JP2011511804A - 疾患マーカーおよびその使用 - Google Patents

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Abstract

本発明は、筋炎等の炎症性障害または自己免疫障害の、ｍｉＲＮＡプロファイルおよびＩ型ＩＦＮ／ＩＦＮαが誘発するＰＤマーカープロファイルを包含する。また、該プロファイルは、例えば、炎症性障害もしくは自己免疫障害を有する患者を処置する方法、患者の疾患の進行を監視する方法、および患者を診断もしくは患者に予後診断を提供するステップにおいて使用することもできる。

Description

本発明は、ｍｉＲＮＡマーカーおよびインターフェロン（ＩＦＮ）アルファ／Ｉ型ＩＦＮ誘発性薬力学的（ＰＤ）マーカー、ならびにそれらを用いる方法に関する。
本発明は、ｍｉＲＮＡマーカーおよびＩＦＮα／Ｉ型ＩＦＮ誘発性ＰＤマーカーを包含する。本発明は、例えば、患者の処置、および疾患の予後診断もしくは監視の方法において、これらのマーカーを用いる方法をさらに包含する。
本発明の一実施形態は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害を有する患者を処置する方法を包含する。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合し、その活性を調節する薬剤が、該患者に投与される。該患者は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを有する。該薬剤は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する。
本発明の別の実施形態は、中和を必要とする患者において、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する方法である。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合し、その活性を調節する薬剤が、該患者に投与される。該薬剤は、該患者の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する。
本発明のさらなる実施形態は、患者の自己免疫疾患または炎症性疾患の進行を、監視または予後診断する方法である。患者から、第１の試料の第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルが得られる。
本発明のさらに別の実施形態は、治療薬を用いた処置を受けている患者の、自己免疫疾患または炎症性疾患の進行を監視する方法である。該患者から、第１の試料の第１のｍｉＲＮＡプロファイルが得られる。治療薬が投与される。該患者から、第２の試料の第２のｍｉＲＮＡプロファイルが得られる。第１のｍｉＲＮＡプロファイルと第２のｍｉＲＮＡプロファイルとが比較される。第１のｍｉＲＮＡプロファイルおよび第２のｍｉＲＮＡプロファイルにおける変動は、治療薬の有効性のレベルを示す。
本発明の別の実施形態は、筋炎患者を処置する方法である。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤が、該患者に投与される。該薬剤は、該患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する。
本発明のさらなる実施形態は、患者の筋炎疾患の進行を監視または予後診断する方法を包含する。前記患者から、第１の試料の第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルが得られる。
本発明のまたさらなる実施形態は、治療薬を用いた処置を受けている患者の、筋炎疾患の進行を監視する方法である。前記患者から、第１の試料の第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルが得られる。該患者に治療薬が投与される。該患者から、第２の試料の第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルが得られる。第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルと第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルとが比較される。
図１ａおよび１ｂ：ＤＭおよびＰＭ患者の筋肉標本中の最も上方制御された遺伝子の大半は、ＩＦＮ−α／β誘発性である。（ａ）ＤＭ患者の筋肉標本中で上方制御された遺伝子を示す表、（ｂ）ＤＭおよびＰＭ患者の筋肉中の、ＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコア。 図１−１の続きである。 図２ａおよび２ｂ：ＤＭおよびＰＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアは、患者の疾患状態が改善するに従って低下する。（ａ）は、ＤＭ活動性患者（ＤＭＡ）、ＤＭ改善患者（ＤＭＩ）、ＰＭ活動性患者（ＰＭＡ）、およびＰＭ改善患者（ＰＭＩ）のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアを提供する。（ｂ）は、ＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアが、ＤＭ患者において、活動性疾患から改善状態になるに従って、低下することを示す。 図３ａ〜３ｃ：ＤＭ患者の全血試料中のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアは、臨床的改善と相関するが、３人（ａ）〜（ｃ）の患者について示されるように、他のサイトカイン（ＴＮＦα、ＩＬ１β、ＩＬ４、ＩＬ１０、およびＩＬ１３）の遺伝子サインスコアは相関しない。 図４：ＤＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアは、臨床的改善、ならびに再発を予測した。 図５ａ〜５ｄ：ＰＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアにおける変化は、血清ＣＫレベルと相関する。（ａ）は、ＰＭ患者のＩＦＮ−α／β、ＴＮＦａ、ＩＬ１β、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１３誘発性遺伝子サインスコアを示す、（ｂ）は、該患者の血清ＣＫ活性を提供し、これは、ＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインの曲線に従う、（ｃ）は、各種サイトカインの遺伝子サインスコアと血清ＣＫレベルとの間の相関を提供する、（ｄ）は、健常な提供者（黒丸）のものと比較した、ＰＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアのＰＣＡプロットである。 図６：ＤＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアにおける変化は、血清ＣＫレベルと相関する。（ａ）は、内科医との４回の来診にわたる、患者の血清ＣＫ活性を示す、（ｂ）は、同じ４回の来診にわたる、患者のＩＦＮ−α／β、ＴＮＦａ、ＩＬ１β、ＩＬ４、ＩＬ１０、ＩＬ１３誘発性遺伝子サインスコアを示す、（ｃ）は、各種サイトカインの遺伝子サインスコアと血清ＣＫレベルとの間の相関を提供する。Ｉ型ＩＦＮの遺伝子サイン（（ｂ）に示される）は、患者の全血中上位２５個の誘発性遺伝子の中和によって監視されるように、臨床活動に追随した。来診１、前処置；来診２、リツキシマブおよびステロイドでのその後の処置（わずかな改善）；来診３、患者は安定したままであった；来診４、患者は悪化した（血清ＣＫレベルの急激な上昇）。 図７ａおよび７ｂ：図６で説明したＤＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインは、疾患の進行／退行に追随する。（ａ）患者の進行／退行に従う、ＩＦＮ−α／β誘発性サインの遺伝子の中和および非中和を示すヒートマップ、（ｂ）健常な提供者のもの（黒丸）と比較した、ＤＭ患者のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアを追跡したＰＣＡプロット。 図８：ＩＢＭ患者の筋肉標本が、ＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインの過剰発現を呈することを示す、散布図。散布図は、２５個の遺伝子の動的リストおよび２１個の遺伝子の静的リストの２つの方法を使用した、ＩＢＭを有する１４人の患者からの筋肉標本についての、ＩＦＮ−α／β遺伝子サインスコアのものである。それぞれの点は、患者を表す。 図９ａおよび９ｂ：ＩＢＭ患者の血清試料は、はっきり異なるＩＦＮ−α／β遺伝子サインの過剰発現を示す。（ａ）２５個の遺伝子の動的リストおよび２１個の遺伝子の静的リストの２つの方法を使用した、９人のＩＢＭ患者からの全血についての、ＩＦＮ−α／β遺伝子サインスコア、（ｂ）２５個の遺伝子の動的リストを使用した、９人のＩＢＭ患者からの全血についての、ＩＦＮ−α／β遺伝子サインスコアの散布図。それぞれの点は、患者を表す。 図１０ａおよび１０ｂ：Ｊｏ１陰性ＤＭ患者は、Ｊｏ１陽性ＤＭ患者より高いＩＦＮ−α／β遺伝子サインスコアを有する。（ａ）ＤＭのＪｏ１陽性患者およびＤＭのＪｏ１陰性患者における、１９個のＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子の過剰発現、（ｂ）１９個の遺伝子を使用した、３人のＪｏ１陽性ＤＭ患者および７人のＪｏ１陰性ＤＭ患者からの筋肉についてのＩＦＮ−α／β遺伝子サインスコアの散布図。それぞれの点は、患者を表す。 図１１〜１０４：ＩＬ４サインの遺伝子の注釈を伴うプローブリスト。 図１１の続きである。 図１２の続きである。 図１３の続きである。 図１４の続きである。 図１５の続きである。 図１６の続きである。 図１７の続きである。 図１８の続きである。 図１９の続きである。 図２０の続きである。 図２１の続きである。 図２２の続きである。 図２３の続きである。 図２４の続きである。 図２５の続きである。 図２６の続きである。 図２７の続きである。 図２８の続きである。 図２９の続きである。 図３０の続きである。 図３１の続きである。 図３２の続きである。 図３３の続きである。 図３４の続きである。 図３５の続きである。 図３６の続きである。 図３７の続きである。 図３８の続きである。 図３９の続きである。 図４０の続きである。 図４１の続きである。 図４２の続きである。 図４３の続きである。 図４４の続きである。 図４５の続きである。 図４６の続きである。 図４７の続きである。 図４８の続きである。 図４９の続きである。 図５０の続きである。 図５１の続きである。 図５２の続きである。 図５３の続きである。 図５４の続きである。 図５５の続きである。 図５６の続きである。 図５７の続きである。 図５８の続きである。 図５９の続きである。 図６０の続きである。 図６１の続きである。 図６２の続きである。 図６３の続きである。 図６４の続きである。 図６５の続きである。 図６６の続きである。 図６７の続きである。 図６８の続きである。 図６９の続きである。 図７０の続きである。 図７１の続きである。 図７２の続きである。 図７３の続きである。 図７４の続きである。 図７５の続きである。 図７６の続きである。 図７７の続きである。 図７８の続きである。 図７９の続きである。 図８０の続きである。 図８１の続きである。 図８２の続きである。 図８３の続きである。 図８４の続きである。 図８５の続きである。 図８６の続きである。 図８７の続きである。 図８８の続きである。 図８９の続きである。 図９０の続きである。 図９１の続きである。 図９２の続きである。 図９３の続きである。 図９４の続きである。 図９５の続きである。 図９６の続きである。 図９７の続きである。 図９８の続きである。 図９９の続きである。 図１００の続きである。 図１０１の続きである。 図１０２の続きである。 図１０３の続きである。 図１０５〜１５８：ＩＬ１０サインの遺伝子の注釈を伴うプローブリスト。 図１０５の続きである。 図１０６の続きである。 図１０７の続きである。 図１０８の続きである。 図１０９の続きである。 図１１０の続きである。 図１１１の続きである。 図１１２の続きである。 図１１３の続きである。 図１１４の続きである。 図１１５の続きである。 図１１６の続きである。 図１１７の続きである。 図１１８の続きである。 図１１９の続きである。 図１２０の続きである。 図１２１の続きである。 図１２２の続きである。 図１２３の続きである。 図１２４の続きである。 図１２５の続きである。 図１２６の続きである。 図１２７の続きである。 図１２８の続きである。 図１２９の続きである。 図１３０の続きである。 図１３１の続きである。 図１３２の続きである。 図１３３の続きである。 図１３４の続きである。 図１３５の続きである。 図１３６の続きである。 図１３７の続きである。 図１３８の続きである。 図１３９の続きである。 図１４０の続きである。 図１４１の続きである。 図１４２の続きである。 図１４３の続きである。 図１４４の続きである。 図１４５の続きである。 図１４６の続きである。 図１４７の続きである。 図１４８の続きである。 図１４９の続きである。 図１５０の続きである。 図１５１の続きである。 図１５２の続きである。 図１５３の続きである。 図１５４の続きである。 図１５５の続きである。 図１５６の続きである。 図１５７の続きである。 図１５９〜２３４：ＩＬ１３サインの遺伝子の注釈を伴うプローブリスト。 図１５９の続きである。 図１６０の続きである。 図１６１の続きである。 図１６２の続きである。 図１６３の続きである。 図１６４の続きである。 図１６５の続きである。 図１６６の続きである。 図１６７の続きである。 図１６８の続きである。 図１６９の続きである。 図１７０の続きである。 図１７１の続きである。 図１７２の続きである。 図１７３の続きである。 図１７４の続きである。 図１７５の続きである。 図１７６の続きである。 図１７７の続きである。 図１７８の続きである。 図１７９の続きである。 図１８０の続きである。 図１８１の続きである。 図１８２の続きである。 図１８３の続きである。 図１８４の続きである。 図１８５の続きである。 図１８６の続きである。 図１８７の続きである。 図１８８の続きである。 図１８９の続きである。 図１９０の続きである。 図１９１の続きである。 図１９２の続きである。 図１９３の続きである。 図１９４の続きである。 図１９５の続きである。 図１９６の続きである。 図１９７の続きである。 図１９８の続きである。 図１９９の続きである。 図２００の続きである。 図２０１の続きである。 図２０２の続きである。 図２０３の続きである。 図２０４の続きである。 図２０５の続きである。 図２０６の続きである。 図２０７の続きである。 図２０８の続きである。 図２０９の続きである。 図２１０の続きである。 図２１１の続きである。 図２１２の続きである。 図２１３の続きである。 図２１４の続きである。 図２１５の続きである。 図２１６の続きである。 図２１７の続きである。 図２１８の続きである。 図２１９の続きである。 図２２０の続きである。 図２２１の続きである。 図２２２の続きである。 図２２３の続きである。 図２２４の続きである。 図２２５の続きである。 図２２６の続きである。 図２２７の続きである。 図２２８の続きである。 図２２９の続きである。 図２３０の続きである。 図２３１の続きである。 図２３２の続きである。 図２３３の続きである。 図２３５〜３８１：８０７個のＩＦＮα誘発性遺伝子の注釈を伴うプローブリスト。 図２３５の続きである。 図２３６の続きである。 図２３７の続きである。 図２３８の続きである。 図２３９の続きである。 図２４０の続きである。 図２４１の続きである。 図２４２の続きである。 図２４３の続きである。 図２４４の続きである。 図２４５の続きである。 図２４６の続きである。 図２４７の続きである。 図２４８の続きである。 図２４９の続きである。 図２５０の続きである。 図２５１の続きである。 図２５２の続きである。 図２５３の続きである。 図２５４の続きである。 図２５５の続きである。 図２５６の続きである。 図２５７の続きである。 図２５８の続きである。 図２５９の続きである。 図２６０の続きである。 図２６１の続きである。 図２６２の続きである。 図２６３の続きである。 図２６４の続きである。 図２６５の続きである。 図２６６の続きである。 図２６７の続きである。 図２６８の続きである。 図２６９の続きである。 図２７０の続きである。 図２７１の続きである。 図２７２の続きである。 図２７３の続きである。 図２７４の続きである。 図２７５の続きである。 図２７６の続きである。 図２７７の続きである。 図２７８の続きである。 図２７９の続きである。 図２８０の続きである。 図２８１の続きである。 図２８２の続きである。 図２８３の続きである。 図２８４の続きである。 図２８５の続きである。 図２８６の続きである。 図２８７の続きである。 図２８８の続きである。 図２８９の続きである。 図２９０の続きである。 図２９１の続きである。 図２９２の続きである。 図２９３の続きである。 図２９４の続きである。 図２９５の続きである。 図２９６の続きである。 図２９７の続きである。 図２９８の続きである。 図２９９の続きである。 図３００の続きである。 図３０１の続きである。 図３０２の続きである。 図３０３の続きである。 図３０４の続きである。 図３０５の続きである。 図３０６の続きである。 図３０７の続きである。 図３０８の続きである。 図３０９の続きである。 図３１０の続きである。 図３１１の続きである。 図３１２の続きである。 図３１３の続きである。 図３１４の続きである。 図３１５の続きである。 図３１６の続きである。 図３１７の続きである。 図３１８の続きである。 図３１９の続きである。 図３２０の続きである。 図３２１の続きである。 図３２２の続きである。 図３２３の続きである。 図３２４の続きである。 図３２５の続きである。 図３２６の続きである。 図３２７の続きである。 図３２８の続きである。 図３２９の続きである。 図３３０の続きである。 図３３１の続きである。 図３３２の続きである。 図３３３の続きである。 図３３４の続きである。 図３３５の続きである。 図３３６の続きである。 図３３７の続きである。 図３３８の続きである。 図３３９の続きである。 図３４０の続きである。 図３４１の続きである。 図３４２の続きである。 図３４３の続きである。 図３４４の続きである。 図３４５の続きである。 図３４６の続きである。 図３４７の続きである。 図３４８の続きである。 図３４９の続きである。 図３５０の続きである。 図３５１の続きである。 図３５２の続きである。 図３５３の続きである。 図３５４の続きである。 図３５５の続きである。 図３５６の続きである。 図３５７の続きである。 図３５８の続きである。 図３５９の続きである。 図３６０の続きである。 図３６１の続きである。 図３６２の続きである。 図３６３の続きである。 図３６４の続きである。 図３６５の続きである。 図３６６の続きである。 図３６７の続きである。 図３６８の続きである。 図３６９の続きである。 図３７０の続きである。 図３７１の続きである。 図３７２の続きである。 図３７３の続きである。 図３７４の続きである。 図３７５の続きである。 図３７６の続きである。 図３７７の続きである。 図３７８の続きである。 図３７９の続きである。 図３８０の続きである。 図３８２〜３８３：ユニークな検出物質ＩＤ、ｍｉＲＮＡ ＩＤ、および配列を伴うリスト。 図３８２の続きである。 図３８４ａおよび３８４ｂ：ＤＭおよびＰＭ患者で最も過剰発現したものの間での、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子の有症率を使用して、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコアが正の患者を同定することができる。（ａ）４２人のＤＭおよびＰＭ患者を２４人の正常な健常提供者と比較した、１型ＩＦＮ誘発性であり、かつ有意に過剰発現している（ｑ値＜０．０５および変化倍数＞２）と同定された、２４人の正常な健常提供者、２０人のＰＭ患者、および２２人のＤＭ患者、ならびに１３６個のプローブセットを表すヒートマップ。１つ目の黒い水平なバーは正常な健常提供者を表し、低に分類された２つ目の水平なバーは、弱い１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコア（変化倍数＜４）を有する患者を表し、中程度に分類された３つ目の水平なバーは、中程度の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコア（４＜変化倍数＜１０）を有する患者を表し、高に分類された４つ目の水平なバーは、高い１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコア（すなわち、サインスコアが正）を有する患者を表す、（ｂ）正常な健常提供者、弱いサインスコア、中程度のサインスコア、および高いサインスコアによって層化した、（ａ）と同一対象の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコアの散布図。ＩＦＮ＝インターフェロン、ＤＭ＝皮膚筋炎、ＰＭ＝多発性筋炎。 図３８５ａ〜３８５ｃ：患者固有の長期的な１型ＩＦＮ誘発性の転写物測定値は、ＤＭおよびＰＭ疾患の活動性を測定するバイオマーカーとしての有用性を有する。（ａ）来診１での２１人の患者および３６人の正常な健常提供者に関する、１３個の遺伝子の複合スコア、ならびにＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、およびＲＳＡＤ２の個々の転写物測定値を使用した、個々の遺伝子複合スコアおよび変化倍数値。臨床的に測定された比較的低いまたは中程度の疾患活動性（ＭＩＴＡＸ＜６）と、高い疾患活動性（ＭＩＴＡＸ＞６）に患者をグループ化する。複数の検定で調整後、４個の遺伝子または１３個の遺伝子複合スコアのいずれも、正常な健常提供者とＭＩＴＡＸ＜６を有する患者との間に、有意な差異はない。全ての遺伝子および遺伝子複合スコアについて、正常な健常提供者とＭＩＴＡＸ＞６を有する患者との比較、およびＭＩＴＡＸ＜６を有する患者とＭＩＴＡＸ＞６を有する患者とを比較すると、有意な差異がある（表８を参照）。（ｂ）ＭＩＴＡＸによって測定した疾患活動性に何らかの変動を有する１８人の患者の、患者固有の分析、および（ｃ）本研究を通じてＭＩＴＡＸに変化のない３人の患者。本研究の間の最低から最高のＭＩＴＡＸ値を伴う、来診時の１８人の患者それぞれの遺伝子複合スコア、変化倍数値、および未調整のｐ値が提供される。ＭＩＴＡＸの変動を有する患者は、調整後のＩＦＩ４４を除いて、全ての遺伝子／遺伝子複合スコアについて高度に有意に一致する遺伝子発現を示し、ＭＩＴＡＸの変動のない患者は、試料の規模が小さいために統計的有意性を求めることはできなかったが、本質的に遺伝子発現の変化を示さなかった。全ての遺伝子複合スコアおよび変化倍数値は、３６人の正常な健常提供者の中央値に対して算出した。 図３８５ａの続きである。 図３８５ｂの続きである。 図３８６ａおよび３８６ｂ：ＤＭおよびＰＭ患者は、ＭＩＴＡＸスコアと末梢血からの１型ＩＦＮの１３個の遺伝子の複合スコアとの間の相関を示す。（ａ）少なくとも合計４回来診した６人の患者（ＢＧＥ１５、ＢＧＥ９９、ＢＧＥ１０、ＢＧＥ１０６、ＢＧＥ１１９、およびＢＧＥ１４７）の、ＭＩＴＡＸスコアと１３個の遺伝子の複合スコアとの比較。黒い実線および右端のｙ軸はＭＩＴＡＸスコアを表し、一方黒い破線および左端のｙ軸は１３個の遺伝子の複合スコアを表す。ＢＧＥ１５およびＢＧＥ１４７のプロットの「Ｈ」の指定は、予兆来診を表す。（ｂ）患者ＢＧＥ９２について、１３個の遺伝子の複合スコアとＣＫレベルとの間にさらなる相関が見られる。一番左のプロットの黒い破線および右端のｙ軸は、この患者のＣＫレベルを表す。ＤＭ＝皮膚筋炎、ＰＭ＝多発性筋炎、ＣＫ＝クレアチンキナーゼ。 図３８６ａの続きである。 図３８７ａおよび３８７ｂ：ＤＭまたはＰＭを有する数患者の疾患の再燃を予兆する、全血中の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子発現の強い上昇。疾患が臨床的に安定しているか、または改善していると考えられていたが、患者は６〜３５日後に臨床的再燃を発生した来診が、３回あった。これらの３来診のそれぞれの、有意なＩＦＮ誘発性遺伝子発現の上昇は、再燃がすぐに起きるであろうことを「予兆」した。（ａ）１３個の遺伝子の複合スコアの発現の変化の一覧表。欄は、患者試料、予兆（Ｖ−予兆）来診と再燃（Ｖ−再燃）来診との間の日数、Ｖ−予兆とＶ−再燃との間のＭＩＴＡＸスコアの変化、Ｖ−予兆の前の来診からの、遺伝子発現の上昇倍数を示す。（ｂ）１３個の遺伝子の複合スコアのグラフ表示。それぞれの中間の来診（＃３）が予兆来診であり、ＭＩＴＡＸスコアは、前の来診（＃２）と比較して安定または改善していたが、１３個の遺伝子の複合スコアは有意に上昇し、おそらく再燃を予兆しており、次の来診（＃４）時のＭＩＴＡＸスコアの上昇によって確認された。ＩＦＮ＝インターフェロン、ＤＭ＝皮膚筋炎、ＰＭ＝多発性筋炎。 図３８８ａ〜３８８ｃ：他のサイトカイン誘発性サインスコアは、ＤＭまたはＰＭを有する中程度の患者と重症患者との間に差異はなく、疾患活動性と相関しない。（ａ）来診１での２１人の患者および３６人の正常な健常提供者についての、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、およびＧＭ−ＣＳＦのサイトカイン誘発性遺伝子サイン。臨床的に測定された比較的低いまたは中程度の疾患活動性（ＭＩＴＡＸ＜６）と、高い疾患活動性（ＭＩＴＡＸ＞６）に患者をグループ化する。複数の検定で調整後、全ての５個のサイトカイン誘発性遺伝子サインについて、正常な健常提供者とＭＩＴＡＸ＜６を有する患者との間に有意な差異がある。また、全ての５個のサイトカイン誘発性遺伝子サインについて、正常な健常提供者とＭＩＴＡＸ＞６を有する患者との間に、有意な差異がある。しかし、５個のサイトカイン誘発性遺伝子サインのいずれについても、ＭＩＴＡＸ＜６を有する患者とＭＩＴＡＸ＞６を有する患者との間に有意な差異はない（表８を参照）。（ｂ）ＭＩＴＡＸによって測定した疾患活動性に何らかの変動を有する１８人の患者の、患者固有の分析、および（ｃ）本研究を通じてＭＩＴＡＸ活動性に変化のない３人の患者。本研究の間の最低から最高のＭＩＴＡＸ値を伴う、来診時の１８人の患者それぞれの、サイトカイン誘発性遺伝子サインおよび未調整のｐ値が提供される。ＭＩＴＡＸの変動を有する患者は、いずれのサイトカイン誘発性遺伝子サインにつても、有意に一致する遺伝子発現の変化を示さず、ＭＩＴＡＸの変動のない患者も、試料の規模が小さいために統計的有意性を算出することはできなかったが、本質的に遺伝子発現の変化を示さなかった。全てのサイトカイン誘発性遺伝子サインは、３６人の正常な健常提供者の中央値に対して算出される。ＤＭ＝皮膚筋炎、ＰＭ＝多発性筋炎。 図３８８ａの続きである。 図３８８ｂの続きである。 図３８９：最高（上パネル）および最低（下パネル）ＭＩＴＡＸスコアを伴う、来診時の２４人のＤＭまたはＰＭ患者についての、異なるサイトカイン誘発性遺伝子サインの比較。それぞれの列は、異なるサイトカイン誘発性遺伝子サインの過剰発現を示す。ボックス内に示された３人の患者は、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコア陰性である。それぞれの患者について、サイトカインが誘発する遺伝子サインレベルの上昇は、赤に近づく色で表され、一方青に近づく色は、低いサイトカインが誘発する遺伝子サイン値を表す。ＩＦＮ＝インターフェロン、ＤＭ＝皮膚筋炎、ＰＭ＝多発性筋炎。
本発明は、患者の疾患の進行を同定、診断、処置、および監視する方法を包含する。患者には、Ｉ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘発性の疾患、障害、もしくは病態を有する任意の動物、または炎症性もしくは自己免疫疾患、障害、もしくは病態を有する任意の動物が含まれる。患者は、例えば、該疾患、障害、または病態のために発展された実験モデルであり得る、実験的調査の結果として、該疾患、障害、または病態を有し得る。代替として、該患者は、実験的操作の不在下で、疾患、障害、または病態を有し得る。患者には、ヒト、マウス、ラット、ウマ、ブタ、ネコ、イヌ、および調査に使用される任意の動物が含まれる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性の疾患、障害、または病態とは、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαのＰＤマーカー発現プロファイルまたは遺伝子サインを呈する任意のものである。ＰＤマーカー発現プロファイルおよび遺伝子サインは、同等物であることが理解されよう。これらの疾患、障害、または病態には、自己免疫成分が原因であるもの、例えば、全身性エリテマトーデス、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎、およびセリアック病を含む）、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、例えば、封入体筋炎、または皮膚筋炎、または多発性筋炎、または非特異性筋炎、あるいは壊死性ミオパチー、シェーグレン症候群、血管炎、ならびにサルコイドーシスが含まれる。他の疾患、障害、または病態には、移植片対宿主病および移植片拒絶が含まれる。
患者が筋炎患者である場合、該患者は、封入体筋炎、または皮膚筋炎、または多発性筋炎を有し得る。筋炎患者は、高いまたは低い筋炎包括解析スケール（ＭＩＴＡＸ）スコアを有し得る。当業者は、筋炎患者のＭＩＴＡＸスコアを容易に決定することができよう。例えば、Ｗａｌｓｈ ＲＪ，Ｐｉｎｋｕｓ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｂｌｏｏｄ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｎｄ ｒｅｆｌｅｃｔｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７；５６（１１）：３７８４−９２を参照されたく、これは、参照することにより組み込まれる。高ＭＩＴＡＸスコアは、約６を超え得る。低ＭＩＴＡＸスコアは、約６以下であり得る。筋炎患者は、中程度または強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを代替としてもしくはさらに有する。１型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアは、約４未満のスコアを割り当てられた場合弱く、およそまたは約４を超えるが１０未満であるスコアを割り当てられた場合中程度であり、約１０または１０を超えるスコアを割り当てられた場合高くあり得る。当業者は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを容易に理解して、決定することができよう。例えば、Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２を参照されたく、これは、参照することにより組み込まれる。
自己免疫疾患、障害、または病態は、免疫系が、戦う異物がない時に免疫応答を誘発し、身体の通常は保護的な免疫系が、自己を誤って攻撃することにより、それ自身の組織に損傷を与える、任意の疾患、障害、または病態であり得る。これらの疾患、障害、または病態には、多発性硬化症、クローン病、関節リウマチ、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、自己免疫性アジソン病、副腎の自己免疫疾患、アレルギー性脳脊髄炎、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性炎症性眼疾患、自己免疫性新生児血小板減少症、自己免疫性好中球減少症、自己免疫性卵巣炎および精巣炎、自己免疫性血小板減少症、自己免疫性甲状腺炎、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、心臓切開症候群、セリアックスプルー皮膚炎（ｃｅｌｉａｃ ｓｐｒｕｅ−ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ）、慢性活動性肝炎、慢性疲労免疫機能障害症候群（ＣＦＩＤＳ）、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、チャーグストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、ＣＲＥＳＴ症候群、寒冷凝集素症、クローン病、デンスデポジット病、円板状狼瘡、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症−線維筋炎、糸球体腎炎（例えば、ＩｇＡ腎症）、グルテン過敏性腸症、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギランバレー、甲状腺機能亢進症（すなわち、橋本甲状腺炎）、特発性肺線維症、突発性アジソン病、突発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、ＩｇＡ神経障害、若年性関節炎、扁平苔癬、紅斑性狼瘡（ｌｕｐｕｓ ｅｒｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ）、メニエール病、混合性結合組織病、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋炎、１型または免疫介在性真性糖尿病、重症筋無力症、心筋炎、神経炎、他の内分泌腺不全、尋常性天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性軟骨炎、多腺性内分泌障害、多腺性症候群、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎および皮膚筋炎、ＭＩ後、原発性無ガンマグロブリン血症、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、レイノー現象、再発性多発性軟骨炎、ライター症候群、リウマチ性心疾患、関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、スティフマン症候群、全身性エリテマトーデス、紅斑性狼瘡、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、潰瘍性大腸炎、蕁麻疹、ぶどう膜炎、ぶどう膜眼炎（Ｕｖｅｉｔｉｓ Ｏｐｈｔｈａｌｍｉａ）、血管炎（疱疹状皮膚炎、白斑、およびウェゲナー肉芽腫症等）が含まれる。
炎症性障害、疾患、または病態には、喘息、アレルギー性障害、２型媒介炎症によって特徴付けられる炎症性障害、肺線維症、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、脳炎、炎症性腸疾患、敗血症性ショック、未分化型脊椎関節症、未分化型関節症、関節炎、炎症性骨溶解、および慢性のウイルスまたは細菌感染から生じる慢性炎症が含まれ得る。
患者は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルを有し得る。差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルは、患者の対照組織試料と比較して、または対照健常人と比較して、患者の組織試料が、１個以上のｍｉＲＮＡの発現の上昇を呈するものであり得る。差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルは、患者の組織試料が、患者の対照試料と比較して、または対照健常人と比較して、１個以上のｍｉＲＮＡの発現の低下を呈するものであり得る。差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルは、患者の組織試料が、対照試料と比較して１個以上のｍｉＲＮＡの発現の上昇、および対照試料と比較して１個以上のｍｉＲＮＡの発現の低下の両方を呈するものであり得る。発現の上昇を呈するｍｉＲＮＡの数は、１、少なくとも１、２、少なくとも２、３、少なくとも３、４、少なくとも４、４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも５０個であり得る。発現の低下を呈するｍｉＲＮＡの数は、１、少なくとも１、２、少なくとも２、３、少なくとも３、４、少なくとも４、４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも５０個であり得る。発現の上昇または低下の差は、対照試料の約１０％〜５００％、対照試料の約１０％〜４００％、対照試料の約１０％〜３００％、対照試料の約１０％〜２５０％、対照試料の約１０％〜２００％、対照試料の約１０％〜１５０％、対照試料の約１０％〜１００％、対照試料の約１０％〜５０％、対照試料の約１００％〜５００％、対照試料の約２００％〜５００％、対照試料の約３００％〜５００％、対照試料の約４００％〜５００％、対照試料の約５０％〜１００％、対照試料の約１００％〜２００％、対照試料の約１００％〜４００％、対照試料の約２００％〜４００％、対照試料の約１０％〜５０％、対照試料の約２０％〜１００％、対照試料の約２５％〜７５％、または対照試料の約５０％〜１００％であり得る。それは、対照試料の１０、２０、２５、３０、４０、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、４００、または５００パーセントであり得る。
差次的に発現した任意の１、少なくとも１、２、少なくとも２、３、少なくとも３、４、少なくとも４、４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも５０個のｍｉＲＮＡには、表２〜５または図３８２〜３８３に説明されたｍｉＲＮＡのうちのいずれもが含まれ得る。ｍｉＲＮＡは、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７またはｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出することができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤の投与は、小分子または生物学的薬剤の投与であり得る。治療薬が小分子である場合、合成するか、または天然源から同定して単離することができる。
治療薬が生物学的薬剤である場合、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαの任意のサブタイプに特異的な抗体であり得る。例えば、抗体は、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβ、またはＩＦＮωのうちのいずれか１つに特異的であり得る。代替として、抗体は、いずれか２、いずれか３、いずれか４、いずれか５、いずれか６、いずれか７、いずれか８、いずれか９、いずれか１０、いずれか１１、いずれか１２個のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であり得る。抗体が、１つを超えるＩ型ＩＦＮのサブタイプに特異的である場合、該抗体は、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、およびＩＦＮα２１に特異的であり得るか、あるいはＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα１０に特異的であり得るか、あるいはＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα２１に特異的であり得るか、あるいはＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα１０、およびＩＦＮα２１に特異的であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに特異的な抗体には、ＭＥＤＩ−５４５、ＭＥＤＩ−５４５以外のいずれかの生物学的製剤もしくは抗体、２００４年１２月１０日出願の米国特許出願第１１／００９，４１０号および２００５年６月２０日出願の第１１／１５７，４９４号に記載される抗体、米国特許第７，０８７，７２６号（実施例１および実施例２、表３および表４に開示されるもの、ならびに／または欄５６の２５〜５４行目の「Ｄｅｐｏｓｉｔ ｏｆ Ｍａｔｅｒｉａｌ」の表題の表に開示されるもの）に記載される９Ｆ３および他の抗体、ＮＫ−２およびＹＯＫ５／１９（ＷＯ第８４／０３１０５号）、ＬＯ−２２（米国特許第４，９０２，６１８号）、１４４ ＢＳ（米国特許第４，８８５，１６６号）、ならびにＥＢＩ−１、ＥＢＩ−２、およびＥＢＩ−３（ＥＰ第１１９４７６号）が含まれる。ＩＦＮαの活性を調節する治療薬は、ＩＦＮαの活性を中和することができる。当業者は、かかる生物学的薬剤の調製および製剤化、ならびにそれらの投与方法を十分に認識している。
抗体は、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換えにより産生された抗体、細胞内抗体、多特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（二重特異性ｓｃＦｖを含む）、ＢｉＴＥ分子、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、または上記のうちのいずれかのエピトープ結合性フラグメントであり得る。抗体は、いずれかの免疫グロブリン分子、または免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分であり得る。さらに、抗体は、任意のアイソタイプであり得る。例えば、それは、アイソタイプＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４のうちのいずれかであり得る。抗体は、可変領域および定常領域を含む全長抗体であるか、あるいは単鎖抗体、またはＦａｂもしくはＦａｂ’２フラグメント等のその抗原結合性フラグメントであり得る。また、抗体は、細胞毒素または放射性同位元素等の治療薬に共役または結合することができる。
ＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤の他に、第２の薬剤を患者に投与することができる。第２の薬剤には、非ステロイド系抗炎症薬（イブプロフェン、ナプロキセン、スリンダク、ジクロフェナク、ピロキシカム、ケトプロフェン、ジフルニサル、ナブメトン、エトドラク、オキサプロジン、およびインドメタシン等）、抗マラリア薬（ヒドロキシクロロキン等）、副腎皮質ステロイドホルモン（プレドニゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、およびデキサメタゾン等）、メトトレキサート、免疫抑制剤（アザチオプリンおよびシクロホスファミド等）、ならびに、例えば、Ｔ細胞を標的とするか（アレファセプトおよびエファリズマブ等）、またはＴＮＦαを標的とする（エンブレル、レミケード、およびヒュミラ等）生物学的薬剤が含まれるが、これらに限定されない。
該薬剤を用いた処置は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルの中和をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害のうちの１つ以上の症状の軽減をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害に関連する急激な再燃を少なくすることができる。該薬剤を用いた処置は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害を有する患者に、予後の改善をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、患者により高い生活の質をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、第２の薬剤を同時投与する必要性を緩和することができるか、または患者に第２の薬剤を投与する投薬用量を減少させることができる。該薬剤を用いた処置は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害に関連する、患者の入院数を減少させることができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルを中和することができる。差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルの中和は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０個の上方制御されたｍｉＲＮＡにおける低下であり得る。上方制御されるｍｉＲＮＡには、表２もしくは４によって検出されるか、もしくはそこに含まれるもの、または図面用紙３８２〜３８３に示されるもののうちのいずれもが含まれ得る。差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルの中和は、いずれかの差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルにおいて上方制御された、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０個の遺伝子のうちのいずれかの、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の低下であり得る。代替として、差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルの中和とは、対照試料中のこれらのｍｉＲＮＡの発現レベルの、最大で５０％、最大で４５％、最大で４０％、最大で３５％、最大で３０％、最大で２５％、最大で２０％、最大で１５％、最大で１０％、最大で５％、最大で４％、最大で３％、最大で２％、または最大で１％内である、上方制御されたｍｉＲＮＡの発現の低下を指す。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαプロファイルを中和することができる。
差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルの中和は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０個のｍｉＲＮＡの、下方制御された発現の上昇であり得る。下方制御されるｍｉＲＮＡには、表３もしくは５によって検出されるか、もしくはそこに含まれるもの、または図面用紙３８２〜３８３に示されるもののうちのいずれもが含まれ得る。差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルにおける下方制御された遺伝子の中和は、いずれかのｍｉＲＮＡプロファイルにおいて発現が下方制御された、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、または少なくとも２５個のｍｉＲＮＡのうちのいずれかの、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または少なくとも１００％、または少なくとも１２５％、または少なくとも１３０％、または少なくとも１４０％、または少なくとも１５０％、または少なくとも１７５％、または少なくとも２００％、または少なくとも２５０％、または少なくとも３００％、または少なくとも５００％の上昇である。代替として、差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルの中和とは、対照試料中のこれらのｍｉＲＮＡの発現レベルの、最大で５０％、最大で４５％、最大で４０％、最大で３５％、最大で３０％、最大で２５％、最大で２０％、最大で１５％、最大で１０％、最大で５％、最大で４％、最大で３％、最大で２％、または最大で１％内の、ｍｉＲＮＡの発現の上昇を指す。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルを中和することができる。
患者は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルをさらに有し得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、強いプロファイル、中程度のプロファイル、または弱いプロファイルであり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、対照試料または対照患者と比較して、患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルの制御不全の倍数（例えば、患者の上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの発現の上昇の倍数）を決定し、患者の制御不全の倍数を、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを有する他の患者のものと比較することによって、強いか、中程度であるか、または弱いかを容易に指定することができる。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、２００７年１２月６日出願のＰＣＴ第ＵＳ２００７／０２４９４７号で開示されるいずれかのものであり得、該出願は、参照することにより本明細書に組み込まれる。
患者のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれ得る遺伝子群は、ＭＸ１、ＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＡＳＤ２、およびＩＦＩ４４であり得る。遺伝子またはプローブによって検出される遺伝子には、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４Ｌ、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ６、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＳＩＧＬＥＣ１、ＯＡＳ２、ＵＳＰ１８、ＲＴＰ４、ＩＦＩＴ１、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＰＬＳＣＲ１、およびＩＦＲＧ２８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
遺伝子には、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６、ＦＬＪ３１０３３、ＨＥＲＣ６、ＳＥＲＰＩＮＧｌ、ＥＰＳＴ１１、ＲＴＰ４、ＯＡＳＬ、ＦＢＸＯ６、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ３、ＢＡＴＦ２、ＩＳＧ１５、ＩＲＦ７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ３５、ＯＡＳ１、ＬＡＰ３、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ５、ＰＬＳＣＲ１、ＩＦＩ４４Ｌ、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＧＡＬＭ、ＵＢＥ２Ｌ６、ＴＯＲ１Ｂ、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＴＤＲＤ７、ＴＲＥＸ１、ＰＡＲＰ１２、およびＡＸＵＤ１のうちの、いずれかの少なくとも２、いずれかの少なくとも３、いずれかの少なくとも４、いずれかの少なくとも５、いずれかの少なくとも６、いずれかの少なくとも７、いずれかの少なくとも８、いずれかの少なくとも９、いずれかの少なくとも１０、またはいずれかの少なくとも１１、またはいずれかの少なくとも１２、またはいずれかの少なくとも１３、またはいずれかの少なくとも１４、またはいずれかの少なくとも１５、またはいずれかの少なくとも１６、またはいずれかの少なくとも１７、またはいずれかの少なくとも１８、またはいずれかの少なくとも１９、または少なくとも２０、またはいずれかの少なくとも２１、またはいずれかの少なくとも２２、またはいずれかの少なくとも２３、またはいずれかの少なくとも２４、またはいずれかの少なくとも２５、またはいずれかの少なくとも２６、またはいずれかの少なくとも２７、またはいずれかの少なくとも２８、またはいずれかの少なくとも２９、またはいずれかの少なくとも３０個が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ２７、ＳＩＧＬＥＣ１、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８、ＩＦＩＴ２、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＢＩＲＣ４ＢＰ、ＤＮＡＰＴＰ６、ＯＡＳ３、ＬＹ６Ｅ、ＩＦＩＴ１、ＬＩＰＡ、ＬＯＣ１２９６０７、ＩＳＧ１５、ＰＡＲＰ１４、ＭＸ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳＬ、ＣＣＬ２、ＨＥＲＣ５、ＯＡＳ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＲＦ７、ＩＦＩ６、ＩＬ６ＳＴ、ＩＲＦ２、ＬＹ６Ｅ、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＸ１、ＭＸ２、ＯＡＳ１、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＳＴＡＴ２、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＲＡＢ８Ｂ、ＬＩＬＲＡ５、ＲＳＡＤ２、およびＦＣＨＯ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＴＶ７、ＨＥＲＣ５、ＯＡＳ２、ＵＳＰ１８、ＸＡＦ１、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＥＰＳＴＩ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＴＶ７、ＨＥＲＣ５、ＯＡＳ２、ＵＳＰ１８、ＸＡＦ１、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１、およびＲＳＡＤ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＢＣＬ２、ＢＡＫｌ、ＢＡＤ、ＢＡＸ、およびＢＣＬ２Ｌ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＲＴＰ４、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５、ＳＩＧＬＥＣ１、ＵＳＰ１８、ＬＹ６Ｅ、ＥＴＶ７、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ１、ＨＳＸＩＡＰＡＦ１、Ｇ１Ｐ３、ＭＸ１、ＯＡＳ３、ＩＦＩ２７、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＡＭＰ３、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ２、ＩＦＩＴ２、およびＩＳＧ１５が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６、ＩＦＩＴ２、ＥＴＶ７、ＲＴＰ４、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＥＲＣ５、ＸＡＦ１、ＭＸ１、ＥＰＳＴＩ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ１、ＯＡＳ３、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＹ６Ｅ、ＩＳＧ１５、およびＩＦＩ２７が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＬＳＣＲ１、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＡＭＤ９Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＺＣ３ＨＡＶ１、ＥＴＶ６、ＤＡＰＰ１、ＩＬ１ＲＮ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＯＡＳ１、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＳＧ１５、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＯＡＳＬ、ＧＢＰ１、およびＭＸ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ２、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、ＩＦＩＴ１、ＨＥＲＣ５、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ２、ＬＹ６Ｅ、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、およびＩＦＩＴ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＡＭＤ９Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ１、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＳＧ１５、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＯＡＳ１、ＧＢＰ１、およびＭＸ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ４４４Ｌが含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＲＳＡＤ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルを有する患者は、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαのＰＤマーカーをさらに有し得る。下方制御されたＰＤマーカーには、遺伝子ＣＹＰ１Ｂ１、ＴＧＳＴ１、ＲＲＡＧＤ、ＩＲＳ２、ＭＧＳＴ１、ＴＧＦＢＲ３、およびＲＧＳ２のうちのいずれか１、いずれか２、いずれか３、いずれか４、いずれか５、いずれか６、またはいずれか７個が含まれ得る。
差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルを有する患者は、任意の数のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプの上方制御された発現をさらに有し得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプには、いずれかの１を超える、２を超える、３を超える、４を超える、５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、または１０を超える、ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプが含まれ得る。これらのサブタイプには、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβ、またはＩＦＮωが含まれ得る。患者は、ＩＦＮのサブタイプＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα１４の上方制御された発現を有し得る。
差次的に制御されたｍｉＲＮＡプロファイルを有する患者は、ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、または両方、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の上方制御された発現をさらに有し得る。患者は、単に、ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、または両方、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の、上方制御された発現を有するものとして同定することができる。
患者の発現プロファイルの、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの上方制御または下方制御は、任意の程度で、対照からの試料のもの（患者の疾患組織ではない試料（例えば、乾癬患者の非病変皮膚）から、あるいは疾患または障害に罹患していない健常人からのものであり得る）に対してであり得る。上方制御または下方制御の程度は、対照または対照試料のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％であり得る。
さらに、患者は、Ｉ型ＩＦＮのサブタイプを、対象のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％過剰発現し得るか、あるいは過剰発現する組織を有し得る。Ｉ型ＩＦＮのサブタイプは、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβ、またはＩＦＮωのうちのいずれか１つであり得る。Ｉ型ＩＦＮのサブタイプには、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα１４の全てが含まれ得る。
患者は、血清中タンパク質のレベルの変化をさらに有するか、あるいは代替として有する。患者は、アディポネクチン、アルファフェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ ＲＩＩ、ＴＮＦアルファ、ＶＣＡＭ−１、またはｖＷＦ等のタンパク質の上昇した血清レベルを有し得る。患者は、血清中のこれらのタンパク質のうちのいずれか１、２，３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６個の上昇した血清レベルを有し得る。上昇したレベルは、対照、例えば、健常な対象のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％であり得る。変化は、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳ、またはトロンボポエチン等のタンパク質の血清レベルの低下であり得る。患者は、これらのタンパク質のうちのいずれか１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個の低下した血清レベルを有し得る。低下したレベルは、対照、例えば、健常な対象のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％であり得る。ＰＤマーカープロファイルは、タンパク質のこれらの上昇または低下した血清レベルのうちの１つ以上を含み得る。
患者は、以下の自己抗原：（ａ）ミクソウイルス（インフルエンザウイルス）耐性１、インターフェロン誘発性タンパク質ｐ７８、（ｂ）サーフェイト（ｓｕｒｆｅｉｔ）５、転写バリアントｃ、（ｃ）プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン（ｍａｃｒｏｐａｉｎ））活性化因子サブユニット３（ＰＡ２８ガンマ、Ｋｉ）転写物（ｔｒａｎｓｃ）、（ｄ）レチノイン酸受容体、アルファ、（ｅ）熱ショック１０ｋＤａタンパク質１（シャペロニン１０）、（ｆ）トロポミオシン３、（ｇ）プレクストリン相同様ドメイン、ファミリーＡ、メンバー１、（ｈ）細胞骨格関連タンパク質１、（ｉ）シェーグレン症候群抗原Ａ２（６０ｋＤａ、リボ核タンパク質自己抗原ＳＳ−Ａ／Ｒｏ）、（ｊ）ＮＡＤＨ脱水素酵素（ユビキノン）１、アルファ／ベータ部分複合体１、８ｋＤａ、（ｋ）ＮｕｄＥ核分布遺伝子Ｅ（ｎｕｃｌｅａｒ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｇｅｎｅ Ｅ）相同体１（偽巣性コウジ菌）、（ｌ）ＭｕｔＬ相同体１、結腸癌、非ポリポーシス２型（大腸菌）、（ｍ）ロイシンリッチリピート（ＦＬＩＩ中）相互作用タンパク質２、（ｎ）トロポミオシン１（アルファ）、（ｏ）痙性対麻痺２０、スパルチン（トロイヤー症候群）、（ｐ）着床前タンパク質（ｐｒｅｉｍｐｌａｎｔａｔｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ）、転写バリアント１、（ｒ）ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４５、（ｓ）Ｌｉｎ−２８相同体（線虫）、（ｔ）熱ショック９０ｋＤａタンパク質１、アルファ、（ｕ）ｄｏｍ−３相同体Ｚ（線虫）、（ｖ）ダイニン、細胞質、軽中間ポリペプチド（ｌｉｇｈｔ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）２、（ｗ）Ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１（ｒｈｏファミリー、低分子量ＧＴＰ結合タンパク質）、（ｘ）滑膜肉腫、Ｘ切断点２、転写バリアント２、（ｙ）モエシン、（ｚ）ホーマー相同体（ショウジョウバエ）、転写バリアント１、（ａａ）ＧＣＮ５アミノ酸合成の一般制御（ｇｅｎｅｒａｌ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ａｍｉｎｏ−ａｃｉｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）５様２（酵母）、（ｂｂ）真核生物翻訳伸長因子１ガンマ、（ｃｃ）真核生物翻訳伸長因子１、デルタ、（ｄｄ）ＤＮＡ損傷誘発転写物３、（ｅｅ）ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ）ガンマ、ならびに２００７年５月３日出願の仮出願、名称「Ａｕｔｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ」、または２００７年１１月６日に出願される仮出願、名称「Ａｕｔｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ」に記載される任意の他の自己抗原（例えば、限定されないが、表２、４、５、および９に記載のもの）のうちのいずれか１つに結合する、自己抗体をさらに含み得る。患者は、これらの自己抗原の任意の数、例えば、いずれかの少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５個に結合する自己抗体を有し得る。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤の投与は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルを、対照試料のものの少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％内にさらに中和することができる。
患者の疾患の進行を監視または予後診断する方法では、薬剤の投与の前および後に患者から試料を得ることができる。
試料には、全血、血清、筋肉、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻汁、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核細胞、全白血球、リンパ節細胞、脾臓細胞、扁桃腺細胞、または皮膚等の任意の生体液もしくは組織が含まれる。試料は、当該技術分野において既知の任意の手段によって得ることができる。
ｍｉＲＮＡプロファイルは、（薬剤投与前および後の）試料において得られる。該試料中のｍｉＲＮＡプロファイルが比較される。比較とは、試料中に存在するｍｉＲＮＡの数のものであり得るか、あるいは、試料中に存在するｍｉＲＮＡの数量のものであり得るか、あるいはそれらの任意の組み合わせであり得る。治療薬の有効性を示す変動は、上方制御されたｍｉＲＮＡの数もしくはレベル（またはそれらの任意の組み合わせ）が、治療薬の投与前に得られた試料と比較して、治療薬の投与後に得られた試料において低下する場合、示され得る。上方制御されたｍｉＲＮＡの数が、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０低下し得る。いずれかの所定の上方制御されたｍｉＲＮＡのレベルは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下し得る。レベルが低下した、上方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。上方制御されたｍｉＲＮＡの低下した数と低下したレベルとの任意の組み合わせが、有効性を示し得る。治療薬の有効性を示す変動は、下方制御されたｍｉＲＮＡの数もしくはレベル（またはそれらの任意の組み合わせ）が、治療薬の投与前に得られた試料と比較して、治療薬の投与後に得られた試料において低下する場合、示され得る。下方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個低下し得る。任意の所定の下方制御されたｍｉＲＮＡのレベルは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下し得る。レベルが上昇した、下方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。下方制御されたｍｉＲＮＡの低下した数と上昇したレベルとの任意の組み合わせが、有効性を示し得る。
患者から得られる試料は、該薬剤の最初の投与の前、すなわち、患者は該薬剤を未投与である時に得ることができる。代替として、患者から試料を得るのは、処置の過程において、該薬剤の投与後に生じてもよい。例えば、該薬剤は、監視プロトコルを開始する前に投与されていてもよい。該薬剤の投与後、さらなる試料を患者から得ることができ、試料中のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーが比較される。試料は、同一または異なる種類のものであり得、例えば、得られる各試料は、血液試料であってもよく、あるいは、得られる各試料は、血清試料であってもよい。各試料中で検出されるＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーは、同一であってもよく、実質的に重複してもよく、または類似していてもよい。
試料は、治療薬の投与の前および後のいずれの時点で得られてもよい。治療薬の投与後に得られる試料は、治療薬の投与から少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１２、または少なくとも１４日後に得ることができる。治療薬の投与後に得られる試料は、治療薬の投与から少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、または少なくとも８週間後に得ることができる。治療薬の投与後に得られる試料は、治療薬の投与から少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、または少なくとも６ヶ月後に得ることができる。
治療薬の投与後に、患者からさらなる試料を得ることができる。少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５個の試料を患者から得て、長期にわたって疾患または障害の進行または退行を監視することができる。疾患の進行は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年の期間にわたって、または患者の生涯にわたって、監視することができる。月一回、２ヶ月に一回、四半期に１回、年２回、または年１回の間隔等の一定間隔で、患者からさらなる試料を得ることができる。試料は、該薬剤の投与後一定間隔で、患者から得ることができる。例えば、試料は、薬剤のそれぞれの投与から１週間の時点、または薬剤のそれぞれの投与から２週間の時点、または薬剤のそれぞれの投与から３週間の時点、または薬剤のそれぞれの投与から１ヶ月の時点、または薬剤のそれぞれの投与から２ヶ月の時点で、患者から得ることができる。代替として、薬剤のそれぞれの投与後、患者から複数の試料を得ることができる。
同様に、患者の疾患の進行は、薬剤を投与しない時も監視することができる。試料は、該疾患または障害を有する患者から、定期的に得ることができる。疾患の進行は、ｍｉＲＮＡの数が、先に得られた試料と比較して、後で得られた試料において上昇する場合、同定することができる。ｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個上昇し得る。疾患の進行は、任意の所定の上方制御されたｍｉＲＮＡのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％上昇する場合、同定することができる。疾患の進行は、任意の所定の下方制御されたｍｉＲＮＡのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下する場合、同定することができる。レベルが上昇した、上方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。レベルが低下した、下方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。上方制御されたｍｉＲＮＡの上昇した数と上昇したレベルとの任意の組み合わせが、疾患の進行を示し得る。代替として、または組み合わせて、下方制御された種類のｍｉＲＮＡの、低下した数と低下したレベルとの任意の組み合わせが、疾患の進行を示し得る。また、疾患の退行は、薬剤によって処置されない、疾患または障害を有する患者においても同定することができる。この場合、退行は、ｍｉＲＮＡの数が、先に得られた試料と比較して、後で得られた試料において低下する場合、同定することができる。ｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個低下し得る。疾患の退行は、任意の所定の上方制御されたｍｉＲＮＡのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下する場合、同定することができる。疾患の退行は、任意の所定の下方制御されたｍｉＲＮＡのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％上昇する場合、同定することができる。レベルが低下した、上方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。レベルが上昇した、下方制御されたｍｉＲＮＡの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。疾患の進行または疾患の退行は、任意の期間にわたって、任意の間隔で試料を得ることによって、監視することができる。疾患の進行または疾患の退行は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年にわたって、または患者の生涯にわたって、試料を得ることによって、監視することができる。疾患の進行または疾患の退行は、少なくとも月一回、２ヶ月に一回、四半期に１回、年２回、または年１回試料を得ることによって、監視することができる。試料は、厳密な間隔で得る必要はない。
試料中の変動は、疾患または障害の処置戦略を導くことができる。処置戦略は、特定の治療薬の薬用量であり得るか、または患者に投与される特定の治療薬の排除または追加であり得る。
また、本発明は、筋炎を処置、診断、予後診断、および監視するために、ＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーを用いる方法を包含する。また、これらのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーを使用して、筋炎患者または筋炎疾患モデルの薬用量および処置を導くことができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、対照、例えば健常な、患者、または患者の非疾患組織の試料と比較した、任意のＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルの遺伝子、または遺伝子群の上方制御または下方制御を含み得る。遺伝子または遺伝子群には、いずれかの少なくとも２、いずれかの少なくとも３、いずれかの少なくとも４、いずれかの少なくとも５、いずれかの少なくとも６、いずれかの少なくとも７、いずれかの少なくとも８、いずれかの少なくとも９、いずれかの少なくとも１０、いずれかの少なくとも１１、いずれかの少なくとも１２、いずれかの少なくとも１３、いずれかの少なくとも１４、いずれかの少なくとも１５、いずれかの少なくとも１６、いずれかの少なくとも１７、いずれかの少なくとも１８、いずれかの少なくとも１９、いずれかの少なくとも２０、いずれかの少なくとも２１、いずれかの少なくとも２２、いずれかの少なくとも２３、いずれかの少なくとも２４、いずれかの少なくとも２５、いずれかの少なくとも２６、いずれかの少なくとも２７、いずれかの少なくとも２８、いずれかの少なくとも２９、いずれかの少なくとも３０、いずれかの少なくとも４０、いずれかの少なくとも５０個の遺伝子、いずれかの少なくとも７５個の遺伝子、いずれかの少なくとも１００個の遺伝子、またはいずれかの少なくとも１５０個の遺伝子が含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、ＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ２７、ＳＩＧＬＥＣ１、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８、ＩＦＩＴ２、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＢＩＲＣ４ＢＰ、ＤＮＡＰＴＰ６、ＯＡＳ３、ＬＹ６Ｅ、ＩＦＩＴ１、ＬＩＰＡ、ＬＯＣ１２９６０７、ＩＳＧ１５、ＰＡＲＰ１４、ＭＸ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳＬ、ＣＣＬ２、ＨＥＲＣ５、ＯＡＳ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＲＦ７、ＩＦＩ６、ＩＬ６ＳＴ、ＩＲＦ２、ＬＹ６Ｅ、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＸ１、ＭＸ２、ＯＡＳ１、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＳＴＡＴ２、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＲＡＢ８Ｂ、ＬＩＬＲＡ５、ＲＳＡＤ２、およびＦＣＨＯ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＴＶ７、ＨＥＲＣ５、ＯＡＳ２、ＵＳＰ１８、ＸＡＦ１、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＥＰＳＴＩ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＴＶ７、ＨＥＲＣ５、ＯＡＳ２、ＵＳＰ１８、ＸＡＦ１、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１、およびＲＳＡＤ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＲＴＰ４、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５、ＳＩＧＬＥＣ１、ＵＳＰ１８、ＬＹ６Ｅ、ＥＴＶ７、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ１、ＨＳＸＩＡＰＡＦ１、Ｇ１Ｐ３、ＭＸ１、ＯＡＳ３、ＩＦＩ２７、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＡＭＰ３、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ２、ＩＦＩＴ２、およびＩＳＧ１５が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６、ＩＦＩＴ２、ＥＴＶ７、ＲＴＰ４、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＥＲＣ５、ＸＡＦ１、ＭＸ１、ＥＰＳＴＩ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ１、ＯＡＳ３、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＹ６Ｅ、ＩＳＧ１５、およびＩＦＩ２７が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＬＳＣＲ１、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＡＭＤ９Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＺＣ３ＨＡＶ１、ＥＴＶ６、ＤＡＰＰ１、ＩＬ１ＲＮ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＯＡＳ１、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＳＧ１５、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＯＡＳＬ、ＧＢＰ１、およびＭＸ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ２、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、ＩＦＩＴ１、ＨＥＲＣ５、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ２、ＬＹ６Ｅ、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、およびＩＦＩＴ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、およびＩＦＩ２７が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＳＡＭＤ９Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ１、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＳＧ１５、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＯＡＳＬ、ＧＢＰ１、およびＭＸ１が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ４４４Ｌが含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＲＳＡＤ２が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、少なくとも遺伝子ＩＦＩ２７、ＩＬ−１２１ＩＲベータ２、ＩＬ−１５Ｒアルファ、ＩＬ−１５、サイトカインシグナル抑制因子１（ＳＯＣＳ１）、ヤヌスキナーゼ２、ＣＸＣＬ１１（Ｔ−ＴＡＣ）、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ（ＢＡＦＦ）、ＴＲＡＦ型ドメイン１（ＴＲＡＦＤ１）、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＣＤ２７４（ＰＤ１−Ｌ）、インドールアミン２，３ジオキシゲナーゼ（ＩＮＤＯ）、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、およびカスパーゼ５が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
ＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーまたはＰＤマーカープロファイルには、例えば：ＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩ４４Ｌ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＳＧ１５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＬＡＭＰ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＯＡＳＬ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＲＳＡＤ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩ４４；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＯＡＳ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＵＳＰ１８；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＨＥＲＣ５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ４４Ｌ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＬＡＭＰ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＯＡＳＬ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＲＳＡＤ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ４４；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＯＡＳ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＵＳＰ１８；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＨＥＲＣ５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＬＡＭＰ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＡＭＰ３；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳＬ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳ３；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩＴ２；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＯＡＳ３；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＵＳＰ１８；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ３；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ５；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＥＰ
ＳＴＩ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子等の、いずれかの少なくとも５個の遺伝子が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、例えば：ＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ４４Ｌ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＬＡＭＰ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＯＡＳＬ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＲＳＡＤ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ４４；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＯＡＳ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＵＳＰ１８；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＨＥＲＣ５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＳＧ１５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＬＡＭＰ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＯＡＳＬ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＯＡＳ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＨＥＲＣ５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＡＭＰ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳＬ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＲＳＡＤ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ４４；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩＴ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ３；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ５；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＵＳＰ１８；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＨＥＲＣ５；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＥＰＳＴＩ１；また
はＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＨＥＲＣ５；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＬＯＣ１２９６０７；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＥＰＳＴＩ１；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ
６；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子等の、いずれかの少なくとも６個の遺伝子が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、例えば：ＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＳＧ１５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＬＡＭＰ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＯＡＳＬ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＯＡＳ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＨＥＲＣ５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＡＭＰ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳＬ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＵＳＰ１８；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＲＳＡＤ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩ４４；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩＴ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＯＡＳ３；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４
、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＵＳＰ１８；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２３５
２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子等の、いずれかの少なくとも７個の遺伝子が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、例えば：ＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＡＭＰ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳＬ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、Ｉ
ＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＯＡＳ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＵＳＰ１８；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＥＰＳＴＩ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳＬ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＲＳＡＤ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩ４４；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＩＦＩＴ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＵＳＰ１８；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＨＥＲＣ５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＲＳＡＤ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩ４４；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＩＦＩＴ２；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＯＡＳ３；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＯＡＳ３；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４
、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＨＥＲＣ５；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＥＰＳＴＩ１；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子等の、いずれかの少なくとも８個の遺伝子が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、例えば：ＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩＴ２；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＯＡＳ３；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＵＳＰ１８；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＨＥＲＣ５；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＭＸ１、ＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ３；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＵＳＰ１８；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ５；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＯＣ１２９６０７；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＵＳＰ１８；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＬＯＣ１２９６０７；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＥＰＳＴＩ１；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ
６、ＥＰＳＴＩ１；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子；またはＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ３、ＵＳＰ１８、ＳＩＧＬＥＣ１、ＨＥＲＣ５、ＤＮＡＰＴＰ６、ＬＯＣ１２９６０７、ＥＰＳＴＩ１、ＢＩＲＣ４ＢＰ、プローブ２２９４５０＿ａｔによって検出される遺伝子、プローブ２３５２７６＿ａｔによって検出される遺伝子等の、いずれかの少なくとも１２個の遺伝子が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、アディポネクチン、アルファフェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ ＲＩＩ、ＴＮＦアルファ、ＶＣＡＭ−１、ｖＷＦ、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳ、またはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのうちのいずれか１つ以上の変化が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、アディポネクチン、アルファフェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ ＰＪＩ、ＴＮＦアルファ、ＶＣＡＭ−１、またはｖＷＦの血清タンパク質レベルのうちのいずれか１つ以上の変化が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳ、またはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのうちのいずれか１つ以上の変化が含まれ得る。かかる発現プロファイルのＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーには、図面用紙２３５〜３８１に列記される少なくとも１個以上の遺伝子がさらに含まれ得る。
ＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルには、発現または活性が、ベースラインではないＩＦＮαレベルに曝露された細胞において下方制御される遺伝子が、さらに含まれ得る。該遺伝子には、ＳＬＣ４Ａ１、ＰＲＳＳ３３、ＦＣＥＲ１Ａ、ＢＡＣＨ２、ＫＬＲＢ１、Ｄ４Ｓ２３４Ｅ、Ｔ細胞受容体アルファ遺伝子座／Ｔ細胞受容体デルタ遺伝子座、ＦＥＺ１、ＡＦＦ３、ＣＤ１６０、ＡＢＣＢ１、ＰＴＣＨ１、ＯＲ２Ｗ３、ＩＧＨＤ、ＮＯＧ、ＮＲ３Ｃ２、ＴＮＳ１、ＰＤＺＫ１ＩＰ１、ＳＨ２Ｄ１Ｂ、ＳＴＲＢＰ、ＺＭＹＮＤ１１、ＴＭＯＤ１、ＦＣＲＬＡ、ＤＫＦＺｐ７６１Ｐ０４２３、ＥＰＢ４２、ＮＲ６Ａ１、ＬＯＣ３４１３３３、ＭＳ４Ａ１、ＩＧＨＭ、ＳＩＧＬＥＣＰ３、ＫＩＲ２ＤＳ２、ＰＫＩＡ、ＢＬＲ１、Ｃ５ｏｒｆ４、ＭＹＬＫ、ＬＯＣ２８３６６３、ＭＡＤ１Ｌ１、ＣＸＣＬ５、Ｄ４Ｓ２３４Ｅ、ＦＣＲＬＡ、ＫＲＴ１、ｃ１６ｏｒｆ７４、ＡＢＣＢ４、またはＧＰＲＡＳＰ１のうちのいずれか１つ以上が含まれ得る。
ＰＤマーカーは、健常な対象または罹患していない患者組織のものと比較して、上方制御され得るか、または下方制御され得る。患者の発現プロファイルにおける、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの上方制御または下方制御は、任意の程度で、対照からの試料のもの（患者の疾患組織ではない試料（例えば、乾癬患者の非病変皮膚）から、あるいは疾患または障害に罹患していない健常人からのものであり得る）に対してであり得る。上方制御または下方制御の程度は、対照または対照試料のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％であり得る。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを有する患者は、任意の数のＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプの上方制御された発現をさらに有し得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプには、いずれか１を超える、２を超える、３を超える、４を超える、５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、または１０を超える、ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプが含まれ得る。これらのサブタイプには、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβ、またはＩＦＮωが含まれ得る。患者は、ＩＦＮのサブタイプＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα１４の上方制御された発現を有し得る。発現の上方制御は、対照のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％であり得る。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを有する患者は、ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、または両方、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の上方制御された発現をさらに有し得る。患者は、単に、ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、または両方、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の、上方制御された発現を有するものとして同定することができる。
患者は、血清中タンパク質のレベルの変化をさらに有するか、あるいは代替として有する。患者は、アディポネクチン、アルファフェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ ＲＩＩ、ＴＮＦアルファ、ＶＣＡＭ−１、またはｖＷＦ等のタンパク質の上昇した血清レベルを有し得る。患者は、血清中のこれらのタンパク質のうちのいずれか１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６個の上昇した血清レベルを有し得る。上昇したレベルは、対照、例えば、健常な対象の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、または少なくとも２００％、または少なくとも３００％、または少なくとも４００％、または少なくとも５００％であり得る。変化は、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳ、またはトロンボポエチン等のタンパク質の血清レベルの低下であり得る。患者は、これらのタンパク質のうちのいずれか１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個の低下した血清レベルを有し得る。低下したレベルは、対照、例えば、健常な対象のものの少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％であり得る。ＰＤマーカープロファイルは、タンパク質のこれらの上昇または低下した血清レベルのうちの１つ以上を含み得る。
患者は、以下の自己抗原：（ａ）ミクソウイルス（インフルエンザウイルス）耐性１、インターフェロン誘発性タンパク質ｐ７８、（ｂ）サーフェイト５、転写バリアントｃ、（ｃ）プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）活性化因子サブユニット３（ＰＡ２８ガンマ、Ｋｉ）転写物、（ｄ）レチノイン酸受容体、アルファ、（ｅ）熱ショック１０ｋＤａタンパク質１（シャペロニン１０）、（ｆ）トロポミオシン３、（ｇ）プレクストリン相同様ドメイン、ファミリーＡ、メンバー１、（ｈ）細胞骨格関連タンパク質１、（ｉ）シェーグレン症候群抗原Ａ２（６０ｋＤａ、リボ核タンパク質自己抗原ＳＳ−Ａ／Ｒｏ）、（ｊ）ＮＡＤＨ脱水素酵素（ユビキノン）１、アルファ／ベータ部分複合体１、８ｋＤａ、（ｋ）ＮｕｄＥ核分布遺伝子Ｅ相同体１（偽巣性コウジ菌）、（ｌ）ＭｕｔＬ相同体１、結腸癌、非ポリポーシス２型（大腸菌）、（ｍ）ロイシンリッチリピート（ＦＬＩＩ中）相互作用タンパク質２、（ｎ）トロポミオシン１（アルファ）、（ｏ）痙性対麻痺２０、スパルチン（トロイヤー症候群）、（ｐ）着床前タンパク質、転写バリアント１、（ｒ）ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４５、（ｓ）Ｌｉｎ−２８相同体（線虫）、（ｔ）熱ショック９０ｋＤａタンパク質１、アルファ、（ｕ）ｄｏｍ−３相同体Ｚ（線虫）、（ｖ）ダイニン、細胞質、軽中間ポリペプチド２、（ｗ）Ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１（ｒｈｏファミリー、低分子量ＧＴＰ結合タンパク質）、（ｘ）滑膜肉腫、Ｘ切断点２、転写バリアント２、（ｙ）モエシン、（ｚ）ホーマー相同体（ショウジョウバエ）、転写バリアント１、（ａａ）ＧＣＮ５アミノ酸合成の一般制御５様２（酵母）、（ｂｂ）真核生物翻訳伸長因子１ガンマ、（ｃｃ）真核生物翻訳伸長因子１、デルタ、（ｄｄ）ＤＮＡ損傷誘発転写物３、（ｅｅ）ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ）ガンマ、ならびに２００７年５月３日出願の仮出願、名称「Ａｕｔｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ」、または２００７年１１月６日出願の仮出願、名称「Ａｕｔｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ」に記載される任意の他の自己抗原（例えば、限定されないが、表２、４、５、および９に記載のもの）のうちのいずれか１つに結合する、自己抗体をさらに有し得る。患者は、これらの自己抗原の任意の数、例えば、いずれかの少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５個に結合する自己抗体を有し得る。
治療薬を筋炎患者に投与することができる。治療薬は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する任意の分子であり得る。治療薬は、小分子または生物学的薬剤であり得る。治療薬が小分子である場合、合成するか、または天然源から同定して単離することができる。
治療薬が生物学的薬剤である場合、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαの任意のサブタイプに特異的な抗体であり得る。例えば、該抗体は、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβ、またはＩＦＮωのうちのいずれか１つに特異的であり得る。代替として、該抗体は、いずれか２、いずれか３、いずれか４、いずれか５、いずれか６、いずれか７、いずれか８、いずれか９、いずれか１０、いずれか１１、いずれか１２個のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であり得る。抗体が、１つを超えるＩ型ＩＦＮのサブタイプに特異的である場合、該抗体は、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、およびＩＦＮα２１に特異的であり得るか、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα１０に特異的であり得るか、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα２１に特異的であり得るか、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα１０、およびＩＦＮα２１に特異的であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに特異的な抗体には、ＭＥＤＩ−５４５、ＭＥＤＩ−５４５以外のいずれかの生物学的製剤もしくは抗体、２００４年１２月１０日出願の米国特許出願第１１／００９，４１０号および２００５年６月２０日出願の第１１／１５７，４９４号に記載される抗体、米国特許第７，０８７，７２６号（実施例１および実施例２、表３および表４に開示されるもの、ならびに／または欄５６の２５〜５４行目の「Ｄｅｐｏｓｉｔ ｏｆ Ｍａｔｅｒｉａｌ」の表題の表に開示されるもの）に記載される９Ｆ３および他の抗体、ＮＫ−２およびＹＯＫ５／１９（ＷＯ第８４／０３１０５号）、ＬＯ−２２（米国特許第４，９０２，６１８号）、１４４ ＢＳ（米国特許第４，８８５，１６６号）、ならびにＥＢＩ−１、ＥＢＩ−２、およびＥＢＩ−３（ＥＰ第１１９４７６号）が含まれる。ＩＦＮαの活性を調節する治療薬は、ＩＦＮαの活性を中和することができる。当業者は、かかる生物学的薬剤の調製および製剤化、ならびにそれらの投与方法を十分に認識している。
抗体は、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換えにより産生された抗体、細胞内抗体、多特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（二重特異性ｓｃＦｖを含む）、ＢｉＴＥ分子、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、または上記のうちのいずれかのエピトープ結合性フラグメントであり得る。抗体は、いずれかの免疫グロブリン分子、または免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分であり得る。さらに、抗体は、任意のアイソタイプであり得る。例えば、それは、アイソタイプＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４のうちのいずれかであり得る。抗体は、可変領域および定常領域を含む全長抗体であるか、あるいは単鎖抗体、またはＦａｂもしくはＦａｂ’２フラグメント等のその抗原結合性フラグメントであり得る。また、抗体は、細胞毒素または放射性同位元素等の治療薬に共役または結合することができる。
ＩＦＮαに結合してその活性を調節する薬剤の他に、第２の薬剤を筋炎患者に投与することができる。第２の薬剤には、非ステロイド系抗炎症薬（イブプロフェン、ナプロキセン、スリンダク、ジクロフェナク、ピロキシカム、ケトプロフェン、ジフルニサル、ナブメトン、エトドラク、オキサプロジン、およびインドメタシン等）、抗マラリア薬（ヒドロキシクロロキン等）、副腎皮質ステロイドホルモン（プレドニゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、およびデキサメタゾン等）、メトトレキサート、免疫抑制剤（アザチオプリンおよびシクロホスファミド等）、ならびに、例えば、Ｔ細胞を標的とするか（アレファセプトおよびエファリズマブ等）、またはＴＮＦαを標的とする（エンブレル、レミケード、およびヒュミラ等）生物学的薬剤が含まれるが、これらに限定されない。
該薬剤を用いた処置は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルの中和をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、筋炎の１つ以上の症状または疾患の急激な再燃の減少をもたらし得る。症状には、筋力低下、つかえ感、呼吸困難、発熱、体重減少、疼痛、筋圧痛、関節炎、および発疹が含まれ得る。該薬剤を用いた処置は、予後の改善をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、患者により高い生活の質をもたらすことができる。該薬剤を用いた処置は、第２の薬剤を同時投与する必要性を緩和することができるか、または患者に第２の薬剤を投与する用量を減少させることができる。該薬剤を用いた処置は、患者の入院数を減少させることができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルを中和することができる。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルの中和は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαによって上方制御された少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０個の遺伝子における低下であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαによって上方制御される遺伝子は、図２３５〜３８１または上記に説明したいずれかの遺伝子群であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルの中和は、いずれかのＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルにおいて上方制御された、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０個の遺伝子のうちのいずれかの、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の低下である。代替として、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルの中和とは、対照試料中のこれらのＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子の発現レベルの、最大で５０％、最大で４５％、最大で４０％、最大で３５％、最大で３０％、最大で２５％、最大で２０％、最大で１５％、最大で１０％、最大で５％、最大で４％、最大で３％、最大で２％、または最大で１％内である、上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子の発現の低下を指し得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαのプロファイルを中和することができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルの中和は、発現が、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαによって低下される、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０個の遺伝子の発現の上昇であり得る。発現が、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαによって低下される遺伝子は、図２３５〜３８１または上記に説明したいずれかの遺伝子群であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルにおける下方制御された遺伝子の中和は、発現が、いずれかのＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルにおいて下方制御された、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、または少なくとも２５個の遺伝子のうちのいずれかの、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または少なくとも１００％、または少なくとも１２５％、または少なくとも１３０％、または少なくとも１４０％、または少なくとも１５０％、または少なくとも１７５％、または少なくとも２００％、または少なくとも２５０％、または少なくとも３００％、または少なくとも５００％の上昇であり得る。代替として、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性プロファイルの中和とは、対照試料中のこれらのＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性（下方制御された）遺伝子の発現レベルの、最大で５０％、最大で４５％、最大で４０％、最大で３５％、最大で３０％、最大で２５％、最大で２０％、最大で１５％、最大で１０％、最大で５％、最大で４％、最大で３％、最大で２％、または最大で１％内への、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子の発現の上昇を指す。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαのプロファイルを中和することができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤は、１つ以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプの発現を、さらにまたは代替として中和することができる。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプには、いずれかの１を超える、２を超える、３を超える、４を超える、５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、または１０を超える、ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプが含まれ得る。これらのサブタイプには、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１７、ＩＦＮα２１、ＩＦＮβ、またはＩＦＮωが含まれ得る。これらのサブタイプには、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα８、およびＩＦＮα１４の全てが含まれ得る。代替として、これらのサブタイプには、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１０、ＩＦＮα２１が含まれ得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプの中和は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも７、少なくとも８、または少なくとも１０個の該サブタイプのうちのいずれかの、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の低下であり得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプの中和は、対照試料中のこれらのＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプの発現レベルの、最大で５０％、最大で４５％、最大で４０％、最大で３５％、最大で３０％、最大で２５％、最大で２０％、最大で１５％、最大で１０％、最大で５％、最大で４％、最大で３％、最大で２％、または最大で１％内である、ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプの遺伝子の発現における低下であり得る。ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮに結合して、その活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、ＩＦＮαまたはＩ型ＩＦＮのサブタイプを中和することができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤は、ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、または両方、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の発現を、さらにまたは代替として中和することができる。ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、または両方、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の発現の中和は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、または少なくとも６個のこれらの遺伝子のうちのいずれかの、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の低下であり得る。ＩＦＮα受容体、ＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２のいずれか、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体（ＩＦＮＧＲ１、ＩＦＮＧＲ２のいずれか、またはＩＦＮＧＲ１およびＩＦＮＧＲ２の両方）の発現の中和は、対照試料中のこれらの遺伝子の発現レベルの、最大で５０％、最大で４５％、最大で４０％、最大で３５％、最大で３０％、最大で２５％、最大で２０％、最大で１５％、最大で１０％、最大で５％、最大で４％、最大で３％、最大で２％、または最大で１％の発現の低下である。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、ＩＦＮα受容体であるＩＦＮＡＲ１もしくはＩＦＮＡＲ２、またはＴＮＦα、またはＩＦＮγ、またはＩＦＮγ受容体であるＩＦＮＧＲ１もしくはＩＦＮＧＲ２の発現を中和することができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤は、血清中タンパク質のレベルの変化、例えば、血清レベルが下方制御されるタンパク質のレベルの上昇、または血清レベルが上方制御されるタンパク質のレベルの低下を、対照対象のものに近いレベルへと、さらにまたは代替として中和することができる。アディポネクチン、アルファフェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ ＲＩＩ、ＴＮＦアルファ、ＶＣＡＭ−１、ｖＷＦ、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳ、またはトロンボポエチン等の、血清中タンパク質の発現の中和は、これらのタンパク質のうちの少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、または少なくとも２５個のレベルを、健常な対象の血清中タンパク質の少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％のレベル内にすることによってであり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、血清タンパク質、例えば、アディポネクチン、アルファフェトプロテイン、アポリポタンパク質ＣＩＩＩ、ベータ２ミクログロブリン、癌抗原１２５、癌抗原１９−９、エオタキシン、ＦＡＢＰ、第ＶＩＩ因子、フェリチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−３、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−３、ミオグロビン、ＳＧＯＴ、組織因子、ＴＩＭＰ−１、ＴＮＦ ＲＩＩ、ＴＮＦアルファ、ＶＣＡＭ−１、ｖＷＦ、ＢＤＮＫ、補体３、ＣＤ４０リガンド、ＥＧＦ、ＥＮＡ−７８、ＥＮ−ＲＡＧＥ、ＩＧＦ−１、ＭＤＣ、ミエロペルオキシダーゼ、ＲＡＮＴＥＳ、またはトロンボポエチンのレベルを中和することができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤は、以下の自己抗原：（ａ）ミクソウイルス（インフルエンザウイルス）耐性１、インターフェロン誘発性タンパク質ｐ７８、（ｂ）サーフェイト５、転写バリアントｃ、（ｃ）プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）活性化因子サブユニット３（ＰＡ２８ガンマ、Ｋｉ）転写物、（ｄ）レチノイン酸受容体、アルファ、（ｅ）熱ショック１０ｋＤａタンパク質１（シャペロニン１０）、（ｆ）トロポミオシン３、（ｇ）プレクストリン相同様ドメイン、ファミリーＡ、メンバー１、（ｈ）細胞骨格関連タンパク質１、（ｉ）シェーグレン症候群抗原Ａ２（６０ｋＤａ、リボ核タンパク質自己抗原ＳＳ−Ａ／Ｒｏ）、（ｊ）ＮＡＤＨ脱水素酵素（ユビキノン）１、アルファ／ベータ部分複合体１、８ｋＤａ、（ｋ）ＮｕｄＥ核分布遺伝子Ｅ相同体１（偽巣性コウジ菌）、（ｌ）ＭｕｔＬ相同体１、結腸癌、非ポリポーシス２型（大腸菌）、（ｍ）ロイシンリッチリピート（ＦＬＩＩ中）相互作用タンパク質２、（ｎ）トロポミオシン１（アルファ）、（ｏ）痙性対麻痺２０、スパルチン（トロイヤー症候群）、（ｐ）着床前タンパク質、転写バリアント１、（ｒ）ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４５、（ｓ）Ｌｉｎ−２８相同体（線虫）、（ｔ）熱ショック９０ｋＤａタンパク質１、アルファ、（ｕ）ｄｏｍ−３相同体Ｚ（線虫）、（ｖ）ダイニン、細胞質、軽中間ポリペプチド２、（ｗ）Ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１（ｒｈｏファミリー、低分子量ＧＴＰ結合タンパク質）、（ｘ）滑膜肉腫、Ｘ切断点２、転写バリアント２、（ｙ）モエシン、（ｚ）ホーマー相同体（ショウジョウバエ）、転写バリアント１、（ａａ）ＧＣＮ５アミノ酸合成の一般制御５様２（酵母）、（ｂｂ）真核生物翻訳伸長因子１ガンマ、（ｃｃ）真核生物翻訳伸長因子１、デルタ、（ｄｄ）ＤＮＡ損傷誘発転写物３、（ｅｅ）ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ）ガンマ、ならびに２００７年５月３日出願の仮出願、名称「Ａｕｔｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ」に記載される任意の他の自己抗原、ならびに２００７年１１月６日出願の仮出願、名称「Ａｕｔｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｄｉｓｅａｓｅ」に記載される任意の他の自己抗原（例えば、限定されないが、表２、４、５、および９に記載のもの）のうちのいずれか１、いずれかの少なくとも２、いずれかの少なくとも３、いずれかの少なくとも４、いずれかの少なくとも５、いずれかの少なくとも６、いずれかの少なくとも７、いずれかの少なくとも８、いずれかの少なくとも９、いずれかの少なくとも１０、いずれかの少なくとも１５、またはいずれかの少なくとも２０個に結合する、自己抗体の数またはレベルを、さらにまたは代替として低下させることができる。自己抗体のレベルの低下は、該自己抗体のうちのいずれかの存在の、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の低下であり得る。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤が、抗体等の生物学的薬剤である場合、該薬剤は、０．３〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．３〜３ｍｇ／ｋｇ、０．３〜１ｍｇ／ｋｇ、１〜３０ｍｇ／ｋｇ、３〜３０ｍｇ／ｋｇ、５〜３０ｍｇ／ｋｇ、１０〜３０ｍｇ／ｋｇ、１〜１０ｍｇ／ｋｇ、３〜１０ｍｇ／ｋｇ、または１〜５ｍｇ／ｋｇの用量で、自己抗体の数またはレベルを低下させることができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤は、インターフェロン誘発性のサインまたはＰＤマーカープロファイルに含まれない、遺伝子の発現を中和しない場合がある。
疾患の進行の監視は、薬剤、例えば、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤、またはＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合するが、その活性を調節しない薬剤、またはＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を含んでもよく、もしくは含まなくてもよい薬剤の組み合わせの投与前および投与後に、患者の試料を得ることによって行うことができる。試料には、全血、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻汁、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核細胞、総白血球細胞、リンパ節細胞、脾臓細胞、扁桃腺細胞、または皮膚等の、任意の生体液または組織が含まれる。試料は、当該技術分野において既知の任意の手段によって得ることができる。
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、（薬剤の投与前および投与後の）試料中で得られる。試料中のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルが比較される。比較は、試料中に存在するＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数のものであり得、あるいは試料中に存在するＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数量のものであり得、あるいはそれらの任意の組み合わせであり得る。治療薬の有効性を示す変動は、上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数もしくはレベル（またはそれらの任意の組み合わせ）が、治療薬の投与前に得られた試料と比較して、治療薬の投与後に得られた試料において低下する場合、示され得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個低下し得る。任意の所定の上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーのレベルは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下し得る。レベルが低下した、上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの、低下した数と低下したレベルとの任意の組み合わせが、有効性を示し得る。治療薬の有効性を示す変動は、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数もしくはレベル（またはそれらの任意の組み合わせ）が、治療薬の投与前に得られた試料と比較して、治療薬の投与後に得られた試料において低下する場合、示され得る。下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個低下し得る。任意の所定の下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーのレベルは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％上昇し得る。レベルが上昇した、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの、低下した数と上昇したレベルとの任意の組み合わせが、有効性を示し得る。
患者から得られる試料は、該薬剤の最初の投与の前、すなわち、患者は該薬剤を未投与である時に得ることができる。代替として、患者から試料を得るのは、処置の過程において、該薬剤の投与後に生じてもよい。例えば、該薬剤は、監視プロトコルを開始する前に投与されていてもよい。該薬剤の投与後、さらなる試料を患者から得ることができ、試料中のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーが比較される。試料は、同一または異なる種類のものであり得、例えば、得られる各試料は、血液試料であってもよく、あるいは、得られる各試料は、血清試料であってもよい。各試料中で検出されるＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーは、同一であってもよく、実質的に重複してもよく、または類似していてもよい。
試料は、治療薬の投与の前および後のいずれの時点で得られてもよい。治療薬の投与後に得られる試料は、治療薬の投与から少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１２、または少なくとも１４日後に得ることができる。治療薬の投与後に得られた試料は、治療薬の投与から少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、または少なくとも８週間後に得ることができる。治療薬の投与後に得られた試料は、治療薬の投与から少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、または少なくとも６ヶ月後に得ることができる。
治療薬の投与後に、患者からさらなる試料を得ることができる。少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５個の試料を患者から得て、長期にわたって疾患または障害の進行または退行を監視することができる。疾患の進行は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年の期間にわたって、または患者の生涯にわたって、監視することができる。月一回、２ヶ月に一回、四半期に１回、年２回、または年１回の間隔等の一定間隔で、患者からさらなる試料を得ることができる。試料は、該薬剤の投与後一定間隔で、患者から得ることができる。例えば、試料は、薬剤のそれぞれの投与から１週間の時点、または薬剤のそれぞれの投与から２週間の時点、または薬剤のそれぞれの投与から３週間の時点、または薬剤のそれぞれの投与から１ヶ月の時点、または薬剤のそれぞれの投与から２ヶ月の時点で、患者から得ることができる。代替として、薬剤の投与または各投与後に、患者から複数の試料を得ることができる。
同様に、患者の疾患の進行は、薬剤を投与しない時も監視することができる。試料は、該疾患または障害を有する患者から、定期的に得ることができる。疾患の進行は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数が、先に得られた試料と比較して、後で得られた試料において上昇する場合、同定することができる。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個上昇し得る。疾患の進行は、任意の所定の上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％上昇する場合、同定することができる。疾患の進行は、任意の所定の下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下する場合、同定することができる。レベルが上昇した、上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。レベルが低下した、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの上昇した数と上昇したレベルとの任意の組み合わせが、疾患の進行を示し得る。代替として、または組み合わせて、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの低下した数と低下したレベルとの任意の組み合わせは、疾患の進行を示し得る。また、疾患の退行は、薬剤によって処置されない、疾患または障害を有する患者においても同定することができる。この場合、退行は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数が、先に得られた試料と比較して、後で得られた試料において低下する場合、同定することができる。Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０個低下し得る。疾患の退行は、任意の所定の上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低下する場合、同定することができる。疾患の退行は、任意の所定の下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％上昇する場合、同定することができる。レベルが低下した、上方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。レベルが上昇した、下方制御されたＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、または少なくとも３５個であり得る。疾患の進行または疾患の退行は、任意の期間にわたって、任意の間隔で試料を得ることによって、監視することができる。疾患の進行または疾患の退行は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年にわたって、または患者の生涯にわたって、試料を得ることによって、監視することができる。疾患の進行または疾患の退行は、少なくとも月一回、２ヶ月に一回、四半期に１回、年２回、または年１回試料を得ることによって、監視することができる。試料は、厳密な間隔で得る必要はない。
また、本発明は、キットおよびプローブも包含する。該プローブは、ＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルに含まれ得る任意の遺伝子の、任意の発現または活性を検出する、任意の分子であり得る。
出願人は、本発明の態様の一部を説明するために、一連の非限定的な実施形態を提供する。
実施形態
１．Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害を有する患者を処置する方法であって、
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を投与するステップを含み、
前記患者は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを有し、
前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する、方法。
２．前記患者の、前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルの中和を検出するステップをさらに含む、実施形態１に記載の方法。
３．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１に記載の方法。
４．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態３に記載の方法。
５．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態４に記載の方法。
６．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態５に記載の方法。
７．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態６に記載の方法。
８．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、実施形態３に記載の方法。
９．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１に記載の方法。
１０．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態９に記載の方法。
１１．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１０に記載の方法。
１２．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１１に記載の方法。
１３．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１２に記載の方法。
１４．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、実施形態９に記載の方法。
１５．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、実施形態３に記載の方法。
１６．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、実施形態１５に記載の方法。
１７．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、実施形態１６に記載の方法。
１８．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、実施形態１７に記載の方法。
１９．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、実施形態１８に記載の方法。
２０．表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、実施形態１５に記載の方法。
２１．前記薬剤は、生物学的薬剤である、実施形態１に記載の方法。
２２．前記薬剤は、抗体である、実施形態２１に記載の方法。
２３．前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、実施形態２２に記載の方法。
２４．前記抗体は、１個以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、実施形態２２に記載の方法。
２５．前記薬剤を投与する前記ステップは、前記疾患または障害の１つ以上の症状を緩和する、実施形態１に記載の方法。
２６．前記抗体は、約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態２２に記載の方法。
２７．前記抗体は、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態２６に記載の方法。
２８．前記抗体は、０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態２７に記載の方法。
２９．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも１０％中和する、実施形態２１に記載の方法。
３０．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも２０％中和する、実施形態２９に記載の方法。
３１．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも３０％中和する、実施形態３０に記載の方法。
３２．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも４０％中和する、実施形態３１に記載の方法。
３３．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも５０％中和する、実施形態３２に記載の方法。
３４．前記疾患または障害は、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または筋炎のうちの１つである、実施形態１に記載の方法。
３５．前記疾患または障害は、筋炎である、実施形態３４に記載の方法。
３６．前記患者は、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８、および１４の、上方制御された発現または活性をさらに有する、実施形態１に記載の方法。
３７．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の全血中で検出される、実施形態２に記載の方法。
３８．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の筋組織中で検出される、実施形態２に記載の方法。
３９．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、強いか、または中程度である、実施形態１に記載の方法。
４０．中和を必要とする患者において、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する方法であって、
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を、前記患者に投与するステップを含み、
前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する、方法。
４１．前記患者の、前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルの中和を検出するステップをさらに含む、実施形態４０に記載の方法。
４２．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態４０に記載の方法。
４３．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態４２に記載の方法。
４４．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態４３に記載の方法。
４５．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態４４に記載の方法。
４６．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態４５に記載の方法。
４７．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、実施形態４２に記載の方法。
４８．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態４０に記載の方法。
４９．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態４８に記載の方法。
５０．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態４９に記載の方法。
５１．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態５０に記載の方法。
５２．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態５１に記載の方法。
５３．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、実施形態４８に記載の方法。
５４．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、実施形態４２に記載の方法。
５５．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、実施形態５４に記載の方法。
５６．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、実施形態５５に記載の方法。
５７．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、実施形態５６に記載の方法。
５８．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、実施形態５７に記載の方法。
５９．表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、実施形態５４に記載の方法。
６０．前記薬剤は、生物学的薬剤である、実施形態４０に記載の方法。
６１．前記薬剤は、抗体である、実施形態６０に記載の方法。
６２．前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、実施形態６１に記載の方法。
６３．前記抗体は、１個以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、実施形態６１に記載の方法。
６４．前記薬剤を投与する前記ステップは、前記疾患または障害の１つ以上の症状を緩和する、実施形態４０に記載の方法。
６５．前記抗体は、約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態６１に記載の方法。
６６．前記抗体は、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態６５に記載の方法。
６７．前記抗体は、０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態６６に記載の方法。
６８．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも１０％中和する、実施形態４０に記載の方法。
６９．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも２０％中和する、実施形態６８に記載の方法。
７０．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも３０％中和する、実施形態６９に記載の方法。
７１．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも４０％中和する、実施形態７０に記載の方法。
７２．前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも５０％中和する、実施形態７１に記載の方法。
７３．前記患者は、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または筋炎のうちの１つを診断されている、実施形態４０に記載の方法。
７４．前記患者は、筋炎を診断されている、実施形態７３に記載の方法。
７５．前記患者は、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８、および１４の上方制御された発現または活性をさらに含む、実施形態４０に記載の方法。
７６．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の全血中で検出される、実施形態４１に記載の方法。
７７．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の筋組織中で検出される、実施形態４１に記載の方法。
７８．前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、強いか、または中程度である、実施形態４０に記載の方法。
７９．患者の炎症性疾患の進行を監視または予後判断する方法であって、
患者から、第１の試料の第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを得るステップを含む、方法。
８０．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態７９に記載の方法。
８１．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態８０に記載の方法。
８２．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態８１に記載の方法。
８３．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態８２に記載の方法。
８４．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態８３に記載の方法。
８５．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、実施形態８０に記載の方法。
８６．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態７９に記載の方法。
８７．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態８６に記載の方法。
８８．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態８７に記載の方法。
８９．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態８８に記載の方法。
９０．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態８９に記載の方法。
９１．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、実施形態８６に記載の方法。
９２．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、実施形態８０に記載の方法。
９３．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、実施形態９２に記載の方法。
９４．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、実施形態９３に記載の方法。
９５．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、実施形態９４に記載の方法。
９６．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、実施形態９５に記載の方法。
９７．表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、実施形態９２に記載の方法。
９８．前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、強いプロファイルであり、前記患者の予後は、疾患の進行である、実施形態７９に記載の方法。
９９．前記強いプロファイルは、前記ｍｉＲＮＡの健常人のものの少なくとも１０倍の差次的発現を含む、実施形態９８に記載の方法。
１００．自己免疫疾患は、筋炎である、実施形態９８に記載の方法。
１０１．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、弱いプロファイルであり、前記患者の予後は、疾患の退行である、実施形態７９に記載の方法。
１０２．前記弱いプロファイルは、前記ｍｉＲＮＡの健常人のものの２倍以下の差次的発現を含む、実施形態１０１に記載の方法。
１０３．前記強いプロファイルは、疾患の処置の変更を内科医に示唆する、実施形態９８に記載の方法。
１０４．患者から、第２の試料の第２の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを得るステップをさらに含み、
前記第１のプロファイルと比較した、前記第２のプロファイルのｍｉＲＮＡマーカーの数もしくはレベルの上昇は、疾患の進行を予後判断するか、または、
前記第１のプロファイルと比較した、前記第２のプロファイルのｍｉＲＮＡマーカーの数もしくはレベルの低下は、疾患の退行を予後判断する、実施形態７９に記載の方法。
１０５．治療薬を用いた処置を受けている患者の、自己免疫疾患または炎症性疾患の進行を監視する方法であって、
前記患者から、第１の試料の第１のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップと、
治療薬を投与するステップと、
前記患者から、第２の試料の第２のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップと、
前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルと前記第２のｍｉＲＮＡプロファイルとを比較するステップと、
を含み、前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルおよび前記第２のｍｉＲＮＡプロファイルにおける変動は、前記治療薬の有効性のレベルを示す、方法。
１０６．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１０５に記載の方法。
１０７．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１０６に記載の方法。
１０８．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１０７に記載の方法。
１０９．前記第１のｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１０８に記載の方法。
１１０．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１０９に記載の方法。
１１１．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、実施形態１０６に記載の方法。
１１２．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１０５に記載の方法。
１１３．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１１２に記載の方法。
１１４．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１１３に記載の方法。
１１５．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１１４に記載の方法。
１１６．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、実施形態１１５に記載の方法。
１１７．前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、実施形態１１２に記載の方法。
１１８．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、実施形態１０６に記載の方法。
１１９．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、実施形態１１８に記載の方法。
１２０．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、実施形態１１９に記載の方法。
１２１．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、実施形態１２０に記載の方法。
１２２．前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、実施形態１２１に記載の方法。
１２３．表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、実施形態１１８に記載の方法。
１２４．前記自己免疫疾患または炎症性疾患は、狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、または乾癬である、実施形態１０５に記載の方法。
１２５．前記自己免疫疾患は、特発性炎症性筋炎である、実施形態１２４に記載の方法。
１２６．前記治療薬は、小分子または生物学的薬剤である、実施形態１０５に記載の方法。
１２７．前記生物学的薬剤は、抗体である、実施形態１２６に記載の方法。
１２８．前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、実施形態１２７に記載の方法。
１２９．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、前記治療薬の投与の前に得られる、実施形態１０５に記載の方法。
１３０．前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、前記治療薬の投与の時点で得られる、実施形態１０５に記載の方法。
１３１．前記第１の試料および前記第２の試料は、全血、筋肉、または血清である、実施形態１０５に記載の方法。
１３２．前記患者から、第３の試料の第３のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１０５に記載の方法。
１３３．前記患者から、第４の試料の第４のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１３２に記載の方法。
１３４．前記患者から、第５の試料の第５のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１３３に記載の方法。
１３５．前記患者から、第６の試料の第６のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１３４に記載の方法。
１３６．前記第２の試料は、前記治療薬の投与から少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１０５に記載の方法。
１３７．前記第３の試料は、前記第２の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１３２に記載の方法。
１３８．前記第４の試料は、前記第３の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１３３に記載の方法。
１３９．前記第５の試料は、前記第４の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１３４に記載の方法。
１４０．変動とは、健常なレベルと比較した、前記患者の差次的なｍｉＲＮＡレベルの低下である、実施形態１０５に記載の方法。
１４１．変動とは、健常なレベルと比較した、前記患者の差次的なｍｉＲＮＡレベルの上昇である、実施形態１０５に記載の方法。
１４２．差次的なｍｉＲＮＡレベルの前記上昇は、疾患の予後不良、または疾患が再燃することを示す、実施形態１４１に記載の方法。
１４３．前記患者の差次的なｍｉＲＮＡレベルの前記上昇は、前記患者の処置の変更を示唆する、実施形態１４１に記載の方法。
１４４．筋炎患者を処置する方法であって、
Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を投与するステップを含み、
前記患者は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを有し、
前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する、方法。
１４５．前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルの中和を検出するステップをさらに含む、実施形態１４４に記載の方法。
１４６．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＭＸ１、ＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１４７．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６、ＩＦＩＴ２、ＥＴＶ７、ＲＴＰ４、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＥＲＣ５、ＸＡＦ１、ＭＸ１、ＥＰＳＴＩ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ１、ＯＡＳ３、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＹ６Ｅ、ＩＳＧ１５、およびＩＦＩ２７の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１４８．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１４９．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＬＳＣＲ１、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１５０．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＳＡＭＤ９Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ１、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＳＧ１５、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＯＡＳＬ、ＧＢＰ１、およびＭＸ１の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１５１．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ２、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１５２．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、およびＩＦＩ２７の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１５３．前記薬剤は、生物学的薬剤である、実施形態１４４に記載の方法。
１５４．前記薬剤は、抗体である、実施形態１５３に記載の方法。
１５５．前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、実施形態１５４に記載の方法。
１５６．前記抗体は、１個以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、実施形態１５４に記載の方法。
１５７．前記薬剤を投与する前記ステップは、１つ以上の筋炎症状を緩和する、実施形態１４４に記載の方法。
１５８．前記抗体は、約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態１５４に記載の方法。
１５９．前記抗体は、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態１５８に記載の方法。
１６０．前記抗体は、０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態１５９に記載の方法。
１６１．前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも１０％中和する、実施形態１５３〜１５５のうちのいずれか１項に記載の方法。
１６２．前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも２０％中和する、実施形態１４４に記載の方法。
１６３．前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも３０％中和する、実施形態１６２に記載の方法。
１６４．前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも４０％中和する、実施形態１６３に記載の方法。
１６５．前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも５０％中和する、実施形態１６４に記載の方法。
１６６．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８、および１４の、上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１６７．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、ＰＤマーカー遺伝子の転写物を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１６８．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、ＰＤマーカー遺伝子から発現されたポリペプチドを含む、実施形態１４４に記載の方法。
１６９．患者の筋炎疾患の進行を監視または予後判断する方法であって、
患者から、第１の試料の第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップを含む、方法。
１７０．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、強いプロファイルであり、前記患者の予後は、筋炎疾患の進行である、実施形態１６９に記載の方法。
１７１．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の過剰発現または活性を含む、実施形態１７０に記載の方法。
１７２．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、弱いプロファイルであり、前記患者の予後は、筋炎疾患の退行である、実施形態１６９に記載の方法。
１７３．前記患者から、第２の試料の第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含み、
前記第１の発現プロファイルと比較した、前記第２の発現プロファイルのＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数もしくはレベルの上昇は、筋炎疾患の進行を予後判断するか、または
前記第１の発現プロファイルと比較した、前記第２の発現プロファイルのＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数もしくはレベルの低下は、筋炎疾患の退行を予後判断する、実施形態１６９に記載の方法。
１７４．治療薬を用いた処置を受けている患者の、筋炎疾患の進行を監視する方法であって、
前記患者から、第１の試料の第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップと、
治療薬を投与するステップと、
前記患者から、第２の試料の第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップと、
前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、前記第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルと比較するステップと、
を含み、前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルおよび前記第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける変動は、前記治療薬の有効性のレベルを示す、方法。
１７５．前記第１のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１７４に記載の方法。
１７６．前記変動は、前記遺伝子の活性レベルの上方制御された発現の低下である、実施形態１７４に記載の方法。
１７７．前記治療薬は、小分子または生物学的薬剤である、実施形態１７４に記載の方法。
１７８．前記治療薬は、ＩＦＮαに結合し、その活性を調節する、生物学的薬剤である、実施形態１７７に記載の方法。
１７９．前記生物学的薬剤は、抗体である、実施形態１７８に記載の方法。
１８０．前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、実施形態１７９に記載の方法。
１８１．前記抗体は、少なくとも１つのＩＦＮαサブタイプに結合するが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、実施形態１７９に記載の方法。
１８２．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、前記治療薬の投与の前に得られる、実施形態１７４に記載の方法。
１８３．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、前記治療薬の投与の時点で得られる、実施形態１７４に記載の方法。
１８４．前記第１の試料および前記第２の試料は、全血、筋肉、または血清である、実施形態１７４に記載の方法。
１８５．前記患者から、第３の試料の第３のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１７４に記載の方法。
１８６．前記患者から、第４の試料の第４のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１８５に記載の方法。
１８７．前記患者から、第５の試料の第５のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１８６に記載の方法。
１８８．前記患者から、第６の試料の第６のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、実施形態１８７に記載の方法。
１８９．前記第２の試料は、前記治療薬の投与から少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１７４に記載の方法。
１９０．前記第３の試料は、前記第２の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１８５に記載の方法。
１９１．前記第４の試料は、前記第３の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１８６に記載の方法。
１９２．前記第５の試料は、前記第４の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、実施形態１８７に記載の方法。
１９３．変動は、前記遺伝子の上方制御された発現または活性の低下である、実施形態１７４に記載の方法。
１９４．前記低下は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％である、実施形態１９３に記載の方法。
１９５．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１９６．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１９７．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１９８．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１６９に記載の方法。
１９９．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１６９に記載の方法。
２００．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１６９に記載の方法。
２０１．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１７４に記載の方法。
２０２．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１７４に記載の方法。
２０３．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の上方制御された発現または活性を含む、実施形態１７４に記載の方法。
２０４．前記患者は、強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを有する、実施形態１に記載の方法。
２０５．前記患者は、中程度のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを有する、実施形態１に記載の方法。
２０６．前記強いスコアは、１０以上である、実施形態２０４に記載の方法。
２０７．前記中程度のスコアは、４以上であるが、１０未満である、実施形態２０５に記載の方法。
２０８．前記筋炎は、ＤＭまたはＰＭである、実施形態３５または７４に記載の方法。
２０９．前記筋炎患者は、ＤＭまたはＰＭ患者である、実施形態１４４に記載の方法。
２１０．前記筋炎患者は、６を超えるＭＩＴＡＸスコアを有する、実施形態１４４に記載の方法。
２１１．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアは、強い、実施形態１４４に記載の方法。
２１２．前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアは、中程度である、実施形態１４４に記載の方法。
２１３．前記スコアは、１０以上である、実施形態２１１に記載の方法。
２１４．前記スコアは、４以上であるが、１０未満である、実施形態２１２に記載の方法。
２１５．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを含む、実施形態１７４に記載の方法。
２１６．前記強いスコアは、１０以上のスコアである、実施形態２１５に記載の方法。
２１７．前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、中程度のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを含む、実施形態１７４に記載の方法。
２１８．前記中程度のスコアは、４以上であるが、１０未満のスコアである、実施形態２１７に記載の方法。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれ個々の刊行物、特許、または特許出願が、参照することによって本明細書に組み込まれると、明確かつ個別に示されているのと同じ程度で、参照することにより本明細書に組み込まれる。
本出願は、あらゆる目的で参照することにより、２００６年１２月６日出願の米国仮出願第６０／８７３，００８号、２００７年４月１６日出願の米国仮出願第６０／９０７，７６２号、２００７年５月３日出願の米国仮出願第６０／９２４，２１９号、２００７年５月２１日出願の米国仮出願第６０／９２４，５８４号、２００７年９月１９日出願の米国仮出願第６０／９６０，１８７号、２００７年１１月５日出願の米国仮出願第６０／９９６，１７６号、ならびに２００７年１２月６日出願のＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０２４９４７号を組み込む。また、本出願は、あらゆる目的で参照することにより、２００８年６月２０日出願の米国仮出願第６１／１２９，３６６号、および２００８年５月５日出願のＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６２６４６号を組み込む。また、本出願は、あらゆる目的で参照することにより、２００７年５月３日出願の米国仮出願第６０／９２４，２２０号、２００７年１１月６日出願の米国仮出願、名称「Ａｕｔｏ−Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｄｉｓｅａｓｅ」（第６０／９９６，２１９号）、２００７年１２月６日出願の米国仮出願、名称「Ａｕｔｏ−Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｄｉｓｅａｓｅ」（第６０／９９６，８２０号）、ならびに２００８年５月５日出願のＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６２６３９号を組み込む。
さらに、本出願は、２００８年２月８日出願の米国仮出願第６１／００６，９６３号に対する優先権を主張し、これは、あらゆる目的で参照することにより、本明細書に組み込まれる。
以降の一連の実施例は、説明目的で提供されるに過ぎず、本発明がこれらの実施例に制限されるとは、決して解釈されるべきではない。
（実施例）
実施例１ａ：ＤＭ患者の筋肉試料中で最も上方制御された遺伝子の大部分は、ＩＦＮα／β誘発性である
ＤＭ筋肉試料を検査して、ＤＭ患者においてどの遺伝子が最も上方制御されているかを判定した。
全ＲＮＡ抽出およびマイクロアレイ処理：ＱｉａｇｅｎのＲＮｅａｓｙ Ｆｉｂｒｏｕｓ Ｔｉｓｓｕｅ Ｍｉｎｉ（Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、ＰＡＸｇｅｎｅ筋肉生検材料から全ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡの純度および濃度を、分光光度的に判定した（２６０／２８０＞１．９）。ＲＮＡの質は、ＲＮＡ ６０００ Ｎａｎｏ ＬａｂＣｈｉｐ（登録商標）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒによって評価した。
２ｕｇの全ＲＮＡからの、ビオチン標識増幅ｃＲＮＡの生成は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｃｙｃｌｅ ｃＤＮＡ ＳｙｎｔｈｅｓｉｓキットおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＩＶＴ Ｌａｂｅｌｉｎｇキットを用いて達成された。ｃＲＮＡ産物の濃度および純度は、分光光度的に判定した。２０マイクログラムのそれぞれのビオチン標識ｃＲＮＡを、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）アレイ上で、ハイブリダイゼーションのために断片化した。断片化されたｃＲＮＡは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）の手引書に概説されるように、ハイブリダイゼーション用に調製した。ハイブリダイゼーションは、４５℃に設定したモデル３２０の回転ハイブリダイゼーションオーブンで、終夜行った。全てのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）洗浄および染色手順は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＭｏｄｅｌ ４５０ Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーション上で行った。アレイは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００上でスキャンした。データ収集およびアレイの質の初期評価は、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）ツールを用いて行った。
結果：ＤＭ患者の筋肉標本中で最も上方制御された遺伝子の大部分は、ＩＦＮα／β誘発性である。ＤＭ患者の筋肉試料中で最も上方制御された遺伝子のリスト、および健常な対照筋肉試料と比較した、ＤＭ患者の筋肉試料中のこれらの遺伝子の上方制御倍数を提供する、図１ａを参照されたい。また、ＤＭおよびＰＭ患者の筋肉の、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインスコアの散布図を提供する、図１ｂも参照されたい。
実施例１ｂ：ＤＭまたはＰＭ患者の血液試料の大部分における、Ｉ型ＩＦＮ誘発性遺伝子の過剰発現
ＤＭおよびＰＭ患者の血液中の、Ｉ型ＩＦＮ誘発性遺伝子の過剰発現の有症率および規模を評価した。
患者および患者の試料：本研究では、２群の患者を用いた。第１の群には、末梢全血試料中の全ゲノム遺伝子発現と、疾患活動性を含む臨床的特徴との間の関連の、長期的な予備的研究に将来を見越して登録した、単一病院センターからの２４人の筋炎患者（ＤＭを有する１５人およびＰＭを有する９人）が含まれた。合計１５０回の患者の来診からの臨床データ、および８０回の患者の来診からの遺伝子発現データが、最高６年の期間にわたって収集された（本研究の平均参加期間は１．９年であった）。これらの患者の臨床的特徴を、以下表６に要約する。
Figure 2011511804
Figure 2011511804
１回または２回の来診後の、これらの患者のうちの一部の初期の横断的研究は、すでに報告されており（Ｗａｌｓｈ ＲＪ，Ｐｉｎｋｕｓ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｂｌｏｏｄ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｎｄ ｒｅｆｌｅｃｔｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７；５６（１１）：３７８４−９２）、今般の研究では、登録患者数を増やし、１患者につき最高７回の来診の長期的分析を行った。ＤＭおよびＰＭの診断基準は、すでに報告された通りである（Ｗａｌｓｈ ＲＪ，Ｐｉｎｋｕｓ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｂｌｏｏｄ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｎｄ ｒｅｆｌｅｃｔｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７；５６（１１）：３７８４−９２）。全血試料は、定期的な臨床経過観察の来診時に収集した。疾患活動性は、すでに記載した筋炎包括解析スケール（ＭＩＴＡＸ）を使用して、各来診時に評価した（Ｗａｌｓｈ ＲＪ，Ｐｉｎｋｕｓ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｂｌｏｏｄ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｎｄ ｒｅｆｌｅｃｔｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７；５６（１１）：３７８４−９２）。ＭＩＴＡＸスコア（Ｒｉｄｅｒ ＬＧ，Ｍｉｌｌｅｒ ＦＷ．Ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｍｕｓｃｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ：ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｓｐｅｃｔｓ．Ｂａｉｌｌｉｅｒｅｓ Ｂｅｓｔ Ｐｒａｃｔ Ｒｅｓ Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．２０００；１４（１）：３７−５４）を含む臨床パラメータを、遺伝子発現データを盲検化して評価した。全血試料は、いずれかの所定の日程に従って収集されはしなかった。患者は、参加に際してインフォームドコンセントを出した。これらの研究は、Ｂｒｉｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｏｍｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌの施設内審査委員会（ＩＲＢ）によって承認された。
第２の群の筋炎患者（１８）は、ＤＭまたはＰＭを有する患者の臨床治験のための、スクリーニングの来診時に得られた単一血液試料について調査された。これらの血液試料は、複数のセンターで複数の研究者によって診られた患者にわたる、サイトカイン誘発性遺伝子サインの有症率の初期評価のために使用され、ＩＲＢ承認済みプロトコルの下、インフォームドコンセントを得て収集された。これらの対象は少なくとも１８歳であり、ＢｏｈａｎおよびＰｅｔｅｒの基準（Ｂｏｈａｎ Ａ，Ｐｅｔｅｒ ＪＢ．Ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．１９７５ Ｆｅｂ １３；２９２（７）：３４４−７、Ｂｏｈａｎ Ａ，Ｐｅｔｅｒ ＪＢ．Ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．１９７５ Ｆｅｂ ２０；２９２（８）：４０３−７）による、ほぼ確実または確定的なＤＭまたはＰＭ、ならびに活動性疾患を有していた。全血試料は、処置前の臨床来診時に、ＰＡＸｇｅｎｅのＲＮＡチューブに収集した。全ての対象は、以下のうちの少なくとも２つを有しなければならなかった：徒手筋力試験（ＭＭＴ）＞８０／１５０であるが、しかしＭＭＴ−８筋肉群試験を使用して＜１２５／１５０の強さ；視覚的アナログ尺度＞１０ｃｍの尺度上の２．０ｃｍによる、患者の包括的な活動性評価；視覚的アナログ尺度＞１０ｃｍの尺度上の２．０ｃｍによる、内科医の包括的な活動性評価、ＣＬＩＮＨＱＡ能力障害指標＞０．２５；ならびに包括的な筋肉外活動性評価＞１０ｃｍの視覚的アナログ尺度上で１．０。ＰＭを有する対象は、ＰＭの診断と一致する筋肉生検結果を文書化してもらう必要があった。スクリーニング時、対象は、１日につき＞３５ｍｇのプレドニゾンまたは等価物、ヒドロキシクロロキン＞６００ｍｇ／日、ミコフェノール酸モフェチル＞３ｇ／日、メトトレキサート＞２５ｍｇ／週、アザチオプリン＞３ｍｇ／ｋｇ／日、レフルノミド＞２０ｍｇ／日、または任意の用量のシクロホスファミド、シクロスポリン、もしくはサリドマイドを受けていてはならなかった。
正常な血液試料は、記載されたように（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−αＭｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８； Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２、Ｗａｌｓｈ ＲＪ，Ｐｉｎｋｕｓ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｂｌｏｏｄ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｎｄ ｒｅｆｌｅｃｔｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７；５６（１１）：３７８４−９２）、３６人の健常な提供者からのものであり、ＩＲＢ承認済みプロトコルの下、インフォームドコンセントを得て収集された。
全ＲＮＡ抽出、マイクロアレイアッセイ、およびＴａｑＭａｎ ＱＲＴ−ＰＣＲアッセイ：全血からのＲＮＡの単離は、ＰＡＸｇｅｎｅチューブまたはバフィーコート試料を使用し、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＵ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０マイクロアレイアッセイを、すでに記載したように行った（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２、Ｗａｌｓｈ ＲＪ，Ｐｉｎｋｕｓ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｂｌｏｏｄ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｎｄ ｒｅｆｌｅｃｔｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７； ５６（１１）：３７８４−９２）。２４人の正常な健常提供者の試料について、ＰＡＸｇｅｎｅチューブ収集方法を用いてＲＮＡを単離し、一方、１２人の正常な健常提供者の試料は、バフィーコート法を用いて処理した。これらの正常な健常提供者の試料は、試料処理の差異によるいずれのばらつきも排除するために、該２つの手法のうちの１つによって処理された患者の試料に対するベースラインとして使用した。
ＦｌｕｉｄｉｇｍのＢｉｏｍａｒｋシステム動的アレイプラットフォーム（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐ（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ，ＵＳＡ））を使用して、ＤＭまたはＰＭを有する１５人の患者の全血中の、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子、サイトカイン誘発性遺伝子パネル、および選択された免疫応答遺伝子の発現レベルを測定した。試料の処理およびデータ分析についての一般的手順は、すでに記載した通りであった（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２）。
マイクロアレイデータ分析：マイクロアレイデータ分析は、ＧＣ−Ｃｏｎｔｅｎｔ Ｒｏｂｕｓｔ Ｍｕｌｔｉｃｈｉｐ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＧＣＲＭＡ）を使用して、すでに記載したように行い（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２、Ｙａｏ Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｔｙｐｅ Ｉ ＩＦＮ ａｓ ａ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ ２００８；３（７）：ｅ２７３７．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０００２７３７）、これは、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ．ｏｒｇ／）のＧＣＲＭＡパッケージで実行された。遺伝子サインスコアに関係する全ての２群比較は、２試料のウィルコクソン−マンホイットニー検定を使用して算出し、一方一対比較は、ウィルコクソン符号順位検定を使用して算出した。有意性は、ボンフェローニ補正を用いて調整されたｐ値に対して述べられているが、報告された全てのｐ値は、多重検定について未調整である。正の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコアを有する患者を同定するために、Ｒ（Ｒ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ａｕｃｋｌａｎｄ，Ｎｅｗ Ｚｅａｌａｎｄ）での偽検出率（ｆａｌｓｅ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｒａｔｅ）（ＦＤＲ）調整を用いて、マイクロアレイの有意性分析（ＳＡＭ）を算出した。
結果：ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのヒトゲノムＵ１３３プラス２．０ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）を用いて、ＤＭまたはＰＭを有する４２人の患者（２２人のＤＭ患者および２０人のＰＭ患者、第１および第２の患者群より）の末梢全血のプロファイルを得た。健常な対照と比較して、ＤＭまたはＰＭを有する患者の血液中で、１，０７２個および７０３個の転写物が、それぞれ上方制御および下方制御（変化倍数＞２、ｑ＜０．０５）されていることが認められた。１，０７２個の上方制御された転写物のうち１３６個が、記載されたＩ型ＩＦＮファミリーメンバーを用いた全血の生体外刺激によって定義されるように、１型ＩＦＮ誘発性であった（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２）。２４人の健常な対象と比較した、ＤＭまたはＰＭを有する４２人の患者の全血中の、１３６個の転写物の発現を可視化するヒートマップを、図３８４ａに示す。個々の正常な対照およびＤＭもしくはＰＭを有する患者の血液中の、動的な２５個の最も過剰発現した１型ＩＦＮ誘発性遺伝子（動的リストは患者間で異なる可能性がある）を用いて算出した、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコアを、図３８４ｂに示す。本研究で評価された患者は、血液中で、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子の異なる程度の過剰発現を呈し、これには、弱い１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サイン（スコア＜４）を有するＤＭまたはＰＭ患者の独特な集団が含まれた。正常な提供者およびこれらの弱いサインスコアの患者は、図３８４ｂでそれぞれ第１および第２の水平なバーで表される。分類基準（１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインは、４未満のスコアを割り当てられた場合弱く、４以上であるが１０未満であるスコアを割り当てられた場合中程度であり、１０以上のスコアを割り当てられた場合高かった）に基づき、ＤＭまたはＰＭを有する患者の１７％は、血液中で１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインの弱い過剰発現を有するか、または過剰発現がなかった。合計４５％および３８％の患者が、それぞれ中程度または高い１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインを有した。したがって、ＤＭまたはＰＭを有する患者の圧倒的に大部分が、血液中で１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインの中程度から高い過剰発現を示した。
実施例１ｃ：ＤＭまたはＰＭを有する患者における１型ＩＦＮのシグナリング経路の活性を評価するための、１３個の遺伝子パネルの選択
実施例１ｂの結果に基づき、ＤＭおよびＰＭ患者の血液中の、１型ＩＦＮのシグナリング経路の活性化を評価するために使用できる可能性のある、小パネルの１型ＩＦＮ誘発性遺伝子を選択した。
ＤＭおよびＰＭを有する患者の末梢全血中で最も過剰発現した遺伝子の順位付け：実施例１ｂで記載した、本研究に用いられた４２人のＤＭおよびＰＭ患者全体で最も過剰発現したプローブセットを同定するために、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＵ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０アレイ上で、各プローブセットについて、それぞれ個々の患者と、２４人の健常な提供者の中央値との間の変化倍数値を算出した。そして、各患者について、変化倍数値を降順に順位付けた。各プローブセットについて中央順位を算出し、上位２００のプローブセット全体を選択した。１型ＩＦＮ誘発性であるとしてすでに同定されていた８０７個のプローブセット（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２）を、これらの２００個のプローブセットと交え、共通するプローブセットを合わせて、ＤＭまたはＰＭを有する患者の末梢全血中で過剰発現した１型ＩＦＮ誘発性遺伝子を合計した。
結果：複数の遺伝子の相対発現の複合スコアは、すでに記載されているように、経路活性のしっかりとした測定を提供することができる（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２、Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＩＦＮ−α／β−Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ Ｅｆｆｅｃｔ ｉｎ ａ Ｐｈａｓｅ Ｉ Ｔｒｉａｌ ｏｆ ａｎ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ ＳＬＥ．Ａｃｃｅｐｔｅｄ ｂｙ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．）。ＤＭまたはＰＭを有する４２人の患者の末梢全血中で、最も過剰発現した１００個の遺伝子の平均倍数順位を、以下に示す表７に列記する。
Figure 2011511804
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ＤＭおよびＰＭ患者の血液中の１型ＩＦＮのシグナリング経路の活性化を反映する、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコアを構築するために、この群から１３個の過剰発現した１型ＩＦＮ誘発性遺伝子を選択した。選択された１３個の遺伝子は、ＤＭおよびＰＭ患者の血液中で最も過剰発現した６個の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子（ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１）に加えて、ＤＭ筋肉標本中で最も過剰発現した１型ＩＦＮ誘発性遺伝子のうちの１つであるＩＳＧ１５（Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ ＳＡ，Ｔａｗｉｌ Ｒ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ａｌｐｈａ／ｂｅｔａ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｎｎａｔｅ ｉｍｍｕｎｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｉｎ ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓ．Ａｎｎ Ｎｅｕｒａｌ ２００５；５７（５）：６６４−７８）、ならびに６個の十分特徴付けられた１型ＩＦＮ誘発性遺伝子（ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６）であった。この１３個の遺伝子パネル（ＳＬＥのための２１個の遺伝子パネルのサブセット）での遺伝子サインスコアは、ＳＬＥにおける１型ＩＦＮのシグナリング経路の活性化を特徴付けるために使用された、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子の２１個の遺伝子パネルについてのスコア（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２）と非常に良く相関し（ｒ＝０．９８）、個々の患者における、動的な上位２５個の最も過剰発現した１型ＩＦＮ誘発性遺伝子を使用した代替遺伝子サインスコア手法とも、非常に良く相関した（ｒ＝０．８２）（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ− ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２、Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＩＦＮ−α／β−Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ Ｅｆｆｅｃｔ ｉｎ ａ Ｐｈａｓｅ Ｉ Ｔｒｉａｌ ｏｆ ａｎ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ ＳＬＥ．Ａｃｃｅｐｔｅｄ ｂｙ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．）。
ＤＭまたはＰＭを有する患者の血液中で最も過剰発現した１型ＩＦＮ誘発性遺伝子に加えて、高い疾患活動性を有するＤＭおよびＰＭ患者において、ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４ＬＬ、およびＩＦＩ４４のｍＲＮＡのより強い過剰発現が、概して認められた。高い疾患活動性（ＭＩＴＡＸ＞６、上記表６を参照）を有する１２人の患者について、本研究の間のピークＭＩＴＡＸスコア時の、３６人の正常な対照の平均と比較した、ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４ＬＬ、およびＩＦＩ４４のｍＲＮＡの平均変化倍数は、それぞれ８９倍、５３倍、９０倍、および１９倍であった。また、ＱＲＴ−ＰＣＲを用いて、これらの４個の遺伝子についてのマイクロアレイ結果を検証した。このために、１５人の患者（９人のＤＭ、６人のＰＭ）からの全血試料を選択した。これらの４つの個々の遺伝子についてのＱＲＴ−ＰＣＲ測定値は、マイクロアレイ測定値と高度に相関した（ＩＦＩ２７のｒ＝０．９６、ＩＦＩ４４のｒ＝０．９５、ＩＦＩ４４Ｌのｒ＝０．９８、およびＲＳＡＤ２のｒ＝０．９８）。
実施例１ｄ：１３個の遺伝子のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインスコアと筋炎疾患の活動性との相関
２４人のＤＭおよびＰＭ患者について行われた長期的研究によって、１３個の遺伝子のＩ型ＩＦＮ誘発性サインと疾患活動性（ＭＩＴＡＸ）との関連が同定された。
長期的分析のための線形混合モデル：反復測定分析は、少なくとも３回の経過観察来診をした患者にのみ行った（合計Ｎ＝１２人の患者に対する５３回の経過観察来診）。１０個の異なる退行モデルが、全て変量効果としてモデル化された、１３個の遺伝子の複合スコア、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、およびＩＦＩ４４Ｌについての、ＭＩＴＡＸスコア（すでに定義された低いおよび高い疾患活動性）が退行したものと一致した。初診時の処置状況を２値共変数（すなわち、任意の処置／処置なし）として使用し、遺伝子発現の変化に対する薬物療法の影響を制御するために、各モデルにおける固定効果としてモデル化した。
結果：評価された２４人のＤＭおよびＰＭ患者のうち、患者の３人（具体的にはＢＧＥ１２８、ＢＧＥ１４０、およびＢＧＥ３）は、常に＜１の低いＩＦＮ誘発性遺伝子サインスコアを有し、経過を通じて正常な対照のスコアと異なることは一度もなかった。これは、ＭＩＴＡＸスコアによって測定される疾患活動性が有意に変化した時でさえ、そうであった。
本長期的研究の残りの２１人の患者を、低い疾患活動性（ＭＩＴＡＸスコア＜６、９人の患者）、および高い疾患活動性（ＭＩＴＡＸスコア＞６、１２人の患者）で、２群比較に層化した。これらの分類の両方が、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子発現との関連を示した（１３個の遺伝子のスコアのｐ＝０．００２、ＩＦＩ２７のｐ＝０．００２、およびＲＳＡＤ２のｐ＝０．００３、調整後全て有意、表８および図３８５ａを参照）。３６人の正常な健常提供者のパネルと、高い疾患活動性を有する患者との間の比較では、１３個の遺伝子の複合スコアおよび４個の個々の遺伝子の両方を用いた差異が、高度に有意であることが見出された（表８、図３８５ａ）。これらの結果は、１型ＩＦＮ誘発性の１３個の遺伝子のサインスコア、および４個の個々の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子の発現の双方が、ＤＭおよびＰＭ患者の疾患活動性と強く相関することを示唆した。
Figure 2011511804
また、これらのバイオマーカーは、長期的な経過観察の間、個々の患者内で臨床的疾患活動性との高度の相関を示した。来診の間に疾患活動性にいずれかの変動を有した患者（Ｎ＝１８）は、ＭＩＴＡＸスコアの変化と、１３個の遺伝子の複合スコア（ｐ＝０．０００２）および個々の遺伝子の発現レベル（ＩＦＩ２７のｐ＝０．０００２、ＲＳＡＤ２のｐ＝０．０００２、およびＩＦＩ４４Ｌのｐ＝０．０００２、調整後全て有意、図３８５ｂ）の両方における変化との間に、強い相関を示した。ＩＦＩ４４は、調整後は有意ではなかった。さらに、１３個の遺伝子のスコア、ならびにＲＳＡＤ２およびＩＦＩ４４ＬのｍＲＮＡの発現の両方が、１８人の全ての患者において、ＭＩＴＡＸスコアの低から高へと上昇した。ＩＦＩ４４のｍＲＮＡの発現は、２人の患者で、ＭＩＴＡＸスコアの低から高へと低下した。これらの結果は、複合スコアが、個々の遺伝子よりも強固に疾患活動性と相関している可能性が高いことを示唆している。疾患活動性に変動がない患者（Ｎ＝３）は、これらの遺伝子の発現レベルに実際の変化を示さなかった（図３８５ｃ）。
さらに、主要な臨床的疾患活動性の変化は、１３個の遺伝子の複合サインスコアにおける主要な変化と関連していた。８０回の患者の来診のうち、５０組の連続来診があった。これらの５０組のうち、疾患活動性に１４の主要な変化があった（＞３のＭＩＴＡＸスコアの変化、１０の改善、４の悪化事象）。１４の全ての変化が、１３個の遺伝子の複合スコア、および４個の個々の１型ＩＦＮ誘発性遺伝子の発現の両方における主要な変化と、一致方向に関連した（１３個の遺伝子の複合スコア、ＩＦＩ４４Ｌ、およびＩＦＩ２７は、最良の相関を提供する、表９）。
Figure 2011511804
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７人の患者は、少なくとも４回の来診時に収集された全血試料を有した。全ての患者が、疾患活動性および１３個の遺伝子の複合スコアにおける変化の間に強い相関を示した（図３８６ａ）。これは、これらの患者のうちの６人について、疾患活動性尺度としてＭＩＴＡＸスコアを使用すると明白であり、一方１人の難治性患者（ＢＧＥ９２）は、ＭＩＴＡＸスコアの限界（１３の最高に到達して、疾患活動性のさらなる上昇に伴って上昇することができない）がその使用を制限したが、血清ＣＫ（３，３６９から３２，８７７ＩＵ／Ｌに上昇）は、疾患活動性の変化を反映し、１３個の遺伝子の複合スコアにおける変化と強く相関した（図３８６ｂ）。
全ての患者全体にわたる、臨床的疾患活動性と１型ＩＦＮ誘発性遺伝子発現の変化との間の関連の全体の要約は、線形混合モデルを用いて行った。線形混合モデル分析の利点は、患者全体にわたる情報を集めて推定値を改善できることである。１３個の遺伝子の複合スコアは、疾患の臨床的活動性と最も有意に相関することが見出され（ｐ＝０．０００７）、処置状況について制御後、少なくとも３つの経過観察測定値を有する１２人の患者について、ＩＦＩ４４Ｌ（ｐ＝０．００１）およびＲＳＡＤ２（ｐ＝０．００２）が次に良く相関した（調整後も有意）。
さらに、３人の患者は、「予兆」来診、またはＭＩＴＡＸスコアの疾患活動性が低かったが、１３個の遺伝子の複合スコアは、前回の来診と比較して有意に上昇した来診を有したと見られる（図３８７）。これらの「予兆」来診のすぐ後（７〜３５日）、３人の患者のそれぞれが疾患を再燃した。
実施例２ａ：ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインスコアは筋炎疾患の活動性を予測する
実施例１ｂ〜ｄの患者とは別の研究からのＤＭおよびＰＭ患者を同様に監視して、疾患の進行および／または退行が、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの変化によって予測され得るかどうかを判定した。
全ＲＮＡ抽出およびマイクロアレイ処理：ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡキットを使用して、ＰＡＸｇｅｎｅ血液から全ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡの純度および濃度を、分光光度的に判定した（２６０／２８０＞１．９）。ＲＮＡの質は、ＲＮＡ ６０００ Ｎａｎｏ ＬａｂＣｈｉｐ（登録商標）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒによって評価した。
２ｕｇの全ＲＮＡからの、ビオチン標識増幅ｃＲＮＡの生成は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｃｙｃｌｅ ｃＤＮＡ ＳｙｎｔｈｅｓｉｓキットおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＩＶＴ Ｌａｂｅｌｉｎｇキットを用いて達成された。ｃＲＮＡ産物の濃度および純度は、分光光度的に判定した。２０マイクログラムのそれぞれのビオチン標識ｃＲＮＡを、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）アレイ上で、ハイブリダイゼーションのために断片化した。断片化されたｃＲＮＡは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）の手引書に概説されるように、ハイブリダイゼーション用に調製した。ハイブリダイゼーションは、４５℃に設定したモデル３２０の回転ハイブリダイゼーションオーブンで、終夜行った。全てのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）洗浄および染色手順は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＭｏｄｅｌ ４５０ Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーション上で行った。アレイは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００上でスキャンした。データ収集およびアレイの質の初期評価は、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）ツールを用いて行った。
血清ＣＫレベル：血清ＣＫレベルは、Ｓｔｅｖｅｎ Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ（Ｂｒｉｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｏｍｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｉｎｃ．）から得た。
２１個の遺伝子の静的リストを使用したＩＦＮ遺伝子サインの算出：正常な対照のものと比較した、筋炎患者における過剰発現の有症率および規模によって、２１個の遺伝子を同定した。これには、各筋炎患者の同じ２１個の遺伝子（すなわち、２１個のユニーク遺伝子にマッピングする２１個のプローブ）の静的リストが含まれる。これらの遺伝子には、ＤＮＡポリメラーゼトランス活性化タンパク質６−ＤＮＡＰＴＰ６；上皮間質相互作用１（乳房）−ＥＰＳＴＩ１；ｈｅｃｔドメインおよびＲＬＤ５−ＨＥＲＣ５；インターフェロン、アルファ誘発性タンパク質２７−ＩＦＩ２７；インターフェロン誘発タンパク質４４−ＩＦＩ４４；インターフェロン誘発タンパク質４４様−ＩＦＩ４４Ｌ；インターフェロン、アルファ誘発性タンパク質６−ＩＦＩ６；テトラトリコペプチド反復１を有するインターフェロン誘発タンパク質−ＩＦＩＴ１；テトラトリコペプチド反復３を有するインターフェロン誘発タンパク質−ＩＦＩＴ３；ＩＳＧ１５ユビキチン様修飾因子；リソソーム関連膜タンパク質３−ＬＡＭＰ３；リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｅ−ＬＹ６Ｅ；ミクソウイルス（インフルエンザウイルス）耐性１、インターフェロン誘発性タンパク質ｐ７８−ＭＸ１；２’，５’−オリゴアデニル酸シンテターゼ１、４０／４６ｋＤａ−ＯＡＳ１；２’−５’−オリゴアデニル酸シンテターゼ２、６９／７１ｋＤａ−ＯＡＳ２；２’−５’−オリゴアデニル酸シンテターゼ３、１００ｋＤａ−ＯＡＳ３；リン脂質スクランブラーゼ１−ＰＬＳＣＲ１；ラジカルＳ−アデノシルメチオニンドメイン含有２−ＲＳＡＤ２；受容体（化学受容性）トランスポータータンパク質４−ＲＴＰ４；シアル酸結合Ｉｇ様レクチン１、シアロアドヘシン−ＳＩＧＬＥＣ１；ユビキチン特異的ペプチダーゼ１８−ＵＳＰ１８が含まれる。変化倍数は、０日目（投与前）の筋炎患者と、２４人の正常な健常対照の平均との間で算出される。そして、これらの２１の変化倍数値の中央値を各筋炎患者について算定し、この値がＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアとして使用される。
ＴＮＦａ、ＩＬ１β、ＩＬ４、ＩＬ１０、およびＩＬ１３の遺伝子サイン：ＴＮＦα、ＩＬ１β、ＩＬ４、ＩＬ１０、およびＩＬ１３の遺伝子サインの算出は、ＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインのものと同様に算出された。しかし、同定されたサイトカイン誘発性遺伝子の初期数が、それぞれのサイトカインで異なるため、遺伝子の絶対数ではなくパーセンテージを使用した。例えば、標準としてＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインを使用して、８０７個の遺伝子のうち上位２５個を、各患者について選択した（動的遺伝子リスト）。これは、判定されたＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子の約３．５％に相当する。各患者の遺伝子サインを算出するために、遺伝子のこのパーセンテージを、他のサイトカインのそれぞれについて維持した。ＩＬ１βサインを導き出したＩＬ１β遺伝子には、ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ａ−ＺＣ３Ｈ１２Ａ；ウレイドプロピオナーゼ、ベータ−ＵＰＢ１；ＳＡＭドメイン、ＳＨ３ドメイン、および核局在化シグナル、１−ＳＡＭＳＮ１；Ｂ細胞阻害剤中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、ゼータ−ＮＦＫＢＩＺ；ペントラキシン関連遺伝子、ＩＬ−１ベータによって急速に誘発される−ＰＴＸ３；ペプチダーゼ阻害剤３、皮膚由来（ＳＫＡＬＰ）ＰＩ３；ＩＢＲドメイン含有２−ＩＢＲＤＣ２；ＡＴＧ７オートファジー関連７相同体（出芽酵母）−ＡＴＧ７；アデノシンＡ２ａ受容体−ＡＤＯＲＡ２Ａ；Ｂ細胞阻害剤中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、ゼータ−ＮＦＫＢＩＺ；Ｂｃｌ２変更因子−ＢＭＦ；ペプチダーゼ阻害剤３、皮膚由来（ＳＫＡＬＰ）；多形性腺腫遺伝子様２−ＰＬＡＧＬ２；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ８−ＭＡＰ３Ｋ８；機能未知タンパク質ＬＯＣ２８５２８６−ＬＯＣ２８５２８６；ＩＢＲドメイン含有２−ＩＢＲＤＣ２；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド４−ＣＣＬ４；ＥＨドメイン含有１−ＥＨＤ１；Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子２（ｐ４９／ｐｌ００）−ＮＦＫＢ２；溶質輸送体ファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー８−ＳＬＣ３９Ａ８；レチキュロン２−ＲＴＮ２；ニブリン−ＮＢＮ；オロソムコイド１／／／オロソムコイド２−ＯＲＭ１／／／ＯＲＭ２；溶質輸送体ファミリー１１（プロトン結合二価金属イオントランスポーター）、メンバー２−ＳＬＣ１１Ａ２；ＲＮＡ結合モチーフ、短鎖相互作用タンパク質１−ＲＢＭＳ１；トロンボスポンジン１−ＴＨＢＳ１；Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子２（ｐ４９／ｐｌ００）−ＮＦＫＢ２；機能未知タンパク質ＬＯＣ２５３８４２−ＬＯＣ２５３８４２；インターロイキン−１受容体関連キナーゼ３−ＩＲＡＫ３；即時型初期応答５−ＩＥＲ５；ＥＨドメイン含有１−ＥＨＤ１；ＣＤＮＡクローンＩＭＡＧＥ：３０４０８６５７；Ｂ細胞阻害剤中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、アルファ−ＮＦＫＢＩＡ；ＥＨドメイン含有１−ＥＨＤ１；低酸素誘導タンパク質２−ＨＩＧ２；プロスタグランジンＥシンターゼ−ＰＴＧＥＳ；多形性腺腫遺伝子様２−ＰＬＡＧＬ２；ＩＢＲドメイン含有２−ＩＢＲＤＣ２；ＣＤＮＡ ＦＬＪ１３６０１ ｆｉｓ、クローンＰＬＡＣＥ１０１００６９；トロンボスポンジン１−ＴＨＢＳ１；アンチザイム阻害剤１−ＡＺＩＮ１；ＡＴＰアーゼ、Ｈ＋輸送性、リソソーム４２ｋＤａ、Ｖ１サブユニットＣ１−ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ１；スタニン（ｓｔａｎｎｉｎ）−ＳＮＮ；即時型初期応答３−ＩＥＲ３；ＡＴＧ７オートファジー関連７相同体（出芽酵母）−ＡＴＧ７；ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体Ｂ、Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子３（トリ）−ＲＥＬＢ；Ｇタンパク質共役型受容体１５７−ＧＰＲ１５７；オリゴデンドロサイト転写因子１／／／オリゴデンドロサイト転写因子１類似／／／オリゴデンドロサイト転写因子１類似−ＯＬＩＧ１；／／／ＬＯＣ７２８５９８／／／；ＬＯＣ７３２０５６−６３５５；トロンボスポンジン１−ＴＨＢＳ１が含まれた。
ＴＮＦαサインを導き出したＴＮＦα遺伝子には、Ｃ型レクチンドメインファミリー４、メンバーＤ−ＣＬＥＣ４Ｄ；ＤＥＮＮ／ＭＡＤＤドメイン含有４Ａ−ＤＥＮＮＤ４Ａ；イノシトールリン脂質３キナーゼアダプタータンパク質１−ＰＩＫ３ＡＰ１；ヘリカーゼＣドメイン１で誘発されるインターフェロン−ＩＦＩＨ１；ＳＡＭドメイン、ＳＨ３ドメイン、および核局在化シグナル１−ＳＡＭＳＮ１；グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、ガンマ２−ＧＮＧ２；機能未知タンパク質ＬＯＣ１４９４７８−ＬＯＣ１４９４７８；ＣＤＮＡ ＦＬＪ３２８６６ ｆｉｓ、クローンＴＥＳＴＩ２００３７１８；機能未知タンパク質ＬＯＣ３８９０７２−ＬＯＣ３８９０７２；ＬＩＭドメインキナーゼ２−ＬＩＭＫ２；ＲＮＡ結合モチーフ、短鎖相互作用タンパク質１−ＲＢＭＳ１；機能未知タンパク質ＬＯＣ７３１４２４−ＬＯＣ７３１４２４；細胞骨格関連タンパク質４−ＣＫＡＰ４；酸性（ロイシンリッチ）核リンタンパク質３２ファミリー、メンバーＡ−ＡＮＰ３２Ａ；溶質輸送体ファミリー７（カチオン性アミノ酸トランスポーター、ｙ＋系）、メンバー５−ＳＬＣ７Ａ５；インフルエンザウイルスＮＳ１Ａ結合タンパク質−ＩＶＮＳ１ＡＢＰ；Ｂ細胞阻害剤中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、アルファ−ＮＦＫＢＩＡ；塩化物細胞内チャネル４−ＣＬＩＣ４；ファスシン相同体１、アクチン束化タンパク質（アメリカムラサキウニ）−ＦＳＣＮ１；インターフェロンガンマ受容体２（インターフェロンガンマトランスデューサー１）−ＩＦＮＧＲ２；ミリストイル化アラニンリッチタンパク質キナーゼＣ基質−ＭＡＲＣＫＳ；初期増殖応答１−ＥＧＲ１；アンチザイム阻害剤１−ＡＺＩＮ１；ＬＩＭドメインキナーゼ２−ＬＩＭＫ２；グアニル酸結合タンパク質１、インターフェロン誘発性、６７ｋＤａ／／／グアニル酸結合タンパク質１、インターフェロン誘発性、６７ｋＤａ−ＧＢＰ１；腫瘍壊死因子、アルファ誘発タンパク質２−ＴＮＦＡＩＰ２；細胞間接着分子１（ＣＤ５４）、ヒトライノウイルス受容体−ＩＣＡＭ１；腫瘍壊死因子、アルファ誘発タンパク質３−ＴＮＦＡＩＰ３；シグナル制御タンパク質アルファ−ＳＩＲＰＡ；ニブリン−ＮＢＮ；ＥＰＭ２Ａ（ラフォリン）相互作用タンパク質１−ＥＰＭ２ＡＩＰ１；多形性腺腫遺伝子様２−ＰＬＡＧＬ２；ＮＡＤＨ脱水素酵素（ユビキノン）フラボタンパク質２、２４ｋＤａ−ＮＤＵＦＶ２；ニンジュリン１−ＮＩＮＪ１；溶質輸送体ファミリー１１（プロトン結合二価金属イオントランスポーター）、メンバー２−ＳＬＣ１１Ａ２；プレセニリン１（アルツハイマー病３）−ＰＳＥＮ１；プレクストリン−ＰＬＥＫ；線維束収縮及び伸長（ｆａｓｃｉｃｕｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ）タンパク質ゼータ１（ザイジン（ｚｙｇｉｎ）Ｉ）−ＦＥＺ１；ペプチダーゼ阻害剤３、皮膚由来（ＳＫＡＬＰ）；Ｂ細胞阻害剤中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、エプシロン−ＮＦＫＢＩＥ；プリン受容体Ｐ２Ｘ、リガンド開口型イオンチャネル、４−Ｐ２ＲＸ４；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド４−ＣＣＬ４；ＧＴＰシクロヒドロラーゼ１（ドーパ反応性ジストニー）−ＧＣＨｌ；ＣＤ８３分子−ＣＤ８３；ヒト免疫不全ウイルスＩ型エンハンサー結合タンパク質１−ＨＩＶＥＰ１；Ｎｅｄｄ４結合タンパク質１−Ｎ４ＢＰ１；核因子（赤血球由来２）様３−ＮＦＥ２Ｌ３；転写因子様５（ベーシックヘリックス−ループヘリックス）−ＴＣＦＬ５；プロスタグランジンＥ受容体４（サブタイプＥＰ４）−ＰＴＧＥＲ４；ポロ様キナーゼ３（ショウジョウバエ）−ＰＬＫ３；アデノシンＡ２ａ受容体−ＡＤ０ＲＡ２Ａ；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ８−ＭＡＰ３Ｋ８；オロソムコイド１−ＯＲＭ１；オロソムコイド１／／／オロソムコイド２−ＯＲＭ１／／／ＯＲＭ２；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド３／／／ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド３様１／／／ケモカイン；ＣＣＬ３／／／ＣＣＬ３Ｌ１／／／ＣＣＬ３Ｌ３／／／ＬＯＣ７２８８３０／／／ＬＯＣ７３０４２２；ＣＤ４０分子、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーメンバー５−ＣＤ４０；ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体Ｂ、Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子３（トリ）−ＲＥＬＢ；ブチロフィリン、サブファミリー２、メンバーＡ２−ＢＴＮ２Ａ２；金属調節転写因子１−ＭＴＦ１；アクチビンＡ受容体、ＩＩＡ型−ＡＣＶＲ２Ａ；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ−ＰＬＡＵ；ＴＮＦ受容体関連因子１−ＴＲＡＦ１；腫瘍壊死因子、アルファ誘発タンパク質６−ＴＮＦＡＩＰ６；インフルエンザウイルスＮＳ１Ａ結合タンパク質−ＩＶＮＳ１ＡＢＰ；血小板活性化因子受容体−ＰＴＡＦＲ；免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー６−ＩＧＳＦ６；機能未知タンパク質ＦＬＪ２３５５６−ＦＬＪ２３５５６；転写因子ＥＣ−ＴＦＥＣ；カリウム内向き整流性チャネル、サブファミリーＪ、メンバー２−ＫＣＮＪ２；プリン受容体Ｐ２Ｘ、リガンド開口型イオンチャネル、７ Ｐ２ＲＸ７−６８１１；ｅｇｆ様モジュール含有、ムチン様、ホルモン受容体様１−ＥＭＲ１；腫瘍壊死因子（ＴＮＦスーパーファミリー、メンバー２）−ＴＮＦ；ＴＮＦＡＩＰ３相互作用タンパク質１−ＴＮＩＰ１；ＬＩＭおよび老化細胞抗原様ドメイン１−ＬＩＭＳ１；アシル−ＣｏＡシンテターゼ長鎖ファミリーメンバー１−ＡＣＳＬ１；Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子２（ｐ４９／ｐｌ００）−ＮＦＫＢ２；プレセニリン１（アルツハイマー病３）−ＰＳＥＮ１；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；ＥＨドメイン含有１−ＥＨＤ１；Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子１（ｐ１０５）−ＮＦＫＢ１；溶質輸送体ファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー８−ＳＬＣ３９Ａ８；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子／／／ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；受容体共役セリンスレオニンキナーゼ２−ＲＩＰＫ２；Ｂ細胞中カッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子２（ｐ４９／ｐ１００）−ＮＦＫＢ２；セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレイドＢ（卵白アルブミン）、メンバー９−ＳＥＲＰＩＮＢ９；補体成分３ａ受容体１−Ｃ３ＡＲ１；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；ビリン様−ＶＩＬＬ；Ｇタンパク質共役型受容体３５−ＧＰＲ３５；プロスタグランジンＥシンターゼ−ＰＴＧＥＳ；バキュロウイルスＩＡＰリピート含有３−ＢＩＲＣ３；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；ＬＩＭドメインキナーゼ２−ＬＩＭＫ２；白血球関連免疫グロブリン様受容体１−ＬＡＩＲ１；ファスシン相同体１、アクチン束化タンパク質（アメリカムラサキウニ）−ＦＳＣＮ１；キヌレニン３モノオキシゲナーゼ（キヌレニン３−ヒドロキシラーゼ）−ＫＭＯ；ホスホジエステラーゼ４Ｂ、ｃＡＭＰ特異的（ホスホジエステラーゼＥ４ダンス（ｄｕｎｃｅ）相同体、ショウジョウバエ）−ＰＤＥ４Ｂ；ＩｇＡのＦｃフラグメント、受容体−ＦＣＡＲ；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体様２／／／ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体様２類似−ＣＣＲＬ２／／／ＬＯＣ７２７８１１；血小板活性化因子受容体／／／血小板活性化因子受容体−ＰＴＡＦＲ；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ／／／プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ−ＰＬＡＵ；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；アンチザイム阻害剤１−ＡＺＩＮ１；ＲＡＢ６相互作用タンパク質１−ＲＡＢ６ＩＰ１；インターロイキン１受容体アンタゴニスト−ＩＬ１ＲＮ；転写因子７様２（Ｔ細胞特異的、ＨＭＧボックス）−ＴＣＦ７Ｌ２；ＳＥＣ２４関連遺伝子ファミリー、メンバーＡ（出芽酵母）−ＳＥＣ２４Ａ；ミリストイル化アラニンリッチタンパク質キナーゼＣ基質−ＭＡＲＣＫＳ；ＩＢＲドメイン含有３−ＩＢＲＤＣ３；膜関連ｒｉｎｇフィンガー（Ｃ３ＨＣ４）；Ｇ０／Ｇ１スイッチ２−Ｇ０Ｓ２；ＣＤＮＡ ＦＬＪ１３６０１ ｆｉｓ、クローンＰＬＡＣＥ１０１００６９；ＣＤＣ４２エフェクタータンパク質（Ｒｈｏ ＧＴＰアーゼ結合）２−ＣＤＣ４２ＥＰ２；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子−ＣＦＬＡＲ；細胞間接着分子１（ＣＤ５４）、ヒトライノウイルス受容体−ＩＣＡＭ１；Ｄｍｘ様２−ＤＭＸＬ２；グリセロールキナーゼ−ＧＫ；ＮＬＲファミリー、パイリンドメイン含有３−ＮＬＲＰ３；転写因子７様２（Ｔ細胞特異的、ＨＭＧボックス）−ＴＣＦ７Ｌ２；ＣＤ４４分子（インド式血液型）−ＣＤ４４；インターロイキン１受容体アンタゴニスト−ＩＬ１ＲＮ；スーパーオキシドジスムターゼ２、ミトコンドリア−ＳＯＤ２；ＣＤ５８分子−ＣＤ５８；ニブリン−ＮＢＮ；キヌレニン分解酵素（Ｌ−キヌレニン加水分解酵素）−ＫＹＮＵ；ＬＩＭドメインキナーゼ２−ＬＩＭＫ２；ジンクフィンガードメインに隣接するブロモドメイン、１Ａ−ＢＡＺ１Ａ；スタニン−ＳＮＮ；損傷制御オートファジーモジュレーター−ＤＲＡＭ；プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーＦ（ＦＹＶＥドメインを伴う）メンバー２−ＰＬＥＫＨＦ２；ＳＬＡＭファミリーメンバー７−ＳＬＡＭＦ７；溶質輸送体ファミリー１５、メンバー３−ＳＬＣ１５Ａ３；Ｃ型レクチンドメインファミリー４、メンバーＥ−ＣＬＥＣ４Ｅ；溶質輸送体ファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー８−ＳＬＣ３９Ａ８；プロリンセリンスレオニンホスファターゼ相互作用タンパク質２−ＰＳＴＰＩＰ２；インターロイキン１受容体関連キナーゼ３−ＩＲＡＫ３；溶質輸送体ファミリー２（促進性グルコーストランスポーター）、メンバー６−ＳＬＣ２Ａ６；ＳＡＭドメイン、ＳＨ３ドメイン、および核局在化シグナル１−ＳＡＭＳＮ１；Ｊｕｎ二量化タンパク質ｐ２１ＳＮＦＴ−ＳＮＦＴ；ウレイドプロピオナーゼ、ベータ−ＵＰＢ１；アポリポタンパク質Ｌ、３−ＡＰＯＬ３；ＦＬＪ１２８８６；遊離脂肪酸受容体２−ＦＦＡＲ２；遊離脂肪酸受容体３／／／Ｇタンパク質共役型受容体４２／／／遊離脂肪酸受容体３類似（Ｇタンパク質共役型受容体４１）−ＦＦＡＲ３；ＵＤＰ−Ｇａｌ：ベータＧｌｃＮＡｃベータ１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド５−Ｂ４ＧＡＬＴ５；アデュシン３（ガンマ）／／／塩化物；ＥＨドメイン含有１−ＥＨＤ１；プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーＦ（ＦＹＶＥドメインを伴う）メンバー２−ＰＬＥＫＨＦ２；ＳＬＡＭファミリーメンバー７−ＳＬＡＭＦ７；Ｃ型レクチンドメインファミリー４、メンバーＥ−ＣＬＥＣ４Ｅ；染色体１５オープンリーディングフレーム４８−Ｃ１５ｏｒｆ４８；Ｇタンパク質共役型受容体８４−ＧＰＲ８４；ＣＤ２７４分子−ＣＤ２７４；ウレイドプロピオナーゼ、ベータ−ＵＰＢ１；溶質輸送体ファミリー３５、メンバーＢ−ＳＬＣ３５Ｂ２；ＧＲＡＭドメイン含有１Ａ−ＧＲＡＭＤ１Ａ；腫瘍タンパク質ｐ５３誘発性核タンパク質２−ＴＰ５３ＩＮＰ２；チューブリンチロシンリガーゼ−ＴＴＬ；グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、ガンマ２−ＧＮＧ２；主要促進スーパーファミリードメイン含有２−ＭＦＳＤ２；ホモサピエンス、クローンＩＭＡＧＥ：５５４７６４４；Ｃｄｃ４２ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質−ＣＤＧＡＰ；フォークヘッド関連ドメインを伴うＴＲＡＦ相互作用タンパク質−ＴＩＦＡ；脱水素酵素／還元酵素（ＳＤＲファミリー）メンバー１３−ＤＨＲＳ１３；スプライシング因子３ａ、サブユニット２、６６ｋＤａ−ＳＦ３Ａ２；ＡＴＰアーゼ、Ｈ＋輸送型、リソソーム４２ｋＤａ、Ｖ１サブユニットＣ１−ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ１；Ｂｃｌ２変更因子ＢＭＦ；金属調節転写因子１−ＭＴＦ１；初期増殖応答１−ＥＧＲ１；ＥＰＭ２Ａ（ラフォリン）相互作用タンパク質１−ＥＰＭ２ＡＩＰ１；機能未知タンパク質ＭＧＣ７０３６−ＭＧＣ７０３６；ＩＢＲドメイン含有２−ＩＢＲＤＣ２；オリゴデンドロサイト
転写因子１／／／オリゴデンドロサイト転写因子１類似／／／オリゴデンドロサイト転写因子１類似−ＯＬＩＧ１；ウレイドプロピオナーゼ、ベータ−ＵＰＢ１；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ１０−ＭＡＰＫ１０；バキュロウイルスＩＡＰリピート含有３−ＢＩＲＣ３；全長インサートｃＤＮＡクローンＹＸ７４Ｄ０５；フォルミン様３−ＦＭＮＬ３；インターロイキン４誘発１−ＩＬ４Ｉ１；グアニル酸結合タンパク質１、インターフェロン誘発性、６７ｋＤａ−ＧＢＰ１；インターロイキン１受容体関連キナーゼ２−ＩＲＡＫ２；ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１２Ｃ−ＺＣ３Ｈ１２Ｃ；ホモサピエンス、クローンＩＭＡＧＥ：；転写因子７様２（Ｔ細胞特異的、ＨＭＧボックス）−ＴＣＦ７Ｌ２；ＳＬＡＭファミリーメンバー７−ＳＬＡＭＦ７；ＴＮＦ受容体関連因子１−ＴＲＡＦ１；ＣＤＮＡクローンＩＭＡＧＥ：６２５４０３１；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ８−ＭＡＰ３Ｋ８；染色体８オープンリーディングフレーム３８−Ｃ８ｏｒｆ３８；ＩＢＲドメイン含有２−ＩＢＲＤＣ２；ＣＤＮＡクローンＩＭＡＧＥ：５２７０５００；ＢＣ００８０４８によって支持される機能未知遺伝子−ＬＯＣ４４０９３４；ＩＢＲドメイン含有２−ＩＢＲＤＣ２；細胞質分裂の献身因子（ｄｅｄｉｃａｔｏｒ）４−ＤＯＣＫ４；Ｎｅｄｄ４結合タンパク質１−Ｎ４ＢＰ１；ペプチダーゼ阻害剤３、皮膚由来（ＳＫＡＬＰ）−ＰＩ３が含まれた。
ＩＬ４のサインを導き出したＩＬ４遺伝子には、図１１〜１０４に列記して注釈を付けた遺伝子が含まれた。
ＩＬ１０のサインを導き出したＩＬ１０遺伝子には、図１０５〜１５８に列記して注釈を付けた遺伝子が含まれた。
ＩＬ１３のサインを導き出したＩＬ１３遺伝子には、図１５９〜２３４に列記して注釈を付けた遺伝子が含まれた。
結果：実施例１ｄで記載した結果と一致して、この患者群の、ＤＭおよびＰＭ患者のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインスコアは、疾患の安定性、改善、および再燃を予測することができた。図２ａは、ＤＭおよびＰＭ患者のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインが、改善しつつあるものと比較して、活動性疾患を有するものにおいて高いことを示す。図２ｂは、１つは活動性疾患中に得られ、もう１つは疾患の改善中に得られた対試料中の、個々のＤＭ患者のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインを提供する。ＤＭ患者のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインは、ＤＭ患者が疾患の改善を呈するに従って、低下した。図３は、内科医との２回の来診の間に臨床的改善を示した、３人の他のＤＭ患者の全血中のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインを提供する。３人の患者それぞれについて（（ａ）、（ｂ）、および（ｃ））、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインは、患者が臨床的に改善するに従って、低下した。この、サイトカイン遺伝子のサインスコアと臨床的改善との相関は、他のサイトカイン遺伝子のサインには認められなかった（ＴＮＦα、ＩＬ１β、ＩＬ４、ＩＬ１０、またはＩＬ１３）。図４は、ＤＭ患者のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインにおける変化を提供する。このＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインは、患者の病態が臨床的に悪化するに従って上昇し、患者病態が臨床的に改善するに従って低下する。図５は、ＰＭ患者におけるＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインと血清ＣＫレベルとの相関をさらに示す。図６および７は、ＤＭ患者における臨床的疾患、血清ＣＫ活性、およびＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの相関を示す。図６は、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインと血清ＣＫ活性との間の緊密な相関を提供する。図７は、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインを、患者の臨床的疾患過程とさらに相互に関連付ける。
実施例２ｂ：ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１０、およびＩＬ−１３のシグナリング経路は、ＤＭおよびＰＭ患者において活性化されるが、疾患活動性とは相関しない
実施例１ｄで記載したのと同様、再び全ゲノムアレイ手法を用いて、ＤＭおよびＰＭの病変形成において役割を果たし得る、サイトカイン、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、およびＧＭ−ＣＳＦの潜在的影響を評価した。図３８８ａは、３６人の正常な健常対照、ならびに低いおよび高い疾患活動性を有するＤＭおよびＰＭ患者（実施例１ｂ〜１ｄで説明された患者）の全血中の、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、およびＧＭ−ＣＳＦそれぞれの、複合サイトカイン誘発性遺伝子サインスコアを示す。１型ＩＦＮ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１β、およびＴＮＦ−αのサイトカイン誘発性遺伝子サインスコアは、記載の通り算出した（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２、Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＩＦＮ−α／β−Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ Ｅｆｆｅｃｔ ｉｎ ａ Ｐｈａｓｅ Ｉ Ｔｒｉａｌ ｏｆ ａｎ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ− α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ ＳＬＥ．Ａｃｃｅｐｔｅｄ ｂｙ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．）。ＤＭおよびＰＭ患者を、記載の通りＩ型ＩＦＮ誘発性遺伝子サインの弱い、中程度、および高いスコアに分類した（Ｙａｏ，Ｙ，Ｊａｌｌａｌ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−ＩＦＮ−α Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００８；Ｖｏｌｕｍｅ ２００９，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ３７４３１２，ｄｏｉ：１０．４０６１／２００９／３７４３１２）。対照と、低いまたは高い疾患活動性を有する患者との間では、全血中のＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、およびＧＭ−ＣＳＦ誘発性遺伝子サインスコア間の全ての差異は、多重比較のための調整後、統計的に有意であった（表８）。これは、これらのサイトカインシグナリング経路の全てが、これらの患者の血液中で活性化されたことを示唆した。また、ＴａｑＭａｎ ＱＲＴ−ＰＣＲは、ＰＭ患者、ならびにより低い程度でＤＭ患者において、筋肉生検材料中のこれらのサイトカインのｍＲＮＡの過剰発現を確認した（図示せず）。しかしながら、これらのサイトカイン誘発性遺伝子サインスコアのいずれも、低い疾患活動性を有する患者と高い疾患活動性を有する患者との間で、統計的に有意ないかなる差異も示さなかった（表８）。さらに、本研究の間に疾患活動性に変化があった１８人の患者について、これらのサイトカイン誘発性遺伝子サインスコアのいずれも、一致方向に変化しなかった（図３８８ｂ）。疾患活動性のレベルが処置を通して全く変化しなかった３人の患者については、これらのサイトカイン誘発性遺伝子のサインスコアに、有意な変化が認められなかった（図３８８ｃ）。
図３８９は、高い疾患活動性および低い疾患活動性に層化した、２４人の全ての患者のサイトカイン誘発性遺伝子サインスコアを示す。疾患活動性の改善を示した患者について、１型ＩＦＮ誘発性遺伝子の抑制は普遍的であったが、一方ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、およびＧＭ−ＣＳＦ誘発性の遺伝子サインについてはそうではなかった。
実施例３：ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインは患者の筋肉および全血試料中で過剰発現する
また、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインが、ＩＢＭ患者の筋肉および全血試料中で過剰発現していることが判定された。
全ＲＮＡ抽出およびマイクロアレイ処理：ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡキットおよびＱｉａｇｅｎのＲＮｅａｓｙ Ｆｉｂｒｏｕｓ Ｔｉｓｓｕｅ Ｍｉｎｉ（Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、それぞれＰＡＸｇｅｎｅ血液および筋肉生検材料から全ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡの純度および濃度を、分光光度的に判定した（２６０／２８０＞１．９）。ＲＮＡの質は、ＲＮＡ ６０００ Ｎａｎｏ ＬａｂＣｈｉｐ（登録商標）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒによって評価した。
２ｕｇの全ＲＮＡからの、ビオチン標識増幅ｃＲＮＡの生成は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｃｙｃｌｅ ｃＤＮＡ ＳｙｎｔｈｅｓｉｓキットおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＩＶＴ Ｌａｂｅｌｉｎｇキットを用いて達成された。ｃＲＮＡ産物の濃度および純度は、分光光度的に判定した。２０マイクログラムのそれぞれのビオチン標識ｃＲＮＡを、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）アレイ上で、ハイブリダイゼーションのために断片化した。断片化されたｃＲＮＡは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）の手引書に概説されるように、ハイブリダイゼーション用に調製した。ハイブリダイゼーションは、４５℃に設定したモデル３２０の回転ハイブリダイゼーションオーブンで、終夜行った。全てのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）洗浄および染色手順は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＭｏｄｅｌ ４５０ Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーション上で行った。アレイは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００上でスキャンした。データ収集およびアレイの質の初期評価は、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）ツールを用いて行った。
２１個の遺伝子の静的リストを使用した遺伝子サインの算出：正常な対照のものと比較した、筋炎患者における過剰発現の有症率および規模によって、このリスト内の２１個の遺伝子を同定した。これには、各筋炎患者の同じ２１個の遺伝子（すなわち、２１個のユニーク遺伝子にマッピングする２１個のプローブ）の標準リストが含まれる。これらの２１個の遺伝子は、ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＬＳＣＲ１、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８であった。変化倍数は、０日目（投与前）の筋炎患者と、２４人の正常な健常対照の平均との間で算出される。そして、これらの２１の変化倍数値の中央値を各筋炎患者について算定し、この値がＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアとして使用される。
２５個の遺伝子の動的リストを使用した遺伝子サインの算出：各患者について、すでにＩＦＮ−α／β誘発性であり、ＭＥＤＩ−５４５によって中和されることが見出された８０７個のプローブセットから、上位２５個の遺伝子（変化倍数値によって判定された）の動的リストを選択する。図２３５〜３８１を参照されたい。これらの２５個の遺伝子は、それらの変化倍数の規模によって選択され、全て既知のユニーク遺伝子である（複数のプローブによって表される遺伝子については、この目的のために最も高い変化倍数を示したものを使用した）。変化倍数は、０日目（投与前）の筋炎患者と、２４人の正常な健常対照の平均との間で算出される。そして、これらの２５の変化倍数値の中央値を各筋炎患者について算定し、この値がＩＦＮ−α／β誘発性遺伝子サインスコアとして使用される。
結果：表１は、２１個の遺伝子の静的リスト、または２５個の遺伝子の動的リストを使用して算出したかにかかわらず、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインがＩＢＭ患者の筋肉中で過剰発現していることを示す。図８は、表１に示される個々のＩＢＭ患者の筋肉組織中の、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの過剰発現を図示する散布図を提供する。
Figure 2011511804
また、ＩＢＭ患者の全血を調べて、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの過剰発現が検出され得るかどうかを判定した。該試料中のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインを検出するために２５個の遺伝子の動的リストを使用して、ＩＢＭの全血中のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの過剰発現を検出することができた。９人のＩＢＭ患者の全血試料のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインスコアについては、図９ａを、そして個々のＩＢＭ患者のＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインスコアを図示する散布図については、図９ｂを参照されたい。
実施例４：ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインはＪｏ１ ＋ のＤＭ患者よりもＪｏ１ − の筋肉中でより上昇している
ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの過剰発現は、Ｊｏ１＋のＤＭ患者よりも、Ｊｏ１−の筋肉中でより高い。
全ＲＮＡ抽出およびマイクロアレイ処理：ＱｉａｇｅｎのＲＮｅａｓｙ Ｆｉｂｒｏｕｓ Ｔｉｓｓｕｅ Ｍｉｎｉ（Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、ＰＡＸｇｅｎｅ筋肉生検材料から全ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡの純度および濃度を、分光光度的に判定した（２６０／２８０＞１．９）。ＲＮＡの質は、ＲＮＡ ６０００ Ｎａｎｏ ＬａｂＣｈｉｐ（登録商標）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒによって評価した。
２ｕｇの全ＲＮＡからの、ビオチン標識増幅ｃＲＮＡの生成は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｃｙｃｌｅ ｃＤＮＡ ＳｙｎｔｈｅｓｉｓキットおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＩＶＴ Ｌａｂｅｌｉｎｇキットを用いて達成された。ｃＲＮＡ産物の濃度および純度は、分光光度的に判定した。２０マイクログラムのそれぞれのビオチン標識ｃＲＮＡを、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）アレイ上で、ハイブリダイゼーションのために断片化した。断片化されたｃＲＮＡは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）の手引書に概説されるように、ハイブリダイゼーション用に調製した。ハイブリダイゼーションは、４５℃に設定したモデル３２０の回転ハイブリダイゼーションオーブンで、終夜行った。全てのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）洗浄および染色手順は、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＭｏｄｅｌ ４５０ Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーション上で行った。アレイは、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００上でスキャンした。データ収集およびアレイの質の初期評価は、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）ツールを用いて行った。
１９個の遺伝子の静的リストを使用した遺伝子サインの算出：正常な対照のものと比較した、筋炎患者における過剰発現の有症率および規模によって、このリスト内の１９個の遺伝子を同定した。各筋炎患者について同じ１９個の遺伝子（すなわち、１９個のユニーク遺伝子にマッピングする１９個のプローブ）を使用した。この１９個の遺伝子には、ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８が含まれた。変化倍数は、０日目（投与前）の筋炎患者と、２４人の正常な健常対照の平均との間で算出される。そして、これらの１９の変化倍数値の中央値を、各患者について算定する。
結果：図１０ａは、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインに含まれた１９個の遺伝子のそれぞれの、過剰発現の倍数の中央値、ならびに１０人のＩＢＭ患者の筋肉試料のそれぞれについての、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインにおける変化倍数の全体的な中央値を提供する。図１０ｂは、図１０ａに示されるそれぞれ個々のＩＢＭ患者の筋肉組織中の、ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインの過剰発現を図示する散布図を提供する。ＩＦＮα／β誘発性遺伝子サインは、Ｊｏ１−患者およびＪｏ１＋患者の両方の筋肉試料中で過剰発現していたが、過剰発現は、Ｊｏ１−患者の筋肉試料中でより高かった。
実施例５：ｍｉＲＮＡは健常な提供者の筋肉組織と比較して筋炎患者の筋肉組織中で差次的に制御される
筋肉組織中のｍｉＲＮＡレベルは、８人の健常な提供者、１１人のＤＭ患者、および１０人のＩＢＭ患者から得られた試料中で測定された。
試料の処理：筋肉組織試料は、製造会社が提案するプロトコルに従い、ｍｉｒＶａｎａ ｍｉＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．（Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ））を用いて処理した。それぞれの試料の濃度および純度（２６０／２８０ｎｍ）は、分光光度的に判定した。試料の質は、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ））の分析によって評価した。
ＴａｑＭａｎ Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｐａｎｅｌ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））の多重ＲＴ：処理したＲＮＡ試料を、２５ｎｇ／μＬの濃度に標準化した。４μＬのそれぞれの標準化したＲＮＡ試料を、氷上に置かれていた８本のマイクロチューブストリップ（４μＬ×８）の個々のウェルに移した。５μＬの氷冷ＲＴマスターミックスを、４μＬの標準化したＲＮＡを含有するウェルに添加した。それぞれ５μＬのＲＴマスターミックスは、０．２μＬの１００ｍＭ ｄＮＴＰ、２．０μＬのＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ（５０Ｕ／ｍＬ）、１．０μＬの１０倍Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ、０．１２５μＬのＲＮａｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ（２０Ｕ／μＬ）、および１．６７５μＬの氷上で調製されたＮｕｃｌｅａｓｅ−ｆｒｅｅ水を含有した。１μＬの容積のＭｕｌｔｉｐｌｅｘ ＲＴヒトプライマープール（プライマープール１〜８番のそれぞれのうちの１つ）を、対応するマイクロチューブ（マイクロチューブ１〜８）に添加し、１つのＲＮＡ試料につき合計８個の独立したＲＴ反応物を得た。マイクロチューブにキャップをし、穏やかに混合し、短く遠心分離した。次いで、ｃＤＮＡ合成プロトコルを行う前に少なくとも５分間、氷上で全ての反応試料をインキュベートした。
ｃＤＮＡ合成手順は、１６℃で３０分間、４２℃で３０分間、８５℃で５分間、４℃を保持のプロファイルを使用して、Ｂｉｏ−Ｒａｄ（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）のＴｅｔｒａｄ ｔｈｅｒｍａｌ ｃｙｃｌｅｒ内で行った。ｃＤＮＡ合成反応の完了後、全ての試料容積（１０μＬ）を１．５ｍＬの個々の微小遠心管に移し、６１５μＬのヌクレアーゼフリー水を添加して、６２．５倍に希釈した。さらなる処理まで、全ての試料を氷上で保管した。
ＴａｑＭａｎ Ｌｏｗ−Ｄｅｎｓｉｔｙ Ａｒｒａｙ：Ｈｕｍａｎ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｐａｎｅｌ ＴａｑＭａｎ Ｌｏｗ−Ｄｅｎｓｉｔｙ Ａｒｒａｙ（ＴＬＤＡ）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））による分析に向けて、５０μＬの希釈したＲＴ反応物および５０μＬのＴａｑＭａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（２Ｘ）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））を、１．５ｍＬの個々の微小遠心管中で混合した。試料チューブにキャップをし、穏やかに混合し、短く遠心分離した。標準的な手順に従ってアレイを装填し、該アレイを７９００ＨＴ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））にかけた。得られたＣｔ値のデータ分析は、ＳＤＳｖ２．２．２ソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））を用いて行った。
結果：ＤＭ患者およびＩＢＭ患者の両方の筋肉中で、ｍｉＲＮＡが差次的に制御されていた。表２〜５を参照されたい。ユニークな検出物質のＩＤ、ｍｉＲＮＡのＩＤ、および配列は、図面用紙に提供される。
Figure 2011511804
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Figure 2011511804
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この差次的制御により、ｍｉＲＮＡは、診断、予後判断、処置、および／または筋炎患者の層化において有用であり得る。

Claims (218)

  1. Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα媒介性の疾患または障害を有する患者を処置する方法であって、
    Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を投与するステップを含み、
    前記患者は、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを有し、
    前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する、方法。
  2. 前記患者の、前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルの中和を検出するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１に記載の方法。
  4. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項３に記載の方法。
  5. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項４に記載の方法。
  6. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項５に記載の方法。
  7. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項６に記載の方法。
  8. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、請求項３に記載の方法。
  9. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１に記載の方法。
  10. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項９に記載の方法。
  11. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、請求項９に記載の方法。
  15. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、請求項３に記載の方法。
  16. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、請求項１５に記載の方法。
  17. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、請求項１８に記載の方法。
  20. 表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、請求項１５に記載の方法。
  21. 前記薬剤は、生物学的薬剤である、請求項１に記載の方法。
  22. 前記薬剤は、抗体である、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記抗体は、１個以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、請求項２２に記載の方法。
  25. 前記薬剤を投与する前記ステップは、前記疾患または障害の１つ以上の症状を緩和する、請求項１に記載の方法。
  26. 前記抗体は、約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項２２に記載の方法。
  27. 前記抗体は、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記抗体は、０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも１０％中和する、請求項２１に記載の方法。
  30. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも２０％中和する、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも３０％中和する、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも４０％中和する、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも５０％中和する、請求項３２に記載の方法。
  34. 前記疾患または障害は、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または筋炎のうちの１つである、請求項１に記載の方法。
  35. 前記疾患または障害は、筋炎である、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記患者は、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８、および１４の、上方制御された発現または活性をさらに有する、請求項１に記載の方法。
  37. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の全血中で検出される、請求項２に記載の方法。
  38. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の筋組織中で検出される、請求項２に記載の方法。
  39. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、強いか、または中程度である、請求項１に記載の方法。
  40. 中和を必要とする患者において、差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する方法であって、
    Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を、前記患者に投与するステップを含み、
    前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを中和する、方法。
  41. 前記患者の、前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルの中和を検出するステップをさらに含む、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項４０に記載の方法。
  43. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、請求項４２に記載の方法。
  48. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項４０に記載の方法。
  49. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項４９に記載の方法。
  51. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項５１に記載の方法。
  53. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、請求項４８に記載の方法。
  54. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、請求項４２に記載の方法。
  55. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、請求項５４に記載の方法。
  56. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、請求項５６に記載の方法。
  58. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、請求項５７に記載の方法。
  59. 表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、請求項５４に記載の方法。
  60. 前記薬剤は、生物学的薬剤である、請求項４０に記載の方法。
  61. 前記薬剤は、抗体である、請求項６０に記載の方法。
  62. 前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、請求項６１に記載の方法。
  63. 前記抗体は、１個以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、請求項６１に記載の方法。
  64. 前記薬剤を投与する前記ステップは、前記疾患または障害の１つ以上の症状を緩和する、請求項４０に記載の方法。
  65. 前記抗体は、約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項６１に記載の方法。
  66. 前記抗体は、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項６５に記載の方法。
  67. 前記抗体は、０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも１０％中和する、請求項４０に記載の方法。
  69. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも２０％中和する、請求項６８に記載の方法。
  70. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも３０％中和する、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも４０％中和する、請求項７０に記載の方法。
  72. 前記薬剤は、前記患者の前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを、少なくとも５０％中和する、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記患者は、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または筋炎のうちの１つを診断されている、請求項４０に記載の方法。
  74. 前記患者は、筋炎を診断されている、請求項７３に記載の方法。
  75. 前記患者は、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８、および１４の上方制御された発現または活性をさらに含む、請求項４０に記載の方法。
  76. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の全血中で検出される、請求項４１に記載の方法。
  77. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、前記患者の筋組織中で検出される、請求項４１に記載の方法。
  78. 前記差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、強いか、または中程度である、請求項４０に記載の方法。
  79. 患者の炎症性疾患の進行を監視または予後判断する方法であって、
    患者から、第１の試料の第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを得るステップを含む、方法。
  80. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項７９に記載の方法。
  81. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項８０に記載の方法。
  82. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項８１に記載の方法。
  83. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項８２に記載の方法。
  84. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項８３に記載の方法。
  85. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、請求項８０に記載の方法。
  86. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項７９に記載の方法。
  87. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項８７に記載の方法。
  89. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項８８に記載の方法。
  90. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、請求項８６に記載の方法。
  92. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、請求項８０に記載の方法。
  93. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、請求項９２に記載の方法。
  94. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、請求項９３に記載の方法。
  95. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、請求項９４に記載の方法。
  96. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、請求項９５に記載の方法。
  97. 表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、請求項９２に記載の方法。
  98. 前記第１の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、強いプロファイルであり、前記患者の予後は、疾患の進行である、請求項７９に記載の方法。
  99. 前記強いプロファイルは、前記ｍｉＲＮＡの健常人のものの少なくとも１０倍の差次的発現を含む、請求項９８に記載の方法。
  100. 自己免疫疾患は、筋炎である、請求項９８に記載の方法。
  101. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、弱いプロファイルであり、前記患者の予後は、疾患の退行である、請求項７９に記載の方法。
  102. 前記弱いプロファイルは、前記ｍｉＲＮＡの健常人のものの２倍以下の差次的発現を含む、請求項１０１に記載の方法。
  103. 前記強いプロファイルは、疾患の処置の変更を内科医に示唆する、請求項９８に記載の方法。
  104. 患者から、第２の試料の第２の差次的に制御されたｍｉＲＮＡマーカープロファイルを得るステップをさらに含み、
    前記第１のプロファイルと比較した、前記第２のプロファイルのｍｉＲＮＡマーカーの数もしくはレベルの上昇は、疾患の進行を予後判断するか、または、
    前記第１のプロファイルと比較した、前記第２のプロファイルのｍｉＲＮＡマーカーの数もしくはレベルの低下は、疾患の退行を予後判断する、請求項７９に記載の方法。
  105. 治療薬を用いた処置を受けている患者の、自己免疫疾患または炎症性疾患の進行を監視する方法であって、
    前記患者から、第１の試料の第１のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップと、
    治療薬を投与するステップと、
    前記患者から、第２の試料の第２のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップと、
    前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルと前記第２のｍｉＲＮＡプロファイルとを比較するステップと、
    を含み、前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルおよび前記第２のｍｉＲＮＡプロファイルにおける変動は、前記治療薬の有効性のレベルを示す、方法。
  106. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１０５に記載の方法。
  107. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１０６に記載の方法。
  108. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１０７に記載の方法。
  109. 前記第１のｍｉＲＮＡマーカープロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１０８に記載の方法。
  110. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表２または４に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１０９に記載の方法。
  111. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−３４ｂ−４３７３０３７によって検出される、請求項１０６に記載の方法。
  112. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１０５に記載の方法。
  113. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１１２に記載の方法。
  114. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１１３に記載の方法。
  115. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１１４に記載の方法。
  116. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個の、下方制御された発現または活性を含む、請求項１１５に記載の方法。
  117. 前記ｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、検出物質ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１によって検出される、請求項１１２に記載の方法。
  118. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１個の、下方制御された発現または活性をさらに含む、請求項１０６に記載の方法。
  119. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも２個のものである、請求項１１８に記載の方法。
  120. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも５個のものである、請求項１１９に記載の方法。
  121. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１０個のものである、請求項１２０に記載の方法。
  122. 前記下方制御された発現または活性は、表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの少なくとも１５個のものである、請求項１２１に記載の方法。
  123. 表３または５に特定される検出物質によって検出されるｍｉＲＮＡのうちの前記少なくとも１個は、ｈｓａ−ｍｉＲ−１−４３７３１６１である、請求項１１８に記載の方法。
  124. 前記自己免疫疾患または炎症性疾患は、狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、または乾癬である、請求項１０５に記載の方法。
  125. 前記自己免疫疾患は、特発性炎症性筋炎である、請求項１２４に記載の方法。
  126. 前記治療薬は、小分子または生物学的薬剤である、請求項１０５に記載の方法。
  127. 前記生物学的薬剤は、抗体である、請求項１２６に記載の方法。
  128. 前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、請求項１２７に記載の方法。
  129. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、前記治療薬の投与の前に得られる、請求項１０５に記載の方法。
  130. 前記第１のｍｉＲＮＡプロファイルは、前記治療薬の投与の時点で得られる、請求項１０５に記載の方法。
  131. 前記第１の試料および前記第２の試料は、全血、筋肉、または血清である、請求項１０５に記載の方法。
  132. 前記患者から、第３の試料の第３のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１０５に記載の方法。
  133. 前記患者から、第４の試料の第４のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１３２に記載の方法。
  134. 前記患者から、第５の試料の第５のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１３３に記載の方法。
  135. 前記患者から、第６の試料の第６のｍｉＲＮＡプロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１３４に記載の方法。
  136. 前記第２の試料は、前記治療薬の投与から少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１０５に記載の方法。
  137. 前記第３の試料は、前記第２の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１３２に記載の方法。
  138. 前記第４の試料は、前記第３の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１３３に記載の方法。
  139. 前記第５の試料は、前記第４の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１３４に記載の方法。
  140. 変動とは、健常なレベルと比較した、前記患者の差次的なｍｉＲＮＡレベルの低下である、請求項１０５に記載の方法。
  141. 変動とは、健常なレベルと比較した、前記患者の差次的なｍｉＲＮＡレベルの上昇である、請求項１０５に記載の方法。
  142. 差次的なｍｉＲＮＡレベルの前記上昇は、疾患の予後不良、または疾患が再燃することを示す、請求項１４１に記載の方法。
  143. 前記患者の差次的なｍｉＲＮＡレベルの前記上昇は、前記患者の処置の変更を示唆する、請求項１４１に記載の方法。
  144. 筋炎患者を処置する方法であって、
    Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮαに結合して、その活性を調節する薬剤を投与するステップを含み、
    前記患者は、Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを有し、
    前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを中和する、方法。
  145. 前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルの中和を検出するステップをさらに含む、請求項１４４に記載の方法。
  146. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＭＸ１、ＬＹ６Ｅ、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳＬ、ＲＳＡＤ２、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  147. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＬＡＭＰ３、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＮＡＰＴＰ６、ＩＦＩＴ２、ＥＴＶ７、ＲＴＰ４、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＥＲＣ５、ＸＡＦ１、ＭＸ１、ＥＰＳＴＩ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ１、ＯＡＳ３、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩ６、ＵＳＰ１８、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＬＹ６Ｅ、ＩＳＧ１５、およびＩＦＩ２７の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  148. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  149. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＤＮＡＰＴＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＬＳＣＲ１、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  150. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＳＡＭＤ９Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩ４４、ＩＦＩＴ２、ＯＡＳ１、ＩＦＩ２７、ＯＡＳ３、ＩＦＩ４４Ｌ、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩＴ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＳＧ１５、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＯＡＳＬ、ＧＢＰ１、およびＭＸ１の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  151. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ２７、ＭＸ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＯＡＳ３、ＯＡＳ１、ＥＰＳＴＩ１、ＩＦＩＴ３、ＯＡＳ２、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  152. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ６、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、およびＩＦＩ２７の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  153. 前記薬剤は、生物学的薬剤である、請求項１４４に記載の方法。
  154. 前記薬剤は、抗体である、請求項１５３に記載の方法。
  155. 前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、請求項１５４に記載の方法。
  156. 前記抗体は、１個以上のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮαサブタイプに特異的であるが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、請求項１５４に記載の方法。
  157. 前記薬剤を投与する前記ステップは、１つ以上の筋炎症状を緩和する、請求項１４４に記載の方法。
  158. 前記抗体は、約０．０３〜３０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項１５４に記載の方法。
  159. 前記抗体は、０．３〜３ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項１５８に記載の方法。
  160. 前記抗体は、０．０３〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、請求項１５９に記載の方法。
  161. 前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも１０％中和する、請求項１５３〜１５５のうちのいずれか１項に記載の方法。
  162. 前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも２０％中和する、請求項１４４に記載の方法。
  163. 前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも３０％中和する、請求項１６２に記載の方法。
  164. 前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも４０％中和する、請求項１６３に記載の方法。
  165. 前記薬剤は、前記患者の前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、少なくとも５０％中和する、請求項１６４に記載の方法。
  166. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、少なくともＩＦＮαサブタイプ１、２、８、および１４の、上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  167. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、ＰＤマーカー遺伝子の転写物を含む、請求項１４４に記載の方法。
  168. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、ＰＤマーカー遺伝子から発現されたポリペプチドを含む、請求項１４４に記載の方法。
  169. 患者の筋炎疾患の進行を監視または予後判断する方法であって、
    患者から、第１の試料の第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップを含む、方法。
  170. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、強いプロファイルであり、前記患者の予後は、筋炎疾患の進行である、請求項１６９に記載の方法。
  171. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の過剰発現または活性を含む、請求項１７０に記載の方法。
  172. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、弱いプロファイルであり、前記患者の予後は、筋炎疾患の退行である、請求項１６９に記載の方法。
  173. 前記患者から、第２の試料の第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含み、
    前記第１の発現プロファイルと比較した、前記第２の発現プロファイルのＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数もしくはレベルの上昇は、筋炎疾患の進行を予後判断するか、または
    前記第１の発現プロファイルと比較した、前記第２の発現プロファイルのＩ型ＩＦＮもしくはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカーの数もしくはレベルの低下は、筋炎疾患の退行を予後判断する、請求項１６９に記載の方法。
  174. 治療薬を用いた処置を受けている患者の、筋炎疾患の進行を監視する方法であって、
    前記患者から、第１の試料の第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップと、
    治療薬を投与するステップと、
    前記患者から、第２の試料の第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップと、
    前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを、前記第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルと比較するステップと、
    を含み、前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルおよび前記第２のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルにおける変動は、前記治療薬の有効性のレベルを示す、方法。
  175. 前記第１のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＥＰＳＴＩ１、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＳＧ１５、ＬＡＭＰ３、ＬＹ６Ｅ、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＲＴＰ４、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＵＳＰ１８の上方制御された発現または活性を含む、請求項１７４に記載の方法。
  176. 前記変動は、前記遺伝子の活性レベルの上方制御された発現の低下である、請求項１７４に記載の方法。
  177. 前記治療薬は、小分子または生物学的薬剤である、請求項１７４に記載の方法。
  178. 前記治療薬は、ＩＦＮαに結合し、その活性を調節する、生物学的薬剤である、請求項１７７に記載の方法。
  179. 前記生物学的薬剤は、抗体である、請求項１７８に記載の方法。
  180. 前記抗体は、ＭＥＤＩ−５４５である、請求項１７９に記載の方法。
  181. 前記抗体は、少なくとも１つのＩＦＮαサブタイプに結合するが、ＭＥＤＩ−５４５ではない、請求項１７９に記載の方法。
  182. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、前記治療薬の投与の前に得られる、請求項１７４に記載の方法。
  183. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、前記治療薬の投与の時点で得られる、請求項１７４に記載の方法。
  184. 前記第１の試料および前記第２の試料は、全血、筋肉、または血清である、請求項１７４に記載の方法。
  185. 前記患者から、第３の試料の第３のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１７４に記載の方法。
  186. 前記患者から、第４の試料の第４のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１８５に記載の方法。
  187. 前記患者から、第５の試料の第５のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１８６に記載の方法。
  188. 前記患者から、第６の試料の第６のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルを得るステップをさらに含む、請求項１８７に記載の方法。
  189. 前記第２の試料は、前記治療薬の投与から少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１７４に記載の方法。
  190. 前記第３の試料は、前記第２の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１８５に記載の方法。
  191. 前記第４の試料は、前記第３の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１８６に記載の方法。
  192. 前記第５の試料は、前記第４の試料を得てから少なくとも２日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月後に得られる、請求項１８７に記載の方法。
  193. 変動は、前記遺伝子の上方制御された発現または活性の低下である、請求項１７４に記載の方法。
  194. 前記低下は、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％である、請求項１９３に記載の方法。
  195. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  196. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  197. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の上方制御された発現または活性を含む、請求項１４４に記載の方法。
  198. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６の上方制御された発現または活性を含む、請求項１６９に記載の方法。
  199. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、請求項１６９に記載の方法。
  200. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の上方制御された発現または活性を含む、請求項１６９に記載の方法。
  201. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ２７、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ４４、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ１、ＩＳＧ１５、ＯＡＳ３、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＥＳＰＴＩ１、ＩＦＩＴ３、およびＩＦＩ６の上方制御された発現または活性を含む、請求項１７４に記載の方法。
  202. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４Ｌ、ＲＳＡＤ２、ＩＦＩ２７、およびＩＦＩ４４の上方制御された発現または活性を含む、請求項１７４に記載の方法。
  203. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、遺伝子ＩＦＩ４４ＬおよびＲＳＡＤ２の上方制御された発現または活性を含む、請求項１７４に記載の方法。
  204. 前記患者は、強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを有する、請求項１に記載の方法。
  205. 前記患者は、中程度のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを有する、請求項１に記載の方法。
  206. 前記強いスコアは、１０以上である、請求項２０４に記載の方法。
  207. 前記中程度のスコアは、４以上であるが、１０未満である、請求項２０５に記載の方法。
  208. 前記筋炎は、ＤＭまたはＰＭである、請求項３５または７４に記載の方法。
  209. 前記筋炎患者は、ＤＭまたはＰＭ患者である、請求項１４４に記載の方法。
  210. 前記筋炎患者は、６を超えるＭＩＴＡＸスコアを有する、請求項１４４に記載の方法。
  211. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアは、強い、請求項１４４に記載の方法。
  212. 前記Ｉ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアは、中程度である、請求項１４４に記載の方法。
  213. 前記スコアは、１０以上である、請求項２１１に記載の方法。
  214. 前記スコアは、４以上であるが、１０未満である、請求項２１２に記載の方法。
  215. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、強いＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを含む、請求項１７４に記載の方法。
  216. 前記強いスコアは、１０以上のスコアである、請求項２１５に記載の方法。
  217. 前記第１のＩＦＮα誘発性ＰＤマーカー発現プロファイルは、中程度のＩ型ＩＦＮまたはＩＦＮα誘発性遺伝子サインスコアを含む、請求項１７４に記載の方法。
  218. 前記中程度のスコアは、４以上であるが、１０未満のスコアである、請求項２１７に記載の方法。
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Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2012522508A (ja) * 2009-03-31 2012-09-27 ザ ユナイテッド ステイツ オブ アメリカ， アズ リプレゼンテッド バイ ザ セクレタリー， デパートメント オブ ヘルス アンド ヒューマン サービシーズ シェーグレン症候群の診断および治療のためのバイオマーカーとしての示差的に発現されるマイクロｒｎａ
JP2016153736A (ja) * 2015-02-20 2016-08-25 一三 西野 炎症性筋疾患鑑別マーカー及びそれを用いた炎症性筋疾患と非炎症性筋疾患の鑑別方法
JP2016526888A (ja) * 2013-06-28 2016-09-08 アキュメン リサーチ ラボラトリーズ プライヴェット リミテッドＡｃｕｍｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｐｔｅ． Ｌｔｄ． 敗血症バイオマーカー及びそれらの使用

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100190659A1 (en) * 2007-07-12 2010-07-29 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Compositions and Methods for Diagnosing and Assessing Inflammatory Myopathies
ES2663662T3 (es) 2008-01-18 2018-04-16 President And Fellows Of Harvard College Métodos para detectar distintivos de enfermedades o afecciones en fluidos corporales
DK2473636T3 (en) * 2009-09-03 2017-02-06 Medimmune Llc TYPE 1 INTERFERON DIAGNOSTICS
WO2011126105A1 (ja) * 2010-04-08 2011-10-13 三菱化学メディエンス株式会社 免疫系の異常疾患または関節系の異常疾患への罹患またはこれらの病勢を判定するための検査方法
CA2806310A1 (en) 2010-07-23 2012-01-26 President And Fellows Of Harvard College Methods of detecting diseases or conditions using phagocytic cells
SG10201505723UA (en) 2010-07-23 2015-09-29 Harvard College Methods for detecting signatures of disease or conditions in bodily fluids
AU2011280936A1 (en) 2010-07-23 2013-02-28 President And Fellows Of Harvard College Methods of detecting prenatal or pregnancy-related diseases or conditions
US20130184178A1 (en) 2010-07-23 2013-07-18 President And Fellows Of Harvard College Methods of Detecting Autoimmune or Immune-Related Diseases or Conditions
WO2013020926A1 (en) * 2011-08-11 2013-02-14 Febit Holding Gmbh Complex sets of mirnas as non-invasive biomarkers for psoriasis
ITRM20110685A1 (it) 2011-12-23 2013-06-24 Internat Ct For Genetic En Gineering And Microrna per la rigenerazione cardiaca attraverso l induzione della proliferazione dei miociti cardiaci
EP2653554A1 (en) * 2012-04-17 2013-10-23 Istituto Nazionale Di Genetica Molecolare-INGM Immune response biomarkers
EP2965086A4 (en) 2013-03-09 2017-02-08 Harry Stylli Methods of detecting prostate cancer
US10494675B2 (en) 2013-03-09 2019-12-03 Cell Mdx, Llc Methods of detecting cancer
US10626464B2 (en) 2014-09-11 2020-04-21 Cell Mdx, Llc Methods of detecting prostate cancer
CN108379584B (zh) * 2018-04-12 2020-08-11 上海交复生物医药科技有限公司 RSAD2通过wnt通路影响肿瘤细胞替莫唑胺耐药性
WO2019210179A1 (en) * 2018-04-27 2019-10-31 Stemline Therapeutics, Inc. Methods of treating an autoimmune disease with a human interleukin-3 (il-3)-diphtheria toxin conjugate (dt-il3)
CN110085282A (zh) * 2019-04-23 2019-08-02 华中师范大学 核酸结构中核苷酸与核苷酸相互作用预测的方法
CN110108880A (zh) * 2019-05-30 2019-08-09 四川大学华西医院 Fez1自身抗体检测试剂在制备肺癌筛查试剂盒中的用途
CN110161235B (zh) * 2019-06-26 2022-04-12 江苏省中医院 三种血清蛋白联合用于强直性脊柱炎诊断的用途
CA3152279A1 (en) * 2019-10-04 2021-04-08 The Regents Of The University Of Michigan Methods for determining responsiveness to anti-tumor necrosis factor therapy in the treatment of psoriasis
CN111378742A (zh) * 2020-04-16 2020-07-07 嘉兴程瑞医药科技有限公司 microRNA生物标志物及其在制备自身免疫疾病检测试剂盒中的应用
CN113388677A (zh) * 2021-06-17 2021-09-14 河北医科大学第二医院 包括ifi44的干燥症诊断标志物组合

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007019219A2 (en) * 2005-08-05 2007-02-15 Genentech, Inc. Methods and compositions for detecting autoimmune disorders

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS60500864A (ja) 1983-02-04 1985-06-06 ワドリ、テクナラジズ、インコーパレイティド 近縁関係にあるが別個のタンパク質間に存在する共通決定基に対して特異的なハイブリド−マ抗体の製造および特性づけ
GB8303165D0 (en) 1983-02-04 1983-03-09 Secher D S Monoclonal antibody
DE3306060A1 (de) 1983-02-22 1984-08-23 Boehringer Ingelheim International GmbH, 6507 Ingelheim Neue immunglobulin-produzierende hybridzellinien, deren verwendung und verfahren zu deren herstellung
US4885166A (en) 1985-06-11 1989-12-05 Ciba-Geigy Corporation Hybrid interferons
US7087726B2 (en) 2001-02-22 2006-08-08 Genentech, Inc. Anti-interferon-α antibodies
US20070166281A1 (en) * 2004-08-21 2007-07-19 Kosak Kenneth M Chloroquine coupled antibodies and other proteins with methods for their synthesis
WO2006023966A2 (en) * 2004-08-24 2006-03-02 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Center For Technology Transfer Assessment of cardiovascular risk
US20070065844A1 (en) * 2005-06-08 2007-03-22 Massachusetts Institute Of Technology Solution-based methods for RNA expression profiling
US20100143372A1 (en) 2006-12-06 2010-06-10 Medimmune, Llc Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007019219A2 (en) * 2005-08-05 2007-02-15 Genentech, Inc. Methods and compositions for detecting autoimmune disorders

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JPN6012036649; Ｅｘｐｅｒｔ　ｏｐｉｎｉｏｎ　ｏｎ　ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎａｌ　ｄｒｕｇｓ １５，　６, 200606, ｐ．７２１-７２７ *
JPN6013045746; Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ　Ｒｈｅｕｍ．　（２００７）　ｖｏｌ．５６，　ｎｏ．１１，　ｐ．３７８４-３７９２ *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2012522508A (ja) * 2009-03-31 2012-09-27 ザ ユナイテッド ステイツ オブ アメリカ， アズ リプレゼンテッド バイ ザ セクレタリー， デパートメント オブ ヘルス アンド ヒューマン サービシーズ シェーグレン症候群の診断および治療のためのバイオマーカーとしての示差的に発現されるマイクロｒｎａ
JP2016526888A (ja) * 2013-06-28 2016-09-08 アキュメン リサーチ ラボラトリーズ プライヴェット リミテッドＡｃｕｍｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｐｔｅ． Ｌｔｄ． 敗血症バイオマーカー及びそれらの使用
JP2016153736A (ja) * 2015-02-20 2016-08-25 一三 西野 炎症性筋疾患鑑別マーカー及びそれを用いた炎症性筋疾患と非炎症性筋疾患の鑑別方法

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