CN107365865A - 与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。本发明公开的与番茄果实颜色相关的分子标记名称为SlANT1‑InD，是下述A1)或A2)：A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79‑82位为TTCT或不含TTCT；A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段。实验证明，本发明的番茄分子标记SlANT1‑InD与番茄果实颜色相关，可将其与atv基因位点的多态性(即atv基因位点为atv基因或其等位基因)联合在一起进行分子标记辅助育种培育紫色番茄果实，不仅可以在苗期就可完成果实颜色的鉴定，而且可以大规模地进行材料筛选，加快紫果番茄的选育进程，具有重要的应用价值和社会效益。

Description

与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域中，与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。
背景技术
番茄(Solanum lycopersicum)果实颜色丰富多彩，几乎每一种色泽都对应着不同的天然色素组成和含量，且大多数色素都具有抗氧化及清除自由基、抗突变和抗癌等功能。但是，人类自身不能合成这些天然色素，只能从食物中摄取。因此，番茄果实作为人类健康的一种重要膳食，一直受到人们的青睐，成为世界上消费最多的蔬菜之一。
花青素(Anthocyanins)是植物中普遍存在的一种天然色素，对于植物自身的生长、发育、抗逆等有着重要的作用，也是人类健康的重要膳食组分之一。但是，栽培番茄果实中几乎不含花青素，市场上所见到的紫色、棕色或黑色番茄大多数是由于成熟果实中番茄红素和叶绿素的并存造成的。而有一些野生番茄果实中能积累花青素，使得果实呈现紫色或紫黑色。经典遗传研究发现，野生番茄中存在多个与花青素积累相关的基因，如来自于智利番茄的Aft、来自于类番茄的Abg和来自于契斯曼尼番茄的atv等基因均可提高花青素的含量。Aft和Abg为显性基因，位于番茄的10号染色体上，这两个基因均可使番茄果实呈现一定的紫色，而atv为隐性基因，位于7号染色体上，主要使叶片和茎秆呈现紫色，在果实上没有明显的表型。
目前有两种方法可以使得番茄果实合成花青素。第一种是通过转基因将金鱼草或番茄中的基因AN2在栽培番茄中过表达，这种方法能够使得番茄的果实颜色呈现紫色，果实中花青素含量显著增加，但是由于涉及到转基因技术，培育新品种难度大，而且人们对转基因番茄的认可度还有一定的距离。第二种是常规育种方法，将野生番茄与栽培番茄杂交，再用栽培番茄经过多年回交选育也能得到紫色果实的番茄，但是这种常规选育方法需要借助于表型鉴定，而果实的颜色需要等到果实长大到一定时期才能看见，且不断的回交选育需要很长的时间，因此是一种费时费力的方法，在选育新品种时具有明显的局限性。
现代分子生物学技术的迅猛发展为开发分子标记提供了技术保障，也为分子标记辅助选择提供了工具。单核苷酸多态性(SNP)标记由于其在基因组中的遍在性及高通量检测手段的可行性而成为目前很多研究工作的首选标记，但是，检测设备和资金的缺乏使得大多数育种工作者难以应用这一类型的标记。相反，在基因组中存在频率仅次于SNP的插入缺失(InDel)多态性标记的检测方法则比较简单，使用成本低，且也可进行高通量检测，因而越来越受到重视。开发与紫果颜色相关的InDel标记，采用分子标记辅助选择技术在番茄育种将具有重要意义。
发明内容
本发明的目的是提供一个用于番茄果实颜色鉴定的InDel分子标记SlANT1-InD，SlANT1-InD可用于番茄果实颜色育种。
本发明首先提供了下述1)或2)的应用：
1)名称为SlANT1-InD的番茄分子标记或其多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；
所述SlANT1-InD为下述A1)或A2)：
A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT或不含TTCT；
A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段；
2)成套番茄分子标记或所述成套番茄分子标记的多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；
所述成套番茄分子标记由所述SlANT1-InD与名称为CTF的番茄分子标记组成，所述CTF为番茄基因组中的atv基因位点为atv基因或其等位基因。
上述应用中，A2)可为序列表中SEQ ID No.1的第43-114位所示的DNA分子或SEQID No.2的第43-110位所示的DNA分子。
上述应用中，A2)可为序列表中SEQ ID No.1所示的DNA分子或SEQ ID No.2所示的DNA分子。
本发明还提供了鉴定番茄基因型的方法，所述基因型是权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点的基因型，为AA基因型、AB基因型或BB基因型，所述方法包括M1)或M2)或M3)：
M1)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位，如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位均为TTCT，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位均不含TTCT，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT，另一条染色体对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位不含TTCT，所述待测番茄为AB基因型番茄；
M2)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第43-114位的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g1)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g2)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g1)，另一条染色体为g2)，所述待测番茄为AB基因型番茄；
g1)对应于SEQ ID No.1的第43-114位为SEQ ID No.1的第43-114位的染色体；
g2)对应于SEQ ID No.1的第43-114位为SEQ ID No.2的第43-110位的染色体；
M3)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g3)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g4)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g3)，另一条染色体为g4)，所述待测番茄为AB基因型番茄；
g3)对应于SEQ ID No.1为SEQ ID No.1的染色体；
g4)对应于SEQ ID No.1为SEQ ID No.2的染色体。
上述鉴定番茄基因型的方法中，M3)可利用引物对P1或引物对P2进行；所述引物对P1由名称分别为P1-F和P1-R的两条单链DNA组成，P1-F的序列为序列表中SEQ ID No.3，P1-R的序列为序列表中SEQ ID No.4；所述引物对P2由名称分别为P2-F和P2-R的两条单链DNA组成，P2-F的序列为序列表中SEQ ID No.5，P2-R的序列为序列表中SEQ ID No.6。
利用所述引物对P1或所述引物对P2鉴定番茄基因型，可通过PCR扩增进行。在进行PCR扩增时，所述引物对P1的退火温度可为54℃，所述引物对P2的退火温度可为53℃。
所述引物对P1与所述引物对P2中的两条单链DNA的摩尔比均可为1:1。
本发明还提供了检测或辅助检测番茄果实颜色的方法，所述方法包括Ⅰ或Ⅱ：
Ⅰ、利用所述鉴定番茄基因型的方法检测所述SlANT1-InD位点的番茄基因型，AA基因型番茄果实颜色为红色，AB和BB基因型番茄果实均带有紫色斑点或为紫色；
Ⅱ、检测或辅助检测番茄果实颜色的方法，包括N1)和N2)：
N1)利用所述鉴定番茄基因型的方法检测待测番茄基因型；
N2)检测所述待测番茄的所述CTF位点的基因型，所述基因型为atvatv基因型、AtvAtv基因型和Atvatv基因型，所述atvatv基因型为番茄基因组中所述CTF位点均为atv基因的纯合型，所述AtvAtv基因型为番茄基因组中所述CTF位点均为非atv基因的纯合型，所述Atvatv基因型为番茄基因组中所述CTF位点为atv基因和非atv基因的杂合型；
根据如下标准确定所述待测番茄成熟果实颜色：
AA基因型和atvatv基因型的所述待测番茄果实为红色；
AA基因型和Atvatv基因型的所述待测番茄果实为红色；
AA基因型和AtvAtv基因型的所述待测番茄果实为红色；
AB基因型和atvatv基因型的所述待测番茄果实为紫色；
BB基因型和atvatv基因型的所述待测番茄果实为紫色。
其中，Ⅱ中所述待测番茄不为下述m1)-m4)中的任一种：
m1)AB基因型和Atvatv基因型的待测番茄；
m2)AB基因型和AtvAtv基因型的待测番茄；
m3)BB基因型和Atvatv基因型的待测番茄；
m4)BB基因型和AtvAtv基因型的待测番茄。
上述检测或辅助检测番茄果实颜色的方法中，所述待测番茄所述CTF位点的基因型可采用引物对P3进行，所述引物对P3由名称分别为P3-F和P3-R的两条单链DNA组成，P3-F的序列为序列表中SEQ ID No.7，P3-R的序列为序列表中SEQ ID No.8。所述引物对P3中两条单链DNA的摩尔比可为1:1。
在采用所述引物对P3检测所述番茄所述CTF位点的基因型时，可通过PCR扩增进行，如所述PCR扩增的产物含有一条252bp的DNA片段、不含有248bp的DNA片段，所述番茄为atvatv基因型番茄，如所述PCR扩增的产物含有一条248bp的DNA片段、不含有252bp的DNA片段，所述番茄为AtvAtv基因型番茄，如所述PCR扩增的产物含有252bp和248bp的两条DNA片段，所述番茄为Atvatv基因型番茄。
所述引物对P3的退火温度可为54℃。
本发明还提供了下述X1)或X2)或X3)的产品：
X1)下述X11)或X12)：
X11)检测番茄果实颜色的物质，由检测所述SlANT1-InD位点基因型的物质和检测所述CTF位点基因型的物质组成；
X12)检测番茄果实颜色的物质，为检测所述SlANT1-InD位点基因型的物质；
X2)所述SlANT1-InD；
X3)所述成套番茄分子标记。
上述产品中，所述检测所述SlANT1-InD位点基因型的物质包括所述引物对P1或所述引物对P2；
所述检测所述CTF位点基因型的物质包括所述引物对P3。
所述检测所述SlANT1-InD位点基因型的物质可为所述引物对P1或所述引物对P2；
所述检测所述CTF位点基因型的物质可为所述引物对P3。
本发明还提供了紫色果实番茄育种方法，所述方法包括Y1)或Y2)：
Y1)按照所述鉴定番茄基因型的方法鉴定番茄所述SlANT1-InD位点基因型，选择BB或AB基因型番茄，即得到紫色果实番茄；
Y2)按照所述鉴定番茄基因型的方法鉴定番茄所述SlANT1-InD位点基因型，按照所述检测番茄所述CTF位点的基因型的方法检测所述番茄所述CTF位点的基因型，选择BB与atvatv基因型的番茄或AB与atvatv基因型的番茄，即得到紫色果实番茄。
本发明中，在检测PCR产物的大小时，可通过电泳与DNA分子量标准进行检测，也可通过测序进行检测。
实验证明，本发明中的番茄分子标记SlANT1-InD与番茄果实颜色相关，两条染色体的SlANT1-InD位点均含有序列表中SEQ ID No.1的第79-82位的TTCT番茄(即AA基因型番茄)的果实颜色为红色，两条染色体中至少有一条染色体的SlANT1-InD位点不含有序列表中SEQ ID No.1的第79-82位的TTCT番茄(即AB基因型番茄或BB基因型番茄)的果实颜色为非红色(即带有紫色斑点为为紫色)。可利用本发明的SlANT1-InD与atv基因位点的多态性(即atv基因位点为atv基因或其等位基因)联合在一起进行分子标记辅助育种培育紫色番茄果实，不仅可以在苗期就可完成果实颜色的鉴定，而且可以大规模地进行材料筛选，加快紫果番茄的选育进程，具有重要的应用价值和社会效益。
附图说明
图1为番茄分子标记SlANT1-InD在不同番茄材料中的扩增验证结果。电泳条带为177bp的为红果番茄，电泳条带为173bp的为果实略显紫色的番茄。
图2为采用番茄分子标记SlANT1-InD和atv基因位点选择出来的番茄材料的果实照片。A.BB基因型和AtvAtv基因型的植株的果实。B.AA基因型和atvatv基因型的番茄果实和叶片。C.BB基因型和atvatv基因型番茄材料果实。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂、仪器等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
下述实施例所用的番茄材料为携带Aft或atv基因的LA1996和LA3736(Mes P,Boches P,Myers JR.2008.Characterization of tomatoes expressing anthocyanin inthe fruit.Journal of the American Society for Horticultural Science 133:262-269；Al Sane KO and Hesham AE.2015.Biochemical and genetic evidences ofanthocyanin biosynthesis and accumulation in a selected tomatomutant.Rendiconti Lincei 26:293-306)，LA3736的茎秆和叶片带有紫色，这两个材料可以从美国加州大学戴维斯分校的番茄遗传资源中心(Tomato Genetics Resource Center)获得；Fla7600和Fla8233为红果番茄(Scott JW,Francis DM,Miller SA,Somodi GC,JonesJB.2003.Tomato bacterial spot resistance derived from PI 114490；inheritanceto race T2and relationship across three pathogen races.Journal of theAmerican Society for Horticultural Science 128:698-703；Hutton SF and ScottJW.2010.Inheritance of resistance to bacterial spot race T4from three tomatobreeding lines with differing resistance backgrounds.Journal of the AmericanSociety for Horticultural Science 135:150-158)，可以从美国佛罗里达大学园艺学系获得；OH88119和OH9242为红果材料(Wang H,Hutton SF,Robbins MD,Sim S-C,Scott JW,Yang W,Jones JB,Francis DM.2011.Molecular mapping of hypersensitiveresistance from tomato‘Hawaii 7981’to Xanthomonas perforans raceT3.Phytopathology 101:1217-1223；Scott JW,Francis DM,Miller SA,Somodi GC,JonesJB.2003.Tomato bacterial spot resistance derived from PI 114490；inheritanceto race T2and relationship across three pathogen races.Journal of theAmerican Society for Horticultural Science 128:698-703)，可以从美国俄亥俄州立大学获得；MT-Aft/atv和MT-atv为以Micro-Tom为遗传背景的携带相应花青素合成基因的材料(Pino-Nunes LE,Figueira AVO,Tulmann-Neto A,A,Piotto FA,Silva J,Bernardi W and Peres LEP.2009.Induced mutagenesis and natural geneticvariation in tomato“Micro-Tom”.Acta Horticulturae 821:63-72)，可以从巴西圣保罗大学获得。所有材料公众也可在经相应单位同意后从中国农业大学获得。
下述实施例中的LA3668(Mes P,Boches P,Myers JR.2008.Characterization oftomatoes expressing anthocyanin in the fruit.Journal of the American Societyfor Horticultural Science 133:262-269)公众可从申请人处获得该生物材料，该生物材料只为重复本发明的相关实验所用，不可作为其它用途使用。
实施例1、与番茄果实颜色相关的分子标记SlANT1-InD的获得
1、番茄分子标记
本发明的发明人发现了一个与番茄果实颜色相关的分子标记，将其命名为SlANT1-InD，SlANT1-InD为番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT或不含TTCT。以番茄基因组DNA为模板利用识别序列位于SlANT1-InD上下游的两条引物组成的引物对P1扩增得到的DNA分子有两种序列：SEQ ID No.1和SEQ ID No.2。SEQ ID No.1和SEQ ID No.2的区别在于：SEQ ID No.2缺少SEQ ID No.1的第79-82位的TTCT；SEQ IDNo.1的第43位为C，与之对应的SEQ ID No.2的第43位为T；SEQ ID No.1的第51位为T，与之对应的SEQ ID No.2的第51位为C；SEQ ID No.1的第53位为A，与之对应的SEQ ID No.2的第53位为G；SEQ ID No.1的第73位为T，与之对应的SEQ ID No.2的第73位为C；SEQ ID No.1的第95位为T，与之对应的SEQ ID No.2的第91位为A；SEQ ID No.1的第106和107位为AC，与之对应的SEQ ID No.2的第102和103位为TT；SEQ ID No.1的第111位为T，与之对应的SEQ IDNo.2的第107位为C；SEQ ID No.1的第114位为C，与之对应的SEQ ID No.2的第110位为T。
其中，引物对P1由名称分别为P1-F和P1-R的两条单链DNA组成，P1-F的序列为序列表中SEQ ID No.3，P1-R的序列为序列表中SEQ ID No.4。
在以番茄基因组DNA为模板进行的PCR扩增中，将引物对P1的PCR产物含有SEQ IDNo.1所示的DNA片段(也即对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT)且不含有SEQID No.2所示的DNA片段(也即对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位不含TTCT)的番茄的基因型记为AA基因型，将PCR产物含有SEQ ID No.2所示的DNA片段且不含有SEQ ID No.1所示的DNA片段的番茄的基因型记为BB基因型，将PCR产物含有SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的DNA片段的番茄的基因型记为AB基因型。
2、番茄分子标记与果实颜色
2.1番茄分子标记与果实颜色相关的发现
利用引物对P1检测番茄分子标记与果实颜色，所用材料如下：
红果材料：LA3736、Fla7600和Fla8233
紫果材料：LA1996
提取各材料的基因组DNA，利用引物对P2对各基因组DNA进行PCR扩增，引物对P2由名称分别为P2-F(正向引物)和P2-R(反向引物)的两条单链DNA组成，P2-F的序列为序列表中SEQ ID No.5，P2-R的序列为序列表中SEQ ID No.6。
PCR反应体系为：50μl反应体系中含1.5mM Mg2+的10×PCR反应缓冲液5μl，2mMdNTPs 2μl，10μM正、反向引物各2μl，2.5U/μl Taq DNA聚合酶0.4μl，5-10ng/μl基因组DNA4μl，ddH2O补齐至50μl。
PCR反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性1min,53℃退火1min，72℃延伸1min，36个循环；72℃延伸5min。
将各PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测，结果显示这4个材料都只有1条带，测序结果表明，LA1996的PCR产物为928bp，而另外3个材料的PCR产物都是932bp，也就是说，SlANT1基因在LA1996中的序列比其它3个材料少4bp。
2.2番茄分子标记与果实颜色相关的验证
在步骤2.1所用4个番茄材料的基础上增加了1个携带Afv/atv基因的番茄紫果材料MT-Aft/atv和1个携带atv基因的番茄红果材料Mt-atv以及1个红果材料OH88119。
提取各材料的基因组DNA，利用引物对P1对各基因组DNA进行PCR扩增。
PCR的反应体系为：10μl反应体系中含1.5mM Mg2+的10×PCR反应缓冲液1μl，2mMdNTPs 1μl，10μM的P1-F和P1-R各0.2μl，2.5U/μl Taq DNA聚合酶0.4μl，5-10ng/μl DNA模板1μl，ddH2O补齐至10μl。
PCR扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s,54℃退火30s，72℃延伸30s，36个循环；72℃延伸5min。
PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测，结果(图1)显示，所有紫果材料都获得173bp大小的条带，其序列为序列表中SEQ ID No.2，对应的番茄的基因型均为BB基因型，而所有红果材料都获得177bp大小的条带，其序列为序列表中SEQ ID No.1，对应的番茄的基因型均为AA基因型，说明，AA基因型番茄果实为红果，BB基因型番茄果实为紫色，表明番茄分子标记SlANT1-InD与番茄果实颜色相关，可用于检测番茄果实颜色。
2.3番茄分子标记在番茄育种中的应用
为了对上述开发的分子标记进行进一步的验证，并建立标记辅助选择体系，选育紫色番茄果实。
将紫果番茄材料LA1996分别与红果番茄OH88119、OH9242、Fla8233、Fla7600、LA3736、LA3668杂交，其中LA3736携带atv基因。杂交F1代自交得到F2代，采用上述InDel标记SlANT1-InD从F2中选择纯合基因型个体，并采用与atv基因连锁的标记筛选纯合个体，将在两个基因位点都纯合的单株留种，连续自交至F5代。atv基因位点纯合的检测方法如下：
提取基因组DNA，对得到的基因组DNA利用引物对P3进行PCR扩增，引物对P3由名称分别为P3-F和P3-R的两条单链DNA组成，P3-F的序列为序列表中SEQ ID No.7，P3-R的序列为序列表中SEQ ID No.8。
PCR的反应体系为：10μl反应体系中含1.5mM Mg2+的10×PCR反应缓冲液1μl，2mMdNTPs 1μl，10μM的P3-F和P3-R各0.2μl，2.5U/μl Taq DNA聚合酶0.4μl，5-10ng/μl DNA模板1μl，ddH2O补齐至10μl。
PCR扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s,54℃退火30s，72℃延伸30s，36个循环；72℃延伸5min。
对PCR扩增产物进行聚丙烯胺凝胶电泳检测，仅有一条252bp大小条带的番茄为atvatv纯合基因型番茄，仅有一条248bp大小条带的番茄为AtvAtv纯合基因型番茄，而同时有252bp和248bp大小条带的番茄为Atvatv杂合基因型番茄，将不同的atv基因位点DNA序列记为番茄分子标记CTF。
检测番茄分子标记SlANT1-InD与atv基因位点，并观察其表型，结果显示，F5代中SlANT1-InD位点为BB基因型、atv基因位点为AtvAtv基因型的植株的果实呈现红色但带有紫色斑点；SlANT1-InD位点为AA基因型、atv基因位点为atvatv基因型的植株叶片和茎秆表现为紫色，但果实依然是红色；SlANT1-InD位点为BB基因型、atv基因位点为atvatv基因型的植株果实颜色为紫色；SlANT1-InD位点为AA基因型、atv基因位点为AtvAtv基因型的植株果实为红色。表明只有当SlANT1-InD位点为BB基因型、atv基因位点为atvatv基因型时，番茄果实才表现为紫色，通过上述两个位点的检测成功得到了紫色果实番茄。
<110> 中国农业大学
<120> 与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用
<160> 8
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 177
<212> DNA
<213> 番茄
<400> 1
tggtgaagga aaatggcatc ttgttcccat aagagctggt aactattaaa ttaactatca 60
cgttattttt atttgtcttt ctgtctcatt ttatttgacg ttattacgaa tatcatctga 120
aaatgtacgt gcaggtctga atagatgtcg gaaaagttgt agattgaggt ggctgaa 177
<210> 2
<211> 173
<212> DNA
<213> 番茄
<400> 2
tggtgaagga aaatggcatc ttgttcccat aagagctggt aattattaaa ctgactatca 60
cgttattttt atctgtctgt ctcattttat atgacgttat tttgaacatt atctgaaaat 120
gtacgtgcag gtctgaatag atgtcggaaa agttgtagat tgaggtggct gaa 173
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 3
tggtgaagga aaatggcatc 20
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 4
ttcagccacc tcaatctaca a 21
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 5
ttgggagtga gaaaaggttc a 21
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 6
cttgttgcat gggtggtaaa 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 7
aaccactcgg gtcgaatcta 20
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 8
tttatccttt tggctacttc caa 23

Claims (10)

1.下述1)或2)的应用：
1)名称为SlANT1-InD的番茄分子标记或其多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；
所述SlANT1-InD为下述A1)或A2)：
A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT或不含TTCT；
A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段；
2)成套番茄分子标记或所述成套番茄分子标记的多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；
所述成套番茄分子标记由所述SlANT1-InD与名称为CTF的番茄分子标记组成，所述CTF为番茄基因组中的atv基因位点为atv基因或其等位基因。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：A2)为序列表中SEQ ID No.1的第43-114位所示的DNA分子或SEQ ID No.2的第43-110位所示的DNA分子。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：A2)为序列表中SEQ ID No.1所示的DNA分子或SEQ ID No.2所示的DNA分子。
4.鉴定番茄基因型的方法，所述基因型是权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点的基因型，为AA基因型、AB基因型或BB基因型，所述方法包括M1)或M2)或M3)：
M1)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位，如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位均为TTCT，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位均不含TTCT，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT，另一条染色体对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位不含TTCT，所述待测番茄为AB基因型番茄；
M2)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第43-114位的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g1)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g2)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g1)，另一条染色体为g2)，所述待测番茄为AB基因型番茄；
g1)对应于SEQ ID No.1的第43-114位为SEQ ID No.1的第43-114位的染色体；
g2)对应于SEQ ID No.1的第43-114位为SEQ ID No.2的第43-110位的染色体；
M3)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g3)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g4)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g3)，另一条染色体为g4)，所述待测番茄为AB基因型番茄；
g3)对应于SEQ ID No.1为SEQ ID No.1的染色体；
g4)对应于SEQ ID No.1为SEQ ID No.2的染色体。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：M3)利用引物对P1或引物对P2进行；所述引物对P1由名称分别为P1-F和P1-R的两条单链DNA组成，P1-F的序列为序列表中SEQ IDNo.3，P1-R的序列为序列表中SEQ ID No.4；所述引物对P2由名称分别为P2-F和P2-R的两条单链DNA组成，P2-F的序列为序列表中SEQ ID No.5，P2-R的序列为序列表中SEQ ID No.6。
6.检测或辅助检测番茄果实颜色的方法，包括Ⅰ或Ⅱ：
Ⅰ、利用权利要求4或5所述的方法检测权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点的番茄基因型，AA基因型番茄果实颜色为红色，AB和BB基因型番茄果实均带有紫色斑点或为紫色；
Ⅱ、检测或辅助检测番茄果实颜色的方法，包括N1)和N2)：
N1)利用权利要求4或5所述的方法检测待测番茄基因型；
N2)检测所述待测番茄的权利要求1-3中任一所述CTF位点的基因型，所述基因型为atvatv基因型、AtvAtv基因型和Atvatv基因型，所述atvatv基因型为番茄基因组中所述CTF位点均为atv基因的纯合型，所述AtvAtv基因型为番茄基因组中所述CTF位点均为非atv基因的纯合型，所述Atvatv基因型为番茄基因组中所述CTF位点为atv基因和非atv基因的杂合型；
根据如下标准确定所述待测番茄成熟果实颜色：
AA基因型和atvatv基因型的所述待测番茄果实为红色；
AA基因型和Atvatv基因型的所述待测番茄果实为红色；
AA基因型和AtvAtv基因型的所述待测番茄果实为红色；
AB基因型和atvatv基因型的所述待测番茄果实为紫色；
BB基因型和atvatv基因型的所述待测番茄果实为紫色。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：所述待测番茄所述CTF位点的基因型采用引物对P3进行，所述引物对P3由名称分别为P3-F和P3-R的两条单链DNA组成，P3-F的序列为序列表中SEQ ID No.7，P3-R的序列为序列表中SEQ ID No.8。
8.下述X1)或X2)或X3)的产品：
X1)下述X11)或X12)：
X11)检测番茄果实颜色的物质，由检测权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点基因型的物质和检测所述CTF位点基因型的物质组成；
X12)检测番茄果实颜色的物质，为检测权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点基因型的物质；
X2)权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD；
X3)权利要求1-3中任一所述成套番茄分子标记。
9.根据权利要求8所述的产品，其特征在于：所述检测权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点基因型的物质包括权利要求5中所述引物对P1或所述引物对P2；
所述检测所述CTF位点基因型的物质包括权利要求7中所述引物对P3。
10.紫色果实番茄育种方法，包括Y1)或Y2)：
Y1)按照权利要求4或5所述方法鉴定番茄权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点基因型，选择BB或AB基因型番茄，即得到紫色果实番茄；
Y2)按照权利要求4或5所述方法鉴定番茄权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点基因型，按照权利要求6或7中所述检测番茄的权利要求1-3中任一所述CTF位点的基因型的方法检测所述番茄所述CTF位点的基因型，选择BB与atvatv基因型的番茄或AB与atvatv基因型的番茄，即得到紫色果实番茄。
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