CN101838689B - 一种快速诊断染色体数目异常的多重qf-pcr str检测体系 - Google Patents

Abstract

本发明提供一种快速诊断染色体数目异常的多重QF-PCR STR检测体系，其包含A、B、C三组PCR体系，A组检测位点包含AMXY、D21S1433、D21S1411、D13S258、D21S1414、D21S1412、D21S1445和21q11.2；B组检测位点包含D18S535、D18S391、SRY、D18S51、D18S386、D13S742、D13S634和D13S303，C组检测位点包含AMXY、DXS1187、DXS8377、SRY、DXS6809、DXS981、DXS1053、D13S305和D21S11，通过此套STR位点足够多、STR位点杂合率高的快速检测体系，用在产前诊断可大为缩短诊断时间，为临床医生及时处理争取宝贵时间，是一个实用性极高的产前诊断方法。

Description

一种快速诊断染色体数目异常的多重QF-PCR STR检测体系

技术领域

本发明涉及一种用于21、18、13和性染色体数目异常的QF-PCR快速诊断技术，特别是涉及三个用于检测21、18、13和性染色体特异STR的多重PCR扩增体系及其引物。

背景技术

新生儿遗传性疾病尚没有有效的治疗方法，产前诊断是阻止先天缺陷新生儿出生的最为有效的手段。染色体病是新生儿最多见的一类遗传性疾病，以唐氏综合症(21三体)和Turner综合症(45，X)最为多见，其次为18三体，偶见13三体，Klinefelter综合症及XYY综合症等。目前染色体病产前诊断中最主要的技术手段是染色体核型分析，但由于其操作复杂，花费时间长(约14个工作日)，不仅会错过临床医生进行处理的最佳时机，还会给孕妇带来沉重的精神负担。因此，建立一种快速、准确的产前诊断技术成为目前众多学者研究的重点。

上世纪90年代后期，短串联重复序列(small tandem repeats，STRs)被发现可作为染色体特异性标记，随着DNA标记技术以及检测技术的发展，人们开始采用经荧光标记的引物对染色体特异的STR进行PCR扩增，然后使用DNA自动序列分析仪进行片段分析，从而检测这些染色体特异的微卫星重复序列。该技术自发明以来，已广泛应用于法医学鉴定、亲子鉴定等方面。在欧美国家，该技术也已被应用于针对21、18、13及XY等染色体数目异常的快速产前诊断方面。市面上也已有这方面的试剂盒出售。而在中国，这方面的技术还相对落后。虽然目前欧美已有多个实验室将QF-PCR技术应用于染色体异常的常规检测中，但他们的QF-PCRSTR体系还存有一定的缺点，如STR位点较少等，而且他们选用的STR位点在中国人群中杂合率不高，因此不适用于中国人群的检测。

已有学者尝试采用QF-PCR进行性染色体数目异常。他们要么使用某个常染色体STR位点与一个X染色体的STR位点进行相对定量，但这种方法的可重复性较差；要么使用尽量多的XY染色体STR位点来对性染色体的数目进行判定，但由于性染色体STR位点的杂合率均较低，以致使用较多的位点也无法判定某些纯合个体。

与传统的核型分析技术相比，QF-PCR在诊断染色体数目异常方面具有快速、准确、费用低等优势。该技术还可用于母血污染的判定方面，为临床分子诊断提供质量保证。因此，开发一套STR位点足够多，并且各STR在中国人群中的杂合率足够高的适用于中国人群的QF-PCR STR检测体系，以及一套完善的性染色体异常QF-PCR STR检测体系，均具有重要的意义。

发明内容

针对现有QF-PCR体系STR位点不足够，相对定量可重复性差，选用的STR位点在中国人群中杂合率较低等缺点，本发明的目的是建立一套包含足够多的STR位点、并且各STR在中国人群中杂合率均较高的诊断21、18、13染色体数目异常的多重QF-PCR STR快速检测体系，以及结合相对定量和增加STR位点两个方法，建立一个较完善的检测性染色体数目异常的QF-PCR STR检测体系，即荧光定量PCR检测技术，其操作实施步骤为：

(1)、首先针对各目标染色体，选取在中国人群中杂合率较高的STR位点：通过对已报道的中国人群各STR位点杂合率进行分析，或对感兴趣的STR位点进行实验检测，以挑取在中国汉族人群中杂合率足够高的STR位点。

(2)、对合适的STR位点设计引物，分组进行多重PCR，并调整反应参数等，以建立三个完善的多重PCR体系。

(3)、对PCR引物进行荧光标记，QF-PCR验证标记方案的可行性。

(4)、QF-PCR进行大样本试验，以验证三个多重STR检测体系的适用性，包括各STR位点的杂合率、片段分析结果是否正常(有无异常电泳行为)、各PCR产物大小分布会否相互重叠等。

本发明具体通过以下方案予以实现：快速诊断染色体数目异常的多重QF-PCR STR检测体系包含有A、B、C三组多重PCR体系，其中，A组为引物经荧光标记的8重PCR体系，检测位点包含性别判断基因AMXY，6个21号染色体特异STR位点：D21S1433、D21S1411、D21S1414、D21S1412、D21S1445和一个位于21q11.2的未命名的STR位点，及1个13号染色体特异STR位点：D13S258；B组为引物经荧光标记的8重PCR体系，检测位点包含性别判断基因SRY，4个18号染色体特异STR位点：D18S535、D18S391、D18S51和D18S386，及3个13号染色体特异STR位点：D13S742、D13S634和D13S303；C组为引物经荧光标记的9重PCR体系，检测位点包含性别判断基因AMXY和SRY，5个X染色体特异STR位点：DXS1187、DXS8377、DXS6809、DXS981和DXS1053，1个13号染色体特异STR位点：D13S305，及1个21号染色体特异STR位点：D21S11。

本发明的技术方案还包括：上述靶向21号染色体特异STR位点D21S1412、D21S1445和D21S11，以及一个还未经命名的位于21q11.2的新STR位点的PCR引物序列，靶向18号染色体特异STR位点，靶向13号染色体特异STR位点D13S742、D13S634、D13S303和D13S305的PCR引物序列，靶向X染色体特异STR位点DXS1187、DXS8377、DXS6809、DXS981和DXS1053的PCR引物序列。

本发明的技术方案还包括：所述A组的STR多态位点的PCR产物大小范围在大部分个体不重叠，但D21S1433与21q11.2的PCR产物等位基因峰在某些个体中可能出现重叠，D13S258与D21S1411的PCR产物等位基因峰在某些个体中可能出现重叠，这两对位点的不同标记可使PCR产物峰区分开。

所述B组的STR多态位点的PCR产物大小范围在大部分个体不重叠，D18S386与D13S742的PCR产物等位基因峰在某些个体中可能出现重叠，D13S634与D13S303的PCR产物等位基因峰在某些个体中可能出现重叠，这两对位点的不同标记可使PCR产物峰区分开。

所述C组的STR多态位点的PCR产物大小范围在大部分个体不重叠，而非多态的SRY及多态的DXS981与组内其他位点的不同标记可使结果分析更方便。

进一步地，上述A组的PCR体系各引物：AMXY、D21S1433、D21S1411、D13S258、D21S1414、D21S1412、D21S1445和21q11.2，在PCR反应液中的终浓度分别为0.1、0.2、0.2、0.3、0.4、0.4、0.1和0.35μM，该浓度组合使该组各位点的PCR产物荧光信号强度均在合适范围。B组的PCR体系各引物：D18S535、D18S391、SRY、D18S51、D18S386、D13S742、D13S634和D13S303，在PCR反应液中的终浓度分别为0.2、0.2、0.2、0.1、0.4、0.5、0.4和0.4μM，该浓度组合使该组各位点的PCR产物荧光信号强度均在合适范围。C组的PCR体系各引物：AMXY、DXS1187、DXS8377、SRY、DXS6809、DXS981、DXS1053、D13S305和D21S11，在PCR反应液中的终浓度分别为0.1、0.15、0.15、0.2、0.2、0.3、0.2、0.3和0.5μM，该浓度组合使该组各位点的PCR产物荧光信号强度均在合适范围。

本发明最终选取的位点有：21号染色体STR位点7个，18号染色体4个，13号染色体5个，X染色体特异STR 5个，以及性别特异基因AMXY和Y染色体特异基因SRY。最终建立的三个多重PCR体系(A、B、C组)的组分及引物序列等分别见表1、表2和表3。

表1.A组多重PCR体系的STR位点、引物信息及引物用量

*该位点是位于21q11.2的还未经命名的新STR位点。

表2.B组多重PCR体系的STR位点、引物信息及引物用量

表3.C组多重PCR体系的STR位点、引物信息及引物用量

使用本发明STR检测体系扩增的PCR产物可用ABI3100、ABI3130等全自动序列分析仪进行片段分析。各STR位点PCR产物的条带数目异常或峰面积比例异常反映了相应染色体三体或三体嵌合的存在。A组和B组多重PCR体系结合使用即可快速有效地检测产前诊断中最常见的21、18和13号常染色体数目异常。本发明中C组多重PCR体系的AMXY可与D13S305、D21S11进行相对定量，结合SRY及其余5个XY染色体STR位点，单独使用就可以进行Turner综合症等性染色体异常疾病的检测，可用于常规的产前诊断中，也可用于性染色体异常疑似病例的临床检测中。

目前已使用该发明进行了2250例产前诊断标本以及27例成人Turner疑似病例的检测，成功检出唐氏综合症48例，13三体18例，18三体11例，Turner综合症35例(产前8例和27例成人)，69，XXX 1例，69，XXY2例，47，XXX 1例，47，XXY 1例，提示其他类型性染色体异常3例。与常规核型分析结果比较，该QF-PCR快速诊断体系对21、18和13三体的阳性检出率为100％，与核型分析结果的一致率达100％。QF-PCR对性染色体异常核型的检出率为98％，与核型分析结果的一致率达98.2％。整套STR检测体系对染色体数目异常的假阳性率0％，假阴性率低于0.2％。本发明已成功为临床产前地中海贫血分子诊断提供母血污染鉴定122例，证实存在母血污染3例，为产前诊断提供了质量保证。本发明适用于各种产前诊断标本的检测，包括羊水、绒毛、脐血等，完成一套检测只需60-180ng DNA。该发明用于产前诊断不仅能大大缩短诊断时间，为临床医生及时处理争取了宝贵时间并减轻了孕妇等待结果所承受的心理负担，还能降低成本，是一个经济实用并可靠的产前诊断新方法。

附图说明

图1为一正常男性的QF-PCR结果：AMXY为1∶1双峰，SRY有产物峰且X染色体STR位点均为单峰，显示为男性；其余各STR位点为单峰或面积1∶1的双峰，显示该样本正常。

图2为一正常女性的QF-PCR结果：AMXY为单峰(AMX)且SRY无产物峰，X染色体STR位点为单峰或面积1∶1的双峰，显示为女性；其余各STR位点为单峰或面积1∶1的双峰，显示该样本正常。

图3为一21三体的QF-PCR结果：21号染色体的STR位点全为面积2∶1或1∶2的双峰、或1∶1∶1三峰，其余染色体STR位点为正常峰型，显示该样本为21三体核型。

图4为一18三体的QF-PCR结果：18号染色体的STR位点为单峰、面积2∶1或1∶2的双峰、或1∶1∶1三峰，其余染色体STR位点为正常峰型，显示该样本为18三体核型。

图5为一13三体的QF-PCR结果：13号染色体的STR位点为单峰、面积2∶1或1∶2的双峰、或1∶1∶1三峰，其余染色体STR位点为正常峰型，显示该样本为13三体核型。

图6为一45，X的QF-PCR结果：X染色体的STR位点均为单峰，无AMY和SRY的检测峰，且AMX的总面积是D21S11总面积的1/2。

具体实施方式

下面将结合具体实施例作进一步阐述，这些实施例仅为说明本发明而列举，并非用于限制本发明的保护范围。

实施例一：本发明的检测方法

产前诊断标本包括羊水、绒毛、胎血等。全血样本需要ACD抗凝，羊水标本需3000rpm离心收集细胞，绒毛浸泡于生理盐水中。各种标本于4℃保存，48小时内提取DNA。DNA的提取使用试剂盒进行，例如QIAamp DNA Mini kit(QiaGen)，并严格按照说明书操作。最后DNA产物用双蒸水溶解，N.D1000V3.7 DNA测定仪上测定浓度和纯度，调整DNA浓度至10-50ng/μL。OD260/280比值介于1.6-2.1之间为合格DNA样本。

PCR反应：DNA聚合酶使用Takara Taq^TM Hot Start Version，PCR反应采用25μL体系，DNA模板量为15-70ng。每份DNA样本进行A、B、C三组反应(见表1、表2和表3)。A组PCR循环参数如下：95℃5min，(95℃30s，57℃40s，72℃60s)×25cycles，72℃10min；B组和C组PCR循环参数如下：95℃5min，(95℃30s，60℃40s，72℃60s)×25cycles，72℃10min。反应在Biometra Tprofessional PCR仪上进行。

片段分析：PCR产物各1μL，加0.2μL Genescan 500HD[ROX]size standard和9μL变性剂HiDi，充分混匀。95℃变性2min，迅速放入冰水混合物中冷却3min。变性好的待测PCR产物于ABI 3130xl序列分析仪上进行片段分析，主要参数设置为：Run module：HIDFragmentAnalysis36_POP4，Dye set：G5。收集的荧光信号使用GeneMapper软件进行分析。

片段分析结果判定：

1.等位基因峰荧光信号强度应介于500-8000之间，低于或高于此范围均应重做PCR反应。

2.等位基因峰2个，且峰面积比小于1.4或者大于0.8(约为1∶1)，为正常峰型；等位基因峰

3个，或者等位基因峰2个并且峰面积比大于1.6或小于0.65(约为2∶1或1∶2)，为异常峰型。

3.发现异常峰型，应常规重复QF-PCR一次，以保证结果的可靠性。

4.每一个染色体至少2个STR位点为异常峰型，才能诊断此样本为相应染色体异常。

5.如发现等位基因峰面积比介于正常与异常之间，则建议对此STR进行单管PCR反应。

实施例二：一个健康男性的QF-PCR检测

参照图1所示，应用实施例一的方法，对一个经核型分析证实为正常核型的健康成年男性的外周血样本200μL提取DNA，共获得45μL浓度23.5ng/μL的DNA，OD260/280比值1.82，为合格DNA样本。各取2μLDNA进行A、B、C三组PCR反应及片段分析。GeneMapper软件对收集到的荧光数据分析结果见表4：

表4GeneMapper软件对一名健康男性的QF-PCR荧光信号的数据分析结果

该样本的所有等位基因峰荧光信号强度均介于500-8000之间，荧光信号强度适合进行核型判断；性别判定基因AMXY显示1∶1(AMX∶AMY)双峰，男性特异基因SRY有扩增峰，因此该样本有等量的X和Y染色体；所有21、18和13号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰或1∶1双峰，因此该样本的21、18和13号染色体为正常的二倍体；所有X染色体特异STR位点为单峰，并且AMXY的峰面积总和与D21S11峰面积总和的比值约为1∶1，因此该样本含1个X和1个Y染色体；综合上述分析，该样本为21、18、13和性染色体均为正常二倍体的男性。

实施例三：一个健康女性的QF-PCR检测

参照图2所示，应用实施例一的方法，对一个经核型分析证实为正常核型的健康成年女性的外周血样本200μL提取DNA，共获得45μL浓度26ng/μL的DNA，OD260/280比值1.91，为合格DNA样本。各取2μL DNA进行A、B、C三组PCR反应及片段分析。GeneMapper软件对收集到的荧光数据分析结果见表5：

表5GeneMapper软件对一名健康女性的QF-PCR荧光信号的数据分析结果

*由于DXS1053位点PCR扩增片段中间有“CA”两碱基简单重复，导致PCR过程容易出现滑移，因此产物双峰比值不严格接近1∶1(＜1.6)仍属正常。

该样本的所有等位基因峰荧光信号强度均介于500-8000之间，荧光信号强度适合进行核型判断；性别判定基因AMXY显示1个单峰(AMX)，男性特异基因SRY无扩增峰，因此该样本只有X染色体；所有21、18和13号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰或1∶1双峰，因此该样本的21、18和13号染色体为正常的二倍体；所有X染色体特异STR位点为单峰或1∶1双峰，并且AMX的峰面积与D21S11峰面积总和的比值约为1∶1，因此该样本含2个X染色体；综合上述分析，该样本为21、18、13和性染色体均为正常二倍体的女性。

实施例四：一个唐氏高风险胎儿脐血标本的QF-PCR检测

参照图3所示，应用实施例一的方法，对一个唐氏筛查高风险胎儿的脐血样本200μL提取DNA，共获得100μL浓度18ng/μL的DNA，OD260/280比值1.89，为合格DNA样本。各取3μL DNA进行A、B、C三组PCR反应及片段分析。GeneMapper软件对收集到的荧光数据分析结果见表6：

表6GeneMapper软件对一名唐氏高风险胎儿的QF-PCR荧光信号的数据分析结果

该样本的所有等位基因峰荧光信号强度均介于500-8000之间，荧光信号强度适合进行核型判断；性别判定基因AMXY显示1∶1(AMX∶AMY)双峰，男性特异基因SRY有扩增峰，因此该样本有等量的X和Y染色体；所有21号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰、异常的1∶2或2∶1的双峰、或异常的1∶1∶1三峰，异常峰超过2个，因此该样本的21号染色体为3体；所有18和13号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰或1∶1双峰，因此该样本的18和13号染色体为正常的二倍体；所有X染色体特异STR位点为单峰，并且AMXY的峰面积总和与D21S11峰面积总和2/3的比值约为1∶1，因此该样本含1个X和1个Y染色体；综合上述分析，该样本为男性21三体。

实施例五：一个产前筛查高风险胎儿羊水标本的QF-PCR检测

参照图4所示，应用实施例一的方法，对一个唐氏筛查高风险胎儿的羊水样本1.2mL提取DNA，共获得45μL浓度17.5ng/μL的DNA，OD260/280比值1.95，为合格DNA样本。各取3μL DNA进行A、B、C三组PCR反应及片段分析。GeneMapper软件对收集到的荧光数据分析结果见表7：

表7GeneMapper软件对一名健康女性的QF-PCR荧光信号的数据分析结果

该样本的所有等位基因峰荧光信号强度均介于500-8000之间，荧光信号强度适合进行核型判断；性别判定基因AMXY显示1∶1(AMX∶AMY)双峰，男性特异基因SRY有扩增峰，因此该样本有等量的X和Y染色体；所有21和13号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰或1∶1双峰，因此该样本的21和13号染色体为正常的二倍体；所有18号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰、异常的1∶2双峰或异常的1∶1∶1三峰，异常峰有2个，因此该样本的18号染色体为3体；所有X染色体特异STR位点为单峰，并且AMXY的峰面积总和与D21S11峰面积总和的比值约为1∶1，因此该样本含1个X和1个Y染色体；综合上述分析，该样本为男性18三体。

实施例六：一个产前筛查高风险胎儿绒毛标本的QF-PCR检测

参照图5所示，应用实施例一的方法，对一个唐氏筛查高风险胎儿的绒毛样本1根提取DNA，共获得45μL浓度24ng/μL的DNA，OD260/280比值1.83，为合格DNA样本。各取2μL DNA进行A、B、C三组PCR反应及片段分析。GeneMapper软件对收集到的荧光数据分析结果见表8：

表8GeneMapper软件对一份高风险胎儿绒毛标本的QF-PCR荧光信号的数据分析结果

该样本的所有等位基因峰荧光信号强度均介于500-8000之间，荧光信号强度适合进行核型判断；性别判定基因AMXY显示1个单峰(AMX)，男性特异基因SRY无扩增峰，因此该样本只有X染色体；所有21和18号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰或1∶1双峰，因此该样本的21和18号染色体为正常的二倍体；所有13号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰、异常的1∶2或2∶1的双峰、或异常的1∶1∶1三峰，异常峰超过2个，因此该样本的13号染色体为3体；所有X染色体特异STR位点为单峰或1∶1双峰，并且AMX的峰面积与D21S11峰面积总和的比值约为1∶1，因此该样本含2个X染色体；综合上述分析，该样本为女性13三体。

实施例七：一个产前筛查高风险胎儿羊水标本的QF-PCR检测

参照图6所示，应用实施例一的方法，对一个唐氏筛查高风险胎儿的羊水样本1.2mL提取DNA，共获得45μL浓度16ng/μL的DNA，OD260/280比值1.79，为合格DNA样本。各取3μL DNA进行A、B、C三组PCR反应及片段分析。GeneMapper软件对收集到的荧光数据分析结果见表7：

表9GeneMapper软件对一名健康女性的QF-PCR荧光信号的数据分析结果

该样本的所有等位基因峰荧光信号强度均介于500-8000之间，荧光信号强度适合进行核型判断；性别判定基因AMXY显示1个单峰(AMX)，男性特异基因SRY无扩增峰，因此该样本只有X染色体；所有21、18和13号染色体特异STR位点的等位基因峰为单峰或1∶1双峰，因此该样本的21、18和13号染色体为正常的二倍体；所有X染色体特异STR位点均为单峰，并且AMX的峰面积只有D21S11峰面积总和的1/2，因此该样本只含1个X染色体；综合上述分析，该样本为45，X Turner综合症核型。

SEQUENCE LISTING

<110>广州市妇女儿童医疗中心

<120>一个快速诊断染色体数目异常的多重QF-PCR STR检测体系

<160>22

<170>PatentIn version 3.5

<210>1

<211>106

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>non-polymorphism

<222>(1)..(106)

<223>X-linked，used for sex determination

<400>1

ccctgggctc tgtaaagaat agtgtgttga ttctttatcc cagatgtttc tcaagtggtc    60

ctgattttac agttcctacc accagcttcc cagtttaagc tctgat                  106

<210>2

<211>112

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>non-polymorphism

<222>(1)..(112)

<223>Y-linked，used for sex determination

<400>2

ccctgggctc tgtaaagaat agtgggtgga ttcttcatcc caaataaagt ggtttctcaa    60

gtggtcccaa ttttacagtt cctaccatca gcttcccagt ttaagctctg at           112

<210>3

<211>155

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(22)..(84)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 22，polymorphic，with

     ’gata’as a repeat unit.

<400>3

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<210>4

<211>205

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(32)..(177)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 22，polymorphic，with

     ’gaaa’as a repeat unit.

<400>4

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<210>5

<211>271

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(94)..(151)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 13，polymorphic，with

     ’agat’as a repeat unit.

<400>5

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<210>6

<211>298

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(146)..(238)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 22，polymorphic，with

     ’taga’as a repeat unit.

<400>6

atgatgaatg catagatgga tgggtggatg gatggatgga tggatggatg gatggatgga     60

tggatgaatg gatacataga tgaatggatg gatagatagt atataaatgg atggatggat    120

agatacacag taggtaggta ggtagtagat agatagatag atagatagat agatagatag    180

atagatagat aaacaggata gatagataga tagatagata gatagataga tagatagata    240

aacaggatga atatttagaa ggctgggagt gggcagaaag cctggaagga eacacatt      298

<210>7

<211>346

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(185)..(322)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 22，polymorphic，with

     ’gata/gaca’as a repeat unit.

<400>7

aaattagtgt ctggcaccca gtaaaaaatt actagccata aacactgaga agggagaaac     60

actgtaaggt tttatataat gtatgaagtg gtatgatata acttgaaatt aaactgtgat    120

atattaaaga tgttgtatta gtcaatgttc tccagagaca gactaatagg aggtagatag    180

actggataga tagacgatag atagatagat agatagatag atagatagat agatagatag    240

atatggatag atagatgata gatagataga tatagataga tagacagaca gacagacaga    300

cagacagata gatagataga tagaaggcaa ttcacttggg gaattg                   346

<210>8

<211>479

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(174)..(436)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 22，polymorphic，with

     ’tatc’as a repeat unit，not perfect repeat.

<400>8

cggacgctgg ctaagcccca tcgccttatc tttattttgt gagaagcaaa ctgtggggtt     60

tggttgcaag agaagatctt actagggacc agttgcaggg tgtattaatc aggggtttcc    120

agagaaacag aactaatagg atctatctgc ctgtcatctc tctctctctc tcctatctat    180

ctatctatct atctatcatc tatctatcta tcatctatct atctatctat ctatctatct    240

atctatcatc taatctatca tctatctatc tattcatcat ctatttatca actatcatct    300

ctcatctatc aactatttgt ttgccatcta ttatctatct atcatctatt tatctattaa    360

tcatctattt attaactatc aatctatcat ctgtcatcca tcaactattt atctgtctat    420

ccattctcta tctatctgtc tctctgtctg tcaatcagtc agtcaatcca tcgccagaa     479

<210>9

<211>133

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(38)..(110)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 18，polymorphic，with

     ’taga’as a repeat unit.

<400>9

tcatgtgaca aaagccacac ccataacttt tttcctctag atagacagat agatgataga     60

tagatagata gatagataga tagatagata gatagataga tagatataga ttctctttct    120

ctgcattctc atc                                                       133

<210>10

<211>182

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(92)..(131)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 18，polymorphic，with

     ’taga’as a repeat unit.

<400>10

ctggttttcg tcttgagaag tcatgaggtg gacttaccac aggcaatgtg acttgaggaa     60

gagagaaata gagagataga gatgatatac atagatagat agatagatag atagatagat    120

agatagatag ataatgataa atcaggaatt taattagctg agtgactcag atgggaatag    180

tg                                                                   182

<210>11

<211>306

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(58)..(163)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 18，polymorphic，with

     ’gaaa’as a repeat unit.

<400>11

gagccatgtt catgccactg cacttcactc tgagtgacaa attgagacct tgtctcagaa     60

agaaagaaag aaagaaagaa agaaagaaag aaagaaagaa agaaagaaag aaagaaagaa    120

agaaagaaaa agagagagga aagaaagaga aaaagaaaag aaatagtagc aactgttatt    180

gtaagacatc tccacacacc agagaagtta attttaattt taacatgtta agaacagaga    240

gaagccaaca tgtccacctt aggctgacgg tttgtttatt tgtgttgttg ctggtagtcg    300

ggtttg                                                 306

<210>12

<211>365

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(57)..(215)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 18，polymorphic，with

     ’aaag’as a repeat unit，not perfect repeat.

<400>12

tcaggagaat cacttggaac ccccagcctg ggcaacagag tgagatttca tctgtaaaag     60

aaagaaagca agcaaaagaa agagaaagag agagaggaaa gaaggaagga aggaaggaag    120

caaggaagga gaaagagaga gcgagagaaa gaaagaaaaa agaaagaaag aaaagaaaga    180

aagaaagaga gagagaaaga aagaatgaaa aaagaaaaaa gaaagaaaga aagaagaaag    240

aaaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaaa    300

gaaagaaaga aaaagaaaaa aaatcagagg gtgcgtagat tctacctgct tagctacttc    360

atgga                                                                365

<210>13

<211>401

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(264)..(356)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 13，polymorphic，with

     ’gaaa as a repeat unit.

<400>13

agctactcag gaggccaatg caggaggatt acttcagctc aggagtttga gtccagcctg     60

gtcaacacag agagacctag tctcttaaaa aataaaaatt aagaacaaat aaaataaaaa    120

tcttattcca gataactggg ctaggaatgg aaataggttg tacacccatt gtcttttaaa    180

aaagagaaag aaagaaagag aaagagagaa agaaagagag aaagagagag agggaaagag    240

agaaagagaa agagagagaa agagaaagaa agaaaggaaa gaaagaaaga aagaaagaaa    300

gaaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaag gaaagagaaa gagaaatgaa    360

tgcaaattct ctggccccag cccagtcctc ctgaattggg a                        401

<210>14

<211>428

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(114)..(294)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 13，polymorphic，with

     ’gaaa’as a repeat unit.

<400>14

ccattgccct atctttaagt ttgctaattc tttattatat ctattcaaat ctcctttgaa     60

tcctatatta tgattcttca gataggcaga ttcaatagga taaatagaca gatgaaagaa    120

agaaagagag agagagaaag agagagagag aaagagagag aaagagagag aaagaaagag    180

aaagaaagag agaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaaggaa gaaaggaaga    240

aagaaaagaa agaaagagaa aggaaggaag gaaagaagga aggaaggaaa gaaagatgac    300

agatgactaa ataggggaat tggctcatat gattacagag gttgagaact ctcacaatag    360

tctgcaaact ggagaaccag gaaagccagt agtgtggcaa cattcaaatc caaaaagcct    420

cagcacca                                                             428

<210>15

<211>451

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(105)..(374)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 13，polymorphic，with

     ’gaaa’as a repeat unit，not perfect repeat.

<400>15

acggcactcc agattgggtg acagagtgac atcgctcctt accccatctt ctccaaaaaa     60

aaaagaaaga aagaaggaag gaaggaaggg agggagggaa ggaggaagga aagaaaggaa    120

ggaaggagga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaga gagagagaaa gaaagaaagt    180

aaagaaagaa agaaggaaag aaagaaagag aaagaagaaa aaagaaagaa agaaaaagag    240

gaaggaagga aggaagaaaa gagaaagaga aagaaagaaa caaggaaagg aggaaagaaa    300

gaaaaagaaa gaaagagaaa gaaaaaaaga aagagaagaa agaaagaaag aaagaaagaa    360

agaaagaaaa gaaagaatac ataaacatag tgaggagaat ggtggttagc aaaggctggg    420

aaggataaca gaaaggggga gacaaagtgg g                                   451

<210>16

<211>155

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(39)..(113)

<223>X-linked short tandem repeat(STR)，polymorphic，with’tatc’as a

     repeat unit.

<400>16

tggagaaagt cactgaacag aggagttgca acccagaata tctatctatc tatctattta    60

tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatctatcta tcatctatct atcgattgag    120

agagatggct tttcattgag tagctgaaag gtgcc                               155

<210>17

<211>225

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(30)..(203)

<223>X-linked short tandem repeat(STR)，polymorphic，with’gaa’as a

     repeat unit.

<400>17

ccacttcatg gcttaccaca gagagaggag aagaaggaga aggaggagaa ggagaagaag     60

aagaagaaga agaagaagaa gaagaagaag aagaagaaga agaagaagaa gaagaagaag    120

aagaagaaga agaagaagaa gaggaagagg aagaggaaga ggaagaggaa gaggaagaag    180

aagaggaaga agaagaagaa gaagacaggg aacgaaggag caaaa                    225

<210>18

<211>248

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>non-polymorphism

<222>(1)..(248)

<223>Y-linked，used for male sex determination

<400>18

agtaaaggca acgtccagga tagagtgaag cgacccatga acgcattcat cgtgtggtct     60

cgcgatcaga ggcgcaagat ggctctagag aatcccagaa tgcgaaactc agagatcagc    120

aagcagctgg gataccagtg gaaaatgctt actgaagccg aaaaatggcc attcttccag    180

gaggcacaga aattacaggc catgcacaga gagaaatacc cgaattataa gtatcgacct    240

cgtcggaa                                                             248

<210>19

<211>279

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(80)..(232)

<223>X-linked short tandem repeat(STR)，polymorphic，with’gata’as a

     repeat unit.

<220>

<221>polymorphism

<222>(99)..(233)

<223>polymorphic，with’atag’as a repeat unit.

<400>19

ggaggaccat gtttcactgg aatataaaat gtctggagaa tccaattttg ctttaggctg     60

atgtgaggaa gagatagagg atagatagat agatagatag atagatagat agatagatag    120

atagatagat agatgataga taatagatag atagatagat agatgataga tagataatag    180

atgatagata gatagatata gatagataga tagatagata gatagataga tagcccaaat    240

tcctacataa tctagtcatg ccctcagtat tcctgagct                           279

<210>20

<211>321

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(175)..(229)

<223>X-linked short tandem repeat(STR)，polymorphic，with’tatc’as a

     repeat unit.

<400>20

catggttctc cttgtggcct tccttaaatg gaaaaacaag gtaacaaagg ggaaacctct     60

ggttccagag gaaaagaagt agacatactt ctcgtttcct cctgcaaaat acagctaaaa    120

acttggaatg atatacatct atatctgtat agagaactat ctatttatct tttatatcta    180

tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatctatcta tcatctatct gactctgaaa    240

agtggagaga agaaggcaga ccagctaaga aacacaggac tcaaggaaca atatggtggt    300

gacttccttg ggtgctggag a                                              321

<210>21

<211>396

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(99)..(314)

<223>short tandem repeat  (STR)on chromosome  13，polymorphic，with

     ’tttc’as a repeat unit，not perfect repeat.

<400>21

gccacctcga aatcctaggc ttgagtaatc ctcccacctc agcctcccaa gtagttgaga     60

ttacaagcat gcaacaccat gcatgtgtgc tctttcgctt tctttctttc tttctttctt    120

tctttctttc tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctctttctt tttctttctt    180

tctttttctt tccttctttc tttctttctc tttctttttc tttctttctt tctttttctt    240

tccttccttc tttctttttc ttccttcctt cctttcttcc ttctttcctt cctttctttt    300

tctttctttc tttccttcct tccttccttc catccttctt tccttccttc ctccctccct    360

ctgtcccttc cttccttcca ttcattcgta acgaca                              396

<210>22

<211>485

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<220>

<221>polymorphism

<222>(167)..(313)

<223>short tandem repeat(STR)on chromosome 22，polymorphic，with

     ’tcta as a repeat unit.

<400>22

tggcctcaaa ctgaaggtta cactatcagc ttccgttgtt ctaagggctt cagacttgga     60

cagccacact gccagcttcc ctgattcttc agcttgtaga tggtctgtta tgggactttt    120

ctcagtctcc ataaatatgt gagtcaattc cccaagtgaa ttgccttcta tctatctatc    180

tatctgtctg tctgtctgtc tgtctgtcta tctatctata tctatctatc tatcatctat    240

ctatccatat ctatctatct atctatctat ctatctatct atctatctat ctatcgtcta    300

tctatccagt ctatctacct cctattagtc tgtctctgga gaacattgac taatacaaca    360

tctttaatat atcacagttt aatttcaagt tatatcatac cacttcatac attatataaa    420

accttacagt gtttctccct tctcagtgtt tatggctagt aattttttac tgggtgccag    480

acact                                                                485

Claims (1)

1.一种快速诊断染色体数目异常的多重QF-PCR STR检测试剂，其特征在于：包含A、B、C三组多重PCR体系，A组为引物经荧光标记的8重PCR体系，检测位点包含性别判断基因AMXY，6个21号染色体特异STR位点：D21S1433、D21S1411、D21S1414、D21S1412、D21S1445和一个位于21q11.2的未命名的STR位点，及1个13号染色体特异STR位点：D13S258；B组为引物经荧光标记的8重PCR体系，检测位点包含性别判断基因SRY，4个18号染色体特异STR位点：D18S535、D18S391、D18S51和D18S386，及3个13号染色体特异STR位点：D13S742、D13S634和D13S303；C组为引物经荧光标记的9重PCR体系，检测位点包含性别判断基因AMXY和SRY，5个X染色体特异STR位点：DXS1187、DXS8377、DXS6809、DXS981和DXS1053，1个13号染色体特异STR位点：D13S305，及1个21号染色体特异STR位点：D21S11；

其中，A组多重PCR体系系的STR位点、引物信息及引物用量为表1所述的信息：

表1

B组多重PCR体系系的STR位点、引物信息及引物用量为表2所述的信息：

表2

C组多重PCR体系系的STR位点、引物信息及引物用量为表3所述的信息：

表3

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