato Virus X,PVX)、马铃薯Y病毒(Potato Virus Y,PVY)、烟草蚀纹病毒(Tobacco Etch Virus,TEV)、烟草花叶病毒(Tobacco Mosaic Virus,TMV)和烟草脉带花叶病毒(Tobacco Vein BandingMosaic Virus,TVBMV)等十几种病毒。其中CMV、PVY、TEV、TMV和TVBMV危害最严重,可影响烟叶的产量和质量,造成重大经济损失。
目前烟草病毒病日益呈现复合侵染的趋势,对危害烟草的病毒进行有效和快速检测在预防和控制烟草病毒病上具有十分重要的现实意义。准确灵敏的病毒检测方法是植物病毒防治的基础。目前普遍采用的检测方法主要有指示植物法、电镜技术、免疫学技术和分子生物学检测等。但上述方法均存在不同的缺点,例如,所需试验周期较长、操作繁琐、灵敏度不高、特异性不强、准确性较低、易受检测材料限制等。
环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermalmplification,LAMP)是由T.Notomi发明的一种新型核酸扩增技术,该技术依赖四条特异引物和一种具有链置换特性的DNA聚合酶,在等温条件下快速、高效、高特异、高灵敏地扩增靶序列(Notomietal,2000)。迄今已建立了针对多种病原性细菌、病毒、真菌、寄生虫等的LAMP检测方法,在耐药性基因检测、家畜早期胚胎性别判定等方面也有相关报道。该方法应用范围广泛,适于基层实验室进行快速检测。本发明根据烟草病毒的外壳蛋白基因保守区设计了LAMP引物,采用一步法反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测烟草五种主要病毒的方法。为烟草病毒的快速检测提供了新的手段。
发明内容
本发明提供了一种采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法,其中该方法包括烟草病毒总RNA提取,RT-LAMP反应和电泳检测,确定病毒种类,其中烟草病毒选自黄瓜花叶病毒(CMV)、马铃薯Y病毒(PVY)、烟草蚀纹病毒(TEV)、烟草花叶病毒(TMV)和烟草脉带花叶病毒(TVBMV)中的2种或2种以上,优选地引物组包含如下5组引物中2组或2组以上引物的引物组:
第1组引物,用于CMV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.1:5’-TCTACCGTGTGGGTGACA-3’;
SEQ ID NO.2:5’-GAGCACGGCGTACTTTCG-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.3:5’-CCGTCCGCGAACATAGCAGAG-GTCCGTAAAGTTCCTGCCTC-3’;
SEQ ID NO.4:5’-GCTGCATCTGGAGTCCAAGCC-TGTCGCCAATATCAGCGC-3’;
第2组引物,用于PVY病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.5:5’-CGCGCTATGCCTTTGACTT-3’;
SEQ ID NO.6:5’-TTGGAGAGACATCCTCGGT-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.7:5’-CAATGCTGCGGCCTTCATTTGA-GGTCACATCACGAACACCAG-3’;
SEQ ID NO.8:5’-TCAGCCCAACCTCGACTTTTCG-GCCTCTCTGTGTTCTCCTCT-3’;
第3组引物,用于TEV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.9:5’-AAAACGCGCAGCCAACAT-3’;
SEQ ID NO.10:5’-CGTACTGCAGCAGCTTTCA-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.11:5’-GGCATGTATGGTCGTTCCCTGT-GACACACTTCAGTGACCTGG-3’;
SEQ ID NO.12:5’-TTGTCACGCTATGCGTTCGACT-TTGCATATGCGCCTCCCT-3’;
第4组引物,用于TMV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.13:5’-GGAAACCTTCACCACAAGT-3’;
SEQ ID NO.14:5’-TATAGCGCTCCTTATGGC-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.15:5’-GCTGTGACTAACGGATCTAATACCG-AGGTTCCCTGACAGTGAC-3’;
SEQ ID NO.16:5’-GAAGTTGAAAATCAGGCGAACCC-TGCGTCGTCTACTCTACG-3’;
第5组引物,用于TVBMV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.17:5’-AACGGAATGTGGGTCATG-3’;
SEQ ID NO.18:5’-TGTCATGTCAGTCAAATTGC-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.19:5’-TGTTGGTTTGGCATGTTCCA-GATGGTGATGAACAGGTTG-3’;
SEQ ID NO.20:5’-TAGACAAATCATGGCACACTTTAGC-GGCATATACGGTTTCTCTGC-3’。
在一个具体的实施方案中,本发明所述的采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法,其包括如下步骤:
1)病毒总RNA的提取:
提取感染2种或2种以上病毒的烟草叶中的病毒总RNA;
2)RT-LAMP反应:
使用所述引物组中的外引物(F3和B3)和内引物(FIP和BIP)对病毒总RNA进行RT-LAMP反应,得扩增产物;
3)电泳检测:
对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,获得病毒基因扩增产物条带,判定烟草是否带毒。
在一个具体的实施方案中,本发明所述的采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法,其包括如下步骤:
1)病毒总RNA的提取:
提取感染2种或2种以上病毒的烟草叶中的病毒总RNA;
2)RT-LAMP反应:
使用所述引物组中的外引物(F3和B3)和内引物(FIP和BIP)对病毒总RNA进行RT-LAMP反应,得扩增产物;
3)SYBR Green I绿色荧光法检测扩增产物:
加入SYBR Green I后直接用肉眼观察,确定是否感染病毒。
在一个具体的实施方案中,在本发明上述的方法中,RT-LAMP反应中的引物浓度比例为:外引物(F3和B3)∶内引物(FIP和BIP)=0.3-0.4∶1.2-1.6;优选地外引物(F3和B3)∶内引物(FIP和BIP)=1∶4。
在一个具体的实施方案中,在本发明上述的方法中,RT-LAMP反应中的反应温度优选为59-65℃;对于PVY引物的反应温度更优选为65℃,对于CMV、TEV、TMV、和TVBMV引物的反应温度更优选为63℃。
在一个具体的实施方案中,在本发明上述的方法中,RT-LAMP反应中的Mg2+浓度优选为高于5mM,更优选为5mM。
烟草病毒病常为复合侵染,本发明经过优化和摸索实验条件建立了检测中国五种主要烟草病毒的方法,极大地提高检测效率,降低检测成本。本发明的方法具有快速、灵敏、高度特异性等特点。本发明的方法已经成功地应用于室内和田间烟草病毒病害复合侵染的同步检测。本发明证明了RT-LAMP是一种检测植物病毒的有效手段。
附图说明
图1为RT-LAMP结果电泳图,其中M1:MarkerIV,1为TEV感病样品,2为阴性对照,M2为Marker I;
图2为RT-LAMP荧光染料结果图,其中左边翠绿色为阳性,右边桔黄色为阴性对照;
图3为RT-LAMP结果电泳图,其中M1:MarkerIV,1-4TEV所用温度分别为65℃、63℃、61℃、59℃,M2:Marker I:
图4为RT-LAMP结果电泳图,其中M1:MarkerIV,1、2、3、4、5分别为CMV、PVY、TEV、TMV、TVBMV样品,6为阴性对照,M2为Marker I;
图5为RT-LAMP荧光染料结果图,其中1、2、3、4、5分别为CMV、PVY、TEV、TMV、TVBMV感病样品,6为阴性对照
图6为RT-PCR结果电泳图,其中M1:Marker I,1-6分别为pMD18-T-TEV质粒浓度为170ng/μl、130ng/μl、100ng/μl、75ng/μl、50ng/μl、25ng/μl,7-8为阴性对照,M2:MarkerIV;
图7为RT-LAMP结果电泳图,其中M1:MarkerIV,1-6分别为pMD18-T-TEV质粒浓度为170ng/μl、130ng/μl、100ng/μl75ng/μl、50ng/μl、25ng/μl,7为阳性对照,8为阴性对照,M2:Marker I;
图8为RT-PCR结果电泳图,其中M1:Marker I,1-7分别为用pMD18-T-TEV质粒稀释103-109倍做模板,8为阴性对照,M2:MarkerIV;
图9为RT-LAMP结果电泳图,其中M1:Marker IV,1-7分别为用pMD18-T-TEV质粒稀释103-109倍做模板,8为阴性对照,M2:Marker I;
图10为RT-LAMP荧光染料结果图,其中1-7分别为用pMD18-T-TEV质粒稀释103-109倍做模板,8为阴性对照;
图11为RT-PCR结果电泳图,其中M1:Marker I,1-6为感病样品,7为健康样品,8为阴性对照,M2:Marker IV;
图12为RT-LAMP结果电泳图,其中M1:Marker IV,1-6为感病样品,7为健康样品,8为阴性对照,M2:Marker I;
图13为RT-LAMP荧光染料结果图,其中1-6为感病样品,7为健康样品,8为阴性对照。
具体实施方式
为了理解本发明,下面以实施例进一步说明本发明,但下述实施例并不限制本发明。
材料与试剂
烟草健康叶片,病株叶片(CMV、PVY、TEV、TMV和TVBMV)分别采自中国陕西泾阳、洛南等地,采集叶片保存于-80℃冰箱中。
主要试剂:
Bst DNApolymerase购自NEB公司;
Betaine,MgSO4购自Sigma公司;
RNA提取试剂盒购自TaKaRa公司;
M-MLV反转录酶购自Promega公司;
Taq DNA聚合酶购自TaKaRa公司;
SYBR GreenI购自Invitrogen公司;
大肠杆菌(Escherichia.coli)JM109,DNA标准Marker1购自Voson公司;
胶回收试剂盒购自Bioteke公司。
实施例1
1.引物设计
首先本发明人从NCBI上下载了烟草五种主要病毒的CP基因的序列,(CMV,EF424775)(PVY,AM236802)(TEV,AY787757)(TMV,AF318213)(TVBMV,AM236820)使用Primer4.0(http://primerexplorer.jp/e/v4_manual/index.html)设计了多组引物,然后根据引物所在序列区域的保守性、引物的发夹结构、二聚体GC含量以及Tm值等综合因素选择了每种病毒的引物。最后为每种烟草病毒选择了4条引物,包括2条外引物(F3和B3)和2条内引物(FIP和BIP)。所述引物参见SEQID NO.1-20。TEV的RT-PCR的引物,本发明使用郑轩等的引物,参见SEQID NO.21-22。所有引物的信息见表1。
表1引物序列SEQ ID NO.1-22的信息:
Figure BSA00000542100000061
Figure BSA00000542100000071
2、RNA抽提
使用多糖多酚植物总RNA快速提取试剂盒(离心柱形)(Bioteke),按照操作说明书方法,分别提取病株烟草叶片和健康烟草叶片的总RNA,最后溶于30μl洗脱缓冲液中,保存于-80℃冰箱中。
3、RT-LAMP反应体系
反应体系(25μl)如下:10×ThermoPol缓冲液2.5μl(20mM Tris-HCl,10mMKCl,2mM MgSO4,10mM(NH4)2SO4,0.1%Triton X-100),引物(F3和B3)0.4μM,引物(FIP和BIP)1.6μM,dNTPs 1mM,MgSO45mM,betaine 1M,M-MLV 10u,BstDNApolymerase(NEB)10u,模板RNA 2μl。反应条件为:对PVY为65℃恒温1h,对CMV、TEV、TMV、TVBMV为63℃恒温1h。YanhuaLiu等的RT-LAMP实验显示Mg2+浓度在高于5mM时反应良好,所以本试验中,将Mg2+浓度设置为5mM,针对每组不同的引物测试了不同的温度对反应的影响。
反应结果通过2%的琼脂糖凝胶电泳和加入SYBR Green I后直接用肉眼观察两种方法来分析。
4、RT-LAMP与RT-PCR灵敏性与特异性比较
为了比较RT-LAMP与RT-PCR灵敏性,本发明使用郑轩等的一对特异的包含TEV部分CP基因的引物。
RT-PCR过程如下:
RT-PCR反应体系为12.5μl,包含3.5μlDEPC处理水、0.5μl下游引物、1μlTEV的RNA,然后70℃水浴5分钟,接着冰置5分钟,然后加入1.75μlDEPC处理水、2.5μldNTPs(10mM)、2.5μl 5×M-MLV缓冲液(50mM Tri s-HCL、75mM KCL、3mM MgCl2、10mM DTT)、0.5μl M-MLV反转录酶、0.25μlRNA酶抑制剂,然后42℃反应1h,接着95℃5分钟。
然后RT-PCR扩增产物用Biotake凝胶回收试剂盒回收后用DNA Ligation Kit(TaKaRa)连接到pMD18-T载体上,得到pMD18-T-TEV。将pMD18-T-TE转入大肠杆菌(Escherichia.coli)JM109中,培养后提取质粒,得到pMD18-T-TEV质粒。测得pMD18-T-TEV质粒初始浓度为170ng/μl。
进行了两组对照,一组中用pMD18-T-TEV质粒原浓度(170ng/μl)以及分别稀释到130ng/μl、100ng/μl、75ng/μl、50ng/μl、25ng/μl用来做RT-PCR与RT-LAMP的模板。另一组分别稀释103、104、105、106、107、108、109倍用来做RT-PCR与RT-LAMP的模板。
RT-PCR结果用2%的琼脂糖凝胶电泳分析,RT-LAMP结果用2%的琼脂糖凝胶电泳以及加入SYBR GreenI后直接用肉眼观察两种方法来分析。
在RT-PCR的特异性上,本发明用TEV的引物检测CMV、PVY、TEV、TMV和TVBMV的样品,结果只有TEV的为阳性,其他的都是阴性,表现为特异性良好。
在RT-LAMP的特异性上,本发明也采用TEV的LAMP引物来分别检测CMV、PVY、TEV、TMV和TVBMV的样品,结果也是只有TEV的为阳性,其他的为阴性,表现为特异性良好,即一组特异的LAMP引物只能检测对应的一种病毒。
实施例2、采用琼脂糖凝胶电泳法、SYBR Green I绿色荧光法检测RT-LAMP扩增产物
分别用琼脂糖凝胶电泳法、SYBR GreenI绿色荧光法检测RT-LAMP扩增产物。
RT-LAMP扩增产物在凝胶电泳图谱上阳性的呈梯状(图1,1)。
SYBR Green I荧光检测中,将SYBR GreenI的原液稀释10倍,取1μl加入反应管中,阳性为翠绿色(图2,左),阴性为桔黄色(图2,右)。
本实验中采取两种方法检测RT-LAMP的结果,一种是加入SYBR GreenI直接用肉眼观察,另一种是用2%的琼脂糖凝胶电泳分析。在加入SYBR GreenI直接用肉眼观察时,本发明人发现阴性对照组在自然光照下一段时间后桔黄色会变浅,所以在实际操作中要注意不要长时间见光。一般情况下直接用第一种方法就可以很明显的区分出阴阳性的结果,在不确定时可用第二种方法验证。Mori Y等报道,可以根据LAMP在合成DNA时产生的大量焦磷酸根离子与镁离子形成的白色沉淀来判断LAMP的结果。在本实验中,在阳性管底观察到少量的白色沉淀,结果并不显著。
实施例3、不同温度对RT-LAMP反应的影响:
本发明对每组引物设置了不同的温度,现已TEV为例说明如下。对TEV在其它条件不变的情况下,分别用65℃、63℃、61℃、59℃这四个温度进行试验,结果在63℃和61℃时效果较好(图3),用相同的方法,本发明找到了CMV、TMV、TVBMV的最佳温度为63℃,PVY为65℃。在最佳条件下五种病毒RT-LAMP凝胶电泳结果如图4,加入SYBR Green I荧光染料直接观察结果如图5。
实施例4、RT-LAMP与RT-PCR灵敏性比较:
进行两组对照,一组中用pMD18-T-TEV质粒原浓度(170ng/μl)以及分别稀释到130ng/μl、100ng/μl、75ng/μl、50ng/μl、25ng/μl用来做RT-PCR和RT-LAMP的模板。结果显示pMD18-T-TEV质粒浓度为170ng/μl时对RT-PCR没有影响(图6,1),但是抑制了RT-LAMP反应(图7,1)。另一组分别稀释103、104、105、106、107、108、109倍用来做RT-PCR与RT-LAMP的模板。结果在稀释108倍时RT-PCR已经检测不到(图8),而RT-LAMP在稀释109倍时还能检测到(图9)。RT-PCR在加入SYBR Green I荧光染料直接观察结果如图10。这也说明了RT-LAMP的灵敏性比RT-PCR要高100倍以上。
实施例5、RT-PCR和RT-LAMP检测田间样品:
分别用RT-PCR和RT-LAMP两种方法检测了多个田间样品,结果两种方法的检测结果是一致的。部分检测结果如图11,图12,图13。
RT-LAMP检测方法不需要昂贵的仪器设备、操作程序简单,而且有快速高效、高特异性、高灵敏性的特点,其应用范围越来越广泛,已经在病原微生物检测中发挥出极大的优势,并成功应用于肿瘤基因的相关研究中。用本实验中描述的RT-LAMP方法与RT-PCR方法同时检测了多个烟草病株样品,其结果一致,很明显的是用RT-LAMP方法可以节省大量的时间,而且操作简单。总之,本发明建立了一套快速、简便、特异、灵敏的检测烟草上五种主要病毒的方法。因此,有理由相信RT-LAMP作为一种分子生物学的快速检测方法,将会有更广阔的应用前景。
本发明的方法已经通过具体的实施例进行了描述。本领域技术人员可以借鉴本发明的内容适当改变原料、工艺条件等环节来实现相应的其它目的,其相关改变都没有脱离本发明的内容,所有类似的替换和改动对于本领域技术人员来说是显而易见的,都被视为包括在本发明的范围之内。
参考文献
1郑轩,成巨龙,赵震,五种烟草病毒TMV、CMV、TEV、PVY及TVBMV的多重RT-PCR同步检测植物病理学报,2011,341(2):146-153;
2李刚,范晓娟,李伟.快速检测小反刍兽疫病毒RT-LAMP方法的建立,中国预防兽医学报,2009,Vol.31,No.5;
3李健,陈沁,熊炜.口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法的建立病毒学报2009,Vol.25No.2;
4刘联仁.烟草病虫害防治[M].北京:科学出版社1998:59-63;
5朱贤朝,王彦亭,王智发.中国烟草病害[M].北京:中国农业出版社,2002:76-89.
5翟玉俊,刘红海,李星亮,黄伟,尼奇峰.烟草病毒检测技术研究进展,农产品加工·学刊No.42009年4月,文章编号:1671-9646(2009)04-0083-06;
6张仲凯,李毅.云南植物病毒[M].北京:科学出版社,2001:4;
7侯佳蕾,罗开健,樊惠英,焦培荣,亓文宝,曹伟胜,廖明,任涛*.H5亚型禽流感病毒RT-LAMP快速检测方法的建立,中国兽医科学2008,38(12):1070-1074;
8肖海霞,陈静波,海丽且木,等.应用PCR法和LAMP法鉴定;牛早期胚胎性别的研究[J].新疆农业大学学报,2006,29(4):85-88.
9申建维,王旭,范春明,等.等温扩增检测耐药基因MECA方法的建立及其临床应用[J].中华检验医学杂志,2006,29(2):114-116.
10李启明,马学军,周蕊,等.环介导逆转录等温扩增技术(RT-LAMP)在丙型肝炎病毒基因检测中的应用[J].病毒学报,2006,22(5):334-7;
11Notomi T,Okayama H,Masubuchi H,et al.Loop-mediated isothermalamplification of DNA[J].Nucl Acids Res,2000,28(12):63;
12Yanhua Liu,Zhide Wang,Yumei Qian,et al.Rapid detection of tobaccomosaic virus using the reverse transcription loop-mediated isothermalamplification method ARCHIVES OF VIROLOGY,2010,155:1681-1685;
13Mori Y,Kitao M,Tomita N,et al.Real-time turbidimetry of LAMP reactionfor quatifying template DNA [J].J Biochem BiophysMethods,2004,59(2):145-157;
14Horibe D,Ochiai T,Shimada H,etal.Rapid detection of metastasis ofgastric cancer using reverse transcription loop-mediated isother  malamplification[J].Int J Cancer,2007,120(5):1063-9。
Figure ISA00000542100200011
Figure ISA00000542100200021
Figure ISA00000542100200041

Claims (7)

1.一种采用反转录环介导等温扩增技术检测多种烟草病毒的方法,其中该方法包括烟草病毒总RNA提取,RT-LAMP反应和电泳检测,确定病毒种类,其中烟草病毒选自黄瓜花叶病毒(CMV)、马铃薯Y病毒(PVY)、烟草蚀纹病毒(TEV)、烟草花叶病毒(TMV)和烟草脉带花叶病毒(TVBMV)中的2种或2种以上,其中RT-LAMP反应采用的引物是包含如下5组引物SEQID NO.1-20的引物组:
第1组引物,用于CMV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.1:5’-TCTACCGTGTGGGTGACA-3’;
SEQ ID NO.2:5’-GAGCACGGCGTACTTTCG-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.3:5’-CCGTCCGCGAACATAGCAGAG-GTCCGTAAAGTTCCTGCCTC-3’;
SEQ ID NO.4:5’-GCTGCATCTGGAGTCCAAGCC-TGTCGCCAATATCAGCGC-3’;
第2组引物,用于PVY病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.5:5’-CGCGCTATGCCTTTGACTT-3’;
SEQ ID NO.6:5’-TTGGAGAGACATCCTCGGT-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.7:5’-CAATGCTGCGGCCTTCATTTGA-GGTCACATCACGAACACCAG-3’;
SEQ ID NO.8:5’-TCAGCCCAACCTCGACTTTTCG-GCCTCTCTGTGTTCTCCTCT-3’;
第3组引物,用于TEV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.9:5’-AAAACGCGCAGCCAACAT-3’;
SEQ ID NO.10:5’-CGTACTGCAGCAGCTTTCA-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.11:5’-GGCATGTATGGTCGTTCCCTGT-GACACACTTCAGTGACCTGG-3’;
SEQ ID NO.12:5’-TTGTCACGCTATGCGTTCGACT-TTGCATATGCGCCTCCCT-3’;
第4组引物,用于TMV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.13:5’-GGAAACCTTCACCACAAGT-3’;
SEQ ID NO.14:5’-TATAGCGCTCCTTATGGC-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.15:5’-GCTGTGACTAACGGATCTAATACCG-AGGTTCCCTGACAGTGAC-3’;
SEQ ID NO.16:5’-GAAGTTGAAAATCAGGCGAACCC-TGCGTCGTCTACTCTACG-3’;
第5组引物,用于TVBMV病毒的RT-LAMP反应:
外引物(F3和B3):
SEQ ID NO.17:5’-AACGGAATGTGGGTCATG-3’;
SEQ ID NO.18:5’-TGTCATGTCAGTCAAATTGC-3’;
内引物(FIP和BIP):
SEQ ID NO.19:5’-TGTTGGTTTGGCATGTTCCA-GATGGTGATGAACAGGTTG-3’;
SEQ ID NO.20:5’-TAGACAAATCATGGCACACTTTAGC-GGCATATACGGTTTCTCTGC-3’。
2.根据权利要求1所述的方法,其中该方法包括如下步骤:
1)病毒总RNA的提取:
提取感染2种或2种以上病毒的烟草叶中的病毒总RNA;
2)RT-LAMP反应:
使用所述引物组中的外引物(F3和B3)和内引物(FIP和BIP)对病毒总RNA进行RT-LAMP反应,得扩增产物;
3)电泳检测:
对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,获得病毒基因扩增产物条带,判定烟草是否带毒。
3.根据权利要求2所述的方法,其中RT-LAMP反应中的引物浓度比例为:外引物(F3和B3)∶内引物(FIP和BIP)=0.3-0.4∶1.2-1.6。
4.根据权利要求3所述的方法,其中RT-LAMP反应中的引物浓度为外引物(F3和B3)∶内引物(FIP和BIP)=1∶4。
5.权利要求2所述的方法,其中RT-LAMP反应中的反应温度为59-65℃。
6.权利要求5所述的方法,其中RT-LAMP反应中,对于PVY引物的反应温度为65℃,对于CMV、TEV、TMV、和TVBMV引物的反应温度为63℃。
7.权利要求2所述的方法,其中RT-LAMP反应中的Mg2+浓度高于5mM。
CN 201110205107 2011-07-21 2011-07-21 采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法 Expired - Fee Related CN102286637B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN 201110205107 CN102286637B (zh) 2011-07-21 2011-07-21 采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN 201110205107 CN102286637B (zh) 2011-07-21 2011-07-21 采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN102286637A CN102286637A (zh) 2011-12-21
CN102286637B true CN102286637B (zh) 2013-10-16

Family

ID=45333392

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN 201110205107 Expired - Fee Related CN102286637B (zh) 2011-07-21 2011-07-21 采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN102286637B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103509881A (zh) * 2013-10-23 2014-01-15 广西大学 利用rt-lamp快速检测甘蔗黄叶病毒的方法

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102634608B (zh) * 2012-04-18 2015-04-08 西北农林科技大学 采用反转录环介导等温扩增技术检测苹果病毒的方法
CN103131799B (zh) * 2013-03-07 2014-04-16 中国检验检疫科学研究院 用于检测玉簪属植物病毒x的引物组及其应用
CN103382506A (zh) * 2013-05-20 2013-11-06 广西大学 利用rt-lamp技术快速检测高粱花叶病毒
CN103740865B (zh) * 2014-01-25 2015-04-01 云南省烟草农业科学研究院 一种烟草花叶型病毒的快速灵敏检测方法
CN104946798B (zh) * 2015-06-25 2018-01-02 陈定虎 烟草花叶病毒lamp检测用的引物及方法
CN105331738A (zh) * 2015-08-20 2016-02-17 江苏省农业科学院 一种利用rt-lamp快速检测烟草轻型绿花叶病毒的方法
CN105296626A (zh) * 2015-11-03 2016-02-03 西南大学 一种快速检测土壤中病残体携带tmv方法
CN105567876A (zh) * 2016-03-07 2016-05-11 刘杰 一种马铃薯卷叶病毒rt-lamp检测试剂盒及检测方法
CN106124760A (zh) * 2016-06-20 2016-11-16 贵州省烟草科学研究院 一种新的cmv、pvy快速检测方法
CN106119410A (zh) * 2016-06-28 2016-11-16 临沂大学 烟草脉带花叶病毒rt‑lamp检测试剂盒及检测方法
CN105969911A (zh) * 2016-06-29 2016-09-28 临沂大学 黄瓜花叶病毒rt-lamp检测试剂盒及检测方法
CN106119420A (zh) * 2016-08-09 2016-11-16 陈定虎 黄瓜花叶病毒lamp引物、试剂盒及检测方法
CN107177700A (zh) * 2017-07-19 2017-09-19 上海市农业科学院 一种检测黄瓜花叶病毒的lamp引物组、试剂盒及检测方法
CN109423527A (zh) * 2017-08-23 2019-03-05 河南省农业科学院植物保护研究所 采用反转录环介导等温扩增技术检测李属坏死环斑病毒(pnrsv)的方法
CN110066888A (zh) * 2019-04-12 2019-07-30 华南农业大学 一种同步检测TMV、CMV和PVY的三重实时荧光定量RT-qPCR方法
WO2021224355A1 (en) 2020-05-05 2021-11-11 Genomtec Sa Diagnostic primers, kits and methods for viral detection
CN113817875A (zh) * 2021-11-16 2021-12-21 河南省农业科学院烟草研究所 一种用于检测烟草蚀纹病毒的荧光定量pcr方法

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101570752A (zh) * 2009-04-27 2009-11-04 西北农林科技大学 一种用于预防烟草花叶病毒病的小干扰rna的制备和应用
CN101899530B (zh) * 2009-11-05 2013-02-06 中国农业科学院烟草研究所 烟草普通花叶病毒环介导等温扩增检测方法
CN101875981B (zh) * 2010-07-21 2013-01-09 陕西省烟草研究所 一种同步检测多种烟草病毒的引物组和试剂盒

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103509881A (zh) * 2013-10-23 2014-01-15 广西大学 利用rt-lamp快速检测甘蔗黄叶病毒的方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN102286637A (zh) 2011-12-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN102286637B (zh) 采用反转录环介导等温扩增技术检测烟草病毒的方法
CN108707687B (zh) 一种可以区分谷瘟病菌与稻瘟病菌的pcr检测鉴定方法
CN102634608B (zh) 采用反转录环介导等温扩增技术检测苹果病毒的方法
CN103045742B (zh) 采用环介导等温扩增技术检测猕猴桃溃疡病菌的方法
CN103740815B (zh) 一种针对镰刀菌的多重pcr检测的引物及其应用
CN104593502A (zh) 一种检测平头炭疽菌的环介导等温扩增引物组合物及其应用
Shen et al. Development of a loop‐mediated isothermal amplification assay for rapid and sensitive detection of Sporisorium scitamineum in sugarcane
CN108949916B (zh) 油菜黑胫病菌特异性序列及lamp检测引物和应用
CN107400736A (zh) 鸭2型腺病毒环介导等温扩增检测引物组及试剂盒
CN108315469B (zh) 环介导等温扩增法检测致病镰刀菌的引物组合物和试剂盒及其用途
CN103667530B (zh) 一种番茄褪绿病毒的逆转录环介导等温检测方法
CN101857904B (zh) 大豆检疫性病毒病害多重实时荧光pcr检测方法及试剂盒
CN102586478B (zh) 检测芜菁花叶病毒的一步多重rt-pcr法及其专用引物
CN102796825A (zh) 特异性检测旱稻孢囊线虫的pcr方法
CN110699475A (zh) 薄壳山核桃黑斑病菌的padlock探针及其检测方法
CN104962659B (zh) 丁香假单胞菌黄瓜致病变种黄瓜株系Padlock探针及应用
Yang et al. Rapid detection of peach shoot blight caused by Phomopsis amygdali utilizing a new target gene identified from genome sequences within loop-mediated isothermal amplification
KR20130016866A (ko) 박과 식물체에서 병원성 세균 및 병원성 바이러스의 표적서열 증폭을 위한 프라이머 세트 및 이를 이용한 병원균 검출 방법
CN103789449B (zh) 采用反转录环介导等温扩增技术检测芜菁花叶病毒的方法
CN102296124B (zh) 一种利用rapd快速区分枣品种的方法
CN106244702B (zh) 定量检测荷花腐败病菌的实时荧光等温扩增引物组、反应体系及检测方法
CN111676311B (zh) 一种用于检测刺腐霉菌的lamp引物组合物、试剂盒及其检测方法
CN111041120B (zh) 检测Lasiodiplodia thailandica的LAMP引物及试剂盒
CN113430289B (zh) 一种用于检测鉴定狄克氏属细菌的引物对、试剂盒及方法
CN111020057B (zh) 检测Botryosphaeria fabicerciana的LAMP引物及试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20131016

Termination date: 20140721

EXPY Termination of patent right or utility model