CN101999001A - 疾病标志物及其用途 - Google Patents

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Abstract

本发明涵盖炎性疾患或自身免疫疾患如肌炎中的miRNA谱和I型IFN/IFNα诱导的PD标志物谱。所述谱还可用于例如治疗患者的方法、监测患者的疾病进展的方法以及用于诊断或提供对患有炎性疾患或自身免疫疾患的患者的预测。

Description

疾病标志物及其用途
发明领域
本发明涉及miRNA标志物和干扰素(IFN)α/I型IFN-诱导性药效学(PD)标志物以及采用其的方法。
发明背景
本发明涵盖miRNA标志物和IFNα/I型IFN-诱导性PD标志物。本发明还涵盖在例如治疗患者和预测或监测疾病的方法中采用这些标志物的方法。
发明概述
本发明的一个实施方式涵盖治疗患有I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患的患者的方法。将结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂施用给患者。该患者包含差异调节的miRNA标志物谱。所述药剂中和差异调节的miRNA标志物谱。
本发明的另一实施方式是在需要其的患者中中和差异调节的miRNA标志物谱的方法。将结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂施用给患者。该药剂中和所述患者的差异调节的miRNA标志物谱。
本发明的另一个实施方式是监测或预测患者的自身免疫疾病或炎性疾病进展的方法。在来自患者的第一样品中获得第一差异调节的miRNA标志物谱。
本发明的又一实施方式是监测接受治疗剂治疗的患者的自身免疫疾病或炎性疾病进展的方法。获得来自患者的第一样品中的第一miRNA谱。施用治疗剂。获得来自患者的第二样品中的第二miRNA谱。比较所述第一miRNA谱和所述第二miRNA谱。所述第一miRNA谱与所述第二miRNA谱之间的变化表明治疗剂的效力水平。
本发明的另一个实施方式是治疗肌炎患者的方法。将结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂施用给患者。所述药剂中和患者的I型IFN或IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
本发明的另一个实施方式涵盖监测或预测患者的肌炎疾病进展的方法。获得来自患者的第一样品中的第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
本发明的又一实施方式是监测接受治疗剂治疗的患者的肌炎疾病进展的方法。获得来自患者的第一样品中的第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱。将治疗剂施用给患者。从来自患者的第二样品中获得第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱。比较所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱和所述第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
附图简述
图1a和1b：在DM和PM患者的肌肉样本中上调最明显的基因的大多数是IFN-α/β诱导性的。(a)显示在DM患者肌肉样本中上调的基因的表；(b)在DM和PM患者肌肉中的IFN-α/β诱导性基因标记(signature)评分。
图2a和2b：在DM和PM患者中的IFN-α/β诱导性基因标记评分随着患者疾病状态的改善而降低。(a)提供DM活性患者(DMA)、DM改善患者(DMI)、PM活性患者(PMA)和PM改善患者(PMI)的IFN-α/β诱导性基因标记评分。(b)显示在DM患者中随着他们的活性疾病变得改善，IFN-α/β诱导性基因标记评分降低。
图3a-3c：如对于(a)-(c)三名患者所显示的，DM患者全血样品中的IFN-α/β诱导性基因标记评分与临床改善相关，但是其他细胞因子(TNFα、IL1β、IL4、IL10和IL13)的基因标记评分与临床改菩不相关。
图4：DM患者的IFN-α/β诱导性基因标记评分预示了临床改善以及复发。
图5a-5d：PM患者中的IFN-α/β诱导性基因标记评分的改变与血清CK水平相关。(a)显示PM患者的IFN-α/β-、TNFα-、IL1β-、IL4-、IL10-、IL13-诱导性基因标记评分；(b)提供患者的血清CK活性，其符合IFN-α/β诱导性基因标记的曲线；(c)提供各种细胞因子基因标记评分与血清CK水平之间的相关性；(d)是PM患者的IFN-α/β-诱导性基因标记评分与健康供体(黑色圆)相比较的PCA图。
图6：DM患者中的IFN-α/β诱导性基因标记评分改变与血清CK水平相关。(a)显示医师的四次随访内的患者的血清CK活性；(b)显示在相同的四次随访中患者的IFN-α/β-、TNFα-、IL1β-、IL4-、IL10-、IL13-诱导性基因标记评分；(c)提供各种细胞因子基因标记评分和血清CK水平之间的相关性。如通过患者的全血中的前25种诱导性基因的中和所监测的，I型IFN基因标记(显示在(b)中)示踪了临床活性。随访1，治疗前；随访2，利妥昔单抗和类固醇治疗之后(小的改善)；随访3，患者保持稳定；随访4，患者崩溃(crashed)(血清CK水平骤增)。
图7a和7b：图6中所讨论的DM患者的IFN-α/β诱导性基因标记示踪了疾病进展/消退。(a)热图，它显示在患者进展/消退时在IFN-α/β诱导性标记中的基因的中和及去中和；(b)示踪DM患者的IFN-α/β诱导性基因标记评分与健康供体(黑色圆)相比较的PCA图。
图8：显示IBM患者的肌肉样本展示了IFN-α/β诱导性基因标记过表达的散点图。散点图是使用下列两种方法由14名患IBM的患者得到的肌肉样本的IFN-α/β基因标记评分的散点图：25种基因的动态列表和21种基因的静态列表。每个点表示一名患者。
图9a和9b：IBM患者血清样品显示出不同的IFN-α/β基因标记过表达。(a)使用下列两种方法由9名IBM患者得到的全血的IFN-α/β基因标记评分：25种基因的动态列表和21种基因的静态列表；(b)使用25种基因的动态列表由9名IBM患者的全血获得的IFN-α/β基因标记评分的散点图。每个点表示一名患者。
图10a和10b：Jo1阴性DM患者比Jo1阳性DM患者具有更高的IFN-α/β基因标记评分。(a)DM Jo1阳性和DM Jo1阴性患者中19种IFN-α/β诱导性基因的过表达；(b)使用19种基因得到的来自3名Jo1阳性和7名Jo1阴性的DM患者的肌肉的IFN-α/β基因标记评分散点图。每个点表示一名患者。
图11-104：注释IL4标记中的基因的探针列表。
图105-158：注释IL10标记中的基因的探针列表。
图159-234：注释IL13标记中的基因的探针列表。
图235-381：注释807种IFNα诱导性基因的探针列表。
图382-383：独特的检测物id、miRNA id、和序列的列表。
图384a和384b：在DM和PM患者中过表达最明显的那些基因之中的1型IFN诱导性基因的普遍性可用于鉴定1型IFN诱导性基因标记评分阳性患者。(a)热图，它表示24名正常健康供体、20名PM患者和22名DM患者以及136种探针组，该探针组被鉴定为是1型IFN诱导性的并且将42名DM和PM患者与24名正常健康供体相比较时显著过表达(q值＜0.05并且改变倍数＞2)。第一个黑色的水平线表示正常健康供体；第二个标记为低的水平线表示具有弱的1型IFN诱导性基因标记评分(改变倍数＜4)的患者；第三个标记为中等的水平线表示具有中等1型IFN诱导性基因标记评分(4≤改变倍数＜10)的患者并且第四个标记为高的水平线表示具有高1型IFN诱导性基因标记评分(即，标记评分阳性)的患者。(b)在(a)中被分级为正常健康供体、弱标记评分、中等标记评分和高标记评分的相同受治疗者的1型IFN诱导性基因标记评分的散点图。IFN＝干扰素；DM＝皮肌炎；PM＝多肌炎。
图385a-385c：患者特异性的纵向1型IFN诱导性转录物测量具有作为生物标志物来测量DM和PM疾病活性的效用。(a)使用在随访1时的21名患者和36名正常健康供体的13种基因复合评分和IFI27、IFI44、IFI44L和RSAD2的单个转录物测量所得的单个基因复合评分和改变倍数值。通过相对较低或中等的临床测量疾病活性(MITAX≤6)和高疾病活性(MITAX＞6)将患者分组。在多重检验调整后，4种基因的任一种或13种基因复合评分在正常健康供体和MITAX≤6的患者之间没有显著的差异。对于所有的基因和基因复合评分，在正常健康供体与MITAX＞6的患者相比，以及MITAX≤6的患者与MITAX＞6的患者相比时具有显著差异(参见表8)。(b)MITAX测量的疾病活性具有一些变化的18名患者的患者特异性分析以及(c)研究中MITAX没有改变的3名患者。提供了18名患者的每一个在他们的具有研究过程中的最低至最高MITAX值的随访时的基因复合评分、改变倍数值以及原始p值。具有MITAX变化的患者显示在调整后除EFI44外的所有基因/基因复合评分具有高度显著的一致的基因表达改变；没有MITAX变化的患者显示基本没有基因表达改变，尽管样品大小太小而无法得到统计显著性。所有的基因复合评分和改变倍数值均相对于36名正常健康供体的中值计算。
图386a和386b：DM和PM患者表现出外周血的MITAX评分与1型IFN 13种基因复合评分之间的相关性。(a)具有至少4次总随访的6名患者(BGE15、BGE99、BGE10、BGE106、BGE119和BGE147)的MITAX评分与13种基因复合评分之间的比较。黑色实线和最右侧的y轴表示MITAX评分，而黑色虚线和最左侧的y轴表示13种基因复合评分。BGE15和BGE147的图示中的‘H’标号表示预告(herald)随访。(b)对于患者BEG92看到了在13种基因复合评分与CK水平之间的另一种相关性。最左侧的图中黑色虚线和最右侧的y轴表示此患者的CK水平。DM＝皮肌炎；PM＝多肌炎；CK＝肌酸激酶。
图387a和387b：WB中1型IFN诱导性基因表达的强升高预告在几个患DM或PM的患者中的疾病复发。出现了其中相信疾病是临床上稳定的或在改善，但是在6-35天后患者发展了临床复发的三次随访。在“预告”复发会马上出现的这3次随访的每一次中，显著的IFN诱导性基因表达增加。(a)13种基因复合评分的表达改变的列表。列显示了：患者样品；预告(V-预告)随访与复发(V-复发)随访之间的天数；V-预告与V-复发之间的MITAX评分改变；从前一次随访到V-预告的基因表达增加倍数。(b)13种基因复合评分的代表图。每个中间随访(#3)是预告随访；MITAX评分是与之前一次随访(#2)相比稳定的或改善的，但是13种基因复合评分则显著增加，可能预告了复发，这由下一次随访(#4)的MITAX评分增加证实。IFN＝干扰素；DM＝皮肌炎；PM＝多肌炎。
图388a-388c：其他细胞因子诱导性标记评分在中等的和严重的患DM和PM患者之间没有不同并且与疾病活性不相关。(a)随访1时的21名患者和36名正常健康供体的TNF-α、IL-1β、IL-10、IL-13和GM-CSF的细胞因子诱导性基因标记。通过相对较低或中等的临床测量疾病活性(MITAX≤6)和高疾病活性(MITAX＞6)将患者分组。在多重检验调整之后，对于所有的5种细胞因子诱导性基因标记，正常健康供体与MITAX≤6的患者之间存在显著的差异。对于所有的5种细胞因子诱导性基因标记，正常健康供体与MITAX＞6的患者之间也存在显著的差异。然而对于5种细胞因子诱导性基因标记的任一种，在MITAX≤6的患者与MITAX＞6的患者之间不存在显著的差异(参见表8)。(b)MITAX测量的疾病活性具有一些变化的18名患者的患者特异性分析以及(c)研究中MITAX活性没有改变的3名患者。提供了18名患者的每一个在他们的具有研究过程中的最低至最高MITAX值的随访时的细胞因子诱导性基因标记和原始p值。对于任何细胞因子诱导性基因标记，MITAX变化的患者均未显示出显著的一致的基因表达改变；没有MITAX变化的患者基本也不显示基因表达改变，尽管样品大小太小而无法计算出统计显著性。所有的细胞因子诱导性基因标记均相对于36名正常健康供体的中值计算。DM＝皮肌炎；PM＝多肌炎。
图389：24名DM或PM患者在具有最高(上排(panel))和最低(下排)MITAX评分的随访时的不同细胞因子诱导性基因标记的比较。各行表示不同的细胞因子诱导性基因标记的过表达。框中显示的3名患者是1型IFN诱导性基因标记评分阴性的。每位患者的升高的细胞因子诱导基因标记水平由近红色的颜色表示，而近蓝色的颜色表示低的细胞因子诱导基因标记值。IFN＝干扰素；DM＝皮肌炎；PM＝多肌炎。
详细说明
本发明涵盖鉴定、诊断、治疗和监测患者的疾病进展的方法。患者包括具有I型IFN或IFNα诱导性疾病、疾患或病症的任何动物；或具有炎性或自身免疫疾病、疾患或病症的任何动物。患者可以由于实验研究而患疾病、疾患或病症，例如，其可以是开发的用于疾病、疾患或病症的实验模型。可选择地，患者可以在不存在实验操作的情况下患有疾病、疾患或病症。患者包括人、小鼠、大鼠、马、猪、猫、狗和用于研究的任何动物。
I型IFN或IFNα诱导性疾病、疾患或病症是表现出I型IFN或IFNαPD标志物表达谱或基因标记的任何疾病、疾患或病症。PD标志物表达谱和基因标记应被理解为是等同的。这些疾病、疾患或病症包括具有自身免疫组分的那些，如系统性红斑狼疮、胰岛素依赖性糖尿病、炎性肠病(包括克罗恩病、溃疡性结肠炎、和乳糜泻(Celiac’s disease))、多发性硬化、银屑病、自身免疫性甲状腺炎、类风湿性关节炎、肾小球肾炎、如包涵体肌炎或皮肌炎或多肌炎或非特异性肌炎的特发性炎性肌炎、或坏死性肌病、舍格伦综合征(Sjogren’s syndrome)、血管炎和结节病。其他疾病、疾患或病症包括移植物抗宿主疾病和移植排斥。
如果患者是肌炎患者，则患者可以患有包涵体肌炎或皮肌炎或多肌炎。肌炎患者可以具有高的或低的肌炎意向治疗级别(MITAX)评分。本领域的技术人员将能够容易地确定肌炎患者的MITAX评分。参见，例如Walsh RJ，Pinkus JL，等人Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis.(在血液中存在I型干扰素诱导性基因表达并且其反应了皮肌炎与多肌炎的疾病活性)Arthritis Rheum.2007；56(11)：3784-92，其通过引用并入。高MITAX评分可以为约大于6。低MITAX评分可以为约小于或等于6。肌炎患者可以可选地或另外具有中等或强的I型IFN-或IFNα诱导性基因标记评分。如果被分配的评分约小于4，则1型IFN-或IFNα诱导性基因标记评分可能是弱的，如果被分配的评分为4左右或约大于4但小于10则是中等的，并且如果被分配的评分为约10或大于10则是高的。本领域的那些技术人员将容易理解并能够确定I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。参见，例如Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312，通过引用并入。
自身免疫疾病、疾患或病症可以是其中在没有外来物质要抵抗时免疫系统触发免疫应答并且机体的正常保护性免疫系统通过错误地袭击自身而损害其自身组织的任何疾病、疾患或病症。这些疾病、疾患或病症包括：多发性硬化、克罗恩病、类风湿性关节炎、斑秃(alopecia greata)、强直性脊柱炎、抗磷脂综合征、自身免疫性阿狄森氏病、肾上腺的自身免疫疾病、变应性脑脊髓炎、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性炎性眼病、自身免疫性新生儿血小板减少症、自身免疫性嗜中性白细胞减少症、自身免疫性卵巢炎和睾丸炎、自身免疫性血小板减少症、自身免疫性甲状腺炎、贝切特氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、心切开术综合征(cardiotomy syndrome)、口炎性腹泻-皮炎、慢性活动性肝炎、慢性疲劳性免疫功能障碍综合征(CFIDS)、慢性炎性脱髓鞘性多神经病、丘-施二氏综合征、疤痕性类天疱疮、CREST综合征、冷凝集素疾病、克罗恩病、致密物沉积病(dense deposit disease)、盘状狼疮、特发性混合性冷球蛋白血症、纤维肌痛-纤维肌炎、肾小球肾炎(例如，IgA肾病(nephrophathy))、谷蛋白敏感性肠病、古德帕斯彻综合症(Goodpasture′s syndrome)、格雷夫斯氏病、格林-巴利病、甲状腺功能亢进症(即，桥本氏甲状腺炎)、特发性肺纤维化、特发性阿狄森氏病、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、IgA神经病、幼年型关节炎、扁平苔藓(lichen planus)、红斑狼疮(lupus erthematosus)、梅尼埃病、混合性结缔组织病、多发性硬化、重症肌无力、心肌炎、1型或免疫介导的糖尿病、重症肌无力、心肌炎、神经炎、其他内分泌腺衰竭、寻常型天疱疮、恶性贫血、结节性多动脉炎、多软骨炎(polychrondritis)、多种内分泌腺病、多腺性综合征、风湿性多肌痛、多肌炎和皮肌炎、心肌梗死后(post-MI)、原发性无丙种球蛋白血症、原发性胆汁性肝硬化、银屑病、银屑病关节炎、雷诺氏现象(Raynauld′s phenomenon)、复发性多软骨炎、莱特尔氏综合征、风湿性心脏病、类风湿性关节炎、结节病、硬皮病、舍格伦综合征、僵人综合征、系统性红斑狼疮、红斑狼疮、大动脉炎、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、溃疡性结肠炎、荨麻疹、葡萄膜炎、葡萄膜眼炎(Uveitis Opthalmia)、血管炎如疱疹样皮炎性血管炎(dermatitis herpetiformis vasculitis)、白癜风和韦格纳氏肉芽肿病。
炎性疾患、疾病或病况可以包括：哮喘、变应性疾患、特征为2型介导的炎症的炎性疾患、肺纤维化、慢性阻塞性肺病(COPD)、脑炎(encephalitis)、炎性肠病、感染性休克、未分化脊椎关节病、未分化关节病、关节炎、炎性骨质溶解以及由慢性病毒或细菌感染所导致的慢性炎症。
患者可以包含差异调节的miRNA谱。差异调节的miRNA谱可以是其中患者的组织样品相对于患者的对照组织样品或相对于健康对照个体表现出一种或多种miRNA的表达增加的miRNA谱。差异调节的miRNA谱可以是其中患者的组织样品相对于患者的对照样品或相对于健康对照个体表现出一种或多种miRNA的表达降低的miRNA谱。差异调节的miRNA谱可以是其中患者的组织样品相对于对照样品表现出一种或多种miRNA的表达增加和相对于对照样品表现出一种或多种miRNA表达降低二者的miRNA谱。表现出表达增加的miRNA的数目可以是1；至少1、2；至少2、3；至少3、4；至少4；4；至少5；至少6；至少7；至少8；至少9；至少10；至少15；至少20；至少25；至少30或至少50。表现出表达降低的miRNA的数目可以是1；至少1、2；至少2、3；至少3、4；至少4；4；至少5；至少6；至少7；至少8；至少9；至少10；至少15；至少20；至少25；至少30或至少50。表达的差异增加或降低可以是对照样品的大约10％-500％、对照样品的大约10％-400％、对照样品的大约10％-300％、对照样品的大约10％-250％、对照样品的大约10％-200％、对照样品的大约10％-150％、对照样品的大约10％-100％、对照样品的大约10％-50％、对照样品的大约100％-500％、对照样品的大约200％-500％、对照样品的大约300％-500％、对照样品的大约400％-500％、对照样品的大约50％-100％、对照样品的大约100％-200％、对照样品的大约100％-400％、对照样品的大约200％-400％、对照样品的大约10％-50％、对照样品的大约20％-100％、对照样品的大约25％-75％或对照样品的大约50％-100％。它可以是对照样品的10％、20％、25％、30％、40％、50％、75％、100％、125％、150％、175％、200％、250％、300％、400％或500％。
差异表达的任何1种；至少1、2种；至少2、3种；至少3、4种；至少4种；4种；至少5种；至少6种；至少7种；至少8种；至少9种；至少10种；至少15种；至少20种；至少25种；至少30或至少50种miRNA可以包括表2-5或图382-383中所讨论的任何miRNA。miRNA可以通过检测物hsa-miR-34b-4373037或hsa-miR-1-4373161检测。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂的施用可以是小分子或生物药剂的施用。如果治疗剂是小分子，则它可以是合成的或由天然来源鉴定和分离的。
如果治疗剂是生物药剂，则它可以是对I型IFN或IFNα的任何亚型特异性的抗体。例如，抗体可以是对下列的任一种特异性的：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβ或IFNω。可选择地，抗体可以是对任两种、任三种、任四种、任五种、任六种、任七种、任八种、任九种、任十种、任十一种、任十二种I型IFN或IFNα亚型特异性的。如果抗体是对大于一种的I型IFN亚型特异性的，则抗体可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8、IFNα10和IFNα21特异性的；或它可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8和IFNα10特异性的；或它可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8和IFNα21特异性的；或它可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα10和IFNα21特异性的。对I型IFN或IFNα特异性的抗体包括MEDI-545、除MEDI-545之外的任何生物剂或抗体、2004年12月10日提交的美国专利申请11/009,410和2005年6月20日提交的11/157,494中所描述的抗体、在美国专利第7,087,726号中描述的9F3和其他抗体(实施例1和实施例2，在表3和表4中公开的那些和/或在名为“材料保藏”(Deposit of Material)的表的第56列，第25-54行中所公开的那些)、NK-2和YOK5/19(WO 84/03105)、LO-22(美国专利4,902,618)、144BS(美国专利4,885,166)以及EBI-1、EBI-2和EBI-3(EP 119476)。调控IFNα活性的治疗剂可以中和IFNα活性。本领域的技术人员清楚地知道这种生物药剂的制备和配制以及它们施用的方法。
抗体可以是合成抗体、单克隆抗体、多克隆抗体、重组制备的抗体、细胞内抗体、多特异性抗体(包括双特异性抗体)、人抗体、人源化抗体、嵌合抗体、单链Fv(scFv)(包括双特异性scFv)、BiTE分子、单链抗体、Fab片段、F(ab’)片段、二硫键连接的Fv(sdFv)或上述任何一种的表位结合片段。抗体可以是免疫球蛋白分子或免疫球蛋白分子的免疫活性部分中的任何一种。此外，抗体可以为任何同种型。例如，它可以是同种型IgG1、IgG2、IgG3或IgG4的任何一种。抗体可以是包含可变区与恒定区的全长抗体、或其抗原结合片段，如单链抗体、或Fab或Fab’2片段。抗体还可以轭合或连接至治疗剂上，如细胞毒素或放射性同位素。
可以将除结合以调控IFNα活性的药剂之外的第二药剂施用给患者。第二药剂包括但不限于：非类固醇类抗炎药物，如布洛芬、萘普生、舒林酸、双氯芬酸、吡罗昔康、酮洛芬、二氟尼柳、萘丁美酮、依托度酸和奥沙普秦、吲哚美辛；抗疟疾药物，如羟氯喹；皮质类固醇激素，如泼尼松、氢化可的松、甲泼尼龙和地塞米松；甲氨蝶呤；免疫抑制剂，如硫唑嘌呤和环磷酰胺；以及生物药剂，例如，靶向T细胞的生物药剂，如阿法赛特(Alefacept)和依法利珠单抗(Efalizumab)，或靶向TNFα的生物药剂，如恩利(Enbrel)、类克(Remicade)和修美乐(Humira)。
药剂的治疗可以导致差异调节的miRNA谱的中和。药剂的治疗可以导致I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患的一种或多种症状的减轻。药剂的治疗可以导致I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患突发较少。药剂的治疗可以导致患有I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患的患者的预测改善。药剂的治疗可以导致患者较高的生活品质。药剂的治疗可以减轻共施用第二药剂的需要或可以减少施用给患者的第二药剂的剂量。药剂的治疗可以降低关于I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患的患者住院次数。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂可以中和差异调节的miRNA谱。差异调节的miRNA谱的中和可以是至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少四十五种或至少五十种上调的miRNA的降低。上调的miRNA可以包括表2或表4中所检测的或所包括的那些或如图表382-383中所显示的那些中的任何一种。差异调节的miRNA谱的中和可以是在任何差异调节的miRNA谱中上调的至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少四十五种或至少五十种基因中的任何基因的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％或至少90％的降低。可选择地，差异调节的miRNA谱的中和是指上调的miRNA表达的如下降低：在对照样品中的那些miRNA的表达水平的最多50％、最多45％、最多40％、最多35％、最多30％、最多25％、最多20％、最多15％、最多10％、最多5％、最多4％、最多3％、最多2％或最多1％之内。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体则该药剂可以在下列剂量中和I型IFN或IFNα谱：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
差异调节的miRNA谱的中和可以是至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少四十五种或至少五十种的miRNA的下调的表达的增加。下调的miRNA可以包括表3或5中所检测的或所包括的那些或如图表382-383中所显示的那些的任何一种。差异调节的miRNA谱中下调的基因的中和是在任何miRNA谱中表达下调的至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种miRNA中的任何miRNA的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、或至少90％、或至少100％、或至少125％、或至少130％、或至少140％、或至少150％、或至少175％、或至少200％、或至少250％、或至少300％、或至少500％的增加。可选择地，差异调节的miRNA谱的中和是指miRNA的表达增加至在对照样品中那些miRNA表达水平的最多50％、最多45％、最多40％、最多35％、最多30％、最多25％、最多20％、最多15％、最多10％、最多5％、最多4％、最多3％、最多2％或最多1％之内。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量中和差异调节的miRNA谱：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
患者还可以包含I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱。I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱可以是强的谱、中等的谱或弱的谱。可以如下而容易地将I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱指定为强的、中等的或弱的：测定患者的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱相对于对照样品或对照患者的失调倍数(例如，患者中上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达的增加倍数)，并比较患者的失调倍数与具有I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱的其他患者的失调倍数。I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱可以是2007年12月6日提交的PCT/US2007/024947中所公开的任一种，通过引用将其并入本文。
患者的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中可以包括的基因的组可以是：MX1、LY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RASD2和IFI44。通过探针所检测的基因可以包括：IFI44、IFI27、IFI44L、DNAPTP6、LAMP3、LY6E、RSAD2、HERC5、IFI6、ISG15、OAS3、SIGLEC1、OAS2、USP18、RTP4、IFIT1、MX1、OAS1、EPSTI1、PLSCR1和IFRG28。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
基因可以包括LAMP3、DNAPTP6、FLJ31033、HERC6、SERPING1、EPSTl1、RTP4、OASL、FBXO6、IFIT2、IFI44、OAS3、BATF2、ISG15、IRF7、RSAD2、IFI35、OAS1、LAP3、IFIT1、IFIT5、PLSCR1、IFI44L、MS4A4A、GALM、UBE2L6、TOR1B、SAMD9L、HERC5、TDRD7、TREX1、PARP12和AXUD1中的任何至少2种、任何至少3种、任何至少4种、任何至少5种、任何至少6种、任何至少7种、任何至少8种、任何至少9种、任何至少10种、或任何至少11种、或任何至少12种、或任何至少13种、或任何至少14种、或任何至少15种、或任何至少16种、或任何至少17种、或任何至少18种、或任何至少19、或任何至少20种、或任何至少21种、或任何至少22种、或任何至少23种、或任何至少24、或任何至少25种、或任何至少26种、或任何至少27种、或任何至少28种、或任何至少29种、或任何至少30种。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI27、SIGLEC1、RSAD2、IFI6、IFI44L、IFI44、USP18、IFIT2、SAMD9L、BIRC4BP、DNAPTP6、OAS3、LY6E、IFIT1、LIPA、LOC129607、ISG15、PARP14、MX1、OAS2、OASL、CCL2、HERC5、OAS1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFIT1、IFIT3、IRF7、IFI6、IL6ST、IRF2、LY6E、MARCKS、MX1、MX2、OAS1、EIF2AK2、ISG15、STAT2、OAS3、IFI44、IFI44L、HERC5、RAB8B、LILRA5、RSAD2和FCHO2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SERPING1、IFIT2、IFIT3、IFI6、LY6E、MX1、OAS1、ISG15、IFI27、OAS3、IFI44、LAMP3、DNAPTP6、ETV7、HERC5、OAS2、USP18、XAF1、RTP4、SIGLEC1和EPSTI1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SERPING1、IFIT2、IFIT3、IFI6、LY6E、MX1、OAS1、ISG15、IFI27、OAS3、IFI44、LAMP3、DNAPTP6、ETV7、HERC5、OAS2、USP18、XAF1、RTP4、SIGLEC1、EPSTI1和RSAD2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：BCL2、BAK1、BAD、BAX和BCL2L1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：RTP4、RSAD2、HERC5、SIGLEC1、USP18、LY6E、ETV7、SERPING1、IFIT3、OAS1、HSXIAPAF1、G1P3、MX1、OAS3、IFI27、DNAPTP6、LAMP3、EPSTI1、IFI44、OAS2、IFIT2和ISG15。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：LAMP3、SIGLEC1、DNAPTP6、IFIT2、ETV7、RTP4、SERPING1、HERC5、XAF1、MX1、EPSTI1、OAS2、OAS1、OAS3、IFIT3、IFI6、USP18、RSAD2、IFI44、LY6E、ISG15和IFI27。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：DNAPTP6、EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、PLSCR1、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SAMD9L、IFI6、IFI44、IFIT2、ZC3HAV1、ETV6、DAPP1、IL1RN、CEACAM1、OAS1、IFI27、OAS3、IFI44L、HERC5、IFIT1、EPSTI1、ISG15、SERPING1、OASL、GBP1和MX1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1、IFIT1、ISG15、LAMP3、OAS3、OAS1、EPSTI1、IFIT3、OAS2、SIGLEC1和USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1、IFIT1、HERC5、ISG15、LAMP3、OAS3、OAS1、EPSTI1、IFIT3、OAS2、LY6E、SIGLEC1和USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1和IFIT1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SAMD9L、IFI6、IFI44、IFIT2、OAS1、IFI27、OAS3、IFI44L、HERC5、IFIT1、EPSTI1、ISG15、SERPING1、OASL、GBP1和MX1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少基因IFI44L和RSAD2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少基因IFI44L。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少基因RSAD2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
包含差异调节的miRNA谱的患者还可以包含下调的I型IFN或IFNαPD标志物。下调的PD标志物可以包括基因CYP1B1、TGST1、RRAGD、IRS2、MGST1、TGFBR3和RGS2的任何一种、任何两种、任何三种、任何四种、任何五种、任何六种或任何七种。
包含差异调节的miRNA谱的患者还可以包含任何数目的IFNα或I型IFN亚型的表达上调。IFNα或I型IFN亚型可以包括任何大于一种、大于两种、大于三种、大于四种、大于五种、大于六种、大于七种、大于八种、大于九种或大于十种的IFNα或I型IFN亚型。这些亚型可以包括：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβ或IFNω。患者可以包含IFN亚型IFNα1、IFNα2、IFNα8和IFNα14的表达上调。
包含差异调节的miRNA谱的患者还可以包含为IFNAR1或IFNAR2或二者的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达上调。患者可以被简单地鉴定为包含为IFNAR1或IFNAR2或二者的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达上调的患者。
患者的表达谱中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的上调或下调可以是与来自对照的样品(可以是来自患者的非疾病组织(例如银屑病患者的未损害的皮肤)或来自未受疾病或疾患折磨的健康人的样品)相比的任何程度。上调或下调程度可以是对照或对照样品的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％、至少100％、至少125％、至少150％、或至少200％、或至少300％、或至少400％、或至少500％。
此外，患者可以过表达下列程度的I型IFN亚型或具有过表达下列程度的I型IFN亚型的组织：对照的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％、至少100％、至少125％、至少150％、或至少200％、或至少300％、或至少400％、或至少500％。I型IFN亚型可以是下列的任何一种：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβ或IFNω。I型IFN亚型可以包括IFNα1、IFNα2、IFNα8和IFNα14的全部。
患者还可以包含或可选择地包含血清中蛋白水平的改变。患者可以具有血清水平增加的蛋白，如脂连蛋白、甲胎蛋白、载脂蛋白CIII、β-2微球蛋白、癌抗原125、癌抗原19-9、嗜酸细胞活化趋化因子、FABP、因子VII、铁蛋白、IL-10、IL-12p70、IL-16、IL-18、IL-1ra、IL-3、MCP-1、MMP-3、肌红蛋白、SGOT、组织因子、TIMP-1、TNF RII、TNF-α、VCAM-1或vWF。患者在血清中可以具有血清水平增加的任何1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、1314种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、o22种、23种、24种、25种或26种的这些蛋白。增加的水平可以是对照如健康受治疗者的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％、至少100％、至少125％、至少150％、或至少200％、或至少300％、或至少400％、或至少500％。变化可以是诸如以下的蛋白的血清水平降低：BDNK、补体3、CD40配体、EGF、ENA-78、EN-RAGE、IGF-1、MDC、髓过氧化物酶、RANTES或血小板生成素。患者可以具有血清水平降低的任何1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10或11种的这些蛋白。降低的水平可以为对照如健康受治疗者的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％或至少100％。PD标志物谱可以包含这些血清水平增加或降低的蛋白的一种或多种。
患者还可以包含结合下列自身抗原的任何一种的自身抗体：(a)抗黏液病毒(流感病毒)1，干扰素诱导蛋白p78；(b)surfeit 5，转录物变体c；(c)蛋白酶体(前体(posome)，巨蛋白因子(macropain))激活物亚基3(PA28γ；Ki)transc；(d)视黄酸受体α；(e)10kDa热休克蛋白1(伴侣蛋白10)；f)原肌球蛋白3；(g)普列克底物蛋白同源性样结构域(pleckstrin homology-like domain)，家族A，成员1；(h)细胞骨架相关蛋白1；(i)舍格伦综合征抗原A2(60kDa，核糖核蛋白自身抗原SS-A/Ro)；(j)NADH脱氢酶(泛醌)1，α/β亚复合体(subcomplex)1，8kDa；(k)NudE核分布基因E同系物1(构巢曲霉(A.nidulans))；(l)MutL同系物1，2型非息肉性结肠癌(大肠杆菌(E.coli))；(m)富亮氨酸重复(FLII中)相互作用蛋白2；(n)原肌球蛋白1(α)；(o)痉挛性截瘫20，spartin(Troyer综合征)；(p)植入前蛋白(preimplantation protein)，转录物变体1；(r)线粒体核糖体蛋白L45；(s)Lin-28同系物(秀丽隐杆线虫(C.elegans))；(t)90kDa热休克蛋白1，α；(u)dom-3同系物Z(秀丽隐杆线虫)；(v)动力蛋白，胞质的，轻中间体多肽2(light intermediate polypeptide 2)；(w)Ras相关的C3肉毒杆菌毒素底物1(rho家族，小GTP结合蛋白)；(x)滑膜肉瘤，X断点2，转录物变体2；(y)膜突蛋白；(z)homer同系物(果蝇(Drosophila))转录物变体1；(aa)GCN5广泛控制的氨基酸合成5样(GCN5general control of amino-acid synthesis 5-like)2(酵母)；(bb)真核翻译延伸因子1γ；(cc)真核翻译延伸因子1δ；(dd)DNA损伤诱导转录物3；(ee)CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)γ；以及在下列临时申请中所描述的任何其他自身抗原：2007年5月3日提交的名称为“Auto-antibody markers of autoimmune disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”的临时申请或在2007年11月6日提交的名称为“Auto-antibody markers of autoimmune disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”(例如但不限于在表2、4、5和9中所描述的那些)。患者可以包含结合任何数目的这些自身抗原的自身抗体，例如任何至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少20种、至少25种。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂的施用还可以在下列范围内中和I型IFN或IFNα诱导谱：对照样品的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、或至少90％。
在监测或预测患者的疾病进展的方法中，可以在药剂施用之前和之后从患者获得样品。
样品包括任何生物流体或组织，如全血、血清、肌肉、唾液、尿、滑液、骨髓、脑脊液、鼻分泌物、痰、羊水、支气管肺泡灌洗液、外周血单核细胞、总白细胞、淋巴结细胞、脾细胞、扁桃体细胞或皮肤。样品可以通过本领域内的任何已知方法获得。
获得样品中的miRNA谱(药剂施用之前和之后)。比较样品中的miRNA谱。比较可以是样品中存在的miRNA数目的比较或者可以是样品中存在的miRNA数量的比较，或它们的任何组合。如果在治疗剂施用之后所获得的样品中上调的miRNA的数目或水平(或它们的任何组合)相对于治疗剂施用之前所获得的样品降低，则可以指示表明治疗剂效力的变化。上调的miRNA的数目可以降低至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、或至少10。任何给定的上调的miRNA水平可以降低至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％。水平降低的上调的miRNA的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。上调的miRNA的数目降低和水平降低的任何组合可以表明效力。如果在治疗剂施用之后所获得的样品中下调的miRNA的数目或水平(或它们的任何组合)相对于治疗剂施用之前所获得的样品降低，则可以指示表明治疗剂效力的变化。下调的miRNA的数目可以降低至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、或至少10。任何给定的下调的miRNA水平可以增加至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％。水平增加的下调的miRNA的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。下调的miRNA的数目降低和水平增加的任何组合可以表明效力。
可以在第一次施用药剂之前(即患者对药剂是幼稚的)从患者获得样品。可选择地，从患者获得样品可以在治疗过程中施用药剂之后进行。例如，可在监测步骤开始之前已经施用药剂。在施用药剂之后可以从患者获得另外的样品并比较样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物。样品可以为相同类型或不同类型的，例如，获得的各样品可以为血样，或获得的各样品可以为血清样品。各样品中所检测的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物可以是相同的、可以基本上重叠或可以相似。
样品可以在施用治疗剂之前和之后的任何时间获得。在施用治疗剂之后获得的样品可以在施用治疗剂之后至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少12天或至少14天获得。在施用治疗剂之后获得的样品可以在施用治疗剂之后至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周或至少8周获得。在施用治疗剂之后获得的样品可以在施用治疗剂之后至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月或至少6个月获得。
可以在施用治疗剂之后从患者获得另外的样品。可以从患者获得至少2份、至少3份、至少4份、至少5份、至少6份、至少7份、至少8份、至少9份、至少10份、至少12份、至少15份、至少20份、至少25份样品以监测疾病或疾患随时间的进展或消退。可以在以下的时间段内监测疾病进展：至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月、至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年、至少4年、至少5年、至少10年或患者的终生。另外的样品可以定期从患者获得，如每月一次、每两月一次、每季度一次、每年两次或每年一次的间隔。可以在施用药剂之后定期从患者获得样品。例如，可以在下列时间从患者获得样品：每次施用药剂之后一周、每次施用药剂之后两周、或每次施用药剂之后三周或每次施用药剂之后一个月、或每次施用药剂之后两个月。可选择地，可以在每次施用药剂之后从患者获得多份样品。
可以类似地在不存在药剂施用时监测患者的疾病进展。可以定期从患有疾病或疾患的患者获得样品。如果较晚获得的样品中的miRNA数目相对于较早获得的样品中的miRNA数目增加，则可以确定疾病进展。miRNA的数目可以增加至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、或至少10。如果任何给定的上调的miRNA的水平增加了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以确定疾病进展。如果任何给定的下调的miRNA的水平降低了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以确定疾病进展。水平增加的上调的miRNA的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。水平降低的下调的miRNA的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。上调的miRNA的数目增加和水平增加的任何组合可以表明疾病进展。可选择地，或与之组合，下调类型的miRNA的数目降低和水平降低的组合可以表明疾病进展。还可以在患有疾病或病患而未用药剂治疗的患者中鉴定疾病消退。在这种情况下，如果较晚获得的样品中的miRNA数目相对于较早获得的样品的miRNA数目降低，则可以鉴定疾病消退。miRNA的数目可以降低至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、或至少10。如果任何给定的上调的miRNA的水平降低了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以鉴定疾病消退。如果任何给定的下调的miRNA的水平增加了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以确定疾病消退。水平降低的上调的miRNA的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。水平增加的下调的miRNA的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。可以通过在任何时间段以任何间隔获得样品来监测疾病进展或疾病消退。可以通过在以下的时程内获得样品来监测疾病进展或疾病消退：至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少2月、至少3月、至少4月、至少5月、至少6月、至少1年、至少2年、至少3年、至少4年、至少5年、至少10年或患者的终生。可以通过至少每月一次、每两月一次、每季度一次、每年两次或每年一次获得样品来监测疾病进展或疾病消退。不需要以严格的间隔获得样品。
样品中的变化可以指导疾病或疾患的治疗策略。治疗策略可以是具体治疗剂的给药或可以是移除或添加施用给患者的特定治疗剂。
本发明还涵盖采用IFNα诱导性PD标志物来治疗、诊断、预测和监测肌炎的方法。这些IFNα诱导性PD标志物还可以用于指导肌炎患者或肌炎疾病模型的给药和治疗。
I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱可以包含相对于对照(如健康人、患者或患者的非疾病组织的样品)的任何I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱基因或基因的组的上调或下调。所述基因或基因的组可以包括任何至少2种、任何至少3种、任何至少4种、任何至少5种、任何至少6种、任何至少7种、任何至少8种、任何至少9种、任何至少10种、任何至少11种、任何至少12种、任何至少13种、任何至少14种、任何至少15种、任何至少16种、任何至少17种、任何至少18种、任何至少19种、任何至少20种、任何至少21种、任何至少22种、任何至少23种、任何至少24种、任何至少25种、任何至少26种、任何至少27种、任何至少28种、任何至少29种、任何至少30种、任何至少40种、任何至少50种基因、任何至少75种基因、任何至少100种基因或任何至少150种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1、USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI27、SIGLEC1、RSAD2、IFI6、IFI44L、IFI44、USP18、IFIT2、SAMD9L、BIRC4BP、DNAPTP6、OAS3、LY6E、IFIT1、LIPA、LOC129607、ISG15、PARP14、MX1、OAS2、OASL、CCL2、HERC5、OAS1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFIT1、IFIT3、IRF7、IFI6、IL6ST、IRF2、LY6E、MARCKS、MX1、MX2、OAS1、EIF2AK2、ISG15、STAT2、OAS3、IFI44、IFI44L、HERC5、RAB8B、LILRA5、RSAD2和FCHO2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SERPING1、IFIT2、IFIT3、IFI6、LY6E、MX1、OAS1、ISG15、IFI27、OAS3、IFI44、LAMP3、DNAPTP6、ETV7、HERC5、OAS2、USP18、XAF1、RTP4、SIGLEC1和EPSTI1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SERPING1、IFIT2、IFIT3、IFI6、LY6E、MX1、OAS1、ISG15、IFI27、OAS3、IFI44、LAMP3、DNAPTP6、ETV7、HERC5、OAS2、USP18、XAF1、RTP4、SIGLEC1、EPSTI1和RSAD2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：RTP4、RSAD2、HERC5、SIGLEC1、USP18、LY6E、ETV7、SERPING1、IFIT3、OAS1、HSXIAPAF1、G1P3、MX1、OAS3、IFI27、DNAPTP6、LAMP3、EPSTI1、IFI44、OAS2、IFIT2和ISG15。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：LAMP3、SIGLEC1、DNAPTP6、IFIT2、ETV7、RTP4、SERPING1、HERC5、XAF1、MX1、EPSTI1、OAS2、OAS1、OAS3、IFIT3、IFI6、USP18、RSAD2、IFI44、LY6E、ISG15和IFI27。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：DNAPTP6、EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、PLSCR1、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SAMD9L、IFI6、IFI44、IFIT2、ZC3HAV1、ETV6、DAPP1、IL1RN、CEACAM1、OAS1、IFI27、OAS3、IFI44L、HERC5、IFIT1、EPSTI1、ISG15、SERPING1、OASL、GBP1和MX1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1、IFIT1、ISG15、LAMP3、OAS3、OAS1、EPSTI1、IFIT3、OAS2、SIGLEC1和USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1、IFIT1、HERC5、ISG15、LAMP3、OAS3、OAS1、EPSTI1、IFIT3、OAS2、LY6E、SIGLEC1和USP18。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1和IFIT1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L和IFI27。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：SAMD9L、IFI6、IFI44、IFIT2、OAS1、IFI27、OAS3、IFI44L、HERC5、IFIT1、EPSTI1、ISG15、SERPING1、OASL、GBP1和MX1。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少基因IFI44L和RSAD2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少基因IFI44L。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少基因RSAD2。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包括至少下列基因：IFI27、IL-121Rβ2、IL-15Rα、IL-15、细胞因子信号传导阻抑物1(SOCS1)、janus激酶2、CXCL11(T-TAC)、TNFSF13B(BAFF)、TRAF型结构域1(TRAFD1)、SERPING1、CD274(PD1-L)、吲哚胺2，3双加氧酶(INDO)、淋巴细胞激活基因3(LAG3)和胱天蛋白酶5。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
IFNα诱导性PD标志物或PD标志物谱可以包含如下的任何至少5种基因，例如：MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFI6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFI44L；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、ISG15；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、LAMP3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、OASL；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、RSAD2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFI44；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、OAS3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、USP18；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、SIGLEC1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、HERC5；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、DNAPTP6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、LOC129607；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、EPSTI1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、BIRC4BP；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、SIGLEC1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、通过探针229450_at检测的基因；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、通过探针235276_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI44L；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、ISG15；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、LAMP3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、OASL；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、RSAD2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI44；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFIT2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、OAS3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、USP18；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、SIGLEC1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、HERC5；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、DNAPTP6；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、LOC129607；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、EPSTI1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、BIRC4BP；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、SIGLEC1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、通过探针229450_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、通过探针235276_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、LAMP3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、OASL；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、RSAD2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFIT2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、OAS3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、USP18；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、SIGLEC1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、HERC5；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、DNAPTP6；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、LOC129607；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、EPSTI1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、BIRC4BP；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、SIGLEC1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、通过探针229450_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、通过探针235276_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LAMP3；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OASL；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、RSAD2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFI44；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFIT2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OAS3；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、USP18；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、SIGLEC1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、HERC5；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、DNAPTP6；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LOC129607；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、EPSTI1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、BIRC4BP；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、SIGLEC1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针229450_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OASL；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、RSAD2；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFI44；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFIT2或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OAS3；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、USP18；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、SIGLEC1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、HERC5；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、DNAPTP6；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LOC129607；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、EPSTI1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、BIRC4BP；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针235276_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、HERC5；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、DNAPTP6；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、LOC129607；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、EPSTI1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、BIRC4BP；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针229450_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针235276_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、SIGLEC1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、USP18；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OAS3；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFIT2；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFI44；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、RSAD2；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFI44；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFIT2；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、OAS3；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、USP18；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、SIGLEC1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、HERC5；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、DNAPTP6；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、LOC129607；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、EPSTI1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、BIRC4BP；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针235276_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFIT2；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、OAS3；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、USP18；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、SIGLEC1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、HERC5；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、DNAPTP6；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、LOC129607；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、EPSTI1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、BIRC4BP；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针229450_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针235276_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、OAS3；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、USP18；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、SIGLEC1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、HERC5；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、DNAPTP6；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、LOC129607；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、EPSTI1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、BIRC4BP；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针229450_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针235276_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、USP18；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、SIGLEC1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、HERC5；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、DNAPTP6；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、LOC129607；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、EPSTI1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、BIRC4BP；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针229450_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针235276_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、SIGLEC1；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、HERC5；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、DNAPTP6；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、LOC129607；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、EPSTI1；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、BIRC4BP；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针229450_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、HERC5；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、DNAPTP6；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、LOC129607；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、EPSTI1；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、BIRC4BP；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、DNAPTP6；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、LOC129607；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、EPSTI1；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、BIRC4BP；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针235276_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、LOC129607；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、EPSTI1；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、BIRC4BP；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针229450_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针235276_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、EPSTI1；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、BIRC4BP；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针229450_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针235276_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、BIRC4BP；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针229450_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针235276_at检测的基因；或HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP；或HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针229450_at检测的基因；或HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针235276_at检测的基因；或DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因；或DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针235276_at检测的基因；或LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因、通过探针235276_at检测的基因。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含如下的任何至少6种基因，例如：MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI44L；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、ISG15；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、LAMP3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、OASL；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、RSAD2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI44；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFIT2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、OAS3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、USP18；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、SIGLEC1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、HERC5；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、DNAPTP6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、LOC129607；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、EPSTI1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、BIRC4BP；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、通过探针229450_at检测的基因；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、通过探针235276_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、ISG15；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、LAMP3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、OASL；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、RSAD2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFIT2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、OAS3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、USP18；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、SIGLEC1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、HERC5；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、DNAPTP6；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、LOC129607；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、EPSTI1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、BIRC4BP；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、通过探针229450_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、通过探针235276_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LAMP3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OASL；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、RSAD2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFI44；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFIT2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OAS3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、USP18；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、SIGLEC1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、HERC5；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、DNAPTP6；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LOC129607；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、EPSTI1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、BIRC4BP；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针229450_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针235276_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OASL；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、RSAD2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFI44；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFIT2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OAS3；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、USP18；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、SIGLEC1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、HERC5；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、DNAPTP6；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LOC129607；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、EPSTI1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、BIRC4BP；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针229450_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、RSAD2；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFI44；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFIT2；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OAS3；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、USP18；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、SIGLEC1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、HERC5；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、DNAPTP6；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、LOC129607；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、EPSTI1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、BIRC4BP；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针235276_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFI44；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFIT2；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、OAS3；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、USP18；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、SIGLEC1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、HERC5；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、DNAPTP6；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、LOC129607；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、EPSTI1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、BIRC4BP；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针229450_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFIT2；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、OAS3；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、USP18；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、SIGLEC1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、HERC5；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、DNAPTP6；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、LOC129607；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、EPSTI1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、BIRC4BP；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针235276_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、OAS3；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、USP18；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、SIGLEC1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、HERC5；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、DNAPTP6；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、LOC129607；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、EPSTI1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、BIRC4BP；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针229450_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针235276_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、USP18；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、SIGLEC1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、HERC5；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、DNAPTP6；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、LOC129607；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、EPSTI1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、BIRC4BP；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针229450_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针235276_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、SIGLEC1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、HERC5；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、DNAPTP6；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、LOC129607；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、EPSTI1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、BIRC4BP；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针229450_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针235276_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、HERC5；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、DNAPTP6；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、LOC129607；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、EPSTI1；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、BIRC4BP；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针229450_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、DNAPTP6；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、LOC129607；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、EPSTI1；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、BIRC4BP；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、LOC129607；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、EPSTI1；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、BIRC4BP；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针235276_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、EPSTI1；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、BIRC4BP；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针229450_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针235276_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、BIRC4BP；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针229450_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针235276_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针229450_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针235276_at检测的基因；或HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因；或HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针235276_at检测的基因；或DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因、通过探针235276_at检测的基因。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含如下的任何至少7种基因，例如：MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、ISG15；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、LAMP3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、OASL；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、RSAD2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFIT2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、OAS3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、USP18；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、SIGLEC1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、HERC5；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、DNAPTP6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、LOC129607；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、EPSTI1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、BIRC4BP；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、通过探针229450_at检测的基因；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、通过探针235276_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LAMP3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OASL；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、RSAD2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFI44；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFIT2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OAS3；或LLY6E、IFI27、OAS 1、IFIT1、IFI6、IFI44L、USP18；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、SIGLEC1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、HERC5；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、DNAPTP6；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LOC129607；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、EPSTI1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、BIRC4BP；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针229450_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针235276_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OASL；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、RSAD2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFI44；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFIT2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OAS3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、USP18；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、SIGLEC1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、HERC5；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、DNAPTP6；或IFI27、OAS 1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LOC129607；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、EPSTI1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、BIRC4BP；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针229450_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针235276_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、RSAD2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFI44；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFIT2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OAS3；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、USP18；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、SIGLEC1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、HERC5；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、DNAPTP6；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、LOC129607；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、EPSTI1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、BIRC4BP；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针229450_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFI44；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFIT2；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、OAS3；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、USP18；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、SIGLEC1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、HERC5；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、DNAPTP6；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、LOC129607；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、EPSTI1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、BIRC4BP；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针235276_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFIT2；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、OAS3；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、USP18；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、SIGLEC1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、HERC5；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、DNAPTP6；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、LOC129607；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、EPSTI1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、BIRC4BP；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针229450_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、OAS3；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、USP18；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、SIGLEC1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、HERC5；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、DNAPTP6；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、LOC129607；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、EPSTI1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、BIRC4BP；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针235276_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、USP18；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、SIGLEC1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、HERC5；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、DNAPTP6；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、LOC129607；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、EPSTI1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、BIRC4BP；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针229450_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针235276_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、SIGLEC1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、HERC5；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、DNAPTP6；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、LOC129607；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、EPSTI1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、BIRC4BP；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针229450_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针235276_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、HERC5；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、DNAPTP6；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、LOC129607；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、EPSTI1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、BIRC4BP；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针229450_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针235276_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、DNAPTP6；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、LOC129607；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、EPSTI1；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、BIRC4BP；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针229450_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、LOC129607；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、EPSTI1；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、BIRC4BP；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、EPSTI1；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、BIRC4BP；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针235276_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、BIRC4BP；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针229450_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针235276_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针229450_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针235276_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针235276_at检测的基因；或HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因、通过探针235276_at检测的基因。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含如下的任何至少8种基因，例如；MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LAMP3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS 1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OASL；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、RSAD2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFI44；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、IFIT2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、OAS3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、USP18；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、SIGLEC1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、HERC5；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、DNAPTP6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、LOC129607；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、EPSTI1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、BIRC4BP；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针229450_at检测的基因；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、通过探针235276_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OASL；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、RSAD2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFI44；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、IFIT2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、OAS3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、USP18；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、SIGLEC1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、HERC5；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、DNAPTP6；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LOC129607；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、EPSTI1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、BIRC4BP；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针229450_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、通过探针235276_at检测的基因；orIFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、RSAD2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFI44；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、IFIT2；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OAS3；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、USP18；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、SIGLEC1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、HERC5；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、DNAPTP6；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、LOC129607；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、EPSTI1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针229450_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、BIRC4BP；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、通过探针235276_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFI44；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、IFIT2；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、OAS3；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、USP18；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、SIGLEC1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、HERC5；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、DNAPTP6；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、LOC129607；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、EPSTI1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、BIRC4BP；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针229450_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFIT2；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、OAS3；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、USP18；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、SIGLEC1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、HERC5；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、DNAPTP6；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、LOC129607；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、EPSTI1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、BIRC4BP；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针235276_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、OAS3；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、USP18；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、SIGLEC1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、HERC5；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、DNAPTP6；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、LOC129607；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、EPSTI1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、BIRC4BP；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针229450_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、USP18；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、SIGLEC1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、HERC5；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、DNAPTP6；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、LOC129607；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、EPSTI1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、BIRC4BP；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针235276_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、SIGLEC1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、HERC5；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、DNAPTP6；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、LOC129607；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、EPSTI1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、BIRC4BP；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针229450_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针235276_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、HERC5；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、DNAPTP6；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、LOC129607；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、EPSTI1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、BIRC4BP；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针229450_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针235276_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、DNAPTP6；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、LOC129607；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、EPSTI1；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、BIRC4BP；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针229450_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针235276_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、LOC129607；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、EPSTI1；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针229450_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、BIRC4BP；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、EPSTI1；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、BIRC4BP；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、BIRC4BP；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针235276_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针229450_at检测的基因；或OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针235276_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因；或USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针235276_at检测的基因；或SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因、通过探针235276_at检测的基因。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含如下的任何至少12种基因，例如：MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS 1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFIT2；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、OAS3；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、USP18；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、SIGLEC1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、HERC5；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、DNAPTP6；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、LOC129607；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、EPSTI1；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、BIRC4BP；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针229450_at检测的基因；或MX1、LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、通过探针235276_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、OAS3；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、USP18；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、SIGLEC1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、HERC5；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、DNAPTP6；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、LOC129607；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、EPSTI1；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、BIRC4BP；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针229450_at检测的基因；或LLY6E、IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、通过探针235276_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、USP18；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、SIGLEC1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、HERC5；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、DNAPTP6；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、LOC129607；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、EPSTI1；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、BIRC4BP；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针229450_at检测的基因；或IFI27、OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、通过探针235276_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、SIGLEC1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、HERC5；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、DNAPTP6；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、LOC129607；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、EPSTI1；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、BIRC4BP；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针229450_at检测的基因；或OAS1、IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、通过探针235276_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、HERC5；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、DNAPTP6；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、LOC129607；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、EPSTI1；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、BIRC4BP；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针229450_at检测的基因；或IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、通过探针235276_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、DNAPTP6；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、LOC129607；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、EPSTI1；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、BIRC4BP；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针229450_at检测的基因；或IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、通过探针235276_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、LOC129607；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、EPSTI1；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、BIRC4BP；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、通过探针235276_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、EPSTI1；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、BIRC4BP；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针229450_at检测的基因；或ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、通过探针235276_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、BIRC4BP；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针229450_at检测的基因；或LAMP3、OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、通过探针235276_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针229450_at检测的基因；或OASL、RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、通过探针235276_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因；或RSAD2、IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450_at检测的基因；或IFI44、IFIT2、OAS3、USP18、SIGLEC1、HERC5、DNAPTP6、LOC129607、EPSTI1、BIRC4BP、通过探针229450at检测的基因通过探针235276_at检测的基因。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含下列蛋白的任何一种或多种的血清蛋白水平的改变：脂连蛋白、甲胎蛋白、载脂蛋白CIII、β-2微球蛋白、癌抗原125、癌抗原19-9、嗜酸细胞活化趋化因子、FABP、因子VII、铁蛋白、IL-10、IL-12p70、IL-16、IL-18、IL-1ra、IL-3、MCP-1、MMP-3、肌红蛋白、SGOT、组织因子、TIMP-1、TNF RII、TNF-α、VCAM-1、vWF、BDNK、补体3、CD40配体、EGF、ENA-78、EN-RAGE、IGF-1、MDC、髓过氧化物酶、RANTES或血小板生成素。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含下列蛋白的任何一种或多种的血清蛋白水平的改变：脂连蛋白、甲胎蛋白、载脂蛋白CHI、β-2微球蛋白、癌抗原125、癌抗原19-9、嗜酸细胞活化趋化因子、FABP、因子VII、铁蛋白、IL-10、IL-12p70、IL-16、IL-18、IL-1ra、IL-3、MCP-1、MMP-3、肌红蛋白、SGOT、组织因子、TIMP-1、TNF RII、TNF-α、VCAM-1或vWF。在这种表达谱中的IFNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
表达谱中的IFNα诱导性PD标志物可以包含下列蛋白的任何一种或多种的血清蛋白水平的改变：BDNK、补体3、CD40配体、EGF、ENA-78、EN-RAGE、IGF-1、MDC、髓过氧化物酶、RANTES或血小板生成素。在这种表达谱中的FNα诱导性PD标志物还可以包括在图表235-381中所列的至少一种或多种基因。
IFNα-诱导性PD标志物表达谱还可以包含在暴露于非基线IFNα水平的细胞中表达或活性下调的基因。所述基因可以包括下列的任何一种或多种：SLC4A1、PRSS33、FCER1A、BACH2、KLRB1、D4S234E、T细胞受体α基因座/T细胞受体δ基因座、FEZ1、AFF3、CD160、ABCB1、PTCH1、OR2W3、IGHD、NOG、NR3C2、TNS1、PDZK1IP1、SH2D1B、STRBP、ZMYND11、TMOD1、FCRLA、DKFZp761P0423、EPB42、NR6A1、LOC341333、MS4A1、IGHM、SIGLECP3、KIR2DS2、PKIA、BLR1、C5orf4、MYLK、LOC283663、MAD1L1、CXCL5、D4S234E、FCRLA、KRT1、c16orf74、ABCB4或GPRASP1。
PD标志物可以为相对于那些健康的受治疗者或未受折磨的患者组织上调的或下调的。患者的表达谱中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的上调或下调可以是与来自对照的样品(可以是来自患者的非疾病组织(例如银屑病患者的未损害的皮肤)或来自未受疾病或疾患折磨的健康人的样品)相比的任何程度。上调或下调程度可以是对照或对照样品的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％、至少100％、至少125％、至少150％、或至少200％、或至少300％、或至少400％、或至少500％。
包含I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱的患者还可以包含任何数目的IFNα或I型IFN亚型的表达上调。IFNα或I型IFN亚型可以包括任何大于一种、大于两种、大于三种、大于四种、大于五种、大于六种、大于七种、大于八种、大于九种或大于十种的IFNα或I型IFN亚型。这些亚型可以包括：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβ或IFNω。患者可以包含IFN亚型IFNα1、IFNα2、IFNα8和IFNα14的表达上调。表达上调可以是对照的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％、至少100％、至少125％、至少150％、或至少200％、或至少300％、或至少400％、或至少500％。
包含I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱的患者还可以包含为IFNAR1或IFNAR2或二者的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达上调。患者可以被简单地鉴定为包含为IFNAR1或IFNAR2或二者的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达上调的患者。
患者还可以包括或可选择地包括血清中蛋白水平的改变。患者可以具有诸如以下的蛋白的血清水平增加：脂连蛋白、甲胎蛋白、载脂蛋白CIII、β-2微球蛋白、癌抗原125、癌抗原19-9、嗜酸细胞活化趋化因子、FABP、因子VII、铁蛋白、IL-10、IL-12p70、IL-16、IL-18、IL-1rα、IL-3、MCP-1、MMP-3、肌红蛋白、SGOT、组织因子、TIMP-1、TNF RII、TNF-α、VCAM-1或vWF。患者在血清中可以具有血清水平增加的任何1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、1314种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、o22种、23种、24种、25种或26种的这些蛋白。增加的水平可以是对照如健康受治疗者的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％、至少100％、至少125％、至少150％、或至少200％、或至少300％、或至少400％、或至少500％。变化可以是诸如以下的蛋白的血清水平降低：BDNK、补体3、CD40配体、EGF、ENA-78、EN-RAGE、IGF-1、MDC、髓过氧化物酶、RANTES或血小板生成素。患者可以具有血清水平降低的任何1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10或11种的这些蛋白。降低的水平可以为对照如健康受治疗者的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少90％或至少100％。PD标志物谱可以包含这些血清水平增加或降低的蛋白的一种或多种。
患者还可以包含结合下列自身抗原的任一种的自身抗体：(a)抗黏液病毒(流感病毒)1，干扰素诱导蛋白p78；(b)surfeit 5，转录物变体c；(c)蛋白酶体(前体，巨蛋白因子)激活物亚基3(PA28γ；Ki)transc；(d)视黄酸受体α；(e)10kDa热休克蛋白1(伴侣蛋白10)；f)原肌球蛋白3；(g)普列克底物蛋白同源性样结构域，家族A，成员1；(h)细胞骨架相关蛋白1；(i)舍格伦综合征抗原A2(60kDa，核糖核蛋白自身抗原SS-A/Ro)；(j)NADH脱氢酶(泛醌)1，α/β亚复合体1，8kDa；(k)NudE核分布基因E同系物1(构巢曲霉)；(l)MutL同系物1，2型非息肉性结肠癌(大肠杆菌)；(m)富亮氨酸重复(FLII中)相互作用蛋白2；(n)原肌球蛋白1(α)；(o)痉挛性截瘫20，spartin(Troyer综合征)；(p)植入前蛋白，转录物变体1；(r)线粒体核糖体蛋白L45；(s)Lin-28同系物(秀丽隐杆线虫)；(t)90kDa热休克蛋白1，α；(u)dom-3同系物Z(秀丽隐杆线虫)；(v)动力蛋白，胞质的，轻中间体多肽2；(w)Ras相关的C3肉毒杆菌毒素底物1(rho家族，小GTP结合蛋白)；(x)滑膜肉瘤，X断点2，转录物变体2；(y)膜突蛋白；(z)homer同系物(果蝇)转录物变体1；(aa)GCN5广泛控制的氨基酸合成5样2(酵母)；(bb)真核翻译延伸因子1γ；(cc)真核翻译延伸因子1δ；(dd)DNA损伤诱导转录物3；(ee)CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)γ；以及在下列临时申请中所描述的任何其他自身抗原：2007年5月3日提交的名称为“Auto-antibody markers of autoimmune disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”的临时申请或在2007年11月6日提交的名称为“Auto-antibody markers of autoimmune disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”(例如但不限于在表2、4、5和9中所描述的那些)。患者可以包含结合任何数目的这些自身抗原的自身抗体，例如任何至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少20种、至少25种。
可以将治疗剂施用给肌炎患者。治疗剂可以为结合并调控I型IFN或IFNα活性的任何分子。治疗剂可以为小分子或生物药剂。如果治疗剂是小分子，则它可以是合成的或由天然来源鉴定和分离的。
如果治疗剂是生物药剂，则它可以是对I型IFN或IFNα的任何亚型特异性的抗体。例如，抗体可以是对下列的任一种特异性的：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβ或IFNω。可选择地，抗体可以是对任两种、任三种、任四种、任五种、任六种、任七种、任八种、任九种、任十种、任十一种、任十二种I型IFN或IFNα亚型特异性的。如果抗体是对大于一种的I型IFN亚型特异性的，则抗体可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8、IFNα10和IFNα21特异性的；或它可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8和IFNα10特异性的；或它可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8和IFNα21特异性的；或它可以是对IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα10和IFNα21特异性的。对I型IFN或IFNα特异性的抗体包括MEDI-545、除MEDI-545之外的任何生物剂或抗体、2004年12月10日提交的美国专利申请11/009,410和2005年6月20日提交的11/157,494中所描述的抗体、在美国专利第7,087,726号中描述的9F3和其他抗体(实施例1和实施例2，在表3和表4中公开的那些和/或在名为“材料保藏”(Deposit of Material)的表中第56列，第25-54行所公开的那些)、NK-2和YOK5/19(WO 84/03105)、LO-22(美国专利4,902,618)、144 BS(美国专利4,885,166)以及EBI-1、EBI-2和EBI-3(EP 119476)。调控IFNα活性的治疗剂可以中和IFNα活性。本领域的技术人员清楚地知道这种生物药剂的制备和配制以及它们施用的方法。
抗体可以是合成抗体、单克隆抗体、多克隆抗体、重组制备的抗体、细胞内抗体、多特异性抗体(包括双特异性抗体)、人抗体、人源化抗体、嵌合抗体、单链Fv(scFv)(包括双特异性scFv)、BiTE分子、单链抗体、Fab片段、F(ab’)片段、二硫键连接的Fv(sdFv)或上述任何一种的表位结合片段。抗体可以是免疫球蛋白分子或免疫球蛋白分子的免疫活性部分的任何一种。此外，抗体可以为任何同种型。例如，它可以是同种型IgG1、IgG2、IgG3或IgG4的任何一种。抗体可以是包含可变区与恒定区的全长抗体或其抗原结合片段，如单链抗体、或Fab或Fab’2片段。抗体还可以轭合或连接至治疗剂上，如细胞毒素或放射性同位素。
可以将除结合以调控IFNα活性的药剂之外的第二药剂施用给肌炎患者。第二药剂包括但不限于：非类固醇类抗炎药物，如布洛芬、萘普生、舒林酸、双氯芬酸、吡罗昔康、酮洛芬、二氟尼柳、萘丁美酮、依托度酸和奥沙普秦、吲哚美辛；抗疟疾药物，如羟氯喹；皮质类固醇激素，如泼尼松、氢化可的松、甲泼尼龙和地塞米松；甲氨蝶呤；免疫抑制剂，如硫唑嘌呤和环磷酰胺；以及生物药剂，例如，靶向T细胞的生物药剂，如阿法赛特和依法利珠单抗，或靶向TNFα的生物药剂，如恩利、类克和修美乐。
药剂的治疗可以导致I型IFN或IFNα诱导谱的中和。药剂的治疗可以导致肌炎的一种或多种症状或疾病的突发减少。症状可以包括肌无力、吞咽困难、呼吸困难、发热、体重减少、疼痛、肌肉压痛、关节炎和疹。药剂的治疗可能导致改善的预测。药剂的治疗可以导致患者较高的生活品质。药剂的治疗可以减轻共施用第二药剂的需要或可以减少施用给患者的第二药剂的剂量。药剂的治疗可以减少患者的住院次数。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂可以中和I型IFN或IFNα活性谱。I型IFN或IFNα诱导谱的中和可以是至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少四十五种或至少五十种被I型IFN或IFNα上调的基因的降低。I型IFN或IFNα上调的基因可以是图235-381中或如上所讨论的任何基因的组。I型IFN或IFNα诱导谱的中和是在任何I型IFN或IFNα诱导谱中至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少四十五种或至少五十种上调的基因的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％或至少90％的降低。可选择地，I型IFN或IFNα谱的中和可以指上调的I型IFN或IFNα诱导基因表达的如下降低：在对照样品中的那些I型IFN或IFNα诱导基因表达水平的最多50％、最多45％、最多40％、最多35％、最多30％、最多25％、最多20％、最多15％、最多10％、最多5％、最多4％、最多3％、最多2％或最多1％之内。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量中和I型IFN或IFNα谱：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
I型IFN或IFNα诱导谱的中和可以是至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少四十五种或至少五十种表达被I型IFN或IFNα降低的基因的表达增加。表达被I型IFN或IFNα降低的基因可以是图235-381中或如上所讨论的任何基因的组。I型IFN或IFNα诱导谱中下调的基因的中和可以是在任何I型IFN或IFNα诱导谱谱中表达下调的至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少二十五种基因中的任何基因的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、或至少90％、或至少100％、或至少125％、或至少130％、或至少140％、或至少150％、或至少175％、或至少200％、或至少250％、或至少300％、或至少500％的增加。可选择地，I型IFN或IFNα诱导谱的中和是指I型IFN或IFNα诱导基因表达的如下增加：在对照样品中的那些I型IFN或IFNα诱导(下调的)基因表达水平的最多50％、最多45％、最多40％、最多35％、最多30％、最多25％、最多20％、最多15％、最多10％、最多5％、最多4％、最多3％、最多2％或最多1％之内。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量中和I型IFN或IFNα谱：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂还可以或可选择地中和一种或多种I型IFN或IFNα亚型的表达。IFNα或I型IFN亚型可以包括任何大于一种、大于两种、大于三种、大于四种、大于五种、大于六种、大于七种、大于八种、大于九种或大于十种的IFNα或I型IFN亚型。这些亚型可以包括：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβ或IFNω。这些亚型可以包括IFNα1、IFNα2、IFNα8和IFNα14的全部。可选择地，这些亚型可以包括：IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8、IFNα10、IFNα21。IFNα或I型IFN亚型的中和可以是所述亚型的至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少七种、至少八种、至少十种的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％或至少90％的降低。IFNα或I型IFN亚型的中和可以是下列范围内的IFNα或I型IFN亚型基因表达的降低：对照样品中的那些IFNα或I型IFN亚型表达水平的最多50％、最多45％、最多40％、最多35％、最多30％、最多25％、最多20％、最多15％、最多10％、最多5％、最多4％、最多3％、最多2％或最多1％之内。如果结合并调控IFNα或I型IFN活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量中和IFNα或I型IFN亚型：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂还可以或可选择地中和为IFNAR1或IFNAR2或二者的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达。为IFNAR1或IFNAR2或二者的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达的中和可以是这些基因的任何至少一种、至少两种、至少三种、至少五种或至少六种的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％或至少90％的降低。为IFNAR1或IFNAR2的IFNα受体、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体(IFNGR1、IFNGR2或IFNGR1和IFNGR2二者)的表达的中和是对照样品中这些基因表达水平的最多50％、最多45％、最多40％、最多35％、最多30％、最多25％、最多20％、最多15％、最多10％、最多5％、最多4％、最多3％、最多2％或最多1％的表达降低。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量中和IFNα受体IFNAR1或IFNAR2、或TNFα或IFNγ、或IFNγ受体IFNGR1或IFNGR2的表达：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂还可以或可选择地中和血清中蛋白水平的改变，例如将血清水平下调的那些蛋白的水平增加至或将血清水平上调的那些蛋白的水平降低至更接近对照受治疗者的那些水平的水平。血清中诸如脂连蛋白、甲胎蛋白、载脂蛋白CIII、β-2微球蛋白、癌抗原125、癌抗原19-9、嗜酸细胞活化趋化因子、FABP、因子VII、铁蛋白、IL-10、IL-12p70、IL-16、IL-18、IL-1ra、IL-3、MCP-1、MMP-3、肌红蛋白、SGOT、组织因子、TIMP-1、TNF RII、TNF-α、VCAM-1、vWF、BDNK、补体3、CD40配体、EGF、ENA-78、EN-RAGE、IGF-1、MDC、髓过氧化物酶、RANTES或血小板生成素的蛋白表达的中和可以通过使这些蛋白的至少一种、至少两种、至少三种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十二种、至少十五种、至少二十种、至少25种的水平达到健康受治疗者的血清中所述蛋白水平的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％或至少90％之内进行。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量中和如脂连蛋白、甲胎蛋白、载脂蛋白CIII、β-2微球蛋白、癌抗原125、癌抗原19-9、嗜酸细胞活化趋化因子、FABP、因子VII、铁蛋白、IL-10、IL-12p70、IL-16、IL-18、IL-1ra、IL-3、MCP-1、MMP-3、肌红蛋白、SGOT、组织因子、TIMP-1、TNF RII、TNF-α、VCAM-1、vWF、BDNK、补体3、CD40配体、EGF、ENA-78、EN-RAGE、IGF-1、MDC、髓过氧化物酶、RANTES或血小板生成素的血清蛋白的水平：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂还可以或可选择地降低结合下列自身抗原的任何一种、任何至少2种、任何至少3种、任何至少4种、任何至少5种、任何至少6种、任何至少7种、任何至少8种、任何至少9种、任何至少10种、任何至少15或任何至少20种的自身抗体的数目和水平：(a)抗黏液病毒(流感病毒)1，干扰素诱导蛋白p78；(b)surfeit 5，转录物变体c；(c)蛋白酶体(前体，巨蛋白因子)激活物亚基3(PA28γ；Ki)transc；(d)视黄酸受体α；(e)10kDa热休克蛋白1(伴侣蛋白10)；f)原肌球蛋白3；(g)普列克底物蛋白同源性样结构域，家族A，成员1；(h)细胞骨架相关蛋白1；(i)舍格伦综合征抗原A2(60kDa，核糖核蛋白自身抗原SS-A/Ro)；(j)NADH脱氢酶(泛醌)1，α/β亚复合体1，8kDa；(k)NudE核分布基因E同系物1(构巢曲霉)；(l)MutL同系物1，2型非息肉性结肠癌(大肠杆菌)；(m)富亮氨酸重复(FLII中)相互作用蛋白2；(n)原肌球蛋白1(α)；(o)痉挛性截瘫20，spartin(Troyer综合征)；(p)植入前蛋白，转录物变体1；(r)线粒体核糖体蛋白L45；(s)Lin-28同系物(秀丽隐杆线虫)；(t)90kDa热休克蛋白1，α；(u)dom-3同系物Z(秀丽隐杆线虫)；(v)动力蛋白，胞质的，轻中间体多肽2；(w)Ras相关的C3肉毒杆菌毒素底物1(rho家族，小GTP结合蛋白)；(x)滑膜肉瘤，X断点2，转录物变体2；(y)膜突蛋白；(z)homer同系物(果蝇)转录物变体1；(aa)GCN5广泛控制的氨基酸合成5样2(酵母)；(bb)真核翻译延伸因子1γ；(cc)真核翻译延伸因子1δ；(dd)DNA损伤诱导转录物3；(ee)CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)γ；以及在2007年5月3日提交的名称为“Auto-antibody markers of autoimmune disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”的临时申请申请中所描述的任何其他自身抗原；以及在2007年11月6日提交的名称为“Auto-antibody markers of autoimmune disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”的临时申请申请中所描述的任何其他自身抗原(例如但不限于在表2、4、5和9中所描述的那些)。自身抗体水平的降低可以是存在的任何所述自身抗体的至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少7％、至少8％、至少10％、至少15％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％或至少90％的降低。如果结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂是生物药剂如抗体，则该药剂可以在下列剂量降低自身抗体的数目或水平：0.3至30mg/kg、0.3至10mg/kg、0.3至3mg/kg、0.3至1mg/kg、1至30mg/kg、3至30mg/kg、5至30mg/kg、10至30mg/kg、1至10mg/kg、3至10mg/kg或1至5mg/kg。
结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂可以不中和不包括在干扰素诱导性标记或PD标志物谱中的基因的表达。
监测疾病进展可以通过在施用如下的药剂之前和之后获得患者样品来进行：例如，结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂、结合但不调控I型IFN或IFNα活性的药剂或可以包括或可以不包括结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂的组合。样品包括任何生物流体或组织，如全血、唾液、尿、滑液、骨髓、脑脊液、鼻分泌物、痰、羊水、支气管肺泡灌洗液、外周血单核细胞、总白细胞、淋巴结细胞、脾细胞、扁桃体细胞或皮肤。样品可以通过本领域内已知的任何方法获得。
获得(在药剂施用之前和之后)样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱。比较样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱。比较可以是样品中存在的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目的比较或可以是样品中存在的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数量的比较、或它们的任何组合。如果在治疗剂施用之后所获得的样品中上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目或水平(或它们的任何组合)相对于治疗剂施用之前所获得的样品降低，则可以指示表明治疗剂效力的变化。上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以降低至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9或至少10。任何给定的上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的水平可以降低至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％。水平降低的上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目降低和水平降低的任何组合可以表明效力。如果在治疗剂施用之后所获得的样品中下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目或水平(或它们的任何组合)相对于治疗剂施用之前所获得的样品降低，则可以指示表明治疗剂效力的变化。下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以降低至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9或至少10。任何给定的下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的水平可以增加至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％。水平增加的下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目降低和水平增加的任何组合可以表明效力。
可以在第一次施用药剂之前(即患者对药剂是幼稚的)从患者获得样品。可选择地，从患者获得样品可以在治疗过程中施用药剂之后进行。例如，可在监测步骤开始之前已经施用药剂。在施用药剂之后可以从患者获得另外的样品并比较样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物。样品可以为相同类型或不同类型的，例如，获得的各样品可以为血样，或获得的各样品可以为血清样品。各样品中所检测的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物可以是相同的、可以基本上重叠或可以相似。
样品可以在施用治疗剂之前和之后的任何时间获得。在施用治疗剂之后获得的样品可以在施用治疗剂之后至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少12天或至少14天获得。在施用治疗剂之后获得的样品可以在施用治疗剂之后至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少8周获得。在施用治疗剂之后获得的样品可以在施用治疗剂之后至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月或至少6个月获得。
可以在施用治疗剂之后从患者获得另外的样品。可以从患者获得至少2份、至少3份、至少4份、至少5份、至少6份、至少7份、至少8份、至少9份、至少10份、至少12份、至少15份、至少20份、至少25份样品以监测疾病或疾患随时间的进展或消退。可以在以下的时间段内监测疾病进展：至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月、至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年、至少4年、至少5年、至少10年或患者的终生。另外的样品可以定期从患者获得，如每月一次、每两月一次、每季度一次、每年两次或每年一次的间隔。可以在施用药剂之后定期从患者获得样品。例如，可以在下列时间从患者获得样品：每次施用药剂之后一周、每次施用药剂之后两周、或每次施用药剂之后三周或每次施用药剂之后一个月、或每次施用药剂之后两个月。可选择地，可以在施用治疗剂之后或每次施用药剂之后从患者获得多份样品。
可以类似地在不存在药剂施用下监测患者的疾病进展。可以定期从患有疾病或疾患的患者获得样品。如果较晚获得的样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物数目相对于较早获得的样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物数目增加，则可以确定疾病进展。I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以增加至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9或至少10。如果任何给定的上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的水平增加了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以确定疾病进展。如果任何给定的下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的水平降低了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以确定疾病进展。水平增加的上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。水平降低的下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目增加和水平增加的任何组合可以表明疾病进展。可选择地，或与之组合，下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目降低和水平降低的组合可以表明疾病进展。还可以在患有疾病或病患而未用药剂治疗的患者中鉴定疾病消退。在这种情况下，如果较晚获得的样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物数目相对于较早获得的样品中的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物数目降低，则可以鉴定疾病消退。I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以降低至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9或至少10。如果任何给定的上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的水平降低了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以鉴定疾病消退。如果任何给定的下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的水平增加了至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则可以鉴定疾病消退。水平降低的上调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。水平增加的下调的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目可以是至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30或至少35。可以通过在任何时间段以任何间隔获得样品来监测疾病进展或疾病消退。可以通过在以下的时程内获得样品来监测疾病进展或疾病消退：至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少2月、至少3月、至少4月、至少5月、至少6月、至少1年、至少2年、至少3年、至少4年、至少5年、至少10年或患者的终生。疾病进展或疾病消退可以通过至少每月一次、每两月一次、每季度一次、每年两次或每年一次获得样品来监测。不需要以严格的间隔获得样品。
本发明还涵盖试剂盒和探针。探针可以是检测可被包括在IFNα-诱导性PD标志物表达谱中的任何基因的任何表达或活性的任何分子。
申请人提供了一组非限制性实施方式来描述本发明的一些方面。
实施方式
1.一种治疗患有I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患的患者的方法，所述方法包括：
施用结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂；
其中所述患者包含差异调节的miRNA标志物谱；并且
其中所述药剂中和所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱。
2.如实施方式1所述的方法，所述方法还包括检测所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱的中和。
3.如实施方式1所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
4.如实施方式3所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
5.如实施方式4所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
6.如实施方式5所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
7.如实施方式6所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
8.如实施方式3所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
9.如实施方式1所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
10.如实施方式9所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
11.如实施方式10所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
12.如实施方式11所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
13.如实施方式12所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
14.如实施方式9所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
15.如实施方式3所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
16.如实施方式15所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
17.如实施方式16所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
18.如实施方式17所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
19.如实施方式18所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
20.如实施方式15所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
21.如实施方式1所述的方法，其中所述药剂为生物药剂。
22.如实施方式21所述的方法，其中所述药剂为抗体。
23.如实施方式22所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
24.如实施方式22所述的方法，其中所述抗体是对一种或多种I型IFN或IFNα亚型特异性的但不是MEDI-545。
25.如实施方式1所述的方法，其中所述药剂的施用减轻所述疾病或疾患的一种或多种症状。
26.如实施方式22所述的方法其中所述抗体以大约0.03和30mg/kg之间的剂量施用。
27.如实施方式26所述的方法，其中所述抗体以0.3和3mg/kg之间的剂量施用。
28.如实施方式27所述的方法，其中所述抗体以0.03和1mg/kg之间的剂量施用。
29.如实施方式21中任一项所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少10％。
30.如实施方式29所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少20％。
31.如实施方式30所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少30％。
32.如实施方式31所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少40％。
33.如实施方式32所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少50％。
34.如实施方式1所述的方法，其中所述疾病或疾患是狼疮、银屑病、血管炎、结节病、舍格伦综合征或肌炎之一。
35.如实施方式34所述的方法，其中所述疾病或疾患是肌炎。
36.如实施方式1所述的方法，其中所述患者还包含至少IFNα亚型1、2、8和14的表达或活性上调。
37.如实施方式2所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的全血中检测。
38.如实施方式2所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的肌肉组织中检测。
39.如实施方式1所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱是强的或中等的。
40.一种在需要其的患者中中和差异调节的miRNA标志物谱的方法，所述方法包括：
给所述患者施用结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂；
其中所述药剂中和所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱。
41.如实施方式40所述的方法，所述方法还包括检测所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱的中和。
42.如实施方式40所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
43.如实施方式42所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
44.如实施方式43所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
45.如实施方式44所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
46.如实施方式45所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
47.如实施方式42所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
48.如实施方式40所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
49.如实施方式48所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
50.如实施方式49所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
51.如实施方式50所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
52.如实施方式51所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
53.如实施方式48所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
54.如实施方式42所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
55.如实施方式54所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
56.如实施方式55所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
57.如实施方式56所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
58.如实施方式57所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
59.如实施方式54所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
60.如实施方式40所述的方法，其中所述药剂为生物药剂。
61.如实施方式60所述的方法，其中所述药剂为抗体。
62.如实施方式61所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
63.如实施方式61所述的方法，其中所述抗体是对一种或多种I型IFN或IFNα亚型特异性的但不是MEDI-545。
64.如实施方式40所述的方法，其中所述药剂的施用减轻疾病或疾患的一种或多种症状。
65.如实施方式61所述的方法其中所述抗体以大约0.03和30mg/kg之间的剂量施用。
66.如实施方式65所述的方法，其中所述抗体以0.3和3mg/kg之间的剂量施用。
67.如实施方式66所述的方法，其中所述抗体以0.03和1mg/kg之间的剂量施用。
68.如实施方式40所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少10％。
69.如实施方式68所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少20％。
70.如实施方式69所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少30％。
71.如实施方式70所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少40％。
72.如实施方式71所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少50％。
73.如实施方式40所述的方法，其中所述患者已被诊断为患有狼疮、银屑病、血管炎、结节病、舍格伦综合征或肌炎之一。
74.如实施方式73所述的方法，其中所述患者已被诊断为患有肌炎。
75.如实施方式40所述的方法，其中所述患者还包含至少IFNα亚型1、2、8和14的表达或活性上调。
76.如实施方式41所示的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的全血中检测。
77.如实施方式41所示的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的肌肉组织中检测。
78.如实施方式40所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱是强的或中等的。
79.一种监测或预测患者的炎性疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自患者的第一样品中的第一差异调节的miRNA标志物谱。
80.如实施方式79所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
81.如实施方式80所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
82.如实施方式81所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
83.如实施方式82所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
84.如实施方式83所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
85.如实施方式80所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
86.如实施方式79所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
87.如实施方式86所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
88.如实施方式87所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
89.如实施方式88所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
90.如实施方式89所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
91.如实施方式86所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
92.如实施方式80所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
93.如实施方式92所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
94.如实施方式93所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
95.如实施方式94所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
96.如实施方式95所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
97.如实施方式92所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
98.如实施方式79所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱是强谱并且所述患者预测为疾病进展。
99.如实施方式98所述的方法，其中所述强谱包含健康个体的至少10倍的miRNA差异表达。
100.如实施方式98所述的方法，其中所述自身免疫疾病是肌炎。
101.如实施方式79所述的方法，其中第一IFNα诱导性PD标志物表达谱是弱谱并且所述患者预测为疾病消退。
102.如实施方式101所述的方法，其中所述弱谱包含不超过健康个体的2倍的miRNA差异表达。
103.如实施方式98所述的方法，其中所述强谱指示医师改变疾病治疗。
104.如实施方式79所述的方法，所述方法还包括：
获得来自患者的第二样品中的第二差异调节的miRNA标志物谱。
其中第二谱相对于第一谱的miRNA标志物的数目或水平增加预测疾病进展；或
其中第二谱相对于第一谱的miRNA标志物的数目或水平降低预测疾病消退。
105.一种监测接受治疗剂治疗的患者的自身免疫疾病或炎性疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自所述患者的第一样品中的第一miRNA谱。
施用治疗剂；
获得来自所述患者的第二样品中的第二miRNA谱；以及
比较所述第一miRNA谱和所述第二miRNA谱，
其中所述第一miRNA谱与所述第二miRNA谱之间的变化表明治疗剂的效力水平。
106.如实施方式105所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
107.如实施方式106所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
108.如实施方式107所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
109.如实施方式108所述的方法，其中所述第一miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
110.如实施方式109所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
111.如实施方式106所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
112.如实施方式105所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
113.如实施方式112所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
114.如实施方式113所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
115.如实施方式114所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
116.如实施方式115所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
117.如实施方式112所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
118.如实施方式106所述的方法，其中所述第一miRNA谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
119.如实施方式118所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
120.如实施方式119所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
121.如实施方式120所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
122.如实施方式121所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
123.如实施方式118所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
124.如实施方式105所述的方法，其中所述自身免疫疾病或炎性疾病是狼疮、特发性炎性肌炎、舍格伦综合征、血管炎、结节病或银屑病。
125.如实施方式124所述的方法，其中所述自身免疫疾病是特发性炎性肌炎。
126.如实施方式105所述的方法，其中所述治疗剂为小分子或生物药剂。
127.如实施方式126所述的方法，其中所述生物药剂为抗体。
128.如实施方式127所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
129.如实施方式105所述的方法，其中所述第一miRNA谱在施用所述治疗剂之前获得。
130.如实施方式105所述的方法，其中所述第一miRNA谱在施用所述治疗剂之时获得。
131.如实施方式105所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品是全血、肌肉或血清。
132.如实施方式105所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第三样品中的第三miRNA谱。
133.如实施方式132所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第四样品中的第四miRNA谱。
134.如实施方式133所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第五样品中的第五miRNA谱。
135.如实施方式134所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第六样品中的第六miRNA谱。
136.如实施方式105所述的方法，其中所述第二样品在施用所述治疗剂之后至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
137.如实施方式132所述的方法，其中所述第三样品在获得所述第二样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
138.如实施方式133所述的方法，其中所述第四样品在获得所述第三样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
139.如实施方式134所述的方法，其中所述第五样品在获得所述第四样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
140.如实施方式105所述的方法，其中变化是所述患者的差异miRNA水平相对于健康水平的降低。
141.如实施方式105所述的方法，其中变化是所述患者的差异miRNA水平相对于健康水平的增加。
142.如实施方式141所述的方法，其中所述差异miRNA水平的增加指示疾病预后不良(poor disease prognosis)或疾病将复发。
143.如实施方式141所述的方法，其中所述患者的差异miRNA水平的增加指示所述患者的治疗的改变。
144.一种治疗肌炎患者的方法，所述方法包括：
施用结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂；
其中所述患者包含I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱；
并且其中所述药剂中和所述患者的所述I型IFN或IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
145.如实施方式144所述的方法，所述方法还包括检测所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱的中和。
146.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：MX1、LY6E、IFI27、OAS1 IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2和IFI44。
147.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：LAMP3、SIGLEC1、DNAPTP6、IFIT2、ETV7、RTP4、SERPING1、HERC5、XAF1、MX1、EPSTI1、OAS2、OAS1、OAS3、IFIT3、IFI6、USP18、RSAD2、IFI44、LY6E、ISG15和IFI27。
148.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
149.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：DNAPTP6、EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、PLSCR1、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
150.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：SAMD9L、IFI6、IFI44、IFIT2、OAS1、IFI27、OAS3、IFI44L、HERC5、IFIT1、EPSTI1、ISG15、SERPING1、OASL、GBP1和MX1。
151.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1、IFIT1、ISG15、LAMP3、OAS3、OAS1、EPSTI1、IFIT3、OAS2、SIGLEC1和USP18。
152.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L和IFI27。
153.如实施方式144所述的方法，其中所述药剂为生物药剂。
154.如实施方式153所述的方法，其中所述药剂为抗体。
155.如实施方式154所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
156.如实施方式154所述的方法，其中所述抗体是对一种或多种I型IFN或IFNα亚型特异性的但不是MEDI-545。
157.如实施方式144所述的方法，其中所述药剂的施用减轻一种或多种肌炎症状。
158.如实施方式154所述的方法，其中所述抗体以大约0.03和30mg/kg之间的剂量施用。
159.如实施方式158所述的方法，其中所述抗体以0.3和3mg/kg之间的剂量施用。
160.如实施方式159所述的方法，其中所述抗体以0.03和1mg/kg之间的剂量施用。
161.如实施方式153-155中任一项所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少10％。
162.如实施方式144所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少20％。
163.如实施方式162所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少30％。
164.如实施方式163所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少40％。
165.如实施方式164所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少50％。
166.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含至少IFNα亚型1、2、8和14的表达或活性上调。
167.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含PD标志物基因的转录物。
168.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含由PD标志物基因所表达的多肽。
169.一种监测或预测患者的肌炎疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自患者的第一样品中的第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
170.如实施方式169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱是强谱并且所述患者预测为肌炎疾病进展。
171.如实施方式170所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的过量表达或活性(overexpression or activity)：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
172.如实施方式169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱是弱谱并且所述患者预测为肌炎疾病消退。
173.如实施方式169所述的方法，所述方法还包括：
获得来自所述患者的第二样品中的第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
其中第二表达谱相对于第一表达谱的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目或水平增加预测肌炎疾病进展；或
其中第二表达谱相对于第一表达谱的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目或水平降低预测肌炎疾病消退。
174.一种监测接受治疗剂治疗的患者的肌炎疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自所述患者的第一样品中的第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱；
施用治疗剂；
获得来自所述患者的第二样品中的第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱；以及
比较所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱和所述第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
其中所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱与所述第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱之间的变化表明治疗剂的效力水平。
175.如实施方式174所述的方法，其中包含表达或活性上调的基因谱的所述第一I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的过量表达或活性：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
176.如实施方式174所述的方法，其中所述变化是基因的表达或活性上调水平的降低。
177.如实施方式174所述的方法，其中所述治疗剂为小分子或生物药剂。
178.如实施方式177所述的方法，其中所述治疗剂为结合并调控IFNα活性的生物药剂。
179.如实施方式178所述的方法，其中所述生物药剂为抗体。
180.如实施方式179所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
181.如实施方式179所述的方法，其中所述抗体结合至少一种IFNα亚型但不是MEDI-545。
182.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱在施用所述治疗剂之前获得。
183.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱在施用所述治疗剂之时获得。
184.如实施方式174所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品是全血、肌肉或血清。
185.如实施方式174所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第三样品中的第三IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
186.如实施方式185所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第四样品中的第四IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
187.如实施方式186所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第五样品中的第五IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
188.如实施方式187所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第六样品中的第六IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
189.如实施方式174所述的方法，其中所述第二样品在施用所述治疗剂之后至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
190.如实施方式185所述的方法，其中所述第三样品在获得所述第二样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
191.如186所述的方法，其中所述第四样品在获得所述第三样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
192.如实施方式187所述的方法，其中所述第五样品在获得所述第四样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
193.如实施方式174所述的方法，其中变化是基因的表达或活性上调的降低。
194.如实施方式193所述的方法，其中所述降低为至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％。
195.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。
196.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。
197.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含基因IFI44L和RSAD2的表达或活性上调。
198.如实施方式169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。
199.如实施方式169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。
200.如实施方式169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含基因IFI44L和RSAD2的表达或活性上调。
201.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。
202.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。
203.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含基因IFI44L和RSAD2的表达或活性上调。
204.如实施方式1所述的方法，其中所述患者具有强的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
205.如实施方式1所述的方法，其中所述患者具有中等的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
206.如实施方式204所述的方法，其中强的评分大于或等于10。
207.如实施方式205所述的方法，其中中等的评分大于或等于4但小于10。
208.如实施方式35或74所述的方法，其中所述肌炎为DM或PM。
209.如实施方式144所述的方法，其中所述肌炎患者为DM或PM患者。
210.如实施方式144所述的方法，其中所述肌炎患者包含大于6的MITAX评分。
211.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分是强的。
212.如实施方式144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分是中等的。
213.如实施方式211所述的方法，其中所述评分大于或等于10。
214.如实施方式212所述的方法，其中所述评分大于或等于4但小于10。
215.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱包含强的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
216.如实施方式215所述的方法，其中强的评分为大于或等于10的评分。
217.如实施方式174所述的方法，其中所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱包含中等的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
218.如实施方式217所述的方法，其中中等的评分为大于或等于4但小于10的评分。
本说明书中所提到的所有的出版物、专利和专利申请均通过引用并入本说明书，并入程度如同特定且单独地指出各单独的出版物、专利或专利申请通过引用并入本文。
此申请为了所有的目的通过引用并入了：2006年12月6日提交的美国临时申请系列第60/873,008号、2007年4月16日提交的美国临时申请系列第60/907,762号、2007年5月3日提交的美国临时申请系列第60/924,219号、2007年5月21日提交的美国临时申请系列第60/924,584号、2007年9月19日提交的美国临时申请系列第60/960,187号、2007年11月5日提交的美国临时申请系列第60/996,176号和2007年12月6日提交的PCT申请第PCT/US2007/024947号。此申请还为了所有的目的通过引用并入了：2008年6月20日提交的美国临时申请系列第61/129,366号和2008年5月5日提交的PCT申请第PCT/US2008/062646号。此申请还为了所有的目的通过引用并入了：2007年5月3日提交的美国临时申请系列第60/924,220号、2007年11月6日提交的名称为“Auto-Antibody Markers of Autoimmune Disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”的美国临时申请(系列号60/996,219)、2007年12月6日提交的名称为“Auto-Antibody Markers of Autoimmune Disease(自身免疫疾病的自身抗体标志物)”的美国临时申请(系列号60/996,820)以及2008年5月5日提交的PCT申请第PCT/US2008/062639号。
此外，此申请要求2008年2月8日提交的美国临时申请系列第61/006,963号的优先权，为了所有的目的通过引用将其并入本文。
提供的下列实施例组仅为了示例的目的，并且本发明绝不能被理解为只限于这些实施例。
实施例
实施例1a：在DM患者肌肉样品中上调最明显的基因大部分是IFNα/β 诱导性的
检测了DM肌肉样品以测定在DM患者中上调最明显的基因。
总RNA提取和微阵列处理：使用Qiagen RNeasy Fibrous Tissue Mini(Hilden，Germany)从PAXgene肌肉活组织检查提取总RNA。以分光光度法测定RNA纯度和浓度(260/280＞1.9)。使用RNA 6000 Nano LabChip
Figure BPA00001234155500831
在Agilent 2100生物分析仪上估计RNA的质量。
使用Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155500832
-轮式(One-Cycle)cDNA合成试剂盒(One-Cycle cDNA Synthesis kit)和Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155500833
IVT标记试剂盒完成由2μg总RNA产生生物素标记的扩增的cRNA。以分光光度法测定cRNA产物的浓度和纯度。将20微克的每种生物素标记的cRNA片段化以便在Affymetrix人基因组U1332.0+GeneChip阵列上杂交。按照Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155500835
手册中的概述制备用于杂交的片段化cRNA。在设置为45□的320型旋转杂交炉中进行杂交过夜。所有的GeneChip
Figure BPA00001234155500836
洗涤和染色步骤均在Affymetrix 450型射流工作站(Fluidics station)上进行。在Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155500837
扫描仪3000上扫描阵列。用GeneChip操作软件(GeneChip Operating Software(GCOS))工具进行数据捕获和初始阵列的质量估计。
结果：在DM患者的肌肉样本中上调最明显的基因大部分是IFNα/β诱导性的。参见图1a，它提供了在DM患者肌肉样品中上调最明显的基因的列表，以及在DM患者肌肉样品中的那些基因相对于健康对照肌肉样品的上调倍数。还参见图1b，它提供了在DM和PM患者的肌肉中IFNα/β诱导性基因标记评分的散点图。
实施例1b：在大多数DM或PM患者血样中I型IFN诱导性基因的过 表达
评定了DM和PM患者的血液中I型IFM诱导性基因过表达的流行率(Prevalence)和量值。
患者和患者样品：在此研究中使用两组患者。第一组包括来自单个医院中心的24名肌炎患者(15名患DM，9名患PM)，他们预期将被募集到外周WB样品中的全基因组基因表达与包括疾病活性的临床特征之间的关联的纵向调查研究中。在多达6年的期间内(此研究的平均参与时间为1.9年)收集共150次患者随访的临床数据和80次患者随访的基因表达数据。那些患者的临床特征总结在下表6中。
表6.24名DM和PM患者的临床特征
Figure BPA00001234155500851
先前已报道了在一次或两次随访后这些患者中一些的早期代表性研究(Walsh RJ，Pinkus JL，等人Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis(血液中存在I型干扰素诱导性基因表达并且其反映了皮肌炎和多肌炎的疾病活性).Arthritis Rheum.2007；56(11)：3784-92)；本研究增加了招募的患者的数目并对每位患者进行了多达7次随访的纵向分析。先前已报道了DM和PM的诊断标准(Walsh RJ，Pinkus JL，等人Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis(血液中存在I型干扰素诱导性基因表达并且其反映了皮肌炎和多肌炎的疾病活性).Arthritis Rheum.2007；56(11)：3784-92)。在常规的临床随访时收集WB样品。使用如先前所述的肌炎意向治疗(Myositis Intention to Treat)级别(MITAX)估计疾病活性(Walsh RJ，Pinkus JL，等人Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis(血液中存在I型干扰素诱导性基因表达并且其反映了皮肌炎和多肌炎的疾病活性).Arthritis Rheum.2007；56(11)：3784-92)。将包括MITAX评分的临床参数(Rider LG，Miller FW.Idiopathic inflammatory muscle disease：clinical aspects(特发性炎性肌肉疾病：临床方面).Baillieres Best Pract Res Clin Rheumatol.2000；14(1)：37-54)以盲态针对基因表达数据进行评估。不根据任何预定的方案收集WB样品。患者给出了知情同意以便参与。这些研究得到了Brigham and Women’s Hospital的机构审查委员会(institutional review board(IRB))的批准。
对于第二组肌炎患者(18名)，研究了在患DM或PM的患者中临床试验的筛选随访时所获得的单独血样。这些血样用于初始评定在多个中心由多名研究者所观察到的患者的细胞因子诱导性基因标记的普遍性，并且是根据IRB批准的方法在知情同意下收集的。这些受治疗者至少有18岁并且根据Bohan和Peter标准(Bohan A，Peter JB.Polymyositis and dermatomyositis(多肌炎和皮肌炎)N Engl J Med.1975年2月13日；292(7)：344-7；Bohan A，Peter JB.Polymyositis and dermatomyositis(多肌炎和皮肌炎).N Engl J Med.1975年2月20日；292(8)：403-7)可能患有或确定患有DM或PM以及活动性疾病。在治疗之前的临床随访时在PAXgene RNA管中收集WB样品。所有的受治疗者必须具有下列的至少2个：使用MMT-8肌肉组测试的徒手肌力测试(MMT)中的强度≥80/150但是≤125/150；通过在10-cm的标度尺上直观模拟标度(visual analogue scale)进行的患者总活性估计≥2.0cm；通过在10-cm的标度尺上直观模拟标度进行的医师总活性估计≥2.0cm，CLINHQA残疾指数≥0.25；以及在10-cm直观模拟标度尺上的总肌外(extramuscular)活性估计≥1.0。患PM的受治疗者需要具有与PM诊断一致的肌肉活组织检查结果证明。在筛选时，受治疗者不能接受每天＞35mg泼尼松或等同物、＞600mg/天的羟氯喹、＞3g/天的麦考酚酸莫酯、＞25mg/周的甲氨蝶呤、＞3mg/kg/天的硫唑嘌呤、＞20mg/天的来氟米特或任何剂量的环磷酰胺、环孢霉素或沙利度胺。
正常血样按照所描述的(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312；Walsh RJ，Pinkus JL，等人Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis(血液中存在I型干扰素诱导性基因表达并且其反映了皮肌炎和多肌炎的疾病活性).Arthritis Rheum.2007；56(11)：3784-92)从36名健康供体获得，并且是根据IRB批准的方法在知情同意下收集的。
总RNA提取、微阵列测定和TaqMan QRT-PCR测定：使用PAXgene管从WB分离RNA或从暗黄覆盖层样品分离RNA，并且Affymetrix U1332.0+微阵列测定按照先前所述进行(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312；Walsh RJ，Pinkus JL，等人Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis(血液中存在I型干扰素诱导性基因表达并且其反映了皮肌炎和多肌炎的疾病活性).Arthritis Rheum.2007；56(11)：3784-92)。使用PAXgene管收集方法分离24名正常健康供体样品的RNA，同时12名正常的健康供体的样品用暗黄覆盖层方法处理。这些正常健康供体样品被用作通过两种方法之一处理的患者样品的基线以便消除由样品处理差异所致的任何可变性。
使用Fluidigm的Biomark系统动态阵列平台(Fluidigm Corp，South San Francisco，CA，USA)来测量患有DM或PM的15名患者的WB中1型IFN诱导性基因、一组细胞因子诱导性基因和选择的免疫应答基因的表达水平。样品处理和数据分子的一般步骤如先前所描述(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；Volume 2009，文献ID374312，doi：10.4061/2009/374312)。
微阵列数据分析：微阵列数据分析如先前所述进行(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID374312，doi：10.4061/2009/374312；Yao Y，Jallal J，等人Type I IFN as apotential therapeutic target for psoriasis(I型IFN作为用于银屑病的可能治疗靶).PLoS ONE 2008；3(7)：e2737.doi：10.1371/journal.pone.0002737)，其使用在Bioconductor(http://www.bioconductor.org/)GCRMA包中实施的GC-含量稳健性多芯片分析(GC-Content Robust Multichip Analysis，GCRMA)进行。包括基因标记评分的所有两组间比较使用两样品Wilcoxon-Mann-Whitney检验计算，而成对比较则使用Wilcoxon符号秩(signed-rank)检验计算。报道的所有p值均未进行多重检验调整，尽管所述的显著性是关于使用Bonferroni校正的调整p值的。对于具有正的1型IFN诱导性基因标记评分的患者鉴定，我们在R(R Development Core Team，University of Auckland，New Zealand)中用假发现率(false discovery rate(FDR))调整计算了微阵列的显著性分析(SAM)。
结果：采用Affymetrix人基因组U1332.0+GeneChip
Figure BPA00001234155500881
来制作患有DM或PM的42名患者(22名DM和20名PM患者；来自第一和第二患者组)的外周WB的谱。在患DM或PM的患者血液中分别观察到了1,072和703种与健康对照相比上调和下调(改变倍数＞2，q＜0.05)的转录物。如所描述(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；Volume 2009，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312)通过用I型IFN家族成员离体刺激WB所定义的，在1,072种上调的转录物中136种为I型IFN诱导性的。呈现患DM或PM的42名患者的WB中136份转录物与24名健康对照相比的表达的热图显示在图384a中。使用单个正常对照与患DM或PM的患者的血液中动态的25种过表达最明显的1型IFN诱导性基因(动态列表在患者与患者之间可能不同)计算的1型IFN诱导性基因标记评分显示在图384b中。在该研究中评定的患者表现出血液中不同程度的1型IFN诱导性基因过表达，并且这包括具有弱1型IFN诱导性基因标记(评分＜4)的患DM或PM的患者的不同群体。在图384b中，正常供体和这些弱标记评分患者分别由第一和第二水平线表示。根据分类标准(其中如果1型IFN诱导性基因标记所分配的评分小于4，则其为弱的，如果其被分配的评分大于或等于4但是小于10则为中等的，并且其被分配的评分大于或等于10则为高的)，患有DM或PM的患者中的17％在血液中具有弱的或不具有1型IFN诱导性基因标记过表达。分别有共45％和38％的患者具有中等的或高的1型IFN诱导性基因标记。因此，绝大多数患DM或PM的患者在血液中显示出中等至高度过表达的1型IFN诱导性基因标记。
实施例1c选择13种基因的组来评定患DM或PM的患者中1型IFN 信号传导途径活性
根据实施例1b的结果，选择可用于评定DM和PM患者血液中1型IFN信号传导途径的激活的一小组1型IFN诱导性基因。
将患DM和PM的患者的外周WB中过表达最明显的基因分级：为了鉴定用于实施例1b中所描述的研究中的所有42名DM和PM患者中过表达最明显的探针组，在Affymetrix U1332.0+阵列上分别计算了对于每种探针每位患者与24名健康供体的中值之间的改变倍数。对于每位患者，然后以递减的顺序排列改变倍数值。计算每种探针组的中值分级并选择前200种总探针组。将已在先前被鉴定为是1型IFN诱导性的807种探针组(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312)与这200种探针组交叉，并且将共有的那些探针组求和以鉴定在患DM或PM的患者的外周WB中过表达的1型IFN诱导性基因。
结果：多种基因相对表达的复合评分可以提供途径活性的稳健测量，如先前所述的(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312；Yao Y，Jallal J，等人Neutralization of IFN-α/β-Inducible Genes and Downstream Effect in a Phase I Trial of an Anti-IFN-□Monoclonal Antibody in SLE(SLE中抗IFN-α单克隆抗体的I期试验中IFN-α/β诱导性基因的中和和下游作用).被Arthritis Rheum.接受)。患DM或PM的42名患者的外周WB中100种过表达最明显的基因的平均倍数评级列于下面所示的表7中。
表7.患DM或PM的42名患者的WB中100种过表达最明显的探针的平均倍数评级
Figure BPA00001234155500911
Figure BPA00001234155500921
Figure BPA00001234155500941
Figure BPA00001234155500951
用于计算复合基因标记评分的13种1型IFN诱导性基因被标记为红色(RSAD2、IFI27、IFI44L、IFI44、IFIT1、OAS1、OAS3、HERC5、MX1、EPSTI1、IFIT3、IFI6和ISG15)。
从这个组中选择十三种过表达的1型IFN诱导性基因以便构建反映DM和PM患者的血液中1型IFN信号传导途径激活的1型IFN诱导性基因标记评分。所选的13种基因为：DM和PM患者的血液中的6种过表达最明显的1型IFN诱导性基因(IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1)；加上ISG15，ISG15是DM肌肉样本中过表达最明显的1型IFN诱导性基因之一(Greenberg SA，Tawil R，等人Interferon-alpha/beta-mediated innate immune mechanisms in dermatomyositis(皮肌炎中干扰素-α/β介导的先天性免疫机制).Ann Neurol 2005；57(5)：664-78)；以及6种已经很好地表征的1型IFN诱导性基因(OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6)。这13种基因的组(SLE的21种基因的组的亚组)的基因标记评分与1型IFN诱导性基因的21种基因的组的评分相关性极好(r＝0.98)，所述21种基因的组的评分用于表征SLE中的1型IFN信号传导途径激活(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312)，并且还与单个患者中使用动态的前25种过表达最明显的1型IFN诱导性基因的替代性基因标记评分方法相关性极好(r＝0.82)(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID374312，doi：10.4061/2009/374312；Yao Y，Jallal J，等人Neutralization of IFN-α/β-Inducible Genes and Downstream Effect in a Phase I Trial of an Anti-IFN-□Monoclonal Antibody in SLE(SLE中抗IFN-α单克隆抗体的I期试验中的IFN-α/β诱导性基因的中和和下游作用).被Arthritis Rheum.接受)。
此外，在患DM或PM的患者血液中过表达最明显的1型IFN诱导性基因中，在具有高疾病活性的DM和PM患者中大致观察到了IFI27、RSAD2、IFI44LL和IFI44的更强的过表达。对于具有高疾病活性的12名患者(MITAX＞6；参见上表6)，在研究期间在他们的峰MITAX评分，IFI27、RSAD2、IFI44LL和IFI44的mRNA与36名正常对照的平均值相比的平均改变倍数分别为89倍、53倍、90倍和19倍。还使用了QRT-PCR来验证这4种基因的微阵列结果。选择15名患者(9名DM、6名PM)的WB样品用于该目的。这4种单个基因的QRT-PCR测量与微阵列测量高度相关(IFI27r＝0.96；IFI44r＝0.95；IFI44L r＝0.98；并且RSAD2r＝0.98)。
实施例1d：13种基因的IFNα/β诱导性基因标记评分与肌炎疾病活性 的相关性
对24名DM和PM患者进行的纵向研究鉴定了13种基因的I型IFN诱导性标记与疾病活性(MITAX)之间的关联。
纵向分析的线性混合模型：仅对进行至少3次随访的那些患者(12名患者共N＝53次随访)进行重复的测量分析。拟合了10种不同的回归模型，其中对下列进行了MITAX评分(如先前所定义的低和高疾病活性)回归，它们所有都被模制为随机效应：13种基因复合评分、RSAD2、IFI27、IFI44和IFI44L。初始随访的治疗状态被用作协变量(即，任何治疗/未治疗)并且在各个模型中被模制为固定效应以便控制药物对基因表达改变的影响。
结果：在所评定的24名DM和PM患者中，3名患者(具体是BGE128、BGE140和BGE3)具有总是＜1的低IFN诱导性基因标记评分并且在它们的整个疗程中与正常对照评分之间从来没有差异。这在如通过MITAC评分而测量的它们的疾病活性显著改变时也如此。
将纵向研究中剩余的21名患者分级为低(MITAX评分≤6；9名患者)和高(MITAX评分＞6；12名患者)疾病活性的两组间比较。这两种类别均表现出与1型IFN诱导性基因表达的相关性(13种基因评分p＝0.002、IFI27 p＝0.002且RSAD2p＝0.003-调整后全部为显著的；参见表8和图385a)。在36名正常健康供体组与高疾病活性的患者之间的比较中，发现使用13种基因复合评分和4种单个基因两者的差异均是高度显著的(表8；图385a)。这些结果表明1型IFN诱导性的13种基因标记评分和4种单个1型IFN诱导性基因的表达均与DM和PM患者的疾病活性强烈相关。
表8：在随访1时DM和PM患者的4种1型IFN诱导性基因、13种基因复合评分和5种细胞因子诱导性基因标记评分的P值。
  正常与MITAX≤6 正常与MITAX＞6 MITAX≤6与MITAX＞6
13种基因 0.032 ＜0.0001 0.002
  RSAD2   0.10 ＜0.0001 0.003
  IFI44L   0.024 ＜0.0001 0.006
  IFI44   0.021 ＜0.0001 0.01
  IFI27   0.005 ＜0.0001 0.002
  GM-CSF   ＜0.0001 ＜0.0001 0.46
  TNF-a   ＜0.0001 ＜0.0001 0.86
  IL-1B   0.001 0.0001 0.97
  IL-10   0.0002 ＜0.0001 0.70
  IL-13   ＜0.0001 ＜0.0001 0.97
两组间比较是正常供体与高疾病活性的患者(在随访1时MITAX评分＞6)和低疾病活性的患者(在随访1时MITAX评分≤6)之间的。所有的p值均为未调整的。
这些生物标志物还显示与在纵向随访期间单独患者内的临床疾病活性高度相关。在他们的随访中具有任何疾病活性改变的患者(N＝18)显示出MITAX评分改变与13种基因复合评分改变(p＝0.0002)和单个基因表达水平改变(IFI27p＝0.0002、RSAD2p＝0.0002并且IFI44L p＝0.0002-在调整后所有均为显著的；图385b)二者的强相关性。IFI44在调整后不显著。此外，13种基因评分和RSAD2与IFI44L的mRNA表达在所有的18名患者中是从低至高MITAX评分增加的。在2名患者中IFI44mRNA的表达是从低至高MITAX评分降低的。这些结果表明复合评分可能比单个基因更稳健地与疾病活性相关。疾病活性没有变化的患者(N＝3)不显示这些基因表达水平的真正改变(图385c)。
此外，大的临床疾病活性改变与13种基因标记复合评分的大的改变相关。在80次患者随访之中有50对连续随访。在这50对中有14次疾病活性的大的改变(MITAX评分改变＞3；10次改善，4次恶化事件)。所有14次改变都与13种基因复合评分和4种单个1型IFN诱导性基因表达两者中的大的改变以一致的方向相关(13种基因复合评分、IFI44L和IFI27提供了最佳的相关性；表9)。
表9.疾病活性的大的改变与患DM或PM的患者的血液中1型IFN诱导性基因表达的大的改变相关。
Figure BPA00001234155500991
  15v3/4* 复发   0→6*   854   1740％   1612％   2213％   1420％   715％
  19v3 复发   2→6   182   387％   847％   8259％   1675％   636％
  95v2 复发   2→13   380   11338％   9256％   1748％   4962％   3022％
  128v2 复发   1→9   133   -24％   145％   -27％   1394％   119％
  147v4 复发   4→9   6   17％   32％   149％   64％   112％
基因表达改变显示为由前一次随访到当前随访的四种转录物的每一种转录物(RSAD2、IFI44L、IFI44和IFI27)和13种基因复合评分的倍数比的％改变。改菩(MITAX评分降低)与这些1型IFN诱导性转录物水平的显著降低相关，并且复发与显著增加相关(在56次测量中存在1次例外)。一次随访(标记为*；15v4)以“预告”随访发生，表明即将复发；15v3至15v4的MITAX改变代表35天的间隔，但是1型IFN诱导性基因表达在15v3时已经升高(显示为15v2至15v3的改变)。
在至少4次随访中收集了7名患者的WB样品。所有患者均显示出疾病活性改变与13种基因复合评分的强相关性(图386a)。这些患者的6名种，使用MITAX评分作为疾病活性时这是明显的；对于一名顽固患者(BGE92)，MITAX评分的局限(它达到最大值13并且不会随疾病活性的进一步增加而增加)限制了它的使用，但是血清CK(由3,369增至32,877IU/L)反映了疾病活性的改变并且与13种基因复合评分的改变强烈相关(图386b)。
使用线性混合模型进行所有患者中临床疾病活性与1型IFN诱导性基因表达改变之间的关联的一般总结。线性混合模型分析的一个优点是能够通过汇集全部患者的信息而改善评估。对于在治疗状态控制之后进行至少3次随访测量的12名患者，发现13种基因复合评分与疾病临床活性最显著地相关(p＝0.0007)，而IFI44L(p＝0.001)和RSAD2(p＝0.002)其次很好地相关(在调整后仍然显著)。
此外，三名患者似乎具有“预告”随访或其中MITAX评分疾病活性很低但是13种基因复合评分相对于前一次的随访显著增加的随访(图387)。在这些“预告”随访之后不久(7-35天)，这三名患者每位的疾病都复发。
实施例2a：IFNα/β诱导性基因标记评分预测肌炎疾病活性
同样监测与实施例1b-d患者不同的研究的DM和PM患者以测定疾病进展和/或消退是否可以通过IFNα/β诱导性基因标记的改变来预测。
总RNA提取和微阵列处理.使用PAXgene血液RNA试剂盒从PAXgene血液提取总RNA。以分光光度法测定RNA纯度和浓度(260/280＞1.9)。使用RNA 6000 Nano LabChip
Figure BPA00001234155501011
在Agilent 2100生物分析仪上估计RNA的质量。
使用Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501012
-轮式cDNA合成试剂盒和AffymetrixGeneChip
Figure BPA00001234155501013
IVT标记试剂盒完成由2μg总RNA产生生物素标记的扩增的cRNA。以分光光度法测定cRNA产物的浓度和纯度。将20微克的每种生物素标记的cRNA片段化以便在Affymetrix人基因组U1332.0+GeneChip
Figure BPA00001234155501014
阵列上杂交。按照Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501015
手册中的概述制备用于杂交的片段化cRNA。在设置为45□的320型旋转杂交炉中进行杂交过夜。所有的GeneChip
Figure BPA00001234155501016
洗涤和染色步骤均在Affymetrix 450型射流工作站上进行。在Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501017
扫描仪3000上扫描阵列。用GeneChip操作软件工具进行数据捕获和初始的阵列质量估计。
血清CK水平血清CK水平从Steven Greenberg(Brigham and Women’sHospital，Inc.)获得。
使用21种基因的静态列表计算IFN基因标记：21种基因通过它们在肌炎患者中与正常对照相比过表达的普遍性和量值得以鉴定。它包括对于每位肌炎患者相同的21种基因(即，映射到21种独特基因的21种探针)的标准列表。这些基因包括：DNA聚合酶-反式激活蛋白6-DNAPTP6；上皮间质相互作用1(乳腺)-EPSTI1；hect结构域和RLD 5-HERC5；干扰素α诱导性蛋白27-IFI27；干扰素诱导蛋白44-IFI44；干扰素诱导蛋白44-样-IFI44L；干扰素α诱导性蛋白6-IFI6；具有三十四肽(tetratricopeptide)重复的干扰素诱导蛋白1-IFIT1；具有三十四肽重复的干扰素诱导蛋白3-IFIT3；ISG15泛素样修饰物；溶酶体相关膜蛋白3-LAMP3；淋巴细胞抗原6复合体，基因座E-LY6E；抗黏液病毒(流感病毒)1，干扰素诱导性蛋白p78-MX1；2’，5’-寡腺苷酸合成酶1，40/46kDa-OAS1；′-5′-寡腺苷酸合成酶2，69/71kDa-OAS2；′-5′-寡腺苷酸合成酶3，100kDa-OAS3；磷脂爬行酶1(Phospholipid scramblase 1)-PLSCR1；含基本S-腺苷甲硫氨酸结构域2-RSAD2；受体(化学感受的)转运体蛋白4-RTP4；唾液酸结合Ig样凝集素1，唾液酸粘附素-SIGLEC1；泛素特异性肽酶18-USP18。计算在第0天(给药前)肌炎患者与24名正常健康对照的平均值之间的改变倍数。然后计算每位肌炎患者的这21个改变倍数值的中值并且将这个值用作IFN-α/β诱导性基因标记评分。
TNFα、IL1β、IL4、IL10和IL13基因标记：TNFα、IL1β、IL4、IL10和IL13基因标记的计算是以类似于IFN-α/β诱导性基因标记的方法计算的。然而，由于鉴定的细胞因子诱导性基因的初始数目对于各种细胞因子是不同的，因此使用基因的百分比而不是绝对数。例如，使用IFN-α/β诱导性基因标记作为标准，选择了每位患者的807种基因中的前25种(动态基因列表)。这代表了所测定的IFN-α/β-诱导性基因的约3.5％。对于其他细胞因子的每一个，保持这个基因百分比以计算每位患者的基因标记。衍生IL1β标记的IL1基因包括：含CCCH型锌指12A-ZC3H12A；脲基丙酸酶β-UPB1；SAM结构域、SH3结构域和核定位信号1-SAMSN1；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子的抑制物ζ-NFKBIZ；五聚环蛋白相关基因，迅速被IL-1β诱导-PTX3；肽酶抑制物3，皮肤源(SKALP)-PI3；含IBR结构域2-IBRDC2；ATG7自噬相关7同系物(酿酒酵母)-ATG7；腺苷A2a受体-ADORA2A；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子的抑制物ζ-NFKBIZ；Bcl2修饰因子-BMF；肽酶抑制物3，皮肤源-(SKALP)；多形性腺瘤基因样2-PLAGL2；促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶8-MAP3K8；假设蛋白(hypothetical protein)LOC285286-LOC285286；含IBR结构域2-IBRDC2；趋化因子(C-C基序)配体4-CCL4；含EH结构域1 EHD1；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子2-NFKB2；溶质载体家族39(锌转运体)成员8-SLC39A8；网状蛋白(reticulon)2-RTN2；断蛋白-NBN；血清类黏蛋白1///血清类黏蛋白2-ORM1///ORM2；溶质载体家族11(质子偶联的二价金属离子转运体)，成员2-SLC11A2；RNA结合基序，单链相互作用蛋白1-RBMS1；血小板反应蛋白1-THBS1；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子2(p49/p100)-NFKB2；假设蛋白LOC253842-LOC253842；白细胞介素-1受体相关激酶3-IRAK3；立即早期反应(immediate early response)5-IER5；含EH结构域1-EHD1；CDNA克隆IMAGE：30408657；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子的抑制物α-NFKBIA；含EH结构域1-EHD1；低氧诱导蛋白2-HIG2；前列腺素E合酶-PTGES；多形性腺瘤基因样2-PLAGL2；含IBR结构域2-IBRDC2；CDNA FLJ13601 fis克隆PLACE1010069；血小板反应蛋白1-THBS1；抗酶抑制物1-AZIN1；ATP酶，H+转运，溶酶体42kDa，V1亚基C1-ATP6V1C1；stannin-SNN；立即早期反应3-IER3；ATG7自噬相关7同系物(酿酒酵母)-ATG7；v-rel网状内皮组织增殖病毒癌基因同系物B，B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子3(鸟类(avian))-RELB；G蛋白偶联受体157-GPR157；少突胶质细胞转录因子1///类似于少突胶质细胞转录因子1///类似于少突胶质细胞转录因子1-OLIG1；///LOC728598///；LOC732056-6355；血小板反应蛋白1-THBS1
衍生TNFα标记的TNFα基因包括：C型凝集素结构域家族4，成员D-CLEC4D；含DENN/MADD结构域4A-DENND4A；磷酸肌醇-3-激酶衔接蛋白1-PIK3AP1；干扰素诱导的含解旋酶C结构域1(interferon induced with helicase C domain 1)-IFIH1；SAM结构域、SH3结构域和核定位信号1-SAMSN1；鸟苷酸结合蛋白(G蛋白)γ2-GNG2；假设蛋白LOC149478-LOC149478；CDNA FLJ32866 fis克隆TESTI2003718；假设蛋白LOC389072-LOC389072；LIM结构域激酶2-LIMK2；RNA结合基序，单链相互作用蛋白1-RBMS1；假设蛋白LOC731424-LOC731424；细胞骨架相关蛋白4-CKAP4；酸性(富亮氨酸)核磷蛋白32家族，成员A-ANP32A；溶质载体家族7(阳离子氨基酸转运体，y+系统)，成员5-SLC7A5；流感病毒NS1A结合蛋白-IVNS1ABP；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子的抑制物α-NFKBIA；氯离子胞内通道4-CLIC4；肌成束蛋白同系物1，肌动蛋白束蛋白(紫色球海胆(Strongylocentrotus purpuratus))-FSCN1；干扰素γ受体2(干扰素γ转导蛋白1)-IFNGR2；豆蔻酰化富丙氨酸蛋白激酶C底物-MARCKS；早期生长反应1-EGR1；抗酶抑制物1-AZIN1；LIM结构域激酶2-LIMK2；鸟苷酸结合蛋白1，干扰素诱导性，67kDa///鸟苷酸结合蛋白1，干扰素诱导性，67kDa-GBP1；肿瘤坏死因子α诱导蛋白2-TNFAIP2；细胞间黏附分子1(CD54)，人鼻病毒受体-ICAM1；肿瘤坏死因子α诱导蛋白3-TNFAIP3；信号调节蛋白α-SIRPA；断蛋白-NBN；EPM2A(痫蛋白(laforin))相互作用蛋白1-EPM2AIP1；多形性腺瘤基因样2-PLAGL2；NADH脱氢酶(泛醌)黄素蛋白2，24kDa-NDUFV2；神经损伤诱导蛋白(ninjurin)1-NINJ1；溶质载体家族11(质子偶联的二价金属离子转运体)，成员2-SLC11A2；早老蛋白1(阿尔茨海默病3)-PSEN1；普列克底物蛋白-PLEK；肌束颤动和延长蛋白ζ1(椎骨蛋白(zygin)I)-FEZ1；肽酶抑制物3，皮肤源(SKALP)；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子的抑制物ε-NFKBIE；嘌呤能受体P2X，配体门离子通道4-P2RX4；趋化因子(C-C基序)配体4-CCL4；GTP环化水解酶1(多巴反应性张力失常)-GCH1；CD83分子-CD83；I型人免疫缺陷病毒增强子结合蛋白1-HIVEP1；Nedd4结合蛋白1-N4BP1；核因子(类红细胞源(erythroid-derived)2)样3-NFE2L3；转录因子样5(碱性螺旋-环-螺旋)-TCFL5；前列腺素E受体4(亚型EP4)-PTGER4；polo样激酶3(果蝇)-PLK3；腺苷A2a受体-ADORA2A；促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶8-MAP3K8；血清类黏蛋白1-ORM1；血清类黏蛋白1///血清类黏蛋白2-ORM1///ORM2；趋化因子(C-C基序)配体3///趋化因子(C-C基序)配体3样1///趋化因子；CCL3///CCL3L1///CCL3L3///LOC728830///LOC730422；CD40分子，TNF受体超家族成员5-CD40；v-rel网状内皮组织增殖病毒癌基因同系物B，B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子3(鸟类)-RELB；嗜乳脂蛋白，超家族2，成员A2-BTN2A2；金属调节转录因子1-MTF1；激活素A受体，IIA型-ACVR2A；纤溶酶原激活物，尿激酶-PLAU；TNF受体相关因子1-TRAF1；肿瘤坏死因子α诱导蛋白6-TNFAIP6；流感病毒NS1A结合蛋白-IVNS1ABP；血小板激活因子受体-PTAFR；免疫球蛋白超家族，成员6-IGSF6；假设蛋白FLJ23556-FLJ23556；转录因子EC-TFEC；钾离子内向整流通道，超家族J，成员2-KCNJ2；嘌呤能受体P2X，配体门离子通道7P2RX7-6811；含egf样模块的粘蛋白样激素受体样1-EMR1；肿瘤坏死因子(TNF超家族，成员2)-TNF；TNFAIP3相互作用蛋白1-TNIP1；LIM和衰老细胞抗原样结构域1-LIMS1；乙酰CoA合成酶长链家族成员1-ACSL1；B细胞申的κ轻多肽基因增强子的核因子2(p49/p100)-NFKB2；早老蛋白1(阿尔茨海默病3)-PSEN1；CASP8和FADD样凋亡调节物(regulato)-CFLAR；含EH结构域1-EHD1；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子1(p105)-NFKB1；溶质载体家族39(锌转运体)，成员8-SLC39A8；CASP8和FADD样凋亡调节物///CASP8和FADD样凋亡调节物-CFLAR；受体相互作用型丝氨酸-苏氨酸激酶2-RIPK2；B细胞中的κ轻多肽基因增强子的核因子2(p49/p100)-NFKB2；丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制物(serpin peptidase inhibitor)，进化枝B(卵清蛋白)，成员9-SERPINB9；补体组分3a受体1-C3AR1；CASP8和FADD样凋亡调节物-CFLAR；绒毛蛋白样-VILL；G蛋白偶联受体35-GPR35；前列腺素E合酶-PTGES；含杆状病毒IAP重复3-BIRC3；CASP8和FADD样凋亡调节物-CFLAR；LIM结构域激酶2-LIMK2；白细胞相关免疫球蛋白样受体1-LAIR1；肌成束蛋白同系物1，肌动蛋白束蛋白(紫色球海胆)-FSCN1；犬尿氨酸3-单加氧酶(犬尿氨酸3-羟化酶)-KMO；磷酸二酯酶4B，cAMP特异性的(磷酸二酯酶F4 dunce同系物，果蝇)-PDE4B；IgA的Fc片段受体-FCAR；CASP8和FADD样凋亡调节物-CFLAR；趋化因子(C-C基序)受体样2///类似于趋化因子(C-C基序)受体样2-CCRL2///LOC727811；血小板激活因子受体///血小板激活因子受体-PTAFR；纤溶酶原激活物，尿激酶///纤溶酶原激活物，尿激酶-PLAU；CASP8和FADD样凋亡调节物-CFLAR；抗酶抑制物1-AZIN1；RAB6相互作用蛋白1-RAB6IP1；白细胞介素1受体拮抗物-IL1RN；转录因子7样2(T细胞特异性的，HMG框)-TCF7L2；SEC24相关基因家族，成员A(酿酒酵母)-SEC24A；豆蔻酰化富丙氨酸蛋白激酶C底物-MARCKS；含IBR结构域3-IBRDC3；膜相关环指(C3HC4)；G0/G1开关2-G0S2；CDNA FLJ13601 fis克隆PLACE1010069；CDC42效应蛋白(Rho GTP酶结合)2-CDC42EP2；CASP8和FADD样凋亡调节物-CFLAR；细胞间黏附分子1(CD54)，人鼻病毒受体-ICAM1；Dmx样2-DMXL2；甘油激酶-GK；NLR家族，含热蛋白结构域3-NLRP3；转录因子7样2(T细胞特异性的，HMG框)-TCF7L2；CD44分子(印度血型)-CD44；白细胞介素1受体拮抗物-IL1RN；超氧化物歧化酶2，线粒体-SOD2；CD58分子-CD58；断蛋白-NBN；犬尿氨酸酶(L-犬尿鸟氨酸水解酶)-KYNU；LIM结构域激酶2-LIMK2；布罗莫结构域邻接锌指结构域(bromodomain adjacent to zinc finger domain)，1A-BAZ1A；stannin-SNN；损伤调节的自噬调控蛋白-DRAM；含普列克底物蛋白同源性结构域，家族F(具有FYVE结构域)成员2-PLEKHF2；SLAM家族成员7-SLAMF7；溶质载体家族15，成员3-SLC15A3；C型凝集素结构域家族4，成员E-CLEC4E；溶质载体家族39(锌转运体)，成员8-SLC39A8；脯氨酸-丝氨酸-苏氨酸磷酸酶相互作用蛋白2-PSTPIP2；白细胞介素-1受体相关激酶3-IRAK3；溶质载体家族2(易化葡萄糖转运体)，成员6-SLC2A6；SAM结构域，SH3结构域和核定位信号1-SAMSN1；Jun二聚蛋白p21SNFT-SNFT；脲基丙酸酶β-UPB1；载脂蛋白L，3-APOL3；FLJ12886；游离脂肪酸受体2-FFAR2；游离脂肪酸受体3///G蛋白偶联受体42///类似于游离脂肪酸受体3(G蛋白偶联受体41)-FFAR3；UDP-Gal：βGlcNAcβ1，4-半乳糖转移酶，多肽5-B4GALT5；内收蛋白3(γ)///氯化物；含EH结构域1-EHD1；含普列克底物蛋白同源性结构域，家族F(具有FYVE结构域)成员2-PLEKHF2；SLAM家族成员7-SLAMF7；C型凝集素结构域家族4，成员E-CLEC4E；染色体15开放阅读框48-C15orf48；G蛋白偶联受体84-GPR84；CD274分子-CD274脲基丙酸酶，β-UPB1；溶质载体家族35，成员B-SLC35B2；含GRAM结构域1A-GRAMD1A；肿瘤蛋白p53诱导性核蛋白2-TP53INP2；微管蛋白酪氨酸连接酶-TTL；鸟苷酸结合蛋白(G蛋白)γ2-GNG2；含主要易化物(facilitator)超家族结构域2-MFSD2；智人(Homo sapiens)克隆IMAGE：5547644；Cdc42GTP酶激活蛋白-CDGAP；具有双头相关结构域(forkhead-associated domain)的TRAF相互作用蛋白结构域-TIFA；脱氢酶/还原酶(SDR家族)成员13-DHRS13；剪接因子3a，亚基2，66kDa-SF3A2；ATP酶，H+转运，溶酶体42kDa，V1亚基C1-ATP6V1C1；Bcl2修饰因子BMF；金属调节转录因子1-MTF1；早期生长反应1-EGR1；EPM2A(痫蛋白)相互作用蛋白1-EPM2AIP1；假设蛋白MGC7036-MGC7036；含IBR结构域2-IBRDC2；少突胶质细胞转录因子1///类似于少突胶质细胞转录因子1///类似于少突胶质细胞转录因子1-OLIG1；脲基丙酸酶β-UPB1；促分裂原活化蛋白激酶10-MAPK10；含杆状病毒IAP重复3-BIRC3；全长插入CDNA克隆YX74D05；成蛋白样3-FMNL3；白细胞介素4诱导1-IL4I1；鸟苷酸结合蛋白1，干扰素诱导性，67kDa-GBP1；白细胞介素-1受体相关激酶2-IRAK2；含CCCH型锌指12C-ZC3H12C；智人克隆IMAGE：；转录因子7样2(T细胞特异性的，HMG框)-TCF7L2；SLAM家族成员7-SLAMF7；TNF受体相关因子1-TRAF1；CDNA克隆IMAGE：6254031；促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶8-MAP3K8；染色体8开放阅读框38-C8orf38；含IBR结构域2-IBRDC2；CDNA克隆IMAGE：5270500；BC008048支持的假设基因-LOC440934；含IBR结构域2-IBRDC2；胞质分裂专一物(dedicator of cytokinesis)4-DOCK4；Nedd4结合蛋白1-N4BP1；肽酶抑制物3，皮肤源(SKALP)-PI3
衍生IL4标记的IL4基因包括：所列的基因和图11-104上注释的基因
衍生IL10标记的IL10基因包括：所列的基因和图105-158上注释的基因。
衍生IL13标记的IL13基因包括：所列的基因和图159-234上注释的基因。
结果：与实施例1d中描述的结果一致，在此组患者中DM和PM患者的IFNα/β诱导性基因标记评分能够预测疾病的稳定性、改善和复发。图2a显示DM和PM患者的IFNα/β诱导性基因标记评分在具有活性疾病的那些患者中比改善的那些患者中更高。图2b提供了成对样品中单个DM患者的IFNα/β诱导性基因标记，所述成对样品的一个在活性疾病期间获得且一个在疾病改善期间获得。在DM患者表现出疾病改善时DM患者的IFNα/β诱导性基因标记降低。图3提供在医师的两次随访过程中显示出临床改善的三名其他DM患者的全血中的IFNα/β诱导性基因标记。对于三名患者((a)、(b)和(c))的每一个，IFNα/β诱导性基因标记在患者临床改菩时降低。对于其他细胞因子标记(TNFα、IL1β、IL4、IL10或IL13)没有观察到细胞因子基因标记评分与临床改善的这种相关性。图4提供了DM患者的IFNα/β诱导性基因标记的改变。IFNα/β诱导性基因标记在患者的病况临床恶化时增加并且在患者的病况临床改善时降低。图5进一步显示PM患者中IFNα/β诱导性基因标记与血清CK水平的相关性。图6和7显示DM患者中临床疾病、血清CK活性与IFNα/β诱导性基因标记的相关性。图6提供了IFNα/β诱导性基因标记与血清CK活性的密切相关性。图7进一步关联了患者的IFNα/β诱导性基因标记和临床疾病过程。
实施例2b：在DM和PM患者中TNF-α、IL-1β、GM-CSF、IL-10和 IL-13信号传导途径被激活但是其与疾病活性不相关
与实施例1d中所述的类似，使用全基因组阵列方法来评定在DM和PM发病中可能起作用的细胞因子TNF-α、IL-1β、IL-10、IL-13和GM-CSF的可能作用。图388a分别显示了36名健康正常对照、具有低和高疾病活性的DM和PM患者(实施例1b-1d中所讨论的患者)的WB中TNF-α、IL-1β、IL-10、IL-13和GM-CSF的复合细胞因子诱导性基因标记评分。1型IFN、GM-CSF、IL-10、IL-13、IL-1β和TNF-α的细胞因子诱导性基因标记评分如所描述的计算(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；第2009卷，文献ID 374312，doi：10.4061/2009/374312；Yao Y，Jallal J，等人Neutralization of IFN-α/β-Inducible Genes and Downstream Effect in a Phase I Trial of an Anti-IFN-□Monoclonal Antibody in SLE(SLE中抗IFN-α单克隆抗体的I期试验中的IFN-α/β诱导性基因的中和和下游作用).被Arthritis Rheum.接受)。如所描述的(Yao，Y，Jallal J，等人Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-αMonoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus.(用于系统性红斑狼疮的抗IFNα单克隆抗体试验的潜在的药效学和诊断标志物的开发)Human Genomics and Proteomics.2008；Volume 2009，文献ID374312，doi：10.4061/2009/374312)将DM和PM患者分为I型IFN诱导性基因标记弱、中等和高评分。在对照与具有低疾病活性或高疾病活性的患者之间，WB中的TNF-α、IL-1β、IL-10、IL-13和GM-CSF之间的所有差异在多重比较调整之后均为统计学上显著的(表8)。这表明所有的这些细胞因子传导途径在这些患者的血液中均被激活。TaqMan QRT-PCR还证实了在PM患者的肌肉活组织检查中这些细胞因子的mRNA过表达，并且在DM患者中较低程度的过表达(未显示)。然而，这些细胞因子诱导性基因标记评分在具有低疾病活性的患者与具有高疾病活性的患者之间无一显示出任何统计学上显著的差异(表8)。此外，对于在研究期间疾病活性改变的18名患者，这些细胞因子诱导性基因标记评分无一以一致的方向改变(图388b)。对于在他们的整个治疗期间疾病活性水平从未改变的3名患者，没有观察到这些细胞因子诱导性基因标记评分的显著改变(图388c)。
图389显示了通过高疾病活性和低疾病活性分级的所有24名患者的细胞因子诱导性基因标记评分。1型IFN诱导性基因的抑制对于显示出疾病活性改善的患者来说是普遍的，但是对于TNF-α、IL-1β、IL-10、IL-13和GM-CSF诱导性基因标记来说则并非如此。
实施例3：IFNα/β诱导性基因标记在IBM患者肌肉和全血样品中过表 达
还测定出IFNα/β诱导性基因标记在IBM患者肌肉和全血样品中过表达。
总RNA提取和微阵列处理：分别使用PAXgene血液RNA试剂盒和Qiagen RNeasy Fibrous Tissue Mini(Hilden，Germany)从PAXgene血液和肌肉活组织检查提取总RNA。以分光光度法测定RNA纯度和浓度(260/280＞1.9)。使用RNA 6000 Nano LabChip
Figure BPA00001234155501091
在Agilent 2100生物分析仪上估计RNA的质量。
使用Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501092
-轮式cDNA合成试剂盒和AffymetrixGeneChipIVT标记试剂盒完成由2μg总RNA产生生物素标记的扩增的cRNA。以分光光度法测定cRNA产物的浓度和纯度。将20微克的每种生物素标记的cRNA片段化以便在Affymetrix人基因组U1332.0+GeneChip
Figure BPA00001234155501094
阵列上杂交。按照Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501095
手册中的概述制备用于杂交的片段化cRNA。在设置为45□的320型旋转杂交炉中进行杂交过夜。所有的GeneChip
Figure BPA00001234155501101
洗涤和染色步骤均在Affymetrix 450型射流工作站上进行。在Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501102
扫描仪3000上扫描阵列。用GeneChip操作软件(GCOS)工具进行数据捕获和初始阵列的质量估计。
使用21种基因的静态列表计算基因标记：通过与正常对照的相比在肌炎患者中过表达的普遍性和量值鉴定了此列表内的21种基因。它包括每位肌炎患者相同的21种基因(即，反映21种独特基因的21种探针)的标准列表。这21种基因为：DNAPTP6；EPSTI1；HERC5；IFI27；IFI44；IFI44L；IFI6；IFIT1；IFIT3；ISG15；LAMP3；LY6E；MX1；OAS1；OAS2；OAS3；PLSCR1；RSAD2；RTP4；SIGLEC1和USP18。计算在第0天(给药前)肌炎患者与24名正常健康对照的平均值之间的改变倍数。然后计算每位肌炎患者的这21个改变倍数值的中值并且将这个值用作IFN-α/β诱导性基因标记评分。
使用25种基因的动态列表计算基因标记：对于每位患者，从先前发现为IFN-α/β诱导性的并且被MEDI-545中和的807种探针的组中选择前25种基因(通过改变倍数值确定)的动态列表。参见图235-381，这25种基因通过他们的改变倍数量值来选择并且所有都表示独特的已知基因(对于被多种探针表示的基因，将显示出最高改变倍数的探针用于该目的)。计算在第0天(给药前)肌炎患者与24名正常健康对照的平均值之间的改变倍数。然后计算每位肌炎患者的这25个改变倍数值的中值并且将这个值用作IFN-α/β诱导性基因标记评分。
结果：表1显示无论使用21种基因的静态列表还是25种基因的动态列表计算，IBM患者肌肉中的IFNα/β诱导性基因标记都是过表达的。表8提供了图解表1中所显示的单个IBM患者的肌肉组织中IFNα/β诱导性基因标记过表达的散点图。
表1：IBM患者肌肉样本中IFN-α/β诱导性基因标记的过表达
样品 ID IFNab.中值改变倍数(25 IFNab.中值改变倍数(21
 种基因)  种基因)
  IBM   MA45_GEIM18  29.49  4.48
  IBM   MA45_GEIM127  16.56  3.37
  IBM vs PM   MA45_GEIM323  26.09  7.07
  IBM   MA45_GEIM335  15.24  3.57
  IBM   MA45_GEIM354  27.11  5.49
  IBM-HIV   MA45_GEIM358  6.74  3.13
  IBM   MA45_GEIM363  58.73  7.14
  IBM   MA45_GEIM366  8.14  2.86
  IBM   MA45_GEIM372  53.50  11.16
  IBM   MA45_GEIM373  21.65  4.85
  IBM   MA45_GEIM374  33.71  5.47
  IBM   MA45_GEIM377  48.42  6.20
  IBM   MA45_GEIM380  25.23  4.24
  IBM   MA45_GEIM397  10.00  3.01
还检测了IBM患者的全血以测定是否能检测到IFNα/β诱导性基因标记的过表达。使用25种基因的动态列表来检测样品中的IFNα/β诱导性基因标记，在IBM全血中可以检测到IFNα/β诱导性基因标记的过表达。对于9名IBM患者全血样品的IFNα/β诱导性基因标记评分参见图9a，并且对于图解单个IBM患者的IFNα/β诱导性基因标记评分的散点图参见图9b。
实施例4：与Jo1 + DM患者相比IFNα/β诱导性基因标记在Jo1 - DM患 者的肌肉中有更大增高
与Jo1+DM患者相比在Jo1-DM患者的肌肉中IFNα/β诱导性基因标记过表达更高。
总RNA提取和微阵列处理：使用Qiagen RNeasy Fibrous Tissue Mini(Hilden，Germany)从PAXgene肌肉活组织检查提取总RNA。以分光光度法测定RNA纯度和浓度(260/280＞1.9)。使用RNA 6000 Nano LabChip
Figure BPA00001234155501111
在Agilent 2100生物分析仪上估计RNA的质量。
使用Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501112
-轮式cDNA合成试剂盒和AffymetrixGeneChip
Figure BPA00001234155501113
IVT标记试剂盒完成由2μg总RNA产生生物素标记的扩增的cRNA。以分光光度法测定cRNA产物的浓度和纯度。将20微克的每种生物素标记的cRNA片段化以便在Affymetrix人基因组U1332.0+GeneChip
Figure BPA00001234155501114
阵列上杂交。按照Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501121
手册中的概述制备用于杂交的片段化cRNA。在设置为45□的320型旋转杂交炉中进行杂交过夜。所有的GeneChip
Figure BPA00001234155501122
洗涤和染色步骤均在Affymetrix 450型射流工作站上进行。在Affymetrix GeneChip
Figure BPA00001234155501123
扫描仪3000上扫描阵列。用GeneChip操作软件(GCOS)工具进行数据捕获和初始阵列质量估计。
使用19种基因的静态列表计算基因标记：通过与正常对照的相比在肌炎患者中过表达的普遍性和量值鉴定了此列表内的19种基因。将相同的19种基因(即，反映19种独特基因的19种探针)用于每个肌炎患者。这19种基因包括EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。计算在第0天(给药前)肌炎患者与24名正常健康对照的平均值之间的改变倍数。然后计算每一位的这19个改变倍数值的中值。
结果：图10a提供了IFNα/β诱导性基因标记中所包括的19种基因的每一种的中值过表达倍数，以及10份IBM患者肌肉样品的每一份的IFNα/β诱导性基因标记的总体中值改变倍数。表10b提供了图解图10a中所显示的每个单个IBM患者的肌肉组织中IFNα/β诱导性基因标记过表达的散点图。尽管在Jo1-和Jo1+患者二者的肌肉样品中IFNα/β诱导性基因标记均过表达，但是在Jo1-患者的肌肉样品中过表达更高。
实施例5：肌炎患者肌肉组织中的miRNA与健康供体肌肉组织中的 相比是差异调节的
在从8名健康供体、11名DM患者和10名IBM患者获得的样品中测量了肌肉组织中的miRNA水平。
样品处理：使用mirVana miRNA分离试剂盒(Ambion，Inc.，Austin，TX)根据厂商所建议的方案处理肌肉组织样品。以分光光度法测定各样品的浓度和纯度(260/280nm)。样品的质量通过Agilent 2100生物分析仪(AgilentTechnologies，Inc.，Santa Clara，CA)分析来估计。
TaqMan阵列人微RNA组的多重RT(Applied Biosystems，Foster City，CA)：将处理的RNA样品标准化为25ng/μL的浓度。将4μL每种被标准化的RNA样品转移到已放置在冰上的8管的微型管排(4μL×8)的单个孔中。将5μL冰冷的RT主混合物(master mix)添加到含有4μL标准化的RNA的孔中。每5μL RT主混合物含有0.2μL 100mM dNTP、2.0μL MultiScribe反转录酶(50U/mL)、1.0μL10×反转录缓冲液、0.125μL RNA酶抑制剂(20U/L)以及在冰上制备的1.675μL不含核酸酶的水。将1μL体积的多重RT人引物混合物(各引物混合物#1-8之一)添加到相应的微型管(微型管1-8)中，每种RNA样品共得到8份独立的RT反应物。将微型管加盖，轻轻混合并短暂离心。然后在冰上孵育所有反应样品至少5分钟，之后进行cDNA合成方案。
cDNA合成步骤使用下列设置在Bio-Rad(Hercules，CA)Tetrad热循环仪中进行：16□30分钟，42□30分钟，85□5分钟，4□-保持。在完成cDNA合成反应之后，将所有的样品体积(10μL)转移到单个1.5mL的微离心管中并通过添加615μL无核酸酶的水将其稀释62.5倍。将所有的样品都保持在冰上直至进一步处理。
TaqMan低密度阵列：在人微RNA组TaqMan低密度阵列(TLDA)(Applied Biosystems，Foster City，CA)分析的准备中，在单独的1.5mL微离心管中混合50μL稀释的RT反应物和50μLTaqMan通用PCR主混合物(2×)(Applied Biosystems，Foster City，CA)。将样品管加盖，轻轻混合并短暂离心。进行加载阵列的标准步骤，并且在7900HT快速实时PCR系统(Applied Biosystems，Foster City，CA)上运行阵列。用SDSv2.2.2软件(Applied Biosystems，Foster City，CA)进行所得Ct值的数据分析。
结果：miRNA在DM和IBM两种患者的肌肉中均被差异调节。参见表2-5。图表中提供了独特的检测物Id、miRNAid和序列。
表2：DM患者肌肉样本中差异性上调的miRNA
  检测物   p值   改变倍数
  hsa-miR-21-4373090   0.042   2.141
  hsa-miR-34b-4373037   0.046   34.091
  hsa-miR-382-4373019   0.024   2.07
表3：DM患者肌肉样本中差异性下调的miRNA
  检测物   p值   改变倍数
  hsa-miR-1-4373161   0.022   0.413
  hsa-miR-100-4373160   0.023   0.47
  hsa-miR-101-4373159   0   0.381
  hsa-miR-128b-4373170   0.012   0.287
  hsa-miR-133a-4373142   0   0.225
  hsa-miR-133b-4373172   0.006   0.471
  hsa-miR-181c-4373115   0.019   0.407
  hsa-miR-186-4373112   0.012   0.468
  hsa-miR-193b-4373185   0.004   0.294
  hsa-miR-22-4373079   0.007   0.445
  hsa-miR-23a-4373074   0.008   0.494
  hsa-miR-23b-4373073   0.016   0.374
  hsa-miR-26b-4373069   0.038   0.491
  hsa-miR-27a-4373287   0.008   0.384
  hsa-miR-27b-4373068   0.013   0.253
  hsa-miR-296-4373066   0.002   0.327
  hsa-miR-29a-4373065   0.002   0.435
  hsa-miR-29c-4373289   0   0.399
  hsa-miR-30a-3p-4373062   0.029   0.402
  hsa-miR-30a-5p-4373061   0.01   0.398
  hsa-miR-30b-4373290   0.005   0.407
  hsa-miR-30c-4373060   0.006   0.344
  hsa-miR-30d-4373059   0.004   0.395
  hsa-miR-30e-3p-4373057   0.011   0.331
  hsa-miR-30e-5p-4373058   0.032   0.36
  hsa-miR-324-5p-4373052   0.002   0.446
  hsa-miR-328-4373049   0.032   0.436
  hsa-miR-331-4373046   0.025   0.471
  hsa-miR-340-4373041   0   0.445
  hsa-miR-361-4373035   0.001   0.371
  hsa-miR-365-4373194   0   0.304
  hsa-miR-378-4373024   0.004   0.227
  hsa-miR-422a-4373200   0.004   0.306
  hsa-miR-423-4373015   0.031   0.416
  hsa-miR-489-4373214   0.015   0.307
  hsa-miR-491-4373216   0   0.384
  hsa-miR-504-4373229   0.031   0.293
  hsa-miR-518e-4373265   0.033   0.236
  hsa-miR-594-4380958   0.047   0.442
  hsa-miR-99a-4373008   0.016   0.445
表4：IBM患者肌肉样本中差异性上调的miRNA
  检测物   p值   改变倍数
  hsa-miR-127-4373147   0.001343696   2.383908732
  hsa-miR-132-4373143   0.016749924   2.309908878
  hsa-miR-146a-4373132   4.77E-05   6.948265587
  hsa-miR-155-4373124   0.018655052   12.97376751
  hsa-miR-21-4373090   0.000174951   2.970268559
  hsa-miR-214-4373085   0.012834402   2.089563254
  hsa-miR-221-4373077   0.000213444   4.590059735
  hsa-miR-222-4373076   5.61E-05   2.156256092
  hsa-miR-299-5p-4373188   0.002824631   3.814890525
  hsa-miR-31-4373190   0.011811928   4.216344588
  hsa-miR-323-4373054   0.005094215   4.026315243
  hsa-miR-34a-4373278   0.026043587   3.074758212
  hsa-miR-34b-4373037   0.006396276   47.2379796
  hsa-miR-376a-4378104   0.027686874   2.592096707
  hsa-miR-382-4373019   6.05E-05   3.002877696
  hsa-miR-411-4381013   0.002347682   2.735004685
  hsa-miR-432-4373280   0.009111595   4.007329367
  hsa-miR-433-4373205   0.001574922   2.996897264
  hsa-miR-511-4373236   0.000664051   4.444594072
表5：IBM患者肌肉样本中差异性下调的miRNA
  检测物   p值   改变倍数
  hsa-let-7a-4373169   0.000261495   0.461940063
  hsa-let-7d-4373166   0.000519994   0.449301892
  hsa-let-7f-4373164   0.004942999   0.275220876
  hsa-let-7g-4373163   0.003108841   0.479827561
  hsa-miR-1-4373161   0.0089026   0.151102573
  hsa-miR-101-4373159   4.99E-06   0.242569835
  hsa-miR-126-4373269   0.042276687   0.45132497
  hsa-miR-128b-4373170   0.014270087   0.160708669
  hsa-miR-133a-4373142   5.99E-05   0.200538744
  hsa-miR-133b-4373172   2.25E-08   0.238646208
  hsa-miR-181c-4373115   0.019419918   0.420494392
  hsa-miR-186-4373112   0.016570765   0.488720432
  hsa-miR-190-4373110   0.011508084   0.366253183
  hsa-miR-193b-4373185   0.005790023   0.19249679
  hsa-miR-196b-4373103   0.024105127   0.375328485
  hsa-miR-197-4373102   0.022613224   0.479233993
  hsa-miR-19a-4373099   0.042678905   0.45412976
  hsa-miR-20a-4373286   0.009776077   0.4466972
  hsa-miR-22-4373079   0.004224752   0.263087054
  hsa-miR-23b-4373073   0.0146826   0.359600816
  hsa-miR-26a-4373070   0.005930571   0.39550998
  hsa-miR-26b-4373069   0.033096249   0.443882937
  hsa-miR-27b-4373068   0.015743098   0.297783418
  hsa-miR-296-4373066   0.001194699   0.298589928
  hsa-miR-29a-4373065   0.001349097   0.336664818
  hsa-miR-29c-4373289   2.52E-09   0.238818173
  hsa-miR-30a-3p-4373062   0.017730482   0.229143827
  hsa-miR-30a-5p-4373061   0.006268296   0.257975023
  hsa-miR-30b-4373290   0.004246722   0.274619234
  hsa-miR-30c-4373060   0.005198547   0.281971024
  hsa-miR-30d-4373059   0.002285223   0.241803139
  hsa-miR-30e-3p-4373057   0.010367212   0.2350075
  hsa-miR-30e-5p-4373058   0.020271038   0.244720048
  hsa-miR-32-4373056   0.019282796   0.385941654
  hsa-miR-328-4373049   0.022423378   0.370315868
  hsa-miR-331-4373046   0.016552922   0.372139854
  hsa-miR-340-4373041   5.05E-05   0.441742765
  hsa-miR-345-4373039   0.04317298   0.422795116
  hsa-miR-361-4373035   0.002496089   0.377110989
  hsa-miR-365-4373194   0.000215304   0.21743854
  hsa-miR-374-4373028   0.042460027   0.4973205
  hsa-miR-378-4373024   0.003719421   0.233224009
  hsa-miR-422a-4373200   0.003828686   0.171239493
  hsa-miR-423-4373015   0.022144073   0.35633136
  hsa-miR-486-4378096   0.01445536   0.345595073
  hsa-miR-491-4373216   6.63E-06   0.34787378
  hsa-miR-504-4373229   0.027141237   0.237911164
  hsa-miR-518e-4373265   0.030022387   0.147803021
  hsa-miR-594-4380958   0.022205513   0.250995551
  hsa-miR-616-4380992   0.043443863   0.235726158
  hsa-miR-92-4373013   0.041324118   0.347364092
  hsa-miR-95-4373011   0.00098202   0.187541196
  hsa-miR-98-4373009   0.004874227   0.322319097
  hsa-miR-99a-4373008   0.026616112   0.499299362
由于这种差异调节，miRNA可用于肌炎患者的诊断、预测、治疗和/或分级。

Claims (218)

1.一种治疗患有I型IFN或IFNα介导的疾病或疾患的患者的方法，所述方法包括：
施用结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂；
其中所述患者包含差异调节的miRNA标志物谱；并且
其中所述药剂中和所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱。
2.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括检测所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱的中和。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
4.如权利要求3所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
8.如权利要求3所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
9.如权利要求1所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
13.如权利要求12所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
14.如权利要求9所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
15.如权利要求3所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
20.如权利要求15所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
21.如权利要求1所述的方法，其中所述药剂为生物药剂。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述药剂为抗体。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
24.如权利要求22所述的方法，其中所述抗体是对一种或多种I型IFN或IFNα亚型特异性的但不是MEDI-545。
25.如权利要求1所述的方法，其中所述药剂的施用减轻所述疾病或疾患的一种或多种症状。
26.如权利要求22所述的方法其中所述抗体以大约0.03和30mg/kg之间的剂量施用。
27.如权利要求26所述的方法，其中所述抗体以0.3和3mg/kg之间的剂量施用。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述抗体以0.03和1mg/kg之间的剂量施用。
29.如权利要求21中任一项所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少10％。
30.如权利要求29所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少20％。
31.如权利要求30所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少30％。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少40％。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少50％。
34.如权利要求1所述的方法，其中所述疾病或疾患是狼疮、银屑病、血管炎、结节病、舍格伦综合征或肌炎之一。
35.如权利要求34所述的方法，其中所述疾病或疾患是肌炎。
36.如权利要求1所述的方法，其中所述患者还包含至少IFNα亚型1、2、8和14的表达或活性上调。
37.如权利要求2所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的全血中检测。
38.如权利要求2所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的肌肉组织中检测。
39.如权利要求1所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱是强的或中等的。
40.一种在需要其的患者中中和差异调节的miRNA标志物谱的方法，所述方法包括：
给所述患者施用结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂；
其中所述药剂中和所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱。
41.如权利要求40所述的方法，所述方法还包括检测所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱的中和。
42.如权利要求40所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
43.如权利要求42所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
47.如权利要求42所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
48.如权利要求40所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
49.如权利要求48所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
51.如权利要求50所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
53.如权利要求48所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
54.如权利要求42所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
57.如权利要求56所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
59.如权利要求54所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
60.如权利要求40所述的方法，其中所述药剂为生物药剂。
61.如权利要求60所述的方法，其中所述药剂为抗体。
62.如权利要求61所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
63.如权利要求61所述的方法，其中所述抗体是对一种或多种I型IFN或IFNα亚型特异性的但不是MEDI-545。
64.如权利要求40所述的方法，其中所述药剂的施用减轻疾病或疾患的一种或多种症状。
65.如权利要求61所述的方法其中所述抗体以大约0.03和30mg/kg之间的剂量施用。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述抗体以0.3和3mg/kg之间的剂量施用。
67.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体以0.03和1mg/kg之间的剂量施用。
68.如权利要求40所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少10％。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少20％。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少30％。
71.如权利要求70所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少40％。
72.如权利要求71所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述差异调节的miRNA标志物谱中和至少50％。
73.如权利要求40所述的方法，其中所述患者已被诊断为患有狼疮、银屑病、血管炎、结节病、舍格伦综合征或肌炎之一。
74.如权利要求73所述的方法，其中所述患者已被诊断为患有肌炎。
75.如权利要求40所述的方法，其中所述患者还包含至少IFNα亚型1、2、8和14的表达或活性上调。
76.如权利要求41所示的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的全血中检测。
77.如权利要求41所示的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱在所述患者的肌肉组织中检测。
78.如权利要求40所述的方法，其中所述差异调节的miRNA标志物谱是强的或中等的。
79.一种监测或预测患者的炎性疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自患者的第一样品中的第一差异调节的miRNA标志物谱。
80.如权利要求79所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
81.如权利要求80所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
82.如权利要求81所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
83.如权利要求82所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
84.如权利要求83所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
85.如权利要求80所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
86.如权利要求79所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
87.如权利要求86所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
88.如权利要求87所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
89.如权利要求88所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
90.如权利要求89所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
91.如权利要求86所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
92.如权利要求80所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
93.如权利要求92所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
94.如权利要求93所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
95.如权利要求94所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
96.如权利要求95所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
97.如权利要求92所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
98.如权利要求79所述的方法，其中所述第一差异调节的miRNA标志物谱是强谱并且所述患者预测为疾病进展。
99.如权利要求98所述的方法，其中所述强谱包含健康个体的至少10倍的miRNA差异表达。
100.如权利要求98所述的方法，其中所述自身免疫疾病是肌炎。
101.如权利要求79所述的方法，其中第一IFNα诱导性PD标志物表达谱是弱谱并且所述患者预测为疾病消退。
102.如权利要求101所述的方法，其中所述弱谱包含不超过健康个体的2倍的miRNA差异表达。
103.如权利要求98所述的方法，其中所述强谱指示医师改变疾病治疗。
104.如权利要求79所述的方法，所述方法还包括：
获得来自患者的第二样品中的第二差异调节的miRNA标志物谱。
其中第二谱相对于第一谱的miRNA标志物的数目或水平增加预测疾病进展；或
其中第二谱相对于第一谱的miRNA标志物的数目或水平降低预测疾病消退。
105.一种监测接受治疗剂治疗的患者的自身免疫疾病或炎性疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自所述患者的第一样品中的第一miRNA谱。
施用治疗剂；
获得来自所述患者的第二样品中的第二miRNA谱；以及
比较所述第一miRNA谱和所述第二miRNA谱，
其中所述第一miRNA谱与所述第二miRNA谱之间的变化表明治疗剂的效力水平。
106.如权利要求105所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性上调。
107.如权利要求106所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性上调。
108.如权利要求107所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性上调。
109.如权利要求108所述的方法，其中所述第一miRNA标志物谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性上调。
110.如权利要求109所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表2或4中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性上调。
111.如权利要求106所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-34b-4373037检测。
112.如权利要求105所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
113.如权利要求112所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
114.如权利要求113所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
115.如权利要求114所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
116.如权利要求115所述的方法，其中所述第一miRNA谱包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
117.如权利要求112所述的方法，其中所述至少一种miRNA通过检测物hsa-miR-1-4373161检测。
118.如权利要求106所述的方法，其中所述第一miRNA谱还包含通过表3或5中所标示的检测物检测的至少一种miRNA的表达或活性下调。
119.如权利要求118所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少两种miRNA的表达或活性下调。
120.如权利要求119所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少五种miRNA的表达或活性下调。
121.如权利要求120所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十种miRNA的表达或活性下调。
122.如权利要求121所述的方法，其中所述表达或活性下调是通过表3或5中所标示的检测物检测的至少十五种miRNA的表达或活性下调。
123.如权利要求118所述的方法，其中通过表3或5中所标示的检测物检测的所述至少一种miRNA为hsa-miR-1-4373161。
124.如权利要求105所述的方法，其中所述自身免疫疾病或炎性疾病是狼疮、特发性炎性肌炎、舍格伦综合征、血管炎、结节病或银屑病。
125.如权利要求124所述的方法，其中所述自身免疫疾病是特发性炎性肌炎。
126.如权利要求105所述的方法，其中所述治疗剂为小分子或生物药剂。
127.如权利要求126所述的方法，其中所述生物药剂为抗体。
128.如权利要求127所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
129.如权利要求105所述的方法，其中所述第一miRNA谱在施用所述治疗剂之前获得。
130.如权利要求105所述的方法，其中所述第一miRNA谱在施用所述治疗剂之时获得。
131.如权利要求105所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品是全血、肌肉或血清。
132.如权利要求105所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第三样品中的第三miRNA谱。
133.如权利要求132所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第四样品中的第四miRNA谱。
134.如权利要求133所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第五样品中的第五miRNA谱。
135.如权利要求134所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第六样品中的第六miRNA谱。
136.如权利要求105所述的方法，其中所述第二样品在施用所述治疗剂之后至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
137.如权利要求132所述的方法，其中所述第三样品在获得所述第二样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
138.如权利要求133所述的方法，其中所述第四样品在获得所述第三样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
139.如权利要求134所述的方法，其中所述第五样品在获得所述第四样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
140.如权利要求105所述的方法，其中变化是所述患者的差异miRNA水平相对于健康水平的降低。
141.如权利要求105所述的方法，其中变化是所述患者的差异miRNA水平相对于健康水平的增加。
142.如权利要求141所述的方法，其中所述差异miRNA水平的增加指示疾病预后不良或疾病将复发。
143.如权利要求141所述的方法，其中所述患者的差异miRNA水平的增加指示所述患者的治疗的改变。
144.一种治疗肌炎患者的方法，所述方法包括：
施用结合并调控I型IFN或IFNα活性的药剂；
其中所述患者包含I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱；
并且其中所述药剂中和所述患者的所述I型IFN或IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
145.如权利要求144所述的方法，所述方法还包括检测所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱的中和。
146.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：MX1、LY6E、IFI27、OAS1IFIT1、IFI6、IFI44L、ISG15、LAMP3、OASL、RSAD2和IFI44。
147.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：LAMP3、SIGLEC1、DNAPTP6、IFIT2、ETV7、RTP4、SERPING1、HERC5、XAF1、MX1、EPSTI1、OAS2、OAS1、OAS3、IFIT3、IFI6、USP18、RSAD2、IFI44、LY6E、ISG15和IFI27。
148.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
149.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：DNAPTP6、EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、PLSCR1、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
150.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：SAMD9L、IFI6、IFI44、IFIT2、OAS1、IFI27、OAS3、IFI44L、HERC5、IFIT1、EPSTI1、ISG15、SERPING1、OASL、GBP1和MX1。
151.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L、IFI27、MX1、IFIT1、ISG15、LAMP3、OAS3、OAS1、EPSTI1、IFIT3、OAS2、SIGLEC1和USP18。
152.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI6、RSAD2、IFI44、IFI44L和IFI27。
153.如权利要求144所述的方法，其中所述药剂为生物药剂。
154.如权利要求153所述的方法，其中所述药剂为抗体。
155.如权利要求154所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
156.如权利要求154所述的方法，其中所述抗体是对一种或多种I型IFN或IFNα亚型特异性的但不是MEDI-545。
157.如权利要求144所述的方法，其中所述药剂的施用减轻一种或多种肌炎症状。
158.如权利要求154所述的方法，其中所述抗体以大约0.03和30mg/kg之间的剂量施用。
159.如权利要求158所述的方法，其中所述抗体以0.3和3mg/kg之间的剂量施用。
160.如权利要求159所述的方法，其中所述抗体以0.03和1mg/kg之间的剂量施用。
161.如权利要求153-155中任一项所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少10％。
162.如权利要求144所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少20％。
163.如权利要求162所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少30％。
164.如权利要求163所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少40％。
165.如权利要求164所述的方法，其中所述药剂将所述患者的所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱中和至少50％。
166.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含至少IFNα亚型1、2、8和14的表达或活性上调。
167.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含PD标志物基因的转录物。
168.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含由PD标志物基因所表达的多肽。
169.一种监测或预测患者的肌炎疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自患者的第一样品中的第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
170.如权利要求169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱是强谱并且所述患者预测为肌炎疾病进展。
171.如权利要求170所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的过量表达或活性：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
172.如权利要求169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱是弱谱并且所述患者预测为肌炎疾病消退。
173.如权利要求169所述的方法，所述方法还包括：
获得来自所述患者的第二样品中的第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
其中第二表达谱相对于第一表达谱的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目或水平增加预测肌炎疾病进展；或
其中第二表达谱相对于第一表达谱的I型IFN或IFNα诱导性PD标志物的数目或水平降低预测肌炎疾病消退。
174.一种监测接受治疗剂治疗的患者的肌炎疾病进展的方法，所述方法包括：
获得来自所述患者的第一样品中的第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱；
施用治疗剂；
获得来自所述患者的第二样品中的第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱；以及
比较所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱和所述第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
其中所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱与所述第二IFNα-诱导性PD标志物表达谱之间的变化表明治疗剂的效力水平。
175.如权利要求174所述的方法，其中包含表达或活性上调的基因谱的所述第一I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的过量表达或活性：EPSTI1、HERC5、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIT1、IFIT3、ISG15、LAMP3、LY6E、MX1、OAS1、OAS2、OAS3、RSAD2、RTP4、SIGLEC1和USP18。
176.如权利要求174所述的方法，其中所述变化是基因的表达或活性上调水平的降低。
177.如权利要求174所述的方法，其中所述治疗剂为小分子或生物药剂。
178.如权利要求177所述的方法，其中所述治疗剂为结合并调控IFNα活性的生物药剂。
179.如权利要求178所述的方法，其中所述生物药剂为抗体。
180.如权利要求179所述的方法，其中所述抗体为MEDI-545。
181.如权利要求179所述的方法，其中所述抗体结合至少一种IFNα亚型但不是MEDI-545。
182.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱在施用所述治疗剂之前获得。
183.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱在施用所述治疗剂之时获得。
184.如权利要求174所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品是全血、肌肉或血清。
185.如权利要求174所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第三样品中的第三IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
186.如权利要求185所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第四样品中的第四IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
187.如权利要求186所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第五样品中的第五IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
188.如权利要求187所述的方法，所述方法还包括获得来自所述患者的第六样品中的第六IFNα-诱导性PD标志物表达谱。
189.如权利要求174所述的方法，其中所述第二样品在施用所述治疗剂之后至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
190.如权利要求185所述的方法，其中所述第三样品在获得所述第二样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
191.如186所述的方法，其中所述第四样品在获得所述第三样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
192.如权利要求187所述的方法，其中所述第五样品在获得所述第四样品之后至少2天、至少5天、至少一周、至少2周、至少三周、至少一个月或至少两个月获得。
193.如权利要求174所述的方法，其中变化是基因的表达或活性上调的降低。
194.如权利要求193所述的方法，其中所述降低为至少10％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％。
195.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。
196.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。
197.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性PD标志物表达谱包含基因IFI44L和RSAD2的表达或活性上调。
198.如权利要求169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。
199.如权利要求169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。
200.如权利要求169所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含基因IFI44L和RSAD2的表达或活性上调。
201.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI27、RSAD2、IFI44L、IFI44、OAS1、IFIT1、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3和IFI6。
202.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含下列基因的表达或活性上调：IFI44L、RSAD2、IFI27和IFI44。
203.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα诱导性PD标志物表达谱包含基因IFI44L和RSAD2的表达或活性上调。
204.如权利要求1所述的方法，其中所述患者具有强的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
205.如权利要求1所述的方法，其中所述患者具有中等的I型FN或IFNα诱导性基因标记评分。
206.如权利要求204所述的方法，其中强的评分大于或等于10。
207.如权利要求205所述的方法，其中中等的评分大于或等于4但小于10。
208.如权利要求35或74所述的方法，其中所述肌炎为DM或PM。
209.如权利要求144所述的方法，其中所述肌炎患者为DM或PM患者。
210.如权利要求144所述的方法，其中所述肌炎患者包含大于6的MITAX评分。
211.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分是强的。
212.如权利要求144所述的方法，其中所述I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分是中等的。
213.如权利要求211所述的方法，其中所述评分大于或等于10。
214.如权利要求212所述的方法，其中所述评分大于或等于4但小于10。
215.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱包含强的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
216.如权利要求215所述的方法，其中强的评分为大于或等于10的评分。
217.如权利要求174所述的方法，其中所述第一IFNα-诱导性PD标志物表达谱包含中等的I型IFN或IFNα诱导性基因标记评分。
218.如权利要求217所述的方法，其中中等的评分为大于或等于4但小于10的评分。
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