CN102154277A - 芸薹属核心ssr引物组合 - Google Patents

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CN102154277A CN 201110050078 CN201110050078A CN102154277A CN 102154277 A CN102154277 A CN 102154277A CN 201110050078 CN201110050078 CN 201110050078 CN 201110050078 A CN201110050078 A CN 201110050078A CN 102154277 A CN102154277 A CN 102154277A
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Abstract

本发明公开了芸薹属核心SSR引物组合，属于分子遗传技术领域。该组合包括芸薹属A和C基因组19条染色体的核心SSR引物190对，每条染色体上均匀分布有10对多态性较高、退火温度基本一致、扩增带型清楚的SSR引物。运用该核心SSR引物组合在不增加工作成本的前提下，可将分子标记的效率提高到3-5倍，特别适合芸薹属种质资源的鉴定、遗传多样性分析、缺体等异常染色体单株的鉴定和种子纯度鉴定等方面。具有操作简单，稳定性和重复性好等优点。

Description

芸薹属核心SSR引物组合
技术领域
本发明涉及分子遗传技术领域，特别是涉及一种芸薹属核心SSR引物组合。
背景技术
分子标记是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。DNA由于信息含量大，在同种内具有高度的遗传稳定性，且不受外界环境因素和生物个体发育阶段及器官组织差异的影响。分子标记技术是继形态学标记、生化免疫遗传标记和细胞遗传学标记后的一种新的标记技术，实现了从表型选择到基因型选择的飞跃。随着分子生物学技术的发展，DNA分子标记技术已在玉米、大豆、鸡、猪等动植物育种和生产中有许多应用研究，广泛应用于遗传图谱构建、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆和分子标记辅助选择等方面。自20世纪80年代以来，出现了多种分子标记方法，如RAPD、RFLP、AFLP、简单序列重复（SSR）和SNP等。
目前由于RAPD重现性较差；AFLP操作较复杂、稳定性较差，除QTL初步定位后在目标区域加密标记有独特的优势外，其它方面的应用逐步淡化出各种研究；RFLP操作过程繁琐，效率低，成本高，除在鉴定转基因是否成功外，在其它方面的研究地位越来越低。然而SSR广泛分布在真核生物整个基因组上，具有多态性高、稳定性强、操作简便、DNA用量少、表现为共显性孟德尔遗传等优点，已经广泛用于各项标记技术中，并且已成为最有应用价值和应用最广泛的分子标记技术。
芸薹属(Brassica )属于十字花科，是一类具有极高经济价值的作物，其包含有许多重要的蔬菜、油料、饲料作物和调味品，如甘蓝类( B. oleracea) 的结球甘蓝、花椰菜、青花菜、芥蓝和苤蓝；白菜类( B. campestris) 的大白菜、白菜、乌塌菜、菜薹等，它们都在中国有广泛的栽培。自Song等人（1988）开辟了芸薹属植物分子标记研究的新领域以来，经过近20年多的研究，分子标记技术在芸薹属作物中得到了广泛的应用。尽管目前已经开发了数千多个芸薹属作物SSR引物, 然而不是所有的SSR引物都具有同等的应用价值，包括扩增效果、多态性信息含量、多态性水平高低、是否为共显性遗传、多位点拷贝数和是否被定位在遗传图谱上等。当我们利用SSR引物做标记时，通常做法是将目前所有已知的SSR进行筛选，然后从中选择自己所需要的引物，结果会对标记整体效果把握不准，造成较大的浪费，费时费力。
发明内容
本发明的目的在于提供一种芸薹属核心SSR引物组合，特别适合芸薹属作物种质资源鉴定、遗传多样性分析、品种纯度检测和缺体等异常染色体组成的鉴定等研究工作。
本发明的芸薹属19条染色体（A1-A10和C1-C9）核心SSR引物组合，包括以下引物：
A1  CB10369      ENA15  CB10097     NIAB096     Ra2E04      BRAS026  Na12C06      CNU397    Ol10D03       CB10597
A2  Ol10F04     Ol09A03     NIAB105SR6293     CB10416      Na12A07
CB10093    Ni2C12B  Na14H11C  BRAS083
A3  SR6688 BRMS071    NIAB120 CNU482   CNU409      BRMS176    Ol10B08
SN1919  Ol13D02A       Na12C07
A4  FITO066      SN13034      sNRD71       ENA3    Ol13D02A   CNU254
BRAS003    CB10196      CB10335       CB10493
A5 sNRD03      BRMS034   FITO130     BRAS063   NIAB082   SR9222ENA10
CB10080      SR9477       CB10487
A6 CB10330  CB10143   BRAS014  BRMS227    BRMS221    CB10065
BRMS226    BRMS261    CNU400 EJU5
A7 Ra2G08  SR0282R     FITO066      NIAB082     BRMS298    NIAB030
Ol12E03       Ra2A05 CB10211       CB10278
A8  CNU090      BRMS342    BRMS246    BRMS176    BRMS185    EJU4
KBRH143D22    Ra2E12 EJU3       CB10193
A9  EJU2     CB10347      BRMS324    FITO100      Ol12F02       CB10255
Ol10D08      CB10103      BRAS055       MR013A
A10 Ol10A02    NIAB015    BRMS186   SN8502  SN8474  NIAB103     ENA18
BRMS019    CB10109       CB10124
C1  CB10587      CB10369      CB10277      FITO094      NIAB091     CB10206
Na10H06     Ol10F11       Ni4B10 Na10H03
C2 Ol11H09     CB10316     SR6293  CB10026      CB10530      FITO081
Ol09A06      Ol09A03      Ol12B03       Na12C03
C3 Ra2E11  BN12A  CB10036      BRAS120    MR049  Na10C01      BRAS065
MR061B      MR049B       CB10003
C4 SN0464  SS2277  BRMS166    Na10F06      Ol12D02      SN11516      CB10288
CB10493      BRAS072       Ol11E03A
C5  CB10124      sORH13       BRMS030    BRMS049    CB10623      Ra2F11  MR129
MR097  CB10229       CB10487
C6  CB10502      CB10234      CB10010      BRMS015    SR12387      CB10526
FITO146      CB10544       SS2486  CB10211
C7 SN0706  sNRH63      Ol10B01     Ra3C04  BRMS050    FITO088      BRMS040
CB10299      CB10534       CB10431
C8 CB10139     FITO040     SN11670     SR5795Ol12G04      CB10106
FITO424      SN12352      CB10602       BRAS031
C9  BRAS002    FITO088      SR12384I     CB10288      BRAS050    Ol11H05      FITO016      sNRG42       Ra2F11  Ol11H06
本发明的芸薹属核心SSR引物组合，通过以下技术方案筛选得到：
1) 从NCBI数据库中下载芸薹属所有的连锁图谱，根据A和C基因组连锁群的类别，对图谱上的标记进行分类，共19小类；
2 ) SSR核心引物的挑选：选择在3个以上遗传图谱上都存在的、引物之间退火温度变化范围在5℃以内、在连锁群上等距离分布的引物组合，筛选出一套核心SSR引物，平均每条连锁群分布10对；
3) 多重PCR体系建立和反应引物的优化：按染色体顺序，将每条连锁群上所有选中的SSR引物放在一个PCR反应管中进行PCR扩增，根据每个多重PCR体系扩增带型的清晰程度、片段大小的适宜范围（150-600bp）和多态性标记的数目进行调节，即增加部分扩增效果较好的引物和去掉部分扩增效果较差的引物；
4）多重PCR产物的检测：利用6%的PAGE胶进行分离，选择带型清楚、多态性的带分布均匀、片段大小在150-600bp、多态性的位点在5-10个的引物组合，最终确定每条连锁群上引物的类型。
本发明具有如下的优点：
（1）本发明共挑选出190对核心SSR引物，均匀分布在芸薹属A和C基因组的每条连锁群上。筛选出的SSR引物可以直接使用，改变了通常在使用SSR引物时需要进行大量筛选引物的过程，大大提高了做标记的效率和显著提高SSR引物利用率。
（2）芸薹属A和C基因组多重PCR体系的成功建立，在成本没有增加的前体下，每个多重PCR体系扩增出的多态性位点可以达到5-10个，是普通PCR效率的3-5倍，可以大幅度降低成本和加快分子标记工作。
（3）芸薹属A和C基因组多重PCR体系是建立在PCR直接扩增的基础上，继承了普通SSR的一切优点，即不需要酶切，稳定性和重复性好，检测和操作简单等，较普通SSR标记大幅度提高了效率。
附图说明
图1为A6连锁群上多重PCR电泳图。20份材料从左到右分别为：浠水油菜白、德清金菜籽、五峰红杆子、榕江苏州油菜、青麻叶、羽衣甘蓝、结球甘蓝、球茎甘蓝、抱子甘蓝、皱叶甘蓝、华双2号、泸油15号、湘油13号、扬油16号、中双4号、中油821、矮架早、宁油10号、花油6号、陇油2号，均为现有油菜品种。
具体实施方式
芸薹属各染色体核心引物挑选和多重PCR体系建立
1.   从NCBI网站下载芸薹属作物36个连锁图谱，整理各图谱各连锁群上的SSR引物及标记信息，包括引物的序列、位于染色体的位置和连锁图谱名称；
2.  核心SSR引物挑选：挑选在3个以上遗传图谱上都存在的、引物之间退火温度变化范围在5℃以内、在连锁群上等距离分布的引物进行组合，每条连锁群上选取10对核心SSR引物；
3. 多重PCR体系和程序优化：多重PCR体系为: Buffer (10×) 2.5ul， primer (10umol/L) 2ul, dNTPs (10mM)  0.5uL, Taq DNA polymerase (5U/ul) 0.25ul, DNA template (50-100ng/ul)  2.0 uL,，共25ul反应体积。多重PCR程序为：94℃预变性5min；94℃变性45 s，53℃ 退火45 s，72℃ 延伸1 min，35个循环；72℃延伸30 min，16℃保存10min；
4．凝胶电泳检测：将PCR产物在6%的变性丙烯酰胺凝胶中进行电泳检测，按照分子克隆实验指南第三版（J.萨姆布鲁克）（2005）的方法进行硝酸银方法进行银染：配胶→灌胶→凝固→取梳子→电泳→固定→第一此水洗→硝酸银染色→第二次水洗→显影→终止反应；
5．选择带型清楚、多态性的带分布均匀、片段大小在150-600bp、多态性的位点在5-10个的引物组合，最终确定了如前所述的芸薹属A和C基因组核心SSR引物组合。
6 将建立的多重PCR体系在白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、人工合成甘蓝型油菜中进行验证，结果表明，19条染色体的多重PCR体系效果极佳，扩增的片段平均在120-600之间，带型清晰和多态性丰富，多态性信息含量一般在0.55以上。
附表 190对核心SSR引物信息表
Linkagegroup Primer Mapposition Forwardprimer Reverseprimer
A1 CB10369 0 CATTCACAGGACCAGAGC CAAAGCCAAGACAACCAT
A1 ENA15 9 TAAACGGGAACTACCTCTATG CTCTGCTCTTTCTTCTGACTG
A1 CB10097 21.69 ACTTCGGTGGTTCTATTTCT CGACGGTTAATCAAGTTTCT
A1 NIAB096 36.89 CAAAAAGAGCGTTACCTCCA GATGAAGCTCTGAAGACCGA
A1 Ra2E04 53.18 ACACACAACAAACAGCTCGC AACATCAAACCTCTCGACGG
A1 BRAS026 73.3 ATTACAAAAATGCCCTGAC TAAGTGATCTTCTCTCCAACA
A1 Na12C06 95.2 AACGGATGAAGAACACATTGC TAGGGCCTGTTATTCGATGG
A1 CNU397 106.58 TCTTCAAGTCAAAATACTCACATTCA AAACGACAAATACATATGACAGTTTTA
A1 Ol10D03 145 GCCAAAGACCTCAAAGATGG AAGCCACGTGAAGAAAGTCC
A1 CB10597 154 AAGCGCGCATAACTACAC AACACTGCTCCTTTCCCT
A2 Ol10F04 0 AATTGGCTTGGTAGCTGTCG ATAGGAATGGGATGCACAGG
A2 Ol09A03 19.3 CTGGTTTTCTCCTTCATCAG CTGTGTAGCTTTTAGTCTTT
A2 NIAB105 40.18 GACGAAGGAGCGTATGAAAA AATGCAATCTCAACAAAGGT
A2 SR6293 63 CCAAACGCTTTTCTTTCTGC CCAATGACGCTCCAAGATTT
A2 CB10416 76.6 GCTGTTGCTGTAGGTTTGA GAGCCAGCGTTGATAAGA
A2 Na12A07 112.6 TCAAAGCCATAAAGCAGGTG CATCTTCAACACGCATACCG
A2 CB10093 129 GACTTGGGAGAGATTAAACA GGCGATGGTGATTTCCTAGA
A2 Ni2C12B 151 ACATTCTTGGATCTTGATTCG AAAGGTCAAGTCCTTCCTTCG
A2 Na14H11C 175 GGATGTTTTCACAGACCCTG CTTTGCAGGTATGAACACGC
A2 BRAS083 186 GATGTTGTTGGGGAGAATG AAAAAGTAGGCAAGTTCAAGC
A3 SR6688 0 TCGGATTGAACTCATGTTCG TGGAAACTCGGAAATCAAGG
A3 BRMS071 22.84 CAAAGCGAGAAAGTGCAGTTGAGAG TCCACGAAACTACTGCAGATTGAAA
A3 NIAB120 44.98 AAGAAAACTTATTTGATGGTACG CTAAATCCAAACCAGAATTGA
A3 CNU482 59.21 TCAGAGATCCTTGACAAAACCA AGATGAAGCCAAAGCCACAA
A3 CNU409 82.17 TTCCGGTCACTTCTAGCTTCA TTTTGGTGGTTAGTATGTCGCTAT
A3 BRMS176 98.31 ATGTCTACAGATGTGGAACCTATGG AGGAAGACTGATTAACTCGTTTTGA
A3 Ol10B08 121 AAGCTGTTCGATGAAATGCC ACTTGTTTGCATCCATTGCC
A3 SN1919 137.1 CTCCGGTCATCTTTCTGCAT AAAAATCCTGATCACAGCCG
A3 Ol13D02A 152.5 TTCTCCACACCAAGCAACAC TACAGGCTTGGTCGTTTTCC
A3 Na12C07 184 ACTCAACCCCACAAACCTG AGTTCCCCGGATCCGATTAG
A4 FITO066 0 AGCCCATTTACCTGCTGA GAAAGACGATGCTTAGGGT
A4 SN13034 18.41 AGCATGTGCAGAGTGCAGAC AAAGGAAGGCCGATGAGATT
A4 sNRD71 37.3 AAGACATGCACAGCAACAGC CCTCATCCACAACGTCATCTT
A4 ENA3 53 ATCCCTTCTCACAGGTTTACT GTCAAGTTTCTCTCCACACC
A4 Ol13D02A 71.6 TTCTCCACACCAAGCAACAC TACAGGCTTGGTCGTTTTCC
A4 CNU254 89.92 AAGCTTGAGCTTCCAGCCTTC ATCAGTGCCGGCCTTGAATA
A4 BRAS003 116 TCTCATTCGATCATCACTCAT GAACTATCGTCCACAATCTGA
A4 CB10196 129 TTGTAGGCAATGATGAGGA GAGAGAAGGGCTCCTTTG
A4 CB10335 151 AGACAAGTTGAAGATAGGCTC GATCGGAGACGGAGAGTT
A4 CB10493 170 TGACGTGTGAGCAACAGA CTGAGTCACAAGCCGAGT
A5 sNRD03 0 GAAGATTCGAGCTCTTTCGG CGTTTCAGAATCATATTGTATTTTGCT
A5 BRMS034 12.08 GATCAAATAACGAACGGAGAGA GAGCCAAGAAAGGACCTAAGAT
A5 FITO130 25 GTTTGCTATGGGCTTCAGT ATTTCATTCGGTTTATTTCGG
A5 BRAS063 38.2 GACGCTCATTTCACTTC TCCTAACTAACATCATTTTGC
A5 NIAB082 45.12 CATTTCCCCGTGACTATCTG CGTCTTCATCTCAATCTCGC
A5 SR9222 60.97 CACCGAACAAAACTGAGGGT CGTTTCACTGCGTTCTACCA
A5 ENA10 71.6 ATCGTCTCCTCTCATCTCAA ATTACATCCTCCACCTTCTTC
A5 CB10080 86.8 GCCCTCAACCTGTAAAGT TTGTTGGTGTGTGAATCATA
A5 SR9477 95.18 CAGCTGGTTATCCTCGGTTT CCTCAGGTGGACAGAGAAGC
A5 CB10487 115.64 ATCCGAGGTTAGGTTTGG TCCTTGCTCACCCTTGTA
A6 CB10330 0 AGGCGAGTTTACGAGGAT ACCTGCACCAGTCATTTG
A6 CB10143 26.6 CATGGGAGGCTGTCTAAA TTGCACCCATACGTTTTC
A6 BRAS014 31.3 CCCATTGACAACTCTTCTCTT CTGTGTTCGCCCATTATG
A6 BRMS227 46.1 ACCATCTCGCTATTTATTTATGAAG GACGATTTGATAGAGGAAAGGAAT
A6 BRMS221 60.33 AAAGTCCTTGACGTTTGAGGAAGAA CAGGTTCTTATGAAGGACCATGCAT
A6 CB10065 67.03 CGGCAATAATGGACCACTGG CGGCTTTCACGCAGACTTCG
A6 BRMS226 96 TAAATATGGTGCAAAAGATGACACA CAACCACTCATCTTGTTCCATTATC
A6 BRMS261 105.8 CACCTGTCATGTCTTCTTCTGG TTGTCTTTGTTTTCTTCTCATTCG
A6 CNU400 115.03 CGAGTTTTTGTGTGTACGTATAGTAAT CCAAAGTGCGTAAAGGAAGG
A6 EJU5 133.9 GGCACGTACATGGAGGATTC TGTTGGTCGAGCTGTTTCAG
A7 Ra2G08 0 ATGTCCGGATAACCGAATCC GAAGCTTTTCAATTTTTAAGTTCTCTC
A7 SR0282R 19.8 AGGAAGCCCAACAGGACTTT AATTCGATTCTCCATCGTGC
A7 FITO066 34 AGCCCATTTACCTGCTGA GAAAGACGATGCTTAGGGT
A7 NIAB082 45.1 CATTTCCCCGTGACTATCTG CGTCTTCATCTCAATCTCGC
A7 BRMS298 52.84 CCACTGTTTTATGACTCCAGTGCTT TGACCTGGTGAAGTAGTTGTCTCGT
A7 NIAB030 67.34 GATCATAAGCCGAAAAAGGTTG TGCTCTCCTCAAGTGAATCAAA
A7 Ol12E03 79.1 CTTGAAGAGCTTCCGACACC GACGGCTAACAGTGGTGGAC
A7 Ra2A05 92.9 GCTAGTTTACGCGGCGG AAACGACATCGGCAAAGAAG
A7 CB10211 111.76 CAGCAGAGATCGATGGAG ATAGAAGGCTGCCCCTC
A7 CB10278 139.8 TGAAGAAGCTGGGACAAG CAATGCAATACAGCACCA
A8 CNU090 0 GCAAAGATCGGCGAAGAAGA TGCAGACACATTCGAACAAACA
A8 BRMS342 14.13 CAACCAAAACGGGCCAATATAGTTA TGTTTTCAAATAATCTCCCGTCTAA
A8 BRMS246 26.21 ACATGTGCTTTATGAGAGAGAGAGA TCTTTGTCACATTAATCCTTCCACT
A8 BRMS176 39.36 ATGTCTACAGATGTGGAACCTATGG AGGAAGACTGATTAACTCGTTTTGA
A8 BRMS185 58.58 ATCAAACCAGCAGTTCTATACCAAT TCTCTTTCTGACCCGAAGAAGAC
A8 EJU4 63.9 CACCTTATCATCTCTCTATCCC CCTCTGTTTCTCTCCTTGTG
A8 KBRH143D22 75 GATGTGATACTTTGGCGACGG TGAAGGATAATATGGTCTTGGCC
A8 Ra2E12 86 TGTCAGTGTGTCCACTTCGC AAGAGAAACCCAATAAAGTAGAACC
A8 EJU3 91.3 CCTCTTTTAATTCAAACAAGAAATCA TTCGGACAATGGCAGTGATA
A8 CB10193 134.7 ATGCCACTTGAACCATTC CCTGAAGCGCATTTGTTA
A9 EJU2 0 TTCACATCTTCTTCATCTTCC TTGCTATTCGTTCTCAGTCTC
A9 CB10347 19.9 ATCTGAACACTTTCGGCA GGAAGCACCATGTCAGC
A9 BRMS324 40.95 AACTTAACCGAAACCGAGATAGGTG AATCTCGAAATTCATCGACTTCCTC
A9 FITO100 62 GATGAGAGAAGGAAACCCTAA ACAGCAGGAGAAGAGAGAGAA
A9 Ol12F02 84 GGCCCATTGATATGGAGATG CATTTCTCAATGATGAATAGT
A9 CB10255 100 CTGCGCTGCATCTTAGTC TGAAGAGCAATGCAATCTT
A9 Ol10D08 118 TCCGAACACTCTAAGTTAGCTCC GAGCTGTATGTCTCCCGTGC
A9 CB10103 160 GACGGATGCCTAATAATGAT TCCTCAAAACTGCCTGTAAG
A9 BRAS055 170 GCACTCTCCTTGGTCTC TTCTTCTCTCATCCACTTCTA
A9 MR013A 182 CGCTACTTCCGCTGATACTTT TCAGAATCGCGACTGTAGTCT
A10 Ol10A02 0.8 ATGAAAACCAATCCAGTGCC GATAGCAGATGGAAGAGCCG
A10 NIAB015 11.66 GCTGGTTCCAGCTAATGGTTAC TGAATTTATGAGATTCGGATTGG
A10 BRMS186 20 ACAAGACACATGGAACTCTTATGC ATATTACCAATGACCCCACTATTCA
A10 SN8502 28.47 CTTACCGATGGATCACCCAC TCCGCAAGAAATCAACAACA
A10 SN8474 44.86 CTCCTGGGGAGGATCCTAAG GAAGGGAAAGGTGCAATCAA
A10 NIAB103 50.5 GCCGTTCTGACCAATAAAAA TTCAATGATACGGTGACGTG
A10 ENA18 65.7 TTAAAATGAAACCCACCCGA TGTTGGGCAACATCCATTTA
A10 BRMS019 72.85 CCCAAACGCTTTTGACACAT GGCACAATCCACTCAGCTTT
A10 CB10109 101.5 GTGTAGCCAGCTTGATCCT CTTCTTCTGATGCAGCAGTG
A10 CB10124 109 TATGGGAAGGTTTGTGGTTGC CACTCCTCGATTACTCTCACT
C1 CB10587 0 TTGTGTTTTGCCTTCTGA TTTGCGCACAAACAATAA
C1 CB10369 16.4 CATTCACAGGACCAGAGC CAAAGCCAAGACAACCAT
C1 CB10277 27.75 ACAAATGCTTGAGTGATA TCTTCGTAAACTTGTTCTTGA
C1 FITO094 40 TTTATTTCTTTGGACTTGGG CTACCGCATCATACATTCATT
C1 NIAB091 55 TGGTTCTGCTATTGCTGTCA GAAGTTTGTGAGCCAGGAAA
C1 CB10206 62.5 TACAACGCAAACGTTCCT TTGATGTTCTTGGTGCCT
C1 Na10H06 73.3 AGAATGAGACCCAGAAACCG GCCACACTCTCTCTTACTAGGGC
C1 Ol10F11 100.7 TTTGGAACGTCCGTAGAAGG CAGCTGACTTCGAAAGGTCC
C1 Ni4B10 115.6 GTCCTTGAGAAACTCCACCG CCGATCCCATTTCTAATCCC
C1 Na10H03 128.9 GAGCTGGCTCATTCAACTCC CACAATTTCTCAGACAAAACGG
C2 Ol11H09 0 CCCTTTTCCCCTTCTATTGG GTGCGACTTGGAATTTCTCC
C2 CB10316 8.6 TGGTGTATATGGGATCGG GTTTGCAGACCATTCTCG
C2 SR6293 31.78 CCAAACGCTTTTCTTTCTGC CCAATGACGCTCCAAGATTT
C2 CB10026 44 TCGTTCTGACCTGTCGTTAT GGAAATGGCTGCTCATGTT
C2 CB10530 54.64 TCCTCGTCCTTTATTCCT TTTATGGTGATGGGGTGA
C2 FITO081 67 AACTAACTCGGGAAACAACC GAATGTCCGTCAGAATACC
C2 Ol09A06 70 TGTGTGAAAGCTTGAAACAG TAGGATTTTTTTGTTCACCG
C2 Ol09A03 81.1 CTGGTTTTCTCCTTCATCAG CTGTGTAGCTTTTAGTCTTT
C2 Ol12B03 95.49 CGACGAGGACAGAAGACAAG AGAGAGCCATGAGAAGCACC
C2 Na12C03 124.35 ATCGTTGCCATTAGGAGTGG ACCAAATTAACCCTCTTTGC
C3 Ra2E11 0 GGAGCCAGGAGAGAAGAAGG CCCAAAACTTCCAAGAAAAGC
C3 BN12A 28.53 GCCGTTCTAGGGTTTGTGGGA GAGGAAGTGAGAGCGGGAAATCA
C3 CB10036 55.8 ATTCATCTCCTGCTCGCTTAG AAACCCAAACCAAAGTAAGAA
C3 BRAS120 89.2 AAAAATAAATACAGCGAACC ACCTTTAGCAGCTAATCATC
C3 MR049 117.46 AATGGGAAGCTCGTCGAA AATTATGCCAACATCCTACGG
C3 Na10C01 137.1 TTTTGTCCCACTGGGTTTTC GGAAACTAGGGTTTTCCCTTC
C3 BRAS065 177 AGCAATCCCGCCTAAATGGTA GATGCGAGGTCACTGTTGTCC
C3 MR061B 221 GAACTCACGGAAGCTACGAGA AGCATACCAAGAGACGCAAAG
C3 MR049B 258 AATGGGAAGCTCGTCGAA AATTATGCCAACATCCTACGG
C3 CB10003 276 ACGGTGCCGAATCTCAACG AAATGGGTCACAGCCGAGAA
C4 SN0464 0 CCAAAGCAGGACAATCTCATC CCGGCTCTTGTTTTATGGTT
C4 SS2277 11.18 GATCTGCGGTAGGAATCGAA CGTGCTACATAATAGGGAAAAACC
C4 BRMS166 25.38 AAGTCACTACTTCCATTGAGGAACC GATGATTGGTGGTTTGGGTTT
C4 Na10F06 33.86 CTCTTCGGTTCGATCCTCG TTTTTAACAGGAACGGTGGC
C4 Ol12D02 43.76 CAATCCTGTTCATCATCGCCC AGTCATATGAAGCAGCTCAGG
C4 SN11516 56 GCGATCTCCTCAGGCATAGT CCACGCAAGCTGAAACATAA
C4 CB10288 94.3 GCAATGCATATCGACCTT AACCGCGCTATCAAGAAT
C4 CB10493 126.44 TGACGTGTGAGCAACAGA CTGAGTCACAAGCCGAGT
C4 BRAS072 134.5 GCCATCTACACATTTATCCC CACTAACCTTCTTGCTACCGT
C4 Ol11E03A 143 GCTCTCCCAGTGAGAATCAC GAAAACCAATCCAGTGCCTG
C5 CB10124 4.96 TATGGGAAGGTTTGTGGTTGC CACTCCTCGATTACTCTCACT
C5 sORH13 21.2 CCTGATGTTTTGGTTGTGTCA TCACTGTGTTTACTTGCGCC
C5 BRMS030 39 TCAGCCTACCAACGAGTCATAA AAGGTCTCATACGATGGGAGTG
C5 BRMS049 49 GATCTTCTCTCCAAAACTCTCT AAAGTCCAAGCTAAATTACAAA
C5 CB10623 62.6 GAGATCGAAGGTCTCGGT GAGTCGAAACAGTGGTGG
C5 Ra2F11 73.2 TGAAACTAGGGTTTCCAGCC CTTCACCATGGTTTTGTCCC
C5 MR129 84.9 CGGGTTGTCAATGAATAAGTA AACACCCCCGATACACTAA
C5 MR097 94.7 TCCGATCTATTATCCGCAAAC ATCAACGGAGCAAAGATGATT
C5 CB10229 130 TTTGGTCTGAATCTGATACT CCGATTCAACACCTTCAA
C5 CB10487 145 ATCCGAGGTTAGGTTTGG TCCTTGCTCACCCTTGTA
C6 CB10502 0 TTGAAGAGTGGGGATTCA GGTGAGCTTCTTCCTTCC
C6 CB10234 8.14 TCTGTTGTTTCTCTCGCC CTGATGGACTAGGACCCC
C6 CB10010 20.39 TTATCTTTGAATGAGCATCT ACCCTGTTCCTTCTACTAT
C6 BRMS015 32.54 TCGCCAATAGAACCCAAAACTT CATCTCCATTGCTGCATCTGCT
C6 SR12387 40.52 GGGTCTGGGTTTTTCTGTGA GATTGGGCCGTGTAATATCG
C6 CB10526 46.1 TTCTTCTTTCCACCACCA ACTCGGCGGTTAGAGAAT
C6 FITO146 67 ATTACTGAACGGACGAAA GGAGCAGATGGAAGTTGTTAG
C6 CB10544 74.3 TGAGAAGGCTTCGTTGAG TCAAATTCTCGCGTTTGT
C6 SS2486 86.65 AAATGGGAACGAGGGAAAGT GCCTTTGGGTCATCTGGAAT
C6 CB10211 113.6 CAGCAGAGATCGATGGAG ATAGAAGGCTGCCCCTC
C7 SN0706 0 TCCGACGGTCAAGATTAAGG GGCTGTGGTGGATCTAGGAA
C7 sNRH63 8.15 GAATCAGTCACCAGGGGAGA CCATCGCGGTAATTAAACCT
C7 Ol10B01 20.5 CCTCTTCAGTCGAGGTCTGG AATTTGGAAACAGAGTCGCC
C7 Ra3C04 26.4 CTAACCTCAGACGGAGACGG CTTTAAACTCCGACCAACCG
C7 BRMS050 42 AACTTTGCTTCCACTGATTTTT TTGCTTAACGCTAAATCCATAT
C7 FITO088 61 CCATCACTCATCTCACTCTTT ATAAATCTCGTTGTCGGAAGT
C7 BRMS040 77 TCGGATTTGCATGTTCCTGACT CCGATACACAACCAGCCAACTC
C7 CB10299 84.1 TACAGGTTCCTTGCGATG ATGGACGAGACAACATGG
C7 CB10534 90.8 AGCTGCAACCACAACTCT GGAGCGCAAGAAAAG
C7 CB10431 115 GGGTTTACTGGGTTCGTT GCAGAAGGGGAAACACTT
C8 CB10139 0 TCTCAAAAGGATATGCGTGAA CAAAACTCATCAGGGTTGTAG
C8 FITO040 9 GATTGTTTGTTTCTAACTGTGG TAGGATGTGACTTGGTCTTTC
C8 SN11670 36.24 AGTCGGGCTCGTATATCTCG GTTTCGTGGCGGAAATTAGA
C8 SR5795 57.37 TCAGTCACAAAAAGTCAACTCAAA ACGGAGTAGGAGTTGGGAGG
C8 Ol12G04 73.13 CGAACATCTTAGGCCGAATC GGTTAACCTGCGGGATATTG
C8 CB10106 85.2 GTTGGGAGAAGGTTTGGAGT CTCGGCATTTATGTGTGTTT
C8 FITO424 89 AAACTGAGAATCAAGGGTT ATGTCAAGAACAAATCAACGA
C8 SN12352 97 TCATTGAATTGATTTCCTCACG CAACTGTCAATGGCGAGAGA
C8 CB10602 161.7 CGTCTTCGTCGGAAGATA GATGAGGATGTTGACCGA
C8 BRAS031 170.7 TAGGTCCAAGCCGAATG CTAATGCGGGAGAAATACAAT
C9 BRAS002 0 CACTCACAGCCCTCTTCTTCT CCTCCAGCTTCCTTTACCA
C9 FITO088 13 CCATCACTCATCTCACTCTTT ATAAATCTCGTTGTCGGAAGT
C9 SR12384I 22.47 GTCTCGCCGTGGAATGTTAT GGTTTCAGCTTTCTCAAAATCA
C9 CB10288 35.42 GCAATGCATATCGACCTT AACCGCGCTATCAAGAAT
C9 BRAS050 46.2 CTTTGTGGTGGGTAGTGG ACTTAGCCTCAATACGGTCTT
C9 Ol11H05 46.7 GACGGATTCCTTGTAAGTGG GGTGTTTTTAGGGCGAGCTC
C9 FITO016 60 GCATCACCATGACGATTCTC CAAAAATGATGGAGGATACAAAAA
C9 sNRG42 68.92 TCGTGGGGATTAGTCTGAGC ATCCCGAGTGACAAAAATTG
C9 Ra2F11 78.9 TGAAACTAGGGTTTCCAGCC CTTCACCATGGTTTTGTCCC
C9 Ol11H06 90.5 TCCGAACACTCTAAGTTAGCTCC TTCTTCACTTCACAGGCACG

Claims (1)

1.芸薹属核心SSR引物组合，包含19条染色体即A1-A10和C1-C9核心SSR引物，其特征在于，包括以下引物：
A1  CB10369      ENA15  CB10097     NIAB096     Ra2E04      BRAS026  Na12C06      CNU397    Ol10D03       CB10597
A2  Ol10F04     Ol09A03     NIAB105SR6293     CB10416      Na12A07     
CB10093    Ni2C12B  Na14H11C  BRAS083   
A3  SR6688 BRMS071    NIAB120 CNU482   CNU409      BRMS176    Ol10B08      
SN1919  Ol13D02A       Na12C07      
A4  FITO066      SN13034      sNRD71       ENA3    Ol13D02A   CNU254      
BRAS003    CB10196      CB10335       CB10493      
A5 sNRD03      BRMS034   FITO130     BRAS063   NIAB082   SR9222ENA10  
CB10080      SR9477       CB10487      
A6 CB10330  CB10143   BRAS014  BRMS227    BRMS221    CB10065      
BRMS226    BRMS261    CNU400 EJU5
A7 Ra2G08  SR0282R     FITO066      NIAB082     BRMS298    NIAB030     
Ol12E03       Ra2A05 CB10211       CB10278      
A8  CNU090      BRMS342    BRMS246    BRMS176    BRMS185    EJU4     
KBRH143D22    Ra2E12 EJU3       CB10193      
A9  EJU2     CB10347      BRMS324    FITO100      Ol12F02       CB10255      
Ol10D08      CB10103      BRAS055       MR013A      
A10 Ol10A02    NIAB015    BRMS186   SN8502  SN8474  NIAB103     ENA18  
BRMS019    CB10109       CB10124
C1  CB10587      CB10369      CB10277      FITO094      NIAB091     CB10206     
 Na10H06     Ol10F11       Ni4B10 Na10H03
C2 Ol11H09     CB10316     SR6293  CB10026      CB10530      FITO081      
Ol09A06      Ol09A03      Ol12B03       Na12C03
C3 Ra2E11  BN12A  CB10036      BRAS120    MR049  Na10C01      BRAS065    
MR061B      MR049B       CB10003      
C4 SN0464  SS2277  BRMS166    Na10F06      Ol12D02      SN11516      CB10288      
CB10493      BRAS072       Ol11E03A
C5  CB10124      sORH13       BRMS030    BRMS049    CB10623      Ra2F11  MR129  
MR097  CB10229       CB10487      
C6  CB10502      CB10234      CB10010      BRMS015    SR12387      CB10526      
FITO146      CB10544       SS2486  CB10211      
C7 SN0706  sNRH63      Ol10B01     Ra3C04  BRMS050    FITO088      BRMS040    
CB10299      CB10534       CB10431
C8 CB10139     FITO040     SN11670     SR5795Ol12G04      CB10106      
FITO424      SN12352      CB10602       BRAS031    
C9  BRAS002    FITO088      SR12384I     CB10288      BRAS050    Ol11H05      FITO016      sNRG42       Ra2F11  Ol11H06。
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